KR101272530B1 - 엽록체 분자 마커 및 이를 이용한 한국산 대청부채 원산지 추적 방법 - Google Patents

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Abstract

본 발명은 엽록체 분자 마커 및 이를 이용한 한국산 대청부채 원산지 추적 방법에 관한 것으로서, 상세하게는 대청부채의 원산지 추적에 이용 가능한 ycf1 유전자 중 대청부채의 백령도형 유전자(서열번호 1) 및 대청부채의 대청도형 유전자(서열번호2)와 상기 유전자를 이용한 대청부채의 원산지 추적 방법을 제공한다. 또한 본 발명은 서열번호 3 및 서열번호4의 올리고뉴클레오티드 프라이머를 포함하는 대청부채 원산지 추적용 프라이머 세트와 이를 이용한 대청부채의 원산지 추적 방법 및 추적 키트를 제공한다.

Description

엽록체 분자 마커 및 이를 이용한 한국산 대청부채 원산지 추적 방법{Chloroplast DNA molecular marker and method of identifying the geographical origin of Korean Iris dichotoma by using thereof}
본 발명은 대청부채의 원산지 판별을 위한 분자 마커 및 이를 이용한 대청부채의 원산지 판별 방법에 관한 것이다.
붓꽃과(Iridaceae)는 전 세계적으로 약 75속 1,750여종이 분포하며 현재 우리나라에는 3속 15종이 있다. 그 중 붓꽃속(Iris)은 전 세계적으로 225 종이 있고, 우리나라에는 13종이 분포하는 것으로 보고되어 있다.
대청부채(Iris dichotoma Pall., Iridaceae)는 Goldblatt(1998)에 의해 범부채(Belamcanda)와 붓꽃 속의 중간인 Pardanthopsis (monospecific 속)로 제안된 종으로 백령도와 대청도 등 일부 서해 도서지방에 국한되어 있는 멸종 위기 식물 종이다. 대청부채는 짧고 통통한 갈색의 근경을 가지고 있고, 뿌리는 길고 두껍고, 잎은 검상엽으로 기부에서부터 부채모양으로 번갈아 나오며, 회색빛이 도는 녹색을 띄면서 약간 곡선을 그린다. 잎의 길이는 약 15~30cm, 너비는 약 1.5~3cm이고 주맥이 없다. 화경은 2갈래로 양분되며 길이는 약 40~60cm이고 잎이 무성하다. 불염포는 4~5개이고 피침형의 녹색이다. 길이는 1.5~2.3cm 정도이고, 3~4개의 꽃이 피며 가장자리 부분은 둔하다. 꽃은 자주색, 연한 파랑색, 크림색 또는 자색을 띄는 갈색무늬를 가지며 직경 4~4.5cm이고 7~8월 개화 후에 나선형을 띤다. 불염포로부터 소화경이 나오는데 2~3cm로 뻣뻣하다. 화판통은 매우 짧으며 바깥부분은 넓은 도란형으로 길이는 약 3~3.5cm, 너비는 약 1cm정도이다. 안쪽부분은 좁은 도란형으로 길이 약 2.5cm, 길이 약 6~8mm이고 가장자리부분은 작고 오목하다. 수술은 1.6~1.8cm이고 자방은 녹색으로 약 1cm 정도이다. 삭과는 노란색을 띤 녹색이고 원통형으로 길이 3.5~5cm, 너비 1~1.2cm이다. 씨는 검은 갈색을 띠고 타원형으로 작은 날개를 가지고 있다.
대청부채는 내건/내염성을 가진 북방계 붓꽃과 식물로 그 희귀성과 더불어 화훼작물로 그 가치를 가진 식물이다. 이러한 이유에서 대청부채는 멸종위기 야생종으로 등재되어, 국외 반출입 및 국내 채집/재배/유통이 법으로 제한되어 있다. 대청부채는 (재)한택식물원이 수행한 복원사업을 통해 천리포수목원 앞 낭새섬(닭섬)에 복원되어 있으며, 자생지개체군의 유전적 다양성과 복원된 개체군의 유전적 다양성을 상호 비교하여, 복원의 전략 및 방향을 제시할 필요성이 있다.
1992년 생물다양성협약(CBD: Convention on Biological Diversity)에 의해 생물자원 대한 국가의 주권적 권리를 인정하고 있고, 2002년에 시작된 ABS (Access to genetic resources and Benefit-sharing) 협상으로 생물자원에 대한 주권이 강화되고 있다. 희귀식물인 대청부채는 CBD협약 이전부터 이미 세계 주요 식물원간에 그 계통을 서로 교환해 왔으며, 그 유전자원의 중요성이 인식됨으로써 그 유통이 활발하게 진행된 것으로 예상되었으나, 이 유전자원인 대청부채의 원산지를 추적하는 것은 불가능하다. 또한, 기존에 알려진 rbcL, matK등의 유전자 염기서열을 이용하여 대청부채를 붓꽃 등 다른 종과의 구별이 시도되었으나, 대청부채의 원산지 구별은 불가능하였다. 이에 대청부채의 원산지를 추적하는 방법의 필요성이 대두되었다.
한편 품종 식별을 위한 마이크로새틀라이트 DNA 마커 및 이를 이용한 방법들이 다수 출원되었다(한국등록특허 10-0974264호 벼 품종 식별용 프라이머 조합 및 이를 이용한 식별 방법; 한국등록특허 10-0645445호 식물체의 다형성 검출용 마커의 제조방법; 한국등록특허 10-1036812호 표고 품종을 동정할 수 있는 프라이머 및 이를 이용하여 표고 품종을 동정하는 방법). 그러나 대청부채의 원산지 추적용 프라이머 또는 이를 이용한 방법에 대한 언급은 없다.
이에, 본 발명자는 대청부채의 원산지를 추적에 사용할 수 있는 유전자 염기서열을 밝히고, 그 일부 구간의 유전자 염기서열을 기반 특이적인 프라이머를 제작하여 본 발명을 완성하였다.
본 발명은 상기와 같은 요구에 의해 안출된 것으로서, 대청부채의 원산지를 추적에 사용할 수 있는 유전자 서열을 제공하는 것을 목적으로 한다.
유전자의 비교분석을 통해 대청부채 엽록체 DNA의 ycf1 유전자 염기서열을 밝혔으며, 그 일부 구간의 유전자 염기서열을 기반으로 특이적인 프라이머를 제작하였으며, 상기 구간의 염기서열 분석을 통하여 백령도와 대청도에서 자생하는 대청부채를 구분하는 프라이머 세트를 제공하는 것을 목적으로 한다.
본 발명의 다른 목적 및 이점은 하기에 발명의 상세한 설명, 청구범위 및 도면에 의해 보다 명확하게 된다.
본 발명의 제 1 태양은 대청부채의 원산지 추적에 이용 가능한 ycf1 유전자 중 대청부채의 백령도형 유전자(서열번호 1) 및 대청부채의 대청도형 유전자(서열번호2)를 제공한다.
본 발명의 제 2 태양은 대청부채의 ycf1의 백령도형 유전자(서열번호 1) 또는 대청부채의 ycf1 대청도형 유전자(서열번호2)를 이용한 대청부채의 원산지 추적 방법을 제공한다.
본 명세서에서의 "마이크로새틀라이트(microsatellite)"는 2 내지 6개 정도의 염기서열이 반복되는 DNA군 (repetitive DNA group)으로 게놈 내에 골고루 분포하고 매우 높은 다형성을 나타내는 비암호화 DNA 서열(non-coding DNA sequence)을 의미한다. 마이크로새틀라이트 DNA는 특정 좌위에서 반복단위의 반복 수에 따라 개체간의 다양성이 인정되는데, 반복 수에 품종간 다형이 있는 경우에 인접영역에 설계한 프라이머를 이용하여 중합효소연쇄반응(Polymerase Chain Reaction; PCR)과 같은 유전자증폭 반응을 행하면, 증폭반응 산물 길이에 다형이 관찰되고, DNA 다형을 검출하는 것이 가능해진다.
본 발명의 제3의 태양은 서열번호 1로부터 선택되고, 연속되는 15-30개의 유전자 서열을 포함하는 것을 특징으로 하는 대청부채 원산지 추적용 프라이머 또는 서열번호 2로부터 선택되고, 연속되는 15-30개의 유전자 서열을 포함하는 것을 특징으로 하는 대청부채 원산지 추적용 프라이머를 제공한다. 보다 구체적으로 상기 프라이머는 서열번호 3 또는 4인 것을 특징으로 하는 대청부채 원산지 추적용 프라이머이다.
본 발명의 제4의 태양은 서열번호 3 및 서열번호4의 프라이머를 포함하는 대청부채 원산지 추적용 프라이머 세트를 제공한다.
본 발명에 이용되는 프라이머는 주형의 한 부위에 혼성화 또는 어닐링되어, 이중쇄 구조를 형성한다. 이러한 이중쇄 구조를 형성하는 데 적합한 핵산 혼성화의 조건은 Joseph Sambrook, 등, Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y.(2001) 및 Haymes, B.D., 등, Nucleic Acid Hybridization, A Practical Approach, IRL Press, Washington, D.C. (1985)에 개시되어 있다.
다양한 DNA 중합효소가 본 발명의 증폭에 이용될 수 있으며, E. coli DNA 중합효소 I의 "클레나우(Klenow) 단편", 열안정성 DNA 중합효소 및 박테리오파아지 T7 DNA 중합효소를 포함한다. 바람직하게는, 중합효소는 다양한 박테리아 종으로부터 얻을 수 있는 열안정성 DNA 중합효소이고, 이는 Thermus aquaticus(Taq), Thermus thermophilus(Tth), Thermus filiformis, Thermis flavus, Thermococcus literalis, 및 Pyrococcus furiosus(Pfu)를 포함한다.
PCR은 가장 잘 알려진 핵산 증폭 방법으로, 그의 많은 변형과 응용들이 개발되어 있다. 예를 들어, PCR의 특이성 또는 민감성을 증진시키기 위해 전통적인 PCR 절차를 변형시켜 터치다운(touchdown) PCR, 핫 스타트(hot start) PCR, 네스티드(nested) PCR 및 부스터(booster) PCR이 개발되었다. 또한, 실시간(real-time) PCR, 분별 디스플레이 PCR(differential display PCR: DD-PCR), cDNA 말단의 신속 증폭(rapid amplification of cDNA ends: RACE), 멀티플렉스 PCR, 인버스 중합효소 연쇄반응(inverse polymerase chain reaction: IPCR), 벡토레트(vectorette) PCR, TAIL-PCR(thermal asymmetric interlaced PCR)및 멀티플렉스 PCR이 특정한 응용을 위해 개발되었다. PCR에 대한 자세한 내용은 McPherson, M.J., 및 Moller, S.G. PCR. BIOS Scientific Publishers, Springer-Verlag New York Berlin Heidelberg, N.Y. (2000)에 기재되어 있다.
본 명세서에서 용어 "프라이머"는 적합한 온도에서 적합한 완충액 내에서 적합한 조건(즉, 4종의 다른 뉴클레오사이드 트리포스페이트 및 중합반응 효소) 하에서 주형-지시 DNA 합성의 개시점으로 작용할 수 있는 단일-가닥 올리고뉴클레오타이드를 의미한다. 프라이머의 적합한 길이는 다양한 인자, 예컨대, 온도와 프라이머의 용도에 따라 변이가 있지만 전형적으로 15-30 뉴클레오타이드이다. 짧은 프라이머 분자는 주형과 충분히 안정된 하이브리드 복합체를 형성하기 위하여 일반적으로 보다 낮은 온도를 요구한다.
본 발명의 프라이머는 DNA 마커 증폭산물의 유전자형을 분석할 수 있는 시그날을 제공하도록 적합하게 표지할 수 있다. 상기 적합한 표지로는 형광단(예컨대, 플루오리신 (fluorescein), 피코에리트린 (phycoerythrin), 로다민, 리사민 (lissamine), 그리고 Cy3와 Cy5 (Pharmacia)), 발색단, 화학발광단, 자기입자, 방사능동위원소(P32 및 S35) 등을 포함하나, 이에 한정되는 것은 아니다. 상기 표지는 당업계에서 통상적으로 실시되는 다양한 방법, 예컨대, 닉 트랜스레이션 (nick translation) 방법, 무작위 프라이밍 방법(Multiprime DNA labelling systems booklet, "Amersham"(1989)) 및 카이네이션 방법 (Maxam & Gilbert, Methods in Enzymology, 65:499(1986))을 통해 실시될 수 있다. 표지는 형광, 방사능, 발색 측정, 중량 측정 등의 방법에 의하여 검출할 수 있는 시그널을 제공한다.
본 발명의 제 5 의 태양은 상기 프라이머 세트를 이용한 대청부채의 원산지 추적 방법을 제공한다.
본 발명의 제 6의 태양은 상기 프라이머 세트를 포함하는 대청부채 원산지 추적 키트를 제공한다.
상기 추적 키트는 PCR 완충액, dNTP, Taq 중합효소 및 프라이머를 포함한다. 추적키트는 포함되는 프라이머는 검출하고자 하는 목적 농산물에 따라 달라질 수 있으며, 프라이머에 따라 PCR 반응조건이 달라질 수 있다. 상기 프라이머는 프라이머의 GC%, 및 Tm에 따라 PCR 반응조건을 조절하는 것이 바람직하며, 가장 최적의 반응조건에서 PCR될 수 있는 프라이머를 포함하는 것이 좋다.
본 발명의 제 7의 태양은 서열번호 1로부터 선택되고 연속되는 (GAA)7염기서열, 또는 서열번호 2로부터 선택되고, 연속되는 (GAA)9 염기서열을 포함하는 것을 특징으로 하는 대청부채의 원산지 추적용 SSR(Simple Sequence Repeat) 마커를 제공한다.
SSR 마커는 DNA 반복 배열인 마이크로새틀라이트(microsatellite) 영역의 염기 배열 정보를 근거로 PCR 프라이머를 제작하여 이용하는 방법으로서, 마이크로새틀라이트 분석이 용이하고 높은 재현성을 가지는 장점으로 인하여 생물종의 동정에 자주 사용되고 있다. 특히 SSR마커는 외부 환경의 영향을 전혀 받지 않는다는 장점이 있다.
본 발명의 제 8 의 태양은 서열번호 1로부터 선택되고 서열번호 1의 288번째 A 염기, 또는 서열번호 2로부터 선택되고, 서열번호 2의 294번째 G 염기를 포함하는 대청부채의 원산지 추적용 SNP(Single Nucleotide Polymorphism) 마커를 제공한다.
SNP(Single Nucleotide Polymorphism)란 인종간 또는 연령간, 성별간 또는 개체간에 염색체가 갖고 있는 염기 서열 중 개인 편차를 나타내는 염기변이를 말하여, 한 염기쌍(single base-pair variation)의 차이로 DNA 서열 다형성 중에서 가장 많이 존재한다. SNP 유전자는 기존의 마커들에 비해 보다 촘촘하고 안정한 맵을 작성할 수 있다는 점과 새로운 기술, 특히 DNA 칩을 포함하는 고효율기술(high-throughput technology)에 보다 적합한 특성, 즉 탐색에서 분석에 이르는 전 과정이 컴퓨터에 의해 고속으로 자동화될 수 있다는 점이 SNP의 차별화된 특성이라고 할 수 있다.
본 발명의 프라이머 세트 및 유전자 서열을 이용하여, 대청부채의 원산지를 구별할 수 있으며, 멸종위기인 대청부채의 보호에 활용할 수 있다.
도 1은 대청부채 (Iris dichotoma Pall., Iridaceae)의 형태와 분포를 보인다. (A) 부채모양으로 자라는 대청부채의 잎 모양을 나타낸다. (B) 한국 내에서 대청부채가 분포하고 있는 위치를 나타낸다(백령도 및 대청도). (C) 꽃이 마른 상태로 수분 매개체 없이는 종자가 생기지 않음을 보여 준다. (D) 원예적 가치를 가진 개화한 대청부채를 보여 준다.
도 2는 대청부채과 근연종의 matK 유전 다양성을 비교한 것이다.
도 3은 대청부채, 근연종과 다른 단자엽식물의 ycf1 유전 다양성을 비교한 것이다.
도 4는 연구된 대청부채의 2개의 유전자 type의 지리적 분포를 보인다.
도 5는 대청부채의 2 유전자형에 대한 추정되는 진화경로를 보인다.
도 6은 백령도와 대청도 원산지의 대청부재에서 다르게 나타나는 SSR(Simple Sequence Repeat)(A) 및 SNP(Single Nucleotide Polymorphism)(B)를 보인다
이하, 실시예를 통하여 본 발명을 더욱 상세히 설명하고자 한다. 이들 실시예는 오로지 본 발명을 보다 구체적으로 설명하기 위한 것으로, 본 발명의 요지에 따라 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 제한되지 않는다는 것은 당업계에서 통상의 지식을 가진 자에 있어서 자명할 것이다.
< 실시예 >
(1) 식물재료
대청부채(Iris dichotoma Pall., Iridaceae)는 한국 백령도와 대청도에 분포하고, 북한에 분포할 것으로 추정하며, 만주와 외몽고에 분포하는 것으로 알려져 있다. 대청부채는 도 1과 같이 여러 장의 잎이 부채꼴 모양으로 자라는 특징이 있어 다른 한국산 붓꽃속(Iris) 종과 손쉽게 식별이 가능하다. 다만, 대청부채의 유연 분류군으로 추정되는 범부채가 잎이 부채꼴로 붙는 특징과 유사하나 서식 분포가 겹치지 않고 꽃의 형태에 있어 뚜렷한 차이가 나타난다. 대청부채는 대청도와 백령도의 양지바른 해안 암벽이나 수목이 덮히지 않는 초지에 서식하는 식물로 깊은 뿌리를 가지며 영양번식과 종자번식을 하고 군집 간 클론화 된 것으로 알려져 있다. 본 연구 기간 중, 백령도, 대청도, 소청도의 전역을 조사하였고, 그중 백령도와 대청도에서만 그 분포를 확인하였다. 서식지 외 보전기관인 한택식물원에서 복원사업을 한 천리식물원 내 낭새섬(닭섬)의 복원개체 및 자생식물원에서 번식하는 보유 개체를 확보하였다. 본 연구에 사용한 식물은 식물체 일부를 DNA 샘플 채취 후, 건조기를 이용하여 70 °C에서 72시간 건조하는 방식으로 석엽표본을 만들었다. Voucher 정보 및 GPI DNA number는 다음과 같다(표 1). 근연종으로 4종을 채집해 본 발명의 참고 자료로 사용하였다(표 2).
<표 1> 본 발명에 이용된 서식지, 복원지 및 번식지 대청부채 Voucher 정보.
Figure 112011075509114-pat00001

<표 2> 비교를 위한 대청부채의 근연종 DNA number와 Voucher 정보
Figure 112011075509114-pat00002

(2) DNA분리, LPCR 증폭 및 염기 서열 결정
대청부채의 DNA 추출은 잎을 이용해 추출하였고 Quiagen kit를 사용하였다. DNA농도는 Scandrop으로 확인하였고, 반응액(working solution)은 10nm/μl로 만들어 사용하였다. 염기서열은 3 엽록체 유전체 연구 구간을 2~3kb PCR을 하였고, 유전 다양성 구간도 같은 방법으로 PCR을 하여 염기 서열을 분석하였다. PCR 산물은 다양한 방법으로 정제 후 ABI PRISM BigdyeTM Terminator Cycle Sequencing kits ver. 3.0을 이용한 분석을 사용하여 ABI3700 Analyzer로 염기 서열을 결정하였다. 유전체 염기 서열 분석은 Primer Walking(Lee & Manhart 2001)을 이용하였다.
(3) microsatellite 와 엽록체 변이 구간 연구
Iris속에서 개발된 마이크로새틀라이트(microsatellite; Burke & Arnold 1999, Meerow et al. 2006)의 15개를 연구한 결과, 그중 10개는 증폭이 되었으나 분석에서는 변이를 보이지 않았다. 그래서, 대청부채의 엽록체 ycf1 유전자의 완전 염기서열을 분석하고, 이 유전자 구간에서 1 SSR(Simple Sequence Repeat) (GAA repeat)과 1 SNP(Single Nucleotide Polymorphism) 마커 구간을 확보하여 이 구간의 염기서열을 총 127 개체에 대하여 분석을 하였다. PCR 산물의 크기 분석은 Agilent 2100 Bioanalyzer를 사용하였다.
(4) DNA data 분석
유전자분석은 GPI에서 보유한 database를 이용해 GCG package, PAUP ver. 4.0b10, Clustal X, Maclade ver. 3.08a, SE-Al ver. 2.0, DNASIS ver. 2.0으로 분석하였다. trnL group I 인트론의 2차구조는 Basendahl et al(2000)과 Lee and Manhart(2003)을 따라 Mackintoch G4의 CanvasX에서 그렸다.
(5) 결과
대청부채(Iris dichotoma)는 범부채(Blamcanda chinensis)와 Iris속에서 분리해야 한다는 의견(Goldblatt 2006)이 있다. 붓꽃속 식물과 Goldblatt에 의해 제안된 범부채의 matK 염기서열을 분석한바(도 2), 대청부채는 분석된 Iris속의 9종과 2.3~3.6%의 변이율을 보인 반면, 범부채와는 0.65~0.89%의 낮은 변이율을 나타낸다. 본 결과는 Goldblatt이 제안한 것 같이 새로운 속으로 되는 것이 옳은 것으로 판단되며, 이러한 관점에서 한국의 멸종위기종인 대청부채(Iris dichotoma )의 유전분석은 유용할 것으로 판단되었다.
ycf1 분석 결과(도 3) 대청부채는 각시붓꽃, 노랑붓꽃, 노랑무늬붓꽃간의 유전변이인 0.17~0.20%보다 이종들에 대해 높은 2.5~2.8%로 나타나 상당히 다른 것을 알 수 있어, 위의 제안을 부분적으로 지지한다.
엽록체 ycf1 1942~2464구간에서 대청부채의 개체간의 변이가 3 유전자좌(loci)에서 나타난다. 유전자좌(Locus) 1에서 (GAA)7과 (GAA)9의 2개의 반수체형(haplotype)이 나오며, (GAA)7는 아웃그룹(outgroup)인 범부채에서 나오므로 (GAA)9는 진화형으로 볼 수 있다. 즉, (GAA)9에서는 아미노산 2개가 첨가된 유전자 변이가 나타난 것이다(표 3 참조).
<표 3> 대청부채의 지역별 엽록체 ycf1 반수체형(haplotype)의 분포 양상
Figure 112011075509114-pat00003
유전자좌(Locus) 2에서 A와 G형이 나오며, A가 범부채에서 나오므로 A형 원시형으로 판단하였다(표 3 참조). 그 2개의 반수체형(haplotype)을 근거하여 대청부채는 3개의 유전자형(genotype)으로 나뉘어지며, 가장 많은 수의 (GAA)9-G를 타입 I으로 하였고, 다음으로 많은 (GAA)7-A를 타입 II로 하였다(표 4 참조).
<표 4> 대청부채의 지역별 엽록체 ycf1 1942~2464구간의 유전자형의 분포양상
Figure 112011075509114-pat00004

타입 I은 대청도 4개 군집의 전 60개체에서 나타나며, 이 유전형은 대청도에서 고정되었다고 판단된다. 타입 II는 백령도의 2개 군집 총 32개체에서 나타난다. (도 4 및 표 4 참조). 형질진화 관점에서 MP계통수를 보면 알 수 있듯이, 백령도 군집이 대청부채의 원시형을 가지고 있다. 이 결과를 근거하여, 대청도 군집은 대청부채 군집중 분화형(derived)으로 백령도 군집에서 떨어져 나와, 단지 염기 서열변화가 아닌 2개의 아미노산이 첨가되는 ycf1 유전자를 갖고, 바다라는 지리적 격리를 통해 엽록체 유전형이 고정되는 현상을 보인다고 판단된다. (도 5 참조). 백령도와 대청도 원산지의 대청부재에서 다르게 나타나는 SSR (A) 및 SNP (B)를 도 6에 나타내었다. 화살표로 표시된 부분이 백령도와 대청도에서 다르게 나타나는 SSR 및 SNP이다.
<표 5> 대청부채의 지역별 엽록체 ycf1 1942~2464구간의 유전자형의 분포양상.
Figure 112011075509114-pat00005

본 발명에 따라 분석하면, 서식지 외 보전기관인 자생식물원의 보유 26개체의 염기서열을 분석한 결과, 자생식물원의 대청부채는 '대청도' 원산인 개체를 증식한 것으로 판단된다. 또한, 한택식물원이 서식지 복원한 원종(1개체)과 이로부터 번식한 천리포수목원 앞 낭새섬(닭섬)의 9개체를 분석한 결과, 공히 대청도 원산임을 확인하였다.
상술한 바에 따라 본 발명은 다음의 산업분야에 응용이 가능하다.
(1) 본 발명의 프라이머 세트 및 분석방법은 멸종위기의 대청부채의 타입을 결정할 수 있다.
(2) 본 발명에 따른 프라이머 세트 및 분석방법을 이용하여 대청부채의 지역적 기원을 밝힐 수 있다.
(3) 본 발명에 따른 프라이머 세트 및 분석방법을 이용하여 멸종위기에 처한 대청부채의 보호에 이바지 할 수 있다.
<110> National Institute of Biological Resources <120> Chloroplast DNA molecular marker and method of identifying the geographical origin of Korean Iris dichotoma by using thereof <130> PN110027 <160> 4 <170> KopatentIn 1.71 <210> 1 <211> 517 <212> DNA <213> Iris dichotoma <400> 1 gatcagagtg ataatcctag cactaatact aatgatacta gtactagtga agaagaagaa 60 gaagaagaag ctttgatacg ttactcacac caatcagact ttcgtcgggg tctaatcaaa 120 ggatccatgc gtgcgcaaag acgtaaaata gttatttggg aaatgtttca agcaaatgtg 180 cattctcccc tttttttgga tcgaatagac aaaacggttt ttctttcttc ttttgttttc 240 tctaatatga tgaatcgcat ttttaggaat tgggtagggg aaaatccaga atttcaaatt 300 gctgattttg aagagaaaaa tacaaaaaaa ggggaaaaaa caaacaaaga gaaagaagaa 360 aaaaataaac gaatagcaat atccgaaacc tgggatactt ttatatttac tcaaataatc 420 agaggttcaa tgttagtaac ccaatccttt cttagaaaat atattatatt accttcattg 480 ataatagcta aaaatgttgg ccgtatgcta ttattcc 517 <210> 2 <211> 523 <212> DNA <213> Iris dichotoma <400> 2 gatcagagtg ataatcctag cactaatact aatgatacta gtactagtga agaagaagaa 60 gaagaagaag aagaagcttt gatacgttac tcacaccaat cagactttcg tcggggtcta 120 atcaaaggat ccatgcgtgc gcaaagacgt aaaatagtta tttgggaaat gtttcaagca 180 aatgtgcatt ctcccctttt tttggatcga atagacaaaa cggtttttct ttcttctttt 240 gttttctcta atatgatgaa tcgcattttt aggaattggg taggggaaaa tccggaattt 300 caaattgctg attttgaaga gaaaaataca aaaaaagggg aaaaaacaaa caaagagaaa 360 gaagaaaaaa ataaacgaat agcaatatcc gaaacctggg atacttttat atttactcaa 420 ataatcagag gttcaatgtt agtaacccaa tcctttctta gaaaatatat tatattacct 480 tcattgataa tagctaaaaa tgttggccgt atgctattat tcc 523 <210> 3 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer A region <400> 3 gatcagagtg ataatcctag c 21 <210> 4 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer B region <400> 4 ggaataatag catacggcca ac 22

Claims (13)

  1. 대청부채의 원산지 추적에 이용 가능한 서열번호 1의 유전자 또는 서열번호 2의 유전자.
  2. 서열번호 1 또는 서열번호 2의 유전자를 이용한 대청부채 원산지 추적 방법.
  3. 서열번호 1로부터 선택되고, 연속되는 15-30개의 유전자 서열을 포함하는 것을 특징으로 하는 대청부채 원산지 추적용 프라이머.
  4. 서열번호 2로부터 선택되고, 연속되는 15-30개의 유전자 서열을 포함하는 것을 특징으로 하는 대청부채 원산지 추적용 프라이머.
  5. 제 3 항 또는 제 4 항에 있어서, 상기 프라이머는 서열번호 3인 것을 특징으로 하는 대청부채 원산지 추적용 프라이머.
  6. 제 3 항 또는 제 4 항에 있어서, 상기 프라이머는 서열번호 4인 것을 특징으로 하는 대청부채 원산지 추적용 프라이머.
  7. 서열번호 3 및 서열번호 4의 프라이머를 포함하는 대청부채 원산지 추적용 프라이머 세트.
  8. 제 7 항에 따른 프라이머 세트를 이용한 대청부채의 원산지 추적 방법.
  9. 제 7 항에 따른 프라이머 세트를 포함하는 대청부채 원산지 추적 키트.
  10. 서열번호 1로부터 선택되고, 연속되는 (GAA)7염기서열을 포함하는 것을 특징으로 하는 대청부채의 원산지 추적용 SSR(Simple Sequence Repeat) 마커.
  11. 서열번호 2로부터 선택되고, 연속되는 (GAA)9 염기서열을 포함하는 것을 특징으로 하는 대청부채의 원산지 추적용 SSR(Simple Sequence Repeat) 마커.
  12. 서열번호 1로부터 선택되고, 서열번호 1의 288번째 A 염기를 포함하는 대청부채의 원산지 추적용 SNP(Single Nucleotide Polymorphism) 마커.
  13. 서열번호 2로부터 선택되고, 서열번호 2의 294번째 G 염기를 포함하는 대청부채의 원산지 추적용 SNP(Single Nucleotide Polymorphism) 마커.
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