KR101109739B1

KR101109739B1 - 멜라닌 과다 생성 검출용 마커 및 이의 용도

Info

Publication number: KR101109739B1
Application number: KR1020090001578A
Authority: KR
Inventors: 양준모; 박용두
Original assignee: 사회복지법인 삼성생명공익재단
Priority date: 2009-01-08
Filing date: 2009-01-08
Publication date: 2012-04-12
Also published as: KR20100082202A

Abstract

멜라닌 과다생성 및/또는 이로 인하여 야기되는 색소성 피부질환의 진단 및/또는 치료제 개발에 유용한 마커에 관한 것으로, 이를 이용하여 멜라닌 과다생성을 진단하는 기술 및 상기 마커를 타겟으로 하여 멜라닌 과다생성 및/또는 이로 인하여 야기되는 색소성 피부질환의 유발 인자를 검출하는 방법, 또는 멜라닌 과다생성 억제제 및/또는 색소성 피부질환의 예방, 경감 및/또는 치료 약물을 스크리닝하는 방법이 제공된다.

Description

멜라닌 과다 생성 검출용 마커 및 이의 용도{MARKERS FOR DETECTING OVERPRODUCTION OF MELANIN AND USE THEREOF}

멜라닌(melanin)은 검은 색소와 단백질의 복합체 형태를 지니는 페놀류의 생체 고분자 물질로서, 사과, 감자, 바나나의 잘린 표면이 공기 중에 노출될 때 발생하는 갈변 또는 동물의 외피, 깃털, 피부, 머리, 눈 등에서 관찰된다. 멜라닌이 과잉 생산되는 경우 피부에 침착되어 기미, 주근깨 등이 형성되고 피부 노화도 촉진되며, 피부암도 유발될 수 있다.

피부에서의 멜라닌 색소 형성에는 타이로시네이즈의 효소의 작용이 가장 절 대적이다. 타이로시네이즈는 구리와 결합한 효소로서, 동물, 식물, 미생물 및 사람 등에 넓게 분포되어 있고, 모노하이드록시 또는 디하이드록시 페닐알라닌 (dihydroxy-phenylalanine, DOPA)등의 페놀 화합물에서 호기적 산화를 촉진시키고, 자외선에 심하게 노출된 피부에 멜라닌토스(melanintorth)를 침착시켜 피부의 노화나 손상을 유발시키는 작용을 한다.

멜라닌의 생합성 대사는 피부암과 관련하여 최근 집중적으로 연구되고 있고, 이로부터 다양한 멜라닌 생성 저해제 등이 개발되어 의약품 산업에서 피부 질환 치료제, 화장품 산업에서 기미, 주근깨 등을 예방 및 치료하는 피부 미백제 또는 식품 산업에서 갈변 방지제 등으로 적용되고 있다.

따라서, 멜라닌 생성 저해제, 더 나아가 멜라닌 과다 생성에 의하여 야기되는 피부의 색소 질환에 대한 치료제 개발을 위하여 멜라닌 합성에 관여하는 타이로시네이즈 조절 유전자들에 대한 정보와 새로운 타이로시네이즈 기능 조절의 관련 인자의 발굴이 요구된다.

상기 요구에 부응하기 위하여, 본 발명자들은 효과적인 색소성 피부질환의 해결을 위한 멜라닌 색소 형성 기작에 관여하는 유전적 인자 발굴하는데 성공하여, 본 발명을 완성하였다.

본 발명의 일례는 멜라닌 과다생성 시료에서 발현이 증가 또는 감소되는 유전자 및/또는 단백질로 이루어진 군에서 선택되는 멜라닌 과다생성 검출용 마커를 제공한다.

본 발명의 또 다른 예는 멜라닌 과다생성 시료에서 발현이 증가 또는 감소되는 유전자 및/또는 단백질로 이루어진 군에서 선택되는 멜라닌 과다생성 검출용 마커의 발현을 검출할 수 있는 멜라닌 과다생성 검출용 바이오칩을 제공한다.

본 발명의 또 다른 예는 상기 멜라닌 과다생성 검출용 마커의 발현 증가 또는 감소 여부를 측정하여 멜라닌 과다생성 환자 및/또는 색소성 피부질환 환자를 진단하는 방법을 제공한다.

본 발명의 또 다른 예는 후보물질을 시료에 처리 후 상기 멜라닌 과다생성 검출용 마커의 발현 정도를 측정하여 멜라닌 과다생성 유발 인자를 탐색하는 방법을 제공한다.

본 발명의 또 다른 예는 후보물질을 시료에 처리 후 상기 멜라닌 과다생성 검출용 마커의 발현 정도를 측정하여 멜라닌 생성 저해제 및/또는 색소성 피부질환 치료제를 탐색하는 방법을 제공한다.

본 발명은 피부의 색소를 형성하는 유전자들의 새로운 규명을 위해 인공적인 색소 발현을 HEK293세포에 유발하여 색소 형성에 관여하는 인자들을 프로테오믹스 기술과 유전자칩 기술의 활용을 통해 규명하였고 생물정보학의 기술을 활용하여 단백질 상호간의 작용에 대한 지도를 완성하여 핵심 단백질들을 제시한다. 이는 색소의 형성을 조절할 수 있는 방법에 대한 목표 인자들을 제시함으로써 색소성 피부질환의 중요한 치료방법을 제시하는 것이라 할 수 있다.

상기한 바와 같이, 피부의 멜라닌 색소를 형성하기 위해서는 타이로시네이스의 효소의 작용이 가장 절대적이며, 이를 조절할 수 있는 유전자들에 대한 정보와 새로운 타이로시네이스 기능 조절의 관련 인자의 발굴이 색소성 피부질환의 개선 및 치료함에 있어 매우 중요하다. 타이로시네이즈의 인위적 과량 발현을 통한 멜라닌 색소의 유도와 이와 동시에 함께 조절되는 유전자들의 발현 패턴을 도식화함으로써, 핵심 색소 유전자들의 제시와 특이적 유전인자의 발굴이 가능하다.

이를 위해 본 발명자들은 먼저 인위적인 비색소 형성세포인 HEK293세포에서 타이로시네이즈를 인위적으로 과량 발현시켜 색소를 발현시키고, 상기 타이로시네이즈 과발현된 HEK293 세포에 DNA 마이크로어레이 및 프로테오믹스 툴을 적용하여 고도로 색소침착된 세포에서 이상 발현되는 유전자를 탐색하였다. 마이크로어레이 결과로부터 얻은 후보 유전자를 yeast two-hybridization 결과와 비교하였다. 단백질-단백질 상호작용 (Protein-Protein Interaction, PPI) 맵핑을 통한 계산상의 예 측에 의하여 멜라닌 형성 (melanogenesis)과 관련 있는 것으로 보이는 66 허브 유전자가 제시되었다. 가장 중요한 것으로, 9개의 RNA 결합 모티프 단백질이 중요한 멜라닌형성 관련 유전자로 선별되었다. 특히 Yeast-two hybridization 기술과 생물정보학에서 활용되는 단백질-단백질 상호작용 맵핑 기술의 접목을 통해 성공적으로 RBMP9 (RNA binding motif protein 9) 등의 유전자가 멜라닌 생성과 관련 있는 것으로 새롭게 발굴 되었다.

본 발명은 대규모의 발현 데이터 분석 및 예측된 단백질 상호작용 패턴을 조합하는 접근방법에 의하여 색소형성을 이해하기 위한 보다 신뢰도 높은 유전자 타겟을 제공한다.

이하, 본 발명을 보다 구체적으로 설명한다.

본 발명의 일례는 멜라닌 과다생성 시료에서 정상 시료와 비교하여 발현이 현저하게 (약 2배 이상) 증가 또는 감소하는 유전자 (및/또는 상기 유전자가 코딩하는 단백질) 및/또는 단백질 (및/또는 상기 단백질을 코딩하는 유전자)을 멜라닌 과다생성 마커로서 제공한다.

한 구체예에서, 마이크로어레이 분석 결과 멜라닌 과다생성 시료에서 발현이 현저하게 증가하거나 감소하는 것으로 나타난 유전자가 제공되며, 상기 유전자는 다음의 표 1a 및 1b에 열거하였다.

[표 1a] 멜라닌 과다생성 시료에서 발현이 증가되는 유전자

Gene symbol	Gene name	Accession no.
DNAJB9	DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily B, member 9	AA446477
HERPUD1	Homocysteine-inducible, endoplasmic reticulum stress-inducible, ubiquitin-like domain member 1	D14695
GBE1	Glucan (1,4-alpha-), branching enzyme 1	R09069
NUCB2	Nucleobindin 2	AA485214
DNAJB11	DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily B, member 11	AA505075
LFNG	Lunatic fringe homolog (Drosophila)	R56562
PEA15	Phosphoprotein enriched in astrocytes 15	X86809
CDKN1A	Cyclin-dependent kinase inhibitor 1A (p21, Cip1)	U03106
ADM	Adrenomedullin	D14874
TRA1	Tumor rejection antigen (gp96) 1	AA598758
TRIM38	Tripartite motif-containing 38	AA195036
DC2	DC2 protein	AA001745
RNP24	Coated vesicle membrane protein	AA476282
GOLGA3	Golgi autoantigen, golgin subfamily a, 3	AA663910
RPS8	Ribosomal protein S8	BQ436783
LOC201158	Similar to CGI-148 protein	AA974173
PRELP	Proline arginine-rich end leucine-rich repeat protein	AA434342
SERPINI1	Serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade I (neuroserpin), member 1	AA115877
CBX4	Chromobox homolog 4	H10012
ASNS	Asparagine synthetase	AA894927
NDUFB5	NADH dehydrogenase (ubiquinone) 1 beta subcomplex, 5, 16kDa	BQ004065
SAP18	Sin3-associated polypeptide, 18kDa	R18237
GNG10	Guanine nucleotide binding protein (G protein), gamma 10	U31383
IQGAP1	IQ motif containing GTPase activating protein 1	AA598496
PRNP	Prion protein (p27-30)	AA455969
CREG	Cellular repressor of E1A-stimulated genes	T71991
SMARCD2	SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily d, member 2	AA478436
LOC51149	Truncated calcium binding protein	AW074995
KLHL2	Kelch-like 2, Mayven (Drosophila)	AI348818
DNAJC12	DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily C, member 12	W33161
PLOD2	Procollagen-lysine, 2-oxoglutarate 5-dioxygenase (lysine hydroxylase) 2	AA136707
ANXA1	Annexin A1	H63077
CDKN1A	Cyclin-dependent kinase inhibitor 1A (p21, Cip1)	L25610
ACP1	Acid phosphatase 1, soluble	W45148
CTBP2	C-terminal binding protein 2	T55997
SLC35A5	Solute carrier family 35, member A5	AA983410
NPC2	Niemann-Pick disease, type C2	AA630449
NPC1	Niemann-Pick disease, type C1	AA634267
PTP4A1	Protein tyrosine phosphatase type IVA, member 1	AA482287
ATBF1	AT-binding transcription factor 1	AA281616
DOC-1R	Tumor suppressor deleted in oral cancer-related 1	AA457108
XBP1	X-box binding protein 1	AA394240
BET1	BET1 homolog (S. cerevisiae)	H54289
SEC61G	Sec61 gamma subunit	W96107
TUSC3	Tumor suppressor candidate 3	N66008
OCA2	Oculocutaneous albinism II (pink-eye dilution homolog, mouse)	AI097486
MAD1L1	MAD1 mitotic arrest deficient-like 1 (yeast)	AA718910
NAP1L1	Nucleosome assembly protein 1-like 1	AA167113

[표 1b] 멜라닌 과다생성 시료에서 발현이 감소하는 유전자

Gene symbol	Gene Name	Accession no.
MTHFD1	Methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+dependent)	AA633577
PLK1	Polo-like kinase 1 (Drosophila)	AA629262
CSE1L	CSE1 chromosome segregation 1-like (yeast)	N69204
CDC25A	Cell division cycle 25A homolog A (S. pombe)	H59260
PRPF8	PRP8 pre-mRNA processing factor 8 homolog (yeast)	AA679414
PTBP1	Polypyrimidine tract binding protein 1	AA677517
MAZ	MYC-associated zinc finger protein	AA704613
HAPIP	Huntingtin-associated protein interacting protein (duo)	AA682905
CS	Citrate synthase	AA416759TCOF1Treacher Collins-Franceschetti syndrome 1AA457050
CCT3	Chaperonin containing TCP1, subunit 3	AW075457
PLK1	Polo-like kinase 1 (Drosophila)	AA629262
XPO1	Exportin 1 (CRM1 homolog, yeast)	T59055
CKAP4	Cytoskeleton-associated protein 4	AA598787
F2	Coagulation factor II (thrombin)	T62075
RPL36A	Ribosomal protein L36a	BQ477367
HSPA1B	Heat shock 70kDa protein 1B	AI963715
CALR	Calreticulin	H99170
IMPDH2	IMP (inosine monophosphate) dehydrogenase 2	N73268
KIAA0427	KIAA0427	U55962
BIRC5	Baculoviral IAP repeat-containing 5 (survivin)	AA460685
STIP1	Stress-induced-phosphoprotein 1(Hsp70/Hsp90-organizing protein)	AA487427
NR0B1	Nuclear receptor subfamily 0, group B, member 1	BF911094
SMARCC1	SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily c, member 1	AA872122
SUPT16H	Suppressor of Ty 16 homolog (S. cerevisiae)	AA488340
EPB41L5	Erythrocyte membrane protein band 4.1 like 5	AA287041
TAGLN2	Transgelin 2	H08564
NAP1L4	Nucleosome assembly protein 1-like 4	H92201
CTPS	CTP synthase	H09614
PES1	Pescadillo homolog 1, containing BRCT domain (zebrafish)	R13806
LUM	Lumican	BE677159
APEG1	Aortic preferentially expressed protein 1	R25020
CCT7	Chaperonin containing TCP1, subunit 7	AA676588
G3BP2	Ras-GTPase activating protein SH3 domain-binding protein 2	AA151214
AURKB	Aurora kinase B	AA071486
PMVK	Phosphomevalonate kinase	H09914
ACE	Angiotensin I converting enzyme (peptidyl-dipeptidase A) 1	AA977625
BRD2	Bromodomain containing 2	H72918
LOC257106	Hypothetical protein LOC257106	BQ066503
CBX6	Chromobox homolog 6	H23426
PSMD1	Proteasome (prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 1	AI337262
TRIP10	Thyroid hormone receptor interactor 10	R49671
TOP3A	Topoisomerase (DNA) III alpha	N21546
USP7	Ubiquitin specific protease 7 (herpes virus-associated)	AA064638
YWHAB	Tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein, beta polypeptide	H62527
RHOC	Ras homolog gene family, member C	AA025344
DEGS1	Degenerative spermatocyte homolog, lipid desaturase (Drosophila)	W49667
SYNCRIP	Synaptotagmin binding, cytoplasmic RNA interacting protein	AA465343
HSPA1L	Heat shock 70kDa protein 1-like	H17513
ZNF24	Zinc finger protein 24 (KOX 17)	AI432302
FAM38A	Family with sequence similarity 38, member A	AA160695
SLC38A2	Solute carrier family 38, member 2	R27457
CSTA	Cystatin A (stefin A)	NM_005213
IFRD2	Interferon-related developmental regulator 2	AA454813
KIAA0563	KIAA0563 gene product	AL709350
PCTK1	PCTAIRE protein kinase 1	AA283125
SYNCRIP	Synaptotagmin binding, cytoplasmic RNA interacting protein	AA186327
KLK5	Kallikrein 5	W73140
MBTPS1	Membrane-bound transcription factor protease, site 1	BE904361
FOXA3	Forkhead box A3	R99562
EPHA1	EphA1	N90246
OPRS1	Opioid receptor, sigma 1	W47485
ZNF540	Zinc finger protein 540	AA953445
PCDHGC3	Protocadherin gamma subfamily C, 3	R89615
TIMM22	Translocase of inner mitochondrial membrane 22 homolog (yeast)	BG714010
PPP2R5A	Protein phosphatase 2, regulatory subunit B (B56), alpha isoform	R59164
FLJ11127	Hypothetical protein FLJ11127	NM_019018
UTY	Ubiquitously transcribed TPR gene on Y chromosome	R70488
HSPD1	Heat shock 60kDa protein 1 (chaperonin)	M34664
H41	Hypothetical protein H41	H99695
RPL10	Ribosomal protein L10	T67270
NUTF2	Nuclear transport factor 2	N75595
PHB	Prohibitin	R60946
FCN3	Ficolin (collagen/fibrinogen domain containing) 3 (Hakata antigen)	AA666363
GTF2F1	General transcription factor IIF, polypeptide 1, 74kDa	AA282092
RHOJ	Ras homolog gene family, member J	W92400
UBE1	Ubiquitin-activating enzyme E1	AA598670
EFO1	Establishment factor-like protein	AA953425
DKFZp434M0331	Hypothetical protein DKFZp434M0331	N58405
TSNAX	Translin-associated factor X	AA477514
RBM5	RNA binding motif protein 5	W73892
DDX23	DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 23	AA598470
SCAMP3	Secretory carrier membrane protein 3	R72518
ARHGAP21	Rho GTPase activating protein 21	AB037845
FEZ2	Fasciculation and elongation protein zeta 2	N34095
UREB1	Upstream regulatory element binding protein 1	AA446600

다른 구체예에서, 프로테오믹스 분석 툴을 이용한 분석 결과 멜라닌 과다생성 시료에서 발현이 현저하게 증가하거나 감소하는 단백질이 제공되며, 상기 단백질은 다음의 표 2a 및 2b에 열거하였다.

[표 2a] 멜라닌 과다생성 시료에서 발현이 증가하는 단백질

단백질	Accession no.
Zinc finger protein 9	2136380 (A55499)
Fascin 1	13623415 (AAH06304)
Ribosomal protein P0-like protein	18490987 (NP_057267)

[표 2b] 멜라닌 과다생성 시료에서 발현이 감소하는 단백질

단백질	Accession no.
Serine hydroxymethyl-transferase 2 (mitochondrial)	19923315 (NP_005403)
ATP5A1 protein	24660110 (AAH39135)
26S proteasome regulatory subunit p55	28872765 (NP_777360)
Arginyl-tRNA synthetase	gi\|15149476 (NP_002878)
Threonyl-tRNA synthetase, cytoplasmic	20178337 (P26639)
Trifunctional purine biosynthetic protein adenosine-3	4503915 (NP_000810.1)
Eukaryotic translation elongation factor 2	4503483 (NP_001952)
Splicing factor 3b, subunit 1	6912654 (NP_036565)
Splicing factor 3b, subunit 4	5032069 (NP_005841)
ATP-dependent RNA helicase A (Nuclear DNA helicase II)	3915658 (Q08211)
Coproporphyrinogen oxidase (EC 1.3.3.3) precursor, mitochondrial	2117539 (NP_000088.3)
Ts11 cell cycle control protein	339987 (AAA36781)
EBNA-2 co-activator (100kD)	7657431 (NP_055205)
DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 1	4826686 (NP_004930)
Ribonucleotide reductase M1 subunit	5006420 (AAD37491)
Glutaminyl-tRNA synthetase	4826960 (NP_005042)
Protein transport protein Sec23A	2498885 (Q15436)
Keratin 1, type II, cytoskeletal	7428712 (NP_006112.3)
Radixin	4506467 (NP_002897)
Moesin	4505257 (NP_002435)
Heat shock protein 75	2865466 (AAC02679)
Transketolase	4507521 (NP_001055)
Chaperonin containing TCP1, subunit 6A	4502643 (NP_001753)
Smu-1 suppressor of mec-8 and unc-52 homolog	12804047 (AAH02876)
Aspartyl-tRNA synthetase	20178330 (P14868)
Platelet-activating factor acetylhydrolase, isoform Ib, alpha subunit	4557741 (NP_000421)
DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily A, member 1	4504511 (NP_001530)
Phosphoribosyl-aminoimidazole carboxylase	5453539 (NP_006443)
Actin related protein 2/3 complex subunit 2	5031599 (NP_005722)
Peroxiredoxin 1; natural killer-enhancing factor A	4505591 (NP_002565)

또 다른 구체예에서, 멜라닌 과다생성 시료에 대한 단백질-단백질 상호작용 (protein-protein interactions, PPI) 분석 및 마이크로어레이 분석을 통하여 멜라닌 과다생성과 관련 있는 것으로 판단된 유전자가 제공되며, 상기 유전자는 다음의 표 3a 및 3b에 열거하였다.

[표 3a] 멜라닌 과다생성과 관련 있고, 멜라닌 과다생성 시료에서 발현이 증가하는 유전자

Gene symbol	Gene name	Accession no.
DYNLL1	Dynein, light chain, LC8-type 1	U32944
HSPA1B	Heat shock 70kDa protein 1B	AA443039
RAD23B	RAD23 homolog B (S. cerevisiae)	AA489678
UBE2B	Ubiquitin-conjugating enzyme E2B (RAD6 homolog)	AA598492
RRAGA	Ras-related GTP binding A	AA406613
GBP3	Guanylate binding protein 3	R78509
GNB2L1	Guanine nucleotide binding protein, beta polypeptide 2-like 1	BQ446589
GNAI3	Guanine nucleotide binding protein, alpha inhibiting activity polypeptide 3	AA490256
PIN4	Protein (peptidyl-prolyl cis/trans isomerase) NIMA-interacting, 4 (parvulin)	AA418383
GPA33	Glycoprotein A33 (transmembrane)	AA055811
ARL1	ADP-ribosylation factor-like 1	N51280
RAB1A	RAB1A, member RAS oncogene family	M28209
PSMC6	Proteasome (prosome, macropain) 26S subunit, ATPase, 6	AA424315
SMAD4	SMAD, mothers against DPP homolog 4 (Drosophila)	AA456439
CETN2	Centrin, EF-hand protein, 2	N72193
MRLC3	Myosin, light polypeptide, regulatory, non-sarcomeric (20kD)	AI954996
TAF5L	TAF5-like RNA polymerase II, p300/CBP-associated factor (PCAF)-associated factor, 65kDa	AA055932
MCF2	MCF2 cell line derived transforming sequence	N23406
ST7	Suppression of tumorigenicity 7	AA864226
PEX5	Peroxisomal biogenesis factor 5	AA873073
CSTF3	Cleavage stimulation factor, 3' pre-RNA, subunit 3, 77kDa	AA465143
MYH9	Myosin, heavy polypeptide 9, non-muscle	AI285142
IQGAP1	IQ motif containing GTPase activating protein 1	AA598496
MAP2K4	Mitogen-activated protein kinase kinase 4	AA293365
STK38	Serine/threonine kinase 38	AA521346
PTPN6	Protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 6	AW073615

[표 3b] 멜라닌 과다생성과 관련 있고, 멜라닌 과다생성 시료에서 발현이 감소하는 유전자

Gene symbol	Gene name	Accession no.
HSPA1A	Heat shock 70kDa protein 1A	AI963715
HSPA1L	Heat shock 70kDa protein 1-like	H17513
YWHAE	Tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein, epsilon polypeptide	N21624
ALCAM	Activated leukocyte cell adhesion molecule	R13558
SPEG	Aortic preferentially expressed protein 1	R25020
KALRN	Huntingtin-associated protein interacting protein (duo)	AA682905
MPP3	Membrane protein, palmitoylated 3 (MAGUK p55 subfamily member 3)	W44685
RGS16	Regulator of G-protein signalling 16	AA453774
GRB7	Growth factor receptor-bound protein 7	H53703
RHOJ	Ras homolog gene family, member J	W92400
RHOC	Ras homolog gene family, member C	AA025344
EEF2	Eukaryotic translation elongation factor 2	R43766
KRAS	v-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma 2 viral oncogene homolog	N95249
RAB5C	RAB5C, member RAS oncogene family	AA626178
ERAL1	Era G-protein-like 1 (E. coli)	AA826237
PABPC4	Poly(A) binding protein, cytoplasmic 4 (inducible form)	AA486221
G3BP2	Ras-GTPase activating protein SH3 domain-binding protein 2	AA151214
ABT1	Activator of basal transcription 1	AA480876
RBM9	RNA binding motif protein 9	AI346246
TRA2A	Transformer-2 alpha	R09691
NCL	Nucleolin	N90109
SYNCRIP	Synaptotagmin binding, cytoplasmic RNA interacting protein	AA465343
HNRPH1	Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H1 (H)	R11019
SFRS1	Splicing factor, arginine/serine-rich 1 (splicing factor 2, alternate splicing factor)	T65786
RBM10	RNA binding motif protein 10	D50912
KIAA0427	KIAA0427	U55962
RBM22	RNA binding motif protein 22	H61530
PTBP1	Polypyrimidine tract binding protein 1	AA677517
ECT2	Epithelial cell transforming sequence 2 oncogene	AI031571
ARHGAP21	Rho GTPase activating protein 21	AB037845
PLK1	Polo-like kinase 1 (Drosophila)	AA629262
EPHA1	EphA1	N90246
PCTK1	PCTAIRE protein kinase 1	AA283125
AURKA	Serine/threonine kinase 6	R19158
AURKB	Aurora kinase B	AA071486
CDC2L1	Cell division cycle 2-like 1 (PITSLRE proteins)	AA287300

다른 측면에서, 본 발명은 멜라닌 생성에 직접적으로 관여하는 타이로시네이즈와 상호작용하는 단백질을 탐색하여 타이로시네이즈 활성 조절제로서 제공하며, 이와 같이 탐색된 단백질은 다음과 같다:

FHL2 (Four and a half LIM domains 2, GeneBank 등재번호: AA995282), CYBA (Cytochrome b-245, alpha polypeptide, GeneBank 등재번호: AA054546), 및 RBM9 (RNA binding motif protein 9, GeneBank 등재번호: AI346246)로 이루어진 군에서 선택된 유전자에 의하여 코딩되는 단백질; 및

SCAMP4 (secretory carrier protein 4, GeneBank 등재번호: NP_524558.1), 케라틴 (keratin) 13 (GeneBank 등재번호: NP_705694.2) ARHGDIA (Rho GDP dissociation inhibitor alpha, GeneBank 등재번호: NP_004300.1), MGC8721 (GeneBank 등재번호: NP_057211.4), POLD4 (putative DNA polymerase delta p38 subunit, GeneBank 등재번호: NP_066996.2), 플라코글로빈 (plakoglobin, GeneBank 등재번호: NP_002221.1), CUTA (divalent cation tolerant protein, GeneBank 등재번호: NP_001014433.1), SLC27A4 (solute carrier family 27 (fatty acid transporter) member 4, GeneBank 등재번호: NP_005085.2) 및 FABP7 (지방산 결합 단백질 7, GeneBank 등재번호: NP_001437.1).

본 발명에 따른 타이로시네이즈 활성 조절제는 타이로시네이즈와 상호작용하여 그 활성을 촉진시키거나 억제하는 것으로, 타이로시네이즈 활성으로 인한 멜라닌 과다생성 및/또는 멜라닌 과다생성으로 인하여 유발되는 색소성 피부질환의 조절제로서, 상기 질환의 치료제, 및/또는 치료제 개발의 타겟으로서 유용하다.

또 다른 측면에서, 본 발명은 상기 표 1a, 표 1b, 표 2a, 표 2b, 표 3a 및 표 3b에 기재된 유전자, 및 여기에 기재된 단백질을 코딩하는 유전자로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 발현 정도를 검출하는 수단을 포함하는 멜라닌 과다생성 검출용 바이오칩을 제공한다.

한 구체예에서, 상기 멜라닌 과다생성 검출용 바이오칩은

상기 표 1a, 표 1b, 표 2a, 표 2b, 표 3a 및 표 3b에 기재된 유전자, 및 여기에 기재된 단백질을 코딩하는 유전자로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상으로부터 얻어지는 mRNA에 대한 cDNA, 및 상기 mRNA 중 연속하는 5 내지 500개의 뉴클레오타이드 서열과 상보적인 서열을 갖는 올리고뉴클레오타이드 프로브; 및

상기 유전자에 의하여 코딩되는 단백질을 검출하기 위한 항체

로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함하는 것일 수 있다.

바이오칩(Biochip)이란 유리, 실리콘, 또는 나일론 등의 재질로 된 작은 기판 위에 폴리뉴클레오타이드 (DNA, RNA 등), 단백질 등의 생물 분자들을 결합시켜 유전자 발현 양상, 유전자 결함, 단백질 분포, 반응 양상 등을 분석해낼 수 있는 생물학적 마이크로칩(Biological Microchip)을 의미한다.

mRNA의 발현량은 RT-PCR, 노던블롯(northern blot), 전기영동 등으로 측정 가능하며, 단백질 발현량은 효소 면역 측정법(ELISA), 형광면역 측정법(FIA), 방사선 면역 측정법(RIA), 발광 면역 측정법, 면역블롯(immunoblot)법, 웨스턴 블롯(western blot)법, 면역 염색법 등으로 측정 가능하나 이에 제한되는 것은 아니다.

또 다른 측면에서, 본 발명은 상기 멜라닌 과다생성 검출용 마커를 이용하여 멜라닌 과다생성 환자 및/또는 색소성 피부질환 환자를 진단하는 방법을 제공한다.

상기 진단 방법은

피검체로부터 얻은 시료에서의 상기 표 1a, 표 1b, 표 2a, 표 2b, 표 3a 및 표 3b에 기재된 유전자 및 단백질로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 발현 정도를 측정하는 단계;

상기 측정된 피검체의 발현 정도를 정상 시료에서의 해당 유전자 또는 단백질의 발현 정도와 비교하는 단계; 및

상기 비교 결과 피검체에서의 상기 표 1a, 표 2a, 및 표 3a에 기재된 유전자 및 단백질로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 발현 정도가 증가된 경우, 또는 피검체에서의 상기 표 1b, 표 2b, 및 표 3b에 기재된 유전자 및 단백질로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 발현 정도가 감소된 경우, 상기 피검체를 멜라닌 과다생성 환자 및/또는 색소성 피부질환 환자로 판단하는 단계

를 포함하는 것일 수 있다.

또 다른 측면에서, 본 발명은 상기 멜라닌 과다생성 검출용 마커를 이용하여 멜라닌 과다생성 유발인자를 탐색하는 방법을 제공한다.

상기 방법은

후보물질을 생검 시료와 접촉시키는 단계;

상기 후보물질 접촉된 시료에서의 상기 표 1a, 표 1b, 표 2a, 표 2b, 표 3a 및 표 3b 에 기재된 유전자 및 단백질로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 발현 정도를 측정하는 단계;

상기 후보물질 접촉된 시료에서 측정된 발현 정도를 후보물질 접촉되지 않은 시료에서의 해당 유전자 또는 단백질의 발현 정도와 비교하는 단계; 및

상기 비교 결과 후보물질 접촉된 시료에서의 상기 표 1a, 표 2a, 및 표 3a에 기재된 유전자 및 단백질로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 발현 정도가 후보물질 접촉되지 않은 시료에서의 해당 유전자 또는 단백질 발현 정도보다 증가된 경우, 또는 후보물질 접촉된 시료에서의 상기 표 1b, 표 2b, 및 표 3b에 기재된 유전자 및 단백질로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 발현 정도가 후보물질 접촉되지 않은 시료에서의 해당 유전자 또는 단백질의 발현 정도보다 감소된 경우, 상기 후보물질을 멜라닌 과다생성 유발 인자로 판단하는 단계

를 포함하는 것일 수 있다.

또 다른 측면에서, 본 발명은 상기 멜라닌 과다생성 검출용 마커를 이용하여 멜라닌 생성 저해제 및/또는 색소성 피부질환 치료제 및/또는 피부 미백제를 탐색하는 방법을 제공한다.

상기 방법은

후보물질을 멜라닌 과다생성 시료와 접촉시키는 단계;

상기 후보물질 접촉된 멜라닌 과다생성 시료에서의 상기 표 1a, 표 1b, 표 2a, 표 2b, 표 3a 및 표 3b에 기재된 유전자 및 단백질로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 발현 정도를 측정하는 단계;

상기 후보물질 접촉된 멜라닌 과다생성 시료에서 측정된 발현 정도를 후보물 질 접촉되지 않은 멜라닌 과다생성 시료에서의 해당 유전자 또는 단백질의 발현 정도와 비교하는 단계; 및

상기 비교 결과 후보물질 접촉된 멜라닌 과다생성 시료에서의 상기 표 1a, 표 2a, 및 표 3a에 기재된 유전자 및 단백질로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 발현 정도가 후보물질 접촉되지 않은 멜라닌 과다생성 시료에서의 해당 유전자 또는 단백질 발현 정도보다 감소된 경우, 또는 후보물질 접촉된 멜라닌 과다생성 시료에서의 상기 표 1b, 표 2b, 및 표 3b에 기재된 유전자 및 단백질로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 발현 정도가 후보물질 접촉되지 않은 멜라닌 과다생성 시료에서의 해당 유전자 또는 단백질의 발현 정도보다 증가된 경우, 상기 후보물질을 멜라닌 생성 억제제 및/또는 색소성 피부질환 치료제 및/또는 피부 미백제로 판단하는 단계

를 포함하는 것일 수 있다.

본 명세서에서 사용된 피검체, 및 각종 시료는 모든 동물, 바람직하게는 포유류, 더욱 바람직하게는 인간, 또는 이로부터 얻은 시료 또는 생검 시료는 모든 조직, 체액, 또는 세포일 수 있으며, 예컨대 피부 조직 또는 피부 세포 또는 섬유아세포일 수 있다. 또한, 정상 개체는 멜라닌 과다생성 및 이로 인한 색소성 피부질환의 증상 및 징후가 없으며, 개인적 및 가족적으로 멜라닌 과다생성 및 이로 인한 색소성 피부질환의 병력이 없는 개체를 의미한다.

상기 멜라닌 과다생성 시료는 동물, 예컨대 포유류, 바람직하게는 인간으로부터 자연적으로 얻어지거나 인위적인 방법으로 얻어진 것일 수 있으며, 상기 인위 적 방법은 비색소 세포에 타이로시네이즈를 과발현시키는 것을 포함한다.

상기 색소성 피부질환은 멜라닌 과다생성 및/또는 이로 인한 색소침착에 의하여 유발되는 모든 피부질환을 의미하며, 예컨대, 기미, 주근깨, 반점, 과색소침착증 (hyperpigmentation) 등을 포함한다.

본 발명에 의하여, 프로테오믹스 기술의 적용하여 타이로시네이즈 발현을 통한 멜라닌 색소 형성에 관여하는 새로운 단백질을 발굴하여 색소 조절에 활용이 가능해지고, 유전자칩을 통해 타이로시네이즈 효소의 발현과 동시에 함께 조절되어지는 유전자군의 선별하여, 이를 기반으로 핵심 유전자의 색소 조절 지도의 완성이 가능해지며, 비정상적인 피부 색소 발현의 치료에 효과적으로 활용 할 수 있는 근거를 제공하고 미백제 개발의 목표 유전자의 새로운 발굴에도 기여한다.

이하, 본 발명을 하기의 실시예를 통하여 보다 상세히 설명하고자 한다. 하기의 실시예는 본 발명을 예시하기 위한 것일 뿐이며, 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의하여 제한되는 것은 아니다.

실시예 1. 인간 타이로시네이즈 유전자 클로닝 및 형질감염 및 타이로시네이즈 에세이

타이로시네이즈 유전자 (NP_000363.1) 클로닝 및 형질감염은 HEK293 (Korean Cell Line Bank (KCLB)) 세포에서 수행되었으며, 'Park YD 등, J Biomol Struct Dyn 24: 131 813, 2006' 및 'Han HY 등, J Biomol Struct Dyn 25: 165 171, 2007'에 기재된 바를 따랐다. 여기에 사용된 벡터 및 효소는 모두 Invitrogen사로부터 구입하여 사용하였다. 상기 얻어진 HEK293 세포를 10% FBS 및 1% Antibiotic-Antimycotic (Gibco, Rockville, MD)를 포함하는 DMEM (Dulbecco's Modified Eagle's Medium)에서 배양하였다.

HEK293 세포에서의 멜라닌형성을 유도하기 위하여, 칼슘-포스페이트 침전법을 이용하여 TYR를 임시 형질감염시켰다 (C. A. Chen and H. Okayama, Biotechniques 6, 632-638 (1988)). 즉, 플라스미드 DNA (in a 100 mm dish culture) 10 ㎍dmf 2.5 M CaCl₂ 50 ㎕와 멸균 d₂H₂O 0.5 ml와 혼합하여 솔루션 A를 제조하였다. 280 mM NaCl와 1.5 mM Na₂HPO₄를 함유하는 50 mM BES buffer (pH 6.95)를 솔루션 B로 사용하였다. 피펫으로 버블링하면서 솔루션 A를 솔루션 B와 천천히 혼합한 후, 간단히 볼텍싱하였다. 실온에서 20분간 인큐베이팅한 후, 상기 형질감염 혼합물을 HEK293 세포 상에 덮어 발랐다. 상기 세포를 형질감염 용액 (transfection solution) 에서 12 시간 동안 인큐베이팅한 후, 1 x PBS로 세척하고, 배지를 갈아주고, 48 시간 동안 더 배양하였다. 다양한 pH 범위 (pH 6.85 - 7.05)의 BES 버퍼로 시험한 결과, 본 시험의 최적 pH는 6.95인 것으로 결정하였다.

대조군으로서, 동일 조건에서 TYR 형질감염과 유사하게 mock DNA를 형질감염시 켰다.

인간 타이로시네이즈(TYR, NCBI Accession No. NP_000363.1)에 대한 에세이를 분광광도법을 이용하여 수행하였다 (Han HY 등, J Biomol Struct Dyn 25: 165 171, 2007 참조). L-DOPA (3,4-dihydroxyphenylalanine, Sigma-Aldrich)를 기질로 사용하여 타이로시네이즈의 DOPA 옥시데이즈 활성을 37℃에서 SPECTRAmax PLUS 분광광도계(Molecular Devices, Sunnyvale, California)를 사용하여 측정하였다.

TYR-형질감염 HEK293 세포는 TYR 과발현에 의하여 고도 색소침착(pigmented)되는 반면, mock DNA 형질감염된 세포는 변화가 없었다. 타이로시네이즈 활성 에세이를 위하여, L-DOPA 기질을 사용하여, 흡광도 변화를 모니터링하였다 (도 1 참조).

도 1은 TYR-형질감염 HEK293 세포에 대한 DOPA 옥시데이즈에 대한 에세이 결과를 보여주는 것이다. 세포의 색소 침착이 심한 경우, 이들을 수확하여 단백질 샘플을 용해물 단백질 형태로 적절하게 제작하였다: 정상 배양된 HEK293 세포로부터 얻은 샘플 (▲), mock DNA 형질감염된 HEK293 세포로부터 얻은 샘플 (◇), 및 TYR-형질감염된 HEK293 세포로부터 얻은 샘플 (○). 반응 혼합물은 50 mM 소듐 포스페이트 버퍼 (pH 7.0) 내에 2 mM L-DOPA와 20 ㎍/ml 효소 샘플을 포함하였다.

상기 얻어진 결과는 TYR 형질감염된 HEK293 세포로부터 제작된 샘플만이 유의미한 DOPA 옥시데이즈 활성을 갖는다는 것을 보여준다. 이와 대조적으로, mock DNA 형질감염된 HEK293 세포 및 비형질감염 HEK293 세포는 모두 아무런 활성도 보이지 않았다.

실시예 2. cDNA 마이크로어레이 분석

mock DNA 형질감염된 HEK293 세포 (상기 실시예 1에 기재된 칼슘-포스페이트 침전법을 이용하여 제작) 및 상기 실시예 1의 타이로시네이즈 형질감염된 HEK293 세포로부터 RNA를 각각 분리하였다. 형질감염을 수행하여 2종류의 각각 제작된 RNA 샘플을 반복적으로 (3 번) 제작하고, 상기 RNA 샘플을 동일한 농도로 대응적 풀링(pooling)하여 두 종류의 풀링된 샘플을 얻었다. 'Park YD 등, Clin Exp Allergy 36: 649 657, 2006'에 기재된 방법을 참조하여 풀링 방법을 적용하여 마이크로어레이 분석을 위한 RNA 샘플을 분리 및 풀링하였다. 각각의 풀링 샘플에 대하여 cDNA 주형을 제작하고 Cy3 dye 와Cy5 dye로 표지하였다. GenoCheck Platinum Human cDNA-8.3 K (Genocheck LTD., Ansan, Korea)을 mock DNA 대조군 및 타이로시네이즈 형질감염된 샘플로부터 얻은 형광표지된 cDNA 혼합물과 혼성화시켰다. 상기 혼성화는 혼성화 용액 (25% 포름아마이드, 5 x SSC, 0.1% SDS, 25 ㎍/ml Cot-1 DNA, 10% 덱스트란 설페이트 등, Digital Genomics)을 이용하여 42℃에서 16시간 동안 수행되었다. 다른 조건들은 'Park YD 등, Clin Exp Allergy 36: 649 657, 2006'와 동일하게 하였다. 'Tusher VG 등, Proc Natl Acad Sci USA 98: 5116 5121, 2001'에 따라서 2 세트의 마이크로어레이 데이터를 분석하였다. 5% q value cut-off로 하여 현저한 발현 변화 (2배 이상)을 보이는 유전자를 선별하였다.

상기한 바와 같이, HEK293 세포로의 대조군 mock DNA 및 TYR의 임시 형질감염은 각각 4번씩 수행한 후, 칩-어레이 수행의 전단계로서, HEK293 세포로부터 RNA 를 얻고, 이를 각각의 대조군 및 TYR 샘플에 대하여 개별적으로 풀링하였으며, 두 세트의 마이크로어레이 분석을 수행하였다 (각 세트는 짝지어진 mock vs. TYR 형질감염 샘플과 부합되도록 하였다). 정상화된 데이터 강도를 M vs. A 플롯을 통하여 도 2 상단에 나타내었다. 통상 M vs. A 플롯은 마이크로어레이 로데이터의 intensity-dependent ratio를 가시화시키기 위하여 사용되는 것으로, M을 Y축으로 하고, A를 X축으로 하며, 이 때 M과 A는 다음과 같이 정의된다:

R: 칩상의 붉은색의 기계적 측정값

G: 칩상의 녹색의 기계적 측정값

따라서, M은 intensity ratio를, A는 플롯 내의 한 점에 대한 평균 intensity를 의미한다.

도 2 상단은 M vs. A의 플롯을 나타내는 것으로, 풀링 방법을 사용하여 칩-어레이를 수행하였다. 도 2 하단은 상관 계수를 계산하기 위한 상관관계 플롯을 나타낸 것으로, 이와 같이 계산된 상관계수는 0.97이었다.

상기한 바와 같이, 통계학적 상관관계 플롯 (도 2b 참조)에 의하여, 상관계수 0.97을 얻었으며, 이는 상기 데이터가 통계학적으로 유의미하다는 것을 의미하는 것이다. SAM (두 배 이상의 강도 변화, 5% q value cutoff)의 결과로서, 색소침착 (pigmented) HEK293 세포에서 805개의 후보 유전자가 발현에 이상 조절이 있는 것으로 나타났으며, 이 중에서 441개 유전자는 고도로 상향 조절 (발현 증가)되 었고, 364개 유전자는 하향 조절 (발현 감소)되었다. 상기 후보 유전자를 표 1-1 및 1-2에 나타내었다 (3배 이상의 강도 컷오프). 400개 이상의 상향 조절된 유전자 중에서 상위 49개 유전자 및 300개 이상의 하향 조절된 유전자 중에서 상위 87개 유전자를 열거하였다. 아래의 표 1-1 및 1-2는 mock DNA 과발현 대조군과 비교하여 TYR-과발현 HEK293 세포에서 특이한 변화 (상향 조절 또는 하향 조절)를 보이는 유전자 리스트이다.

[표 1-1] 상향 조절 유전자

Gene name	Accession no.	Gene symbol	Mean intensity
Tyrosinase (oculocutaneous albinism IA)	AI218117	TYR	36.553
DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily B, member 9	AA446477	DNAJB9	12.705
Homocysteine-inducible, endoplasmic reticulum stress-inducible, ubiquitin-like domain member 1	D14695	HERPUD1	7.294
Glucan (1,4-alpha-), branching enzyme 1	R09069	GBE1	5.213
Nucleobindin 2	AA485214	NUCB2	4.332
DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily B, member 11	AA505075	DNAJB11	4.295
Lunatic fringe homolog (Drosophila)	R56562	LFNG	4.286
Phosphoprotein enriched in astrocytes 15	X86809	PEA15	4.179
Cyclin-dependent kinase inhibitor 1A (p21, Cip1)	U03106	CDKN1A	3.892
Adrenomedullin	D14874	ADM	3.727
Tumor rejection antigen (gp96) 1	AA598758	TRA1	3.631
Tripartite motif-containing 38	AA195036	TRIM38	3.613
DC2 protein	AA001745	DC2	3.539
Coated vesicle membrane protein	AA476282	RNP24	3.509
Golgi autoantigen, golgin subfamily a, 3	AA663910	GOLGA3	3.497
Ribosomal protein S8	BQ436783	RPS8	3.470
Similar to CGI-148 protein	AA974173	LOC201158	3.438
Proline arginine-rich end leucine-rich repeat protein	AA434342	PRELP	3.407
Serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade I (neuroserpin), member 1	AA115877	SERPINI1	3.388
Chromobox homolog 4	H10012	CBX4	3.370
Asparagine synthetase	AA894927	ASNS	3.338
NADH dehydrogenase (ubiquinone) 1 beta subcomplex, 5, 16kDa	BQ004065	NDUFB5	3.329
Sin3-associated polypeptide, 18kDa	R18237	SAP18	3.321
Guanine nucleotide binding protein (G protein), gamma 10	U31383	GNG10	3.309
IQ motif containing GTPase activating protein 1	AA598496	IQGAP1	3.309
Prion protein (p27-30)	AA455969	PRNP	3.290
Cellular repressor of E1A-stimulated genes	T71991	CREG	3.284
SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily d, member 2	AA478436	SMARCD2	3.279
Truncated calcium binding protein	AW074995	LOC51149	3.272
Kelch-like 2, Mayven (Drosophila)	AI348818	KLHL2	3.263
DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily C, member 12	W33161	DNAJC12	3.201
Procollagen-lysine, 2-oxoglutarate 5-dioxygenase (lysine hydroxylase) 2	AA136707	PLOD2	3.185
Annexin A1	H63077	ANXA1	3.171
Cyclin-dependent kinase inhibitor 1A (p21, Cip1)	L25610	CDKN1A	3.162
Acid phosphatase 1, soluble	W45148	ACP1	3.155
C-terminal binding protein 2	T55997	CTBP2	3.142
Solute carrier family 35, member A5	AA983410	SLC35A5	3.133
Niemann-Pick disease, type C2	AA630449	NPC2	3.131
Niemann-Pick disease, type C1	AA634267	NPC1	3.128
Protein tyrosine phosphatase type IVA, member 1	AA482287	PTP4A1	3.120
AT-binding transcription factor 1	AA281616	ATBF1	3.110
Tumor suppressor deleted in oral cancer-related 1	AA457108	DOC-1R	3.096
X-box binding protein 1	AA394240	XBP1	3.082
BET1 homolog (S. cerevisiae)	H54289	BET1	3.082
Sec61 gamma subunit	W96107	SEC61G	3.077
Tumor suppressor candidate 3	N66008	TUSC3	3.061
Oculocutaneous albinism II (pink-eye dilution homolog, mouse)	AI097486	OCA2	3.031
MAD1 mitotic arrest deficient-like 1 (yeast)	AA718910	MAD1L1	3.008
Nucleosome assembly protein 1-like 1	AA167113	NAP1L1	3.008
T-cell leukemia translocation altered gene	L41143	TCTA	2.981
hypothetical protein A-211C6.1	N39229	LOC57149	2.980
	unknown		2.973
tumor suppressor candidate 3	BQ286587	TUSC3	2.968
methylene tetrahydrofolate dehydrogenase (NAD+ dependent), methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase	AA480995	MTHFD2	2.968
sec1 family domain containing 1	AA027992	SCFD1	2.956
vacuolar protein sorting 54 (yeast)	BM978790	VPS54	2.939
cyclin-dependent kinase-like 3	AI684625	CDKL3	2.933
histone 1, H2ae	AI209184	HIST1H2AE	2.931
euchromatic histone methyltransferase 1	AA991241	EHMT1	2.872
adenylate kinase 5	AI634172	AK5	2.864
zinc finger protein 140 (clone pHZ-39)	AW009473	ZNF140	2.862
SH3 domain binding glutamic acid-rich protein like	AA996131	SH3BGRL	2.853
	AL120061		2.851
serine/threonine protein kinase TAO1 homolog	BG390632	KIAA1361	2.850
interleukin 8	BQ129279	IL8	2.846
replication protein A3, 14kDa	H59259	RPA3	2.828
ribosomal protein L37a	BQ432698	RPL37A	2.822
pleiomorphic adenoma gene-like 2	AA704187	PLAGL2	2.819
copine VI (neuronal)	H11051	CPNE6	2.812
	unknown		2.811
BTB and CNC homology 1, basic leucine zipper transcription factor 1	AI336948	BACH1	2.800
ER degradation enhancer, mannosidase alpha-like 1	AA630346	EDEM1	2.799
	AA709414		2.796
UDP-glucose pyrophosphorylase 2	AA046067	UGP2	2.795
cystatin A (stefin A)	AW014844	CSTA	2.788
fucosidase, alpha-L- 1, tissue	BQ225879	FUCA1	2.783
cytoplasmic polyadenylation element binding protein 4	N47682	CPEB4	2.782
sprouty homolog 2 (Drosophila)	AA453759	SPRY2	2.780
eukaryotic translation initiation factor 4 gamma, 3	AA457547	EIF4G3	2.778
methionine-tRNA synthetase	S40706	MARS	2.777
integrin, alpha 8	R87964	ITGA8	2.766
nuclear receptor binding factor 2	N30573	NRBF2	2.758
protein disulfide isomerase related protein (calcium-binding protein, intestinal-related)	N59626	ERP70	2.750
protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 11 (Noonan syndrome 1)	AA995560	PTPN11	2.748
ERO1-like (S. cerevisiae)	AA186804	ERO1L	2.745
pre-B-cell colony enhancing factor 1	AA489629	PBEF1	2.745
similar to CGI-148 protein	AA974173	LOC201158	2.745
SPARC-like 1 (mast9, hevin)	AA490694	SPARCL1	2.736
tubulointerstitial nephritis antigen	AI632018	TINAG	2.717
BTG family, member 3	N52496	BTG3	2.710
sel-1 suppressor of lin-12-like (C. elegans)	AA482286	SEL1L	2.695
	unknown		2.664
integrin beta 3 binding protein (beta3-endonexin)	AA043806	ITGB3BP	2.659
thyroid hormone receptor associated protein 6	AI682392	THRAP6	2.656
TAF5-like RNA polymerase II, p300/CBP-associated factor (PCAF)-associated factor, 65kDa	AA055932	TAF5L	2.653
	AA448685		2.651
	AA450123		2.646
leucine rich repeat containing 17	AA423944	LRRC17	2.643
thioredoxin reductase 1	AA464849	TXNRD1	2.642
attractin	AA683500	ATRN	2.639
ARF protein	AL704620	LOC51326	2.639
solute carrier family 22 (organic cation transporter), member 5	AI933276	SLC22A5	2.636
phosphonoformate immuno-associated protein 5	N59893	PFAAP5	2.630
NADH dehydrogenase (ubiquinone) 1 beta subcomplex, 5, 16kDa	N93053	NDUFB5	2.624
	N95121		2.615
syntaxin binding protein 1	AA702799	STXBP1	2.610
hypothetical protein MGC11061	R24222	MGC11061	2.596
general transcription factor IIA, 2, 12kDa	T55801	GTF2A2	2.585
	unknown		2.585
	unknown		2.583
small acidic protein	AA490281	SMAP	2.577
ubiquitin fusion degradation 1-like	NM_005659	UFD1L	2.576
nexilin (F actin binding protein)	S67069	NEXN	2.572
cornichon homolog (Drosophila)	AA521110	CNIH	2.571
Ras homolog enriched in brain	AA482117	RHEB	2.570
vesicle docking protein p115	AA504342	VDP	2.569
phosphatidylinositol glycan, class A (paroxysmal nocturnal hemoglobinuria)	AA424735	PIGA	2.565
START domain containing 4, sterol regulated	H52247	STARD4	2.560
	unknown		2.554
peroxisomal biogenesis factor 5	AA873073	PEX5	2.553
	AA485426		2.550
hypothetical protein MGC39900	N91887	MGC39900	2.547
solute carrier family 7 (cationic amino acid transporter, y+ system), member 9	AI672274	SLC7A9	2.543
nuclear factor (erythroid-derived 2)-like 2	AA629687	NFE2L2	2.540
cAMP responsive element binding protein-like 2	N53406	CREBL2	2.537
popeye domain containing 2	AA099855	POPDC2	2.537
nuclear factor of activated T-cells 5, tonicity-responsive	AA703115	NFAT5	2.536
transmembrane trafficking protein	T63521	TMP21	2.535
gamma-glutamyl hydrolase (conjugase, folylpolygammaglutamyl hydrolase)	AA456621	GGH	2.535
lung type-I cell membrane-associated glycoprotein	AA046430	T1A-2	2.533
sterol carrier protein 2	M75883	SCP2	2.526
fibronectin 1	X02761	FN1	2.525
chromosome 18 open reading frame 25	W49491	C18orf25	2.519
CDC-like kinase 1	AA040427	CLK1	2.517
zinc finger protein 217	AI559473	ZNF217	2.514
glutaredoxin (thioltransferase)	AA291163	GLRX	2.508
guanine nucleotide binding protein (G protein), gamma 10	AA460286	GNG10	2.508
	unknown		2.507
	AI681562		2.505
ubiquitin specific protease 16	AA489619	USP16	2.501
tumor protein, translationally-controlled 1	AI671926	TPT1	2.500
VAMP (vesicle-associated membrane protein)-associated protein A, 33kDa	BQ027194	VAPA	2.499
centromere protein C 1	BQ008112	CENPC1	2.496
	T67128		2.484
	unknown		2.480
FLJ42280 protein	H85464	FLJ42280	2.476
deleted in liver cancer 1	AA679864	DLC1	2.471
cytochrome P450, family 26, subfamily A, polypeptide 1	R51021	CYP26A1	2.468
	unknown		2.466
	R43544		2.466
guanine nucleotide binding protein (G protein), beta polypeptide 2-like 1	BQ446589	GNB2L1	2.465
synuclein, alpha (non A4 component of amyloid precursor)	AA455067	SNCA	2.465
for protein disulfide isomerase-related	AA404387	PDIR	2.460
KIAA1627 protein	BQ009931	KIAA1627	2.459
endothelial differentiation, sphingolipid G-protein-coupled receptor, 5	BQ018550	EDG5	2.437
mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting protein 1	AA676885	MAP2K1IP1	2.435
	R66101		2.435
Sec61 beta subunit	H73928	SEC61B	2.433
ras homolog gene family, member E	AA443302	ARHE	2.432
	unknown		2.430
BH3 interacting domain death agonist	AA190401	BID	2.428
claudin 4	AA430665	CLDN4	2.424
	AA425791		2.422
EphB2	W72792	EPHB2	2.419
SHC (Src homology 2 domain containing) transforming protein 1	T50498	SHC1	2.418
	S82300		2.417
cytochrome c oxidase subunit VIc	AA456931	COX6C	2.415
NADH dehydrogenase (ubiquinone) 1 beta subcomplex, 6, 17kDa	AA032077	NDUFB6	2.410
ATPase, H+ transporting, lysosomal 16kDa, V0 subunit c	AA486138	ATP6V0C	2.408
inhibitor of growth family, member 1-like	AI564029	ING1L	2.406
ATP synthase, H+ transporting, mitochondrial F1 complex, epsilon subunit	AA700688	ATP5E	2.404
	AA133155		2.404
	H58873		2.402
dihydropyrimidinase-like 2	AA487460	DPYSL2	2.401
deleted in lymphocytic leukemia, 2	N25204	DLEU2	2.400
von Hippel-Lindau binding protein 1	AA426341	VBP1	2.399
thioredoxin-like 1	AA078976	TXNL1	2.396
pleiomorphic adenoma gene-like 2	AA704187	PLAGL2	2.391
four and a half LIM domains 2	AA995282	FHL2	2.386
thioredoxin domain containing 3 (spermatozoa)	AI459325	TXNDC3	2.386
fragile X mental retardation 1	N48355	FMR1	2.384
	AA418293		2.374
beta-casein-like protein	H03961	BCLP	2.369
kelch repeat and BTB (POZ) domain containing 10	BM977128	KBTBD10	2.368
mitochondrial ribosomal protein S30	N33236	MRPS30	2.367
	H18630		2.365
nascent-polypeptide-associated complex alpha polypeptide	X80909	NACA	2.364
STAM binding protein	AA454618	STAMBP	2.359
prefoldin 4	AA253430	PFDN4	2.358
splicing factor 3b, subunit 4, 49kDa	AA699361	SF3B4	2.355
UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 7 (GalNAc-T7)	AI681849	GALNT7	2.355
	AA134814		2.348
defective in sister chromatid cohesion homolog 1 (S. cerevisiae)	AA843451	MGC5528	2.347
telomeric repeat binding factor 2, interacting protein	AA434068	TERF2IP	2.342
CDK2-associated protein 1	R78607	CDK2AP1	2.340
	BQ028893		2.338
pleiomorphic adenoma gene-like 1	AA463204	PLAGL1	2.335
sprouty homolog 1, antagonist of FGF signaling (Drosophila)	AA055440	SPRY1	2.329
family with sequence similarity 20, member B	AA419200	FAM20B	2.329
tubulin, beta polypeptide	AW081868	TUBB	2.329
forkhead box D1	AA069372	FOXD1	2.326
regulator of G-protein signalling 10	AA709036	RGS10	2.326
calcium modulating ligand	AA521411	CAMLG	2.326
hypothetical protein FLJ38973	AA291137	FLJ38973	2.325
ATP-binding cassette, sub-family B (MDR/TAP), member 1	AA455911	ABCB1	2.324
KIAA0087 gene product	AA001536	KIAA0087	2.324
methylene tetrahydrofolate dehydrogenase (NAD+ dependent), methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase	AI361330	MTHFD2	2.321
POU domain, class 2, transcription factor 2	N49616	POU2F2	2.320
FLJ46041 protein	BG958144	FLJ46041	2.309
adaptor-related protein complex 3, sigma 1 subunit	AA460727	AP3S1	2.303
fibroblast growth factor (acidic) intracellular binding protein	BF697677	FIBP	2.302
CDC20 cell division cycle 20 homolog (S. cerevisiae)	AA598776	CDC20	2.300
CDC5 cell division cycle 5-like (S. pombe)	U86753	CDC5L	2.299
	unknown		2.298
von Hippel-Lindau binding protein 1	U56833	VBP1	2.295
growth hormone inducible transmembrane protein	AA401686	GHITM	2.289
histone acetyltransferase 1	AA625662	HAT1	2.287
signal sequence receptor, beta (translocon-associated protein beta)	AW075097	SSR2	2.286
LOC388789 (LOC388789), mRNA	AA873152		2.279
ATP synthase, H+ transporting, mitochondrial F1 complex, epsilon subunit	AA700688	ATP5E	2.277
amino-terminal enhancer of split	AA485742	AES	2.276
topoisomerase I binding, arginine/serine-rich	AA628154	TOPORS	2.275
ankyrin 3, node of Ranvier (ankyrin G)	AA677185	ANK3	2.274
signal recognition particle 19kDa	AA411407	SRP19	2.270
IGF-II mRNA-binding protein 3	AA011347	IMP-3	2.269
	AA699908		2.268
tumor necrosis factor receptor superfamily, member 11b (osteoprotegerin)	AA194983	TNFRSF11B	2.265
	N47786		2.264
lactate dehydrogenase B	Y00711	LDHB	2.260
angiomotin like 2	W46944	AMOTL2	2.255
mitochondrial ribosomal protein L50	AA700090	MRPL50	2.253
coproporphyrinogen oxidase	AA700808	CPOX	2.252
schwannomin interacting protein 1	AA708955	SCHIP1	2.249
SEC24 related gene family, member D (S. cerevisiae)	AA449107	SEC24D	2.249
	AI014781		2.242
vimentin	AA487812	VIM	2.239
syntaxin binding protein 3	R20770	STXBP3	2.236
NADH dehydrogenase (ubiquinone) 1 alpha subcomplex, 4, 9kDa	AA680322	NDUFA4	2.234
complement component 8, beta polypeptide	T68274	C8B	2.232
intraflagellar transport protein IFT20	N62562	LOC90410	2.231
myocilin, trabecular meshwork inducible glucocorticoid response	AI971049	MYOC	2.230
polo-like kinase 2 (Drosophila)	AA460152	PLK2	2.230
dynein, cytoplasmic, light polypeptide 1	U32944	DNCL1	2.230
	AA458838		2.229
gamma-aminobutyric acid (GABA) A receptor, alpha 1	AA776176	GABRA1	2.228
exostoses (multiple)-like 3	AA431813	EXTL3	2.227
chromatin assembly factor 1, subunit B (p60)	U20980	CHAF1B	2.221
proteasome (prosome, macropain) subunit, alpha type, 4	AA116060	PSMA4	2.219
chloride intracellular channel 4	AA634261	CLIC4	2.217
spindlin family, member 2	AI361166	SPIN2	2.217
	H22854		2.217
TCDD-inducible poly(ADP-ribose) polymerase	AA707871	TIPARP	2.213
Sec23 homolog A (S. cerevisiae)	AA406332	SEC23A	2.211
oral-facial-digital syndrome 1	N57749	OFD1	2.210
HSV-1 stimulation-related gene 1	AA788970	HSRG1	2.208
Similar to RIKEN cDNA 6530401L14 gene (LOC400342), mRNA	N63575		2.205
cellular repressor of E1A-stimulated genes	T71991	CREG	2.202
endothelial PAS domain protein 1	AA680300	EPAS1	2.200
UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 1 (GalNAc-T1)	N51653	GALNT1	2.197
putative nucleic acid binding protein RY-1	AA293192	RY1	2.196
Ras-related GTP binding A	AA406613	RRAGA	2.196
procollagen-proline, 2-oxoglutarate 4-dioxygenase (proline 4-hydroxylase), beta polypeptide (protein disulfide isomerase; thyroid hormone binding protein p55)	AA426212	P4HB	2.196
myosin, heavy polypeptide 9, non-muscle	AI285142	MYH9	2.191
FGFR1 oncogene partner	AA865712	FGFR1OP	2.190
major histocompatibility complex, class II, DQ beta 2	T96731	HLA-DQB2	2.190
cyclin G2	AA489647	CCNG2	2.188
WD repeat domain 20	AI684696	WDR20	2.188
prefoldin 1	AI872406	PFDN1	2.186
	H66070		2.186
sorting nexin 4	AI818235	SNX4	2.186
ubiquitin-conjugating enzyme E2, J1 (UBC6 homolog, yeast)	N57554	UBE2J1	2.185
catenin (cadherin-associated protein), alpha-like 1	NM_003798	CTNNAL1	2.183
protein kinase (cAMP-dependent, catalytic) inhibitor alpha	AA281667	PKIA	2.183
ubiquitin-conjugating enzyme E2B (RAD6 homolog)	AA598492	UBE2B	2.182
t-complex-associated-testis-expressed 1-like 1	N22889	TCTEL1	2.180
	AA126313		2.179
peptidylglycine alpha-amidating monooxygenase	R66310	PAM	2.179
solute carrier family 3 (activators of dibasic and neutral amino acid transport), member 2	J03569	SLC3A2	2.179
	AA424503		2.176
ring finger protein 103	AA425020	RNF103	2.174
	BQ010525		2.173
	unknown		2.172
	AA496804		2.172
MCF.2 cell line derived transforming sequence	N23406	MCF2	2.171
interferon-related developmental regulator 1	T97762	IFRD1	2.171
	BQ307144		2.171
RAB1A, member RAS oncogene family	M28209	RAB1A	2.170
mitogen-activated protein kinase 8 interacting protein 1	R41732	MAPK8IP1	2.170
ring finger protein (C3H2C3 type) 6	N57005	RNF6	2.168
glioma-amplified sequence-41	T62072	GAS41	2.167
small nuclear ribonucleoprotein polypeptide E	X12466	SNRPE	2.167
hypothetical protein LOC157570	AA992658	LOC157570	2.161
guanylate binding protein 3	R78509	GBP3	2.161
CDC23 (cell division cycle 23, yeast, homolog)	AI246736	CDC23	2.154
SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily d, member 3	AA053810	SMARCD3	2.151
heat shock 70kDa protein 1B	AA443039	HSPA1B	2.151
signal transducer and activator of transcription 1, 91kDa	BM977450	STAT1	2.149
scaffold attachment factor B2	T48741	SAFB2	2.147
basic leucine zipper nuclear factor 1 (JEM-1)	R43576	BLZF1	2.145
sterol-C5-desaturase (ERG3 delta-5-desaturase homolog, fungal)-like	AA216528	SC5DL	2.145
acetyl-Coenzyme A acetyltransferase 1 (acetoacetyl Coenzyme A thiolase)	AI871665	ACAT1	2.144
activated RNA polymerase II transcription cofactor 4	U12979	PC4	2.141
PRP4 pre-mRNA processing factor 4 homolog B (yeast)	AA598779	PRPF4B	2.141
ribosomal protein L31	BQ478496	RPL31	2.140
protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 6	AW073615	PTPN6	2.134
	U19932		2.133
calmegin	AA778675	CLGN	2.130
cleavage stimulation factor, 3' pre-RNA, subunit 3, 77kDa	AA465143	CSTF3	2.130
lectin, galactoside-binding, soluble, 3 (galectin 3)	AA630328	LGALS3	2.129
	BM803998		2.126
	unknown		2.123
	AI282021		2.122
thymine-DNA glycosylase	AA496947	TDG	2.121
sex comb on midleg-like 1 (Drosophila)	AI537061	SCML1	2.121
catenin (cadherin-associated protein), alpha 1, 102kDa	AA676957	CTNNA1	2.114
mature T-cell proliferation 1	AA029308	MTCP1	2.114
serine palmitoyltransferase, long chain base subunit 1	AA488447	SPTLC1	2.112
	unknown		2.111
cofilin 2 (muscle)	W47364	CFL2	2.109
	N90703		2.109
fibronectin 1	BQ183875	FN1	2.107
COMM domain containing 3	AA700739	COMMD3	2.107
ADP-ribosylation factor-like 1	N51280	ARL1	2.106
thioredoxin domain containing 9	AB006679	TXNDC9	2.105
likely ortholog of rat vacuole membrane protein 1	BG678060	VMP1	2.104
serine palmitoyltransferase, long chain base subunit 1	Y08685	SPTLC1	2.103
ribosomal protein L22	AI688090	RPL22	2.102
translocation associated membrane protein 1	AA452556	TRAM1	2.102
	J05016		2.102
transcription factor (p38 interacting protein)	AA443098	P38IP	2.099
putative small membrane protein NID67	BM681441	NID67	2.098
	N57754		2.097
hypothetical protein FLJ13352	AA988755	FLJ13352	2.095
abhydrolase domain containing 5	AA733195	ABHD5	2.094
sulfotransferase family 1E, estrogen-preferring, member 1	AA449459	SULT1E1	2.093
RAD23 homolog B (S. cerevisiae)	AA489678	RAD23B	2.093
acyl-Coenzyme A dehydrogenase, long chain	R66006	ACADL	2.092
ubiquitin-like 3	AA490497	UBL3	2.092
nucleoporin 155kDa	R21737	NUP155	2.092
cysteine-rich, angiogenic inducer, 61	AA777187	CYR61	2.091
Ngg1 interacting factor 3 like 1 binding protein 1	W70065	NIF3L1BP1	2.090
15 kDa selenoprotein	AA521350	15-Sep	2.089
caldesmon 1	AJ223812	CALD1	2.088
human immunodeficiency virus type I enhancer binding protein 1	AA442780	HIVEP1	2.088
brain expressed X-linked 2	AA464180	BEX2	2.087
CD164 antigen, sialomucin	AA598561	CD164	2.085
	AA424743		2.084
	unknown		2.082
growth differentiation factor 5 (cartilage-derived morphogenetic protein-1)	AI143816	GDF5	2.081
v-raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1	W88566	BRAF	2.079
programmed cell death 10	R68555	PDCD10	2.078
	AA455070		2.077
polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide K, 7.0kDa	AA458646	POLR2K	2.077
AT rich interactive domain 3B (BRIGHT- like)	AA907181	ARID3B	2.075
FK506 binding protein 5	BQ014697	FKBP5	2.073
	AA455108		2.073
thioredoxin	J04026	TXN	2.072
serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade E (nexin, plasminogen activator inhibitor type 1), member 2	N59721	SERPINE2	2.072
leukotriene A4 hydrolase	AA465366	LTA4H	2.071
ubiquitously-expressed transcript	AA401736	UXT	2.067
aquaporin 2 (collecting duct)	AI075049	AQP2	2.066
pannexin 1	AA428957	PANX1	2.066
zinc finger protein, X-linked	AA406372	ZFX	2.065
fibroblast growth factor 12	H44861	FGF12	2.064
ribosomal protein S12	AW074920	RPS12	2.064
collagen, type III, alpha 1 (Ehlers-Danlos syndrome type IV, autosomal dominant)	BQ300334	COL3A1	2.064
tumor susceptibility gene 101	AA670215	TSG101	2.063
cylindromatosis (turban tumor syndrome)	AA732842	CYLD	2.063
methyl-CpG binding domain protein 2	AA428341	MBD2	2.063
dolichyl-phosphate mannosyltransferase polypeptide 1, catalytic subunit	AA004759	DPM1	2.060
retinoic acid receptor, beta	AA419238	RARB	2.060
	AA608582		2.060
	BQ477317		2.059
	unknown		2.059
procollagen-proline, 2-oxoglutarate 4-dioxygenase (proline 4-hydroxylase), alpha polypeptide II	W49522	P4HA2	2.056
	W91881		2.056
lysyl oxidase-like 2	AA676458	LOXL2	2.056
desmocollin 3	AW377891	DSC3	2.055
	AA287318		2.054
G protein-coupled receptor 19	H07878	GPR19	2.053
centrin, EF-hand protein, 2	N72193	CETN2	2.051
	H72122		2.050
vacuolar protein sorting 24 (yeast)	AA481443	VPS24	2.044
serine/threonine kinase 38	AA521346	STK38	2.043
heat shock 60kDa protein 1 (chaperonin)	BQ440301	HSPD1	2.041
proteasome (prosome, macropain) activator subunit 2 (PA28 beta)	D45248	PSME2	2.038
vitamin D receptor interacting protein	AA454015	VDRIP	2.038
SH3-domain GRB2-like 1	AA398366	SH3GL1	2.038
CDC28 protein kinase regulatory subunit 1B	AA459292	CKS1B	2.037
guanine nucleotide binding protein (G protein), alpha inhibiting activity polypeptide 3	AA490256	GNAI3	2.037
Similar to Phosphoglycerate mutase 1 (Phosphoglycerate mutase isozyme B) (PGAM-B) (BPG-dependent PGAM 1) (LOC144483), mRNA	AA676970		2.035
guanine nucleotide binding protein (G protein), gamma 10	AA460286	GNG10	2.035
breast carcinoma amplified sequence 2	R43634	BCAS2	2.034
cytochrome c oxidase subunit VIIa polypeptide 2 (liver)	AI002403	COX7A2	2.032
SMAD, mothers against DPP homolog 4 (Drosophila)	AA456439	SMAD4	2.032
mitochondrial ribosomal protein S25	N57555	MRPS25	2.031
ERO1-like (S. cerevisiae)	AA186804	ERO1L	2.031
BCL2-associated athanogene 2	AA418744	BAG2	2.031
NACHT, leucine rich repeat and PYD containing 1	AA961383	NALP1	2.030
ATPase, H+ transporting, lysosomal 56/58kDa, V1 subunit B, isoform 2	AA877194	ATP6V1B2	2.029
lymphocyte antigen 64 homolog, radioprotective 105kDa (mouse)	AA521460	LY64	2.029
KIAA0052 protein	D29641	KIAA0052	2.028
myosin regulatory light chain MRCL3	AI954996	MRCL3	2.028
ankyrin repeat and IBR domain containing 1	N49261	ANKIB1	2.027
ubiquitin carboxyl-terminal esterase L3 (ubiquitin thiolesterase)	M30496	UCHL3	2.027
four and a half LIM domains 1	AA455925	FHL1	2.025
mitogen-activated protein kinase kinase 4	AA293365	MAP2K4	2.025
PC4 and SFRS1 interacting protein 1	AA227982	PSIP1	2.025
protein (peptidyl-prolyl cis/trans isomerase) NIMA-interacting, 4 (parvulin)	AA418383	PIN4	2.024
catenin (cadherin-associated protein), alpha-like 1	AA621315	CTNNAL1	2.022
T-cell activation leucine repeat-rich protein	R41498	TA-LRRP	2.022
melanoma antigen, family F, 1	AA425302	MAGEF1	2.018
	AA281932		2.017
APG12 autophagy 12-like (S. cerevisiae)	R77916	APG12L	2.016
periostin, osteoblast specific factor	BQ270472	POSTN	2.015
proteasome (prosome, macropain) 26S subunit, ATPase, 6	AA424315	PSMC6	2.014
NADH dehydrogenase (ubiquinone) 1 alpha subcomplex, 11, 14.7kDa	AA973224	NDUFA11	2.013
presenilin 1 (Alzheimer disease 3)	AA411814	PSEN1	2.011
slingshot 2	N94357	SSH2	2.011
glycoprotein A33 (transmembrane)	AA055811	GPA33	2.011
suppression of tumorigenicity 7	AA864226	ST7	2.011
signal recognition particle 14kDa (homologous Alu RNA binding protein)	AW078956	SRP14	2.009
synaptosomal-associated protein, 29kDa	AI869697	SNAP29	2.008
xeroderma pigmentosum, complementation group A	AA453300	XPA	2.008
transformation/transcription domain-associated protein	AF076974	TRRAP	2.007
phosphoprotein enriched in astrocytes 15	AA293653	PEA15	2.006
armadillo repeat containing, X-linked 3	AA476494	ARMCX3	2.005
source of immunodominant MHC-associated peptides	AA708422	SIMP	2.004
mitochondrial ribosomal protein S31	R51362	MRPS31	2.003
M-phase phosphoprotein 6	AA478524	MPHOSPH6	2.001

[표 1-2] 하향 조절 유전자

Gene Name	Accession no.	Gene symbol	Mean intensity
Methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+dependent)	AA633577	MTHFD1	0.158
Polo-like kinase 1 (Drosophila)	AA629262	PLK1	0.172
CSE1 chromosome segregation 1-like (yeast)	N69204	CSE1L	0.180
Cell division cycle 25A homolog A (S. pombe)	H59260	CDC25A	0.198
PRP8 pre-mRNA processing factor 8 homolog (yeast)	AA679414	PRPF8	0.198
Polypyrimidine tract binding protein 1	AA677517	PTBP1	0.199
MYC-associated zinc finger protein	AA704613	MAZ	0.208
Huntingtin-associated protein interacting protein (duo)	AA682905	HAPIP	0.228
Citrate synthase	AA416759	CS	0.249
Treacher Collins-Franceschetti syndrome 1	AA457050	TCOF1	0.258
Chaperonin containing TCP1, subunit 3	AW075457	CCT3	0.260
Polo-like kinase 1 (Drosophila)	AA629262	PLK1	0.262
Exportin 1 (CRM1 homolog, yeast)	T59055	XPO1	0.262
Cytoskeleton-associated protein 4	AA598787	CKAP4	0.270
Coagulation factor II (thrombin)	T62075	F2	0.278
Ribosomal protein L36a	BQ477367	RPL36A	0.285
Heat shock 70kDa protein 1B	AI963715	HSPA1B	0.289
Calreticulin	H99170	CALR	0.291
IMP (inosine monophosphate) dehydrogenase 2	N73268	IMPDH2	0.296
KIAA0427	U55962	KIAA0427	0.296
Baculoviral IAP repeat-containing 5 (survivin)	AA460685	BIRC5	0.299
Stress-induced-phosphoprotein 1(Hsp70/Hsp90-organizing protein)	AA487427	STIP1	0.311
Nuclear receptor subfamily 0, group B, member 1	BF911094	NR0B1	0.314
SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily c, member 1	AA872122	SMARCC1	0.318
Suppressor of Ty 16 homolog (S. cerevisiae)	AA488340	SUPT16H	0.318
Erythrocyte membrane protein band 4.1 like 5	AA287041	EPB41L5	0.326
Transgelin 2	H08564	TAGLN2	0.326
Nucleosome assembly protein 1-like 4	H92201	NAP1L4	0.327
CTP synthase	H09614	CTPS	0.328
Pescadillo homolog 1, containing BRCT domain (zebrafish)	R13806	PES1	0.330
Lumican	BE677159	LUM	0.330
Aortic preferentially expressed protein 1	R25020	APEG1	0.332
Chaperonin containing TCP1, subunit 7	AA676588	CCT7	0.333
Ras-GTPase activating protein SH3 domain-binding protein 2	AA151214	G3BP2	0.340
Aurora kinase B	AA071486	AURKB	0.342
Phosphomevalonate kinase	H09914	PMVK	0.343
Angiotensin I converting enzyme (peptidyl-dipeptidase A) 1	AA977625	ACE	0.344
Bromodomain containing 2	H72918	BRD2	0.344
Hypothetical protein LOC257106	BQ066503	LOC257106	0.347
Chromobox homolog 6	H23426	CBX6	0.348
Proteasome (prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 1	AI337262	PSMD1	0.349
Thyroid hormone receptor interactor 10	R49671	TRIP10	0.351
Topoisomerase (DNA) III alpha	N21546	TOP3A	0.356
Ubiquitin specific protease 7 (herpes virus-associated)	AA064638	USP7	0.356
Tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein, beta polypeptide	H62527	YWHAB	0.356
Ras homolog gene family, member C	AA025344	RHOC	0.359
Degenerative spermatocyte homolog, lipid desaturase (Drosophila)	W49667	DEGS1	0.359
Synaptotagmin binding, cytoplasmic RNA interacting protein	AA465343	SYNCRIP	0.361
Heat shock 70kDa protein 1-like	H17513	HSPA1L	0.363
Zinc finger protein 24 (KOX 17)	AI432302	ZNF24	0.363
Family with sequence similarity 38, member A	AA160695	FAM38A	0.363
Solute carrier family 38, member 2	R27457	SLC38A2	0.366
Cystatin A (stefin A)	NM_005213	CSTA	0.366
Interferon-related developmental regulator 2	AA454813	IFRD2	0.366
KIAA0563 gene product	AL709350	KIAA0563	0.368
PCTAIRE protein kinase 1	AA283125	PCTK1	0.368
Synaptotagmin binding, cytoplasmic RNA interacting protein	AA186327	SYNCRIP	0.369
Kallikrein 5	W73140	KLK5	0.370
Membrane-bound transcription factor protease, site 1	BE904361	MBTPS1	0.371
Forkhead box A3	R99562	FOXA3	0.372
EphA1	N90246	EPHA1	0.375
Opioid receptor, sigma 1	W47485	OPRS1	0.376
Zinc finger protein 540	AA953445	ZNF540	0.379
Protocadherin gamma subfamily C, 3	R89615	PCDHGC3	0.380
Translocase of inner mitochondrial membrane 22 homolog (yeast)	BG714010	TIMM22	0.381
Protein phosphatase 2, regulatory subunit B (B56), alpha isoform	R59164	PPP2R5A	0.381
Hypothetical protein FLJ11127	NM_019018	FLJ11127	0.382
Ubiquitously transcribed TPR gene on Y chromosome	R70488	UTY	0.388
Heat shock 60kDa protein 1 (chaperonin)	M34664	HSPD1	0.385
Hypothetical protein H41	H99695	H41	0.385
Ribosomal protein L10	T67270	RPL10	0.388
Nuclear transport factor 2	N75595	NUTF2	0.389
Prohibitin	R60946	PHB	0.389
Ficolin (collagen/fibrinogen domain containing) 3 (Hakata antigen)	AA666363	FCN3	0.390
General transcription factor IIF, polypeptide 1, 74kDa	AA282092	GTF2F1	0.390
Ras homolog gene family, member J	W92400	RHOJ	0.391
Ubiquitin-activating enzyme E1	AA598670	UBE1	0.393
Establishment factor-like protein	AA953425	EFO1	0.394
Hypothetical protein DKFZp434M0331	N58405	DKFZp434M0331	0.394
Translin-associated factor X	AA477514	TSNAX	0.395
RNA binding motif protein 5	W73892	RBM5	0.396
DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 23	AA598470	DDX23	0.397
Secretory carrier membrane protein 3	R72518	SCAMP3	0.397
Rho GTPase activating protein 21	AB037845	ARHGAP21	0.397
Fasciculation and elongation protein zeta 2	N34095	FEZ2	0.397
Upstream regulatory element binding protein 1	AA446600	UREB1	0.398
serine/threonine kinase 6	R19158	STK6	0.400
	unknown		0.401
cytochrome P450, family 51, subfamily A, polypeptide 1	AA477781	CYP51A1	0.401
insulin-like growth factor binding protein 6	AA478724	IGFBP6	0.403
mitochondrial ribosomal protein L41	BQ230307	MRPL41	0.403
GLE1 RNA export mediator-like (yeast)	R41973	GLE1L	0.403
RNA binding motif protein 22	H61530	RBM22	0.403
poly(A) binding protein, cytoplasmic 4 (inducible form)	AA486221	PABPC4	0.405
hypothetical protein BC014000	W80702	LOC115509	0.405
	R45056		0.406
	AA917035		0.406
protein phosphatase 2 (formerly 2A), regulatory subunit B (PR 52), gamma isoform	N40919	PPP2R2C	0.407
	H58923		0.408
tetratricopeptide repeat domain 3	AA007509	TTC3	0.408
interferon-related developmental regulator 2	AA454813	IFRD2	0.408
laminin receptor 1 (ribosomal protein SA, 67kDa)	AA629897	LAMR1	0.409
tubulin, alpha 2	AA626698	TUBA2	0.409
	unknown		0.411
BCL2-antagonist/killer 1	H52673	BAK1	0.411
myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia 5 (trithorax homolog, Drosophila)	AA458938	MLL5	0.411
heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H1 (H)	R11019	HNRPH1	0.411
eukaryotic translation initiation factor 3, subunit 9 eta, 116kDa	AA676471	EIF3S9	0.413
radixin	AA479781	RDX	0.413
hypothetical protein MGC2749	AA490850	MGC2749	0.414
GDP dissociation inhibitor 2	R92806	GDI2	0.414
	AA953437		0.414
	N55175		0.415
	N95249		0.415
polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide D	H15431	POLR2D	0.416
protein tyrosine phosphatase, receptor type, N	R45941	PTPRN	0.417
eukaryotic translation elongation factor 2	R43766	EEF2	0.417
	BQ024700		0.418
splicing factor, arginine/serine-rich 1 (splicing factor 2, alternate splicing factor)	T65786	SFRS1	0.418
chaperonin containing TCP1, subunit 4 (delta)	AA598637	CCT4	0.419
protein phosphatase 1, regulatory (inhibitor) subunit 12A	AA669126	PPP1R12A	0.419
	H44873		0.420
	unknown		0.420
	unknown		0.421
	unknown		0.421
	AA055656		0.421
kinectin 1 (kinesin receptor)	AA459106	KTN1	0.421
growth factor receptor-bound protein 7	H53703	GRB7	0.421
	unknown		0.422
VAMP (vesicle-associated membrane protein)-associated protein B and C	BM968400	VAPB	0.423
	unknown		0.423
	unknown		0.423
	unknown		0.425
	AA252395		0.425
hypothetical protein MGC35261	AA977480	MGC35261	0.425
phosphodiesterase 1A, calmodulin-dependent	AA393408	PDE1A	0.425
	AA953474		0.425
sex comb on midleg-like 2 (Drosophila)	N71462	SCML2	0.426
	unknown		0.427
	unknown		0.427
cancer-associated nucleoprotein	AA960844	CANP	0.427
mutated in colorectal cancers	NM_002387	MCC	0.428
	H14810		0.428
	unknown		0.428
	unknown		0.428
upstream regulatory element binding protein 1	AA446600	UREB1	0.428
	unknown		0.429
catenin (cadherin-associated protein), delta 2 (neural plakophilin-related arm-repeat protein)	H04985	CTNND2	0.429
	unknown		0.429
	unknown		0.431
sterol regulatory element binding transcription factor 2	AA701914	SREBF2	0.432
protein kinase, cAMP-dependent, regulatory, type I, beta	AA485523	PRKAR1B	0.432
Clone IMAGE:5294645, mRNA	AA975494		0.433
	T81399		0.433
survival of motor neuron 1, telomeric	AA004858	SMN1	0.434
regulator of G-protein signalling 16	AA453774	RGS16	0.434
	N67487		0.434
	H66670		0.435
	BM850942		0.435
Zic family member 1 (odd-paired homolog, Drosophila)	AI358916	ZIC1	0.435
splicing factor 1	N46360	SF1	0.435
	AA939336		0.436
phosphoribosylglycinamide formyltransferase, phosphoribosylglycinamide synthetase, phosphoribosylaminoimidazole synthetase	AA598487	GART	0.436
protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 7	AA262719	PTPN7	0.436
similar to zinc finger protein	N47316	LOC147808	0.436
silver homolog (mouse)	N67770	SILV	0.437
interferon induced transmembrane protein 1 (9-27)	AA419251	IFITM1	0.438
lysyl oxidase	W60414	LOX	0.438
gamma-aminobutyric acid (GABA) A receptor, delta	H41122	GABRD	0.438
phosphomannomutase 1	AA156863	PMM1	0.438
interferon (alpha, beta and omega) receptor 1	N59150	IFNAR1	0.438
activator of basal transcription 1	AA480876	ABT1	0.438
	unknown		0.438
synaptonemal complex protein SC65	U47621	SC65	0.438
STIP1 homology and U-Box containing protein 1	AA775749	STUB1	0.438
epithelial cell transforming sequence 2 oncogene	AI031571	ECT2	0.438
histamine N-methyltransferase	N31452	HNMT	0.439
	unknown		0.439
interleukin 18 (interferon-gamma-inducing factor)	AI129421	IL18	0.441
protein kinase C, delta	AA496360	PRKCD	0.441
chromosome 11 open reading frame 13	AA970526	C11orf13	0.442
	unknown		0.443
poly(rC) binding protein 2	AA431440	PCBP2	0.443
dolichyl-phosphate mannosyltransferase polypeptide 2, regulatory subunit	AA773333	DPM2	0.443
	AA953773		0.444
Similar to 60S ribosomal protein L6 (TAX-responsive enhancer element binding protein 107) (TAXREB107) (Neoplasm-related protein C140) (LOC388460), mRNA	BG939831		0.444
hypothetical protein FLJ13855	AA445998	FLJ13855	0.444
	unknown		0.445
	unknown		0.445
hypothetical protein MGC16385	AA973193	MGC16385	0.445
	unknown		0.446
tumor necrosis factor, alpha-induced protein 1 (endothelial)	AA456314	TNFAIP1	0.446
CAAX box 1	W72596	CXX1	0.448
	unknown		0.448
	unknown		0.448
zinc finger protein 263	AA421783	ZNF263	0.448
CGI-146 protein	AA485439	PNAS-4	0.449
desmoplakin	H90899	DSP	0.449
enolase 1, (alpha)	AI001174	ENO1	0.449
RNA binding motif protein 9	AI346246	RBM9	0.449
	unknown		0.449
RB1-inducible coiled-coil 1	AA047435	RB1CC1	0.450
	N32201		0.451
proteasome (prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 1	D44466	PSMD1	0.451
ATP synthase, H+ transporting, mitochondrial F0 complex, subunit c (subunit 9), isoform 2	AA455126	ATP5G2	0.452
	unknown		0.452
	BQ336838		0.452
glutathione S-transferase A3	N30096	GSTA3	0.453
	H23963		0.453
nucleolin	N90109	NCL	0.453
melanoma antigen, family D, 2	AW073182	MAGED2	0.454
prolactin receptor	R63647	PRLR	0.454
	AA465236		0.455
nuclear receptor subfamily 0, group B, member 2	W90085	NR0B2	0.455
CD59 antigen p18-20 (antigen identified by monoclonal antibodies 16.3A5, EJ16, EJ30, EL32 and G344)	H60549	CD59	0.455
	unknown		0.455
solute carrier family 37 (glycerol-6-phosphate transporter), member 4	AA490159	SLC37A4	0.456
MADS box transcription enhancer factor 2, polypeptide D (myocyte enhancer factor 2D)	AA035144	MEF2D	0.456
	unknown		0.456
potassium voltage-gated channel, Shab-related subfamily, member 1	AA069770	KCNB1	0.457
	unknown		0.459
heat shock protein 75	AA497020	TRAP1	0.459
discs, large homolog 7 (Drosophila)	W93717	DLG7	0.460
tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein, epsilon polypeptide	N21624	YWHAE	0.460
microtubule-associated protein 4	AA130870	MAP4	0.461
protein phosphatase 5, catalytic subunit	N54551	PPP5C	0.461
glycoprotein (transmembrane) nmb	W72431	GPNMB	0.462
	unknown		0.462
	unknown		0.463
corticotropin releasing hormone receptor 1	H07088	CRHR1	0.463
hydroxysteroid (11-beta) dehydrogenase 2	W95082	HSD11B2	0.463
	H18668		0.464
	T48864		0.464
	unknown		0.464
PRKC, apoptosis, WT1, regulator	H99430	PAWR	0.464
breast cancer 1, early onset	H90415	BRCA1	0.465
erythrocyte membrane protein band 4.1 like 4B	H66877	EPB41L4B	0.465
	H60691		0.465
potassium channel, subfamily K, member 1	N62620	KCNK1	0.465
	unknown		0.465
phosphofructokinase, muscle	AA099169	PFKM	0.465
phosphoglycerate dehydrogenase like 1	T98497	PHGDHL1	0.466
POU domain, class 6, transcription factor 1	N63968	POU6F1	0.466
microtubule-associated protein 4	AA130870	MAP4	0.466
	AA975033		0.466
phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, type II, alpha	H93068	PIP5K2A	0.466
activating transcription factor 6	W87752	ATF6	0.467
nuclear transport factor 2	N75595	NUTF2	0.467
	AA677337		0.468
	H25895		0.470
neuropeptide FF-amide peptide precursor	AA460688	NPFF	0.470
collagen, type VI, alpha 1	AA046525	COL6A1	0.471
pellino homolog 1 (Drosophila)	BQ355895	PELI1	0.471
cytochrome b-245, alpha polypeptide	AA054546	CYBA	0.471
	T69164		0.472
	unknown		0.472
POU domain, class 2, transcription factor 1	AA977603	POU2F1	0.472
	H75531		0.472
solute carrier family 27 (fatty acid transporter), member 4	H16504	SLC27A4	0.473
	unknown		0.473
KIAA0100 gene product	D43947	KIAA0100	0.474
apoptosis inhibitor 5	AI972925	API5	0.474
HLA-G histocompatibility antigen, class I, G	AI565209	HLA-G	0.475
	AA953497		0.475
	T98612		0.475
iron-responsive element binding protein 2	AA133187	IREB2	0.476
amyloid beta (A4) precursor-like protein 2	H89664	APLP2	0.477
nuclear receptor subfamily 2, group F, member 6	AA666180	NR2F6	0.477
chitinase 3-like 1 (cartilage glycoprotein-39)	AA434115	CHI3L1	0.477
	unknown		0.477
	unknown		0.478
growth arrest-specific 2 like 1	R35292	GAS2L1	0.478
B7 homolog 3	N54338	B7H3	0.479
acetyl-Coenzyme A carboxylase beta	N34945	ACACB	0.479
C18B11 homolog (44.9kD)	R32439	C18B11	0.480
	unknown		0.480
hydroxyacyl-Coenzyme A dehydrogenase, type II	AA458661	HADH2	0.481
	unknown		0.481
	X51602		0.482
	unknown		0.483
membrane protein, palmitoylated 3 (MAGUK p55 subfamily member 3)	W44685	MPP3	0.483
insulin-like growth factor binding protein 5	T52830	IGFBP5	0.484
stomatin	R62817	STOM	0.484
a disintegrin-like and metalloprotease (reprolysin type) with thrombospondin type 1 motif, 4	AI889705	ADAMTS4	0.485
lectin, galactoside-binding, soluble, 14	N30757	LGALS14	0.486
activated leukocyte cell adhesion molecule	R13558	ALCAM	0.486
cell division cycle 2-like 1 (PITSLRE proteins)	AA287300	CDC2L1	0.486
actin related protein 2/3 complex, subunit 4, 20kDa	AI992284	ARPC4	0.486
fatty acid binding protein 7, brain	W72051	FABP7	0.486
prepronociceptin	AA283020	PNOC	0.486
	H17115		0.487
	X73428		0.487
copine I	AA459388	CPNE1	0.488
cadherin 6, type 2, K-cadherin (fetal kidney)	AA421819	CDH6	0.488
RAB5C, member RAS oncogene family	AA626178	RAB5C	0.488
	unknown		0.488
	unknown		0.489
	AA001614		0.489
calcium channel, voltage-dependent, L type, alpha 1D subunit	H29256	CACNA1D	0.489
tumor rejection antigen (gp96) 1	NM_003299	TRA1	0.489
zinc finger and BTB domain containing 33	AI151208	ZBTB33	0.490
RNA binding motif protein 10	D50912	RBM10	0.490
proteasome (prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 13	AI954093	PSMD13	0.490
phosphatase and actin regulator 1	AI363840	PHACTR1	0.490
RuvB-like 1 (E. coli)	AA521388	RUVBL1	0.490
adducin 3 (gamma)	AA461325	ADD3	0.491
	R70462		0.492
transformer-2 alpha	R09691	TRA2A	0.492
Era G-protein-like 1 (E. coli)	AA826237	ERAL1	0.492
outer dense fiber of sperm tails 3	AA977621	ODF3	0.492
	unknown		0.493
	AA954569		0.493
	AI014920		0.493
activating transcription factor 5	AA496253	ATF5	0.493
	H60824		0.494
	AA465236		0.494
recombining binding protein suppressor of hairless (Drosophila)	AA490980	RBPSUH	0.495
	N73510		0.496
potassium voltage-gated channel, shaker-related subfamily, member 1 (episodic ataxia with myokymia)	AA018214	KCNA1	0.496
N-acylaminoacyl-peptide hydrolase	D38441	APEH	0.497
branched chain aminotransferase 1, cytosolic	AI341427	BCAT1	0.497
cyclin-dependent kinase 4	AA664211	CDK4	0.498
adaptor-related protein complex 3, beta 1 subunit	AA678280	AP3B1	0.498
proteasome (prosome, macropain) 26S subunit, ATPase, 3	AA282230	PSMC3	0.498
progestin induced protein	AA960842	DD5	0.498
UDP-Gal:betaGlcNAc beta 1,4- galactosyltransferase, polypeptide 1	AA043796	B4GALT1	0.498
non-metastatic cells 1, protein (NM23A) expressed in	AA644092	NME1	0.498
	BG571204		0.499
PAI-1 mRNA-binding protein	AA975029	PAI-RBP1	0.500
breast cancer 1, early onset	H90415	BRCA1	0.500
ATPase, Na+/K+ transporting, beta 2 polypeptide	H14841	ATP1B2	0.500

실시예 3. 프로테오믹스 분석: 2-DE 및 MALDI - TOF (matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight) 분석법

'Park YD 등, J Dermatol Sci. 47: 9 17, 2007' 및 'Park YD 등, Proteomics 6: 1362 1370, 2006'에 기재된 바에 따라서 샘플 제작 및 2D-PAGE 분석을 수행하였다. 상기 실시예 1에서 제작된 형질감염 세포를 50 mM Tris buffer (7 M 우레아, 2 M 티오우레아, 4% CHAPS, 및 1 x protease inhibitor cocktail (Roche)을 포함) 내에서 수확하였다. 상기 용해물을 12,000xg에서 15 분동안 균질화시키고 원심분리하였다. 엔도뉴클리에이즈 (Sigma) 700 unit/mL을 상기 혼합물에 첨가하고, Bradford법에 의하여 정량한 후, -70℃에서 저장하였다.

2D-PAGE 분석을 위하여, pH 4-7 및 pH 6-9에 대한 IPG (mmobilized pH gradient) strips (Amersham Biosciences)를 스웰링버퍼 (swelling buffer; 7 M urea, 2 M thiourea, 0.4% DTT 및 4% CHAPS 포함)에서 재수화(rehydrate)시켰다. Multiphor II apparatus (Amersham Biosciences, total of 57 kVh)를 이용하여 상기 용해물 (500 ㎍)을 상기 재수화된 IPG strips 상에 cup-loading시켰다. 8-16% 선형 구배 SDS-폴리아크릴아마이드 젤 상에서 2D (two-dimensional) 분리를 수행하였다. 상기 젤을 5% 인산을 포함하는 40% 메탄올 용액에서 1시간 동안 고정시킨 후, 상기 젤을 콜로이드상 Coomassie Blue G-250 (Sigma)로 5시간동안 염색하였다. 상기 젤을 1% 아세트산에서 12 시간 동안 탈색(destaining)시킨 후, GS-710 imaging calibrated densitometer (Bio-Rad)를 이용하여 영상화하였다.

ImageMaster^TM 2D Plantinum Software (Amersham Biosciences)를 사용하여 단백질 스폿 탐지 및 2D 패턴 매칭을 수행하였다. 대조군과 목적 시료의 스폿 밀도를 비교하기 위하여, 전체 젤을 통하여 30개 이상의 스폿을 대응적으로 랜드마킹하고 정상화하였다. 적절한 젤 이미지를 얻기 위하여, 상기 과정을 반복하고 각각의 대조군 샘플 및 타이로시네이즈 과발현 샘플에 대하여 2D-PAGE 젤을 각각 2 쌍 수행하였다.

정상 HEK293 세포의 단백질 발현 패턴을 pH 4-7 범위에서 테스트하여, 단백질 스팟이 중성 pH 범위쪽으로 기울어지는 것을 확인하였다. 따라서, pH 6-9를 선정하여 적절한 단백질 패턴을 얻었다 (도 3 참조). 도 3 a 및 3b는 mock DNA 및 TYR로 각각 형질감염된 HEK293 세포의 2-DE 맵을 보여주는 것으로, 젤을 쿠마지 블루 G-250으로 염색하여 결과를 나타내었다. 도 3a는 pH 4-7에서의 정상 HEK293 세포에서의 결과를 보여주며, 도 3b는 pH 6-9에서의 mock DNA- 및 TYR-형질감염된 HEK293 세포에서의 결과를 보여준다. 두 쌍의 2-DE 젤을 수행하였다.

Voyager-DE STR 질량분석계 (PerSpective Biosystems, MA) 상에서 MALDI-TOF (matrix assisted laser desorption/ionisation time of flight) 질량 스펙트럼을 얻었다. ProFound 프로그램 (http://prowl.rockefeller.edu/)을 이용하여 SWISS-PROT 및 NCBI에 대한 단백질 검색 및 단백질 매칭을 수행하였다.

대조군으로서, mock DNA 형질감염된 HEK293 세포로부터 얻어진 단백체 (proteome)를 각각 TYR 과발현 HEK293 세포로부터 얻어진 단백체와 페어링시켰다. 이미지 분석, 질량분석, 펩타이드 매칭 및 단백질 검색을 통하여 젤을 분석하였다 (도 4 참조). 도 4는 TYR-과발현 HEK293 세포에서 상향 조절 및 하향 조절되는 단백질의 2-DE 이미지를 보여주는 것으로, a는 리보좀 단백질 PO-유사 단백질 (Ribosomal protein P0-like protein), b는 Fascin 1, c는 스플라이싱 인자 (Splicing factor) 3b 서브유닛 4, d는 아르기닐-tRNA 신테테이즈 (Arginyl-tRNA synthetase), e는 세린 하이드록시메틸-트랜스퍼레이즈 (Serine hydroxymethyl- transferase) 2 (미토콘드리아)를 표지한다.

그 결과, pH 6-9 범위에서 33개의 후보 단백질을 얻었으며, 이 중에서 3개의 단백질은 상향 조절되었고, 30개 단백질은 하향 조절되었다. 검출된 후보 단백질을 표 2-1에 나타내었다.

[표 2-1] mock DNA 과발현 대조군과 비교하여 TYR-과발현 HEK293 세포에서 특이적 변화를 보이는 단백질 리스트

Protein	Accession no.	Theoretical Mr. (kDa)/pI	Measured Mr. (kDa)/pI	Seq. coverage (%)	No. of matched peptides
Zinc finger protein 9^a	2136380 (A55499)	20.29/9.1	21/7.6	55	7
Serine hydroxymethyl-transferase 2 (mitochondrial)	19923315 (NP_005403)	56.54/9.2	56/7.6	43	18
ATP5A1 protein	24660110 (AAH39135)	61.05/9.3	60/7.3	37	16
26S proteasome regulatory subunit p55	28872765 (NP_777360)	51.06/8.2	55/6.8	33	17
Arginyl-tRNA synthetase	gi\|15149476 (NP_002878)	76.36/6.3	70/6.1	27	15
Threonyl-tRNA synthetase, cytoplasmic	20178337 (P26639)	83.28/6.2	85/6.1	21	12
Trifunctional purine biosynthetic protein adenosine-3	4503915 (NP_000810.1)	109.31/6.3	105/6.2	23	16
Eukaryotic translation elongation factor 2	4503483 (NP_001952)	96.54/6.3	97/6.6	26	17
Splicing factor 3b, subunit 1	6912654 (NP_036565)	146.72/6.6	145/6.6	20	16
Splicing factor 3b, subunit 4	5032069 (NP_005841)	44.44/8.5	49/7.8	24	7
ATP-dependent RNA helicase A (Nuclear DNA helicase II)	3915658 (Q08211)	142.49/6.3	140/6.3	21	19
Fascin 1^a	13623415 (AAH06304)	55.32/6.9	55/6.5	20	9
Coproporphyrinogen oxidase (EC 1.3.3.3) precursor, mitochondrial	2117539 (NP_000088.3)	40.98/6.7	40/6.7	35	11
Ribosomal protein P0-like protein^a	18490987 (NP_057267)	27.68/8.5	27/8.3	27	7
Ts11 cell cycle control protein	339987 (AAA36781)	62.81/6.7	62/6.3	31	17
EBNA-2 co-activator (100kD)	7657431 (NP_055205)	100.53/6.6	100/6.6	36	26
DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 1	4826686 (NP_004930)	83.62/6.8	85/6.8	41	26
Ribonucleotide reductase M1 subunit	5006420 (AAD37491)	91.16/6.6	90/6.5	17	12
Glutaminyl-tRNA synthetase	4826960 (NP_005042)	88.92/6.7	88/6.5	27	21
Protein transport protein Sec23A	2498885 (Q15436)	87.27/6.6	85/6.4	12	7
Keratin 1, type II, cytoskeletal	7428712 (NP_006112.3)	65.62/6.0	69/6.2	24	13
Radixin	4506467 (NP_002897)	68.69/6.0	69/6.0	21	13
Moesin	4505257 (NP_002435)	67.94/6.1	68/6.0	21	19
Heat shock protein 75	2865466 (AAC02679)	74.28/6.1	72/6.1	21	34
Transketolase	4507521 (NP_001055)	68.71/7.8	70/7.5	25	9
Chaperonin containing TCP1, subunit 6A	4502643 (NP_001753)	58.57/6.2	58/6.0	31	14
Smu-1 suppressor of mec-8 and unc-52 homolog	12804047 (AAH02876)	58.31/6.8	58/6.5	34	13
Aspartyl-tRNA synthetase	20178330 (P14868)	57.62/6.1	57/6.1	38	19
Platelet-activating factor acetylhydrolase, isoform Ib, alpha subunit	4557741 (NP_000421)	47.33/7.0	47/7.0	28	11
DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily A, member 1	4504511 (NP_001530)	45.77/6.7	47/6.7	43	10
Phosphoribosyl-aminoimidazole carboxylase	5453539 (NP_006443)	47.99/7.0	44/6.5	29	11
Actin related protein 2/3 complex subunit 2	5031599 (NP_005722)	34.46/6.8	35/6.75	22	8
Peroxiredoxin 1; natural killer-enhancing factor A	4505591 (NP_002565)	22.38/8.7	22/8.0	45	10

^a상향조절 단백질; 기호가 표시 안된 단백질은 하향 조절 단백질임.

실시예 5. 단백질-단백질 상호작용 (protein-protein interactions, PPI ) 분석

표 1-1 및 1-2에 기재된 것들을 포함하여 마이크로어레이에서 얻어진 805개의 후보 유전자를 모두 사용하여 PPI 예측을 수행하였다. PPI 분석은, 'Park YD, Park D, Bhak J, Yang JM. Proteomics Clin Appl 2: 290 300, 2008'에 기재된 바에 따라서, PSIMAP (protein structural interactome map) 및 PEIMAP (protein experimental interactome map)와 같은 주요 PPI 알고리즘을 이용하여 수행하였다.

TYR-유도 멜라닌생성에 있어서 총 66개 허브 유전자가 높은 상호작용 점수를 보이는 것으로 나타났다: 28개의 상향 조절 유전자 중에서 14개의 유전자가 PEIMAP와 PSIMAP 모두에서 중복적으로 관찰되었으며 (도 5a 내지 5c 참조), 38개의 하향 조절 유전자 중에서 18개의 유전자가 PEIMAP와 PSIMAP에서 중복적으로 관찰되었다 (도 6a 내지 6c 참조).

도 5a 내지 5c는 상향 조절 유전자의 PPI 맵핑 결과를 보여주는 것으로, 5a는 PEIMAP와 PSIMAP 모두에서 중복되는 맵핑 결과를, 5b는 PEIMAP의 맵핑 결과를, 5c는 PSIMAP의 맵핑 결과를 보여준다. 붉은색과 푸른색으로 표지된 것들이 허브 단백질을 나타낸다. 붉은색 단백질은 네트워크 내의 총 단백질 중 25% 이상과 상호작용하는 단백질로서 정의되며, 푸른색 단백질은 네트워크 내의 총 단백질의 20% 이상 25% 미만과 상호작용하는 단백질로서 정의된다. 데이터는 도 2로부터 얻었다. aiSee 프로그램 (http://www.aisee.com)을 사용하여 이미지화하였다.

도 6a 내지 6c는 하향 조절 유전자의 PPI 맵핑 결과를 보여주는 것으로, 6a는 PEIMAP와 PSIMAP 모두에서 중복되는 맵핑 결과를, 6b는 PEIMAP의 맵핑 결과를, 6c는 PSIMAP의 맵핑 결과를 보여준다. 붉은색과 푸른색 표지는 허브 단백질을 나타낸다. 다른 조건은 도 5a 내지 5c와 동일하다.

상기 얻어진 단백질의 코딩 유전자를 마이크로어레이 결과와 함께 표 3-1 및 3-2에 나타내었다.

[표 3-1] 상향 조절 유전자

Gene symbol	Gene name	Accession no.	Mean intensity	Prediction
DYNLL1	Dynein, light chain, LC8-type 1	U32944	2.230	PEIMAP (overlap)
HSPA1B	Heat shock 70kDa protein 1B	AA443039	2.151	PEIMAP (overlap)
RAD23B	RAD23 homolog B (S. cerevisiae)	AA489678	2.093	PEIMAP (overlap)
UBE2B	Ubiquitin-conjugating enzyme E2B (RAD6 homolog)	AA598492	2.182	PEIMAP (overlap)
RRAGA	Ras-related GTP binding A	AA406613	2.196	PSIMAP (overlap)
GBP3	Guanylate binding protein 3	R78509	2.161	PSIMAP (overlap)
GNB2L1	Guanine nucleotide binding protein, beta polypeptide 2-like 1	BQ446589	2.465	PSIMAP (overlap)
GNAI3	Guanine nucleotide binding protein, alpha inhibiting activity polypeptide 3	AA490256	2.037	PSIMAP (overlap)
PIN4	Protein (peptidyl-prolyl cis/trans isomerase) NIMA-interacting, 4 (parvulin)	AA418383	2.024	PSIMAP (overlap)
BRAF	v-raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1	W88566	2.079	PSIMAP (overlap)
STAT1	Signal transducer and activator of transcription 1, 91kDa	BM977450	2.149	PSIMAP (overlap)
GPA33	Glycoprotein A33 (transmembrane)	AA055811	2.011	PSIMAP (overlap)
ARL1	ADP-ribosylation factor-like 1	N51280	2.106	PEIMAP/ PSIMAP (overlap)
RAB1A	RAB1A, member RAS oncogene family	M28209	2.170	PEIMAP/ PSIMAP (overlap)
PSMC6	Proteasome (prosome, macropain) 26S subunit, ATPase, 6	AA424315	2.014	PEIMAP
SMAD4	SMAD, mothers against DPP homolog 4 (Drosophila)	AA456439	2.032	PEIMAP
CETN2	Centrin, EF-hand protein, 2	N72193	2.051	PEIMAP
MRLC3	Myosin, light polypeptide, regulatory, non-sarcomeric (20kD)	AI954996	2.028	PEIMAP
TAF5L	TAF5-like RNA polymerase II, p300/CBP-associated factor (PCAF)-associated factor, 65kDa	AA055932	2.653	PSIMAP
MCF2	MCF2 cell line derived transforming sequence	N23406	2.171	PSIMAP
ST7	Suppression of tumorigenicity 7	AA864226	2.011	PSIMAP
PEX5	Peroxisomal biogenesis factor 5	AA873073	2.553	PSIMAP
CSTF3	Cleavage stimulation factor, 3' pre-RNA, subunit 3, 77kDa	AA465143	2.130	PSIMAP
MYH9	Myosin, heavy polypeptide 9, non-muscle	AI285142	2.191	PSIMAP
IQGAP1	IQ motif containing GTPase activating protein 1	AA598496	3.309	PSIMAP
MAP2K4	Mitogen-activated protein kinase kinase 4	AA293365	2.025	PSIMAP
STK38	Serine/threonine kinase 38	AA521346	2.043	PSIMAP
PTPN6	Protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 6	AW073615	2.134	PSIMAP

[표 3-1] 하향 조절 유전자

Gene symbol	Gene name	Accession no.	Mean intensity	Prediction
HSPA1A	Heat shock 70kDa protein 1A	AI963715	0.289	PEIMAP (overlap)
HSPA1L	Heat shock 70kDa protein 1-like	H17513	0.363	PEIMAP (overlap)
YWHAE	Tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein, epsilon polypeptide	N21624	0.460	PEIMAP (overlap)
ALCAM	Activated leukocyte cell adhesion molecule	R13558	0.486	PSIMAP (overlap)
SPEG	Aortic preferentially expressed protein 1	R25020	0.332	PSIMAP (overlap)
PRKCD	Protein kinase C, delta	AA496360	0.441	PSIMAP (overlap)
KALRN	Huntingtin-associated protein interacting protein (duo)	AA682905	0.228	PSIMAP (overlap)
MPP3	Membrane protein, palmitoylated 3 (MAGUK p55 subfamily member 3)	W44685	0.483	PSIMAP (overlap)
RGS16	Regulator of G-protein signalling 16	AA453774	0.434	PSIMAP (overlap)
GRB7	Growth factor receptor-bound protein 7	H53703	0.421	PSIMAP (overlap)
RHOJ	Ras homolog gene family, member J	W92400	0.391	PSIMAP (overlap)
RHOC	Ras homolog gene family, member C	AA025344	0.359	PSIMAP (overlap)
EEF2	Eukaryotic translation elongation factor 2	R43766	0.417	PSIMAP (overlap)
KRAS	v-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma 2 viral oncogene homolog	N95249	0.415	PSIMAP (overlap)
RAB5C	RAB5C, member RAS oncogene family	AA626178	0.488	PSIMAP (overlap)
ERAL1	Era G-protein-like 1 (E. coli)	AA826237	0.492	PSIMAP (overlap)
PABPC4	Poly(A) binding protein, cytoplasmic 4 (inducible form)	AA486221	0.405	PSIMAP (overlap)
G3BP2	Ras-GTPase activating protein SH3 domain-binding protein 2	AA151214	0.340	PSIMAP (overlap)
ABT1	Activator of basal transcription 1	AA480876	0.438	PSIMAP
RBM9	RNA binding motif protein 9	AI346246	0.449	PSIMAP
TRA2A	Transformer-2 alpha	R09691	0.492	PSIMAP
NCL	Nucleolin	N90109	0.453	PSIMAP
SYNCRIP	Synaptotagmin binding, cytoplasmic RNA interacting protein	AA465343	0.361	PSIMAP
HNRPH1	Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H1 (H)	R11019	0.411	PSIMAP
SFRS1	Splicing factor, arginine/serine-rich 1 (splicing factor 2, alternate splicing factor)	T65786	0.418	PSIMAP
RBM10	RNA binding motif protein 10	D50912	0.490	PSIMAP
KIAA0427	KIAA0427	U55962	0.296	PSIMAP
RBM22	RNA binding motif protein 22	H61530	0.403	PSIMAP
PTBP1	Polypyrimidine tract binding protein 1	AA677517	0.199	PSIMAP
ECT2	Epithelial cell transforming sequence 2 oncogene	AI031571	0.438	PSIMAP
ARHGAP21	Rho GTPase activating protein 21	AB037845	0.397	PSIMAP
PLK1	Polo-like kinase 1 (Drosophila)	AA629262	0.172	PSIMAP
EPHA1	EphA1	N90246	0.375	PSIMAP
PCTK1	PCTAIRE protein kinase 1	AA283125	0.368	PSIMAP
AURKA	Serine/threonine kinase 6	R19158	0.400	PSIMAP
AURKB	Aurora kinase B	AA071486	0.342	PSIMAP
CDC2L1	Cell division cycle 2-like 1 (PITSLRE proteins)	AA287300	0.486	PSIMAP

^b리스트는 도 5의 결과로부터 얻어진 것이며,

^c리스트는 도 6의 결과로부터 얻어진 것이다.

상기 표 3-1 및 3-2에 열거된 유전자 대응 단백질 중에서 BRAF (Bleached Red Algae Fiber), STAT1 (Signal Transducers and Activators of Transcription 1), PRKCD (Protein Kinase C, Delta) 등과 같은 몇몇 유전자들은 멜라닌생성 및/또는 타이로시네이즈와 관련 있는 것으로 알려져 있는 것들이다. 이러한 결과는 예측된 단백체들이 TYR-유도 멜라닌생성과 관련된 것으로 알려져 있는 유전자뿐 아니라 새롭게 알려진 유전자의 분자적 메커니즘 분석에 사용 가능함을 의미하는 것이라 할 수 있다.

실시예 6. Yeast-two hybridization

타이로시네이즈 관련 유전자 스크리닝을 위한 Yeast two- hybridization 시험을 수행하였다. 타이로시네이즈(NP_000363.1)를 인코딩하는 cDNA를 pLexA 벡터 (Clontech)에 서브클로닝하여 bait plasmid를 제작하였다. EGY48 효모 균주 (Clontech)를 상기 bait plasmid와 인간 태아 뇌 (Clontech)로부터 유래하는 two-hybrid cDNA 라이브러리로 형질전환시켰다. 약 106개의 형질전환체를 스크리닝하였고, 양성 클론을 선별하여 트립토판, 히스티딘, 우라실 및 류신 결핍 배지(Clontech)에서 증식시키고, 베타-갈락토시다아제 활성을 테스트하였다.

GAL4 시스템과 HaCaT 라이브러리를 통한 yeast two-hybridization 스크리닝 수행에 의하여, 타이로시네이즈와 상호작용할 것으로 생각되는 몇 개의 후보 단백질을 선정하였다.

이들 후보 단백질 중에서, 3개의 단백질이 cDNA 마이크로어레이 결과와 부합하는 것으로 나타났다. 상기 3개의 단백질의 코딩 유전자를 표 4에 나타내었다.

[표 4] yeast-two hybridization 결과와 비교하여 매칭된 유전자

Gene name	Accession no.	Gene symbol	Mean intensity
Four and a half LIM domains 2	AA995282	FHL2	2.386
Cytochrome b-245, alpha polypeptide	AA054546	CYBA	0.471
RNA binding motif protein 9	AI346246	RBM9	0.449

이들 유전자에 더하여, 다음의 몇 개의 유전자들이 마이크로어레이 결과와는 부합하지 않지만 yeast two-hybridization 스크리닝에서 타이로시네이즈와 상호작용하는 것으로 확인되었다: SCAMP4 (secretory carrier protein 4), 케라틴 (keratin) 13, ARHGDIA (Rho GDP dissociation inhibitor alpha), MGC8721 (hypothetical), POLD4 (putative DNA polymerase delta p38 subunit), 플라코글로빈 (plakoglobin), 및 이가 양이온 내성 단백질 (divalent cation tolerant protein, CUTA) 등.

2-fold cutoff로의 중요성과 관계 없이, SLC27A4 (solute carrier family 27 (fatty acid transporter) member 4) 및 지방산 결합 단백질 7 (FABP7)과 같은 두 개의 지방산 관련 유전자가 멜라닌생성과 밀접한 관련이 있는 것으로 확인 되었으며, 상기 유전자들은 마이크로어레이 데이터에서 2배 이상 하향 조절되는 것으로 나타났다. 기존에 지방산은 타이로시네이즈 생성의 반대 조절 (negative regulation)에 수반되는 것으로 알려져 있기 때문에 이러한 결과는 매우 흥미로운 것이며, 고도로 색소침착된 세포 조건을 만들기 위해서 상기 유전자들이 하향 조절되도록 프로그램된 것으로 생각할 수 있다.

도 1은 TYR-형질감염 HEK293 세포에 대한 DOPA 옥시데이즈에 대한 에세이 결과를 보여주는 것이다.

도 2는 cDNA 마이크로어레이 결과를 나타낸 것이다.

도 3a 및 3b는 mock DNA 및 TYR로 각각 형질감염된 HEK293 세포의 2-DE 맵을 보여주는 것이다.

도 4는 TYR-과발현 HEK293 세포에서 상향 조절 및 하향 조절되는 단백질의 2-DE 이미지를 보여주는 것이다.

도 5a 내지 5c는 상향 조절 유전자에 대한 PPI 맵핑 결과를 보여주는 것이다.

도 6a 내지 6c는 하향 조절 유전자에 대한 PPI 맵핑 결과를 보여주는 것이다.

Claims

RBM9 (GeneBank 등재번호: AI346246) 유전자로부터 얻어지는 mRNA에 상보적인 서열을 갖는 올리고뉴클레오타이드 프로브; 및

상기 유전자에 의하여 코딩되는 단백질을 검출하기 위한 항체

로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함하는

멜라닌 과다생성 검출용 조성물.

제1항에 있어서, 상기 조성물은 추가적으로

표 1a, 표 1b, 표 3a 및 표 3b 에 기재된 유전자로부터 얻어지는 mRNA에 상보적인 서열을 갖는 올리고뉴클레오타이드 프로브;

표 1a, 표 1b, 표 3a 및 표 3b 에 기재된 유전자에 의하여 코딩되는 단백질을 검출하기 위한 항체;

표 2a 및 표 2b 에 기재된 단백질을 코딩하는 유전자로부터 얻어지는 mRNA에 상보적인 서열을 갖는 올리고뉴클레오타이드 프로브; 및

표 2a 및 표 2b 에 기재된 단백질을 검출하기 위한 항체;

로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함하는

멜라닌 과다생성 검출용 조성물.

[표 1a]

Gene
symbol Gene name Accession no. DNAJB9 DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily B, member 9 AA446477 HERPUD1 Homocysteine-inducible, endoplasmic reticulum stress-inducible, ubiquitin-like domain member 1 D14695 GBE1 Glucan (1,4-alpha-), branching enzyme 1 R09069 NUCB2 Nucleobindin 2 AA485214 DNAJB11 DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily B, member 11 AA505075 LFNG Lunatic fringe homolog (Drosophila) R56562 PEA15 Phosphoprotein enriched in astrocytes 15 X86809 TRA1 Tumor rejection antigen (gp96) 1 AA598758 TRIM38 Tripartite motif-containing 38 AA195036 DC2 DC2 protein AA001745 RNP24 Coated vesicle membrane protein AA476282 GOLGA3 Golgi autoantigen, golgin subfamily a, 3 AA663910 RPS8 Ribosomal protein S8 BQ436783 LOC201158 Similar to CGI-148 protein AA974173 PRELP Proline arginine-rich end leucine-rich repeat protein AA434342 SERPINI1 Serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade I (neuroserpin), member 1 AA115877 CBX4 Chromobox homolog 4 H10012 ASNS Asparagine synthetase AA894927 NDUFB5 NADH dehydrogenase (ubiquinone) 1 beta subcomplex, 5, 16kDa BQ004065 SAP18 Sin3-associated polypeptide, 18kDa R18237 GNG10 Guanine nucleotide binding protein (G protein), gamma 10 U31383 IQGAP1 IQ motif containing GTPase activating protein 1 AA598496 PRNP Prion protein (p27-30) AA455969 CREG Cellular repressor of E1A-stimulated genes T71991 SMARCD2 SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily d, member 2 AA478436 LOC51149 Truncated calcium binding protein AW074995 KLHL2 Kelch-like 2, Mayven (Drosophila) AI348818 DNAJC12 DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily C, member 12 W33161 PLOD2 Procollagen-lysine, 2-oxoglutarate 5-dioxygenase (lysine hydroxylase) 2 AA136707 ANXA1 Annexin A1 H63077 ACP1 Acid phosphatase 1, soluble W45148 CTBP2 C-terminal binding protein 2 T55997 SLC35A5 Solute carrier family 35, member A5 AA983410 NPC2 Niemann-Pick disease, type C2 AA630449 PTP4A1 Protein tyrosine phosphatase type IVA, member 1 AA482287 ATBF1 AT-binding transcription factor 1 AA281616 DOC-1R Tumor suppressor deleted in oral cancer-related 1 AA457108 XBP1 X-box binding protein 1 AA394240 BET1 BET1 homolog (S. cerevisiae) H54289 SEC61G Sec61 gamma subunit W96107 TUSC3 Tumor suppressor candidate 3 N66008 MAD1L1 MAD1 mitotic arrest deficient-like 1 (yeast) AA718910 NAP1L1 Nucleosome assembly protein 1-like 1 AA167113

[표 2a]

단백질 Accession no. Fascin 1 13623415 (AAH06304) Ribosomal protein P0-like protein 18490987 (NP_057267)

[표 3a]

Gene symbol Gene name Accession no. DYNLL1 Dynein, light chain, LC8-type 1 U32944 HSPA1B Heat shock 70kDa protein 1B AA443039 RAD23B RAD23 homolog B (S. cerevisiae) AA489678 UBE2B Ubiquitin-conjugating enzyme E2B (RAD6 homolog) AA598492 RRAGA Ras-related GTP binding A AA406613 GBP3 Guanylate binding protein 3 R78509 GNB2L1 Guanine nucleotide binding protein, beta polypeptide 2-like 1 BQ446589 GNAI3 Guanine nucleotide binding protein, alpha inhibiting activity polypeptide 3 AA490256 PIN4 Protein (peptidyl-prolyl cis/trans isomerase) NIMA-interacting, 4 (parvulin) AA418383 GPA33 Glycoprotein A33 (transmembrane) AA055811 ARL1 ADP-ribosylation factor-like 1 N51280 RAB1A RAB1A, member RAS oncogene family M28209 PSMC6 Proteasome (prosome, macropain) 26S subunit, ATPase, 6 AA424315 CETN2 Centrin, EF-hand protein, 2 N72193 MRLC3 Myosin, light polypeptide, regulatory, non-sarcomeric (20kD) AI954996 TAF5L TAF5-like RNA polymerase II, p300/CBP-associated factor (PCAF)-associated factor, 65kDa AA055932 MCF2 MCF2 cell line derived transforming sequence N23406 ST7 Suppression of tumorigenicity 7 AA864226 PEX5 Peroxisomal biogenesis factor 5 AA873073 CSTF3 Cleavage stimulation factor, 3' pre-RNA, subunit 3, 77kDa AA465143 MYH9 Myosin, heavy polypeptide 9, non-muscle AI285142 IQGAP1 IQ motif containing GTPase activating protein 1 AA598496 MAP2K4 Mitogen-activated protein kinase kinase 4 AA293365 STK38 Serine/threonine kinase 38 AA521346 PTPN6 Protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 6 AW073615

[표 1b]

Gene symbol Gene Name Accession no. MTHFD1 Methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+dependent) AA633577 PLK1 Polo-like kinase 1 (Drosophila) AA629262 CSE1L CSE1 chromosome segregation 1-like (yeast) N69204 CDC25A Cell division cycle 25A homolog A (S. pombe) H59260 PRPF8 PRP8 pre-mRNA processing factor 8 homolog (yeast) AA679414 PTBP1 Polypyrimidine tract binding protein 1 AA677517 MAZ MYC-associated zinc finger protein AA704613 HAPIP Huntingtin-associated protein interacting protein (duo) AA682905 CS Citrate synthase AA416759TCOF1Treacher Collins-Franceschetti syndrome 1AA457050 CCT3 Chaperonin containing TCP1, subunit 3 AW075457 PLK1 Polo-like kinase 1 (Drosophila) AA629262 XPO1 Exportin 1 (CRM1 homolog, yeast) T59055 CKAP4 Cytoskeleton-associated protein 4 AA598787 RPL36A Ribosomal protein L36a BQ477367 HSPA1B Heat shock 70kDa protein 1B AI963715 CALR Calreticulin H99170 IMPDH2 IMP (inosine monophosphate) dehydrogenase 2 N73268 KIAA0427 KIAA0427 U55962 STIP1 Stress-induced-phosphoprotein 1(Hsp70/Hsp90-organizing protein) AA487427 NR0B1 Nuclear receptor subfamily 0, group B, member 1 BF911094 SMARCC1 SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily c, member 1 AA872122 SUPT16H Suppressor of Ty 16 homolog (S. cerevisiae) AA488340 EPB41L5 Erythrocyte membrane protein band 4.1 like 5 AA287041 TAGLN2 Transgelin 2 H08564 NAP1L4 Nucleosome assembly protein 1-like 4 H92201 CTPS CTP synthase H09614 PES1 Pescadillo homolog 1, containing BRCT domain (zebrafish) R13806 LUM Lumican BE677159 APEG1 Aortic preferentially expressed protein 1 R25020 CCT7 Chaperonin containing TCP1, subunit 7 AA676588 G3BP2 Ras-GTPase activating protein SH3 domain-binding protein 2 AA151214 AURKB Aurora kinase B AA071486 PMVK Phosphomevalonate kinase H09914 BRD2 Bromodomain containing 2 H72918 LOC257106 Hypothetical protein LOC257106 BQ066503 CBX6 Chromobox homolog 6 H23426 PSMD1 Proteasome (prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 1 AI337262 TRIP10 Thyroid hormone receptor interactor 10 R49671 TOP3A Topoisomerase (DNA) III alpha N21546 USP7 Ubiquitin specific protease 7 (herpes virus-associated) AA064638 YWHAB Tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein, beta polypeptide H62527 RHOC Ras homolog gene family, member C AA025344 DEGS1 Degenerative spermatocyte homolog, lipid desaturase (Drosophila) W49667 SYNCRIP Synaptotagmin binding, cytoplasmic RNA interacting protein AA465343
HSPA1L Heat shock 70kDa protein 1-like H17513 ZNF24 Zinc finger protein 24 (KOX 17) AI432302 FAM38A Family with sequence similarity 38, member A AA160695 SLC38A2 Solute carrier family 38, member 2 R27457 CSTA Cystatin A (stefin A) NM_005213 IFRD2 Interferon-related developmental regulator 2 AA454813 KIAA0563 KIAA0563 gene product AL709350 PCTK1 PCTAIRE protein kinase 1 AA283125 SYNCRIP Synaptotagmin binding, cytoplasmic RNA interacting protein AA186327 MBTPS1 Membrane-bound transcription factor protease, site 1 BE904361 FOXA3 Forkhead box A3 R99562 EPHA1 EphA1 N90246 OPRS1 Opioid receptor, sigma 1 W47485 ZNF540 Zinc finger protein 540 AA953445 PCDHGC3 Protocadherin gamma subfamily C, 3 R89615 TIMM22 Translocase of inner mitochondrial membrane 22 homolog (yeast) BG714010 PPP2R5A Protein phosphatase 2, regulatory subunit B (B56), alpha isoform R59164 FLJ11127 Hypothetical protein FLJ11127 NM_019018 UTY Ubiquitously transcribed TPR gene on Y chromosome R70488 HSPD1 Heat shock 60kDa protein 1 (chaperonin) M34664 H41 Hypothetical protein H41 H99695 RPL10 Ribosomal protein L10 T67270 NUTF2 Nuclear transport factor 2 N75595 PHB Prohibitin R60946 FCN3 Ficolin (collagen/fibrinogen domain containing) 3 (Hakata antigen) AA666363 GTF2F1 General transcription factor IIF, polypeptide 1, 74kDa AA282092 RHOJ Ras homolog gene family, member J W92400 UBE1 Ubiquitin-activating enzyme E1 AA598670 EFO1 Establishment factor-like protein AA953425 DKFZp434M0331 Hypothetical protein DKFZp434M0331 N58405 TSNAX Translin-associated factor X AA477514 RBM5 RNA binding motif protein 5 W73892 DDX23 DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 23 AA598470 SCAMP3 Secretory carrier membrane protein 3 R72518 ARHGAP21 Rho GTPase activating protein 21 AB037845 FEZ2 Fasciculation and elongation protein zeta 2 N34095 UREB1 Upstream regulatory element binding protein 1 AA446600

[표 2b]

단백질 Accession no. Serine hydroxymethyl-transferase 2 (mitochondrial) 19923315 (NP_005403) ATP5A1 protein 24660110 (AAH39135) 26S proteasome regulatory subunit p55 28872765 (NP_777360) Arginyl-tRNA synthetase gi|15149476 (NP_002878) Threonyl-tRNA synthetase, cytoplasmic 20178337 (P26639) Trifunctional purine biosynthetic protein adenosine-3 4503915 (NP_000810.1) Eukaryotic translation elongation factor 2 4503483 (NP_001952) Splicing factor 3b, subunit 1 6912654 (NP_036565) Splicing factor 3b, subunit 4 5032069 (NP_005841) ATP-dependent RNA helicase A (Nuclear DNA helicase II) 3915658 (Q08211) Coproporphyrinogen oxidase (EC 1.3.3.3) precursor, mitochondrial 2117539 (NP_000088.3) Ts11 cell cycle control protein 339987 (AAA36781) EBNA-2 co-activator (100kD) 7657431 (NP_055205) DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 1 4826686 (NP_004930) Ribonucleotide reductase M1 subunit 5006420 (AAD37491) Glutaminyl-tRNA synthetase 4826960 (NP_005042) Protein transport protein Sec23A 2498885 (Q15436) Radixin 4506467 (NP_002897) Moesin 4505257 (NP_002435) Heat shock protein 75 2865466 (AAC02679) Chaperonin containing TCP1, subunit 6A 4502643 (NP_001753) Smu-1 suppressor of mec-8 and unc-52 homolog 12804047 (AAH02876) Aspartyl-tRNA synthetase 20178330 (P14868) Platelet-activating factor acetylhydrolase, isoform Ib, alpha subunit 4557741 (NP_000421) DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily A, member 1 4504511 (NP_001530) Phosphoribosyl-aminoimidazole carboxylase 5453539 (NP_006443) Actin related protein 2/3 complex subunit 2 5031599 (NP_005722) Peroxiredoxin 1; natural killer-enhancing factor A 4505591 (NP_002565)

[표 3b]

Gene symbol Gene name Accession no. HSPA1A Heat shock 70kDa protein 1A AI963715 HSPA1L Heat shock 70kDa protein 1-like H17513 YWHAE Tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein, epsilon polypeptide N21624 ALCAM Activated leukocyte cell adhesion molecule R13558 SPEG Aortic preferentially expressed protein 1 R25020 KALRN Huntingtin-associated protein interacting protein (duo) AA682905 MPP3 Membrane protein, palmitoylated 3 (MAGUK p55 subfamily member 3) W44685 RGS16 Regulator of G-protein signalling 16 AA453774 RHOJ Ras homolog gene family, member J W92400 RHOC Ras homolog gene family, member C AA025344 EEF2 Eukaryotic translation elongation factor 2 R43766 KRAS v-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma 2 viral oncogene homolog N95249 RAB5C RAB5C, member RAS oncogene family AA626178 ERAL1 Era G-protein-like 1 (E. coli) AA826237 PABPC4 Poly(A) binding protein, cytoplasmic 4 (inducible form) AA486221 G3BP2 Ras-GTPase activating protein SH3 domain-binding protein 2 AA151214 ABT1 Activator of basal transcription 1 AA480876 TRA2A Transformer-2 alpha R09691 NCL Nucleolin N90109 SYNCRIP Synaptotagmin binding, cytoplasmic RNA interacting protein AA465343 HNRPH1 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H1 (H) R11019 SFRS1 Splicing factor, arginine/serine-rich 1 (splicing factor 2, alternate splicing factor) T65786 RBM10 RNA binding motif protein 10 D50912 KIAA0427 KIAA0427 U55962 RBM22 RNA binding motif protein 22 H61530 PTBP1 Polypyrimidine tract binding protein 1 AA677517 ARHGAP21 Rho GTPase activating protein 21 AB037845 PLK1 Polo-like kinase 1 (Drosophila) AA629262 EPHA1 EphA1 N90246 PCTK1 PCTAIRE protein kinase 1 AA283125 AURKA Serine/threonine kinase 6 R19158 AURKB Aurora kinase B AA071486 CDC2L1 Cell division cycle 2-like 1 (PITSLRE proteins) AA287300

제1항 또는 제2항의 조성물을 포함하는 멜라닌 과다생성 검출용 바이오칩.
멜라닌 과다생성의 진단에 필요한 정보를 제공하기 위하여, 피검체로부터 얻은 시료에서 멜라닌 과다생성 마커 RBM9 (GeneBank 등재번호: AI346246) 유전자 또는 단백질의 발현 정도를 측정하여 이를 정상 시료에서의 해당 유전자 또는 단백질의 발현 정도와 비교하는 단계를 포함하는, 멜라닌 과다생성 마커를 검출하는 방법.
제4항에 있어서, 추가적으로

피검체로부터 얻은 시료에서 제2항에 기재된 유전자 및 단백질로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 멜라닌 과다생성 마커의 발현 정도를 측정하여 이를 정상 시료에서의 해당 유전자 또는 단백질의 발현 정도와 비교하는 단계를 포함하는

멜라닌 과다생성 마커를 검출하는 방법.
색소성 피부질환의 진단에 필요한 정보를 제공하기 위하여, 피검체로부터 얻은 시료에서 색소성 피부질환 마커 RBM9 (GeneBank 등재번호: AI346246) 유전자 또는 단백질의 발현 정도를 측정하여 이를 정상 시료에서의 해당 유전자 또는 단백질의 발현 정도와 비교하는 단계를 포함하는, 색소성 피부질환 마커를 검출하는 방법.
제6항에 있어서, 추가적으로

피검체로부터 얻은 시료에서 제2항에 기재된 유전자 및 단백질로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 색소성 피부질환 마커의 발현 정도를 측정하여 이를 정상 시료에서의 해당 유전자 또는 단백질의 발현 정도와 비교하는 단계를 포함하는,

색소성 피부질환 마커를 검출하는 방법.
후보물질을 생검 시료와 접촉시키는 단계;

상기 후보물질 접촉된 시료에서의 RBM9 (GeneBank 등재번호: AI346246) 유전자 또는 단백질의 발현 정도를 측정하는 단계;

상기 후보물질 접촉된 시료에서 측정된 발현 정도를 후보물질 접촉되지 않은 시료에서의 해당 유전자 또는 단백질의 발현 정도와 비교하는 단계; 및

상기 비교 결과 후보물질 접촉된 시료에서의 RBM9 (GeneBank 등재번호: AI346246) 유전자 또는 단백질의 발현 정도가 후보물질 접촉되지 않은 시료에서의 해당 유전자 또는 단백질의 발현 정도보다 감소된 경우, 상기 후보물질을 멜라닌 과다생성 유발 인자로 판단하는 단계

를 포함하는 멜라닌 과다생성 유발인자 탐색 방법.
제8항에 있어서, 추가적으로

후보물질을 생검 시료와 접촉시키는 단계;

상기 후보물질 접촉된 시료에서 제2항에 기재된 유전자 및 단백질로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 발현 정도를 측정하는 단계;

상기 후보물질 접촉된 시료에서 측정된 발현 정도를 후보물질 접촉되지 않은 시료에서의 해당 유전자 또는 단백질의 발현 정도와 비교하는 단계; 및

상기 비교 결과 후보물질 접촉된 시료에서 제2항의 표 1a 및 표 3a에 기재된 유전자 및 상기 유전자에 의하여 코딩되는 단백질, 및 표 2a의 단백질 및 상기 단백질을 코딩하는 유전자로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 발현 정도가 후보물질 접촉되지 않은 시료에서의 해당 유전자 또는 단백질 발현 정도보다 증가된 경우, 또는 후보물질 접촉된 시료에서의 제2항의 표 1b 및 표 3b에 기재된 유전자 및 상기 유전자에 의하여 코딩되는 단백질, 및 표 2b의 단백질 및 상기 단백질을 코딩하는 유전자로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 발현 정도가 후보물질 접촉되지 않은 시료에서의 해당 유전자 또는 단백질의 발현 정도보다 감소된 경우, 상기 후보물질을 멜라닌 과다생성 유발 인자로 판단하는 단계

를 포함하는 멜라닌 과다생성 유발인자 탐색 방법.
후보물질을 멜라닌 과다생성 시료와 접촉시키는 단계;

상기 후보물질 접촉된 멜라닌 과다생성 시료에서의 RBM9 (GeneBank 등재번호: AI346246) 유전자 또는 단백질의 발현 정도를 측정하는 단계;

상기 후보물질 접촉된 멜라닌 과다생성 시료에서 측정된 발현 정도를 후보물질 접촉되지 않은 멜라닌 과다생성 시료에서의 해당 유전자 또는 단백질의 발현 정도와 비교하는 단계; 및

상기 비교 결과 후보물질 접촉된 멜라닌 과다생성 시료에서의 RBM9 (GeneBank 등재번호: AI346246) 유전자 또는 단백질의 발현 정도가 후보물질 접촉되지 않은 멜라닌 과다생성 시료에서의 해당 유전자 또는 단백질 발현 정도보다 증가된 경우, 상기 후보물질을 멜라닌 생성 저해제로 판단하는 단계

를 포함하는 멜라닌 생성 저해제 탐색 방법.
제10항에 있어서, 추가적으로

후보물질을 멜라닌 과다생성 시료와 접촉시키는 단계;

상기 후보물질 접촉된 멜라닌 과다생성 시료에서 제2항에 기재된 유전자 및 단백질로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 발현 정도를 측정하는 단계;

상기 후보물질 접촉된 멜라닌 과다생성 시료에서 측정된 발현 정도를 후보물질 접촉되지 않은 멜라닌 과다생성 시료에서의 해당 유전자 또는 단백질의 발현 정도와 비교하는 단계; 및

상기 비교 결과 후보물질 접촉된 멜라닌 과다생성 시료에서 제2항의 표 1a 및 표 3a에 기재된 유전자 및 상기 유전자에 의하여 코딩되는 단백질, 및 표 2a의 단백질 및 상기 단백질을 코딩하는 유전자로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 발현 정도가 후보물질 접촉되지 않은 시료에서의 해당 유전자 또는 단백질 발현 정도보다 감소된 경우, 또는 후보물질 접촉된 시료에서의 제2항의 표 1b 및 표 3b에 기재된 유전자 및 상기 유전자에 의하여 코딩되는 단백질, 및 표 2b의 단백질 및 상기 단백질을 코딩하는 유전자로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 발현 정도가 후보물질 접촉되지 않은 시료에서의 해당 유전자 또는 단백질의 발현 정도보다 증가된 경우, 상기 후보물질을 멜라닌 생성 저해제로 판단하는 단계

를 포함하는 멜라닌 생성 저해제 탐색 방법.
후보물질을 멜라닌 과다생성 시료와 접촉시키는 단계;

상기 후보물질 접촉된 멜라닌 과다생성 시료에서의 RBM9 (GeneBank 등재번호: AI346246) 유전자 또는 단백질의 발현 정도를 측정하는 단계;

상기 후보물질 접촉된 멜라닌 과다생성 시료에서 측정된 발현 정도를 후보물질 접촉되지 않은 멜라닌 과다생성 시료에서의 해당 유전자 또는 단백질의 발현 정도와 비교하는 단계; 및

상기 비교 결과 후보물질 접촉된 멜라닌 과다생성 시료에서의 RBM9 (GeneBank 등재번호: AI346246) 유전자 또는 단백질의 발현 정도가 후보물질 접촉되지 않은 멜라닌 과다생성 시료에서의 해당 유전자 또는 단백질 발현 정도보다 증가된 경우, 상기 후보물질을 멜라닌 생성 저해제로 판단하는 단계

를 포함하는 색소성 피부질환 치료제 탐색 방법.
제12항에 있어서, 추가적으로

후보물질을 멜라닌 과다생성 시료와 접촉시키는 단계;

상기 후보물질 접촉된 멜라닌 과다생성 시료에서 제2항에 기재된 유전자 및 단백질로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 발현 정도를 측정하는 단계;

상기 후보물질 접촉된 멜라닌 과다생성 시료에서 측정된 발현 정도를 후보물질 접촉되지 않은 멜라닌 과다생성 시료에서의 해당 유전자 또는 단백질의 발현 정도와 비교하는 단계; 및

상기 비교 결과 후보물질 접촉된 멜라닌 과다생성 시료에서 제2항의 표 1a 및 표 3a에 기재된 유전자 및 상기 유전자에 의하여 코딩되는 단백질, 및 표 2a의 단백질 및 상기 단백질을 코딩하는 유전자로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 발현 정도가 후보물질 접촉되지 않은 시료에서의 해당 유전자 또는 단백질 발현 정도보다 감소된 경우, 또는 후보물질 접촉된 시료에서의 제2항의 표 1b, 및 표 3b에 기재된 유전자 및 상기 유전자에 의하여 코딩되는 단백질, 및 표 2b의 단백질 및 상기 단백질을 코딩하는 유전자로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 발현 정도가 후보물질 접촉되지 않은 시료에서의 해당 유전자 또는 단백질의 발현 정도보다 증가된 경우, 상기 후보물질을 멜라닌 생성 저해제로 판단하는 단계

를 포함하는 색소성 피부질환 치료제 탐색 방법.