KR20200073053A - Method for predicting economic traits in in Hanwoo with GALM gene - Google Patents

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Abstract

The present invention relates to a method for predicting economic traits in Hanwoo (Korean native cattle) using a galactose mutarotase (GALM) gene and, more particularly, to a primer set for predicting economic traits in Hanwoo capable of detecting a deletion of 33^th to 46^th base sequences of polynucleotide derived from the GALM gene represented by SEQ ID NO: 1, a composition for predicting economic traits in Hanwoo including the primer set, and a kit for predicting economic traits in Hanwoo including the primer set. By using the primer set of the present invention, it is possible to predict the economic traits of Hanwoo in an effective and practical way, and specifically to predict a thickness of the backfat, marbling scores (MARB) and meat quality grade index (MQGI) of Hanwoo. The present invention may be used to carry out faster prediction than conventional techniques based on phenotypic measurements, so that breeders capable of producing high-quality Hanwoo meat may be selected.

Description

GALM 유전자를 이용한 한우의 경제적 형질 예측 방법 {Method for predicting economic traits in in Hanwoo with GALM gene}Method for predicting economic traits in in Hanwoo with GALM gene}

본 발명은 GALM(Galactose mutarotase) 유전자를 이용한 한우의 경제형질 예측 방법에 관한 것으로서, 보다 구체적으로는 서열번호 1로 표시되는 GALM 유전자 유래 폴리뉴클레오티드의 33번 내지 46번째 염기서열의 결손 여부를 검출할 수 있는 한우 경제적 형질 예측용 프라이머 세트, 상기 프라이머 세트를 포함하는 한우 경제적 형질 예측용 조성물, 상기 프라이머 세트를 포함하는 한우 경제적 형질 예측용 키트에 관한 것이다.The present invention relates to a method for predicting economic traits of Korean beef using GALM (Galactose mutarotase) gene, and more specifically, to detect whether the nucleotide sequence 33 to 46 of the polynucleotide derived from the GALM gene represented by SEQ ID NO: 1 is defective. The present invention relates to a primer set for predicting economic traits of Hanwoo, a composition for predicting economic traits of Hanwoo comprising the primer set, and a kit for predicting economic traits of Hanwoo comprising the primer set.

종래의 전통적인 한우 마블링 및 육질 측정 기술은 표현형 측정치에 의존하고, 이를 통해 선발된 후보 종모우의 성장 및 도체 형질을 검정하여, 다시 후보 종모우를 선발하는 것이었다. 하지만, 이를 통한 한우의 육질 측정은 많은 시간이 소요되고, 부모의 육종가에 근거하기 때문에 평가의 정확성이 낮다.Conventional traditional Korean cattle marbling and meat quality measurement techniques rely on phenotypic measurements, through which the growth and carcass traits of selected candidate seedlings are assayed to select candidate seedlings again. However, it is time consuming to measure the meat quality of Korean beef and the accuracy of the evaluation is low because it is based on the breeding price of the parents.

또한, 두 세대를 거쳐 많은 후보 종모우를 사육하게 되므로, 인건비, 사육비, 시설 관리비 등을 지출하게 되어 사육자에게 경제적인 부담을 줄 수 있다.In addition, since many candidate breeding cattle are bred through two generations, labor costs, rearing expenses, and facility management expenses can be spent, which can put an economic burden on the breeder.

이와 같은 문제를 해결하기 위해, 최근에는 육질의 유전적 능력을 추정할 수 있는 유전자 마커(genetic marker)에 대한 연구가 활발하게 이루어지고 있다. 예를 들어, PCR 기술을 이용하는 RAPD(Random Amplified Polymorphic DNA), SSCP(Single Strand Conformational Polymorphism), AFLP(Amplified Fragment Length Polymorphism) 및 RFLP(Restriction Fragment Length Polymorphism) 등 다양한 DNA 분석기법을 이용하여 가축의 주요 경제형질과 관련된 마커를 선별하였다. 이중 가장 널리 활용되는 마커는 단일염기다형성(SNP, Single nucleotide polymorphism) 마커이다. SNP가 표현형에 영향을 미쳐 가축의 주요 경제형질이 달라진다면 가축의 경제형질을 예측하는 마커로서 활용될 수 있다. In order to solve this problem, recently, research on genetic markers capable of estimating the genetic ability of meat has been actively conducted. For example, the main livestock animals using various DNA analysis methods such as Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) using PCR technology, Single Strand Conformational Polymorphism (SSCP), Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP), and Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) Markers related to economic traits were selected. The most widely used marker is a single nucleotide polymorphism (SNP) marker. If SNP affects the phenotype and the main economic trait of livestock changes, it can be used as a marker to predict the economic trait of livestock.

최근의 가축 동물에 대한 표현형과 유전자형 간의 연관성 연구는 동물의 체중과 등지방 두께와 같은 양적인 경제적 특성뿐만 아니라 외피의 색깔 변화와 같은 질적 특성과 관련된 유전적 변이를 조사했다. 유전자 마커는 genomic DNA의 양적 형질 유전자좌(QTL) 분석 및 후보 유전자 접근 방법을 사용하여 밝혀졌다.A recent linkage study between phenotypes and genotypes for livestock animals looked at genetic variations associated with qualitative characteristics such as color changes in the skin as well as quantitative economic characteristics such as animal weight and backfat thickness. Gene markers were identified using quantitative translocation (QTL) analysis of genomic DNA and candidate gene approaches.

Galactose mutarotase(GALM)는 β-D-galactose를 α-D-galactose로 변환시키는 생화학적 효소이다. α-D-galactose는 에너지 대사, 당 단백질 및 당지질의 생합성에 사용된다. GALM의 생물학적 기능은 레티노산(RA, retinoic acid)과 함께 연구되었다. Galactose mutarotase (GALM) is a biochemical enzyme that converts β-D-galactose to α-D-galactose. α-D-galactose is used for energy metabolism, biosynthesis of sugar proteins and glycolipids. The biological function of GALM has been studied with retinoic acid (RA).

레티노산은 지방 세포 분화에 중요한 역할을 한다. 특히 소에서 레티노산은 유전자 발현의 조절을 통해 근육 내 지방 세포의 분화를 유도한다. 레티노산 보체(supplement)는 GALM의 발현을 빠르게 유도하고, GALM 유전자 활성을 통해 지방 세포 분화에서 중요한 역할을 한다.Retinoic acid plays an important role in adipocyte differentiation. In particular, retinoic acid in cattle induces the differentiation of adipocytes in muscle through regulation of gene expression. Retinoic acid supplementation rapidly induces the expression of GALM and plays an important role in adipocyte differentiation through GALM gene activity.

최근 연구에서 한우의 MSTN 및 ADDI 다형성에 대한 유전적 효과를 설명했으나, 한우의 유전적 배경과 경제적 특성 사이의 연관성에 대해서 명확히 밝히지 못했다. 이 연구는 GALM 유전자의 유전적 다형성을 조사하고 한우 개체군에서 이 폴리뉴클레오티드의 유전자형과 도체 특성의 관계를 조사했다.Recent studies have demonstrated the genetic effects of Korean cattle on MSTN and ADDI polymorphisms, but the link between the genetic background and economic characteristics of Korean cattle has not been clarified. This study investigated the genetic polymorphism of the GALM gene and the relationship between the genotype and conductor properties of this polynucleotide in the Hanwoo population.

본 발명의 목적은 서열번호 1로 표시되는 GALM(Galactose mutarotase) 유전자 유래 폴리뉴클레오티드의 33번 내지 46번째 염기서열의 결손 여부를 검출할 수 있는 한우 경제적 형질 예측용 프라이머 세트를 제공하기 위한 것이다. An object of the present invention is to provide a primer set for predicting economic feasibility of Korean cattle that can detect whether the polynucleotides derived from the GALM (Galactose mutarotase) gene represented by SEQ ID NO: 1 are deficient in the nucleotide sequences 33 to 46.

본 발명의 다른 목적은 상기 프라이머 세트를 포함하는 한우 경제적 형질 예측용 조성물을 제공하기 위한 것이다. Another object of the present invention is to provide a composition for predicting economic traits of Hanwoo comprising the primer set.

본 발명의 또 다른 목적은 상기 프라이머 세트를 포함하는 한우 경제적 형질 예측용 키트를 제공하기 위한 것이다.Another object of the present invention is to provide a kit for predicting economic traits of Hanwoo comprising the primer set.

본 발명의 또 다른 목적은 서열번호 1로 표시되는 GALM 유래 폴리뉴클레오티드에서 33번째 내지 36번째 염기가 AGGT 또는 ACTC인 염기서열의 변이를 포함하며 5 내지 1000개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 한우 경제적 형질 예측용 바이오마커를 제공하기 위한 것이다.Another object of the present invention comprises a polynucleotide consisting of 5 to 1000 consecutive bases, including a variation of the base sequence in which the 33rd to 36th base is AGGT or ACTC in the polynucleotide derived from GALM represented by SEQ ID NO: 1, or It is to provide a biomarker for predicting Hanwoo economic traits, including its complementary polynucleotide.

본 발명의 또 다른 목적은 서열번호 1로 표시되는 GALM 유전자 유래의 폴리뉴클레오티드의 33 내지 46번째 염기의 결실이 일어난 경우가 그렇지 않은 경우보다 한우의 경제적 형질이 우수한 것으로 판단하는 단계를 포함하는 한우 경제적 형질 예측 방법을 제공하기 위한 것이다.Another object of the present invention includes the step of determining that the economic trait of Korean beef is superior to the case where deletion of the 33 to 46th base of the polynucleotide derived from the GALM gene represented by SEQ ID NO: 1 does not occur. It is intended to provide a method for predicting traits.

본 발명은 상기와 같은 문제점을 해결하기 위해 안출된 것으로,The present invention was made to solve the above problems,

본 발명은 서열번호 1로 표시되는 GALM(Galactose mutarotase) 유전자 유래 폴리뉴클레오티드의 33번 내지 46번째 염기서열의 결손 여부를 검출할 수 있는 한우 경제적 형질 예측용 프라이머 세트를 제공한다.The present invention provides a primer set for predicting economic traits in Korean cattle that can detect whether the polynucleotides derived from the GALM (Galactose mutarotase) gene represented by SEQ ID NO: 1 are deficient in the nucleotide sequences 33 to 46.

본 발명의 바람직한 일실시예에 따르면, 상기 프라이머 세트는 서열번호 2 및 3의 염기서열로 이루어질 수 있다. According to one preferred embodiment of the present invention, the primer set may consist of the nucleotide sequences of SEQ ID NOs: 2 and 3.

본 발명의 바람직한 다른 일실시예에 따르면, 상기 한우 경제적 형질은 한우의 등지방(back fat) 두께, 마블링 등급(MARB, marbling scores) 및 육질 등급 지수(MQGI, meat quality grade index)로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 특성일 수 있다.According to another preferred embodiment of the present invention, the economic characteristics of Korean beef are from the group consisting of back fat thickness, marbling scores (MARB) and meat quality grade index (MQGI) of Korean beef. It may be one or more properties selected.

본 발명의 바람직한 또 다른 일실시예에 따르면, 상기 한우는 제주도 한우일 수 있다. According to another preferred embodiment of the present invention, the Hanwoo may be Jeju-do Hanwoo.

또한, 본 발명은 서열번호 1로 표시되는 GALM(Galactose mutarotase) 유전자 유래 폴리뉴클레오티드의 33번 내지 46번째 염기서열의 결손 여부를 검출할 수 있는 한우 경제적 형질 예측용 프라이머 세트를 포함하는 한우 경제적 형질 예측용 조성물을 제공한다.In addition, the present invention provides a method for predicting economic traits in Hanwoo, including a primer set for predicting economic traits in Hanwoo that can detect whether the polynucleotides derived from the GALM (Galactose mutarotase) gene represented by SEQ ID NO: 1 are missing. It provides a composition for.

또한, 본 발명은 서열번호 1로 표시되는 GALM(Galactose mutarotase) 유전자 유래 폴리뉴클레오티드의 33번 내지 46번째 염기서열의 결손 여부를 검출할 수 있는 한우 경제적 형질 예측용 프라이머 세트를 포함하는 한우 경제적 형질 예측용 키트를 제공한다.In addition, the present invention provides a method for predicting economic traits in Hanwoo, including a primer set for predicting economic traits in Hanwoo that can detect whether the polynucleotides derived from the GALM (Galactose mutarotase) gene represented by SEQ ID NO: 1 are missing. Kit.

또한, 본 발명은 서열번호 1로 표시되는 GALM 유래 폴리뉴클레오티드에서 33번째 내지 36번째 염기가 AGGT 또는 ACTC인 염기서열의 변이를 포함하며 5 내지 1000개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 한우 경제적 형질 예측용 바이오마커를 제공한다.In addition, the present invention comprises a polynucleotide consisting of 5 to 1000 consecutive bases, comprising a variation of the base sequence in which the 33rd to 36th bases are AGGT or ACTC in the polynucleotide derived from GALM represented by SEQ ID NO: 1, or complements thereof It provides a biomarker for predicting the economic characteristics of Hanwoo, comprising a polynucleotide.

본 발명의 바람직한 일실시예에 따르면, 상기 바이오마커는 서열번호 1로 표시되는 GALM 유전자 유래 폴리뉴클레오티드의 33번 내지 46번째 염기서열의 결손 여부를 검출할 수 있는 한우 경제적 형질 예측용 프라이머 세트에 의해 증폭될 수 있다. According to a preferred embodiment of the present invention, the biomarker is a primer set for predicting economic traits in Korean cattle that can detect whether the polynucleotides 33 to 46 of the polynucleotide derived from the GALM gene represented by SEQ ID NO: 1 are defective. Can be amplified.

본 발명의 바람직한 일실시예에 따르면, 상기 한우 경제적 형질은 한우의 등지방 두께, 마블링 등급 및 육질 등급 지수로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 특성일 수 있다. According to a preferred embodiment of the present invention, the economic characteristics of Korean beef may be one or more characteristics selected from the group consisting of Korean beef's back fat thickness, marbling grade, and meat grade index.

본 발명의 바람직한 다른 일실시예에 따르면, 상기 한우는 제주도 한우일 수 있다. According to another preferred embodiment of the present invention, the Hanwoo may be Hanwoo, Jeju Island.

또한, 본 발명은 (a) 한우의 게놈 DNA를 추출하는 단계, (b) 상기 (a) 단계로부터 추출한 게놈 DNA를 주형으로, 서열번호 1로 표시되는 GALM 유전자 유래 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 다형성 부위를 증폭시키는 단계 및 (c) 상기 증폭된 다형성 부위의 염기서열을 결정하는 단계를 포함하는 한우 경제적 형질 예측 방법을 제공한다.In addition, the present invention (a) a step of extracting genomic DNA of Korean beef, (b) a genomic DNA extracted from step (a) as a template, a polynucleotide derived from the GALM gene represented by SEQ ID NO: 1 or a complementary polynucleotide thereof It provides a method for predicting economic traits of Hanwoo comprising amplifying a polymorphic site of and (c) determining a base sequence of the amplified polymorphic site.

본 발명의 바람직한 일실시예에 따르면, 상기 (c) 단계는 서열번호 1로 표시되는 GALM 유전자 유래 폴리뉴클레오티드의 33번 내지 46번째 염기의 결실이 일어난 경우가 그렇지 않은 경우보다 한우의 경제적 형질이 우수한 것으로 판단하는 것일 수 있다.According to a preferred embodiment of the present invention, the step (c) is better than the case where the deletion of the polynucleotides 33 to 46 of the polynucleotide derived from the GALM gene represented by SEQ ID NO: 1 does not occur, compared to the case where it is not. It may be judged as.

본 발명의 바람직한 또 다른 일실시예에 따르면, 상기 (c) 단계에서 서열번호 1로 표시되는 GALM 유전자 유래 폴리뉴클레오티드의 33번 내지 46번째 염기의 결실이 일어난 대립 유전자를 S로, 상기 폴리뉴클레오티드의 33번 내지 46번째 염기가 결실되지 않은 대립 유전자를 L로 표시하였을 때, S/S 형이 L/L 형 또는 L/S 형에 비해 한우의 경제적 형질이 우수한 것으로 판단할 수 있다.According to another preferred embodiment of the present invention, in the step (c), the allele in which the deletion of the polynucleotides 33 to 46 of the polynucleotide derived from the GALM gene represented by SEQ ID NO: 1 occurs in S, S of the polynucleotide When alleles in which the 33rd to 46th bases are not deleted are marked with L, it can be determined that the S/S type has superior economic characteristics of Korean cattle compared to the L/L type or L/S type.

본 발명의 바람직한 다른 일실시예에 따르면, 상기 한우 경제적 형질은 한우의 등지방 두께, 마블링 등급 및 육질 등급 지수로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 특성일 수 있다. According to another preferred embodiment of the present invention, the Hanwoo economic trait may be one or more characteristics selected from the group consisting of the Korean native cattle thickness, marbling grade and meat grade index.

본 발명의 바람직한 또 다른 일실시예에 따르면, 상기 한우는 제주도 한우일 수 있다.According to another preferred embodiment of the present invention, the Hanwoo may be Jeju-do Hanwoo.

본 발명의 프라이머 세트를 활용하면 한우의 경제적 형질을 효과적이고 실용적인 방법으로 예측할 수 있으며, 구체적으로 한우의 등지방 두께, 마블링 등급(MARB, marbling scores) 및 육질 등급 지수(MQGI, meat quality grade index)을 예측할 수 있다. Using the primer set of the present invention, the economic trait of Korean beef can be predicted by an effective and practical method, specifically, the thickness of the back fat of Korean beef, marbling scores (MARB) and meat quality grade index (MQGI) Can predict.

본 발명은 표현형 측정치에 근거한 기존의 기술보다 신속하게 예측이 가능하고, 이를 토대로 고품질의 한우 고기를 생산하는 종우의 선발이 가능하다.The present invention can be predicted more quickly than the existing technique based on phenotypic measurements, and based on this, it is possible to select the cattle that produce high-quality Korean beef meat.

도 1은 한우 GALM 유전자에서 14 bp 단편의 삽입 또는 결실에 따른 차이를 나타내는 PCR 실험 결과이다.
도 2는 GALM 유전자의 L 및 S의 대립형질 간 뉴클레오티드 서열을 비교하는 결과이다.
1 is a PCR experiment showing the difference according to the insertion or deletion of the 14 bp fragment in the Korean beef GALM gene.
2 is a result of comparing the nucleotide sequence between the alleles of L and S of the GALM gene.

이하, 본 발명을 보다 상세하게 설명한다. Hereinafter, the present invention will be described in more detail.

본 발명은 서열번호 1로 표시되는 GALM(Galactose mutarotase) 유전자 유래 폴리뉴클레오티드의 33번 내지 46번째 염기서열의 결손 여부를 검출할 수 있는 한우 경제적 형질 예측용 프라이머 세트를 제공한다.The present invention provides a primer set for predicting economic traits in Korean cattle that can detect whether the polynucleotides derived from the GALM (Galactose mutarotase) gene represented by SEQ ID NO: 1 are deficient in the nucleotide sequences 33 to 46.

본 발명에서, 서열번호 1의 염기서열로 이루어지는 GALM 유전자 유래 폴리뉴클레오티드는 한우의 등지방 두께, 마블링 등급 또는 육질 등급에 관여하는 유전자의 다형성 부위를 포함하는 다형성 서열(polymorphic sequence)로서, 다형성 서열이란 폴리뉴클레오티드 서열 중에 다형성 부위(polymorphic site)를 포함하는 서열을 의미한다. 상기 폴리뉴클레오티드 서열은 DNA 또는 RNA가 될 수 있다.In the present invention, the polynucleotide derived from the GALM gene consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 is a polymorphic sequence comprising a polymorphic region of a gene involved in the thickness of the back fat, marbling grade, or meat grade of Korean beef. It means a sequence comprising a polymorphic site in a polynucleotide sequence. The polynucleotide sequence may be DNA or RNA.

본 발명의 용어 "다형성(polymorphism)"이란, 하나의 유전자 좌위(locus)에 두 가지 이상의 대립유전자(allele)가 존재하는 경우를 의미하며 다형성 부위(polymorphic site) 중에서, 단일 염기만이 다른 것을 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism, SNP)이라 한다. 다형성 마커는 선택된 집단에서 1% 이상, 구체적으로는 5% 또는 10% 이상의 발생빈도를 나타내는 두 가지 이상의 대립유전자를 가질 수 있다. The term "polymorphism" of the present invention means a case where two or more alleles are present in one locus, and only one base is different among polymorphic sites. This is called single nucleotide polymorphism (SNP). Polymorphic markers can have two or more alleles that exhibit a frequency of occurrence of 1% or more, specifically 5% or 10% or more, in a selected population.

본 발명의 용어 "대립유전자(allele)"란, 상동염색체의 동일한 유전자 좌위에 존재하는 한 유전자의 여러 타입을 의미한다. 대립유전자는 다형성을 나타내는데 사용되기도 하며, 예컨대, SNP는 두 종류의 대립인자(biallele)를 갖는다. 본 발명에서 한우의 경제적 형질 판단 대상이 되는 GALM 유전자는 GALM 유전자 서열의 1265 내지 1278번째 염기서열, 서열번호 1로 표시되는 GALM 유전자 유래의 폴리뉴클레오티드의 33 내지 46번째 염기서열의 결실 여부에 따라 ‘L’또는 ‘S’로 나타난다. 구체적으로, 서열번호 4로 표시되는 14 bp의 염기서열이 삽입된 서열인 경우 ‘L’로 나타내고, 상기 서열번호 4로 표시되는 염기서열이 결실된 경우 ‘S’로 나타내며, 대립유전자 쌍의 조합에 따라 L/L, L/S 또는 S/S로 나타낼 수 있다. The term "allele" of the present invention refers to several types of a single gene located at the same locus of the homologous chromosome. Alleles are also used to indicate polymorphism, for example, SNPs have two types of alleles. In the present invention, the GALM gene to be subjected to economic traits of Korean cattle is determined by deletion of the 1265-1278th nucleotide sequence of the GALM gene sequence and the 33-46th nucleotide sequence of the polynucleotide derived from the GALM gene represented by SEQ ID NO:1. L'or'S'. Specifically, when the 14 bp base sequence represented by SEQ ID NO: 4 is an inserted sequence, it is represented by'L', and when the base sequence represented by SEQ ID NO: 4 is deleted, represented by'S', a combination of allelic pairs It can be represented by L/L, L/S or S/S depending on the type.

본 발명에서 용어, "프라이머 세트"란 상보적인 주형과 염기쌍(base pair)을 형성할 수 있고 템플레이트 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 핵산 서열을 의미한다. 프라이머 세트는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응(DNA 폴리머라아제 또는 역전사효소)을 위한 시약 및 상이한 4가지 뉴클레오사이드 트리포스페이트의 존재 하에서 DNA 합성을 개시할 수 있다. PCR 조건, 센스 및 안티센스 프라이머의 길이는 당업계에 공지된 것을 기초로 변형할 수 있다. 상기 프라이머 서열은 상기 다형성 마커를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드와 완전하게 상보적일 필요는 없으며, 혼성화 할 정도로 충분히 상보적이면 사용 가능하다. 또한, 프라이머는 변형시킬 수 있으며, 예를 들어 메틸화, 캡화, 뉴클레오티드의 치환 또는 뉴클레오티드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체(예: 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체(예: 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형이 있을 수 있다.In the present invention, the term "primer set" refers to a short nucleic acid sequence capable of forming a base pair with a complementary template and serving as a starting point for template strand copying. The primer set can initiate DNA synthesis in the presence of reagents for polymerization (DNA polymerase or reverse transcriptase) at appropriate buffers and temperatures and four different nucleoside triphosphates. PCR conditions, sense and antisense primer lengths can be modified based on those known in the art. The primer sequence need not be completely complementary to the polynucleotide containing the polymorphic marker or a complementary polynucleotide thereof, and can be used if it is sufficiently complementary to hybridize. In addition, primers can be modified, e.g. methylation, capping, substitution of nucleotides or modification between nucleotides, e.g. uncharged linkages (e.g. methyl phosphonate, phosphotriester, phosphoroamidate, Carbamate, etc.) or charged linkages (eg, phosphorothioate, phosphorodithioate, etc.).

본 발명에서 제공하는 프라이머 세트는 GALM 유전자 서열의 1265 내지 1278번째 염기서열, 서열번호 1로 표시되는 GALM 유전자 유래의 폴리뉴클레오티드의 33 내지 46번째 염기서열 또는 상기 서열 부위와 상동성이 인정되는 유전자를 증폭할 수 있도록 고안된 정방향과 역방향의 프라이머이다. 본 발명의 구체적인 실시에서는, 서열번호 2 및 3의 올리고뉴클레오티드를 가지는 프라이머 세트를 사용하였다.The primer set provided in the present invention is a 1265 to 1278 nucleotide sequence of the GALM gene sequence, a 33 to 46 nucleotide sequence of the polynucleotide derived from the GALM gene represented by SEQ ID NO: 1, or a gene whose homology with the sequence region is recognized. It is a forward and reverse primer designed to amplify. In a specific embodiment of the present invention, a primer set having oligonucleotides of SEQ ID NOs: 2 and 3 was used.

본 발명은 상기 프라이머 세트를 포함하는 한우 경제적 형질 예측용 조성물 또는 키트를 제공한다.The present invention provides a composition or kit for economical prediction of Hanwoo comprising the primer set.

본 발명의 조성물 또는 키트는 DNA 중합 효소, 반응 완충액(pH 및 마그네슘 농도는 다양), 데옥시뉴클레오타이드(dNTPs), Taq-폴리머라아제 및 역전사효소와 같은 효소, DNase, RNAse억제제, DEPC-수(DEPC-water), 멸균수 등을 포함할 수 있다. Compositions or kits of the present invention include DNA polymerase, reaction buffer (pH and magnesium concentrations vary), deoxynucleotides (dNTPs), enzymes such as Taq-polymerase and reverse transcriptase, DNase, RNAse inhibitor, DEPC-water ( DEPC-water), sterilized water, and the like.

또한, 본 발명의 키트는 PCR 산물의 증폭 여부를 확인할 수 있는 전기영동 수행에 필요한 구성 성분들을 추가로 포함할 수 있고, DNA 칩, 마이크로어레이 등으로 응용될 수 있다.In addition, the kit of the present invention may further include components necessary for performing electrophoresis capable of confirming whether or not the PCR product is amplified, and may be applied to a DNA chip, a microarray, or the like.

서열번호 1로 표시되는 GALM(Galactose mutarotase) 유전자 유래 폴리뉴클레오티드의 33번 내지 46번째 염기서열의 결손 여부를 검출할 수 있다.It is possible to detect whether the polynucleotides derived from the GALM (Galactose mutarotase) gene represented by SEQ ID NO: 1 are defective in the 33 to 46 nucleotide sequence.

하기 표 1에 따라, 서열번호 1로 표시되는 GALM 유전자 유래 폴리뉴클레오티드를 PCR을 통해 증폭시켰다.According to Table 1, a polynucleotide derived from the GALM gene represented by SEQ ID NO: 1 was amplified through PCR.

서열번호 2 또는 3으로 표시되는 폴리뉴클레오티드는 GALM 유전자를 증폭시키기 위해 PCR 실험에서 사용되는 프라이머 세트이다. The polynucleotide represented by SEQ ID NO: 2 or 3 is a primer set used in PCR experiments to amplify the GALM gene.

서열번호 4로 표시되는 폴리뉴클레오티드는 GALM 유전자의 3’에 삽입 또는 결실이 일어나는 14 bp 단편으로서 한우의 경제적 형질을 예측할 수 있다.The polynucleotide represented by SEQ ID NO: 4 is a 14 bp fragment in which insertion or deletion occurs in 3′ of the GALM gene, which can predict the economic trait of Korean cattle.

서열번호 1 내지 4의 폴리뉴클레오티드 서열Polynucleotide sequence of SEQ ID NO: 1-4 GALM 유전자 단편GALM gene fragment 서열번호 1SEQ ID NO: 1 TGATTTCCTTCCCAAAGACTGGCTCCAGGCCAGGTCTAATGACCAGCTCTCCTCTCTGTGAAGTGAAGGGGACTCAACCACCAATGTCACCCATCATCTCAGCCTTGATCCTAGCCCAGAAGTGGCACCTGGGCTCCATGTGTTGGCTCCATCTGTCCATTCTGCCCCTTTCTGATTTCCTTCCCAAAGACTGGCTCCAGGCCAGGTCTAATGACCAGCTCTCCTCTCTGTGAAGTGAAGGGGACTCAACCACCAATGTCACCCATCATCTCAGCCTTGATCCTAGCCCAGAAGTGGCACCTGGGCTCCATGTGTTGGCTCCATCTGTCCATTCTGCCCCTTTC bGALM Forward primerbGALM Forward primer 서열번호 2SEQ ID NO: 2 GATTTCCTTCCCAAAGACTGGCTGATTTCCTTCCCAAAGACTGGCT bGALM Riverse primerbGALM Riverse primer 서열번호 3SEQ ID NO: 3 AGAAAGGGGCAGAATGGACAGATAGAAAGGGGCAGAATGGACAGAT GALM 유전자 삽입/결실 단편GALM gene insertion/deletion fragment 서열번호 4SEQ ID NO: 4 GGTCTAATGACCAGGGTCTAATGACCAG

<실험 준비><Preparation for experiment>

1. DNA 추출1. DNA extraction

2013년 7월부터 2015년 6월까지 제주도의 제주 축산 협동 조합 도살장에서 한우 수송아지(steer) 857마리의 육류 표본을 채취하였다. DNeasy Blood & Tissue Kit(Qiagen GmbH, Hilden, Germany)를 사용하여 혈액 및 근육 샘플로부터 Genomic DNA(gDNA)를 분리하였고, 중합 효소 연쇄 반응(PCR)의 주형으로 사용하였다. From July 2013 to June 2015, 857 meat samples of Korean cattle steer were collected at the Jeju Livestock Cooperative Slaughterhouse in Jeju Island. Genomic DNA (gDNA) was isolated from blood and muscle samples using DNeasy Blood & Tissue Kit (Qiagen GmbH, Hilden, Germany) and used as a template for polymerase chain reaction (PCR).

2. PCR 및 유전자형질 분석(genotyping)2. PCR and genotyping

GALM의 유전자형은 PCR 분석에 의해 수행되었다. 한우 GALM 유전자의 158 또는 172 bp의 단편을 증폭하기 위해서 프라이머(primer)를 제작하였다. 158 또는 172 bp의 단편은 3’region(UTR)에 14 bp(서열번호 4)의 삽입 또는 결실에 의한 것이다.The genotype of GALM was performed by PCR analysis. Primers were prepared to amplify 158 or 172 bp fragments of Korean beef GALM gene. The fragment of 158 or 172 bp is obtained by insertion or deletion of 14 bp (SEQ ID NO: 4) into 3'region (UTR).

상기 단편은 cDNA 서열과 genomic DNA 서열을 비교한 예비 연구를 통해 한우 발현 유전자 단편(expressed sequence tag, EST) 데이터(dataset)에서 발견되었다. 상기 cDNA 서열(accession no. NM_001034795)은 National Center for Biotechnology Information(NCBI, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) 데이터베이스에서 얻었고, 상기 genomic DNA 서열(BTA 11: 21,040,425-21,095,033)은 Ensembl(http://asia.ensembl.org) 데이터베이스에서 얻었다.The fragment was found in a Korean native cattle expression gene fragment (EST) dataset through a preliminary study comparing cDNA sequence and genomic DNA sequence. The cDNA sequence (accession no.NM_001034795) was obtained from the National Center for Biotechnology Information (NCBI, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) database, and the genomic DNA sequence (BTA 11: 21,040,425-21,095,033) was obtained. Obtained from the Ensembl (http://asia.ensembl.org) database.

상기 SNP를 포함하는 GALM 유전자에 대한 프라이머를 디자인하였다. 정방향 프라이머는 bGALM_F(서열번호 2, 5'-GAT TTC CTT CCC AAA GAC TGG CT-3')이고 역방향 프라이머는 bGALM R(서열번호 3, 5'-AGA AAG GGG CAG AAT GGA CAG AT-3')이다.Primers for the GALM gene containing the SNP were designed. The forward primer is bGALM_F (SEQ ID NO: 2, 5'-GAT TTC CTT CCC AAA GAC TGG CT-3') and the reverse primer is bGALM R (SEQ ID NO: 3, 5'-AGA AAG GGG CAG AAT GGA CAG AT-3') to be.

PCR은 50 ng의 DNA, 0.5 nmole의 상기 프라이머 및 2 units의 Taq DNA 중합 효소(GenetBio, Daejeon, Korea)를 포함하는 반응 혼합물 20 ㎕를 사용하여 수행 하였다. PCR은 3분 동안의 95℃에서 초기 가열 후, 변성(denaturation)을 위해 94℃에서 30초 동안, 어닐링(annealing)을 위해 60℃에서 30초 동안, 중합을 위해 72℃에서 30초 동안 가열하는 사이클(cycle)로서, 총 35 사이클을 수행하였다. 마지막으로 5분 동안 72°에서 가열하였다. PCR 산물을 분리하고 2.5% agarose gel에서 유전자형을 결정하고 자외선 조사로 시각화하였다. PCR was performed using 20 µl of the reaction mixture containing 50 ng of DNA, 0.5 nmole of the primer and 2 units of Taq DNA polymerase (GenetBio, Daejeon, Korea). PCR is followed by initial heating at 95° C. for 3 minutes, then heating at 94° C. for 30 seconds for denaturation, 60° C. for 30 seconds for annealing, and 72° C. for polymerization for 30 seconds. As a cycle, a total of 35 cycles were performed. Finally heated at 72° for 5 minutes. The PCR product was isolated and genotyped on a 2.5% agarose gel and visualized by UV irradiation.

두 개의 대립 유전자 L 및 S는 PCR 생성물인 172 bp(대립형질 L) 및 158 bp(대립형질 S)를 비교하여 결정하였다. 각 유전자형(L/L, L/S 및 S/S)의 PCR 생성물은 DNA 서열(sequencing)을 통해 폴리뉴클레오티드 14 bp(서열번호 4)의 삽입 또는 결실을 확인하였다. The two alleles L and S were determined by comparing the PCR products 172 bp (allele L) and 158 bp (allele S). PCR products of each genotype (L/L, L/S and S/S) confirmed insertion or deletion of polynucleotide 14 bp (SEQ ID NO: 4) through DNA sequencing.

GALM 14 bp의 삽입 또는 결실 다형성(polymorphism) 대립 유전자 빈도는 CERVUS3.0.3 프로그램을 사용하여 계산하였다(Kalinowski 외, 2007). X2 값은 Yates' correction을 사용해 계산하였고, Hardy-Weinberg equilibrium은 Bonferroni correction을 사용하여 검사하였다. The frequency of insertion or deletion polymorphism allele of GALM 14 bp was calculated using the CERVUS3.0.3 program (Kalinowski et al., 2007). X 2 values were calculated using Yates' correction, and Hardy-Weinberg equilibrium was tested using Bonferroni correction.

3. 데이터 분석3. Data Analysis

도체 특성에는 체지방 무게(CW), 등지방 두께(BF), 눈 근육 영역(EMA), 마블링 점수(MARB), 육질 등급 지수(MGQI), 고기 색 지수(MC) 및 지방 색 지수(FC)가 있다. 사후 24 시간 내에 도체 데이터를 수집하였다. 육질 등급 지수(MGQI)란 통계 분석을 위해 육질 등급을 다음과 같이 변환한 값이다.Conductor properties include body fat weight (CW), dorsal fat thickness (BF), eye muscle area (EMA), marbling score (MARB), meat grade index (MGQI), meat color index (MC) and fat color index (FC). have. Conductor data was collected within 24 hours postmortem. The meat quality index (MGQI) is a value obtained by converting the meat quality as follows for statistical analysis.

MQGI 1은 MQG level 1++이고 마블링 점수가 8과 9로서 마블링 최고 등급이다. MQGI 2는 MQG level 1+이고 마블링 점수가 6과 7이며, MQGI 3은 MQG level 1이고 마블링 점수가 4와 5이다. MQGI 4는 MQG level 2이고 마블링 점수는 2와 3이다. MQGI 5는 MQG level 3이고 마블링 점수가 1로서 하위 등급이다. MQGI 1 is MQG level 1++ and has a marbling score of 8 and 9, the highest level of marbling. MQGI 2 is MQG level 1+, marbling scores 6 and 7, MQGI 3 is MQG level 1 and marbling scores 4 and 5. MQGI 4 is MQG level 2 and marbling scores are 2 and 3. MQGI 5 is MQG level 3 and has a marbling score of 1, which is the lower rank.

분산된 데이터에 대한 최소 자승법으로 형질과 유전자형을 통계적으로 분석하였고, 이를 위해 the General Linear Model procedure(PROC GLM) of SAS version 8.01 program package/PC(SAS, 1999)를 사용하였다. GALM 다형성 효과에 대한 하기 모델이 분석에 사용되었다.Traits and genotypes were statistically analyzed with the least squares method for scattered data, and for this, the General Linear Model procedure (PROC GLM) of SAS version 8.01 program package/PC (SAS, 1999) was used. The following model for the GALM polymorphic effect was used in the analysis.

Yij = μ + SNPi + εij Y ij = μ + SNP i + ε ij

Yij는 i번째 수송아지에서 관찰된 특성이고, μ는 개체군을 의미하며, SNP는 i번째 수송아지의 GALM 유전자형(L/L, L/S 및 S/S)을 나타내며, εij는 임의의 에러이다. PROC GLM의 Duncan 다범위 검정(multiple range test)을 사용하여 평균을 구분했다. 통계적 유의성은 P < 0.05 이내이다. Y ij is the characteristic observed in the i th calf, μ represents the population, SNP represents the GALM genotype (L/L, L/S and S/S) of the i th calf, and ε ij is any error . The means were separated using the Duncan multiple range test from PROC GLM. Statistical significance is within P <0.05.

실시예 1. 한우 집단의 GALM 유전자의 유전적 다형성Example 1. Genetic polymorphism of GALM gene in Korean cattle population

제주도 한우 개체군에서 GALM 유전자의 3'UTR 유전적 다형성인 세 가지 유전자형(L/L, L/S 및 S/S)이 발견되었다(도 1 참조). 한우 개체군에서 GALM 유전자형 빈도는 대립 유전자 분포를 나타낸다(표 2 참고). 하기 표 2에 따르면 한우는 L 대립 형질(0.232)에 비해 S 대립 형질(0.768)의 발현빈도가 더 높다.Three genotypes (L/L, L/S, and S/S) of the 3'UTR genetic polymorphism of the GALM gene were found in the Hanwoo population in Jeju Island (see Fig. 1). The GALM genotype frequency in the Korean cattle population represents the allele distribution (see Table 2). According to Table 2 below, Korean beef has a higher expression frequency of the S allele (0.768) than the L allele (0.232).

DNA 서열 분석 결과의 다중 정렬을 통해, 14 bp 단편(서열번호 4, 5’’이 GALM 유전자의 1265 내지 1278번째 염기 또는 서열번호 1로 표시되는 GALM 유전자 유래의 폴리뉴클레오티드의 33 내지 46번째 염기에 삽입 또는 결실 되는 것을 알 수 있다(도 2 참조).Through multiple alignments of DNA sequence analysis results, 14 bp fragments (SEQ ID NOs: 4, 5'' are assigned to the 1265-1278th base of the GALM gene or the 33-46th base of the polynucleotide derived from the GALM gene represented by SEQ ID NO:1) It can be seen that the insertion or deletion (see Figure 2).

한우의 GALM 유전자의 유전자형 빈도와 유전적 다양성 매개 변수Genotype frequency and genetic diversity parameters of Korean cattle GALM gene BreedBreed GenotypeGenotype 동물 수Number of animals AlleleAllele XX 22
(HWE)(HWE)
DiversityDiversity
parameterparameter
한우Hanwoo L/LL/L L/SL/S S/SS/S 857857 LL SS N.D.N.D. HoHo HeHe PICPIC 0.1630.163 0.1420.142 0.7060.706 0.2320.232 0.7680.768 0.1410.141 0.3560.356 0.2930.293

(HWE는 Hardy-Weinberg equilibrium을 의미하고, N.D.(not determined)는 결과값이 도출되지 않은 것을 의미한다. Ho는 관측된 이형접합성(observed heterozygosity)이고, He는 예측한 이형접합성(expected heterozygosity)이며, PIC는 polymorphic information content을 의미한다.)(HWE stands for Hardy-Weinberg equilibrium, and ND (not determined) means that the result is not derived. Ho is the observed heterozygosity, and He is the predicted heterozygosity. , PIC stands for polymorphic information content.)

실시예 2. GALM 유전자형과 도체 형질 간의 연관성Example 2. Association between GALM genotype and conductor trait

GALM 유전자형과 도체 형질 간의 연관성을 실험한 결과, S/S 유전자형은 L/L 및 L/S 유전자형에 비해 등지방 두께(BF)가 상당히 낮았고, 마블링 점수(MARB) 및 육질 등급 지수(MGQI)가 더 높았다(p < 0.05, 표 3 참조). 체지방 무게(CW), 눈 근육 영역(EMA), 고기 색 지수(MC) 또는 지방 색 지수(FC)에서는 유의한 연관성이 발견되지 않았다(p > 0.05). As a result of testing the association between the GALM genotype and the carcass trait, the S/S genotype had significantly lower back fat thickness (BF) compared to the L/L and L/S genotypes, and a marbling score (MARB) and a meat quality index (MGQI). Higher (p <0.05, see Table 3). No significant association was found in body fat weight (CW), eye muscle area (EMA), meat color index (MC) or fat color index (FC) (p> 0.05).

구체적으로 GALM S/S 유전자형의 동물은 L/L 유전자형 동물(13.49 ±4.938 mm)과 L/S 유전자형 동물(13.89 ±5.258 mm)보다 약 1.00 mm 얇은 12.55 ±3.919 mm의 등지방 두께(BF)를 가졌다. 이는 GALM 유전자의 3'UTR에서 14 bp의 단편의 삽입 또는 결실이 피하 지방 조직의 지방 축적에 영향을 미친다는 것을 의미한다. Specifically, animals of the GALM S/S genotype have a dorsal thickness (BF) of 12.55 ±3.919 mm, which is about 1.00 mm thinner than the L/L genotype animals (13.49 ±4.938 mm) and L/S genotype animals (13.89 ±5.258 mm). Had. This means that the insertion or deletion of a 14 bp fragment in the 3'UTR of the GALM gene affects fat accumulation in subcutaneous adipose tissue.

반면에, S/S 유전자형 동물의 마블링 점수(MARB) 수준(5.83 ±2.066)은 L/L 유전자형 동물(5.39 ±2.066)과 L/S 유전자형 동물(5.31 ±2.109)보다 높았다. 이는 GALM 유전자의 유전자형이 배측 최장근(longissimus dorsi)의 내부 근육에 지방을 축적시킨다는 것을 나타낸다. On the other hand, the level of marbling score (MARB) of S/S genotype animals (5.83 ±2.066) was higher than that of L/L genotype animals (5.39 ±2.066) and L/S genotype animals (5.31 ±2.109). This indicates that the genotype of the GALM gene accumulates fat in the internal muscles of the dorsal longissimus dorsi.

육질 관련 형질인 육질 등급 지수(MGQI) 역시 GALM 유전자형에서 유의미한 차이를 보였다(p <0.05). GALM S/S 유전자형 수송아지의 MQGI의 수준(3.66 ±1.1013)은 L/L 유전자형 수송아지(3.46 ±1.049) 및 L/S 유전자형 수송아지(3.43 ±1.052)보다 높았다. The meat quality trait, the meat quality index (MGQI), also showed a significant difference in the GALM genotype (p <0.05). The level of MQGI (3.66 ±1.1013) of GALM S/S genotype calf was higher than that of L/L genotype calf (3.46 ±1.049) and L/S genotype calf (3.43 ±1.052).

Figure pat00001
Figure pat00001

(a,b,c 통계적 유의성이 인정됨, P < 0.05)(a,b,c statistical significance is recognized, P <0.05)

이상의 상세한 설명은 본 발명을 예시하는 것이다. 또한 전술한 내용은 본 발명의 바람직한 실시 형태를 나타내어 설명하는 것이며, 본 발명은 다양한 다른 조합, 변경 및 환경에서 사용할 수 있다. 즉 본 명세서에 개시된 발명의 개념의 범위, 저술한 개시 내용과 균등한 범위 및/또는 당업계의 기술 또는 지식의 범위 내에서 변경 또는 수정이 가능하다. 전술한 실시예는 본 발명의 기술적 사상을 구현하기 위한 최선의 상태를 설명하는 것이며, 본 발명의 구체적인 적용 분야 및 용도에서 요구되는 다양한 변경도 가능하다. 따라서 이상의 발명의 상세한 설명은 개시된 실시 상태로 본 발명을 제한하려는 의도가 아니다. 또한 첨부된 청구범위는 다른 실시 상태도 포함하는 것으로 해석되어야 한다.The above detailed description is to illustrate the present invention. In addition, the above-described content is to describe and describe preferred embodiments of the present invention, and the present invention can be used in various other combinations, modifications and environments. That is, it is possible to change or modify the scope of the concept of the invention disclosed herein, the scope equivalent to the disclosed contents, and/or the scope of the art or knowledge in the art. The above-described embodiments describe the best state for realizing the technical spirit of the present invention, and various changes required in specific application fields and uses of the present invention are possible. Therefore, the detailed description of the above invention is not intended to limit the present invention to the disclosed embodiments. In addition, the appended claims should be construed to include other embodiments.

<110> THE FOUNDATION OF AG. TECH. COMMERCIALIZATION AND TRANSFER <120> Method for?predicting economic traits in Hanwoo with GALM gene <130> 1062421 <160> 4 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 172 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> GALM gene fragment <400> 1 tgatttcctt cccaaagact ggctccaggc caggtctaat gaccagctct cctctctgtg 60 aagtgaaggg gactcaacca ccaatgtcac ccatcatctc agccttgatc ctagcccaga 120 agtggcacct gggctccatg tgttggctcc atctgtccat tctgcccctt tc 172 <210> 2 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> bGALM Forward primer <400> 2 gatttccttc ccaaagactg gct 23 <210> 3 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> bGALM Riverse primer <400> 3 agaaaggggc agaatggaca gat 23 <210> 4 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> GALM gene insertion / deletion fragment <400> 4 ggtctaatga ccag 14 <110> THE FOUNDATION OF AG. TECH. COMMERCIALIZATION AND TRANSFER <120> Method for?predicting economic traits in Hanwoo with GALM gene <130> 1062421 <160> 4 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 172 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> GALM gene fragment <400> 1 tgatttcctt cccaaagact ggctccaggc caggtctaat gaccagctct cctctctgtg 60 aagtgaaggg gactcaacca ccaatgtcac ccatcatctc agccttgatc ctagcccaga 120 agtggcacct gggctccatg tgttggctcc atctgtccat tctgcccctt tc 172 <210> 2 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> bGALM Forward primer <400> 2 gatttccttc ccaaagactg gct 23 <210> 3 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> bGALM Riverse primer <400> 3 agaaaggggc agaatggaca gat 23 <210> 4 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> GALM gene insertion / deletion fragment <400> 4 ggtctaatga ccag 14

Claims (15)

열번호 1로 표시되는 GALM(Galactose mutarotase) 유전자 유래 폴리뉴클레오티드의 33번 내지 46번째 염기서열의 결손 여부를 검출할 수 있는 한우 경제적 형질 예측용 프라이머 세트.Primer set for predicting economic feasibility of Korean cattle that can detect whether the polynucleotides derived from the GALM (Galactose mutarotase) gene represented by column number 1 are defective in the 33 to 46 nucleotide sequence. 제1항에 있어서,
상기 프라이머 세트는 서열번호 2 및 3의 염기서열로 이루어지는 것을 특징으로 하는 한우 경제적 형질 예측용 프라이머 세트.
According to claim 1,
The primer set is a primer set for predicting economic traits in Hanwoo, characterized in that it consists of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2 and 3.
제1항에 있어서,
상기 한우 경제적 형질은 한우의 등지방(back fat) 두께, 마블링 등급(MARB, marbling scores) 및 육질 등급 지수(MQGI, meat quality grade index)로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 특성인 것을 특징으로 하는 한우 경제적 형질 예측용 프라이머 세트.
According to claim 1,
The Hanwoo economic trait is Hanwoo economic, characterized in that at least one characteristic selected from the group consisting of the back fat thickness, marbling scores (MARB, marbling scores) and meat quality grade index (MQGI) Primer set for trait prediction.
제1항에 있어서,
상기 한우는 제주도 한우인 것을 특징으로 하는 한우 경제적 형질 예측용 프라이머 세트.
According to claim 1,
The Hanwoo is a primer set for predicting economic traits of Hanwoo, characterized in that it is Jeju-do.
제1항 내지 제4항 중 어느 한 항의 프라이머 세트를 포함하는 한우 경제적 형질 예측용 조성물.A composition for predicting economic traits in Korean cattle, comprising the primer set of any one of claims 1 to 4. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항의 프라이머 세트를 포함하는 한우 경제적 형질 예측용 키트.A kit for predicting economic traits of Hanwoo comprising the primer set of any one of claims 1 to 4. 서열번호 1로 표시되는 GALM 유래 폴리뉴클레오티드에서 33번째 내지 36번째 염기가 AGGT 또는 ACTC인 염기서열의 변이를 포함하며 5 내지 1000개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 한우 경제적 형질 예측용 바이오마커.The polynucleotide consisting of 5 to 1000 contiguous bases, and a complementary polynucleotide thereof, comprising a variation of the base sequence in which the 33rd to 36th bases are AGGT or ACTC in the polynucleotide derived from GALM represented by SEQ ID NO: 1 A biomarker for predicting economic traits of Hanwoo. 제7항에 있어서,
상기 바이오마커는 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항의 프라이머 세트에 의해 증폭되는 것을 특징으로 하는 바이오마커.
The method of claim 7,
The biomarker is characterized in that it is amplified by the primer set of any one of claims 1 to 4.
제7항에 있어서,
상기 한우 경제적 형질은 한우의 등지방 두께, 마블링 등급 및 육질 등급 지수로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 특성인 것을 특징으로 하는 한우 경제적 형질 예측용 바이오마커.
The method of claim 7,
The Hanwoo economic trait is a biomarker for predicting Hanwoo economic trait, characterized in that at least one characteristic selected from the group consisting of the back fat thickness, marbling grade and meat grade index of Korean beef.
제7항에 있어서,
상기 한우는 제주도 한우인 것을 특징으로 하는 한우 경제적 형질 예측용 바이오마커.
The method of claim 7,
The Hanwoo is a biomarker for predicting economic traits of Hanwoo, characterized in that it is Jeju-do.
(a) 한우의 게놈 DNA를 추출하는 단계;
(b) 상기 (a) 단계로부터 추출한 게놈 DNA를 주형으로, 서열번호 1로 표시되는 GALM 유전자 유래 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 다형성 부위를 증폭시키는 단계; 및
(c) 상기 증폭된 다형성 부위의 염기서열을 결정하는 단계를 포함하는 한우 경제적 형질 예측 방법.
(A) extracting genomic DNA of Korean beef;
(b) amplifying the polymorphic site of the polynucleotide derived from the GALM gene represented by SEQ ID NO: 1 or a complementary polynucleotide thereof, using the genomic DNA extracted from the step (a) as a template; And
(c) Hanwoo economic trait prediction method comprising the step of determining the base sequence of the amplified polymorphic site.
제11항에 있어서,
상기 (c) 단계는 서열번호 1로 표시되는 GALM 유전자 유래 폴리뉴클레오티드의 33번 내지 46번째 염기의 결실이 일어난 경우가 그렇지 않은 경우보다 한우의 경제적 형질이 우수한 것으로 판단하는 한우 경제적 형질 예측 방법.
The method of claim 11,
The step (c) is a method for predicting economic traits of Hanwoo, which is determined to have superior economic traits of Korean cattle than those where deletion of the 33 to 46th base of the polynucleotide derived from the GALM gene represented by SEQ ID NO: 1 did not occur.
제11항에 있어서,
상기 (c) 단계에서 서열번호 1로 표시되는 GALM 유전자 유래 폴리뉴클레오티드의 33번 내지 46번째 염기의 결실이 일어난 대립 유전자를 S로, 상기 폴리뉴클레오티드의 33번 내지 46번째 염기가 결실되지 않은 대립 유전자를 L로 표시하였을 때, S/S 형이 L/L 형 또는 L/S 형에 비해 한우의 경제적 형질이 우수한 것으로 판단하는 한우 경제적 형질 예측 방법.
The method of claim 11,
In the step (c), the allele in which the deletion of the polynucleotides 33 to 46 of the polynucleotide derived from the GALM gene represented by SEQ ID NO: 1 occurs is S, and the allele in which the polynucleotides 33 to 46 of the polynucleotide is not deleted When denoted by L, the S/S type is a method for predicting the economic trait of Hanwoo, which determines that the economic trait of Korean beef is superior to that of L/L or L/S.
제11항에 있어서,
상기 한우 경제적 형질은 한우의 등지방 두께, 마블링 등급 및 육질 등급 지수로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 특성인 것을 특징으로 하는 한우 경제적 형질 예측 방법.
The method of claim 11,
The method for predicting the economic characteristics of Korean cattle is characterized in that the Hanwoo economic trait is one or more characteristics selected from the group consisting of Korean beef's back fat thickness, marbling grade, and meat grade index.
제11항에 있어서,
상기 한우는 제주도 한우인 것을 특징으로 하는 한우 경제적 형질 예측 방법.
The method of claim 11,
The Hanwoo is a method for predicting economic traits of Hanwoo, characterized in that it is Jeju-do.
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* Cited by examiner, † Cited by third party
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* Cited by examiner, † Cited by third party
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Non-Patent Citations (2)

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Genome, 2018.08., Vol. 61, No. 8, pp. 549-558* *
NCBI Reference Sequence : NM_001034795.1* *

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