KR102651556B1 - Ca19-9 수준이 낮은 환자의 췌장암 진단용 조성물 - Google Patents
Ca19-9 수준이 낮은 환자의 췌장암 진단용 조성물 Download PDFInfo
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Abstract
CA19-9 수준이 낮은 췌장암 진단을 위한 바이오마커, 상기 바이오마커를 검출 가능한 제제를 포함하는 췌장암 진단용 조성물, 및 이를 이용한 췌장암 진단 방법에 관한 것이다.
Description
췌장암 진단을 위한 바이오마커, 상기 바이오마커를 검출 가능한 제제를 포함하는 췌장암 진단용 조성물, 및 이를 이용한 췌장암 진단 방법에 관한 것으로, 상기 췌장암 진단은 CA19-9 수준이 낮은 환자를 대상으로 하는 것을 특징으로 한다.
바이오마커(Biomarker)란 외부적인 영향으로 인해 생명체 내부에서 유발된 변화를 알아낼 수 있는 지표를 의미하며, 암, 신경계 질환 등 각종 질병을 진단하거나 특정 치료제의 효능을 예측하기 위한 용도로 연구가 활발히 진행되고 있다
한편, 췌장(Pancreas)은 위장의 뒤쪽에 위치한 20cm 정도의 길이의 소화액과 호르몬을 분비하는 장기로서, 일반적으로 췌장암이라고 하면 췌관암을 의미하는 것일 수 있다. 췌장암은 서양식 식사가 보편화되면서 점차 증가 추세이며, 주로 남자에게서 많이 발생하는 것으로 알려져 있고, 사망률이 높다. 췌장암은 흡연, 커피, 음주, 육식위주의 식사습관, 당뇨, 만성 췌장염, 비용종성 대장암 증후군 등의 병력과 베타나프틸아민(Beta-naphthylamine), 벤지딘(Benzidine) 등의 물질이 원인으로 알려져 있다.
한편, CA19-9(carbohydrate antigen 19-9)는 당지질로 루이스(Lewis) 혈액형 항원이 변형된 단클론 항체 종양 표지자이다. 처음에는 대장암 진단을 위해서 개발되었으나 최근에는 주로 췌장암 및 담관암을 대상으로 많이 이용되고 있다. 그러나 CA19-9는 간암, 위암 등 다른 암에서도 증가할 수 있고, 다양한 양성 질환(만성 간염, 간경화, 담관염, 췌장염 등)에서도 증가할 수 있다. 초기 췌장암이나 Lewis 항원 음성인 환자의 경우 악성 종양이 동반되어 있더라도 CA 19-9 종양표지자 검사는 정상일 수 있다. 따라서 단순히 CA 19-9 검사 결과만으로 악성 질환과의 감별은 쉽지 않다. 췌장암에서 CA 19-9의 정상 범위를 37 U/mL라고 하였을 때 정상 췌장 또는 췌장암을 제외한 다른 췌장질환과의 감별 능력은 민감도 70-90%, 특이도 68-91%라고 알려져 있다.
미국임상암학회(American Society of Clinical Oncology)의 가이드라인에 따르면, CA19-9는 대장암에서 선별 검사나 진단, 병기, 치료 효과 판정에 이용하기에는 근거가 부족하며 무증상의 건강한 사람들을 대상으로 한 췌장암 선별 검사에 이용하기에는 민감도나 특이도가 떨어진다. 수술 여부를 판단하는 데 있어서 수술이 불가능한 진행된 질환이나 수술 후 조기 재발하는 췌장암에서 CA19-9 수준이 높다는 연구 결과가 있다. 수술이나 항암 치료, 방사선 치료 후 재발이나 경과 판정에 있어서 CA19-9는 유용하게 이용될 수 있지만, 단일 종양표지자만으로 재발 여부를 판정해서는 안 되고 영상 검사, 조직 검사 등의 추가적인 검사를 시행해서 종합적으로 판단해야 한다.
특히, 실제 췌장암 환자 중에서도 CA19-9 수준이 정상 범위에 해당되는 정도로 낮은 경우가 있어서, 보다 효과적이고 정확한 췌장암 진단을 위한 기술의 개발이 요구된다.
일 예는 IFNL1(IL-29), IFNA1, IFNG, CXCL11(I-TAC), CCL2, CXCR4, SLC27A2(FATP2), PTGES, VEGFA, TNF, PTGES2, PTGS2(COX2), CCL5, CCR5, CXCR2, CLEC7A(DECTIN1), FOXP3, ARG1, CXCL8(IL-8), 및 이들의 코딩 유전자로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함하는, 췌장암 진단을 위한 바이오마커를 제공한다. 상기 바이오마커는 CA19-9 수준이 낮은 개체(환자)의 췌장암 진단에 사용(적용)하기 위한 것일 수 있다. 상기 바이오마커는 혈액의 버피 코트(buffy coat), 예컨대, CA19-9 수준이 낮은 개체(환자)로부터 분리된 혈액의 버피 코트에서 검출 또는 분석하기 위한 것일 수 있다.
다른 예는 IFNL1(IL-29), IFNA1, IFNG, CXCL11(I-TAC), CCL2, CXCR4, SLC27A2(FATP2), PTGES, VEGFA, TNF, PTGES2, PTGS2(COX2), CCL5, CCR5, CXCR2, CLEC7A(DECTIN1), FOXP3, ARG1, CXCL8(IL-8), 및 이들의 코딩 유전자로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 검출 가능한 제제를 포함하는, 췌장암 진단용 조성물 또는 췌장암 진단용 키트를 제공한다. 상기 췌장암 진단용 조성물 또는 췌장암 진단용 키트는 CA19-9 수준이 낮은 개체(환자)의 췌장암 진단에 사용(적용)하기 위한 것일 수 있다. 상기 췌장암 진단용 조성물 또는 췌장암 진단용 키트는 혈액의 버피 코트, 예컨대, CA19-9 수준이 낮은 개체(환자)로부터 분리된 혈액의 버피 코트에 사용(적용)하기 위한 것일 수 있다.
다른 예는 대상으로부터 분리된 혈액 시료에서 IFNL1(IL-29), IFNA1, IFNG, CXCL11(I-TAC), CCL2, CXCR4, SLC27A2(FATP2), PTGES, VEGFA, TNF, PTGES2, PTGS2(COX2), CCL5, CCR5, CXCR2, CLEC7A(DECTIN1), FOXP3, ARG1, CXCL8(IL-8) 및 이들의 코딩 유전자로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 검출하는 단계를 포함하는, 췌장암 진단 방법 또는 췌장암 진단에 정보를 제공하는 방법을 제공한다. 상기 혈액 시료는 혈액의 버피 코트를 포함하는 것일 수 있다. 상기 검출하는 단계는 혈액 시료에서 IFNL1(IL-29), IFNA1, IFNG, CXCL11(I-TAC), CCL2, CXCR4, SLC27A2(FATP2), PTGES, VEGFA, TNF, PTGES2, PTGS2(COX2), CCL5, CCR5, CXCR2, CLEC7A(DECTIN1), FOXP3, ARG1, CXCL8(IL-8), 및 이들의 코딩 유전자로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 존재 여부 및/또는 수준을 측정하는 단계를 포함할 수 있다. 상기 혈액 시료는 CA19-9 수준이 낮은 개체(환자)로부터 분리된 혈액 시료 (예, 버피 코트)일 수 있다.
상기 췌장암은 초기 췌장암, 후기 췌장암, 또는 이들 모두를 포함하는 것일 수 있다.
이하, 보다 상세히 설명한다:
췌장암 진단
본 명세서에서, "췌장암"은 췌장에 생기는 종양을 총칭하는 것으로, 장액성 낭성 종양, 점액성 낭성 종양, 췌관내 유두상 점액 종양, 고형 유두상 종양, 림프 상피성 낭종, 낭종성 기형종 등의 낭성 종양 (물혹)과 같은 양성 종양, 및 췌관 선암종, 선방세포 암종, 신경내분비 종양 등의 악성 종양 등을 예시할 수 있다. 본 명세서에서 제공되는 바이오마커에 의하여 진단 가능한 췌장암은 상기한 췌장암 중에서 선택될 수 있고, 예컨대, 악성 종양 중에서 선택될 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또한, 본 명세서에서, "췌장암"은, 진행 단계를 기준으로, 초기 췌장암 (예, 절제가능한 췌장암 (Resectable Pancreatic Cancer) 등), 후기 췌장암 (예, 경계성 절제가능한 췌장암 (Borderline Resectable Pancreatic Cancer), 국소 진행된 췌장암 (Locally Advanced Pancreatic Cancer), 전이성 췌장암 (Metastatic Pancreatic Cancer) 등), 또는 이들 중 선택된 하나 이상의 조합을 의미하는 것일 수 있다.
본 명세서에서, "진단"은 특정 질병 또는 질환에 대한 대상(subject)의 감수성(susceptibility)의 판정, 대상이 특정 질병 또는 질환을 현재 가지고 있는지 여부의 판정, 대상이 특정 질병 또는 질환에 걸릴 위험성의 판정, 특정 질병 또는 질환에 걸린 대상의 예후(prognosis)(예컨대, 전-전이성 또는 전이성 암 상태의 동정, 암의 단계 결정, 치료에 대한 암의 반응성 결정, 등)의 판정, 및/또는 테라메트릭스(therametrics)(예컨대, 치료 효능에 대한 정보를 제공하기 위하여 객체의 상태를 모니터링하는 것) 등을 포함할 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 명세서에서, 췌장암의 진단은 대상에서의 상기한 췌장암의 발병 여부, 발병 가능성(위험성)을 확인하거나, 및/또는 정상과 구별하는 것을 의미할 수 있다.
특히, 본 명세서에서의 진단 대상 췌장암은 CA19-9 수준이 낮은 췌장암을 포함할 수 있다. 일 예에서, CA19-9 수준이 낮은 췌장암이라 함은 혈액 (예컨대, 혈청, 혈장, 또는 전혈) 내 CA19-9 단백질의 수준이 정상 범위와 동등 이하 (정상 범위 또는 그 이하)인 경우를 의미하는 것일 수 있고, 예컨대, CA19-9 단백질 수준이 100 U/mL 이하 또는 미만, 95 U/mL 이하 또는 미만, 90 U/mL 이하 또는 미만, 85 U/mL 이하 또는 미만, 80 U/mL 이하 또는 미만, 75 U/mL 이하 또는 미만, 70 U/mL 이하 또는 미만, 65 U/mL 이하 또는 미만, 60 U/mL 이하 또는 미만, 55 U/mL 이하 또는 미만, 50 U/mL 이하 또는 미만, 45 U/mL 이하 또는 미만, 40 U/mL 이하 또는 미만, 39 U/mL 이하 또는 미만, 38 U/mL 이하 또는 미만, 또는 37 U/mL 이하 또는 미만, 예컨대, 37.0 U/mL 미만 (CA19-9 <37.0 U/mL)인 췌장암을 포함할 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
췌장암 진단을 위한 바이오마커
본 명세서에서, 췌장암 진단을 위한 바이오마커로서, IFNL1(IL-29), IFNA1, IFNG, CXCL11(I-TAC), CCL2, CXCR4, SLC27A2(FATP2), PTGES, VEGFA, TNF, PTGES2, PTGS2(COX2), CCL5, CCR5, CXCR2, CLEC7A(DECTIN1), FOXP3, ARG1, 및 CXCL8(IL-8)로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상, 예컨대, 상기 군에서 선택된 어느 하나 또는 2 이상 (예컨대, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 또는 19개)의 조합이 제공된다. 본 명세서에 기재된 바이오마커는 상기한 1종 이상의 단백질 및/또는 이를 코딩하는 유전자를 의미할 수 있다.
일 예에서, 상기 바이오마커는 IFNG, PTGES2, SLC27A2(FATP2), 및 TNF로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상, 즉, 어느 하나 또는 2 이상 (예컨대, 2개, 3개, 또는 4개)의 조합을 포함하는 것일 수 있다. 이 때, 상기 바이오마커는 IFNL1(IL-29), IFNA1, CXCL11(I-TAC), CCL2, CXCR4, PTGES, VEGFA, PTGS2(COX2), CCL5, CCR5, CXCR2, CLEC7A(DECTIN1), FOXP3, ARG1, 및 CXCL8(IL-8)로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상, 즉 어느 하나 또는 2 이상 (예컨대, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 및 15개)을 추가로 포함하는 것일 수 있다.
보다 구체적으로, 상기 바이오마커는,
(1) IFNG, PTGES2, SLC27A2(FATP2), 및 TNF로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상, 즉, 어느 하나 또는 2 이상 (예컨대, 2개, 3개, 또는 4개)의 조합 (바이오마커 (1))을 포함하거나,
(2) 상기 바이오마커 (1)을 포함하고, IFNG, PTGES2, SLC27A2(FATP2), 및 TNF의 4종 바이오마커 중 상기 선택된 1종 이상의 바이오마커 (1)을 제외한 나머지 중에서 선택된 1종 이상(바이오마커 (2))을 추가로 포함하거나,
(3) 상기 바이오마커 (1) 또는 바이오마커 (2)를 포함하고, IFNL1(IL-29), IFNA1, IFNG, CXCL11(I-TAC), CCL2, CXCR4, SLC27A2(FATP2), PTGES, VEGFA, TNF, PTGES2, PTGS2(COX2), CCL5, CCR5, CXCR2, CLEC7A(DECTIN1), FOXP3, ARG1, 및 CXCL8(IL-8)의 19종 바이오마커 중, (3-1) 상기 바이오마커 (1)을 제외한 나머지 중에서 선택된 1종 이상 또는 (3-2) 상기 바이오마커 (1) 및 (2)를 제외한 나머지 중에서 선택된 1종 이상을 추가로 포함하는 것일 수 있다.
다른 예에서, 상기 바이오마커는 SLC27A2(FATP2), CXCR4, VEGFA, TNF, PTGES2, PTGS2(COX2), CCL5, IFNG, CCL2, CCR5, CXCR2, CLEC7A(DECTIN1), 및 FOXP3으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상, 즉 어느 하나 또는 2 이상 (예컨대, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 또는 13개)의 조합을 포함하는 것일 수 있다. 이 때, 상기 바이오마커는 IFNL1(IL-29), IFNA1, CXCL11(I-TAC), PTGES, ARG1, 및 CXCL8(IL-8)로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상, 즉 어느 하나 또는 2 이상 (예컨대, 2개, 3개, 4개, 5개, 또는 6개)을 추가로 포함하는 것일 수 있다.
보다 구체적으로, 상기 바이오마커는,
(1) SLC27A2(FATP2), CXCR4, VEGFA, TNF, PTGES2, PTGS2(COX2), CCL5, IFNG, CCL2, CCR5, CXCR2, CLEC7A(DECTIN1), 및 FOXP3로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상, 즉 어느 하나 또는 2 이상 (예컨대, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 또는 13개)의 조합(바이오마커 (1))을 포함하거나,
(2) 상기 바이오마커 (1)을 포함하고, SLC27A2(FATP2), CXCR4, VEGFA, TNF, PTGES2, PTGS2(COX2), CCL5, IFNG, CCL2, CCR5, CXCR2, CLEC7A(DECTIN1), 및 FOXP3의 13종 바이오마커 중 상기 1종 이상의 바이오마커 (1)을 제외한 나머지 중에서 선택된 1종 이상(바이오마커 (2))을 추가로 포함하거나,
(3) 상기 바이오마커 (1) 또는 바이오마커 (2)를 포함하고, IFNL1(IL-29), IFNA1, IFNG, CXCL11(I-TAC), CCL2, CXCR4, SLC27A2(FATP2), PTGES, VEGFA, TNF, PTGES2, PTGS2(COX2), CCL5, CCR5, CXCR2, CLEC7A(DECTIN1), FOXP3, ARG1, 및 CXCL8(IL-8)의 19종 바이오마커 중, (3-1) 상기 1종 이상의 바이오마커 (1)을 제외한 나머지 중에서 선택된 1종 이상 또는 (3-2) 상기 바이오마커 (1) 및 (2)를 제외한 나머지 중에서 선택된 1종 이상을 추가로 포함하는 것일 수 있다.
예컨대, 상기 바이오마커는 SLC27A2(FATP2)를 포함하는 것일 수 있다. 이 때, 상기 바이오마커는 (1) SLC27A2(FATP2)를 포함하거나, (2) 상기 바이오마커 (1)을 포함하고, CXCR4, VEGFA, TNF, PTGES2, PTGS2(COX2), CCL5, IFNG, CCL2, CCR5, CXCR2, CLEC7A(DECTIN1), 및 FOXP3로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상, 즉 어느 하나 또는 2 이상 (예컨대, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 또는 12개)의 조합을 추가로 포함하거나, (3) 상기 바이오마커 (1) 또는 바이오마커 (2)를 포함하고, IFNL1(IL-29), IFNA1, IFNG, CXCL11(I-TAC), CCL2, CXCR4, PTGES, VEGFA, TNF, PTGES2, PTGS2(COX2), CCL5, CCR5, CXCR2, CLEC7A(DECTIN1), FOXP3, ARG1, 및 CXCL8(IL-8)의 18종 바이오마커 중에서 선택된 1종 이상을 추가로 포함하거나, 상기 18종 바이오마커 중 상기 1종 이상의 바이오마커(2)를 제외한 나머지 중에서 선택된 1종 이상을 추가로 포함하는 것일 수 있다.
다른 예에서, 상기 바이오마커는 TNF, IFNG, IL-29(IFNL1), I-TAC, DECTIN1, VEGFA, CCL2, CXCR4, CXCR2, ARG1, FATP2, PTGES2, 및 PTGES로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상, 즉 어느 하나 또는 2 이상 (예컨대, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 또는 13개)의 조합을 포함하는 것일 수 있다. 다른 예에서, 상기 바이오마커는 CCL2, CCR5, COX2, CXCR4, DECTIN1, FATP2, FOXP3, IFNG, IL-29(IFNL1), PTGES, PTGES2, TNF, 및 VEGFA로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상, 즉 어느 하나 또는 2 이상 (예컨대, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 또는 13개)의 조합을 포함하는 것일 수 있다. 다른 예에서, 상기 바이오마커는 CCL5, COX2, CXCR2, CXCR4, FATP2, IFNG, PTGES2, TNF, 및 VEGFA로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상, 즉 어느 하나 또는 2 이상 (예컨대, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 또는 9개)의 조합을 포함하는 것일 수 있다. 다른 예에서, 상기 바이오마커는 CCL2, CCL5, CXCR2, IFNG, IFNL1, PTGES2, FATP2, 및 TNF로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상, 즉 어느 하나 또는 2 이상 (예컨대, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 또는 8개)의 조합을 포함하는 것일 수 있다. 앞서 설명한 바와 같이, 상기 바이오마커는 상기한 1종 이상의 단백질 및/또는 이를 코딩하는 유전자를 의미할 수 있다.
일 구체예에서, 상기 췌장암 진단을 위한 바이오마커는 IFNL1(IL-29), 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합일 수 있다. 상기 바이오마커는, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료) 대비, 췌장암 시료에서 발현 수준 및/또는 농도가 높은(증가한) 특징을 가질 수 있다.
다른 구체예에서, 상기 췌장암 진단을 위한 바이오마커는 IFNA1, 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합일 수 있다. 상기 바이오마커는, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료) 대비, 췌장암 시료에서 발현 수준 및/또는 농도가 높은(증가한) 특징을 가질 수 있다.
다른 구체예에서, 상기 췌장암 진단을 위한 바이오마커는 IFNG, 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합일 수 있다. 상기 바이오마커는, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료) 대비, 췌장암 시료에서 발현 수준 및/또는 농도가 낮은(감소한) 특징을 가질 수 있다.
다른 구체예에서, 상기 췌장암 진단을 위한 바이오마커는 CXCL11(I-TAC), 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합일 수 있다. 상기 바이오마커는, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료) 대비, 췌장암 시료에서 발현 수준 및/또는 농도가 높은(증가한) 특징을 가질 수 있다.
다른 구체예에서, 상기 췌장암 진단을 위한 바이오마커는 CCL2, 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합일 수 있다. 상기 바이오마커는, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료) 대비, 췌장암 시료에서 발현 수준 및/또는 농도가 높은(증가한) 특징을 가질 수 있다.
다른 구체예에서, 상기 췌장암 진단을 위한 바이오마커는 CXCR4, 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합일 수 있다. 상기 바이오마커는, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료) 대비, 췌장암 시료에서 발현 수준 및/또는 농도가 높은(증가한) 특징을 가질 수 있다.
다른 구체예에서, 상기 췌장암 진단을 위한 바이오마커는 SLC27A2(FATP2), 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합일 수 있다. 상기 바이오마커는, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료) 대비, 췌장암 시료에서 발현 수준 및/또는 농도가 높은(증가한) 특징을 가질 수 있다.
다른 구체예에서, 상기 췌장암 진단을 위한 바이오마커는 PTGES, 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합일 수 있다. 상기 바이오마커는, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료) 대비, 췌장암 시료에서 발현 수준 및/또는 농도가 높은(증가한) 특징을 가질 수 있다.
다른 구체예에서, 상기 췌장암 진단을 위한 바이오마커는 ARG1, 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합일 수 있다. 상기 바이오마커는, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료) 대비, 췌장암 시료에서 발현 수준 및/또는 농도가 높은(증가한) 특징을 가질 수 있다.
다른 구체예에서, 상기 췌장암 진단을 위한 바이오마커는 VEGFA, 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합일 수 있다. 상기 바이오마커는, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료) 대비, 췌장암 시료에서 발현 수준 및/또는 농도가 높은(증가한) 특징을 가질 수 있다.
다른 구체예에서, 상기 췌장암 진단을 위한 바이오마커는 TNF, 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합일 수 있다. 상기 바이오마커는, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료) 대비, 췌장암 시료에서 발현 수준 및/또는 농도가 높은(증가한) 특징을 가질 수 있다.
다른 구체예에서, 상기 췌장암 진단을 위한 바이오마커는 PTGES2, 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합일 수 있다. 상기 바이오마커는, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료) 대비, 췌장암 시료에서 발현 수준 및/또는 농도가 낮은(감소한) 특징을 가질 수 있다.
다른 구체예에서, 상기 췌장암 진단을 위한 바이오마커는 PTGS2(COX2), 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합일 수 있다. 상기 바이오마커는, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료) 대비, 췌장암 시료에서 발현 수준 및/또는 농도가 높은 (증가한) 특징을 가질 수 있다.
다른 구체예에서, 상기 췌장암 진단을 위한 바이오마커는 CCL5, 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합일 수 있다. 상기 바이오마커는, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료) 대비, 췌장암 시료에서 발현 수준 및/또는 농도가 낮은(감소한) 특징을 가질 수 있다.
다른 구체예에서, 상기 췌장암 진단을 위한 바이오마커는 CCR5, 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합일 수 있다. 상기 바이오마커는, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료) 대비, 췌장암 시료에서 발현 수준 및/또는 농도가 높은(증가한) 특징을 가질 수 있다.
다른 구체예에서, 상기 췌장암 진단을 위한 바이오마커는 CXCR2, 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합일 수 있다. 상기 바이오마커는, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료) 대비, 췌장암 시료에서 발현 수준 및/또는 농도가 높은(증가한) 특징을 가질 수 있다.
다른 구체예에서, 상기 췌장암 진단을 위한 바이오마커는 CLEC7A(DECTIN1), 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합일 수 있다. 상기 바이오마커는, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료) 대비, 췌장암 시료에서 발현 수준 및/또는 농도가 높은(증가한) 특징을 가질 수 있다.
다른 구체예에서, 상기 췌장암 진단을 위한 바이오마커는 FOXP3, 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합일 수 있다. 상기 바이오마커는, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료) 대비, 췌장암 시료에서 발현 수준 및/또는 농도가 높은(증가한) 특징을 가질 수 있다.
다른 구체예에서, 상기 췌장암 진단을 위한 바이오마커는 CXCL8(IL-8), 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합일 수 있다. 상기 바이오마커는, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료) 대비, 췌장암 시료에서 발현 수준 및/또는 농도가 높은(증가한) 특징을 가질 수 있다.
상기 19종의 바이오마커들은 인간, 원숭이 등을 포함한 영장류, 마우스, 래트 등을 포함한 설치류 등의 포유동물 유래의 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
상기 바이오마커들의 구체적 사항을 아래의 표 1에 예시하였다:
| 마커 명칭 | 대표예 (gene) | 대표예 (protein) | Full Name / Synonym |
| IFNL1(INFλ1) | NM_172140 | NP_742152 | Interferon lambda 1 / Interleukin-29 (IL-29) |
| IFNG | NM_000619 | NP_000610 | Interferon gamma |
| CXCL11 | NM_005409 | NP_005400 | C-X-C motif chemokine ligand 11 / I-TAC, IP-9 |
| TNF | NM_000594 | NP_000585 | Tumor necrosis factor / TNF-alpha |
| IFNA1 | NM_024013 | NP_076911 | Interferon alpha 1 |
| CLEC7A | NM_022570 | NP_072092 | C-type lectin domain containing 7A / DECTIN1 |
| CXCL8 | NM_000584 | NP_000575 | C-X-C motif chemokine ligand 8 / IL8, NAF, GCP1 |
| FOXP3 | NM_014009 | NP_054728 | Forkhead box P3 |
| VEGFA | NM_003376 | NP_003367 | Vascular endothelial growth factor A / VEGF, MVCD1, VPF |
| CCL2 | NM_002982 | NP_002973 | C-C motif chemokine ligand 2 / MCP1, SCYA2 |
| CCL5 | NM_002985 | NP_002976 | C-C motif chemokine ligand 5 / RANTES, SCYA5 |
| CCR5 | NM_000579 | NP_000570 | C-C motif chemokine receptor 5 / CKR5, CD195, CCCKR5 |
| CXCR4 | NM_003467 | NP_003458 | C-X-C motif chemokine receptor 4 / LESTR, CD184, Fusin |
| ARG1 | NM_001244438 | NP_001231367 | Arginase 1 |
| CXCR2 | NM_001557 | NP_001548 | C-X-C motif chemokine receptor 2 / CD182, IL8R2, IL8RA |
| PTGS2 | NM_000963 | NP_000954 | Prostaglandin-endoperoxide synthase 2 / COX2, PHS-2 |
| PTGES2 | NM_198938 | NP_945176 | Prostaglandin E synthase 2 / GBF1, mPGES-2 |
| SLC27A2(FATP2) | NM_003645 | NP_003636 | Solute carrier family 27 member 2 / FATP2, VLCS |
| PTGES | NM_004878 | NP_004869 | Prostaglandin E synthase / PGES, MPGES, mPGES-1 |
바이오마커의 검출 가능한 제제
본 명세서에서, 바이오마커의 검출은 시료에서의 바이오마커의 존재 여부 및/또는 바이오마커의 수준 (농도)를 측정하는 것을 의미할 수 있다.
본 명세서에서, 바이오마커의 검출 가능한 제제는 상기 바이오마커에 결합 가능한 모든 소분자 화합물, 단백질, 핵산 분자들 중에서 선택될 수 있다. 상기 바이오마커는, 앞서 설명한 바와 같이, IFNL1(IL-29), IFNA1, IFNG, CXCL11(I-TAC), CCL2, CXCR4, SLC27A2(FATP2), PTGES, VEGFA, TNF, PTGES2, PTGS2(COX2), CCL5, CCR5, CXCR2, CLEC7A(DECTIN1), FOXP3, ARG1, CXCL8(IL-8), 및 이들의 코딩 유전자로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상, 즉 어느 하나 또는 2개 이상 (예컨대, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 또는 19개)일 수 있다. 상기 바이오마커의 구체적 내용은 앞서 ‘췌장암 진단을 위한 바이오마커’에서 기재한 바와 같다.
일 예에서, 상기 바이오마커가 IFNL1(IL-29), IFNA1, IFNG, CXCL11(I-TAC), CCL2, CXCR4, SLC27A2(FATP2), PTGES, VEGFA, TNF, PTGES2, PTGS2(COX2), CCL5, CCR5, CXCR2, CLEC7A(DECTIN1), FOXP3, ARG1, 및 CXCL8(IL-8)로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상 (예컨대, 상기 군에서 선택된 어느 하나 또는 2 이상 (예컨대, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 또는 19개))의 단백질인 경우, 상기 바이오마커의 검출 가능한 제제는 상기 단백질에 결합하는 단백질 (예컨대, 항체, 항체의 항원결합단편, 항체의 항원결합단편을 포함하는 항체 유사체, 수용체, 등), 펩타이드, 핵산 분자 (예컨대, 폴리뉴클레오타이드, 올리고뉴클레오타이드 등), 소분자 화합물(chemical, small molecule) 등으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
다른 예에서, 상기 바이오마커가 IFNL1(IL-29), IFNA1, IFNG, CXCL11(I-TAC), CCL2, CXCR4, SLC27A2(FATP2), PTGES, VEGFA, TNF, PTGES2, PTGS2(COX2), CCL5, CCR5, CXCR2, CLEC7A(DECTIN1), FOXP3, ARG1, 및 CXCL8(IL-8)의 코딩 유전자들로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상(예컨대, 상기 군에서 선택된 어느 하나 또는 2 이상 (예컨대, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 또는 19개))의 유전자(전장 DNA, cDNA, 또는 mRNA)인 경우, 상기 바이오마커의 검출 가능한 제제는 상기 유전자에 결합 (또는 혼성화) 가능한 핵산 분자 (올리고뉴클레오타이드, 폴리뉴클레오타이드 등; 예컨대, 프라이머, 프로브, 압타머, 안티센스 올리고뉴클레오타이드 등), 소분자 화합물, 단백질, 펩타이드 등으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
상기 바이오마커의 검출 가능한 제제는 형광 물질, 발색 물질, 발광 물질, 방사성동위원소, 중금속 등의 통상적인 표지 물질로 표지되거나 표지되지 않은 것일 수 있다.
일 예에서, 상기 바이오마커가 IFNL1(IL-29), IFNA1, IFNG, CXCL11(I-TAC), CCL2, CXCR4, SLC27A2(FATP2), PTGES, VEGFA, TNF, PTGES2, PTGS2(COX2), CCL5, CCR5, CXCR2, CLEC7A(DECTIN1), FOXP3, ARG1, 및 CXCL8(IL-8)로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상 (예컨대, 상기 군에서 선택된 어느 하나 또는 2 이상 (예컨대, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 또는 19개))의 단백질인 경우, 상기 바이오마커의 검출은 통상적인 효소 반응, 형광, 발광 및/또는 방사선 검출 등과 같은 통상적인 단백질 검출(또는 측정 또는 분석) 방법을 통하여 하여 수행될 수 있으며, 구체적으로, 면역크로마토그래피(Immunochromatography), 면역조직화학염색, 효소결합 면역흡착 분석(enzyme linked immunosorbent assay: ELISA), 방사선 면역측정법(radioimmunoassay: RIA), 효소 면역분석(enzyme immunoassay: EIA), 형광면역분석(Floresence immunoassay: FIA), 발광면역분석(luminescence immunoassay: LIA), 웨스턴블라팅(Western blotting), 마이크로어레이법, 유세포분석법 등으로 이루어진 군으로부터 선택된 방법에 의하여 측정될 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
다른 예에서, 상기 바이오마커가 IFNL1(IL-29), IFNA1, IFNG, CXCL11(I-TAC), CCL2, CXCR4, SLC27A2(FATP2), PTGES, VEGFA, TNF, PTGES2, PTGS2(COX2), CCL5, CCR5, CXCR2, CLEC7A(DECTIN1), FOXP3, ARG1, 및 CXCL8(IL-8)를 암호화하는 유전자들로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상 (예컨대, 상기 군에서 선택된 어느 하나 또는 2 이상 (예컨대, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 또는 19개))의 유전자(전장 DNA, cDNA, 또는 mRNA)인 경우, 상기 바이오마커의 검출은 통상의 유전자 검출(또는 측정 또는 분석) 방법을 이용하여 수행될 수 있다. 예컨대 상기 유전자와 혼성화 가능한 프라이머, 프로브, 압타머, 또는 안티센스 올리고뉴클레오타이드를 사용하는 통상적인 유전자 분석 방법, 구체적으로, 폴리머레이즈 연쇄 반응법 (PCR; 예컨대 qPCR, real-time PCR, real-time qPCR 등), FISH(fluorescent in situ hybridization), 서던 블라팅(Southern blotting), 마이크로어레이법 등을 이용하여 측정할 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다. 일 구체예에서, 상기 프라이머는 상기 유전자 (전장 DNA, cDNA, 또는 mRNA)의 염기서열 중 연속하는 5 내지 1000bp 예컨대 10 내지 500bp, 20 내지 200bp, 또는 50 내지 200bp의 유전자 단편을 검출할 수 있는 것으로, 상기 유전자 단편의 3'-말단 및 5'-말단 각각의 연속하는 5 내지 100bp, 예컨대, 5 내지 50bp, 5 내지 30bp, 또는 10 내지 25bp 부위와 혼성화 가능한 (예컨대, 상보적인) 염기서열을 포함하는 프라이머쌍일 수 있다. 상기 프로브, 압타머, 또는 안티센스 올리고뉴클레오타이드는 총 길이가 5 내지 1000 bp, 5 내지 500 bp, 5 내지 200 bp, 5 내지 100 bp, 5 내지 50bp, 5 내지 30bp, 또는 5 내지 25bp인 것일 수 있으며, 상기 마커 유전자 (전장 DNA, cDNA, 또는 mRNA)의 염기서열 중 연속하는 5 내지 1000 bp, 5 내지 500 bp, 5 내지 200 bp, 5 내지 100 bp, 5 내지 50bp, 5 내지 30bp, 또는 5 내지 25bp의 유전자 단편과 결합 가능하거나 혼성화 가능한 (예컨대, 상보적) 염기서열을 갖는 것일 수 있다. 상기 '결합 가능'하다 함은 상기 유전자의 전부 또는 일부와 공유 결합 등의 화학적 및/또는 물리적 결합에 의하여 결합할 수 있음을 의미할 수 있고, 상기 '혼성화 가능'하다 함은 상기 유전자 부위의 염기서열과 80% 이상, 예컨대 90% 이상, 95% 이상, 98% 이상, 99% 이상, 또는 100%의 서열 상보성을 가짐으로써 상보적 결합이 가능함을 의미할 수 있다.
바이오마커의 검출
본 명세서에서, 앞서 설명한 “바이오마커의 검출”은 상기 바이오마커의 존재 여부 및/또는 수준을 측정하는 것을 의미할 수 있다.
상기 바이오마커가 단백질인 경우, 상기 바이오마커의 검출은 통상적인 단백질 검출 방법, 예컨대, 면역크로마토그래피(Immunochromatography), 면역조직화학염색, 효소결합 면역흡착 분석(enzyme linked immunosorbent assay: ELISA), 방사선 면역측정법(radioimmunoassay: RIA), 효소 면역분석(enzyme immunoassay: EIA), 형광면역분석(Floresence immunoassay: FIA), 발광면역분석(luminescence immunoassay: LIA), 웨스턴블라팅(Western blotting), 마이크로어레이법, 유세포분석법 등으로 이루어진 군에서 선택된 방법에 의하여 수행될 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
상기 바이오마커가 유전자인 경우, 상기 바이오마커의 검출은 통상적인 유전자 검출 방법, 예컨대, 폴리머레이즈 연쇄 반응법 (PCR; 예컨대 qPCR, real-time PCR, real-time qPCR 등), FISH(fluorescent in situ hybridization), 서던 블라팅(Southern blotting), 마이크로어레이법 등으로 이루어진 군에서 선택된 방법에 의하여 수행될 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 명세서에서, “바이오마커의 수준 측정”은 앞서 설명한 바이오마커 (단백질 및/또는 유전자) 검출 방법에 의하여 얻어진 결과를 정성적 및/또는 정량적 분석하여 수행할 수 있다.
일 예에서, 표지된 검출 제제를 사용하는 경우, 상기 바이오마커의 수준 측정은 상기 표지로부터 얻어진 신호 세기를 통상적 방법으로 정성 분석하거나 (예컨대, 형광 및/또는 발광의 세기(밝기) 또는 면적, 젤 전기영동 밴드의 두께 및/또는 진하기 등을 비교대상 시료와 비교, 등), 통상적 방법으로 정량 분석 (예컨대, 형광 및/또는 발광의 세기(밝기) 또는 면적, 젤 전기영동 밴드의 두께 및/또는 진하기 등의 수치화, 등)하여 수행될 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
다른 예에서, 통상적인 폴리머레이즈 연쇄 반응법 (PCR; 예컨대 qPCR, real-time PCR, real-time qPCR 등)을 사용하는 경우, 상기 바이오마커의 수준 측정은 Ct(cycle threshold) 값, ΔCt 값 (ΔCt = Ct (Gene) - Ct (Control gene)), 및/또는 ΔΔCt 값 (ΔΔCt = ΔCt (Target gene) - ΔCt (Reference gene))의 측정 등과 같은 통상적인 PCR 수치화 방법에 의하여 수행될 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또 다른 예에서, 상기 바이오마커 수준 측정은, 상기와 같이 정량화(수치화)된 바이오마커 수준(예컨대, PCR에 의한 경우, Ct 값, ΔCt 값, 및/또는 ΔΔCt 값, 등)에 대하여 통상적인 통계 분석을 수행하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 상기 통계 분석은 다양한 머신러닝 모델 및/또는 알고리즘 등과 같이 통상적인 모든 통계적 분석 수단을 포괄하는 의미로 사용될 수 있다. 상기 통계분석의 예로서, 회귀분석 (예컨대, 로지스틱 회귀분석, 단계적 로지스틱 회귀분석, 등), Ensemble, Decision Tree, Random Forest, Gradient Boosting, XGBoost, Light GBM(Light Gradient Boosting Machine), Gaussian Naive Bayes, SVM(Support Vector Machine), Bagging(Bootstrap Aggregating), Boosting 등을 들 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다. 예컨대, 상기 통계 분석은 회귀분석 (예컨대, 로지스틱 회귀분석, 단계적 로지스틱 회귀분석, 등)에 의하여 수행될 수 있으며, 필요에 따라서 적절한 통계분석(예컨대, 앞서 설명한 통계분석법 중 선택된 하나 이상)을 추가로 진행하여 수행될 수 있다.
췌장암 진단용 조성물 및 키트
본 명세서에서 제공되는 췌장암 진단용 조성물은 앞서 설명한 바이오마커의 검출 가능한 제제를 포함하는 것일 수 있다.
본 명세서에서 제공되는 췌장암 진단용 키트는 앞서 설명한 바이오마커의 검출 가능한 제제 또는 이를 포함하는 췌장암 진단용 조성물, 및 상기 검출 수단을 포함하는 것일 수 있다. 상기 검출 수단은 상기 바이오마커의 검출 가능한 제제로 검출한 바이오마커의 존재 여부 및/또는 수준을 정성적 및/또는 정량적으로 분석할 수 있는 수단일 수 있다. 일 예에서, 상기 검출 수단은 앞서 설명한 단백질 및/또는 유전자 검출 방법에 사용하기 위한 수단들 중에서 선택된 것일 수 있다.
일 예에서, 상기 키트는 RT-PCR 키트, DNA 칩 키트, ELISA 키트, 단백질 칩 키트, 래피드(rapid) 키트 또는 MRM(Multiple reaction monitoring) 키트일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
상기 바이오마커의 구체적 내용은 앞서 ‘췌장암 진단을 위한 바이오마커’에서 기재한 바와 같다.
예컨대, 상기 췌장암 진단용 조성물 및/또는 키트는, 다음의 (i) 내지 (vi) 중에서 선택된 하나 이상의 검출 가능한 제제를 포함하는 것일 수 있다:
(i) IFNL1(IL-29), IFNA1, IFNG, CXCL11(I-TAC), CCL2, CXCR4, SLC27A2(FATP2), PTGES, ARG1, VEGFA, TNF, PTGES2, PTGS2(COX2), CCL5, CCR5, CXCR2, CLEC7A(DECTIN1), FOXP3, 및 CXCL8(IL-8)으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상 (예컨대, 상기 군에서 선택된 어느 하나 또는 2 이상 (예컨대, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 또는 19개)), 이의 코딩 유전자, 또는 이들의 조합;
(ii) SLC27A2(FATP2), CXCR4, VEGFA, TNF, PTGES2, PTGS2(COX2), CCL5, IFNG, CCL2, CCR5, CXCR2, CLEC7A(DECTIN1), 및 FOXP3으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상 (예컨대, 상기 군에서 선택된 어느 하나 또는 2 이상 (예컨대, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 또는 13개)), 이의 코딩 유전자, 또는 이들의 조합;
(iii) TNF, IFNG, IL-29(IFNL1), I-TAC, DECTIN1, VEGFA, CCL2, CXCR4, CXCR2, ARG1, FATP2, PTGES2, 및 PTGES로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상 (예컨대, 상기 군에서 선택된 어느 하나 또는 2 이상 (예컨대, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 또는 13개), 이의 코딩 유전자, 또는 이들의 조합;
(iv) CCL2, CCR5, COX2, CXCR4, DECTIN1, FATP2, FOXP3, IFNG, IL-29(IFNL1), PTGES, PTGES2, TNF, 및 VEGFA로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상 (예컨대, 상기 군에서 선택된 어느 하나 또는 2 이상 (예컨대, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 또는 13개), 이의 코딩 유전자, 또는 이들의 조합;
(v) CCL5, COX2, CXCR2, CXCR4, FATP2, IFNG, PTGES2, TNF, 및 VEGFA로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상 (예컨대, 상기 군에서 선택된 어느 하나 또는 2 이상 (예컨대, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 또는 9개), 이의 코딩 유전자, 또는 이들의 조합; 및
(vi) CCL2, CCL5, CXCR2, IFNG, IFNL1, PTGES2, FATP2, 및 TNF로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상 (예컨대, 상기 군에서 선택된 어느 하나 또는 2 이상 (예컨대, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 또는 8개), 이의 코딩 유전자, 또는 이들의 조합.
이 때, 진단 가능한 췌장암은 초기 췌장암, 후기 췌장암, 또는 이들 모두일 수 있다. 특히, 상기 진단 가능한 췌장암은 CA19-9 수준이 낮은 췌장암을 포함할 수 있다. 일 예에서, CA19-9 수준이 낮은 췌장암이라 함은 혈액 (예컨대, 혈청, 혈장, 또는 전혈) 내 CA19-9 단백질의 수준이 정상 범위와 동등 이하(정상 범위 또는 그 이하)인 경우를 의미하는 것일 수 있고, 예컨대, CA19-9 단백질 수준이 100 U/mL 이하 또는 미만, 95 U/mL 이하 또는 미만, 90 U/mL 이하 또는 미만, 85 U/mL 이하 또는 미만, 80 U/mL 이하 또는 미만, 75 U/mL 이하 또는 미만, 70 U/mL 이하 또는 미만, 65 U/mL 이하 또는 미만, 60 U/mL 이하 또는 미만, 55 U/mL 이하 또는 미만, 50 U/mL 이하 또는 미만, 45 U/mL 이하 또는 미만, 40 U/mL 이하 또는 미만, 39 U/mL 이하 또는 미만, 38 U/mL 이하 또는 미만, 또는 37 U/mL 이하 또는 미만, 예컨대, 37.0 U/mL 미만 (CA19-9 <37.0 U/mL)인 췌장암을 포함할 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
췌장암 진단 방법
본 명세서에서 제공되는 췌장암 진단 방법 (또는 진단에 정보를 제공하는 방법)은 대상으로부터 분리된 혈액 시료에서 앞서 설명한 바이오마커, 즉 IFNL1(IL-29), IFNA1, IFNG, CXCL11(I-TAC), CCL2, CXCR4, SLC27A2(FATP2), PTGES, VEGFA, TNF, PTGES2, PTGS2(COX2), CCL5, CCR5, CXCR2, CLEC7A(DECTIN1), FOXP3, ARG1, 및 CXCL8(IL-8)로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상 (예컨대, 상기 군에서 선택된 어느 하나 또는 2 이상 (예컨대, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 또는 19개)) 및 이들의 코딩 유전자로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 바이오마커를 검출하는 단계를 포함할 수 있다.
상기 바이오마커의 구체적 내용은 앞서 ‘췌장암 진단을 위한 바이오마커’에서 기재한 바와 같다.
예컨대, 상기 바이오마커는 다음의 (i) 내지 (vi) 중 선택된 하나 이상, 이의 코딩 유전자, 또는 이들의 조합일 수 있다:
(i) IFNL1(IL-29), IFNA1, IFNG, CXCL11(I-TAC), CCL2, CXCR4, SLC27A2(FATP2), PTGES, ARG1, VEGFA, TNF, PTGES2, PTGS2(COX2), CCL5, CCR5, CXCR2, CLEC7A(DECTIN1), FOXP3, 및 CXCL8(IL-8)으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상 (예컨대, 상기 군에서 선택된 어느 하나 또는 2 이상 (예컨대, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 또는 19개));
(ii) SLC27A2(FATP2), CXCR4, VEGFA, TNF, PTGES2, PTGS2(COX2), CCL5, IFNG, CCL2, CCR5, CXCR2, CLEC7A(DECTIN1), 및 FOXP3으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상 (예컨대, 상기 군에서 선택된 어느 하나 또는 2 이상 (예컨대, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 또는 13개));
(iii) TNF, IFNG, IL-29(IFNL1), I-TAC, DECTIN1, VEGFA, CCL2, CXCR4, CXCR2, ARG1, FATP2, PTGES2, 및 PTGES로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상 (예컨대, 상기 군에서 선택된 어느 하나 또는 2 이상 (예컨대, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 또는 13개);
(iv) CCL2, CCR5, COX2, CXCR4, DECTIN1, FATP2, FOXP3, IFNG, IL-29(IFNL1), PTGES, PTGES2, TNF, 및 VEGFA로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상 (예컨대, 상기 군에서 선택된 어느 하나 또는 2 이상 (예컨대, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 또는 13개);
(v) CCL5, COX2, CXCR2, CXCR4, FATP2, IFNG, PTGES2, TNF, 및 VEGFA로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상 (예컨대, 상기 군에서 선택된 어느 하나 또는 2 이상 (예컨대, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 또는 9개); 및
(vi) CCL2, CCL5, CXCR2, IFNG, IFNL1, PTGES2, FATP2, 및 TNF로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상 (예컨대, 상기 군에서 선택된 어느 하나 또는 2 이상 (예컨대, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 또는 8개), 이의 코딩 유전자, 또는 이들의 조합.
상기 방법에 있어서, 상기 바이오마커를 검출하는 단계는 상기 시료 내의 바이오마커의 존재 여부 확인, 바이오마커의 수준 (농도) 측정, 또는 이들 모두를 수행하는 단계일 수 있다. 상기 방법에 있어서, 상기 시료 내에 상기 바이오마커가 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료)보다 높은 수준 및/또는 낮은 수준으로 존재하는 경우, 상기 시료 또는 상기 시료가 유래한 대상을 췌장암 환자로 진단 (또는 확인 또는 결정)할 수 있다. 상기 정상 시료는 췌장암을 가지지 않는 개체로부터 얻어진 시료를 의미할 수 있다.
본 명세서에서 제공되는 췌장암 진단 방법 또는 췌장암 진단에 정보를 제공하는 방법은,
(a) 대상으로부터 분리된 혈액 시료에서 앞서 설명한 1종 이상의 바이오마커를 검출하는 단계를 포함할 수 있다.
상기 방법은, 상기 검출하는 단계 (a) 이후에, 상기 혈액 시료에서 상기 바이오마커가 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료)보다 높은 수준 및/또는 낮은 수준으로 존재하는 경우, 상기 시료 또는 상기 시료가 유래한 대상을 췌장암 환자로 진단 (또는 확인 또는 결정)하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.
다른 예에서, 상기 췌장암 진단 방법 또는 췌장암 진단에 정보를 제공하는 방법은,
(a) 대상으로부터 분리된 혈액 시료에서 앞서 설명한 1종 이상의 바이오마커를 검출하는 단계, 및
(b) 상기 혈액 시료에서 상기 바이오마커가 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료)보다 높은 수준 및/또는 낮은 수준으로 존재하는 경우, 상기 시료 또는 상기 시료가 유래한 대상을 췌장암 환자로 진단 (또는 확인 또는 결정)하는 단계
를 포함할 수 있다.
상기 단계 (b)는 다음 중 선택된 하나 이상 (예컨대, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 또는 19개)을 포함할 수 있다:
- 상기 혈액 시료에서, IFNL1(IL-29), 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합의 수준이, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료)보다 높은(증가한) 경우, 상기 시료 또는 상기 시료가 유래한 대상을 췌장암 환자로 진단 (또는 확인 또는 결정);
- 상기 혈액 시료에서, IFNA1, 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합의 수준이, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료)보다 높은(증가한) 경우, 상기 시료 또는 상기 시료가 유래한 대상을 췌장암 환자로 진단 (또는 확인 또는 결정);
- 상기 혈액 시료에서, IFNG, 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합의 수준이, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료)보다 낮은(감소한) 경우, 상기 시료 또는 상기 시료가 유래한 대상을 췌장암 환자로 진단 (또는 확인 또는 결정);
- 상기 혈액 시료에서, CXCL11(I-TAC), 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합의 수준이, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료)보다 높은(증가한) 경우, 상기 시료 또는 상기 시료가 유래한 대상을 췌장암 환자로 진단 (또는 확인 또는 결정);
- 상기 혈액 시료에서, CCL2, 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합의 수준이, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료)보다 높은(증가한) 경우, 상기 시료 또는 상기 시료가 유래한 대상을 췌장암 환자로 진단 (또는 확인 또는 결정);
- 상기 혈액 시료에서, CXCR4, 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합의 수준이, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료)보다 높은(증가한) 경우, 상기 시료 또는 상기 시료가 유래한 대상을 췌장암 환자로 진단 (또는 확인 또는 결정);
- 상기 혈액 시료에서, SLC27A2(FATP2), 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합의 수준이, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료)보다 높은(증가한) 경우, 상기 시료 또는 상기 시료가 유래한 대상을 췌장암 환자로 진단 (또는 확인 또는 결정);
- 상기 혈액 시료에서, PTGES, 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합의 수준이, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료)보다 높은(증가한) 경우, 상기 시료 또는 상기 시료가 유래한 대상을 췌장암 환자로 진단 (또는 확인 또는 결정);
- 상기 혈액 시료에서, ARG1, 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합의 수준이, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료)보다 높은(증가한) 경우, 상기 시료 또는 상기 시료가 유래한 대상을 췌장암 환자로 진단 (또는 확인 또는 결정)
- 상기 혈액 시료에서, VEGFA, 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합의 수준이, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료)보다 높은(증가한) 경우, 상기 시료 또는 상기 시료가 유래한 대상을 췌장암 환자로 진단 (또는 확인 또는 결정);
- 상기 혈액 시료에서, TNF, 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합의 수준이, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료)보다 높은(증가한) 경우, 상기 시료 또는 상기 시료가 유래한 대상을 췌장암 환자로 진단 (또는 확인 또는 결정);
- 상기 혈액 시료에서, PTGES2, 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합의 수준이, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료)보다 낮은(감소한) 경우, 상기 시료 또는 상기 시료가 유래한 대상을 췌장암 환자로 진단 (또는 확인 또는 결정);
- 상기 혈액 시료에서, PTGS2(COX2), 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합의 수준이, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료)보다 높은(증가한) 경우, 상기 시료 또는 상기 시료가 유래한 대상을 췌장암 환자로 진단 (또는 확인 또는 결정);
- 상기 혈액 시료에서, CCL5, 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합의 수준이, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료)보다 낮은(감소한) 경우, 상기 시료 또는 상기 시료가 유래한 대상을 췌장암 환자로 진단 (또는 확인 또는 결정);
- 상기 혈액 시료에서, CCR5, 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합의 수준이, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료)보다 높은(증가한) 경우, 상기 시료 또는 상기 시료가 유래한 대상을 췌장암 환자로 진단 (또는 확인 또는 결정);
- 상기 혈액 시료에서, CXCR2, 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합의 수준이, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료)보다 높은(증가한) 경우, 상기 시료 또는 상기 시료가 유래한 대상을 췌장암 환자로 진단 (또는 확인 또는 결정);
- 상기 혈액 시료에서, CLEC7A(DECTIN1), 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합의 수준이, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료)보다 높은(증가한) 경우, 상기 시료 또는 상기 시료가 유래한 대상을 췌장암 환자로 진단 (또는 확인 또는 결정);
- 상기 혈액 시료에서, FOXP3, 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합의 수준이, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료)보다 높은(증가한) 경우, 상기 시료 또는 상기 시료가 유래한 대상을 췌장암 환자로 진단 (또는 확인 또는 결정); 및
- 상기 혈액 시료에서, CXCL8(IL-8), 이의 코딩 유전자, 또는 이의 조합의 수준이, 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료)보다 높은(증가한) 경우, 상기 시료 또는 상기 시료가 유래한 대상을 췌장암 환자로 진단 (또는 확인 또는 결정).
또한, 상기 방법은,
(a) 대상으로부터 분리된 혈액 시료에서 앞서 설명한 1종 이상의 바이오마커의 수준을 측정하는 단계, 및
(b) (i) 상기 혈액 시료에서 측정된 바이오마커 수준을 비교대상 시료 (예컨대, 정상 시료) 내의 바이오마커의 수준과 비교하는 단계,
(ii) 시료에서 측정된 바이오마커의 수준이 상기 비교대상 시료보다 높거나 낮은 경우, 상기 시료 또는 상기 시료가 유래한 대상을 췌장암 환자로 진단 (또는 확인 또는 결정)하는 단계, 또는
(iii) 상기 단계 (i) 및 (ii) 모두
를 포함할 수 있다. 임의로, 상기 방법은 상기, 단계 (b) (단계 (i) 및/또는 (ii)) 이전에, 비교대상 시료 내의 바이오마커의 수준을 측정하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.
상기 바이오마커를 검출하는 단계는 상기 바이오마커 (단백질, 유전자 (전장 DNA, cDNA, mRNA 등), 또는 이들 모두)의 농도 및/또는 상기 바이오마커를 발현하는 세포의 수를 측정하는 단계에 의하여 수행될 수 있다. 상기 바이오마커의 농도 및/또는 바이오마커를 발현하는 세포의 수의 측정 방법은 특별한 제한이 없으며, 단백질, 유전자 및/또는 세포의 정량적 분석을 위하여 통상적으로 사용 가능한 모든 방법, 예컨대, 면역크로마토그래피(Immunochromatography), 면역조직화학염색, 효소결합 면역흡착 분석(enzyme linked immunosorbent assay: ELISA), 방사선 면역측정법(radioimmunoassay: RIA), 효소 면역분석(enzyme immunoassay: EIA), 형광면역분석(Floresence immunoassay: FIA), 발광면역분석(luminescence immunoassay: LIA), 웨스턴블라팅(Western blotting), 마이크로어레이법, 유세포분석법, 폴리머레이즈 연쇄 반응법 (PCR; 예컨대 qPCR, real-time PCR, real-time qPCR 등), FISH(fluorescent in situ hybridization) 등으로 이루어진 군에서 적절히 선택할 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 명세서에서, “바이오마커의 수준이 높다”함은 시료 내 바이오마커의 수준 (예컨대, 상기 바이오마커 (단백질 및/또는 유전자)의 농도, 상기 바이오마커를 발현 하는 세포의 수 등)이, 비교대상 시료 대비, 약 1% 이상, 약 2% 이상, 약 3% 이상, 약 4% 이상, 약 5% 이상, 약 7% 이상, 약 8% 이상, 약 9% 이상, 약 10% 이상, 약 12% 이상, 약 15% 이상, 약 18% 이상, 약 20% 이상, 약 22% 이상, 약 25% 이상, 약 28% 이상, 또는 약 30% 이상 높거나 많은 것을 의미할 수 있다.
본 명세서에서, “바이오마커의 수준이 낮다”함은 시료 내 바이오마커의 수준 (예컨대, 상기 바이오마커 (단백질 및/또는 유전자)의 농도, 상기 바이오마커를 발현 하는 세포의 수 등)이, 비교대상 시료 대비, 약 1% 이상, 약 2% 이상, 약 3% 이상, 약 4% 이상, 약 5% 이상, 약 7% 이상, 약 8% 이상, 약 9% 이상, 약 10% 이상, 약 12% 이상, 약 15% 이상, 약 18% 이상, 약 20% 이상, 약 22% 이상, 약 25% 이상, 약 28% 이상, 또는 약 30% 이상 낮거나 적은 것을 의미할 수 있다.
다른 예에서, 상기 방법은 다음의 단계를 포함하는 췌장암 진단 방법 또는 췌장암 진단에 정보를 제공하는 방법일 수 있다:
(a') 대상으로부터 분리된 혈액 시료에서, TNF, IFNG, IL-29, I-TAC, DECTIN1, VEGFA, CCL2, CXCR4, CXCR2, ARG1, FATP2, PTGES2, 및 PTGES로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상 (예컨대, 상기 군에서 선택된 어느 하나 또는 2 이상 (2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개 또는 13개)), 이의 코딩 유전자, 또는 이들의 조합의 수준을 측정하는 단계.
일 예에서, 상기 바이오마커의 수준을 측정하는 단계는 앞서 설명한 바와 같다. 예컨대, 상기 바이오마커의 수준을 측정하는 단계는 바이오마커의 정량화(예컨대, PCR에 의한 경우, Ct 값, ΔCt 값, 및/또는 ΔΔCt 값 측정) 및, 임의로, 회귀분석 (예컨대, 단계적 로지스틱 회귀분석)에 의하여 수행될 수 있으며, 필요에 따라서 적절한 통계분석을 추가로 수행할 수 있다.
상기 췌장암 진단 방법 또는 췌장암 진단에 정보를 제공하는 방법은, 상기 단계 (a’) 이후에, 다음 단계를 추가로 포함할 수 있다:
(b’) 하기의 식을 이용하여 계산하는 단계
[수식 1] logit(p) = B0 + B1×TNF + B2×IFNG + B3×IL-29 + B4×I-TAC + B5×DECTIN1 + B6×VEGFA + B7×CCL2 + B8×CXCR4 + B9×CXCR2 + B10×ARG1 + B11×FATP2 + B12×PTGES2 + B13×PTGES
(수식 1에서,
B0: 50 내지 65, 50 내지 60, 55 내지 65, 55 내지 60, 또는 57 내지 59의 유리수 (소수점 5자리까지 유효), 예컨대, 58.16779;
TNF: 바이오마커 TNF의 발현수준;
B1: 바이오마커 TNF의 발현수준에 대한 계수이며, -2.5 내지 -1.5, -2.5 내지 -1.7, -2 내지 -1.5, -2 내지 -1.7, 또는 -1.9 내지 -1.8의 유리수 (소수점 4자리까지 유효, 예컨대, -1.8521) 또는 0;
IFNG: 바이오마커 IFNG의 발현수준;
B2: 바이오마커 IFNG의 발현수준에 대한 계수이며, 1 내지 3, 1 내지 2.5, 1 내지 2.2, 1.5 내지 3, 1.5 내지 2.5, 1.5 내지 2.2, 1.8 내지 3, 1.8 내지 2.5, 1.8 내지 2.2, 또는 1.95 내지 2.05의 유리수 (소수점 4자리까지 유효, 예컨대, 1.9981) 또는 0;
IL-29: 바이오마커 IL-29의 발현수준;
B3: 바이오마커 IL-29의 발현수준에 대한 계수이며, 0.5 내지 2, 0.5 내지 1.7, 0.5 내지 1.5, 1 내지 2, 1 내지 1.7, 1 내지 1.5, 또는 1.1 내지 1.3의 유리수 (소수점 5자리까지 유효, 예컨대, 1.20059) 또는 0;
I-TAC: 바이오마커 I-TAC의 발현수준;
B4: 바이오마커 I-TAC의 발현수준에 대한 계수이며, 0.01 내지 0.5, 0.01 내지 0.2, 0.05 내지 0.5, 0.05 내지 0.2, 0.1 내지 0.5, 또는 0.1 내지 0.2의 유리수 (소수점 4자리까지 유효, 예컨대, 0.1412) 또는 0;
DECTIN1: 바이오마커 DECTIN1의 발현수준;
B5: 바이오마커 DECTIN1의 발현수준에 대한 계수, 0.1 내지 1.3, 0.1 내지 1, 0.1 내지 0.8, 0.5 내지 1.3, 0.5 내지 1, 0.5 내지 0.8, 또는 0.7 내지 0.8의 유리수 (소수점 5자리까지 유효, 예컨대, 0.75245) 또는 0;
VEGFA: 바이오마커 VEGFA의 발현수준;
B6: 바이오마커 VEGFA의 발현수준에 대한 계수이며, -4 내지 -3, -4 내지 -3.3, -3.7 내지 -3, -3.7 내지 -3.3, 또는 -3.6 내지 -3.5의 유리수 (소수점 5자리까지 유효, -3.56271) 또는 0;
CCL2: 바이오마커 CCL2의 발현수준;
B7: 바이오마커 CCL2의 발현수준에 대한 계수이며, -1 내지 -0.1, -1 내지 -0.5, -0.7 내지 -0.1, 또는 -0.7 내지 -0.5의 유리수 (소수점 5자리까지 유효, 예컨대, -0.59532) 또는 0;
CXCR4: 바이오마커 CXCR4의 발현수준;
B8: 바이오마커 CXCR4의 발현수준에 대한 계수이며, -4.5 내지 -3, -4.5 내지 -3.5, -4 내지 -3, -4 내지 -3.5, 또는 -3.7 내지 -3.6의 유리수 (소수점 5자리까지 유효, 예컨대, -3.67196) 또는 0;
CXCR2: 바이오마커 CXCR2의 발현수준;
B9: 바이오마커 CXCR2의 발현수준에 대한 계수이며, 0.5 내지 1.5, 0.5 내지 1.2, 0.7 내지 1.5, 0.7 내지 1.2, 또는 0.9 내지 1.1의 유리수 (소수점 5자리까지 유효, 예컨대, 1.05313) 또는 0;
ARG1: 바이오마커 ARG1의 발현수준;
B10: 바이오마커 ARG1의 발현수준에 대한 계수이며, -1 내지 -001, -1 내지 -0.1, -0.5 내지 -0.01, -0.5 내지 -0.1, 또는 -0.4 내지 -0.2의 유리수 (소수점 5자리까지 유효, 예컨대, -0.31185) 또는 0;
FATP2: 바이오마커 FATP2의 발현수준;
B11: 바이오마커 FATP2의 발현수준에 대한 계수이며, -5.5 내지 -4, -5.5 내지 -4.5, -5 내지 -4, -5 내지 -4.5, 또는 -4.8 내지 4.6의 유리수 (소수점 5자리까지 유효, 예컨대, -4.70544) 또는 0;
PTGES2: 바이오마커 PTGES2의 발현수준;
B12: 바이오마커 PTGES2의 발현수준에 대한 계수이며, 5 내지 6, 5 내지 5.7, 5.3 내지 6, 5.3 내지 5.7, 또는 5.4 내지 5.5의 유리수 (소수점 5자리까지 유효, 예컨대, 5.45024) 또는 0;
PTGES: 바이오마커 PTGES의 발현수준;
B13: 바이오마커 PTGES의 발현수준에 대한 계수이며, -2 내지 -1, -2 내지 -1.3, -1.7 내지 -1, -1.7 내지 -1.3, 또는 -1.6 내지 -1.4의 유리수 (소수점 5자리까지 유효, 예컨대, -1.53808) 또는 0;
단, B1 내지 B13 중 선택된 하나 이상은 0이 아님).
상기 [수식 1]에 적용되는 각 바이오마커의 발현수준은 Real-Time PCR (예, Real-time qPCR; 실시예 2 참조)을 진행하여 도출된 ΔCt로 측정 및 정량화한 수치일 수 있다.
상기 췌장암 진단 방법 또는 췌장암 진단에 정보를 제공하는 방법은, 상기 단계 (b') 이후에, 다음 단계를 추가로 포함할 수 있다:
(c') 상기 단계 (b')에서 얻어진 값을 cut-off값과 비교하는 단계.
이때, 상기 췌장암 진단을 위한 cut-off값은 0.01 내지 0.1, 0.01 내지 0.08, 0.05 내지 0.1, 또는 0.05 내지 0.08의 유리수 (소수점 4자리까지 유효), 예컨대, 0.0681일 수 있다.
상기 단계 (b')에서 얻어진 수치가 상기 cut-off값을 초과하는 경우 상기 검사 대상이 췌장암 환자이거나 췌장암 발형 위험이 높은 것으로 예측(판단, 결정)할 수 있다. 이 때, (b')에서 얻어진 수치의 cut-off값 초과 여부는 단계 (c')에서의 비교 결과를 기초로 할 수 있다. 다른 예에서, 상기 단계 (b')에서 얻어진 수치가 상기 cut-off값 이하인 경우, 상기 검사 대상이 정상 및/또는 췌장암 발형 위험이 낮은 것으로 예측(판단, 결정)할 수 있다.
따라서, 상기 췌장암 진단 방법 또는 췌장암 진단에 정보를 제공하는 방법은, 상기 단계 (c') 이후 또는 동시에, 다음의 단계를 추가로 포함할 수 있다:
(d') 상기 단계 (b')에서 얻어진 수치가 상기 cut-off값을 초과하는 경우 상기 대상을 췌장암 환자 또는 췌장암 발형 위험이 높은 환자로 예측(판단, 결정)하는 단계.
다른 예에서, 상기 방법은 다음의 단계를 포함하는 췌장암 진단 방법 또는 췌장암 진단에 정보를 제공하는 방법일 수 있다:
(a'') 대상으로부터 분리된 혈액 시료에서, CCL2, CCR5, COX2, CXCR4, DECTIN1, FATP2, FOXP3, IFNG, IL-29, PTGES, PTGES2, TNF, 및 VEGFA 로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상 (예컨대, 상기 군에서 선택된 어느 하나 또는 2 이상 (2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 또는 13개)), 이의 코딩 유전자, 또는 이들의 조합의 수준을 측정하는 단계.
일 예에서, 상기 바이오마커의 수준을 측정하는 단계는 앞서 설명한 바와 같다. 예컨대, 상기 바이오마커의 수준을 측정하는 단계는 바이오마커의 정량화(예컨대, PCR에 의한 경우, Ct 값, ΔCt 값, 및/또는 ΔΔCt 값 측정) 및, 임의로, 회귀분석 (예컨대, 단계적 로지스틱 회귀분석)에 의하여 수행될 수 있으며, 필요에 따라서 적절한 통계분석을 추가로 수행할 수 있다.
일 구체예에서, 상기 췌장암 진단 방법은 또는 췌장암 진단에 정보를 제공하는 방법은, 상기 단계 (a'') 이후에, 다음 단계를 추가로 포함할 수 있다:
(b'') 하기의 식을 이용하여 계산하는 단계
[수식 2] logit(p) = B0 + B1×CCL2 + B2×CCR5 + B3×COX2 + B4×CXCR4 + B5×DECTIN1 + B6×FATP2 + B7×FOXP3 + B8×IFNG + B9×IL-29 + B10×PTGES + B11×PTGES2 + B12×TNF + B13×VEGFA
(수식 2에서,
B0: 70 내지 80, 70 내지 78, 70 내지 75, 72 내지 80, 72 내지 78, 72 내지 75, 74 내지 80, 74 내지 78, 또는 74 내지 75의 유리수 (소수점 5자리까지 유효), 예컨대, 74.47736;
CCL2: 바이오마커 CCL2의 발현수준;
B1: 바이오마커 CCL2의 발현수준에 대한 계수이며, -2.5 내지 -1.5, -2.5 내지 -1.8, -2.2 내지 -1.5, -2.2 내지 -1.8, 또는 -2.1 내지 -1.9의 유리수 (소수점 5자리까지 유효, 예컨대, -2.07042) 또는 0;
CCR5: 바이오마커 CCR5의 발현수준;
B2: 바이오마커 CCR5의 발현수준에 대한 계수이며, 2.5 내지 4, 2.5 내지 3.5, 3 내지 4, 3 내지 3.5, 또는 3.1 내지 3.3의 유리수 (소수점 5자리까지 유효, 예컨대, 3.21576) 또는 0;
COX2: 바이오마커 COX2의 발현수준;
B3: 바이오마커 COX2의 발현수준에 대한 계수이며, 0.5 내지 1.5, 0.5 내지 1.2, 0.8 내지 1.5, 0.8 내지 1.2, 또는 0.9 내지 1.1의 유리수 (소수점 4자리까지 유효, 예컨대, 1.0433) 또는 0;
CXCR4: 바이오마커 CXCR4의 발현수준;
B4: 바이오마커 CXCR4의 발현수준에 대한 계수이며, -8.6 내지 -7.5, -8.6 내지 -7.8, -8.3 내지 -7.5, -8.3 내지 -7.8, 또는 -8.2 내지 -8의 유리수 (소수점 5자리까지 유효, 예컨대, -8.12894) 또는 0;
DECTIN1: 바이오마커 DECTIN1의 발현수준;
B5: 바이오마커 DECTIN1의 발현수준에 대한 계수, 1.5 내지 3, 1.5 내지 2.5, 2 내지 3, 2 내지 2.5, 또는 2.2 내지 2.3의 유리수 (소수점 5자리까지 유효, 예컨대, 2.24476) 또는 0;
FATP2: 바이오마커 FATP2의 발현수준;
B6: 바이오마커 FATP2의 발현수준에 대한 계수, -10 내지 -8.5, -10 내지 -8.8, -9.5 내지 -8.5, -9.5 내지 -8.8, 또는 -9.2 내지 -9의 유리수 (소수점 5자리까지 유효, 예컨대, -9.11052) 또는 0;
FOXP3: 바이오마커 FOXP3의 발현수준;
B7: 바이오마커 FOXP3의 발현수준에 대한 계수, 3.5 내지 4.5, 3.5 내지 4.2, 3.7 내지 4.5, 3.7 내지 4.2, 또는 3.9 내지 4.1의 유리수 (소수점 5자리까지 유효, 예컨대, 3.99628) 또는 0;
IFNG: 바이오마커 IFNG의 발현수준;
B8: 바이오마커 IFNG의 발현수준에 대한 계수, 3 내지 4, 3 내지 3.7, 3.2 내지 4, 3.2 내지 3.7, 또는 3.3 내지 3.5의 유리수 (소수점 5자리까지 유효, 예컨대, 3.40201) 또는 0;
IL_29: 바이오마커 IL_29의 발현수준;
B9: 바이오마커 IL_29의 발현수준에 대한 계수, 2 내지 3, 2 내지 2.8, 2.3 내지 3, 2.3 내지 2.8, 또는 2.5 내지 2.6의 유리수 (소수점 4자리까지 유효, 예컨대, 2.5503) 또는 0;
PTGES: 바이오마커 PTGES의 발현수준;
B10: 바이오마커 PTGES의 발현수준에 대한 계수, -3 내지 -1.5, -3 내지 -2, -2.5 내지 -1.5, -2.5 내지 -2, 또는 -2.3 내지 -2.1의 유리수 (소수점 5자리까지 유효, 예컨대, -2.17375) 또는 0;
PTGES2: 바이오마커 PTGES2의 발현수준;
B11: 바이오마커 PTGES2의 발현수준에 대한 계수, 6 내지 7.2, 6 내지 6.8, 6.4 내지 7.2, 6.4 내지 6.8, 또는 6.6 내지 6.7의 유리수 (소수점 5자리까지 유효, 예컨대, 6.61796) 또는 0;
TNF: 바이오마커 TNF의 발현수준;
B12: 바이오마커 TNF의 발현수준에 대한 계수, -6 내지 -4.5, -6 내지 -5, -5.5 내지 -4.5, -5.5 내지 -5, 또는 -5.3 내지 -5.2의 유리수 (소수점 5자리까지 유효, 예컨대, -5.24129) 또는 0;
VEGFA: 바이오마커 VEGFA의 발현수준;
B13: 바이오마커 VEGFA의 발현수준에 대한 계수, -6.5 내지 -5, -6.5 내지 -5.5, -6 내지 -5, -6 내지 -5.5, 또는 -5.9 내지 -5.7의 유리수 (소수점 5자리까지 유효, 예컨대, -5.77587) 또는 0;
단, B1 내지 B13 중 선택된 하나 이상은 0이 아님).
상기 [수식 2]에 적용되는 각 바이오마커의 발현수준은 Real-Time PCR (예, Real-time qPCR; 실시예 2 참조)을 진행하여 도출된 ΔCt로 측정 및 정량화한 수치일 수 있다.
상기 췌장암 진단 방법 또는 췌장암 진단에 정보를 제공하는 방법은, 상기 단계 (b'') 이후에, 다음 단계를 추가로 포함할 수 있다:
(c'') 상기 단계 (b'')에서 얻어진 값을 cut-off값과 비교하는 단계.
이때, 상기 췌장암 진단을 위한 cut-off값은 0.05 내지 0.5, 0.05 내지 0.3, 0.1 내지 0.5, 또는 0.1 내지 0.3의 유리수 (소수점 4자리까지 유효), 예컨대, 0.2188일 수 있다.
상기 단계 (b'')에서 얻어진 수치가 상기 cut-off값을 초과하는 경우 상기 검사 대상이 췌장암 환자이거나 췌장암 발형 위험이 높은 것으로 예측(판단, 결정)할 수 있다. 이 때, (b'')에서 얻어진 수치의 cut-off값 초과 여부는 단계 (c'')에서의 비교 결과를 기초로 할 수 있다. 다른 예에서, 상기 단계 (b'')에서 얻어진 수치가 상기 cut-off값 이하인 경우, 상기 검사 대상이 정상 및/또는 췌장암 발형 위험이 낮은 것으로 예측(판단, 결정)할 수 있다.
따라서, 상기 전체 췌장암 진단 방법 또는 전체 췌장암 진단에 정보를 제공하는 방법은, 상기 단계 (c'') 이후 또는 동시에, 다음의 단계를 추가로 포함할 수 있다:
(d'') 상기 단계 (b'')에서 얻어진 수치가 상기 cut-off값을 초과하는 경우 상기 대상을 췌장암 환자 또는 췌장암 발형 위험이 높은 환자로 예측(판단, 결정)하는 단계.
다른 예에서, 상기 방법은 다음의 단계를 포함하는 췌장암 진단 방법 또는 췌장암 진단에 정보를 제공하는 방법일 수 있다:
(a''') 대상으로부터 분리된 혈액 시료에서, CCL5, COX2, CXCR2, CXCR4, FATP2, IFNG, PTGES2, TNF, 및 VEGFA 로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상 (예컨대, 상기 군에서 선택된 어느 하나 또는 2 이상 (2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 또는 9개)), 이의 코딩 유전자, 또는 이들의 조합의 수준을 측정하는 단계.
일 예에서, 상기 바이오마커의 수준을 측정하는 단계는 앞서 설명한 바와 같다. 예컨대, 상기 바이오마커의 수준을 측정하는 단계는 바이오마커의 정량화(예컨대, PCR에 의한 경우, Ct 값, ΔCt 값, 및/또는 ΔΔCt 값 측정) 및, 임의로, 회귀분석 (예컨대, 단계적 로지스틱 회귀분석)에 의하여 수행될 수 있으며, 필요에 따라서 적절한 통계분석을 추가로 수행할 수 있다.
일 구체예에서, 상기 췌장암 진단 방법은 또는 췌장암 진단에 정보를 제공하는 방법은, 상기 단계 (a''') 이후에, 다음 단계를 추가로 포함할 수 있다:
(b''') 하기의 식을 이용하여 계산하는 단계
[수식 3] logit(p) = B0 + B1×CCL5 + B2×COX2 + B3×CXCR2 + B4×CXCR4 + B5×FATP2 + B6×IFNG + B7×PTGES2 + B8×TNF + B9×VEGFA
(수식 3에서,
B0: 75 내지 85, 75 내지 82, 78 내지 85, 78 내지 82, 80 내지 85, 또는 80 내지 82의 유리수 (소수점 5자리까지 유효), 예컨대, 80.76188;
CCL5: 바이오마커 CCL5의 발현수준;
B1: 바이오마커 CCL5의 발현수준에 대한 계수, 4.5 내지 5.5, 4.5 내지 5.2, 4.7 내지 5.5, 4.7 내지 5.2, 또는 4.9 내지 5의 유리수 (소수점 4자리까지 유효, 예컨대, 4.9423) 또는 0;
COX2: 바이오마커 COX2의 발현수준;
B2: 바이오마커 COX2의 발현수준에 대한 계수, 0.1 내지 1.2, 0.1 내지 0.8, 0.4 내지 1.2, 0.4 내지 0.8, 또는 0.6 내지 0.7의 유리수 (소수점 5자리까지 유효, 예컨대, 0.65443) 또는 0;
CXCR2: 바이오마커 CXCR2의 발현수준;
B3: 바이오마커 CXCR2의 발현수준에 대한 계수, 1 내지 2, 1 내지 1.7, 1.2 내지 2, 1.2 내지 1.7, 또는 1.4 내지 1.6의 유리수 (소수점 5자리까지 유효, 예컨대, 1.48298) 또는 0;
CXCR4: 바이오마커 CXCR4의 발현수준;
B4: 바이오마커 CXCR4의 발현수준에 대한 계수, -5.5 내지 -4.5, -5.5 내지 -4.8, -5.2 내지 -4.5, -5.2 내지 -4.8, -5.1 내지 -5의 유리수 (소수점 5자리까지 유효, 예컨대, -5.05083) 또는 0;
FATP2: 바이오마커 FATP2의 발현수준;
B5: 바이오마커 FATP2의 발현수준에 대한 계수, -6.5 내지 -5.4, -6.5 내지 -5.7, -6.2 내지 -5.4, -6.2 내지 -5.7, 또는 -6 내지 -5.8의 유리수 (소수점 5자리까지 유효, 예컨대, -5.91579) 또는 0;
IFNG: 바이오마커 IFNG의 발현수준;
B6: 바이오마커 IFNG의 발현수준에 대한 계수, 1 내지 2, 1 내지 1.7, 1.2 내지 2, 1.2 내지 1.7의, 또는 1.3 내지 1.5 유리수 (소수점 5자리까지 유효, 예컨대, 1.42668) 또는 0;
PTGES2: 바이오마커 PTGES2의 발현수준;
B7: 바이오마커 PTGES2의 발현수준에 대한 계수, 3.5 내지 4.5, 3.5 내지 4.3, 3.8 내지 4.5, 3.8 내지 4.2, 또는 3.9 내지 4.1의 유리수 (소수점 5자리까지 유효, 예컨대, 4.03554) 또는 0;
TNF: 바이오마커 TNF의 발현수준;
B8: 바이오마커 TNF의 발현수준에 대한 계수, -4.5 내지 -3, -4.5 내지 -3.5, -4 내지 -3, -4 내지 -3.5, 또는 -3.9 내지 -3.8의 유리수 (소수점 5자리까지 유효, 예컨대, -3.84919) 또는 0;
VEGFA: 바이오마커 VEGFA의 발현수준;
B9: 바이오마커 VEGFA의 발현수준에 대한 계수, -4.5 내지 -3, -4.5 내지 -3.5, -4 내지 -3, -4 내지 -3.5, 또는 -3.8 내지 -3.7의 유리수 (소수점 5자리까지 유효, 예컨대, -3.76084) 또는 0;
단, B1 내지 B9 중 선택된 하나 이상은 0이 아님).
상기 [수식 3]에 적용되는 각 바이오마커의 발현수준은 Real-Time PCR (예, Real-time qPCR; 실시예 2 참조)을 진행하여 도출된 ΔCt로 측정 및 정량화한 수치일 수 있다.
상기 췌장암 진단 방법 또는 췌장암 진단에 정보를 제공하는 방법은, 상기 단계 (b''') 이후에, 다음 단계를 추가로 포함할 수 있다:
(c''') 상기 단계 (b''')에서 얻어진 값을 cut-off값과 비교하는 단계.
이때, 상기 췌장암 진단을 위한 cut-off값은 0.05 내지 0.7, 0.05 내지 0.5, 0.1 내지 0.7, 또는 0.1 내지 0.5의 유리수 (소수점 4자리까지 유효), 예컨대, 0.3024일 수 있다.
상기 단계 (b''')에서 얻어진 수치가 상기 cut-off값을 초과하는 경우 상기 검사 대상이 췌장암 환자이거나 췌장암 발형 위험이 높은 것으로 예측(판단, 결정)할 수 있다. 이 때, (b''')에서 얻어진 수치의 cut-off값 초과 여부는 단계 (c''')에서의 비교 결과를 기초로 할 수 있다. 다른 예에서, 상기 단계 (b''')에서 얻어진 수치가 상기 cut-off값 이하인 경우, 상기 검사 대상이 정상 및/또는 췌장암 발형 위험이 낮은 것으로 예측(판단, 결정)할 수 있다.
따라서, 상기 전체 췌장암 진단 방법 또는 전체 췌장암 진단에 정보를 제공하는 방법은, 상기 단계 (c''') 이후 또는 동시에, 다음의 단계를 추가로 포함할 수 있다:
(d''') 상기 단계 (b''')에서 얻어진 수치가 상기 cut-off값을 초과하는 경우 상기 대상을 췌장암 환자 또는 췌장암 발형 위험이 높은 환자로 예측(판단, 결정)하는 단계.
다른 예에서, 상기 방법은 다음의 단계를 포함하는 췌장암 진단 방법 또는 췌장암 진단에 정보를 제공하는 방법일 수 있다:
(a'''') 대상으로부터 분리된 혈액 시료에서, CCL2, CCL5, CXCR2, IFNG, IFNL1, PTGES2, FATP2, 및 TNF로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상 (예컨대, 상기 군에서 선택된 어느 하나 또는 2 이상 (2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 또는 8개)), 이의 코딩 유전자, 또는 이들의 조합의 수준을 측정하는 단계.
일 예에서, 상기 바이오마커의 수준을 측정하는 단계는 앞서 설명한 바와 같다. 예컨대, 상기 바이오마커의 수준을 측정하는 단계는 바이오마커의 정량화(예컨대, PCR에 의한 경우, Ct 값, ΔCt 값, 및/또는 ΔΔCt 값 측정) 및, 임의로, 회귀분석 (예컨대, 단계적 로지스틱 회귀분석)에 의하여 수행될 수 있으며, 필요에 따라서 적절한 통계분석을 추가로 수행할 수 있다.
일 구체예에서, 상기 췌장암 진단 방법은 또는 췌장암 진단에 정보를 제공하는 방법은, 상기 단계 (a'''') 이후에, 다음 단계를 추가로 포함할 수 있다:
(b'''') 하기의 식을 이용하여 계산하는 단계
[수식 4] logit(p) = B0 + B1×CCL2 + B2×CCL5 + B3×CXCR2 + B4×IFNG + B5×IFNL1 + B6×PTGES2 + B7×FATP2 + B8×TNF
(수식 4에서,
B0: 10 내지 23, 10 내지 21, 10 내지 19, 13 내지 23, 13 내지 21, 13 내지 19, 16 내지 23, 16 내지 21, 또는 16 내지 19의 유리수 (소수점 5자리까지 유효), 예컨대, 17.49067;
CCL2: 바이오마커 CCL2의 발현수준;
B1: 바이오마커 CCL2의 발현수준에 대한 계수, -1 내지 -0.01, -1 내지 -0.05, -1 내지 -0.1, -0.5 내지 -0.01, -0.5 내지 -0.05, -0.5 내지 -0.1, 또는 -0.4 내지 -0.2의 유리수 (소수점 5자리까지 유효, 예컨대, -0.32818) 또는 0;
CCL5: 바이오마커 CCL5의 발현수준;
B2: 바이오마커 CCL5의 발현수준에 대한 계수, 0.1 내지 2, 0.1 내지 1.5, 0.1 내지 1.2, 0.5 내지 2, 0.5 내지 1.5, 0.5 내지 1.2, 0.8 내지 2, 0.8 내지 1.5, 0.8 내지 1.2, 또는 0.9 내지 1.1의 유리수 (소수점 5자리까지 유효, 예컨대, 1.00895) 또는 0;
CXCR2: 바이오마커 CXCR2의 발현수준;
B3: 바이오마커 CXCR2의 발현수준에 대한 계수, 0.1 내지 1.2, 0.1 내지 1, 0.1 내지 0.7, 0.3 내지 1.2, 0.3 내지 1, 0.3 내지 0.7, 0.5 내지 1.2, 0.5 내지 1, 또는 0.5 내지 0.7의 유리수 (소수점 5자리까지 유효, 예컨대, 0.60516) 또는 0;
IFNG: 바이오마커 IFNG의 발현수준;
B4: 바이오마커 IFNG의 발현수준에 대한 계수, 1 내지 3, 1 내지 2.5, 1 내지 2.2, 1.5 내지 3, 1.5 내지 2.5, 1.5 내지 2.2, 1.9 내지 3, 1.9 내지 2.5, 또는 1.9 내지 2.2의 유리수 (소수점 5자리까지 유효, 예컨대, 2.09081) 또는 0;
IFNL1: 바이오마커 IFNL1의 발현수준;
B5: 바이오마커 IFNL1의 발현수준에 대한 계수, -1 내지 -0.01, -1 내지 -0.1, -1 내지 -0.2, -0.7 내지 -0.01, -0.7 내지 -0.1, -0.7 내지 -0.2, -0.4 내지 -0.01, -0.4 내지 -0.1, -0.4 내지 -0.2의 유리수 (소수점 5자리까지 유효, 예컨대, -0.30751) 또는 0;
PTGES2: 바이오마커 PTGES2의 발현수준;
B6: 바이오마커 PTGES2의 발현수준에 대한 계수, 1 내지 2.2, 1 내지 2, 1 내지 1.7, 1.2 내지 2.2, 1.2 내지 2, 1.2 내지 1.7, 1.5 내지 2.2, 1.5 내지 2, 또는 1.5 내지 1.7의 유리수 (소수점 5자리까지 유효, 예컨대, 1.63325) 또는 0;
FATP2: 바이오마커 FATP2의 발현수준;
B7: 바이오마커 FATP2의 발현수준에 대한 계수, -3.5 내지 -2, -3.5 내지 -2.5, -3.5 내지 -2.8, -3.3 내지 -2, -3.3 내지 -2.5, -3.3 내지 -2.8, -3 내지 -2, -3 내지 -2, 또는 -3 내지 -2.8의 유리수 (소수점 5자리까지 유효, 예컨대, -2.88882) 또는 0;
TNF: 바이오마커 TNF의 발현수준;
B8: 바이오마커 TNF의 발현수준에 대한 계수, -2.2 내지 -0.8, -2.2 내지 -1.2, -2.2 내지 -1.5, -2 내지 -0.8, -2 내지 -1.2, -2 내지 -1.5, -1.7 내지 -0.8, -1.7 내지 -1.2, 또는 -1.7 내지 -1.5의 유리수 (소수점 5자리까지 유효, 예컨대, -1.59755) 또는 0;
단, B1 내지 B8 중 선택된 하나 이상은 0이 아님).
상기 [수식 4]에 적용되는 각 바이오마커의 발현수준은 Real-Time PCR (예, Real-time qPCR; 실시예 2 참조)을 진행하여 도출된 ΔCt로 측정 및 정량화한 수치일 수 있다.
상기 췌장암 진단 방법 또는 췌장암 진단에 정보를 제공하는 방법은, 상기 단계 (b'''') 이후에, 다음 단계를 추가로 포함할 수 있다:
(c'''') 상기 단계 (b'''')에서 얻어진 값을 cut-off값과 비교하는 단계.
이때, 상기 췌장암 진단을 위한 cut-off값은 0.05 내지 0.5, 0.05 내지 0.3, 0.1 내지 0.5, 또는 0.1 내지 0.3의 유리수 (소수점 4자리까지 유효), 예컨대, 0.1612일 수 있다.
상기 단계 (b'''')에서 얻어진 수치가 상기 cut-off값을 초과하는 경우 상기 검사 대상이 췌장암 환자이거나 췌장암 발형 위험이 높은 것으로 예측(판단, 결정)할 수 있다. 이 때, (b'''')에서 얻어진 수치의 cut-off값 초과 여부는 단계 (c'''')에서의 비교 결과를 기초로 할 수 있다. 다른 예에서, 상기 단계 (b'''')에서 얻어진 수치가 상기 cut-off값 이하인 경우, 상기 검사 대상이 정상 및/또는 췌장암 발형 위험이 낮은 것으로 예측(판단, 결정)할 수 있다.
따라서, 상기 전체 췌장암 진단 방법 또는 전체 췌장암 진단에 정보를 제공하는 방법은, 상기 단계 (c'''') 이후 또는 동시에, 다음의 단계를 추가로 포함할 수 있다:
(d'''') 상기 단계 (b'''')에서 얻어진 수치가 상기 cut-off값을 초과하는 경우 상기 대상을 췌장암 환자 또는 췌장암 발형 위험이 높은 환자로 예측(판단, 결정)하는 단계.
본 명세서에서 제공되는 췌장암 진단 방법 또는 췌장암 진단에 정보를 제공하는 방법에 의하여 진단 가능한 췌장암은 췌장암의 CA19-9 수준이 낮은 췌장암인 것을 특징으로 한다. 일 예에서, ‘CA19-9 수준이 낮다’함은 혈액의 혈청 내 CA19-9 단백질의 수준이 정상 범위와 동등 이하인 경우를 의미하는 것일 수 있고, 예컨대, CA19-9 단백질 수준이 100 U/mL 이하 또는 미만, 95 U/mL 이하 또는 미만, 90 U/mL 이하 또는 미만, 85 U/mL 이하 또는 미만, 80 U/mL 이하 또는 미만, 75 U/mL 이하 또는 미만, 70 U/mL 이하 또는 미만, 65 U/mL 이하 또는 미만, 60 U/mL 이하 또는 미만, 55 U/mL 이하 또는 미만, 50 U/mL 이하 또는 미만, 45 U/mL 이하 또는 미만, 40 U/mL 이하 또는 미만, 39 U/mL 이하 또는 미만, 38 U/mL 이하 또는 미만, 또는 37 U/mL 이하 또는 미만, 예컨대, 37.0 U/mL 미만 (CA19-9 <37.0 U/mL)인 경우를 의미할 수 있다. 상기 췌장암은 원발성 또는 전이성일 수 있고, 초기(외과적 수술(절제) 적용 가능) 및/또는 후기 췌장암일 수 있다.
본 명세서에서 제공되는 췌장암 진단 방법 또는 췌장암 진단에 정보를 제공하는 방법은, 상기 검출하는 단계, 비교하는 단계, 또는 진단(예측, 판단, 또는 결정)하는 단계 이후에,
췌장암 환자로 진단된 대상에게 췌장암 치료를 수행하는 단계
를 추가로 포함할 수 있다.
상기 치료 대상 췌장암은 CA19-9 수준이 낮은 췌장암일 수 있다. 다르게 표현하면, 상기 췌장암 치료는 췌장암의 CA19-9 수준이 낮은 환자를 대상으로 하는 것일 수 있다. 일 예에서, ‘CA19-9 수준이 낮다’함은 혈액의 혈청 내 CA19-9 단백질의 수준이 정상 범위와 동등 이하인 경우를 의미하는 것일 수 있고, 예컨대, CA19-9 단백질 수준이 100 U/mL 이하 또는 미만, 95 U/mL 이하 또는 미만, 90 U/mL 이하 또는 미만, 85 U/mL 이하 또는 미만, 80 U/mL 이하 또는 미만, 75 U/mL 이하 또는 미만, 70 U/mL 이하 또는 미만, 65 U/mL 이하 또는 미만, 60 U/mL 이하 또는 미만, 55 U/mL 이하 또는 미만, 50 U/mL 이하 또는 미만, 45 U/mL 이하 또는 미만, 40 U/mL 이하 또는 미만, 39 U/mL 이하 또는 미만, 38 U/mL 이하 또는 미만, 또는 37 U/mL 이하 또는 미만, 예컨대, 37.0 U/mL 미만 (CA19-9 <37.0 U/mL)인 경우를 의미할 수 있다. 상기 췌장암은 원발성 또는 전이성일 수 있고, 초기(외과적 수술(절제) 적용 가능) 및/또는 후기 췌장암일 수 있다.
상기 췌장암 치료는 췌장암 치료제(예컨대, 항암제: 5-플루오로유라실(5-fluorouracil), 젬시타빈(gemcitabine), 타르세바(tarceva; erlotinib), 류코보린 (leucovorin), 이리노테칸 (irinotecan), 옥살리플라틴 (oxaliplatin), 파크리탁셀(paclitaxel), 항체 등)의 투여와 같은 화학적 요법, 방사선 치료, 외과적 수술(절제), 또는 이들 중 2 이상의 조합을 의미할 수 있다.
상기 췌장암 치료는 췌장암의 병기 및 진행단계에 따라 다르게 적용할 수 있다. 초기 췌장암 (예, 절제가능한 췌장암 (Resectable Pancreatic cancer) 등)은 외과적 수술로 치료 가능한 단계의 췌장암으로, 초기 췌장암의 치료는 외과적 수술만 수행하거나, 외과적 수술 선행 후 항암보조치료를 수행하는 것일 수 있다. 항암보조치료는, 외과적 수술 이외의 항암요법을 의미하는 것으로, 췌장암 치료제 (예컨대, 5-플루오로유라실(5-fluorouracil), 젬시타빈(gemcitabine), 타르세바(tarceva; erlotinib), 류코보린 (leucovorin), 이리노테칸 (irinotecan), 옥살리플라틴 (oxaliplatin), 항체 등으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 항암제 등)의 투여와 같은 화학적 요법, 항암방사선치료, 또는 이들의 조합을 의미할 수 있다.
후기 췌장암 (예, 경계성 절제가능한 췌장암 (Borderline Resectable Pancreatic Cancer), 국소 진행된 췌장암 (Locally Advanced Pancreatic Cancer), 전이성 췌장암 (Metastatic Pancreatic Cancer) 등) 치료는 각 췌장암의 진행단계에 따라 다르게 적용할 수 있다.
예를 들어, 후기 췌장암 중에서, 경계성 절제 가능한 췌장암 (Borderline Resectable Pancreatic Cancer)의 경우, 선행보조치료 (예컨대, 5-플루오로유라실(5-fluorouracil), 류코보린 (leucovorin), 이리노테칸 (irinotecan), 옥살리플라틴 (oxaliplatin) 등으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 항암제 투여 (예, 상기 4개의 항암제를 혼합하여 치료(투여)하는 폴피리녹스 (FOLFIRINOX)) 등) 수행 후, 치료 경과에 따라, i) 외과적 수술이 가능한 경우 수술 후 항암치료를 수행할 수 있으며, ii) 외과적 수술이 불가능한 경우, 항암치료를 수행할 수 있다. 상기 항암치료는 췌장암 치료제 (예컨대, 5-플루오로유라실(5-fluorouracil), 젬시타빈(gemcitabine), 타르세바(tarceva; erlotinib), 류코보린 (leucovorin), 이리노테칸 (irinotecan), 옥살리플라틴 (oxaliplatin), 항체 등으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 항암제 등)의 투여와 같은 화학적 요법, 항암방사선치료, 또는 이들의 조합을 의미할 수 있다.
후기 췌장암 중, 국소 진행된 췌장암 (Locally Advanced Pancreatic Cancer)의 경우, 선행보조치료 (예컨대, 5-플루오로유라실(5-fluorouracil), 류코보린 (leucovorin), 이리노테칸 (irinotecan), 옥살리플라틴 (oxaliplatin) 등으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 항암제 투여 (예, 상기 4개의 항암제를 혼합하여 치료(투여)하는 폴피리녹스 (FOLFIRINOX)) 등) 수행 후, 진행 경과에 따라, 앞서 설명한 선행보조치료 지속 또는 2차 치료 (예컨대, 나노파티클 알부민 - 파크리탁셀 결합 (nab-paclitaxel)과 젬시타빈 (gemcitabine)의 혼합(병용) 투여 등), 항암방사선치료, 또는 이들 중 2 이상의 조합을 수행할 수 있다.
후기 췌장암 중, 전이성 췌장암 (Metastatic Pancreatic Cancer)의 경우, 선행보조치료 (예컨대, 5-플루오로유라실(5-fluorouracil), 류코보린 (leucovorin), 이리노테칸 (irinotecan), 옥살리플라틴 (oxaliplatin) 등으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 항암제 투여 (예, 상기 4개의 항암제를 혼합하여 치료하는 폴피리녹스 (FOLFIRINOX) 등), 항암치료 (예컨대, 나노파티클 알부민 - 파크리탁셀 결합 (nab-paclitaxel)과 젬시타빈 (gemcitabine)의 혼합 투여, 또는 젬시타빈 (gemcitabine) 단독 투여, 등), 또는 이들의 조합을 수행 후, 환자 경과에 따라 2차 치료를 수행할 수 있다. 상기 2차 치료는, 예컨대, 나노파티클 알부민 - 파크리탁셀 결합 (nab-paclitaxel)과 젬시타빈 (gemcitabine)의 혼합 투여, 또는 5-플루오르유라실(5-fluorouracil)과 리포소말 이리노테칸 (liposomal irinotecan) 혼합 투여, 또는 5-플루오르유라실(5-fluorouracil)과 리포소말 옥살리플라틴 (liposomal oxaliplatin) 혼합 투여 등을 포함하는 화학적요법을 의미할 수 있다.
혈액 시료
본 명세서에서 제공되는 췌장암 진단용 조성물, 키트 및 방법의 적용 가능한 진단 대상 시료 또는 혈액 시료는 진단 대상으로부터 얻어진 (또는 분리된 또는 유래한) 액상 생검 (liquid biopsy), 예를 들면, 혈액, 혈청, 혈장, 및/또는 이들로부터 분리된 세포를 포함하는 것일 수 있으며, 일 예에서, 상기 시료는 진단 대상으로부터 분리된 버피 코트를 포함하는 것일 수 있다.
본 명세서에서, 버피 코트 (buffy coat)는 혈액의 원심분리시 상부의 혈장 (plasma) 층과 하부의 적혈구 층 사이에 형성된 전체 백혈구 층을 의미하는 것으로, 혈액에서 혈장과 적혈구를 제외한 성분 (예컨대, 단핵구, 과립구, 림프구 등)들의 혼합물이고, 말초혈액 단핵구 (peripheral blood mononuclear cell; PBMC)와 명확하게 구별되는 의미로 사용된다 (도 1 참조). 본 명세서에서 사용된 혈액 시료는 혈액 유래 버피 코트일 수 있으며, 말초혈액 단핵구로만 이루어진 시료는 아닌 것일 수 있다. 일 예에서, 버피 코트는 혈액을 다음의 조건 (1) 내지 (3) 중 선택된 하나 이상 (1, 2, 또는 3)의 조건에서 원심분리하여 위에서부터 순차적으로 얻어진 혈장 층 (위), 버피 코트 층(중간), 및 적혈구 층 (아래) 중에서 중간의 버피 코트 층으로부터 얻어진 것일 수 있다:
(1) 온도: 2 내지 30℃, 2 내지 28℃, 2 내지 25℃, 2 내지 23℃, 2 내지 20℃, 2 내지 18℃, 2 내지 15℃, 2 내지 13℃, 2 내지 10℃, 2 내지 8℃, 2 내지 6℃, 2 내지 5℃, 2 내지 4℃, 3 내지 30℃, 3 내지 28℃, 3 내지 25℃, 3 내지 23℃, 3 내지 20℃, 3 내지 18℃, 3 내지 15℃, 3 내지 13℃, 3 내지 10℃, 3 내지 8℃, 3 내지 6℃, 3 내지 5℃, 3 내지 4℃, 4 내지 30℃, 4 내지 28℃, 4 내지 25℃, 4 내지 23℃, 4 내지 20℃, 4 내지 18℃, 4 내지 15℃, 4 내지 13℃, 4 내지 10℃, 4 내지 8℃, 4 내지 6℃, 4 내지 5℃, 5 내지 30℃, 5 내지 28℃, 5 내지 25℃, 5 내지 23℃, 5 내지 20℃, 5 내지 18℃, 5 내지 15℃, 5 내지 13℃, 5 내지 10℃, 5 내지 8℃, 5 내지 6℃, 10 내지 30℃, 10 내지 28℃, 10 내지 25℃, 10 내지 23℃, 10 내지 20℃, 10 내지 18℃, 10 내지 15℃, 10 내지 13℃, 15 내지 30℃, 15 내지 28℃, 15 내지 25℃, 15 내지 23℃, 15 내지 20℃, 15 내지 18℃, 20 내지 30℃, 20 내지 28℃, 20 내지 25℃, 또는 20 내지 23℃;
(2) 속도: 300g 내지 2000g, 300g 내지 1800g, 300g 내지 1500g, 300g 내지 1300g, 300g 내지 1000g, 500g 내지 2000g, 500g 내지 1800g, 500g 내지 1500g, 500g 내지 1300g, 500g 내지 1000g, 600g 내지 1000g, 700g 내지 1000g, 800g 내지 1000g, 500g 내지 900g, 600g 내지 900g, 700g 내지 900g, 800g 내지 900g, 500g 내지 800g, 600g 내지 800g, 또는 700g 내지 800g; 및
(3) 시간: 5 내지 20분, 7 내지 20분, 9 내지 20분, 5 내지 15분, 7 내지 15분, 9 내지 15분, 5 내지 12분, 7 내지 12분, 또는 9 내지 12분 동안.
본 명세서에서, 진단 대상(개체)은 인간, 원숭이 등을 포함하는 영장류, 마우스, 래트 등을 포함하는 설치류 등을 포함하는 포유류 중에서 선택될 수 있으며, 췌장암 진단을 필요로 하는 개체일 수 있다. 특히, 상기 진단 대상은 췌장암의 CA19-9 수준이 낮은 개체(환자)일 수 있다. 일 예에서, ‘CA19-9 수준이 낮다’함은 혈액의 혈청 내 CA19-9 단백질의 수준이 정상 범위와 동등 이하인 경우를 의미하는 것일 수 있고, 예컨대, CA19-9 단백질 수준이 100 U/mL 이하 또는 미만, 95 U/mL 이하 또는 미만, 90 U/mL 이하 또는 미만, 85 U/mL 이하 또는 미만, 80 U/mL 이하 또는 미만, 75 U/mL 이하 또는 미만, 70 U/mL 이하 또는 미만, 65 U/mL 이하 또는 미만, 60 U/mL 이하 또는 미만, 55 U/mL 이하 또는 미만, 50 U/mL 이하 또는 미만, 45 U/mL 이하 또는 미만, 40 U/mL 이하 또는 미만, 39 U/mL 이하 또는 미만, 38 U/mL 이하 또는 미만, 또는 37 U/mL 이하 또는 미만, 예컨대, 37.0 U/mL 미만 (CA19-9 <37.0 U/mL)인 경우를 의미할 수 있다.
본 명세서에서, 비교대상시료는 정상 (예컨대, 췌장암을 앓지 않는) 개체로부터 얻어진 (또는 분리된 또는 유래한) 시료로서, 예컨대, 상기 정상 개체는 인간, 원숭이 등을 포함하는 영장류, 마우스, 래트 등을 포함하는 설치류 등을 포함하는 포유류 중에서 선택된 것으로 상기 진단 대상과 동종의 개체일 수 있고, 비교대상 시료는 상기 정상 개체로부터 얻어진 (또는 분리된 또는 유래한) 혈액, 혈청, 혈장, 및/또는 이들로부터 분리된 세포를 포함하는 것일 수 있으며, 구체적으로, 앞서 설명한 바와 같은 버피 코트를 포함하는 것일 수 있다.
췌장암 치료제의 스크리닝
다른 예에서, 후보 화합물 처리시의 상기 바이오마커의 수준을 측정하여 췌장암 치료 약물의 후보 물질을 스크리닝하는 방법을 제공한다.
보다 구체적으로, 상기 스크리닝 방법은,
생물 시료에 후보 화합물을 접촉시키는 단계;
상기 생물 시료에서 앞서 기재한 바이오마커 및 이들의 코딩 유전자로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 바이오마커의 수준을 측정하는 단계; 및
상기 후보 화합물을 접촉시킨 생물 시료에서의 바이오마커의 수준을 후보 물질을 접촉시키지 않은 생물 시료에서의 유비퀴틴 분해효소 및/또는 이를 암호화하는 유전자의 수준과 비교하는 단계
를 포함할 수 있다.
상기 비교하는 단계는 동일한 생물 시료에 대하여 후보 화합물 접촉(처리) 전 후의 바이오마커의 수준을 각각 측정하여 이를 비교하거나, 생물 시료 중 일부에만 후보 화합물을 접촉시키고, 후보 화합물을 접촉시킨 부분과 후보 화합물을 접촉시키지 않은 부분의 바이오마커의 수준을 각각 측정하여 이를 비교함으로써 수행될 수 있다.
상기 후보 화합물을 접촉시킨 생물 시료에서의 췌장암에서 발현이 증가하는 바이오마커의 수준이 후보 물질을 접촉시키지 않은 생물 시료에서의 동일 바이오마커의 수준보다 감소한 경우, 즉 상기 후보 화합물이 생물 시료에서 바이오마커 수준을 감소시키거나 발현을 저해한 경우, 상기 후보 화합물을 췌장암의 예방 및/또는 치료 약물의 후보 물질로 판단(선택)할 수 있다. 상기 췌장암에서 발현이 증가하는 바이오마커는 앞서 설명한 바와 같으며, 예컨대, IFNL1(IL-29), IFNA1, CXCL11(I-TAC), CCL2, CXCR4, SLC27A2(FATP2), PTGES, VEGFA, TNF, PTGS2(COX2), CCR5, CXCR2, CLEC7A(DECTIN1), FOXP3, ARG1, 및 CXCL8(IL-8)로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상일 수 있다.
상기 후보 화합물을 접촉시킨 생물 시료에서의 췌장암에서 발현이 감소하는 바이오마커의 수준이 후보 물질을 접촉시키지 않은 생물 시료에서의 동일 바이오마커의 수준보다 증가한 경우, 즉 상기 후보 화합물이 생물 시료에서 바이오마커 수준을 증가시키거나 발현을 촉진하는 경우, 상기 후보 화합물을 췌장암의 예방 및/또는 치료 약물의 후보 물질로 판단(선택)할 수 있다. 상기 췌장암에서 발현이 감소하는 바이오마커는 앞서 설명한 바와 같으며, 예컨대, IFNG, PTGES2, 및 CCL5, 로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상일 수 있다.
상기 생물 시료는 생체, 예컨대, 췌장암 환자로부터 얻어진 (또는 분리된 또는 유래한) 혈액, 혈청, 혈장, 및/또는 이들로부터 분리된 세포를 포함하는 것일 수 있으며, 구체적으로, 버피 코트를 포함하는 것일 수 있다. 특히, 상기 췌장암 환자는 췌장암의 CA19-9 수준이 낮은 개체(환자)일 수 있다. 일 예에서, ‘CA19-9 수준이 낮다’함은 혈액의 혈청 내 CA19-9 단백질의 수준이 정상 범위와 동등 이하인 경우를 의미하는 것일 수 있고, 예컨대, CA19-9 단백질 수준이 100 U/mL 이하 또는 미만, 95 U/mL 이하 또는 미만, 90 U/mL 이하 또는 미만, 85 U/mL 이하 또는 미만, 80 U/mL 이하 또는 미만, 75 U/mL 이하 또는 미만, 70 U/mL 이하 또는 미만, 65 U/mL 이하 또는 미만, 60 U/mL 이하 또는 미만, 55 U/mL 이하 또는 미만, 50 U/mL 이하 또는 미만, 45 U/mL 이하 또는 미만, 40 U/mL 이하 또는 미만, 39 U/mL 이하 또는 미만, 38 U/mL 이하 또는 미만, 또는 37 U/mL 이하 또는 미만, 예컨대, 37.0 U/mL 미만 (CA19-9 <37.0 U/mL)인 경우를 의미할 수 있다.
상기 후보 화합물은 각종 화합물, 예컨대, 소분자 화합물, 단백질, 폴리펩타이드, 올리고펩타이드, 폴리뉴클레오타이드, 올리고뉴클레오타이드, 식물 또는 동물의 추출물 등으로 이루어진 군에서 선택된 것이 수 있다.
상기 생물 시료에서의 바이오마커의 수준 측정은 통상의 유전자 또는 단백질 정량 검출 수단에 의하여 측정하거나, 및/또는 측정된 결과를 평가하여 수행할 수 있다. 그 구체적인 측정 수단은 앞서 설명한 바와 같다.
본 명세서에서 제공되는 모든 수치는, 본 출원의 소망하는 기능 및/또는 효과를 달성할 수 있는 한, 통상적인 오차범위를 포함하는 것으로 해석되며, 예컨대, -10% (또는 -9%, -8%, -7%, -6%, -5%, -4%, -3%, -2%, 또는 -1%) 내지 +10% (또는 +9%, +8%, +7%, +6%, +5%, +4%, +3%, +2%, 또는 +1%)의 범위를 포함하는 것으로 해석될 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 출원을 통하여, 환자 유래 혈액만으로 비침습적이고, 간단하면서도 높은 정확도로 췌장암을 진단할 수 있고, 췌장암의 진행 단계를 보다 정확하게 진단하거나 다른 유사질환과 구분할 수 있어서, 췌장암의 보다 효과적인 치료 전략 수립에 유용하게 사용될 수 있다. 특히, 본 출원에서 제공되는 바이오마커 및 이를 이용한 진단기술은, CA19-9 수준이 낮아서, 정상과 구별이 어렵거나 췌장암 환자임에도 정상 판정을 받은 경우에도 췌장암 환자 여부를 진단할 수 있는 이점을 가진다.
도 1은 버피 코트 시료 준비 과정을 PBMC 시료와 비교하여 예시적으로 보여주는 모식도이다.
도 2a 내지 2e는 정상대조군 (normal control) 및 CA19-9 수준이 낮은 췌장암 환자군에서의 각 마커의 Real-time qPCR 결과(ΔΔCt 값)를 나타낸 그래프이다.
도 3은 정상대조군 및 CA19-9 수준이 낮은 (CA19-9 <37.0 U/mL) 췌장암 환자군에서 13종의 마커 (FATP2, CXCR4, VEGFA, TNF, PTGES2, COX2, CCL5, IFNG, CCL2, CCR5, CXCR2, DECTIN1, 및 FOXP3) 조합을 사용하여 얻어진 Logistic Regression 분석 결과를 보여준다.
도 4는 정상대조군 및 CA19-9 수준이 낮은 (CA19-9 <37.0 U/mL) 췌장암 환자군에서 13종의 마커 (FATP2, CXCR4, VEGFA, TNF, PTGES2, COX2, CCL5, IFNG, CCL2, CCR5, CXCR2, DECTIN1, 및 FOXP3) 조합을 사용하여 얻어진 Logistic Regression 분석 결과 및 CA19-9를 마커로 사용하여 얻어진 Logistic Regression 분석 결과를 비교하여 보여주는 것으로, ROC curve에서, 연두색 실선은 13종 마커 조합 결과를, 분홍색 점선은 CA19-9 결과를 나타낸다.
도 5a 내지 8b는 일 실시예에 따른 마커 조합을 이용한 Logistic Regression 분석 결과를 보여주는 것으로, ROC curve에서, 연두색 실선은 마커 조합 (Model 1, Model 2, Model 3, 및 Model 4) 결과를, 분홍색 점선은 CA19-9 결과를 나타낸다 (5a 및 5b: Model 1의 결과; 6a 및 6b: Model 2의 결과; 7a 및 7b: Model 3의 결과; 8a 및 8b: Model 4의 결과).
도 2a 내지 2e는 정상대조군 (normal control) 및 CA19-9 수준이 낮은 췌장암 환자군에서의 각 마커의 Real-time qPCR 결과(ΔΔCt 값)를 나타낸 그래프이다.
도 3은 정상대조군 및 CA19-9 수준이 낮은 (CA19-9 <37.0 U/mL) 췌장암 환자군에서 13종의 마커 (FATP2, CXCR4, VEGFA, TNF, PTGES2, COX2, CCL5, IFNG, CCL2, CCR5, CXCR2, DECTIN1, 및 FOXP3) 조합을 사용하여 얻어진 Logistic Regression 분석 결과를 보여준다.
도 4는 정상대조군 및 CA19-9 수준이 낮은 (CA19-9 <37.0 U/mL) 췌장암 환자군에서 13종의 마커 (FATP2, CXCR4, VEGFA, TNF, PTGES2, COX2, CCL5, IFNG, CCL2, CCR5, CXCR2, DECTIN1, 및 FOXP3) 조합을 사용하여 얻어진 Logistic Regression 분석 결과 및 CA19-9를 마커로 사용하여 얻어진 Logistic Regression 분석 결과를 비교하여 보여주는 것으로, ROC curve에서, 연두색 실선은 13종 마커 조합 결과를, 분홍색 점선은 CA19-9 결과를 나타낸다.
도 5a 내지 8b는 일 실시예에 따른 마커 조합을 이용한 Logistic Regression 분석 결과를 보여주는 것으로, ROC curve에서, 연두색 실선은 마커 조합 (Model 1, Model 2, Model 3, 및 Model 4) 결과를, 분홍색 점선은 CA19-9 결과를 나타낸다 (5a 및 5b: Model 1의 결과; 6a 및 6b: Model 2의 결과; 7a 및 7b: Model 3의 결과; 8a 및 8b: Model 4의 결과).
이하 본 발명을 실시예 및 시험예를 통하여 더욱 상세히 설명한다. 그러나, 이들 실시예 및 시험예는 본 발명을 예시하기 위한 것으로, 본 발명을 제한하는 것으로 해석되어서는 아니 된다.
실시예 1: 시료의 준비
1.1. CA19-9 수준이 낮은 췌장암 환자의 선별
전기화학발광면역측정법(ECLIA, Electrochemiluminescence immunoassay)을 통한 CA19-9 정량 분석을 수행하여, 췌장암 환자의 CA19-9 단백질 수준을 측정하였다.
보다 구체적으로, 췌장암(초기 췌장암 및 후기 췌장암 모두 포함; All P.C) 환자로부터 혈액을 수집하고, 상기 수집한 혈액으로부터 표준검체수집 튜브 또는 separating gel이 들어있는 튜브를 이용하여 혈청을 분리하여, CA19-9 정량 분석에 사용하였다. CA19-9 정량 분석은 Elecsys CA 19-9 kit (Roche)를 사용하여 제조사에서 권장하는 프로토콜에 따라 진행하였다. Cobas e 801 module (Roche) 장비를 사용하여 CA19-9 단백질 수준을 측정하였다. 측정 결과, CA19-9 단백질 수준이 정상범위 (예컨대, 37 U/mL 미만)인 췌장암 환자를 선별하였다. 참고로, CA19-9를 췌장암 진단 마커로 사용하는 경우, CA19-9 단백질 수준이 37 U/mL 미만인 경우는 정상 범위로 판단될 수 있다.
1.2. CA19-9 수준이 낮은 췌장암 환자의 버피 코트 시료 준비
CA19-9 수준이 낮은 췌장암 환자의 혈액 유래 버피 코트(buffy coat)에서 다양한 마커의 mRNA 발현 수준을 측정하였다. 또한, 비교를 위하여, 췌장암을 앓지 않는 정상인(정상대조군) 혈액 유래의 버피 코트에 대해서도 동일한 시험을 수행하였다.
먼저, 상기 실시예 1.1에서 CA19-9 단백질 수준이 낮은(정상범위, 예컨대, 37 U/mL 미만) 것으로 선별된 췌장암 환자 99명 및 정상인 (Normal control) 1081명으로부터 각각 혈액 8ml를 채혈하여 EDTA 튜브에 수집하고, 채혈 2시간 이내에 상기 EDTA 튜브를 24℃에서 1800g로 10분간 원심분리하였다. 상층으로부터, 혈장, 버피 코트, 및 적혈구 순으로 분리된 혈액에서 상층의 혈장을 제거하고 버피 코트 250 μl를 보관 튜브에 분리하여, 사용시까지 -80℃ Deep freezer에 보관하였다.
실시예 2. Real-time qPCR
상기 실시예 1.2에서 준비된 췌장암 환자 (CA19-9가 정상범위, 예컨대, CA19-9 37 U/mL 미만) 및 정상인의 버피 코트 시료에서의 유전자 발현은 Real-time qPCR으로 측정하였으며, 상기 Real-time qPCR은 probe-based multiplex PCR로 진행하였다.
우선, NucleoSpin® RNA Blood kit (MACHEREY-NAGEL)를 이용하여 제조사에서 권장하는 프로토콜에 따라, 상기 실시예 1의 냉동 보관된 버피 코트 250 μl에서 total RNA를 추출하였다. 각 시료당 1 μg의 RNA를 사용하여 cDNA 합성하였다. cDNA 합성은 GoScript™ Reverse Transcription system kit (Promega)를 사용하여 수행하였다.
Multiplex PCR을 위해, 각각의 마커의 프로브는 FAM dye를 붙여서 표지하고, 내부 대조 유전자(Reference gene)로 사용된 GAPDH는 HEX dye를 붙여서 표지하였다. 프라이머와 프로브는 IDT(Integrated DNA Technologies, Inc.)에서 구매하여 사용하였다.
시료에서 각 유전자 발현을 확인하기 위해, GoTaq® Probe qPCR Master Mix (Promega)의 프로토콜에 따라 최종 부피 20 μl에 맞추어 준비하였다. 유전자 발현 시험은 QuantStudio 3, 5 Real-Time PCR 시스템(Applied Biosystems) 장비를 사용하여 수행하였으며, 장비의 소프트웨어에서 제공하는 Standard Cycling 조건 하에서 진행되었다. Real-time qPCR 결과 시료에서 측정된 각 마커의 mRNA 발현 수준인 Ct 값과 GAPDH mRNA 발현 수준 Ct 값을 추출하고, 시료의 각 마커 mRNA 발현 수준과 GAPDH mRNA 발현 수준의 차이를 계산하여 ΔCt 값을 얻었다.
또한, 정상인과 췌장암 환자 시료에서 각 마커의 mRNA 발현 수준을 비교하기 위해 ΔCt (췌장암 시료) - ΔCt (정상인 평균) 식을 통해 ΔΔCt 값을 얻었다.
정상인 대비 췌장암 군에서 마커 mRNA 발현량 수준의 증감을 보여주기 위해 2-ΔΔCt로 변환하여 얻은 값을 Non-parametric T-test 분석에 사용하였다. 그 외 모든 통계 분석은 ΔCt를 사용하였다. ΔΔCt 값이 높을 수록 유전자 발현이 높은(증가한) 것을 의미하고, ΔΔCt 값이 낮을 수록 유전자 발현이 낮은(감소한) 것을 의미한다. 반면 ΔCt 값의 감소는 실제 유전자 발현 증가를 의미하며, ΔCt 값의 증가는 실제 유전자 발현 감소를 의미한다.
사용된 마커를 표 3에 나타내고, 각 마커에 대한 프라이머와 프로브의 핵산서열(5'→3')을 다음의 표 4에 나타내었다:
| No. | Gene name | Ref. sequence (NCBI) | IDT Assay Name |
| 1 | IL29(IFNL1) | NM_172140 | Hs.PT.56a.21113836.g |
| 2 | IFNG | NM_000619 | Hs.PT.58.3781960 |
| 3 | CXCL11(I-TAC) | NM_005409 | Hs.PT.58.26723814 |
| 4 | TNF | NM_000594 | Hs.PT.58.45380900 |
| 5 | IFNA1 | NM_024013 | Hs.PT.58.46311748.g |
| 6 | DECTIN-1(CLEC7A) | NM_022570(5) | Hs.PT.58.40018774 |
| 7 | FOXP3 | NM_014009 | Hs.PT.58.3671186 |
| 8 | VEGFA | NM_003376 | Hs.PT.58.1149801 |
| 9 | CCL2 | NM_002982 | Hs.PT.58.45467977 |
| 10 | CCL5 | NM_002985 | Hs.PT.58.1724551 |
| 11 | CCR5 | NM_000579 | Hs.PT.58.2249633 |
| 12 | CXCR4 | NM_003467 | Hs.PT.58.22298491 |
| 13 | CXCR2 | NM_001557 | Hs.PT.58.40527202 |
| 14 | SLC27A2(FATP2) | NM_003645 | Hs.PT.58.38450787 |
| 15 | PTGS2(COX2) | NM_000963 | Hs.PT.58.77266 |
| 16 | PTGES2 | NM_198938 | Hs.PT.58.40424722 |
| 17 | PTGES | NM_004878.5 | Hs.PT.58.39853040 |
| 18 | ARG1 | NM_001244438.2 | Hs.PT.56a.20779559 |
| 19 | IL-8 (CXCL8) | NM_000584 | Hs.PT.58.38869678.G |
| Marker | Sequence | SEQ ID NO | |
| IL-29 (IFNL1) | Primer-F | 5'-GGTTCAAATCTCTGTCACCACA-3' | 1 |
| Primer-R | 5'-GAAGACAGGAGAGCTGCAAC-3' | 2 | |
| Probe | 5'-FAM/TCAAGAAGG/ZEN/CCAGGGACGCC/IBFQ-3' | 3 | |
| IFNG | Primer-F | 5'-gcaa caa aaa gaaa cga gat gac-3' | 4 |
| Primer-R | 5'-cga cag ttc agc cat cac tt-3' | 5 | |
| Probe | 5'-/56-FAM/tcg gta act/ZEN/gac ttg aat gtc caa cgc/3IABkFQ/-3' | 6 | |
| CXCL11 (I-TAC) | Primer-F | 5'-tat tgt gtg cta cag ttg ttc aag-3' | 7 |
| Primer-R | 5'-ggt aca tta tgg agg ctt tct ca-3' | 8 | |
| Probe | 5'-/56-FAM/tgc cac ttt/ZEN/cac tgc ttt tac ccc a/3IABkFQ/-3' | 9 | |
| TNF | Primer-F | 5'-tgcactttggagtgatcgg-3' | 10 |
| Primer-R | 5'-tcagcttgagggtttgctac-3' | 11 | |
| Probe | 5'-/56-FAM/agatgatct/ZEN/gactgcctgggcc/3IABkFQ/-3' | 12 | |
| IFNB1 | Primer-F | 5'-gaaactgaagatctcctagcct-3' | 13 |
| Primer-R | 5'-gccatcagtcacttaaacagc-3' | 14 | |
| Probe | 5'-/56-FAM/tgaagcaat/ZEN/tgtccagtcccagagg/3IABkFQ/-3' | 15 | |
| IFNA1 | Primer-F | 5'-ggaggttgtcagagcaga-3' | 13 |
| Primer-R | 5'-aatgacagaattcatgaaagcgt-3' | 14 | |
| Probe | 5'-/56-FAM/tgagatccc/ZEN/tctctttatcaacaaacttgcaa/3IABkFQ/-3' | 15 | |
| DECTIN1 (CLEC7A) | Primer-F | 5-GAC TCT CAA AGC AAT ACC AGG A-3' | 16 |
| Primer-R | 5'-CCA CAG CTA TCA CCA GTA TTA CC-3' | 17 | |
| Probe | 5'-/56-FAM/TGC AGC ACA/ZEN/CGA TCC TTT CTC TGA A/3IABkFQ/-3' | 18 | |
| IL-8 (CXCL8) | Primer-F | 5'-TGT CTG GAC CCC AAG GAA-3' | 22 |
| Primer-R | 5'-CAT CTT CAC TGA TTC TTG GAT ACC-3' | 23 | |
| Probe | 5'-56-FAM/ACT TCT CCA/ZEN/CAA CCC TCT GCA CC/3IABkFQ/-3' | 24 | |
| FOXP3 | Primer-F | 5'-CTA CTT CAA GTT CCA CAA CAT GC-3' | 19 |
| Primer-R | 5'-CCA GTG GTA GAT CTC ATT GAG TG-3' | 20 | |
| Probe | 5'-/56-FAM/CCT TTC ACC/ZEN/TAC GCC ACG CTC AT/3IABkFQ/-3' | 21 | |
| VEGFA | Primer-F | 5'-GTA CAA GAT CCG CAG ACG TG-3' | 22 |
| Primer-R | 5'-TTC TGT ATC AGT CTT TCC TGG TG-3' | 23 | |
| Probe | 5'-56-FAM/TCG TTT AAC/ZEN/TCA AGC TGC CTC GCC/3IABkFQ/-3' | 24 | |
| CCL2 | Primer-F | 5'-AGC AGC CAC CTT CAT TCC-3' | 25 |
| Primer-R | 5'-GCC TCT GCA CTG AGA TCT TC-3' | 26 | |
| Probe | 5'-/56-FAM/TCA ATG CCC/ZEN/CAG TCA CCT GCT /3IABkFQ/-3' | 27 | |
| CCL5 | Primer-F | 5'-GCT GTC ATC CTC ATT GCT ACT-3' | 28 |
| Primer-R | 5'-TGC CAC TGG TGT AGA AAT ACT C-3' | 29 | |
| Probe | 5'-/56-FAM/ATC TGC CTC/ZEN/CCC ATA TTC CTC GGA/3IABkFQ/-3' | 30 | |
| CCR5 | Primer-F | 5'-GTC TAT ATG ATT GAT TTG CAC AGC TC-3' | 31 |
| Primer-R | 5'-TCA TAG ATT GGA CTT GAC ACT TGA-3' | 32 | |
| Probe | 5'-/56-FAM/CGT TCC CCT/ZEN/ACA AGA AAC TCT CCC C/3IABkFQ/-3' | 33 | |
| CXCR4 | Primer-F | 5'-AGC AGG TAG CAA AGT GAC G-3' | 34 |
| Primer-R | 5'-CCT CGG TGT AGT TAT CTG AAG TG-3' | 35 | |
| Probe | 5'-/56-FAM/AGA TGC GGT/ZEN/GGC TAC TGG AGC/3IABkFQ/-3' | 36 | |
| ARG1 | Primer-F | 5'-ACT CCA CTG ACA ACC ACA AG-3' | 37 |
| Primer-R | 5'-TGG CAG ATA TAC AGG GAG TCA-3' | 38 | |
| Probe | 5'-/56-FAM/CCT TCA GGA/ZEN/GGA AAG ATA CAG GTT GTC CA/3IABkFQ/-3' | 39 | |
| CXCR2 | Primer-F | 5'-TCT GAC TAC CAC CCA ACC T-3' | 40 |
| Primer-R | 5'-CTG GGC TTT TCA CCT GTA GG-3' | 41 | |
| Probe | 5'-/56-FAM/CCA CTC CAA/ZEN/TAA CAG CAG GTC ACA GC/3IABkFQ/-3' | 42 | |
| FATP2 (SLC27A2) | Primer-F | 5'-CTG TCA TTC AGT ATA TCG GTG AAC T-3' | 43 |
| Primer-R | 5'-ATC TCC TCG TAA GCC ATT TCC-3' | 44 | |
| Probe | 5'-/56-FAM/TGC AAC TCA/ZEN/CCA CAG AAA CCA AAT GAC/3IABkFQ/-3' | 45 | |
| COX2 (PTGS2) | Primer-F | 5'-GCA CTA CAT ACT TAC CCA CTT CA-3' | 46 |
| Primer-R | 5'-GCC ATA GTC AGC ATT GTA AGT TG-3' | 47 | |
| Probe | 5'-/56-FAM/ACA TCC AGA/ZEN/TCA CAT TTG ATT GAC AGT CCA/3IABkFQ/-3' | 48 | |
| PTGES2 | Primer-F | 5'-GCA ACA ACT AAA TGA CTC CTC TG-3' | 49 |
| Primer-R | 5'-CTG GGT AGT AGG TGA TGA TCT CT-3' | 50 | |
| Probe | 5'-/56-FAM/CCC GAC ACC/ZEN/AGG TAG GTC TTG AG/3IABkFQ/-3' | 51 | |
| PTGES (PTGES1) | Primer-F | 5'-GTG GAA CGC TGC CTC AG-3' | 52 |
| Primer-R | 5'-CCA GAA AGG AGT AGA CGA AGC-3' | 53 | |
| Probe | 5'-/56-FAM/AGG AAG GGG/ZEN/TAG ATG GTC TCC ATG T/3IABkFQ/-3' | 54 | |
| IL-8 (CXCL8) | Primer-F | 5'-TGT CTG GAC CCC AAG GAA-3' | 55 |
| Primer-R | 5'-CAT CTT CAC TGA TTC TTG GAT ACC-3' | 56 | |
| Probe | 5'-56-FAM/ACT TCT CCA/ZEN/CAA CCC TCT GCA CC/3IABkFQ/-3' | 57 | |
| GAPDH (Reference gene) | Primer-F | 5'-ACATCGCTCAGACACCATG-3' | 58 |
| Primer-R | 5'-TGTAGTTGAGGTCAATGAAGGG-3' | 59 | |
| Probe | 5'-HEX/AAG GTC GGA/ZEN/GTC AAC GGA TTT GGT C/IBFQ-3' | 60 | |
(상기 표 4에서, 프로브는 5' FAM dye, internal ZEN Quencher, 및 3' Iowa Black® Fluorescent Quencher (IBFQ)를 포함하는 구조임)qPCR 실험 결과 GAPDH의 Ct value가 26.5 이상인 검체의 데이터는 제외하였다. 각 마커별 췌장암 환자와 정상인에서 유의한 차이 확인을 위한 분석에는 Non-parametric T-test (통계 소프트웨어: Graphad PRISM9)를 진행하였다. 마커 조합에 따른 AUC, 민감도, 특이도 분석을 위해 Logistic Regression과 ROC curve 분석 (통계 소프트웨어: MedCalc)을 진행하였다.
실시예 3: 췌장암 마커를 이용한 췌장암 진단
상기 실시예 1.2에 기재된 방법으로 CA19-9 수준이 낮은 췌장암 환자 99명 및 정상인 1081명으로부터 얻은 버피 코트 시료에 대하여, 상기 실시예 2에 기재된 방법으로 표 3의 마커 각각에 대하여 수행하여 얻어진 Real-time qPCR 결과(ΔΔCt 값)를 도 2a 내지 2e 및 표 5에 나타내었다 (p>0.05, * p<0.05, ** p<0.01, *** p<0.001, **** p<0.0001, p value: non-parametric t-test 분석; NC: normal control (정상군), All P.C: CA19-9 수준이 낮은 췌장암 환자군).
| 마커 명칭 | Ref. Sequence (gene) | Ref. Sequence (protein) | CA19-9 low PC에서의 마커 발현 양상 (정상군 대비) |
| IL-29(IFNL1) | NM_172140.1 | NP_742152.1 | 증가 |
| I-TAC(CXCL11) | NM_005409.5 | NP_005400.1 | 증가 |
| TNF | NM_000594.4 | NP_000585.2 | 증가 |
| DECTIN1(CLEC7A) | NM_022570.5 | NP_072092.2 | 증가 |
| IL8(CXCL8) | NM_000584.4 | NP_000575.1 | 증가 |
| FOXP3 | NM_014009.4 | NP_054728.2 | 증가 |
| VEGFA | NM_003376.6 | NP_003367.4 | 증가 |
| CCL2 | NM_002982.4 | NP_002973.1 | 증가 |
| CCR5 | NM_000579.4 | NP_000570.1 | 증가 |
| CXCR4 | NM_003467.3 | NP_003458.1 | 증가 |
| ARG1 | NM_001244438.2 | NP_001231367.1 | 증가 |
| CXCR2 | NM_001557.4 | NP_001548.1 | 증가 |
| COX2(PTGS2) | NM_000963.4 | NP_000954.1 | 증가 |
| FATP2(SLC27A2) | NM_003645.4 | NP_003636.2 | 증가 |
| PTGES | NM_004878.5 | NP_004869.1 | 증가 |
| IFNA1 | NM_024013.3 | NP_076918.1 | 증가 |
| IFNG | NM_000619.3 | NP_000610.2 | 감소 |
| CCL5 | NM_002985.3 | NP_002976.2 | 감소 |
| PTGES2 | NM_198938.3 | NP_945176.1 | 감소 |
도 2a 내지 2e 및 표 5에서 확인되는 바와 같이, 시험된 마커 모두 CA19-9 수준이 낮은 췌장암 환자군에서 정상군과 구별되는 발현 양상 (증가 또는 감소)을 보였다.
실시예 4: 췌장암 마커 조합을 이용한 췌장암 진단
상기 실시예 2의 방법으로 측정된 표 3에 기재된 췌장암 마커의 ΔCt값을 기초로 logistic regression 분석을 수행하여, 그 결과를 하기의 표 6에 나타내었다:
| Variable | Wald |
| FATP2 | 11.7122 |
| CXCR4 | 11.5156 |
| VEGFA | 7.2780 |
| TNF | 6.6303 |
| PTGES2 | 4.8857 |
| COX2 | 3.2228 |
| CCL5 | 3.0910 |
| IFNG | 2.5808 |
| CCL2 | 2.1585 |
| CCR5 | 1.8436 |
| CXCR2 | 1.6048 |
| DECTIN1 | 1.0441 |
| FOXP3 | 1.0260 |
상기 표 6에 기재된 13종 마커의 발현수준을 이용한 ROC curve 분석을 수행하였다.
상기 실시예 1.2에 기재된 방법으로 CA19-9 수준이 낮은(정상범위, 예컨대, 37 U/mL 미만) 췌장암 환자 (20명) 및 정상인(176명)으로부터 얻은 버피 코트 시료에서, 상기 표 6에 기재된 13종 마커들에 대하여 상기 실시예 2에 기재된 방법으로 Real-time qPCR(ΔCt값)을 얻고, 이들 결과값을 조합하여 통계분석을 실시하였다.
classifier로서 Logistic Regression을 적용하여, 상기 얻어진 Real-time qPCR 결과를 통계 분석한 결과를 ROC 곡선 (receiver operating characteristic curve)으로 나타내었다. 상기 ROC 곡선으로부터 해당 classifier(Logistic Regression)에서 제시하는 최적의 민감도 및 특이도와 췌장암 진단을 위한 cut-off value의 확인이 가능하다.
민감도 (Sensitivity; %) = (TP/TP+FN)*100
특이도 (Specificity; %) = (TN/TN+FP)*100
Youden's index (J) = max(민감도+특이도-1)
AUC: area under the ROC curve
[TP(Ture Positive): 실제 양성(췌장암)인 환자의 결과가 양성으로 나타난 환자 수;
FN(False Negative, 실제 양성(췌장암)인 환자의 결과가 음성으로 나타난 환자 수;
TN(Ture Negative): 실제 음성인 환자의 결과가 음성으로 나타난 환자 수;
FP(False Positive): 실제 음성인 사람의 결과가 양성으로 나타난 환자 수]
표 6의 13종의 마커 (FATP2, CXCR4, VEGFA, TNF, PTGES2, COX2, CCL5, IFNG, CCL2, CCR5, CXCR2, DECTIN1, 및 FOXP3)의 발현수준을 이용한 Logistic Regression 분석 결과를 도 3에 나타내었다. 도 3에 나타난 바와 같이, 상기 13종 마커 (FATP2, CXCR4, VEGFA, TNF, PTGES2, COX2, CCL5, IFNG, CCL2, CCR5, CXCR2, DECTIN1, 및 FOXP3) 조합을 사용한 경우, 정상군에 대한 췌장암 환자군에서의 AUC값이 1에 가깝고(약 0.98 이상), 민감도가 약 95% 이상, 특이도가 약 93% 이상, Youden index J가 0.8875로 나타나서(Significance level P<0.0001), 상기 13종 마커의 조합은 정상군과 CA19-9 수준이 낮은 췌장암 환자를 정확하고 효과적으로 진단할 수 있음을 확인하였다.
또한, 동일한 시료에 대하여 CA19-9를 마커로 사용하여 상기와 동일한 방법으로 Logistic Regression 분석을 수행하여 얻어진 결과를, 앞서 얻어진 13종 마커에 대한 결과 (도 3 참조)와 함께 도 4에 나타내었다 (13종 마커: 연두색 실선, CA19-9: 분홍색 점선). 도 4에서 확인되는 바와 같이, CA19-9를 마커로 사용한 경우, 정상군에 대한 췌장암 환자군에서의 AUC값이 약 0.69 이상으로, 13종 마커 사용시의 AUC값 (약 0.98 이상)과 비교하여 낮게 나타났고, ROC curve 상에서 CA19-9와 13종 마커의 통계적으로 유의미한 차이를 나타내었다 (Significance level p=0.0001).
상기 결과는 본 출원에서 제안되는 췌장암 마커는 기존의 췌장암 마커인 CA19-9의 수준이 낮아서(예컨대, CA19-9 <37.0 U/mL) 정상 범위로 잘못 분류된 췌장암도 정확하게 진단할 수 있음을 보여준다.
실시예 5. 췌장암 진단 예측을 위한 모형 개발
예측 모형 추정에는 변수(마커)선정을 위해 로지스틱 회귀분석 (Logistic Regression)을 시행하였으며 통계분석 시 통계 소프트웨어 MedCalc(Version 20.106)를 이용하여 실시하였다. 진단 정확도 평가 지표를 확인하고, ROC curve 분석 결과에서 Youden 지수가 최대인 지점의 성능 확인하여 모델을 평가하였다.
상기 수식에서 odds는 췌장암일 확률이 췌장암이 아닌 확률에 비해 몇 배 더 높은가를 나타내는 것이다. 췌장암일 경우 = 1, 췌장암이 아닐 경우 = 0으로 설정하여, 다음과 같은 식에 적용하였을 때 odds 값을 도출할 수 있다.
최적 예측 모형을 분석하여 마커 조합에 따른 b0, b1, b2, …, bk 회귀 계수(coefficient)를 추정할 수 있고 상기 odds 식 양변에 log를 취하여 변환하면 다음과 같은 식으로 예측 모델을 나타낼 수 있다. X1, X2, X3, …, Xk는 시료에서 실제 측정한 각 마커의 값을 의미한다.
CA19-9의 수치가 정상범위 (예, 37.0 U/mL 미만)인 췌장암 환자(20명)와 정상인(176명) 비교에서 13개의 마커 조합(Model_1), 13개의 마커 조합(Model_2), 9개의 마커 조합(Model_3), 및 8개 마커 조합 (Model_4)로 최적 모델식을 도출하였다 (표 7). 시료 분석을 통해 각 마커의 발현 측정 값을 모델식에 대입하여 췌장암 진단 예측이 가능하다.
| 모델 | 마커 수 | 마커 조합 | 모델식 logit(p) | Cut-off | AUC |
| Model_1 | 13개 | TNF, IFNG, IL-29, I-TAC, DECTIN1, VEGFA, CCL2, CXCR4, CXCR2, ARG1, FATP2, PTGES2, PTGES | logit(p)=58.16779+(-1.8521)×TNF+(1.9981)×IFNG+(1.20059)×IL_29+(0.1412)×I_TAC+(0.75245)×DECTIN1+(-3.56271)×VEGFA+(-0.59532)×CCL2+(-3.67196)×CXCR4+(1.05313)×CXCR2+(-0.31185)×ARG1+(-4.70544)×FATP2+(5.45024)×PTGES2+(-1.53808)×PTGES | > 0.0681 | 0.970 |
| Model_2 | 13개 | CCL2, CCR5, COX2, CXCR4, DECTIN1, FATP2, FOXP3, IFNG, IL-29, PTGES, PTGES2, TNF, VEGFA | logit(p)=74.47736+(-2.07042)×CCL2+(3.21576)×CCR5+(1.0433)×COX2+(-8.12894)×CXCR4+(2.24476)×DECTIN1+(-9.11052)×FATP2+(3.99628)×FOXP3+(3.40201)×IFNG+(2.5503)×IL_29+(-2.17375)×PTGES+(6.61796)×PTGES2+(-5.24129)×TNF+(-5.77587)×VEGFA | > 0.2188 | 0.985 |
| Model_3 | 9개 | CCL5, COX2, CXCR2, CXCR4, FATP2, IFNG, PTGES2, TNF, VEGFA | logit(p)= 80.76188+(4.9423)×CCL5+(0.65443)×COX2+(1.48298)×CXCR2+(-5.05083)×CXCR4+(-5.91579)×FATP2+(1.42668)×IFNG+(4.03554)×PTGES2+(-3.84919)×TNF+(-3.76084)×VEGFA | > 0.3024 | 0.975 |
| Model_4 | 8개 | CCL2, CCL5, CXCR2, IFNG, IFNL1, PTGES2, FATP2, TNF | logit(p)=17.49067+(-0.32818)×(CCL2)+(1.00895)×(CCL5)+(0.60516)×(CXCR2)+(2.09081)×(IFNG)+(-0.30751)×(IFNL1)+(1.63325)×(PTGES2)+(-2.88882)×(FATP2)+(-1.59755)×(TNF) | > 0.1612 | 0.929 |
Model_1의 logit(p)=58.16779 + (-1.8521)×TNF + (1.9981)×IFNG + (1.20059)×IL_29 + (0.1412)×I_TAC + (0.75245)×DECTIN1 + (-3.56271)×VEGFA + (-0.59532)×CCL2 + (-3.67196)×CXCR4 + (1.05313)×CXCR2 + (-0.31185)×ARG1 + (-4.70544)×FATP2 + (5.45024)×PTGES2 + (-1.53808)×PTGES 모델식 (cut-off: > 0.0681)을 적용하여 실제 환자 샘플을 분석한 결과는 다음과 같다:
샘플 HV18 환자의 분석 값은 ‘58.16779 + (-1.8521)×6.503 + (1.9981)×6.880 + (1.20059)×9.403 + (0.1412)×10.536 + (0.75245)×1.482 + (-3.56271)×7.740 + (-0.59532)×10.728 + (-3.67196)×2.963 + (1.05313)×0.535 + (-0.31185)×7.035 + (-4.70544)×10.654 + (5.45024)×5.680 + (-1.53808)×10.994 = -8.792’이며, 이는 cut-off 기준인 0.0681보다 낮은 수치이므로, HV18 환자는 췌장암 발병 가능성이 낮은 정상 범위라 예측할 수 있다. HV18 환자는 실제 정상인 군에 속한다.
샘플 HV119 환자의 분석 값은 ‘58.16779 + (-1.8521)×6.304 + (1.9981)×9.500 + (1.20059)×7.813 + (0.1412)×10.308 + (0.75245)×1.162 + (-3.56271)×7.073 + (-0.59532)×10.503 + (-3.67196)×0.054 + (1.05313)×1.497 + (-0.31185)×4.878 + (-4.70544)×9.708 + (5.45024)×4.963 + (-1.53808)×11.822 = 8.774’이며, 이는 cut-off 기준인 0.0681보다 높은 수치이므로, HV119 환자는 췌장암 발병 가능성이 높다고 예측할 수 있다. HV119 환자는 실제로 CA19-9 단백질 수준이 28.0 U/mL로 정상범위 (예, 37.0 U/mL 미만)인 췌장암 군에 속한다.
Model_2의 logit(p)= 74.47736 + (-2.07042)×CCL2 + (3.21576)×CCR5 + (1.0433)×COX2 + (-8.12894)×CXCR4 + (2.24476)×DECTIN1 + (-9.11052)×FATP2 + (3.99628)×FOXP3 + (3.40201)×IFNG + (2.5503)×IL_29 + (-2.17375)×PTGES + (6.61796)×PTGES2 + (-5.24129)×TNF + (-5.77587)×VEGFA 모델식 (cut-off: > 0.2188)을 적용하여 실제 환자 샘플을 분석한 결과는 다음과 같다:
샘플 HV18 환자의 분석 값은 ‘74.47736 + (-2.07042)×10.728 + (3.21576)×9.561 + (1.0433)×3.935 + (-8.12894)×2.963 + (2.24476)×1.482 + (-9.11052)×10.654 + (3.99628)×8.323 + (3.40201)×6.880 + (2.5503)×9.403 + (-2.17375)×10.994 + (6.61796)×5.680 + (-5.24129)×6.503 + (-5.77587)×7.740 = -15.154’이며, 이는 cut-off 기준인 0.2188보다 낮은 수치이므로, HV18 환자는 췌장암 발병 가능성이 낮은 정상 범위라 예측할 수 있다. 실제 HV18 환자는 정상인 군에 속한다.
샘플 HV119 환자의 분석 값은 ‘74.47736 + (-2.07042)×10.503 + (3.21576)×8.998 + (1.0433)×5.597 + (-8.12894)×0.054 + (2.24476)×1.162 + (-9.11052)×9.708 + (3.99628)×7.043 + (3.40201)×9.500 + (2.5503)×7.813 + (-2.17375)×11.822 + (6.61796)×4.963 + (-5.24129)×6.304 + (-5.77587)×7.073 = 14.867’이며, 이는 cut-off 기준인 0.2188보다 높은 수치이므로, HV119 환자는 췌장암 발병 가능성이 높다고 예측할 수 있다. HV119 환자는 실제 CA19-9 단백질 수준이 28.0 U/mL로 정상범위 (예, 37.0 U/mL 미만)인 췌장암 군에 속한다.
Model_3의 logit(p)=80.76188 + (4.9423)×CCL5 + (0.65443)×COX2 + (1.48298)×CXCR2 + (-5.05083)×CXCR4 + (-5.91579)×FATP2 + (1.42668)×IFNG + (4.03554)×PTGES2 + (-3.84919)×TNF + (-3.76084)×VEGFA 모델식 (cut-off: > 0.3024)을 적용하여 실제 환자 샘플을 분석한 결과는 다음과 같다:샘플 HV18 환자의 분석 값은 ‘80.76188 + (4.9423)×1.016 + (0.95443)×3.935 + (1.48298)×0.535 + (-5.05083)×2.963 + (-5.91579)×10.654 + (1.42668)×6.880 + (4.03554)×5.680 + (-3.84919)×6.503 + (-3.76084)×7.740 = -10.2445’이며, 이는 cut-off 기준인 0.3024보다 낮은 수치이므로, HV18 환자는 췌장암 발병 가능성이 낮은 정상 범위라 예측할 수 있다. HV18 환자는 실제 정상인 군에 속한다.
샘플 HV119 환자의 분석 값은 ‘80.76188 + (4.9423)×0.503 + (0.95443)×5.597 + (1.48298)×1.497 + (-5.05083)×0.054 + (-5.91579)×9.708 + (1.42668)×9.500 + (4.03554)×4.963 + (-3.84919)×6.304 + (-3.76084)×7.073 = 14.1412’이며, 이는 cut-off 기준인 0.3024보다 높은 수치이므로, HV119 환자는 췌장암 발병 가능성이 높다고 예측할 수 있다. HV119 환자는 실제 CA19-9 단백질 수준이 28.0 U/mL로 정상범위 (예, 37.0 U/mL 미만)인 췌장암 군에 속한다.
Model_4의 logit(p)= 17.49067+(-0.32818)×CCL2 + (1.00895)×CCL5 + (0.60516)×CXCR2 + (2.09081)×IFNG + (-0.30751)×IL_29 + (1.63325)×PTGES2 + (-2.88882)×FATP2 + (-1.59755)×(TNF) 모델식(cut-off: > 0.1612)을 적용하여 실제 환자 샘플을 분석한 결과는 다음과 같다:
샘플 HV18 환자의 분석 값은 ‘17.49067+(-0.32818)×10.728 + (1.00895)×1.016 + (0.60516)×0.535 + (2.09081)×6.880 + (-0.30751)×9.403 + (1.63325)×5.680+ (-2.88882)×10.654 + (-1.59755)×6.503 = -5.077’이며, 이는 cut-off 기준인 0.1612보다 낮은 수치이므로, HV18 환자는 췌장암 발병 가능성이 낮은 정상 범위라 예측할 수 있다. HV18 환자는 실제로 정상인 군에 속한다.
샘플 HV119 환자의 분석 값은 ‘17.49067+(-0.32818)×10.503 + (1.00895)×0.503 + (0.60516)×1.497 + (2.09081)×9.500 + (-0.30751)×7.813 + (1.63325)×4.963+ (-2.88882)×9.708 + (-1.59755)×6.304 = 2.907’이며, 이는 cut-off 기준인 0.1612보다 높은 수치이므로, HV119 환자는 췌장암 발병 가능성이 높다고 예측할 수 있다. HV119 환자는 실제로 CA19-9 단백질 수준이 28.0 U/mL로 정상범위(예, 37.0 U/mL 미만)인 췌장암 군에 속한다.
상기 4가지 모델의 성능 검증을 진행한 결과를 아래의 표 8 내지 표 11 및 도 5a 내지 8b에 나타내었다.
Claims (12)
- 췌장암 진단용 바이오마커의 검출 가능한 제제를 포함하고,
상기 췌장암 진단용 바이오마커는 IFNL1(IL-29), IFNA1, IFNG, CXCL11(I-TAC), CCL2, CXCR4, SLC27A2(FATP2), PTGES, VEGFA, TNF, PTGES2, PTGS2(COX2), CCL5, CCR5, CXCR2, CLEC7A(DECTIN1), FOXP3, ARG1, 및 CXCL8(IL-8)으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상, 이의 코딩 유전자, 또는 이들의 조합이고,
상기 췌장암은 혈액 내 CA19-9 단백질 수준이 정상 범위 또는 그 이하인 것인,
췌장암 진단용 조성물. - 제1항에 있어서,
상기 췌장암 진단용 바이오마커는,
SLC27A2(FATP2), CXCR4, VEGFA, TNF, PTGES2, PTGS2(COX2), CCL5, IFNG, CCL2, CCR5, CXCR2, CLEC7A(DECTIN1), 및 FOXP3로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상, 이의 코딩 유전자, 또는 이들의 조합,
TNF, IFNG, IL-29, I-TAC, DECTIN1, VEGFA, CCL2, CXCR4, CXCR2, ARG1, FATP2, PTGES2, 및 PTGES로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상, 이의 코딩 유전자, 또는 이들의 조합,
CCL2, CCR5, COX2, CXCR4, DECTIN1, FATP2, FOXP3, IFNG, IL-29, PTGES, PTGES2, TNF, 및 VEGFA로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상, 이의 코딩 유전자, 또는 이들의 조합,
CCL5, COX2, CXCR2, CXCR4, FATP2, IFNG, PTGES2, TNF, 및 VEGFA로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상, 이의 코딩 유전자, 또는 이들의 조합, 및
CCL2, CCL5, CXCR2, IFNG, IFNL1, PTGES2, SLC27A2 , 및 TNF로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상, 이의 코딩 유전자, 또는 이들의 조합
으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상인, 췌장암 진단용 조성물. - 제1항에 있어서, 상기 췌장암은 혈액 내 CA19-9 단백질 수준이 100 U/mL 미만인 것인, 췌장암 진단용 조성물.
- 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 혈액 유래 버피 코트(buffy coat)에 사용하기 위한 것인, 췌장암 진단용 조성물.
- 제4항에 있어서,
상기 버피 코트는 혈액의 원심분리시 상부의 혈장 층과 하부의 적혈구 층 사이에 형성된 전체 백혈구 층으로, 혈액을 다음의 조건 (1) 내지 (3) 중 선택된 하나 이상의 조건에서 원심분리하여 위에서부터 순차적으로 얻어진 혈장 층 (위), 버피 코트 층(중간), 및 적혈구 층 (아래) 중에서 중간의 버피 코트 층으로부터 얻어지는 것인, 췌장암 진단용 조성물:
(1) 온도: 2 내지 30℃;
(2) 속도: 300g 내지 2000g; 및
(3) 시간: 5 내지 20분 동안. - 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 검출 가능한 제제는 상기 췌장암 진단용 바이오마커와 결합하는 소분자 화합물, 단백질, 펩타이드, 및 핵산 분자로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상인, 췌장암 진단용 조성물.
- 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항의 췌장암 진단용 조성물을 포함하는, 혈액 내 CA19-9 수준이 정상 범위 또는 그 이하인 췌장암의 진단을 위한 췌장암 진단용 키트.
- 제7에 있어서, 혈액 유래 버피 코트(buffy coat)에 사용하기 위한 것인, 췌장암 진단용 키트.
- 혈액 내 CA19-9 단백질 수준이 정상 범위 또는 그 이하인 대상으로부터 분리된 혈액 시료에서 췌장암 진단용 바이오마커를 검출하는 단계를 포함하고,
상기 췌장암 진단용 바이오마커는 IFNL1(IL-29), IFNA1, IFNG, CXCL11(I-TAC), CCL2, CXCR4, SLC27A2(FATP2), PTGES, VEGFA, TNF, PTGES2, PTGS2(COX2), CCL5, CCR5, CXCR2, CLEC7A(DECTIN1), FOXP3, ARG1, 및 CXCL8(IL-8)으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상, 이의 코딩 유전자, 또는 이들의 조합이고,
상기 췌장암은 혈액 내 CA19-9 단백질 수준이 정상 범위 또는 그 이하인 것인,
췌장암 진단에 정보를 제공하는 방법. - 제9항에 있어서, 상기 췌장암은 혈액 내 CA19-9 단백질 수준이 100 U/mL 미만인 것인, 췌장암 진단에 정보를 제공하는 방법.
- 제9항 또는 제10항에 있어서, 상기 혈액 시료는 혈액 유래 버피 코트(buffy coat)인,
췌장암 진단에 정보를 제공하는 방법. - 제11항에 있어서, 상기 버피 코트는 혈액의 원심분리시 상부의 혈장 층과 하부의 적혈구 층 사이에 형성된 전체 백혈구 층으로, 혈액을 다음의 조건 (1) 내지 (3) 중 선택된 하나 이상의 조건에서 원심분리하여 위에서부터 순차적으로 얻어진 혈장 층 (위), 버피 코트 층(중간), 및 적혈구 층 (아래) 중에서 중간의 버피 코트 층으로부터 얻어지는 것인, 췌장암 진단에 정보를 제공하는 방법:
(1) 온도: 2 내지 30℃;
(2) 속도: 300g 내지 2000g; 및
(3) 시간: 5 내지 20분 동안.
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