KR101953845B1 - 콩의 개화 및 성숙과 관련된 유전자 특이적 분자마커 - Google Patents

콩의 개화 및 성숙과 관련된 유전자 특이적 분자마커 Download PDF

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Abstract

본 발명은 개화 소요 일수 및 성숙일과 관련된 유전자좌의 다형성을 분석하여 콩 품종을 구별하고 콩의 개화시기를 예측할 수 있는 유전자 특이적 분자마커에 관한 것이다. 본 발명의 프라이머 세트를 이용하여 PCR 패턴으로 간편하고 정확하게 콩의 개화와 관련된 유전자의 다형성 부분을 식별할 수 있고, 이를 통해서 특정 품종의 개화시점을 예측하거나 개화시점이 상이한 콩 품종의 식별이 가능하여 콩 품종 육종이 활용할 수 있다.

Description

콩의 개화 및 성숙과 관련된 유전자 특이적 분자마커{Gene-specific molecular markers associated with flowering and maturation of soybean}
본 발명은 개화 및 성숙시기와 관련된 유전자좌의 다형성을 분석하여 콩 품종을 구별하고 콩의 개화시기를 예측할 수 있는 유전자 특이적 분자마커에 관한 것이다.
식물의 개화 및 성숙, 즉 영양생장으로부터 생식생장으로 생육상의 전환에는 환경적인 요인과 식물체 자체가 가지고 있는 유전적, 생리적 요인이 영향을 미친다. 환경적인 요인으로는 일장, 온도, 빛의 파장 등이 있으며, 유전적, 생리적인 요인으로는 영양상태와 RNA 대사나 DNA 구조와 관련된 효소들이 보고되고 있다.
모델 식물체인 애기장대(Arabidopsis thaliana)의 개화기작에 관련된 단백질과 그들의 유전자들중 하나인 FT(FLOWERING LOCUS T) 유전자에 의해 만들어지는 FT는 1900년대 초 일장이 개화에 영향을 미친다는 연구결과가 보고된 이후 오랫동안 많은 과학자들이 발견하고자 연구를 집중해 오던 개화조절물질(플로리겐, florigen)로 인정되고 있다(Amasino 2010 Seasonal and developmental timing of flowering. Plant Journal 61:1001-1013). 이 플로리겐(florigen)은 잎에서 만들어져 정단세포분열조직(SAM)으로 체관부(phloem)를 통해 이동하게 되며, 이 FT는 FD 라고 불리는 전사조절단백질(transcription factor)과 함께 작동하여 AP1이라고 불리는 하위 유전자의 발현에 영향을 주는 역할을 하게 된다.
또한, 콩에 있어서 E1, E2, E3, E4, E5, E6, E7 및 E8 유전자가 광주기 및 성장 습관과 관련된 유전자로 콩의 개화 및 성숙과 관련된 유전자로 알려져 있다(Theor Appl Genet (2010) 120:10051012).
이에, 본 발명자들은 콩의 개화에 관련된 상기 유전자들 중 E1 유전자좌를 중심으로 품종간 삽입/결실(insertion/deletion) 다형성을 분석하여 이로부터 콩의 개화 특성, 즉 조만성(早晩性)을 가름할 수 있는 유전자 특이적 분자마커를 개발하였다.
Theor Appl Genet (2010) 120:10051012
본 발명의 목적은 콩의 개화시점를 예측하고 콩 품종을 식별할 수 있는 프라이머 세트를 제공하는 것이다.
본 발명의 다른 목적은 상기 프라이머 세트를 이용하여 콩의 개화 및 성숙시기를 예측하고 콩 품종을 식별할 수 있는 방법을 제공하는 것이다.
본 발명은 서열번호 1 및 서열번호 2로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 3 및 서열번호 4로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 5 및 서열번호 6으로 표시되는 프라이머 세트; 및 서열번호 7 및 서열번호 8로 표시되는 프라이머 세트로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나이상의 프라이머 세트를 포함하는 콩의 개화 시점을 예측할 수 있는 프라이머 세트를 제공한다.
상기 프라이머 세트는 개화 시점을 달리하는 콩 품종들의 E1 유전자좌 부근에 존재하는 삽입/결실(insertion/deletion) 다형성 부위에 특이적일 수 있다. 바람직하게는 상기 E1 유전자에 연관된 유전자 부위에 존재하는 삽입/결실(insertion/deletion) 다형성 부위에 특이적일 수 있다.
본 발명에서 사용되는 “E1 유전자”는 콩의 6번 염색체에 존재하는 유전자좌로 유전자 위치가 GLYMA06G23026로 검색되고 콩의 광주기 및 성숙과 관련되어 있는 것으로 알려져 있다.
본 발명에서 사용되는 용어 “연관된” 은 하나의 염색체 상에서 유전자가 서로 가깝게 위치하고 있는 것을 의미한다. 즉, 유전자들이 하나의 염색체 상에서 인접하여 서로 연결되어 있는 것을 유전자가 연관되어 있다고 말한다.
본 발명에서 상기 E1 유전자는 E1형과 e1형의 대립형질(Allele)을 가지며, E1형 대립형질은 우성형질로 광주기에 민감하여 성숙기일이 긴 만생의 표현형질을 나타내고, e1형 대립형질은 열성형질로 광주기에 둔감하여 성숙기일이 짧은 조생의 표현형질을 나타낼 수 있다.
본 발명에서 사용되는 “삽입/결실(insertion/deletion) 다형성 부위”는 본 명세서 상에서 “Indel 부위” 및 “Indel 마커”로 지칭되거나 기재될 수 있고, DNA의 염기배열에서 일부 염기가 중간에 삽입되거나 (insertion) 결실된(deletion) 변이를 총칭한다. 상기 Indel 마커는 표준유전체와 실험에 사용된 품종의 유전체 정보를 비교 분석하는 방법을 통해 표준유전체보다 삽입(insertion) 또는 결실(deletion)된 영역을 탐색하고 그 정보를 바탕으로 프라이머를 제작한다. 따라서 그 증폭 결과는 표준유전체와 비교하여 밴드크기가 큰 경우(insertion)와 작은 경우(deletion)의 두 종류 타입을 나타낼 수 있다. 본 발명에서 용어,“마커(marker)”는 유전적으로 불특정 연관된 유전자좌를 동정할 때 참고점으로 사용되는 염기서열을 의미하며, 상기 용어, “유전자좌”는 분자 마커의 유전자 지도상의 위치를 의미한다.
본 발명에서 상기 용어 “표준유전체”는 본 발명의 삽입/결실(insertion/deletion) 다형성 부위를 분석함에 있어 기준이 되는 작물의 품종의 유전체를 의미한다. 바람직하게는 표준유전체는 Williams82일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 상기 삽입/결실 다형성 부위는 상기 E1 유전자의 E1형과 e1형의 대립형질(Allele)을 구별이 가능한 하나의 분자마커로 작용하고, 본 발명의 프라이머 세트는 상기 삽입/결실 다형성 부위를 식별함으로써 콩 품종의 개화시점의 예측을 가능케하고, 이를 통해서 개화시점에 따른 품종의 구별을 가능케 할 수 있다.
본 발명의 콩 품종은 공시작물인 황금, 대풍, 신기, 광교, 신팔달콩2, 백운, Williams82 및 Harosoy 및 이 중 두 품종을 교배 후 두 차례 여교배한 품종일 수 있다. 바람직하게는 본 발명에서 사용된 콩 품종은 황금, 대풍 및 상기 황금 및 대풍을 교배 후 대풍을 반복친으로 두 차례 여교배한 품종일 수 있다. 상기 여교배한 품종은 본 발명에서 각각 E7-1-2-1, E7-1-3-1, E7-1-3-2 및 E7-1-4-1로 지칭될 수 있다. 또한, 상기 Harosoy의 동질계통(Isoline)인 OT89-5, OT89-6, OT93-26, OT94-49, OT94-39, L62-667 및 OT94-37을 더 포함할 수 있다.
또한, 본 발명은
본 발명은 서열번호 1 및 서열번호 2로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 3 및 서열번호 4로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 5 및 서열번호 6으로 표시되는 프라이머 세트; 및 서열번호 7 및 서열번호 8로 표시되는 프라이머 세트로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나이상의 프라이머 세트를 포함하는 개화 시점이 다른 콩 품종을 구별하기 위한 프라이머 세트를 제공한다.
아울러, 본 발명은
I) 개화시점을 알고 있는 기준 품종 및 개화시점을 모르는 대상 품종의 게놈 DNA(genomic DNA)를 추출하는 단계;
II) 서열번호 1 및 서열번호 2로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 3 및 서열번호 4로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 5 및 서열번호 6으로 표시되는 프라이머 세트; 및 서열번호 7 및 서열번호 8로 표시되는 프라이머 세트로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 프라이머 세트를 이용하여 상기 I) 단계의 게놈 DNA를 주형으로 증폭하는 단계; 및
III) 상기 II)단계에서 증폭된 대상품종의 밴드와 기준 품종의 밴드를 비교하는 단계;
를 포함하는 콩 품종의 개화 시점을 예측하는 방법을 제공한다.
본 발명에서 용어. “기준 품종”는 본 발명의 개화시점에 따른 품종을 구별함에 있어 기준이 되는 작물의 품종을 의미한다. 상기 I) 단계의 기준 품종은 개화시점이 다른 콩 품종일 수 있고, 바람직하게는 개화시점이 늦은 만생형질인 황금과 개화시점이 이른 조생형질인 대풍일 수 있다.
본 발명의 일실시예에 있어서, 유전형질 또는 표현형질이 황금과 일치하는 품종을 “황금형” 품종으로 명칭하고, 유전형질 또는 표현형질이 대풍과 일치하는 품종을 “대풍형” 품종으로 명칭할 수 있다.
상기 II)단계의 프라이머 세트는 개화 시점을 달리하는 콩 품종들의 E1 유전자좌에 인접한 삽입/결실(insertion/deletion) 다형성 부위에 특이적일 수 있다.
본 발명의 상기 삽입/결실 다형성 부위는 상기 E1 유전자의 E1형 및 e1형의 대립형질(Allele)의 구별이 가능한 하나의 분자마커로 작용하고, 본 발명의 프라이머 세트는 상기 삽입/결실 다형성 부위를 식별함으로써 콩 품종의 개화시점의 예측을 가능케하고, 이를 통해서 개화시점에 따른 품종의 구별을 가능케 할 수 있다.
상기 III) 단계에서 밴드를 비교하는 것은 밴드의 크기를 비교하는 것으로 대상품종의 개화시점은 밴드의 크기가 일치하는 기준 품종의 개화시점과 일치하는 것으로 예측할 수 있다.
본 발명의 프라이머 세트를 이용하여 PCR 패턴으로 간편하고 정확하게 콩의 개화와 관련된 유전자의 다형성 부분을 식별할 수 있고, 이를 통해서 특정 품종의 개화시점을 예측하거나 개화시점이 상이한 콩 품종의 식별이 가능하여 콩 품종 육종이 활용할 수 있다.
도 1은 E1 유전자 탐색을 위한 황금과 대풍(반복친)의 여교배 계통 육성도를 나타낸 것이다.
도 2는 황금과 대풍의 여교배 계통인 E7-1-2-1, E7-1-3-1, E7-1-3-2 및 E7-1-4-1의 개화소요일수 및 성숙일수를 비교한 그래프이다.
도 3은 본 발명의 프라이머 세트를 이용하여 황금과 대풍의 여교배 계통에 대한 PCR 증폭 결과를 나타낸 것이다.
도 4는 본 발명의 프라이머 세트를 이용하여 Harosoy 동질계통에 대한 PCR 증폭 결과를 나타낸 것이다.
이하, 실시예에 의하여 본 발명을 더욱 상세히 설명하고자 한다.
단, 하기 실시예는 본 발명을 예시하기 위한 것일 뿐, 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 제한되는 것으로 해석되지 않는 것은 당업계의 통상의 지식을 가진 자에게 있어서 자명할 것이다.
실시예 1. 황금과 대풍( 반복친 )의 여교배 계통 육성
개화 특성이 다른 황금콩과 대풍콩을 이용하여 개화기 유전자 탐색을 위하여 대풍을 반복친으로 여교배 계통을 육성하였으며 그 과정은 다음과 같다. 먼저 황금과 대풍은 국립식량과학원 원종을 이용하였으며 황금/대풍 재조합(RIL) 계통을 육성하였다. 이중에서 목표영역(제색관련 유전자좌)이 최소로 도입된 562계통을 선발하고 562계통을 모본, 대풍콩을 부본으로 여교배를 수행하였다. 교배립 6개 중 2개체가 교배된 것으로 확인되었다. 교배가 확인된 2개체(BC1F1)를 파종하여 BC1F2 식물체를 대상으로 교배를 수행하여 모두 30개의 교배립을 획득하였다. 이중에서 최종으로 15개체가 교배된 것으로 확인되었다. 교배가 확인된 7개 식물체(BC2F1)를 대상으로 콩 품종인식시스템인 202개 분자표지를 사용하여 background selection을 수행하였다. 교배가 확인된 7개의 식물체 중에서 E7-1 식물체가 대풍콩과 88%(헤테로 포함 98%)의 가장 높은 유사도를 보여 여교배를 위한 모본으로 선발하였다. E7-1 식물체에서 3개의 종자를 얻었으며, 이를 파종한 3개의 식물체(E7-1-2, E7-1-3, E7-1-4)로부터 다음세대 (BC2F2)인 E7-1-2-1, E7-1-3-1, E7-1-3-2, E7-1-4-1 등 4개의 식물체를 획득하고 202개 마커를 사용하여 background selection을 수행하였다. Background selection은 이전 세대에서 헤테로 또는 대풍콩과 다른 결과를 보였던 마커를 대상으로 하였으며, 수행 결과 E7-1-2-1, E7-1-3-1 등 2개 계통이 대풍콩과 가장 유사하였다(도 1, 표 1).
Figure 112017047945168-pat00001
실시예 2. 콩 품종별 개화 시점(개화에 소요되는 일수) 조사
황금 및 대풍과 황금과 대풍의 여교배 계통인 E7-1-2-1, E7-1-3-1, E7-1-3-2 및 E7-1-4-1은 고령지농업연구소(강원도 평창군 대관령면 경강로 5481) 에 있는 온실에서 2016년 5월 27일 화분(20×20cm)에 파종하여 개화특성을 조사하였다. 대풍은 대관령 개화일이 7월 27일(개화소요일수 61일)이고 황금은 대관령 개화일이 8월 2일(개화소요일수 67일)이었다. E7-1-2-1 / E7-1-3-1은 개화일이 각각 7월17일(개화소요일수 51일)과 7월15일(개화소요일수 49일)로 대풍과 개화일이 유사하고 E7-1-3-2 / E7-1-4-1은 개화일이 각각 8월4일(개화소요일수 69일)과 8월2일(개화소요일수 67일)로 황금과 개화일이 유사하였다(도 2).
Harosoy의 동질계통(Isoline)인 OT89-5, OT89-6, OT93-26, OT94-49, OT94-39, L62-667 및 OT94-37을 Eastern Cereal and Oilseed Research Center(960 Carling Avenue, Ottawa, ON KIA 0C6, Canada)에서 분양을 받았다. 상기의 7계통을 고령지농업연구소 내에 위치하고 있는 포장에서 2016년 5월 25일 파종하여 개화소요일수(R1), 성숙기(R2)를 평가하였으며 그 결과는 표 2와 같다.
Harosoy 동질계통의 유전형 및 성숙일수
동질계통 유전형 파종일 개화시 성숙기 개화소요일수 성숙소요일수
OT89-5 e1e2e3e4E7Dt1t 5/25 7/13 9/19 49 68
OT89-6 e1e2e3e4E7dt1t 5/25 7/12 9/21 48 71
OT93-26 E1e2e3e4E7Dt1T 5/25 7/21 9/23 57 64
OT94-49 E1e2e3e4E7dt1T 5/25 7/17 9/23 53 121
OT94-39 e1e2E3e4E7dt1t 5/25 7/15 10/1 51 129
L62-667 e1e2e3E4E7Dt1t 5/25 7/15 9/21 51 119
OT94-37 e1e2e3E4E7dt1t 5/25 7/15 9/30 51 128
상기 표 2의 결과와 같이, OT93-26 및 OT94-49는 개화소요일이 각각 57일 및 53일로 7개 계통 중 개화 소요 일수가 가장 길었고, 나머지 5개 계통과 달리, 유전형이 E1 우성형질을 가지는 것으로 확인되어 표현형과(개화 소요 일수)와 유전형이 일치함을 확인할 수 있었다.
실시예 3. 콩 품종으로부터 DNA 추출
공시재료로 사용된 황금, 대풍, E7-1-2-1, E7-1-3-1, E7-1-3-2, E7-1-4-1, OT89-5, OT89-6, OT93-26, OT94-49, OT94-39, L62-667, OT94-37 콩의 DNA를 추출하기 위하여 파종상자에 파종 후 30일 된 어린잎으로부터 Saghai Maroof 등(1984)의 방법으로 DNA추출을 수행하였다. -70℃에서 동결 보존한 잎(0.2g)을 막자사발에 넣어서 액체질소로 냉각하면서 분말 상태로 분쇄하였으며 분말을 1.5 ㎖ 튜브에 옮겨 담았다. 이 시료에 500 ㎕의 CTAB(cetyl trimethyl ammonium bromide) 추출 버퍼를 첨가하여 충분히 썩어 준 후 65℃ 수조에서 30분 간 배양하였다. 클로로포름/이소아밀알코올(Chloroform/isoamyl alcohol, 24:1) 용액 500㎕을 각각의 시료에 첨가한 후, 손으로 뒤집어 주면서 섞어 주었다. 원심분리(12,000rpm, 4℃, 15분) 후 상층액을 새 튜브에 옮긴 뒤 RNase A 10 ㎕(10mg/㎖)를 첨가하였다. 30분 후 아이소프로판올을 350 ㎕를 넣고 DNA를 침전시켰다. DNA 펠럿을 새 튜브로 옮겨 담은 후 70 % 에탄올 세척을 두 번 반복하여 수행하였다. DNA 펠럿을 건조한 후 멸균 증류수 300㎕을 첨가하여 DNA 펠럿을 충분히 녹였다. DNA는 나노드랍으로 정량 하였으며 100 ng/㎕ 농도로 조정하여 실험에 사용하였다.
실시예 4. E1 유전자 식별 indel 마커 탐색
해독된 콩 7품종(황금, 대풍, 신기, 광교, 신팔달콩2, 백운, Williams82 유전체 정보를 이용하여 탐색된 삽입/결실(insettion/deletion) 변이 정보를 이용하여Williams 82의 표준염기서열 기준으로 유전자 위치가 20006928-20007814 bp E1 유전자좌(Glyma06g23026) 근처에 위치하고 있는 5 bp 이상의 삽입/결실(insettion/deletion) 변이를 탐색하였다. Primer3 프로그램을 이용하여 하기 프라이머 세트를 디자인하였다. 본 발명의 서열번호 1 및 2의 프라이머 세트는 “Edel-1”, 서열번호 3 및 4의 프라이머 세트은 “Edel-2”, 서열번호 5 및 6의 프라이머 세트는 “Edel-3”, 서열번호 7 및 8의 프라이머 세트은 “Edel-4”으로 각각 명명하였다(표 3).
콩 제색 식별용 분자표지 프라이머 세트
Name of primer set ChrNo. Location Forward Primer (5‘→3’) No Reverse Primer (5‘→3’) No
Edel-1 6 19,859,330 ATTTTTAGGCCGTTCTACCT 1 GCAAACCCAATGCTTATTAT 2
Edel-2 6 20,014,448 ATGTTAATACCCAATCTGGC 3 TCGACGTCTTCTCTCGTATT 4
Edel-3 6 20,014,559 TATTATCTTGAGGGAAGGGG 5 GTACAGAGACCAGGGGAAA 6
Edel-4 6 20,015,530 GCTCACAAATTTTAGATAAG 7 GGTTTGGAACCTATATGACA 8
실시예 5. PCR 반응
PCR 반응의 혼합액은 10 ㎕로 수행을 하였으며, 그 안에는 콩 품종의 100 ng 게놈 DNA, 각각의 2 pmole 프라이머 세트(표 1) 및 5 ㎕의 2X DNA free-Taq PCR Master Mix(CellSafe, Suwon, Korea)로 구성하였다. PCR 증폭은 C1000 Touch(BMS, New York, USA)를 사용하여 초기 변성(denaturation)을 95℃에서 5분간 수행하였고, 94℃에서 30초간 변성한 후, 43℃의 온도에서 30초간 어닐링(annealing)하였고, 72℃에서 30초간 증폭(extension) 과정을 총 35사이클을 반복했으며, 72℃에서 5분간 최종적인 증폭하였고, 10℃에서 PCR 증폭반응을 종결시켰다. 증폭된 PCR 산물은 6X LoadingSTAR(DyneBio, Seongnam-si, Korea)를 첨가한 후 3% 아가로스 겔을 이용하여 100V에서 180분가량 진행하였으며, 전기영동이 끝난 뒤 UV를 이용하여 밴드를 확인하였다.
실시예 6. 5개의 프라이머 세트을 이용하여 황금, 대풍 및 4개 여교배 계통을 대상으로 PCR 결과
PCR 밴드 패턴을 바탕으로 작은 밴드크기를 보이는 결과는 a(붉은색), 큰 경우 b(파란색)로 표기하였다(도 3 및 표 4). E1 유전자좌는 Glyma06g23026으로 5개 프라이머 세트 중 Edel-3이 제일 근접한 indel 마커이다. 이 중 Edel-1, Edel-2, Edel-3, Edel-4 및 Edel-5 프라이머 세트의 경우 개화시점이 상이한 황금과 대풍을 명확히 구분하였다(표 4). 또한, 두 품종의 여교배 계통인 E7-1-2-1 / E7-1-3-1은 대풍과 PCR 결과 밴드 크기가 일치하였고 E7-1-3-2 / E7-1-4-1은 황금과 PCR 결과 밴드 크기가 일치하였다. 또한, 두 품종의 여교배 계통인 E7-1-2-1 / E7-1-3-1은 대풍과 PCR 결과 밴드 크기가 일치하였고 표현형에 있어서 개화일이 각각 7월17일과 7월15일로 대풍과 개화시점이 일치하였다. E7-1-3-2 / E7-1-4-1은 황금과 PCR 결과 밴드 크기가 일치하였고 표현형에 있어서 개화일이 각각 8월4일과 8월2일로 황금과 개화시점이 일치하였다(도 3, 표 4).
Figure 112017047945168-pat00002
실시예 7. 4개의 프라이머 세트을 이용하여 황금, 대풍 및 Harosoy 동질계통을 대상으로 PCR 결과
Harosoy의 동질계통에서 Edel-1, Edel-2, Edel-3 및 Edel-4를 이용하여 E1 유전자좌에서 우성형질인 E1 대립형질을 가지는 OT93-26와 OT94-49의 경우 황금과 PCR 밴드 크기가 일치하였고, 열성형질인 e1 대립형질을 가지는 OT89-5, OT89-6, OT94-39, L62-667 및 OT94-37는 대풍과 PCR 밴드 크기가 일치하였다(표 5). 따라서, 본 발명의 프라이머 세트는 E1 유전자의 우성형과 열성형을 구분할 수 있고, 이에 따라 표현형에 있어서 광주기에 민감한 만생형과 광주기에 둔감한 조생형의 콩 품종을 구별할 수 있음을 확인할 수 있었다.
Figure 112017047945168-pat00003
<110> Republic of Korea <120> Gene-specific molecular markers associated with flowering and maturation of soybean <130> P16R12C2023 <160> 8 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Edel-1 forward primer <400> 1 atttttaggc cgttctacct 20 <210> 2 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Edel-1 reverse primer <400> 2 gcaaacccaa tgcttattat 20 <210> 3 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Edel-2 forward primer <400> 3 atgttaatac ccaatctggc 20 <210> 4 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Edel-2 reverse primer <400> 4 tcgacgtctt ctctcgtatt 20 <210> 5 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Edel-3 forward primer <400> 5 tattatcttg agggaagggg 20 <210> 6 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Edel-3 reverse primer <400> 6 gtacagagac caggggaaa 19 <210> 7 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Edel-4 forward primer <400> 7 gctcacaaat tttagataag 20 <210> 8 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Edel-4 reverse primer <400> 8 ggtttggaac ctatatgaca 20

Claims (12)

  1. 서열번호 1 및 서열번호 2로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 3 및 서열번호 4로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 5 및 서열번호 6으로 표시되는 프라이머 세트; 및 서열번호 7 및 서열번호 8로 표시되는 프라이머 세트를 포함하고, 황금, 대풍 및 이들의 여교배 계통의 품종으로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 콩 품종의 개화 시점을 예측할 수 있는 프라이머 세트로,
    상기 프라이머 세트는 상기 선택된 콩 품종들의 E1 유전자와 연관된 삽입/결실(insertion/deletion) 다형성 부위를 식별하여 E1 유전자의 대립형질을 구분하는 것인, 콩의 개화 시점을 예측할 수 있는 프라이머 세트.
  2. 삭제
  3. 제 1항에 있어서,
    상기 E1 유전자의 대립형질은 표현형질이 만생인 우성 대립형질과 표현형질이 조생인 열성 대립형질인, 콩 품종의 개화 시점을 예측할 수 있는 프라이머 세트.
  4. 삭제
  5. 서열번호 1 및 서열번호 2로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 3 및 서열번호 4로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 5 및 서열번호 6으로 표시되는 프라이머 세트; 및 서열번호 7 및 서열번호 8로 표시되는 프라이머 세트를 포함하는, 개화 시점이 다른 콩 품종을 구별하기 위한 프라이머 세트로,
    상기 콩 품종은 황금, 대풍 및 이들의 여교배 계통의 품종으로 이루어진 군으로부터 선택되고; 및
    상기 프라이머 세트는 상기 선택된 콩 품종들의 E1 유전자와 연관된 삽입/결실(insertion/deletion) 다형성 부위를 식별하여 E1 유전자의 대립형질을 구분하는 것인, 개화 시점이 다른 콩 품종을 구별하기 위한 프라이머 세트.
  6. 삭제
  7. 제 5항에 있어서,
    상기 E1 유전자의 대립형질은 표현형질이 만생인 우성 대립형질과 표현형질이 조생인 열성 대립형질인, 개화 시점이 다른 콩 품종을 구별하기 위한 프라이머 세트.
  8. 삭제
  9. I) 개화시점을 알고 있는 기준 품종 및 개화시점을 모르는 대상 품종의 게놈 DNA(genomic DNA)를 추출하는 단계;
    II) 서열번호 1 및 서열번호 2로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 3 및 서열번호 4로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 5 및 서열번호 6으로 표시되는 프라이머 세트; 및 서열번호 7 및 서열번호 8로 표시되는 프라이머 세트를 이용하여 상기 I) 단계의 게놈 DNA를 주형으로 증폭하는 단계; 및
    III) 상기 II)단계에서 증폭된 대상 품종의 밴드와 기준 품종의 밴드를 비교하는 단계;
    를 포함하는 콩 품종의 개화 시점을 예측하는 방법으로,
    상기 프라이머 세트는 상기 기준 품종 및 대상 품종의 E1 유전자와 연관된 삽입/결실(insertion/deletion) 다형성 부위를 식별하여 E1 유전자의 대립형질을 구분하고,
    상기 I) 단계에서 기준 품종은 황금 및 대풍이고, 및
    상기 I) 단계에서 대상 품종은 황금, 대풍 및 이들의 여교배 계통의 품종인, 콩 품종의 개화 시점을 예측하는 방법
  10. 삭제
  11. 삭제
  12. 제 9항에 있어서,
    상기 E1 유전자의 대립형질은 표현형질이 만생인 우성 대립형질과 표현형질이 조생인 열성 대립형질인, 콩 품종의 개화 시점을 예측하는 방법.
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Zhengjun Xia et al. Proc Natl Acad Sci U S A. Vol.109, No. 32, pp.E2155-E2164

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