KR102276917B1 - EST-SSR primer set for identifying Perilla frutescens cultivar, kit for identifying Perilla frutescens cultivar comprising the same, and method for identifying Perilla frutescens cultivar using the same - Google Patents
EST-SSR primer set for identifying Perilla frutescens cultivar, kit for identifying Perilla frutescens cultivar comprising the same, and method for identifying Perilla frutescens cultivar using the same Download PDFInfo
- Publication number
- KR102276917B1 KR102276917B1 KR1020200023401A KR20200023401A KR102276917B1 KR 102276917 B1 KR102276917 B1 KR 102276917B1 KR 1020200023401 A KR1020200023401 A KR 1020200023401A KR 20200023401 A KR20200023401 A KR 20200023401A KR 102276917 B1 KR102276917 B1 KR 102276917B1
- Authority
- KR
- South Korea
- Prior art keywords
- primer set
- seq
- nos
- represented
- perilla
- Prior art date
Links
- 235000004348 Perilla frutescens Nutrition 0.000 title claims abstract description 145
- 240000003877 Perilla frutescens Species 0.000 title description 123
- 235000004347 Perilla Nutrition 0.000 claims abstract description 139
- 230000002068 genetic Effects 0.000 claims abstract description 35
- 241000229722 Perilla <angiosperm> Species 0.000 claims abstract 28
- 229920003013 deoxyribonucleic acid Polymers 0.000 claims description 138
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 31
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 31
- 229920002393 Microsatellite Polymers 0.000 claims description 22
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 7
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 32
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 9
- 241000894007 species Species 0.000 description 9
- 230000001488 breeding Effects 0.000 description 7
- 239000000463 material Substances 0.000 description 7
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 6
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 5
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 5
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 4
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 4
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 4
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 4
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 4
- 230000002194 synthesizing Effects 0.000 description 4
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 3
- 230000002285 radioactive Effects 0.000 description 3
- LZZYPRNAOMGNLH-UHFFFAOYSA-M Cetrimonium bromide Chemical compound [Br-].CCCCCCCCCCCCCCCC[N+](C)(C)C LZZYPRNAOMGNLH-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 229920002676 Complementary DNA Polymers 0.000 description 2
- 229940028444 Muse Drugs 0.000 description 2
- 229920001850 Nucleic acid sequence Polymers 0.000 description 2
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 2
- 240000008042 Zea mays Species 0.000 description 2
- 235000002017 Zea mays subsp mays Nutrition 0.000 description 2
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 2
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 2
- 235000005822 corn Nutrition 0.000 description 2
- 235000005824 corn Nutrition 0.000 description 2
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 230000002255 enzymatic Effects 0.000 description 2
- WCUXLLCKKVVCTQ-UHFFFAOYSA-M potassium chloride Chemical compound [Cl-].[K+] WCUXLLCKKVVCTQ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 239000011535 reaction buffer Substances 0.000 description 2
- LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol Chemical compound OCC(N)(CO)CO LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 1
- 241000282472 Canis lupus familiaris Species 0.000 description 1
- 108009000097 DNA Replication Proteins 0.000 description 1
- 230000004543 DNA replication Effects 0.000 description 1
- 101700011961 DPOM Proteins 0.000 description 1
- 240000000019 Diospyros kaki Species 0.000 description 1
- 235000011508 Diospyros virginiana Nutrition 0.000 description 1
- 206010071602 Genetic polymorphism Diseases 0.000 description 1
- 240000005979 Hordeum vulgare Species 0.000 description 1
- 235000007340 Hordeum vulgare Nutrition 0.000 description 1
- 229920002459 Intron Polymers 0.000 description 1
- 101710029649 MDV043 Proteins 0.000 description 1
- TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L MgCl2 Chemical compound [Mg+2].[Cl-].[Cl-] TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 229920000272 Oligonucleotide Polymers 0.000 description 1
- 240000007594 Oryza sativa Species 0.000 description 1
- 235000007164 Oryza sativa Nutrition 0.000 description 1
- 101700061424 POLB Proteins 0.000 description 1
- 101700054624 RF1 Proteins 0.000 description 1
- 229920000970 Repeated sequence (DNA) Polymers 0.000 description 1
- 240000001016 Solanum tuberosum Species 0.000 description 1
- 235000002595 Solanum tuberosum Nutrition 0.000 description 1
- 241000219094 Vitaceae Species 0.000 description 1
- UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M buffer Substances [Na+].OC([O-])=O UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 238000003200 chromosome mapping Methods 0.000 description 1
- 230000000295 complement Effects 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 239000012153 distilled water Substances 0.000 description 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 1
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 1
- 238000001215 fluorescent labelling Methods 0.000 description 1
- 235000013305 food Nutrition 0.000 description 1
- 235000021021 grapes Nutrition 0.000 description 1
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 1
- 238000009830 intercalation Methods 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 238000006011 modification reaction Methods 0.000 description 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 1
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 235000012015 potatoes Nutrition 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 238000004321 preservation Methods 0.000 description 1
- 230000002250 progressing Effects 0.000 description 1
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 1
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 1
- 235000009566 rice Nutrition 0.000 description 1
- 238000003559 rna-seq method Methods 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/13—Plant traits
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Abstract
Description
본 발명은 들깨 및 차조기 품종을 판별할 수 있는 EST-SSR 프라이머 세트, 이를 포함하는 들깨 및 차조기 품종 판별용 키트, 그리고 이를 이용한 들깨 및 차조기 품종의 유전자원을 판별하는 방법에 관한 것이다. The present invention relates to an EST-SSR primer set capable of discriminating cultivars of perilla and perilla, a kit for discriminating cultivars of perilla and perilla including the same, and a method of discriminating genetic resources of cultivars of perilla and perilla using the same.
육종에 이용되고 있는 대부분의 주요 작물 및 소 재배 작물에서 해마다 많은 양의 유전자원이 수집 및 육성되고 있다. 또한, 기존 돌연변이 육종 방법보다는 방사선을 이용한 첨단 방사선 육종 기술이 현재 국내외로 널리 수행되고 있는 실정이다. 그러나 육종기술의 발전에 반해 수집 및 육성된 식물 유전자원에 대한 평가는 충분히 이루어지지 않고 있는 실정이다. 또한 품종의 판별과 함께 유전자원의 유용 형질 탐색과 분류, 그리고 유연관계의 규명은 유전자원의 보존이나 신품종의 창출 및 작물의 개량에 있어서 매우 중요하다.In most major crops and cattle grown crops used for breeding, a large amount of genetic resources are collected and nurtured every year. In addition, the state-of-the-art radiation breeding technology using radiation rather than the existing mutation breeding method is currently being widely performed at home and abroad. However, in contrast to the development of breeding technology, the evaluation of collected and cultivated plant genetic resources is not sufficiently performed. In addition, along with the identification of varieties, the search for useful traits and classification of genetic resources, and the identification of related relationships are very important in the preservation of genetic resources, creation of new varieties, and crop improvement.
최근 분자생물학의 급속한 발전으로 핵산(DNA) 수준에서 유전자원의 다양성(bio-diversity) 연구를 가능케 하는 핵산 지문 분석 방법 및 다양한 DNA 마커들이 개발되었다. 이를 통해 유용 형질 탐색, 생물의 종 판별, 품종 분류/동정 및 집단 개체군의 유연관계 분석을 외부환경 등에 대하여 거의 영향을 받지 않고 간단하고 신속하게 수행할 수 있게 되었다. 지금까지 개발된 PCR(polymerase chain reaction)을 이용한 핵산지문법(fingerprinting)에는 RAPD(randomly amplified polymorphic DNAs) 방법, AFLP(amplified fragment length polymorphic DNA) 방법, SSR (simple sequence repeat) 방법 등이 있다. Recently, with the rapid development of molecular biology, nucleic acid fingerprint analysis methods and various DNA markers have been developed that enable the study of bio-diversity at the nucleic acid (DNA) level. Through this, search for useful traits, identification of species of organisms, classification/identification of varieties, and analysis of relationship between groups and populations could be performed simply and quickly without being affected by the external environment. Nucleic acid fingerprinting using PCR (polymerase chain reaction) developed so far includes randomly amplified polymorphic DNAs (RAPD) method, amplified fragment length polymorphic DNA (AFLP) method, and simple sequence repeat (SSR) method.
상기 방법 중 RAPD 방법은 비특이적 PCR 산물이 증폭되므로 재현성이 떨어지는 단점이 있고, AFLP 방법은 높은 DNA 다형성 검출로 각광받고 있지만 재현성이 떨어지는 밴드의 출현과 분석이 복잡하다는 단점이 있다. 이에 반해, SSR (Simple sequence repeat) 혹은 초위성체(Microsatellite)는 유전자좌에서 보이는 다형성으로, 단순 반복 염기서열의 반복 횟수 차이로 관찰된다. 생물의 유전체에 존재하는 많은 수의 SSR을 초위성체라고 하는데, 초위성체는 2-6개의 뉴클레오티드가 단순 반복되어 있는 경우가 많고 이는 DNA 복제 시 불균형 교차 등으로 인해 생성되는 것으로 알려져 있으며, 단순반복서열의 반복 수는 식물의 종간 혹은 종 내에도 다양한 차이를 보이기 때문에 다형성의 수준이 높은 다중대립인자이고, 공우성 마커이고 재현성도 뛰어나다. EST-SSR은 cDNA에서 추출한 SSR로서 Genomic DNA의 SSR이 가지는 인트론(intron) 및 비번역(untranslation) 영역이 제외된 실제 단백질로 코딩되는 유전자 부위만을 이용하여 개발하였기 때문에 실제 유전자의 차이 및 동정에 더욱 정확하게 사용이 가능하다. 통상적으로 초위성체는 그 주위의 DNA 염기서열로부터 고안된 프라이머를 이용하여 PCR(polymerase chain reaction)을 통해 증폭시킬 수 있으며, 증폭된 산물은 단순 염기서열 반복수의 차이로부터 다형성을 보인다. Among the above methods, the RAPD method has a disadvantage in that reproducibility is poor because non-specific PCR products are amplified, and the AFLP method is in the spotlight as a high DNA polymorphism detection, but the appearance and analysis of a band with poor reproducibility is complicated. In contrast, simple sequence repeat (SSR) or microsatellite is a polymorphism seen at a locus, and is observed by a difference in the number of repetitions of the simple repeat nucleotide sequence. A large number of SSRs in the genome of an organism are called supersatellites. Supersatellites often have simple repeats of 2-6 nucleotides, which are known to be generated due to unbalanced crossovers during DNA replication. Since the number of repeats of plants shows various differences between or within species of plants, it is a multi-allele with a high level of polymorphism, is a co-dominant marker, and has excellent reproducibility. EST-SSR is an SSR extracted from cDNA and developed using only the gene region encoded by the actual protein excluding the intron and untranslation regions of the SSR of genomic DNA. can be used accurately. In general, supersatellites can be amplified through PCR (polymerase chain reaction) using primers designed from the surrounding DNA sequence, and the amplified product shows polymorphism from the difference in the number of repeats of the simple sequence.
특히, 초위성체는 분석이 용이하고 높은 재현성을 가지는 장점으로 인하여 생물종의 동정에 자주 사용되고 있으며, 외부 환경의 영향을 전혀 받지 않는다는 장점이 있다. 이와 같은 SSR 방법의 우수성으로 인해 여러 주요작물 및 소재배 작물에서 SSR 마커를 개발하려는 연구가 한창 진행 중에 있다. 최근에는 SSR 마커가 식물의 유전 육종이나 질병 및 분자생물학적 연구에 매우 유용한 것으로 확인되었다. 따라서, 일부 국가에서는 자국의 주요 농작물에 대한 초위성체 연구가 상당히 진행되어 있으며, 예를 들면, 미국에서는 옥수수, 독일에서는 보리나 감자, 이탈리아에는 포도에 대한 연구가 이루어져 이에 대한 데이터베이스가 구축되어 있다. In particular, supersatellites are often used for identification of biological species due to their easy analysis and high reproducibility, and have the advantage that they are not affected by the external environment at all. Due to the superiority of the SSR method, studies to develop SSR markers in several major crops and cultivar crops are in full swing. Recently, it has been confirmed that SSR markers are very useful for genetic breeding of plants, diseases, and molecular biology studies. Therefore, in some countries, supersatellite research on major crops in their country is progressing considerably. For example, research on corn in the United States, barley or potatoes in Germany, and grapes in Italy has been made and a database has been established.
최근 2~3년간 식물에서 초위성체를 염색체 지도 작성과 새로운 유용 유전자 동정, 및 유전 육종에 활용하는 연구가 매우 활발히 진행되고 있으며, 세계적인 식량자원으로 중요한 벼와 옥수수 등에 대한 연구가 특히 활발히 수행되고 있다. 특히 SSR 방법은 외부 환경의 영향을 전혀 받지 않는다는 장점이 있어, 예를 들어. 공개특허 제2013-0013464호와 같이 EST-SSR 프라이머 세트를 이용하여 감 품종을 판별하는 방법에 대해 연구되고 있어, 이와 같은 SSR 방법의 우수성으로 인해 여러 주요작물 및 소재배 작물에서 SSR 마커를 개발하려는 연구가 한창 진행 중에 있다.For the last two to three years, research on using supersatellites in plants for chromosome mapping, identification of new useful genes, and genetic breeding has been very active, and research on rice and corn, which are important global food resources, is being actively carried out. . In particular, the SSR method has the advantage that it is not affected by the external environment at all, for example. As in Korean Patent Publication No. 2013-0013464, a method for discriminating persimmon varieties using the EST-SSR primer set is being studied. Research is in full swing.
본 발명은 들깨 및 차조기의 품종을 판별하기 위하여, 신규한 EST-SSR 프라이머 세트를 개발하고, 들깨 및 차조기 품종의 유전적 다형성, 유연관계를 분석하여, 들깨 및 차조기의 품종을 판별할 수 있는 프라이머 세트를 제공한다. The present invention develops a novel EST-SSR primer set to discriminate the varieties of perilla and perilla, and analyzes the genetic polymorphism and kinship of perilla and perilla varieties, primers capable of discriminating the varieties of perilla and perilla provides a set.
본 발명은 상기 프라이머 세트를 포함하는 들깨 및 차조기 품종 판별용 키트를 제공한다. The present invention provides a kit for identifying perilla and perilla varieties comprising the primer set.
본 발명은 상기 프라이머 세트를 이용한 들깨 및 차조기의 품종을 판별하는 방법을 제공한다. The present invention provides a method for discriminating the varieties of perilla and perilla using the primer set.
본 발명의 일 견지에 있어서, 본 발명은 서열번호 1 및 2로 표시되는 프라이머 세트 1; 서열번호 3 및 4로 표시되는 프라이머 세트 2; 서열번호 5 및 6으로 표시되는 프라이머 세트 3; 서열번호 7 및 8로 표시되는 프라이머 세트 4; 서열번호 9 및 10으로 표시되는 프라이머 세트 5; 서열번호 11 및 12로 표시되는 프라이머 세트 6; 서열번호 13 및 14로 표시되는 프라이머 세트 7; 서열번호 15 및 16으로 표시되는 프라이머 세트 8; 서열번호 17 및 18로 표시되는 프라이머 세트 9; 서열번호 19 및 20으로 표시되는 프라이머 세트 10; 서열번호 21 및 22로 표시되는 프라이머 세트 11; 서열번호 23 및 24로 표시되는 프라이머 세트 12; 서열번호 25 및 26으로 표시되는 프라이머 세트 13; 서열번호 27 및 28로 표시되는 프라이머 세트 14; 서열번호 29 및 30으로 표시되는 프라이머 세트 15; 서열번호 31 및 32로 표시되는 프라이머 세트 16; 서열번호 33 및 34로 표시되는 프라이머 세트 17; 서열번호 35 및 36으로 표시되는 프라이머 세트 18; 서열번호 37 및 38로 표시되는 프라이머 세트 19; 서열번호 39 및 40으로 표시되는 프라이머 세트 20; 서열번호 41 및 42로 표시되는 프라이머 세트 21; 서열번호 43 및 44로 표시되는 프라이머 세트 22; 서열번호 45 및 46으로 표시되는 프라이머 세트 23; 서열번호 47 및 48로 표시되는 프라이머 세트 24; 서열번호 49 및 50으로 표시되는 프라이머 세트 25; 서열번호 51 및 52로 표시되는 프라이머 세트 26; 서열번호 53 및 54로 표시되는 프라이머 세트 27; 서열번호 55 및 56으로 표시되는 프라이머 세트 28; 서열번호 57 및 58로 표시되는 프라이머 세트 29; 서열번호 59 및 60으로 표시되는 프라이머 세트 30; 서열번호 61 및 62로 표시되는 프라이머 세트 31; 서열번호 63 및 64로 표시되는 프라이머 세트 32; 서열번호 65 및 66으로 표시되는 프라이머 세트 33; 서열번호 67 및 68로 표시되는 프라이머 세트 34; 서열번호 69 및 70으로 표시되는 프라이머 세트 35; 서열번호 71 및 72로 표시되는 프라이머 세트 36; 서열번호 73 및 74로 표시되는 프라이머 세트 37; 서열번호 75 및 76으로 표시되는 프라이머 세트 38; 서열번호 77 및 78로 표시되는 프라이머 세트 39; 서열번호 79 및 80으로 표시되는 프라이머 세트 40; 서열번호 81 및 82로 표시되는 프라이머 세트 41; 서열번호 83 및 84로 표시되는 프라이머 세트 42; 서열번호 85 및 86으로 표시되는 프라이머 세트 43; 서열번호 87 및 88로 표시되는 프라이머 세트 44; 서열번호 89 및 90으로 표시되는 프라이머 세트 45; 서열번호 91 및 92로 표시되는 프라이머 세트 46; 서열번호 93 및 94로 표시되는 프라이머 세트 47; 서열번호 95 및 96으로 표시되는 프라이머 세트 48; 서열번호 97 및 98로 표시되는 프라이머 세트 49; 서열번호 99 및 100으로 표시되는 프라이머 세트 50; 서열번호 101 및 102로 표시되는 프라이머 세트 51; 서열번호 103 및 104로 표시되는 프라이머 세트 52; 서열번호 105 및 106으로 표시되는 프라이머 세트 53; 서열번호 107 및 108로 표시되는 프라이머 세트 54; 서열번호 109 및 110으로 표시되는 프라이머 세트 55; 서열번호 111 및 112로 표시되는 프라이머 세트 56; 서열번호 113 및 114로 표시되는 프라이머 세트 57; 및 서열번호 115 및 116으로 표시되는 프라이머 세트 58을 포함하는, 들깨 및 차조기 품종 판별용 EST-SSR(expressed sequence tags-simple sequence repeat) 프라이머 세트를 제공하는 것이다. In one aspect of the present invention, the present invention provides a primer set 1 represented by SEQ ID NOs: 1 and 2; primer set 2 represented by SEQ ID NOs: 3 and 4; primer set 3 represented by SEQ ID NOs: 5 and 6; primer set 4 represented by SEQ ID NOs: 7 and 8; primer set 5 represented by SEQ ID NOs: 9 and 10; Primer set 6 represented by SEQ ID NOs: 11 and 12; Primer set 7 represented by SEQ ID NOs: 13 and 14; primer set 8 represented by SEQ ID NOs: 15 and 16; primer set 9 represented by SEQ ID NOs: 17 and 18; Primer set 10 represented by SEQ ID NOs: 19 and 20; Primer set 11 represented by SEQ ID NOs: 21 and 22; Primer set 12 represented by SEQ ID NOs: 23 and 24; primer set 13 represented by SEQ ID NOs: 25 and 26; Primer set 14 represented by SEQ ID NOs: 27 and 28; Primer set 15 represented by SEQ ID NOs: 29 and 30; primer set 16 represented by SEQ ID NOs: 31 and 32; Primer set 17 represented by SEQ ID NOs: 33 and 34; Primer set 18 represented by SEQ ID NOs: 35 and 36; Primer set 19 represented by SEQ ID NOs: 37 and 38; Primer set 20 represented by SEQ ID NOs: 39 and 40; primer set 21 represented by SEQ ID NOs: 41 and 42; Primer set 22 represented by SEQ ID NOs: 43 and 44; Primer set 23 represented by SEQ ID NOs: 45 and 46; Primer set 24 represented by SEQ ID NOs: 47 and 48; Primer set 25 represented by SEQ ID NOs: 49 and 50; primer set 26 represented by SEQ ID NOs: 51 and 52; Primer set 27 represented by SEQ ID NOs: 53 and 54; Primer set 28 represented by SEQ ID NOs: 55 and 56; Primer set 29 represented by SEQ ID NOs: 57 and 58; Primer set 30 represented by SEQ ID NOs: 59 and 60; Primer set 31 represented by SEQ ID NOs: 61 and 62; Primer set 32 represented by SEQ ID NOs: 63 and 64; Primer set 33 represented by SEQ ID NOs: 65 and 66; Primer set 34 represented by SEQ ID NOs: 67 and 68; Primer set 35 represented by SEQ ID NOs: 69 and 70; Primer set 36 represented by SEQ ID NOs: 71 and 72; Primer set 37 represented by SEQ ID NOs: 73 and 74; primer set 38 represented by SEQ ID NOs: 75 and 76; Primer set 39 represented by SEQ ID NOs: 77 and 78; primer set 40 represented by SEQ ID NOs: 79 and 80; primer set 41 represented by SEQ ID NOs: 81 and 82; primer set 42 represented by SEQ ID NOs: 83 and 84; primer set 43 represented by SEQ ID NOs: 85 and 86; Primer set 44 represented by SEQ ID NOs: 87 and 88; Primer set 45 represented by SEQ ID NOs: 89 and 90; Primer set 46 represented by SEQ ID NOs: 91 and 92; Primer set 47 represented by SEQ ID NOs: 93 and 94; Primer set 48 represented by SEQ ID NOs: 95 and 96; Primer set 49 represented by SEQ ID NOs: 97 and 98; Primer set 50 represented by SEQ ID NOs: 99 and 100; Primer set 51 represented by SEQ ID NOs: 101 and 102; Primer set 52 represented by SEQ ID NOs: 103 and 104; Primer set 53 represented by SEQ ID NOs: 105 and 106; Primer set 54 represented by SEQ ID NOs: 107 and 108; Primer set 55 represented by SEQ ID NOs: 109 and 110; Primer set 56 represented by SEQ ID NOs: 111 and 112; Primer set 57 represented by SEQ ID NOs: 113 and 114; And it is to provide an EST-SSR (expressed sequence tags-simple sequence repeat) primer set for discrimination of perilla and perilla varieties, including a primer set 58 represented by SEQ ID NOs: 115 and 116.
본 발명의 일 견지에 있어서, 본 발명은 상기 들깨 및 차조기 품종 판별용 EST-SSR 프라이머 세트를 포함하는 들깨 및 차조기 품종 판별용 키트를 제공하는 것이다. In one aspect of the present invention, the present invention provides a kit for discrimination of perilla and perilla varieties comprising the EST-SSR primer set for discrimination of perilla and perilla varieties.
본 발명의 일 견지에 있어서, 본 발명은 판별 대상인 들깨 및 차조기 품종의 DNA를 주형으로 하고, 상기 들깨 및 차조기 품종 판별용 EST-SSR 프라이머 세트를 이용하여 PCR 증폭시키는 단계; 및 PCR 증폭산물의 증폭 유무 및 크기로 분석하는 단계를 포함하는, 들깨 및 차조기 품종의 유전자원 판별 방법을 제공하는 것이다. In one aspect of the present invention, the present invention includes the steps of PCR amplifying using the EST-SSR primer set for discrimination of perilla and perilla varieties using the DNA of perilla and perilla varieties to be identified as a template; And it is to provide a method for determining genetic resources of perilla and perilla varieties, comprising the step of analyzing the presence and absence and size of the PCR amplification product.
본 발명에 따른 프라이머 세트는 새롭게 개발되는 마커로써 들깨 및 차조기의 품종/유전자원 DNA 다형성을 효과적으로 검출할 수 있으며, 들깨간, 차조기간 또는 들깨 및 차조기간의 구별도 가능하다. 이는 들깨 및 차조기 품종의 DNA 프로파일을 작성하는데 유용하게 이용될 수 있다. 또한, 이를 통해 들깨, 차조기 품종의 유전자원을 효율적으로 평가함으로써, 신규 유전자원 도입 시 기존 보유자원과의 중복성 분석 및 신규성 확립을 효과적으로 수행할 수 있는 효과를 제공할 수 있다.As a newly developed marker, the primer set according to the present invention can effectively detect cultivar/genetic DNA polymorphisms of perilla and perilla, and it is also possible to distinguish between perilla and perilla or perilla and perilla. This can be usefully used to prepare the DNA profile of perilla and perilla varieties. In addition, by efficiently evaluating the genetic resources of perilla and perilla varieties through this, it is possible to provide the effect of effectively performing an analysis of redundancy with existing resources and establishment of novelty when introducing new genetic resources.
도 1은 본 발명의 EST-SSR 프라이머 세트를 이용하여 판별된 73종의 들깨 및 13종의 차조기(총 96종)의 계통수를 나타낸다. 1 shows the phylogenetic tree of 73 types of perilla and 13 types of perilla (a total of 96 types) determined using the EST-SSR primer set of the present invention.
이하, 첨부된 도면을 참조하여 본 발명의 바람직한 실시 형태를 설명한다. 그러나, 본 발명의 실시 형태는 여러 가지 다른 형태로 변형될 수 있으며, 본 발명의 범위가 이하 설명하는 실시 형태로 한정되는 것은 아니다. DETAILED DESCRIPTION OF THE PREFERRED EMBODIMENTS Hereinafter, preferred embodiments of the present invention will be described with reference to the accompanying drawings. However, the embodiment of the present invention may be modified in various other forms, and the scope of the present invention is not limited to the embodiments described below.
본 발명은 들깨 및 차조기의 야생종, 돌연변이 품종에 대해 다형성을 나타내는 들깨 및 차조기 품종 식별용 프라이머 세트를 제공한다. The present invention provides a primer set for identifying cultivars of perilla and perilla showing polymorphism in wild and mutant cultivars of perilla and perilla.
구체적으로, 본 발명은 들깨 및 차조기 품종을 식별할 수 있는 EST-SSR 프라이머 세트를 제공한다. Specifically, the present invention provides an EST-SSR primer set that can identify perilla and perilla varieties.
더욱 구체적으로, 본 발명은 서열번호 1 및 2로 표시되는 프라이머 세트 1; 서열번호 3 및 4로 표시되는 프라이머 세트 2; 서열번호 5 및 6으로 표시되는 프라이머 세트 3; 서열번호 7 및 8로 표시되는 프라이머 세트 4; 서열번호 9 및 10으로 표시되는 프라이머 세트 5; 서열번호 11 및 12로 표시되는 프라이머 세트 6; 서열번호 13 및 14로 표시되는 프라이머 세트 7; 서열번호 15 및 16으로 표시되는 프라이머 세트 8; 서열번호 17 및 18로 표시되는 프라이머 세트 9; 서열번호 19 및 20으로 표시되는 프라이머 세트 10; 서열번호 21 및 22로 표시되는 프라이머 세트 11; 서열번호 23 및 24로 표시되는 프라이머 세트 12; 서열번호 25 및 26으로 표시되는 프라이머 세트 13; 서열번호 27 및 28로 표시되는 프라이머 세트 14; 서열번호 29 및 30으로 표시되는 프라이머 세트 15; 서열번호 31 및 32로 표시되는 프라이머 세트 16; 서열번호 33 및 34로 표시되는 프라이머 세트 17; 서열번호 35 및 36으로 표시되는 프라이머 세트 18; 서열번호 37 및 38로 표시되는 프라이머 세트 19; 서열번호 39 및 40으로 표시되는 프라이머 세트 20; 서열번호 41 및 42로 표시되는 프라이머 세트 21; 서열번호 43 및 44로 표시되는 프라이머 세트 22; 서열번호 45 및 46으로 표시되는 프라이머 세트 23; 서열번호 47 및 48로 표시되는 프라이머 세트 24; 서열번호 49 및 50으로 표시되는 프라이머 세트 25; 서열번호 51 및 52로 표시되는 프라이머 세트 26; 서열번호 53 및 54로 표시되는 프라이머 세트 27; 서열번호 55 및 56으로 표시되는 프라이머 세트 28; 서열번호 57 및 58로 표시되는 프라이머 세트 29; 서열번호 59 및 60으로 표시되는 프라이머 세트 30; 서열번호 61 및 62로 표시되는 프라이머 세트 31; 서열번호 63 및 64로 표시되는 프라이머 세트 32; 서열번호 65 및 66으로 표시되는 프라이머 세트 33; 서열번호 67 및 68로 표시되는 프라이머 세트 34; 서열번호 69 및 70으로 표시되는 프라이머 세트 35; 서열번호 71 및 72로 표시되는 프라이머 세트 36; 서열번호 73 및 74로 표시되는 프라이머 세트 37; 서열번호 75 및 76으로 표시되는 프라이머 세트 38; 서열번호 77 및 78로 표시되는 프라이머 세트 39; 서열번호 79 및 80으로 표시되는 프라이머 세트 40; 서열번호 81 및 82로 표시되는 프라이머 세트 41; 서열번호 83 및 84로 표시되는 프라이머 세트 42; 서열번호 85 및 86으로 표시되는 프라이머 세트 43; 서열번호 87 및 88로 표시되는 프라이머 세트 44; 서열번호 89 및 90으로 표시되는 프라이머 세트 45; 서열번호 91 및 92로 표시되는 프라이머 세트 46; 서열번호 93 및 94로 표시되는 프라이머 세트 47; 서열번호 95 및 96으로 표시되는 프라이머 세트 48; 서열번호 97 및 98로 표시되는 프라이머 세트 49; 서열번호 99 및 100으로 표시되는 프라이머 세트 50; 서열번호 101 및 102로 표시되는 프라이머 세트 51; 서열번호 103 및 104로 표시되는 프라이머 세트 52; 서열번호 105 및 106으로 표시되는 프라이머 세트 53; 서열번호 107 및 108로 표시되는 프라이머 세트 54; 서열번호 109 및 110으로 표시되는 프라이머 세트 55; 서열번호 111 및 112로 표시되는 프라이머 세트 56; 서열번호 113 및 114로 표시되는 프라이머 세트 57; 및 서열번호 115 및 116으로 표시되는 프라이머 세트 58을 포함하는, 들깨 및 차조기 품종 판별용 EST-SSR(expressed sequence tags-simple sequence repeat) 프라이머 세트를 제공한다. More specifically, the present invention provides a primer set 1 represented by SEQ ID NOs: 1 and 2; primer set 2 represented by SEQ ID NOs: 3 and 4; primer set 3 represented by SEQ ID NOs: 5 and 6; primer set 4 represented by SEQ ID NOs: 7 and 8; primer set 5 represented by SEQ ID NOs: 9 and 10; Primer set 6 represented by SEQ ID NOs: 11 and 12; Primer set 7 represented by SEQ ID NOs: 13 and 14; primer set 8 represented by SEQ ID NOs: 15 and 16; primer set 9 represented by SEQ ID NOs: 17 and 18; Primer set 10 represented by SEQ ID NOs: 19 and 20; Primer set 11 represented by SEQ ID NOs: 21 and 22; Primer set 12 represented by SEQ ID NOs: 23 and 24; primer set 13 represented by SEQ ID NOs: 25 and 26; Primer set 14 represented by SEQ ID NOs: 27 and 28; Primer set 15 represented by SEQ ID NOs: 29 and 30; primer set 16 represented by SEQ ID NOs: 31 and 32; Primer set 17 represented by SEQ ID NOs: 33 and 34; Primer set 18 represented by SEQ ID NOs: 35 and 36; Primer set 19 represented by SEQ ID NOs: 37 and 38; Primer set 20 represented by SEQ ID NOs: 39 and 40; primer set 21 represented by SEQ ID NOs: 41 and 42; Primer set 22 represented by SEQ ID NOs: 43 and 44; Primer set 23 represented by SEQ ID NOs: 45 and 46; Primer set 24 represented by SEQ ID NOs: 47 and 48; Primer set 25 represented by SEQ ID NOs: 49 and 50; primer set 26 represented by SEQ ID NOs: 51 and 52; Primer set 27 represented by SEQ ID NOs: 53 and 54; Primer set 28 represented by SEQ ID NOs: 55 and 56; Primer set 29 represented by SEQ ID NOs: 57 and 58; Primer set 30 represented by SEQ ID NOs: 59 and 60; Primer set 31 represented by SEQ ID NOs: 61 and 62; Primer set 32 represented by SEQ ID NOs: 63 and 64; Primer set 33 represented by SEQ ID NOs: 65 and 66; Primer set 34 represented by SEQ ID NOs: 67 and 68; Primer set 35 represented by SEQ ID NOs: 69 and 70; Primer set 36 represented by SEQ ID NOs: 71 and 72; Primer set 37 represented by SEQ ID NOs: 73 and 74; primer set 38 represented by SEQ ID NOs: 75 and 76; Primer set 39 represented by SEQ ID NOs: 77 and 78; primer set 40 represented by SEQ ID NOs: 79 and 80; primer set 41 represented by SEQ ID NOs: 81 and 82; primer set 42 represented by SEQ ID NOs: 83 and 84; primer set 43 represented by SEQ ID NOs: 85 and 86; Primer set 44 represented by SEQ ID NOs: 87 and 88; Primer set 45 represented by SEQ ID NOs: 89 and 90; Primer set 46 represented by SEQ ID NOs: 91 and 92; Primer set 47 represented by SEQ ID NOs: 93 and 94; Primer set 48 represented by SEQ ID NOs: 95 and 96; Primer set 49 represented by SEQ ID NOs: 97 and 98; Primer set 50 represented by SEQ ID NOs: 99 and 100; Primer set 51 represented by SEQ ID NOs: 101 and 102; Primer set 52 represented by SEQ ID NOs: 103 and 104; Primer set 53 represented by SEQ ID NOs: 105 and 106; Primer set 54 represented by SEQ ID NOs: 107 and 108; Primer set 55 represented by SEQ ID NOs: 109 and 110; Primer set 56 represented by SEQ ID NOs: 111 and 112; Primer set 57 represented by SEQ ID NOs: 113 and 114; And it provides an EST-SSR (expressed sequence tags-simple sequence repeat) primer set for discrimination of perilla and perilla varieties, comprising a primer set 58 represented by SEQ ID NOs: 115 and 116.
본 발명의 EST-SSR 프라이머 세트는 번호 1 ~ 96으로 이루어진 그룹으로부터 선택되는 들깨 또는 차조기 품종을 구분할 수 있으며, 상기 들깨 및 차조기 품종은 하기 표 1에 정리되었다. 이 때, 안티스페릴(Antisperill)은 한국특허출원 제10-2016-0120830호에 개시된, 기탁번호 KCTC 13077BP의 차조기일 수 있다.The EST-SSR primer set of the present invention can distinguish perilla or perilla varieties selected from the group consisting of numbers 1 to 96, and the perilla and perilla varieties are summarized in Table 1 below. At this time, antisperill (Antisperill) may be perilla perilla disclosed in Korean Patent Application No. 10-2016-0120830, accession number KCTC 13077BP.
*1: 한국원자력연구원 개발품종, 품종보호권 출원번호: 출원2019-270; 2: 1번의 원품종, 한국원자력연구원 보유; IT No.: 농촌진흥청 농업유전자원센터 관리번호; PF No.: 강원대학교 보유 유전자원. 모든 유전자원은 한국원자력연구원에서 보유하고 있음. * 1: Korea Atomic Energy Research Institute developed variety, variety protection right Application No.: Application 2019-270; 2: Original variety No. 1, possessed by Korea Atomic Energy Research Institute; IT No.: Rural Development Administration Agricultural Genetic Resource Center management number; PF No.: Genetic resources owned by Kangwon National University. All genetic resources are owned by the Korea Atomic Energy Research Institute.
본 발명에 있어서, “프라이머”는 카피하려는 핵산 가닥에 상보적인 단일 가닥 올리고뉴클레오티드 서열을 말하며, 프라이머 연장 산물의 합성을 위한 개시점으로서 작용할 수 있다. 상기 프라이머의 길이 및 서열은 연장 산물의 합성을 시작하도록 허용된다. In the present invention, "primer" refers to a single-stranded oligonucleotide sequence complementary to a nucleic acid strand to be copied, and may serve as a starting point for synthesis of a primer extension product. The length and sequence of the primers are allowed to initiate synthesis of the extension product.
따라서, 상기 EST-SSR 프라이머 세트는 들깨 및 차조기를 대상으로 DNA를 추출하고, 이로부터 cDNA 라이브러리를 제조하여 시퀀스를 분석한 후, EST 상의 SSR 부위를 분석하고, 상기 SSR 부위를 증폭할 수 있는 프라이머 세트를 제조하여 이로부터 증폭된 밴드의 증폭크기를 통해, 야생종뿐만 아니라, 방사선육종 기술을 이용하여 개발된 돌연변이 종의 들깨 및 차조기의 유전적 유연관계를 분석하여, 미지의 들깨 및 차조기의 품종을 판별할 수 있다. Therefore, the EST-SSR primer set extracts DNA from perilla and perilla, prepares a cDNA library therefrom and analyzes the sequence, analyzes the SSR site on the EST, and a primer capable of amplifying the SSR site Through the amplification size of the band amplified from the preparation of the set, the genetic relationship between wild and mutant species of perilla and perilla developed using radiobreeding technology was analyzed, and unknown varieties of perilla and perilla were identified. can be discerned.
한편, 본 발명은 본 발명의 들깨 및 차조기 품종 판별용 EST-SSR 프라이머 세트를 포함하는 들깨 및 차조기 품종 판별용 키트를 제공한다. On the other hand, the present invention provides a kit for discrimination of perilla and perilla varieties comprising the EST-SSR primer set for discrimination of perilla and perilla varieties of the present invention.
이를 위해, 본 발명의 EST-SSR 프라이머 세트는 DNA 삽입(intercalating) 형광, 인광 또는 방사성을 발하는 물질을 표지 물질로써 더 포함할 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다. 바람직하게, 상기 표지 물질은 VIC, NED, FAM, HEX 또는 PET일 수 있다. 상기 표지 물질은 표적 서열의 증폭 시 프라이머의 5'-말단에 VIC, NED, FAM, HEX 또는 PET를 표지하여 PCR을 수행하면 표적 서열이 검출 가능한 형광 표지 물질로 표지될 수 있다. 또한, 방사성 물질을 이용한 표지는 PCR 수행 시 32P 또는 35S 등과 같은 방사성 동위원소를 PCR 반응액에 첨가하면 증폭 산물이 합성되면서 방사성이 증폭 산물에 혼입되어 증폭 산물이 방사성으로 표지 될 수 있다. To this end, the EST-SSR primer set of the present invention may further include a DNA intercalating fluorescence, phosphorescence or radioactive material as a labeling material, but is not limited thereto. Preferably, the labeling material may be VIC, NED, FAM, HEX or PET. The labeling material may be labeled with a fluorescent labeling material capable of detecting the target sequence when PCR is performed by labeling VIC, NED, FAM, HEX or PET at the 5'-end of the primer during amplification of the target sequence. In addition, when a radioactive isotope such as 32 P or 35 S is added to the PCR reaction solution for labeling using a radioactive material, the amplification product is synthesized and radioactivity is incorporated into the amplification product, and the amplification product may be radioactively labeled.
나아가, 본 발명의 들깨 및 품종 판별용 키트는 당업계에서 사용되는 PCR에 필요한 시약을 더 포함할 수 있다. 예를 들어, 상기 PCR에 필요한 시약은 프라이머 세트(정방향 프라이머, 역방향 프라이머) 외에 적정량의 DNA 중합효소(예를 들어 Taq DNA 폴리머라제, Enzymatics), dNTP 혼합물, PCR 반응 버퍼(예를 들어, KCl, Tris-HCl 및 MgCl2를 함유한 버퍼) 및 물을 포함할 수 있다. Furthermore, the kit for identifying perilla and varieties of the present invention may further include reagents necessary for PCR used in the art. For example, the reagents required for the PCR include an appropriate amount of a DNA polymerase (eg Taq DNA polymerase, Enzymatics), a dNTP mixture, a PCR reaction buffer (eg, KCl, buffer containing Tris-HCl and MgCl 2 ) and water.
한편, 본 발명은 들깨 및 차조기 품종의 유전자원을 판별하는 방법을 제공한다. On the other hand, the present invention provides a method for determining the genetic resources of perilla and perilla varieties.
상세하게, 본 발명은 판별 대상인 들깨 및 차조기 품종의 DNA를 주형으로 하고, 본 발명의 들깨 및 차조기 품종 판별용 EST-SSR 프라이머 세트를 이용하여 PCR 증폭시키는 단계; 및 PCR 증폭산물의 증폭 유뮤 및 크기를 분석하는 단계를 포함하는, 들깨 및 차조기 품종의 유전자원 판별 방법을 제공한다. In detail, the present invention includes the steps of PCR amplifying using the EST-SSR primer set for discrimination of perilla and perilla varieties of the present invention, using the DNA of perilla and perilla cultivar as a discrimination target; And it provides a method for determining genetic resources of perilla and perilla varieties, comprising the step of analyzing the presence and size of the amplification of the PCR amplification product.
상기 PCR 증폭시키는 단계는 본 발명의 EST-SSR 프라이머 세트를 포함하는 들깨 및 차조기 품종 판별용 키트를 이용하여 수행될 수 있으며, 예를 들어, 미지의 들깨 및 차조기 품종으로부터 DNA를 추출한 후, 상기 DNA를 주형으로 하여 서열목록 1 내지 116의 프라이머의 각 세트를 이용하여 PCR을 수행할 수 있다. The PCR amplification step may be performed using a kit for identifying perilla and perilla varieties comprising the EST-SSR primer set of the present invention, for example, after DNA is extracted from unknown perilla and perilla varieties, the DNA PCR can be performed using each set of primers of SEQ ID NOs: 1 to 116 using as a template.
상기 판별 대상인 들깨 및 차조기 품종의 DNA는 당업자가 이해하는 기술 수준으로 추출할 수 있는 것으로, 특별히 제한되지 않는다. The DNA of perilla and perilla cultivar, which is the target of the discrimination, can be extracted to a level of skill understood by those skilled in the art, and is not particularly limited.
나아가, 상기 PCR의 증폭 조건은 당업자가 이해하는 기술 수준에서의 통상의 방법에 따라 수행될 수 있는 것으로, 특별히 제한되지 않으며, 예를 들어, 본 발명의 PCR 조건은 94℃에서 1분, 58℃에서 45초, 72℃에서 45초의 합성반응을 40회 시킨 후, 72℃에서 5분 동안 마지막으로 안정적인 합성을 유도하여 PCR 반응을 수행할 수 있다. Furthermore, the PCR amplification conditions can be performed according to a conventional method at the level of skill understood by those skilled in the art, and is not particularly limited. For example, the PCR conditions of the present invention are 94°C for 1 minute, 58°C. After 40 synthetic reactions of 45 seconds at 72°C and 45 seconds at 72°C, the PCR reaction can be performed by inducing a final stable synthesis at 72°C for 5 minutes.
본 발명은 상기 PCR 증폭 산물의 증폭크기를 분석하는 단계에 후속적으로, 상기 PCR 증폭산물의 증폭크기와 상기 프라이머 세트에 의한 들깨 및 차조기 품종별 기준 크기과의 상동성 동정을 통해 들깨 및 차조기 품종을 판별하는 단계를 포함할 수 있다. Following the step of analyzing the amplification size of the PCR amplification product, the present invention provides perilla and perilla varieties through homology identification between the amplification size of the PCR amplification product and the reference size for each perilla and perilla cultivar by the primer set. It may include the step of determining.
이는 판별 대상인 들깨 및 차조기 품종의 DNA를 주형으로 증폭된 PCR 산물을, 상기 표 1에 기재된 들깨 73종 및 차조기 23종의 품종의 DNA를 주형으로 증폭된 PCR 산물과 비교하여, 판별 대상인 들깨 및 차조기가 기존의 들깨 및 차조기에 해당하는 것인 지 여부를 판단할 수 있다. This is by comparing the PCR product amplified with the DNA of the perilla and perilla varieties to be identified as a template, and the PCR product amplified by using the DNA of 73 perilla and 23 perilla varieties described in Table 1 above as a template, and perilla and perilla perilla to be identified. It can be determined whether or not corresponds to the existing perilla and perilla.
따라서, 상기 들깨 및 차조기 품종별 기준 증폭 유무 및 크기는, 상기 프라이머 세트에 의해 증폭되는 표 1에 기재된 들깨 및 차조기의 품종으로 이루어진 그룹으로부터 선택되는 적어도 하나의 들깨 및 차조기 품종의 증폭 유무 및 크기일 수 있다. Therefore, the presence or absence and size of the standard amplification for each perilla and perilla varieties, at least one perilla and perilla varieties selected from the group consisting of the varieties of perilla and perilla described in Table 1 amplified by the primer set, the presence and size of amplification can
이하, 구체적인 실시예를 통해 본 발명을 보다 구체적으로 설명한다. 하기 실시예는 본 발명의 이해를 돕기 위한 예시에 불과하며, 본 발명의 범위가 이에 한정되는 것은 아니다.Hereinafter, the present invention will be described in more detail through specific examples. The following examples are merely examples to help the understanding of the present invention, and the scope of the present invention is not limited thereto.
실시예Example
(1) 식물 재료와 DNA 추출(1) Extraction of plant material and DNA
전라북도 정읍시 한국원자력연구원 첨단방사선연구소 포장에서 증식되고, 방사선육종 기술을 이용하여 개발된 돌연변이 품종과 원품종으로 상기 돌연변이 품종인 안티스페릴(Antisperill)은 한국특허출원 제10-2016-0120830호에 개시된, 기탁번호 KCTC 13077BP의 차조기이다. 나아가 농촌진흥청 유전자원센터에서 분양 받은 89종, 강원대학교에서 분양 받은 5종, 총 96종(들깨 73종, 차조기 23종)을 사용하였다(표 1 참조)The mutant variety and original variety grown in the field of the Advanced Radiation Research Center at the Korea Atomic Energy Research Institute in Jeongeup-si, Jeollabuk-do, and developed using radiation breeding technology. Antisperill, the mutant variety, was disclosed in Korean Patent Application No. 10-2016-0120830 , perilla with accession number KCTC 13077BP. Furthermore, a total of 96 species (73 perilla, 23 perilla) were used, including 89 species distributed from the Rural Development Administration Genetic Resource Center and 5 species distributed from Kangwon National University (see Table 1).
표 1에 기재된 96종의 들깨 및 차조기 품종에 대해 식물체의 DNA를 추출(Genomic extraction)하였다. Plant DNA was extracted (Genomic extraction) for 96 kinds of perilla and perilla seeds listed in Table 1.
구체적으로는 각 품종의 어린잎을 채취하여 파쇄 후 CTAB 분리법(Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide; Murray 외., Nuc, Res., 4321-4325, 1980)을 사용하여 추출하였다. Specifically, young leaves of each variety were collected and crushed, followed by extraction using CTAB separation method (Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide; Murray et al., Nuc, Res., 4321-4325, 1980).
(2) EST-SSR 마커의 개발 (2) Development of EST-SSR markers
차조기 야생종 그룹에서 동일한 SSR 사이즈를 갖는 20,054개의 SSR과 Antisperill 품종 그룹에서 동일한 SSR 사이즈를 갖는 16,727개의 SSR 서열에서 두 그룹간 비교 가능한 공통의 SSR 서열 14,780개를 선별(RNA-시퀀싱 3반복 사용)하고, 상기 14,780개의 들깨 및 차조기 EST 반복 서열 중 반복 모티프를 가지는 EST-서열을 선별하였다. 선별된 반복 모티프를 가지는 EST-서열을 기초로, SSR 길이가 차이나는 102개의 서열을 이용하여 총 102개의 프라이머 세트를 제조하였다. From 20,054 SSRs having the same SSR size in the perilla wild species group and 16,727 SSR sequences having the same SSR size in the Antisperill cultivar group, 14,780 common SSR sequences comparable between the two groups were selected (using RNA-sequencing 3 repetitions), Among the 14,780 perilla and perilla EST repeat sequences, an EST-sequence having a repeat motif was selected. Based on the EST-sequence having the selected repeat motif, a total of 102 primer sets were prepared using 102 sequences having different SSR lengths.
상기 102개의 프라이머 세트가 상기 표 1에 기재된 96종의 들깨 및 차조기 품종에서 DNA 다형성을 검출하고 유전적 다양성을 분석하는 데 유용하게 사용될 수 있는 마커로써 사용될 수 있는 지 확인하기 위해, 상기 96종의 들깨 및 차조기 품종에서 추출된 DNA를 주형으로, 상기 102개의 프라이머 세트를 이용하여 PCR 증폭 및 자동 전기영동 분석 장치를 통해 증폭 여부를 확인하였다. In order to confirm that the 102 primer sets can be used as markers that can be usefully used to detect DNA polymorphisms and analyze genetic diversity in the 96 kinds of perilla and perilla plants listed in Table 1, the 96 kinds of primers Using the DNA extracted from perilla and perilla varieties as a template, the 102 primer sets were used to confirm amplification through PCR amplification and automatic electrophoresis analysis apparatus.
PCR은 96종의 들깨 및 차조기 품종의 DNA 주형(template)에 2㎕에, 5U Taq DNA 폴리머라제(Enzymatics), 2㎕ 10X PCR 반응버퍼, 1.6㎕ dNTP, 각 프라이머 세트 2㎕에 증류수 10.3㎕을 첨가하여 총 부피 20㎕에서 반응하였다. PCR 조건은 94℃에서 1분, 58℃에서 45초, 72℃에서 45초의 합성반응을 40회 시킨 후, 72℃에서 5분 동안 마지막으로 안정적인 합성을 유도하였다. 나아가, 상기와 같은 PCR의 증폭 산물은 자동 전기영동 분석장치 Caliper Labchip GX Ⅱ를 이용하여 증폭 산물의 결과를 확인하였다. PCR was performed by adding 10.3 μl of distilled water to 2 μl of a DNA template of 96 perilla and perilla varieties, 5U Taq DNA polymerase (Enzymatics), 2 μl 10X PCR reaction buffer, 1.6 μl dNTP, and 2 μl of each primer set. was added to react in a total volume of 20 μl. PCR conditions were 40 times of synthesis reaction of 1 minute at 94°C, 45 seconds at 58°C, and 45 seconds at 72°C, and finally, stable synthesis was induced at 72°C for 5 minutes. Furthermore, for the PCR amplification product as described above, the result of the amplification product was confirmed using an automatic electrophoresis analyzer Caliper Labchip GX II.
그 결과 102개의 프라이머 세트 중 58개의 프라이머 세트에서, 96종의 들개 및 차조기 중 적어도 하나의 품종에서 PCR 증폭 산물이 검출되는 것을 확인하였으며, 상기와 같이 PCR 증폭 산물이 검출되는 58개의 프라이머 세트를 표 2에 정리하였다. As a result, in 58 primer sets out of 102 primer sets, it was confirmed that PCR amplification products were detected in at least one breed of 96 wild dogs and perilla breeds, and 58 primer sets in which PCR amplification products are detected as described above are shown in Table It is summarized in 2.
*홀수 서열번호는 정방향 프라이머, 짝수 서열번호는 역방향 프라이머임.* Odd SEQ ID NOs are forward primers and even SEQ ID NOs are reverse primers.
(3) EST-SSR 분석(3) EST-SSR analysis
상기 58개 EST-SSR 프라이머 세트의 유용성에 대한 평가 및 96개의 유전자원간의 유전적 다양성을 분석하였다. The usefulness of the 58 EST-SSR primer sets and the genetic diversity among 96 genetic resources were analyzed.
구체적으로, 총 대립인자의 수, 주 대립인자의 빈도(Major allele frequency), 유전자의 다양성(Gene Diversity), 및 다형성 정보(Polymorphic Information Content, PIC)를 측정하기 위해 Powermarker version 3.25(Liu and Muse 2005)를 사용하였다. UPGMA tree 알고리즘은 MEGA7 software (Tamura et al., 2016)를 사용하였다. Specifically, Powermarker version 3.25 (Liu and Muse 2005) to measure the total number of alleles, Major allele frequency, Gene Diversity, and Polymorphic Information Content (PIC). ) was used. For the UPGMA tree algorithm, MEGA7 software (Tamura et al., 2016) was used.
상기 다형성 정보를 확인하기 위해, 하기 수학식 1을 사용하여 PIC(polymorphism information content)값을 산출하였다. In order to confirm the polymorphism information, a polymorphism information content (PIC) value was calculated using Equation 1 below.
[수학식 1][Equation 1]
(상기 수학식 1에서 Pi는 i번째 대립유전자의 빈도를 나타내고, n은 마커의 대립유전자의 전체 수를 나타냄, 품종 간 유전적인 유사성은 Powermarker version 3.25(Liu and Muse 2005) 프로그램을 사용하여 분석함.)(In Equation 1, P i represents the frequency of the i-th allele, n represents the total number of alleles of the marker, and the genetic similarity between varieties was analyzed using the Powermarker version 3.25 (Liu and Muse 2005) program. box.)
상기 96종의 들깨 및 차조기의 유전자원에 대해 58개의 EST-SSR를 분석한 결과, 총 270개의 대립유전자가 탐색되었는데 각각의 SSR에서 2~11개의 범위였고, 평균 대립유전자 수는 4.66개였다. 상기 프라이머 세트 별 유전적 다양성은 0.041에서 8.70의 범위로 나타났고, 평균 0.55 수준이었다. 이형접합 기대치 및 각 마커의 유용성을 나타내는 다형성 정보(polymorphism information content. PIC)의 값은 각각 0~1.00 및 0.041~0.86 (Primer 1과 Primer 91) 범위로 분석되었고, 평균은 각각 0.07 및 0.50 이였다. 상기와 같은 분석 결과를 표 3에 정리하였다. As a result of analyzing 58 EST-SSRs for the genetic resources of 96 species of perilla and perilla, a total of 270 alleles were found, ranging from 2 to 11 in each SSR, and the average number of alleles was 4.66. The genetic diversity for each primer set ranged from 0.041 to 8.70, with an average level of 0.55. The values of heterozygous expectation and polymorphism information content (PIC) indicating the usefulness of each marker were analyzed in the range of 0 to 1.00 and 0.041 to 0.86 (Primer 1 and Primer 91), respectively, and the mean was 0.07 and 0.50, respectively. Table 3 summarizes the analysis results as described above.
(4) 증폭 유무 및 크기 분석(4) Amplification presence and absence and size analysis
상기 표 1의 각 품종에서 본 발명의 58개의 프라이머 세트를 이용한 PCR 증폭 반응에서 증폭 유무 및 크기를 다음과 같이 표 4a 내지 4o에 정리하였다:The presence or absence and size of amplification in the PCR amplification reaction using the 58 primer sets of the present invention in each variety in Table 1 are summarized in Tables 4a to 4o as follows:
나아가, 상기 표 4a 내지 표 4o에서 정리한 58개의 EST-SSR 프라이머를 이용하여 96개의 유전자원 간의 유전적 유사도를 확인한 결과를 도 1에 나타내었다.Furthermore, the results of confirming the genetic similarity between 96 genetic resources using the 58 EST-SSR primers summarized in Tables 4a to 4o are shown in FIG. 1 .
따라서, 본 발명의 58개의 EST-SSR 프라이머 세트에 의해 96종의 들깨 및 차조기를 판별할 수 있음을 확인할 수 있었으며, 상기와 같은 58개의 프라이머 세트를 이용하여 미지의 들깨 및 차조기가 상기 96종의 들깨 및 차조기에 해당하는 지 역시 판별할 수 있다. Therefore, it was confirmed that 96 kinds of perilla and perilla perilla can be discriminated by the 58 EST-SSR primer sets of the present invention. It can also be determined whether it corresponds to perilla and perilla.
이상에서 본 발명의 실시예에 대하여 상세하게 설명하였지만 본 발명의 권리범위는 이에 한정되는 것은 아니고, 청구범위에 기재된 본 발명의 기술적 사상을 벗어나지 않는 범위 내에서 다양한 수정 및 변형이 가능하다는 것은 당 기술분야의 통상의 지식을 가진 자에게는 자명할 것이다.Although the embodiments of the present invention have been described in detail above, the scope of the present invention is not limited thereto, and various modifications and variations are possible within the scope without departing from the technical spirit of the present invention described in the claims. It will be apparent to those of ordinary skill in the art.
<110> Korea Atomic Energy Research Institute <120> EST-SSR primer set for identifying Perilla frutescens cultivar, kit for identifying Perilla frutescens cultivar comprising the same, and method for identifying Perilla frutescens cultivar using the same <130> DPP-2019-2123-KR <160> 116 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 1 Forward <400> 1 gcaacccgcc atttctgatg 20 <210> 2 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 2 Reverse <400> 2 tggtgatgaa tgatgatgat gccg 24 <210> 3 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 2 Forward <400> 3 gcagcattct tcgaccgttg 20 <210> 4 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 2 Reverse <400> 4 aggatcctcc cacggatagg 20 <210> 5 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 3 Forward <400> 5 ggaaatcagg tggaaatggc a 21 <210> 6 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 3 Reverse <400> 6 tattcgtgtg tgcagacagc 20 <210> 7 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 4 Forward <400> 7 catagaagca tgcacggcac 20 <210> 8 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 4 Reverse <400> 8 atggtgaagg gggatcgaga 20 <210> 9 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 5 Forward <400> 9 catgtttctg ctcttgcacg t 21 <210> 10 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 5 Reverse <400> 10 cgtgctactg gaaaggtggt 20 <210> 11 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 6 Forward <400> 11 tcagacacca cccataacag c 21 <210> 12 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 6 Reverse <400> 12 tcggagaaca tgaagcagca 20 <210> 13 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 7 Forward <400> 13 catagctgct ccaccggtac 20 <210> 14 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 7 Reverse <400> 14 tttctgcaat tttcgggccg 20 <210> 15 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 8 Forward <400> 15 agcgaaccct actttaaaac atca 24 <210> 16 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 8 Reverse <400> 16 ctgccgatga gacttctccc 20 <210> 17 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 9 Forward <400> 17 aattgcggtg ttggtgaagc 20 <210> 18 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 9 Reverse <400> 18 tcgggattgt ctactgctgc 20 <210> 19 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 10 Forward <400> 19 cacgcttcct acaccctctc 20 <210> 20 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 10 Reverse <400> 20 ggatgactga ttcgcttcag c 21 <210> 21 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 11 Forward <400> 21 tatgcacatc cgctcccaaa 20 <210> 22 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 11 Reverse <400> 22 tcccaaacac ttttcaaacc aca 23 <210> 23 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 12 Forward <400> 23 tcgccgcaca cacatataca 20 <210> 24 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 12 Reverse <400> 24 tcctcgaaca cgcacttcaa 20 <210> 25 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 13 Forward <400> 25 aggcaggcaa tcaagtcaca 20 <210> 26 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 13 Reverse <400> 26 cgccatttcc tccgtccata 20 <210> 27 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 14 Forward <400> 27 tctccccaaa tccactccct 20 <210> 28 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 14 Reverse <400> 28 acggaatacc cagttcagct g 21 <210> 29 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 15 Forward <400> 29 ggcagcccga ctttttgaag 20 <210> 30 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 15 Reverse <400> 30 ttcgctgcct tcttagctcc 20 <210> 31 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 16 Forward <400> 31 catccatgag ttgggctggt 20 <210> 32 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 16 Reverse <400> 32 tgcgtacttg tgagtcccaa 20 <210> 33 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 17 Forward <400> 33 ccaccaccct tttctcccaa 20 <210> 34 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 17 Reverse <400> 34 cggcatgatc tcgagtcgaa 20 <210> 35 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 18 Forward <400> 35 ttcaaccaca ccaccttgct 20 <210> 36 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 18 Reverse <400> 36 tcgcacgtct cgtttgtgta 20 <210> 37 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 19 Forward <400> 37 atacccaagg tacgccctct 20 <210> 38 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 19 Reverse <400> 38 cgagacgggc ttcttcgaat 20 <210> 39 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 20 Forward <400> 39 acgagtgcaa gaaatccggt 20 <210> 40 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 20 Reverse <400> 40 agtcaaagag agcagtgccg 20 <210> 41 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 21 Forward <400> 41 attcgccgct ctcactcttc 20 <210> 42 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 21 Reverse <400> 42 cgcctcagct gttgaaccta 20 <210> 43 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 22 Forward <400> 43 ctgctctacc gaggaacacc 20 <210> 44 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 22 Reverse <400> 44 accgaaccaa acatgcccta 20 <210> 45 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 23 Forward <400> 45 tggacggagc cataaaacgt 20 <210> 46 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 23 Reverse <400> 46 ctgtgcgtat gctgagacga 20 <210> 47 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 24 Forward <400> 47 gctgcaatgg ctgaacgaaa 20 <210> 48 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 24 Reverse <400> 48 cagcttccga caaacgcatt 20 <210> 49 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 25 Forward <400> 49 agcaattccc aaccagcaga 20 <210> 50 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 25 Reverse <400> 50 agcgtttagg ctttccgtga 20 <210> 51 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 26 Forward <400> 51 ccctatgttt cctgctgcca 20 <210> 52 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 26 Reverse <400> 52 acctctcgtg gtaacctcca 20 <210> 53 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 27 Forward <400> 53 ctcaactccg gtgtccaaca 20 <210> 54 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 27 Reverse <400> 54 cagcggactt ggcagaaaac 20 <210> 55 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 28 Forward <400> 55 caaacacact atgcgacgcc 20 <210> 56 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 28 Reverse <400> 56 cccagccatg tagctcgtac 20 <210> 57 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 29 Forward <400> 57 gcgtttaggc acaacaagca 20 <210> 58 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 29 Reverse <400> 58 tctgcactgc atggaaagga 20 <210> 59 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 30 Forward <400> 59 ccccggaact gtcattaccc 20 <210> 60 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 30 Reverse <400> 60 tcctcccctg aatcagtgga 20 <210> 61 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 31 Forward <400> 61 atctctggac tcttcgctgc 20 <210> 62 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 31 Reverse <400> 62 tgtgcgagat gtgtggaaca 20 <210> 63 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 32 Forward <400> 63 acggcaagaa gagtccgaag 20 <210> 64 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 32 Reverse <400> 64 ggcggtgcac ctcttgaata 20 <210> 65 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 33 Forward <400> 65 actcgtctgt cgcttcgttt 20 <210> 66 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 33 Reverse <400> 66 ctggaggctc gagcaatctc 20 <210> 67 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 34 Forward <400> 67 acaaacacag caacggggta 20 <210> 68 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 34 Reverse <400> 68 gagaggaata cgcgactggg 20 <210> 69 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 35 Forward <400> 69 atccctcgag ttgctgcaaa 20 <210> 70 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 35 Reverse <400> 70 aaagctgcat ccttccacga 20 <210> 71 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 36 Forward <400> 71 tctgtgctca aggccatgtt 20 <210> 72 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 36 Reverse <400> 72 aaggtttccg gcatcgtctt 20 <210> 73 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 37 Forward <400> 73 tcctcctcat cgtcatcttc a 21 <210> 74 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 37 Reverse <400> 74 gaggctagag gattgaccgc 20 <210> 75 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 38 Forward <400> 75 agcgagtaca gtgaagacga c 21 <210> 76 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 38 Reverse <400> 76 ccgaactcga acccttgaca 20 <210> 77 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 39 Forward <400> 77 tctggctgca gatttccact 20 <210> 78 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 39 Reverse <400> 78 agtggatcgg agctagggtt 20 <210> 79 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 40 Forward <400> 79 gatctctccg cttctcctgc 20 <210> 80 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 40 Reverse <400> 80 cacccacttg cccactcata 20 <210> 81 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 41 Forward <400> 81 aacccagtac ctttcaggcc 20 <210> 82 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 41 Reverse <400> 82 tttggcgatc ataaagcgcg 20 <210> 83 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 42 Forward <400> 83 agctgagagc ccttagagct 20 <210> 84 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 42 Reverse <400> 84 accctcttgc agttgcttgt 20 <210> 85 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 43 Forward <400> 85 gcaaagcggc tgcagaaaaa 20 <210> 86 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 43 Reverse <400> 86 ttgttcgaca tcgtctgcca 20 <210> 87 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 44 Forward <400> 87 acagtgtaag gattcaggcg t 21 <210> 88 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 44 Reverse <400> 88 cgaagtagtg tccctttatt tggt 24 <210> 89 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 45 Forward <400> 89 ttccgccgcc tttttctttg 20 <210> 90 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 45 Reverse <400> 90 agtccacaca cttcacttcc a 21 <210> 91 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 46 Forward <400> 91 ttcggtggtg gacgaagaag 20 <210> 92 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 46 Reverse <400> 92 catccctctg ccaccacatt 20 <210> 93 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 47 Forward <400> 93 cggctatgag tctgaggaag t 21 <210> 94 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 47 Reverse <400> 94 ttggcgcaaa gaattggctc 20 <210> 95 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 48 Forward <400> 95 cctcgccaca ccaagtacaa 20 <210> 96 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 48 Reverse <400> 96 tgctgctgct gttgttgatg 20 <210> 97 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 49 Forward <400> 97 atgccaccat catggaagct 20 <210> 98 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 49 Reverse <400> 98 gcatctctgc tttcttgcgg 20 <210> 99 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 50 Forward <400> 99 gcaagtgcaa acccgattcc 20 <210> 100 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 50 Reverse <400> 100 cttccctccc aattccgtca 20 <210> 101 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 51 Forward <400> 101 tccatggttc agaattcagg gg 22 <210> 102 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 51 Reverse <400> 102 taatgtgcgc caccgagttc 20 <210> 103 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 52 Forward <400> 103 tctcatatgc aacggcctcc 20 <210> 104 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 52 Reverse <400> 104 cggatcatcg gaccctgtgg 20 <210> 105 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 53 Forward <400> 105 caaggtttca gcagcaaccc 20 <210> 106 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 53 Reverse <400> 106 acattggtgg ctgacaacca 20 <210> 107 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 54 Forward <400> 107 atccagcagc cgattccatt 20 <210> 108 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 54 Reverse <400> 108 actggatcgg cttcaagctc 20 <210> 109 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 55 Forward <400> 109 taaatgcatc agctcccgca 20 <210> 110 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 55 Reverse <400> 110 agctagcgtc atggcacttt 20 <210> 111 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 56 Forward <400> 111 acatgaaatc cctaatcgct gc 22 <210> 112 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 56 Reverse <400> 112 gagaggaggc tgtggtagga 20 <210> 113 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 57 Forward <400> 113 tctccgatga tgagacgaga g 21 <210> 114 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 57 Reverse <400> 114 agcaggcaaa ccaagatcca 20 <210> 115 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 58 Forward <400> 115 aggagtgtgg aaacggtcta c 21 <210> 116 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 58 Reverse <400> 116 taatcgattg cccaccgctt 20 <110> Korea Atomic Energy Research Institute <120> EST-SSR primer set for identifying Perilla frutescens cultivar, kit for identifying Perilla frutescens cultivar comprising the same, and method for identifying Perilla frutescens cultivar using the same <130> DPP-2019-2123-KR <160> 116 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 1 Forward <400> 1 gcaacccgcc atttctgatg 20 <210> 2 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 2 Reverse <400> 2 tggtgatgaa tgatgatgat gccg 24 <210> 3 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 2 Forward <400> 3 gcagcattct tcgaccgttg 20 <210> 4 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 2 Reverse <400> 4 aggatcctcc cacggatagg 20 <210> 5 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 3 Forward <400> 5 ggaaatcagg tggaaatggc a 21 <210> 6 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 3 Reverse <400> 6 tattcgtgtg tgcagacagc 20 <210> 7 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 4 Forward <400> 7 catagaagca tgcacggcac 20 <210> 8 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 4 Reverse <400> 8 atggtgaagg gggatcgaga 20 <210> 9 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 5 Forward <400> 9 catgtttctg ctcttgcacg t 21 <210> 10 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 5 Reverse <400> 10 cgtgctactg gaaaggtggt 20 <210> 11 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 6 Forward <400> 11 tcagacacca cccataacag c 21 <210> 12 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 6 Reverse <400> 12 tcggagaaca tgaagcagca 20 <210> 13 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 7 Forward <400> 13 catagctgct ccaccggtac 20 <210> 14 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 7 Reverse <400> 14 tttctgcaat tttcgggccg 20 <210> 15 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 8 Forward <400> 15 agcgaaccct actttaaaac atca 24 <210> 16 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 8 Reverse <400> 16 ctgccgatga gacttctccc 20 <210> 17 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 9 Forward <400> 17 aattgcggtg ttggtgaagc 20 <210> 18 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 9 Reverse <400> 18 tcgggattgt ctactgctgc 20 <210> 19 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 10 Forward <400> 19 cacgcttcct acaccctctc 20 <210> 20 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 10 Reverse <400> 20 ggatgactga ttcgcttcag c 21 <210> 21 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 11 Forward <400> 21 tatgcacatc cgctcccaaa 20 <210> 22 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 11 Reverse <400> 22 tcccaaacac ttttcaaacc aca 23 <210> 23 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 12 Forward <400> 23 tcgccgcaca cacatataca 20 <210> 24 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 12 Reverse <400> 24 tcctcgaaca cgcacttcaa 20 <210> 25 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 13 Forward <400> 25 aggcaggcaa tcaagtcaca 20 <210> 26 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 13 Reverse <400> 26 cgccatttcc tccgtccata 20 <210> 27 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 14 Forward <400> 27 tctccccaaa tccactccct 20 <210> 28 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 14 Reverse <400> 28 acggaatacc cagttcagct g 21 <210> 29 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 15 Forward <400> 29 ggcagcccga ctttttgaag 20 <210> 30 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 15 Reverse <400> 30 ttcgctgcct tcttagctcc 20 <210> 31 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 16 Forward <400> 31 catccatgag ttgggctggt 20 <210> 32 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 16 Reverse <400> 32 tgcgtacttg tgagtcccaa 20 <210> 33 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 17 Forward <400> 33 ccaccaccct tttctcccaa 20 <210> 34 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 17 Reverse <400> 34 cggcatgatc tcgagtcgaa 20 <210> 35 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 18 Forward <400> 35 ttcaaccaca ccaccttgct 20 <210> 36 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 18 Reverse <400> 36 tcgcacgtct cgtttgtgta 20 <210> 37 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 19 Forward <400> 37 atacccaagg tacgccctct 20 <210> 38 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 19 Reverse <400> 38 cgagacgggc ttcttcgaat 20 <210> 39 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 20 Forward <400> 39 acgagtgcaa gaaatccggt 20 <210> 40 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 20 Reverse <400> 40 agtcaaagag agcagtgccg 20 <210> 41 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 21 Forward <400> 41 attcgccgct ctcactcttc 20 <210> 42 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 21 Reverse <400> 42 cgcctcagct gttgaaccta 20 <210> 43 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 22 Forward <400> 43 ctgctctacc gaggaacacc 20 <210> 44 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 22 Reverse <400> 44 accgaaccaa accagcccta 20 <210> 45 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 23 Forward <400> 45 tggacggagc cataaaacgt 20 <210> 46 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 23 Reverse <400> 46 ctgtgcgtat gctgagacga 20 <210> 47 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 24 Forward <400> 47 gctgcaatgg ctgaacgaaa 20 <210> 48 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 24 Reverse <400> 48 cagcttccga caaacgcatt 20 <210> 49 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 25 Forward <400> 49 agcaattccc aaccagcaga 20 <210> 50 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 25 Reverse <400> 50 agcgtttagg ctttccgtga 20 <210> 51 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 26 Forward <400> 51 ccctatgttt cctgctgcca 20 <210> 52 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 26 Reverse <400> 52 acctctcgtg gtaacctcca 20 <210> 53 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 27 Forward <400> 53 ctcaactccg gtgtccaaca 20 <210> 54 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 27 Reverse <400> 54 cagcggactt ggcagaaaac 20 <210> 55 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 28 Forward <400> 55 caaacacact atgcgacgcc 20 <210> 56 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 28 Reverse <400> 56 cccagccatg tagctcgtac 20 <210> 57 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 29 Forward <400> 57 gcgtttaggc acaacaagca 20 <210> 58 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 29 Reverse <400> 58 tctgcactgc atggaaagga 20 <210> 59 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 30 Forward <400> 59 ccccggaact gtcattaccc 20 <210> 60 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 30 Reverse <400> 60 tcctcccctg aatcagtgga 20 <210> 61 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 31 Forward <400> 61 atctctggac tcttcgctgc 20 <210> 62 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 31 Reverse <400> 62 tgtgcgagat gtgtggaaca 20 <210> 63 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 32 Forward <400> 63 acggcaagaa gagtccgaag 20 <210> 64 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 32 Reverse <400> 64 ggcggtgcac ctcttgaata 20 <210> 65 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 33 Forward <400> 65 actcgtctgt cgcttcgttt 20 <210> 66 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 33 Reverse <400> 66 ctggaggctc gagcaatctc 20 <210> 67 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 34 Forward <400> 67 acaaacacag caacggggta 20 <210> 68 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 34 Reverse <400> 68 gagaggaata cgcgactggg 20 <210> 69 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 35 Forward <400> 69 atccctcgag ttgctgcaaa 20 <210> 70 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 35 Reverse <400> 70 aaagctgcat ccttccacga 20 <210> 71 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 36 Forward <400> 71 tctgtgctca aggccatgtt 20 <210> 72 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 36 Reverse <400> 72 aaggtttccg gcatcgtctt 20 <210> 73 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 37 Forward <400> 73 tcctcctcat cgtcatcttc a 21 <210> 74 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 37 Reverse <400> 74 gaggctagag gattgaccgc 20 <210> 75 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 38 Forward <400> 75 agcgagtaca gtgaagacga c 21 <210> 76 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 38 Reverse <400> 76 ccgaactcga acccttgaca 20 <210> 77 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 39 Forward <400> 77 tctggctgca gatttccact 20 <210> 78 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 39 Reverse <400> 78 agtggatcgg agctagggtt 20 <210> 79 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 40 Forward <400> 79 gatctctccg cttctcctgc 20 <210> 80 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 40 Reverse <400> 80 cacccacttg cccactcata 20 <210> 81 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 41 Forward <400> 81 aacccagtac ctttcaggcc 20 <210> 82 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 41 Reverse <400> 82 tttggcgatc ataaagcgcg 20 <210> 83 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 42 Forward <400> 83 agctgagagc ccttagagct 20 <210> 84 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 42 Reverse <400> 84 accctcttgc agttgcttgt 20 <210> 85 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 43 Forward <400> 85 gcaaagcggc tgcagaaaaa 20 <210> 86 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 43 Reverse <400> 86 ttgttcgaca tcgtctgcca 20 <210> 87 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 44 Forward <400> 87 acagtgtaag gattcaggcg t 21 <210> 88 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 44 Reverse <400> 88 cgaagtagtg tccctttatt tggt 24 <210> 89 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 45 Forward <400> 89 ttccgccgcc tttttctttg 20 <210> 90 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 45 Reverse <400> 90 agtccacaca cttcacttcc a 21 <210> 91 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 46 Forward <400> 91 ttcggtggtg gacgaagaag 20 <210> 92 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 46 Reverse <400> 92 catccctctg ccaccacatt 20 <210> 93 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 47 Forward <400> 93 cggctatgag tctgaggaag t 21 <210> 94 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 47 Reverse <400> 94 ttggcgcaaa gaattggctc 20 <210> 95 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 48 Forward <400> 95 cctcgccaca ccaagtacaa 20 <210> 96 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 48 Reverse <400> 96 tgctgctgct gttgttgatg 20 <210> 97 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 49 Forward <400> 97 atgccaccat catggaagct 20 <210> 98 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 49 Reverse <400> 98 gcatctctgc tttcttgcgg 20 <210> 99 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 50 Forward <400> 99 gcaagtgcaa acccgattcc 20 <210> 100 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 50 Reverse <400> 100 cttccctccc aattccgtca 20 <210> 101 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 51 Forward <400> 101 tccatggttc agaattcagg gg 22 <210> 102 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 51 Reverse <400> 102 taatgtgcgc caccgagttc 20 <210> 103 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 52 Forward <400> 103 tctcatatgc aacggcctcc 20 <210> 104 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 52 Reverse <400> 104 cggatcatcg gaccctgtgg 20 <210> 105 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 53 Forward <400> 105 caaggtttca gcagcaaccc 20 <210> 106 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 53 Reverse <400> 106 accattggtgg ctgacaacca 20 <210> 107 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 54 Forward <400> 107 atccagcagc cgattccatt 20 <210> 108 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 54 Reverse <400> 108 actggatcgg cttcaagctc 20 <210> 109 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 55 Forward <400> 109 taaatgcatc agctcccgca 20 <210> 110 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 55 Reverse <400> 110 agctagcgtc atggcacttt 20 <210> 111 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 56 Forward <400> 111 acatgaaatc cctaatcgct gc 22 <210> 112 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 56 Reverse <400> 112 gagaggaggc tgtggtagga 20 <210> 113 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 57 Forward <400> 113 tctccgatga tgagacgaga g 21 <210> 114 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 57 Reverse <400> 114 agcaggcaaa ccaagatcca 20 <210> 115 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 58 Forward <400> 115 aggagtgtgg aaacggtcta c 21 <210> 116 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer set 58 Reverse <400> 116 taatcgattg cccaccgctt 20
Claims (5)
Primer set 1 represented by SEQ ID NOs: 1 and 2; primer set 2 represented by SEQ ID NOs: 3 and 4; primer set 3 represented by SEQ ID NOs: 5 and 6; primer set 4 represented by SEQ ID NOs: 7 and 8; primer set 5 represented by SEQ ID NOs: 9 and 10; Primer set 6 represented by SEQ ID NOs: 11 and 12; Primer set 7 represented by SEQ ID NOs: 13 and 14; primer set 8 represented by SEQ ID NOs: 15 and 16; primer set 9 represented by SEQ ID NOs: 17 and 18; Primer set 10 represented by SEQ ID NOs: 19 and 20; Primer set 11 represented by SEQ ID NOs: 21 and 22; Primer set 12 represented by SEQ ID NOs: 23 and 24; primer set 13 represented by SEQ ID NOs: 25 and 26; Primer set 14 represented by SEQ ID NOs: 27 and 28; Primer set 15 represented by SEQ ID NOs: 29 and 30; primer set 16 represented by SEQ ID NOs: 31 and 32; Primer set 17 represented by SEQ ID NOs: 33 and 34; Primer set 18 represented by SEQ ID NOs: 35 and 36; Primer set 19 represented by SEQ ID NOs: 37 and 38; Primer set 20 represented by SEQ ID NOs: 39 and 40; primer set 21 represented by SEQ ID NOs: 41 and 42; Primer set 22 represented by SEQ ID NOs: 43 and 44; Primer set 23 represented by SEQ ID NOs: 45 and 46; Primer set 24 represented by SEQ ID NOs: 47 and 48; Primer set 25 represented by SEQ ID NOs: 49 and 50; primer set 26 represented by SEQ ID NOs: 51 and 52; Primer set 27 represented by SEQ ID NOs: 53 and 54; Primer set 28 represented by SEQ ID NOs: 55 and 56; Primer set 29 represented by SEQ ID NOs: 57 and 58; Primer set 30 represented by SEQ ID NOs: 59 and 60; Primer set 31 represented by SEQ ID NOs: 61 and 62; Primer set 32 represented by SEQ ID NOs: 63 and 64; Primer set 33 represented by SEQ ID NOs: 65 and 66; Primer set 34 represented by SEQ ID NOs: 67 and 68; Primer set 35 represented by SEQ ID NOs: 69 and 70; Primer set 36 represented by SEQ ID NOs: 71 and 72; Primer set 37 represented by SEQ ID NOs: 73 and 74; primer set 38 represented by SEQ ID NOs: 75 and 76; Primer set 39 represented by SEQ ID NOs: 77 and 78; primer set 40 represented by SEQ ID NOs: 79 and 80; primer set 41 represented by SEQ ID NOs: 81 and 82; primer set 42 represented by SEQ ID NOs: 83 and 84; primer set 43 represented by SEQ ID NOs: 85 and 86; Primer set 44 represented by SEQ ID NOs: 87 and 88; Primer set 45 represented by SEQ ID NOs: 89 and 90; Primer set 46 represented by SEQ ID NOs: 91 and 92; Primer set 47 represented by SEQ ID NOs: 93 and 94; Primer set 48 represented by SEQ ID NOs: 95 and 96; Primer set 49 represented by SEQ ID NOs: 97 and 98; Primer set 50 represented by SEQ ID NOs: 99 and 100; Primer set 51 represented by SEQ ID NOs: 101 and 102; Primer set 52 represented by SEQ ID NOs: 103 and 104; Primer set 53 represented by SEQ ID NOs: 105 and 106; Primer set 54 represented by SEQ ID NOs: 107 and 108; Primer set 55 represented by SEQ ID NOs: 109 and 110; Primer set 56 represented by SEQ ID NOs: 111 and 112; Primer set 57 represented by SEQ ID NOs: 113 and 114; And comprising a primer set 58 represented by SEQ ID NOs: 115 and 116, EST-SSR (expressed sequence tags-simple sequence repeat) primer set composition for identifying perilla and perilla varieties.
상기 들깨 또는 차조기 품종은 안티스페릴(Antisperill), 차조기 야생종(Wild type), IT 220380, IT 226692, IT 229043, IT 242083, IT 242256, IT 267741, IT 271306, IT 271317, IT 283645, IT 286213, IT 286246, IT 296762, IT 305302, IT 308494, IT 226670, IT 271310, IT 271311, IT 271319, IT 283597, IT 293400, IT 293402, IT 293403, IT 201764, IT 201765, IT 201771, IT 201773, IT 201780, IT 226471, IT 226486, IT 226573, IT 226664, IT 226671, IT 226672, IT 236930, IT 240108, IT 274215, IT 305543, IT 226663, IT 274210, IT 196391, IT 220659, IT 223670, IT 240105, IT 240106, IT 240107, IT 242623, IT 246853, IT 271259, IT 273794, IT 273827, IT 276486, IT 277881, IT 286191, IT 298992, PF08126, PF08145, IT 229026, PF09159, IT 302031, IT 213786, IT 226451, IT 220387, IT 220393, IT 220395, IT 220397, IT 226732, IT 226733, IT 226737, IT 226742, IT 226743, IT 226744, IT 260616, IT 271262, IT 274283, IT 274284, IT 274285, IT 274286, IT 274288, IT 274290, IT 274301, IT 274295, IT 200354, IT 226466, IT 274208, IT 226627, PF98075, PF11107, IT 162886, IT 175835, IT 175889, IT 177137, IT 180973, IT 185622 및 IT 185625로 이루어진 그룹으로부터 선택되는 것이며,
여기서, IT 번호는 농촌진흥청 농업유전자원센터 보유 유전자원이며, PF 번호는 강원대학교 보유 유전자원인, 들깨 및 차조기 품종 판별용 EST-SSR 프라이머 세트 조성물.
According to claim 1,
The perilla or perilla varieties are antisperill (Antisperill), perilla wild type (Wild type), IT 220380, IT 226692, IT 229043, IT 242083, IT 242256, IT 267741, IT 271306, IT 271317, IT 283645, IT 286213, IT 286246, IT 296762, IT 305302, IT 308494, IT 226670, IT 271310, IT 271311, IT 271319, IT 283597, IT 293400, IT 293402, IT 293403, IT 201764, IT 201765, IT 201771, IT 201773, IT 201780 , IT 226471, IT 226486, IT 226573, IT 226664, IT 226671, IT 226672, IT 236930, IT 240108, IT 274215, IT 305543, IT 226663, IT 274210, IT 196391, IT 220659, IT 223670, IT 240105, IT 240106, IT 240107, IT 242623, IT 246853, IT 271259, IT 273794, IT 273827, IT 276486, IT 277881, IT 286191, IT 298992, PF08126, PF08145, IT 229026, PF09159, IT 302031, IT 213786, IT 226451, IT 220387, IT 220393, IT 220395, IT 220397, IT 226732, IT 226733, IT 226737, IT 226742, IT 226743, IT 226744, IT 260616, IT 271262, IT 274283, IT 274284, IT 274285, IT 274286, IT 274288 , IT 274290, IT 274301, IT 274295, IT 200354, IT 226466, IT 274208, IT 226627, PF98075, PF111 07, IT 162886, IT 175835, IT 175889, IT 177137, IT 180973, IT 185622 and IT 185625,
Here, the IT number is the genetic resource owned by the Agricultural Genetic Resource Center of the Rural Development Administration, and the PF number is the genetic resource owned by Kangwon National University, the EST-SSR primer set composition for discrimination of perilla and perilla varieties.
A kit for discrimination of perilla and perilla varieties comprising the EST-SSR primer set composition for discrimination of perilla and perilla according to claim 1 or 2.
PCR 증폭산물의 증폭 유무 및 크기를 분석하는 단계; 및
상기 PCR 증폭산물의 증폭 유무 및 크기와 상기 프라이머 세트 조성물에 의한 들깨 및 차조기 품종 별 기준 증폭 유무 및 크기와의 상동성 동정을 통해 들깨 및 차조기 품종을 판별하는 단계를 포함하는, 들깨 및 차조기 품종의 유전자원 판별 방법.
Using the genomic DNA of perilla and perilla varieties to be discriminated as a template, and PCR amplifying using the primer set composition of claim 1 or 2;
analyzing the presence or absence and size of the PCR amplification product; and
Perilla and perilla varieties comprising the step of determining the presence or absence and size of the PCR amplification product and the homology identification of the presence and absence and size of standard amplification of perilla and perilla perilla by the primer set composition Methods for determining genetic resources.
상기 들깨 및 차조기 품종별 기준 증폭 유무 및 크기는, 안티스페릴(Antisperill), 차조기 야생종(Wild type), IT 220380, IT 226692, IT 229043, IT 242083, IT 242256, IT 267741, IT 271306, IT 271317, IT 283645, IT 286213, IT 286246, IT 296762, IT 305302, IT 308494, IT 226670, IT 271310, IT 271311, IT 271319, IT 283597, IT 293400, IT 293402, IT 293403, IT 201764, IT 201765, IT 201771, IT 201773, IT 201780, IT 226471, IT 226486, IT 226573, IT 226664, IT 226671, IT 226672, IT 236930, IT 240108, IT 274215, IT 305543, IT 226663, IT 274210, IT 196391, IT 220659, IT 223670, IT 240105, IT 240106, IT 240107, IT 242623, IT 246853, IT 271259, IT 273794, IT 273827, IT 276486, IT 277881, IT 286191, IT 298992, PF08126, PF08145, IT 229026, PF09159, IT 302031, IT 213786, IT 226451, IT 220387, IT 220393, IT 220395, IT 220397, IT 226732, IT 226733, IT 226737, IT 226742, IT 226743, IT 226744, IT 260616, IT 271262, IT 274283, IT 274284, IT 274285, IT 274286, IT 274288, IT 274290, IT 274301, IT 274295, IT 200354, IT 226466, IT 274208, IT 226627, PF98075, PF11107, IT 162886, IT 175835, IT 175889, IT 177137, IT 180973, IT 185622 및 IT 185625로 이루어진 그룹으로부터 선택되는 1종 이상의 품종이 상기 프라이머 세트 조성물에 의해 증폭되는 결과이며, 여기서, IT 번호는 농촌진흥청 농업유전자원센터 보유 유전자원이며, PF 번호는 강원대학교 보유 유전자원인, 들깨 및 차조기 품종의 유전자원 판별 방법.
5. The method of claim 4,
The presence or absence and size of the standard amplification for each variety of perilla and perilla perilla, antisperill, wild type of perilla, IT 220380, IT 226692, IT 229043, IT 242083, IT 242256, IT 267741, IT 271306, IT 271317 , IT 283645, IT 286213, IT 286246, IT 296762, IT 305302, IT 308494, IT 226670, IT 271310, IT 271311, IT 271319, IT 283597, IT 293400, IT 293402, IT 293403, IT 201764, IT 201765, IT 201771, IT 201773, IT 201780, IT 226471, IT 226486, IT 226573, IT 226664, IT 226671, IT 226672, IT 236930, IT 240108, IT 274215, IT 305543, IT 226663, IT 274210, IT 196391, IT 220659, IT 223670, IT 240105, IT 240106, IT 240107, IT 242623, IT 246853, IT 271259, IT 273794, IT 273827, IT 276486, IT 277881, IT 286191, IT 298992, PF08126, PF08145, IT 229026, PF09159, IT 302031 , IT 213786, IT 226451, IT 220387, IT 220393, IT 220395, IT 220397, IT 226732, IT 226733, IT 226737, IT 226742, IT 226743, IT 226744, IT 260616, IT 271262, IT 274283, IT 274284, IT 274285, IT 274286, IT 274288, IT 274290, IT 274301, IT 274295, IT 200354, IT 226466, IT 274208, IT 226627, One or more varieties selected from the group consisting of PF98075, PF11107, IT 162886, IT 175835, IT 175889, IT 177137, IT 180973, IT 185622 and IT 185625 are the result of amplification by the primer set composition, wherein the IT number is the genetic resource owned by the Agricultural Genetic Resource Center of the Rural Development Administration, and the PF number is the genetic resource owned by Kangwon National University, and the genetic resource identification method of perilla and perilla varieties.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| KR1020200023401A KR102276917B1 (en) | 2020-02-26 | 2020-02-26 | EST-SSR primer set for identifying Perilla frutescens cultivar, kit for identifying Perilla frutescens cultivar comprising the same, and method for identifying Perilla frutescens cultivar using the same |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| KR1020200023401A KR102276917B1 (en) | 2020-02-26 | 2020-02-26 | EST-SSR primer set for identifying Perilla frutescens cultivar, kit for identifying Perilla frutescens cultivar comprising the same, and method for identifying Perilla frutescens cultivar using the same |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| KR102276917B1 true KR102276917B1 (en) | 2021-07-14 |
Family
ID=76863052
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| KR1020200023401A KR102276917B1 (en) | 2020-02-26 | 2020-02-26 | EST-SSR primer set for identifying Perilla frutescens cultivar, kit for identifying Perilla frutescens cultivar comprising the same, and method for identifying Perilla frutescens cultivar using the same |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| KR (1) | KR102276917B1 (en) |
Citations (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR20060023378A (en) * | 2004-09-09 | 2006-03-14 | 대한민국(강원대학교 총장) | Method for producing a marker for detecting polymorphism in a plant |
| KR100781205B1 (en) * | 2004-09-09 | 2007-12-03 | 강원대학교산학협력단 | SSR primer isolated from Perilla spp. and use thereof |
| KR20190037609A (en) * | 2017-09-29 | 2019-04-08 | 대한민국(농촌진흥청장) | Molecular marker for identifying Perilla cultivars and Perilla wild species based on the information of chloroplast genomes and 45S nrDNAs sequence and uses thereof |
-
2020
- 2020-02-26 KR KR1020200023401A patent/KR102276917B1/en active IP Right Grant
Patent Citations (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR20060023378A (en) * | 2004-09-09 | 2006-03-14 | 대한민국(강원대학교 총장) | Method for producing a marker for detecting polymorphism in a plant |
| KR100781205B1 (en) * | 2004-09-09 | 2007-12-03 | 강원대학교산학협력단 | SSR primer isolated from Perilla spp. and use thereof |
| KR20190037609A (en) * | 2017-09-29 | 2019-04-08 | 대한민국(농촌진흥청장) | Molecular marker for identifying Perilla cultivars and Perilla wild species based on the information of chloroplast genomes and 45S nrDNAs sequence and uses thereof |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Gilmore et al. | Short tandem repeat (STR) DNA markers are hypervariable and informative in Cannabis sativa: implications for forensic investigations | |
| KR100823692B1 (en) | Sequence-based dna markers for evaluation of phylogenetic relationships and cultivar identification in korean watermelon varieties | |
| Ravishankar et al. | Mining and characterization of SSRs from pomegranate (Punica granatum L.) by pyrosequencing | |
| KR101976974B1 (en) | SSR molecular markers for discriminating grape cultivars and uses thereof | |
| KR102062452B1 (en) | Genetic maker for parentage and thereod in Turbot | |
| Del et al. | Marker-assisted introgression of a broad-spectrum resistance gene, Pi40 improved blast resistance of two elite rice (Oryza sativa L.) cultivars of Turkey | |
| KR20140106892A (en) | Method for Identifying Genetic Resources of Yam Using SSR Markers | |
| KR101877532B1 (en) | Primers for detecting SNP markers specific to Haryejosaeng and uses thereof | |
| KR102276917B1 (en) | EST-SSR primer set for identifying Perilla frutescens cultivar, kit for identifying Perilla frutescens cultivar comprising the same, and method for identifying Perilla frutescens cultivar using the same | |
| KR20190135789A (en) | Genetic maker for parentage and thereof in Olive flounder | |
| KR101144988B1 (en) | SCAR markers for discrimination of apple cultivars and use thereof | |
| KR102235298B1 (en) | Marker for discrimination of resistance to tomato yellow leaf curl virus and discrimination method using the same marker | |
| KR102111238B1 (en) | Microsatellite marker composition for analysis Epinephelus bruneus genes and method of analysis using the same | |
| KR101535925B1 (en) | Microsatellite markers for identification of goats | |
| KR101993289B1 (en) | Molecular marker for discriminating purple color of Perilla leaf and uses thereof | |
| KR101301863B1 (en) | A method for identifying lettuce varieties using microsatellite primer set | |
| KR101649589B1 (en) | SSR primer derived from apple and use thereof | |
| KR20100096330A (en) | Specific ssr primers for discriminating waxy corn cultivar 'mibaek2', and uses thereof | |
| KR101684069B1 (en) | Novel genomic marker for identifying Flammulina vehitipes and uses thereof | |
| KR101764629B1 (en) | Primer sets for discriminating Kenaf, and method for discriminating Kenaf | |
| KR102369297B1 (en) | Marker for discriminating foxglove aphid-resistant or sensitive soybean and uses thereof | |
| KR102412793B1 (en) | SNP genetic markers and primer sets for discriminating domestic wheat cultivar and uses thereof | |
| KR102009627B1 (en) | Primer set of tomato InDel marker for detection of wild-type tomato and cultivated-type tomato | |
| KR102215717B1 (en) | SSR markers for discriminating of foremost mugwort and use thereof | |
| KR102193649B1 (en) | Microsatellite markers for identification of Oplegnathus fasciatus |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| E701 | Decision to grant or registration of patent right | ||
| GRNT | Written decision to grant |