KR20150115289A - 알데히드 데히드로게나제 변이체, 상기 변이체를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는 벡터 및 미생물, 및 이를 이용한 1,4-부탄디올의 생산방법 - Google Patents
알데히드 데히드로게나제 변이체, 상기 변이체를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는 벡터 및 미생물, 및 이를 이용한 1,4-부탄디올의 생산방법 Download PDFInfo
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Abstract
알데히드 데히드로게나제 변이체, 상기 변이체를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는 벡터 및 미생물, 및 이를 이용한 1,4-부탄디올의 생산방법에 관한 것이다.
Description
알데히드 데히드로게나제 변이체, 상기 변이체를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는 벡터 및 미생물, 및 이를 이용한 1,4-부탄디올의 생산방법에 관한 것이다.
1,4-부탄디올(1,4-BDO)은 용매로서 플라스틱, 섬유 및 폴리우레탄 등의 제조에 사용될 수 있다. 또한, 1,4-BDO는 테트라히드로퓨란(THF)을 경유하여 스판덱스 섬유의 원료인 폴리테트라메틸렌 에테르 글리콜(PTMEG)로 변환될 수 있다.
1,4-BDO는 현재 아세틸렌과 포르말린을 원료로 하는 Reppe 공정 또는 부탄(butane)을 원료로 하는 Davy Mckee 공정에 의해 제조된다. 그러나, 화학적인 방법을 통한 1,4-BDO 생산은 가스 및 석유 관련 원료를 사용하므로, 생산비 절감 및 환경 보호 측면에서 대안적인 생산방법이 요구되고 있다. 이에, 미생물을 이용한 생물학적 1,4-BDO 생산방법이 제시되고 있다.
종래의 기술에 의해서도, 미생물을 통해 1,4-BDO를 효율적으로 생산하는 방법이 요구된다.
일 양상은 4-히드록시부티릴-CoA를 4-히드록시부티르알데히드로 전환을 촉매하는 활성을 갖고, 서열번호 1의 273번째 아미노산이 다른 아미노산으로 치환된 아미노산 서열을 갖는 알데히드 데히드로게나제 변이체를 제공한다.
다른 양상은 상기 알데히드 데히드로게나제 변이체를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 제공한다.
다른 양상은 상기 알데히드 데히드로게나제 변이체를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 미생물을 제공한다.
다른 양상은 상기 알데히드 데히드로게나제 변이체 및/또는 상기 미생물을 이용한, 1,4-부탄디올을 생산하는 방법을 제공한다.
일 양상은 4-히드록시부티릴-CoA를 4-히드록시부티르알데히드로 전환을 촉매하는 활성을 갖고, 서열번호 1의 273번째 아미노산이 다른 아미노산으로 치환된 아미노산 서열을 갖는 알데히드 데히드로게나제 변이체를 제공한다.
서열번호 1의 아미노산 서열을 갖는 알데히드 데히드로게나제는 클로스트리디움 베이제링키(Clostridium beijerinckii)에서 유래한 것일 수 있다. 상기 알데히드 데히드로게나제 변이체는 서열번호 1에서 273번째 아미노산인 루이신(L)이 이소루이신(I) 또는 세린(S)으로 치환된 것일 수 있다. 상기 서열번호 1에서 273번째 아미노산인 루이신(L)이 이소루이신(I)으로 치환된 변이체는 서열번호 3의 아미노산 서열을 가질 수 있다. 상기 서열번호 1에서 273번째 아미노산인 루이신(L)이 세린(S)으로 치환된 변이체는 서열번호 5의 아미노산 서열을 가질 수 있다.
다른 양상은 상기 알데히드 데히드로게나제 변이체를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 제공한다.
본 명세서의 용어 "폴리뉴클레오티드"는 gDNA 및 cDNA와 같은 DNA 및 RNA 분자를 포괄적으로 포함하며, 폴리뉴클레오티드의 기본 구성 단위인 뉴클레오티드는 자연의 뉴클레오티드뿐만 아니라, 당 또는 염기 부위가 변형된 유사체(analogue)도 포함할 수 있다. 상기 폴리뉴클레오티드는 분리된 폴리뉴클레오티드일 수 있다. 상기 알데히드 데히드로게나제 변이체를 코딩하는 폴리뉴클레오티드는 클로스트리디움 베이제링키(Clostridium beijerinckii)에서 유래한 것일 수 있다.
상기 서열번호 1에서 273번째 아미노산인 루이신(L)이 이소루이신(I)으로 치환된 변이체는 서열번호 4의 뉴클레오티드 서열에 의해 코딩되는 것일 수 있다. 상기 서열번호 1에서 273번째 아미노산인 루이신(L)이 세린(S)으로 치환된 변이체는 서열번호 6의 뉴클레오티드 서열에 의해 코딩되는 것일 수 있다.
다른 양상은 상기 알데히드 데히드로게나제 변이체를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 벡터를 제공한다. 상기 폴리뉴클레오티드는 조절 서열과 작동가능하게 연결된 것일 수 있다. 상기 조절 서열은 프로모터, 터미네이터, 인핸서, 또는 이들의 조합을 포함할 수 있다. 용어 "작동가능하게 연결된(operably linked)"은 발현이 필요한 유전자와 이의 조절 서열이 서로 기능적으로 결합되어 유전자 발현을 가능케 하는 방식으로 연결되어 있는 것을 의미한다. 상기 벡터는 복제기점, 전사 조절 부위, 다중 클로닝 부위, 선별 마커, 또는 이들의 조합을 더 포함할 수 있다.
다른 양상은 상기 알데히드 데히드로게나제 변이체를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 미생물을 제공한다.
상기 미생물은 미세적 크기를 갖는 원핵생물, 진핵생물 세포 또는 유기체를 포함할 수 있다. 상기 미생물은 고세균, 진정세균, 또는 효모 및 진균과 같은 진핵 미생물을 포함할 수 있다. 상기 미생물은 에세리키아(Escherichia) 속 또는 코리네박테리움 속에 속하는 미생물일 수 있다. 상기 미생물은 대장균 또는 코리네박테리움 글루타미쿰일 수 있다.
상기 알데히드 데히드로게나제 변이체를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 미생물은 4-히드록시부티레이트를 4-히드록시부티릴-CoA로 전환하는 활성이 증가되어 있는 것일 수 있다.
상기 활성 증가는 4-히드록시부티레이트의 4-히드록시부티릴-CoA로의 전환을 촉매하는 폴리펩티드의 발현 증가에 의한 것일 수 있다. 본 명세서에서, 폴리펩티드의 발현 증가는 상기 폴리펩티드를 코딩하는 유전자의 증폭 또는 조절 영역의 변이에 의한 것을 포함한다. 상기 폴리펩티드는 4-히드록시부티릴 조효소 A:아세틸 조효소 A 트란스퍼라아제(4-hydroxybutyryl CoA:acetyl-CoA transferase: Cat2)일 수 있다. 상기 Cat2는 EC.2.8.3.a로 분류되는 효소일 수 있다. 상기 Cat2는 서열번호 7의 아미노산 서열을 가질 수 있다. 상기 활성 증가는 Cat2를 코딩하는 폴리뉴클레오티드의 도입에 의한 것일 수 있다. 상기 폴리뉴클레오티드는 내재적(endogenous) 또는 외인성(exogenous)일 수 있다. 상기 폴리뉴클레오티드는 서열번호 7의 아미노산 서열을 코딩하는 폴리뉴클레오티드일 수 있다. 상기 폴리뉴클레오티드는 서열번호 8의 뉴클레오티드 서열을 가질 수 있다.
상기 알데히드 데히드로게나제를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 미생물은 숙시닐-CoA, 알파-케토글루타레이트, 또는 그 조합을 4-히드록시부티레이트로 전환하는 활성이 증가되어 있는 것일 수 있다.
상기 숙시닐-CoA를 4-히드록시부티레이트로 전환하는 활성의 증가는 숙시닐-CoA의 숙시닉 세미알데히드로의 전환을 촉매하는 폴리펩티드, 숙시닉 세미알데히드의 4-히드록시부티레이트로의 전환을 촉매하는 폴리펩티드, 또는 그 조합의 발현 증가에 의한 것일 수 있다. 상기 폴리펩티드는 내재적 또는 외인성 폴리펩티드일 수 있다. 상기 외인성 폴리펩티드는 포르피로모나스(Porphyromonas) 속 또는 클로스트리디움(Clostridium) 속 유래일 수 있다.
상기 숙시닐-CoA의 숙시닉 세미알데히드로의 전환을 촉매하는 폴리펩티드는 조효소 A-의존성 숙시닉 세미알데히드 데히드로게나제(CoA-dependent succinate semialdehyde dehydrogenase: SucD)일 수 있다. 상기 SucD은 EC.1.2.1.b로 분류되는 효소일 수 있다. 상기 SucD은 서열번호 9의 아미노산 서열을 가질 수 있다. 상기 숙시닉 세미알데히드의 4-히드록시부티레이트로의 전환을 촉매하는 폴리펩티드는 4-히드록시부티레이트 세미알데히드 데히드로게나제(4-hydroxybutyrate dehydrogenase: 4hbd)일 수 있다. 상기 4hbd는 EC.1.1.1.a로 분류되는 효소일 수 있다. 상기 4hbd는 서열번호 11의 아미노산 서열을 가질 수 있다.
또한, 상기 숙시닐-CoA를 4-히드록시부티레이트로 전환하는 활성의 증가는 SucD를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, 4hbd를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, 또는 그 조합의 도입에 의한 것일 수 있다. 상기 SucD를 코딩하는 폴리뉴클레오티드는 서열번호 9의 아미노산 서열을 코딩하는 폴리뉴클레오티드일 수 있다. 상기 SucD를 코딩하는 폴리뉴클레오티드는 서열번호 10의 뉴클레오티드 서열을 가질 수 있다. 상기 4hbd를 코딩하는 폴리뉴클레오티드는 서열번호 11의 아미노산 서열을 코딩하는 폴리뉴클레오티드일 수 있다. 상기 4hbD를 코딩하는 폴리뉴클레오티드는 서열번호 12의 뉴클레오티드 서열을 가질 수 있다.
상기 알파-케토글루타레이트를 4-히드록시부티레이트로 전환하는 활성의 증가는 알파-케토글루타레이트의 숙시닉 세미알데히드로의 전환을 촉매하는 폴리펩티드, 숙시닉 세미알데히드의 4-히드록시부티레이트로의 전환을 촉매하는 폴리펩티드, 또는 그 조합의 발현 증가에 의한 것일 수 있다. 상기 폴리펩티드는 내재적 또는 외인성 폴리펩티드일 수 있다. 상기 외인성 폴리펩티드는 포르피로모나스(Porphyromonas) 속, 클로스트리디움(Clostridium),또는 미코박테리움(Mycobacterium) 속 유래일 수 있다.
상기 알파-케토글루타레이트의 숙시닉 세미알데히드로의 전환을 촉매하는 폴리펩티드는 알파-케토글루타레이트 데카르복실라제(alpha-ketoglutarate decarboxylase: SucA)일 수 있다. 상기 SucA는 EC.4.1.1.71로 분류되는 효소일 수 있다. 상기 SucA는 서열번호 13의 아미노산 서열을 가질 수 있다. 상기 숙시닉 세미알데히드의 4-히드록시부티레이트로의 전환을 촉매하는 폴리펩티드에 대해서는 전술한 바와 같다.
또한, 상기 알파-케토글루타레이트를 4-히드록시부티레이트로 전환하는 활성의 증가는 SucA를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, 4hbd를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, 또는 그 조합의 도입에 의한 것일 수 있다. 상기 SucA를 코딩하는 폴리뉴클레오티드는 서열번호 13의 아미노산 서열을 코딩하는 폴리뉴클레오티드일 수 있다. 상기 SucA를 코딩하는 폴리뉴클레오티드는 서열번호 14의 뉴클레오티드 서열을 가질 수 있다. 상기 4hbd를 코딩하는 폴리뉴클레오티드에 대해서는 전술한 바와 같다.
상기 알데히드 데히드로게나제 변이체를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 미생물은 피루베이트를 락테이트로 전환하는 활성, 피루베이트를 포르메이트로 전환하는 활성, 아세틸-CoA를 에탄올로 전환하는 활성, 옥살로아세테이트를 말레이트로 전환하는 활성, 호기성 호흡 제어를 조절하는 활성, 숙시닉 세미알데히드를 숙시네이트로 전환하는 활성, 또는 그 조합이 제거되거나 감소된 것일 수 있다. 용어 "감소"는 조작되지 않은 미생물에 비하여 조작된 상기 미생물에서의 활성을 상대적으로 나타낸 것일 수 있다. 상기 활성은 적절한 대조군 종에 비하여, 상기 활성이 약 75% 이상, 약 80% 이상, 약 85%이상, 약 90% 이상, 약 95% 이상, 또는 약 100% 감소된 것일 수 있다.
상기 미생물은 피루베이트를 락테이트로 전환하는 폴리펩티드, 피루베이트를 포르메이트로 전환하는 폴리펩티드, 아세틸-CoA를 에탄올로 전환하는 폴리펩티드, 옥살로아세테이트를 말레이트로 전환하는 폴리펩티드, 호기성 호흡 제어를 조절하는 인자를 코딩하는 폴리펩티드, 숙시닉 세미알데히드를 숙시네이트로 전환하는 폴리펩티드, 또는 그 조합의 발현이 제거되거나 감소된 것일 수 있다. 상기 미생물은 피루베이트를 락테이트로 전환하는 폴리펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, 피루베이트로부터 포르메이트로 전환하는 폴리펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, 아세틸-CoA를 에탄올로 전환하는 폴리펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, 옥살로아세테이트를 말레이트로 전환하는 폴리펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, 호기성 호흡 제어를 조절하는 인자를 코딩하는 폴리펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, 숙시닉 세미알데히드를 숙시네이트로 전환하는 폴리펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, 또는 그 조합이 불활성화되거나 감쇄된 것일 수 있다.
피루베이트를 락테이트로 전환하는 폴리펩티드는 EC.1.1.1.27 또는 EC.1.1.1.28으로 분류되는 효소일 수 있다. 상기 피루베이트를 락테이트로 전환하는 폴리펩티드는 대장균 유래의 것일 수 있다. 상기 폴리펩티드는 대장균 W 염색체 (Escherichia coli W chromosome) 유래의 것일 수 있다. 상기 피루베이트로부터 락테이트로 전환하는 폴리펩티드를 코딩하는 유전자는 12753486의 Gene ID를 갖는 것일 수 있다. 상기 유전자는 NADH-연결된 락테이트 데히드로게나제 (NADH-linked lactate dehydrogenase)를 코딩하는 대장균 ldhA일 수 있다. 상기 ldhA 유전자는 서열번호 15의 아미노산 서열 및 서열번호 16의 뉴클레오티드 서열을 갖는 것일 수 있다.
피루베이트를 포르메이트로 전환하는 폴리펩티드는 피루베이트를 포르메이트로 가역적으로 전환하는 효소일 수 있다. 상기 효소는 피루베이트 + CoA ↔ 포르메이트 + 아세틸 CoA 반응을 촉매하는 것일 수 있다. 상기 효소는 대장균 피루베이트 포르메이트 리아제 (pyruvate formate lyase: Pfl)일 수 있다. 상기 Pfl은 EC.2.3.1.54로 분류되는 효소일 수 있다. 상기 피루베이트를 포르메이트로 전환하는 폴리펩티드를 코딩하는 유전자는 12752499의 Gene ID 를 갖는 것일 수 있다. 상기 유전자는 피루베이트 포르메이트 리아제를 코딩하는 대장균 pflB일 수 있다. 상기 pflB유전자는 서열번호 17의 아미노산 서열 및 서열번호 18의 뉴클레오티드 서열을 갖는 것일 수 있다.
아세틸-CoA를 에탄올로 전환하는 폴리펩티드는 알콜 데히드로게나제 (alcohol dehydrogenase: Adh)일 수 있다. 상기 알코올 데히드로게나제는 NADH의 NAD+로의 산화와 함께 아세틸 CoA를 에탄올로 가역적으로 전환하는 효소일 수 있다. 상기 알코올 데히드로게나제는 EC.1.1.1.1로 분류되는 효소일 수 있다. 상기 아세틸 CoA를 에탄올로 전환하는 폴리펩티드를 코딩하는 유전자는 12753141의 Gene ID 를 갖는 것일 수 있다. 상기 유전자는 NADH-연결된 알코올 데히드로게나제를 코딩하는 대장균 adhE일 수 있다. 상기 adhE유전자는 서열번호 19의 아미노산 서열 및 서열번호 20의 뉴클레오티드 서열을 갖는 것일 수 있다.
옥살로아세테이트를 말레이트로 전환하는 폴리펩티드는 NAD+의 NADH로의 환원을 이용하여 옥살로아세테이트를 말레이트로의 전환을 촉매하는 효소일 수 있다. 상기 효소는 말레이트 데히드로게나제 (malate dehydrogenase: Mdh)일 수 있다. 상기 말레이트 데히드로게나제는 EC 1.1.1.37로 분류되는 효소일 수 있다. 상기 옥살로아세테이트를 말레이트로 전환하는 폴리펩티드를 코딩하는 유전자는 12697256의 Gene ID 를 갖는 것일 수 있다. 상기 유전자는 NADH-연결된 말레이트 데히드로게나제를 코딩하는 대장균 mdh일 수 있다. 상기 mdh유전자는 서열번호 21의 아미노산 서열 및 서열번호 22의 뉴클레오티드 서열을 갖는 것일 수 있다.
호기성 호흡 제어를 조절하는 인자의 폴리펩티드는 ArcA일 수 있다. 상기 ArcA는 DNA-결합 반응 조절자 (DNA-binding response regulator)일 수 있다. 상기 ArcA는 2인자 시스템(two component system)의 DNA-결합 반응 조절자일 수 있다. 상기ArcA는 2인자 (ArcB-ArcA) 신호-전달 체계 집단에 속하고, 동족 감각 키나아제 (sensory kinase) ArcB와 공조하여 다양한 오페론의 발현을 부정적으로 또는 긍정적으로 제어하는 전면적인 조절 시스템 (global regulation system)을 형성할 수 있다. 상기 ArcA는 미세호기성 조건 하에서 작용하여 낮은 산소 수준에 민감한 중심 대사 효소들의 활성을 허용하는 유전자 산물의 발현을 유도하는 것일 수 있다. 미세호기성 하에서 arcA/arcB의 결실은 ldh, icd, gltA, mdh, 및 gdh 유전자의 비 활성을 증가시킬 수 있다. 상기 arcA유전자는 서열번호 23의 아미노산 서열 및 서열번호 24의 뉴클레오티드 서열을 갖는 것일 수 있다.
숙시닉 세미알데히드를 숙시네이트로 전환하는 폴리펩티드는 숙시네이트 세미알데히드 데히드로게나제 (succinate semialdehyde dehydrogenase: Ssadh)일 수 있다. 상기 숙시네이트 세미알데히드 데히드로게나제는 NAD+ 또는 NADP+ 의 NADH 또는 NADPH로의 환원과 함께 숙시닉 세미알데히드를 숙시네이트로 전환하는 효소일 수 있다. 상기 숙시네이트 세미알데히드 데히드로게나제는 EC.1.2.1.24 또는 EC.1.2.1.16로 분류되는 효소일 수 있다. 상기 숙시닉 세미알데히드를 숙시네이트로 전환하는 폴리펩티드를 코딩하는 유전자는 12695413또는 12696616의 Gene ID 를 갖는 것일 수 있다. 상기 유전자는 각각 NAD-연결된 숙시네이트 세미알데히드 데히드로게나제를 코딩하는 대장균 sad및 NADP-연결된 숙시네이트 세미알데히드 데히드로게나제를 코딩하는 대장균 gabD 일 수 있다. 상기 sad유전자는 서열번호 25의 아미노산 서열 및 서열번호 26의 뉴클레오티드 서열을 갖는 것일 수 있다. 상기 gabD유전자는 서열번호 27의 아미노산 서열 및 서열번호 28의 뉴클레오티드 서열을 갖는 것일 수 있다.
상기 미생물은 외래 피루베이트 데히드로게나제 서브유닛의 변이체, NADH 둔감성 시트레이트 신타제 변이체, 또는 그 조합을 발현하는 것일 수 있다.
외래 피루베이트 데히드로게나제 서브유닛은 클렙시엘라 뉴모니아(Klebsiella pneumonia) 유래일 수 있다. 상기 피루베이트 데히드로게나제 서브유닛은 LpdA일 수 있다. 클럽시엘라 뉴모니아 유래의 LpdA는 서열번호 29의 아미노산 서열을 갖는 것일 수 있다. 상기 외래 피루베이트 데히드로게나제 서브유닛의 발현은 외래 유전자의 도입에 의한 것일 수 있다. 상기 외래 유전자는 클렙시엘라 뉴모니아 유래의 lpdA이고 서열번호 30의 뉴클레오티드 서열을 갖는 것일수 있다. 외래 피루베이트 데히드로게나제 서브유닛의 변이체는 서열번호 29에서 354번째 Glu가 다른 아미노산으로 치환된 것일 수 있다. 상기 다른 아미노산은 Lys일 수 있다. 상기 미생물은 외래 피루베이트 데히드로게나제 서브유닛의 변이체를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 상기 외래 피루베이트 데히드로게나제 서브유닛의 변이체는 서열번호 31의 아미노산 서열 및 서열번호 32의 뉴클레오티드 서열을 갖는 것일 수 있다.
NADH 둔감성 시트레이트 신타제(NADH insensitive citrate synthase)는 GltA일 수 있다. 상기 GltA는 서열번호 33의 아미노산 서열 및 서열번호 34의 뉴클레오티드 서열을 갖는 것일 수 있다. NADH 둔감성 시트레이트 신타제 변이체는 서열번호 33에서 164번째 Arg이 다른 아미노산으로 치환된 것일 수 있다. 상기 다른 아미노산은 Leu일 수 있다. 상기 미생물은 NADH 둔감성 시트레이트 신타제 변이체를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 상기 시트레이트 신타제 변이체는 서열번호 35의 아미노산 서열 및 서열번호 36의 뉴클레오티드 서열을 갖는 것일 수 있다.
다른 양상은 상기 알데히드 데히드로게나제 변이체와 4-히드록시부티릴-CoA를 접촉하는 단계를 포함하는, 1,4-부탄디올을 생산하는 방법을 제공한다.
상기 접촉은 배양을 포함할 수 있다. 상기 배양은 4-히드록시부티릴 CoA를 포함하는 배지 하에서 이루어질 수 있다. 상기 방법에 있어서, 상기 알데히드 데히드로게나제 변이체에 관하여는 전술한 바와 같다.
다른 양상은 상기 알데히드 데히드로게나제 변이체를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 미생물을 배양하는 단계; 및 상기 배양물로부터 1,4-부탄디올을 회수하는 단계를 포함하는, 1,4-부탄디올을 생산하는 방법을 제공한다.
상기 배양은 당업계에 알려진 적당한 배지와 배양조건에 따라 이루어질 수 있다. 통상의 기술자라면 선택되는 미생물에 따라 배지 및 배양조건을 용이하게 조정하여 사용할 수 있다. 배양 방법은 회분식, 연속식, 유가식, 또는 이들의 조합 배양을 포함할 수 있다.
상기 배지는 다양한 탄소원, 질소원 및 미량원소 성분을 포함할 수 있다. 상기 탄소원은, 예를 들면, 포도당, 자당, 유당, 과당, 말토오스, 전분, 셀룰로오스와 같은 탄수화물, 대두유, 해바라기유, 피마자유, 코코넛유와 같은 지방, 팔미트산, 스테아린산, 리놀레산과 같은 지방산, 글리세롤 및 에탄올과 같은 알코올, 아세트산과 같은 유기산, 또는 이들의 조합을 포함할 수 있다. 상기 배양은 글루코스를 탄소원으로 하여 수행될 수 있다. 상기 질소원은, 펩톤, 효모 추출물, 육즙, 맥아 추출물, 옥수수 침지액(CSL), 및 대두밀과 같은 유기 질소원 및 요소, 황산암모늄, 염화암모늄, 인산암모늄, 탄산암모늄 및 질산암모늄과 같은 무기 질소원, 또는 이들의 조합을 포함할 수 있다. 상기 배지는 인의 공급원으로서, 예를 들면, 인산이수소칼륨, 인산수소이칼륨 및 상응하는 소듐-함유 염, 황산마그네슘 또는 황산철과 같은 금속염을 포함할 수 있다. 또한, 아미노산, 비타민, 및 적절한 전구체 등이 배지에 포함될 수 있다. 상기 배지 또는 개별 성분은 배양액에 회분식 또는 연속식으로 첨가될 수 있다.
또한, 배양 중에 수산화암모늄, 수산화칼륨, 암모니아, 인산 및 황산과 같은 화합물을 미생물 배양액에 적절한 방식으로 첨가하여 배양액의 pH를 조정할 수 있다. 또한, 배양 중에 지방산 폴리글리콜 에스테르와 같은 소포제를 사용하여 기포 생성을 억제할 수 있다.
상기 배양은 호기성 또는 미호기성 조건에서 수행되는 것일 수 있다. 용어 "호기성 조건"은 배지가 산소 함유 공기와 교환가능한 상태에서 배양되는 것일 수 있다. 용어 "미호기성 조건"은 대기 중 산소의 수준보다 낮은 수준의 산소가 배지 중으로 용해되는 상태에서 배양되는 것일 수 있다. 상기 미호기성 조건에서의 배양은 배지 중의 용존 산소 농도가 포화 농도의 1 내지 20%, 1.5 내지 18%, 2 내지 15%, 2.5 내지 10%, 3 내지 8%인 것일 수 있다. 상기 포화 농도는 배양이 이루어지는 온도에서의 포화 농도일 수 있다. 배양 온도는 예를 들면, 20℃ 내지 45℃ 또는 25℃ 내지 40℃일 수 있다.
상기 1,4-부탄디올의 회수는 알려진 분리 및 정제방법을 사용하여 수행될 수 있다. 상기 회수는 원심분리, 이온교환 크로마토그래피, 여과, 침전, 또는 이들의 조합에 의하여 이루어질 수 있다.
일 양상에 따른 알데히드 데히드로게나제 변이체, 상기 변이체를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는 벡터, 또는 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는 미생물을 이용하여 효율적으로 1,4-부탄디올을 생산할 수 있다.
다른 양상에 따른 1,4-부탄디올을 생산하는 방법에 의하면 효율적으로 1,4-부탄디올을 생산할 수 있다.
도 1은 pTrc99a ald(M)-cat2의 개열지도를 나타낸다.
도 2는 재조합 대장균 W026 (pTrc99a ald-cat2) (WT으로 표시), 대장균 W026 (pTrc99a aldM1-cat2) (L273I로 표시) 및 대장균 W026 (pTrc99a aldM2-cat2) (L273S로 표시)의 4-HB 소모량 및 1,4-BDO 생산량을 나타낸 그래프이다.
도 2는 재조합 대장균 W026 (pTrc99a ald-cat2) (WT으로 표시), 대장균 W026 (pTrc99a aldM1-cat2) (L273I로 표시) 및 대장균 W026 (pTrc99a aldM2-cat2) (L273S로 표시)의 4-HB 소모량 및 1,4-BDO 생산량을 나타낸 그래프이다.
이하 본 발명을 실시예를 통하여 보다 상세하게 설명한다. 그러나, 이들 실시예는 본 발명을 예시적으로 설명하기 위한 것으로 본 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다.
실시예
1: 알데히드
데히드로게나제
(
ald
)
변이체를
갖는 미생물의 제조
1.1. 부산물 (
Lactate
,
Formate
,
Ethanol
,
Succinate
) 생성 차단 및
혐기
조건에서 세포의 성장과
탄소원
소모를 위해 대사경로가 조작된 미생물의 제작
1.1.1.
ldhA
,
pflB
,
adhE
,
mdh
,
arcA
,
sad
, 및
gabD
유전자의 결실
대장균 W (ATCC 9637)에서 one-step inactivation 방법 [Warner et al., PNAS,6;97(12):6640-6645, 2000; lee, K.H. et al., Molecular systems biology 3, 149, 2007]을 이용하여, ldhA, pflB, adhE, mdh, arcA, sad 및 gabD 유전자를 결실시켰다.
ldhA 유전자를 결실시키기 위해, pMloxC 벡터 [lee, K.H. et al., Molecular systems biology 3, 149 (2007)]를 주형으로 하여 서열번호 37 및 38의 프라이머로 PCR을 수행하였다. 수득된 DNA 절편을 람다-레드 리콤비나제(λ-red recombinase)가 발현되는 W 균주의 컴피턴트 세포(competent cell)에 일렉트로포레이션(electroporation)하여 ldhA 유전자가 결실된 돌연변이 균주를 제작하였다. 상기 ldhA 유전자의 결실을 확인하기 위해 서열번호 39 및 40의 프라이머로 콜로니 PCR을 수행하였다. 그 결과, 대장균 W ΔldhA를 얻었다.
또한, 위와 동일한 방법으로 서열번호 41 및 42의 프라이머를 이용하여 수득된 PCR 절편을 도입하여 pflB 유전자가 결실된 돌연변이 균주를 제작하였고, 상기 pflB 유전자의 결실을 확인하기 위해 서열번호 43 및 44의 프라이머를 사용하였다. 그 결과, 대장균 W ΔldhAΔpflB를 얻었다.
또한, 위와 동일한 방법으로 서열번호 45 및 46의 프라이머를 이용하여 수득된 PCR 절편을 도입하여 adhE 유전자가 결실된 돌연변이 균주를 제작하였고, 상기 adhE 유전자의 결실을 확인하기 위해 서열번호 47 및 48의 프라이머를 사용하였다. 그 결과, 대장균 W ΔldhAΔpflBΔadhE를 얻었다.
또한, 위와 동일한 방법으로 서열번호 49 및 50의 프라이머를 이용하여 수득된 PCR 절편을 도입하여 mdh 유전자가 결실된 돌연변이 균주를 제작하였고, 상기 mdh 유전자의 결실을 확인하기 위해 서열번호 51 및 52의 프라이머를 사용하였다. 그 결과, 대장균 W ΔldhAΔpflBΔadhEΔmdh를 얻었다.
또한, 위와 동일한 방법으로 서열번호 53 및 54의 프라이머를 이용하여 수득된 PCR 절편을 도입하여 arcA 유전자가 결실된 돌연변이 균주를 제작하였고, 상기 arcA 유전자의 결실을 확인하기 위해 서열번호 55 및 56의 프라이머를 사용하였다. 그 결과, 대장균 W ΔldhAΔpflBΔadhEΔmdhΔarcA를 얻었다.
또한, 위와 동일한 방법으로 서열번호 57 및 58의 프라이머를 이용하여 수득된 PCR 절편을 도입하여 sad 유전자가 결실된 돌연변이 균주를 제작하였고, 상기 sad 유전자의 결실을 확인하기 위해 서열번호 59 및 60의 프라이머를 사용하였다. 그 결과, 대장균 W ΔldhAΔpflBΔadhEΔmdhΔarcAΔsad를 얻었다.
또한, 위와 동일한 방법으로 서열번호 61 및 62의 프라이머를 이용하여 수득된 PCR 절편을 도입하여 gabD 유전자가 결실된 돌연변이 균주를 제작하였고, 상기 gabD 유전자의 결실을 확인하기 위해 서열번호 63 및 64의 프라이머를 사용하였다. 그 결과, 대장균 W ΔldhAΔpflBΔadhEΔmdhΔarcAΔsadΔgabD를 얻었다.
1.1.2. 대장균
lpdA
유전자의
클렙시엘라
뉴모니아
유래
lpdA
유전자의 돌연변이로 치환
대장균 W ΔldhAΔpflBΔadhEΔmdhΔarcAΔsadΔgabD 균주에서 one-step inactivation 방법을 이용하여, 대장균의 lpdA 유전자를 클렙시엘라 뉴모니아 유래 lpdA 유전자의 돌연변이로 치환하였다.
클렙시엘라 뉴모니아 유래 lpdA 유전자의 돌연변이 K.lpdA(E354K)는, 서열번호 65 및 66의 프라이머를 이용한 위치-특이적 돌연변이 유발(site direct mutagenesis)을 통해 수득하였다. pSacHR06 벡터 [미국 특허공보 제2013-0164805호]를 주형으로 하여 서열번호 67 및 68의 프라이머로 PCR을 수행하였다. 수득된 DNA 절편을 람다-레드 리콤비나제가 발현되는 W 균주의 컴피턴트 세포에 일렉트로포레이션하여 lpdA 유전자를 sacB-Km cassette로 대체시켰다. 이후, 상기 수득한 클렙시엘라 뉴모니아 유래 lpdA 유전자의 돌연변이 K.lpdA(E354K)를 주형으로 하여 서열번호 69 및 70의 프라이머로 PCR을 수행하고 one-step inactivation 방법을 한번 더 수행하여, lpdA 유전자가 sacB-Km cassette로 대체된 부분을 K.lpdA(E354K)로 치환하였다. 치환된 유전자를 확인하기 위해 서열번호 71 및 72의 프라이머로 콜로니 PCR을 수행하였다. 그 결과, 대장균 W ΔldhAΔpflBΔadhEΔmdhΔarcAΔsadΔgabD ΔlpdA::K.lpdA(E354K)를 얻었다.
1.1.3. 대장균
gltA
유전자의 돌연변이 도입
대장균 W ΔldhAΔpflBΔadhEΔmdhΔarcAΔsadΔgabD ΔlpdA::K.lpdA(E354K) 균주에서 one-step inactivation 방법을 이용하여, 대장균 gltA 유전자의 돌연변이인 gltA(R164L)를 도입하였다.
대장균 gltA 유전자의 돌연변이 gltA(R164L)는, 서열번호 73 및 74의 프라이머를 이용한 위치-특이적 돌연변이 유발을 통해 수득하였다. pSacHR06 벡터를 주형으로 하여 서열번호 75 및 76의 프라이머로 PCR을 수행하였다. 수득된 DNA 절편을 람다 레드 리콤비나제가 발현되는 W 균주의 컴피턴트 세포에 일렉트로포레이션하여 gltA 유전자를 sacB-Km cassette로 대체시켰다. 이후, 상기 수득한 대장균 gltA 유전자의 돌연변이 gltA(R164L)를 주형으로 하여 서열번호 77 및 78의 프라이머로 PCR을 수행하고 one-step inactivation 방법을 한번 더 수행하여 gltA 유전자가 sacB-Km cassette로 대체된 부분을 gltA(R164L)로 치환하였다. 치환된 유전자를 확인하기 위해 서열번호 79 및 80의 프라이머로 콜로니 PCR을 수행하였다. 그 결과, 대장균 W 유래 돌연변이 균주 W ΔldhAΔpflBΔadhEΔmdhΔarcAΔsadΔgabD ΔlpdA::K.lpdA(E354K) gltA(R164L)을 얻었고, 이를 W026으로 명명하였다.
1.2.
Ald
야생형 및
Cat2
발현 벡터의 제작
서열번호 7 및 8의 포르피로모나스 긴기아발리(Porphyromonas gingivali)유래 cat2 유전자와 서열번호 1 및 2의 클로스트리디움 베이제링키(Clostridium beijerinckii)유래 ald 유전자는 유전자 합성 ((주)코스모진텍, 한국)을 통해 제작하였다. 얻어진 ald 유전자를 제한효소 NcoI 및 EcoRI을 사용하여 pTrc99a (AP Biotech 社)에 도입하여, pTrc99a ald 벡터를 제작하였다. pTrc99a ald 벡터를 제한효소 EcoRI 및 HindIII로 자른 후 cat2 유전자를 도입하여 pTrc99a ald-cat2 벡터 (도 1)를 제작하였다.
1.3.
Ald
변이체
및
Cat2
발현 벡터의 제작
실시예 1.2에서 얻은 서열번호 1 및 2의 야생형 ald를 포함하는 pTrc99a ald-cat2 벡터를 주형으로 하여 서열번호 81 및 82의 프라이머를 이용한 PCR을 통해 273번째 아미노산인 루신(leucine, L)이 이소루신(isoleucine, I)으로 치환된 서열번호 3의 ald 변이체를 발현하는 pTrc99a aldM1-cat2 (도 1)을 제작하였다. 또한 상기 동일한 방법으로 서열번호 83 및 84의 프라이머를 이용하여 273번째 아미노산인 루신(leucine, L)이 세린(serine, S)으로 치환된 서열번호 5의 ald 변이체를 발현하는 pTrc99a aldM2-cat2 (도 1)를 제작하였다.
1.4. 미생물에의 도입
실시예 1.1에서 제작된 대장균 W026 에 실시예 1.2 및 1.3에서 제작된 cat 유전자 및 ald 야생형 또는 변이체 2종을 각각 포함하는 벡터 3종을 각각 열 충격 (heat shock) 방법 (Sambrook, J & Russell, D.W., New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001)으로 도입함으로써, 1,4-BDO 생성능을 가진 균주를 제작하였다. 상기 형질전환 균주는 암피실린 (Ampicillin, 100 μg/ml)이 포함된 LB 평판 배지에서 선별하여 수득하였다.
그 결과, 재조합 미생물 E.coli W026 (pTrc99a ald-cat2), E.coli W026 (pTrc99a aldM1-cat2), 및 E.coli W026 (pTrc99a aldM2-cat2)를 얻었다. Ald 야생형이 도입된 재조합 균주 E.coli W026 (pTrc99a ald-cat2)는 Ald 변이체 2종이 각각 도입된 E.coli W026 (pTrc99a aldM1-cat2) 및 E.coli W026 (pTrc99a aldM2-cat2)와의 1,4-BDO 생산능 비교를 위한 대조군으로 사용하였다.
실시예
2:
실시예
1에서 제작된 미생물의 1,4-
BDO
생성능
확인
실시예 1에서 얻어진 형질전환 균주인 E.coli W026 (pTrc99a aldM1-cat2) 및 E.coli W026 (pTrc99a aldM2-cat2)를, 대조군인 W026 (pTrc99a ald-cat2)와 100 ㎍/mL 암피실린을 함유한 10 mL LB 배지에 접종하여 30℃에서 12시간 동안 전 배양을 수행하였다.
그 후, 15 g/L 글루코스, 1 g/L 효모 추출물 (yeast extract), 10 mM 4-히드록시부티레이트 (4HB), 및 100 ㎍/mL 암피실린을 함유한 MR 배지 30 mL을 함유한 125mL 플라스크에 상기 전 배양액 0.3 mL를 접종하여 30℃에서 220 rpm으로 진탕하면서 (shaking) 24시간 배양하였다. 상기 MR 배지는 증류수 1L당 6.67g KH2PO4, 4g (NH4)2HPO4, 0.8g citric acid, 0.8g MgSO4ㆍ7H2O, 5mL trace metal solution (증류수 1L당 10g FeSO4ㆍ7H2O, 1.35g CaCl2, 2.25g ZnSO4ㆍ7H2O, 0.5g MnSO4ㆍ4H2O, 1g CuSO4ㆍ5H2O, 0.106g (NH4)6Mo7O24ㆍ4H2O, 0.23g Na2B4O7ㆍ10H2O, 35% HCl 10mL 포함)의 성분이 있고 10N NaOH로 pH를 7.0으로 맞춘 것이다. 상기 4-히드록시부티레이트 (4HB)는 감마부틸로락톤 (Gammabutyrolactone, Sigma-Aldrich)을 NaOH로 반응시켜 합성하였다. 도입 유전자의 발현을 유도하기 위해 OD600이 0.5가 될 때까지 성장시키고, OD600이 0.5가 되었을 때 0.25 mM IPTG를 배지에 첨가하였다.
생산된 1,4-BDO의 분석 과정은 다음과 같다: 30 mL 배지에서 1 mL을 취하여 13000 rpm에서 30분동안 원심분리를 하였고, 상등액을 다시 한번 같은 조건으로 원심분리 후 800 ul를 0.45 um 필터로 여과하여 샘플을 준비했다; 이 중에서 10 ul의 샘플을 UHPLC (Ultra High Performance Liquid Chromatography, Water)를 이용하여 1,4-BDO의 양을 분석하였다; UHPLC는 Refractive index detector (RID)가 장착된 Agilent 1100 장치를 사용했다; 4 mM H2SO4 용액을 이동상으로 사용하고 BIO-RAD Aminex HPX-87H Column을 고정상으로 사용했으며, 이때의 유속은 0.7 ml/min이다; 컬럼과 검출기의 온도는 모두 50℃이다.
도 2는 실시예 1에서 얻어진 형질전환 균주인 대장균 W026 (pTrc99a ald-cat2) (WT으로 표시), 대장균 W026 (pTrc99a aldM1-cat2) (L273I로 표시) 및 대장균 W026 (pTrc99a aldM2-cat2) (L273S로 표시)의 4-HB 소모량 및 1,4-BDO 생산량을 나타낸 그래프이다. 대장균 W026 (pTrc99a aldM1-cat2) 또는 대장균 W026 (pTrc99a aldM2-cat2)은 대조군인 대장균 W026 (pTrc99a ald-cat2)에 비하여, 4HB 소모량은 약 1.64배 증가하였고, 1,4-BDO 생성은 약 1.32배 증가하였다. 이로부터, L273I 또는 L273S 치환된 알데히드 데히드로게나제 변이체의 4-히드록시부티릴-CoA를 4-히드록시부티르알데히드로 전환을 촉매하는 활성이 야생형 알데히드 데히드로게나제보다 우수함을 확인하였다.
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<120> An aldehyde dehydrogenase mutant, a polynucleotide coding the
mutant, a vector and a microorganism having the polynucleotide,
and a method for producing 1,4-butanediol using the same
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<160> 84
<170> KopatentIn 2.0
<210> 1
<211> 468
<212> PRT
<213> Clostridium beijerinckii
<400> 1
Met Asn Lys Asp Thr Leu Ile Pro Thr Thr Lys Asp Leu Lys Val Lys
1 5 10 15
Thr Asn Gly Glu Asn Ile Asn Leu Lys Asn Tyr Lys Asp Asn Ser Ser
20 25 30
Cys Phe Gly Val Phe Glu Asn Val Glu Asn Ala Ile Ser Ser Ala Val
35 40 45
His Ala Gln Lys Ile Leu Ser Leu His Tyr Thr Lys Glu Gln Arg Glu
50 55 60
Lys Ile Ile Thr Glu Ile Arg Lys Ala Ala Leu Gln Asn Lys Glu Val
65 70 75 80
Leu Ala Thr Met Ile Leu Glu Glu Thr His Met Gly Arg Tyr Glu Asp
85 90 95
Lys Ile Leu Lys His Glu Leu Val Ala Lys Tyr Thr Pro Gly Thr Glu
100 105 110
Asp Leu Thr Thr Thr Ala Trp Ser Gly Asp Asn Gly Leu Thr Val Val
115 120 125
Glu Met Ser Pro Tyr Gly Val Ile Gly Ala Ile Thr Pro Ser Thr Asn
130 135 140
Pro Thr Glu Thr Val Ile Cys Asn Ser Ile Gly Met Ile Ala Ala Gly
145 150 155 160
Asn Ala Val Val Phe Asn Gly His Pro Cys Ala Lys Lys Cys Val Ala
165 170 175
Phe Ala Val Glu Met Ile Asn Lys Ala Ile Ile Ser Cys Gly Gly Pro
180 185 190
Glu Asn Leu Val Thr Thr Ile Lys Asn Pro Thr Met Glu Ser Leu Asp
195 200 205
Ala Ile Ile Lys His Pro Ser Ile Lys Leu Leu Cys Gly Thr Gly Gly
210 215 220
Pro Gly Met Val Lys Thr Leu Leu Asn Ser Gly Lys Lys Ala Ile Gly
225 230 235 240
Ala Gly Ala Gly Asn Pro Pro Val Ile Val Asp Asp Thr Ala Asp Ile
245 250 255
Glu Lys Ala Gly Arg Ser Ile Ile Glu Gly Cys Ser Phe Asp Asn Asn
260 265 270
Leu Pro Cys Ile Ala Glu Lys Glu Val Phe Val Phe Glu Asn Val Ala
275 280 285
Asp Asp Leu Ile Ser Asn Met Leu Lys Asn Asn Ala Val Ile Ile Asn
290 295 300
Glu Asp Gln Val Ser Lys Leu Ile Asp Leu Val Leu Gln Lys Asn Asn
305 310 315 320
Glu Thr Gln Glu Tyr Phe Ile Asn Lys Lys Trp Val Gly Lys Asp Ala
325 330 335
Lys Leu Phe Leu Asp Glu Ile Asp Val Glu Ser Pro Ser Asn Val Lys
340 345 350
Cys Ile Ile Cys Glu Val Asn Ala Asn His Pro Phe Val Met Thr Glu
355 360 365
Leu Met Met Pro Ile Leu Pro Ile Val Arg Val Lys Asp Ile Asp Glu
370 375 380
Ala Ile Lys Tyr Ala Lys Ile Ala Glu Gln Asn Arg Lys His Ser Ala
385 390 395 400
Tyr Ile Tyr Ser Lys Asn Ile Asp Asn Leu Asn Arg Phe Glu Arg Glu
405 410 415
Ile Asp Thr Thr Ile Phe Val Lys Asn Ala Lys Ser Phe Ala Gly Val
420 425 430
Gly Tyr Glu Ala Glu Gly Phe Thr Thr Phe Thr Ile Ala Gly Ser Thr
435 440 445
Gly Glu Gly Ile Thr Ser Ala Arg Asn Phe Thr Arg Gln Arg Arg Cys
450 455 460
Val Leu Ala Gly
465
<210> 2
<211> 1407
<212> DNA
<213> Clostridium beijerinckii
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gaacagcgtg aaaagattat cacggagatc cgcaaagcgg cactgcagaa caaagaggtc 240
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<213> Artificial Sequence
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<223> ald_L273I_aa
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gcaaatatca atataccgga gggtacccgt attctggttg ttgaagctcg cggcgtcgga 960
gcagaggatg tcatatgtaa ggaaaaaatg tgtccagtta tgtgcgcctt aagctacaag 1020
cacttcgagg aaggtgtaga aatcgcacgt acgaacttgg ccaacgaagg taacggccat 1080
acctgtgcga tccattccaa caatcaggcg catatcatac tggcaggttc agaactgacg 1140
gtttcgcgga tcgtggtcaa tgcgccgagt gccactacag caggcggtca catccaaaat 1200
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<213> Porphyromonas gingivalis
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20 25 30
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35 40 45
Cys His Phe Val Met Gln Glu Lys Tyr Gly Gln Gly Glu Pro Ser Asp
50 55 60
Glu Met Met Asn Asn Ile Leu Ala Asp Ile Arg Asn Ile Gln Phe Asp
65 70 75 80
Arg Val Ile Gly Ile Gly Gly Gly Thr Val Ile Asp Ile Ser Lys Leu
85 90 95
Phe Val Leu Lys Gly Leu Asn Asp Val Leu Asp Ala Phe Asp Arg Lys
100 105 110
Ile Pro Leu Ile Lys Glu Lys Glu Leu Ile Ile Val Pro Thr Thr Cys
115 120 125
Gly Thr Gly Ser Glu Val Thr Asn Ile Ser Ile Ala Glu Ile Lys Ser
130 135 140
Arg His Thr Lys Met Gly Leu Ala Asp Asp Ala Ile Val Ala Asp His
145 150 155 160
Ala Ile Ile Ile Pro Glu Leu Leu Lys Ser Leu Pro Phe His Phe Tyr
165 170 175
Ala Cys Ser Ala Ile Asp Ala Leu Ile His Ala Ile Glu Ser Tyr Val
180 185 190
Ser Pro Lys Ala Ser Pro Tyr Ser Arg Leu Phe Ser Glu Ala Ala Trp
195 200 205
Asp Ile Ile Leu Glu Val Phe Lys Lys Ile Ala Glu His Gly Pro Glu
210 215 220
Tyr Arg Phe Glu Lys Leu Gly Glu Met Ile Met Ala Ser Asn Tyr Ala
225 230 235 240
Gly Ile Ala Phe Gly Asn Ala Gly Val Gly Ala Val His Ala Leu Ser
245 250 255
Tyr Pro Leu Gly Gly Asn Tyr His Val Pro His Gly Glu Ala Asn Tyr
260 265 270
Gln Phe Phe Thr Glu Val Phe Lys Val Tyr Gln Lys Lys Asn Pro Phe
275 280 285
Gly Tyr Ile Val Glu Leu Asn Trp Lys Leu Ser Lys Ile Leu Asn Cys
290 295 300
Gln Pro Glu Tyr Val Tyr Pro Lys Leu Asp Glu Leu Leu Gly Cys Leu
305 310 315 320
Leu Thr Lys Lys Pro Leu His Glu Tyr Gly Met Lys Asp Glu Glu Val
325 330 335
Arg Gly Phe Ala Glu Ser Val Leu Lys Thr Gln Gln Arg Leu Leu Ala
340 345 350
Asn Asn Tyr Val Glu Leu Thr Val Asp Glu Ile Glu Gly Ile Tyr Arg
355 360 365
Arg Leu Tyr
370
<210> 12
<211> 1116
<212> DNA
<213> Porphyromonas gingivalis
<400> 12
atgcaactgt tcaaactgaa atcagtcaca catcacttcg atactttcgc ggaatttgcc 60
aaagagttct gtcttggaga acgtgattta gtaattacca acgaattcat ttacgaaccg 120
tatatgaagg catgtcagtt gccctgccat tttgttatgc aggagaaata tgggcaaggc 180
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cgcgtgatcg gtattggggg tggtacggtt attgacatct cgaaattatt tgtgctgaaa 300
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ctgatcattg tgcccaccac atgcgggacg ggtagcgagg tgacgaatat ttcgatcgcg 420
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atagatgctc tgatccatgc catcgagtca tatgtttctc ctaaagccag tccatattct 600
cgtctgttca gtgaggcggc atgggatatt atcctggagg tattcaagaa aatagccgaa 660
cacggccctg aataccgctt tgagaagctg ggagaaatga tcatggcctc caactatgct 720
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ctgaccaaaa aaccgctgca cgaatacggc atgaaagatg aagaggtacg tggatttgcg 1020
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gatgaaattg aaggtatcta cagacgactg tactaa 1116
<210> 13
<211> 1214
<212> PRT
<213> Mycobacterium bovis
<400> 13
Met Tyr Arg Lys Phe Arg Asp Asp Pro Ser Ser Val Asp Pro Ser Trp
1 5 10 15
His Glu Phe Leu Val Asp Tyr Ser Pro Glu Pro Thr Ser Gln Pro Ala
20 25 30
Ala Glu Pro Thr Arg Val Thr Ser Pro Leu Val Ala Glu Arg Ala Ala
35 40 45
Ala Ala Ala Pro Gln Ala Pro Pro Lys Pro Ala Asp Thr Ala Ala Ala
50 55 60
Gly Asn Gly Val Val Ala Ala Leu Ala Ala Lys Thr Ala Val Pro Pro
65 70 75 80
Pro Ala Glu Gly Asp Glu Val Ala Val Leu Arg Gly Ala Ala Ala Ala
85 90 95
Val Val Lys Asn Met Ser Ala Ser Leu Glu Val Pro Thr Ala Thr Ser
100 105 110
Val Arg Ala Val Pro Ala Lys Leu Leu Ile Asp Asn Arg Ile Val Ile
115 120 125
Asn Asn Gln Leu Lys Arg Thr Arg Gly Gly Lys Ile Ser Phe Thr His
130 135 140
Leu Leu Gly Tyr Ala Leu Val Gln Ala Val Lys Lys Phe Pro Asn Met
145 150 155 160
Asn Arg His Tyr Thr Glu Val Asp Gly Lys Pro Thr Ala Val Thr Pro
165 170 175
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180 185 190
Lys Arg Ser Leu Val Val Ala Gly Ile Lys Arg Cys Glu Thr Met Arg
195 200 205
Phe Ala Gln Phe Val Thr Ala Tyr Glu Asp Ile Val Arg Arg Ala Arg
210 215 220
Asp Gly Lys Leu Thr Thr Glu Asp Phe Ala Gly Val Thr Ile Ser Leu
225 230 235 240
Thr Asn Pro Gly Thr Ile Gly Thr Val His Ser Val Pro Arg Leu Met
245 250 255
Pro Gly Gln Gly Ala Ile Ile Gly Val Gly Ala Met Glu Tyr Pro Ala
260 265 270
Glu Phe Gln Gly Ala Ser Glu Glu Arg Ile Ala Glu Leu Gly Ile Gly
275 280 285
Lys Leu Ile Thr Leu Thr Ser Thr Tyr Asp His Arg Ile Ile Gln Gly
290 295 300
Ala Glu Ser Gly Asp Phe Leu Arg Thr Ile His Glu Leu Leu Leu Ser
305 310 315 320
Asp Gly Phe Trp Asp Glu Val Phe Arg Glu Leu Ser Ile Pro Tyr Leu
325 330 335
Pro Val Arg Trp Ser Thr Asp Asn Pro Asp Ser Ile Val Asp Lys Asn
340 345 350
Ala Arg Val Met Asn Leu Ile Ala Ala Tyr Arg Asn Arg Gly His Leu
355 360 365
Met Ala Asp Thr Asp Pro Leu Arg Leu Asp Lys Ala Arg Phe Arg Ser
370 375 380
His Pro Asp Leu Glu Val Leu Thr His Gly Leu Thr Leu Trp Asp Leu
385 390 395 400
Asp Arg Val Phe Lys Val Asp Gly Phe Ala Gly Ala Gln Tyr Lys Lys
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Leu Arg Asp Val Leu Gly Leu Leu Arg Asp Ala Tyr Cys Arg His Ile
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465 470 475 480
Leu Gln Thr Lys Tyr Val Gly Gln Lys Arg Phe Ser Leu Glu Gly Ala
485 490 495
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515 520 525
Asn Val Leu Ala Asn Ile Val Gly Lys Pro Tyr Ser Gln Ile Phe Thr
530 535 540
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545 550 555 560
Val Lys Tyr His Leu Gly Ala Thr Gly Leu Tyr Leu Gln Met Phe Gly
565 570 575
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Ala Val Asp Pro Val Leu Glu Gly Leu Val Arg Ala Lys Gln Asp Leu
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610 615 620
Val Pro Leu Met Leu His Gly Asp Ala Ala Phe Ala Gly Gln Gly Val
625 630 635 640
Val Ala Glu Thr Leu Asn Leu Ala Asn Leu Pro Gly Tyr Arg Val Gly
645 650 655
Gly Thr Ile His Ile Ile Val Asn Asn Gln Ile Gly Phe Thr Thr Ala
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Pro Glu Tyr Ser Arg Ser Ser Glu Tyr Cys Thr Asp Val Ala Lys Met
675 680 685
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Val Trp Val Ala Arg Leu Ala Val Asp Phe Arg Gln Arg Phe Lys Lys
705 710 715 720
Asp Val Val Ile Asp Met Leu Cys Tyr Arg Arg Arg Gly His Asn Glu
725 730 735
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Thr Lys Arg Gly Ala Arg Lys Ser Tyr Thr Glu Ala Leu Ile Gly Arg
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Gly Asp Ile Ser Met Lys Glu Ala Glu Asp Ala Leu Arg Asp Tyr Gln
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885 890 895
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900 905 910
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965 970 975
Glu Phe Ile Ser Ser Gly Glu Ala Lys Trp Gly Gln Leu Ser Asn Val
980 985 990
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995 1000 1005
Ser Ala Arg Ile Glu Arg Phe Leu Gln Leu Trp Ala Glu Gly Ser Met
1010 1015 1020
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Arg His Ala Leu Asp Gly Ile Gln Arg Pro Leu Ile Val Phe Thr Pro
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1075 1080 1085
Gly Ile Gly Asp Arg Asn Lys Val Ser Arg Ile Leu Leu Thr Ser Gly
1090 1095 1100
Lys Leu Tyr Tyr Glu Leu Ala Ala Arg Lys Ala Lys Asp Asn Arg Asn
1105 1110 1115 1120
Asp Leu Ala Ile Val Arg Leu Glu Gln Leu Ala Pro Leu Pro Arg Arg
1125 1130 1135
Arg Leu Arg Glu Thr Leu Asp Arg Tyr Glu Asn Val Lys Glu Phe Phe
1140 1145 1150
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Leu Glu Leu Pro Glu Leu Leu Pro Asp Lys Leu Ala Gly Ile Lys Arg
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His Ala Val Glu Gln Gln Glu Ile Leu Asp Glu Ala Phe Gly
1205 1210
<210> 14
<211> 3645
<212> DNA
<213> Mycobacterium bovis
<400> 14
atgtaccgta aattccgtga tgacccgtct tctgttgatc cgtcttggca cgaatttctg 60
gtcgattact ccccggaacc aacttcccag ccggccgctg aaccgacccg cgttacgtcc 120
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cctgctgaag gtgatgaagt ggccgtgctg cgtggtgcgg cagccgcggt cgtcaaaaac 300
atgagcgcgt ctctggaagt gccgacggcg accagcgtgc gcgcggttcc agcgaaactg 360
ctgattgata atcgtattgt gatcaacaac cagctgaaac gtacccgtgg tggcaaaatt 420
agctttaccc acctgctggg ttatgccctg gtgcaggcgg tgaagaaatt cccgaacatg 480
aaccgtcact acaccgaagt cgacggtaaa ccgactgccg tgaccccggc acacaccaac 540
ctgggcctgg caattgacct gcagggcaag gatggcaagc gttccctggt agtagctggt 600
attaaacgtt gcgaaaccat gcgctttgca cagttcgtaa ccgcgtacga agatatcgta 660
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gcgattatcg gcgttggtgc tatggagtat ccggccgagt ttcagggtgc ttccgaagag 840
cgtatcgcgg aactgggtat tggtaaactg attaccctga cgagcaccta cgaccaccgc 900
atcatccagg gcgccgaaag cggtgacttc ctgcgtacca tccatgaact gctgctgtcc 960
gatggtttct gggatgaagt cttccgcgaa ctgtctattc cgtacctgcc ggtccgttgg 1020
tccaccgata acccggattc tattgtagac aaaaacgccc gcgttatgaa cctgatcgca 1080
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cgttttcgca gccacccgga cctggaagtt ctgactcatg gcctgactct gtgggatctg 1200
gatcgcgtat ttaaagtgga tggctttgca ggtgcccagt acaagaaact gcgtgatgtt 1260
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gacccagagc agaaagaatg gctggagcag cgtgtggaaa ccaaacacgt taagccgacc 1380
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ccgatgatgg atgctgcgat cgaccagtgc gctgaacacg gcctggacga ggtagtgatc 1560
ggtatgccgc accgtggccg tctgaacgtt ctggctaaca tcgttggtaa accgtacagc 1620
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caggtatctc tgaccgctaa tccgtcccac ctggaagcgg ttgacccggt actggaaggc 1800
ctggttcgtg caaaacaaga tctgctggac cacggtagca tcgattctga cggtcagcgt 1860
gccttctctg tggttccgct gatgctgcac ggcgatgcgg cttttgcagg ccagggtgtt 1920
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atcatcgtta acaaccagat cggcttcacg accgcgccgg aatactctcg ctctagcgaa 2040
tactgcactg atgtggctaa gatgattggc gccccaatct tccacgttaa cggtgacgac 2100
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gacgttgtta tcgacatgct gtgttaccgt cgtcgcggcc acaacgaagg cgacgatccg 2220
agcatgacta acccttacat gtacgatgta gttgacacca aacgtggcgc acgtaaaagc 2280
tatactgaag cgctgatcgg tcgtggtgat atctctatga aagaagcaga agacgcactg 2340
cgcgactatc aaggccaact ggaacgcgtt ttcaacgaag ttcgcgagct ggagaaacac 2400
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gtgctgatcg atcgtcacac gggtgaagaa ttcaccccgc tgcaactgct ggcgaccaac 2760
tccgatggct ctcctaccgg tggtaaattc ctggtatacg actctccact gtctgaatat 2820
gctgcagttg gcttcgaata cggttacact gttggtaacc cggacgctgt tgtgctgtgg 2880
gaagctcagt tcggcgactt cgtaaatggc gcgcagtcca tcattgacga attcatttcc 2940
tctggcgaag cgaaatgggg ccagctgtcc aacgtcgtgc tgctgctgcc acacggccat 3000
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cgccacaaag cggcagtcag cgagattaaa gatttcaccg aaatcaaatt ccgctccgtc 3240
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<210> 15
<211> 329
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 15
Met Lys Leu Ala Val Tyr Ser Thr Lys Gln Tyr Asp Lys Lys Tyr Leu
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Gln Gln Val Asn Glu Ser Phe Gly Phe Glu Leu Glu Phe Phe Asp Phe
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Met Met Thr Leu Asn Arg Arg Ile His Arg Ala Tyr Gln Arg Thr Arg
115 120 125
Asp Ala Asn Phe Ser Leu Glu Gly Leu Thr Gly Phe Thr Met Tyr Gly
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Lys Thr Ala Gly Val Ile Gly Thr Gly Lys Ile Gly Val Ala Met Leu
145 150 155 160
Arg Ile Leu Lys Gly Phe Gly Met Arg Leu Leu Ala Phe Asp Pro Tyr
165 170 175
Pro Ser Ala Ala Ala Leu Glu Leu Gly Val Glu Tyr Val Asp Leu Pro
180 185 190
Thr Leu Phe Ser Glu Ser Asp Val Ile Ser Leu His Cys Pro Leu Thr
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Pro Glu Asn Tyr His Leu Leu Asn Glu Ala Ala Phe Asp Gln Met Lys
210 215 220
Asn Gly Val Met Ile Val Asn Thr Ser Arg Gly Ala Leu Ile Asp Ser
225 230 235 240
Gln Ala Ala Ile Glu Ala Leu Lys Asn Gln Lys Ile Gly Ser Leu Gly
245 250 255
Met Asp Val Tyr Glu Asn Glu Arg Asp Leu Phe Phe Glu Asp Lys Ser
260 265 270
Asn Asp Val Ile Gln Asp Asp Val Phe Arg Arg Leu Ser Ala Cys His
275 280 285
Asn Val Leu Phe Thr Gly His Gln Ala Phe Leu Thr Ala Glu Ala Leu
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Thr Ser Ile Ser Gln Thr Thr Leu Gln Asn Leu Ser Asn Leu Glu Lys
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Gly Glu Thr Cys Pro Asn Glu Leu Val
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<210> 16
<211> 990
<212> DNA
<213> Escherichia coli
<400> 16
atgaaactcg ccgtttatag cacaaaacag tacgacaaga agtacctgca acaggtgaac 60
gagtcctttg gctttgagct ggaatttttt gactttctgc tgacggaaaa aaccgctaaa 120
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aacgtcgacc ttgacgcggc aaaagaactg gggctgaaag tagtccgtgt tccagcctat 300
gatccagagg ccgttgctga acacgccatc ggtatgatga tgacgctgaa ccgccgtatt 360
caccgcgcgt atcagcgtac ccgtgacgct aacttctctc tggaaggtct gaccggcttt 420
actatgtatg gcaaaacggc aggcgttatc ggtaccggta aaatcggtgt ggcgatgctg 480
cgcattctga aaggttttgg tatgcgtctg ctggcgttcg atccgtatcc aagtgcagcg 540
gcgctggaac tcggtgtgga gtatgtcgat ctgccaaccc tgttctctga atcagacgtt 600
atctctctgc actgcccgct gacaccggaa aactaccatc tgttgaacga agccgccttc 660
gatcagatga aaaatggcgt gatgatcgtc aataccagtc gcggtgcatt gattgattct 720
caggcagcaa ttgaagcgct gaaaaatcag aaaattggtt cgttgggtat ggacgtgtat 780
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<210> 17
<211> 760
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 17
Met Ser Glu Leu Asn Glu Lys Leu Ala Thr Ala Trp Glu Gly Phe Thr
1 5 10 15
Lys Gly Asp Trp Gln Asn Glu Val Asn Val Arg Asp Phe Ile Gln Lys
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Asn Tyr Thr Pro Tyr Glu Gly Asp Glu Ser Phe Leu Ala Gly Ala Thr
35 40 45
Glu Ala Thr Thr Thr Leu Trp Asp Lys Val Met Glu Gly Val Lys Leu
50 55 60
Glu Asn Arg Thr His Ala Pro Val Asp Phe Asp Thr Ala Val Ala Ser
65 70 75 80
Thr Ile Thr Ser His Asp Ala Gly Tyr Ile Asn Lys Ala Leu Glu Lys
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Val Val Gly Leu Gln Thr Glu Ala Pro Leu Lys Arg Ala Leu Ile Pro
100 105 110
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130 135 140
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145 150 155 160
Arg Lys Ser Gly Val Leu Thr Gly Leu Pro Asp Ala Tyr Gly Arg Gly
165 170 175
Arg Ile Ile Gly Asp Tyr Arg Arg Val Ala Leu Tyr Gly Ile Asp Tyr
180 185 190
Leu Met Lys Asp Lys Tyr Ala Gln Phe Thr Ser Leu Gln Ala Asp Leu
195 200 205
Glu Asn Gly Val Asn Leu Glu Gln Thr Ile Arg Leu Arg Glu Glu Ile
210 215 220
Ala Glu Gln His Arg Ala Leu Gly Gln Met Lys Glu Met Ala Ala Lys
225 230 235 240
Tyr Gly Tyr Asp Ile Ser Gly Pro Ala Thr Asn Ala Gln Glu Ala Ile
245 250 255
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325 330 335
Glu Ser Ile Gly Gly Met Gly Leu Asp Gly Arg Thr Leu Val Thr Lys
340 345 350
Asn Ser Phe Arg Phe Leu Asn Thr Leu Tyr Thr Met Gly Pro Ser Pro
355 360 365
Glu Pro Asn Met Thr Ile Leu Trp Ser Glu Lys Leu Pro Leu Asn Phe
370 375 380
Lys Lys Phe Ala Ala Lys Val Ser Ile Asp Thr Ser Ser Leu Gln Tyr
385 390 395 400
Glu Asn Asp Asp Leu Met Arg Pro Asp Phe Asn Asn Asp Asp Tyr Ala
405 410 415
Ile Ala Cys Cys Val Ser Pro Met Ile Val Gly Lys Gln Met Gln Phe
420 425 430
Phe Gly Ala Arg Ala Asn Leu Ala Lys Thr Met Leu Tyr Ala Ile Asn
435 440 445
Gly Gly Val Asp Glu Lys Leu Lys Met Gln Val Gly Pro Lys Ser Glu
450 455 460
Pro Ile Lys Gly Asp Val Leu Asn Tyr Asp Glu Val Met Glu Arg Met
465 470 475 480
Asp His Phe Met Asp Trp Leu Ala Lys Gln Tyr Ile Thr Ala Leu Asn
485 490 495
Ile Ile His Tyr Met His Asp Lys Tyr Ser Tyr Glu Ala Ser Leu Met
500 505 510
Ala Leu His Asp Arg Asp Val Ile Arg Thr Met Ala Cys Gly Ile Ala
515 520 525
Gly Leu Ser Val Ala Ala Asp Ser Leu Ser Ala Ile Lys Tyr Ala Lys
530 535 540
Val Lys Pro Ile Arg Asp Glu Asp Gly Leu Ala Ile Asp Phe Glu Ile
545 550 555 560
Glu Gly Glu Tyr Pro Gln Phe Gly Asn Asn Asp Pro Arg Val Asp Asp
565 570 575
Leu Ala Val Asp Leu Val Glu Arg Phe Met Lys Lys Ile Gln Lys Leu
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His Thr Tyr Arg Asp Ala Ile Pro Thr Gln Ser Val Leu Thr Ile Thr
595 600 605
Ser Asn Val Val Tyr Gly Lys Lys Thr Gly Asn Thr Pro Asp Gly Arg
610 615 620
Arg Ala Gly Ala Pro Phe Gly Pro Gly Ala Asn Pro Met His Gly Arg
625 630 635 640
Asp Gln Lys Gly Ala Val Ala Ser Leu Thr Ser Val Ala Lys Leu Pro
645 650 655
Phe Ala Tyr Ala Lys Asp Gly Ile Ser Tyr Thr Phe Ser Ile Val Pro
660 665 670
Asn Ala Leu Gly Lys Asp Asp Glu Val Arg Lys Thr Asn Leu Ala Gly
675 680 685
Leu Met Asp Gly Tyr Phe His His Glu Ala Ser Ile Glu Gly Gly Gln
690 695 700
His Leu Asn Val Asn Val Met Asn Arg Glu Met Leu Leu Asp Ala Met
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Glu Asn Pro Glu Lys Tyr Pro Gln Leu Thr Ile Arg Val Ser Gly Tyr
725 730 735
Ala Val Arg Phe Asn Ser Leu Thr Lys Glu Gln Gln Gln Asp Val Ile
740 745 750
Thr Arg Thr Phe Thr Gln Ser Met
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<210> 18
<211> 2283
<212> DNA
<213> Escherichia coli
<400> 18
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taa 2283
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<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 19
Met Ala Val Thr Asn Val Ala Glu Leu Asn Ala Leu Val Glu Arg Val
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Lys Lys Ala Gln Arg Glu Tyr Ala Ser Phe Thr Gln Glu Gln Val Asp
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Lys Ile Phe Arg Ala Ala Ala Leu Ala Ala Ala Asp Ala Arg Ile Pro
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Leu Ala Lys Met Ala Val Ala Glu Ser Gly Met Gly Ile Val Glu Asp
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Lys Val Ile Lys Asn His Phe Ala Ser Glu Tyr Ile Tyr Asn Ala Tyr
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Lys Asp Glu Lys Thr Cys Gly Val Leu Ser Glu Asp Asp Thr Phe Gly
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Ala Thr Asn Lys Ala Ala Asp Ile Val Leu Gln Ala Ala Ile Ala Ala
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Gly Ala Pro Lys Asp Leu Ile Gly Trp Ile Asp Gln Pro Ser Val Glu
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Leu Ser Asn Ala Leu Met His His Pro Asp Ile Asn Leu Ile Leu Ala
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Ala Asp Ile Lys Arg Ala Val Ala Ser Val Leu Met Ser Lys Thr Phe
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Asp Asn Gly Val Ile Cys Ala Ser Glu Gln Ser Val Val Val Val Asp
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Ser Val Tyr Asp Ala Val Arg Glu Arg Phe Ala Thr His Gly Gly Tyr
260 265 270
Leu Leu Gln Gly Lys Glu Leu Lys Ala Val Gln Asp Val Ile Leu Lys
275 280 285
Asn Gly Ala Leu Asn Ala Ala Ile Val Gly Gln Pro Ala Tyr Lys Ile
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Ala Glu Leu Ala Gly Phe Ser Val Pro Glu Asn Thr Lys Ile Leu Ile
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Gly Glu Val Thr Val Val Asp Glu Ser Glu Pro Phe Ala His Glu Lys
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Leu Ser Pro Thr Leu Ala Met Tyr Arg Ala Lys Asp Phe Glu Asp Ala
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Val Glu Lys Ala Glu Lys Leu Val Ala Met Gly Gly Ile Gly His Thr
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Phe Gly Gln Lys Met Lys Thr Ala Arg Ile Leu Ile Asn Thr Pro Ala
385 390 395 400
Ser Gln Gly Gly Ile Gly Asp Leu Tyr Asn Phe Lys Leu Ala Pro Ser
405 410 415
Leu Thr Leu Gly Cys Gly Ser Trp Gly Gly Asn Ser Ile Ser Glu Asn
420 425 430
Val Gly Pro Lys His Leu Ile Asn Lys Lys Thr Val Ala Lys Arg Ala
435 440 445
Glu Asn Met Leu Trp His Lys Leu Pro Lys Ser Ile Tyr Phe Arg Arg
450 455 460
Gly Ser Leu Pro Ile Ala Leu Asp Glu Val Ile Thr Asp Gly His Lys
465 470 475 480
Arg Ala Leu Ile Val Thr Asp Arg Phe Leu Phe Asn Asn Gly Tyr Ala
485 490 495
Asp Gln Ile Thr Ser Val Leu Lys Ala Ala Gly Val Glu Thr Glu Val
500 505 510
Phe Phe Glu Val Glu Ala Asp Pro Thr Leu Ser Ile Val Arg Lys Gly
515 520 525
Ala Glu Leu Ala Asn Ser Phe Lys Pro Asp Val Ile Ile Ala Leu Gly
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Gly Gly Ser Pro Met Asp Ala Ala Lys Ile Met Trp Val Met Tyr Glu
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565 570 575
Arg Lys Arg Ile Tyr Lys Phe Pro Lys Met Gly Val Lys Ala Lys Met
580 585 590
Ile Ala Val Thr Thr Thr Ser Gly Thr Gly Ser Glu Val Thr Pro Phe
595 600 605
Ala Val Val Thr Asp Asp Ala Thr Gly Gln Lys Tyr Pro Leu Ala Asp
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Tyr Ala Leu Thr Pro Asp Met Ala Ile Val Asp Ala Asn Leu Val Met
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Asp Met Pro Lys Ser Leu Cys Ala Phe Gly Gly Leu Asp Ala Val Thr
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Gly Gln Ala Leu Gln Ala Leu Lys Leu Leu Lys Glu Tyr Leu Pro Ala
675 680 685
Ser Tyr His Glu Gly Ser Lys Asn Pro Val Ala Arg Glu Arg Val His
690 695 700
Ser Ala Ala Thr Ile Ala Gly Ile Ala Phe Ala Asn Ala Phe Leu Gly
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Val Cys His Ser Met Ala His Lys Leu Gly Ser Gln Phe His Ile Pro
725 730 735
His Gly Leu Ala Asn Ala Leu Leu Ile Cys Asn Val Ile Arg Tyr Asn
740 745 750
Ala Asn Asp Asn Pro Thr Lys Gln Thr Ala Phe Ser Gln Tyr Asp Arg
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Pro Gln Ala Arg Arg Arg Tyr Ala Glu Ile Ala Asp His Leu Gly Leu
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Ser Ala Pro Gly Asp Arg Thr Ala Ala Lys Ile Glu Lys Leu Leu Ala
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Trp Leu Glu Thr Leu Lys Ala Glu Leu Gly Ile Pro Lys Ser Ile Arg
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820 825 830
Ser Glu Asp Ala Phe Asp Asp Gln Cys Thr Gly Ala Asn Pro Arg Tyr
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Pro Leu Ile Ser Glu Leu Lys Gln Ile Leu Leu Asp Thr Tyr Tyr Gly
850 855 860
Arg Asp Tyr Val Glu Gly Glu Thr Ala Ala Lys Lys Glu Ala Ala Pro
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Ala Lys Ala Glu Lys Lys Ala Lys Lys Ser Ala
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<210> 20
<211> 2676
<212> DNA
<213> Escherichia coli
<400> 20
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gtatgtcact caatggcgca caaactgggt tcccagttcc atattccgca cggtctggca 2220
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<213> Escherichia coli
<400> 21
Met Lys Val Ala Val Leu Gly Ala Ala Gly Gly Ile Gly Gln Ala Leu
1 5 10 15
Ala Leu Leu Leu Lys Thr Gln Leu Pro Ser Gly Ser Glu Leu Ser Leu
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Tyr Asp Ile Ala Pro Val Thr Pro Gly Val Ala Val Asp Leu Ser His
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Ala Glu Val Leu Lys Lys Ala Gly Val Tyr Asp Lys Asn Lys Leu Phe
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Gly Val Thr Thr Leu Asp Ile Ile Arg Ser Asn Thr Phe Val Ala Glu
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Leu Lys Gly Lys Gln Pro Gly Glu Val Glu Val Pro Val Ile Gly Gly
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His Ser Gly Val Thr Ile Leu Pro Leu Leu Ser Gln Val Pro Gly Val
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Leu Ser Met Gly Gln Ala Ala Ala Arg Phe Gly Leu Ser Leu Val Arg
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Ala Leu Gln Gly Glu Gln Gly Val Val Glu Cys Ala Tyr Val Glu Gly
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260 265 270
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Gln Ser Ala Leu Glu Gly Met Leu Asp Thr Leu Lys Lys Asp Ile Ala
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Leu Gly Glu Glu Phe Val Asn Lys
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<213> Escherichia coli
<400> 22
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<213> Escherichia coli
<400> 23
Met Gln Thr Pro His Ile Leu Ile Val Glu Asp Glu Leu Val Thr Arg
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Asn Thr Leu Lys Ser Ile Phe Glu Ala Glu Gly Tyr Asp Val Phe Glu
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Leu Ala Arg Glu Leu Arg Glu Gln Ala Asn Val Ala Leu Met Phe Leu
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Thr Gly Arg Asp Asn Glu Val Asp Lys Ile Leu Gly Leu Glu Ile Gly
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Ala Asp Asp Tyr Ile Thr Lys Pro Phe Asn Pro Arg Glu Leu Thr Ile
100 105 110
Arg Ala Arg Asn Leu Leu Ser Arg Thr Met Asn Leu Gly Thr Val Ser
115 120 125
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130 135 140
Asp Ile Asn Ser Arg Ser Leu Ile Gly Pro Asp Gly Glu Gln Tyr Lys
145 150 155 160
Leu Pro Arg Ser Glu Phe Arg Ala Met Leu His Phe Cys Glu Asn Pro
165 170 175
Gly Lys Ile Gln Ser Arg Ala Glu Leu Leu Lys Lys Met Thr Gly Arg
180 185 190
Glu Leu Lys Pro His Asp Arg Thr Val Asp Val Thr Ile Arg Arg Ile
195 200 205
Arg Lys His Phe Glu Ser Thr Pro Asp Thr Pro Glu Ile Ile Ala Thr
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Ile His Gly Glu Gly Tyr Arg Phe Cys Gly Asp Leu Glu Asp
225 230 235
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<212> DNA
<213> Escherichia coli
<400> 24
atgcagaccc cgcacattct tatcgttgaa gacgagttgg taacacgcaa cacgttgaaa 60
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Thr Leu Val Glu Asn Gln Gln Ala Val Ile Glu Tyr Arg Pro Leu Gly
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Thr Ile Leu Ala Ile Met Pro Trp Asn Phe Pro Leu Trp Gln Val Met
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Arg Gly Ala Val Pro Ile Ile Leu Ala Gly Asn Gly Tyr Leu Leu Lys
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His Ala Pro Asn Val Met Gly Cys Ala Gln Leu Ile Ala Gln Val Phe
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Lys Asp Ala Gly Ile Pro Gln Gly Val Tyr Gly Trp Leu Asn Ala Asp
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Asn Asp Gly Val Ser Gln Met Ile Lys Asp Ser Arg Ile Ala Ala Val
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Thr Val Thr Gly Ser Val Arg Ala Gly Ala Ala Ile Gly Ala Gln Ala
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Gly Ala Ala Leu Lys Lys Cys Val Leu Glu Leu Gly Gly Ser Asp Pro
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Val Ala Ala Ala Ala Ala Leu Lys Met Gly Asp Pro Arg Asp Glu Glu
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355 360 365
Ile Leu Lys Ala Met Gly Ile Pro Ser Ser Met Phe Thr Val Ile Phe
370 375 380
Ala Met Ala Arg Thr Val Gly Trp Ile Ala His Trp Ser Glu Met His
385 390 395 400
Ser Asp Gly Met Lys Ile Ala Arg Pro Arg Gln Leu Tyr Thr Gly Tyr
405 410 415
Glu Lys Arg Asp Phe Lys Ser Asp Ile Lys Arg
420 425
<210> 34
<211> 1284
<212> DNA
<213> Escherichia coli
<400> 34
atggctgata caaaagcaaa actcaccctc aacggggaca cagctgttga actggatgtg 60
ctgaaaggca cgctgggtca agatgttatt gatatccgta ctctcggttc aaaaggtgtg 120
ttcacctttg acccaggctt cacttcaacc gcatcctgcg aatctaaaat tacttttatt 180
gatggtgatg aaggtatttt gctgcaccgc ggtttcccga tcgatcagct ggcgaccgat 240
tctaactacc tggaagtttg ttacatcctg ctgaatggtg aaaaaccgac tcaggaacag 300
tatgacgaat ttaaaactac ggtgacccgt cataccatga tccacgagca gattacccgt 360
ctgttccacg ctttccgtcg cgactcacat ccaatggcag tcatgtgtgg tattaccggc 420
gcgctggcgg cgttctatca cgactcgctg gatgttaaca atcctcgtca tcgtgaaatt 480
gccgcgttcc gcctgctgtc gaaaatgccg accatggccg cgatgtgtta caagtattcc 540
attggtcagc catttgttta tccgcgcaac gatctctcct atgccggtaa cttcctgaat 600
atgatgttct ccacgccgtg cgaaccgtat gaagttaatc cgattctgga acgtgctatg 660
gaccgtattc tgatcctgca cgctgaccat gaacagaacg cctctacctc caccgtgcgt 720
accgctggct cttcgggtgc gaacccgttt gcctgtatcg cagcaggtat tgcttcactg 780
tggggacctg cgcacggtgg tgctaacgaa gcggcgctga aaatgctgga agaaattagc 840
tccgttaaac acattccgga atttgttcgt cgtgcgaaag ataaaaatga ttctttccgc 900
ctgatgggct tcggtcaccg cgtgtacaaa aattacgacc cgcgcgccac cgtaatgcgt 960
gaaacctgcc atgaagttct gaaagagctg ggcaccaaag atgacctgct ggaagtggct 1020
atggagctgg aaaacatcgc gctgaacgac ccgtacttta tcgagaagaa actgtacccg 1080
aacgtcgatt tctactctgg tatcatcctg aaagcgatgg gtattccgtc ttccatgttc 1140
accgtcattt tcgcaatggc acgtaccgtt ggctggatcg cccactggag cgaaatgcac 1200
agtgacggta tgaagattgc ccgtccgcgt cagctgtata caggatatga aaaacgcgac 1260
tttaaaagcg atatcaagcg ttaa 1284
<210> 35
<211> 427
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> gltA R164L aa
<400> 35
Met Ala Asp Thr Lys Ala Lys Leu Thr Leu Asn Gly Asp Thr Ala Val
1 5 10 15
Glu Leu Asp Val Leu Lys Gly Thr Leu Gly Gln Asp Val Ile Asp Ile
20 25 30
Arg Thr Leu Gly Ser Lys Gly Val Phe Thr Phe Asp Pro Gly Phe Thr
35 40 45
Ser Thr Ala Ser Cys Glu Ser Lys Ile Thr Phe Ile Asp Gly Asp Glu
50 55 60
Gly Ile Leu Leu His Arg Gly Phe Pro Ile Asp Gln Leu Ala Thr Asp
65 70 75 80
Ser Asn Tyr Leu Glu Val Cys Tyr Ile Leu Leu Asn Gly Glu Lys Pro
85 90 95
Thr Gln Glu Gln Tyr Asp Glu Phe Lys Thr Thr Val Thr Arg His Thr
100 105 110
Met Ile His Glu Gln Ile Thr Arg Leu Phe His Ala Phe Arg Arg Asp
115 120 125
Ser His Pro Met Ala Val Met Cys Gly Ile Thr Gly Ala Leu Ala Ala
130 135 140
Phe Tyr His Asp Ser Leu Asp Val Asn Asn Pro Arg His Arg Glu Ile
145 150 155 160
Ala Ala Phe Leu Leu Leu Ser Lys Met Pro Thr Met Ala Ala Met Cys
165 170 175
Tyr Lys Tyr Ser Ile Gly Gln Pro Phe Val Tyr Pro Arg Asn Asp Leu
180 185 190
Ser Tyr Ala Gly Asn Phe Leu Asn Met Met Phe Ser Thr Pro Cys Glu
195 200 205
Pro Tyr Glu Val Asn Pro Ile Leu Glu Arg Ala Met Asp Arg Ile Leu
210 215 220
Ile Leu His Ala Asp His Glu Gln Asn Ala Ser Thr Ser Thr Val Arg
225 230 235 240
Thr Ala Gly Ser Ser Gly Ala Asn Pro Phe Ala Cys Ile Ala Ala Gly
245 250 255
Ile Ala Ser Leu Trp Gly Pro Ala His Gly Gly Ala Asn Glu Ala Ala
260 265 270
Leu Lys Met Leu Glu Glu Ile Ser Ser Val Lys His Ile Pro Glu Phe
275 280 285
Val Arg Arg Ala Lys Asp Lys Asn Asp Ser Phe Arg Leu Met Gly Phe
290 295 300
Gly His Arg Val Tyr Lys Asn Tyr Asp Pro Arg Ala Thr Val Met Arg
305 310 315 320
Glu Thr Cys His Glu Val Leu Lys Glu Leu Gly Thr Lys Asp Asp Leu
325 330 335
Leu Glu Val Ala Met Glu Leu Glu Asn Ile Ala Leu Asn Asp Pro Tyr
340 345 350
Phe Ile Glu Lys Lys Leu Tyr Pro Asn Val Asp Phe Tyr Ser Gly Ile
355 360 365
Ile Leu Lys Ala Met Gly Ile Pro Ser Ser Met Phe Thr Val Ile Phe
370 375 380
Ala Met Ala Arg Thr Val Gly Trp Ile Ala His Trp Ser Glu Met His
385 390 395 400
Ser Asp Gly Met Lys Ile Ala Arg Pro Arg Gln Leu Tyr Thr Gly Tyr
405 410 415
Glu Lys Arg Asp Phe Lys Ser Asp Ile Lys Arg
420 425
<210> 36
<211> 1284
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> gltA R164L nt
<400> 36
atggctgata caaaagcaaa actcaccctc aacggggaca cagctgttga actggatgtg 60
ctgaaaggca cgctgggtca agatgttatt gatatccgta ctctcggttc aaaaggtgtg 120
ttcacctttg acccaggctt cacttcaacc gcatcctgcg aatctaaaat tacttttatt 180
gatggtgatg aaggtatttt gctgcaccgc ggtttcccga tcgatcagct ggcgaccgat 240
tctaactacc tggaagtttg ttacatcctg ctgaatggtg aaaaaccgac tcaggaacag 300
tatgacgaat ttaaaactac ggtgacccgt cataccatga tccacgagca gattacccgt 360
ctgttccacg ctttccgtcg cgactcacat ccaatggcag tcatgtgtgg tattaccggc 420
gcgctggcgg cgttctatca cgactcgctg gatgttaaca atcctcgtca tcgtgaaatt 480
gccgcgttcc tcctgctgtc gaaaatgccg accatggccg cgatgtgtta caagtattcc 540
attggtcagc catttgttta tccgcgcaac gatctctcct atgccggtaa cttcctgaat 600
atgatgttct ccacgccgtg cgaaccgtat gaagttaatc cgattctgga acgtgctatg 660
gaccgtattc tgatcctgca cgctgaccat gaacagaacg cctctacctc caccgtgcgt 720
accgctggct cttcgggtgc gaacccgttt gcctgtatcg cagcaggtat tgcttcactg 780
tggggacctg cgcacggtgg tgctaacgaa gcggcgctga aaatgctgga agaaattagc 840
tccgttaaac acattccgga atttgttcgt cgtgcgaaag ataaaaatga ttctttccgc 900
ctgatgggct tcggtcaccg cgtgtacaaa aattacgacc cgcgcgccac cgtaatgcgt 960
gaaacctgcc atgaagttct gaaagagctg ggcaccaaag atgacctgct ggaagtggct 1020
atggagctgg aaaacatcgc gctgaacgac ccgtacttta tcgagaagaa actgtacccg 1080
aacgtcgatt tctactctgg tatcatcctg aaagcgatgg gtattccgtc ttccatgttc 1140
accgtcattt tcgcaatggc acgtaccgtt ggctggatcg cccactggag cgaaatgcac 1200
agtgacggta tgaagattgc ccgtccgcgt cagctgtata caggatatga aaaacgcgac 1260
tttaaaagcg atatcaagcg ttaa 1284
<210> 37
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> ldhA KO f
<400> 37
atgaaactcg ccgtttatag cacaaaacag tacgacaaga agtacctgca taggtgacac 60
tatagaacgc g 71
<210> 38
<211> 70
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> ldhA KO r
<400> 38
ttaaaccagt tcgttcgggc aggtttcgcc tttttccaga ttgcttaagt tagtggatct 60
gatgggtacc 70
<210> 39
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> ldhA KO CUP
<400> 39
tacactaagc atagttgttg 20
<210> 40
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> ldhA KO CDO
<400> 40
ctttcttcat tgtggttctc 20
<210> 41
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> pflB KO f
<400> 41
atgtccgagc ttaatgaaaa gttagccaca gcctgggaag gttttaccaa taggtgacac 60
tatagaacgc g 71
<210> 42
<211> 70
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> pflB KO r
<400> 42
ttacatagat tgagtgaagg tacgagtaat aacgtcctgc tgctgttctt tagtggatct 60
gatgggtacc 70
<210> 43
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> pflB KO CUP
<400> 43
gggtcattta cctgcgtgaa 20
<210> 44
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> pflB KO CDO
<400> 44
agtctgtttt ggcagtcacc 20
<210> 45
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> adhE KO f
<400> 45
atggctgtta ctaatgtcgc tgaacttaac gcactcgtag agcgtgtaaa taggtgacac 60
tatagaacgc g 71
<210> 46
<211> 70
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> adhE KO r
<400> 46
ttaagcggat tttttcgctt ttttctcagc tttagccgga gcggcttctt tagtggatct 60
gatgggtacc 70
<210> 47
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> adhE KO CUP
<400> 47
caccgcactg actatactct 20
<210> 48
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> adhE KO CDO
<400> 48
gatgaaggct aatgctgtcg 20
<210> 49
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> mdh KO f
<400> 49
atgaaagtcg cagtcctcgg cgctgctggc ggtattggcc aggcgcttgc taggtgacac 60
tatagaacgc g 71
<210> 50
<211> 70
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> mdh KO r
<400> 50
ttacttatta acgaactctt cgcccagggc gatatctttc ttcagcgtat tagtggatct 60
gatgggtacc 70
<210> 51
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> mdh KO CUP
<400> 51
ggttcctgat tacggcaatt 20
<210> 52
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> mdh KO CDO
<400> 52
attcaggaat atccggcaac 20
<210> 53
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> arcA KO f
<400> 53
atgcagaccc cgcacattct tatcgttgaa gacgagttgg taacacgcaa taggtgacac 60
tatagaacgc g 71
<210> 54
<211> 70
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> arcA KO r
<400> 54
ttaatcttcc agatcaccac agaagcgata accttcaccg tggatggtgg tagtggatct 60
gatgggtacc 70
<210> 55
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> arcA KO CUP
<400> 55
ttgacgttga tggaaagtgc 20
<210> 56
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> arcA KO CDO
<400> 56
ccgaaaatga aagccagtaa 20
<210> 57
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> sad KO f
<400> 57
atgaccatta ctccggcaac tcatgcaatt tcgataaatc ctgccacggg taggtgacac 60
tatagaacgc g 71
<210> 58
<211> 70
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> sad KO r
<400> 58
tcagatccgg tctttccaca ccgtctggat attacagaat tcgtgtaagc tagtggatct 60
gatgggtacc 70
<210> 59
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> sad KO CUP
<400> 59
tcgattcgtg aataagtggc 20
<210> 60
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> sad KO CDO
<400> 60
ccactttcta ctcctggacc 20
<210> 61
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> gabD KO f
<400> 61
atgaaactta acgacagtaa cttattccgc cagcaggcgt tgattaacgg taggtgacac 60
tatagaacgc g 71
<210> 62
<211> 70
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> gabD KO r
<400> 62
ttaaagaccg atgcacatat atttgatttc taagtaatct tcgatgccat tagtggatct 60
gatgggtacc 70
<210> 63
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> gabD KO CUP
<400> 63
cacgccgcat ttaatcaata 20
<210> 64
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> gabD KO CDO
<400> 64
ctctttattg ctgctcattc 20
<210> 65
<211> 28
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> K lpd F
<400> 65
ccatcgccta cactaagcca gaagtggc 28
<210> 66
<211> 28
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> K lpd R
<400> 66
gccacttctg gcttagtgta ggcgatgg 28
<210> 67
<211> 82
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> K lpd 3
<400> 67
gccgctgcgg cctgaaagac gacgggtatg accgccggag ataaatatat agaggtcatg 60
aactgtctgc ttacataaac ag 82
<210> 68
<211> 77
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> K lpd 4
<400> 68
taaaaaaagc ggcgtggtta gccgcttttt taattgccgg atgttccggc aaacgaacaa 60
ttggtcggtc atttcgc 77
<210> 69
<211> 90
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> K lpd 5
<400> 69
ccggatccgc cgctgcggcc tgaaagacga cgggtatgac cgccggagat aaatatatag 60
aggtcatgat gagtactgaa atcaaaactc 90
<210> 70
<211> 89
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> K lpd 6
<400> 70
gggtcgacta aaaaaagcgg cgtggttagc cgctttttta attgccggat gttccggcaa 60
acgaacaatt actttttctt cgctttggc 89
<210> 71
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> K lpd 7
<400> 71
catcattaac aacacgctg 19
<210> 72
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> K lpd 8
<400> 72
cgacagtaac catactgtc 19
<210> 73
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> gltA F
<400> 73
tcgacagcag gaggaac 17
<210> 74
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> gltA R
<400> 74
tcgacagcag gaggaac 17
<210> 75
<211> 80
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> gltA 3
<400> 75
gtgcgaaggc aaatttaagt tccggcagtc ttacgtaata aggcgctaag gagaccttaa 60
ctgtctgctt acataaacag 80
<210> 76
<211> 78
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> gltA 4
<400> 76
ataaaaatta acccgccatt tgaacggcgg gttaaaatat ttacaactta gcaatcaacc 60
attggtcggt catttcgc 78
<210> 77
<211> 67
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> gltA 5
<400> 77
gtgcgaaggc aaatttaagt tccggcagtc ttacgtaata aggcgctaag gagaccttaa 60
atggctg 67
<210> 78
<211> 78
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> gltA 6
<400> 78
ataaaaatta acccgccatt tgaacggcgg gttaaaatat ttacaactta gcaatcaacc 60
attaacgctt gatatcgc 78
<210> 79
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> gltA 7
<400> 79
ggacagttat tagtggtaga c 21
<210> 80
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> gltA 8
<400> 80
gatgtatttc acacggtgct tc 22
<210> 81
<211> 55
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> L273I primer f
<400> 81
gaaggctgct catttgataa caacatcccg tgcattgctg agaaagaagt tttcg 55
<210> 82
<211> 55
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> L273I primer r
<400> 82
cgaaaacttc tttctcagca atgcacggga tgttgttatc aaatgagcag ccttc 55
<210> 83
<211> 55
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> L273S primer f
<400> 83
gaaggctgct catttgataa caactccccg tgcattgctg agaaagaagt tttcg 55
<210> 84
<211> 55
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> L273S primer r
<400> 84
cgaaaacttc tttctcagca atgcacgggg agttgttatc aaatgagcag ccttc 55
Claims (19)
- 4-히드록시부티릴-CoA를 4-히드록시부티르알데히드로 전환을 촉매하는 활성을 갖고, 서열번호 1의 273번째 아미노산이 다른 아미노산으로 치환된 아미노산 서열을 갖는 알데히드 데히드로게나제 변이체.
- 청구항 1에 있어서, 서열번호 1의 273번째 아미노산인 루이신(L)이 이소루이신(I) 또는 세린(S)으로 치환된 것인 알데히드 데히드로게나제 변이체.
- 청구항 1의 알데히드 데히드로게나제 변이체를 코딩하는 폴리뉴클레오티드.
- 청구항 3에 있어서, 서열번호 4 또는 6의 뉴클레오티드 서열을 갖는 것인 폴리뉴클레오티드.
- 조절 서열과 작동가능하게 연결된, 청구항 1의 알데히드 데히드로게나제 변이체를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 벡터.
- 청구항 1의 알데히드 데히드로게나제 변이체를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 미생물.
- 청구항 6에 있어서, 에세리키아(Escherichia) 속 또는 코리네박테리움 속에 속하는 미생물인 것인 미생물.
- 청구항 6에 있어서, 4-히드록시부티레이트를 4-히드록시부티릴-CoA로 전환하는 활성이 증가되어 있는 것인 미생물.
- 청구항 8에 있어서, 상기 활성 증가는 4-히드록시부티레이트의 4-히드록시부티릴-CoA로의 전환을 촉매하는 폴리펩티드의 발현 증가에 의한 것인 미생물.
- 청구항 8에 있어서, 상기 활성 증가는 4-히드록시부티릴 조효소 A:아세틸 조효소 A 트란스퍼라아제를 코딩하는 폴리뉴클레오티드의 도입에 의한 것인 미생물.
- 청구항 6에 있어서, 숙시닐-CoA, 알파-케토글루타레이트, 또는 그 조합을 4-히드록시부티레이트로 전환하는 활성이 증가되어 있는 미생물.
- 청구항 11에 있어서, 상기 활성 증가는 숙시닐-CoA의 숙시닉 세미알데히드로의 전환을 촉매하는 폴리펩티드, 알파-케토글루타레이트의 숙시닉 세미알데히드로의 전환을 촉매하는 폴리펩티드, 숙시닉 세미알데히드의 4-히드록시부티레이트로의 전환을 촉매하는 폴리펩티드, 또는 그 조합의 발현 증가에 의한 것인 미생물.
- 청구항 11에 있어서, 상기 활성 증가는 조효소 A-의존성 숙시닉 세미알데히드 데히드로게나제를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, 알파-케토글루타레이트 데히드로게나제를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, 4-히드록시부티레이트 세미알데히드 데히드로게나제를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, 또는 그 조합의 도입에 의한 것인 미생물.
- 청구항 6에 있어서, 피루베이트를 락테이트로 전환하는 활성, 피루베이트를 포르메이트로 전환하는 활성, 아세틸 CoA를 에탄올로 전환하는 활성, 옥살로아세테이트를 말레이트로 전환하는 활성, 호기성 호흡 제어를 조절하는 활성, 숙시닉 세미알데히드를 숙시네이트로 전환하는 활성, 또는 그 조합이 제거되거나 감소된 것인 미생물.
- 청구항 14에 있어서, 피루베이트를 락테이트로 전환하는 폴리펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, 피루베이트를 포르메이트로 전환하는 폴리펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, 아세틸 CoA를 에탄올로 전환하는 폴리펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, 옥살로아세테이트를 말레이트로 전환하는 폴리펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, 호기성 호흡 제어를 조절하는 인자를 코딩하는 유전자, 숙시닉 세미알데히드를 숙시네이트로 전환하는 폴리펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드, 또는 그 조합이 불활성화 또는 감쇄된 것인 미생물.
- 청구항 6에 있어서, 외래 피루베이트 데히드로게나제 서브유닛의 변이체, NADH 둔감성 시트레이트 신타제 변이체, 또는 그 조합을 발현하는 것인 미생물.
- 청구항 1의 알데히드 데히드로게나제 변이체와 4-히드록시부티릴-CoA를 접촉시키는 단계를 포함하는, 1,4-부탄디올을 생산하는 방법.
- 청구항 17에 있어서, 상기 접촉시킨 반응물과 알코올 데히드로게나제를 접촉시키는 단계를 더 포함하는 것인 방법.
- 청구항 6의 미생물을 배양하는 단계; 및 상기 배양물로부터 1,4-부탄디올을 회수하는 단계를 포함하는, 1,4-부탄디올을 생산하는 방법.
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