KR20160053150A

KR20160053150A - 벼의 줄기굵기 관련 양적형질 유전자좌 결정 및 이를 위한 ｃａｐｓ 마커

Info

Publication number: KR20160053150A
Application number: KR1020140150002A
Authority: KR
Inventors: 김태호; 윤웅한; 이강섭; 지현소; 설영주; 정인선; 이현주
Original assignee: 대한민국(농촌진흥청장)
Priority date: 2014-10-31
Filing date: 2014-10-31
Publication date: 2016-05-13
Also published as: KR101700596B1

Abstract

본 발명은 밀양23호 및 기호벼에 특이적인 단일염기 다형성 (SNPs)을 결정하는 단계; 상기 단일염기 다형성 중 EcoRⅠ, HindⅢ, PstⅠ 및 XhoⅠ을 포함하는 제한효소자리에 위치한 SNP를 CAPS 마커로 선별하는 단계; 상기 CAPS 마커에 특이적인 프라이머를 이용해 PCR을 수행하는 단계; 상기 PCR로 분리된 CAPS 마커를 이용해 도 3으로 표시되는 유전지도를 제작하는 단계; 및 상기 유전지도를 기초로 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 집단의 줄기굵기와 관련된 양적형질 유전자좌(QTL)를 분석하는 단계; 를 포함하는 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 집단의 줄기굵기와 관련된 양적형질 유전자좌를 결정하는 방법에 관한 것이다.

Description

벼의 줄기굵기 관련 양적형질 유전자좌 결정 및 이를 위한 ＣＡＰＳ 마커 {QTL ANALYSIS OF STEM DIAMETER AND CAPS MARKER THEREFOR}

본 발명은 벼의 줄기굵기와 관련된 양적형질 유전자좌(QTL)를 결정하기 위한 조성물에 관한 것이다.

최근 차세대 염기서열 분석기술(Next Generation Sequencing)이 발달하면서 대용량의 염기서열 분석 비용이 감소하고, 속도가 가속화되었다. 또한, 벼 유전체 해독이 완료됨으로써 표준유전체(reference sequence)를 기반으로 전장 유전체 재염기서열 분석(whole genome re-sequencing)을 수행하여 SNP, 삽입(insertion) 그리고 결실(deletion) 등 다양한 마커들을 대량으로 단기간 안에 개발할 수 있게 되었다. 중국에서는 재래종 벼에 대한 재염기서열 분석을 통해 대량의 SNP를 탐색하여 고밀도의 분자 유전지도를 작성하였고, 14개의 주요 농업형질에 대한 관련 유전자를 보고한 바 있다(비특허문헌 2).

작물 육종에 있어서 농업적으로 중요한 형질들은 독립적인 단일 유전자가 아니라 전체 염색체 상에 존재하는 수많은 유전자들에 의해서 조절되는 양적형질이다. 양적 형질은 일반적으로 많은 수의 유전자에 의하여 영향을 받을 뿐만 아니라 여러 가지 환경요인에 의해서도 상당히 영향을 받는다. 따라서 양적 형질에 있어서는 이에 영향하는 개별적인 유전자 작용이나 특성과 같은 것을 구명하는 것이 질적 형질(qualitative trait)보다 극히 곤란하다. 때문에, 양적 형질의 유전을 연구하는데 통계적 방법이 강력한 수단으로 사용되고 있으며 양적 형질에 영향하는 유전적 요인을 여러 환경 요인으로부터 분리하여 효과적으로 추정하고자 하는 연구가 여러 학자들에 의해 수행되어 왔다. 품종 개량을 위한 분자 유전학적 기법의 이용은 DNA 수준에서의 개체의 유전적 소질에 대한 연구를 가능토록 할 수 있을 것이며, 개량 대상형질에 관련된 유전자, 즉 주유전자(major gene) 혹은 양적 형질 유전자좌위(QTL: Quantitative Trait Loci)에 대한 직접적인 선발 혹은 양적 형질 유전자좌위(QTL)에 연관되어 있는 유전적 표지(genetic marker)에 대한 선발을 통해 유전적 소질을 실현시킬 수 있는 도구를 제공할 수 있다. 표현형 정보에만 의존하는 것이 아니라 분자 유전학적인 정보의 추가적인 이용을 통해 유전적 개량을 보다 가속화할 수 있을 것이다. 따라서 오늘날은 이러한 양적형질 유전자좌를 연구하기 위해서 고밀도 분자 유전지도 작성을 통해 유전자를 찾고, 그 기능을 밝히는 등의 접근이 많이 이루어지고 있다. 현재까지 고밀도 분자 유전지도를 작성하기 위해 RFLP(restriction fragment-length polymorphism), RAPD (randomly amplified polymorphism) 및 AFLP (amplified fragment length polymorphism) 등 다양한 DNA 마커가 개발되었다. 벼에서는 자포니카 품종인 Nipponbare와 인디카 품종인 Kasalath 교배 후대 F2집단을 활용하여 2,275개 RFLP 마커들로 구성된 고밀도 분자 유전지도를 작성한 바가 있고(비특허문헌 3), 이는 벼 유전체 해독 프로젝트에 활용되기도 하였다.

기존의 DNA 마커들은 식별방법이 간편하지 못하고, 고비용과 많은 소요시간이 걸린다. 게다가 출현빈도가 낮다는 한계를 가지고 있다. 최근에 개발된 SSR (simple sequence repeat)과 SNP (single nucleotide phymorphism)는 품종 또는 개체간에 훨씬 높은 다형성을 보여주며, 골고루 분포하기 때문에 이용가치가 높아 표지인자로 많은 연구가 이루어지고 있다. 하지만 SSR은 PCR 산물의 크기가 작아 최종 판별 시 복잡하고 어려우며, 유전자칩(microarray)을 이용한 SNP은 다량의 시료를 빠르게 분석하는데 장점을 가지고 있지만 개발에 많은 시간과 노력이 필요한 실정이다.

이에 본 발명자들은 차세대 염기서열분석 장비를 활용해 새로운 CAPS 마커를 개발하여 유전 및 분자지도 작성에 활용하는 한편, 벼의 줄기 굵기 형질과 관련한 QTL 마커를 개발하기에 이르렀다.

1. Ji H et al. 2012. Development of rice molecular genetic and physical map using PCR-based DNA markers with the recombinant inbred population derived from Milyang23/Gihobyeo cross. Korean J. Breed. Sci. 44: 273-281.　 2. Huang X et al. 2010. Genome-wide association studies of 14 agronomic traits in rice landraces. Nature Genet. 42: 961-967 3. Harushima Y et al. 1998. A high-density rice genetic linkage map with 2275 markers using a single F2 population. Genetics 148: 479-494 4. Chen M et al. 2002. An integrated physical and genetic map of the rice genome. Plant Cell 14: 537-545 5. Cho YG et al. 2007. Identification of quantitative trait loci in rice for yield, yield components, and agronomic traits across years and locations. Crop Sci. 47: 2403-2417 6. Ashikari M et al. 2002. Loss-of-function of a rice gibberellin biosynthetic gene, GA20 oxidase (GA20ox-2), led to the rice 'green revolution'. Korean J. Breed. Sci. 52: 143-150.

본 발명의 목적은 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 집단의 줄기굵기와 관련된 양적형질 유전자좌(QTL)를 결정하기 위한 CAPS 마커 조성물을 제공하는 것이다.

본 발명의 다른 목적은 상기 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 집단의 줄기굵기와 관련된 양적형질 유전자좌(QTL)를 결정하기 위한 유전지도를 제공하는 것이다.

본 발명의 또 다른 목적은 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 집단의 줄기굵기와 관련된 양적형질 유전자좌(QTL)를 결정하기 위한 방법을 제공하는 것이다.

본 발명의 또 다른 목적은 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 집단의 줄기굵기와 관련된 양적형질 유전자좌를 결정하기 위한 키트를 제공하는 것이다.

본 발명의 또 다른 목적은 상기 방법으로 결정된 줄기굵기와 관련된 양적형질 유전자좌(QTL)를 제공하는 것이다.

상기 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 집단의 줄기굵기와 관련된 양적형질 유전자좌를 결정하기 위한 유전지도를 제공한다.

본 명세서에서 사용되는 용어, "벼의 밀양23호 및 기호벼 재조합자식 집단”은 본 명세서에서 ”벼의 밀양23호/기호벼 재조합자식 집단” 또는 “MGRIL(Milyang23/Gihobyeo cross)”로 혼용되어 사용된다. 상기 ”벼의 밀양23호 및 기호벼 재조합자식 집단”은 20세대 이상 진전되면서 고정된 162개의 자식계통으로 이루어진 집단으로서, DNA 추출에 제한이 없고 다양한 환경과 시기별로 반복실험이 가능한 장점을 가지고 있다.

본 명세서에서 사용되는 용어, “양적형질 유전자좌 (quantitative trait loci; QTL)”는 줄기굵기와 같이 다수의 유전자좌에 존재하는 대립형질들의 변이에 의하여 발현되는 형질을 말한다.

본 명세서에서 사용되는 용어, “양적형질 유전자좌 분석”은 특정 형질에 대하여 대비되는 특성을 나타내는 집단 간에 표현형과 연관된 마커를 탐색하는 것을 기본으로 하여 진행될 수 있다. QTL 분석을 통하여 각 유전좌자가 형질 발현에 미치는 정도, 유전자좌 간의 interaction, 환경에 의한 유전좌형 탐색 등이 가능하다.

본 명세서에서 사용되는 용어, “CAPS (cleaved amplified polymorphic sequence) 마커”는 단일염기 다형성 (SNPs) 중 제한효소 자리에 위치한 SNP를 일컫는다. 본 발명의 구체예에서, CAPS 마커는 coding region sequence (CDS)에 존재하는 두 밀양23호, 기호벼 모본 간의 특이적인 SNP 중 제한효소(EcoRⅠ, HindⅢ, PstⅠ, XhoⅠ)자리에 위치한 SNP를 선정하여 후보 CAPS 마커로 개발할 수 있다.

벼의 다양한 주요 형질 중에 하나인 줅기굵기는 벼의 생산성 향상과 관련되어 있다. 줄기굵기가 가늘수록 이삭 자체의 무게와 비바람 등 환경요인에 대한 견딤력이 약해져 쓰러지기 쉽다. 이로 인해 줄기가 쓰러지면 동화작용의 장애와 양분이동이 억제되어 수량이 감소하거나 쌀의 품질이 떨어지게 된다. 이에 본 발명에서는 줄기 굵기 형질 관련 QTL 연구를 수행하기 위해 차세대 대량 염기서열 분석을 통해 밀양23호 및 기호벼 사이의 특이적인 SNP를 CAPS(cleaved amplified polymorphic sequences) 마커로 개발한 후, PCR 기반 마커로 구성된 MGRIL 유전지도(비특허문헌 1)와 통합하여 분석이 용이하면서 마커 간에 균등한 발생 분포를 갖도록 하는 지도를 제공한다.

본 발명의 구체예에서, 상기 지도는 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 집단의 줄기굵기와 관련된 양적형질 유전자좌를 결정하기 위한 도 3으로 표시되는 유전지도일 수 있다.

본 발명의 구체예에서, 상기 지도는 도 2로 표시되는 물리지도일 수 있다. 상기물리지도는, DNA 마커간의 벼 유전체 상에서의 물리적인 위치를 파악하여 작성할 수 있다.

본 발명의 구체예에서, 상기 유전지도는 줄기굵기 관련 QTL 연구를 수행하기 위해 차세대 대량 염기서열 분석을 통해 밀양23호/기호벼 사이의 특이적인 SNP를 CAPS(cleaved amplified polymorphic sequences) 마커로 개발한 후, PCR 기반 마커로 구성된 MGRIL 유전지도(비특허문헌 1)와 통합함으로써 분석이 용이하면서 마커 간에 균등한 발생 분포를 갖도록 작성할 수 있다.

본 발명은 또한 1) 밀양23호 및 기호벼에 특이적인 단일염기 다형성 (SNPs)을 결정하는 단계; 2) 상기 단일염기 다형성 중 EcoRⅠ, HindⅢ, PstⅠ 및 XhoⅠ을 포함하는 제한효소자리에 위치한 SNP를 CAPS 마커로 선별하는 단계; 3) 상기 CAPS 마커에 특이적인 프라이머를 이용해 PCR을 수행하는 단계; 및 4) 상기 유전지도를 기초로 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 집단의 줄기굵기와 관련된 양적형질 유전자좌(QTL)를 분석하는 단계;를 포함하는 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 집단의 줄기굵기와 관련된 양적형질 유전자좌를 결정하는 방법을 제공한다.

본 발명의 구체예에서, 상기 1) 단계는 최근 급속하게 발달한 차세대 유전체분석기술(next generation sequencing, NGS)을 기반으로 밀양23호와 기호벼의 유전체 서열을 분석함으로써 개발할 수 있으나 이에 제한되는 것은 아니다. 본 발명의 구체예에서, 상기 1) 및 2)단계는 NGS를 통해 Nipponbare 유전체 길이의 60 배수만큼 염기서열을 결정하였고, CDS 안에서 두 품종간 특이적으로 나타나는 SNP를 CAPS 마커로 이용할 수 있다. 상기 3) 단계는 바람직하게 본 발명의 표 4에 표시된 프라이머 서열을 사용해 PCR을 수행할 수 있다. 본 발명의 구체예에서, 상기 4) 단계에는 본 발명에서 새롭게 개발된 146개 CAPS 마커와 기존의 보고된 219개 마커를 통합하여 총 365개의 마커로 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 유전집단에 대해 분자 유전지도를 작성할 수 있다. 본 발명의 구체예에서, 상기 4) 단계는 벼의 줄기굵기에 관한 QTL을 탐색하여 결정할 수 있다.

본 발명은 또한 5) 줄기굵기 관련 양적형질 유전자좌(QTL)인 qI1D1, qI1D5, qI3D1 및 qI4D1를 결정하는 단계; 를 추가로 포함하는 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 집단의 줄기굵기와 관련된 양적형질 유전자좌를 결정하는 방법을 제공한다.

본 발명은 또한 상기한 방법으로 결정된 줄기굵기 관련 양적형질 유전자좌(QTL)인 qI1D1, qI1D5, qI3D1 및 qI4D1를 제공한다.

본 발명의 구체예에서 QTL 분석 결과, 총 19개의 유의성이 있는 QTL을 찾을 수 있었다. 이 중에 4개 줄기굵기 형질 관련 QTL은 기존에 보고되지 않은 새로운 QTL이었다. 그 줄기굵기 QTL 중 가장 큰 LOD값을 갖는 qI1D5는 5번 염색체에서 탐색되었으며, 1절 굵기 표현형 변이는 8.99%였다. 재염기서열을 통해 밝혀진 SNP 중 소수만이 본 연구에 사용되었다. 향후 본 연구에서 밝혀진 SNP 정보를 이용한다면 더 많은 마커를 개발하여, 고밀도 유전지도 작성이 가능할 수 있다. 더 나아가 MGRIL을 이용하여 농업적으로 유용한 형질에 대해 더 정확한 QTL 분석과 유용유전자의 개발이 가능하게 될 수 있다.

본 발명은 또한 상기 CAPS 마커를 포함하는 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 집단의 줄기굵기와 관련된 양적형질 유전자좌를 결정하기 위한 키트를 제공한다.

다른 식으로 정의되지 않는 한, 본 명세서에서 사용된 모든 기술적 및 과학적 용어들은 본 발명이 속하는 기술분야에서 숙련된 전문가에 의해서 통상적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 갖는다. 일반적으로, 본 명세서에서 사용된 명명법은 본 기술분야에서 잘 알려져 있고 통상적으로 사용되는 것이다.

본 발명의 SNP 정보 및 CAPS 마커를 이용하면 더 많은 마커 개발이 가능하여, 향후 고밀도 유전지도 작성이 가능할 수 있다. 또한 본 발명에서 개발된 줄기굵기 형질 관련 QTL 마커는 분자육종에 활용할 수 있어 효과적이다.

도 1 은 본 발명의 구체예에 따른 Nipponbare 서열과 밀양23호와 기호벼 두 모본 간의 변이(SNP, Insertion, Deletion)를 분석한 결과이다. PCR 산물 크기는 585 bp이고, 밀양23호와 기호벼의 대립 형질은 제한 효소 절단 후 230 bp 및 350 bp 로 각각 분해되었다 (MY: 밀양23호, GH: 기호벼).
도 2는 본 발명의 구체예에 따른 마커의 물리적 위치를 나타낸 물리지도를 나타낸다. 염색체 숫자는 각 지도 위에 표기되어 있다. 각 마커의 이름은 염색체 오른쪽에 표시되어 있으며, 각 염색체의 맨 위에서부터 첫번째 마커로부터의 물리적 거리가 왼편에 표시되어 있다. 물리적 거리 단위는 Mbp(Megabase pair)이다.
도 3은 본 발명의 구체예에 따른 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 집단의 유전지도를 나타낸다. 염색체 숫자는 각 지도 위에 표기되어 있다. 각 마커의 이름은 염색체 오른쪽에 표시되어 있으며, 각 염색체의 맨 위에서부터 첫번째 마커로부터의 유전적 거리가 왼편에 표시되어 있다. 유전적 거리 단위는 cM(centimorgan)이며, Kosambi function 으로 계산하였다.
도 4는 본 발명의 구체예에 따른 밀양23호와 기호벼 그리고 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식(MGRIL) 집단에 대해 1절굵기(I1D), 2절굵기(I2D), 3절굵기(I3D), 4절굵기(I4D), 간장(CL), 그리고 수장(PL)의 표현형을 조사하여 나타난 형질 변이 분포를 나타낸다. 기호벼 및 밀양23호는 각각 그래프상에 표시하였다.
도 5는 본 발명의 구체예에 따른 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 집단에서 측정된 줄기굵기 및 간장 형질 관련 QTL의 위치를 나타낸다. 1절굵기(I1D), 3절굵기(I3D), 4절굵기(I4D), 및 간장(CL)에 대한 QTL 위치가 유전 지도에 표기되어 있다.

이하, 실시예를 통하여 본 발명을 더욱 상세히 설명하고자 한다. 이들 실시예는 오로지 본 발명을 예시하기 위한 것으로서, 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 제한되는 것으로 해석되지는 않는 것은 이 기술분야에서 통상의 지식을 가진 자에게 있어서 자명할 것이다.

재료 및 방법

1. 유전분석 집단 및 Genomic DNA 추출

본 연구에서 사용된 유전분석 집단은 통일형인 밀양23호와 자포니카인 기호벼를 각각 모본과 부본으로 하여 교배된 162계통의 재조합 자식계통(RILs, Recombinant Inbred Lines)으로 구성되어있다. 이 집단은 1988년도에 교배되어 F2를 SSD (single seed descent)법으로 F6세대에 걸쳐 양성하였고, 그 후 F7세대부터는 계통당 일렬 재배하여 일계통 일종자법을 통해 20세대 이상 세대진전하면서 형질을 고정하였다. 각 계통의 어린 잎 조직을 채취하여 Genomic DNA를 추출하였으며, 그 방법은 비특허문헌 1에서 이미 보고한 바와 같다.

2. NGS 대량 염기서열 분석

밀양23호와 기호벼의 잎을 채취하여 DNeasy Plant Maxi Kit (Qiagen)를 사용하여 제공된 매뉴얼에 따라 DNA를 추출하였으며, 추출된 DNA는 차세대 염기서열 분석에 사용하였다. 두 모본의 벼 재염기서열 분석을 위해 Illumina Hiseq 2000을 이용하여 paired-end sequencing을 수행하였으며, 생성된 리드의 길이는 101 bp이다. 리드는 1% 미만의 오류율을 갖는 Phred Quality Value ≥ Q20을 사용하였다. 두 모본의 염기서열은 CLC Assembly Cell (ver. 3.3.2,　http://www.clcbio. com)를 이용하여 표준유전체(Nipponbare)에 조립한 후, 변이 분석을 하였다.

표준유전체는 전체 염기서열이 밝혀져 있는 Oryza sativa L. cv. Nipponbare (MSU Rice Genome Annotation Project, Pseudomolecules Build 7.0) 이며, 유전체 구조를 분석하기 위한 annotation 정보는 RAP-DB (http://rapdb.dna.affrc.go.jp/)을 이용하였다.

3. SNP 프라이머 제작 및 PCR 수행

차세대 염기서열 분석방법으로 해독된 양친의 유전체 염기서열에서 CDS (coding sequence)에 존재하고, 두 품종 사이에서 특이적으로 나타나는 SNP 중 4개(EcoRⅠ, HindⅢ, PstⅠ, XhoⅠ) 제한효소자리에 위치한 SNP를 후보 CAPS 마커로 개발하였다. 이 후, 선별한 SNP를 기준으로 Vector NTI 9.0.0 프로그램을 활용하여 프라이머를 제작하였다(표 4)..

PCR 반응을 위해서 반응액의 총 부피는 20 ㎕로 하였으며, 10X Buffer 2 ㎕, dNTP 10 mM 0.4 ㎕와 Taq polymerase 0.5 unit을 사용하였고, PCR 증폭조건은 95℃에서 5분간 denaturation 후, 95℃ 30초, 58℃～62℃ 30초, 72℃ 1분30초로 총 35cycle을 실행하고, 72℃ 10분으로 마지막 extension을 하였다.

4. CAPS 마커 개발 및 유전자형 분석

밀양23호와 기호벼의 gDNA를 주형으로 앞서 개발한 SNP 프라이머로 PCR을 수행한 뒤, 5 ㎕의 PCR product, 1 ㎕의 10X buffer, 5U의 제한효소 총 10 ㎕ 반응액으로 37℃에서 2시간 동안 제한 효소를 처리하였다. 제한효소 처리 후 1.2% 아가로스 젤에 전기영동 한 뒤, 모본간 다형성을 검정하였다. 다형성을 보인 마커들로 MGRIL 집단의 유전분석을 행하였다.

5. 물리 및 유전지도 작성

이 집단의 물리지도 작성을 위하여 기존에 보고된 219개의 PCR을 기반으로 한 STS, InDel, SSR 마커(비특허문헌 1)를 개발한 CAPS 마커와 통합하였다. DNA 마커들의 프라이머 시퀀스 정보와 위치정보를 이용하여 벼 유전체상에서의 위치를 파악하여 물리지도를 작성하였다. 이를 위해 표준유전체인 Nipponbare (build 7.0)의 위치정보를 사용하였다.

유전지도 작성을 위하여 MapDisto 프로그램(Mathias 2012)을 이용하여 유전자형 데이터를 분석하였다. MGRIL 집단의 유전형을 입력한 후, “Draw all sequence” 메뉴로 각 연관군의 마커들간의 유전적거리를 산출하여 유전지도를 작성하였는데, 그 때 Kosambi 함수식을 적용하였다. 최종 유전지도는 MapChart 프로그램(Voorrips 2002)을 이용하였다.

6. 표현형 조사 및 QTL 분석

QTL 분석을 위하여 공시재료에 대한 줄기굵기, 간장(Culm length) 그리고 수장(Panicle length)을 조사하였다. 줄기굵기형질은 1절굵기(First internode), 2절굵기(Second internode), 3절굵기(Third internode) 그리고 4절굵기(Fourth internode)로 총 4마디를 버니어캘리퍼스를 이용하여 계통당 5개체씩 조사하였다. 이삭목과 첫 번째 마디 사이를 1절로 정하고, 그 아래 마디를 따라 마디 사이를 각각 2절, 3절 그리고 4절로 정하였다. 줄기굵기는 마디 사이 중앙에서 가장 두꺼운 부분을 측정하였다. QTL 분석은 Windows QTL Cartographer V2.5를 이용하였으며, 분석 시 composite interval mapping(CIM)을 이용하였다. 각 형질 별로 95% 유의수준으로 1,000회의 치환을 실시하여 유의성 있는 LOD (logarithm of the odds) 값을 채택하였다.

실시예 1. NGS 대량 염기서열 및 mapping

재조합자식 유전집단의 모본인 밀양23호와 기호벼를 Nipponbare 서열(373Mbp)을 기준으로 재염기서열 분석을 실시하였다. 그 결과, 밀양23호는 Nipponbare 서열대비 69.6x, 기호벼는 68.5x의 염기서열을 결정하였다(표 1). 두 모본의 결정된 염기서열을 이용하여 미alignment를 수행한 결과, 표준유전체인 Nipponbare 서열에 mapping된 read들의 평균 depth는 밀양23호 55.7x, 기호벼 63.3x이며, 두 모본과 Nipponbare사이의 mapping 영역의 비율(coverage)은 각각 밀양23호 78.3%, 기호벼 90.5%를 보였다(표 2).

밀양23호와 기호벼의 재염기서열 분석 결과

Variety	Total Bases ( bp )	Depth (X)	Read Count	GC (%)	Q20 ^z (%)	Q30 ^y (%)
Milyang23	26,590,233,034	69.6	263,269,634	44.92	93.26	86.27
Gihobyeo	26,150,864,147	68.5	258,919,447	43.82	93.45	86.51

^z: A quality score of 20 represents an error rate of 1 in 100, with a corresponding call accuracy of 99%.

^y: A quality score of 30 represents an error rate of 1 in 1000, with a corresponding call accuracy of 99.9%

Nipponbare 표준 유전체에 read mapping 및 assembly 수행 결과

Variety	Mapped reads (#)	Mapped reads (%)	Depth (X)	All mapped nucleotide ( bp )	Coverage (%)
Milyang23	205,997,634	78.25	55.7	344,161,476	92.05
Gihobyeo	234,289,038	90.49	63.3	365,807,427	97.84

실시예 2. 변이 탐색 및 후보 CAPS 마커 개발

Nipponbare 서열과 두 모본 간의 변이(SNP, Insertion, Deletion)를 분석하였다. 밀양23호와 기호벼의 탐색된 변이는 각각 1,564,167개와 162,631개였으며, 이 중 두 모본 사이의 특이적으로 나타나는 변이는 밀양23호 1,237,160개, 기호벼 87,271개였다. 이러한 변이의 차이는 자포니카 품종인 기호벼와는 다르게 자포니카와 인디카 통일형 품종인 밀양23호와 자포니카 품종인 Nipponbare의 염기서열 차이로 여겨진다. 이 변이들을 RAP-DB에서 제공하는 유전체 구조 정보에 따라 un-translated region (UTR), intron, Inter-region 및 coding region sequence (CDS)로 구분하였다. CDS에 존재하는 두 모본 간의 특이적인 SNP 중 제한효소(EcoRⅠ, Hind Ⅲ, PstⅠ, XhoⅠ)자리에 위치한 SNP를 선정하여 후보 CAPS 마커로 개발하였다(표 3, 표 4). 최종적으로 146개 SNP를 분자표지 개발에 사용하였다(도 1).

밀얄23호 및 기호벼 특이적 CAPS 마커 서열 정보

C hr	P os	marker _ name	M ilyang23	G iho	Gene _ ID	r egion	e nzyme
Chr1	1601850	RS011	G	A	LOC_Os01g03820.1	CDS	Hind3
Chr1	24766160	RS0110	C	T	LOC_Os01g43330.1	CDS	Hind3
Chr1	25370780	RS0111	G	C	LOC_Os01g44250.1	CDS	Pst1
Chr1	27941461	RS0112	G	C	LOC_Os01g48720.1	CDS	Pst1
Chr1	29459989	RS0113	G	A	LOC_Os01g51250.1	CDS	EcoR1
Chr1	29617209	RS0114	T	C	LOC_Os01g51560.1	CDS	Xho1
Chr1	30781803	RS0115	C	T	LOC_Os01g53610.1	CDS	Hind3
Chr1	31358216	RS0116	A	C	LOC_Os01g54515.1	CDS	Pst1
Chr1	33101571	RS0117	C	G	LOC_Os01g57280.1	CDS	Hind3
Chr1	36486669	RS0118	A	C	LOC_Os01g62990.1	CDS	Pst1
Chr1	38066048	RS0119	G	A	LOC_Os01g65580.1	CDS	Hind3
Chr1	1959253	RS012	G	C	LOC_Os01g04409.1	CDS	Xho1
Chr1	39389883	RS0120	T	C	LOC_Os01g67770.1	CDS	Hind3
Chr1	39596921	RS0121	A	G	LOC_Os01g68120.1	CDS	Xho1
Chr1	40596478	RS0122	C	T	LOC_Os01g70140.1	CDS	EcoR1
Chr1	40986838	RS0123	C	T	LOC_Os01g70810.1	CDS	Pst1
Chr1	42328372	RS0124	G	T	LOC_Os01g72970.1	CDS	Pst1
Chr1	42552002	RS0125	T	C	LOC_Os01g73430.1	CDS	Xho1
Chr1	3225214	RS013	T	C	LOC_Os01g06790.1	CDS	Xho1
Chr1	4487164	RS014	T	G	LOC_Os01g08930.1	CDS	Xho1
Chr1	7016670	RS015	A	C	LOC_Os01g12700.1	CDS	Hind3
Chr1	11090143	RS016	T	C	LOC_Os01g19548.1	CDS	EcoR1
Chr1	14812838	RS017	G	A	LOC_Os01g26160.1	CDS	EcoR1
Chr1	22037567	RS018	G	A	LOC_Os01g39150.1	CDS	Hind3
Chr1	22044959	RS019	C	T	LOC_Os01g39180.1	CDS	Xho1
Chr2	2960072	RS0226	T	G	LOC_Os02g05950.1	CDS	Pst1
Chr2	3953069	RS0227	C	T	LOC_Os02g07630.1	CDS	Pst1
Chr2	6472561	RS0228	A	G	LOC_Os02g12400.1	CDS	Pst1
Chr2	7317708	RS0229	A	G	LOC_Os02g13640.1	CDS	Pst1
Chr2	8867251	RS0230	C	G	LOC_Os02g15730.1	CDS	Pst1
Chr2	9563627	RS0231	C	A	LOC_Os02g16760.1	CDS	Hind3
Chr2	10555862	RS0232	T	C	LOC_Os02g18180.1	CDS	Xho1
Chr2	12402078	RS0233	C	T	LOC_Os02g20970.1	CDS	Pst1
Chr2	16414962	RS0234	G	A	LOC_Os02g27710.1	CDS	Pst1
Chr2	17886097	RS0235	T	A	LOC_Os02g30110.1	CDS	Xho1
Chr2	18228684	RS0236	T	C	LOC_Os02g30620.1	CDS	Hind3
Chr2	18237931	RS0237	T	G	LOC_Os02g30630.1	CDS	Xho1
Chr2	19790251	RS0238	T	C	LOC_Os02g33310.1	CDS	Hind3
Chr2	21101992	RS0239	G	A	LOC_Os02g35140.1	CDS	EcoR1
Chr2	23436255	RS0240	G	C	LOC_Os02g38780.1	CDS	Xho1
Chr2	23658021	RS0241	C	G	LOC_Os02g39160.1	CDS	Xho1
Chr2	25320749	RS0242	A	G	LOC_Os02g42110.1	CDS	Pst1
Chr2	32186260	RS0243	A	T	LOC_Os02g52610.1	CDS	Pst1
Chr2	33194196	RS0244	A	G	LOC_Os02g54150.1	CDS	Xho1
Chr2	33630297	RS0245	G	A	LOC_Os02g54910.1	CDS	Pst1
Chr2	34766191	RS0246	A	G	LOC_Os02g56700.1	CDS	Pst1
Chr3	4436656	RS0347	C	T	LOC_Os03g08610.1	CDS	EcoR1
Chr3	4942068	RS0348	G	A	LOC_Os03g09920.1	CDS	EcoR1
Chr3	5818943	RS0349	T	G	LOC_Os03g11310.1	CDS	EcoR1
Chr3	10300785	RS0350	C	T	LOC_Os03g18380.1	CDS	EcoR1
Chr3	10758304	RS0351	T	A	LOC_Os03g19190.1	CDS	EcoR1
Chr3	16184967	RS0352	T	C	LOC_Os03g28140.1	CDS	Xho1
Chr3	24431649	RS0353	T	C	LOC_Os03g43684.1	CDS	Pst1
Chr3	26992096	RS0354	G	A	LOC_Os03g47650.1	CDS	Hind3
Chr3	33689816	RS0355	T	C	LOC_Os03g59160.1	CDS	Pst1
Chr3	36119119	RS0356	T	A	LOC_Os03g63920.1	CDS	Hind3
Chr4	6638464	RS0457	C	A	LOC_Os04g12080.1	CDS	Hind3
Chr4	12602077	RS0458	G	A	LOC_Os04g22240.1	CDS	EcoR1
Chr4	13512519	RS0459	A	G	LOC_Os04g23600.1	CDS	EcoR1
Chr4	17876462	RS0460	G	A	LOC_Os04g29960.1	CDS	EcoR1
Chr4	17888569	RS0461	G	A	LOC_Os04g29990.1	CDS	Xho1
Chr4	20589612	RS0462	G	A	LOC_Os04g34000.1	CDS	Xho1
Chr4	21552430	RS0463	A	G	LOC_Os04g35420.1	CDS	Xho1
Chr4	23772074	RS0464	A	G	LOC_Os04g39910.1	CDS	Xho1
Chr4	27784875	RS0465	C	T	LOC_Os04g46880.1	CDS	EcoR1
Chr4	30726432	RS0466	G	A	LOC_Os04g51820.1	CDS	EcoR1
Chr4	31554999	RS0467	G	T	LOC_Os04g52970.1	CDS	EcoR1
Chr4	31833178	RS0468	C	A	LOC_Os04g53460.1	CDS	Hind3
Chr4	32824390	RS0469	C	G	LOC_Os04g55210.1	CDS	EcoR1
Chr4	34273550	RS0470	A	G	LOC_Os04g57600.1	CDS	Xho1
Chr4	34451488	RS0471	C	T	LOC_Os04g57860.1	CDS	Hind3
Chr5	4309461	RS0572	A	C	LOC_Os05g07950.1	CDS	Pst1
Chr5	6884680	RS0573	G	T	LOC_Os05g12040.1	CDS	EcoR1
Chr5	6938692	RS0574	A	G	LOC_Os05g12140.1	CDS	Xho1
Chr5	18564584	RS0575	A	G	LOC_Os05g31890.1	CDS	Xho1
Chr5	19449628	RS0576	G	C	LOC_Os05g33160.1	CDS	Xho1
Chr5	21706257	RS0577	C	G	LOC_Os05g37140.1	CDS	Xho1
Chr5	22840944	RS0578	C	T	LOC_Os05g38950.1	CDS	Pst1
Chr5	24076697	RS0579	G	A	LOC_Os05g41100.1	CDS	Hind3
Chr6	4333751	RS0680	A	G	LOC_Os06g08690.1	CDS	Xho1
Chr6	7407888	RS0681	T	C	LOC_Os06g13460.1	CDS	Pst1
Chr6	11015790	RS0682	C	T	LOC_Os06g19360.1	CDS	Xho1
Chr6	11089700	RS0683	A	G	LOC_Os06g19470.1	CDS	EcoR1
Chr6	12796996	RS0684	T	G	LOC_Os06g22060.1	CDS	EcoR1
Chr6	16265449	RS0685	T	C	LOC_Os06g28590.1	CDS	EcoR1
Chr6	18931341	RS0686	A	G	LOC_Os06g32550.1	CDS	Pst1
Chr6	20582800	RS0687	T	A	LOC_Os06g35300.1	CDS	EcoR1
Chr6	22375507	RS0688	A	G	LOC_Os06g37810.1	CDS	Pst1
Chr6	23139245	RS0689	C	T	LOC_Os06g38980.1	CDS	Hind3
Chr6	25730803	RS0690	A	T	LOC_Os06g42800.1	CDS	EcoR1
Chr6	27232021	RS0691	C	T	LOC_Os06g45020.1	CDS	EcoR1
Chr6	28832535	RS0692	C	T	LOC_Os06g47620.1	CDS	Hind3
Chr6	29734206	RS0693	T	G	LOC_Os06g49060.1	CDS	Xho1
Chr7	16326841	RS07100	C	T	LOC_Os07g27980.1	CDS	Pst1
Chr7	25687783	RS07101	T	C	LOC_Os07g42900.1	CDS	Hind3
Chr7	29124412	RS07102	G	T	LOC_Os07g48640.1	CDS	EcoR1
Chr7	945242	RS0794	C	A	LOC_Os07g02620.1	CDS	Pst1
Chr7	3561493	RS0795	T	C	LOC_Os07g07194.1	CDS	Xho1
Chr7	3866257	RS0796	A	G	LOC_Os07g07690.1	CDS	Pst1
Chr7	6019346	RS0797	T	C	LOC_Os07g10970.1	CDS	Xho1
Chr7	9252607	RS0798	A	G	LOC_Os07g15930.1	CDS	Pst1
Chr7	14539888	RS0799	T	C	LOC_Os07g25440.1	CDS	Xho1
Chr8	1198055	RS08103	T	C	LOC_Os08g02850.1	CDS	Xho1
Chr8	2024065	RS08104	T	C	LOC_Os08g04170.1	CDS	Xho1
Chr8	8788708	RS08105	C	G	LOC_Os08g14610.1	CDS	Hind3
Chr8	12081057	RS08106	T	C	LOC_Os08g20160.1	CDS	Hind3
Chr8	13473581	RS08107	C	T	LOC_Os08g22354.1	CDS	Xho1
Chr8	17452677	RS08108	A	G	LOC_Os08g28570.1	CDS	EcoR1
Chr8	21839328	RS08109	T	C	LOC_Os08g34740.1	CDS	Xho1
Chr8	27025915	RS08110	A	G	LOC_Os08g42710.1	CDS	Xho1
Chr8	27694486	RS08111	T	C	LOC_Os08g43980.1	CDS	Xho1
Chr8	27902691	RS08112	A	G	LOC_Os08g44340.1	CDS	Xho1
Chr9	415553	RS09113	G	T	LOC_Os09g01590.1	CDS	Pst1
Chr9	6248346	RS09114	C	A	LOC_Os09g11250.1	CDS	EcoR1
Chr9	10154341	RS09115	C	T	LOC_Os09g16540.1	CDS	Pst1
Chr9	16479088	RS09116	C	T	LOC_Os09g27080.1	CDS	EcoR1
Chr9	17988201	RS09117	C	T	LOC_Os09g29584.1	CDS	EcoR1
Chr10	1746230	RS10118	A	T	LOC_Os10g03850.1	CDS	EcoR1
Chr10	2662340	RS10119	A	G	LOC_Os10g05400.1	CDS	EcoR1
Chr10	3474938	RS10120	G	C	LOC_Os10g06710.1	CDS	Xho1
Chr10	11700655	RS10121	T	C	LOC_Os10g22570.1	CDS	EcoR1
Chr10	16038003	RS10122	T	C	LOC_Os10g30790.1	CDS	Pst1
Chr10	16853254	RS10123	G	T	LOC_Os10g32080.1	CDS	Pst1
Chr10	19417856	RS10124	C	A	LOC_Os10g36350.1	CDS	Hind3
Chr10	20284416	RS10125	T	C	LOC_Os10g37880.1	CDS	Pst1
Chr11	1995714	RS11126	A	G	LOC_Os11g04680.1	CDS	Hind3
Chr11	2126111	RS11127	C	G	LOC_Os11g04960.1	CDS	Hind3
Chr11	3590980	RS11128	C	A	LOC_Os11g07180.1	CDS	Hind3
Chr11	5088240	RS11129	C	T	LOC_Os11g09474.1	CDS	Hind3
Chr11	5602009	RS11130	G	C	LOC_Os11g10310.1	CDS	Hind3
Chr11	7603935	RS11131	T	C	LOC_Os11g13810.1	CDS	Hind3
Chr11	15694355	RS11132	A	T	LOC_Os11g27264.1	CDS	Hind3
Chr11	15791084	RS11133	C	G	LOC_Os11g27430.1	CDS	Pst1
Chr11	21176969	RS11134	A	T	LOC_Os11g36020.1	CDS	Hind3
Chr11	25433209	RS11135	A	G	LOC_Os11g42220.1	CDS	Hind3
Chr11	26214259	RS11136	A	G	LOC_Os11g43410.1	CDS	Pst1
Chr11	26954605	RS11137	T	A	LOC_Os11g44580.1	CDS	Pst1
Chr12	1561008	RS12138	G	A	LOC_Os12g03816.1	CDS	Hind3
Chr12	1804345	RS12139	T	G	LOC_Os12g04260.1	CDS	Pst1
Chr12	4217458	RS12140	T	A	LOC_Os12g08280.1	CDS	Hind3
Chr12	18470703	RS12141	T	G	LOC_Os12g30760.1	CDS	Pst1
Chr12	19755602	RS12142	T	C	LOC_Os12g32710.1	CDS	EcoR1
Chr12	24714226	RS12143	T	G	LOC_Os12g39980.1	CDS	Pst1
Chr12	26005435	RS12144	G	A	LOC_Os12g41950.1	CDS	Pst1
Chr12	27401061	RS12145	G	A	LOC_Os12g44170.1	CDS	Hind3
Chr12	27095713	RS12146	G	A	LOC_Os12g43630.1	CDS	EcoR1

* reference : Nipponbare genome (IRGSP build 7.0)

본 발명의 CAPS 마커 검출용 프라이머 서열 및 PCR 정보

marker _ name	Forward _ primer (5'-3')	Reverse _ primer (3'-5')	Pro.len ( bp )	annealing tmp (℃)
RS011	TCCAGAAGTCAGGATAGGAGTGGCA	TGGAAGAACCACAACTGCATCATG	683	59
RS0110	TGAAACCCTTCTTCAGGAAACCAGC	CATTGTGCAGCCAGGAAAAGGATAA	747	58
RS0111	CAGTGCAGCGATCTTTATCAGCTTC	TCGATCCTCGAGTCCATGCATG	444	58
RS0112	TCCTGCTTTTATGTTGGCTGTCACT	GGCTGCTGCTTCAAAATTCCCTTT	783	58
RS0113	TGCATTTTGGAGCATTGTAGACGC	TGCAAGCACAGAAGTGGGCAGT	679	58
RS0114	CACACGCAGCGCAGAAACTAAAA	CCATCGAAAATCCACTGCAACATT	711	58
RS0115	AATGGTCTTGGTGACGAAGCAACTG	CGAATAGGTGACCGAGCAGCACT	701	58
RS0116	TGCAGCGCCATCATCATGAGC	AGTTGAGGAAGCTGAGCACGGC	658	58
RS0117	AGGGATTAATTGATTCACACAGCCC	CCCAGTTGATGCAACTCATATCCCT	730	58
RS0118	ATATGATGTCACCCAAAGTTGCCCT	GTGTTCCGTGTTCTTGATTTCGTGT	696	58
RS0119	GGGACATTGGCTTGACACATAAGTG	ACGAACACTCTGGCAAGGACCA	682	58
RS012	TTGTTCTTGTAAAGGCGCTTCACTG	ACTGTCCTTCGTTTCAACAGGGG	753	58
RS0120	ACACGTGCTGCCAAATATTGCG	TTTTGCAGTCCTGCAGACCATTTAA	731	58
RS0121	TTTACCAAGCAGGGGATCAGAAATG	TGCATTGCATTACCTGTGTCCTTTT	716	58
RS0122	GGCAGAACAGGAGCATTAGCAAGC	CCTGGACTGGACTGGAGTATAGGGA	800	61
RS0123	CTGCAACTCAATGGCTCCTAGGTG	GCTGGCAGAGCTTTATGTAATGGGA	804	58
RS0124	CAGGAGGAAAACACACCGGATGG	CCGTCCACTGTAAGAACTGAATGCC	708	59
RS0125	ATGCGGAGGAAATGCCAAACA	GGATCGATGCGTGAAATATTGAAGA	848	55
RS013	ATCAGGGAGTTTGCAATCAAAATGG	CCCTTGTGGTATCTGTCCAGTCAAA	439	58
RS014	TCAGAAGATTGTACCTTTGGCTCCC	GGGAAGTTCCTGCTGAAGAGAGGTA	723	58
RS015	TGTGTTCGTGATAGGATGCACAGG	CGCACCTCCCCTCCATGTAAA	527	58
RS016	ATCCCATCCACATCCTTTGAATCC	CGAGGTCAAGAGAATCTGGGAGTCT	432	62
RS017	TCAGCAAATGGAGTTGGCTAAACAA	AGTGATGGAGAGGCCAAAATGTCTT	762	58
RS018	TGAAGGGGCTGATCGAGCTCCA	TGGATCCGGCGACGACTACTTATT	502	58
RS019	ACTTCATGGGGACGAGAAGGTACG	CATAGGTAGGAGGCACACATCCGT	703	55
RS0226	TGAAGCTGCTTCTAAATCACCATCG	CTCACAGGACCAATACCAAGATGGA	753	58
RS0227	ATCTGGCTCAAGACTGTCCCTGATC	GGCACCACTGCATCATACGTCTACT	685	62
RS0228	GAGATGTTTAGCGGGAAGAGACCAA	GGATGGAATCCTGCGGGTAGTTAA	703	62
RS0229	GAAGTTGCAAAGATGGAGGAACTCG	TGCATGGCCAGTGAGGATGGT	678	62
RS0230	AAATAAAAGACAAACGGGGAGCACA	CAAAACCGAATCGCCCCTATAAATT	707	58
RS0231	CTGCTGGCCAGCGTTCTACAAG	CCAACCGCAAATCAGCCTACAA	690	58
RS0232	TTGGGCTGAAGCAAAGAGCGA	CGTCTGCTGGAAGACAAAATGAAGG	761	58
RS0233	TGTCATCTGGAAGTATGGAGGCTCA	TGTTGCTCTAGCTGGGGCATTAAAT	814	62
RS0234	AAAATGGTGCACGAAGCAATTGATG	CCCCTGCTGAAAAAGGAAAATGAG	684	58
RS0235	AGCATCTTAATAGGTTTGCGGATGG	CAAACACGGGAGCTCTCCATACATT	748	55
RS0236	TACCTGAATCACAACCTTCTGTGCC	CCTTTGGCTGCAATATGTCTTGTTG	692	58
RS0237	CTGGCATTGATCCGCATTGAGA	TCGTGTGATGACAGTTGAGCAAACA	739	58
RS0238	CGCTGACATAGCAAATCTGATCTCC	CCGGTCGAGAGAAGCTCTGTAGAAG	689	58
RS0239	AGAAAATGCCTGCAGTTGTGTTGTC	TTCCAAACAATCTGCAGCCAGC	680	58
RS0240	GGAAGTCATCCTGATCCAGCTTGTG	ACGCCTCCAGATTCAAGCAAGAG	702	58
RS0241	GCCAAGTGGCACATTCCCAAC	AGCCGGAAGGATACACGAATCAG	876	58
RS0242	TGTTAATGAGGTTGCCATCTTGTCG	CCATTACAGAAATGGGTTGGCACTT	743	62
RS0243	TTGACAGTACATGCTGGGTTAGGGA	GCAGCTTTTCATTCTGAGCGCA	679	59
RS0244	TTCCAGAGTAGCAGCATCTTGTGCA	TGGTTTTAGTGGAGGTGATTCGTTG	719	58
RS0245	TGTACGGCTACACAGCTGAAATTCC	ACCATTTTCCGAACTGCTTTCTTTC	763	59
RS0246	ACGATTATTGCCATGACAAGATCGA	GGTTTGTGTTCTCCCACTCTCCAA	729	59
RS0347	TTCGAAAATAAAAACCCTGCTCCAG	CCTCAAAATGCCTTTCCAAATTCAG	770	58
RS0348	TTCACTTTCCTCCTCACTTTCGTCA	GGCAGTGCATTTTGGACACACAGTA	758	58
RS0349	TGGCTTGTTTTGTGCGAAGGG	CCCATTGACCAAGTCTTTCACAAGA	768	58
RS0350	TCTCAATCTTAACCCCACTCTTCGG	TGACCACTGTCTGACATGGGCTC	682	58
RS0351	TCAAAATTCTGTGAAGACCGATGGA	CAACAATTTGCCAACCTCATTGC	713	58
RS0352	TTTCGCAATACAAGTAGGACTGCCA	GTGGTGTCGCTCAAACAGGTTTG	724	58
RS0353	ATCTAGCAGTCGATTGTTGGCATTG	TGGTGCTGTAATTCCATTTCCATCA	720	59
RS0354	TTGCTGCCTCCAGTTGGAAGTCT	CCCAACAGCAAGCATACACACACTC	607	58
RS0355	TGACCAGCATCAGCATATCAAAACA	GCAGCAAGGTCATGATGACCATATT	603	59
RS0356	ATGTAATCCATGCCCCTTATTTTGC	TCAGAGCTTCTGGAGGTGAGGAATT	674	58
RS0457	CATCATTGTGCAGGTATGGGAGAAA	CCCGCTTAAATCGTCCCTTTTGTA	851	58
RS0458	GATGATGAAAATGACACTGCTTGGG	GCAAAGTAAACAGGGCAAGCAAAA	724	58
RS0459	AGCAATTTTTCGCCTGCATTCC	TGGAACATGCCATTCATTGACAGAG	678	58
RS0460	ATAGGAAAATTCACCTCGACAGCCG	TGGCAGCTCAACATGACTGGC	585	59
RS0461	CCTGGAACAACCAAACACTGACTTG	CGCCGTCGCAATTAAAATGTGC	678	59
RS0462	GGAACTGGCTACAGGAAAGACTTGG	AGCCCTCCAAGTCACTTTTGTGTTT	727	58
RS0463	TTAGCAGCCACTTTCTCACAATCCA	GCAGTTCGCATTTCCAGATCACTAG	726	58
RS0464	GGGGTTCTGCAATGAAGGTGC	GCGCTGAAGCATTAGCAGTAGATGT	843	58
RS0465	TTGAAATTGCACACAAGACTAGGGG	TTTCTCGGAGTATATGCAATCGGC	698	58
RS0466	AACCTGTCACTATGCGAACCAACAC	CATTTCCAGAGCCAGATGTGTGG	533	58
RS0467	ATGAAGAAACTTTGGTCCAGGCTTG	TTGCCAACACCAGCTATCGCA	697	58
RS0468	GGTACCACAGCAGATAACGGTTGTG	GCACACAAGATAGCTCAAACATCCG	682	58
RS0469	ATGGTTTTCCTGTTGTTGATGAGCC	TCATGAGCAATGAAAGCGATAATGC	689	58
RS0470	CTTCAGCCTCAAGTTTGTCACCATG	AGCGGAGATCAAGTGAACTTGCTTT	432	58
RS0471	ATTAATTACCATTTGATGGCGAGGG	GGATTGGTTATCCAGGTGGTCTCAT	597	58
RS0572	ACAAAAAGCTGAGATACGATTGGCA	GGGGATGTTGATGATTGGAAGAAAA	415	59
RS0573	GCCGGCTTCATGATATCACCAA	GAGGGGGCCCAAAAATATCTTTAAT	846	58
RS0574	ATCAATGTTGCCAAATGATGCTGC	TGGAGACCTCGATCGAACTAGCTTT	716	58
RS0575	TCGGCAGTATCGTCAGGCACTC	GGCCCATGCAAATACACCTGC	712	58
RS0576	TGACGACGAAAGGGAGCCAGT	GCAGTATCCCCAGTTCCCCACTAAT	719	58
RS0577	AGAGTTCTTCCTCCTTGTGGGTGTG	TTAGTTGCGGATCTTCCATCAGCTA	683	58
RS0578	ACACTCCAACTCTTCCATCGAAGGA	TCCACTGTTGATTCAGGCATTGAGT	757	59
RS0579	GCAGACGATCCATCTTGCCCA	CGAGGAGAAGAAGGAGACTGAGCAG	696	58
RS0680	TCGCCGGAGAGCATGTTGTC	CCTTGGTAACAATCTCCTGGAGGG	708	60
RS0681	TATCAATAATCGTACCTGGGAGCGC	CCAGGCGTCAGGTGATTATATTGCT	896	59
RS0682	CAGGGAAACGATGGTGACAACG	TGAAGCCCATGCGAATCCATT	706	60
RS0683	AATGAAGCTGAAGTGATGATGCCAC	TGGCAGCCATAGTGACTGAAGGATA	709	58
RS0684	AACAAGCATTTTCCCTATGCCACA	AGATTTCCCAAGATGGACCAAGTTG	706	58
RS0685	TTTGAATGAAAGCTCGCAGATGATC	TGGAACTTCAAGTGAAGGCTGTCAG	743	58
RS0686	TTGAGCTTATGAAACCAACAGCCAA	TGAAATGGCCGGGAGTTACAATTA	656	59
RS0687	GAACTTGGGGTTCACCAGAGAGATG	GGAAATGACCCCTTGATCATGTGAG	760	58
RS0688	AGGAAGTGAACAACAGCACTCGTGT	TTTATTCGAGTTGCGGGAGACGT	865	59
RS0689	CACAACCCTTGCTCCTTCCATG	CCTCTCCAGTAAGGTTGCCACAGAT	740	58
RS0690	AGGAATCTCAGGGATATTTGGAGCA	TGGAAACCTCACTGCACTTTCTGAA	724	58
RS0691	GCTGCTAGACTAGTTGATGCCATGC	GAATTGTGGTTCCTGCTCCATTAGG	765	58
RS0692	GCACGCCGATGTAGTAGAATCCG	GGAAGTTCTATGCCGCGTGAATTG	906	58
RS0693	ACTTCCCTTCCTACCCTCGTTTTCA	AACCATAGGAGCCAATTCTTGGAAA	702	60
RS07100	GAGCACCTGGCCAAGCAAATCTA	CTGTACCGGGAGGTCAGAGGTGA	690	59
RS07101	ACATTGAGACCACTGCTAGGCACAA	GCCGATGCTAATAGACTCGCTGAAT	485	58
RS07102	GGCAGTAAAATGCCTCAACACCAA	CCATGCAAAACGATTCAAAAGTGG	777	58
RS0794	TGGAATCGAGTTTCCCGTTATTCAT	TCGGTATCAATGGCGATGTTTAATG	803	59
RS0795	CGTCATCCAAGCCAGAGACCGT	TGGAAGCGTTTCTCCCATGTCTG	711	60
RS0796	CTTCTAGAGAAGCGGTTGCTTGCA	GCGATAACCTCATCCTTCTGCTGA	902	59
RS0797	CATTGAGTGACTCGGGATGATATGG	GATCTGCTCCCTGCTATTTTGCG	710	60
RS0798	ATACGACCATGAAGCCTGCGTTCT	TACTTAGCGGAAACAAGCGGCTTC	700	59
RS0799	TTTGTAACCTGCCAGCATTCATTTC	GGGGCAATGTTGTCTTAATGGGTAT	700	60
RS08103	TCAATGCGTCTGGCCTGACAA	GAGATATTCCGGTGTGTGACACCAG	682	60
RS08104	TCAGTGACCGTGGATCTGAATGG	CATGAGAACTTGCCTGCACAGAATT	684	60
RS08105	TGATTACTACCCAGTCGGCTTCAGC	TGCTTCTGCCCTTGTCTATGATTCA	723	58
RS08106	TCAAGTTACCGTAGGCCAGTGTGTG	GCCTCTCCCCACAGAATGATCAG	680	58
RS08107	AGGTGTATGTAGGGCCTTTTGTTCG	TGGTTTTCAAATATGATGCCCAGAG	696	60
RS08108	AATGATGGGTGTGAATCTATGCAGC	GCCCTCTCCTCTCATCTCTCCATTA	815	58
RS08109	CAATCATCCCTAATGGTGAGCAGG	ACACCGTGCGCGTCATTGTC	744	60
RS08110	AGGTATGGACGGTTATTGAGGCG	CAGCTTCTGGTGTCATCCTCATCAT	683	60
RS08111	CTAGACCTCTGCAACGCCATTCA	CATCTGAATAGCGAGGCCGTATCA	774	60
RS08112	TCACTGGCTTCAATGAACTTGCAG	TCCAAACACGGCTCTTGAAGTTAAA	745	60
RS09113	GCATGCAGTGCTTTCTAACAAATCC	TGCATGTTTGGTCTGTACACCTCAA	848	59
RS09114	TCCTTCTCAAGAACTAGCTGCACCA	CAAATACCGGCGCATCTTTGAG	680	58
RS09115	AATGCTAATAGTCCGCCATTTGGAA	TTGATCCAGAAGGTGACTGCCAGTA	779	59
RS09116	TTGATAGCCACTTTGGACATGTTGG	GCATTATGGCCACACATTGATTGAA	691	58
RS09117	AATTGCGTCTCATCTGTTGGAGCT	TTGGGTTGGGACTGGCCTTACTA	727	58
RS10118	GGAGATTTCGTCATCGTGAACGC	TGGAGTTGAGAGCTGGGGATTCA	680	58
RS10119	TGTGCATCTGTACACCTCTTGTCCC	GACGCCCCTCCTGGTAATACAGAG	773	59
RS10120	ATTGATTTCAACAACAAGCATCCGG	TGATGCAATGTCATGTTGGAAGTGA	811	60
RS10121	TTATATTTCTTCACCCGACATGGCC	TTGTGTTGCCCTTAAAACCTAAGCA	781	58
RS10122	ATGGAGCAGATGACCATCATCAGC	CGTTCACTCGGGAGATTAAAATCCA	773	59
RS10123	GTGGTAGATCAGCGCCAGCATGT	CCCTAGCTTGGTCATTGCACAACA	724	59
RS10124	TCAGTGCACTTACTGTCCCCATCTC	TTGGTGTTTGAGGAATTGTCTCGC	681	58
RS10125	TTGTAGGTCTACACTGCATCGCGTT	TTGGCAACAGAAAATACAGTGGAGG	814	59
RS11126	CGAGCTGTGTTTTGCTTGACATTG	CCTTCATGAAAGATGCACGGTGAA	739	58
RS11127	ATCGATCAATGTACTTGCAGATGGG	AAAGCCTGACGCATCATCGCTA	758	58
RS11128	GGTAGCATCCCAAGAGAGCTCTTCA	GCTCTGGAAAGATCGTCGAATGAAA	665	58
RS11129	TGCATTTGGTCATCTTCAGCTCTTC	TCATGCCTATCTAGGTTCCTCCACC	714	59
RS11130	GAGATGACAAGAAGCCCATATTCCC	GGCAGATCCCGTCTTTTCTATTCAA	684	58
RS11131	CCTTTATACCACAGGTACCCGGTCA	TGGGTTCAAGTCCTTCCATCGAT	680	58
RS11132	CTAACTCATCAATGAAGGCCTGCTG	GGACAAGGGCACAGTCTCCAAAA	808	58
RS11133	GTGCTTGCTTGGCAATCACCATT	CTCCACAGTTCATCTATCACCCGAA	629	59
RS11134	GCTTCTCGATAGTTTGATGCATTGC	GCAACTCGCAGATAGAACCTGGAAT	752	58
RS11135	AGGTAACGGACAGTCCTGATTGACC	GATGCATGAGGCCAGTAAGATTGG	684	58
RS11136	TGGCCGAGTCTTTCTCTGCGTATA	CGAGATGATGAATGCAAGGACTTGA	693	59
RS11137	AAATCGTGAAGCAGATCATGAACCG	GCATTGAGTCGAAAACGGTTCCTTT	704	61.8
RS12138	GACTGACTTTGCCATCATGACCTTG	CCAACAGCAAGAGCAAGGCAGATA	685	62
RS12139	TCTTCTTTTGGAACAGTGATGGCTG	GCACCGGTTGTGTCTGAAAGAAGTA	755	59
RS12140	CCTTTGTGTGGAAAACGCAAGTAAA	GCCATGTAAAAGGCATCCTGTCAAA	688	59
RS12141	ACTCCAGCTTAAAAAGGGATCCGAG	TATTGTAGTTGGCAGGGCCATGTC	755	59
RS12142	GAGGCAATCCATCACCATCAGGT	GCGGCTCTTAAAGTTTGATGGACAT	734	58
RS12143	TTTTGAGTTCCCACCAAGAGAATCC	GCGAGAAGATATACGGAACGGTGTT	799	59
RS12144	TAATGGAGCTTTCACGGTTCATGC	TCGTGGTATGTAACTATGGCCGACA	929	59
RS12145	AGAATGATAATTTGTGTGGCGCTGA	TGCACGGTCCTTCTACGTTAATGG	703	58
RS12146	TGATCTGGCAATCAAGTCATGAAGG	GGCGATTCCTGTGTACTGTTGGTTT	688	59

실시예 3. 유전지도 및 물리지도 작성

앞서 개발된 146개의 CAPS 마커를 이용하여 MGRIL의 유전자형을 검정하였다. 이 집단의 유전지도 작성을 위해서 기존에 PCR을 기반으로 개발된 219개의 DNA 마커와 통합하였다(비특허문헌 1)(표 5). 146개의 CAPS 마커를 포함하여 총 365개의 DNA 마커를 이용하여 유전지도를 작성하였다. 총 유전거리는 1,572 cM이었으며, 마커 간의 평균 거리는 4.6 cM이었다(도 3). 본 발명의 NGS로 분석된 SNP를 기반으로 개발된 CAPS 마커는 빠른 시간에 효율적인 분석이 가능하며, 분석이 용이한 PCR 기반 마커들로 구성되었다는 장점을 가지고 있다. 유전지도 분석에 통합한 DNA 마커의 primer 서열을 표준유전체로 사용한 nipponbare genome (build7.0)에 mapping하여 각 마커들의 벼 유전체상에서의 물리적인 위치를 파악한 후, 물리지도를 작성하였다. 이 물리지도에서 마커 간의 물리적 거리의 합은 361 Mbp이었으며, 이를 총 유전거리로 나누어 구한 1 cM당 평균 물리적거리는 230 kbp이었다. 기존의 보고된 벼 물리지도와 유전지도의 통합분석연구 결과에서 1 cM당 244 kbp이었음을 미루어 볼 때(비특허문헌 4), 이번에 작성된 MGRIL 유전지도와 물리지도에 근거하여 특정한 1 cM당 평균 물리적 거리가 정확도가 높은 수치라고 할 수 있다(도 2).

본 발명의 유전지도 및 물리지도에 포함된 DNA 마커 정보

M arker type	no . of markers	Marker list
InDel ^z	36	R1M7, R1M30, R1M37, R1M47, R2M10, R2M37, R2M50, R3M10, R3M23, R3M37, R4M17, R4M43, R4M50, R5M13, R5M20, R5M30, R6M14, R6M30, R6M44, R7M7, R7M20, R7M37, R8M23, R8M33, R8M46, R9M10, R9M20, R9M30, R9M42, R10M10, R10M17, R10M30, R10M40, R11M17, R11M40, R12M43
RTM ^z	8	RTM4211 , RTM10147, RTM3211, RTM5697, RTM3550, RTM10742, RTM9188, RTM5516
STS ^z	88	STS01007, STS01009, STS01017, STS01021, STS01031, STS01039, STS01043, STS02012, STS02017, STS02025, STS02027, STS02030, STS02033, STS02036, STS02038, STS03009, STS03020, STS03025, STS03032, STS03036, STS03040, STS04001, STS04007, STS04009, STS04017, STS04024, STS04037, STS04042, STS05018, STS05020, STS05025, STS05027, STS05028, STS05037, STS05043, STS05045, STS05048, STS06013, STS06019, STS06023, STS06037, STS06040, STS07005, STS07010, STS07015, STS07021, STS07023, STS07025, STS07029, STS07036, STS07040, STS08001, STS08003, STS08005, STS08008, STS08019, STS08021, STS08023, STS08029, STS08033, STS08035, STS08038, STS08043, STS09003, STS09004, STS09007, STS09011, STS09031, STS09033, STS09035, STS09036, STS09048, STS10003, STS10005, STS10010, STS10014, STS10017, STS10037, STS11016, STS11019, STS11025, STS11039, STS12008, STS12011, STS12012, STS12019, STS12023, STS12030
SSR ^z	87	RM1 , RM10, RM101, RM1036, RM11, RM1155, RM1227, RM12368, RM1247, RM1300, RM1370, RM1375, RM167, RM16789, RM17, RM17303, RM17377, RM17960, RM17962, RM1880, RM19218, RM19620, RM201, RM205, RM20882, RM212, RM2136, RM214, RM224, RM226, RM22608, RM22630, RM22694, RM234, RM23736, RM23779, RM240, RM242, RM246, RM247, RM253, RM25366, RM257, RM26062, RM276, RM277, RM27970, RM28400, RM286, RM287, RM3, RM3170, RM3199, RM3252, RM332, RM3394, RM3472, RM3481, RM349,RM3664, RM3765, RM401, RM408, RM420, RM4355, RM44, RM4771, RM5055, RM5349, RM536, RM5526, RM5608, RM5633, RM5753, RM5807, RM5814, RM5907, RM6367, RM6467, RM6775, RM6840, RM6841, RM6842, RM7000, RM7389, RM7492, RM7631
SNP	146	RS011, RS012, RS013, RS014, RS015, RS016, RS017, RS018, RS019, RS0110, RS0111, RS0112, RS0113, RS0114, RS0115, RS0116, RS0117, RS0118, RS0119, RS0120, RS0121, RS0122, RS0123, RS0124, RS0125, RS0226, RS0227, RS0228, RS0229, RS0230, RS0231, RS0232, RS0233, RS0234, RS0235, RS0236, RS0237, RS0238, RS0239, RS0240, RS0241, RS0242, RS0243, RS0244, RS0245, RS0246, RS0347, RS0348, RS0349, RS0350, RS0351, RS0352, RS0353, RS0354, RS0355, RS0356, RS0457, RS0458, RS0459, RS0460, RS0461, RS0462, RS0463, RS0464, RS0465, RS0466, RS0467, RS0468, RS0469, RS0470, RS0471, RS0572, RS0573, RS0574, RS0575, RS0576, RS0577, RS0578, RS0579, RS0680, RS0681, RS0682, RS0683, RS0684, RS0685, RS0686, RS0687, RS0688, RS0689, RS0690, RS0691, RS0692, RS0693, RS0794, RS0795, RS0796, RS0797, RS0798, RS0799, RS07100, RS07101, RS07102, RS08103, RS08104, RS08105, RS08106, RS08107, RS08108, RS08109, RS08110, RS08111, RS08112, RS09113, RS09114, RS09115, RS09116, RS09117, RS10118, RS10119, RS10120, RS10121, RS10122, RS10123, RS10124, RS10125, RS11126, RS11127, RS11128, RS11129, RS11130, RS11131, RS11132, RS11133, RS11134, RS11135, RS11136, RS11137, RS12138, RS12139, RS12140, RS12141, RS12142, RS12143, RS12144, RS12145, RS12146

^zJi et al. (2012)

실시예 4. MGRIL 표현형 상관관계 및 QTL 분석

밀양23호와 기호벼 그리고 MGRIL에 대해 1절굵기(I1D), 2절굵기(I2D), 3절굵기(I3D), 4절굵기(I4D), 간장(CL), 그리고 수장(PL)의 표현형을 조사하였다(도 4). 조사된 형질의 변이 분포는 연속적인 정규분포를 보였으며, 모본의 범위를 벗어나는 초월분리현상을 나타냈다. 6가지 형질간의 상관관계 분석한 결과, 수장과 4개의 줄기굵기에 대해 유의성 있는 상관관계를 확인할 수 있었고, 줄기의 굵기가 굵을수록 수장의 길이가 길어지는 경향을 나타내었다. 간장과 줄기굵기는 유의성이 낮은 상관관계를 갖거나 나타나지 않는 것을 확인할 수 있었다(표 6).

밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 유전집단에 대한 줄기굵기 QTL 연구는 아직 보고된 바가 없으며, 본 연구를 통해서 총 4개 줄기굵기 관련 QTL이 새롭게 탐색되었다(표 7). 이 중 1절굵기 형질 관련 QTL이 두 개 나타나 각각 qI1D1과 qI1D5로 명명하였다. qI1D1은 1번 염색체의 RS0124-RS0125사이에서 탐색되었고, 이 QTL의 1절굵기 표현형 변이는 5.02%였다. 기호벼의 allele가 1절굵기를 0.07cm 증가시키고, LOD값은 3.26이었다(표 7). qI1D5는 5번 염색체의 RM6841-RS0578사이에서 탐색되었고, 이 QTL의 1절굵기 표현형 변이는 8.99%였다. 밀양23호의 allele가 1절굵기를 0.10cm 증가시키고, LOD 값은 새롭게 찾아진 QTL 중 가장 높은 값인 6.09였다(표 7). 또한, 3절굵기 관련 형질에 대해 1개 QTL이 확인되었고, 이를 qI3D1로 명명하였다. 이 QTL은 3번 염색체의 STS01039-RS0124사이에서 탐색되었고, 3절굵기의 표현형 변이는 6.53%였다. 이 QTL의 LOD 값은 3.17이며, 기호벼의 allele가 3절굵기를 0.18cm 증가시켰다(표 7). 4절굵기 형질에 대한 1개 QTL이 탐색되었고, 이를 qI4D1로 명명하였다. 이 QTL은 1번 염색체의 STS01039-RS0124사이에서 탐색되었고, 4절굵기 표현형 변이는 9.97% 였다. 이 QTL의 LOD 값은 4.61이며, 기호벼의 allele가 4절굵기를 0.25cm증가시켰다(표 7). qI1D1, qI3D1, qI4D1은 1번 염색체의 유사한 지역에서 탐색되었다. 특히, 3절과 4절굵기 관련 QTL은 동일한 마커 사이에서 탐색되었다. 하지만 줄기굵기 측정과 QTL 분석이 독립적으로 이루어졌으며, 여러 형질이 하나의 유전자에 의해 지배 될 수도 있지만, 서로 다른 유전자에 의해 지배될 수도 있기 때문에 서로 다른 QTL로 임의 명명하였다. 각각의 형질이 실제 다른 유전자에 의한 것인지 추후 연구가 요구된다.

이러한 QTL 분석 결과는 유용형질들과 DNA 표지인자간의 연관관계를 규명하여 gene tagging을 하고, 이 표지인자를 이용하여 실질적인 육종을 수행하는데 기반이 될 것으로 생각된다.

MGRIL 개체에서 측정된 6가지 형질사이의 상관관계

Trait	I1D	I2D	I3D	I4D	CL	PL
I1D ^z		0.8441^**	0.6546^**	0.6025^**	0.0557(ns^y)	0.5298^**
I2D			0.8578^**	0.7987^**	0.1154(ns)	0.5264^**
I3D				0.9347^**	0.3184^**	0.4964^**
I4D					0.3602^**	0.4688^**
CL						0.2343^**

^**p<0.01

^zI1D = first internode diameter; I2D = second internode diameter; I3D = third internode diameter; I4D = fourth internode diameter; CL = culm length; PL = Panicle length.

^yns, not significant.

MGRIL의 6가지 형질로 탐지된 QTL 마커 특성

Traits	No.	QTL name^z	Chr^y	Position	LOD^w	Additive	R²	Interval marker	Reference
Traits	No.	QTL name^z	Chr^y	(cM)^x	LOD^w	effect^v	(%)^u	Interval marker	Reference
First Internode	1		1	27.73	12.56	0.15	21.19	RS014 , RM1	sdm1 (Kashiwagi et al. 2008)
	2	qI1D1	1	196.62	3.26	-0.07	5.02	RS0124 , RS0125
	3	qI1D5	5	84.14	6.09	0.10	8.99	RM6841 , RS0578
	4		6	119.17	3.75	0.08	6.06	RS0693 , RM5814	Kashiwagi & Ishimaru (2004)
Second Internode	5		1	27.73	5.86	0.17	11.11	RS014 , RM1	sdm1 (Kashiwagi et al. 2008)
	6		6	110.87	6.10	0.18	12.18	RS0691 , RM1370	Kashiwagi & Ishimaru (2004)
	7		7	57.00	3.19	0.13	6.31	STS07015 , RS0798	sdm7 (Kashiwagi et al. 2008)
Third Internode	8	qI3D1	1	192.10	3.17	-0.18	6.53	STS01039 , RS0124
	9		4	74.84	4.12	-0.20	7.76	RS0462 , RS0463	qCD -4 (Wang et al. 2011)
	10		6	113.39	6.45	0.26	12.94	RM1370 , RS0692	Kashiwagi & Ishimaru (2004)
Fourth Internode	11	qI4D1	1	193.10	4.61	-0.25	9.97	STS01039 , RS0124
	12		6	107.87	7.47	0.34	19.25	RS0691 , RM1370	Kashiwagi & Ishimaru (2004)
	13		12	20.24	3.22	0.19	5.95	RS12140 , STS12019	sdm12 (Kashiwagi et al. 2008),
Culm length	14		1	171.43	31.14	-9.99	58.23	RS0119 , RS0120	sd -1 (Ashikari et al. 2002, Cho et al. 1994, Monna et al. 2002, Sasaki et al. 2002, Spielmeyer et al. 2002)
	15	qCL5	5	41.08	3.51	2.72	4.24	R5M13 , RS0573
	16		8	12.16	5.37	3.33	6.44	STS08005 , STS08008	pl8 ( Xiao et al . 1995), ph8 ( Xiong et al . 1999)
	17	qCL12	12	94.2	3.09	2.47	3.59	RS12143 , RM1300
Panicle length	18		1	134.68	3.32	0.64	6.59	R1M37 , RS0115	pl1 (Xiong et al. 1999), pl1 .1 ( Septiningsih et al . 2003)
Panicle length	19		3	41.08	5.44	0.84	11.03	R3M10 , RTM5697	Pl3 .1 (Septiningsih et al. 2003), pl3b (Zhuang et al. 1997)

^z:QTLs were newly detected and tentatively named.

^y : The number of chromosome.

^x: Position of QTL from the top of each chromosome.

^w: The logarithm of the ratio of two likelihoods.

^v:Positive and negative values indicated additive effect contributed by the alleles of Milyang23 and Gihobyeo, respectively.

^u: Percentage of variance explained by each QTL.

<110> REPUBLIC OF KOREA <120> QTL ANALYSIS OF STEM DIAMETER AND CAPS MARKER THEREFOR <130> P14R12D1002 <160> 292 <170> KopatentIn 2.0 <210> 1 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS011 FORWARD PRIMER <400> 1 tccagaagtc aggataggag tggca 25 <210> 2 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS011 REVERSE PRIMER <400> 2 tggaagaacc acaactgcat catg 24 <210> 3 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0110 FORWARD PRIMER <400> 3 tgaaaccctt cttcaggaaa ccagc 25 <210> 4 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0110 REVERSE PRIMER <400> 4 cattgtgcag ccaggaaaag gataa 25 <210> 5 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0111 FORWARD PRIMER <400> 5 cagtgcagcg atctttatca gcttc 25 <210> 6 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0111 REVERSE PRIMER <400> 6 tcgatcctcg agtccatgca tg 22 <210> 7 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0112 FORWARD PRIMER <400> 7 tcctgctttt atgttggctg tcact 25 <210> 8 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0112 REVERSE PRIMER <400> 8 ggctgctgct tcaaaattcc cttt 24 <210> 9 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0113 FORWARD PRIMER <400> 9 tgcattttgg agcattgtag acgc 24 <210> 10 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0113 REVERSE PRIMER <400> 10 tgcaagcaca gaagtgggca gt 22 <210> 11 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0114 FORWARD PRIMER <400> 11 cacacgcagc gcagaaacta aaa 23 <210> 12 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0114 REVERSE PRIMER <400> 12 ccatcgaaaa tccactgcaa catt 24 <210> 13 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0115 FORWARD PRIMER <400> 13 aatggtcttg gtgacgaagc aactg 25 <210> 14 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0115 REVERSE PRIMER <400> 14 cgaataggtg accgagcagc act 23 <210> 15 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0116 FORWARD PRIMER <400> 15 tgcagcgcca tcatcatgag c 21 <210> 16 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0116 REVERSE PRIMER <400> 16 agttgaggaa gctgagcacg gc 22 <210> 17 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0117 FORWARD PRIMER <400> 17 agggattaat tgattcacac agccc 25 <210> 18 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0117 REVERSE PRIMER <400> 18 cccagttgat gcaactcata tccct 25 <210> 19 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0118 FORWARD PRIMER <400> 19 atatgatgtc acccaaagtt gccct 25 <210> 20 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0118 REVERSE PRIMER <400> 20 gtgttccgtg ttcttgattt cgtgt 25 <210> 21 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0119 FORWARD PRIMER <400> 21 gggacattgg cttgacacat aagtg 25 <210> 22 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0119 REVERSE PRIMER <400> 22 acgaacactc tggcaaggac ca 22 <210> 23 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS012 FORWARD PRIMER <400> 23 ttgttcttgt aaaggcgctt cactg 25 <210> 24 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS012 REVERSE PRIMER <400> 24 actgtccttc gtttcaacag ggg 23 <210> 25 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0120 FORWARD PRIMER <400> 25 acacgtgctg ccaaatattg cg 22 <210> 26 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0120 REVERSE PRIMER <400> 26 ttttgcagtc ctgcagacca tttaa 25 <210> 27 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0121 FORWARD PRIMER <400> 27 tttaccaagc aggggatcag aaatg 25 <210> 28 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0121 REVERSE PRIMER <400> 28 tgcattgcat tacctgtgtc ctttt 25 <210> 29 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0122 FORWARD PRIMER <400> 29 ggcagaacag gagcattagc aagc 24 <210> 30 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0122 REVERSE PRIMER <400> 30 cctggactgg actggagtat aggga 25 <210> 31 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0123 FORWARD PRIMER <400> 31 ctgcaactca atggctccta ggtg 24 <210> 32 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0123 REVERSE PRIMER <400> 32 gctggcagag ctttatgtaa tggga 25 <210> 33 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0124 FORWARD PRIMER <400> 33 caggaggaaa acacaccgga tgg 23 <210> 34 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0124 REVERSE PRIMER <400> 34 ccgtccactg taagaactga atgcc 25 <210> 35 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0125 FORWARD PRIMER <400> 35 atgcggagga aatgccaaac a 21 <210> 36 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0125 REVERSE PRIMER <400> 36 ggatcgatgc gtgaaatatt gaaga 25 <210> 37 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS013 FORWARD PRIMER <400> 37 atcagggagt ttgcaatcaa aatgg 25 <210> 38 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS013 REVERSE PRIMER <400> 38 cccttgtggt atctgtccag tcaaa 25 <210> 39 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS014 FORWARD PRIMER <400> 39 tcagaagatt gtacctttgg ctccc 25 <210> 40 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS014 REVERSE PRIMER <400> 40 gggaagttcc tgctgaagag aggta 25 <210> 41 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS015 FORWARD PRIMER <400> 41 tgtgttcgtg ataggatgca cagg 24 <210> 42 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS015 REVERSE PRIMER <400> 42 cgcacctccc ctccatgtaa a 21 <210> 43 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS016 FORWARD PRIMER <400> 43 atcccatcca catcctttga atcc 24 <210> 44 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS016 REVERSE PRIMER <400> 44 cgaggtcaag agaatctggg agtct 25 <210> 45 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS017 FORWARD PRIMER <400> 45 tcagcaaatg gagttggcta aacaa 25 <210> 46 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS017 REVERSE PRIMER <400> 46 agtgatggag aggccaaaat gtctt 25 <210> 47 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS018 FORWARD PRIMER <400> 47 tgaaggggct gatcgagctc ca 22 <210> 48 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS018 REVERSE PRIMER <400> 48 tggatccggc gacgactact tatt 24 <210> 49 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS019 FORWARD PRIMER <400> 49 acttcatggg gacgagaagg tacg 24 <210> 50 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS019 REVERSE PRIMER <400> 50 cataggtagg aggcacacat ccgt 24 <210> 51 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0226 FORWARD PRIMER <400> 51 tgaagctgct tctaaatcac catcg 25 <210> 52 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0226 REVERSE PRIMER <400> 52 ctcacaggac caataccaag atgga 25 <210> 53 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0227 FORWARD PRIMER <400> 53 atctggctca agactgtccc tgatc 25 <210> 54 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0227 REVERSE PRIMER <400> 54 ggcaccactg catcatacgt ctact 25 <210> 55 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0228 FORWARD PRIMER <400> 55 gagatgttta gcgggaagag accaa 25 <210> 56 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0228 REVERSE PRIMER <400> 56 ggatggaatc ctgcgggtag ttaa 24 <210> 57 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0229 FORWARD PRIMER <400> 57 gaagttgcaa agatggagga actcg 25 <210> 58 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0229 REVERSE PRIMER <400> 58 tgcatggcca gtgaggatgg t 21 <210> 59 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0230 FORWARD PRIMER <400> 59 aaataaaaga caaacgggga gcaca 25 <210> 60 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0230 REVERSE PRIMER <400> 60 caaaaccgaa tcgcccctat aaatt 25 <210> 61 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0231 FORWARD PRIMER <400> 61 ctgctggcca gcgttctaca ag 22 <210> 62 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0231 REVERSE PRIMER <400> 62 ccaaccgcaa atcagcctac aa 22 <210> 63 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0232 FORWARD PRIMER <400> 63 ttgggctgaa gcaaagagcg a 21 <210> 64 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0232 REVERSE PRIMER <400> 64 cgtctgctgg aagacaaaat gaagg 25 <210> 65 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0233 FORWARD PRIMER <400> 65 tgtcatctgg aagtatggag gctca 25 <210> 66 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0233 REVERSE PRIMER <400> 66 tgttgctcta gctggggcat taaat 25 <210> 67 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0234 FORWARD PRIMER <400> 67 aaaatggtgc acgaagcaat tgatg 25 <210> 68 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0234 REVERSE PRIMER <400> 68 cccctgctga aaaaggaaaa tgag 24 <210> 69 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0235 FORWARD PRIMER <400> 69 agcatcttaa taggtttgcg gatgg 25 <210> 70 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0235 REVERSE PRIMER <400> 70 caaacacggg agctctccat acatt 25 <210> 71 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0236 FORWARD PRIMER <400> 71 tacctgaatc acaaccttct gtgcc 25 <210> 72 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0236 REVERSE PRIMER <400> 72 cctttggctg caatatgtct tgttg 25 <210> 73 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0237 FORWARD PRIMER <400> 73 ctggcattga tccgcattga ga 22 <210> 74 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0237 REVERSE PRIMER <400> 74 tcgtgtgatg acagttgagc aaaca 25 <210> 75 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0238 FORWARD PRIMER <400> 75 cgctgacata gcaaatctga tctcc 25 <210> 76 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0238 REVERSE PRIMER <400> 76 ccggtcgaga gaagctctgt agaag 25 <210> 77 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0239 FORWARD PRIMER <400> 77 agaaaatgcc tgcagttgtg ttgtc 25 <210> 78 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0239 REVERSE PRIMER <400> 78 ttccaaacaa tctgcagcca gc 22 <210> 79 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0240 FORWARD PRIMER <400> 79 ggaagtcatc ctgatccagc ttgtg 25 <210> 80 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0240 REVERSE PRIMER <400> 80 acgcctccag attcaagcaa gag 23 <210> 81 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0241 FORWARD PRIMER <400> 81 gccaagtggc acattcccaa c 21 <210> 82 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0241 REVERSE PRIMER <400> 82 agccggaagg atacacgaat cag 23 <210> 83 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0242 FORWARD PRIMER <400> 83 tgttaatgag gttgccatct tgtcg 25 <210> 84 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0242 REVERSE PRIMER <400> 84 ccattacaga aatgggttgg cactt 25 <210> 85 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0243 FORWARD PRIMER <400> 85 ttgacagtac atgctgggtt aggga 25 <210> 86 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0243 REVERSE PRIMER <400> 86 gcagcttttc attctgagcg ca 22 <210> 87 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0244 FORWARD PRIMER <400> 87 ttccagagta gcagcatctt gtgca 25 <210> 88 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0244 REVERSE PRIMER <400> 88 tggttttagt ggaggtgatt cgttg 25 <210> 89 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0245 FORWARD PRIMER <400> 89 tgtacggcta cacagctgaa attcc 25 <210> 90 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0245 REVERSE PRIMER <400> 90 accattttcc gaactgcttt ctttc 25 <210> 91 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0246 FORWARD PRIMER <400> 91 acgattattg ccatgacaag atcga 25 <210> 92 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0246 REVERSE PRIMER <400> 92 ggtttgtgtt ctcccactct ccaa 24 <210> 93 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0347 FORWARD PRIMER <400> 93 ttcgaaaata aaaaccctgc tccag 25 <210> 94 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0347 REVERSE PRIMER <400> 94 cctcaaaatg cctttccaaa ttcag 25 <210> 95 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0348 FORWARD PRIMER <400> 95 ttcactttcc tcctcacttt cgtca 25 <210> 96 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0348 REVERSE PRIMER <400> 96 ggcagtgcat tttggacaca cagta 25 <210> 97 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0349 FORWARD PRIMER <400> 97 tggcttgttt tgtgcgaagg g 21 <210> 98 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0349 REVERSE PRIMER <400> 98 cccattgacc aagtctttca caaga 25 <210> 99 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0350 FORWARD PRIMER <400> 99 tctcaatctt aaccccactc ttcgg 25 <210> 100 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0350 REVERSE PRIMER <400> 100 tgaccactgt ctgacatggg ctc 23 <210> 101 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0351 FORWARD PRIMER <400> 101 tcaaaattct gtgaagaccg atgga 25 <210> 102 <211> 23 <212> DNA <213> 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taatg 25 <210> 195 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0795 FORWARD PRIMER <400> 195 cgtcatccaa gccagagacc gt 22 <210> 196 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0795 REVERSE PRIMER <400> 196 tggaagcgtt tctcccatgt ctg 23 <210> 197 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0796 FORWARD PRIMER <400> 197 cttctagaga agcggttgct tgca 24 <210> 198 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0796 REVERSE PRIMER <400> 198 gcgataacct catccttctg ctga 24 <210> 199 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0797 FORWARD PRIMER <400> 199 cattgagtga ctcgggatga tatgg 25 <210> 200 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0797 REVERSE PRIMER <400> 200 gatctgctcc ctgctatttt gcg 23 <210> 201 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0798 FORWARD PRIMER <400> 201 atacgaccat gaagcctgcg ttct 24 <210> 202 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS0798 REVERSE PRIMER 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Sequence <220> <223> RS08105 REVERSE PRIMER <400> 210 tgcttctgcc cttgtctatg attca 25 <210> 211 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS08106 FORWARD PRIMER <400> 211 tcaagttacc gtaggccagt gtgtg 25 <210> 212 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS08106 REVERSE PRIMER <400> 212 gcctctcccc acagaatgat cag 23 <210> 213 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS08107 FORWARD PRIMER <400> 213 aggtgtatgt agggcctttt gttcg 25 <210> 214 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS08107 REVERSE PRIMER <400> 214 tggttttcaa atatgatgcc cagag 25 <210> 215 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS08108 FORWARD PRIMER <400> 215 aatgatgggt gtgaatctat gcagc 25 <210> 216 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS08108 REVERSE PRIMER <400> 216 gccctctcct ctcatctctc catta 25 <210> 217 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS08109 FORWARD PRIMER <400> 217 caatcatccc taatggtgag cagg 24 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225 gcatgcagtg ctttctaaca aatcc 25 <210> 226 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS09113 REVERSE PRIMER <400> 226 tgcatgtttg gtctgtacac ctcaa 25 <210> 227 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS09114 FORWARD PRIMER <400> 227 tccttctcaa gaactagctg cacca 25 <210> 228 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS09114 REVERSE PRIMER <400> 228 caaataccgg cgcatctttg ag 22 <210> 229 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS09115 FORWARD PRIMER <400> 229 aatgctaata gtccgccatt tggaa 25 <210> 230 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS09115 REVERSE PRIMER <400> 230 ttgatccaga aggtgactgc cagta 25 <210> 231 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS09116 FORWARD PRIMER <400> 231 ttgatagcca ctttggacat gttgg 25 <210> 232 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS09116 REVERSE PRIMER <400> 232 gcattatggc cacacattga ttgaa 25 <210> 233 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS09117 FORWARD PRIMER <400> 233 aattgcgtct catctgttgg agct 24 <210> 234 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS09117 REVERSE PRIMER <400> 234 ttgggttggg actggcctta cta 23 <210> 235 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS10118 FORWARD PRIMER <400> 235 ggagatttcg tcatcgtgaa cgc 23 <210> 236 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS10118 REVERSE PRIMER <400> 236 tggagttgag agctggggat tca 23 <210> 237 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS10119 FORWARD PRIMER <400> 237 tgtgcatctg tacacctctt gtccc 25 <210> 238 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS10119 REVERSE PRIMER <400> 238 gacgcccctc ctggtaatac agag 24 <210> 239 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS10120 FORWARD PRIMER <400> 239 attgatttca acaacaagca tccgg 25 <210> 240 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS10120 REVERSE PRIMER <400> 240 tgatgcaatg tcatgttgga agtga 25 <210> 241 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS10121 FORWARD PRIMER <400> 241 ttatatttct tcacccgaca tggcc 25 <210> 242 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS10121 REVERSE PRIMER <400> 242 ttgtgttgcc cttaaaacct aagca 25 <210> 243 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS10122 FORWARD PRIMER <400> 243 atggagcaga tgaccatcat cagc 24 <210> 244 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS10122 REVERSE PRIMER <400> 244 cgttcactcg ggagattaaa atcca 25 <210> 245 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS10123 FORWARD PRIMER <400> 245 gtggtagatc agcgccagca tgt 23 <210> 246 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS10123 REVERSE PRIMER <400> 246 ccctagcttg gtcattgcac aaca 24 <210> 247 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS10124 FORWARD PRIMER <400> 247 tcagtgcact tactgtcccc atctc 25 <210> 248 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS10124 REVERSE PRIMER 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Sequence <220> <223> RS11128 REVERSE PRIMER <400> 256 gctctggaaa gatcgtcgaa tgaaa 25 <210> 257 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS11129 FORWARD PRIMER <400> 257 tgcatttggt catcttcagc tcttc 25 <210> 258 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS11129 REVERSE PRIMER <400> 258 tcatgcctat ctaggttcct ccacc 25 <210> 259 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS11130 FORWARD PRIMER <400> 259 gagatgacaa gaagcccata ttccc 25 <210> 260 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS11130 REVERSE PRIMER <400> 260 ggcagatccc gtcttttcta ttcaa 25 <210> 261 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS11131 FORWARD PRIMER <400> 261 cctttatacc acaggtaccc ggtca 25 <210> 262 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS11131 REVERSE PRIMER <400> 262 tgggttcaag tccttccatc gat 23 <210> 263 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS11132 FORWARD PRIMER <400> 263 ctaactcatc aatgaaggcc tgctg 25 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Artificial Sequence <220> <223> RS12140 FORWARD PRIMER <400> 279 cctttgtgtg gaaaacgcaa gtaaa 25 <210> 280 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS12140 REVERSE PRIMER <400> 280 gccatgtaaa aggcatcctg tcaaa 25 <210> 281 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS12141 FORWARD PRIMER <400> 281 actccagctt aaaaagggat ccgag 25 <210> 282 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS12141 REVERSE PRIMER <400> 282 tattgtagtt ggcagggcca tgtc 24 <210> 283 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS12142 FORWARD PRIMER <400> 283 gaggcaatcc atcaccatca ggt 23 <210> 284 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS12142 REVERSE PRIMER <400> 284 gcggctctta aagtttgatg gacat 25 <210> 285 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS12143 FORWARD PRIMER <400> 285 ttttgagttc ccaccaagag aatcc 25 <210> 286 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS12143 REVERSE PRIMER <400> 286 gcgagaagat atacggaacg gtgtt 25 <210> 287 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS12144 FORWARD PRIMER <400> 287 taatggagct ttcacggttc atgc 24 <210> 288 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS12144 REVERSE PRIMER <400> 288 tcgtggtatg taactatggc cgaca 25 <210> 289 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS12145 FORWARD PRIMER <400> 289 agaatgataa tttgtgtggc gctga 25 <210> 290 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS12145 REVERSE PRIMER <400> 290 tgcacggtcc ttctacgtta atgg 24 <210> 291 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS12146 FORWARD PRIMER <400> 291 tgatctggca atcaagtcat gaagg 25 <210> 292 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RS12146 REVERSE PRIMER <400> 292 ggcgattcct gtgtactgtt ggttt 25

Claims

밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 집단의 줄기굵기(stem diameter)와 관련된 양적형질 유전자좌를 결정하기 위한 도 3으로 표시되는 유전지도.
1) 밀양23호 및 기호벼에 특이적인 단일염기 다형성 (SNPs)을 결정하는 단계;
2) 상기 단일염기 다형성 중 EcoRⅠ, HindⅢ, PstⅠ 및 XhoⅠ을 포함하는 제한효소자리에 위치한 SNP를 CAPS 마커로 선별하는 단계;
3) 상기 CAPS 마커에 특이적인 프라이머를 이용해 PCR을 수행하는 단계;
4) 상기 PCR로 분리된 CAPS 마커를 이용해 도 3으로 표시되는 유전지도를 제작하는 단계; 및
5) 상기 유전지도를 기초로 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 집단의 줄기굵기와 관련된 양적형질 유전자좌(QTL)를 분석하는 단계;
를 포함하는 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 집단의 줄기굵기와 관련된 양적형질 유전자좌를 결정하는 방법.
제2항에 있어서,
6) 줄기굵기 관련 양적형질 유전자좌(QTL)인 qI1D1, qI1D5, qI3D1 및 qI4D1를 결정하는 단계;
를 추가로 포함하는 밀양23호 및 기호벼의 재조합자식 집단의 줄기굵기와 관련된 양적형질 유전자좌를 결정하는 방법.
제2항 또는 제3항에 따른 방법으로 결정된 줄기굵기 관련 양적형질 유전자좌(QTL)인 qI1D1, qI1D5, qI3D1 및 qI4D1.