KR102314972B1 - Pex26 유전자의 메틸화 수준을 이용한 비만의 예측 또는 진단을 위한 정보제공방법 및 이를 위한 조성물 - Google Patents
Pex26 유전자의 메틸화 수준을 이용한 비만의 예측 또는 진단을 위한 정보제공방법 및 이를 위한 조성물 Download PDFInfo
- Publication number
- KR102314972B1 KR102314972B1 KR1020200009646A KR20200009646A KR102314972B1 KR 102314972 B1 KR102314972 B1 KR 102314972B1 KR 1020200009646 A KR1020200009646 A KR 1020200009646A KR 20200009646 A KR20200009646 A KR 20200009646A KR 102314972 B1 KR102314972 B1 KR 102314972B1
- Authority
- KR
- South Korea
- Prior art keywords
- methylation
- obesity
- pex26
- cpg
- pcr
- Prior art date
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/154—Methylation markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Pathology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
본 발명의 비만 특이적 마커 유전자의 메틸화를 검출함으로써 비만의 발병을 조기에 예측 및 진단할 수 있다. 본 발명의 PEX26 메틸화 바이오마커는 비만의 위험성 평가, 진단 및 치료 타겟의 선정에도 활용될 수 있다.
Description
본 발명은 PEX26 (peroxisome biogenesis factor 26) 유전자의 메틸화 수준을 이용한 비만의 예측 또는 진단을 위한 정보제공방법 및 이를 위한 조성물에 관한 것으로, 구체적으로는 PEX26 유전자의 메틸화 수준을 이용한 비만의 예측 또는 진단을 위한 정보제공방법, 비만의 예측 또는 진단용 조성물 및 키트에 관한 것이다.
비만은 그 자체의 위험성보다 비만으로 인해 유발될 수 있는 여러 합병증 때문에 그 심각성이 더욱 크게 인식되고 있다. 비만은 고혈압, 고지혈증, 당뇨병 등의 대사증후군, 지방간, 관절 이상, 및 암 발병 위험을 증가시킨다고 알려져 있다. 2010년 세계보건기구에서 발표한 바에 따르면, 정상 체중인 사람에 비해 비만인 사람에게서 고혈압, 당뇨병, 이상지질혈증이 동반될 위험이 2배 이상 (고혈압 2.5배, 당뇨병 2배, 고콜레스테롤혈증 2.3배, 고중성지질혈증 2.4배) 높게 나타났다. 상기 질환들 이외에도 여성의 경우 체지방이 과다하면 성호르몬의 균형이 깨져 심한 경우 불임증을 초래할 수 있고, 자궁내막암과 유방암의 위험성이 높아진다고 알려져 있다. 더불어 비만은 신체적인 질환뿐 만 아니라 사회적 고립감이나 소외, 자신감 결여, 및 우울감과 같은 정신적 질환을 유발할 수 있으므로 비만의 예방 및 치료에 대한 필요성은 매우 중요하게 인식되고 있다.
비만의 발병은 유전적 요인, 환경적 요인, 그리고 식이요인이 복합적으로 작용하여 일어나는데, 식이요인 중에서는 고지방식이 (high-fat diet, HFD)로 대표되는 고열량식이가 비만의 주요 원인으로 손꼽힌다. 잘못된 식습관으로 인해 비만해지면 내당불내성, 고혈압, 고지혈증과 같은 증상으로 대표되는 대사증후군이 생길 가능성이 높아지며, 비알코올성 지방간의 발병 위험도 함께 증가한다.
대사증후군과 비알코올성 간질환은 일반적으로 인슐린 저항성 (insulin resistance)과 연관이 있는 것으로 알려져 있지만 아직 명확한 원인 기전은 밝혀지지 않았다. 특히 간은 탄수화물·지질·단백질의 합성, 분해, 저장 등 대사의 중심이 되는 기관으로, 비만한 경우 간 조직에서 인슐린 저항성이 나타나고 간의 탄수화물 및 지질대사가 변화하며, 결과적으로 비알코올성 지방간의 위험이 높아진다고 알려져 있다. 뿐만 아니라 간에 지방이 축적되면 간 조직에서 염증성 지표들이 높아진다고 보고되고 있다.
최근에는 후성유전학적 연구 방법 및 기술이 발전함에 따라, 비만으로 인해 간 조직에서 대사 교란이 일어나고 염증반응이 증가하는 원인을 후성유전학 차원에서 규명하고자 하는 연구들이 증가하고 있다. 후성유전적 변화는 DNA 염기 서열의 변화 없이 유전자 발현을 조절할 수 있으며, 가역적이고 대를 이어 유전되는 특징을 가진다. 특히, DNA 메틸화는 후성유전학적 변화의 주요 기전으로서, 식이요인이 건강에 미치는 영향을 밝히기 위해 많은 연구자들이 이에 관심을 가지고 연구하고 있다. 고지방식이가 DNA 메틸화 패턴 변화에 미치는 영향에 대한 연구는 간 조직을 비롯하여 지방조직과 근육 조직을 대상으로 이루어지고 있다. 고지방식이가 DNA 메틸화 변화에 미치는 영향을 개별 유전자 수준에서 분석한 연구가 대다수이며 high-throughput 방법을 통한 전장 유전체 수준 (genome-wide)의 연구는 매우 부족한 실정이다.
임신 기간부터 시작하여 성인기까지 지속적으로 고지방식이를 섭취한 경우의 DNA 메틸화 패턴 변화를 전장 유전체 수준에서 분석한 연구가 있지만, DNA 메틸화 패턴은 임신/수유 기간뿐만 아니라 성인기에도 영향을 받을 수 있기 때문에 성인기에 고지방식이를 섭취하는 것이 전장 유전체 차원의 DNA 메틸화 패턴 변화에 미치는 영향 역시 연구가 필요하다.
본 발명자들은 비만의 예측 또는 진단을 위한 특이적 메틸화 바이오마커를 발굴하기 위해 노력하였다. 그 결과, 정상군과 비만군의 시료에 대한 유전체 메틸화 분석을 수행하여, 두 그룹 간에 메틸화 수준에 현저한 차이가 있는 Pex26 (peroxisome biogenesis factor 26) 유전자의 엑손 부위를 확인하고, 해당 부위에 대한 DNA 메틸화 시퀀싱을 수행하여 비만군에서 상기 부위의 메틸화 수준 증가가 있음을 규명함으로써 본 발명을 완성하였다.
따라서, 본 발명의 목적은 비만의 예측 또는 진단용 조성물을 제공하는데 있다.
본 발명의 다른 목적은 비만의 예측 또는 진단용 키트를 제공하는데 있다.
본 발명의 또 다른 목적은 비만의 예측 또는 진단을 위한 정보를 제공하는 방법을 제공하는데 있다.
본 발명의 일 양태에 따르면 PEX26 (peroxisome biogenesis factor 26) 유전자의 메틸화 여부를 검출할 수 있는 물질을 포함하는 비만의 예측 또는 진단용 조성물에 관한 것이다.
본 발명자들은 비만의 예측 또는 진단을 위한 특이적 메틸화 바이오마커를 발굴하기 위해 노력하였고 그 결과, 정상군과 비만군의 시료에 대한 유전체 메틸화 분석을 수행하여, 두 그룹 간에 메틸화 수준에 현저한 차이가 있는 PEX26 유전자의 엑손 부위를 확인하고, 해당 부위에 대한 DNA 메틸화 시퀀싱을 수행하여 비만군에서 상기 부위의 메틸화 수준 증가가 있음을 규명하였다.
본 발명의 비만 특이적 메틸화 마커 유전자는 비만 위험성 평가, 예측, 진단 및 치료 타겟의 선정에도 사용될 수 있다.
본 발명에 있어서, 상기 메틸화는 PEX26 유전자의 프로모터 부위, 5' 비전사 영역 (5' untranslated region), 인트론 및 엑손 중 어느 한 부위에 위치하는 CpG의 메틸화를 측정하는 것일 수 있고, 예를 들어, 서열번호 1로 표시되는 영역의 CpG 의 메틸화를 측정하는 것일 수 있다.
포유류 세포의 게놈 DNA에는 A, C, G, T 외에 시토신 환의 5번째 탄소에 메틸기가 붙은 5-메틸시토신 (5-mC)이 있다. 5-mC는 항상 CG 다이뉴클레오타이드의 C에만 오며 (5'-mCG-3'), 이러한 CG를 흔히 CpG라고 표시한다. CpG의 C는 대부분이 메틸기가 붙어서 메틸화 되어있다. 이러한 CpG의 메틸화는 알루(alu)나 전이인자 (transposon)와 같이 게놈내에 반복되는 염기서열 (repetitive sequence)이 발현되지 못하도록 억제하며, 포유류 세포에서 유전자 외 변화가 가장 흔히 나타나는 부위이다.
본 발명에서, 상기 메틸화 여부를 검출할 수 있는 물질은 상기 메틸화된 부위를 포함하는 단편을 증폭할 수 있는 프라이머쌍, 상기 메틸화된 부위와 혼성화할 수 있는 프로브, 상기 메틸화된 부위와 결합할 수 있는 메틸화 특이적 결합 단백질, 메틸화 특이적 결합 항체 또는 압타머, 시퀀싱 프라이머, 시퀀싱 바이 신세시스 프라이머 및 시퀀싱 바이 라이게이션 프라이머로 구성된 군에서 선택된 어느 하나 이상일 수 있다.
상기 메틸화는 바이설파이트 시퀀싱, 시퀀싱 바이 신세시스 (sequencing by synthesis), 시퀀싱 바이 라이게이션 (sequencing by ligation), 메틸화 특이 PCR (methylation specific PCR), 실시간 메틸화 특이 PCR (real time methylation specific PCR), 메틸화 DNA 특이적 결합 단백질을 이용한 PCR, 메틸화 DNA 특이적 결합 항체 또는 압타머를 이용한 PCR 또는 핵산 칩 등의 방법에 의하여 검출되는 것일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
바이설파이트 시퀀싱 방법은 메틸화 CpG를 함유한 핵산을 검출하는 방법으로, 핵산을 함유한 시료를 비메틸화 시토신을 변형시키는 제제와 접촉시키는 단계 및 메틸화-비의존적 올리고뉴클레오티드 프라이머를 사용하여 시료의 CpG-함유 핵산을 증폭시키는 단계를 포함한다.
상기 비메틸화 시토신을 변형시키는 제제는 바이설파이트일 수 있다. 바이설파이트 (bisulfite)가 처리된 DNA 상의 비메틸화된 (unmethylated) 시토신(C) 염기는 탈아민화 (deamination)되어 우라실(U) 염기로 바뀌는 반면, 메틸화된 시토신 염기는 그대로 시토신으로 남아있게 된다. 즉, 바이설파이트 처리에 의해 DNA 상에서 시토신 염기의 메틸화 유무에 따라 서로 구별할 수 있도록 다른 염기로 표지된다. 상기 올리고뉴클레오티드 프라이머는 변형된 메틸화 및 비메틸화 핵산을 구별하지 않고 핵산을 증폭하는 것을 특징으로 할 수 있다. 상기 증폭된 산물을 시퀀싱 프라이머를 이용하여 Sanger 방법으로 시퀀싱하거나 차세대 시퀀싱 (next generation sequencing, NGS) 방법으로 분석하여 메틸화 핵산을 검출할 수 있다.
상기 차세대 시퀀싱 방법은 시퀀싱 바이 신세시스 (Sequencing by synthesis)와 시퀀싱 바이 라이게이션 (Sequencing by ligation) 방법으로 하는 것을 특징으로 할 수 있다. 이 방법의 특징은 bacterial clone을 만드는 대신 단일 DNA 단편을 공간적으로 분리하여 in situ로 증폭하고 (clonal amplification), 시퀀싱을 해낸다는 것이다. 이때, 수십 만개의 단편을 동시에 읽어내기 때문에 매시브 페러럴 시퀀싱 (massive parallel sequencing) 방법으로 불리기도 한다. 기본적으로는 시퀀싱 바이 신세시스 방법이며, 모노 혹은 디뉴클레오티드를 순차적으로 붙여가면서 시그널을 얻는 방법을 사용하는데 파이로시퀀싱, ion torrent, Solexa 방법들이 여기에 해당한다.
시퀀싱 바이 신세시스에 기반하는 NGS 장비로는 로슈 (Roche)사의 454 플랫폼, 일루미나 (Illumina)사의 HiSeq 플랫폼, 라이프테크놀로지 (Life Technology)사의 Ion PGM 플랫폼, 마지막으로 퍼시픽바이오사이언스 (Pacific BioSciences)사의 PacBio 플랫폼이 있다. 454와 Ion PGM은 클로날증폭 (clonal amplification)방법으로 emulsion PCR을 사용하며, HiSeq은 브릿지 증폭 (Bridge amplification)을 사용한다. 시퀀싱 바이 신세시스 방법은 한 개의 뉴클레오티드를 순차적으로 붙여가며 DNA를 합성시켜 나갈 때 발생되는 인산 (phosphate), 수소이온, 혹은 미리 붙여 놓은 형광을 검출하여 서열을 읽어 나간다. 서열을 검출하는 방법에 있어, 454는 인산을 이용하는 파이로시퀀싱 (pyroseqeuncing) 방법을 사용하며, Ion PGM은 수소이온 검출을 이용한다. HiSeq과 PacBio는 형광을 검출하여 서열을 해독한다.
시퀀싱 바이 라이게이션은 DNA ligase를 이용하는 시퀀싱 기술로 DNA 염기서열에 존재하는 특정 위치의 뉴클레오티드를 확인하는 기술이다. 대부분의 시퀀싱 기술이 중합효소를 사용하는 것과 달리 중합효소를 사용하지 않으며 DNA ligase가 미스매치 서열을 ligation하지 않는 특징을 이용한다. SOLiD 시스템이 여기에 해당한다. 이 기법에서는 간격을 두면서 두 개씩 염기를 읽는데, 프라이머 리셋 (primer reset)을 통해 독립적으로 다섯 번을 반복하기 때문에, 최종적으로는 각 염기를 두 번씩 중복하여 읽어서 정확도를 높인다.
메틸화 특이 PCR, 실시간 메틸화 특이 PCR, 메틸화 DNA 특이적 결합 단백질을 이용한 PCR, 메틸화 DNA 특이적 결합 항체 또는 압타머를 이용한 PCR은 PCR을 기반으로 메틸화를 검출하는 방법이다.
메틸화 특이 PCR 방법을 상세히 설명하면 다음과 같다. 지노믹 DNA에 바이설파이트를 처리하면 5'-CpG'-3 부위의 시토신이 메틸화된 경우에는 그대로 시토신으로 남아 있고, 비메틸화된 경우에는 우라실로 변하게 된다. 따라서, 바이설파이트 처리 후 변형된 염기서열을 대상으로 5'-CpG-3' 염기서열이 존재하는 부위에 해당하는 PCR 프라이머를 제작하고 이때 메틸화된 경우에 해당되는 PCR 프라이머와 비메틸화된 경우에 해당하는 두 종류의 프라이머를 제작한다. 지노믹 DNA를 바이설파이트로 변형시킨 다음, 상기 두 종류의 프라이머를 이용하여 PCR을 하면 메틸화된 경우에는 메틸화된 염기서열에 해당되는 프라이머를 사용한 것에서 PCR 산물이 만들어지게 되고, 반대로 비메틸화인 경우에는 비메틸화에 해당되는 프라이머를 이용한 것에서 PCR 산물이 만들어진다. 메틸화 여부는 아가로즈겔 전기영동방법으로 정성적으로 확인할 수 있다.
실시간 메틸화 특이 PCR은 메틸화 특이 PCR 방법을 실시간 측정방법으로 전환한 것으로, 지노믹 DNA에 바이설파이트를 처리한 후, 메틸화된 경우에 해당하는 PCR 프라이머를 디자인하고, 이들 프라이머를 이용하여 실시간 PCR을 수행하는 것이다. 이때, 증폭된 염기서열과 상보적인 TaqMan 프로브를 이용하여 검출하는 방법과 Sybr green을 이용하여 검출하는 두 가지 방법이 있다. 따라서, 실시간 메틸화 특이 PCR은 메틸화된 DNA만을 선택적으로 정량 분석할 수 있다. 이때, in vitro methylated DNA 샘플을 이용하여 표준곡선을 작성하고, 표준화를 위하여 염기서열 내에 5'-CpG-3' 서열이 없는 유전자를 음성대조군으로 함께 증폭하여 메틸화 정도를 정량 분석한다.
메틸화 DNA 특이적 결합 단백질을 이용한 PCR 또는 DNA 칩 방법은 메틸화 DNA에만 특이적으로 결합하는 단백질을 DNA와 혼합할 경우, 메틸화 DNA에만 특이적으로 단백질이 결합하기 때문에 메틸화 DNA만을 선택적으로 분리할 수 있는 특징을 이용한 것이다. 지노믹 DNA를 메틸화 DNA 특이적 결합 단백질과 섞어준 후, 메틸화된 DNA만을 선택적으로 분리할 수 있다. 이들 분리된 DNA를 엑손 부위에 해당하는 PCR 프라이머를 이용하여 증폭한 후, 아가로즈 전기영동으로 메틸화 여부를 측정한다.
또한, 정량 PCR 방법으로도 메틸화 여부를 측정할 수 있으며, 메틸화 DNA 특이적 결합 단백질로 분리한 메틸화 DNA를 형광 염료로 표지하여 상보적인 프로브가 집적된 DNA칩에 하이브리디제이션시킴으로써 메틸화 여부를 측정할 수 있다.
본 발명의 다른 일 양태에 따르면, 본 발명은 본 발명에 따른 조성물을 포함하는 비만의 예측 또는 진단용 키트에 관한 것이다.
본 발명의 비만의 예측 또는 진단용 키트는, PEX26 유전자의 메틸화 여부를 검출할 수 있는 물질을 포함하는 조성물을 유효성분으로 포함하고 있어, 생물학적 시료로부터 분리된 게놈 DNA 시료를 대상으로 PEX26 유전자의 메틸화를 검출하여 비만을 예측 또는 진단할 수 있다.
상기 게놈 DNA 시료는 CpG를 함유하는 것이 바람직하다. 통상적으로, CpG-함유 핵산은 DNA이나, 이에 한정되지 않으며, DNA 또는 DNA와 mRNA를 포함하는 RNA를 함유하는 시료를 포함할 수 있다. 여기서 DNA 또는 RNA는 단일가닥 또는 이중가닥일 수 있으며, 또는 DNA-RNA 하이브리드를 함유할 수 있다.
본 발명의 키트는 샘플을 담는 구획된 캐리어 수단, 비메틸화 시토신을 민감하게 절단하는 제제를 함유하는 첫 번째 용기, CpG 함유 핵산을 증폭하기 위한 프라이머를 함유하는 두 번째 용기 및 절단된 또는 절단되지 않은 핵산의 존재를 검출하는 수단이 함유된 세 번째 용기를 포함하는 하나 이상의 용기를 포함할 수 있다. 일 구현예에서, 상기 프라이머는 게놈상에서 메틸화가 일어났는지 여부를 검출하기 위한 PCR, 메틸화 특이 PCR, 실시간 메틸화 특이 PCR, 메틸화 DNA 특이적 결합 단백질을 이용한 PCR, 메틸화 DNA 특이적 결합 항체 또는 압타머를 이용한 PCR, 정량 PCR, 핵산 칩, 시퀀싱, 시퀀싱 바이 신세시스 또는 시퀀싱 바이 라이게이션에 사용하기 위한 프라이머일 수 있다.
본 발명의 다른 일 양태에 따르면, 본 발명은 분리된 생물학적 시료로부터 PEX26 유전자의 메틸화 여부를 측정하는 단계를 포함하는 비만의 예측 또는 진단을 위한 정보를 제공하는 방법에 관한 것이다.
본 발명에 있어서, 상기 메틸화 여부 측정은 PEX26 유전자의 프로모터, 5'UTR(Untranslated region), 인트론 및 엑손 중 어느 한 부위에 위치하는 CpG의 메틸화를 측정하는 것일 수 있고, 예를 들어, 서열번호 1로 표시되는 영역의 CpG 의 메틸화를 측정하는 것일 수 있다.
상기 메틸화 여부를 측정하는 단계는 PCR, 메틸화 특이 PCR (methylation specific PCR), 실시간 메틸화 특이 PCR (real time methylation specific PCR), 메틸화 DNA 특이적 결합 단백질을 이용한 PCR, 정량 PCR, DNA 칩, 파이로시퀀싱 및 바이설파이트 시퀀싱으로 구성된 군에서 선택되는 방법에 의하여 수행될 수 있다.
상기 생물학적 시료는 비만 의심 또는 진단 대상 개체 유래의 세포, 조직, 생검, 파라핀조직, 혈액, 혈청, 혈장 및 소변으로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에 따르면, 상기 방법은 정상 대조군의 PEX26 유전자의 메틸화와 비교하여 PEX26 유전자의 메틸화 수준이 증가하면 비만으로 결정하는 단계를 추가적으로 포함할 수 있다.
본 발명의 비만 특이적 마커 유전자의 메틸화를 검출함으로써 비만의 발병을 조기에 예측 및 진단할 수 있다. 본 발명의 PEX26 메틸화 바이오마커는 비만의 위험성 평가, 진단 및 치료 타겟의 선정에도 활용될 수 있다.
도 1은 고지방고당 식이에 따른 마우스의 체중 증가를 측정한 결과이다.
도 2a는 고지방고당 식이를 12주 동안 공급한 후 마우스의 간 무게를 측정한 결과이다.
도 2b는 고지방고당 식이를 12주 동안 공급한 후 마우스의 부고환 지방 무게를 측정한 결과이다.
도 2c는 고지방고당 식이를 24주 동안 공급한 후 마우스의 간 무게를 측정한 결과이다.
도 2d는 고지방고당 식이를 24주 동안 공급한 후 마우스의 부고환 지방 무게를 측정한 결과이다.
도 3은 고지방고당 식이를 12주, 24주 동안 공급한 마우스에서 Pex26 유전자의 DNA 메틸화 수준을 측정한 결과이다.
도 4는 고지방고당 식이를 12주 동안 공급한 마우스의 간에 대하여 메틸화 시퀀싱을 실시한 결과이다.
도 5a는 고지방고당 식이를 12주 동안 공급한 후 마우스의 간에서 Pex26 유전자의 발현을 분석한 결과이다.
도 5b는 고지방고당 식이를 24주 동안 공급한 후 마우스의 간에서 Pex26 유전자의 발현을 분석한 결과이다.
도 2a는 고지방고당 식이를 12주 동안 공급한 후 마우스의 간 무게를 측정한 결과이다.
도 2b는 고지방고당 식이를 12주 동안 공급한 후 마우스의 부고환 지방 무게를 측정한 결과이다.
도 2c는 고지방고당 식이를 24주 동안 공급한 후 마우스의 간 무게를 측정한 결과이다.
도 2d는 고지방고당 식이를 24주 동안 공급한 후 마우스의 부고환 지방 무게를 측정한 결과이다.
도 3은 고지방고당 식이를 12주, 24주 동안 공급한 마우스에서 Pex26 유전자의 DNA 메틸화 수준을 측정한 결과이다.
도 4는 고지방고당 식이를 12주 동안 공급한 마우스의 간에 대하여 메틸화 시퀀싱을 실시한 결과이다.
도 5a는 고지방고당 식이를 12주 동안 공급한 후 마우스의 간에서 Pex26 유전자의 발현을 분석한 결과이다.
도 5b는 고지방고당 식이를 24주 동안 공급한 후 마우스의 간에서 Pex26 유전자의 발현을 분석한 결과이다.
이하, 실시예를 통하여 본 발명을 더욱 상세히 설명하고자 한다. 이들 실시 예는 오로지 본 발명을 보다 구체적으로 설명하기 위한 것으로, 본 발명의 요지에 따라 본 발명의 범위가 이들 실시 예에 의해 제한되지 않는다는 것은 당 업계에서 통상의 지식을 가진 자에 있어서 자명할 것이다.
실시예 1. 비만 동물 모델 구축
8주령의 C57BL/6N 수컷 마우스를 중앙실험동물(서울, 대한민국)에서 구입하여, 1주 동안 일반사료 98052602(Research Diets, Inc., NJ, USA)를 제공하여 안정화 시켰다. 고지방고당 식이(high-fat and high-sucrose diet, D12079B, Research Diets, Inc.)와 일반사료 98052602(Research Diets, Inc.)를 제공하면서 몸무게 기록 후 12주, 24주째에 간 및 지방 조직을 분리하였다.
대조군과 비교하여 고지방고당 식이를 공급한 마우스에서 몸무게와 간 및 부고환 지방 무게가 현저히 증가하였으며, 이를 통해 비만이 유도되었음을 확인하였다(도 1, 도 2a 내지 2d).
실시예 2. 메틸화 분석
2-1. RRBS 라이브러리 구축
MspI 및 ApeKI을 포함하는 RRBS 라이브러리를 구축하기 위해 지노믹 DNA 500 ng을 MspI(NEB, Ipswich, MA, USA)과 37℃에서 7시간 동안 반응시켰다. 그 다음, ApeKI(NEB)을 첨가하여 75℃에서 16 내지 20시간 동안 반응시켰다. 제한효소로 절단된 산물은 MiniElute PCR Purification Kit(Qiagen, Venlo, Netherlands)로 정제하였다. 정제 후 dA를 첨가하고, 메틸화된 어댑터를 연결시켰다. 전기영동을 실시하고 아가로스 겔에서 160-420 bp 크기의 슬라이스를 분리하였다. 제조사의 지시에 따라 ZYMO EZ DNA Methylation-Gold Kit(ZYMO Research, Irvine, CA, USA)를 이용하여 바이설파이트 전환을 수행하였다.
PfuTurbo Cx Hotstart DNA polymerase(Agilent technologies, Santa Clara, CA, USA)를 이용하여 PCR을 수행하여 최종 라이브러리를 얻었다. RRBS 라이브러리는 Agilent 2100 Bioanalyzer(Agilent Technologies)로 분석하였다. 샘플을 시퀀싱하기 전에 시퀀싱 가능한 라이브러리 단편의 양을 qPCR을 통해 결정하였다. 이어서, 샘플은 용출 버퍼(QIAGEN)를 이용하여 10 nM로 희석하였다. RRBS 라이브러리는 NextSeq500(Illumina, San Diego, CA, USA)로 시퀀싱하였다.
2-2. RRBS 데이터 분석
Raw reads의 퀄리티를 조절하기 위해 FastQC v0.11.2 (www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/)를 실시하고, trim galore v0.4.1(www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/)를 이용하여 어댑터 시퀀싱을 절단하였다. 절단된 서열은 BS-seeker2 v2.0.10 (Guo et al., 2013)를 이용하여 쥣과의 레퍼런스 게놈(mm10)에 얼라인하였다. RRBS 라이브러리의 MspI 및 ApeKI 단편을 커버하기 위해 in silico에서 30 내지 500 bp 길이 범위의 이중 효소 MspI(CCGG) 및 ApeKI(GCWGC) 단편을 구축하였다. 리드(read) 당 4개의 불일치를 허용하도록 하여 로컬 얼라인먼트 모드에서 Bowtie2로 리드를 얼라인하였다. 맵핑 비율을 향상시키기 위해 맵핑되지 않은 리드를 페어드-엔드(paried-end) 모드에서 재맵핑하였다. 두 개의 페어드-엔드 메이트가 겹치는 경우, 하나의 메이트를 제거한 후 각 CpG 사이트의 메틸화 수준을 측정하였다.
12주, 24주째에 고지방고당식이, 대조식이 군에서 각 3마리씩 선별(몸무게 기준)하여 간 및 지방조직에서 DNA 추출 후 RRBS 방법으로 전장 유전체의 DNA 메틸화 변화를 분석하여, 12주, 24주째의 간 조직에서 Pex26 유전자 엑손에 위치한 CpGs에서 고지방고당 식이에 의한 메틸화 증가를 확인하였다(q < 0.05, 20% 이상 증가)(도 3).
2-3. 통계처리를 통한
Pex26
메틸화 부위 선발
그룹간 DMR(100 bp)를 식별하기 위해 커스텀 Perl 스크립트를 사용하였다. 간단히 설명하면, 게놈상의 DNA 메틸화 수준은 레퍼런스 게놈(mm10)을 통해 고정된 크기 윈도우(100 bp)를 50 bp 단위로 슬라이딩시킴으로써 프로파일링하였다. 주어진 윈도우에서 모든 CpG 부위의 DNA 메틸화 비율(0 내지 1)을 Mann-Whitney U 테스트(q < 0.05)를 사용하여 두 그룹(12주 및 24주에 HFHS 대 대조군) 사이에서 비교하였다. 신뢰할 수 없는 DMR 후보를 걸러내기 위해 10개 미만의 판독 값으로 커버되거나 그룹간 평균 차이가 < 0.2를 나타내는 영역은 제거하였다. 확인된 DMR은 UCSC 레퍼런스 유전자 주석(mm10)과 함께 HOMER(v5.7)를 사용하여 주석을 달았다.
선별 부위의 개별 CpG 메틸화 변화를 BSAS(bisulfite amplicon sequencing) 방법으로 분석하였다. 분석에 사용된 프라이머 세트는 표 1과 같다.
서열번호 | 명명 | 서열(5'-3') |
3 | Pex26 BSAS-F | TGTTGTTTGGGGATATAGTAT |
4 | Pex26 BSAS-R | TCTCAACTTAAAAAACTCAAC |
분석 결과, 고지방고당 식이를 공급한 마우스 간에서 16개 CpGs의 DNA 메틸화 증가가 유도됨을 확인하였다(도 4, 표 2).
Position | Gene | Tissue | Genomic region | Strand | ||
#CpG | Chr | Loci | ||||
CpG_1 | 10 | 121,187,289 | Pex26 | Liver | Exon | (+) |
CpG_2 | 10 | 121,187,360 | Pex26 | Liver | Exon | (+) |
CpG_3 | 10 | 121,187,375 | Pex26 | Liver | Exon | (+) |
CpG_4 | 10 | 121,187,383 | Pex26 | Liver | Exon | (+) |
CpG_5 | 10 | 121,187,399 | Pex26 | Liver | Exon | (+) |
CpG_6 | 10 | 121,187,404 | Pex26 | Liver | Exon | (+) |
CpG_7 | 10 | 121,187,418 | Pex26 | Liver | Exon | (+) |
CpG_8 | 10 | 121,187,434 | Pex26 | Liver | Exon | (+) |
CpG_9 | 10 | 121,187,441 | Pex26 | Liver | Exon | (+) |
CpG_10 | 10 | 121,187,451 | Pex26 | Liver | Exon | (+) |
CpG_11 | 10 | 121,187,461 | Pex26 | Liver | Exon | (+) |
CpG_12 | 10 | 121,187,471 | Pex26 | Liver | Exon | (+) |
CpG_13 | 10 | 121,187,494 | Pex26 | Liver | Exon | (+) |
CpG_14 | 10 | 121,187,507 | Pex26 | Liver | Exon | (+) |
CpG_15 | 10 | 121,187,519 | Pex26 | Liver | Exon | (+) |
CpG_16 | 10 | 121,187,531 | Pex26 | Liver | Exon | (+) |
표 2의 마우스 CpG 서열은 인간 서열과 75% 이상의 상동성을 나타내는 것으로 확인되었다(표 3).
Position | Gene | Tissue | Genomic region | Strand | ||
#CpG | Chr | Loci | ||||
CpG_1 | 22 | 18,083,554 | PEX26 | Liver | Exon | (+) |
CpG_2 | 22 | 18,083,561 | PEX26 | Liver | Exon | (+) |
CpG_3 | 22 | 18,083,589 | PEX26 | Liver | Exon | (+) |
CpG_4 | 22 | 18,083,636 | PEX26 | Liver | Exon | (+) |
CpG_5 | 22 | 18,083,639 | PEX26 | Liver | Exon | (+) |
CpG_6 | 22 | 18,083,670 | PEX26 | Liver | Exon | (+) |
CpG_7 | 22 | 18,083,752 | PEX26 | Liver | Exon | (+) |
2-4. Real-time RT-PCR 활용 유전자 발현 분석
제조사의 지시에 따라 RNeasy Mini kit(Qiagen)를 이용하여 세포로부터 RNA를 분리하였다. 500 ng의 총 RNA와 역전사 효소(TOYOBO, Osaka, Japan)를 30℃에서 10분, 42℃에서 20분 및 99℃에서 5분 동안 반응시켜 cDNA를 합성하였다. SYBR green super mix(TOYOBO) 및 thermal cycler(Bio-Rad, Hercules, CA, USA)를 이용하여 95℃에서 10초, 58℃에서 10초, 72℃에서 20초의 반응을 40회 반복하고 최종 멜팅 커브 스텝을 실시하여 유전자를 증폭시켰다.
유전자 증폭에 사용된 프라이머 서열은 표 4와 같다.
서열번호 | 명명 | 서열(5'-3') |
5 | Pex26-F | AGCACACGCAAGAGCACAC |
6 | Pex26-R | TTCTGAAGGGCTGCGAGAG |
비만 동물모델의 간 조직에서 Pex26 유전자 발현분석을 실시하여 DNA 메틸화 증가에 의해 Pex26 발현이 감소함을 확인하였다(도 5a, 5b).
<110> KOREA FOOD RESEARCH INSTITUTE
<120> Method for providing information of prediction and diagnosis of
obesity using methylation level of PEX26 gene and composition
therefor
<130> PN190391
<160> 6
<170> KoPatentIn 3.0
<210> 1
<211> 18522
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 1
acctccccca gctccactat gcacttgttg ggtgaccttg gacaagttat ttaacctccc 60
tataactcag tttcttcctt tacaaaataa gaatgagact aggactttca tcatatggtt 120
atgaggattc aaatgagtta aatgtaaagc actcaggcca ggcgtggtgg ctcacacctg 180
taatcccagc actttgggag gctgaggcag caagattgct tgagcccagg agttcaagac 240
aagctggtca acatagtgag accccatctc tacaaaaaat ttaaaaatta tccaggcgtg 300
gtggcatgtg cctgtagtcc cagctactta gaggctgagt tacaaggatt gcttgagccc 360
gggaggttga ggctgcagtg agctgtgatg gcaccagtgc actccagcct gagcaacaca 420
gagagaccct gtcttaaata aataaataaa taaataaaca aataaataaa gcactcagaa 480
aagcacctag tgcatagtta atatcatacc atataaattg agccatcact attattgttg 540
taaagtacta tacaggatga ttatgatggt cacttcttag atacagaagc agagttctgc 600
tgtgtctaca aggagaggaa cactatagga agcattgagt tctgccctga actcctagtc 660
caggctttaa aaaagagcca taaaaatgcc atcccactga tgagcctctg gagcaaggga 720
ggtgtgcctt gaccatcctg gaaaaacatc atctccaccc tacctatact tatctccttg 780
gctcgcttct ggccaaaggt ccacacttgg tctgaaccta ttgcatgcag agctttgcca 840
cagatgtccc tgtactgagg ggctctggct ggttgggatg ttcgaaggga cagctgtgga 900
tgctgtttat tggcctgaaa tgtggaacca gtgtggagaa ggcaagacag gctaggttga 960
cgtcagatgt aggcttttca tttttatttt ttgagaaagg gtcttgctct gtcacccagg 1020
cttgaaggat tgagtgcagt ggcgcatcat agtttactgc agccttgaac tcctgggctc 1080
aagcgatcct cctgccttag cctctcaagt agctgggact ataggcacgt gccaccatga 1140
ccagctaatt agaaaacatt tttcaataga gatggggtct tgctatgctg cccaggctgg 1200
tctcaaagtc ctaggctcaa gtgatcctcc tgccttggcc tcccaaagtg ctaggattac 1260
aggcatgagt cactgtgccc agccagatgt gggcattttt gatttttgca tggaagagtc 1320
aataattgga ttccagggct gggcacggtg gctcacacct gtagtcccag cactttggga 1380
ggctgaggca ggtggatggc ttgaggtcag gagtttgaga ccagcctgga gaacatggag 1440
aaatcctgtc tctactaaga atacaaaaat gagctgggca tggtggcatg caactgtaat 1500
cccagctact cgggtggctg aggcaggaga atcacttgag cccgggaggc agaggctgtg 1560
agtgagccga gatcgcacca ctgcactcca gcctaggcga caaagcgaga ccctgtctca 1620
aaaaaaaaaa aaaaaaaaga attggattct aggtcagaaa gtaatattac agaacttcgg 1680
agtgctatga gattctttct tcttcttttt tttaaattga ggcagagtct tggtctgttg 1740
cccagggtgg agtgcagtgg cccaatcttg gctcactgca actgcggagg cctcccagat 1800
tcaagacatt ctcatgcctc agcctcctga acagctggga ctacaggtgg acaccaccat 1860
gcctgcctaa cttttgtact tttagtatag atggtttttc accatgttgg ccaagctagt 1920
cttgaactcc tggcctcaag tgatctgccc acctcggccc cctaaagtgc tggaattaca 1980
ggcatgagcc accgcgctgg gctgagattc tttcttcttt cttgccttac atcagcctga 2040
acgagtccag tgattgacaa gtgttcaatg ggctgtcaca tggtttcttc tgctcttcac 2100
agccacccta tgcagcaggt gttagtatta gtgtcctcag atgagacaac tgaggcacaa 2160
agaagtatgg tgactttcta gaggtcacct ggctttgtca ctgaaggaac caggattctt 2220
ttttattttt taaaaatttt tatttatttt atttgaggca aggtctcact ctgtcgccca 2280
ggctggagtg tagtggtgta tctcagctta ctgcagcctc gacctcctgg gctcaaccca 2340
tcctctcacc tcagccttct gcgcagctga gactataggc gtgctccacc acgcctggct 2400
aatttttgta gagacagggt ttcaccatgt tgcccaggct ggtcttgaat gcctgagctc 2460
aagcaatcct cctgccttgg cctcccaaag tgctgggatt acaggcatga accactgtgc 2520
cccacctgaa ggaaccagga ttctagccat gcctctcatc tccagtccag tgtgctttct 2580
gctacaaaaa caacaactca tcccctgcta cagcaggctg agcaaatctg cctcctcagg 2640
caaggagcca cactgagccc tctgccaaat ggaaggaaca accccaagtt ccagagccta 2700
ggtagggcta gggaaggggt tgtaacgagg atactggcat ctcaggtgct ctgccagttt 2760
tcccaaaata aaactattca aacaatacaa atattaatat gggcctggcc ttatacatct 2820
gaaaggactg tccttatttc cactgtgttt tttgtctcaa agatgaggaa atgacagaag 2880
agatgatttc aaaggctgtc ccatgagctc caacttagag acagaagttt ggctaagtaa 2940
agacaatacg catttatgtt cccccagagg gaatgaattc gcttctgttt aggatttctg 3000
tgtcttcgct tgagaaagtc taagtacttg tagacataga ggagatgatg tgtcccactg 3060
gatgtgtgtt gaggaatcca tttgtgggca taatagtgct aaacagtggt tacatacgga 3120
ctgatatgaa gcccgggaat agttgaaaat tgggtgaatc agaaatggaa tacaatcata 3180
tttttatatg gtttctagct ctcctctctc ctgccttaaa tatcttgacc tcattctggc 3240
tgtctcacta ctaaataggc aaatttactt ttagcaaggc tgcttctgtt aagactgtgc 3300
ctccatctcc tggacaaatt tggaatagca agaaatttgt taggaaaggg acttttccag 3360
gcagcagccg cttagagctg gccgcttctg agcatgttcg tcttcccagg cctggctcac 3420
attttcagtg cttaatgcgc atggcgcttt atgcgcaata ttacttaatt cttccctcag 3480
ccattgggag ctaaggacaa actgttatcc caattttaca ggtgaggaaa tcagagctta 3540
tttaaataaa ttgccgaggt cacacaacta gtaagcgaca aaatctcagt caaaccgagg 3600
ctcttttggt tcaaagatgt gtattgagct ctactctgct ctgcagggac agaactaagt 3660
atgtttgcta ttcaggggat acacagtcat tccatgagca agttacacaa tgtaaaataa 3720
ggacattgtg aaaaacaaaa ccataccgta cataatgcac tttatagtaa agtactggga 3780
acagagtatt tggtaaattg taactataat aataatttta aacagatcca caaatcacac 3840
ttattattat attctgtttc acccgggctt tgccaagctt cccacatttg tactagatcc 3900
tcttggcttt agtttctccc cagttctcta ccctttgaat tcactccaaa gcttccctag 3960
aatctttgct ctcctagaaa ttagattaaa caggcacctg ctcacatcat acatcccctg 4020
cccttgtcac cagacatgca cacatccatc ttctgggatt tccgttctct tgcagaaaag 4080
tctgcatggg aagctgaggc agaaccaagt ccaccagact ccgaggaaag agaagtctgg 4140
accctgtaac cagataaaag tgaaaccagg acttcattta ttccacaaat actttttgac 4200
tacctataga tgacaggcac tgttcaaggc attgaggttc ccacagtgaa caaaagagac 4260
aaaaacgtct gcctttgtga gtttatatca tagtggaagg aaatagacaa taaaaataag 4320
taaaatatag acattggtat gtagatggtg ataaatgata aggagaaata taaagacaga 4380
tcggaagtga caacagtggg gaagtggaat tggtatctgc atttaacgtt gttttttaac 4440
agcaaattca ggatggggca gagagcagtg agaaaaatga ggcccttatg ctcagcgccc 4500
ccaaccccgc ctcggtgggg tcactattca ttttggaaca ttgcccttgg gaccaacata 4560
ttctcagtgg tccttgtgaa ggtttccacc ctaagtccct catcctcacc aggcaatatt 4620
cattacccta cagcaaactc cggaggcaac gcggagaaag tgtgaatcaa ttcaagacta 4680
aggttgccaa aatgtttgat cagctctgcg tcagccttga cattacatta cattacagat 4740
cccctgatcg ccaccgtcgc agaagctctg aattaaaagc gtgcatgtag ctgcacatcc 4800
attgctggca cttcttccgt tagcctccgc tggaactggt tagtgaggac ccctccattt 4860
cacaagacag cttcggtttt gcttcgtttt gacttccgca ccccgaagct gtagcaccag 4920
tttgttttct cacggcacag gggcggcttc cggggcgcgg cgtgctgggg gttgtagtcc 4980
gcgctctgcc tcctacttcc attacagaag gcgatgggcc gagagctgag gaactacaac 5040
tcctagagta ctccgcgccg ccgggacgcc gcgcggctgc ggggctgggc gagcgcaaag 5100
atgtccgcgc ccgctgccgg gaggcgaggt gagtctttga tcgtaaccag gagcccggag 5160
ctgaggcagt tcctgcacgt gtcgcggggc cggagaagct agggccaggt attccaggga 5220
tgcaagaatc ctgcaaatct gacgtgtaaa ctgcttcccc agcctccagg cgagcccagc 5280
ttttgcctca gataggcccc ttccttttcc ttctcgggga atcgacctcg ggaaggggtg 5340
tgggcaaaga gatgaggact ctccctcttc gcccaggcca actcgggata tcccggagcc 5400
tctggggagg cggtcactcc gacgtctgag gacctgggcc ttggacccgg actcgttatg 5460
aagagcgatt cttcgacctc tgcagccccc ctcagggggc tcgggggacc cctgcgcagc 5520
agcgagccgg tgcgcgcggt cccggcccgg gcgccggccg tggaccttct ggaggaggcg 5580
gccgacctcc tggtggtgca cctggacttc cgggcggcgc tggagacctg cgagcgggcc 5640
tggcagagtc tggccaacca cgccgtggca gaggaacccg cgggcacgta cgtgctgggc 5700
tcggaaatga accgatttcc gggcgctctt gtggtggggc tcaaggtctc aggagttctg 5760
tccttcccag attgcccaca aggagcttta cacctcgctt tcatcagtgg tttgtctccg 5820
agagggtggt cgctcatcgt gtgcccattc tacagagaag ggaagtcgtg taacaaaaac 5880
ttagtgggga tcccacagcc aattatttgc tccttgttcc aaggtacaat gacatgatgg 5940
gaaggctgaa tgtgtattaa gtgctaagtt ctgtcagtaa gcaggtggta aaagtcctct 6000
cccaggtacc tccgccctcc ccgccccgcc caaggttgtt tattcctgac cttggctgat 6060
gatggggaat gggggtcatg gcaggagcag cgttctggtc caattagagg actggattaa 6120
agaattaatt cagggccggg agctggggct tacgcctgta atcccagcac tttgggaggc 6180
cgaggcagga ggattgcttg agcccaggag ttcgagacca gcctgggtaa cataatgagc 6240
cctcttctct accaaaaaga agaaaaagaa aagaatccgg agaaaaaaac cttgggcttg 6300
cattgctctt tctaatgcca ccagcctcgt ctggcaggtg agggagtcat ttctttgcat 6360
tgtaaacttg ggttaggcca cgctagggag gtggtaggta gaatagctaa agttgaccac 6420
aaagaaggat gatctggaga gccctggctg tgttttaggg gactgggtgg gagctcattt 6480
cagtgaatgc agaaggcttt gcttctgggt gtctggagga accttactag gtggtgcctt 6540
ttagccagct atggagtcta tacctccact cagccagaaa ccttgctcca agcccatttg 6600
ttcacagagc aaactcttag ttccagctct cttttcagcc acacaccggt gctgtgtgtt 6660
atttccccct caggattacc cttcctcttc atttaaatct gatttcacct ggatacaaag 6720
atgaacgttg agcaacagct gacttgcctc ttgaaagagg gttacaggaa cttttagttc 6780
ctgggggaaa gggcagccca tgagaccaat tgtgaagccc atctaaatac taacagggat 6840
gagagagatg atggctgctg agttgggagc tggagaggaa cagtcccaag gtggaggtgg 6900
gaatggaaat ggaggggaac cacttctaac tgaaattggt ttttctgctg acagctcatt 6960
ggaggtgaag tgctccctgt gtgttgtggg gatccaggcc ctggcagaaa tggatcggtg 7020
gcaagaagtc ctctcctggg tccttcagta ttaccaggtc cctgaaaagc taccccccaa 7080
agtcctggag ctgtggtaag tcttctttgc tgactcatca gatcggttca gaaacgagag 7140
gattttcatc tcctctccta aatacctact cttttcccct tccctactat tgccctccag 7200
atcggattct ttcccttcac ttttttttcc ccagacttcc atacatagca ataaagaata 7260
agggggagga atttaggagt agaatagata taaagaaggg aggaaacagg gaataggagc 7320
gacgtgggat gacagagtgg acagagctga aagagcagct tgctacgtcc taggaattcc 7380
taattcttaa aaaaaaattt tgttttgttt tgttttgttt tgttttttga gacggagtct 7440
cgccctgtcg cccaggttgg agtgcagtgg cacagtctct gctcactgca agctccacct 7500
cccgggttca caccattctc ctgcctcagc ctcccgagta gctgggacta caggcgcctg 7560
ccaccacgcc cggctaattt ttttgtgttt taagtagaga cagggtttta ccgtgttagc 7620
caggatggtc tcaatctcct gacctcgtga tccacctgcc tcggcatccc aaagtgctgg 7680
gattacagat gtgagccatc gcccctggcc aaaaaataac aaagttttta aaattgacac 7740
ttgtacatat ttatggggta aattagacat ttcaatatat gctgtgtata tgttgtataa 7800
tgatcaaatc agggtagtta gcatatccat cacctcatgc atttatcatt tgtttgtgac 7860
aggaacattc aaaagcctct cttccggcta ttttatatat acaatacctt actgttaacc 7920
ataaccaccc taccgtgcaa tagaacacca caacttattc ctcctatccc accgtaactt 7980
tgtacccatt gacgaacctc ttcccgtctt ccttttcttc cttcctttcc cagtctctgg 8040
taaccaccgt tctaccgtct gcttctatga tatcaacttt tttttttttt taaagattca 8100
catgagtgaa atcatgtagt atttatcttt ctgtgcctgg cttatttcac ttaacatgat 8160
gtcccccagg tccacctgtg ttgtcatgaa tgacaagatt tcattctttt ttatggctat 8220
atagtattcc attatatata tatatatata tatatatgcg tgtgtgtata tatatacaca 8280
tatataaaca catatataca cataatatac atatatgtac acatatacac acacacacac 8340
acacacacac acacacacac attatccatt catctgttgt tggacactta ggttgattcc 8400
atatcttggc tgttgtgaat agtgctgcat taaacagggg agataatgga ttgctagatc 8460
atgtggtagt tctattttta tttttttcac ctggccattc ttaagtttat tttgatgaca 8520
cccggtgaca gttccctgta cctagaagaa ggtgttggga ctcttgatgt tggagtgtgg 8580
cttgtgctga agacacagga cctggtaggg cagcaggaac ttgatcttgg aattgtggaa 8640
ctgcttgact gtcggccggt ggcagtacca gaagcgggac ttggcacaac ttgcttaggt 8700
gcagagattt gctggcagta gaggggcagc atgtggcatt tgggggtggg caggcagcaa 8760
atactctctc agtgtgcccc aggccttcat ggcattctct cagcacttgc caccacttac 8820
aaaaaggaag tgccgtcttt cctattttga attttttaaa ggaacctgca ttctgttttc 8880
cataatggct gtactaattt acagtcccac caacagtgtg taagtgctgc ctttctccac 8940
atcctcaccc gcaccaacac tcgttttctt ttgtcttttt gataagagct gttctaactg 9000
gagcgaggta gtgtctcatt gtggttttga ttggcatttc cctgatgatt agtagtgttg 9060
agcatttttt catatacctg ttggccatgg tacgtcgtct tctgagaaat gtctgttgag 9120
gtctttttcc cttttgaatc aggttttttt tttttttttc tgctgttaag ttcctgatat 9180
attctggata ttaacgcttt gtcagatgga tagtttgcaa atattttctc ccattctgta 9240
ggttgtttct tcactcttaa ttgcttcctt tgctgtgcag aagtttttag tttgatgtca 9300
tttcatttgt ccatttttgc ttttgttacc agtgctttta aggtcttact gaaaaaaaca 9360
cttgctcagc ccagtgttgt gaggcatttc tcctgtgctt tcttctagta gtttcatggt 9420
tttggatttt acatttaagt cttgaatcca ttttgagtta atttttgtat gtggggaaag 9480
gtaggggtct ggtctcctgc atatggatat ccgattttcc cagcaccatt tattaaagag 9540
actgtctttt cccctgtgtg tgttcttggc acctttgttg aaaatcagtt ggctgtaggt 9600
gcatgaattt atttctgggc tctctgttct gttctatttt gtctgttttt atgccataac 9660
atgctgttat ggttactgtt atagctttgt gtagtatggt ttgaagtcag gtaatatgat 9720
acctccagct ttgttctttt tgctcacaac tgctttagcc atttggggtc ttttgtggtt 9780
ccatacgaat ttcaggattg ttttttctgt ttctgaagaa tgccattggt gttttgatag 9840
ggattgcatt aaatctgtaa attgctttgg gtattttaat aatattcttc caatttgtga 9900
atgaacacgg gatatctttc cattttttgt gtgtcccctt caacttcttt catcaatgtt 9960
ttatagtttt cagtgtagag atcttttgcc agcttggttt aatttattcc taggtatctt 10020
atttttttgg tagctattgt aaatcgaatt gttttcttga tctcttttcc aatggttcac 10080
tgtcacgtat agaaacgctg ttttttgtac attgattttt gtatcccaca actttactga 10140
atccgtttat tagttctgtc tgcaaacagg gataacttga cttcctcctt tccaatttgg 10200
atacctttta tttctttctg ttgcccgatt gctctggcta tgacctccag tactatgttg 10260
aataaaaacg gtcaaagtag gcatctttgt cttgctcctg atcttagagg aaaggctttc 10320
agcttttccc attgattatg ctgttagtga tgggtgtgtc gtggggaatt cccatgagca 10380
tcatcatttc atcggaaagg gctcgaggac acagtgagga ggggctggat aggagaagca 10440
tagtggtcat gggaaatgaa ccaatcattg agcactgact cttcttttgt tgggattggg 10500
ttttttgggg actgcagcat tcttttatac agcaaaatgc aagagcctgg agctgtgctg 10560
gatgtggtgg gtgcctggct ccaagaccca gccaatcaaa accttccaga atatggagcc 10620
ttggcagaat ttcacgtgca gcgggtgctg ctgcctctgg gctgcttatc ggaggctgag 10680
gagctagtgg tgggctctgc agcctttggt gaggagcggc gactggatgt acttcaggcc 10740
attcacacag cgaggcagca gcagaaacag gaacactcag gctctgagga ggcccagaag 10800
ccaaacctgg aaggtaggac attatccctc tgcgacctct gtaaagtgga cttgcgggct 10860
tgcactgtac ctcggggtct gtcgtgaaac tcctgcgagc ttagaagcag ttctttgtat 10920
gaataactct tgagtcacag aataggaggc ctgttgattt gcttcacaaa gtgaaggcca 10980
gaccctctga agttggcagt ggaaggagaa tctccacatg ggaaggtgtt gctgggtctt 11040
gggaccttga cttgtctttt gaaagtcatt ttcccattgg agtcctctga tgaggtctct 11100
tgcttccacc atactggtct gggtgggatg tccttcctcc tttaaatgct ggccccaata 11160
cagacacagc tgagatctgc tgggatagcc aaaggaatat cagaaactaa tttgcagacc 11220
ctttccctgg tcgctgaatc ttttccgccc ttttccttga gtgatgatct agtctagttg 11280
tgaatacttc aaggacagaa agtcaccatc tctctctctt tttttttttt tttttttttg 11340
tttgagacgg agtctcgctc tgtcgcccaa gcgggaatgc agtgatgcga tctccgctca 11400
ctgcaagctg cacctctcag gttcacgcca ttctcctgcc tcagcctcct gagtagctgg 11460
gactacaggt gcccgccacc acacctggct aatttttgta tttttagtag agacggggtt 11520
tcaccgtgtt agccaggatg gtctcaatct cctgacctcg tgatctggct gccttggcct 11580
cccaaagtgc tgggattact ggcatgagcc actgcgcctg gcctgaaagg ttctgaaagg 11640
ttttaaaaaa cttttacaaa gatgcattca atatagtaaa taatatatag tcaaaataag 11700
taataaacac gaggaaaaca atttatattc atgagatttg caagagtatg tgcagttaag 11760
gaatgaaggc tttagccaat acctaatacc cttttactaa actctttttt tttttttttt 11820
gagacggagt tttgctcttg ttgcccaagc tggagtgcaa tggcacgatc ttggctcact 11880
gcagcctcca cctcccagat tcaagtgatt ctcgtgcctc aggctcccaa gtagctggga 11940
ctacaggcgc acaccaccac gcctggctaa tttttgtatt tttagtagag acggggtttc 12000
accatgttag ccaggatggt ctcgatctcc tgaccttgtg atccacctgc ctcagcctcc 12060
caaagtgctg ggattacagg catgagccac tgcgcctggc ctgctcaggt cttagaagca 12120
agcacagagg tcggggtcag ggaagctgat tcccatgaca tccctgaagc tgtgctctgt 12180
ctccctggcc aggctctgtc tcccacaagt tcctgtcact accgatgttg gttcgccagc 12240
tttgggactc tgcggtgagc cacttctttt ctctgccctt caaaaagagt ctcctggctg 12300
ccttgatcct ctgtctcctg gtggtgagat ttgatccagg taagaggtgg agactctccc 12360
ctgtccttcc tgggaagggg ttgttgccag ggctgggcct gtgggagtgg gtgtttgtca 12420
gagtcctact ggggagggga gtctctccta tgacatttcc cctgagtctg ttccacaagg 12480
aggaattgct agactgggca tgagccagcc ccacccataa ggagaggcca gtcctggagt 12540
ctatgagagc agccaggaga aagtccactt ggccctgctg actcctgaac atggactgag 12600
tcatagtcct ccactttttc tagggctgaa ctctgactag aacctcagaa tttaaaaaaa 12660
cttcctcttg gccaggcacg gtggctcacg cctgtaatcc cagcactttg ggaggccaag 12720
gcaggcagat cacaaggtca ggaaatcgag accagcctgg ccaacatggt aaagccccat 12780
ctctactaaa gatacaaaaa aaattagcca ggtgtagtgg cacatgcctg tagtcccagc 12840
tacttgggag gttgaggcag gagaatagct tgaacccggg aggcggaggt tgcagtgagc 12900
caagatcgca ctgctgcact ccagcctggg caatagagcg agactctgtc tcaaaacaaa 12960
aaacaaaaaa caaaaaaact tccgctcatc agaatatcta caaaagtgtt aattcaagta 13020
ttaatgtctc atgaagtgtt aattcaaagc aagttgtaaa tgaaaaactc atacatttta 13080
gaaaatgtgg aaaataggcc ggacatggtg gctcacacct gtaatcccag cactatggga 13140
ggccaaggag ggtggatcac ctgaggtcag gagttcgaga acagcctggc caatatggtg 13200
aaaccccgtc tctactaaaa atacaaaaat tagccaggtg tggtggtgcg tgcctgtaat 13260
cccagcaact ggggagggtg aggcagggag cattgcttga acccaggagg cggaggttgc 13320
agtgagccaa gattgcactg ttgccctctg gcctgggcta caagagcgaa actctgtctc 13380
aaaaaagaaa aaaaaatgtg gaaaatagag aaaagtataa agaagggcat agaaatctgc 13440
tactctgctg tgctttcagt ctttttctat ggatatagag attgtaggca gttacatgtc 13500
acacatatgc tttcaagcat ggccttaaat cgctaactat tccagttcac aggaatgccc 13560
ctaagtaatt taacaacccc tattattgaa catttgggtg attattctgt tttctgcctc 13620
gctgtgaaga aggaatgagc tccctaagtg atatttggga acaaccccag ttatttcctg 13680
aggattgacc cctcaggtgc atgaagccaa acttggcact cgctctttta gatttttttg 13740
tgttactcag tgtgagttat gttctaatct ctactcttct catgaattta gacttagaat 13800
atgattaaat aagtttcaaa atttaagagg aaatcagaaa cccttatact ggtcccttca 13860
aatggtttgt ctattttgag aagtgccatt tgttaactta gtctttagat tctccctgtt 13920
tccccatttc tctttctctt attcagtgag cttttttaaa atatttattt atttattttt 13980
atttttattt tattttattt atttagtttt tgatactggg tctttctctg ttgcccaggc 14040
tggagtgcac cggcgtgatc ttggctcact gcaacctctg cctcctaggc tcaagcgatc 14100
ttctctcctc agcctcccaa gtaactggga ctacaggcat gtgcctccat gcccggctaa 14160
ttttttattt ttatttttga gacagagtct tgctctgttg cccaggttgc agtggcgtga 14220
tctcggctta ctgcaacctc cgcctcctgg gttcaagcga ttctcctgcc tcagtatccc 14280
aagtagctgg gattacaggc acacaccacc atgccaggct acattttgta tttttagtag 14340
agacggggtt tcgccatgtt tgccaggctg gtctccaact tctggcctta agtgatcctc 14400
tcacctcagc ctcccacagt gctgggatta taggcacaag ccatcatgcc tggccagcga 14460
ggtttccgtc acatagctca gagttgtcct tctaacccgt ctgctgaatg ctgagcaggg 14520
atcccctgtg gacgactctg tttgctttac aaagaagtca cgagttagcg ctcggaatgc 14580
tcagtatcat cagcgttcat ccctggccac ctcctgactg atacagattt agaaactctt 14640
tatgattctt tatggttccc gtaagccctt tagtctcgta aaccctggtc tcctagtggg 14700
gatggcatga ggacatttga gcctgctctt tccaaggctg cttcagaagg gcctggccca 14760
gtggccctga ccctcagcag caggcccgac tcattggagt gatgatggtg ggggaggaga 14820
acctgcacct gcaggctgag gatcgcatga gccccagaga ttgaggctgc agtgagctga 14880
acacagactg cactgtactc tagcctaggt gacagagcga gaccctgtct ctaaaaaaaa 14940
caaaacaaaa ccaactatgt gtaattggta gtggagtctc ccagggtggg agatggcaga 15000
gtgacaggtg agaggggtgg gacgttcact gtagtctccc tctgccctgc agcttcccct 15060
tcctccctgc acttcctcta caagctggcc cagctcttcc gctggatccg gaaggctgca 15120
ttttctcgcc tctaccagct ccgcatccgt gactgagggt ccctgcgcac cacagcctct 15180
ctgctcctca cgtccgtggc cacagaagca gagcgacaga gcgacacatc cacaggcgcc 15240
cctggggaaa tgggaccagc ctaatctcgc ggagtgcact gtgtcttgct gcctgggtgc 15300
cctctccttt gcaccctact tcggctggtc gcggtagatg atgtggaaac aaagcaggac 15360
cagcaggcac agcacctcca gaacagtgcc ccggatgacc agaggcccct tgaaaaggag 15420
gggtttgggg acagggactg tgtccatgaa acattccatc ttcttggtga aggcaagggg 15480
ttggttcttc aggtcaggat gttaatggag ctggaagttc agaaaaagcc tggtgaagtg 15540
acccttggcc tttcacttct tgagaaacat acttctttgc tgggcatggt gactcacgcc 15600
tgtaatccca gcactttgga agggtgaggt gggtggatca cttgtggcca ggagttcaaa 15660
acctgcctgg ccaacatggt gaaaccccat ctctactaaa aatacaaaaa ttagctagat 15720
gtggtgcacg cctatagtcc tagctacttg ggaggctgag gcaggagaat cacttgagcc 15780
agggaggcaa aagttgcagt gagctgagat tgtgctaccg cactctctca aaacaaacaa 15840
aaaaacatgc cccacaggac agtaccttaa ttagctagag tagatctgag agggcctctt 15900
cttgcctgca ctgtgctccc cagagctgat ctaattctgt atcaataggc tgttcccatg 15960
gtcttgccat gcgcttgaag ctgcaggagc cttctcactg ttcaggctgg ggtgtggttt 16020
tcagaaccac cgggttgact actgaaaacc aagtgagcct tacagctctt atcgctgggt 16080
aaagtgatct tgcctggtgc ctcttggtct tcagctcaat tttccaggtt gtcctggcca 16140
agtcttgctc tgttacgctc agtgcctctg cccactcttt ccccgccagc ccttccctcc 16200
cgccctgcaa acttgtccct tggctgtttc accaggttct gcctgtatcc ttgcctcctt 16260
ggtacacacc atttcaggtt cttccctttc tgtgtcccat tgtcctagtt atgttctgtt 16320
gtttgtgtaa tgcccaaatt tttctgctcg tgtggccttg aaaagtaggc cagcctcaga 16380
ggctgctgag ctgaaaatgg aactgagtaa tcaggtgagc tggaagggat gtggggggcg 16440
gggcagacgg gagacatggg ttttgaaggc agtgaacaat aaaaccttag ggaggtggca 16500
ccgaggcctt agcatttgag gagctgaaat gtttcagtgt tgttttctca ccagccacaa 16560
gcatcttatg agtttctgtg caaggaagcg tagagcactg ctgtgctgtc aggatgaaga 16620
agggctttct gcaggggctg gcctttctct acccagaggc caagcaggct gccctgcact 16680
gtgtccttgg tgttgatgcc caaaatagag aaggtgcttg ctagcttttc cttggtacat 16740
tttcgggggt tgcaaggcaa caagttttct tttgttttgt ttgtttgttt gtttgtttgt 16800
ttttgagatg gagtctctgt cacccaggct ggagtgcagt ggcgtgatct cagctcactg 16860
caagctccgc ctcccgggtt catgccattc tcctgcctca gcctcccgag tagctgggac 16920
tacaggtgcc caccacctcg cctggctaat atttttgtat ttttagtaga gtctgggttt 16980
cactgtgtta gccgggatgg tctcgatctc ctgaacttgt gatccaccca cctaggcctc 17040
ccaaagtgct gggattacag gtgtgagcca tcgcgcccgg ccaacttttc tttagaaaaa 17100
tgagtaaagt aggtaaactt cacaggcccc ttagaattaa atccttaggg catggttcaa 17160
gtctgtagga agcaaatcta tactttttta tatgggcttt taagtaaagc ttagaaccct 17220
ggggggagaa aagcagtcag gtgaggtttg agattccttc tatagaatga tttcttaaaa 17280
tgaaaatctg ggcccactta actaccctag ataaaacgct tcaatggctt cccatggctc 17340
actggataac atctaaattc ttcatggaat tgaaggcccc tatgtgctgg ttttggctaa 17400
gatctcccct ttgatgtggg tcccctgttg attatatgtg cggccttcca gctgcccacc 17460
atcacagcta cagctcgctc cccttggcct ctgtgccttg gctcgcactg ttcctactga 17520
aggcctagca cctgctcttg gcctggtgag cccctccacc ttccaggctt actcaaagaa 17580
ttctttctgc ccctccctgt gtcccgggac ctgtttcata tcgcttctgt ggtcgtgacc 17640
ccatggtctt gtaattgtga acttctttgc tgccccttcg aagctgggga gtgcttgttg 17700
cagatgcatc caagaggggt aattgcgtat caacagtgga tttgctggtt gtttctacag 17760
ggttctgaag catgcaacat agaacagata cctttaaatt taggggcgct aaggaaagca 17820
ggaaccagta atcctcttct gtggtgggat gggagggtgg gggagagggg tggaatggag 17880
aggaaacagg ctattgttgg ccagccctgg gtggaggtgg gtgcaagcag gacagatagt 17940
gcctgggggt gggggcggag ggttcgcctc taggaagggg ctagaaggga tgaggaaata 18000
gttcatagct tcgtgcaggt gatccctatt ctgcgtgtat gtgtttgcac atgagtgttt 18060
gtagaccata gaccattaaa aaatacggaa ttcaaaagtt acaaaaaggg tattcttgga 18120
aaagaaagtt gttttttttt agtcttgctg tgttgcccag gctggacctg aactcctggg 18180
cttgagcaag tcttcccctc agcctctgga gtagctgggc ctacagtgtg tgctgccaca 18240
cccagctaat acagtctttc tactcccgct ctctattccc cagtttcttg cccagaggca 18300
acccttgcca gtctgtttat ccctccagat acagtctctg atagtaaact tttctttctc 18360
ttacacaaat gatagtagtc acatacacta cacacactgt gccacgttta aaaagaaaaa 18420
aaacaattct cggctgggcg cggtggcgca tgcctgtaat cccagcactt tgggaggcca 18480
aggtgggtga atcacctgaa gtcaggagtt cgagatcagc at 18522
<210> 2
<211> 4093
<212> DNA
<213> Mus musculus
<400> 2
agcgaaggaa ggatcacatt tctcaggaca aaggcatttc actaatggtt tagcttcctc 60
atcttttcca ccccaaagct ggcgacccag tgcgttctct ctggaagatg gcagtctctg 120
ggcgcgagag gttccccgaa gcttcacaga cccaagagcc caggactaca actcccagaa 180
tccttcgctc cagcgtgcgc gtgcgtcgta gtggctaaga ggggtggaga ggaggtgtcc 240
accgtcgtgg gttccccgtg caggtcttct gttgtcgcgc tctctactct gggagtttcg 300
gtgcttttag caccggtcca gggacaggag gaactagtgc tgggccttcg gcagcactag 360
tcttgaacag acagtcttga acaggccagt gccccaaggg ttaggctgtc agtgagcgca 420
ggctgtgccc gggtccagct ccttcctggt ccttccttag gaacagacct ggagaggcgc 480
ggaggggaag agtgcgaggc ttgcgggaca tctaccaggc ccagtccgaa tttccaggaa 540
gctcccgaga agctgtcctc ctgacgtgtg aggagacctg gtcgaaccca ggctggctat 600
gaagagcgac gcctcgacgt ctgcagcccc tttgaaaggg ctcgtgggcc ctctgcggag 660
cagcgagccc gcgctcgccc tccccgctgt gtcccccgcg gtgcacctgc tggaagaggc 720
gtccgacctg ttggtggtgc acctggactt ccatgccgca ctagagactt gcgaacgagc 780
ctggcagagc ctggcggagg agcccgtgag tggcaccatt gtggaggtga aatgctccct 840
gtgtgtggtg gggatccagg ctctggcaga aatggatcga tggagagaag ccctgtcctg 900
ggtcctccgg tactaccagg ttcctgaaaa gctgcctccc aaagtcctgg agctgtgcat 960
ccttttatac agcaaaatga aagagcccgg agctgtgctg gatgtggcca gtgcctggct 1020
ccaagatcca gataaccagg gccttcctga ttatggatcg ctggccagac tccacgtgtt 1080
ccggctgctg ctaccctcgg gtcgcttgtc agaggccgag gaactggcag tgcgctctgc 1140
ggccttcagc gaggagcagc gggtagaagc gctccaggcc atccacttag cacggcagca 1200
gcacacgcaa gagcacacgc aggagcactc ggactcccag gagccccaga agctgaggca 1260
ggaaggttcg ttctcccaga agttgctgtc gctgctgatg ctgcttcgcc ggctctgggg 1320
ctccgtggtg agccacctcc tctcgcagcc cttcagaaag ggcctcctgg ctgccttgat 1380
cctctgcctc ttgattctac ggtttgaccc agcagctcct tcttcgctgc ccttcctcta 1440
ccagctgacc cagctcttcc gccggatcca gaaggccaca ctttctcggc tctaccccct 1500
cgccctccgg gactgagtgg tcctacctgg ctgtctctac ctcttacact ccacatctat 1560
agaagcggag aagttgagcc cagtgcctgg gtccaagatg gcaccttggg aatgggccca 1620
ttggttctag aaggagtgac caaggcaggt gagccatgga tggctgactt tgaaccctcc 1680
ctttggtatc ccactgtggc tggcctcaga gggagtttgg gaacagtggt gcccgaggcc 1740
cagtgcacag aacacaagtc tggctgccca gaacactgca acagctcatc aaaaaggagg 1800
gttaggagca gggagtgggg cttgagacag tctcatttct tgacaaaggc agagggtgac 1860
tttccagatc tggtgctgag ggatctggga tttacagatt tacctctgaa aactgctcta 1920
cagctcagaa tttgaatttg agtaagacca gaggtccctc ggtcccccac tcccctcctc 1980
catacccttc ccccacgccc ctcccacaga tcagttcacc atcccctccc attggtctgg 2040
cagtagggca agaggctttc tgctagaggc cttttgctgt tcagaccgga tatggcttct 2100
gactcaccca ggtggccacc tggagcaaag tgagcctgcc tgaccttatc tctggggaat 2160
gtgatctttc ttggtgccgc tgagtcttag ctcagttttc cagctcgcca ggggccaagc 2220
tctgccctct gggacccagt gtcttcccac cacaccccac cccaccacct tttgatctgt 2280
ctagccaact gtgtcacacc actgtctctc cttgatcctt tctctgggtc ctagttgtgg 2340
tccattgttt gaataatgcc ctagtctctc tgctcgtgtg gtgtgaaaag taggccaggc 2400
tcagggctga cagctgaaaa tggaactggg taatcaggtg agctgtgaga accgtggggg 2460
ctgggcagag gggctggggg gtggggcaaa gggacaaccc cagggaggag gcactgcgtg 2520
cgtgcgcttc agcctcagca tttctgtgta aaaaaataca ggctcctctg gtgccgccag 2580
gaaggaggtc ctcagccgcc cacccacact ggatccctga cacgggatgg caagagtgca 2640
gaggctttgc tagtcttttg ttggctgata tttaggaact gtgagtcaac agcttttctc 2700
tagaagagga aacgtcacag aaacttactt agaattccat ctaaaccctg aagacttggc 2760
aactaggttc atcatttttt tttttttttg tatgcctttt aagtagaccc tagatcacac 2820
tggggaggga aaaggattca ggaagggttg aaatcccttg acagtgattc cttcagtgtt 2880
gtcgcccaac ttggcccaga acacctgggc tccagtgctg agctccgccc tccagcttcg 2940
agcgtctgtg actcacacac cttatgacag tggttttgaa gtgaggacct acccattcac 3000
tgccctagaa gaaactcctt aacggctttc atggcccaca ggatacaaat ccagattctt 3060
tttaatagaa acttaggcca gtgttcgcac gtctggctga cagctccttt actgtgttgc 3120
cctgttcgct gagcaggctg tactctagct gccaggtcct cctcaggcct ccctgtgatg 3180
gcttagctgt atctgctgga gggtcttgga gcagctctgc tctagaccct tggctttcca 3240
ggctctcaag ggttacccag cattctttgc tgcccagccc atctcctgcc cctcctgtag 3300
tgggggcctg gtggtgggtg gtgggactgt ttgcctcttc cagtgccgta agctccatga 3360
ggctgcagag tgtttgagtc gggctggcat tcctgtgtgg gtgactgttg gccagggttc 3420
tgctttctca tctgtaagtc ggttctcttc tcacagggcc tcttctacga gtaatgggca 3480
cttaggactc ttggcacttt tgacagccac taggaagagt tctcgtgagc agtggtattc 3540
ccaggctcag ctgagcatgg gtgggtcctc agggctgagt ggactggtgg aagagggcat 3600
gcgcttctgg tgctgtgaaa ccctgaacag atcggcttgt ctttctgctc tctcctgatg 3660
ctcctcacag ttgttctgct ggtggcccat ggggctctgt ttatttttac ctgactgctg 3720
cagggctgtc tgtaccttaa ccacctgcct atccagccag gaactcgaat cccaaactgt 3780
tgctgttact ttgtcctttc caaggatgta ggctggtcct cggctctggg cttaaagagg 3840
tcagagtgaa gggagggcct tcttggtggg tccagcacag cagccatcag ccaaaggtag 3900
cttttgagca tttgaattgt gtgcggctca tccacgtgga cacatgctgt aattgttaaa 3960
catgcacact ggatttcaaa gaccaagtac taaaaaataa aataaaagaa tggaaacaca 4020
aagattttta tattgactgt atgttgaaat aatattttag atatattggg ttaaataaaa 4080
tcaattaaaa taa 4093
<210> 3
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Pex26 BSAS-F
<400> 3
tgttgtttgg ggatatagta t 21
<210> 4
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Pex26 BSAS-R
<400> 4
tctcaactta aaaaactcaa c 21
<210> 5
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Pex26-F
<400> 5
agcacacgca agagcacac 19
<210> 6
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Pex26-R
<400> 6
ttctgaaggg ctgcgagag 19
Claims (8)
- 서열번호 2로 표시되는 마우스 PEX26 (peroxisome biogenesis factor 26) 유전자의 10번 염색체 121,187,289 내지 121,187,531번째 염기 사이에 존재하는 CpG의 메틸화 여부를 검출할 수 있는 물질을 포함하는 비만의 예측 또는 진단용 조성물.
- 삭제
- 제1항에 있어서, 상기 메틸화 여부를 검출할 수 있는 물질은 메틸화된 CpG의 부위를 포함하는 단편을 증폭할 수 있는 프라이머 세트, 메틸화된 CpG의 부위와 혼성화할 수 있는 프로브, 메틸화된 CpG의 부위와 결합할 수 있는 메틸화 특이적 결합단백질, 메틸화 특이적 결합 항체 또는 압타머, 시퀀싱 프라이머, 시퀀싱 바이 신세시스 프라이머 및 시퀀싱 바이 라이게이션 프라이머로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상인 것인, 비만의 예측 또는 진단용 조성물.
- 제1항 또는 제3항 중 어느 한 항의 조성물을 포함하는 비만의 예측 또는 진단용 키트.
- 분리된 생물학적 시료로부터 서열번호 2로 표시되는 마우스 PEX26(peroxisome biogenesis factor 26) 유전자의 10번 염색체 121,187,289 내지 121,187,531번째 염기 사이에 존재하는 CpG의 메틸화를 측정하는 단계를 포함하는 비만의 예측 또는 진단을 위한 정보를 제공하는 방법.
- 제5항에 있어서, 상기 방법은 정상 대조군의 CpG의 메틸화와 비교하여 CpG의 메틸화 수준이 증가하면 비만으로 결정하는 단계를 추가적으로 포함하는 것인, 비만의 예측 또는 진단을 위한 정보를 제공하는 방법.
- 제5항에 있어서, 상기 생물학적 시료는 비만 의심 또는 진단 대상 개체 유래의 세포, 조직, 생검, 파라핀조직, 혈액, 혈청, 혈장 및 소변으로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상인 것인, 비만의 예측 또는 진단을 위한 정보를 제공하는 방법.
- 제5항에 있어서, 상기 메틸화를 측정하는 단계는 PCR, 메틸화 특이 PCR(methylation specific PCR), 실시간 메틸화 특이 PCR(real time methylation specific PCR), 메틸화 DNA 특이적 결합 단백질을 이용한 PCR, 정량 PCR, DNA 칩, 파이로시퀀싱 및 바이설파이트 시퀀싱으로 이루어진 군으로부터 선택되는 방법에 의하여 수행되는 것인, 비만의 예측 또는 진단을 위한 정보를 제공하는 방법.
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
KR1020200009646A KR102314972B1 (ko) | 2020-01-28 | 2020-01-28 | Pex26 유전자의 메틸화 수준을 이용한 비만의 예측 또는 진단을 위한 정보제공방법 및 이를 위한 조성물 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
KR1020200009646A KR102314972B1 (ko) | 2020-01-28 | 2020-01-28 | Pex26 유전자의 메틸화 수준을 이용한 비만의 예측 또는 진단을 위한 정보제공방법 및 이를 위한 조성물 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
KR20210096351A KR20210096351A (ko) | 2021-08-05 |
KR102314972B1 true KR102314972B1 (ko) | 2021-10-20 |
Family
ID=77316545
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
KR1020200009646A KR102314972B1 (ko) | 2020-01-28 | 2020-01-28 | Pex26 유전자의 메틸화 수준을 이용한 비만의 예측 또는 진단을 위한 정보제공방법 및 이를 위한 조성물 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
KR (1) | KR102314972B1 (ko) |
Citations (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20170128479A1 (en) | 2014-06-19 | 2017-05-11 | The Hospital For Sick Children | Treatment of peroxisome biogenesis disorder |
KR101992787B1 (ko) | 2018-02-19 | 2019-06-26 | 한국 한의학 연구원 | Bzrap1-as1 유전자의 메틸화 수준을 이용한 고혈압의 예측 또는 진단을 위한 정보제공방법 및 이를 위한 조성물 |
KR101992796B1 (ko) | 2018-02-19 | 2019-06-26 | 한국 한의학 연구원 | Sgk1 유전자의 메틸화 수준을 이용한 고혈압의 예측 또는 진단을 위한 정보제공방법 및 이를 위한 조성물 |
KR101992792B1 (ko) | 2018-02-19 | 2019-06-26 | 한국 한의학 연구원 | Akr1e2 유전자의 메틸화 수준을 이용한 비만의 예측 또는 진단을 위한 정보제공방법 및 이를 위한 조성물 |
KR101992785B1 (ko) | 2017-11-22 | 2019-06-26 | 한국 한의학 연구원 | Gnas 유전자의 메틸화 수준을 이용한 고혈압의 예측 또는 진단을 위한 정보제공방법 및 이를 위한 조성물 |
KR101992789B1 (ko) | 2018-02-19 | 2019-06-26 | 한국 한의학 연구원 | Bzrap1-as1 유전자의 메틸화 수준을 이용한 비만의 예측 또는 진단을 위한 정보제공방법 및 이를 위한 조성물 |
KR101992786B1 (ko) | 2017-11-22 | 2019-06-26 | 한국 한의학 연구원 | Cyp2e1 유전자의 메틸화 수준을 이용한 비만의 예측 또는 진단을 위한 정보제공방법 및 이를 위한 조성물 |
Family Cites Families (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
KR100754398B1 (ko) * | 2005-05-18 | 2007-08-31 | 삼성전자주식회사 | 심혈관 질환 진단용 다중 snp, 그를 포함하는마이크로어레이 및 키트 및 그를 이용한 심혈관 질환 진단방법 |
-
2020
- 2020-01-28 KR KR1020200009646A patent/KR102314972B1/ko active IP Right Grant
Patent Citations (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20170128479A1 (en) | 2014-06-19 | 2017-05-11 | The Hospital For Sick Children | Treatment of peroxisome biogenesis disorder |
KR101992785B1 (ko) | 2017-11-22 | 2019-06-26 | 한국 한의학 연구원 | Gnas 유전자의 메틸화 수준을 이용한 고혈압의 예측 또는 진단을 위한 정보제공방법 및 이를 위한 조성물 |
KR101992786B1 (ko) | 2017-11-22 | 2019-06-26 | 한국 한의학 연구원 | Cyp2e1 유전자의 메틸화 수준을 이용한 비만의 예측 또는 진단을 위한 정보제공방법 및 이를 위한 조성물 |
KR101992787B1 (ko) | 2018-02-19 | 2019-06-26 | 한국 한의학 연구원 | Bzrap1-as1 유전자의 메틸화 수준을 이용한 고혈압의 예측 또는 진단을 위한 정보제공방법 및 이를 위한 조성물 |
KR101992796B1 (ko) | 2018-02-19 | 2019-06-26 | 한국 한의학 연구원 | Sgk1 유전자의 메틸화 수준을 이용한 고혈압의 예측 또는 진단을 위한 정보제공방법 및 이를 위한 조성물 |
KR101992792B1 (ko) | 2018-02-19 | 2019-06-26 | 한국 한의학 연구원 | Akr1e2 유전자의 메틸화 수준을 이용한 비만의 예측 또는 진단을 위한 정보제공방법 및 이를 위한 조성물 |
KR101992789B1 (ko) | 2018-02-19 | 2019-06-26 | 한국 한의학 연구원 | Bzrap1-as1 유전자의 메틸화 수준을 이용한 비만의 예측 또는 진단을 위한 정보제공방법 및 이를 위한 조성물 |
Non-Patent Citations (3)
Title |
---|
PLoS ONE (2019) 14(6):e0217877 |
Raghbendra Kumar Dutta, "마우스 간에서의 퍼록시좀의 유전자 조절에 관한 연구", 석사학위논문, 원광대학교 일반대학원 (2014) |
YU, Xiaoying, "Effect of fenofibrate on peroxisomal dysfunction in high fat diet-induced fatty liver disease", 석사학위논문, 이화여재대학교 대학원 (2019) |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
KR20210096351A (ko) | 2021-08-05 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
TW201632629A (zh) | 用於癌症診斷與預後的方法 | |
KR20080051128A (ko) | 타입 2 당뇨병의 위험에 대한 진단 마커인 tcf7l2유전자의 유전적 변이체 | |
KR20170092671A (ko) | 전립선암의 진단 및 치료에서 필라민을 포함하는 마커의 용도 | |
KR20150023904A (ko) | 전립선암의 진단 및 치료에서의 마커의 용도 | |
KR102613599B1 (ko) | 뇌경색 발증 리스크 예측 방법 | |
KR20130123357A (ko) | 저산소증과 관련된 질환의 진단방법 및 키트 | |
CN109476698A (zh) | 基于基因的炎性肠病诊断 | |
US20030099958A1 (en) | Diagnosis and treatment of vascular disease | |
CN113661252A (zh) | 压电型机械敏感离子通道组件1(piezo1)变体及其用途 | |
CA2497597A1 (en) | Methods for identifying subjects at risk of melanoma and treatments | |
CN108624683B (zh) | Usp48基因突变在acth型垂体腺瘤分子诊断中的应用 | |
KR102102051B1 (ko) | 아토피 피부염 진단을 위한 마커 조성물 및 이를 이용한 아토피 피부염 예측또는 진단 방법 | |
TW202309298A (zh) | 大動脈動脈粥樣硬化症的缺血性腦中風的發病時期預測方法 | |
KR102314972B1 (ko) | Pex26 유전자의 메틸화 수준을 이용한 비만의 예측 또는 진단을 위한 정보제공방법 및 이를 위한 조성물 | |
CN108770360B (zh) | 对癌性疾病进行分期、分型和治疗的手段和方法 | |
CN115066500A (zh) | 估计循环肿瘤dna负荷的方法以及相关的试剂盒和方法 | |
KR101114033B1 (ko) | 단일염기다형을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 이를 포함하는 마이크로어레이 및 진단키트, 및 이를 이용한 분석방법 | |
US20040138441A1 (en) | Novel gene functionally related to dyslexia | |
US20090258344A1 (en) | Methods for identifying risk of breast cancer and treatments thereof | |
CN114277123B (zh) | 与精神分裂症相关的含有snp位点的多核苷酸和用途 | |
KR102326582B1 (ko) | 청각장애의 진단용 마커 및 그의 용도 | |
US20160251722A1 (en) | Brca2-specific modifier locus related to breast cancer risk | |
KR101090742B1 (ko) | Her-2 유전자를 이용한 폐암 감수성 진단용 마커 및 이를 이용한 폐암 감수성 진단 방법 | |
KR20050008644A (ko) | 위암에서의 유전자 발현 프로파일 | |
JP2004000115A (ja) | 糖尿病の発症危険性判定方法 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
E701 | Decision to grant or registration of patent right | ||
GRNT | Written decision to grant |