KR100682923B1 - 허들 dna와 인공적인 미스매치가 도입된 프로브를이용한 단일 염기 미스매치에 대한 구별 향상 방법 - Google Patents
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Abstract
Description
[1] (정상 프로브 세트) | |
제1프로브 제2프로브 | 표면 5'-ATGACAATGAGTATGCCTA-3'(서열번호 1) 표면 5'-ATGACAATCAGTATGCCTA-3'(서열번호 2) |
[2] (1개 염기를 인공적으로 변형시킨 프로브 세트) | |
제1프로브 제2프로브 | 표면 5'-ATGTCAATGAGTATGCCTA-3'(서열번호 3) 표면 5'-ATGTCAATCAGTATGCCTA-3'(서열번호 4) |
[3] (정상 프로브 세트 + 허들 DNA 도입) | |
제1프로브 제2프로브 | 표면 5'-ATGACAATGAGTATGCCTA-3'(서열번호 1) 3'-GTTACTCATACGGAT-5'(허들 DNA)(서열번호 5) 표면 5'-ATGACAATCAGTATGCCTA-3'(서열번호 2) 3'-GTTACTCATACGGAT-5'(허들 DNA)(서열번호 6) |
[4] (1개 염기를 인공적으로 변형시킨 프로브 세트 + 허들 DNA 도입) | |
제1프로브 제2프로브 | 표면 5'-ATGTCAATGAGTATGCCTA-3'(서열번호 3) 3'-GTTACTCATACGGAT-5'(허들 DNA)(서열번호 5) 표면 5'-ATGTCAATCAGTATGCCTA-3'(서열번호 4) 3'-GTTACTCATACGGAT-5'(허들 DNA)(서열번호 6) |
[1] (정상 프로브 세트) | |
제1프로브 제2프로브 | 표면 5'-cccccTCCCCCCTgtcagca-3'(서열번호 8) 표면 5'-cccccTCCCCCCCTgtcagca-3'(서열번호 9) |
[2] (1개 염기를 인공적으로 변형시킨 프로브 세트) | |
제1프로브 제2프로브 | 표면 5'-cctccTCCCCCCTgtcagca-3'(서열번호 10) 표면 5'-cctccTCCCCCCCTgtcagca-3'(서열번호 11) |
[3] (2개 염기를 인공적으로 변형시킨 프로브 세트) | |
제1프로브 제2프로브 | 표면 5'-cctccTCCCCCCTgtcaaca-3'(서열번호 12) 표면 5'-cctccTCCCCCCCTgtcaaca-3'(서열번호 13) |
[4] (1개 염기를 인공적으로 변형시킨 프로브 세트 + 허들 DNA 도입) | |
제1프로브 제2프로브 | 표면 5'-cctccTCCCCCCTgtcagca-3'(서열번호 10) 3'-gaggAGGGGGGAcagtcgt-5'(허들 DNA)(서열번호 14) 표면 5'-cctccTCCCCCCCTgtcagca-3'(서열번호 11) 3'-gaggAGGGGGGGAcagtcgt-5'(허들 DNA)(서열번호 15) |
[5] (2개 염기를 인공적으로 변형시킨 프로브 세트 + 허들 DNA 도입) | |
제1프로브 제2프로브 | 표면 5'-cctccTCCCCCCTgtcaaca-3'(서열번호 12) 3'-gaggAGGGGGGAcagttgt-5'(허들 DNA)(서열번호 16) 표면 5'-cctccTCCCCCCCTgtcaaca-3'(서열번호 13) 3'-gaggAGGGGGGGAcagttgt-5'(허들 DNA)(서열번호 17) |
Claims (8)
- 다형성 부위(polymorphic site)를 갖는 타겟 DNA에 완전 상보적인 프로브에 인위적으로 염기 하나를 미스매치의 자연적 염기로 치환시켜 제 1 프로브를 합성하고, 상기 타겟 DNA의 다형성 부위에 상응하는 위치에 하나의 미스매치 염기를 포함하는 다른 프로브에 인위적으로 염기 하나를 미스매치의 자연적 염기로 치환시켜 제 2 프로브를 합성하는 단계;상기 제 1 프로브와 완전하게 상보적인 서열을 가지며, 상기 제 1 프로브에 도입된 다형성 부위의 미스매치 염기를 포함하지 않으며, 제 1 프로브보다는 짧은 서열의 길이를 갖는 제 1 허들(hurdle) DNA 및 상기 제 2 프로브와 완전하게 상보적인 서열을 가지며, 상기 제 2 프로브에 도입된 다형성 부위의 미스매치 염기를 포함하지 않으나 다형성 부위가 아닌 다른 부위에 도입된 미스매치 염기는 포함하며, 제 2 프로브보다는 짧은 서열의 길이를 갖는 제 2 허들(hurdle) DNA를 합성하는 단계;상기 합성된 제 1 프로브 및 제 2 프로브를 기판 위에 고정화시키는 단계;상기 고정화된 제 1 프로브 및 제 2 프로브와 상기의 제 1 허들(hurdle) DNA 및 제 2 허들 DNA를 각각 혼성화시키는 단계; 및상기 타겟 DNA를 혼성화시키는 단계를 포함하는 다형성 부위를 갖는 타겟에 대한 구별을 향상시키는 방법.
- 제 1 항에 있어서, 상기 제 1 프로브와 제 2 프로브는 인위적으로 치환된 미스매치 염기를 서로 대응되는 동일한 위치에서 추가로 포함하고 있는 것을 특징으로 하는 방법.
- 제 1 항에 있어서, 상기 다형성 부위는 뉴클레오티드의 치환, 첨가 및 결실로 구성된 군으로부터 선택되는 것을 특징으로 하는 방법.
- 제 2 항에 있어서, 상기 인공적인 미스매치 염기는 2개의 뉴클레오티드에서 생성되는 것을 특징으로 하는 방법.
- 제 2 항 또는 제 4 항에 있어서, 상기 인공적인 미스매치 염기는 연속적으로 배열되거나 또는 1개 이상의 뉴클레오티드에 의해 분리된 것을 특징으로 하는 방법.
- 제 5 항에 있어서, 상기 인공적인 미스매치 염기는 8개 내지 20개의 뉴클레오티드에 의해 분리된 것을 특징으로 하는 방법.
- 제 1 항 또는 제 2 항에 있어서, 상기 다형성 부위와 인공적인 미스매치 염 기는 1개 이상의 뉴클레오티드에 의해 분리된 것을 특징으로 하는 방법.
- 제 7 항에 있어서, 상기 다형성 부위와 인공적인 미스매치 염기는 3개 내지 15개의 뉴클레오티드에 의해 분리된 것을 특징으로 하는 방법.
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