KR101479580B1 - 오륜팝콘 옥수수 품종을 구분하기 위한 특이 ssr 프라이머 및 이의 용도 - Google Patents

오륜팝콘 옥수수 품종을 구분하기 위한 특이 ssr 프라이머 및 이의 용도 Download PDF

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최승훈
장은하
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강원대학교산학협력단
강원도
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Abstract

본 발명은 24개의 SSR 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 SSR 프라이머 세트를 포함하는 오륜팝콘 옥수수 품종을 구분하기 위한 SSR 프라이머 세트, 상기 SSR 프라이머 세트를 포함하는 오륜팝콘 옥수수 품종을 구분하기 위한 키트 및 상기 SSR 프라이머 세트를 이용하여 오륜팝콘 옥수수 품종을 구분하는 방법에 관한 것으로, 본 발명의 특이 SSR 마커를 통하여 오륜팝콘 옥수수의 효율적인 품종 식별, 품종보호 및 1대 잡종의 순도검정이 가능할 뿐만 아니라, 튀김용 옥수수를 제공하여 소비자의 기호도를 증가시킬 수 있는 옥수수의 분자육종 연구 등에 유용한 정보를 제공할 수 있을 것이다.

Description

오륜팝콘 옥수수 품종을 구분하기 위한 특이 SSR 프라이머 및 이의 용도{Specific SSR primers for discriminating corn cultivar 'Oryun Popcorn', and uses thereof}
본 발명은 오륜팝콘 옥수수 품종을 구분하기 위한 특이 SSR 프라이머 및 이의 용도에 관한 것으로, 24개의 SSR 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 SSR 프라이머 세트를 포함하는 오륜팝콘 옥수수 품종을 구분하기 위한 SSR 프라이머 세트, 상기 SSR 프라이머 세트를 포함하는 오륜팝콘 옥수수 품종을 구분하기 위한 키트 및 상기 SSR 프라이머 세트를 이용하여 오륜팝콘 옥수수 품종을 구분하는 방법을 제공한다.
옥수수(Zea mays L.) 세계적으로 중요한 식량작물 중 하나로, 식용뿐만 아니라 사료용, 공업용 등의 다양한 용도로 이용되고 있다. 우리나라에서 소비되는 옥수수는 대부분은 수입에 의존하고 있으나, 식용옥수수 중에서 옥수수는 국내에서 육성되어 재배되고 있다. 특히 간식용으로 많이 이용되고 있는 튀김용 또는 팝콘용 옥수수는 전량 외국에서 수입되고 있는데, 2010년도의 수입량은 8천144톤, 수입액 555만 달러이며, 국내에서 튀김용 옥수수의 시장규모는 연간 2천100억원 정도로 추정된다. 더욱이 튀김용으로 수입되는 옥수수는 대부분이 GMO(Genetic Modified Organism) 품종들이어서, 최근 GMO의 안전성에 대한 우려에 따라 수입산 GMO 옥수수를 대체할 수 있는 안전하면서도 고품질의 튀김용 옥수수 생산을 위한 새로운 품종 개발이 요구되는 상황이다.
옥수수 자식계통들에 대한 유전적 다양성을 평가하기 위해 많은 연구자들은 분자마커를 직접적으로 이용하고자 하였다. 오늘날 DNA에 기초한 분자마커 기술은 작물의 유전·육종연구에서 유전적 다양성과 계통유연관계 분석 그리고 식물유전자원의 보존과 관리 등에 유용한 정보를 제공하고 있다. 그 중에서 특히 SSR(simple sequence repeat) 분석법은 재현성이 뛰어난 공우성 마커로 이형집단의 개체들 내에서 대립유전자의 특성 및 유전분리 현상을 명확하게 나타낼 수가 있으므로 옥수수의 자식계통들의 유연관계 및 유전적 다양성을 분석하는데 널리 이용되고 있다.
최근에 우리나라에서는 국민의 식생활 다변화와 더불어 육류 소비가 증가함에 따라 옥수수가 간식용, 다이어트 및 건강 식품 등으로 소비자들에게 각광을 받아 그 소비가 점점 증가하고 있다. 국내의 옥수수 유전자원은 다양하면서도 전 세계적으로도 그 품질이 우수하여 고품질의 옥수수 품종을 개발할 수 있는 기본적 여건을 갖추고 있다. 그러나 오늘날 우리나라의 옥수수 유전자원에 대한 유전적 다양성과 계통유연관계에 대한 분석 연구가 미미한 실정이다.
강원도 농업기술원 옥수수연구소에서는 우리나라에서 수집한 500여 계통의 옥수수 유전자원을 보유하고 있다. 이들 유전자원은 각기 다른 지역의 다양한 장소에서 농가로부터 수집하였거나, 우리나라 농촌진흥청 농업유전자원센터로부터 분양을 받았다. 수집된 옥수수 유전자원에 대하여 DNA 분자마커를 이용한 유전적 특성 분석은 이들 계통들에서의 유전적 다양성 및 계통유연관계, 교배조합의 예측 그리고 특정형질에 연관된 분자표지마커 개발 등에 유용한 정보를 제공할 수 있다. 또한 현재 강원도 농업기술원 옥수수연구소에서 개발된 미흑찰과 미백2호의 경우, 채종농가들에서 생산된 1대 잡종종자들은 수확 후 SSR 분자마커를 이용한 순도검정을 실시하여, 최상의 1대 잡종종자를 생산하기 위한 수단으로 이용된다.
한편, 한국특허등록 제1032868호에는 '미흑옥수수 품종을 구분하기 위한 특이 SSR 프라이머 및 이의 용도'가 개시되어 있으며, 한국특허등록 제1055173호에는 '미백2호옥수수 품종을 구분하기 위한 특이 SSR 프라이머 및 이의 용도'가 개시되어 있으나, 본 발명의 오륜팝콘 옥수수 품종을 구분하기 위한 특이 SSR 프라이머 및 이의 용도와는 상이하다.
본 발명은 상기와 같은 요구에 의해 안출된 것으로서, 본 발명에서는 강원도 농업기술원 옥수수연구소에서 육성하여 개발한 오륜팝콘 옥수수 품종 및 양친 자식계통들을 보호하고자, 오륜팝콘 옥수수 품종식별 및 품종보호 및 1대 잡종 종자들의 순도검정 등에 유용한 SSR 프라이머를 개발함으로써, 본 발명을 완성하였다.
상기 과제를 해결하기 위해, 본 발명은 24개의 SSR 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 SSR 프라이머 세트를 포함하는 오륜팝콘 옥수수 품종을 구분하기 위한 SSR 프라이머 세트를 제공한다.
본 발명은 또한, 상기 SSR 프라이머 세트를 포함하는 오륜팝콘 옥수수 품종을 구분하기 위한 키트를 제공한다.
본 발명은 또한, 상기 SSR 프라이머 세트를 이용하여 오륜팝콘 옥수수 품종을 구분하는 방법을 제공한다.
본 발명의 특이 SSR 마커를 통하여 오륜팝콘 옥수수의 효율적인 품종 식별, 품종보호 및 1대 잡종의 순도검정이 가능할 뿐만 아니라, 튀김용 옥수수를 제공하여 소비자의 기호도를 증가시킬 수 있는 옥수수의 분자육종 연구 등에 유용한 정보를 제공할 수 있을 것이다.
도 1은 본 발명의 SSR 마커를 이용하여 오륜팝콘 옥수수 품종의 교배친 자식계통을 증폭시킨 DNA 밴드 양상(공우성)을 나타낸 그림이다.
도 2는 오륜팝콘 옥수수 품종의 교배친 자식계통에서 SSR 프라이머를 사용하여 확인된 대립단편의 분석결과를 나타낸 그림이다.
본 발명의 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 24개의 SSR 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 SSR 프라이머 세트를 포함하는 오륜팝콘 옥수수 품종을 구분하기 위한 SSR 프라이머 세트를 제공한다.
본 발명의 SSR 프라이머 세트는 구체적으로 서열번호 3 및 4의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 71 및 72의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 73 및 74의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 79 및 80의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 115 및 116의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 123 및 124의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 141 및 142의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 145 및 146의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 149 및 150의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 179 및 180의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 225 및 226의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 241 및 242의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 245 및 246의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 257 및 258의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 259 및 260의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 271 및 272의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 273및 274의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 283 및 284의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 289 및 290의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 311 및 312의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 319 및 320의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 337 및 338의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 351 및 352의 SSR 프라이머 세트; 및 서열번호 391 및 392의 SSR 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 SSR 프라이머 세트를 포함할 수 있다.
본 발명의 SSR 프라이머 세트는 바람직하게는 상기 24개의 SSR 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상, 6개 이상, 7개 이상, 8개 이상, 9개 이상, 10개 이상, 11개 이상, 12개 이상, 13개 이상, 14개 이상, 15개 이상, 16개 이상, 17개 이상, 18개 이상, 19개 이상, 20개 이상, 21개 이상, 22개 이상, 23개 이상의 SSR 프라이머 세트를 포함하며, 가장 바람직하게는 24개의 SSR 프라이머 세트, 즉, 서열번호 3 및 4의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 71 및 72의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 73 및 74의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 79 및 80의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 115 및 116의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 123 및 124의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 141 및 142의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 145 및 146의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 149 및 150의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 179 및 180의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 225 및 226의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 241 및 242의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 245 및 246의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 257 및 258의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 259 및 260의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 271 및 272의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 273및 274의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 283 및 284의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 289 및 290의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 311 및 312의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 319 및 320의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 337 및 338의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 351 및 352의 SSR 프라이머 세트; 및 서열번호 391 및 392의 SSR 프라이머 세트를 모두 포함할 수 있다.
상기 24개의 SSR 프라이머 세트를 동시에 이용하면 다른 옥수수 품종으로부터 오륜팝콘 옥수수 품종을 더욱 효율적으로 구분할 수 있다.
상기 SSR 프라이머는 각 SSR 프라이머의 서열 길이에 따라, 서열번호 3 및 4; 서열번호 71 및 72; 서열번호 73 및 74; 서열번호 79 및 80; 서열번호 115 및 116; 서열번호 123 및 124; 서열번호 141 및 142; 서열번호 145 및 146; 서열번호 149 및 150; 서열번호 179 및 180; 서열번호 225 및 226; 서열번호 241 및 242; 서열번호 245 및 246; 서열번호 257 및 258; 서열번호 259 및 260; 서열번호 271 및 272; 서열번호 273및 274; 서열번호 283 및 284; 서열번호 289 및 290; 서열번호 311 및 312; 서열번호 319 및 320; 서열번호 337 및 338; 서열번호 351 및 352; 및 서열번호 391 및 392의 서열 내의 16개 이상, 17개 이상, 18개 이상, 19개 이상, 20개 이상, 21개 이상, 22개 이상, 23개 이상, 24개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 예를 들면, 서열번호 3 및 서열번호 4의 SSR 프라이머(24개 올리고뉴클레오티드)는 서열번호 3 및 서열번호 4의 서열 내의 16개 이상, 17개 이상, 18개 이상, 19개 이상, 20개 이상, 21개 이상, 22개 이상, 23개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 또한, 상기 SSR 프라이머는 서열번호 3 및 4; 서열번호 71 및 72; 서열번호 73 및 74; 서열번호 79 및 80; 서열번호 115 및 116; 서열번호 123 및 124; 서열번호 141 및 142; 서열번호 145 및 146; 서열번호 149 및 150; 서열번호 179 및 180; 서열번호 225 및 226; 서열번호 241 및 242; 서열번호 245 및 246; 서열번호 257 및 258; 서열번호 259 및 260; 서열번호 271 및 272; 서열번호 273및 274; 서열번호 283 및 284; 서열번호 289 및 290; 서열번호 311 및 312; 서열번호 319 및 320; 서열번호 337 및 338; 서열번호 351 및 352; 및 서열번호 391 및 392의 염기서열의 부가, 결실 또는 치환된 서열도 포함할 수 있다.
본 발명에 있어서, "프라이머"는 카피하려는 핵산 가닥에 상보적인 단일 가닥 올리고뉴클레오티드 서열을 말하며, 프라이머 연장 산물의 합성을 위한 개시점으로서 작용할 수 있다. 상기 프라이머의 길이 및 서열은 연장 산물의 합성을 시작하도록 허용해야 한다. 프라이머의 구체적인 길이 및 서열은 요구되는 DNA 또는 RNA 표적의 복합도(complexity)뿐만 아니라 온도 및 이온 강도와 같은 프라이머 이용 조건에 의존할 것이다.
본 명세서에 있어서, 프라이머로서 이용된 올리고뉴클레오티드는 또한 뉴클레오티드 유사체(analogue), 예를 들면, 포스포로티오에이트(phosphorothioate), 알킬포스포로티오에이트 또는 펩티드 핵산(peptide nucleic acid)를 포함할 수 있거나 또는 삽입 물질(intercalating agent)를 포함할 수 있다.
본 발명의 또 다른 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은
본 발명에 따른 SSR 프라이머 세트; 및 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함하는, 오륜팝콘 옥수수 품종을 구분하기 위한 키트를 제공한다.
본 발명의 키트에서, 상기 증폭 반응을 수행하기 위한 시약은 DNA 폴리머라제, dNTPs, 버퍼 등을 포함할 수 있다. 또한, 본 발명의 키트는 최적의 반응 수행 조건을 기재한 사용자 안내서를 추가로 포함할 수 있다. 안내서는 키트 사용법, 예를 들면, PCR 완충액 제조 방법, 제시되는 반응 조건 등을 설명하는 인쇄물이다. 안내서는 팜플렛 또는 전단지 형태의 안내 책자, 키트에 부착된 라벨 및 키트를 포함하는 패키지의 표면상에 설명을 포함한다. 또한, 안내서는 인터넷과 같이 전기 매체를 통해 공개되거나 제공되는 정보를 포함한다.
본 발명의 또 다른 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은
옥수수에서 게놈(genomic) DNA를 분리하는 단계;
상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 본 발명에 따른 SSR 프라이머 세트를 이용하여 증폭 반응을 수행하여 표적 서열을 증폭하는 단계; 및
상기 증폭 산물을 검출하는 단계를 포함하는, 오륜팝콘 옥수수 품종을 구분하는 방법을 제공한다.
본 발명의 방법은 옥수수 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 단계를 포함한다. 상기 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 방법은 당업계에 공지된 방법을 이용할 수 있으며, 예를 들면, CTAB 방법을 이용할 수도 있고, wizard prep 키트(프로메가사)를 이용할 수도 있다. 상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 본 발명의 일 실시예에 따른 SSR 프라이머 세트를 프라이머로 이용하여 증폭 반응을 수행하여 표적 서열을 증폭할 수 있다. 표적 핵산을 증폭하는 방법은 중합효소연쇄반응(PCR), 리가아제 연쇄반응(ligase chain reaction), 핵산 서열 기재 증폭(nucleic acid sequence-based amplification), 전사 기재 증폭 시스템(transcription-based amplification system), 가닥 치환 증폭(strand displacement amplification) 또는 Qβ 복제효소(replicase)를 통한 증폭 또는 당업계에 알려진 핵산 분자를 증폭하기 위한 임의의 기타 적당한 방법이 있다. 이 중에서, PCR이란 중합효소를 이용하여 표적 핵산에 특이적으로 결합하는 프라이머 쌍으로부터 표적 핵산을 증폭하는 방법이다. 이러한 PCR 방법은 당업계에 잘 알려져 있으며, 상업적으로 이용가능한 키트를 이용할 수도 있다.
본 발명의 방법에 있어서, 상기 증폭된 표적 서열은 검출가능한 표지 물질로 표지될 수 있다. 일 구현 예에서, 상기 표지 물질은 형광, 인광 또는 방사성을 발하는 물질일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 바람직하게는, 상기 표지 물질은 Cy-5 또는 Cy-3이다. 표적 서열의 증폭시 프라이머의 5'-말단에 Cy-5 또는 Cy-3를 표지하여 PCR을 수행하면 표적 서열이 검출가능한 형광 표지 물질로 표지될 수 있다. 또한, 방사성 물질을 이용한 표지는 PCR 수행시 32P 또는 35S 등과 같은 방사성 동위원소를 PCR 반응액에 첨가하면 증폭 산물이 합성되면서 방사성이 증폭 산물에 혼입되어 증폭 산물이 방사성으로 표지될 수 있다. 표적 서열을 증폭하기 위해 이용된 SSR 프라이머 세트는 상기에 기재된 바와 같다.
본 발명의 방법은 상기 증폭 산물을 검출하는 단계를 포함한다. 상기 증폭 산물의 검출은 모세관 전기영동, DNA 칩, 겔 전기영동, 방사성 측정, 형광 측정 또는 인광 측정을 통해 수행될 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 증폭 산물을 검출하는 방법 중의 하나로서, 겔 전기영동을 수행할 수 있으며, 겔 전기영동은 증폭 산물의 크기에 따라 아크릴아미드 겔 전기영동 또는 아가로스 겔 전기영동을 이용할 수 있다. 또한, 모세관 전기영동을 수행할 수 있다. 모세관 전기영동은 예를 들면, ABi Sequencer를 이용할 수 있다. 또한, 형광 측정 방법은 프라이머의 5'-말단에 Cy-5 또는 Cy-3를 표지하여 PCR을 수행하면 표적 서열이 검출가능한 형광 표지 물질로 표지되며, 이렇게 표지된 형광은 형광 측정기를 이용하여 측정할 수 있다. 또한, 방사성 측정 방법은 PCR 수행시 32P 또는 35S 등과 같은 방사성 동위원소를 PCR 반응액에 첨가하여 증폭 산물을 표지한 후, 방사성 측정기구, 예를 들면, 가이거 계수기(Geiger counter) 또는 액체섬광계수기(liquid scintillation counter)를 이용하여 방사성을 측정할 수 있다.
이하, 본 발명을 실시예에 의해 상세히 설명한다. 단, 하기 실시예는 본 발명을 예시하는 것일 뿐, 본 발명의 내용이 하기 실시예에 한정되는 것은 아니다.
재료 및 방법
1. 식물재료
1) 오륜팝콘 옥수수 품종의 교배친의 자식계통
강원도 농업기술원 옥수수연구소에서 육성하여 개발한 오륜팝콘 옥수수 품종의 교배친 자식계통인 2개(GP1 및 GP2)의 원원종 자식계통을 실험재료로 사용하였다(표 1).
실험재료로 사용한 오륜팝콘 옥수수 품종의 교배친 자식계통
재배종 계통 교배친 자식계통
오륜팝콘 옥수수 GP1 오륜팝콘
GP2 오륜팝콘
2. DNA 추출
옥수수 게놈(Genomic) DNA는 신선한 어린 잎으로부터 추출하였다. 식물체의 어린 잎 조직을 잘라내어 1.5㎖ 튜브에 액체 질소를 부어넣은 후 막자사발을 이용하여 곱게 갈아주었다. 65℃ 수조에 미리 넣어 준비한 추출 버퍼(1M Tris-HCl, pH 8.0, 0.5M EDTA, 5M NaCl, 20% SDS)에 0.16g의 황산수소 나트륨을 넣은 후 튜브에 600㎕를 넣고 탭핑(tapping)하였다. 그리고 그 튜브에 다시 600㎕의 페놀:클로로포름:이소아밀알콜(50:24:1)을 첨가하고 탭핑한 후 65℃ 수조에 15분간 인큐베이션하고, 그 후 바로 20분 동안 13,000rpm에서 원심분리한 후 상층액은 새 튜브에 옮겼다. 상층액에 클로로포름:이소아밀알콜(24:1) 용액을 600㎕을 첨가한 후 탭핑하고 다시 20분 동안 14,500rpm에서 원심분리하였다. 상층액을 새 튜브에 옮겨 95% 에탄올 600㎕를 넣은 후 인버팅하고 20분 동안 14,500rpm에서 원심분리하였다. 침전된 펠렛(pellet)이 떨어지지 않게 모든 용액을 버린 후 70% 에탄올을 600㎕를 넣고 가볍게 탭핑한 후, 10,000rpm에서 원심분리하고 에탄올을 버린 후 공기중에 건조하였다. 그 후 30㎕의 증류수로 녹이고, RNAase 1㎕를 첨가하여 RNA를 완전히 제거하였다.
본 발명에 사용된 SSR 프라이머
프라이머명 서열번호 정방향 프라이머 염기서열 서열
번호		 역방향 프라이머 염기서열 염색체내 위치
umc2215 1 ATGCATGATGACGACATGATAAGC 2 CATGGCACCATACATGTAAGCAC 1
umc2151 3 ATATGTGGTATTTTCTGCAGGCGT 4 AAAATCCTATACAGAAAACGGGCG 1
umc1200 5 GTTGCGATGCGTCTATTAATCTCC 6 TAGGAACACAACAGGTGCAGAGAG 1
umc2185 7 CTTCTTCTGCCACAGCACGAAC 8 CAAGGTTAAGAGCATGTACGCGAT 1
umc1070 9 GGTCTCTCTATCGTCCGGTGAGTA 10 CCGGAGATGGGAAAGAAGATAAC 1
umc1661 11 ACGAGACTCCCTCCTCTCCTCTC 12 GGAGTAAACTGTTGAAAGGCCCAT 1
umc2204 13 AGGCGACTTAGCTGCAGAAG 14 CGACTTTCGGTTTGGAAAAG 1
umc2064 15 CGAGAGGGGAGAGAGAGAGAGAGA 16 AGTCGCTGAGTCTACGGTCCCTAC 1
umc1013 17 TAATGTGTCCATACGGTGGTGG 18 AGCTGGCTAGTCTCAGGCACTC 1
umc1598 19 CACGTAATAATCCTTTTCCCCAGA 20 TTTTCTGCAAATGCTCAGAATGAT 1
umc1843 21 GTCACATGCACTGCTGTCCTCTAT 22 CTTATGTCATTCTCTACTCGCGCA 1
umc2240 23 CGCCTTTGTAACCCAGACTCATTA 24 CGGATGTTGCCAAGTACATCATATC 1
umc1715 25 TTCATTGGGTCTCTAGCCAAGAAG 26 GGGGAGTCACAGATCTCATCAACT 1
umc1885 27 TATACCAGCATCAGGTCTCGTCG 28 GTAGAGTGACCGTGCTGTAGCAGA 1
umc1774 29 ATGGGACTATGCATGGTATTTTGG 30 TACACCATACGTCACCAGGTTCAC 1
umc1862 31 ATGGGCACATGAAAAAGAGACATT 32 CCCATGAGAAGAGTGAAGACAACA 1
umc2241 33 CGTGATCGACATGGACCACTT 34 CACCATCACATTCACACGCATAG 1
umc1118 35 ATCAGATTCCGAAGGGTCCATAAT 36 GTAGTGAAATGAATCGTGAGAGCG 1
umc2243 37 CACGAGTAGCATAGCAGAGCAGG 38 GACAGCACAGAGAGGAGCAGC 1
umc2045 39 AGAACACAGCACCACCTCCTTG 40 GTACCGGAAGAAGAGACGGGAG 1
umc1227 41 CAAGTTGGTGAGATGGATCTGTTG 42 GCTCCTGGGTCTTCCTCTCC 2
umc1934 43 TCCGGGACTAGTTGCTTGGTAGTA 44 TAGTGGTATCGTGATTCATGGGC 2
umc1961 45 GGATGAGAATTGAGAAAGAGCCAA 46 CATGTCCATACACAGTCATACACTGC 2
umc1946 47 GAAACGACCAGCACAGCACAT 48 GCACCACACCATCAGATCCAG 2
umc2193 49 GTAGGAGGACGGGTGCTGGT 50 CCGAGGCATACGGACAATACC 2
umc1560 51 CGTTCGTCTCTGGGTAGCGTAG 52 TATAACAGCCTGCTGCTGCTTG 2
umc1326 53 GACCAAAGAATTCCCTCCCCTA 54 TACCTAGTACTCGGCCAGTTCCTC 2
umc1992 55 TGTACGACTTCTTCTGGACGCAC 56 TAGATGTCGATGTCCTCCAGGG 2
umc1230 57 GCGATTTCAACTATTTGTGGTAAAGG 58 GTACGACCGTTGAAACTGTTGTTTT 2
umc1525 59 TTTGTGCCGAATATAAATGTGACG 60 AATAATATCAAATGGCGCCAAGC 2
umc1745 61 GGCACTTACAACTTCTTGCCTTCTT 62 GCCGTCAAGCGATGATCAAG 2
umc1126 63 CAACAGGGTGAACCCTCTGTACTT 64 AATATGGTGTTGTGATTTGCATCG 2
umc1618 65 GCAGCAGATGATTCCACAGTCTAA 66 GTCGTGTCCAGCCACTTGAG 2
umc1464 67 CATGTAACTTGTGCCAAGAACACC 68 AAAGGAGGGTAGGAATAGCTGTGG 2
umc1704 69 TTCACCGGGTAGTCCTTCTTACTG 70 AAGTACGCTGTACGCAGGCAG 2
umc1261 71 AGAAGTGCGTATGCTACAGTGGTG 72 CCTAGTGGTGGAGTTCTAGGCAAA 2
umc2184 73 CTTGGCCTACTCCAAGTTCTCG 74 AGTAGAGCAGCACCATCCCG 2
umc1696 75 CTAGGGTTTAACCAACGGGGAG 76 TAAGGAGAGGGTCGATGAACACAT 2
umc1823 77 AAAGCCTTACTGTTATTAGGCTAGGCA 78 AGAAAACCAGCCCCAGATGTTC 2
umc2372 79 CACCAGGCGTAGTGAGACAGC 80 ACCCCTTGCGTTCTCTTCTGTT 2
umc2119 81 GTCCCAAACAACAAGTGAAGGAAG 82 GTGTTGTCTGTTGGCTGTTGCT 3
umc1495 83 ACACAGCACAACACAACACAACAC 84 TACTGATGGGGGAACGAATAATTG 3
umc1874 85 TTGTTTGAAGTGTTCCCTGTATGC 86 TATACTCATGCCCATACCCGTTG 3
umc1954 87 CAAATGTCACGAACTTCTCTCCCT 88 TTCTGGTGAACATGGTCATTATGG 3
umc2076 89 CTCTCGTCATCTCACCCACTGAAC 90 CAGCCGTTGGTTACATATTTGGTC 3
umc1183 91 ATGTCATTTTTGGCTTCTCGAAAT 92 GCATGTACACAACACAACCTTTCA 3
umc1659 93 CAAGCTTGCTACTGTGATTTCTCG 94 AACTTCTCGGTGATCTTGTCCATC 3
umc1876 95 CGACTTCAAACTAAAACCTTGTCACC 96 TACGAATTTTAATTTGGGACGGAG 3
umc1951 97 TTCCAGCACACACTAGACAACACA 98 CTCAAGGTCATCTTCTGCCCCTA 3
umc2272 99 GGAGGAAGCACAAGTACATGCAG 100 CCTGAACTTGGTCTGCTTCTCTG 3
umc2020 101 TTTGGAGTTATGGTTTGCGTTTTT 102 TGATAACGCTGAGAACGATGAAGA 3
umc1839 103 TACAAGAGTGAGAAGCCCGATCAT 104 AGTCCCACTCCCAGCAAACAT 3
umc2268 105 ATCTCCCCACAGATCTCGCC 106 CTTGAAGGACTCCTGCTTGATCTC 3
umc2269 107 GATGTCCATCTTGAAGACCACCAG 108 ATCCCTCCACCCTCCTCGTC 3
umc2270 109 GACCACCAAGCAAAACACAAGAG 110 AATCTACACAAGCACACTGGGTCA 3
umc1949 111 TGTAAACAGGTTGATCGTTGGAGA 112 TGTTTTGATCGCTTCACGCA 3
umc1528 113 AGTTCAACTGCTTAAGATCCGGTG 114 GTCTGTCGTTGTGTGCCAGTG 3
umc2105 115 ACATACATAGGCTCCCTTTTTCCG 116 TCCCGTGACACTCTCTTTCTCTCT 3
umc2275 117 CTCAAACTGCTCCACACTAGATGC 118 GTAATGCATGCACCAAGAAACAAT 3
umc2081 119 TTTTTCCACTTGGCTGCTGG 120 CAGTTTTTCAGAAACGATTTGCCT 3
umc2281 121 ATGATGATCTGCAGAGCCTAGTCC 122 CAATGATTGGAGCCTAACCCCT 4
umc1117 123 AATTCTAGTCCTGGGTCGGAACTC 124 CGTGGCCGTGGAGTCTACTACT 4
umc1511 125 CAGACAGATCCATCCAGCACATAC 126 GTTTGTAGGCTTCGTTTTCCTTCA 4
umc1346 127 TCTGATCTCTTCGGTGCTAGAGAAA 128 AAGAGATCTCCCAACCCTAACTGC 4
umc1299 129 CTTGGGTTCTTCTCTCCTATGGGT 130 CGCTACAAACAAGTGGCGTTTAAT 4
umc1099 131 TGTTGACATTGAGACAGAGTCACG 132 GTGCTCGTAGTAGGGGTTACAAGC 4
umc1612 133 AGGTCCAGGTTACAGAGCAAGAGA 134 GCTAGTAGGTGCATGGTGGTTTCT 4
umc1132 135 CCAGTCCTCATTACGTTCCGAAT 136 GGAGAGGGACAGAGATAGGGAGAG 4
umc1197 137 GGTGTAATTTAGGGAGTGTTTGTTCG 138 CCGCATAGATGTGCTTTCTAGGAG 4
umc1707 139 GTCGAGAAGCGATCGATCATAGTAG 140 GCACGACAGGGAGTACGGTC 4
umc2365 141 GAAATCCATTCATTCCTTCGTCC 142 GTGACCTCTAGCTAGCTGGGCTATT 4
umc2137 143 ACCACTGCAACCTAGAGCTGTACC 144 CACTTGGGTTGTTCCACAGGAG 4
umc1667 145 AAACATACCCCACCACTGCAAG 146 CGAAGAACATGTAACACAGCAACC 4
umc1051 147 CTGATCTGACTAAGGCCATCAAAC 148 AATGATCGAAATGCCATTATTTGT 4
umc1371 149 GCATCCTTTTCGTTTCAAATATGC 150 CATGTGAATGGAAGTGTCCCTTT 4
umc1643 151 ATCACCACATCCGTTGCAAAT 152 CTAGAATCTCGTAGAGGCTCCTGC 4
umc1284 153 TTCCTCTTTTTAGTAGGGGGTTGG 154 AAGATGATGGTGGAGAGGATGAAG 4
umc1101 155 GCTGAAAAACGGAGTTCATATGGT 156 AAGCTTATCCACCTCGAGGAAAAC 4
umc2044 157 ACCTCTCTCCGCCGAAGAATC 158 CATATAGGTCATGCCTGCCATCTC 4
umc2289 159 CAGCACCACCCAGTTAACCAC 160 GGCTCCGATTCACTTGATGC 4
umc2022 161 TTAGTCTAACCGAGTCCAACCAGTG 162 ACCAGCAGACGGAGAGCTTG 5
umc2179 163 TTAACACCTCAAACAGTGATTGCC 164 GTAGAGCAGCACTCTGGGTTTCTC 5
umc1679 165 CACTGCTAAGCTGCTCCCTGTT 166 TGCTAACTAACCCTGACCCTCTCA 5
umc1766 167 ACAAGAAGGAATCGAGAGCAAATG 168 CTTCGGGATGGAGTCGTAGTTC 5
umc2159 169 GTTATTTCTGAACCATGGGACTGTG 170 CTGTATGGGCTCGTATTGTCACCT 5
umc2293 171 ATGTTCCGTTTATTATTTGCCCG 172 AAAGAACAGACGCGATCCAATC 5
umc2060 173 CCAATAATACCATTCTCCCCAGC 174 GGGTTCCAGCAGTGAGTGACA 5
umc2294 175 CCCACCATTCTATATATTGTTGCCA 176 ATTGGAGTGGCTCCATTGCTT 5
umc1348 177 CTCACTGACACTTGAACACACACG 178 TTACTGGTCTCCTGATCCTTAGCG 5
umc1822 179 GGTATAATTTTGCAAGCAGAAAGGG 180 GGTTTGCTCAGGAAGAGCATGT 5
umc2113 181 CGTACCGTATCTCTCCACGACAG 182 GTAGGACTGTAGGAGTAGCCGCTG 5
umc1852 183 CTGTTTGCTATCTCCAAGTCTGCAT 184 TTGCATGTAGTCACCTCGATGTTC 5
umc1468 185 CGAAAAGCCCTAGTGCTCCG 186 TTTCTGTAAAAGGGATCTGGTGGG 5
umc1557 187 CTAGTTCTCTCAAAAGCGCCG 188 ACAATAGGTAGGTCCCCTGCTTT 5
umc1447 189 TAATACTCCTACTAACGGCGCTGC 190 TCTGTCTCCCATGCCTGAAATAAT 5
umc2161 191 ACGGCACACAGATATTTCAGTTCA 192 AAGATCAGATTTGCTTGTGGGTGT 5
umc1098 193 ATAACTCCTGCATCTTGTCAGCAA 194 CACAGGATAGAACCTTCTCAGCAAA 5
umc2400 195 TTTGGTGAAAGTGAAACCAAAGGT 196 CTAGCTAGCTTCCTTCCTCCTCG 5
umc2373 197 ACCCAAGTGAGGTGAAGTGAAGC 198 TATGGTACAGGCACAGCAGCAGTA 5
umc2406 199 TCTAGCACTAGCAAGCGTCCTTCT 200 AGCTTCGTTACTAGGAAGCATGGA 5
umc2316 201 GATTCACGAGGATTTCTGCATCTT 202 ACAGCTGGAGCTACACAGGCTATC 6
umc2311 203 GAGGCGCTATCACTGTCACAAC 204 CAGACTGGGTACCCTCATGCTT 6
umc2196 205 ATCCTCTCCCATCTCTCGGTCT 206 CCTAGACCAGCTTGGTGACTCAG 6
umc1186 207 TCAAGAACATAATAGGAGGCCCAC 208 AGCCAGCTTGATCTTTAGCATTTG 6
umc1818 209 TCGGTCGAGGCATAACTAGCTC 210 CAGCTTCTTCCACTTCTTCAGCA 6
umc1887 211 CTTGCCATTTTAATTTGGACGTTT 212 CGAAGTTGCCCAAATAGCTACAGT 6
umc1014 213 GAAAGTCGATCGAGAGACCCTG 214 CCCTCTCTTCACCCCTTCCTT 6
umc1211 215 GGTTTTAAGCAAGCAGACGGC 216 CCGGCCAGGTAAACCTAGAAAC 6
umc1314 217 ACAAACTAAACTGCATGTACCCCC 218 CACAAATGATGTGGTGGCAATATC 6
umc2065 219 CAAGGTTCGGTCCTTCTTCTCC 220 GACACCTCGTCGTCGGTCAC 6
umc2313 221 CCTCTAGTCACGGTTCAAAGGACA 222 AAGGAGGATGCAGTCTCGGTTT 6
umc2074 223 ACACGGAGATGACAGACGCC 224 GTTGCCGAAGATGTTGTACTGGAT 6
umc1133 225 ATTCGATCTAGGGTTTGGGTTCAG 226 GATGCAGTAGCATGCTGGATGTAG 6
umc2006 227 AGTCCATCACCATCCCTGGC 228 GCAGAACTATTGTCAGTTAACCTTGCAT 6
umc2055 229 CTTGGCTGCTTGCCCTATTAGAT 230 CTCTGGTCTGGTGGTCCTGTG 6
umc2321 231 GACTGTAGAGTCGCGGGTGTATTT 232 TCCCATCTCATGACCAGTACAAAA 6
umc1805 233 AGTGCACCAGCTTTTAATCACCTC 234 TGTGACCTGTGTGGTCTGTGG 6
umc1462 235 GAACAGCAAGCCAACAAATAATCA 236 GCTGCATTGCATTACATGATAGGA 6
umc1350 237 GACAGAAGAGGATCAGCCGAAAT 238 GAGATCTACGGGAAGCCCACTT 6
umc1621 239 AGACTCTGAGGAGGTAGACGCTGA 240 GACTCGGAGGCCTTCTACATGAT 6
umc1710 241 ACTTTGCAACTACCGTACATGGGT 242 TTCGACTGCACGTGAAAATCTATC 7
umc2160 243 TAAAACCTTTACCCCATCCAGCAT 244 TGTGCTCGTGCTTCTCTCTGAGTA 7
umc1342 245 TCTAATCCAATCGACATCGACAGA 246 TCGCCCTCTTTTCTTTTCTTTTCT 7
umc2326 247 CGATGATGGGTGTTGTGGTTAGAT 248 GGTGAGATACAGAGGTGGATGAGG 7
umc1978 249 CACTCCCTCCATTTCTCTCACCT 250 ATCGCTACCATTGGACGCTTTAC 7
umc1433 251 TTGTCAGACAGAACCCACACATTT 252 TTTTTGGCTTCTTTTGTTGTGGAT 7
umc1881 253 TATACACTACTCAAGCTGCGCGTC 254 GGCACTCAATCTCGGTGAACAT 7
umc1214 255 ACTAGCAACAAAACAAGCCCCA 256 ATACTTGGGAGCCACACTCCAA 7
umc1456 257 GCCACAGCTCACTAGCTCAAAAGT 258 CTCTGTGTGTTTGCTTGATTGCTT 7
umc2330 259 AAGAACTGCAAAAAGGTACCCACA 260 CGGTGAGTGAGTGAGTGAGTGAGT 7
umc1642 261 CACTACAGCGCCTGTAACTGCC 262 CATGAGCTAAGCAAGAGGGGTATG 7
umc1672 263 CTTTGTTCCAGATCCATCTTTTCG 264 CCTAGACCCCACTCATGTGGTAAC 7
umc1426 265 TAGGGTCGATTCTGGATTGTCTG 266 TGTAAAACAGAAAGCATGCGAGTC 7
umc1409 267 GCTAGTAGACATCGACGGATCGAC 268 ATGACGTCCAGGAGGATGACC 7
umc1016 269 GTGATACCGGGTAATCTGGTGC 270 GATGATGGGTGATCATCGGTTC 7
umc1066 271 ATGGAGCACGTCATCTCAATGG 272 AGCAGCAGCAACGTCTATGACACT 7
umc1632 273 GGACACTTCCTTCCACGAAAAA 274 CGCAGATGGATGAATAACCTCTTC 7
umc1428 275 CTATCTCGGTAACTCCCACCAAAG 276 GTTACTACCGTGATGAAACGAGGG 7
umc1831 277 TTTCGACTGCTAGTGTACTTGGGG 278 CTCTACATCTTCAGCGTCTCCACA 7
umc1401 279 CTCTGGTCCATCCTCATCGACT 280 TCTCTTGATCACATATCGATCCCA 7
umc1473 281 CCAGTTTTTGCAGCTAACAAGGAT 282 CATGCGGAGTATACAATTTCTTTTCA 8
umc1427 283 GCTCTTCTTGCATCAGCTAAGACC 284 GTTTTATTTTTGGTGTGGACGGAA 8
umc1858 285 GTTGTTCTCCTTGCTGACCAGTTT 286 ATCAGCAAATTAAAGCAAAGGCAG 8
umc2175 287 TACTCCTCGCATTCACATATCGGT 288 CTTCCTCGTATGGGAAACTTAGCC 8
umc2367 289 AACCGTTGTCGTTGTCTCTGTTC 290 ATGAACTTGGTCACGCTCATCTC 8
umc1846 291 ATTATTGGTCACAGGCCCTACCTT 292 TTAGGCCCTCGTCTTGTAGACTTG 8
umc1712 293 TACCTACCTTTTGATGCAGGTTGC 294 CGGCACTAGTGAGTCTGATCAATG 8
umc2210 295 AGCGGGTCGATCTTTCTCTTAGTT 296 GATGCTACCATTTCAGTGAGCGAT 8
umc2037 297 TTCGCATTACTACGTTTGGTTCCT 298 CCCACAGGACTGGTGTATCTGA 8
umc2357 299 AGCTCCCTCAGGTAGTTGTCCTG 300 GAGCAAGAAGCAGAGCAGCAAG 8
umc1360 301 GCTAGTTGAGTTCGACACCAGGTT 302 TGACTGTGACTGTGACTATGACCG 8
umc2352 303 ACAGACCTATGTGGCTATGCCTTC 304 ACGAAGCTAGGAAAGAGGCATTCT 8
umc1790 305 GAGAGGGAGGAGCAAGGAAATAGA 306 GAGAAGAGTTCTCCATGGAACGAG 8
umc2182 307 TTCTACCTCCTATCATCGTCCTCG 308 GAAGAGGAGGAAGTCGACGAGTG 8
umc1202 309 AAGAAGAAGAAGATGGCGACACTG 310 CACCATGACCACCAGCTTCAC 8
umc1950 311 AACCGTTGTCGTTGTCTCTGTTC 312 ATGAACTTGGTCACGCTCATCTC 8
umc2031 313 TGAGGATCCAGGGGTTCGAC 314 ACAAGGTTCTTCCTCCTCCCTCTT 8
umc2395 315 ATCACATCTTGCGTTGTCATTTTG 316 ATGGATTCTTTCCGGCCTCTC 8
umc2014 317 CATTTCACGAGCTCTAGAGAGGGA 318 AGTACAAGAAGGCATGGAGCTCAG 8
umc1673 319 AAGCTCAAGCTCCTAGCTCTTCCT 320 GAGGAGCGTCTCCAGAAGGAC 8
umc2336 321 ATCTCACCGCACGTAACTGAGACT 322 CCTATGCTCTTGCTCTTCCTGGTA 9
umc2219 323 TGAGCTCGTACAAATGCTGTGATT 324 TTCTTTTCACTTGTCAAACATGGG 9
umc1893 325 TCCAGTGCCACCCCTAGATAGTAA 326 ACCCCAGAGTATCTCATCACCCTT 9
umc2213 327 TGATTTGATCCATTACCATCCTATTC 328 TGCGTGTGTCTGTCTGTCTGTTAT 9
umc1420 329 AAGACGACCTCGTTTGTAGCCTC 330 GTATTTCAACAGCTGGGACGGT 9
umc2339 331 GACGTCGTAGGCAGGGACAAT 332 TAGCGCTAGTAGGAGCAGGCG 9
umc2398 333 TCTAATACATAGCAGCCCTCGCTC 334 CACACGTTACAAGGAGCAAGAAGA 9
umc1492 335 GAGACCCAACCAAAACTAATAATCTCTT 336 CTGCTGCAGACCATTTGAAATAAC 9
umc2121 337 AAAAGTGGGCGCTAGTACAAGATG 338 GTGGTGTTCTCCTTTTGATACGCT 9
umc1387 339 AAGAAGCTGAACCTAAGACAGCCA 340 GCTAGGTGCTTATCTCGGTTTTCA 9
umc2393 341 CAACTCGATCCAGACCACACATAG 342 CTCTTGGTTGTTTGTTTCCTTGCT 9
umc1647 343 TAAAGCCACAGGCACGAACTTAAT 344 CTTCGCATTTGCACCCAAAC 9
umc1040 345 CATTCACTCTCTTGCCAACTTGA 346 AGTAAGAGTGGGATATTCTGGGAGTT 9
umc2335 347 ATTCAGTTTGTAATTGTCGGTGGG 348 AATCACTATCATTACTGGCTGGGC 9
umc1586 349 TAGGAGATGAGCTCGTCGGATAAG 350 GAGGATGAGGAGGATGGTAATGGT 9
umc1191 351 AAGTCATTGCCCAAAGTGTTGC 352 ACTCATCACCCCTCCAGAGTGTC 9
umc2340 353 GCTAGCTCACCTACTCTGTGGCTG 354 ACAGGGAGTAGAGGACGAGCG 9
umc2394 355 TTGGTCTTGTACATGTTTTCTCCGT 356 ACTGCACATTTATTACTGCCCTGG 9
umc1519 357 CTCGAGACTCTGGTTCAATCCAAT 358 CATGCACGTACTTCCCTGATTTTT 9
umc2338 359 ATCTCACACTCACGACCTGTTGTC 360 AGCATTGGGACTGTTCAAGAGAAG 9
umc2053 361 ATCTCTCCCTCGCTCTCCTTCTC 362 AGCAGCAGGTTGGTCGAATG 10
umc1576 363 TGTACAAAATTACAAGGTGGCAGC 364 CTCGTCATCCTTTCTGCAGTGTAT 10
umc2114 365 ACATGGTTCGTGATATTTTCCCAG 366 CGTCGTTCACCACAATAATGAGAA 10
umc1367 367 TGGACGATCTGCTTCTTCAGG 368 GAAGGCTTCTTCCTCGAGTAGGTC 10
umc1047 369 AGGAAAGAAGGTAACCCATGCACT 370 GGCGAGTTAGAGGAGTCAGACACA 10
umc1589 371 CAGGATCACTTTGCGATACATCCT 372 CAGGTGGTAGTTGAGCTTGGTCAC 10
umc1827 373 GCAAGTCAGGGAGTCCAAGAGAG 374 CCACCTCACAGGTGTTCTACGAC 10
umc1272 375 CTCTGACAGACCTGCAGATAGGGT 376 ATCGAGGGGCTAATCAGCAAG 10
umc2043 377 GAGGCATACGGCATACCATACC 378 GTAGGAGAAACAGGTGCTGGTGTC 10
umc2122 379 TTGACAAGCTAGTGTGCAACTGTG 380 TGAAAGCCCACTGGACAAACTAAT 10
umc1319 381 TGAGAGCCACCTTCTTGAGCTACT 382 TTCCTTGAAGGCGAAGGTAGGTAT 10
umc1113 383 ATCATGCGTCATCACTCTCAGAAC 384 GCTGGAGCTAGCTGTAGTGTAGCA 10
umc2017 385 AGAGGTTACTACGGAGTGTGGCAG 386 GTCAGGGTACTGCTTCTCGAACTC 10
umc1866 387 AAGTTGGAATAATTCGGGCAGTTC 388 GGTAGCAGTAGGAGCAGAGGTGTG 10
umc1381 389 CTCTAGCTACGAGCCTACGAGCA 390 CCGTCGAGTCAACTAGAGAAAGGA 10
umc1239 391 ATCAACACACCTTTCGATTTCTGG 392 CGGTGATTAGTCGATGAAGAGTGA 10
umc2180 393 ATCAGCATCGATAGCGAAGAAAGA 394 ATTGCTACTAGGGTTGTTGTTGCC 10
umc1995 395 AAACAATTGTCATCTTCTTCTGCG 396 GTCAGACCGACGCACTCACTAA 10
umc1836 397 TGACAGGGAGCACAGAAACAATAG 398 GGTCTTCTCCCCCTCATTCTCTT 10
umc1330 399 AGCAAAGAAGCCAAAGAGCAACT 400 GTCACCACCGTCTGCTGGTA 10
3. SSR 프라이머 선발과 PCR 증폭
우리나라 오륜팝콘 옥수수 품종 교배친 2계통을 분석하기 위해 선발된 SSR 프라이머는 각 염색체당 20개씩 총 200개의 SSR 프라이머 세트를 분석에 사용하였다(표 2).
PCR 증폭을 위한 용액의 조성은 총 30㎕로 구성되며, 20ng의 게놈 DNA와 1×PCR 버퍼, 0.3M의 프라이머, 0.2mM의 dNTP 그리고 1 유닛(unit)의 Taq 폴리머라제(Biotools)로 하였다. PCR 반응은 처음 94℃에서 5분간 인큐베이션을 시킨 후, 1 사이클로 94℃에서 1분간 변성(denaturation), 65℃에서 1분간 어닐링(annealing), 72℃에서 2분간 연장(extension)을 하고, 2번째 사이클부터 마지막까지 1℃씩 낮추며 최종 55℃까지 낮추었다. 마지막 사이클은 20번 반복하고, 사이클 완료 후 72℃에 10분간 연장하였다.
4. 전기영동과 은-염색( Silver - staining )
5㎕의 PCR 산물을 10㎕의 로딩 버퍼(98% 포름아미드, 0.02% BPH, 0.02% 자일렌 C, 및 5mM NaOH)와 섞었다. 끓는 물에 변성 후에 바로 얼음에 냉각하여, 6% 변성 아크릴아미드-비스아크릴아미드 겔(19:1, 7.5M 요소)에 1×TBE 버퍼를 채운 후 2㎕의 시료를 로딩하고, 1800V, 60W에 2시간 전기영동을 하였다. 전기영동이 끝난 겔은 은-염색 키트(프로메가사, 미국)을 이용하여 DNA 밴드를 확인하였다.
실시예 1. 오륜팝콘 옥수수 의 교배친 자식계통들에서 다형성을 나타내는 SSR 프라이머 선발
옥수수 전체 게놈을 대표할 수 있도록 각 염색체별로 20개씩 총 200개의 SSR 프라이머를 선택하여 옥수수 품종인 오륜팝콘 옥수수의 교배친 자식계통들에서 유전적 다형성을 나타내는 마커를 선발하였다(표 2, 도 1).
그 결과, 분석에 이용된 200개의 SSR 프라이머 세트 중에서 오륜팝콘 옥수수의 교배친 자식계통인 GP1와 GP2 계통에서 다형성을 나타내는 SSR 프라이머 세트 24개를 선발하였다(Codominant). 나머지 176개 SSR 프라이머 세트 중에서 25개의 SSR 프라이머 세트는 두 교배친 자식계통들에서 증폭되지 않았으며(Null), 136개의 프라이머 세트는 자식계통 GP1와 GP2에서 같은 크기의 대립단편을 증폭시켜 다형성을 나타내지 못하였다. 그리고 15개의 SSR 프라이머 세트는 두 교배친 자식계통들 중에서 어느 한쪽에서만 DNA 밴드가 증폭되었다(Dominant)(표 3).
SSR 프라이머를 사용하여 확인된 대립단편의 분석결과
증폭된 패턴 프라이머 세트 수
Null 25
Mono 136
Dominant 15
Codominant 24
실시예 2. 오륜팝콘 옥수수 의 품종식별 및 품종보호용 SSR 분자마커
분석에 이용된 200개의 SSR 프라이머 세트는 오륜팝콘의 교배친 자식계통인 GP1와 GP2 계통에서 총 199개의 대립단편(allele bands)들을 증폭하였다. 그 중에서 27개의 대립단편은 오륜팝콘의 모본인 GP1에 특이적으로 나타났으며, 36개의 대립단편은 오륜팝콘의 부본인 GP2에 특이적으로 나타나는 것으로 확인되었다. 나머지 136개의 대립단편들은 GP1와 GP2 자식계통 모두에서 확인할 수 있었다(도 2). 그 결과 분석에 이용된 200개의 SSR 프라이머 세트 중에서 교배친 자식계통(GP1와 GP2)에서 공우성 마커를 나타내는 24개의 SSR 프라이머 세트(umc2151, umc1261, umc2184, umc2372, umc2105, umc1117, umc2365, umc1667, umc1371, umc1822, umc1133, umc1710, umc1342, umc1456, umc2330, umc1066, umc1632, umc1427, umc2367, umc1950, umc1673, umc2121, umc1191 및 umc1239)는 오륜팝콘 옥수수의 품종식별, 품종보호 및 1대잡종 종자들에 대한 순도검정에 유용한 분자마커로 이용될 수 있을 것이다.(표 4).
본 발명의 오륜팝콘 옥수수 품종 특이 SSR 마커 선별 결과
재배종 공우성 SSR 마커
오륜팝콘 (GP1×GP2) umc2151, umc1261, umc2184, umc2372, umc2105, umc1117, umc2365, umc1667, umc1371, umc1822, umc1133, umc1710, umc1342, umc1456, umc2330, umc1066, umc1632, umc1427, umc2367, umc1950, umc1673, umc2121, umc1191, umc1239
<110> KNU-Industry Cooperation Foundation KANGWON PROVINCE <120> Specific SSR primers for discriminating corn cultivar 'Oryun Popcorn', and uses thereof <130> PN13275 <160> 400 <170> KopatentIn 2.0 <210> 1 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 1 atgcatgatg acgacatgat aagc 24 <210> 2 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 2 catggcacca tacatgtaag cac 23 <210> 3 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 3 atatgtggta ttttctgcag gcgt 24 <210> 4 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 4 aaaatcctat acagaaaacg ggcg 24 <210> 5 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 5 gttgcgatgc gtctattaat ctcc 24 <210> 6 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 6 taggaacaca acaggtgcag agag 24 <210> 7 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 7 cttcttctgc cacagcacga ac 22 <210> 8 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 8 caaggttaag agcatgtacg cgat 24 <210> 9 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 9 ggtctctcta tcgtccggtg agta 24 <210> 10 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 10 ccggagatgg gaaagaagat aac 23 <210> 11 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 11 acgagactcc ctcctctcct ctc 23 <210> 12 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 12 ggagtaaact gttgaaaggc ccat 24 <210> 13 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 13 aggcgactta gctgcagaag 20 <210> 14 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 14 cgactttcgg tttggaaaag 20 <210> 15 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 15 cgagagggga gagagagaga gaga 24 <210> 16 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 16 agtcgctgag tctacggtcc ctac 24 <210> 17 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 17 taatgtgtcc atacggtggt gg 22 <210> 18 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 18 agctggctag tctcaggcac tc 22 <210> 19 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 19 cacgtaataa tccttttccc caga 24 <210> 20 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 20 ttttctgcaa atgctcagaa tgat 24 <210> 21 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 21 gtcacatgca ctgctgtcct ctat 24 <210> 22 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 22 cttatgtcat tctctactcg cgca 24 <210> 23 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 23 cgcctttgta acccagactc atta 24 <210> 24 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 24 cggatgttgc caagtacatc atatc 25 <210> 25 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 25 ttcattgggt ctctagccaa gaag 24 <210> 26 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 26 ggggagtcac agatctcatc aact 24 <210> 27 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 27 tataccagca tcaggtctcg tcg 23 <210> 28 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 28 gtagagtgac cgtgctgtag caga 24 <210> 29 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 29 atgggactat gcatggtatt ttgg 24 <210> 30 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 30 tacaccatac gtcaccaggt tcac 24 <210> 31 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 31 atgggcacat gaaaaagaga catt 24 <210> 32 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 32 cccatgagaa gagtgaagac aaca 24 <210> 33 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 33 cgtgatcgac atggaccact t 21 <210> 34 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 34 caccatcaca ttcacacgca tag 23 <210> 35 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 35 atcagattcc gaagggtcca taat 24 <210> 36 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 36 gtagtgaaat gaatcgtgag agcg 24 <210> 37 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 37 cacgagtagc atagcagagc agg 23 <210> 38 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 38 gacagcacag agaggagcag c 21 <210> 39 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 39 agaacacagc accacctcct tg 22 <210> 40 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 40 gtaccggaag aagagacggg ag 22 <210> 41 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 41 caagttggtg agatggatct gttg 24 <210> 42 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 42 gctcctgggt cttcctctcc 20 <210> 43 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 43 tccgggacta gttgcttggt agta 24 <210> 44 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 44 tagtggtatc gtgattcatg ggc 23 <210> 45 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 45 ggatgagaat tgagaaagag ccaa 24 <210> 46 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 46 catgtccata cacagtcata cactgc 26 <210> 47 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 47 gaaacgacca gcacagcaca t 21 <210> 48 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 48 gcaccacacc atcagatcca g 21 <210> 49 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 49 gtaggaggac gggtgctggt 20 <210> 50 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 50 ccgaggcata cggacaatac c 21 <210> 51 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 51 cgttcgtctc tgggtagcgt ag 22 <210> 52 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 52 tataacagcc tgctgctgct tg 22 <210> 53 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 53 gaccaaagaa ttccctcccc ta 22 <210> 54 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 54 tacctagtac tcggccagtt cctc 24 <210> 55 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 55 tgtacgactt cttctggacg cac 23 <210> 56 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 56 tagatgtcga tgtcctccag gg 22 <210> 57 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 57 gcgatttcaa ctatttgtgg taaagg 26 <210> 58 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 58 gtacgaccgt tgaaactgtt gtttt 25 <210> 59 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 59 tttgtgccga atataaatgt gacg 24 <210> 60 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 60 aataatatca aatggcgcca agc 23 <210> 61 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 61 ggcacttaca acttcttgcc ttctt 25 <210> 62 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 62 gccgtcaagc gatgatcaag 20 <210> 63 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 63 caacagggtg aaccctctgt actt 24 <210> 64 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 64 aatatggtgt tgtgatttgc atcg 24 <210> 65 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 65 gcagcagatg attccacagt ctaa 24 <210> 66 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 66 gtcgtgtcca gccacttgag 20 <210> 67 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 67 catgtaactt gtgccaagaa cacc 24 <210> 68 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 68 aaaggagggt aggaatagct gtgg 24 <210> 69 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 69 ttcaccgggt agtccttctt actg 24 <210> 70 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 70 aagtacgctg tacgcaggca g 21 <210> 71 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 71 agaagtgcgt atgctacagt ggtg 24 <210> 72 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 72 cctagtggtg gagttctagg caaa 24 <210> 73 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 73 cttggcctac tccaagttct cg 22 <210> 74 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 74 agtagagcag caccatcccg 20 <210> 75 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 75 ctagggttta accaacgggg ag 22 <210> 76 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 76 taaggagagg gtcgatgaac acat 24 <210> 77 <211> 27 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 77 aaagccttac tgttattagg ctaggca 27 <210> 78 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 78 agaaaaccag ccccagatgt tc 22 <210> 79 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 79 caccaggcgt agtgagacag c 21 <210> 80 <211> 22 <212> DNA <213> 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cagagcagca ag 22 <210> 301 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 301 gctagttgag ttcgacacca ggtt 24 <210> 302 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 302 tgactgtgac tgtgactatg accg 24 <210> 303 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 303 acagacctat gtggctatgc cttc 24 <210> 304 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 304 acgaagctag gaaagaggca ttct 24 <210> 305 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 305 gagagggagg agcaaggaaa taga 24 <210> 306 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 306 gagaagagtt ctccatggaa cgag 24 <210> 307 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 307 ttctacctcc tatcatcgtc ctcg 24 <210> 308 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 308 gaagaggagg aagtcgacga gtg 23 <210> 309 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 309 aagaagaaga agatggcgac actg 24 <210> 310 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 310 caccatgacc accagcttca c 21 <210> 311 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 311 aaccgttgtc gttgtctctg ttc 23 <210> 312 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 312 atgaacttgg tcacgctcat ctc 23 <210> 313 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 313 tgaggatcca ggggttcgac 20 <210> 314 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 314 acaaggttct tcctcctccc tctt 24 <210> 315 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 315 atcacatctt gcgttgtcat tttg 24 <210> 316 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 316 atggattctt tccggcctct c 21 <210> 317 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 317 catttcacga gctctagaga ggga 24 <210> 318 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 318 agtacaagaa ggcatggagc tcag 24 <210> 319 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 319 aagctcaagc tcctagctct tcct 24 <210> 320 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 320 gaggagcgtc tccagaagga c 21 <210> 321 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 321 atctcaccgc acgtaactga gact 24 <210> 322 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 322 cctatgctct tgctcttcct ggta 24 <210> 323 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 323 tgagctcgta caaatgctgt gatt 24 <210> 324 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 324 ttcttttcac ttgtcaaaca tggg 24 <210> 325 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 325 tccagtgcca cccctagata gtaa 24 <210> 326 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 326 accccagagt atctcatcac cctt 24 <210> 327 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 327 tgatttgatc cattaccatc ctattc 26 <210> 328 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 328 tgcgtgtgtc tgtctgtctg ttat 24 <210> 329 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 329 aagacgacct cgtttgtagc ctc 23 <210> 330 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 330 gtatttcaac agctgggacg gt 22 <210> 331 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 331 gacgtcgtag gcagggacaa t 21 <210> 332 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 332 tagcgctagt aggagcaggc g 21 <210> 333 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 333 tctaatacat agcagccctc gctc 24 <210> 334 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 334 cacacgttac aaggagcaag aaga 24 <210> 335 <211> 28 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 335 gagacccaac caaaactaat aatctctt 28 <210> 336 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 336 ctgctgcaga ccatttgaaa taac 24 <210> 337 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 337 aaaagtgggc gctagtacaa gatg 24 <210> 338 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 338 gtggtgttct ccttttgata cgct 24 <210> 339 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 339 aagaagctga acctaagaca gcca 24 <210> 340 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 340 gctaggtgct tatctcggtt ttca 24 <210> 341 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 341 caactcgatc cagaccacac atag 24 <210> 342 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 342 ctcttggttg tttgtttcct tgct 24 <210> 343 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 343 taaagccaca ggcacgaact taat 24 <210> 344 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 344 cttcgcattt gcacccaaac 20 <210> 345 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 345 cattcactct cttgccaact tga 23 <210> 346 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 346 agtaagagtg ggatattctg ggagtt 26 <210> 347 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 347 attcagtttg taattgtcgg tggg 24 <210> 348 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 348 aatcactatc attactggct gggc 24 <210> 349 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 349 taggagatga gctcgtcgga taag 24 <210> 350 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 350 gaggatgagg aggatggtaa tggt 24 <210> 351 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 351 aagtcattgc ccaaagtgtt gc 22 <210> 352 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 352 actcatcacc cctccagagt gtc 23 <210> 353 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 353 gctagctcac ctactctgtg gctg 24 <210> 354 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 354 acagggagta gaggacgagc g 21 <210> 355 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 355 ttggtcttgt acatgttttc tccgt 25 <210> 356 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 356 actgcacatt tattactgcc ctgg 24 <210> 357 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 357 ctcgagactc tggttcaatc caat 24 <210> 358 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 358 catgcacgta cttccctgat tttt 24 <210> 359 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 359 atctcacact cacgacctgt tgtc 24 <210> 360 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 360 agcattggga ctgttcaaga gaag 24 <210> 361 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 361 atctctccct cgctctcctt ctc 23 <210> 362 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 362 agcagcaggt tggtcgaatg 20 <210> 363 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 363 tgtacaaaat tacaaggtgg cagc 24 <210> 364 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 364 ctcgtcatcc tttctgcagt gtat 24 <210> 365 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 365 acatggttcg tgatattttc ccag 24 <210> 366 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 366 cgtcgttcac cacaataatg agaa 24 <210> 367 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 367 tggacgatct gcttcttcag g 21 <210> 368 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 368 gaaggcttct tcctcgagta ggtc 24 <210> 369 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 369 aggaaagaag gtaacccatg cact 24 <210> 370 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 370 ggcgagttag aggagtcaga caca 24 <210> 371 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 371 caggatcact ttgcgataca tcct 24 <210> 372 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 372 caggtggtag ttgagcttgg tcac 24 <210> 373 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 373 gcaagtcagg gagtccaaga gag 23 <210> 374 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 374 ccacctcaca ggtgttctac gac 23 <210> 375 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 375 ctctgacaga cctgcagata gggt 24 <210> 376 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 376 atcgaggggc taatcagcaa g 21 <210> 377 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 377 gaggcatacg gcataccata cc 22 <210> 378 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 378 gtaggagaaa caggtgctgg tgtc 24 <210> 379 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 379 ttgacaagct agtgtgcaac tgtg 24 <210> 380 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 380 tgaaagccca ctggacaaac taat 24 <210> 381 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 381 tgagagccac cttcttgagc tact 24 <210> 382 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 382 ttccttgaag gcgaaggtag gtat 24 <210> 383 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 383 atcatgcgtc atcactctca gaac 24 <210> 384 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 384 gctggagcta gctgtagtgt agca 24 <210> 385 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 385 agaggttact acggagtgtg gcag 24 <210> 386 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 386 gtcagggtac tgcttctcga actc 24 <210> 387 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 387 aagttggaat aattcgggca gttc 24 <210> 388 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 388 ggtagcagta ggagcagagg tgtg 24 <210> 389 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 389 ctctagctac gagcctacga gca 23 <210> 390 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 390 ccgtcgagtc aactagagaa agga 24 <210> 391 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 391 atcaacacac ctttcgattt ctgg 24 <210> 392 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 392 cggtgattag tcgatgaaga gtga 24 <210> 393 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 393 atcagcatcg atagcgaaga aaga 24 <210> 394 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 394 attgctacta gggttgttgt tgcc 24 <210> 395 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 395 aaacaattgt catcttcttc tgcg 24 <210> 396 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 396 gtcagaccga cgcactcact aa 22 <210> 397 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 397 tgacagggag cacagaaaca atag 24 <210> 398 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 398 ggtcttctcc ccctcattct ctt 23 <210> 399 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 399 agcaaagaag ccaaagagca act 23 <210> 400 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 400 gtcaccaccg tctgctggta 20

Claims (6)

  1. 서열번호 3 및 4의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 71 및 72의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 73 및 74의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 79 및 80의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 115 및 116의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 123 및 124의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 141 및 142의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 145 및 146의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 149 및 150의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 179 및 180의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 225 및 226의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 241 및 242의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 245 및 246의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 257 및 258의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 259 및 260의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 271 및 272의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 273및 274의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 283 및 284의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 289 및 290의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 311 및 312의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 319 및 320의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 337 및 338의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 351 및 352의 SSR 프라이머 세트; 및 서열번호 391 및 392의 SSR 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 SSR 프라이머 세트를 포함하는 오륜팝콘 옥수수 품종을 구분하기 위한 SSR 프라이머 세트.
  2. 제1항에 있어서,
    서열번호 3 및 4의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 71 및 72의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 73 및 74의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 79 및 80의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 115 및 116의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 123 및 124의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 141 및 142의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 145 및 146의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 149 및 150의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 179 및 180의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 225 및 226의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 241 및 242의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 245 및 246의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 257 및 258의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 259 및 260의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 271 및 272의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 273및 274의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 283 및 284의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 289 및 290의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 311 및 312의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 319 및 320의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 337 및 338의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 351 및 352의 SSR 프라이머 세트; 및 서열번호 391 및 392의 SSR 프라이머 세트를 포함하는 오륜팝콘 옥수수 품종을 구분하기 위한 SSR 프라이머 세트.
  3. 제1항 또는 제2항에 따른 SSR 프라이머 세트; 및 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함하는, 오륜팝콘 옥수수 품종을 구분하기 위한 키트.
  4. 제3항에 있어서, 상기 증폭 반응을 수행하기 위한 시약은 DNA 폴리머라제, dNTPs 및 버퍼를 포함하는 것인 키트.
  5. 옥수수에서 게놈 DNA를 분리하는 단계;
    상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 제1항 또는 제2항에 따른 SSR 프라이머 세트를 이용하여 증폭 반응을 수행하여 표적 서열을 증폭하는 단계; 및
    상기 증폭 산물을 검출하는 단계를 포함하는, 오륜팝콘 옥수수 품종을 구분하는 방법.
  6. 제5항에 있어서, 상기 증폭 산물의 검출은 겔 전기영동, 모세관 전기영동, DNA 칩, 방사성 측정, 형광 측정 또는 인광 측정을 통해 수행되는 것인 방법.
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