KR101856539B1 - 긴꼬리도약옆새우 서식지 판별용 미세위성 마커 및 그를 이용한 서식지 판별 방법 - Google Patents
긴꼬리도약옆새우 서식지 판별용 미세위성 마커 및 그를 이용한 서식지 판별 방법 Download PDFInfo
- Publication number
- KR101856539B1 KR101856539B1 KR1020160164060A KR20160164060A KR101856539B1 KR 101856539 B1 KR101856539 B1 KR 101856539B1 KR 1020160164060 A KR1020160164060 A KR 1020160164060A KR 20160164060 A KR20160164060 A KR 20160164060A KR 101856539 B1 KR101856539 B1 KR 101856539B1
- Authority
- KR
- South Korea
- Prior art keywords
- nucleic acid
- seq
- acid sequence
- primer
- sequence shown
- Prior art date
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
- C12Q2525/10—Modifications characterised by
- C12Q2525/204—Modifications characterised by specific length of the oligonucleotides
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2537/00—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature
- C12Q2537/10—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature the purpose or use of
- C12Q2537/143—Multiplexing, i.e. use of multiple primers or probes in a single reaction, usually for simultaneously analyse of multiple analysis
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2565/00—Nucleic acid analysis characterised by mode or means of detection
- C12Q2565/10—Detection mode being characterised by the assay principle
- C12Q2565/125—Electrophoretic separation
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/16—Primer sets for multiplex assays
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
본 발명은 긴꼬리도약옆새우의 서식지 판정, 특히 거제지역 유래인지 여부 판정을 위한, 미세위성 마커 DNA 및 이를 이용한 PCR 기법에 기반한 긴꼬리도약옆새우의 서식지 판정용 키트 및 방법을 제공한다.
Description
본 발명은 갑각류의 서식지 판별용 유전자 마커 및 그를 이용한 서식지 판별방법에 관한 것으로서, 더 상세하게는 긴꼬리도약옆새우 서식지 판별용 미세위성 마커 및 그를 이용한 서식지 판별 방법에 관한 것이다.
긴꼬리도약옆새우(Sand-hopper, Trinorchestia longiramus)는 절지동물문 연갑강 단각목 도약옆새우과에 속하는 해양생물로, 1988년에 한반도 해안의 모래사장에 널리 분포하는 것이 보고되었으며, 2011년에 일본의 북훗카이도와 남도후코에서도 분포하는 것이 보고되었다(Yo, Beaufortia, 38(7): 153-178, 1988; Ssasgo, Y., 2011. Study for distribution and molecular phylogenetic analysis of the talitrid amphipods in Japan, M.Sc. Thesis, Mie University, Tsu City, Japan). 형태학적 특징은 몸길이 0.5 ?? 1 cm이고 몸이 좌우로 납작하며 제2꼬리다리의 안쪽가지가 바깥가지보다 길고, 왼쪽 큰 턱에 6개의 돌기가 있으며, 약각의 제4자루마디는 매우 작다. 꼬리의 너비는 길이보다 길고, 정단부가 약간 오목하고 많은 등가시와 적은 수의 정단부 가시가 있다(한반도 생물자원포털, https://species.nibr.go.kr/home/mainHome.do?cont_link=014&subMenu=014003&contCd=014003&ktsn=120000047418).
긴꼬리도약옆새우의 생태학적 특징은 모래에서 서식하며 생태계의 에너지 흐름에 있어서 매우 중요한 역할을 하며, 이동성이 적고 지상에 서식하는 것으로 보았을 때, 지리적 개체군들에서 유전적 고립과 이질성을 주도할 것으로 예상할 수 있다(Jeong et al., Mar. Ecol. Prog. Ser., 309: 205-211, 2006; Jeong et al., Hydrobiologia, 623: 63-76, 2009). 또한 이들은 서식지에 대한 제한된 분산 능력으로 지리적으로 고립된 분류군을 가지고 있으며, 부분적으로 유전자의 이동 비율, 한정된 집단에서 배우자의 무작위적인 추출로 인한 유전자 빈도 변화를 초래하는 유전적 부동현상, 자연적인 선택과 같은 소진화 과정에 민감하게 변화할 수 있다고 알려지고 있다(Mayr, E., 1954. Change of genetic environment and evolution, pp. 157-180 in Evolution as a Process, edited by J. HUXLEY, A. C. HARDY and E. B. FORD. ALLEN & UNWIN, London). 이렇게 유전적으로 고립된 개체군들은 종분화를 유도하는 잠재적인 원인으로 인식될 수가 있으며, 이전 연구에서는 몇 종의 단각목에 대해 독립된 형질이 종 분화에 관련하여 지리적으로나 유전적으로 독립된 메카니즘에 의해 그들의 중요한 유전체 구조가 변경되었음에 대한 연구를 수행하였다(AVISE, J. C., Oikos, 63:62-76, 1992; Templeton, A. R., Evolution, 34: 719-729, 1980). 그러나 국내에서 지리적, 환경적으로 독립된 형질을 나타내는 긴꼬리도약옆새우의 유전적 분자 마커에 대한 연구는 많은 보고가 되어 있지 않다. 현재 갑각류의 서식지나 종판별을 위한 분자마커와 관련해서는, 중국젓새우의 원산지 판별을 위한 마커에 관한 대한민국 특허 제1508689호(출원인: 대한민국(관리부서: 국립수산과학원), 징거미새우 특이적 미세위성 마커에 관한 대한민국 공개특허공보 제10-2010-0112019호 등이 존재한다.
긴꼬리도약옆새우를 포함한 다양한 옆새우는 한대성 어류의 주요 먹이가 되기 때문에 본 발명에 사용한 긴꼬리도약옆새우 또한 해양생태계에서 중요한 위치를 차지하고 있고, 이러한 먹이사슬을 거쳐 간접적으로 수산업적인 가치를 지니고 있다고 할 수 있다. 따라서, 다양한 유전자원의 보호 차원에서 이들 긴꼬리도약옆새우의 서식지 판별은 환경적, 산업적 측면에서 유의미한 일로 판단된다.
그러나, 상기 선행기술은 중국 젓새우나 민물에 서식하는 징거미새우에 대한 종 원산지 또는 종 판별용 마커에 관한 것으로서 아직까지 긴꼬리도약옆새우의 서식지 판별을 위한 분자마커 및 방법은 아직 존재하지 않고 있다.
본 발명은 상기와 같은 문제점을 포함하여 여러 문제점들을 해결하기 위한 것으로서, 긴꼬리도약옆새우의 원산지 판별을 위한 유전자 마커 및 그를 이용한 원산지 판별 방법을 제공하는 것을 목적으로 한다. 그러나 이러한 과제는 예시적인 것으로, 이에 의해 본 발명의 범위가 한정되는 것은 아니다.
본 발명의 일 관점에 따르면, 하기의 폴리뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택되는 긴꼬리도약옆새우(Trinorchestia longiramus) 서식지 판정용 미세위성 마커 폴리뉴클레오티드 또는 그에 상보적인 폴리뉴클레오티드가 제공된다:
서열번호 1 내지 7로 구성되는 군으로부터 선택되는 어느 하나의 폴리뉴클레오티드 내에서 선택되며 연속되는 (CTT)2-15 염기서열을 포함하는 50 내지 500 nt로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 8 내지 14로 구성되는 군으로부터 선택되는 어느 하나의 폴리뉴클레오티드 내에서 선택되며 연속되는 (AAAC)3-9 염기서열을 포함하는 50 내지 500 nt로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 및 서열번호 15 내지 19로 구성되는 군으로부터 선택되는 어느 하나의 폴리뉴클레오티드 내에서 선택되며 연속되는 (ACT)10-14 염기서열을 포함하는 50 내지 500 nt로 구성되는 폴리뉴클레오티드.
본 발명의 다른 일 관점에 따르면, 상기 폴리뉴클레오티드를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머쌍을 포함하는 긴꼬리도약옆새우 서식지 판정용 키트가 제공된다.
본 발명의 다른 일 관점에 따르면, 긴꼬리도약옆새우로부터 총 DNA를 추출하는 총 DNA 추출단계; 상기 추출된 총 DNA를 주형으로 상기 폴리뉴클레오티드를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머쌍으로 미세위성을 포함하는 상기 폴리뉴클레오티드를 증폭하는 증폭단계; 및 상기 폴리뉴클레오티드의 유전자형을 확인하는 단계를 포함하는, 긴꼬리도약옆새우 서식지 판정방법이 제공된다.
본 발명의 다른 일 관점에 따르면, 서열번호 20으로 표시되는 핵산서열로 구성되는 포워드 프라이머 및 서열번호 21로 표시되는 핵산서열로 구성되는 리버스 프라이머를 포함하는 제1프라이머 세트; 서열번호 22로 표시되는 핵산서열로 구성되는 포워드 프라이머 및 서열번호 23으로 표시되는 핵산서열로 구성되는 리버스 프라이머를 포함하는 제2프라이머 세트; 및 서열번호 24로 표시되는 핵산서열로 구성되는 포워드 프라이머 및 서열번호 25로 표시되는 핵산서열로 구성되는 리버스 프라이머를 포함하는 제3프라이머 세트를 포함하는 긴꼬리도약옆새우 서식지 판정용 PCR 키트가 제공된다.
본 발명의 또 다른 일 관점에 따르면, 상기 긴꼬리도약옆새우 서식지 판정용 PCR 키트로 긴꼬리도약옆새우로부터 분리된 총 DNA를 증폭하는 DNA 증폭 단계; 증폭된 DNA 단편을 전기영동하는 전기영동 단계; 및 상기 전기영동된 DNA 단편의 밴드 패턴을 분석하는 단계를 포함하는, 긴꼬리도약옆새우 서식지 판정 방법이 제공된다.
상기한 바와 같이 이루어진 본 발명의 일 실시예에 따르면, 긴꼬리도약옆새우의 서식지를 정확하게 판별할 수 있음으로써, 긴꼬리도약옆새우의 생태계 모니터링 등에 활용될 수 있고, 다양한 유전자원의 보호에 활용될 수 있다. 물론 이러한 효과에 의해 본 발명의 범위가 한정되는 것은 아니다.
도 1은 본 발명의 일 실시예에 따라 규명된 긴꼬리도약옆새우의 서식지 판별용 미세위성 마커 mabikT1-01의 반복서열 단위 (CTT)9(적색의 이탤릭체)를 포함하는 대립유전자(allele)의 염기서열 및 상기 반복서열 단위를 증폭하기 위해 사용된 프라이머 위치(청색의 밑줄친 부분)을 나타낸다.
도 2는 본 발명의 일 실시예에 따라 규명된 긴꼬리도약옆새우의 서식지 판별용 미세위성 마커 mabikT1-04의 반복서열 단위 (AAAC)7(적색의 이탤릭체)를 포함하는 대립유전자(allele)의 염기서열 및 상기 반복서열을 증폭하기 위해 사용된 프라이머 위치(청색의 밑줄친 부분)을 나타낸다.
도 3은 본 발명의 일 실시예에 따라 규명된 긴꼬리도약옆새우의 서식지 판별용 미세위성 마커 mabikT1-09의 반복서열 단위 (ACT)10(적색의 이탤릭체)를 포함하는 대립유전자(allele)의 염기서열 및 상기 반복서열을 증폭하기 위해 사용된 프라이머 위치(청색의 밑줄친 부분)을 나타낸다.
도 4는 거제도 지역에서 채집된 8개체의 긴꼬리도약옆새우의 DNA를 주형으로 하여, 본 발명의 일 실시예에 따라 제조된 프라이머 세트로 긴꼬리도약옆새우 서식지 판별용 미세위성 마커 mabikT1-01, mabikT1-04 및 mabikT1-09를 포함하는 핵산을 증폭한 후 자동염기서열분석기로 분석한 유전자형 분석 결과를 나타낸다.
도 5는 고성 지역에서 채집된 8개체의 긴꼬리도약옆새우의 DNA를 주형으로 하여, 본 발명의 일 실시예에 따라 제조된 프라이머 세트로 긴꼬리도약옆새우 서식지 판별용 미세위성 마커 mabikT1-01, mabikT1-04 및 mabikT1-09를 포함하는 핵산을 증폭한 후 자동염기서열분석기로 분석한 유전자형 분석 결과를 나타낸다.
도 6은 영덕 지역에서 채집된 8개체의 긴꼬리도약옆새우의 DNA를 주형으로 하여, 본 발명의 일 실시예에 따라 제조된 프라이머 세트로 긴꼬리도약옆새우 서식지 판별용 미세위성 마커 mabikT1-01, mabikT1-04 및 mabikT1-09를 포함하는 핵산을 증폭한 후 자동염기서열분석기로 분석한 유전자형 분석 결과를 나타낸다.
도 7은 울진 지역에서 채집된 8개체의 긴꼬리도약옆새우의 DNA를 주형으로 하여, 본 발명의 일 실시예에 따라 제조된 프라이머 세트로 긴꼬리도약옆새우 서식지 판별용 미세위성 마커 mabikT1-01, mabikT1-04 및 mabikT1-09를 포함하는 핵산을 증폭한 후 자동염기서열분석기로 분석한 유전자형 분석 결과를 나타낸다.
도 8은 삼척 지역에서 채집된 8개체의 긴꼬리도약옆새우의 DNA를 주형으로 하여, 본 발명의 일 실시예에 따라 제조된 프라이머 세트로 긴꼬리도약옆새우 서식지 판별용 미세위성 마커 mabikT1-01, mabikT1-04 및 mabikT1-09를 포함하는 핵산을 증폭한 후 자동염기서열분석기로 분석한 유전자형 분석 결과를 나타낸다.
도 2는 본 발명의 일 실시예에 따라 규명된 긴꼬리도약옆새우의 서식지 판별용 미세위성 마커 mabikT1-04의 반복서열 단위 (AAAC)7(적색의 이탤릭체)를 포함하는 대립유전자(allele)의 염기서열 및 상기 반복서열을 증폭하기 위해 사용된 프라이머 위치(청색의 밑줄친 부분)을 나타낸다.
도 3은 본 발명의 일 실시예에 따라 규명된 긴꼬리도약옆새우의 서식지 판별용 미세위성 마커 mabikT1-09의 반복서열 단위 (ACT)10(적색의 이탤릭체)를 포함하는 대립유전자(allele)의 염기서열 및 상기 반복서열을 증폭하기 위해 사용된 프라이머 위치(청색의 밑줄친 부분)을 나타낸다.
도 4는 거제도 지역에서 채집된 8개체의 긴꼬리도약옆새우의 DNA를 주형으로 하여, 본 발명의 일 실시예에 따라 제조된 프라이머 세트로 긴꼬리도약옆새우 서식지 판별용 미세위성 마커 mabikT1-01, mabikT1-04 및 mabikT1-09를 포함하는 핵산을 증폭한 후 자동염기서열분석기로 분석한 유전자형 분석 결과를 나타낸다.
도 5는 고성 지역에서 채집된 8개체의 긴꼬리도약옆새우의 DNA를 주형으로 하여, 본 발명의 일 실시예에 따라 제조된 프라이머 세트로 긴꼬리도약옆새우 서식지 판별용 미세위성 마커 mabikT1-01, mabikT1-04 및 mabikT1-09를 포함하는 핵산을 증폭한 후 자동염기서열분석기로 분석한 유전자형 분석 결과를 나타낸다.
도 6은 영덕 지역에서 채집된 8개체의 긴꼬리도약옆새우의 DNA를 주형으로 하여, 본 발명의 일 실시예에 따라 제조된 프라이머 세트로 긴꼬리도약옆새우 서식지 판별용 미세위성 마커 mabikT1-01, mabikT1-04 및 mabikT1-09를 포함하는 핵산을 증폭한 후 자동염기서열분석기로 분석한 유전자형 분석 결과를 나타낸다.
도 7은 울진 지역에서 채집된 8개체의 긴꼬리도약옆새우의 DNA를 주형으로 하여, 본 발명의 일 실시예에 따라 제조된 프라이머 세트로 긴꼬리도약옆새우 서식지 판별용 미세위성 마커 mabikT1-01, mabikT1-04 및 mabikT1-09를 포함하는 핵산을 증폭한 후 자동염기서열분석기로 분석한 유전자형 분석 결과를 나타낸다.
도 8은 삼척 지역에서 채집된 8개체의 긴꼬리도약옆새우의 DNA를 주형으로 하여, 본 발명의 일 실시예에 따라 제조된 프라이머 세트로 긴꼬리도약옆새우 서식지 판별용 미세위성 마커 mabikT1-01, mabikT1-04 및 mabikT1-09를 포함하는 핵산을 증폭한 후 자동염기서열분석기로 분석한 유전자형 분석 결과를 나타낸다.
용어의 정의:
본 문서에서 사용되는 "미세위성(microsatellite)"은 단순 서열 반복(simple sequence repeat, SSR) 또는 간단순차 반복(short tandem repeat, STR)이라고도 불리우며, 게놈(genome) 내의 특정 좌위에서 2 내지 6 염기쌍이 반복되는 게놈 구조를 의미하며 반복횟수가 개체 사이 또는 대립유전자 사이에 차이가 나는 경우가 많아, 개체식별이나 집단유전학 분석에 활용된다.
본 문서에서 사용되는 "일배체형(haplotype)"은 하나의 염색체 상의 인접한 좌위에서 대립유전자(또는 DNA 서열)의 특정 조합(combination)을 의미하며, 개체 사이 또는 대립유전자 사이에 일배체형이 상이한 경우가 많아, 집단유전학 분석에 활용된다.
발명의 상세한 설명:
본 발명의 일 관점에 따르면, 하기의 폴리뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택되는 긴꼬리도약옆새우(Trinorchestia longiramus) 서식지 판정용 미세위성 마커 폴리뉴클레오티드 또는 그에 상보적인 폴리뉴클레오티드가 제공된다:
서열번호 1 내지 7로 구성되는 군으로부터 선택되는 어느 하나의 폴리뉴클레오티드 내에서 선택되며 연속되는 (CTT)2-15 염기서열을 포함하는 50 내지 500 nt로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 8 내지 14으로 구성되는 군으로부터 선택되는 어느 하나의 폴리뉴클레오티드 내에서 선택되며 연속되는 (AAAC)3-9 염기서열을 포함하는 50 내지 500 nt로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 및 서열번호 15 내지 19로 구성되는 군으로부터 선택되는 어느 하나의 폴리뉴클레오티드 내에서 선택되며 연속되는 (ACT)10-14 염기서열을 포함하는 50 내지 500 nt로 구성되는 폴리뉴클레오티드.
본 발명의 다른 일 관점에 따르면, 상기 폴리뉴클레오티드를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머쌍을 포함하는 긴꼬리도약옆새우 서식지 판정용 키트가 제공된다.
상기 키트에 있어서, 상기 프라이머쌍은 상기 폴리뉴클레오티드의 핵산서열 내에서 선택되는 연속되는 15 내지 50 nt의 핵산분자로 구성되는 포워드 프라이머 및 상기 폴리뉴클레오티드의 상보서열 내에서 선택되는 연속되는 15 내지 50 nt의 핵산분자로 구성되는 리버스 프라이머로 구성될 수 있다.
상기 키트에 있어서, 서열번호 20으로 표시되는 핵산서열로 구성되는 포워드 프라이머 및 서열번호 21로 표시되는 핵산서열로 구성되는 리버스 프라이머를 포함하는 제1프라이머 세트; 서열번호 22로 표시되는 핵산서열로 구성되는 포워드 프라이머 및 서열번호 23으로 표시되는 핵산서열로 구성되는 리버스 프라이머를 포함하는 제2프라이머 세트; 및 서열번호 24로 표시되는 핵산서열로 구성되는 포워드 프라이머 및 서열번호 25로 표시되는 핵산서열로 구성되는 리버스 프라이머를 포함하는 제3프라이머 세트로 구성되는 프라이머 세트 중 선택되는 어느 하나 이상일 수 있다.
본 발명의 다른 일 관점에 따르면, 긴꼬리도약옆새우로부터 총 DNA를 추출하는 총 DNA 추출단계; 상기 추출된 총 DNA를 주형으로 상기 폴리뉴클레오티드를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머쌍으로 미세위성을 포함하는 상기 폴리뉴클레오티드를 증폭하는 증폭단계; 및 상기 폴리뉴클레오티드의 유전자형을 확인하는 단계를 포함하는, 긴꼬리도약옆새우 서식지 판정방법이 제공된다.
상기 판정방법에 있어서, 상기 프라이머쌍은 상기 폴리뉴클레오티드의 핵산서열 내에서 선택되는 연속되는 15 내지 50 nt의 핵산분자로 구성되는 포워드 프라이머 및 상기 폴리뉴클레오티드의 상보서열 내에서 선택되는 연속되는 15 내지 50 nt의 핵산분자로 구성되는 리버스 프라이머로 구성될 수 있다.
상기 판정방법에 있어서, 서열번호 20으로 표시되는 핵산서열로 구성되는 포워드 프라이머 및 서열번호 21로 표시되는 핵산서열로 구성되는 리버스 프라이머를 포함하는 제1프라이머 세트; 서열번호 22로 표시되는 핵산서열로 구성되는 포워드 프라이머 및 서열번호 23으로 표시되는 핵산서열로 구성되는 리버스 프라이머를 포함하는 제2프라이머 세트; 및 서열번호 24로 표시되는 핵산서열로 구성되는 포워드 프라이머 및 서열번호 25로 표시되는 핵산서열로 구성되는 리버스 프라이머를 포함하는 제3프라이머 세트로 구성되는 프라이머 세트 중 선택되는 어느 하나 이상일 수 있다.
상기 방법에 있어서, 상기 제1프라이머세트로 135 bp의 동형접합 DNA만 증폭되고, 상기 제2프라이머 세트로 409 bp의 동형접합 DNA만 증폭이 되며, 상기 제3프라이머 세트로 330 bp의 동형접합 DNA만 증폭이 되면, 상기 긴꼬리도약옆새우가 거제산인 것으로 판정할 수 있다.
상기 방법에 있어서, 적어도 3개체 이상, 바람직하게는 10 내지 50개체의 시료를 분석한 후 통계처리를 통해 서식지를 판정할 수 있다.
본 발명의 다른 일 관점에 따르면, 서열번호 20으로 표시되는 핵산서열로 구성되는 포워드 프라이머 및 서열번호 21로 표시되는 핵산서열로 구성되는 리버스 프라이머를 포함하는 제1프라이머 세트; 서열번호 22로 표시되는 핵산서열로 구성되는 포워드 프라이머 및 서열번호 23으로 표시되는 핵산서열로 구성되는 리버스 프라이머를 포함하는 제2프라이머 세트; 및 서열번호 24로 표시되는 핵산서열로 구성되는 포워드 프라이머 및 서열번호 25로 표시되는 핵산서열로 구성되는 리버스 프라이머를 포함하는 제3프라이머 세트를 포함하는 긴꼬리도약옆새우 서식지 판정용 PCR 키트가 제공된다.
상기 키트는 상기 제1프라이머 세트, 상기 제2프라이머 세트 및 상기 제3프라이머 세트가 단일 반응용기에 포함된 멀리플렉스 PCR 키트일 수 있다.
본 발명의 또 다른 일 관점에 따르면, 상기 긴꼬리도약옆새우 서식지 판정용 PCR 키트로 긴꼬리도약옆새우로부터 분리된 총 DNA를 증폭하는 DNA 증폭 단계; 증폭된 DNA 단편을 전기영동하는 전기영동 단계; 및 상기 전기영동된 DNA 단편의 밴드 패턴을 분석하는 단계를 포함하는, 긴꼬리도약옆새우 서식지 판정 방법이 제공된다.
상기 방법에 있어서, 제1프라이머 세트에 의해 135 bp의 단일 밴드만 생성이 되고, 제2프라이머 세트에 의해 409 bp의 단일 밴드만 생성이 되며, 제3프라이머 세트에 의해 330 bp의 단일 밴드만 생성이 될 경우, 긴꼬리도약옆새우가 거제산이라고 판정하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.
이하, 실시예를 통하여 본 발명을 더 상세히 설명한다. 그러나 본 발명은 이하에서 개시되는 실시예에 한정되는 것이 아니라 서로 다른 다양한 형태로 구현될 수 있는 것으로, 이하의 실시예는 본 발명의 개시가 완전하도록 하며, 통상의 지식을 가진 자에게 발명의 범주를 완전하게 알려주기 위해 제공되는 것이다.
실시예 1: DNA 시료 및 프라이머의 준비
2015년 9월에서 10월에 거쳐 강원도 고성 화진포(48개체), 삼척 용화(22개체), 경상도 울진 후정(24개체), 영덕 장사포(24개체), 거제 구조라(40개체) 지역의 해안에서 긴꼬리도약옆새우를 채집하였고, 이들의 근육조직에서 게놈 DNA 추출 키트(Promega, USA)를 이용하여 총 게놈 DNA를 분리하였다.
긴꼬리도약옆새우의 유전적 다양성 분석과 개체식별에 효과적으로 사용될 수 있는 미세위성(microsatellite) 마커를 선별하기 위해, 추출된 긴꼬리도약옆새우 게놈 DNA로부터 라이브러리 농축 키트(Roche Applied Science)를 이용하여 미세위성 농축 라이브러리를 제작한 후 차세대 염기서열분석기법 기반의 454 파이로시퀀싱(Pyrosequencing) 기술을 이용하여 긴꼬리도약옆새우 게놈 염기서열을 분석하였다. 분석된 74,490개의 미세위성 서열을 포함하는 후보 마커(read)를 바탕으로 반복서열의 모티프가 2 bp, 3 bp, 4 bp(SSR, Simple Sequence Repeats)인 반복이 6회 이상 되는 62개의 미세위성 좌위를 포함한 후보군을 선별하였다. 이어, 프라이머 예측 소프트웨어(Primer3)를 이용하여 SSR 서열을 중심으로 양쪽 인접 서열의 영역을 대상으로 안정적인 증폭이 이뤄질 수 있도록 PCR 프라이머를 디자인했다. 프라이머의 길이는 18-24 nt 내외의 길이로 어닐링온도는 58-60℃, GC 비율은 30-60%로 제작하고, PCR 수행 후 생성된 단편의 길이가 100-450 bp 범위에 있도록 미세위성 마커 증폭용 프라이머를 결정하였다.
실시예 2: 미세위성 마커의 증폭
미세위성 마커의 증폭은 위한 PCR은 주형 DNA 1 ㎕(100 ng/㎕), 프라이머 2㎕, Taq DNA 중합효소 0.25 unit(Takara Biomedical, Japan), 10X 완충용액 1 ㎕, dNTP 1.2 ㎕의 조성에 증류수를 첨가하여 최종 혼합액 부피를 10 ㎕로 하였다. PCR 조건은 95℃에서 10분간 처리한 후 95℃에서 20초, 58℃에서 40초, 72℃에서 1분을 1 사이클로하여 35회 반복하고 72℃에서 3분간 최종 신장시켜 종료하였다. PCR 산물은 아가로스 겔 전기영동법으로 1% 아가로스 겔에 100 bp 사이즈 마커와 동시에 로딩하여 증폭여부와 단편의 크기를 확인하였다.
긴꼬리도약옆새우로부터 SSR 서열을 중심으로 양쪽 인접 서열의 영역을 대상으로 안정적인 증폭이 이뤄질 수 있도록 프라이머를 디자인하고 증폭 여부 및 증폭 산물의 사이즈를 확인하여 최종적으로 한 개 이상의 대립형질을 나타낸 13개 미세위성 마커를 선별하였다.
그런 다음, 상기 선별된 13개의 미세위성 마커에 대해 거제 지역 40개 샘플과 고성 지역 48개 샘플을 대상으로 유전자형을 분석한 결과 3개의 마커(mabikTl-01, mabikTl-04, mabikTl-09)에서 거제 지역 40개체에서 모두 동일한 단일 동형접합 대립유전자가 검출되는 것을 확인하였다. 이를 통해 3개의 마커를 거제 특이적 미세위성 마커로 최종 선별하였다. 선별된 마커의 특성분석을 프라이머 염기서열, 반복서열의 구조(Repeat motif), PCR 산물의 크기(S), 샘플 수 (N), 검출되는 대립유전자의 수(NA), 다양성 정보량(PIC)을 하기 표 1에 요약하였다.
| 좌위 | 프라이머서열(서열번호) | 반복 모티프 |
증폭산물 길이 (bp) |
시료수 (분석개체수) |
대립유 전자 수 |
PIC |
| mabikTl-01 | F: GAAAGCCAGATGTACGCACG fam (20) | (CTT)2-15 | 135-174 | 158 (158) | 7 | 0.397 |
| R: ACTCATTGCCGAAGCTCCAA (21) | ||||||
| mabikTl-04 | F: GCCTTGGGTGTCTAGTCAGG vic (22) | (AAAC)3-9 | 405-429 | 158 (146) | 7 | 0.594 |
| R: AGAAAGAAGTTCGCTGCCGA (23) | ||||||
| mabikTl-09 | F: GAAGGCGGTTGAGGTCTGAT ned (24) | (ACT)10-14 | 327-339 | 158 (136) | 5 | 0.365 |
| R: CAACCACCGCTTTCATTCCC (25) |
실시예
3: 미세위성
마커의
검증
이어 본 발명자들은 상기 실시예 2의 결과로부터 본 발명의 상기 미세위성 마커가 긴꼬리도약옆새우(Trinorchestia longiramus) 서식지 식별 마커로 사용될 수 있는 지 확인하기 위해 거제지역 및 고성지역 외에 울진, 삼척, 고성 지역에서 채집한 총 70개 시료에 대하여 확장하여 분석을 수행하였다.
구체적으로, 서식지별로 채집된 긴꼬리도약옆새우(Trinorchestia longiramus) 게놈 DNA를 주형으로 하여 상기 표 1에 기재된 미세위성 마커 mabikTl-01, mabikTl-04 및 mabikTl-09 증폭용 프라이머쌍의 포워드 프라이머에 각각 6-FAM, VIC 및 NED의 형광물질을 표지한 후, 상기 실시예 1에서 사용한 조건대로 PCR 증폭하고 증폭된 DNA 단편의 염기서열 사이즈를 자동염기서열분석기(ABI 3130, Applied Biosystems, 미국)와 진맵퍼(GENEMAPPER v4.1) 프로그램으로 확인하여 유전자형을 결정하였다. 거제집단에 대해 동일한 단일 동형접합 대립유전자를 나타내는 3개 미세위성 마커(mabikTl-01, mabikTl-04 및 mabikTl-09)에 대해 거제 및 영덕, 울진, 고성과 삼척의 5개 지역별 시료별 유전자형분석 결과는 하기 표 2 내지 6 및 도 4 내지 8에 나타냈고, 유전자 다양성 분석 결과는 표 7에 나타냈다.
| 마커 시료 |
mabikTl-01 | mabikTl-04 | mabikTl-09 |
| 거제-01 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-02 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-03 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-04 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-05 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-06 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-07 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-08 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-09 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-11 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-12 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-15 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-16 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-17 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-18 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-19 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-20 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-22 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-24 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-25 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-26 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-27 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-28 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-29 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-31 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-33 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-34 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-35 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-36 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-37 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-38 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-39 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-40 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-41 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-42 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-44 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-45 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-46 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-47 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 거제-48 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 마커 시료 |
mabikTl-01 | mabikTl-04 | mabikTl-09 |
| 고성-01 | 159-162 | 409-409 | 330-336 |
| 고성-02 | 135-135 | 409-429 | 327-330 |
| 고성-03 | 135-159 | 425-425 | 330-333 |
| 고성-04 | 135-135 | 409-409 | 330-336 |
| 고성-05 | 135-153 | 421-421 | 330-330 |
| 고성-06 | 153-159 | 409-409 | 330-330 |
| 고성-07 | 135-153 | 409-409 | 330-330 |
| 고성-08 | 135-159 | 421-421 | 330-336 |
| 고성-09 | 135-159 | 417-417 | 330-336 |
| 고성-10 | 135-159 | 409-409 | 330-336 |
| 고성-11 | 135-159 | 0-0 | 330-330 |
| 고성-12 | 135-159 | 421-421 | 330-330 |
| 고성-13 | 135-135 | 405-409 | 330-336 |
| 고성-14 | 135-159 | 0-0 | 330-330 |
| 고성-15 | 135-162 | 409-409 | 330-339 |
| 고성-16 | 135-159 | 421-421 | 327-330 |
| 고성-17 | 135-159 | 409-425 | 327-327 |
| 고성-18 | 159-159 | 421-421 | 330-330 |
| 고성-19 | 159-159 | 409-409 | 330-330 |
| 고성-20 | 135-156 | 425-429 | 330-330 |
| 고성-21 | 135-159 | 417-425 | 330-339 |
| 고성-22 | 135-159 | 409-417 | 327-330 |
| 고성-23 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 고성-24 | 135-135 | 409-409 | 330-339 |
| 고성-25 | 135-135 | 413-413 | 327-327 |
| 고성-26 | 135-159 | 409-425 | 330-330 |
| 고성-27 | 159-159 | 409-409 | 330-336 |
| 고성-28 | 159-168 | 409-421 | 330-330 |
| 고성-29 | 135-159 | 409-425 | 330-336 |
| 고성-30 | 135-153 | 409-417 | 327-330 |
| 고성-31 | 135-135 | 421-425 | 330-330 |
| 고성-32 | 135-135 | 421-421 | 327-336 |
| 고성-33 | 159-159 | 409-409 | 327-330 |
| 고성-34 | 159-159 | 421-421 | 327-330 |
| 고성-35 | 135-159 | 409-409 | 330-330 |
| 고성-36 | 135-159 | 425-425 | 327-330 |
| 고성-37 | 135-159 | 409-425 | 330-336 |
| 고성-38 | 135-135 | 421-429 | 330-330 |
| 고성-39 | 135-162 | 409-425 | 330-330 |
| 고성-40 | 159-159 | 409-409 | 330-330 |
| 고성-41 | 135-135 | 429-429 | 330-330 |
| 고성-42 | 159-162 | 417-417 | 330-333 |
| 고성-43 | 159-162 | 417-417 | 330-333 |
| 고성-44 | 135-159 | 421-421 | 327-336 |
| 고성-45 | 159-159 | 409-409 | 330-339 |
| 고성-46 | 135-162 | 409-409 | 336-336 |
| 고성-47 | 159-159 | 409-425 | 0-0 |
| 고성-48 | 159-162 | 409-409 | 330-339 |
| 마커 시료 |
mabikTl-01 | mabikTl-04 | mabikTl-09 |
| 영덕-01 | 135-135 | 409-413 | 330-336 |
| 영덕-02 | 159-159 | 417-417 | 330-333 |
| 영덕-03 | 135-156 | 421-421 | 330-336 |
| 영덕-04 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 영덕-05 | 135-135 | 417-421 | 330-336 |
| 영덕-06 | 135-159 | 417-417 | 330-330 |
| 영덕-07 | 159-159 | 421-421 | 330-330 |
| 영덕-08 | 135-135 | 0-0 | 336-336 |
| 영덕-09 | 135-159 | 421-421 | 330-330 |
| 영덕-10 | 135-135 | 421-421 | 330-336 |
| 영덕-11 | 135-153 | 409-409 | 330-330 |
| 영덕-12 | 135-159 | 0-0 | 330-336 |
| 영덕-13 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 영덕-14 | 135-159 | 421-421 | 330-333 |
| 영덕-15 | 135-174 | 409-409 | 330-330 |
| 영덕-16 | 135-135 | 409-421 | 330-336 |
| 영덕-17 | 135-135 | 409-409 | 330-333 |
| 영덕-18 | 135-159 | 0-0 | 330-336 |
| 영덕-19 | 135-159 | 409-409 | 336-336 |
| 영덕-20 | 159-159 | 409-421 | 330-330 |
| 영덕-21 | 135-159 | 409-425 | 330-339 |
| 영덕-22 | 159-159 | 425-425 | 330-330 |
| 영덕-23 | 159-159 | 409-425 | 330-330 |
| 영덕-24 | 135-159 | 409-409 | 330-336 |
| 마커 시료 |
mabikTl-01 | mabikTl-04 | mabikTl-09 |
| 울진-01 | 135-159 | 417-417 | 330-330 |
| 울진-02 | 135-159 | 0-0 | 0-0 |
| 울진-03 | 135-135 | 421-421 | 0-0 |
| 울진-04 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 울진-05 | 135-135 | 0-0 | 0-0 |
| 울진-06 | 135-159 | 417-417 | 0-0 |
| 울진-07 | 135-135 | 409-409 | 330-330 |
| 울진-08 | 135-135 | 409-409 | 327-330 |
| 울진-09 | 135-135 | 409-425 | 330-330 |
| 울진-10 | 135-159 | 409-421 | 0-0 |
| 울진-11 | 135-159 | 417-417 | 0-0 |
| 울진-12 | 135-159 | 421-421 | 330-330 |
| 울진-13 | 135-135 | 425-425 | 0-0 |
| 울진-14 | 135-135 | 0-0 | 0-0 |
| 울진-15 | 135-135 | 0-0 | 0-0 |
| 울진-16 | 135-135 | 0-0 | 0-0 |
| 울진-17 | 135-159 | 409-425 | 330-339 |
| 울진-18 | 135-135 | 417-417 | 330-330 |
| 울진-19 | 135-159 | 417-421 | 0-0 |
| 울진-20 | 135-135 | 0-0 | 0-0 |
| 울진-21 | 135-159 | 0-0 | 0-0 |
| 울진-22 | 159-159 | 417-425 | 0-0 |
| 울진-23 | 135-135 | 409-417 | 0-0 |
| 울진-24 | 135-159 | 421-425 | 0-0 |
| 마커 시료 |
mabikTl-01 | mabikTl-04 | mabikTl-09 |
| 삼척-01 | 159-162 | 417-421 | 330-330 |
| 삼척-02 | 159-159 | 417-417 | 330-330 |
| 삼척-03 | 135-159 | 421-421 | 330-330 |
| 삼척-04 | 135-135 | 417-421 | 330-330 |
| 삼척-05 | 135-159 | 409-413 | 330-336 |
| 삼척-06 | 135-159 | 409-421 | 327-339 |
| 삼척-07 | 135-135 | 421-421 | 0-0 |
| 삼척-08 | 135-135 | 413-413 | 330-330 |
| 삼척-09 | 135-159 | 421-421 | 330-330 |
| 삼척-10 | 135-159 | 417-421 | 0-0 |
| 삼척-11 | 135-159 | 421-425 | 330-330 |
| 삼척-12 | 135-135 | 409-417 | 330-336 |
| 삼척-13 | 135-159 | 409-421 | 330-330 |
| 삼척-14 | 135-135 | 417-417 | 0-0 |
| 삼척-15 | 135-135 | 409-425 | 336-336 |
| 삼척-16 | 159-159 | 409-417 | 330-330 |
| 삼척-17 | 135-135 | 417-417 | 336-339 |
| 삼척-18 | 135-159 | 409-413 | 330-330 |
| 삼척-19 | 135-135 | 409-421 | 330-339 |
| 삼척-20 | 135-159 | 409-409 | 0-0 |
| 삼척-21 | 135-135 | 417-421 | 0-0 |
| 삼척-22 | 135-135 | 421-421 | 330-336 |
| 짐단 (개체수) | 미세위성 자위 | 평균값 | ||
| mabikTl-01 | mabikTl-04 | mabikTl-09 | ||
| 거제 (40) | ||||
| N A | 1 | 1 | 1 | 1 |
| S (bp) | 135-135 | 409-409 | 330-330 | |
| PIC | 0.000 | 0.000 | 0.000 | 0 |
| H O | 0.000 | 0.000 | 0.000 | 0 |
| 고성 (48) | ||||
| N A | 6 | 7 | 5 | 6 |
| S (bp) | 135-168 | 405-429 | 327-339 | |
| PIC | 0.543 | 0.669 | 0.515 | 0.580 |
| H O | 0.625 | 0.326 | 0.553 | 0.501 |
| 영덕 (24) | ||||
| N A | 5 | 5 | 4 | 4.7 |
| S (bp) | 135-174 | 409-425 | 330-339 | |
| PIC | 0.451 | 0.622 | 0.429 | 0.501 |
| H O | 0.458 | 0.286 | 0.500 | 0.415 |
| 울진 (24) | ||||
| N A | 2 | 4 | 3 | 3 |
| S (bp) | 135-159 | 409-425 | 327-339 | |
| PIC | 0.305 | 0.686 | 0.215 | 0.402 |
| H O | 0.417 | 0.412 | 0.250 | 0.360 |
| 삼척 (22) | ||||
| N A | 3 | 5 | 4 | 4 |
| S (bp) | 135-162 | 409-425 | 327-339 | |
| PIC | 0.375 | 0.685 | 0.422 | 0.494 |
| H O | 0.455 | 0.591 | 0.353 | 0.466 |
Na: 대립유전자수, S: 대립유전자 크기 범위, Ho: 관측이형접합체률, PIC: 다양성정보량(polymorphic information content).
분석에 사용된 시료의 수(No)는 표 7에 도시된 바와 같이, 고성 지역의 경우 48 개체, 거제 지역의 경우 40개체, 영덕 및 울진 지역은 24개체, 삼척 지역은 22개체로 고성 및 거제 집단이 가장 많았다.
마커별로 검출된 대립유전자 종류의 수(N A )는 평균 6개로 고성이 가장 많았고 영덕 4.7개, 삼척 4개, 울진 3개, 거제 1개 순으로 나타났다. 마커의 다양성 정보 함량을 나타내는 PIC(polymorphic information contents)와 관측이형접합(Ho)도 각 0.580과 0.501로 고성이 가장 높게 나타났으며, 이는 분석에 사용된 개체수가 가장 높기 때문 인 것으로 사료된다. 한편 거제 집단에서는 3개의 미세위성 마커 모두에서 단 한 개의 동형접합 대립유전자만 검출되었으며, 이에 따라 PIC 및 관측이형접합도는 0으로 측정 되었다.
일반적으로 PIC 값이 0.5 이상인 경우를 다형성 마커라고 판단하고 이를 선별해서 개체 식별 또는 분류 마커로 개발하여 사용을 하는데, 본 발명에서는 고성 집단에서 높은 다형성을 나타내는 마커가 거제 집단에서는 개체수가 충분히 많음에도 불구하고 단일 대립유전자만을 나타내었다. 이를 통해 3개의 미세위성 마커는 거제 특이적인 마커라고 판단하였다. 그래서 거제와 지리적으로 가까운 집단에서도 이러한 경향성을 띄는지 확인하고자 거제 지역에서 가까운 순으로 선별하여 영덕, 울진, 삼척 지역의 시료를 대상으로 유전자형을 분석한 결과 거제를 제외한 다른 집단에서는 고성과 비슷하거나 조금 낮은 수준의 PIC 및 다형성을 나타내었다(표 8).
한편, 거제 서식지 식별 미세위성 마커에 대한 집단별 유전자형 분포를 도 4에 도시화하였다. 거제 집단은 3개 마커에서 각 135 bp, 409 bp, 330 bp 사이즈의 단일 동형접합 대립유전자형을 나타내지만 고성, 영덕, 울진, 삼척에서는 각각 도 5 내지 8에서 도시된 바와 같이, 3~7개의 종류로 다양한 대립유전자가 동협접합 또는 이형접합의 형태로 나타났다.
또한, 표 8에서 나타난 바와 같이, 거제 서식지 식별 단일 동형접합 대립유전자의 검출 빈도를 집단별로 측정한 결과 지리적으로 가장 거리가 먼 고성 집단이 평균 0.313으로 가장 낮게 나타났고, 모든 집단에서 0.5 이하로 나타났다.
| 마커 집단 |
mabikTl-01 | mabikTl-04 | mabikTl-09 | 평균 |
| 거제 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
| 고성 | 0.208 | 0.348 | 0.383 | 0.313 |
| 영덕 | 0.333 | 0.333 | 0.417 | 0.361 |
| 울진 | 0.542 | 0.176 | 0.750 | 0.489 |
| 삼척 | 0.455 | 0.045 | 0.588 | 0.363 |
이를 통해 본 발명에서 본 발명의 일 실시예에 따른 3개의 미세위성 마커를 이용하여 거제 지역 긴꼬리도약옆새우를 정확히 동정할 수 있는 서식지 식별 마커로의 활용이 가능할 것으로 사료된다.
본 발명은 상술한 실시예를 참고로 설명되었으나 이는 예시적인 것에 불과하며, 당해 기술분야에서 통상의 지식을 가진 자라면 이로부터 다양한 변형 및 균등한 다른 실시예가 가능하다는 점을 이해할 것이다. 따라서 본 발명의 진정한 기술적 보호 범위는 첨부된 특허청구범위의 기술적 사상에 의하여 정해져야 할 것이다.
<110> National Marine Biodiversity Institute ok Korea
<120> Microsatellite markers for discriminating habitat of the Korean
sandhopper, Trinorchestia longiramus and a method using the same
<130> PD16-5432
<160> 25
<170> KoPatentIn 3.0
<210> 1
<211> 681
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> mabikTl-01 (CTT)2 allele
<400> 1
tacgttaccg atgatttctt ctggtgttgg aacgagtgtg aactttccct caataattgc 60
tgctgtcgtt atagtaacct ttgttaaatt tgaaagtgaa ataaaataat aatttagtgc 120
aaattgaggt attgggtgaa tttgactcct gtcctctaat acgcttggat ccccctgtcg 180
cttgaaacta cgttattcat gtctatgtgc tatctttaaa ttcagctcct taatgataga 240
tgtgaaatat catcatttat ctacactgtt gtacattcgt ggatttcctg gtcttaatcc 300
tttccagtgt ggtgatacat atttcatacc tccgaagagg tcatgtttaa tgcttggtgg 360
tacagaaagc ataccacttt ttaaaattaa gttcctgtgc tactcagctg ctcaaaattt 420
gtaacaccac cataaatgtc aaggactatc actatgaatc tataaatttt ttggagcang 480
ttatacattt attttcatca aaagcataag cctgaaaaga tttaagtaat gtctttcatt 540
tgaaagccag atgtacgcac gcatgaagtg tgttgtaagt aacttagaat atcggacggt 600
gttgtcttca cagcgtctgc agccgtcact cttcttctct tcttgtttca cttttattgg 660
agcttcggca atgagtccat g 681
<210> 2
<211> 696
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> mabikTl-01 (CTT)7 allele
<400> 2
tacgttaccg atgatttctt ctggtgttgg aacgagtgtg aactttccct caataattgc 60
tgctgtcgtt atagtaacct ttgttaaatt tgaaagtgaa ataaaataat aatttagtgc 120
aaattgaggt attgggtgaa tttgactcct gtcctctaat acgcttggat ccccctgtcg 180
cttgaaacta cgttattcat gtctatgtgc tatctttaaa ttcagctcct taatgataga 240
tgtgaaatat catcatttat ctacactgtt gtacattcgt ggatttcctg gtcttaatcc 300
tttccagtgt ggtgatacat atttcatacc tccgaagagg tcatgtttaa tgcttggtgg 360
tacagaaagc ataccacttt ttaaaattaa gttcctgtgc tactcagctg ctcaaaattt 420
gtaacaccac cataaatgtc aaggactatc actatgaatc tataaatttt ttggagcang 480
ttatacattt attttcatca aaagcataag cctgaaaaga tttaagtaat gtctttcatt 540
tgaaagccag atgtacgcac gcatgaagtg tgttgtaagt aacttagaat atcggacggt 600
gttgtcttca cagcgtctgc agccgtcact cttcttcttc ttcttcttct tctcttcttg 660
tttcactttt attggagctt cggcaatgag tccatg 696
<210> 3
<211> 699
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> mabikTl-01 (CTT)8 allele
<400> 3
tacgttaccg atgatttctt ctggtgttgg aacgagtgtg aactttccct caataattgc 60
tgctgtcgtt atagtaacct ttgttaaatt tgaaagtgaa ataaaataat aatttagtgc 120
aaattgaggt attgggtgaa tttgactcct gtcctctaat acgcttggat ccccctgtcg 180
cttgaaacta cgttattcat gtctatgtgc tatctttaaa ttcagctcct taatgataga 240
tgtgaaatat catcatttat ctacactgtt gtacattcgt ggatttcctg gtcttaatcc 300
tttccagtgt ggtgatacat atttcatacc tccgaagagg tcatgtttaa tgcttggtgg 360
tacagaaagc ataccacttt ttaaaattaa gttcctgtgc tactcagctg ctcaaaattt 420
gtaacaccac cataaatgtc aaggactatc actatgaatc tataaatttt ttggagcang 480
ttatacattt attttcatca aaagcataag cctgaaaaga tttaagtaat gtctttcatt 540
tgaaagccag atgtacgcac gcatgaagtg tgttgtaagt aacttagaat atcggacggt 600
gttgtcttca cagcgtctgc agccgtcact cttcttcttc ttcttcttct tcttctcttc 660
ttgtttcact tttattggag cttcggcaat gagtccatg 699
<210> 4
<211> 702
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> mabikTl-01 (CTT)9 allele
<400> 4
tacgttaccg atgatttctt ctggtgttgg aacgagtgtg aactttccct caataattgc 60
tgctgtcgtt atagtaacct ttgttaaatt tgaaagtgaa ataaaataat aatttagtgc 120
aaattgaggt attgggtgaa tttgactcct gtcctctaat acgcttggat ccccctgtcg 180
cttgaaacta cgttattcat gtctatgtgc tatctttaaa ttcagctcct taatgataga 240
tgtgaaatat catcatttat ctacactgtt gtacattcgt ggatttcctg gtcttaatcc 300
tttccagtgt ggtgatacat atttcatacc tccgaagagg tcatgtttaa tgcttggtgg 360
tacagaaagc ataccacttt ttaaaattaa gttcctgtgc tactcagctg ctcaaaattt 420
gtaacaccac cataaatgtc aaggactatc actatgaatc tataaatttt ttggagcang 480
ttatacattt attttcatca aaagcataag cctgaaaaga tttaagtaat gtctttcatt 540
tgaaagccag atgtacgcac gcatgaagtg tgttgtaagt aacttagaat atcggacggt 600
gttgtcttca cagcgtctgc agccgtcact cttcttcttc ttcttcttct tcttcttctc 660
ttcttgtttc acttttattg gagcttcggc aatgagtcca tg 702
<210> 5
<211> 708
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> mabikTl-01 (CTT)11 allele
<400> 5
tacgttaccg atgatttctt ctggtgttgg aacgagtgtg aactttccct caataattgc 60
tgctgtcgtt atagtaacct ttgttaaatt tgaaagtgaa ataaaataat aatttagtgc 120
aaattgaggt attgggtgaa tttgactcct gtcctctaat acgcttggat ccccctgtcg 180
cttgaaacta cgttattcat gtctatgtgc tatctttaaa ttcagctcct taatgataga 240
tgtgaaatat catcatttat ctacactgtt gtacattcgt ggatttcctg gtcttaatcc 300
tttccagtgt ggtgatacat atttcatacc tccgaagagg tcatgtttaa tgcttggtgg 360
tacagaaagc ataccacttt ttaaaattaa gttcctgtgc tactcagctg ctcaaaattt 420
gtaacaccac cataaatgtc aaggactatc actatgaatc tataaatttt ttggagcang 480
ttatacattt attttcatca aaagcataag cctgaaaaga tttaagtaat gtctttcatt 540
tgaaagccag atgtacgcac gcatgaagtg tgttgtaagt aacttagaat atcggacggt 600
gttgtcttca cagcgtctgc agccgtcact cttcttcttc ttcttcttct tcttcttctt 660
cttctcttct tgtttcactt ttattggagc ttcggcaatg agtccatg 708
<210> 6
<211> 714
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> mabikTl-01 (CTT)13 allele
<400> 6
tacgttaccg atgatttctt ctggtgttgg aacgagtgtg aactttccct caataattgc 60
tgctgtcgtt atagtaacct ttgttaaatt tgaaagtgaa ataaaataat aatttagtgc 120
aaattgaggt attgggtgaa tttgactcct gtcctctaat acgcttggat ccccctgtcg 180
cttgaaacta cgttattcat gtctatgtgc tatctttaaa ttcagctcct taatgataga 240
tgtgaaatat catcatttat ctacactgtt gtacattcgt ggatttcctg gtcttaatcc 300
tttccagtgt ggtgatacat atttcatacc tccgaagagg tcatgtttaa tgcttggtgg 360
tacagaaagc ataccacttt ttaaaattaa gttcctgtgc tactcagctg ctcaaaattt 420
gtaacaccac cataaatgtc aaggactatc actatgaatc tataaatttt ttggagcang 480
ttatacattt attttcatca aaagcataag cctgaaaaga tttaagtaat gtctttcatt 540
tgaaagccag atgtacgcac gcatgaagtg tgttgtaagt aacttagaat atcggacggt 600
gttgtcttca cagcgtctgc agccgtcact cttcttcttc ttcttcttct tcttcttctt 660
cttcttcttc tcttcttgtt tcacttttat tggagcttcg gcaatgagtc catg 714
<210> 7
<211> 720
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> mabikTl-01 (CTT)15 allele
<400> 7
tacgttaccg atgatttctt ctggtgttgg aacgagtgtg aactttccct caataattgc 60
tgctgtcgtt atagtaacct ttgttaaatt tgaaagtgaa ataaaataat aatttagtgc 120
aaattgaggt attgggtgaa tttgactcct gtcctctaat acgcttggat ccccctgtcg 180
cttgaaacta cgttattcat gtctatgtgc tatctttaaa ttcagctcct taatgataga 240
tgtgaaatat catcatttat ctacactgtt gtacattcgt ggatttcctg gtcttaatcc 300
tttccagtgt ggtgatacat atttcatacc tccgaagagg tcatgtttaa tgcttggtgg 360
tacagaaagc ataccacttt ttaaaattaa gttcctgtgc tactcagctg ctcaaaattt 420
gtaacaccac cataaatgtc aaggactatc actatgaatc tataaatttt ttggagcang 480
ttatacattt attttcatca aaagcataag cctgaaaaga tttaagtaat gtctttcatt 540
tgaaagccag atgtacgcac gcatgaagtg tgttgtaagt aacttagaat atcggacggt 600
gttgtcttca cagcgtctgc agccgtcact cttcttcttc ttcttcttct tcttcttctt 660
cttcttcttc ttcttctctt cttgtttcac ttttattgga gcttcggcaa tgagtccatg 720
720
<210> 8
<211> 857
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> mabikTl-04 (AAAC)3 allele
<400> 8
ataaggatcc gtctctcctt gtgtggtgtt tggacgctga tgatatcgct gcaccatggc 60
cctgccttgg gtgtctagtc aggaacatgg acgtccattt catatctatg tcgcatctgt 120
tgaagccgtt gtttctttct tgttacatta cgatttacct acttttaatg ttttgcagag 180
tatatagatg taggtatata cctcggctat tttagttgaa gttaccttat ttattgattt 240
ataaaaaaaa cctttaacat ttttataagt aaggagtccc tgtaaaaagt ttcacgattt 300
gtaaaaacaa atccttgacg ggttccttag tccaatctca atcagcacca aacaaacaaa 360
ctcaaaaacc acctaatgag acacacgagt ttttttcgct tttgctgtcc cttttatttt 420
cacttttttt cgtttttttg tggtacactc ggcagcgaac ttctttcttt tagcttcttt 480
ctgattagca ccgaccacca tcaccttgat ttatgcccga ttatttctgt aggacataac 540
gtttgatagc ccctgatgaa tgttatacat aaattgtatg tagtctcgaa ttacgttcgg 600
tactgcgtat acaatttcgg acctccttgc taattaacat ctctatggaa agcgatgttc 660
ttcagagaac actcgagttg ctacgaattt aaaaacattt accgtaaaag tccgtcttga 720
gttttaatat ttggctcgga ttctctttat ttatccttcc tcatgtcgag gaggcacgtc 780
atttgttttt tcaggattat tggggtcttt ctcctcattt caggctatta ggtgctgtag 840
tgatcttgca ttagtta 857
<210> 9
<211> 861
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> mabikTl-04 (AAAC)4 allele
<400> 9
ataaggatcc gtctctcctt gtgtggtgtt tggacgctga tgatatcgct gcaccatggc 60
cctgccttgg gtgtctagtc aggaacatgg acgtccattt catatctatg tcgcatctgt 120
tgaagccgtt gtttctttct tgttacatta cgatttacct acttttaatg ttttgcagag 180
tatatagatg taggtatata cctcggctat tttagttgaa gttaccttat ttattgattt 240
ataaaaaaaa cctttaacat ttttataagt aaggagtccc tgtaaaaagt ttcacgattt 300
gtaaaaacaa atccttgacg ggttccttag tccaatctca atcagcacca aacaaacaaa 360
caaactcaaa aaccacctaa tgagacacac gagttttttt cgcttttgct gtccctttta 420
ttttcacttt ttttcgtttt tttgtggtac actcggcagc gaacttcttt cttttagctt 480
ctttctgatt agcaccgacc accatcacct tgatttatgc ccgattattt ctgtaggaca 540
taacgtttga tagcccctga tgaatgttat acataaattg tatgtagtct cgaattacgt 600
tcggtactgc gtatacaatt tcggacctcc ttgctaatta acatctctat ggaaagcgat 660
gttcttcaga gaacactcga gttgctacga atttaaaaac atttaccgta aaagtccgtc 720
ttgagtttta atatttggct cggattctct ttatttatcc ttcctcatgt cgaggaggca 780
cgtcatttgt tttttcagga ttattggggt ctttctcctc atttcaggct attaggtgct 840
gtagtgatct tgcattagtt a 861
<210> 10
<211> 865
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> mabikTl-04 (AAAC)5 allele
<400> 10
ataaggatcc gtctctcctt gtgtggtgtt tggacgctga tgatatcgct gcaccatggc 60
cctgccttgg gtgtctagtc aggaacatgg acgtccattt catatctatg tcgcatctgt 120
tgaagccgtt gtttctttct tgttacatta cgatttacct acttttaatg ttttgcagag 180
tatatagatg taggtatata cctcggctat tttagttgaa gttaccttat ttattgattt 240
ataaaaaaaa cctttaacat ttttataagt aaggagtccc tgtaaaaagt ttcacgattt 300
gtaaaaacaa atccttgacg ggttccttag tccaatctca atcagcacca aacaaacaaa 360
caaacaaact caaaaaccac ctaatgagac acacgagttt ttttcgcttt tgctgtccct 420
tttattttca ctttttttcg tttttttgtg gtacactcgg cagcgaactt ctttctttta 480
gcttctttct gattagcacc gaccaccatc accttgattt atgcccgatt atttctgtag 540
gacataacgt ttgatagccc ctgatgaatg ttatacataa attgtatgta gtctcgaatt 600
acgttcggta ctgcgtatac aatttcggac ctccttgcta attaacatct ctatggaaag 660
cgatgttctt cagagaacac tcgagttgct acgaatttaa aaacatttac cgtaaaagtc 720
cgtcttgagt tttaatattt ggctcggatt ctctttattt atccttcctc atgtcgagga 780
ggcacgtcat ttgttttttc aggattattg gggtctttct cctcatttca ggctattagg 840
tgctgtagtg atcttgcatt agtta 865
<210> 11
<211> 869
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> mabikTl-04 (AAAC)6 allele
<400> 11
ataaggatcc gtctctcctt gtgtggtgtt tggacgctga tgatatcgct gcaccatggc 60
cctgccttgg gtgtctagtc aggaacatgg acgtccattt catatctatg tcgcatctgt 120
tgaagccgtt gtttctttct tgttacatta cgatttacct acttttaatg ttttgcagag 180
tatatagatg taggtatata cctcggctat tttagttgaa gttaccttat ttattgattt 240
ataaaaaaaa cctttaacat ttttataagt aaggagtccc tgtaaaaagt ttcacgattt 300
gtaaaaacaa atccttgacg ggttccttag tccaatctca atcagcacca aacaaacaaa 360
caaacaaaca aactcaaaaa ccacctaatg agacacacga gtttttttcg cttttgctgt 420
cccttttatt ttcacttttt ttcgtttttt tgtggtacac tcggcagcga acttctttct 480
tttagcttct ttctgattag caccgaccac catcaccttg atttatgccc gattatttct 540
gtaggacata acgtttgata gcccctgatg aatgttatac ataaattgta tgtagtctcg 600
aattacgttc ggtactgcgt atacaatttc ggacctcctt gctaattaac atctctatgg 660
aaagcgatgt tcttcagaga acactcgagt tgctacgaat ttaaaaacat ttaccgtaaa 720
agtccgtctt gagttttaat atttggctcg gattctcttt atttatcctt cctcatgtcg 780
aggaggcacg tcatttgttt tttcaggatt attggggtct ttctcctcat ttcaggctat 840
taggtgctgt agtgatcttg cattagtta 869
<210> 12
<211> 873
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> mabikTl-04 (AAAC)7 allele
<400> 12
ataaggatcc gtctctcctt gtgtggtgtt tggacgctga tgatatcgct gcaccatggc 60
cctgccttgg gtgtctagtc aggaacatgg acgtccattt catatctatg tcgcatctgt 120
tgaagccgtt gtttctttct tgttacatta cgatttacct acttttaatg ttttgcagag 180
tatatagatg taggtatata cctcggctat tttagttgaa gttaccttat ttattgattt 240
ataaaaaaaa cctttaacat ttttataagt aaggagtccc tgtaaaaagt ttcacgattt 300
gtaaaaacaa atccttgacg ggttccttag tccaatctca atcagcacca aacaaacaaa 360
caaacaaaca aacaaactca aaaaccacct aatgagacac acgagttttt ttcgcttttg 420
ctgtcccttt tattttcact ttttttcgtt tttttgtggt acactcggca gcgaacttct 480
ttcttttagc ttctttctga ttagcaccga ccaccatcac cttgatttat gcccgattat 540
ttctgtagga cataacgttt gatagcccct gatgaatgtt atacataaat tgtatgtagt 600
ctcgaattac gttcggtact gcgtatacaa tttcggacct ccttgctaat taacatctct 660
atggaaagcg atgttcttca gagaacactc gagttgctac gaatttaaaa acatttaccg 720
taaaagtccg tcttgagttt taatatttgg ctcggattct ctttatttat ccttcctcat 780
gtcgaggagg cacgtcattt gttttttcag gattattggg gtctttctcc tcatttcagg 840
ctattaggtg ctgtagtgat cttgcattag tta 873
<210> 13
<211> 877
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> mabikTl-04 (AAAC)8 allele
<400> 13
ataaggatcc gtctctcctt gtgtggtgtt tggacgctga tgatatcgct gcaccatggc 60
cctgccttgg gtgtctagtc aggaacatgg acgtccattt catatctatg tcgcatctgt 120
tgaagccgtt gtttctttct tgttacatta cgatttacct acttttaatg ttttgcagag 180
tatatagatg taggtatata cctcggctat tttagttgaa gttaccttat ttattgattt 240
ataaaaaaaa cctttaacat ttttataagt aaggagtccc tgtaaaaagt ttcacgattt 300
gtaaaaacaa atccttgacg ggttccttag tccaatctca atcagcacca aacaaacaaa 360
caaacaaaca aacaaacaaa ctcaaaaacc acctaatgag acacacgagt ttttttcgct 420
tttgctgtcc cttttatttt cacttttttt cgtttttttg tggtacactc ggcagcgaac 480
ttctttcttt tagcttcttt ctgattagca ccgaccacca tcaccttgat ttatgcccga 540
ttatttctgt aggacataac gtttgatagc ccctgatgaa tgttatacat aaattgtatg 600
tagtctcgaa ttacgttcgg tactgcgtat acaatttcgg acctccttgc taattaacat 660
ctctatggaa agcgatgttc ttcagagaac actcgagttg ctacgaattt aaaaacattt 720
accgtaaaag tccgtcttga gttttaatat ttggctcgga ttctctttat ttatccttcc 780
tcatgtcgag gaggcacgtc atttgttttt tcaggattat tggggtcttt ctcctcattt 840
caggctatta ggtgctgtag tgatcttgca ttagtta 877
<210> 14
<211> 881
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> mabikTl-04 (AAAC)9 allele
<400> 14
ataaggatcc gtctctcctt gtgtggtgtt tggacgctga tgatatcgct gcaccatggc 60
cctgccttgg gtgtctagtc aggaacatgg acgtccattt catatctatg tcgcatctgt 120
tgaagccgtt gtttctttct tgttacatta cgatttacct acttttaatg ttttgcagag 180
tatatagatg taggtatata cctcggctat tttagttgaa gttaccttat ttattgattt 240
ataaaaaaaa cctttaacat ttttataagt aaggagtccc tgtaaaaagt ttcacgattt 300
gtaaaaacaa atccttgacg ggttccttag tccaatctca atcagcacca aacaaacaaa 360
caaacaaaca aacaaacaaa caaactcaaa aaccacctaa tgagacacac gagttttttt 420
cgcttttgct gtccctttta ttttcacttt ttttcgtttt tttgtggtac actcggcagc 480
gaacttcttt cttttagctt ctttctgatt agcaccgacc accatcacct tgatttatgc 540
ccgattattt ctgtaggaca taacgtttga tagcccctga tgaatgttat acataaattg 600
tatgtagtct cgaattacgt tcggtactgc gtatacaatt tcggacctcc ttgctaatta 660
acatctctat ggaaagcgat gttcttcaga gaacactcga gttgctacga atttaaaaac 720
atttaccgta aaagtccgtc ttgagtttta atatttggct cggattctct ttatttatcc 780
ttcctcatgt cgaggaggca cgtcatttgt tttttcagga ttattggggt ctttctcctc 840
atttcaggct attaggtgct gtagtgatct tgcattagtt a 881
<210> 15
<211> 651
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> mabikTl-09 (ACT)10 allele
<400> 15
atgaggccgg actagcgctt tatagagcgg taataatatg ttatttgatt tgtattcaaa 60
gtttcgcgca atgaaaccaa gaatcctgct cgcatttttg acgctttttt ccacttgttt 120
gtcatgtttg agattttcag tgacaataac acctagatct ctttgttgct ggactgtttc 180
aatgggtatg tcatacatcg tgtgttggaa atgccggtta tttgcactaa catgcattac 240
tgaacatttc tcaatgttga agctcatttg ccaggtttca gtctattgta gaaggcggtt 300
gaggtctgat tggatagttg ctctgttcct ttcggtgaat gctctgtgac agatgttcgt 360
gtcataggcg aatttattga ttttactgat gattccgaca ccaagatcga gaacgcacat 420
atacctactt gtattactaa atgttcctac agtacctgct gcagtagtac atttactact 480
actactacta ctactactac tactgccaaa tgtttcatan aggcaaaatt atgggattat 540
cacccagtct ttgtgaaaga gctagtctaa agcgacactt ctggtgtttt gagcgagggg 600
aatgaaagcg gtggttgctc ctatgcagtg gtatgggcat aatggaaaaa a 651
<210> 16
<211> 654
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> mabikTl-09 (ACT)11 allele
<400> 16
atgaggccgg actagcgctt tatagagcgg taataatatg ttatttgatt tgtattcaaa 60
gtttcgcgca atgaaaccaa gaatcctgct cgcatttttg acgctttttt ccacttgttt 120
gtcatgtttg agattttcag tgacaataac acctagatct ctttgttgct ggactgtttc 180
aatgggtatg tcatacatcg tgtgttggaa atgccggtta tttgcactaa catgcattac 240
tgaacatttc tcaatgttga agctcatttg ccaggtttca gtctattgta gaaggcggtt 300
gaggtctgat tggatagttg ctctgttcct ttcggtgaat gctctgtgac agatgttcgt 360
gtcataggcg aatttattga ttttactgat gattccgaca ccaagatcga gaacgcacat 420
atacctactt gtattactaa atgttcctac agtacctgct gcagtagtac atttactact 480
actactacta ctactactac tactactgcc aaatgtttca tanaggcaaa attatgggat 540
tatcacccag tctttgtgaa agagctagtc taaagcgaca cttctggtgt tttgagcgag 600
gggaatgaaa gcggtggttg ctcctatgca gtggtatggg cataatggaa aaaa 654
<210> 17
<211> 657
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> mabikTl-09 (ACT)12 allele
<400> 17
atgaggccgg actagcgctt tatagagcgg taataatatg ttatttgatt tgtattcaaa 60
gtttcgcgca atgaaaccaa gaatcctgct cgcatttttg acgctttttt ccacttgttt 120
gtcatgtttg agattttcag tgacaataac acctagatct ctttgttgct ggactgtttc 180
aatgggtatg tcatacatcg tgtgttggaa atgccggtta tttgcactaa catgcattac 240
tgaacatttc tcaatgttga agctcatttg ccaggtttca gtctattgta gaaggcggtt 300
gaggtctgat tggatagttg ctctgttcct ttcggtgaat gctctgtgac agatgttcgt 360
gtcataggcg aatttattga ttttactgat gattccgaca ccaagatcga gaacgcacat 420
atacctactt gtattactaa atgttcctac agtacctgct gcagtagtac atttactact 480
actactacta ctactactac tactactact gccaaatgtt tcatanaggc aaaattatgg 540
gattatcacc cagtctttgt gaaagagcta gtctaaagcg acacttctgg tgttttgagc 600
gaggggaatg aaagcggtgg ttgctcctat gcagtggtat gggcataatg gaaaaaa 657
<210> 18
<211> 660
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> mabikTl-09 (ACT)13 allele
<400> 18
atgaggccgg actagcgctt tatagagcgg taataatatg ttatttgatt tgtattcaaa 60
gtttcgcgca atgaaaccaa gaatcctgct cgcatttttg acgctttttt ccacttgttt 120
gtcatgtttg agattttcag tgacaataac acctagatct ctttgttgct ggactgtttc 180
aatgggtatg tcatacatcg tgtgttggaa atgccggtta tttgcactaa catgcattac 240
tgaacatttc tcaatgttga agctcatttg ccaggtttca gtctattgta gaaggcggtt 300
gaggtctgat tggatagttg ctctgttcct ttcggtgaat gctctgtgac agatgttcgt 360
gtcataggcg aatttattga ttttactgat gattccgaca ccaagatcga gaacgcacat 420
atacctactt gtattactaa atgttcctac agtacctgct gcagtagtac atttactact 480
actactacta ctactactac tactactact actgccaaat gtttcatana ggcaaaatta 540
tgggattatc acccagtctt tgtgaaagag ctagtctaaa gcgacacttc tggtgttttg 600
agcgagggga atgaaagcgg tggttgctcc tatgcagtgg tatgggcata atggaaaaaa 660
660
<210> 19
<211> 663
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> mabikTl-09 (ACT)14 allele
<400> 19
atgaggccgg actagcgctt tatagagcgg taataatatg ttatttgatt tgtattcaaa 60
gtttcgcgca atgaaaccaa gaatcctgct cgcatttttg acgctttttt ccacttgttt 120
gtcatgtttg agattttcag tgacaataac acctagatct ctttgttgct ggactgtttc 180
aatgggtatg tcatacatcg tgtgttggaa atgccggtta tttgcactaa catgcattac 240
tgaacatttc tcaatgttga agctcatttg ccaggtttca gtctattgta gaaggcggtt 300
gaggtctgat tggatagttg ctctgttcct ttcggtgaat gctctgtgac agatgttcgt 360
gtcataggcg aatttattga ttttactgat gattccgaca ccaagatcga gaacgcacat 420
atacctactt gtattactaa atgttcctac agtacctgct gcagtagtac atttactact 480
actactacta ctactactac tactactact actactgcca aatgtttcat anaggcaaaa 540
ttatgggatt atcacccagt ctttgtgaaa gagctagtct aaagcgacac ttctggtgtt 600
ttgagcgagg ggaatgaaag cggtggttgc tcctatgcag tggtatgggc ataatggaaa 660
aaa 663
<210> 20
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> mabikTl-01 forward
<400> 20
gaaagccaga tgtacgcacg 20
<210> 21
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> mabikTl-01 reverse
<400> 21
actcattgcc gaagctccaa 20
<210> 22
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> mabikTl-04 forward
<400> 22
gccttgggtg tctagtcagg 20
<210> 23
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> mabikTl-04 reverse
<400> 23
agaaagaagt tcgctgccga 20
<210> 24
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> mabikTl-09 forward
<400> 24
gaaggcggtt gaggtctgat 20
<210> 25
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> mabikTl-09 reverse
<400> 25
caaccaccgc tttcattccc 20
Claims (12)
- 하기의 폴리뉴클레오티드를 각각 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 쌍들을 포함하는 긴꼬리도약옆새우의 거제지역 서식여부 판정용 키트:
서열번호 1 내지 7로 구성되는 군으로부터 선택되는 어느 하나의 폴리뉴클레오티드 내에서 선택되며 연속되는 (CTT)2-15 염기서열을 포함하는 50 내지 500 nt로 구성되는 폴리뉴클레오티드;
서열번호 8 내지 14으로 구성되는 군으로부터 선택되는 어느 하나의 폴리뉴클레오티드 내에서 선택되며 연속되는 (AAAC)3-9 염기서열을 포함하는 50 내지 500 nt로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 및
서열번호 15 내지 19로 구성되는 군으로부터 선택되는 어느 하나의 폴리뉴클레오티드 내에서 선택되며 연속되는 (ACT)10-14 염기서열을 포함하는 50 내지 500 nt로 구성되는 폴리뉴클레오티드. - 삭제
- 제1항에 있어서,
상기 프라이머쌍은 상기 폴리뉴클레오티드의 핵산서열 내에서 선택되는 연속되는 15 내지 50 nt의 핵산분자로 구성되는 포워드 프라이머 및 상기 폴리뉴클레오티드의 상보서열 내에서 선택되는 연속되는 15 내지 50 nt의 핵산분자로 구성되는 리버스 프라이머로 구성되는, 키트. - 제1항에 있어서,
서열번호 20으로 표시되는 핵산서열로 구성되는 포워드 프라이머 및 서열번호 21로 표시되는 핵산서열로 구성되는 리버스 프라이머를 포함하는 제1프라이머 세트;
서열번호 22로 표시되는 핵산서열로 구성되는 포워드 프라이머 및 서열번호 23으로 표시되는 핵산서열로 구성되는 리버스 프라이머를 포함하는 제2프라이머 세트; 및
서열번호 24로 표시되는 핵산서열로 구성되는 포워드 프라이머 및 서열번호 25로 표시되는 핵산서열로 구성되는 리버스 프라이머를 포함하는 제3프라이머 세트를 포함하는, 키트. - 긴꼬리도약옆새우로부터 총 DNA를 추출하는 총 DNA 추출단계;
상기 추출된 총 DNA를 주형으로 제1항의 키트로 제1항에 기재된 폴리뉴클레오티드를 증폭하는 증폭단계; 및
상기 폴리뉴클레오티드의 유전자형을 확인하는 단계를 포함하는, 긴꼬리도약옆새우의 거제지역 서식여부 판정방법. - 제5항에 있어서,
상기 프라이머쌍은 상기 폴리뉴클레오티드의 핵산서열 내에서 선택되는 연속되는 15 내지 50 nt의 핵산분자로 구성되는 포워드 프라이머 및 상기 폴리뉴클레오티드의 상보서열 내에서 선택되는 연속되는 15 내지 50 nt의 핵산분자로 구성되는 리버스 프라이머로 구성되는, 판정방법. - 제5항에 있어서,
상기 키트는 서열번호 20으로 표시되는 핵산서열로 구성되는 포워드 프라이머 및 서열번호 21로 표시되는 핵산서열로 구성되는 리버스 프라이머를 포함하는 제1프라이머 세트;
서열번호 22로 표시되는 핵산서열로 구성되는 포워드 프라이머 및 서열번호 23으로 표시되는 핵산서열로 구성되는 리버스 프라이머를 포함하는 제2프라이머 세트; 및
서열번호 24로 표시되는 핵산서열로 구성되는 포워드 프라이머 및 서열번호 25로 표시되는 핵산서열로 구성되는 리버스 프라이머를 포함하는 제3프라이머 세트를 포함하는, 판정방법. - 제7항에 있어서,
상기 제1프라이머세트로 135 bp의 동형접합 DNA만 증폭되고, 상기 제2프라이머 세트로 409 bp의 동형접합 DNA만 증폭이 되며, 상기 제3프라이머 세트로 330 bp의 동형접합 DNA만 증폭이 되면, 상기 긴꼬리도약옆새우가 거제산인 것으로 판정하는 단계를 추가로 포함하는, 판정방법. - 서열번호 20으로 표시되는 핵산서열로 구성되는 포워드 프라이머 및 서열번호 21로 표시되는 핵산서열로 구성되는 리버스 프라이머를 포함하는 제1프라이머 세트;
서열번호 22로 표시되는 핵산서열로 구성되는 포워드 프라이머 및 서열번호 23으로 표시되는 핵산서열로 구성되는 리버스 프라이머를 포함하는 제2프라이머 세트; 및
서열번호 24로 표시되는 핵산서열로 구성되는 포워드 프라이머 및 서열번호 25로 표시되는 핵산서열로 구성되는 리버스 프라이머를 포함하는 제3프라이머 세트를 포함하는 긴꼬리도약옆새우의 거제지역 서식여부 판정용 PCR 키트. - 제9항에 있어서,
상기 제1프라이머 세트, 상기 제2프라이머 세트 및 상기 제3프라이머 세트가 단일 반응용기에 포함된 멀리플렉스 PCR 키트인, 키트. - 제9항의 긴꼬리도약옆새우의 거제지역 서식여부 판정용 PCR 키트로 긴꼬리도약옆새우로부터 분리된 총 DNA를 증폭하는 DNA 증폭 단계;
증폭된 DNA 단편을 전기영동하는 전기영동 단계; 및
상기 전기영동된 DNA 단편의 밴드 패턴을 분석하는 단계를 포함하는, 긴꼬리도약옆새우의 거제지역 서식여부 판정방법. - 제11항에 있어서,
상기 제1프라이머 세트에 의해 135 bp의 단일 밴드만 생성이 되고, 상기 제2프라이머 세트에 의해 409 bp의 단일 밴드만 생성이 되며, 상기 제3프라이머 세트에 의해 330 bp의 단일 밴드만 생성이 될 경우, 긴꼬리도약옆새우가 거제산이라고 판정하는 단계를 추가로 포함하는, 판정방법.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| KR1020160164060A KR101856539B1 (ko) | 2016-12-05 | 2016-12-05 | 긴꼬리도약옆새우 서식지 판별용 미세위성 마커 및 그를 이용한 서식지 판별 방법 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| KR1020160164060A KR101856539B1 (ko) | 2016-12-05 | 2016-12-05 | 긴꼬리도약옆새우 서식지 판별용 미세위성 마커 및 그를 이용한 서식지 판별 방법 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| KR101856539B1 true KR101856539B1 (ko) | 2018-05-10 |
Family
ID=62184712
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| KR1020160164060A KR101856539B1 (ko) | 2016-12-05 | 2016-12-05 | 긴꼬리도약옆새우 서식지 판별용 미세위성 마커 및 그를 이용한 서식지 판별 방법 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| KR (1) | KR101856539B1 (ko) |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR102155967B1 (ko) | 2019-09-24 | 2020-09-15 | 재단법인 게놈연구재단 | 미토콘드리아 삽입 마커에서 유래한 가시배새우 종 판별용 유전자 마커 조성물 및 이를 이용한 가시배새우 판별방법 |
Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR101508689B1 (ko) | 2014-08-11 | 2015-04-08 | 대한민국 | 중국젓새우의 원산지 판별 마커 |
-
2016
- 2016-12-05 KR KR1020160164060A patent/KR101856539B1/ko active IP Right Grant
Patent Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR101508689B1 (ko) | 2014-08-11 | 2015-04-08 | 대한민국 | 중국젓새우의 원산지 판별 마커 |
Non-Patent Citations (2)
| Title |
|---|
| Jung-Ha Kang et al. Marine Genomics 18 (2014) 67-69 |
| Y. S. HYUN et al. Crustaceana, Vol.89, No.14, pp.1701-1715.(2016.11.15.)* |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR102155967B1 (ko) | 2019-09-24 | 2020-09-15 | 재단법인 게놈연구재단 | 미토콘드리아 삽입 마커에서 유래한 가시배새우 종 판별용 유전자 마커 조성물 및 이를 이용한 가시배새우 판별방법 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN108715902B (zh) | 梅花垂枝性状snp分子标记及其应用 | |
| KR101913744B1 (ko) | 긴꼬리도약옆새우 서식지 판별용 단일염기다형성(snp) 유전자마커 및 그를 이용한 서식지 판별방법 | |
| CN110438242B (zh) | 一种三疣梭子蟹微卫星标记的引物及其应用 | |
| Daniels et al. | Congruent patterns of genetic variation in a burrowing freshwater crab revealed by allozymes and mt DNA sequence analysis | |
| CN110760599A (zh) | 大麻哈鱼微卫星分子标记位点及多态性引物和应用 | |
| Sahu et al. | Isolation and characterization of polymorphic microsatellite loci in Indian major carp, Catla catla using next-generation sequencing platform | |
| Hansen et al. | Development of new VNTR markers for pike and assessment of variability at di‐and tetranucleotide repeat microsatellite loci | |
| KR101856539B1 (ko) | 긴꼬리도약옆새우 서식지 판별용 미세위성 마커 및 그를 이용한 서식지 판별 방법 | |
| CN113736892B (zh) | 一组高原鼢鼠多态性微卫星分子标记 | |
| Williams et al. | Isolation and characterisation of 18 polymorphic microsatellite loci for black marlin (Istiompax indica) and their utility for Pacific billfish species | |
| Hussein et al. | Genetic analysis in some Citrus accessions using microsatellites and AFLP-based markers | |
| CN112029868B (zh) | 三疣梭子蟹微卫星标记及在生长性状关联分析中的应用 | |
| Mao et al. | ISSR primer screening and preliminary evaluation of genetic diversity in Haplocladium microphyllum | |
| Whankaew et al. | Cross-genera transferability of (simple sequence repeat) SSR markers among cassava (Manihot esculenta Crantz), rubber tree (Hevea brasiliensis Muell. Arg.) and physic nut (Jatropha curcas L.) | |
| Lee et al. | Isolation and characterization of 12 microsatellite loci from Korean water deer (Hydropotes inermis argyropus) for population structure analysis in South Korea | |
| CN114262741A (zh) | 苏氏圆腹鲶抗病性状相关的snp分子标记及其应用 | |
| KR20090028894A (ko) | 멀티플렉스 ｐｃｒ을 이용한 한우 개체의 식별방법 | |
| Kang et al. | Development and characterization of polymorphic microsatellite loci in endangered fern Adiantum reniforme var. sinense | |
| Yu et al. | Characterization of 11 novel polymorphic microsatellite loci in the threatened Korean loach, Iksookimia koreensis, isolated using a next-generation sequencing method | |
| Sawamura et al. | Potential gene flow in natural populations of the Drosophila ananassae species cluster inferred from a nuclear mitochondrial pseudogene | |
| Park et al. | Development and characterization of novel polymorphic microsatellite markers for the Korean freshwater snail Semisulcospira coreana and cross-species amplification using next-generation sequencing | |
| Biancalana et al. | Novel microsatellites for Cypseloides fumigatus, cross-amplifiable in Streptoprocne zonaris | |
| O’Connell et al. | Characterization of microsatellite loci in western redcedar (Thuja plicata). | |
| CN114015785B (zh) | 渤海三疣梭子蟹原种的微卫星标记、其引物及应用 | |
| CN113699263B (zh) | 槭属园艺品种的ssr引物序列对、分子指纹图谱的构建方法、鉴别方法及应用 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| AMND | Amendment | ||
| E601 | Decision to refuse application | ||
| AMND | Amendment | ||
| X701 | Decision to grant (after re-examination) | ||
| GRNT | Written decision to grant |