KR102246953B1 - Taqman primer for detecting Edwardsiella tarda - Google Patents

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Abstract

에드와드시엘라 타르다(Edwardsiella tarda)의 판별 또는 검출용 유전자 마커 증폭용 프라이머세트로서 서열번호 1 및 서열번호 2의 프라이머 쌍; 서열번호 3 및 서열번호 4의 프라이머 쌍; 서열번호 5 및 서열번호 6의 프라이머 쌍; 서열번호 7 및 서열번호 8의 프라이머 쌍; 서열번호 9 및 서열번호 10의 프라이머 쌍; 및 서열번호 11 및 서열번호 12의 프라이머 쌍으로 구성되는 프라이머 세트와 서열번호 13으로 구성된 프로브를 제공함으로써 단기간의 에드워드증 원인균을 신속 및 정확하게 검출하여 양식 피해를 최소로 줄일 수 있는 효과가 있다. As a primer set for amplifying a genetic marker for discrimination or detection of Edwardsiella tarda, a primer pair of SEQ ID NO: 1 and SEQ ID NO: 2; A pair of primers of SEQ ID NO: 3 and SEQ ID NO: 4; A pair of primers of SEQ ID NO: 5 and SEQ ID NO: 6; A pair of primers of SEQ ID NO: 7 and SEQ ID NO: 8; A pair of primers of SEQ ID NO: 9 and SEQ ID NO: 10; And by providing a primer set consisting of a primer pair of SEQ ID NO: 11 and SEQ ID NO: 12 and a probe consisting of SEQ ID NO: 13, there is an effect that can reduce aquaculture damage to a minimum by rapidly and accurately detecting the organism causing Edward's disease for a short period of time.

Description

에드와드시엘라 타르다(Edwardsiella tarda) 검출용 프라이머 세트 및 이를 이용한 동정 방법 {Taqman primer for detecting Edwardsiella tarda}Edwardsiella tarda detection primer set and identification method using the same {Taqman primer for detecting Edwardsiella tarda}

본 발명은 넙치의 에드워드증 원인균인 에드와드시엘라 타르다(Edwardsiella tarda)를 검출하고 넙치 에드워드증을 판별할 수 있는 프라이머 세트 및 이를 이용한 검출방법에 관한 것으로 에드워드증 원인균에 특이적인 마커 및 이를 증폭시킬 수 있는 프라이머 세트에 관한 것이다.The present invention relates to a primer set capable of detecting Edwardsiella tarda, which is the causative agent of Edwardian disease in flounder, and to a detection method using the same, and a marker specific for Edward's disease causative bacteria and amplifying the same. It relates to a set of primers that can be made.

넙치는 우리나라 양식어 중 가장 많은 생산량을 차지하는 주요 어종으로 고밀도 사육방법과 대규모 양식에 따른 기술이 많이 개발되고 있다. 하지만 환경적 요인, 식이적 요인, 병원체 유입 등의 외부적 요인과 어종의 상태 등에 따른 내인성 요인에 의해 여러 가지 질병이 발생하면서 폐사율이 증가하고 있다. 넙치에서 많이 발생하는 주요 질병으로는 부화직후의 치어기에 발생하는 버나바이러스증을 포함한 각종 바이러스성 질병과 육성기에 발생하는 에드워드증, 연쇄구균증 등과 같은 세균성 질병이 있으며, 기생충성 질병으로는 백점병, 이크티오보도증, 스쿠티카증 등이 보고되어 있다. Flounder is a major fish species that accounts for the largest production amount among farmed fish in Korea, and a lot of technologies are being developed according to high-density breeding methods and large-scale aquaculture. However, mortality is increasing as various diseases occur due to external factors such as environmental factors, dietary factors, influx of pathogens, and endogenous factors according to the condition of fish species. Major diseases that occur frequently in flounder include various viral diseases including burnavirus that occurs in the fry immediately after hatching, and bacterial diseases such as Edward's disease and streptococci, which occur in the growing season. Parasitic diseases include white spot disease, Ikthiobodosis, scutikaosis, etc. have been reported.

세균성 질병에 의한 폐사율은 다른 질병에 비해 높게 나타나는데, 특히 애드워드증은 세균성 질병 중에서 피해 규모가 큰 질병이다. 모든 사육단계에서 발생하는 질병으로 한 번 발병하면 장기간에 걸쳐 누적 폐사가 발생한다. The mortality rate due to bacterial diseases is higher than that of other diseases. In particular, Adword disease is a disease with the greatest damage among bacterial diseases. It is a disease that occurs in all breeding stages, and once an outbreak occurs, cumulative death occurs over a long period of time.

넙치를 비롯한 대부분의 어류에서는 에드와드시엘라 타르다(Edwardsiella tarda)가 원인균으로 보고되었다. 또한 병원체가 다양한 원인균으로 Streptococcus iniae, S.parauberis, Lactococcus garvieae 등이 보고되고 있으며, 제주지역의 양식 넙치에서는 S.iniae, S.parauberis가 주로 발생한다는 연구보고가 있다. Edwardsiella tarda has been reported as a causative agent in most fish, including flounder. In addition, Streptococcus iniae, S.parauberis, and Lactococcus garvieae have been reported as causative bacteria of various pathogens, and studies have been reported that S.iniae, S.

정확한 원인균 분석을 위한 질병에 감염된 넙치에서 볼 수 있는 대표적인 증상은 체색의 변화, 안구 이상, 복부팽만, 탈장 등의 외부적, 내부적인 증상을 확인할 수 있다. 그러나, 이러한 증상만으로는 질병을 정확하게 진단하기 어려우며, 양식장 환경 및 어체의 상태에 따라 혼합 또는 2차 감염이 나타날 수 있으므로 질병을 정확하게 진단할 수 있어야 한다. Representative symptoms that can be seen in disease-infected flounder for accurate causative analysis include changes in body color, eye abnormalities, abdominal distension, and external and internal symptoms such as a hernia. However, it is difficult to accurately diagnose a disease with only these symptoms, and a mixed or secondary infection may occur depending on the farm environment and the condition of the fish, so the disease must be accurately diagnosed.

현재 나와 있는 질병 분자적 진단 키트의 경우 프로브 서열(probe sequence) 이외에 outer primer(specific primer)에서는 범용프라이머를 이용하여 증폭 특이성이 없기 때문에 probe 부위에 추가변이 개체가 나타날 경우 비증폭으로 인한 false negative 결과가 발생할 가능성이 높으며 기존에 사용되는 PNA 프로브의 경우 일반 Taqman 프로브 보다 가격적인 면에서 2배 이상 차이가 난다. In the case of currently available disease molecular diagnostic kits, the outer primer (specific primer) other than the probe sequence has no amplification specificity using a universal primer, so if an additional mutant entity appears at the probe site, a false negative result due to non-amplification. Is likely to occur, and the PNA probe used in the past is more than two times more expensive in terms of price than the general Taqman probe.

따라서, 본 발명은 세균성 질병, 바이러스성 질병, 기생충성 질병에 대해 1차적으로 정방향 및 역방향 프라이머(forward/reverse primer)를 특이 증폭마커로 제작을 하고 2차적으로 에드와드시엘라 타르다(Edwardsiella tarda) 종만이 공통적으로 가지는 특이 부위에 프로브(probe)를 제작하고 보균여부 확인이 가능하도록 positive control을 이용한 정량분석을 통해 기존 진단 마커보다 정확성과 특이성을 높여 넙치의 에드워드증 원인균을 판별할 수 있는 프라이머 세트 및 프로브와 이를 이용한 판별방법을 제공하고자 한다.Therefore, in the present invention, forward/reverse primers are primarily prepared as specific amplification markers for bacterial diseases, viral diseases, and parasitic diseases, and secondly, Edwardsiella tarda (Edwardsiella tarda ) Primers that can identify the causative agent of Edwardian disease in flatfish by improving accuracy and specificity than existing diagnostic markers through quantitative analysis using positive control to make probes at specific sites that only species have in common and confirm carrier status. It is intended to provide a set and a probe and a method of discrimination using the same.

국내 등록특허번호 제10-0318089호에는 에드와드시엘라 타르다(Edwardsiella tarda)로부터 분리한 서열 10의 16S rRNA, 이로부터 얻어진 특정 서열의 올리고 뉴클레오타이드를 포함하여 에드와드시엘라 타르다 (Edwardsiella tarda)를 검출하는 올리고 뉴클레오타이드 프로브(probe)는 기존의 올리고 뉴클레오타이드 프로브에 비해 교차 반응이 현저히 감소된, 감도가 높고 특이성이 향상된 프로브이며, 본 발명의 PCR을 이용하는 다중체 프로브의 제조방법은 간단하고 신속하게 특이성이 우수한 다중체 프로브를 제조할 수 있는 경제적인 프로브 제조방법에 관하여 개시하고 있다.In Korea Patent Registration No. 10-0318089, Edwardsiella tarda, including 16S rRNA of SEQ ID NO: 10 isolated from Edwardsiella tarda, and oligonucleotides of a specific sequence obtained therefrom. Oligonucleotide probe for detecting (probe) is a probe with significantly reduced cross-reaction, high sensitivity and improved specificity compared to the conventional oligonucleotide probe, and the method of manufacturing a multimeric probe using PCR of the present invention is simple and quick. Disclosed is an economical probe manufacturing method capable of manufacturing a multibody probe having excellent specificity. 국내 등록특허번호 제10-1409493호에는 에드와드 균 (Edwardsiella tarda)에 결합하는 펩티드, 그의 제조방법 및 이를 이용한 에드와드 균의 검출방법에 관한 것으로, 상기 펩티드를 이용할 경우 항체를 이용하는 것에 비해 경제적이고 간편하게 에드와드균을 검출할 수 있는 에드와드 균에 결합하는 펩티드, 그의 제조방법 및 이를 이용한 에드와드 균의 검출방법에 관하여 개시하고 있다.Korean Patent No. 10-1409493 relates to a peptide that binds to Edwardsiella tarda, a method for manufacturing the same, and a method for detecting Edward bacteria using the same. When using the peptide, it is economical compared to using an antibody. Disclosed is a peptide that binds to the Ed ward bacteria, which can easily detect Ed ward bacteria, a method for producing the same, and a method for detecting Ed ward bacteria using the same. 국내 등록특허번호 제10-1481258호에는 비브리오 균 및 에드와드 균의 동시 검출용 프라이머, 상기 프라이머를 사용한 중합효소연쇄반응을 통해 병원성 미생물들을 검출하는 방법 및 검출키트에 관한 것이다. 본 발명에 따른 상기 프라이머는 미량 농도의 병원성 세균을 검출할 수 있는 특징이 있고, 비브리오 균 및 에드와드 균을 한 번의 PCR 반응으로 정확하고 신속하게 검출할 수 있는 비브리오 균 및 에드와드 균의 동시 검출용 프라이머 및 이의 용도에 관하여 개시하고 있다.Korean Patent No. 10-1481258 relates to a primer for simultaneous detection of Vibrio and Edward bacteria, a method for detecting pathogenic microorganisms through polymerase chain reaction using the primer, and a detection kit. The primer according to the present invention has a characteristic capable of detecting pathogenic bacteria at trace concentrations, and simultaneous detection of Vibrio and Edward bacteria that can accurately and quickly detect Vibrio and Edward bacteria in a single PCR reaction. It discloses a primer for use and its use. 국내 등록특허번호 제10-1644773호에는 어류 에드와드 감염증과 연쇄구균감염증 원인세균의 판별 및 검출용 유전자 마커, 및 이를 이용한 원인세균의 판별 및 검출 방법에 관한 것으로, 더욱 자세하게는 어류 에드와드 감염증과 연쇄구균 감염증 원인세균인 에드와드시엘라 타르다(Edwardsiella tarda), 연쇄구균인 스트렙토코카스 이니애(Streptococcus iniae), 스트렙토코카스 파라우베리스(Streptococcus parauberis) 및 락토코카스 가비에(Lactococcus garvieae)의 16S rDNA 유전자를 코딩하는 DNA 염기서열 중 세균 특이적 단일염기다형성(Single nucleotide polymorphism, SNP)을 포함하는 유전자 마커를 선정하여 증폭시킨 다음, 증폭산물을 특이적으로 인식하는 펩티드핵산(Peptide NucleicAcid, PNA)을 혼성화시키고, 혼성화된 산물의 온도 조절을 통해 온도별 융해곡선을 얻고, 상기 얻은 융해곡선의 분석을 통해 융해온도로부터 세균 종을 판별하거나 어류의 상기 세균 종의 감염 여부를 검출할 수 있는 어류 에드와드 감염증과 연쇄구균 감염증 원인세균의 판별 및 검출용 유전자 마커, 및 이를 이용한 원인세균의 판별 및 검출 방법에 관하여 개시하고 있다.Korean Patent Registration No. 10-1644773 relates to a genetic marker for discrimination and detection of the causative bacteria of fish Ed Ward infection and streptococcal infection, and a method of discriminating and detecting the causative bacteria using the same. Edwardsiella tarda, a streptococcal pathogen, streptococcus streptococcus iniae, Streptococcus parauberis, and Lactococcus garvieae 16 After selecting and amplifying a gene marker containing bacterial-specific single nucleotide polymorphism (SNP) among the DNA nucleotide sequences encoding the gene, peptide nucleic acid (PNA) that specifically recognizes the amplified product is used. A fish edward capable of obtaining a melting curve for each temperature by hybridizing and controlling the temperature of the hybridized product, and determining the bacterial species from the melting temperature through the analysis of the obtained melting curve or detecting the infection of the bacterial species in the fish. Disclosed is a genetic marker for discrimination and detection of infectious diseases and streptococcal infectious bacteria, and a method for discriminating and detecting the causative bacteria using the same.

본 발명은 1차적으로 정방향 및 역방향 프라이머(forward/reverse primer)를 특이 증폭마커로 제작을 하고 2차적으로 에드와드시엘라 타르다(Edwardsiella tarda) 종만이 공통적으로 가지는 특이 부위에 프로브(probe)를 제작하고 보균여부 확인이 가능하도록 positive control을 이용한 정량분석을 통해 기존 진단 마커보다 정확성과 특이성을 높여 질병을 진단할 수 있는 애드워드증 원인균인 (Edwardsiella tarda) 특이 검출방법 및 이의 프라이머 세트, 프로브를 제공하고자 한다.In the present invention, firstly, forward/reverse primers are prepared as specific amplification markers, and secondly, a probe is provided at a specific site that only Edwardsiella tarda species have in common. Provides a specific detection method of Edwardsiella tarda that can diagnose disease with higher accuracy and specificity than existing diagnostic markers through quantitative analysis using positive control so that it can be manufactured and confirmed carrier status, and its primer set and probe I want to.

상기 목적을 달성하기 위하여, 본 발명의 일 실시예에 따른 에드와드시엘라 타르다(Edwardsiella tarda)의 판별 또는 검출용 유전자 마커 증폭용 프라이머세트 및 프로는 서열번호 1 및 서열번호 2의 프라이머 쌍; 서열번호 3 및 서열번호 4의 프라이머 쌍; 서열번호 5 및 서열번호 6의 프라이머 쌍; 서열번호 7 및 서열번호 8의 프라이머 쌍; 서열번호 9 및 서열번호 10의 프라이머 쌍; 및 서열번호 11 및 서열번호 12의 프라이머 쌍으로 구성되는 프라이머 세트와 서열번호 13으로 구성된 프로브를 포함하여 에드와드시엘라 타르다(Edwardsiella tarda)의 판별 또는 검출용 유전자 마커 증폭용 프라이머세트 및 프로브를 포함하는 것일 수 있다.In order to achieve the above object, a primer set and a pro for amplifying a genetic marker for discrimination or detection of Edwardsiella tarda according to an embodiment of the present invention include a primer pair of SEQ ID NO: 1 and SEQ ID NO: 2; A pair of primers of SEQ ID NO: 3 and SEQ ID NO: 4; A pair of primers of SEQ ID NO: 5 and SEQ ID NO: 6; A pair of primers of SEQ ID NO: 7 and SEQ ID NO: 8; A pair of primers of SEQ ID NO: 9 and SEQ ID NO: 10; And a primer set consisting of a primer pair of SEQ ID NO: 11 and SEQ ID NO: 12 and a probe consisting of SEQ ID NO: 13, and a primer set and a probe for amplifying a genetic marker for discrimination or detection of Edwardsiella tarda. It may be to include.

본 발명은 넙치의 에드워드증 원인균인 에드와드시엘라 타르다(Edwardsiella tarda)를 넙치 뿐만 아니라 타 종에 대해서 검출이 가능하고, 기존 진단 마커보다 정확성과 특이성을 높여 질병을 신속 및 정밀 진단할 수 있는 효과가 있다. The present invention enables detection of Edwardsiella tarda, which is the causative agent of Edwardian disease of flounder, not only for flounder, but also for other species, and improves accuracy and specificity compared to existing diagnostic markers, enabling rapid and precise diagnosis of disease. It works.

도 1은 본 발명의 에드와드시엘라 타르다(Edwardsiella tarda)의 판별 및 검출용 유전자 특이적 펩티드 핵산이 포함하고 있는 염기변위 부위를 설명하기 위한 유전자 위치도를 나타낸다.
도 2는 본 발명의 에드와드시엘라 타르다(Edwardsiella tarda)판별을 위한 PCR 산물의 전기영동 결과를 나타낸다.
도 3은 NCBI database에서 blast 결과를 나타낸다.
도 4에는 특이 증폭 PCR 전기영동 결과를 나타낸다.
도 5는 본 발명의 실험예에 따라 에드와드시엘라 타르다(Edwardsiella tarda)에 특이적인 프라이머 세트를 이용하여 실시간 중합효소연쇄반응을 수행한 결과를 나타낸다.
도 6은 본 발명의 실험예에 따라 에드와드시엘라 타르다(Edwardsiella tarda)에 특이적인 프라이머 세트를 이용하여 실시간 중합효소연쇄반응을 수행한 결과를 나타낸다.
도 7은 본 발명의 실험예에 따라 에드와드시엘라 타르다(Edwardsiella tarda)에 특이적인 프로브를 이용하여 실시간 중합효소연쇄반응을 수행한 결과를 나타낸다.
도 8은 본 발명의 실험예에 따라 에드와드시엘라 타르다(Edwardsiella tarda)에 특이적인 프로브를 이용하여 실시간 중합효소연쇄반응을 수행한 결과를 나타낸다.
도 9는 본 발명의 실험예의 단계적 희석에 따른 검출한계량 그래프를 나타낸다.
FIG. 1 shows a gene position diagram for explaining a nucleotide displacement site contained in a gene-specific peptide nucleic acid for discrimination and detection of Edwardsiella tarda of the present invention.
Figure 2 shows the results of electrophoresis of PCR products for discrimination of Edwardsiella tarda of the present invention.
3 shows the blast results in the NCBI database.
4 shows the results of specific amplification PCR electrophoresis.
5 shows the results of real-time polymerase chain reaction using a primer set specific for Edwardsiella tarda according to the experimental example of the present invention.
6 shows the results of real-time polymerase chain reaction using a primer set specific for Edwardsiella tarda according to the experimental example of the present invention.
7 shows the results of real-time polymerase chain reaction using a probe specific to Edwardsiella tarda according to the experimental example of the present invention.
8 shows the results of real-time polymerase chain reaction using a probe specific for Edwardsiella tarda according to the experimental example of the present invention.
9 shows a graph of the detection limit according to the stepwise dilution of the experimental example of the present invention.

이하, 본 발명의 애드워드증 원인균인 에드와드시엘라 타르다(Edwardsiella tarda)를 특이적으로 검출할 수 있는 프라이머 세트 및 이를 이용한 동정 방법과 관련한 도면을 참조하여 구체적으로 설명하면 다음과 같다.Hereinafter, a primer set capable of specifically detecting Edwardsiella tarda, the causative agent of Adwords disease of the present invention, and an identification method using the same will be described in detail with reference to the drawings.

본 발명은 실시간 중합효소연쇄반응을 통해 애드워드증 원인균인 에드와드시엘라 타르다(Edwardsiella tarda)를 특이적으로 검출할 수 있는 프라이머 세트 및 프로브를 제공한다.The present invention provides a primer set and a probe capable of specifically detecting Edwardsiella tarda, the causative agent of Adwords disease, through real-time polymerase chain reaction.

본 발명에서 지칭하는 프로브(probe)는 중합효소연쇄반응 과정에서 프라이머 세트와 같이 검체의 핵산에 있는 상보서열에 결합할 수 있는 서열번호 13의 염기서열을 가지는 것으로서, 5’말단에는 형광물질(fluorescent reporter dye)가 표지될 수 있다.본 발명의 프로브 또는 프라이머는 진단 및 프로브용의 검출가능한 표지(label)을 포함하도록 추가로 변형될 수 있다. A probe referred to in the present invention has a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 13 capable of binding to a complementary sequence in a nucleic acid of a sample, such as a primer set, in the process of polymerase chain reaction, and a fluorescent substance (fluorescent material) at the 5'end. reporter dye) may be labeled. The probe or primer of the present invention may be further modified to include a detectable label for diagnostic and probe purposes.

이러한 다양한 표지는 당업계에 잘 알려져 있으며, 상기 형광물질은 carboxyfluorescein(FAM),2,7-dimethoxy-4,5-dichloro-6carboxyfluoroscein(JOE),6 - carboxy - 2',4,4',5',7,7' - hexachlorofluorescein(HEX),5-Carboxytetramethylrhodamine(TAMRA),indocarbocyanine-3(Cy3), indocarbocyanine-5 (Cy5), 또는 6-Carboxy-X-rhodamine (Rox)을 사용할 수 있으며, 본 발명의 일실시예에 따르면 바람직하게는 carboxyfluorescein (FAM) 및 hexachlorofluorescein(HEX)을 사용할 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.These various labels are well known in the art, and the fluorescent material is carboxyfluorescein (FAM), 2,7-dimethoxy-4,5-dichloro-6carboxyfluoroscein (JOE), 6-carboxy-2',4,4',5 ',7,7'-hexachlorofluorescein (HEX), 5-Carboxytetramethylrhodamine (TAMRA), indocarbocyanine-3 (Cy3), indocarbocyanine-5 (Cy5), or 6-Carboxy-X-rhodamine (Rox) can be used. According to an embodiment of the present invention, carboxyfluorescein (FAM) and hexachlorofluorescein (HEX) may be preferably used, but are not limited thereto.

본 발명의 프라이머 및 프로브들은 바람직하게는 서열번호 1 및 서열번호 2의 프라이머 쌍, 서열번호 3 및 서열번호 4의 프라이머 쌍, 서열번호 5 및 서열번호 6의 프라이머 쌍, 서열번호 7 및 서열번호 8의 프라이머 쌍, 서열번호 9 및 서열번호 10의 프라이머 쌍, 서열번호 11 및 서열번호 12의 프라이머 쌍으로 구성되는 프라이머 세트와 서열번호 13으로 구성된 프로브를 포함하는 에드와드시엘라 타르다(Edwardsiella tarda)를 검출하기 위한 키트를 제공할 수 있다.The primers and probes of the present invention are preferably a primer pair of SEQ ID NO: 1 and SEQ ID NO: 2, a primer pair of SEQ ID NO: 3 and SEQ ID NO: 4, a primer pair of SEQ ID NO: 5 and SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7 and SEQ ID NO: 8 Edwardsiella tarda, including a primer set consisting of a primer pair of SEQ ID NO: 9 and SEQ ID NO: 10, a primer pair consisting of SEQ ID NO: 11 and SEQ ID NO: 12, and a probe consisting of SEQ ID NO: 13 It is possible to provide a kit for detecting.

상기 키트는 본 발명의 프라이머 또는 프로브 외에 증폭용 완충용액, dNTP, 대조군, 검출 시약 등을 포함하며, 건조 상태로 제공되는 것이 바람직하고, 반응에 영향이 없는 경우에 한하여 목적에 따라 추가적인 성분을 포함할 수 있다. 건조 상태로 제공되는 상기 키트는 보관 안정성이 향상되어 오랜 기간 사용이 가능하며, 혼합액의 제조과정이 생략됨으로써 실험자의 숙련도에 상관없이 빠른 시간 내에 재현성 높은 정확한 정량적 결과 값을 얻을 수 있다.The kit includes an amplification buffer solution, dNTP, control, detection reagent, etc. in addition to the primers or probes of the present invention, and is preferably provided in a dry state, and contains additional components according to the purpose only when there is no effect on the reaction. can do. The kit provided in a dry state can be used for a long period of time due to improved storage stability, and since the manufacturing process of the mixed solution is omitted, accurate quantitative results with high reproducibility can be obtained within a short time regardless of the skill level of the experimenter.

상기 키트는 추가로 내부 대조군용 프라이머 및 프로브를 포함할 수 있다. 중합효소연쇄반응시 내부 양성 대조군(internal positive control, 이하 'IPC'라 하기도 함) 주형 및 이에 맞는 프라이머를 제작하여 함께 넣어줌으로써 PCR이 잘 수행되었는지를 여부를 용이하게 확인할 수 있다.The kit may further include a primer and a probe for an internal control. During the polymerase chain reaction, an internal positive control (internal positive control, hereinafter also referred to as'IPC') template and a suitable primer are prepared and put together, so that whether or not PCR has been performed can be easily checked.

이하, 구체적인 실험예를 들어 설명하면 다음과 같다.Hereinafter, a specific experimental example will be described.

실험예 1. 양성 대조군(Positive control) 제작Experimental Example 1. Preparation of positive control

국립수산과학원 병리연구과에서 분양 받은 파우더 상태의 균을 1.5% NaCl-BHIB(BD)에 30℃에서 24~48시간 동안 배양하였다. 배양된 세균은 한 균주씩 (single colony) 분리한 후 멸균 glycerol을 첨가하여 -80℃에 보관하였으며 이후 종 동정과정에 사용하였다.The powdery bacteria, which were pre-sold from the National Fisheries Research Institute of Pathology, were incubated in 1.5% NaCl-BHIB (BD) at 30° C. for 24 to 48 hours. Cultured bacteria were separated one by one (single colony), and then stored at -80°C with sterile glycerol, and then used for species identification.

분리한 E.tarda 균주에 대한 정확성을 높이기 위해 분자적 종 동정 및 Sequencing을 실시하였다. 하기의 표 1은 종 동정을 위한 E.tarda 범용 프라이머 정보를 나타낸다. Molecular species identification and sequencing were performed to increase the accuracy of the isolated E. tarda strain. Table 1 below shows E.tarda universal primer information for species identification.

각 균주들은 1.5% NaCl-BHIB(BD)에 배양하여 genomic DNA를 분리하였으며, 분자적 종 동정은 논문 및 NCBI database sequence를 참고하여 각각의 균을 동정할 수 있는 정방향 및 역방향 프라이머 세트를 이용하여 PCR를 실시하였다. Each strain was cultured in 1.5% NaCl-BHIB (BD) to isolate genomic DNA, and molecular species identification was PCR using forward and reverse primer sets that can identify each strain by referring to the paper and NCBI database sequence. Was carried out.

PCR 조건은 94℃ 5분, 94℃ 30초, 55℃ 45초, 72℃ 45초에서 30 cycle, 72℃ 5분 반응하였으며 생성된 PCR 증폭산물은 1.5% 아가로스 겔(agarose gel)에서 전기 영동하여 1차적으로 밴드(band) 크기에 대한 결과를 확인하였다.PCR conditions were 94℃ for 5 minutes, 94℃ for 30 seconds, 55℃ for 45 seconds, 72℃ for 45 seconds for 30 cycles, 72℃ for 5 minutes, and the resulting PCR amplification product was electrophoresed on a 1.5% agarose gel. As a result, firstly, the result of the band size was confirmed.

E.tarda 범용 프라이머 정보 (종동정용)E.tarda general purpose primer information (for follower identification) PathogenPathogen Target geneTarget gene Sequence (5’-3’)Sequence (5’-3’) Size (bp)Size (bp) E.tardaE.tarda gyrB1gyrB1 TAC TCG CGT GCG TTT CTG GTAC TCG CGT GCG TTT CTG G 448448 GTC ACC GGT AGC GGA GAT TTGTC ACC GGT AGC GGA GAT TT

실험예Experimental example 2. 2. 에드와드시엘라Edward Siela 타르다 특이 Tarda peculiarity 마커Marker 제작 making

본 발명의 실험예 2에 따른 에드와드시엘라 타르다 특이 마커 (Edwardsiella tarda specific marker) 제작단계는 감염 넙치에서 Edwardsiella tarda 균 배양 및 DNA를 추출하는 단계1); 추출한 DNA를 일반 PCR 프라이머로 중합효소연쇄반응(PCR)을 수행하는 단계2); 종 동정 및 검증을 위한 sequencing blast 진행하는 단계3); Edwardsiella tarda 유전자를 이용한 특이 검출용 마커를 제작하는 단계4); 특이 부위 선발 및 마커 제작, 일반 PCR, SYBR real-time PCR 확인 단계5); Edwardsiella tarda conserved region의 Taqman 프로브 제작 및 분석하는 단계6)로 이루어질 수 있다.The production step of Edwardsiella tarda specific marker according to Experimental Example 2 of the present invention includes the steps of culturing Edwardsiella tarda bacteria and extracting DNA from infected flounder 1); Step 2) of performing a polymerase chain reaction (PCR) on the extracted DNA with a general PCR primer; Step 3) of sequencing blast for species identification and verification; Step 4) of preparing a marker for specific detection using the Edwardsiella tarda gene; Specific site selection and marker production, general PCR, SYBR real-time PCR confirmation step 5); It may consist of step 6) of fabricating and analyzing Taqman probes in the Edwardsiella tarda conserved region.

거제도에 위치한 A 양식장에서 탈장, 피부 발적, 안구 이상, 복부 팽만 등의 외부적 증상을 보이는 넙치 개체를 해부하여 혈액과 두신, 아가미, 표피, 꼬리 지느러미 등의 조직을 분리하였다. A flatfish object showing external symptoms such as hernia, skin redness, eye abnormalities, and abdominal distension was dissected at farm A located in Geoje Island, and tissues such as the head, gills, epidermis, and tail fin were separated from the blood.

또한, 균 확보는 SS agar에 조직액 및 조직을 도말한 후 30℃에서 24~48시간 동안 배양하였다. 이때 배양된 에드워드균은 황화수소를 이용하여 가스를 생성하도록 하여 균이 자라는 부분에서 적색의 배지가 검정색으로 변하게 되는 특징을 확인할 수 있다.In addition, for securing the bacteria, tissue fluid and tissue were smeared on SS agar and cultured at 30° C. for 24 to 48 hours. At this time, the cultured Edwardian bacteria use hydrogen sulfide to generate gas so that the red medium turns black in the area where the bacteria grow.

배양된 세균은 배양된 세균은 한 균주씩 (single colony) 분리한 후 1.5% NaCl-BHIB(BD)에 배양하고, 두신, 아가미, 발적부위의 조직은 에탄올 및 RNA Later 등에 보관하여 수송하고 즉시 Mollusc DNA extraction kit를 이용하여 total genomic DNA를 추출하였다. The cultured bacteria are separated by single colony and cultured in 1.5% NaCl-BHIB (BD), and the tissues of the head, gills, and redness area are stored in ethanol and RNA Later, and transported immediately. Total genomic DNA was extracted using a DNA extraction kit.

상기 분리한 E.tarda 균주에 대한 정확성을 높이기 위해 분자적 종 동정 및 시퀀싱을 실시하였다. 시퀀싱은 ABI 3730XL( capillary 96ea X 50cm)장비를 이용하고 분석에 사용되는 시약은 BigDyeⓡ Terminator v3.1Cycle Sequencing Kit을 이용하였다. 최종 시퀀싱 결과는 NCBI database sequence를 참고하여 각각의 균을 동정할 수 있는 정방향 및 역방향 프라이머 세트를 이용하여 PCR를 실시하였다. In order to increase the accuracy of the isolated E. tarda strain, molecular species identification and sequencing were performed. ABI 3730XL (capillary 96ea X 50cm) was used for sequencing, and the reagent used for analysis was BigDye® Terminator v3.1Cycle Sequencing Kit. For the final sequencing result, PCR was performed using a set of forward and reverse primers that can identify each bacteria by referring to the NCBI database sequence.

PCR 조건은 94℃ 5분, 94℃ 30초, 55℃ 45초, 72℃ 45초에서 30 cycle, 72℃ 5분 반응하였으며 생성된 PCR 증폭산물은 1.5% 아가로스 겔(agarose gel)에서 전기영동하여 1차적으로 밴드(band) 크기에 대한 결과를 확인하였다. 또한 증폭산물에 대한 시퀀싱(sequencing)을 실시하여 NCBI Blast 분석 및 일치도를 확인하고 최종 종동정을 실시하였다.PCR conditions were 94℃ for 5 minutes, 94℃ for 30 seconds, 55℃ for 45 seconds, 72℃ for 45 seconds for 30 cycles, 72℃ for 5 minutes, and the resulting PCR amplification product was electrophoresed on a 1.5% agarose gel. As a result, firstly, the result of the band size was confirmed. In addition, sequencing was performed on the amplified product to confirm NCBI blast analysis and consistency, and final follower identification was performed.

에드와드시엘라 타르다(E.tarda)만을 특이적으로 증폭하기 위해 감염된 특이 마커 7세트(set)를 제작 및 실험하였다. 우선적으로 특이성을 높이기 위해 증폭부위는 특이 유전자인 gyrB1 유전자부위를 사용하였으며 해당부위의 서열(sequence)을 이용하여 E.tarda만이 가지는 고유의 공통서열을 선발하고 추가적으로 증폭효율을 높이기 위한 annealing temperature, GC ratio, size를 고려하여 제작하였다.In order to specifically amplify only E. tarda, 7 sets of infected specific markers were prepared and tested. To increase specificity, the amplification site used the specific gene, gyrB1, and the sequence of the site was used to select the unique consensus sequence that only E.tarda has, and annealing temperature, GC to further increase the amplification efficiency. It was produced in consideration of the ratio and size.

국립수산과학원 병리연구과에서 분양 받은 Phtobacterium damselae, Vibrio harveyi, Vibrio ichthyoenteri, Edwardsiella tarda, Streptococcus parauberis, Lactococcus garvieae, Steptocuccus iniae 을 이용하여 E.tarda만의 PCR 특이 증폭 여부 확인 실험을 진행하였다. PCR 조건은 94℃ 5분, 94℃ 30초, 62℃ 30초, 72℃ 30초에서 34 cycle, 72℃ 5분 반응하였다. 생성된 PCR 증폭산물은 1.5% agarose gel에서 전기 영동하여 band 크기 및 증폭 유무에 대한 결과를 확인하였다. Phtobacterium damselae, Vibrio harveyi, Vibrio ichthyoenteri, Edwardsiella tarda, Streptococcus parauberis, Lactococcus garvieae, and Steptocuccus iniae were used to confirm the specific PCR amplification of E. PCR conditions were 94°C for 5 minutes, 94°C for 30 seconds, 62°C for 30 seconds, 72°C for 30 seconds for 34 cycles, and 72°C for 5 minutes. The resulting PCR amplification product was electrophoresed on a 1.5% agarose gel to confirm the band size and the amplification.

또한, 일반 PCR로 육안상 확인하기 어려운 부분의 정밀한 진단을 위해 SYBR을 이용한 Real-time PCR도 동시에 진행하였으며 PCR 조건은 94℃ 5분, 94℃ 30초, 62℃ 30초, 72℃ 30초에서 34 cycle, 72℃ 5분 반응하였다. In addition, real-time PCR using SYBR was also conducted simultaneously for precise diagnosis of areas that are difficult to check with the naked eye with normal PCR. PCR conditions were at 94 5 minutes, 94℃ 30 seconds, 62℃ 30 seconds, and 72℃ 30 seconds. It reacted for 5 minutes at 34 cycles and 72°C.

DNA는 1ng/ul로 모두 희석하여 맞춰주었으며 사용된 시약은 Template 1ul. Primer (10p) 2ul, SYBr(takara, Japan) 10ul, Distil water 7ul를 넣어주었다. Real-time PCR에 사용된 기기는 StepOne plus(applied biosystems,USA)이며 Real-time PCR에 사용된 조건은 95℃ 30초, 95℃ 5초, 60℃ 30초에서 40 cycle, , 95℃ 15초, 60℃ 1분, 95℃ 15초 반응하였다.DNA was all diluted to 1 ng/ul and adjusted, and the reagent used was Template 1 ul. Primer (10p) 2ul, SYBr (takara, Japan) 10ul, and Distil water 7ul were added. The device used for real-time PCR is StepOne plus (applied biosystems, USA), and the conditions used for real-time PCR are 95℃ for 30 seconds, 95℃ for 5 seconds, 60℃ for 30 seconds for 40 cycles, and 95℃ for 15 seconds. The reaction was performed at 60° C. for 1 minute and 95° C. for 15 seconds.

동시다중검사를 위해 Taqman 프로브(Taqman probe)를 이용한 Real-time PCR 에드워드증 검출을 확인하기 위하여 형광물질(FAM, HEX)이 부착된 Taqman 프로브를 디자인하였으며 Edward tarda 개체에 변이가 있어서는 안 되므로, NCBI Blast를 통해 동종에 대한 다양한 경우의 염기서열을 수집하였다. 수집된 에드와드시엘라 타르다(E.tarda)를 sequence align 통해 정렬하였고 변이가 없는 보존된 부위에 Taqman 프로브를 디자인하였다. A Taqman probe attached with a fluorescent substance (FAM, HEX) was designed to confirm the detection of real-time PCR Edwardosis using a Taqman probe for simultaneous multiplex testing.Since there should not be mutations in Edward tarda individuals, NCBI The nucleotide sequence of various cases for the homogeneous was collected through Blast. The collected E. tarda was aligned through sequence alignment, and the Taqman probe was designed in the preserved area without mutation.

디자인한 Taqman 프로브를 이용하여 실시간 중합연쇄반응을 실시하였으며 Template는 1ng/ul로 희석한 DNA를 사용하였고 Template 1ul. Primer (10p) 2ul, Taqman probe(10p) 1ul, Alltaq premix 10ul (자체 개발 taqman용 master mix) Distil water 6ul를 넣어주었다. Real-time PCR에 사용된 기기는 StepOne plus(applied biosystems,USA)이며 Real-time PCR에 사용된 조건은 95℃ 30초, 95℃ 5초, 60℃ 30초 40cycle 반응하였다Real-time polymerization chain reaction was performed using the designed Taqman probe. The template was DNA diluted with 1 ng/ul, and the template was 1 ul. Primer (10p) 2ul, Taqman probe (10p) 1ul, Alltaq premix 10ul (self-developed master mix for taqman) Distil water 6ul was added. The device used for real-time PCR was StepOne plus (applied biosystems, USA), and the conditions used for real-time PCR were 95°C for 30 seconds, 95°C for 5 seconds, 60°C for 30 seconds and 40 cycles.

하기의 표 2는 상기 기재된 연쇄구균(스트랩토코커스 이니애, 스트렙토코커스 파라우베리스) 및 본 발명의 에드와드시엘라 타르다(Edwardsiella tarda)에 특이적인 유전자 마커 정보를 나타낸다.Table 2 below shows gene marker information specific to the above-described Streptococcus (Straptococcus inae, Streptococcus parauberis) and Edwardsiella tarda of the present invention.

유전자 마커Genetic marker PathogenPathogen Target geneTarget gene Sequence (5’-3’)Sequence (5’-3’) Size (bp)Size (bp) s.parauberiss.parauberis 23S rRNA23S rRNA GTT CCC TCA GAT TGG TTG GAGTT CCC TCA GAT TGG TTG GA 103103 TCA CTA AGC CCG ACT TTC GTTCA CTA AGC CCG ACT TTC GT s.iniaes.iniae 16S rRNA16S rRNA AGG TAA CGG CTC ACC AAG GAGG TAA CGG CTC ACC AAG G 127127 CTT CCG TCC ATT GCC GAACTT CCG TCC ATT GCC GAA E.tardaE.tarda gyrB1gyrB1 GAA CAA AAC GCC AAT CCA TCGAA CAA AAC GCC AAT CCA TC 104104 TAT TCT CCT GGA AGC CAT CGTAT TCT CCT GGA AGC CAT CG

도 2는 본 발명의 에드와드시엘라 타르다(Edwardsiella tarda) 판별을 위한 PCR 산물의 전기영동 결과를 나타낸다. 양식장에서 분리 동정된 E.tarda를 종 동정용 범용 프라이머를 이용하여 PCR을 실시하였을 때, 타겟 밴드가 확인되었다. 해당 밴드를 겔 정제(gel purification)를 실시한 후 시퀀싱(sequencing)을 진행하였으며 해당 서열은 하기 표 3과 같다. Figure 2 shows the results of electrophoresis of PCR products for discrimination of Edwardsiella tarda of the present invention. When PCR was carried out using a universal primer for species identification of E. tarda isolated and identified in a farm, a target band was identified. The band was subjected to gel purification, followed by sequencing, and the sequence is shown in Table 3 below.

Edwardsiella tarda 시퀀싱 결과Edwardsiella tarda sequencing results >E.tarda>E.tarda TCTGGCTAGCGCCTGCGCGAACTCTCTTTCCTGAACTCCGGCGTCTCCATCCGCCTGCGCGATAAACGCAACGATCGCGAAGATCATTTCCACTATGAGGGTGGGATTAAGGCGTTTGTCGAGTATCTGAACAAGAACAAAACGCCAATCCATCCGAACGTGTTTTACTTTTCGACCATGAAGGATGATATCGGCGTAGAAGTGGCGCTGCAGTGGAACGATGGCTTCCAGGAGAATATCTACTGCTTTACCAATAACATCCCGCAGCGCGACGGCGGGACCCATTTGGCCGGTTTCCGTGCGGCGATGACCCGTACGCTGAACAGCTACATGGAAAACGAAGGCTATACCAAGAAGAGCAAAATCTGGCTAGCGCCTGCGCGAACTCTCTTTCCTGAACTCCGGCGTCTCCATCCGCCTGCGCGATAAACGCAACGATCGCGAAGATCATTTCCACTATGAGGGTGGGATTAAGGCGTTTGTCGAGTATCTGAACAAGAACAAAACGCCAATCCATCCGAACGTGTTTTACTTTTCGACCATGAAGGATGATATCGGCGTAGAAGTGGCGCTGCAGTGGAACGATGGCTTCCAGGAGAATATCTACTGCTTTACCAATAACATCCCGCAGCGCGACGGCGGGACCCATTTGGCCGGTTTCCGTGCGGCGATGACCCGTACGCTGAACAGCTACATGGAAAACGAAGGCTATACCAAGAAGAGCAAAA

도 3은 NCBI database에서 blast 결과를 나타낸다. 상기 Sequence를 이용하여 NCBI database에서 blast를 실시하였을 때 quary cover 100%, Identity 99.7%로 E.tarda로 판별되었다. 해당 sequence를 이용하여 E.tarda만을 특이적으로 증폭하기 위해 감염된 특이 마커 6 set를 제작하였으며 서열번호 1 내지 12의 6개의 마커 정보는 하기의 표 4에 나타내었고 도 1에는 본 발명의 에드와드시엘라 타르다(Edwardsiella tarda)의 판별 및 검출용 유전자 특이적 펩티드 핵산이 포함하고 있는 염기변위 부위를 설명하기 위한 유전자 위치도를 나타낸다.3 shows the blast results in the NCBI database. When blasting was performed in the NCBI database using the above sequence, it was identified as E.tarda with 100% quary cover and 99.7% identity. In order to specifically amplify only E.tarda using the sequence, 6 sets of infected specific markers were prepared. The information on the six markers of SEQ ID NOs: 1 to 12 is shown in Table 4 below. The gene position diagram for explaining the nucleotide displacement site contained in the gene-specific peptide nucleic acid for discrimination and detection of Edwardsiella tarda is shown.

프라이머 세트Primer set 서열번호Sequence number NameName FORWARD PRIMER1 (5'-3')FORWARD PRIMER1 (5'-3') 1One E.tarda_01FE.tarda_01F AAAGTGGTTGGCGACACCAAAGTGGTTGGCGACACC 22 E.tarda_01RE.tarda_01R ATCCCACCCTCATAGTGGAAATCCCACCCTCATAGTGGAA 33 E.tarda_02FE.tarda_02F CGTTTCTGGCCGAGCATGCGTTTCTGGCCGAGCATG 44 E.tarda_02RE.tarda_02R ACGTTCGGATGGATTGGCACGTTCGGATGGATTGGC 55 E.tarda_03FE.tarda_03F GCAACGATCGCGAAGATCAGCAACGATCGCGAAGATCA 66 E.tarda_03RE.tarda_03R AAACCGGCCAAATGGGTCAAACCGGCCAAATGGGTC 77 E.tarda_11FE.tarda_11F GGCGTTTGTCGAGTATCTGAGGCGTTTGTCGAGTATCTGA 88 E.tarda_11RE.tarda_11R GTTCAGCGTACGGGTCATCGTTCAGCGTACGGGTCATC 99 E.tarda_48FE.tarda_48F CCCATTTGGCCGGTTTCCCCCATTTGGCCGGTTTCC 1010 E.tarda_48RE.tarda_48R CGTTCATCAGCGACTCAACGCGTTCATCAGCGACTCAACG 1111 E.tarda_94FE.tarda_94F CGCTGAACAGCTACATGGAACGCTGAACAGCTACATGGAA 1212 E.tarda_94RE.tarda_94R CCAGACGCTCGTTCATCAGCCAGACGCTCGTTCATCAG

제작된 특이 프라이머의 특이성 검증하기 위해 국립수산과학원 병리연구과에서 분양 받은 Phtobacterium damselae, Vibrio harveyi, Vibrio ichthyoenteri, Edwardsiella tarda, Streptococcus parauberis, Lactococcus garvieae, Steptocuccus iniae 을 이용하여 E.tarda만의 PCR 특이 증폭 여부 확인을 실시하였다. 도 4에는 특이 증폭 PCR 전기영동 결과를 나타낸다. E.tarda_02를 제외하고 다른 종에서는 밴드가 확인되지 않고 E.tarda에서만 증폭이 되는 6개의 종 특이 마커 정방향 및 역방향 프라이머 세트를 1차 선발하였다. To verify the specificity of the produced specific primers , the PCR specific amplification of E. Implemented. 4 shows the results of specific amplification PCR electrophoresis. Except for E.tarda_02, a set of forward and reverse primers for six species-specific markers, which were amplified only in E.tarda, with no bands identified in other species were first selected.

상기 1차 선발된 6개의 특이 마커에 대한 정확한 확인을 위해 실시간 중합연쇄반응을 실시하였다. 도 5 내지 6은 본 발명의 실험예에 따라 에드와드시엘라 타르다(Edwardsiella tarda)에 특이적인 프라이머 세트를 이용하여 실시간 중합효소연쇄반응을 수행한 결과를 나타낸다. Real-time polymerization chain reaction was performed to accurately confirm the first selected six specific markers. 5 to 6 show the results of real-time polymerase chain reaction using a primer set specific for Edwardsiella tarda according to the experimental example of the present invention.

6개의 마커 중 종 특이 마커 정방향 및 역방향 프라이머 세트(forward / reverse primer set)로 사용이 가능한 E.tarda_03, E.tarda_11마커를 최종적으로 선발하였고 그 결과는 다음과 같다. 상기 그림과 같이 Syber green을 이용한 Real-time PCR을 실시한 결과 E.tarda 이외의 다른 6개의 종에서는 peak가 나타나지 않은 것을 확인하였다.Among the six markers, E.tarda_03 and E.tarda_11 markers that can be used as species-specific marker forward/reverse primer sets were finally selected, and the results are as follows. As shown in the figure above, as a result of real-time PCR using Syber green, it was confirmed that no peak appeared in 6 species other than E.

Taqman 프로브 이용한 real-time PCR 결과는 다음과 같다. 동시다중검사를 위해 정방향 및 역방향 프라이머 세트 이외에 검출의 정확성을 높이기 위한 Taqman 프로브를 이용한 Real-time PCR 에드워드증 검출을 확인하기 위하여 FAM dye가 부착된 Taqman probe를 디자인하였으며 probe 정보는 다음과 같다. The results of real-time PCR using Taqman probe are as follows. For the simultaneous multiplex test, a Taqman probe with FAM dye was designed to confirm the detection of real-time PCR edwardosis using a Taqman probe to increase the accuracy of detection in addition to the forward and reverse primer sets.The probe information is as follows.

Taqman probe 정보Taqman probe information 서열번호Sequence number NameName DyeDye 5' ->3' sequence5'->3' sequence QuencherQuencher 비고Remark 1313 TM_p_ET3TM_p_ET3 6-FAM 6-FAM ATCCATCCGAACGTGTTATCCATCCGAACGTGTT TAMRATAMRA HPLC 정제HPLC purification

해당 프로브를 이용하여 real-time PCR을 실시하였으며 그 결과는 도 7 내지 도 8에 나타내었다. 최종 선발된 E.tarda_3, 11 primer 의 경우 E.tarda 이외에 다른 세균을 이용한 증폭 여부를 확인한 결과 증폭 peak 가 나타나지 않았으며 정량적 분석 결과인 Cq 값에서도 전혀 증폭이 되지 않은 것으로 보아 2개의 마커는 특이 검출 마커로서 정확성이 매우 높고 질병 검출에 효과적인 것으로 사료된다.Real-time PCR was performed using the probe, and the results are shown in FIGS. 7 to 8. In the case of the final selected E.tarda_3 and 11 primers, as a result of confirming whether amplification using bacteria other than E.tarda was used, no amplification peak appeared, and as a result of quantitative analysis, Cq value did not show any amplification, the two markers were specifically detected. As a marker, it has very high accuracy and is thought to be effective in disease detection.

실험예 3. 유전자 검출법의 최소 검출 한계 Experimental Example 3. Minimum detection limit of gene detection method

거제, 포항지역 내의 넙치 양식장에서 외견상 질병에 감염된 것으로 추정되는 각각의 병어 100개체 이상에서 아가미, 두신, 간 등에서 조직에서 추출 및 검출되는 세균을 본 연구에 사용하였다. Bacteria extracted and detected from tissues from gills, head shin, and liver were used in this study from more than 100 poultry fish that are apparently infected with diseases at flounder farms in Geoje and Pohang areas.

일반균 배양은 1.5% NaCl-BHIA(BD)에 분리된 조직액 및 조직을 도말한 후 29~30℃ 에서 24-48 시간 동안 배양하였다. 배양된 세균은 한 균주씩 (single colony) 분리한 후 1.5% NaCl-BHIB(Brain Heart Infusion Broth, Difco, USA)에 배양 후 멸균 glycerol을 첨가하여 -80℃에 보관 후 종 동정에 이용하였다.General bacteria culture was carried out at 29~30℃ for 24-48 hours after spreading the isolated tissue solution and tissue in 1.5% NaCl-BHIA (BD). Cultured bacteria were separated one by one (single colony), cultured in 1.5% NaCl-BHIB (Brain Heart Infusion Broth, Difco, USA), and then stored at -80°C with sterile glycerol and used for species identification.

에드워드균을 분리하기 위해 SS agar에 분리된 조직액 및 조직을 도말한 후 30℃에서 24~48시간 동안 배양하였다. 배양된 에드워드균은 황화수소를 이용하여 가스를 생성하도록 하여 균이 자라는 부분에서 적색의 배지가 검정색으로 변하게 되는 특징을 나타낸다. 배양된 세균은 배양된 세균은 한 균주씩 (single colony) 분리한 후 1.5% NaCl-BHIB(BD)에 배양 후 멸균 glycerol을 첨가하여 -80℃에 보관 후 종 동정에 이용하였다.In order to isolate Edward bacteria, the separated tissue solution and tissue were smeared on SS agar and incubated at 30° C. for 24 to 48 hours. Cultured Edwardian bacteria use hydrogen sulfide to generate gas, so that the red medium turns black in the area where the bacteria grow. The cultured bacteria were separated one by one (single colony), and then cultured in 1.5% NaCl-BHIB (BD), and then sterile glycerol was added and stored at -80°C and used for species identification.

현장에서 검출된 세균 및 국립수산과학원에서 분양받은 균을 이용하여 질병 진단 시 최대 검출 한계량을 조사하기 위해 DNA 농도를 단계적 희석법을(serial dilution) 진행하여 standard curve를 통한 확인을 실시하였고 도 9에는 단계적 희석에 따른 검출한계량 그래프를 나타낸다. In order to investigate the maximum detection limit when diagnosing a disease using bacteria detected in the field and bacteria distributed in the National Fisheries Research Institute, DNA concentration was subjected to a serial dilution method and confirmed through a standard curve. A graph of the detection limit according to dilution is shown.

상기 그래프에서의 검출한계는 최소 0.001ng(1pg)까지도 검출이 가능한 것으로 확인이 되었으며 이에 대한 cq값은 19.05에서 34.16까지 나타나 R2 값도 0.999로 높은 값을 나타내어 신뢰도 높은 결과를 확인할 수 있었다. 이는 현재 사람에서의 질병검사에서 가장 많이 사용되고 정확한 taqman 기법을 넙치뿐만이 아닌 수산물질병검사에 이용하여 보다 정확하고 보균상태의 세균까지도 확인하여 향후 질병으로 인한 경제적 피해를 예방할 수 있을 것으로 사료된다The detection limit in the graph was confirmed to be detectable up to a minimum of 0.001 ng (1 pg), and the cq value for this was found from 19.05 to 34.16, indicating a high R2 value of 0.999, confirming the highly reliable result. This is currently the most widely used for disease testing in humans, and it is believed that the accurate taqman technique can be used to test not only flounder but also aquatic substances disease, to identify bacteria in a more accurate and carrying state, thereby preventing economic damage caused by diseases in the future.

본 발명은 넙치의 애드워드증의 원인균을 신속하고 정확하게 판별 가능하여 넙치 양식장의 질병이 퍼지는 것을 단기간에 방지할 수 있으므로 이에 관련한 어업인들의 손실을 최소화할 수 있어 산업상 이용가능성이 있다.The present invention is capable of quickly and accurately discriminating the causative agent of adword disease of halibut, thereby preventing the spread of disease in halibut farming in a short period of time, thereby minimizing the loss of fishermen related thereto, and thus has industrial applicability.

<110> HAN, Jiseong <120> Taqman primer for detecting Edwardsiella tarda <130> p19-0580121 <160> 13 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> E.tarda_01 foward primer <400> 1 aaagtggttg gcgacacc 18 <210> 2 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> E.tarda_01 reverse primer <400> 2 atcccaccct catagtggaa 20 <210> 3 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> E.tarda_02 foward primer <400> 3 cgtttctggc cgagcatg 18 <210> 4 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> E.tarda_02 reverse primer <400> 4 acgttcggat ggattggc 18 <210> 5 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> E.tarda_03 foward primer <400> 5 gcaacgatcg cgaagatca 19 <210> 6 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> E.tarda_03 reverse primer <400> 6 aaaccggcca aatgggtc 18 <210> 7 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> E.tarda_11 foward primer <400> 7 ggcgtttgtc gagtatctga 20 <210> 8 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> E.tarda_11 reverse primer <400> 8 gttcagcgta cgggtcatc 19 <210> 9 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> E.tarda_48 foward primer <400> 9 cccatttggc cggtttcc 18 <210> 10 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> E.tarda_48 reverse primer <400> 10 cgttcatcag cgactcaacg 20 <210> 11 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> E.tarda_94 foward primer <400> 11 cgctgaacag ctacatggaa 20 <210> 12 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> E.tarda_94 reverse primer <400> 12 ccagacgctc gttcatcag 19 <210> 13 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> TM_p_ET3 probe <400> 13 atccatccga acgtgtt 17 <110> HAN, Jiseong <120> Taqman primer for detecting Edwardsiella tarda <130> p19-0580121 <160> 13 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> E.tarda_01 foward primer <400> 1 aaagtggttg gcgacacc 18 <210> 2 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> E.tarda_01 reverse primer <400> 2 atcccaccct catagtggaa 20 <210> 3 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> E.tarda_02 foward primer <400> 3 cgtttctggc cgagcatg 18 <210> 4 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> E.tarda_02 reverse primer <400> 4 acgttcggat ggattggc 18 <210> 5 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> E.tarda_03 foward primer <400> 5 gcaacgatcg cgaagatca 19 <210> 6 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> E.tarda_03 reverse primer <400> 6 aaaccggcca aatgggtc 18 <210> 7 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> E.tarda_11 foward primer <400> 7 ggcgtttgtc gagtatctga 20 <210> 8 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> E.tarda_11 reverse primer <400> 8 gttcagcgta cgggtcatc 19 <210> 9 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> E.tarda_48 foward primer <400> 9 cccatttggc cggtttcc 18 <210> 10 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> E.tarda_48 reverse primer <400> 10 cgttcatcag cgactcaacg 20 <210> 11 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> E.tarda_94 foward primer <400> 11 cgctgaacag ctacatggaa 20 <210> 12 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> E.tarda_94 reverse primer <400> 12 ccagacgctc gttcatcag 19 <210> 13 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> TM_p_ET3 probe <400> 13 atccatccga acgtgtt 17

Claims (4)

서열번호 1 및 서열번호 2의 프라이머 쌍; 서열번호 3 및 서열번호 4의 프라이머 쌍; 서열번호 5 및 서열번호 6의 프라이머 쌍; 서열번호 7 및 서열번호 8의 프라이머 쌍; 서열번호 9 및 서열번호 10의 프라이머 쌍; 및 서열번호 11 및 서열번호 12의 프라이머 쌍으로 구성되어 넙치 애드워드증 원인균인 에드와드시엘라 타르다(Edwardsiella tarda)를 검출하기 위한 프라이머 세트A pair of primers of SEQ ID NO: 1 and SEQ ID NO: 2; A pair of primers of SEQ ID NO: 3 and SEQ ID NO: 4; A pair of primers of SEQ ID NO: 5 and SEQ ID NO: 6; A pair of primers of SEQ ID NO: 7 and SEQ ID NO: 8; A pair of primers of SEQ ID NO: 9 and SEQ ID NO: 10; And a primer set for detecting Edwardsiella tarda, which is a halibut adwords disease causative agent, consisting of a pair of primers of SEQ ID NO: 11 and SEQ ID NO: 12 삭제delete 청구항 1의 프라이머 세트와 서열번호 13으로 구성된 프로브를 포함하여 이루어진 에드와드시엘라 타르다(Edwardsiella tarda)를 검출하기 위한 키트A kit for detecting Edwardsiella tarda comprising a probe consisting of the primer set of claim 1 and SEQ ID NO: 13 (a)넙치 시료로부터 유전체 DNA (genomic DNA)를 추출하는 단계;
(b) 상기 추출된 유전체 DNA (genomic DNA), 청구항 1의 프라이머 세트(primer set), 및 서열번호 13으로 구성된 프로브(probe)를 이용하여 실시간 중합효소연쇄반응(Real-Time Polymerase Chain Reaction)을 수행하는 단계; 및
(c)상기 (b)의 결과물을 분석하는 단계로 이루어지는 것인 에드와드시엘라 타르다(Edwardsiella tarda) 검출방법
(a) extracting genomic DNA from the flounder sample;
(b) Real-Time Polymerase Chain Reaction using the extracted genomic DNA, a primer set of claim 1, and a probe consisting of SEQ ID NO: 13 Performing; And
(c) Edwardsiella tarda detection method consisting of the step of analyzing the result of (b)
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