KR20120054374A - Ｓｓｒ 마커를 이용한 한국 재래종 매실 품종 판별 방법 - Google Patents

Ｓｓｒ 마커를 이용한 한국 재래종 매실 품종 판별 방법 Download PDF

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Abstract

본 발명은 매실 품종 판별용 SSR(Simple Sequence Repeat) 프라이머 세트, 상기 SSR 프라이머 세트를 포함하는 매실 품종을 판별하기 위한 키트 및 상기 SSR 프라이머 세트를 이용한 매실 품종의 판별 방법에 관한 것이다.

Description

ＳＳＲ 마커를 이용한 한국 재래종 매실 품종 판별 방법{Method of discriminating Korean native Prunus mume cultivars using SSR markers}
본 발명은 한국 재래종 매실 품종 판별용 SSR 프라이머 세트 및 이의 용도에 관한 것이다.
매실(Prunus mume Siebold. et Zuccarini)은 장미과(Rosaceae)에 속하는 낙엽 소교목이며 일본, 대만, 중국 및 우리나라 충청 이남지방에서 생산되는 과실로 살구 (P. armeniaca L.), 복숭아 (P. persica L.), 아몬드 (P. dulcis Lindl.), 자두 (P. salicina Lindl.), 서양자두 (P. domestica L.), 앵두 (P. avium L.), 신버찌(P. cerasus L.). 등과 같은 많은 중요한 과실수 중의 하나이다. 매실은 1~3월경에 꽃이 피고 열매를 맺어 6월경 청매로서 수확된다 (Lim & Lee 1999 J. East Asian Soc. Dietary Life 9: 442). 일반적으로 무메(mume)로 알려져 있는 매실은 중국에서 유래하여 메이(mei)라는 명칭으로 3000년 동안 경작되어 왔고, 또한 일본 남부지방과 한국의 야생에서도 발견되었으며 각각 우메(ume) 또는 매실로 불려왔다. 풍부한 유기산과 당류 등의 성분을 다량 함유하고 있는 매실은 알칼리성 식품으로서 항균활성, 피로회복, 식욕증진 및 해독 등의 효과가 있어 민간약으로서의 이용성이 높아지고 있다 (Seo et al 2008 Korean J. Food Preserv. 15: 269-273).
최근 우리나라는 1991년에 국제 식물 신품종 보호동맹(UPOV)의 가입, 수입농산물의 개방 등으로 작물 품종판별을 통한 국산 농산물과 외국산 농산물의 구별의 필요성이 중요시되고 있으며, 수입되는 대부분의 한약재는 가공된 형태로 판매되는 경우가 대부분이기 때문에 형태에 의한 품종 구분은 사실상 불가능한 실정이다. 이에 따른 농산물의 품종판별 및 유연관계의 분석을 통한 국내에서 자생하는 재래종 농산물에 대한 정확한 유전적 정보의 확보는 보다 안정적인 작물의 생산 및 품종의 순도를 유지시키는데 꼭 필요하다.
과거의 농산물 품종판별과 유연관계 분석에는 형태적인 특성 (Baek et al. 1997 Korean J. Breed. 29: 249-257)이나 단백질, 생화학적 동위효소 (Han et al. 1999 Korean J. Crop Sci. 44: 256-262) 등이 사용되어 왔다. 하지만 최근에는 RAPD(random amplified polymorphic DNA), AFLP(amplified fragment length polymorphism), RFLP(restriction fragment length polymorphism), SSR(simple sequence repeat), SNP(single nucleotide polymorphism) 등의 분석방법들이 많이 사용되고 있다. 이중 SSR 방법은 codominant(공우성) 마커 보다 높은 다형성과 재현성이 있고, 게놈(genome)상에 널리 존재하며 분석의 용이성 (Lee 2000 Korean J. Crop Sci. 35: 16-20) 등으로 인하여 국내에서도 벼, 콩, 옥수수, 구기자 등 유전적 다형성 분석에 활용되고 있고, 현재 프루누스(Prunus) 속에 속하는 종인 복숭아 (Dirlewanger et al. 2002 Theortical and Applied Genetics 105: 127-138), 아몬드 (Mnejja et al. 2005 Molecular Ecology Notes 5: 531-535), 살구 (Messina et al. 2004 Molecular Ecology Notes. 4: 432-434), 체리 (Schueler et al. 2003 Genome 46: 95-102), 일본자두 (Mnejja et al. 2004 Molecular Ecology Notes 4: 163-166)에서 SSR 마커가 개발되어 유전적 다양성 연구에 활용되고 있다.
본 발명은 상기와 같은 요구에 의해 안출된 것으로서, 한국에서 수집된 지역 재래 매실유전자원에 대한 유전적 다양성, 유연관계 및 집단의 구조 분석을 통하여 향후 육종을 위한 소재로 활용할 수 있는 기초 정보를 제공하고자 한다.
상기 과제를 해결하기 위해, 본 발명은 매실 품종 판별용 SSR(Simple Sequence Repeat) 프라이머 세트를 제공한다.
본 발명은 또한, 상기 SSR 프라이머 세트를 포함하는 매실 품종을 판별하기 위한 키트를 제공한다.
본 발명은 또한, 상기 SSR 프라이머 세트를 이용한 매실 품종의 판별 방법을 제공한다.
본 발명에 따르면, 7개의 SSR 프라이머 세트를 이용하여 한국에서 수집된 지역 재래 매실에 대한 품종 판별이 가능하였으며, 본 발명에 사용된 SSR 프라이머 세트는 매실 원산지에 따른 품종판별, 순도 검정, 품종보호와 종자 관리체계 확립을 위한 품종의 구별성(Distinctness), 균일성(Uniformity) 및 안정성(Stability) 검정에 활용될 수 있을 것이다.
도 1은 남한의 여러 지역으로부터 수집한 69개의 유전자형 간의 유전적 유연관계를 나타내는 UPGMA 덴드로그램(UPGMA dendrogram)을 보여준다. 각 유전자형 옆에 표시된 유색의 네모상자는 개체를 수집한 한국 내 지역을 나타낸다.
도 2는 69개의 한국산 지역 재래 매실(Prunus mume )을 사용한 계통수에서 7개의 SSR 마커로 각 단계별로 품종 구분을 보여주는 모식도이다.
본 발명의 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 서열번호 3 및 4의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 7 및 8의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 9 및 10의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 19 및 20의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 23 및 24의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 27 및 28의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 및 서열번호 31 및 32의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 매실 품종 판별용 SSR(Simple Sequence Repeat) 프라이머 세트를 제공한다.
상기 올리고뉴클레오티드는 서열번호 3의 서열 내의 18개 이상, 19개 이상, 20개 이상, 21개 이상, 22개 이상, 23개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 4의 서열 내의 13개 이상, 14개 이상, 15개 이상, 16개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드일 수 있다.
또한, 상기 올리고뉴클레오티드는 각각 서열번호 7 및 서열번호 8의 서열 내의 13개 이상, 14개 이상, 15개 이상, 16개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드일 수 있다.
또한, 상기 올리고뉴클레오티드는 각각 서열번호 9 및 서열번호 10의 서열 내의 13개 이상, 14개 이상, 15개 이상, 16개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드일 수 있다.
또한, 상기 올리고뉴클레오티드는 각각 서열번호 19 및 서열번호 20의 서열 내의 16개 이상, 17개 이상, 18개 이상, 19개 이상, 20개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드일 수 있다.
또한, 상기 올리고뉴클레오티드는 각각 서열번호 23 및 서열번호 24의 서열 내의 13개 이상, 14개 이상, 15개 이상, 16개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드일 수 있다.
또한, 상기 올리고뉴클레오티드는 각각 서열번호 27 및 서열번호 28의 서열 내의 13개 이상, 14개 이상, 15개 이상, 16개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드일 수 있다.
또한, 상기 올리고뉴클레오티드는 각각 서열번호 31 및 서열번호 32의 서열 내의 16개 이상, 17개 이상, 18개 이상, 19개 이상, 20개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에 따른 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트는 서열번호 3 및 4의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 7 및 8의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 9 및 10의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 19 및 20의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 23 및 24의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 27 및 28의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 및 서열번호 31 및 32의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트로 구성되는 군으로부터 선택된 매실 품종 판별용 SSR 프라이머 세트이다.
본 발명의 일 구현예에 따른 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트는 상기 7가지 프라이머 세트 중 2가지 프라이머 세트 조합, 3가지 프라이머 세트 조합, 4가지 프라이머 세트 조합, 5가지 프라이머 세트 조합, 6가지 프라이머 세트 조합, 7가지 프라이머 세트 조합이 가능하며, 가장 바람직하게는 7가지 프라이머 세트 조합이다. 따라서, 본 발명의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트는 가장 바람직하게는 서열번호 3 및 4의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 7 및 8의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 9 및 10의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 19 및 20의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 23 및 24의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 27 및 28의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 및 서열번호 31 및 32의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트를 포함하는 매실 품종 판별용 SSR 프라이머 세트이다.
7개의 프라이머 세트를 동시에 이용하면 매실 품종을 비교적 쉽고 정확하게 분별할 수 있다. 바람직하게는 상기 매실 품종은 한국산 재래종 매실일 수 있으며, 더욱 바람직하게는 상기 매실 품종은 천부여동매, 부여홍매, 영광매, 고산매, 대명매, 운림매, 소치매, 우산매, 송광매, 선암홍매1, 선암백매1, 선암백매2, 선암백매3, 선암백매4, 선암홍매2, 선암홍매3, 선암홍매5, 금둔옥매, 금둔옥매1, 남명매, 분양매, 분양매(자), 정당매, 운리야매1, 운리야매2, 노산매, 자장겹홍매, 자장분홍매, 자장매, 도산매1, 도산매3, 서애매, 정매, 만첩홍매, 운리홍매, 고불매, 길상야매, 1화엄(홍)매, 화엄분홍매, 산동매, 선암홍매6, 낙안매, 나주홍매, 오강매, 의심매, 부여동매2, 대부여동매2, 대한림백매, 한림홍매, 두륜백매, 오미매, 연동매, 설봉백매, 장산매, 장산분홍매, 장산백매, 남사백매, 와룡백매, 와룡홍매, 쌍계백매, 선암홍매7, 선암백매5, 미암백매, 운림원앙매 또는 일지매일 수 있다.
본 발명에 있어서, "프라이머"는 카피하려는 핵산 가닥에 상보적인 단일 가닥 올리고뉴클레오티드 서열을 말하며, 프라이머 연장 산물의 합성을 위한 개시점으로서 작용할 수 있다. 상기 프라이머의 길이 및 서열은 연장 산물의 합성을 시작하도록 허용해야 한다. 프라이머의 구체적인 길이 및 서열은 요구되는 DNA 또는 RNA 표적의 복합도(complexity)뿐만 아니라 온도 및 이온 강도와 같은 프라이머 이용 조건에 의존할 것이다.
본 명세서에 있어서, 프라이머로서 이용된 올리고뉴클레오티드는 또한 뉴클레오티드 유사체(analogue), 예를 들면, 포스포로티오에이트(phosphorothioate), 알킬포스포로티오에이트 또는 펩티드 핵산(peptide nucleic acid)를 포함할 수 있거나 또는 삽입 물질(intercalating agent)를 포함할 수 있다.
본 발명의 또 다른 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 본 발명에 따른 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 및 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함하는, 매실 품종을 판별하기 위한 키트를 제공한다. 상기 매실 품종은 바람직하게는 한국산 재래종 매실일 수 있으며, 더욱 바람직하게는 천부여동매, 부여홍매, 영광매, 고산매, 대명매, 운림매, 소치매, 우산매, 송광매, 선암홍매1, 선암백매1, 선암백매2, 선암백매3, 선암백매4, 선암홍매2, 선암홍매3, 선암홍매5, 금둔옥매, 금둔옥매1, 남명매, 분양매, 분양매(자), 정당매, 운리야매1, 운리야매2, 노산매, 자장겹홍매, 자장분홍매, 자장매, 도산매1, 도산매3, 서애매, 정매, 만첩홍매, 운리홍매, 고불매, 길상야매, 1화엄(홍)매, 화엄분홍매, 산동매, 선암홍매6, 낙안매, 나주홍매, 오강매, 의심매, 부여동매2, 대부여동매2, 대한림백매, 한림홍매, 두륜백매, 오미매, 연동매, 설봉백매, 장산매, 장산분홍매, 장산백매, 남사백매, 와룡백매, 와룡홍매, 쌍계백매, 선암홍매7, 선암백매5, 미암백매, 운림원앙매 또는 일지매일 수 있다.
본 발명의 키트에서, 상기 증폭 반응을 수행하기 위한 시약은 DNA 폴리머라제, dNTPs, 버퍼 등을 포함할 수 있다. 또한, 본 발명의 키트는 최적의 반응 수행 조건을 기재한 사용자 설명서를 추가로 포함할 수 있다.
본 발명의 또 다른 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은
매실 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 단계;
상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 본 발명에 따른 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트를 이용하여 증폭 반응을 수행하여 표적 서열을 증폭하는 단계; 및
상기 증폭 산물을 검출하는 단계를 포함하는, 매실 품종의 판별 방법을 제공한다.
본 발명의 매실 품종의 판별 방법은 보다 구체적으로,
제작된 프라이머를 사용하여 품종별 시료를 대상으로 PCR 하여 아가로스 겔에서 전기영동 하여 품종 간 유전적 다형성을 분석하는 단계; 및
상기 유전분석 단계의 결과로부터 품종 간 대립유전자를 종합 판단하여 구별하는 것을 특징으로 하는 한국산 재래 매실 품종의 판별방법에 관한 것이다.
본 발명의 방법은 매실 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 단계를 포함한다. 상기 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 방법은 당업계에 공지된 방법을 이용할 수 있으며, 예를 들면, CTAB 방법을 이용할 수도 있고, wizard prep 키트(Promega 사)를 이용할 수도 있다. 바람직하게는 DNeasy Plant Mini Kit (QIAGEN)을 이용할 수 있다.
상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 본 발명의 일 실시예에 따른 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트를 프라이머로 이용하여 증폭 반응을 수행하여 표적 서열을 증폭할 수 있다. 표적 핵산을 증폭하는 방법은 중합효소연쇄반응(PCR), 리가아제 연쇄반응(ligase chain reaction), 핵산 서열 기재 증폭(nucleic acid sequence-based amplification), 전사 기재 증폭 시스템(transcription-based amplification system), 가닥 치환 증폭(strand displacement amplification) 또는 Qβ 복제효소(replicase)를 통한 증폭 또는 당업계에 알려진 핵산 분자를 증폭하기 위한 임의의 기타 적당한 방법이 있다. 이 중에서, PCR이란 중합효소를 이용하여 표적 핵산에 특이적으로 결합하는 프라이머 쌍으로부터 표적 핵산을 증폭하는 방법이다. 이러한 PCR 방법은 당업계에 잘 알려져 있으며, 상업적으로 이용가능한 키트를 이용할 수도 있다.
본 발명의 방법에 있어서, 상기 매실 품종은 바람직하게는 한국산 재래종 매실일 수 있으며, 더욱 바람직하게는 천부여동매, 부여홍매, 영광매, 고산매, 대명매, 운림매, 소치매, 우산매, 송광매, 선암홍매1, 선암백매1, 선암백매2, 선암백매3, 선암백매4, 선암홍매2, 선암홍매3, 선암홍매5, 금둔옥매, 금둔옥매1, 남명매, 분양매, 분양매(자), 정당매, 운리야매1, 운리야매2, 노산매, 자장겹홍매, 자장분홍매, 자장매, 도산매1, 도산매3, 서애매, 정매, 만첩홍매, 운리홍매, 고불매, 길상야매, 1화엄(홍)매, 화엄분홍매, 산동매, 선암홍매6, 낙안매, 나주홍매, 오강매, 의심매, 부여동매2, 대부여동매2, 대한림백매, 한림홍매, 두륜백매, 오미매, 연동매, 설봉백매, 장산매, 장산분홍매, 장산백매, 남사백매, 와룡백매, 와룡홍매, 쌍계백매, 선암홍매7, 선암백매5, 미암백매, 운림원앙매 또는 일지매일 수 있다.
본 발명의 방법에 있어서, 상기 증폭된 표적 서열은 검출가능한 표지 물질로 표지될 수 있다. 일 구현예에서, 상기 표지 물질은 형광, 인광 또는 방사성을 발하는 물질일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 바람직하게는, 상기 표지 물질은 Cy-5 또는 Cy-3이다. 표적 서열의 증폭시 프라이머의 5'-말단에 Cy-5 또는 Cy-3를 표지하여 PCR을 수행하면 표적 서열이 검출가능한 형광 표지 물질로 표지될 수 있다. 또한, 방사성 물질을 이용한 표지는 PCR 수행시 32P 또는 35S 등과 같은 방사성 동위원소를 PCR 반응액에 첨가하면 증폭 산물이 합성되면서 방사성이 증폭 산물에 혼입되어 증폭 산물이 방사성으로 표지될 수 있다. 표적 서열을 증폭하기 위해 이용된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트는 상기에 기재된 바와 같다.
본 발명의 방법은 상기 증폭 산물을 검출하는 단계를 포함한다. 상기 증폭 산물의 검출은 DNA 칩, 겔 전기영동, 방사성 측정, 형광 측정 또는 인광 측정을 통해 수행될 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 증폭 산물을 검출하는 방법 중의 하나로서, 겔 전기영동을 수행할 수 있다. 겔 전기영동은 증폭 산물의 크기에 따라 아가로스 겔 전기영동 또는 아크릴아미드 겔 전기영동을 이용할 수 있다. 또한, 형광 측정 방법은 프라이머의 5'-말단에 Cy-5 또는 Cy-3를 표지하여 PCR을 수행하면 표적 서열이 검출가능한 형광 표지 물질로 표지되며, 이렇게 표지된 형광은 형광 측정기를 이용하여 측정할 수 있다. 또한, 방사성 측정 방법은 PCR 수행시 32P 또는 35S 등과 같은 방사성 동위원소를 PCR 반응액에 첨가하여 증폭 산물을 표지한 후, 방사성 측정기구, 예를 들면, 가이거 계수기(Geiger counter) 또는 액체섬광계수기(liquid scintillation counter)를 이용하여 방사성을 측정할 수 있다.
이하, 본 발명을 실시예에 의해 상세히 설명한다. 단, 하기 실시예는 본 발명을 예시하는 것일 뿐, 본 발명의 내용이 하기 실시예에 한정되는 것은 아니다.
재료 및 방법
1. 공시재료 및 DNA 추출
공주대학교 보존유전체 생명공학실험실에서 수집하여 보유중인 국내재래종 매실 중 선발된 총 69점을 본 실험에 사용하였으며, 수집지역별로 강원 1점, 경기 4점, 경남 12점, 경북 4점, 서울 3점, 전남 39점, 제주 2점, 충남 4점이었다(표 1). 4월 중순에 어린잎을 채취한 후 DNeasy Plant Mini Kit (QIAGEN)을 사용하여 DNA를 추출하였고 추출한 DNA는 NanoDrop ND-1000 (Dupont Agricultural Genomics Laboratory)를 사용하여 DNA의 농도와 상태를 확인하고 최적의 PCR을 위하여 DNA의 농도를 20ng/㎕로 희석하였다.
한국산 지역 재래 매실(Prunus mume)의 지역 정보
번호 시료명 종명 채집지명 GPS 지역
위도 경도
1 부여동매 P. mume 부여군 구암면 진변리 36° 16′39.41″ 126° 53′21.30″ 충남
2 부여홍매 P. mume 부여군 구암면 진변리 36° 16′39.41″ 126° 53′21.30″ 충남
3 영광매 P. mume 영광군 홍농읍 계마리 35° 24′31.07″ 126° 25′00.07″ 전남
4 고산매 P. mume 장성군 진원면 진원리 35° 16′12.52″ 126° 50′48.62″ 전남
5 대명매 P. mume 광주 북구 용봉동 35° 10′30.62″ 126° 54′16.85″ 전남
6 운림매 P. mume 진도군 의신면 사천리 34° 27′56.91″ 126° 18′24.94″ 전남
7 소치매 P. mume 진도군 의신면 사천리 34° 27′56.91″ 126° 18′24.94″ 전남
8 우산매 P. mume 순천시 송광면 우산리 34° 57′54.92″ 127° 13′37.91″ 전남
9 송광매 P. mume 순천시 송광면 신평리 35° 00′07.79″ 127° 16′32.34″ 전남
10 선암홍매1 P. mume 순천시 승주읍 죽학리 34° 59′47.88″ 127° 19′51.37″ 전남
11 선암백매1 P. mume 순천시 승주읍 죽학리 34° 59′47.88″ 127° 19′51.37″ 전남
12 선암백매2 P. mume 순천시 승주읍 죽학리 34° 59′47.78″ 127° 19′51.36″ 전남
13 선암백매3 P. mume 순천시 승주읍 죽학리 34° 59′47.88″ 127° 19′51.37 전남
14 선암백매4 P. mume 순천시 승주읍 죽학리 34° 59′44.15″ 127° 19′51.98″ 전남
15 선암홍매2 P. mume 순천시 승주읍 죽학리 34° 59′45.61″ 127° 19′51.27″ 전남
16 선암홍매3 P. mume 순천시 승주읍 죽학리 34° 59′46.17″ 127° 19′52.93″ 전남
17 선암홍매5 P. mume 순천시 승주읍 죽학리 34° 59′46.72″ 127° 19′52.97″ 전남
18 금둔옥매 P. mume 순천시 낙안면 상송리 34° 55′23.71″ 127° 20′32.55″ 전남
19 금둔옥매1 P. mume 순천시 낙안면 상송리 34° 55′23.72″ 127° 20′32.56″ 전남
21 남명매 P. mume 산청군 시천면 사리 35° 17′23.66″ 127° 51′08.58″ 경남
22 분양매 P. mume 산청군 단성면 남사리 35° 15′57.29″ 127° 56′04.85″ 경남
23 분양매(자) P. mume 산청군 단성면 남사리 35° 15′57.29″ 127° 56′04.85″ 경남
25 정당매 P. mume 산청군 단성면 운리 35° 19′17.08″ 127° 53′59.09″ 경남
26 운리야매1 P. mume 산청군 단성면 운리 35° 19′27.67″ 127° 53′50.06″ 경남
27 운리야매2 P. mume 산청군 단성면 운리 35° 19′25.55″ 127° 53′46.99″ 경남
28 노산매 P. mume 산청군 신안면 신안리 35° 19′35.45″ 125° 57′03.07″ 경남
29 자장겹홍매 P. mume 양산시 하북면 지산리 35° 29′14.44″ 129° 03′50.88″ 경남
30 자장분홍매 P. mume 양산시 하북면 지산리 35° 29′14.44″ 129° 03′50.88″ 경남
31 자장매 P. mume 양산시 하북면 지산리 35° 29′38.43″ 129° 04′51.41″ 경남
32 도산매1 P. mume 안동시 도산면 토계리 36° 43′36.48″ 128° 50′23.02″ 경북
33 도산매3 P. mume 안동시 도산면 토계리 36° 43′39.82″ 128° 50′24.50″ 경북
34 서애매 P. mume 안동시 풍천면 하회리 36° 32′18.32″ 128° 30′56.87″ 경북
35 정매 P. mume 강릉시 죽헌동 34° 45′31.77″ 127° 39′40.13″ 강원
36 만첩홍매 P. mume 서울 종로구 와룡동 37° 34′45.16″ 126° 59′29.72″ 서울
37 운리홍매 P. mume 산청군 단성면 운리 35° 19′15.06″ 127° 53′59.09″ 경남
38 고불매 P. mume 장성군 북하면 약수리 35° 26′22.04″ 126° 52′57.89″ 전남
39 길상야매1 P. mume 구례군 마산면 황전리 35° 15′23.83″ 127° 29′52.08″ 전남
40 화엄(홍)매 P. mume 구례군 마산면 황전리 35° 15′14.82″ 127° 29′44.81″ 경북
41 화엄분홍매 P. mume 구례군 마산면 황전리 35° 15′19.74″ 127° 29′51.23″ 전남
43 산동매 P. mume 구례군 산동면 탑정리 35° 18′43.23″ 127° 26′46.75″ 전남
45 선암홍매6 P. mume 순천시 승주읍 죽학리 34° 59′46.51″ 127° 19′50.82″ 전남
46 낙안매 P. mume 순천시 낙안면 동내리 34° 54′21.21″ 127° 20′37.44″ 전남
49 나주홍매 P. mume 나주시 금천면 오강리 35° 01′42.85″ 126° 45′18.46″ 전남
50 오강매 P. mume 나주시 금천면 오강리 35° 01′42.85″ 126° 45′18.46″ 전남
51 의심매 P. mume 나주시 금천면 오강리 35° 01′42.85″ 126° 45′18.46″ 전남
53 부여동매2대 P. mume 부여군 규암면 신성리 36° 19′02.97″ 126° 52′45.37″ 충남
54 부여동매2대 P. mume 부여군 규암면 신성리 36° 19′02.97″ 126° 52′45.37″ 충남
56 한림백매 P. mume 제주시 한림읍 협재리 33° 23′17.43″ 126° 14′22.06″ 제주
57 한림홍매 P. mume 제주시 한림읍 협재리 33° 23′17.43″ 126° 14′22.06″ 제주
58 두륜백매 P. mume 해남군 삼산면 구림리 34° 28′34.70″ 126° 36′59.64″ 전남
60 오미매 P. mume 구례군 토지면 오미리 35° 12′21.66″ 127° 30′54.50″ 전남
61 연동매 P. mume 해남군 해남읍 연동리 34° 33′05.08″ 126° 37′18.91″ 전남
62 설봉백매 P. mume 해남군 해남읍 연동리 34° 33′03.83″ 126° 37′20.93″ 전남
63 장산매 P. mume 담양군 대덕면 장산리 35° 15′27.00″ 127° 01′08.92″ 전남
64 장산분홍매 P. mume 담양군 대덕면 장산리 35° 15′27.00″ 127° 01′08.92″ 전남
65 장산백매 P. mume 담양군 대덕면 장산리 35° 15′27.00″ 127° 01′08.92″ 전남
67 남사백매 P. mume 산청군 단성면 묵곡리 35° 16′24.74″ 127° 56′16.97″ 경남
68 와룡백매 P. mume 서울 중구 회현동 1가 37° 32′29.94″ 126° 59′48.78″ 서울
69 와룡홍매 P. mume 서울 중구 회현동 1가 37° 32′29.94″ 126° 59′48.78″ 서울
71 쌍계백매 P. mume 하동군 화개면 운수리 35° 14′00.74″ 127° 38′59.16″ 전남
72 선암홍매7 P. mume 순천시 승주읍 죽학리 34° 59′48.19″ 127° 19′51.38″ 전남
73 선암백매5 P. mume 구례군 마산면 황전리 34° 59′48.09″ 127° 19′51.35″ 전남
74 미암백매 P. mume 담양군 대덕면 장산리 35° 15′38.64″ 127° 01′17.50″ 전남
75 운림원앙매 P. mume 진도군 의신면 사천리 34° 27′58.42″ 127° 19′51.36″ 전남
76 일지매 P. mume 진도군 의신면 사천리 34° 27′58.42″ 127° 19′51.36″ 전남
77 계량살구 P. armenica 화성시 봉담읍 서영리 37° 14 03.39″ 126° 57′18.80″ 경기
78 살구 P. armenica 화성시 봉담읍 상리 37° 13′05.99″ 126° 56′24.40″ 경기
79 계량자두 P. salicina 화성시 봉담읍 상리 37° 13′05.99″ 126° 56′24.40″ 경기
80 자엽자두 P. salicina 화성시 봉담읍 상리 37° 13′05.99″ 126° 56′24.40″ 경기
2. SSR 분석
SSR 분석은 공주대학교 보존유전체 생명공학 실험실에서 디자인한 16쌍의 프라이머(primer)를 사용하였다 (표 2). PCR 반응은 Schuelke (2000) 방법으로 수행하였다. 총 반응액은 20㎕로, 주형 DNA 40ng, 1 X PCR 버퍼(buffer), 0.2mM dNTP, 1U Taq DNA 중합효소(polymerase), 각각 6 pmol의 역방향 프라이머와 형광 M13 프라이머 그리고 2 pmol의 M13-tailed 정방향 프라이머를 사용하였다. 사용된 형광물질은 6-FAM, HEX, NED를 사용하였고, PCR 반응에는 S1000™ Thermal cycler (BIO-RAD, USA)를 사용하였으며, Schuelke (2000) 방법에 따랐다.
유전자형 분석에는 PCR 산물 1.2㎕, 크기 표준물(internal size standard) 500 ROX(ABI, Foster city, CA) 0.3㎕, Hi-di 포름아미드(Hi-di formamide) 9㎕을 첨가한 후 ABI 3130xl genetic analyzer (ABI, Foster city, CA)를 이용하여 분석하였고, 자료 분석은 Genemapper 4.0 (ABI PRIZM Applied biosystems)을 사용하였다.
본 발명에 사용된 16개의 SSR 마커
프라이머 프라이머 서열(5'→3') 형광
염료		 반복 모티프 TA(℃)
정방향 서열번호 역방향 서열번호
KUPM-004 AAAGTTGTTGGAAGGGGC 1 AGACCCTCCTAACGCTGC 2 HEX (AG)17 52
KUPM-034 TTGATGGAGTTTAACTGAGTTTG 3 ACCACCACTACCATCCCC 4 HEX (TGG)4 52
KUPM-041 GCAAAAACCCAGCAACCT 5 GCCTTGGAGCCTTCGTAT 6 NED (CT)15 52
KUPM-047 GTTGTCGCGAAGCAGAGT 7 ACCGGGAAGAAATTTGGA 8 6-FAM (GA)12 52
KUPM-063 CGTGGATGTGCCTATGGT 9 ACTGCCATCACCATCACC 10 6-FAM (TA)8,(TG)10 52
KUPM-079 TGATACTATGCACCGCGA 11 AGGACCACTGGGATTGCT 12 NED (GGAGGT)4 52
KUPM-087 GAACCGGGTTGGATCTGT 13 TCCTCCTCCTATACCGCC 14 HEX (CGC)3 52
KUPM-107 GGGTTGCCGATGTAGTGA 15 GCCTCCATTTCCATAGCC 16 6-FAM (TG)27 52
KUPM-112 GGCCGAACAGCCTTTAAT 17 AGACATCCTCGCAAAGCA 18 NED (GTT)7 52
KUPM-143 TGGATTTTCGAATGCAGG 19 TGCCGACCAAATGAAATC 20 6-FAM (AG)17 52
KUPM-150 GCTAGCGTGAGCGAGAGA 21 CGGCATCCTCTCATACCA 22 HEX (CAA)6 52
KUPM-161 GTGTCGTCGGTTTCATCG 23 TGCTGAACCCTTCATTGC 24 NED (CT)10 52
KUPM-169 CCTCTCCAGAACAACCTACAA 25 CCACAAACACGCATCAAA 26 HEX (GAT)3,(GAC)7,(AGA)4 52
KUPM-170 CTTGGTCCACTACGCAGC 27 GGCGGGGATGTCTAAAAC 28 6-FAM (TC)27,(CA)10 52
KUPM-181 TTCTTCCTCTCCTTCCGC 29 GTCGCCTCTTGCCTTCTT 30 HEX (TC)17 52
KUPM-104 GGGGTACGAACGCCTAAG 31 TAGCGGCGAAGATGATGT 32 NED (CA)11 52
TA: 어닐링(Annealing) 온도
3. SSR 마커의 다양성 및 한국 재래종 매실의 품종판별
마커에 대한 대립인자 수 (NA), 유전적 다양성(Gene Diversity: GD), 주요 대립인자 빈도 (MAF), 관찰된 이형접합성 (HO), 다형성 정보 함량 (PIC)에 대한 분석은 Powermarker (ver.3.25)를 사용하였으며, 계통분류학적 분석은 Powermarker의 CS Chord 1967 distance를 사용하여 품종간의 유전적 거리를 분석한 후에 UPGMA 트리(UPGMA tree)를 만들어 분석하였다.
SSR 마커를 이용하여 한국 재래종 매실에 대한 품종판별을 위하여 총 16개의 마커 중, 대립인자 수, GD 값 그리고 PIC 값이 가장 높은 마커(KUPM-170)를 선발하여 UPGMA 트리를 작성하여 1차적으로 품종 판별 분석을 수행하였다. 구분되지 않는 품종들은 이들을 구분 지어줄 수 있는 특정 대립인자를 가지고 있는 마커(KUPM-161, KUPM-63, KUPM-143, KUPM-104, KUPM-47, KUPM-34)를 단계별로 추가하여 UPGMA 트리로 확인 후 최종 7개의 단계로 매실 품종을 판별하였다.
실시예
실시예 1: 마커의 다양성
매실 69품종의 다양성 분석을 위해 선발된 16개의 SSR 마커의 분석결과는 표 3과 같다. 관찰된 대립인자의 총 수는 107개 였고, 대립인자 개수의 범위는 2개(KUPM-079)에서부터 14개(KUPM-170)까지의 범위 안에서 비교적 다양하게 관찰되었으며, 평균 대립인자의 개수는 6.08개였다. 대립인자의 범위는 KUPM-034가 150bp로 비교적 넓은 범위를 보였고 KUPM-79, KUPM-150이 6bp로 좁은 범위를 보였다. PIC 값은 최소 0.183(KUPM-112)에서 최대 0.852(KUPM-170) 이었으며 GD 값은 최소 0.189(KUPM-112)에서 최대 0.866(KUPM-170)으로 나타났다.
한국산 지역 재래 매실(Prunus mume )의 16개 SSR 마커의 특성
NH프라이머 크기 (bp) MAF NA 유전적 다양성 HO PIC
KUPM-004 212-250 0.333 11 0.744 0.561 0.704
KUPM-034 120-270 0.427 6 0.621 0.835 0.543
KUPM-041 208-230 0.585 8 0.615 0.121 0.586
KUPM-047 251-273 0.724 6 0.452 0.430 0.428
KUPM-063 206-236 0.365 8 0.745 0.342 0.705
KUPM-079 169-175 0.630 2 0.466 0.450 0.357
KUPM-087 185-197 0.602 3 0.484 0.718 0.374
KUPM-107 270-320 0.661 9 0.531 0.405 0.503
KUPM-112 310-325 0.898 6 0.189 0.175 0.183
KUPM-143 199-225 0.521 7 0.640 0.527 0.590
KUPM-150 201-207 0.869 3 0.235 0.164 0.222
KUPM-161 281-321 0.297 10 0.804 0.680 0.778
KUPM-169 277-310 0.456 6 0.649 0.549 0.583
KUPM-170 224-280 0.188 14 0.866 0.44 0.852
KUPM-181 221-279 0.630 8 0.578 0.507 0.558
KUPM-104 180-200 0.460 6 0.693 0.608 0.649
평균 0.5403 7.0625 0.582 0.4695 0.5285
NA : 대립인자 수, MAF : 주요 대립인자 빈도, HO : 관찰된 이형접합성, PIC : 다형성 정보 함량
실시예 2: 매실자원의 유전적 다양성과 유연관계
SSR 마커를 이용하여 69개 품종을 군집 분석한 결과 (도 1), 크게 5개의 군집으로 나누어졌다. Ⅰ군집에는 대조군으로 사용한 경기에서 수집한 살구와 자두 4개(4.2%)의 품종이 포함되었다. Ⅱ군집은 충남에서 수집한 2개(2.1%)의 매실품종(부여동매2대)이 포함되었고 이는 다른 매실 집단과는 확연하게 차이점을 보였다. Ⅲ군집은 다시 5개의 그룹으로 나누어져 1그룹에는 전남 6개(6.2%), 충남 1개(1%)가 포함되었고, 2그룹에는 경북과 서울이 각각 2개씩(2.1%) 포함되었으며, 3그룹에는 전남 4개(4.2%)와 경남 1개(1%)가 포함되었고, 4그룹에는 전남 7개(10.1%), 경남 3개(3.1%), 경북과 서울이 각각 1개(1%)의 품종씩 포함되었으며, 5그룹에는 제주 2개(2.1%), 경북 1(1%)개, 전남 1개(1%)가 포함되었다. Ⅳ군집 또한 총 3개의 그룹으로 나누어 6그룹에는 경남 2개(2.1%), 충남, 전남이 각각 1개 품종씩 포함되었고, 7그룹에는 경남 4개(4.2%), 전남 1개(1%)의 품종이 포함되었으며, 8그룹에는 전남 16개(16.7%), 경남 2개(2.1%)의 품종이 포함되었다. Ⅴ군집에서는 전남 3개(3.1%), 강원 1개(1%)의 품종이 포함되었다.
실시예 3: 최소한의 SSR 마커 세트를 이용한 품종판별
69개 품종의 판별을 위하여 디자인된 SSR 마커 중 대립인자 수, GD와 PIC값이 가장 높게 나온 KUPM-170 마커를 이용하여 UPGMA 트리를 작성하여 분석을 하였다 (도 2). 대립인자 수, GD와 PIC 값에 따라 선발한 6개의 마커를 총 7번의 단계에 거쳐 마커(KUMP-170, KUMP-161, KUMP-63, KUMP-143, KUMP-104, KUMP-47, KUMP-34)를 순차적으로 추가하여 분석하였다(도 2). 단계 1에서 KUMP-170 마커를 이용하여 분석한 결과 재래종 매실 69개 자원 중 9점이 판별되었고 판별이 되지 않은 60개의 자원은 14개의 그룹으로 나누어졌다. 단계 2에서 KUMP-161 마커를 추가하여 분석한 결과 남은 60개 자원 중에서 25점이 판별되었고 판별되지 않은 35개 자원은 13개의 그룹으로 나누어졌다. 단계 3에서 KUMP-63 마커를 추가하여 분석한 결과 남은 35개 자원 중에서 18점이 판별되었고 판별되지 않은 17개 자원은 7개 그룹으로 나누어졌다. 단계 4에서 KUMP-143 마커를 추가하여 분석한 결과 남은 17개 자원 중에서 5점이 판별이 되었고 판별되지 않은 12개 자원은 6개 그룹으로 나누어졌다. 단계 5에서 KUMP-104 마커를 추가하여 분석한 결과 남은 12개 자원 중에서 4점이 판별되었고 판별되지 않은 8개 자원은 4개의 그룹으로 나누어졌다. 단계 6에서 KUMP-47 마커를 추가하여 분석한 결과 남은 8개 자원 중에서 6점이 판별이 되었고 판별되지 않은 2개 자원은 1개의 그룹으로 나누어졌다. 단계 7에서 KUMP-34 마커를 추가하여 최종적으로 69개 매실품종을 판별하였다. 본 연구에서 실시한 매실재래종의 품종 판별은 7개의 마커(KUMP-170, KUMP-161, KUMP-63, KUMP-143, KUMP-104, KUMP-47, KUMP-34)를 사용하여 모두 판별이 가능하였다 (표 4, 도 2).
품종 구분을 위한 마커 조합
단계 마커 조합 N OC 1 ) 시료 번호
1 KUMP-170 9 7, 14, 30, 46, 60, 67, 68, 75, 80
2 MP-170, KUMP-161 4, 9, 10, 11, 15, 18, 21, 22, 23, 25, 26, 27, 28, 34, 36, 39, 40, 43, 49, 50, 61, 69, 71, 78
3 KUMP-170, KUMP-161, KUMP-63 18 2, 6, 12, 13, 19, 29, 31, 35, 37, 41, 51, 58, 62, 64, 65, 73, 74, 76
4 KUMP-170, KUMP-161, KUMP-63, KUMP-143 5 5, 38, 63, 77, 79
5 KUMP-170, KUMP-161, KUMP-63, KUMP-143, KUMP-104 4 16, 17, 45, 72
6 KUMP-170+KUMP-161+KUMP-63+KUMP-143+KUMP-104+KUMP-47 6 1, 8, 53, 54, 56, 57
7 KUMP-170, KUMP-161, KUMP-63, KUMP-143, KUMP-104, KUMP-47, KUMP-34 2 32, 33
NOC 1 ) : 품종의 수
<110> KONGJU NATIONAL UNIVERSITY INDUSTRY-UNIVERSITY COOPERATION FOUNDATION <120> Method of discriminating Korean native Prunus mume cultivars using SSR markers <130> PN10184 <160> 32 <170> KopatentIn 1.71 <210> 1 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KUPM-004 F primer <400> 1 aaagttgttg gaaggggc 18 <210> 2 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KUPM-004 R primer <400> 2 agaccctcct aacgctgc 18 <210> 3 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KUPM-034 F primer <400> 3 ttgatggagt ttaactgagt ttg 23 <210> 4 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KUPM-034 R primer <400> 4 accaccacta ccatcccc 18 <210> 5 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KUPM-041 F primer <400> 5 gcaaaaaccc agcaacct 18 <210> 6 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KUPM-041 R primer <400> 6 gccttggagc cttcgtat 18 <210> 7 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KUPM-047 F primer <400> 7 gttgtcgcga agcagagt 18 <210> 8 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KUPM-047 R primer <400> 8 accgggaaga aatttgga 18 <210> 9 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KUPM-063 F primer <400> 9 cgtggatgtg cctatggt 18 <210> 10 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KUPM-063 R primer <400> 10 actgccatca ccatcacc 18 <210> 11 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KUPM-079 F primer <400> 11 tgatactatg caccgcga 18 <210> 12 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KUPM-079 R primer <400> 12 aggaccactg ggattgct 18 <210> 13 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KUPM-087 F primer <400> 13 gaaccgggtt ggatctgt 18 <210> 14 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KUPM-087 R primer <400> 14 tcctcctcct ataccgcc 18 <210> 15 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KUPM-107 F primer <400> 15 gggttgccga tgtagtga 18 <210> 16 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KUPM-107 R primer <400> 16 gcctccattt ccatagcc 18 <210> 17 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KUPM-112 F primer <400> 17 ggccgaacag cctttaat 18 <210> 18 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KUPM-112 R primer <400> 18 agacatcctc gcaaagca 18 <210> 19 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KUPM-143 F primer <400> 19 tggattttcg aatgcagg 18 <210> 20 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KUPM-143 R primer <400> 20 tgccgaccaa atgaaatc 18 <210> 21 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KUPM-150 F primer <400> 21 gctagcgtga gcgagaga 18 <210> 22 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KUPM-150 R primer <400> 22 cggcatcctc tcatacca 18 <210> 23 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KUPM-161 F primer <400> 23 gtgtcgtcgg tttcatcg 18 <210> 24 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KUPM-161 R primer <400> 24 tgctgaaccc ttcattgc 18 <210> 25 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KUPM-169 F primer <400> 25 cctctccaga acaacctaca a 21 <210> 26 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KUPM-169 R primer <400> 26 ccacaaacac gcatcaaa 18 <210> 27 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KUPM-170 F primer <400> 27 cttggtccac tacgcagc 18 <210> 28 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KUPM-170 R primer <400> 28 ggcggggatg tctaaaac 18 <210> 29 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KUPM-181 F primer <400> 29 ttcttcctct ccttccgc 18 <210> 30 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KUPM-181 R primer <400> 30 gtcgcctctt gccttctt 18 <210> 31 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KUPM-104 F primer <400> 31 ggggtacgaa cgcctaag 18 <210> 32 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KUPM-104 R primer <400> 32 tagcggcgaa gatgatgt 18

Claims (9)

  1. 서열번호 3 및 4의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 7 및 8의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 9 및 10의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 19 및 20의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 23 및 24의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 27 및 28의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 및 서열번호 31 및 32의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트로 구성되는 군으로부터 선택된 매실 품종 판별용 SSR(Simple Sequence Repeat) 프라이머 세트.
  2. 제1항에 있어서, 서열번호 3 및 4의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 7 및 8의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 9 및 10의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 19 및 20의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 23 및 24의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 27 및 28의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 및 서열번호 31 및 32의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트로 구성되는 군으로부터 선택된 2 이상의 매실 품종 판별용 SSR 프라이머 세트.
  3. 제1항에 있어서, 서열번호 3 및 4의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 7 및 8의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 9 및 10의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 19 및 20의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 23 및 24의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 27 및 28의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 및 서열번호 31 및 32의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트를 포함하는 매실 품종 판별용 SSR 프라이머 세트.
  4. 제1항에 있어서, 상기 매실 품종은 천부여동매, 부여홍매, 영광매, 고산매, 대명매, 운림매, 소치매, 우산매, 송광매, 선암홍매1, 선암백매1, 선암백매2, 선암백매3, 선암백매4, 선암홍매2, 선암홍매3, 선암홍매5, 금둔옥매, 금둔옥매1, 남명매, 분양매, 분양매(자), 정당매, 운리야매1, 운리야매2, 노산매, 자장겹홍매, 자장분홍매, 자장매, 도산매1, 도산매3, 서애매, 정매, 만첩홍매, 운리홍매, 고불매, 길상야매, 1화엄(홍)매, 화엄분홍매, 산동매, 선암홍매6, 낙안매, 나주홍매, 오강매, 의심매, 부여동매2, 대부여동매2, 대한림백매, 한림홍매, 두륜백매, 오미매, 연동매, 설봉백매, 장산매, 장산분홍매, 장산백매, 남사백매, 와룡백매, 와룡홍매, 쌍계백매, 선암홍매7, 선암백매5, 미암백매, 운림원앙매 및 일지매로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상인 것을 특징으로 하는 인삼 품종 판별용 SSR 프라이머 세트.
  5. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 따른 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 및 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함하는, 매실 품종을 판별하기 위한 키트.
  6. 제5항에 있어서, 상기 매실 품종은 천부여동매, 부여홍매, 영광매, 고산매, 대명매, 운림매, 소치매, 우산매, 송광매, 선암홍매1, 선암백매1, 선암백매2, 선암백매3, 선암백매4, 선암홍매2, 선암홍매3, 선암홍매5, 금둔옥매, 금둔옥매1, 남명매, 분양매, 분양매(자), 정당매, 운리야매1, 운리야매2, 노산매, 자장겹홍매, 자장분홍매, 자장매, 도산매1, 도산매3, 서애매, 정매, 만첩홍매, 운리홍매, 고불매, 길상야매, 1화엄(홍)매, 화엄분홍매, 산동매, 선암홍매6, 낙안매, 나주홍매, 오강매, 의심매, 부여동매2, 대부여동매2, 대한림백매, 한림홍매, 두륜백매, 오미매, 연동매, 설봉백매, 장산매, 장산분홍매, 장산백매, 남사백매, 와룡백매, 와룡홍매, 쌍계백매, 선암홍매7, 선암백매5, 미암백매, 운림원앙매 및 일지매로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상인 것을 특징으로 하는 키트.
  7. 매실 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 단계;
    상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 따른 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트를 이용하여 증폭 반응을 수행하여 표적 서열을 증폭하는 단계; 및
    상기 증폭 산물을 검출하는 단계를 포함하는, 매실 품종의 판별 방법.
  8. 제7항에 있어서, 상기 매실 품종은 천부여동매, 부여홍매, 영광매, 고산매, 대명매, 운림매, 소치매, 우산매, 송광매, 선암홍매1, 선암백매1, 선암백매2, 선암백매3, 선암백매4, 선암홍매2, 선암홍매3, 선암홍매5, 금둔옥매, 금둔옥매1, 남명매, 분양매, 분양매(자), 정당매, 운리야매1, 운리야매2, 노산매, 자장겹홍매, 자장분홍매, 자장매, 도산매1, 도산매3, 서애매, 정매, 만첩홍매, 운리홍매, 고불매, 길상야매, 1화엄(홍)매, 화엄분홍매, 산동매, 선암홍매6, 낙안매, 나주홍매, 오강매, 의심매, 부여동매2, 대부여동매2, 대한림백매, 한림홍매, 두륜백매, 오미매, 연동매, 설봉백매, 장산매, 장산분홍매, 장산백매, 남사백매, 와룡백매, 와룡홍매, 쌍계백매, 선암홍매7, 선암백매5, 미암백매, 운림원앙매 및 일지매로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상인 것을 특징으로 하는 방법.
  9. 제7항에 있어서, 상기 증폭 산물의 검출은 DNA 칩, 겔 전기영동, 방사성 측정, 형광 측정 또는 인광 측정을 통해 수행되는 것인 방법.
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