KR20110043097A - Ａｌｄｈ4ａ1, ｐｉｎｋ1, ｄｄｏｓｔ, ｋｉｆ17, ｌｍｘ1ａ, ｓｒｇａｐ2, ａｓｂ3, ｐｓｍｅ4, ａｎｘａ4, ｇｍｃｌ1, 및 ｍａｐ2 유전자로부터 유래된 단일염기다형을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 이를 포함하는 마이크로어레이 및 진단키트, 및 이를 이용한 분석방법 - Google Patents
Ａｌｄｈ4ａ1, ｐｉｎｋ1, ｄｄｏｓｔ, ｋｉｆ17, ｌｍｘ1ａ, ｓｒｇａｐ2, ａｓｂ3, ｐｓｍｅ4, ａｎｘａ4, ｇｍｃｌ1, 및 ｍａｐ2 유전자로부터 유래된 단일염기다형을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 이를 포함하는 마이크로어레이 및 진단키트, 및 이를 이용한 분석방법 Download PDFInfo
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Abstract
본 발명은 1번 또는 2번 염색체 상에 위치하는 ALDH4A1, PINK1, DDOST, KIF17, LMX1A, SRGAP2, ASB3, PSME4, ANXA4, GMCL1, 및 MAP2 유전자로부터 유래된 단일염기다형(Single-Nucleotide Polymorphism; SNP)을 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 제공하며, 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드는 장형 위암(Intestinal type of gastric cancer) 의 임상적 진단의 표지 인자로서, 사용될 수 있다.
ALDH4A1, PINK1, DDOST, KIF17, LMX1A, SRGAP2, ASB3, PSME4, ANXA4, GMCL1, MAP2, 장형 위암
Description
본 발명은 1번 또는 2번 염색체 상에 위치하는 ALDH4A1, PINK1, DDOST, KIF17, LMX1A, SRGAP2, ASB3, PSME4, ANXA4, GMCL1, 및 MAP2 유전자로부터 유래된 단일염기다형을 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드; 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드로 이루어진 장형 위암(intestinal type of gastric cancer) 진단을 위한 증폭용 프라이머 또는 장형 위암 진단용 프로브; 상기 프로브를 포함하는 마이크로어레이; 및 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드를 이용한 장형 위암 진단에 필요한 정보를 제공하기 위한 분석 방법에 관한 것이다.
인간의 게놈은 모두 22쌍의 상동 염색체와 두 개의 성염색체로 이루어져 있다. 그러나 모든 인간이 각기 다른 외모와 성격을 갖는다. 이는 개개인이 같은 수의 염색체를 가지고 있기는 하지만, 그 염색체로부터 발현되는 유전자들에 의한 표현형이 모두 다르기 때문이다. 개개인의 이러한 유전자 발현의 다양성은 곧 유전자를 가지고 있는 게놈의 유전적 다양성 때문이다. 이러한 유전적 다양성은 많은 연구가 수행되어 왔으며, 최근 인간게놈프로젝트의 완성으로 그 구조가 모두 밝혀졌다.
게놈에서의 유전적 다양성을 대표하는 것으로는 Transposable element, STR (short tandem repeats), Microsatellites, STS (sequence tagged site), VNTR (variable number tandem repeat), SNP (single nucleotide polymorphism : 단일염기다형) 등이 알려져 있다. 이중 SNP는 단일염기다형으로서, 인간 게놈 상에서 약 1000개의 뉴클레오티드 중 1개의 빈도로 나타나며 동일한 종의 개체 사이의 단일뉴클레오티드 변이의 형태를 취한다. 이러한 단일염기다형이 나타내는 유전학에서의 의미는 그 위치에 따라 각 개체에 큰 차이를 가져온다. 예를 들면, 단일염기다형이 단백질을 암호화하고 있는 위치에 존재할 경우, 단백질의 구조에 영향을 미칠 수 있게 되어 단백질 기능이 달라질 수 있게 되며, 질병과도 연관될 수 있다. 다른 예로 단일염기다형이 단백질을 암호화하지 않는 다른 유전자상에서 존재할 경우, 즉 프로모터(promoter) 또는 인트론(intron)에 존재할 경우, 각각에 대하여 단백질의 발현 수준에 차이를 가져와 그 단백질의 전체적인 활성이 줄어들 수 있고, 변성적인 인트론 제거 과정(alternative splicing)을 통하여 단백질이 비정상적으로 발현 될 수도 있다.
단일염기다형들은 질병과 같은 특정 표현형(phenotype)의 지표로 사용될 수 있고, 이를 위해서는 가장 우선적으로 인간 유전체에 존재하는 대량의 단일염기다형을 발굴하고 발굴된 단일염기다형은 다수의 인간 유전체 시료에서 전체 인간집단의 1% 이상 존재하는 유전변이형 마커인지를 조사하는 검정작업을 거치게 된다. 검정된 SNP은 특정 질병 또는 약물반응과 같은 유전적 차이에 기인된 원인을 찾기 위한 연관성 연구에 사용되게 된다. 예를 들면, 특정 단일염기다형이 환자군과 대조군 간의 비교에서 유의적인 빈도의 차이가 관측된다면 아주 유용한 단일염기다형으로 선발되어 임상실험을 거치게 될 것이며 임상실험의 결과가 계속적으로 진행되어 그 결과가 좋을 때는 경제적으로 아주 유용한 가치를 지니는 유전지표로 실제 임상에 사용할 수 있게 될 것이다.
이러한 단일염기다형의 발견을 위한 종래 기술로는 제한효소를 이용한 제한 단편화 길이 다형성(Restriction Fragment Length Polymorphism; RFLP), 대립형질 특이적 혼성화(Allele-specific hybridization)를 이용한 TaqManTM 프로브 방법, 용융온도(melting temperature; Tm)을 이용한 역동적 대립형질 특이적 혼성화(Dynamic Allele-Specific Hybridization; DASH)방법, 중합반응을 이용한 pyrosequencing등이 있다. 최근, 마이크로어레이 기술은 단일 염기 신장(Single Base Extension), 또는 대립인자 특이적 프라이머 신장(Allele Specific Primer Extension)이라는 원리를 이용한 프로브들을 조그만 기판위에 집적화시켜 심은 후, 목적 DNA들과의 혼성화와 신장(Extension)을 시킴으로써 단일염기다형을 발견해 내고 있다.
한편, 위암의 발생률과 사망률은 감소하고 있으나, 아직도 전 세계에서 두 번째로 많이 발생하는 악성 종양이다. 우리나라의 경우, 남성과 여성에서의 암 발생률은 위암이 1위를 차지하고 사망률의 경우 2위를 차지한다. 위암과 깊게 관련되는 Helicobacter pylori (H. pylori) 감염은 사람에서 가장 흔한 만성 감염으로서 전 세계 인구의 50% 이상이 감염되어 있다. 우리나라의 H. pylori 감염률은 전 국민에서 46.6%, 16세 이상의 성인에서는 69.4%, 40대 에서는 78.5% 라는 높은 감염률을 보인다. 위암은 로렌 분류법(Lauren classification) 에 의해 장형 위암(Intestinal type of gastric cancer) 과 미만형 위암(Diffuse type of gastric cancer)로 분류 된다. 장형 위암은 H. pylori 감염과 관련되어 만성 위염(chronic gastritis), 위축성 위염(atrophic gastritis), 장상피화생(intestinal metaplasia), 이형성증(displasia), 장형 위암(Intestinal type of gastric cancer)의 순서로 진행된다. 반면 미만형 위암은 정상적인 점막으로 부터 H. pylori 감염과 관계없이 유발 될 수 있다. 우리나라에서 H. pylori 감염률이 높다는 것은 장형 위암에 대한 위험이 높다는 것을 의미 한다.
조기 위암은 5년 생존률이 95∼100%로 높지만 증상을 나타내지 않는 경우가 80% 를 차지한다. 이는 조기 진단의 중요성과 함께 적절한 조기 진단법의 개발이 필요함을 뜻한다. H. pylori 감염된 100명 중 1∼2명에서만 위암이 발생하기 때문에 H. pylori 감염만으로 위암 발생 위험군으로 판단 내리는 것은 적합하지 않다. 위암의 전 단계에 속하는 만성 위염 환자 사이에서 장형 위암이 발생할 위험성이 있는 사람을 미리 예측하는 것과 위암 발생에 관여하는 인자를 규명하는 것은 국민 보건에 중요하며 위암을 예방하기 위한 검사의 필수 요건이다. 장형 위암에 특이적으로 나타날 수 있는 단일염기다형을 찾아내는 것은 장형 위암을 조기에 진단할 수 있으며, 더 나아가 병태생리학적 경로를 밝히고 치료 방법을 개발하는데까지 이용될 수 있을 것이다.
본 발명자들은 한국인의 장형 위암 환자에서 특이적으로 나타나는 단일염기다형을 찾아내고자 연구를 거듭한 결과, 1번 또는 2번 염색체 상에 위치하는 ALDH4A1, PINK1, DDOST, KIF17, LMX1A, SRGAP2, ASB3, PSME4, ANXA4, GMCL1, 및 MAP2 유전자로부터 장형 위암환자에 특이적으로 나타나는 단일염기다형 부위를 발견하여 본 발명을 완성하게 되었다.
따라서, 본 발명은 장형 위암과 관련된 단일염기다형으로서 ALDH4A1, PINK1, DDOST, KIF17, LMX1A, SRGAP2, ASB3, PSME4, ANXA4, GMCL1, 및 MAP2 유전자로부터 유래된 단일염기다형을 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 제공하는 것을 목적으로 한다.
또한, 본 발명은 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드로 이루어진 장형 위암 진단을 위한 증폭용 프라이머 또는 장형 위암 진단용 프로브를 제공하는 것을 목적으로 한다.
또한, 본 발명은 상기 프로브를 포함하는 마이크로어레이를 제공하는 것을 목적으로 한다.
또한, 본 발명은 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드를 이용한 장형 위암 진단 방법을 제공하는 것을 목적으로 한다.
본 발명의 일 태양에 따라, ALDH4A1, PINK1, DDOST, KIF17, LMX1A, SRGAP2, ASB3, PSME4, ANXA4, GMCL1, 및 MAP2 유전자로부터 유래된 특정 단일염기다형을 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드가 제공된다.
또한, 본 발명의 다른 태양에 따라, 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드로 이루어진, 장형 위암 진단을 위한 증폭용 프라이머가 제공된다.
또한, 본 발명의 다른 태양에 따라, 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드로 이루어진, 장형 위암 진단용 프로브 및 이를 포함한 마이크로어레이가 제공된다.
또한, 본 발명의 다른 태양에 따라, 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 포함하는 장형 위암 진단용 키트가 제공된다.
또한, 본 발명의 다른 태양에 따라, 장형 위암 진단에 필요한 정보를 제공하기 위하여, (i) 검체로부터 핵산 시료를 얻는 단계; 및 (ii) 상기 핵산 시료로부터, 서열번호 1 내지 3, 10, 14 내지 23, 25 내지 34, 37, 40, 45, 46, 48 내지 53, 및 55 내지 59의 폴리뉴클레오티드로부터 하나 이상 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드의 다형성 부위의 염기 서열을 분석하는 단계를 포함하는, 검체 중의 단일염기다형을 검출하는 방법이 제공된다.
또한, 본 발명의 다른 태양에 따라, 장형 위암 진단에 필요한 정보를 제공하기 위하여, (i) 검체로부터 핵산 시료를 얻는 단계 및 (ii) 상기 핵산 시료로부터, 반수체형의 분석을 포함하는 것을 특징으로 하는, 검체 중의 단일염기다형을 검출하는 방법이 제공된다.
본 발명에 따른 폴리뉴클레오티드 (a) 내지 (am)으로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드는 장형 위암의 진단에 유용하게 사용될 수 있다.
또한, 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드로 이루어진 프라이머 또는 프로브, 및 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드를 포함하는 키트는 장형 위암의 진단에 유용하게 사용될 수 있다.
또한 본 발명의 분석방법은 장형 위암 진단에 필요한 정보를 제공하는데 유용하게 사용될 수 있다.
본 발명은 장형 위암과 관련된 것으로 새롭게 밝혀진 ALDH4A1, PINK1, DDOST, KIF17, LMX1A, SRGAP2, ASB3, PSME4, ANXA4, GMCL1, 및 MAP2 유전자로부터 유래하는 하기 폴리뉴클레오티드 (a) 내지 (am)로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 제공한다. 즉, 본 발명은 서열번호 1의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 401번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 401번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (a); 서열번호 2의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 281번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 281번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (b); 서열번호 3의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 341번째 염기(다형성 부위)가 T이고, 상기 341번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (c); 서열번호 10의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 401번째 염기(다형성 부위)가 A이고, 상기 401번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (d); 서열번호 14의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기(다형성 부위)가 G이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (e); 서열번호 15의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 401번째 염기(다형성 부위)가 T이고, 상기 401번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (f); 서열번호 16의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 401번째 염기(다형성 부위)가 T이고, 상기 401번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (g); 서열번호 17의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 201번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 201번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (h); 서열번호 18의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기(다형성 부위)가 T이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (i); 서열번호 19의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 401번째 염기(다형성 부위)가 A고, 상기 401번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (j); 서열번호 20의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 401번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 401번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (k); 서열번호 21의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클 레오티드에서, 301번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (l); 서열번호 22의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기(다형성 부위)가 G이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (m); 서열번호 23의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 437번째 염기(다형성 부위)가 T이고, 상기 437번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (n); 서열번호 25의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 201번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 201번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (o); 서열번호 26의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 201번째 염기(다형성 부위)가 T이고, 상기 201번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (p); 서열번호 27의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기(다형성 부위)가 A이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (q); 서열번호 28의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 201번째 염기(다형성 부위)가 T이고, 상기 201번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (r); 서열번호 29의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 222번째 염기(다형성 부위)가 G이고, 상기 222번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (s); 서열번호 30의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 251번째 염기(다형성 부위)가 A이고, 상기 251번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리 뉴클레오티드 (t); 서열번호 31의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 441번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 441번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (u); 서열번호 32의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 251번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 251번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (v); 서열번호 33의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 491번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 491번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (w); 서열번호 34의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (x); 서열번호 37의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 501번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 501번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (y); 서열번호 40의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 201번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 201번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (z); 서열번호 45의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 201번째 염기(다형성 부위)가 A이고, 상기 201번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (aa); 서열번호 46의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기(다형성 부위)가 G이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (ab); 서열번호 48의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기(다형성 부위)가 G이고, 상기 301번 째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (ac); 서열번호 49의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 201번째 염기(다형성 부위)가 T이고, 상기 201번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (ad); 서열번호 50의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (ae); 서열번호 51의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 201번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 201번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (af); 서열번호 52의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 401번째 염기(다형성 부위)가 T이고, 상기 401번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (ag); 서열번호 53의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 61번째 염기(다형성 부위)가 T이고, 상기 61번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (ah); 서열번호 55의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 251번째 염기(다형성 부위)가 A이고, 상기 251번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (ai); 서열번호 56의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 251번째 염기(다형성 부위)가 T이고, 상기 251번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (aj); 서열번호 57의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 401번째 염기(다형성 부위)가 A이고, 상기 401번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (ak); 서열번호 58의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 101번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (al); 및 서열번호 59의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 201번째 염기(다형성 부위)가 A이고, 상기 201번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (am)으로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 제공한다.
상기 서열번호 1 내지 3, 10, 14 내지 23, 25 내지 34, 37, 40, 45, 46, 48 내지 53, 및 55 내지 59의 DNA 서열은 만성 위염 환자군과 장형 위암 환자군에서 통계학적으로 유의성 있는 차이(유의수준 p value < 0.05)를 보이는 단일염기다형으로서, 이들은 1번 또는 2번 염색체 상에 위치하는 ALDH4A1, PINK1, DDOST, KIF17, LMX1A, SRGAP2, ASB3, PSME4, ANXA4, GMCL1, 또는 MAP2 유전자에 존재한다.
본 발명자들은 장형 위암과 관련된 후보 유전자군으로서 1번 또는 2번 염색체 상에 위치하는 ALDH4A1, PINK1, DDOST, KIF17, LMX1A, SRGAP2, ASB3, PSME4, ANXA4, GMCL1, 및 MAP2 유전자를 선정하여, 장형 위암 진단에 있어서 분자 수준에서의 진단 지표를 개발하고자 다양한 연구를 수행하였다. 본 발명자들은 한국인 만성 위염 환자 326명과 장형 위암 환자 153명을 대상으로 유전자형 분석 및 통계학적 분석을 수행하였으며, 놀랍게도 수많은 단일염기다형 중 극히 일부의 단일염기다형만이 만성 위염 환자군과 장형 위암 환자군에서 통계적으로 유의성 있는 차이를 나타낸다는 것을 발견하였다. 특히, 서열번호 1 내지 3, 10, 14 내지 23, 25 내지 34, 37, 40, 45, 46, 48 내지 53, 및 55 내지 59의 단일염기다형은 하디-와인버 그 평형 (Hardy-Weinberg Equilibrium) 및 로지스틱 회기분석 결과, 각각의 다형성 부위에 위험대립인자가 존재함을 확인하였다.
본 발명은 상기 폴리뉴클레오티드 (a) 내지 (am)으로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드와 혼성화하는 폴리뉴클레오티드를 포함하며, 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드의 길이는 10 내지 100 뉴클레오티드, 바람직하게는 20 내지 60 뉴클레오티드, 더욱 바람직하게는 40 내지 60 뉴클레오티드이다.
본 발명에 따른 상기 폴리뉴클레오티드 (a) 내지 (am)으로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 폴리뉴클레오티드는 다형성 서열이다. 다형성 서열 (polymorphic sequence)이란 뉴클레오티드 서열 중에 단일염기다형을 나타내는 다형성 부위 (polymorphic site)를 포함하는 서열을 말한다. 다형성 부위 (polymorphic site)란 다형성 서열 중 단일염기다형이 일어나는 부위를 말한다. 상기 폴리뉴클레오티드는 DNA 또는 RNA가 될 수 있다.
본 발명은 또한, 상기 폴리뉴클레오티드 (a) 내지 (am)으로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드로 이루어진, 장형 위암 진단을 위한 증폭용 대립형질 특이적 프라이머를 포함한다. 여기서 "프라이머(primer)"란 적절한 버퍼 중의 적절한 조건 (예를 들면, 4개의 다른 뉴클레오시드 트리포스페이트(ATP,GTP,CTP,TTP) 및 DNA 폴리머라제) 및 적당한 온도 하에서 주형-지시 DNA 합성의 시작점으로서 작용할 수 있는 단일가닥 올리고뉴클레오티드를 말한다. 상기 프라이머의 적절한 길이는 사용 목적에 따라 달라질 수 있으나, 통상 10 내지 100, 바람직하게는 10 내지 80 뉴클레오티드이다. 짧은 프라이머 분자는 일반적으로 주형과 안정한 혼성체를 형성하기 위해서는 더 낮은 온도를 필요로 한다. 프라이머 서열은 주형과 완전하게 상보적일 필요는 없으나, 주형과 혼성화 할 정도로 충분히 상보적이어야 한다. 상기 프라이머는 3'-말단이 서열번호 1 내지 3, 10, 14 내지 23, 25 내지 34, 37, 40, 45, 46, 48 내지 53, 또는 55 내지 59의 단일염기다형과 정렬하는 것이 바람직하다. 상기 프라이머는 다형성 부위를 포함하는 표적 DNA에 혼성화하고, 상기 프라이머가 완전한 상동성을 보이는 대립형질 형태의 DNA에서 증폭을 개시한다. 이 프라이머는 반대편에 혼성화하는 제2 프라이머와 쌍을 이루어 사용된다. 증폭에 의하여 두 개의 프라이머로부터 산물이 증폭되고, 증폭된 산물만을 특이적으로 염색하여 시각화한다. 이는 특정 대립형질 형태가 존재한다는 것을 의미한다. 여기서 사용되는 대립형질 특이적 폴리뉴클레오티드들이 다른 변성화 과정을 거치게 되면, GoldenGate Assay 뿐만 아니라 다른 방법들에 의해서도 사용될 수 있다.
본 발명은 폴리뉴클레오티드 (a) 내지 (am)으로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드로 이루어진, 장형 위암 진단용 프로브 및 이를 포함하는 장형 위암 진단용 마이크로어레이를 포함한다. 또한, 본 발명은 폴리뉴클레오티드 (a) 내지 (am)으로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 장형 위암 진단용 키트를 포함한다.
본 발명은 또한 서열번호 1 내지 3, 10, 14 내지 23, 25 내지 34, 37, 40, 45, 46, 48 내지 53, 및 55 내지 59로 이루어진 군으로부터 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 주형으로 하는 프라이머 또는 프로브를 이용한 서열번호 1 내지 3, 10, 14 내지 23, 25 내지 34, 37, 40, 45, 46, 48 내지 53, 및 55 내지 59로 이루어진 군으로부터 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드의 단일염기다형의 분석방법으로서, 상기 단일염기다형은 폴리뉴클레오티드 (a) 내지 (am)으로 이루어진 군으로부터 선택된 DNA 서열(단, 상기 폴리뉴클레오티드 (a) 내지 (am)은 상기에서 정의한 바와 같다)로 구성되는 것을 특징으로 하는 분석방법을 포함한다. 상기 분석 방법에서 상기 DNA 서열의 길이는 10 내지 100 뉴클레오티드, 바람직하게는 20 내지 60 뉴클레오티드, 더욱 바람직하게는 40 내지 60 뉴클레오티드일 수 있다.
본 발명은 또한 장형 위암 진단에 필요한 정보를 제공하기 위하여, (i) 검체로부터 핵산 시료를 얻는 단계; 및 (ii) 상기 핵산 시료로부터, 서열번호 1 내지 3, 10, 14 내지 23, 25 내지 34, 37, 40, 45, 46, 48 내지 53, 및 55 내지 59의 폴리뉴클레오티드로부터 하나 이상 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드의 다형성 부위의 염기 서열을 분석하는 단계를 포함하는, 검체 중의 단일염기다형을 검출하는 방법을 제공한다. 상기 검출 방법에 있어서, 상기 DNA 서열의 다형성 부위는 다음 표 1과 같다.
| 서열번호 | 다형성 부위 |
| 1 | 401 |
| 2 | 281 |
| 3 | 341 |
| 10 | 401 |
| 14 | 301 |
| 15 | 401 |
| 16 | 401 |
| 17 | 201 |
| 18 | 301 |
| 19 | 401 |
| 20 | 401 |
| 21 | 301 |
| 22 | 301 |
| 23 | 437 |
| 25 | 201 |
| 26 | 201 |
| 27 | 301 |
| 28 | 201 |
| 29 | 222 |
| 30 | 251 |
| 31 | 441 |
| 32 | 251 |
| 33 | 491 |
| 34 | 301 |
| 37 | 501 |
| 40 | 201 |
| 45 | 201 |
| 46 | 301 |
| 48 | 301 |
| 49 | 201 |
| 50 | 301 |
| 51 | 201 |
| 52 | 401 |
| 53 | 61 |
| 55 | 251 |
| 56 | 251 |
| 57 | 401 |
| 58 | 101 |
| 59 | 201 |
상기 검체는 혈액, 조직, 세포 등을 포함하며, 핵산 시료는 통상의 방법에 따라 얻을 수 있다. 예를 들어 혈액에 경우 다음과 같이 핵산 시료를 얻을 수 있다. 혈액을 원심분리 실험관으로 옮기고 낮은 농도의 염 성분 완충용액(low-salt buffer solution(10mM Tris-HCl [pH 7.6], 10mM KCl, 10mM MgCl2, and 2mM EDTA))을 5ml 첨가한다. 그리고 Nonidet P-40을 첨가한 다음, 얻어진 용액을 잘 섞어준 후, 상온에서 10분간 2,200 rpm으로 원심분리한다. 이때 얻어진 덩어리는 고농도의 염 성분 완충용액(high-salt buffer solution(10mM Tris-HCl [pH 7.6], 10mM KCl, 10mM MgCl2, 0.4M NaCl, and 2mM EDTA))으로 재현탁한다. 게놈 DNA는 50ul의 10% SDS와 섞은 후, 55℃에서 밤새 반응시킨다. 반응 후에, 각 게놈 DNA들은 1.5ml 용량의 원심분리 실험관으로 옮겨, 6M NaCl을 0.3ml 첨가한다. 게놈 DNA들을 잘 섞어준 후, 12,000rpm에서 10분간 원심분리한다. 원심분리 후, 게놈 DNA가 들어있는 상층을 모아서 새로운 시험관으로 옮기고, 상온에서 동량의 100% 에탄올을 첨가한다. 게놈 DNA들이 침전될 때까지 잘 섞어 주고, 침전이 되면 70% 에탄올로 게놈 DNA들을 세척한다. 이 과정이 끝나면 실험관 뚜껑을 열어, 용액성분이 마르도록 놓아둔다. 그리고 TE 완충용액(pH 8.0)을 넣어 게놈 DNA를 재현탁함으로써, 핵산 시료를 얻을 수 있다.
여기에서, 상기 다형성 부위의 염기 서열을 분석하는 단계는 서열번호 1 내지 3, 10, 14 내지 23, 25 내지 34, 37, 40, 45, 46, 48 내지 53, 및 55 내지 59의 폴리뉴클레오티드로 이루어진 군으로부터 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드 서열로서 다형성 부위(단, 상기 다형성 부위는 표 1에서 정의한 바와 같다)를 포함하는 서열을 주형으로 하는 프라이머 또는 프로브를 이용하여 수행될 수 있다. 상기 프라이머 또는 프로브는 상기에서 설명한 바와 같다.
또한, 상기 다형성 부위의 염기 서열을 분석하는 단계는 폴리뉴클레오티드 (a) 내지 (am)으로 이루어진 군으로부터 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드가 고정된 마이크로어레이에 상기 핵산 시료를 혼성화 시키는 단계; 및 얻어진 혼성화 결과를 분석하는 단계를 포함하여 수행될 수 있으며, 상기 마이크로어레이에 고정되는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드의 DNA 서열의 길이는 각각 10 내지 100 뉴클레오티드일 수 있다.
본 발명의 검체 중의 단일염기다형을 검출하는 방법에 따라 얻어진 결과는 장형 위암 진단에 필요한 정보를 제공할 수 있으며 예를 들어, 서열번호 1 내지 3, 10, 14 내지 23, 25 내지 34, 37, 40, 45, 46, 48 내지 53, 및 55 내지 59의 다형성 부위의 염기가 각각 C, C, T, A, G, T, T, C, T, A, C, C, G, T, C, T, A, T, G, A, C, C, C, C, C, C, A, G, G, T, C, C, T, T, A, T, A, C, A (위험 대립인자)인 것이 하나 이상 존재하는 경우, 장형 위암에 걸릴 확률이 높은 위험군에 속하는 것으로 판정할 수 있다. 상기 위험 대립 인자를 갖는 핵산 서열이 하나의 검체에서 많이 검출되면 될수록 위험군에서 속하는 확률은 더 높은 것으로 판단할 수 있다.
또한, 상기 다형성 부위의 염기 서열을 분석하는 단계는 서열번호 1 내지 3, 10, 14 내지 23, 25 내지 34, 37, 40, 45, 46, 48 내지 53, 및 55 내지 59의 다형성 부위의 대립인자형(allele) 또는 유전자형(genotype) 분석을 포함할 수 있다. 바람직하게는, 상기 다형성 부위의 염기 서열을 분석하는 단계는 서열번호 1의 DNA 서열의 다형성부위의 대립인자형(allele), 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 2의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 3의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 10의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele) 분석을 포함하거나, 서열번호 14의 DNA 서열의 다형성 부위의 공우성 유전자형(co-dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 15의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 공우성 유전자형(co-dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 16의 DNA 서열의 다형성 부위의 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 17의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 18의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 열성 유전자형(recessive genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 19의 DNA 서열의 다형성 부위의 열성 유전자형(recessive genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 20의 DNA 서열의 다형성 부위의 열성 유전자형(recessive genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 21의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 열성 유전자형(recessive genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 22의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 열성 유전자형(recessive genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 23의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 25의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 26의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 열성 유전자형(recessive genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 27의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 열성 유전자형(recessive genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 28의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 열성 유전자형(recessive genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 29의 DNA 서열의 다형성 부위의 열성 유전자형(recessive genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 30의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 31의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 32의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 33의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 34의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 37의 DNA 서열의 다형성 부위의 공우성 유전자형(co-dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 40의 DNA 서열의 다형성 부위의 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 45의 DNA 서열의 다형성 부위의 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 46의 DNA 서열의 다형성 부위의 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 48의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 49의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 50의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 51의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 52의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 53의 DNA 서열의 다형성 부위의 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 55의 DNA 서열의 다형성 부위의 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 56의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 57의 DNA 서열의 다형성 부위의 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 58의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 59의 DNA 서열의 다형성 부위의 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함할 수 있다.
예를 들어, 서열번호 1 내지 3, 14 내지 23, 25 내지 34, 37, 40, 45, 46, 48 내지 53, 및 55 내지 59의 다형성 부위가 각각 유전자형이 C/C(서열번호 1), C/C(서열번호 2), T/T(서열번호 3), A/G와 G/G(서열번호 14), T/T(서열번호 15), T/T(서열번호 16), T/C와 C/C(서열번호 17), T/T(서열번호 18), A/A(서열번호 19), C/C(서열번호 20), C/C(서열번호 21), G/G(서열번호 22), G/T와 T/T(서열번호 23), T/C와 C/C(서열번호 25), T/T와 T/G(서열번호 26), A/A와 A/T(서열번호 27), T/T와 T/C(서열번호 28), G/G와 G/T(서열번호 29), G/A와 A/A(서열번호 30), T/C와 C/C(서열번호 31), T/C와 C/C(서열번호 32), T/C와 C/C(서열번호 33), T/C와 C/C(서열번호 34), C/C(서열번호 37), C/C(서열번호 40), G/A와 A/A(서열번호 45), A/G와 G/G(서열번호 46), A/G와 G/G(서열번호 48), G/T와 T/T(서열번호 49), T/C와 C/C(서열번호 50), T/C와 C/C(서열번호 51), C/T와 T/T(서열번호 52), G/T와 T/T(서열번호 53), G/A와 A/A(서열번호 55), C/T와 T/T(서열번호 56), G/A와 A/A(서열번호 57), T/C와 C/C(서열번호 58), G/A와 A/A(서열번호 59)가 하나 이상 존재하는 경우 장형 위암에 걸릴 위험도가 높은 것으로 판단할 수 있다. 상기 위험 유전자형을 갖는 핵산 서열이 하나의 검체에서 많이 검출되면 될수록 위험군에서 속하는 확률은 더 높은 것으로 판단할 수 있다.
본 발명은 또한, 장형위암 진단에 필요한 정보를 제공하기 위하여, 상기 핵산 시료로부터 반수체형(haplotype)을 분석하는 단계를 포함하는, 검체 중의 단일염기다형을 검출하는 방법을 포함한다. 구체적으로, 상기 반수체형 분석은 상기 핵산 시료로부터, 서열번호 1 내지 3의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정되는 반수체형; 서열번호 4 내지 13의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정되는 반수체형; 서열번호 18 내지 20의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정되는 반수체형; 서열번호 24 내지 26의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정되는 반수체형; 서열번호 27, 28, 31 내지 35의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정되는 반수체형; 서열번호 36 내지 37의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정되는 반수체형; 서열번호 38 내지 44의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정되는 반수체형; 및 서열번호 45 내지 59의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정되는 반수체형으로 이루어진 군으로부터 선택된 반수체형을 분석함으로써 수행될 수 있다. 단, 반수체형 분석에 있어서, 상기 DNA 서열의 다형성 부위는 다음 표 2와 같다.
| 서열번호 | 다형성 부위 |
| 1 | 401 |
| 2 | 281 |
| 3 | 341 |
| 4 | 501 |
| 5 | 455 |
| 6 | 301 |
| 7 | 499 |
| 8 | 301 |
| 9 | 401 |
| 10 | 401 |
| 11 | 401 |
| 12 | 401 |
| 13 | 441 |
| 18 | 301 |
| 19 | 401 |
| 20 | 401 |
| 24 | 301 |
| 25 | 201 |
| 26 | 201 |
| 27 | 301 |
| 28 | 201 |
| 31 | 441 |
| 32 | 251 |
| 33 | 491 |
| 34 | 301 |
| 35 | 301 |
| 36 | 301 |
| 37 | 501 |
| 38 | 501 |
| 39 | 276 |
| 40 | 201 |
| 41 | 501 |
| 42 | 301 |
| 43 | 225 |
| 44 | 301 |
| 45 | 201 |
| 46 | 301 |
| 47 | 301 |
| 48 | 301 |
| 49 | 201 |
| 50 | 301 |
| 51 | 201 |
| 52 | 401 |
| 53 | 61 |
| 54 | 201 |
| 55 | 251 |
| 56 | 251 |
| 57 | 401 |
| 58 | 101 |
| 59 | 201 |
즉, 반수체형 분석결과, 서열번호 1 내지 3의 DNA 서열이 C-C-T 반수체형을 둘 다 가지는 경우(즉, 이배체형(diplotype)을 가지는 경우), 그렇지 않은 사람보다 장형위암에 걸릴 위험이 높은 것으로 판정할 수 있으며, T-T-C 반수체형을 하나라도 나타내는 경우 장형 위암에 저항성을 갖는 것으로 판정할 수 있다 (표 8, 도 1a 및 1b 참조). 서열번호 4 내지 13의 DNA 서열이 G-T-C-A-T-T-C-G-G-G 반수체형을 하나도 갖지 않는 경우, 그렇지 않은 사람보다 장형위암에 걸릴 위험이 높은 것으로 판정할 수 있다 (표 8, 도 2a 및 2b 참조). 서열번호 18 내지 20 의 DNA 서열이 T-A-C 반수체형을 둘 다 갖는 경우, 그렇지 않은 사람보다 장형위암에 걸릴 위험이 높은 것으로 판정할 수 있으며, G-G-T 반수체형을 하나라도 나타내는 경우 장형 위암에 저항성을 갖는 것으로 판정할 수 있다 (표 8, 도 3a 및 3b 참조). 서열번호 24 내지 26의 DNA 서열이 C-C-T 반수체형을 하나라도 갖는 경우, 그렇지 않은 사람보다 장형위암에 걸릴 위험이 높은 것으로 판정할 수 있고, C-T-G 반수체형을 둘 다 가지는 경우 장형 위암에 저항성을 갖는 것으로 판정할 수 있다 (표 8, 도 4a 및 4b 참조). 서열번호 27, 28, 31 내지 35의 DNA 서열이 A-T-C-C-C-C-A 반수체형을 하나라도 갖는 경우, 그렇지 않은 사람보다 장형위암에 걸릴 위험이 높은 것으로 판정할 수 있으며, T-C-T-T-T-T-A 반수체형을 둘 다 갖는 경우, 장형 위암에 저항성을 갖는 것으로 판정할 수 있다 (표 8, 도 5a 및 5b 참조). 서열번호 36 내지 37 의 DNA 서열이 T-T를 하나라도 갖는 경우 장형 위암에 저항성을 갖는 것으로 판정할 수 있으며(표 8, 도 6a 및 6b 참조), 서열번호 38 내지 44 의 DNA 서열이 G-G-T-A-A-C-C 반수체형을 하나라도 갖는 경우 장형 위암에 저항성을 갖는 것으로 판정할 수 있고(표 8, 도 7a 및 7b 참조), 서열번호 45 내지 59의 DNA 서열이 A-G-G-G-T-C-C-T-T-A-A-T-A-C-A 반수체형을 하나라도 갖는 경우, 그렇지 않은 사람보다 장형위암에 걸릴 위험이 높은 것으로 판정할 수 있다(표 8, 도 8a 및 8b 참조).
이하, 본 발명을 실시예를 통하여 더욱 상세히 설명한다. 그러나 이들 실시예는 본 발명을 예시하기 위한 것으로, 본 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다.
실시예
1. 피검자 선정
본 실험은 한국 아주대 병원으로부터 임상적으로 장형 위암으로 진단받은 153명의 환자들과 만성 위염으로 진단받은 326명의 환자들로부터 동의를 받아서 실험과 연관성 분석이 수행되었다. 479명의 환자 모두가 Helicobacter pylori에 감염된 환자이다. 사용된 군집의 크기는 다음 표 3과 같다.
| 그룹 | 만성 위염 환자군 | 장형 위암 환자군 | 총합계 |
| 조사인원 | 326 | 153 | 479 |
2. 게놈 DNA의 준비
게놈 DNA(genomic DNA; gDNA)를 준비하기 위하여 장형 위암 환자와 만성 위염 환자들로부터 혈액을 채취하였다. 전체 정맥혈의 5ml은 각 지원자들의 전주정맥으로부터 얻었고 15% EDTA가 들어있는 Vacutainer tube로 옮겨졌다. 게놈 DNA를 추출하기 위하여, 혈액을 원심분리 실험관으로 옮기고 낮은 농도의 염 성분 완충용액(low-salt buffer solution(10mM Tris-HCl [pH 7.6], 10mM KCl, 10mM MgCl2, and 2mM EDTA))을 5ml 첨가 하였다. 그리고 Nonidet P-40을 첨가하였다. 얻어진 용액을 잘 섞어준 후, 상온에서 10분간 2,200 rpm으로 원심분리 하였다. 이 때 얻어진 덩어리는 고농도의 염 성분 완충용액(high-salt buffer solution(10mM Tris-HCl [pH 7.6], 10mM KCl, 10mM MgCl2, 0.4M NaCl, and 2mM EDTA))으로 재현탁 하였다. 이 게놈 DNA는 50ul의 10% SDS와 섞은 후, 55℃에서 밤새 반응시켰다.
반응 후에, 각 게놈 DNA들은 1.5ml 용량의 원심분리 실험관으로 옮겨, 6M NaCl을 0.3ml 첨가하였다. 게놈 DNA들을 잘 섞어준 후, 12,000rpm에서 10분간 원심분리하였다. 원심분리 후, 게놈 DNA가 들어있는 상층을 모아서 새로운 시험관으로 옮기고, 상온에서 동량의 100% 에탄올을 첨가하였다. 게놈 DNA들이 침전될 때까지 잘 섞어 주고, 침전이 되면 70% 에탄올로 게놈 DNA들을 세척하였다. 이 과정이 끝나면 실험관 뚜껑을 열어, 용액성분이 마르도록 놓아둔다. 그리고 TE 완충용액(pH 8.0)을 넣어 게놈 DNA를 재현탁하였다.
준비된 게놈 DNA는 GoldenGate Assay를 위해 Quant-iTTM PicoGreen dsDNA reagent (Molecular Probes, Invitrogen)을 사용하여 250ng/5uL의 농도로 조정하였다.
3. 게놈 DNA의 증폭 및 유전자형 분석 - Goldengate assay
Goldengate assay 방법에 따라, Sentrix array matrix chip을 사용하여 유전자형을 분석하였다. 일루미나사(Illumina Inc.)로부터 GoldenGate assay를 위한 모든 시약과 Sentrix array matrix chip을 구입하여 사용하였다. 모든 과정은 일루미나사의 GoldenGate assay 방법에 따라 시행하였다.
게놈 DNA 시료(250 ng/5 ㎕)는 96웰 플레이트에서 5 ul의 GS#-MS1 시약과 혼합하였다. 플레이트를 밀봉하고 250×g에서 1 분 동안 원심분리하고, 95 ℃ heat block에서 30 분간 반응시켰다. 여기에 5 ul GS#-SUD를 넣고 혼합한 후 5 ul 2-프로판올을 넣고, 다시 혼합한 후에 3,000×g에서 20분 동안 원심분리한 후 상등액을 제거하고 펠렛을 건조시켰다. 건조된 DNA는 10 ul의 GS#-RS1 시약을 넣고 잘 풀어주었다. 여기에 10 ul의 GS#-OPA와 30 ul의 GS#-OB1를 넣고, 잘 혼합한 후 70℃ heat block에 넣고 30℃가 될 때까지 천천히 식혔다. GS#-ASE 플레이트를 마그네틱 플레이트 위에 올리고 2분간 방치하였다. 상등액을 제거하고, 50 ul GS#-AM1을 넣어주고 잘 혼합하였다. 마그네틱 플레이트 위에 올리고 2분간 방치한 후 상등액을 제거하고, 50 ul GS#-AM1을 넣어주고 잘 혼합하였다. 위와 동일한 방법으로 50 ul GS#-UB1로 세척 후, 상등액을 제거하고, 37 ul GS#-MEL을 넣어주고 잘 혼합한 후에 45℃에서 15분간 배양하였다. 위 플레이트를 다시 마그네틱 플레이트 위에 올리고 2분간 방치한 후 상등액을 제거하고, 50 ul GS#-UB1을 넣어주었다. 다시 위 과정을 반복하고, 35 ul GS#-IP1을 넣어주고 잘 혼합한 후 95℃ heat block에서 1분간 배양(incubation)하였다. 플레이트를 마그네틱 플레이트 위에 올리고 2분간 방치하였다. 상등액 30 ul를 GS#-PCR 플레이트에 옮긴 후 64 ul의 illumina-recommended DNA polymerase와 100 ul UDG를 GS#-MMP tube에 넣어준후 잘 섞어주고, 표 4에 나타낸 조건으로 증폭시켰다.
| 온도 | 각 온도에서의 시간 | |
| 37℃ | 10 min | |
| 95℃ | 3 min | |
| 34 사이클 | 95℃ | 35 sec |
| 56℃ | 35 sec | |
| 72℃ | 2 min | |
| 72℃ | 10 min | |
| 4℃ | 5 min |
반응 후에 20 ul의 GS#MPB를 넣고 잘 혼합한 후, 96웰 필터 플레이트에 옮기고, 암실에서 60분 동안 방치하였다. 필터 플레이트 어댑터를 96웰 V-bottom에 놓고, 원심 분리하여 상등액을 제거하였다. 다시 필터 플레이트에 50 ul GS#-UB2를 넣고 1000 x g에서 5 분간 원심 분리하였다. 30 ul의 GS#_MH1가 들어있는 GS#-INT 플레이트를 필터 플레이트위에 놓고, 30 ul의 0.1N NaOH를 필터 플레이트에 넣었다. 1000 xg에서 5 분간 원심 분리하여 PCR 생산물을 수거하였다.
칩을 GS#-UB2와 NaOH에서 전 처리하고, 수거한 PCR 산물을 384웰에 옮기고 여기에 전처리한 칩을 올렸다. 60 ℃에서 30 분 동안 혼성화시키고 다시 온도를 45℃로 바꾸고 14시간 이상 혼성화시켰다. GS#UB2, GS#IS1에서 세척한 후에 상온에서 건조시킨 후, 분석을 위해서 이미지 스캐닝(image scanning)을 실시하였다.
유전자형 분석 이미지 파일로부터의 유전자형의 분석은 Illumina사의 Beadstudio를 사용하여 각 다형성에 대한 유전자형를 확인하였다. Beadstudio는 두 개의 대립인자를 인식하는 프로브들 사이의 발색의 세기에 대한 비율을 가지고 전형적인 유전자형의 패턴을 나타낸다.
4. 통계학적 분석
단일염기다형들을 구성하는 대립인자들에 대한 집단내의 유전학적 분포여부에 대하여 하아디-와인버그 평형 검정을 하였다. 여기에서 단일염기다형의 기준이 되는 HWE p value > 0.05와 작은 대립인자 빈도(Minor Allele Frequency; MAF) > 0.1의 기준을 적용하였다. 장형 위암 환자군과 만성 위염 환자군간의 출현빈도를 이용하여 질병에 대한 각 단일염기다형들의 연관성분석은 유의수준을 < 0.05로 정하였으며, SAS software version 9.1.3를 사용하여 분석하였다. 연관성분석은 대립인자들 간의 장형 위암 환자군과 만성 위염 환자군에서의 출현빈도로 나누어 유의성 있는 차이를 비교하였으며, 유의수준을 < 0.05로 하였다. 오즈 비(Odds Ratio)는 로지스틱 회귀모형을 통하여 산출하였으며 대립인자(Allele), 우성 (Dominant), 열성 (Recessive) 및 공우성(Co-Dominant) 모형을 적용하였다. 각 모형에 따른 질병과의 유의성을 분석함에 있어 다수 대립인자를 A1이라 하고 소수 대립인자를 A2라 하면 대립인자(Allele) 모형은 A1의 빈도와 A2의 빈도를 비교하는 것이고, 우성 (Dominant) 모형은 A1A1의 빈도와 A1A2와 A2A2의 빈도에 대한 합을 비교하는 것이고, 열성 (Recessive) 형질 모형은 A1A1과 A1A2의 합과 A2A2의 빈도를 비교하는 것이고, 공우성 (Co-Dominant) 형질 모형은 A1A1, A1A2 및 A2A2에 대한 각각의 빈도를 비교하는 것이다.
단일염기다형들 간의 연관비평형 검정을 하였다. 이는 Haploview (ver. 4.1)을 사용하였다. 장형 위암 환자군과 만성 위염 환자군 모두에서 형성되는 각 단일염기다형들간의 상호연관성에 대한 분석에서 형성된 연관비평형블록으로부터 반수체형이 형성되었으며, 이들을 장형 위암 환자군과 만성 위염 환자군으로 나누어 장형 위암 환자군 특이적인 반수체형을 분석하였다.
5. 결과
(1) ALDH4A1, PINK1, DDOST, KIF17, LMX1A, SRGAP2, ASB3, PSME4, ANXA4, GMCL1, 및 MAP2 유전자에 존재하는 유의성을 나타내는 단일염기다형
하기 표 5a 및 5b는 상기 만성 위염 환자군과 장형 위암 환자군이 참여하여 장형 위암과의 연관성을 분석한 결과 유의성 있는 차이를 나타낸 서열의 목록으로서, 이 중 서열번호 1 내지 3, 10, 14 내지 23, 25 내지 34, 37, 40, 45, 46, 48 내지 53, 및 55 내지 59의 다형성 서열은 통계학적으로 유의성 있는 차이를 나타내는 것을 분석되었다.
ㆍ서열번호는 각 단일염기다형을 나타내는 서열번호이다.
ㆍReference SNP ID는 표준단일염기다형의 명칭 (Reference SNP ID; rs)을 의미하며, 이는 인간게놈프로젝트 후, 미국 국립보건원 산하 생물공학정보연구소 (NCBI)의 데이터베이스에서 각 단일염기다형을 구분하기 위하여 붙인 이름이다.
ㆍ대립인자는 각 단일염기다형에서의 Major allele과 Minor allele을 나타낸다.
ㆍ염색체는 각 단일염기다형들이 몇 번 염색체에 위치하고 있는지를 나타내주고 있다.
ㆍ위치는 염색체상에서 표준염기서열의 위치를 의미한다(NCBI Genome build 36.3).
ㆍSNP 역할은 상기 단일염기다형들이 유전자상에서 어디에 위치하고 있는지를 나타내주고 있다. 따라서 각각의 단일염기다형들이 유전자의 발현과 기능에 있어서 어떻게 작용하는지를 알 수 있다.
ㆍ아미노산의 변화는 상기 단일염기다형들이 유전자가 발현되어 단백질을 생성할 때, 그 단백질을 이루는 아미노산에 변화를 주고 있는지에 대한 설명이다.
(2) 유전자형(genotype) 및 위험대립인자 분석
하기 표 6a 내지 표 6d는 서열번호 1 내지 3, 10, 14 내지 23, 25 내지 34, 37, 40, 45, 46, 48 내지 53, 및 55 내지 59의 DNA 서열의 대립인자 빈도와 각 유전자형에 대한 만성 위염 환자군과 장형 위암 환자군 각각의 빈도를 나타내며 표 7a 내지 표 7e는 표 6a 내지 표 6d의 유전자형 빈도를 토대로 진행한 하아디-와인버그 평형 검정(Hardy-Weinberg Equilibrium Test) 결과와 장형 위암 연관성 분석[즉, 케이스-컨트롤 연관 분석(Case-control association study)] 결과로서, 하기 연관성 분석에 의해 장형 위암에 영향을 미칠 수 있는 단일염기다형들과 이들의 유전자형을 확인할 수 있다.
ㆍ서열번호는 각 단일염기다형을 나타내는 서열번호이다.
ㆍReference SNP ID는 표준단일염기다형의 명칭 (Reference SNP ID; rs)을 의미하며, 이는 인간게놈프로젝트 후, 미국 국립보건원 산하 생물공학정보연구소 (NCBI)의 데이터베이스에서 각 단일염기다형을 구분하기 위하여 붙인 이름이다.
ㆍ 대립인자형 빈도(allele frequency) 란에서는 집단 내에서 관찰되는 각각의 대립인자들의 빈도를 나타내고 있다. 여기서 대립인자란 단일염기다형 부위에 실제로 존재하고 있는 뉴클레오티드의 염기서열을 뜻하며, 하나의 단일염기다형은 그 특성상 두 개의 대립인자를 가질 수 있다. 이들 대립인자 빈도의 고저에 따라 다수 대립인자(Major allele)와 소수 대립인자(Minor allele)로 나뉜다. 특히 소수 대립인자의 빈도(Minor allele frequency; MAF)는 0.1을 기준으로 하여 단일염기다형과 단일염기변이(point mutation)을 나누는 유전학적 기준으로 사용된다. 이러한 기준은 다형성 자체의 안정성을 뜻하기 때문에(즉, 단일염기다형이 일어나는 부위는 일정하다라는 의미), 유전적 표지인자로써의 사용 가능성을 대변해 준다.
ㆍ 유전자형은 각 단일염기다형을 형성하는 각각의 대립인자들로 이루어지며, 단일염기다형 부위가 존재하는 유전자좌(locus)에 어떠한 대립인자들이 있는지를 나타내 주고 있다.
ㆍ 유전자형 빈도수(genotype frequency)와 유전자형 빈도 % 란은 각각의 유전자형에 해당하는 사람들의 수를 만성 위염 환자군과 장형 위암 환자군으로 나누어 나타낸다. 이를 관측치라고 할 수 있다.
표 7a 내지 표 7e는 하나의 단일염기다형을 이루는 두 개의 대립인자와 이로 인하여 형성되는 3가지 형태의 유전자형에 대한 만성 위염 환자군-장형 위암 환자군 간의 빈도차이를 비교하여 어떠한 대립인자가 또는 어떠한 유전자형이 질병과 연관되어 있는지를 분석한 결과이다. 이러한 연관성 분석은 대립인자형(allele model), 공동-우성 유전자형(Co-dominant model), 우성 유전자형(Dominant model), 그리고 열성 유전자형(Recessive model)이라는 네 가지 항목에서 실시하였다. 표 7a 내지 표 7e에 있어서 각 칼럼이 의미하는 바는 다음과 같다.
ㆍ서열번호는 각각의 단일염기다형을 나타내는 번호이다.
ㆍReference SNP ID는 표준단일염기다형의 명칭 (Reference SNP ID; rs)을 의미하며, 이는 인간게놈프로젝트 후, 미국 국립보건원 산하 생물공학정보연구소 (NCBI)의 데이터베이스에서 각 단일염기다형을 구분하기 위하여 붙인 이름이다.
ㆍHWE는 하아디-와인버그 평형 (Hardy-Weinberg Equilibrium)의 상태를 나타내는 것이다. 카이제곱 (df=1) 검정에서 chi-value = 3.84(p-value=0.05, df=1)을 기준으로, 3.84보다 큰 경우에는 하아디-와인버크 평형 HWE (Hardy-Weinberg Equilibrium)으로 판단하고, 3.84보다 작은 경우에는 하아디-와인버그 비평형 (Hardy-Weinberg Disequilibrium)으로 판단하였다. 이는 만성 위염 환자군과 장형 위암 환자군 모두에서 관찰된 각 단일염기다형들의 유전적 표지인자로서의 기능과 이들로 이루어지는 유전자형의 분포가 일반적인 것들인지를 나타낸다.
ㆍ오즈 비율 (odds ratio, OR)은 장형 위암 환자 중에서 위험 대립인자를 가질 오즈에 대한 만성 위염 환자군 중에서 위험 대립인자를 가질 오즈의 비율을 나타낸다. 95% 신뢰하한과 95% 신뢰상한은 오즈 비율의 95% 신뢰구간을 나타낸다. 신뢰구간은 1을 포함하는 경우에는 질병과의 연관성을 유의하다고 판단할 수 없다. 오즈비율이 1보다 크고 95%신뢰구간에 1이 포함되어 있지 않은 경우 소수 대립인자가 질환군에서 더 높은 빈도를 가지며, 오즈비율이 1보다 작은 경우에는 다수 대립인자가 질환군에서 더 높은 빈도를 가진다.
ㆍ연관성 분석에서 Logit p value는 오즈비에 대한 통계적 유의성을 나타낸다. 이는 오즈비 만큼 만성 위염 환자군과 장형 위암 환자군간에 차이에 대한 유의성을 뜻한다. 여기서 유의성있는 차이가 있다고 판단하는 기준은 Logit_p value가 0.05 이하의 값을 나타낼 경우이다. 이러한 값은 로지스틱 회귀(logistic regression) 분석을 통하여 얻었다.
ㆍ위험 대립 인자 (risk allele)는 p-value에 유의성이 있는 경우 오즈비가 1 보가 크면 소수 대립인자, 오즈비가 1 보다 작으면 다수 대립인자로 하였다.
ㆍ각 네가지 분석모델에 따른 질병과의 유의성을 분석함에 있어 다수 대립인자를 A1이라 하고 소수 대립인자를 A2라 하면 우성 (Dominant) 모형은 A1A1의 빈도와 A1A2와 A2A2의 빈도에 대한 합을 비교하는 것이고, 열성 (Recessive) 형질 모형은 A1A1과 A1A2의 합과 A2A2의 빈도를 비교하는 것이고, 공우성 (Co-Dominant) 형질 모형은 A1A1, A1A2 및 A2A2에 대한 각각의 빈도를 비교하는 것이다.
각 네가지 분석모델에 대한 연관성 분석은 대립형질들이 만성 위염 환자군과 장형 위암 환자군 사이에서 출현되는 빈도수의 비율을 통하여 위험 대립인자가 장형 위암에 어느 정도의 연관성 (위험도)를 가지고 있는지 확인할 수 있다. 95% 신뢰구간에 1을 포함하고 있을 경우 유의성이 없기 때문에, 상기 표 7a 내지 표 7e로부터 확인할 수 있는 바와 같이, 서열번호 1 내지 3, 10, 14 내지 23, 25 내지 34, 37, 40, 45, 46, 48 내지 53, 및 55 내지 59의 다형성 부위의 염기가 각각 C, C, T, A, G, T, T, C, T, A, C, C, G, T, C, T, A, T, G, A, C, C, C, C, C, C, A, G, G, T, C, C, T, T, A, T, A, C, A (위험 대립인자)인 것이 하나 이상 존재하는 경우, 장형 위암에 걸릴 가능성이 높은 것으로 판단할 수 있다.
서열번호 22는 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 우성 유전자형(dominant genotype), 열성 유전자형(recessive genotype)에서 유의성을 나타내며, 서열번호 1 내지 3, 17, 23, 25, 30 내지 34, 40, 46, 48 내지 52, 및 55 내지 59는 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 우성 유전자형(dominant genotype)에서 유의성을 보이며, 서열번호 18, 21, 및 26 내지 28은 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 열성 유전자형(recessive genotype)에서 유의성을 나타내며, 서열번호 16, 45, 및 53은 우성 유전자형(dominant genotype)에서 유의성을 보이며, 서열번호 19, 20, 및 29는 열성 유전자형(recessive genotype)에서 유의성을 나타내고, 서열번호 14, 15, 및 37은 공우성 유전자형(co-dominant genotype)에서 유의성을 나타내었다. 상기 결과로부터 서열번호 1 내지 3, 14 내지 23, 25 내지 34, 37, 40, 45, 46, 48 내지 53, 및 55 내지 59의 다형성 부위가 각각 유전자형이 C/C(서열번호 1), C/C(서열번호 2), T/T(서열번호 3), A/G와 G/G(서열번호 14), T/T(서열번호 15), T/T(서열번호 16), T/C와 C/C(서열번호 17), T/T(서열번호 18), A/A(서열번호 19), C/C(서열번호 20), C/C(서열번호 21), G/G(서열번호 22), G/T와 T/T(서열번호 23), T/C와 C/C(서열번호 25), T/T와 T/G(서열번호 26), A/A와 A/T(서열번호 27), T/T와 T/C(서열번호 28), G/G와 G/T(서열번호 29), G/A와 A/A(서열번호 30), T/C와 C/C(서열번호 31), T/C와 C/C(서열번호 32), T/C와 C/C(서열번호 33), T/C와 C/C(서열번호 34), C/C(서열번호 37), C/C(서열번호 40), G/A와 A/A(서열번호 45), A/G와 G/G(서열번호 46), A/G와 G/G(서열번호 48), G/T와 T/T(서열번호 49), T/C와 C/C(서열번호 50), T/C와 C/C(서열번호 51), C/T와 T/T(서열번호 52), G/T와 T/T(서열번호 53), G/A와 A/A(서열번호 55), C/T와 T/T(서열번호 56), G/A와 A/A(서열번호 57), T/C와 C/C(서열번호 58), G/A와 A/A(서열번호 59)가 하나 이상 존재하는 경우 장형 위암에 걸릴 위험도가 높은 것으로 판단할 수 있다. 상기 위험 유전자형을 갖는 핵산 서열이 하나의 검체에서 많이 검출되면 될수록 위험군에서 속하는 확률은 더 높은 것으로 판단할 수 있다.
(3) 반수체형 분석
표 8a 내지 표 8c 및 도 1a 내지 도 8a는 서열번호 1 내지 3, 서열번호 4 내지 13, 서열번호 18 내지 20, 서열번호 24 내지 26, 서열번호 27, 28, 31 내지 35, 서열번호 36 내지 37, 서열번호 38 내지 44, 서열번호 45 내지 59에 대한 다형성 부위간의 연관성을 나타내며, 도 1b 내지 도 8b는 이를 토대로, 도 1a 내지 도 8a로부터 형성된 연관 비평형 블록(Linkage Disequilibrium Block)으로부터 유전자형의 분석결과와 대비하여 형성된 반수체형(Haplotype)을 나타낸다. 표 9a 내지 표 9d는 각 블록의 반수체형에 대한 장형 위암과의 연관성 검정 결과이다.
표 8a 내지 표 8c는 도 1a 내지 도 8a에 나타난 각 단일염기다형들 사이의 연관비평형 블록의 조밀함을 수치화하여 나타낸 것으로 D' 값과 r2값을 나타내고 있다. D' 값이 0.8 이상이 될 때, 각 단일염기다형들은 연관비평형 관계에 있다고 판단하며, 도 1a 내지 도 8a에서 보듯이 붉은 색으로 표시된다. 이러한 D' 값의 범위는 0 ∼ 1까지 이며, 각 단일염기다형들 사이의 게놈 DNA 상에서의 떨어져 있는 거리에 대한 계산이 포함되어 있다. 또한 r2 값은 각 단일염기다형들 간의 상관관계를 나타내는 것으로 r2 값이 0.3 이상이면 그 값에 해당하는 단일염기다형들이 매우 조밀하게 묶여있다는 것을 뜻한다. 이는 앞서 언급한 도 1a 내지 도 8a와 표 8a 내지 8c에서 뜻하는 바는 서열번호 1 내지 3, 서열번호 4 내지 13, 서열번호 18 내지 20, 서열번호 24 내지 26, 서열번호 27, 28, 31 내지 35, 서열번호 36 내지 37, 서열번호 38 내지 44, 및 서열번호 45 내지 59의 단일염기다형들이 서로 밀접하게 연관되어 있어 유전적 단위체를 형성한다는 것이다. 또한 이렇게 형성된 단위체들은 다음 세대로 유전될 때, 같이 묶여서 전달 되게 된다. 따라서 연관비평형 블록들이 환자군 특이적으로 나타나 질병을 일으키는데, 많은 영향을 미칠 경우, 그 블록 자체가 다음 세대로 전달되기 때문에, 다음 세대의 자손에 대한 질병이 일어날 수 있는 빈도를 예측할 수 있다.
연관비평형 블록들로부터 형성되는 유전적 단위체는 각 단일염기다형의 대립인자형 분석으로부터 그 유형이 결정되는데, 이를 반수체형(haplotype)이라고 한다 (도 1b 내지 도 8b). 도 1b 내지 도 8b는 각각 도 1a 내지 도 8a로부터 형성된 연관비평형 블록으로부터 유전자형의 분석결과와 대비하여 형성된 반수체형이다. 도 1a 내지 도 8a에서 나타난 한 개의 연관비평형 블록으로부터 각각 도 1b 내지 도 8b에 상응하는 반수체형이 나타나며, 각각의 블록에서 환자군에서 특이적으로 많이 나타나는 반수체형과 정상인군에서 특이적으로 많이 나타나는 반수체형이 관찰 되었다(표 9a 내지 표 9d). 반수체형은 다음 세대로 유전되기 때문에, 이러한 반수체형이 질병과 연관되는지를 분석할 필요가 있다. 총체적으로 연관비평형블록과 반수체형에 대한 질병관련 분석은 지금 세대에서의 질병의 예측 뿐 만아니라, 그 질병의 다음 세대로의 전달까지 예측할 수 있게 한다. 표 9a 내지 표 9d는 도 1b 내지 도 8b의 반수체형들의 빈도수가 환자군과 정상인군 사이에서 나타나는 빈도에 유의성 있는 차이를 조사한 표이다.
서열번호 1 내지 3, 서열번호 4 내지 13, 서열번호 18 내지 20, 서열번호 24 내지 26, 서열번호 27, 28, 31 내지 35, 서열번호 36 내지 37, 서열번호 38 내지 44, 서열번호 45 내지 59의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정된 반수체형 분석결과, 서열번호 1 내지 3의 DNA 서열이 C-C-T 반수체형을 둘 다 가지는 경우(즉, 이배체형을 가지는 경우), 그렇지 않은 사람보다 장형위암에 걸릴 위험이 높은 것으로 판정할 수 있으며, T-T-C 반수체형을 하나라도 나타내는 경우 장형 위암에 저항성을 갖는 것으로 판정할 수 있고, 서열번호 4 내지 13의 DNA 서열이 G-T-C-A-T-T-C-G-G-G 반수체형을 하나도 갖지 않는 경우, 그렇지 않은 사람보다 장형위암에 걸릴 위험이 높은 것으로 판정할 수 있고, 서열번호 18 내지 20 의 DNA 서열이 T-A-C 반수체형을 둘 다 갖는 경우, 그렇지 않은 사람보다 장형위암에 걸릴 위험이 높은 것으로 판정할 수 있으며, G-G-T 반수체형을 하나라도 나타내는 경우 장형 위암에 저항성을 갖는 것으로 판정할 수 있고, 서열번호 24 내지 26의 DNA 서열이 C-C-T 반수체형을 하나라도 갖는 경우, 그렇지 않은 사람보다 장형위암에 걸릴 위험이 높은 것으로 판정할 수 있고, C-T-G 반수체형을 둘 다 가지는 경우 장형 위암에 저항성을 갖는 것으로 판정할 수 있고, 서열번호 27 내지 28과 서열번호 31 내지 35 의 DNA 서열이 A-T-C-C-C-C-A 반수체형을 하나라도 갖는 경우, 그렇지 않은 사람보다 장형위암에 걸릴 위험이 높은 것으로 판정할 수 있으며, T-C-T-T-T-T-A 반수체형을 둘 다 갖는 경우, 장형 위암에 저항성을 갖는 것으로 판정할 수 있고, 서열번호 36 내지 37 의 DNA 서열이 T-T를 하나라도 갖는 경우, 장형 위암에 저항성을 갖는 것으로 판정할 수 있고, 서열번호 38 내지 44 의 DNA 서열이 G-G-T-A-A-C-C 반수체형을 하나라도 갖는 경우, 장형 위암에 저항성을 갖는 것으로 판정할 수 있고, 서열번호 45 내지 59의 DNA 서열이 A-G-G-G-T-C-C-T-T-A-A-T-A-C-A 반수체형을 하나라도 갖는 경우, , 그렇지 않은 사람보다 장형위암에 걸릴 위험이 높은 것으로 판정할 수 있다.
도 1a 및 1b는 각각 서열번호 1 내지 3의 단일염기다형들 간의 연관비평형블록 및 상기 연관비평형블록으로부터 형성된 반수체형을 나타낸다.
도 2a 및 2b는 각각 서열번호 4 내지 13의 단일염기다형들 간의 연관비평형블록 및 상기 연관비평형블록으로부터 형성된 반수체형을 나타낸다.
도 3a 및 3b는 각각 서열번호 18 내지 20의 단일염기다형들 간의 연관비평형블록 및 상기 연관비평형블록으로부터 형성된 반수체형을 나타낸다.
도 4a 및 5b는 각각 서열번호 24 내지 26의 단일염기다형들 간의 연관비평형블록 및 상기 연관비평형블록으로부터 형성된 반수체형을 나타낸다.
도 5a 및 5b는 각각 서열번호 27, 28, 31 내지 35의 단일염기다형들 간의 연관비평형블록 및 상기 연관비평형블록으로부터 형성된 반수체형을 나타낸다.
도 6a 및 6b는 각각 서열번호 36 내지 37의 단일염기다형들 간의 연관비평형블록 및 상기 연관비평형블록으로부터 형성된 반수체형을 나타낸다.
도 7a 및 7b는 각각 서열번호 38 내지 44의 단일염기다형들 간의 연관비평형블록 및 상기 연관비평형블록으로부터 형성된 반수체형을 나타낸다.
도 8a 및 8b는 각각 서열번호 45 내지 59의 단일염기다형들 간의 연관비평형블록 및 상기 연관비평형블록으로부터 형성된 반수체형을 나타낸다.
<110> College of Medicine Pochon CHA University Industry-Academic Cooperation Foundation
<120> Polynucleotides derived from ALDH4A1, PINK1, DDOST, KIF17, LMX1A,
SRGAP2, ASB3, PSME4, ANXA4, GMCL1, and MAP2 genes comprising
single nucleotide polymorphisms, microarrays and diagnostic kits
comprising the same, and analytic methods using the same
<130> PN0304
<160> 59
<170> KopatentIn 1.71
<210> 1
<211> 801
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 1
ggaaccatga acccttctgg agggaatggt atctctgggc aactctcatg ccagctgctg 60
ctggaagcct ctgggacctg gacccttagt tctccgggtg tgggtttggc agggagagcc 120
agaaaatgtt tgcatctttt gccggcttgt ggtgggatgg acaggacagg gagctgggca 180
cgttgctgtc ctggagggaa cccaggagga ggcgacacct gacccttctt gcagacactg 240
aagtgtaaac tgaggcccag ggactgggga gagggtgagc cagagcaggg gcactgggag 300
ggctcagggc cctggtccct ggtcccgtgg agggtctgac gccggggcct ctctcctagg 360
agatcttcgg gcctgtactg tctgtgtacg tctacccgga ygacaagtac aaggagacgc 420
tgcagctggt tgacagcacc accagctatg gcctcacggg ggcagtgttc tcccaggata 480
agtgagtggc caggccgcag ccctggtgct gtgctccggg tgtcctgtcc gtgtccccat 540
ccccacctcc tggacgtggt tcccagtaat aatgctgccc ctaccttctc tctgtcccct 600
cccctcagcc cagacaggca gccagggctc gccacatggg cccacagcag caggctcttt 660
gttgccggta ctggtggtgc cggtgccagg gtgccactgg ggaccagtgg atctgaacct 720
ctaggggcag ggctaggaat tggtgtcttc gactggctct gcgggatctg gtgttgcccc 780
actgagtgag gtgattgtcc c 801
<210> 2
<211> 626
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 2
aacattttct ggctctccct gccaaaccca cacccggaga actaagggtc caggtcccag 60
aggcttccag cagcagctgg catgagagtt gcccagagat accattccct ccagaagggt 120
tcatggttcc ctctgccacc aaggggctgg ggggaagatc ttctcaggca cactccagcc 180
ctgcactacc aacttgggca agtgccttga cctcagtttc tcatctgtaa aatgggaaca 240
gtaacaccca cgtcatctca gccaagtgct cagccacagc yggccccaca gtaaaagtct 300
atcagtgtca gccattatga tggctgcagt ggacgtggtt gctgagggca ctggaaatgc 360
tcagacccca gccagggtca aggacacagc cccggatttg gagttaggca gcctgagctc 420
aaaacctggc tctactctct cccggtcgga ggcattccct tttagggtct ccctttaggg 480
cctcatctgt gaaatgggag aatgtctcca ggagaactgt gtgtgtgctg tgctccggtg 540
ggattgtcct cctctggacc ccaggctgcc caccccagtc acctccttca tgatgggctc 600
ctgagggtcc ttgctctcca cgatgc 626
<210> 3
<211> 641
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 3
acacacrtac acttgtgtgt gnnnnnnnnn nnnnnnnnnn ntnnnnnnnn nnnnnnnnnn 60
nnacacacac acacacacac agtgttcatg tctgtccttg tctctkctgt ggctcagcca 120
gaccctggct tttgcccttg gcgtccccta cccctgcccc tgtttcagga gttgggccct 180
tcagntgcag gtgtttcggg gtgagtgtgt tgtgggggct gccgcaggga tgccttccca 240
gcctcttaga cctccctcct ccctgcccac cccagtcctt tgcccgtatc aagaagtggc 300
tggagcacgc rcgctcctcr cccagcctca ccatcctggc ygggggcaag tgtgatgact 360
ccgtgggcta ctttgtggag ccctgcatcg tggagagcaa ggaccctcag gagcccatca 420
tgaaggaggt gactggggtg ggcagcctgg ggtccagagg aggacartcc caccggagca 480
cagcacacac acagttctcc tggagacatt ctcccatttc acagatgagg ccctaaaggg 540
agaccctaaa agggaatgcc tccgaccggg agagagtaga gccaggtttt gagctcaggc 600
tgcctaactc caaatccggg gctgtgtcct tgaccctggc t 641
<210> 4
<211> 924
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 4
cggccaacca agttgacttc tgattaacca gcttttaggg aaggcctcta agatttccag 60
tttatctatt gttccttgtg taaaagtatg tacttaccat aaatcctgcc cttaggcaga 120
ttcacacagc attcttgcct ttccctgggg gactgacttc aaatgtccgt cacattcctt 180
tcctatagca tataggccct gggtcttggg ggtaatggca tggggatcca ccatcttgtc 240
tccctgccgc tgaagccaga gactatggct tctgttcata aatccctttc tccttaaata 300
tgaagtcaaa ggtcatgtag ataggagctg ctgctgaaga agggattttt tgtctgaaga 360
gttctgtccc ctgggcttac ttggctatgg ggtggacccc tggccaggag acagcaaact 420
gtttcagtaa tgtgcgtgtc gtgcgtgtgt gtgttctgtg gtgagcaggc ctatgccatt 480
aaacaaacgg tgtggctttg rgcaagctgc tatcttggga cctcagcaca ctcattcata 540
aattgtgtct tttgggtgag atttgtcttg gggtcttcaa aacccctgag actgtggaca 600
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tgtagctcag ctctgctagg taccttcaca agacctcgaa tgctgcccct tactatgcct 720
cggttttctt atctataaaa acggcatttt tatcttgttg gtggagctgt taaataaatt 780
aaaagacgta aagggtctgg caccatggtt ggcaaaaaat atcagtttcc cttctcgact 840
tctcgatttt gcccaggacc agtgatgttc acattcagga cctgcctgaa ccggcaagcc 900
ctccacgtgg gtccaaagtg caaa 924
<210> 5
<211> 677
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 5
tgggcttact tggctatggg gtggacccct ggccaggaga cagcaaactg tttcagtaat 60
gtgcgtgtcg tgcgtgtgtg tgttctgtgg tgagcaggcc tatgccatta aacaaacggt 120
gtggctttgg gcaagctgct atcttgggac ctcagcacac tcattcataa attgtgtctt 180
ttgggtgaga tttgtcttgg ggtcttcaaa acccctgaga ctgtggacac atacagcagc 240
ctaacggcat tgaggagggc aagcattcaa cagttaggac aatgtgaact gtagctcagc 300
tctgctaggt accttcacaa gacctcgaat gctgcccctt actatgcctc ggttttctta 360
tctataaaaa cggcattttt atcttgttgg tggagctgtt aaataaatta aaagacgtaa 420
agggtctggc accatggttg gcaaaaaata tcagyttccc ttctcgactt ctcgattttg 480
cccaggacca gtgatgttca cattcaggac ctgcctgaac cggcaagccc tccacgtggg 540
tccaaagtgc aaagggaaag tcactgctag aggcgccagt accagcatag cgcccccacg 600
cgccgagtcg gggaactgcc gcgggggccg gccccgccca ccagcgcctg cgcctgcgca 660
gaggcaccgc cccaagt 677
<210> 6
<211> 601
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 6
agagaagcct ggcacattcg gggaaggagc tatgaagcca gcgtggtgga gtgtagggtg 60
ctgatgagaa gggtgagaga taaggcggga gacgtggtga gatgagcagg ttaagcgcct 120
tcaatctctg ggccccagga gagcagaggc taggaggaaa tgaacccagg gtgttcttgg 180
gaaagcttct cccaaggtgt accagaagtt gaggtaatgt acctgctgcc acatctatcc 240
ggtcattcaa caggtattta ctgagggtat gcagtaaaca aagagtgttt acagtacagc 300
yggagcaaaa aggaaccaac agaaaaagac gtgttatttg aggccagaca gtgagaactg 360
ctaaaggaac aaagtccctg aagagggaca gggactatgt cagatgggag gtctcagcag 420
cagacatcat ggtgctccgg cagcaggaca gcaccacgtc ggccggctgc cactcatgcc 480
acaaaaggag gcatcaagga tcatgttagc cccaaagcag ctgacattca ggtgtccact 540
ttctccaaaa aggcctcagg agaagcagca gccacttgag cagctacctc caccggcctg 600
c 601
<210> 7
<211> 699
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 7
tgaatatagg gagccccaac tcttacttcc taatttgagg atggtgagtg ggagggaaca 60
gaaaggatgc tggggaaaag tgggaatcaa agtgctcctg gaaggggaag aggaacggcc 120
taaccctaac agtgattaag gttattagga ggccgggaat ggtggctgac gcctgtaatc 180
ccagcacttt ggaaggcgga ggtgggtaga tcacttgagg tcaggagttt gagaccagcc 240
tggccaacat gatgaaaccc tgtatctact aaacatacaa aaattagcct ggtgtggtgg 300
cgggcaccta taatcccagc tactcgggag gctgaggtag gagaattgct tgaacctgga 360
aggtggaggt tgcagtgagc caagatcgtg ctactgcact ccagcttggc gacagagtga 420
gactccatct caaaaaaaaa aaaaaaaacg tattgggagt cgtcgatgtg tggtagccag 480
aggccctctc ccctctccrc cagctatccc tgtaccctgc gccagtacct ttgtgtgaac 540
acacccagcc cccgcctcgc cgccatgatg ctgctgcagc tgctggaagg cgtggaccat 600
ctggttcaac agggcatcgc gcacagagac ctgaaatccg acaacatcct tgtggagctg 660
gacccaggta ggaacctgct gcaccatcag agctctcca 699
<210> 8
<211> 601
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 8
gagagagaaa aggaggcatt tttgagaaat gtttaatgga gatgtagctc atggaagcag 60
ctgagaactg atcagagaga gatggaaaac atctcctgag agcagatctg gacattgtga 120
aattaatata aaggaatgca aaggcagacc tatccgaagc cataattgga gtggcagctg 180
gctcaggggc aggcttagtg caaagagctg agccatacct gcatcccagc actgttctgc 240
cactccgtta actgctctct gtacgtggcc tgctatcttg gtgcgcagtg aaggttagaa 300
yaacagctgc aaccagttat gaaatgatag aggagactac ttacctggtt caagggacca 360
gatagctgtg cacaagaggc actaggcttt ccacccaggg ggaaaggcta tttcaacaat 420
gcatgctgcc ccatgcagag gtgtacacat ggaaaagctt ggagcacggg taggggacag 480
gcagtatttg tcacctgagt gaagggcatc agtaggagat agggtagagg aagaattggg 540
ttgggaccag agaagggaag accctcacta acaaagcagg ctttgggttg agactgtgtt 600
a 601
<210> 9
<211> 801
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 9
atcagagaga gatggaaaac atctcctgag agcagatctg gacattgtga aattaatata 60
aaggaatgca aaggcagacc tatccgaagc cataattgga gtggcagctg gctcaggggc 120
aggcttagtg caaagagctg agccatacct gcaccccagc actgttctgc cactccgtta 180
actgctctct gtacgtggcc tgctatcttg gtgcgcagtg aaggttagaa caacagctgc 240
aaccagttat gaaatgatag aggagactac ttacctggtt caagggacca gatagctgtg 300
cacaagaggc actaggcttt ccacccaggg ggaaaggcta tttcaacaat gcatgctgcc 360
ccatgcagag gtgtacacat ggaaaagctt ggagcacggg yaggggacag gcagtatttg 420
tcacctgagt gaagggcatc agtaggagat agggtagagg aagaattggg ttgggaccag 480
agaagggaag accctcacta acaaagcagg ctttgggttg agactgtgtt aacagatgtt 540
ctagctacag cttcccttcc tgttgcagag accatctgcc cgagtagccg caaatgtgct 600
tcatctaagc ctctggggtg aacatattct agccctgaag aatctgaagt tagacaagat 660
ggttggctgg ctcctccaac aatcggccgc cactttgttg gccaacaggc tcacagagaa 720
gtgttgtgtg gaaacaaaaa tgaagatgct ctttctggct aacctggagt gtgaaacgct 780
ctgccaggca gccctcctcc t 801
<210> 10
<211> 801
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 10
accagttatg aaatgataga ggagactact tacctggttc aagggaccag atagctgtgc 60
acaagaggca ctaggctttc cacccagggg gaaaggctat ttcaacaatg catgctgccc 120
catgcagagg tgtacacatg gaaaagcttg gagcacgggc aggggacagg cagtatttgt 180
cacctgagtg aagggcatca gtaggagata gggtagagga agaattgggt tgggaccaga 240
gaagggaaga ccctcactaa caaagcaggc tttgggttga gactgtgtta acagatgttc 300
tagctacagc ttcccttcct gttgcagaga ccatctgccc gagtagccgc aaatgtgctt 360
catctaagcc tctggggtga acatattcta gccctgaaga mtctgaagtt agacaagatg 420
gttggctggc tcctccaaca atcggccgcc actttgttgg ccaacaggct cacagagaag 480
tgttgtgtgg aaacaaaaat gaagatgctc tttctggcta acctggagtg tgaaacgctc 540
tgccaggcag ccctcctcct ctgctcatgg agggcagccc tgtgatgtcc ctgcatggag 600
ctggtgaatt actaaaagaa catggcatcc tctgtgtcgt gatggtctgt gaatggtgag 660
ggtgggagtc aggagacaag acagcgcaga gagggctggt tagccggaaa aggcctcggg 720
cttggcaaat ggaagaactt gagtgagagt tcagtctgca gtcctctgct cacagacatc 780
tgaaaagtga atggccaagc t 801
<210> 11
<211> 801
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 11
tctggaccag ctactgaatt attaatctca cttagcgaaa gtgacggatg agcagtaagt 60
aagtaagtgt ggggatttaa acttgagggt ttccctcctg actagcctct cttacaggaa 120
ttgtgaaata ttaaatgcaa atttacaact gcagatgacg tatgtgcctt gaactgaata 180
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acattgggga agagatttca tgtctaacta actaacttta tacatgattt ttaggaagct 300
attgcctaaa tcagcgtcaa catgcagtaa aggttgtctt caactgagct gttctagttt 360
tctcttcccc agcactgtca tctagatttt ccatttcagt rattcccacc cctcggtcta 420
ctagcaacaa caactttctt gtatcctttg aggagacgtt agggagaacc atcatttcac 480
agttaaaaga aagacagtcc agtcctaggc aaaatttcat gaagccactt aggattttgt 540
atccagtcag tcatcaccca cagcaacccc cacccacagc cattagcaaa ccaggaccgg 600
ggccaggtga agtttgaggg caacatctcg ctttattttt atttatttat ttatttattt 660
atttatttat ttatatttga gacagagtct taacactgtt gcccaggctg gagtgcaatg 720
gcgtgatctc agctcactgc aagctctgcc tcttggattc atgcctttct cctgcctcag 780
cctcccgagt agctgggact a 801
<210> 12
<211> 801
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 12
ttctaaaagg aacggtggag gttagggatc tctagataag tcactactac cttaaaaaat 60
tggaagtgcc aataccagca atatagcaat aaagccctga aataatctga cagcacctga 120
aacactcagc ctctgacact tttagctaaa agcctccttc ttccccttct gagtcctccc 180
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gggagccggg cgccgccttc tgcactgctg agttgaagaa ggagtcgctg aagaagtcga 300
gggagccgct gaagatgacg cgggcattgt tcctggcctg gagcccagca atgaggaggg 360
tgttcttccc caccgcatgt ggatactggg aacaaaacga rgctgtgacc caagcagttc 420
caagtaaggg aaaagctgcc acgcctcccg aacaagagga cagcaggcca gaccaaaacg 480
accctggccc tacctgaagg gggagcctga gaccacaccg cttctgccca tgccccaccc 540
caccaactag tcatttcctt cgcctcagcc aaatgtgctg ttctgcttca tttttatttc 600
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agaggtggaa gagcccgtca ggatgtccag caccaaaggg ttatcaggat cggccaccat 720
cctgcagcag gacgagagca gcccagcact ggccccagga actgagccca aggacatggg 780
atccccgaga gccagttctt c 801
<210> 13
<211> 635
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 13
atcataccta gccttttctt tttttttttt ttaagcaggt caatttgaag aaaaatatta 60
ggtagttatt agcacaggag atacgtaaca tggtaaaaac catgaaggac gtgtgcaaat 120
gactaaagtt tgggaaacac tgttttacac tctctgtcgt ttctcccacc aacagtatcc 180
tctctcagcc ctctcccgag cagtctcatt cactgctttt ttccttctga cctatacaag 240
ctgacagtgc ctccgcttca tcttacatcc tgacacaggg tttggtaact catttcaggt 300
ctttatttcc tcaaaaacag actgaaaaaa ctcctccagg gcagactccc tatccttaag 360
atctcaccca gtccactgta aggtacctat ttcaaagttt caaacacagc aaaaacttgg 420
caaacaccag ttactgcacc raagcccagt catcagaaga tttcaacttc taccaatttg 480
gggtgacatc cgcctaacta atcttgcctc caaaaagcca attccaaaag cacatgttgc 540
aagggagttg ggagtgacac agtaagtaac agaagcctag ggaaagtact tgagggattc 600
ggtggaactg aatctcgcat gaactacaga gaata 635
<210> 14
<211> 601
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 14
cagacttgtc gtcggctgct gggggacaga ctcctcccca ccctgactgc ctcgcctctg 60
cacaggccat ttccacagcc agggatgcct tttctgcttc catcaatgca cagccacccc 120
ttccttcaaa acggagggga gaccacgccc ctggagacac ctccacaccc ctctgttctc 180
accacgcagg ccctaaggcg gcattgaatg cagtctggag tcaagaactc aagttcaaat 240
cctggctcag actctttgct gtgtgacctt gggcaagtcc tggcatctct ttgagcttca 300
rctttctcag gaccaaaccc acggtgaagg tacggtgata tcgcgttgga ccccagcggc 360
agccctgccc ttcccgctgg gccccacctg cctgtccctt ctccatgttc ccacccgctt 420
gggtctcacc tcccggatca gctgcttctc ggcctccatg tcatgctgga tcacaggttg 480
gggcaacagc ttctcctcca cctgcacagg gtctgggggc acctgcctgg acagcagggc 540
tgggggagaa acagaaatta gcagccagga tgaggggcac attgtgtgca ggaactaagc 600
a 601
<210> 15
<211> 801
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 15
tgcacaggcc atttccacag ccagggatgc cttttctgct tccatcaatg cacagccacc 60
ccttccttca aaacggaggg gagaccacgc ccctggagac acctccacac ccctctgttc 120
tcaccacgca ggccctaagg cggcattgaa tgcagtctgg agtcaagaac tcaagttcaa 180
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cagctttctc aggaccaaac ccacggtgaa ggtacggtga tatcgcgttg gaccccagcg 300
gcagccctgc ccttcccgct gggccccacc tgcctgtccc ttctccatgt tcccacccgc 360
ttgggtctca cctcccggat cagctgcttc tcggcctcca ygtcatgctg gatcacaggt 420
tggggcaaca gcttctcctc cacctgcaca gggtctgggg gcacctgcct ggacagcagg 480
gctgggggag aaacagaaat tagcagccag gatgaggggc acattgtgtg caggaactaa 540
gcagaaatct ataaaaagac gacctcatgg tcattcaaga agactttaaa gtattcagct 600
tatttcaaac acatctccat gtaaaaggct gttagtcatc caacaaatat ttatggagca 660
cctcgatgtt ccagactctg aggatgcggc attgaacaaa gacaaaaact ccacacccac 720
gctgagtttt ccactgggaa aaagaggaga aaagcagatg gacaaggtga aatgcctcgt 780
ggtggtgttc gaggccctct c 801
<210> 16
<211> 801
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 16
ggtggggggt gtggtggggg tgggggggat aatggatgag cagatgagag gcggggagtg 60
ggcaacagcc tgcgtcagat gggacaggcc agacggactg ccctcctccc aggacactga 120
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tggtactcgc gaagcagcgc atccttgggg tcctcattga ygcgcggctt gttcctgatg 420
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ggcgacaggc aggccaccat gagcgtcttg gtgttgccgc ccagtgagtc ctgcagcagc 540
cgcgtcagct tcgagtcacg gtaggggacg tgcttacagc gcccgtccac cagcgccgag 600
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cccgcccgga ggtggtcctt gccccgctca tctgcacaca gaccaggcaa agtggcgagg 780
gcctcgggtg agccctatgt a 801
<210> 17
<211> 401
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 17
tcagatgttt ggggctcaga gctcagtcta gataaaagct cattaatcca gcttccctat 60
ggttcactag gcttggagta ttatatgcat gacattgtat taggttcaaa tgaataaggt 120
ttgagtgtgt ttgtcctaat ttgggaagta acttaagtgg atcgaatacc atctctcttt 180
ggagtagtcc aattctgcta yattaattac tagtcttttg aaggataaat tatctgagaa 240
aattaaattg tttctaggca agggttggaa gacaaagggt taattatctc tccaaattga 300
aaaagaccaa gacaacaatc ctgtaggtgg ttaggaaggt gcggtaagtt gactaacact 360
caaaatgttc tcattgcaaa agtgagtcct cattggtcaa a 401
<210> 18
<211> 601
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 18
tcccctttga aaaccaggaa tgaattcaca tagagaatca gaccttgagg agttgagttg 60
ttctctattt tctaaagaat ttagtttata ccttcaaaag ggcttccctt tgtcttgaga 120
tattctaagt tccaagtagt ctcaagtggt ttttgtagca ggagctagac tggaaaaact 180
ctagagcttt gtatttcatt ataagcattt gtctattgtg tgcagttagg atatagagag 240
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gcgattatat atcctgtgca tctgatgaac ctgtctgccc agcggtcccc tgagggcagg 540
cagagagctc cctgtctcaa tttcattccc ttccttcctt ggagaggtag cccaccttct 600
c 601
<210> 19
<211> 801
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 19
gcgacagagt aagactccat cccaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa gggatgcttg 60
agttgtgttt tgatgtgctt catcaggcag ataagagaga agaagattcc tggtggaggg 120
aacagtgtga gcaaaggcag gtaaaaggtg ataccagtgc tttcaggata atggtatagt 180
ctgcgtgaga attacttgct ttatagatca tccatggctt cgttttccca ctaagtaatt 240
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ccagccagcc agcactcatc c 801
<210> 20
<211> 801
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 20
aaccagtcat tttaatttgc aagtggaaga gtggctcaac aggttggggt gagcatagtt 60
gtttaaaaaa aaaagagagt aacaaaaatg ttttcccagc ctgatctttc gagaaaagaa 120
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aattctcacg cagactatac c 801
<210> 21
<211> 601
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 21
atatgttttt ctagtctctg gcatgggtag cctctcctgg tcatagacca gtctctttgt 60
aagttattgt ggcagttcac acagtagcca ccaggggtct ctgtttccat tacaaacttt 120
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gatgtgaatt ggtcattggt gtttgctctt gcctctcctc catcccctag aagtacaccc 300
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ttcattatcc tattaaaaaa ttaaattcag ctttgctaat ccagaaattg ttcccaaatg 600
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<211> 601
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 22
agagaacata actccacaga cattccaaag agaaaaatta agtttagcat ttttctgacc 60
acaaagtaca gaataagcag atttttagga cctacttttg tgtatataat ccttattaaa 120
aataaaagga tatcataaaa ttaaaatatc agtaaacatc tgcttttctt tatatgttcc 180
ttaggctaag attataaaat caaatatgat ttttactgaa gggaattact agccatcccc 240
taacaacccc atcttttcct cacataagaa aatgcaaatt atgtctaatt tgtgttcacc 300
ratgaatctt atcacttaaa attacaacac agctagagaa gcaagagaag gaaaagtagt 360
gaagtgtgtt taaaagttat tctttcttac caatatgttg ctgtagaatc caagcgtttg 420
aggcacgagc agagagcatc ctttcaacag ctggtgcaag tgtcttccaa ttagtaaact 480
ccaaagtgaa gataagggtg tcaatgctga ctgagtcaat cctatgttag caagatgtta 540
atataatatt agaaacaaaa catgccaagg gttcgtactt gaaacaaaca ccacatacct 600
a 601
<210> 23
<211> 611
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 23
gaattcttta tctgtcattt ctgagtttcc atttgggtca ggaaccattg tgggaacacg 60
actgtgatcc ttcagtggtg tcactatatt tagatttttc acaaatccaa aattcttggg 120
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tatgatttta aatatcaact cagaaacctg ttgaaagaga ccctttttct ctgattgtag 300
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agcttaaaaa t 611
<210> 24
<211> 601
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 24
aaactgctca agtccctaca ggaaaggaca gccccatcat tcaacttgcc aataaacctg 60
ctttagtgat agatcattat gttcctactc agataaatta gtagctgtgc actgcattgt 120
tagtaataga tacttaataa ccaggtttat aaatcaattt gtatttactc ttatttacca 180
cttacataaa accataaatt tcacaacctg atttatattt gagacaagaa ttattcctct 240
aggaaatata gtttaaagct catgatctta acagtacaaa ggctaatgga taatcttacc 300
ygatgaaata agtatgctca agctttctag cttgccatac tgagcagcca caaataaagg 360
tgtgattcca aagtcatcct ggcattcctt gtttgctcct tttctaagaa gcaattttat 420
gatctcagca ttttcctaaa gcacagattc acattttaaa taagaaaaaa acaaagaaaa 480
tagaaggtat ctttcttctt actgtgtttt ttttttcttt tttatcctct cactaaagga 540
taacttgaag gaaaaaacaa aacagtatac tgctgtatta gttggaaaga aattggccaa 600
a 601
<210> 25
<211> 701
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 25
ataagatttt tttttcattt caatcataca gttattctgt atctcccact atagtaggag 60
gcaggaagtg ggaatcaaca cttctcagtc acaaaattag aaaggcacat ttggataatg 120
agtcacatta gaaaacacta atacacatga aacaatggga atataaaaat ccttaaaagt 180
gtaaaacaag aaatgataag ygtgcttatt actgaagaca agtaacatgc cattgatatt 240
gtactagttt tatatattga atttatacca aagcttattt cccctataag acactcagaa 300
gttctttaat aaaaaattct ccaccgagtg tggtggctcc cgcctgtaat cccagcactt 360
tgggaggcta aggcgggtgg accacgagtt caggagatcg agaccatcct ggctaacatg 420
gtgaaacccc gtctctacta aaaatacaaa aaaattagct gggcatggtg gcacgcacct 480
gtaatcctag ctacttgaga ggctgaggca ggagaatcgc ttaaacctgg gaggtggagg 540
ttgcactgca ctccacctgg gttgctgcac tgcactccag cctgggcgac agagcaagac 600
tccatctcaa aaaacaaaac aaaacaaaac aaaaaaccaa aactcttact ctgaagggtt 660
tcagaaatgt aaccaatggc tgtgacagta ccactgaggt a 701
<210> 26
<211> 696
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 26
cttagtcaat acaaatttac catttacaaa atggtaaatt cactgccaca gaaacaaaat 60
aaatcctact actaaaaata agtgatttaa agttatttac tggtttgaat tatctcccat 120
cccttgcttc attaacataa aaaagtacaa gttaactaca tgttgaaata taaaccccta 180
aaaactatgc atctctaatt ktctccaaat actaataaaa gtaggcacaa tactgaattt 240
cataaatggg actctaataa taataataat aatttgaaac tgtaaactat gtggccagaa 300
tagcatttct caaatagtcc catggaatat caatgtttct ggaggtattc ctaaatgttc 360
cataaagaaa aagaatacag ctgggcacag tggctcatgc ctgtaatccc agcacttaga 420
gaggctgagg caggcagatc gcctgaggtc aggagttcca gattagcctg gccaacatgg 480
tgaaacccca tctctactaa aaatataaaa attagccagg cgtggtggcg ggggcttgta 540
atcccagcta ctcgggaggc tgaggcagga gaaacacttg aacccgggag gcagaggttg 600
cagtgagccg agattgtgcc attgcactcc aggctggaca acgagactga aagaacagta 660
cagtcaaata cgtttcaaag ctctgcgata aacaaa 696
<210> 27
<211> 601
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 27
ccagacagag gcacttccgt ataagatgtc caactagagt atcatactaa ttgaatccaa 60
ggcaggcaat cttactatcc ttaataaata aattcaggca gttattttat gactatagaa 120
agggaaacaa atactactgt taataagtta tgtattatac ttttttatgt tttattaatc 180
cagcttgtag gcaaagcctc cataccttga atttacttta cctgcattaa ttaacatttg 240
caaacattct acagagttgt gataagctgc ttcatgaatt ggcatccatc ccctgttatc 300
wgcaacatcg acacttcggc cctttttgag cagtttcctt aagactttaa cattgccttc 360
cctggcagca agtccaactg tagagcacgt gtccgcgtaa gcctctgtaa aatccatttg 420
tttgaccagt ctacaaaaca aggtagaagg ataatactat agtcaataaa acaacacttc 480
actcctagag gtcagcaaat cacggtgggc ctgtctagta tctctcacat gactgacgaa 540
gaagggccca caatacagaa agtgactgcc atgccacagt ctctgctggt gcctaaagca 600
g 601
<210> 28
<211> 401
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 28
tatttggctc tgaaattgga actgggctta tttctaacgg ggccgaggaa ggagaaaaga 60
gcaggagtcg tcactcgtgt ccagatacgg aggcggtgta ccagcaccgc aggtagcaaa 120
gcacctagaa acacgttttg ttctgctttg gaaattagat ttttgcctat ataacagcag 180
ccagaggaat gtaattcata yttgatttta tgtcctgaaa aaaaagtctt ttgcctttca 240
aataaaagca gaaagtttac aatagaagtt tacgcttgtg aaagagtagc tgtcatttca 300
atgggaattg tttatatatt taaattttac acaaatttat tcatctttag tattatcatt 360
ggcttgttca caaaagagca ggcaaatgtt cttaacttgg g 401
<210> 29
<211> 610
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 29
ggcggcggag gatggaggaa ggaggcggcg gcgtacggag tctggtcccg ggcgggccgg 60
tgttactggt cctctgcggc ctcctggagg cgtccggcgg cggccgagcc cttcctcaac 120
tcagcgatga catccctttc cgagtcaact ggcccggcac cgagttctct ctggtcagtg 180
ccctcactaa ccccgcagcc acccctcctc ctgacactaa gkgttcggcc tcttccctcg 240
gttttctttg ctttttctcc ccaagacctt ctctgcagac tcttaccttc cccaagccaa 300
agctgctttt atgcagcgtt cattcattcg ttcgttctca cgttatgtgg atgcgtcccc 360
cttgctgagc attagggatc cagcaatcac ctgctctcca ccttttcaat tctgtcgcac 420
tagaccttgc ttcccaacat tcccaccctg cagaagcagc tttcgtagaa taacgtcagg 480
tgcacttact catcttcctt tcggaaaatt aactgtggct cttacttcac cagcagactt 540
ctttccttca gtattacatg tcaccctgcc cacaccacag tacttcagac tcgagttccc 600
tctctcgtat 610
<210> 30
<211> 501
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 30
ctgcggctta aagggcttgg taatgacaag tatttcaaat atttgaaaac agctttatca 60
tatatttgca cctaaacttt catttacatt aataggtgag taaattttcc tcctacattt 120
tgaaggacaa tctgcagtct ttgctttcta aaggatccat tcagaaacta aagatttatt 180
tgaccttata aaaagataaa taggcttttt cttctcctca cttctcatcc accctcagag 240
agtggcccat rctgtcttcc atgcccagtc aacagtgact tccaaacaca ggtcagcctc 300
tcccctcctc ctctagtaaa tcttgttacc acccttaaca cagttcctgc tgtcctcatg 360
ctttttaaca caccatatac atgttaagaa ctatcttaga ccatacaagc catgcaactc 420
ttttctccac cccctttctc cttttccctc ctggtagaaa atttcatttt tcctattggt 480
aaacaattaa ttcataggac a 501
<210> 31
<211> 1225
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 31
tgctttttaa cacaccatat acatgttaag aactatctta gaccatacaa gccatgcaac 60
tcttttctcc accccctttc tccttttccc tcctggtaga aaatttcatt tttcctattg 120
gtaaacaatt aattcatagg acaatgtcac tagggaaata tcaaagtaat aagcgacttc 180
caaacccaga atcagaatca cctgggagca tgttaggcac tcagattaag gtaccctctt 240
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agagcttcta atactgtaat gcctaagcac ccctgccaga gaagttttca ctgaggaaca 360
gagagggcac ccagtatctt acatctttgt ttaaagttcc catttaggaa ccattgctaa 420
ggcagtttca tacagcttaa ytaaaaaaag ctgaagtggt caacatacaa cataaagcct 480
cacttctcaa cgtgtggcct caggaccagg aattgatatc atgaagtggg aacaatgaat 540
tccctgtaca tttaaacaaa atcccctcat gattcttagg cacatcaatt taagaaccaa 600
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tctactaaaa tacaaaaatc agccgggcgt ggtggtgcat gcctatagtc ccagctattc 780
tggaggctaa ggcatgagca ttcctcatgg gaacatggga ggcagaggtt gcagtaagcc 840
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agttcatcga tattattcag tgtggtaacc actagccaca tgtggctcaa gagtatttaa 1020
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<210> 32
<211> 501
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 32
caattaggta acaagacatc caactctaaa agcctaataa atgaaatttt tattcttcct 60
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caccactcat ytacaaaggt ccaaaagcag tcacacattt tctctgcttt aaacctaaag 300
caaggaggca cagcaaaatt ctcatttcca atggccgtag caaaagccat gtttaaaaac 360
aaacaatccc cgccatccaa ctttatctaa acactgacat ctaagaatgt cagcaaaaag 420
aaaaaaaaca ataaatatct agttctcagt caccaaacca atgtaaattc agaactttgc 480
tgacttacct ttctatgcat a 501
<210> 33
<211> 1355
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 33
caggaatctg tgtagtaatt acttctcaac ttttttgtat ttttttcaga agtcaatgtg 60
taaacatcat taagcagtta tgttatacat ctatatttta gagatgttaa aaacttacta 120
tcggccaggc gcagtggctc atgcctgtaa tcccagcact ttgggagccc gaggtgggca 180
gatcacttga ggccaggagt tcgagacccg cctggccaat gtggtaaaac cctgtctcta 240
ctaaaaatac aaaaattagc tgggtgtggt ggtgcatgcc tgtaatctca gctactcggg 300
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tctcactgta ctccagcctg ggcaacagag caagactctg tctcaaaaaa aagccaaaac 420
ttactatcta taatgtcatc tattgaagta caccattcat caattacctt agggcatcgg 480
cattcttttc ytgttggcgt ttaattcctt ccttaatttt ttctgggcta agcaatatct 540
ggttgataga ggggtttttt gactgttgaa gtaattccgc tatttcaaca catgactttg 600
gaatcttgtt aaaaagaaaa aagcaggaaa aaaaatgaag ttctgatgca tactacctga 660
acgaaccttg aaaatgtcat gctaagtgaa agaggccaga cacaaaagtc cacatatttt 720
acgattccat ttatatgaaa tatctaataa tgggcaaatt tattgacaga gaaagtggtt 780
tccaggggtt tggggtatgg aagaatggga agcgactgct attaggtact tgttttcttt 840
tggggtgatg aaaacattgt ggaggccaga catggtggct catctctgta atcctagcac 900
tttgggaggt caaggtgagg ggactgcttg aggccatgag tttgagacca gcccggggaa 960
cacagcaaga cccctgtctc tctctcaaaa aaaaaaaaac aacttaaatt agctgggtgt 1020
agtggtgcac acctatagtc ctagttacta ggaaggctga ggcaggggat gattatgcca 1080
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<210> 34
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<212> DNA
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gacaaatgta cctttataat aagaaacaat gacttagtat catcttctga attatcaagt 60
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ccatttagaa taaaaaacat taagtaaaca catgcatgtt atagattaaa attccaaaat 240
acttattcca aagtacaaat aagttaaatg tacagataca cttactaaga agtttcctta 300
yaactgtagc aattacttct cggtggttct ctcgagacag atctattttg aaaaaataaa 360
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t 601
<210> 35
<211> 601
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 35
atatctcaca aaataactga tatttttgaa ggtaacctct gaatggtggt tgtataagaa 60
tattaataaa gtaacatttt taagctactg ccaacctgga tgatatcttt tttggagaca 120
aattttcccc aaattgccaa tcaaaatatt gtgaagctaa aggaatctgt tgtcattaac 180
agagttttag aaaccaagaa aaaaacttat ccaaaattgt aaagagagaa taatgacctt 240
atgacttact cattgtaagc tgagttataa cactgcagca gtggggaaca aagagcttca 300
ragattcttc tgggcagcac tgaaaatgta tttgtataag taaggctttt ttgaaaggca 360
aatatataca agattatatt ttcagtggca gtaaaaggct gtaaataagc agctactgaa 420
agaactatgc attttaagca tagaagcacc tctaataatt aaccatataa actagttgat 480
tgttgagtca ttaatacatc agttcaaaaa aataaactca cctttacagc agcgcggcac 540
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a 601
<210> 36
<211> 601
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 36
tggtgccagc tgccaacagg tacagaatgt gggctcagca actgttagct taaacaaagc 60
attgtttact caacagaggg gaaggaggag gacatgaaaa ggcaggtcta tttctaaaca 120
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gaattctttg aattctttta acatcctgag aatatagaaa caagttgtaa ttttctgtct 240
gcagaagcgc tacatgttta ttttagaaca tttaaaaagg aaaaactaaa aattctttag 300
kttctaccac ctgaagagga ctgctatcga tactctgagg tagccacatc atttcaggct 360
catcaagagg ggtgtttctt aacaatatgg gtgtgttggc tgcctcctgc tttagacagt 420
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ttgagagttc tgtaaagttc agctctgagg tggaagctga gcctcttagc tgaaaacatg 540
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a 601
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<211> 701
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 37
cccttttggg gagaacaggg ttccacgttg gtgtagtttg tcttcccccc actccttgcc 60
caccaacttg agccacactg gcctctgtcc tgctttccct acaaactagt tccggcctca 120
ggacctttgc aggagctgtt tcctctgcct gtaacccttg cctccatctt tgcatgagca 180
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acctctctat ctgcttcaca gcaatgctca cccctaggca ctttatggaa ttgtgaattg 300
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taatttttca tggtcactac tgtaccccta gcacctagaa taccatctag gctatggtca 420
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attcaatgcc atggaagatg cccagaccct gaggaaggcc atgaaagggc tcggtatgtg 600
tcctgctgga agtgaatcct cctgcgtgca ttgcacatca cagggtcaca caggagggtg 660
ccatgtctgc tggccatcac gtgggtcttc ctttaataaa a 701
<210> 38
<211> 1001
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 38
ttaatggaag acagatggct tctcatatct atttctactt caatttgtta tgatatgtgg 60
ttttggttgg ggtatatgaa gaaaatctgg cttgtacaga tatgtacttg aaaatggggg 120
gagtatttga acagacagtt gttgatgcac agacaatgtc aaatagcctt aggaaaaccc 180
cactgtatgc ttgtggaaga atgacagtga aaaggcaaat aacatctgag tgttattctg 240
aggatagttt tgacttgcag gccccttgaa agggtcttgg agaccccaga catccctgga 300
ccacacctgg agagtagctg gtctaatttg ctatagcagt taagcggagc tactttcttg 360
cattgcagga cttgatagac gacctgaagt cagaactgag tggcaacttc gagcaggtga 420
ttgtggggat gatgacgccc acggtgctgt atgacgtgca agagctgcga agggccatga 480
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tcatgtcctc tggaggaaca tggatggagc tggaggtcat tgtccttagc aaactaaggc 720
aggaacagaa aatcaaatac catatgtttt cacttacaag tgggagctaa atgatgaaaa 780
cacatggaca catagagggg aacaacacac actggggcct gttggaggat ggagggtggg 840
aggagggaga ggatcaggaa aaataactaa tgggtactag gcttaatacc tgggtaatga 900
aataatctgt acaacaaacc cccatgacac aagtttatct atataacaaa cctgcacatg 960
tacccctgca cttaaagtaa aagttaaatt tttttaaaaa a 1001
<210> 39
<211> 576
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 39
tattgttata ctgtctcgat gttccatggt ctaggcatgg ctcatcagag tggtaaatat 60
gggaggaaaa gagaaagtgg gaaagaaata tgagacacag gcaggcgtta ctaagtaaat 120
attggagaca agagcaaagt ggaaattgga gatgatttcc agggttctgc ttctttaggt 180
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atctaaaaag caatgtgaaa tgagagtctc aagctcagga aggaggccgg ggataaagat 360
gcaattggga agtgatgtga aatgtctgaa gtctccagct tcccttttca ggcaaccctg 420
ccccacctag ctcagtcctg ctttattttc cagctggaat tttccaggta gcttcctacc 480
tggtcgtcca gcctccagtt cctctccact gttcatccta cacgtcacta ttacattact 540
cttctgaaag tgcagctcca gtcacatcac tcccat 576
<210> 40
<211> 671
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 40
tactgttctt taccaggcac cagacttcta ggagtcctaa gagggcatgg tagtggtgag 60
aaatggttca cctccctcaa agccaggcat tcctgggatt ttgtttcttg aggatgctgg 120
aagagtctca tggacatgaa agtgagacag atttccctag gagctaaggt tgcctgcact 180
gcaagcttca aatcagcgtt ygatctgtga actaaatatt ctgaatccta ctcaaagctt 240
ggagaggtgt gacaattagg tgattttaac tgcagatttt tttttttaga tggagtctca 300
ctctgtcgcc caggctggag tgtagtggcg caatctccac tcactgcaac ctccacctcc 360
taggttcaag tgatcctcct gcctcagcct cctgagtagc tgggactaca ggcatgagct 420
ttgtattttt tgtagaaatg gcgtttcacc atgttggcca ggctagtctt gaactcctga 480
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atgccccacc aagctgtgga ttttgttact acgtctacaa ggcatgcagg aacttgtttc 600
tatttctgac taggctatga ggtaacttga ttttgcagag ctgaactata taactagttt 660
aagattcaag g 671
<210> 41
<211> 701
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 41
attgctgctc tgtaaggccg ttaaagtaga aataacctct ctcactaagg aatgtaaaaa 60
caaatatggg tcagtcatac aatgagcagt gaaaattatc tagcgattga ccaaatggat 120
aaatcttgag agtataattt tgagagagga gaaaggtgca caatgagagg tacaactatg 180
attccattcc atgatatgtc taaacatgca aaagaaaata ttatttatgg gtatgcatat 240
aaggacatgc atggacatga tatacaacat tctcagcaca gtgattgcca ctggggaggg 300
agacagaatg agatggagga ggtacgcagg ggcttctgcc tatatgtatt gttctattta 360
aaaaagaatg aatcattgat tacacctcaa taaagctggg aggaaaaaag aatgaaagca 420
agtctgataa aatttcaagc tagtggtcgg tccacaggaa tctgtattac tctatttgaa 480
atattttcat tattttactt raaaagtaac agaagggagt cagggaatga acgctggctg 540
tccggagtcc atcacaagag ctgctactac tccaagcaga cactagtaaa ttttgctagg 600
gcctcctgaa ggcacttttg agtccagaca gtcatggtgc cagaccctat tcggacatcc 660
cactggcact tgagaggaaa ggaaaggagt gccgggaacg t 701
<210> 42
<211> 601
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 42
gtccacagga atctgtatta ctctatttga aatattttca ttattttact taaaaagtaa 60
cagaagggag tcagggaatg aacgctggct gtccggagtc catcacaaga gctgctacta 120
ctccaagcag acactagtaa attttgctag ggcctcctga aggcactttt gagtccagac 180
agtcatggtg ccagacccta ttcggacatc ccactggcac ttgagaggaa aggaaaggag 240
tgccgggaac gttcccataa cttaacgggt tccattcacg tctacagcag gggagggctc 300
mtgttaagga agcccaggaa tccagcatat cgcctcatcc tagggccccc tctcacagga 360
ggccacgccc aagcaagcag agcgtggccc cagcaagcgc cgagctcccg caaggagacc 420
aaatagcttc ggggttttgc cactagctta gcacaggccc ataagcaccg gggactcaag 480
gcacctttgt agaaacaatg agtgactgga gtcccaggtc ttgccactac agaggcgcgt 540
atgaaccacg gtttaacact acgtctacgc cgaagttcgg gttagtcaga ggccacgccc 600
a 601
<210> 43
<211> 1631
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 43
aagaattttc aaaagaggat tcaaaagaca aatattatga tgacatacca gaagataatc 60
gaacatacct gatccttttc aagtgtaagt atttgatagc cagttgttct actacatatt 120
agttttccac tactatcaaa agaagccaaa cgtaatctag gattaaaaaa aaaataaaaa 180
ataaacacaa gatttttaaa ccacagatta aacaagctct tcctyacttt catatttact 240
ttttcctctg ttttttattt gataaaagac ttttaggaag tcttttcaaa ctgtaatctg 300
actgcattca gtgacaagcc tgtgctatta tacatatctg gccaagagaa atcatttata 360
aatgttttta ttgtggtaaa atatacgtaa catttatcat tttaaccatt ttaaagtata 420
tagttctgtg gcattaaata tatttccaca ttgttctgca cccatctcta gaacatttta 480
attttccctc gctgaagctc cttacccatt aaacactaac tccccacttt cccttccctc 540
aggccctggc aaccaccagt gtatcctctg tacctatgaa tttgtctact ctaggtactt 600
cgtatgagtg gaatcttaca atatttgtgc tttgtgagtg gcttatttca cttggcatgt 660
cttccaggtt catccatgtt tagcatgtat gagaatttgc ttccttttca aggctaaata 720
atgttctatt ttatgtatat accacatttt gtttctctag catctgtcag tgaacatgtg 780
ggttgcttcc accttttggc tattgtgaat aatgctgtta tgaacataag tatacaaaaa 840
tatctgttta agtccctatt ttcaattctt ctggtctata gaagagaaac tgctggatca 900
tatggtaatt ctgtttaatt tttttgagga agtgtcatac catgctccat agtggctgtg 960
ccattttaca tggccacgag cagtacacaa gggttctaaa tactccacat ccttgccaac 1020
acctgttact tttgttgttt tttttctatt ctgtttttac taatagctat cctaataggt 1080
gtgaagtgat agctcattgt gattttggtt tgtatgtccc taattagtaa tgttgaacat 1140
cttttcatgt gtttattagc catttatata tcttctttgg agaaatgttt atggaagtct 1200
ttggcccatt tttgagctga gttgagtttt ctttttaaat tatagagttg taggagtttt 1260
ctatatattc tgggtattaa tgtcttatca aatgtagcgt tacaaatatc tgctctcatt 1320
ccatgggttg ccttttcact gtcttgacac tgtcctctga tacacaagtt tgtgattttg 1380
atgaagtcca attttatcta ctgcttcttt tgttgcctgt gcttgggtgt cttatggaag 1440
aaatcactgc caaatcaatt gttatgaagc ttttccccta tgttttcttc caagagtttc 1500
atagttgcag ttcttatgct tagatctttg atccatttta agttaatttt tgtatttggt 1560
gtaaggtaag tataaatata tgacttttaa atcatgttca ttaagctact gtccaatttg 1620
tcagcttctg g 1631
<210> 44
<211> 601
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 44
catctgtaaa tttcttttta tttggctaaa ataatctaaa agaataattt ggttggccaa 60
ttagaaatgc ctttttcagt tggtgtattg aaagctttcc tttaacattt tcacctgctc 120
attgtgattc ctccttttag tctaatatct ttccaggtca tacttgtttt taatcattaa 180
atattttctt cctggttttg gagactaagc tgataaactt tttttaaaac ttaagcattg 240
tcattgctat tttttttaat ttgactttcc taggagttta agaacagtga aagttagctt 300
ygcaccttca aatgatcttg aatgagggaa aaatcagttt gattccaagg atatttcttg 360
ccttacatgg tcttttcttt gacagtctgt acacctttat tattaggttt tgaattattt 420
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gttcaaattt tagttgggaa ctttgtttcc tacttaagct caggactttt taccctctga 540
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a 601
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 45
attcagttaa aaaaccccca gacaaatgct tgttagtaat ctgatgggaa aacttacttt 60
atttatactt tctccaaaca gagcttggta gtaagaagtg tatttgtctt aatataattt 120
ttgcttactt ttttggaggc ctttgcttga gatacttttt tggaaaaagg aagatgttct 180
tagtttccat caaagacagt rttgcctgtg ttgtcatcct tactgtggag acgataagcc 240
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tcaattatat atctaaactt ggtaatatca gcttgtaaga gaaggtcatg cagtatcttc 360
catccaatta acatgtatag aacacctcct ccacaactca t 401
<210> 46
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 46
gactaaactg acttcaaagc acaaagcaag cacttggtga cagtagagcc cttagttacc 60
tgctgtttct ctgtcagctg aggtcagctc tccgttgatc ccattctctt tggtatttga 120
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tccattggcg cttcggacaa gtccttcccc tgctccgcct tgatccttaa tctcaggtgg 240
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a 601
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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ttgtggttga gaataaaata aaaatattat ttgcacattt catggttaca atgaggatta 60
attaagatag taaagtgtac aaagtgaatg gctcaagaaa taataactgt taattaattt 120
tattattatt ggtggtagtg gtggtatcaa tatggatgac atagcactct tgatcaagta 180
atatttttct atagctgagt atacacaact ttaacagggt ggaacttggg tgtcaggagc 240
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cagcattaga ccttcaatat tccataaatg tgtgttgagt gagcgagtga atgaaggaat 420
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agtcttactt tgtcccttgg gctctcgcca gttgactctc agtgcctgtt atgaaagctt 540
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t 601
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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atatccatat aagctagccc taaattaggt tcaaatccta ttcatcaaca agccaagcca 60
aatattatga ttgaagctaa tccccacaac cagcttcacc tagtagagag accacatagg 120
acaaagcaaa cgtgacaata caaacctcgt ggaactgcct tttctatcaa tccttgtctt 180
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attttctgtc ctcatccatc ggtgccacca ggcccagatg cttcgcagtg aggctgtgtg 300
rttttctgca gatccaccct tgaatgctaa ataactctgc tctgcacact cctctctctg 360
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gctataggtt ttgtgtagtc atttcaggaa gacccaaaca aggctacagt ataatcattc 120
accaaaacct gtaaagggaa ataatcatct cttatgaaag ttttagtata ttatccttat 180
gggtggaggt catgaaataa kgcattggct ttattttaat aataactatt tctagtggtc 240
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acctctctat aaaattcaga aaaagattca atagtaagcc gcatttggtt tatttatagg 60
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<212> DNA
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<400> 52
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tgtgtttaag gagaaag 917
Claims (12)
- 서열번호 1의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 401번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 401번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (a);서열번호 2의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 281번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 281번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (b);서열번호 3의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 341번째 염기(다형성 부위)가 T이고, 상기 341번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (c);서열번호 10의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 401번째 염기(다형성 부위)가 A이고, 상기 401번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (d);서열번호 14의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기(다형성 부위)가 G이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (e);서열번호 15의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 401번째 염기(다형성 부위)가 T이고, 상기 401번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (f);서열번호 16의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 401번째 염기(다형성 부위)가 T이고, 상기 401번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (g);서열번호 17의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 201번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 201번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (h);서열번호 18의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기(다형성 부위)가 T이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (i);서열번호 19의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 401번째 염기(다형성 부위)가 A고, 상기 401번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (j);서열번호 20의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 401번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 401번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (k);서열번호 21의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (l);서열번호 22의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기(다형성 부위)가 G이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구 성되는 폴리뉴클레오티드 (m);서열번호 23의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 437번째 염기(다형성 부위)가 T이고, 상기 437번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (n);서열번호 25의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 201번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 201번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (o);서열번호 26의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 201번째 염기(다형성 부위)가 T이고, 상기 201번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (p);서열번호 27의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기(다형성 부위)가 A이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (q);서열번호 28의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 201번째 염기(다형성 부위)가 T이고, 상기 201번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (r);서열번호 29의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 222번째 염기(다형성 부위)가 G이고, 상기 222번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (s);서열번호 30의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 251번째 염기(다형 성 부위)가 A이고, 상기 251번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (t);서열번호 31의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 441번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 441번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (u);서열번호 32의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 251번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 251번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (v);서열번호 33의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 491번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 491번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (w);서열번호 34의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (x);서열번호 37의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 501번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 501번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (y);서열번호 40의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 201번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 201번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (z);서열번호 45의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 201번째 염기(다형성 부위)가 A이고, 상기 201번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (aa);서열번호 46의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기(다형성 부위)가 G이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (ab);서열번호 48의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기(다형성 부위)가 G이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (ac);서열번호 49의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 201번째 염기(다형성 부위)가 T이고, 상기 201번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (ad);서열번호 50의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (ae);서열번호 51의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 201번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 201번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (af);서열번호 52의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 401번째 염기(다형성 부위)가 T이고, 상기 401번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구 성되는 폴리뉴클레오티드 (ag);서열번호 53의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 61번째 염기(다형성 부위)가 T이고, 상기 61번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (ah);서열번호 55의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 251번째 염기(다형성 부위)가 A이고, 상기 251번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (ai);서열번호 56의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 251번째 염기(다형성 부위)가 T이고, 상기 251번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (aj);서열번호 57의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 401번째 염기(다형성 부위)가 A이고, 상기 401번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (ak);서열번호 58의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 101번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (al); 및서열번호 59의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 201번째 염기(다형성 부위)가 A이고, 상기 201번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (am);로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보 적 뉴클레오티드.
- 제1항에 있어서, 길이가 10 내지 100 뉴클레오티드인 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드.
- 제1항 또는 제2항에 따른 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드로 이루어진, 장형 위암 진단을 위한 증폭용 프라이머.
- 제1항 또는 제2항에 따른 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드로 이루어진, 장형 위암 진단용 프로브.
- 제4항에 따른 장형 위암 진단용 프로브를 포함하는 마이크로어레이.
- 제1항 또는 제2항에 따른 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 장형 위암 진단용 키트.
- 장형 위암 진단에 필요한 정보를 제공하기 위하여, (i) 검체로부터 핵산 시료를 얻는 단계; 및 (ii) 상기 핵산 시료로부터, 서열번호 1 내지 3, 10, 14 내지 23, 25 내지 34, 37, 40, 45, 46, 48 내지 53, 및 55 내지 59의 폴리뉴클레오티드로부터 하나 이상 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드의 다형성 부위의 염기 서열을 분석하는 단계를 포함하는, 검체 중의 단일염기다형을 검출하는 방법(단, 상기 DNA 서열의 다형성 부위는 다음 표 1과 같다).<표 1>
서열번호 다형성 부위 1 401 2 281 3 341 10 401 14 301 15 401 16 401 17 201 18 301 19 401 20 401 21 301 22 301 23 437 25 201 26 201 27 301 28 201 29 222 30 251 31 441 32 251 33 491 34 301 37 501 40 201 45 201 46 301 48 301 49 201 50 301 51 201 52 401 53 61 55 251 56 251 57 401 58 101 59 201 - 제7항에 있어서, 상기 다형성 부위의 염기 서열을 분석하는 단계가 서열번호 1 내지 3, 10, 14 내지 23, 25 내지 34, 37, 40, 45, 46, 48 내지 53, 및 55 내지 59의 폴리뉴클레오티드로 이루어진 군으로부터 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드 서열로서 다형성 부위를 포함하는 서열을 주형으로 하는 프라이머 또는 프로브를 이용하여 수행되는 것을 특징으로 하는, 검체 중의 단일염기다형을 검출하는 방법.
- 제7항에 있어서, 상기 다형성 부위의 염기 서열을 분석하는 단계가 폴리뉴클레오티드 (a) 내지 (am)으로 이루어진 군으로부터 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드가 고정된 마이크로어레이에 상기 핵산 시료를 혼성화시키는 단계 (단, 상기 폴리뉴클레오티드 (a) 내지 (am)은 제1항에서 정의한 바와 같다); 및 얻어진 혼성화 결과를 분석하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는, 검체 중의 단일염기다형을 검출하는 방법.
- 제9항에 있어서, 상기 마이크로어레이에 고정되는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드의 DNA 서열의 길이가 각각 10 내지 100 뉴클레오티드인 것을 특징으로 하는, 검체 중의 단일염기다형을 검출하는 방법.
- 제7항에 있어서, 상기 다형성 부위의 염기 서열을 분석하는 단계가 서열번호 1 내지 3, 10, 14 내지 23, 25 내지 34, 37, 40, 45, 46, 48 내지 53, 및 55 내지 59의 DNA 서열의 다형성 부위의 유전자형(genotype) 또는 대립인자형(allele) 분석 을 포함하는 것을 특징으로 하는, 검체 중의 단일염기다형을 검출하는 방법.
- 장형 위암 진단에 필요한 정보를 제공하기 위하여, (i) 검체로부터 핵산 시료를 얻는 단계 및 (ii) 상기 핵산 시료로부터, 서열번호 1 내지 3의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정되는 반수체형; 서열번호 4 내지 13의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정되는 반수체형; 서열번호 18 내지 20의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정되는 반수체형; 서열번호 24 내지 26의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정되는 반수체형; 서열번호 27, 28, 31 내지 35의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정되는 반수체형; 서열번호 36 내지 37의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정되는 반수체형; 서열번호 38 내지 44의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정되는 반수체형; 및 서열번호 45 내지 59의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정되는 반수체형으로 이루어진 군으로부터 선택된 반수체형의 분석을 포함하는 것을 특징으로 하는, 검체 중의 단일염기다형을 검출하는 방법(단, 상기 DNA 서열의 다형성 부위는 다음 표 2와 같다).<표 2>
서열번호 다형성 부위 1 401 2 281 3 341 4 501 5 455 6 301 7 499 8 301 9 401 10 401 11 401 12 401 13 441 18 301 19 401 20 401 24 301 25 201 26 201 27 301 28 201 31 441 32 251 33 491 34 301 35 301 36 301 37 501 38 501 39 276 40 201 41 501 42 301 43 225 44 301 45 201 46 301 47 301 48 301 49 201 50 301 51 201 52 401 53 61 54 201 55 251 56 251 57 401 58 101 59 201
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