JPWO2021087164A5

JPWO2021087164A5 -

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Publication number: JPWO2021087164A5
Application number: JP2022525362A
Authority: JP
Publication date: 2023-11-07

Description

均等物
本発明をその詳細な説明と併せて説明したが、前述の説明は、添付の特許請求の範囲によって定義される本発明の範囲を例示し、限定しないことが意図されていることを理解されたい。他の態様、利点、及び改変は、以下の特許請求の範囲内である。
特定の実施形態では、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
（ａ）オリゴヌクレオチドを含むサンプルをオリゴヌクレオチドプローブと共にインキュベーションする工程であって、前記オリゴヌクレオチドプローブは、前記サンプルにおける前記オリゴヌクレオチドとハイブリダイズする、前記インキュベーションする工程；
（ｂ）工程（ａ）の生成物を、捕捉剤で被覆された基材と共にインキュベーションする工程であって、前記捕捉剤は、前記オリゴヌクレオチドプローブと結合し、それにより過剰オリゴヌクレオチドプローブ及びハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドを前記基材と関連付けさせ、前記ハイブリダイズしたプローブが前記基材と関連付けられた後にプレートを任意に洗浄する、前記インキュベーションする工程；
（ｃ）工程（ｂ）の後の前記基材を、前記基材について異なる特異性を有する２つ以上の異なる一本鎖特異的ヌクレアーゼと共にインキュベーションする工程であって、前記基材は、工程（ｃ）の前、間または後に１つ以上の洗浄溶液で任意に洗浄され、前記オリゴヌクレオチドプローブ及びハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドは、１回の洗浄工程または複数の洗浄工程中に前記基材に関連付けられたままである、前記インキュベーションする工程；
（ｄ）工程（ｃ）の後の前記基材を検出剤と共にインキュベーションする工程であって、前記検出剤は、前記オリゴヌクレオチドプローブと相互作用して検出可能なシグナルを生成する、前記インキュベーションする工程；ならびに
（ｅ）前記検出可能なシグナルを検出する工程
を含む、方法。
（項目２）
（ａ）ホスホロジアミデートモルホリノオリゴヌクレオチド（ＰＭＯ）を含むサンプルをオリゴヌクレオチドプローブとインキュベーションする工程であって、前記オリゴヌクレオチドプローブは、１つ以上のロック核酸（ＬＮＡ）残基を含み、前記サンプルにおけるＰＭＯとハイブリダイズする、前記インキュベーションする工程；
（ｂ）工程（ａ）の生成物を、捕捉剤で被覆された基材と共にインキュベーションする工程であって、前記捕捉剤は、前記オリゴヌクレオチドプローブと結合し、それにより前記オリゴヌクレオチドプローブ及びハイブリダイズしたＰＭＯを前記基材と関連付けさせる、前記インキュベーションする工程；
（ｃ）工程（ｂ）の後の前記基材を１つ以上の一本鎖特異的ヌクレアーゼと共にインキュベーションする工程であって、前記基材は、工程（ｃ）の前、間または後に任意に洗浄され、前記オリゴヌクレオチドプローブ及びハイブリダイズしたＰＭＯは、１回の洗浄工程または複数の洗浄工程の間に前記基材に関連付けられたままである、前記インキュベーションする工程；
（ｄ）工程（ｃ）の後の前記基材を検出剤と共にインキュベーションする工程であって、前記検出剤は、前記オリゴヌクレオチドプローブと相互作用して検出可能なシグナルを生成する、前記インキュベーションする工程；ならびに
（ｅ）前記検出可能なシグナルを検出する工程
を含む、方法。
（項目３）
工程（ｃ）は、前記基材をミクロコッカスヌクレアーゼ及びマングビーンヌクレアーゼと共にインキュベーションすることを含む、項目１に記載の方法。
（項目４）
工程（ｃ）は、前記基材を前記ミクロコッカスヌクレアーゼと共にインキュベーションし、次いで前記基材を前記マングビーンヌクレアーゼと共にインキュベーションすることを含む、項目３に記載の方法。
（項目５）
前記基材は、前記ミクロコッカスヌクレアーゼと共にインキュベーションされた後、前記マングビーンヌクレアーゼと共にインキュベーションされる前に洗浄される、項目４に記載の方法。
（項目６）
前記サンプルは、ホスホロジアミデートモルホリノオリゴヌクレオチド（ＰＭＯ）を含む、項目１に記載の方法。
（項目７）
前記オリゴヌクレオチドプローブは、１つ以上のロック核酸（ＬＮＡ）残基を含む、項目１に記載の方法。
（項目８）
前記オリゴヌクレオチドプローブは、１つ以上のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）残基を含む、先行項目のいずれかに記載の方法。
（項目９）
前記オリゴヌクレオチドプローブは、ＬＮＡ残基をそれぞれ含む５’末端セグメント及び３’末端セグメントによって挟まれたＤＮＡ残基から構成される中央セグメントを含む、項目２または７に記載の方法。
（項目１０）
前記中央セグメントは、５～２０個の間のＤＮＡ残基から構成される、項目９に記載の方法。
（項目１１）
前記５’及び３’末端セグメントは、独立して、２～８個の間のＬＮＡ残基から構成される、項目１０または１１に記載の方法。
（項目１２）
工程（ｃ）は、前記基材を１つのみの一本鎖特異的ヌクレアーゼと共にインキュベーションすることを含む、項目２に記載の方法。
（項目１３）
工程（ｃ）は、前記基材を２つ以上の異なる一本鎖特異的ヌクレアーゼと共にインキュベーションすることを含む、項目２に記載の方法。
（項目１４）
前記基材は、前記２つ以上の異なる一本鎖特異的ヌクレアーゼと共に順次インキュベーションされ、前記基材は、各インキュベーション後に洗浄される、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
前記基材は、前記２つ以上の一本鎖特異的ヌクレアーゼと共に同時にインキュベーションされる、項目１３に記載の方法。
（項目１６）
前記１つ以上の一本鎖特異的ヌクレアーゼは、ミクロコッカスヌクレアーゼを含む、項目２に記載の方法。
（項目１７）
前記１つ以上の一本鎖特異的ヌクレアーゼは、マングビーンヌクレアーゼを含む、項目２に記載の方法。
（項目１８）
前記１つ以上の一本鎖特異的ヌクレアーゼは、ミクロコッカスヌクレアーゼ及びマングビーンヌクレアーゼを含む、項目２に記載の方法。
（項目１９）
前記１つのみの一本鎖特異的ヌクレアーゼは、マングビーンヌクレアーゼである、項目１１に記載の方法。
（項目２０）
前記２つ以上の異なるヌクレアーゼは、ミクロコッカスヌクレアーゼ及びマングビーンヌクレアーゼを含む、項目１３または１４に記載の方法。
（項目２１）
前記サンプルは組織から得られ、前記方法は、工程（ｅ）で検出された前記検出可能なシグナルのレベルに基づいて前記組織におけるＰＭＯのレベルを定量する工程をさらに含む、項目１または２に記載の方法。
（項目２２）
前記組織は、血液、腎臓、肝臓、胃腸、肺、筋肉、脾臓、脳、脊髄、またはそれらの組み合わせから選択される、項目２１に記載の方法。
（項目２３）
前記血液組織は、血漿または血清であり、またはそれを含む、項目２２に記載の方法。
（項目２４）
前記筋肉組織は、横隔膜、腓腹筋、二頭筋、前脛骨筋（ＴＡ）、心臓、及び／または大腿四頭筋である、項目２２に記載の方法。
（項目２５）
前記サンプルは、２０～３０個の連続ヌクレオチドの配列を含むＰＭＯを含み、哺乳動物ジストロフィン遺伝子の少なくとも１つのエクソンから選択されるヌクレオチド配列を有する、項目１または２に記載の方法。
（項目２６）
少なくとも１つのエクソンは、エクソン２３、４４、４５、４６、５１、または５３から選択される、項目２５に記載の方法。
（項目２７）
前記哺乳動物ジストロフィン遺伝子は、ヒトジストロフィン遺伝子である、項目２５または２６に記載の方法。
（項目２８）
前記ＰＭＯは、患者に過去に送達されており、前記ＰＭＯは、送達のためにペプチドにコンジュゲートされていた（Ｐ－ＰＭＯ）、項目２～２７のいずれか１項に記載の方法。
（項目２９）
Ｐ－ＰＭＯの組織分布を評価する方法であって、前記方法は、前記Ｐ－ＰＭＯが投与された対象の１つ以上の組織から得られた１つ以上のサンプルについて先行項目のいずれか１項に記載の方法を実施することを含む、前記方法。
（項目３０）
前記方法は、前記対象の２つ以上の組織から得られた２つ以上のサンプルについて実施される、項目２９に記載の方法。
（項目３１）
前記方法は、異なるＰ－ＰＭＯについて繰り返される、項目２９または３０に記載の方法。
（項目３２）
Ｐ－ＰＭＯが標的タンパク質の発現を調節する能力を評価する方法であって、前記方法は、Ｐ－ＰＭＯが投与された対象の組織から得られたサンプルについて先行項目のいずれか１項に記載の方法を実施すること、及び前記組織における前記Ｐ－ＰＭＯに由来するＰＭＯのレベルを前記組織における前記標的タンパク質のレベルと比較することを含む、前記方法。
（項目３３）
前記方法は、前記対象の２つ以上の組織から得られた２つ以上のサンプルについて実施される、項目３２に記載の方法。
（項目３４）
前記方法は、異なるＰ－ＰＭＯについて繰り返される、項目３２または３３に記載の方法。
（項目３５）
前記標的タンパク質は、ジストロフィンである、項目３２～３４のいずれか１項に記載の方法。

Claims

（ａ）オリゴヌクレオチドを含むサンプルをオリゴヌクレオチドプローブと共にインキュベーションする工程であって、前記オリゴヌクレオチドプローブは、前記サンプルにおける前記オリゴヌクレオチドとハイブリダイズする、前記インキュベーションする工程；
（ｂ）工程（ａ）の生成物を、捕捉剤で被覆された基材と共にインキュベーションする工程であって、前記捕捉剤は、前記オリゴヌクレオチドプローブと結合し、それにより前記オリゴヌクレオチドプローブ及びハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドを前記基材と関連付けさせる、前記インキュベーションする工程；
（ｃ）工程（ｂ）の後の前記基材を、それぞれ異なる特異性を有する２つ以上の異なる一本鎖特異的ヌクレアーゼと共にインキュベーションする工程；
（ｄ）工程（ｃ）の後の前記基材を検出剤と共にインキュベーションする工程であって、前記検出剤は、前記オリゴヌクレオチドプローブと相互作用して検出可能なシグナルを生成する、前記インキュベーションする工程；ならびに
（ｅ）前記検出可能なシグナルを検出する工程
を含む、方法。
前記サンプルにおける前記オリゴヌクレオチドが、ホスホロジアミデートモルホリノオリゴヌクレオチド（ＰＭＯ）を含み、前記オリゴヌクレオチドプローブは、１つ以上のロック核酸（ＬＮＡ）残基を含み、前記サンプルにおけるＰＭＯとハイブリダイズする、請求項１に記載の方法。
前記２つ以上の異なる一本鎖特異的ヌクレアーゼが、ミクロコッカスヌクレアーゼ及びマングビーンヌクレアーゼを含む、請求項１に記載の方法。
工程（ｃ）は、前記基材を前記ミクロコッカスヌクレアーゼと共にインキュベーションし、次いで前記基材を前記マングビーンヌクレアーゼと共にインキュベーションすることを含む、請求項３に記載の方法。
前記基材は、前記ミクロコッカスヌクレアーゼと共にインキュベーションされた後、前記マングビーンヌクレアーゼと共にインキュベーションされる前に洗浄される、請求項４に記載の方法。
前記サンプルは、ホスホロジアミデートモルホリノオリゴヌクレオチド（ＰＭＯ）を含む、請求項１に記載の方法。
前記オリゴヌクレオチドプローブは、１つ以上のロック核酸（ＬＮＡ）残基を含む、請求項１に記載の方法。
前記オリゴヌクレオチドプローブは、１つ以上のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）残基を含む、請求項１に記載の方法。
前記オリゴヌクレオチドプローブは、ＬＮＡ残基をそれぞれ含む５’末端セグメント及び３’末端セグメントによって挟まれたＤＮＡ残基から構成される中央セグメントを含む、請求項２に記載の方法。
前記中央セグメントは、５～２０個の間のＤＮＡ残基から構成される、請求項９に記載の方法。
前記５’及び３’末端セグメントは、独立して、２～８個の間のＬＮＡ残基から構成される、請求項１０に記載の方法。
前記基材は、前記２つ以上の異なる一本鎖特異的ヌクレアーゼと共に順次インキュベーションされ、前記基材は、各インキュベーション後に洗浄される、請求項２に記載の方法。
前記基材は、前記２つ以上の一本鎖特異的ヌクレアーゼと共に同時にインキュベーションされる、請求項２に記載の方法。
前記２つ以上の異なるヌクレアーゼは、ミクロコッカスヌクレアーゼ及びマングビーンヌクレアーゼを含む、請求項２に記載の方法。
前記サンプルは組織から得られ、前記方法は、工程（ｅ）で検出された前記検出可能なシグナルのレベルに基づいて前記組織におけるＰＭＯのレベルを定量する工程をさらに含む、請求項２に記載の方法。
前記組織は、血液、腎臓、肝臓、胃腸、肺、筋肉、脾臓、脳、脊髄、またはそれらの組み合わせから選択される、請求項１５に記載の方法。
前記血液組織は、血漿または血清であり、またはそれを含む、請求項１６に記載の方法。
前記筋肉組織は、横隔膜、腓腹筋、二頭筋、前脛骨筋（ＴＡ）、心臓、及び／または大腿四頭筋である、請求項１６に記載の方法。
前記サンプルは、２０～３０個の連続ヌクレオチドの配列を含むＰＭＯを含み、哺乳動物ジストロフィン遺伝子の少なくとも１つのエクソンから選択されるヌクレオチド配列を有する、請求項２に記載の方法。
少なくとも１つのエクソンは、エクソン２３、４４、４５、４６、５１、または５３から選択される、請求項１９に記載の方法。
前記哺乳動物ジストロフィン遺伝子は、ヒトジストロフィン遺伝子である、請求項２０に記載の方法。
前記ＰＭＯは、患者に過去に送達されており、前記ＰＭＯは、送達のためにペプチドにコンジュゲートされていた（Ｐ－ＰＭＯ）、請求項２に記載の方法。
Ｐ－ＰＭＯの組織分布を評価する方法であって、前記方法は、前記Ｐ－ＰＭＯが投与された対象の１つ以上の組織から得られた１つ以上のサンプルについて請求項２に記載の方法を実施することを含む、前記方法。
前記方法は、前記対象の２つ以上の組織から得られた２つ以上のサンプルについて実施される、請求項２３に記載の方法。
前記方法は、異なるＰ－ＰＭＯについて繰り返される、請求項２３に記載の方法。
Ｐ－ＰＭＯが標的タンパク質の発現を調節する能力を評価する方法であって、前記方法は、Ｐ－ＰＭＯが投与された対象の組織から得られたサンプルについて請求項２～２５のいずれか１項に記載の方法を実施すること、及び前記組織における前記Ｐ－ＰＭＯに由来するＰＭＯのレベルを前記組織における前記標的タンパク質のレベルと比較することを含む、前記方法。
前記方法は、前記対象の２つ以上の組織から得られた２つ以上のサンプルについて実施される、請求項２６に記載の方法。
前記方法は、異なるＰ－ＰＭＯについて繰り返される、請求項３２に記載の方法。
前記標的タンパク質は、ジストロフィンである、請求項３２に記載の方法。
前記基材は、工程（ｃ）の前、間または後に１つ以上の洗浄溶液で洗浄され、前記オリゴヌクレオチドプローブ及びハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドは、１回の洗浄工程または複数の洗浄工程中に前記基材に関連付けられたままである、請求項１に記載の方法。
前記基材は、工程（ｃ）の前、間または後に洗浄され、前記オリゴヌクレオチドプローブ及びハイブリダイズしたＰＭＯは、１回の洗浄工程または複数の洗浄工程の間に前記基材に関連付けられたままである、請求項２に記載の方法。
前記２つ以上の異なるヌクレアーゼが、ミクロコッカスヌクレアーゼ及びマングビーンヌクレアーゼを含む、請求項１１に記載の方法。