KR102012871B1 - 카프시쿰 아눔 미토콘드리아 dna 유형 분류용 마커, 프라이머 세트 및 이를 이용한 분류 방법 - Google Patents
카프시쿰 아눔 미토콘드리아 dna 유형 분류용 마커, 프라이머 세트 및 이를 이용한 분류 방법 Download PDFInfo
- Publication number
- KR102012871B1 KR102012871B1 KR1020180092111A KR20180092111A KR102012871B1 KR 102012871 B1 KR102012871 B1 KR 102012871B1 KR 1020180092111 A KR1020180092111 A KR 1020180092111A KR 20180092111 A KR20180092111 A KR 20180092111A KR 102012871 B1 KR102012871 B1 KR 102012871B1
- Authority
- KR
- South Korea
- Prior art keywords
- primer set
- seq
- nos
- primer
- group
- Prior art date
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2537/00—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature
- C12Q2537/10—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature the purpose or use of
- C12Q2537/143—Multiplexing, i.e. use of multiple primers or probes in a single reaction, usually for simultaneously analyse of multiple analysis
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/16—Primer sets for multiplex assays
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Botany (AREA)
- Mycology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
본 발명은 카프시쿰 아눔 미토콘드리아 DNA 유형 분류용 마커, 프라이머 세트 및 이를 이용한 분류 방법에 관한 것으로, 보다 상세하게는 서열번호 1 내지 20의 염기서열을 포함하며, 카프시쿰 아눔(Capsicum annuum) 미토콘드리아 유전형을 분류하기 위한, 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류용 마커, 이를 기반으로 하는 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류용 프라이머 세트 및 이를 이용한 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류 방법에 관한 것이다.
Description
본 발명은 카프시쿰 아눔(Capsicum annuum) 미토콘드리아 DNA 유형(mitotype) 분류용 마커, 프라이머 세트 및 이를 이용한 분류 방법에 관한 것으로, 미토콘드리아 DNA 상의 다형성을 기반으로 카프시쿰 아눔(C.annuum)의 미토콘드리아 DNA 유형(mitotype)을 분류하기 위한 기술에 관한 것이다.
식물 미토콘드리아 DNA는 미토콘드리아 내부에 다수의 복제본(copy)으로 존재하며 핵 DNA와 달리 모계 유전되는 특성이 있다. 이러한 미토콘드리아 DNA의 구조적 또는 염기서열 상 변이에 따라 하나의 식물 종에서도 유전자원은 다양한 미토콘드리아 DNA 유형(mitotype)으로 분류될 수 있다. 미토콘드리아 DNA 유형에 따른 유전자원의 분류는 유전자원 모계의 기원을 추적하거나 유전자원 간 유연관계를 판단하는 데 이용할 수 있다.
뿐만 아니라 특정 미토콘드리아 DNA 유형을 나타내는 일부 유전자원에서는 미토콘드리아 웅성불임 유전자의 작용에 의해 식물체가 가임 화분을 생성해 내지 못하는 세포질 웅성불임이라는 현상이 나타나는데, 이는 작물 상업용 잡종(F1) 종자 생산에 매우 유용하게 활용되고 있으므로 미토콘드리아 DNA 유형에 기반한 웅성불임 세포질 보유 유전자원 선별은 농업적으로 큰 중요성을 갖는다. 따라서 다양한 작물에서 미토콘드리아 DNA 유형을 효과적으로 분류하기 위한 DNA 분자표지들이 개발되어 이용되고 있으며, 예를 들어 한국등록특허 제 1395343호에서는 분자표지자를 이용한 은행나무 암수나무 식별 방법을 개시하고 있다.
한편, 국내 주요 채소 작물인 고추의 경우, 고추 속(Capsicum)에 속해 있는 재배 종 중 압도적으로 널리 재배되고 있는 종인 카프시쿰 아눔 엘.(Capsicum annuum L.) 종에서 핵 및 미토콘드리아 유전체 서열이 해독된 바 있고, 핵 유전체에 대해서는 전체 염기서열에 기반하여 다수의 분자표지가 개발되어 유전적 다양성 분석, 유전자지도 작성 등에 널리 활용되고 있으나, 미토콘드리아 유전체 서열을 이용한 분자표지 개발은 상당히 미흡한 편이다.
기존 연구들을 통해서는 주로 웅성불임 계통에 특이적으로 존재하는 웅성불임 후보 유전자 및 그 주변 서열을 이용하여, 웅성불임 유전자원을 분류해 내기 위한 분자표지들이 개발되어 왔는데 다양한 미토콘드리아 유전체를 분류하는 데 활용되기에는 그 수나 기반 서열 범위가 상당히 제한적이다.
이에, 카프시쿰 아눔(Capsicum annuum)에서 미토콘드리아 DNA 유형 분류를 위한 분자표지가 개발되는 경우에는 기존 핵 DNA 분자표지 활용 유전적 다양성 분석 체계를 보완하는 데 이용될 수 있을 뿐 아니라 웅성불임의 이용에 있어서의 효율성 향상, 모계 확인 등에서도 활용도가 매우 높을 것으로 기대된다.
본 발명의 한 측면은 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류용 마커를 제공하는 것이다.
본 발명의 다른 측면은 카프시쿰 아눔을 15개의 그룹으로 분류할 수 있는 미토콘드리아 유전형 분류용 프라이머 세트를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 측면은 카프시쿰 아눔을 5개의 타입으로 분류할 수 있는 미토콘드리아 유전형 분류용 프라이머 세트를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 측면은 카프시쿰 아눔을 동시 중합효소연쇄반응에 의해 5개의 타입으로 분류할 수 있는 미토콘드리아 유전형 분류용 프라이머 세트를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 측면은 중합효소연쇄반응 또는 다중 중합효소연쇄반응을 통해 카프시쿰 아눔 미토콘드리아 유전형을 15개의 그룹 또는 5개의 타입으로 분류하는 방법을 제공하는 것이다.
본 발명의 일 견지에 의하면, 서열번호 1 내지 20의 염기서열을 포함하며, 카프시쿰 아눔(Capsicum annuum) 미토콘드리아 유전형을 분류하기 위한, 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류용 마커가 제공된다.
본 발명의 일 견지에 의하면, 서열번호 21 및 22로 이루어진 프라이머 세트 1, 서열번호 23 및 24로 이루어진 프라이머 세트 2, 서열번호 25 및 26으로 이루어진 프라이머 세트 3, 서열번호 27 및 28로 이루어진 프라이머 세트 4, 서열번호 29 및 30으로 이루어진 프라이머 세트 5, 서열번호 31 및 32로 이루어진 프라이머 세트 6, 서열번호 33 및 34로 이루어진 프라이머 세트 7, 서열번호 35 및 36으로 이루어진 프라이머 세트 8, 서열번호 37 및 38로 이루어진 프라이머 세트 9, 서열번호 39 및 40으로 이루어진 프라이머 세트 10, 서열번호 41 및 42로 이루어진 프라이머 세트 11, 서열번호 43 및 44로 이루어진 프라이머 세트 12, 서열번호 45 및 46으로 이루어진 프라이머 세트 13, 서열번호 47 및 48로 이루어진 프라이머 세트 14, 서열번호 49 및 50으로 이루어진 프라이머 세트 15, 서열번호 51 및 52로 이루어진 프라이머 세트 16, 서열번호 53 및 54로 이루어진 프라이머 세트 17, 서열번호 55 및 56으로 이루어진 프라이머 세트 18, 서열번호 57 및 58로 이루어진 프라이머 세트 19, 및 서열번호 59 및 60으로 이루어진 프라이머 세트 20을 포함하는 프라이머 세트를 포함하며, 여기서 프라이머 세트 내에 홀수 서열번호의 프라이머는 정방향 프라이머이고, 짝수 서열번호의 프라이머는 역방향 프라이머인, 카프시쿰 아눔(Capsicum annuum)의 미토콘드리아 유전형을 분류하기 위한, 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류용 프라이머 세트가 제공된다.
본 발명의 일 견지에 의하면, 서열번호 21 및 22로 이루어진 프라이머 세트 1, 서열번호 23 및 24로 이루어진 프라이머 세트 2, 서열번호 25 및 26으로 이루어진 프라이머 세트 3, 및 서열번호 31 및 32로 이루어진 프라이머 세트 6을 포함하며, 여기서 프라이머 세트 내에 홀수 서열번호이 프라이머는 정방향 프라이머이고, 짝수 서열번호의 프라이머는 역방향 프라이머인, 카프시쿰 아눔(Capsicum annuum) 미토콘드리아 유전형을 분류하기 위한, 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류용 프라이머 세트가 제공된다.
본 발명의 일 견지에 의하면, 서열번호 21 및 22로 이루어진 프라이머 세트 1, 서열번호 23 및 24로 이루어진 프라이머 세트 2, 서열번호 61 및 62로 이루어진 프라이머 세트 3-S, 및 서열번호 63 및 64로 이루어진 프라이머 세트 6-S를 포함하며, 여기서 프라이머 세트 내에 홀수 서열번호의 프라이머는 정방향 프라이머이고, 짝수 서열번호의 프라이머는 역방향 프라이머인,카프시쿰 아눔(Capsicum annuum) 미토콘드리아 유전형 분류를 위한, 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류용 프라이머 세트가 제공된다.
본 발명의 일 견지에 의하면, 상기 본 발명의 프라이머 세트를 이용하여 중합효소연쇄반응을 수행하는 단계를 포함하는, 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류 방법이 제공된다.
본 발명의 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류용 마커, 이에 기초한 미토콘드리아 유전형 분류용 프라이머 세트 및 미토콘드리아 유전형 분류 방법은 카프시쿰 아눔(Capsicum annuum)의 유전자원의 유전적 다양성을 분석하는 데 활용될 수 있고, 고추 웅성불임 세포질 보유 계통을 예측하거나, 특정한 카프시쿰 아눔 유전자원의 모계 계통의 유래의 동일 여부를 확인하는 데 이용될 수 있다.
도 1은 본 발명의 20개의 프라이머 세트의 미토콘드리아 유전체 상 위치를 도시한다. P와 함께 기재된 숫자는 프라이머 세트의 번호를 의미한다.
도 2는 본 발명의 20개의 프라이머 세트를 교배계통 또는 유전자원(총 12개)에 적용한 결과를 나타내며, 여기서 계통 또는 유전자원 명 뒤에 (S)가 붙어 잇는 경우 웅성불임 세포질을 보유한 개체임을 의미한다.
도 3은 본 발명의 프라이머 세트를 카프시쿰 아눔 일부 유전자원에 적용한 예를 나타낸다. 화살표로 표기한 경우는 표 1에서 'W'로 분류한 경우에 해당한다.
도 4는 본 발명의 프라이머 세트를 카프시쿰 치넨세(Capsicum chinense), 카프시쿰 바카툼(Capsicum baccatum)의 일부 계통에 적용한 결과를 나타낸다.
도 5는 본 발명의 프라이머 세트를 기초로 다중 중합효소연쇄반응 체계를 이용한 미토콘드리아 DNA 유형 분석 양상을 나타낸다. 여기서 A는 총 12개 고추 계통 및 유전자원에 적용한 결과를 나타내며, B는 다중 중합효소연쇄반응 체계로 구분되는 5개 분류군을 대표하는 카프시쿰 아눔 유전자원에 적용한 결과를 나타낸다.
도 6은 다중 중합효소연쇄반응 체계를 96개의 카프시쿰 아눔 유전자원에 적용한 결과를 나타낸다. 각 레인 위에 적힌 숫자는 이 체계의 분류군인 타입 1 내지 5를 의미하며, M은 사이즈 마커를 의미한다.
도 7a 내지 도 7c는 미토콘드리아 DNA 유형에 의한 카프시쿰 아눔 유전자원 분류 양상을 핵 DNA 분자표지 기반 분류 양상 및 유전자원 원산지에 따른 분류 양상과 비교한 결과를 나타낸다. 여기서 도 7a는 핵 DNA 분자표지에 기반한 3,821개 유전자원 분류 양상과 비교한 결과이고, 도 7b는 핵 DNA 분자표지에 기반한 240개 핵심 유전자원 분류 양상과 비교한 결과이고, 도 7c는 유전자원 원산지에 따른 분류 양상과 비교한 결과를 나타낸다.
도 8a 내지 도 8k는 미토콘드리아 유형 기반 분류군 간 표현형 평균값 간 차이를 11개 항목에서 분석한 결과를 나타낸다.
도 9a 내지 도 9g는 핵 DNA SNP 분자표지 기반 분류군 간 표현형 평균값 간 차이를 분석한 결과를 나타낸다.
도 2는 본 발명의 20개의 프라이머 세트를 교배계통 또는 유전자원(총 12개)에 적용한 결과를 나타내며, 여기서 계통 또는 유전자원 명 뒤에 (S)가 붙어 잇는 경우 웅성불임 세포질을 보유한 개체임을 의미한다.
도 3은 본 발명의 프라이머 세트를 카프시쿰 아눔 일부 유전자원에 적용한 예를 나타낸다. 화살표로 표기한 경우는 표 1에서 'W'로 분류한 경우에 해당한다.
도 4는 본 발명의 프라이머 세트를 카프시쿰 치넨세(Capsicum chinense), 카프시쿰 바카툼(Capsicum baccatum)의 일부 계통에 적용한 결과를 나타낸다.
도 5는 본 발명의 프라이머 세트를 기초로 다중 중합효소연쇄반응 체계를 이용한 미토콘드리아 DNA 유형 분석 양상을 나타낸다. 여기서 A는 총 12개 고추 계통 및 유전자원에 적용한 결과를 나타내며, B는 다중 중합효소연쇄반응 체계로 구분되는 5개 분류군을 대표하는 카프시쿰 아눔 유전자원에 적용한 결과를 나타낸다.
도 6은 다중 중합효소연쇄반응 체계를 96개의 카프시쿰 아눔 유전자원에 적용한 결과를 나타낸다. 각 레인 위에 적힌 숫자는 이 체계의 분류군인 타입 1 내지 5를 의미하며, M은 사이즈 마커를 의미한다.
도 7a 내지 도 7c는 미토콘드리아 DNA 유형에 의한 카프시쿰 아눔 유전자원 분류 양상을 핵 DNA 분자표지 기반 분류 양상 및 유전자원 원산지에 따른 분류 양상과 비교한 결과를 나타낸다. 여기서 도 7a는 핵 DNA 분자표지에 기반한 3,821개 유전자원 분류 양상과 비교한 결과이고, 도 7b는 핵 DNA 분자표지에 기반한 240개 핵심 유전자원 분류 양상과 비교한 결과이고, 도 7c는 유전자원 원산지에 따른 분류 양상과 비교한 결과를 나타낸다.
도 8a 내지 도 8k는 미토콘드리아 유형 기반 분류군 간 표현형 평균값 간 차이를 11개 항목에서 분석한 결과를 나타낸다.
도 9a 내지 도 9g는 핵 DNA SNP 분자표지 기반 분류군 간 표현형 평균값 간 차이를 분석한 결과를 나타낸다.
이하, 첨부된 도면 및 표를 참조하여 본 발명의 바람직한 실시 형태를 설명한다. 그러나, 본 발명의 실시 형태는 여러 가지 다른 형태로 변형될 수 있으며, 본 발명의 범위가 이하 설명하는 실시 형태로 한정되는 것은 아니다.
본 발명에 의하면, 고추, 카프시쿰 아눔 엘.(Capsicum annuum L.) 종 2계통 즉, 웅성불임 계통인 FS4401 및 정상 웅성가임 계통인 제주 재래(Jeju Jaerae)의 미토콘드리아 전체 염기서열 간 구조적 다형성을 기반으로 하는 중합효소연쇄반응(PCR) 기반 SCAR(sequence characterized amplified region) 표지와, 관련 프라이머 세트 및 이를 이용한 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류 방법이 제공된다.
본 발명에 있어서 "마커"는 "스카(SCAR) 표지" 또는 "분자표지"라고도 지칭할 수 있으며, 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류를 위한 기준이 되는 것이다. 본 발명의 마커 또는 이에 기초한 프라이머 세트를 유전자원에 적용하는 경우, 다양한 계통의 카프시쿰 아눔에서의 각 마커의 발현 결과를 종합적으로 분석함으로써 유전자원의 미토콘드리아 유전형(mitotype)을 세부적으로 분류할 수 있다.
본 발명에 있어서, "프라이머 세트를 유전자원에 적용"하는 것은 프라이머 세트를 이용하여 유전자원의 DNA를 주형으로 중합효소연쇄 반응 또는 다중 중합효소연쇄 반응을 수행하는 것을 의미한다.
본 발명의 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류용 마커는 서열번호 1 내지 20의 염기서열을 포함하며, 카프시쿰 아눔(Capsicum annuum) 미토콘드리아 유전형을 분류하기 위한 것이다.
본 명세서에서 용어, "마커"는 생물학적 현상의 존재와 정량적 또는 정성적으로 연관된 분자를 의미하며, 본 발명의 마커는 500 내지 1700개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오타이드를 포함하며, 상기 폴리뉴클레오타이드는 이에 제한되지 않지만 구체적으로, 서열번호 1 내지 20의 폴리뉴클레오타이드의 전체 또는 일부일 수 있으며, 상기 서열번호 1 내지 20의 서열에 있어서 1 내지 수개의 염기가 결실, 치환 또는 부가되어 있는 염기 서열을 포함하고, 상기 서열과 특정 조건하에서 혼성화될 수 있는 염기 서열을 포함한다.
또한 본 발명의 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류용 마커는 서열번호 1 내지 20의 폴리뉴클레오타이드의 상보적인 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 것이며, 상기 상보적인 폴리뉴클레오타이드는 상기 500 내지 1700개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오타이드 서열과 상보적인 염기 서열일 수 있으며, 상기 상보적인 염기 서열에 있어서, 1 내지 수개의 염기가 결실, 치환 또는 부가되어 있는 염기 서열을 포함하고, 상기 서열과 특정 조건하에서 혼성화될 수 있는 염기 서열을 포함한다. 본 명세서에서 용어, "상보적"은 핵산과 관련하여 사용될 때, 그 염기들이 반대의 극성을 갖는 또 다른 핵산의 폴리뉴클레오타이드의 염기들과 결합하는 폴리뉴클레오티드 서열을 함유하는 한 방향의 극성을 갖는 핵산을 의미한다. 예를 들면, 5'에서 3' 방향으로 서열 GCAU를 갖는 핵산은 3'에서 5' 방향으로 서열 CGTA를 갖는 핵산과 상보적이다. 본 명세서에서, 상보적이라는 용어는 실질적으로 상보적인 핵산들을 포함하는 것으로 사용된다. 실질적으로 상보적이라는 것은 모든 뉴클레오타이드가 또 다른 핵산의 뉴클레오타이드와 염기쌍을 이루지는 않지만 그럼에도 불구하고 두 핵산이 특정 조건하에서 안정한 혼성체를 형성할 수 있는 서열을 갖는 것을 의미한다.
본 명세서에서 용어, "혼성화"는 실질적으로 상보적인 뉴클레오티드 서열간에 안정한 이중 구조의 형성을 의미하는 것으로 사용된다.
보다 상세하게, 본 발명은 상기 카프시쿰 아눔(Capsicum annuum) 미토콘드리아 유전형이 하기와 같은 15개의 그룹으로 분류되는, 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류용 마커를 제공한다.
그룹 1은 서열번호 1의 염기서열이 발현되고; 그룹 2는 서열번호 1 및 18의 염기서열이 발현되고; 그룹 3은 서열번호 1, 10-12, 14, 15의 염기서열이 발현되고; 그룹 4는 서열번호 2, 5-8, 13-15, 19, 20의 염기서열이 발현되고; 그룹 5는 서열번호 2, 5-8, 13-15, 19의 염기서열이 발현되고; 그룹 6은 서열번호 2, 5-8, 10-15, 19, 20의 염기서열이 발현되고; 그룹 7은 서열번호 2, 5-15, 19, 20의 염기서열이 발현되고; 그룹 8은 서열번호 5-9, 13-15, 19, 20의 염기서열이 발현되고; 그룹 9는 서열번호 5-7, 13-15, 19, 20의 염기서열이 발현되고; 그룹 10은 서열번호 5-8, 13-15, 19, 20의 염기서열이 발현되고; 그룹 11은 서열번호 5-9, 13-15, 19의 염기서열이 발현되고; 그룹 12는 서열번호 1-4, 10-12, 16-18의 염기서열이 발현되고; 그룹 13은 서열번호 7, 14, 15의 염기서열이 발현되고; 그룹 14는 5, 7, 8, 13-15, 19, 20의 염기서열이 발현되고; 그리고 그룹 15는 서열번호 1 내지 20의 염기서열이 모두 발현되지 않는다.
한편, 본 발명에 의하면 카프시쿰 아눔(Capsicum annuum)의 미토콘드리아 유전형을 분류하기 위한, 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류용 프라이머 세트가 제공된다.
본 발명의 상기 마커 증폭에 사용되는 프라이머는, 적절한 버퍼 중의 적절한 조건, 예를 들면, 4개의 다른 뉴클레오시드 트리포스페이트 및 DNA, RNA 폴리머라제 또는 역전사 효소와 같은 중합제 및 적당한 온도 하에서 주형-지시 DNA 합성의 시작점으로서 작용할 수 있는 단일가닥 올리고뉴클레오티드가 될 수 있는데, 상기 프라이머의 적절한 길이는 사용 목적에 따라 달라질 수 있으나, 통상 15 내지 30 뉴클레오티드이다. 짧은 프라이머 분자는 일반적으로 주형과 안정한 혼성체를 형성하기 위해서는 더 낮은 온도를 필요로 한다. 상기 프라이머 서열은 상기 SCAR 마커와 완전하게 상보적일 필요는 없으나, 상기 SCAR 마커와 혼성화 할 정도로 충분히 상보적이어야 하고, 구체적으로는 서열번호 21 내지 60으로 구성된 폴리뉴클레오티드 서열로 이루어진 프라이머 쌍을 포함할 수 있으나, 특별히 이에 제한되지는 않는다.
본 명세서에서 용어, "프라이머(primer)"는 상보적인 템플레이트(template)와 염기쌍(base pair)을 형성할 수 있고 주형 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 서열을 의미한다. 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응, 즉, DNA 폴리머레이즈 또는 역전사효소을 위한 시약 및 상이한 4가지 뉴클레오사이드 트리포스페이트의 존재 하에서 DNA 합성을 개시할 수 있다. 이때, PCR 조건, 센스 및 안티센스 프라이머의 길이는 당업계에 공지된 것을 기초로 변형할 수 있다.
본 명세서에서, 중합효소연쇄반응 수행 결과 증폭산물의 양이 많은 경우를 "Y", 매우 적은 경우를 "W", 전혀 증폭되지 않은 경우를 "N"으로 나타내며, 이들은 다음과 같이 구분되는 것이다.
상기 "W"는 본 발명의 실험예 1, 2 및 비교 실험예 1에 따라 획득된 증폭 산물을 아가로스 겔에서 전기영동 한 후 겔의 이미지 파일을 확보하여, 이로부터 증폭산물을 나타내는 밴드 간 상대적 강도(intensity)를 ImageJ(https://imagej.nih.gov/ij/) 프로그램을 이용하여 정량 분석하고, 그 결과 대상 밴드의 강도가 기준 밴드 강도의 삼분의 일 미만인 경우이다. 여기에서 기준이 되는 밴드는 FS4401로부터 디자인된 마커의 경우에는 밀양 K 또는 부강 A, 제주 재래에서 디자인된 마커의 경우에는 제주 재래의 DNA를 대상으로 증폭을 수행하여 획득할 수 있다.
한편, 상기 "Y"는 중합효소연쇄반응 수행 결과를 아가로스 겔 상에서 확인 시 상술한 매우 적은 증폭량인 "W"의 범주에 들어가지 않는 경우로 대상 밴드의 강도가 기준 밴드 강도의 삼분의 일 이상인 경우이다.
또한, 전혀 증폭되지 않은 경우인 "N"은 아가로스 겔 상에서 증폭산물이 확인되지 않는 경우이다.
본 발명에 있어서, 증폭은 증폭이 발생한 경우와 발생하지 않은 경우로 구분되며, 이때 상기 약한 증폭 "W"의 경우는 증폭되지 않은 "N"에 속하는 것으로 간주한다.
증폭량을 확인하기 위한 정량 분석 과정을 구체적으로 기술하면, ImageJ 프로그램 상에서 기준 밴드와 분석 대상 밴드가 함께 포함되는 사각형 구역을 지정한 후 "Analyze"메뉴의 "Gels" 항목에서 "Select first lane"을 선택한다. 이 후 같은 항목의 "Plot lanes"를 선택하여 지정 구역 내 밴드들을 구성하는 팩셀(pixel) 별 색의 강도를 수평선을 따라 나타내는 곡선을 확보한다. 그 후 곡선 상에서 "Straight" 메뉴를 이용하여 기저 수준의 강도(배경색)를 배제한 각 밴드 별 구획을 작성하고 "Wand (tracing) tool"을 이용하여 밴드 별 구획의 넓이를 구할 때 분석 대상 밴드와 기준 밴드에 대한 구획 간 넓이의 비율을 증폭량의 비율인 것으로 하였다.
즉, ImageJ 프로그램을 이용하여 분석 대상 밴드와 기준 밴드 영역의 색의 강도(intensity)를 각각 정량화하고, 이 때 배경색에 의한 기저 수준의 색의 강도는 배제하며, 정량 값 간 비율을 증폭량 간 비율로 이용하여 많은 증폭량 및 매우 적은 증폭량을 구분할 수 있다.
본 발명의 프라이머는 포스포르아미다이트 고체 지지체 방법, 또는 기타 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있다. 이러한 핵산 서열은 또한 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다. 이러한 변형의 비-제한적인 예로는 메틸화, 캡화, 천연 뉴클레오타이드 하나 이상의 동족체로의 치환, 및 뉴클레오타이드 간의 변형, 예를 들면, 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등과 같이 하전되지 않은 연결체 또는 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등과 같이 하전된 연결체로의 변형이 있다.
프라이머의 적합한 길이는 사용하고자 하는 프라이머의 특성에 의해 결정하지만, 통상적으로 15 내지 30bp의 길이로서 사용할 수 있다. 프라이머는 주형의 서열과 정확하게 상보적일 필요는 없지만 주형과 혼성복합체(hybrid-complex)를 형성할 수 있을 정도로 상보적이어야만 한다.
보다 바람직하게 본 발명의 카프시쿰 아눔(Capsicum annuum)의 미토콘드리아 유전형을 분류하기 위한, 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류용 프라이머 세트 는 서열번호 21 및 22로 이루어진 프라이머 세트 1, 서열번호 23 및 24로 이루어진 프라이머 세트 2, 서열번호 25 및 26으로 이루어진 프라이머 세트 3, 서열번호 27 및 28로 이루어진 프라이머 세트 4, 서열번호 29 및 30으로 이루어진 프라이머 세트 5, 서열번호 31 및 32로 이루어진 프라이머 세트 6, 서열번호 33 및 34로 이루어진 프라이머 세트 7, 서열번호 35 및 36으로 이루어진 프라이머 세트 8, 서열번호 37 및 38로 이루어진 프라이머 세트 9, 서열번호 39 및 40으로 이루어진 프라이머 세트 10, 서열번호 41 및 42로 이루어진 프라이머 세트 11, 서열번호 43 및 44로 이루어진 프라이머 세트 12, 서열번호 45 및 46으로 이루어진 프라이머 세트 13, 서열번호 47 및 48로 이루어진 프라이머 세트 14, 서열번호 49 및 50으로 이루어진 프라이머 세트 15, 서열번호 51 및 52로 이루어진 프라이머 세트 16, 서열번호 53 및 54로 이루어진 프라이머 세트 17, 서열번호 55 및 56으로 이루어진 프라이머 세트 18, 서열번호 57 및 58로 이루어진 프라이머 세트 19, 및 서열번호 59 및 60으로 이루어진 프라이머 세트 20을 포함하는 프라이머 세트를 포함하며, 여기서 프라이머 세트 내에 홀수 서열번호의 프라이머는 정방향 프라이머이고, 짝수 서열번호의 프라이머는 역방향 프라이머인 것이다.
본 발명에 의하면 상기 카프시쿰 아눔(Capsicum annuum)의 미토콘드리아 유전형은 하기와 같은 15개의 그룹으로 분류되는 것이다.
그룹 1은 프라이머 세트 1이 증폭되고; 그룹 2는 프라이머 세트 1 및 18이 증폭되고; 그룹 3은 프라이머 세트 1, 10-12, 14, 15가 증폭되고; 그룹 4는 프라이머 세트 2, 5-8, 13-15, 19, 20이 증폭되고; 그룹 5는 프라이머 세트 2, 5-8, 13-15, 19가 증폭되고; 그룹 6은 프라이머 세트 2, 5-8, 10-15, 19, 20이 증폭되고; 그룹 7은 프라이머 세트 2, 5-15, 19, 20이 증폭되고; 그룹 8은 프라이머 세트 5-9, 13-15, 19, 20이 증폭되고; 그룹 9는 프라이머 세트 5-7, 13-15, 19, 20이 증폭되고; 그룹 10은 프라이머 세트 5-8, 13-15, 19, 20이 증폭되고; 그룹 11은 프라이머 세트 5-9, 13-15, 19가 증폭되고; 그룹 12는 프라이머 세트 1-4, 10-12, 16-18이 증폭되고; 그룹 13은 프라이머 세트 7, 14, 15가 증폭되고; 그룹 14는 프라이머 세트 5, 7, 8, 13-15, 19, 20이 증폭되고; 그리고 그룹 15는 증폭되는 프라이머 세트가 없다. 이 때 약한 증폭(W)의 경우는 상술한 바와 같이 증폭되지 않는 것으로 간주하였다.
이때, 본 발명의 서열번호 1 내지 20의 염기서열에 대한 15개 각 그룹의 발현 여부는 실시예에 기재된 하기 [표 1]과 같이 정리할 수 있다.
[표 1]
카프시쿰 아눔 유전자원 96개에 20개의 프라이머 세트를 적용한 결과
(표 1 계속)
(표 1 계속)
z기존 고추 핵 DNA 분자표지를 이용하여 고추 유전자원을 분류한 결과임.
y밑줄이 있는 프라이머 세트의 경우 FS4401 서열로부터, 밑줄이 없는 프라이머 세트의 경우 제주 재래 서열로부터 디자인 되었음.
x 많은 양이 증폭된 경우 Y, 매우 적은 양이 증폭된 경우 W, 전혀 증폭되지 않은 경우 N으로 표기하였음.
이때 증폭 정도는 앞서 언급한 ImageJ 프로그램으로 증폭 정도를 구분하는 방법에 따른 것이다.
상기 그룹 1 내지 15는 실시예의 실험예 2 에 개시된 방법으로, 카프시쿰 아눔 유전자원 96개에 프라이머 세트 1 내지 20을 적용하여, 프라이머의 증폭량에 따른 결과로 나누어질 수 있는 것이다.
보다 상세하게 상기 카프시쿰 아눔 유전자원 96개는 Lee 등이 수행한 고추 속의 유전적 다양성 분석 및 핵심집단 구축 연구(Lee 등(2016), Genetic diversity and population structure analysis to construct a core collection from a large Capsicum germplasm. BMC Genetics (2016) 17:142)에서 이용한 유전자원 중 카프시쿰 아눔 종(3,383개) 유전자원의 일부일 수 있다. 상기 96개 유전자원 중 95개는 핵심집단에 포함되며 해당 논문에 원산지 및 핵 DNA 기반 유전형 분석결과가 기술되어 있다. 나머지 한 계통인 CC582(네팔)은 핵심집단 외의 계통이나 국립유전자원센터(http://genebank.rda.go.kr)에서 검색(자원의 IT 번호인 "IT 136633" 이용함) 및 분양신청이 가능하다.
이때, 많은 양의 프라이머가 증폭된 경우 Y, 매우 적은 양의 프라이머가 증폭된 경우 W, 전혀 증폭되지 않은 경우 N으로 나누었다. 많은 양의 프라이머가 증폭된 경우, 및 매우 적은 양의 프라이머가 증폭된 경우는 증폭된 프라이머 세트를 아가로스 겔에서 전기영동한 결과를 앞서 언급한 ImageJ 프로그램으로 정량분석한 결과로 구분하며, 전혀 증폭되지 않은 경우는 아가로스 겔에서 밴드가 나타나지 않은 경우다.
한편, 본 발명에서 분류 대상이 될 수 있는 유전자원은 카프시쿰 아눔(Capsicum annuum)이라면 특히 제한되는 것은 아니나, 예를 들어 상술한 바와 같이 실시예의 실험예 2에 기재된 96개의 카프시쿰 아눔 유전자원일 수 있다.
또한, 본 발명에 의하면 미토콘드리아 유전형 분류군 중 다수의 유전자원이 포함되는 주요 분류군을 대상으로 이들을 효과적으로 분류할 수 있는 소수의 마커가 제공되며, 보다 상세하게는 4개의 마커 또는 4쌍의 프라이머 세트를 이용하여 카프시쿰 아눔을 5 타입으로 분류할 수 있다.
카프시쿰 아눔을 5 타입으로 분류할 수 있도록 하는, 본 발명의 카프시쿰 아눔(Capsicum annuum) 미토콘드리아 유전형을 분류하기 위한, 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류용 프라이머 세트는, 서열번호 21 및 22로 이루어진 프라이머 세트 1, 서열번호 23 및 24로 이루어진 프라이머 세트 2, 서열번호 25 및 26으로 이루어진 프라이머 세트 3, 및 서열번호 31 및 32로 이루어진 프라이머 세트 6을 포함하며, 여기서 프라이머 세트 내에 홀수 서열번호의 프라이머는 정방향 프라이머이고, 짝수 서열번호의 프라이머는 역방향 프라이머인 것이다.
상기와 같은 4개의 마커 또는 4쌍의 프라이머 세트를 이용하는 경우 상기 카프시쿰 아눔(Capsicum annuum) 미토콘드리아 유전형은 실시예에 기재된 하기 [표 2]와 같은 5개 타입으로 분류될 수 있다.
[표 2]
미토콘드리아 DNA 유형 별 프라이머 세트 적용 결과 및 포함 유전자원 수
z 밑줄이 있는 프라이머 세트의 경우 FS4401 서열로부터, 밑줄이 없는 프라이머 세트의 경우 제주 재래 서열로부터 디자인 되었음.
y 많은 양이 증폭된 경우 Y, 매우 적은 양이 증폭되었거나 전혀 증폭되지 않은 경우 N으로 표기하였음.
이때 증폭량은 앞서 언급한 ImageJ 프로그램으로 증폭 정도를 구분하는 방법에 따른 것이다.
이와 같이, 타입 1은 프라이머 세트 1이 증폭되고; 타입 2는 프라이머 세트 2 및 6이 증폭되고; 타입 3은 프라이머 세트 6이 증폭되고; 타입 4는 프라이머 세트 1, 2 및 3이 증폭되고; 그리고 타입 5는 증폭되는 프라이머 세트가 없다.
이때, 프라이머 세트 1, 2, 3, 6은 상기 15개의 그룹 중 3개 이상의 유전자원이 포함된 그룹 1, 4, 8, 12, 및 13을 주요 분류군으로 보는 경우, 이 5개 그룹을 분류할 수 있는 프라이머 세트인 것으로, 더욱 상세하게, 이때, 타입 1은 그룹 1 내지 3으로 이루어지며, 타입 2는 그룹 4 내지 7로 이루어지며, 타입 3은 그룹 8 내지 11로 이루어지며, 타입 4는 그룹 12로 이루어지며, 그리고 타입 5는 그룹 13 내지 15로 이루어진다. 즉, 본 발명의 상기 프라이머 세트 1, 2, 3, 6을 이용하여 카프시쿰 아눔 유전자원을 타입 1 내지 5로 분류할 수 있다.
나아가, 본 발명에 의하면 상술한 4개의 프라이머 세트를 이용하여 카프시쿰 아눔의 유전자원을 5개의 타입으로 분류하는 경우에 있어서, 마커의 일부를 변환하여 이 4개의 마커 모두를 한 번의 중합효소연쇄반응으로 한꺼번에 분석할 수 있는 프라이머 세트가 제공되며, 이를 이용하는 경우 다중 중합효소연쇄반응(Multiplex PCR) 체계를 확립하여 마커 이용의 효율성을 높일 수 있다.
카프시쿰 아눔을 한번의 중합효소연쇄반응에 의해 5 타입으로 분류할 수 있도록 하는 본 발명의 카프시쿰 아눔(Capsicum annuum) 미토콘드리아 유전형을 분류하기 위한, 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류용 프라이머 세트는, 서열번호 21 및 22로 이루어진 프라이머 세트 1, 서열번호 23 및 24로 이루어진 프라이머 세트 2, 서열번호 61 및 62로 이루어진 프라이머 세트 3-S, 및 서열번호 63 및 64로 이루어진 프라이머 세트 6-S를 포함하며, 여기서 프라이머 세트 내에 홀수 서열번호의 프라이머는 정방향 프라이머이고, 짝수 서열번호의 프라이머는 역방향 프라이머인 것이다.
이때, 프라이머 세트 3-S 및 6-S는 프라이머 세트 1, 2, 3, 6의 4개의 프라이머 세트를 동시에 중합효소연쇄반응에 이용할 경우 프라이머 세트 간 유사한 길이의 산물이 증폭되어 결과를 분석하기 어려우므로, 프라이머 세트 3 및 6과 동일한 구조적 다형성을 기반으로 하되 서로 명확히 다른 길이의 산물을 증폭할 수 있도록 프라이머 세트 3 및 6을 변형한 것이다. 프라이머 세트 1, 2, 3-S, 6-S을 이용하여 동시 중합효소연쇄반응에 의해 유전자원을 분류하는 경우, 도 6에서 보여지는 바와 같이, 변형 전 4개의 프라이머 세트를 각각 별도로 적용했을 때와 동일하게 유전자원을 분류할 수 있다.
프라이머 세트 1, 2, 3-S 및 6-S를 이용하는 경우, 프라이머 세트 1, 2, 3 및 6를 이용하는 경우와 동일하게 카프시쿰 아눔(Capsicum annuum) 미토콘드리아 유전형을 단일의 중합효소연쇄반응에 의해 하기와 같은 5개 타입으로 분류할 수 있다.
타입 1은 프라이머 세트 1이 증폭되고; 타입 2는 프라이머 세트 2 및 6-S가 증폭되고; 타입 3은 프라이머 세트 6-S가 증폭되고; 타입 4는 프라이머 세트 1, 2 및 3-S가 증폭되고; 그리고 타입 5는 증폭되는 프라이머 세트가 없다.
본 발명의 다른 견지에 의하면, 상술한 바와 같은 본 발명의 프라이머 세트 1 내지 20; 프라이머 세트 1, 2, 3, 6; 또는 프라이머 세트1, 2, 3-S, 6-S를 이용하여 중합효소연쇄반응을 수행하는 단계를 포함하는, 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류 방법을 제공한다.
본 발명의 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류 방법은 프라이머 세트 1 내지 20을 이용하는 경우, 마커의 증폭 정도를 확인하여 카프시쿰 아눔을 다음의 15개의 그룹으로 분류하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 이때, 상기 15개의 그룹와 관련한 내용은 프라이머 세트 1 내지 20과 관련하여 상술한 바와 같다.
택일적으로 본 발명의 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류 방법은 프라이머 세트 1, 2, 3, 6 또는 프라이머 세트 1, 2, 3-S, 6-S를 이용하는 경우, 마커의 증폭 정도를 확인하여 카프시쿰 아눔을 다음의 5개 타입으로 분류하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 이때, 상기 5개의 타입과 관련한 내용은 프라이머 세트 1, 2, 3 및 6과 관련하여 상술한 바와 같다.
본 발명의 프라이머 세트 1, 2, 3-S, 6-S를 이용하는 경우, 상기 중합효소연쇄반응은 4개의 프라이머 세트를 이용하여 동시에 수행될 수 있다.
이때, 중합효소연쇄반응이4개의 프라이머 세트를 이용하여 동시에 수행된다는 것의 의미는 다중 중합효소연쇄반응으로 한번의 중합효소연쇄반응을 하는 것을 말하는 것으로 각각의 프라이머를 이용하여 별도의 중합효소연쇄반응을 수행하는 경우에 비하여 보다 신속한 분류 공정을 수행할 수 있다.
본 발명은 프라이머 세트의 개발 과정 중 다음 두 가지 조건을 적용하여 프라이머 세트의 정확도를 향상시킨 것으로, 먼저 말단에 반복서열을 포함하지 않는 DNA 구조적 변이를 대상으로 프라이머 세트를 개발하여 중합효소연쇄반응 시 위양성반응(false positive)이 나타나지 않는다. 또한, 많은 미토콘드리아 DNA 유사서열이 핵 DNA 상에도 존재하는 경우도 많으므로, 고추 게놈 데이터베이스를 이용한 인 실리코(in silico.) 분석 및 상반 교잡(reciprocol cross) 후대 대상 비교 분석을 통해 미토콘드리아 DNA에 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 세트를 개발하였다.
나아가, 미토콘드리아 유전체 전체 서열 상 다양한 부위에서 20개의 프라이머 세트를 개발한 것으로, 미토콘드리아 유전체 상 국소부위를 대상으로 마커를 개발한 기존 연구들과는 달리 본 발명에서는 넓은 범위에서 다수의 프라이머 세트를 개발하여 유전자원에 적용하였으므로 기존 마커들에 비해 다양한 미토콘드리아 DNA 유형 분류가 가능하다.
또한, 주요 미토콘드리아 DNA 유형을 분류할 수 있는 4개의 프라이머 세트를 선별하고, 이들 중 2개를 변형하여 이들 4개 프라이머 세트를 이용한 분석을 한 번의 중합효소연쇄반응으로 수행할 수 있는 다중 중합효소연쇄반응 체계를 확립하였다. 기존 고추 미토콘드리아 마커 분석 체계에서는 한 번의 분석 반응으로 2개의 미토콘드리아 DNA 유형을 분류하는 데 그쳤으나, 본 다중 중합효소연쇄반응 체계를 이용할 경우에는 한 번의 분석 반응으로 최소 5개의 미토콘드리아 DNA 유형 분류가 가능하여 유전분석 연구 또는 육종 연구에 간편하게 활용할 수 있다.
나아가, 예를 들어 미토콘드리아 유전체 복제본 간 상대적 비율 변이를 통한 돌연변이가 발생한 고추 개체를 선발할 수 있다.
기존 연구에서 미토콘드리아 유전체를 이루는 소단위 DNA 분자(subgenomic DNA molecule)의 복제본 수(copy number)에 있어서의 상대적인 비율이 핵 내 유전자들의 작용에 의해 유지되며, 이러한 유전자들 중 일부의 기능이 상실될 경우 복제본 수 간의 비율이 크게 변화될 수도 있는 것(substoichiometric shift)으로 보고되었다. 특히 이러한 변화가 웅성불임 세포질이 발생하는 요인이 되었거나 이러한 변화를 인위적으로 유도하여 세포질 웅성불임을 유기한 경우도 보고된 바 있다.
본 발명에서 개발된 분자표지 중 일부는 다수의 계통에서 매우 적은 증폭량을 나타내는 것을 볼 수 있는데 이를 통해 해당 분자표지로 대표되는 소단위 DNA 분자가 이들 계통에서 존재하지 않는 것이 아니라 매우 적은 수로 유지되고 있음을 알 수 있다.
따라서 원품종에서는 매우 적은 증폭량을 나타내는 마커 또는 프라이머 세트를 방사선, 화학물질 처리 등을 통해 발생한 돌연변이 집단 등 대규모 변이 집단 개체들에 다수 적용하여 이들의 증폭량 변화를 확인하는 방법은 미토콘드리아 소단위 DNA 분자 간 비율 조절에 관련된 돌연변이가 발생한 개체를 선발하기 위한 전략이 될 수 있다.
즉, 카프시쿰 속 내에서 카프시쿰 아눔 종 외에는 세포질 웅성불임이 도입된 바 없는데, 이들 종들에서 경제적 가치가 높은 새로운 세포질 웅성불임 계통을 확보하기 위해, 돌연변이 유도 후 세포질 웅성불임성 발생 가능성이 높은 개체를 선별하는 데에 상기 전략을 이용할 수 있다.
이하, 구체적인 실시예를 통해 본 발명을 보다 구체적으로 설명한다. 하기 실시예는 본 발명의 이해를 돕기 위한 예시에 불과하며, 본 발명의 범위가 이에 한정되는 것은 아니다.
실시예
1. 카프시쿰 아눔 미토콘드리아 DNA 유형 분류용 마커 개발
기존 연구를 통해 카프시쿰 아눔(C.annuum) 종에 속하는 2개 고추 계통(FS4401: 세포질 웅성불임 계통, 제주 재래(Jeju Jaerae): 정상 웅성가임 계통)에서 미토콘드리아 전체 염기서열이 분석된 바 있다. 해당 연구에서는 두 계통 간 DNA 재배열이 심하게 발생하여 각 서열이 양 서열 간 서로 연속적으로 배열될 수 있는 다수의 DNA 재배열 구획(DNA rearrangement block)과 각 계통 특이적인 서열들로 이루어져 있음을 보고하였다.
본 발명에서는 DNA 재배열이 일어난 부위인 DNA 재배열 구획 간, DNA 재배열 구획-계통 특이적 서열 구역 간 접합부(junction) 서열 및 각 계통 특이적 서열을 대상으로 하여 20개의 마커를 선별하였으며, 선별된 20개의 마커를 서열번호 1 내지 20으로 나타내었으며, 이들 유전자의 미토콘드리아 유전체 상 위치는 도 1에 나타내었다.
도 1 은 개발된 20개의 프라이머 세트의 미토콘드리아 유전체 상 위치를 도시하며, 양 계통의 서열에 대한 도식도는 기존의 연구(조 등 (2014), 참조문헌 참고)에서 도입하였다. 서열 상에서 DNA 재배열 구획은 색이 있는 직사각형으로 표현되며, 양 계통 간 서로 같은 색을 나타내는 DNA 재배열 구획은 계통 간 서로 상동성을 지니며 연속적으로 배열될 수 있는 서열 범위를 의미하고, 20개의 프라이머 세트는 프라이머 세트 1 내지 프라이머 세트 20으로 각각 표현하였다. 또한 유전체 상에 파란색 점으로 표현된 프라이머 세트의 경우에는 DNA 구획 간 접합부에서 개발된 것이며, 파란색 세로선으로 표현된 프라이머 세트의 경우에는 계통 특이적인 DNA 서열 내부에서 개발된 것을 의미한다. 그리고 유전체 도식 아래에는 유전체 상에 존재하는 미토콘드리아 유전자를 표시하였으며, FS4401의 orf507과 ψatp6-2는 기존 연구에서 보고된 웅성불임 후보 유전자를 나타낸다.
2. 카프시쿰 아눔 미토콘드리아 DNA 유형 분류용 프라이머 세트 개발
상기 1에서 선별된 20개의 마커를 증폭할 수 있는 프라이머 세트를 디자인하였다. 보다 상세하게, 접합부 서열 이용 프라이머 세트의 경우에는 두 계통 중 한 계통 서열의 접합부 양쪽에 정방향 프라이머(forward primer)와 역방향 프라이머(reverse primer)가 각각 위치하도록 하였으며, 특이 서열 이용 프라이머 세트의 경우에는 각 계통 특이적인 서열 내부에 정방향 프라이머와 역방향 프라이머(reverse primer)가 모두 위치하도록 하였다.
이때, 2kb 이상의 길이를 갖는 DNA 재배열 구획에 대한 모든 접합부 서열(접합부 기준 양쪽 1kb) 및 2kb 이상의 길이를 갖는 모든 특이 서열에 대해서 다음과 같은 조건에 따라 프라이머 세트 개발에 적합한 서열을 선별한 뒤 그 서열에 대해서만 프라이머 세트를 디자인하였다.
첫째, DNA 재배열에 의한 DNA 구획 간 접합부 서열을 이용하는 경우는 한 계통에서는 두 구획이 접합되어 있고 다른 계통에서는 서로 떨어져 있는 경우에 해당되는데, 이 때 양 구획이 떨어져 있는 계통에서 두 구획 말단부에 공통서열(이 계통 기준 반복서열)이 존재하지 않는 경우에만 구획이 접합되어 있는 계통의 접합부 서열을 이용하여 프라이머 세트를 디자인하였다. 이는 구획 말단부 반복서열 존재 시에 불완전 중합효소연쇄반응으로 인해 두 구획이 접합되어 있는 계통뿐 아니라 접합되지 않은 계통에서도 DNA 증폭이 일부 일어날 수 있음이 기존에 보고된 바 있기 때문이다.
둘째, 접합부 서열 또는 특이 서열을 이용하여 고추 카프시쿰 아눔‘CM334’ 계통의 유전체 서열에 대한 블라스트(BLAST, E value < 10-5) 분석을 수행하였을 때 전체 구역에 걸쳐 두 개 이상의 서열이 검색된 경우는 배제하였다. 이는 상당수의 미토콘드리아 서열의 경우 핵 DNA상에도 하나 이상의 유사 서열(numt: nuclear copies of mitochondrial DNA)이 존재함이 알려져 왔는데, 이러한 서열에서 프라이머 세트를 디자인할 경우 미토콘드리아 유전체에 대한 특이성을 지니기 어렵기 때문이다.
미토콘드리아 DNA 유형을 상기 두 기준에 따라 FS4401 또는 제주 재래(Jeju Jaerae) 계통 각각에서 특이적으로 증폭 산물을 만들어 낼 수 있을 것으로 예측되는 프라이머 세트33개를 디자인 하였으며 FS4401과 같은 웅성불임 세포질을 가지나 핵 내 회복유전자의 존재로 인해 가임성을 갖는 밀양 K(Milyang K) 계통과 제주 재래(Jeju Jaerae) 계통 DNA를 대상으로 중합효소연쇄반응 분석을 수행하였다. 그 결과 두 계통 중 한 계통에서만 특이적으로 증폭산물을 만들어내는 21개 프라이머 세트를 선별할 수 있었다. 이 프라이머 세트를 이용하여 밀양 K X 제주 재래(밀양 K를 모친, 제주 재래를 부친으로 한 교배조합) F1, 제주 재래 X 밀양 K (밀양 K를 부친, 제주 재래를 모친으로 한 교배조합) F1 개체의 DNA를 대상으로 중합효소연쇄반응을 다시 수행하였다. 이는 계통 특이적 증폭 산물이 핵 DNA가 아닌 미토콘드리아 DNA로부터만 증폭된 것인지 검증하기 위함이다. 그 결과 한 프라이머 세트에서는 두 F1 개체 모두에서 증폭산물이 확인되어 핵 DNA에서도 증폭이 발생하였다고 간주하였으며, 이 세트는 배제하였다. 따라서 최종적으로 20개의 프라이머 세트를 선별하였다. 이들 각 프라이머 세트의 프라이머 서열 및 증폭산물 길이 정보를 하기 표 3에 나타내었으며, 각 프라이머 세트를 밀양 K, 제주 재래, 밀양 K X 제주 재래 F1, 제주 재래 X 밀양 K F1 개체에 적용한 결과는 각각 도 2(좌측)에 나타내었다.
도 2는 개발된 20개의 프라이머 세트를 교배계통 또는 유전자원(12개)에 적용한 결과를 나타내며, 여기서 계통 또는 유전자원 명 뒤에 (S)가 붙어 잇는 경우 웅성불임 세포질을 보유한 개체임을 의미한다.
[표 3]
개발된 20개 프라이머 세트 정보
(표 3 계속)
z 해당 프라이머 세트를 디자인한 미토콘드리아 유전체 보유 계통을 의미함.
y J의 경우 서열 접합부, S의 경우 계통 특이적 서열에서 해당 프라이머 세트가 개발되었음을 의미함.
x 위치가 두 번 적혀있는 경우 증폭 산물 전체가 유전체 상 두 번 반복되는 반복서열 내부에 존재함을 의미함.
3. 본 발명의 프라이머 세트를 이용한 유전자원의 분류
(1) 20개의 프라이머 세트 적용
실험예 1: 선별된 프라이머 세트를 8개의 카프시쿰 아눔 계에 적용
상기 2에서 획득된 프라이머 세트를 8개의 유전자원에 적용하여 명확한 증폭 여부 및 유전자원 분류 양상을 확인하였다. 카프시굼 아눔의 8개 유전자원이 Chungyang A(S), Bukang A(S), KR2 A(S), CM334, Yuwol, Chilsung, Yolo Wonder, Del ray bell의 정보는 하기 표 4와 같다.
[표 4]
* Jo 등(2016). Fine mapping of Restoreroffertility in pepper (Capsicum annuum L.) identified a candidate gene encoding a pentatricopeptide repeat (PPR)containing protein. Theor Appl Genet 129(10):2003-2017.
* Jo 등(2014). Extensive structural variations between mitochondrial genomes of CMS and normal peppers (Capsicum annuum L.) revealed by complete nucleotide sequencing. BMC Genomics 15:561.
* Jo 등(2009). Development of a CMS-specic marker based on chloroplast-derived mitochondrial sequence in pepper. Plant Biotechnol Rep 3:309-315.
* Jo 등(2016). Construction of Mutation Populations by Gamma-ray and Carbon Beam Irradiation in Chili Pepper (Capsicum annuum L.). Hort Environ Biotechnol 57(6):606-614.
* Cho 등(2001). Resistance to Gray Leaf spot in Capsicum Peppers. HortScience 36(4):752-754.
* Wang 등(2004). QTL analysis of fertility restoration in cytoplasmic male sterile pepper. Theor Appl Genet 109:1058-1063.
* Kang 등(2005). The pvr1 locus in Capsicum encodes a translation initiation factor eIF4E that interacts with Tobacco etch virus VPg. The Plant Journal 42:392-405.
이 때, 20 개의 프라이머 세트를 각 유전자원에 적용하는 조건은 다음과 같다: Ex Taq DNA 중합효소(Takara Bio, Inc., Kusatsu, Japan)를 이용하였으며, DNA(유전자원의 DNA) 50ng, 양 방향(정방향 및 역방향) 프라이머 각각 5pmole, dNTP 각각 0.2mM, 10x buffer 2.5μl, Taq 중합효소 0.75 unit, 증류수가 첨가된 25μl 반응액을 사용하였다. 중합효소연쇄반응은 98℃ 10초, 59℃ 30초, 72℃ 100초로 이루어진 사이클을 35회 반복한 후 10분간 72℃를 처리함으로써 이루어졌다. 최종 증폭산물은 총 반응액 중 6μl를 0.8% 아가로스겔에서 전기영동한 후 확인하였다.
그 결과 모든 프라이머 세트에서 증폭이 발생한 유전자원과 증폭이 거의 이루어지지 않거나 전혀 이루어지지 않은 계통을 명확히 구별할 수 있었다. 유전자원 분류에 있어서는 세포질 웅성불임 계통인 FS4401 서열에서 개발된 프라이머 세트의 경우에는 대부분 웅성불임 유전자원에서만 증폭이 되는 양상을 나타내었으나 제주 재래(Jeju Jaerae)에서 개발된 프라이머 세트의 경우에는 프라이머 세트에 따라 유전자원 분류가 다양성 있게 이루어짐을 확인할 수 있었다. 이를 도 2(우측)에 나타내었다.
따라서, 본 발명의 프라이머 세트 및 이를 기초로 한 마커를 카프시쿰 아눔 유전자원에 적용할 경우 미토콘드리아 DNA 유형을 분류할 수 있음을 확인하였으며, 나아가 상기 개발된 프라이머 세트를 고추 웅성불임 세포질 보유계통 판별 및 웅성불임 유전자 동정 목적 연구에서의 식물 재료 선별에 사용할 수 있다.
고추에서는 웅성불임 후보 유전자 서열 등을 기반으로 웅성불임 세포질을 선별하기 위한 단일 분자표지들이 개발되어 왔으나, 웅성불임 유전자가 명확히 밝혀져 있지 않았으며, 분자표지들이 넓은 범위의 유전자원에 적용되지도 않았으므로 분자표지 이용 결과를 완전히 신뢰하기 어려운 상황이다(Ji 등 (2014), Development of a SCAR marker for early identication of S-cytoplasm based on mitochondrial SRAP analysis in pepper (Capsicum annuum L.). Mol Breeding (2014) 33:679-690.).
본 발명에서는 상기 표 4와 같이 웅성불임 계통의 미토콘드리아 DNA 전체 염기서열을 기반으로 다수의 구조적 변이에 기반한 마커 또는 프라이머 세트를 개발하여 넓은 범위의 유전자원에 적용하였으므로, 추후 교배를 통해 유전자원의 세포질형이 규명될 경우, 웅성불임 세포질형을 가장 정확하게 판별할 수 있는 마커 또는 프라이머 세트를 선별할 수 있다.
본 발명에서 도 2에 나타난 바와 같이 세포질형이 알려진 유전자원을 대상으로 한 소규모 적용 결과를 통해 보더라도, 웅성불임-웅성가임 두 계통 간 서열 비교를 통해 웅성불임 계통 특이적 DNA 구조에 기반하여 설계하였음에도 불구하고 일부 정상 세포질 보유 계통(Yolo Wonder)에서 증폭되는 분자표지(마커 2또는 프라이머 세트 2)가 있음을 확인할 수 있었다. 특히 이 분자표지는 기존에 웅성불임 후보 유전자로 지목된 바 있는 orf507(관련 최초 연구에서는 orf456으로 알려짐) 서열을 내부에 포함하는 분자표지인데 해당 증폭산물의 염기서열 분석을 통해 내부에 정확한 orf507 유전자 서열이 포함되었음을 확인하였다.
또한, 96개 유전자원을 대상으로 마커 2 또는 프라이머 세트 2를 적용하였을 때 웅성불임계통 서열에 기반한 다른 분자표지들과 상반된 분류 양상을 다수의 유전자원(타입 1)에서 확인할 수 있었다. 이 결과로부터 기존에 이용된 바 있는 orf507 기반 분자표지를 웅성불임 세포질형 판별을 위해 이용하는 것은 적절하지 않으며 orf507이 웅성불임 유전자가 아닐 가능성이 높다는 것을 판단할 수 있었다. 96개 유전자원을 대상으로 하는 경우, 웅성불임계통 서열을 기반으로 하는 다른 분자표지들 간에도 서로 다른 결과가 나타나는 경우가 일부 유전자원에서 확인되었으므로, 이들 유전자원의 세포질형을 분석한다면, 마커 2 또는 프라이머 세트 2의 경우와 같이 완전한 연관성을 나타내지 않는 분자표지들을 제외시키고 신뢰도가 높은 분자표지를 선별할 수 있다.
따라서, 이와 같이 본 연구에서의 적용 또는 더 많은 유전자원을 대상으로 한 적용을 통해 웅성불임 계통 유래 분자표지 간 상반된 결과를 나타내는 다수의 유전자원을 확보할 경우, 본 발명에서 개발된 마커 또는 프라이머 세트는 웅성불임 유전자 동정을 위한 비교분석 연구에 매우 적합한 재료로 사용할 수 있다.
실험예 2: 선별된 20개의 프라이머 세트를 추가의 다양한 카프시쿰 아눔 유전자원에 적용
20개의 프라이머 세트를 서울대학교에서 분양받은 다양한 고추 유전자원에 적용 하였다. 이들 유전자원은 서울대학교 원예작물유전육종학 연구실에서 유전적 다양성 및 원산지 정보 보유 여부를 고려하여 선별한 것이다.
본 연구에 이용된 카프시쿰 아눔 유전자원 96개는 Lee 등이 수행한 고추 속의 유전적 다양성 분석 및 핵심집단 구축 연구(Lee 등(2016), Genetic diversity and population structure analysis to construct a core collection from a large Capsicum germplasm. BMC Genetics (2016) 17:142)에서 이용한 유전자원 중 카프시쿰 아눔 종(3,383개) 유전자원의 일부이다. 이 연구에서는 핵 DNA 기반 SNP 분자표지 적용 및 표현형 데이터 분석을 통해 총 3,821개의 유전자원 중 이들의 유전적 다양성을 잘 대표할 수 있는 총 240개의 유전자원을 선별하여 핵심집단을 구축하였는데, 본 발명에서 이용한 96개 유전자원 중 95개는 핵심집단에 포함되며 해당 논문에 원산지 및 핵 DNA 기반 유전형 분석결과가 기술되어 있다. 나머지 한 계통인 CC582(네팔)은 핵심집단 외의 계통이나 국립유전자원센터(http://genebank.rda.go.kr)에서 검색(자원의 IT 번호인 "IT 136633" 이용함) 및 분양신청이 가능하다. 본 발명에서는 상기 기술한 연구에서 이용된 유전자원 별 DNA를 분양 받아 진행하였다.
상기 2에서 획득된 프라이머 세트를 서울대학교에서 분양받은 96개의 다양한 카프시쿰 아눔 유전자원에 적용하였다. 이들 유전자원은 서울대학교 원예작물유전육종학 연구실에서 유전적 다양성 및 원산지 정보 보유 여부를 고려하여 선별한 것이다.
이 때, 프라이머 세트를 카프시쿰 아눔 96개의 유전자원에 적용하는 조건은 다음과 같다: GenScript Taq DNA 중합효소(GenScript, New Jersey, USA)을 이용하였으며 DNA(유전자원 DNA) 50ng, 양방향 프라이머 각각 5pmole, dNTP 각각 0.2mM, 10x buffer 2.5μl, Taq 중합효소 0.75 unit, 증류수가 첨가된 25μl 반응액을 사용하였다. 중합효소연쇄반응은 94℃에서 3분간 DNA를 해리시키고 94℃ 30초, 59℃ 45초, 72℃ 100초로 이루어진 사이클을 35회 반복한 후 10분간 72℃를 처리함으로써 이루어졌다. 최종 증폭산물은 총 반응액 중 6μl를 0.8% 아가로스겔에서 전기영동한 후 확인하였다.
그 결과 대부분의 경우 확실한 증폭 또는 미증폭 양상을 나타내었으나 일부 경우에는 매우 약한 증폭 양상을 나타내었다.
[표 1]
카프시쿰 아눔 유전자원 96개에 20개의 프라이머 세트를 적용한 결과
(표 1 계속)
(표 1 계속)
z기존 고추 핵 DNA 분자표지를 이용하여 고추 유전자원을 분류한 결과임.
y밑줄이 있는 프라이머 세트의 경우 FS4401 서열로부터, 밑줄이 없는 프라이머 세트의 경우 제주 재래 서열로부터 디자인 되었음.
x많은 양이 증폭된 경우 Y, 매우 적은 양이 증폭된 경우 W, 전혀 증폭되지 않은 경우 N으로 표기하였음.
이때 증폭량은 앞서 언급한 ImageJ 프로그램으로 증폭 정도를 구분하는 방법에 따른 것이다.
이때, 표 1의 일부 유전자 원에 적용한 결과를 도 3에 나타내었다. 화살표로 표기한 경우가 표 1에서 'W'로 분류는 경우에 해당한다.
적용 결과는 일반적으로 식물 미토콘드리아 유전체는 주된 유전체 외에도 적은 수의 하위 유전체 분자(subgenomic molecule)를 가진다는 특성에 의한 것으로 판단된다. 이러한 증폭의 경우 확실한 증폭을 보이는 경우와 비교할 때 그 증폭량에서 명확한 차이를 보였으며, 완전히 증폭되지 않은 경우와의 구별 가능성은 중합효소연쇄반응 효율이나 겔 상에서의 해상도에 따라 다를 것으로 예상되었으므로 미토콘드리아 DNA 유형 분류 과정에 있어서는 완전히 증폭되지 않은 경우와 동일하게 취급하였다(도 3, 표 2).
[표 2]
미토콘드리아 DNA 유형 별 프라이머 세트 적용 결과 및 포함 유전자원 수
z 밑줄이 있는 프라이머 세트의 경우 FS4401 서열로부터, 밑줄이 없는 프라이머 세트의 경우 제주 재래 서열로부터 디자인 되었음.
y 많은 양이 증폭된 경우 Y, 매우 적은 양이 증폭되었거나 전혀 증폭되지 않은 경우 N으로 표기하였음.
이때 증폭량 은 앞서 언급한 ImageJ 프로그램으로 증폭 정도를 구분하는 방법에 따른 것이다.
이를 바탕으로 프라이머 세트 20개의 적용 결과를 종합해 볼 때 96개의 유전자원을 총 15개의 미토콘드리아 DNA 유형으로 분류할 수 있는 것을 확인하였다.
이때 미토콘드리아 유전형에 의해 분류되는 15개의 그룹에서, 그룹 1은 프라이머 세트 1이 증폭되고; 그룹 2는 프라이머 세트 1 및 18이 증폭되고; 그룹 3은 프라이머 세트 1, 10-12, 14, 15가 증폭되고; 그룹 4는 프라이머 세트 2, 5-8, 13-15, 19, 20이 증폭되고; 그룹 5는 프라이머 세트 2, 5-8, 13-15, 19가 증폭되고; 그룹 6은 프라이머 세트 2, 5-8, 10-15, 19, 20이 증폭되고; 그룹 7은 프라이머 세트 2, 5-15, 19, 20이 증폭되고; 그룹 8은 프라이머 세트 5-9, 13-15, 19, 20이 증폭되고; 그룹 9는 프라이머 세트 5-7, 13-15, 19, 20이 증폭되고; 그룹 10은 프라이머 세트 5-8, 13-15, 19, 20이 증폭되고; 그룹 11은 프라이머 세트 5-9, 13-15, 19가 증폭되고; 그룹 12는 프라이머 세트 1-4, 10-12, 16-18이 증폭되고; 그룹 13은 프라이머 세트 7, 14, 15가 증폭되고; 그룹 14는 5, 7, 8, 13-15, 19, 20이 증폭되고; 그리고 그룹 15는 증폭되는 프라이머 세트가 없었다.
비교실험예 1- 카프시쿰 프루테스켄스(Capsicum frutescens), 카프시쿰 치넨세(Capsicum chinense), 카프시쿰 바카툼(Capsicum baccatum)에 속해 있는 유전자원 48개(각 종 별 16개)에 대한 프라이머 세트의 적용
상기 2에서 획득된 프라이머 세트를 카프시쿰 아눔 외의 다른 고추 재배종인 카프시쿰 프루테스켄스(Capsicum frutescens), 카프시쿰 치넨세(Capsicum chinense), 카프시쿰 바카툼(Capsicum baccatum)에 속해 있는 유전자원 48개(각 종 별 16개)에도 적용하였다.
본 연구에 이용된 카프시쿰 프루테스켄스(Capsicum frutescens), 카프시쿰 치넨세(Capsicum chinense), 카프시쿰 바카툼(Capsicum baccatum) 유전자원 총 48개는 Lee 등이 수행한 고추 속의 유전적 다양성 분석 및 핵심집단 구축 연구(Lee 등(2016), Genetic diversity and population structure analysis to construct a core collection from a large Capsicum germplasm. BMC Genetics (2016) 17:142)에서 이용한 유전자원 중 카프시쿰 아눔 종(3,383개) 유전자원의 일부이다. 이 연구에서는 핵 DNA 기반 SNP 분자표지 적용 및 표현형 데이터 분석을 통해 총 3,821개의 유전자원 중 이들의 유전적 다양성을 잘 대표할 수 있는 총 240개의 유전자원을 선별하여 핵심집단을 구축하였는데, 본 발명에서 이용한 48개 유전자원 중 36개는 핵심집단에 포함되며 해당 논문에 원산지 및 핵 DNA 기반 유전형 분석결과가 기술되어 있다. 나머지 12 계통[카프시쿰 프루테스켄스 6계통(PI 555644, C 04750-B, C 04612, Lombok, C 04851, NUM-6 L.G.G.-J.L.) 카프시쿰 바카툼 6계통(C 04084, C 02433, C 04065, C 04329, C 04069, CC3751)]은 핵심집단 외의 계통이나 국립유전자원센터(http://genebank.rda.go.kr)에서 아래 표의 IT 번호를 이용한 검색 및 분양신청이 가능하다. 본 발명에서는 상기 기술한 연구에서 이용된 유전자원 별 DNA를 분양 받아 진행하였다.
모두 국립유전자원센터에 분양된 계통들이며 계통들의 검색을 위해서는 계통명 대신 IT 번호를 이용할 수 있으며, 카프시쿰 아눔의 경우 IT 번호는 다음과 같다.
[표5]
이때, 20개의 프라이머를 적용하는 조건은 다음과 같다: GenScript Taq DNA 중합효소(GenScript, New Jersey, USA)을 이용하였으며 DNA(각 종 별 유전자원의 DNA) 50ng, 양방향 프라이머 각각 5pmole, dNTP 각각 0.2mM, 10x buffer 2.5μl, Taq 중합효소 0.75 unit, 증류수가 첨가된 25μl 반응액을 사용하였다. 중합효소연쇄반응은 94℃ 에서 3분간 DNA를 해리시키고 94℃ 30초, 59℃ 45초, 72℃ 100초로 이루어진 사이클을 35회 반복한 후 10분간 72oC를 처리함으로써 이루어졌다. 최종 증폭산물은 총 반응액 중 6μl를 0.8% 아가로스겔에서 전기영동한 후 확인하였다.
증폭량과 적은 증폭량이 명확히 구별되었던 카프시쿰 아눔(Capsicum annuum) 유전자원 대상 적용에서와는 달리 상기 세 종에 대한 적용에서는 중간 수준의 증폭량이 나타나는 경우가 많이 있었으므로, 좀 더 상세히 세 종에 대한 적용에서 증폭량을 구분하기 위해, 일정 수준 이상의 확실한 증폭이 일어난 경우는 "S", 일정 수준 이하의 증폭이 일어나 증폭량의 많고 적음의 구별이 모호하거나 적은 증폭량으로 구별될 수 있는 경우는 "U", 증폭산물이 전혀 확인되지 않은 경우는 "N"으로 표기하였다. 즉, "S"는 증폭산물에 의해 나타나는 밴드의 강도가 기준 밴드 강도의 70% 이상일 경우이며 "U"는 증폭산물에 의해 나타나는 밴드가 확인되나 그 강도가 기준 밴드 강도의 70% 이하일 경우이다. 여기에서 기준이 되는 밴드는 FS4401로부터 디자인된 마커의 경우에는 밀양 K 또는 부강 A, 제주 재래에서 디자인된 마커의 경우에는 제주 재래의 DNA를 대상으로 증폭을 수행하여 획득할 수 있다. 기준 밴드의 강도는 상기 카프시쿰 아눔 대상 적용 시와 동일한 방법으로 ImageJ 프로그램을 이용하여 정량하였다. 이를 표 6에 나타내었다.
한 개 이상의 유전자원에서 확실한 증폭이 일어나는 프라이머 세트 대부분의 경우 다른 많은 유전자원에서도 약한 증폭이 발생되며, 명확한 증폭이 일어나는 경우와 구별하기 힘든 정도의 증폭이 일어나는 경우도 많았으므로 미토콘드리아 DNA 유형 분석에 활용하기 어려울 것으로 판단되었다. 또한 개발된 프라이머 세트를 카프시쿰 치넨세, 카프시쿰 바카툼 일부 계통에 적용한 결과를 도 4에 나타내었다.
[표6]
카프시쿰 프루테스켄스(Capsicum frutescens), 카프시쿰 치넨세(Capsicum chinense), 카프시쿰 바카툼(Capsicum baccatum) 유전자원 총 48개에 20개의 개발 프라이머 세트를 적용한 결과
(표 6 계속)
z 기존의 고추 핵 DNA 분자표지를 이용하여 고추 유전자원을 분류한 결과임.
y 밑줄이 있는 프라이머 세트의 경우 FS4401 서열로부터, 밑줄이 없는 프라이머 세트의 경우 제주 재래 서열로부터 디자인 되었음.
이는 본 발명에서 개발한 프라이머 세트들이 카프시쿰 아눔 계통들의 미토콘드리아 유전체 서열을 기반으로 명확한 증폭을 확인할 수 있도록 선별되었는데, 타 종의 미토콘드리아 유전체 구조 또는 하위유전체 구성이 카프시쿰 아눔 계통들과 매우 다르기 때문으로 추측된다. 하지만 프라이머 세트 10 내지 12, 프라이머 세트 14 내지 15 등 일부 프라이머 세트의 경우 다수의 카프시쿰 프루테스켄스 또는 카프시쿰 치넨세 유전자원에서는 확실한 증폭 양상을 나타내어 유전자원 유래 및 유연관계 분석에 이용될 가능성이 있을 것으로 판단되었다.
(2) 4개 프라이머 세트의 적용
실험예 3: 선별된 4개의 프라이머 세트를 이용한 카프시쿰 아눔 고추 유전자원의 분류
상기 2에서 획득된 프라이머 세트를 이용한 분류에 있어서, 표 1에 의하면 이 중 그룹 1, 그룹 4, 그룹 8, 그룹 12 및 그룹 13으로 정의한 분류군에는 표 2에 나타낸 바와 같이 3개 이상의 유전자원이 포함되어 있었다. 이들 다섯 개 주요 분류군는 프라이머 세트 1, 2, 3 및 6의 4개의 프라이머 세트 조합만으로도 분류가 가능한 것으로 확인되었다. 타입 1 내지타입 5에는 각각 그룹 1, 그룹 4, 그룹 8, 그룹 12, 그룹 13 분류 군이 차례대로 포함된다.
이때 프라이머 세트 1, 2, 3 및 6을 통해 미토콘드리아 유전형을 5개의 그룹으로 분류할 경우 각각 타입 1 내지 타입 5라 지칭하며, 각 타입은 하기와 같다: 타입 1은 프라이머 세트 1이 증폭되고; 타입 2는 프라이머 세트 2 및 6이 증폭되고; 타입 3은 프라이머 세트 6이 증폭되고; 타입 4는 프라이머 세트 1, 2 및 3이 증폭되고; 그리고 타입 5는 증폭되는 프라이머 세트가 없다.
4. 카프시쿰 아눔 미토콘드리아 DNA 유형 분류를 위한 다중 중합 효소 연쇄반응 체계 개발.
앞서 3.(2)에서 언급하였듯이 중합효소연쇄반응 결과를 고려할 때 프라이머 세트 4개(프라이머 세트 1, 2, 3, 6)만으로도 카프시쿰 아눔 유전자원 96개 중 3개 이상의 유전자원을 포함하는 그룹 1, 그룹 4, 그룹 8, 그룹 12, 그룹 13 분류 군을 상호 간 분리해 낼 수 있었다.
다만, 실용적 활용에 있어 4개의 프라이머 세트를 모두 적용할 경우 많은 시간과 노동력이 소모되므로 본 발명에서는 한 번의 중합효소연쇄반응으로 분석할 수 있는 다중 중합효소연쇄반응 체계를 개발하고자 하였다.
이에 중합효소연쇄반응에서의 DNA 증폭의 명확성 등을 고려하여 프라이머세트 1, 프라이머 세트 2, 프라이머 세트 3, 프라이머 세트 6을 다중 중합효소연쇄반응 체계에 활용할 프라이머 세트로 선별하였다. 그러나, 이 4개의 프라이머 세트를 동시에 이용할 경우 프라이머 세트 간 유사한 길이의 산물이 증폭되어 결과를 분석하기 어려울 수 있다. 따라서 프라이머 세트 3및 프라이머 세트 6과 동일한 구조적 다형성을 기반으로 하되 서로 명확히 다른 길이의 산물을 증폭할 수 있도록 두 프라이머 세트를 변형하였다. 즉, 프라이머 세트 1, 프라이머 세트 2, 변형 프라이머 세트인 프라이머 세트 3-S, 프라이머 세트 6-S를 제작하였으며, 이를 함께 넣고 중합효소연쇄반응을 진행할 경우 각 증폭 산물 간 길이차이가 최소 295bp 이상이 되어 프라이머 세트 별 증폭 양상을 구별하여 해독할 수 있도록 하였다. 상세한 프라이머 세트의 정보는 하기 [표 7]에 나타내었다.
[표 7]
다중 중합효소연쇄반응 체계에 이용된 마커 정보
z 해당 프라이머 세트를 디자인한 미토콘드리아 유전체 보유 계통을 의미함.
이러한 다중 중합효소연쇄반응 체계를 상기 2 및 실험예 1에서 이용하였던 12가지 계통의 유전자원(밀양 K, 제주 재래, 밀양 K X 제주 재래 F1, 제주 재래 X 밀양 K F1 개체, 청양(Chungyang) A(S), 부강(Bukang) A(S), KR2 A(S), CM334, 유월(Yuwol), 칠성(Chilsung), Yolo Wonder 및 Del ray bell)과 실험예 2에서 이용하였던 96가지 카프시쿰 아눔 계통의 유전자원에 동시에 적용하여 보았다.
그 결과 각 프라이머 세트 별 증폭산물을 명확하게 분류할 수 있었으며, 4개의 프라이머 세트를 각각 적용하였을 때와 동일하게 유전자원을 분류할 수 있었다.
상기 2 및 실험예 1에서 이용하였던 12가지 계통의 유전자원에 변형된 4가지 프라이머를 적용한 결과를 도 5A에 나타내었다.
실험예 2에서 이용하였던 96가지 카프시쿰 아눔 계통의 유전자원에 변형된 4가지 프라이머를 적용한 결과를 도 5B및 도 6에 나타내었다. 도 5B는 다중 중합효소연쇄반응 체계로 구분되는 5개 분류군을 대표하는 카프시쿰 아눔 유전자원에 적용한 결과를 나타내며, 도 6은 다중 중합효소연쇄반응 체계를 96개의 카프시쿰 아눔 유전자원에 적용한 결과를 나타낸다. 각 레인 위에 적힌 숫자는 이 체계의 분류군인 타입 1 내지 5를 의미하며, M은 사이즈 마커를 의미한다. 이와 같은 다중 중합효소연쇄반응 체계로 구별되는 미토콘드리아 DNA 유형 분류군은 3.(2)에서 언급한 바와 같이 각각 타입 1 내지 타입 5에 해당한다.
5. 다중 중합효소연쇄반응 체계에 의한 카프시쿰 아눔(C. annuum) 유전자원 분류 특성 분석
다중 중합효소연쇄반응 체계에 의한 카프시쿰 아눔 유전자원 분류 양상의 특징을 알아보기 위해 5개 분류군(타입 1 내지 5) 각각에 속하는 유전자원이 기존 연구에서 어떻게 분류되었으며 원산지는 어떻게 나뉘어지는지 분석하여 보았다.
기존의 연구는 핵 유전체 서열로부터 디자인된 48개의 SNP 분자표지를 이용하여 3,821개의 유전자원(카프시쿰 속 11개 종 포함)을 5개의 분류군(그룹 A 내지 E)으로 분류하고 여기에서 유전자형 및 표현형을 기준으로 선별한 240개의 핵심유전자원을 다시 48개의 SNP 분자표지를 이용하여 5개 분류군(그룹 I 내지 V)으로 분류한 바 있다. 핵 DNA 기반 분자표지에 의한 3,821개 유전자원 분류 결과와 비교하여 보았을 때 본 발명에서 타입 1으로 분류된 유전자원은 주로 그룹 C에 속하였으며 타입 2 유전자원의 경우 대부분 그룹 B에 속하였다. 반면 타입 3 유전자원은 주로 그룹 C와 D에 나뉘어 분포하였으며 타입 4와 5 유전자원은 여러 그룹에 분산되어 분포하는 특징을 나타내었다.
240개 핵심유전자원 분류 결과와 비교하여 분석해 보면 타입 1과 타입 3의 유전자원은 그룹 I과 II에 나뉘어 분포하며 타입 2 유전자원의 경우 주로 그룹 I에 속하였다. 타입 4와 타입 5 유전자원은 그룹 I 내지 III에 분산되어 분포하였다. 한편, 유전자원의 원산지와 비교해 보았을 때에는 아시아에서 유래한 유전자원들의 경우 대부분 타입 3에, 유럽에서 유래한 유전자원들의 경우 대부분 타입 2에 속함을 확인할 수 있었다. 반면 북남미에서 유래한 유전자원에는 타입 1 내지 타입 5의 유전자원들이 비교적 고르게 분포하는 특징이 나타났다. 이를 도 7a 내지 도 7c에 나타내었다. 도 7a는 핵 DNA 분자표지에 기반한 3,821개 유전자원 분류 양상과 비교한 결과이고, 도 7b는 핵 DNA 분자표지에 기반한 240개 핵심 유전자원 분류 양상과 비교한 결과이고, 도 7c는 유전자원 원산지에 따른 분류 양상과 비교한 결과를 나타낸다.
6. 표현형과 높은 연관성을 갖는 유전자원 분류
96개의 카프시쿰 아눔 유전자원에서 본 발명의 다중 중합반응 체계를 이용하여 분류한 5개의 분류군, 앞서 언급한 Lee 등(2016)이 48개의 핵 DNA SNP 분자표지를 적용하여 얻은 분류군과 이들의 표현형과의 상관관계를 각각 분석하여 보았다.
표현형 분석은 상기 Lee 등(2016)의 연구에서 조사한 표현형 정보 중 10개의 정량적 특성(초장(plant height), 초폭(plant width), 엽장(leaf length), 엽폭(leaf width), 개화소요일(days to flowering), 과장(fruit length), 과경(fruit width), 과중(fruit weight), 과피 두께(pericarp thickness), 과당 종자 수(No. seeds per fruit)) 관련 정보를 저자로부터 제공받아 수행하였는데, 과실 모양과 관련한 분석을 추가하기 위해 과경에 대한 과장의 비율(과장/과경 비율)을 구하여 분석항목에 추가하였다. 표현형과 분류군과의 상관관계는 각 분류군 별 표현형 수치의 평균값에 대하여 일월변량분석(one-way ANOVA) 을 수행한 후 P 값 < 0.005 수준에서 Duncan 다중검정을 진행하여 분석하였다. 이 분석에는 IBM 사(Armonk, NY, USA)의 IBM SPSS statistics 22.0 소프트웨어를 이용하였다. 핵 DNA SNP 분자표지에 의한 분류군 중 그룹 IV의 경우, 두 개의 유전자원만 포함하였으며 이들 유전자원 간 표현형의 편차가 매우 컸으므로 분석에서 제외하였다.
미토콘드리아 DNA 유형에 따른 분류군과 11가지 표현형 간 분석에서는 초장, 초폭, 엽폭, 과장, 과경, 과중, 과피 두께, 과장/과경 비율 등 총 8개의 항목에서 각 분류군의 평균값 간 유의미한 차이가 나타나는 것으로 확인되었다. 특히 타입 2의 분류군의 경우 초장, 엽장, 과경, 과중, 과피 두께에서 다른 모든 분류군과 차이를 나타내었다. 즉, 이 분류군의 유전자원은 평균적으로 짧은 초장과 엽장을 나타내며, 두꺼운 과피를 지닌 폭이 넓은 형태의 무거운 과실을 지니는 것으로 분석되었다.
반면, 가장 많은 유전자원이 포함되었던 타입 3의 분류군의 경우 타입 2의 분류군에 비해 평균적으로 훨씬 폭이 좁고 가벼운 과실을 보유하는 것으로 확인되었다. 타입 1의 유전자원은 더 짧은 과실을 지닌다는 점에서 타입 3의 분류군과 구별되었다. 타입 5의 유전자원의 경우는 타입 1의 유전자원과 많은 표현형 항목에서 유사한 평균값들을 나타내었으나 과장/과경 비율 항목에서 유의미한 차이를 보였다. 타입 4의 유전자원들에서는 타입 3와 유의미한 차이를 나타내는 특성을 확인할 수 없었는데 이 분류군에는 가장 적은 4개의 유전자원이 포함되어 있으며 유전자원 표현형 값 간 편차가 크게 나타났다.
한편 핵 DNA를 기준으로 한 분류군과 표현형 간 분석에서는 초장, 엽장, 개화소요일, 과경, 과장/과경 비율, 과중, 과피 두께 등 7개 항목에서 분류군 간 차이가 확인되었다. 미토콘드리아 DNA 기준 타입 2 분류군에 속하는 유전자원들을 다수 포함하는 분류군인 그룹 I의 경우 타입 2와 유사하게 평균적으로 두꺼운 과피를 지닌 폭이 넓고 무거운 과실을 보유하는 것으로 나타났다. 하지만 표현형의 차별성에 있어서는 타입 2가 그룹 1에 비해 큰 것으로 보여졌는데, 예를 들어 타입 2 분류군에서의 과폭, 과중, 과피 두께의 평균값은 각각 52.9 mm, 71.9 g, 4.4 mm로, 각각 38.6 mm, 47.8 g, 3.3 mm 인 그룹 1 분류군 평균값에 비해 훨씬 큰 것으로 나타났다.
이상의 결과를 바탕으로 본 발명의 분자표지를 이용하여 과실의 형태적 특성 등의 표현형과 관련성이 높은 유전자원 분류를 수행할 수 있음을 알 수 있는데, 미토콘드리아 DNA 유전자 중 과실 형태에 직접적 영향을 주는 것이 밝혀진 사례는 없으므로, 이는 미토콘드리아 유형이 외형적 특성의 요인이 되기 보다는 형태적 특성 차이를 가져 온 진화 양상에 상당히 부합하는 유전적 분류를 가능하게 하기 때문으로 추정된다.
미토콘드리아 유형 기반 분류군 간 표현형 평균값 간 차이를 11개 항목에서 분석한 결과를 도 8a 내지 도 8k에 나타내었다. 총 96개의 캡프시쿰 아눔 유전자원에 대해 분석이 이루어졌고, 그래프에서 오차막대는 표준오차를 의미한다. 그래프의 막대 위의 문자가 서로 다른 경우 Dancan 다중검정에서 P < 0.05 수준으로 그룹 간 차이가 있음을 의미한다.
핵 DNA SNP 분자표지 기반 분류군 간 표현형 평균값 간 차이를 분석한 결과를 도 9a 내지 도 9g에 나타내었다. 11개 항목에서 분석하여 분류군 간 차이를 확인한 7개의 항목만을 제시하였다. 총 96개의 캡프시쿰 아눔 유전자원에 대해 분석이 이루어졌으며, 그래프에서 오차막대는 표준오차를 의미한다. 그래프의 막대 위의 문자가 서로 다른 경우 Dancan 다중검정에서 P < 0.05 수준으로 그룹 간 차이가 있음을 의미한다.
이상에서 본 발명의 실시예에 대하여 상세하게 설명하였지만 본 발명의 권리범위는 이에 한정되는 것은 아니고, 청구범위에 기재된 본 발명의 기술적 사상을 벗어나지 않는 범위 내에서 다양한 수정 및 변형이 가능하다는 것은 당 기술분야의 통상의 지식을 가진 자에게는 자명할 것이다.
<110> Korea Atomic Energy Research Institute
<120> Primer sets and method for classifying pepper mitochondria DNA
type (mitotype) by using the same
<130> DPP20180621KR
<160> 64
<170> KoPatentIn 3.0
<210> 1
<211> 1257
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(1257)
<223> Capsicum annuum L. species FS4401(CMS LINE)
<400> 1
cggaagagga agtggctgaa ctcctcccga accaacacag caaacaacaa ccaaagagaa 60
aacatcctct aaataaacac caaagtgaga tagaaaatgt gtgcgcaaac aacacccaaa 120
taacgagatg gaaaatagaa gagagagatc tatgagaaag acaagtcgaa agccagattt 180
ttgattcaaa cgaaaactct ttctacgaac gataagggtc aggcccaaaa gaaggattcc 240
aaaaagtagg agatttcgac ttgtgatcat gatagcggtt ccttcttttc ctagaaaatg 300
aacaaaagaa ttggctgcta tgaaagtcag aaagggcaaa aaataacgaa ggagagtcat 360
gggttctata tggaccgcaa tttcggtacg accagcgcgg ttgttcctat ttcattttct 420
tcttccaagc tcgtcgcact agcactaagt tacttacgga atctcagatc tctctcgaca 480
cggagaactt ctcttttgtt tacgctattt caagtgagaa ttccagttcc gcctgttccc 540
ggctattgca tcttccctgc cacactgctt caacaagagc ttcttagcga cctactgccc 600
taccaccaag accggtaaga ccaagagcag cggattcaat agcatcggcg agagagagaa 660
ttcctattga attagctttc ctggggaata agatattaac gaaaaggcta taccaaagag 720
aatacatcat tctcgaaaag gtcgaaggac gaagaagagc tccaagcaag agatattatt 780
cactaaaagc agctagcagg tgagaataaa gaactaccat tgttgctgac agctacacgg 840
attcaccact acttatgaat tcttactcct gctcctagac aaacgttgaa gcaaggaaag 900
aagtagctcg acggataatg ctctcttcac tcctttaagt cactgacatt tcctgttcga 960
cgctcggatt agcaggcttg atcattcaat catataatca tgcctccaga gtgacttcat 1020
ttcacattat gaatattgga ttacctctta gctagaacta agatctgctc ttagcttctt 1080
gttgtcttac cttctcttgt tgtccgattg caggattcat cctaataaaa gccagaaaag 1140
atgctggcac aatacggatg aaaagcctgt ccgccttatc ctaataagaa ggggaatgaa 1200
gtatctcatc tatcttactt cttgatgttg cagccctgga atcacttcac cgccaac 1257
<210> 2
<211> 1552
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(1552)
<223> Capsicum annuum L. species FS4401(CMS LINE)
<400> 2
ggtgggaggt cacagagaat tgacctattc atagagtgat cctatgatcg atacaggata 60
tagactatct cattctttat tctattctat ttctgaaaaa aaaaagaagg gtgactcaac 120
ttctcagcta gagttggtgg tgggacctgt tggcataatg cacgctggaa cgtgggaatt 180
cgaggtcggg agaactacct aactaaagaa aaatagtgtt ctttctaaga gtaggcgtgg 240
agagcttttt gcggggaaac ttgcaagtac agtttggggg gaggcgggcg tcgaccctac 300
cttatgagta ttcggactat aacagttccg atgaacagtc actcactttt gacagttata 360
cgattccaga agatgatcta gaattgggtc aatcacgttt attagaagtc gacaatagag 420
tggttctacc agcaaagagc catatacgtt ttattgtaac atctgctgat gtacctcata 480
gttgggctgt accttcctta ggtgtcaaat gtgatgctgt acctggtcgt ttaaatcaga 540
cctctatttc ggtacaacga gaaggagttt actatggtca gtgcagtgag atttgtggaa 600
ctaatcatgc ctttatgccg atcgtcgtag aagctgttcc taggaaagat tatgggtctc 660
gggtatccaa tcaattaatc ccataaagcg cggaagctta agcggaaatg aaagaggagg 720
ttgaggttat gaagtcactt agccgtatac tatacaaagg gaaaggcgtc ggtacggagt 780
cacgtcagct gtggatatag actaggctat aaggaacgga gtcttaaact atggaccgag 840
acagatatat agaaagtgtg cagtgagggt gcttgtaaat cactaggtag cctagctcga 900
cccaagcaat gcccaaaagt cccatgtatt tctggttaaa caaaccagca atttccgaca 960
agtctttctt cattggaaga gcaagaagcg gaactacaac atttacatgc aatttcacca 1020
tgaattttat tgattatggc acattgttta ctttttcttt ttatctcggt atttcaatcg 1080
gcatttttgc gggccggttt tttgagcgaa gtgaagtttt acaggaattg gagaacttcc 1140
agctagaaaa aataaaactg aaaacggaag cagaactgca atttctttgt agagagcact 1200
tgagaatgaa tgaagaatta caattacctg ttccagatgg aacgagtatg cacatctccg 1260
actttttagg gaaagccttt ttggtcgacg agactgtgag ggaacgaata ttagggctga 1320
ctcaaattta tatggatcta aaaaacaatg gagcaacgag taactttttt cttttatttt 1380
tagactatta tagcaatttg tttagcgctt tttaatatat tcgtctgtcg ccgttgcagc 1440
taaaataacg gaggatggag gcggggaggg gagggggaca tcaaatggat tcaagtttga 1500
acaaaacagg aagaggttcg attcctcttt gatgttgtta agccaagagc gc 1552
<210> 3
<211> 1612
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(1612)
<223> Capsicum annuum L. species FS4401(CMS LINE)
<400> 3
ccgaatggac gacttgaaaa ggtctccata gacaaagaga cgatctagac cgaaagagag 60
aaaagacatt aggagttcta acattcataa aagaaagaaa aaaaccaata taggaactac 120
aactaagaaa gaagaagaat aagcaggtct ccatagacaa agagacgatc tagaccgaaa 180
gagagaaaag acattaggag ttctaacatt cataaaagaa agaaaaaaac caatatagga 240
actacaacta agaaagaaga agaataagca gaattgctta agtaaggtag tcgcttcttt 300
ttttcgcttg atagaaatat cataagagaa gaaagaagtt catgtaggtc ggatcctagc 360
gtagataaat gctatccgac ttgaatgatc gaatcgattc tttcactttg tcgaactcga 420
aatggaggct ctctttacca agaggagaag ataaggtctt ttggcaatag aaggcatatt 480
actaattgat tctttggcca ttttgtgttc gaattctaaa ccggcgaggc gctgctggat 540
gcttctgatc aatagaacac gaagaagaag atcaaaaaaa aggttatgat gagcttgatc 600
agaggaaagg ttatgatgag catctatttg agtcgattat ttccaagatc taattccagt 660
tttttcttat gtaggggaaa cgccttacaa tctgaagttt tacgcttaag ggaagaaatg 720
ttcttggtgg atgcaggact tgggactccc agaatttgta tgcaagatga gcctacagga 780
gtgccaatca accgagccac caggtttgag aatagggtgg gattcctgga tctagtggcc 840
ggtgaatcac tgatcaaaga gcagattttg gagagattct tcatcgatct agtggccggt 900
gaatcactga tcaaagagcg agcagccgct tgtcaaagga gggcgcttca ctatggcagg 960
ttctactatg gaaagaccaa acaaaatcaa gtaggtcaga gggtggaata aagcggggta 1020
agggggaggg cggctcctct taccgatctt gttgtagtag aagaagtgag agggtcttta 1080
gacactcgac tgaaaggaac gaagtaactc gaccaacggg ggattggctg ggacggggag 1140
cttgggccct cgagaatccg cgtaccgcca cgggggagca ttccttggag aaactccata 1200
cccttctttc ggatctcgag tcaaggggag tcaattccga gtccttctct caattaaaag 1260
ggaaggtacc cctgcgaagg ggttgggacg aacactctac cacatagtgg agtggatagc 1320
taggactaaa aaaatggaga tcgtgtacaa caacaatcct atatttgatg tcgattcatc 1380
cacacttcca ttccttgtag aggaaggcta actgcttgct ggctgggagc tgtatgagcg 1440
gtaacgtcca cgtatggctc cgtgagaagg gcggtggaca gaaatggcct tgttgtacct 1500
cactctcgtc ttcaatgggg tctgctcttt cttttttggg agagtatgcc aatatgatct 1560
taatgaggtg cggggctttg catctgacat tcgttgggct tctctcttcg gg 1612
<210> 4
<211> 1551
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(1551)
<223> Capsicum annuum L. species FS4401(CMS LINE)
<400> 4
gaggtactgc ccaaggaaag gaaaaggtta cttccggatc aggaataata aataaaatgg 60
aaacaagata aaatcttata tcaaaacgac ttctggcatc accggaagga tcgaaaccac 120
attcgtaggc cgacaatttt tctggatagg tcgaactatt ggaagaaaat agaaaaggaa 180
gaccgagtgg gatcaaagaa actagcgggc tgatcactaa atagatacaa ataggtgcaa 240
attctgacat caccacagaa aacttggttc tttcgctcct tgctggcgga gcggcatacc 300
ggaaaaaaag caaattctcg caagaaaacc aacgttcgac ttgcatgtgt taagcatata 360
gctagcgttc cttctgagcc aggatcaaac tcttcttttg actatgattg ggccctaaaa 420
gacataatgt attagatcta gcaaattaag cagttcctcg catccccaac tacgaatgcc 480
acataacatc acatcatagt aggcatccgt cagaaagccg agctgaatag cctcatcccc 540
aaacattgtc cgaacaagct caggcatggt ccattcgggg ggcaagaccc tcccggcttc 600
atgcacacag ctgctgtatt cacgacaaag attgttaaat aattgatcaa gatgggggga 660
agcactttct gcgtcggagg cagttgaaga actcgtggaa gtagtcgaag atggaaaatc 720
tctatccatc aaaaaacgca aatcactggg tgtaggattc ccatataact gaatcgaaaa 780
atccacgatt tctttttttt ttgactgctc tgctcccccc caaaaaacgg gaaaagactt 840
gtctacaatc gctggtttgt caaaccaaga aagacatggg attgtttggg cataaagaaa 900
agattggctg cttctaaagc tctctttctt ctcttatgat attttcattc gaaagagaag 960
gaagggcggg agtttcaaag cgttcaagct tcggtttcac atgccaattg gcaacttcgt 1020
atcatcccac ccagacctat actacgctat ttcaccaacg atcatataat tctgacccat 1080
cctgaccatg caccgaaata ggatgaccta taagtaaggc tttttccttc gtttcactct 1140
ccactcctgg gattggttat gaaactaaaa cccgtggaat ggtccccggc gttgaatctt 1200
ggctcagaag aaggctagcc ttatgcttga ctatttccaa taagatagga ttggatcttc 1260
tttatcggaa tcttgtaaag aaaggaatcg agcctgcatc tccgctttgg gtatccttaa 1320
ccgttgattc aattatccac gctcactgcc ttcatttagg agtgatataa aacgcttgaa 1380
ctaatagaac caaccggtgc taccgactct attccatatg ccaaagcttg gagtgggagt 1440
tccggtttac tttgaaggca gaagagctag ccctccgcat gtttagatta gttcgaaatg 1500
gtgtgagggt gcgccacatg ggaggcccta ccgcttggtc ggtccacaaa g 1551
<210> 5
<211> 1463
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(1463)
<223> Capsicum annuum L. species Jeju(male-fertile LINE)
<400> 5
cactcattcc catgctaatg taggtagaga aagaatgaga caaaacaaca gattcattct 60
tgagtgaaac tcccatatcc ccaccggatg aaaggagagc agacttcgct caataaggta 120
caactattcc atacttcgag taaacagtca aattccatgt cttatgggaa cgtagtgtca 180
tagttagttt cgaaaagact agaatatcca gctactcgtg caacaaagac tactgccacg 240
tctctcccga tgactgactc tcctgaaaaa gctgtggaca cagcaacaga ctcggcgggg 300
gattcattct cttactcatt gccaaccagt tcttcctctg ccttggcata aacagagcta 360
actttccttg agactacttc tggaacatcc ctatccttcg atcgatactg ccgacattac 420
tcgttatgag gcgaggattg gcatcagatg aagacataac ttcttccgat aacggaactt 480
caagtcttag ctacccgaaa gaaaatagaa taagggaagt tgacttcgaa actcttgaac 540
tgtaagagag acttcattta agagcgatct tttcatccaa ctcgaaatat cataagagaa 600
gaaagagagc tttagaagca agaagcatct tttctttatg cccaaacaat cccatgtatt 660
tctggttaaa caaaccaacc agcaattgta gacaagtctt ttcccgtttt tttgggggga 720
gcagagcgaa tgaacagaaa tctttccgaa tatcatgaat atccttcgcc ccttatctcc 780
tcatcttcct atttataagc cacagcttac ttcgacgttt tcaatttccc atagaatctc 840
cgaagtttca aaggtagcaa atggttctat cttctttttc aggatgtatt ccaataagaa 900
gaaaaagatg aaaactttgg ctgagattta ttcccgcaca actcccatgc atgaatctcc 960
ctctcttggg gtagcggaag aagggctaag cccattgtat aactcgataa gcttcccccc 1020
cttgtccccc tctcccccca atactttggg gataccctcc aattccatta ttccggcgcc 1080
tccccattca ccttcttcat cgggaatgtc ttccataaat gaaattctct ctccttacac 1140
cgaaagaaag gtatgtgaag cacaagggag aatagaggag gaagtctcaa gcattgcaaa 1200
tgcaaatggg atcactttgg atgaggaagc gccttttgtt ttgggacaat gggtgcacgg 1260
agaatcgtca aatctgaatt atttgacgtc tattttatct gatttgagaa caatgaaaga 1320
aaaaagtcaa tggtttgaaa gtgcgaccga cgtgtggtca aagaaatttt ttgtcccgtc 1380
tccggtggag caattccaca tgaatccccc actggtggac ttctctttag gactctcttt 1440
gtgttggctg cttttggtct tac 1463
<210> 6
<211> 1448
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(1448)
<223> Capsicum annuum L. species Jeju(male-fertile LINE)
<400> 6
cgggaatgga gaaaggagta agaagaaact ggctaagatt ccattgacct atatagcaac 60
cagttcaagc ttacgggctt aaggctgcta gggaagaaga agcttttccc gcattcctgt 120
tgatgcagag atcagacgag aaggcccatc tctttactat aatccgatgg agcagctctt 180
aagttgatcc ttacttaata gaatatcatc cccggtgaaa tagttgatga ttttttgatt 240
gttgactgct atatcttaat tagagaatcc gactgggaac gaatactttt ttctcttctt 300
cctttgctag ctctttctat gggtattccc gcaataaagg tttaaccggg tctgagccct 360
tctgtccatc cagaaaagat tcttgtgcgg gttcactggg cttggggaat ctatcattta 420
tgcttccccg gatgtaaatt gaaaactcgg gtttccccta ctgaagattc aaaaggcgag 480
cacgggattc gttttgggca tcctctgctt gaaagcttca ggcagaaagc agacgggcac 540
taaagcctta ctacgagtag ccctcatcac aagccgacag ctccagacca aagaaagaag 600
gcagttccgc agtcttcccc tcatacattc cttgaaaatt cttcatatcg tcattagtca 660
agcctaaagg ccctttacta atataataga aggtaagacc ggctttcgcg cagcagctgc 720
gcccttactt tttcgattgc tccgcacctt aattaatcgc ttttcgtagc gaacttcgtt 780
tggagaatta gcgacttctg ctttagtttg aactccgacc tattccgttc gtttgatcga 840
ctcctcaccc ttccgactcc acttactttc aacgctttct ttcttctctg gaatcgagtt 900
cttttcttcc tcaccgactt ctcttccatt cgtagctttc tttccagaat tggctttagc 960
ttaacgagct acaacgtatg gaactactct cccaacaaca gtggttgcag ctttagctgc 1020
tttcccgttc taaccacgca ttaaagtacc gagcaacacg gtagaagtcg catttcttag 1080
tcctatatcg caactcaatc attggactaa ttgctcccta atccccgcta ttctcttgtt 1140
ccgtacctcg cgtaaagcac tcttaacctt tcatcagcgg aataagaact tctttcttta 1200
attgctaccg accttgaatc tcattcttct atatcatctc ttgaatctct tgctcctatc 1260
gttgcggcga acgaactggt agaattttct agagctactc gaccggaatg ggcttttgtc 1320
attggtagaa gtagcggaag ccgctttaaa gccaacattc gattcggcgg aagtctttag 1380
gatggtcgaa ttgctagtta gcagtttagt tcctggtgat gtaatccgga gagcgacctt 1440
tgttccac 1448
<210> 7
<211> 1408
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(1408)
<223> Capsicum annuum L. species Jeju(male-fertile LINE)
<400> 7
ccacgaacta aactgctaac taccaattct cccatcctaa agacttcgcc ctactcgctt 60
gctaatggag tgaacgaagg cacggattat ataccaattg ccacttacgt ggagcgaagg 120
ggagaggaag aaagcggcca tgatagtgta ggtaaagtag ctaacgtctg gtcgagcatc 180
tgtagctgat gaaacaaggg gaatagcggt aacaaagccc tttaacaggg gtaatactaa 240
acgctagagg aagtcgggtg gggattactg aactcaaact acgcgtaata cgtctacgct 300
cgtttaaaag ccgctaaagc ctattcaacg agctccagta gtcgtagctc ggttagcact 360
gttctagctg cgatttagct actttacgct agtattgaag agagagcagc tgtggccaat 420
gaaaggagcg gaatagaagg tgcgtagcgg gggagagaag tggtaacaca ggggtacggg 480
tcgaaacaac ttccatactt gtagctcggg gcaaaggaag ttggttagga gtaattcact 540
ggacggcggt aaagtgagga aagaaagcgt atatagtcgt ttagctccat actttccgta 600
ttagcacaac gaaaagcaaa atcaaggttt ctacgtcgag atagagttgg tgctacgcaa 660
gagaatagag tttatggatg ggaagagatg aaaggtcgta ctgcgtcgag atagctcata 720
ggtcgtactg cgtcgaaaga gatgaaaggt cgtactgcgt cgagatagct cgtcaggtcg 780
tactgcgtcg agtgaaggaa gctattcaga agcttactga gcagaaagcc gattcgttgg 840
gcgagcagag gaaagaaaga aaacacttac ttattgcttt gctgatttca ttcaaaagcg 900
aaggaagaaa gctactcgac caaagcaaag agcaagctga aaaacgcaag caaaaaattt 960
caatgtaaag ttttatgcat gcgaaagaga agtcgaaggc cttagtctgt gccagtcccc 1020
gaggaataag ttgttccagg taagactttc tatagtcgca ttcctctgct gtccccttgt 1080
ttgaggagtt cagagtttca tccagttcct tacgagtgta ccaattcccc tccagccagt 1140
cttaagccaa cagtatctta tcacatcaca agccatcagg gaagggaaat cctagactca 1200
gacgaggcta tgaaataggt gaagtagtcc tcaaaaccat gggaagaaaa gatattaagg 1260
tacccttgag gactgatgct gctggcttat gggatgtagc agaaaggggt gtaacaaaac 1320
ttgcagcaag aaggactgaa acaaactcca actcaaagat ccgggaggga aactatcctc 1380
ttacctcgta cctcgtagac ctcctatc 1408
<210> 8
<211> 1628
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(1628)
<223> Capsicum annuum L. species Jeju(male-fertile LINE)
<400> 8
gaggtactgc ccaaggaaag gaaaaggtta cttccggatc aggaataata aataaaatgg 60
aaacaagata aaatcttata tcaaaacgac ttctggcatc accggaagga tcgaaaccac 120
attcgtaggc cgacaatttt tctggatagg tcgaactatt ggaagaaaat agaaaaggaa 180
gaccgagtgg gatcaaagaa actagcgggc tgatcactaa atagatacaa ataggtgcaa 240
attctgacat caccacagaa aacttggttc tttcgctcct tgctggcgga gcggcatacc 300
ggaaaaaaag caaattctcg caagaaaacc aacgttcgac ttgcatgtgt taagcatata 360
gctagcgttc cttctgagcc aggatcaaac tcttcttttg actatgattg ggccctaaaa 420
gacataatgt attagatcta gcaaattaag cagttcctcg catccccaac tacgaatgcc 480
acataacatc acatcatagt aggcatccgt cagaaagccg agctgaatag cctcatcccc 540
aaacattgtc cgaacaagct caggcatggt ccattcgggg ggcaagaccc tcccggcttc 600
atgcacacag ctgctgtatt cacgacaaag attgttaaat aattgatcaa gatgggggga 660
agcactttct gcgtcggagg cagttgaaga actcgtggaa gtagtcgaag atggaaaatc 720
tgtatcaatc aaaaaacgca aatcactggg tgtaggatcc ccatataact gaatcgaaaa 780
atccacgatt tctttttttt ttgactgctc tgctcccaaa aagagagact gaatttcttc 840
caccttccct gtacgagtag tgaagaagta tagagcactt tagttggttg ttgaccaacg 900
gaaagcatgg gatcaaaaaa ggcagaattg agaatctcaa aaaaatctct ttctttcttt 960
tttagaatag cgaacacaac tctggggatc atcttaaagc gtcttcttct ttggctatgt 1020
gttcctgtat aagggaggca ttttgatgac gtcagagatc tttcagtcac tccgcctcga 1080
ccaactcatt tcttggttga tcgactggca aacgcccgag gcgcaaaaga tcaatgaaag 1140
gtcgatgatg tttatagcca ttctttcttt gctttttcac aacttgtaaa ggtagccata 1200
ggggaacctg tggctggatt gaatccttat tttatttcgg catccccctc cttgcggtta 1260
aggtaaggac ttcgggcatg gccagctaag gctaaagttc cattaaagag cgtttccacg 1320
tgcgtcaccc atcttatcta tctgatgtct actctaacct tttagagtgt ggatttcata 1380
gtttctattg ggagcaggct ttcgaatata taaaactcat ttatggtttt caataattag 1440
ttccaagtca gccatgtact actatcggtc atacaattgt tttttaattg tctttctttt 1500
tttctatgcc cgcgggccac ctaatatttt ggatcgtcct gctgatccgg ctccgcagat 1560
gtaggtggga tttgccgaac tgcgtcacca aagcgactcc tcatgacagg agagaaagaa 1620
attagggg 1628
<210> 9
<211> 1211
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(1211)
<223> Capsicum annuum L. species Jeju(male-fertile LINE)
<400> 9
cactggcctc ccattcttcg atccttcccc ttgcaatgcg aatcaaactt tctttcattg 60
cctcgtgtgc tgcacttccc gggttgatag aagtaaaaga gtatcgctct tcgttctccc 120
cgttgttggg agcactctca ataccgggag tcgaggtgga agaagacgac gcggacgaga 180
cggattgtgg tggagtaaag aattgttctt tgtccgaatc cgtctcggag gatgcatggc 240
cgataaggga gtccgacgga gaagccgggt ccgaatccgt ctcggaggat gcatggccga 300
taagggagtc cgacggagaa gccggagtcg ccggagactc tgagcttgat gcgcctgatg 360
tcccctcgcc gaaagggatc atcatatggg tgaactcctc gcctgtgagc agcgctcgta 420
aagcaaagcc tactctcaag gcaagccctg ctgagcagca gcagcccaac cctcttagag 480
gaaaggatag ggctcgaccg cccagaaaga acccaacctt tgaaagtaag gcatgaaaga 540
aatccatcaa gttgaataag atacaaagaa gatacaaaag actgcacaca gttgctacaa 600
agaggaaagg caccgatttc aaccaaataa gagtaccatg tttgcccaat aagaagactt 660
tcttcaacaa tcttcggaga atacggcgtt gtattcttat aagttctcgt tgaccacgac 720
ctataggaac caggctatct accgctttta aacctgtttg cataggctcg tgcactgatt 780
tacgttcaat aatcccaggg gctttcactt ccacacgtct tcgctcgtga tcgcttagag 840
ccccccttcc atcaataggt actcccaagc catcgaccac acgccctagc atagcctttc 900
ccgcaggaac atccacaata gatccagtgc gcttgacaag atctccttct ttaatagcag 960
tatcactacc aaagacaaca atccctacat tctcattctc aagattcaag gctattcctt 1020
tcacaccgct ggcaaattcc accatttccc cagcttgaat ctcgttcaat ccataaacac 1080
gtgcaatccc atctccaact gagaccactc gaccgatttc atccacttga aaattcgtgt 1140
aaaagttgct aattcgactt tctaatagac ttgttagttc cgcagctcgg ggagaaagtt 1200
ccataattca g 1211
<210> 10
<211> 1513
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(1513)
<223> Capsicum annuum L. species FS4401(CMS LINE)
<400> 10
gctcacgaat tggatttgaa ccaatattcc cgggctactt tccttacctt atgcattgaa 60
tacgcgtagg actaggtgac cgcttggcag taatcgtttt ccctccttct tccttgtctg 120
atcctatcct tcaggcttga cagagccagt cagggactaa tgggactggg actgaaaata 180
gtaagtaaga aagtctgacc tcggggactt aggcttgcta ctctttttcc aactaaggcc 240
gaaaaaggtc ctcatttgga tgaatacccg aaaaagggat ttttttagta acgtcagcct 300
tcatcaccgt ttactacgta gtttacgaag tagctcgttt caaatgagtt gtttgttcaa 360
caacgaatca ttcgaccaac gtacgaagtc gctcgaccaa cgggagagga agggaggcgg 420
gtccaagtag gataaaatga actaacacac taacactaag aagtagggca tacaacaatg 480
gatcaattca ttcaacaaga tctgttcgga tcagaccagg atgaatggga ttggtcttac 540
ctctcgctcg gatccgctga cagatgtccc atgccacctt tcgtgaacag ctatgccatt 600
ttgatatagc gccgaataag ccacagctct attcccgact cgaaatccat aaaggacttt 660
aagggagggc ctataccata catcctgctg cctcgggacg actgcgcgtt acatcatagc 720
aacacgacca aatggaggtg gaaagccctt gtataggttg ggcgctagct agcgccttat 780
actaatagaa aaatagaaaa aaacctaatt agtaaaggac ttatactggg aatgagagtt 840
ccctattagg atccctattt catgatggct gcttatctga gtaagaaggt aagaagacga 900
tggctcctat tattggtgag ggatccactc tacacattct ctttgggcgt tttactctct 960
ttatgactat tcaaacctaa gagtattcgg atgcacgtgc tttgttcaaa tggaatctcc 1020
tgcataagac aaattgagcc ctacatctca ccctatgtgt tttcttgagt gaggttgggg 1080
tacccctctc tcaaaacgct aatggaagcc ccacaatcag aagggaagag tggatctgcg 1140
gcaaagcgga ggtatggcgg cttccgtcat ttcggattcc cgaccgaact agttaaatgg 1200
ggtgaatcac ccagatcttg aatcaactag tagatcagca acaaaggggc ccaattcatt 1260
ctccagatga gttgggagct ggggcagccc gcgcgcgacc cataccaatc tgacactcct 1320
ttctaccctt tctactattc tttcttttct ttctttgtca acaaccaagc acatttccaa 1380
caagtctctc ttcttttttt gggggggagc agacaaataa aatggaatct tactatttat 1440
gaaaaacaat tcatttctac tcacccccag cgatcaacac tttatgcaaa gttccacttc 1500
ttccttccct tcc 1513
<210> 11
<211> 1513
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(1513)
<223> Capsicum annuum L. species FS4401(CMS LINE)
<400> 11
cccaatgttg actattgaag atgctaaagt actaccccaa atcatttcga ttaaggtgta 60
tataacactc aatggccaac ggtccgttgc tgatttgaaa tcaaaagagt aacaagactt 120
cggcctttta agtcttagat actgcaacgg acgttcttgg ttgaatgtac catcagtctt 180
aagacttgat agtacagtca tagcccaaat atggacggga tgcagaagcc tttgttttat 240
ataattacat atagcaaagg tcctccgctt cccaccacct tcaatggcct gagccaatct 300
accagtcact aatggaactc cttggtaggc ccctaataag ctagagaaag ggggtcctac 360
ttgtttttca aataaatcaa gggattcatt agcaaaccag gtattattag aatcaaatgg 420
gtataaaacc atttgagacc aaagaatacc aggggaaaag aacccatctt gaatggaatg 480
cattttattc acattaaaga tgaacgctgc tatctcatgc tttaagttca caaagatatt 540
gtgttcttta acatatttag ccgctgctcc gtctacaaca tcatccaccg aatattgaaa 600
ccggcggaca aagttgtcga gtaatggagt acttttccag gtaggtttcc aattcatacc 660
cttttcaaga ggtatggatt ggagatgtgg aagatacatt ggtcgaagct tcttgaaaga 720
agttttcatt tctccaagaa cttcacggac actatcaata tctgagtgag gagtcgtagt 780
tgattggaaa gtggctttct tcactttagg agccaccgca atctattttg ataatccaaa 840
ccaagataga tatatcctga ccaaataatc accatgatca gactttgccc ttacgtgttt 900
tcgtaatacc gcaggtatga tcttgggaat tccacatcgg gtcaatgaaa ctggaacaga 960
catggtgtca ttcttagaat aacacccagc gtaataacgc tgaagggaaa ctgtacactc 1020
ttttaaatac aaagcagtat acagaaaacc tgaacgtcgt ttcagtttca caactgtttt 1080
tatgaaatcg cagcccgcta gggcgacctc cttatgcatg gacatagaga caactaaagg 1140
aacccgaaaa agaagtctat ggtttgattc ctgtcatatg tacccgctaa ggcaaccccg 1200
tcacagctcg cattgttttt tcagttgagg atttcgcttc tgatgtagtc agtcgttccg 1260
tttttagctt tagggatcca agactagtct acgcccagcc cgcgagcctt tcccacccca 1320
ggaaagcgag cccataatga gagtcagatc ccaatgtgcc ccctctcaaa atagaaaaat 1380
gaacaagaag aacgatcaag tgggtagacc cataggaaga aactgacatc aatcttgggt 1440
acatcaagaa tgaaagaaga aatagggctt tgactttctc gggcaggaag gcgcttcttc 1500
gattaggtgt ctc 1513
<210> 12
<211> 1512
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(1512)
<223> Capsicum annuum L. species FS4401(CMS LINE)
<400> 12
cggaagatag ggtagatggt ggagctggcc aagcactaga gattgagagt ttggttggaa 60
gggagttatt cctgaaagga gaggagttcc agttcttaag atttggaaat cctagtgcgc 120
tattgcacct gctagaaaga acagttgaac tgccattggc ccgggttcag cctttagaat 180
tagacttagg ctttaacggg gcttcttcct aaatatcaat taccaataga tttcagactg 240
atgcaaggct tgaatagaca ggaagagatg gctaaaggaa gattgcatat ttctattcaa 300
agaaagccct ttcttttgag tatctttagt gagcctatag atggagaccc tacagagccc 360
gtaaactccc gatttagaca tgaaaatagg ccattccgga ccttttcctc atggaacgag 420
aagaccgatg ccactatcgc ctcttggctt tgctttcata taatctattc gactggaagg 480
aaggttatac gaatgacttt gcaagagtag tttcatcggt ggaagggagg gagaaggttc 540
ttcgactgaa gcccgacctc tatgatctga aatgagtgcg gaaatgtccc tttaagaaaa 600
ggatctttac agaaaaagag ctcagaggtt tagtcagcta ttgtcctatt ttcttttttc 660
ttctcgatga gaggcttccc caacagcact ggcaacctcc atggtctttc ccaatccaat 720
ctttttctat tactgacacc cggagccagc aacaatttct aaagcaactc ccgaaccggt 780
cacatacctg tcgcataaaa agaaaatgca taaatgcata tatagtagga atctccaata 840
gggcaggcat taatatgaaa aggttgactt tccagctggg acatcatcca cagcgtcatc 900
ttcctttagt ttaggaagta gatcgaaggg gcccacccgg tcatcatgga gaaaactacc 960
actctttcaa ttggcgtcta accatcttct tctcactagg gccggggttg gtctttctaa 1020
tcaatcagaa aatgaaccgg tgtgaagatc ttgaatgcaa gagtgagttt gccttcgtgg 1080
aaaagagcct cttcgttgca agcggatatt atccaacctg cggtcagcta tgatatactc 1140
aaatcttttc acctcccttt tcgatcgatc cggaagacgt tcccttagca gttgacatct 1200
caacagagtc ctccggtcga gttggaaaac aacccttgag acctacgagc tcctaaagca 1260
aagaaagaaa tagacagact tagacgaggg catcttgaac ccctctccct acggtcgagt 1320
tagcccatga cctcaagatc aagaagagcc agccatacat agaagacaag ggaagacctt 1380
gctcgaccaa atgaacgtag cagcagggat atttagagat gggagcatga gcgaatgaaa 1440
ggaatccaag aggtgattcc tgtctttgaa tgtcccgggt tctatatcat cataataggt 1500
gtggatgggc tg 1512
<210> 13
<211> 1555
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(1555)
<223> Capsicum annuum L. species Jeju(male-fertile LINE)
<400> 13
cggcgtatgt atccgaaaag agagatcggt cttagaaagg gaataacttc gatgtcttct 60
tgctaatacc ggagtatggt atgtaaaccc ttgggaatac ttggtaatat cggtctctat 120
cctctccgct ttgatgcttc cctcctcgat aggtcgtact tcctcagagt tctatgagag 180
tgaacaaagt gctgcgaggg cgagtttact gattctttat taagtataat taagtataag 240
tagtagttta aatccgtggg gttacggtcc atctttctta aggaatatag ctatcaattc 300
catttttagg ggtctcatat gtagttactt cttgactgag ttggagttgc taaaaagtct 360
tactaacttc ttaataattc cgacttccag gtctaggata agagtataga atttccactg 420
aacgaagtac agggttaagg aattattgat aggggctaga aagagtttag ttctaactct 480
aatacaaaga gctagccctt ccttcctctt tctgttagtg gagtgagtcc gcctatctct 540
actaccttga gaggaaaccg cataaattat gatatgatca gagaatctca ggttagttgt 600
ctttggtatc acggctcgta ttatcgaata cgcagcaatt gattcgacag ttgggatttc 660
gcttgacttg gtcttgaccc taggagcacc ataaaggaga tagggagata gtaagagaaa 720
gagctagcag cgggggacat tcttgaatca aaggaaacca aaccggttct tcctgatctt 780
attgggattt cagaggcata agagcgtgga ttgggatcaa catgaattga acaaccgcct 840
tgacgtggaa aaggaactac tatattcgtt aaccaggatt gacaaaccac aacagaaaga 900
ggatacattc tttctatttt aataatagaa ggcatcgcaa gcaaccaggc caaagaggaa 960
agaacaagca ctcgcgcact actgggaaga aagatatttt ataaaggttc ggtttatcgg 1020
gtcaattact ttttaactcg gaaacgtcaa gttggaccgt ccttttggta tataaattta 1080
ccttcgcctt cccagttgat tcatttcgtt gctcaatgca atggccggaa ttcatgcctt 1140
tcaagtttac ggctgctgat ggttaggtgg ttagcgagca ccatctataa cttagtgttc 1200
ttgttatagg agtcgtagca gtggcattcg tagccactca cgcctagaat taacaagtag 1260
ttcctttgag tgatgccttc gtccctctcc tttcagtcga atgagtgtaa ctattcgttg 1320
ttcgttttga aactatgtta cacgaaatga gtgtaactat tcgttgaacg aacaactcat 1380
ttgaaacgaa caacgaaatt cgttgaacat agttcaactc atctctttat cttacctatg 1440
tgaagtgtaa cattgttaca cgaacaactc atttcaataa cctacttgac tatacgtatc 1500
tttccaaacg aacggaataa gtataactag agttgcttag gctactccac ccatg 1555
<210> 14
<211> 1413
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(1413)
<223> Capsicum annuum L. species Jeju(male-fertile LINE)
<400> 14
ctggactacc tcgtatcatt ccaaaatttc atcgaagtct tattagacaa cgaggagata 60
gaggggatca ggtagtcaag ctataccttt catggtttgc tttagcaaag attgtagaat 120
tagccaaacc tataagtaag gcgacattcg agtctattac taaagtagat tatgatatgg 180
atagctttaa ggaaatacat gcggatatta ggagtttgac tcctattatt cgtaagtatc 240
tccctacagt tcacacgata cccttggata aagggttgtc gtgggtccct acatggaaga 300
gtactccaaa tgacgatcgt atgttcgatc ggaacgctgt gcctaacata tttactagtt 360
tgaaatatga ggttgcctcg tttgcaaggg atgtacgttt tgtacattcc cttccagatg 420
gagtattctc cccaggtatt ctatttgcaa aaggaacgct ttggcctttc aattacaaat 480
ggaatactca ggtcgctaat aaagatttca ctctttacga gactccccct tatggcgttg 540
gtcatgtctt taatgacttg gctaatgcct atgaagggag gtatcttcga cctggtagga 600
tcgctcaggt tattgaagga ggtggaaaga gacgactgtt tgccatagga aattatgtca 660
agcaacgtct ccttcgccct gtacatgatt gggctatgga ggttttggcc tccattccca 720
tggatggaac ctttaatcaa ggaggtccca tcgaccgatt atgtaggtgg gcttcaactc 780
aaggagatag acgctctctt aaggtctact cttttgattt gaaatccgct actgatcggt 840
tcccactgtc gattatccat gaggttactt cagccttctt tggaccgaca gtggcatcat 900
gtattgttaa tgggaccttt ggattaaatt ccttcgacat aacttctctt cttcaaccta 960
gattgaaatg gaaatctttc caatcgttgt cgaaaaggaa gcctgtctta gtgagttttg 1020
tccaaggaca accattgggg tattatacct cttgtgcact tttctcccta tcacatcact 1080
atttggtgtg gttggcagcc gagcggtcat ccccagatag gggaaggttt actcgctacg 1140
ctcttttagg tgatgatata gttatcgccg atgagggtgt agcaagggag tacaaacgga 1200
ttctagagga gctcagagta actatatctg ttcctaaatc tttagtttca gataatggtt 1260
cctttgagtt cgcaaagagg tttgtggtga attttgagaa agacttatca cctatctctt 1320
tgaaagctct attatctgtt cgtacaacct tgggtttatg ccaattggcg gataagtatg 1380
atatcagaaa tgattctact ctcttccggt tgg 1413
<210> 15
<211> 1478
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(1478)
<223> Capsicum annuum L. species Jeju(male-fertile LINE)
<400> 15
cgacggttga gctagttcaa ttgaagctaa tgctatgcta tgacgggctg ctcgccttta 60
tacggcttgg ctttgctatc gctcctatgt agtggtcggc cagtagtatt cctaccatac 120
aagaatgcct attatatagt gctagaagct tcgccagaag gaggatagtg ctccgtatgg 180
caaagaaagg tggttttcta acgactgcac tgtatttaaa acagtgtagt ctatctctga 240
agagatacta tggggtaacc ccatacgtgg agaacgcaca tctgtgccag tgtctctgac 300
gcgaactgga ctacctcgta tcattccaaa atttcatcga agtcttatta gacaacgagg 360
agatagaggg gatcaggtag tcaagctata cctttcatgg tttgctttag caaagattgt 420
agaattagcc aaacctataa gtaaggcgac attcgagtct attactaaag tagattatga 480
tatggatagc tttaaggaaa tacatgcgga tattaggagt ttgactccta ttattcgtaa 540
gtatctccct acagttcaca cgataccctt ggataaaggg ttgtcgtggg tccctacatg 600
gaagagtact ccaaatgacg atcgtatgtt cgatcggaac gctgtgccta acatatttac 660
tagtttgaaa tatgaggttg cctcgtttgc aagggatgta cgttttgtac attcccttcc 720
agatggagta ttctccccag gtattctatt tgcaaaagga acgctttggc ctttcaatta 780
caaatggaat actcaggtcg ctaataaaga tttcactctt tacgagactc ccccttatgg 840
cgttggtcat gtctttaatg acttggctaa tgcctatgaa gggaggtatc ttcgacctgg 900
taggatcgct caggttattg aaggaggtgg aaagagacga ctgtttgcca taggaaatta 960
tgtcaagcaa cgtctccttc gccctgtaca tgattgggct atggaggttt tggcctccat 1020
tcccatggat ggaaccttta atcaaggagg tcccatcgac cgattatgta ggtgggcttc 1080
aactcaagga gatagacgct ctcttaaggt ctactctttt gatttgaaat ccgctactga 1140
tcggttccca ctgtcgatta tccatgaggt tacttcagcc ttctttggac cgacagtggc 1200
atcatgtatt gttaatggga cctttggatt aaattccttc gacataactt ctcttcttca 1260
acctagattg aaatggaaat ctttccaatc gttgtcgaaa aggaagcctg tcttagtgag 1320
ttttgtccaa ggacaaccat tggggtatta tacctcttgt gcacttttct ccctatcaca 1380
tcactatttg gtgtggttgg cagccgagcg gtcatcccca gataggggaa ggtttactcg 1440
ctacgctctt ttaggtgatg atatagttat cgccgatg 1478
<210> 16
<211> 1553
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(1553)
<223> Capsicum annuum L. species FS4401(CMS LINE)
<400> 16
gaggaaaggg aaggactagg aagcgtaggt accaacccgc caatctagta ctaggaccgt 60
gggtttttaa ctcaatctac ggcccggccc gaaaggaaaa ggaaattggt tttctcttca 120
gcgcgtactc ccatcactga agtagcccca aggtcttgga aagcgctcct ttggcttgcg 180
ctccttccgc cttggagcac cgcttgattg atgagaatgc caccaccttg caactaagag 240
atgggtaaag ccattctgtg aagagagagg gcaactctac cacggagtct cccgcccaag 300
aggggcatta gtagccccat agataaagga agtccctaca agagttctta ggagacccga 360
ttacctactt ctgccggcgc taaaggggag agagtagttc caacgcctgt ggatccggtc 420
ccgggttcaa ccatactgcg aattcgaaaa ttatgggtat agaggagttc cccacggcgc 480
tctcaccatc ttgtttgttc tctttgcgcg cttcactttt tctaaaaagg ggtaagtacg 540
agatctttat aacaaaggga ctctctgttc ccattctcca ccggaaaaaa gcaaattctc 600
gcaagaaaac caaggttcga cttgcatgtg ttaagcatat agtctgagta gcatgatgtt 660
cacttcaacg cgcttaggcc actacctaaa agtaagcttt tcgctctttt cctcttacat 720
aacaacgatg gaggagatag taagcacgac tttctacgca acgatttctt cttctcttat 780
gatatttcta tcaagcgaaa aaaagaagcg actaccttac ttaagcaatt cttcttattc 840
ttcttctttc ttagttgaag ttccccttct ccggcagcta gttcaatggt ttctaagctg 900
gatgactggt attctctgga tggacggtaa atccaggtat gctgctggtc tttagaagga 960
ccaagggaat cctggtcttc tctcctaacg aatttcccct ttgctactcc ctttcgctac 1020
ctggagccag gttttttctt attatagata acgtacgcac aggtgatcta tctaattaat 1080
ggactagctt cactaagact cattcgatct tctatagcga ctttcggacc attccattca 1140
ttgtcttctt ctcaacctct cctcggtcac tgaactgggt tactgaactc caccttctcg 1200
gaatcccatt tctgaaagtc aggtcgaagg caaatggatt cccttgcttg ggcaataaaa 1260
aagtctatga ttctcatctc gaaaaaagag tttaaagtta cggcacctcc tataactaca 1320
ccaccaagac cgggtaacag aacagcggcc agagcagcag attccatagc cgcggttctt 1380
cctccatcaa aaggctctga gcctgcgtag tagctaggct acgagattga ttctctgatg 1440
atagaaagag agaggataga ggatcacgct tacaagcagc cttttccatc gtctttcgct 1500
gaccctggtt ctatcaaacc agcttcttca atcctggtgt gaacttcttc ctg 1553
<210> 17
<211> 1547
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(1547)
<223> Capsicum annuum L. species FS4401(CMS LINE)
<400> 17
cgcatgactt tcctcggtaa cctcacatag cccgattgaa ggagaggagc gaaagcaagc 60
gagcaacaag tggattggga gtgcctccat tcatggcttc ctccttcgat tttgactttc 120
tttgtctacc taaaccagga atcccgtgca ataaaggaga aaggctatca agacggaaaa 180
gcctcactac agctaatgag tgcttttagc agggttgtca cagatgtgga ttgaatcgct 240
ttcagcttaa ccgattgatt agtttgttgg tcagtttact gagagcgaaa ccgctctgaa 300
acagctaatg actttgacga tttatgtaca gggcatacaa tcatcgttaa aaaaaacagc 360
ccttcctcac agcctaaccc ttaggcaact gcgtgaggaa tgcgagctct gaactcacct 420
ttagatataa aagctcagtt gtagaattcg tgtataaaga agtcgattag cacgcgtcag 480
cagtcattct actttaccga tctaaactga tgttgatctt gacttgcgaa tgaaccagtt 540
tagcgtataa tgagtcaggg catggagaca ccaaccagcg gtctgattca tttgacgcga 600
aaacttcgtg acacacaaag atcgtcagag aagaaagtca atctagtacg ggacctccac 660
cggtggatct gcaatgtacg cccaaaaatc ccatttcttt ctttgttgaa ccaacaggtg 720
atttctgaca agtcttttcc cgggggagca gagcggtata ccgaaaaaaa gaagcgacta 780
ccttacttaa gcaattcttc ttattcttct tgaattgcaa tcattgagtt cagattcaga 840
tccaaccagc aaggcatacg gtcttggaca cttaaccaag ctcttgatga gcggtatcca 900
ccttcacctt attctgctct cctctctttc tcttacgtat ctagttctat agcttaaccc 960
ttactttttc gattgctccg caccttaatt aatcgctttt cgtagcgaac ttcgtttgga 1020
gaattagcga cttctgcttt agttgaactc cgacctatct ccgttcgttt gatcgactcc 1080
tcacccttcc gactccactt actttcaacg ctttctttct tctctggaat cgagttcttt 1140
tcttcctcac cgacttctct tccattcgta gctttctttc cagaattggc tttagcttaa 1200
cgagctacaa cgtatggaac tactctccca acaacagtgg ttgcagcttt agctgctttc 1260
ccgttctaac cacgcattaa agtaccgagc aacacggtag aagtcgcatt tcttagtcct 1320
atatcgcaac tcaatcattg gactaattgc tccctaatcc ccgctattct cttgttccgt 1380
acctcgcgta aagcactctt aacctttcat cagcggaata agaacttctt tctttaattg 1440
ctaccgacct tgaatctcat tcttctatat catctcttga atctcttgct cctatcgttg 1500
cggcgaacga actggtagaa ttttctagag ctactcgacc ggaatgg 1547
<210> 18
<211> 599
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(599)
<223> Capsicum annuum L. species FS4401(CMS LINE)
<400> 18
gatgttgcag ccctggaatc acttcaccgc caacctttca agctttcaat tatgttgcgt 60
agcagataga ctgattcagt tcgttctccc cgcccgggaa gaacttcact tttgacatag 120
cacaagaacg tcgacttaag taatttcttg acgtcagtct cttgagcgac cgatccggca 180
gaggtggagt ctcctttcgg aactacttct tttcctttct ctctctgcta tcccatccac 240
tgaactgtca gtatcgagac aagttcggaa tgttggctga gcgtagacta gtctgttcag 300
gcagtcacag gcttgctaaa gctaaaaacg gaacaacgct tctcactgac tacatcagaa 360
gcgaaatcct caacttcaaa tacaatgcga gctggaacgg ggttgcctta gctactgtgg 420
tgtacatatg ccaggaatcg caccatagcc ggagtcgatc gagggccaga tcttgatgta 480
gaaaggagct ctcaagctga ggcggagaag aaagcttacg attctgttgg tgtgaagtga 540
gctctaacaa tcgaagcggc taaaggagcc tgctttggtg accctacgag gaagtgttg 599
<210> 19
<211> 1436
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(1436)
<223> Capsicum annuum L. species Jeju(male-fertile LINE)
<400> 19
cccatgaaat gatagcgtcc atcaagccag cgactaggcc ccaaggtcgg ggacgccgag 60
acctttgctt aagtaatgat atgaaatttg gtttagttaa tcctttcaag ggctagctgg 120
atccgaagct ctcttggtcg gcttggctag aacaaccacg atcaaagtga ttggttcatt 180
gctcaggacg aaactctgcc tcacttcgat cgcctcggat tgaaggattc ggccgcgtag 240
ccctcatttt ggaataaaag gaaatcgaag gtgctgatga aggaagaaca ttaccataac 300
tctactattc cacgctcttc cgaacttcag acccaccaca acgaagtttt tgagtatact 360
aaggattacc catatcgaga atgggcccgc cctggtaccg ttctctactt ccgctctaat 420
agattgtcgc agcaaataag acttgaagcg gattctctac ctagaattga tctaatactt 480
cagtagactc atttcatgcc cttatcgaat gttcataacc acgccttcgc tatcgcaaga 540
atatagcgat cgaagagcta tcgctcagca gcttcgcgta ttacgaaagc cgtcttgccc 600
gaagggggca tgctgcaaga gcgtaggaat ctcatctctc ttccaataga acaggaagtc 660
tcaagccagt agcacgatag cagtccattc agtcaagcca ttccaggtca tcttgaaaaa 720
ggatggaaaa ccttaggtta ggaaagcagg tgctcttatt ggacgtcacg ggagaaatcc 780
cgatggctga tagggtcata cccttccgag cgtaccaact ttgattaaca tcgagtttta 840
tgtttcgcag catcggatcc gttagaaagc aaggaatggg tcaaatatag actatggtcc 900
gcactctggt ccattttttg taccaaagta cacctctatg ctaggtcagg ccctacactc 960
caagggatgc tattatcttt cgtgccccca tggaagctgt ctatcttaga gagtcagcgt 1020
gagacttatt ggcaagtggt gatgcacctt agcacgggcg aatccgctca tctgagactt 1080
cattatggag agccataatc ctttctaata gcttccttcc ttccactcaa acacaaaccc 1140
cagaagggaa ctcagcctca taaggcatat attacagcac aggcatcgta agataagata 1200
agggaaaaag aaatccttat cttaagagga aagaggaaga agatatggtc tccattctat 1260
aggttcgatg gggatttttt ctcactctat gggatcgagc ccttatcaga ggcgtgccca 1320
ccgacaccag taaaagtgtt cggcttgcac gtctcttttc tagctatgaa agaatgggcg 1380
cataaatgta ttctaccgct ctttgtttac ttctggcctt cccctgtgat ttttcc 1436
<210> 20
<211> 1366
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(1366)
<223> Capsicum annuum L. species Jeju(male-fertile LINE)
<400> 20
cctgtagctc agaggattag agcacgtggc tacgaaccac ggtgtcgggg gttcgaatcc 60
ctcctcgccc acaaccggcc caaaagggaa gtacctttcc ctctgggggt aggaaaatca 120
tgatcgggat agcgaaccaa aagctatgga acttgggtgt gggtcttttg tcgaaatgga 180
atggcttttc tttttctctt tttatttatc gtgaatgggg gaatcattac acatagtatg 240
cccgatcggc atattttttt gttttacgcc ccgtaactct tcctcagcca ggcttgggca 300
gaatagcaga gcaagtatta gtagcataac aaaaaagcct tcctcgtcat taatatcttt 360
gctcgcggca attgtgacct ctcgggagaa tcgatgactg catctttgat gcagtgctag 420
tacatctgag acttcttaat tggctagttg taaatagccc caccccaggg ctatggaaca 480
aaggattatc tcggacctag accgaggtat tgatggtgat tttctaatct cgcagaacag 540
aatgtgatac gatgagatag aatgcaatag aaacaaagac agggaacggg ttacctactg 600
ttaacgggca aagcgagccc ctttattctt cattctttaa ttcagaatca atcaaatctc 660
cccaagtagg attcgaaccg atgactttct tagccgggcg aactgatcaa cttgcatgtg 720
ttaagcatat agctagcgtt ccttctgagc caggatcaaa ctcttctttt gaccatgatt 780
gagccctgca gtggtagaac ctagtgaacc agacatacga ctggaaacct gaatagccct 840
tcttctctta tgagatttcg aggctagctt tttctcgtac tataccatct ataccatcca 900
aagaagtaag gagaattctc atcccggtgc caagtaagcc aagccggcag cgtcagggat 960
agggtacggt ctttctaatg aatttacata ctgatgagcc aagatcaaaa gctagaaagg 1020
gtattttggt agtaaagaga gaaccccgat cagtagatag agatggcctt tagcaagagg 1080
ctcaaccgat agtccaaagg ttctagaccc agacggttat aacgagacta ataagtagaa 1140
agtacacgcc ccttgcattt tactcaagcc ctagaaacgt ctgaagccta tgcttttgct 1200
tcggagttcg tgtcggcggg agggtcctcg ttcatttgtt tccaaaacta taggagaagg 1260
gtatcccatt ttatgaagcg gattcgactg gagatgggta ttcaaatgta gattcagtag 1320
attcatatgc gtccgcctgt atccgcagat gaagatgagg atttag 1366
<210> 21
<211> 21
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(21)
<223> reference mitochondrial genome: FS4401
<400> 21
cggaagagga agtggctgaa c 21
<210> 22
<211> 20
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(20)
<223> reference mitochondrial genome: FS4401
<400> 22
gttggcggtg aagtgattcc 20
<210> 23
<211> 22
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(22)
<223> reference mitochondrial genome: FS4401
<400> 23
ggtgggaggt cacagagaat tg 22
<210> 24
<211> 22
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(22)
<223> reference mitochondrial genome: FS4401
<400> 24
gcgctcttgg cttaacaaca tc 22
<210> 25
<211> 22
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(22)
<223> reference mitochondrial genome: FS4401
<400> 25
ccgaatggac gacttgaaaa gg 22
<210> 26
<211> 20
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(20)
<223> reference mitochondrial genome: FS4401
<400> 26
cccgaagaga gaagcccaac 20
<210> 27
<211> 21
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(21)
<223> reference mitochondrial genome: FS4401
<400> 27
gaggtactgc ccaaggaaag g 21
<210> 28
<211> 20
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(20)
<223> reference mitochondrial genome: FS4401
<400> 28
ctttgtggac cgaccaagcg 20
<210> 29
<211> 24
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(24)
<223> reference mitochondrial genome: Jeju
<400> 29
cactcattcc catgctaatg tagg 24
<210> 30
<211> 23
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(23)
<223> reference mitochondrial genome: Jeju
<400> 30
gtaagaccaa aagcagccaa cac 23
<210> 31
<211> 22
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(22)
<223> reference mitochondrial genome: Jeju
<400> 31
cgggaatgga gaaaggagta ag 22
<210> 32
<211> 20
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(20)
<223> reference mitochondrial genome: Jeju
<400> 32
gtggaacaaa ggtcgctctc 20
<210> 33
<211> 24
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(24)
<223> reference mitochondrial genome: Jeju
<400> 33
ccacgaacta aactgctaac tacc 24
<210> 34
<211> 22
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(22)
<223> reference mitochondrial genome: Jeju
<400> 34
gataggaggt ctacgaggta cg 22
<210> 35
<211> 21
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(21)
<223> reference mitochondrial genome: Jeju
<400> 35
gaggtactgc ccaaggaaag g 21
<210> 36
<211> 24
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(24)
<223> reference mitochondrial genome: Jeju
<400> 36
cccctaattt ctttctctcc tgtc 24
<210> 37
<211> 20
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(20)
<223> reference mitochondrial genome: Jeju
<400> 37
cactggcctc ccattcttcg 20
<210> 38
<211> 23
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(23)
<223> reference mitochondrial genome: Jeju
<400> 38
ctgaattatg gaactttctc ccc 23
<210> 39
<211> 22
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(22)
<223> reference mitochondrial genome: FS4401
<400> 39
gctcacgaat tggatttgaa cc 22
<210> 40
<211> 23
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(23)
<223> reference mitochondrial genome: FS4401
<400> 40
ggaagggaag gaagaagtgg aac 23
<210> 41
<211> 24
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(24)
<223> reference mitochondrial genome: FS4401
<400> 41
cccaatgttg actattgaag atgc 24
<210> 42
<211> 22
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(22)
<223> reference mitochondrial genome: FS4401
<400> 42
gagacaccta atcgaagaag cg 22
<210> 43
<211> 22
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(22)
<223> reference mitochondrial genome: FS4401
<400> 43
cggaagatag ggtagatggt gg 22
<210> 44
<211> 22
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(22)
<223> reference mitochondrial genome: FS4401
<400> 44
cagcccatcc acacctatta tg 22
<210> 45
<211> 22
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(22)
<223> reference mitochondrial genome: Jeju
<400> 45
cggcgtatgt atccgaaaag ag 22
<210> 46
<211> 21
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(21)
<223> reference mitochondrial genome: Jeju
<400> 46
catgggtgga gtagcctaag c 21
<210> 47
<211> 22
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(22)
<223> reference mitochondrial genome: Jeju
<400> 47
ctggactacc tcgtatcatt cc 22
<210> 48
<211> 22
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(22)
<223> reference mitochondrial genome: Jeju
<400> 48
ccaaccggaa gagagtagaa tc 22
<210> 49
<211> 23
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(23)
<223> reference mitochondrial genome: Jeju
<400> 49
cgacggttga gctagttcaa ttg 23
<210> 50
<211> 25
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(25)
<223> reference mitochondrial genome: Jeju
<400> 50
catcggcgat aactatatca tcacc 25
<210> 51
<211> 23
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(23)
<223> reference mitochondrial genome: FS4401
<400> 51
gaggaaaggg aaggactagg aag 23
<210> 52
<211> 21
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(21)
<223> reference mitochondrial genome: FS4401
<400> 52
caggaagaag ttcacaccag g 21
<210> 53
<211> 22
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(22)
<223> reference mitochondrial genome: FS4401
<400> 53
cgcatgactt tcctcggtaa cc 22
<210> 54
<211> 20
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(20)
<223> reference mitochondrial genome: FS4401
<400> 54
ccattccggt cgagtagctc 20
<210> 55
<211> 22
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(22)
<223> reference mitochondrial genome: FS4401
<400> 55
gatgttgcag ccctggaatc ac 22
<210> 56
<211> 22
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(22)
<223> reference mitochondrial genome: FS4401
<400> 56
caacacttcc tcgtagggtc ac 22
<210> 57
<211> 23
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(23)
<223> reference mitochondrial genome: Jeju
<400> 57
cccatgaaat gatagcgtcc atc 23
<210> 58
<211> 22
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(22)
<223> reference mitochondrial genome: Jeju
<400> 58
ggaaaaatca caggggaagg cc 22
<210> 59
<211> 23
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(23)
<223> reference mitochondrial genome: Jeju
<400> 59
cctgtagctc agaggattag agc 23
<210> 60
<211> 24
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(24)
<223> reference mitochondrial genome: Jeju
<400> 60
ctaaatcctc atcttcatct gcgg 24
<210> 61
<211> 22
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(22)
<223> reference mitochondrial genome: FS4401
<400> 61
ccgaatggac gacttgaaaa gg 22
<210> 62
<211> 21
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(21)
<223> reference mitochondrial genome: FS4401
<400> 62
gaacctgcca tagtgaagcg c 21
<210> 63
<211> 22
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(22)
<223> reference mitochondrial genome: Jeju
<400> 63
gggattcgtt ttgggcatcc tc 22
<210> 64
<211> 24
<212> DNA
<213> Capsicum annuum
<220>
<221> gene
<222> (1)..(24)
<223> reference mitochondrial genome: Jeju
<400> 64
cactgttgtt gggagagtag ttcc 24
Claims (14)
- 서열번호 1 내지 20의 염기서열을 각각 포함하며, 카프시쿰 아눔(Capsicum annuum) 미토콘드리아 유전형을 분류하기 위한, 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류용 마커 조성물.
- 제 1항에 있어서,
상기 카프시쿰 아눔(Capsicum annuum) 미토콘드리아 유전형은 하기와 같은 15개의 그룹으로 분류되며,
그룹 1은 서열번호 1의 염기서열이 발현; 그룹 2는 서열번호 1 및 18의 염기서열이 발현; 그룹 3은 서열번호 1, 10-12, 14, 15의 염기서열이 발현; 그룹 4는 서열번호 2, 5-8, 13-15, 19, 20의 염기서열이 발현; 그룹 5는 서열번호 2, 5-8, 13-15, 19의 염기서열이 발현; 그룹 6은 서열번호 2, 5-8, 10-15, 19, 20의 염기서열이 발현; 그룹 7은 서열번호 2, 5-15, 19, 20의 염기서열이 발현; 그룹 8은 서열번호 5-9, 13-15, 19, 20의 염기서열이 발현; 그룹 9는 서열번호 5-7, 13-15, 19, 20의 염기서열이 발현; 그룹 10은 서열번호 5-8, 13-15, 19, 20의 염기서열이 발현; 그룹 11은 서열번호 5-9, 13-15, 19의 염기서열이 발현; 그룹 12는 서열번호 1-4, 10-12, 16-18의 염기서열이 발현; 그룹 13은 서열번호 7, 14, 15의 염기서열이 발현; 그룹 14는 5, 7, 8, 13-15, 19, 20의 염기서열이 발현; 및 그룹 15는 서열번호 1 내지 20의 염기서열이 발현되지 않는, 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류용 마커 조성물.
- 서열번호 21 및 22로 이루어진 프라이머 세트 1, 서열번호 23 및 24로 이루어진 프라이머 세트 2, 서열번호 25 및 26으로 이루어진 프라이머 세트 3, 서열번호 27 및 28로 이루어진 프라이머 세트 4, 서열번호 29 및 30으로 이루어진 프라이머 세트 5, 서열번호 31 및 32로 이루어진 프라이머 세트 6, 서열번호 33 및 34로 이루어진 프라이머 세트 7, 서열번호 35 및 36으로 이루어진 프라이머 세트 8, 서열번호 37 및 38로 이루어진 프라이머 세트 9, 서열번호 39 및 40으로 이루어진 프라이머 세트 10, 서열번호 41 및 42로 이루어진 프라이머 세트 11, 서열번호 43 및 44로 이루어진 프라이머 세트 12, 서열번호 45 및 46으로 이루어진 프라이머 세트 13, 서열번호 47 및 48로 이루어진 프라이머 세트 14, 서열번호 49 및 50으로 이루어진 프라이머 세트 15, 서열번호 51 및 52로 이루어진 프라이머 세트 16, 서열번호 53 및 54로 이루어진 프라이머 세트 17, 서열번호 55 및 56으로 이루어진 프라이머 세트 18, 서열번호 57 및 58로 이루어진 프라이머 세트 19, 및 서열번호 59 및 60으로 이루어진 프라이머 세트 20을 포함하는 프라이머 세트를 포함하며, 여기서 프라이머 세트 내에 홀수 서열번호의 프라이머는 정방향 프라이머이고, 짝수 서열번호의 프라이머는 역방향 프라이머인, 카프시쿰 아눔(Capsicum annuum)의 미토콘드리아 유전형을 분류하기 위한, 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류용 프라이머 세트.
- 제 3항에 있어서,
상기 카프시쿰 아눔(Capsicum annuum)의 미토콘드리아 유전형은 하기와 같은 15개의 그룹으로 분류되며,
그룹 1은 프라이머 세트 1이 증폭; 그룹 2는 프라이머 세트 1 및 18이 증폭; 그룹 3은 프라이머 세트 1, 10-12, 14, 15가 증폭; 그룹 4는 프라이머 세트 2, 5-8, 13-15, 19, 20이 증폭; 그룹 5는 프라이머 세트 2, 5-8, 13-15, 19가 증폭; 그룹 6은 프라이머 세트 2, 5-8, 10-15, 19, 20이 증폭; 그룹 7은 프라이머 세트 2, 5-15, 19, 20이 증폭; 그룹 8은 프라이머 세트 5-9, 13-15, 19, 20이 증폭; 그룹 9는 프라이머 세트 5-7, 13-15, 19, 20이 증폭; 그룹 10은 프라이머 세트 5-8, 13-15, 19, 20이 증폭; 그룹 11은 프라이머 세트 5-9, 13-15, 19가 증폭; 그룹 12는 프라이머 세트 1-4, 10-12, 16-18이 증폭; 그룹 13은 프라이머 세트 7, 14, 15가 증폭; 그룹 14는 프라이머 세트 5, 7, 8, 13-15, 19, 20이 증폭; 및 그룹 15는 증폭되는 프라이머 세트가 없는, 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류용 프라이머 세트.
- 서열번호 21 및 22로 이루어진 프라이머 세트 1, 서열번호 23 및 24로 이루어진 프라이머 세트 2, 서열번호 25 및 26으로 이루어진 프라이머 세트 3, 및 서열번호 31 및 32로 이루어진 프라이머 세트 6을 포함하며, 여기서 프라이머 세트 내에 홀수 서열번호의 프라이머는 정방향 프라이머이고, 짝수 서열번호의 프라이머는 역방향 프라이머인, 카프시쿰 아눔(Capsicum annuum) 미토콘드리아 유전형을 분류하기 위한, 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류용 프라이머 세트.
- 제 5항에 있어서,
상기 카프시쿰 아눔(Capsicum annuum) 미토콘드리아 유전형은 하기와 같은 5개 타입으로 분류되며, 타입 1은 프라이머 세트 1이 증폭; 타입 2는 프라이머 세트 2 및 6이 증폭; 타입 3은 프라이머 세트 6이 증폭; 타입 4는 프라이머 세트 1, 2 및 3이 증폭; 타입 5는 증폭되는 프라이머 세트가 없는,
카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류용 프라이머 세트.
- 서열번호 21 및 22로 이루어진 프라이머 세트 1, 서열번호 23 및 24로 이루어진 프라이머 세트 2, 서열번호 61 및 62로 이루어진 프라이머 세트 3-S, 및 서열번호 63 및 64로 이루어진 프라이머 세트 6-S를 포함하며, 여기서 프라이머 세트 내에 홀수 서열번호의 프라이머는 정방향 프라이머이고, 짝수 서열번호의 프라이머는 역방향 프라이머인, 카프시쿰 아눔(Capsicum annuum) 미토콘드리아 유전형 분류를 위한, 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류용 프라이머 세트.
- 제 7항에 있어서,
상기 카프시쿰 아눔(Capsicum annuum) 미토콘드리아 유전형은 하기와 같은 5개 타입으로 분류되며, 타입 1은 프라이머 세트 1이 증폭; 타입 2는 프라이머 세트 2 및 6-S가 증폭; 타입 3은 프라이머 세트 6-S가 증폭; 타입 4는 프라이머 세트 1, 2 및 3-S가 증폭; 타입 5는 증폭되는 프라이머 세트가 없는,
카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류용 프라이머 세트.
- 제 3항, 제 5항 또는 제 7항의 프라이머 세트를 이용하여 중합효소연쇄반응을 수행하는 단계를 포함하는, 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류 방법.
- 제 9항에 있어서,
서열번호 21 및 22로 이루어진 프라이머 세트 1, 서열번호 23 및 24로 이루어진 프라이머 세트 2, 서열번호 25 및 26으로 이루어진 프라이머 세트 3, 서열번호 27 및 28로 이루어진 프라이머 세트 4, 서열번호 29 및 30으로 이루어진 프라이머 세트 5, 서열번호 31 및 32로 이루어진 프라이머 세트 6, 서열번호 33 및 34로 이루어진 프라이머 세트 7, 서열번호 35 및 36으로 이루어진 프라이머 세트 8, 서열번호 37 및 38로 이루어진 프라이머 세트 9, 서열번호 39 및 40으로 이루어진 프라이머 세트 10, 서열번호 41 및 42로 이루어진 프라이머 세트 11, 서열번호 43 및 44로 이루어진 프라이머 세트 12, 서열번호 45 및 46으로 이루어진 프라이머 세트 13, 서열번호 47 및 48로 이루어진 프라이머 세트 14, 서열번호 49 및 50으로 이루어진 프라이머 세트 15, 서열번호 51 및 52로 이루어진 프라이머 세트 16, 서열번호 53 및 54로 이루어진 프라이머 세트 17, 서열번호 55 및 56으로 이루어진 프라이머 세트 18, 서열번호 57 및 58로 이루어진 프라이머 세트 19, 및 서열번호 59 및 60으로 이루어진 프라이머 세트 20을 포함하는 프라이머 세트를 포함하며, 여기서 프라이머 세트 내에 홀수 서열번호의 프라이머는 정방향 프라이머이고, 짝수 서열번호의 프라이머는 역방향 프라이머인, 카프시쿰 아눔(Capsicum annuum)의 미토콘드리아 유전형을 분류하기 위한, 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류용 프라이머 세트를 이용하는 경우,
마커의 증폭 정도를 확인하여 카프시쿰 아눔을 다음의 15개의 그룹으로 분류하는 단계를 추가로 포함하며,
여기서 그룹 1은 프라이머 세트 1이 증폭; 그룹 2는 프라이머 세트 1 및 18이 증폭; 그룹 3은 프라이머 세트 1, 10-12, 14, 15가 증폭; 그룹 4는 프라이머 세트 2, 5-8, 13-15, 19, 20이 증폭; 그룹 5는 프라이머 세트 2, 5-8, 13-15, 19가 증폭; 그룹 6은 프라이머 세트 2, 5-8, 10-15, 19, 20이 증폭; 그룹 7은 프라이머 세트 2, 5-15, 19, 20이 증폭; 그룹 8은 프라이머 세트 5-9, 13-15, 19, 20이 증폭; 그룹 9는 프라이머 세트 5-7, 13-15, 19, 20이 증폭; 그룹 10은 프라이머 세트 5-8, 13-15, 19, 20이 증폭; 그룹 11은 프라이머 세트 5-9, 13-15, 19가 증폭; 그룹 12는 프라이머 세트 1-4, 10-12, 16-18이 증폭; 그룹 13은 프라이머 세트 7, 14, 15가 증폭; 그룹 14는 프라이머 세트 5, 7, 8, 13-15, 19, 20이 증폭; 및 그룹 15는 증폭되는 프라이머 세트가 없는, 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류 방법.
- 제 9항에 있어서,
서열번호 21 및 22로 이루어진 프라이머 세트 1, 서열번호 23 및 24로 이루어진 프라이머 세트 2, 서열번호 25 및 26으로 이루어진 프라이머 세트 3, 및 서열번호 31 및 32로 이루어진 프라이머 세트 6을 포함하며, 여기서 프라이머 세트 내에 홀수 서열번호의 프라이머는 정방향 프라이머이고, 짝수 서열번호의 프라이머는 역방향 프라이머인, 카프시쿰 아눔(Capsicum annuum) 미토콘드리아 유전형을 분류하기 위한, 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류용 프라이머 세트를 이용하는 경우,
마커의 증폭 정도를 확인하여 카프시쿰 아눔을 다음의 5개 타입으로 분류하는 단계를 추가로 포함하며,
여기서 타입 1은 프라이머 세트 1이 증폭; 타입 2는 프라이머 세트 2 및 6이 증폭; 타입 3은 프라이머 세트 6이 증폭; 타입 4는 프라이머 세트 1, 2 및 3이 증폭; 타입 5는 증폭되는 프라이머 세트가 없는, 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류 방법.
- 제 11항에 있어서,
중합효소연쇄반응은 프라이머 세트 1, 2, 3 및 6을 포함하는 프라이머 세트를 이용하여 동시에 수행되는, 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류 방법.
- 제 9항에 있어서,
서열번호 21 및 22로 이루어진 프라이머 세트 1, 서열번호 23 및 24로 이루어진 프라이머 세트 2, 서열번호 61 및 62로 이루어진 프라이머 세트 3-S, 및 서열번호 63 및 64로 이루어진 프라이머 세트 6-S를 포함하며, 여기서 프라이머 세트 내에 홀수 서열번호의 프라이머는 정방향 프라이머이고, 짝수 서열번호의 프라이머는 역방향 프라이머인, 카프시쿰 아눔(Capsicum annuum) 미토콘드리아 유전형 분류를 위한, 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류용 프라이머 세트를 이용하는 경우,
마커의 증폭 정도를 확인하여 카프시쿰 아눔을 다음의 5개 타입으로 분류하는 단계를 추가로 포함하며,
여기서 타입 1은 프라이머 세트 1이 증폭; 타입 2는 프라이머 세트 2 및 6-S가 증폭; 타입 3은 프라이머 세트 6-S가 증폭; 타입 4는 프라이머 세트 1, 2 및 3-S가 증폭; 타입 5는 증폭되는 프라이머 세트가 없는, 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류 방법.
- 제13항에 있어서,
중합효소연쇄반응은 프라이머 세트 1, 2, 3-S 및 6-S를 포함하는 프라이머 세트를 이용하여 동시에 수행되는, 카프시쿰 아눔의 미토콘드리아 유전형 분류 방법.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| KR1020180092111A KR102012871B1 (ko) | 2018-08-07 | 2018-08-07 | 카프시쿰 아눔 미토콘드리아 dna 유형 분류용 마커, 프라이머 세트 및 이를 이용한 분류 방법 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| KR1020180092111A KR102012871B1 (ko) | 2018-08-07 | 2018-08-07 | 카프시쿰 아눔 미토콘드리아 dna 유형 분류용 마커, 프라이머 세트 및 이를 이용한 분류 방법 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| KR102012871B1 true KR102012871B1 (ko) | 2019-08-21 |
Family
ID=67808435
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| KR1020180092111A KR102012871B1 (ko) | 2018-08-07 | 2018-08-07 | 카프시쿰 아눔 미토콘드리아 dna 유형 분류용 마커, 프라이머 세트 및 이를 이용한 분류 방법 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| KR (1) | KR102012871B1 (ko) |
Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR20100050062A (ko) * | 2008-11-05 | 2010-05-13 | 서울대학교산학협력단 | 고추 웅성 불임 회복 예측용 프라이머 및 이의 용도 |
| KR20180001747A (ko) * | 2016-06-28 | 2018-01-05 | 건국대학교 산학협력단 | 고추장 원료 판별용 대사체 마커 및 이의 용도 |
-
2018
- 2018-08-07 KR KR1020180092111A patent/KR102012871B1/ko active IP Right Grant
Patent Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR20100050062A (ko) * | 2008-11-05 | 2010-05-13 | 서울대학교산학협력단 | 고추 웅성 불임 회복 예측용 프라이머 및 이의 용도 |
| KR20180001747A (ko) * | 2016-06-28 | 2018-01-05 | 건국대학교 산학협력단 | 고추장 원료 판별용 대사체 마커 및 이의 용도 |
Non-Patent Citations (1)
| Title |
|---|
| Mol. Cells, Vol. 20, No. 3, pp. 416-422 * |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Garcia et al. | Repeated reunions and splits feature the highly dynamic evolution of 5S and 35S ribosomal RNA genes (rDNA) in the Asteraceae family | |
| Grattapaglia et al. | Progress in Myrtaceae genetics and genomics: Eucalyptus as the pivotal genus | |
| Mas-Coma et al. | Populations, hybrids and the systematic concepts of species and subspecies in Chagas disease triatomine vectors inferred from nuclear ribosomal and mitochondrial DNA | |
| AU2013290124A1 (en) | Molecular markers for various traits in wheat and methods of use | |
| CN108715902A (zh) | 梅花垂枝性状snp分子标记及其应用 | |
| US20100021916A1 (en) | Microsatellite-based fingerprinting system for saccharum complex | |
| US20220010325A1 (en) | Quantitative trait loci (qtl) associated with shattering-resistant capsules in sesame and uses thereof | |
| KR102121570B1 (ko) | 인삼 품종 또는 자원의 판별 및 분류를 위한 snp 기반 kasp용 프라이머 세트 및 이의 용도 | |
| KR102012871B1 (ko) | 카프시쿰 아눔 미토콘드리아 dna 유형 분류용 마커, 프라이머 세트 및 이를 이용한 분류 방법 | |
| KR102011117B1 (ko) | 적색 과육의 수박 품종 선발용 caps 마커 및 이의 용도 | |
| KR102082987B1 (ko) | 양파 계통 판별용 프라이머 세트 및 hrm 분석 방법을 이용한 양파 계통 분석 방법 | |
| CN110106281A (zh) | 六倍体I.trifida基因组特异SNP分子标记引物及应用 | |
| CN107287210B (zh) | 一种水稻外观品质基因qAQ7及其分子标记方法和应用 | |
| Bourgeois et al. | Genetic stock identification of Russian honey bees | |
| US20220017975A1 (en) | Snp markers and selection of low fiber in brassica | |
| CN103125447B (zh) | 一种1号染色体替换实验小鼠品系C57BL/6-Chr1C3H/HeJ的构建 | |
| KR101432279B1 (ko) | 캡시컴 안늄의 종내집단을 이용한 ｓｓｒ 마커 및 유전자 연관지도 | |
| Kitamura et al. | Genomic relationships among Nicotiana species with different ploidy levels revealed by 5S rDNA spacer sequences and FISH/GISH | |
| JP4437895B2 (ja) | 小穂非脱落性遺伝子等についての新規遺伝マーカーおよびその利用法 | |
| KR101298480B1 (ko) | 유전자 프로모터 염기서열의 다형성을 이용한 분자마커 개발 방법 | |
| CN115927733B (zh) | 分子标记及其应用 | |
| US20230399704A1 (en) | Hilum color alleles in soybean | |
| KR20230165040A (ko) | 이탈리안 라이그라스 kw 품종 식별용 snp 마커 및 이를 이용한 이탈리안 라이그라스 kw 품종 식별 방법 | |
| KR20240105713A (ko) | 국내 보리 품종 판별을 위한 SNP/InDel 유전자 마커와 프라이머 세트 및 이의 용도 | |
| KR20230165037A (ko) | 이탈리안 라이그라스 ir605 품종 식별용 snp 마커 및 이를 이용한 이탈리안 라이그라스 ir605 품종 식별 방법 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| E701 | Decision to grant or registration of patent right | ||
| GRNT | Written decision to grant |