KR20200051587A - 미생물과 관련된 맹장-관련 컨디션에 대한 특성화를 위한 방법 및 시스템 - Google Patents

미생물과 관련된 맹장-관련 컨디션에 대한 특성화를 위한 방법 및 시스템 Download PDF

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제시카 리치맨
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카탈리나 발디비아
인티 페드로소
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Abstract

하나 이상의 맹장-관련 컨디션을 특성화하기 위한 방법 및/또는 시스템의 구현은 대상자 세트와 관련된 미생물 데이터세트를 결정하는 단계; 및/또는 미생물 데이터세트에 기초하여 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 특성화 프로세스를 수행하는 단계를 포함할 수 있으며, 여기서 특성화 프로세스를 수행하는 단계는 추가적으로 또는 대안적으로 하나 이상의 맹장-관련 컨디션에 대한 맹장-관련 특성화 프로세스를 수행하는 단계 및/또는 하나 이상의 요법을 결정하는 단계를 포함할 수 있다.

Description

미생물과 관련된 맹장-관련 컨디션에 대한 특성화를 위한 방법 및 시스템
관련 출원에 대한 상호 참조
본 출원은 2017년 7월 18일에 출원된 미국 가출원 시리얼 번호 62/533,816의 우선권을 주장하며, 이는 본 명세서에 참조로 포함된다.
본 출원은 2017년 5월 26일에 출원된 미국 출원 시리얼 번호 15/606,743에 관한 것으로, 이는 2015년 8월 21일에 출원된 미국 출원 시리얼 번호 14/919,614의 계속 출원이며, 이는 2014년 8월 21일에 출원된 미국 가출원 시리얼 번호 62/066,369, 2014년 12월 4일에 출원된 미국 가출원 시리얼 번호 62/087,551, 2014년 12월 17일에 출원된 미국 가출원 시리얼 번호 62/092,999, 2015년 4월 14일에 출원된 미국 가출원 시리얼 번호 62/147,376, 2015년 4월 14일에 출원된 미국 가출원 시리얼 번호 62/147,212, 2015년 4월 14일에 출원된 미국 가출원 시리얼 번호 62/147,362, 2015년 4월 13일에 출원된 미국 가출원 시리얼 번호 62/146,855, 및 2015년 8월 18일에 출원된 미국 가출원 시리얼 번호 62/206,654의 우선권을 주장하며, 이들은 각각 본원에 참조로 포함된다.
기술분야
본 발명은 일반적으로 유전체학 및 미생물학에 관한 것이다.
마이크로바이옴(microbiome)은 유기체와 관련된 커멘설(commensal), 공생(symbiotic), 및 병원성 미생물의 생태 공동체를 포함할 수 있다. 인간의 마이크로바이옴의 특성화는 복잡한 프로세스이다. 인간의 마이크로바이옴은 인간 세포보다 10배 더 많은 미생물 세포를 포함하지만, 인간의 마이크로바이옴의 특성화는 샘플 프로세싱 기술, 유전자 분석 기술 및 대량의 데이터를 프로세싱하기 위한 자원의 한계로 인해 여전히 초기 단계에 있다. 현재의 지식은 여러 건강 컨디션과의 마이크로바이옴 연관의 역할을 명확하게 확립했으며, 인간 질병 발달에 대한 숙주 유전적 및 환경적 요인의 증가적으로 인식된 매개자가 되었다. 마이크로바이옴은 다수의 건강/질병-관련 상태에서 적어도 부분적인 역할을 하는 것으로 의심된다. 또한, 마이크로바이옴은 인간, 식물 및/또는 동물 건강에 대한 환경적 요인의 영향을 매개할 수 있다. 사용자의 건강에 영향을 미치는 마이크로바이옴의 깊은 의미를 고려하면, 마이크로바이옴의 특성화와 관련된 노력, 특성화로부터 통찰력의 생성 및 장내 세균 불균형(dysbiosis)의 상태를 교정하도록 구성된 치료제의 생성이 추구되어야 한다. 그러나, 인간의 마이크로바이옴을 분석하고 그리고/또는 얻은 통찰력에 기초한 치료적 조치를 제공하기 위한 방법 및 시스템은 많은 의문에 답하지 못하였다.
따라서, 미생물학 분야에서, 개별화 및/또는 전체 인구범위에 대한 사용을 위한 것과 같이, 하나 이상의 미생물-관련 건강 컨디션에서의 특성화, 모니터링, 진단 및/또는 개입을 위한 새롭고 유용한 방법 및/또는 시스템이 필요하다.
도 1a-1b는 방법 구현의 변형의 흐름도이며;
도 2는 방법 및 시스템의 구현을 도시한 것이며;
도 3은 방법의 구현에서 특성화 모델의 생성을 위한 프로세스의 변형을 도시한 것이며;
도 4는 방법의 구현에서 프로바이오틱-기반 요법이 작동하는 메커니즘의 변형을 도시한 것이며;
도 5는 방법의 구현에서 샘플 프로세싱의 변형을 도시한 것이며;
도 6은 통지 제공(notification provision)의 예를 도시한 것이며;
도 7은 방법의 구현의 변형의 개략도를 도시한 것이며;
도 8a-8b는 모델로 특성화 프로세스를 수행하는 변형을 도시한 것이며;
도 9는 방법의 구현에서 요법을 촉진하는 것을 도시한 것이다.
이하의 구현들의 설명은 구현들을 한정하려는 것이 아니라, 어느 당업자가 만들고 사용할 수 있게 하기 위한 것이다.
1. 개요
도 1a-1b에 도시된 바와 같이, 하나 이상의 맹장(appendix)-관련 컨디션을 특성화하기 위한 방법(100)의 구현은: 사용자의 세트와 관련된(예를 들어, 미생물 서열 데이터세트, 미생물 서열 데이터세트에 기반한 것과 같은 마이크로바이옴 조성 다양성 데이터세트, 미생물 서열 데이터세트에 기반한 것과 같은 미생물 기능성 다양성 데이터세트 등) 미생물 데이터세트를 결정하는 단계(예를 들어, 대상자의 세트로부터 샘플에 기반한 미생물 데이터세트를 결정하는 단계)(S110); 및/또는 미생물 데이터세트에 기초하여(예를 들어, 미생물 데이터세트로부터 유래되고 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 마이크로바이옴 조성 특징 및/또는 마이크로바이옴 기능적 특징 등에 기초하여), 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 특성화 프로세스를 수행하는 단계(예를 들어, 프리-프로세싱, 특징 결정, 특징 프로세싱, 맹장-관련 특성화 모델 프로세싱 등)(S130)를 포함할 수 있으며, 여기서 특성화 프로세스를 수행하는 단계는 추가적으로 또는 대안적으로, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션에 대한 맹장-관련 특성화 프로세스를 수행하는 단계(S135), 및/또는 하나 이상의 요법을 결정하는 단계(예를 들어, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션의 위험을 예방, 개선, 감소시키고 그리고/또는 그렇지 않으면 하나 이상의 맹장-관련 컨디션을 향상시키기 위한 요법을 결정하는 단계 등)(S140)을 포함할 수 있다.
상기 방법(100)의 구현은 추가적으로 또는 대안적으로, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 보충 데이터(supplementary data)(정보; 설명; 표지; 상관성 등)를 프로세싱하는 단계(S120); 사용자(예를 들어, 대상자, 인간, 동물, 환자 등)와 관련된 하나 이상의 생물학적 샘플을 프로세싱하는 단계(S150); 하나 이상의 특성화 프로세스로, 사용자의 생물학적 샘플과 관련된 사용자 미생물 데이터세트(예를 들어, 사용자 미생물 서열 데이터세트; 사용자 마이크로바이옴 조성 데이터세트; 사용자 마이크로바이옴 기능 데이터세트; 사용자 미생물 데이터세트로부터 유래된 사용자 마이크로바이옴 특징(여기서 사용자 마이크로바이옴 특징은 하나 이상의 특성화 프로세스로부터 결정된 마이크로바이옴 특징에 대한 특징 값에 상응할 수 있음) 등)에 기초하여, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션에 대해 사용자에 대한 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계(S160); (예를 들어, 맹장-관련 특성화 및/또는 요법 모델 등에 기초하여) 사용자에 대한 하나 이상의 맹장-관련 컨디션에 대한 치료적 개입을 용이하게 하는 단계(S170); 하나 이상의 요법의 효과를 모니터링하거나 그리고/또는 (예를 들어, 사용자로부터 일련의 생물학적 샘플을 프로세싱하는 것에 기초하여) 사용자에 대해 다른 적절한 구성 요소들(예를 들어, 마이크로바이옴 특성 등)을, 시간 경과에 따라 모니터링하는 단계(예를 들어, 시간 경과에 따라 사용자에 대해, 요법과 관련된 사용자 마이크로바이옴 조성 특징 및/또는 기능적 특징과 같은 사용자 마이크로바이옴 특성을 평가하는 것과 같은)(S180); 및/또는 어느 다른 적절한 프로세스 중 하나 이상을 포함할 수 있다.
특정 예로, 상기 방법(100)은, 대상자 세트와 관련된 샘플로부터의 미생물 핵산에 기초하여, 대상자 세트(예를 들어, 맹장-관련 컨디션을 가진 환자를 포함함; 맹장-관련 컨디션을 갖지 않는 환자를 포함함(여기서 이러한 대상자들과 관련된 샘플 및/또는 데이터는 컨트롤로서 작용할 수 있음) 등)와 관련된 미생물 서열 데이터세트를 결정하는 단계로서, 여기서 샘플은 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 적어도 하나의 샘플을 포함하는, 미생물 서열 데이터세트를 결정하는 단계; 대상자 세트에 대해, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 보충 데이터를 수집하는 단계; 미생물 서열 데이터세트에 기초하여, 마이크로바이옴 조성물 특징의 세트 및 마이크로바이옴 기능적 특징의 세트 중 적어도 하나를 포함하는 마이크로바이옴 특징의 세트를 결정하는 단계; 보충 데이터 및 마이크로바이옴 특징의 세트에 기초하여 맹장-관련 특성화 모델을 생성하는 단계로서, 여기서 맹장-관련 특성화 모델은 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련되는, 맹장-관련 특성화 모델을 생성하는 단계; 맹장-관련 특성화 모델에 기초하여 하나 이상의 맹장-관련 컨디션에 대해 사용자에 대한 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계; 및 맹장-관련 특성화에 기초하여 하나 이상의 맹장 관련 컨디션에 대해 사용자에 대한 치료적 개입을 용이하게 하는 단계(예를 들어, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션의 향상을 용이하게 하기 위해 사용자에게 요법을 제공하는 단계 등)를 포함할 수 있다.
특정 예로, 상기 방법(100)은 (예를 들어, 샘플 키트 제공 및 수집 등을 통해) 사용자로부터 샘플을 수집하는 단계로서, 여기서 샘플은 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 미생물에 상응하는 미생물 핵산을 포함하는, 샘플을 수집하는 단계; 샘플의 미생물 핵산에 기초하여(예를 들어, 샘플 제조 및/또는 샘플을 이용한 시퀀싱 등에 기초하여) 사용자와 관련된 미생물 데이터세트를 결정하는 단계; 미생물 데이터세트에 기초하여 (예를 들어, 사용자 마이크로바이옴 조성 특징 및 사용자 마이크로바이옴 기능적 특징 등 중 적어도 하나를 포함하는) 마이크로바이옴 특징을 결정하는 단계로서, 여기서 사용자 마이크로바이옴 특징은 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련되는, 마이크로바이옴 특징을 결정하는 단계; 사용자 마이크로바이옴 특징에 기초하여 하나 이상의 맹장-관련 컨디션에 대해 사용자에 대한 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계; 및/또는 맹장-관련 특성화에 기초하여, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션의 향상을 용이하게 하기 위해 사용자에 대한 요법과 관련된 치료적 개입을 용이하게 하는 단계(예를 들어, 사용자에게 요법을 촉진시키는 단계 등)를 포함할 수 있다.
상기 방법(100) 및/또는 시스템(200)의 구현은 하나 이상의 맹장-관련 컨디션(예를 들어, 맹장-관련 컨디션과 상관적인 마이크로바이옴 특징 및/또는 그렇지 않으면 맹장-관련 컨디션과 관련된 마이크로바이옴 특징을 결정하는 것과 같이, 맹장-관련 컨디션 자체를 특성화하는 것; 하나 이상의 사용자에 대해 하나 이상의 맹장-관련 컨디션에 대한 경향 메트릭스(propensity metrics)를 결정하는 것과 같이, 하나 이상의 사용자에 대해 하나 이상의 맹장-관련 컨디션을 특성화하는 것 등) 및/또는 하나 이상의 맹장-관련 컨디션에 대해 하나 이상의 사용자를 특성화하도록(예를 들어, 결정, 평가, 진단, 기술하는 등) 기능할 수 있다.
추가적으로 또는 대안적으로, 상기 방법(100) 및/또는 시스템(200)의 구현은 바이오마커로서 사용하기 위한 것과 같이(예를 들어, 진단 프로세스용, 치료 프로세스 용 등), 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 마이크로바이옴 특징 및/또는 다른 적절한 데이터(예를 들어, 이와 긍정적으로 상관적인, 부정적으로 상관적인 것 등)를 식별하도록 기능할 수 있다. 예로서, 맹장-관련 특성화는 마이크로바이옴 조성(예를 들어, 마이크로바이옴 조성 다양성 등), 마이크로바이옴 기능(예를 들어, 마이크로바이옴 기능적 다양성 등), 및/또는 다른 적절한 마이크로바이옴-관련 견지 중 적어도 하나 이상과 관련될 수 있다. 예로서, 미생물 특징(예를 들어, 조성 설명, 기능, 및/또는 하나 이상의 맹장-관련 컨디션을 나타내는 대상자 등에 대한 것과 같이, 사용자의 마이크로바이옴에 존재하는 미생물의 상대적 풍부도와 관련된 것과 같은 인식가능한 패턴의 다양성) 및/또는 미생물 데이터세트(예를 들어, 이로부터 마이크로바이옴 특징이 유래될 수 있는 것 등)가 바이오인포매틱스 파이프라인, 분석 기술, 및/또는 본원에 기술된 이외의 적절한 접근법을 사용하는 것에 의한 것과 같이, 특성화(예를 들어, 진단, 위험 평가 등), 치료적 개입 촉진, 모니터링, 및/또는 다른 적절한 목적을 위해 사용될 수 있다. 추가적으로 또는 대안적으로, 상기 방법(100) 및/또는 시스템(200)의 구현은, 사용자를 특성화하고(예를 들어, 진단, 이와 관련된 정보 제공 등) 그리고/또는 치료하는 맥락에서와 같이, (예를 들어, 상이한 맹장-관련 컨디션들 사이의 상관성, 공분산(covariance), 동반질병(comorbidity), 및/또는 다른 적절한 관계와 같이, 다수의 맹장-관련 컨디션에 대한 특성화 프로세스를 수행하는 것과 같이) 다수의 맹장-관련 컨디션에 대한 교차-컨디션 분석을 수행하기 위해 기능할 수 있다.
추가적으로 또는 대안적으로, 구현은 관련 요법의 촉진을 통해서와 같이(예를 들어, 내장 부위, 피부 부위, 코 부위, 입 부위, 생식기 부위, 다른 적절한 신체 부위와 같은 특정 신체 부위, 상이한 수집 부위; 요법 모델에 의해 결정되는 요법 등과 관련되어), 하나 이상의 맹장-관련 컨디션에 대한 치료적 개입(예를 들어, 요법 선택; 요법 촉진 및/또는 제공; 요법 모니터링; 요법 평가 등)을 용이하게 하도록 기능할 수 있다. 추가적으로 또는 대안적으로, 구현은 (예를 들어, 사용자 마이크로바이옴 특징; 임상 진단으로서, 동반 진단(companion diagnostic) 등으로서) 사용자의 마이크로바이옴에 기초하여 사용자를 특성화하고 그리고/또는 진단하는 데 사용될 수 있으며, 그리고/또는 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련되어 대상자를 위한 요법을 선택 및/또는 제공하는 데 사용될 수 있는 모델과 같은 (예를 들어, 표현형 예측을 위한 것과 같은 맹장-관련 특성화; 요법 결정을 위한 것과 같은 요법 모델; 특징 프로세스를 위한 것과 같은 기계 학습 모델 등과 같이) 모델을 생성하도록 기능할 수 있다. 추가적으로 또는 대안적으로, 구현은 본원에 기술된 어느 적절한 기능성을 수행할 수 있다.
이와 같이, 사용자의 집단(예를 들어, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 대상자의 집단; 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 긍정적 또는 부정적으로 상관된 대상자의 집단 등)으로부터의 데이터는, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 것과 같이, 미생물-관련 건강 상태 및/또는 향상 영역을 나타내기 위하여, 그리고/또는 치료적 개입을 용이하게 하기 위해(예를 들어, 하나 이상의 요법의 촉진; 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 향상된 건강 상태와 상관돤 상태와 같은, 하나 이상의 원하는 평형 상태의 세트를 향한 사용자의 마이크로바이옴의 조성 및/또는 기능적 다양성의 조절을 용이하게 하는 것) 후속의 사용자를 특성화하는 데 사용될 수 있다. 상기 방법(100)의 변형은 (예를 들어, 요법 레지멘(regimen)의 코스 동안, 맹장-관련 컨디션을 가진 사용자의 경험의 정도 등을 통해) 하나 이상의 맹장-관련 컨디션에 대한 것과 같이, 시간 경과에 따라 프로세싱 보충 데이터에 추가적으로 또는 대안적으로, 시간 경과에 따라, 신체 부위를 가로질러(예를 들어, 내장 부위, 입 부위, 코 부위, 피부 부위, 생식기 부위 등과 같은 특정 신체 부위 타입에 상응하는 수집 부위와 같은, 사용자의 샘플 수집 부위를 가로질러) 사용자로부터 (예를 들어, 맹장-관련 특성화 모델을 이용하여) 추가적인 샘플의 수집 및 분석과 같이, 사용자에게 제공되는 요법의 선택, 모니터링(예를 들어, 효능 모니터링 등) 및/또는 조절을 더욱 용이하게 할 수 있다. 그러나, 집단, 서브그룹, 개체, 및/또는 다른 적절한 엔티티(entities)로부터의 데이터가 상기 방법(100) 및/또는 시스템(200)의 구현의 어느 적절한 부분에 의해 어느 적절한 목적을 위해 사용될 수 있다.
상기 방법(100) 및/또는 시스템(200)의 구현은 바람직하게 하나 이상의 맹장-관련 컨디션을 위한 특성화 및/또는 요법을 결정하고 그리고/또는 촉진(예를 들어, 관련된 것을 제공; 제시; 통지 등)할 수 있으며, 그리고/또는 상기 방법(100) 및/또는 시스템(200)의 구현의 어느 적절한 부분은 맹장-관련 컨디션과 관련되어 수행될 수 있다. 맹장-관련 컨디션은 맹장염(예를 들어, 급성 맹장염; 추정 맹장염 등), 맹장 염증, 맹장암(예를 들어, 맹장암종), 카르시노이드 종양, 카르시노이드 증후군, 대변돌(fecalith), 난소 점액 종양, 크론병(예: 맹장의), 림프구 증식, 선천성 이상(예를 들어, 선천성 부재, 맹장 중복 등), 맹장의 자궁내막증, 복막 내막염, 혈관염(예를 들어, 맹장 등의), 신경 증식(예를 들어, 맹장 등의), 간엽 종양, 비근원성 신생물, 림프종, 과민성 대장 증후군, 단핵구증, 홍역, 위장관 감염, 뇌수막염, 선종, 게실병(diverticular disease), 장 면역-관련 컨디션, 감염; 동반 컨디션(comorbid conditions) 및/또는 맹장와 관련된 다른 적절한 컨디션 중 어느 하나 이상을 포함할 수 있다.
추가적으로 또는 대안적으로, 맹장-관련 컨디션은 질병, 증상(예를 들어, 혈류 방해; 조직 사멸; 과잉 세포 생성; 맹장 부근의 둔한 통증; 식욕 상실; 조직 파열; 통증; 맹장 팽창; 비정상적 팽창; 가스 통과 불가; 고통스러운 배뇨; 예리한 통증; 경련; 구역질; 구토; 열; 반동통(rebound tenderness); 복부와 같은 부은 신체 부위; 요통; 변비; 설사; 복막염; 농양; 기관 부전; 근성방어(muscle guarding); 심한 변비(obstipation); 흉터 조직 등), 원인(예를 들어, 트리거; 영향을 받은 대변(impacted fecal matter); 임파선 비대증; 대변, 기생충, 성장에 기인한 것과 같은 폐색; 복부 외상 등), 장애, 관련 위험(예를 들어, 성향 점수 등), 관련 심각도, 행동(예를 들어, 신체 활동 행동; 알코올 소비; 흡연 행동; 스트레스 관련 특성; 기타 심리적 특성; 질환; 사회적 행동; 카페인 소비; 알코올 소비; 수면 습관; 상이한 습관; 섬유질 섭취, 과일 섭취, 야채 섭취와 같은 다이어트-관련 행동; 명상 및/또는 다른 이완 행동; 맹장-관련 컨디션과 관련된 라이프스타일 컨디션; 맹장-관련 컨디션에 대한 진단 및/또는 치료적 개입을 알리고, 관련시키거나, 지시하거나, 촉진시키거나 그리고/또는 이와 관련된 다른 라이프스타일 컨디션; 맹장 및/또는 맹장-관련 컨디션에 영향을 미치거나 그리고/또는 이와 관련된 행동 등), 환경적 요인, 인구통계-관련 특성(예를 들어, 나이, 체중, 인종, 성별 등), 표현형(예를 들어, 인간, 동물, 식물, 균체(fungi body)에 대해 측정 가능한 표현형; 맹장 및/또는 기타 관련 견지와 관련된 표현형 등), 및/또는 맹장-관련 컨디션과 관련된 어느 다른 적절한 견지 중 하나 이상을 포함할 수 있다. 예를 들어, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션은 정상적인 신체적, 정신적, 사회적 및/또는 정서적 기능을 방해할 수 있다. 예를 들어, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션은 컴퓨터 단층 촬영(CT 스캔), 초음파, 대장 내시경 검사, 생검, 혈액 검사, 복부 검사(예를 들어, 염증 검출 등), 소변 검사(예를 들어, 감염 검출 등을 위해), 진단 영상, 의학 면담, 병력, 설문 조사, 센서 데이터 및/또는 어느 적절한 기술(예를 들어, 맹장-관련 컨디션에 사용가능한 기술 등)을 통해 특성화되고 그리고/또는 진단될 수 있다.
상기 방법(100) 및/또는 시스템(200)의 구현은, 맹장-관련 특성화, 치료적 개입 촉진을 위해 그리고/또는 다른 적절한 목적을 위해, 사용자로부터, 하나 이상의 샘플 취급 프로세스 및/또는 하나 이상의 생물학적 샘플(예를 들어, 하나 이상의 수집 부위를 가로질로 수집된 것과 같은)을 프로세싱하기 위한 특성화 프로세스를 적용하는 것과 관련된 것과 같이, 단일 사용자에 대해 구현 될 수있다. 추가적으로 또는 대안적으로, 구현은 대상자의 집단에 대해 실시될 수 있으며(예를 들어, 사용자 포함, 사용자 제외), 여기서 대상자의 집단은 (예를 들어, 맹장-관련 컨디션, 인구통계 특성, 행동, 마이크로바이옴 조성 및/또는 기능 등과 관련하여) 어느 적절한 타입의 특성에 대해 어느 다른 대상자와 유사하거나 그리고/또는 유사하지 않은 대상자를 포함할 수 있으며; 사용자의 서브 그룹에 대해 실시될 수 있으며(예를 들어, 맹장-관련 특성화 및/또는 요법 결정에 영향을 미치는 특성과 같은 특성을 공유하는 것); 식물, 동물, 미생물 및/또는 다른 적절한 엔티티를 위해 실시될 수 있다. 따라서, 대상자 세트(예를 들어, 대상자의 집단, 대상자 세트, 사용자의 서브그룹 등)로부터 유래된 정보는 후속 사용자에게 추가적인 통찰력을 제공하기 위해 사용될 수 있다. 변형으로, 생물학적 샘플의 집계 집합은 바람직하게, 상이한 인구통계 특성(예를 들어, 성별, 나이, 결혼 상태, 민족성, 국적, 사회경제적 상태, 성적 취향 등), 상이한 맹장-관련 컨디션(예를 들어, 건강 및 질병 상태; 상이한 유전 성향 등), 상이한 생활 상황(예를 들어, 독거, 애완 동물과 함께 사는 것, 중요한 다른 사람과 함께 사는 것, 아이들과 함께 사는 것 등), 상이한 식습관(예를 들어, 잡식성, 채식주의자, 완전 채식주의자, 설탕 소비, 산 소비, 카페인 소비 등), 상이한 행동 경향(예를 들어, 신체 활동 수준, 약물 사용, 알코올 사용, 등), 상이한 수준의 이동성(예를 들어, 주어진 시간 내에 이동한 거리와 관련됨) 및/또는 어느 다른 적합한 특성(예를 들어, 마이크로바이옴 조성 및/또는 기능에 영향을 미치는 특성, 이와 상관 관계가 있는 특성 및/또는 기타 이와 관련된 특성 등) 중 하나 이상의 대상을 포함하는 것과 같이, 광범위하게 다양한 대상자들과 관련되고 프로세싱된다. 예를 들어, 대상자의 수가 증가함에 따라, 상기 방법(100) 및/또는 시스템(200)의 구현의 일부에서 실시된 프로세스의 예측력은, (예를 들어, 사용자에 대한 샘플을 위한 상이한 수집 부위와 관련하여) 이들의 마이크로바이옴에 기초하여, 예를 들어, 후속 사용자를 특성화하는 것과 관련하여(예를 들어, 특성이 변하는 등) 증가할 수 있다. 그러나, 상기 방법(100) 및/또는 시스템(200)의 구현의 일부는 어느 적절한 엔티티 또는 엔티티들에 대해 어느 적절한 방식으로 수행 및/또는 구성될 수 있다.
본원에 기술된 데이터(예를 들어, 마이크로바이옴 특징, 미생물 데이터세트, 모델, 맹장-관련 특성화, 보충 데이터, 통지 등)는 어느 적절한 시간적 지표(예를 들어, 초, 분, 시간, 일, 주 등)와 관련될 수 있으며, 이는 다음 중 하나 이상을 포함한다: 데이터가 수집된(예를 들어, 샘플이 수집된 시기를 나타내는 시간적 지표 등), 결정된, 전송된, 수신된, 및/또는 그렇지 않으면 다르게 프로세싱된 시기를 나타내는 시간적 지표; 데이터에 의해 기술된 콘텐츠에 컨텍스트를 제공하는 시간적 지표(예를 들어, 맹장-관련 특성화가 특정 시간에서의 맹장-관련 컨디션 및/또는 사용자 마이크로바이옴 상태를 설명하는 것과 같이, 맹장-관련 특성화와 관련된 시간적 지표 등); 시간적 지표의 변화(예를 들어, 요법을 받는 것에 대한 반응과 같은 시간 경과에 따른 맹장-관련 특성화의 변화; 샘플 수집, 샘플 분석, 맹장-관련 특성화 또는 사용자에게 요법의 제공, 및/또는 상기 방법(100)의 구현의 다른 적절한 부분의 지연 등); 및/또는 시간과 관련된 다른 적절한 지표.
추가적으로 또는 대안적으로, 파라미터, 메트릭스, 입력, 출력 및/또는 다른 적합한 데이터는 점수(예를 들어, 맹장-관련 컨디션 성향 점수; 특징 관련성 점수; 상관 점수, 공분산 점수, 마이크로바이옴 다양성 점수, 심각도 점수 등), 개별 값(예를 들어, 상이한 수집 부위에 대한 컨디션 성향 점수와 같은 개별 맹장-관련 컨디션 점수 등), 집계 값(예를 들어, 상이한 수집 부위에 대한 개별 미생물-관련 점수에 기초한 전체 점수 등), 이진 값(binary values)(예를 들어, 마이크로바이옴 특징의 존재 또는 부재; 맹장-관련 컨디션의 존재 또는 부재 등), 상대 값(예를 들어, 상대 분류학적 그룹 풍부, 상대 마이크로바이옴 기능 풍부, 상대 특징 풍부 등), 분류(예를 들어, 사용자에 대한 맹장-관련 컨디션 분류 및/또는 진단; 특징 분류; 행동 분류; 인구통계 특성 분류 등), 신뢰 수준(예를 들어, 미생물 서열 데이터세트; 미생물 다양성 다양성 점수; 상이한 맹장-관련 특성화; 상이한 출력과 관련된 것 등), 식별자(identifiers), 스펙트럼에 따른 값 및/또는 어느 다른 적합한 타입의 값을 포함하는 값 유형과 관련될 수 있다. 본원에 기술된 어느 적합한 타입의 데이터는 (예를 들어, 본원에 기술된 상이한 분석 기술, 모델 및/또는 다른 적합한 구성 요소에 대한) 입력으로서 사용될 수 있고, (예를 들어, 상이한 분석 기술, 모델 등의) 출력으로서 생성될 수 있고, 그리고/또는 상기 방법(100) 및/또는 시스템(200)과 관련된 어느 적합한 구성 요소에 대해 어느 적절한 방식으로 조작될 수 있다.
본원에 기술된 방법(100) 및/또는 프로세스의 구현의 하나 이상의 인스탄스(instances) 및/또는 일부는, 이벤트(예를 들어, 상기 방법(100)의 일부의 수행)를 트리거하기 위해, 시간적 관계에서(예를 들어, 실질적으로 동시에, 이에 반응하여, 순차적으로, 이전에, 후속적으로 등), 비동기적으로(asynchronously)(예를 들어, 순차적으로), 동시에(예를 들어, 병렬 데이터 프로세싱; 동시 교차-컨디션 분석; 예를 들어 맹장-관련 컨디션과 관련된 표적 서열에 상응하는 미생물 핵산 단편의 다중 증폭과 같은, 다중 샘플 프로세싱; 맹장-관련 컨디션의 패널을 실질적으로 동시에 평가하기 위한 샘플 프로세싱 및 분석 수행; 미생물 데이터세트, 마이크로바이옴을 컴퓨터로 결정하고, 그리고/또는 복수의 사용자에 대해 병렬로 맹장-관련 컨디션을 특성화하는 것; 예를 들어, 시스템 프로세싱 능력을 향상시키기 위해 병렬적 컴퓨팅을 위한 상이한 스레드(threads) 상에서 동시에 하는 것과 같이), 그리고/또는 상기 시스템(200)의 하나 이상의 인스탄스, 구성 요소, 및/또는 본원에 기술된 엔티티를 이용함으로써 그리고/또는 이용하여 어느 적절한 시간 및 빈도로 어느 적절한 순서로, 수행될 수 있다. 일 예로, 상기 방법(100)은 샘플 취급 시스템의 차세대 시퀀싱 플랫폼 (및/또는 다른 적합한 시퀀싱 시스템)의 브릿지 증폭 기질로 하나 이상의 생물학적 샘플의 미생물 핵산을 프로세싱하는 것에 기초하여 미생물 데이터 세트를 생성하는 단계, 및 차세대 시퀀싱 플랫폼과 소통하도록 작동가능한 컴퓨팅 디바이스에서의 마이크로바이옴 특징 및 마이크로바이옴 기능 다양성 특징을 결정하는 단계를 포함할 수 있다. 그러나, 상기 방법(100) 및/또는 시스템(200)은 어느 적절한 방식으로 구성될 수 있다.
2. 실시예
마이크로바이옴 분석은 (예를 들어, 상기 방법(100)의 구현의 일부 등에 따라) 미생물에 의해 야기되는, 상관된 및/또는 그렇지 않다면 미생물과 관련된 맹장-관련 컨디션에 대한 정확하고 그리고/또는 효율적인 특성화 및/또는 요법 제공을 가능하게 할 수 있다. 상기 기술의 특정 예는 맹장-관련 컨디션을 특성화 및/또는 치료적 개입을 촉진하는 데 있어서 기존의 접근법에 의해 직면하는 여러 가지 어려움을 극복할 수 있다. 첫째, 기존의 접근법은 환자가 한 명 이상의 보살핌 제공자를 방문하여 맹장-관련 컨디션에 대한 특성화 및/또는 요법 권장을 받아야 하며(예를 들어, 진단 의학 절차를 통해), 이는 진단 및/또는 치료 전에 경과한 시간의 양, 건강 보살핌 질의 불일치, 및/또는 보살핌 제공자 방문의 다른 견지와 관련된 비효율성 및/또는 건강-위험에 이르게 할 수 있다. 둘째, 인간 게놈 시퀀싱을 위한 기존의 유전자 시퀀싱 및 분석 기술은 마이크로바이옴에 적용될 때 호환불가능하거나 및/또는 비효율적일 수 있다(예를 들어, 인간 마이크로바이옴은 인간의 세포보다 10배 이상의 미생물 세포를 포함할 수 있고; 실행가능한 분석 기술 및 상기 분석 기술을 활용하는 수단은 상이할 수 있고; 최적 샘플 프로세싱 기법이 다를 수 있고; 상태 패널을 특성화하기 위한 스케일링 샘플 프로세싱 절차가 다를 수 있고; 컨디션 및 상관성의 유형이 다를 수 있고; 관련된 컨디션의 원인 및/또는 관련된 컨디션에 대한 실행가능한 요법이 다를 수 있고; 서열 기준 데이터베이스(sequence reference databases)가 다를 수 있고; 마이크로바이옴은 상이한 수집 부위에서와 같이 사용자의 상이한 신체 부위에 따라 다를 수 있다; 등). 셋째, 시퀀싱 기술(예를 들어, 차세대 시퀀싱, 관련된 기술 등)의 시작은 존재하지도 않은 기술적인 문제들(예를 들어, 생성된 서열 데이터의 과잉에 대한 데이터 프로세싱 및 분석 문제; 다중 방식 프로세싱상의 다수의 생물학적 샘플 프로세싱에 대한 문제, 정보 표시 문제; 요법 예측 문제; 요법 제공 문제, 등)을 야기시켰지만, 유전 물질의 시퀀싱과 관련된 속도 및 데이터 생성에서 전례 없는 진보를 가져왔다. 상기 방법(100) 및/또는 시스템(200)의 특정 실시예들은 적어도 위에 기술한 어려움에 대해 기술적으로 뿌리내린 해결책을 제공할 수 있다.
첫째, 상기 기술은 이전에 실행할 수 없었던 기능의 컴퓨터 성능을 용이하게 함으로써 컴퓨터-관련 기술(예를 들어, 상태 패널에 대한 요법의 특성화 및/또는 촉진과 관련된 모델링; 상태 패널에 대한 미생물-관련 데이터의 저장, 검색 및/또는 프로세싱에 있어서 컴퓨터 효율의 향상; 생물학적 샘플 프로세싱과 관련된 컴퓨터 프로세싱; 등)의 향상을 도모할 수 있다. 예를 들어, 상기 기술은 샘플 프로세싱 기법 및 시퀀싱 기술의 진보에 기인하여, 최근에 실행가능하게 된 기술에 기초하여 (예를 들어, 미생물 분류 데이터베이스를 활용하여, 등) 패널 특성화 및/또는 관련된 권장 요법을 연산적으로 생성할 수 있다.
첫째, 상기 기술의 특정 실시예는 엔티티(entities)(예를 들어, 사용자, 생물학적 샘플, 의료기기를 포함하는 요법 용이화 시스템 등)를 상이한 상태(states) 또는 사물로 변형시킬 수 있다. 예를 들어, 상기 기술은 생물학적 샘플을 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련하여(예를 들어, 차세대 시퀀싱 시스템, 다중 증폭 수행의 사용 등을 통해), 사용자를 특성화하는 데 사용할 수 있는 미생물 데이터세트 및/또는 마이크로바이옴 특징을 생성하기 위해 시퀀싱되고 분석될 수 있는 구성 요소로 변형시킬 수 있다. 또 다른 실시예에서, 상기 기술은 요법(예를 들어, 맹장-관련 특성화에 기초하여 개인맞춤화된 요법 등)을 식별, 단념 및/또는 촉진(예를 들어, 제시, 권장, 제공, 투여 등)할 수 있으며, 그리고/또는 그렇지 않으면 치료적 개입을 용이하게할 수 있으며(예를 들어, 사용자의 마이크로바이옴 조성, 마이크로바이옴 기능성 등의 변형을 용이하게 함), 이는 하나 이상의 맹장-관련 컨디션을 예방 및/또는 개선할 수 있고, 이에 의해 상기 마이크로바이옴 및/또는 상기 환자의 건강을 변형(예를 들어, 맹장-관련 컨디션과 관련된 건강 상태 향상 등)시키고, 하나 이상의 마이크로바이옴 특징을 적용(예를 들어, 마이크로바이옴 특징과 하나 이상의 맹장-관련 컨디션 사이의 상관성, 관련성, 및/또는 다른 적절한 연관성을 적용하는 것)하는 것 등이 가능하다. 또 다른 실시예에서, 상기 기술은 내장, 코, 피부, 입, 및/또는 생식기 마이크로바이옴과 관련된 미생물을 표적하고 그리고/또는 변형시키는 것과 같이(예를 들어, 하나 이상의 부위-특이적 요법과 관련된 치료적 개입을 용이하게 함으로써), 사용자의 하나 이상의 상이한 신체 부위에서(예를 들어, 하나 이상의 상이한 수집 부위 등) 마이크로바이옴 조성 및/또는 기능을 변형시킬 수 있다. 또 다른 실시예에서, 상기 기술은 (예를 들어, 실행할 요법 용이화 시스템에 대한 제어 명령을 생성함으로써) 요법을 용이하게 하기 위한 치료 시스템(예를 들어, 다이어트 시스템, 자동화 의약 디스펜서; 행동 조절 시스템; 진단 시스템; 질병 요법 용이화 시스템 등)을 제어할 수 있고, 이에 의해, 상기 요법 용이화 시스템을 변형시킬 수 있다.
둘째, 상기 기술의 특정 실시예는 이전에 실행할 수 없었던 기능의 컴퓨터 성능을 용이하게 하는 것에 의한 것과 같이, 컴퓨터-관련 기술(예를 들어, 맹장-관련 컨디션에 대한 미생물-관련 데이터의 저장, 검색 및/또는 프로세싱에 있어서 컴퓨터 효율의 향상; 생물학적 샘플 프로세싱과 관련된 컴퓨터 프로세싱 등)의 향상을 도모할 수 있다. 예를 들어, 상기 기술은 맹장-관련 특성화를 향상시키고 그리고/또는 맹장-관련 컨디션에 대한 치료적 개입을 용이하게 하기 위해(예를 들어, 샘플 프로세싱 기법 및 시퀀싱 기술의 진보에 기인하여, 최근에 생성되고 그리고/또는 실행가능하게 된), 논-제네릭 미생물 데이터세트 및/또는 마이크로바이옴 특징에 대해 논-제네릭 방식으로 분석 기술 세트를 적용할 수 있다.
셋째, 상기 기술의 특정 실시예는 프로세싱 속도, 맹장-관련 특성화, 정확도, 마이크로바이옴-관련 요법 결정 및 촉진, 및/또는 맹장-관련 컨디션과 관련된 다른 적절한 견지에서의 향상을 도모할 수 있다. 예를 들어, 상기 기술은 하나 이상의 맹장-관련 컨디션에 대한 특정 관련성의 마이크로바이옴 특징(예를 들어, 맹장-관련 컨디션과 관련된 프로세싱된 마이크로바이옴 특징; 다수의 맹장-관련 컨디션과 관련된 교차-컨디션 마이크로바이옴 특징 등)을 결정, 선택 및/또는 그렇지 않으면 프로세싱하기 위해 논-제네릭 미생물 데이터세트를 활용할 수 있으며, 이는 정확도의 개선(예를 들어, 가장 관련된 마이크로바이옴 특징을 사용함으로써; 맞춤화된 분석 기술을 활용함으로써 등); 프로세싱 속도의 개선(예를 들어, 관련 마이크로바이옴 특징의 서브세트를 선택함으로써; 차원수(dimensionality) 감소 기술을 수행함으로써; 맞춤화된 분석 기술을 활용함으로써 등), 및/또는 표현형 예측(예를 들어, 맹장-관련 컨디션의 표시 등), 다른 적절한 특성화, 치료적 개입 용이화, 및/또는 다른 적절한 목적과 관련된 다른 컴퓨터적인 개선을 용이하게 할 수 있다. 특정 실시예에서, 상기 기술은 특성화 및/또는 요법(예를 들어, 모델 등을 통해)을 생성 및/또는 적용하기 위해서 방대하고 잠재적인 (예를 들어, 서열 데이터와 같은 방대한 마이크로바이옴 데이터로부터 추출가능한; 일변수 통계학적 테스트에 의해 식별가능한 등) 특징들의 풀(pool of features)에서 특징들(예를 들어, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 마이크로바이옴 기능적 특징들; 맹장-관련 컨디션과 관련된 분류그룹의 건강, 존재, 부재 및/또는 다른 적절한 범위를 나타내는 기준 상대적 풍부성 특징들(reference relative abundance features)과 같은 마이크로바이옴 조성 다양성 특징들; 맹장-관련 컨디션 및/또는 요법 반응과 상관된 기준 상대적 풍부성 특징들과 비교될 수 있는 사용자 상대적 풍부성 특징들(user relative abundance features); 등)의 최적화된 서브세트를 선택하기 위한 특징-선택 규칙들(feature-selection rules)(예를 들어, 조성, 기능에 대한; 보충 데이터세트로부터 추출된 보충 특징들에 대한 마이크로바이옴 특징-선택 규칙 등)을 적용할 수 있다. 마이크로바이옴(예를 들어, 인간 마이크로바이옴, 동물 마이크로바이옴, 등)의 잠재적인 크기는 과다한 데이터로 번역될 수 있고, 이는 맹장-관련 컨디션과 관련하여 실행가능한 마이크로바이옴 통찰력을 얻기 위해 방대한 양의 데이터를 프로세싱하고 분석하는 방법에 대한 의문을 제기한다. 그러나, 상기 특징-선택 규칙들 및/또는 다른 적절한 컴퓨터-실행가능 규칙들은 다음 중 하나 이상을 가능하게 할 수 있다: 보다 짧은 생성 및 실행 시간(예를 들어, 모델을 생성 및/또는 적용하기 위한; 맹장-관련 특성화 및/또는 연관 요법을 결정하기 위한; 등); 최적화된 샘플 프로세싱 기술(예를 들어, 특이성을 개선하고, 증폭 바이어스(bias), 및/또는 다른 적절한 파라미터를 감소시키기 위해 최적화하는 것과 같이, 프라이머 타입을 사용함으로써 얻어지는 생물학적 샘플로부터의 미생물 핵산, 다른 생체분자, 및/또는 분류그룹, 서열, 및/또는 맹장-관련 컨디션과 관련된 다른 적절한 데이터의 변형을 개선시키는 것); 모델의 단순화를 통해 결과의 효율적인 해석, 과다적합(overfitting)의 감소; 맹장-관련 컨디션과 관련되어 시간 경과에 따른 다수의 사용자에 대한 맹장-관련 특성화를 생성, 저장, 및 적용하는 것과 관련된 네트워크 효과(맹장-관련 특성화의 예측력 및/또는 요법 결정을 개선하기 위해 증가하는 사용자 수와 관련된 증가하는 마이크로바이옴-관련 데이터의 양의 수집 및 프로세싱을 통해); 데이터 저장 및 검색 개선(예를 들어, 맹장-관련 특성화 모델을 저장 및/또는 검색하는 것; 상이한 맹장-관련-컨디션을 갖는, 상이한 사용자 및/또는 사용자 세트와 관련된 것과 같은 특정 모델을 저장하는 것; 사용자 어카운트와 관련된 미생물 데이터세트를 저장하는 것; 하나 이상의 요법 및/또는 상기 요법을 받는 사용자와 관련된 요법 모니터링 데이터를 저장하는 것; 맹장-관련 컨디션에 대한 개인맞춤형 특성화 및/또는 치료의 전달을 개선하기 위한 특징들, 맹장-관련 특성화, 및/또는 사용자, 사용자 세트, 및/또는 다른 엔티티와 관련된 다른 적절한 데이터를 저장하는 것), 및/또는 기술적인 영역에 대한 다른 적절한 개선.
넷째, 상기 기술의 특정 실시예는 샘플 취급 시스템, 맹장-관련 특성화 시스템, 및 복수의 사용자를 포함하는 구성 요소들에 걸친 기능성의 창의적인 분포에 해당하며, 상기 샘플 취급 시스템은 상기 복수의 사용자로부터 생물학적 샘플을 실질적으로 동시에 (예를 들어, 다중 방식으로) 프로세싱할 수 있고, 이는 충구-관련 컨디션에 대한 (예를 들어, 사용자의 마이크로바이옴 다이어트 행동, 프로바이오틱스-연관 행동, 의료 이력, 인구통계, 다른 행동, 선호도 등과 같은 사용자의 마이크로바이옴에 맞춤화된) 개인맞춤형 특성화 및/또는 요법을 생성하는 데 상기 맹장-관련 특성화 시스템에 의해 활용될 수 있다.
다섯째, 상기 기술의 특정 실시예는 적어도, 유전체학, 미생물학, 마이크로바이옴-관련 컴퓨테이션, 진단학, 치료학, 마이크로바이옴-관련 디지털 의학, 디지털 의학 일반, 모델링, 및/또는 기타 관련 분야의 기술분야를 개선할 수 있다. 일 예로, 상기 기술은 맹장-관련 컨디션에 대한 (예를 들어, 진단에 사용되어 치료적 개입을 용이하게 하는 바이오마커로서 작용할 수 있는) 관련 미생물 특징의 컴퓨터상의 식별에 의한 것과 같이, 상이한 맹장-관련 컨디션을 모델링하고 그리고/또는 특성화할 수 있다. 다른 실시예로, 상기 기술은 다수의 맹장-관련 컨디션(예를 들어, 질병, 표현형 등)과 관련된(예를 들어, 전체적으로 공유, 전체적으로 상관적인 것 등) 교차-컨디션 마이크로바이옴 특징들을 식별 및 평가하기 위한 교차-컨디션 분석을 수행할 수 있다. 이러한 마이크로바이옴 특징들의 식별 및 특성화는 동반 및/또는 다중동반 맹장-관련 컨디션(예를 들어, 환경적 요인과 연관될 수 있어, 이에 따라 마이크로바이옴과 연관될 수 있는 등)의 위험 및 유행을 감소시킴으로써, (예를 들어, 진단 및 치료적 개입을 용이하게 하는 것에 의한 것과 같이 집단 및 개별 수준에서 등) 개선된 건강 보살핌 및 실행을 용이하게 할 수 있다. 특정 실시예에서, 상기 기술은 기술분야에서 개선을 부여하기 위한 것과 같은 이례적인 프로세스(예를 들어, 샘플 처리 프로세스; 컴퓨터 분석 프로세스 등)를 적용할 수 있다.
여섯째, 상기 기술은 상기 방법(100) 및/또는 시스템(200)의 구현과 관련된 적절한 부분을 수행하는 데 있어서, 전문화된 컴퓨팅 디바이스(예를 들어, 차세대 시퀀싱 시스템; 맹장-관련 특성화 시스템; 요법 용이화 시스템과 같은 샘플 취급 시스템과 관련된 디바이스 등)를 활용할 수 있다.
그러나, 상기 기술의 특정 실시예는 맹장-관련 특성화, 마이크로바이옴 조절을 위해, 그리고/또는 상기 방법(100)의 적절한 구현 부분을 수행하기 위해 상기 시스템(200)의 구현의 일반화되지 않은 구성 요소들 및/또는 적절한 구성 요소들을 사용하는 맥락에서 어느 적절한 개선을 제공할 수 있다.
3. 시스템
도 2에 도시된 바와 같이, (예를 들어, 맹장-관련 컨디션을 특성화하기 위한) 시스템(200)의 구현은 다음 중 어느 하나 이상을 포함할 수 있다: 미생물 데이터세트(예를 들어, 미생물 유전 서열; 미생물 서열 데이터세트 등)의 결정을 용이하게 하기 위해, 하나 이상의 사용자(예를 들어, 인간 대상자, 환자, 동물 대상자, 환경 생태계, 보살핌 제공자 등)로부터 생물학적 샘플(예를 들어, 사용자에 의해 수집되고, 전처리 시약을 포함하는 용기에 포함된 것 등)을 수집 및/또는 프로세싱하기 위해 작동가능한 취급 시스템(예를 들어, 샘플 취급 시스템 등)(210); 마이크로바이옴 특징을 결정하도록 작동가능한 맹장-관련 특성화 시스템(220)(예를 들어, 미생물 데이터세트 및/또는 다른 적절한 데이터에 기초한 것과 같은, 마이크로바이옴 조성 특징; 마이크로바이옴 기능적 특징; 다양성 특징; 상대적 풍부 범위 등); 맹장-관련 특성화 결정(예를 들어, 맹장-관련 컨디션 특성화, 요법-관련 특성화, 사용자를 위한 특성화 등); 및/또는 (예를 들어, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션 등을 위하여 하나 이상의 맹장-관련 컨디션에 기초한) 하나 이상의 맹장-관련 컨디션을 위해 치료적 개입(예를 들어, 요법을 촉진하는 것 등)을 용이하게 하도록 작동가능한 요법 용이화 시스템(200).
상기 시스템(200)의 구현은, 맹장-관련 특성화 및/또는 치료적 개입의 생성을 용이하게 하기 위해, 미생물 핵산 및/또는 생물학적 샘플의 다른 구성 요소들을 데이터(예를 들어, 후속적으로 정렬되고 분석될 수 있는 유전 서열; 미생물 데이터세트 등)로 변형시키기 위해 생물학적 샘플을 수용 및/또는 프로세싱하는 (예를 들어, 단편화, 증폭, 서열화, 관련 데이터 세트 생성 등) 기능을 할 수 있는 하나 이상의 취급 시스템(210)을 포함할 수 있다. 취급 시스템(210)은, 추가적으로 또는 대안적으로, 메일 전달 시스템을 통한 것과 같이, (예를 들어, 샘플 키트(250)에 대한 구매 주문에 응답하여) 다수의 사용자에게 (예를 들어, 하나 이상의 수집 부위로부터 샘플을 수집하기 위한 샘플 용기, 지시 등을 포함하는) 샘플 키트(250)을 제공하는 기능을 할 수 있다. 취급 시스템(210)은, 미생물 데이터(예를 들어, 미생물 서열 데이터, 미생물 데이터세트를 위한 다른 데이터 등) 생성시와 같이, 하나 이상의 생물학적 샘플을 시퀀싱하기 위해(예를 들어, 생물학적 샘플 등으로부터 미생물 핵산을 시퀀싱하기 위해), 하나 이상의 시퀀싱 시스템(215)(예를 들어, 차세대 시퀀싱 시스템, 표적화된 앰플리콘 시퀀싱을 위한 시퀀싱 시스템, 메타트랜스크립토믹 시퀀싱, 메타게놈 시퀀싱, 시퀀싱-합성 기술, 캐필러리 시퀀싱 기술, 생거 시퀀싱 기술, 파이로시퀀싱 기술, 나노포어 시퀀싱 기술 등)을 포함할 수 있다. 차세대 시퀀싱 시스템(예를 들어, 차세대 시퀀싱 플랫폼 등)은 고-처리량 시퀀싱(예를 들어, 고-처리량 시퀀싱; 대규모 병렬 시그네이처 시퀀싱, 폴로니 시퀀싱, 454 파이로시퀀싱, 일루미나 시퀀싱, SOLiD 시퀀싱, Ion Torrent 반도체 시퀀싱, DNA 나노볼 시퀀싱, Heliscope 단일 분자 시퀀싱, 단일 분자 실시간(SMRT) 시퀀싱, Nanopore DNA 시퀀싱 등을 통해 용이하게 됨), 어느 세대의 시퀀싱 기술(예를 들어, 차세대 시퀀싱 기술, 3세대 시퀀싱 기술, 4세대 시퀀싱 기술 등), 앰플리콘-연관 시퀀싱(예를 들어, 표적화된 앰플리콘 시퀀싱), 메타게놈-연관 시퀀싱(예를 들어, 메타트랜스크립토믹 시퀀싱, 메타게놈 시퀀싱 등), 합성에 의한 시퀀싱(sequencing-by-synthesis), 터널링 전류 시퀀싱, 하이브리드화에 의한 시퀀싱, 질량 분석법 시퀀싱, 현미경-기반 기술, 및/또는 어느 적절한 차세대 시퀀싱 기술 중 하나 이상을 위해 어느 적절한 시퀀싱 시스템을 포함할 수 있다. 추가적으로 또는 대안적으로, 시퀀싱 시스템(215)은 캐필러리 시퀀싱, 생거 시퀀싱(예를 들어, 미세유체 생거(Sanger) 시퀀싱 등), 파이로시퀀싱, 나노 포어 시퀀싱(옥스포드 나노포어 시퀀싱 등) 및/또는 어느 적절한 시퀀싱 기술에 의해 용이하게되는 어느 다른 적절한 타입의 시퀀싱 중 어느 하나 이상을 실행할 수 있다.
상기 취급 시스템(210)은 추가적으로 또는 대안적으로, 시퀀싱 시스템에 의해 시퀀싱되는 다중 방식으로 생물학적 샘플을 자동적으로 준비하도록 작동가능한(예를 들어, 맹장-관련 컨디션과 관련된 유전적 표적과 호환가능한 프라이머를 이용하여 단편화 및 증폭시키는 것) 라이브러리 제조 시스템; 및/또는 어느 적절한 구성 요소를 포함한다. 상기 취급 시스템(210)은 본원에 기술된 어느 적절한 샘플 프로세싱 기술을 수행할 수 있다. 그러나, 상기 취급 시스템(210) 및 관련된 구성 요소는 어느 적절한 방식으로 구성될 수 있다.
상기 시스템(200)의 구현은 하나 이상의 맹장-관련 특성화 시스템(220)을 포함할 수 있으며, 이는 미생물 데이터세트(예를 들어, 미생물 유전자 서열; 기준 서열에 대한 정렬을 이끄는 프로세싱된 생물학적 샘플에 기초한 것 등), 마이크로바이옴 특징(예를 들어, 개체 변수; 변수 그룹; 표현형 예측, 통계적 설명과 관련된 특징; 개체로부터 얻은 샘플과 관련된 변수; 맹장-관련 컨디션과 관련된 변수; 샘플의 마이크로바이옴 조성 및/또는 기능성을 상대적으로 또는 절대적으로 정량화하는 데 있어서, 완전히 또는 부분적으로 기술된 변수 등), 모델, 및/또는 맹장-관련 특성화 및/또는 치료적 개입을 용이하게 하기 위한 다른 적절한 데이터를 결정, 분석, 특성화 및/또는 그렇지 않으면 프로세싱하는 기능을 할 수 있다. 실시예에서, 맹장-관련 특성화 시스템(220)은 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 샘플들(예를 들어, 맹장-관련 컨디션의 존재, 부재, 위험, 이에 대한 성향 및/또는 이와 관련된 다른 견지들과 관련된 샘플들)의 차이를 통계적으로 기술하는 특징의 정보와 관련된 데이터를 식별할 수 있으며, 예를 들어, 차이 분석은 다른 샘플들을 차별화(예를 들어, 컨디션의 존재 또는 부재와 관련된 서브그룹을 차별화하는 것)하는 특징들에 컴플리멘팅 뷰를 제공할 수 있다. 특정 실시예에서, 개별 예측 인자, 특정 생물학적 프로세스 및/또는 통계적으로 유추된 잠복 변수는 특성화, 진단 및/또는 치료와 관련하여 다양한 다운 스트림 기회를 용이하게 하기 위해 상이한 수준의 데이터 복잡성에서 컴플리멘터리(보완) 정보를 제공할 수 있다. 다른 특정 실시예에서, 맹장-관련 특성화 시스템(220)은 하나 이상의 특성화 프로세스를 수행하기 위한 보충 데이터를 프로세싱한다.
맹장-관련 특성화 시스템(220)은 맹장-관련 특성화 모델을 포함, 생성, 적용, 및/또는 그렇지 않으면 프로세싱할 수 있으며, 이는 하나 이상의 맹장-관련 컨디션을 특성화하기 위한 맹장-관련 컨디션 모델(예를 들어, 하나 이상의 사용자에 대한 하나 이상의 맹장-관련 컨디션의 성향을 결정하는), 치료법을 결정하기 위한 요법 모델, 및 상기 시스템(200) 및/또는 방법(100)의 구현과 관련된 어느 적절한 목적을 위한 어느 다른 적절한 모델 중 어느 하나 이상을 포함할 수 있다. 특정 실시예에서, 맹장-관련 특성화 시스템(220)은 하나 이상의 맹장-관련 컨디션을 치료하기 위해 사용되는 요법을 식별 및/또는 특성화하기 위해, (예를 들어, 교차-컨디션 분석 등에 기초한) 요법 모델을 생성 및/또는 적용할 수 있다. 상이한 맹장-관련 특성화 모델(예를 들어, 맹장-관련 특성화 모델들의 상이한 조합; 상이한 분석 기술을 적용하는 상이한 모델; 상이한 입력 및/또는 출력 타입; 시간 및/또는 빈도와 관련된 것과 같은 것이 상이한 방식으로 적용되는 것 등)이 다음 중 하나 이상에 기초하여 적용(예를 들어, 실행, 선택, 검색, 저장 등)될 수 있다: 맹장-관련 컨디션(예를 들어, 상이한 맹장-관련 특성화 모델은 상이한 맹장-관련 컨디션 및/또는 컨디션들의 조합과 관련된 데이터를 프로세싱하는 데 상이한 수준의 적합도를 갖는 경우와 같이, 특성화되는 맹장-관련 컨디션 또는 컨디션들에 따라 달라지는 상이한 맹장-관련 특성화 모델을 사용함), 사용자(예를 들어, 상이한 사용자 데이터 및/또는 특성, 인구통계 특성, 유전학, 환경적 요인 등에 기초한, 상이한 맹장-관련 특성화 모델), 맹장-관련 특성화(예를 들어, 관련 마이크로바이옴 조성 식별하기 위한 것 대(versus) 맹장-관련 컨디션에 대한 성향 스코어를 결정하기 위한 것과 같이, 요법-관련 특성화 대 진단-관련 특성화와 같은 상이한 타입의 특성화를 위한 상이한 맹장-관련 특성화 모델), 요법(예를 들어, 상이한 요법의 효능을 모니터링하기 위한 상이한 맹장-관련 특성화 모델), 신체 부위(예를 들어, 상이한 샘플 수집 부위로부터의 생물학적 샘플에 상응하는 미생물 데이터세트를 프로세싱하기 위한 상이한 맹장-관련 특성화 모델 등). 그러나, 맹장-관련 특성화 모델은 맹장-관련 특성화 및/또는 치료적 개입을 용이하게 하기 위해 맞춤화되고 그리고/또는 어느 적절한 방식으로 사용될 수 있다.
맹장-관련 특성화 시스템(220)은 바람직하게 부위-특이적 맹장-관련 특성화(예를 들어, 부위-특이적 분석)를 결정할 수 있다. 실시예에서, 맹장-관련 특성화 시스템(220)은 상이한 부위-특이적 맹장-관련 특성화 모델을 생성 및/또는 적용할 수 있다. 특정 실시예에서, 상이한 부위-특이적 맹장-관련 특성화 모델은, 부위-특이적 맹장-관련 특성화 모델이 관련된 하나 이상의 신체 부위와 관련된 부위-특이적 특징들과 같은(예를 들어, 사용자 내장 수집 부위에서 수집된 사용자 샘플에 기초하여 특성화를 결정하기 위해 적용될 수 있는 내장 부위-특이적 맹장-관련 특성화 모델을 생성하기 위한 것과 같이, 대상자의 내장 수집 부위에서 수집된 샘플로부터 유래된 내장 부위-특이적 특징들을 이용하여), 상이한 마이크로바이옴 특징들에 기초하여 생성 및/또는 적용될 수 있다. 부위-특이적 맹장-관련 특성화 모델, 부위-특이적 특징, 샘플, 부위-특이적 요법, 및/또는 다른 적절한 엔티티(예를 들어, 신체 부위 등과 연관될 수 있는)는 바람직하게, 내장 부위(예를 들어, 대변 샘플 등에 기초하여 특성화가능한), 피부 부위, 코 부위, 생식기 부위(예를 들어, 성기, 외음부 등), 입 부위, 및/또는 어느 적절한 신체 영역 중 하나 이상을 포함하는 적어도 하나의 신체 부위(예를 들어, 샘플 수집 부위 등에 상응하는)와 관련된다. 실시예에서, 상이한 맹장-관련 특성화 모델은 상이한 타입의 입력, 출력, 맹장-관련 특성화, 맹장-관련 컨디션(예를 들어, 특성화하는 데 필요한 상이한 표현형 측정치), 및/또는 어느 다른 적절한 엔티티에 맞춤화될 수 있다. 그러나, 부위-특이적 맹장-관련 특성화는 맹장-관련 특성화 시스템(220) 및/또는 다른 적절한 구성 요소에 의해 어느 방식으로 구성되고, 어느 방식으로 결정될 수 있다.
상기 시스템(200)의 구현의 맹장-관련 특성화 모델, 다른 모델, 다른 구성 요소 및/또는 상기 방법(100)의 구현의 적절한 부분(예를 들어, 특성화 프로세스, 마이크로바이옴 특징 결정, 맹장-관련 특성화 결정 등)은 다음 중 어느 하나 이상을 포함하는 분석 기술을 이용할 수 있다: 단일변량 통계 테스트, 다변량 통계 테스트, 치수 감소 기술(dimensionality reduction techniques), 인공 지능 접근법(예를 들어, 기계 학습 접근법 등), 데이터에 대한 패턴 인식 수행(예를 들어, 맹장-관련 컨디션과 마이크로바이옴 특징 사이의 상관성 식별 등), 다수의 공급원으로부터의 데이터 융합(예를 들어, 데이터로부터 추출된 마이크로바이옴 특징에 기초한 것과 같이, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 다수의 사용자로부터의 마이크로바이옴 데이터 및/또는 보충 데이터에 기초한 특성화 모델 생성), 값들의 조합(평균 값 등), 압축, 변환(예를 들어, 디지털-아날로그 변환, 아날로그-디지털 변환), 데이터에 대한 통계적 추정 수행(예를 들어, 오디너리 리스트 스퀘어 회귀(ordinary least squares regression), 논-네거티브 리스트 스퀘어 회귀(non-negative least squares regression), 주성분 분석, 능선 회귀 등), 파 변조, 정규화, 업데이팅(예를 들어, 시간 경과에 따른 프로세싱된 생물학적 샘플에 기초한 특성화 모델 및/또는 요법 모델 등), 순위(예를 들어, 마이크로바이옴 특징; 요법 등), 가중치(예를 들어, 마이크로바이옴 특징 등), 타당화(validating), 필터링(예를 들어, 기준선 보정, 데이터 크로핑 등), 노이즈 감소, 스무딩, 채우기(예를 들어, 갭 채우기), 정렬, 모델 피팅, 비닝(binning), 윈도잉, 클리핑, 변환(transformation), 수학 연산(예를 들어, 미분, 이동 평균, 합산, 빼기, 곱하기, 나누기 등), 데이터 결합, 다중화, 역다중화, 보간(interpolating), 외삽, 클러스터링, 이미지 프로세싱 기술, 다른 신호 프로세싱 수행, 다른 이미지 프로세싱 수행, 시각화 및/또는 어느 다른 적절한 프로세싱 수행. 인공 지능 접근법은 다음 중 어느 하나 이상을 포함한다: 지도 학습(예를 들어, 로지스틱 회귀 사용, 역전파 신경망 사용, 랜덤 포레스트 사용, 디시젼 트리 등), 비지도 학습(예를 들어, Apriori 알고리즘 사용, K-means 클러스터링 사용), 반-지도 학습, 딥 러닝 알고리즘(예를 들어, 신경망, 제한된 볼츠만 머신(restricted Boltzmann machine), 딥 빌리프 네트워크 방법(deep belief network method), 컨볼루셔널 신경망 방법(convolutional neural network method), 반복 신경망 방법(recurrent neural network method), 스택형 자동-인코더 방법 등), 강화 학습(예를 들어, Q-학습 알고리즘 사용, 시간 차이 학습 사용), 회귀 알고리즘(예를 들어, 오디너리 리스트 스퀘어, 로지스틱 회귀, 단계적 회귀, 다변량 적응 회귀 스플라인, 국소 추정 산점도 스무딩 등), 인스턴스-기반 방법(예를 들어, k-최근접 이웃, 학습 벡터 양자화(learning vector quantization), 자가-조직화 맵(self-organizing map) 등), 정규화 방법(예를 들어, 능선 회귀, 최소 절대 쉬링키지 및 선택 오퍼레이터(absolute shrinkage and selection operator), 엘라스틱 네트(elastic net) 등), 디시젼 트리 학습 방법(예를 들어, 분류 및 회귀 트리, 반복 이분법 3, C4.5(iterative dichotomiser 3, C4.5), 카이-제곱 자동 상호작용 감지(chi-squared automatic interaction detection), 디시젼 스텀프, 랜덤 포레스트, 다변량 적응 회귀 스플라인, 구배 부스팅 머신 등), 베이지안 방법(Bayesian method)(예를 들어, naive Bayes, 평균 원-디펜던스 추정기, Bayesian 빌리프 네트워크, 커널 방법(kernel method)(예를 들어, 서포트 벡터 머신, 방사형 기본 함수, 선형 판별 분석 등), 클러스터링 방법(예를 들어, k-means 클러스터링, 기대 최대화 등), 관련 규칙 학습 알고리즘(예를 들어, Apriori 알고리즘, Eclat 알고리즘 등), 인공 신경망 모델(예를 들어, Perceptron 방법, 역-전파 방법, Hopfield 네트워크 방법, 자가-조직화 맵 방법, 학습 벡터 양자화 방법 등), 앙상블 방법(예를 들어, 부스팅, 부스트래핑된 집계, AdaBoost, 스택 일반화, 구배 부스팅 머신 방법, 랜덤 포레스트 방법 등) 및/또는 어느 적절한 인공 지능 접근법. 그러나, 데이터 프로세싱은 어느 적절한 방식으로 이용될 수 있다.
맹장-관련 특성화 시스템(220)은 다수의 맹장-관련 컨디션에 대한 교차-컨디션 분석을 수행할 수 있다(예를 들어, 다중-컨디션 마이크로바이옴 특징과 같은 상이한 맹장-관련 특성화 모델의 출력에 기초하여 다중-컨디션 특성화를 생성하는 것 등). 예를 들어, 맹장-관련 특성화 시스템은 미생물 데이터, 마이크로바이옴 특징 및/또는 다수의 맹장-관련 컨디션(예를 들어, 진단, 특성화된 것 등)과 관련된 사용자와의 다른 적합한 마이크로바이옴 특성에 기초하여, 맹장-관련 컨디션들 사이의 관계를 특성화할 수 있다. 특정 실시예에서, 교차-컨디션 분석은 개체의 맹장-관련 컨디션에 대한 특성화(예를 들어, 개체의 맹장-관련 컨디션에 대한 맹장-관련 특성화 모델로부터의 출력)에 기초하여 수행될 수 있다. 교차-컨디션 분석은 컨디션-특이적 특징(예를 들어, 단일 맹장-관련 컨디션에만 관련된 것 등), 다중-컨디션 특징(예를 들어, 둘 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 것 등), 및/또는 다른 적합한 타입의 특징의 식별을 포함한다. 교차-컨디션 분석은 상이한 쌍의 맹장-관련 컨디션을 평가하는 것에 의한 것과 같이, 둘 이상의 맹장-관련 컨디션 사이의 관계를 설명하는 파라미터 인포밍 상관성, 일치율, 및/또는 다른 유사한 파라미터의 결정을 포함할 수 있다. 그러나, 맹장-관련 특성화 시스템 및/또는 다른 적절한 구성 요소는 교차-컨디션 분석을 용이하게 하기 위한 어느 적절한 방식(예를 들어, 교차-컨디션 분석 목적을 위한 분석 기술 적용; 교차-컨디션 특성화 생성 등)으로 구성될 수 있다.
맹장-관련 특성화 시스템(220)은 바람직하게 원격 컴퓨팅 시스템(예를 들어, 맹장-관련 특성화 모델 등을 적용하기 위한)을 포함하지만, 어느 적합한 컴퓨팅 시스템(예를 들어, 로컬 시스템, 사용자 디바이스, 취급 시스템 구성 요소 등)을 추가적으로 또는 대안적으로 포함할 수 있다. 그러나, 맹장-관련 특성화 시스템(220)은 어느 적절한 방식으로 구성될 수 있다.
상기 시스템(200)의 구현은 (예를 들어, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련되어 사용자의 상태를 개선하기 위한, 사용자 마이크로바이옴 조성 및 기능적 다양성의 조절 용이화 등) 하나 이상의 맹장-관련 컨디션에 대해 치료적 개입(예를 들어, 하나 이상의 요법을 촉진하는 것 등)을 용이하게 하기 위한 기능을 할 수 있는, 하나 이상의 요법 용이화 시스템(230)을 포함할 수 있다. 요법 용이화 시스템(230)은, 예를 들어, 부위-특이적 특성화(예를 들어, 다수의 신체 부위와 관련된 다중-부위 특성화), 다중-컨디션 특성화, 기타 특성화, 및/또는 어느 다른 적절한 데이터에 기초하는 것과 같이, 임의의 수의 신체 부위(예를 들어, 임의의 적절한 수의 샘플 수집 부위 등에 상응하는 등)와 관련된 임의의 수의 맹장-관련 컨디션에 대한 치료적 개입을 용이하게 할 수 있다. 요법 용이화 시스템(230)은 다음 중 하나 이상을 포함할 수 있다: 통신 시스템(예를 들어, 요법 권고, 선택, 단념 및/또는 다른 적절한 요법-관련 정보를 컴퓨팅 디바이스(예를 들어, 사용자 디바이스 및/또는 보살핌 제공자; 모바일 디바이스; 스마트폰; 데스크탑 컴퓨터; 컴퓨팅 디바이스에 의해 액세스되는 웹 사이트, 웹 애플리케이션 및/또는 모바일 애플리케이션 등)에 통신하기 위해; 맹장-관련 컨디션과 관련되어 보살핌 제공자와 대상자 사이에 원격 진료를 가능하게 하기 위해 등); 사용자 디바이스상에서 실행 가능한 애플리케이션(예를 들어, 사용자에 대한 마이크로바이옴 조성 및/또는 기능성을 나타내는 것 등), 의료 디바이스(예를 들어, 상이한 수집 부위로부터 샘플을 수집하기 위한 것과 같은 생물학적 샘플링 디바이스; 의약 제공 디바이스; 외과적(surgical) 시스템 등), 사용자 디바이스(예를 들어, 생체 센서) 및/또는 어느 다른 적합한 구성 요소. 하나 이상의 요법 용이화 시스템(230)은 맹장-관련 특성화 시스템(220)을 제어 가능하고, 이와 통신 가능하고 그리고/또는 이와 연관될 수 있다. 예를 들어, 맹장-관련 특성화 시스템(220)은 상응하는 사용자(예를 들어, 인터페이스(240) 등에서)에게 제시하기 위한 요법 용이화 시스템(230)에 대한 하나 이상의 맹장-관련 컨디션의 특성화를 생성할 수 있다. 다른 실시예에서, 요법 용이화 시스템(230)은 요법을 촉진(예를 들어, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 사용자 상태를 개선하기 위한 할일 목록 애플리케이션, 라이프스타일 변화를 촉진하는 것)하기 위해 디바이스의 애플리케이션 및/또는 다른 소프트웨어를 업데이트 및/또는 그렇지 않으면 변형시킬 수 있다. 그러나, 요법 용이화 시스템(230)은 어느 다른 방식으로 구성될 수 있다.
도 9에 도시된 바와 같이, 상기 시스템(200)의 구현은 추가적으로 또는 대안적으로 마이크로바이옴 특성, 맹장-관련 컨디션 정보(예를 들어, 성향 메트릭스; 요법 권장; 다른 사용자와의 비교 등), 및/또는 하나 이상의 맹장-관련 특성화와 관련된(예를 들어, 이에 포함되거나, 관련되거나, 이로부터 유래될 수 있는 것 등) 특정 정보(예를 들어, 본원에 기술된 어느 적절한 데이터)의 제시를 개선시키는 기능을 할 수 있는 인터페이스(240)를 포함할 수 있다. 예를 들어, 인터페이스(240)는, 인구통계 특성을 공유하는 사용자 그룹(예를 들어, 흡연자, 운동가, 다른 다이어트 요법을 사용하는 사용자, 프로바이오틱스 소비자, 항생제 사용자, 특정 요법을 받고 있는 그룹 등)와 관련된 것과 같이, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션에 대한 마이크로바이옴 조성(예를 들어, 분류학적 그룹; 상대 풍부도 등), 기능적 다양성(예를 들어, 특정 기능과 관련된 유전자의 상대 풍부도), 및 성향 메트릭스를 포함하는 맹장-관련 컨디션 정보를 제시할 수 있다. 그러나, 인터페이스(240)는 어느 적절한 방식으로 구성될 수 있다.
상기 시스템(200)의 구현의 구성 요소는 일반적으로 별개의 구성 요소로서 기술되지만, 이들은 물리적 및/또는 논리적으로 어느 방식으로 통합될 수 있다. 예를 들어, 컴퓨팅 시스템(예를 들어, 원격 컴퓨팅 시스템, 사용자 디바이스 등)은 맹장-관련 특성화 시스템(220)(예를 들어, 사용자에 대한 맹장-관련 컨디션의 특성화를 생성하기 위해 마이크로바이옴-관련 컨디션 모델을 적용하는 것) 및 요법 용이화 시스템(230)(예를 들어, 마이크로바이옴 조성 및/또는 기능과 관련된 통찰력을 제시함으로써; 요법 권고 및/또는 정보를 제시함으로써; 맹장-관련 개선을 위한 요법과 관련되어 사용자에게 알리기 위해, 스마트폰의 달력 애플리케이션에 매일의 이벤트를 스케줄링함으로써 치료적 개입을 용이하게 하는 것 등)의 일부 및/또는 전부를 실행할 수 있다. 일 예에서, 상기 시스템(200)의 구현은 요법 용이화 시스템(230)을 생략할 수 있다. 그러나, 상기 시스템(200)의 구현의 기능성은 어느 적절한 시스템 구성 요소들 사이에 어느 적절한 방식으로 분배될 수 있다. 그러나, 상기 시스템(200)의 구현의 구성 요소는 어느 적합한 방식으로 구성될 수 있다.
4.1 미생물 데이터세트 결정.
상기 방법(100)의 구현은 블록 S110을 포함할 수 있으며, 이는 사용자 세트와 관련된 미생물 데이터세트(예를 들어, 미생물 서열 데이터세트, 미생물 서열 데이터세트에 기초한 것과 같은 마이크로바이옴 조성 다양성 데이터세트, 미생물 서열 데이터세트에 기초한 것과 같은 마이크로바이옴 기능적 다양성 데이터세트, 등)를 결정하는 것(S110)을 포함한다. 블록 S110은 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 것과 같이, 이에 상응하는 마이크로바이옴과 관련된 조성적, 기능적, 약리유전학(pharmacogenomics), 및/또는 다른 적절한 견지를 결정하기 위해, 샘플(예를 들어, 생물학적 샘플; 비-생물학적 샘플; 인구통계 특성 및/또는 다른 적절한 특성을 공유하는 대상자 집단, 대상자의 서브집단, 대상자의 서브그룹과 관련된 샘플의 집합 세트; 사용자 샘플 등)을 프로세싱하는 기능을 할 수 있다. 조성 및/또는 기능적 견지는 (예를 들어, 각 그룹의 전체 풍부성, 각 그룹의 상대적 풍부성, 대표되는 그룹의 총수 등으로 측정했을 때) 다른 그룹의 계, 문, 강, 목, 과, 속, 종, 아종, 균주(strain) 및/또는 기타 적합한 종내 분류(infraspecies taxon)에 걸쳐 미생물 분포와 관련된 파라미터를 포함하여 미생물 수준(및/또는 다른 적절한 그래뉼라러티(granularity))에서의 하나 이상의 견지를 포함할 수 있다. 조성 및/또는 기능적 견지는 또한 운영 분류 체계 단위(operational taxonomic units; OTUs)의 용어로 나타낼 수 있다. 조성 및/또는 기능적 견지는 추가적으로 또는 대안적으로 유전자 수준(예를 들어, 다좌위 서열 타이핑(multilocus sequence typing)에 의해 결정되는 영역, 16S 서열, 18S 서열, ITS 서열, 다른 유전자 마커, 기타 계통발생 마커 등)에서의 조성 견지를 포함할 수 있다. 조성 및 기능적 견지는 특정 기능(예를 들어, 효소 활성, 이동 기능, 면역 활성 등)과 관련된 유전자의 존재 또는 부재, 또는 양을 포함할 수 있다. 그러므로, S110 블록의 출력은 S130 블록의 특성화 프로세스, 및/또는 상기 방법(100)의 구현의 다른 적절한 부분에 대해 (예를 들어, 마이크로바이옴 특징을 식별하는 데 사용될 수 있는 미생물 서열 데이터세트의 생성하는 것과 같이) 마이크로바이옴 특징의 결정을 용이하게 하는 데 사용될 수 있고(예를 들어, 여기서 블록 S110은 마이크로바이옴 조성 데이터세트, 마이크로바이옴 기능적 데이터세트, 및/또는 이로부터 마이크로바이옴 특징이 추출될 수 있는 다른 적절한 미생물의 출력을 이끌 수 있다), 상기 특징들은 미생물-기반(예를 들어, 박테리아 속의 존재), 유전자-기반(예를 들어, 특정 유전자 영역 및/또는 서열의 대표성 기반), 기능-기반(예를 들어, 특정 촉매 활성의 존재), 및/또는 어느 다른 적절한 마이크로바이옴 특징들일 수 있다.
변형으로, 블록 S110은 다음 중 하나 이상과 관련된 유전자과와 관련하여 박테리아 및/또는 고세균(archaea)에서 유래된 계통 발생 마커(예를 들어, 미생물 데이터세트 등을 생성하기 위한)에 기초한 평가 및/또는 프로세싱을 포함할 수 있다: 리보솜 단백질 S2, 리보솜 단백질 S3, 리보솜 단백질 S5, 리보솜 단백질 S7, 리보솜 단백질 S8, 리보솜 단백질 S9, 리보솜 단백질 S10, 리보솜 단백질 S11, 리보솜 단백질 S12/S23, 리보솜 단백질 S13, 리보솜 단백질 S15P/S13e, 리보솜 단백질 S17, 리보솜 단백질 S19, 리보솜 단백질 L1, 리보솜 단백질 L2, 리보솜 단백질 L3, 리보솜 단백질 L4/L1e, 리보솜 단백질 L5, 리보솜 단백질 L6, 리보솜 단백질 L10, 리보솜 단백질 L11, 리보솜 단백질 L14b/L23e, 리보솜 단백질 L15, 리보솜 단백질 L16/L10E, 리보솜 단백질 L18P/L5E, 리보솜 단백질 L22, 리보솜 단백질 L24, 리보솜 단백질 L25/L23, 리보솜 단백질 L29, 번역 신장 팩터 EF-2, 번역 개시 팩터 IF-2, 메탈로엔도펩티다아제, ffh 신호 인식 입자 단백질, 페닐알라닐-tRNA 합성효소 베타 서브유닛, 페닐알라닐-tRNA 합성효소 알파 서브유닛, tRNA 슈도우리딘 신타아제 B, 포르포빌리노겐 디아미나아제, 리보솜 단백질 L13, 포스포리보포르밀글리시나미딘 시클로-리가아제, 및 리보뉴클레아제 HII. 추가적으로 또는 대안적으로, 마커는 표적 서열(예를 들어, 프라이머 서열; 보존 서열; 돌연변이, 다형성을 포함하는 서열; 뉴클레오타이드 서열; 아미노산 서열을 포함하는 서열을 공유하는 프라이머 타입을 이용하여 다중 증폭을 용이하게 하기 위한 것과 같이, 미생물 분류학 그룹과 관련된 서열; 기능적 견지와 관련된 서열; 맹장-관련 컨디션과 관련된 서열; 상이한 요법에 대한 사용자 반응을 나타내는 서열; 집단 및/또는 어느 적절한 대상자 집단에 걸쳐 변하지 않는 서열 등), 펩타이드, 탄수화물, 지질, 기타 핵산, 전체 세포(whole cells), 대사 산물, 천연물, 유전적 소인 바이오마커, 진단 바이오마커, 예후 바이오마커, 예측 바이오마커, 기타 분자 바이오마커, 유전자 발현 마커, 이미징 바이오마커, 및/또는 다른 적절한 마커. 그러나, 마커는 마이크로바이옴 조성, 마이크로바이옴 기능성 및/또는 맹장-관련 컨디션과 관련된 어느 다른 적합한 마커(들)를 포함할 수 있다.
따라서, 생물학적 샘플의 각각의 집합 세트 각각에 대한 마이크로바이옴 조성 및/또는 기능적 견지를 특성화하는 것은 바람직하게, 대상자 또는 대상자 집단으로부터 각각의 생물학적 샘플과 관련된 마이크로바이옴 및 기능적 견지를 양적으로 그리고/또는 질적으로 특성화하기 위해, 이에 한정하는 것은 아니나, 앰플리콘 시퀀싱(예를 들어, 16S, 18S, ITS), UMIs, 3 단계 PCR, CRISPR, 메타게놈 접근법, 메타트랜스크립토믹스(metatranscriptomics), 랜덤 프라이머의 사용, 및 컴퓨터적인 기술(예를 들어, 바이오인포매틱스의 도구 활용)을 포함하는 샘플 프로세싱 기술(예를 들어, 해중 실험실 기술(wet laboratory techniques; 도 5에 도시된 바와 같음)의 조합을 포함한다. 예를 들어, 미생물 데이터세트(예를 들어, 미생물 서열 데이터세트 등)를 결정하는 것은 하나 이상의 샘플의 미생물 핵산(예를 들어, 샘플에 존재하는 적어도 하나의 미생물 핵산의 서브세트 등에 기초하여 메타게놈 라이브러리 및 메타트랜스크립토믹 라이브러리 중 적어도 하나를 결정하는 것을 포함할 수 있으며, 여기서 마이크로바이옴 특징의 세트를 결정하는 것은 메타게놈 라이브러리 및 메타트랜스크립토믹 라이브러리 중 적어도 하나에 기초할 수 있다.
변형으로, 블록 S110에서의 샘플 프로세싱은 다음 중 어느 하나 이상을 포함할 수 있다: 생물학적 샘플의 용해, 생물학적 샘플의 세포막 파괴, 상기 생물학적 샘플로부터 원치 않는 요소들(예를 들어, RNA, 단백질)의 분리, 생물학적 샘플에서 핵산(예를 들어, DNA) 정제, 상기 생물학적 샘플로부터 핵산 증폭, 상기 생물학적 샘플의 증폭된 핵산의 추가 정제, 및 상기 생물학적 샘플의 증폭된 핵산의 시퀀싱을 포함할 수 있다. 일 실시예에서, 블록 S110은 사용자 세트로부터 생물학적 샘플(예를 들어, 샘플 용기 등을 포함하는 샘플링 키트로 사용자에 의해 수집된 생물학적 샘플)을 수집하는 단계을 포함할 수 있으며, 여기서 생물학적 샘플은 맹장-관련 컨디션과 관련된 미생물 핵산(예를 들어, 맹장-관련 컨디션과 상관된 표적 서열을 포함하는 미생물 핵산 등)을 포함한다. 다른 실시예에서, 블록 S110은 사용자 세트에게 샘플링 키트 세트를 제공하는 단계를 포함할 수 있으며, 샘플링 키트 세트의 각각의 샘플링 키트는 사용자 세트의 사용자로부터 생물학적 샘플을 수용하도록 작동 가능한 (예를 들어, 용해 시약 등과 같은 전처리 시약을 포함하는) 샘플 용기를 포함한다.
변형으로, 생물학적 샘플의 용해 및/또는 생물학적 샘플의 세포에서 막을 파괴하는 것은 바람직하게 물리적 방법(예를 들어, 비드 비팅, 질소 감압, 균질화, 초음파 처리)을 포함하며, 이는 시퀀싱시, 특정 박테리아 그룹의 표현에서 편향을 생성하는 특정 시약을 생략한다. 추가적으로 또는 대안적으로, 블록 S110에서 용해 또는 파괴는 화학적 방법(예를 들어, 세제 사용, 용매 사용, 계면활성제 사용 등)을 포함할 수 있다. 추가적으로 또는 대안적으로, 블록 S100에서 용해 또는 파괴는 생물학적 방법을 포함할 수 있다. 변형으로, 바람직하지 않은 엘리먼트의 분리는 RNase를 사용하여 RNA를 제거하고 그리고/또는 프로테아제를 사용하여 단백질을 제거하는 것을 포함할 수있다. 변형으로, 핵산의 정제는 다음 중 하나 이상을 포함할 수 있다: 생물학적 샘플로부터 핵산의 침전(예를 들어, 알코올-기반 침전 방법을 사용하여), 액체-액체 기반 정제 기술(예를 들어, 페놀-클로로포름 추출), 크로마토그래피-기반 정제 기술(예를 들어, 컬럼 흡착), (예를 들어, 자성 비드, 부력 비드, 크기 분포를 갖는 비드, 초음파 반응 비드 등) 핵산에 바인딩하도록 구성되고, (용리 용액을 갖는, pH 변화를 제공하는, 온도 변화를 제공하는 등) 용리 환경의 존재하에서 핵산을 방출하도록 구성된 바인딩 모이어티-바운드 입자의 사용을 포함하는 정제 기술 및 어느 다른 적절한 정제 기술.
변형으로, 정제된 핵산의 증폭은 다음 중 하나 이상을 포함할 수 있다: 중합효소 연쇄반응(PCR)-기반 기술(예를 들어, 고체상 PCR, RT-PCR, qPCR, 다중 PCR, 터치다운 PCT(touchdown PCR), 나노 PCR, 네스티드 PCR(nested PCR), 핫 스타트 PCR(hot start PCR), 등), 헬리케이즈-의존 증폭(helicase-dependent amplification; HDA), 루프 매개 등온 증폭(loop mediated isothermal amplification; LAMP), 자가-유지 서열 복제(self-sustained sequence replication; 3SR), 핵산서열 기반 증폭(nucleic acid sequence based amplification; NASBA), 가닥 치환 증폭(strand displacement amplification; SDA), 롤링 서클 증폭(rolling circle amplification; RCA), 라이게이즈 연쇄반응(ligase chain reaction; LCR), 및 기타 적절한 증폭 기술. 정제된 핵산 증폭에 있어서, 사용되는 프라이머들은 바람직하게 분류학적으로, 계통발생적으로, 진단용으로, 제형용으로 (예를 들어, 프로바이오틱 제형용으로), 및/또는 기타 적절한 목적용으로 정보를 제공하는 핵산 영역/서열(예를 들어, 16S 영역, 18S 영역, ITS 영역 등)을 증폭하도록 설정될 뿐만 아니라, 증폭 편향(amplification bias)를 방지 또는 최소화하도록 선택된다. 따라서, 증폭 편향을 회피하도록 설정된 보편적인 프라이머들(예를 들어, 16S rRNA를 위한 F27-R338 프라이머 세트, 16S rRNA를 위한 F515-R806 프라이머 세트 등)이 증폭에 사용될 수 있다. 추가적으로 또는 대안적으로, 생물학적 샘플에, 사용자에게, 맹장-관련 컨디션에, 분류그룹에, 표적 서열에, 그리고/또는 어느 다른 적절한 구성 요소에 특이적인 통합된 바코드 서열 및/또는 UMIs를 포함할 수 있고, 이것은 시퀀싱 후 식별 프로세스(예를 들어, 마이크로바이옴 조성물 및/또는 마이크로바이옴 기능 견지에 대한 서열 판독을 맵핑하기 위한 등)를 용이하게 할 수 있다. 블록 S110 블록의 변형예에서 사용되는 프라이머들은 추가적으로 또는 대안적으로 상보적인 어댑터를 포함하는 시퀀싱 기술(예를 들어, 일루미나 시퀀싱(Illumina Sequencing))과 상호작동하도록 설정된 어댑터 영역을 포함할 수 있다. 추가적으로 또는 대안적으로, 블록 S110은 (예를 들어, 넥스테라(Nextera) 키트를 사용하여) 프로세싱을 용이하게 하도록 설정된 기타의 단계를 실행할 수 있다. 특정 실시예에서, 증폭 및/또는 샘플 프로세싱 작업을 수행하는 것은 다중 방식으로 이루어질 수 있다(예를 들어, 단일 생물학적 샘플에 대해, 다중 사용자들에 걸쳐 다수의 생물학적 샘플에 대해, 등). 다른 특정 실시예에서, 증폭을 수행하는 것은 3 스텝 PCR, 비드 기반 정규화와 같이, 라이브러리들에 대해 균형을 맞추고, 출발 물질의 양과 관계 없이 모든 앰플리콘을 검출하기 위한 정규화 단계, 및/또는 다른 적절한 기술을 포함할 수 있다.
변형으로, 정제된 핵산의 시퀀싱은 표적 앰플리콘 시퀀싱(targeted amplicon sequencing) 메타트랜스크립토믹 시퀀싱, 및/또는 메타게놈 시퀀싱을 포함하는 방법들, 다음 중 하나 이상을 포함하는 기술을 실행하는 방법들을 포함할 수 있다: 합성에 의한 시퀀싱(sequencing-by-synthesis techniques)(예를 들어, 일루미나 시퀀싱(Illumina sequencing)), 캐필러리 시퀀싱 기법(capillary sequencing techniques)(예를 들어, 생거 시퀀싱(Sanger sequencing)), 파이로시퀀싱 기법(pyrosequencing techniques) 및 나노포어 시퀀싱 기술(예를 들어, 옥스포드 나노포어 기법(Oxford Nanopore technique)을 사용함).
구체적인 실시예에서, 생물학적 샘플 세트의 생물학적 샘플로부터 얻은 핵산의 증폭 및 시퀀싱은: 올리고 어댑터를 갖는 기질상에서 상기 생물학적 샘플의 DNA 단편의 브릿지 증폭을 포함하는 고체상 PCR(여기서, 증폭은 포워드 인덱스 서열(forward index sequence)을 갖는 프라이머(예를 들어, MiSeq/NextSeq/HiSeq 플랫폼에 대한 일루미나 포워드 인덱스(Illumina forward index)에 상응하는)를 이용한다), 포워드 바코드 서열, (예를 들어, MiSeq/NextSeq/HiSeq 플랫폼에 대한 트랜스포제이즈(transposase) 바인딩 부위에 상응하는) 트랜스포제이즈 서열, 링커(예를 들어, 균질성을 감소시키고 시퀀싱 결과를 개선하기 위해 설정된 0, 1 또는 2-염기 단편), 부가적인 랜덤 염기, UMIs, 구체적인 표적 영역을 표적하기 위한 서열(예를 들어, 16S rRNA 영역, 18S rRNA 영역, ITS 영역), (예를 들어, MiSeq/NextSeq/HiSeq 플랫폼에 대한 일루미나 역방향 인덱스(Illumina reverse index)에 상응하는) 역방향 인덱스 서열(reverse index sequence), 및 역방향 바코드 서열을 포함한다. 구체적인 실시예에서, 시퀀싱은 (예를 들어, HiSeq 플랫폼으로, MiSeq 플랫폼으로, NextSeq 플랫폼으로, 등) 합성에 의한 시퀀싱 기술을 이용하는 일루미나 시퀀싱을 포함한다. 다른 특정 실시예에서, 상기 방법(100)은 (예를 들어, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션의 바이오 마커; 양적으로(positively) 상관있는; 음적으로(negatively) 상관있는; 원인이 되는 등) 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 하나 이상의 유전적 표적과 호환가능한 하나 이상의 프라이머 타입을 식별하는 단계; 미생물 핵산을 단편화하고, 그리고/또는 맹장-관련 컨디션과 관련된 하나 이상의 유전적 표적과 호환가능한 하나 이상의 식별된 프라이머 타입(예를 들어, 프라이머 타입에 상응하는 프라이머 등)에 기초하여 단편화된 미생물 핵산에 대해 단일 증폭 프로세스 및/또는 다중 증폭 프로세스를 수행하는 것에 의한 것과 같이, 하나 이상의 프라이머 타입에 기초하여 (예를 들어, 하나 이상의 프라이머 타입에 상응하는 프라이머에 기초하여, 및 수집된 생물학적 샘플에 포함된 미생물 핵산에 기초하여, 등) 하나 이상의 사용자(예를 들어, 대상자 세트)에 대해 미생물 데이터세트(예를 들어, 차세대 시퀀싱 시스템 등을 이용하는 것과 같은 미생물 시퀀스 데이터세트)를 결정하는 단계; 및/또는 미생물 데이터세트로부터 유래된 맹장-관련 특성화에 기초하여, 사용자 상태에 대한 요법(예를 들어, 맹장-관련 컨디션에 대한; 원하는 분류그룹 및 원하는 마이크로바이옴 기능의 집단 크기 중 적어도 하나와 관련되어 사용자의 마이크로바이옴의 선택적인 조절이 가능하도록 하는 것 등)을 촉진(예를 들어, 제공)하는 단계를 포함할 수 있다. 특정 실시예에서, 미생물 데이터세트를 결정하는 단계는 미생물 핵산에 대한 단일 플렉스 증폭 프로세스 및 다중 증폭 프로세스 중 적어도 하나를 통해 증폭된 미생물 핵산을 생성하는 단계; 및 차세대 시퀀싱 시스템으로, 증폭된 미생물 핵산에 기초하여 미생물 데이터세트를 결정하는 단계를 포함한다.
실시예에서, 생물학적 시료는 내장 수집 부위(예를 들어, 내장 부위의 신체 부위 타입에 상응함), 피부 수집 부위(예를 들어, 피부 부위의 신체 부위 타입에 상응함), 코 수집 부위(예를 들어, 코 부위의 신체 부위 타입에 상응함), 입 수집 부위(예를 들어, 입 부위의 신체 부위 타입에 상응함), 및 생식기 수집 부위(예를 들어, 생식기 부위의 신체 부위 타입에 상응함) 중 적어도 하나를 포함하는 하나 이상의 수집 부위에 상응할 수 있다. 특정 실시예에서, 미생물 데이터세트(예를 들어, 미생물 서열 데이터세트 등)를 결정하는 단계는 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 제1 유전자 표적과 호환가능한 제1 프라이머 타입 및 수집 부위 세트의 제1 수집 부위를 식별하는 단계; 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 제2 유전자 표적과 호환가능한 제2 프라이머 타입 및 수집 부위 세트의 제2 수집 부위를 식별하는 단계; 및 미생물 핵산에 기초하여 대상자 세트에 대한 미생물 데이터세트를 생성하는 단계를 포함하며, 제1 프라이머는 제1 프라이머 타입에 상응하고, 그리고 제2 프라이머는 제2 프라이머 타입에 상응한다.
변형으로, 블록 S110에 사용되는 프라이머(프라이머 서열에 상응하는 프라이머 타입의, 등) 및/또는 상기 방법(100)의 구현의 다른 적절한 부분은 단백질 유전자(예를 들어, 다수의 표적 및/또는 분류그룹에 대해 다중 증폭을 가능하게 하기 위한 것과 같이, 다수의 분류그룹에 걸쳐 보존된 단백질 유전자 서열에 대해 코딩하는)와 관련된 프라이머를 포함할 수 있다. 프라이머는 추가적으로 또는 대안적으로, 맹장-관련 컨디션(예를 들어, 맹장-관련 컨디션과 상관된 미생물에 대한 미생물 서열 바이오마커를 포함하는 유전자 표적과 호환적인 프라이머), 마이크로바이옴 조성 특징(예를 들어, 맹장-관련 컨디션과 상관된 분류그룹의 그룹과 관련된 마이크로바이옴 조성에 상응하는 유전적 표적과 호환적인 식별된 프라이머; 이로부터 상대 풍부성 특징이 유래되는 유전자 서열 등), 기능적 다양성 특징, 보충적 특징, 및/또는 다른 적절한 특징 및/또는 데이터와 연관될 수 있다. 프라이머 (및/또는 본원에 기술된 다른 적절한 분자, 마커, 및/또는 생물학적 물질)는 어느 적절한 크기(예를 들어, 서열 길이, 염기쌍의 수, 보존된 서열 길이, 다양한 영역 길이 등)를 가질 수 있다. 추가적으로 또는 대안적으로, 어느 적합한 수의 프라이머가 특성화(예를 들어, 맹장-관련 특성화 등)를 수행하고, 샘플 프로세싱(예를 들어, 증폭 바이어스 감소 등을 통해)하고, 그리고/또는 어느 적절한 목적을 위해 샘플 프로세싱에 사용될 수 있다. 프라이머는 어느 적합한 수의 표적, 서열, 분류그룹, 컨디션 및/또는 다른 적합한 견지와 연관될 수 있다. 블록 S110 및/또는 상기 방법(100)의 다른 적합한 부분에 사용되는 프라이머는 블록 S110에 기술된 프로세스(예를 들어, 분류학적 데이터베이스를 생성하는데 사용된 파라미터에 기초한 프라이머 선택) 및/또는 상기 방법(100)의 구현의 어느 다른 적합한 부분을 통해 선택될 수 있다. 추가적으로 또는 대안적으로, 프라이머 (및/또는 프라이머와 관련된 프로세스)는 2015년 10월 21일에 출원된 미국 특허출원 제14/919,614호에 기술된 것을 포함하고, 그리고/또는 이와 유사할 수 있으며, 이는 본원에 그 전체가 참조로 포함된다. 그러나, 프라이머의 식별 및/또는 사용은 어느 적절한 방식으로 구성될 수 있다.
샘플 프로세싱의 일부 변형은 시퀀싱 전에, 과량의 증폭 엘리먼트(예를 들어, 프라이머, dNTP, 효소, 염 등)를 제거하는 기능을 하는, 증폭된 핵산(예를 들어, PCR 산물)의 추가 정제를 포함할 수 있다. 예를 들어, 추가 정제는, 정제 키트, 버퍼, 알코올, pH 지시약, 카오트로픽 염, 핵산 바인딩 필터, 원심분리 및/또는 기타 적합한 정제 기술 중 하나 이상을 사용하여 용이하게 될 수 있다.
변형으로, 블록 S110에서의 컴퓨터적인 프로세싱은 다음 중 어느 하나 이상을 포함할 수 있다: 마이크로바이옴-유래 서열의 식별(예를 들어, 대상 서열 및 오염물과 대조되는 것으로), 마이크로바이옴-유래된 서열의 정렬 및 맵핑(예를 들어, 단일 말단 정렬, 언갭(ungapped) 정렬, 갭 정렬, 페어링 중 하나 이상을 이용한 단편화 서열의 정렬), 및 생물학적 샘플과 관련된 마이크로바이옴의 조성적 및/또는 기능적 견지와 관련된(예를 들어, 유래된) 특징을 생성하는 것을 포함할 수 있다.
마이크로바이옴-유래 서열의 식별은 대상 게놈-유래 서열을 제거하기 위해, 샘플 프로세싱으로부터 대상 기준 게놈(예를 들어, 게놈 기준 컨소시엄에 의해 제공된)으로의 서열 데이터의 맵핑을 포함할 수 있다. 서열 데이터를 대상 기준 게놈에 맵핑한 후 남아있는 미식별 서열은, 그 다음, 추가적으로 서열 유사성 및/또는 기준-기반 접근법(예를 들어, VAMPS 사용, MG-RAST 사용, QIIME 데이터베이스 사용)에 기초하여 작동 분류학 유닛(OTUs)으로 클러스터링되고, 정렬되고(예를 들어, 게놈 해싱(genome hashing) 접근법 사용, Needleman-Wunsch 알고리즘 사용, Smith-Waterman 알고리즘 사용), 정렬 알고리즘(예를 들어, 기본 로컬 정렬 검색 도구(Basic Local Alignment Search Tool) FPGA 가속 정렬 도구, BWA를 사용한 BWT-인덱싱, SOAP을 사용한 BWT-인덱싱, Bowtie를 사용한 BWT-인덱싱 등)을 사용하여 기준 박테리아 게놈(예를 들어, 국립 생물공학정보센터(National Center for Biotechnology Information)에서 제공된)에 맵핑될 수 있다. 미식별된 서열의 맵핑은 추가적으로 또는 대안적으로 기준 고세균류 게놈, 바이러스 게놈 및/또는 진핵생물 게놈에 대한 맵핑을 포함할 수 있다. 또한, 분류그룹의 맵핑은 기존 데이터베이스와 관련되어 그리고/또는 주문-생성된 데이터베이스와 관련되어 수행될 수 있다.
생물학적 샘플을 프로세싱하는 것, 미생물 데이터세트를 생성하는 것, 및/또는 블록 S110과 관련된 다른 견지는 어느 적절한 방식으로 수행될 수 있다.
4-2. 프로세싱 보충 데이터.
상기 방법(100)의 구현은 추가적으로 또는 대안적으로, 블록 S120을 포함할 수 있으며, 이는 하나 이상의 맹장-관련 컨디션, 하나 이상의 사용자, 및/또는 다른 적절한 엔티티와 관련된(예를 들어, 정보 제공; 설명; 표시; 상관성 등) 보충 데이터(예를 들어, 하나 이상의 보충 데이터세트 등)를 프로세싱(예를 들어, 수신, 수집, 변환, 보충 특징 결정, 보충 특징 순위 결정, 상관성 식별 등)를 포함할 수 있다. 블록 S120은 미생물 데이터세트, 마이크로바이옴 특징(예를 들어, 맹장-관련 특성화 결정 및/또는 치료적 개입 촉진과 관련된 등)을 보충하기 위한 데이터를 프로세싱하도록(예를 들어, 블록 S130에서와 같은 하나 이상의 특성화 프로세스를 용이하게 하기 위한 보충 데이터를 프로세싱하는 것; 예를 들어 맹장-관련 특성화 모델을 용이하게 하는 것, 인증하는 것, 생성하는 것, 결정하는 것, 적용하는 것 및/또는 그렇지 않으면 프로세싱하는 것과 같이) 기능할 수 있고, 그리고/또는 상기 방법(100) 및/또는 시스템(200)의 어느 적절한 부분을 보충하도록 기능할 수 있다. 실시예에서, 보충 데이터는 설문조사-도출 데이터, 사용자 데이터, 부위-특이적 데이터, 및 디바이스 데이터 (및/또는 다른 적절한 보충 데이터) 중 적어도 하나를 포함할 수 있으며, 여기서 상기 방법(100)의 예는 설문조사-도출 데이터, 사용자 데이터, 부위-특이적 데이터, 및 디바이스 데이터 (및/또는 다른 적절한 보충 데이터) 중 적어도 하나에 기초한 보충 특징 세트를 결정하는 단계; 및 보충 특징, 마이크로바이옴 특징 및/또는 다른 적합한 데이터에 기초하여 하나 이상의 맹장-관련 특성화 모델을 생성하는 단계를 포함할 수 있다.
보충 데이터는 다음 중 어느 하나 이상을 포함할 수 있다: 설문조사-도출 데이터(예를 들어, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션에 대해, 본원에 기술된 어느 적절한 타입의 데이터에 대해 설문조사 하는 하나 이상의 설문조사에 대한 응답으로부터의 데이터, 등); 부위-특이적 데이터(예를 들어, 특정 수집 장소에서의 마이크로바이옴과 하나 이상의 맹장-관련 컨디션 간의 상관성을 나타내는 사전 생물학적 지식과 같은 상이한 수집 부위에 대한 정보를 제공하는 데이터 등); 맹장-관련 컨디션 데이터(예를 들어, 마이크로바이옴 특성, 요법, 사용자와 관련된 것과 같은, 상이한 맹장-관련 컨디션에 대한 정보를 제공하는 데이터 등); 디바이스 데이터(예를 들어, 센서 데이터; 맹장와 관련된 상황별 센서 데이터; 웨어러블 디바이스 데이터; 의료 디바이스 데이터; 모바일폰 애플리케이션 데이터와 같은 사용자 디바이스 데이터; 웹 애플리케이션 데이터 등); 사용자 데이터(예를 들어, 치료 이력, 의학 검사 이력 데이터와 같은 사용자 의료 데이터 현재 및 과거 의료 데이터; 의료 디바이스-유래 데이터; 생리학적 데이터; 의료 검사와 관련된 데이터; 소셜 미디어 데이터; 인구통계 데이터; 가족력 데이터; 행동을 기술하는 행동 데이터; 환경적 요인을 기술하는 환경 요인 데이터; 식품 확립 체크인으로부터의 데이터, 분광광도 분석 데이터, 사용자 입력 데이터, 프로바이오틱 및/또는 프리바이오틱 음식 품목과 관련된 영양 데이터, 소비된 음식의 타입, 소비된 음식의 양, 칼로리 데이터, 다이어트 요법 데이터 및/또는 다른 적절한 다이어트-관련 데이터와 같은 다이어트-관련 데이터 등); 사전 생물학적 지식(예를 들어, 맹장-관련 컨디션, 마이크로바이옴 특성, 마이크로바이옴 특성과 맹장-관련 컨디션 간의 관련성의 정보 등); 및/또는 어느 다른 적합한 타입의 보충 데이터.
변형으로, 보충 데이터 프로세싱은 설문조사-도출된 데이터를 프로세싱하는 것을 포함할 수 있고, 여기서 설문조사-도출된 데이터는 생리학적 데이터, 인구통계 데이터, 행동 데이터, 환경 요인 데이터(예를 들어, 환경 요인 설명 등), 다른 타입의 보충 데이터, 및/또는 어느 다른 적절한 데이터를 제공할 수 있다. 생리학적 데이터는 생리학적 특징과 관련된 정보(예를 들어, 키, 체중, 체질량 지수, 체지방률, 체모 수준, 병력 등)를 포함할 수 있다. 인구통계 데이터는 인구통계학적 특성(예를 들어, 성별, 나이, 민족성, 결혼 여부, 형제 자매 수, 사회 경제적 상태, 성적 취향 등)과 관련된 정보를 포함할 수 있다. 행동 데이터는 다음 중 하나 이상을 포함하는 행동을 기술할 수 있다: 건강 관련 상태(예를 들어, 건강 및 질병 상태), 다이어트 습관(예를 들어, 알코올 소비, 카페인 소비, 잡식성, 채식주의자, 완전 채식주의자, 설탕 소비, 산 소비, 밀, 계란, 콩, 트리너트, 피너트, 조개류의 소비, 음식 선호도, 알레르기 특성, 다른 음식물 아이템의 소비 및/또는 회피 등), 행동 성향(예를 들어, 신체 활동의 수준, 약물 사용, 알코올 사용, 습관 발달 등), 상이한 수준의 이동성(예를 들어, 주어진 시간 내에 이동한 거리와 관련된 운동량, 예를 들어, 낮음, 중간 및/또는 극한의 신체적 운동 활동의 양; 모션 및/또는 위치 센서와 같은 이동성 센서에 의해 표시됨 등), 상이한 수준의 성적 활동(예를 들어, 파트너 수 및 성적 취향 관련) 및 어느 다른 적절한 행동 데이터. 설문조사-도출 데이터는 (예를 들어, 심각도의 척도, 정성적 반응을 정량화된 점수로 맵핑하는 것 등을 사용하여) 정성적 데이터가 정량적 데이터로 변활될 수 있는 것과 같이, 정량적 데이터, 정성적 데이터 및/또는 다른 적절한 타입의 설문조사-도출 데이터를 포함할 수 있다. 설문조사-도출 데이터의 프로세싱은 하나 이상의 설문조사를 하나 이상의 사용자, 대상자 및/또는 다른 적절한 엔티티에 제공하는 것에 의한 것과 같이, 설문조사-도출 데이터의 수집을 용이하게 하는 것을 포함할 수 있다. 설문조사는 개인적으로(예를 들어, 샘플 키트 제공 및/또는 샘플의 수신과 합동으로 등), 전자적으로(예를 들어, 계정 설정 동안; 대상자의 전자 디바이스에서 실행되는 애플리케이션에서, 웹 애플리케이션에서 그리고/또는 인터넷 접속을 통해 접속가능한 웹 사이트 등), 및/또는 어느 다른 적절한 방식으로 제공될 수 있다.
추가적으로 또는 대안적으로, 보충 데이터를 프로세싱하는 것은 프로세싱 센서 데이터(예를 들어, 맹장-관련 디바이스, 웨어러블 컴퓨팅 디바이스, 모바일 디바이스; 사용자 스마트폰의 생체 센서와 같은 사용자와 관련된 생체 센서 등)를 포함할 수 있다. 센서 데이터는 다음 중 어느 하나 이상을 포함할 수 있다: 신체 활동- 및/또는 신체 행동-관련 데이터(예를 들어, 가속도계 데이터, 자이로스코프(gyroscope) 데이터, GPS 데이터와 같은 위치 센서 데이터 및/또는 모바일 디바이스 및/또는 웨어러블 전자 디바이스와 같은 하나 이상의 디바이스로부터의 이동성 센선 데이터 등), 환경 요인을 기술하는 센서 데이터(예를 들어, 온도 데이터, 고도 데이터, 기후 데이터, 광 파라미터 데이터, 압력 데이터, 대기 질 데이터 등), 생체 센서 데이터(예를 들어, 혈압 데이터; 온도 데이터; 팽창과 관련된 압력 데이터; 심박수 센서 데이터; 지문 센서 데이터; 안면 이미지 및/또는 비디오와 같은 광학 센서 데이터; 모바일 디바이스의 센서를 통해 기록된 데이터; 웨어러블 또는 다른 주변 디바이스를 통해 기록된 데이터 등), 및/또는 센서와 관련된 어느 다른 적절한 데이터. 추가적으로 또는 대안적으로, 센서 데이터는 다음 중 하나 이상에서 샘플링된 데이터를 포함할 수 있다: 광학 센서(예를 들어, 이미지 센서, 광 센서, 카메라 등), 오디오 센서(예를 들어, 마이크로폰 등), 온도 센서, 휘발성 화합물 센서, 대기 질 센서, 무게 센서, 습도 센서, 깊이 센서, 위치 센서(GPS 수신기; 비콘(beacons); 실내 포지셔닝 시스템; 콤파스 등), 모션 센서(예를 들어, 가속기, 자이로스코프, 자력계, 사용자에 의해 착용된 디바이스와 통합된 모션 센서 등), 생체 센서(예를 들어, 심박수 모니터링을 위한 심박수 센서; 지문 센서; 안면 인식 센서; 바이오-임피던스 센서 등), 압력 센서, 근접 센서(예를 들어, 움직임 및 사용자 맹장 기간과 관련된 제3자 객체의 다른 견지들을 모니터링하기 위한 것 등), 흐름 센서, 전력 센서(예를 들어, 홀 효과 센서), 가상현실-관련 센서, 증강현실-관련 센서 및/또는 어느 다른 적합한 타입의 센서.
추가적으로 또는 대안적으로, 보충 데이터는 의료 기록 데이터 및/또는 임상 데이터를 포함할 수 있다. 이와 같이, 보충 데이터 세트의 일부는 하나 이상의 전자 건강 기록(EHRs)으로부터 도출될 수 있다. 추가적으로 또는 대안적으로, 보충 데이터는 어느 다른 적합한 진단 정보(예를 들어, 임상 진단 정보)를 포함할 수 있다. 어느 적합한 보충 데이터(예를 들어, 추출된 보충 특징 등의 형태로)는 마이크로바이옴 특징 및/또는 상기 방법(100)(예를 들어, 특성화 프로세스를 수행하는 것 등) 및/또는 시스템(200)의 구현의 일부를 수행하기 위한 다른 적합한 데이터와 조합되고 그리고/또는 이와 함께 사용될 수 있다. 예를 들어, 컴퓨터 단층 촬영(CT 스캔), 초음파, 대장 내시경, 생검, 혈액 검사, 복부 검사(예를 들어, 염증 검출을 위한 것 등), 소변 검사(예를 들어, 감염 검출을 위한 것 등), 진단 영상, 맹장-관련 컨디션과 관련된 다른 적절한 진단 절차 및/또는 어느 다른 적절한 시험과 관련된(예를 들어, 이로부터 도출된) 보충 데이터가 보충하기 위해(예를 들어, 상기 방법(100) 및/또는 시스템(200)의 구현의 어느 적절한 부분을 위해) 사용될 수 있다.
추가적으로 또는 대안적으로, 보충 데이터는 다음 중 하나 이상을 포함하는 요법-관련 데이터를 포함할 수 있다: 요법 레지멘, 요법의 타입, 권장 요법, 사용자에 의해 사용된 요법, 요법 준수 및/또는 요법과 관련된 다른 적절한 데이터. 예를 들어, 보충 데이터는 하나 이상의 요법(예를 들어, 권장 요법 등)과 관련된 사용자 준수 메트릭스(예를 들어, 의약 준수, 프로바이오틱 준수, 신체 운동 준수, 다이어트 준수 등)를 포함할 수 있다. 그러나, 보충 데이터를 프로세싱하는 것은 어느 적절한 방식으로 수행 될 수 있다.
4.3 특성화 프로세스 수행.
상기 방법(100)의 구현은 블록 S130을 포함할 수 있으며, 이는 미생물 데이터세트(예를 들어, 블록 S110에서 도출된 것 등) 및/또는 다른 적절한 데이터(예를 들어, 보충 데이터세트 등)에 기초한 것과 같이, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 특성화 프로세스(예를 들어, 프리-프로세싱; 특징 생성; 특징 프로세싱; 부위-특이적 특성화, 예들 들어, 하나 이상의 특정 신체 부위에 특이적인 특성화, 예를 들어, 신체 부위에 상응하는 수집 부위에 수집된 샘플에 대해, 예를 들어, 다중 신체 부위에 대한 다중-부위 특성화; 다수의 맹장-관련 컨디션에 대한 교차-컨디션 분석; 모델 생성 등)를 수행하는 것을 포함할 수 있다. 블록 S130은 마이크로바이옴 조성(예를 들어, 마이크로바이옴 조성 다양성 특징 등), 기능(예를 들어, 마이크로바이옴 기능적 다양성 특징 등), 및/또는 다른 적절한 마이크로바이옴 특징(예를 들어, 맹장-관련 특성화를 결정하기 위한 특성화 모델의 생성 및 적용을 통해서 등)에 기초하여, 사용자 또는 및 사용자 세트에 대한 맹장-관련 특성화를 결정하는 데 사용될 수 있는 특징 및/또는 특징 조합을 식별, 결정, 추출 및/또는 그렇지 않으면 프로세싱하는 기능을 할 수 있다. 이와 같이, 특성화 프로세스는 이들의 건강 컨디션 상태(예를 들어, 맹장-관련 컨디션 상태), 행동 특질, 의학적 상태, 인구통계 특성, 및/또는 어느 다른 적절한 특질 중 하나 이상과 관련하여, 이들의 마이크로바이옴 조성 및/또는 기능적 특징에 기초하여, 대상자를 특성화할 수 있는 진단 도구로서(예를 들어, 행동 특질 면에서, 의학적 컨디션 면에서, 인구통계 특성 면에서 등) 사용될 수 있다. 이러한 특성화는 요법(예를 들어, 요법 모델에 의해 결정되는 것과 같은 개인화된 요법 등)을 결정, 권장 및/또는 제공하고 그리고/또는 그렇지 않으면 치료적 개입을 용이하게 하는 데 사용될 수 있다.
특성화 프로세스 수행 S130은 미생물 데이터세트, 마이크로바이옴 특징, 및/또는 다운스트림 프로세싱을 용이하게 하기 위한 다른 적절한 데이터를 프리-프로세싱하는 것을 포함할 수 있다(예를 들어, 맹장-관련 특성화 결정 등). 실시예에서, 특성화 프로세스 수행은 다음 중 하나 이상에 의해 미생물 데이터 세트를 필터링하는 것(예를 들어, 마이크로바이옴 특징을 결정하기 위해 분석 기술 세트를 적용하기 이전과 같은 미생물 서열 데이터세트를 필터링하는 것 등)을 포함할 수 있다: a) 생물학적 샘플 세트의 제1 샘플 이상치(outliers)(예를 들어, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 등)에 상응하는 제1 샘플 데이터를 제거하는 것, 예를 들어 여기서 제1 샘플 이상치가 주요 구성 요소 분석, 차원 축소 기술(dimensionality reduction technique), 및 다변량 방법론 중 적어도 하나에 의해 결정됨; b) 생물학적 샘플 세트의 제2 샘플 이상치에 상응하는 제2 샘플 데이터를 제거하는 것, 여기서 제2 샘플 이상치는 마이크로바이옴 특징 세트에 대해 상응하는 데이터 품질에 기초하여 결정될 수 있음(예를 들어, 역치 컨디션 이하의 고품질 데이터를 갖는 다수의 마이크로바이옴 특징에 상응하는 샘플을 제거하는 것 등); 및 c) 역치 샘플 수 컨디션을 만족하는 데 실패한 마이크로바이옴 특징에 대한 샘플 수에 기초하여 마이크로바이옴 특징 세트로부터 하나 이상의 마이크로바이옴 특징을 제거하는 것, 여기서 샘플 수는 마이크로바이옴 특징에 대해 고품질 데이터와 관련된 샘플의 수에 상응함. 그러나, 프리-프로세싱은 어느 적절한 방식으로 어느 적합한 분석 기술로 수행될 수 있다.
특성화 프로세스를 수행함에 있어서, 블록 S130은 컴퓨터상의 방법(예를 들어, 통계학적 방법, 기계학습 방법, 인공지능 방법, 생물정보학 방법 등)을 사용하여 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 (예를 들어, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션을 갖는 사용자 세트의 특성적인 특징) 특징을 나타냄으로써(예를 들어, 사용자 마이크로바이옴 특징은 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 상관된 및/또는 그렇지 않으면 관련된 특성화 프로세스에 의해 식별되는 마이크로바이옴 특징에 대해 특징값을 결정하는 것을 포함할 수 있다) 대상자를 특성화할 수 있다.
도 3에 도시된 바와 같이, 특성화 프로세스를 수행하는 것은 하나 이상의 분석 기술을 적용하는 것에 의한 것과 같이, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 하나 이상의 마이크로바이옴 특징을 결정하는 단계(예를 들어, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 가장 높은 관련성이 있는 마이크로바이옴 특징을 식별하는 단계; 예를 들어 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 식별된 마이크로바이옴 특징에 대응하는 사용자 마이크로바이옴 특징의 존재, 부재 및/또는 값과 같은 사용자 마이크로바이옴 특징을 결정하는 단계 등)를 포함할 수 있다. 실시예에서, 마이크로바이옴 특징(예를 들어, 마이크로바이옴 조성 특징, 마이크로바이옴 기능적 특징 등)을 결정하는 것은 예를 들어, 미생물 데이터세트(예를 들어, 미생물 서열 데이터세트 등)에 기초하여, 단일변량 통계 테스트, 다변량 통계 테스트, 치수 감소 기술, 및 인공지능 접근법 중 적어도 하나를 포함하는 분석 기술 세트를 적용할 수 있으며, 그리고 여기서 마이크로바이옴 특징은 사용자에 대한 맹장-관련 특성화의 결정과 관련된 컴퓨팅 시스템-관련 기능성(예를 들어, 정확도, 오류 감소, 처리 속도, 스케일링 등과 관련하여)을 개선하도록 구성될 수 있다. 실시예에서, 마이크로바이옴 특징(예를 들어, 사용자 마이크로바이옴 특징 등)을 결정하는 것은, 예를 들어, 미생물 데이터세트에 기초한 것과 같이, 마이크로바이옴 조성 다양성 특징 및 마이크로바이옴 기능적 다양성 특징 중 적어도 하나의 존재, 마이크로바이옴 조성 다양성 특징 및 마이크로바이옴 기능적 다양성 특징 중 적어도 하나의 부재, 제1 맹장-관련 컨디션과 연관 상이한 분류학적 그룹의 상대적 풍부성을 나타내는 상대적 풍부성 특징, 상이한 분류학적 그룹과 관련된 적어도 2개의 마이크로바이옴 특징들 사이의 비율을 나타내는 비율 특징, 상이한 분류학적 그룹들 사이의 상호작용을 나타내는 상호작용 특징, 및 상이한 분류학적 그룹들 사이의 계통발생학적 거리를 나타내는 계통발생학적 거리 특징을 포함할 수 있으며, 그리고 여기서 분석 기술 세트는 단일변량 통계학적 시험, 다변량 통계학적 시험, 치수 감소 기술 및 인공지능 접근법 중 적어도 하나를 포함할 수 있다.
변형으로, 생물학적 샘플과 관련된 마이크로바이옴의 대표적인 미생물 그룹이 식별되면, 생물학적 샘플과 관련된 마이크로바이옴의 조성 및 기능적 견지와 관련된(예를 들어, 이로부터 도출된) 특징들의 생성이 수행될 수 있다. 변형으로, 특징들의 생성은 상기 방법(100)의 후속 블록에서의 특성화에 유용한 마커를 식별하기 위해서, 다좌위 서열 타이핑(multilocus sequence typing; MLST)에 기초한 특징들의 생성을 포함할 수 있다. 추가적으로 또는 대안적으로, 생성된 특징들은 특정 미생물 분류그룹의 존재 또는 부재, 및/또는 공개된 미생물 분류그룹 간의 비율을 기술하는 특징들의 생성을 포함할 수 있다. 추가적으로 또는 대안적으로, 특징들의 생성은 다음 중 하나 이상을 기술하는 특징들을 생성하는 것을 포함할 수 있다: 대표 분류그룹의 양, 대표 분류그룹의 네트워크, 다른 대표 분류그룹과의 상관관계, 다른 분류그룹 간의 상호작용, 다른 분류그룹에 의해 생산되는 제품, 다른 분류그룹에 의해 생산되는 제품들 간의 상호작용, (예를 들어, RNA 분석에 기초하여 다른 대표 분류그룹에 대한) 사멸 및 생존 미생물 간의 비율, (예를 들어, 칸토로비치-루빈스타인 거리(Kantorovich-Rubinstein distances), 바세르스타인 거리(Wasserstein distances) 등의 관점에서) 계통발생학적 거리, 기타 적절한 분류그룹-관련 특징(들), 기타 적절한 유전적 또는 기능적 견지(들).
추가적으로 또는 대안적으로, 특징들의 생성은, 하나 이상의 미생물그룹의 상대적 풍부성의 최대 가능성 평가를 실행하기 위해, 예를 들어, sparCC 접근법, 게놈 상대적 풍부성 및 평균 크기(Genome Relative Abundance and Average size; GAAS) 접근법 및/또는 서열 유사성 데이터를 이용하는, 혼합 모델 이론을 이용하는 게놈 상대적 풍부성(Genome Relative Abundance using Mixture Model theory; GRAMMy) 접근법을 이용하여, 상이한 미생물군의 상대적 풍부성을 기술하는 특징들의 생성을 포함할 수 있다. 추가적으로 또는 대안적으로, 특징들의 생성은 풍부성 메트릭스로부터 도출되는 것과 같은, 분류그룹 다양성의 통계적 수단의 생성을 포함할 수 있다. 추가적으로 또는 대안적으로, 특징들의 생성은 (예를 들어, 다른 분류그룹의 풍부성에 영향을 미치는 한 분류그룹의 풍부성 상의 변화와 관련된) 상대적 풍부성 인자와 관련된(예를 들어, 이로부터 도출되는) 특징들의 생성을 포함할 수 있다. 추가적으로 또는 대안적으로, 특징들의 생성은 분리하여 및/또는 조합하여 하나 이상의 분류그룹의 존재를 나타내는 질적인 특징들의 생성을 포함할 수 있다. 추가적으로 또는 대안적으로, 특징들의 생성은 생물학적 물질과 관련된 마이크로바이옴의 미생물을 특성화하는 유전자 마커(예를 들어, 대표적인 16S, 18S 및/또는 ITS 서열들)와 관련된 특징들의 생성을 포함할 수 있다. 추가적으로 또는 대안적으로, 특징들의 생성은 특정한 유전자 및/또는 상기 특정한 유전자를 갖는 유기체의 기능적 연관성과 관련된 특징들의 생성을 포함할 수 있다. 추가적으로 또는 대안적으로, 특징들의 생성은 분류그룹의 병원성 및/또는 분류그룹에 귀속된 생산물과 관련된 특징들의 생성을 포함할 수 있다. 그러나, 블록 S130은 생물학적 샘플의 핵산의 시퀀싱 및 맵핑으로부터 도출된 어느 다른 적절한 특징(들)의 결정을 포함한다. 예를 들어, 특징(들)은 조합적이고(예를 들어, 쌍, 트리플렛과 관련됨), 상관적이고(예를 들어, 상이한 특징들 사이의 상관성과 관련됨), 그리고/또는 특징들의 변화와 관련(예를 들어, 시간적 변화, 샘플 부위 등에 걸친 변화, 공간적 변화 등)될 수 있다. 그러나, 마이크로바이옴 특징의 결정은 어느 적절한 방식으로 수행될 수 있다.
변형으로, 특성화 프로세스 수행은 제1 신체 부위와 관련된 부위-특이적 특징의 제1 서브세트, 및 제2 신체 부위와 관련된 부위-특이적 특징의 제2 서브세트를 포함하는 부위-특이적 특징 세트에 기초하여 맹장-관련 특성화를 수행하는 것과 같이, 다수의 수집 부위와 관련된 하나 이상의 다중-부위 분석을 (예를 들어, 맹장-관련 특성화 모델로; 다중-부위 특성화를 수행하는 것 등) 수행하는 것을 포함할 수 있다. 다중-부위 분석은 어느 적절한 방식으로 수행될 수 있다.
변형으로, 특성화 프로세스 수행은 다수의 맹장-관련 컨디션에 대해 (예를 들어, 맹장-관련 특성화 모델 등을 사용하여) 하나 이상의 교차-컨디션 분석을 수행하는 단계를 포함할 수 있다. 실시예에서, 교차-컨디션 분석을 수행하는 단계는, 하나 이상의 분석 기술에 기초하여, 다수의 맹장-관련 컨디션(예를 들어, 제1 맹장-관련 컨디션 및 제2 맹장-관련 컨디션 등)과 관련된 교차-컨디션 특징 세트(예를 들어, 마이크로바이옴 특징을 결정하는 것의 일부로서)를 결정하는 단계를 포함할 수 있으며, 여기서 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계는, 하나 이상의 맹장-관련 특성화 모델에 기초하여 다수의 맹장-관련 컨디션(예를 들어, 제1 및 제2 맹장-관련 컨디션 등)에 대해 사용자에 대한 맹장-관련 특성화를 결정하는 것을 포함할 수 있으며, 그리고 여기서 교차-컨디션 세트는 다수의 맹장-관련 컨디션에 대해 사용자에 대한 맹장-관련 특성화의 결정과 관련된 컴퓨팅 시스템-관련 기능성을 개선시키도록 구성된다. 교차-컨디션 분석을 수행하는 것은 교차-컨디션 상관 메트릭스(예를 들어, 상이한 맹장-관련 컨디션에 상응하는 데이터 사이의 상관성 및/또는 공분산 등) 및/또는 교차-컨디션 분석과 관련된 다른 적절한 메트릭스를 결정하는 것을 포함할 수 있다. 그러나, 교차-컨디션 분석 수행은 어느 적절한 방식으로 수행될 수 있다.
변형으로, 특성화는 표적 상태(예를 들어, 맹장-관련 컨디션 상태)를 나타내는 제1 대상자 그룹과 상기 표적 상태를 나타내지 않는(예를 들어, "정상" 상태인) 제2 대상자 그룹 사이에 유사성 및/또는 차이점의 통계학적 분석(예를 들어, 확률 분포 분석)을 적용하는 것을 포함할 수 있다. 이러한 변형예를 실행함에 있어서, 하나 이상의 콜모고로프-스미르노프 검정(Kolmogorov-Smirnov (KS) test), 순열 검정(permutation test), 크래머-폰미제스 검정(Cramer-von Mises test), 및 기타 통계학적 검정(예를 들어, t-테스트, 웰치(Welch) t-테스트, z-테스트, 카이 제곱(chi-squared) 검정, 분포 연관 테스트, 등)이 사용될 수 있다. 특히, 하나 이상의 이러한 통계학적 가설 검정들은 표적 상태(예를 들어, 병든 상태)를 나타내는 제1 대상자 그룹과 표적 상태를 나타내지 않는 (예를 들어, 정상 상태인) 제2 대상자 그룹에서 다양한 정도의 풍부성을 갖는 특징들 세트를 평가하는 데 사용될 수 있다. 보다 상세하게, 평가된 특징들 세트는 특성화에 대한 신뢰도를 높이거나 낮추기 위해, 제1 대상자 그룹 및 제2 대상자 그룹과 관련된 다양성과 관계가 있는 풍부성 백분율(percent abundance) 및/또는 기타 적절한 파라미터에 기초하여 제한될 수 있다. 본 실시예의 특정 실행에서, 특징은 제1 대상자 그룹 및 제2 대상자 그룹에서 특정 백분율로 풍부한 박테리아 분류그룹으로부터 도출될 수 있고, 여기서 제1 대상자 그룹 및 제2 대상자 그룹 사이에 분류그룹의 상대적 풍부성은 (예를 들어, p-값의 관점에서) 유의성을 나타내며 KS 검정으로 결정될 수 있다. 따라서, S130 블록의 출력은 유의성(예를 들어, 0.0013의 p-값)을 나타내며 정규화된 상대적 풍부성 값(예를 들어, 건강한 대상자 대비 병든 대상자 분류그룹에서 맹장-관련 컨디션을 가진 대상자 vs. 맹장-관련 컨디션을 갖지 않은 대상자에서 분류그룹의 25% 초과 풍부성)을 포함할 수 있다. 특징 생성 변형은 추가적으로 또는 대안적으로 기능적 특징들 또는 메타데이터(metadata) 특징들(예를 들어, 비-박테리아 마커)을 실행하거나 이들로부터 도출될 수 있다. 그러나, 추가적으로 또는 대안적으로, 어느 적절한 마이크로바이옴 특징이 다중 가설 검증, 랜덤 포레스트 검정, 주성분 분석, 및/또는 다른 적절한 분석 기술 중 어느 하나 이상을 포함하는 통계학적 분석(예를 들어, 미생물 서열 데이터세트 및/또는 다른 적절한 미생물 데이터세트 등에 적용된)에 기초하여 도출될 수 있다.
특성화 프로세스를 수행하는 데 있어서, 블록 S130은 추가적으로 또는 대안적으로 마이크로바이옴 조성 다양성 데이터세트 및 마이크로바이옴 기능적 다양성 데이터세트 중 적어도 하나를 대상자 집단의 특성화를 예측하는 데 있어서의 효능을 테스트할 수 있는 특징 벡터들(feature vectors)로 변형시킬 수 있다. 상기 보충 데이터세트로부터의 데이터는 특성화 세트의 하나 이상의 특성화의 표시를 제공하기 위해 사용될 수 있고, 여기서, 특성화 프로세스는 분류를 정확하게 예측하는 데에 있어서 높은 수준 (또는 낮은 수준)의 예측력을 가진 특징들 및/또는 특징 조합을 식별하기 위해 후보 특징들 및 후보 분류의 트레이닝 데이터세트로 트레이닝된다. 이와 같이, 상기 트레이닝 데이터세트와 특성화 프로세스의 정교화는 대상자의 특정 분류와 높은 상관관계를 갖는 (예를 들어, 대상자 특징들의, 특징들 조합의) 특징 세트를 식별한다.
변형으로, 특성화 프로세스의 분류를 예측하는 데 효과적인 특징 벡터들은 (예를 들어, 분류그룹에 걸친 분포와 관련하여, 고세균, 세균, 바이러스 및/또는 진핵생물에 걸친 분포와 관련하여) 마이크로바이옴 다양성 메트릭스, 대상자의 마이크로바이옴에서 분류그룹의 존재, 대상자의 마이크로바이옴에서 특정 유전자 서열(예를 들어, 16S 서열)의 대표성, 대상자의 마이크로바이옴에서 분류그룹의 상대적 풍부성, (예를 들어, 보충 데이터세트로부터 결정된 작은 변화에 응답하는) 마이크로바이옴 탄성 메트릭스, 주어진 기능을 갖는 단백질 또는 RNA(예를 들어, 효소, 전달자, 면역 시스템으로부터의 단백질, 호르몬, 간섭 RNA 등)를 코딩하는 유전자의 풍부성 및 상기 마이크로바이옴 다양성 데이터세트 및/또는 상기 보충 데이터세트와 관련된 어느 다른 적절한 특징들 중 하나 이상과 관련된 특징들을 포함할 수 있다. 변형으로, 마이크로바이옴 특징은 다음 중 적어도 하나와 연관(예를 들어, 포함, 이에 상응, 전형적인 것 등)될 수 있다: 마이크로바이옴 특징들(예를 들어, 사용자 마이크로바이옴 특징들 등)로부터 마이크로바이옴 특징의 존재, 마이크로바이옴 특징들로부터 마이크로바이옴 특징의 부재, 맹장-관련 컨디션과 관련된 상이한 분류그룹의 상대적 풍부성; 상이한 분류그룹과 관련된 적어도 2개의 마이크로바이옴 특징, 상이한 분류그룹 상이의 상호작용, 및 상이한 분류그룹 사이의 계통발생학적 거리. 특정 실시예에서, 마이크로바이옴 특징은 마이크로바이옴 조성 다양성 특징(예를 들어, 상이한 분류그룹과 관련된 상대적 풍부성) 및 마이크로바이옴 기능적 다양성 특징(예를 들어, 상이한 기능적 특징에 상응하는 서열의 상대적 풍부성 등) 중 적어도 하나와 관련된 하나 이상의 상대적 풍부성 특성을 포함할 수 있다. 상대적 풍부성 특성 및/또는 다른 적절한 마이크로바이옴 특징(및/또는 본원에 기술된 다른 적절한 데이터)은 정규화, 선형 잠재 변수 분석 및 비-선형 잠재 변수 분석 중 적어도 하나로부터 도출된 특징 벡터, 선형 회귀, 비선형 회귀, 커널 방법, 피처 내장 방법, 기계 학습 방법, 통계적 추론 방법 및/또는 다른 적절한 분석 기술에 기초하여 추출되고 그리고/또는 그렇지 않으면 결정될 수 있다. 추가적으로 또는 대안적으로, 특징들의 조합은 특징 벡터에서 사용될 수 있으며, 여기서 특징은 특징 세트의 일부로서 조합된 특징을 제공함에 있어서 그룹화 및/또는 가중치화될 수 있다. 예를 들어, 하나의 특징 또는 특징 세트는 대상자의 마이크로바이옴에 있는 박테리아의 대표 분류의 수, 대상자의 마이크로바이옴에서 특정 박테리아 속의 존재, 대상자의 마이크로바이옴에서 특정 16S 서열의 대표, 및 제1 문(phylum)의 박테리아 대 제2 문의 박테리아의 상대적 풍부성의 가중치화된 컴포지트를 포함할 수 있다. 그러나, 특징 벡터는 추가적으로 또는 대안적으로 어느 다른 적절한 방식으로 결정될 수 있다.
변형으로, 특성화 프로세스는 랜덤 특징 세트와 관련된 결정 트리 T 세트를 구성하는 트레이닝 데이터세트로부터 랜덤 특징 세트의 배깅(bagging)(예를 들어, 부트스트랩 집계) 및 선택을 조합하는 랜덤 포레스트 예측기(RFP) 알고리즘에 따라 생성되고 트레이닝될 수 있다. 랜덤 포레스트 알고리즘을 사용하는 경우, 결정 트리 세트로부터 N개의 사례가 무작위로 샘플링되어 결정 트리의 서브세트를 생성하고, 각 노드에 대해, 평가를 위해 모든 예측 특징으로부터 m 의 예측 특징이 선택된다. 노드에서 최상의 분할을 제공하는 예측 특징은 (예를 들어, 목적 함수에 따라) 분할을 수행하는데 사용된다(예를 들어, 노드에서의 2분기점으로서, 노드에서의 3분기점으로서). 큰 데이터 세트에서 다회 샘플링함으로써 분류 예측에 강한 특징을 식별할 때, 특성화 프로세스의 강도를 크게 높일 수 있다. 이 변형으로, 모델의 견고성을 높이는 것과 같이, 바이어스(예를 들어, 샘플링 바이어스)를 억제하기 위해 그리고/또는 바이어스의 양을 어카운팅하기 위한 조치가 프로세싱 중에 포함될 수 있다.
변형으로, 블록 S130 및/또는 상기 방법(100)의 구현의 다른 부분은 집단-레벨 데이터를 프로세싱하기 위해 컴퓨터-실행되는 규칙(예를 들어, 모델, 특징 선택 규칙 등)을 적용하는 것을 포함할 수 있지만, 추가적으로 또는 대안적으로, 인구통계적 특성별 기준(예를 들어, 요법 레지멘, 다이어트 레지멘, 신체적 활동 레지멘, 민족성, 나이, 성별, 체중, 행동과 같은 하나 이상의 인구통계 특성을 공유하는 서브그룹 등), 컨디션 별 기준(예를 들어, 특정 맹장-관련 컨디션, 맹장-관련 컨디션, 맹장-관련 컨디션에 대한 트리거, 관련된 증상의 조합을 나타내는 서브그룹 등), 샘플 타입 별 기준(예를 들어, 상이한 수집 부위로부터 도출된 마이크로바이옴 데이터를 프로세싱하기 위해 상이한 컴퓨터-실행 규칙을 적용하는 것 등), 사용자 기준(예를 들어, 상이한 사용자에 대해 상이한 컴퓨터-실행 규칙 등) 및/또는 어느 다른 적절한 기준으로, 마이크로바이옴-관련 데이터를 프로세싱하기 위해 컴퓨터-실행되는 규칙을 적용하는 것을 포함할 수 있다. 이와 같이, 블록 S130은 사용자 집단의 사용자를 하나 이상의 서브그룹에 할당하는 단계; 및 상이한 서브그룹에 대한 특징(예를 들어, 사용된 특징 타입 세트; 특징으로부터 생성된 특성화 모델의 타입 등)을 결정하기 위해 상이한 컴퓨터-실행 규칙을 적용하는 단계를 포함한다. 그러나, 컴퓨터-실행 규칙을 적용하는 것은 어느 적절한 방식으로 수행될 수 있다.
다른 변형으로, 블록 S130은 하나 이상의 맹장-관련 컨디션(예를 들어, 맹장-관련 컨디션과 관련된 사용자 마이크로바이옴 특성을 기술하는 사용자에 대한 특성화를 출력하기 위해; 하나 이상의 맹장-관련 컨디션에 대해 요법 결정을 출력하기 위한 요법 모델 등)에 대해 하나 이상의 맹장-관련 특성화 모델(예를 들어, 맹장-관련 컨디션 모델, 요법 모델 등)을 프로세싱(예를 들어, 생성, 트레이닝, 업데이팅, 실행, 저장 등)하는 것을 포함할 수 있다. 특성화 모델은 바람직하게 입력으로서 마이크로바이옴 특징을 활용하고, 바람직하게는 맹장-관련 특성화 및/또는 이의 어느 적합한 구성 요소를 출력하고; 그러나, 특성화 모델은 어느 적절한 입력을 사용하여 어느 적절한 출력을 생성할 수 있다. 예를 들어, 블록 S130은 하나 이상의 맹장-관련 컨디션에 대해, 보충 데이터, 마이크로바이옴 조성 다양성 특징, 및 마이크로바이옴 기능적 다양성 특징, 다른 마이크로바이옴 특징, 맹장-관련 특성화 모델의 출력 및/또는 다른 적절한 데이터를 하나 이상의 특성화 모델(예를 들어, 보충 데이터 및 마이크로바이옴 특징에 기초한 맹장-관련 특성화 모델을 트레이닝하는 것 등)로 변형시키는 것을 포함할 수 있다. 다른 실시예에서, 상기 방법(100)은 사용자 집단으로부터 샘플 세트에 기초하여(예를 들어, 및/또는 맹장-관련 컨디션과 관련된 하나 이상의 프라이머 타입에 기초하여 등), 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 사용자 집단에 대한 (예를 들어, 상이한 집단 사용자에 대한 미생물 서열 출력을 포함하여) 집단 미생물 서열 데이터 세트를 결정하는 단계; 대상자 집단에 대한 하나 이상의 맹장-관련 컨디션의 진단과 관련된 보충 데이터 세트를 수집하는 단계; 및 집단 미생물 서열 데이터 세트 및 보충 데이터 세트에 기초하여 맹장-관련 특성화 모델을 생성하는 단계를 포함할 수 있다. 예를 들어, 상기 방법(100)은 사용자로부터의 샘플에 기초하여 사용자에 대한 사용자 마이크로바이옴 특징 세트를 결정하는 단계(여기서 사용자 마이크로바이옴 특징 세트는 대상자 세트와 관련된 마이크로바이옴 특징(예를 들어, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 대상자 세트; 마이크로바이옴 조성 특징 세트 및 마이크로바이옴 기능적 특징 세트에 상응하는 생물학적 샘플을 프로세싱하는 것에 기초하여, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 상관되는 결정된 마이크로바이옴 특징 등)과 연관됨); 요법 모델 및 사용자 마이크로바이옴 특징 세트에 기초하여 하나 이상의 맹장-관련 컨디션에 대해 사용자에 대한 요법을 결정하는 단계를 포함하는 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계; 요법을 제공하는 단계(예를 들어, 사용자와 관련된 컴퓨팅 디바이스에서 사용자에게 요법에 대한 권장을 제공하는 단계) 및/또는 그렇지 않으면 치료적 개입을 용이하게 하는 단계를 포함할 수 있다.
다른 변형으로, 도 8a-8b에 도시된 바와 같이, 상이한 맹장-관련 특성화 모델 및/또는 다른 적절한 모델(예를 들어, 상이한 알고리즘, 상이한 특징 세트, 상이한 입력 및/또는 출력 타입으로 생성된, 시간, 빈도, 모델을 적용한 구성 요소와 관련된 것과 같은 상이한 방식으로 적용된 등)이 상이한 맹장-관련 컨디션(예를 들어, 나이, 성별, 체중, 키, 민족성 등에 기초하여), 상이한 신체 부위(예를 들어, 내장 부위 모델, 코 부위 모델, 피부 부위 모델, 입 부위 모델, 생식기 부위 모델 등), 개별 사용자, 보충 데이터(예를 들어, 마이크로바이옴 특징, 맹장-관련 컨디션, 및/또는 다른 적절한 구성 요소의 사전 지식을 통합하는 모델; 생체인식 센서 데이터 및/또는 설문조사 반응 데이터 대 보충 데이터와 무관한 모델과 관련된 특징 등), 및/또는 적절한 기준에 대해 생성될 수 있다. 특정 실시예에서, 상기 방법(100)은 제1 신체 부위와 관련된 제1 부위-특이적 샘플(예를 들어, 내장 부위; 제1 신체 부위에 상응하는 신체 수집 부위에서 사용자에 의해 수집된 샘플; 하나 이상의 신체 부위 등)을 수집하는 단계; 부위-특이적 샘플에 기초하여 미생물 데이터세트를 결정하는 단계; 미생물 데이터세트에 기초하여 제1 부위-특이적 마이크로바이옴 특징(예를 들어, 부위-특이적 조성 특징; 부위-특이적 기능적 특징; 맹장-관련 컨디션과 관련되어 본원에 기술된 적절한 마이크로바이옴 특징; 제1 신체 부위와 관련된 특징 등)을 결정하는 단계; 제1 부위-특이적 마이크로바이옴 특징에 기초하여 제1 부위-특이적 맹장-관련 특성화 모델(예를 들어, 내장 부위-특이적 맹장-관련 특성화 모델 등)을 결정하는 단계; 및 (예를 들어, 제1 신체 부위에 상응하는 사용자의 신체 수집 부위에서 수집된 사용자 샘플에 기초하여 도출된, 사용자 부위-특이적 마이크로바이옴 특징과 같은, 사용자 마이크로바이옴 특징을 프로세싱하기 위한 제1 부위-특이적 맹장-관련 특성화 모델을 사용하여) 제1 부위-특이적 맹장-관련 특성화 모델에 기초하여 맹장-관련 컨디션에 대해 사용자에 대한 맹장-관련 컨디션을 결정하는 단계를 포함할 수 있다. 특정 실시예에서, 상기 방법(100)은 제2 신체 부위(예를 들어, 피부 부위, 생식기 부위, 입 부위, 및 코 부위; 하나 이상의 적절한 신체 부위 중 적어도 하나 등)와 연관 제2 부위-특이적 샘플을 수집하는 단계; 제2 부위-특이적 마이크로바이옴 특징(예를 들어, 부위-특이적 조성 특징; 부위-특이적 기능적 특징; 제2 신체 부위와 관련된 특징 등)을 결정하는 단계; 제2 부위-특이적 조성 특징에 기초하여 제2 부위-특이적 맹장-관련 특성화 모델(예를 들어, 제2 신체 부위와 관련된 등)을 생성하는 단계; 추가의 사용자로부터 사용자 샘플을 수집하는 단계로서, 사용자 샘플은 제2 신체 부위(예를 들어, 제2 신체 부위에 상응하는 수집 부위에서 추가의 사용자에 의해 수집된 등)와 연관되는, 단계; 및 제2 부위-특이적 맹장-관련 특성화 모델에 기초하여 맹장-관련 컨디션에 대해 추가의 사용자에 대한 추가의 맹장-관련 특성화를 결정(예를 들어, 사용자의 피부 수집 부위로부터 수집되는 사용자 샘플에 기초하여 적용하기 위한 피부 부위-특이적 맹장-관련 특성화 모델을 선택하는 것과 같이, 사용자 샘플과 신체 부위 사이의 연관성에 기초하여 적용하기 위한 부위-특이적 맹장-관련 특성화 모델 세트로부터 제2 부위-특이적 맹장-관련 특성화 모델을 선택하는 것)하는 단계를 포함할 수 있다.
변형으로, 맹장-관련 특성화 및/또는 어느 다른 적합한 특성화를 결정하는 단계는 특정 신체 부위(예를 들어, 장, 건강, 피부, 코, 입, 생식기, 다른 적절한 신체 부위, 다른 샘플 수집 부위 등)와 관련된 맹장-관련 특성화를 포함하는 부위-특이적 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계(예를 들어, 부위-특이적 분석)를 포함할 수 있으며, 예를 들어, 다음 중 어느 하나 이상을 통해 이루어질 수 있다: 부위-특이적 데이터(예를 들어, 하나 이상의 신체 부위와 관련된 맹장-관련 컨디션 및 마이크로바이옴 특징 사이의 상관성을 정의하는 것)에 기초하여 도출된 맹장-관련 특성화 모델에 기초하여 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계; 하나 이상의 신체 부위에서 수집된 사용자 생물학적 샘플에 기초하여 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계, 및/또는 어느 다른 적절한 부위-관련 프로세스. 실시예에서, 기계 학습 접근법(예를 들어, 분류기, 딥 러닝 알고리즘, SVM, 랜덤 포레스트), 파라미터 최적화 접근법(예를 들어, 베이지안(Bayesian) 파라미터 최적화), 검증 접근법(예를 들어, 교차 검증 접근법), 통계 테스트(예를 들어, 일변량 통계 기술, 다변량 통계 기술, 표준 상관 분석과 같은 상관 분석 등), 치수 감소 기술(예를 들어, PCA) 및/또는 다른 적절한 분석 기술(예를 들어, 본원에 기술됨)이 부위-관련(예를 들어, 신체 부위-관련 등) 특성화(예를 들어, 각각의 타입의 샘플 수집 부위 등과 같은 하나 이상의 샘플 수집 부위에 대한 하나 이상의 접근법 사용 등), 다른 적합한 특성화, 요법 및/또는 어느 다른 적절한 출력을 결정하는데 적용될 수 있다. 특정 실시예에서, 특성화 프로세스를 수행하는 단계(예를 들어, 맹장-관련 특성화 모델에 기초하여 맹장-관련 특성화를 결정하는 것; 마이크로바이옴 특징을 결정하는 것 등)는 다음 중 적어도 하나를 적용하는 것을 포함할 수 있다: 기계 학습 접근법, 파라미터 최적화 접근법, 통계 테스트, 치수 감소 기술 및/또는 다른 적절한 접근법(예를 들어, 여기서 마이크로바이옴 조성 다양성 특징 세트 및/또는 마이크로바이옴 기능적 다양성 특징 세트와 같은 마이크로바이옴 특징은 내장 부위, 피부 부위, 코 부위, 입 부위, 생식기 부위 등 중 적어도 하나에서 수집된 미생물과 연관될 수 있다). 다른 특정 실시예에서, 다수의 샘플 수집 부위에 대해 수행되는 특성화 프로세스를 사용하여 집계 특성화(예를 들어, 본원에 기술된 하나 이상의 컨디션에 대한 것과 같은 집계 미생물 스코어 등)를 결정하기 위해 조합될 수 있는 개별 특성화를 생성할 수 있다. 그러나, 상기 방법(100)은 어느 적절한 부위-관련(예를 들어, 부위-특이적) 출력을 결정하는 단계, 및/또는 어느 적절한 방식으로 부위-특이성 및/또는 다른 부위-관련성을 가지고 상기 방법(100)의 구현의 어느 적절한 부분을 수행하는 단계(예를 들어, 샘플 수집, 샘플 프로세싱, 요법 결정 등)를 포함할 수 있다.
대상자(들)의 특성화는, 상기 방법(100)의 구현에 따라 생성된 분석을 뒷받침하는데 있어서 특성화 프로세스의 민감도를 추가적으로 분석하기 위해, 고 거짓 양성 테스트(high false negative test) 및/또는 고 거짓 음성 테스트의 사용을 추가적으로 또는 대안적으로 실행할 수 있다. 그러나, 하나 이상의 특성화 프로세스 S130를 수행하는 것은 어느 적절한 방식으로 수행될 수 있다.
4.3.A 맹장-관련 특성화(characterization) 프로세스
특성화 프로세스를 수행하는 단계 S130은 예컨데 하나 이상의 사용자에 대해 (예를 들어, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션으로 진단된 대상자과 같은, 맹장-관련 컨디션과 관련되는 하나 이상의 대상자과 같은, 하나 이상의 맹장-관련 특성화 모델을 생성하는 단계를 위한 대상자 세트(set of subjects)로부터의 샘플에 상응하는 데이터에 대하여; 단일 사용자에 대하여 예컨데 하나 이상의 맹장-관련 특성화 모델을 사용하여, 예컨대 하나 이상의 맹장-관련 특성화 모델을 통해 사용자로부터의 샘플을 시퀀싱하여 유래된 사용자 마이크로바이옴 서열 데이터세트에 적용하는 것과 같은, 사용자를 위한 맹장-관련 특성화를 생성하기 단계를 위한; 등) 및/또는 하나 이상의 맹장-관련 컨디션에 대해 맹장-관련 특성화 프로세스를 수행하는 단계(예를 들어, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션에 대한 특성화 결정 단계; 하나 이상의 맹장-관련 특성화 모델 결정 및/또는 적용 단계; 등) S135를 포함할 수 있다.
변형에서, 맹장-관련 특성화 프로세스를 수행하는 단계는 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 마이크로바이옴 특징을 결정하는 단계를 포함할 수 있다. 일 예에서, 맹장-관련 특성화 프로세스를 수행하는 단계는 하나 이상의 맹장-관련 컨디션(예를 들어, 단일의 맹장-관련 컨디션과 관련된 특징, 복수의 맹장-관련 컨디션 및/또는 다른 적절한 맹장-관련 컨디션과 관련된 교차 컨디션(cross-condition) 특징, 등)과 가장 높은 상관 관계(예를 들어, 양의 상관 관계, 음의 상관 관계, 등)가 있는 마이크로바이옴 특징의 세트(예를 들어, 마이크로바이옴 조성 특징, 마이크로바이옴 조성 다양성 특징, 마이크로 비옴 기능적(functional) 특징, 마이크로바이옴 기능적 다양성 특징 등)를 확인하기 위해 하나 이상의 분석 기술(예를 들어, 통계 분석)을 적용하는 단계를 포함할 수 있다. 특정 예에서, 마이크로바이옴 특징의 세트를 결정하는 단계는(예를 들어, 하나 이상의 맹장-관련 특성화 모델을 생성하는데 사용하기 위해; 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 상관관계(correlated)에 있거나 및/또는 다르게 관련되어), 미생물 서열 데이터세트에 기초하여, 마이크로바이옴 조성 다양성 특징 및 마이크로바이옴 기능 다양성 특징 중 적어도 하나의 존재, 마이크로바이옴 조성 다양성 특징 및 마이크로바이옴 기능 다양성 특징 중 적어도 하나의 부재, 맹장-관련 컨디션과 관련된 상이한 분류군의 상대적 풍부도을 기술하는 상대적 풍부도 특징(relative abundance feature), 상이한 분류군과 관련된 적어도 두 개의 마이크로바이옴 특징 사이의 비율을 기술하는 비율 특징, 상이한 분류군 사이의 상호작용을 기술하는 상호작용 특징, 및 상이한 분류군 사이의 계통발생 거리를 기술하는 계통발생 거리 특징 중 적어도 하나를 결정하는 분석 기법 세트를 적용하는 단계를 포함할 수 있으며, 그리고/또는 여기서 상기 분석 기법 세트는 일변량 통계 테스트, 다변량 통계 테스트, 차원 감소 기술 및 인공 지능 접근법 중 적어도 하나를 포함할 수 있다.
특정 예에서, 맹장-관련 특성화 프로세스를 수행하는 단계는, 예를 들어 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 하나 이상의 사용자의 상태에 긍정적인 영향을 미치는 요법과 관련된 개입(intervention)을 용이하게 함으로써, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션에 대한 치료적 개입을 용이하게 할 수 있다. 다른 특정 예에서, 맹장-관련 특성화 프로세스를 수행하는 단계는(예를 들어, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션에 대한 상관관계가 가장 높은 특징을 결정하는 단계, 등)은 대상자(예를 들어, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션을 갖는 대상자; 하나 이상의 맹장-관련 컨디션을 갖지 않는 대상자; 등)의 집단(population)의 서브세트로부터 도출된 트레이닝 데이터세트로 훈련되고, 그리고 대상자의 집단의 서브세트로부터 유래된 검증 데이터세트로 검증된 랜덤 포레스트 예측 알고리즘(random forest predictor algorithm )에 기초할 수 있다. 그러나, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 마이크로바이옴 특징 및/또는 다른 적적한 측면을 결정하는 단계는 임의의 적합한 방식으로 수행될 수 있다.
변형에서, 맹장-관련 특성화 프로세스를 수행하는 단계는 맹장의 부재(예를 들어, 제거된 맹장; 등) 및/또는 맹장과 관련된 염증(예를 들어, 맹장염; 맹장 영역에 근접한 대장 부분의 염증 컨디션; 등)을 포함하는 맹장-관련 컨디션에 대한 맹장-관련 특성화 프로세스를 수행하는 단계를 포함할 수 있다. 일 예에서, 맹장-관련 특성화 과정을 수행하는 단계는, 예를 들어 대상자의 집단(population)의 서브세트로부터 도출된 트레이닝 데이터세트로 훈련되고, 그리고 대상자의 집단의 서브세트로부터 유래된 검증 데이터세트로 검증된 랜덤 포레스트 예측 알고리즘(random forest predictor algorithm )에 기초하여, 맹장이 없고 및/또는 맹장과 관련된 염증 (및/또는 하나 이상의 요법이 긍정적인 영향을 미치는 맹장-관련 컨디션과 같은 다른 적합한 맹장-관련 컨디션)과 상관관계(예를 들어, 가장 높은 상관관계; 양의 상관관계; 음의 상관관계; 등)가 있는 마이크로바이옴 특징을 확인하는 단계를 포함할 수 있다. 특정 예에서, 맹장-관련 컨디션은 혈액 검사, 비뇨기 검사, 진단 영상 검사(예를 들어, 초음파, CT 스캔,등) 중 하나 이상 및/또는 다른 적합한 진단 절차(예를 들어, 본원에 기술된 절차, 등)에 의해 특성화 가능한(예를 들어, 진단 가능한 등) 컨디션을 포함할 수 있다.
하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된(예를 들어, 양의 상관 관계; 음의 상관 관계; 진단에 유용한; 등) 마이크로바이옴 특징(예를 들어, 마이크로바이옴 조성 특징; 하나 이상의 신체 부위와 관련된 부위 특이적 조성 특징; 마이크로바이옴 기능적 특징; 하나 이상의 신체 부위와 관련된 부위 특이적 기능적 특징; 등)은, 예를 들어 하나 이상의 신체 부위와 관련하여(예를 들어, 여기서 마이크로바이옴 조성 특징은 하나 이상의 신체 부위와 관련된 부위 특이적 조성 특징을 포함할 수 있으며, 예를 들어 조성 특징과 하나 이상의 맹장-관련 컨디션 사이의 상관관계가 하나 이상의 신체 부위에 특이적일 수 있고, 예를 들어 신체 부위에 상응하는 신체 수집 부위에서 수집된 샘플로부터 신체 부위에서 관찰된 마이크로바이옴 조성에 특이적일 수 있는, 등), 하기 분류군(taxa) 중 하나 이상의 임의의 조합과 관련된(예를 들어 풍부도을 기술하는 특징; 상대적 풍부도을 기술하는 특징; 관련된 작용적 측면(aspect)을 기술하는 특징; 유래된 특징; 존재 및/또는 부존재를 기술하는 특징; 등) 특징(예를 들어, 마이크로바이옴 조성 특징, 등)을 포함 할 수 있다: 제멜라(Gemella)(속)(예컨데, 생식기 부위), 베일로넬라 아티피카(Veillonella atypica)(종)(예컨데, 생식기 부위), 디알리스터 뉴모신테스(Dialister pneumosintes)(종)(예컨데, 생식기 부위), 락토바실러스 트리스파투스(Lactobacillus crispatus)(종)(예컨데, 생식기 부위), 필로박테리아시에(Phyllobacteriaceae)(과)(예컨데, 생식기 부위), 아쿠아박테리움(Aquabacterium)(속)(예컨데, 생식기 부위), 아네로글로부스(Anaeroglobus)(속)(예컨데, 생식기 부위), 아네로글로부스 제미나투스(Anaeroglobus geminatus)(종)(예컨데, 생식기 부위), 오크로박트룸(Ochrobactrum)(속)(예컨데, 생식기 부위),모빌룬쿠스 쿠르티시(Mobiluncus curtisii)(종)(예컨데, 생식기 부위), 액티노마이세스 네우이(Actinomycess neuii)(종)(예컨데, 생식기 부위), 아네로코쿠스 락토리티쿠스 락토리티쿠스(Anaerococcus lactolyticus)(종)(예컨데, 생식기 부위), 락토바실러스 존소니(Lactobacillus johnsonii)(종)(예컨데, 생식기 부위), 베루코미크로비알레스(Verrucomicrobiales)(목)(예컨데, 생식기 부위), 베루코미크로비아(Verrucomicrobia)(문)(예컨데, 생식기 부위), 베루코미크로비아에(Verrucomicrobiae)(강)(예컨데, 생식기 부위), 베루코미크로비아시에(Verrucomicrobiaceae)(과)(예컨데, 생식기 부위), 디알리스터 숙시나티필루스(Dialister succinatiphilus)(종)(예컨데, 생식기 부위), 아토포비움(Atopobium sp.) F0209(종)(예컨데, 생식기 부위), 코리네박테리움 프레이부르젠세(Corynebacterium freiburgense)(종)(예컨데, 생식기 부위), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) Akhmro1(종)(예컨데, 생식기 부위), 아네로코쿠스(Anaerococcus sp.) 9401487(종)(예컨데, 생식기 부위), 메소리조비움(Mesorhizobium)(속)(예컨데, 생식기 부위), 락토바실러스레우테리(Lactobacillus reuteri)(종)(예컨데, 생식기 부위), 메가스패라(Megasphaera sp.) UPII 199-6(종)(예컨데, 생식기 부위), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) C30An8(종)(예컨데, 생식기 부위), 펩토코쿠스(Peptococcus sp.) S9 Pr-12(종)(예컨데, 생식기 부위), 헬코코쿠스 시에틀렌시스(Helcococcus seattlensis)(종)(예컨데, 생식기 부위), 나이세리아시에(Neisseriaceae)(과)(예컨데, 내장 부위), 나이세리아 무코사(Neisseria mucosa)(종)(예컨데, 내장 부위), 아그레가치바크타 아프로필루스(Aggregatibacter aphrophilus)(종)(예컨데, 내장 부위), 박테로이데스 우니포르미스(Bacteroides uniformis)(종)(예컨데, 내장 부위), 박테로이데스 불가투스(Bacteroides vulgatus)(종)(예컨데, 내장 부위), 파라박테로이드 디스타소니스(Parabacteroides distasonis)(종)(예컨데, 내장 부위), 메가스페라(Megasphaera)(속)(예컨데, 내장 부위), 프로테오박테리아(Proteobacteria)(문)(예컨데, 내장 부위), 미크로코카시에(Micrococcaceae)(과)(예컨데, 내장 부위), 스트렙토코쿠스 써모필러스(Streptococcus thermophilus)(종)(예컨데, 내장 부위), 스트렙토코쿠스 파라상귀니스(Streptococcus parasanguinis)(종)(예컨데, 내장 부위), 제멜라(Gemella)(속)(예컨데, 내장 부위), 클로스트리디움(Clostridium)(속)(예컨데, 내장 부위), 액티노마이세스 오돈톨리티커스(Actinomyces odontolyticus)(종)(예컨데, 내장 부위), 액티노마이세탈레스(Actinomycetales)(목)(예컨데, 내장 부위), 액티노마이세타시에(Actinomycetaceae)(과)(예컨데, 내장 부위), 베타프로테오박테리아(Betaproteobacteria)(강)(예컨데, 내장 부위), 제멜라 모르빌로룸(Gemella morbillorum)(종)(예컨데, 내장 부위), 로티아(Rothia)(속)(예컨데, 내장 부위), 락토바실러스 크리스파투스(Lactobacillus crispatus)(종)(예컨데, 내장 부위), 슈도모나달레스(Pseudomonadales)(목)(예컨데, 내장 부위), 옥살로박테라시에(Oxalobacteraceae)(과)(예컨데, 내장 부위), 버크홀데리알레스(Burkholderiales)(목)(예컨데, 내장 부위), 제멜라(Gemella sp.) 933-88(종)(예컨데, 내장 부위), 미크로코칼레스(Micrococcales)(목)(예컨데, 내장 부위), 박테로이데스 아시디파시엔스(Bacteroides acidifaciens)(종)(예컨데, 내장 부위), 모지박테리움(Mogibacterium)(속)(예컨데, 내장 부위), 박테로이데스(Bacteroides sp.) AR20(종)(예컨데, 내장 부위), 박테로이데스(Bacteroides sp.) AR29(종)(예컨데, 내장 부위), 버크홀데리아시에(Burkholderiaceae)(과)(예컨데, 내장 부위), 에리시펠로트리카시에(Erysipelotrichaceae)(과)(예컨데, 내장 부위), 잔토모나달레스(Xanthomonadales)(목)(예컨데, 내장 부위), 슈도모나다시에(Pseudomonadaceae)(과)(예컨데, 내장 부위), 액티노마이세스(Actinomyces sp.) 경구 스트레인(oral strain) Hal-1065(종)(예컨데, 내장 부위), 로제부리아 인테스티날리스(Roseburia intestinalis)(종)(예컨데, 내장 부위), 포르피로모나다시에(Porphyromonadaceae)(과)(예컨데, 내장 부위), 셔틀워디아(Shuttleworthia)(속)(예컨데, 내장 부위), 클로스트리디아(Clostridia)(강)(예컨데, 내장 부위), 클로스트리디알레스(Clostridiales)(목)(예컨데, 내장 부위), 펩토스트렙토코카시에(Peptostreptococcaceae)(과)(예컨데, 내장 부위), 펩토코카시에((Peptococcaceae)(과)(예컨데, 내장 부위), 카르노박테리시에(Carnobacteriaceae)(과)(예컨데, 내장 부위), 디알리스터(Dialister sp.) E2_20(종)(예컨데, 내장 부위), 나이세리알레스(Neisseriales)(목)(예컨데, 내장 부위), 메가스페라 게노모(Megasphaera genomo sp.) C1(종)(예컨데, 내장 부위), 모리엘라(Moryella)(속)(예컨데, 내장 부위), 시네르기스테스(Synergistetes)(문)(예컨데, 내장 부위), 에리시펠로트리키아(Erysipelotrichia)(강)(예컨데, 내장 부위), 에리시펠로트리칼레스(Erysipelotrichales)(목)(예컨데, 내장 부위), 클로스트리디알레스(Clostridiales) 과 XIII. Incertae Sedis(과)(예컨데, 내장 부위), 로제부리아(Roseburia sp.) 11SE39(종)(예컨데, 내장 부위), 박테로이데스(Bacteroides sp.) D22(종)(예컨데, 내장 부위), 시네르기스티아(Synergistia)(강)(예컨데, 내장 부위), 시네스기스탈레스(Synergistales)(목)(예컨데, 내장 부위), 시네스기스타시에(Synergistaceae)(과)(예컨데, 내장 부위), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) TAB-22(종)(예컨데, 내장 부위), 플라보니프락토르(Flavonifractor)(속)(예컨데, 내장 부위), 슈테렐라시에(Sutterellaceae)(과)(예컨데, 내장 부위), 아네로스티페스(Anaerostipes sp.) 5_1_63FAA(종)(예컨데, 내장 부위), 스트렙토코쿠스(Streptococcus sp.) 2011_Oral_MS_A3(종)(예컨데, 내장 부위), 베일로넬라(Veillonella sp.) 2011_Oral_VSA_D3(종)(예컨데, 내장 부위), 피네골디아(Finegoldia sp.) S9 AA1-5(종)(예컨데, 내장 부위), 프레티박테리움(Fretibacterium)(속)(예컨데, 내장 부위), 스타필로코쿠스(Staphylococcus sp.) 334802(종)(예컨데, 내장 부위), 펩토클로스트리디움(Peptoclostridium)(속)(예컨데, 내장 부위), 인테스티니박터(Intestinibacter)(속)(예컨데, 내장 부위), 아시네토박터(Acinetobacter)(속)(예컨데, 내장 부위), 클렙시엘라(Klebsiella)(속)(예컨데, 내장 부위), 박테로이데스 테타이오타오미크론(Bacteroides thetaiotaomicron)(종)(예컨데, 내장 부위), 부티리비브리오(Butyrivibrio)(속)(예컨데, 내장 부위), 푸스코박테리움 네크로제네스(Fusobacterium necrogenes)(종)(예컨데, 내장 부위), 허바스피릴륨(Herbaspirillum)(속)(예컨데, 내장 부위), 허바스피릴륨 세로페디세(Herbaspirillum seropedicae)(종)(예컨데, 내장 부위), 페디오코쿠스(Pediococcus)(속)(예컨데, 내장 부위), 피네골디아 마그나(Finegoldia magna)(종)(예컨데, 내장 부위), 블라우티아 한센니(Blautia hansenii)(종)(예컨데, 내장 부위), 엔테로코쿠스 페칼리스(Enterococcus faecalis)(종)(예컨데, 내장 부위), 락토코쿠스 락티스(Lactococcus lactis)(종)(예컨데, 내장 부위), 바실러스(Bacillus)(속)(예컨데, 내장 부위), 클로스트리디오이데스 디피실(Clostridioides difficile)(종)(예컨데, 내장 부위), 블라우티아 코코이데스(Blautia coccoides)(종)(예컨데, 내장 부위), 에리시펠라토클로스트리디움 라모숨(Erysipelatoclostridium ramosum)(종)(예컨데, 내장 부위), 웨이셀라 콘푸사(Weissella confusa)(종)(예컨데, 내장 부위), 락토바실러스 플란타룸(Lactobacillus plantarum)(종)(예컨데, 내장 부위), 락토바실러스 파라카세이(Lactobacillus paracasei)(종)(예컨데, 내장 부위), 비피도박테리움 아돌레센티스(Bifidobacterium adolescentis)(종)(예컨데, 내장 부위), 비피도박테리움 브레베(Bifidobacterium breve)(종)(예컨데, 내장 부위), 비피도박테리움 덴티움(Bifidobacterium dentium)(종)(예컨데, 내장 부위), 비피도박테리움 아니말리스(Bifidobacterium animalis)(종)(예컨데, 내장 부위), 비피도박테리움 슈도카테눌라툼(Bifidobacterium pseudocatenulatum)(종)(예컨데, 내장 부위), 박테로이데스 오바투스(Bacteroides ovatus)(종)(예컨데, 내장 부위), 펩토니필러스 라크리말리스(Peptoniphilus lacrimalis)(종)(예컨데, 내장 부위), 아네로코쿠스 바지날리스(Anaerococcus vaginalis)(종)(예컨데, 내장 부위), 라넬라(Rahnella)(속)(예컨데, 내장 부위), 빌로필라 와드스워르티아(Bilophila wadsworthia)(종)(예컨데, 내장 부위), 스니치아 생귀네겐(Sneathia sanguinegens)(종)(예컨데, 내장 부위), 숙시니클라스티쿰(Succiniclasticum)(속)(예컨데, 내장 부위), 스포로박터(Sporobacter)(속)(예컨데, 내장 부위), 슈도부티리비브리오 루미니스(Pseudobutyrivibrio ruminis)(종)(예컨데, 내장 부위), 웨이셀라(Weissella)(속)(예컨데, 내장 부위), 박테로이데스 스테르코리스(Bacteroides stercoris)(종)(예컨데, 내장 부위), 락토바실러스 람노수스(Lactobacillus rhamnosus)(종)(예컨데, 내장 부위), 판토에아(Pantoea)(속)(예컨데, 내장 부위), 홀데마니아(Holdemania)(속)(예컨데, 내장 부위), 홀데마니아 필리포르미스(Holdemania filiformis)(종)(예컨데, 내장 부위), 테르모아나이로박테랄레스(hermoanaerobacterales)(목)(예컨데, 내장 부위), 비피도박테리움 갈리쿰(Bifidobacterium gallicum)(종)(예컨데, 내장 부위), 비피도박테리움 풀로룸(Bifidobacterium pullorum)(종)(예컨데, 내장 부위), 류코노스토카시에(Leuconostocaceae)(과)(예컨데, 내장 부위), 에게르텔라 렌타(Eggerthella lenta)(종)(예컨데, 내장 부위), 파필리박터(Papillibacter)(속)(예컨데, 내장 부위), 아네로스티페스 카카에(Anaerostipes caccae)(종)(예컨데, 내장 부위), 슈도플라보니프랙토 카필로수스(Pseudoflavonifractor capillosus)(종)(예컨데, 내장 부위), 아네로보락스(Anaerovorax)(속)(예컨데, 내장 부위), 파라스포로박테리움(Parasporobacterium)(속)(예컨데, 내장 부위), 파라스포로박테리움 파우시보란스(Parasporobacterium paucivorans)(종)(예컨데, 내장 부위), 오실로스피라(Oscillospira)(속)(예컨데, 내장 부위), 오실로스피라 길리에르몬디(Oscillospira guilliermondii)(종)(예컨데, 내장 부위), 액티노마이세스 투리센시스(Actinomyces turicensis)(종)(예컨데, 내장 부위), 아네로시누스(Anaerosinus)(속)(예컨데, 내장 부위), 스니치아(Sneathia)(속)(예컨데, 내장 부위), 브레비박테리움 파우시보란스(Brevibacterium paucivorans)(종)(예컨데, 내장 부위), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) CR-609S(종)(예컨데, 내장 부위), 테르모아나이로박테라시에(Thermoanaerobacteraceae)(과)(예컨데, 내장 부위), 바실라시에(Bacillaceae)(과)(예컨데, 내장 부위), 갤리아(Gelria)(속)(예컨데, 내장 부위), 아시도박테리알레스(Acidobacteriales)(목)(예컨데, 내장 부위), 박테로이데스 마실리엔시스(Bacteroides massiliensis)(종)(예컨데, 내장 부위), 로도시클랄레스(Rhodocyclales)(목)(예컨데, 내장 부위), 아네로푸스티스 스테르코리호미니스(Anaerofustis stercorihominis)(종)(예컨데, 내장 부위), 알리스티페스 피네골디(Alistipes finegoldii)(종)(예컨데, 내장 부위), 오실로스피라시에(Oscillospiraceae)(과)(예컨데, 내장 부위), 펩토니필루스(Peptoniphilus sp.) 2002-38328(종)(예컨데, 내장 부위), 헤스펠리아(Hespellia)(속)(예컨데, 내장 부위), 박테로이데스(Bacteroides sp.) 35AE37(종)(예컨데, 내장 부위), 마르빈브리안티아(Marvinbryantia)(속)(예컨데, 내장 부위), 아네로스포로박터 모빌리스(Anaerosporobacter mobilis)(종)(예컨데, 내장 부위), 아네로푸스티스(Anaerofustis)(속)(예컨데, 내장 부위), 카타박터(Catabacter)(속)(예컨데, 내장 부위), 플라보니프락토르 플라우티(Flavonifractor plautii)(종)(예컨데, 내장 부위), 프로테이니필룸(Proteiniphilum)(속)(예컨데, 내장 부위), 로제부리아 페시스(Roseburia faecis)(종)(예컨데, 내장 부위), 스트렙토코쿠스(Streptococcus sp.) S16-11(종)(예컨데, 내장 부위), 박테로이데스(Bacteroides sp.) 4072(종)(예컨데, 내장 부위), 알리스티페스 사히(Alistipes shahii)(종)(예컨데, 내장 부위), 박테로이데스 인테스티날리스(Bacteroides intestinalis)(종)(예컨데, 내장 부위), 락토니팍토 롱고비포르미스(Lactonifactor longoviformis)(종)(예컨데, 내장 부위), 비피도박테리움 츠루미엔스(Bifidobacterium tsurumiense)(종)(예컨데, 내장 부위), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei)(종)(예컨데, 내장 부위), 박테로이데스 자일라니솔벤스(Bacteroides xylanisolvens)(종)(예컨데, 내장 부위), 크로노박터(Cronobacter)(속)(예컨데, 내장 부위), 알로스카르도비아(Alloscardovia)(속)(예컨데, 내장 부위), 알로스카르도비아 옴니콜렌스(Alloscardovia omnicolens)(종)(예컨데, 내장 부위), 락토니팍토(Lactonifactor)(속)(예컨데, 내장 부위), 카타박테리아시에(Catabacteriaceae)(과)(예컨데, 내장 부위), 아들러크로이치아 에퀴올리파시엔스(Adlercreutzia equolifaciens)(종)(예컨데, 내장 부위), 아들러크로이치아(Adlercreutzia)(속)(예컨데, 내장 부위), 알리스티페스(Alistipes sp.) EBA6-25cl2 (종)(예컨데, 내장 부위), 박테로이데스(Bacteroides sp.) EBA5-17(종)(예컨데, 내장 부위), 오실리박터(Oscillibacter)(속)(예컨데, 내장 부위), 고르도니박터 파밀라에(Gordonibacter pamelaeae)(종)(예컨데, 내장 부위), 알리스티페스(Alistipes sp.) NML05A004(종)(예컨데, 내장 부위), 파라수테렐라 엑크레멘티호미니스(Parasutterella excrementihominis)(종)(예컨데, 내장 부위), 미추오켈라(Mitsuokella sp.) DJF_RR21(종)(예컨데, 내장 부위), 부티리시모나스(Butyricimonas)(속)(예컨데, 내장 부위), 비피도박테리움 스테르코리스(Bifidobacterium stercoris)(종)(예컨데, 내장 부위), 알리스티페스 인디스틴투스(Alistipes indistinctus)(종)(예컨데, 내장 부위), 고르도니박터(Gordonibacter)(속)(예컨데, 내장 부위), 아네로스티페스 하드루스(Anaerostipes hadrus)(종)(예컨데, 내장 부위), 클렙시엘라(Klebsiella sp.) B12(종)(예컨데, 내장 부위), 알리스티페스(Alistipes sp.) RMA 9912(종)(예컨데, 내장 부위), 아네로스포로박터(Anaerosporobacter)(속)(예컨데, 내장 부위), 박테로이데스 페시스(Bacteroides faecis)(종)(예컨데, 내장 부위), 블라운티아(Blautia sp.) Ser5(종)(예컨데, 내장 부위), 박테로이데스 친칠라에(Bacteroides chinchillae)(종)(예컨데, 내장 부위), 빌로필라(Bilophila sp.) 4_1_30(종)(예컨데, 내장 부위), 칼디코프로박테라시에(Caldicoprobacteraceae)(과)(예컨데, 내장 부위), 엔테로박터(Enterobacter sp.) UDC345(종)(예컨데, 내장 부위), 비피도박테리움 비아바티(Bifidobacterium biavatii)(종)(예컨데, 내장 부위), 펩토니필루스(Peptoniphilus sp.) 1-14(종)(예컨데, 내장 부위), 알리스티페스(Alistipes sp.) HGB5(종)(예컨데, 내장 부위), 박테로이데스(Bacteroides sp.) SLC1-38(종)(예컨데, 내장 부위), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) Akhmro1(종)(예컨데, 내장 부위), 클렙시엘라(Klebsiella sp.) SOR89(종)(예컨데, 내장 부위), 엔테로코쿠스(Enterococcus sp.) C6I11(종)(예컨데, 내장 부위), 슈도플라보니프락토(Pseudoflavonifractor)(속)(예컨데, 내장 부위), 박테로이데스(Bacteroides sp.) dnLKV9(종)(예컨데, 내장 부위), 메가스페라(Megasphaera sp.) BV3C16-1(종)(예컨데, 내장 부위), 페칼리박테리움(Faecalibacterium sp.) 캐닌 오랄 탁손(canine oral taxon) 147(종)(예컨데, 내장 부위), 바리바쿨룸(Varibaculum sp.) CCUG 45114(종)(예컨데, 내장 부위), 부티리시모나스(Butyricimonas sp.) 214-4(종)(예컨데, 내장 부위), 아네로스티페스 람노시보란스(Anaerostipes rhamnosivorans)(종)(예컨데, 내장 부위), 네가티비코쿠스(Negativicoccus sp.) S5-A15(종)(예컨데, 내장 부위), [콜린셀라(Collinsella)] 마실리엔시스(massiliensis)(종)(예컨데, 내장 부위), 코리네박테리움(Corynebacterium sp.) jw37(종)(예컨데, 내장 부위), 로제부리아(Roseburia sp.) 499(종)(예컨데, 내장 부위), 디알리스터(Dialister sp.) S7MSR5(종)(예컨데, 내장 부위), 아네로코쿠스(Anaerococcus sp.) S8 87-3(종)(예컨데, 내장 부위), 피네골디아(Finegoldia sp.) S8 F7(종)(예컨데, 내장 부위), 무르도키엘라(Murdochiella sp.) S9 PR-10(종)(예컨데, 내장 부위), 펩토니필러스(Peptoniphilus sp.) S9 PR-13(종)(예컨데, 내장 부위), 박테로이데스(Bacteroides sp.) J1511(종)(예컨데, 내장 부위), 코리네박테리움(Corynebacterium sp.) 713182/2012(종)(예컨데, 내장 부위), 라넬라(Rahnella sp.) BSP18(종)(예컨데, 내장 부위), 인테스티니모나스(Intestinimonas)(속)(예컨데, 내장 부위), 로빈소니엘라(Robinsoniella sp.) KNHs210(종)(예컨데, 내장 부위), 칸디다투스 솔레아페레아(Candidatus Soleaferrea)(속)(예컨데, 내장 부위), 부티리시모나스 페시호미니스(Butyricimonas faecihominis)(종)(예컨데, 내장 부위), 세네갈리마실리아(Senegalimassilia)(속)(예컨데, 내장 부위), 펩토니필루스(Peptoniphilus sp.) DNF00840(종)(예컨데, 내장 부위), 롬보우트시아(Romboutsia)(속)(예컨데, 내장 부위), 코프로박터 세쿤두스(Coprobacter secundus)(종)(예컨데, 내장 부위), 모락셀라시에(Moraxellaceae)(과)(예컨데, 입 부위), 모락셀라(Moraxella)(속)(예컨데, 입 부위), 에이케넬라(Eikenella)(속)(예컨데, 입 부위), 에이케넬라 코로덴스(Eikenella corrodens)(종)(예컨데, 입 부위), 바고코쿠스(Vagococcus)(속)(예컨데, 입 부위), 필로박테리움(Phyllobacterium)(속)(예컨데, 입 부위), 베일로넬라 디스파(Veillonella dispar)(종)(예컨데, 입 부위), 슈테렐라 와드워르텐시스(Sutterella wadsworthensis)(종)(예컨데, 입 부위), 존소넬라 이그나바(Johnsonella ignava)(종)(예컨데, 입 부위), 박테로이데스 아시디파시엔스(Bacteroides acidifaciens)(종)(예컨데, 입 부위), 렙토트리키아 호프스타디(Leptotrichia hofstadii)(종)(예컨데, 입 부위), 렙토트리키아 샤히(Leptotrichia shahii)(종)(예컨데, 입 부위), 카프노사이토파가(Capnocytophaga sp.) AHN9756(종)(예컨데, 입 부위), 버지엘라(Bergeyella sp.) AF14(종)(예컨데, 입 부위), 올세넬라(Olsenella sp.) F0004(종)(예컨데, 입 부위), 박테로이데스(Bacteroides sp.) D22(종)(예컨데, 입 부위), 필로박테리움(Phyllobacterium sp.) T50(종)(예컨데, 입 부위), 액티노마이세스(Actinomycess sp.) ICM47(종)(예컨데, 입 부위), 푸소박테리움(Fusobacterium sp.) AS2(종)(예컨데, 입 부위), 렙토트리키아시에(Leptotrichiaceae)(과)(예컨데, 입 부위), 코마모나스(Comamonas)(속)(예컨데, 코 부위), 펩토스트렙토코쿠스(Peptostreptococcus)(속)(예컨데, 코 부위), 액티노마이세스 비스코수스(Actinomycess viscosus)(종)(예컨데, 코 부위), 액티노마이세스 오돈톨리티쿠스(Actinomycess odontolyticus)(종)(예컨데, 코 부위), 비피도박테리움(Bifidobacterium)(속)(예컨데, 코 부위), 비피도박테리아시에(Bifidobacteriaceae)(과)(예컨데, 코 부위), 로도스피릴라시에(Rhodospirillaceae)(과)(예컨데, 코 부위), 비피도박테리알레스(Bifidobacteriales)(목)(예컨데, 코 부위), 로세부리아 인테스티날리스(Roseburia intestinalis)(종)(예컨데, 코 부위), 탈라소스피라(Thalassospira)(속)(예컨데, 코 부위), 비피도박테리움 롱굼(Bifidobacterium longum)(종)(예컨데, 코 부위), 아그레가티박터(Aggregatibacter)(속)(예컨데, 코 부위), 스트렙토코쿠스(Streptococcus sp.) 11aTha1(종)(예컨데, 코 부위), 수테렐라시에(Sutterellaceae)(과)(예컨데, 코 부위), 플라보박테리움(Flavobacterium)(속)(예컨데, 코 부위), 오크로박트룸(Ochrobactrum)(속)(예컨데, 코 부위), 크로노박터 사카자키(Cronobacter sakazakii)(종)(예컨데, 코 부위), 아네로코쿠스 바지날리스(Anaerococcus vaginalis)(종)(예컨데, 코 부위), 스핑고박테리아(Sphingobacteriia)(강)(예컨데, 코 부위), 브루셀라시에(Brucellaceae)(과)(예컨데, 코 부위), 스핑고박테리알레스(Sphingobacteriales)(목)(예컨데, 코 부위), 아케르만시아(Akkermansia)(속)(예컨데, 코 부위), 펩토니필루스(Peptoniphilus sp.) gpaco18A(종)(예컨데, 코 부위), 시트로박터(Citrobacter sp.) BW4(종)(예컨데, 코 부위), 크로노박터(Cronobacter)(속)(예컨데, 코 부위), 코리네박테리움(Corynebacterium sp.) jw37(종)(예컨데, 코 부위), 스타필로코쿠스 아우레우스((Staphylococcus aureus)(종)(예컨데, 코 부위), 브레분디모나스(Brevundimonas)(속)(예컨데, 코 부위), 카울로박테라시에(Caulobacteraceae)(과)(예컨데, 코 부위), 카울로박테랄레스(Caulobacterales)(목)(예컨데, 코 부위), 아네로바실러스 알칼리디아조트로피쿠스(Anaerobacillus alkalidiazotrophicus)(종)(예컨데, 코 부위), 아네로바실러스(Anaerobacillus)(속)(예컨데, 코 부위), 아시네토박터(Acinetobacter sp.) WB22-23(종)(예컨데, 코 부위), 슈도모나스(Pseudomonas)(속)(예컨데, 피부 부위), 네이세리아시에(Neisseriaceae)(과)(예컨데, 피부 부위), 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis)(종)(예컨데, 피부 부위), 프레보텔라(Prevotella)(속)(예컨데, 피부 부위), 피칼리박테리움 프로스니치(Faecalibacterium prausnitzii)(종)(예컨데, 피부 부위), 스트렙토코쿠스 파라상귀니스(Streptococcus parasanguinis)(종)(예컨데, 피부 부위), 큐티박테리움 아크네스(Cutibacterium acnes)(종)(예컨데, 피부 부위), 베일로넬라시에(Veillonellaceae)(과)(예컨데, 피부 부위), 렙토트리키아(Leptotrichia)(속)(예컨데, 피부 부위), 파스콜락토박테리움(Phascolarctobacterium)(속)(예컨데, 피부 부위), 플라보박테리아시에(Flavobacteriaceae)(과)(예컨데, 피부 부위), 델프티아(Delftia)(속)(예컨데, 피부 부위), 플라보박테리아(Flavobacteriia)(강)(예컨데, 피부 부위), 프레보텔라시에(Prevotellaceae)(과)(예컨데, 피부 부위), 라크노스피라시에(Lachnospiraceae)(과)(예컨데, 피부 부위), 펩토스트렙토코카시에(Peptostreptococcaceae)(과)(예컨데, 피부 부위), 도레아(Dorea)(속)(예컨데, 피부 부위), 플라보박테리알레스(Flavobacteriales)(목)(예컨데, 피부 부위), 네이세리알레스(Neisseriales)(목)(예컨데, 피부 부위), 파라박테로이데스(Parabacteroides)(속)(예컨데, 피부 부위), 스트렙토코쿠스(Streptococcus sp.) 오랄 탁손(oral taxon) G63(종)(예컨데, 피부 부위), 아시다미노코카시에(Acidaminococcaceae)(과)(예컨데, 피부 부위), 베일로넬라(Veillonella sp.) CM60(종)(예컨데, 피부 부위), 스타필로코쿠스(Staphylococcus sp.) C9I2(종)(예컨데, 피부 부위), 렙토트리키아시에(Leptotrichiaceae)(과)(예컨데, 피부 부위), 푸지카테니박터 사카리보란스(Fusicatenibacter saccharivorans)(종)(예컨데, 피부 부위), 푸지카테니박터(Fusicatenibacter)(속)(예컨데, 피부 부위), 스타필로코쿠스(Staphylococcus sp.) 334802(종)(예컨데, 피부 부위), 파라박테로이데스 메르데(Parabacteroides merdae)(종)(예컨데, 피부 부위), 콜린셀라 에어로파시엔스(Collinsella aerofaciens)(종)(예컨데, 피부 부위), 스핑고박테리아(Sphingobacteriia)(강)(예컨데, 피부 부위), 스핑고박테리알레스(Sphingobacteriales)(목)(예컨데, 피부 부위), 펩토니필루스(Peptoniphilus sp.) 1-14(종)(예컨데, 피부 부위), 아네로바실러스(Anaerobacillus)(속)(예컨데, 피부 부위), 프로피오니박테리움(Propionibacterium sp.) KPL1844(종)(예컨데, 피부 부위), 메틸로박테리움 롱굼(Methylobacterium longum)(종)(예컨데, 피부 부위), 스타필로코쿠스(Staphylococcus sp.) C5I16(종)(예컨데, 피부 부위) 및/또는 다른 적절한 분류군(taxa)(예를 들어 임의의 적절한 신체 부위와 관련되는 등).
추가로 또는 대안적으로, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 마이크로 비옴 특징은 하나 이상의 하기 분류군의 임의의 조합과 관련된(예를 들어, 하나 이상의 신체 부위와 관련되는 등) 특징(예를 들어, 마이크로바이옴 조성 특징, 등)을 포함할 수 있다: 퍼미큐티스(Firmicutes)(문), 엔테로코쿠스 라피노수스(Enterococcus raffinosus)(종), 스타필로코쿠스(Staphylococcus sp.) C9I2(종), 제멜라(Gemella sp.) 933-88(종), 베일로넬라(Veillonella)(속), 감마프로테오박테리아(Gammaproteobacteria)(강), 엔테로코쿠스(Enterococcus sp.) SI-4(종), 엔테로박테리알레스(Enterobacteriales)(목), 엔테로박테리아시에(Enterobacteriaceae)(과), 파스콜락토박테리움(Phascolarctobacterium)(속), 오도리박터(Odoribacter)(속), 루미노코카시에(Ruminococcaceae)(과), 아시다미노코카시에(Acidaminococcaceae)(과), 빌로필라(Bilophila sp.) 4_1_30(종), 아네로스티페스(Anaerostipes sp.) 5_1_63FAA(종), 데술포비브리오나시에(Desulfovibrionaceae)(과), 파스콜락토박테리움 페시움(Phascolarctobacterium faecium)(종), 데술포비브리오날레스(Desulfovibrionales)(목), 페칼리박테리움(Faecalibacterium)(속), 델타프로테오박테리아(Deltaproteobacteria)(강), 버크홀데리아시에(Burkholderiaceae)(과), 알리스티페스(Alistipes sp.) RMA 9912(종), 메타노브레비박터(Methanobrevibacter)(속), 오도리박터 스플란크니쿠스(Odoribacter splanchnicus)(종), 알리스티페스(Alistipes sp.) HGB5(종), 제멜라(Gemella)(속), 서브돌리그라눌룸 바리아빌레(Subdoligranulum variabile)(종), 메타노브레비박터 스미티(Methanobrevibacter smithii)(종), 인테스티니모나스(Intestinimonas)(속), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) 7_1_47FAA(종), 메타노박테리아시에(Methanobacteriaceae)(과), 빌로필라(Bilophila)(속), 메타노박테리알레스(Methanobacteriales)(목), 클로스트리디아시에(Clostridiaceae)(과), 유리아르케오타(Euryarchaeota)(문), 메타노박테리아(Methanobacteria)(강), 플라보니프락토르 플라우티(Flavonifractor plautii)(종), 카르노박테리아시에(Carnobacteriaceae)(과), 클루이베라(Kluyvera)(속), 클루이베라 조르지아나(Kluyvera georgiana)(종), 블라우티아 페시스(Blautia faecis)(종), 피칼리박테리움 프로스니치(Faecalibacterium prausnitzii)(종), 락토니팍토 롱고비포르미스(Lactonifactor longoviformis)(종), 로제부리아(Roseburia sp.) 11SE39(종), 박테로이데스(Bacteroides sp.) AR29(종), 콜린셀라(Collinsella)(속), 알리스티페스(Alistipes sp.) NML05A004(종), 프레보텔라 티모넨시스(Prevotella timonensis)(종), 아네로스티페스(Anaerostipes)(속), 락토니팍토Lactonifactor)(속), 아네로스티페스(Anaerostipes sp.) 3_2_56FAA(종), 코리오박테리아시에(Coriobacteriaceae)(과), 클렙시엘라(Klebsiella sp.) SOR89(종), 메가스페라(Megasphaera sp.) DNF00912(종), 베일로넬라 디스파르(Veillonella dispar)(종), 락토바실러스 뮤코세(Lactobacillus mucosae)(종), 박테로이데스 프라질리스(Bacteroides fragilis)(종), 스트렙토코쿠스 에퀴누스(Streptococcus equinus)(종), 박테로이데스 플레베이우스(Bacteroides plebeius)(종), 프로피오니박테리움(Propionibacterium sp.) MSP09A(종), 스트렙토코쿠스 파스퇴리아누스(Streptococcus pasteurianus)(종), 아네로비브리오(Anaerovibrio sp.) 765(종), 아케르만시아 뮤시니필라(Akkermansia muciniphila)(종), 액티노마이세스 투리센시스(Actinomycess turicensis)(종), 크로노박터 사카자키(Cronobacter sakazakii)(종), 베일로넬라 로고세(Veillonella rogosae(종), 블라우티아 글루세라세(Blautia glucerasea)(종), 아시다미노코쿠스 인테스티니(Acidaminococcus intestini)(종), 프로피오니박테리움 그라눌로숨(Propionibacterium granulosum)(종), 박테로이데스 테타이오타오미크론(Bacteroides thetaiotaomicron)(종), 푸스코박테리움(Fusobacterium sp.) CM21(종), 페디오코쿠스(Pediococcus sp.) MFC1(종), 투리시박터 상귀니스(Turicibacter sanguinis)(종), 사르시나 벤트리쿨리(Sarcina ventriculi)(종), 메가스페라 게모노(Megasphaera genomo sp.) C1(종), 스트렙토코쿠스(Streptococcus sp.) BS35a(종), 스트렙토코쿠스 써모필러스(Streptococcus thermophilus)(종), 푸소박테리움 울세란스(Fusobacterium ulcerans)(종), 모르가넬라 모르가니(Morganella morganii)(종), 박테로이데스(Bacteroides sp.) SLC1-38(종), 박테로이데스 에게르티(Bacteroides eggerthii)(종), 박테로이데스 코프로콜라(Bacteroides coprocola)(종), 박테로이데스(Bacteroides sp.) CB57(종), 비피도박테리움 스테르코리스(Bifidobacterium stercoris)(종), 베일로넬라 아티피카(Veillonella atypica)(종), 푸소박테리움 네크로게네스(Fusobacterium necrogenes)(종), 락토바실러스 크리스파투스(Lactobacillus crispatus)(종), 베일로넬라(Veillonella sp.) MSA12(종), 아사카로스포라 이레귤라리스(Asaccharospora irregularis)(종), 에리시펠락토클로스트리디움 라모숨(Erysipelatoclostridium ramosum)(종), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) TAB-22(종), 파라수테렐라 엑크레멘티호미니스(Parasutterella excrementihominis)(종), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) C4I2(종), 파라박테로이데스(Parabacteroides sp.) 157(종), 클렙시엘라(Klebsiella)(속), 에풀로피씨움(Epulopiscium)(속), 스트렙토코쿠스(Streptococcus)(속), 프로피오니박테리움(Propionibacterium)(속), 크로노박터(Cronobacter)(속), 아네로비브리오(Anaerovibrio)(속), 인테스티니박터(Intestinibacter)(속), 스타필로코쿠스(Staphylococcus)(속), 투리시박터(Turicibacter)(속), 알로프레보텔라(Alloprevotella)(속), 페디오코쿠스(Pediococcus)(속), 모르가넬라(Morganella)(속), 아시다미노코쿠스(Acidaminococcus)(속), 숙시니비브리오(Succinivibrio)(속), 아네로필룸(Anaerofilum)(속), 메가스페라(Megasphaera)(속), 아사카로스포라(Asaccharospora)(속), 부티리비브리오(Butyrivibrio)(속), 피네골디아(Finegoldia)(속), 아네로코쿠스(Anaerococcus)(속), 스트렙토코카시에(Streptococcaceae)(과), 프로피오니박테리아시에(Propionibacteriaceae)(과), 베일로넬라시에(Veillonellaceae)(과), 스타필로코카시에(Staphylococcaceae)(과), 스핑고박테리아시에(Sphingobacteriaceae)(과), 클로스트리디알레스(Clostridiales) 과 XI. 인세라테 세디스(Incertae Sedis)(과), 펩토스트렙토코카시에(Peptostreptococcaceae)(과), 숙시니비브리오나시에(Succinivibrionaceae)(과), 더르마박테라시에(Dermabacteraceae)(과), 코리네박테리아시에(Corynebacteriaceae)(과), 로도스피릴라시에(Rhodospirillaceae)(과), 셀레노모나달레스(Selenomonadales)(목), 락토바실랄레스(Lactobacillales)(목), 클로스트리디알레스(Clostridiales)(목), 잔토모나달레스(Xanthomonadales)(목), 바실랄레스(Bacillales)(목), 플레우로캅살레스(Pleurocapsales)(목), 아에로모나달레스(Aeromonadales)(목), 슈도모나달레스(Pseudomonadales)(목), 바실리(Bacilli)(강), 네가티비큐테스(Negativicutes)(강), 클로스트리디아(Clostridia)(강), 프로테오박테리아(Proteobacteria)(문), 시아노박테리아(Cyanobacteria)(문), 박테로이데스 피네골디(Bacteroides finegoldii)(종), 알리스티페스 푸트레디니스(Alistipes putredinis)(종), 액티노박테리아(Actinobacteria)(강), 락토바실라시에(Lactobacillaceae)(과), 비피도박테리아시에(Bifidobacteriaceae)(과), 비피도박테리움(Bifidobacterium)(속), 비피도박테리알레스(Bifidobacteriales)(목), 오실로스피라시에(Oscillospiraceae)(과) 및/또는 다른 적절한 분류군(taxa)(예를 들어 임의의 적절한 신체 부위와 관련되는 등).
추가적으로 또는 대안적으로, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 마이크로바이옴 특징은 하기 중 하나 이상으로부터의 기능에 상응하는 및/또는 그 외에 하기 중 하나 이상과 다르게 관련된(예를 들어, 하나 이상의 신체 부위와 관련하여, 여기서 마이크로바이옴 기능적 특징은 하나 이상의 신체 부위와 관련된 부위-특이적 기능적 특징을 포함할 수 있으며, 예컨대 여기서 기능적 특징과 하나 이상의 맹장-관련 컨디션 사이의 상관관계는, 신체 부위에 상응하는 신체 수집 부위에서 수집된 샘플들로부터 신체 부위에서 관찰된 미생물에 상응하는 마이크로바이옴 기능에 특이적인 것과 같이, 신체 부위에 특이적일 수 있는; 증) 마이크로바이옴 기능적 특징(예를 들어, 본원에 기술된 분류군 하에서 분류된 미생물과 같은, 하나 이상의 미생물과 관련된 기능을 기술하는 특징; 기능적 다양성을 기술하는 특징; 존재, 부재, 및/또는 상대성 풍부도을 기술하는 특징; 등)을 포함할 수 있다: 신경 퇴행성 질환(예컨데, KEGG 경로 레벨 2)(예컨데, 내장 부위), 신호 분자 및 상호 작용(예컨데, KEGG 경로 레벨 2)(예컨데, 내장 부위), 제노바이오틱스(Xenobiotics) 생분해 및 대사(예컨데, KEGG 경로 레벨 2)(예컨데, 내장 부위), 아스코르베이트 및 알다레이트(aldarate) 대사(예컨데, KEGG 경로 레벨 3)(예컨데, 내장 부위), 헌팅턴병(예컨데, KEGG 경로 레벨 3)(예컨데, 내장 부위), 이노시톨 인산 대사(예컨데, KEGG 경로 레벨 3)(예컨데, 내장 부위), 프로파노에이트 대사(예컨데, KEGG 경로 레벨 3)(예컨데, 내장 부위), 전분 및 자당 대사(예컨데, KEGG 경로 레벨 3)(예컨데, 내장 부위), 카프로락탐 분해(예컨데, KEGG 경로 레벨 3)(예컨데, 내장 부위), 세포 운동 및 분비(예컨데, KEGG 경로 레벨 3)(예컨데, 내장 부위), 발린, 류신 및 이소류신 대사(예컨데, KEGG 경로 레벨 3)(예컨데, 내장 부위), 트립토판 대사(예컨데, KEGG 경로 레벨 3)(예컨데, 내장 부위), 타입 I 진성 당뇨병(예컨데, KEGG 경로 레벨 3)(예컨데, 내장 부위), 페닐알라닌 대사(예컨데, KEGG 경로 레벨 3)(예컨데, 내장 부위), 셀레노화합물 대사(예컨데, KEGG 경로 레벨 3)(예컨데, 내장 부위), 리신 분해(예컨데, KEGG 경로 레벨 3)(예컨데, 내장 부위), 폴리시클릭 방향족 탄화수소 분해(예컨데, KEGG 경로 레벨 3)(예컨데, 내장 부위), 글리칸 생합성 및 대사(예컨데, KEGG 경로 레벨 3)(예컨데, 내장 부위), 신장 세포 암종(예컨데, KEGG 경로 레벨 3)(예컨데, 내장 부위), 부타노에이트 대사(예컨데, KEGG 경로 레벨 3)(예컨데, 내장 부위), 원핵 생물에서의 탄소 고정 경로(예컨데, KEGG 경로 레벨 3)(예컨데, 내장 부위), 시트레이트 사이클(TCA주기)(예컨데, KEGG 경로 레벨 3)(예컨데, 내장 부위), 리포폴리사카라이드 생합성(예컨데, KEGG 경로 레벨 3)(예컨데, 내장 부위), RNA 수송(예컨데, KEGG 경로 레벨 3)(예컨데, 내장 부위), 티아민 대사(예컨데, KEGG 경로 레벨 3)(예컨데, 내장 부위), 1,1,1-트리클로로-2,2-비스(4-클로로페닐)에탄(DDT) 분해(예컨데, KEGG 경로 레벨 3)(예컨데, 내장 부위), 전자 이동 캐리어(carriers)(예컨데, KEGG 경로 레벨 3)(예컨데, 내장 부위), 근위축성측색경화증(ALS)(예컨데, KEGG 경로 레벨 3)(예컨데, 내장 부위), 프리온 병(예컨데, KEGG 경로 레벨 3)(예컨데, 내장 부위), 톨루엔 분해 및 알파-리놀렌산 대사(예컨데, KEGG 경로 레벨 3)(예컨데, 내장 부위). 추가적으로 또는 대안적으로, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 마이크로바이옴 특징은 다음 중 하나 이상의 기능에 상응하는 및/또는 그 외에 다음 중 하나 이상과 다르게 관련된 마이크로바이옴 기능적 특징을 포함할 수 있다: [V] 방어 메커니즘(COG2), [O] 번역-후 수정, 단백질 전환(turnover), 및 샤페론(COG2), [R] 일반 기능 예측(General function prediction only)(COG2), [I] 지질 수송 및 대사(COG2), [H] 코엔자임 수송 및 대사(COG2), 에너지 대사(KEGG2), 신경계(KEGG2), 신호 전달(KEGG2), 세포 프로세스(cellular process) 및 시그널링(KEGG2), 번역(KEGG2), 대사(KEGG2), 세포 성장 및 사멸(KEGG2), 내분비계(KEGG2), 아미노산 대사(KEGG2), 보조 인자(Cofactors) 및 비타민 대사(KEGG2), 제노바이오틱스(Xenobiotics) 생분해 및 대사(KEGG2), 복제 및 수리(KEGG2), 테르페노이드 및 폴리케타이드의 대사(KEGG2), 감염성 질환(KEGG2), 아미노산 관련 효소(KEGG3), 폴리시클릭 방향족 탄화수소 분해(KEGG3), 광합성(KEGG3), 판토텐산 및 CoA 생합성(KEGG3), 광합성 단백질(KEGG3), 글루탐산성 시냅스(KEGG3), 결핵(KEGG3), 2-성분(Two-component) 시스템(KEGG3), 아미노아실-tRNA 생합성(KEGG3), 티아민 대사(KEGG3), 리보솜(KEGG3), 기타(other) 이온-커플링(coupled) 트랜스포터(KEGG3), 테르페노이드 백본 생합성(KEGG3), 세포 사이클-카울로박터(KEGG3), 기타 트랜스포터(KEGG3), 염기 절제 복구(KEGG3), 펩티도글라이칸 생합성(KEGG3), 비브리오 콜레라(Vibrio cholerae) 병원성 사이클(pathogenic cycle)(KEGG3), 리모넨(Limonene) 및 피넨(pinene) 분해(KEGG3), 분비 시스템(KEGG3), 뉴클레오티드 절제 복구(KEGG3), 번역 인자(KEGG3), 알라닌(KEGG3), 아스파테이트 및 글루타메이트 대사(KEGG3), 리보솜 생합성(KEGG3), 부타노에이트 대사(KEGG3), 기타(KEGG3), 진핵 생물에서 리보솜 생합성(KEGG3), 폴리케타이드 당 단위 생합성(KEGG3), 스트렙토마이신 생합성(KEGG3), 아스코르베이트 및 알다레이트(aldarate)(KEGG3), 상동성 재조합(KEGG3), 산화적 인산화(KEGG3), 알려지지 않은 기능(KEGG3), 광합성 유기체에서의 탄소 고정(KEGG3), 세포 골격 단백질(KEGG3), DNA 수리 및 재조합 단백질(KEGG3), 리신 분해(KEGG3), 무기 이온 수송 및 대사(KEGG3), 아미노산 대사(KEGG3), 제라니올 분해(KEGG3), 단백질 배출(export)(KEGG3), 페닐알라닌(KEGG3), 티로신 및 트립토판 생합성(KEGG3), 라이신 생합성(KEGG3), 에틸벤젠 분해(KEGG3), 전사 기계(Transcription machinery)(KEGG3), RNA 폴리머라제(KEGG3), 반코마이신 그룹 항생제 생합성(KEGG3), 불일치 복구(KEGG3), 나프탈렌 분해(KEGG3), 피리미딘 대사(KEGG3), 트립토판 대사(KEGG3), D-글루타민 및 D-글루타메이트 대사(KEGG3), 제아틴 생합성(KEGG3), K02004(KEGG4), 및 K03100(KEGG4) 및/또는 다른 적절한 기능적 특징. 추가적으로 또는 대안적으로, 마이크로바이옴 기능적 특징은 COG(Cluster of Orthologous Groups) 데이터베이스(예를 들어, COG, COG2 등), KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) 데이터베이스(예를 들어, KEGG2, KEGG3, KEGG4 등) 및/또는 사용 가능한 다른 적합한 데이터베이스(예를 들어, 미생물 기능 데이터가 있는 데이터베이스 등)와 관련하여 기술된 임의의 적절한 기능과 관련될 수 있다. 그러나, 마이크로바이옴 특징은 임의의 적합한 미생물 기능, 인간 기능 및/또는 다른 적합한 기능과 관련된 임의의 적합한 마이크로바이옴 기능적 특징을 포함할 수 있다.
변형 예에서, 부위 특이적 맹장-관련 특성화 모델(예를 들어, 부위 특정 맹장-관련 특성화 모델과도 연관된 하나 이상의 신체 부위와 관련된 사용자 부위 특이 적 마이크로바이옴 특징을 처리하는 단계에 기초하여 맹장-관련 특성화를 결정하기 위한; 등) 및/또는 맹장-관련 특성화(예를 들어, 신체 부위 등과 관련됨)는 본원에 기재된(예를 들어, 부위 특이적 조성 특징; 부위 특이적 기능적 특징; 등) 부위 특이적 마이크로바이옴 특징(예를 들어, 하나 이상의 신체 부위와 관련되는 등)에 기초하여 결정될 수 있다. 예를 들어, 방법(100)은 하나 이상의 신체 부위와 관련된 부위 특이적 마이크로바이옴 특징을 포함하는 사용자 마이크로바이옴 특징을 결정하는 단계(예를 들어, 사용자에 대하여 맹장-관련 특성화 및/또는 요법이 결정 및/또는 증진될 수 있도록; 예를 들어 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 상관관계가 있는 것과 같이 관련이 있도록 결정된 마이크로바이옴 특징에 대한 사용자에 대한 특징 값을 결정하는 단계; 등)를 포함할 수 있다.
변형에서, 맹장-관련 특성화 모델 및/또는 맹장-관련 특성화는 마이크로바이옴 조성 특징(예를 들어, 부위 특이적 조성 특징, 등) 및 마이크로바이옴 기능적 특징(예를 들어, 부위 특이적 기능적 특징, 등)을 포함하는 마이크로바이옴 특징(예를 들어, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련되는; 등)에 기초하여 결정될 수 있다. 일 예에서, 방법(100)은 부위 특이적 조성 특징(예를 들어, 내장 부위와 관련된; 본원에 기술된 조성 특징; 등) 및 부위 특이적 기능적 특징(예를 들어, 내장 부위와 관련된; 본원에 기술된 기능적 특징, 등)을 결정하는 단계; 및 부위 특이적 조성 특징, 부위 특이적 기능적 특징 및/또는 다른 적절한 데이터(예를 들어, 보충 데이터, 등)에 기초하여 부위 특이적 맹장-관련 특성화 모델(예를 들어, 내장 부위와 관련된; 내장 수집 부위에서 수집된 샘플로부터 유래된 데이터를 처리하기 위해; 등)을 생성하는 단계; 및/또는 부위 특이적 맹장-관련 특성화 모델 및 사용자 마이크로바이옴 특징(예를 들어, 내장 수집 장소에서 수집된 사용자 샘플로부터 유래 된 것, 등)에 기초하여 하나 이상의 사용자에 대한 하나 이상의 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계를 포함할 수 있다.
특정 예에서, 본원에 기술된 마이크로바이옴 조성 특징(예를 들어, 부위 특이적 조성 특징 등을 포함), 본원에 기술된 마이크로바이옴 기능적 특징, 및/또는 다른 적절한 마이크로바이옴 특징은 맹장-관련 컨디션(예를 들어, 맹장 및/또는 다른 적절한 맹장-관련 컨디션의 부재와 같은 맹장-관련 컨디션을 갖는 대상자을 포함하는 대상자의 세트; 맹장이 있는 대상자과 같은 맹장-관련 컨디션이 없는 대상자을 포함하며, 여기서 이러한 샘플 및/또는 관련 데이터는 컨트롤(대조군); 대상자의 집단(population) 등으로 작용할 수 있음)과 관련된 대상자의 세트로부터의 샘플(예를 들어, 샘플의 미생물 핵산 서열, 등)에 기초하여 결정된 하나 이상의 미생물 데이터세트(예를 들어, 미생물 서열 데이터세트 등)에 기초하여 결정될 수 있다.
변형에서, 본원에 기술된 마이크비옴 특징의 임의의 적합한 조합은 맹장염 특성화 프로세스(예를 들어, 맹장염 컨디션의 진단 및/또는 적절한 특성화를 수행하기 위한 맹장염 특성화 모델의 결정 및/또는 적용; 맹장염 컨디션에 대한 치료 모델 및/또는 요법의 결정 및/또는 적용 용이; 등)를 위해 사용될 수 있다. 예를 들어, 마이크로바이옴 특징의 조합은 존재, 부재, 상대적 풍부도(relative abundance) 또는 내장 샘플 분석으로부터 유래된 임의의 다른 마이크로바이옴 특징을 포함하는 그/그녀의 자신의 내장 마이크로바이옴 샘플에 기초하여 개체에 대한 맹장염 가능성을 예측할 수 있다.
변형에서, 본원에 기술된 임의의 적합한 마이크로바이옴 특징의 조합은 미생물과 관련된 하나 이상의 맹장-관련 컨디션에 대하여, 예를 들어 인간 장내 마이크로바이옴 및/또는 적합한 신체 부위와 관련된 다른 적합한 마이크로바이옴에서의 미생물의 존재, 부재 또는 상대적 풍부도의 조절을 포함하는 것과 같이, 예를 들어 내장 미생물총(microbiota)을 건강한 코호트(cohort)로 회복시키기 위한(예를 들어, 마이크로바이옴 다양성 개선), 예방, 치료 및/또는 치료 개입을 적절하게 용이하게 하는 데에 사용될 수 있다(예를 들어, 맹장이 있고 염증성 장 질환 및/또는 다른 적합한 맹장-관련 컨디션과 관련된 증상이 없는 사용자와 관련된 표적 마이크로바이옴 조성 및/또는 기능성에 대한 것). 그러나, 맹장-관련 컨디션과 관련된 마이크로바이옴 특징은 하나 이상의 맹장-관련 컨디션에 대한 치료적 개입의 예방, 치료 및/또는 적절 용이화흐ㅎ 위해 임의의 적합한 방식으로 적용될 수 있다.
일 예에서, 방법(100)은 제1 조성의 특징 세트에 기초하여 제1 맹장-관련 컨디션 및 제2 맹장-관련 컨디션에 대한 사용자에 대한 맹장-관련 특성(예를 들어, 제1 변형과 관련하여 상기 기술된 하나 이상의 마이크로바이옴 특징을 포함하는; 마이크로바이옴 특징의 임의의 적합한 조합을 포함하는; 등), 제1 맹장-관련 특성화 모델, 조성 특징의 제2 세트(예를 들어, 제2 변형과 관련하여 상기 기술된 하나 이상의 마이크로바이옴 특징을 포함하는; 마이크로바이옴 특징의 임의의 적합한 조합을 포함하는; 등) 및 제2 맹장-관련 특성화 모델을 결정하는 단계를 포함할 수 있으며, 여기서 상기 제1 맹장-관련 특성화 모델은 제1 맹장-관련 컨디션(예를 들어, 제1 맹장-관련 특성화 모델이 제1 맹장-관련 컨디션에 대한 특성화를 결정하는 경우 등)과 관련되고, 그리고 여기서 상기 제2 맹장-관련 특성화 모델은 제2 맹장-관련 컨디션(예를 들어, 제2 맹장-관련 특성화 모델이 제2 맹장-관련 컨디션에 대한 특성화를 결정하는 경우 등)과 관련된다. 상기 예에서, 사용자 마이크로바이옴 특징을 결정하는 것은 COG(Cluster of Orthologous Groups) 데이터베이스 및 KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) 데이터베이스 중 적어도 하나로부터의 제1 기능와 관련된 제1 사용자 마이크로비옴 기능적 특징을 결정하는 단계, 여기서 제1 사용자 마이크로바이옴 기능적 특징은 제1 맹장-관련 컨디션과 관련이 있음; 및 COG 데이터베이스 및 KEGG 데이터베이스 중 적어도 하나로부터의 제2 기능와 관련된 제2 사용자 마이크로비옴 기능적 특징을 결정하는 단계, 여기서 제2 사용자 마이크로바이옴 기능적 특징은 제2 맹장-관련 컨디션과 관련이 있음,을 포함할 수 있으며, 여기서 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계는 제1 조성 특징의 세트, 제1 사용자 마이크로바이옴 기능적 특징, 제1 맹장-관련 특성화 모델, 제2 조성 특징의 세트, 제2 사용자 마이크로바이옴 기능적 특징, 및 제2 맹장-관련 특성화 모델에 기초하여 제1 맹장-관련 컨디션 및 제2 맹장-관련 컨디션에 대한 사용자에 대한 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계를 포함할 수 있다. 추가로 또는 대안적으로, 임의의 적합한 방식으로, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션에 대한 맹장-관련 특성화를 결정하기 위해 임의의 적합한 수 및 유형의 맹장-관련 특성화 모델과 함께 마이크로바이옴 특징의 임의의 조합을 사용할 수 있다.
예에서, 방법(100)은 상기 및/또는 본원에 기술된 마이크로바이옴 특징의 임의의 적합한 조합에 기초하여(예를 들어, 본원에 기재된 분류군(taxa) 중 하나 이상과 관련된 특징을 포함하는 마이크로바이옴 조성 특징의 세트에 기초; 및/또는 예를 들어 본원에 기술된 데이터베이스로부터의 기능에 상응하는, 본원에 기술된 마이크로바이옴 기능적 특징에 기초; 등) 하나 이상의 맹장-관련 특성화 모델을 생성하는 단계를 포함할 수 있다. 일 예에서, 사용자에 대한 특성화 프로세스를 수행하는 단계는, 예를 들어 본원에 기술된 마이크로바이옴 특징(예를 들어 상기 기술된 마이크로비옴 특징, 등)의 검출, 상응하는 값(values corresponding to) 및/또는 이와 관련된 다른 측면에 기초하여, 그리고 예를 들어, 맹장-관련 컨디션과 관련된 일반적인 접근법의 진단, 다른 특성화(예를 들어, 치료-관련 특성화, 등), 치료, 모니터링 및/또는 다른 적절한 접근법에 대하여 추가적(예를 들어 보충적, 보완적, 등) 또는 대안적 방식으로, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션을 갖는 것으로 사용자를 특성화하는 단계를 포함할 수 있다. 변형에서, 마이크로바이옴 특징은 맹장-관련 컨디션과 관련된 진단, 다른 특성화, 치료, 모니터링 및/또는 임의의 다른 적합한 목적 및/또는 접근에 사용될 수 있다. 그러나, 하나 이상의 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계는 임의의 적절한 방식으로 수행될 수 있다.
4.3.B 요법의 결정
특성화 프로세스 S130을 수행하는 단계(예를 들어, 맹장-관련 요법을 수행하는 단계)는 하나 이상의 요법(예를 들어, 하나 이상의 특성화 프로세스에 기초하여 특성화된 사용자에서와 같이, 예를 들어 맹장-관련 컨디션과 관련된 하나 이상의 측면을 개선하기 위한 것과 같이, 예를 들어 마이크로바이옴 조성, 기능, 다양성 및/또는 다른 적합한 측면을 조절하도록 설정된 요법)을 결정하는 단계를 포함할 수 있는 블록 S140을 포함할 수 있다. 블록 S140은 요법을 식별, 선택, 서열화(rank), 우선 순위 결정(prioritize), 예측, 단념(discourage) 및/또는 다른 방식으로 결정(예를 들어, 요법 결정 용이화, 등)하는 기능을 할 수 있다. 예를 들어, 블록 S140은 프로바이오틱-기반 요법, 박테리오파지-기반 요법, 소분자-기반 요법, 및/또는 대상자의 마이크로바이옴 조성, 기능, 다양성, 및/또는 다른 특성(예를 들어 적절한 임의의 부위에서의 마이크로바이옴, 등)을 하나 이상의 맹장-관련 컨디션의 상태를 수정하기 위한 및/또는 다른 적절한 목적을 위한 사용자의 건강을 증진에 있어서 원하는 상태(예를 들어 평형 상태 등)를 향해 변화(shift)시킬 수 있는 요법과 같은 다른 적합한 요법 중 하나 이상을 결정하는 단계를 포함할 수 있다.
요법(예를 들어, 맹장-관련 요법 등)은 하기 중 하나 이상을 포함할 수 있다: 소모품(consumable)(예를 들어, 프로바이오틱 요법, 프리(pre)바이오틱 요법, 항생제와 같은 약물, 알레르기 또는 감기 약물, 박테리오파지-기반 요법, 기저 컨디션(underlying conditions)에 대한 소모품, 소분자 요법, 등); 장치-관련 요법(예를 들어, 모니터링 장치; 센서-기반 장치; 의료 장비; 이식형 의료 장비, 등); 외과 수술(예를 들어, 맹장 수술, 예방적 맹장 수술, 복부 수술, 복강경 수술, 절개 수술, 등); 심리-관련 요법(예를 들어, 인지 행동 요법, 불안 요법, 대화 요법, 정신 역학 요법, 행동-중심(action-oriented) 요법, 합리적인 정서 행동 요법, 대인정신 요법, 이완 훈련, 심호흡 기술, 점진적 근육 이완, 맹장 제한 요법, 명상, 등); 행동 수정 요법(예를 들어, 통증 치료약(remedy), 제산제, 완하제, 히팅 패드 및/또는 다른 적절한 치료 및/또는 활동에 대한 자제; 운동 증가와 같은 신체 활동 권장 사항; 설탕 섭취 감소, 야채 섭취 증가, 생선 섭취 증가, 카페인 소비 감소, 알코올 소비 감소, 탄수화물 섭취 감소와 같은 식이 권장 사항; 담배 섭취 감소와 같은 흡연 권장 사항, 체중-관련 권장 사항; 수면 습관 권장 사항 등); 국소 투여 요법(예를 들어, 국소적 프로바이오틱, 프리바이오틱 및/또는 항생제; 박테리오파지-기반 요법); 환경 요인 수정 요법; 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 임의의 다른 적합한 측면의 변형; 및/또는 임의의 다른 적합한 요법(예를 들어, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션을 개선하기 위한 요법, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션의 위험을 감소시키기 위한 요법 등과 같은 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 건강 상태를 개선하기 위해). 일 예에서, 요법의 유형은 하기 중 하나 이상을 포함할 수 있다: 프로바이오틱 요법, 박테리오파지-기반 요법, 소분자-기반 요법, 인지/행동 요법, 물리적 재활 요법, 임상 요법, 약물-요법, 식이(diet)-관련 요법 및/또는 및/또는 사용자의 건강을 증진시키는 데 있어서 임의의 다른 적절한 방식으로 작동하도록 설계된 임의의 다른 적절한 요법.
변형에서, 요법은 하나 이상의 신체 부위와 관련된 부위-특이적 요법, 예를 들어 사용자의 하나 이상의 상이한 신체 부위(예를 들어, 하나 이상의 상이한 수집 부위, 등)에서 마이크로바이옴 조성 및/또는 기능의 수정(modification)을 용이하게 하기 위해, 예를 들어 내장 부위, 코 부위, 피부 부위, 입 부위 및/또는 생식기 부위와 관련된 미생물의 표적화 및/또는 형질 전환(예를 들어, 하나 이상의 사용자 신체 부위에서의 마이크로바이옴과 같이, 하나 이상의 사용자 신체 부위를 특이적으로 표적화하도록 구성된 하나 이상의 요법과 관련한 치료적 개입을 용이하게 함으로써), 예를 들어 하나 이상의 맹장-관련 컨디션의 개선을 용이하게 하기 위해(예를 들어, 특정 사용자 신체 부위에서 사용자 마이크로바이옴 조성 및/또는 기능을 표적 마이크로바이옴 조성 및/또는 기능으로, 예를 들어 특정 신체 부위에서의 마이크로바이옴 조성 및/또는 기능 및 건강한 맹장 상태와 관련된 및/또는 하나 이상의 맹장-관련 컨디션의 결여 등과 관련하여 수정함으로써) 포함할 수 있다. 부위-특이적 요법은 임의의 하나 이상의 소모품(예를 들어, 내장 부위 마이크로바이옴 및/또는 임의의 적합한 신체 부위와 관련된 마이크로바이옴을 표적으로 하는 등); 국소 요법(예를 들어, 피부 마이크로바이옴, 코 마이크로바이옴, 입 마이크로바이옴, 생식기 마이크로바이옴 등을 수정하기 위해); 및/또는 다른 적합한 유형의 요법을 포함할 수 있다. 예를 들어, 방법(100)은 사용자로부터 제1 신체 부위(예를 들어, 장 부위, 피부 부위, 생식기 부위, 입 부위 및 코 부위 중 적어도 하나를 포함)와 관련된 샘플을 수집하는 단계; 제1 신체 부위와 관련된 부위-특이적 조성 특징을 결정하는 단계; 부위-특이적 조성 특징에 기초하여 맹장-관련 컨디션에 대한 사용자에 대한 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계; 및 맹장-관련 특성화에 기초하여, 맹장-관련 컨디션의 개선을 용이하게 하기 위해, 사용에 대한 제1 부위-특이적 요법과 관련하여 치료 개입을 용이하게 하는 단계(예를 들어, 제1 부위-특이적 요법을 사용자에게 제공하는 것 등)를 포함할 수 있으며, 여기서 제1 부위-특이적 요법은 제1 신체 부위와 관련된다. 일 예에서, 방법(100)은 제1 부위-특이적 요법과 관련하여 치료적 개입을 용이하게 한 후(예를 들어, 제1 부위-특이적 요법의 제공 후, 등) 사용자로부터 제2 신체 부위(예를 들어, 내장 부위, 피부 부위, 생식기 부위, 입 부위 및 코 부위 중 적어도 하나를 포함하는 등)와 관련된 치료 후 샘플을 수집하는 단계; 상기 제2 신체 부위와 관련된 부위 특이적 특징에 기초하여 상기 맹장-관련 컨디션에 대한 사용자에 대한 치료 후 맹장-관련 특성을 결정하는 단계; 및 치료 후 맹장-관련 특성화에 기초하여, 맹장-관련 컨디션의 개선을 용이하게 하기 위해, 사용자에 대한 제2 부위-특이 적 요법과 관련하여 치료 개입을 용이하게 하는 단계(예를 들어, 사용자에게 제2 부위-특이적 요법을 제공하는 단계 등)를 포함할 수 있으며, 여기서 제2 부위-특이적 요법은 제2 신체 부위와 관련되는 것이다.
변형에서, 요법은 하나 이상의 박테리오파지-기반 요법(예를 들어, 소모품의 형태, 국소 투여 요법의 형태 등)을 포함 할 수 있으며, 여기서 대상자에서 나타나는(represented in) 특정 박테리아(또는 다른 미생물)에 특이적인 박테리오파지의 하나 이상의 집단(population)은(예를 들어, 콜로니 형성 유닛 측면에서) 특정 박테리아의 집단을 하향-조절(down-regulate)하거나 또는 상기 특정 박테리아의 집단을 다른 방식으로 제거하는데 사용될 수 있다. 이와 같이, 박테리오파지-기반 요법은 대상자에서 나타나는 박테리아의 바람직하지 않은 집단(들)의 크기(들)를 감소시키기 위해 사용될 수 있다. 추가적으로 또는 대안적으로, 박테리오파지-기반 요법은 사용된 박테리오파지(들)에 의해 표적화되지 않은 박테리아 집단의 상대적 풍부도를 증가시키기 위해 사용될 수 있다. 그러나, 박테리오파지-기반 요법은 임의의 적합한 방식으로 마이크로바이옴의 특성(예를 들어, 마이크로바이옴 조성, 마이크로바이옴 기능 등)을 조절하는데 사용될 수 있고 및/또는 임의의 적합한 목적으로 사용될 수 있다.
변형에서, 요법은 적어도 하나 이상의(예를 들어, 하나 이상의 임의의 조합을 포함하여, 임의의 적합한 양 및/또는 농도, 예컨대 임의의 적합한 상대량 및/또는 농도 등을 포함) 본원에 기술된 임의의 적합한 분류군(예를 들어, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션 등과 관련된 하나 이상의 마이크로바이옴 조성 특징과 관련하여) 및/또는 엔테로코쿠스 라피노수스(Enterococcus raffinosus), 스타필로코쿠스(Staphylococcus sp.) C9I2, 제멜라(Gemella sp.) 933-88, 엔테로코쿠스(Enterococcus sp.) SI-4, 빌로필라(Bilophila sp.) 4_1_30, 아네로스티페스(Anaerostipes sp.) 5_1_63FAA, 파스콜락토박테리움 페시움(Phascolarctobacterium faecium), 알리스티페스(Alistipes sp.) RMA 9912, 오도리박터 스플란크니쿠스(Odoribacter splanchnicus), 알리스티페스(Alistipes sp.) HGB5, 서브돌리그라눌룸 바리아빌레(Subdoligranulum variabile), 메타노브레비박터 스미티(Methanobrevibacter smithii), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) 7_1_47FAA, 플라보니프락토르 플라우티(Flavonifractor plautii), 클루이베라 조르지아나(Kluyvera georgiana), 블라우티아 페시스(Blautia faecis), 피칼리박테리움 프로스니치(Faecalibacterium prausnitzii), 락토니팍토 롱고비포르미스(Lactonifactor longoviformis), 로제부리아(Roseburia sp.) 11SE39, 박테로이데스(Bacteroides sp.) AR29, 알리스티페스(Alistipes sp.) NML05A004, 프레보텔라 티모넨시스(Prevotella timonensis), 아네로스티페스(Anaerostipes sp.) 3_2_56FAA, 클렙시엘라(Klebsiella sp.) SOR89, 메가스페라(Megasphaera sp.) DNF00912, 베일로넬라 디스파르(Veillonella dispar), 락토바실러스 뮤코세(Lactobacillus mucosae), 박테로이데스 프라질리스(Bacteroides fragilis), 스트렙토코쿠스 에퀴누스(Streptococcus equinus), 박테로이데스 플레베이우스(Bacteroides plebeius), 프로피오니박테리움(Propionibacterium sp.) MSP09A, 스트렙토코쿠스 파스퇴리아누스(Streptococcus pasteurianus), 아네로비브리오(Anaerovibrio sp.) 765, 아케르만시아 뮤시니필라(Akkermansia muciniphila), 액티노마이세스 투리센시스(Actinomycess turicensis), 크로노박터 사카자키(Cronobacter sakazakii), 베일로넬라 로고세(Veillonella rogosae(종), 블라우티아 글루세라세(Blautia glucerasea), 아시다미노코쿠스 인테스티니(Acidaminococcus intestini), 프로피오니박테리움 그라눌로숨(Propionibacterium granulosum), 박테로이데스 테타이오타오미크론(Bacteroides thetaiotaomicron), 푸스코박테리움(Fusobacterium sp.) CM21, 페디오코쿠스(Pediococcus sp.) MFC1, 투리시박터 상귀니스(Turicibacter sanguinis), 사르시나 벤트리쿨리(Sarcina ventriculi), 메가스페라 게모노(Megasphaera genomo sp.) C1, 스트렙토코쿠스(Streptococcus sp.) BS35a, 스트렙토코쿠스 써모필러스(Streptococcus thermophilus), 푸소박테리움 울세란스(Fusobacterium ulcerans), 모르가넬라 모르가니(Morganella morganii), 박테로이데스(Bacteroides sp.) SLC1-38, 박테로이데스 에게르티(Bacteroides eggerthii), 박테로이데스 코프로콜라(Bacteroides coprocola), 박테로이데스(Bacteroides sp.) CB57, 비피도박테리움 스테르코리스(Bifidobacterium stercoris), 베일로넬라 아티피카(Veillonella atypica), 푸소박테리움 네크로게네스(Fusobacterium necrogenes), 락토바실러스 크리스파투스(Lactobacillus crispatus), 베일로넬라(Veillonella sp.) MSA12, 아사카로스포라 이레귤라리스(Asaccharospora irregularis), 에리시펠락토클로스트리디움 라모숨(Erysipelatoclostridium ramosum), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) TAB-22, 파라수테렐라 엑크레멘티호미니스(Parasutterella excrementihominis), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) C4I2, 파라박테로이데스(Parabacteroides sp.) 157, 박테로이데스 피네골디(Bacteroides finegoldii), 알리스티페스 푸트레디니스(Alistipes putredinis) 중 하나 이상 및/또는 임의의 적합한 임의의 다른 적합한 미생물 분류군(예를 들어, 마이크로바이옴 특징과 관련하여, 본원에 기술된 분류군의 미생물; 본원에 기술된 기능적 특징과 관련된 분류)의 임의의 조합과 관련된 하나 이상의 프로바이오틱 요법 및/또는 프리바이오틱 요법을 포함할 수 있다. 하나 이상의 프로바이오틱 요법 및/또는 다른 적합한 요법에 대하여, 주어진 분류 학적 그룹과 관련된 미생물 및/또는 임의의 적절한 미생물 조합이 십만(0.1 million) 내지 100억(10 billion) CFU의 용량 및/또는 임의의 적합한 양으로 제공 될 수 있다(예를 들어, 요법에 대응하여 환자의 마이크로바이옴의 포지티브 조정(positive adjustment)을 예측하는 요법 모델로부터 결정된 바와 같은; 상이한 분류군에 대해 상이한 양; 상이한 분류군에 대해 동일하거나 유사한 양; 등). 예를 들어, 대상자은 그/그녀의 하기 중 하나 이상에 맞추어진 투약계획(regimen)에 따른 프로바이오틱 제형(formulation)을 포함하는 캡슐을 섭취하도록 지시될 수 있다: 생리(예를 들어, 체질량 지수, 체중, 키), 인구 통계학적 특성(예를 들어, 성별, 연령), 장내세균불균형(dysbiosis)의 중증도, 약물에 대한 민감성 및 기타 적절한 요인. 예를 들어, 프로바이오틱 요법 및/또는 프리바이오틱 요법이 하나 이상의 맹장- 관련 컨디션의 개선을 용이하게 하기 위해(예를 들어, 조성, 기능 등과 관련하여) 사용자 마이크로바이옴을 조절하는데 사용될 수 있다. 예를 들어, 치료적 개입의 용이화는, 예를 들어 하나 이상의 맹장-관련 컨디션의 개선 용이화 등을 위해, 사용자에게 하나 이상의 프로바이오틱 요법 및/또는 프리바이오틱 요법을 장려(예를 들어, 추천, 관련하여 사용자에게 정보제공, 제공, 투여, 획득의 용이화, 등)하는 단계를 포함할 수 있다.
프로바이오틱 요법의 특정 예에서, 도 4에 도시된 바와 같이, 요법 모델의 후보 요법은 하기 중 하나 이상을 수행할 수 있다: 물리적 장벽을 제공함으로써 (예를 들어, 군락 저항성(colonization resistance)에 의해) 상피세포 내로 병원체 진입을 차단, 배상 세포(goblet cell)의 자극에 의한 점막 장벽 형성 유도, 대상자의 상피 세포 사이의 정점 치밀이음(apical tight junctions)의 무결성 향상(예를 들어, ZO-1(zona-occluden 1)의 조절 자극에 의해, 치밀이음 단백질 재분포 방지에 의해), 항균 인자 생성, 항-염증성 사이토카인 생산 자극(예를 들어, 수지상 세포의 시그널링 및 조절 T-세포의 유도에 의해), 면역 반응의 촉발, 및 장내세균불균형 상태로부터 대상자의 마이크로바이옴을 조정하는 임의의 다른 적합한 기능 수행. 그러나, 프로바이오틱 요법 및/또는 프리바이오틱 요법은 임의의 적절한 방식으로 구성될 수 있다.
다른 특정 예에서, 요법은 의료 기기 기반 요법(예를 들어, 인간 행동 수정과 관련된, 질병-관련 컨디션의 치료와 관련된 등)을 포함 할 수 있다.
변형 예에서, 상기 요법 모델은 바람직하게는 큰 집단의 대상자으로부터의 데이터를 기초로 하며, 이는 블록 S110에서 마이크로바이옴 다양성 데이터 세트가 유래되는 대상자체의 집단을 포함할 수 있으며, 여기서 다양한 치료적 조치(therapeutic measures)에 대한 노출 전 및 노출 후의 마이크로바이옴 조성 및/또는 기능적 특징 또는 건강 상태는 잘 특성화되어 있다. 이러한 데이터는 상이한 맹장-관련 특징에 기초하여 대상자에게 원하는 결과를 제공하는 치료적 조치를 식별하는데 있어서 요법 예비(provision) 모델을 훈련시키고 검증하는데 사용될 수 있다. 변형 예에서, 감독 머신 러닝 알고리즘(supervised machine learning algorithm)로써 서포트 벡터 머신(support vector machines)을 사용하여 치료 예비 모델을 생성할 수 있다. 그러나, 전술한 임의의 다른 적합한 머신 러닝 알고리즘이 요법 예비 모델의 생성을 용이하게 할 수 있다.
추가적으로 또는 대안적으로, 요법 모델은 건강 상태가 양호한 것으로 식별된 대상자 집단의 대상자로부터 평가된 "정상(normal)" 또는 기준선 마이크로바이옴 조성물 및/또는 기능적 특징의 식별과 관련하여 도출될 수 있다. 건강 상태가 양호하한 것으로 특성화된 (예를 들어, 특성화 프로세스의 특징을 사용하여) 대상자 집단의 대상자의 서브세트의 식별시, 건강 상태가 좋은 대상자에 대한 마이크로바이옴 조성 및/또는 기능적 특징을 조절하는 요법은 블록 S140에서 생성될 수 있다. 따라서, 블록 S140은 하나 이상의 기준선 마이크로바이옴 조성 및/또는 기능적 특징(예를 들어, 각각의 인구통계 특성 세트에 대한 하나의 기준선 마이크로바이옴)의 식별, 및 식별된 기준선 마이크로바이옴 조성 및/또는 기능적 특징 중 하나에 대한 장내 세균 불균형(dysbiosis)의 상태에 있는 대상자의 마이크로바이옴을 전환시킬 수 있는 잠재적인 요법 제형 및 요법 레지멘(therapy regimens)을 포함할 수 있다. 그러나, 요법 모델은 어느 다른 적절한 방식으로 생성 및/또는 개량될 수 있다.
프로바이오틱 요법 및/또는 프리바이오틱 요법과 관련된(예를 들어, 요법 용이화 시스템에 의해 적용되는 요법 모델에 의해 결정된 프로바이오틱 요법과 관련된) 미생물 조성물은 배양 가능한(예를 들어, 확장 가능한 요법을 제공하도록 확장될 수 있는) 및/또는 비-치명적인(예를 들어, 원하는 치료 용량에서 비-치명적인) 미생물을 포함할 수 있다. 또한, 미생물 조성물은 대상자의 마이크로바이옴에 급성 또는 중등도의 영향을 갖는 단일 타입의 미생물을 포함할 수 있다. 추가적으로 또는 대안적으로, 미생물 조성물은 대상자의 마이크로바이옴을 원하는 상태로 유도하는데 서로 협력하도록 구성된 다중 타입의 마이크로바이옴의 균형 잡힌 조합을 포함할 수 있다. 예를 들어, 프로바이오틱 요법에서 다중 타입의 박테리아의 조합은 대상자의 마이크로바이옴에 긍정적으로 영향을 미치는 강력한 효과를 갖는 제2 박테리아 타입에 의해 사용되는 생산물을 생성하는 제1 박테리아 타입을 포함할 수 있다. 추가적으로 또는 대안적으로, 프로바이오틱 요법에서 다중 타입의 박테리아의 조합은 대상자의 마이크로바이옴에 긍정적으로 영향을 미치는 동일한 기능을 갖는 단백질을 생성하는 여러 박테리아 타입을 포함할 수 있다.
프로바이오틱 및/또는 프리바이오틱 조성물은 자연적으로 또는 합성적으로 유도될 수 있다. 예를 들어, 일 적용으로, 프로바이오틱 조성물은 분변 물질 또는 다른 생물학적 물질(예를 들어, 특성화 프로세스 및 요법 모델을 사용하여 식별된 바와 같이, 기준선 마이크로바이옴 조성 및/또는 기능적 특징을 갖는 하나 이상의 대상자)로부터 자연적으로 유도될 수 있다. 추가적으로 또는 대안적으로, 프로바이오틱 조성물은 특성화 프로세스 및 요법 모델을 사용하여 식별된 바와 같이, 기준선 마이크로바이옴 조성 및/또는 기능적 특징에 기초하여 합성적으로 유도될 수 있다(예를 들어, 벤치탑 방법을 사용하여 유도될 수 있다). 변형으로, 프로바이오틱 요법에 사용될 수 있는 미생물 제제는 효모(예를 들어, 사카로미세스 보울라디(Saccharomyces boulardii)), 그람-음성 박테리아(예를 들어, 이. 콜라이 니슬(E. coli Nissle), 그람-양성 박테리아(예를 들어, 비피도박테리아 비피덤, 비피도박테리아 인판티스(Bifidobacteria infantis), 락토바실러스 람토서스(Lactobacillus rhamnosus), 락토코커스 락티스(Lactococcus lactis), 락토바실러스 플란타럼(Lactobacillus plantarum), 락토바실러스 아시도필러스(Lactobacillus acidophilus), 락토바실러스 카세이(Lactobacillus casei), 바실러스 폴리페르멘티커스(Bacillus polyfermenticus) 등) 및 어느 다른 적절한 타입의 미생물 제제 중 하나 이상을 포함할 수 있다. 그러나, 프로바이오틱 요법, 프리바이오틱 요법 및/또는 다른 적절한 요법은 본원에 기재된 어느 적절한 분류와 관련된 어느 적절한 미생물 조합을 포함할 수 있고, 그리고/또는 요법은 어느 적절한 방식으로 구성될 수 있다.
블록 S140은 하나 이상의 요법을 결정하기 위한 하나 이상의 요법 모델을 실행, 저장, 검색 및/또는 프로세싱하는 것을 포함할 수 있다. 하나 이상의 요법 모델을 프로세싱하는 것은 바람직하게 마이크로바이옴 특징에 기초한다. 예를 들어, 요법 모델을 생성하는 것은 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 마이크로바이옴 특징, 마이크로바이옴 특성과 관련된 치료 효능과 같은 요법-관련 견지, 및/또는 다른 적절한 데이터에 기초할 수 있다. 추가적으로 또는 대안적으로, 요법 모델을 프로세싱하는 것은 어느 적절한 데이터에 기초할 수 있다. 예를 들어, 요법 모델을 프로세싱하는 것은 하나 이상의 요법 모델, 사용자 마이크로바이옴 특징(예를 들어, 사용자 마이크로바이옴 특징값을 하나 이상의 요법 모델에 입력하는 것 등), 보충 데이터(예를 들어, 미생물-관련 대사; 사용자 병력; 인구통계 특성과 같은 사용자 인구통계 데이터와 관련된 것과 같이 요법과 관련된 사전 지식 등), 및/또는 어느 다른 적절한 데이터에 기초하여 사용자에 대한 하나 이상의 요법을 결정하는 것을 포함할 수 있다. 그러나, 요법 모델을 프로세싱하는 것은 어느 적절한 방식으로 어느 적절한 데이터에 기초할 수 있다.
맹장-관련 특성화 모델은 하나 이상의 요법 모델을 포함할 수 있다. 실시예에서, 하나 이상의 맹장-관련 특성화를 결정하는 것(예를 들어, 하나 이상의 사용자에 대해, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션에 대해 등)은, 하나 이상의 요법 모델(예를 들어, 하나 이상의 요법 모델을 적용하는 것 등) 및/또는 다른 적절한 데이터(예를 들어, 사용자 마이크로바이옴 특징과 같은 마이크로바이옴, 사용자 데이터세트와 같은 미생물 데이터세트를 적용하는 것 등)에 기초한 것과 같이, 하나 이상의 요법을 결정하는 것을 포함할 수 있다. 특정 실시예에서, 하나 이상의 맹장-관련 특성화를 결정하는 것은 사용자에 대한 제1 맹장-관련 특성화를 결정하는 것(예를 들어, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션에 대한 성향을 기술하는 것 등); 및 제1 맹장-관련 특성화에 기초하여 사용자에 대한 제2 맹장-관련 특성화를 결정하는 것(예를 들어, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션에 대한 성향에 기초하여 사용자에게 권장하기 위한 것과 같은, 하나 이상의 요법을 결정하는 것 등)을 포함할 수 있다. 특정 실시예에서, 맹장-관련 특성화는 성향-관련 데이터(예를 들어, 진단 데이터; 관련 마이크로바이옴 조성, 기능, 다양성 및/또는 기타 특성 등) 및 요법-관련 데이터(예를 들어, 권장 요법; 잠재적 요법 등)를 모두 포함할 수 있다. 그러나, 맹장-관련 특성화는 어느 적절한 데이터(예를 들어, 본원에 기술된 데이터의 어느 조합 등)를 포함할 수 있다.
요법 모델을 프로세싱하는 것은 다수의 요법 모델을 프로세싱하는 것을 포함할 수 있다. 예를 들어, 상이한 요법에 대해 상이한 요법 모델이 프로세싱될 수 있다(예를 들어, 소비재(consumable) 요법에 대한 제1 요법 모델 및 정신-관련 요법을 결정하기 위한 제2 요법 모델과 같은, 상이한 개별 요법에 대한 상이한 모델; 상이한 조합 및/또는 카테고리의 요법에 대한 상이한 모델). 실시예에서, 상이한 요법 모델이 상이한 맹장-관련 컨디션에 대해 프로세싱될 수 있다(예를 들어, 상이한 개별 맹장-관련 컨디션에 대한 상이한 모델; 상이한 조합 및/또는 카테고리의 맹장-관련 컨디션에 대한 상이한 모델 등). 추가적으로 또는 대안적으로, 어느 적절한 타입의 데이터 및/또는 엔티티(예를 들어, 이에 기초하여; 이에 대해 상이한 요법 모델을 프로세싱하기 위해) 다수의 요법 모델이 수행될 수 있다. 그러나, 다수의 요법 모델을 프로세싱하는 것은 어느 적절한 방식으로 수행될 수 있고, 하나 이상의 요법 모델의 결정 및/또는 적용은 어느 적절한 방식으로 수행될 수 있다.
4.4 사용자 생물학적 샘플 프로세싱.
상기 방법(100)의 구현은 추가적으로 또는 대안적으로 사용자로부터 하나 이상의 생물학적 샘플(예를 들어, 사용자의 상이한 수집 부위로부터의 생물학적 샘플 등)을 프로세싱하는 것을 포함할 수 있는 블록 S150을 포함할 수 있다. 블록 S150은 특성화 프로세스를 위한 입력을 유도하기 위해 사용하기 위한 것과 같이(예를 들어, 하나 이상의 맹장-관련 특성화 모델을 적용하는 것에 의한 것과 같이, 사용자에 대한 맹장-관련 특성화를 생성하기 위해), 사용자에 대한 미생물 데이터세트의 생성을 용이하게 하는 기능을 할 수 있다. 이와 같이, 블록 S150은 하나 이상의 사용자로부터 하나 이상의 생물학적 샘플(예를 들어, 시간 경과에 따라 동일한 사용자에 대한 다중 생물학적 샘플, 상이한 사용자에 대한 상이한 생물학적 샘플 등)을 수신, 프로세싱 및/또는 분석하는 것을 포함할 수 있다. 블록 S150에서, 생물학적 샘플은 바람직하게 비-침습적인(non-invasive) 방식으로 사용자 및/또는 사용자의 환경으로부터 생성된다. 변형으로, 비-침습적인 샘플 수신 방식은 투과성 기질(예를 들어, 사용자의 신체 영역을 닦도록 구성된 면봉, 화장지, 스펀지 등), 사용자의 신체 영역으로부터 샘플을 수신하도록 구성된 비-투과성 기질(예를 들어, 슬라이드, 테이프 등) 용기(예를 들어, 바이얼, 튜브, 백 등), 및 어느 적절한 샘플-수신 엘리먼트 중 어느 하나 이상을 사용할 수 있다. 특정 실시예에서, 생물학적 샘플은 비-침습적인 방식으로(예를 들어, 면봉 및 바이얼을 사용하여) 사용자의 코, 피부, 생식기, 입 및 내장 중 하나 이상으로부터(예를 들어, 대변 샘플 등을 통해) 수집될 수 있다. 그러나, 생물학적 샘플은 추가적으로 또는 대안적으로 반-침습적 방식 또는 침습적 방식으로 수신될 수 있다. 변형으로, 샘플 수신의 침습적 방식은 바늘, 주사기, 생검 엘리먼트, 랜스(lance) 및 반-침습적 또는 침습적 방식으로 샘플을 수집하기 위한 어느 다른 적절한 도구 중 어느 하나 이상을 사용할 수 있다. 특정 실시예에서, 샘플은 혈액 샘플, 혈장/혈청 샘플(예를 들어, 무-세포 DNA의 추출을 가능하게 하도록) 및 조직 샘플을 포함할 수 있다.
상기 변형 및 실시예에서, 생물학적 샘플은 다른 엔티티(예를 들어, 사용자와 관련된 관리인, 헬스 케어 전문가, 자동화된 또는 반자동화된 샘플 수집 디바이스 등)에 의해 용이화(facilitation) 없이 사용자의 신체로부터 채취되거나, 또는 대안적으로 다른 엔티티의 도움으로 사용자의 신체로부터 채취될 수 있다. 일 실시예에서, 샘플 추출 프로세스에서 다른 엔티티에 의해 용이화 없이 생물학적 시료를 사용자로부터 채취한 경우, 샘플-제공 키트가 사용자에게 제공될 수 있다. 실시예에서, 키트는 샘플 획득을 위한 하나 이상의 면봉, 보관을 위해 면봉을 받도록 구성된 하나 이상의 용기, 샘플 제공 및 사용자 계정 설정을 위한 지침, 샘플(들)을 사용자와 연관시키도록 구성된 엘리먼트들(예를 들어, 바코드 식별자, 태그 등), 및 사용자로부터 샘플(들)이 샘플 프로세싱 작업으로 전달될 수 있게 하는 리셉터클(예를 들어, 우편 배송 시스템)을 포함할 수 있다. 다른 실시예에서, 다른 엔티티의 도움으로 생물학적 샘플이 사용자로부터 추출되는 경우, 하나 이상의 샘플은 사용자로부터 임상 또는 연구 설정에서 수집될 수 있다(예를 들어, 임상적 예약 동안). 그러나, 생물학적 샘플은 어느 다른 적절한 방식으로 사용자로부터 수신될 수 있다.
또한, 사용자로부터 생물학적 샘플을 프로세싱 및 분석하는 것은 (예를 들어, 사용자 미생물 데이터세트를 생성하기 위해 등) 바람직하게 상기 블록 S110과 관련하여 기술된 샘플 수신의 구현, 변형, 및/또는 실시예를 들어, 및/또는 상기 방법(100) 및/또는 시스템(200)의 구현의 어느 다른 적절한 부분 중 하나와 유사한 방식으로 수행된다. 이와 같이, 블록 S150에서의 생물학적 샘플의 수신 및 프로세싱은 프로세스의 일관성을 제공하기 위한 것과 같이, 상기 방법(100)의 특성화 프로세스를 수행하기 위해 사용된 생물학적 샘플을 수신 및 프로세싱하기 위한 것들과 유사한 프로세스를 사용하여 사용자로부터 수행될 수 있다. 그러나, 블록 S150에서의 생물학적 샘플 수신 및 프로세싱은 추가적으로 또는 대안적으로 어느 다른 적절한 방식으로 수행될 수 있다.
4.5 맹장-관련 특성화 결정.
상기 방법(100)의 구현은 추가적으로 또는 대안적으로 블록 S160을 포함할 수 있으며, 이는 하나 이상의 특성화 프로세스(예를 들어, 블록 S130과 관련하여 기술된 하나 이상의 특성화 프로세스 등), 사용자의 생물학적 샘플로부터 유래된 하나 이상의 미생물 데이터세트 프로세싱(예를 들어, 사용자 미생물 서열 데이터세트, 마이크로바이옴 데이터세트, 마이크로바이옴 기능적 다양성 데이터세트; 하나 이상의 맹장-관련 특성화를 결정하기 위해 사용될 수 있는 사용자 마이크로바이옴 특징을 추출하기 위한(예를 들어, 특징값 추출 등) 미생물 데이터세트의 프로세싱 등)에 기초한 것과 같이, 사용자에 대한 맹장-관련 특성화를 이용하여 결정하는 것을 포함할 수 있다. 블록 S160은 사용자의 마이크로바이옴-유래 데이터로부터 특징을 추출하는 것을 통해, 그리고 상기 블록 S130에 기술된 특성화 프로세스의 구현, 변형, 또는 실시예에 상기 특징을 입력으로서 사용하는 것과 같이(예를 들어, 마이크로바이옴-관련 컨디션 특성화 모델에 입력으로서 사용자 마이크로바이옴 특징값을 사용하는 것 등) 사용자에 대해 하나 이상의 맹장-관련 컨디션을 특성화하는 기능을 할 수 있다. 실시예에서, 블록 S160은 사용자 마이크로바이옴 특징 및 맹장-관련 컨디션 모델(예를 들어, 블록 S130에서 생성된)에 기초하여 사용자에 대해 맹장-관련 특성화를 생성하는 것을 포함할 수 있다. 맹장-관련 특성화는 어느 수 및/또는 조합의 맹장-관련 컨디션(예를 들어, 맹장-관련 컨디션, 단일 맹장-관련 컨디션, 및/또는 다른 적절한 맹장-관련 컨디션의 조합 등), 사용자, 수집 부위, 및/또는 다른 적절한 엔티티에 대한 것일 수 있다. 맹장-관련 특성화는 다음 중 하나 이상을 포함할 수 있다: 진단(예를 들어, 맹장-관련 컨디션의 존재 또는 부재 등); 위험(예를 들어, 맹장-관련 컨디션의 발달 및/또는 존재에 대한 위험 스코어); 맹장-관련 특성화와 관한 정보(예를 들어, 증상, 사인(signs), 트리거, 관련 컨디션 등); 비교(예를 들어, 다른 서브그룹, 집단, 사용자, 히스토릭 마이크로바이옴 조성 및/또는 기능적 다양성과 같은 사용자의 히스토릭 건강 상태와의 비교; 맹장-관련 컨디션과 관련된 비교 등); 요법 결정; 특성화 프로세스와 관련된 다른 적절한 출력; 및/또는 어느 다른 적절한 데이터.
다른 변형으로, 맹장-관련 특성화는 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 상관된 마이크로바이옴 다양성 스코어와 관련된(예를 들어, 상관적인; 부정적으로 상관적인; 긍정적으로 상관적인 등) 마이크로바이옴 다양성 스코어(예를 들어, 마이크로바이옴 조성, 기능 등)를 포함할 수 있다. 실시예에서, 맹장-관련 특성화는 시간 경과에 따른 마이크로바이옴 다양성 스코어(예를 들어, 시간 경과에 따른 수집된 사용자의 다수의 생물학적 샘플에 대해 산출된), 다른 사용자에 대한 마이크로바이옴 다양성 스코어에 대한 비교, 및/또는 어느 다른 적절한 타입의 마이크로바이옴 다양성 스코어를 포함할 수 있다. 그러나, 마이크로바이옴 다양성 스코어를 프로세싱하는 것(예를 들어, 요법을 결정 및/또는 제공하기 위해 마이크로바이옴 다양성 스코어를 사용하여 마이크로바이옴 다양성 스코어를 결정하는 것 등)은 어느 적절한 방식으로 수행될 수 있다.
블록 S160에서 맹장-관련 특성화를 결정하는 것은 바람직하게, 사용자의 마이크로바이옴 조성 및/또는 기능적 특징과 관련된 특징 및/또는 특징의 조합을 결정하는 것(예를 들어, 사용자와 관련된 특징값을 결정하는 것으로서, 상기 특징값은 블록 S130에서 결정된 마이크로바이옴 특징에 상응함 등), 상기 특징을 특성화 프로세스에 입력하는 것, 및 행동 그룹, 성별 그룹, 다이어트 그룹, 질병-상태 그룹 및 특성화 프로세스에 의해 식별될 수 있는 어느 다른 그룹 중 하나 이상에 속하는 것으로서 사용자를 특성화하는 출력을 수신하는 것을 포함한다. 블록 S160은 추가적으로 또는 대안적으로 사용자의 특성화와 관련된 신뢰 메트릭의 생성 및/또는 출력을 포함한다. 예를 들어, 신뢰 메트릭은 특성화를 생성하기 위해 사용된 특징의 수, 특성화를 생성하기 위해 사용된 특징의 상대 가중치 또는 랭킹, 특성화 프로세스에서 바이어스의 측정치(measures), 및 특성화 프로세스의 견지와 관련된 어느 다른 적절한 파라미터로부터 도출될 수 있다. 그러나, 사용자 마이크로바이옴 특징을 활용하는 것은 어느 적절한 맹장-관련 특성화를 생성하기 위한 어느 적절한 방식으로 수행될 수 있다.
일부 변형으로, 사용자의 미생물 데이터세트로부터 추출된 특징은 보충적 특징(예를 들어, 설문조사에서 도출된 특징, 병력에서 도출된 특징, 센서 데이터 등과 같은 사용자에 대해 수집된 보충 데이터로부터 추출된)으로 보충될 수 있으며, 여기서 이러한 데이터, 사용자 마이크로바이옴 데이터, 및/또는 다른 적절한 데이터는 블록 S130, 블록 S160 및/또는 상기 방법(100)의 구현의 다른 적절한 부분의 특성화 프로세스를 추가적으로 개량하기 위해 사용될 수 있다.
맹장-관련 특성화 결정은 바람직하게, 예를 들어, 블록 S130에 기술된 프로세스를 이용함으로써, 그리고/또는 본원에 기술된 어느 적절한 접근법을 이용함으로써, 사용자(예를 들어, 사용자 미생물 데이터세트에 기초하여)에 대한 사용자 마이크로바이옴 특징(예를 들어, 사용자 마이크로바이옴 조성 다양성 특징; 사용자 마이크로바이옴 기능적 다양성 특징; 특징값 추출 등), 특성화 모델, 및 다른 적절한 구성 요소를 추출 및 적용하는 것을 포함한다.
변형으로, 도 6에 나타낸 바와 같이, 블록 S160은 웹 인터페이스, 모바일 애플리케이션, 및/또는 어느 다른 적절한 인터페이스에서와 같이, 맹장-관련 특성화(예를 들어, 치료적 개입을 용이하게 하는 것의 일부로서 특성화로부터 추출된 정보 등)를 제시하는 것을 포함할 수 있으나, 정보의 제시는 어느 적절한 방식으로 수행될 수 있다. 그러나, 사용자의 미생물 데이터세트는 추가적으로 또는 대안적으로 상기 방법(100)의 모델을 향상시키기 위한 어느 적절한 방식으로 사용될 수 있으며, 블록 S160은 어느 적절한 방식으로 수행될 수 있다.
4.6 치료적 개입 용이화.
도 9에 나타낸 바와 같이, 상기 방법(100)의 구현은 추가적으로 또는 대안적으로 블록 S170을 포함할 수 있으며, 이는 (예를 들어, 맹장-관련 특성화 및/또는 요법 모델에 기초하여) 하나 이상의 사용자에 대해 하나 이상의 맹장-관련 컨디션에 대한 치료적 개입을 용이하게 하는 것(예를 들어, 요법 촉진, 요법 제공, 요법의 제공 용이화 등)을 포함할 수 있다. 블록 S170은 예를 들어, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련하여 원하는 평형 상태 (및/또는 그렇지 않으면 맹장-관련 컨디션의 상태를 개선시키는 것)로 사용자의 마이크로바이옴 조성 및/또는 기능적 다양성을 전환시키는 것과 같이, 사용자에 대해 하나 이상의 요법과 관련되어 치료적 개입을 권장, 촉진, 제공, 및/또는 그렇지 않으면 용이하게 하는 기능을 할 수 있다. 블록 S170은 이들의 마이크로바이옴 조성 및 기능적 특징에 따라 사용자에게 맞춤화된 요법의 제공을 포함할 수 있으며, 여기서 맞춤화된 요법은 식별된 특성화를 갖는 사용자의 장내 세균 불균형을 수정하도록 구성된 미생물 제형을 포함할 수 있다. 이와 같이, 블록 S140의 출력은 트레이닝된 요법 모델에 기초하여 사용자에게 맞춤화된 요법 제형 및 레지멘(예를 들어, 투여, 사용 지침)을 직접 촉진하도록 사용될 수 있다. 추가적으로 또는 대안적으로, 요법 제공은 원하는 상태로 마이크로바이옴 조성 및/또는 기능적 특징을 전환시키기 위해 구성된 이용가능한 치료적 조치의 권장을 포함할 수 있다. 변형으로, 요법은 다음 중 어느 하나 이상을 포함할 수 있다: 소비재(consumables), 국소 요법(예를 들어, 로션, 연고, 방부제 등), 약물(예를 들어, 적절한 약물 타입 및/또는 투여량과 관련된 약물 등), 박테리오파지, 환경 치료, 행동 변형(예를 들어, 다이어트 변형 요법, 스트레스 감소 요법, 신체 활동-관련 요법 등), 진단 절차, 기타 의료-관련 절차 및/또는 맹장-관련 컨디션과 관련된 다른 적절한 요법. 소비재는 다음 중 어느 하나 이상을 포함할 수 있다: 식품 및/또는 음료 품목(예를 들어, 프로바이오틱 및/또는 프리바이오틱 식품 및/또는 음료 품목 등), 영양 보충제(예를 들어, 비타민, 미네랄, 섬유, 지방산, 아미노산, 프리바이오틱스, 프로바이오틱스 등), 소비재 약물 및/또는 기타 적절한 치료적 조치. 실시예에서, 하나 이상의 요법 및/또는 그렇지 않으면 치료적 개입을 용이하게 하는 것을 제공하는 것은 하나 이상의 사용자와 관련된 하나 이상의 컴퓨팅 디바이스에서(예를 들어, 컴퓨팅 디바이스에서 제공되는 웹 애플리케이션과 같은 사용자 인터페이스에서 등) 하나 이상의 사용자에게 하나 이상의 요법에 대한 권장을 제공하는 것을 포함할 수 있다.
예를 들어, 상업적으로 이용가능한 프로바이오틱 보충제들의 조합은 요법 모델의 출력에 따른 사용자에 대한 적절한 프로바이오틱 요법을 포함할 수 있다. 다른 실시예에서, 상기 방법(100)은 맹장-관련 컨디션 모델(예를 들어, 및/또는 사용자 마이크로바이옴 특징)에 기초하여 맹장-관련 컨디션에 대해 사용자에 대한 맹장-관련 컨디션을 결정하고; 그리고 맹장-관련 컨디션 위험에 기초하여 사용자에게 요법을 촉진하는 것을 포함할 수 있다.
변형으로, 치료적 개입을 용이하게 하는 것은 (예를 들어, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 사용자 건강 상태를 개선하기 위해 사용자 마이크로바이옴의 조절을 위한 것과 같이 다른 요법의 후속적인 촉진을 동기부여할 수 있는 맹장-관련 컨디션의 검출을 용이하게 하는 것 등) 진단 절차를 촉진하는 것을 포함할 수 있다. 진단 절차는 다음 중 어느 하나 이상을 포함할 수 있다: 병력 분석, 영상 검사, 세포배양 시험, 항체 시험, 피부 찌름(prick) 시험, 패치 시험, 혈액 시험, 챌린지 시험, 상기 방법(100)의 구현의 일부를 수행하는 것, 및/또는 맹장-관련 컨디션의 검출(예를 들어, 관찰, 예측 등)을 용이하게 하기 위한 어느 다른 적절한 절차. 추가적으로 또는 대안적으로, 진단 디바이스-장치 관련 정보 및/또는 다른 적절한 진단 정보는 보충 데이터 세트의 일부로서 (예를 들어, 블록 S120과 관련하여, 이러한 데이터는 특성화 모델, 요법 모델, 및/또는 다른 적절한 모델을 결정 및/또는 적용하는데 사용될 수 있는 등) 프로세싱되고, 그리고/또는 수집되고, 사용되고, 그리고/또는 그렇지 않으면 상기 방법(100)의 구현의 어느 적절한 부분과 관련하여 (예를 들어, 블록 S180과 관련된 요법 효능을 모니터링하기 위해 사용자에 대한 진단 절차를 투여하는 것 등) 프로세싱될 수 있다.
다른 변형으로, 블록 S170은 박테리오파지-기반 요법을 촉진하는 것을 포함할 수 있다. 보다 구체적으로, 사용자에서 나타나는 특정 박테리아 (또는 다른 미생물)에 특이적인 하나 이상의 박테리오파지 집단(예를 들어, 콜로니 형성 유니트의 관점에서)이 특정 박테리아의 집단을 하향 조절 또는 그렇지 않으면 제거하기 위해 사용될 수 있다. 이와 같이, 박테리오파지-기반 요법은 사용자에서 나타나는 원치 않는 박테리아 집단(들)의 크기(들)를 줄이는데 사용될 수 있다. 상호보완적으로, 박테리오파지-기반 요법은 사용된 박테리오파지(들)에 의해 표적화되지 않은 박테리아 집단의 상대적 풍부도를 증가시키는데 사용될 수 있다.
다른 변형으로, 치료적 개입을 용이하게 하는 것(예를 들어, 요법 제공 등)은 권장 요법, 다른 형태의 요법, 맹장-관련 특성화, 및/또는 다른 적절한 데이터와 관련된 통지를 사용자에게 제공하는 것을 포함할 수 있다. 특정 실시예에서, 사용자에게 요법을 제공하는 것은, 예를 들어, 웹 인터페이스에서 통지를 제공하는 것을 통해(예를 들어, 사용자와 관련되고 식별되는 사용자 계정 등을 통해), 요법 권장(예를 들어, 사용자에 대한 맹장-관련 특성화로부터 도출된 정보를 실질적으로 동시에 제공함) 및/또는 다른 적절한 요법-관련 정보(예를 들어, 요법 효능; 다른 개별 사용자, 사용자 서브그룹 및/또는 사용자 집단과의 비교; 요법 비교; 히스토릭 요법 및/또는 관련된 요법-관련 정보; 인지 행동 요법과 같은 정신 요법 가이드; 등)를 제공하는 것을 포함할 수 있다. 통지는 애플리케이션, 웹 인터페이스 및/또는 통지 제공을 위해 구성된 클라이언트에게 메세지 전달을 실행하는 전자 디바이스(예를 들어, 개인용 컴퓨터, 모바일 디바이스, 태블릿, 웨어러블, 헤드-마운트 웨어러블 컴퓨팅 디바이스, 위스트-마운트 웨어러블 컴퓨팅 디바이스 등)에 의해 사용자에게 제공될 수 있다. 일 실시예에서, 사용자와 관련된 개인용 컴퓨터 또는 랩톱의 웹 인터페이스는 사용자에 의해, 사용자의 사용자 계정에 액세스를 제공할 수 있으며, 여기서 사용자 계정은 (예를 들어, 맹장-관련 컨디션과의 상관성에 대하여) 사용자의 맹장-관련 특성화, 사용자의 마이크로바이옴의 견지의 상세한 특성화에 관한 정보, 및/또는 (예를 들어, 블록 S140 및/또는 S170 등에서 생성된) 제안된 치료적 조치에 관한 통지를 포함한다. 다른 실시예에서, 개인 전자 디바이스(예를 들어, 스마트 폰, 스마트 워치, 헤드-마운트 스마트 디바이스)에서 실행되는 애플리케이션은 블록 S170의 요법 모델에 의해 생성된 요법 제안에 관한 통지(예를 들어, 디스플레이로, 햅틱으로, 청각적 방식 등으로)를 제공하도록 구성될 수 있다. 통지 및/또는 프로바이오틱 요법은 추가적으로 또는 대안적으로 사용자와 관련된 엔티티(예를 들어, 간병인, 배우자, 중요한 다른 사람, 의료 전문가 등)를 통해 직접 제공될 수 있다. 일부 추가 변형으로, 통지는 추가적으로 또는 대안적으로, 엔티티가 요법의 제공을 용이하게 할 수 있는 경우와 같이, 사용자와 관련된 엔티티(예를 들어, 헬스케어 전문가)에게 제공될 수 있다(예를 들어, 처방에 의해, 치료적 세션을 수행하는 것에 의해, 컴퓨팅 디바이스의 광학 및/또는 오디오 센서를 이용한 디지털 원격 의료 세션을 통하여 등). 그러나, 통지를 제공하고 및/또는 치료를 용이하게 하는 것은 어느 적절한 방식으로 수행된다.
4.7 치료 효과 모니터링.
도 7에 도시된 바와 같이, 상기 방법은 블록 S180을 추가적으로 또는 대안적으로 포함할 수 있으며, 이는 시간 경과에 따라, (예를 들어, 사용자로부터 일련의 생물학적 샘플을 프로세싱하는 것에 기초하여) 하나 이상의 요법의 효과를 모니터링하고 그리고/또는 사용자에 대한 다른 적합한 구성 요소(예를 들어, 마이크로바이옴 특성 등)를 모니터링하는 것을 포함할 수 있다. 블록 S180은 하나 이상의 요법의 긍정적 효과, 부정적인 효과 및/또는 효과의 부재(예를 들어, 주어진 특성화의 사용자를 위한 요법 모델에 의해 제안된 등)에 관한 추가 데이터를 수집하고 그리고/또는 (예를 들어, 시점 세트에서 사용자에 대한 마이크로바이옴 조성 및/또는 기능적 특징을 평가하기 위해서 등) 마이크로바이옴 특성을 모니터링하는 기능을 할 수 있다.
(예를 들어, 요법 전반에 걸쳐 사용자로부터 생물학적 샘플을 수신 및 분석함으로써, 요법 전반에 걸쳐 사용자로부터 설문조사에서 도출된 데이터를 수신함으로써) 요법 모델에 의해 촉진된 요법의 과정 동안에 사용자의 모니터링은 이에 따라 블록 S130의 특성화 프로세스에 의해 제공된 각각의 특성화 및 블록 S140 및 S170에 제공된 각각의 요법 조치에 대한 요법-효과 모델을 생성하기 위해 사용될 수 있다.
블록 S180에서, 요법을 포함하는 요법 레지멘의 하나 이상의 주요 시점에서 추가 생물학적 샘플, 보충 데이터 및/또는 다른 적절한 데이터를 제공하도록 사용자에게 프롬프트될 수 있고, 추가 생물학적 샘플(들)은 (예를 들어, 블록 S120과 관련하여 설명된 것과 유사한 방식으로) 프로세싱되고 분석되어, 사용자의 마이크로바이옴 조성 및/또는 기능적 특징의 조절을 특성화하는 메트릭스를 생성한다. 예를 들어, 메트릭스는 초기 시점에서 사용자의 마이크로바이옴에 나타난 하나 이상의 분류학적 그룹의 상대적 풍부도의 변화, 사용자의 마이크로바이옴의 특정 분류학적 그룹의 나타남의 변화, 사용자 마이크로바이옴의 제1 분류그룹 박테리아의 풍부도와 마이크로바이옴의 제2 분류그룹 박테리아의 풍부도 사이의 비율, 사용자의 마이크로바이옴에서 하나 이상의 기능적 패밀리의 상대적 풍부도의 변화 중 하나 이상과 관련되며, 그리고 어느 다른 적합한 메트릭스가 마이크로바이옴 조성 및/또는 기능적 특징의 변화로부터 요법 효과를 평가하기 위해 사용될 수 있다. 추가적으로 또는 대안적으로, 요법 중 사용자의 경험(예를 들어, 경험한 부작용, 개선의 개인 평가, 행동 수정, 증상 개선 등)과 관련된 사용자로부터의 설문조사로부터 도출된 데이터는 블록 S180의 요법의 효과를 결정하는 데 사용될 수 있다. 예를 들어, 상기 방법(100)은 사용자로부터 요법 후 생물학적 샘플을 수신하는 단계; 보충 데이터 세트를 사용자로부터 수집하는 단계로서, 여기서 보충 데이터세트는 요법(예를 들어, 결정되고 촉진된 요법)에 대한 사용자 준수 및/또는 다른 적절한 사용자 특성(예를 들어, 행동, 컨디션 등)을 기술하는 단계; 맹장-관련 특성화 모델 및 요법 후 생물학적 샘플에 기초하여 맹장-관련 컨디션과 관련되어 제1 사용자의 요법 후 맹장-관련 특성화를 생성하는 단계; 및 요법 후 맹장-관련 특성화에 기초하여(예를 들어, 요법 후 맹장-관련 특성화와 요법 전 맹장-관련 특성화 사이의 비교 등에 기초하여) 맹장-관련 컨디션에 대해 사용자에 대한 업데이트된 요법 및/또는 요법에 대한 사용자 준수(예를 들어, 맹장-관련 컨디션과 관련된 사용자 마이크로바이옴에 대한 긍정적 또는 부정적 결과에 기초하여 요법을 변형시키는 것 등)를 촉진하는 단계를 포함할 수 있다. 추가적으로 또는 대안적으로, 다른 적합한 데이터(예를 들어, 하나 이상의 맹장-관련 컨디션과 관련된 사용자 행동을 기술하는 보충 데이터; 관찰된 증상과 같은 맹장-관련 컨디션을 기술하는 보충 데이터 등)가 요법 후 특성화(예를 들어, 맹장-관련 컨디션과 관련하여 요법 전/후에서 변화 정도 등), 업데이트된 요법(예를 들어, 효과 및/또는 촉진된 요법에 대한 준수에 기초하여 업데이트된 요법 결정 등)을 결정하는 데 사용될 수 있다.
실시예에서, 상기 방법(100)은 보충 데이터(예를 들어, 증상 설문조사와 관련된 것과 같이, 맹장-관련 컨디션의 상태를 알려주는 설문조사에서 도출된 데이터 등)를 수집하는 단계; 사용자 마이크로바이옴 특징 및 보충 데이터에 기초하여 사용자에 대한 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계; 맹장-관련 특성화에 기초하여 (예를 들어, 사용자에 대해 요법을 촉진하는 것 등) 맹장-관련 컨디션에 대해 치료와 관련된 치료적 개입을 용이하게 하는 단계; (예를 들어, 치료적 개입을 용이하게 한 후 등) 요법 후 생물학적 샘플을 사용자로부터 수집하는 단계; (예를 들어, 제2 설문조사로부터 도출된 데이터 및 디바이스 등 중 적어도 하나를 포함하는) 후속 보충 데이터를 수집하는 단계; 및 후속 보충 데이터 및 요법 후 생물학적 샘플과 관련된 요법 후 사용자 마이크로바이옴 특징에 기초하여 맹장-관련 컨디션에 대해 사용자에 대한 요법 후 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계를 포함할 수 있다. 실시예에서, 상기 방법(100)은 요법 후 맹장-관련 특성화에 기초하여, 맹장-관련 컨디션을 개선하기 위해 사용자에 대해 업데이트된 요법(예를 들어, 요법의 변형; 상이한 요법 등)과 관련되어 치료적 개입을 촉진하는 단계를 포함할 수 있으며, 예를 들어, 여기서 업데이트된 요법은 소비재, 디바이스-관련 요법, 수술 수행, 정신-관련 요법, 행동 교정 요법, 및 환경 요인 교정 요법 중 적어도 하나를 포함할 수 있다. 실시예에서, 요법 후 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계는, 요법 후 마이크로바이옴 특징에 기초하여, 사용자의 마이크로바이옴 특성과 맹장-관련 컨디션과 관련되어 행동 및 환경 요인(및/또는 다른 적절한 특성) 중 적어도 하나를 공유하는 사용자 서브그룹에 상응하는 기준 마이크로바이옴 특성 사이의 비교를 결정하는 단계를 포함할 수 있으며, 그리고 여기서 업데이트된 요법과 관련하여 치료적 개입을 용이하게 하는 것은 행동 교정 요법 및 환경 요인 교정 요법 및/또는 다른 적절한 요법 중 적어도 하나를 용이하게 하기 위해 사용자에 대한 비교를 제시하는 것을 포함할 수 있다. 그러나, 블록 S180은 추가 생물학적 샘플, 추가 보충 데이터, 및/또는 다른 적절한 추가 데이터와 관련되어 어느 적절한 방식으로 수행될 수 있다.
요법 효과, (예를 들어, 추가의 맹장-관련 특성화, 요법 등을 결정하기 위한) 추가 생물학적 샘플의 프로세싱, 및/또는 맹장-관련 컨디션과 관련되어 계속된 생물학적 샘플 수집, 프로세싱, 및 분석과 관련된 다른 적절한 견지가, 모델(예를 들어, 특성화 모델, 요법 모델 등)을 생성, 업데이팅, 및/또는 그렇지 않으면 프로세싱하기 위해, 그리고/또는 어느 다른 적절한 목적을 위해(예를 들어, 상기 방법(100)의 구현의 다른 부분과 관련된 입력으로서), 어느 적절한 시간 및 빈도로 수행될 수 있다.
그러나, 상기 방법(100)의 구현은 대상자로부터 생물학적 샘플의 수신, 대상자로부터 생물학적 샘플의 프로세싱, 생물학적 샘플로부터 도출된 데이터 분석, 및 맞춤화된 진단 및/또는 대상자의 특정 마이크로바이옴 조성 및/또는 기능적 특징에 따른 프로바이오틱-기반 요법을 제공하도록 사용될 수 있는 모델 생성을 용이하게 하도록 구성된 어느 다른 적절한 블록 또는 단계를 포함할 수 있다.
상기 방법(100) 및/또는 시스템(200)의 구현은 어느 변형(예를 들어, 구현, 변화, 실시예를 들어, 특정 실시예를 들어, 도면 등)을 포함하여 다양한 시스템 구성 요소 및 다양한 방법 프로세스의 모든 조합 및 순열을 포함할 수 있으며, 상기 방법(100) 및/또는 본원에 기술된 프로세스의 구현의 일부는 비동기적으로(asynchronously)(예를 들어, 연속적으로), 동시에(예를 들어, 병렬적으로), 또는 어느 다른 적절한 순서로, 상기 시스템(200) 및/또는 본원에 기술된 다른 엔티티의 하나 이상의 인스턴스, 엘리먼트, 구성 요소 및/또는 다른 견지를 사용함으로써 그리고/또는 이를 사용하여 수행될 수 있다.
본원에 기술된 어느 변형(예를 들어, 구현, 변화, 실시예를 들어, 특정 실시예를 들어, 도면 등) 및/또는 본원에 기술된 변형의 어느 일부는 추가적으로 또는 대안적으로 조합, 집합, 배제, 사용, 연속 수행, 병렬 수행되고, 그리고/또는 다르게 적용될 수 있다.
상기 방법(100) 및/또는 시스템(200)의 구현의 일부는 컴퓨터-판독 가능 지침을 저장하는 컴퓨터-판독 가능 매체를 수신하도록 구성된 기계로서 적어도 부분적으로 구현 및/또는 실행될 수 있다. 지침은 시스템과 통합될 수 있는 컴퓨터-실행 가능 구성 요소에 의해 실행될 수 있다. 컴퓨터-판독 가능 매체는 RAMs, ROMs, 플래시 메모리, EEPROMs, 광학 디바이스(CD 또는 DVD), 하드 드라이브, 플로피 드라이브 또는 어느 적절한 디바이스와 같은 어느 적절한 컴퓨터-판독 가능 매체에 저장될 수 있다. 컴퓨터-실행 가능 구성 요소는 일반 또는 애플리케이션 특정 프로세서일 수 있지만, 어느 적합한 전용 하드웨어 또는 하드웨어/펌웨어 조합 디바이스가 대안적으로 또는 추가적으로 지침을 실행할 수 있다.
당업자는 상기 상세한 설명 및 도면 및 청구범위로부터 인식할 수 있는 바와 같이, 청구범위에 정의된 범위로부터 벗어나지 않고 상기 방법(100), 시스템(200) 및/또는 변형의 구현에 대한 수정 및 변경이 이루어질 수 있다.

Claims (30)

  1. 맹장-관련 컨디션(appendix-related condition)과 관련된 적어도 하나의 샘플을 포함하며, 대상자 세트(set of subjects)와 관련된, 샘플로부터의 미생물 핵산에 기초하여, 대상자 세트와 관련된 미생물 서열 데이터세트(dataset)를 결정하는 단계;
    대상자 세트에 대해, 맹장-관련 컨디션과 관련된 보충 데이터를 수집하는 단계;
    미생물 서열 데이터세트에 기초하여, 마이크로바이옴(microbiome) 기능적(functional) 특징의 세트 및 마이크로바이옴 조성(composition) 특징의 세트 중 하나 이상을 포함하는 마이크로바이옴 특징의 세트를 결정하는 단계;
    보충 데이터 및 마이크로바이옴 특징의 세트에 기초하여, 맹장-관련 컨디션과 관련된, 맹장-관련 특성화(characterization) 모델을 생성하는 단계
    맹장-관련 특성화 모델에 기초하여 맹장-관련 컨디션에 대한 사용자에 대한 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계; 및
    맹장-관련 특성화에 기초하여, 맹장-관련 컨디션의 개선을 용이하게(facilitating)하기 위한 요법(therapy)을 사용자에게 제공하는 단계
    를 포함하는, 미생물과 관련된 맹장-관련 컨디션을 특성화하는 방법.
  2. 제1항에 있어서, 상기 샘플은 내장 부위와 관련된 제1 부위 특이적(site-specific) 샘플을 포함하고, 상기 마이크로바이옴 특징의 세트를 결정하는 단계는, 미생물 서열 데이터세트에 기초하여, 내장 부위와 관련된 제1 부위 특이적 조성 특징 및 나이세리아시에(Neisseriaceae)(과)(예컨데, 피부 부위), 나이세리아 무코사(Neisseria mucosa)(종), 아그레가치바크타 아프로필루스(Aggregatibacter aphrophilus)(종), 박테로이데스 우니포르미스(Bacteroides uniformis)(종), 박테로이데스 불가투스(Bacteroides vulgatus)(종), 파라박테로이드 디스타소니스(Parabacteroides distasonis)(종), 메가스페라(Megasphaera)(속), 프로테오박테리아(Proteobacteria)(문), 미크로코카시에(Micrococcaceae)(과), 스트렙토코쿠스 써모필러스(Streptococcus thermophilus)(종), 스트렙토코쿠스 파라상귀니스(Streptococcus parasanguinis)(종), 제멜라(Gemella)(속), 클로스트리디움(Clostridium)(속), 액티노마이세스 오돈톨리티커스(Actinomyces odontolyticus)(종), 액티노마이세탈레스(Actinomycetales)(목), 액티노마이세타시에(Actinomycetaceae)(과), 베타프로테오박테리아(Betaproteobacteria)(강), 제멜라 모르빌로룸(Gemella morbillorum)(종), 로티아(Rothia)(속), 락토바실러스 크리스파투스(Lactobacillus crispatus)(종), 슈도모나달레스(Pseudomonadales)(목), 옥살로박테라시에(Oxalobacteraceae)(과), 버크홀데리알레스(Burkholderiales)(목), 제멜라(Gemella sp.) 933-88(종), 미크로코칼레스(Micrococcales)(목), 박테로이데스 아시디파시엔스(Bacteroides acidifaciens)(종), 모지박테리움(Mogibacterium)(속), 박테로이데스(Bacteroides sp.) AR20(종), 박테로이데스(Bacteroides sp.) AR29(종), 버크홀데리아시에(Burkholderiaceae)(과), 에리시펠로트리카시에(Erysipelotrichaceae)(과), 잔토모나달레스(Xanthomonadales)(목), 슈도모나다시에(Pseudomonadaceae)(과), 액티노마이세스(Actinomyces sp.) 경구 스트레인(oral strain) Hal-1065(종), 로제부리아 인테스티날리스(Roseburia intestinalis)(종), 포르피로모나다시에(Porphyromonadaceae)(과), 셔틀워디아(Shuttleworthia)(속), 클로스트리디아(Clostridia)(강), 클로스트리디알레스(Clostridiales)(목), 펩토스트렙토코카시에(Peptostreptococcaceae)(과), 펩토코카시에((Peptococcaceae)(과), 카르노박테리시에(Carnobacteriaceae)(과), 디알리스터(Dialister sp.) E2_20(종), 나이세리알레스(Neisseriales)(목), 메가스페라 게노모(Megasphaera genomo sp.) C1(종), 모리엘라(Moryella)(속), 시네르기스테스(Synergistetes)(문), 에리시펠로트리키아(Erysipelotrichia)(강), 에리시펠로트리칼레스(Erysipelotrichales)(목), 클로스트리디알레스(Clostridiales) 과 XIII. Incertae Sedis(과), 로제부리아(Roseburia sp.) 11SE39(종), 박테로이데스(Bacteroides sp.) D22(종), 시네르기스티아(Synergistia)(강), 시네스기스탈레스(Synergistales)(목), 시네스기스타시에(Synergistaceae)(과), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) TAB-22(종), 플라보니프락토르(Flavonifractor)(속), 슈테렐라시에(Sutterellaceae)(과), 아네로스티페스(Anaerostipes sp.) 5_1_63FAA(종), 스트렙토코쿠스(Streptococcus sp.) 2011_Oral_MS_A3(종), 베일로넬라(Veillonella sp.) 2011_Oral_VSA_D3(종), 피네골디아(Finegoldia sp.) S9 AA1-5(종), 프레티박테리움(Fretibacterium)(속), 스타필로코쿠스(Staphylococcus sp.) 334802(종), 펩토클로스트리디움(Peptoclostridium)(속), 인테스티니박터(Intestinibacter)(속), 아시네토박터(Acinetobacter)(속), 클렙시엘라(Klebsiella)(속), 박테로이데스 테타이오타오미크론(Bacteroides thetaiotaomicron)(종), 부티리비브리오(Butyrivibrio)(속), 푸스코박테리움 네크로제네스(Fusobacterium necrogenes)(종), 허바스피릴륨(Herbaspirillum)(속), 허바스피릴륨 세로페디세(Herbaspirillum seropedicae)(종), 페디오코쿠스(Pediococcus)(속), 피네골디아 마그나(Finegoldia magna)(종), 블라우티아 한센니(Blautia hansenii)(종), 엔테로코쿠스 페칼리스(Enterococcus faecalis)(종, 락토코쿠스 락티스(Lactococcus lactis)(종), 바실러스(Bacillus)(속), 클로스트리디오이데스 디피실(Clostridioides difficile)(종), 블라우티아 코코이데스(Blautia coccoides)(종), 에리시펠라토클로스트리디움 라모숨(Erysipelatoclostridium ramosum)(종), 웨이셀라 콘푸사(Weissella confusa)(종), 락토바실러스 플란타룸(Lactobacillus plantarum)(종), 락토바실러스 파라카세이(Lactobacillus paracasei)(종), 비피도박테리움 아돌레센티스(Bifidobacterium adolescentis)(종), 비피도박테리움 브레베(Bifidobacterium breve)(종), 비피도박테리움 덴티움(Bifidobacterium dentium)(종), 비피도박테리움 아니말리스(Bifidobacterium animalis)(종), 비피도박테리움 슈도카테눌라툼(Bifidobacterium pseudocatenulatum)(종), 박테로이데스 오바투스(Bacteroides ovatus)(종), 펩토니필러스 라크리말리스(Peptoniphilus lacrimalis)(종), 아네로코쿠스 바지날리스(Anaerococcus vaginalis)(종), 라넬라(Rahnella)(속), 빌로필라 와드스워르티아(Bilophila wadsworthia)(종), 스니치아 생귀네겐(Sneathia sanguinegens)(종), 숙시니클라스티쿰(Succiniclasticum)(속), 스포로박터(Sporobacter)(속), 슈도부티리비브리오 루미니스(Pseudobutyrivibrio ruminis)(종), 웨이셀라(Weissella)(속), 박테로이데스 스테르코리스(Bacteroides stercoris)(종, 락토바실러스 람노수스(Lactobacillus rhamnosus)(종), 판토에아(Pantoea)(속), 홀데마니아(Holdemania)(속), 홀데마니아 필리포르미스(Holdemania filiformis)(종), 테르모아나이로박테랄레스(hermoanaerobacterales)(목), 비피도박테리움 갈리쿰(Bifidobacterium gallicum)(종), 비피도박테리움 풀로룸(Bifidobacterium pullorum)(종), 류코노스토카시에(Leuconostocaceae)(과), 에게르텔라 렌타(Eggerthella lenta)(종), 파필리박터(Papillibacter)(속), 아네로스티페스 카카에(Anaerostipes caccae)(종), 슈도플라보니프랙토 카필로수스(Pseudoflavonifractor capillosus)(종), 아네로보락스(Anaerovorax)(속), 파라스포로박테리움(Parasporobacterium)(속), 파라스포로박테리움 파우시보란스(Parasporobacterium paucivorans)(종), 오실로스피라(Oscillospira)(속), 오실로스피라 길리에르몬디(Oscillospira guilliermondii)(종), 액티노마이세스 투리센시스(Actinomyces turicensis)(종), 아네로시누스(Anaerosinus)(속), 스니치아(Sneathia)(속), 브레비박테리움 파우시보란스(Brevibacterium paucivorans)(종, 락토바실러스(Lactobacillus sp.) CR-609S(종), 테르모아나이로박테라시에(Thermoanaerobacteraceae)(과), 바실라시에(Bacillaceae)(과), 갤리아(Gelria)(속), 아시도박테리알레스(Acidobacteriales)(목), 박테로이데스 마실리엔시스(Bacteroides massiliensis)(종), 로도시클랄레스(Rhodocyclales)(목), 아네로푸스티스 스테르코리호미니스(Anaerofustis stercorihominis)(종), 알리스티페스 피네골디(Alistipes finegoldii)(종), 오실로스피라시에(Oscillospiraceae)(과), 펩토니필루스(Peptoniphilus sp.) 2002-38328(종), 헤스펠리아(Hespellia)(속), 박테로이데스(Bacteroides sp.) 35AE37(종), 마르빈브리안티아(Marvinbryantia)(속), 아네로스포로박터 모빌리스(Anaerosporobacter mobilis)(종), 아네로푸스티스(Anaerofustis)(속), 카타박터(Catabacter)(속), 플라보니프락토르 플라우티(Flavonifractor plautii)(종), 프로테이니필룸(Proteiniphilum)(속), 로제부리아 페시스(Roseburia faecis)(종), 스트렙토코쿠스(Streptococcus sp.) S16-11(종), 박테로이데스(Bacteroides sp.) 4072(종), 알리스티페스 사히(Alistipes shahii)(종), 박테로이데스 인테스티날리스(Bacteroides intestinalis)(종), 락토니팍토 롱고비포르미스(Lactonifactor longoviformis)(종), 비피도박테리움 츠루미엔스(Bifidobacterium tsurumiense)(종), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei)(종), 박테로이데스 자일라니솔벤스(Bacteroides xylanisolvens)(종), 크로노박터(Cronobacter)(속), 알로스카르도비아(Alloscardovia)(속), 알로스카르도비아 옴니콜렌스(Alloscardovia omnicolens)(종), 락토니팍토(Lactonifactor)(속), 카타박테리아시에(Catabacteriaceae)(과), 아들러크로이치아 에퀴올리파시엔스(Adlercreutzia equolifaciens)(종), 아들러크로이치아(Adlercreutzia)(속), 알리스티페스(Alistipes sp.) EBA6-25cl2 (종), 박테로이데스(Bacteroides sp.) EBA5-17(종), 오실리박터(Oscillibacter)(속), 고르도니박터 파밀라에(Gordonibacter pamelaeae)(종), 알리스티페스(Alistipes sp.) NML05A004(종), 파라수테렐라 엑크레멘티호미니스(Parasutterella excrementihominis)(종), 미추오켈라(Mitsuokella sp.) DJF_RR21(종), 부티리시모나스(Butyricimonas)(속), 비피도박테리움 스테르코리스(Bifidobacterium stercoris)(종), 알리스티페스 인디스틴투스(Alistipes indistinctus)(종), 고르도니박터(Gordonibacter)(속), 아네로스티페스 하드루스(Anaerostipes hadrus)(종), 클렙시엘라(Klebsiella sp.) B12(종), 알리스티페스(Alistipes sp.) RMA 9912(종), 아네로스포로박터(Anaerosporobacter)(속), 박테로이데스 페시스(Bacteroides faecis)(종), 블라운티아(Blautia sp.) Ser5(종), 박테로이데스 친칠라에(Bacteroides chinchillae)(종), 빌로필라(Bilophila sp.) 4_1_30(종), 칼디코프로박테라시에(Caldicoprobacteraceae)(과), 엔테로박터(Enterobacter sp.) UDC345(종), 비피도박테리움 비아바티(Bifidobacterium biavatii)(종), 펩토니필루스(Peptoniphilus sp.) 1-14(종), 알리스티페스(Alistipes sp.) HGB5(종), 박테로이데스(Bacteroides sp.) SLC1-38(종), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) Akhmro1(종), 클렙시엘라(Klebsiella sp.) SOR89(종), 엔테로코쿠스(Enterococcus sp.) C6I11(종), 슈도플라보니프락토(Pseudoflavonifractor)(속), 박테로이데스(Bacteroides sp.) dnLKV9(종), 메가스페라(Megasphaera sp.) BV3C16-1(종), 페칼리박테리움(Faecalibacterium sp.) 캐닌 오랄 탁손(canine oral taxon) 147(종), 바리바쿨룸(Varibaculum sp.) CCUG 45114(종), 부티리시모나스(Butyricimonas sp.) 214-4(종), 아네로스티페스 람노시보란스(Anaerostipes rhamnosivorans)(종), 네가티비코쿠스(Negativicoccus sp.) S5-A15(종), [콜린셀라(Collinsella)] 마실리엔시스(massiliensis)(종), 코리네박테리움(Corynebacterium sp.) jw37(종), 로제부리아(Roseburia sp.) 499(종), 디알리스터(Dialister sp.) S7MSR5(종), 아네로코쿠스(Anaerococcus sp.) S8 87-3(종), 피네골디아(Finegoldia sp.) S8 F7(종), 무르도키엘라(Murdochiella sp.) S9 PR-10(종), 펩토니필러스(Peptoniphilus sp.) S9 PR-13(종), 박테로이데스(Bacteroides sp.) J1511(종), 코리네박테리움(Corynebacterium sp.) 713182/2012(종), 라넬라(Rahnella sp.) BSP18(종), 인테스티니모나스(Intestinimonas)(속), 로빈소니엘라(Robinsoniella sp.) KNHs210(종), 칸디다투스 솔레아페레아(Candidatus Soleaferrea)(속), 부티리시모나스 페시호미니스(Butyricimonas faecihominis)(종), 세네갈리마실리아(Senegalimassilia)(속), 펩토니필루스(Peptoniphilus sp.) DNF00840(종), 롬보우트시아(Romboutsia)(속), 및 코프로박터 세쿤두스(Coprobacter secundus)(종) 중 적어도 하나를 포함하는 상기 마이크로바이옴 조성 특징의 세트를 결정하는 단계를 포함하며, 여기서 맹장-관련 특성화 모델을 생성하는 단계는 보충 데이터 및 제1 부위 특이적 조성 특징에 기초하여 제1 부위 특이적 맹장-관련 특성화 모델을 생성하는 단계를 포함하고, 그리고 여기서 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계는 제1 부위 특이적 맹장-관련 특성화 모델에 기초하여 맹장-관련 컨디션에 대한 사용자에 대한 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계를 포함하는, 방법.
  3. 제2항에 있어서, 상기 마이크로바이옴 특징의 세트를 결정하는 단계는, 미생물 서열 데이터 세트에 기초하여, 장 부위와 관련된 부위-특이적 기능적 특징 및 신경 퇴행성 질환, 신호 분자 및 상호 작용, 제노바이오틱스(Xenobiotics) 생분해 및 대사, 아스코르베이트 및 알다레이트(aldarate) 대사, 헌팅턴병, 이노시톨 인산 대사, 프로파노에이트 대사, 전분 및 자당 대사, 카프로락탐 분해, 세포 운동 및 분비, 발린, 류신 및 이소류신 대사, 트립토판 대사, 타입 I 진성 당뇨병, 페닐알라닌 대사, 셀레노화합물 대사, 리신 분해, 폴리시클릭 방향족 탄화수소 분해, 글리칸 생합성 및 대사, 신장 세포 암종, 부타노에이트 대사, 원핵 생물에서의 탄소 고정 경로, 시트레이트 사이클(TCA주기), 리포폴리사카라이드 생합성, RNA 수송, 티아민 대사, 1,1,1-트리클로로-2,2-비스(4-클로로페닐)에탄(DDT) 분해, 전자 이동 캐리어(carriers), 근위축성측색경화증(ALS), 프리온 병, 톨루엔 분해 및 알파-리놀렌산 대사 중 적어도 하나를 포함하는 마이크로바이옴 기능적 특징의 세트를 결정하는 단계를 포함하며, 상기 맹장-관련 특성화 모델을 생성하는 단계는 보충 데이터, 제1 부위-특이적 조성 특징 및 부위-특이적 기능적 특징에 기초하여 제1 부위-특이적 맹장-관련 특성화 모델을 생성하는 단계를 포함는, 방법.
  4. 제2항에 있어서,
    피부 부위, 생식기 부위, 입 부위 및 코 부위 중 적어도 하나와 관련된 제2 부위 특이적 샘플을 수집하는 단계;
    피부 부위, 생식기 부위, 입 부위 및 코 부위 중 적어도 하나와 관련된 제2 부위 특이적 조성 특징을 결정하는 단계로서, 여기서 상기 제2 부위 특이적 조성 특징은 제멜라(Gemella)(속), 베일로넬라 아티피카(Veillonella atypica)(종), 디알리스터 뉴모신테스(Dialister pneumosintes)(종), 락토바실러스 트리스파투스(Lactobacillus crispatus)(종), 필로박테리아시에(Phyllobacteriaceae)(과), 아쿠아박테리움(Aquabacterium)(속), 아네로글로부스(Anaeroglobus)(속), 아네로글로부스 제미나투스(Anaeroglobus geminatus)(종), 오크로박트룸(Ochrobactrum)(속),모빌룬쿠스 쿠르티시(Mobiluncus curtisii)(종), 액티노마이세스 네우이(Actinomycess neuii)(종), 아네로코쿠스 락토리티쿠스 락토리티쿠스(Anaerococcus lactolyticus)(종), 락토바실러스 존소니(Lactobacillus johnsonii)(종), 베루코미크로비알레스(Verrucomicrobiales)(목), 베루코미크로비아(Verrucomicrobia)(문), 베루코미크로비아에(Verrucomicrobiae)(강), 베루코미크로비아시에(Verrucomicrobiaceae)(과), 디알리스터 숙시나티필루스(Dialister succinatiphilus)(종), 아토포비움(Atopobium sp.) F0209(종), 코리네박테리움 프레이부르젠세(Corynebacterium freiburgense)(종), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) Akhmro1(종), 아네로코쿠스(Anaerococcus sp.) 9401487(종), 메소리조비움(Mesorhizobium)(속), 락토바실러스레우테리(Lactobacillus reuteri)(종), 메가스패라(Megasphaera sp.) UPII 199-6(종), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) C30An8(종), 펩토코쿠스(Peptococcus sp.) S9 Pr-12(종), 헬코코쿠스 시에틀렌시스(Helcococcus seattlensis)(종), 모락셀라시에(Moraxellaceae)(과), 모락셀라(Moraxella)(속), 에이케넬라(Eikenella)(속), 에이케넬라 코로덴스(Eikenella corrodens)(종), 바고코쿠스(Vagococcus)(속), 필로박테리움(Phyllobacterium)(속), 베일로넬라 디스파(Veillonella dispar)(종), 슈테렐라 와드워르텐시스(Sutterella wadsworthensis)(종), 존소넬라 이그나바(Johnsonella ignava)(종), 박테로이데스 아시디파시엔스(Bacteroides acidifaciens)(종), 렙토트리키아 호프스타디(Leptotrichia hofstadii)(종), 렙토트리키아 샤히(Leptotrichia shahii)(종), 카프노사이토파가(Capnocytophaga sp.) AHN9756(종), 버지엘라(Bergeyella sp.) AF14(종), 올세넬라(Olsenella sp.) F0004(종), 박테로이데스(Bacteroides sp.) D22(종), 필로박테리움(Phyllobacterium sp.) T50(종), 액티노마이세스(Actinomycess sp.) ICM47(종), 푸소박테리움(Fusobacterium sp.) AS2(종), 렙토트리키아시에(Leptotrichiaceae)(과), 코마모나스(Comamonas)(속), 펩토스트렙토코쿠스(Peptostreptococcus)(속), 액티노마이세스 비스코수스(Actinomycess viscosus)(종), 액티노마이세스 오돈톨리티쿠스(Actinomycess odontolyticus)(종), 비피도박테리움(Bifidobacterium)(속), 비피도박테리아시에(Bifidobacteriaceae)(과), 로도스피릴라시에(Rhodospirillaceae)(과), 비피도박테리알레스(Bifidobacteriales)(목), 로세부리아 인테스티날리스(Roseburia intestinalis)(종), 탈라소스피라(Thalassospira)(속), 비피도박테리움 롱굼(Bifidobacterium longum)(종), 아그레가티박터(Aggregatibacter)(속), 스트렙토코쿠스(Streptococcus sp.) 11aTha1(종), 수테렐라시에(Sutterellaceae)(과), 플라보박테리움)(Flavobacterium(속), 크로노박터 사카자키(Cronobacter sakazakii)(종), 아네로코쿠스 바지날리스(Anaerococcus vaginalis)(종), 스핑고박테리아(Sphingobacteriia)(강), 브루셀라시에(Brucellaceae)(과), 스핑고박테리알레스(Sphingobacteriales)(목), 아케르만시아(Akkermansia)(속), 펩토니필루스(Peptoniphilus sp.) gpaco18A(종), 시트로박터(Citrobacter sp.) BW4(종), 크로노박터(Cronobacter)(속), 코리네박테리움(Corynebacterium sp.) jw37(종), 스타필로코쿠스 아우레우스((Staphylococcus aureus)(종), 브레분디모나스(Brevundimonas)(속), 카울로박테라시에(Caulobacteraceae)(과), 카울로박테랄레스(Caulobacterales)(목), 아네로바실러스 알칼리디아조트로피쿠스(Anaerobacillus alkalidiazotrophicus)(종), 아네로바실러스(Anaerobacillus)(속), 아시네토박터(Acinetobacter sp.) WB22-23(종), 슈도모나스(Pseudomonas)(속), 네이세리아시에(Neisseriaceae)(과), 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis)(종), 프레보텔라(Prevotella)(속), 피칼리박테리움 프로스니치(Faecalibacterium prausnitzii)(종), 스트렙토코쿠스 파라상귀니스(Streptococcus parasanguinis)(종), 큐티박테리움 아크네스(Cutibacterium acnes)(종), 베일로넬라시에(Veillonellaceae)(과), 렙토트리키아(Leptotrichia)(속), 파스콜락토박테리움(Phascolarctobacterium)(속), 플라보박테리아시에(Flavobacteriaceae)(과), 델프티아(Delftia)(속), 플라보박테리아(Flavobacteriia)(강), 프레보텔라시에(Prevotellaceae)(과), 라크노스피라시에(Lachnospiraceae)(과), 펩토스트렙토코카시에(Peptostreptococcaceae)(과), 도레아(Dorea)(속), 플라보박테리알레스(Flavobacteriales)(목), 네이세리알레스(Neisseriales)(목), 파라박테로이데스(Parabacteroides)(속), 스트렙토코쿠스(Streptococcus sp.) 오랄 탁손(oral taxon) G63(종), 아시다미노코카시에(Acidaminococcaceae)(과), 베일로넬라(Veillonella sp. CM60(종), 스타필로코쿠스(Staphylococcus sp.) C9I2(종), 푸지카테니박터 사카리보란스(Fusicatenibacter saccharivorans)(종), 푸지카테니박터(Fusicatenibacter)(속), 스타필로코쿠스(Staphylococcus sp.) 334802(종), 파라박테로이데스 메르데(Parabacteroides merdae)(종), 콜린셀라 에어로파시엔스(Collinsella aerofaciens)(종), 펩토니필루스(Peptoniphilus sp.) 1-14(종), 프로피오니박테리움(Propionibacterium sp.) KPL1844(종), 메틸로박테리움 롱굼(Methylobacterium longum)(종) 및 스타필로코쿠스(Staphylococcus sp.) C5I16(종) 중 적어도 하나와 관련되며;
    상기 제2 부위 특이적 조성 특징에 기초하여 제2 부위 특이적 맹장-관련 특성화 모델을 생성하는 단계;
    추가 사용자로부터, 피부 부위, 생식기 부위, 입 부위 및 코 부위 중 적어도 하나와 관련된, 사용자 샘플을 수집하는 단계; 및
    상기 제2 부위 특이적 맹장-관련 특성화 모델에 기초하여 상기 맹장-관련 컨디션에 대하여 추가 사용자에 대한 추가 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  5. 제1항에 있어서, 상기 샘플은 피부 부위와 관련된 부위 특이적 샘플을 포함하고, 여기서 마이크로바이옴 특징의 세트를 결정하는 단계는 피부 부위와 관련된 부위 특이적 조성 특징 및 슈도모나스(Pseudomonas)(속), 네이세리아시에(Neisseriaceae)(과), 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis)(종), 프레보텔라(Prevotella)(속), 피칼리박테리움 프로스니치(Faecalibacterium prausnitzii)(종), 스트렙토코쿠스 파라상귀니스(Streptococcus parasanguinis)(종), 큐티박테리움 아크네스(Cutibacterium acnes)(종), 베일로넬라시에(Veillonellaceae)(과), 렙토트리키아(Leptotrichia)(속), 파스콜락토박테리움(Phascolarctobacterium)(속), 플라보박테리아시에(Flavobacteriaceae)(과), 델프티아(Delftia)(속), 플라보박테리아(Flavobacteriia)(강), 프레보텔라시에(Prevotellaceae)(과), 라크노스피라시에(Lachnospiraceae)(과), 펩토스트렙토코카시에(Peptostreptococcaceae)(과), 도레아(Dorea)(속), 플라보박테리알레스(Flavobacteriales)(목), 네이세리알레스(Neisseriales)(목), 파라박테로이데스(Parabacteroides)(속), 스트렙토코쿠스(Streptococcus sp.) 오랄 탁손(oral taxon) G63(종), 아시다미노코카시에(Acidaminococcaceae)(과), 베일로넬라(Veillonella sp.) CM60(종), 스타필로코쿠스(Staphylococcus sp.) C9I2(종), 렙토트리키아시에(Leptotrichiaceae)(과), 푸지카테니박터 사카리보란스(Fusicatenibacter saccharivorans)(종), 푸지카테니박터(Fusicatenibacter)(속), 스타필로코쿠스(Staphylococcus sp.) 334802(종), 파라박테로이데스 메르데(Parabacteroides merdae)(종), 콜린셀라 에어로파시엔스(Collinsella aerofaciens)(종), 스핑고박테리아(Sphingobacteriia)(강), 스핑고박테리알레스(Sphingobacteriales)(목), 펩토니필루스(Peptoniphilus sp.) 1-14(종), 아네로바실러스(Anaerobacillus)(속), 프로피오니박테리움(Propionibacterium sp.) KPL1844(종), 메틸로박테리움 롱굼(Methylobacterium longum)(종) 및 스타필로코쿠스(Staphylococcus sp.) C5I16(종) 중 적어도 하나를 포함하는 마이크로바이옴 조성 특징의 세트를 결정하는 단계를 포함하며, 여기서 맹장-관련 특성화 모델을 생성하는 단계는 보충 데이터 및 부위 특이적 조성 특징에 기초하여 부위 특이적 맹장-관련 특성화 모델을 생성하는 단계를 포함하고, 그리고 여기서 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계는 부위 특이적 맹장-관련 특성화 모델에 기초하여 맹장-관련 컨디션에 대한 사용자에 대한 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계를 포함하는 방법.
  6. 제1항에 있어서, 상기 샘플은 생식기 부위와 관련된 부위 특이적 샘플을 포함하고, 여기서 마이크로바이옴 특징의 세트를 결정하는 단계는 생식기 부위와 관련된 부위 특이적 조성 특징 및 제멜라(Gemella)(속), 베일로넬라 아티피카(Veillonella atypica)(종), 디알리스터 뉴모신테스(Dialister pneumosintes)(종), 락토바실러스 크리스파투스(Lactobacillus crispatus)(종), 필로박테리아시에(Phyllobacteriaceae)(과), 아쿠아박테리움(Aquabacterium)(속), 아네로글로부스(Anaeroglobus)(속), 아네로글로부스 제미나투스(Anaeroglobus geminatus)(종), 오크로박트룸(Ochrobactrum)(속), 모빌룬쿠스 쿠르티시(Mobiluncus curtisii)(종), 액티노마이세스 네우이(Actinomycess neuii)(종), 아네로코쿠스 락토리티쿠스(Anaerococcus lactolyticus)(종), 락토바실러스 존소니(Lactobacillus johnsonii)(종), 베루코미크로비알레스(Verrucomicrobiales)(목), 베루코미크로비아(Verrucomicrobia)(문), 베루코미크로비아에(Verrucomicrobiae)(강), 베루코미크로비아시에(Verrucomicrobiaceae)(과), 디알리스터 숙시나티필루스(Dialister succinatiphilus)(종), 아토포비움(Atopobium sp.) F0209(종), 코리네박테리움 프레이부르젠세(Corynebacterium freiburgense)(종), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) Akhmro1(종), 아네로코쿠스(Anaerococcus sp.) 9401487(종), 메소리조비움(Mesorhizobium)(속), 락토바실러스 레우테리(Lactobacillus reuteri)(종), 메가스패라(Megasphaera sp.) UPII 199-6(종), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) C30An8(종), 펩토코쿠스(Peptococcus sp.) S9 Pr-12(종) 및 헬코코쿠스 시에틀렌시스(Helcococcus seattlensis)(종) 중 적어도 하나를 포함하는 마이크로바이옴 조성 특징의 세트를 결정하는 단계를 포함하며, 여기서 맹장-관련 특성화 모델을 생성하는 단계는 보충 데이터 및 부위 특이적 조성 특징에 기초하여 부위 특이적 맹장-관련 특성화 모델을 생성하는 단계를 포함하고, 그리고 여기서 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계는 부위 특이적 맹장-관련 특성화 모델에 기초하여 맹장-관련 컨디션에 대한 사용자에 대한 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계를 포함하는 방법.
  7. 제1항에 있어서, 상기 샘플은 입 부위와 관련된 부위 특이적 샘플을 포함하고, 여기서 마이크로바이옴 특징의 세트를 결정하는 단계는 입 부위와 관련된 부위 특이적 조성 특징 및 모락셀라시에(Moraxellaceae)(과), 모락셀라(Moraxella)(속), 에이케넬라(Eikenella)(속), 에이케넬라 코로덴스(Eikenella corrodens)(종), 바고코쿠스(Vagococcus)(속), 필로박테리움(Phyllobacterium)(속), 베일로넬라 디스파(Veillonella dispar)(종), 슈테렐라 와드워르텐시스(Sutterella wadsworthensis)(종), 존소넬라 이그나바(Johnsonella ignava)(종), 박테로이데스 아시디파시엔스(Bacteroides acidifaciens)(종), 렙토트리키아 호프스타디(Leptotrichia hofstadii)(종), 렙토트리키아 샤히(Leptotrichia shahii)(종), 카프노사이토파가(Capnocytophaga sp.) AHN9756(종), 버지엘라(Bergeyella sp.) AF14(종), 올세넬라(Olsenella sp.) F0004(종), 박테로이데스(Bacteroides sp.) D22(종), 필로박테리움(Phyllobacterium sp.) T50(종), 액티노마이세스(Actinomycess sp.) ICM47(종), 푸소박테리움(Fusobacterium sp.) AS2(종) 및 렙토트리키아시에(Leptotrichiaceae)(과) 중 적어도 하나를 포함하는 마이크로바이옴 조성 특징의 세트를 결정하는 단계를 포함하며, 여기서 맹장-관련 특성화 모델을 생성하는 단계는 보충 데이터 및 부위 특이적 조성 특징에 기초하여 부위 특이적 맹장-관련 특성화 모델을 생성하는 단계를 포함하고, 그리고 여기서 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계는 부위 특이적 맹장-관련 특성화 모델에 기초하여 맹장-관련 컨디션에 대한 사용자에 대한 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계를 포함하는 방법.
  8. 제1항에 있어서, 상기 샘플은 코 부위와 관련된 부위 특이적 샘플을 포함하고, 여기서 마이크로바이옴 특징의 세트를 결정하는 단계는 코 부위와 관련된 부위 특이적 조성 특징 및 코마모나스(Comamonas)(속), 펩토스트렙토코쿠스(Peptostreptococcus)(속), 액티노마이세스 비스코수스(Actinomycess viscosus)(종), 액티노마이세스 오돈톨리티쿠스(Actinomycess odontolyticus)(종), 비피도박테리움(Bifidobacterium)(속), 비피도박테리아시에(Bifidobacteriaceae)(과), 로도스피릴라시에(Rhodospirillaceae)(과), 비피도박테리알레스(Bifidobacteriales)(목), 로세부리아 인테스티날리스(Roseburia intestinalis)(종), 탈라소스피라(Thalassospira)(속), 비피도박테리움 롱굼(Bifidobacterium longum)(종), 아그레가티박터(Aggregatibacter)(속), 스트렙토코쿠스(Streptococcus sp.) 11aTha1(종), 수테렐라시에(Sutterellaceae)(과), 플라보박테리움(Flavobacterium)(속), 오크로박트룸(Ochrobactrum)(속), 크로노박터 사카자키(Cronobacter sakazakii)(종), 아네로코쿠스 바지날리스(Anaerococcus vaginalis)(종), 스핑고박테리아(Sphingobacteriia)(강), 브루셀라시에(Brucellaceae)(과), 스핑고박테리알레스(Sphingobacteriales)(목), 아케르만시아(Akkermansia)(속), 펩토니필루스(Peptoniphilus sp.) gpaco18A(종), 시트로박터(Citrobacter sp.) BW4(종), 크로노박터(Cronobacter)(속), 코리네박테리움(Corynebacterium sp.) jw37(종), 스타필로코쿠스 아우레우스((Staphylococcus aureus)(종), 브레분디모나스(Brevundimonas)(속), 카울로박테라시에(Caulobacteraceae)(과), 카울로박테랄레스(Caulobacterales)(목), 아네로바실러스 알칼리디아조트로피쿠스(Anaerobacillus alkalidiazotrophicus)(종), 아네로바실러스(Anaerobacillus)(속) 및 아시네토박터(Acinetobacter sp.) WB22-23(종) 중 적어도 하나를 포함하는 마이크로바이옴 조성 특징의 세트를 결정하는 단계를 포함하며, 여기서 맹장-관련 특성화 모델을 생성하는 단계는 보충 데이터 및 부위 특이적 조성 특징에 기초하여 부위 특이적 맹장-관련 특성화 모델을 생성하는 단계를 포함하고, 그리고 여기서 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계는 부위 특이적 맹장-관련 특성화 모델에 기초하여 맹장-관련 컨디션에 대한 사용자에 대한 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계를 포함하는 방법.
  9. 제1항에 있어서, 상기 마이크로바이옴 특징의 세트를 결정하는 단계는 엔테로코쿠스 라피노수스(Enterococcus raffinosus)(종), 스타필로코쿠스(Staphylococcus sp.) C9I2(종), 제멜라(Gemella sp.) 933-88(종), 베일로넬라(Veillonella)(속), 감마프로테오박테리아(Gammaproteobacteria)(강), 엔테로코쿠스(Enterococcus sp.) SI-4(종), 엔테로박테리알레스(Enterobacteriales)(목), 엔테로박테리아시에(Enterobacteriaceae)(과), 파스콜락토박테리움(Phascolarctobacterium)(속), 오도리박터(Odoribacter)(속), 루미노코카시에(Ruminococcaceae)(과), 아시다미노코카시에(Acidaminococcaceae)(과), 빌로필라(Bilophila sp.) 4_1_30(종), 아네로스티페스(Anaerostipes sp.) 5_1_63FAA(종), 데술포비브리오나시에(Desulfovibrionaceae)(과), 파스콜락토박테리움 페시움(Phascolarctobacterium faecium)(종), 데술포비브리오날레스(Desulfovibrionales)(목), 페칼리박테리움(Faecalibacterium)(속), 델타프로테오박테리아(Deltaproteobacteria)(강), 버크홀데리아시에(Burkholderiaceae)(과), 알리스티페스(Alistipes sp.) RMA 9912(종), 메타노브레비박터(Methanobrevibacter)(속), 오도리박터 스플란크니쿠스(Odoribacter splanchnicus)(종), 알리스티페스(Alistipes sp.) HGB5(종), 제멜라(Gemella)(속), 서브돌리그라눌룸 바리아빌레(Subdoligranulum variabile)(종), 메타노브레비박터 스미티(Methanobrevibacter smithii)(종), 인테스티니모나스(Intestinimonas)(속), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) 7_1_47FAA(종), 메타노박테리아시에(Methanobacteriaceae)(과), 빌로필라(Bilophila)(속), 메타노박테리알레스(Methanobacteriales)(목), 클로스트리디아시에(Clostridiaceae)(과), 유리아르케오타(Euryarchaeota)(문), 메타노박테리아(Methanobacteria)(강), 플라보니프락토르 플라우티(Flavonifractor plautii)(종), 카르노박테리아시에(Carnobacteriaceae)(과), 클루이베라(Kluyvera)(속), 클루이베라 조르지아나(Kluyvera georgiana)(종), 블라우티아 페시스(Blautia faecis)(종), 피칼리박테리움 프로스니치(Faecalibacterium prausnitzii)(종), 락토니팍토 롱고비포르미스(Lactonifactor longoviformis)(종), 로제부리아(Roseburia sp.) 11SE39(종), 박테로이데스(Bacteroides sp.) AR29(종), 콜린셀라(Collinsella)(속), 알리스티페스(Alistipes sp.) NML05A004(종), 프레보텔라 티모넨시스(Prevotella timonensis)(종), 아네로스티페스(Anaerostipes)(속), 락토니팍토Lactonifactor)(속), 아네로스티페스(Anaerostipes sp.) 3_2_56FAA(종), 코리오박테리아시에(Coriobacteriaceae)(과), 클렙시엘라(Klebsiella sp.) SOR89(종), 메가스페라(Megasphaera sp.) DNF00912(종), 베일로넬라 디스파르(Veillonella dispar)(종), 락토바실러스 뮤코세(Lactobacillus mucosae)(종), 박테로이데스 프라질리스(Bacteroides fragilis)(종), 스트렙토코쿠스 에퀴누스(Streptococcus equinus)(종), 박테로이데스 플레베이우스(Bacteroides plebeius)(종), 프로피오니박테리움(Propionibacterium sp.) MSP09A(종), 스트렙토코쿠스 파스퇴리아누스(Streptococcus pasteurianus)(종), 아네로비브리오(Anaerovibrio sp.) 765(종), 아케르만시아 뮤시니필라(Akkermansia muciniphila)(종), 액티노마이세스 투리센시스(Actinomycess turicensis)(종), 크로노박터 사카자키(Cronobacter sakazakii)(종), 베일로넬라 로고세(Veillonella rogosae(종), 블라우티아 글루세라세(Blautia glucerasea)(종), 아시다미노코쿠스 인테스티니(Acidaminococcus intestini)(종), 프로피오니박테리움 그라눌로숨(Propionibacterium granulosum)(종), 박테로이데스 테타이오타오미크론(Bacteroides thetaiotaomicron)(종), 푸스코박테리움(Fusobacterium sp.) CM21(종), 페디오코쿠스(Pediococcus sp.) MFC1(종), 투리시박터 상귀니스(Turicibacter sanguinis)(종), 사르시나 벤트리쿨리(Sarcina ventriculi)(종), 메가스페라 게모노(Megasphaera genomo sp.) C1(종), 스트렙토코쿠스(Streptococcus sp.) BS35a(종), 스트렙토코쿠스 써모필러스(Streptococcus thermophilus)(종), 푸소박테리움 울세란스(Fusobacterium ulcerans)(종), 모르가넬라 모르가니(Morganella morganii)(종), 박테로이데스(Bacteroides sp.) SLC1-38(종), 박테로이데스 에게르티(Bacteroides eggerthii)(종), 박테로이데스 코프로콜라(Bacteroides coprocola)(종), 박테로이데스(Bacteroides sp.) CB57(종), 비피도박테리움 스테르코리스(Bifidobacterium stercoris)(종), 베일로넬라 아티피카(Veillonella atypica)(종), 푸소박테리움 네크로게네스(Fusobacterium necrogenes)(종), 락토바실러스 크리스파투스(Lactobacillus crispatus)(종), 베일로넬라(Veillonella sp.) MSA12(종), 아사카로스포라 이레귤라리스(Asaccharospora irregularis)(종), 에리시펠락토클로스트리디움 라모숨(Erysipelatoclostridium ramosum)(종), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) TAB-22(종), 파라수테렐라 엑크레멘티호미니스(Parasutterella excrementihominis)(종), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) C4I2(종), 파라박테로이데스(Parabacteroides sp.) 157(종), 클렙시엘라(Klebsiella)(속), 에풀로피씨움(Epulopiscium)(속), 스트렙토코쿠스(Streptococcus)(속), 프로피오니박테리움(Propionibacterium)(속), 크로노박터(Cronobacter)(속), 아네로비브리오(Anaerovibrio)(속), 인테스티니박터(Intestinibacter)(속), 스타필로코쿠스(Staphylococcus)(속), 투리시박터(Turicibacter)(속), 알로프레보텔라(Alloprevotella)(속), 페디오코쿠스(Pediococcus)(속), 모르가넬라(Morganella)(속), 아시다미노코쿠스(Acidaminococcus)(속), 숙시니비브리오(Succinivibrio)(속), 아네로필룸(Anaerofilum)(속), 메가스페라(Megasphaera)(속), 아사카로스포라(Asaccharospora)(속), 부티리비브리오(Butyrivibrio)(속), 피네골디아(Finegoldia)(속), 아네로코쿠스(Anaerococcus)(속), 스트렙토코카시에(Streptococcaceae)(과), 프로피오니박테리아시에(Propionibacteriaceae)(과), 베일로넬라시에(Veillonellaceae)(과), 스타필로코카시에(Staphylococcaceae)(과), 스핑고박테리아시에(Sphingobacteriaceae)(과), 클로스트리디알레스(Clostridiales) 과 XI. 인세라테 세디스(Incertae Sedis)(과), 펩토스트렙토코카시에(Peptostreptococcaceae)(과), 숙시니비브리오나시에(Succinivibrionaceae)(과), 더르마박테라시에(Dermabacteraceae)(과), 코리네박테리아시에(Corynebacteriaceae)(과), 로도스피릴라시에(Rhodospirillaceae)(과), 셀레노모나달레스(Selenomonadales)(목), 락토바실랄레스(Lactobacillales)(목), 클로스트리디알레스(Clostridiales)(목), 잔토모나달레스(Xanthomonadales)(목), 바실랄레스(Bacillales)(목), 플레우로캅살레스(Pleurocapsales)(목), 아에로모나달레스(Aeromonadales)(목), 슈도모나달레스(Pseudomonadales)(목), 바실리(Bacilli)(강), 네가티비큐테스(Negativicutes)(강), 클로스트리디아(Clostridia)(강), 프로테오박테리아(Proteobacteria)(문), 시아노박테리아(Cyanobacteria)(문), 박테로이데스 피네골디(Bacteroides finegoldii)(종), 알리스티페스 푸트레디니스(Alistipes putredinis)(종), 액티노박테리아(Actinobacteria)(강), 락토바실라시에(Lactobacillaceae)(과), 비피도박테리아시에(Bifidobacteriaceae)(과), 비피도박테리움(Bifidobacterium)(속), 비피도박테리알레스(Bifidobacteriales)(목) 및 오실로스피라시에(Oscillospiraceae)(과) 중 적어도 하나와 관련된 마이크로바이옴 조성 특징의 세트를 결정하는 단계를 포함하며, 여기서 맹장-관련 특성화 모델을 생성하는 단계는 보충 데이터 및 마이크로바이옴 조성 특징에 기초하여 맹장-관련 특성화 모델을 생성하는 단계를 포함하는 방법.
  10. 제1항에 있어서, 미생물 서열 데이터세트를 결정하는 단계는 적어도 하나의 상기 미생물 핵산 서브세트에 기초하여 메타게놈(metagenomic) 라이브러리 및 메타전사(metatranscriptomic) 라이브러리 중 적어도 하나를 결정하는 단계를 포함하고, 여기서 상기 마이크로바이옴 특징의 세트를 결정하는 단계는 메타게놈 라이브러리 및 메타전사 라이브러리 중 적어도 하나에 기초한 마이크로바이옴 특징의 세트를 결정하는 단계를 포함하는 방법.
  11. 제1항에 있어서, 마이크로바이옴 특징의 세트를 결정하는 단계는, 미생물 서열 데이터세트에 기초하여, 마이크로바이옴 조성 다양성 특징 및 마이크로바이옴 기능 다양성 특징 중 적어도 하나의 존재, 마이크로바이옴 조성 다양성 특징 및 마이크로바이옴 기능 다양성 특징 중 적어도 하나의 부재, 맹장-관련 컨디션과 관련된 상이한 분류군의 상대적 풍부도을 기술하는 상대적 풍부도 특징(relative abundance feature), 상이한 분류군과 관련된 적어도 두 개의 마이크로바이옴 특징 사이의 비율을 기술하는 비율 특징, 상이한 분류군 사이의 상호작용을 기술하는 상호작용 특징, 및 상이한 분류군 사이의 계통발생 거리를 기술하는 계통발생 거리 특징 중 적어도 하나를 결정하는 분석 기법 세트를 적용하는 단계를 포함하며, 그리고 여기서 상기 분석 기법 세트는 일변량 통계 테스트, 다변량 통계 테스트, 차원 감소 기술 및 인공 지능 접근법 중 적어도 하나를 포함하는 방법.
  12. 제1항에 있어서, 상기 요법은 소모성(consumable), 장치-관련 요법, 외과 수술, 심리적-연관 요법 및 행동 변형 요법 중 하나 이상을 포함하고, 여기서 요법을 제공하는 단계는 사용자와 관련된 컴퓨팅 장치에서 사용자에게 치료를 위한 추천( recommendation)을 제공하는 단계를 포함하는 방법.
  13. 맹장-관련 컨디션과 관련된 미생물에 상응하는 미생물 핵산을 포함하는 샘플을 사용자로부터 수집하는 단계;
    샘플의 미생물 핵산에 기초하여 사용자와 관련된 미생물 데이터세트를 결정하는 단계;
    미생물 데이터세트에 기초하여, 사용자 마이크로바이옴 특징들이 맹장-관련 컨디션과 관련된, 사용자 마이크로바이옴 조성 특징 및 사용자 마이크로바이옴 기능적 특징 중 적어도 하나를 포함하는 사용자 마이크로바이옴 특징을 결정하는 단계;
    사용자 마이크로바이옴 특징에 기초하여 맹장-관련 컨디션에 대한 사용자에 대한 맹장-관련 특성화(characterization)를 결정하는 단계; 및
    맹장-관련 특성화에 기초하여, 맹장-관련 컨디션의 개선을 용이하게(facilitate) 하기 위해 사용자에 대한 요법과 관련한 치료적 개입을 용이하게 하는 단계
    를 포함하는, 미생물과 관련된 맹장-관련 컨디션을 특성화하는 방법.
  14. 제13항에 있어서, 상기 사용자 마이크로바이옴 특징을 결정하는 단계는, 미생물 데이터세트에 기초하여, 내장 부위와 관련된 부위 특이적 조성 특징 및 나이세리아시에(Neisseriaceae)(과), 나이세리아 무코사(Neisseria mucosa)(종), 아그레가치바크타 아프로필루스(Aggregatibacter aphrophilus)(종), 박테로이데스 우니포르미스(Bacteroides uniformis)(종), 박테로이데스 불가투스(Bacteroides vulgatus)(종), 파라박테로이드 디스타소니스(Parabacteroides distasonis)(종), 메가스페라(Megasphaera)(속), 프로테오박테리아(Proteobacteria)(문), 미크로코카시에(Micrococcaceae)(과), 스트렙토코쿠스 써모필러스(Streptococcus thermophilus)(종), 스트렙토코쿠스 파라상귀니스(Streptococcus parasanguinis)(종), 제멜라(Gemella)(속), 클로스트리디움(Clostridium)(속), 액티노마이세스 오돈톨리티커스(Actinomyces odontolyticus)(종), 액티노마이세탈레스(Actinomycetales)(목), 액티노마이세타시에(Actinomycetaceae)(과), 베타프로테오박테리아(Betaproteobacteria)(강), 제멜라 모르빌로룸(Gemella morbillorum)(종), 로티아(Rothia)(속), 락토바실러스 크리스파투스(Lactobacillus crispatus)(종), 슈도모나달레스(Pseudomonadales)(목), 옥살로박테라시에(Oxalobacteraceae)(과), 버크홀데리알레스(Burkholderiales)(목), 제멜라(Gemella sp.) 933-88(종), 미크로코칼레스(Micrococcales)(목), 박테로이데스 아시디파시엔스(Bacteroides acidifaciens)(종), 모지박테리움(Mogibacterium)(속), 박테로이데스(Bacteroides sp.) AR20(종), 박테로이데스(Bacteroides sp.) AR29(종), 버크홀데리아시에(Burkholderiaceae)(과), 에리시펠로트리카시에(Erysipelotrichaceae)(과), 잔토모나달레스(Xanthomonadales)(목), 슈도모나다시에(Pseudomonadaceae)(과), 액티노마이세스(Actinomyces sp.) 경구 스트레인(oral strain) Hal-1065(종), 로제부리아 인테스티날리스(Roseburia intestinalis)(종), 포르피로모나다시에(Porphyromonadaceae)(과), 셔틀워디아(Shuttleworthia)(속), 클로스트리디아(Clostridia)(강), 클로스트리디알레스(Clostridiales)(목), 펩토스트렙토코카시에(Peptostreptococcaceae)(과), 펩토코카시에((Peptococcaceae)(과), 카르노박테리시에(Carnobacteriaceae)(과), 디알리스터(Dialister sp.) E2_20(종), 나이세리알레스(Neisseriales)(목), 메가스페라 게노모(Megasphaera genomo sp.) C1(종), 모리엘라(Moryella)(속), 시네르기스테스(Synergistetes)(문), 에리시펠로트리키아(Erysipelotrichia)(강), 에리시펠로트리칼레스(Erysipelotrichales)(목), 클로스트리디알레스(Clostridiales) 과 XIII. Incertae Sedis(과), 로제부리아(Roseburia sp.) 11SE39(종), 박테로이데스(Bacteroides sp.) D22(종), 시네르기스티아(Synergistia)(강), 시네스기스탈레스(Synergistales)(목), 시네스기스타시에(Synergistaceae)(과), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) TAB-22(종), 플라보니프락토르(Flavonifractor)(속), 슈테렐라시에(Sutterellaceae)(과), 아네로스티페스(Anaerostipes sp.) 5_1_63FAA(종), 스트렙토코쿠스(Streptococcus sp.) 2011_Oral_MS_A3(종), 베일로넬라(Veillonella sp.) 2011_Oral_VSA_D3(종), 피네골디아(Finegoldia sp.) S9 AA1-5(종), 프레티박테리움(Fretibacterium)(속), 스타필로코쿠스(Staphylococcus sp.) 334802(종), 펩토클로스트리디움(Peptoclostridium)(속), 인테스티니박터(Intestinibacter)(속), 아시네토박터(Acinetobacter)(속), 클렙시엘라(Klebsiella)(속), 박테로이데스 테타이오타오미크론(Bacteroides thetaiotaomicron)(종), 부티리비브리오(Butyrivibrio)(속), 푸스코박테리움 네크로제네스(Fusobacterium necrogenes)(종), 허바스피릴륨(Herbaspirillum)(속), 허바스피릴륨 세로페디세(Herbaspirillum seropedicae)(종), 페디오코쿠스(Pediococcus)(속), 피네골디아 마그나(Finegoldia magna)(종), 블라우티아 한센니(Blautia hansenii)(종), 엔테로코쿠스 페칼리스(Enterococcus faecalis)(종), 락토코쿠스 락티스(Lactococcus lactis)(종), 바실러스(Bacillus)(속), 클로스트리디오이데스 디피실(Clostridioides difficile)(종), 블라우티아 코코이데스(Blautia coccoides)(종), 에리시펠라토클로스트리디움 라모숨(Erysipelatoclostridium ramosum)(종), 웨이셀라 콘푸사(Weissella confusa)(종), 락토바실러스 플란타룸(Lactobacillus plantarum)(종), 락토바실러스 파라카세이(Lactobacillus paracasei)(종), 비피도박테리움 아돌레센티스(Bifidobacterium adolescentis)(종), 비피도박테리움 브레베(Bifidobacterium breve)(종), 비피도박테리움 덴티움(Bifidobacterium dentium)(종), 비피도박테리움 아니말리스(Bifidobacterium animalis)(종), 비피도박테리움 슈도카테눌라툼(Bifidobacterium pseudocatenulatum)(종), 박테로이데스 오바투스(Bacteroides ovatus)(종), 펩토니필러스 라크리말리스(Peptoniphilus lacrimalis)(종), 아네로코쿠스 바지날리스(Anaerococcus vaginalis)(종), 라넬라(Rahnella)(속), 빌로필라 와드스워르티아(Bilophila wadsworthia)(종), 스니치아 생귀네겐(Sneathia sanguinegens)(종), 숙시니클라스티쿰(Succiniclasticum)(속), 스포로박터(Sporobacter)(속), 슈도부티리비브리오 루미니스(Pseudobutyrivibrio ruminis)(종), 웨이셀라(Weissella)(속), 박테로이데스 스테르코리스(Bacteroides stercoris)(종), 락토바실러스 람노수스(Lactobacillus rhamnosus)(종), 판토에아(Pantoea)(속), 홀데마니아(Holdemania)(속), 홀데마니아 필리포르미스(Holdemania filiformis)(종), 테르모아나이로박테랄레스(hermoanaerobacterales)(목), 비피도박테리움 갈리쿰(Bifidobacterium gallicum)(종), 비피도박테리움 풀로룸(Bifidobacterium pullorum)(종), 류코노스토카시에(Leuconostocaceae)(과), 에게르텔라 렌타(Eggerthella lenta)(종), 파필리박터(Papillibacter)(속), 아네로스티페스 카카에(Anaerostipes caccae)(종), 슈도플라보니프랙토 카필로수스(Pseudoflavonifractor capillosus)(종), 아네로보락스(Anaerovorax)(속), 파라스포로박테리움(Parasporobacterium)(속), 파라스포로박테리움 파우시보란스(Parasporobacterium paucivorans)(종), 오실로스피라(Oscillospira)(속), 오실로스피라 길리에르몬디(Oscillospira guilliermondii)(종), 액티노마이세스 투리센시스(Actinomyces turicensis)(종), 아네로시누스(Anaerosinus)(속), 스니치아(Sneathia)(속), 브레비박테리움 파우시보란스(Brevibacterium paucivorans)(종), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) CR-609S(종), 테르모아나이로박테라시에(Thermoanaerobacteraceae)(과), 바실라시에(Bacillaceae)(과), 갤리아(Gelria)(속), 아시도박테리알레스(Acidobacteriales)(목), 박테로이데스 마실리엔시스(Bacteroides massiliensis)(종), 로도시클랄레스(Rhodocyclales)(목), 아네로푸스티스 스테르코리호미니스(Anaerofustis stercorihominis)(종), 알리스티페스 피네골디(Alistipes finegoldii)(종), 오실로스피라시에(Oscillospiraceae)(과), 펩토니필루스(Peptoniphilus sp.) 2002-38328(종), 헤스펠리아(Hespellia)(속), 박테로이데스(Bacteroides sp.) 35AE37(종), 마르빈브리안티아(Marvinbryantia)(속), 아네로스포로박터 모빌리스(Anaerosporobacter mobilis)(종), 아네로푸스티스(Anaerofustis)(속), 카타박터(Catabacter)(속), 플라보니프락토르 플라우티(Flavonifractor plautii)(종), 프로테이니필룸(Proteiniphilum)(속), 로제부리아 페시스(Roseburia faecis)(종), 스트렙토코쿠스(Streptococcus sp.) S16-11(종), 박테로이데스(Bacteroides sp.) 4072(종), 알리스티페스 사히(Alistipes shahii)(종), 박테로이데스 인테스티날리스(Bacteroides intestinalis)(종), 락토니팍토 롱고비포르미스(Lactonifactor longoviformis)(종), 비피도박테리움 츠루미엔스(Bifidobacterium tsurumiense)(종), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei)(종), 박테로이데스 자일라니솔벤스(Bacteroides xylanisolvens)(종), 크로노박터(Cronobacter)(속), 알로스카르도비아(Alloscardovia)(속), 알로스카르도비아 옴니콜렌스(Alloscardovia omnicolens)(종), 락토니팍토(Lactonifactor)(속), 카타박테리아시에(Catabacteriaceae)(과), 아들러크로이치아 에퀴올리파시엔스(Adlercreutzia equolifaciens)(종), 아들러크로이치아(Adlercreutzia)(속), 알리스티페스(Alistipes sp.) EBA6-25cl2 (종), 박테로이데스(Bacteroides sp.) EBA5-17(종), 오실리박터(Oscillibacter)(속), 고르도니박터 파밀라에(Gordonibacter pamelaeae)(종), 알리스티페스(Alistipes sp.) NML05A004(종), 파라수테렐라 엑크레멘티호미니스(Parasutterella excrementihominis)(종), 미추오켈라(Mitsuokella sp.) DJF_RR21(종), 부티리시모나스(Butyricimonas)(속), 비피도박테리움 스테르코리스(Bifidobacterium stercoris)(종), 알리스티페스 인디스틴투스(Alistipes indistinctus)(종), 고르도니박터(Gordonibacter)(속), 아네로스티페스 하드루스(Anaerostipes hadrus)(종), 클렙시엘라(Klebsiella sp.) B12(종), 알리스티페스(Alistipes sp.) RMA 9912(종), 아네로스포로박터(Anaerosporobacter)(속), 박테로이데스 페시스(Bacteroides faecis)(종), 블라운티아(Blautia sp.) Ser5(종), 박테로이데스 친칠라에(Bacteroides chinchillae)(종), 빌로필라(Bilophila sp.) 4_1_30(종), 칼디코프로박테라시에(Caldicoprobacteraceae)(과), 엔테로박터(Enterobacter sp.) UDC345(종), 비피도박테리움 비아바티(Bifidobacterium biavatii)(종), 펩토니필루스(Peptoniphilus sp.) 1-14(종), 알리스티페스(Alistipes sp.) HGB5(종), 박테로이데스(Bacteroides sp.) SLC1-38(종), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) Akhmro1(종), 클렙시엘라(Klebsiella sp.) SOR89(종), 엔테로코쿠스(Enterococcus sp.) C6I11(종), 슈도플라보니프락토(Pseudoflavonifractor)(속), 박테로이데스(Bacteroides sp.) dnLKV9(종), 메가스페라(Megasphaera sp.) BV3C16-1(종), 페칼리박테리움(Faecalibacterium sp.) 캐닌 오랄 탁손(canine oral taxon) 147(종), 바리바쿨룸(Varibaculum sp.) CCUG 45114(종), 부티리시모나스(Butyricimonas sp.) 214-4(종), 아네로스티페스 람노시보란스(Anaerostipes rhamnosivorans)(종), 네가티비코쿠스(Negativicoccus sp.) S5-A15(종), [콜린셀라(Collinsella)] 마실리엔시스(massiliensis)(종), 코리네박테리움(Corynebacterium sp.) jw37(종), 로제부리아(Roseburia sp.) 499(종), 디알리스터(Dialister sp.) S7MSR5(종), 아네로코쿠스(Anaerococcus sp.) S8 87-3(종), 피네골디아(Finegoldia sp.) S8 F7(종), 무르도키엘라(Murdochiella sp.) S9 PR-10(종), 펩토니필러스(Peptoniphilus sp.) S9 PR-13(종), 박테로이데스(Bacteroides sp.) J1511(종), 코리네박테리움(Corynebacterium sp.) 713182/2012(종), 라넬라(Rahnella sp.) BSP18(종), 인테스티니모나스(Intestinimonas)(속), 로빈소니엘라(Robinsoniella sp.) KNHs210(종), 칸디다투스 솔레아페레아(Candidatus Soleaferrea)(속), 부티리시모나스 페시호미니스(Butyricimonas faecihominis)(종), 세네갈리마실리아(Senegalimassilia)(속), 펩토니필루스(Peptoniphilus sp.) DNF00840(종), 롬보우트시아(Romboutsia)(속), 및 코프로박터 세쿤두스(Coprobacter secundus)(종) 중 적어도 하나를 포함하는 사용자 마이크로바이옴 조성 특징을 결정하는 단계를 포함하며, 여기서 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계는 부위-특이적 조성 특징에 기초하여 맹장-관련 컨디션에 대한 사용자에 대한 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계를 포함하는 방법.
  15. 제13항에 있어서, 여기서 사용자 마이크로바이옴 특징을 결정하는 단계는, 미생물 데이터세트에 기초하여, 피부 부위와 관련된 부위 특이적 조성 특징 및 슈도모나스(Pseudomonas)(속), 네이세리아시에(Neisseriaceae)(과), 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis)(종), 프레보텔라(Prevotella)(속), 피칼리박테리움 프로스니치(Faecalibacterium prausnitzii)(종), 스트렙토코쿠스 파라상귀니스(Streptococcus parasanguinis)(종), 큐티박테리움 아크네스(Cutibacterium acnes)(종), 베일로넬라시에(Veillonellaceae)(과), 렙토트리키아(Leptotrichia)(속), 파스콜락토박테리움(Phascolarctobacterium)(속), 플라보박테리아시에(Flavobacteriaceae)(과), 델프티아(Delftia)(속), 플라보박테리아(Flavobacteriia)(강), 프레보텔라시에(Prevotellaceae)(과), 라크노스피라시에(Lachnospiraceae)(과), 펩토스트렙토코카시에(Peptostreptococcaceae)(과), 도레아(Dorea)(속), 플라보박테리알레스(Flavobacteriales)(목), 네이세리알레스(Neisseriales)(목), 파라박테로이데스(Parabacteroides)(속), 스트렙토코쿠스(Streptococcus sp.) 오랄 탁손(oral taxon) G63(종), 아시다미노코카시에(Acidaminococcaceae)(과), 베일로넬라(Veillonella sp.) CM60(종), 스타필로코쿠스(Staphylococcus sp.) C9I2(종), 렙토트리키아시에(Leptotrichiaceae)(과), 푸지카테니박터 사카리보란스(Fusicatenibacter saccharivorans)(종), 푸지카테니박터(Fusicatenibacter)(속), 스타필로코쿠스(Staphylococcus sp.) 334802(종), 파라박테로이데스 메르데(Parabacteroides merdae)(종), 콜린셀라 에어로파시엔스(Collinsella aerofaciens)(종), 스핑고박테리아(Sphingobacteriia)(강), 스핑고박테리알레스(Sphingobacteriales)(목), 펩토니필루스(Peptoniphilus sp.) 1-14(종), 아네로바실러스(Anaerobacillus)(속), 프로피오니박테리움(Propionibacterium sp.) KPL1844(종), 메틸로박테리움 롱굼(Methylobacterium longum)(종) 및 스타필로코쿠스(Staphylococcus sp.) C5I16(종) 중 적어도 하나를 포함하는 사용자 마이크로바이옴 조성 특징을 결정하는 단계를 포함하며, 여기서 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계는 부위 특이적 조성 특징에 기초하여 맹장-관련 컨디션에 대한 사용자에 대한 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계를 포함하는 방법.
  16. 제13항에 있어서, 여기서 사용자 마이크로바이옴 특징을 결정하는 단계는, 미생물 데이터세트에 기초하여, 생식기 부위와 관련된 부위 특이적 조성 특징 및 제멜라(Gemella)(속), 베일로넬라 아티피카(Veillonella atypica)(종), 디알리스터 뉴모신테스(Dialister pneumosintes)(종), 락토바실러스 크리스파투스(Lactobacillus crispatus)(종), 필로박테리아시에(Phyllobacteriaceae)(과), 아쿠아박테리움(Aquabacterium)(속), 아네로글로부스(Anaeroglobus)(속), 아네로글로부스 제미나투스(Anaeroglobus geminatus)(종), 오크로박트룸(Ochrobactrum)(속), 모빌룬쿠스 쿠르티시(Mobiluncus curtisii)(종), 액티노마이세스 네우이(Actinomycess neuii)(종), 아네로코쿠스 락토리티쿠스(Anaerococcus lactolyticus)(종), 락토바실러스 존소니(Lactobacillus johnsonii)(종), 베루코미크로비알레스(Verrucomicrobiales)(목), 베루코미크로비아(Verrucomicrobia)(문), 베루코미크로비아에(Verrucomicrobiae)(강), 베루코미크로비아시에(Verrucomicrobiaceae)(과), 디알리스터 숙시나티필루스(Dialister succinatiphilus)(종), 아토포비움(Atopobium sp.) F0209(종), 코리네박테리움 프레이부르젠세(Corynebacterium freiburgense)(종), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) Akhmro1(종), 아네로코쿠스(Anaerococcus sp.) 9401487(종), 메소리조비움(Mesorhizobium)(속), 락토바실러스 레우테리(Lactobacillus reuteri)(종), 메가스패라(Megasphaera sp.) UPII 199-6(종), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) C30An8(종), 펩토코쿠스(Peptococcus sp.) S9 Pr-12(종) 및 헬코코쿠스 시에틀렌시스(Helcococcus seattlensis)(종) 중 적어도 하나를 포함하는 사용자 마이크로바이옴 조성 특징을 결정하는 단계를 포함하며, 여기서 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계는 부위 특이적 조성 특징에 기초하여 맹장-관련 컨디션에 대한 사용자에 대한 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계를 포함하는 방법.
  17. 제13항에 있어서, 여기서 사용자 마이크로바이옴 특징을 결정하는 단계는, 미생물 데이터세트에 기초하여, 입 부위와 관련된 부위 특이적 조성 특징 및 모락셀라시에(Moraxellaceae)(과), 모락셀라(Moraxella)(속), 에이케넬라(Eikenella)(속), 에이케넬라 코로덴스(Eikenella corrodens)(종), 바고코쿠스(Vagococcus)(속), 필로박테리움(Phyllobacterium)(속), 베일로넬라 디스파(Veillonella dispar)(종), 슈테렐라 와드워르텐시스(Sutterella wadsworthensis)(종), 존소넬라 이그나바(Johnsonella ignava)(종), 박테로이데스 아시디파시엔스(Bacteroides acidifaciens)(종), 렙토트리키아 호프스타디(Leptotrichia hofstadii)(종), 렙토트리키아 샤히(Leptotrichia shahii)(종), 카프노사이토파가(Capnocytophaga sp.) AHN9756(종), 버지엘라(Bergeyella sp.) AF14(종), 올세넬라(Olsenella sp.) F0004(종), 박테로이데스(Bacteroides sp.) D22(종), 필로박테리움(Phyllobacterium sp.) T50(종), 액티노마이세스(Actinomycess sp.) ICM47(종), 푸소박테리움(Fusobacterium sp.) AS2(종) 및 렙토트리키아시에(Leptotrichiaceae)(과) 중 적어도 하나를 포함하는 사용자 마이크로바이옴 조성 특징을 결정하는 단계를 포함하며, 여기서 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계는 부위 특이적 조성 특징에 기초하여 맹장-관련 컨디션에 대한 사용자에 대한 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계를 포함하는 방법.
  18. 제13항에 있어서, 여기서 사용자 마이크로바이옴 특징을 결정하는 단계는, 미생물 데이터세트에 기초하여, 코 부위와 관련된 부위 특이적 조성 특징 및 코마모나스(Comamonas)(속), 펩토스트렙토코쿠스(Peptostreptococcus)(속), 액티노마이세스 비스코수스(Actinomycess viscosus)(종), 액티노마이세스 오돈톨리티쿠스(Actinomycess odontolyticus)(종), 비피도박테리움(Bifidobacterium)(속), 비피도박테리아시에(Bifidobacteriaceae)(과), 로도스피릴라시에(Rhodospirillaceae)(과), 비피도박테리알레스(Bifidobacteriales)(목), 로세부리아 인테스티날리스(Roseburia intestinalis)(종), 탈라소스피라(Thalassospira)(속), 비피도박테리움 롱굼(Bifidobacterium longum)(종), 아그레가티박터(Aggregatibacter)(속), 스트렙토코쿠스(Streptococcus sp.) 11aTha1(종), 수테렐라시에(Sutterellaceae)(과), 플라보박테리움(Flavobacterium)(속), 오크로박트룸(Ochrobactrum)(속), 크로노박터 사카자키(Cronobacter sakazakii)(종), 아네로코쿠스 바지날리스(Anaerococcus vaginalis)(종), 스핑고박테리아(Sphingobacteriia)(강), 브루셀라시에(Brucellaceae)(과), 스핑고박테리알레스(Sphingobacteriales)(목), 아케르만시아(Akkermansia)(속), 펩토니필루스(Peptoniphilus sp.) gpaco18A(종), 시트로박터(Citrobacter sp.) BW4(종), 크로노박터(Cronobacter)(속), 코리네박테리움(Corynebacterium sp.) jw37(종), 스타필로코쿠스 아우레우스((Staphylococcus aureus)(종), 브레분디모나스(Brevundimonas)(속), 카울로박테라시에(Caulobacteraceae)(과), 카울로박테랄레스(Caulobacterales)(목), 아네로바실러스 알칼리디아조트로피쿠스(Anaerobacillus alkalidiazotrophicus)(종), 아네로바실러스(Anaerobacillus)(속) 및 아시네토박터(Acinetobacter sp.) WB22-23(종) 중 적어도 하나를 포함하는 사용자 마이크로바이옴 조성 특징을 결정하는 단계를 포함하며, 여기서 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계는 부위 특이적 조성 특징에 기초하여 맹장-관련 컨디션에 대한 사용자에 대한 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계를 포함하는 방법.
  19. 제13항에 있어서, 사용자 마이크로바이옴 특징을 결정하는 단계는, 미생물 데이터세트에 기초하여, 신경 퇴행성 질환, 신호 분자 및 상호 작용, 제노바이오틱스(Xenobiotics) 생분해 및 대사, 아스코르베이트 및 알다레이트(aldarate) 대사, 헌팅턴병, 이노시톨 인산 대사, 프로파노에이트 대사, 전분 및 자당 대사, 카프로락탐 분해, 세포 운동 및 분비, 발린, 류신 및 이소류신 대사, 트립토판 대사, 타입 I 진성 당뇨병, 페닐알라닌 대사, 셀레노화합물 대사, 리신 분해, 폴리시클릭 방향족 탄화수소 분해, 글리칸 생합성 및 대사, 신장 세포 암종, 부타노에이트 대사, 원핵 생물에서의 탄소 고정 경로, 시트레이트 사이클(TCA주기), 리포폴리사카라이드 생합성, RNA 수송, 티아민 대사, 1,1,1-트리클로로-2,2-비스(4-클로로페닐)에탄(DDT) 분해, 전자 이동 캐리어(carriers), 근위축성측색경화증(ALS), 프리온 병, 톨루엔 분해, 알파-리놀렌산 대사 [V] 방어 메커니즘, [O] 번역-후 수정, 단백질 전환(turnover), 및 샤페론, [R] 일반 기능 예측(General function prediction only), [I] 지질 수송 및 대사, [H] 코엔자임 수송 및 대사, 에너지 대사, 신경계, 신호 전달, 세포 프로세스(cellular process) 및 시그널링, 번역, 대사, 세포 성장 및 사멸, 내분비계, 아미노산 대사, 보조 인자(Cofactors) 및 비타민 대사, 복제 및 수리, 테르페노이드 및 폴리케타이드의 대사, 감염성 질환, 아미노산 관련 효소, 광합성, 판토텐산 및 CoA 생합성, 광합성 단백질, 글루탐산성 시냅스, 결핵, 2-성분 시스템, 아미노아실-tRNA 생합성, 리보솜, 기타(other) 이온-커플링(coupled) 트랜스포터, 테르페노이드 백본 생합성, 세포 사이클-카울로박터, 기타 트랜스포터, 염기 절제 복구, 펩티도글라이칸 생합성, 비브리오 콜레라(Vibrio cholerae) 병원성 사이클(pathogenic cycle), 리모넨(Limonene) 및 피넨(pinene) 분해, 분비 시스템, 뉴클레오티드 절제(excision) 복구, 번역 인자, 알라닌, 아스파테이트 및 글루타메이트 대사, 리보솜 생합성, 기타(KEGG3), 진핵 생물에서 리보솜 생합성, 폴리케타이드 당 단위 생합성, 스트렙토마이신 생합성, 상동성 재조합, 산화적 인산화, 알려지지 않은 기능(Function unknown), 광합성 유기체에서의 탄소 고정, 세포 골격 단백질, DNA 수리 및 재조합 단백질, 무기 이온 수송 및 대사, 아미노산 대사, 제라니올 분해, 단백질 배출(export), 페닐알라닌, 티로신 및 트립토판 생합성, 라이신 생합성, 에틸벤젠 분해, 전사 기계(Transcription machinery), RNA 폴리머라제, 반코마이신 그룹 항생제 생합성, 불일치 복구, 나프탈렌 분해, 피리미딘 대사, D-글루타민 및 D-글루타메이트 대사, 제아틴 생합성, K02004(KEGG4), 및 K03100(KEGG4) 중 적어도 하나와 관련된 사용자 마이크로바이옴 기능적 특징을 결정하는 단계를 포함하며, 여기서 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계는 사용자 마이크로바이옴 기능적 특징에 기초하여 맹장-관련 컨디션에 대한 사용자에 대한 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계를 포함하는 방법.
  20. 제13항에 있어서, 상기 요법이 프로바이오틱(probiotic) 요법 및 프리바이오틱(prebiotic) 요법 중 적어도 하나를 포함하고, 여기서 치료적 개입을 용이하게 하는 단계는 맹장-관련 컨디션의 개선을 용이하게 하기 위해 사용자에게 프로바이오틱 요법 및 프리바이오틱 요법 중 적어도 하나를 용이하게 하는 단계를 포함하며, 그리고 여기서 프로바이오틱 요법 및 프리바이오틱 요법 중 적어도 하나는 엔테로코쿠스 라피노수스(Enterococcus raffinosus), 스타필로코쿠스(Staphylococcus sp.) C9I2, 제멜라(Gemella) sp. 933-88, 엔테로코쿠스(Enterococcus sp.) SI-4, 빌로필라(Bilophila sp.) 4_1_30, 아네로스티페스(Anaerostipes sp.) 5_1_63FAA, 파스콜락토박테리움 페시움(Phascolarctobacterium faecium), 알리스티페스(Alistipes sp.) RMA 9912, 오도리박터 스플란크니쿠스(Odoribacter splanchnicus), 알리스티페스(Alistipes sp.) HGB5, 서브돌리그라눌룸 배리어빌레(Subdoligranulum variabile), 메타노브레비박터 스미티(Methanobrevibacter smithii), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) 7_1_47FAA, 플라보니프락토 플라우티(Flavonifractor plautii), 클루이베라 조르지아나(Kluyvera georgiana), 블라우티아 페시스(Blautia faecis), 피칼리박테리움 프로스니치(Faecalibacterium prausnitzii), 락토니팍토 롱고비포르미스(Lactonifactor longoviformis), 로제부리아(Roseburia sp.) 11SE39, 박테로이데스(Bacteroides sp.) AR29, 알리스티페스(Alistipes sp.) NML05A004, 프레보텔라 티모넨시스(Prevotella timonensis), 아네로스티페스(Anaerostipes sp.) 3_2_56FAA, 클렙시엘라(Klebsiella sp.) SOR89, 메가스페라(Megasphaera sp.) DNF00912, 베일로넬라 디스파르(Veillonella dispar), 락토바실러스 뮤코세(Lactobacillus mucosae), 박테로이데스 프라질리스(Bacteroides fragilis), 스트렙토코쿠스 에퀴누스(Streptococcus equinus), 박테로이데스 플레베이우스(Bacteroides plebeius), 프로피오니박테리움(Propionibacterium sp.) MSP09A, 스트렙토코쿠스 파스퇴리아누스(Streptococcus pasteurianus), 아네로비브리오(Anaerovibrio sp.) 765, 아케르만시아 뮤시니필라(Akkermansia muciniphila), 액티노마이세스 투리센시스(Actinomycess turicensis), 크로노박터 사카자키(Cronobacter sakazakii), 베일로넬라 로고세(Veillonella rogosae), 블라우티아 글루세라세(Blautia glucerasea), 아시다미노코쿠스 인테스티니(Acidaminococcus intestini), 프로피오니박테리움 그라눌로숨(Propionibacterium granulosum), 박테로이데스 테타이오타오미크론(Bacteroides thetaiotaomicron), 푸스코박테리움(Fusobacterium sp.) CM21, 페디오코쿠스(Pediococcus sp.) MFC1, 투리시박터 상귀니스(Turicibacter sanguinis), 사르시나 벤트리쿨리(Sarcina ventriculi), 메가스페라 게모노(Megasphaera genomo sp.) C1, 스트렙토코쿠스(Streptococcus sp.) BS35a, 스트렙토코쿠스 써모필러스(Streptococcus thermophilus), 푸소박테리움 울세란스(Fusobacterium ulcerans), 모르가넬라 모르가니(Morganella morganii), 박테로이데스(Bacteroides sp.) SLC1-38, 박테로이데스 에게르티(Bacteroides eggerthii), 박테로이데스 코프로콜라(Bacteroides coprocola), 박테로이데스(Bacteroides sp.) CB57, 비피도박테리움 스테르코리스(Bifidobacterium stercoris), 베일로넬라 아티피카(Veillonella atypica), 푸소박테리움 네크로게네스(Fusobacterium necrogenes), 락토바실러스 크리스파투스(Lactobacillus crispatus), 베일로넬라(Veillonella sp.) MSA12, 아사카로스포라 이레귤라리스(Asaccharospora irregularis), 에리시펠락토클로스트리디움 라모숨(Erysipelatoclostridium ramosum), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) TAB-22, 파라수테렐라 엑크레멘티호미니스(Parasutterella excrementihominis), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) C4I2, 파라박테로이데스(Parabacteroides sp.) 157, 박테로이데스 피네골디(Bacteroides finegoldii) 및 알리스티페스 푸트레디니스(Alistipes putredinis) 중 적어도 하나와 관련된 방법.
  21. 맹장-관련 컨디션과 관련된 미생물에 상응하는 미생물 핵산을 포함하는 샘플을 사용자로부터 수집하는 단계;
    샘플의 미생물 핵산에 기초하여 사용자와 관련된 미생물 데이터세트를 결정하는 단계;
    미생물 데이터세트에 기초하여, 맹장-관련 컨디션과 관련된, 사용자 마이크로바이옴 특징을 결정하는 단계; 및
    사용자 마이크로바이옴 특징에 기초하여 맹장-관련 컨디션에 대한 사용자에 대한 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계를 포함하는, 미생물과 관련된 맹장-관련 컨디션을 특성화하는 방법.
  22. 제21항에 있어서, 상기 사용자 마이크로바이옴 특징은 제멜라(Gemella)(속), 베일로넬라 아티피카(Veillonella atypica)(종), 디알리스터 뉴모신테스(Dialister pneumosintes)(종), 락토바실러스 크리스파투스(Lactobacillus crispatus)(종), 필로박테리아시에(Phyllobacteriaceae)(과), 아쿠아박테리움(Aquabacterium)(속), 아네로글로부스(Anaeroglobus)(속), 아네로글로부스 제미나투스(Anaeroglobus geminatus)(종), 오크로박트룸(Ochrobactrum)(속), 모빌룬쿠스 쿠르티시(Mobiluncus curtisii)(종), 액티노마이세스 네우이(Actinomycess neuii)(종), 아네로코쿠스 락토리티쿠스(Anaerococcus lactolyticus)(종), 락토바실러스 존소니(Lactobacillus johnsonii)(종), 베루코미크로비알레스(Verrucomicrobiales)(목), 베루코미크로비아(Verrucomicrobia)(문), 베루코미크로비아에(Verrucomicrobiae)(강), 베루코미크로비아시에(Verrucomicrobiaceae)(과), 디알리스터 숙시나티필루스(Dialister succinatiphilus)(종), 아토포비움(Atopobium sp.) F0209(종), 코리네박테리움 프레이부르젠세(Corynebacterium freiburgense)(종), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) Akhmro1(종), 아네로코쿠스(Anaerococcus sp.) 9401487(종), 메소리조비움(Mesorhizobium)(속), 락토바실러스 레우테리(Lactobacillus reuteri)(종), 메가스패라(Megasphaera sp.) UPII 199-6(종), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) C30An8(종), 펩토코쿠스(Peptococcus sp.) S9 Pr-12(종), 헬코코쿠스 시에틀렌시스(Helcococcus seattlensis)(종), 나이세리아시에(Neisseriaceae)(과), 나이세리아 무코사(Neisseria mucosa)(종), 아그레가치바크타 아프로필루스(Aggregatibacter aphrophilus)(종), 박테로이데스 우니포르미스(Bacteroides uniformis)(종), 박테로이데스 불가투스(Bacteroides vulgatus)(종), 파라박테로이드 디스타소니스(Parabacteroides distasonis)(종), 메가스페라(Megasphaera)(속), 프로테오박테리아(Proteobacteria)(문), 미크로코카시에(Micrococcaceae)(과), 스트렙토코쿠스 써모필러스(Streptococcus thermophilus)(종), 스트렙토코쿠스 파라상귀니스(Streptococcus parasanguinis)(종), 클로스트리디움(Clostridium)(속), 액티노마이세스 오돈톨리티커스(Actinomyces odontolyticus)(종), 액티노마이세탈레스(Actinomycetales)(목), 액티노마이세타시에(Actinomycetaceae)(과), 베타프로테오박테리아(Betaproteobacteria)(강), 제멜라 모르빌로룸(Gemella morbillorum)(종), 로티아(Rothia)(속), 슈도모나달레스(Pseudomonadales)(목), 옥살로박테라시에(Oxalobacteraceae)(과), 버크홀데리알레스(Burkholderiales)(목), 제멜라(Gemella sp.) 933-88(종), 미크로코칼레스(Micrococcales)(목), 박테로이데스 아시디파시엔스(Bacteroides acidifaciens)(종), 모지박테리움(Mogibacterium)(속), 박테로이데스(Bacteroides sp.) AR20(종), 박테로이데스(Bacteroides sp.) AR29(종), 버크홀데리아시에(Burkholderiaceae)(과), 에리시펠로트리카시에(Erysipelotrichaceae)(과), 잔토모나달레스(Xanthomonadales)(목), 슈도모나다시에(Pseudomonadaceae)(과), 액티노마이세스(Actinomyces sp.) 경구 스트레인(oral strain) Hal-1065(종), 로제부리아 인테스티날리스(Roseburia intestinalis)(종), 포르피로모나다시에(Porphyromonadaceae)(과), 셔틀워디아(Shuttleworthia)(속), 클로스트리디아(Clostridia)(강), 클로스트리디알레스(Clostridiales)(목), 펩토스트렙토코카시에(Peptostreptococcaceae)(과), 펩토코카시에((Peptococcaceae)(과), 카르노박테리시에(Carnobacteriaceae)(과), 디알리스터(Dialister sp.) E2_20(종), 나이세리알레스(Neisseriales)(목), 메가스페라 게노모(Megasphaera genomo sp.) C1(종), 모리엘라(Moryella)(속), 시네르기스테스(Synergistetes)(문), 에리시펠로트리키아(Erysipelotrichia)(강), 에리시펠로트리칼레스(Erysipelotrichales)(목), 클로스트리디알레스(Clostridiales) 과 XIII. Incertae Sedis(과), 로제부리아(Roseburia sp.) 11SE39(종), 박테로이데스(Bacteroides sp.) D22(종), 시네르기스티아(Synergistia)(강), 시네스기스탈레스(Synergistales)(목), 시네스기스타시에(Synergistaceae)(과), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) TAB-22(종), 플라보니프락토르(Flavonifractor)(속), 슈테렐라시에(Sutterellaceae)(과), 아네로스티페스(Anaerostipes sp.) 5_1_63FAA(종), 스트렙토코쿠스(Streptococcus sp.) 2011_Oral_MS_A3(종), 베일로넬라(Veillonella sp.) 2011_Oral_VSA_D3(종), 피네골디아(Finegoldia sp.) S9 AA1-5(종), 프레티박테리움(Fretibacterium)(속), 스타필로코쿠스(Staphylococcus sp.) 334802(종), 펩토클로스트리디움(Peptoclostridium)(속), 인테스티니박터(Intestinibacter)(속), 아시네토박터(Acinetobacter)(속), 클렙시엘라(Klebsiella)(속), 박테로이데스 테타이오타오미크론(Bacteroides thetaiotaomicron)(종), 부티리비브리오(Butyrivibrio)(속), 푸스코박테리움 네크로제네스(Fusobacterium necrogenes)(종), 허바스피릴륨(Herbaspirillum)(속), 허바스피릴륨 세로페디세(Herbaspirillum seropedicae)(종), 페디오코쿠스(Pediococcus)(속), 피네골디아 마그나(Finegoldia magna)(종), 블라우티아 한센니(Blautia hansenii)(종), 엔테로코쿠스 페칼리스(Enterococcus faecalis)(종), 락토코쿠스 락티스(Lactococcus lactis)(종), 바실러스(Bacillus)(속), 클로스트리디오이데스 디피실(Clostridioides difficile)(종), 블라우티아 코코이데스(Blautia coccoides)(종), 에리시펠라토클로스트리디움 라모숨(Erysipelatoclostridium ramosum)(종), 웨이셀라 콘푸사(Weissella confusa)(종), 락토바실러스 플란타룸(Lactobacillus plantarum)(종), 락토바실러스 파라카세이(Lactobacillus paracasei)(종), 비피도박테리움 아돌레센티스(Bifidobacterium adolescentis)(종), 비피도박테리움 브레베(Bifidobacterium breve)(종), 비피도박테리움 덴티움(Bifidobacterium dentium)(종), 비피도박테리움 아니말리스(Bifidobacterium animalis)(종), 비피도박테리움 슈도카테눌라툼(Bifidobacterium pseudocatenulatum)(종), 박테로이데스 오바투스(Bacteroides ovatus)(종), 펩토니필러스 라크리말리스(Peptoniphilus lacrimalis)(종), 아네로코쿠스 바지날리스(Anaerococcus vaginalis)(종), 라넬라(Rahnella)(속), 빌로필라 와드스워르티아(Bilophila wadsworthia)(종), 스니치아 생귀네겐(Sneathia sanguinegens)(종), 숙시니클라스티쿰(Succiniclasticum)(속), 스포로박터(Sporobacter)(속), 슈도부티리비브리오 루미니스(Pseudobutyrivibrio ruminis)(종), 웨이셀라(Weissella)(속), 박테로이데스 스테르코리스(Bacteroides stercoris)(종), 락토바실러스 람노수스(Lactobacillus rhamnosus)(종), 판토에아(Pantoea)(속), 홀데마니아(Holdemania)(속), 홀데마니아 필리포르미스(Holdemania filiformis)(종), 테르모아나이로박테랄레스(hermoanaerobacterales)(목), 비피도박테리움 갈리쿰(Bifidobacterium gallicum)(종), 비피도박테리움 풀로룸(Bifidobacterium pullorum)(종), 류코노스토카시에(Leuconostocaceae)(과), 에게르텔라 렌타(Eggerthella lenta)(종), 파필리박터(Papillibacter)(속), 아네로스티페스 카카에(Anaerostipes caccae)(종), 슈도플라보니프랙토 카필로수스(Pseudoflavonifractor capillosus)(종), 아네로보락스(Anaerovorax)(속), 파라스포로박테리움(Parasporobacterium)(속), 파라스포로박테리움 파우시보란스(Parasporobacterium paucivorans)(종), 오실로스피라(Oscillospira)(속), 오실로스피라 길리에르몬디(Oscillospira guilliermondii)(종), 액티노마이세스 투리센시스(Actinomyces turicensis)(종), 아네로시누스(Anaerosinus)(속), 스니치아(Sneathia)(속), 브레비박테리움 파우시보란스(Brevibacterium paucivorans)(종), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) CR-609S(종), 테르모아나이로박테라시에(Thermoanaerobacteraceae)(과), 바실라시에(Bacillaceae)(과), 갤리아(Gelria)(속), 아시도박테리알레스(Acidobacteriales)(목), 박테로이데스 마실리엔시스(Bacteroides massiliensis)(종), 로도시클랄레스(Rhodocyclales)(목), 아네로푸스티스 스테르코리호미니스(Anaerofustis stercorihominis)(종), 알리스티페스 피네골디(Alistipes finegoldii)(종), 오실로스피라시에(Oscillospiraceae)(과), 펩토니필루스(Peptoniphilus sp.) 2002-38328(종), 헤스펠리아(Hespellia)(속), 박테로이데스(Bacteroides sp.) 35AE37(종), 마르빈브리안티아(Marvinbryantia)(속), 아네로스포로박터 모빌리스(Anaerosporobacter mobilis)(종), 아네로푸스티스(Anaerofustis)(속), 카타박터(Catabacter)(속), 플라보니프락토르 플라우티(Flavonifractor plautii)(종), 프로테이니필룸(Proteiniphilum)(속), 로제부리아 페시스(Roseburia faecis)(종), 스트렙토코쿠스(Streptococcus sp.) S16-11(종), 박테로이데스(Bacteroides sp.) 4072(종), 알리스티페스 사히(Alistipes shahii)(종), 박테로이데스 인테스티날리스(Bacteroides intestinalis)(종), 락토니팍토 롱고비포르미스(Lactonifactor longoviformis)(종), 비피도박테리움 츠루미엔스(Bifidobacterium tsurumiense)(종), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei)(종), 박테로이데스 자일라니솔벤스(Bacteroides xylanisolvens)(종), 크로노박터(Cronobacter)(속), 알로스카르도비아(Alloscardovia)(속), 알로스카르도비아 옴니콜렌스(Alloscardovia omnicolens)(종), 락토니팍토(Lactonifactor)(속), 카타박테리아시에(Catabacteriaceae)(과), 아들러크로이치아 에퀴올리파시엔스(Adlercreutzia equolifaciens)(종), 아들러크로이치아(Adlercreutzia)(속), 알리스티페스(Alistipes sp.) EBA6-25cl2 (종), 박테로이데스(Bacteroides sp.) EBA5-17(종), 오실리박터(Oscillibacter)(속), 고르도니박터 파밀라에(Gordonibacter pamelaeae)(종), 알리스티페스(Alistipes sp.) NML05A004(종), 파라수테렐라 엑크레멘티호미니스(Parasutterella excrementihominis)(종), 미추오켈라(Mitsuokella sp.) DJF_RR21(종), 부티리시모나스(Butyricimonas)(속), 비피도박테리움 스테르코리스(Bifidobacterium stercoris)(종), 알리스티페스 인디스틴투스(Alistipes indistinctus)(종), 고르도니박터(Gordonibacter)(속), 아네로스티페스 하드루스(Anaerostipes hadrus)(종), 클렙시엘라(Klebsiella sp.) B12(종), 알리스티페스(Alistipes sp.) RMA 9912(종), 아네로스포로박터(Anaerosporobacter)(속), 박테로이데스 페시스(Bacteroides faecis)(종), 블라운티아(Blautia sp.) Ser5(종), 박테로이데스 친칠라에(Bacteroides chinchillae)(종), 빌로필라(Bilophila sp.) 4_1_30(종), 칼디코프로박테라시에(Caldicoprobacteraceae)(과), 엔테로박터(Enterobacter sp.) UDC345(종), 비피도박테리움 비아바티(Bifidobacterium biavatii)(종), 펩토니필루스(Peptoniphilus sp.) 1-14(종), 알리스티페스(Alistipes sp.) HGB5(종), 박테로이데스(Bacteroides sp.) SLC1-38(종), 클렙시엘라(Klebsiella sp.) SOR89(종), 엔테로코쿠스(Enterococcus sp.) C6I11(종), 슈도플라보니프락토(Pseudoflavonifractor)(속), 박테로이데스(Bacteroides sp.) dnLKV9(종), 메가스페라(Megasphaera sp.) BV3C16-1(종), 페칼리박테리움(Faecalibacterium sp.) 캐닌 오랄 탁손(canine oral taxon) 147(종), 바리바쿨룸(Varibaculum sp.) CCUG 45114(종), 부티리시모나스(Butyricimonas sp.) 214-4(종), 아네로스티페스 람노시보란스(Anaerostipes rhamnosivorans)(종), 네가티비코쿠스(Negativicoccus sp.) S5-A15(종), [콜린셀라(Collinsella)] 마실리엔시스(massiliensis)(종), 코리네박테리움(Corynebacterium sp.) jw37(종), 로제부리아(Roseburia sp.) 499(종), 디알리스터(Dialister sp.) S7MSR5(종), 아네로코쿠스(Anaerococcus sp.) S8 87-3(종), 피네골디아(Finegoldia sp.) S8 F7(종), 무르도키엘라(Murdochiella sp.) S9 PR-10(종), 펩토니필러스(Peptoniphilus sp.) S9 PR-13(종), 박테로이데스(Bacteroides sp.) J1511(종), 코리네박테리움(Corynebacterium sp.) 713182/2012(종), 라넬라(Rahnella sp.) BSP18(종), 인테스티니모나스(Intestinimonas)(속), 로빈소니엘라(Robinsoniella sp.) KNHs210(종), 칸디다투스 솔레아페레아(Candidatus Soleaferrea)(속), 부티리시모나스 페시호미니스(Butyricimonas faecihominis)(종), 세네갈리마실리아(Senegalimassilia)(속), 펩토니필루스(Peptoniphilus sp.) DNF00840(종), 롬보우트시아(Romboutsia)(속), 코프로박터 세쿤두스(Coprobacter secundus)(종), 모락셀라시에(Moraxellaceae)(과), 모락셀라(Moraxella)(속), 에이케넬라(Eikenella)(속), 에이케넬라 코로덴스(Eikenella corrodens)(종), 바고코쿠스(Vagococcus)(속), 필로박테리움(Phyllobacterium)(속), 베일로넬라 디스파(Veillonella dispar)(종), 슈테렐라 와드워르텐시스(Sutterella wadsworthensis)(종), 존소넬라 이그나바(Johnsonella ignava)(종), 렙토트리키아 호프스타디(Leptotrichia hofstadii)(종), 렙토트리키아 샤히(Leptotrichia shahii)(종), 카프노사이토파가(Capnocytophaga sp.) AHN9756(종), 버지엘라(Bergeyella sp.) AF14(종), 올세넬라(Olsenella sp.) F0004(종), 필로박테리움(Phyllobacterium sp.) T50(종), 액티노마이세스(Actinomycess sp.) ICM47(종), 푸소박테리움(Fusobacterium sp.) AS2(종), 렙토트리키아시에(Leptotrichiaceae)(과), 코마모나스(Comamonas)(속), 펩토스트렙토코쿠스(Peptostreptococcus)(속), 액티노마이세스 비스코수스(Actinomycess viscosus)(종), 비피도박테리움(Bifidobacterium)(속), 비피도박테리아시에(Bifidobacteriaceae)(과), 로도스피릴라시에(Rhodospirillaceae)(과), 비피도박테리알레스(Bifidobacteriales)(목), 탈라소스피라(Thalassospira)(속), 비피도박테리움 롱굼(Bifidobacterium longum)(종), 아그레가티박터(Aggregatibacter)(속), 스트렙토코쿠스(Streptococcus sp.) 11aTha1(종), 플라보박테리움(Flavobacterium)(속), 크로노박터 사카자키(Cronobacter sakazakii)(종), 스핑고박테리아(Sphingobacteriia)(강), 브루셀라시에(Brucellaceae)(과), 스핑고박테리알레스(Sphingobacteriales)(목), 아케르만시아(Akkermansia)(속), 펩토니필루스(Peptoniphilus sp.) gpaco18A(종), 시트로박터(Citrobacter sp.) BW4(종), 스타필로코쿠스 아우레우스((Staphylococcus aureus)(종), 브레분디모나스(Brevundimonas)(속), 카울로박테라시에(Caulobacteraceae)(과), 카울로박테랄레스(Caulobacterales)(목), 아네로바실러스 알칼리디아조트로피쿠스(Anaerobacillus alkalidiazotrophicus)(종), 아네로바실러스(Anaerobacillus)(속), 아시네토박터(Acinetobacter sp.) WB22-23(종), 슈도모나스(Pseudomonas)(속), 프레보텔라(Prevotella)(속), 피칼리박테리움 프로스니치(Faecalibacterium prausnitzii)(종), 큐티박테리움 아크네스(Cutibacterium acnes)(종), 베일로넬라시에(Veillonellaceae)(과), 렙토트리키아(Leptotrichia)(속), 파스콜락토박테리움(Phascolarctobacterium)(속), 플라보박테리아시에(Flavobacteriaceae)(과), 델프티아(Delftia)(속), 플라보박테리아(Flavobacteriia)(강), 프레보텔라시에(Prevotellaceae)(과), 라크노스피라시에(Lachnospiraceae)(과), 도레아(Dorea)(속), 플라보박테리알레스(Flavobacteriales)(목), 파라박테로이데스(Parabacteroides)(속), 스트렙토코쿠스(Streptococcus sp.) 오랄 탁손(oral taxon) G63(종), 아시다미노코카시에(Acidaminococcaceae)(과), 베일로넬라(Veillonella sp.) CM60(종), 스타필로코쿠스(Staphylococcus sp.) C9I2(종), 푸지카테니박터 사카리보란스(Fusicatenibacter saccharivorans)(종), 푸지카테니박터(Fusicatenibacter)(속), 파라박테로이데스 메르데(Parabacteroides merdae)(종), 콜린셀라 에어로파시엔스(Collinsella aerofaciens)(종), 프로피오니박테리움(Propionibacterium sp.) KPL1844(종), 메틸로박테리움 롱굼(Methylobacterium longum)(종), 스타필로코쿠스(Staphylococcus sp.) C5I16(종), 엔테로코쿠스 라피노수스(Enterococcus raffinosus)(종), 베일로넬라(Veillonella)(속), 감마프로테오박테리아(Gammaproteobacteria)(강), 엔테로코쿠스(Enterococcus sp.) SI-4(종), 엔테로박테리알레스(Enterobacteriales)(목), 엔테로박테리아시에(Enterobacteriaceae)(과), 오도리박터(Odoribacter)(속), 루미노코카시에(Ruminococcaceae)(과), 데술포비브리오나시에(Desulfovibrionaceae)(과), 파스콜락토박테리움 페시움(Phascolarctobacterium faecium)(종), 데술포비브리오날레스(Desulfovibrionales)(목), 페칼리박테리움(Faecalibacterium)(속), 델타프로테오박테리아(Deltaproteobacteria)(강), 메타노브레비박터(Methanobrevibacter)(속), 오도리박터 스플란크니쿠스(Odoribacter splanchnicus)(종), 서브돌리그라눌룸 바리아빌레(Subdoligranulum variabile)(종), 메타노브레비박터 스미티(Methanobrevibacter smithii)(종), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) 7_1_47FAA(종), 메타노박테리아시에(Methanobacteriaceae)(과), 빌로필라(Bilophila)(속), 메타노박테리알레스(Methanobacteriales)(목), 클로스트리디아시에(Clostridiaceae)(과), 유리아르케오타(Euryarchaeota)(문), 메타노박테리아(Methanobacteria)(강), 클루이베라(Kluyvera)(속), 클루이베라 조르지아나(Kluyvera georgiana)(종), 블라우티아 페시스(Blautia faecis)(종), 콜린셀라(Collinsella)(속), 프레보텔라 티모넨시스(Prevotella timonensis)(종), 아네로스티페스(Anaerostipes)(속), 아네로스티페스(Anaerostipes sp.) 3_2_56FAA(종), 코리오박테리아시에(Coriobacteriaceae)(과), 메가스페라(Megasphaera sp.) DNF00912(종), 락토바실러스 뮤코세(Lactobacillus mucosae)(종), 박테로이데스 프라질리스(Bacteroides fragilis)(종), 스트렙토코쿠스 에퀴누스(Streptococcus equinus)(종), 박테로이데스 플레베이우스(Bacteroides plebeius)(종), 프로피오니박테리움(Propionibacterium sp.) MSP09A(종), 스트렙토코쿠스 파스퇴리아누스(Streptococcus pasteurianus)(종), 아네로비브리오(Anaerovibrio sp.) 765(종), 아케르만시아 뮤시니필라(Akkermansia muciniphila)(종), 베일로넬라 로고세(Veillonella rogosae(종), 블라우티아 글루세라세(Blautia glucerasea)(종), 아시다미노코쿠스 인테스티니(Acidaminococcus intestini)(종), 프로피오니박테리움 그라눌로숨(Propionibacterium granulosum)(종), 푸스코박테리움(Fusobacterium sp.) CM21(종), 페디오코쿠스(Pediococcus sp.) MFC1(종), 투리시박터 상귀니스(Turicibacter sanguinis)(종), 사르시나 벤트리쿨리(Sarcina ventriculi)(종), 스트렙토코쿠스(Streptococcus sp.) BS35a(종), 푸소박테리움 울세란스(Fusobacterium ulcerans)(종), 모르가넬라 모르가니(Morganella morganii)(종), 박테로이데스 에게르티(Bacteroides eggerthii)(종), 박테로이데스 코프로콜라(Bacteroides coprocola)(종), 박테로이데스(Bacteroides sp.) CB57(종), 베일로넬라(Veillonella sp.) MSA12(종), 아사카로스포라 이레귤라리스(Asaccharospora irregularis)(종), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) C4I2(종), 파라박테로이데스(Parabacteroides sp.) 157(종), 에풀로피씨움(Epulopiscium)(속), 스트렙토코쿠스(Streptococcus)(속), 프로피오니박테리움(Propionibacterium)(속), 아네로비브리오(Anaerovibrio)(속), 스타필로코쿠스(Staphylococcus)(속), 투리시박터(Turicibacter)(속), 알로프레보텔라(Alloprevotella)(속), 모르가넬라(Morganella)(속), 아시다미노코쿠스(Acidaminococcus)(속), 숙시니비브리오(Succinivibrio)(속), 아네로필룸(Anaerofilum)(속), 아사카로스포라(Asaccharospora)(속), 피네골디아(Finegoldia)(속), 아네로코쿠스(Anaerococcus)(속), 스트렙토코카시에(Streptococcaceae)(과), 프로피오니박테리아시에(Propionibacteriaceae)(과), 스타필로코카시에(Staphylococcaceae)(과), 스핑고박테리아시에(Sphingobacteriaceae)(과), 숙시니비브리오나시에(Succinivibrionaceae)(과), 더르마박테라시에(Dermabacteraceae)(과), 코리네박테리아시에(Corynebacteriaceae)(과), 셀레노모나달레스(Selenomonadales)(목), 락토바실랄레스(Lactobacillales)(목), 바실랄레스(Bacillales)(목), 플레우로캅살레스(Pleurocapsales)(목), 아에로모나달레스(Aeromonadales)(목), 바실리(Bacilli)(강), 네가티비큐테스(Negativicutes)(강), 시아노박테리아(Cyanobacteria)(문), 박테로이데스 피네골디(Bacteroides finegoldii)(종), 알리스티페스 푸트레디니스(Alistipes putredinis)(종), 액티노박테리아(Actinobacteria)(강) 및 락토바실라시에(Lactobacillaceae)(과) 중 적어도 하나와 관련된 사용자 마이크로바이옴 조성 특징을 포함하며, 여기서 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계는 사용자 마이크로바이옴 조성 특징에 기초하여 맹장-관련 컨디션에 대한 사용자에 대한 맹장-관련 컨디션을 결정하는 단계를 포함하는 방법.
  23. 제22항에 있어서, 여기서 샘플은 내장 부위, 피부 부위, 생식기 부위, 입 부위 및 코 부위 중 적어도 하나를 포함하는 제1 신체 부위와 관련되며,
    여기서 사용자 마이크로바이옴 조성 특징은 부위 특이적 조성 특징을 포함하고, 각각의 부위 특이적 조성 특징은 제1 신체 부위와 관련되고,
    맹장-관련 특성화를 결정하는 단계는 부위 특이적 조성 특징에 기초하여 맹장-관련 컨디션에 대한 사용자에 대한 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계를 포함하고,
    상기 방법은 맹장-관련 특성화에 기초하여, 맹장-관련 컨디션의 개선을 용이하게 하기 위해 사용자에게 제1 부위 특이적 요법을 제공하는 단계를 더 포함하고, 이때 제1 부위 특이적 요법은 제1 신체 부위와 관련된 방법.
  24. 제23항에 있어서, 제1 부위 특이적 요법을 제공한 후 사용자로부터, 내장 부위, 피부 부위, 생식기 부위, 입 부위 및 코 부위 중 적어도 하나를 포함하는 제 2 신체 부위와 관련된, 치료 후 샘플을 수집하는 단계;
    상기 제2 신체 부위와 관련된 부위 특이적 특징에 기초하여 상기 맹장-관련 컨디션에 대한 사용자에 대한 치료 후 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계; 및
    치료 후 맹장-관련 특성화에 기초하여, 맹장-관련 컨디션의 개선을 용이하게 하기 위해 사용자에게, 제2 신체 부위와 관련된, 제2 부위 특이적 요법을 제공하는 단계를 포함하는 방법.
  25. 제21항에 있어서, 상기 사용자 마이크로바이옴 특징을 결정하는 단계는, 미생물 데이터세트에 기초하여, 내장 부위 및 나이세리아시에(Neisseriaceae)(과), 나이세리아 무코사(Neisseria mucosa)(종), 아그레가치바크타 아프로필루스(Aggregatibacter aphrophilus)(종), 박테로이데스 우니포르미스(Bacteroides uniformis)(종), 박테로이데스 불가투스(Bacteroides vulgatus)(종), 파라박테로이드 디스타소니스(Parabacteroides distasonis)(종), 메가스페라(Megasphaera)(속), 프로테오박테리아(Proteobacteria)(문), 미크로코카시에(Micrococcaceae)(과), 스트렙토코쿠스 써모필러스(Streptococcus thermophilus)(종), 스트렙토코쿠스 파라상귀니스(Streptococcus parasanguinis)(종), 제멜라(Gemella)(속), 클로스트리디움(Clostridium)(속), 액티노마이세스 오돈톨리티커스(Actinomyces odontolyticus)(종), 액티노마이세탈레스(Actinomycetales)(목), 액티노마이세타시에(Actinomycetaceae)(과), 베타프로테오박테리아(Betaproteobacteria)(강), 제멜라 모르빌로룸(Gemella morbillorum)(종), 로티아(Rothia)(속), 락토바실러스 크리스파투스(Lactobacillus crispatus)(종), 슈도모나달레스(Pseudomonadales)(목), 옥살로박테라시에(Oxalobacteraceae)(과), 버크홀데리알레스(Burkholderiales)(목), 제멜라(Gemella sp.) 933-88(종), 미크로코칼레스(Micrococcales)(목), 박테로이데스 아시디파시엔스(Bacteroides acidifaciens)(종), 모지박테리움(Mogibacterium)(속), 박테로이데스(Bacteroides sp.) AR20(종), 박테로이데스(Bacteroides sp.) AR29(종), 버크홀데리아시에(Burkholderiaceae)(과), 에리시펠로트리카시에(Erysipelotrichaceae)(과), 잔토모나달레스(Xanthomonadales)(목), 슈도모나다시에(Pseudomonadaceae)(과), 액티노마이세스(Actinomyces sp.) 경구 스트레인(oral strain) Hal-1065(종), 로제부리아 인테스티날리스(Roseburia intestinalis)(종), 포르피로모나다시에(Porphyromonadaceae)(과), 셔틀워디아(Shuttleworthia)(속), 클로스트리디아(Clostridia)(강), 클로스트리디알레스(Clostridiales)(목), 펩토스트렙토코카시에(Peptostreptococcaceae)(과), 펩토코카시에((Peptococcaceae)(과), 카르노박테리시에(Carnobacteriaceae)(과), 디알리스터(Dialister sp.) E2_20(종), 나이세리알레스(Neisseriales)(목), 메가스페라 게노모(Megasphaera genomo sp.) C1(종), 모리엘라(Moryella)(속), 시네르기스테스(Synergistetes)(문), 에리시펠로트리키아(Erysipelotrichia)(강), 에리시펠로트리칼레스(Erysipelotrichales)(목), 클로스트리디알레스(Clostridiales) 과 XIII. Incertae Sedis(과), 로제부리아(Roseburia sp.) 11SE39(종), 박테로이데스(Bacteroides sp.) D22(종), 시네르기스티아(Synergistia)(강), 시네스기스탈레스(Synergistales)(목), 시네스기스타시에(Synergistaceae)(과), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) TAB-22(종), 플라보니프락토르(Flavonifractor)(속), 슈테렐라시에(Sutterellaceae)(과), 아네로스티페스(Anaerostipes sp.) 5_1_63FAA(종), 스트렙토코쿠스(Streptococcus sp.) 2011_Oral_MS_A3(종), 베일로넬라(Veillonella sp.) 2011_Oral_VSA_D3(종), 피네골디아(Finegoldia sp.) S9 AA1-5(종), 프레티박테리움(Fretibacterium)(속), 스타필로코쿠스(Staphylococcus sp.) 334802(종), 펩토클로스트리디움(Peptoclostridium)(속), 인테스티니박터(Intestinibacter)(속), 아시네토박터(Acinetobacter)(속), 클렙시엘라(Klebsiella)(속), 박테로이데스 테타이오타오미크론(Bacteroides thetaiotaomicron)(종), 부티리비브리오(Butyrivibrio)(속), 푸스코박테리움 네크로제네스(Fusobacterium necrogenes)(종), 허바스피릴륨(Herbaspirillum)(속), 허바스피릴륨 세로페디세(Herbaspirillum seropedicae)(종), 페디오코쿠스(Pediococcus)(속), 피네골디아 마그나(Finegoldia magna)(종), 블라우티아 한센니(Blautia hansenii)(종), 엔테로코쿠스 페칼리스(Enterococcus faecalis)(종), 락토코쿠스 락티스(Lactococcus lactis)(종), 바실러스(Bacillus)(속), 클로스트리디오이데스 디피실(Clostridioides difficile)(종), 블라우티아 코코이데스(Blautia coccoides)(종), 에리시펠라토클로스트리디움 라모숨(Erysipelatoclostridium ramosum)(종), 웨이셀라 콘푸사(Weissella confusa)(종), 락토바실러스 플란타룸(Lactobacillus plantarum)(종), 락토바실러스 파라카세이(Lactobacillus paracasei)(종), 비피도박테리움 아돌레센티스(Bifidobacterium adolescentis)(종), 비피도박테리움 브레베(Bifidobacterium breve)(종), 비피도박테리움 덴티움(Bifidobacterium dentium)(종), 비피도박테리움 아니말리스(Bifidobacterium animalis)(종), 비피도박테리움 슈도카테눌라툼(Bifidobacterium pseudocatenulatum)(종), 박테로이데스 오바투스(Bacteroides ovatus)(종), 펩토니필러스 라크리말리스(Peptoniphilus lacrimalis)(종), 아네로코쿠스 바지날리스(Anaerococcus vaginalis)(종), 라넬라(Rahnella)(속), 빌로필라 와드스워르티아(Bilophila wadsworthia)(종), 스니치아 생귀네겐(Sneathia sanguinegens)(종), 숙시니클라스티쿰(Succiniclasticum)(속), 스포로박터(Sporobacter)(속), 슈도부티리비브리오 루미니스(Pseudobutyrivibrio ruminis)(종), 웨이셀라(Weissella)(속), 박테로이데스 스테르코리스(Bacteroides stercoris)(종), 락토바실러스 람노수스(Lactobacillus rhamnosus)(종), 판토에아(Pantoea)(속), 홀데마니아(Holdemania)(속), 홀데마니아 필리포르미스(Holdemania filiformis)(종), 테르모아나이로박테랄레스(hermoanaerobacterales)(목), 비피도박테리움 갈리쿰(Bifidobacterium gallicum)(종), 비피도박테리움 풀로룸(Bifidobacterium pullorum)(종), 류코노스토카시에(Leuconostocaceae)(과), 에게르텔라 렌타(Eggerthella lenta)(종), 파필리박터(Papillibacter)(속), 아네로스티페스 카카에(Anaerostipes caccae)(종), 슈도플라보니프랙토 카필로수스(Pseudoflavonifractor capillosus)(종), 아네로보락스(Anaerovorax)(속), 파라스포로박테리움(Parasporobacterium)(속), 파라스포로박테리움 파우시보란스(Parasporobacterium paucivorans)(종), 오실로스피라(Oscillospira)(속), 오실로스피라 길리에르몬디(Oscillospira guilliermondii)(종), 액티노마이세스 투리센시스(Actinomyces turicensis)(종), 아네로시누스(Anaerosinus)(속), 스니치아(Sneathia)(속), 브레비박테리움 파우시보란스(Brevibacterium paucivorans)(종), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) CR-609S(종), 테르모아나이로박테라시에(Thermoanaerobacteraceae)(과), 바실라시에(Bacillaceae)(과), 갤리아(Gelria)(속), 아시도박테리알레스(Acidobacteriales)(목), 박테로이데스 마실리엔시스(Bacteroides massiliensis)(종), 로도시클랄레스(Rhodocyclales)(목), 아네로푸스티스 스테르코리호미니스(Anaerofustis stercorihominis)(종), 알리스티페스 피네골디(Alistipes finegoldii)(종), 오실로스피라시에(Oscillospiraceae)(과), 펩토니필루스(Peptoniphilus sp.) 2002-38328(종), 헤스펠리아(Hespellia)(속), 박테로이데스(Bacteroides sp.) 35AE37(종), 마르빈브리안티아(Marvinbryantia)(속), 아네로스포로박터 모빌리스(Anaerosporobacter mobilis)(종), 아네로푸스티스(Anaerofustis)(속), 카타박터(Catabacter)(속), 플라보니프락토르 플라우티(Flavonifractor plautii)(종), 프로테이니필룸(Proteiniphilum)(속), 로제부리아 페시스(Roseburia faecis)(종), 스트렙토코쿠스(Streptococcus sp.) S16-11(종), 박테로이데스(Bacteroides sp.) 4072(종), 알리스티페스 사히(Alistipes shahii)(종), 박테로이데스 인테스티날리스(Bacteroides intestinalis)(종), 락토니팍토 롱고비포르미스(Lactonifactor longoviformis)(종), 비피도박테리움 츠루미엔스(Bifidobacterium tsurumiense)(종), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei)(종), 박테로이데스 자일라니솔벤스(Bacteroides xylanisolvens)(종), 크로노박터(Cronobacter)(속), 알로스카르도비아(Alloscardovia)(속), 알로스카르도비아 옴니콜렌스(Alloscardovia omnicolens)(종), 락토니팍토(Lactonifactor)(속), 카타박테리아시에(Catabacteriaceae)(과), 아들러크로이치아 에퀴올리파시엔스(Adlercreutzia equolifaciens)(종), 아들러크로이치아(Adlercreutzia)(속), 알리스티페스(Alistipes sp.) EBA6-25cl2 (종), 박테로이데스(Bacteroides sp.) EBA5-17(종), 오실리박터(Oscillibacter)(속), 고르도니박터 파밀라에(Gordonibacter pamelaeae)(종), 알리스티페스(Alistipes sp.) NML05A004(종), 파라수테렐라 엑크레멘티호미니스(Parasutterella excrementihominis)(종), 미추오켈라(Mitsuokella sp.) DJF_RR21(종), 부티리시모나스(Butyricimonas)(속), 비피도박테리움 스테르코리스(Bifidobacterium stercoris)(종), 알리스티페스 인디스틴투스(Alistipes indistinctus)(종), 고르도니박터(Gordonibacter)(속), 아네로스티페스 하드루스(Anaerostipes hadrus)(종), 클렙시엘라(Klebsiella sp.) B12(종), 알리스티페스(Alistipes sp.) RMA 9912(종), 아네로스포로박터(Anaerosporobacter)(속), 박테로이데스 페시스(Bacteroides faecis)(종), 블라운티아(Blautia sp.) Ser5(종), 박테로이데스 친칠라에(Bacteroides chinchillae)(종), 빌로필라(Bilophila sp.) 4_1_30(종), 칼디코프로박테라시에(Caldicoprobacteraceae)(과), 엔테로박터(Enterobacter sp.) UDC345(종), 비피도박테리움 비아바티(Bifidobacterium biavatii)(종), 펩토니필루스(Peptoniphilus sp.) 1-14(종), 알리스티페스(Alistipes sp.) HGB5(종), 박테로이데스(Bacteroides sp.) SLC1-38(종), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) Akhmro1(종), 클렙시엘라(Klebsiella sp.) SOR89(종), 엔테로코쿠스(Enterococcus sp.) C6I11(종), 슈도플라보니프락토(Pseudoflavonifractor)(속), 박테로이데스(Bacteroides sp.) dnLKV9(종), 메가스페라(Megasphaera sp.) BV3C16-1(종), 페칼리박테리움(Faecalibacterium sp.) 캐닌 오랄 탁손(canine oral taxon) 147(종), 바리바쿨룸(Varibaculum sp.) CCUG 45114(종), 부티리시모나스(Butyricimonas sp.) 214-4(종), 아네로스티페스 람노시보란스(Anaerostipes rhamnosivorans)(종), 네가티비코쿠스(Negativicoccus sp.) S5-A15(종), [콜린셀라(Collinsella)] 마실리엔시스(massiliensis)(종), 코리네박테리움(Corynebacterium sp.) jw37(종), 로제부리아(Roseburia sp.) 499(종), 디알리스터(Dialister sp.) S7MSR5(종), 아네로코쿠스(Anaerococcus sp.) S8 87-3(종), 피네골디아(Finegoldia sp.) S8 F7(종), 무르도키엘라(Murdochiella sp.) S9 PR-10(종), 펩토니필러스(Peptoniphilus sp.) S9 PR-13(종), 박테로이데스(Bacteroides sp.) J1511(종), 코리네박테리움(Corynebacterium sp.) 713182/2012(종), 라넬라(Rahnella sp.) BSP18(종), 인테스티니모나스(Intestinimonas)(속), 로빈소니엘라(Robinsoniella sp.) KNHs210(종), 칸디다투스 솔레아페레아(Candidatus Soleaferrea)(속), 부티리시모나스 페시호미니스(Butyricimonas faecihominis)(종), 세네갈리마실리아(Senegalimassilia)(속), 펩토니필루스(Peptoniphilus sp.) DNF00840(종), 롬보우트시아(Romboutsia)(속), 및 코프로박터 세쿤두스(Coprobacter secundus)(종) 중 적어도 하나와 관련된 부위 특이적 조성 특징을 결정하는 단계를 포함하며, 여기서 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계는 부위-특이적 조성 특징에 기초하여 맹장-관련 컨디션에 대한 사용자에 대한 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계를 포함하는 방법.
  26. 제25항에 있어서, 사용자 마이크로바이옴 특징을 결정하는 단계는, 미생물 데이터세트에 기초하여, 신경 퇴행성 질환, 신호 분자 및 상호 작용, 제노바이오틱스(Xenobiotics) 생분해 및 대사, 아스코르베이트 및 알다레이트(aldarate) 대사, 헌팅턴병, 이노시톨 인산 대사, 프로파노에이트 대사, 전분 및 자당 대사, 카프로락탐 분해, 세포 운동 및 분비, 발린, 류신 및 이소류신 대사, 트립토판 대사, 타입 I 진성 당뇨병, 페닐알라닌 대사, 셀레노화합물 대사, 리신 분해, 폴리시클릭 방향족 탄화수소 분해, 글리칸 생합성 및 대사, 신장 세포 암종, 부타노에이트 대사, 원핵 생물에서의 탄소 고정 경로, 시트레이트 사이클(TCA주기), 리포폴리사카라이드 생합성, RNA 수송, 티아민 대사, 1,1,1-트리클로로-2,2-비스(4-클로로페닐)에탄(DDT) 분해, 전자 이동 캐리어(carriers), 근위축성측색경화증(ALS), 프리온 병, 톨루엔 분해, 알파-리놀렌산 대사, [V] 방어 메커니즘, [O] 번역-후 수정, 단백질 전환(turnover), 및 샤페론, [R] 일반 기능 예측(General function prediction only), [I] 지질 수송 및 대사, [H] 코엔자임 수송 및 대사, 에너지 대사, 신경계, 신호 전달, 세포 프로세스(cellular process) 및 시그널링, 번역, 대사, 세포 성장 및 사멸, 내분비계, 아미노산 대사, 보조 인자 및 비타민 대사, 복제 및 수리, 테르페노이드 및 폴리케타이드의 대사, 감염성 질환, 아미노산 관련 효소, 광합성, 판토텐산 및 CoA 생합성, 광합성 단백질, 글루탐산성 시냅스, 결핵, 2-성분 시스템, 아미노아실-tRNA 생합성, 리보솜, 기타(other) 이온-커플링(coupled) 트랜스포터, 테르페노이드 백본 생합성, 세포 사이클-카울로박터, 기타 트랜스포터, 염기 절제 복구, 펩티도글라이칸 생합성, 비브리오 콜레라(Vibrio cholerae) 병원성 사이클(pathogenic cycle), 리모넨(Limonene) 및 피넨(pinene) 분해, 분비 시스템, 뉴클레오티드 절제 복구, 번역 인자, 알라닌, 아스파테이트 및 글루타메이트 대사, 리보솜 생합성, 기타(KEGG3), 진핵 생물에서 리보솜 생합성, 폴리케타이드 당 단위 생합성, 스트렙토마이신 생합성, 상동성 재조합, 산화적 인산화, 알려지지 않은 기능, 광합성 유기체에서의 탄소 고정, 세포 골격 단백질, DNA 수리 및 재조합 단백질, 무기 이온 수송 및 대사, 아미노산 대사, 제라니올 분해, 단백질 배출(export), 페닐알라닌, 티로신 및 트립토판 생합성, 라이신 생합성, 에틸벤젠 분해, 전사 기계(Transcription machinery), RNA 폴리머라제, 반코마이신 그룹 항생제 생합성, 불일치 복구, 나프탈렌 분해, 피리미딘 대사, D-글루타민 및 D-글루타메이트 대사, 제아틴 생합성, K02004(KEGG4), 및 K03100(KEGG4) 중 적어도 하나와 관련된 사용자 마이크로바이옴 기능적 특징을 결정하는 단계를 포함하며, 여기서 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계는 사용자 마이크로바이옴 기능적 특징 및 부위 특이적 조성 특징에 기초하여 맹장-관련 컨디션에 대한 사용자에 대한 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계를 포함하는 방법.
  27. 제21항에 있어서, 상기 사용자 마이크로바이옴 특징을 결정하는 단계는, 미생물 데이터세트에 기초하여, 피부 부위 및 슈도모나스(Pseudomonas)(속), 네이세리아시에(Neisseriaceae)(과), 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis)(종), 프레보텔라(Prevotella)(속), 피칼리박테리움 프로스니치(Faecalibacterium prausnitzii)(종), 스트렙토코쿠스 파라상귀니스(Streptococcus parasanguinis)(종), 큐티박테리움 아크네스(Cutibacterium acnes)(종), 베일로넬라시에(Veillonellaceae)(과), 렙토트리키아(Leptotrichia)(속), 파스콜락토박테리움(Phascolarctobacterium)(속), 플라보박테리아시에(Flavobacteriaceae)(과), 델프티아(Delftia)(속), 플라보박테리아(Flavobacteriia)(강), 프레보텔라시에(Prevotellaceae)(과), 라크노스피라시에(Lachnospiraceae)(과), 펩토스트렙토코카시에(Peptostreptococcaceae)(과), 도레아(Dorea)(속), 플라보박테리알레스(Flavobacteriales)(목), 네이세리알레스(Neisseriales)(목), 파라박테로이데스(Parabacteroides)(속), 스트렙토코쿠스(Streptococcus sp.) 오랄 탁손(oral taxon) G63(종), 아시다미노코카시에(Acidaminococcaceae)(과), 베일로넬라(Veillonella sp.) CM60(종), 스타필로코쿠스(Staphylococcus sp.) C9I2(종), 렙토트리키아시에(Leptotrichiaceae)(과), 푸지카테니박터 사카리보란스(Fusicatenibacter saccharivorans)(종), 푸지카테니박터(Fusicatenibacter)(속), 스타필로코쿠스(Staphylococcus sp.) 334802(종), 파라박테로이데스 메르데(Parabacteroides merdae)(종), 콜린셀라 에어로파시엔스(Collinsella aerofaciens)(종), 스핑고박테리아(Sphingobacteriia)(강), 스핑고박테리알레스(Sphingobacteriales)(목), 펩토니필루스(Peptoniphilus sp.) 1-14(종), 아네로바실러스(Anaerobacillus)(속), 프로피오니박테리움(Propionibacterium sp.) KPL1844(종), 메틸로박테리움 롱굼(Methylobacterium longum)(종) 및 스타필로코쿠스(Staphylococcus sp.) C5I16(종) 중 적어도 하나와 관련된 부위 특이적 조성 특징을 결정하는 단계를 포함하며, 여기서 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계는 부위-특이적 조성 특징에 기초하여 맹장-관련 컨디션에 대한 사용자에 대한 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계를 포함하는 방법.
  28. 제21항에 있어서, 상기 사용자 마이크로바이옴 특징을 결정하는 단계는, 미생물 데이터세트에 기초하여, 생식기 부위 및 제멜라(Gemella)(속), 베일로넬라 아티피카(Veillonella atypica)(종), 디알리스터 뉴모신테스(Dialister pneumosintes)(종), 락토바실러스 크리스파투스(Lactobacillus crispatus)(종), 필로박테리아시에(Phyllobacteriaceae)(과), 아쿠아박테리움(Aquabacterium)(속), 아네로글로부스(Anaeroglobus)(속), 아네로글로부스 제미나투스(Anaeroglobus geminatus)(종), 오크로박트룸(Ochrobactrum)(속), 모빌룬쿠스 쿠르티시(Mobiluncus curtisii)(종), 액티노마이세스 네우이(Actinomycess neuii)(종), 아네로코쿠스 락토리티쿠스(Anaerococcus lactolyticus)(종), 락토바실러스 존소니(Lactobacillus johnsonii)(종), 베루코미크로비알레스(Verrucomicrobiales)(목), 베루코미크로비아(Verrucomicrobia)(문), 베루코미크로비아에(Verrucomicrobiae)(강), 베루코미크로비아시에(Verrucomicrobiaceae)(과), 디알리스터 숙시나티필루스(Dialister succinatiphilus)(종), 아토포비움(Atopobium sp.) F0209(종), 코리네박테리움 프레이부르젠세(Corynebacterium freiburgense)(종), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) Akhmro1(종), 아네로코쿠스(Anaerococcus sp.) 9401487(종), 메소리조비움(Mesorhizobium)(속), 락토바실러스 레우테리(Lactobacillus reuteri)(종), 메가스패라(Megasphaera sp.) UPII 199-6(종), 락토바실러스(Lactobacillus sp.) C30An8(종), 펩토코쿠스(Peptococcus sp.) S9 Pr-12(종) 및 헬코코쿠스 시에틀렌시스(Helcococcus seattlensis)(종) 중 적어도 하나와 관련된 부위 특이적 조성 특징을 결정하는 단계를 포함하며, 여기서 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계는 부위-특이적 조성 특징에 기초하여 맹장-관련 컨디션에 대한 사용자에 대한 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계를 포함하는 방법.
  29. 제21항에 있어서, 상기 사용자 마이크로바이옴 특징을 결정하는 단계는, 미생물 데이터세트에 기초하여, 입 부위 및 모락셀라시에(Moraxellaceae)(과), 모락셀라(Moraxella)(속), 에이케넬라(Eikenella)(속), 에이케넬라 코로덴스(Eikenella corrodens)(종), 바고코쿠스(Vagococcus)(속), 필로박테리움(Phyllobacterium)(속), 베일로넬라 디스파(Veillonella dispar)(종), 슈테렐라 와드워르텐시스(Sutterella wadsworthensis)(종), 존소넬라 이그나바(Johnsonella ignava)(종), 박테로이데스 아시디파시엔스(Bacteroides acidifaciens)(종), 렙토트리키아 호프스타디(Leptotrichia hofstadii)(종), 렙토트리키아 샤히(Leptotrichia shahii)(종), 카프노사이토파가(Capnocytophaga sp.) AHN9756(종), 버지엘라(Bergeyella sp.) AF14(종), 올세넬라(Olsenella sp.) F0004(종), 박테로이데스(Bacteroides sp.) D22(종), 필로박테리움(Phyllobacterium sp.) T50(종), 액티노마이세스(Actinomycess sp.) ICM47(종), 푸소박테리움(Fusobacterium sp.) AS2(종) 및 렙토트리키아시에(Leptotrichiaceae)(과) 중 적어도 하나와 관련된 부위 특이적 조성 특징을 결정하는 단계를 포함하며, 여기서 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계는 부위-특이적 조성 특징에 기초하여 맹장-관련 컨디션에 대한 사용자에 대한 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계를 포함하는 방법.
  30. 제21항에 있어서, 상기 사용자 마이크로바이옴 특징을 결정하는 단계는, 미생물 데이터세트에 기초하여, 코 부위 및 코마모나스(Comamonas)(속), 펩토스트렙토코쿠스(Peptostreptococcus)(속), 액티노마이세스 비스코수스(Actinomycess viscosus)(종), 액티노마이세스 오돈톨리티쿠스(Actinomycess odontolyticus)(종), 비피도박테리움(Bifidobacterium)(속), 비피도박테리아시에(Bifidobacteriaceae)(과), 로도스피릴라시에(Rhodospirillaceae)(과), 비피도박테리알레스(Bifidobacteriales)(목), 로세부리아 인테스티날리스(Roseburia intestinalis)(종), 탈라소스피라(Thalassospira)(속), 비피도박테리움 롱굼(Bifidobacterium longum)(종), 아그레가티박터(Aggregatibacter)(속), 스트렙토코쿠스(Streptococcus sp.) 11aTha1(종), 수테렐라시에(Sutterellaceae)(과), 플라보박테리움(Flavobacterium)(속), 오크로박트룸(Ochrobactrum)(속), 크로노박터 사카자키(Cronobacter sakazakii)(종), 아네로코쿠스 바지날리스(Anaerococcus vaginalis)(종), 스핑고박테리아(Sphingobacteriia)(강), 브루셀라시에(Brucellaceae)(과), 스핑고박테리알레스(Sphingobacteriales)(목), 아케르만시아(Akkermansia)(속), 펩토니필루스(Peptoniphilus sp.) gpaco18A(종), 시트로박터(Citrobacter sp.) BW4(종), 크로노박터(Cronobacter)(속), 코리네박테리움(Corynebacterium sp.) jw37(종), 스타필로코쿠스 아우레우스((Staphylococcus aureus)(종), 브레분디모나스(Brevundimonas)(속), 카울로박테라시에(Caulobacteraceae)(과), 카울로박테랄레스(Caulobacterales)(목), 아네로바실러스 알칼리디아조트로피쿠스(Anaerobacillus alkalidiazotrophicus)(종), 아네로바실러스(Anaerobacillus)(속) 및 아시네토박터(Acinetobacter sp.) WB22-23(종) 중 적어도 하나와 관련된 부위 특이적 조성 특징을 결정하는 단계를 포함하며, 여기서 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계는 부위-특이적 조성 특징에 기초하여 맹장-관련 컨디션에 대한 사용자에 대한 맹장-관련 특성화를 결정하는 단계를 포함하는 방법.
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