JPWO2020243706A5 - - Google Patents
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ある特定の態様では、方法は、そのようにして産生されたrAAVを対象に投与するステップの前に、対象rHSVベクターおよび相補系を使用する本発明の方法によってrAAVを産生するステップをさらに含む。
非限定的に、本発明は以下の態様を含む。
[態様1]
ヘルペスウイルス目に由来する組換え複製欠損ウイルスであって、前記ウイルスが、ICP27をコードする遺伝子、またはその機能的等価遺伝子中の欠失によって特徴づけられ、前記欠失が少なくとも1,200bp長であり、前記ICP27をコードする遺伝子(配列番号11)、またはその機能的等価遺伝子の最も3’末端の300bp、250bp、200bp、150bp、100bp、50bp、30bp、20bp、10bp、9bp、8bp、7bp、6bp、5bp、4bp、3bp、2bp、1bpまたは0bp以下を残す、前記ウイルス。
[態様2]
非臨床(または実験室)株ウイルスである、または非臨床(または実験室)株ウイルスに由来する、態様1に記載の組換え複製欠損ウイルス。
[態様3]
前記欠失が、前記ICP27をコードする遺伝子または前記その機能的等価遺伝子のコード配列(またはORF)全体を含む、態様1または2に記載の組換え複製欠損ウイルス。
[態様4]
前記欠失が、前記ICP27をコードする遺伝子もしくは前記その機能的等価遺伝子のプロモーター領域全体、または前記プロモーター領域の一部(例えば、最も3’側の約400ヌクレオチド)をさらに含む、態様1~3のいずれか1項に記載の組換え複製欠損ウイルス。
[態様5]
前記ICP27をコードする遺伝子が、配列番号11のポリヌクレオチド配列を有する、態様1~4のいずれか1項に記載の組換え複製欠損ウイルス。
[態様6]
前記ウイルスが、アロヘルペスウイルス科またはマラコヘルペスウイルス科に由来する、態様1~5のいずれか1項に記載の組換え複製欠損ウイルス。
[態様7]
前記ウイルスが、ヘルペスウイルス科に由来する、態様1~5のいずれか1項に記載の組換え複製欠損ウイルス。
[態様8]
前記ウイルスが、アルファヘルペスウイルス亜科、ベータヘルペスウイルス亜科、またはガンマヘルペスウイルス亜科に由来する、態様7に記載の組換え複製欠損ウイルス。
[態様9]
前記ウイルスが、HHV-1(単純ヘルペスウイルス-1またはHSV-1)、HHV-2(単純ヘルペスウイルス-2またはHSV-2)、HHV-3(水痘帯状疱疹ウイルスまたはVZV)、HHV-4(エプスタインバーウイルスまたはEBV)、HHV-5(サイトメガロウイルスまたはCMV)、HHV-6A/HHV-6B(ロゼオロウイルス、ヘルペスリンパ球向性ウイルス)、HHV-7、またはHHV-8(カポジ肉腫関連ヘルペスウイルスまたはKSHV)に由来する、態様8に記載の組換え複製欠損ウイルス。
[態様10]
前記ウイルスが、オナガザルヘルペスウイルス-1(CeHV-1)またはネズミヘルペスウイルス68(MHV-68またはMuHV-4)に由来する、態様8に記載の組換え複製欠損ウイルス。
[態様11]
前記ウイルスが、クモザルヘルペスウイルス1(Ateline herpesvirus 1)、クモザルヘルペスウイルス(spider monkey herpesvirus)、ブタヘルペスウイルス、ウシヘルペスウイルス2、オナガザルヘルペスウイルス1(ヘルペスBウイルス)、オオコウモリアルファヘルペスウイルス1、ウサギヘルペスウイルス4、マカクヘルペスウイルス1、カンガルーヘルペスウイルス2、およびヒヒヘルペスウイルス2などのシンプレックスウイルス属に由来する、態様8に記載の組換え複製欠損ウイルス。
[態様12]
前記ウイルスが、ウシヘルペスウイルス1、ウシヘルペスウイルス5、スイギュウヘルペスウイルス1、ヤギヘルペスウイルス1、イヌヘルペスウイルス1、オナガザルヘルペスウイルス9、シカヘルペスウイルス1、シカヘルペスウイルス2、ヘラジカヘルペスウイルス1、ウマヘルペスウイルス1、ウマヘルペスウイルス3、ウマヘルペスウイルス4、ウマヘルペスウイルス8、ウマヘルペスウイルス9、ネコヘルペスウイルス1、およびブタヘルペスウイルス1などのバリセロウイルス属に由来する、態様8に記載の組換え複製欠損ウイルス。
[態様13]
前記ウイルスが、カモヘルペスウイルス1、ハトヘルペスウイルス1、トリヘルペスウイルス2、トリヘルペスウイルス3(GaHV-3またはMDV-2)、シチメンチョウヘルペスウイルス1(HVT)、およびクジャクヘルペスウイルス1などのマルディウイルス属に由来する、態様8に記載の組換え複製欠損ウイルス。
[態様14]
前記ウイルスが、トリヘルペスウイルス1、およびオウムヘルペスウイルス1などのイルトウイルス(Litovirus)属に由来する、態様8に記載の組換え複製欠損ウイルス。
[態様15]
前記ウイルスが、アカウミガメヘルペスウイルス(Caretta caretta herpesvirus)、ウミガメヘルペスウイルス1、ウミガメヘルペスウイルス2、ウミガメヘルペスウイルス3、ウミガメヘルペスウイルス4、アオウミガメヘルペスウイルス、クーバーヘルペスウイルス(Coober herpesvirus)、ヌマガメヘルペスウイルス1、ヌマガメヘルペスウイルス2、線維乳頭腫関連ヘルペスウイルス、カタトカゲヘルペスウイルス1、カタトカゲヘルペスウイルス2、カタトカゲヘルペスウイルス3、モリイシガメ(Glyptemis)ヘルペスウイルス1、モリイシガメヘルペスウイルス2、イグアナヘルペスウイルス1、イグアナヘルペスウイルス2、アカウミガメ口腔皮膚ヘルペスウイルス(Loggerhead orocutaneous herpesvirus)、肺-眼-気管関連ヘルペスウイルス、ヨコクビガメヘルペスウイルス1、ミシシッピアカミミガメヘルペスウイルス、アメリカハコガメヘルペスウイルス1、アメリカハコガメヘルペスウイルス2、リクガメヘルペスウイルス1、リクガメヘルペスウイルス2、リクガメヘルペスウイルス3、リクガメヘルペスウイルス4、およびオオトカゲヘルペスウイルス1などの爬虫類アルファヘルペスウイルスに由来する、態様8に記載の組換え複製欠損ウイルス。
[態様16]
前記ウイルスが、アルセラフィンヘルペスウイルス1、アルセラフィンヘルペスウイルス2、クモザルヘルペスウイルス2、ウシヘルペスウイルス4、オナガザルヘルペスウイルス17、ウマヘルペスウイルス2、ウマヘルペスウイルス5、ウマヘルペスウイルス7、ニホンザルラディノウイルス、ウサギヘルペスウイルス1、およびネズミヘルペスウイルス4(マウスガンマヘルペスウイルス-68またはMHV-68)などのラディノウイルス属に由来する、態様8に記載の組換え複製欠損ウイルス。
[態様17]
前記ウイルスが、KOS、KOS1.1、KOS1.1A、KOS63、KOS79、McKrae、Stain 17、F17、またはMcIntyreなどのHSV-1の株である、態様9に記載の組換え複製欠損ウイルス。
[態様18]
前記その機能的等価遺伝子が、KSHVのORF57、EBVのMta/SM/EB2、またはヒトCMVのUL69である、態様1~17のいずれか1項に記載の組換え複製欠損ウイルス。
[態様19]
AAV RepおよびCapタンパク質のコード配列、ならびに/またはAAV ITR配列に隣接する目的の遺伝子(GOI)をさらに含む、態様1~18のいずれか1項に記載の組換え複製欠損ウイルス。
[態様20]
前記AAV RepおよびCapタンパク質の前記コード配列、ならびに/またはAAV ITR配列に隣接する前記目的の遺伝子(GOI)が、ウイルスの非必須遺伝子(例えば、ウイルス複製に必要とされず、ウイルスパッケージングに必要とされない)に組み込まれる、またはウイルスの非必須遺伝子を置換する、態様19の組換え複製欠損ウイルス。
[態様21]
ICP27またはその機能的等価物を宿主細胞で発現させることができる組換えベクターであって、
(1)宿主細胞において前記コード配列の転写を指示することができるプロモーターに作動可能に連結された、前記ICP27または前記その機能的等価物のコード配列と;
(2)コード配列の3’側のポリアデニル化部位と;
(3)場合により、1つまたは複数のマルチクローニング部位とを含み;
態様1~20のいずれか1項に記載のウイルスの300bp、250bp、200bp、150bp、100bp、50bp、30bp、20bp、10bp、9bp、8bp、7bp、または6bp以下の連続ヌクレオチドを含有する前記ベクター。
[態様22]
前記ICP27が、配列番号10のアミノ酸配列を有する、または配列番号10と少なくとも60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、99%、99.2%、99.4%、99.6%、もしくは99.8%同一である、態様21に記載の組換えベクター。
[態様23]
プロモーターが少なくとも400ポリヌクレオチドを含む、態様21または22に記載の組換えベクター。
[態様24]
プロモーターが、配列番号11のヌクレオチド1~538、配列番号11のヌクレオチド127~538、GenBankアクセッション番号KT887224のヌクレオチド113,139~113,550、またはGenBankアクセッション番号KT887224のヌクレオチド113,013~113,550を含む、態様23に記載の組換えベクター。
[態様25]
前記コード配列が、哺乳動物宿主細胞での発現のために部分的または完全にコドン最適化されている、態様21~24のいずれか1項に記載の組換えベクター。
[態様26]
コード配列の最も3’側の300~350ヌクレオチドが、哺乳動物宿主細胞での発現のためにコドン最適化されている、態様25に記載の組換えベクター。
[態様27]
前記ポリアデニル化部位が、ウシ成長ホルモン(bGH)ポリアデニル化部位である、態様21~26のいずれか1項に記載の組換えベクター。
[態様28]
前記ICP27のコード配列が、宿主細胞pre-mRNAスプライシングの阻害を低減する一方で、HSV後期遺伝子発現を可能にする変異を含む、態様21~27のいずれか1項に記載の組換えベクター。
[態様29]
変異が、vBS3.3二重変異、vBS4.3二重変異、またはvBS5.3二重変異である、態様28に記載の組換えベクター。
[態様30]
宿主細胞が、前記ICP27または前記その機能的等価物を発現することができる、態様21~29のいずれか1項に記載の組換えベクターを含む宿主細胞。
[態様31]
組換えベクターが宿主細胞ゲノムに安定に組み込まれる、態様30に記載の宿主細胞。
[態様32]
BHK細胞、Vero細胞、またはHEK293細胞である、態様30または31に記載の宿主細胞。
[態様33]
態様1~20のいずれか1項に記載の組換え複製欠損ウイルスを増殖/増幅/産生する方法であって、態様30~32のいずれか1項に記載の宿主細胞を、態様1~20のいずれか1項に記載の組換え複製欠損ウイルスに感染させるステップを含む前記方法。
[態様34]
態様30~32のいずれか1項に記載の感染宿主細胞から、態様1~20のいずれか1項に記載の組換え複製欠損ウイルスを回収するステップをさらに含む、態様33に記載の方法。
[態様35]
態様1~20のいずれか1項に記載の組換え複製欠損ウイルスと、前記ICP27または前記その機能的等価物のコード配列の間に、300bp、250bp、200bp、150bp、100bp、50bp、30bp、20bp、10bp、9bp、8bp、7bp、6bp、5bp、4bp、3bp、または2bp以下の配列重複がある、態様33または34に記載の方法。
[態様36]
AAV ITR配列に隣接する目的の遺伝子(GOI)コード配列を含む組換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)を産生する方法であって、AAV RepおよびCapタンパク質のコード配列を含む態様19または20に記載の第1の組換え複製欠損ウイルス、ならびにAAV ITR配列に隣接する目的の遺伝子(GOI)を含む態様19または20に記載の第2の組換え複製欠損ウイルスに産生宿主細胞を同時感染させるステップを含む前記方法。
[態様37]
AAV ITR配列に隣接する目的の遺伝子(GOI)のコード配列を含む組換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)を産生する方法であって、AAV RepおよびCapタンパク質のコード配列を含む態様19または20に記載の組換え複製欠損ウイルスに産生宿主細胞を感染させるステップを含み、産生宿主細胞が、(1)AAV ITR配列に隣接するGOIコード配列を有する組み込まれたAAVプロウイルスを含み;(2)AAV ITR配列に隣接するGOIコード配列を有するベクター(例えば、プラスミド)によってトランスフェクトされ;または(3)AAV ITR配列に隣接するGOIコード配列を有するrAAVに同時感染される、前記方法。
[態様38]
産生細胞株がBHK、Vero、またはHEK293である、態様36または37に記載の方法。
[態様39]
GOIが、ジストロフィンの機能的等価物(例えば、機能性マイクロジストロフィンタンパク質をコードするジストロフィンミニ遺伝子)である、態様36~38のいずれか1項に記載の方法。
[態様40]
AAVの指向性が骨格筋を含む(例えばAAV1、AAV6、AAV7、AAV8、またはAAV9、好ましくはAAV9)、態様36~39のいずれか1項に記載の方法。
[態様41]
目的の遺伝子(GOI)には、LGMD2E(肢帯型筋ジストロフィー2E型)、LGMD2D(肢帯型筋ジストロフィー2D型)、LGMD2C(肢帯型筋ジストロフィー2C型)、LGMD2B(肢帯型筋ジストロフィー2B型)、LGMD2L(肢帯型筋ジストロフィー2L型)、LGMD2I(肢帯型筋ジストロフィー2I型)の原因遺伝子/欠損遺伝子、またはNAGLU(α-N-アセチルグルコサミニダーゼ、サンフィリポ症候群またはムコ多糖症IIIB型(MPS IIIB)に関する)、スルファミダーゼもしくはSGSH(ムコ多糖症IIIA型またはMPS IIIAに関する)、第IX因子、第VIII因子、ミオチューブラリン1(MTM1)、生存運動ニューロン(SMN、脊髄性筋萎縮症またはSMAに関する)、GalNAcトランスフェラーゼGALGT2、カルパイン-3(CAPN-3)、酸性アルファグルコシダーゼ(GAA、ポンペ病に関する)、アルファ-ガラクトシダーゼAもしくはGLA(ファブリー病に関する)、グルコセレブロシダーゼ、ジストロフィンもしくはマイクロジストロフィンの遺伝子もしくはコード配列が挙げられる、態様36~40のいずれか1項に記載の方法。
[態様42]
GOIがマイクロジストロフィン遺伝子である、態様41に記載の方法。
[態様43]
マイクロジストロフィン遺伝子が、US7,906,111;US7,001,761;US7,510,867;US6,869,777;US8,501,920;US7,892,824;PCT/US2016/013733;またはUS10,166,272に記載されているものである、態様42に記載の方法。
[態様44]
マイクロジストロフィン遺伝子が、完全長ジストロフィンタンパク質のR16およびR17スペクトリン様リピートのコード配列を含む(US7,892,824に記載されているものなど)、態様43に記載の方法。
[態様45]
マイクロジストロフィン遺伝子が、完全長ジストロフィンタンパク質のR1、R16、R17、R23、およびR24スペクトリン様リピートのコード配列を含む(PCT/US2016/013733に記載されているマイクロジストロフィン遺伝子など)、態様44に記載の方法。
[態様46]
筋ジストロフィーの処置を必要とする対象における筋ジストロフィーを処置する方法であって、マイクロジストロフィン遺伝子(態様43~45のいずれか1項に記載のものなど)をコードする組換えAAV(rAAV)ベクターの治療有効量を対象に投与するステップを含み、前記rAAVが、態様36~40のいずれか1項に記載の方法によって産生される、前記方法。
[態様47]
対象にrAAVを投与するステップの前に、態様36~40のいずれか1項に記載の方法によって前記rAAVを産生するステップをさらに含む、態様46に記載の方法。
[態様48]
ウイルスが、ICP27をコードする遺伝子またはその機能的等価遺伝子の中の欠失によって特徴づけられ、前記欠失が少なくとも1,200bp長であり、前記ICP27をコードする遺伝子(例えば、配列番号11)、またはその機能的等価遺伝子の最も3’末端の300bp、250bp、200bp、150bp、100bp、50bp、30bp、20bp、10bp、9bp、8bp、7bp、6bp、5bp、4bp、3bp、2bp、1bpまたは0bp以下を残す、ヘルペスウイルス目に由来する組換え複製欠損ウイルスを製造する方法であって、前記ICP27をコードする遺伝子または前記その機能的等価遺伝子の前記欠失を、宿主細胞での相同組換えによって作製するステップを含む前記方法。
[態様49]
相同組換えが、前記ICP27をコードする遺伝子または前記その機能的等価遺伝子を有する、ヘルペスウイルス目に由来する前記ウイルスのゲノム(例えば、HSVゲノム)を含む細菌人工染色体(BAC)を使用して実行される、態様48に記載の方法。
[態様50]
宿主細胞が、大腸菌、または真核細胞、例えば酵母、昆虫細胞(例えば、SF9)、もしくは哺乳動物細胞(例えば、Vero細胞、ベビーハムスター腎臓細胞(BHK)細胞、HeLa細胞、ヒト肺線維芽細胞MRC-5、ヒト包皮線維芽細胞(HFF)、ヒト胚性肺線維芽細胞(HELF)、メイディン-ダービーイヌ腎臓細胞(MDCK)、メイディン-ダービーウシ腎臓細胞(MDBK)など)である、態様48または49に記載の方法。
非限定的に、本発明は以下の態様を含む。
[態様1]
ヘルペスウイルス目に由来する組換え複製欠損ウイルスであって、前記ウイルスが、ICP27をコードする遺伝子、またはその機能的等価遺伝子中の欠失によって特徴づけられ、前記欠失が少なくとも1,200bp長であり、前記ICP27をコードする遺伝子(配列番号11)、またはその機能的等価遺伝子の最も3’末端の300bp、250bp、200bp、150bp、100bp、50bp、30bp、20bp、10bp、9bp、8bp、7bp、6bp、5bp、4bp、3bp、2bp、1bpまたは0bp以下を残す、前記ウイルス。
[態様2]
非臨床(または実験室)株ウイルスである、または非臨床(または実験室)株ウイルスに由来する、態様1に記載の組換え複製欠損ウイルス。
[態様3]
前記欠失が、前記ICP27をコードする遺伝子または前記その機能的等価遺伝子のコード配列(またはORF)全体を含む、態様1または2に記載の組換え複製欠損ウイルス。
[態様4]
前記欠失が、前記ICP27をコードする遺伝子もしくは前記その機能的等価遺伝子のプロモーター領域全体、または前記プロモーター領域の一部(例えば、最も3’側の約400ヌクレオチド)をさらに含む、態様1~3のいずれか1項に記載の組換え複製欠損ウイルス。
[態様5]
前記ICP27をコードする遺伝子が、配列番号11のポリヌクレオチド配列を有する、態様1~4のいずれか1項に記載の組換え複製欠損ウイルス。
[態様6]
前記ウイルスが、アロヘルペスウイルス科またはマラコヘルペスウイルス科に由来する、態様1~5のいずれか1項に記載の組換え複製欠損ウイルス。
[態様7]
前記ウイルスが、ヘルペスウイルス科に由来する、態様1~5のいずれか1項に記載の組換え複製欠損ウイルス。
[態様8]
前記ウイルスが、アルファヘルペスウイルス亜科、ベータヘルペスウイルス亜科、またはガンマヘルペスウイルス亜科に由来する、態様7に記載の組換え複製欠損ウイルス。
[態様9]
前記ウイルスが、HHV-1(単純ヘルペスウイルス-1またはHSV-1)、HHV-2(単純ヘルペスウイルス-2またはHSV-2)、HHV-3(水痘帯状疱疹ウイルスまたはVZV)、HHV-4(エプスタインバーウイルスまたはEBV)、HHV-5(サイトメガロウイルスまたはCMV)、HHV-6A/HHV-6B(ロゼオロウイルス、ヘルペスリンパ球向性ウイルス)、HHV-7、またはHHV-8(カポジ肉腫関連ヘルペスウイルスまたはKSHV)に由来する、態様8に記載の組換え複製欠損ウイルス。
[態様10]
前記ウイルスが、オナガザルヘルペスウイルス-1(CeHV-1)またはネズミヘルペスウイルス68(MHV-68またはMuHV-4)に由来する、態様8に記載の組換え複製欠損ウイルス。
[態様11]
前記ウイルスが、クモザルヘルペスウイルス1(Ateline herpesvirus 1)、クモザルヘルペスウイルス(spider monkey herpesvirus)、ブタヘルペスウイルス、ウシヘルペスウイルス2、オナガザルヘルペスウイルス1(ヘルペスBウイルス)、オオコウモリアルファヘルペスウイルス1、ウサギヘルペスウイルス4、マカクヘルペスウイルス1、カンガルーヘルペスウイルス2、およびヒヒヘルペスウイルス2などのシンプレックスウイルス属に由来する、態様8に記載の組換え複製欠損ウイルス。
[態様12]
前記ウイルスが、ウシヘルペスウイルス1、ウシヘルペスウイルス5、スイギュウヘルペスウイルス1、ヤギヘルペスウイルス1、イヌヘルペスウイルス1、オナガザルヘルペスウイルス9、シカヘルペスウイルス1、シカヘルペスウイルス2、ヘラジカヘルペスウイルス1、ウマヘルペスウイルス1、ウマヘルペスウイルス3、ウマヘルペスウイルス4、ウマヘルペスウイルス8、ウマヘルペスウイルス9、ネコヘルペスウイルス1、およびブタヘルペスウイルス1などのバリセロウイルス属に由来する、態様8に記載の組換え複製欠損ウイルス。
[態様13]
前記ウイルスが、カモヘルペスウイルス1、ハトヘルペスウイルス1、トリヘルペスウイルス2、トリヘルペスウイルス3(GaHV-3またはMDV-2)、シチメンチョウヘルペスウイルス1(HVT)、およびクジャクヘルペスウイルス1などのマルディウイルス属に由来する、態様8に記載の組換え複製欠損ウイルス。
[態様14]
前記ウイルスが、トリヘルペスウイルス1、およびオウムヘルペスウイルス1などのイルトウイルス(Litovirus)属に由来する、態様8に記載の組換え複製欠損ウイルス。
[態様15]
前記ウイルスが、アカウミガメヘルペスウイルス(Caretta caretta herpesvirus)、ウミガメヘルペスウイルス1、ウミガメヘルペスウイルス2、ウミガメヘルペスウイルス3、ウミガメヘルペスウイルス4、アオウミガメヘルペスウイルス、クーバーヘルペスウイルス(Coober herpesvirus)、ヌマガメヘルペスウイルス1、ヌマガメヘルペスウイルス2、線維乳頭腫関連ヘルペスウイルス、カタトカゲヘルペスウイルス1、カタトカゲヘルペスウイルス2、カタトカゲヘルペスウイルス3、モリイシガメ(Glyptemis)ヘルペスウイルス1、モリイシガメヘルペスウイルス2、イグアナヘルペスウイルス1、イグアナヘルペスウイルス2、アカウミガメ口腔皮膚ヘルペスウイルス(Loggerhead orocutaneous herpesvirus)、肺-眼-気管関連ヘルペスウイルス、ヨコクビガメヘルペスウイルス1、ミシシッピアカミミガメヘルペスウイルス、アメリカハコガメヘルペスウイルス1、アメリカハコガメヘルペスウイルス2、リクガメヘルペスウイルス1、リクガメヘルペスウイルス2、リクガメヘルペスウイルス3、リクガメヘルペスウイルス4、およびオオトカゲヘルペスウイルス1などの爬虫類アルファヘルペスウイルスに由来する、態様8に記載の組換え複製欠損ウイルス。
[態様16]
前記ウイルスが、アルセラフィンヘルペスウイルス1、アルセラフィンヘルペスウイルス2、クモザルヘルペスウイルス2、ウシヘルペスウイルス4、オナガザルヘルペスウイルス17、ウマヘルペスウイルス2、ウマヘルペスウイルス5、ウマヘルペスウイルス7、ニホンザルラディノウイルス、ウサギヘルペスウイルス1、およびネズミヘルペスウイルス4(マウスガンマヘルペスウイルス-68またはMHV-68)などのラディノウイルス属に由来する、態様8に記載の組換え複製欠損ウイルス。
[態様17]
前記ウイルスが、KOS、KOS1.1、KOS1.1A、KOS63、KOS79、McKrae、Stain 17、F17、またはMcIntyreなどのHSV-1の株である、態様9に記載の組換え複製欠損ウイルス。
[態様18]
前記その機能的等価遺伝子が、KSHVのORF57、EBVのMta/SM/EB2、またはヒトCMVのUL69である、態様1~17のいずれか1項に記載の組換え複製欠損ウイルス。
[態様19]
AAV RepおよびCapタンパク質のコード配列、ならびに/またはAAV ITR配列に隣接する目的の遺伝子(GOI)をさらに含む、態様1~18のいずれか1項に記載の組換え複製欠損ウイルス。
[態様20]
前記AAV RepおよびCapタンパク質の前記コード配列、ならびに/またはAAV ITR配列に隣接する前記目的の遺伝子(GOI)が、ウイルスの非必須遺伝子(例えば、ウイルス複製に必要とされず、ウイルスパッケージングに必要とされない)に組み込まれる、またはウイルスの非必須遺伝子を置換する、態様19の組換え複製欠損ウイルス。
[態様21]
ICP27またはその機能的等価物を宿主細胞で発現させることができる組換えベクターであって、
(1)宿主細胞において前記コード配列の転写を指示することができるプロモーターに作動可能に連結された、前記ICP27または前記その機能的等価物のコード配列と;
(2)コード配列の3’側のポリアデニル化部位と;
(3)場合により、1つまたは複数のマルチクローニング部位とを含み;
態様1~20のいずれか1項に記載のウイルスの300bp、250bp、200bp、150bp、100bp、50bp、30bp、20bp、10bp、9bp、8bp、7bp、または6bp以下の連続ヌクレオチドを含有する前記ベクター。
[態様22]
前記ICP27が、配列番号10のアミノ酸配列を有する、または配列番号10と少なくとも60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、99%、99.2%、99.4%、99.6%、もしくは99.8%同一である、態様21に記載の組換えベクター。
[態様23]
プロモーターが少なくとも400ポリヌクレオチドを含む、態様21または22に記載の組換えベクター。
[態様24]
プロモーターが、配列番号11のヌクレオチド1~538、配列番号11のヌクレオチド127~538、GenBankアクセッション番号KT887224のヌクレオチド113,139~113,550、またはGenBankアクセッション番号KT887224のヌクレオチド113,013~113,550を含む、態様23に記載の組換えベクター。
[態様25]
前記コード配列が、哺乳動物宿主細胞での発現のために部分的または完全にコドン最適化されている、態様21~24のいずれか1項に記載の組換えベクター。
[態様26]
コード配列の最も3’側の300~350ヌクレオチドが、哺乳動物宿主細胞での発現のためにコドン最適化されている、態様25に記載の組換えベクター。
[態様27]
前記ポリアデニル化部位が、ウシ成長ホルモン(bGH)ポリアデニル化部位である、態様21~26のいずれか1項に記載の組換えベクター。
[態様28]
前記ICP27のコード配列が、宿主細胞pre-mRNAスプライシングの阻害を低減する一方で、HSV後期遺伝子発現を可能にする変異を含む、態様21~27のいずれか1項に記載の組換えベクター。
[態様29]
変異が、vBS3.3二重変異、vBS4.3二重変異、またはvBS5.3二重変異である、態様28に記載の組換えベクター。
[態様30]
宿主細胞が、前記ICP27または前記その機能的等価物を発現することができる、態様21~29のいずれか1項に記載の組換えベクターを含む宿主細胞。
[態様31]
組換えベクターが宿主細胞ゲノムに安定に組み込まれる、態様30に記載の宿主細胞。
[態様32]
BHK細胞、Vero細胞、またはHEK293細胞である、態様30または31に記載の宿主細胞。
[態様33]
態様1~20のいずれか1項に記載の組換え複製欠損ウイルスを増殖/増幅/産生する方法であって、態様30~32のいずれか1項に記載の宿主細胞を、態様1~20のいずれか1項に記載の組換え複製欠損ウイルスに感染させるステップを含む前記方法。
[態様34]
態様30~32のいずれか1項に記載の感染宿主細胞から、態様1~20のいずれか1項に記載の組換え複製欠損ウイルスを回収するステップをさらに含む、態様33に記載の方法。
[態様35]
態様1~20のいずれか1項に記載の組換え複製欠損ウイルスと、前記ICP27または前記その機能的等価物のコード配列の間に、300bp、250bp、200bp、150bp、100bp、50bp、30bp、20bp、10bp、9bp、8bp、7bp、6bp、5bp、4bp、3bp、または2bp以下の配列重複がある、態様33または34に記載の方法。
[態様36]
AAV ITR配列に隣接する目的の遺伝子(GOI)コード配列を含む組換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)を産生する方法であって、AAV RepおよびCapタンパク質のコード配列を含む態様19または20に記載の第1の組換え複製欠損ウイルス、ならびにAAV ITR配列に隣接する目的の遺伝子(GOI)を含む態様19または20に記載の第2の組換え複製欠損ウイルスに産生宿主細胞を同時感染させるステップを含む前記方法。
[態様37]
AAV ITR配列に隣接する目的の遺伝子(GOI)のコード配列を含む組換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)を産生する方法であって、AAV RepおよびCapタンパク質のコード配列を含む態様19または20に記載の組換え複製欠損ウイルスに産生宿主細胞を感染させるステップを含み、産生宿主細胞が、(1)AAV ITR配列に隣接するGOIコード配列を有する組み込まれたAAVプロウイルスを含み;(2)AAV ITR配列に隣接するGOIコード配列を有するベクター(例えば、プラスミド)によってトランスフェクトされ;または(3)AAV ITR配列に隣接するGOIコード配列を有するrAAVに同時感染される、前記方法。
[態様38]
産生細胞株がBHK、Vero、またはHEK293である、態様36または37に記載の方法。
[態様39]
GOIが、ジストロフィンの機能的等価物(例えば、機能性マイクロジストロフィンタンパク質をコードするジストロフィンミニ遺伝子)である、態様36~38のいずれか1項に記載の方法。
[態様40]
AAVの指向性が骨格筋を含む(例えばAAV1、AAV6、AAV7、AAV8、またはAAV9、好ましくはAAV9)、態様36~39のいずれか1項に記載の方法。
[態様41]
目的の遺伝子(GOI)には、LGMD2E(肢帯型筋ジストロフィー2E型)、LGMD2D(肢帯型筋ジストロフィー2D型)、LGMD2C(肢帯型筋ジストロフィー2C型)、LGMD2B(肢帯型筋ジストロフィー2B型)、LGMD2L(肢帯型筋ジストロフィー2L型)、LGMD2I(肢帯型筋ジストロフィー2I型)の原因遺伝子/欠損遺伝子、またはNAGLU(α-N-アセチルグルコサミニダーゼ、サンフィリポ症候群またはムコ多糖症IIIB型(MPS IIIB)に関する)、スルファミダーゼもしくはSGSH(ムコ多糖症IIIA型またはMPS IIIAに関する)、第IX因子、第VIII因子、ミオチューブラリン1(MTM1)、生存運動ニューロン(SMN、脊髄性筋萎縮症またはSMAに関する)、GalNAcトランスフェラーゼGALGT2、カルパイン-3(CAPN-3)、酸性アルファグルコシダーゼ(GAA、ポンペ病に関する)、アルファ-ガラクトシダーゼAもしくはGLA(ファブリー病に関する)、グルコセレブロシダーゼ、ジストロフィンもしくはマイクロジストロフィンの遺伝子もしくはコード配列が挙げられる、態様36~40のいずれか1項に記載の方法。
[態様42]
GOIがマイクロジストロフィン遺伝子である、態様41に記載の方法。
[態様43]
マイクロジストロフィン遺伝子が、US7,906,111;US7,001,761;US7,510,867;US6,869,777;US8,501,920;US7,892,824;PCT/US2016/013733;またはUS10,166,272に記載されているものである、態様42に記載の方法。
[態様44]
マイクロジストロフィン遺伝子が、完全長ジストロフィンタンパク質のR16およびR17スペクトリン様リピートのコード配列を含む(US7,892,824に記載されているものなど)、態様43に記載の方法。
[態様45]
マイクロジストロフィン遺伝子が、完全長ジストロフィンタンパク質のR1、R16、R17、R23、およびR24スペクトリン様リピートのコード配列を含む(PCT/US2016/013733に記載されているマイクロジストロフィン遺伝子など)、態様44に記載の方法。
[態様46]
筋ジストロフィーの処置を必要とする対象における筋ジストロフィーを処置する方法であって、マイクロジストロフィン遺伝子(態様43~45のいずれか1項に記載のものなど)をコードする組換えAAV(rAAV)ベクターの治療有効量を対象に投与するステップを含み、前記rAAVが、態様36~40のいずれか1項に記載の方法によって産生される、前記方法。
[態様47]
対象にrAAVを投与するステップの前に、態様36~40のいずれか1項に記載の方法によって前記rAAVを産生するステップをさらに含む、態様46に記載の方法。
[態様48]
ウイルスが、ICP27をコードする遺伝子またはその機能的等価遺伝子の中の欠失によって特徴づけられ、前記欠失が少なくとも1,200bp長であり、前記ICP27をコードする遺伝子(例えば、配列番号11)、またはその機能的等価遺伝子の最も3’末端の300bp、250bp、200bp、150bp、100bp、50bp、30bp、20bp、10bp、9bp、8bp、7bp、6bp、5bp、4bp、3bp、2bp、1bpまたは0bp以下を残す、ヘルペスウイルス目に由来する組換え複製欠損ウイルスを製造する方法であって、前記ICP27をコードする遺伝子または前記その機能的等価遺伝子の前記欠失を、宿主細胞での相同組換えによって作製するステップを含む前記方法。
[態様49]
相同組換えが、前記ICP27をコードする遺伝子または前記その機能的等価遺伝子を有する、ヘルペスウイルス目に由来する前記ウイルスのゲノム(例えば、HSVゲノム)を含む細菌人工染色体(BAC)を使用して実行される、態様48に記載の方法。
[態様50]
宿主細胞が、大腸菌、または真核細胞、例えば酵母、昆虫細胞(例えば、SF9)、もしくは哺乳動物細胞(例えば、Vero細胞、ベビーハムスター腎臓細胞(BHK)細胞、HeLa細胞、ヒト肺線維芽細胞MRC-5、ヒト包皮線維芽細胞(HFF)、ヒト胚性肺線維芽細胞(HELF)、メイディン-ダービーイヌ腎臓細胞(MDCK)、メイディン-ダービーウシ腎臓細胞(MDBK)など)である、態様48または49に記載の方法。
Claims (17)
- 組換え複製欠損ウイルスであって、前記ウイルスが、ICP27中の欠失によって特徴づけられる単純ヘルペスウイルス-1(HSV-1)であり、
前記欠失が、前記HSV-1のUL55の5’側に対するものであり、
ここにおいて、前記欠失は、前記ICP27のプロモーター領域全体およびコード配列全体(若しくはORF)を含み、そして、
前記欠失が少なくとも1,200bp長であり、前記ICP27をコードする遺伝子(配列番号11)の最も3’末端の50bp、30bp、20bp、10bp、9bp、8bp、7bp、6bp、5bp、4bp、3bp、2bp、1bpまたは0bp以下を残す、
前記ウイルス。 - 非臨床(または実験室)株ウイルスである、または非臨床(または実験室)株ウイルスに由来する、請求項1に記載の組換え複製欠損ウイルス。
- 前記欠失が、配列番号11のポリヌクレオチド配列を含む、請求項1または2のいずれか1項に記載の組換え複製欠損ウイルス。
- 前記HSV-1ウイルスが、KOS、KOS1.1、KOS1.1A、KOS63、KOS79、McKrae、Stain 17、F17、またはMcIntyreから選択されるHSV-1の株である、請求項1~3のいずれか1項に記載の組換え複製欠損ウイルス。
- AAV RepおよびCapタンパク質のコード配列、ならびに/またはAAV ITR配列に隣接する目的の遺伝子(GOI)をさらに含む、請求項1~4のいずれか1項に記載の組換え複製欠損ウイルス。
- 前記AAV RepおよびCapタンパク質の前記コード配列、ならびに/またはAAV ITR配列に隣接する前記目的の遺伝子(GOI)が、ウイルスの非必須遺伝子(例えば、ウイルス複製に必要とされず、ウイルスパッケージングに必要とされない)に組み込まれる、またはウイルスの非必須遺伝子を置換する、請求項5の組換え複製欠損ウイルス。
- ICP27を宿主細胞で発現させることができる組換えベクターであって、
(1)宿主細胞において前記コード配列の転写を指示することができるプロモーターに作動可能に連結された、前記ICP27のコード配列と;
(2)コード配列に作動可能に連結されたポリアデニル化部位と;
(3)場合により、1つまたは複数のマルチクローニング部位とを含み;
請求項1~6のいずれか1項に記載のウイルスの50bp、30bp、20bp、10bp、9bp、8bp、7bp、または6bp以下の連続ヌクレオチドを含有する前記ベクター。 - 宿主細胞が、前記ICP27または前記その機能的等価物を発現することができる、請求項7に記載の組換えベクターを含む宿主細胞。
- 組換えベクターが宿主細胞ゲノムに安定に組み込まれる、請求項8に記載の宿主細胞。
- BHK細胞、Vero細胞、またはHEK293細胞である、請求項8または9に記載の宿主細胞。
- 請求項1~6のいずれか1項に記載の組換え複製欠損ウイルスを増殖/増幅/産生する方法であって、請求項8~10のいずれか1項に記載の宿主細胞を、請求項1~6のいずれか1項に記載の組換え複製欠損ウイルスに感染させるステップを含む前記方法。
- AAV ITR配列に隣接する目的の遺伝子(GOI)コード配列を含む組換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)を産生する方法であって、
AAV RepおよびCapタンパク質のコード配列を含む請求項5または6に記載の第1の組換え複製欠損ウイルス、ならびにAAV ITR配列に隣接する目的の遺伝子(GOI)を含む請求項5または6に記載の第2の組換え複製欠損ウイルスに産生宿主細胞を同時感染させるステップを含む、
前記方法。 - AAV ITR配列に隣接する目的の遺伝子(GOI)のコード配列を含む組換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)を産生する方法であって、
AAV RepおよびCapタンパク質のコード配列を含む請求項5または6に記載の組換え複製欠損ウイルスに産生宿主細胞を感染させるステップを含み、
産生宿主細胞が、(1)AAV ITR配列に隣接するGOIコード配列を有する組み込まれたAAVプロウイルスを含み;(2)AAV ITR配列に隣接するGOIコード配列を有するベクター(例えば、プラスミド)によってトランスフェクトされ;または(3)AAV ITR配列に隣接するGOIコード配列を有するrAAVに同時感染される、前記方法。 - マイクロジストロフィン遺伝子をコードする組換えAAV(rAAV)ベクターを含む、筋ジストロフィーの処置を必要とする対象における筋ジストロフィーを処置するための、医薬組成物であって、前記rAAVが、請求項12または13項に記載の方法によって産生される、前記医薬組成物。
- 組換え複製欠損ウイルス単純ヘルペスウイルス-1(HSV-1)を製造する方法であって、
前記ウイルスが、ICP27中の欠失によって特徴づけられ、
前記欠失が、前記HSV-1のUL55の5’側に対するものであり、
ここにおいて、前記欠失は、前記ICP27のプロモーター領域全体およびコード配列全体(若しくはORF)を含み、そして、
前記欠失が少なくとも1,200bp長であり、前記ICP27をコードする遺伝子(例えば、配列番号11)の最も3’末端の50bp、30bp、20bp、10bp、9bp、8bp、7bp、6bp、5bp、4bp、3bp、2bp、1bpまたは0bp以下を残す、
前記ICP27の前記欠失を、宿主細胞での相同組換えによって作製するステップを含む、
前記方法。 - 相同組換えが、前記ICP27をコードする遺伝子を有する、前記HSV-1のゲノムを含む細菌人工染色体(BAC)を使用して実行される、請求項15に記載の方法。
- 宿主細胞が、大腸菌、または真核細胞、例えば酵母、昆虫細胞(例えば、SF9)、もしくは哺乳動物細胞(例えば、Vero細胞、ベビーハムスター腎臓細胞(BHK)細胞、HeLa細胞、ヒト肺線維芽細胞MRC-5、ヒト包皮線維芽細胞(HFF)、ヒト胚性肺線維芽細胞(HELF)、メイディン-ダービーイヌ腎臓細胞(MDCK)、メイディン-ダービーウシ腎臓細胞(MDBK)など)である、請求項15または16に記載の方法。
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