KR101796170B1 - SNP markers of IGFBP gene for prediction of pigs litter size and methods for selection of fecund pigs using the same - Google Patents

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KR101796170B1 KR1020160105718A KR20160105718A KR101796170B1 KR 101796170 B1 KR101796170 B1 KR 101796170B1 KR 1020160105718 A KR1020160105718 A KR 1020160105718A KR 20160105718 A KR20160105718 A KR 20160105718A KR 101796170 B1 KR101796170 B1 KR 101796170B1
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김철욱
하정임
김태완
안상미
박화춘
김일석
박다혜
황정혜
권슬기
강덕경
유고은
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경남과학기술대학교 산학협력단
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Abstract

The present invention relates to SNP markers of an IGFBP gene for prediction of pig litter size, and a method for selecting fecund pigs using the same, and more specifically, to SNP markers of a litter size-related IGFBP gene for prediction of pig litter size and early selection of fecund pigs, to a composition, a microarray, and a kit for prediction of pig litter size using the same, and to a method for early selection of fecund pigs. Since the SNPs provided by the present invention show a high correlation with the litter size, when the SNP markers of the present invention is used, there is an advantage of predicting the litter size of pigs in early time by genetic testing. Therefore, the present invention is highly valuable for early selection of fecund breeding pigs and improvement of species.

Description

돼지의 산자수 예측용 IGFBP 유전자의 SNP 마커 및 이를 이용한 돼지 다산 개체 선발 방법{SNP markers of IGFBP gene for prediction of pigs litter size and methods for selection of fecund pigs using the same}Technical Field [0001] The present invention relates to an IGFBP gene, and more particularly, to an IGFBP gene for predicting the number of pigs,

본 발명은 돼지의 산자수 예측용 IGFBP 유전자의 SNP 마커 및 이를 이용한 돼지 다산 개체 선발 방법에 관한 것으로, 보다 상세하게는 다산 돼지의 조기 선발 및 산자수 예측을 위한 산자수 연관 IGFBP 유전자의 SNP 마커, 이를 이용한 마이크로어레이, 키트 및 돼지 다산 개체 조기 선발 방법에 관한 것이다.The present invention relates to a SNP marker of an IGFBP gene for predicting the number of pigs, and more particularly, to a method for predicting an SNP marker of a wild-type IGFBP gene, And a method for early selection of microarrays, kits, and swine fertility individuals using the same.

한국 육류 소비자의 식육 종류별 선호도는 돼지고기 59%, 닭고기 21.6%, 쇠고기 18.5%, 기타 0.9%로서 돼지고기가 전체 육류 소비량의 절반 이상을 차지하고 있는 것으로 보고되고 있다 (농림수산식품부, 2006). The preference of Korean meat consumers by type of meat was 59% for pork, 21.6% for chicken, 18.5% for beef, and 0.9% for other products, and it is reported that pork accounts for more than half of total meat consumption (Ministry of Agriculture, Forestry and Fisheries, 2006).

또한, 돼지고기 부위별 선호도를 보면 삼겹살 67%, 목심 26%로서 지방 함량이 높은 부위가 우위를 점하고 있다 (농협 중앙회, 2006). 이는 우리나라 국민들은 구워먹는 문화를 선호하고 있어서 구이 및 수육에 적합한 부위에 대한 기호성이 우월한 것으로 판단된다. In addition, 67% of the pork and 26% of the pork were the preferences of the pork, and the high fat content was dominant (NACF, 2006). This is because Korean people prefer the culture to bake and eat, and it is considered that the preference for the part suitable for grilling and nurturing is superior.

또한, 외국에서 구워먹을 수 있는 부위의 수입량이 지속적으로 증가하는 추세여서 국내 양돈 농가의 경쟁력은 더욱 어렵게 하고 있다. 하지만 현재 사용되고 있는 종돈은 대부분 수입이 되고 있고 (랜드레이스, 요크셔, 듀록 등) 외국에서 살코기 생산 위주로 품종이 육종된 것이어서 우리나라 소비자들의 돈육 소비 패턴과는 맞지 않는다. In addition, the import volume of parts that can be baked abroad is continuously increasing, making the domestic pig farmers more difficult to compete. However, most of the currently used bred dogs are imported (Landrace, Yorkshire, Duroc, etc.) and breed varieties are predominantly produced in foreign countries.

버크셔 돼지는 육질이 부드럽고 다즙하며 근내 지방도가 우수하고, 고소한 맛을 내는 것으로 그 육질의 우수성이 잘 알려져 있지만 낮은 산자수와 이유두수로 번식효율이 저조한 단점이 있다. 즉 버크셔 품종은 국내 소비문화에 적합한 육질을 가진 장점에도 불구하고, 교잡종에 비해 산자수가 적기 때문에 일반 양돈농가에 보급시키는 것에는 한계가 있다. Berkshire pigs are soft and juicy, have excellent fatness and have a good flavor, and their meat quality is well known. However, it has a disadvantage of low reproduction efficiency due to low number of litter and number of reasons. In other words, although the Berkshire variety has the advantage of having a meat quality suited to the domestic consumption culture, there is a limit to supplying it to the common pig farming house because the number of the living quarters is smaller than the hybrids.

한편, 산자수는 다른 형질에 비하여 매우 높게 평가되는 경제적 형질이지만, 상대적으로 유전력이 낮고 개량에는 어느 정도 한계가 있어 쉽게 이루어지지 못하고 있는 실정이다. 산자수는 매우 복잡한 형질로서 배란율, 초기 배아의 생존율, 태아의 생존율, 자궁의 용량과 능력, 젖꼭지 수 등의 형질에 의해서 결정된다. 이런 이유로 산자수 연관 유전자에 대한 연구도 타 형질에 비해서 많이 이루어지지 않는 것이 현실이다. 하지만 최근에는 산자수와 이유두수 개량을 위한 돼지 산자 능력 검정 사업의 중요성이 재인식되어 국내에서는 물론 유럽에서는 산자수가 많은 모돈의 집단을 만들어 그 집단에서 계속적으로 우수계통을 육성하고 있는데 이를 하이퍼 프로리픽 라인 (hyper-prolific line)이라고 한다. 중요한 돼지 경제 형질 중 하나인 산자수에 연관 유전자의 SNP를 확보하면, 산자수 연관 유전자의 SNP를 선점할 수 있고 나아가 산자수 연관 SNP를 활용하여 다산 개체를 조기 선발하여 육종할 수 있으며 이로 인해 양돈산업의 경쟁력을 키울 수 있음은 물론 양돈 농가의 수익성 창출에도 큰 도움을 줄 수 있다. On the other hand, the number of habitats is an economic trait that is highly evaluated compared to other traits, but it is relatively ineffective because it has a relatively low heritability and a limited range of improvement. The number of spermatozoa is determined by the traits such as ovulation rate, survival rate of early embryos, survival rate of the fetus, capacity and capacity of the uterus, and number of nipples. For this reason, it is a reality that many researches on the genes related to abdominal aplasia are not performed more than other traits. In recent years, however, the importance of pork production capacity testing for the improvement of the number of pigs and the number of pigs has been reaffirmed. As a result, (hyper-prolific line). Securing the SNP of the associated gene in the wild ginseng, which is one of the important swine economic traits, can prevail the SNP of the wild ginseng-related gene and furthermore, it is possible to early select and breed the wild ginseng by utilizing the wild ginseng-related SNP, It can help to increase the competitiveness of the industry and also to contribute to the profitability of the pig farmers.

본 발명의 선행기술로는 한국공개특허 제10-2016-0050106호(2016.05.11)에 유전자의 발현량 및 메틸화 프로필을 활용한 돼지의 산자수 예측방법이 개시되어 있다.As a prior art of the present invention, Korean Patent Laid-Open No. 10-2016-0050106 (2016.05.11) discloses a method of predicting the number of pigs using the expression amount of gene and methylated propyl.

본 발명의 목적은 돼지의 산자수와 연관관계를 나타내는 돼지의 산자수 예측용 IGFBP 유전자의 SNP 마커를 제공하는 데 있다.It is an object of the present invention to provide SNP markers of the IGFBP gene for predicting the number of pigs in a pig showing a relation with the number of pigs.

또한, 본 발명의 목적은 상기 SNP 마커를 이용한 돼지의 산자수 예측용 조성물, 마이크로어레이 및 키트를 제공하는 데 있다.It is another object of the present invention to provide a composition, a microarray and a kit for predicting the number of pigs by using the SNP marker.

또한, 본 발명의 목적은 상기 SNP 마커를 이용한 돼지 다산 개체 선발 방법을 제공하는 데 있다.It is also an object of the present invention to provide a method for selecting a porcine progeny using the SNP marker.

본 발명의 다른 목적 및 이점은 하기의 발명의 상세한 설명, 청구범위 및 도면에 의해 더욱 명확하게 된다.Other objects and advantages of the present invention will become more apparent from the following detailed description of the invention, claims and drawings.

본 발명자들은 돼지 산자수에 연관된 유전자의 SNP를 탐색하기 위하여 산자수가 많은 돼지와 산자수가 적은 돼지의 자궁 조직으로부터 RNA 및 DNA를 분리하여 RNA-Seq 연구방법을 활용하여 본 발명을 완성하였다.The present inventors have completed the present invention by using RNA-Seq method to isolate RNA and DNA from porcine uterus tissues of pigs with a large number of hatchlings and pigs with a small number of hatchlings in order to search SNPs of genes involved in the number of pigs.

본 발명의 일 측면에 따르면, 서열번호 1로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 114번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 서열번호 1의 내부의 염기서열로써 114번째 염기를 포함하는 5 내지 438개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 돼지의 산자수 예측용 SNP 마커가 제공된다.According to one aspect of the present invention, there is provided a polynucleotide comprising a polynucleotide of SEQ ID NO: 1, wherein the 114th base is A or G, and the base sequence of SEQ ID NO: 1 is 5 to 438 consecutive bases There is provided a SNP marker for predicting the number of pigs in a pig comprising a polynucleotide constituting the polynucleotide or a complementary polynucleotide thereof.

본 발명의 다른 측면에 따르면, 서열번호 2로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 445번째 염기가 A 또는 T이고, 상기 서열번호 2의 내부의 염기서열로써 445번째 염기를 포함하는 5 내지 746개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 돼지의 산자수 예측용 SNP 마커가 제공된다.According to another aspect of the present invention, there is provided a polynucleotide represented by SEQ ID NO: 2, wherein the 445th base is A or T, and the base sequence of SEQ ID NO: 2 is 5 to 746 consecutive bases There is provided a SNP marker for predicting the number of pigs in a pig comprising a polynucleotide constituting the polynucleotide or a complementary polynucleotide thereof.

본 발명의 다른 측면에 따르면, 상기 돼지의 산자수 예측용 SNP 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 돼지의 산자수 예측용 조성물이 제공된다.According to another aspect of the present invention, there is provided a composition for predicting swine populations comprising an agent capable of detecting or amplifying a SNP marker for predicting the number of pigs.

본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 조성물은 서열번호 1의 SNP 마커 증폭용 서열번호 3 및 4의 프라이머 세트를 포함할 수 있다.According to one embodiment of the present invention, the composition may comprise a primer set of SEQ ID NOS: 3 and 4 for amplifying a SNP marker of SEQ ID NO: 1.

본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 조성물은 서열번호 2의 SNP 마커 증폭용 서열번호 5 및 6의 프라이머 세트를 포함할 수 있다.According to one embodiment of the present invention, the composition may comprise a primer set of SEQ ID NOS: 5 and 6 for amplifying SNP markers of SEQ ID NO: 2.

본 발명의 일 실시예에 의하면, 상기 조성물은 제한효소 BsaH I를 포함할 수 있다.According to one embodiment of the present invention, the composition may comprise a restriction enzyme BsaHI.

본 발명의 일 실시예에 의하면, 상기 조성물은 제한효소 Mbo II를 포함할 수 있다.According to one embodiment of the present invention, the composition may comprise a restriction enzyme Mbo II.

본 발명의 또 다른 측면에 따르면, 상기 돼지의 산자수 예측용 SNP 마커 조성물을 포함하는 마이크로어레이가 제공된다.According to another aspect of the present invention, there is provided a microarray comprising the SNP marker composition for predicting the number of horses of the pig.

본 발명의 또 다른 측면에 따르면, 상기 돼지의 산자수 예측용 SNP 마커 조성물을 포함하는 돼지의 산자수 예측용 키트가 제공된다.According to another aspect of the present invention, there is provided a kit for predicting swine production including a SNP marker composition for predicting the number of pigs.

본 발명의 또 다른 측면에 따르면, 피검체의 DNA로부터 상기 SNP 마커가 포함된 폴리뉴클레오티드를 증폭하고, 상기 증폭된 SNP 마커를 판독하여 돼지의 다산 개체를 선발하는 방법이 제공된다. According to another aspect of the present invention, there is provided a method for amplifying a polynucleotide containing the SNP marker from DNA of a subject and reading the amplified SNP marker to select a fertility subject of the pig.

본 발명의 또 다른 측면에 따르면, i) 피검체로부터 DNA를 추출하는 단계; ii) 서열번호 1 및 서열번호 2 중 1 이상의 염기변이 부위, 또는 이 부위 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기부위를 포함하는 DNA를 증폭시키는 단계; iii) 얻어진 DNA 증폭산물에 제한효소를 처리하는 단계; 및 iv) PCR-RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism; 제한효소절편다형) 분석법으로 SNP 유전자형을 분석하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 돼지의 다산 개체 선발 방법이 제공된다.According to still another aspect of the present invention, there is provided a method for producing a nucleic acid comprising the steps of: i) extracting DNA from a subject; ii) amplifying a DNA comprising at least one base mutation site in SEQ ID NO: 1 and SEQ ID NO: 2, or a base site in a complementary chain paired with this site base; iii) treating the resulting DNA amplification product with a restriction enzyme; And iv) analyzing the SNP genotype by PCR-RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) analysis method.

본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 DNA를 증폭시키는 단계는, 서열번호 1의 SNP 마커 증폭용 서열번호 3 및 4의 프라이머 세트를 이용할 수 있다. According to an embodiment of the present invention, the step of amplifying the DNA may use the primer set of SEQ ID NOS: 3 and 4 for amplifying the SNP marker of SEQ ID NO: 1.

본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 DNA를 증폭시키는 단계는, 서열번호 2의 SNP 마커 증폭용 서열번호 5 및 6의 프라이머 세트를 이용할 수 있다. According to an embodiment of the present invention, the step of amplifying the DNA may use a primer set of SEQ ID NOS: 5 and 6 for amplifying SNP markers of SEQ ID NO: 2.

본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 서열번호 1의 염기변이 부위의 염기서열에 따른 유전자형을 분석하기 위한 제한효소 BsaH I를 이용할 수 있다.According to an embodiment of the present invention, the restriction enzyme BsaHI for analyzing the genotype according to the nucleotide sequence of the base mutation site of SEQ ID NO: 1 may be used.

본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 서열번호 2의 염기변이 부위의 염기서열에 따른 유전자형을 분석하기 위한 제한효소 Mbo II를 이용할 수 있다.According to one embodiment of the present invention, a restriction enzyme Mbo II may be used for analyzing the genotype according to the nucleotide sequence of the base mutation site of SEQ ID NO: 2.

본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 PCR-RFLP 분석법으로 분석한 결과 서열번호 1의 SNP 유전자형 AA, AB 및 BB 중 BB 유전자형을 나타내는 경우 다산 개체라고 예측할 수 있다. According to one embodiment of the present invention, when the BB genotype of the SNP genotypes AA, AB, and BB of SEQ ID NO: 1 is analyzed by the PCR-RFLP analysis method, it can be predicted to be a fertility individual.

본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 PCR-RFLP 분석법으로 분석한 결과 서열번호 2의 SNP 유전자형 AA, AB 및 BB 중 AB 유전자형을 나타내는 경우 다산 개체라고 예측할 수 있다. According to one embodiment of the present invention, when the AB genotype of the SNP genotypes AA, AB, and BB of SEQ ID NO: 2 is analyzed by the PCR-RFLP analysis method,

본 발명에서 제공하는 IGFBP 유전자의 SNP 마커는 산자수와 높은 연관성을 나타내고 있으므로, 본 발명의 SNP 마커를 이용하면 유전자 검사를 통해 돼지의 산자수를 조기에 예측할 수 있는 이점이 있다. Since the SNP marker of the IGFBP gene provided by the present invention shows a high correlation with the number of the organisms, the SNP marker of the present invention has an advantage of early prediction of the number of pigs through genetic testing.

본 발명의 상기 SNP 마커를 활용하여 다산 개체를 조기에 선발하여 육종할 수 있으며, 이로 인한 양돈산업의 경쟁력을 키울 수 있고 농가의 수익성 창출에 도움이 될 수 있다. 따라서, 본 발명은 다산의 종돈의 조기선발 및 종의 개량에 활용할 가치가 대단히 높다. The SNP markers of the present invention can be used to early select and breed a dominant individual, thereby raising the competitiveness of the swine industry and helping farmers to create profitability. Therefore, the present invention is highly valuable for early selection and improvement of species of females.

본 발명의 돼지 산자수 연관 유전자의 SNP는 genome 상 intron 위치에 존재하여 다양한 변이를 일으킬 수 있는 가능성이 있다. 이들 변이는 돼지에게 다산성 형질에 크게 영향을 미칠 것으로 예상된다.The SNP of the porcine wild-type mRNA of the present invention exists at the intron position on the genome, and thus it is possible that various mutations can be caused. These mutations are expected to greatly affect the acid traits of pigs.

따라서, 본 발명에서 제공하는 산자수 연관 유전자의 SNP 마커는 산자수를 나타내는 형질과 높은 연관성을 나타내고 있으므로, 종돈의 조기 선발에 활용할 가치가 높고 또한 양돈 농가의 수익성 창출과 국내 양돈 산업의 효율성 증대를 이끌어 내어 돼지고기 수입량을 줄일 수 있을 것으로 기대된다.Therefore, the SNP markers of the present invention are highly correlated with the traits indicative of the number of haplotypes. Therefore, the SNP markers of the present invention are highly valuable for early selection of the breeder pigs, and the profitability of the swine farms and the efficiency of the domestic swine industry are increased It is expected to reduce imports of pork.

도 1은 본 발명에 의한 서열번호 1의 돼지 IGFBP3 유전자 SNP 마커의 위치를 나타내는 도면.
도 2는 본 발명에 의한 서열번호 2의 돼지 IGFBP2 유전자 SNP 마커의 위치를 나타내는 도면.
도 3은 본 발명에 의한 PCR-RFLP 분석 기법으로 검출한 서열번호 1의 돼지 IGFBP3 유전자 증폭 영역 내 114번째 A↔G 단일염기다형(SNP)으로 인한 각 개체의 SNP 유전자형별 분자표지(DNA marker) 전기영동 사진.
도 4는 본 발명에 의한 PCR-RFLP 분석 기법으로 검출한 서열번호 2의 돼지 IGFBP2 유전자 증폭 영역 내 445번째 A↔T 단일염기다형(SNP)으로 인한 각 개체의 SNP 유전자형별 분자표지(DNA marker) 전기영동 사진.BRIEF DESCRIPTION OF THE DRAWINGS FIG. 1 is a diagram showing the position of a porcine IGFBP3 gene SNP marker of SEQ ID NO: 1 according to the present invention. FIG.
2 is a view showing the position of a porcine IGFBP2 gene SNP marker of SEQ ID NO: 2 according to the present invention.
FIG. 3 shows the DNA marker of each individual SNP genotype due to the 114th A↔G single nucleotide polymorphism (SNP) in the amplified region of the porcine IGFBP3 gene of SEQ ID NO: 1 detected by the PCR-RFLP analysis method according to the present invention. Electrophoresis photography.
FIG. 4 shows the DNA marker of each individual SNP genotype due to the 445th A↔T single nucleotide polymorphism (SNP) in the amplified region of the porcine IGFBP2 gene of SEQ ID NO: 2 detected by the PCR-RFLP analysis technique according to the present invention. Electrophoresis photography.

본 발명에서 사용되는 기술 용어 및 과학 용어에 있어서 다른 정의가 없다면, 이 발명이 속하는 기술 분야에서 통상의 지식을 가진 자가 통상적으로 이해하고 있는 의미를 갖는 것으로 해석될 수 있다.The technical terms and scientific terms used in the present invention can be construed as meaning ordinary meanings understood by those of ordinary skill in the art without departing from the scope of the present invention.

본 발명의 용어 "SNP 마커"란, 개체 또는 종을 식별하기 위해 이용되는 DNA 서열 상의 단일 염기 다형성 대립인자 염기쌍을 의미한다. SNP는 비교적 그 빈도가 높고 안정하며 유전체 전체에 분포되어 있고 이에 의하여 개체의 유전적 다양성이 발생하므로, SNP 마커는 개체 간의 유전적 근접성을 알려주는 지표의 역할을 할 수 있다.The term "SNP marker" of the present invention means a single base polymorphism allele base pair on the DNA sequence used to identify an individual or species. Because SNPs are relatively frequent and stable and distributed throughout the genome, and because of the genetic diversity of individuals, SNP markers can serve as indicators of genetic proximity among individuals.

SNP 마커는 일반적으로 단일 염기 다형성에 수반되는 표현형의 변화를 포함하지만 경우에 따라 그렇지 않을 수도 있다. 본 발명의 SNP 마커의 경우 아미노산 서열의 변이 또는 돼지의 유두 수와 같은 개체의 표현형의 차이를 나타낼 수 있다.SNP markers generally involve phenotypic changes associated with single nucleotide polymorphisms but may or may not be. In the case of the SNP marker of the present invention, a difference in the phenotype of an individual such as a mutation of an amino acid sequence or the number of papilla of a pig can be shown.

본 발명의 용어 "다형성(polymorphism)"이란, 하나의 유전자 좌위(locus)에 두 가지 이상의 대립유전자(allele)가 존재하는 경우를 의미하며 다형성 부위 중에서, 개체에 따라 단일 염기만이 다른 것을 단일염기 다형성이라 한다. 바람직한 다형성 마커는 선택된 집단에서 1% 이상, 더욱 바람직하게는 5% 또는 10% 이상의 발생빈도를 나타내는 두 가지 이상의 대립유전자를 가진다.The term "polymorphism " of the present invention refers to a case where two or more alleles exist in one locus. Of the polymorphic sites, only a single base is different depending on the individual, Polymorphism. Preferred polymorphic markers have two or more alleles with a frequency of occurrence of 1% or more, more preferably 5% or 10% or more in the selected population.

본 발명의 용어 "대립유전자(allele)"란, 상동염색체의 동일한 유전자좌위에 존재하는 한 유전자의 여러 타입을 의미한다. 대립유전자는 다형성을 나타내는데 사용되기도 하며, 예컨대, SNP는 두 종류의 대립인자(biallele)를 갖는다.The term "allele " of the present invention refers to various types of a gene existing on the same locus of a homologous chromosome. Alleles are also used to represent polymorphisms, for example, SNPs have two kinds of bialles.

이하, 본 발명을 보다 상세하게 설명한다.Hereinafter, the present invention will be described in more detail.

본 발명은 버크셔 돼지 종에서 RNA-Seq 방법을 이용하여 돼지 산자수 연관 유전자의 SNP 마커를 발굴하여 다산 개체를 조기 선발하고 돼지 산자수를 예측할 수 있도록 하였다.In the present invention, the SNP markers of the pig-derived body-associated genes were extracted using the RNA-Seq method in the Berkshire pig species, and the number of pigs was estimated by early selection of the dominant individuals.

본 발명에서는 산자수가 많은 돼지와 적은 돼지의 자궁 조직으로부터 각각 mRNA를 분리하여 RNA-Seq을 이용하여 SNP 마커를 발굴하였다. 이후 혈액으로부터 genomic DNA를 분리하여 산자수 연관 유전자에 대해서 PCR-RFLP 실험을 통해 SNP의 유전자형을 분석하고 산자수를 나타내는 4가지 형질 (평균 총산자, 평균 실산자, 총산자에 따른 육종가, 실산자에 따른 육종가)과의 연관성을 통계 분석하여 최종적으로 돼지 산자수 연관 유전자의 SNP를 발굴하였다. In the present invention, mRNA was isolated from pigs with a large number of hatchlings and uterus tissues of a small pig, and SNP markers were extracted using RNA-Seq. Genomic DNA was isolated from the blood, and genotypes of SNPs were analyzed by PCR-RFLP experiments on the genes involved in acid phosphatase. Four traits (mean total, average, total, And SNPs of pig-associated genes were finally identified.

본 발명의 일 측면에 따르면, 서열번호 1로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 114번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 서열번호 1의 내부의 염기서열로써 114번째 염기를 포함하는 5 내지 438개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 돼지의 산자수 예측용 SNP 마커가 제공된다.According to one aspect of the present invention, there is provided a polynucleotide comprising a polynucleotide of SEQ ID NO: 1, wherein the 114th base is A or G, and the base sequence of SEQ ID NO: 1 is 5 to 438 consecutive bases There is provided a SNP marker for predicting the number of pigs in a pig comprising a polynucleotide constituting the polynucleotide or a complementary polynucleotide thereof.

본 발명의 다른 측면에 따르면, 서열번호 2로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 445번째 염기가 A 또는 T이고, 상기 서열번호 2의 내부의 염기서열로써 445번째 염기를 포함하는 5 내지 746개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 돼지의 산자수 예측용 SNP 마커가 제공된다.According to another aspect of the present invention, there is provided a polynucleotide represented by SEQ ID NO: 2, wherein the 445th base is A or T, and the base sequence of SEQ ID NO: 2 is 5 to 746 consecutive bases There is provided a SNP marker for predicting the number of pigs in a pig comprising a polynucleotide constituting the polynucleotide or a complementary polynucleotide thereof.

본 발명의 돼지 산자수 연관 유전자의 SNP는 genome 상 intron 위치에 존재하여 다양한 변이를 일으킬 수 있는 가능성이 있다. SNP 마커는 intron 위치에 존재하며 intron상의 변이는 mRNA 상태의 안정성이나 다른 분자들과의 영향력을 조절하여 해당 유전자의 발현 및 타 유전자의 발현을 조절하는 역할을 하게 된다. The SNP of the porcine wild-type mRNA of the present invention exists at the intron position on the genome, and thus it is possible that various mutations can be caused. The SNP marker is located at the intron position, and the intron mutation regulates the expression of the gene and the expression of the other gene by regulating the stability of the mRNA state or its influence with other molecules.

본 발명의 다른 측면에 따르면, 상기 돼지의 산자수 예측용 SNP 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 돼지의 산자수 예측용 조성물이 제공된다.According to another aspect of the present invention, there is provided a composition for predicting swine populations comprising an agent capable of detecting or amplifying a SNP marker for predicting the number of pigs.

본 발명에 있어서, "SNP 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제"란, 상기와 같은 유전자의 변이 부위, 즉 SNP 마커를 검출 또는 증폭할 수 있다면 특별한 제한이 있는 것은 아니며, 공지의 수단을 이용할 수 있다. 이에 한정되는 것은 아니나, SNP 마커를 증폭 및 PCR-RFLP 방법을 통해 판독하여 돼지의 유두수를 예측할 수 있는 조성물을 의미할 수 있다. 상기 SNP 마커를 포함하는 폴리뉴클레오티드를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 및 PCR-RFLP 방법에 이용되는 제한효소를 의미할 수 있다.In the present invention, "a preparation capable of detecting or amplifying SNP markers" is not particularly limited as long as mutation sites of the above-described genes, i.e. SNP markers, can be detected or amplified, have. But is not limited to, a composition capable of predicting the ectoparasia of a pig by amplifying the SNP marker and reading it through the PCR-RFLP method. A primer capable of specifically amplifying the polynucleotide including the SNP marker, and a restriction enzyme used in the PCR-RFLP method.

본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 조성물은 상기 서열번호 1의 SNP 마커 증폭용 서열번호 3 및 4의 프라이머 세트를 포함할 수 있다.According to one embodiment of the present invention, the composition may include a primer set of SEQ ID NOS: 3 and 4 for amplifying the SNP marker of SEQ ID NO: 1.

본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 조성물은 제한효소 BsaH I를 포함할 수 있다.According to one embodiment of the present invention, the composition may comprise a restriction enzyme BsaHI.

본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 조성물은 상기 서열번호 2의 SNP 마커 증폭용 서열번호 5 및 6의 프라이머 세트를 포함할 수 있다.According to an embodiment of the present invention, the composition may include a primer set of SEQ ID NOS: 5 and 6 for amplifying SNP markers of SEQ ID NO: 2.

본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 조성물은 제한효소 Mbo II를 포함할 수 있다.According to one embodiment of the present invention, the composition may comprise a restriction enzyme Mbo II.

본 발명의 또 다른 측면에 따르면, 상기 돼지의 산자수 예측용 SNP 마커 조성물을 포함하는 마이크로어레이가 제공된다.According to another aspect of the present invention, there is provided a microarray comprising the SNP marker composition for predicting the number of horses of the pig.

본 발명에 있어서, 상기 SNP 마커의 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드 또는 그들과 혼성화하는 폴리뉴클레오티드, 그에 의해 코딩되는 폴리펩티드 또는 그의 cDNA를 포함하는 마이크로어레이가 제공될 수 있다.In the present invention, a microarray comprising the polynucleotide of the SNP marker or a complementary polynucleotide thereof or a polynucleotide that hybridizes thereto, a polypeptide encoded by the polynucleotide, or cDNA thereof may be provided.

본 발명에 따른 마이크로어레이는 본 발명에 따른 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 프로브 또는 그들과 혼성화하는 폴리뉴클레오티드, 그에 의해 코딩되는 폴리펩티드 또는 그의 cDNA를 이용하여 본 분야의 당업자에게 알려져 있는 통상적인 방법에 의해 제조될 수 있다. 예컨대, 상기 폴리뉴클레오티드는 아미노-실란(amino-silane), 폴리-L-라이신(poly-L-lysine) 및 알데히드(aldehyde)로 이루어진 군에서 선택되는 활성기가 코팅된 기판 상에 고정될 수 있다. 또한, 상기 기판은 실리콘 웨이퍼, 유리, 석영, 금속 및 플라스틱으로 이루어진 군에서 선택될 수 있다. 상기 폴리뉴클레오티드를 기판에 고정화시키는 방법으로는 파이조일렉트릭(piezoelectric) 방식을 이용한 마이크로피펫팅법, 핀(pin) 형태의 스폿터(spotter)를 이용한 방법 등을 사용할 수 있다.The microarray according to the present invention can be produced by a conventional method known to those skilled in the art using a polynucleotide according to the present invention or a polynucleotide that hybridizes thereto with a probe or a complementary polynucleotide thereof, a polypeptide encoded by the polynucleotide, ≪ / RTI > For example, the polynucleotide can be immobilized on a substrate coated with an activator selected from the group consisting of amino-silane, poly-L-lysine and aldehyde. In addition, the substrate may be selected from the group consisting of a silicon wafer, glass, quartz, metal, and plastic. As a method for immobilizing the polynucleotide on a substrate, a micro-pipetting method using a piezoelectric method or a method using a pin-type spotter can be used.

본 발명의 마이크로어레이에 있어서, 상기 SNP를 측정할 수 있는 프라이머, 프로브 또는 항체는 혼성화 어레이 요소(hybridizable array element)로서 이용되며, 기질(substrate) 상에 고정화된다. 바람직한 기질은 적합한 견고성 또는 반-견고성 지지체로서, 예컨대, 막, 필터, 칩, 슬라이드, 웨이퍼, 파이버, 자기성 비드 또는 비자기성 비드, 겔, 튜빙, 플레이트, 고분자, 미소입자 및 모세관을 포함할 수 있다. 상기 혼성화 어레이 요소는 상기 기질 상에 배열되고 고정화되며, 이와 같은 고정화는 화학적 결합 방법 또는 UV와 같은 공유 결합적 방법에 의해 수행될 수 있다. 예를 들어, 상기 혼성화 어레이 요소는 에폭시 화합물 또는 알데히드기를 포함하도록 변형된 글래스 표면에 결합될 수 있고, 또한 폴리라이신 코팅 표면에서 UV에 의해 결합될 수 있다. 또한, 상기 혼성화 어레이 요소는 링커(예: 에틸렌 글리콜 올리고머 및 디아민)를 통해 기질에 결합될 수 있다. 한편, 본 발명의 마이크로어레이에 적용되는 시료가 핵산일 경우에는 표지(labeling)될 수 있고, 마이크로어레이상의 어레이 요소와 혼성화 될 수 있다. 혼성화 조건은 다양할 수 있으며, 혼성화 정도의 검출 및 분석은 표지 물질에 따라 다양하게 실시될 수 있다.In the microarray of the present invention, a primer, a probe or an antibody capable of measuring the SNP is used as a hybridizable array element and immobilized on a substrate. Preferred substrates may include, for example, membranes, filters, chips, slides, wafers, fibers, magnetic beads or nonmagnetic beads, gels, tubing, plates, polymers, microparticles and capillaries, as suitable rigid or semi-rigid supports have. The hybridization array elements are arranged and immobilized on the substrate, and such immobilization can be performed by chemical bonding methods or covalent bonding methods such as UV. For example, the hybridization array element may be bonded to a glass surface modified to include an epoxy compound or an aldehyde group, and may also be bound by UV on a polylysine coating surface. In addition, the hybridization array element can be coupled to the substrate via a linker (e.g., ethylene glycol oligomer and diamine). On the other hand, when the sample to be applied to the microarray of the present invention is a nucleic acid, it may be labeled and hybridized with an array element on a microarray. Hybridization conditions may vary, and detection and analysis of hybridization degree may be variously performed depending on the labeled substance.

본 발명의 또 다른 측면에 따르면, 상기 돼지의 산자수 예측용 SNP 마커 조성물을 포함하는 돼지의 산자수 예측용 키트가 제공된다.According to another aspect of the present invention, there is provided a kit for predicting swine production including a SNP marker composition for predicting the number of pigs.

본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 키트는 상기 돼지의 산자수 예측용 SNP 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함할 수 있다.According to one embodiment of the present invention, the kit may include an agent capable of detecting or amplifying SNP markers for estimating the number of live pigs of the pig.

본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 키트는 상기 서열번호 1의 SNP 마커 증폭용 서열번호 3 및 4의 프라이머 세트를 포함할 수 있다.According to an embodiment of the present invention, the kit may include a primer set of SEQ ID NOS: 3 and 4 for amplifying a SNP marker of SEQ ID NO: 1.

본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 키트는 상기 서열번호 2의 SNP 마커 증폭용 서열번호 5 및 6의 프라이머 세트를 포함할 수 있다.According to an embodiment of the present invention, the kit may include a primer set of SEQ ID NOS: 5 and 6 for amplifying SNP markers of SEQ ID NO: 2.

본 발명에 있어서, 본 발명에 따른 SNP 마커의 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드 또는 그들과 혼성화하는 폴리뉴클레오티드, 그에 의해 코딩되는 폴리펩티드 또는 그의 cDNA를 포함하는 키트가 제공될 수 있다.In the present invention, a kit comprising a polynucleotide of the SNP marker according to the present invention or a complementary polynucleotide thereof, or a polynucleotide that hybridizes with the polynucleotide, a polypeptide encoded by the polynucleotide, or cDNA thereof may be provided.

본 발명에 따른 키트는 본 발명의 마이크로어레이 이외에 진단 대상으로부터 해당 SNP를 포함하는 DNA를 분리 및 증폭하는데 사용되는 프라이머 세트를 추가로 포함할 수 있다. 상기 적절한 프라이머 세트는 표 4의 서열번호 3 및 4로 표시되는 프라이머 세트 또는 서열번호 5 및 6으로 표시되는 프라이머 세트를 이용할 수 있다. 또한, 본 발명에 따른 키트는 중합 반응에 필요한 시약, 예컨대 dNTP, 각종의 중합효소 및 발색제 등을 추가로 포함할 수 있다.The kit according to the present invention may further comprise a primer set used for isolating and amplifying DNA containing the SNP from a subject to be diagnosed in addition to the microarray of the present invention. The appropriate primer set may be the primer set set forth in SEQ ID NOs: 3 and 4 in Table 4 or the set of primers set forth in SEQ ID NOs: 5 and 6. In addition, the kit according to the present invention may further comprise reagents necessary for the polymerization reaction, such as dNTPs, various polymerase enzymes, coloring agents, and the like.

본 발명의 키트가 만일 PCR 증폭 과정에 적용되는 경우, 본 발명의 키트는 선택적으로, PCR 증폭에 필요한 시약, 예컨대, 완충액, DNA 중합효소(예컨대, Thermus aquaticus (Taq), Thermus thermophilus (Tth), Thermus filiformis, Thermis flavus, Thermococcus literalis 또는 Pyrococcus furiosus(Pfu)로부터 수득한 열 안정성 DNA 중합효소), DNA 중합 효소 조인자 및 dNTPs를 포함할 수 있다. 또한, 각 유전자형을 분석하기 위하여 표 4에 제시한 SNP 특이적 제한 효소를 포함할 수 있다. 본 발명의 키트가 면역 분석에 적용되는 경우, 본 발명의 키트는 선택적으로, 이차항체 및 표지의 기질을 포함할 수 있다. 나아가, 본 발명에 따른 키트는 상기한 시약 성분을 포함하는 다수의 별도 패키징 또는 컴파트먼트로 제작될 수 있다.When the kit of the present invention is applied to a PCR amplification process, the kit of the present invention may optionally comprise a reagent, such as a buffer, a DNA polymerase (e.g., Thermus aquaticus (Taq), Thermus thermophilus (Tth) Thermostable DNA polymerases obtained from Thermus filiformis, Thermis flavus, Thermococcus literalis or Pyrococcus furiosus (Pfu)), DNA polymerase joins and dNTPs. In addition, SNP-specific restriction enzymes shown in Table 4 can be included in order to analyze each genotype. When the kit of the present invention is applied to an immunoassay, the kit of the present invention may optionally comprise a secondary antibody and a labeling substrate. Further, the kit according to the present invention may be manufactured from a number of separate packaging or compartments containing the reagent components described above.

본 발명의 또 다른 측면에 따르면, 피검체의 DNA로부터 상기 SNP 마커가 포함된 폴리뉴클레오티드를 증폭하고, 상기 증폭된 SNP 마커를 판독하여 돼지의 다산 개체를 선발하는 방법이 제공된다. According to another aspect of the present invention, there is provided a method for amplifying a polynucleotide containing the SNP marker from DNA of a subject and reading the amplified SNP marker to select a fertility subject of the pig.

상기 증폭된 SNP 마커를 판독하는 방법은 서열 분석, 마이크로어레이(microarray)에 의한 혼성화, 대립유전자 특이적인 PCR(allele specific PCR), 다이나믹 대립유전자 혼성화 기법(dynamic allelespecifichybridization, DASH), PCR 연장 분석, PCR-SSCP, PCR-RFLP 분석 또는 TaqMan 기법, SNPlex 플랫폼(Applied Biosystems), 질량 분석법(예를 들면, Sequenom의 MassARRAY 시스템), 미니-시퀀싱(mini-sequencing) 방법, Bio-Plex 시스템(BioRad), CEQ and SNPstream 시스템(Beckman), Molecular Inversion Probe 어레이 기술(예를 들면, Affymetrix GeneChip), 및 BeadArray Technologies(예를 들면, Illumina GoldenGate 및 Infinium 분석법) 등을 이용하여 수행될 수 있으나, 특별히 이에 제한되지는 않는다. 상기 방법들 또는 본 발명이 속하는 기술분야의 당업자에게 이용 가능한 다른 방법에 의해, 상기 SNP 마커에서의 하나 이상의 대립유전자를 확인할 수 있다.Methods for reading the amplified SNP markers include sequencing, hybridization by microarray, allele specific PCR, dynamic allele specific amplification (DASH), PCR extension analysis, PCR Sequencing methods, Bio-Plex systems (BioRad), CEQ (Sequencing), PCR-RFLP analysis or TaqMan techniques, SNPlex platform (Applied Biosystems), mass spectrometry (e.g. Sequenom's MassARRAY system) but is not limited to, using the SNPstream system and the SNPstream system (Beckman), Molecular Inversion Probe array technology (e.g. Affymetrix GeneChip), and BeadArray Technologies (e.g. Illumina GoldenGate and Infinium analysis) . One or more alleles in the SNP marker can be identified by the methods described above or other methods available to those skilled in the art to which the invention pertains.

본 발명의 또 다른 측면에 따르면, i) 피검체로부터 DNA를 추출하는 단계; ii) 서열번호 1 및 서열번호 2 중 1 이상의 염기변이 부위, 또는 이 부위 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기부위를 포함하는 DNA를 증폭시키는 단계; iii) 얻어진 DNA 증폭산물에 제한효소를 처리하는 단계; 및 iv) PCR-RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism; 제한효소절편다형) 분석법으로 SNP 유전자형을 분석하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 돼지의 다산 개체 선발 방법이 제공된다.According to still another aspect of the present invention, there is provided a method for producing a nucleic acid comprising the steps of: i) extracting DNA from a subject; ii) amplifying a DNA comprising at least one base mutation site in SEQ ID NO: 1 and SEQ ID NO: 2, or a base site in a complementary chain paired with this site base; iii) treating the resulting DNA amplification product with a restriction enzyme; And iv) analyzing the SNP genotype by PCR-RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) analysis method.

본 발명은 돼지의 genomic DNA를 대상으로 PCR-RFLP 분석 방법을 이용하는 최첨단 분자육종 기술로서 본 발명에서 이용한 PCR-RFLP 분석 기법은 신속하고 간편하며 정확성이 높아 선발의 효율성과 실용성을 극대화할 수 있을 뿐만 아니라 다수의 시료를 대상으로 DNA marker 유전자형을 보다 간편하고 신속하며, 정확하게 판정할 수 있는 장점이 있다.The present invention is a state-of-the-art molecular breeding technique using a PCR-RFLP analysis method for a genomic DNA of a pig, and the PCR-RFLP analysis technique used in the present invention is quick, simple and highly accurate so that efficiency and practicality of the selection can be maximized However, there is an advantage that the DNA marker genotype can be more easily, quickly, and accurately determined for a large number of samples.

본 발명에 있어서, 상기 피검체로부터 DNA를 추출하는 단계는 당업계에 알려진 방법을 통하여 이루어질 수 있다. 예를 들면, 혈액 혹은 조직 및 세포에서 DNA를 직접적으로 정제하여 PCR 등의 방법으로 해당 유전자를 포함하는 합성물을 증폭하고 이를 분리함으로써 이루어질 수 있다. 이때 DNA는 게놈 DNA 뿐만 아니라 mRNA로부터 합성한 cDNA도 포함하는 의미이다.In the present invention, the step of extracting DNA from the subject may be performed by a method known in the art. For example, DNA can be purified directly from blood, tissues and cells, amplified and separated from a compound containing the gene by PCR or the like. Here, DNA means not only genomic DNA but also cDNA synthesized from mRNA.

본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 DNA를 증폭시키는 단계는, 서열번호 1의 SNP 마커 증폭용 서열번호 3 및 4의 프라이머 세트를 이용할 수 있다. According to an embodiment of the present invention, the step of amplifying the DNA may use the primer set of SEQ ID NOS: 3 and 4 for amplifying the SNP marker of SEQ ID NO: 1.

본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 DNA를 증폭시키는 단계는, 서열번호 2의 SNP 마커 증폭용 서열번호 5 및 6의 프라이머 세트를 이용할 수 있다. According to an embodiment of the present invention, the step of amplifying the DNA may use a primer set of SEQ ID NOS: 5 and 6 for amplifying SNP markers of SEQ ID NO: 2.

본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 서열번호 1의 염기변이 부위의 염기서열에 따른 유전자형을 분석하기 위한 제한효소 BsaH I를 이용할 수 있다.According to an embodiment of the present invention, the restriction enzyme BsaHI for analyzing the genotype according to the nucleotide sequence of the base mutation site of SEQ ID NO: 1 may be used.

본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 서열번호 2의 염기변이 부위의 염기서열에 따른 유전자형을 분석하기 위한 제한효소 Mbo II를 이용할 수 있다.According to an embodiment of the present invention, a restriction enzyme Mbo II may be used for analyzing the genotype according to the nucleotide sequence of the base mutation site of SEQ ID NO: 2.

본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 PCR-RFLP 분석법으로 분석한 결과 서열번호 1의 SNP 유전자형 AA, AB 및 BB 중 BB 유전자형을 나타내는 경우 다산 개체라고 예측할 수 있다. According to one embodiment of the present invention, when the BB genotype of the SNP genotypes AA, AB, and BB of SEQ ID NO: 1 is analyzed by the PCR-RFLP analysis method, it can be predicted to be a fertility individual.

본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 PCR-RFLP 분석법으로 분석한 결과 서열번호 2의 SNP 유전자형 AA, AB 및 BB 중 AB 유전자형을 나타내는 경우 다산 개체라고 예측할 수 있다. According to one embodiment of the present invention, when the AB genotype of the SNP genotypes AA, AB and BB of SEQ ID NO: 2 is analyzed by the PCR-RFLP analysis method, it can be predicted to be a fertile individual.

본 발명에 있어, 다산 개체는 돼지 평균 총산자, 평균 실산자, 총산자에 따른 육종가, 실산자에 따른 육종가가 평균 개체 보다 높은 개체를 의미한다.In the present invention, the term " Dasan " means an individual having a higher average total amount of pigs, a mean number of living creatures, a breeding value depending on the total amount of a living being,

본 발명의 다른 측면에 따르면, 상기 방법은 산자수 예측을 위해 피검체로부터 얻은 DNA 시료를 주형으로 하고, 상기 서열번호 1의 SNP 마커를 포함하는 유전자 부위를 증폭할 수 있는 프라이머를 사용하여 PCR을 수행하고, 상기 PCR 반응물을 시퀀싱(sequencing)하여 상기 염기변이 부위의 염기서열을 판정하는 단계를 포함할 수 있다. According to another aspect of the present invention, there is provided a method for predicting the number of haplotypes, comprising the steps of PCR using primers capable of amplifying a gene region comprising the SNP marker of SEQ ID NO: 1, using a DNA sample obtained from a subject as a template, And sequencing the PCR reaction to determine the base sequence of the base mutation site.

본 발명의 다른 측면에 따르면, 상기 방법은 상기 피검체로부터 얻은 SNP를 포함하는 핵산 시료를 상기 마이크로어레이에 혼성화시키는 단계 및 상기 혼성화 결과를 검출하는 단계를 포함할 수 있다.According to another aspect of the present invention, the method may include hybridizing the nucleic acid sample containing the SNP obtained from the subject to the microarray, and detecting the hybridization result.

본 발명의 일 실시예에 있어서, 상기 방법은 본 발명에 따른 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드와 혼성화하는 돼지 대립형질 특이적 혼성화 과정을 포함할 수 있다. 상기 대립형질 특이적(allele-specific) 폴리뉴클레오티드란 각 대립형질에 특이적으로 혼성화하는 폴리뉴클레오티드를 의미한다. 즉, 일련번호 1의 각 SNP 서열 중의 다형성 부위의 염기가 식별될 수 있도록 혼성화할 수 있는 폴리뉴클레오티드를 의미한다. In one embodiment of the invention, the method may comprise a porcine allele-specific hybridization process that hybridizes with a polynucleotide according to the invention or a complementary polynucleotide thereof. The allele-specific polynucleotide refers to a polynucleotide that specifically hybridizes to each allele. Means a polynucleotide capable of hybridizing so that the base of the polymorphic site in each SNP sequence of sequence number 1 can be identified.

본 발명에 있어서 상기 대립형질 특이적 폴리뉴클레오티드는 프라이머일 수 있는데, 여기서 프라이머(primer)란 적절한 버퍼 중의 적절한 조건(예를 들면, 4개의 다른 뉴클레오시드 트리포스페이트 및 DNA, RNA 폴리머라제 또는 역전사 효소와 같은 중합제) 및 적당한 온도 하에서 주형-지시 DNA 합성의 시작점으로서 작용할 수 있는 단일가닥 올리고뉴클레오티드를 말한다. 상기 프라이머의 적절한 길이는 사용 목적에 따라 달라질 수 있다. 짧은 프라이머 분자는 일반적으로 주형과 안정한 혼성체를 형성하기 위해서는 더 낮은 온도를 필요로 한다. 프라이머 서열은 주형과 완전하게 상보적일 필요는 없으나, 주형과 혼성화할 정도로 충분히 상보적이어야 한다. In the present invention, the allele-specific polynucleotide may be a primer, wherein the primer is selected from the group consisting of four different nucleoside triphosphates and DNA, RNA polymerase or reverse transcriptase ) And a single-stranded oligonucleotide that can serve as a starting point for template-directed DNA synthesis at a suitable temperature. The appropriate length of the primer may vary depending on the purpose of use. Short primer molecules generally require a lower temperature to form a stable hybrid with the template. The primer sequence need not be completely complementary to the template, but should be sufficiently complementary to hybridize with the template.

상기 프라이머는 단일염기다형성 부위를 포함하여 표적 DNA에 혼성화할 수도 있으며, 반대편에 혼성화하는 제2 프라이머와 쌍을 이루어 사용될 수 있다. The primer may include a single base polymorphic site and hybridize to the target DNA or may be used in pairs with a second primer that hybridizes to the opposite primer.

본 발명에 있어서, 상기 대립형질 특이적 폴리뉴클레오티드는 프로브일 수 있다. 본 발명에서 프로브(probe)란 혼성화 프로브를 의미하는 것으로, 핵산의 상보성 가닥에 서열 특이적으로 결합할 수 있는 올리고뉴클레오티드를 의미한다. 이러한 프로브에는 Nielsen 등, Science 254, 1497-1500 (1991)에 기재된 펩티드 핵산을 포함한다. 본 발명의 프로브는 대립형질 특이적 프로브로서, 같은 종의 두 구성원으로부터 유래한 핵산 단편 중에 다형성 부위가 존재하여, 한 구성원으로부터 유래한 DNA 단편에는 혼성화하나, 다른 구성원으로부터 유래한 단편에는 혼성화하지 않는다. 이 경우 혼성화 조건은 대립형질 간의 혼성화 강도에 있어서 유의한 차이를 보여, 대립형질 중 하나에만 혼성화하도록 충분히 엄격해야 한다. 본 발명의 상기 프로브는 대립형질을 검출하기 위한 진단방법 등에 사용될 수 있다. 상기 진단 방법에는 서던 블롯팅 등과 같은 핵산의 혼성화에 근거한 검출방법들이 포함되며, 마이크로어레이를 이용한 방법에서 마이크로어레이의 기판에 미리 결합된 형태로 제공될 수도 있다.In the present invention, the allelic specific polynucleotide may be a probe. In the present invention, a probe refers to a hybridization probe, and refers to an oligonucleotide capable of specifically binding to a complementary strand of a nucleic acid. Such probes include the peptide nucleic acids described in Nielsen et al., Science 254, 1497-1500 (1991). The probe of the present invention is an allele-specific probe in which a polymorphic site exists in a nucleic acid fragment derived from two members of the same species and hybridizes to a DNA fragment derived from one member but does not hybridize to a fragment derived from another member . In this case, the hybridization conditions must be sufficiently stringent to hybridize to only one of the alleles, showing significant differences in the hybridization intensity between alleles. The probe of the present invention can be used for a diagnostic method or the like for detecting alleles. The diagnostic methods include detection methods based on hybridization of nucleic acids such as Southern blotting and may be provided in a form preliminarily combined with a substrate of a microarray in a method using a microarray.

이하, 본 발명을 실시예에 의해 상세히 설명하기로 한다. 그러나 이들 실시예는 본 발명을 보다 구체적으로 설명하기 위한 것으로서, 본 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다.Hereinafter, the present invention will be described in detail with reference to examples. However, these examples are intended to further illustrate the present invention, and the scope of the present invention is not limited to these examples.

실시예Example 1.  One. 산자수와And SNP 유전자형과의 연관성 분석 Analysis of association with SNP genotype

(단계 1) 실험동물 준비(Step 1) Preparation of experimental animals

실험동물은 다산종돈 (전북 남원시 운봉읍 가산리 64-2, 대표 박화춘)에서 동일한 환경에서 사육된 버크셔 종돈을 사용하였다. 먼저 산자수가 많은 돼지 3두와 산자수가 적은 돼지 3두를 도축 후 얻은 자궁조직으로부터 SNP를 분석하기 위해 RNA를 분리하였다. 이후 확보한 SNP의 산자수 연관성을 검증하기 위하여 버크셔 150두의 혈액을 EDTA가 함유된 튜브에 채취하였다. The experimental animals used Berkshire bred in the same environment at Dasan (64-2, Gangsan - ri, Unban - eup, Namwon, Jeonbuk). First, RNA was isolated to analyze SNP from uterine tissues obtained after slaughtering 3 pigs and 3 pigs. In order to verify the association of the SNPs obtained, 150 Berkshire blood samples were collected in a tube containing EDTA.

(단계 2) 산자수 연관 형질 평가 모형(Step 2) Sanitary number related characterization evaluation model

총산자수와 실산자수 = 전체평균 + 산차 + 분만주차 + 영구환경효과 + 개체효과 + 오차Total number of living quarters and actual number of living quarters = total average + cumulative difference + parking minutes + permanent environmental effect + individual effect + error

번식형질들에 대한 개체의 육종가를 추정하기 위한 다형질 평가모형은 다음과 같다.The polymorphism evaluation model for estimating the breeding value of the individual for breeding traits is as follows.

Figure 112016080881387-pat00001
Figure 112016080881387-pat00001

위에서,

Figure 112016080881387-pat00002
번째 번식형질 (총산자수, 실산자수의 관측치),
Figure 112016080881387-pat00003
번째 형질의 전체 평균,
Figure 112016080881387-pat00004
번째 번식형질의
Figure 112016080881387-pat00005
번째 산차의 고정효과,
Figure 112016080881387-pat00006
번째 형질의
Figure 112016080881387-pat00007
번째 분만주차의 고정효과,
Figure 112016080881387-pat00008
번째 형질의
Figure 112016080881387-pat00009
번째 개체의 육종가,
Figure 112016080881387-pat00010
번째 형질의
Figure 112016080881387-pat00011
번째 개체의 영구환경효과,
Figure 112016080881387-pat00012
번째 형질의 임의오차이다. From above,
Figure 112016080881387-pat00002
(The total number of litter, the observed number of litter),
Figure 112016080881387-pat00003
The overall average of the first trait,
Figure 112016080881387-pat00004
Reproductive trait
Figure 112016080881387-pat00005
The fixed effect of the second crossover,
Figure 112016080881387-pat00006
Second
Figure 112016080881387-pat00007
The fixed effect of parking for the second minute,
Figure 112016080881387-pat00008
Second
Figure 112016080881387-pat00009
The breeder of the second object,
Figure 112016080881387-pat00010
Second
Figure 112016080881387-pat00011
Persistent environmental effects of the third object,
Figure 112016080881387-pat00012
Is the random error of the first trait.

Figure 112016080881387-pat00013
,
Figure 112016080881387-pat00014
,
Figure 112016080881387-pat00015
,
Figure 112016080881387-pat00016
개체들 간의 상가적 유전 혈연관계를 나타내는 혈연계수행렬이며,
Figure 112016080881387-pat00017
단위행렬이다.
Figure 112016080881387-pat00013
,
Figure 112016080881387-pat00014
,
Figure 112016080881387-pat00015
,
Figure 112016080881387-pat00016
It is a correlation coefficient matrix that shows the genetic relationship between individuals.
Figure 112016080881387-pat00017
Unit matrix.

(단계 3) 돼지로부터 gDNA의 분리(Step 3) Isolation of gDNA from pigs

채취한 혈액은 위저드 게놈 DNA정제 키트 (Wizard genomic DNA purification kit, promega, USA)를 이용하여 gDNA를 분리하였다. 키트에서 제공되는 실험 방법과 동일하게 진행하였다.The collected blood was separated from the gDNA using Wizard genomic DNA purification kit (Promega, USA). The procedure was the same as that of the kit.

(단계 4) RNA-Seq을 통한 돼지 SNP 확인(Step 4) Identification of Pig SNP via RNA-Seq

RNA는 TRI-reagent (Molecular Research Center, Cincinnati, OH, USA)시약을 이용하여 분리하였다. RNA의 품질은 Agilent 2100 Bioanalyzzer (Agilent Technologies, Santa Clara, CA, USA)를 이용하여 확인 하였고 모든 RNA는 RNA integrity number value인 RIN값이 7이상 28S:18S 비율이 1.0이상으로 측정 되었다. 검증에 통과한 RNA를 이용하여 RNA-Seq을 수행하였고 (테라젠 (주)), 전사체상에서 산자수가 많고 적은 두 개의 그룹에서 차이가 나타나는 SNP들을 분석 하였다.RNA was isolated using TRI-reagent (Molecular Research Center, Cincinnati, OH, USA) reagent. RNA quality was assessed using an Agilent 2100 Bioanalyzzer (Agilent Technologies, Santa Clara, Calif., USA). All RNAs had RNA integrity number values ranging from 7 to 28S: 18S with a RIN greater than 1.0. RNA-Seq was performed using the RNA that passed the validation (Terazen), and SNPs that showed differences in two groups with large numbers of haplotypes on transcripts were analyzed.

(단계 5) gDNA에서 산자수 연관 유전자의 SNP의 유전자형 확인(Step 5) Genotyping of SNPs in the germline-related genes in gDNA

RNA-Seq결과에서 확보한 유전자들의 SNP를 분석하기 위해서 다산 종돈의 돼지 150마리로부터 혈액을 분리하여 gDNA를 추출하였다. 표 4에 제시된 프라이머 세트로 증폭하는 과정을 거치고 이후 증폭된 산물을 수거 및 정제하여 표 4에 제시된 각 산자수 연관 유전자의 SNP 유전자형에 대한 특이적 제한 효소로 절단하여 agarose 겔 전기영동을 수행한다. 확보된 제한 효소 절단 단편들의 뉴클레오타이드 서열 크기를 판독하여 각 SNP에 대한 유전자형을 분석하였다. To analyze the SNPs of the genes obtained from the RNA-Seq results, blood was isolated from 150 pigs of the suckling pigs and gDNA was extracted. After amplification with the primer sets set forth in Table 4, the amplified products were collected and purified, and subjected to agarose gel electrophoresis by cleaving them with specific restriction enzymes for the SNP genotype of each of the number of spermatozoa genes shown in Table 4. The genotypes of the SNPs were analyzed by reading the nucleotide sequence size of the obtained restriction enzyme cleavage fragments.

상기 IGFBP3 유전자를 서열번호 3 및 4의 프라이머 세트로 증폭한 PCR 증폭 산물은 438bp의 전체길이를 갖으며, BsaH I 제한효소에 의해 절단된 PCR 산물은 각 326bp 및 112bp의 길이를 갖는다(도 3 및 표 4 참조). 따라서, IGFBP3 유전자에는 상기와 같이 대립인자가 존재하며, 각 유전자형을 PCR-RFLP 방법을 통해 판독할 수 있었다.The PCR amplification product obtained by amplifying the IGFBP3 gene with the primer set of SEQ ID NOS: 3 and 4 has a total length of 438 bp, and the PCR product cleaved by BsaH I restriction enzyme has a length of 326 bp and 112 bp, respectively (FIGS. 3 and 4) See Table 4). Thus, the alleles were present in the IGFBP3 gene as described above, and each genotype could be read by the PCR-RFLP method.

상기 IGFBP2 유전자를 서열번호 5 및 6의 프라이머 세트로 증폭한 PCR 증폭 산물은 361bp의 전체길이를 갖으며, Mbo II 제한효소에 의해 절단된 PCR 산물은 각 200bp, 146bp, 및 15bp의 길이를 갖는다(도 4 및 표 4 참조). 따라서, IGFBP2 유전자에는 상기와 같이 대립인자가 존재하며, 각 유전자형을 PCR-RFLP 방법을 통해 판독할 수 있었다.The PCR amplification product obtained by amplifying the IGFBP2 gene with the primer sets of SEQ ID NOS: 5 and 6 has a total length of 361 bp, and the PCR products cleaved by Mbo II restriction enzyme have a length of 200 bp, 146 bp, and 15 bp, respectively 4 and Table 4). Therefore, the allele was present in the IGFBP2 gene as described above, and each genotype could be read by the PCR-RFLP method.

(단계 6) 산자수 연관 유전자의 SNP 유전자형과 번식능력에 대한 통계분석(Step 6) Statistical analysis of SNP genotype and reproductive capacity

이용된 버크셔 돼지 150두의 번식능력 (총산자수, 실산자수, 총산자수에 대한 육종가, 실산자수에 대한 육종가)과 산자수 연관 유전자의 SNP 유전자형의 연관성을 확인하기 위하여 통계분석을 하였다.Statistical analysis was performed to confirm the association of SNP genotypes with the reproductive capacity of 150 Berkshire pigs (total number of litter, actual number of litter, breeding value of total number of litter, breeding value of litter count) .

Anova test 를 이용하여 유전자형 3 그룹간 분석을 실시하였고 사후 검증으로 Duncan test를 이용하여 연관성을 확인하였고 p-value 0.05 이하인 값을 유의한 수준으로 보았으며 각 p값은 표 2에 표기한 바와 같고 그 값이 낮을수록 유의성이 큰 것을 의미한다. Anova test was used to analyze the genotypic 3 groups. The post-test Duncan test was used to confirm the association. A p-value of less than 0.05 was considered significant, and each p-value was as shown in Table 2 The lower the value, the greater the significance.

표 1은 본 발명에 의한 산자수 연관 유전자의 SNP에 대한 서열 정보를 나타낸다. Table 1 shows sequence information on the SNPs of the embryo-related genes according to the present invention.

SNP NumberSNP Number Accession numberAccession number Gene nameGene name locuslocus SNP positionSNP position 1One AF085482AF085482 IGFBP3IGFBP3 chr18_48.8chr18_48.8 Intron 2, 114Intron 2, 114 22 AF120326AF120326 IGFBP2IGFBP2 Chr6_49Chr6_49 Intron 2, 135Intron 2, 135

표 2는 산자수 연관 유전자의 SNP의 genotype과 번식 능력에 대한 1차 통계분석 결과를 나타낸다.Table 2 shows the results of the first statistical analysis on the genotype and reproductive ability of the SNPs of the wild-type SNPs.

IGFBP3IGFBP3 AA
(50)AA
(50) AB
(74)AB
(74) BB
(6)BB
(6) p-valuep-value 평균총산자Average total longevity 8.7918.791 8.5198.519 11.11011.110 0.01900.0190 평균실산자Average room 7.7437.743 7.4727.472 9.5689.568 0.03070.0307 육종가 (총산자)Breeder (total living) 0.2510.251 0.0110.011 1.0271.027 0.00460.0046 육종가 (실산자)Breeder 0.2120.212 0.0810.081 0.9330.933 0.00250.0025 IGFBP2IGFBP2 AA
(2)AA
(2) AB
(53)AB
(53) BB
(73)BB
(73) p-valuep-value 평균총산자Average total longevity 7.9157.915 9.7549.754 8.3618.361 0.00070.0007 평균실산자Average room 6.9156.915 8.3198.319 7.5167.516 0.03280.0328 육종가 (총산자)Breeder (total living) 0.0900.090 0.4150.415 0.0020.002 0.01470.0147 육종가 (실산자)Breeder 0.1600.160 0.3370.337 0.0740.074 0.05250.0525

표 3은 산자수 연관 유전자의 SNP의 genotype과 번식 능력에 대한 2차 통계분석 결과를 나타낸다. Table 3 shows the results of the second statistical analysis on the genotype and reproductive ability of the SNPs of the wild-type SNPs.

IGFBP3IGFBP3 AA
(55)AA
(55) AB
(69)AB
(69) BB
(6)BB
(6) p-valuep-value 평균총산자Average total longevity 8.8088.808 8.7168.716 9.9989.998 0.26370.2637 평균실산자Average room 7.7897.789 7.7747.774 9.0559.055 0.16390.1639 육종가 (총산자)Breeder (total living) 0.2740.274 0.0870.087 0.9170.917 0.02830.0283 육종가 (실산자)Breeder 0.2300.230 0.1510.151 0.9020.902 0.00970.0097 IGFBP2IGFBP2 AA
(2)AA
(2) AB
(53)AB
(53) BB
(78)BB
(78) p-valuep-value 평균총산자Average total longevity 7.9157.915 9.5029.502 8.4508.450 0.00560.0056 평균실산자Average room 6.9156.915 8.3038.303 7.5627.562 0.02860.0286 육종가 (총산자)Breeder (total living) 0.0900.090 0.4310.431 0.0540.054 0.02440.0244 육종가 (실산자)Breeder 0.1600.160 0.3660.366 0.1150.115 0.05820.0582

표 4는 산자수 연관 유전자의 SNP 위치를 포함하는 산물을 증폭하기 위해 사용된 프라이머 서열, 유전자형을 분석하기 위해 사용된 제한효소, 그에 따른 유전자형을 나타낸다.Table 4 shows the primer sequences used to amplify the product containing the SNP position of the wild-type gene, the restriction enzyme used to analyze the genotype, and the genotype thereof.

SNP NumberSNP Number Accession number
(Gene name)
Accession number
(Gene name)
Primer sequencePrimer sequence EnzymeEnzyme PCR size PCR size Genotype sizeGenotype size 22 AF085482
(IGFBP3)AF085482
(IGFBP3) F: CAA GTC TCA AGC ACG GAC AC
(서열번호 3)
R: GCC AGG GGC TCT CTC TTT T
(서열번호 4)F: CAA GTC TCA AGC ACG GAC AC
(SEQ ID NO: 3)
R: GCC AGG GGC TCT CTC TTT T
(SEQ ID NO: 4) BsaH IBsaH I 438 bp438 bp AA: 438bpAA: 438 bp AB: 438+326+112bpAB: 438 + 326 + 112bp BB: 326+112bpBB: 326 + 112bp 33 AF120326
(IGFBP2)AF120326
(IGFBP2) F: GGA ACT TGC TCA CCC TTG TC
(서열번호 5)
R: CAG GAA GAA GCC CAG GTA TG
(서열번호 6)F: GGA ACT TGC TCA CCC TTG TC
(SEQ ID NO: 5)
R: CAG GAA GAA GCC CAG GTA TG
(SEQ ID NO: 6) Mbo IIMbo II 361 bp361 bp AA: 346+15bpAA: 346 + 15bp AB: 346+15+200+146+15bpAB: 346 + 15 + 200 + 146 + 15bp BB: 200+146+15bpBB: 200 + 146 + 15bp

이상으로 본 발명 내용의 특정한 부분을 상세히 기술하였는 바, 당업계의 통상의 지식을 가진 자에게 있어서, 이러한 구체적 기술은 단지 바람직한 실시 양태일 뿐이며, 이에 의해 본 발명의 범위가 제한되는 것이 아닌 점은 명백할 것이다. 따라서 본 발명의 실질적인 범위는 첨부된 청구항 들과 그것들의 등가물에 의하여 정의된다고 할 것이다.While the present invention has been particularly shown and described with reference to specific embodiments thereof, those skilled in the art will appreciate that such specific embodiments are merely preferred embodiments and that the scope of the present invention is not limited thereby. something to do. It is therefore intended that the scope of the invention be defined by the claims appended hereto and their equivalents.

<110> Gyeongnam national university of science and technology <120> SNP markers of IGFBP gene for prediction of pigs litter size and methods for selection of fecund pigs using the same <130> NPF30224 <160> 6 <170> PatentIn version 3.2 <210> 1 <211> 438 <212> DNA <213> Sus scrofa <400> 1 caagtctcaa gcacggacac ccagaacttc tcctctgagt ccaagcgcga gaacggaata 60 cgtgagagcg tttcctcttc ctaatggtgg ggtggggtgc acctggcctg ggcaccccga 120 gatcatgggg tcactcttga ctcaagagcc cctaggagtg cccaccatgg ctcagcaggt 180 taaggaccca cctagtaccc gtgaggatgc aggttcgatc cttggcctca ctcagtagat 240 taaggatctg gtgttgccat ggccatggcg taggtcacag atcagactcg catctggtgt 300 tgccggggct atggcataag cctcagctgc agctccaatt ctttgacccc tagcccggga 360 acttccatat gccgcatgtg cggcctgaga aagagaaaga aaagtgggag aaaaggaaaa 420 aaagagagag cccctggc 438 <210> 2 <211> 746 <212> DNA <213> Sus Scrofa <400> 2 gtcagagcag gggttgggtc tgattggagg ggtgtcccag catgtggggg gtggaaggga 60 gtgggcgccc cagtgaggtc catgtcttgt gtggcctgca ggcaaagcac tttcctttct 120 ggctctgcca ctaacattca gtgaccttca ggcccatcag tatctcttat gggggcttca 180 gcctctttgg ctttgaaatg ggctgagatt atgggttctt gaagtccctt ccttctaaaa 240 ccttcacatt tctccttggc tttgggacac aggccaaaca ctgggtgcta gagatgaagg 300 tggatcccct ggaacttgct cacccttgtc atacgccacc ctcgctcagc tactcctttt 360 cctctttcca gctcagcact gctgtcttgg tctccacctt ggttggggtt atggaaggaa 420 tggcgattgg accacagggt tgggaagaga aactctagag gcagcctctt gaatttggga 480 tttgcaagtc gatcccactt tgacccctga aagccattga cacagacaga ggggaggagt 540 gaaaactcat atgcaggcag ctttctttag gccggggtgg gacacaatga tagggtagtg 600 agaagtcttt ggatccacta gctagcagta tggccttggg aaactccctc tcatacctgg 660 gcttcttcct gaggctgcac ccagggccct ggtttcacga tccagttctc actctaagca 720 tcctcttggc tcgcctgtgc ccacag 746 <210> 3 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PCR primer <400> 3 caagtctcaa gcacggacac 20 <210> 4 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PCR primer <400> 4 gccaggggct ctctctttt 19 <210> 5 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PCR primer <400> 5 ggaacttgct cacccttgtc 20 <210> 6 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PCR primer <400> 6 caggaagaag cccaggtatg 20 <110> Gyeongnam national university of science and technology <120> SNP markers of IGFBP gene for prediction of pigs litter size and          methods for selection of fecund pigs using the same <130> NPF30224 <160> 6 <170> PatentIn version 3.2 <210> 1 <211> 438 <212> DNA <213> Sus scrofa <400> 1 caagtctcaa gcacggacac ccagaacttc tcctctgagt ccaagcgcga gaacggaata 60 cgtgagagcg tttcctcttc ctaatggtgg ggtggggtgc acctggcctg ggcaccccga 120 gatcatgggg tcactcttga ctcaagagcc cctaggagtg cccaccatgg ctcagcaggt 180 taaggaccca cctagtaccc gtgaggatgc aggttcgatc cttggcctca ctcagtagat 240 taaggatctg gtgttgccat ggccatggcg taggtcacag atcagactcg catctggtgt 300 tgccggggct atggcataag cctcagctgc agctccaatt ctttgacccc tagcccggga 360 acttccatat gccgcatgtg cggcctgaga aagagaaaga aaagtgggag aaaaggaaaa 420 aaagagagag cccctggc 438 <210> 2 <211> 746 <212> DNA <213> Sus Scrofa <400> 2 gtcagagcag gggttgggtc tgattggagg ggtgtcccag catgtggggg gtggaaggga 60 gtgggcgccc cagtgaggtc catgtcttgt gtggcctgca ggcaaagcac tttcctttct 120 ggctctgcca ctaacattca gtgaccttca ggcccatcag tatctcttat gggggcttca 180 gcctctttgg ctttgaaatg ggctgagatt atgggttctt gaagtccctt ccttctaaaa 240 ccttcacatt tctccttggc tttgggacac aggccaaaca ctgggtgcta gagatgaagg 300 tggatcccct ggaacttgct cacccttgtc atacgccacc ctcgctcagc tactcctttt 360 cctctttcca gctcagcact gctgtcttgg tctccacctt ggttggggtt atggaaggaa 420 tggcgattgg accacagggt tgggaagaga aactctagag gcagcctctt gaatttggga 480 tttgcaagtc gatcccactt tgacccctga aagccattga cacagacaga ggggaggagt 540 gaaaactcat atgcaggcag ctttctttag gccggggtgg gacacaatga tagggtagtg 600 agaagtcttt ggatccacta gctagcagta tggccttggg aaactccctc tcatacctgg 660 gcttcttcct gaggctgcac ccagggccct ggtttcacga tccagttctc actctaagca 720 tcctcttggc tcgcctgtgc ccacag 746 <210> 3 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PCR primer <400> 3 caagtctcaa gcacggacac 20 <210> 4 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PCR primer <400> 4 gccaggggct ctctctttt 19 <210> 5 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PCR primer <400> 5 ggaacttgct cacccttgtc 20 <210> 6 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PCR primer <400> 6 caggaagaag cccaggtatg 20

Claims (17)

삭제delete 삭제delete 서열번호 2로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 445번째 염기가 A 또는 T이고, 상기 서열번호 2의 내부의 염기서열로써 445번째 염기를 포함하는 5 내지 746개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제; 및 PCR-RFLP 분석용 제한효소 Mbo II를 포함하고, 상기 PCR-RFLP 분석법으로 분석한 결과 SNP 유전자형 AA, AB 및 BB 중 AB 유전자형을 나타내는 경우 다산 개체라고 예측하는 버크셔 돼지의 산자수 예측용 조성물.A polynucleotide consisting of 5 to 746 contiguous bases, wherein the 445th base is A or T in the polynucleotide shown in SEQ ID NO: 2 and the 445th base is the internal base sequence of SEQ ID NO: 2, or a complementary An agent capable of detecting or amplifying a polynucleotide; And a restriction enzyme Mbo II for PCR-RFLP analysis. When the AB genotype of the SNP genotypes AA, AB and BB is analyzed by PCR-RFLP analysis, the composition is predicted to be a fertile individual. 삭제delete 제3항에 있어서, 서열번호 2의 SNP 마커 증폭용 서열번호 5 및 6의 프라이머 세트를 포함하는 버크셔 돼지의 산자수 예측용 조성물. 4. The composition for predicting the abortion of a Berkshire pig according to claim 3, comprising a primer set of SEQ ID NOs: 5 and 6 for amplifying SNP markers of SEQ ID NO: 2. 삭제delete 삭제delete 제3항에 기재된 버크셔 돼지의 산자수 예측용 조성물을 포함하는 버크셔 돼지의 산자수 예측용 마이크로어레이.7. A microarray for predicting the abundance of Berkshire pigs comprising the composition for predicting the abortion of Berkshire pig according to claim 3. 제3항에 기재된 버크셔 돼지의 산자수 예측용 조성물을 포함하는 버크셔 돼지의 산자수 예측용 키트.A kit for predicting the abortion of a Berkshire pig comprising the composition for predicting the abortion of Berkshire pig according to claim 3. 삭제delete i) 피검체로부터 DNA를 추출하는 단계;
ii) 서열번호 2의 445번째 염기변이 부위, 또는 이 부위 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기부위를 포함하는 DNA를 증폭시키는 단계;
iii) 얻어진 DNA 증폭산물에 제한효소 Mbo II를 처리하는 단계; 및
iv) PCR-RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism; 제한효소절편다형) 분석법으로 SNP 유전자형을 분석한 결과 서열번호 2의 SNP 유전자형 AA, AB 및 BB 중 AB 유전자형을 나타내는 경우 다산 개체라고 예측하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 버크셔 돼지의 다산 개체 선발 방법.i) extracting DNA from a subject;
ii) amplifying a DNA comprising a base site in the 445th base mutation site of SEQ ID NO: 2, or a base site in a complementary chain paired with this site base;
iii) treating the resulting DNA amplification product with a restriction enzyme Mbo II; And
iv) Analysis of SNP genotypes by PCR-RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) analysis to predict that the AB genotype of the SNP genotypes AA, AB and BB of SEQ ID NO: Wherein the method comprises the steps of: 삭제delete 제11항에 있어서,
상기 DNA를 증폭시키는 단계는,
서열번호 2의 SNP 마커 증폭용 서열번호 5 및 6의 프라이머 세트를 이용하는 버크셔 돼지의 다산 개체 선발 방법.12. The method of claim 11,
The step of amplifying the DNA comprises:
And a primer set of SEQ ID NOS: 5 and 6 for amplifying the SNP marker of SEQ ID NO: 2. 삭제delete 삭제delete 삭제delete 삭제delete
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