KR101748453B1 - 폐렴구균(Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ Ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ)에 대항하는 백신과 조성물 - Google Patents
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Abstract
폐렴구균(Streptococcus Pneumoniae)은 특히, 영유아 환자, 노인 환자, 또는 면역약화된 환자의 건강에서 주요한 걱정거리이다. 본 발명에서는 특히, 폐렴구균(Streptococcus Pneumoniae)에서 매우 효과적인 백신과 제약학적 조성물을 제시한다. 이들 항원은 치료적으로 또는 예방적으로 이용될 수 있다.
Description
관련된 출원
본 출원은 2009년 6월 29일 제출된 U.S. Provisional Application No. 61/221,541, 2009년 9월 8일 제출된 U.S. Provisional Application No. 61/240,616, 2009년 9월 8일 제출된 U.S. Provisional Application No. 61/240,598, 그리고 2010년 3월 22일 제출된 U.S. Provisional Application No. 61/316,267에 우선권을 주장한다. 이들 인용된 출원의 전체 교시는 본 발명에 순전히 참조로서 편입된다.
I. 배경기술
폐렴구균 질환은 미국 및 전세계에서 여전히 병과 사망의 주요 원인이다. 매면, 수백만 건의 폐렴(pneumonia), 수막염(meningitis), 균혈증(bacteremia), 그리고 중이염(otitis media) 사례가 병원균 폐렴구균(Streptococcus Pneumoniae)으로 감염에 기인한다. 폐렴구균(S. pneumoniae)은 건강한 성인의 대략 5-10% 및 건강한 아동의 20-40%에서 비인두(nasopharynx)에 콜로니를 형성하는 그람-양성 피포된 구균이다. 통상의 콜로니화는 폐렴구균(S. pneumoniae)이 유스타키오관, 비강, 폐, 혈류, 뇌막, 관절 공간, 뼈 및 복강 내로 운반될 때 감염성이 된다. 폐렴구균(S. pneumoniae)은 면역계를 회피할 수 있게 하는 여러 독력 인자(virulence factor)를 갖는다. 실례에는 숙주 면역 세포에 의한 식작용(phagocytosis)을 예방하는 다당류 캡슐, 보체-매개된 옵소닌화(complement-mediated opsonization)를 저해하는 프로테아제, 그리고 숙주 세포의 용해를 유발하는 단백질이 포함된다. 다당류 캡슐 내에서, 복잡한 다당류의 존재는 폐렴구균을 상이한 혈청형(serotype)으로 분류하기 위한 기초를 제공한다. 현재까지, 폐렴구균(S. pneumoniae)의 93가지 혈청형이 확인되었다.
다양한 제약학적 조성물이 폐렴구균(S. pneumoniae)에 의한 감염에 대한 면역 반응을 무장시키는데 이용되고 있다. 다가 폐렴구균 백신, PPV-23은 성인 및 노령 인구에서 폐렴구균(S. pneumoniae)에 기인한 폐렴 및 기타 침해성 질환을 예방하기 위하여 개발되었다. 상기 백신은 폐렴구균(S. pneumoniae)의 23가지 혈청형으로부터 캡슐모양 다당류(CP)를 내포한다. T 세포 독립성 항원으로서, 이들 CP는 단지 짧게 지속되는 항체 반응만을 유도하고 반복 투약을 필요로 하는데, 이는 면역학적 내성(immunological tolerance)의 위험을 증가시킨다. 항캡슐모양 항체로 명명된, 폐렴구균(S. pneumoniae)에 대한 이들 항체는 성인 및 면역적격 개체에서 보호성인 것으로 인정된다. 하지만, 2세 이하의 아동 및 노인을 비롯한 면역약화된 개체는 T-세포 독립성 항원에 충분히 반응하지 않고, 따라서 PPV-23에 의한 최적 보호가 제공되지 않는다. 두 번째 폐렴구균(S. pneumoniae) 백신, Prevnar는 디프테리아 톡소이드 단백질에 접합된, 7가지 폐렴구균(S. pneumoniae) 균주로부터 세균 다당류를 포함한다. 이러한 백신은 B와 T 세포 반응 둘 모두를 유도한다. 하지만, 상기 백신은 7가지 폐렴구균 혈청형에 대해서만 보호를 제공하기 때문에, 혈청형 대체(serotype replacement)는 Prevnar를 무효화시킬 수 있다. PPV-23은 동일한 한계를 안고 있다. 혈청형 대체는 여러 임상 시험 및 역학 연구에서 이미 증명되었고, 그리고 이들 백신의 상이한 제제가 아마도 더욱 고가의 비용으로 개발되어야 한다는 가능성을 제기한다. 더 나아가, PPV-23과 Prevnar 둘 모두 제조에 많은 비용이 소요되기 때문에, 개발도상국에서는 그들의 이용도가 현저하게 제한된다.
따라서 현재의 전략에 의해 제공되는 것보다 더욱 효과적인 제약학적 조성물의 설계가 여전히 요구된다. 특히, 이런 조성물은 폐렴구균(S. pneumoniae)에 대한 면역 반응을 유도하는 신규하거나 특이적인 항원의 통합을 필요로 한다.
II
. 요약
폐렴구균(Streptococcus Pneumoniae)은 특히, 영유아 환자, 노인 환자, 또는 면역약화된 환자의 건강에서 주요한 걱정거리이다. 폐렴구균(S. pneumoniae)에 대한 DNA와 단백질 서열 정보가 상당 기간 동안 공지되었고, 그리고 연구자들이 오랫동안 폐렴구균(S. pneumoniae)에 대한 백신을 생산하려 시도했지만, 주요한 문제점은 폐렴구균(S. pneumoniae) 게놈 내에 대략 2100개 유전자로부터 보호 폴리펩티드를 어떻게 확인할 것인 가였다. 본 출원에서는 폐렴구균(S. pneumoniae) 게놈 내에서 최대 면역원성 단백질을 확인하도록 설계된 전체-게놈 스크린의 결과를 제공한다. 이러한 스크린으로부터 여러 히트(hit)가 생쥐 모형에서 폐렴구균(S. pneumoniae) 콜로니화로부터 보호를 제공하는 것으로 밝혀졌다. 따라서 본 발명에서는 특히, 폐렴구균(Streptococcus Pneumoniae)에서 매우 효과적인 백신을 제시한다. 이들 백신은 치료적으로 또는 예방적으로 이용될 수 있다. 본 발명에서는 또한, 특이적인 항원, 그리고 이들 항원을 이용하여 폐렴구균(S. pneumoniae)에 대한 면역 반응을 유도하는 방법을 제시한다.
본 발명에서는 예로써, 제약학적으로 허용되는 담체 및 서열 번호: 1-11 중에서 임의의 한 가지를 포함하는 아미노산 서열을 갖는 하나 이상의 폴리펩티드 또는 이의 면역원성 단편을 포함하고, 그리고 서열 번호: 12 또는 13 중에서 한 가지를 포함하는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드 또는 이의 면역원성 단편을 선택적으로 더욱 포함하는 백신 제제를 제시한다.
본 발명에서는 또한, 제약학적으로 허용되는 담체 및 서열 번호: 11로 구성되는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드 또는 이의 면역원성 단편을 포함하는 백신 제제를 제시한다. 이에 더하여, 본 발명에서는 제약학적으로 허용되는 담체 및 서열 번호: 12를 포함하는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드를 포함하는 백신 제제를 제시한다.
게다가, 본 출원에서는 제약학적으로 허용되는 담체 및 서열 번호: 14-21 중에서 임의의 한 가지를 포함하는 아미노산 서열을 갖는 하나 이상의 폴리펩티드 또는 이의 면역원성 단편을 포함하는 백신 제제를 제시한다.
본 출원에서는 특히, 폐렴구균(S. pneumoniae) 감염을 앓고 있거나, 또는 폐렴구균(S. pneumoniae) 감염에 걸리기 쉬운 개체를 치료하는 방법을 제시하고, 상기 방법은 본 명세서에서 기술되는 임의의 백신 제제의 효과량을 투여하는 단계를 포함한다.
본 발명에서는 또한, 제약학적으로 허용되는 담체 및 서열 번호: 1-13 중에서 임의의 한 가지를 포함하는 아미노산 서열을 갖는 2개 이상의 폴리펩티드 또는 이의 면역원성 단편을 포함하는 면역원성 조성물을 제시하고, 여기서 상기 폴리펩티드 중에서 최소한 하나는 서열 번호: 1-10 중에서 한 가지를 포함하는 아미노산 서열 또는 이의 면역원성 단편을 갖는다.
IV
. 상세한 설명
A. 폐렴구균(
S.
pneumoniae
) 백신과 면역원성 조성물에서 이용을 위한 특이적인 폴리펩티드와 핵산
본 출원에서는 표 1에 열거된 폴리펩티드 또는 유전자 중에서 하나 이상, 또는 하기에 기술된 바와 같은 이들의 변이체 또는 단편을 포함하는 폐렴구균(S. pneumoniae) 백신을 기술한다. 이러한 백신은 표 1의 서열을 포함하는 폴리펩티드 또는 이의 변이체 또는 면역원성 단편 또는 표 1의 서열로 구성되는 폴리펩티드 또는 이의 변이체 또는 면역원성 단편을 포함할 수 있다. 각 유전자와 폴리펩티드의 DNA와 단백질 서열은 공개적으로 가용한 데이터베이스, Entrez Gene(World Wide Web 상에서 NCBI NIH 웹 사이트, www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=gene)에서, 폐렴구균(Streptococcus Pneumoniae) TIGR4 게놈 내에 좌위 태그를 검색함으로써 확인될 수 있고, 그리고 이들 지시된 서열 역시 본 출원에 포함된다.
표 1의 일정한 폴리펩티드, 그리고 이들의 변이체는 하기에 더욱 상세하게 기술된다.
1.
SP0024
(서열 번호: 1) 및 이의 변이체
SP0024는 아미노산 27에서부터 아미노산 163까지 걸쳐있는 보존된 탄산탈수효소 도메인을 내포하는 165개 아미노산의 가상 단백질을 나타낸다. 이러한 공통 모티프에 기초하여, SP0024는 아연-결합 단백질일 수 있다.
일부 구체예에서, 폐렴구균(S. pneumoniae) 폴리펩티드를 포함하는 백신 또는 제약학적 조성물은 SP0024에서 선택되는 최소한 20개 연속 아미노산 잔기를 내포하는 폴리펩티드를 포함한다. 이러한 폴리펩티드는 또한, 최소한 20개 잔기 단편의 변이체일 수 있다. 일정한 구체예에서, 이러한 폴리펩티드는 SP0024로부터 150, 125, 또는 100개 이하의 연속 아미노산을 포함한다.
2.
SP0882
(서열 번호: 2) 및 이의 변이체
SP0882는 274개 아미노산의 보존된 가상 단백질이다. 상기 단백질의 대부분(아미노산 2-270)은 에스테라아제 또는 리파아제-유사 영역을 형성한다.
일부 구체예에서, 폐렴구균(S. pneumoniae) 폴리펩티드를 포함하는 백신 또는 제약학적 조성물은 잔기 SP0882에서 선택되는 최소한 20개 연속 아미노산을 내포하는 폴리펩티드를 포함한다. 이러한 폴리펩티드는 또한, 최소한 20개 잔기 단편의 변이체일 수 있다. 일정한 구체예에서, 이러한 폴리펩티드는 SP0882로부터 250, 275, 200, 175, 150, 125, 또는 100개 이하의 연속 아미노산을 포함한다.
SP0882N으로 명명된 한 가지 특정 절두 변이체는 SP0882의 N-말단 130개 아미노산으로 구성되고, 그리고 서열 번호: 3으로서 제시된다. SP0882N은 상이한 혈청형 간에 특히 보존된 영역을 포함한다. 일정한 구체예에서, SP0882 또는 SP0882N를 포함하는 폴리펩티드, 또는 이들 중에서 한 가지의 면역원성 단편은 또한, 외인성 리더 서열을 포함한다. 리더 서열은 예로써, SP2108의 리더 서열일 수 있다. 2가지 예시적인 이런 폴리펩티드는 서열 번호: 4와 5이다.
SP0882의 DNA와 단백질 서열의 변이체는 특히, US Patent Application Publication No. 2009/0215149 및 International Applications WO2002/077021, WO98/18931, 그리고 WO2007/106407에서 기술된다. SP0882N의 변이체는 International Application WO2008/146164에서 개시된다.
서열 변이(sequence variation)는 상이한 폐렴구균(S. pneumoniae) 혈청형 간에 단백질 수준에서 발생하고, 그리고 상이한 폐렴구균(S. pneumoniae) 혈청형으로부터 SP0882 서열의 조합을 예시하는 공통 서열은 서열 번호: 14-17로서 제시된다. 따라서 일정한 구체예에서, 백신 제제는 서열 번호: 14-17 중에서 임의의 한 가지를 포함하거나 이러한 서열로 구성되는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드, 또는 이의 면역원성 단편(가령, 서열 번호: 2-5 중에서 한 가지를 포함하는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드 대신에)을 포함한다.
SP0882의 상이한 변이체를 인코딩하는 핵산 서열은 비록 유전자 코드(genetic code)에서 축중성(degeneracy)으로 인하여, 다른 DNA 서열(코돈-최적화된 서열 포함)이 이들 폴리펩티드를 인코딩할 수 있긴 하지만, 서열 번호: 24-26로서 제시된다.
3.
SP0148
(서열 번호: 7) 및 이의 변이체
단백질 SP0148은 “ABC 트랜스포터, 기질-결합 단백질”로 명명된다. 이러한 부류의 단백질은 전형적으로, 막통과 단백질 복합체와 일시적으로 상호작용하는 세포외 단백질이다. 이들 복합체는 세포 막을 교차하여 특이적 기질을 전위시키는 ATP 가수분해에 의해 산출된 에너지를 이용한다. SP0148은 막-결합된 트랜스포터 복합체를 대표하는, 아미노산 40-246에 걸친 보존된 PBPb(periplasmic binding protein) 도메인을 내포하는 276개 아미노산 단백질이다. 이에 더하여, SB0148은 PBPb 도메인과 거의 공동-광대하고 아미노산 40에서부터 244까지 걸쳐 있는 세균 세포외 용질-결합 단백질, 패밀리 3 도메인을 갖는다. 일부 구체예에서, 백신 또는 기타 조성물은 상기 도메인과 모티프 중에서 하나 이상을 포함하거나 이들이 없는 SP0148의 절두 돌연변이체를 포함한다.
일부 구체예에서, 폐렴구균(S. pneumoniae) 폴리펩티드를 포함하는 백신 또는 제약학적 조성물은 잔기 SP0148에서 선택되는 최소한 20개 연속 아미노산을 내포하는 폴리펩티드를 포함한다. 이러한 폴리펩티드는 또한, 최소한 20개 잔기 단편의 변이체일 수 있다. 일정한 구체예에서, 이러한 폴리펩티드는 SP0148로부터 250, 275, 200, 175, 150, 125, 또는 100개 이하의 연속 아미노산을 포함한다.
내인성 SP0148은 이의 분비를 주동할 수 있는 추정 신호 서열을 포함한다. 일부 구체예에서, 신호 서열(서열 번호: 6)이 없는 SP0148의 변이체가 이용된다. 서열 번호: 6의 폴리펩티드는 비록 다른 핵산 서열(코돈-최적화된 서열 포함)이 이용될 수 있긴 하지만, 서열 번호: 27의 핵산에 의해 인코딩된다. 서열 번호: 28은 본 발명에서 스크린에 이용되는 SP0148의 전장 서열을 인코딩한다.
SP0148의 아미노산 서열과 뉴클레오티드 서열의 변이체는 U.S. Patent Application Publication No. 2005/0020813, U.S. Patent No. 7,378,514 및 7,504,110, 그리고 European Patent Application No. EP1572868 및 EP1855717에서 찾아볼 수 있다.
상이한 폐렴구균(S. pneumoniae) 혈청형으로부터 SP0148 서열의 조합을 예시하는 공통 서열은 서열 번호: 18과 19로서 제시된다. 따라서 일정한 구체예에서, 백신 제제는 서열 번호: 18-19 중에서 한 가지를 포함하거나 이러한 서열로 구성되는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드, 또는 이의 면역원성 단편(가령, 서열 번호: 6 또는 7 중에서 한 가지를 포함하는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드 대신에)을 포함한다.
4.
SP1072
(서열 번호: 8) 및 이의 변이체
SP1072(일명, dnaG)는 DNA 중합효소가 DNA 복제를 개시할 수 있도록 하는 RNA 프라이머의 형성을 촉매하는 DNA 프리마아제 효소이다. 586개 아미노산의 단백질, SP1072는 여러 보존된 모티프를 내포한다. N-말단에서 시작하여, 아미노산 2 - 96은 아연 핑거 도메인을 형성하는데, 이러한 DNA 프리마아제 촉매 코어는 아미노산 122 - 250에 걸치고, 그리고 고도로 보존된 국소이성화효소-프리마아제 (TORPIM) 뉴클레오티딜 전이효소/가수분해효소 도메인 영역은 아미노산 258에서부터 330까지 걸쳐 있다. 일부 구체예에서, 백신 또는 기타 조성물은 상기 도메인과 모티프 중에서 하나 이상을 포함하거나 이들이 없는 SP1072의 절두 돌연변이체를 포함한다.
일부 구체예에서, 폐렴구균(S. pneumoniae) 폴리펩티드를 포함하는 백신 또는 제약학적 조성물은 SP1072에서 선택되는 최소한 20개 연속 아미노산 잔기를 내포하는 폴리펩티드를 포함한다. 이러한 폴리펩티드는 또한, 최소한 20개 잔기 단편의 변이체일 수 있다. 일정한 구체예에서, 이러한 폴리펩티드는 SP1072로부터 550, 500, 450, 400, 350, 300, 250, 200, 150, 또는 100개 이하의 연속 아미노산을 포함한다.
5.
SP2108
(서열 번호: 9) 및 이의 변이체
폴리펩티드 SP2108은 423개 아미노산 길이를 갖고, 그리고 MalX, 말토오스/말토덱스트린 ABC 트랜스포터, 또는 말토오스/말토덱스트린-결합 단백질로도 알려져 있다. 상기 단백질의 대부분(아미노산 3-423)은 MalE(말토오스-결합 주변세포질) 도메인으로 분류된다. 이에 더하여, SP2108은 이의 분비를 주동하는 신호 서열을 내포한다. 일부 구체예에서, 백신 또는 기타 조성물은 상기 도메인과 모티프 중에서 하나 이상을 포함하는 SP2108의 절두 돌연변이체를 포함한다.
일부 구체예에서, 본 발명의 조성물과 방법은 신호 서열이 없는 SP2108 변이체의 이용을 요구한다. 이러한 변이체는 폴리펩티드 서열 서열 번호: 10으로 대표되고, 그리고 예로써, 서열 번호: 29에 따른 핵산에 의해 인코딩될 수 있다.
일부 구체예에서, 폐렴구균(S. pneumoniae) 폴리펩티드를 포함하는 백신 또는 제약학적 조성물은 SP2108에서 선택되는 최소한 20개 연속 아미노산 잔기를 내포하는 폴리펩티드를 포함한다. 이러한 폴리펩티드는 또한, 최소한 20개 잔기 단편의 변이체일 수 있다. 일정한 구체예에서, 이러한 폴리펩티드는 SP2108로부터 400, 350, 300, 250, 200, 150, 또는 100개 이하의 연속 아미노산을 포함한다.
상이한 혈청형으로부터 SP2108 서열의 조합을 예시하는 공통 서열은 서열 번호: 20과 21로서 제시된다. 따라서 일정한 구체예에서, 백신 제제는 서열 번호: 20-21 중에서 한 가지를 포함하거나 이러한 서열로 구성되는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드, 또는 이의 면역원성 단편(가령, 서열 번호: 9 또는 10 중에서 한 가지를 포함하는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드 대신에)을 포함한다.
6.
SP0641
(서열 번호: 12) 및 이의 변이체
2144개 아미노산 길이에서, SP0641은 세포 벽-연관된 세린 프로테아제인 PrtA로 알려져 있다. 전장 SP0641은 다수의 보존된 모티프를 내포한다: 단백질 결합 표면을 형성할 수 있는, 아미노산 485 및 597 사이에 걸쳐 있는 PA_2 모티프; Fn3-유사 도메인(아미노산 800 - 939); 그리고 아미노산 226 - 449 및 639 - 777에 위치하는 S8 C5a 타입의 2개 예측된 촉매 도메인. 일부 구체예에서, 백신 또는 기타 조성물은 상기 도메인과 모티프 중에서 하나 이상을 포함하거나 이들이 없는 SP0641의 절두 돌연변이체를 포함한다.
일부 구체예에서, 폐렴구균(S. pneumoniae) 폴리펩티드를 포함하는 백신 또는 제약학적 조성물은 SP0641에서 선택되는 최소한 20개 연속 아미노산 잔기를 내포하는 폴리펩티드를 포함한다. 이러한 폴리펩티드는 또한, 최소한 20개 잔기 단편의 변이체일 수 있다. 일정한 구체예에서, 이러한 폴리펩티드는 SP0641로부터 1000, 900, 800, 700, 600, 500, 400, 300, 200, 또는 100개 이하의 연속 아미노산을 포함한다.
SP0641의 일정한 다른 절두 변이체 역시 이용될 수 있다. 가령, SP0641N으로 명명된 폴리펩티드(서열 번호: 13)는 SP0641의 N-말단 인근에 아미노산 24-684에 상응하는 661개 아미노산으로 구성된다. 절두 변이체 SP0641M에 포획되는 이들 648개 잔기 영역(서열 번호: 11)은 SP0641N(및 SP0641의 아미노산 686-1333에 상응)에 거의 인접하여 위치한다.
SP0641의 변이체는 예로써, U.S. Patent No. 7,338,786, 6,573,082, 7,132,107, 그리고 International Application WO00/06738에서 개시된다.
서열 번호: 30과 31은 비록 유전자 코드에서 축중성으로 인하여, 다른 DNA 서열(코돈-최적화된 서열 포함)이 SP0641을 인코딩할 수 있긴 하지만, 각각 SP0641M과 SP0641N의 DNA 서열을 전시한다.
표 1과 2의 폴리펩티드(가령, SP0024, SP0882, SP0882N, 신호 서열을 갖거나 신호 서열이 없는 SP0148, SP1072, 신호 서열을 갖거나 신호 서열이 없는 SP1028, SP0641, SP0641M, 또는 SP0641N)에 상동한 폴리펩티드 역시 본 명세서에서 개시되는 조성물과 방법에 이용될 수 있다. 폐렴구균(S. pneumoniae)의 개별 균주는 서로에 관하여 다수의 돌연변이를 내포하고, 그리고 이들 중에서 일부는 상이한 균주 간에 상이한 단백질 서열을 유발한다. 당업자는 아미노산 서열, 또는 이의 일부분을 상이한 폐렴구균(S. pneumoniae) 균주로부터 상동한 아미노산 서열로 쉽게 치환할 수 있다. 일정한 측면에서, 본 발명에서는 표 1과 2의 폴리펩티드 또는 이의 면역원성 단편에 최소한 90%, 95%, 97%, 98%, 99%, 또는 99.5% 동일성을 갖는 면역원성 폴리펩티드를 제시한다. 혈청학적 변이(serotypic variation)는 표 1과 2의 폴리펩티드의 이런 변이체를 설계하는데 이용될 수 있다.
일부 구체예에서, 본 발명의 백신 조성물은 표 1 또는 2의 단백질의 단편(가령, SP0024, SP0882, SP0882N, 신호 서열을 갖거나 신호 서열이 없는 SP0148, SP1072, 신호 서열을 갖거나 신호 서열이 없는 SP1028, SP0641, SP0641M, 또는 SP0641N의 단편)을 포함한다. 일부 구체예에서, 본 발명에서는 표 1 또는 2의 폴리펩티드(가령, 서열 번호: 1-13 중에서 한 가지)에 크기에서 근접하는 절두 돌연변이체를 제시한다. 가령, 이들은 한쪽 또는 양쪽 말단으로부터 최대 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 10개, 또는 20개 아미노산이 없을 수 있다. 예로써, 1-10, 11-20, 21-30, 또는 31-40개 아미노산의 내부 결실(internal deletion) 역시 고려된다.
일정한 구체예에서, 백신 제제는 서열 번호: 14-21 중에서 임의의 한 가지를 포함하거나 이러한 서열로 구성되는 아미노산 서열을 갖는 하나 이상의 폴리펩티드를 포함한다. 일정한 구체예에서, 단편은 서열 번호: 14-21 중에서 임의의 한 가지의 절두된 단편이고, 여기서 1-5, 1-10, 또는 1-20개 아미노산 잔기가 N-말단, C-말단, 또는 둘 모두로부터 제거된다. 일정한 구체예에서, 단편은 서열 번호: 14-21 중에서 임의의 한 가지의 절두된 단편이고, 여기서 1-10개 아미노산 잔기가 N-말단, C-말단, 또는 둘 모두로부터 제거된다. 가령, 10개 아미노산 잔기는 N-말단과 C-말단 각각으로부터 제거되어, 20개 아미노산 잔기가 제거된 단백질이 산출될 수 있다.
상기 표 1에서 기술되는 핵산과 폴리펩티드 이외에, 본 출원에서는 또한, 표 1 및/또는 표 2에서 열거된 폴리펩티드 또는 유전자 중에서 하나 이상, 또는 본 명세서에서 기술된 바와 같은 이들의 변이체 또는 단편을 포함하는 면역원성 조성물을 제시한다. 각 유전자와 단백질의 DNA와 단백질 서열은 앞서 기술된 바와 같이, 공개적으로 가용한 데이터베이스, Entrez Gene에서 좌위 태그를 검색함으로써 확인될 수 있다.
전형적으로, 본 발명의 화합물 내에 존재하는 폴리펩티드는 단독으로 또는 변이체로서 면역원성인데, 여기에는 다른 폴리펩티드에 융합되거나, 또는 어쥬번트와 혼합되거나 어쥬번트에 복합된 폴리펩티드가 포함된다. 변이체에는 또한, 본 명세서에서 기술된 바와 같이, 100% 미만의 서열 동일성을 갖는 서열이 포함된다. 일정한 구체예에서, 표 1 또는 2의 항원은 전장 폴리펩티드로서 제시된다. 이에 더하여, 적절한 면역원성을 갖는 단편, 전구체 및 유사체가 이용될 수도 있다.
이들 폴리펩티드는 포유동물, 예를 들면, 생쥐, 기니 피그, 또는 인간에서 면역원성일 수 있다. 면역원성 폴리펩티드는 전형적으로, 분석물 또는 개체에서 현저한 면역 반응을 발생시킬 수 있는 것이다. 가령, 면역원성 폴리펩티드는 T 세포에 의해 생산되는 IL-17의 양을 증가시킬 수 있다. 실시예 1-4에서 기술되는 IL-17 검사법은 면역원성 폴리펩티드를 확인하는데 이용될 수 있는 검사법의 실례이다. 대안으로, 면역원성 폴리펩티드는 (i) 이러한 폴리펩티드에 결합하는 항체, 예를 들면, 중화 항체의 생산을 유도하고, (ii) TH1 면역성을 유도하고, (iii) 예로써, CD8+ T 세포를 증가시키고 및/또는 감염 또는 재감염 부위에 CD8+ T 세포의 국소화를 증가시킴으로써 CD8+ CTL 반응을 활성화시키고, (iv) TH17 면역성을 유도하고, 및/또는 (v) 선천성 면역(innate immunity)을 활성화시킬 수 있다. 일부 구체예에서, 면역원성 폴리펩티드는 항원에 특이적인 항체의 검출가능한 양의 생산을 유발한다.
일정한 구체예에서, 폴리펩티드는 인간 자기항원 및/또는 장 공생균(gut commensal bacteria)(가령, 일정한 박테로이데스(Bacteroides), 클로스트리듐(Clostridium), 푸소박테리움(Fusobacterium), 유박테리움(Eubacterium), 루미노코커스(Ruminococcus), 펩토코커스(Peptococcus), 펩토스트렙토코커스(Peptostreptococcus), 비피도박테리움(Bifidobacterium), 에스케리치아(Escherichia) 및 락토바실루스(Lactobacillus) 종)에 20%, 30%, 40%, 50%, 60% 또는 70% 이하의 동일성을 갖는다. 인간 자기항원의 실례에는 인슐린, 증식 세포 핵 항원, 시토크롬 P450, 그리고 수초 염기성 단백질이 포함된다.
본 발명에서는 예로써, 제약학적으로 허용되는 담체 및 서열 번호: 1-11 중에서 임의의 한 가지를 포함하는 아미노산 서열을 갖는 하나 이상의 폴리펩티드 또는 이의 면역원성 단편을 포함하고, 그리고 서열 번호: 12 또는 13 중에서 한 가지를 포함하는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드 또는 이의 면역원성 단편을 선택적으로 더욱 포함하는 백신 제제를 제시한다. 일정한 구체예에서, 백신 제제는 서열 번호: 1-13 중에서 임의의 한 가지를 포함하는 아미노산 서열을 갖는 최소한 2개의 상이한 폴리펩티드 또는 이의 면역원성 단편을 포함하고, 여기서 상기 폴리펩티드 중에서 최소한 하나는 서열 번호: 1-10 중에서 한 가지를 포함하는 아미노산 서열 또는 이의 면역원성 단편을 갖는다. 본 명세서에서, 용어 “상이한”은 상기 2개의 펩티드 각각이 서열 번호: 1-13에서 선택되는 상이한 서열로부터 기원한다는 것을 의미한다.
백신 제제는 또한, 서열 번호: 1-11 중에서 임의의 한 가지로 구성되는 아미노산 서열을 갖는 하나 이상의 폴리펩티드를 포함할 수 있다.
일부 구체예에서, 백신 제제는 최소한 2개의 폴리펩티드를 포함하고, 각 폴리펩티드는 (i)-(vi)의 상이한 군에 속한다: (i) 서열 번호: 1 또는 이의 면역원성 단편, (ii) 서열 번호: 2-5 중에서 한 가지 또는 이의 면역원성 단편, (iii) 서열 번호: 6-7 중에서 한 가지 또는 이의 면역원성 단편, (iv) 서열 번호: 8 또는 이의 면역원성 단편, (v) 서열 번호: 9-10 중에서 한 가지 또는 이의 면역원성 단편, 그리고 (vi) 서열 번호: 11-13 중에서 한 가지 또는 이의 면역원성 단편. 이런 조합의 실례는 하기에 열거된다:
서열 번호: 1 및 서열 번호: 2
서열 번호: 1 및 서열 번호: 3
서열 번호: 1 및 서열 번호: 4
서열 번호: 1 및 서열 번호: 5
서열 번호: 1 및 서열 번호: 6
서열 번호: 1 및 서열 번호: 7
서열 번호: 1 및 서열 번호: 8
서열 번호: 1 및 서열 번호: 9
서열 번호: 1 및 서열 번호: 10
서열 번호: 1 및 서열 번호: 11
서열 번호: 1 및 서열 번호: 12
서열 번호: 1 및 서열 번호: 13
서열 번호: 2 및 서열 번호: 6
서열 번호: 2 및 서열 번호: 7
서열 번호: 2 및 서열 번호: 8
서열 번호: 2 및 서열 번호: 9
서열 번호: 2 및 서열 번호: 10
서열 번호: 2 및 서열 번호: 11
서열 번호: 2 및 서열 번호: 12
서열 번호: 2 및 서열 번호: 13
서열 번호: 3 및 서열 번호: 6
서열 번호: 3 및 서열 번호: 7
서열 번호: 3 및 서열 번호: 8
서열 번호: 3 및 서열 번호: 9
서열 번호: 3 및 서열 번호: 10
서열 번호: 3 및 서열 번호: 11
서열 번호: 3 및 서열 번호: 12
서열 번호: 3 및 서열 번호: 13
서열 번호: 4 및 서열 번호: 6
서열 번호: 4 및 서열 번호: 7
서열 번호: 4 및 서열 번호: 8
서열 번호: 4 및 서열 번호: 9
서열 번호: 4 및 서열 번호: 10
서열 번호: 4 및 서열 번호: 11
서열 번호: 4 및 서열 번호: 12
서열 번호: 4 및 서열 번호: 13
서열 번호: 5 및 서열 번호: 6
서열 번호: 5 및 서열 번호: 7
서열 번호: 5 및 서열 번호: 8
서열 번호: 5 및 서열 번호: 9
서열 번호: 5 및 서열 번호: 10
서열 번호: 5 및 서열 번호: 11
서열 번호: 5 및 서열 번호: 12
서열 번호: 5 및 서열 번호: 13
서열 번호: 6 및 서열 번호: 8
서열 번호: 6 및 서열 번호: 9
서열 번호: 6 및 서열 번호: 10
서열 번호: 6 및 서열 번호: 11
서열 번호: 6 및 서열 번호: 12
서열 번호: 6 및 서열 번호: 13
서열 번호: 7 및 서열 번호: 8
서열 번호: 7 및 서열 번호: 9
서열 번호: 7 및 서열 번호: 10
서열 번호: 7 및 서열 번호: 11
서열 번호: 7 및 서열 번호: 12
서열 번호: 7 및 서열 번호: 13
서열 번호: 8 및 서열 번호: 9
서열 번호: 8 및 서열 번호: 10
서열 번호: 8 및 서열 번호: 11
서열 번호: 8 및 서열 번호: 12
서열 번호: 8 및 서열 번호: 13
서열 번호: 9 및 서열 번호: 11
서열 번호: 9 및 서열 번호: 12
서열 번호: 9 및 서열 번호: 13
서열 번호: 10 및 서열 번호: 11
서열 번호: 10 및 서열 번호: 12
서열 번호: 10 및 서열 번호: 13
일정한 구체예에서, 백신 제제는 서열 번호: 1-13 중에서 임의의 한 가지를 포함하는 아미노산 서열을 갖는 최소한 3개의 상이한 폴리펩티드 또는 이의 면역원성 단편을 포함하고, 여기서 상기 폴리펩티드 중에서 최소한 하나는 서열 번호: 1-10 중에서 한 가지를 포함하는 아미노산 서열을 갖는다. 일정한 이런 구체예에서, 백신 제제는 최소한 3개의 폴리펩티드를 포함하고, 각 폴리펩티드는 (i)-(vi)의 상이한 군에 속한다: (i) 서열 번호: 1 또는 이의 면역원성 단편, (ii) 서열 번호: 2-5 중에서 한 가지 또는 이의 면역원성 단편, (iii) 서열 번호: 6-7 중에서 한 가지 또는 이의 면역원성 단편, (iv) 서열 번호: 8 또는 이의 면역원성 단편, (v) 서열 번호: 9-10 중에서 한 가지 또는 이의 면역원성 단편, 그리고 (vi) 서열 번호: 11-13 중에서 한 가지 또는 이의 면역원성 단편. 이런 조합의 실례는 하기에 열거된다:
서열 번호: 1, 서열 번호: 2, 그리고 서열 번호: 6
서열 번호: 1, 서열 번호: 2, 그리고 서열 번호: 7
서열 번호: 1, 서열 번호: 2, 그리고 서열 번호: 8
서열 번호: 1, 서열 번호: 2, 그리고 서열 번호: 9
서열 번호: 1, 서열 번호: 2, 그리고 서열 번호: 10
서열 번호: 1, 서열 번호: 2, 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 1, 서열 번호: 2, 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 1, 서열 번호: 2, 그리고 서열 번호: 13
서열 번호: 1, 서열 번호: 3, 그리고 서열 번호: 6
서열 번호: 1, 서열 번호: 3, 그리고 서열 번호: 7
서열 번호: 1, 서열 번호: 3, 그리고 서열 번호: 8
서열 번호: 1, 서열 번호: 3, 그리고 서열 번호: 9
서열 번호: 1, 서열 번호: 3, 그리고 서열 번호: 10
서열 번호: 1, 서열 번호: 3, 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 1, 서열 번호: 3, 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 1, 서열 번호: 3, 그리고 서열 번호: 13
서열 번호: 1, 서열 번호: 4; 그리고 서열 번호: 6
서열 번호: 1, 서열 번호: 4; 그리고 서열 번호: 7
서열 번호: 1, 서열 번호: 4; 그리고 서열 번호: 8
서열 번호: 1, 서열 번호: 4; 그리고 서열 번호: 9
서열 번호: 1, 서열 번호: 4; 그리고 서열 번호: 10
서열 번호: 1, 서열 번호: 4; 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 1, 서열 번호: 4; 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 1, 서열 번호: 4; 그리고 서열 번호: 13
서열 번호: 1, 서열 번호: 5; 그리고 서열 번호: 6
서열 번호: 1, 서열 번호: 5; 그리고 서열 번호: 7
서열 번호: 1, 서열 번호: 5; 그리고 서열 번호: 8
서열 번호: 1, 서열 번호: 5; 그리고 서열 번호: 9
서열 번호: 1, 서열 번호: 5; 그리고 서열 번호: 10
서열 번호: 1, 서열 번호: 5; 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 1, 서열 번호: 5; 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 1, 서열 번호: 5; 그리고 서열 번호: 13
서열 번호: 1, 서열 번호: 6; 그리고 서열 번호: 8
서열 번호: 1, 서열 번호: 6; 그리고 서열 번호: 9
서열 번호: 1, 서열 번호: 6; 그리고 서열 번호: 10
서열 번호: 1, 서열 번호: 6; 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 1, 서열 번호: 6; 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 1, 서열 번호: 6; 그리고 서열 번호: 13
서열 번호: 1, 서열 번호: 7; 그리고 서열 번호: 8
서열 번호: 1, 서열 번호: 7; 그리고 서열 번호: 9
서열 번호: 1, 서열 번호: 7; 그리고 서열 번호: 10
서열 번호: 1, 서열 번호: 7; 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 1, 서열 번호: 7; 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 1, 서열 번호: 7; 그리고 서열 번호: 13
서열 번호: 1, 서열 번호: 8; 그리고 서열 번호: 9
서열 번호: 1, 서열 번호: 8; 그리고 서열 번호: 10
서열 번호: 1, 서열 번호: 8; 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 1, 서열 번호: 8; 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 1, 서열 번호: 8; 그리고 서열 번호: 13
서열 번호: 1, 서열 번호: 9; 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 1, 서열 번호: 9; 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 1, 서열 번호: 9; 그리고 서열 번호: 13
서열 번호: 1, 서열 번호: 10; 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 1, 서열 번호: 10; 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 1, 서열 번호: 10; 그리고 서열 번호: 13
서열 번호: 2, 서열 번호: 6; 그리고 서열 번호: 8
서열 번호: 2, 서열 번호: 6; 그리고 서열 번호: 9
서열 번호: 2, 서열 번호: 6; 그리고 서열 번호: 10
서열 번호: 2, 서열 번호: 6; 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 2, 서열 번호: 6; 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 2, 서열 번호: 6; 그리고 서열 번호: 13
서열 번호: 2, 서열 번호: 7; 그리고 서열 번호: 8
서열 번호: 2, 서열 번호: 7; 그리고 서열 번호: 9
서열 번호: 2, 서열 번호: 7; 그리고 서열 번호: 10
서열 번호: 2, 서열 번호: 7; 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 2, 서열 번호: 7; 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 2, 서열 번호: 7; 그리고 서열 번호: 13
서열 번호: 2, 서열 번호: 8; 그리고 서열 번호: 9
서열 번호: 2, 서열 번호: 8; 그리고 서열 번호: 10
서열 번호: 2, 서열 번호: 8; 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 2, 서열 번호: 8; 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 2, 서열 번호: 8; 그리고 서열 번호: 13
서열 번호: 2, 서열 번호: 9; 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 2, 서열 번호: 9; 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 2, 서열 번호: 9; 그리고 서열 번호: 13
서열 번호: 2, 서열 번호: 10; 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 2, 서열 번호: 10; 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 2, 서열 번호: 10; 그리고 서열 번호: 13
서열 번호: 3, 서열 번호: 6; 그리고 서열 번호: 8
서열 번호: 3, 서열 번호: 6; 그리고 서열 번호: 9
서열 번호: 3, 서열 번호: 6; 그리고 서열 번호: 10
서열 번호: 3, 서열 번호: 6; 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 3, 서열 번호: 6; 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 3, 서열 번호: 6; 그리고 서열 번호: 13
서열 번호: 3, 서열 번호: 7; 그리고 서열 번호: 8
서열 번호: 3, 서열 번호: 7; 그리고 서열 번호: 9
서열 번호: 3, 서열 번호: 7; 그리고 서열 번호: 10
서열 번호: 3, 서열 번호: 7; 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 3, 서열 번호: 7; 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 3, 서열 번호: 7; 그리고 서열 번호: 13
서열 번호: 3, 서열 번호: 8; 그리고 서열 번호: 9
서열 번호: 3, 서열 번호: 8; 그리고 서열 번호: 10
서열 번호: 3, 서열 번호: 8; 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 3, 서열 번호: 8; 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 3, 서열 번호: 8; 그리고 서열 번호: 13
서열 번호: 3, 서열 번호: 9; 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 3, 서열 번호: 9; 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 3, 서열 번호: 9; 그리고 서열 번호: 13
서열 번호: 3, 서열 번호: 10; 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 3, 서열 번호: 10; 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 3, 서열 번호: 10; 그리고 서열 번호: 13
서열 번호: 4, 서열 번호: 6; 그리고 서열 번호: 8
서열 번호: 4, 서열 번호: 6; 그리고 서열 번호: 9
서열 번호: 4, 서열 번호: 6; 그리고 서열 번호: 10
서열 번호: 4, 서열 번호: 6; 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 4, 서열 번호: 6; 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 4, 서열 번호: 6; 그리고 서열 번호: 13
서열 번호: 4, 서열 번호: 7; 그리고 서열 번호: 8
서열 번호: 4, 서열 번호: 7; 그리고 서열 번호: 9
서열 번호: 4, 서열 번호: 7; 그리고 서열 번호: 10
서열 번호: 4, 서열 번호: 7; 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 4, 서열 번호: 7; 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 4, 서열 번호: 7; 그리고 서열 번호: 13
서열 번호: 4, 서열 번호: 8; 그리고 서열 번호: 9
서열 번호: 4, 서열 번호: 8; 그리고 서열 번호: 10
서열 번호: 4, 서열 번호: 8; 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 4, 서열 번호: 8; 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 4, 서열 번호: 8; 그리고 서열 번호: 13
서열 번호: 4, 서열 번호: 9; 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 4, 서열 번호: 9; 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 4, 서열 번호: 9; 그리고 서열 번호: 13
서열 번호: 4, 서열 번호: 10; 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 4, 서열 번호: 10; 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 4, 서열 번호: 10; 그리고 서열 번호: 13
서열 번호: 5, 서열 번호: 6; 그리고 서열 번호: 8
서열 번호: 5, 서열 번호: 6; 그리고 서열 번호: 9
서열 번호: 5, 서열 번호: 6; 그리고 서열 번호: 10
서열 번호: 5, 서열 번호: 6; 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 5, 서열 번호: 6; 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 5, 서열 번호: 6; 그리고 서열 번호: 13
서열 번호: 5, 서열 번호: 7; 그리고 서열 번호: 8
서열 번호: 5, 서열 번호: 7; 그리고 서열 번호: 9
서열 번호: 5, 서열 번호: 7; 그리고 서열 번호: 10
서열 번호: 5, 서열 번호: 7; 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 5, 서열 번호: 7; 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 5, 서열 번호: 7; 그리고 서열 번호: 13
서열 번호: 5, 서열 번호: 8; 그리고 서열 번호: 9
서열 번호: 5, 서열 번호: 8; 그리고 서열 번호: 10
서열 번호: 5, 서열 번호: 8; 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 5, 서열 번호: 8; 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 5, 서열 번호: 8; 그리고 서열 번호: 13
서열 번호: 5, 서열 번호: 9; 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 5, 서열 번호: 9; 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 5, 서열 번호: 9; 그리고 서열 번호: 13
서열 번호: 5, 서열 번호: 10; 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 5, 서열 번호: 10; 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 5, 서열 번호: 10; 그리고 서열 번호: 13
서열 번호: 6, 서열 번호: 8; 그리고 서열 번호: 9
서열 번호: 6, 서열 번호: 8; 그리고 서열 번호: 10
서열 번호: 6, 서열 번호: 8; 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 6, 서열 번호: 8; 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 6, 서열 번호: 8; 그리고 서열 번호: 13
서열 번호: 6, 서열 번호: 9; 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 6, 서열 번호: 9; 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 6, 서열 번호: 9; 그리고 서열 번호: 13
서열 번호: 6, 서열 번호: 10; 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 6, 서열 번호: 10; 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 6, 서열 번호: 10; 그리고 서열 번호: 13
서열 번호: 7, 서열 번호: 8; 그리고 서열 번호: 9
서열 번호: 7, 서열 번호: 8; 그리고 서열 번호: 10
서열 번호: 7, 서열 번호: 8; 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 7, 서열 번호: 8; 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 7, 서열 번호: 8; 그리고 서열 번호: 13
서열 번호: 7, 서열 번호: 9; 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 7, 서열 번호: 9; 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 7, 서열 번호: 9; 그리고 서열 번호: 13
서열 번호: 7, 서열 번호: 10; 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 7, 서열 번호: 10; 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 7, 서열 번호: 10; 그리고 서열 번호: 13
서열 번호: 8, 서열 번호: 9; 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 8, 서열 번호: 9; 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 8, 서열 번호: 9; 그리고 서열 번호: 13
서열 번호: 8, 서열 번호: 10; 그리고 서열 번호: 11
서열 번호: 8, 서열 번호: 10; 그리고 서열 번호: 12
서열 번호: 8, 서열 번호: 10; 그리고 서열 번호: 13
일부 구체예에서, 백신 제제는 서열 번호: 14-21 중에서 임의의 한 가지를 포함하는 아미노산 서열을 갖는 최소한 2개의 상이한 폴리펩티드 또는 이의 면역원성 단편을 포함한다. 일정한 이런 구체예에서, 백신 제제는 최소한 2개의 폴리펩티드를 포함하고, 각 폴리펩티드는 (i)-(iii)의 상이한 군에 속한다: (i) 서열 번호: 14-17 중에서 한 가지 또는 이의 면역원성 단편, (ii) 서열 번호: 18-19 중에서 한 가지 또는 이의 면역원성 단편; 그리고 (iii) 서열 번호: 20-21 중에서 한 가지 또는 이의 면역원성 단편. 이런 조합의 실례는 하기에 열거된다:
서열 번호: 14 및 서열 번호: 18
서열 번호: 14 및 서열 번호: 19
서열 번호: 14 및 서열 번호: 20
서열 번호: 14 및 서열 번호: 21
서열 번호: 15 및 서열 번호: 18
서열 번호: 15 및 서열 번호: 19
서열 번호: 15 및 서열 번호: 20
서열 번호: 15 및 서열 번호: 21
서열 번호: 16 및 서열 번호: 18
서열 번호: 16 및 서열 번호: 19
서열 번호: 16 및 서열 번호: 20
서열 번호: 16 및 서열 번호: 21
서열 번호: 17 및 서열 번호: 18
서열 번호: 17 및 서열 번호: 19
서열 번호: 17 및 서열 번호: 20
서열 번호: 17 및 서열 번호: 21
서열 번호: 18 및 서열 번호: 20
서열 번호: 18 및 서열 번호: 21
서열 번호: 19 및 서열 번호: 20
서열 번호: 19 및 서열 번호: 21
일부 측면에서, 서열 번호: 14-21 중에서 하나 이상을 포함하는 백신 제제는 서열 번호: 1-13 중에서 임의의 한 가지를 포함하는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드를 더욱 포함한다.
일정한 구체예에서, 백신 제제는 서열 번호: 14-21 중에서 임의의 한 가지를 포함하는 아미노산 서열을 갖는 최소한 3개의 상이한 폴리펩티드 또는 이의 면역원성 단편을 포함한다. 일정한 이런 구체예에서, 백신 제제는 (i)-(iii) 중에서 3개를 포함한다: (i) 서열 번호: 14-17 중에서 한 가지 또는 이의 면역원성 단편, (ii) 서열 번호: 18-19 중에서 한 가지 또는 이의 면역원성 단편; 그리고 (iii) 서열 번호: 20-21 중에서 한 가지 또는 이의 면역원성 단편. 이런 조합의 실례는 하기에 열거된다:
서열 번호: 14, 서열 번호: 18, 그리고 서열 번호: 20
서열 번호: 14, 서열 번호: 18, 그리고 서열 번호: 21
서열 번호: 14, 서열 번호: 19, 그리고 서열 번호: 20
서열 번호: 14, 서열 번호: 19, 그리고 서열 번호: 21
서열 번호: 15, 서열 번호: 18, 그리고 서열 번호: 20
서열 번호: 15, 서열 번호: 18, 그리고 서열 번호: 21
서열 번호: 15, 서열 번호: 19, 그리고 서열 번호: 20
서열 번호: 15, 서열 번호: 19, 그리고 서열 번호: 21
서열 번호: 16, 서열 번호: 18, 그리고 서열 번호: 20
서열 번호: 16, 서열 번호: 18, 그리고 서열 번호: 21
서열 번호: 16, 서열 번호: 19, 그리고 서열 번호: 20
서열 번호: 16, 서열 번호: 19, 그리고 서열 번호: 21
서열 번호: 17, 서열 번호: 18, 그리고 서열 번호: 20
서열 번호: 17, 서열 번호: 18, 그리고 서열 번호: 21
서열 번호: 17, 서열 번호: 19, 그리고 서열 번호: 20
서열 번호: 17, 서열 번호: 19, 그리고 서열 번호: 21
폴리펩티드는 하나 이상의 면역원성 부분 및 하나 이상의 비-면역원성 부분을 포함할 수 있다. 면역원성 부분은 단백질 마이크로어레이, ELISPOT/ELISA 기술, 및/또는 문제되는 폴리펩티드의 상이한 결실 돌연변이체(가령, 단편)에서 특정한 검사법을 비롯한 다양한 방법에 의해 확인될 수 있다. 면역원성 부분은 또한, 컴퓨터 알고리즘(computer algorithm)에 의해 확인될 수 있다. 일부 이와 같은 알고리즘, 예를 들면, EpiMatrix(EpiVax)는 컴퓨터 매트릭스 접근법(computational matrix approach)을 이용한다. 항원성 에피토프를 확인하기 위한 다른 컴퓨터 도구에는 PEPVAC(Promiscuous Epitope-based VACcine, 월드 와이드 웹 immunax.dfci.harvard.edu/PEPVAC에서 Dana Farber Cancer Institute에 의해 제공됨), 그리고 MHCPred(이는 부분 최소 제곱(partial least square) 접근법을 이용하고 월드 와이드 웹 www.jenner.ac.uk/MHCPred에서 Jenner Institute에 의해 제공됨)가 포함된다. 본 명세서에서 기술되는 폴리펩티드의 면역원성 단편은 실험적으로 측정되거나, 또는 알고리즘에 의해 확인될 때 최소한 하나의 면역원성 부분을 포함한다. 앞서 기술된 도구에 의해 확인되는 펩티드는 하기가 포함된다:
따라서 일부 측면에서, 본 발명에서는 본 명세서에서 기술되는 항원의 면역원성 단편을 제시한다. 이들 단편은 일부 경우에, 전장 폴리펩티드, 또는 표 1 또는 2의 폴리펩티드에 크기에서 근접한다. 가령, 이들은 한쪽 또는 양쪽 말단으로부터 최대 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 10개, 또는 20개 아미노산이 없다. 일정한 구체예에서, 이러한 폴리펩티드는 100-500개 아미노산 길이, 또는 150-450, 또는 200-400, 또는 250-250개 아미노산 길이를 갖는다. 일부 구체예에서, 이러한 폴리펩티드는 100-200, 150-250, 200-300, 250-350, 300-400, 350-450, 또는 400-500개 아미노산 길이를 갖는다. 앞서 기술된 단편 또는 이들의 하위-단편(가령, 8-50, 8-30, 또는 8-20개 아미노산 잔기의 단편)은 바람직하게는, 앞서 기술된 생물학적 활성 중에서 한 가지, 예를 들면, 방출되는 IL-17 양의 최소한 1.5배 또는 2배 또는 그 이상의 증가(가령, 절대 척도로서, 또는 면역학적으로 비활성 단백질, 예를 들면, 난백알부민에 상대적으로)를 갖는다. 단편은 본 명세서에서 기술되는 백신에서 폴리펩티드로서 이용되거나, 또는 다른 단백질, 단백질 단편 또는 폴리펩티드에 융합될 수 있다.
일부 구체예에서, 단편은 1-5, 1-10, 또는 1-20개 아미노산 잔기가 N-말단, C-말단, 또는 둘 모두로부터 제거된 서열 번호: 1-13 중에서 임의의 한 가지의 절두된 단편이다. 일부 이런 구체예에서, 동일한 숫자의 잔기가 N-말단과 C-말단으로부터 제거되고, 다른 구체예에서, C-말단과 비교하여 상이한 숫자의 잔기가 N-말단으로부터 제거된다.
일정한 측면에서, 본 발명에서는 표 1 또는 2의 폴리펩티드에 최소한 90%, 95%, 97%, 98%, 99%, 또는 99.5% 동일성을 갖는 면역원성 폴리펩티드를 제시한다. 본 발명에서는 또한, 제약학적으로 허용되는 담체 및 서열 번호: 1-11 중에서 임의의 한 가지에 최소한 90%, 95%, 98%, 또는 99% 동일한 서열을 포함하는 아미노산 서열을 갖는 하나 이상의 폴리펩티드 또는 이의 면역원성 단편을 포함하고, 그리고 서열 번호: 12 또는 13 중에서 한 가지에 최소한 90%, 95%, 98%, 또는 99% 동일한 서열을 포함하는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드 또는 이의 면역원성 단편을 선택적으로 더욱 포함하는 백신 제제를 제시한다. 일정한 구체예에서, 백신 제제는 서열 번호: 1-13 중에서 임의의 한 가지에 최소한 90%, 95%, 98%, 또는 99% 동일한 서열을 포함하는 아미노산 서열을 갖는 최소한 2개의 상이한 폴리펩티드 또는 이의 면역원성 단편을 포함하고, 여기서 상기 폴리펩티드 중에서 최소한 하나는 서열 번호: 1-10 중에서 한 가지에 최소한 90%, 95%, 98%, 또는 99% 동일한 서열을 포함하는 아미노산 서열 또는 이의 면역원성 단편을 갖는다.
일부 구체예에서, 표 1 또는 2로부터 하나 이상, 예를 들면, 2개, 3개, 4개, 또는 그 이상의 폴리펩티드, 또는 이들의 면역원성 단편 또는 변이체는 혼합물로 제공된다. 일부 구체예에서, 표 1 또는 2로부터 2개, 3개, 4개, 또는 그 이상의 폴리펩티드, 또는 이들의 면역원성 단편 또는 변이체는 예로써, 융합 단백질로서 서로에 공유 결합된다.
일부 구체예에서, 백신 제제는 서열 번호: 1-13 중에서 임의의 한 가지를 포함하는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드 이외에 다른 폐렴구균(S. pneumoniae) 폴리펩티드를 실질적으로 내포하지 않는다. 일부 구체예에서, 백신 제제는 표 1의 폴리펩티드 이외에 다른 폐렴구균(S. pneumoniae) 폴리펩티드를 실질적으로 내포하지 않는다. 일부 구체예에서, 백신 제제는 표 1 또는 2의 폴리펩티드 이외에 다른 폐렴구균(S. pneumoniae) 폴리펩티드를 실질적으로 내포하지 않는다.
일정한 구체예에서, 백신 제제 또는 면역원성 조성물은 서열 번호: 1-13 중에서 임의의 한 가지를 포함하는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드 이외에 다른 폐렴구균(S. pneumoniae) 폴리펩티드를 실질적으로 내포하지 않는다. 일정한 이런 구체예에서, 백신 제제 또는 면역원성 조성물은 서열 번호: 1-13 중에서 임의의 한 가지로 구성되는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드 이외에 다른 폐렴구균(S. pneumoniae) 폴리펩티드를 실질적으로 내포하지 않는다. 일부 구체예에서, 백신 제제 또는 면역원성 조성물은 표 1과 2의 폴리펩티드의 임의의 아미노산 서열을 포함하는(또는 이러한 서열로 구성되는) 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드 이외에 다른 폐렴구균(S. pneumoniae) 폴리펩티드를 실질적으로 내포하지 않는다. “실질적으로”은 이러한 문맥에서, 50% 이하, 40% 이하, 30% 이하, 20% 이하, 10% 이하, 5% 이하, 3% 이하, 2 이하, 또는 심지어 1% 이하의 다른 폐렴구균(S. pneumoniae) 폴리펩티드를 지칭한다.
일정한 구체예에서, 백신 조성물은 TH17 세포와 접촉한 이후에, TH17 세포 반응을 대조 무관 항원(가령, 유전자 명칭 US12를 갖는 HSV-2 단백질 ICP47)에 의해 유도되는 것보다 최소한 1.5-배 유도한다. 일부 구체예에서, 백신 제제는 감염되지 않은 개체에서 폐렴구균(S. pneumoniae)에 의한 감염을 저해한다. 일정한 구체예에서, 백신 제제는 개체에서 폐렴구균(S. pneumoniae) 콜로니화를 저해한다. 일부 구체예에서, 백신 제제는 폐렴구균(S. pneumoniae) 증상을 저해한다.
일정한 구체예에서, 본 발명에서는 앞서 기술된 폴리펩티드 중에서 하나 이상을 인코딩하는 핵산, 예를 들면, DNA, RNA, 또는 이의 유사체를 제시한다. 앞서 기술된 폴리펩티드에 대한 기초 DNA 서열은 단백질 산물의 서열에 영향을 주지 않는 방식으로 변형되고, 그리고 이들 서열은 본 발명에 포함된다. 가령, DNA 서열은 숙주, 예를 들면, 대장균(E. coli), 곤충 세포주(가령, 배큘로바이러스 발현 시스템 이용), 또는 포유동물(가령, 인간 또는 중국 햄스터 난소) 세포주에서 발현을 향상시키기 위하여 코돈-최적화될 수 있다.
일정한 구체예에서, 본 발명에서는 표 1 또는 2에서 유전자에 최소한 70%, 80%, 90%, 95%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일한 핵산(가령, DNA, RNA, 또는 이의 유사체), 또는 상기 유전자의 변이체 또는 일부분을 제시한다. 일정한 구체예에서, 핵산은 600-2000, 800-1800, 1000-1600, 1200-1400개 뉴클레오티드 길이를 갖는다. 일부 구체예에서, 핵산은 600-1600, 800-1800, 또는 1000-2000개 뉴클레오티드 길이를 갖는다. 핵산은 예로써, 표 1과 2의 폴리펩티드, 또는 이들의 면역원성 단편의 재조합 생산에 이용될 수 있다.
일부 구체예에서, 백신 또는 면역원성 조성물은 융합 단백질 및/또는 융합 DNA 구조체를 포함할 수 있다. 본 명세서에서 기술되는 폴리펩티드는 변형 없이 이용될 수 있다. 일정한 구체예에서, 더욱 작은 관련된 폴리펩티드, 예를 들면, 단편 등이 이용되고, 그리고 그들의 분자량이 대략 5000 달톤 이하, 예를 들면, 1500 내지 5000 달톤일 때, 변형은 원하는 면역 반응을 유도하는데 유용할 수 있다. 가령, 더욱 작은 폴리펩티드는 적절한 면역원성 담체, 예를 들면, 파상풍 톡소이드, 뉴모리신(pneumolysin) 키홀 림펫 헤모시아닌 등에 접합될 수 있다. 일정한 구체예에서, 백신 제제는 최소한 하나의 지질화된 폴리펩티드를 포함한다. 접합(conjugation)은 직접적 또는 간접적(가령, 링커를 거쳐)일 수 있다.
다른 구체예에서, 구조체는 표 1 또는 2로부터 유전자 또는 단백질, 또는 이의 면역원성 단편 또는 변이체 및 태그(tag)를 포함할 수 있다. 태그는 N-말단 또는 C-말단일 수 있다. 가령, 태그는 정제, 검출, 가용성을 용이하게 하거나, 또는 단백질 또는 핵산에 다른 바람직한 특성을 부여하기 위하여 핵산 또는 폴리펩티드에 부가될 수 있다. 가령, 정제 태그는 친화성 정제에 이용될 수 있는 펩티드, 올리고펩티드, 또는 폴리펩티드일 수 있다. 실례에는 His, GST, TAP, FLAG, myc, HA, MBP, VSV-G, 티오레독신, V5, 아비딘, 스트렙타비딘, BCCP, 칼모듈린, Nus, S 태그, 지단백 D, 그리고 β 갈락토시다아제가 포함된다. 특정의 예시적인 His 태그에는 HHHHHH(서열 번호: 32) 및 MSYYHHHHHH(서열 번호: 33)가 포함된다. 다른 구체예에서, 폴리펩티드는 단백질 정제 태그와 같은 태그가 없고, 그리고 정제 태그에 대한 친화성에 의존하지 않는 방법에 의해 정제된다. 일부 구체예에서, 융합된 부분은 짧다. 따라서 일부 경우에, 융합 단백질은 표 1 또는 2의 폴리펩티드의 한쪽 또는 양쪽 말단에서 1, 2, 3, 4, 5, 10, 또는 20개 이하의 추가 아미노산을 포함한다.
B. 면역원성 조성물
본 발명에서는 또한, 제약학적 담체와 함께, 면역원성 폴리펩티드 또는 이들 면역원성 폴리펩티드를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드를 내포하는 제약학적 조성물을 제시한다. 폐렴구균(S. pneumoniae)으로부터 항원은 폐렴구균(S. pneumonia)으로 감염된 생쥐로부터, 또는 건강한 인간 공여자로부터 면역 세포를 스크리닝함으로써 확인되었다. 인간 공여자는 아마도, 그들의 일생 동안 일정한 시기에 폐렴구균(S. pneumoniae)에 노출되었을 것으로 생각되는데, 그 이유는 폐렴구균(S. pneumoniae)이 콜로니를 형성하는 매우 흔한 병원균이기 때문이다. 간단히 말하면, 폐렴구균(S. pneumoniae) 항원의 라이브러리는 세균에서 발현되고 항원 제시 세포(APC)와 혼합되었다. 이들 APC는 차례로, 폐렴구균(S. pneumoniae)-유래된 폴리펩티드를 생쥐로부터 또는 인간 공여자로부터 분리된 림프구에 제시하였다. 림프구 반응은 폐렴구균(S. pneumoniae)에 대한 반응성(reactivity)에 대하여 평가되었다. 인간 공여자, 그리고 폐렴구균(S. pneumoniae)으로 면역화된 생쥐는 폐렴구균(S. pneumoniae) 항원에 특이적인 림프구를 생산하였다. 따라서 본 발명에서는 폐렴구균(S. pneumoniae)에 의한 감염을 중화시키기 위하여, 면역화된 또는 감염된 생쥐 또는 인간에서 강한 면역 반응을 유도하는 폐렴구균(S. pneumoniae) 항원의 조성물을 고려한다.
표 1과 2에서는 본 명세서에서 기술되는 스크리닝 방법에 따라 확인된 폐렴구균(S. pneumoniae) 항원에 대한 단백질 서열 및 상응하는 뉴클레오티드 서열을 열거한다. 이들 항원은 생쥐와 인간 T 세포의 스크린에서 확인되었다. 생쥐 T 세포의 스크린에서, 확인된 항원은 최소한 2 라운드의 스크리닝에 종속되었다: 면역 반응을 유도하는 4개 항원의 풀을 확인하는 게놈-전체 라운드, 그 이후에 게놈-전체 라운드에서 확인된 풀로부터 면역 반응을 유도하는 단일 항원을 개별적으로 조사하고 확인하는 디콘볼류션 라운드. 대조적으로, 인간 T 세포의 스크린에서, 2가지 상이한 세트의 항원 풀이 산출되고, 따라서 폴리펩티드는 첫 번째와 두 번째 풀 간에 상이한 폴리펩티드와 결합되었다. 결과적으로, 어떤 폴리펩티드가 첫 번째와 두 번째 세트 둘 모두에서 양성 풀 내에 있는 지를 확인함으로써 어떤 폴리펩티드가 항원인지를 결정하는 것이 가능하다. 표 1에서는 상기 스크리닝 방법 중에서 한 가지에 의해 확인되고, 그리고 차후에, 실시예 5-8에서 기술된 생쥐 모형에서 추가 검사에 종속되는 항원(및 이의 변이체)을 열거한다. 따라서 본 발명에 따른 조성물은 표 1 또는 2에 열거된 유전자, 또는 상응하는 유전자 산물 중에서 1개 또는 2개 이상을 포함할 수 있다.
면역원성 조성물은 또한, 상기 스트렙토코커스 폴리펩티드의 일부분, 예를 들면, 결손 돌연변이체, 절두 돌연변이체, 올리고뉴클레오티드, 그리고 펩티드 단편을 포함할 수 있다. 일부 구체예에서, 상기 폴리펩티드의 일부분은 면역원성이다. 단백질의 일부분의 면역원성은 전장 단백질의 면역원성을 측정하는데 이용되는 동일한 검사법을 이용하여 쉽게 측정된다. 일부 구체예에서, 폴리펩티드의 일부분은 전장 단백질과 실질적으로 동일한 면역원성을 가진다. 일부 구체예에서, 면역원성은 전장 단백질(가령, 표 1과 2의 폴리펩티드)의 면역원성의 단지 10%, 20%, 30%, 40%, 또는 50% 적다. 이들 단백질 단편은 예로써, 선형, 원형, 또는 가지형일 수 있다.
본 명세서에서 기술되는 백신 제제와 면역원성 조성물의 일부 구체예는 폴리펩티드의 포유동물 세포 내로의 도입 및 세포-매개된 면역 반응의 차후 자극을 가능하게 하기 위하여 막 전위 서열(MTS)을 내포하는 면역원성 폴리펩티드(가령, 표 1 또는 2의 폴리펩티드)를 포함한다. 예시적인 막 전위 서열에는 Kaposi 섬유아세포 성장 인자의 신호 서열내 소수성 영역, α-시뉴클레인(synuclein), β-시뉴클레인, 또는 γ-시뉴클레인의 MTS, Antennapedia 호메오도메인의 3번째 나선, SN50, 인테그린 β3 h-영역, HIV Tat, pAntp, PR-39, 아베신(abaecin), 아피데신(apidaecin), Bac5, Bac7, P. berghei CS 단백질, 그리고 US Patent 6,248,558, 6,432,680 및 6,248,558에서 설명된 MTS가 포함된다.
일정한 구체예에서, 항원(가령, 표 1 또는 2의 폴리펩티드)은 다른 분자에 공유 접합된다. 이것은 예로써, 항원의 반감기, 용해도, 생체이용성 또는 면역원성을 증가시킨다. 항원에 공유 결합될 수 있는 분자에는 탄수화물, 비오틴, 폴리(에틸린 글리콜)(PEG), 폴리시알산, N-프로피오닐화된 폴리시알산, 핵산, 다당류, 그리고 PLGA가 포함된다. 300 g/mol 미만 내지 10,000,000 g/mol 초과의 분자량 범위에서 다양한 유형의 PEG가 존재한다. PEG 사슬은 선형이거나, 가지형이거나, 또는 빗 모양 또는 별 모양의 형태를 가질 수 있다. 일부 구체예에서, 단백질의 자연 생산된 형태는 면역계를 자극하는 모이어티에 공유 결합된다. 이런 모이어티의 실례는 지질 모이어티이다. 일부 경우에, 지질 모이어티는 톨-유사 수용체(TLR), 예를 들면, TLR2에 의해 인식되고, 그리고 선천 면역계를 활성화시킨다.
C. 표 1과 2의 단백질에 특이적인 항원
본 명세서에서 기술되는 다른 측면은 항원성 조성물(가령, 표 1 또는 2에서 열거된 단백질 또는 이의 면역원성 단편 중에서 한 가지)에 대하여 산출된 항체 제조물이다. 가령, 본 발명에서는 표 1 또는 2의 상이한 단백질을 각각 인식하는 2개, 3개, 4개, 또는 5개 항체의 조합을 제시한다. 임의의 다양한 항체 역시 포함된다. 이들 항체에는 예로써, 다중클론, 단일클론, 재조합, 인간화 또는 부분적으로 인간화, 단일 사슬, Fab, 그리고 이들의 단편이 포함된다. 이들 항체는 임의의 아이소타입(isotype), 예를 들면, IgG, IgG 아이소타입, 예를 들면, IgG1, IgG2, IgG2a, IgG2b, IgG3, IgG4 등일 수 있고; 그리고 이들은 염소, 토끼, 생쥐, 닭 등을 비롯하여, 항체를 생산하는 임의의 동물 종으로부터 유래될 수 있다. 일부 구체예에서, Fab 분자는 대장균과 같은 유전적으로 형질전환된 숙주에서 발현되고 조립된다. 선조 항체를 생산하는 개체의 다양성에 등가의 또는 이를 초과하는 잠재적 다양성을 갖는 Fab의 집단을 발현하기 위해 람다 벡터 시스템이 이용가능하다. Huse et al . (1989), Science 246, 1275-81 참고.
D. 폐렴구균(
S.
pneumoniae
) 항원 또는 이들을 인식하는 항체를 포함하는 백신 또는 면역원성 조성물의 성분
일정한 구체예에서, 백신 또는 면역원성 조성물은 항원 및 하나 이상의 하기 성분을 포함한다: 어쥬번트, 안정화제, 완충액, 계면활성제, 조절된 방출 성분, 염, 보존제, 그리고 상기 항원에 특이적인 항체.
1.
어쥬번트
본 명세서에서 기술되는 백신 제제 및 면역학적 조성물은 어쥬번트를 포함할 수 있다. 어쥬번트는 그들의 작용 기전에 기초하여 2가지 종류로 넓게 구분될 수 있다: 백신 운반 시스템 및 면역자극성 어쥬번트(가령, Singh et al ., Curr . HIV Res . 1:309-20, 2003). 백신 운반 시스템은 대개 미립자 제형, 예를 들면, 에멀젼, 미세입자, 면역-자극 복합체 (ISCOM)(이들은 예로서, 입자 및/또는 매트릭스일 수 있다), 그리고 리포좀이다. 대조적으로, 면역자극성 어쥬번트는 때때로 병원균으로부터 유도되고, 병원균 연관된 분자 패턴(PAMP), 예를 들면, 리포다당류(LPS), 모노포스포릴 지질(MPL), 또는 CpG-함유 DNA를 나타낼 수 있으며, 고유의 면역계의 세포들을 활성화시킨다.
대안으로, 어쥬번트는 유기 및 무기로 분류될 수 있다. 무기 어쥬번트는 인산알루미늄, 무정형 알루미늄 히드록시포스페이트 설페이트 및 수산화알루미늄과 같은 명반 염을 포함하며, 인간 백신에 통상적으로 이용된다. 유기 어쥬번트는 거대분자를 비롯한 유기 분자를 포함한다. 유기 어쥬번트의 실례는 콜레라 독소다.
어쥬번트는 또한, 그들이 유도하는 반응에 의해 분류될 수 있다. 일부 구체예에서, 어쥬번트는 TH1 세포 또는 TH2 세포의 활성화를 유도한다. 다른 구체예에서, 어쥬번트는 B 세포의 활성화를 유도한다. 다른 구체예에서, 어쥬번트는 항원-제시 세포의 활성화를 유도한다. 이들 범주는 상호 배타적이지 않다; 일부 경우에, 어쥬번트는 한 가지 이상 유형의 세포를 활성화시킨다.
일정한 구체예에서, 어쥬번트는 TH17 세포의 활성화를 유도한다. 이것은 TH17 세포가 IL-17을 분비하도록 촉진할 수 있다. 일부 구체예에서, TH17 세포의 활성화를 유도하는 어쥬번트는 하기 검사법에서 대조 비율에 최소한 2-배, 그리고 일부 경우에 10-배의 실험 샘플을 생산하는 것이다. 검사 동안, 실험자는 세포의 2가지 개체군: (1) 어쥬번트 및 TH17 활성화를 유도하는 것으로 공지된 폴리펩티드로 처리된 세포, 그리고 (2) 어쥬번트 및 무관한(대조) 폴리펩티드로 처리된 세포에 의해 분비된 IL-17 수준을 비교한다. TH17 세포의 활성화를 유도하는 어쥬번트는 (1) 세포 집단이 (2) 세포 집단보다 2-배 이상, 또는 10-배 이상의 IL-17을 생산하도록 유발한다. IL-17은 예로써, ELISA 또는 Western blot에 의해 측정될 수 있다. 일정한 독소, 예를 들면, 콜레라 독소 및 민감 독소(labile toxin)(창자독소생성 대장균(E. coli), 또는 ETEC에 의해 생산됨)는 TH17 반응을 활성화시킨다. 따라서 일부 구체예에서, 어쥬번트는 독소이다. 콜레라 독소는 표 1로부터 일정한 폴리펩티드와 공동으로, 생쥐 모형에서 보호 면역성을 유도하는데 성공적으로 이용되었다(실시예 5-8 참조). 민감 독소의 한 가지 형태는 Intercell에 의해 생산된다. 어쥬번트로서 활동적이지만 독성이 현저하게 적은 민감 독소의 돌연변이 유도체 역시 이용될 수 있다. 민감 독소의 예시적인 무독화 돌연변이 유도체에는 ADP-리보실전이효소 활성이 없는 돌연변이체가 포함된다. 민감 독소의 특정의 무독화 돌연변이 유도체에는 LTK7(Douce et al ., “Mutants of Escherichia coli heat-labile toxin lacking ADP-ribosyltransferae activity act as nontoxic, mucosal adjuvants” PNAS Vol. 92, pp. 1644-1648, February 1995) 및 LTK63(Williams et al ., “Innate Imprinting by the Modified Heat-Labile Toxin of Escherichia coli (LTK63) Provides Generic Protection against Lung Infectious Disease” The Journal of Immunology, 2004, 173: 7435-7443), LT-G192 (Douce et al . “Genetically detoxified mutants of heat-labile toxin from Escherichia coli are able to act as oral adjuvants” Infect Immun. 1999 Sep;67(9):4400-6), 그리고 LTR72 (“Mucosal adjuvanticity and immunogenicity of LTR72, a novel mutant of Escherichia coli heat-labile enterotoxin with partial knockout of ADP-ribosyltransferase activity.” J Exp Med. 1998 Apr 6;187(7):1123-32)가 포함된다.
일부 구체예에서, 어쥬번트는 VLP(바이러스-유사 입자)를 포함한다. 한 가지 이와 같은 어쥬번트 플랫폼, 알파바이러스 레플리콘(Alphavirus replicon)은 알파바이러스를 이용하여 TH17 세포의 활성화를 유도하고 Alphavax에 의해 생산된다. 알파바이러스 레플리콘 시스템의 일정한 구체예에서, 알파바이러스는 목적 항원, 목적 사이토킨(가령, IL-17 또는 IL-17 생산을 자극하는 사이토킨), 또는 둘 모두를 발현하도록 조작되고, 그리고 보조 세포주에서 생산될 수 있다. 더욱 상세한 정보는 U.S. Patent No. 5,643,576 및 6,783,939에서 찾아볼 수 있다. 일부 구체예에서, 백신 제제는 사이토킨을 인코딩하는 핵산과 공동으로, 환자에 투여된다.
일정한 부류의 어쥬번트는 TH17 반응을 활성화시키기 위하여 톨-유사 수용체(TLR)를 활성화시킨다. TLR은 백혈구 막에서 발견될 수 있고, 그리고 외래 항원(미생물 항원 포함)을 인식하는 널리 공지된 단백질이다. 목적 항원과 함께 공지된 TLR 리간드(가령, 융합 단백질로서)의 투여는 목적 항원에 특이적인 면역 반응의 발생을 촉진할 수 있다. TLR을 활성화시키는 한 가지 예시적인 어쥬번트는 모노포스포릴 지질 A(MPL)를 포함한다. 전통적으로, MPL은 그람 음성 세균, 예를 들면, 에스. 미네소타(S. minnesota)로부터 획득된 무독화 리포다당류(LPS) 내독소로서 생산되었다. 특히, LPS의 순차적인 산과 염기 가수분해는 면역활성 지질 A 분획물(MPL)을 생산하고, 그리고 LPS 내에 존재하는 인산염 중에서 한 가지를 제외한 전부 및 다당류 기가 결핍된다. 다수의 합성 TLR 작동약(특히, TLR4 작동약)은 Evans JT et al. “Enhancement of antigen-specific immunity via the TLR4 ligands MPL adjuvants and Ribi.529.” Expert Rev 백신 2003 Apr;2(2):219-29에서 개시된다. MPL 어쥬번트와 유사하게, 이들 합성 화합물은 TLR을 매개로 하여 선천성 면역계를 활성화시킨다. 다른 유형의 TLR 작동약은 합성 인지질 이합체, 예를 들면, E6020이다(Ishizaka ST et al . “E6020: a synthetic Toll-like receptor 4 agonist as a vaccine adjuvant.” Expert Rev. Vaccines. 2007 Oct; 6(5):773-84). 다양한 TLR 작동약(TLR4 작동약 포함)은 예로써, Infectious Disease Research Institute(IRDI), Corixa, Esai, Avanti Polar Lipids, Inc., 그리고 Sigma Aldrich에 의해 생산되고 및/또는 판매되고 있다. TLR을 활성화시키는 다른 예시적인 어쥬번트는 MPL, 트레할로스 디코이노미콜레이트(TDM), 그리고 디옥타데실디메틸암모늄 브롬화물(DDA)의 혼합물을 포함한다. 다른 TLR-활성화 어쥬번트는 R848(resiquimod)이다.
일부 구체예에서, 어쥬번트는 사포닌이거나 사포닌을 포함한다. 전형적으로, 사포닌은 퀼라자 사포나리아(Quillaja saponaria) 나무 껍질로부터 분리된 트리테르펜(triterpene) 글리코시드이다. 생물학적 원천으로부터 사포닌 추출물은 추가 분획하여(가령, 크로마토그래피에 의해) 최고의 어쥬번트 활성 및 용인되는 독성을 가진 추출물의 일부분을 분리할 수 있다. 어쥬번트로서 이용되는 퀼라자 사포나리아(Quillaja saponaria) 나무로부터 추출물의 전형적인 분획물은 분획물 A 및 C로 알려져 있다.
본 명세서에서 기술되는 백신 제제에 이용될 수 있는 특정 형태의 사포닌은 면역자극 복합체(ISCOM)다. ISCOM은 당업계에서 인지된 종류의 어쥬번트이며, 일반적으로 퀼라자 사포닌 분획물과 지질(가령, 콜레스테롤 및 포스파티딜 콜린과 같은 인지질)을 포함한다. 특정 구체예에서, ISCOM은 목적 폴리펩티드 또는 핵산과 함께 조립된다. 하지만 상이한 사포닌 분획물은 상이한 비율로 이용될 수 있다. 또한, 상이한 사포닌 분획물은 동일한 입자 내에 함께 존재하거나, 또는 입자마다 단지 하나의 분획물을 가질 수 있다(분획물 A 및 C의 지정된 비율은 상이한 분획물과 입자를 함께 혼합하여 만든다). 이러한 문맥에서, "실질적으로(substantially)"는 20% 이하, 15% 이하, 10% 이하, 5% 이하, 4% 이하, 3% 이하, 2% 이하 또는 심지어 1% 이하를 지칭한다. 이들 어쥬번트는 하기 비율로 혼합된 분획물 A 및 분획물 C를 포함할 수 있다: 70-95 A: 30-5 C, 예를 들면, 70 A : 30 C 내지 75 A : 5 C, 75 A : 5 C 내지 80 A : 20 C, 80 A : 20 C 내지 85 A : 15 C, 85 A : 15 C 내지 90 A : 10 C, 90 A : 10 C 내지 95 A : 5 C, 또는 95 A : 5 C 내지 99 A : 1 C.
일정한 구체예에서, 어쥬번트의 조합이 이용된다. 어쥬번트의 3가지 예시적인 조합은 MPL과 명반, E6020과 명반, 그리고 MPL과 ISCOM이다.
어쥬번트는 항원에 공유 결합될 수 있다. 일부 구체예에서, 어쥬번트는 항원-제시 세포(APC)의 활성화를 통하여 염증 반응을 유도하는 단백질을 포함할 수 있다. 일부 구체예에서, 하나 이상의 이들 단백질은 선택된 항원과 재조합적으로 융합될 수 있고, 따라서 생성된 융합 분자는 수상돌기 세포 성숙을 촉진시키고, 사이토킨 및 케모킨을 생산하기 위하여 수상돌기 세포를 활성화시키고, 그리고 궁극적으로 T 세포에 항원 제시 및 T 세포 반응의 개시를 강화시킨다(Wu et al ., Cancer Res 2005; 65(11), pp 4947-4954). 일정한 구체예에서, 본 명세서에서 기술되는 폴리펩티드는 3가 폐렴구균(S. pneumoniae) 폐렴구균 표면 부착소 A: 3개의 아미노산 치환(W433F, D385N, 그리고 C428G)을 보유하는 뉴모리신 유도체의 배경에서 제공되는데, 이들 치환은 상기 분자를 비독성으로 만들지만 Lu et al . ("Protection against Pneumococcal colonization and fatal pneumonia by a trivalent conjugate of a fusion protein with the cell wall polysaccharide."Infect Immun. 2009 May;77(5):2076-83)에서 기술된 TLR4-매개된 염증성-세포 벽 다당류(PsaA:PdT-CP) 접합체 시스템을 간섭하지 않는다. 이러한 접합체 시스템은 “PsaA와 뉴모리신 비독성 유도체 PdT의 융합 단백질, 이후 상기 융합 단백질에 CP의 결합”. 일부 구체예에서, 본 명세서에서 기술되는 하나 이상의 폴리펩티드는 3가 접합체에서 PsaA 대신에 이용된다. 3가 접합체 시스템은 전형적으로, 명반을 포함하고 통상적으로 비경구 투여된다. 항원에 공유 결합될 수 있는 다른 예시적인 어쥬번트에는 다당류, 뉴모리신, 합성 펩티드, 리포펩티드, 그리고 핵산이 포함된다.
전형적으로, 동일한 어쥬번트 또는 어쥬번트의 혼합물은 백신의 각 투약에 존재한다. 하지만 선택적으로, 어쥬번트는 백신의 일차 투약으로 투여될 수 있으며, 후속 투약(가령, 부스터 주사)으로 투여되지 않을 수 있다. 대안으로, 강력한 어쥬번트는 백신의 일차 투약으로 투여되고, 더욱 약한 어쥬번트 또는 강력한 어쥬번트의 더욱 적은 용량이 차후 투약으로 투여될 수 있다. 어쥬번트는 개체에게 항원 투여 이전, 항원과 동시에, 또는 항원 투여 이후에(때때로 1, 2, 6, 또는 12 시간 이내, 그리고 때때로 1, 2, 또는 5일 이내) 투여될 수 있다. 일정한 어쥬번트는 인간 환자, 비-인간 동물 또는 둘 모두에 적합하다.
2. 백신 또는 면역원성 조성물의 추가 성분
앞서 기술된 항원 및 어쥬번트에 추가하여, 백신 제제 또는 면역원성 조성물은 하나 이상의 추가 성분을 포함할 수 있다.
일정한 구체예에서, 백신 제제 또는 면역원성 조성물은 하나 이상의 안정화제, 예를 들면, 당(수크로오스, 글루코오스 또는 프럭토오스), 인산염(이염기성 인산나트륨, 일염기성 인산칼륨, 이염기성 인산칼륨, 또는 인산일나트륨), 글루타민산염(가령,, L-글루타민산 일나트륨염), 젤라틴(가령, 가공된 젤라틴, 가수분해된 젤라틴, 또는 돼지 젤라틴), 아미노산(가령, 아르기닌, 아스파라진, 히스티딘, L-히스티딘, 알라닌, 발린, 류신, 이소류신, 세린, 트레오닌, 리신, 페닐알라닌, 티로신, 그리고 이들의 알킬 에스테르), 이노신 또는 붕산나트륨을 포함할 수 있다.
일정한 구체예에서, 백신 제제 또는 면역원성 조성물은 하나 이상의 완충액, 예를 들면, 중탄산나트륨 및 아스코르브산 혼합물을 포함한다. 일부 구체예에서, 백신 제제는 염, 예를 들면, 인산염 완충된 염수(PBS) 또는 증류수에 담겨 투여될 수 있다.
일정한 구체예에서, 백신 제제 또는 면역원성 조성물은 하나 이상의 계면활성제, 예를 들면, 폴리소르베이트 80(Tween 80), Triton X-100, 폴리에틸렌 글리콜 tert-옥틸페닐 에테르 t-옥틸페녹시폴리에톡시에탄올 4-(1,1,3,3-테트라메틸부틸)페닐-폴리에틸렌 글리콜(TRITON X-100); 폴리옥시에틸렌소르비탄 모노라우레이트 폴리에틸렌 글리콜 소르비탄 모노라우레이트(TWEEN 20); 그리고 포름알데히드와 옥시란과의 4-(1,1,3,3-테트라메틸부틸)페놀 중합체(TYLOXAPOL)를 포함한다. 계면활성제는 이온성 또는 비이온성일 수 있다.
일정한 구체예에서, 백신 제제 또는 면역원성 조성물은 하나 이상의 염, 예를 들면, 염화나트륨, 염화암모늄, 염화칼슘 또는 염화칼륨을 포함한다.
일정한 구체예에서, 보존제가 백신 또는 면역원성 조성물에 포함된다. 다른 구체예에서, 보존제가 이용되지 않는다. 보존제는 다중-용량 백신 바이알에 가장 흔히 이용되며, 단일 용량 백신 바이알에서는 덜 요구된다. 일정한 구체예에서, 보존제는 2-페녹시에탄올, 메틸 및 프로필 파라벤, 벤질 알코올, 및/또는 소르브산이다.
일정한 구체예에서, 백신 제제 또는 면역원성 조성물은 조절 방출 제제이다.
E.
DNA
백신
일정한 측면에서, 백신은 본 명세서에서 개시되는 핵산 중에서 한 가지 또는 본 명세서에서 기술되는 폴리펩티드 중에서 한 가지를 포함한다. 핵산 백신이 환자에게 투여될 때, 대응하는 유전자 산물(가령, 원하는 항원)이 환자의 체내에서 만들어진다. 일부 구체예에서, 최적화된 재조합 폴리뉴클레오티드를 내포하는 핵산 백신 벡터는 치료적 또는 예방적 면역 반응을 유도하기 위하여 포유동물(인간 포함)로 운반될 수 있다. 핵산은 예로써, DNA, RNA, 또는 합성 핵산일 수 있다. 핵산은 단일 가닥 또는 이중 가닥일 수 있다.
핵산 백신 벡터(가령, 아데노바이러스, 리포좀, 유두종바이러스, 레트로바이러스 등)는 생체내에서 세포의 형질도입을 위하여 포유동물에 직접 투여될 수 있다. 이들 핵산 백신은 비경구 투여를 비롯한 임의의 적합한 방식으로 투여하기 위하여 제약학적 조성물로 조제될 수 있다.
감염 또는 기타 장애의 치료 또는 예방에서 투여되는 벡터의 효과량을 결정함에 있어서, 의사는 벡터 독성, 질환의 진행 및 항-벡터 항체의 생산을 평가한다. 종종, 벡터로부터 네이키드 핵산의 상응하는 용량은 전형적인 70kg 환자의 경우 약 1 ㎍ 내지 1 mg이며, 그리고 핵산을 운반하는데 이용되는 벡터의 용량은 동등량의 치료적 핵산이 산출되도록 계산된다. 투여는 단일 투약 및 분할 투약으로 달성될 수 있다. 핵산 백신 벡터의 독성 및 치료 효과는 세포 배양액 또는 실험실 동물에서 표준 면역학적 과정을 이용하여 결정될 수 있다.
핵산 백신은 DNA, RNA, 변형된 핵산, 또는 이의 조합을 포함할 수 있다. 일부 구체예에서, 백신은 하나 이상의 클로닝 또는 발현 벡터를 포함한다; 가령, 백신은 복수의 발현 벡터를 포함할 수 있는데, 각 벡터는 포유동물 세포에서 최소한 하나의 면역원성 폴리펩티드를 생산하기 위하여 뉴클레오티드 코딩 영역을 자가발현할 수 있다. 발현 벡터는 종종 진핵 프로모터 서열, 예를 들면, 하나 이상의 코딩 영역에 작동가능하게 연결된 강한 진핵 프로모터의 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 본 명세서에서 기술되는 조성물 및 방법은 임의의 특정 진핵 프로모터의 사용을 수반할 수 있고, 그리고 CMV 또는 RSV 프로모터와 같은 광범위한 다양성이 알려져 있다. 프로모터는 숙주 세포에 대해 이종기원성(heterologous)일 수 있다. 이용된 프로모터는 구조성 프로모터일 수 있다.
본 발명의 조성물 및 방법에 유용한 벡터는 원형 또는 선형, 단일-가닥 또는 이중-가닥일 수 있고, 그리고 플라스미드, 코스미드 또는 에피솜일 수 있다. 적절한 구체예에서, 각 뉴클레오티드 코딩 영역은 별개 벡터 상에 있다; 하지만, 하나 이상의 코딩 영역은 단일 벡터 상에 존재할 수 있고, 그리고 이들 코딩 영역은 단일 또는 다중 프로모터의 제어 하에 있을 수 있다.
다수의 플라스미드가 핵산 백신 생산에 유용할 수 있다. 핵산 백신의 적합한 구체예는 벡터로서 플라스미드 VR1012(Vical Inc., San Diego Calif.), pCMVI.UBF3/2(S. Johnston, University of Texas) 또는 pcDNA3.1(InVitrogen Corporation, Carlsbad, Calif.)을 이용하는 구조체를 이용한다. 이에 더하여, 벡터 구조체는 면역자극성 서열(ISS), 예를 들면, 동물 면역계를 자극하는 메틸화되지 않은 dCpG 모티프를 포함한다. 핵산 백신은 또한, 면역원성 폴리펩티드를 내포하는 융합 산물을 인코딩할 수 있다. 또한, 플라스미드 DNA는 경구로 투여되는 DNA 백신에 적합한 방법인, 운반 시스템으로 약독화된 세균을 이용하여 전달될 수 있다. 세균은 독립적으로 복제하는 플라스미드로 형질전환되고, 플라스미드는 숙주 세포 내에서 약독화된 세균의 사멸 이후에 숙주 세포 세포질로 방출되기 시작한다.
동물에게 핵산을 운반하는 대안적 접근법은 바이러스성 또는 세균성 벡터의 사용을 수반한다. 적합한 바이러스성 벡터의 실례에는 아데노바이러스, 소아마비 바이러스, 천연두 바이러스, 예를 들면, 우두, 카나리아 천연두 및 계두, 메기 포진 바이러스를 비롯한 포진 바이러스, 아데노바이러스-연관된 벡터, 그리고 레트로바이러스가 포함된다. 예시적인 세균성 벡터에는 살모넬라(Salmonella), 쉬겔라(Shigella), 에드워드시엘라 익타루리(Edwardsiella ictaluri), 에르시니아 럭케리(Yersinia ruckerii), 그리고 리스테리아 모노사이토겐스(Listeria monocytogenes)의 약독화된 형태가 포함된다. 일부 구체예에서, 핵산은 면역원성 폴리펩티드를 인코딩하는 뉴클레오티드 서열을 자가발현할 수 있는 플라스미드와 같은 벡터이다.
F. 백신의 용도
본 명세서에서 기술되는 폐렴구균(S. pneumoniae) 백신은 폐렴구균(S. pneumoniae)의 예방적 및/또는 치료적 처치에 이용될 수 있다. 따라서 본 출원에서는 폐렴구균(S. pneumoniae) 감염을 앓고 있거나 폐렴구균(S. pneumoniae) 감염에 걸리기 쉬운 개체를 치료하는 방법을 제시하고, 상기 방법은 본 명세서에서 기술되는 임의의 백신 제제의 효과량을 투여하는 단계를 포함한다. 일부 측면에서, 상기 방법은 개체에서 폐렴구균(S. pneumoniae) 콜로니화를 저해한다. 일부 측면에서, 상기 방법은 폐렴구균(S. pneumoniae) 증상을 저해한다. 백신을 제공받는 개체는 남성 또는 여성일 수 있고, 그리고 어린이 또는 성인일 수 있다. 일부 구체예에서, 치료되는 개체는 인간이다. 다른 구체예에서, 개체는 비-인간 동물이다.
1.
예방적
용도
예방적 구체예에서, 백신은 예로써, 질환에서 일차적인 필수 단계인 콜로니화로부터 보호를 제공함으로써 폐렴구균(S. pneumoniae)의 확립에 대항하는데 도움을 줄 수 있는 면역 반응을 유도하기 위하여 개체에 투여된다. 따라서 일부 측면에서, 상기 방법은 콜로니화되지 않은 또는 감염되지 않은 개체에서 폐렴구균(S. pneumoniae)에 의한 감염을 저해한다. 다른 측면에서, 상기 방법은 이미 콜로니화된 개체에서 콜로니화의 지속 시간을 감소시킬 수 있다.
일부 구체예에서, 본 발명의 백신 조성물은 백신에 노출된 결과로써, 백신접종을 받은 개체가 증상의 지연된 개시 또는 증상의 감소된 심각도를 나타내도록 하는 보호성 면역을 부여한다. 일정한 구체예에서, 증상의 심각도에서 감소는 최소한 25%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 심지어 90%이다. 특정 구체예에서, 백신접종을 받은 개체는 폐렴구균(S. pneumoniae)과 접촉 시에 증상을 나타내지 않거나, 폐렴구균(S. pneumoniae)에 의해 콜로니화되지 않거나, 또는 둘 모두일 수 있다. 보호성 면역은 전형적으로, 하기 기전 중에서 하나 이상에 의해 달성된다: 점막, 체액성 또는 세포성 면역. 점막 면역은 주로 호흡, 위장 및 비뇨생식기관의 점막 표면에서 분비성 IgA(sIGA) 항체의 결과이다. sIGA 항체는 항원-가공 세포, B 및 T 림프구에 의해 매개되는 일련의 사건 이후에 생성되고, 신체의 점막-내층 조직에서 B 림프구에 의해 sIGA가 생산된다. 체액성 면역은 전형적으로, 혈청 내에서 IgG 항체 및 IgM 항체의 결과이다. 세포성 면역은 세포독성 T 림프구를 통하여, 또는 대식세포 및 T 림프구를 수반하는 지연형 과민성을 통하여, 그리고 항체에 대한 요구 없이 T 세포를 수반하는 기타 기전을 통하여 달성될 수 있다. 특히, 세포성 면역은 TH1 세포 또는 TH17 세포에 의해 매개될 수 있다.
본질적으로 임의의 개체는 폐렴구균(S. pneumoniae)으로 감염되는 일정한 위험을 갖는다. 하지만, 일정한 하위-집단은 감염의 증가된 위험을 갖는다. 일부 구체예에서, 본 명세서에서 기술된 바와 같은 백신 제제(가령, 표 1 또는 2로부터 하나 이상의 폴리펩티드, 또는 이들 폴리펩티드를 인코딩하는 핵산, 또는 이들 폴리펩티드와 반응하는 항체를 포함하는 조성물)는 면역약화된 환자에 투여된다.
의학적 치료에 기인하는 면역약화 장애는 문제 개체를 폐렴구균(S. pneumoniae)으로 감염의 더욱 높은 위험에 노출시킬 것으로 생각된다. 면역 기능을 약화시키는 것으로 알려져 있는 치료 이전에 또는 치료 동안, 면역약화된 상태를 앓는 개체에서 감염을 예방적으로 처치하는 것이 가능하다.
면역 기능을 약화시키는 것으로 알려져 있는 치료 이전에 또는 치료 동안, 항원성 조성물(가령, 표 1 또는 2로부터 2개 이상의 항원, 또는 이들 항원을 인코딩하는 핵산)로, 또는 표 1 또는 2로부터 2개 이상의 항원에 반응하는 항체로 예방적으로 처치함으로써, 차후 폐렴구균(S. pneumoniae) 감염을 예방하거나, 또는 면역약화된 상태에 기인한 감염에 걸릴 위험을 개체에서 감소시키는 것이 가능하다. 개체가 예로써, 면역약화된 상태를 유발하는 치료 이후에 폐렴구균(S. pneumoniae) 감염에 걸린다면, 항원 조성물을 개체에 투여함으로써 감염을 치료하는 것도 가능하다.
하기 군은 폐렴구균 질환 또는 이의 합병증의 증가된 위험에 노출되고, 이런 이유로, 이들 군 중에서 하나 이상에 속하는 개체는 본 명세서에서 기술되는 백신 제제를 복용하는 것이 유리하다: 아동, 특히 1개월 내지 5세 또는 2개월 내지 2세 사이의 아동; 무비증, 비장 기능장애 또는 겸상적혈구병을 앓는 최소한 2세의 아동; 신장 증후군, 만성 뇌척수액 누출, HIV 감염 또는 면역약화와 연관된 기타 장애를 앓는 최소한 2세의 아동.
다른 구체예에서, 폐렴구균 항원 조성물의 최소한 1회 투약이 폐렴구균 질환 또는 이의 합병증의 증가된 위험에 노출되는 하기 군의 성인에게 제공된다: 65세 이상의 모든 개체; 무비증, 비장 기능장애 또는 겸상적혈구병을 앓는 성인; 하기 장애를 앓는 성인: 만성 심폐 질환, 간경변, 알코올중독, 만성 신장 질환, 신장 증후군, 진성 당뇨병, 만성 뇌척수액 누출, HIV 감염, AIDS 및 면역억제와 연관된 기타 질환(호지킨병, 림프종, 다발성 골수종, 장기 이식을 위한 면역억제), 인공와우 이식을 받은 개체; 장기 건강 문제, 예를 들면, 심장 질환과 폐 질환을 앓는 개체, 그리고 감염에 대한 신체의 내성을 낮추는 임의의 약물을 복용하거나 치료, 예를 들면, 장기 스테로이드, 일정한 항암 약물, 방사선 요법을 받는 개체; 알래스카 원주민 및 일정한 북미 원주인.
2.
치료적
용도
치료적 적용에서, 백신은 환자를 치료하는데 충분한 양으로, 폐렴구균(S. pneumoniae) 감염으로 고통받는 환자에 투여될 수 있다. 이러한 경우에, 환자 치료는 감염된 개체에서 폐렴구균(S. pneumoniae)의 증상, 세균 하중, 또는 둘 모두의 감소를 지칭한다. 일부 구체예에서, 환자 치료는 증상의 지속 기간 감소 또는 증상의 강도 감소를 지칭한다. 일부 구체예에서, 백신은 예방접종된 환자로부터 폐렴구균(S. pneumoniae)의 전달성(transmissibility)을 감소시킨다. 일정한 구체예에서, 앞서 기술된 감소는 최소한 25%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 심지어 90%이다.
치료적 구체예에서, 백신은 감염후 개체에 투여된다. 백신은 감염 직후에, 예를 들면, 증상 표명 이전에 투여되거나, 또는 증상의 표명 동안 또는 표명 이후에 투여될 수 있다.
치료적 폐렴구균(S. pneumoniae) 백신은 폐렴구균(S. pneumoniae) 감염의 다양한 징후의 증상의 강도 및/또는 지속 기간을 감소시킬 수 있다. 폐렴구균(S. pneumoniae) 감염은 여러 형태를 취할 수 있다. 일부 경우에, 감염된 환자는 폐렴, 급성부비강염, 중이염(귀 감염), 수막염, 균혈증, 패혈증, 골수염, 화농성 관절염, 심내막염, 복막염, 심막염, 봉와직염, 또는 뇌농양이 발생한다.
3. 예방접종 효능의 분석
본 명세서에 개시된 백신으로 예방접종의 효능은 앞서 기술된 임상적 결과에 더하여, 다양한 방법으로 결정될 수 있다. 먼저, 예방접종후 개체로부터 유래된 T 세포를 자극함으로써 IL-17 수준(특히, IL-17A)을 평가할 수 있다. IL-17 수준은 예방접종에 앞서 동일한 개체에서 IL-17 수준에 비교될 수 있다. 증가된 IL-17(가령, IL-17A) 수준, 예를 들면, 1.5-배, 2-배, 5-배, 10-배, 20-배, 50-배 또는 100-배 또는 그 이상의 증가는 백신에 대한 증가된 반응을 지시할 것이다. 대안으로(또는 공동으로), 폐렴구균 사멸을 위한 환자로부터 T 세포 또는 항체의 존재에서 호중구를 평가할 수 있다. 증가된 폐렴구균 사멸, 예를 들면, 1.5-배, 2-배, 5-배, 10-배, 20-배, 50-배 또는 100-배 또는 그 이상의 증가는 백신에 대한 증가된 반응을 지시할 것이다. 이에 더하여, TH17 세포 활성화를 측정할 수 있는데, 여기서 증가된 TH17 세포 활성화, 예를 들면, 1.5-배, 2-배, 5-배, 10-배, 20-배, 50-배 또는 100-배 또는 그 이상의 증가는 백신에 대한 증가된 반응과 상관한다. 또한, 백신에 특이적인 항체의 수준을 측정할 수 있는데, 여기서 특이적 항체의 증가된 수준, 예를 들면, 예를 들면, 1.5-배, 2-배, 5-배, 10-배, 20-배, 50-배 또는 100-배 또는 그 이상의 증가는 증가된 백신 효능과 상관된다. 일정한 구체예에서, 이들 검사법 중에서 2가지 이상이 이용된다. 가령, IL-17 수준 및 백신-특이적 항체의 수준을 측정할 수 있다. 대안으로, 예방접종되지 않은 개체와 비교하여 예방접종된 개체에서 폐렴구균 감염의 발생, 심각도 또는 지속 기간과 같은 역학적 마커(epidemiological marker)를 추적할 수 있다.
백신 효능은 또한, 다양한 모형 시스템, 예를 들면, 생쥐 모형에서 평가될 수 있다. 가령, 생쥐의 BALB/c 또는 C57BL/6 계통이 이용될 수 있다. 검사 백신을 개체에 투여한 이후(단일 분량 또는 다중 분량으로서), 실험자는 폐렴구균(S. pneumoniae)의 공격 용량을 투여한다. 일부 경우에, 공격 용량은 예방접종되지 않은 동물에서 폐렴구균(S. pneumoniae) 콜로니화(특히, 코 콜로니화)를 유발하는데 충분하고, 그리고 일부 경우에, 공격 용량은 예방접종되지 않은 동물에서 높은 치사율을 유발하는데 충분한다. 이후, 예방접종된 동물에서 콜로니화에서 감소 또는 치사성에서 감소를 측정할 수 있다. 실시예 5와 6에서는 생쥐 모형에서 폐렴구균(S. pneumoniae) 코 콜로니화를 저해하는 표 1의 폴리펩티드의 효능을 증명한다.
G. 면역원성 조성물의 용도
1. 폐렴구균(S.
pneumoniae
) 감염으로부터 방어
본 발명의 면역원성 조성물은 폐렴구균(S. pneumoniae)에 대한 면역 반응을 유도하도록 설계된다. 본 명세서에서 기술되는 조성물(가령, 하나 이상의 표 1 또는 2의 폴리펩티드, 또는 이들 폴리펩티드를 인코딩하는 핵산을 포함하는 조성물)은 이러한 조성물이 투여되는 포유동물에서 항체 반응 또는 세포-매개된 면역 반응, 또는 둘 모두를 자극할 수 있다. 일부 구체예에서, 조성물은 TH1-편향된 CD4+ T 세포 반응, TH17-편향된 CD4+ T 세포 반응, 또는 CD8+ T 세포 반응을 자극한다; 단일 성분 조성물의 경우에, 이러한 조성물은 항체 반응, TH1-편향된 CD4+ T 세포 반응, TH17-편향된 CD4+ T 세포 반응, 및/또는 CD8+ T 세포 반응을 자극할 수 있다.
일정한 구체예에서, 조성물(가령, 하나 이상의 표 1 또는 2의 폴리펩티드, 또는 이들 폴리펩티드를 인코딩하는 핵산, 또는 이들 펩티드와 반응성인 항체를 포함하는 조성물)은 포유동물의 면역계에 추가적인 자극을 제공하기 위하여, 사이토킨, 예를 들면, IL-17을 인코딩하는 사이토킨 또는 뉴클레오티드 코딩 영역을 포함한다. 일정한 구체예에서, 조성물은 사이토킨, 예를 들면, IL-17을 포함한다.
이론에 한정됨 없이, 일부 구체예에서 TH17 세포 반응은 본 명세서에서 개시되는 조성물, 예를 들면, 하나 이상의 표 1 또는 2의 폴리펩티드를 포함하는 조성물은 면역 반응을 증가시키는데 유익하다. 일정한 구체예에서, 활성 TH17 반응은 폐렴구균 감염을 제거하는데 유익하다. 가령, IL-17A 수용체가 없는 생쥐는 폐렴구균 공격으로부터 감소된 전세포 백신-기초된 보호를 나타낸다(Lu et al ., “Interleukin-17A mediates acquired immunity to pneumococcal colonization.” PLoS Pathog. 2008 Sep 19;4(9)). 게다가, 이들 저자는 IL-17A의 반응 수준이 전세포 백신으로 치료된 생쥐에서 증가한다는 것을 증명하였다.
따라서 본 발명에서는 본 명세서에서 기술되는 조성물(가령, 하나 이상의 표 1 또는 2의 폴리펩티드를 포함하는 조성물)을 개체에게 투여함으로써 IL-17 생산을 증가시키는 방법을 제시한다. 게다가, 본 발명에서는 상기 조성물을 개체에 투여함으로써 TH17 세포를 활성화시키는 방법을 제시한다. 일정한 구체예에서, 증가된 IL-17A 수준은 예로써, 호중구 또는 호중구-유사 세포의 동원과 활성화를 유도함으로써 호중구 또는 호중구-유사 세포에 의한 증가된 폐렴구균 사멸을 결과한다. 일정한 구체예에서, 이러한 폐렴구균 사멸은 항체 및 보체와 독립적이다. 하지만, 특이적인 항체 생산 및 보체 활성화는 폐렴구균 감염의 제거에 기여하는 유용한 추가 기전일 수 있다.
제약학적 담체와 함께 면역원성 폴리펩티드를 인코딩하는 면역원성 폴리펩티드 또는 폴리뉴클레오티드를 내포하는 면역원성 조성물 역시 제시된다.
일부 경우에, 면역원성 조성물은 서열 번호: 1-13의 하나 이상의 폴리펩티드를 인코딩하는 하나 이상의 핵산, 예를 들면, 서열 번호: 24-31에서 선택되는 하나 이상의 핵산을 포함한다. 일부 구체예에서, 이들 핵산은 면역화된 개체에서 발현되고, 인코딩된 폐렴구균(S. pneumoniae) 항원이 생산되고, 그리고 이렇게 생산된 폐렴구균(S. pneumoniae) 항원은 면역화된 개체에서 면역자극 효과(immunostimulatory effect)를 산출할 수 있다.
이런 핵산-내포 면역자극 조성물은 예로써, 복제 기점, 그리고 서열 번호: 1-13의 하나 이상의 폴리펩티드를 인코딩하는 하나 이상의 핵산의 발현을 주동하는 프로모터를 포함할 수 있다. 이런 조성물은 또한, 프로모터(때때로, 강한 바이러스 프로모터), 서열 번호: 1-13의 하나 이상의 폴리펩티드를 인코딩하는 하나 이상의 핵산, 그리고 폴리아데닐화/전사 종결 서열이 삽입되는 세균 플라스미드 벡터를 포함한다. 일부 경우에, 핵산은 DNA이다.
H. 진단적 용도
본 발명에서는 특히, 환자에서 폐렴구균(S. pneumoniae)의 검출을 위한 신속하고, 저렴하고, 민감하고, 특이적인 방법을 제시한다. 이와 관련하여, 폐렴구균(S. pneumoniae) 감염을 앓고 있거나 폐렴구균(S. pneumoniae) 감염의 위험이 있는 환자를 검사하고 치료하는 모든 병원과 의사에게 유용해야 한다. 검출 키트는 임의의 국소 병원 실험실에 설치될 수 있을 만큼 충분히 간단할 수 있고, 그리고 항체 및 이의 항원-결합 부분은 폐렴구균(S. pneumoniae) 감염을 앓고 있거나 폐렴구균(S. pneumoniae) 감염의 위험이 있는 환자를 치료하는 모든 병원에 쉽게 가용할 수 있다. 본 명세서에서, “환자”는 폐렴구균(S. pneumoniae) 감염을 앓고 있거나, 또는 폐렴구균(S. pneumoniae) 감염에 걸릴 가능성이 있는 개체(가령, 인간)를 지칭한다. 환자는 폐렴구균(S. pneumoniae) 감염을 앓고, 폐렴구균(S. pneumoniae) 감염에 걸릴 가능성이 있는, 폐렴구균(S. pneumoniae) 감염으로부터 회복한, 및/또는 감염 상태가 알려지지 않은 개체(가령, 인간)일 수 있다.
일부 구체예에서, 2개 이상의 항체를 이용한 진단 검사를 수행할 수 있는데, 이들 각각은 개체에서 폐렴구균(S. pneumoniae)을 검출하기 위하여 표 1과 2의 항원 중에서 하나에 결합한다. 본 발명에서는 또한, 폐렴구균(S. pneumoniae) 감염을 앓는 것으로 의심되는 환자로부터 생물학적 샘플을 표현형확인(phenotyping)하는 방법을 제시하고, 상기 방법은 하기 단계를 포함한다: (a) 환자로부터 생물학적 샘플을 획득하는 단계; (b) 폐렴구균(S. pneumoniae)의 에피토프에 항체 또는 항원-결합 부분의 결합을 가능하게 하는 조건 하에, 상기 샘플을 2개 이상의 폐렴구균(S. pneumoniae)-특이적인 항체 또는 이의 항원-결합 부분과 접촉시키는 단계; 여기서 결합은 샘플 내에서 폐렴구균(S. pneumoniae)의 존재를 지시한다. 일부 구체예에서, 생물학적 샘플에 결합은 음성 대조 조직에 동일한 항체의 결합과 비교되고, 여기서 생물학적 샘플이 음성 대조 조직과 비교하여 폐렴구균(S. pneumoniae)의 존재를 보여주면, 환자는 폐렴구균(S. pneumoniae) 감염에 걸릴 가능성이 있는 것으로 확인된다. 일부 경우에, 항체의 결합은 폐렴구균(S. pneumoniae)의 존재를 지시한다; 다른 경우에, 2개 이상의 항체의 결합은 폐렴구균(S. pneumoniae)의 존재를 지시한다. 전술한 검사는 예로써, 표 1에 기술된 단백질 중에서 하나의 동족체(다른 세균 종으로부터)와 면역반응성인 항체를 이용함으로써, 다른 세균 감염을 검출하기 위하여 적절하게 조정될 수 있다. 일부 구체예에서, 표 1 또는 2에서 폐렴구균(S. pneumoniae) 단백질에 대하여 발생된 항체는 또한, 다른 스트렙토코커스(Streptococcus) 종에서 동족체, 특히, 높은 서열 동일성 비율을 갖는 동족체에 결합할 것이다.
대안으로, 개체에서 항-폐렴구균(S. pneumoniae) 항체를 검출하기 위하여 표 1 또는 2의 항원을 이용할 수 있다. 본 발명에서는 또한, 폐렴구균(S. pneumoniae) 감염을 앓는 것으로 의심되는 환자로부터 생물학적 샘플을 표현형확인하는 방법을 제시하는데, 상기 방법은 하기 단계를 포함한다: (a) 환자로부터 생물학적 샘플을 획득하는 단계; (b) 샘플 내에 존재하는 임의의 숙주 항체에 항원(또는 이의 일부분)의 결합을 가능하게 하는 조건 하에, 상기 샘플을 표 1 또는 2에서 선택되는 2개 이상의 폐렴구균(S. pneumoniae)-특이적인 항원 또는 이들의 일부분과 접촉시키는 단계; 여기서 결합은 샘플 내에서 항-폐렴구균(S. pneumoniae) 항체의 존재를 지시한다. 일부 구체예에서, 생물학적 샘플에 결합은 음성 대조 조직에 동일한 항체의 결합과 비교되고, 여기서 생물학적 샘플이 음성 대조 조직과 비교하여 항-폐렴구균(S. pneumoniae) 항체의 존재를 보여주면, 환자는 (1) 폐렴구균(S. pneumoniae) 감염을 앓고 있거나, 또는 (2) 과거에 폐렴구균(S. pneumoniae) 감염에 걸렸던 것으로 확인된다. 일부 경우에, 항체의 검출은 폐렴구균(S. pneumoniae)로 현재 또는 과거 감염을 지시한다; 다른 경우에, 2개 이상의 항체의 검출은 폐렴구균(S. pneumoniae)으로 현재 또는 과거 감염을 지시한다. 전술한 검사는 예로써, 표 1에 기술된 단백질 중에서 하나의 동족체(다른 세균 종으로부터)(가령, 스트렙토코커스 종)를 이용함으로써, 다른 세균 감염을 검출하기 위하여 적절하게 조정될 수 있다.
일부 구체예에서, 포유동물 세포의 면역 세포 반응은 탈체에서 정량될 수 있다. 이런 정량을 위한 방법은 본 명세서에서 개시된 조성물을 탈체에서 포유동물 T 세포에 투여하는 단계, 그리고 상기 조성물에 대한 반응으로 포유동물 T 세포의 사이토킨 생산에서 변화를 정량하는 단계를 포함한다. 이들 방법에서, 사이토킨은 예로써, IL-17일 수 있다.
항원(가령, 표 1 또는 2의 폴리펩티드)에 폐렴구균(S. pneumoniae) 항체의 결합은 임의의 적절한 방법을 이용하여 측정될 수 있다. 이런 방법에는 ELISA(효소-연계된 면역흡착 분석), Western 블롯팅, 경쟁 분석, 그리고 스팟-블롯이 포함된다. 검출 단계는 예로써, 화학발광, 형광, 또는 발색일 수 있다. 항체-단백질 결합을 측정하는 한 가지 적합한 방법은 Luminex xMAP 시스템인데, 여기서 펩티드는 염료-함유하는 미소구에 결합된다. xMAP 시스템을 포함하는 특정 시스템은 멀티플렉스에서 몇 가지 상이한 마커를 측정할 수 있고, 항체의 수준을 한꺼번에 측정하는데 이용될 수 있다. 일부 구체예에서, 멀티플렉스에서 다수의 표식을 분석하는 기타 시스템을 이용한다. 가령, 하기 중에서 임의의 시스템을 이용하여 프로파일링을 실행할 수 있다: 항원 마이크로어레이, 비드 마이크로어레이, 나노바코드 입자 기술, cDNA 발현 라이브러리로부터 배열된 단백질, 원래 장소 어레이(in situ array) 단백질, 살아있는 형질전환체의 단백질 어레이, 범용(universal) 단백질 어레이, 랩온어칩(lab-on-a-chip) 마이크로유체, 그리고 핀상의 단백질. 또 다른 유형의 임상 분석은 항체 결합을 검출하는 화학발광 분석이다. VITROS Eci 항-HCV 분석을 비롯한 일부 이와 같은 분석에서, 항체는 액체 현탁액에서 미소입자로 만들어진 고형-상 서포트에 결합되며, 그리고 표면 형광계를 이용하여 형광 산물의 효소 생성이 정량화된다.
일부 구체예에서, 생물학적 샘플이 폐렴구균(S. pneumoniae)의 존재를 보여주면(가령, 하나 이상의 표 1 또는 2의 폴리펩티드 또는 상기 폴리펩티드 중에서 하나에 결합하는 항체를 검출함으로써), 본 명세서에서 기술되는 조성물 및 치료제의 치료 효과량을 환자에게 투여할 수 있다. 생물학적 샘플은 예로써, 혈액, 정액, 소변, 질 유체, 점액, 타액, 대변, 소변, 뇌척수액, 또는 조직 샘플을 포함할 수 있다. 일부 구체예에서, 생물학적 샘플은 이식용 장기이다. 일정한 구체예에서, 검출 단계 이전에, 생물학적 샘플은 폐렴구균(S. pneumoniae)의 성장을 촉진시키는 배양 조건에 종속된다.
본 명세서에서 진단 검사(가령, 표 1 또는 2의 폴리펩티드 또는 상기 폴리펩티드 중에서 하나에 결합하는 항체를 검출하는 것들)는 환자로부터 채취된 샘플 및 다른 출처로부터 획득된 샘플을 비롯한 다양한 샘플에서 폐렴구균(S. pneumoniae)을 검출하는데 이용될 수 있다. 가령, 진단 검사는 식품, 음료, 또는 식품과 음료용 성분에서; 의료 기구, 의료 장치, 예를 들면, 달팽이관 이식물과 심박조율기, 신발, 의복, 병원 가구를 비롯한 가구, 그리고 병원 휘장을 비롯한 휘장과 같은 물체 상에서; 또는 주변 환경으로부터 채취된 샘플, 예를 들면, 식물 샘플에서 폐렴구균(S. pneumoniae)을 검출하는데 이용될 수 있다. 일부 구체예에서, 본 명세에서 이들 검사는 동물, 예를 들면, 농업과 동물(소, 돼지, 닭, 염소, 말 등), 반려 동물(개, 고양이, 새, 등), 또는 야생 동물로부터 채취된 샘플 상에서 수행될 수 있다. 일정한 구체예에서, 본 명세서에서 검사는 세포 배양액, 예를 들면, 치료적 단백질을 생산하는 인간 세포의 배양액, 유용한 생물학적 분자를 생산하도록 의도되는 세균의 배양액, 또는 연구 목적을 위하여 성장된 세포의 배양액으로부터 채취된 샘플 상에서 수행될 수 있다.
본 발명에서는 또한, 환자에서 폐렴구균(S. pneumoniae) 감염의 위치를 결정하는 방법을 제시하고, 상기 방법은 (a) 표지된 폐렴구균(S. pneumoniae) 항체 또는 이의 항원-결합 부분을 포함하는 제약학적 조성물을 환자에 투여하는 단계, 그리고 (b) 라벨을 검출하는 단계를 포함하고, 여기서 결합은 환자의 특정 위치에서 폐렴구균(S. pneumoniae) 감염을 지시한다. 이런 진단은 또한, 환자에서 결합 수준을 대조에 비교하는 단계를 포함할 수 있다. 일정한 구체예에서, 상기 방법은 환자가 폐렴구균(S. pneumoniae) 감염을 앓으면, 폐렴구균(S. pneumoniae)-결합 항체 또는 이의 항원-결합 부분의 치료 효과량을 환자에 투여함으로써 감염을 치료하는 단계를 더욱 포함한다. 일정한 구체예에서, 상기 방법은 환자가 폐렴구균(S. pneumoniae) 감염을 앓으면, 표 1의 폐렴구균(S. pneumoniae) 단백질, 또는 이의 면역원성 부분의 치료 효과량을 환자에 투여함으로써 감염을 치료하는 단계를 더욱 포함한다. 상기 방법은 환자에서 폐렴구균(S. pneumoniae)의 위치 및/또는 부피를 결정하는 단계를 더욱 포함할 수 있다. 이러한 방법은 환자에서 폐렴구균(S. pneumoniae)의 확산을 평가하고, 그리고 국소 요법이 적절한 지를 결정하는데 이용될 수 있다.
일부 구체예에서, 본 명세서에서 기술되는 항-폐렴구균(S. pneumoniae) 항체는 감염 경과의 예후를 예측하는데 이용될 수 있다. 일부 구체예에서, 본 발명의 항-폐렴구균(S. pneumoniae) 항체는 환자로부터 채취된 샘플에서 검출될 수 있다. 항체가 정상 수준에서 존재하면, 이것은 환자가 항-폐렴구균(S. pneumoniae)에 대한 면역 반응을 발생시킨다는 것을 지시할 것이다. 항체가 부재하거나, 또는 감소된 수준으로 존재하면, 이것은 환자가 항-폐렴구균(S. pneumoniae)에 대한 충분한 반응을 발생시키지 못하고, 그리고 더욱 공격성 치료가 권장된다는 것을 지시할 것이다. 일부 구체예에서, 감소된 수준으로 존재하는 항체는 정상 면역계를 갖는 환자에서 전형적인 항체의 50%, 20%, 10%, 5%, 2%, 또는 1% 이하의 수준으로 존재하는 항체를 지칭한다. 항체는 예로써, ELISA를 이용하여 본 명세서에서 기술되는 임의의 항원(가령, 표 1 및/또는 2에서 것들)에 대한 친화성에 의해 검출될 수 있다.
일부 구체예에서, 특정한 폐렴구균(S. pneumoniae) 항원(가령, 표 1 및/또는 2에서 것들)의 검출은 환자에서 폐렴구균(S. pneumoniae) 감염의 진행과 증상을 예측하는데 이용될 수 있다. 당업자가 인지하는 바와 같이, 본 발명의 방법은 폐렴구균(S. pneumoniae)의 검출에 한정되지 않는다. 다른 구체예에는 표 1 또는 2에서 기술된 단백질에 상동한 단백질로 세균을 비롯한 관련된 세균의 검출을 포함한다. 이런 관련된 세균에는 예로써, 스트렙토코커스(Streptococcus)의 다른 균주가 포함된다.
I. 투여 용량 및 경로
1. 제형, 투여량, 그리고 투여 시간
각 백신 또는 면역원성 조성물 용량에서 항원의 양은 단일 투여량 또는 다중 투여량으로 상기에서 설명된 것과 같이 예방 또는 치료 반응을 유도하는 효과량으로 선택된다. 바람직하게는, 투여량은 전형적인 백신에서 유의적인 부작용이 없다. 이러한 양은 이용되는 특이적 항원에 따라 다양할 것이다. 일반적으로, 투여량은 1-1000 ㎍의 단백질을 포함하며, 일부 경우에 2-100 ㎍, 예를 들면 4-40 ㎍을 포함할 것으로 예상된다. 일부 측면에서, 백신 제제는 1-1000 ㎍의 폴리펩티드 및 1-250 ㎍의 어쥬번트를 포함한다. 일부 구체예에서, 운반되는 항원의 적정량은 개체의 나이, 체중 및 건강(가령, 면역약화된 상태)에 따라 달라질 것이다. 어쥬번트가 존재할 때, 전형적으로 그 양은 투여량당 1 ㎍ - 250 ㎍, 예를 들면, 50-150 ㎍, 75-125 또는 100 ㎍의 양으로 존재할 것이다.
일부 구체예에서, 상기에서 설명된 결과를 얻기 위하여 단지 1회 투여량의 백신이 투여된다. 다른 구체예에서, 초기 백신접종에 이후에, 개체는 1회 이상의 부스터 백신접종, 총 2회, 3회, 4회 또는 5회의 백신접종을 받는다. 유익하게는, 부스터 예방접종 횟수는 3회 또는 그 미만이다. 부스터 백신접종은 초기 백신접종 이후에, 예로써 약 1 개월, 2 개월, 4 개월, 6 개월, 또는 12 개월에 투여되고, 백신접종 섭생은 0, 0.5-2 및 4-8 개월에 투여하는 것을 포함한다. 동일한 또는 상이한 경로로 투여될 수 있는 백신을 분할 분량으로 투여하는 것이 유익할 수 있다.
본 명세서에서 기술되는 백신과 면역원성 조성물은 다양한 제형을 취할 수 있다. 일정한 구체예에서, 조성물은 고형 또는 분말형(가령, 동결건조된) 형태로 제공된다; 또한, 용액 형태로 제공될 수도 있다. 일정한 구체예에서, 제형은 동결건조된 조성물의 투여량과 최소한 하나의 별도 무균 희석 용기로 제공된다.
일부 구체예에서, 조성물은 투여량 상승 방식으로 투여되는데, 후속 투여되는 조성물은 이전에 투여된 것보다 더욱 높은 농도를 담고 있다. 일부 구체예에서, 조성물은 조성물의 후속 투여가 이전 투여보다 더욱 낮은 농도를 담고 있는 방식으로 투여될 것이다.
치료적 적용에서, 조성물은 환자를 치료하는데 충분한 양으로, 질환을 앓고 있는 환자에게 투여된다. 본 명세서에서 기술되는 조성물의 치료적 적용은 조성물로 치료받지 않는 개체에서 발생되는 수준의 90%, 80%, 70%, 60%, 50%, 40%, 30%, 20% 또는 10%까지, 전염성을 감소시키거나, 질환 진행을 지연시키거나, 세균 생존능 또는 복제를 감소시키거나, 또는 독성에 요구되는 단백질의 발현을 저해하는 것을 포함한다.
예방적 구체예에서, 조성물은 감염성 질환 또는 기타 장애의 확립을 억제할 수 있는 면역 반응을 유도하기 위하여 인간 또는 다른 포유동물에 투여된다. 일부 구체예에서, 조성물은 세균이 감염을 확립하는 것을 부분적으로 차단할 수 있다.
일부 구체예에서, 조성물은 항생제와 공동으로 투여된다. 이러한 공동-투여는 제약학적 조성물이 폐렴구균(S. pneumoniae)에 최근에 노출된(또는 최근에 노출된 것으로 의심되는) 환자에게 투여될 때 특히 적합하다. 페니실린, 아목시실린, 아목시실린/클라불라네이트, 세푸록심, 세포탁심, 세프트리악손, 그리고 반코마이신을 비롯하여 많은 항생제가 폐렴구균 감염을 치료하는데 이용된다. 적절한 항생제는 감염의 유형과 심각도, 그리고 감염의 임의의 공지된 항생제 내성에 기초하여 선택될 수 있다(Jacobs MR “Drug-resistant Streptococcus Pneumoniae: rational antibiotic choices” Am J Med. 1999 May 3;106(5A):19S-25S).
2. 투여 경로
본 발명의 백신 제제 및 면역학적 조성물은 전형적으로 전신 투여(가령, 정맥내, 복막내, 근육내, 피내, 피하내, 경피, 피하, 두개내, 비강, 점막, 항문, 질, 경구, 구강점막 경로 또는 흡입되는 것을 포함)에 의해 개체에 투여로 전달되거나, 또는 국소 적용에 의해 투여될 수 있다. 일부 구체예에서, 투여 경로는 근육내이다. 다른 구체예에서, 투여 경로는 피하이다. 또 다른 구체예에서, 투여 경로는 점막이다. 일정한 구체예에서, 투여 경로는 경피 또는 내피이다.
일정한 투여 경로는 특정된 어쥬번트를 포함하는 백신 제제와 면역원성 조성물에 특히 적합하다. 특히, 경피 투여는 독소(가령, 콜레라 독소 또는 민감 독소)를 포함하는 폐렴구균(S. pneumoniae) 백신에 대한 적절한 투여 경로 중의 하나이다; 다른 구체예에서, 투여는 비내이다. 알파바이러스 레플리콘으로 조제된 백신은 예로써, 근육내 또는 피하 경로에 의해 투여될 수 있다. 모노포스포릴 지질 A(MPL), 트레할로스 디코이노미콜레이트(TDM), 그리고 디옥타데실디메틸암모늄 브롬화물(DDA)을 포함하는 백신은 근육내와 피하 투여에 적합하다(특히). 레시퀴모드(resiquimod)를 포함하는 백신은 예로써, 국소 또는 피하 투여될 수 있다.
3. 제제
백신 제제 또는 면역원성 조성물은 인간 환자에게 투여하기에 적합할 것이며, 그리고 백신 또는 면역원성 조성물은 USFDA 지침에 합치될 것이다. 일부 구체예에서, 백신 제제 또는 면역원성 조성물은 인간이 아닌 동물에게 투여하기에 적합하다. 일부 구체예에서, 백신 또는 면역원성 조성물은 실질적으로 내독소 또는 외독소가 없다. 내독소는 리포다당류 (LPS) 분자들과 같은 발열원을 포함할 수 있다. 백신 또는 면역원성 조성물은 또한, 열병 또는 기타 부작용을 유발하는 비활성 단백질 단편이 실질적으로 없을 것이다. 일부 구체예에서, 조성물은 1% 이하, 0.1% 이하, 0.01% 이하, 0.001% 이하, 또는 0.0001% 이하의 내독소, 외독소, 및/또는 비활성 단백질 단편을 내포한다. 일부 구체예에서, 백신 또는 면역원성 조성물은 산업용수, 수돗물 또는 증류수보다 더욱 낮은 수준의 발열원을 가진다. 다른 백신 또는 면역원성 조성물 성분은 이온-교환 크로마토그래피, 한외여과 또는 증류와 같은 당업계에 공지되어 있는 방법을 이용하여 정제될 수 있다. 다른 구체예에서, 발열원은 환자에게 투여하기 이전에 비활성화되거나 파괴될 수 있다. 백신용 미가공 재료, 예를 들면, 물, 완충액, 염 그리고 기타 화학물질은 스크리닝되고 발열원이 제거될 수 있다. 백신내 모든 재료는 멸균되며, 그리고 백신 각각은 멸균에 대해 조사될 것이다. 따라서 특정 구체예에서 백신 내에서 내독소 수준은 USFDA에 의해 설정된 수준, 예를 들면, 수막내 주사용 조성물의 경우에 산물 kg당 0.2 내독소 (EU); 비-수막내 주사용 조성물의 경우에 산물 kg당 5 EU, 그리고 무균 수의 경우에 0.25-0.5 EU/mL 이하이다.
일정한 구체예에서, 제조물은 50%, 20%, 10%, 또는 5%(건조 중량으로) 이하의 오염 단백질을 포함한다. 일정한 구체예에서, 원하는 분자는 다른 생물학적 거대분자, 예를 들면, 다른 단백질(특히, 정제된 제조물로서, 또는 개별 재구성된 혼합물에서 그들의 기능에서 성분 단백질의 특징을 실질적으로 가리거나, 소멸시키거나, 혼란시키거나, 또는 변화시킬 수 있는 다른 단백질)의 실질적인 부재에서 존재한다. 일정한 구체예에서, 최소한 80%, 90%, 95%, 99%, 또는 99.8%(건조 중량으로)의 동일한 유형의 생물학적 거대분자가 존재한다(하지만, 물, 완충액, 그리고 기타 소형 분자, 특히 5000 이하의 분자량을 갖는 분자가 존재할 수 있다). 일부 구체예에서, 정제된 아단위 단백질을 포함하는 백신 또는 면역원성 조성물은 정제된 아단위의 양에 비하여, 이들 아단위 단백질이 발현된 숙주 세포로부터 5%, 2%, 1%, 0.5%, 0.2%, 0.1% 이하의 단백질을 내포한다. 일부 구체예에서, 원하는 폴리펩티드는 핵산 및/또는 탄수화물이 실질적으로 존재하지 않는다. 가령, 일부 구체예에서, 백신 또는 면역원성 조성물은 5% 이하, 2% 이하, 1% 이하, 0.5% 이하, 0.2% 이하, 또는 0.1% 이하의 숙주 세포 DNA 및/또는 RNA를 내포한다. 일정한 구체예에서, 최소한 80%, 90%, 95%, 99%, 또는 99.8%(건조 중량으로)의 동일한 유형의 생물학적 거대분자가 제조물 내에 존재한다(하지만, 물, 완충액, 그리고 기타 소형 분자, 특히 5000 이하의 분자량을 갖는 분자가 존재할 수 있다).
바람직하게는, 백신 또는 면역원성 조성물은 합리적인 위험-이익 비율(risk-benefit ratio) 내에서, 낮은 독성을 갖거나 독성이 없다. 일정한 구체예에서, 백신 또는 면역원성 조성물은 백신접종되는 동물에 대한 LD50 치수보다 낮은 농도에서 성분을 포함한다. LD50 치수는 생쥐 또는 다른 실험 모형 시스템에서 획득되고, 그리고 인간 및 기타 동물에 맞게 외삽법을 추정될 수 있다. 인간 및 기타 동물에서 화합물의 LD50을 추정하는 방법은 당분야에 널리 공지되어 있다. 백신 제제 또는 면역원성 조성물, 그리고 그 내에 임의의 성분은 쥐에서 100 g/kg 이상, 50g/kg 이상, 20 g/kg 이상, 10 g/kg 이상, 5 g/kg 이상, 2 g/kg 이상, 1 g/kg 이상, 500 mg/kg 이상, 200 mg/kg 이상, 100 mg/kg 이상, 50 mg/kg 이상, 20 mg/kg 이상, 또는 10 mg/kg 이상의 LD50 값을 가질 수도 있다. 독소, 예를 들면, 보툴리누스균 독소(어쥬번트로서 이용될 수 있다)를 포함하는 백신 제제 또는 면역원성 조성물은 LD50보다 훨씬 적은 보툴리누스균 독소를 내포해야 한다.
백신 제제 또는 제약학적 조성물을 도입하는데 적합한 제제는 투여 경로에 따라 달라진다. 가령, 관절내(관절안에), 정맥내, 근육내, 피내, 복막내, 비강내, 그리고 피하 경로와 같은 비경구 투여에 적합한 제형은 수성 및 비-수성, 항산화제, 완충액, 정균제 그리고 제제가 의도된 수용자의 혈액과 등장성이 되도록 하는 용질을 포함하는 등장성 무균 주사 용액, 그리고 현탁제, 가용화제, 농후제, 안정화제, 그리고 보존제를 포함할 수 있는 수성 및 비-수성 멸균 현탁액을 포함한다. 이들 제제는 단위-투약 또는 다중-투약 밀봉 용기, 예를 들면, 앰플 및 바이알과 같은 용기로 제공될 수 있다.
주사 용액 및 현탁액은 기존에 설명된 무균 분말, 과립 및 정제로부터 제조될 수 있다. 치료적 T 세포의 입양 전이(adoptive transfer)의 경우에, 이들 세포는 정맥내 또는 비경구 투여될 수 있다.
경구 투여에 적합한 제형은 (a) 물, 염 또는 PEG400과 같은 희석제에 현탁된 상기 폴리펩티드 또는 포장된 핵산의 효과량과 같은 액체 용액; (b) 캡슐, 향낭 또는 정제, 이들은 각각 용액, 고체, 과립 또는 젤라틴으로서 미리 결정된 양의 활성 성분을 함유하고; (c) 적합한 액체에서 현탁액; 그리고 (d) 적합한 에멀젼으로 구성될 수 있다. 정제 형태는 하나 이상의 락토오스, 수크로오스, 만니톨, 소르비톨, 인산칼슘, 옥수수 전분, 감자 전분, 트라거캔스, 미세결정 셀룰로오스, 아카시아, 젤라틴, 콜로이드성 이산화실리콜, 크로스카르멜로스 나트륨, 활석, 스테아르산마그네슘, 스테아르산 및 기타 부형제, 착색제, 충진제, 결합제, 희석제, 완충제, 가습제, 보존제, 풍미제, 염료, 붕해제 그리고 제약학적으로 적합한 담체를 포함할 수 있다. 마름모꼴정제 형태는 풍미가 있는 통상의 수크로오스 및 아카시아 또는 트래거캔스에서 활성 성분을 포함할 수 있고, 뿐만 아니라 당업계에 공지되어 있는 담체와 함께, 젤라틴과 글리신 또는 수크로오스 및 아카시아 에멀젼, 겔 등에 활성 성분을 포함하는 파스텔(pastilles)을 포함한다. 제약학적 조성물은 리포좀 내에, 또는 활성 성분의 지연 방출을 제공하는 제제 내에 포집될 수 있다.
항원은 단독으로 또는 다른 적합한 성분과 공동으로, 흡입을 통하여 투여될 수 있는 에어로젤 제형으로 만들어질 수 있다(가령, 이들은 분무("nebulized")될 수 있다). 에어로졸 제형은 디클로로디플루오르메탄, 프로판, 질소 등과 같은 가압가능 추진제 내로 배치될 수 있다.
질 또는 직장 투여에 적합한 제형은 좌약 기부와 함께 상기 폴리펩티드 또는 포장된 핵산을 포함한다. 적합한 좌약 기부는 천연 또는 합성 트리글리세리드 또는 파라핀 탄화수소를 포함한다. 또한, 예로써, 액체 트리글리세리드, 폴리에틸렌 글리콜 및 파라핀 탄화수소를 비롯하여, 기부와 폴리펩티드 또는 포장된 핵산의 조합으로 구성된 젤라틴 직장 캡슐을 이용하는 것도 가능하다.
J. 백신 제제와 면역원성 조성물의 제조와 보관
본 명세서에서 기술되는 폐렴구균(S. pneumoniae) 백신과 면역원성 조성물은 다양한 기술을 이용하여 만들 수 있다. 가령, 폴리펩티드는 적합한 숙주 세포에서 재조합 DNA 기술을 이용하여 만들 수 있다. 적합한 숙주 세포는 세균, 효모, 포유동물, 또는 기타 유형의 세포일 수 있다. 숙주 세포는 관련 폴리펩티드 유전자중 하나의 외생 복사체를 발현하도록 변형될 수 있다. 일반적으로, 유전자는 강력한 프로모터 및 폴리아데닐화 서열과 같은 적합한 조절 서열에 작동가능하도록 연결된다. 일부 구체예에서, 프로모터는 유도성 또는 억제성이다. 기타 조절 서열은 목적 폴리펩티드를 어떻게 정제하기를 원하는 지에 따라, 세포질 또는 막 내에서 목적 폴리펩티드의 분비 또는 배출 또는 유지를 제공할 수 있다. 유전자는 염색체외 플라스미드 상에 존재하거나, 또는 숙주 게놈에 통합될 수 있다. 당업자는 자연-발생 서열에 100% 동일한 핵산을 이용할 필요가 없다는 것을 인지할 것이다. 다만, 이들 서열에 대한 어느 정도의 변경은 용인되며, 바람직할 수도 있다. 가령, 핵산은 인코딩된 폴리펩티드가 동일하도록 유전자 코드의 축중성을 이용하여 변형될 수 있다. 일부 구체예에서, 유전자는 특정 숙주에서 발현을 개선시키기 위하여 코돈-최적화된다. 핵산은 예로써, PCR 또는 화학적 합성에 의해 생산될 수 있다.
재조합 세포주가 생산되면, 이로부터 폴리펩티드를 분리시킬 수 있다. 분리는 친화력 정제 기술 또는 물리적 분리 기술(가령, 칼럼 크기)에 의해 이루어질 수 있다.
본 내용의 추가 측면에서, 하나 이상의 폴리펩티드 또는 이의 면역원성 단편 또는 변이체와 담체 및/또는 어쥬번트를 혼합하는 것을 포함하는 제조 방법이 제공된다.
일부 구체예에서, 이들 백신 제제 및 면역원성 조성물에 포함되는 항원은 세포 배양액에서 만들어질 수 있다. 한 가지 방법은 하나 이상의 발현 벡터를 제공하고, 표 1 또는 표 2의 아미노산 서열을 가지는 폴리펩티드로부터 선택된 2개 이상의 폴리펩티드를 인코딩하는 뉴클레오티드를 클로닝시키고, 그 다음 상기 폴리펩티드를 발현시키고 분리하는 것을 포함한다.
본 명세서에서 기술되는 면역원성 폴리펩티드, 그리고 상기 폴리펩티드를 발현시키는 핵산 조성물은 포유동물에 핵산 조성물을 투여하기 위한 팩, 분배 장치 및 키트 내에 포장될 수 있다. 가령, 하나 이상의 단위 제형을 담고 있는 팩 또는 분배 장치가 제공된다. 일반적으로, 본 명세서에서 공개된 바와 같이 명시된 장애의 치료에 화합물이 적합하다는 라벨과 함께, 화합물의 투여를 위한 지침이 포장에 제공될 수 있다.
III . 도면의 간단한 설명
도 1에서는 실시예 5에서 기술된 바와 같이, 지시된 단백질(들) 및 콜레라 독소로 면역화되고, 이후 사멸된, 피포되지 않은 전세포 폐렴구균(S. pneumoniae)으로 자극된 생쥐로부터 혈액 샘플에 의해 산출된 IL-17의 농도를 보여준다. 좌측 패널은 산발 형식(scatter format)으로 데이터를 보여주고, 그리고 우측 패널은 각 샘플에 대한 평균 및 표준 편차를 보여준다. 면역화 군 “전체 3”은 SP2108, SP0148, 그리고 SP1634의 조합으로 면역화된 동물을 나타낸다.
도 2에서는 실시예 5에서 기술된 바와 같이, 지시된 단백질(들) 및 콜레라 독소로 면역화되고, 이후 3가지 단백질(SP2108, SP0148, 그리고 SP1634)의 조합으로 자극된 생쥐로부터 혈액 샘플에 의해 산출된 IL-17의 농도를 보여준다.
도 3에서는 실시예 5에서 기술된 바와 같이, 지시된 단백질(들) 및 콜레라 독소로 면역화되고, 이후 폐렴구균(S. pneumoniae)의 비내 투여로 공격된 생쥐에서 세비액으로부터 획득된 폐렴구균(S. pneumoniae) 콜로니의 총수를 보여준다. 003은 대조 무관 항원을 나타낸다.
도 4에서는 실시예 6에서 기술된 바와 같이, 지시된 단백질(들) 및 콜레라 독소로 면역화되고, 이후 사멸된, 피포되지 않은 전세포 폐렴구균(S. pneumoniae)으로 자극된 생쥐로부터 혈액 샘플에 의해 산출된 IL-17의 농도를 보여준다.
도 5에서는 실시예 5에서 기술된 바와 같이, 지시된 단백질(들) 및 콜레라 독소로 면역화되고, 이후 지시된 단백질 및 조합에 의해 자극된 생쥐로부터 혈액 샘플에 의해 산출된 IL-17의 농도를 보여준다.
도 6에서는 실시예 6에서 기술된 바와 같이, 지시된 단백질(들) 및 콜레라 독소로 면역화되고, 이후 폐렴구균(S. pneumoniae)의 비내 투여로 공격된 생쥐에서 세비액으로부터 획득된 폐렴구균(S. pneumoniae) 콜로니의 총수를 보여준다. 유전자 명칭 US12를 갖는 HSV-2 단백질 ICP47(NP_044543.1, NC_001798.1; 도면에서 003으로 표시됨) 및 난백알부민(OVA)은 대조 항원을 나타낸다.
도 7에서는 실시예 7에서 기술된 바와 같이, 지시된 단백질(들) 및 콜레라 독소로 면역화되고, 이후 폐렴구균(S. pneumoniae)의 비내 투여로 공격된 생쥐에서 세비액으로부터 획득된 폐렴구균(S. pneumoniae) 콜로니의 총수를 보여준다.
도 8에서는 실시예 8에서 기술된 바와 같이, 지시된 단백질(들) 및 콜레라 독소로 면역화되고, 이후 폐렴구균(S. pneumoniae)의 비내 투여로 공격된 BALB/c 생쥐에서 세비액으로부터 폐렴구균(S. pneumoniae) 콜로니의 총수를 보여준다.
도 1에서는 실시예 5에서 기술된 바와 같이, 지시된 단백질(들) 및 콜레라 독소로 면역화되고, 이후 사멸된, 피포되지 않은 전세포 폐렴구균(S. pneumoniae)으로 자극된 생쥐로부터 혈액 샘플에 의해 산출된 IL-17의 농도를 보여준다. 좌측 패널은 산발 형식(scatter format)으로 데이터를 보여주고, 그리고 우측 패널은 각 샘플에 대한 평균 및 표준 편차를 보여준다. 면역화 군 “전체 3”은 SP2108, SP0148, 그리고 SP1634의 조합으로 면역화된 동물을 나타낸다.
도 2에서는 실시예 5에서 기술된 바와 같이, 지시된 단백질(들) 및 콜레라 독소로 면역화되고, 이후 3가지 단백질(SP2108, SP0148, 그리고 SP1634)의 조합으로 자극된 생쥐로부터 혈액 샘플에 의해 산출된 IL-17의 농도를 보여준다.
도 3에서는 실시예 5에서 기술된 바와 같이, 지시된 단백질(들) 및 콜레라 독소로 면역화되고, 이후 폐렴구균(S. pneumoniae)의 비내 투여로 공격된 생쥐에서 세비액으로부터 획득된 폐렴구균(S. pneumoniae) 콜로니의 총수를 보여준다. 003은 대조 무관 항원을 나타낸다.
도 4에서는 실시예 6에서 기술된 바와 같이, 지시된 단백질(들) 및 콜레라 독소로 면역화되고, 이후 사멸된, 피포되지 않은 전세포 폐렴구균(S. pneumoniae)으로 자극된 생쥐로부터 혈액 샘플에 의해 산출된 IL-17의 농도를 보여준다.
도 5에서는 실시예 5에서 기술된 바와 같이, 지시된 단백질(들) 및 콜레라 독소로 면역화되고, 이후 지시된 단백질 및 조합에 의해 자극된 생쥐로부터 혈액 샘플에 의해 산출된 IL-17의 농도를 보여준다.
도 6에서는 실시예 6에서 기술된 바와 같이, 지시된 단백질(들) 및 콜레라 독소로 면역화되고, 이후 폐렴구균(S. pneumoniae)의 비내 투여로 공격된 생쥐에서 세비액으로부터 획득된 폐렴구균(S. pneumoniae) 콜로니의 총수를 보여준다. 유전자 명칭 US12를 갖는 HSV-2 단백질 ICP47(NP_044543.1, NC_001798.1; 도면에서 003으로 표시됨) 및 난백알부민(OVA)은 대조 항원을 나타낸다.
도 7에서는 실시예 7에서 기술된 바와 같이, 지시된 단백질(들) 및 콜레라 독소로 면역화되고, 이후 폐렴구균(S. pneumoniae)의 비내 투여로 공격된 생쥐에서 세비액으로부터 획득된 폐렴구균(S. pneumoniae) 콜로니의 총수를 보여준다.
도 8에서는 실시예 8에서 기술된 바와 같이, 지시된 단백질(들) 및 콜레라 독소로 면역화되고, 이후 폐렴구균(S. pneumoniae)의 비내 투여로 공격된 BALB/c 생쥐에서 세비액으로부터 폐렴구균(S. pneumoniae) 콜로니의 총수를 보여준다.
V.
실시예
실시예 1. 항원 확인 및 합동된
뮤린
스크린
폐렴구균(S. pneumoniae) TIGR4 게놈에서 예측된 각 개방 해독 틀은 주요 조직적합성 복합체(MHC)에 의해 제시될 수 있는 태그를 포함하는 발현 벡터 내로 클로닝되었다. 각 구조체는 이후, 대장균(E. coli)에서 발현되고, 그리고 전장 발현은 MHC의 배경에서 태그를 확인하는 대용물 검사법에 의해 확인되었다. 이러한 스크린은 International Application WO 2010/002993에서 더욱 상세하게 기술된다. 대형 라이브러리의 스크리닝을 가능하게 하기 위하여, 4가지 유도된 라이브러리 클론이 각 웰에 존재하도록 라이브러리가 합동되었다. 폐렴구균(S. pneumoniae)에 대하여 면역화된 생쥐로부터 T 세포를 스크리닝하기 위하여, 합동된 라이브러리의 분량(aliquot)이 복막-유래된 대식세포에 첨가되었다. 이들 대식세포는 MHC를 거쳐 표식된 폐렴구균(S. pneumoniae) 항원에 결합하였다. 37℃에서 2시간후, 이들 대식세포는 PBS로 세척되었다. 이들 대식세포는 이후, 1% 파라포름알데히드로 15분 동안 고정되고 PBS로 폭넓게 세척되었다. 105개 T 세포가 200 ㎕의 RP-10 배지에서 각 웰에 첨가되었다. 이들 T 세포는 콜레라 독소 어쥬번트와 함께 사멸된 폐렴구균(S. pneumoniae) 세균으로 2회 면역화된 생쥐로부터 미리 분리되었다. 검사 평판은 37℃에서 72시간 동안 배양되었다. 각 웰의 상층액에서 IL-17의 양은 IL-17 ELISA 검사법의 이용을 통해 결정되었다. 양성 결과에 대한 역치는 모든 샘플의 평균 위에서 2 표준 편차로 설정되었다.
실시예 2. 양성
뮤린
풀의
디콘볼류션
이차 스크린은 각 웰에서 4가지 클론 중에서 어떤 항원(들)이 실시예 1에서 기술되는 합동된 스크린에서 관찰되는 양성 반응을 유도하는 지를 결정하는데 이용되었다. 각 양성 풀에서 모든 클론은 중복 웰에서 복막 대식세포 상에 개별적으로 펄스(pulse)되었다. 최초 스크린과 동일한 유전적 배경으로부터 면역화된 생쥐로부터 분리된 T 세포는 실시예 1에서 기술되는 IL-17 검사법을 이용하여, 펄스된 대식세포를 스크리닝하는데 이용되었다. 음성 대조 샘플의 평균 위에서 2 표준 편차 이상의 중복 웰에서 평균 반응을 유도하는 개별 항원은 양성 반응인 것으로 간주되었다. 이들 양성 클론 내에 존재하는 라이브러리 플라스미드는 항원의 정체를 확인하기 위하여 염기서열분석되었다. 항원 SP_1574, SP_1655, SP_2106, SP_0148, SP_1473, SP_0605, SP_1177, SP_0335, SP_0906, SP_1828, SP_2157, SP_1229, SP_1128, SP_1836, SP_1865, SP_0904, SP_0882, SP_0765, SP_1634, SP_0418, SP_1923, SP_1313, SP_0775, SP_0314, SP_0912, SP_0159, SP_0910, SP_2148, SP_1412, SP_0372, SP_1304, SP_2002, SP_0612, SP_1988, SP_0484, SP_0847, SP_1527, SP_0542, SP_0441, SP_0350, SP_0014, SP_1965, SP_0117, 그리고 SP_2108이 이러한 방법을 이용하여 확인되었다.
실시예 3. 항원 확인 및 합동된 인간 스크린
CD4+ T 세포 및 CD14+ 단핵구는 인간 공여자로부터 획득된 말초혈로부터 분리되었다. 이들 단핵구는 본질적으로 Tedder TF and Jansen PJ (1997 “Isolation and generation of human dendritic cells.” Current Protocols in Immunology Supp 23: 7.32.1-7.32.16)에서 기술된 바와 같이, 이들을 GM-CSF 및 IL-4 포함 배지에서 배양함으로써, 수상돌기 세포로 분화되었다. 5일간 배양후, 수상돌기 세포는 384개 웰 평판 내로 접종되었다. 이들 CD4+ T 세포는 충분한 양을 담보하기 위하여 배양 동안 확대되었다.
폐렴구균(S. pneumoniae) TIGR4 게놈에서 예측된 각 개방 해독 틀은 주요 조직적합성 복합체(MHC)에 의해 제시될 수 있는 태그를 포함하는 발현 벡터 내로 클로닝되었다. 각 구조체는 이후, 대장균(E. coli)에서 발현되고, 그리고 전장 발현은 MHC의 배경에서 태그를 확인하는 대용물 검사법에 의해 확인되었다. 대형 라이브러리의 스크리닝을 가능하게 하기 위하여, 4가지 유도된 라이브러리 클론이 각 웰에 존재하도록 라이브러리가 합동되었다. 인간 T 세포를 스크리닝하기 위하여, 합동된 라이브러리의 분량(aliquot)이 384-웰 평판에서 접종된 수상돌기 세포에 첨가되었다. 37℃에서 2시간후, 이들 수상돌기 세포는 1% 파라포름알데히드로 15분 동안 고정되고 인산염 완충액 및 리신 완충액으로 폭넓게 세척되었다. 70 ㎕의 RP-10 배지에서 40,000개의 CD4+ T 세포가 384-웰 평판의 각 웰에 첨가되었다. 검사 평판은 37℃에서 3일 동안 배양되었다. 각 웰의 상층액 내에서 IL-17의 양은 IL-17 ELISA 검사법의 이용을 통해 결정되었다. 스크린의 상이한 반복에서, 양성 결과에 대한 역치는 모든 샘플의 평균 위에서 2 표준 편차, 음성 대조의 평균 위에서 2 표준 편차, 또는 데이터 세트의 중앙 절대 편차(median absolution deviation)의 1.78 배로 설정되었다. 양성 풀은 이후, 실시예 4에서 기술된 바와 같이 디콘볼류션되었다.
실시예 4. 양성 인간 풀의
디콘볼류션
모든 항원에서, 디콘볼류션은 2개의 풀 스크린의 결과를 결과를 비교함으로써 수행되었다. 이러한 방법에서, 폴리펩티드가 첫 번째와 두 번째 풀 사이에 3개의 상이한 폴리펩티드가 존재하도록 2가지 상이한 세트의 풀이 준비되었다. 결과적으로, 어떤 폴리펩티드가 첫 번째와 두 번째 세트 둘 모두에서 양성 풀 내에 있는 지를 확인함으로써 어떤 폴리펩티드가 항원인 지를 결정하는 것이 가능하다. 이러한 디콘볼류션 방법에서, 풀은 데이터 세트의 중앙 절대 편차(median absolution deviation)의 최소한 1.78 배이면 양성으로서 확인되었다.
항원은 최소한 2개의 반복 이차 스크린에서 양성이면, 양성 히트(positive hit)로서 확인되었다. 항원 SP2108, SP0641, SP1393, SP0024, SP0641.1, SP1072, SP1384 및 SP2032가 상기 접근법을 이용하여 확인되었다.
실시예 5
SP2108
,
SP0148
및
SP1634
폴리펩티드
SP2108 폴리펩티드(서열 번호: 9), SP0148 폴리펩티드(서열 번호: 7) 및 SP1634 폴리펩티드(표 2 참조)는 1 ㎍ 콜레라 독소와 공동으로 4 ㎍의 폴리펩티드를 이용하여 백신 조성물로서 조제되었다. 조합을 위하여, 4 ㎍의 각 폴리펩티드가 이용되었다. 조성물은 C57BL/6 생쥐에 1주일 간격으로 3회 비내 투여되었다. 이들 개체는 이후, 3주 동안 휴식하고, 그리고 면역원성에 대하여 상기 시점에서 채혈되었다. 이러한 검사를 위하여, 헤파린처리된 전혈은 퇴행성 안와 부비강(retrograde orbital sinus)으로부터 수집되었다. 총 PBMC는 둥근 바닥 튜브에서 사멸된 전세포 (WCC) 또는 이들 3가지 폴리펩티드의 조합으로 3일 동안 자극되었다. 상층액은 이후, 수확되고 ELISA에 의해 IL-17 수준에 대하여 평가되었다. 콜레라 독소 단독(CT) 또는 HSV로부터 무관한 항원(003)이 음성 대조로서 이용되었다. 결과는 도 1과 2에서 제시된다. 이들 개체는 추가로 2주 동안 휴식하고, 이 시점에서 이들은 폐렴구균(S. pneumoniae)의 비내 투여로 공격되었다. 이들 개체는 1주일후 희생되고, 그리고 콜로니-형성 단위(colony-forming unit, CFU)의 총수는 세비액(nasal wash)으로부터 계산되었다. 결과는 도 3에 제시된다.
실시예 6
SP0882
및
SP0314
폴리펩티드
본 실시예에서는 백신 조성물의 단지 2회 투약만 투여되는 점을 제외하고, 실시예 5에서와 동일한 프로토콜을 이용하였다. 이들 실험에서, SP0882 폴리펩티드(서열 번호: 2) 및 SP0314 폴리펩티드(표 2 참조)는 실시예 5에서 조사된 3가지 폴리펩티드와 공동으로 이용되었다. 면역원성 검사에 대한 결과는 도 4와 5에서 도시된다. 콜로니화 검사의 결과는 도 6에 도시된다.
실시예 7
SP1072
,
SP0641N
, 그리고
SP0024
폴리펩티드
본 실시예에서는 백신 조성물의 2회 투약이 1주일 간격으로 투여되는 점을 제외하고, 실시예 5에서와 유사한 프로토콜을 이용하였다. 마지막 면역화후 4주 시점에, 생쥐는 살아있는 6B형 폐렴구균(S. pneumoniae)으로 비내 공격되었다. 1주후, 비강세척액(nasal lavage)을 선별성 배지에 도말하고 CFU를 계산함으로써 각 생쥐에서 세균 부담(bacterial burden)이 평가되었다. 각 생쥐로부터 분리된 CFU는 각 면역화된 코호트에 대하여 플롯팅(plotting)된다. 획득된 결과는 도 7에 도시된다. 통계학적으로 유의한 결과는 도면에서 표시된다 (* = p=값 < 0.05).
실시예 8
BALB
/c
생쥐에서
조사된
SP0148
,
SP0314
,
SP0882
, 그리고
SP2108
폴리펩티드
상이한 생쥐 유전형 전반에서 유사한 면역 반응이 관찰되는 지를 결정하기 위하여, 여러 폴리펩티드가 BALB/c 생쥐에 투여되었다. 실시예 5에서와 유사한 프로토콜을 이용하여, 이들 생쥐는 면역화되고, 폐렴구균(S. pneumoniae)으로 공격되고, 그리고 CFU의 총수가 기록되었다. 본 실험의 결과는 도 8에 도시된다.
SEQUENCE LISTING
<110> GENOCEA BIOSCIENCES INC.
CHILDREN'S HOSPITAL BOSTON
<120> VACCINES AND COMPOSITIONS AGAINST STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE
<130> 105592-0003-WO1
<140>
<141>
<150> 61/316,267
<151> 2010-03-22
<150> 61/240,616
<151> 2009-09-08
<150> 61/240,598
<151> 2009-09-08
<150> 61/221,541
<151> 2009-06-29
<160> 264
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 165
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 1
Met Ser Tyr Phe Glu Gln Phe Met Gln Ala Asn Gln Ala Tyr Val Ala
1 5 10 15
Leu His Gly Gln Leu Asn Leu Pro Leu Lys Pro Lys Thr Arg Val Ala
20 25 30
Ile Val Thr Cys Met Asp Ser Arg Leu His Val Ala Gln Ala Leu Gly
35 40 45
Leu Ala Leu Gly Asp Ala His Ile Leu Arg Asn Ala Gly Gly Arg Val
50 55 60
Thr Glu Asp Met Ile Arg Ser Leu Val Ile Ser Gln Gln Gln Met Gly
65 70 75 80
Thr Arg Glu Ile Val Val Leu His His Thr Asp Cys Gly Ala Gln Thr
85 90 95
Phe Glu Asn Glu Pro Phe Gln Glu Tyr Leu Lys Glu Glu Leu Gly Val
100 105 110
Asp Val Ser Asp Gln Asp Phe Leu Pro Phe Gln Asp Ile Glu Glu Ser
115 120 125
Val Arg Glu Asp Met Gln Leu Leu Ile Glu Ser Pro Leu Ile Pro Asp
130 135 140
Asp Val Ile Ile Ser Gly Ala Ile Tyr Asn Val Asp Thr Gly Ser Met
145 150 155 160
Thr Val Val Glu Leu
165
<210> 2
<211> 274
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 2
Met Asn Gln Ser Tyr Phe Tyr Leu Lys Met Lys Glu His Lys Leu Lys
1 5 10 15
Val Pro Tyr Thr Gly Lys Glu Arg Arg Val Arg Ile Leu Leu Pro Lys
20 25 30
Asp Tyr Glu Lys Asp Thr Asp Arg Ser Tyr Pro Val Val Tyr Phe His
35 40 45
Asp Gly Gln Asn Val Phe Asn Ser Lys Glu Ser Phe Ile Gly His Ser
50 55 60
Trp Lys Ile Ile Pro Ala Ile Lys Arg Asn Pro Asp Ile Ser Arg Met
65 70 75 80
Ile Val Val Ala Ile Asp Asn Asp Gly Met Gly Arg Met Asn Glu Tyr
85 90 95
Ala Ala Trp Lys Phe Gln Glu Ser Pro Ile Pro Gly Gln Gln Phe Gly
100 105 110
Gly Lys Gly Val Glu Tyr Ala Glu Phe Val Met Glu Val Val Lys Pro
115 120 125
Phe Ile Asp Glu Thr Tyr Arg Thr Lys Ala Asp Cys Gln His Thr Ala
130 135 140
Met Ile Gly Ser Ser Leu Gly Gly Asn Ile Thr Gln Phe Ile Gly Leu
145 150 155 160
Glu Tyr Gln Asp Gln Ile Gly Cys Leu Gly Val Phe Ser Ser Ala Asn
165 170 175
Trp Leu His Gln Glu Ala Phe Asn Arg Tyr Phe Glu Cys Gln Lys Leu
180 185 190
Ser Pro Asp Gln Arg Ile Phe Ile Tyr Val Gly Thr Glu Glu Ala Asp
195 200 205
Asp Thr Asp Lys Thr Leu Met Asp Gly Asn Ile Lys Gln Ala Tyr Ile
210 215 220
Asp Ser Ser Leu Cys Tyr Tyr His Asp Leu Ile Ala Gly Gly Val His
225 230 235 240
Leu Asp Asn Leu Val Leu Lys Val Gln Ser Gly Ala Ile His Ser Glu
245 250 255
Ile Pro Trp Ser Glu Asn Leu Pro Asp Cys Leu Arg Phe Phe Ala Glu
260 265 270
Lys Trp
<210> 3
<211> 130
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 3
Met Asn Gln Ser Tyr Phe Tyr Leu Lys Met Lys Glu His Lys Leu Lys
1 5 10 15
Val Pro Tyr Thr Gly Lys Glu Arg Arg Val Arg Ile Leu Leu Pro Lys
20 25 30
Asp Tyr Glu Lys Asp Thr Asp Arg Ser Tyr Pro Val Val Tyr Phe His
35 40 45
Asp Gly Gln Asn Val Phe Asn Ser Lys Glu Ser Phe Ile Gly His Ser
50 55 60
Trp Lys Ile Ile Pro Ala Ile Lys Arg Asn Pro Asp Ile Ser Arg Met
65 70 75 80
Ile Val Val Ala Ile Asp Asn Asp Gly Met Gly Arg Met Asn Glu Tyr
85 90 95
Ala Ala Trp Lys Phe Gln Glu Ser Pro Ile Pro Gly Gln Gln Phe Gly
100 105 110
Gly Lys Gly Val Glu Tyr Ala Glu Phe Val Met Glu Val Val Lys Pro
115 120 125
Phe Ile
130
<210> 4
<211> 299
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 4
Met Ser Ser Lys Phe Met Lys Ser Ala Ala Val Leu Gly Thr Ala Thr
1 5 10 15
Leu Ala Ser Leu Leu Leu Val Ala Cys Met Asn Gln Ser Tyr Phe Tyr
20 25 30
Leu Lys Met Lys Glu His Lys Leu Lys Val Pro Tyr Thr Gly Lys Glu
35 40 45
Arg Arg Val Arg Ile Leu Leu Pro Lys Asp Tyr Glu Lys Asp Thr Asp
50 55 60
Arg Ser Tyr Pro Val Val Tyr Phe His Asp Gly Gln Asn Val Phe Asn
65 70 75 80
Ser Lys Glu Ser Phe Ile Gly His Ser Trp Lys Ile Ile Pro Ala Ile
85 90 95
Lys Arg Asn Pro Asp Ile Ser Arg Met Ile Val Val Ala Ile Asp Asn
100 105 110
Asp Gly Met Gly Arg Met Asn Glu Tyr Ala Ala Trp Lys Phe Gln Glu
115 120 125
Ser Pro Ile Pro Gly Gln Gln Phe Gly Gly Lys Gly Val Glu Tyr Ala
130 135 140
Glu Phe Val Met Glu Val Val Lys Pro Phe Ile Asp Glu Thr Tyr Arg
145 150 155 160
Thr Lys Ala Asp Cys Gln His Thr Ala Met Ile Gly Ser Ser Leu Gly
165 170 175
Gly Asn Ile Thr Gln Phe Ile Gly Leu Glu Tyr Gln Asp Gln Ile Gly
180 185 190
Cys Leu Gly Val Phe Ser Ser Ala Asn Trp Leu His Gln Glu Ala Phe
195 200 205
Asn Arg Tyr Phe Glu Cys Gln Lys Leu Ser Pro Asp Gln Arg Ile Phe
210 215 220
Ile Tyr Val Gly Thr Glu Glu Ala Asp Asp Thr Asp Lys Thr Leu Met
225 230 235 240
Asp Gly Asn Ile Lys Gln Ala Tyr Ile Asp Ser Ser Leu Cys Tyr Tyr
245 250 255
His Asp Leu Ile Ala Gly Gly Val His Leu Asp Asn Leu Val Leu Lys
260 265 270
Val Gln Ser Gly Ala Ile His Ser Glu Ile Pro Trp Ser Glu Asn Leu
275 280 285
Pro Asp Cys Leu Arg Phe Phe Ala Glu Lys Trp
290 295
<210> 5
<211> 155
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 5
Met Ser Ser Lys Phe Met Lys Ser Ala Ala Val Leu Gly Thr Ala Thr
1 5 10 15
Leu Ala Ser Leu Leu Leu Val Ala Cys Met Asn Gln Ser Tyr Phe Tyr
20 25 30
Leu Lys Met Lys Glu His Lys Leu Lys Val Pro Tyr Thr Gly Lys Glu
35 40 45
Arg Arg Val Arg Ile Leu Leu Pro Lys Asp Tyr Glu Lys Asp Thr Asp
50 55 60
Arg Ser Tyr Pro Val Val Tyr Phe His Asp Gly Gln Asn Val Phe Asn
65 70 75 80
Ser Lys Glu Ser Phe Ile Gly His Ser Trp Lys Ile Ile Pro Ala Ile
85 90 95
Lys Arg Asn Pro Asp Ile Ser Arg Met Ile Val Val Ala Ile Asp Asn
100 105 110
Asp Gly Met Gly Arg Met Asn Glu Tyr Ala Ala Trp Lys Phe Gln Glu
115 120 125
Ser Pro Ile Pro Gly Gln Gln Phe Gly Gly Lys Gly Val Glu Tyr Ala
130 135 140
Glu Phe Val Met Glu Val Val Lys Pro Phe Ile
145 150 155
<210> 6
<211> 254
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 6
Met Cys Ser Gly Gly Ala Lys Lys Glu Gly Glu Ala Ala Ser Lys Lys
1 5 10 15
Glu Ile Ile Val Ala Thr Asn Gly Ser Pro Lys Pro Phe Ile Tyr Glu
20 25 30
Glu Asn Gly Glu Leu Thr Gly Tyr Glu Ile Glu Val Val Arg Ala Ile
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Phe Lys Asp Ser Asp Lys Tyr Asp Val Lys Phe Glu Lys Thr Glu Trp
50 55 60
Ser Gly Val Phe Ala Gly Leu Asp Ala Asp Arg Tyr Asn Met Ala Val
65 70 75 80
Asn Asn Leu Ser Tyr Thr Lys Glu Arg Ala Glu Lys Tyr Leu Tyr Ala
85 90 95
Ala Pro Ile Ala Gln Asn Pro Asn Val Leu Val Val Lys Lys Asp Asp
100 105 110
Ser Ser Ile Lys Ser Leu Asp Asp Ile Gly Gly Lys Ser Thr Glu Val
115 120 125
Val Gln Ala Thr Thr Ser Ala Lys Gln Leu Glu Ala Tyr Asn Ala Glu
130 135 140
His Thr Asp Asn Pro Thr Ile Leu Asn Tyr Thr Lys Ala Asp Phe Gln
145 150 155 160
Gln Ile Met Val Arg Leu Ser Asp Gly Gln Phe Asp Tyr Lys Ile Phe
165 170 175
Asp Lys Ile Gly Val Glu Thr Val Ile Lys Asn Gln Gly Leu Asp Asn
180 185 190
Leu Lys Val Ile Glu Leu Pro Ser Asp Gln Gln Pro Tyr Val Tyr Pro
195 200 205
Leu Leu Ala Gln Gly Gln Asp Glu Leu Lys Ser Phe Val Asp Lys Arg
210 215 220
Ile Lys Glu Leu Tyr Lys Asp Gly Thr Leu Glu Lys Leu Ser Lys Gln
225 230 235 240
Phe Phe Gly Asp Thr Tyr Leu Pro Ala Glu Ala Asp Ile Lys
245 250
<210> 7
<211> 276
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 7
Met Lys Lys Ile Val Lys Tyr Ser Ser Leu Ala Ala Leu Ala Leu Val
1 5 10 15
Ala Ala Gly Val Leu Ala Ala Cys Ser Gly Gly Ala Lys Lys Glu Gly
20 25 30
Glu Ala Ala Ser Lys Lys Glu Ile Ile Val Ala Thr Asn Gly Ser Pro
35 40 45
Lys Pro Phe Ile Tyr Glu Glu Asn Gly Glu Leu Thr Gly Tyr Glu Ile
50 55 60
Glu Val Val Arg Ala Ile Phe Lys Asp Ser Asp Lys Tyr Asp Val Lys
65 70 75 80
Phe Glu Lys Thr Glu Trp Ser Gly Val Phe Ala Gly Leu Asp Ala Asp
85 90 95
Arg Tyr Asn Met Ala Val Asn Asn Leu Ser Tyr Thr Lys Glu Arg Ala
100 105 110
Glu Lys Tyr Leu Tyr Ala Ala Pro Ile Ala Gln Asn Pro Asn Val Leu
115 120 125
Val Val Lys Lys Asp Asp Ser Ser Ile Lys Ser Leu Asp Asp Ile Gly
130 135 140
Gly Lys Ser Thr Glu Val Val Gln Ala Thr Thr Ser Ala Lys Gln Leu
145 150 155 160
Glu Ala Tyr Asn Ala Glu His Thr Asp Asn Pro Thr Ile Leu Asn Tyr
165 170 175
Thr Lys Ala Asp Phe Gln Gln Ile Met Val Arg Leu Ser Asp Gly Gln
180 185 190
Phe Asp Tyr Lys Ile Phe Asp Lys Ile Gly Val Glu Thr Val Ile Lys
195 200 205
Asn Gln Gly Leu Asp Asn Leu Lys Val Ile Glu Leu Pro Ser Asp Gln
210 215 220
Gln Pro Tyr Val Tyr Pro Leu Leu Ala Gln Gly Gln Asp Glu Leu Lys
225 230 235 240
Ser Phe Val Asp Lys Arg Ile Lys Glu Leu Tyr Lys Asp Gly Thr Leu
245 250 255
Glu Lys Leu Ser Lys Gln Phe Phe Gly Asp Thr Tyr Leu Pro Ala Glu
260 265 270
Ala Asp Ile Lys
275
<210> 8
<211> 586
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 8
Met Val Asp Lys Gln Val Ile Glu Glu Ile Lys Asn Asn Ala Asn Ile
1 5 10 15
Val Glu Val Ile Gly Asp Val Ile Ser Leu Gln Lys Ala Gly Arg Asn
20 25 30
Tyr Leu Gly Leu Cys Pro Phe His Gly Glu Lys Thr Pro Ser Phe Asn
35 40 45
Val Val Glu Asp Lys Gln Phe Tyr His Cys Phe Gly Cys Gly Arg Ser
50 55 60
Gly Asp Val Phe Lys Phe Ile Glu Glu Tyr Gln Gly Val Pro Phe Ile
65 70 75 80
Glu Ala Val Gln Ile Leu Gly Gln Arg Val Gly Ile Glu Val Glu Lys
85 90 95
Pro Leu Tyr Ser Glu Gln Lys Ser Ala Ser Pro His Gln Ala Leu Tyr
100 105 110
Asp Met His Glu Asp Ala Ala Lys Phe Tyr His Ala Ile Leu Met Thr
115 120 125
Thr Thr Met Gly Glu Glu Ala Arg Asn Tyr Leu Tyr Gln Arg Gly Leu
130 135 140
Thr Asp Glu Val Leu Lys His Phe Trp Ile Gly Leu Ala Pro Pro Glu
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Arg Asn Tyr Leu Tyr Gln Arg Leu Ser Asp Gln Tyr Arg Glu Glu Asp
165 170 175
Leu Leu Asp Ser Gly Leu Phe Tyr Leu Ser Asp Ala Asn Gln Phe Val
180 185 190
Asp Thr Phe His Asn Arg Ile Met Phe Pro Leu Thr Asn Asp Gln Gly
195 200 205
Lys Val Ile Ala Phe Ser Gly Arg Ile Trp Gln Lys Thr Asp Ser Gln
210 215 220
Thr Ser Lys Tyr Lys Asn Ser Arg Ser Thr Ala Ile Phe Asn Lys Ser
225 230 235 240
Tyr Glu Leu Tyr His Met Asp Arg Ala Lys Arg Ser Ser Gly Lys Ala
245 250 255
Ser Glu Ile Tyr Leu Met Glu Gly Phe Met Asp Val Ile Ala Ala Tyr
260 265 270
Arg Ala Gly Ile Glu Asn Ala Val Ala Ser Met Gly Thr Ala Leu Ser
275 280 285
Arg Glu His Val Glu His Leu Lys Arg Leu Thr Lys Lys Leu Val Leu
290 295 300
Val Tyr Asp Gly Asp Lys Ala Gly Gln Ala Ala Thr Leu Lys Ala Leu
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Asp Glu Ile Gly Asp Met Pro Val Gln Ile Val Ser Met Pro Asp Asn
325 330 335
Leu Asp Pro Asp Glu Tyr Leu Gln Lys Asn Gly Pro Glu Asp Leu Ala
340 345 350
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355 360 365
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370 375 380
Leu Glu Lys Ile Ala Pro Leu Ile Val Gln Glu Lys Ser Ile Ala Ala
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Gln Asn Ser Tyr Ile His Ile Leu Ala Asp Ser Leu Ala Ser Phe Asp
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420 425 430
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435 440 445
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450 455 460
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<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 9
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1 5 10 15
Leu Ala Ser Leu Leu Leu Val Ala Cys Gly Ser Lys Thr Ala Asp Lys
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Pro Ala Asp Ser Gly Ser Ser Glu Val Lys Glu Leu Thr Val Tyr Val
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50 55 60
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65 70 75 80
Gly Leu Asp Lys Leu Ser Leu Asp Asn Gln Ser Gly Asn Val Pro Asp
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Val Met Met Ala Pro Tyr Asp Arg Val Gly Ser Leu Gly Ser Asp Gly
100 105 110
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115 120 125
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Gly Gly Lys Ala Trp Val Ile Pro Gln Ala Val Lys Asn Leu Glu Ala
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420
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<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 10
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Ala Asn Gly Lys Val Tyr Gly Ala Pro Ala Val Ile Glu Ser Leu Val
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<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
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Thr Asp Ser Leu Thr Asp Arg Leu Lys Leu Asp Glu Thr Tyr Lys Asp
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Gln Pro Ser Leu Ser Met Pro Leu Met Gly Phe Ala Gly Asn Trp Asn
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Lys Thr Leu Gly Gly Tyr Asp Asp Asp Gly Lys Pro Lys Ile Pro Gly
275 280 285
Thr Leu Asn Lys Gly Ile Gly Gly Glu His Gly Ile Asp Lys Phe Asn
290 295 300
Pro Ala Gly Val Ile Gln Asn Arg Lys Asp Lys Asn Thr Thr Ser Leu
305 310 315 320
Asp Gln Asn Pro Glu Leu Phe Ala Phe Asn Asn Glu Gly Ile Asn Ala
325 330 335
Pro Ser Ser Ser Gly Ser Lys Ile Ala Asn Ile Tyr Pro Leu Asp Ser
340 345 350
Asn Gly Asn Pro Gln Asp Ala Gln Leu Glu Arg Gly Leu Thr Pro Ser
355 360 365
Pro Leu Val Leu Arg Ser Ala Glu Glu Gly Leu Ile Ser Ile Val Asn
370 375 380
Thr Asn Lys Glu Gly Glu Asn Gln Arg Asp Leu Lys Val Ile Ser Arg
385 390 395 400
Glu His Phe Ile Arg Gly Ile Leu Asn Ser Lys Ser Asn Asp Ala Lys
405 410 415
Gly Ile Lys Ser Ser Lys Leu Lys Val Trp Gly Asp Leu Lys Trp Asp
420 425 430
Gly Leu Ile Tyr Asn Pro Arg Gly Arg Glu Glu Asn Ala Pro Glu Ser
435 440 445
Lys Asp Asn Gln Asp Pro Ala Thr Lys Ile Arg Gly Gln Phe Glu Pro
450 455 460
Ile Ala Glu Gly Gln Tyr Phe Tyr Lys Phe Lys Tyr Arg Leu Thr Lys
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Asp Tyr Pro Trp Gln Val Ser Tyr Ile Pro Val Lys Ile Asp Asn Thr
485 490 495
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Leu Ile Thr Lys Asp Thr Tyr His Lys Val Lys Asp Gln Tyr Lys Asn
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Glu Thr Leu Phe Ala Arg Asp Gln Lys Glu His Pro Glu Lys Phe Asp
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<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 12
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Ala Ala Tyr Ala Pro Asn Glu Val Val Leu Ala Asp Thr Ser Ser Ser
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Glu Asp Ala Leu Asn Ile Ser Asp Lys Glu Lys Val Ala Glu Asn Lys
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Asn Pro Val Ile Asp Asn Asn Thr Ser Asn Glu Glu Ala Lys Ile Lys
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Asn Lys Asn Thr Glu Asn Pro Lys Lys Glu Asp Lys Val Val Tyr Ile
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Asn Gly Ser Ala Ile Glu Thr Thr Pro Asp Asn Leu Asp Lys Ile Lys
165 170 175
Gln Ile Glu Gly Ile Ser Ser Val Glu Arg Ala Gln Lys Val Gln Pro
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195 200 205
Tyr Leu Lys Ser Ile Asn Ala Pro Phe Gly Lys Asn Phe Asp Gly Arg
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Gly Met Val Ile Ser Asn Ile Asp Thr Gly Thr Asp Tyr Arg His Lys
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Ala Met Arg Ile Asp Asp Asp Ala Lys Ala Ser Met Arg Phe Lys Lys
245 250 255
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Tyr Asp Asp Gly Arg Asp Tyr Phe Asp Pro His Gly Met His Ile Ala
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Gly Ile Leu Ala Gly Asn Asp Thr Glu Gln Asp Ile Lys Asn Phe Asn
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Gly Ile Asp Gly Ile Ala Pro Asn Ala Gln Ile Phe Ser Tyr Lys Met
325 330 335
Tyr Ser Asp Ala Gly Ser Gly Phe Ala Gly Asp Glu Thr Met Phe His
340 345 350
Ala Ile Glu Asp Ser Ile Lys His Asn Val Asp Val Val Ser Val Ser
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Ser Gly Phe Thr Gly Thr Gly Leu Val Gly Glu Lys Tyr Trp Gln Ala
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Ile Arg Ala Leu Arg Lys Ala Gly Ile Pro Met Val Val Ala Thr Gly
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Asn Tyr Ala Thr Ser Ala Ser Ser Ser Ser Trp Asp Leu Val Ala Asn
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435 440 445
Phe Asp Lys Val Asn Ile Gly Gly Glu Ser Phe Lys Tyr Arg Asn Ile
450 455 460
Gly Ala Phe Phe Asp Lys Ser Lys Ile Thr Thr Asn Glu Asp Gly Thr
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Lys Ala Pro Ser Lys Leu Lys Phe Val Tyr Ile Gly Lys Gly Gln Asp
485 490 495
Gln Asp Leu Ile Gly Leu Asp Leu Arg Gly Lys Ile Ala Val Met Asp
500 505 510
Arg Ile Tyr Thr Lys Asp Leu Lys Asn Ala Phe Lys Lys Ala Met Asp
515 520 525
Lys Gly Ala Arg Ala Ile Met Val Val Asn Thr Val Asn Tyr Tyr Asn
530 535 540
Arg Asp Asn Trp Thr Glu Leu Pro Ala Met Gly Tyr Glu Ala Asp Glu
545 550 555 560
Gly Thr Lys Ser Gln Val Phe Ser Ile Ser Gly Asp Asp Gly Val Lys
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Met Ser Ala Leu Asp Gly Phe Asn Ile Ile Arg Tyr Gln Val Phe
1670 1675 1680
Thr Phe Lys Met Asn Asp Lys Gly Glu Ala Ile Asp Lys Asp Gly
1685 1690 1695
Asn Leu Val Thr Asp Ser Ser Lys Leu Val Leu Phe Gly Lys Asp
1700 1705 1710
Asp Lys Glu Tyr Thr Gly Glu Asp Lys Phe Asn Val Glu Ala Ile
1715 1720 1725
Lys Glu Asp Gly Ser Met Leu Phe Ile Asp Thr Lys Pro Val Asn
1730 1735 1740
Leu Ser Met Asp Lys Asn Tyr Phe Asn Pro Ser Lys Ser Asn Lys
1745 1750 1755
Ile Tyr Val Arg Asn Pro Glu Phe Tyr Leu Arg Gly Lys Ile Ser
1760 1765 1770
Asp Lys Gly Gly Phe Asn Trp Glu Leu Arg Val Asn Glu Ser Val
1775 1780 1785
Val Asp Asn Tyr Leu Ile Tyr Gly Asp Leu His Ile Asp Asn Thr
1790 1795 1800
Arg Asp Phe Asn Ile Lys Leu Asn Val Lys Asp Gly Asp Ile Met
1805 1810 1815
Asp Trp Gly Met Lys Asp Tyr Lys Ala Asn Gly Phe Pro Asp Lys
1820 1825 1830
Val Thr Asp Met Asp Gly Asn Val Tyr Leu Gln Thr Gly Tyr Ser
1835 1840 1845
Asp Leu Asn Ala Lys Ala Val Gly Val His Tyr Gln Phe Leu Tyr
1850 1855 1860
Asp Asn Val Lys Pro Glu Val Asn Ile Asp Pro Lys Gly Asn Thr
1865 1870 1875
Ser Ile Glu Tyr Ala Asp Gly Lys Ser Val Val Phe Asn Ile Asn
1880 1885 1890
Asp Lys Arg Asn Asn Gly Phe Asp Gly Glu Ile Gln Glu Gln His
1895 1900 1905
Ile Tyr Ile Asn Gly Lys Glu Tyr Thr Ser Phe Asn Asp Ile Lys
1910 1915 1920
Gln Ile Ile Asp Lys Thr Leu Asn Ile Lys Ile Val Val Lys Asp
1925 1930 1935
Phe Ala Arg Asn Thr Thr Val Lys Glu Phe Ile Leu Asn Lys Asp
1940 1945 1950
Thr Gly Glu Val Ser Glu Leu Lys Pro His Arg Val Thr Val Thr
1955 1960 1965
Ile Gln Asn Gly Lys Glu Met Ser Ser Thr Ile Val Ser Glu Glu
1970 1975 1980
Asp Phe Ile Leu Pro Val Tyr Lys Gly Glu Leu Glu Lys Gly Tyr
1985 1990 1995
Gln Phe Asp Gly Trp Glu Ile Ser Gly Phe Glu Gly Lys Lys Asp
2000 2005 2010
Ala Gly Tyr Val Ile Asn Leu Ser Lys Asp Thr Phe Ile Lys Pro
2015 2020 2025
Val Phe Lys Lys Ile Glu Glu Lys Lys Glu Glu Glu Asn Lys Pro
2030 2035 2040
Thr Phe Asp Val Ser Lys Lys Lys Asp Asn Pro Gln Val Asn His
2045 2050 2055
Ser Gln Leu Asn Glu Ser His Arg Lys Glu Asp Leu Gln Arg Glu
2060 2065 2070
Glu His Ser Gln Lys Ser Asp Ser Thr Lys Asp Val Thr Ala Thr
2075 2080 2085
Val Leu Asp Lys Asn Asn Ile Ser Ser Lys Ser Thr Thr Asn Asn
2090 2095 2100
Pro Asn Lys Leu Pro Lys Thr Gly Thr Ala Ser Gly Ala Gln Thr
2105 2110 2115
Leu Leu Ala Ala Gly Ile Met Phe Ile Val Gly Ile Phe Leu Gly
2120 2125 2130
Leu Lys Lys Lys Asn Gln Asp
2135 2140
<210> 13
<211> 662
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 13
Met Val Val Leu Ala Asp Thr Ser Ser Ser Glu Asp Ala Leu Asn Ile
1 5 10 15
Ser Asp Lys Glu Lys Val Ala Glu Asn Lys Glu Lys His Glu Asn Ile
20 25 30
His Ser Ala Met Glu Thr Ser Gln Asp Phe Lys Glu Lys Lys Thr Ala
35 40 45
Val Ile Lys Glu Lys Glu Val Val Ser Lys Asn Pro Val Ile Asp Asn
50 55 60
Asn Thr Ser Asn Glu Glu Ala Lys Ile Lys Glu Glu Asn Ser Asn Lys
65 70 75 80
Ser Gln Gly Asp Tyr Thr Asp Ser Phe Val Asn Lys Asn Thr Glu Asn
85 90 95
Pro Lys Lys Glu Asp Lys Val Val Tyr Ile Ala Glu Phe Lys Asp Lys
100 105 110
Glu Ser Gly Glu Lys Ala Ile Lys Glu Leu Ser Ser Leu Lys Asn Thr
115 120 125
Lys Val Leu Tyr Thr Tyr Asp Arg Ile Phe Asn Gly Ser Ala Ile Glu
130 135 140
Thr Thr Pro Asp Asn Leu Asp Lys Ile Lys Gln Ile Glu Gly Ile Ser
145 150 155 160
Ser Val Glu Arg Ala Gln Lys Val Gln Pro Met Met Asn His Ala Arg
165 170 175
Lys Glu Ile Gly Val Glu Glu Ala Ile Asp Tyr Leu Lys Ser Ile Asn
180 185 190
Ala Pro Phe Gly Lys Asn Phe Asp Gly Arg Gly Met Val Ile Ser Asn
195 200 205
Ile Asp Thr Gly Thr Asp Tyr Arg His Lys Ala Met Arg Ile Asp Asp
210 215 220
Asp Ala Lys Ala Ser Met Arg Phe Lys Lys Glu Asp Leu Lys Gly Thr
225 230 235 240
Asp Lys Asn Tyr Trp Leu Ser Asp Lys Ile Pro His Ala Phe Asn Tyr
245 250 255
Tyr Asn Gly Gly Lys Ile Thr Val Glu Lys Tyr Asp Asp Gly Arg Asp
260 265 270
Tyr Phe Asp Pro His Gly Met His Ile Ala Gly Ile Leu Ala Gly Asn
275 280 285
Asp Thr Glu Gln Asp Ile Lys Asn Phe Asn Gly Ile Asp Gly Ile Ala
290 295 300
Pro Asn Ala Gln Ile Phe Ser Tyr Lys Met Tyr Ser Asp Ala Gly Ser
305 310 315 320
Gly Phe Ala Gly Asp Glu Thr Met Phe His Ala Ile Glu Asp Ser Ile
325 330 335
Lys His Asn Val Asp Val Val Ser Val Ser Ser Gly Phe Thr Gly Thr
340 345 350
Gly Leu Val Gly Glu Lys Tyr Trp Gln Ala Ile Arg Ala Leu Arg Lys
355 360 365
Ala Gly Ile Pro Met Val Val Ala Thr Gly Asn Tyr Ala Thr Ser Ala
370 375 380
Ser Ser Ser Ser Trp Asp Leu Val Ala Asn Asn His Leu Lys Met Thr
385 390 395 400
Asp Thr Gly Asn Val Thr Arg Thr Ala Ala His Glu Asp Ala Ile Ala
405 410 415
Val Ala Ser Ala Lys Asn Gln Thr Val Glu Phe Asp Lys Val Asn Ile
420 425 430
Gly Gly Glu Ser Phe Lys Tyr Arg Asn Ile Gly Ala Phe Phe Asp Lys
435 440 445
Ser Lys Ile Thr Thr Asn Glu Asp Gly Thr Lys Ala Pro Ser Lys Leu
450 455 460
Lys Phe Val Tyr Ile Gly Lys Gly Gln Asp Gln Asp Leu Ile Gly Leu
465 470 475 480
Asp Leu Arg Gly Lys Ile Ala Val Met Asp Arg Ile Tyr Thr Lys Asp
485 490 495
Leu Lys Asn Ala Phe Lys Lys Ala Met Asp Lys Gly Ala Arg Ala Ile
500 505 510
Met Val Val Asn Thr Val Asn Tyr Tyr Asn Arg Asp Asn Trp Thr Glu
515 520 525
Leu Pro Ala Met Gly Tyr Glu Ala Asp Glu Gly Thr Lys Ser Gln Val
530 535 540
Phe Ser Ile Ser Gly Asp Asp Gly Val Lys Leu Trp Asn Met Ile Asn
545 550 555 560
Pro Asp Lys Lys Thr Glu Val Lys Arg Asn Asn Lys Glu Asp Phe Lys
565 570 575
Asp Lys Leu Glu Gln Tyr Tyr Pro Ile Asp Met Glu Ser Phe Asn Ser
580 585 590
Asn Lys Pro Asn Val Gly Asp Glu Lys Glu Ile Asp Phe Lys Phe Ala
595 600 605
Pro Asp Thr Asp Lys Glu Leu Tyr Lys Glu Asp Ile Ile Val Pro Ala
610 615 620
Gly Ser Thr Ser Trp Gly Pro Arg Ile Asp Leu Leu Leu Lys Pro Asp
625 630 635 640
Val Ser Ala Pro Gly Lys Asn Ile Lys Ser Thr Leu Asn Val Ile Asn
645 650 655
Gly Lys Ser Thr Tyr Gly
660
<210> 14
<211> 274
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
polypeptide
<220>
<221> MOD_RES
<222> (1)..(1)
<223> Met or Ile
<220>
<221> MOD_RES
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<220>
<221> MOD_RES
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<220>
<221> MOD_RES
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<223> Arg or His
<220>
<221> MOD_RES
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<220>
<221> MOD_RES
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<220>
<221> MOD_RES
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<220>
<221> MOD_RES
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<223> Gln or Lys
<220>
<221> MOD_RES
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<223> Phe or Ile
<220>
<221> MOD_RES
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<223> Arg or His
<220>
<221> MOD_RES
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<223> Gly or Arg
<400> 14
Xaa Asn Gln Ser Tyr Phe Tyr Leu Lys Met Lys Glu His Lys Leu Lys
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Val Pro Tyr Thr Gly Lys Glu Arg Arg Val Arg Ile Leu Leu Pro Lys
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Asp Tyr Glu Lys Asp Thr Asp Arg Ser Tyr Pro Val Val Tyr Phe His
35 40 45
Asp Gly Gln Asn Val Phe Xaa Ser Lys Glu Ser Phe Ile Gly Xaa Ser
50 55 60
Trp Lys Ile Ile Pro Ala Ile Lys Arg Asn Pro Asp Ile Ser Xaa Met
65 70 75 80
Ile Val Val Ala Ile Asp Asn Asp Gly Met Gly Arg Met Asn Glu Tyr
85 90 95
Xaa Ala Trp Lys Phe Gln Glu Ser Pro Ile Pro Xaa Gln Gln Phe Gly
100 105 110
Gly Lys Gly Val Glu Tyr Ala Glu Phe Val Met Glu Val Val Lys Pro
115 120 125
Phe Ile Asp Glu Thr Tyr Arg Thr Lys Ala Asp Cys Gln His Thr Ala
130 135 140
Met Ile Gly Ser Ser Leu Gly Gly Asn Ile Thr Gln Phe Ile Gly Leu
145 150 155 160
Glu Tyr Gln Xaa Xaa Ile Gly Cys Leu Gly Val Phe Ser Ser Ala Asn
165 170 175
Trp Leu His Gln Glu Ala Phe Asn Arg Tyr Xaa Glu Cys Gln Lys Leu
180 185 190
Ser Pro Asp Gln Xaa Ile Phe Ile Tyr Val Gly Thr Glu Glu Ala Asp
195 200 205
Asp Thr Asp Lys Thr Leu Met Asp Gly Asn Ile Lys Gln Ala Tyr Ile
210 215 220
Asp Ser Ser Leu Cys Tyr Tyr His Asp Leu Ile Ala Gly Xaa Val His
225 230 235 240
Leu Asp Asn Leu Val Leu Lys Val Gln Ser Gly Ala Ile His Ser Glu
245 250 255
Ile Pro Trp Ser Glu Asn Leu Pro Asp Cys Leu Arg Phe Phe Ala Glu
260 265 270
Lys Trp
<210> 15
<211> 130
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
polypeptide
<220>
<221> MOD_RES
<222> (1)..(1)
<223> Met or Ile
<220>
<221> MOD_RES
<222> (55)..(55)
<223> Asn or Tyr
<220>
<221> MOD_RES
<222> (63)..(63)
<223> His or Tyr
<220>
<221> MOD_RES
<222> (79)..(79)
<223> Arg or His
<220>
<221> MOD_RES
<222> (97)..(97)
<223> Ala or Glu
<220>
<221> MOD_RES
<222> (108)..(108)
<223> Gly or Glu
<400> 15
Xaa Asn Gln Ser Tyr Phe Tyr Leu Lys Met Lys Glu His Lys Leu Lys
1 5 10 15
Val Pro Tyr Thr Gly Lys Glu Arg Arg Val Arg Ile Leu Leu Pro Lys
20 25 30
Asp Tyr Glu Lys Asp Thr Asp Arg Ser Tyr Pro Val Val Tyr Phe His
35 40 45
Asp Gly Gln Asn Val Phe Xaa Ser Lys Glu Ser Phe Ile Gly Xaa Ser
50 55 60
Trp Lys Ile Ile Pro Ala Ile Lys Arg Asn Pro Asp Ile Ser Xaa Met
65 70 75 80
Ile Val Val Ala Ile Asp Asn Asp Gly Met Gly Arg Met Asn Glu Tyr
85 90 95
Xaa Ala Trp Lys Phe Gln Glu Ser Pro Ile Pro Xaa Gln Gln Phe Gly
100 105 110
Gly Lys Gly Val Glu Tyr Ala Glu Phe Val Met Glu Val Val Lys Pro
115 120 125
Phe Ile
130
<210> 16
<211> 299
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
polypeptide
<220>
<221> MOD_RES
<222> (6)..(6)
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<220>
<221> MOD_RES
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<220>
<221> MOD_RES
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<220>
<221> MOD_RES
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<220>
<221> MOD_RES
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<220>
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<220>
<221> MOD_RES
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<220>
<221> MOD_RES
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<220>
<221> MOD_RES
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<220>
<221> MOD_RES
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<220>
<221> MOD_RES
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<220>
<221> MOD_RES
<222> (222)..(222)
<223> Arg or His
<220>
<221> MOD_RES
<222> (263)..(263)
<223> Arg or His
<400> 16
Met Ser Ser Lys Phe Xaa Lys Ser Xaa Ala Val Leu Gly Thr Xaa Thr
1 5 10 15
Leu Ala Ser Leu Leu Leu Val Ala Cys Xaa Asn Gln Ser Tyr Phe Tyr
20 25 30
Leu Lys Met Lys Glu His Lys Leu Lys Val Pro Tyr Thr Gly Lys Glu
35 40 45
Arg Arg Val Arg Ile Leu Leu Pro Lys Asp Tyr Glu Lys Asp Thr Asp
50 55 60
Arg Ser Tyr Pro Val Val Tyr Phe His Asp Gly Gln Asn Val Phe Xaa
65 70 75 80
Ser Lys Glu Ser Phe Ile Gly Xaa Ser Trp Lys Ile Ile Pro Ala Ile
85 90 95
Lys Arg Asn Pro Asp Ile Ser Xaa Met Ile Val Val Ala Ile Asp Asn
100 105 110
Asp Gly Met Gly Arg Met Asn Glu Tyr Xaa Ala Trp Lys Phe Gln Glu
115 120 125
Ser Pro Ile Pro Xaa Gln Gln Phe Gly Gly Lys Gly Val Glu Tyr Ala
130 135 140
Glu Phe Val Met Glu Val Val Lys Pro Phe Ile Asp Glu Thr Tyr Arg
145 150 155 160
Thr Lys Ala Asp Cys Gln His Thr Ala Met Ile Gly Ser Ser Leu Gly
165 170 175
Gly Asn Ile Thr Gln Phe Ile Gly Leu Glu Tyr Gln Xaa Xaa Ile Gly
180 185 190
Cys Leu Gly Val Phe Ser Ser Ala Asn Trp Leu His Gln Glu Ala Phe
195 200 205
Asn Arg Tyr Xaa Glu Cys Gln Lys Leu Ser Pro Asp Gln Xaa Ile Phe
210 215 220
Ile Tyr Val Gly Thr Glu Glu Ala Asp Asp Thr Asp Lys Thr Leu Met
225 230 235 240
Asp Gly Asn Ile Lys Gln Ala Tyr Ile Asp Ser Ser Leu Cys Tyr Tyr
245 250 255
His Asp Leu Ile Ala Gly Xaa Val His Leu Asp Asn Leu Val Leu Lys
260 265 270
Val Gln Ser Gly Ala Ile His Ser Glu Ile Pro Trp Ser Glu Asn Leu
275 280 285
Pro Asp Cys Leu Arg Phe Phe Ala Glu Lys Trp
290 295
<210> 17
<211> 155
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
polypeptide
<220>
<221> MOD_RES
<222> (6)..(6)
<223> Met or Thr
<220>
<221> MOD_RES
<222> (9)..(9)
<223> Ala or Thr
<220>
<221> MOD_RES
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<223> Ala or Val
<220>
<221> MOD_RES
<222> (26)..(26)
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<220>
<221> MOD_RES
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<220>
<221> MOD_RES
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<220>
<221> MOD_RES
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<220>
<221> MOD_RES
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<220>
<221> MOD_RES
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<223> Gly or Glu
<400> 17
Met Ser Ser Lys Phe Xaa Lys Ser Xaa Ala Val Leu Gly Thr Xaa Thr
1 5 10 15
Leu Ala Ser Leu Leu Leu Val Ala Cys Xaa Asn Gln Ser Tyr Phe Tyr
20 25 30
Leu Lys Met Lys Glu His Lys Leu Lys Val Pro Tyr Thr Gly Lys Glu
35 40 45
Arg Arg Val Arg Ile Leu Leu Pro Lys Asp Tyr Glu Lys Asp Thr Asp
50 55 60
Arg Ser Tyr Pro Val Val Tyr Phe His Asp Gly Gln Asn Val Phe Xaa
65 70 75 80
Ser Lys Glu Ser Phe Ile Gly Xaa Ser Trp Lys Ile Ile Pro Ala Ile
85 90 95
Lys Arg Asn Pro Asp Ile Ser Xaa Met Ile Val Val Ala Ile Asp Asn
100 105 110
Asp Gly Met Gly Arg Met Asn Glu Tyr Xaa Ala Trp Lys Phe Gln Glu
115 120 125
Ser Pro Ile Pro Xaa Gln Gln Phe Gly Gly Lys Gly Val Glu Tyr Ala
130 135 140
Glu Phe Val Met Glu Val Val Lys Pro Phe Ile
145 150 155
<210> 18
<211> 254
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
polypeptide
<220>
<221> MOD_RES
<222> (11)..(11)
<223> Gly or Glu
<220>
<221> MOD_RES
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<220>
<221> MOD_RES
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<220>
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<223> Any amino acid
<220>
<221> MOD_RES
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<221> MOD_RES
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<223> Asn or Tyr
<220>
<221> MOD_RES
<222> (199)..(199)
<223> Pro or Ser
<400> 18
Met Cys Ser Gly Gly Ala Lys Lys Glu Gly Xaa Ala Ala Ser Lys Lys
1 5 10 15
Glu Ile Ile Val Ala Thr Asn Xaa Ser Pro Xaa Pro Phe Xaa Tyr Glu
20 25 30
Glu Asn Gly Glu Leu Thr Gly Tyr Glu Ile Glu Val Val Arg Ala Ile
35 40 45
Phe Lys Asp Ser Asp Lys Tyr Xaa Val Xaa Phe Glu Lys Thr Glu Trp
50 55 60
Ser Gly Val Phe Ala Gly Leu Asp Ala Asp Arg Tyr Asn Met Ala Val
65 70 75 80
Asn Asn Xaa Ser Tyr Thr Lys Glu Arg Ala Glu Lys Tyr Leu Tyr Ala
85 90 95
Ala Pro Ile Ala Gln Asn Pro Asn Val Leu Val Val Lys Lys Xaa Asp
100 105 110
Ser Ser Ile Lys Ser Leu Asp Asp Ile Gly Gly Lys Ser Thr Glu Val
115 120 125
Val Gln Ala Thr Thr Ser Ala Lys Gln Leu Glu Ala Tyr Asn Ala Glu
130 135 140
His Thr Asp Asn Pro Thr Ile Leu Asn Tyr Thr Lys Ala Asp Xaa Gln
145 150 155 160
Gln Ile Met Val Arg Leu Ser Asp Gly Gln Phe Asp Tyr Lys Ile Phe
165 170 175
Asp Lys Ile Gly Val Glu Thr Val Ile Lys Asn Gln Gly Leu Asp Xaa
180 185 190
Leu Lys Val Ile Glu Leu Xaa Ser Asp Gln Gln Pro Tyr Val Tyr Pro
195 200 205
Leu Leu Ala Gln Gly Gln Asp Glu Leu Lys Ser Phe Val Asp Lys Arg
210 215 220
Ile Lys Glu Leu Tyr Lys Asp Gly Thr Leu Glu Lys Leu Ser Lys Gln
225 230 235 240
Phe Phe Gly Asp Thr Tyr Leu Pro Ala Glu Ala Asp Ile Lys
245 250
<210> 19
<211> 276
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
polypeptide
<220>
<221> MOD_RES
<222> (14)..(14)
<223> Ala or Gly
<220>
<221> MOD_RES
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<223> Val or Leu
<220>
<221> MOD_RES
<222> (33)..(33)
<223> Glu or Gln
<220>
<221> MOD_RES
<222> (46)..(46)
<223> Gly or Ser
<220>
<221> MOD_RES
<222> (49)..(49)
<223> Lys or Arg
<220>
<221> MOD_RES
<222> (52)..(52)
<223> Ile or Asn
<220>
<221> MOD_RES
<222> (78)..(78)
<223> Asp or Asn
<220>
<221> MOD_RES
<222> (80)..(80)
<223> Any amino acid
<220>
<221> MOD_RES
<222> (105)..(105)
<223> Leu or Ile
<220>
<221> MOD_RES
<222> (133)..(133)
<223> Asp or Glu
<220>
<221> MOD_RES
<222> (181)..(181)
<223> Asp or Glu
<220>
<221> MOD_RES
<222> (214)..(214)
<223> Asn or Tyr
<220>
<221> MOD_RES
<222> (221)..(221)
<223> Pro or Ser
<400> 19
Met Lys Lys Ile Val Lys Tyr Ser Ser Leu Ala Ala Leu Xaa Leu Val
1 5 10 15
Ala Ala Gly Xaa Leu Ala Ala Cys Ser Gly Gly Ala Lys Lys Glu Gly
20 25 30
Xaa Ala Ala Ser Lys Lys Glu Ile Ile Val Ala Thr Asn Xaa Ser Pro
35 40 45
Xaa Pro Phe Xaa Tyr Glu Glu Asn Gly Glu Leu Thr Gly Tyr Glu Ile
50 55 60
Glu Val Val Arg Ala Ile Phe Lys Asp Ser Asp Lys Tyr Xaa Val Xaa
65 70 75 80
Phe Glu Lys Thr Glu Trp Ser Gly Val Phe Ala Gly Leu Asp Ala Asp
85 90 95
Arg Tyr Asn Met Ala Val Asn Asn Xaa Ser Tyr Thr Lys Glu Arg Ala
100 105 110
Glu Lys Tyr Leu Tyr Ala Ala Pro Ile Ala Gln Asn Pro Asn Val Leu
115 120 125
Val Val Lys Lys Xaa Asp Ser Ser Ile Lys Ser Leu Asp Asp Ile Gly
130 135 140
Gly Lys Ser Thr Glu Val Val Gln Ala Thr Thr Ser Ala Lys Gln Leu
145 150 155 160
Glu Ala Tyr Asn Ala Glu His Thr Asp Asn Pro Thr Ile Leu Asn Tyr
165 170 175
Thr Lys Ala Asp Xaa Gln Gln Ile Met Val Arg Leu Ser Asp Gly Gln
180 185 190
Phe Asp Tyr Lys Ile Phe Asp Lys Ile Gly Val Glu Thr Val Ile Lys
195 200 205
Asn Gln Gly Leu Asp Xaa Leu Lys Val Ile Glu Leu Xaa Ser Asp Gln
210 215 220
Gln Pro Tyr Val Tyr Pro Leu Leu Ala Gln Gly Gln Asp Glu Leu Lys
225 230 235 240
Ser Phe Val Asp Lys Arg Ile Lys Glu Leu Tyr Lys Asp Gly Thr Leu
245 250 255
Glu Lys Leu Ser Lys Gln Phe Phe Gly Asp Thr Tyr Leu Pro Ala Glu
260 265 270
Ala Asp Ile Lys
275
<210> 20
<211> 400
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
polypeptide
<220>
<221> MOD_RES
<222> (18)..(18)
<223> Val or Ala
<220>
<221> MOD_RES
<222> (48)..(48)
<223> Val or Ile
<220>
<221> MOD_RES
<222> (74)..(74)
<223> Val or Ile
<220>
<221> MOD_RES
<222> (83)..(83)
<223> Any amino acid
<220>
<221> MOD_RES
<222> (100)..(100)
<223> Ala or Thr
<220>
<221> MOD_RES
<222> (177)..(177)
<223> Thr or Ala
<220>
<221> MOD_RES
<222> (186)..(186)
<223> Ala or Gly
<220>
<221> MOD_RES
<222> (196)..(196)
<223> Ala or Pro
<220>
<221> MOD_RES
<222> (208)..(208)
<223> Val or Ala
<220>
<221> MOD_RES
<222> (214)..(214)
<223> Any amino acid
<220>
<221> MOD_RES
<222> (237)..(237)
<223> Gln or His
<220>
<221> MOD_RES
<222> (298)..(298)
<223> Ser or Ala
<220>
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<223> Ala or Ser
<220>
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<223> Val or Ala
<220>
<221> MOD_RES
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<223> Asn or Ser
<400> 20
Met Cys Gly Ser Lys Thr Ala Asp Lys Pro Ala Asp Ser Gly Ser Ser
1 5 10 15
Glu Xaa Lys Glu Leu Thr Val Tyr Val Asp Glu Gly Tyr Lys Ser Tyr
20 25 30
Ile Glu Glu Val Ala Lys Ala Tyr Glu Lys Glu Ala Gly Val Lys Xaa
35 40 45
Thr Leu Lys Thr Gly Asp Ala Leu Gly Gly Leu Asp Lys Leu Ser Leu
50 55 60
Asp Asn Gln Ser Gly Asn Val Pro Asp Xaa Met Met Ala Pro Tyr Asp
65 70 75 80
Arg Val Xaa Ser Leu Gly Ser Asp Gly Gln Leu Ser Glu Val Lys Leu
85 90 95
Ser Asp Gly Xaa Lys Thr Asp Asp Thr Thr Lys Ser Leu Val Thr Ala
100 105 110
Ala Asn Gly Lys Val Tyr Gly Ala Pro Ala Val Ile Glu Ser Leu Val
115 120 125
Met Tyr Tyr Asn Lys Asp Leu Val Lys Asp Ala Pro Lys Thr Phe Ala
130 135 140
Asp Leu Glu Asn Leu Ala Lys Asp Ser Lys Tyr Ala Phe Ala Gly Glu
145 150 155 160
Asp Gly Lys Thr Thr Ala Phe Leu Ala Asp Trp Thr Asn Phe Tyr Tyr
165 170 175
Xaa Tyr Gly Leu Leu Ala Gly Asn Gly Xaa Tyr Val Phe Gly Gln Asn
180 185 190
Gly Lys Asp Xaa Lys Asp Ile Gly Leu Ala Asn Asp Gly Ser Ile Xaa
195 200 205
Gly Ile Asn Tyr Ala Xaa Ser Trp Tyr Glu Lys Trp Pro Lys Gly Met
210 215 220
Gln Asp Thr Glu Gly Ala Gly Asn Leu Ile Gln Thr Xaa Phe Gln Glu
225 230 235 240
Gly Lys Thr Ala Ala Ile Ile Asp Gly Pro Trp Lys Ala Gln Ala Phe
245 250 255
Lys Asp Ala Lys Val Asn Tyr Gly Val Ala Thr Ile Pro Thr Leu Pro
260 265 270
Asn Gly Lys Glu Tyr Ala Ala Phe Gly Gly Gly Lys Ala Trp Val Ile
275 280 285
Pro Gln Ala Val Lys Asn Leu Glu Ala Xaa Gln Lys Phe Val Asp Phe
290 295 300
Leu Val Xaa Thr Glu Gln Gln Lys Xaa Leu Tyr Asp Lys Thr Asn Glu
305 310 315 320
Ile Pro Ala Asn Thr Glu Ala Arg Ser Tyr Ala Glu Gly Lys Asn Asp
325 330 335
Glu Leu Thr Thr Ala Val Ile Lys Gln Phe Lys Xaa Thr Gln Pro Leu
340 345 350
Pro Asn Ile Ser Gln Met Ser Ala Val Trp Asp Pro Ala Lys Asn Met
355 360 365
Leu Phe Asp Ala Val Ser Gly Gln Lys Asp Ala Lys Thr Ala Ala Asn
370 375 380
Asp Ala Val Thr Leu Ile Lys Glu Thr Ile Lys Gln Lys Phe Gly Glu
385 390 395 400
<210> 21
<211> 423
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
polypeptide
<220>
<221> MOD_RES
<222> (6)..(6)
<223> Met or Thr
<220>
<221> MOD_RES
<222> (9)..(9)
<223> Ala or Thr
<220>
<221> MOD_RES
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<223> Ala or Val
<220>
<221> MOD_RES
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<223> Val or Ala
<220>
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<223> Val or Ile
<220>
<221> MOD_RES
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<223> Val or Ile
<220>
<221> MOD_RES
<222> (106)..(106)
<223> Any amino acid
<220>
<221> MOD_RES
<222> (123)..(123)
<223> Ala or Thr
<220>
<221> MOD_RES
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<223> Thr or Ala
<220>
<221> MOD_RES
<222> (209)..(209)
<223> Ala or Gly
<220>
<221> MOD_RES
<222> (219)..(219)
<223> Ala or Pro
<220>
<221> MOD_RES
<222> (231)..(231)
<223> Val or Ala
<220>
<221> MOD_RES
<222> (237)..(237)
<223> Any amino acid
<220>
<221> MOD_RES
<222> (260)..(260)
<223> Gln or His
<220>
<221> MOD_RES
<222> (321)..(321)
<223> Ser or Ala
<220>
<221> MOD_RES
<222> (330)..(330)
<223> Ala or Ser
<220>
<221> MOD_RES
<222> (336)..(336)
<223> Val or Ala
<220>
<221> MOD_RES
<222> (371)..(371)
<223> Asn or Ser
<400> 21
Met Ser Ser Lys Phe Xaa Lys Ser Xaa Ala Val Leu Gly Thr Xaa Thr
1 5 10 15
Leu Ala Ser Leu Leu Leu Val Ala Cys Gly Ser Lys Thr Ala Asp Lys
20 25 30
Pro Ala Asp Ser Gly Ser Ser Glu Xaa Lys Glu Leu Thr Val Tyr Val
35 40 45
Asp Glu Gly Tyr Lys Ser Tyr Ile Glu Glu Val Ala Lys Ala Tyr Glu
50 55 60
Lys Glu Ala Gly Val Lys Xaa Thr Leu Lys Thr Gly Asp Ala Leu Gly
65 70 75 80
Gly Leu Asp Lys Leu Ser Leu Asp Asn Gln Ser Gly Asn Val Pro Asp
85 90 95
Xaa Met Met Ala Pro Tyr Asp Arg Val Xaa Ser Leu Gly Ser Asp Gly
100 105 110
Gln Leu Ser Glu Val Lys Leu Ser Asp Gly Xaa Lys Thr Asp Asp Thr
115 120 125
Thr Lys Ser Leu Val Thr Ala Ala Asn Gly Lys Val Tyr Gly Ala Pro
130 135 140
Ala Val Ile Glu Ser Leu Val Met Tyr Tyr Asn Lys Asp Leu Val Lys
145 150 155 160
Asp Ala Pro Lys Thr Phe Ala Asp Leu Glu Asn Leu Ala Lys Asp Ser
165 170 175
Lys Tyr Ala Phe Ala Gly Glu Asp Gly Lys Thr Thr Ala Phe Leu Ala
180 185 190
Asp Trp Thr Asn Phe Tyr Tyr Xaa Tyr Gly Leu Leu Ala Gly Asn Gly
195 200 205
Xaa Tyr Val Phe Gly Gln Asn Gly Lys Asp Xaa Lys Asp Ile Gly Leu
210 215 220
Ala Asn Asp Gly Ser Ile Xaa Gly Ile Asn Tyr Ala Xaa Ser Trp Tyr
225 230 235 240
Glu Lys Trp Pro Lys Gly Met Gln Asp Thr Glu Gly Ala Gly Asn Leu
245 250 255
Ile Gln Thr Xaa Phe Gln Glu Gly Lys Thr Ala Ala Ile Ile Asp Gly
260 265 270
Pro Trp Lys Ala Gln Ala Phe Lys Asp Ala Lys Val Asn Tyr Gly Val
275 280 285
Ala Thr Ile Pro Thr Leu Pro Asn Gly Lys Glu Tyr Ala Ala Phe Gly
290 295 300
Gly Gly Lys Ala Trp Val Ile Pro Gln Ala Val Lys Asn Leu Glu Ala
305 310 315 320
Xaa Gln Lys Phe Val Asp Phe Leu Val Xaa Thr Glu Gln Gln Lys Xaa
325 330 335
Leu Tyr Asp Lys Thr Asn Glu Ile Pro Ala Asn Thr Glu Ala Arg Ser
340 345 350
Tyr Ala Glu Gly Lys Asn Asp Glu Leu Thr Thr Ala Val Ile Lys Gln
355 360 365
Phe Lys Xaa Thr Gln Pro Leu Pro Asn Ile Ser Gln Met Ser Ala Val
370 375 380
Trp Asp Pro Ala Lys Asn Met Leu Phe Asp Ala Val Ser Gly Gln Lys
385 390 395 400
Asp Ala Lys Thr Ala Ala Asn Asp Ala Val Thr Leu Ile Lys Glu Thr
405 410 415
Ile Lys Gln Lys Phe Gly Glu
420
<210> 22
<211> 357
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 22
Met Ala Asn Ile Phe Asp Tyr Leu Lys Asp Val Ala Tyr Asp Ser Tyr
1 5 10 15
Tyr Asp Leu Pro Leu Asn Glu Leu Asp Ile Leu Thr Leu Ile Glu Ile
20 25 30
Thr Tyr Leu Ser Phe Asp Asn Leu Val Ser Thr Leu Pro Gln Arg Leu
35 40 45
Leu Asp Leu Ala Pro Gln Val Pro Arg Asp Pro Thr Met Leu Thr Ser
50 55 60
Lys Asn Arg Leu Gln Leu Leu Asp Glu Leu Ala Gln His Lys Arg Phe
65 70 75 80
Lys Asn Cys Lys Leu Ser His Phe Ile Asn Asp Ile Asp Pro Glu Leu
85 90 95
Gln Lys Gln Phe Ala Ala Met Thr Tyr Arg Val Ser Leu Asp Thr Tyr
100 105 110
Leu Ile Val Phe Arg Gly Thr Asp Asp Ser Ile Ile Gly Trp Lys Glu
115 120 125
Asp Phe His Leu Thr Tyr Met Lys Glu Ile Pro Ala Gln Lys His Ala
130 135 140
Leu Arg Tyr Leu Lys Asn Phe Phe Ala His His Pro Lys Gln Lys Val
145 150 155 160
Ile Leu Ala Gly His Ser Lys Gly Gly Asn Leu Ala Ile Tyr Ala Ala
165 170 175
Ser Gln Ile Glu Gln Ser Leu Gln Asn Gln Ile Thr Ala Val Tyr Thr
180 185 190
Phe Asp Ala Pro Gly Leu His Gln Glu Leu Thr Gln Thr Ala Gly Tyr
195 200 205
Gln Arg Ile Met Asp Arg Ser Lys Ile Phe Ile Pro Gln Gly Ser Ile
210 215 220
Ile Gly Met Met Leu Glu Ile Pro Ala His Gln Ile Ile Val Gln Ser
225 230 235 240
Thr Ala Leu Gly Gly Ile Ala Gln His Asp Thr Phe Ser Trp Gln Ile
245 250 255
Glu Asp Lys His Phe Val Gln Leu Asp Lys Thr Asn Ser Asp Ser Gln
260 265 270
Gln Val Asp Thr Thr Phe Lys Glu Trp Val Ala Thr Val Pro Asp Glu
275 280 285
Glu Leu Gln Leu Tyr Phe Asp Leu Phe Phe Gly Thr Ile Leu Asp Ala
290 295 300
Gly Ile Ser Ser Ile Asn Asp Leu Ala Ser Leu Lys Ala Leu Glu Tyr
305 310 315 320
Ile His His Leu Phe Val Gln Ala Gln Ser Leu Thr Pro Glu Glu Arg
325 330 335
Glu Thr Leu Gly Arg Leu Thr Gln Leu Leu Ile Asp Thr Arg Tyr Gln
340 345 350
Ala Trp Lys Asn Arg
355
<210> 23
<211> 1066
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 23
Met Gln Thr Lys Thr Lys Lys Leu Ile Val Ser Leu Ser Ser Leu Val
1 5 10 15
Leu Ser Gly Phe Leu Leu Asn His Tyr Met Thr Ile Gly Ala Glu Glu
20 25 30
Thr Thr Thr Asn Thr Ile Gln Gln Ser Gln Lys Glu Val Gln Tyr Gln
35 40 45
Gln Arg Asp Thr Lys Asn Leu Val Glu Asn Gly Asp Phe Gly Gln Thr
50 55 60
Glu Asp Gly Ser Ser Pro Trp Thr Gly Ser Lys Ala Gln Gly Trp Ser
65 70 75 80
Ala Trp Val Asp Gln Lys Asn Ser Ala Asp Ala Ser Thr Arg Val Ile
85 90 95
Glu Ala Lys Asp Gly Ala Ile Thr Ile Ser Ser His Glu Lys Leu Arg
100 105 110
Ala Ala Leu His Arg Met Val Pro Ile Glu Ala Lys Lys Lys Tyr Lys
115 120 125
Leu Arg Phe Lys Ile Lys Thr Asp Asn Lys Ile Gly Ile Ala Lys Val
130 135 140
Arg Ile Ile Glu Glu Ser Gly Lys Asp Lys Arg Leu Trp Asn Ser Ala
145 150 155 160
Thr Thr Ser Gly Thr Lys Asp Trp Gln Thr Ile Glu Ala Asp Tyr Ser
165 170 175
Pro Thr Leu Asp Val Asp Lys Ile Lys Leu Glu Leu Phe Tyr Glu Thr
180 185 190
Gly Thr Gly Thr Val Ser Phe Lys Asp Ile Glu Leu Val Glu Val Ala
195 200 205
Asp Gln Leu Ser Glu Asp Ser Gln Thr Asp Lys Gln Leu Glu Glu Lys
210 215 220
Ile Asp Leu Pro Ile Gly Lys Lys His Val Phe Ser Leu Ala Asp Tyr
225 230 235 240
Thr Tyr Lys Val Glu Asn Pro Asp Val Ala Ser Val Lys Asn Gly Ile
245 250 255
Leu Glu Pro Leu Lys Glu Gly Thr Thr Asn Val Ile Val Ser Lys Asp
260 265 270
Gly Lys Glu Val Lys Lys Ile Pro Leu Lys Ile Leu Ala Ser Val Lys
275 280 285
Asp Ala Tyr Thr Asp Arg Leu Asp Asp Trp Asn Gly Ile Ile Ala Gly
290 295 300
Asn Gln Tyr Tyr Asp Ser Lys Asn Glu Gln Met Ala Lys Leu Asn Gln
305 310 315 320
Glu Leu Glu Gly Lys Val Ala Asp Ser Leu Ser Ser Ile Ser Ser Gln
325 330 335
Ala Asp Arg Thr Tyr Leu Trp Glu Lys Phe Ser Asn Tyr Lys Thr Ser
340 345 350
Ala Asn Leu Thr Ala Thr Tyr Arg Lys Leu Glu Glu Met Ala Lys Gln
355 360 365
Val Thr Asn Pro Ser Ser Arg Tyr Tyr Gln Asp Glu Thr Val Val Arg
370 375 380
Thr Val Arg Asp Ser Met Glu Trp Met His Lys His Val Tyr Asn Ser
385 390 395 400
Glu Lys Ser Ile Val Gly Asn Trp Trp Asp Tyr Glu Ile Gly Thr Pro
405 410 415
Arg Ala Ile Asn Asn Thr Leu Ser Leu Met Lys Glu Tyr Phe Ser Asp
420 425 430
Glu Glu Ile Lys Lys Tyr Thr Asp Val Ile Glu Lys Phe Val Pro Asp
435 440 445
Pro Glu His Phe Arg Lys Thr Thr Asp Asn Pro Phe Lys Ala Leu Gly
450 455 460
Gly Asn Leu Val Asp Met Gly Arg Val Lys Val Ile Ala Gly Leu Leu
465 470 475 480
Arg Lys Asp Asp Gln Glu Ile Ser Ser Thr Ile Arg Ser Ile Glu Gln
485 490 495
Val Phe Lys Leu Val Asp Gln Gly Glu Gly Phe Tyr Gln Asp Gly Ser
500 505 510
Tyr Ile Asp His Thr Asn Val Ala Tyr Thr Gly Ala Tyr Gly Asn Val
515 520 525
Leu Ile Asp Gly Leu Ser Gln Leu Leu Pro Val Ile Gln Lys Thr Lys
530 535 540
Asn Pro Ile Asp Lys Asp Lys Met Gln Thr Met Tyr His Trp Ile Asp
545 550 555 560
Lys Ser Phe Ala Pro Leu Leu Val Asn Gly Glu Leu Met Asp Met Ser
565 570 575
Arg Gly Arg Ser Ile Ser Arg Ala Asn Ser Glu Gly His Val Ala Ala
580 585 590
Val Glu Val Leu Arg Gly Ile His Arg Ile Ala Asp Met Ser Glu Gly
595 600 605
Glu Thr Lys Gln Cys Leu Gln Ser Leu Val Lys Thr Ile Val Gln Ser
610 615 620
Asp Ser Tyr Tyr Asp Val Phe Lys Asn Leu Lys Thr Tyr Lys Asp Ile
625 630 635 640
Ser Leu Met Gln Ser Leu Leu Ser Asp Ala Gly Val Ala Ser Val Pro
645 650 655
Arg Pro Ser Tyr Leu Ser Ala Phe Asn Lys Met Asp Lys Thr Ala Met
660 665 670
Tyr Asn Ala Glu Lys Gly Phe Gly Phe Gly Leu Ser Leu Phe Ser Ser
675 680 685
Arg Thr Leu Asn Tyr Glu His Met Asn Lys Glu Asn Lys Arg Gly Trp
690 695 700
Tyr Thr Ser Asp Gly Met Phe Tyr Leu Tyr Asn Gly Asp Leu Ser His
705 710 715 720
Tyr Ser Asp Gly Tyr Trp Pro Thr Val Asn Pro Tyr Lys Met Pro Gly
725 730 735
Thr Thr Glu Thr Asp Ala Lys Arg Ala Asp Ser Asp Thr Gly Lys Val
740 745 750
Leu Pro Ser Ala Phe Val Gly Thr Ser Lys Leu Asp Asp Ala Asn Ala
755 760 765
Thr Ala Thr Met Asp Phe Thr Asn Trp Asn Gln Thr Leu Thr Ala His
770 775 780
Lys Ser Trp Phe Met Leu Lys Asp Lys Ile Ala Phe Leu Gly Ser Asn
785 790 795 800
Ile Gln Asn Thr Ser Thr Asp Thr Ala Ala Thr Thr Ile Asp Gln Arg
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Lys Leu Glu Ser Gly Asn Pro Tyr Lys Val Tyr Val Asn Asp Lys Glu
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Phe Leu Glu Ser Phe Asp Ser Lys Lys Asn Ile Gly Tyr Phe Phe Phe
850 855 860
Lys Lys Ser Ser Ile Ser Met Ser Lys Ala Leu Gln Lys Gly Ala Trp
865 870 875 880
Lys Asp Ile Asn Glu Gly Gln Ser Asp Lys Glu Val Glu Asn Glu Phe
885 890 895
Leu Thr Ile Ser Gln Ala His Lys Gln Asn Arg Asp Ser Tyr Gly Tyr
900 905 910
Met Leu Ile Pro Asn Val Asp Arg Ala Thr Phe Asn Gln Met Ile Lys
915 920 925
Glu Leu Glu Ser Ser Leu Ile Glu Asn Asn Glu Thr Leu Gln Ser Val
930 935 940
Tyr Asp Ala Lys Gln Gly Val Trp Gly Ile Val Lys Tyr Asp Asp Ser
945 950 955 960
Val Ser Thr Ile Ser Asn Gln Phe Gln Val Leu Lys Arg Gly Val Tyr
965 970 975
Thr Ile Arg Lys Glu Gly Asp Glu Tyr Lys Ile Ala Tyr Tyr Asn Pro
980 985 990
Glu Thr Gln Glu Ser Ala Pro Asp Gln Glu Val Phe Lys Lys Leu Glu
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Gln Ala Ala Gln Pro Gln Val Gln Asn Ser Lys Glu Lys Glu Lys
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Ser Glu Glu Glu Lys Asn His Ser Asp Gln Lys Asn Leu Pro Gln
1025 1030 1035
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Leu Gly Ala Phe Tyr Leu Phe Arg Arg Gly Lys Asn Asn
1055 1060 1065
<210> 24
<211> 390
<212> DNA
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 24
atgaatcaat cctactttta tctaaaaatg aaagaacaca aactcaaggt tccttataca 60
ggtaaggagc gccgtgtacg tattcttctt cctaaagatt atgagaaaga tacagaccgt 120
tcctatcctg ttgtatactt tcatgacggg caaaatgttt ttaatagcaa agagtctttc 180
attggacatt catggaagat tatcccagct atcaaacgaa atccggatat cagtcgcatg 240
attgtcgttg ctattgacaa tgatggtatg gggcggatga atgagtatgc ggcttggaag 300
ttccaagaat ctcctatccc agggcagcag tttggtggta agggtgtgga gtatgctgag 360
tttgtcatgg aggtggtcaa gccttttatc 390
<210> 25
<211> 900
<212> DNA
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 25
atgtcatcta aatttatgaa gagcgctgcg gtgcttggaa ctgctacact tgctagcttg 60
cttttggtag cttgcatgaa tcaatcctac ttttatctaa aaatgaaaga acacaaactc 120
aaggttcctt atacaggtaa ggagcgccgt gtacgtattc ttcttcctaa agattatgag 180
aaagatacag accgttccta tcctgttgta tactttcatg acgggcaaaa tgtttttaat 240
agcaaagagt ctttcattgg acattcatgg aagattatcc cagctatcaa acgaaatccg 300
gatatcagtc gcatgattgt cgttgctatt gacaatgatg gtatggggcg gatgaatgag 360
tatgcggctt ggaagttcca agaatctcct atcccagggc agcagtttgg tggtaagggt 420
gtggagtatg ctgagtttgt catggaggtg gtcaagcctt ttatcgatga gacctatcgt 480
acaaaagcag actgccagca tacggctatg attggttcct cactaggagg caatattacc 540
cagtttatcg gtttggaata ccaagaccaa attggttgct tgggcgtttt ttcatctgca 600
aactggctcc accaagaagc ctttaaccgc tatttcgagt gccagaaact atcgcctgac 660
cagcgcatct tcatctatgt aggaacagaa gaagcagatg atacagacaa gaccttgatg 720
gatggcaata tcaaacaagc ctatatcgac tcgtcgcttt gctattacca tgatttgata 780
gcagggggag tacatctgga taatcttgtg ctaaaagttc agtctggtgc catccatagt 840
gaaatccctt ggtcagaaaa tctaccagat tgtctgagat tttttgcaga aaaatggtaa 900
<210> 26
<211> 465
<212> DNA
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 26
atgtcatcta aatttatgaa gagcgctgcg gtgcttggaa ctgctacact tgctagcttg 60
cttttggtag cttgcatgaa tcaatcctac ttttatctaa aaatgaaaga acacaaactc 120
aaggttcctt atacaggtaa ggagcgccgt gtacgtattc ttcttcctaa agattatgag 180
aaagatacag accgttccta tcctgttgta tactttcatg acgggcaaaa tgtttttaat 240
agcaaagagt ctttcattgg acattcatgg aagattatcc cagctatcaa acgaaatccg 300
gatatcagtc gcatgattgt cgttgctatt gacaatgatg gtatggggcg gatgaatgag 360
tatgcggctt ggaagttcca agaatctcct atcccagggc agcagtttgg tggtaagggt 420
gtggagtatg ctgagtttgt catggaggtg gtcaagcctt ttatc 465
<210> 27
<211> 765
<212> DNA
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 27
atgtgctcag ggggtgctaa gaaagaagga gaagcagcta gcaagaaaga aatcatcgtt 60
gcaaccaatg gatcaccaaa gccatttatc tatgaagaaa atggcgaatt gactggttac 120
gagattgaag tcgttcgcgc tatctttaaa gattctgaca aatatgatgt caagtttgaa 180
aagacagaat ggtcaggtgt ctttgctggt cttgacgctg atcgttacaa tatggctgtc 240
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gttgaaacag tgatcaagaa ccaaggtttg gacaacttga aagttatcga acttccaagc 600
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ttcttcggag acacttatct accggcagaa gctgatatta aataa 765
<210> 28
<211> 831
<212> DNA
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 28
atgaaaaaaa tcgttaaata ctcatctctt gcagcccttg ctcttgttgc tgcaggtgtg 60
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<212> DNA
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<213> Artificial Sequence
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1 5
<210> 106
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 106
Gly Thr Asp Asp Ser Ile Ile Gly Trp
1 5
<210> 107
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 107
Thr Tyr Leu Ser Phe Asp Asn Leu Val
1 5
<210> 108
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 108
Phe Gly Thr Ile Leu Asp Ala Gly Ile
1 5
<210> 109
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 109
Asn Gln Ile Thr Ala Val Tyr Thr Phe
1 5
<210> 110
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 110
His Leu Asp Asn Leu Val Leu Lys Val
1 5
<210> 111
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 111
Asp Leu Ile Ala Gly Arg Val His Leu
1 5
<210> 112
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 112
Ile Leu Leu Pro Lys Asp Tyr Glu Lys
1 5
<210> 113
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 113
Glu Tyr Gln Asp Gln Ile Gly Cys Leu
1 5
<210> 114
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 114
Tyr Phe His Asp Gly Gln Asn Val Phe
1 5
<210> 115
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 115
Asn Pro Asp Ile Ser Arg Met Ile Val
1 5
<210> 116
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 116
Ile Pro Trp Ser Glu Asn Leu Pro Asp
1 5
<210> 117
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 117
Gln Phe Gly Gly Lys Gly Val Glu Tyr
1 5
<210> 118
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 118
Ile Gly Leu Glu Tyr Gln Asp Gln Ile
1 5
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<211> 8
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 119
Val Tyr Phe His Asp Gly Gln Asn
1 5
<210> 120
<211> 8
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 120
Met Glu Val Val Lys Pro Phe Ile
1 5
<210> 121
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 121
Tyr Leu Lys Met Lys Glu His Lys Leu
1 5
<210> 122
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 122
Lys Leu Ser Pro Asp Gln Arg Ile Phe
1 5
<210> 123
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 123
Arg Ile Phe Ile Tyr Val Gly Thr Glu
1 5
<210> 124
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 124
Phe Ile Asp Glu Thr Tyr Arg Thr Lys
1 5
<210> 125
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 125
Asp Thr Asp Arg Ser Tyr Pro Val Val
1 5
<210> 126
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 126
Tyr Ile Asp Ser Ser Leu Cys Tyr Tyr
1 5
<210> 127
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 127
Thr Gln Phe Ile Gly Leu Glu Tyr Gln
1 5
<210> 128
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 128
Lys Asp Thr Asp Arg Ser Tyr Pro Val
1 5
<210> 129
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 129
Leu Cys Tyr Tyr His Asp Leu Ile Ala
1 5
<210> 130
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 130
Asn Val Phe Asn Ser Lys Glu Ser Phe
1 5
<210> 131
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 131
Met Leu Lys Asp Lys Ile Ala Phe Leu
1 5
<210> 132
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 132
Ser Leu Ala Asp Tyr Thr Tyr Lys Val
1 5
<210> 133
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 133
Phe Leu Leu Leu Gly Ala Phe Tyr Leu
1 5
<210> 134
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 134
Val Leu Ile Asp Gly Leu Ser Gln Leu
1 5
<210> 135
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 135
Ile Leu Ala Ser Leu Gly Phe Leu Leu
1 5
<210> 136
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 136
Gly Leu Ser Gln Leu Leu Pro Val Ile
1 5
<210> 137
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 137
Phe Leu Leu Asn His Tyr Met Thr Val
1 5
<210> 138
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 138
Met Leu Ile Pro Asn Val Asp Arg Ala
1 5
<210> 139
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 139
Lys Leu Glu Glu Met Ala Lys Gln Val
1 5
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<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 140
Val Leu Lys Arg Gly Val Tyr Thr Ile
1 5
<210> 141
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 141
Lys Val Ile Ala Gly Leu Leu Arg Lys
1 5
<210> 142
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 142
Thr Leu Asn Tyr Glu His Met Asn Lys
1 5
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<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 143
Asn Ile Gly Tyr Phe Phe Phe Lys Lys
1 5
<210> 144
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 144
Lys Tyr Thr Asp Val Ile Glu Lys Phe
1 5
<210> 145
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 145
Lys Tyr Asp Asp Ser Val Ser Thr Ile
1 5
<210> 146
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 146
Thr Phe Asn Gln Met Ile Lys Glu Leu
1 5
<210> 147
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 147
Asp Tyr Pro Glu Thr Gln Ser Val Phe
1 5
<210> 148
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 148
Thr Pro Arg Ala Ile Asn Asn Thr Leu
1 5
<210> 149
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 149
Ala Pro Leu Leu Val Asn Gly Glu Leu
1 5
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<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 150
Tyr Ile Asp His Thr Asn Val Ala Tyr
1 5
<210> 151
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 151
Lys Gln Asn Gly Asp Ser Tyr Gly Tyr
1 5
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<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 152
Phe Leu Leu Asn His Tyr Met Thr Val
1 5
<210> 153
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 153
Phe Tyr Leu Tyr Asn Gly Asp Leu Ser
1 5
<210> 154
<211> 8
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 154
Lys Ser Phe Ala Pro Leu Leu Val
1 5
<210> 155
<211> 8
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 155
Asp Glu Thr Val Val Arg Thr Val
1 5
<210> 156
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 156
Tyr Ile Asp His Thr Asn Val Ala Tyr
1 5
<210> 157
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 157
Met Leu Lys Asp Lys Ile Ala Phe Leu
1 5
<210> 158
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 158
Lys Leu Arg Phe Lys Ile Lys Thr Asp
1 5
<210> 159
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 159
Lys Leu Glu Leu Phe Tyr Glu Thr Gly
1 5
<210> 160
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 160
Lys Ile Ala Phe Leu Gly Ser Asn Ile
1 5
<210> 161
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 161
Ser Val Pro Arg Thr Ser Tyr Leu Ser
1 5
<210> 162
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 162
Phe Gly Phe Gly Leu Ser Leu Phe Ser
1 5
<210> 163
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 163
Ser Thr Ile Arg Ser Ile Glu Gln Val
1 5
<210> 164
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 164
Phe Arg Lys Thr Thr Asp Asn Pro Phe
1 5
<210> 165
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 165
Thr Val Val Arg Thr Val Arg Asp Ser
1 5
<210> 166
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 166
Ser Thr Ile Arg Ser Ile Glu Gln Val
1 5
<210> 167
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 167
Asp Gly Leu Ser Gln Leu Leu Pro Val
1 5
<210> 168
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 168
Phe Gly Phe Gly Leu Ser Leu Phe Ser
1 5
<210> 169
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 169
Lys Leu Val Asp Gln Gly Glu Gly Phe
1 5
<210> 170
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 170
Ala Ile Val Thr Cys Met Asp Ser Arg
1 5
<210> 171
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 171
Ala Gln Thr Phe Glu Asn Glu Pro Phe
1 5
<210> 172
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 172
Ala Tyr Val Ala Leu His Gly Gln Leu
1 5
<210> 173
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 173
Asp Asp Val Ile Ile Ser Gly Ala Ile
1 5
<210> 174
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 174
Phe Glu Asn Glu Pro Phe Gln Glu Tyr
1 5
<210> 175
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 175
Phe Met Gln Ala Asn Gln Ala Tyr Val
1 5
<210> 176
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 176
Ile Ser Gln Gln Gln Met Gly Thr Arg
1 5
<210> 177
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 177
Lys Pro Lys Thr Arg Val Ala Ile Val
1 5
<210> 178
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 178
Leu His Gly Gln Leu Asn Leu Pro Leu
1 5
<210> 179
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 179
Leu His Val Ala Gln Ala Leu Gly Leu
1 5
<210> 180
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 180
Leu Pro Leu Lys Pro Lys Thr Arg Val
1 5
<210> 181
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 181
Met Gly Thr Arg Glu Ile Val Val Leu
1 5
<210> 182
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 182
Met Gln Leu Leu Ile Glu Ser Pro Leu
1 5
<210> 183
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 183
Gln Ala Asn Gln Ala Tyr Val Ala Leu
1 5
<210> 184
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 184
Gln Phe Met Gln Ala Asn Gln Ala Tyr
1 5
<210> 185
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 185
Gln Leu Asn Leu Pro Leu Lys Pro Lys
1 5
<210> 186
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 186
Gln Gln Met Gly Thr Arg Glu Ile Val
1 5
<210> 187
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 187
Arg Glu Ile Val Val Leu His His Thr
1 5
<210> 188
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 188
Ser Pro Leu Ile Pro Asp Asp Val Ile
1 5
<210> 189
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 189
Ser Arg Leu His Val Ala Gln Ala Leu
1 5
<210> 190
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 190
Thr Glu Asp Met Ile Arg Ser Leu Val
1 5
<210> 191
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 191
Val Asp Val Ser Asp Gln Asp Phe Leu
1 5
<210> 192
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 192
Val Ser Asp Gln Asp Phe Leu Pro Phe
1 5
<210> 193
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 193
Val Thr Glu Asp Met Ile Arg Ser Leu
1 5
<210> 194
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 194
Gly Ile Glu Val Glu Lys Pro Leu Tyr
1 5
<210> 195
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 195
Ala Glu Ala His Leu Leu Tyr Arg Met
1 5
<210> 196
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 196
Ala Leu Leu Asn Gln Asp Asn Met Arg
1 5
<210> 197
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 197
Ala Pro Pro Glu Arg Asn Tyr Leu Tyr
1 5
<210> 198
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 198
Ala Gln Asn Ser Tyr Ile His Ile Leu
1 5
<210> 199
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 199
Ala Val Ala Ser Met Gly Thr Ala Leu
1 5
<210> 200
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 200
Ala Tyr Leu Leu Thr Lys Thr Arg Ile
1 5
<210> 201
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 201
Asp Ala Ala Lys Phe Tyr His Ala Ile
1 5
<210> 202
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 202
Asp Thr Ala Leu Glu Glu Leu Glu Arg
1 5
<210> 203
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 203
Glu Glu Tyr Gln Gly Val Pro Phe Ile
1 5
<210> 204
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 204
Glu Phe Leu Glu Lys Ile Ala Pro Leu
1 5
<210> 205
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 205
Glu Phe Gln Val Leu Tyr Asp Leu Leu
1 5
<210> 206
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 206
Glu His Val Glu His Leu Lys Arg Leu
1 5
<210> 207
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 207
Glu Leu Ser Glu Val Glu Met Thr Arg
1 5
<210> 208
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 208
Glu Ser Pro Leu Val Leu Asn Asp Tyr
1 5
<210> 209
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 209
Gly Glu Lys Thr Pro Ser Phe Asn Val
1 5
<210> 210
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 210
Gly Leu Cys Pro Phe His Gly Glu Lys
1 5
<210> 211
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 211
Ile Gly Asp Met Pro Val Gln Ile Val
1 5
<210> 212
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 212
Ile Thr Met Pro Val Thr Lys Gln Leu
1 5
<210> 213
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 213
Lys Ala Leu Leu Asn Gln Asp Asn Met
1 5
<210> 214
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 214
Lys Arg Leu Thr Lys Lys Leu Val Leu
1 5
<210> 215
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 215
Leu Thr Lys Thr Arg Ile Ser Pro Ile
1 5
<210> 216
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 216
Leu Val Leu Val Tyr Asp Gly Asp Lys
1 5
<210> 217
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 217
Met Arg Ala Glu Ala His Leu Leu Tyr
1 5
<210> 218
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 218
Asn Gly Pro Glu Asp Leu Ala Tyr Leu
1 5
<210> 219
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 219
Gln Thr Glu Glu Val Glu Arg Ala Trp
1 5
<210> 220
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 220
Ser Glu Ile Tyr Leu Met Glu Gly Phe
1 5
<210> 221
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 221
Ser Pro His Gln Ala Leu Tyr Asp Met
1 5
<210> 222
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 222
Val Asp Lys Gln Val Ile Glu Glu Ile
1 5
<210> 223
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 223
Val Glu Met Thr Arg Asn Lys Ala Leu
1 5
<210> 224
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 224
Val Leu Tyr Asp Leu Leu Gly Gln Tyr
1 5
<210> 225
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 225
Val Pro Phe Ile Glu Ala Val Gln Ile
1 5
<210> 226
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 226
Trp Tyr Gln Val Leu Ala Gln Asp Leu
1 5
<210> 227
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 227
Tyr Leu Met Glu Gly Phe Met Asp Val
1 5
<210> 228
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 228
Ala Ala Tyr Ala Pro Asn Glu Val Val
1 5
<210> 229
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 229
Ala Gly Asp Leu Arg Gly Lys Ile Ile
1 5
<210> 230
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 230
Asp Glu Ile Ala Asn Glu Val Trp Tyr
1 5
<210> 231
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 231
Asp Asn Tyr Leu Ile Tyr Gly Asp Leu
1 5
<210> 232
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 232
Asp Gln Lys Glu His Pro Glu Lys Phe
1 5
<210> 233
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 233
Asp Ser Leu Thr Asp Arg Leu Lys Leu
1 5
<210> 234
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 234
Glu Ala Lys Asn Lys Asn Lys Phe Val
1 5
<210> 235
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 235
Glu Gly Gln Gly Arg Asn Arg Lys Leu
1 5
<210> 236
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 236
Glu Ile Lys Gly Ala Gly Asp Leu Arg
1 5
<210> 237
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 237
Glu Pro Ile Ala Glu Gly Gln Tyr Phe
1 5
<210> 238
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 238
Glu Val Ser Glu Leu Lys Pro His Arg
1 5
<210> 239
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 239
Gly Ala Phe Phe Asp Lys Ser Lys Ile
1 5
<210> 240
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 240
Gly Asp Leu Lys Trp Asp Gly Leu Ile
1 5
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<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 241
Gly Glu Val Glu Lys Asn Leu Glu Val
1 5
<210> 242
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 242
Ile His Phe Glu Ser Val Glu Glu Met
1 5
<210> 243
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 243
Ile Met Phe Ile Val Gly Ile Phe Leu
1 5
<210> 244
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 244
Ile Pro Gly Thr Leu Asn Lys Gly Ile
1 5
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<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 245
Ile Arg Tyr Gln Val Phe Thr Phe Lys
1 5
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<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 246
Ile Ser Asp Lys Gly Gly Phe Asn Trp
1 5
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<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 247
Ile Val Ser Glu Glu Asp Phe Ile Leu
1 5
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<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 248
Lys Glu Ile Gly Val Glu Glu Ala Ile
1 5
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<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 249
Lys Ile Val Val Lys Asp Phe Ala Arg
1 5
<210> 250
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 250
Lys Lys Ile Asn Phe Gln Pro Ser Leu
1 5
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<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 251
Lys Leu Lys Phe Val Tyr Ile Gly Lys
1 5
<210> 252
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 252
Lys Val Tyr Tyr Gly Asn Asn Tyr Lys
1 5
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<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 253
Lys Tyr Trp Gln Ala Ile Arg Ala Leu
1 5
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<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 254
Leu His Ile Asp Asn Thr Arg Asp Phe
1 5
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<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 255
Met Arg Phe Lys Lys Glu Asp Leu Lys
1 5
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<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 256
Asn Glu Ser Val Val Asp Asn Tyr Leu
1 5
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<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 257
Asn Glu Val Trp Tyr Ala Gly Ala Ala
1 5
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<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
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Asn Ile Asn Asp Ile Val Asp Gly Leu
1 5
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<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 259
Gln Tyr Leu Leu Lys Asp Asn Ile Ile
1 5
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<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 260
Ser Pro Arg Gln Gln Gly Ala Gly Leu
1 5
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<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 261
Ser Arg Ser Lys Thr Leu Gly Gly Tyr
1 5
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<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 262
Ser Ser Leu Lys Asn Thr Lys Val Leu
1 5
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<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 263
Thr Ala Ala Val Ile Leu Ala Ala Tyr
1 5
<210> 264
<211> 9
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 264
Trp Thr Glu Leu Pro Ala Met Gly Tyr
1 5
Claims (54)
- 제약학적으로 허용되는 담체;
(i) 서열 번호: 9 또는 21을 포함하는 아미노산 서열을 가지는 제 1 폴리펩티드 또는 이의 면역원성 단편 또는 면역원성 유사체, 또는 (ii) 서열 번호: 10 또는 20을 포함하는 아미노산 서열을 가지는 제 1 폴리펩티드 또는 이의 면역원성 단편 또는 면역원성 유사체; 및
서열 번호: 6 또는 7을 포함하는 아미노산 서열을 가지는 제 2 폴리펩티드 또는 이의 면역원성 단편 또는 면역원성 유사체
을 포함하는 백신 제제. - 제1항에 있어서, 백신 제제는 서열 번호: 1, 2, 3, 4, 5, 8, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18 또는 19 중 어느 하나를 포함하는 아미노산 서열을 가지는 제 3 폴리펩티드, 또는 이의 면역원성 단편 또는 면역원성 유사체를 추가로 포함함을 특징으로 하는 백신 제제.
- 제1항에 있어서, 제 1 폴리펩티드는 서열 번호 9 또는 21 또는 10 또는 20으로 이루어진 아미노산 서열, 또는 이의 면역원성 단편 또는 면역원성 유사체를 가지며, 제 2 폴리펩티드는 서열 번호: 6 또는 7로 이루어진 아미노산 서열, 또는 이의 면역원성 단편 또는 면역원성 유사체를 가짐을 특징으로 하는 백신 제제.
- 제 1항에 있어서, 면역원성 단편은 N-말단, C-말단, 또는 둘 모두로부터 1-20개 아미노산 잔기가 제거된 서열 번호: 9, 10, 20, 21, 6 또는 7 중 임의의 절두된 단편임을 특징으로 하는 백신 제제.
- 제1항에 있어서, 백신 제제는 서열 번호: 12의 아미노산 서열을 포함하는 제 3 폴리펩티드를 추가로 포함함을 특징으로 하는 백신 제제.
- 제1항에 있어서, 백신 제제는 서열 번호: 13의 아미노산 서열을 포함하는 제 3 폴리펩티드를 추가로 포함함을 특징으로 하는 백신 제제.
- 제1항에 있어서, 하나 이상의 폴리펩티드는 면역원성 담체에 접합되거나, 백신 제제는 최소한 하나의 지질화 폴리펩티드(lipidated polypeptide)를 포함함을 특징으로 하는 백신 제제.
- 제1항에 있어서, 어쥬번트를 추가로 포함함을 특징으로 하는 백신 제제.
- 제8항에 있어서, 어쥬번트는 톨-유사 수용체 (TLR)의 작동약인 것을 특징으로 하는 백신 제제.
- 제8항에 있어서, 어쥬번트는 명반인 것을 특징으로 하는 백신 제제.
- 제8항에 있어서, 백신 제제는 1-1000 μg의 각 폴리펩티드 및 1-250 μg의 어쥬번트를 포함하는 것을 특징으로 하는 백신 제제.
- 제1항에 있어서, TH17 세포에 접촉한 이후 TH17 세포 반응을 최소한 1.5-배 유도하는 것을 특징으로 하는 백신 제제.
- 제1항에 있어서, 백신 제제는 감염되지 않은 개체에서 폐렴구균(S. pneumoniae)에 의한 감염을 저해하고, 개체에서 폐렴구균(S. pneumoniae) 콜로니화(colonization)를 저해하고, 또는 폐렴구균(S. pneumoniae) 증상을 저해하는 것을 특징으로 하는 백신 제제.
- 제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서, 백신 제제는 폐렴구균(S. pneumoniae) 감염을 앓고 있거나 폐렴구균(S. pneumoniae) 감염에 걸리기 쉬운 개체의 치료를 위해 이용되는 것을 특징으로 하는 백신 제제.
- 제14항에 있어서, 상기 백신 제제는 감염되지 않은 개체에서 폐렴구균(S. pneumoniae)에 의한 감염을 저해하고, 개체에서 폐렴구균(S. pneumoniae) 콜로니화(colonization)를 저해하고, 또는 개체에서 폐렴구균(S. pneumoniae) 증상을 저해하는 것을 특징으로 하는 백신 제제.
- 제14항에 있어서, 상기 백신 제제는 1회, 2회 또는 3회 투약 이내로 개체를 치료하는 것을 특징으로 하는 백신 제제.
- 제14항에 있어서, 개체는 인간인 것을 특징으로 하는 백신 제제.
- 제약학적으로 허용되는 담체;
(i) 서열 번호: 9 또는 21을 포함하는 아미노산 서열을 가지는 제 1 폴리펩티드 또는 이의 면역원성 단편 또는 면역원성 유사체, 또는 (ii) 서열 번호: 10 또는 20을 포함하는 아미노산 서열을 가지는 제 1 폴리펩티드 또는 이의 면역원성 단편 또는 면역원성 유사체;
서열 번호: 6 또는 7을 포함하는 아미노산 서열을 가지는 제 2 폴리펩티드 또는 이의 면역원성 단편 또는 면역원성 유사체; 및
SP0024, SP0882, SP1072, SP0641, SP1574, SP1655, SP2106, SP1473, SP0605, SP1177, SP0335, SP0906, SP1828, SP2157, SP1229, SP1128, SP1836, SP1865, SP0904, SP0765, SP1634, SP0418, SP1923, SP1313, SP0775, SP0314, SP0912, SP0159, SP0910, SP2148, SP1412, SP0372, SP1304, SP2002, SP0612, SP1988, SP0484, SP0847, SP1527, SP0542, SP0441, SP0350, SP0014, SP1965, SP0117, SP0981, SP2229, SP2136, SP1179, SP1174, SP2216, SP1393, SP0641.1, SP1384, 그리고 SP2032로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 추가 폴리펩티드 또는 이의 면역원성 단편 또는 면역원성 유사체
를 포함하는 면역원성 조성물. - 삭제
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