JP2020528285A - 微生物に関連する虫垂関連コンディションの特性評価のための方法及びシステム - Google Patents
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Abstract
Description
[0015]実施形態の以下の説明は、実施形態を限定することを意図したものではなく、むしろ、当技術分野におけるあらゆる当業者が実施及び使用できるようにするためのものである。
[0016]図1A〜1Bに示されているように、1つ又は複数の虫垂関連コンディションを特性評価する方法100の実施形態は、ユーザーのセットに関連する微生物データセット(例えば、微生物配列データセット、マイクロバイオーム組成多様性データセット、例えば微生物配列データセットに基づくもの、マイクロバイオーム機能多様性データセット、例えば微生物配列データセットの基づくもの、など)を決定するステップ(例えば、対象のセットからのサンプルに基づく微生物データセットを決定するステップ)S110;及び/又は前記微生物データセットに基づいて(例えば、前記微生物データセットに由来する且つ1つ又は複数の虫垂関連コンディションに関連する、マイクロバイオーム組成特徴及び/又はマイクロバイオーム機能的特徴など、に基づいて)前記1つ又は複数の虫垂関連コンディションに関連する特性評価プロセス(例えば、前処理、特徴判定、特徴処理、虫垂関連特性評価モデル処理など)を実行するステップS130を含み、前記特性評価プロセスを実行するステップは、1つ若しくは複数の虫垂関連コンディションについての虫垂関連特性評価プロセスを実行することS135、及び/又は1つ若しくは複数の治療を決定すること(例えば、1つ若しくは複数の虫垂関連コンディションを予防すること、改善すること、そのようなコンディションのリスクを低下させること、及び/又はそのようなコンディションを別様に向上させること)S140を、加えて又は代替的に含むことができる。
[0030]マイクロバイオーム分析は、微生物によって引き起こされる、微生物と相関関係がある、及び/又は微生物に別様に関連する虫垂関連コンディションについての正確な及び/又は効率的な特性評価及び/又は治療提供を(例えば、方法100の実施形態の一部分などに従って)可能にすることができる。この技術の特定の実施例は、虫垂関連コンディションの特性評価及び/又は治療的介入の助長の際に従来のアプローチが直面する幾つかの課題を克服することができる。第1に、従来のアプローチでは、患者が、虫垂関連コンディションについて(例えば、診断医療手順によって)特性評価及び/又は治療推奨を受けるために1又は複数のケアプロバイダーを訪問する必要がある場合があり、この必要は、診断及び/若しくは処置までの時間に、医療の質の非一貫性に、並びに/又はケアプロバイダー訪問の他の態様に関連する、効率の悪さ及び/又は健康リスクを意味する。第2に、ヒトゲノムシークエンシングのための従来の遺伝子シークエンシング及び分析技術は、マイクロバイオームに適用されたとき(例えば、ヒトマイクロバイオームが、ヒト細胞の10倍を超える微生物細胞を含みうる場合;実行可能な分析手法、及び分析手法を利用する手段が、異なりうる場合;最適なサンプル処理手法、例えば、増幅バイアスを低減させるための最適なサンプル処理手法が、異なりうる場合;異なる虫垂関連特性評価アプローチが利用されうる場合;コンディションのタイプ及び相関関係のタイプが異なりうる場合;関連コンディションの原因、及び/又は関連コンディションに利用可能な治療が、異なりうる場合;配列参照データベースが異なりうる場合;マイクロバイオームが、ユーザーの身体部位によって、例えば収集部位によって、変わりうる場合、など)、適合しないこと及び/又は非効率的であることがある。第3に、シークエンシング技術(例えば、次世代シークエンシング、関連技術など)の開始は、遺伝物質のシークエンシングに関連する速度及びデータ生成の前例のない進歩を除けば、存在しなかった技術的問題(例えば、生成される大量の配列データについてのデータ処理及び分析の問題;マルチプレックス方式で多数の生体サンプルを処理することに伴う問題;情報表示問題;治療予測問題;治療提供問題、など)を生じさせた。方法100及び/又はシステム200の特定の実施例は、少なくとも上記の課題に対する技術に根ざした解決策をもたらすことができる。
[0038]図2に示すように、システム200の実施形態(例えば、虫垂関連コンディションを特性評価するためのもの)は、次のうちのいずれか1つ又は複数を含むことができる:微生物データセット(例えば、微生物遺伝子配列、微生物配列データセットなど)の判定を助長するための、1若しくは複数のユーザー(例えば、ヒト対象、患者、動物対象、環境エコシステム、ケアプロバイダーなど)からの生体サンプル(例えば、ユーザーにより収集され、前処理試薬が入っている容器に入れられたもの、など)を収集及び/又は処理するように操作可能な取扱いシステム(例えば、サンプル取扱いシステムなど)210;マイクロバイオーム特徴(例えば、マイクロバイオーム組成特徴;マイクロバイオーム機能的特徴;多様性特徴;関連存在量範囲;例えば、微生物データセット及び/又は他の適切なデータに基づくもの、など)を判定し、虫垂関連特性評価(例えば、虫垂関連コンディション特性評価、治療関連特性評価、ユーザーについての特性評価、など)を決定するように操作可能な虫垂関連特性評価システム220;及び/又は1つ若しくは複数の虫垂関連コンディションのための治療的介入(例えば、1つ若しくは複数の虫垂関連コンディションに基づく治療的介入;1つ若しくは複数の虫垂関連コンディションを向上させるための治療的介入、など)を助長する(例えば、治療を促進する、など)ように操作可能な治療助長システム230。
[0050]方法100の実施形態は、ユーザーのセットに関連する微生物データセット(例えば、微生物配列データセット;マイクロバイオーム組成多様性データセット、例えば、微生物配列データセットに基づくもの;マイクロバイオーム機能的多様性データセット、例えば、微生物配列データセットに基づくもの、など)を判定するステップを含むことができる、ブロックS110を含むことができる。ブロックS110は、サンプル(例えば、生体サンプル;非生体サンプル:人口統計学的特性及び/又は他の適切な特性を共有する対象の集団、対象の部分集団、対象の部分群に関連するサンプルの集計セット;ユーザーサンプルなど)を処理して、対応するマイクロバイオームに関する組成的、機能的、薬理ゲノミクス及び/又は他の適する態様を、例えば1つ又は複数の虫垂関連コンディションに関して、判定するように機能することができる。組成的及び/又は機能的態様は、界、門、綱、目、科、属、種、亜種、株及び/又は任意の他の適切な亜種以下分類群の異なる群にわたっての微生物の分布に関する(例えば、各群の全存在量、各群の相対存在量、表示される群の総数などで測定されるような)パラメータを含む、微生物レベル(及び/又は他の適切な粒度)での態様のうちの1つ又は複数を含むことができる。組成的及び/又は機能的態様を操作的分類単位(OTU)によって表すこともできる。組成的及び/又は機能的態様は、遺伝子レベル(例えば、多座位配列タイピングにより決定される領域、16S配列、18S配列、ITS配列、他の遺伝子マーカー、他の系統発生学的マーカーなど)での組成的態様を、加えて又は代替的に含むことができる。組成的及び機能的態様は、特定の機能(例えば、酵素活性、輸送体機能、免疫活性など)に関連する遺伝子の存在又は非存在又は量を含むことができる。したがって、ブロックS110のアウトプットを使用して、ブロックS130及び/又は方法100の実施形態の他の適切な部分の特性評価プロセスについてのマイクロバイオーム特徴の判定(例えば、マイクロバイオーム特徴の同定に使用可能な微生物配列データセットの生成)を助長することができ、(例えば、この場合、ブロックS110は、マイクロバイオーム組成データセット、マイクロバイオーム機能のデータセット、及び/又はマイクロバイオーム特徴を抽出することができる他の適切な微生物データセットなどのアウトプットをもたらすことができ)、前記特徴は、微生物に基づくこともあり(例えば、細菌属の存在)、遺伝子に基づく(例えば、特定の遺伝子領域及び/又は配列の表示に基づく)こともあり、機能に基づくこともあり(例えば、特定の触媒活性の存在)、及び/又は任意の他の適切なマイクロバイオーム特徴であることもある。
[0064]方法100の実施形態は、1つ若しくは複数の虫垂関連コンディション、1若しくは複数のユーザー、及び/又は他の適切なエンティティに関連する(例えば、の情報をもたらす;を記述する;を示す;と相関関係がある、など)補足データ(例えば、1つ又は複数の補足データセットなど)を、処理すること(例えば、受け取ること、収集すること、変換すること、補足的特徴を判定すること、補足的特徴をランク付けすること、相関関係を同定すること)を含むことができるブロックS120を、加えて又は代替的に含むことができる。ブロックS120は、微生物データセット、マイクロバイオーム特徴を(例えば、虫垂関連特性評価を決定すること及び/又は治療的介入を助長することとの関連で)補足するためのデータを処理するように機能することができ、並びに/又は方法100及び/若しくはシステム200の任意の適切な部分を補足するように機能すること(例えば、1つ又は複数の特性評価プロセス、例えばブロックS130におけるそのような特性評価プロセス、を助長するための;例えば、虫垂関連特性評価モデルのトレーニング、検証、生成、決定、適用及び/又は別様の処理を助長すること、などのための、補足データを処理すること)ができる。ある実施例では、補足データは、調査から得られるデータ、ユーザーデータ、部位特異的データ及びデバイスデータ(及び/又は他の適切な補足データ)のうちの少なくとも1つを含むことができ、この場合、方法100のある実施例は、調査から得られるデータ、ユーザーデータ、部位特異的データ及びデバイスデータ(及び/又は他の適切な補足データ)のうちの少なくとも1つに基づく補足的特徴のセットを判定するステップ;及び前記補足的特徴、マイクロバイオーム特徴及び/又は他の適切なデータに基づいて1つ又は複数の虫垂関連特性評価モデルを生成するステップを含むことができる。
[0070]方法100の実施形態は、1つ又は複数の虫垂関連コンディションに関連する特性評価プロセス(例えば、前処理;特徴生成;特徴処理;部位特異的特性評価、例えば、1つ又は複数の特定の身体部位に特異的な、例えば、前記身体部位に対応する収集部位で収集されたサンプルについての、特性評価、例えば、多数の身体部位についての多部位特性評価;多数の虫垂関連コンディションについての相互コンディション分析;モデル生成、など)を、例えば、微生物データセット(例えば、ブロックS110から得られるもの、など)及び/又は他の適切なデータ(例えば、補足データセット、など)に基づいて、実行するステップS130を含むことができる、ブロックS130を含むことができる。ブロックS130は、ユーザー又はユーザーのセットについての虫垂関連特性評価を、彼らのマイクロバイオーム組成(例えば、マイクロバイオーム組成多様性特徴、など)、機能(例えば、マイクロバイオーム機能的多様性特徴)及び/又は他の適切なマイクロバイオーム特徴に基づいて(例えば、虫垂関連特性評価の決定などのための特性評価モデルの生成及び適用などによって)決定するために使用することができる、特徴及び/又は特徴の組合せを、同定、判定、抽出及び/又は別様に処理するように機能することができる。しかるが故に、特性評価プロセスは、対象の健康状態(例えば、虫垂関連コンディション状態)、行動形質、医学的コンディション、人口統計学的特性及び/又は任意の他の適切な形質のうちの1つ又は複数に関する、対象のマイクロバイオーム組成及び/又は機能的特徴に基づいて、対象を(例えば、行動形質に関して、医学的コンディションに関して、人口統計学的特性、などに関して)特性評価することができる診断ツールとして使用できる。そのような特性評価を使用して、治療(例えば、個別化治療、例えば、治療モデルによって決定される個別化治療、など)を決定、推奨及び/若しくは提供することができ、並びに/又は治療的介入を別様に助長することができる。
[0087]特性評価プロセスを実行するステップS130は、虫垂関連特性評価、例えば、1若しくは複数のユーザーについて(例えば、1つ若しくは複数の虫垂関連特性評価モデルを生成するために、対象のセット、例えば、1若しくは複数の対象が、虫垂関連コンディションに関連付けられる、例えば、1つ若しくは複数の虫垂関連コンディションを有すると診断された対象である、対象のセット、からのサンプルに対応するデータについて;ユーザーについての虫垂関連特性評価を、例えば、1つ若しくは複数の虫垂関連特性評価モデルを使用することによって、例えば、1つ若しくは複数の虫垂関連特性評価モデルを、ユーザーからのサンプルのシークエンシングから導出されたユーザーマイクロバイオーム配列データセットに適用すること、などによって、生成するために、単一ユーザーについて)の及び/又は1つ若しくは複数の虫垂関連コンディションについての、虫垂関連特性評価を実行すること(例えば、1つ又は複数の虫垂関連コンディションについての特性評価を決定すること;1つ又は複数の虫垂関連特性評価モデルを決定及び/又は適用すること;など)S135を、含むことができる。
リシペロトクロストリジウム・ラモーサム(Erysipelatoclostridium ramosum)(種)(例えば、腸部位)、ワイセラ・コンフューザ(Weissella confusa)(種)(例えば、腸部位)、ラクトバチルス・プランタルム(Lactobacillus plantarum)(種)(例えば、腸部位)、ラクトバチルス・パラカセイ(Lactobacillus paracasei)(種)(例えば、腸部位)、ビフィドバクテリウム・アドレセンティス(Bifidobacterium adolescentis)(種)(例えば、腸部位)、ビフィドバクテリウム・ブレベ(Bifidobacterium breve)(種)(例えば、腸部位)、ビフィドバクテリウム・デンティウム(Bifidobacterium dentium)(種)(例えば、腸部位)、ビフィドバクテリウム・アニマリス(Bifidobacterium animalis)(種)(例えば、腸部位)、ビフィドバクテリウム・シュードカテヌラータム(Bifidobacterium pseudocatenulatum)(種)(例えば、腸部位)、バクテロイデス・オバツス(Bacteroides ovatus)(種)(例えば、腸部位)、ペプトニフィラス・ラクリマリス(Peptoniphilus lacrimalis)(種)(例えば、腸部位)、アナエロコツカス・バギナリス(Anaerococcus vaginalis)(種)(例えば、腸部位)、ラーネラ属(Rahnella)(属)(例えば、腸部位)、ビロフィラ・ワーズワーシア(Bilophila wadsworthia)(種)(例えば、腸部位)、スネアチア・サングイネゲンス(Sneathia sanguinegens)(種)(例えば、腸部位)、サクシニクラスティカム属(Succiniclasticum)(属)(例えば、腸部位)、スポロバクター属(Sporobacter)(属)(例えば、腸部位)、シュードブチリビブリオ・ルミニス(Pseudobutyrivibrio ruminis)(種)(例えば、腸部位)、ワイセラ属(Weissella)(属)(例えば、腸部位)、バクテロイデス・スターコリス(Bacteroides stercoris)(種)(例えば、腸部位)、ラクトバチルス・ラムノサス(Lactobacillus rhamnosus)(種)(例えば、腸部位)、パントエア属(Pantoea)(属)(例えば、腸部位)、ホールディマニア属(Holdemania)(属)(例えば、腸部位)、ホールディマニア・フィリフォルミス(Holdemania filiformis)(種)(例えば、腸部位)、サーモアナエロバクター目(Thermoanaerobacterales)(目)(例えば、腸部位)、ビフィドバクテリウム・ガリクム(Bifidobacterium gallicum)(種)(例えば、腸部位)、ビフィドバクテリウム・プロラム(Bifidobacterium pullorum)(種)(例えば、腸部位)、ロイコノストック科(Leuconostocaceae)(科)(例えば、腸部位)、エガセラ・レンタ(Eggerthella lenta)(種)(例えば、腸部位)、パピリバクター属(Papillibacter)(属)(例えば、腸部位)、アナエロスティペス・カカエ(Anaerostipes caccae)(種)(例えば、腸部位)、シュードフラボニフラクター・カピロサス(Pseudoflavonifractor capillosus)(種)(例えば、腸部位)、アナエロボラックス属(Anaerovorax)(属)(例えば、腸部位)、パラスポロバクテリウム属(Parasporobacterium)(属)(例えば、腸部位)、パラスポロバクテリウム・パウシボランス(Parasporobacterium paucivorans)(種)(例えば、腸部位)、オシロスピラ属(Oscillospira)(属)(例えば、腸部位)、オシロスピラ・グイリエルモンディイ(Oscillospira guilliermondii)(種)(例えば、腸部位)、アクチノマイセス・ツリセンシス(Actinomyces turicensis)(種)(例えば、腸部位)、アナエロシヌス属(Anaerosinus)(属)(例えば、腸部位)、スネアチア属(Sneathia)(属)(例えば、腸部位)、ブレビバクテリウム・パウシボランス(Brevibacterium paucivorans)(種)(例えば、腸部位)、ラクトバチルス属種CR−609S(種)(例えば、腸部位)、サーモアナエロバクター科(Thermoanaerobacteraceae)(科)(例えば、腸部位)、バシラス科(Bacillaceae)(科)(例えば、腸部位)、ゲルリア属(Gelria)(属)(例えば、腸部位)、アキドバクテリウム目(Acidobacteriales)(目)(例えば、腸部位)、バクテロイデス・マシリエンシス(Bacteroides massiliensis)(種)(例えば、腸部位)、ロドシクルス目(Rhodocyclales)(目)(例えば、腸部位)、アナエロフスティス・ステルコリホミニス(Anaerofustis stercorihominis)(種)(例えば、腸部位)、アリスティペス・ファインゴールディイ(Alistipes finegoldii)(種)(例えば、腸部位)、オシロスピラ科(Oscillospiraceae)(科)(例えば、腸部位)、ペプトニフィラス属種(Peptoniphilus sp.)2002−38328(種)(例えば、腸部位)、ヘスペリア属(Hespellia)(属)(例えば、腸部位)、バクテロイデス属種35AE37(種)(例えば、腸部位)、マルビンブリアンチア属(Marvinbryantia(属)(例えば、腸部位)、アナエロスポロバクター・モビリス(Anaerosporobacter mobilis)(種)(例えば、腸部位)、アナエロフスティス属(Anaerofustis)(属)(例えば、腸部位)、カタバクター属(Catabacter)(属)(例えば、腸部位)、フラボニフラクター・プラウティ(Flavonifractor plautii)(種)(例えば、腸部位)、プロテイニフィルム属(Proteiniphilum)(属)(例えば、腸部位)、ロセブリア・ファエシス(Roseburia faecis)(種)(例えば、腸部位)、ストレプトコッカス属種S16−11(種)(例えば、腸部位)、バクテロイデス属種4072(種)(例えば、腸部位)、アリスティペス・シャーイイ(Alistipes shahii)(種)(例えば、腸部位)、バクテロイデス・インテスティナリス(Bacteroides intestinalis)(種)(例えば、腸部位)、ラクトニファクター・ロンゴビフォルミス(Lactonifactor longoviformis)(種)(例えば、腸部位)、ビフィドバクテリウム・ツルミエンセ(Bifidobacterium tsurumiense)(種)(例えば、腸部位)、バクテロイデス・ドレイ(Bacteroides dorei)(種)(例えば、腸部位)、バクテロイデス・キシラニソルベンス(Bacteroides xylanisolvens)(種)(例えば、腸部位)、クロノバクター属(Cronobacter)(属)(例えば、腸部位)、アロスカルドビア属(Alloscardovia)(属)(例えば、腸部位)、アロスカルドビア・オムニコレンス(Alloscardovia omnicolens)(種)(例えば、腸部位)、ラクトニファクター属(Lactonifactor)(属)(例えば、腸部位)、カタバクター科(Catabacteriaceae)(科)(例えば、腸部位)、アドレクロウチア・エクオリファシエンス(Adlercreutzia equolifaciens)(種)(例えば、腸部位)、アドレクロウチア属(Adlercreutzia)(属)(例えば、腸部位)、アリスティペス属種(Alistipes sp.)EBA6−25cl2(種)(例えば、腸部位)、バクテロイデス属種EBA5−17(種)(例えば、腸部位)、オシリバクター属(Oscillibacter)(属)(例えば、腸部位)、ゴルドニバクター・パメラエアエ(Gordonibacter pamelaeae)(種)(例えば、腸部位)、アリスティペス属種NML05A004(種)(例えば、腸部位)、パラサテレラ・エクスクレメンティホミニス(Parasutterella excrementihominis)(種)(例えば、腸部位)、ミツオケラ属種(Mitsuokella sp.)DJF_RR21(種)(例えば、腸部位)、ブチリシモナス属(Butyricimonas)(属)(例えば、腸部位)、ビフィドバクテリウム・ステルコリス(Bifidobacterium stercoris)(種)(例えば、腸部位)、アリスティペス・インディスティンクタス(Alistipes indistinctus)(種)(例えば、腸部位)、ゴルドニバクター属(Gordonibacter)(属)(例えば、腸部位)、アナエロスティペス・ハドラス(Anaerostipes hadrus)(種)(例えば、腸部位)、クレブシエラ属種B12(種)(例えば、腸部位)、アリスティペス属種RMA 9912(種)(例えば、腸部位)、アナエロスポロバクター属(Anaerosporobacter)(属)(例えば、腸部位)、バクテロイデス・ファエシス(Bacteroides faecis)(種)(例えば、腸部位)、ブラウティア属種Ser5(種)(例えば、腸部位)、バクテロイデス・チンチラエ(Bacteroides chinchillae)(種)(例えば、腸部位)、ビロフィラ属種(Bilophila sp.)4_1_30(種)(例えば、腸部位)、カルディコプロバクター科(Caldicoprobacteraceae)(科)(例えば、腸部位)、エンテロバクター属種(Enterobacter sp.)UDC345(種)(例えば、腸部位)、ビフィドバクテリウム・ビアバティイ(Bifidobacterium biavatii)(種)(例えば、腸部位)、ペプトニフィラス属種1−14(種)(例えば、腸部位)、アリスティペス属種HGB5(種)(例えば、腸部位)、バクテロイデス属種SLC1−38(種)(例えば、腸部位)、ラクトバチルス属種Akhmro1(種)(例えば、腸部位)、クレブシエラ属種SOR89(種)(例えば、腸部位)、エンテロコッカス属種(Enterococcus sp.)C6I11(種)(例えば、腸部位)、シュードフラボニフラクター属(Pseudoflavonifractor)(属)(例えば、腸部位)、バクテロイデス属種dnLKV9(種)(例えば、腸部位)、メガスファエラ属種BV3C16−1(種)(例えば、腸部位)、フィーカリバクテリウム属種(Faecalibacterium sp.)イヌ経口分類群147(種)(例えば、腸部位)、バリバキュラム属種(Varibaculum sp.)CCUG 45114(種)(例えば、腸部位)、ブチリシモナス属種(Butyricimonas sp.)214−4(種)(例えば、腸部位)、アナエロスティペス・ラムノシボランス(Anaerostipes rhamnosivorans)(種)(例えば、腸部位)、ネガティビコッカス属種(Negativicoccus sp.)S5−A15(種)(例えば、腸部位)、[コリンセラ属(Collinsella)] マシリエンシス(massiliensis)(種)(例えば、腸部位)、コリネバクテリウム属種(Corynebacterium sp.)jw37(種)(例えば、腸部位)、ロセブリア属種499(種)(例えば、腸部位)、ディアリスター属種S7MSR5(種)(例えば、腸部位)、アナ
エロコッカス属種S8 87−3(種)(例えば、腸部位)、フィネゴルディア属種S8 F7(種)(例えば、腸部位)、ムルドキエラ属種(Murdochiella sp.)S9 PR−10(種)(例えば、腸部位)、ペプトニフィラス属種S9 PR−13(種)(例えば、腸部位)、バクテロイデス属種J1511(種)(例えば、腸部位)、コリネバクテリウム属種713182/2012(種)(例えば、腸部位)、ラーネラ属種(Rahnella sp.)BSP18(種)(例えば、腸部位)、インテスティニモナス属(Intestinimonas)(属)(例えば、腸部位)、ロビンソニエラ属種(Robinsoniella sp.)KNHs210(種)(例えば、腸部位)、カンジダタス・ソレアフェレア(Candidatus Soleaferrea)(属)(例えば、腸部位)、ブチリシモナス・フェシホミニス(Butyricimonas faecihominis)(種)(例えば、腸部位)、セネガリマッシリア属(Senegalimassilia)(属)(例えば、腸部位)、ペプトニフィラス属種 DNF00840(種)(例えば、腸部位)、ロンバウツシア属(Romboutsia)(属)(例えば、腸部位)、コプロバクター・セカンドゥス(Coprobacter secundus)(種)(例えば、腸部位)、モラクセラ科(Moraxellaceae)(科)(例えば、口部位)、モラクセラ属(Moraxella)(属)(例えば、口部位)、エイケネラ属(Eikenella)(属)(例えば、口部位)、エイケネラ・コローデンス(Eikenella corrodens)(種)(例えば、口部位)、バゴコッカス属(Vagococcus)(属)(例えば、口部位)、フィロバクテリウム属(Phyllobacterium)(属)(例えば、口部位)、ベイロネラ・ディスパー(Veillonella dispar)(種)(例えば、口部位)、サテレラ・ワズワースエンシス(Sutterella wadsworthensis)(種)(例えば、口部位)、ジョンソネラ・イグナバ(Johnsonella ignava)(種)(例えば、口部位)、バクテロイデス・アシディファシェンス(種)(例えば、口部位)、レプトトリキア・ホフスタディイ(Leptotrichia hofstadii)(種)(例えば、口部位)、レプトトリキア・シャーイイ(Leptotrichia shahii)(種)(例えば、口部位)、カプノサイトファーガ属種(Capnocytophaga sp.)AHN9756(種)(例えば、口部位)、バージイエラ属種(Bergeyella sp.)AF14(種)(例えば、口部位)、オルセネラ属種(Olsenella sp.)F0004(種)(例えば、口部位)、バクテロイデス属種D22(種)(例えば、口部位)、フィロバクテリウム属種T50(種)(例えば、口部位)、アクチノマイセス属種ICM47(種)(例えば、口部位)、フソバクテリウム属種(Fusobacterium sp.)AS2(種)(例えば、口部位)、レプトトリキア科(Leptotrichiaceae)(科)(例えば、口部位)、コマモナス属(Comamonas)(属)(例えば、鼻部位)、ペプトストレプトコッカス属(Peptostreptococcus)(属)(例えば、鼻部位)、アクチノマイセス・ビスコサス(Actinomyces viscosus)(種)(例えば、鼻部位)、アクチノマイセス・オドントリティカス(種)(例えば、鼻部位)、ビフィドバクテリウム属(Bifidobacterium)(属)(例えば、鼻部位)、ビフィドバクテリウム科(Bifidobacteriaceae)(科)(例えば、鼻部位)、ロドスピリルム科(Rhodospirillaceae)(科)(例えば、鼻部位)、ビフィドバクテリウム目(Bifidobacteriales)(目)(例えば、鼻部位)、ロゼブリア・インテスティナーリス(種)(例えば、鼻部位)、タラソスピラ属(Thalassospira)(属)(例えば、鼻部位)、ビフィドバクテリウム・ロンガム(Bifidobacterium longum)(種)(例えば、鼻部位)、アグリゲイティバクター属(Aggregatibacter)(属)(例えば、鼻部位)、ストレプトコッカス属種11aTha1(種)(例えば、鼻部位)、サテレラ科(科)(例えば、鼻部位)、フラボバクテリウム属(Flavobacterium)(属)(例えば、鼻部位)、オクトバクテリウム属(属)(例えば、鼻部位)、クロノバクター・サカザキ(Cronobacter sakazakii)(種)(例えば、鼻部位)、アナエロコツカス・バギナリス(種)(例えば、鼻部位)、スフィンゴバクテリア綱(Sphingobacteriia)(綱)(例えば、鼻部位)、ブルセラ科(Brucellaceae)(科)(例えば、鼻部位)、スフィンゴバクテリア目(Sphingobacteriales)(目)(例えば、鼻部位)、アッカーマンシア属(Akkermansia)(属)(例えば、鼻部位)、ペプトニフィラス属種gpac018A(種)(例えば、鼻部位)、シトロバクター属種(Citrobacter sp.)BW4(種)(例えば、鼻部位)、クロノバクター属(属)(例えば、鼻部位)、コリネバクテリウム属種 jw37(種)(例えば、鼻部位)、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)(種)(例えば、鼻部位)、ブレブンディモナス属(Brevundimonas)(属)(例えば、鼻部位)、カウロバクター科(Caulobacteraceae)(科)(例えば、鼻部位)、カウロバクター目(Caulobacterales)(目)(例えば、鼻部位)、アナエロバチルス・アルカリジアゾトロフィカス(Anaerobacillus alkalidiazotrophicus)(種)(例えば、鼻部位)、アナエロバチルス属(Anaerobacillus)(属)(例えば、鼻部位)、アシネトバクター属種(Acinetobacter sp.)WB22−23(種)(例えば、鼻部位)、シュードモナス属(Pseudomonas)(属)(例えば、皮膚部位)、ナイセリア科(科)(例えば、皮膚部位)、パラバクテロイデス・ディスタソニス(種)(例えば、皮膚部位)、プレボテラ属(Prevotella)(属)(例えば、皮膚部位)、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ(Faecalibacterium prausnitzii)(種)(例えば、皮膚部位)、ストレプトコッカス・パラサングイニス(種)(例えば、皮膚部位)、アクネ菌(Cutibacterium acnes)(種)(例えば、皮膚部位)、ベイロネラ科(Veillonellaceae)(科)(例えば、皮膚部位)、レプトトリキア属(Leptotrichia)(属)(例えば、皮膚部位)、ファスコラルクトバクテリウム属(Phascolarctobacterium)(属)(例えば、皮膚部位)、フラボバクテリウム科(Flavobacteriaceae)(科)(例えば、皮膚部位)、デルフチア属(Delftia)(属)(例えば、皮膚部位)、フラボバクテリウム綱(Flavobacteriia)(綱)(例えば、皮膚部位)、プレボテラ科(Prevotellaceae)(科)(例えば、皮膚部位)、ラクノスピラ科(Lachnospiraceae)(科)(例えば、皮膚部位)、ペプトストレプトコッカス科(科)(例えば、皮膚部位)、ドレア属(Dorea)(属)(例えば、皮膚部位)、フラボバクテリウム目(Flavobacteriales)(目)(例えば、皮膚部位)、ナイセリア目(目)(例えば、皮膚部位)、パラバクテロイデス属(属)(例えば、皮膚部位)、ストレプトコッカス属種経口分類群G63(種)(例えば、皮膚部位)、アシダミノコッカス科(科)(例えば、皮膚部位)、ベイロネラ属種CM60(種)(例えば、皮膚部位)、ブドウ球菌属種(Staphylococcus sp.)C9I2(種)(例えば、皮膚部位)、レプトトリキア科(科)(例えば、皮膚部位)、フシカテニバクター・サッカリボランス(Fusicatenibacter saccharivorans)(種)(例えば、皮膚部位)、フシカテニバクター属(Fusicatenibacter)(属)(例えば、皮膚部位)、ブドウ球菌属種3348O2(種)(例えば、皮膚部位)、パラバクテロイデス・メルダエ(Parabacteroides merdae)(種)(例えば、皮膚部位)、コリンセラ・アエロファシエンス(Collinsella aerofaciens)(種)(例えば、皮膚部位)、スフィンゴバクテリア綱(綱)(例えば、皮膚部位)、スフィンゴバクテリア目(目)(例えば、皮膚部位)、ペプトニフィラス属種1−14(種)(例えば、皮膚部位)、アナエロバチルス属(属)(例えば、皮膚部位)、プロピオニバクテリウム属種(Propionibacterium sp.)KPL1844(種)(例えば、皮膚部位)、メチロバクテリウム・ロンガム(Methylobacterium longum)(種)(例えば、皮膚部位)、ブドウ球菌属種C5I16(種)(例えば、皮膚部位)、及び/又は他の適切な分類群(例えば、任意の適切な身体部位に関連するもの、など)。
[00101]特性評価プロセスを実行するステップS130(例えば、虫垂関連治療を実行するステップ)は、1つ又は複数の治療(例えば、マイクロバイオーム組成、機能、多様性及び/又は他の適切な態様を、例えば、虫垂関連コンディションに関連する1つ又は複数の態様を向上させるために、例えば、1つ又は複数の特性評価プロセスに基づいて特性評価されるユーザーにおいて、調節するように構成された治療;など)を決定することを含むことができる、ブロックS140を含むことができる。ブロックS140は、治療を同定する、選択する、ランク付けする、優先順位をつける、予測する、抑止する及び/又は別様に決定する(例えば、治療決定を助長する)ように機能することができる。例えば、ブロックS140は、プロバイオティクスに基づく治療、バクテリオファージに基づく治療、小分子に基づく治療、及び/又は他の適切な治療、例えば、対象のマイクロバイオーム組成、機能、密度及び/又は他の特性(例えば、任意の適切な部位におけるマイクロバイオーム、など)を、1つ若しくは複数の虫垂関連コンディションの状態修正するために、及び/又は他の適切な目的のために、ユーザーの健康の促進で所望の状態(例えば、平衡状態など)の方にシフトさせることができる治療、のうちの1つ又は複数を決定することを含むことができる。
[00115]方法100の実施形態は、ユーザーからの1つ又は複数の生体試料(例えば、ユーザーの異なる収集部位からの生体試料、など)を処理することを含むことができる、ブロックS150を加えて又は代替的に含むことができる。ブロックS150は、ユーザーのための、例えば特性評価プロセス用のインプットを得るのに使用するための、微生物データセットの生成を(例えば、ユーザーの虫垂関連特性評価の生成のために、例えば、1つ又は複数の虫垂関連特性評価モデルを適用することなどによって)助長するように機能することができる。しかるが故に、ブロックS150は、1又は複数のユーザーからの1つ又は複数の生体サンプル(例えば、同じユーザーについての経時的な複数の生体サンプル、異なるユーザーについて異なる生体サンプル、など)を受け取ること、処理すること及び/又は分析することを含むことができる。ブロックS150では、生体サンプルをユーザー及び/又はユーザーの環境から非侵襲的手段で生成することが好ましい。変形形態では、サンプルを受け取る非侵襲的手段は、次のうちのいずれか1つ又は複数を使用することができる:ユーザーの身体の領域からサンプルを受け取るように構成された、透過性基材(例えば、ユーザーの身体の領域を拭き取るように構成されたスワブ、トイレットペーパー、スポンジなど)、非透過性基材(例えば、スライド、テープなど)及び容器(例えば、バイアル、チューブ、バッグなど)、並びに任意の他の適切なサンプル受け取り要素。特定の実施例では、生体サンプルを、非侵襲的手段で(例えば、スワブ及びバイアルを使用して)ユーザーの鼻、皮膚、生殖器、口及び腸のうちの少なくとも1つ又は複数から(例えば、便サンプルなどによって)収集することができる。しかし、生体サンプルを、加えて又は代替的に、半侵襲的方法又は侵襲的方法で受け取ることができる。変形形態では、サンプルを受け取る侵襲的手段は、次のうちの少なくとも1つ又は複数を使用することができる。針、注射器、生検要素、ランス、及び半侵襲的又は侵襲的手段でサンプルを収集するための任意の他の適切な器具。特定の実施例では、サンプルは、血液サンプル、血漿/血清サンプル(例えば、無細胞DNAの抽出を可能にするために)、及び組織サンプルを含むことができる。
[00118]方法100の実施形態は、1つ又は複数の特性評価プロセス(例えば、ブロックS130に関して記載した1つ又は複数の特性評価プロセス、など)を用いて、ユーザーについての虫垂関連特性評価を、例えば、ユーザーの生体サンプルから得られる1つ又は複数の微生物データセットの処理(例えば、ユーザー微生物配列データセット、マイクロバイオーム組成データセット、マイクロバイオーム機能的多様性データセット;1つ又は複数の虫垂関連特性評価を決定するために使用することができるユーザーマイクロバイオーム特徴を抽出する(例えば、特徴値を抽出する、など)ための前記微生物データセットの処理;など)に基づいて、決定することを含むことができる、ブロックS160を、加えて又は代替的に含むことができる。ブロックS160は、ユーザーについての1つ又は複数の虫垂関連コンディションを、例えば、前記ユーザーのマイクロバイオームから得られるデータから特徴を抽出することによって、及び上記ブロックS130に関して説明した特性評価プロセスの実施形態、変形形態又は実施例へのインプットとして前記特徴を使用して(例えば、前記ユーザーマイクロバイオーム特徴をマイクロバイオーム関連コンディション特性評価モデルなどへのインプットとして使用して)、特性評価するように機能することができる。ある実施例では、ブロックS160は、ユーザーマイクロバイオーム特徴及び虫垂関連コンディションモデル(例えば、ブロックS130において生成されたもの)に基づいて、ユーザーについての虫垂関連特性評価を生成することを含むことができる。虫垂関連特性評価は、虫垂関連コンディション(例えば、虫垂関連コンディションの組合せ、単一の虫垂関連コンディション、及び/又は他の適切な虫垂関連コンディション;など)、ユーザー、収集部位及び/又は他の適切なエンティティの、任意の数及び/又は組合せについてのものでありうる。虫垂関連特性評価は、次のうちの1つ又は複数を含むことができる:診断(例えば、虫垂関連コンディションの存在又は非存在;など);リスク(例えば、虫垂関連コンディションの発生及び/又は存在についてのリスクスコア);虫垂関連特性評価に関する情報(例えば、症状、徴候、誘発因子、関連コンディションなど);比較(例えば、他の部分群、集団、ユーザー、ユーザーの過去の健康状態、例えば過去のマイクロバイオーム組成及び/又は機能的多様性、との比較;虫垂関連コンディションに関連する比較;など);治療決定;特性評価プロセスに関連する他の適切なアウトプット;及び/又は任意の他の適切なデータ。
[00124]図9に示すように、方法100の実施形態は、1又は複数のユーザーについての1つ又は複数の虫垂関連コンディションのための治療的介入を(例えば、虫垂関連特性評価及び/又は治療モデルに基づいて)助長すること(例えば、治療を促進すること、治療を提供すること、治療の提供を助長すること、など)を含むことができるブロックS170を、加えて又は代替的に、含むことができる。ブロックS170は、ユーザーに対する1つ又は複数の治療に関する治療的介入、例えば、ユーザーのマイクロバイオーム組成及び/又は機能的多様性を1つ又は複数の虫垂関連コンディションに関して所望の状態(及び/又は虫垂関連コンディションの状態などを別様に向上させる)の方にシフトさせるための治療的介入を、推奨、促進、提供及び/又は別様に助長するように機能することができる。ブロックS170は、ユーザーへの、彼らのマイクロバイオーム組成及び機能的特徴に従ってカスタマイズされた治療の、提供を含むことができ、前記カスタマイズされた治療は、特性評価が同定されたユーザーのディスバイオシス特性を補正するように構成された微生物の製剤を含むことができる。しかるが故に、ブロックS140のアウトプットを使用して、トレーニングされた治療モデルに基づいてユーザーに向けての治療製剤及びレジメン(例えば、投薬量、使用説明書)のカスタマイズを直接促進することができる。加えて又は代替的に、治療提供は、マイクロバイオーム組成及び/又は機能的特徴を所望の状態の方にシフトさせるように構成された利用可能な治療方針の推奨を含むことができる。変形形態では、治療は、次のうちのいずれか1つ又は複数を含むことができる:摂取可能なもの、局所療法(例えば、ローション、軟膏、消毒薬など)、薬物療法(例えば、任意の適する薬物療法タイプ及び/又は投薬量に関連する薬物療法、など)、バクテリオファージ、環境的処置、行動修正(例えば、食事修正療法、ストレス解消療法、身体活動関連療法、など)、診断手順、他の医療関連手順、及び/又は虫垂関連コンディションに関連する任意の他の適切な治療。摂取可能なものは、次のうちのいずれか1つ又は複数を含むことができる:食品及び/若しくは飲料品(例えば、プロバイオティクス及び/若しくはプレバイオティックス食品及び/若しくは飲料品、など)、栄養補給食品(例えば、ビタミン、ミネラル、繊維、脂肪酸、アミノ酸、プレバイオティクス、プロバイオティクス、など)、摂取可能な薬物並びに/又は任意の他の適切な治療手段。ある実施例では、1つ若しくは複数の治療の提供、及び/又は治療的介入の別様の助長は、1つ又は複数の治療についての推奨を、1又は複数のユーザーの、該1又は複数のユーザーに関連付けられた1つ又は複数のコンピュータデバイスに(例えば、前記コンピュータデバイスに提示される、ウェブアプリケーションなどのユーザーインターフェース、などに)提供することを含むことができる。
[00129]図7に示すように、方法は、1つ若しくは複数の治療の有効性のモニタリング及び/又は他の適切な構成要素(例えば、マイクロバイオーム特徴など)のモニタリングであって、ユーザーについての(例えば、ユーザーの一連の生体サンプルを処理することに基づく)経時的なモニタリングを含むことができるブロックS180を、加えて又は代替的に含むことができる。ブロックS180は、1つ若しくは複数の治療の(例えば、所与の特性評価のユーザーについての治療モデルなどによって示唆される)プラス効果、マイナス効果及び/若しくは有効性の欠如に関する並びに/又はマイクロバイオーム特性評価のモニタリングに関する追加のデータを(例えば、一連の時点でユーザーについてのマイクロバイオーム組成及び/又は機能的特徴を評価するなどのために)集めるように機能することができる。
[0001]本願は、この参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、2017年7月18日に出願した米国特許仮出願第62/533,816号の利益を主張するものである。
Claims (30)
- 微生物に関連する虫垂関連コンディションを特性評価する方法であって、
対象のセットに関連する微生物配列データセットを、前記対象のセットに関連するサンプルからの微生物核酸に基づいて決定するステップであり、前記サンプルが、前記虫垂関連コンディションに関連する少なくとも1つのサンプルを含む、ステップ;
前記対象のセットについて、前記虫垂関連コンディションに関連する補足データを収集するステップ;
前記微生物配列データセットに基づいて、マイクロバイオーム組成特徴のセット及びマイクロバイオーム機能的特徴のセットの少なくとも一方を含むマイクロバイオーム特徴のセットを判定するステップ;
前記補足データ及び前記マイクロバイオーム特徴のセットに基づいて、虫垂関連特性評価モデルを生成するステップであり、前記虫垂関連特性評価モデルが、前記虫垂関連コンディションに関連する、ステップ;
前記虫垂関連特性評価モデルに基づいて前記虫垂関連コンディションについてのユーザーの虫垂関連特性評価を決定するステップ;及び
前記虫垂関連特性評価に基づいて前記虫垂関連コンディションの向上を助長するための治療をユーザーに提供するステップ
を含む方法。 - 前記サンプルが、腸部位に関連する第1の部位特異的サンプルを含み、前記マイクロバイオーム特徴のセットを判定するステップが、腸部位と、ナイセリア科(科)、ナイセリア・ムコサ(種)、アグリゲイティバクター・アフロフィルス(種)、バクテロイデス・ユニフォルミス(種)、バクテロイデス・ブルガータス(種)、パラバクテロイデス・ディスタソニス(種)、メガスファエラ属(属)、プロテオバクテリア門(門)、ミクロコッカス科(科)、ストレプトコッカス・サーモフィルス(種)、ストレプトコッカス・パラサングイニス(種)、ゲメラ属(属)、クロストリジウム属(属)、アクチノマイセス・オドントリティカス(種)、アクチノマイセス目(目)、アクチノマイセス科(科)、ベータプロテオバクテリア綱(綱)、ゲメラ・モルビロルム(種)、ロチア属(属)、ラクトバチルス・クリスパタス(種)、シュードモナス目(目)、オキサロバクター科(科)、バークホルデリア目(目)、ゲメラ属種933−88(種)、ミクロコッカス目(目)、バクテロイデス・アシディファシェンス(種)、モギバクテリウム属(属)、バクテロイデス属種AR20(種)、バクテロイデス属種AR29(種)、バークホリデリア科(科)、エリュシペロトリクス科(科)、キサントモナス目(目)、シュードモナス科(科)、アクチノマイセス属種経口株Hal−1065(種)、ロゼブリア・インテスティナーリス(種)、ポルフィロモナス科(科)、シャトレワーシア属(属)、クロストリジウム綱(綱)、クロストリジウム目(目)、ペプトストレプトコッカス科(科)、ペプトコッカス科(科)、カルノバクテリウム科(科)、ディアリスター属種E2_20(種)、ナイセリア目(目)、メガスファエラ属ゲノム種C1(種)、モリエラ属(属)、シネルギステス門(門)、エリュシペロトリクス綱(綱)、エリュシペロトリクス目(目)、クロストリジウム目第XIII科所属不明(科)、ロセブリア属種11SE39(種)、Bacteroides sp. D22(種)、シネルギステス綱(綱)、シネルギステス目(目)、シネルギステス科(科)、ラクトバチルス属種TAB−22(種)、フラボニフラクター属(属)、サテレラ科(科)、アナエロスティペス属種5_1_63FAA(種)、ストレプトコッカス属種2011_経口_MS_A3(種)、ベイロネラ属種2011_経口_VSA_D3(種)、フィネゴルディア属種S9 AA1−5(種)、フレチバクテリウム属(属)、ブドウ球菌属種3348O2(種)、ペプトクロストリジウム属(属)、インテスチニバクター(属)、アシネトバクター属(属)、クレブシエラ属(属)、バクテロイデス・テタイオタオミクロン(種)、ブチリビブリオ属(属)、フソバクテリウム・ネクロゲネス(種)、ヘルバスピリルム属(属)、ハーバスピリラム・セロペディカエ(種)、ペディオコッカス属(属)、フィネゴルディア・マグナ(種)、ブラウティア・ハンセニイ(種)、エンテロコッカス・フェカリス(種)、ラクトコッカス・ラクチス(種)、バシラス属(属)、クロストリジウム・ディフィシル(種)、ブラウティア・ココイデス(種)、エリシペロトクロストリジウム・ラモーサム(種)、ワイセラ・コンフューザ(種)、ラクトバチルス・プランタルム(種)、ラクトバチルス・パラカセイ(種)、ビフィドバクテリウム・アドレセンティス(種)、ビフィドバクテリウム・ブレベ(種)、ビフィドバクテリウム・デンティウム(種)、ビフィドバクテリウム・アニマリス(種)、ビフィドバクテリウム・シュードカテヌラータム(種)、バクテロイデス・オバツス(種)、ペプトニフィラス・ラクリマリス(種)、アナエロコツカス・バギナリス(種)、ラーネラ属(属)、ビロフィラ・ワーズワーシア(種)、スネアチア・サングイネゲンス(種)、サクシニクラスティカム属(属)、スポロバクター属(属)、シュードブチリビブリオ・ルミニス(種)、ワイセラ属(属)、バクテロイデス・スターコリス(種)、ラクトバチルス・ラムノサス(種)、パントエア属(属)、ホールディマニア属(属)、ホールディマニア・フィリフォルミス(種)、サーモアナエロバクター目(目)、ビフィドバクテリウム・ガリクム(種)、ビフィドバクテリウム・プロラム(種)、ロイコノストック科(科)、エガセラ・レンタ(種)、パピリバクター属(属)、アナエロスティペス・カカエ(種)、シュードフラボニフラクター・カピロサス(種)、アナエロボラックス属(属)、パラスポロバクテリウム属(属)、パラスポロバクテリウム・パウシボランス(種)、オシロスピラ属(属)、オシロスピラ・グイリエルモンディイ(種)、アクチノマイセス・ツリセンシス(種)、アナエロシヌス属(属)、スネアチア属(属)、ブレビバクテリウム・パウシボランス(種)、ラクトバチルス属種CR−609S(種)、サーモアナエロバクター科(科)、バシラス科(科)、ゲルリア属(属)、アキドバクテリウム目(目)、バクテロイデス・マシリエンシス(種)、ロドシクルス目(目)、アナエロフスティス・ステルコリホミニス(種)、アリスティペス・ファインゴールディイ(種)、オシロスピラ科(科)、ペプトニフィラス属種2002−38328(種)、ヘスペリア属(属)、バクテロイデス属種35AE37(種)、マルビンブリアンチア属(属)、アナエロスポロバクター・モビリス(種)、アナエロフスティス属(属)、カタバクター属(属)、フラボニフラクター・プラウティ(種)、プロテイニフィルム属(属)、ロセブリア・ファエシス(種)、ストレプトコッカス属種S16−11(種)、バクテロイデス属種4072(種)、アリスティペス・シャーイイ(種)、バクテロイデス・インテスティナリス(種)、ラクトニファクター・ロンゴビフォルミス(種)、ビフィドバクテリウム・ツルミエンセ(種)、バクテロイデス・ドレイ(種)、バクテロイデス・キシラニソルベンス(種)、クロノバクター属(属)、アロスカルドビア属(属)、アロスカルドビア・オムニコレンス(種)、ラクトニファクター属(属)、カタバクター科(科)、アドレクロウチア・エクオリファシエンス(種)、アドレクロウチア属(属)、アリスティペス属種EBA6−25cl2(種)、バクテロイデス属種EBA5−17(種)、オシリバクター属(属)、ゴルドニバクター・パメラエアエ(種)、アリスティペス属種NML05A004(種)、パラサテレラ・エクスクレメンティホミニス(種)、ミツオケラ属種DJF_RR21(種)、ブチリシモナス属(属)、ビフィドバクテリウム・ステルコリス(種)、アリスティペス・インディスティンクタス(種)、ゴルドニバクター属(属)、アナエロスティペス・ハドラス(種)、クレブシエラ属種B12(種)、アリスティペス属種RMA 9912(種)、アナエロスポロバクター属(属)、バクテロイデス・ファエシス(種)、ブラウティア属種Ser5(種)、バクテロイデス・チンチラエ(種)、ビロフィラ属種4_1_30(種)、カルディコプロバクター科(科)、エンテロバクター属種UDC345(種)、ビフィドバクテリウム・ビアバティイ(種)、ペプトニフィラス属種1−14(種)、アリスティペス属種HGB5(種)、バクテロイデス属種SLC1−38(種)、ラクトバチルス属種Akhmro1(種)、クレブシエラ属種SOR89(種)、エンテロコッカス属種C6I11(種)、シュードフラボニフラクター属(属)、バクテロイデス属種dnLKV9(種)、メガスファエラ属種BV3C16−1(種)、フィーカリバクテリウム属フィーカリバクテリウム属種イヌ経口分類群147(種)、バリバキュラム属種CCUG 45114(種)、ブチリシモナス属種214−4(種)、アナエロスティペス・ラムノシボランス(種)、ネガティビコッカス属種S5−A15(種)、[コリンセラ属]マシリエンシス(種)、コリネバクテリウム属種jw37(種)、ロセブリア属種499(種)、ディアリスター属種S7MSR5(種)、アナエロコッカス属種S8 87−3(種)、フィネゴルディア属種S8 F7(種)、ムルドキエラ属種S9 PR−10(種)、ペプトニフィラス属種S9 PR−13(種)、バクテロイデス属種J1511(種)、コリネバクテリウム属種713182/2012(種)、ラーネラ属種BSP18(種)、インテスティニモナス属(属)、ロビンソニエラ属種KNHs210(種)、カンジダタス・ソレアフェレア(属)、ブチリシモナス・フェシホミニス(種)、セネガリマッシリア(属)、ペプトニフィラス属種DNF00840(種)、ロンバウツシア(属)、及びコプロバクター・セカンドゥス(種)のうちの少なくとも1つとに関連する第1の部位特異的組成特徴を含む、マイクロバイオーム組成特徴のセットを、前記微生物配列データセットに基づいて判定することを含み、前記虫垂関連特性評価モデルを生成するステップが、前記補足データ及び前記第1の部位特異的組成特徴に基づいて、第1の部位特異的虫垂関連特性評価モデルを生成することを含み、前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記第1の部位特異的虫垂関連特性評価モデルに基づいて前記虫垂関連コンディションについてのユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記マイクロバイオーム特徴のセットを判定するステップが、腸部位と、神経変性疾患、シグナル伝達分子及び相互作用、生体異物の生体内分解及び代謝、アスコルビン酸及びアルダン酸代謝、ハンチントン病、イノシトールリン酸代謝、プロパン酸代謝、デンプン及びショ糖代謝、カプロラクタム分解、細胞運動性及び分泌、バリン、ロイシン及びイソロイシン分解、トリプトファン代謝、I型糖尿病、フェニルアラニン代謝、セレン化合物代謝、リシン分解、多環式芳香族炭化水素分解、グリカン生合成及び代謝、腎細胞癌、ブタン酸代謝、原核生物における炭素固定経路、クエン酸回路(TCA回路)、リポ多糖生合成、RNA輸送、チアミン代謝、1,1,1−トリクロロ−2,2−ビス(4−クロロフェニル)エタン(DDT)分解、電子移動担体、筋萎縮性側索硬化症(ALS)、プリオン病、トルエン分解、及びアルファリノレイン酸代謝のうちの少なくとも1つとに関連する部位特異的機能的特徴を含む、マイクロバイオーム機能的特徴のセットを、前記微生物配列データセットに基づいて判定することを含み、前記虫垂関連特性評価モデルを生成するステップが、前記補足データ、前記第1の部位特異的組成特徴及び前記部位特異的機能的特徴に基づいて、前記第1の部位特異的虫垂関連特性評価モデルを生成することを含む、請求項2に記載の方法。
- 皮膚部位、生殖器部位、口部位及び鼻部位のうちの少なくとも1つに関連する第2の部位特異的サンプルを収集するステップ;
前記皮膚部位、前記生殖器部位、前記口部位及び前記鼻部位のうちの少なくとも1つに関連する第2の部位特異的組成特徴を判定するステップであり、前記第2の部位特異的組成特徴が、ゲメラ属(属)、ベイロネラ・アティピカ(種)、ディアリスター・ニューモシンテス(種)、ラクトバチルス・クリスパタス(種)、フィロバクテリウム科(科)、アクアバクテリウム属(属)、アナエログロブス属(属)、アナエログロブス・ゲミナツス(種)、オクトバクテリウム属(属)、モビルンカス・クルティシイ(種)、アクチノマイセス・ノウイイ(種)、アナエロコッカス・ラクトリティカス(種)、ラクトバチルス・ジョンソニイ(種)、ウェルコミクロビウム目(目)、ウェルコミクロビウム門(門)、ウェルコミクロビウム網(綱)、ウェルコミクロビウム科(科)、ディアリスター・サクシナティフィラス(種)、アトポビウム属種F0209(種)、コリネバクテリウム・フレイブルゲンセ(種)、ラクトバチルス属種Akhmro1(種)、アナエロコッカス属種9401487(種)、メソリゾビウム属(属)、ラクトバチルス・ロイテリ(種)、メガスファエラ属種UPII 199−6(種)、ラクトバチルス属種C30An8(種)、ペプトコッカス属種S9 Pr−12(種)、ヘルココッカス・シアトレンシス(種)、モラクセラ科(科)、モラクセラ属(属)、エイケネラ属(属)、エイケネラ・コローデンス(種)、バゴコッカス属(属)、フィロバクテリウム属(属)、ベイロネラ・ディスパー(種)、サテレラ・ワズワースエンシス(種)、ジョンソネラ・イグナバ(種)、バクテロイデス・アシディファシェンス(種)、レプトトリキア・ホフスタディイ(種)、レプトトリキア・シャーイイ(種)、カプノサイトファーガ属種AHN9756(種)、バージイエラ属種AF14(種)、オルセネラ属種F0004(種)、バクテロイデス属種D22(種)、フィロバクテリウム属種T50(種)、アクチノマイセス属種ICM47(種)、フソバクテリウム属種AS2(種)、レプトトリキア科(科)、コマモナス属(属)、ペプトストレプトコッカス属(属)、アクチノマイセス・ビスコサス(種)、アクチノマイセス・オドントリティカス(種)、ビフィドバクテリウム属(属)、ビフィドバクテリウム科(科)、ロドスピリルム科(科)、ビフィドバクテリウム目(目)、ロゼブリア・インテスティナーリス(種)、タラソスピラ属(属)、ビフィドバクテリウム・ロンガム(種)、アグリゲイティバクター属(属)、ストレプトコッカス属種11aTha1(種)、サテレラ科(科)、フラボバクテリウム属(属)、クロノバクター・サカザキ(種)、アナエロコツカス・バギナリス(種)、スフィンゴバクテリア綱(綱)、ブルセラ科(科)、スフィンゴバクテリア目(目)、アッカーマンシア属(属)、ペプトニフィラス属種gpac018A(種)、シトロバクター属種BW4(種)、クロノバクター属(属)、コリネバクテリウム属種jw37(種)、黄色ブドウ球菌(種)、ブレブンディモナス属(属)、カウロバクター科(科)、カウロバクター目(目)、アナエロバチルス・アルカリジアゾトロフィカス(種)、アナエロバチルス属(属)、アシネトバクター属種WB22−23(種)、シュードモナス属(属)、ナイセリア科(科)、パラバクテロイデス・ディスタソニス(種)、プレボテラ属(属)、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ(種)、ストレプトコッカス・パラサングイニス(種)、アクネ菌(種)、ベイロネラ科(科)、レプトトリキア属(属)、ファスコラルクトバクテリウム属(属)、フラボバクテリウム科(科)、デルフチア属(属)、フラボバクテリウム綱(綱)、プレボテラ科(科)、ラクノスピラ科(科)、ペプトストレプトコッカス科(科)、ドレア属(属)、フラボバクテリウム目(目)、ナイセリア目(目)、パラバクテロイデス属(属)、ストレプトコッカス属種経口分類群G63(種)、アシダミノコッカス科(科)、ベイロネラ属種CM60(種)、ブドウ球菌属種C9I2(種)、フシカテニバクター・サッカリボランス(種)、フシカテニバクター属(属)、ブドウ球菌属種3348O2(種)、パラバクテロイデス・メルダエ(種)、コリンセラ・アエロファシエンス(種)、ペプトニフィラス属種1−14(種)、プロピオニバクテリウム属種KPL1844(種)、メチロバクテリウム・ロンガム(種)、及びブドウ球菌属種C5I16(種)のうちの少なくとも1つに関連する、ステップ;
前記第2の部位特異的組成特徴に基づいて、第2の部位特異的虫垂関連特性評価モデルを生成するステップ;
追加のユーザーからユーザーサンプルを収集するステップであり、前記ユーザーサンプルが、前記皮膚部位、前記生殖器部位、前記口部位及び前記鼻部位のうちの少なくとも1つに関連する、ステップ;及び
前記第2の部位特異的虫垂関連特性評価モデルに基づいて、前記虫垂関連コンディションについての前記追加のユーザーの追加の虫垂関連特性評価を決定するステップ
をさらに含む、請求項2に記載の方法。 - 前記サンプルが、皮膚部位に関連する部位特異的サンプルを含み、前記マイクロバイオーム特徴のセットを判定するステップが、前記皮膚部位と、シュードモナス属(属)、ナイセリア科(科)、パラバクテロイデス・ディスタソニス(種)、プレボテラ属(属)、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ(種)、ストレプトコッカス・パラサングイニス(種)、アクネ菌(種)、ベイロネラ科(科)、レプトトリキア属(属)、ファスコラルクトバクテリウム属(属)、フラボバクテリウム科(科)、デルフチア属(属)、フラボバクテリウム綱(綱)、プレボテラ科(科)、ラクノスピラ科(科)、ペプトストレプトコッカス科(科)、ドレア属(属)、フラボバクテリウム目(目)、ナイセリア目(目)、パラバクテロイデス属(属)、ストレプトコッカス属経口分類群G63(種)、アシダミノコッカス科(科)、ベイロネラ属種CM60(種)、ブドウ球菌属種C9I2(種)、レプトトリキア科(科)、フシカテニバクター・サッカリボランス(種)、フシカテニバクター属(属)、ブドウ球菌属種3348O2(種)、パラバクテロイデス・メルダエ(種)、コリンセラ・アエロファシエンス(種)、スフィンゴバクテリア綱(綱)、スフィンゴバクテリア目(目)、ペプトニフィラス属種1−14(種)、アナエロバチルス属(属)、プロピオニバクテリウム属種KPL1844(種)、メチロバクテリウム・ロンガム(種)、及びブドウ球菌属種C5I16(種)のうちの少なくとも1つとに関連する部位特異的組成特徴を含む、マイクロバイオーム組成特徴のセットを判定することを含み、前記虫垂関連特性評価モデルを生成するステップが、前記補足データ及び前記部位特異的組成特徴に基づいて、部位特異的虫垂関連特性評価モデルを生成することを含み、前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記部位特異的虫垂関連特性評価モデルに基づいて前記虫垂関連コンディションについてのユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記サンプルが、生殖器部位に関連する部位特異的サンプルを含み、前記マイクロバイオーム特徴のセットを判定するステップが、前記生殖器部位と、ゲメラ属(属)、ベイロネラ・アティピカ(種)、ディアリスター・ニューモシンテス(種)、ラクトバチルス・クリスパタス(種)、フィロバクテリウム科(科)、アクアバクテリウム属(属)、アナエログロブス属(属)、アナエログロブス・ゲミナツス(種)、オクトバクテリウム属(属)、モビルンカス・クルティシイ(種)、アクチノマイセス・ノウイイ(種)、アナエロコッカス・ラクトリティカス(種)、ラクトバチルス・ジョンソニイ(種)、ウェルコミクロビウム目(目)、ウェルコミクロビウム門(門)、ウェルコミクロビウム網(綱)、ウェルコミクロビウム科(科)、ディアリスター・サクシナティフィラス(種)、アトポビウム属種F0209(種)、コリネバクテリウム・フレイブルゲンセ(種)、ラクトバチルス属種Akhmro1(種)、アナエロコッカス属種9401487(種)、メソリゾビウム属(属)、ラクトバチルス・ロイテリ(種)、メガスファエラ属種UPII 199−6(種)、ラクトバチルス属種C30An8(種)、ペプトコッカス属種S9 Pr−12(種)、及びヘルココッカス・シアトレンシス(種)のうちの少なくとも1つとに関連する部位特異的組成特徴を含む、マイクロバイオーム組成特徴のセットを判定することを含み、前記虫垂関連特性評価モデルを生成するステップが、前記補足データ及び前記部位特異的組成特徴に基づいて、部位特異的虫垂関連特性評価モデルを生成することを含み、前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記部位特異的虫垂関連特性評価モデルに基づいて前記虫垂関連コンディションについてのユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記サンプルが、口部位に関連する部位特異的サンプルを含み、前記マイクロバイオーム特徴のセットを判定するステップが、口部位と、モラクセラ科(科)、モラクセラ属(属)、エイケネラ属(属)、エイケネラ・コローデンス(種)、バゴコッカス属(属)、フィロバクテリウム属(属)、ベイロネラ・ディスパー(種)、サテレラ・ワズワースエンシス(種)、ジョンソネラ・イグナバ(種)、バクテロイデス・アシディファシェンス(種)、レプトトリキア・ホフスタディイ(種)、レプトトリキア・シャーイイ(種)、カプノサイトファーガ属種AHN9756(種)、バージイエラ属種AF14(種)、オルセネラ属種F0004(種)、バクテロイデス属種D22(種)、フィロバクテリウム属種T50(種)、アクチノマイセス属種ICM47(種)、フソバクテリウム属種AS2(種)、及びレプトトリキア科(科)のうちの少なくとも1つとに関連する部位特異的組成特徴を含む、マイクロバイオーム組成特徴のセットを判定することを含み、前記虫垂関連特性評価モデルを生成するステップが、前記補足データ及び前記部位特異的組成特徴に基づいて、部位特異的虫垂関連特性評価モデルを生成することを含み、前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記部位特異的虫垂関連特性評価モデルに基づいて前記虫垂関連コンディションについてのユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記サンプルが、鼻部位に関連する部位特異的サンプルを含み、前記マイクロバイオーム特徴のセットを判定するステップが鼻部位と、コマモナス属(属)、ペプトストレプトコッカス属(属)、アクチノマイセス・ビスコサス(種)、アクチノマイセス・オドントリティカス(種)、ビフィドバクテリウム属(属)、ビフィドバクテリウム科(科)、ロドスピリルム科(科)、ビフィドバクテリウム目(目)、ロゼブリア・インテスティナーリス(種)、タラソスピラ属(属)、ビフィドバクテリウム・ロンガム(種)、アグリゲイティバクター属(属)、ストレプトコッカス属種11aTha1(種)、サテレラ科(科)、フラボバクテリウム属(属)、オクトバクテリウム属(属)、クロノバクター・サカザキ(種)、アナエロコツカス・バギナリス(種)、スフィンゴバクテリア綱(綱)、ブルセラ科(科)、スフィンゴバクテリア目(目)、アッカーマンシア属(属)、ペプトニフィラス属種gpac018A(種)、シトロバクター属種BW4(種)、クロノバクター属(属)、コリネバクテリウム属種jw37(種)、黄色ブドウ球菌(種)、ブレブンディモナス属(属)、カウロバクター科(科)、カウロバクター目(目)、アナエロバチルス・アルカリジアゾトロフィカス(種)、アナエロバチルス属(属)、及びアシネトバクター属種WB22−23(種)のうちの少なくとも1つとに関連する部位特異的組成特徴を含む、マイクロバイオーム組成特徴のセットを判定することを含み、前記虫垂関連特性評価モデルを生成するステップが、前記補足データ及び前記部位特異的組成特徴に基づいて、部位特異的虫垂関連特性評価モデルを生成することを含み、前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記部位特異的虫垂関連特性評価モデルに基づいて前記虫垂関連コンディションについてのユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記マイクロバイオーム特徴のセットを判定するステップが、エンテロコッカス・ラフィノーサス(種)、ブドウ球菌属種C9I2(種)、ゲメラ属種933−88(種)、ベイロネラ属(属)、ガンマプロテオバクテリア綱(綱)、ブドウ球菌属種SI−4(種)、エンテロバクター目(目)、腸内細菌科(科)、ファスコラルクトバクテリウム属(属)、オドリバクター属(属)、ルミノコッカス科(科)、アシダミノコッカス科(科)、ビロフィラ属種4_1_30(種)、アナエロスティペス属種5_1_63FAA(種)、デスルホビブリオ科(科)、ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム(種)、デスルホビブリオ目(目)、フィーカリバクテリウム属(属)、デルタプロテオバクテリア綱(綱)、バークホリデリア科(科)、アリスティペス属RMA 9912(種)、メタノブレビバクター属(属)、オドリバクター・スプランクニカス(種)、アリスティペス属種HGB5(種)、ゲメラ属(属)、サブドリグラヌルム・バリアビレ(種)、メタノブレビバクター・スミシー(種)、インテスティニモナス属(属)、ラクトバチルス属7_1_47FAA(種)、メタノバクテリア科(科)、ビロフィラ属(属)、メタノバクテリア目(目)、クロストリジウム科(科)、ユーリアーキオータ門(門)、メタノバクテリア綱(綱)、フラボニフラクター・プラウティ(種)、カルノバクテリウム科(科)、クライベラ属(属)、クライベラ・ジオルジアーナ(種)、ブラウティア・ファエシス(種)、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ(種)、ラクトニファクター・ロンゴビフォルミス(種)、ロセブリア属種11SE39(種)、バクテロイデス属AR29(種)、コリンセラ属(属)、アリスティペス属種NML05A004(種)、プレボテラ・チモネンシス(種)、アナエロスティペス属(属)、ラクトニファクター属(属)、アリスティペス属種3_2_56FAA(種)、コリオバクテリウム科(科)、クレブシエラ属種SOR89(種)、メガスファエラ属種DNF00912(種)、ベイロネラ・ディスパー(種)、ラクトバチルス・ムコーサエ(種)、バクテロイデス・フラジリス(種)、ストレプトコッカス・エクイナス(種)、バクテロイデス・プレビウス(種)、プロピオニバクテリウム属種MSP09A(種)、ストレプトコッカス・パスツーリアヌス(種)、アナエロビブリオ属種765(種)、アッカーマンシア・ムシニフィラ(種)、アクチノマイセス・ツリセンシス(種)、クロノバクター・サカザキ(種)、ベイロネラ・ロゴサエ(種)、ブラウティア・グルセラセア(種)、アシダミノコッカス・インテスティニ(種)、プロピオニバクテリウム・グラヌローサム(種)、バクテロイデス・テタイオタオミクロン(種)、フソバクテリウム属種CM21(種)、ペディオコッカス属種MFC1(種)、ツリシバクター・サングイニス(種)、サルシナ・ベントリクリ(種)、メガスファエラ属ゲノム種C1(種)、ストレプトコッカス属種BS35a(種)、ストレプトコッカス・サーモフィルス(種)、フソバクテリウム・ウルセランス(種)、モーガネラ・モーガニイ(種)、バクテロイデス属種SLC1−38(種)、バクテロイデス・エガーシイ(種)、バクテロイデス・コプロコーラ(種)、バクテロイデス属種CB57(種)、ビフィドバクテリウム・ステルコリス(種)、ベイロネラ・アティピカ(種)、フソバクテリウム・ネクロゲネス(種)、ラクトバチルス・クリスパタス(種)、ベイロネラ属種MSA12(種)、アサッカロスポラ・イレギュラリス(種)、エリシペロトクロストリジウム・ラモーサム(種)、ラクトバチルス属種TAB−22(種)、パラサテレラ・エクスクレメンティホミニス(種)、ラクトバチルス属種C4I2(種)、パラバクテロイデス属種157(種)、クレブシエラ属(属)、エプロピスシウム属(属)、ストレプトコッカス属(属)、プロピオニバクテリウム属(属)、クロノバクター属(属)、アナエロビブリオ属(属)、インテスチニバクター属(属)、ブドウ球菌属(属)、ツリシバクター属(属)、アロプレボテラ属(属)、ペディオコッカス属(属)、モルガネラ属(属)、アシダミノコッカス属(属)、サクシニビブリオ属(属)、アナエロフィルム属(属)、メガスファエラ属(属)、アサッカロスポラ属(属)、ブチリビブリオ属(属)、フィネゴルディア属(属)、アナエロコッカス属(属)、ストレプトコッカス科(科)、プロピオニバクテリウム科(科)、ベイロネラ科(科)、ブドウ球菌科(科)、スフィンゴバクテリア科(科)、クロストリジウム目第XI科所属不明(科)、ペプトストレプトコッカス科(科)、サクシニビブリオ科(科)、デルマバクター科(科)、コリネバクテリウム科(科)、ロドスピリルム科(科)、セレノモナス目(目)、ラクトバチルス目(目)、クロストリジウム目(目)、キサントモナス目(目)、バシラス目(目)、プレウロカプサ目(目)、エアロモナス目(目)、シュードモナス目(目)、バシラス綱(綱)、ネガティビコッカス綱(綱)、クロストリジウム綱(綱)、プロテオバクテリア門(門)、シアノバクテリア門(門)、バクテロイデス・ファインゴールディー(種)、アリスティペス・ピュトレディニス(種)、アシネトバクター綱(綱)、ラクトバチルス科(科)、ビフィドバクテリウム科(科)、ビフィドバクテリウム属(属)、ビフィドバクテリウム目(目)、及びオシロスピラ科(科)のうちの少なくとも1つに関連するマイクロバイオーム組成特徴のセットを判定することを含み、前記虫垂関連特性評価モデルを生成するステップが、前記補足データ及び前記マイクロバイオーム組成特徴のセットに基づいて前記虫垂関連特性評価モデルを生成することを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記微生物配列データセットを決定するステップが、前記微生物核酸の少なくともサブセットに基づいてメタゲノムライブラリー及びメタトランスクリプトームライブラリーの少なくとも一方を決定することを含み、前記マイクロバイオーム特徴のセットを判定するステップが、前記メタゲノムライブラリー及びメタトランスクリプトームライブラリーの少なくとも一方に基づいて前記マイクロバイオーム特徴のセットを判定することを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記マイクロバイオーム特徴のセットを判定するステップが、一連の分析手法を適用して、微生物配列データセットに基づいて、マイクロバイオーム組成多様性特徴及びマイクロバイオーム機能的多様性特徴の少なくとも一方の存在、マイクロバイオーム組成多様性特徴及びマイクロバイオーム機能的多様性特徴の少なくとも一方の非存在、前記虫垂関連コンディションに関連する異なる分類群の相対存在量を記述する相対存在量特徴、異なる分類群に関連する少なくとも2つのマイクロバイオーム特徴間の比率を記述する比率特徴、異なる分類群間の相互作用を記述する相互作用特徴、並びに異なる分類群間の系統発生学的距離を記述する系統発生学的距離特徴のうちの少なくとも1つを判定することを含み、前記一連の分析手法が、単変量統計検定、多変量統計検定、次元縮小手法及び人工知能アプローチのうちの少なくとも1つを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記治療が、摂取可能なもの、デバイス関連治療、外科手術、心理学的関連療法、及び行動修正療法のうちの少なくとも1つを含み、前記治療を提供するステップが、前記ユーザーの前記ユーザーに関連付けられたコンピュータデバイスに前記治療の推奨を提供することを含む、請求項1に記載の方法。
- 微生物に関連する虫垂関連コンディションを特性評価する方法であって、
ユーザーからサンプルを収集するステップであり、前記サンプルが、前記虫垂関連コンディションに関連する微生物に対応する微生物核酸を含む、ステップ;
前記サンプルの微生物核酸に基づいて前記ユーザーに関連する微生物データセットを決定するステップ:
前記微生物データセットに基づいてユーザーマイクロバイオーム組成特徴及びユーザーマイクロバイオーム機能的特徴の少なくとも一方を含むユーザーマイクロバイオーム特徴を判定するステップであり、前記ユーザーマイクロバイオーム特徴が、前記虫垂関連コンディションに関連する、ステップ;
前記ユーザーマイクロバイオーム特徴に基づいて前記虫垂関連コンディションについてのユーザーの虫垂関連特性評価を決定するステップ;及び
前記虫垂関連特性評価に基づいて前記虫垂関連コンディションの向上を助長するための前記ユーザーに対する治療に関する治療的介入を助長するステップ
を含む方法。 - 前記ユーザーマイクロバイオーム特徴を判定するステップが、腸部位と、ナイセリア科(科)、ナイセリア・ムコサ(種)、アグリゲイティバクター・アフロフィルス(種)、バクテロイデス・ユニフォルミス(種)、バクテロイデス・ブルガータス(種)、パラバクテロイデス・ディスタソニス(種)、メガスファエラ属(属)、プロテオバクテリア門(門)、ミクロコッカス科(科)、ストレプトコッカス・サーモフィルス(種)、ストレプトコッカス・パラサングイニス(種)、ゲメラ属(属)、クロストリジウム属(属)、アクチノマイセス・オドントリティカス(種)、アクチノマイセス目(目)、アクチノマイセス科(科)、ベータプロテオバクテリア綱(綱)、ゲメラ・モルビロルム(種)、ロチア属(属)、ラクトバチルス・クリスパタス(種)、シュードモナス目(目)、オキサロバクター科(科)、バークホルデリア目(目)、ゲメラ属種933−88(種)、ミクロコッカス目(目)、バクテロイデス・アシディファシェンス(種)、モギバクテリウム属(属)、バクテロイデス属種AR20(種)、バクテロイデス属種AR29(種)、バークホリデリア科(科)、エリュシペロトリクス科(科)、キサントモナス目(目)、シュードモナス科(科)、アクチノマイセス属種経口株Hal−1065(種)、ロゼブリア・インテスティナーリス(種)、ポルフィロモナス科(科)、シャトレワーシア属(属)、クロストリジウム綱(綱)、クロストリジウム目(目)、ペプトストレプトコッカス科(科)、ペプトコッカス科(科)、カルノバクテリウム科(科)、ディアリスター属種E2_20(種)、ナイセリア目(目)、メガスファエラ属ゲノム種C1(種)、モリエラ属(属)、シネルギステス門(門)、エリュシペロトリクス綱(綱)、エリュシペロトリクス目(目)、クロストリジウム目第XIII科所属不明(科)、ロセブリア属種11SE39(種)、Bacteroides sp. D22(種)、シネルギステス綱(綱)、シネルギステス目(目)、シネルギステス科(科)、ラクトバチルス属種TAB−22(種)、フラボニフラクター属(属)、サテレラ科(科)、アナエロスティペス属種5_1_63FAA(種)、ストレプトコッカス属種2011_経口_MS_A3(種)、ベイロネラ属種2011_経口_VSA_D3(種)、フィネゴルディア属種S9 AA1−5(種)、フレチバクテリウム属(属)、ブドウ球菌属種3348O2(種)、ペプトクロストリジウム属(属)、インテスチニバクター(属)、アシネトバクター属(属)、クレブシエラ属(属)、バクテロイデス・テタイオタオミクロン(種)、ブチリビブリオ属(属)、フソバクテリウム・ネクロゲネス(種)、ヘルバスピリルム属(属)、ハーバスピリラム・セロペディカエ(種)、ペディオコッカス属(属)、フィネゴルディア・マグナ(種)、ブラウティア・ハンセニイ(種)、エンテロコッカス・フェカリス(種)、ラクトコッカス・ラクチス(種)、バシラス属(属)、クロストリジウム・ディフィシル(種)、ブラウティア・ココイデス(種)、エリシペロトクロストリジウム・ラモーサム(種)、ワイセラ・コンフューザ(種)、ラクトバチルス・プランタルム(種)、ラクトバチルス・パラカセイ(種)、ビフィドバクテリウム・アドレセンティス(種)、ビフィドバクテリウム・ブレベ(種)、ビフィドバクテリウム・デンティウム(種)、ビフィドバクテリウム・アニマリス(種)、ビフィドバクテリウム・シュードカテヌラータム(種)、バクテロイデス・オバツス(種)、ペプトニフィラス・ラクリマリス(種)、アナエロコツカス・バギナリス(種)、ラーネラ属(属)、ビロフィラ・ワーズワーシア(種)、スネアチア・サングイネゲンス(種)、サクシニクラスティカム属(属)、スポロバクター属(属)、シュードブチリビブリオ・ルミニス(種)、ワイセラ属(属)、バクテロイデス・スターコリス(種)、ラクトバチルス・ラムノサス(種)、パントエア属(属)、ホールディマニア属(属)、ホールディマニア・フィリフォルミス(種)、サーモアナエロバクター目(目)、ビフィドバクテリウム・ガリクム(種)、ビフィドバクテリウム・プロラム(種)、ロイコノストック科(科)、エガセラ・レンタ(種)、パピリバクター属(属)、アナエロスティペス・カカエ(種)、シュードフラボニフラクター・カピロサス(種)、アナエロボラックス属(属)、パラスポロバクテリウム属(属)、パラスポロバクテリウム・パウシボランス(種)、オシロスピラ属(属)、オシロスピラ・グイリエルモンディイ(種)、アクチノマイセス・ツリセンシス(種)、アナエロシヌス属(属)、スネアチア属(属)、ブレビバクテリウム・パウシボランス(種)、ラクトバチルス属種CR−609S(種)、サーモアナエロバクター科(科)、バシラス科(科)、ゲルリア属(属)、アキドバクテリウム目(目)、バクテロイデス・マシリエンシス(種)、ロドシクルス目(目)、アナエロフスティス・ステルコリホミニス(種)、アリスティペス・ファインゴールディイ(種)、オシロスピラ科(科)、ペプトニフィラス属種2002−38328(種)、ヘスペリア属(属)、バクテロイデス属種35AE37(種)、マルビンブリアンチア属(属)、アナエロスポロバクター・モビリス(種)、アナエロフスティス属(属)、カタバクター属(属)、フラボニフラクター・プラウティ(種)、プロテイニフィルム属(属)、ロセブリア・ファエシス(種)、ストレプトコッカス属種S16−11(種)、バクテロイデス属種4072(種)、アリスティペス・シャーイイ(種)、バクテロイデス・インテスティナリス(種)、ラクトニファクター・ロンゴビフォルミス(種)、ビフィドバクテリウム・ツルミエンセ(種)、バクテロイデス・ドレイ(種)、バクテロイデス・キシラニソルベンス(種)、クロノバクター属(属)、アロスカルドビア属(属)、アロスカルドビア・オムニコレンス(種)、ラクトニファクター属(属)、カタバクター科(科)、アドレクロウチア・エクオリファシエンス(種)、アドレクロウチア属(属)、アリスティペス属種EBA6−25cl2(種)、バクテロイデス属種EBA5−17(種)、オシリバクター属(属)、ゴルドニバクター・パメラエアエ(種)、アリスティペス属種NML05A004(種)、パラサテレラ・エクスクレメンティホミニス(種)、ミツオケラ属種DJF_RR21(種)、ブチリシモナス属(属)、ビフィドバクテリウム・ステルコリス(種)、アリスティペス・インディスティンクタス(種)、ゴルドニバクター属(属)、アナエロスティペス・ハドラス(種)、クレブシエラ属種B12(種)、アリスティペス属種RMA 9912(種)、アナエロスポロバクター属(属)、バクテロイデス・ファエシス(種)、ブラウティア属種Ser5(種)、バクテロイデス・チンチラエ(種)、ビロフィラ属種4_1_30(種)、カルディコプロバクター科(科)、エンテロバクター属種UDC345(種)、ビフィドバクテリウム・ビアバティイ(種)、ペプトニフィラス属種1−14(種)、アリスティペス属種HGB5(種)、バクテロイデス属種SLC1−38(種)、ラクトバチルス属種Akhmro1(種)、クレブシエラ属種SOR89(種)、エンテロコッカス属種C6I11(種)、シュードフラボニフラクター属(属)、バクテロイデス属種dnLKV9(種)、メガスファエラ属種BV3C16−1(種)、フィーカリバクテリウム属フィーカリバクテリウム属種イヌ経口分類群147(種)、バリバキュラム属種CCUG 45114(種)、ブチリシモナス属種214−4(種)、アナエロスティペス・ラムノシボランス(種)、ネガティビコッカス属種S5−A15(種)、[コリンセラ属]マシリエンシス(種)、コリネバクテリウム属種jw37(種)、ロセブリア属種499(種)、ディアリスター属種S7MSR5(種)、アナエロコッカス属種S8 87−3(種)、フィネゴルディア属種S8 F7(種)、ムルドキエラ属種S9 PR−10(種)、ペプトニフィラス属種S9 PR−13(種)、バクテロイデス属種J1511(種)、コリネバクテリウム属種713182/2012(種)、ラーネラ属種BSP18(種)、インテスティニモナス属(属)、ロビンソニエラ属種KNHs210(種)、カンジダタス・ソレアフェレア(属)、ブチリシモナス・フェシホミニス(種)、セネガリマッシリア(属)、ペプトニフィラス属種DNF00840(種)、ロンバウツシア(属)、及びコプロバクター・セカンドゥス(種)のうちの少なくとも1つとに関連する部位特異的組成特徴を含む、前記ユーザーマイクロバイオーム組成特徴を、前記微生物データセットに基づいて判定することを含み、前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記部位特異的組成特徴に基づいて、前記虫垂関連コンディションについての前記ユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含む、請求項13に記載の方法。
- 前記ユーザーマイクロバイオーム特徴を判定するステップが、皮膚部位と、シュードモナス属(属)、ナイセリア科(科)、パラバクテロイデス・ディスタソニス(種)、プレボテラ属(属)、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ(種)、ストレプトコッカス・パラサングイニス(種)、アクネ菌(種)、ベイロネラ科(科)、レプトトリキア属(属)、ファスコラルクトバクテリウム属(属)、フラボバクテリウム科(科)、デルフチア属(属)、フラボバクテリウム綱(綱)、プレボテラ科(科)、ラクノスピラ科(科)、ペプトストレプトコッカス科(科)、ドレア属(属)、フラボバクテリウム目(目)、ナイセリア目(目)、パラバクテロイデス属(属)、ストレプトコッカス属経口分類群G63(種)、アシダミノコッカス科(科)、ベイロネラ属種CM60(種)、ブドウ球菌属種C9I2(種)、レプトトリキア科(科)、フシカテニバクター・サッカリボランス(種)、フシカテニバクター属(属)、ブドウ球菌属種3348O2(種)、パラバクテロイデス・メルダエ(種)、コリンセラ・アエロファシエンス(種)、スフィンゴバクテリア綱(綱)、スフィンゴバクテリア目(目)、ペプトニフィラス属種1−14(種)、アナエロバチルス属(属)、プロピオニバクテリウム属種KPL1844(種)、メチロバクテリウム・ロンガム(種)、及びブドウ球菌属種C5I16(種)のうちの少なくとも1つとに関連する部位特異的組成特徴を含む、前記ユーザーマイクロバイオーム組成特徴を、前記微生物データセットに基づいて判定することを含み、前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記部位特異的組成特徴に基づいて、前記虫垂関連コンディションについての前記ユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含む、請求項13に記載の方法。
- 前記ユーザーマイクロバイオーム特徴を判定するステップが、生殖器部位と、ゲメラ属(属)、ベイロネラ・アティピカ(種)、ディアリスター・ニューモシンテス(種)、ラクトバチルス・クリスパタス(種)、フィロバクテリウム科(科)、アクアバクテリウム属(属)、アナエログロブス属(属)、アナエログロブス・ゲミナツス(種)、オクトバクテリウム属(属)、モビルンカス・クルティシイ(種)、アクチノマイセス・ノウイイ(種)、アナエロコッカス・ラクトリティカス(種)、ラクトバチルス・ジョンソニイ(種)、ウェルコミクロビウム目(目)、ウェルコミクロビウム門(門)、ウェルコミクロビウム網(綱)、ウェルコミクロビウム科(科)、ディアリスター・サクシナティフィラス(種)、アトポビウム属種F0209(種)、コリネバクテリウム・フレイブルゲンセ(種)、ラクトバチルス属種Akhmro1(種)、アナエロコッカス属種9401487(種)、メソリゾビウム属(属)、ラクトバチルス・ロイテリ(種)、メガスファエラ属種UPII 199−6(種)、ラクトバチルス属種C30An8(種)、ペプトコッカス属種S9 Pr−12(種)、及びヘルココッカス・シアトレンシス(種)のうちの少なくとも1つとに関連する部位特異的組成特徴を含む、前記ユーザーマイクロバイオーム組成特徴を、前記微生物データセットに基づいて判定することを含み、前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記部位特異的組成特徴に基づいて、前記虫垂関連コンディションについての前記ユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含む、請求項13に記載の方法。
- 前記ユーザーマイクロバイオーム特徴を判定するステップが、口部位と、モラクセラ科(科)、モラクセラ属(属)、エイケネラ属(属)、エイケネラ・コローデンス(種)、バゴコッカス属(属)、フィロバクテリウム属(属)、ベイロネラ・ディスパー(種)、サテレラ・ワズワースエンシス(種)、ジョンソネラ・イグナバ(種)、バクテロイデス・アシディファシェンス(種)、レプトトリキア・ホフスタディイ(種)、レプトトリキア・シャーイイ(種)、カプノサイトファーガ属種AHN9756(種)、バージイエラ属種AF14(種)、オルセネラ属種F0004(種)、バクテロイデス属種D22(種)、フィロバクテリウム属種T50(種)、アクチノマイセス属種ICM47(種)、フソバクテリウム属種AS2(種)、及びレプトトリキア科(科)のうちの少なくとも1つとに関連する部位特異的組成特徴を含む、前記ユーザーマイクロバイオーム組成特徴を、前記微生物データセットに基づいて判定することを含み、前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記部位特異的組成特徴に基づいて、前記虫垂関連コンディションについての前記ユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含む、請求項13に記載の方法。
- 前記ユーザーマイクロバイオーム特徴を判定するステップが、鼻部位と、コマモナス属(属)、ペプトストレプトコッカス属(属)、アクチノマイセス・ビスコサス(種)、アクチノマイセス・オドントリティカス(種)、ビフィドバクテリウム属(属)、ビフィドバクテリウム科(科)、ロドスピリルム科(科)、ビフィドバクテリウム目(目)、ロゼブリア・インテスティナーリス(種)、タラソスピラ属(属)、ビフィドバクテリウム・ロンガム(種)、アグリゲイティバクター属(属)、ストレプトコッカス属種11aTha1(種)、サテレラ科(科)、フラボバクテリウム属(属)、オクトバクテリウム属(属)、クロノバクター・サカザキ(種)、アナエロコツカス・バギナリス(種)、スフィンゴバクテリア綱(綱)、ブルセラ科(科)、スフィンゴバクテリア目(目)、アッカーマンシア属(属)、ペプトニフィラス属種gpac018A(種)、シトロバクター属種BW4(種)、クロノバクター属(属)、コリネバクテリウム属種jw37(種)、黄色ブドウ球菌(種)、ブレブンディモナス属(属)、カウロバクター科(科)、カウロバクター目(目)、アナエロバチルス・アルカリジアゾトロフィカス(種)、アナエロバチルス属(属)、及びアシネトバクター属種WB22−23(種)のうちの少なくとも1つとに関連する部位特異的組成特徴を含む、前記ユーザーマイクロバイオーム組成特徴を、前記微生物データセットに基づいて判定することを含み、前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記部位特異的組成特徴に基づいて、前記虫垂関連コンディションについての前記ユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含む、請求項13に記載の方法。
- 前記ユーザーマイクロバイオーム特徴を判定するステップが、神経変性疾患、シグナル伝達分子及び相互作用、生体異物の生体内分解及び代謝、アスコルビン酸及びアルダン酸代謝、ハンチントン病、イノシトールリン酸代謝、プロパン酸代謝、デンプン及びショ糖代謝、カプロラクタム分解、細胞運動性及び分泌、バリン、ロイシン及びイソロイシン分解、トリプトファン代謝、I型糖尿病、フェニルアラニン代謝、セレン化合物代謝、リシン分解、多環式芳香族炭化水素分解、グリカン生合成及び代謝、腎細胞癌、ブタン酸代謝、原核生物における炭素固定経路、クエン酸回路(TCA回路)、リポ多糖生合成、RNA輸送、チアミン代謝、1,1,1−トリクロロ−2,2−ビス(4−クロロフェニル)エタン(DDT)分解、電子移動担体、筋萎縮性側索硬化症(ALS)、プリオン病、トルエン分解、及びアルファリノレイン酸代謝、[V]防御機構、[O]翻訳後修飾、タンパク質代謝回転及びシャペロン、[R]一般機能予測のみ、[I]脂質輸送及び代謝、[H]補酵素輸送及び代謝、エネルギー代謝、神経系、シグナル伝達、細胞プロセス及びシグナル伝達、翻訳、代謝、細胞成長及び死、内分泌系、アミノ酸代謝、補因子及びビタミンの代謝、複製及び修復、テルペノイド及びポリケチドの代謝、感染性疾患、アミノ酸関連酵素、光合成、パントテン酸塩及びCoA生合成、光合成タンパク質、グルタミン酸作動性シナプス、結核、二成分合成、アミノアシル−tRNA生合成、リボソーム、他のイオン共役輸送体、テルペノイド骨格生合成、細胞周期−カウロバクター属、他の輸送体、塩基除去修復、ペプチドグリカン生合成、コレラ菌病原性サイクル、リモネン及びピネン分解、分泌系、ヌクレオチド除去修復、翻訳因子、アラニン、アスパラギン酸及びグルタミン酸代謝、リボソーム生合成、その他(KEGG3)、真核生物におけるリボソーム新生、ポリケチド糖単位生合成、ストレプトマイシン生合成、相同組換え、酸化的リン酸化、機能不明、光合成生物における炭素固定、細胞骨格タンパク質、DNA修正及び組換えタンパク質、無機イオン輸送体及び代謝、アミノ酸代謝、ゲラニオール分解、タンパク質核外輸送、フェニルアラニン、チロシン及びトリプトファン生合成、リシン生合成、エチルベンゼン分解、転写機構、RNAポリメラーゼ、バンコマイシン群抗生物質の生合成、ミスマッチ修復、ナフタレン分解、ピリミジン代謝、D−グルタミン及びD−グルタミン酸代謝、ゼアチン生合成、K02004(KEGG4)、並びにK03100(KEGG4)のうちの少なくとも1つに関連する、前記ユーザーマイクロバイオーム機能的特徴を、前記微生物データセットに基づいて判定することを含み、前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記ユーザーマイクロバイオーム機能的特徴に基づいて、前記虫垂関連コンディションについての前記ユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含む、請求項13に記載の方法。
- 前記治療が、プロバイオティクス治療及びプレバイオティクス治療の少なくとも一方を含み、治療的介入を助長するステップが、前記虫垂関連コンディションの向上を助長するために前記ユーザーに対する前記プロバイオティクス治療及び前記プレバイオティクス治療の少なくとも一方を促進することを含み、前記プロバイオティクス治療及び前記プレバイオティクス治療の少なくとも一方が、エンテロコッカス・ラフィノーサス、ブドウ球菌属種C9I2、ゲメラ属種933−88、エンテロコッカス属種SI−4、ビロフィラ属種4_1_30、アナエロスティペス属種5_1_63FAA、ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム、アリスティペス属種RMA 9912、オドリバクター・スプランクニカス、アリスティペス属種HGB5、サブドリグラヌルム・バリアビレ、メタノブレビバクター・スミシー、ラクトバチルス属種、7_1_47FAA、フラボニフラクター・プラウティ、クライベラ・ジオルジアーナ、ブラウティア・ファエシス、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ、ラクトニファクター・ロンゴビフォルミス、ロセブリア属種11SE39、バクテロイデス属種AR29、アリスティペス属種NML05A004、プレボテラ・チモネンシス、アナエロスティペス属種3_2_56FAA、クレブシエラ属種SOR89、メガスファエラ属種DNF00912、ベイロネラ・ディスパー、ラクトバチルス・ムコーサエ、バクテロイデス・フラジリス、ストレプトコッカス・エクイナス、バクテロイデス・プレビウス、プロピオニバクテリウム属種MSP09A、ストレプトコッカス・パスツーリアヌス、アナエロビブリオ属種765、アッカーマンシア・ムシニフィラ、アクチノマイセス・ツリセンシス、クロノバクター・サカザキ、ベイロネラ・ロゴサエ、ブラウティア・グルセラセア、アシダミノコッカス・インテスティニ、プロピオニバクテリウム・グラヌローサム、バクテロイデス・テタイオタオミクロン、フソバクテリウム属種CM21、ペディオコッカス属種MFC1、ツリシバクター・サングイニス、サルシナ・ベントリクリ、メガスファエラ属ゲノム種C1、ストレプトコッカス属種BS35a、ストレプトコッカス・サーモフィルス、フソバクテリウム・ウルセランス、モーガネラ・モーガニイ、バクテロイデス属種SLC1−38、バクテロイデス・エガーシイ、バクテロイデス・コプロコーラ、バクテロイデス属種CB57、ビフィドバクテリウム・ステルコリス、ベイロネラ・アティピカ、フソバクテリウム・ネクロゲネス、ラクトバチルス・クリスパタス、ベイロネラ属種MSA12、アサッカロスポラ・イレギュラリス、エリシペロトクロストリジウム・ラモーサム、ラクトバチルス属種TAB−22、パラサテレラ・エクスクレメンティホミニス、ラクトバチルス属種C4I2、パラバクテロイデス属種157、バクテロイデス・ファインゴールディー、及びアリスティペス・ピュトレディニスのうちの少なくとも1つに関連する、請求項13に記載の方法。
- 微生物に関連する虫垂関連コンディションを特性評価する方法であって、
ユーザーからサンプルを収集するステップであり、前記サンプルが、前記虫垂関連コンディションに関連する微生物に対応する微生物核酸を含む、ステップ;
前記サンプルの微生物核酸に基づいて前記ユーザーに関連する微生物データセットを決定するステップ:
前記微生物データセットに基づいてユーザーマイクロバイオーム特徴を判定するステップであり、前記ユーザーマイクロバイオーム特徴が、前記虫垂関連コンディションに関連する、ステップ;及び
前記ユーザーマイクロバイオーム特徴に基づいて前記虫垂関連コンディションについてのユーザーの虫垂関連特性評価を決定するステップ
を含む、方法。 - 前記ユーザーマイクロバイオーム特徴が、ゲメラ属(属)、ベイロネラ・アティピカ(種)、ディアリスター・ニューモシンテス(種)、ラクトバチルス・クリスパタス(種)、フィロバクテリウム科(科)、アクアバクテリウム属(属)、アナエログロブス属(属)、アナエログロブス・ゲミナツス(種)、オクトバクテリウム属(属)、モビルンカス・クルティシイ(種)、アクチノマイセス・ノウイイ(種)、アナエロコッカス・ラクトリティカス(種)、ラクトバチルス・ジョンソニイ(種)、ウェルコミクロビウム目(目)、ウェルコミクロビウム門(門)、ウェルコミクロビウム網(綱)、ウェルコミクロビウム科(科)、ディアリスター・サクシナティフィラス(種)、アトポビウム属種F0209(種)、コリネバクテリウム・フレイブルゲンセ(種)、ラクトバチルス属種Akhmro1(種)、アナエロコッカス属種9401487(種)、メソリゾビウム属(属)、ラクトバチルス・ロイテリ(種)、メガスファエラ属種UPII 199−6(種)、ラクトバチルス属種C30An8(種)、ペプトコッカス属種S9 Pr−12(種)、ヘルココッカス・シアトレンシス(種)ナイセリア科(科)、ナイセリア・ムコサ(種)、アグリゲイティバクター・アフロフィルス(種)、バクテロイデス・ユニフォルミス(種)、バクテロイデス・ブルガータス(種)、パラバクテロイデス・ディスタソニス(種)、メガスファエラ属(属)、プロテオバクテリア門(門)、ミクロコッカス科(科)、ストレプトコッカス・サーモフィルス(種)、ストレプトコッカス・パラサングイニス(種)、クロストリジウム属(属)、アクチノマイセス・オドントリティカス(種)、アクチノマイセス目(目)、アクチノマイセス科(科)、ベータプロテオバクテリア綱(綱)、ゲメラ・モルビロルム(種)、ロチア属(属)、シュードモナス目(目)、オキサロバクター科(科)、バークホルデリア目(目)、ゲメラ属種933−88(種)、ミクロコッカス目(目)、バクテロイデス・アシディファシェンス(種)、モギバクテリウム属(属)、バクテロイデス属種AR20(種)、バクテロイデス属種AR29(種)、バークホリデリア科(科)、エリュシペロトリクス科(科)、キサントモナス目(目)、シュードモナス科(科)、アクチノマイセス属種経口株Hal−1065(種)、ロゼブリア・インテスティナーリス(種)、ポルフィロモナス科(科)、シャトレワーシア属(属)、クロストリジウム綱(綱)、クロストリジウム目(目)、ペプトストレプトコッカス科(科)、ペプトコッカス科(科)、カルノバクテリウム科(科)、ディアリスター属種E2_20(種)、ナイセリア目(目)、メガスファエラ属ゲノム種C1(種)、モリエラ属(属)、シネルギステス門(門)、エリュシペロトリクス綱(綱)、エリュシペロトリクス目(目)、クロストリジウム目第XIII科所属不明(科)、ロセブリア属種11SE39(種)、Bacteroides sp. D22(種)、シネルギステス綱(綱)、シネルギステス目(目)、シネルギステス科(科)、ラクトバチルス属種TAB−22(種)、フラボニフラクター属(属)、サテレラ科(科)、アナエロスティペス属種5_1_63FAA(種)、ストレプトコッカス属種2011_経口_MS_A3(種)、ベイロネラ属種2011_経口_VSA_D3(種)、フィネゴルディア属種S9 AA1−5(種)、フレチバクテリウム属(属)、ブドウ球菌属種3348O2(種)、ペプトクロストリジウム属(属)、インテスチニバクター(属)、アシネトバクター属(属)、クレブシエラ属(属)、バクテロイデス・テタイオタオミクロン(種)、ブチリビブリオ属(属)、フソバクテリウム・ネクロゲネス(種)、ヘルバスピリルム属(属)、ハーバスピリラム・セロペディカエ(種)、ペディオコッカス属(属)、フィネゴルディア・マグナ(種)、ブラウティア・ハンセニイ(種)、エンテロコッカス・フェカリス(種)、ラクトコッカス・ラクチス(種)、バシラス属(属)、クロストリジウム・ディフィシル(種)、ブラウティア・ココイデス(種)、エリシペロトクロストリジウム・ラモーサム(種)、ワイセラ・コンフューザ(種)、ラクトバチルス・プランタルム(種)、ラクトバチルス・パラカセイ(種)、ビフィドバクテリウム・アドレセンティス(種)、ビフィドバクテリウム・ブレベ(種)、ビフィドバクテリウム・デンティウム(種)、ビフィドバクテリウム・アニマリス(種)、ビフィドバクテリウム・シュードカテヌラータム(種)、バクテロイデス・オバツス(種)、ペプトニフィラス・ラクリマリス(種)、アナエロコツカス・バギナリス(種)、ラーネラ属(属)、ビロフィラ・ワーズワーシア(種)、スネアチア・サングイネゲンス(種)、サクシニクラスティカム属(属)、スポロバクター属(属)、シュードブチリビブリオ・ルミニス(種)、ワイセラ属(属)、バクテロイデス・スターコリス(種)、ラクトバチルス・ラムノサス(種)、パントエア属(属)、ホールディマニア属(属)、ホールディマニア・フィリフォルミス(種)、サーモアナエロバクター目(目)、ビフィドバクテリウム・ガリクム(種)、ビフィドバクテリウム・プロラム(種)、ロイコノストック科(科)、エガセラ・レンタ(種)、パピリバクター属(属)、アナエロスティペス・カカエ(種)、シュードフラボニフラクター・カピロサス(種)、アナエロボラックス属(属)、パラスポロバクテリウム属(属)、パラスポロバクテリウム・パウシボランス(種)、オシロスピラ属(属)、オシロスピラ・グイリエルモンディイ(種)、アクチノマイセス・ツリセンシス(種)、アナエロシヌス属(属)、スネアチア属(属)、ブレビバクテリウム・パウシボランス(種)、ラクトバチルス属種CR−609S(種)、サーモアナエロバクター科(科)、バシラス科(科)、ゲルリア属(属)、アキドバクテリウム目(目)、バクテロイデス・マシリエンシス(種)、ロドシクルス目(目)、アナエロフスティス・ステルコリホミニス(種)、アリスティペス・ファインゴールディイ(種)、オシロスピラ科(科)、ペプトニフィラス属種2002−38328(種)、ヘスペリア属(属)、バクテロイデス属種35AE37(種)、マルビンブリアンチア属(属)、アナエロスポロバクター・モビリス(種)、アナエロフスティス属(属)、カタバクター属(属)、フラボニフラクター・プラウティ(種)、プロテイニフィルム属(属)、ロセブリア・ファエシス(種)、ストレプトコッカス属種S16−11(種)、バクテロイデス属種4072(種)、アリスティペス・シャーイイ(種)、バクテロイデス・インテスティナリス(種)、ラクトニファクター・ロンゴビフォルミス(種)、ビフィドバクテリウム・ツルミエンセ(種)、バクテロイデス・ドレイ(種)、バクテロイデス・キシラニソルベンス(種)、クロノバクター属(属)、アロスカルドビア属(属)、アロスカルドビア・オムニコレンス(種)、ラクトニファクター属(属)、カタバクター科(科)、アドレクロウチア・エクオリファシエンス(種)、アドレクロウチア属(属)、アリスティペス属種EBA6−25cl2(種)、バクテロイデス属種EBA5−17(種)、オシリバクター属(属)、ゴルドニバクター・パメラエアエ(種)、アリスティペス属種NML05A004(種)、パラサテレラ・エクスクレメンティホミニス(種)、ミツオケラ属種DJF_RR21(種)、ブチリシモナス属(属)、ビフィドバクテリウム・ステルコリス(種)、アリスティペス・インディスティンクタス(種)、ゴルドニバクター属(属)、アナエロスティペス・ハドラス(種)、クレブシエラ属種B12(種)、アリスティペス属種RMA 9912(種)、アナエロスポロバクター属(属)、バクテロイデス・ファエシス(種)、ブラウティア属種Ser5(種)、バクテロイデス・チンチラエ(種)、ビロフィラ属種4_1_30(種)、カルディコプロバクター科(科)、エンテロバクター属種UDC345(種)、ビフィドバクテリウム・ビアバティイ(種)、ペプトニフィラス属種1−14(種)、アリスティペス属種HGB5(種)、バクテロイデス属種SLC1−38(種)、クレブシエラ属種SOR89(種)、エンテロコッカス属種C6I11(種)、シュードフラボニフラクター属(属)、バクテロイデス属種dnLKV9(種)、メガスファエラ属種BV3C16−1(種)、フィーカリバクテリウム属フィーカリバクテリウム属種イヌ経口分類群147(種)、バリバキュラム属種CCUG 45114(種)、ブチリシモナス属種214−4(種)、アナエロスティペス・ラムノシボランス(種)、ネガティビコッカス属種S5−A15(種)、[コリンセラ属]マシリエンシス(種)、コリネバクテリウム属種jw37(種)、ロセブリア属種499(種)、ディアリスター属種S7MSR5(種)、アナエロコッカス属種S8 87−3(種)、フィネゴルディア属種S8 F7(種)、ムルドキエラ属種S9 PR−10(種)、ペプトニフィラス属種S9 PR−13(種)、バクテロイデス属種J1511(種)、コリネバクテリウム属種713182/2012(種)、ラーネラ属種BSP18(種)、インテスティニモナス属(属)、ロビンソニエラ属種KNHs210(種)、カンジダタス・ソレアフェレア(属)、ブチリシモナス・フェシホミニス(種)、セネガリマッシリア(属)、ペプトニフィラス属種DNF00840(種)、ロンバウツシア(属)、コプロバクター・セカンドゥス(種)、モラクセラ科(科)、モラクセラ属(属)、エイケネラ属(属)、エイケネラ・コローデンス(種)、バゴコッカス属(属)、フィロバクテリウム属(属)、ベイロネラ・ディスパー(種)、サテレラ・ワズワースエンシス(種)、ジョンソネラ・イグナバ(種)、レプトトリキア・ホフスタディイ(種)、レプトトリキア・シャーイイ(種)、カプノサイトファーガ属種AHN9756(種)、バージイエラ属種AF14(種)、オルセネラ属種F0004(種)、フィロバクテリウム属種T50(種)、アクチノマイセス属種ICM47(種)、フソバクテリウム属種AS2(種)、レプトトリキア科(科)、コマモナス属(属)、ペプトストレプトコッカス属(属)、アクチノマイセス・ビスコサス(種)、ビフィドバクテリウム属(属)、ビフィドバクテリウム科(科)、ロドスピリルム科(科)、ビフィドバクテリウム目(目)、タラソスピラ属(属)、ビフィドバクテリウム・ロンガム(種)、アグリゲイティバクター属(属)、ストレプトコッカス属種11aTha1(種)、フラボバクテリウム属(属)、クロノバクター・サカザキ(種)、スフィンゴバクテリア綱(綱)、ブルセラ科(科)、スフィンゴバクテリア目(目)、アッカーマンシア属(属)、ペプトニフィラス属種gpac018A(種)、シトロバクター属種BW4(種)、黄色ブドウ球菌(種)、ブレブンディモナス属(属)、カウロバクター科(科)、カウロバクター目(目)、アナエロバチルス・アルカリジアゾトロフィカス(種)、アナエロバチルス属(属)、アシネトバクター属種WB22−23(種)、シュードモナス属(属)、プレボテラ属(属)、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ(種)、アクネ菌(種)、ベイロネラ科(科)、レプトトリキア属(属)、ファスコラルクトバクテリウム属(属)、フラボバクテリウム科(科)、デルフチア属(属)、フラボバクテリウム綱(綱)、プレボテラ科(科)、ラクノスピラ科(科)、ドレア属(属)、フラボバクテリウム目(目)、パラバクテロイデス属(属)、ストレプトコッカス属種経口分類群G63(種)、アシダミノコッカス科(科)、ベイロネラ属種CM60(種)、ブドウ球菌属種C9I2(種)、フシカテニバクター・サッカリボランス(種)、フシカテニバクター属(属)、パラバクテロイデス・メルダエ(種)、コリンセラ・アエロファシエンス(種)、プロピオニバクテリウム属種KPL1844(種)、メチロバクテリウム・ロンガム(種)、ブドウ球菌属種C5I16(種)、エンテロコッカス・ラフィノーサス(種)、ベイロネラ
属(属)、ガンマプロテオバクテリア綱(綱)、エンテロコッカス属種SI−4(種)、エンテロバクター目(目)、エンテロバクター科(科)、オドリバクター属(属)、ルミノコッカス科(科)、デスルホビブリオ科(科)、ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム(種)、デスルホビブリオ目(目)、フィーカリバクテリウム属(属)、デルタプロテオバクテリア綱(綱)、メタノブレビバクター属(属)、オドリバクター・スプランクニカス(種)、サブドリグラヌルム・バリアビレ(種)、メタノブレビバクター・スミシー(種)、ラクトバチルス属7_1_47FAA(種)、メタノブレビバクター科(科)、ビロフィラ属(属)、メタノバクテリア目(目)、クロストリジウム科(科)、ユーリアーキオータ門(門)、メタノバクテリア綱(綱)、クライベラ属(属)、クライベラ・ジオルジアーナ(種)、ブラウティア・ファエシス(種)、コリンセラ属(属)、プレボテラ・チモネンシス(種)、アナエロスティペス属(属)、アナエロスティペス属種3_2_56FAA(種)、コリオバクテリウム科(科)、メガスファエラ属種DNF00912(種)、ラクトバチルス・ムコーサエ(種)、バクテロイデス・フラジリス(種)、ストレプトコッカス・エクイナス(種)、バクテロイデス・プレビウス(種)、プロピオニバクテリウム属種MSP09A(種)、ストレプトコッカス・パスツーリアヌス(種)、アナエロビブリオ属種765(種)、アッカーマンシア・ムシニフィラ(種)、ベイロネラ・ロゴサエ(種)、ブラウティア・グルセラセア(種)、アシダミノコッカス・インテスティニ(種)、プロピオニバクテリウム・グラヌローサム(種)、フソバクテリウム属種CM21(種)、ペディオコッカス属種MFC1(種)、ツリシバクター・サングイニス(種)、サルシナ・ベントリクリ(種)、ストレプトコッカス属種BS35a(種)、フソバクテリウム・ウルセランス(種)、モーガネラ・モーガニイ(種)、バクテロイデス・エガーシイ(種)、バクテロイデス・コプロコーラ(種)、バクテロイデス属種CB57(種)、ベイロネラ属種MSA12(種)、アサッカロスポラ・イレギュラリス(種)、ラクトバチルス属種C4I2(種)、パラバクテロイデス属種157(種)、エプロピスシウム属(属)、ストレプトコッカス属(属)、プロピオニバクテリウム属(属)、アナエロビブリオ属(属)、ブドウ球菌属(属)、ツリシバクター属(属)、アロプレボテラ属(属)、モルガネラ属(属)、アシダミノコッカス属(属)、サクシニビブリオ属(属)、アナエロフィルム属(属)、アサッカロスポラ属(属)、フィネゴルディア属(属)、アナエロコッカス属(属)、ストレプトコッカス科(科)、プロピオニバクテリウム科(科)、ブドウ球菌科(科)、スフィンゴバクテリア科(科)、サクシニビブリオ科(科)、デルマバクター科(科)、コリネバクテリウム科(科)、セレノモナス目(目)、ラクトバチルス目(目)、バシラス目(目)、プレウロカプサ目(目)、エアロモナス目(目)、バシラス綱(綱)、ネガティビコッカス綱(綱)、シアノバクテリア門(門)、バクテロイデス・ファインゴールディー(種)、アリスティペス・ピュトレディニス(種)、アシネトバクター綱(綱)、及びラクトバチルス科(科)のうちの少なくとも1つに関連する、ユーザーマイクロバイオーム組成特徴を含み、前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記ユーザーマイクロバイオーム組成特徴に基づいて、前記虫垂関連コンディションについての前記ユーザーの虫垂関連コンディションを判定することを含む、請求項21に記載の方法。 - 前記サンプルが、腸部位、皮膚部位、生殖器部位、口部位及び鼻部位のうちの少なくとも1つを含む、第1の身体部位に関連し、
前記ユーザーマイクロバイオーム組成特徴が、部位特異的組成特徴を含み、各々の部位特異的組成特徴が、前記第1の身体部位に関連し、
前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記部位特異的組成特徴に基づいて、前記虫垂関連コンディションについての前記ユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含み、
前記方法が、前記虫垂関連特性評価に基づいて、前記虫垂関連コンディションの向上を助長するための第1の部位特異的治療を前記ユーザーに提供するステップであって、前記第1の部位特異的治療が、前記第1の身体部位に関連する、ステップをさらに含む、
請求項22に記載の方法。 - 前記第1の部位特異的治療の提供後に前記ユーザーから治療後サンプルを収集するステップであって、前記治療後サンプルが、前記腸部位、前記皮膚部位、前記生殖器部位、前記口部位及び前記鼻部位のうちの少なくとも1つを含む第2の身体部位に関連する、ステップ;
前記第2の身体部位に関連する部位特異的特徴に基づいて、前記虫垂関連コンディションについての前記ユーザーの治療後虫垂関連特性評価を決定するステップ;及び
前記治療後虫垂関連特性評価に基づいて、前記虫垂関連コンディションの向上を助長するための第2の部位特異的治療を前記ユーザーに提供するステップであって、前記第2の部位特異的治療が、前記第2の身体部位に関連する、ステップ
をさらに含む、請求項23に記載の方法。 - 前記ユーザーマイクロバイオーム特徴を判定するステップが、腸部位と、ナイセリア科(科)、ナイセリア・ムコサ(種)、アグリゲイティバクター・アフロフィルス(種)、バクテロイデス・ユニフォルミス(種)、バクテロイデス・ブルガータス(種)、パラバクテロイデス・ディスタソニス(種)、メガスファエラ属(属)、プロテオバクテリア門(門)、ミクロコッカス科(科)、ストレプトコッカス・サーモフィルス(種)、ストレプトコッカス・パラサングイニス(種)、ゲメラ属(属)、クロストリジウム属(属)、アクチノマイセス・オドントリティカス(種)、アクチノマイセス目(目)、アクチノマイセス科(科)、ベータプロテオバクテリア綱(綱)、ゲメラ・モルビロルム(種)、ロチア属(属)、ラクトバチルス・クリスパタス(種)、シュードモナス目(目)、オキサロバクター科(科)、バークホルデリア目(目)、ゲメラ属種933−88(種)、ミクロコッカス目(目)、バクテロイデス・アシディファシェンス(種)、モギバクテリウム属(属)、バクテロイデス属種AR20(種)、バクテロイデス属種AR29(種)、バークホリデリア科(科)、エリュシペロトリクス科(科)、キサントモナス目(目)、シュードモナス科(科)、アクチノマイセス属種経口株Hal−1065(種)、ロゼブリア・インテスティナーリス(種)、ポルフィロモナス科(科)、シャトレワーシア属(属)、クロストリジウム綱(綱)、クロストリジウム目(目)、ペプトストレプトコッカス科(科)、ペプトコッカス科(科)、カルノバクテリウム科(科)、ディアリスター属種E2_20(種)、ナイセリア目(目)、メガスファエラ属ゲノム種C1(種)、モリエラ属(属)、シネルギステス門(門)、エリュシペロトリクス綱(綱)、エリュシペロトリクス目(目)、クロストリジウム目第XIII科所属不明(科)、ロセブリア属種11SE39(種)、Bacteroides sp. D22(種)、シネルギステス綱(綱)、シネルギステス目(目)、シネルギステス科(科)、ラクトバチルス属種TAB−22(種)、フラボニフラクター属(属)、サテレラ科(科)、アナエロスティペス属種5_1_63FAA(種)、ストレプトコッカス属種2011_経口_MS_A3(種)、ベイロネラ属種2011_経口_VSA_D3(種)、フィネゴルディア属種S9 AA1−5(種)、フレチバクテリウム属(属)、ブドウ球菌属種3348O2(種)、ペプトクロストリジウム属(属)、インテスチニバクター(属)、アシネトバクター属(属)、クレブシエラ属(属)、バクテロイデス・テタイオタオミクロン(種)、ブチリビブリオ属(属)、フソバクテリウム・ネクロゲネス(種)、ヘルバスピリルム属(属)、ハーバスピリラム・セロペディカエ(種)、ペディオコッカス属(属)、フィネゴルディア・マグナ(種)、ブラウティア・ハンセニイ(種)、エンテロコッカス・フェカリス(種)、ラクトコッカス・ラクチス(種)、バシラス属(属)、クロストリジウム・ディフィシル(種)、ブラウティア・ココイデス(種)、エリシペロトクロストリジウム・ラモーサム(種)、ワイセラ・コンフューザ(種)、ラクトバチルス・プランタルム(種)、ラクトバチルス・パラカセイ(種)、ビフィドバクテリウム・アドレセンティス(種)、ビフィドバクテリウム・ブレベ(種)、ビフィドバクテリウム・デンティウム(種)、ビフィドバクテリウム・アニマリス(種)、ビフィドバクテリウム・シュードカテヌラータム(種)、バクテロイデス・オバツス(種)、ペプトニフィラス・ラクリマリス(種)、アナエロコツカス・バギナリス(種)、ラーネラ属(属)、ビロフィラ・ワーズワーシア(種)、スネアチア・サングイネゲンス(種)、サクシニクラスティカム属(属)、スポロバクター属(属)、シュードブチリビブリオ・ルミニス(種)、ワイセラ属(属)、バクテロイデス・スターコリス(種)、ラクトバチルス・ラムノサス(種)、パントエア属(属)、ホールディマニア属(属)、ホールディマニア・フィリフォルミス(種)、サーモアナエロバクター目(目)、ビフィドバクテリウム・ガリクム(種)、ビフィドバクテリウム・プロラム(種)、ロイコノストック科(科)、エガセラ・レンタ(種)、パピリバクター属(属)、アナエロスティペス・カカエ(種)、シュードフラボニフラクター・カピロサス(種)、アナエロボラックス属(属)、パラスポロバクテリウム属(属)、パラスポロバクテリウム・パウシボランス(種)、オシロスピラ属(属)、オシロスピラ・グイリエルモンディイ(種)、アクチノマイセス・ツリセンシス(種)、アナエロシヌス属(属)、スネアチア属(属)、ブレビバクテリウム・パウシボランス(種)、ラクトバチルス属種CR−609S(種)、サーモアナエロバクター科(科)、バシラス科(科)、ゲルリア属(属)、アキドバクテリウム目(目)、バクテロイデス・マシリエンシス(種)、ロドシクルス目(目)、アナエロフスティス・ステルコリホミニス(種)、アリスティペス・ファインゴールディイ(種)、オシロスピラ科(科)、ペプトニフィラス属種2002−38328(種)、ヘスペリア属(属)、バクテロイデス属種35AE37(種)、マルビンブリアンチア属(属)、アナエロスポロバクター・モビリス(種)、アナエロフスティス属(属)、カタバクター属(属)、フラボニフラクター・プラウティ(種)、プロテイニフィルム属(属)、ロセブリア・ファエシス(種)、ストレプトコッカス属種S16−11(種)、バクテロイデス属種4072(種)、アリスティペス・シャーイイ(種)、バクテロイデス・インテスティナリス(種)、ラクトニファクター・ロンゴビフォルミス(種)、ビフィドバクテリウム・ツルミエンセ(種)、バクテロイデス・ドレイ(種)、バクテロイデス・キシラニソルベンス(種)、クロノバクター属(属)、アロスカルドビア属(属)、アロスカルドビア・オムニコレンス(種)、ラクトニファクター属(属)、カタバクター科(科)、アドレクロウチア・エクオリファシエンス(種)、アドレクロウチア属(属)、アリスティペス属種EBA6−25cl2(種)、バクテロイデス属種EBA5−17(種)、オシリバクター属(属)、ゴルドニバクター・パメラエアエ(種)、アリスティペス属種NML05A004(種)、パラサテレラ・エクスクレメンティホミニス(種)、ミツオケラ属種DJF_RR21(種)、ブチリシモナス属(属)、ビフィドバクテリウム・ステルコリス(種)、アリスティペス・インディスティンクタス(種)、ゴルドニバクター属(属)、アナエロスティペス・ハドラス(種)、クレブシエラ属種B12(種)、アリスティペス属種RMA 9912(種)、アナエロスポロバクター属(属)、バクテロイデス・ファエシス(種)、ブラウティア属種Ser5(種)、バクテロイデス・チンチラエ(種)、ビロフィラ属種4_1_30(種)、カルディコプロバクター科(科)、エンテロバクター属種UDC345(種)、ビフィドバクテリウム・ビアバティイ(種)、ペプトニフィラス属種1−14(種)、アリスティペス属種HGB5(種)、バクテロイデス属種SLC1−38(種)、ラクトバチルス属種Akhmro1(種)、クレブシエラ属種SOR89(種)、エンテロコッカス属種C6I11(種)、シュードフラボニフラクター属(属)、バクテロイデス属種dnLKV9(種)、メガスファエラ属種BV3C16−1(種)、フィーカリバクテリウム属フィーカリバクテリウム属種イヌ経口分類群147(種)、バリバキュラム属種CCUG 45114(種)、ブチリシモナス属種214−4(種)、アナエロスティペス・ラムノシボランス(種)、ネガティビコッカス属種S5−A15(種)、[コリンセラ属]マシリエンシス(種)、コリネバクテリウム属種jw37(種)、ロセブリア属種499(種)、ディアリスター属種S7MSR5(種)、アナエロコッカス属種S8 87−3(種)、フィネゴルディア属種S8 F7(種)、ムルドキエラ属種S9 PR−10(種)、ペプトニフィラス属種S9 PR−13(種)、バクテロイデス属種J1511(種)、コリネバクテリウム属種713182/2012(種)、ラーネラ属種BSP18(種)、インテスティニモナス属(属)、ロビンソニエラ属種KNHs210(種)、カンジダタス・ソレアフェレア(属)、ブチリシモナス・フェシホミニス(種)、セネガリマッシリア(属)、ペプトニフィラス属種DNF00840(種)、ロンバウツシア(属)、及びコプロバクター・セカンドゥス(種)のうちの少なくとも1つとに関連する、部位特異的組成特徴を、前記微生物データセットに基づいて判定することを含み、前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記部位特異的組成特徴に基づいて、前記虫垂関連コンディションについての前記ユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含む、請求項21に記載の方法。
- 前記ユーザーマイクロバイオーム特徴を判定するステップが、神経変性疾患、シグナル伝達分子及び相互作用、生体異物の生体内分解及び代謝、アスコルビン酸及びアルダン酸代謝、ハンチントン病、イノシトールリン酸代謝、プロパン酸代謝、デンプン及びショ糖代謝、カプロラクタム分解、細胞運動性及び分泌、バリン、ロイシン及びイソロイシン分解、トリプトファン代謝、I型糖尿病、フェニルアラニン代謝、セレン化合物代謝、リシン分解、多環式芳香族炭化水素分解、グリカン生合成及び代謝、腎細胞癌、ブタン酸代謝、原核生物における炭素固定経路、クエン酸回路(TCA回路)、リポ多糖生合成、RNA輸送、チアミン代謝、1,1,1−トリクロロ−2,2−ビス(4−クロロフェニル)エタン(DDT)分解、電子移動担体、筋萎縮性側索硬化症(ALS)、プリオン病、トルエン分解、及びアルファリノレイン酸代謝、[V]防御機構、[O]翻訳後修飾、タンパク質代謝回転及びシャペロン、[R]一般機能予測のみ、[I]脂質輸送及び代謝、[H]補酵素輸送及び代謝、エネルギー代謝、神経系、シグナル伝達、細胞プロセス及びシグナル伝達、翻訳、代謝、細胞成長及び死、内分泌系、アミノ酸代謝、補因子及びビタミンの代謝、複製及び修復、テルペノイド及びポリケチドの代謝、感染性疾患、アミノ酸関連酵素、光合成、パントテン酸塩及びCoA生合成、光合成タンパク質、グルタミン酸作動性シナプス、結核、二成分合成、アミノアシル−tRNA生合成、リボソーム、他のイオン共役輸送体、テルペノイド骨格生合成、細胞周期−カウロバクター属、他の輸送体、塩基除去修復、ペプチドグリカン生合成、コレラ菌病原性サイクル、リモネン及びピネン分解、分泌系、ヌクレオチド除去修復、翻訳因子、アラニン、アスパラギン酸及びグルタミン酸代謝、リボソーム生合成、その他(KEGG3)、真核生物におけるリボソーム新生、ポリケチド糖単位生合成、ストレプトマイシン生合成、相同組換え、酸化的リン酸化、機能不明、光合成生物における炭素固定、細胞骨格タンパク質、DNA修正及び組換えタンパク質、無機イオン輸送体及び代謝、アミノ酸代謝、ゲラニオール分解、タンパク質核外輸送、フェニルアラニン、チロシン及びトリプトファン生合成、リシン生合成、エチルベンゼン分解、転写機構、RNAポリメラーゼ、バンコマイシン群抗生物質の生合成、ミスマッチ修復、ナフタレン分解、ピリミジン代謝、D−グルタミン及びD−グルタミン酸代謝、ゼアチン生合成、K02004(KEGG4)、並びにK03100(KEGG4)のうちの少なくとも1つに関連する、ユーザーマイクロバイオーム機能的特徴を、前記微生物データセットに基づいて判定することを含み、前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記ユーザーマイクロバイオーム機能的特徴及び前記部位特異的組成特徴に基づいて、前記虫垂関連コンディションについての前記ユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含む、請求項25に記載の方法。
- 前記ユーザーマイクロバイオーム特徴を判定するステップが、皮膚部位と、シュードモナス属(属)、ナイセリア科(科)、パラバクテロイデス・ディスタソニス(種)、プレボテラ属(属)、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ(種)、ストレプトコッカス・パラサングイニス(種)、アクネ菌(種)、ベイロネラ科(科)、レプトトリキア属(属)、ファスコラルクトバクテリウム属(属)、フラボバクテリウム科(科)、デルフチア属(属)、フラボバクテリウム綱(綱)、プレボテラ科(科)、ラクノスピラ科(科)、ペプトストレプトコッカス科(科)、ドレア属(属)、フラボバクテリウム目(目)、ナイセリア目(目)、パラバクテロイデス属(属)、ストレプトコッカス属経口分類群G63(種)、アシダミノコッカス科(科)、ベイロネラ属種CM60(種)、ブドウ球菌属種C9I2(種)、レプトトリキア科(科)、フシカテニバクター・サッカリボランス(種)、フシカテニバクター属(属)、ブドウ球菌属種3348O2(種)、パラバクテロイデス・メルダエ(種)、コリンセラ・アエロファシエンス(種)、スフィンゴバクテリア綱(綱)、スフィンゴバクテリア目(目)、ペプトニフィラス属種1−14(種)、アナエロバチルス属(属)、プロピオニバクテリウム属種KPL1844(種)、メチロバクテリウム・ロンガム(種)、及びブドウ球菌属種C5I16(種)のうちの少なくとも1つとに関連する、部位特異的組成特徴を、前記微生物データセットに基づいて判定することを含み、前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記部位特異的組成特徴に基づいて、前記虫垂関連コンディションについての前記ユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含む、請求項21に記載の方法。
- 前記ユーザーマイクロバイオーム特徴を判定するステップが、生殖器部位と、ゲメラ属(属)、ベイロネラ・アティピカ(種)、ディアリスター・ニューモシンテス(種)、ラクトバチルス・クリスパタス(種)、フィロバクテリウム科(科)、アクアバクテリウム属(属)、アナエログロブス属(属)、アナエログロブス・ゲミナツス(種)、オクトバクテリウム属(属)、モビルンカス・クルティシイ(種)、アクチノマイセス・ノウイイ(種)、アナエロコッカス・ラクトリティカス(種)、ラクトバチルス・ジョンソニイ(種)、ウェルコミクロビウム目(目)、ウェルコミクロビウム門(門)、ウェルコミクロビウム網(綱)、ウェルコミクロビウム科(科)、ディアリスター・サクシナティフィラス(種)、アトポビウム属種F0209(種)、コリネバクテリウム・フレイブルゲンセ(種)、ラクトバチルス属種Akhmro1(種)、アナエロコッカス属種9401487(種)、メソリゾビウム属(属)、ラクトバチルス・ロイテリ(種)、メガスファエラ属種UPII 199−6(種)、ラクトバチルス属種C30An8(種)、ペプトコッカス属種S9 Pr−12(種)、及びヘルココッカス・シアトレンシス(種)のうちの少なくとも1つとに関連する、部位特異的組成特徴を、前記微生物データセットに基づいて判定することを含み、前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記部位特異的組成特徴に基づいて、前記虫垂関連コンディションについての前記ユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含む、請求項21に記載の方法。
- 前記ユーザーマイクロバイオーム特徴を判定するステップが、口部位と、モラクセラ科(科)、モラクセラ属(属)、エイケネラ属(属)、エイケネラ・コローデンス(種)、バゴコッカス属(属)、フィロバクテリウム属(属)、ベイロネラ・ディスパー(種)、サテレラ・ワズワースエンシス(種)、ジョンソネラ・イグナバ(種)、バクテロイデス・アシディファシェンス(種)、レプトトリキア・ホフスタディイ(種)、レプトトリキア・シャーイイ(種)、カプノサイトファーガ属種AHN9756(種)、バージイエラ属種AF14(種)、オルセネラ属種F0004(種)、バクテロイデス属種D22(種)、フィロバクテリウム属種T50(種)、アクチノマイセス属種ICM47(種)、フソバクテリウム属種AS2(種)、及びレプトトリキア科(科)のうちの少なくとも1つとに関連する、部位特異的組成特徴を、前記微生物データセットに基づいて判定することを含み、前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記部位特異的組成特徴に基づいて、前記虫垂関連コンディションについての前記ユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含む、請求項21に記載の方法。
- 前記ユーザーマイクロバイオーム特徴を判定するステップが、鼻部位と、コマモナス属(属)、ペプトストレプトコッカス属(属)、アクチノマイセス・ビスコサス(種)、アクチノマイセス・オドントリティカス(種)、ビフィドバクテリウム属(属)、ビフィドバクテリウム科(科)、ロドスピリルム科(科)、ビフィドバクテリウム目(目)、ロゼブリア・インテスティナーリス(種)、タラソスピラ属(属)、ビフィドバクテリウム・ロンガム(種)、アグリゲイティバクター属(属)、ストレプトコッカス属種11aTha1(種)、サテレラ科(科)、フラボバクテリウム属(属)、オクトバクテリウム属(属)、クロノバクター・サカザキ(種)、アナエロコツカス・バギナリス(種)、スフィンゴバクテリア綱(綱)、ブルセラ科(科)、スフィンゴバクテリア目(目)、アッカーマンシア属(属)、ペプトニフィラス属種gpac018A(種)、シトロバクター属種BW4(種)、クロノバクター属(属)、コリネバクテリウム属種jw37(種)、黄色ブドウ球菌(種)、ブレブンディモナス属(属)、カウロバクター科(科)、カウロバクター目(目)、アナエロバチルス・アルカリジアゾトロフィカス(種)、アナエロバチルス属(属)、及びアシネトバクター属種WB22−23(種)のうちの少なくとも1つとに関連する、部位特異的組成特徴を、前記微生物データセットに基づいて判定することを含み、前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記部位特異的組成特徴に基づいて、前記虫垂関連コンディションについての前記ユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含む、請求項21に記載の方法。
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