KR20050106438A - 히스톤 디아세틸라제 저해제의 항종양 효과의 예측방법 - Google Patents

히스톤 디아세틸라제 저해제의 항종양 효과의 예측방법 Download PDF

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요시노리 나오에
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아스텔라스세이야쿠 가부시키가이샤
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Abstract

치료하고자 하는 종양에 대한 히스톤 디아세틸라제 저해제의 약효(특히, 항종양 효과)를 예측하는데 유용한 유전자를 제공하기 위해, (1) 종양세포를 히스톤 디아세틸라제에 대해 감수성 세포와 저항성 세포로 분류하는 단계 (2) 감수성 세포 및 저항성 세포에서의 유전자 발현 양식을 조사하고 (i) 감수성 세포에서 발현이 많고 저항성 세포에서 발현이 적은 유전자 또는 (ii) 감수성 세포에서 발현이 적고 저항성 세포에서 발현이 많은 유전자를 선택하는 것을 포함하는 히스톤 디아세틸라제 저해제의 약효 예측 지표로 이용할 수 있는 유전자를 얻는 방법을 제공한다.

Description

히스톤 디아세틸라제 저해제의 항종양 효과의 예측방법 {METHOD OF ESTIMATING ANTITUMOR EFFECT OF HISTONE DEACETYLASE INHIBITOR}
본 발명은 히스톤 디아세틸라제 저해제의 약효, 구체적으로는 항종양 효과를 예측하는데 유용한 유전자를 얻는 방법 및 상기 유전자의 발현양식을 조사하는 것을 포함하는 히스톤 디아세틸라제 저해제의 약효(항종양 효과)를 예측하는 방법에 관한 것이다.
최근, 환자의 개인차를 고려한 "테일러 메이드 의약"이 중요시되고, 약제가 효과 있는 종양 및 효과 없는 종양을 식별하기 위한 마커 탐색이 필요하게 되었다. 이것은, 약제의 효과 가능성을 미리 확인하고 환자에게 투약함으로써 윤리적 및 의약적으로 약제 치료의 비용 효율을 증대시키며, 약제의 약효를 증대시키면서 독성을 줄이고, 약제의 무의미한 사용을 줄이기 위한 시도이다. 암 치료에서 기초연구와 임상 적용 사이의 괴리를 이어줄 중요한 수단이 될 수 있으므로 항암제의 약효 예측 방법이 소망되어져 왔다.
예를 들면, 식 (I)
에 표시된 화합물(이하, 화합물 A라고 지칭한다; SEQ ID NO: 1), 특히 식 (II)
에 표시된 입체 이성질체(FK228)는 히스톤 디아세틸라제 저해 작용을 가지고 있으며 강력한 항암 효과를 가지는 것으로 보고되어 있다(예를 들어, JP-B-7-64872, Experimental Cell Research, US (1998), vol. 241, pp. 126-133). 그러나, 상기 화합물의 항암 효과를 예측할 수 있는 어떤 인자도 입증되어 있지 않고, 인 비트로(in vitro)에서의 결과처럼 인 비보(in vivo)에서도 적용될지 여부, 어떤 종양에 대해서 인 비보에서 유용한 효과를 보일지 여부 등 해결해야 할 문제가 많이 남아 있는 현실이다.
도1은 FK228의 인간 전립선암((a); PC-3) 및 신장암((b); ACHN)에 대한 항종양 효과를 나타내는 도면이다. 수직축은 종양증식율을, 수평측은 최초 투약 후로부터의 경과일 수를 나타내고 있으며, 종양증식율은 Day 0인 때의 부피를 1로 하여 종양세포의 부피를 상대적인 비율로 표시하였다.
본 발명의 목적은 히스톤 디아세틸라제 저해제 특히 강력한 히스톤 디아세틸라제 저해 작용을 가지는 것으로 알려진 화합물 A의 약효를 예측하는데 유용한 약효 예측의 지표가 되는 유전자를 얻는 방법 및 유전자의 발현양상을 조사하는 것을 특징으로 하는 히스톤 디아세틸라제 저해제의 약효를 예측하는 방법을 제공하는 데에 있다.
본 발명자들은 상기 문제를 해결하기 위해 광범위한 연구를 수행한 결과, 종양에 종류에 따라 히스톤 디아세틸라제 저해제의 항종양 효과가 변하는 것과 상기 변화는 특정 유전자 또는 단백질의 발현 양상의 변화와 연관되 있다는 것을 관측하였고, 이들 특정 유전자 (단백질)을 동정하고 종양세포에서의 발현 양상을 관찰하였으며, 이러한 관찰에 기초하여 히스톤 디아세틸라제 저해제의 효과를 예측하거나 평가하는 방법을 발견하여 본 발명을 완성하였다. 따라서, 본 발명은 다음을 제공한다.
(1) 히스톤 디아세틸라제 저해제의 효과 예측의 지표가 되는 유전자를 얻는 방법에 있어서, 적어도
(I) 종양세포에 대해 히스톤 디아세틸라제 저해제의 인 비보 항종양 효과를 조사하고, 상기 종양세포를 히스톤 디아세틸라제 저해제에 대해 감수성을 가지는 세포종 (감수성 종양세포) 및 저항성을 가지는 세포종 (저항성 종양세포)로 분리하는 단계; 및
(II) 상기 단계 (I)에서 분류한 감수성 종양세포 및 저항성 종양세포 각각의 유전자 발현 양식을 조사하고,
(i) 감수성 종양세포에서 발현이 많고 저항성 종양세포에서 발현이 적은 유전자, 또는
(ii) 감수성 종양세포에서 발현이 적고 저항성 종양세포에서 발현이 많은 유전자를 선택하는 단계를 적어도 포함하는 방법.
(2) (1)에 있어서, 히스톤 디아세틸라제 저해제가 하기 화학식 (I):
로 표현되는 화합물 또는 그것의 약제학적으로 허용되는 염인 방법.
(3) (1) 또는 (2)에 있어서, 종양세포가 전립선암, 위암 또는 신장암에서 유래되는 방법.
(4) (1)의 방법에 의해 얻은 적어도 한개의 유전자 발현량을 적어도 한종의 종양세포에 대해 조사하는 것을 특징으로 하는 히스톤 디아세틸라제 저해제의 항종양 효과를 예측하는 방법.
(5) (4)에 있어서, 히스톤 디아세틸라제 저해제가 하기 화학식 (I):
로 표현되는 화합물 또는 그것의 약제학적으로 허용되는 염인 방법.
(6) (4) 또는 (5)에 있어서, 적어도 한개의 유전자가 감수성 세포에서 발현이 많고 저항성 종양세포에서 발현이 적은 유전자인 방법.
(7) (4) 또는 (5)에 있어서, 적어도 한개의 유전자가 감수성 세포에서 발현이 적고 저항성 종양세포에서 발현이 많은 유전자인 방법.
(8) (1)의 방법에 의해 얻은 감수성 세포에서 발현이 많고 저항성 종양세포에서 발현이 적은 적어도 한개의 유전자 또는 감수성 세포에서 발현이 적고 저항성 종양세포에서 발현이 많은 적어도 한개의 유전자를 적어도 한종의 종양세포에 대해 조사하는 것을 특징으로 하는 히스톤 디아세틸라제 저해제의 항종양 효과를 예측하는 방법.
(9) (4) 내지 (8) 중 어느 하나에 있어서, 종양세포가 전립선암, 위암 또는 신장암으로부터 유래되는 방법.
본 발명은 히스톤 디아세틸라제 저해제의 효과, 특히 항암효과를 예측하는 지표가 되는 유전자를 얻는 방법을 제공한다. 상기 방법에 의해 종양세포로부터 얻은 유전자의 발현양식을 분석함으로써 히스톤 디아세틸라제 저해제의 치료에 대한 유용성 또는 대상 종양에 대해 효과 유무 등과 같은 정보를 얻을 수 있고, 이러한 정보는 "테일러 메이드 의약"에 기여할 수 있다. 게다가, 대상 종양에 대해 항암효과를 나타내는 히스톤 디아세틸라제 저해제를 인체에 실제 투여하지 않고 발견할 수 있다.
"히스톤 디아세틸라제 저해제"는 히스톤 디아세틸라제의 활성부위에 기질과 경쟁적으로 결합하거나, 히스톤 디아세틸라제의 활성부위가 아닌 다른 부위에 결합하여 히스톤 디아세티라제의 효소활성을 변화시키는 화합물이며, 히스톤 디아세틸라제 저해제로 공지된 화합물, 히스톤 디아세틸라제 저해 활성이 보고된 모든 화합물(합성 또는 천연) 및 장래에 보고된 모든 화합물을 포함한다. 특히, 전술한 화합물 A, 화합물 A의 염 및 화합물 A의 유도체(즉, 아세틸화된 화합물 A, 환원된 S-S 결합을 가지는 티올 폼)이 언급될 수 있다. 더욱이, 트리코스타틴 A, 소듐 부티레이트, 수베로일아닐라이드 히드록삼산(SAHA), MS-275, 사이클릭 히드록삼산-포함 펩타이드, 아피시딘, 트라폭신 등은 히스톤 디아세틸라제 저해 활성이 보고된 바 있다.
화합물 A는 비대칭 탄소 및 이중결합(예, FK228)을 가지므로 광학 이성질체, 기하 이성질체 등과 같은 입체 이성질체를 가질 수 있지만, 이러한 이성질체 전부와 이성질체의 혼합물 또한 본 발명에 사용되는 히스톤 디아세틸라제 저해제의 범주에 속한다.
나아가, 화합물 A, FK228 또는 그의 염(예, 포접 화합물 (즉, 수화물 등)) 의용매 화합물 또한 본 발명의 범위에 속한다.
본 명세서에서, 특별한 사항이 없다면, 간단히 화합물 A라고 하는 경우 식(II)로 표시되는 화합물도 포함한다.
화합물 A 및 화합물 A의 염은 공지되어 있으며 이용 가능하다. 예를 들어 화합물 A의 입체 이성질체 중 하나인 FK228은 호기성 조건에서 FK228을 생산하는 Chromobacterium 속에 속하는 균주를 배양함으로써 얻을 수 있고, 배양액으로부터 FK228을 회수할 수 있다. Chromobacterium 속에 속하며 FK228을 생산하는 균주는 예를 들어 Chromobacterium violaceum WB968 (FERM BP-1968)이 있다. FK228은 보다 구체적으로 JP-B-7-64872 (US 특허 제4977138호)에 개시된 균주에 의해 얻을 수 있다. FK228을 쉽게 얻을 수 있으므로 FK228을 생산하는 Chromobacterium 속에 속하는 균주를 배양하여 FK228을 얻는 것이 바람직하지만, 추가의 정제단계가 불필요하고 간단하다는 점에서 합성 또는 반합성 FK228도 역시 유리하다. 보다 구체적으로는 Khan W. Li, et al. (J. Am. Chem. Soc., vol. 118, 7237-7238(1996))에 보고된 방법으로 제조할 수 있다.
화합물 A의 염으로서는, 무기 염기를 가진 염(예를 들어, 나트륨염 및 칼륨염과 같은 알칼리 금속염, 칼슘염 및 마그네슘염과 같은 알칼리 토금속 염, 암모늄염), 유기 염기를 가진 염(예를 들어, 트리에틸아민염, 디이소프로필에틸아민염, 피리딘염, 피콜린염, 에탄올아민염, 트리에탄올아민염, 디시클로헥실아민염, N,N'-디벤질에틸렌디아민염 등과 같은 유기 아민염), 무기산 첨가 염(예를 들어, 염산염, 히드로브로마이드염, 황산염, 인산염 등), 유기 카복실산 또는 술폰산 첨가 염(예를 들어, 개미산염, 아세트산염, 트리플루오로아세트산염, 말레산염, 주석산염, 푸마르산염, 메탄술폰산염, 벤젠술폰산염, 톨루엔술폰산염 등), 염기성 또는 산성 아미노산을 가진 염(예를 들어, 아르기닌, 아스파라긴산(aspartic acid), 글루타민산 등) 등의 염기를 가진 염 또는 산 첨가 염이 언급될 수 있다.
본 발명에서, 인 비보 및 인 비트로는 통상 당해 분야에서 쓰이는 의미로 사용된다. 즉, "인 비보"는 대상이 되는 생체의 기능 또는 반응이 생체내에서 발현되는 상태를 의미하고, "인 비트로"는 그러한 기능 또는 반응이 시험관(조직배양 시스템, 세포배양 시스템, 무세포 시스템 등)에서 발현되는 상태를 의미한다.
본 발명의 히스톤 디아세틸라제 저해제의 항종양 효과를 예측하는 지표가 되는 유전자를 얻는 방법은, 적어도 다음의 단계를 포함한다.
(I) 종양세포에 대해 히스톤 디아세틸라제 저해제의 항종양 효과를 조사하고, 상기 종양세포를 히스톤 디아세틸라제 저해제에 대해 감수성을 가지는 세포종(감수성 종양세포) 및 저항성을 가지는 세포종(저항성 종양세포)으로 분리하는 단계; 및
(II) 상기 단계 (I)에서 분류한 감수성 종양세포 및 저항성 종양세포 각각의 유전자 발현 양식을 조사하고,
(i) 감수성 종양세포에서 발현이 많고 저항성 종양세포에서 발현이 적은 유전자, 또는
(ii) 감수성 종양세포에서 발현이 적고 저항성 종양세포에서 발현이 많은 유전자를 선택하는 단계.
본 발명이 사용되는 시험 대상인 종양세포(이하, 간단히 시험세포라고 함)는 히스톤 디아세틸라제를 가지는 한 특별히 제한되지는 않지만, 히스톤 디아세틸라제 저해제의 항종양 효과, 특히 저해제의 종양부위 특이성을 평가하는 것도 본 발명의 하나의 과제이기 때문에 사용하는 시험세포는 그 효과를 조사할 수 있는 종양으로부터 유래되는 것이 바람직하다. 예를 들어, 전립선암에 대한 효과가 평가하는 경우 배양된 인간 전립선암 세포인 PC-3 세포 등을 사용하고, 신장암에 대한 효과가 평가하는 경우 배양된 인간 신장암 세포인 ACHN 세포 등을 사용한다. 이런 종양세포를 포함하여 시험세포로 사용하는 각종 배양 인간 암세포는 시판되고 있으며 다양한 세포은행 등으로부터 입수가능하다. 장기적인 치료효과 또는 환자에 대한 개별적인 유효성, 즉 테일러 메이드 의약을 조사하기 위해 환자의 종양으로부터 얻은 암세포를 배양하여 시험세포로 사용하는 것이 가능하다.
종양세포에서 히스톤 디아세틸라제 저해제의 인 비보 항종양 효과를 조사하는 단계는 예를 들어 다음 과정에 의해 수행된다.
첫째, 시험대상이 되는 종양세포를 마우스, 래트, 래빗, 햄스터, 기니아 피그 등과 같은 시험 동물에 이식하여 시험적으로 종양을 형성시킨 시스템을 제조한다. 이 시스템에서 종양 이식 후에 히스톤 디아세틸라제 저해제를 투여하고, 종양 증식율을 측정하여 히스톤 디아세틸라제 저해제의 항종양 효과를 평가하였다. 증식율은 간편하게는 형성된 종양의 크기를 측정하여 판단하였다.
종양 세포는 당업계에 통상적으로 사용되는 방법을 이용하여 시험 동물에 이식된다. 예를 들어 누드 마우스로 계대증식시킨 고형 종양의 일부를 마우스에 이식하는 방법이 가능하다. 또한, 히스톤 디아세틸라제 저해제는 통상 항종양 효과를 기대해서 투여하는 것과 유사한 양 및 유사한 방법으로 투여될 수 있다. 즉, 복강내, 정맥내, 근육내 또는 경구투여가 사용될 수 있다. 투여량은 약물이 투여되는 시험동물의 종류와 체중 및 이식된 암 종류에 따라 달라지지만, 일반적으로 마우스에게 정맥투여하는 경우 1mg/kg - 5mg/kg 정도를 투여한다.
시험동물에게 투여하기 위한 히스톤 디아세틸라제 저해제 용액에 사용되는 용매는 히스톤 디아세틸라제 저해제를 용해하고 시험 대상인 종양세포 또는 시험동물에 대해 독성을 보이지 않는한 특별히 제한되지는 않는다. 일반적으로 에탄올, PEG400, 10% HCO-60 용액, 디메틸 술폭시드 또는 이들의 혼합용액 등으로 농축액을 제조하고, 생리식염수 등의 생리적 완충액으로 원하는 농도로 희석하여 사용한다.
소정의 히스톤 디아세틸라제 저해제를 임의의 투여량으로 투여한 경우, 증식 억제율이 70% 이상 (바람직하게는 80% 이상)의 강한 증식 억제효과를 보이는 종양세포를 히스톤 디아세틸라제 저해제에 대한 "감수성 종양세포"로 분류하고, 증식 억제율이 30% 이하 (바람직하게는 20% 이하)의 약한 증식 억제효과를 보이는 종양세포를 히스톤 디아세틸라제 저해제에 대한 "저항성 종양세포"로 분류한다.
예를 들어, 히스톤 디아세틸라제 저해제가 화합물 A인 경우, 세포는 화합물 A 감수성 종양세포 및 화합물 A 저항성 종양세포로 분류된다.
화합물 A 감수성 종양세포는 전술한 기준에 따라 종양세포에 대해 화합물 A에 의한 강한 증식 억제 효과를 보이는 타입의 종양세포를 말하며, 예를 들어 후술하는 실시예에서 보이는 것과 같이 전립선암 세포인 PC-3가 있다. 또한, 위암 세포인 SC-6도 화합물 A 감수성 종양세포의 한 종류이다. 반면, 화합물 A 저항성 종양세포는 전술한 기준에 따라 종양세포에 대해 화합물 A에 의한 약한 증식 억제 효과를 보이는 타입의 종양세포를 말하며, 예를 들어 후술하는 실시예에서 보이는 것과 같이 신장암 세포인 ACHN이 있다. 또한, 신장암 세포인 A498도 화합물 A 저항성 종양세포의 한 종류이다.
감수성 종양세포 및 저항성 종양세포로 분류된 각각의 종양세포에서 유전자 발현 양상을 조사하고, (i) 감수성 종양세포에서 발현이 많고 저항성 종양세포에서 발현이 적은 유전자, 또는 (ii) 감수성 종양세포에서 발현이 적고 저항성 종양세포에서 발현이 많은 유전자 (이하, 상기 유전자를 항종양 약효 예측 유전자라고 지칭함)를 선택하는 단계는 본 명세서에 기술된 각 기술 및 당업계에 통상 실시되는 방법을 이용하여 행할 수 있다. 바람직하게는 한번에 대량의 유전자 발현 양상을 분석할 수 있다는 점에서 유전자 칩을 이용한 기술을 사용하는 것이 좋다.
종양세포에서 항종양 약효 예측 유전자의 발현양상을 분석하는 것은 히스톤 디아세틸라제 저해제를 환자에게 투여하지 않고 인 비트로 시험에 의해 히스톤 디아세틸라제 저해제의 효과를 예측하는 유력한 수단이 될 수 있다.
본 발명은 항종양 약효 예측 유전자의 발현량을 적어도 1종, 바람직하게는 2종 이상의 종양세포에 대해 조사하는 것을 특징으로 하는 히스톤 디아세틸라제 저해제의 항종양 효과를 예측하는 방법을 제공한다.
유전자의 발현양식을 분석하는 방법은 또한 당업계에서 통상 실시되는 방법을 이용하여 행할 수 있다. 예를 들어 다음과 같은 방법을 사용할 수 있다.
(1) 시험대상이 되는 종양세포로부터 유전자, 특히 mRNA 또는 단백질을 추출한다.
이 단계는 통상 당업계에서 사용되는 방법에 의해 행할 수 있고, 또한 필요한 시약 등을 포함하는 키트도 사용할 수 있다. 종양세포로부터 유전자 또는 종양세포의 추출은 적당한 콘풀루언트(confluent) 종양세포로부터 추출하는 것이 좋지만 보다 대량으로 추출할 수 있으므로 마우스 등과 같은 동물에게 계대배양하고, 이식하여 증식시킨 종양 단편으로부터 추출하는 것이 바람직하다.
(2) 특정 유전자(또는 특정 단백질)에 특이적 친화성을 가지는 물질을 이용해서, 특정 유전자(또는 특정 단백질)의 존재를 검출한다. 여기서, 특정 유전자(또는 특정 단백질)는 상술한 히스톤 디아세틸라제 저해제의 약효 예측 지표가 되는 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질을 의미하며, 구체적으로는 후술하는 표 1-3에 기재된 유전자이다.
본 발명에서 측정하는 특정 유전자(또는 특정 단백질)는 한종류의 측정으로도 충분하지만 더욱 자세한 항종양 효과를 알아야 할 필요가 있는 경우에는 두종류 이상의 특정 유전자(또는 특정 단백질)를 동시에 측정하는 것이 바람직하다. 더욱 바람직하게는 감수성 종양세포에서 발현이 많고 저항성 종양세포에서 발현이 적은 유전자 그룹에서 선택한 적어도 한종류의 유전자 발현 및 감수성 종양세포에서 발현이 적고 저항성 종양세포에서 발현이 많은 유전자 그룹에서 선택한 적어도 한종류의 유전자 발현을 분석하는 것이 좋다.
특정 유전자 또는 특정 단백질에 대해 특이적 친화성을 가지는 물질은 시험세포에서 발현을 검출할 정도의 감도를 가지는 한 특별히 제한되지는 않는다. 여기에서 "특이적 친화성"은 목적 유전자 또는 단백질에 대해 혼성화하거나 결합하는 성질을 의미한다. 특정 유전자를 검출하는 물질은 상기 유전자 전부 또는 일부에 완전히 상보적인 물질 또는 상술한 성질을 만족시키는 범위내에서 하나 내지 수개의 미스매치를 포함하는 물질일 수 있다. 구체적으로 상기 유전자의 일부 또는 전체 및 그것에 상보적인 서열을 포함하는 올리고- 또는 폴리-뉴클레오티드 등일 수 있고, 검출할 유전자의 형태에 따라 적절히 선택한다. 이러한 물질은 유전자와 특이적 친화성을 가지고 있는 한 물질의 유래가 특히 제한되지는 않고, 이러한 물질은 합성하거나 유전자의 필요한 부위를 절단하고 통상적인 방법에 의해 정제함으로써 얻을 수 있다. 상기 물질은 형광물질, 효소, 방사성 동위원소 등으로 표지될 수 있다. 특정 단백질을 검출하는데 사용되는 물질로는 예를 들어 특정 단백질 또는 그것의 절편에 특이적 친화성을 가지는 항체일 수 있다. 그것의 특이적 친화성은 항원-항체 반응 및 단백질을 특이적으로 인식하고 단백질에 결합하는 능력을 의미한다. 항체 및 항체의 절편은 그들이 단백질에 특이적으로 결합하는 한 특별히 제한되지는 않고, 폴리클로날 항체, 모노클로날 항체 및 그것의 기능적 절편일 수 있다. 이러한 항체 및 그것의 기능적 절편은 당해 분야에서 통상 사용되는 방법에 의해 제조될 수 있다. 이러한 항체 및 그것의 절편은 형광물질, 효소, 방사성 동위원소 등으로 표지될 수 있다.
시험 세포로부터 유전자, 특히 mRNA 및 단백질의 추출은 당해 분야에서 통상 사용되는 방법에 의해 또는 그런 방법을 적절히 조합함으로써 제조될 수 있다. mRNA를 추출하는 경우는 상술한 특정 유전자에 특이적 친화성을 가지는 물질을 이용하여 노던 블롯, RT-PCT와 같은 당해 분야에서 통상 사용되는 방법을 이용하여 그것의 발현 양상을 조사한다. 반면 단백질을 추출하는 경우는 상술한 특정 단백질에 특이적 친화성을 가지는 물질(항체, 그것의 절편 등)을 이용하여 이뮤노 블롯, 웨스터 블롯과 같은 당해 분야에서 통상 사용되는 방법을 이용하여 그것의 발현 양상을 조사한다.
또한, 상기 유전자의 발현 양상을 분석은 전술한 방법에 더하여 바람직하게는 한번에 대량의 유전자 발현을 조사할 수 있는 잇점으로 유전자 칩을 이용하는 방법을 사용한다.
항종양 효과 예측 유전자의 발현 양식을 분석함으로써 시험한 히스톤 디아세틸라제 저해제가 종양세포에 효과적으로 항종양 활성을 보이는지 여부에 대해 예측하는 것이 가능하다. 예를 들어, 저항성 종양세포와 비교하여 감수성 종양세포에서 발현이 2배 이상 높은 유전자군(항종양 효과 유전자 A) 및 감수성 종양세포와 비교하여 저항성 종양세포에서 발현이 2배 이상 높은 유전자군(항종양 효과 유전자 B)으로 분류하는 경우, 항종양 효과 예측 유전자 A의 발현이 높은 종양세포 및/또는 항종양 효과 예측 유전자 B의 발현이 적은 종양세포에 대해서는 상기 히스톤 디아세틸라제 저해제의 효과를 기대할 수 있다.
또한, 유전자 칩을 이용하는 경우에는 이하의 조작을 행하여 약효를 예측하는 것이 가능하다.
1. 화합물 A 투여전의 환자로부터 종양조직의 일부를 채취한다.
2. 종양세포로부터 RNA를 추출한다.
3. 추출한 RNA로부터 cDNA의 합성, cRNA의 합성, cRNA의 단편화를 행한다.
4. 유전자 칩에 하이브리다이제이션을 행한다.
5. 유전자 칩을 세수, 염색 및 스캔한다.
6. 감수성 종양의 약효 예측 후보 유전자군의 발현패턴과의 상동성을 검사한다(*) 분석화면에 발현량이 높은 유전자(표준화된 데이타가 1 이상)는 빨간색으로 표시되고 발현량이 적은 유전자(표준화된 데이타가 1 미만)는 푸른색으로 표시된다).
7. 높은 상동성을 가지는 종양은 약효 발현의 가능성이 높은 것으로 판단한다.
임상적으로 환자로부터 채취한 종양세포를 시험세포로 사용하는 경우에 각각의 환자에 따른 개체 특이성을 반영한 항종양 효과의 예측이 가능하다.
본 발명은 상술한 히스톤 디아세틸라제 저해제의 항종양 효과 평가 방법을 이용하여, 종양 부위(종류)에 특이적인 항종양 활성을 가지는 히스톤 디아세틸라제 저해제의 스크리닝 방법을 제공할 수 있다. 대상 종양 유래의 시험세포를 사용하여 히스톤 디아세틸라제 저해제를 처리하고 전술한 방법에 따라 항종양 효과의 유무를 조사함으로써 각 저해제의 종양 부위 특이성을 평가할 수 있다.
이하, 본 발명을 실시예로서 상세하게 설명하지만, 본 발명이 이것에 한정되는 것은 아니다.
실시예 1
화합물 A 감수성 종양 및 화합물 A 저항성 종양의 평가
(1) 약제 조제
FK288을 필요량 만큼 무게를 재고, 용매 (10% HCO-60/살린)을 가하고 초음파로 용해한다. 양성 대조물질 파클리탁셀(paclitaxel)은 시험에 앞서 24ml로 만든 크레모포(cremophor) EL/에탄올 (1:1) 용액에 용해시키고, 냉장보관하였다. 사용시, 9배의 생리 식염수를 가하여 2.4mg/ml로 희석하였다(용매성분: 5% 크레모포 EL - 5% 에탄올 - 90% 에탄올).
(2) 시험동물
약제의 항종양 시험에는 일본 찰스 리버(Charles River)로부터 구매한 BALB/cANnNCrj-nu/nu 마우스(수컷, 6주령)를 1주 이상의 순화 사육 후에 시험에 사용하였다. 마우스는 SPF 환경에서 사육하고 물은 자유로이 섭취하도록 하였다.
(3) 시험 종양
인간 배양 전립선암 세포주 1계(ACHN: ATCC로부터 입수), 인간 배양 신장암 세포주 1계(PC-3: ATCC로부터 입수)의 세포 2 ~ 3×107개를 누드 마우스의 피하에 이식하고, 이식한 고형 종양을 3대 이상 계대 후, 시험에 사용하였다.
(4) 시험이식 및 군 분류
누드 마우스에서 계대한 고형 종양을 약 3mm의 네모난 종양 조직 절편으로 해서 마우스의 오른쪽 등에 이식하였다. 종양 이식 후, 종양체적(½×긴지름×짧은지름2)이 100 ~ 300mm3에 도달하는 시점에 종양 크기의 차이가 없도록 마우스를 6마리당 1군으로 분류하였다.
(5) 투여
투여는 군 분류 당일(Day 0)에 시작하였다. FK228 투여군은 4일마다 3회(q4d×3), FK228을 정맥내에 투여했다(3.2 및 1.8mg/kg). 양성 대조물질 파크리탁셀 투여군은 5일간 연속(qd×5)으로 파크리탁셀을 정맥내에 투여했다(24mg/kg). 대조군에는 용매(10% HCO-60/식염수)만을 투여했다. 각 투여액의 양은 투여일에 측정한 체중에 기초하여 계산하였다(0.1ml/10g체중). 또한, FK228 3.2mg/kg/day (q4d×3) 및 파크리탁셀 24mg/kg/day (qd×5)는 그것의 최대 허용양(maximum tolerated doses, MTD)이다.
(6) 종양 크기 및 체중의 측정
종양 크기(긴지름, 짧은지름) 및 체중을 Day 0부터 주 2회 측정하였다.
(7) 항종양 효과의 평가
종양의 증식 수준은 종양 증식률(상대적 종양 부피)에 기초하여 평가했다. 증식 억제율은 Day 0일때의 종양 부피를 1로 하여 Day 0 이후의 종양 부피의 상대적 비율로 표시했다.
결과를 도1에 도시했다. FK228은 3.2mg/kg의 투여량 PC-3에서 강한 항종양 작용을 보였지만(도1(a)), ACHN에 대해서는 항종양 작용을 보이지 않았다(도1(b)).
실시예 2
화합물 A 감수성 종양 및 화합물 A 저항성 종양
(1) 시험재료
약제: 화합물 A (FK228)
투여량: 3.2mg/kg
투여용량: 10ml/kg
용매: 10% HCO-60/식염수 용액
제형: 용액 (사용시 제조)
종양 세포: 인간 전립선암 PC-3 (종양 절편 3mm×3mm×3mm/마우스 이식 부위 s.c)
인간 위암 SC-6; 재단법인 시험동물연구소로부터 입수 (종양 절편 3mm×3mm×3mm/마우스 이식 부위 s.c)
인간 신장암 ACHN (종양 절편 3mm×3mm×3mm/마우스 이식 부위 s.c)
인간 신장암 A498; ATCC로부터 입수 (종양 절편 3mm×3mm×3mm/마우스 이식 부위 s.c)
계대 동물: 수컷 BALB c/nu/nu
(2) 순서 및 결과
실시예 1에서 보인 방법에 따라 누드 마우스 피하에 3mm의 네모난 종양 절편(인간 전립선암 PC-3, 인간 위암 SC-6, 인간 신장암 ACHN 및 인간 신장암 A498)을 이식하고, 종양 부피가 100 ~ 300mm3(긴지름 9mm, 짧은지름 8mm)에 도달하는 시점에 FK228 3.2mg/kg을 정맥내 투여한 경우 종양 증식억제율은 각각 98%, 84%, 20% 및 29%였다. 이 결과로부터, PC-3 및 SC-6를 화합물 A 감수성 종양으로, ACHN 및 A498을 화합물 A 저항성 종양으로 평가하였다.
실시예 3
유전자 칩을 이용한 화합물 A 감수성 종양 및 화합물 A 저항성 종양에서의 유전자 발현 양식의 분석
(1) 시험재료
종양 세포: 인간 전립선암 PC-3 (종양 절편 3mm×3mm×3mm/마우스 이식 부위 s.c)
인간 위암 SC-6; 재단법인 시험동물연구소로부터 입수 (종양 절편 3mm×3mm×3mm/마우스 이식 부위 s.c)
인간 신장암 ACHN (종양 절편 3mm×3mm×3mm/마우스 이식 부위 s.c)
인간 신장암 A498; ATCC로부터 입수 (종양 절편 3mm×3mm×3mm/마우스 이식 부위 s.c)
계대 동물: 수컷 BALB c/nu/nu
RNA 추출: RNeasy Mini Kit (50) (Qiagen)
RNase, DNase free water (Life Technologies)
DNA 합성: Superscript Choice system (Life Technologies)
Ethachinmate (Nippon gene)
T7-(dT)24 Primer (Amersham Pharmacia)
cDNA 합성: BioArray RNA Transcript Labeling kit (Amersham Pharmacia)
cRNA 단편화: Trizma Base (SIGMA)
빙초산 (SIGMA)
아세트산 마그네슘 (SIGMA)
아세트산 칼륨 (SIGMA)
하이브리다이제이션: Eukaryotic Hybridization Control Kit (Amersham Pharmacia)
0.5M EDTA 용액 (SIGMA)
MES Sodium Salt (SIGMA)
MES Free Acid Monohydrate (SIGMA)
Herring Sperm DNA (Promega)
아세틸화된 보바인 세럼 알부민 용액 (Life Technologies)
사용 칩: HuGeneFL array (Amersham Pharmacia)
(2) 세포제조 및 RNA 추출
누드 마우스 피하에 3mm의 네모난 종양 절편(인간 전립선암 PC-3, 인간 위암 SC-6, 인간 신장암 ACHN 및 인간 신장암 A498)을 이식하고, 종양 부피가 100 ~ 300mm3(긴지름 9mm, 짧은지름 8mm)에 도달하는 시점에 종약을 적출하며, RNeasy Mini Kit (50) (Qiagen) 프로토콜에 따라 총 RNA를 추출하였다. RNA를 정량하고, 전기영동으로 확인하였다.
(3) cRNA의 합성
GeneChip 메뉴얼의 제2장 ~ 제4장, RNeasy Mini Kit 및 RNA Transcript Labeling kit의 메뉴얼에 따라 RNA의 정제, cDNA의 합성, cRNA의 합성, cRNA의 단편화를 행하였다.
(4) 하이브리다이제이션, 세수-염색, 스캐닝
하이브리다이제이션, 세수-염색, 스캐닝은 GeneChip 메뉴얼의 제5장 ~ 제7장에 따라 행하였다.
(5) 분석
GeneSpring(마이크로 어레이 데이타 해석 소프트: Silicon Genetics 제조)을 사용하여 분석하였다.
분석 조건은 다음과 같다.
분석 조건
· Raw data는 4개의 종양세포 중 적어도 1개의 종양에 대해 100개 이상이다.
· 화합물 A 감수성 종양간의 또는 화합물 A 저항성 종양간의 표준화된 데이타의 차이가 2배 이내이다.
· 화합물 A 감수성 종양 및 화합물 A 저항성 종양의 표준화된 데이타 차이가 2배 이상이다.
결과적으로, 화합물 A 저항성 종양보다 화합물 A 감수성 종양에서 2배 이상 발현이 높은 유전자를 27개(표1), 화합물 A 감수성 종양보다 화합물 A 저항성 종양에서 2배 이상 발현이 높은 유전자를 49개(표2~3) 얻었다.
표1. 화합물 A 감수성 종양(Sensitive Tumor)에서 발현이 높고 및 화합물 A 저항성 종양(Resistant Tumor)에서 발현이 낮은 유전자.
유전자 접근 번호 설명
1 L11005_at 알데히드 옥시다제 1
2 X12517_at 스몰 뉴클리어 리보뉴클레오단백질 폴리펩타이드 C
3 U43944_at 말릭 엔자임 1, 가용성
4 U52100_at 에피테리얼 막 단백질 2
5 U65579_at NADH 디하이드로제나제(유비퀴논) Fe-S 프로틴 8(23kD) (NADG-코엔자임 Q 리덕타제)
6 X06272_at 신호 인지 입자 수용체 ('독킹 프로틴')
7 D42047_at ha3662 유전자 생산물은 마우스 글리세로포스페이트 디하이드로제나제와 관련됨
8 D90086_at 피부베이트 디하이드로제나제 (리포아미드) 베타
9 U61734_s_at
10 J03798_at 스몰 뉴클리어 리보단백질 Sm-D
11 X05299_at 센트로미어 프로틴 B (80kD)
12 L34155_at 라미닌, 알파 3 (니세인(150kD), 칼리닌(165kD), BM600(150kD), 에틸레그린)
13 U60521_at 카스파제 9, 세포사멸-관련된 시스테인 프로테아제
14 Y10807_s_at HMT1 (hnRNP 메틸트랜스퍼라제, S. cerevisiae)-유사 2
15 U44754_at 스몰 뉴클리어 RNA 활성 복합체, 폴리펩타이드 1, 43kD
16 U78107_at N-에틸말레이미드-센시티브 인자 부착 단백질, 감마
17 U60644_at Vaccinai virus HindIII K4L ORF 및 Vaccinai virus p37 (HindIII F13L ORF)
18 U32986_s_at 손상-특이적 DNA 결합 단백질
19 D59253_at 두개의 RNP 컨센수스 부위를 가지는 RNA-결합 단백질
20 U41767_s_at 디스인테그린 및 메탈로프로틴나제 도메인 15 (메타기딘)
21 U10550_at 출처: 인간 Gem GTPase (gem) mRNA, 완전한 cds.
22 D38521_at ha0919 유전자 생성물은 신규함
23 J04823_nral_at 시토크롬 c 옥시다제 서브유니트 VIII
24 M21154_at S-아데노실메티오닌 디카복실라제 1
25 X78565_at 헥사브라키온 (테나스신 C, 시토택틴)
26 D50405_at 히스톤 디아세틸라제 1
27 X04366_at 칼파인, 라지 폴리펩타이드 L1
표2~3: 화합물 A 감수성 종양(Sensitive Tumor)에서 발현이 적고 및 화합물 A 저항성 종양(Resistant Tumor)에서 발현이 높은 유전자.
유전자 접근 번호 설명
1 U84487_at 스몰 인듀서블 시토카인 서브패밀리 D (Cys-X3-Cys), 멤버 1 (프락탈킨, 뉴로탁틴)
2 M33600_f_at 메이저 히스토컴패터빌러티 복합체, 클래스 II, DR 베타 5
3 J03474_at 아밀로이드 A 전구체
4 L24564_at 당뇨병과 연관된 Ras-관련
5 J05428_at UDP 글리코실트랜스퍼라제 2 패밀리, 폴리펩타이드 B7
6 L03840_s_at 피브로블라스트 성장 인자 수용체 4
7 M35878_at 인슐린-유사 성장 인자 결합 단백질 3
8 HG4318-HT4588_s_at
9 X87241_at FAT 종양 억제제 (Drosophilia) 호몰로그
10 M59807_at 내츄럴 킬러 셀 트랜스크립트 4
11 HG2379-HT3996_s_at
12 D16532_at 매우 낮은 밀도의 리포프로틴(VLDL) 수용체
13 U37546_s_at 세포사멸 저해제 1
14 X72889_at 출처: H. sapiens hbrm mRNA
15 U66838_at 사이클린 A1
16 Z23090_at 히트 쇼크 27kD 단배질 1
17 U16031_at 트랜스크립션 6의 신호 전달 및 활성화, 인터루킨-4 유도
18 D84110_at 다른 스플라이싱 (또한 D84107-D84111 참조)
19 M55998_s_at
20 D28124_at 뉴로블라스토마 후보 영역, 튜머리제니서티 1의 억제
21 HG3548-HT3749_at
22 X86809_at 아스트로사이트 15에 풍부한 인단백질
23 M79462_at 프로미올리틱 백혈병
24 M59465_at 종양 괴사 인자, 알파-유도된 단백질 1 (엔도테리알)
25 HG2379-HT3997_s_at
26 Z36715_at ELK3, ETS-도메인 단백질 (SRF 액세서리 단백질 2) 주석: 기호 및 명칭은 임시적이다.
27 U41654_at 푸터티브 GTP-결합 단백질, 스몰 GTPase 패밀리 멤버의 호몰로그
28 U72882_s_at 출처: 인간 인터페론-유도 류이신 지퍼 단백질 (IFP35) mRNA, 부분 cds.
29 U72649_at 래트 PC3 및 뮤린 TIS21 유전자 호몰로그
30 U47621_at
31 L22214_at 아데노신 A1 수용체
32 U68494_at 출처: 인간 hbc647 mRNA 서열
33 X69699_at 짝지워진 박스 유전자 8
34 X63717_at 종양 괴사 인자 수용체 서브패밀리, 멤버 6
35 U04285_s_at
36 L38969_at 출처: 호모 사피엔스 트롬보스폰딘 3 (THBS3) mRNA, 완전한 cds.
37 Y10032_at 출처: 푸터티브 세린/트레오닌 단백질 키나아제에 ㄷ대한 호모 사피엔스 mRNA
38 L48513_at 파라옥손나제 2
39 U89942_at 리실 옥시다제-유사 2
40 Z12173_at 글루코사민 (N-아세틸)-6-술파타제 (산필리포 질병 IIID)
41 U59423_at Sma 및 Mad 호몰로그
42 X68277_at 이중 특이성 포스파타제 1
43 U45878_s_at HIAP-1
44 L08187_at
45 X71874_cds1_at 프로테아좀 (프로좀, 마크로파인) 서브유니트, 베타 타입, 10
46 D50863_at 테스티스-특이성 키나아제 1
47 X91911_s_at
48 U65011_at 사이토리틱 T 림프구에 의해 인식되는 종양 항원을 코딩
49 U90313_at 글루타티온-S-트랜스퍼라제 유사
본 발명의 방법에 얻은 히스톤 디아세틸라제의 약효, 특히 항종양 효과의 지표가 되는 유전자는, 히스톤 디아세틸라제 저해제의 약효와의 상관성 및 히스톤 디아세틸라제에 대해 감수성 또는 저항성과의 상관성을 시사하는 유전자이고, 이 유전자를 히스톤 디아세틸라제 저해제의 약효 예측 지표로 이용할 수 있다.
서열 리스트 프리 텍스트
SEQ ID; No 1: Xaa는 식 NH2C(CHCH3)COOH로 표시되는 아미노산이다.
식 COOHCH2CH(CHCHC2H4SH)OH의 카복실기는 첫번째 아미노산인 Val의 아미노기에 결합하고, 히드록실기는 네번째 아미노산인 Val의 카복실기에 결합하며, SH기는 두번째 아미노산인 Cys의 SH기와 이황화 결합을 한다.
본 출원은 일본에서 출원한 특허출원 제2003-041790에 기초하며, 그 내용은 본 명세서에 전부 포함되어 있다.
SEQUENCE LISTING <110> FUJISAWA PHARMACEUTICAL CO., LTD. <120> Prediction-method for anti-tumor effect of histone deacetylase inhibitor <130> 09608 <150> JP 2003-041790 <151> 2003-02-19 <160> 1 <170> PatentIn version 3.1 <210> 1 <211> 4 <212> PRT <213> Chromobacterium sp. <220> <221> SITE <222> (3) <223> Xaa is an amino acid represented by the formula NH2C(CHCH3)COOH. <221> SITE <222> (1),(2),(4) <223> In the formula COOHCH2CH(CHCHC2H4SH)OH, the carboxylic group is bonded with the amino group of the first amino acid Val, the hydroxyl group is bonded with the carboxylic group of the fourth amino acid Val, and the SH group is bonded with the SH group of the second amino acid Cys via a disulfide bond. <400> 1 Val Cys Xaa Val 4

Claims (9)

  1. (1) 종양세포에 대해 히스톤 디아세틸라제 저해제의 인 비보(in vivo) 항종양 효과를 조사하고, 상기 종양세포를 히스톤 디아세틸라제 저해제에 대해 감수성을 가지는 세포종 (감수성 종양세포) 및 저항성을 가지는 세포종 (저항성 종양세포)로 분리하는 단계; 및
    (2) 상기 단계 (1)에서 분류한 감수성 종양세포 및 저항성 종양세포 각각의 유전자 발현 양식을 조사하고,
    (i) 감수성 종양세포에서 발현이 많고 저항성 종양세포에서 발현이 적은 유전자, 또는
    (ii) 감수성 종양세포에서 발현이 적고 저항성 종양세포에서 발현이 많은 유전자를 선택하는 단계를 적어도 포함하는 히스톤 디아세틸라제 저해제의 효과 예측의 지표가 되는 유전자를 얻는 방법.
  2. 제1항에 있어서, 히스톤 디아세틸라제 저해제가 하기 화학식 (I):
    로 표시되는 화합물 또는 그의 약제학적으로 허용되는 염인 방법.
  3. 제1항 또는 제2항에 있어서, 종양세포가 전립선암, 위암 또는 신장암에서 유래되는 방법.
  4. 제1항의 방법에 의해 얻은 적어도 한개의 유전자 발현량을 적어도 한종의 종양세포에 대해 조사하는 것을 특징으로 하는 히스톤 디아세틸라제 저해제의 항종양 효과를 예측하는 방법.
  5. 제4항에 있어서, 히스톤 디아세틸라제 저해제가 하기 화학식 (I):
    로 표현되는 화합물 또는 그것의 약제학적으로 허용되는 염인 방법.
  6. 제4항 또는 제5항에 있어서, 적어도 한개의 유전자가 감수성 세포에서 발현이 많고 저항성 종양세포에서 발현이 적은 유전자인 방법.
  7. 제4항 또는 제5항에 있어서, 적어도 한개의 유전자가 감수성 세포에서 발현이 적고 저항성 종양세포에서 발현이 많은 유전자인 방법.
  8. 제1항의 방법에 의해 얻은 감수성 세포에서 발현이 많고 저항성 종양세포에서 발현이 적은 적어도 한개의 유전자 및 감수성 세포에서 발현이 적고 저항성 종양세포에서 발현이 많은 적어도 한개의 유전자의 발현량을 적어도 한종의 종양세포에 대해 조사하는 것을 특징으로 하는 히스톤 디아세틸라제 저해제의 항종양 효과를 예측하는 방법.
  9. 제4항 내지 제8항 중 어느 한항에 있어서, 종양세포가 전립선암, 위암 또는 신장암으로부터 유래되는 방법.
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Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR101483805B1 (ko) * 2007-01-30 2015-01-16 파마시클릭스, 인코포레이티드 히스톤 데아세틸라제 억제제에 대한 암 내성을 확인하는 방법

Families Citing this family (18)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US7951780B2 (en) 2004-02-25 2011-05-31 Astellas Pharma Inc. Antitumor agent
CA2596405A1 (en) * 2005-02-07 2006-08-10 Topotarget Uk Limited Assays for agents with selective cytotoxicty to hdac resistant cell lines
ZA200800901B (en) 2005-07-14 2010-05-26 Takeda San Diego Inc Histone deacetylase inhibitors
WO2007061939A2 (en) * 2005-11-18 2007-05-31 Gloucester Pharmaceuticals, Inc. Metabolite derivatives of the hdac inhibitor fk228
GB0606096D0 (en) 2006-03-27 2006-05-03 Cbmm Sa Screening method
WO2007145704A2 (en) * 2006-04-24 2007-12-21 Gloucester Pharmaceuticals Gemcitabine combination therapy
WO2007146730A2 (en) * 2006-06-08 2007-12-21 Gloucester Pharmaceuticals Deacetylase inhibitor therapy
AU2007340129B2 (en) 2006-12-26 2012-02-02 Pharmacyclics Llc Method of using histone deacetylase inhibitors and monitoring biomarkers in combination therapy
AU2007342028B2 (en) 2006-12-29 2013-06-13 Celgene Corporation Purifiction of romidepsin
CN101687010A (zh) * 2006-12-29 2010-03-31 格洛斯特制药公司 制备Romidepsin
MY185130A (en) 2010-07-12 2021-04-30 Celgene Corp Romidepsin solid forms and uses thereof
US8859502B2 (en) 2010-09-13 2014-10-14 Celgene Corporation Therapy for MLL-rearranged leukemia
SG2014014419A (en) 2011-09-13 2014-07-30 Pharmacyclics Inc Formulations of histone deacetylase inhibitor in combination with bendamustine and uses thereof
CN103183725B (zh) * 2011-12-27 2016-06-08 杭州景杰生物科技有限公司 一种蛋白质赖氨酸巴豆酰化修饰的检测及亲和试剂开发的方法
WO2013158984A1 (en) 2012-04-19 2013-10-24 Acetylon Pharmaceuticals, Inc. Biomarkers to identify patients that will respond to treatment and treating such patients
AU2013202506B2 (en) 2012-09-07 2015-06-18 Celgene Corporation Resistance biomarkers for hdac inhibitors
AU2013202507B9 (en) 2012-11-14 2015-08-13 Celgene Corporation Inhibition of drug resistant cancer cells
NZ630311A (en) 2013-12-27 2016-03-31 Celgene Corp Romidepsin formulations and uses thereof

Family Cites Families (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
GB8817743D0 (en) * 1988-07-26 1988-09-01 Fujisawa Pharmaceutical Co Fr901228 substance & preparation thereof
CA2317003A1 (en) * 2000-02-28 2001-08-28 Hidenori Nakajima Gene expression potentiator
JP4810784B2 (ja) * 2000-07-17 2011-11-09 アステラス製薬株式会社 還元型ｆｋ２２８およびその用途
MXPA04001612A (es) * 2001-08-21 2004-07-08 Fujisawa Pharmaceutical Co Uso medicinal de inhibidor de la histona desacetilasa y metodo para evaluar el efecto antitumoral del mismo.
AU2003214055A1 (en) * 2002-02-08 2003-09-02 Novartis Ag Method for screening for compounds having hdac inhibitory activity
EP1492596A1 (en) * 2002-04-05 2005-01-05 Fujisawa Pharmaceutical Co., Ltd. Depsipeptide for therapy of kidney cancer
DK2238982T3 (da) * 2003-06-27 2013-01-28 Astellas Pharma Inc Terapeutisk middel til blødt væv-sarcom
US7314862B2 (en) * 2003-09-25 2008-01-01 Astellas Pharma Inc. Antitumor agent
US7951780B2 (en) * 2004-02-25 2011-05-31 Astellas Pharma Inc. Antitumor agent

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR101483805B1 (ko) * 2007-01-30 2015-01-16 파마시클릭스, 인코포레이티드 히스톤 데아세틸라제 억제제에 대한 암 내성을 확인하는 방법

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Publication number Publication date
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