KR20180088057A - 혈관면역아세포성 t 세포 림프종 진단용 마커 및 이의 용도 - Google Patents

혈관면역아세포성 t 세포 림프종 진단용 마커 및 이의 용도 Download PDF

Info

Publication number
KR20180088057A
KR20180088057A KR1020170012626A KR20170012626A KR20180088057A KR 20180088057 A KR20180088057 A KR 20180088057A KR 1020170012626 A KR1020170012626 A KR 1020170012626A KR 20170012626 A KR20170012626 A KR 20170012626A KR 20180088057 A KR20180088057 A KR 20180088057A
Authority
KR
South Korea
Prior art keywords
ctla4
gene
cell lymphoma
protein
mrna
Prior art date
Application number
KR1020170012626A
Other languages
English (en)
Other versions
KR102089371B1 (ko
Inventor
고영혜
유해용
김원석
이상혁
Original Assignee
사회복지법인 삼성생명공익재단
이화여자대학교 산학협력단
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 사회복지법인 삼성생명공익재단, 이화여자대학교 산학협력단 filed Critical 사회복지법인 삼성생명공익재단
Priority to KR1020170012626A priority Critical patent/KR102089371B1/ko
Publication of KR20180088057A publication Critical patent/KR20180088057A/ko
Application granted granted Critical
Publication of KR102089371B1 publication Critical patent/KR102089371B1/ko

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57407—Specifically defined cancers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
    • G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
    • G01N2333/705—Assays involving receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • G01N2333/70503—Immunoglobulin superfamily, e.g. VCAMs, PECAM, LFA-3
    • G01N2333/70521—CD28, CD152

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

본 발명은 혈관면역아세포성 T 세포 림프종 진단용 마커 및 이의 용도에 관한 것으로서, 보다 구체적으로는 CTLA4(cytotoxic T-lymphocyte associated protein 4) 및 CD28 유전자 또는 상기 유전자가 코딩하는 단백질을 포함하는 혈관면역아세포성 T 세포 림프종 진단용 마커 조성물, 상기 유전자 또는 단백질 수준을 측정하는 제제를 포함하는 혈관면역아세포성 T 세포 림프종 진단용 조성물, 및 혈관면역아세포성 T 세포 림프종 진단을 위한 정보제공방법 등에 관한 것이다.
본 발명에 따른 혈관면역아세포성 T 세포 림프종 진단기술은 CTLA4 및 CD28 유전자의 발현수준 또는 복제수(copy number)를 측정하여 다른 아형의 오진 가능성을 최소화하면서 혈관면역아세포성 T-세포 림프종을 정확히 진단할 수 있는바, 혈관면역아세포성 T-세포 림프종의 치료효과를 높이는데 유용하게 이용될 수 있을 것으로 기대된다.

Description

혈관면역아세포성 T 세포 림프종 진단용 마커 및 이의 용도{Markers for diagnosis angioimmunoblastic T cell lymphoma and uses thereof}
본 발명은 혈관면역아세포성 T 세포 림프종 진단용 마커 및 이의 용도에 관한 것으로서, 보다 구체적으로는 CTLA4(cytotoxic T-lymphocyte associated protein 4) 및 CD28 유전자 또는 상기 유전자가 코딩하는 단백질을 포함하는, 혈관면역아세포성 T 세포 림프종 진단용 마커 조성물, 상기 유전자 또는 단백질 수준을 측정하는 제제를 포함하는, 혈관면역아세포성 T 세포 림프종 진단용 조성물, 및 혈관면역아세포성 T 세포 림프종 진단을 위한 정보제공방법 등에 관한 것이다.
말초 T 세포 림프종(peripheral T-cell lymphoma)은 T 세포의 악성 종양이며, 이 중 혈관면역아세포성 T세포 림프종 (angioimmunoblstic T-cell lymphoma; AITL)은 주로 림프절을 침범하는 T세포에서 유발하는 여러 T 세포 림프종들 가운데, 말초 혈액에서 면역 기능을 보조하는 CD4 항원 양성의 림프구 (peripheral CD4+ helper T-cell)에서 유래하는, 전체적으로는 드문 편이지만 말초 T세포 림프종 중에서는 비교적 흔한 림프종의 한 종류이다.
정상 림프절 구조의 부분적인 소실 및 다형의 세포 침윤과 혈관 증식이라는 특징적인 조직학적 소견을 보이고 주로 중년층 이상의 연령에서 전신적인 림프절 종대, 간비종대 및 발열과 피부병변 등의 임상상을 나타내면서 빈혈, 호산구혈증, Coombs' test 양성 및 고감마글로불린혈증 등의 면역학적 이상을 수반하는 특징을 보인다. 혈관면역아세포성 T-세포 림프종은 보고자에 따라 다소의 차이는 있으나 5년 생존율 30~35%, 중앙생존기간 36개월 미만으로 비호지킨 림프종의 다른 아형에 비해 불량한 예후를 보이는데, 이는 질환의 특징적인 조직학적 소견은 있으나, 다른 아형의 악성림프종과 상당한 형태학적인 중복이 있고, 질환의 특징적인 표현형 또는 분자학적 표지자가 없기 때문에 진단이 지연되거나 오진이 되는 것이 주요 원인 중 하나로 지적되고 있다.
최근에는 이 질환의 생태에 대한 이해와 다른 질환과의 조기감별을 위한 혈관면역아세포성 T-세포 림프종에서의 악성 T-세포의 특징적인 표지자발현 등에 대한연구가 활발하지만(Attygalle A, Al-Jehani R, Diss TC, et al. Neoplastic T cells in angioimmunoblastic T-cell lymphoma express CD10. Blood 2002;99:627-33), 국내의 경우 혈관면역아세포성 T-세포 림프종의 낮은 질환 빈도로 말미암아 이 질환에 대한 우리나라 고유한 임상적 특성 및 치료성적, 예후인자 등에 대한 보고가 미흡한 실정이다.
따라서 다른 아형의 오진 가능성을 최소화하면서 혈관면역아세포성 T-세포 림프종을 정확히 진단하는 방법은 매우 중요하므로, 이에 대한 연구 및 기술개발이 요구된다.
본 발명자들은 혈관면역아세포성 T 세포 림프종(angioimmunoblastic TCL; AITL)을 진단할 수 있는 바이오마커를 발굴하기 위해 예의 연구한 결과, 혈관면역아세포성 T 세포 림프종 환자에서 CTLA4 및 CD28 각 유전자의 복제수(copy number) 증가 및 각 유전자의 과발현을 확인함으로써 본 발명을 완성하였다.
이에, 본 발명은 CTLA4(cytotoxic T-lymphocyte associated protein 4) 및 CD28 유전자, 또는 상기 유전자가 코딩하는 단백질을 포함하는, 혈관면역아세포성 T 세포 림프종 진단용 마커 조성물을 제공하는 것을 목적으로 한다.
또한, 본 발명은 CTLA4 및 CD28 유전자의 mRNA 또는 상기 유전자가 코딩하는 단백질의 발현수준을 측정하는 제제를 포함하는, 혈관면역아세포성 T 세포 림프종 진단용 조성물을 제공하는 것을 다른 목적으로 한다.
또한, 본 발명은 인간 피검체 유래의 생물학적 시료에 대하여, i) CTLA4 및 CD28 유전자의 mRNA, 또는 상기 유전자가 코딩하는 단백질 수준을 측정하거나 ii) CTLA4 및 CD28 유전자의 복제수(copy number)를 측정하는 단계를 포함하는, 혈관면역아세포성 T 세포 림프종 진단을 위한 정보제공방법을 제공하는 것을 또 다른 목적으로 한다.
또한, 본 발명은
(1) In vitro 상에서 세포에 후보물질을 처리하는 단계;
(2) 상기 세포에서 i) CTLA4 및 CD28 유전자의 mRNA 또는 이의 단백질의 발현수준 또는 ii) CTLA4 및 CD28 유전자의 복제수(copy number)를 측정하는 단계; 및
(3) 후보물질 비처리군에 비해 상기 CTLA4 및 CD28 유전자의 mRNA 또는 이의 단백질의 발현수준, 또는 상기 CTLA4 및 CD28 유전자의 복제수(copy number)를 감소시키는 물질을 치료물질로 선정하는 단계를 포함하는, 혈관면역아세포성 T 세포 림프종 치료제 스크리닝 방법을 제공하는 것을 또 다른 목적으로 한다.
그러나 본 발명이 이루고자 하는 기술적 과제는 이상에서 언급한 과제에 제한되지 않으며, 언급되지 않은 또 다른 과제들은 아래의 기재로부터 당업자에게 명확하게 이해될 수 있을 것이다.
상기 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 CTLA4(cytotoxic T-lymphocyte associated protein 4) 및 CD28 유전자, 또는 상기 유전자가 코딩하는 단백질을 포함하는, 혈관면역아세포성 T 세포 림프종 진단용 마커 조성물을 제공한다.
또한, 본 발명은 CTLA4(cytotoxic T-lymphocyte associated protein 4) 및 CD28 유전자의 mRNA 또는 상기 유전자가 코딩하는 단백질의 발현수준을 측정하는 제제를 포함하는, 혈관면역아세포성 T 세포 림프종 진단용 조성물을 제공한다.
본 발명의 일 구현예로, 상기 유전자의 mRNA의 수준을 측정하는 제제는 유전자의 mRNA에 상보적으로 결합하는 센스 및 안티센스 프라이머, 또는 프로브일 수 있다.
본 발명의 다른 구현예로, 상기 단백질의 수준을 측정하는 제제는 상기 단백질에 특이적으로 결함하는 항체일 수 있다.
또한, 본 발명은 상기 조성물을 포함하는 혈관면역아세포성 T 세포 림프종 진단용 키트를 제공한다.
또한, 본 발명은 인간 피검체 유래의 생물학적 시료에 대하여, i) CTLA4 및 CD28 유전자의 mRNA, 또는 상기 유전자가 코딩하는 단백질 수준을 측정하거나 ii) CTLA4 및 CD28 유전자의 복제수(copy number)를 측정하는 단계를 포함하는, 혈관면역아세포성 T 세포 림프종 진단을 위한 정보제공방법을 제공한다.
본 발명의 일 구현예로, 상기 mRNA 수준 또는 복제수는 중합효소연쇄반응(PCR), 역전사 중합효소연쇄반응(RT-PCR) 또는 실시간 중합효소연쇄반응(Real-time PCR)의 방법을 통해 측정될 수 있다.
본 발명의 다른 구현예로, 상기 단백질 발현수준은 웨스턴 블롯팅(western blotting), 방사선면역분석법(radioimmunoassay; RIA), 방사 면역 확산법(radioimmunodiffusion), 효소면역분석법(ELISA), 면역침강법(immunoprecipitation), 유세포분석법(flow cytometry), 또는 면역형광염색법(immunofluorescnce)을 통해 측정될 수 있다.
또한, 본 발명은
(1) In vitro 상에서 세포에 후보물질을 처리하는 단계;
(2) 상기 세포에서 i) CTLA4 및 CD28 유전자의 mRNA 또는 이의 단백질의 발현수준 또는 ii) CTLA4 및 CD28 유전자의 복제수(copy number)를 측정하는 단계; 및
(3) 후보물질 비처리군에 비해 상기 CTLA4 및 CD28 유전자의 mRNA 또는 이의 단백질의 발현수준, 또는 상기 CTLA4 및 CD28 유전자의 복제수(copy number)를 감소시키는 물질을 치료물질로 선정하는 단계를 포함하는, 혈관면역아세포성 T 세포 림프종 치료제 스크리닝 방법을 제공한다.
본 발명의 일 구현예로, 상기 후보물질은 핵산, 화합물, 미생물 배양액 또는 추출물, 천연물 추출물, 펩타이드, 기질 유사체, 압타머(aptamer), 및 항체로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다.
본 발명의 다른 구현예로, 상기 핵산은 siRNA, shRNA, microRNA, 안티센스 RNA, 앱타머(aptamer), LNA(locked nucleic acid), PNA(peptide nucleic acid), 및 모폴리노(morpholino)로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다.
본 발명에 따른 혈관면역아세포성 T 세포 림프종 진단기술은 CTLA4 및 CD28 유전자의 발현수준 또는 복제수(copy number)를 측정하여 다른 아형의 오진 가능성을 최소화하면서 혈관면역아세포성 T-세포 림프종을 정확히 진단할 수 있는바, 혈관면역아세포성 T-세포 림프종의 치료효과를 높이는데 유용하게 이용될 수 있을 것으로 기대된다.
도 1a 및 도 1b는 AITL 환자에서 CTLA4 및 CD28의 복제수(copy number) 변화를 quantitative-PCR를 통해 확인한 결과이다.
도 2는 AITL 환자에서 CTLA4 및 CD28의 발현 수준 변화를 quantitative-PCR를 통해 확인한 결과이다.
본 발명은 CTLA4(cytotoxic T-lymphocyte associated protein 4) 및 CD28 유전자, 또는 상기 유전자가 코딩하는 단백질을 포함하는, 혈관면역아세포성 T 세포 림프종 진단용 마커 조성물을 제공한다.
또한, 본 발명은 CTLA4(cytotoxic T-lymphocyte associated protein 4) 및 CD28 유전자의 mRNA 또는 상기 유전자가 코딩하는 단백질의 발현수준을 측정하는 제제를 포함하는, 혈관면역아세포성 T 세포 림프종 진단용 조성물 및 이를 포함하는 혈관면역아세포성 T 세포 림프종 진단용 키트를 제공한다.
본 발명자들은 혈관면역아세포성 T 세포 림프종과 CTLA4 및 CD28 각 유전자의 복제수(copy number) 및 발현 수준이 밀접한 연관성이 있음을 규명하였다.
본 발명의 일 실시예에서는 AITL 환자의 샘플에서 CTLA4 및 CD28 유전자의 복제수(copy number)를 측정한 결과, CD-28-CTLA4 융합 유전자가 발현된 융합-양성의 AITL 환자의 경우 CTLA4 및 CD28 유전자의 복제수(copy number)가 유의적으로 증가함을 확인하였다(실시예 1).
본 발명의 다른 실시예에서는 AITL 환자의 샘플에서 CTLA4 및 CD28의 mRNA 발현 수준을 확인한 결과, CD-28-CTLA4 융합 유전자가 발현된 융합-양성의 AITL 환자에서 CD28 및 CTLA4의 mRNA 발현이 유의적으로 증가함을 확인하였다(실시예 2).
상기 결과들을 통해 CTLA4 및 CD28 유전자 또는 상기 유전자가 암호화하는 단백질이 혈관면역아세포성 T 세포 림프종의 진단을 위한 마커로 이용될 수 있음을 알 수 있다.
본 발명에서, 상기 CTLA4 및 CD28 유전자의 mRNA 수준을 측정하는 제제는 mRNA에 상보적으로 결합하는 센스 및 안티센스 프라이머, 또는 프로브일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 사용되는 용어, "프라이머"란 DNA 합성의 기시점이 되는 짧은 유전자 서열로써, 진단, DNA 시퀀싱 등에 이용할 목적으로 합성된 올리고뉴클레오티드를 의미한다. 상기 프라이머들은 통상적으로 15 내지 30 염기쌍의 길이로 합성하여 사용할 수 있으나, 사용 목적에 따라 달라질 수 있으며, 공지된 방법으로 메틸화, 캡화 등으로 변형시킬 수 있다.
본 발명에서 사용되는 용어, "프로브"란 효소 화학적인 분리정제 또는 합성과정을 거쳐 제작된 수 염기 내지 수백 염기길이의 mRNA와 특이적으로 결합할 수 있는 핵산을 의미한다. 방사성 동위원소나 효소 등을 표지하여 mRNA의 존재 유무를 확인할 수 있으며, 공지된 방법으로 디자인하고 변형시켜 사용할 수 있다.
상기 단백질 수준을 측정하는 제제는 유전자가 코딩하는 단백질에 특이적으로 결합하는 항체일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 사용되는 용어, "항체"는 면역학적으로 특정 항원과 반응성을 갖는 면역글로불린 분자를 포함하며, 단클론(monoclonal) 항체 및 다클론(polyclonal) 항체를 모두 포함한다. 또한, 상기 항체는 키메라성 항체(예를 들면, 인간화 뮤린 항체) 및 이종결합항체(예를 들면, 양특이성 항체)와 같은 유전공학에 의해 생산된 형태를 포함한다.
본 발명의 혈관면역아세포성 T 세포 림프종 진단용 키트는 분석 방법에 적합한 한 종류 또는 그 이상의 다른 구성성분 조성물, 용액 또는 장치로 구성될 수 있다.
예컨대, 본 발명의 키트는 PCR을 수행하기 위해, 분석하고자 하는 시료로부터 유래된 게놈 DNA, 본 발명의 마커 유전자에 대해 특이적인 프라이머 세트, 적당량의 DNA 중합 효소, dNTP 혼합물, PCR 완충용액 및 물을 포함하는 키트일 수 있다. 상기 PCR 완충용액은 KCl, Tris-HCl 및 MgCl2를 함유할 수 있다. 이외에 PCR 산물의 증폭 여부를 확인할 수 있는 전기영동 수행에 필요한 구성 성분들이 본 발명의 키트에 추가로 포함될 수 있다.
또한, 본 발명의 키트는 RT-PCR을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 키트일 수 있다. RT-PCR 키트는 마커 유전자에 대한 특이적인 각각의 프라이머 쌍 외에도 테스트 튜브 또는 다른 적절한 컨테이너, 반응 완충액, 데옥시뉴클레오티드(dNTPs), Taq-폴리머레이즈 및 역전사 효소와 같은 효소, DNase, RNase 억제제, DEPC-수(DEPC-water), 멸균수 등을 포함할 수 있다. 또한 정량 대조군으로 사용되는 유전자에 특이적인 프라이머 쌍을 포함할 수 있다.
또한, 본 발명의 키트는 DNA 칩을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 키트일 수 있다. DNA 칩 키트는, 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA가 프로브로 부착되어 있는 기판을 포함하고, 기판은 정량구조 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA를 포함할 수 있다. 또한, 본 발명의 키트는 본 발명의 마커 유전자가 고정화되어 있는 기판을 갖는 마이크로어레이 형태일 수 있다.
본 발명의 다른 양태로서, 본 발명은 인간 피검체 유래의 생물학적 시료에 대하여, i) CTLA4 및 CD28 유전자의 mRNA, 또는 상기 유전자가 코딩하는 단백질 수준을 측정하거나 ii) CTLA4 및 CD28 유전자의 복제수(copy number)를 측정하는 단계를 포함하는, 혈관면역아세포성 T 세포 림프종 진단을 위한 정보제공방법을 제공한다.
상기 mRNA의 발현수준 및 복제수는 당업계에 알려진 통상적인 방법으로 중합효소연쇄반응(PCR), 역전사 중합효소연쇄반응(RT-PCR), 실시간 중합효소연쇄반응등의 방법을 통해 측정될 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
상기 단백질 발현수준은 당업계에 알려진 통상적인 방법으로 웨스턴 블롯팅(western blotting), 방사선면역분석법(radioimmunoassay; RIA), 방사 면역 확산법(radioimmunodiffusion), 효소면역분석법(ELISA), 면역침강법(immunoprecipitation), 유세포분석법(flow cytometry), 면역형광염색법(immunofluorescence) 등의 방법을 통해 측정될 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
본 발명의 또 다른 양태로서, 본 발명은 하기의 단계를 포함하는 혈관면역아세포성 T 세포 림프종 치료제 스크리닝 방법을 제공한다.
(1) In vitro 상에서 세포에 후보물질을 처리하는 단계;
(2) 상기 세포에서 i) CTLA4 및 CD28 유전자의 mRNA 또는 이의 단백질의 발현수준, 또는 ii) CTLA4 및 CD28 유전자의 복제수(copy number)를 측정하는 단계; 및
(3) 후보물질 비처리군에 비해 상기 CTLA4 및 CD28 유전자의 mRNA 또는 이의 단백질의 발현수준, 또는 CTLA4 및 CD28 유전자의 복제수(copy number)를 감소시키는 물질을 치료물질로 선정하는 단계를 포함하는, 혈관면역아세포성 T 세포 림프종 치료제 스크리닝 방법.
상기 후보물질은 화합물, 미생물 배양액 또는 추출물, 천연물 추출물, 핵산, 및 펩타이드로 이루어진 군으로부터 선택되는 것일 수 있고, 상기 핵산은 바람직하게 siRNA, shRNA, microRNA, 안티센스 RNA, 앱타머(aptamer), LNA(locked nucleic acid), PNA(peptide nucleic acid), 및 모폴리노(morpholino)로 이루어진 군으로부터 선택되는 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
이하, 본 발명의 이해를 돕기 위하여 바람직한 실시예를 제시한다. 그러나 하기의 실시예는 본 발명을 보다 쉽게 이해하기 위하여 제공되는 것일 뿐, 하기 실시예에 의해 본 발명의 내용이 한정되는 것은 아니다.
[실시예]
실시예 1. 환자 샘플 준비
모든 AITL 환자 샘플은 헬싱키 선언 및 삼성의료센터 제도 검토위원회가 승인하에 얻었으며, 구체적인 AITL 환자의 임상 정보는 하기 표 1에 나타내었다.
case no. Diagnosis Age Gender Tissue of origin CD-28-CTLA4 fusion
1 AITL 66 M Lymph node N
2 AITL 64 M Lymph node N
3 AITL 28 F Lymph node P
4 AITL 59 M Lymph node P
5 AITL 76 F Lymph node P
6 AITL 72 M Lymph node P
7 AITL 67 M Lymph node P
8 AITL 59 M Lymph node P
9 AITL 52 M Lymph node P
10 AITL 42 M Lymph node P
11 AITL 60 F Lymph node N
12 AITL 53 F Lymph node P
13 AITL 67 M Lymph node N
14 AITL 57 F Lymph node P
15 AITL 58 M Lymph node N
16 AITL 62 M Lymph node P
17 AITL 51 M Lymph node P
18 AITL 60 F Lymph node P
19 AITL 57 F Lymph node P
20 AITL 47 M Lymph node P
21 AITL 50 F Lymph node N
22 AITL 58 M Lymph node N
23 AITL 67 M Lymph node N
24 AITL 75 M Lymph node P
25 AITL 64 M Lymph node N
26 AITL 74 M Lymph node P
27 AITL 72 M Lymph node N
28 AITL 75 M Lymph node N
29 AITL 62 M Lymph node P
30 AITL 38 M Lymph node N
31 AITL 54 M Lymph node P
32 AITL 57 M Lymph node P
33 AITL 65 M Lymph node P
34 AITL 41 F Lymph node N
35 AITL 77 M Lymph node N
36 AITL 78 M Lymph node N
37 AITL 79 M Lymph node N
38 AITL 57 M Lymph node P
39 AITL 73 F Lymph node N
40 AITL 70 M Lymph node P
41 AITL 63 M Lymph node P
42 AITL 60 F Lymph node P
43 AITL 77 M Lymph node N
44 AITL 56 M Lymph node N
45 AITL 48 M Lymph node N
실시예 2. AITL 환자에서 CTLA4 및 CD28의 복제수 (copy number) 변화 확인
상기 실시예 1에서 준비된 AITL 환자의 샘플에서 CTLA4 및 CD28 유전자의 복제수(copy number) 변화를 quantitative-PCR를 통해 확인하였다. 이때, 사용된 프라이머의 구체적인 정보는 하기 표 2에 나타내었다.
구분 서열정보(5'- 3') 서열번호
CD28_gQ1
 F 5'-AGGCATTGATGAGGATACGC-3' 1
R 5'-TTCTATCCCTTGCCATGACC-3' 2
CD28_gQ2
 F 5'-AGGGATGGGTTACAGCACAG-3' 3
R 5'-GAGTTCGAGGAAGCCAGTTG-3' 4
CD28_gQ3
 F 5'-CGGTGAGCAAGCAGAATACA-3' 5
R 5'-GGAAGAGCAACCAACTCCAG-3' 6
CD28_gQ4
 F 5'-GGCCCACATTCCAACTTACC-3' 7
R 5'-GGGAAGAGGCTCCCAGAATC-3' 8
CD28_gQ5
 F 5'-TCCAATCAGACCAGGTAGGAGC-3' 9
R 5'-CCACAACCCACTTTGGATCTCC-3' 10
CD28_gQ6
 F 5'-CACAGGCATGTTCCTACCTCAGG-3' 11
R 5'-GGACCTGAAGGGTGACGAGG-3' 12
CTLA4_gQ1
 F 5'-CTCACTATCCAAGGACTGAGGGC-3' 13
R 5'-CTGGGTTCCGTTGCCTATGC-3' 14
CTLA4_gQ2
 F 5'-TGCAATTTAGGGGTGGACCT-3' 15
R 5'-AGAATCTGGGCACGGTTCTGGAT-3' 16
CTLA4_gQ3
 F 5'-CCATCACCTGGAAGTCACCT-3' 17
R 5'-CCCAGTCAAGCAAACTGGAT-3' 18
CTLA4_gQ4
 F 5'-CAGGGAAGTTTTGTGGAGGA-3' 19
R 5'-CACAATTCCACGCAATCAAG-3' 20
β-actin_gQ
 F 5'-TGAGCCTCATCTCCCACGTA-3' 21
R 5'-TCTCAGCCAGCACCATGACT-3' 22
그 결과, 도 1a 및 도 1b에 나타낸 바와 같이, AITL 환자의 샘플에서 CTLA4 및 CD28 유전자의 복제수(copy number)가 증가함을 확인하였다. 특히, CD-28-CTLA4 융합 유전자가 발현된 융합-양성의 AITL 환자의 경우 CTLA4 및 CD28 유전자의 복제수(copy number)가 유의적으로 증가함을 확인하였다.
실시예 3. AITL 환자에서 CTLA4 및 CD28의 발현 수준 변화 확인
상기 실시예 1에서 준비된 AITL 환자의 샘플에서 CTLA4 및 CD28 유전자의 mRNA 발현 수준을 quantitative-PCR를 통해 확인하였다. 이때, 사용된 프라이머의 구체적인 정보는 하기 표 3에 나타내었다.
구분 서열번호(5'- 3') 서열번호
CD28_cQ
 F 5'-ACAATGCGGTCAACCTTAGC-3' 23
R 5'-ACCTGAAGCTGCTGGGAGTA-3' 24
CTLA4_cQ
 F 5'-GTGCCCAGATTCTGACTTCC-3' 25
R 5'-CTGGCTCTGTTGGGGGCATTTTC-3' 26
Fusion_cQ
 F 5'-CAGCAGTTAGTTCGGGGTTG-3' 27
R 5'-GCGGGGAGTCATGTTCATGT-3' 28
β-actin_cQ
 F 5'-CCAACCGCGAGAAGATGACC-3' 29
R 5'-GGTCCAGACGCAGGATGGC-3' 30
그 결과, 도 2에 나타낸 바와 같이, AITL 환자의 샘플에서 CTLA4 및 CD28의 mRNA 발현이 증가함을 확인하였다. 특히, CD-28-CTLA4 융합 유전자가 발현된 융합-양성의 AITL 환자의 경우 CD28 및 CTLA4의 mRNA 발현이 융합-양성 환자에서 각각 약 3 및 7 배 더 증가함을 확인하였다.
전술한 본 발명의 설명은 예시를 위한 것이며, 본 발명이 속하는 기술분야의 통상의 지식을 가진 자는 본 발명의 기술적 사상이나 필수적인 특징을 변경하지 않고서 다른 구체적인 형태로 쉽게 변형이 가능하다는 것을 이해할 수 있을 것이다. 그러므로 이상에서 기술한 실시예들은 모든 면에서 예시적인 것이며 한정적이 아닌 것으로 이해해야만 한다.
<110> SAMSUNG LIFE PUBLIC WELFARE FOUNDATION <120> Markers for diagnosis angioimmunoblastic T cell lymphoma and uses thereof <130> PD17-009 <160> 30 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CD28_gQ1 F <400> 1 aggcattgat gaggatacgc 20 <210> 2 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CD28_gQ1 R <400> 2 ttctatccct tgccatgacc 20 <210> 3 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CD28_gQ2 F <400> 3 agggatgggt tacagcacag 20 <210> 4 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CD28_gQ2 R <400> 4 gagttcgagg aagccagttg 20 <210> 5 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CD28_gQ3 F <400> 5 cggtgagcaa gcagaataca 20 <210> 6 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CD28_gQ3 R <400> 6 ggaagagcaa ccaactccag 20 <210> 7 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CD28_gQ4 F <400> 7 ggcccacatt ccaacttacc 20 <210> 8 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CD28_gQ4 R <400> 8 gggaagaggc tcccagaatc 20 <210> 9 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CD28_gQ5 F <400> 9 tccaatcaga ccaggtagga gc 22 <210> 10 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CD28_gQ5 R <400> 10 ccacaaccca ctttggatct cc 22 <210> 11 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CD28_gQ6 F <400> 11 cacaggcatg ttcctacctc agg 23 <210> 12 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CD28_gQ6 R <400> 12 ggacctgaag ggtgacgagg 20 <210> 13 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CTLA4_gQ1 F <400> 13 ctcactatcc aaggactgag ggc 23 <210> 14 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CTLA4_gQ1 R <400> 14 ctgggttccg ttgcctatgc 20 <210> 15 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CTLA4_gQ2 F <400> 15 tgcaatttag gggtggacct 20 <210> 16 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CTLA4_gQ2 R <400> 16 agaatctggg cacggttctg gat 23 <210> 17 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CTLA4_gQ3 F <400> 17 ccatcacctg gaagtcacct 20 <210> 18 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CTLA4_gQ3 R <400> 18 cccagtcaag caaactggat 20 <210> 19 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CTLA4_gQ4 F <400> 19 cagggaagtt ttgtggagga 20 <210> 20 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CTLA4_gQ4 R <400> 20 cacaattcca cgcaatcaag 20 <210> 21 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> beta-actin_gQ F <400> 21 tgagcctcat ctcccacgta 20 <210> 22 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> beta-actin_gQ R <400> 22 tctcagccag caccatgact 20 <210> 23 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CD28_cQ F <400> 23 acaatgcggt caaccttagc 20 <210> 24 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CD28_cQ R <400> 24 acctgaagct gctgggagta 20 <210> 25 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CTLA4_cQ F <400> 25 gtgcccagat tctgacttcc 20 <210> 26 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CTLA4_cQ R <400> 26 ctggctctgt tgggggcatt ttc 23 <210> 27 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Fusion_cQ F <400> 27 cagcagttag ttcggggttg 20 <210> 28 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Fusion_cQ R <400> 28 gcggggagtc atgttcatgt 20 <210> 29 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> beta-actin_cQ F <400> 29 ccaaccgcga gaagatgacc 20 <210> 30 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> beta-actin_cQ R <400> 30 ggtccagacg caggatggc 19

Claims (11)

  1. CTLA4(cytotoxic T-lymphocyte associated protein 4) 및 CD28 유전자, 또는 상기 유전자가 코딩하는 단백질을 포함하는, 혈관면역아세포성 T 세포 림프종 진단용 마커 조성물.
  2. CTLA4 및 CD28 유전자의 mRNA 또는 상기 유전자가 코딩하는 단백질의 발현수준을 측정하는 제제를 포함하는, 혈관면역아세포성 T 세포 림프종 진단용 조성물.
  3. 제2항에 있어서,
    상기 유전자의 mRNA의 수준을 측정하는 제제는 유전자의 mRNA에 상보적으로 결합하는 센스 및 안티센스 프라이머, 또는 프로브인 것을 특징으로 하는, 진단용 조성물.
  4. 제2항에 있어서,
    상기 단백질의 수준을 측정하는 제제는 상기 단백질에 특이적으로 결함하는 항체인 것을 특징으로 하는, 진단용 조성물.
  5. 제2항의 조성물을 포함하는, 혈관면역아세포성 T 세포 림프종 진단용 키트.
  6. 인간 피검체 유래의 생물학적 시료에 대하여,
    i) CTLA4 및 CD28 유전자의 mRNA, 또는 상기 유전자가 코딩하는 단백질 수준을 측정하거나
    ii) CTLA4 및 CD28 유전자의 복제수(copy number)를 측정하는 단계를 포함하는, 혈관면역아세포성 T 세포 림프종 진단을 위한 정보제공방법.
  7. 제6항에 있어서,
    상기 mRNA 수준 또는 복제수는 중합효소연쇄반응(PCR), 역전사 중합효소연쇄반응(RT-PCR), 또는 실시간 중합효소연쇄반응(Real-time PCR)의 방법을 통해 측정되는 것을 특징으로 하는, 정보제공방법.
  8. 제6항에 있어서,
    상기 단백질 발현수준은 웨스턴 블롯팅(western blotting), 방사선면역분석법(radioimmunoassay; RIA), 방사 면역 확산법(radioimmunodiffusion), 효소면역분석법(ELISA), 면역침강법(immunoprecipitation), 유세포분석법(flow cytometry), 또는 면역형광염색법(immunofluorescnce)을 통해 측정되는 것을 특징으로 하는, 정보제공방법.
  9. (1) In vitro 상에서 세포에 후보물질을 처리하는 단계;
    (2) 상기 세포에서 i) CTLA4 및 CD28 유전자의 mRNA 또는 이의 단백질의 발현수준 또는 ii) CTLA4 및 CD28 유전자의 복제수(copy number)를 측정하는 단계; 및
    (3) 후보물질 비처리군에 비해 상기 CTLA4 및 CD28 유전자의 mRNA 또는 이의 단백질의 발현수준, 또는 상기 CTLA4 및 CD28 유전자의 복제수(copy number)를 감소시키는 물질을 치료물질로 선정하는 단계를 포함하는, 혈관면역아세포성 T 세포 림프종 치료제 스크리닝 방법.
  10. 제9항에 있어서,
    상기 후보물질은 핵산, 화합물, 미생물 배양액 또는 추출물, 천연물 추출물, 펩타이드, 기질 유사체, 압타머(aptamer), 및 항체로 이루어진 군으로부터 선택되는 것을 특징으로 하는, 스크리닝 방법.
  11. 제10항에 있어서,
    상기 핵산은 siRNA, shRNA, microRNA, 안티센스 RNA, 앱타머(aptamer), LNA(locked nucleic acid), PNA(peptide nucleic acid), 및 모폴리노(morpholino)로 이루어진 군으로부터 선택되는 것을 특징으로 하는, 스크리닝 방법.
KR1020170012626A 2017-01-26 2017-01-26 혈관면역아세포성 t 세포 림프종 진단용 마커 및 이의 용도 KR102089371B1 (ko)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
KR1020170012626A KR102089371B1 (ko) 2017-01-26 2017-01-26 혈관면역아세포성 t 세포 림프종 진단용 마커 및 이의 용도

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
KR1020170012626A KR102089371B1 (ko) 2017-01-26 2017-01-26 혈관면역아세포성 t 세포 림프종 진단용 마커 및 이의 용도

Publications (2)

Publication Number Publication Date
KR20180088057A true KR20180088057A (ko) 2018-08-03
KR102089371B1 KR102089371B1 (ko) 2020-03-16

Family

ID=63250197

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
KR1020170012626A KR102089371B1 (ko) 2017-01-26 2017-01-26 혈관면역아세포성 t 세포 림프종 진단용 마커 및 이의 용도

Country Status (1)

Country Link
KR (1) KR102089371B1 (ko)

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR20140136030A (ko) * 2005-06-08 2014-11-27 다나-파버 캔서 인스티튜트 인크. 예정 세포사 1(ｐｄ-1) 경로를 억제함으로써 지속 감염 및 암을 치료하기 위한 방법 및 조성물

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR20140136030A (ko) * 2005-06-08 2014-11-27 다나-파버 캔서 인스티튜트 인크. 예정 세포사 1(ｐｄ-1) 경로를 억제함으로써 지속 감염 및 암을 치료하기 위한 방법 및 조성물

Also Published As

Publication number Publication date
KR102089371B1 (ko) 2020-03-16

Similar Documents

Publication Publication Date Title
KR101620642B1 (ko) 항-ｃｄ４０ 항체를 사용한 치료에 대한 ｂ-세포 림프종의 반응성 평가를 위한 방법 및 조성물
CN109777872B (zh) 肺癌中的t细胞亚群及其特征基因
EP3082840A1 (en) Methods and assays relating to circulating tumor cells
US20170275705A1 (en) Biomarkers useful for determining response to pd-1 blockade therapy
KR101787768B1 (ko) 항-ｃｄ４０ 항체를 사용한 치료에 대한 ｂ-세포 림프종의 반응성 평가를 위한 방법
EP3185013A2 (en) Biomarkers for determining an allograft tolerant phenotype
US20180356402A1 (en) Urine biomarkers for detecting graft rejection
US20140308241A1 (en) Biomarkers for t cell malignancies and uses thereof
JP6551967B2 (ja) 肝細胞がんの転移性再発リスクの予測方法
KR102157895B1 (ko) 대장암 환자의 항암제 치료 반응성 예측용 마커
EP3350595A1 (en) Identification of novel diagnostics and therapeutics by modulating rhoh
KR101657051B1 (ko) 만성폐쇄성폐질환 진단용 마커 조성물
KR101745297B1 (ko) 비만 진단용 조성물 및 이의 용도
CA2807923A1 (en) Method and kit for the diagnosis and/or prognosis of tolerance in liver transplantation
WO2018152228A1 (en) Data processing and classification for determining a likelihood score for immune-related adverse events
KR102089371B1 (ko) 혈관면역아세포성 t 세포 림프종 진단용 마커 및 이의 용도
KR101883936B1 (ko) 림프절 전이 예측용 마커 및 이를 이용한 림프절 전이 예측 방법
JP5316749B2 (ja) シスプラチン耐性遺伝子診断方法及びシスプラチン治療効果遺伝子診断キット
KR20210024918A (ko) 신장이식 후 T 세포 매개성 거부반응의 진단을 위한 소변 엑소좀 유래 miRNA 유전자 바이오마커 및 이의 용도
KR20190037071A (ko) 대장암의 항암제 내성 진단용 바이오마커 및 이의 용도
KR102011970B1 (ko) 난소암의 진단을 위한 t 세포 관련 바이오마커
KR102042710B1 (ko) 면역체크 포인트와 관련된, 난소암 진단용 바이오마커
KR102011971B1 (ko) 발현수준의 차이를 나타내는, 난소암 진단용 바이오마커
KR102011972B1 (ko) 난소암의 치료 또는 수술 후의 재발 예측을 위한 바이오마커
KR20180099123A (ko) 항암제에 대한 저항성 예측용 바이오마커

Legal Events

Date Code Title Description
A201 Request for examination
E902 Notification of reason for refusal
E701 Decision to grant or registration of patent right
GRNT Written decision to grant