JPWO2021089821A5 - - Google Patents

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本発明はまた、上で特定した遺伝子および/またはタンパク質の上記発現レベルに基づいて本発明のインビトロ方法を実施するためのシステム(およびコンピューターシステムを引き起こすためのコンピューター可読媒体)にも関する。
特に、システムは、コンピューターおよび/または計算機などの機械可読メモリー、ならびに本発明による、R Maxstat機能およびCox多変数関数を算出するように構成されたプロセッサを含む。このシステムは、特にB細胞リンパ腫の不良転帰を有する対象を特定するための本発明によるインビトロ方法の実施に専用である。
特に、MCLに罹患している対象の生体試料を分析するためのシステム1は:
(a)生体試料を受け取り、本発明に開示する予後遺伝子および任意の1つ以上のハウスキーピング遺伝子に関する発現レベル情報を決定するように構成された決定モジュール2と、
(b)決定モジュールからの発現レベル情報を保存するように構成された記憶装置3と、
(c)記憶装置に保存された発現レベル情報を参照データと比較するように適応され、対象の転帰を示す比較結果を提供する比較モジュール4と、
(d)使用者の比較結果に部分的に基づく内容であって、対象の転帰のシグナルを示す内容を表示するための表示モジュール5と
を含む。
本発明のまた別の態様は、以下のとおりであってもよい。
〔1〕特に再発および/または死亡などの不良転帰を有する対象を特定するための、MCLを有する対象における予後マーカーとしての、鉄代謝に関与するAPEX1、TFRC、HIF1A、ABCG2、SCARA3、IREB2、SFXN4およびSLC39A14からなる群の中で選択される少なくとも1つの遺伝子、特に少なくとも3つ、好ましくは少なくとも5つ、さらに好ましくは8つの遺伝子の発現レベルに基づく鉄スコアの使用。
〔2〕鉄代謝を標的とする治療処置の恩恵を受けることができる不良転帰を有するMCL対象を特定するためのインビトロ方法であって、
a)前記対象から得られた生体試料における、鉄代謝に関与するAPEX1、TFRC、HIF1A、ABCG2、SCARA3、IREB2、SFXN4およびSLC39A14からなる群の中で選択される少なくとも1つ、特に少なくとも3つ、好ましくは少なくとも5つ、さらに好ましくは8つの遺伝子の発現レベルおよび/または前記少なくとも1つ、特に少なくとも3つ、好ましくは少なくとも5つ、さらに好ましくは8つの遺伝子によってコードされるタンパク質の発現レベルを測定する工程と、
b)工程a)で得られた前記発現レベルからスコア値を計算する工程と、
c)所定の参照値(PRV)と比較したスコア値に従って不要転帰を有する前記対象を分類および特定する工程と
を含む、方法。
〔3〕鉄代謝を標的とする治療処置が、鉄キレート剤およびリソソーム鉄を封鎖する小分子からなる群の中で選択され、特にデフェラシロクス、デフェロキサミン、デフェリプロン、サリノマイシン、これらの類似体または誘導体、好ましくはサリノマイシンおよび窒素含有サリノマイシン誘導体からなる群の中で選択される、前記〔2〕に記載のインビトロ方法。
〔4〕前記対象の試料中のAPEX1、TFRC、HIF1A、ABCG2、SCARA3、IREB2、SFXN4およびSLC39A14からなる群の中で選択される少なくとも1つ、好ましくは少なくとも3つ、より好ましくは少なくとも5つ、さらに好ましくは少なくとも8つの遺伝子および/またはタンパク質の発現レベルを決定するための試薬を含むまたはからなる、前記〔1〕~〔3〕のいずれか1項に記載のインビトロ方法に専用のキット。
〔5〕APEX1、TFRC、HIF1A、ABCG2、SCARA3、IREB2、SFXN4およびSLC39A14からなる群の中で選択される少なくとも3つ、好ましくは少なくとも5つ、さらに好ましくは8つの遺伝子の発現レベルおよび/または前記少なくとも3つ、好ましくは少なくとも5つ、さらに好ましくは8つの遺伝子によってコードされるタンパク質の発現レベルを測定するためのプライマーおよび/またはプローブのセットを含む、DLBCL対象に専用の前記〔4〕に記載のキット。
〔6〕マントル細胞リンパ腫(MCL)を有する対象を処置する方法において使用するための、薬学的に許容されるビヒクル中に、特にデフェラシロクス、デフェロキサミン、デフェリプロン、サリノマイシン、これらの類似体または誘導体、好ましくはサリノマイシンおよびサリノマイシンの窒素含有類似体からなる群の中で選択される、鉄代謝を標的とする分子、特に鉄キレート剤またはリソソーム鉄を封鎖する小分子、を含む医薬組成物。
〔7〕鉄スコアに従って不良転帰を有し、結果的にMCLの再発および/または死亡を示す可能性が高いとして前記〔2〕に記載のインビトロ方法に従って特定される対象を処置するための方法における、前記〔6〕に記載の使用のための医薬組成物。
〔8〕鉄キレート剤が、式(I)
Figure 2021089821000002
[式中、
-Wは、=O、-NR 1 2 、-NR 3 -(CH 2 n -NR 4 5 、-O-(CH 2 n -NR 4 5 、-NR 3 -(CH 2 n -N + 6 7 8 および-O-(CH 2 n -N + 6 7 8 からなる群から選択され、
-Xは、=O、-OH、-NR 1 2 、-NR 3 -(CH 2 n -NR 4 5 、-O-(CH 2 n -NR 4 5 、-NR 3 -(CH 2 n -N + 6 7 8 および-O-(CH 2 n -N + 6 7 8 からなる群から選択され、
-Yは、-OH、=N-OH、-NR 1 2 、-NR 3 -(CH 2 n -NR 4 5 、-O-(CH 2 n -NR 4 5 、-NR 3 -(CH 2 n -N + 6 7 8 および-O-(CH 2 n -N + 6 7 8 からなる群から選択され、
1 およびR 2 は、同一であるかもしくは異なり、H、(C 1 -C 16 )-アルキル、(C 3 -C 16 )-アルケニル、(C 3 -C 16 )-アルキニル、(C 3 -C 16 )-シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、(C 1 -C 6 )-アルキルアリール、(C 1 -C 6 )-アルキルヘテロアリールからなる群から選択され、またはR 1 はHを表し、R 2 はOR 9 を表し、式中、R 9 は、H、(C 1 -C 6 )-アルキル、アリールおよび(C 1 -C 6 )-アルキルアリールであり、
3 は、H、(C 1 -C 6 )-アルキル、(C 1 -C 6 )-アルキルアリールからなる群から選択され、
4 およびR 5 は、同一であるかまたは異なり、H、(C 1 -C 6 )-アルキル、アリールおよび(C 1 -C 6 )-アルキルアリールからなる群から選択され、
6 、R 7 およびR 8 は、同一であるかまたは異なり、(C 1 -C 6 )-アルキル、アリールおよび(C 1 -C 6 )-アルキルアリールからなる群から選択され、
-Zは、OH、NHNR 9 10 、NHOC(O)R 11 、N(OH)-C(O)R 11 、OOH、SR 12 、2-アミノピリジン、3-アミノピリジン、-NR 3 -(CH 2 n -NR 4 5 および-NR 3 -(CH 2 n -OHなどの基であり、式中:
9 およびR 10 は、同一であるかまたは異なり、H、(C 1 -C 6 )-アルキル、アリールおよび(C 1 -C 6 )-アルキルアリールからなる群から選択され、
11 は、H、(C 1 -C 16 )-アルキル、(C 3 -C 16 )-アルケニル、(C 3 -C 16 )-アルキニル、アリール、ヘテロアリール、(C 1 -C 6 )-アルキルアリール、(C 1 -C 6 )-アルキルヘテロアリールからなる群から選択され、
12 は、H、(C 1 -C 16 )-アルキル、(C 3 -C 16 )-アルケニル、(C 3 -C 16 )-アルキニル、アリール、ヘテロアリール、(C 1 -C 6 )-アルキルアリール、(C 1 -C 6 )-アルキルヘテロアリールからなる群から選択され、
n=0、2、3、4、5または6であり、
但しW、XおよびYのうちの少なくとも1つは、-NR 1 2 、-NR 3 -(CH 2 n -NR 4 5 、-O-(CH 2 n -NR 4 5 、-NR 3 -(CH 2 n -N + 6 7 8 および-O-(CH 2 n -N + 6 7 8 からなる群から選択される]
のサリノマイシンの窒素含有類似体である、前記〔6〕または〔7〕に記載のその使用のための医薬組成物。
〔9〕鉄キレート剤が、前記〔8〕に規定の式(I)の化合物であり、式中、XはOHであり、ZはOHであり、YはNR 1 2 であり、式中、R 1 はHであり、R 2 は(C 1 -C 16 )-アルキル、有利には(C 8 -C 14 )-アルキル、(C 3 -C 16 )-アルケニル、有利には(C 3 -C 5 )-アルケニル、(C 3 -C 16 )-アルキニル、有利には(C 3 -C 5 )-アルキニルおよび(C 3 -C 16 )-シクロアルキル、有利には(C 3 -C 6 )-シクロアルキルからなる群から選択される、前記〔7〕または〔8〕に記載のその使用のための前記〔8〕に記載の医薬組成物。
〔10〕鉄キレート剤が、前記〔8〕に規定の式(I)の化合物であり、式中、Wは=Oであり、XはOHであり、ZはOHであり、YはNR 1 2 であり、式中、R 1 はHであり、R 2 は(C 3 -C 5 )-アルキニルおよび(C 3 -C 6 )-シクロアルキル、好ましくは(C 3 -C 5 )-アルキニルからなる群から選択される、前記〔6〕または〔7〕に記載のその使用のための前記〔9〕に記載の医薬組成物。
〔11〕マントル細胞リンパ腫(MCL)対象、特に前記〔2〕に記載のインビトロ方法に従って不良転帰を有するMCL対象の処置における医薬として同時、個別、または交互に使用するための併用製品としての、
(i)鉄代謝を標的とする分子、特に鉄キレート剤またはリソソーム鉄を封鎖する小分子と、
(ii)化学療法、標的処置、免疫療法、およびこれらの組み合わせにおいて使用される薬剤からなる群から選択される他の抗癌剤と
を含む、医薬品。
〔12〕鉄代謝を標的とする分子、特に鉄キレート剤またはリソソーム鉄を封鎖する小分子(i)が、デフェラシロクス、デフェロキサミン、デフェリプロン、サリノマイシン、これらの類似体または誘導体、好ましくはサリノマイシンおよび前記〔9〕~〔11〕に規定のサリノマイシンの窒素含有類似体からなる群の中で選択され、他の抗癌剤(ii)が、化学療法(iia)において使用される薬剤、特にシクロホスファミド、ドキソルビシン、エトポシド、ベネトクラクス、またはイブルチニブおよびこれらの組み合わせからなる群から選択される、MCLの治療における、前記〔11〕に記載のその使用のための医薬品。
〔13〕鉄キレート剤(i)が、前記〔10〕に規定の式(I)の化合物であり、式中、Wは=Oであり、XはOHであり、ZはOHであり、YはNR 1 2 であり、式中、R 1 はHであり、R 2 は(C 3 -C 5 )-アルキニルおよび(C 3 -C 6 )-シクロアルキル、好ましくは(C 3 -C 5 )-アルキニルからなる群から選択され、他の化学療法化合物(ii)が、ドキソルビシン、ベネトクラクス、またはイブルチニブである、前記〔12〕に記載のその使用のための医薬品。

Claims (13)

  1. 特に再発および/または死亡などの不良転帰を有する対象を特定するための、MCLを有する対象における予後マーカーとしての、鉄代謝に関与するAPEX1、TFRC、HIF1A、ABCG2、SCARA3、IREB2、SFXN4およびSLC39A14からなる群の中で選択される少なくとも1つの遺伝子、特に少なくとも3つ、好ましくは少なくとも5つ、さらに好ましくは8つの遺伝子の発現レベルに基づく鉄スコアの使用。
  2. 鉄代謝を標的とする治療処置の恩恵を受け得る不良転帰を有するMCL対象を特定するためのインビトロ方法であって、
    a)前記対象から得られた生体試料における、鉄代謝に関与するAPEX1、TFRC、HIF1A、ABCG2、SCARA3、IREB2、SFXN4およびSLC39A14からなる群の中で選択される少なくとも1つ、特に少なくとも3つ、好ましくは少なくとも5つ、さらに好ましくは8つの遺伝子の発現レベルおよび/または前記少なくとも1つ、特に少なくとも3つ、好ましくは少なくとも5つ、さらに好ましくは8つの遺伝子によってコードされるタンパク質の発現レベルを測定する工程と、
    b)工程a)で得られた前記発現レベルからスコア値を計算する工程と、
    c)所定の参照値(PRV)と比較したスコア値に従って不要転帰を有する前記対象を分類および特定する工程と
    を含む、方法。
  3. 鉄代謝を標的とする治療処置が、鉄キレート剤およびリソソーム鉄を封鎖する小分子からなる群の中で選択され、特にデフェラシロクス、デフェロキサミン、デフェリプロン、サリノマイシン、これらの類似体または誘導体、好ましくはサリノマイシンおよび窒素含有サリノマイシン誘導体からなる群の中で選択される、請求項2に記載のインビトロ方法。
  4. 前記対象の試料中のAPEX1、TFRC、HIF1A、ABCG2、SCARA3、IREB2、SFXN4およびSLC39A14からなる群の中で選択される少なくとも1つ、好ましくは少なくとも3つ、より好ましくは少なくとも5つ、さらに好ましくは少なくとも8つの遺伝子および/またはタンパク質の発現レベルを決定するための試薬を含むまたはからなる、請求項2または3に記載のインビトロ方法に専用のキット。
  5. APEX1、TFRC、HIF1A、ABCG2、SCARA3、IREB2、SFXN4およびSLC39A14からなる群の中で選択される少なくとも3つ、好ましくは少なくとも5つ、さらに好ましくは8つの遺伝子の発現レベルおよび/または前記少なくとも3つ、好ましくは少なくとも5つ、さらに好ましくは8つの遺伝子によってコードされるタンパク質の発現レベルを測定するためのプライマーおよび/またはプローブのセットを含む、DLBCL対象に専用の請求項4に記載のキット。
  6. マントル細胞リンパ腫(MCL)を有する対象を処置する方法において使用するための、薬学的に許容されるビヒクル中に、特にデフェラシロクス、デフェロキサミン、デフェリプロン、サリノマイシン、これらの類似体または誘導体、好ましくはサリノマイシンおよびサリノマイシンの窒素含有類似体からなる群の中で選択される、鉄代謝を標的とする分子、特に鉄キレート剤またはリソソーム鉄を封鎖する小分子、を含む医薬組成物。
  7. 鉄スコアに従って不良転帰を有し、結果的にMCLの再発および/または死亡を示す可能性が高いとして請求項2に記載のインビトロ方法に従って特定される対象を処置するための方法における、請求項6に記載の使用のための医薬組成物。
  8. 鉄キレート剤が、式(I)
    Figure 2021089821000001
    [式中、
    -Wは、=O、-NR12、-NR3-(CH2n-NR45、-O-(CH2n-NR45、-NR3-(CH2n-N+678および-O-(CH2n-N+678からなる群から選択され、
    -Xは、=O、-OH、-NR12、-NR3-(CH2n-NR45、-O-(CH2n-NR45、-NR3-(CH2n-N+678および-O-(CH2n-N+678からなる群から選択され、
    -Yは、-OH、=N-OH、-NR12、-NR3-(CH2n-NR45、-O-(CH2n-NR45、-NR3-(CH2n-N+678および-O-(CH2n-N+678からなる群から選択され、
    1およびR2は、同一であるかもしくは異なり、H、(C1-C16)-アルキル、(C3-C16)-アルケニル、(C3-C16)-アルキニル、(C3-C16)-シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、(C1-C6)-アルキルアリール、(C1-C6)-アルキルヘテロアリールからなる群から選択され、またはR1はHを表し、R2はOR9を表し、式中、R9は、H、(C1-C6)-アルキル、アリールまたは(C1-C6)-アルキルアリールであり、
    3は、H、(C1-C6)-アルキル、(C1-C6)-アルキルアリールからなる群から選択され、
    4およびR5は、同一であるかまたは異なり、H、(C1-C6)-アルキル、アリールおよび(C1-C6)-アルキルアリールからなる群から選択され、
    6、R7およびR8は、同一であるかまたは異なり、(C1-C6)-アルキル、アリールおよび(C1-C6)-アルキルアリールからなる群から選択され、
    -Zは、OH、NHNR910、NHOC(O)R11、N(OH)-C(O)R11、OOH、SR12、2-アミノピリジン、3-アミノピリジン、-NR3-(CH2n-NR45および-NR3-(CH2n-OHなどの基であり、式中:
    9およびR10は、同一であるかまたは異なり、H、(C1-C6)-アルキル、アリールおよび(C1-C6)-アルキルアリールからなる群から選択され、
    11は、H、(C1-C16)-アルキル、(C3-C16)-アルケニル、(C3-C16)-アルキニル、アリール、ヘテロアリール、(C1-C6)-アルキルアリール、(C1-C6)-アルキルヘテロアリールからなる群から選択され、
    12は、H、(C1-C16)-アルキル、(C3-C16)-アルケニル、(C3-C16)-アルキニル、アリール、ヘテロアリール、(C1-C6)-アルキルアリール、(C1-C6)-アルキルヘテロアリールからなる群から選択され、
    n=0、2、3、4、5または6であり、
    但しW、XおよびYのうちの少なくとも1つは、-NR12、-NR3-(CH2n-NR45、-O-(CH2n-NR45、-NR3-(CH2n-N+678および-O-(CH2n-N+678からなる群から選択される]
    のサリノマイシンの窒素含有類似体である、請求項6または7に記載のその使用のための医薬組成物。
  9. 鉄キレート剤が、請求項8に規定の式(I)の化合物であり、式中、XはOHであり、ZはOHであり、YはNR12であり、式中、R1はHであり、R2(C1-C16)-アルキル、有利には(C8-C14)-アルキル(C3-C16)-アルケニル、有利には(C3-C5)-アルケニル(C3-C16)-アルキニル、有利には(C3-C5)-アルキニルおよび(C3-C16)-シクロアルキル、有利には(C3-C6)-シクロアルキルからなる群から選択される、請求項またはに記載のその使用のための請求項8に記載の医薬組成物。
  10. 鉄キレート剤が、請求項8に規定の式(I)の化合物であり、式中、Wは=Oであり、XはOHであり、ZはOHであり、YはNR12であり、式中、R1はHであり、R2は(C3-C5)-アルキニルおよび(C3-C6)-シクロアルキル、好ましくは(C3-C5)-アルキニルからなる群から選択される、請求項6または7に記載のその使用のための請求項9に記載の医薬組成物。
  11. マントル細胞リンパ腫(MCL)対象、特に請求項2に記載のインビトロ方法に従って不良転帰を有するMCL対象の処置における医薬として同時、個別、または交互に使用するための併用製品としての、
    (i)鉄代謝を標的とする分子、特に鉄キレート剤またはリソソーム鉄を封鎖する小分子と、
    (ii)化学療法、標的処置、免疫療法、およびこれらの組み合わせにおいて使用される薬剤からなる群から選択される他の抗癌剤と
    を含む、医薬品。
  12. 鉄代謝を標的とする分子、特に鉄キレート剤またはリソソーム鉄を封鎖する小分子(i)が、デフェラシロクス、デフェロキサミン、デフェリプロン、サリノマイシン、これらの類似体または誘導体、好ましくはサリノマイシンおよび請求項10に規定のサリノマイシンの窒素含有類似体からなる群の中で選択され、他の抗癌剤(ii)が、化学療法(iia)において使用される薬剤、特にシクロホスファミド、ドキソルビシン、エトポシド、ベネトクラクス、またはイブルチニブおよびこれらの組み合わせからなる群から選択される、MCLの治療における、請求項11に記載のその使用のための医薬品。
  13. 鉄キレート剤(i)が、請求項10に規定の式(I)の化合物であり、式中、Wは=Oであり、XはOHであり、ZはOHであり、YはNR12であり、式中、R1はHであり、R2は(C3-C5)-アルキニルおよび(C3-C6)-シクロアルキル、好ましくは(C3-C5)-アルキニルからなる群から選択され、他の化学療法化合物(ii)が、ドキソルビシン、ベネトクラクス、またはイブルチニブである、請求項12に記載のその使用のための医薬品。
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