KR102449286B1 - 표고버섯 신품종 설백향 판별용 caps 마커 및 이의 용도 - Google Patents

표고버섯 신품종 설백향 판별용 caps 마커 및 이의 용도 Download PDF

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Abstract

표고버섯 신품종 설백향 판별용 CAPS 마커 및 이의 용도에 관한 것으로, 본 발명은 표고버섯 품종 중 설백향을 빠르고 정확하게 판별할 수 있는 것이다. 이에 따라 표고버섯 염기서열에 특이적으로 결합하는 프라이머 및 제한효소를 이용하여 PCR 산물의 크기를 통해 표고버섯 중 설백향만을 판별할 수 있다.

Description

표고버섯 신품종 설백향 판별용 CAPS 마커 및 이의 용도{CAPS marker for discriminating new Pyogo mushroom Sulbaekhyang, and use thereof}
본 발명은 표고버섯 신품종인 ‘설백향’을 판별할 수 있는 CAPS 마커 및 이의 용도에 관한 것이다.
표고버섯은 가치 있는 식용버섯 중에 하나이다. 지난 20여년간 표고의 생산량은 크게 증가하여, 현재는 세계 버섯 총 생산량의 약 22%를 구성하며 버섯류 중 가장 높은 비중을 차지하고 있다. 이 버섯은 한국, 중국, 일본 등 아시아국가에서 일반적으로 재배되는 버섯이며, 미국, 캐나다, 네덜란드, 폴란드 등의 서구국가에서도 상업적으로 재배되고 있다. 그리고 항암 효과를 보이는 레티난 등이 있어 식품뿐만 아니라 약학적인 용도로도 사용이 늘어나고 있다.
국내에서 표고버섯은 2014년 국내 임산 버섯 생산량의 약 91%, 약 1,858억 원을 차지하고 있고, 그 독특한 맛과 향기 때문에 동서양의 요리 재료로 사용될 뿐만 아니라 항종양효과, 항바이러스 효과 등 의학적 가치가 입증되고 있다. 표고버섯의 국내 생산량과 생산액은 그동안 꾸준히 증가해 왔으며, 2011년에는 37,000여 톤 생산으로 약 2,220여억 원의 생산액을 기록하였다. 그리고 수입의 비중이 높아 2015년 수입량은 수출량에 비하여 약 21배 많았고 수입액은 약 7배 많았다.
2002년 한국은 국제식물신품종보호연맹(International Union for the Protection of New Varieties of Plants, UPOV)에 가입하였고 2008년부터는 ‘종자산업법’에 의거, 표고버섯을 품종보호 대상 작물로 지정하였다. 2010년 10월, 세계 194개국의 유엔 생물다양성협약(CBD) 회원국 들은 8년간 논의해오던 “유전자원 접근 및 이익공유”에 관한 “나고야 의정서”를 채택하였고, 2014년 7월 50개국이 나고야 의정서를 비준함에 따라 2014년 10월 당사국 총회에서 정식 발효되었다. 또한 2017년 나고야 의정서가 국내에 발효되면서 개발된 각 품종들의 구별의 필요성이 증대되었다. 현재 표고버섯 품종 간의 구별은 주로 산림청에서 제작한 표고버섯 특성조사요령을 이용하고 있다. 이는 외부적인 형태적 특성에 기반하고 있어 정확한 판별은 매우 어렵다. 따라서, 외부적인 형태적 특성에 의한 판별법을 보완할 수 있는, 내부적인 유전적 특성을 기반으로 한 분자 마커를 개발하는 것은 정확한 표고버섯 품종의 판별을 할 수 있어 의미가 있다.
현재 표고버섯 품종 구별은 산림청에서 제작한 표고버섯 특성조사요령에 의하여 이루어지고 있지만, 분자마커를 이용한다면 더욱 확실하고 정확한 판별이 가능해진다. CAPS 마커는 유전체 내 하나의 염기서열이 치환된 변이인 SNP나 하나 이상의 염기서열이 삽입 또는 결실된 변이인 Indel의 검출이 가능한 마커로, PCR 산물에 제한효소를 처리하여 DNA 단편의 크기 차이를 확인하는 방법이다. CAPS 마커는 공동우성(Co-dominant)이며, 쉽게 결과를 해석할 수 있다는 장점을 가지고 있다.
한편, 국립산림과학원에서 개발한 표고버섯 신품종 설백향(등록번호: 제199호)은 주름살을 형성하지 않아 버섯 포자 날림이 적어 포자로 인한 알레르기 증세의 완화가 가능한 우수한 품종이다.
따라서, 본 발명자들은 표고버섯의 게놈 염기서열을 이용하여 국내에서 개발된 신품종인 설백향을 구분할 수 있는 CAPS 마커를 확인하였다. 이것은 1개의 제한효소를 이용하여 상기 설백향을 간단하게 구분 할 수 있는 것을 확인함으로써 본 발명을 완성하였다.
대한민국 등록특허 KR 10-1906037호
본 발명은 표고버섯 신품종인 ‘설백향’을 판별하기 위한 CAPS 마커 및 이의 용도에 관한 것으로, 표고버섯 신품종 중 설백향을 빠르고 정확하게 판별할 수 있는 키트를 제공하는 것이다. 본 발명의 표고버섯 염기서열에 특이적으로 결합하는 프라이머를 이용해 표고버섯 신품종 설백향의 PCR 산물은 제한효소 처리에 따라 다른 표고버섯 품종들과 구분됨을 특징으로 한다.
본 발명은 서열번호 2 및 서열번호 3의 각각의 염기서열로 표시되는 프라이머 세트; 및 서열번호 1의 219번째 뉴클레오타이드를 포함하는 4 내지 8개의 연속 뉴클레오타이드 서열을 인식하는 제한효소를 유효성분으로 포함하는, 설백향 판별용 바이오마커 조성물을 제공한다.
본 발명의 일 실시예에 있어서, 상기 프라이머는 서열번호 1로 표시되는 설백향의 특이적인 마커 서열 RL-LE-145에 특이적으로 결합하는 것을 특징으로 하나 이에 한정되는 것은 아니다.
본 발명의 일 실시예에 있어서, 상기 제한효소는 HpyCH4Ⅳ인 것을 특징으로 하나 이에 한정되는 것은 아니다.
또한, 본 발명은 설백향 판별용 바이오마커 조성물; 및 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함하는 설백향 판별용 키트에 대해 제공한다.
본 발명의 일 실시예에 있어서, 증폭 반응을 수행하기 위한 시약은 DNA 폴리머라제, dNTPs 및 버퍼를 포함하는 것이나 이에 한정되는 것은 아니다.
아울러, 본 발명은 다음의 단계를 포함하는 표고버섯 설백향 판별 방법:
(a) 표고버섯으로부터 DNA를 추출하는 단계;
(b) 상기 제1항에 따른 프라이머 세트를 포함하는 조성물을 이용하여, 상기 단계 (a)에서 분리된 DNA의 증폭반응을 수행하여 증폭 산물을 제조하는 단계;
(c) 상기 증폭 산물을 서열번호 1의 219번째 뉴클레오타이드를 포함하는 4 내지 8개의 연속 뉴클레오타이드 서열을 인식하는 제한효소를 처리하는 단계;
(d) 단계 (c)의 결과물을 분석하는 단계; 및
(e) 증폭 산물이 제한효소에 의해 219 bp의 단편이 나타나면 표고버섯 설백향으로 판별하는 단계;를 포함하는 설백향의 판별 방법을 제공한다.
본 발명의 일 실시예에 있어서, 상기 (d)단계의 분석은 모세관 전기영동, DNA 칩, 겔 전기영동, 방사성 측정, 형광 측정 또는 인광 측정을 통해 수행되는 것이나 이에 한정되는 것은 아니다.
본 발명은 표고버섯 설백향을 판별할 수 있는 키트 조성물에 대해 제공하는 것이다. 표고버섯 염기서열에 특이적으로 결합하는 프라이머 및 제한효소 HpyCH4Ⅳ를 이용하여 다양한 표고버섯 품종 중에서 설백향을 선별할 수 있는 것을 특징으로 한다.
도 1은 표고버섯 염기서열과 프라이머에 관한 것이다.
도 2는 프라이머 서열을 이용하여 PCR을 수행하고 시퀀싱하여 변이를 나타낸 것이다.
도 3은 표고버섯 40여종의 PCR을 수행하고, 제한효소 HpyCH4Ⅳ를 이용하여 설백향을 판별한 결과에 대해 나타낸 것이다.
본 발명은 서열번호 2 및 서열번호 3의 각각의 염기서열로 표시되는 프라이머 세트; 및 서열번호 1의 219번째 뉴클레오타이드를 포함하는 4 내지 8개의 연속 뉴클레오타이드 서열을 인식하는 제한효소를 유효성분으로 포함하는 설백향 판별용 바이오마커 조성물에 대해 제공하는 것이다.
또한, 본 발명은 설백향 판별용 바이오마커 조성물; 및 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함하는 설백향 판별용 키트에 대해 제공하는 것이다.
마지막으로, 본 발명은 다음의 단계를 포함하는 표고버섯 설백향 판별 방법:
(a) 표고버섯으로부터 DNA를 추출하는 단계;
(b) 상기 제1항에 따른 프라이머 세트를 포함하는 조성물을 이용하여, 상기 단계 (a)에서 분리된 DNA의 증폭반응을 수행하여 증폭 산물을 제조하는 단계;
(c) 상기 증폭 산물을 서열번호 1의 219번째 뉴클레오타이드를 포함하는 4 내지 8개의 연속 뉴클레오타이드 서열을 인식하는 제한효소를 처리하는 단계;
(d) 단계 (c)의 결과물을 분석하는 단계; 및
(e) 증폭 산물이 제한효소에 의해 219 bp의 단편이 나타나면 표고버섯 설백향으로 판별하는 단계;를 포함하는, 설백향 판별 방법에 대해 제공하는 것이다.
이하 본 발명을 상세히 설명한다.
본 발명은 서열번호 2 및 서열번호 3의 각각의 염기서열로 표시되는 프라이머 세트; 및 서열번호 1의 219번째 뉴클레오타이드를 포함하는 4 내지 8개의 연속 뉴클레오타이드 서열을 인식하는 제한효소를 유효성분으로 포함하는 설백향 판별용 바이오마커 조성물에 대해 제공하는 것이다.
본 발명의 일 실시예에 있어서, 상기 프라이머는 서열번호 1로 표시되는 설백향의 특이적인 마커 서열 RL-LE-145에 특이적으로 결합하는 것을 특징으로 하나 이에 한정되는 것은 아니다.
본 발명의 일 실시예에 있어서, 상기 제한효소는 HpyCH4Ⅳ인 것을 특징으로 하나 이에 한정되는 것은 아니다.
본 발명의 일 실시예에 있어서, 설백향 판별용 바이오마커 조성물; 및 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함하는 설백향 판별용 키트에 대해서 제공하는 것이나 이에 한정되는 것은 아니다.
본 발명의 일 실시예에 있어서, 상기 증폭 반응을 수행하기 위한 시약은 DNA 폴리머라제, dNTPs 및 버퍼를 포함하는 것을 특징으로 하는 설백향 판별용 키트 조성물에 대해 제공하는 것이나 이에 한정되는 것은 아니다.
본 발명에 있어서, ‘뉴클레오타이드’는 단일가닥 또는 이중가닥 형태로 존재하는 디옥시리보뉴클레오타이드 또는 리보뉴클레오타이드이며, 다르게 특별하게 언급되어 있지 않은 한 자연의 뉴클레오타이드의 유사체를 포함한다(Scheit, Nucleotide Analogs, John Wiley, New York(1980); Uhlman 및 Peyman, Chemical Reviews, 90:543-584(1990))
본 발명에 있어서, ‘단일염기다형성(SNP)’은 게놈에서 단일염기(A, T, C 또는 G)가 종의 멤버들 간 또는 한 개체(Individual)의 쌍 염색체 간에 다른 경우에 발생하는 DNA 서열의 다양성을 의미한다. 단일염기는 폴리뉴클레오타이드 서열에 변화(대체), 제거(결실) 또는 첨가(삽입)될 수 있다. SNP는 번역 프레임의 변화를 유발할 수 있다. 단일염기다형성은 유전자의 코딩 서열, 유전자의 비-코딩 부위 또는 유전자 사이의 내부 지역(Intergenic regions)에 포함될 수 있다. 유전자의 코딩 서열 내의 SNP는 유전암호의 중복성(Degeneracy)으로 인해 반드시 타겟 단백질의 아미노산 서열상에 변화를 일으키지는 않는다. 동일한 폴리펩타이드 서열을 형성하는 동의적(Synonymous)이라 하고 침묵 돌연변이라고도 불리는 SNP는 다른 폴리펩타이드 서열을 형성하는 SNP의 경우 비-동의적(Non-synonymous)이라고 한다. 비-동의적 SNP는 미스센스 또는 넌센스일 수 있으며, 미스센스 변화는 다른 아미노산을 발생시키는 반면에 넌센스 변화는 비성숙 종결코돈을 형성한다. 단백질-코딩부위가 아닌 곳에 존재하는 SNP는 유전자 사일런싱, 전사인자 결합 또는 비-코딩 RNA 서열을 유발시킬 수 있다.
본 발명에 있어서, ‘프라이머’는 올리고뉴클레오타이드를 의미하는 것으로, 핵산쇄(주형)에 상보적인 프라이머 연장 산물의 합성이 유도되는 조건, 즉, 뉴클레오타이드와 DNA 중합효소와 같은 중합제의 존재, 그리고 적합한 온도와 pH의 조건에서 합성의 개시점으로 작용할 수 있다. 구체적으로는, 프라이머는 디옥시리보뉴클레오타이드이며 단일쇄이다. 본 발명에서 이용되는 프라이머는 자연(Naturally occurring) dNMP(즉, dAMP, dGMP, dCMP 및 dTMP), 변형 뉴클레오타이드 또는 비-자연 뉴클레오타이드를 포함할 수 있다. 또한, 프라이머는 리보뉴클레오타이드도 포함할 수 있다.
본 발명에 있어서, ‘프라이머‘는 카피하려는 핵산 가닥에 상보적인 단일 가닥 올리고뉴클레오티드 서열을 말하며, 프라이머 연장 산물의 합성을 위한 개시점으로서 작용할 수 있다. 상기 프라이머의 길이 및 서열은 연장 산물의 합성을 시작하도록 허용해야 한다. 프라이머의 구체적인 길이 및 서열은 요구되는 DNA 또는 RNA 표적의 복합도(Complexity)뿐만 아니라 온도 및 이온 강도와 같은 프라이머 이용 조건에 의존할 수 있다. 상기 프라이머로서 이용된 올리고뉴클레오티드는 또한 뉴클레오티드 유사체(Analogue), 예를 들면, 포스포로티오에이트(Phosphorothioate), 알킬포스포로티오에이트 또는 펩티드 핵산(Peptide nucleic acid)을 포함할 수 있거나 또는 삽입 물질(Intercalating agent)을 포함할 수 있다.
본 발명에 이용되는 ‘프라이머’로서, 상기 SNP를 포함하는 서열에 완전하게(Perfectly) 상보적인 서열이 이용될 수 있으나, 특이적 혼성화를 방해하지 않는 범위 내에서 실질적으로(Substantially) 상보적인 서열이 이용될 수도 있다. 구체적으로는, 본 발명에 이용되는 프로브는 본 발명의 SNP를 포함하는 10-30개의 연속 뉴클레오타이드 잔기를 포함하는 서열에 혼성화 될 수 있는 서열을 포함한다. 보다 구체적으로는, 상기 프로브의 3’-말단 또는 5’-말단은 상기 SNP 염기에 상보적인 염기를 갖는다. 일반적으로, 혼성화에 의해 형성되는 듀플렉스(Duplex)의 안정성은 말단의 서열의 일치에 의해 결정되는 경향이 있기 때문에, 3’-말단 또는 5’-말단에 SNP 염기에 상보적인 염기를 갖는 프로브에서 말단 부분이 혼성화 되지 않으면, 이러한 듀플렉스는 엄격한 조건에서 해체될 수 있다.
본 발명의 ‘키트’가 PCR 증폭 과정에 적용되는 경우에는, 본 발명의 키트는 선택적으로 PCR 증폭에 필요한 시약, 예컨대 완충액, DNA 중합효소, DNA 중합 효소 조인자 및 dNTPs를 포함할 수 있다. 본 발명의 키트는 상기한 시약 성분을 포함하는 다수의 별도 패키징 또는 컴파트먼트로 제작될 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 제한효소 자리에 위치하는 SNP를 CAPS 마커라고 한다.
본 발명에 있어서, ‘CAPS 마커‘는 SNP처럼 한 개의 염기서열이 변하거나 InDel에 의해 발생하는 제한효소에 의해 잘리는 부위의 변화를 해석할 수 있는 마커이다. CAPS 마커는 유전자좌에 특이적인 프라이머로 PCR 증폭을 한 후 제한효소로 잘라준 뒤 나타나는 다형성을 분석하는 방법에 해당한다.
또한, 본 발명은 다음의 단계를 포함하는 표고버섯 설백향 판별 방법:
(a) 표고버섯으로부터 DNA를 추출하는 단계;
(b) 상기 제1항에 따른 프라이머 세트를 포함하는 조성물을 이용하여, 상기 단계 (a)에서 분리된 DNA의 증폭반응을 수행하여 증폭 산물을 제조하는 단계;
(c) 상기 증폭 산물을 서열번호 1의 219번째 뉴클레오타이드를 포함하는 4 내지 8개의 연속 뉴클레오타이드 서열을 인식하는 제한효소를 처리하는 단계;
(d) 단계 (c)의 결과물을 분석하는 단계; 및
(e) 증폭 산물이 제한효소에 의해 219 bp의 단편이 나타나면 표고버섯 설백향으로 판별하는 단계;를 포함하는, 설백향의 판별 방법에 대해 제공하는 것이다.
본 발명의 일 실시예에 있어서, 상기 (d)단계의 분석은 모세관 전기영동, DNA 칩, 겔 전기영동, 방사성 측정, 형광 측정 또는 인광 측정을 통해 수행되나 이에 한정되는 것은 아니다.
본 발명의 방법은 상기 키트와 동일한 방식, 프라이머 및/또는 제한효소를 이용하기 때문에, 이 둘 사이에 공통된 내용은 본 명세서의 과도한 복잡성을 피하기 위하여, 그 기재를 생략한다.
<실시예 1> 표고버섯 염기서열 RL-LE-145와 프라이머
도 1은 프라이머 서열을 이용한 PCR 방법으로 표고버섯 품종 설백향에서 증폭되는 마커 염기서열을 나타낸 것이다. 표고버섯의 게놈 서열에서 설백향에 특이적인 변이가 생긴 염기서열을 찾았고, 이를 이용하여 프라이머를 제작하였다. 하기 표 1은 설백향의 단일염기다형성(SNPs)에 대해 나타낸 것이다.
Figure 112021035957613-pat00001
설백향을 판별할 수 있는 마커 서열을 동정하기 위해 설백향을 포함한 총 40개 품종의 DNA resequencing을 수행하여 시험 균주에 대한 전장유전체를 확보하였다. 확보된 40개 품종들의 전장유전체를 표고의 표준유전체인 B17의 전장유전체 정보와 비교하여 설백향에 특이적으로 존재하는 SNP와 Indel을 동정하였다. 우선, coding region에 존재하는 동형접합(Homozygotic) 변이를 우선적으로 선발하고자 하였다(표 1).
설백향의 경우 Coding region에 동형접합 변이가 존재하지 않아 이형접합(Heterozygotic) 변이들을 선별한 결과, 번역(Translation)의 종결을 야기하는 1개의 SNP를 포함하여 13개의 과오 SNP와 10개의 동의 SNP가 존재함을 확인하였다. 설백향의 전장 유전체에 존재하는 변이들을 생어 염기서열 분석(Sanger sequencing)을 통해 재확인하였고, dCAPS Finder 2.0을 이용하여 마커 서열에 발생한 변이로 인해 제한효소 인식부위가 생성되거나 소실되는 부분들을 이용 가능성 및 비용에 기초하여 동정하였다.
설백향의 특이적인 마커 서열인 RL-LE-145에 존재하는 제한효소 인식부위를 확인해 본 결과, 설백향의 scaffold7번, 215801의 염기서열 G가 A로 변한 이형접합 치환(Substitution)은 제한효소 HpyCH4Ⅳ의 인식부위 2개 중 하나가 염기서열 G에서 A로의 치환으로 인해 소실되어, CAPS 마커를 개발하기에 가장 적합한 서열로 판단되었다.
<실시예 2> 시퀀싱을 통한 표고버섯 ‘설백향’의 SNP 확인
도 2는 설백향의 특이적인 마커 서열인 RL-LE-145에 결합하는 프라이머(서열번호 2 및 3)를 이용하여 PCR을 수행하고 시퀀싱을 하여 변이를 확인한 결과를 나타낸 것이다. 표고버섯 표준유전체 균주인 B17과 표고버섯 품종 설백향에서 Genomic DNA를 추출하여 20 ng의 DNA를 이용하여 PCR을 수행하였다. DNA 추출과 PCR 수행방법은 하기와 같다.
PDB배지에서 배양한 표고버섯 균사체를 미라클로스에 여과시킨 후 PBS버퍼(NaCl 135 mM, KCl 2.7 mM, Na2HPO4 4.3 mM, KH2PO4 1.4 mM)를 부어 씻어내고 키친타올로 물기를 제거한다. 건조된 균사를 액체질소에 얼려 막자사발로 곱게 갈은 후 GeneAll® GenEx™ Plant kit를 이용해 Genomic DNA를 추출하였다. 튜브에 옮겨 담은 균사에 PL버퍼 500 ul를 넣고 65℃에서 10분간 가열해준 후 파이펫을 이용해 잘 섞어준다. 13,000 rpm으로 1분간 원심분리한 후 상층액을 분리하여 새 튜브로 옮겨준 후 PP버퍼를 상층액의 1/3만큼 넣고 볼텍서를 이용해 잘 섞어준다. 얼음에서 5분간 방치 후 13,000 rpm으로 5분간 원심분리하였다. 상층액을 분리하여 새 튜브로 옮기고 동량의 PCI(Phenol : Chloroform : Isoamylalcohol = 25 : 24: 1)를 넣어준 후 뒤집어 섞어주었다. 13,000 rpm에서 10분간 원심분리한 후 상층액을 분리하여 새 튜브에 옮기고, 동량의 Isopropanol을 넣어준 후 뒤집어 섞어 주었다. 얼음에 10분간 방치 후 13,000 rpm에서 1분간 원심분리하였다. 상층액을 제거한 후 70% 에탄올 1 mL를 넣어 DNA 펠렛을 살짝 띄우고 13,000 rpm에서 1분간 원심분리하였다. 상층액을 제거한 후 13,000 rpm에서 1분간 한 번 더 원심분리하였다. 남은 에탄올을 전부 제거하고 DNA 펠렛을 상온에서 5분간 건조시킨 후, RE버퍼 100 ul를 넣어 DNA 펠렛을 녹였다. 추출한 Genomic DNA 20 ng을 주형으로 본 발명에서 제작한 프라이머를 이용하여 PCR을 수행한다. PCR은 95℃에서 3분, 다시 95℃에서 30초, 56℃에서 30초, 72℃에서 20초로 35사이클을 증폭한 후, 추가로 72℃에서 5분간 반응시킴으로써 수행되었다. 시퀀싱 결과를 alignment하여 비교함으로써 설백향에 특이적인 변이가 존재하는 것을 확인할 수 있었다.
즉, 설백향은 표고버섯 RL-LE-145의 염기서열 219번째가 A(아데닌)인 것으로 기존의 G(구아닌)과 상이한 염기서열을 가지는 것에 대해 시퀀싱을 통해 확인하였다.
<실시예 3> 키트를 사용한 표고버섯 중 ‘설백향’ 품종 판별
도 3은 설백향을 포함한 표고버섯 균주 40개에서 설백향의 특이적인 마커 서열인 RL-LE-145에 결합하는 프라이머(서열번호 2 및 3)를 이용하여 PCR을 수행하고, 제한효소 HpyCH4Ⅳ를 처리한 결과이다. 설백향을 포함한 표고버섯 균주 40개에서 Genomic DNA를 추출하여 20 ng의 DNA를 이용하여 PCR을 수행하였다. PCR산물에 제한효소 처리에 의하여 설백향이 다른 품종들과 구분되는 것을 확인할 수 있었다.
도 2 및 3에서 확인할 수 있듯이, 표고버섯 품종 중 설백향을 제외한 품종들의 산물이 제한효소 HpyCH4Ⅳ에 의해 219 bp크기의 산물이 29 bp와 190 bp 크기로 절단되므로, 유전자 변이로 인해 절단되지 않은 설백향의 PCR 산물만이 Agarose gel 상에서 219 bp 크기의 밴드로 나타냄을 확인하였고, 이를 통하여 표고버섯 품종 중 ‘설백향’을 빠르고 쉽게 판별할 수 있음을 확인하여 본 발명을 완성하였다.
<110> Chungbuk National University Industry-Academic Cooperation Foundation <120> CAPS marker for discriminating new Pyogo mushroom Sulbaekhyang, and use thereof <130> PN2103-113 <160> 3 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 407 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RL-LE-145 <400> 1 ttatgctggg cgatatggcg catgatagtc aaagaagcta aaatttctga tcgagcaaaa 60 acaagaaaac aacgaaagat agtcagggaa aatacaccca agtatcgaca aagcataagg 120 aggatcggaa tcctgcagga taagtactca ccgacagaaa tatgaatgaa ttgctcaaaa 180 atcgtcaacg tgttccccga cacatcgtaa gctgggacgt ctgctgcttt tagatcaaag 240 tgtgctacaa gaaagttttc ttggccggtg gtgcactaag aaagaaaata aaatgaatct 300 caagacgagt atgaagcgaa agttttgatc agaagtgcca acttacagtc cattcttgtc 360 cttgtatgct tctatgactc cacttatact ctctcccatc agacccc 407 <210> 2 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RL-LE-145_F <400> 2 ttatgctggg cgatatggcg 20 <210> 3 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RL-LE-145_R <400> 3 ggggtctgat gggagagagt 20

Claims (7)

  1. 서열번호 2 및 서열번호 3의 각각의 염기서열로 표시되는 프라이머 세트; 및 서열번호 1의 219번째 뉴클레오타이드를 포함하는 4 내지 8개의 연속 뉴클레오타이드 서열을 인식하는 제한효소를 유효성분으로 포함하는, 설백향 판별용 바이오마커 조성물.
  2. 제1항에 있어서,
    상기 프라이머는 서열번호 1로 표시되는 설백향의 특이적인 마커 서열 RL-LE-145에 특이적으로 결합하는 것을 특징으로 하는, 설백향 판별용 바이오마커 조성물.
  3. 제1항에 있어서,
    상기 제한효소는 HpyCH4Ⅳ인 것을 특징으로 하는, 설백향 판별용 바이오마커 조성물.
  4. 제1항에 따른 설백향 판별용 바이오마커 조성물; 및 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함하는, 설백향 판별용 키트.
  5. 제4항에 있어서,
    상기 증폭 반응을 수행하기 위한 시약은 DNA 폴리머라제, dNTPs 및 버퍼를 포함하는 것을 특징으로 하는, 설백향 판별용 키트.
  6. 다음의 단계를 포함하는 표고버섯 설백향의 판별 방법:
    (a) 표고버섯으로부터 DNA를 추출하는 단계;
    (b) 상기 제1항에 따른 프라이머 세트를 포함하는 조성물을 이용하여, 상기 단계 (a)에서 분리된 DNA의 증폭반응을 수행하여 증폭 산물을 제조하는 단계;
    (c) 상기 증폭 산물을 서열번호 1의 219번째 뉴클레오타이드를 포함하는 4 내지 8개의 연속 뉴클레오타이드 서열을 인식하는 제한효소를 처리하는 단계;
    (d) 단계 (c)의 결과물을 분석하는 단계; 및
    (e) 증폭 산물이 제한효소에 의해 219 bp의 단편이 나타나면 표고버섯 설백향으로 판별하는 단계;를 포함하는, 설백향의 판별 방법.
  7. 제6항에 있어서,
    상기 (d)단계의 분석은 모세관 전기영동, DNA 칩, 겔 전기영동, 방사성 측정, 형광 측정 또는 인광 측정을 통해 수행되는 것인, 설백향의 판별 방법.
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