JPWO2020198160A5

JPWO2020198160A5 -

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Publication number: JPWO2020198160A5
Application number: JP2021560159A
Authority: JP
Publication date: 2023-03-30

Description

いくつかの実施形態では、ＴＡＧＥ剤は、エンドソーム脱出剤をさらに含む。ある実施形態では、エンドソーム脱出剤はＴＤＰまたはＴＤＰ－ＫＤＥＬである。
[本発明1001]
標的指向活性遺伝子編集（ＴＡＧＥ）剤であって、
細胞外細胞膜結合分子に特異的に結合する抗原結合性ポリペプチド、及び
核酸配列を認識する部位特異的改変性ポリペプチド
を含み、
前記細胞外細胞膜結合分子を提示している細胞の中に前記部位特異的改変性ポリペプチドが内部移行できるように、前記抗原結合性ポリペプチドと前記部位特異的改変性ポリペプチドとが安定して結び付いている、
前記ＴＡＧＥ剤。
[本発明1002]
前記抗原結合性ポリペプチドが、抗体、抗体の抗原結合性部分、または抗体模倣体である、本発明1001のＴＡＧＥ剤。
[本発明1003]
前記部位特異的改変性ポリペプチドがヌクレアーゼまたはニッカーゼを含む、本発明1001または本発明1002のＴＡＧＥ剤。
[本発明1004]
前記ヌクレアーゼがＤＮＡエンドヌクレアーゼである、本発明1003のＴＡＧＥ剤。
[本発明1005]
前記ＤＮＡエンドヌクレアーゼがＣａｓ9である、本発明1004のＴＡＧＥ剤。
[本発明1006]
前記ＤＮＡエンドヌクレアーゼがＣａｓ12である、本発明1004のＴＡＧＥ剤。
[本発明1007]
前記細胞のゲノムの標的領域に特異的にハイブリダイズするガイドＲＮＡをさらに含み、前記ガイドＲＮＡと前記部位特異的改変性ポリペプチドとがリボ核タンパク質を形成している、本発明1001～1006のいずれかのＴＡＧＥ剤。
[本発明1008]
標的指向活性遺伝子編集（ＴＡＧＥ）剤であって、
細胞外細胞膜結合分子に特異的に結合する抗原結合性ポリペプチド、及び
ＣＲＩＳＰＲ配列を認識するＲＮＡ依存性ＤＮＡエンドヌクレアーゼを含む部位特異的改変性ポリペプチド
を含み、
前記細胞外細胞膜結合分子を提示している細胞の中に前記部位特異的改変性ポリペプチドが内部移行できるように、前記抗原結合性ポリペプチドと前記部位特異的改変性ポリペプチドとが安定して結び付いており、
前記抗原結合性ポリペプチドが、抗体、抗体の抗原結合性部分、または抗体模倣体である、
前記ＴＡＧＥ剤。
[本発明1009]
前記細胞のゲノムの標的領域に特異的にハイブリダイズするガイドＲＮＡをさらに含み、前記ガイドＲＮＡと前記部位特異的改変性ポリペプチドとがリボ核タンパク質を形成している、本発明1008のＴＡＧＥ剤。
[本発明1010]
前記ＲＮＡ依存性ＤＮＡエンドヌクレアーゼがＣａｓ9ヌクレアーゼである、本発明1008または本発明1009のＴＡＧＥ剤。
[本発明1011]
前記部位特異的改変性ポリペプチドが、少なくとも1つの核局在化シグナル（ＮＬＳ）をさらに含む、本発明1008～1010のいずれかのＴＡＧＥ剤。
[本発明1012]
前記部位特異的改変性ポリペプチドが、
前記抗原結合性ポリペプチドに結合する結合体化部分
をさらに含む、本発明1001～1011のいずれかのＴＡＧＥ剤。
[本発明1013]
前記結合体化部分がタンパク質である、本発明1012のＴＡＧＥ剤。
[本発明1014]
前記タンパク質が、プロテインＡ、ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ、またはＨａｌｏ－Ｔａｇである、本発明1013のＴＡＧＥ剤。
[本発明1015]
前記部位特異的改変性ポリペプチドと前記抗原結合性ポリペプチドとがリンカーを介して結合体化している、本発明1001～1011のいずれかのＴＡＧＥ剤。
[本発明1016]
前記リンカーが切断可能である、本発明1015のＴＡＧＥ剤。
[本発明1017]
前記抗体模倣体が、アドネクチン（すなわち、フィブロネクチン系結合性分子）、アフィリン、アフィマー、アフィチン、アルファボディ、アフィボディ、ＤＡＲＰｉｎ、アンチカリン、アビマー、フィノマー、Ｋｕｎｉｔｚドメインペプチド、モノボディ、ｎａｎｏＣＬＡＭＰ、ユニボディ、バーサボディ、アプタマー、またはペプチド性分子である、本発明1001～1016のいずれかのＴＡＧＥ剤。
[本発明1018]
前記抗体の前記抗原結合性部分が、ナノボディ、ドメイン抗体、ｓｃＦｖ、Ｆａｂ、ダイアボディ、ＢｉＴＥ、ダイアボディ、ＤＡＲＴ、ミニボディ（ｍｎｉｂｏｄｙ）、Ｆ（ａｂ’） ₂ 、またはイントラボディである、本発明1002～1016のいずれかのＴＡＧＥ剤。
[本発明1019]
前記抗体が完全抗体または二重特異性抗体である、本発明1002～1016のいずれかのＴＡＧＥ剤。
[本発明1020]
標的指向活性遺伝子編集（ＴＡＧＥ）剤であって、
細胞外細胞膜結合タンパク質に特異的に結合する抗体またはその抗原結合性部分を含む抗原結合性ポリペプチド、及び
Ｃａｓ9ヌクレアーゼを含む部位特異的改変性ポリペプチド
を含み、
前記細胞外細胞膜結合タンパク質が発現している細胞の中に前記部位特異的改変性ポリペプチドが前記抗体またはその抗原結合性部分を介して内部移行できるように、前記抗体またはその抗原結合性部分と前記部位特異的改変性ポリペプチドとが結合体化部分を介して安定して結び付いている、
前記ＴＡＧＥ剤。
[本発明1021]
前記部位特異的改変性ポリペプチドが、少なくとも1つの核局在化シグナル（ＮＬＳ）をさらに含む、本発明1020のＴＡＧＥ剤。
[本発明1022]
前記少なくとも1つのＮＬＳがＳＶ40 ＮＬＳを含む、本発明1021のＴＡＧＥ剤。
[本発明1023]
前記ＳＶ40 ＮＬＳがアミノ酸配列ＰＫＫＫＲＫＶ（配列番号8）を含む、本発明1022のＴＡＧＥ剤。
[本発明1024]
前記少なくとも1つのＮＬＳが、前記部位特異的改変性ポリペプチドのＣ末端、Ｎ末端、または両方にある、本発明1020～1023のいずれかのＴＡＧＥ剤。
[本発明1025]
少なくとも2つのＮＬＳを含む、本発明1020～1024のいずれかのＴＡＧＥ剤。
[本発明1026]
前記細胞外細胞膜結合タンパク質が発現している細胞のゲノムの標的領域に特異的にハイブリダイズするガイドＲＮＡをさらに含み、前記ガイドＲＮＡと前記部位特異的改変性ポリペプチドとが核タンパク質を形成している、本発明1020～1025のいずれかのＴＡＧＥ剤。
[本発明1027]
前記部位特異的改変性ポリペプチドが、
前記抗体またはその抗原結合性部分に結合できる結合体化部分
をさらに含む、本発明1020～1026のいずれかのＴＡＧＥ剤。
[本発明1028]
前記結合体化部分がタンパク質である、本発明1027のＴＡＧＥ剤。
[本発明1029]
前記タンパク質が、プロテインＡ、ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ、またはＨａｌｏ－Ｔａｇである、本発明1028のＴＡＧＥ剤。
[本発明1030]
前記Ｃａｓ9ヌクレアーゼがアミノ酸置換Ｃ80Ａを含む、本発明1020～1029のいずれかのＴＡＧＥ剤。
[本発明1031]
前記Ｃａｓ9ヌクレアーゼが、配列表に記載されるＣａｓ9と少なくとも85％、90％、95％、97％、98％、99％または100％同一であるアミノ酸配列を有する、本発明1020～1029のいずれかのＴＡＧＥ剤。
[本発明1032]
前記抗体の前記抗原結合性部分が、ナノボディ、ドメイン抗体、ｓｃＦｖ、Ｆａｂ、ダイアボディ、ＢｉＴＥ、ダイアボディ、ＤＡＲＴ、ミニボディ、Ｆ（ａｂ’） ₂ 、またはイントラボディである、本発明1020～1029のいずれかのＴＡＧＥ剤。
[本発明1033]
前記抗体が完全抗体または二重特異性抗体である、本発明1020～1029のいずれかのＴＡＧＥ剤。
[本発明1034]
前記細胞外細胞膜結合分子またはタンパク質が、ＨＬＡ－ＤＲ、ＣＤ44、ＣＤ11ａ、ＣＤ22、ＣＤ3、ＣＤ20、ＣＤ33、ＣＤ32、ＣＤ44、ＣＤ47、ＣＤ59、ＣＤ54、ＣＤ25、ＡｃｈＲ、ＣＤ70、ＣＤ74、ＣＴＬＡ4、ＥＧＦＲ、ＨＥＲ2、ＥｐＣａｍ、ＯＸ40、ＰＤ－1、ＰＤ－Ｌ1、ＧＩＴＲ、ＣＤ52、ＣＤ34、ＣＤ27、ＣＤ30、ＩＣＯＳ、またはＲＳＶである、本発明1001～1033のいずれかのＴＡＧＥ剤。
[本発明1035]
前記細胞外細胞膜結合分子またはタンパク質がＣＤ11ａである、本発明1001～1033のいずれかのＴＡＧＥ剤。
[本発明1036]
前記抗原結合性ポリペプチドが抗ＣＤ11ａ抗体またはその抗原結合性断片である、本発明1035のＴＡＧＥ剤。
[本発明1037]
前記抗ＣＤ11ａ抗体がエファリズマブである、本発明1036のＴＡＧＥ剤。
[本発明1038]
前記細胞外細胞膜結合分子またはタンパク質がＣＤ25である、本発明1001～1033のいずれかのＴＡＧＥ剤。
[本発明1039]
前記抗原結合性ポリペプチドが抗ＣＤ25抗体またはその抗原結合性断片である、本発明1038のＴＡＧＥ剤。
[本発明1040]
前記抗ＣＤ25抗体がダクリズマブである、本発明1039のＴＡＧＥ剤。
[本発明1041]
ＣＲＩＳＰＲ配列を認識するＲＮＡ依存性ＤＮＡエンドヌクレアーゼ、及び
細胞外細胞膜結合分子に特異的に結合する抗体、抗体の抗原結合性部分、または抗体模倣体に結合する、結合体化部分
を含む、部位特異的改変性ポリペプチド。
[本発明1042]
細胞のゲノムの標的領域に特異的にハイブリダイズするガイドＲＮＡをさらに含む、本発明1041の部位特異的改変性ポリペプチド。
[本発明1043]
前記ＲＮＡ依存性ＤＮＡエンドヌクレアーゼがＣａｓ9ヌクレアーゼである、本発明1041または本発明1042の部位特異的改変性ポリペプチド。
[本発明1044]
前記Ｃａｓ9ヌクレアーゼがアミノ酸置換Ｃ80Ａを含む、本発明1043の部位特異的改変性ポリペプチド。
[本発明1045]
前記Ｃａｓ9ヌクレアーゼが、配列表に記載されるＣａｓ9と少なくとも85％、90％、95％、97％、98％、99％または100％の同一性を有するアミノ酸配列を含む、本発明1043の部位特異的改変性ポリペプチド。
[本発明1046]
前記ＲＮＡ依存性ＤＮＡエンドヌクレアーゼがＣａｓ12ヌクレアーゼである、本発明1041または本発明1042の部位特異的改変性ポリペプチド。
[本発明1047]
少なくとも1つの核局在化シグナル（ＮＬＳ）をさらに含む、本発明1041～1046のいずれかの部位特異的改変性ポリペプチド。
[本発明1048]
前記少なくとも1つのＮＬＳがＳＶ40 ＮＬＳを含む、本発明1046の部位特異的改変性ポリペプチド。
[本発明1049]
前記ＳＶ40 ＮＬＳがＰＫＫＫＲＫＶ（配列番号8）を含む、本発明1047の部位特異的改変性ポリペプチド。
[本発明1050]
少なくとも2つのＮＬＳを含む、本発明1041～1049のいずれかの部位特異的改変性ポリペプチド。
[本発明1051]
前記少なくとも1つのＮＬＳが、前記部位特異的改変性ポリペプチドのＣ末端、Ｎ末端、または両方にある、本発明1041～1050のいずれかの部位特異的改変性ポリペプチド。
[本発明1052]
前記抗体、その抗原結合性部分、または抗体模倣体に結合できる結合体化部分
をさらに含む、本発明1041～1051のいずれかの部位特異的改変性ポリペプチド。
[本発明1053]
前記結合体化部分がタンパク質である、本発明1052の部位特異的改変性ポリペプチド。
[本発明1054]
前記タンパク質が、プロテインＡ、ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ、またはＨａｌｏ－Ｔａｇである、本発明1053の部位特異的改変性ポリペプチド。
[本発明1055]
前記細胞外細胞膜結合分子が、ＨＬＡ－ＤＲ、ＣＤ44、ＣＤ11ａ、ＣＤ22、ＣＤ3、ＣＤ20、ＣＤ33、ＣＤ32、ＣＤ44、ＣＤ47、ＣＤ59、ＣＤ54、ＣＤ25、ＡｃｈＲ、ＣＤ70、ＣＤ74、ＣＴＬＡ4、ＥＧＦＲ、ＨＥＲ2、ＥｐＣａｍ、ＯＸ40、ＰＤ－1、ＰＤ－Ｌ1、ＧＩＴＲ、ＣＤ52、ＣＤ34、ＣＤ27、ＣＤ30、ＩＣＯＳ、またはＲＳＶからなる群から選択されるタンパク質である、本発明1041～1054のいずれかの部位特異的改変性ポリペプチド。
[本発明1056]
前記細胞外細胞膜結合分子またはタンパク質がＣＤ11ａである、本発明1041～1055のいずれかの部位特異的改変性ポリペプチド。
[本発明1057]
前記抗原結合性ポリペプチドが抗ＣＤ11ａ抗体またはその抗原結合性断片である、本発明1056の部位特異的改変性ポリペプチド。
[本発明1058]
前記抗ＣＤ11ａ抗体がエファリズマブである、本発明1057の部位特異的改変性ポリペプチド。
[本発明1059]
前記細胞外細胞膜結合分子またはタンパク質がＣＤ25である、本発明1041～1055のいずれかの部位特異的改変性ポリペプチド。
[本発明1060]
前記抗原結合性ポリペプチドが抗ＣＤ25抗体またはその抗原結合性断片である、本発明1059の部位特異的改変性ポリペプチド。
[本発明1061]
前記抗ＣＤ25抗体がダクリズマブである、本発明1060の部位特異的改変性ポリペプチド。
[本発明1062]
本発明1041～1061のいずれかの部位特異的改変性ポリペプチド及びガイドＲＮＡを含む核タンパク質であって、前記ガイドＲＮＡが、前記細胞外細胞膜結合タンパク質を提示している細胞のゲノムの標的領域に特異的にハイブリダイズするものである、前記核タンパク質。
[本発明1063]
本発明1041～1061のいずれかの部位特異的改変性ポリペプチドをコードする、単離された核酸。
[本発明1064]
本発明1063の核酸を含む、ベクター。
[本発明1065]
本発明1041～1061のいずれかの部位特異的改変性ポリペプチドを含む、細胞。
[本発明1066]
標的細胞のゲノムを改変する方法であって、
前記標的細胞を、本発明1001～1040のいずれかの標的指向活性遺伝子編集（ＴＡＧＥ）剤と接触させること
を含む、前記方法。
[本発明1067]
前記標的細胞が真核細胞である、本発明1066の方法。
[本発明1068]
前記真核細胞が哺乳動物細胞である、本発明1067の方法。
[本発明1069]
前記哺乳動物細胞が、マウス細胞、非ヒト霊長類細胞、またはヒト細胞である、本発明1068の方法。
[本発明1070]
前記部位特異的改変性ポリペプチドが前記ゲノムの標的領域に切断部位を生成し、それによって前記ゲノムを改変する、本発明1066～1069のいずれかの方法。
[本発明1071]
前記ゲノムの前記標的領域が標的遺伝子である、本発明1066～1070のいずれかの方法。
[本発明1072]
前記標的遺伝子の発現を改変するのに有効である、本発明1071の方法。
[本発明1073]
基準レベルと比較して前記標的遺伝子の発現を増強するのに有効である、本発明1072の方法。
[本発明1074]
基準レベルと比較して前記標的遺伝子の発現を減少させるのに有効である、本発明1060の方法。
[本発明1075]
哺乳動物対象において標的細胞内で核酸配列を改変する方法であって、
前記対象において前記標的細胞を、
以下：
細胞外細胞膜結合分子に特異的に結合する抗原結合性ポリペプチド、及び
前記標的細胞の前記核酸配列が改変されるような、前記標的細胞内で前記核酸配列を認識する部位特異的改変性ポリペプチド
を含む標的指向活性遺伝子編集（ＴＡＧＥ）剤と接触させること
を含む、前記方法。
[本発明1076]
哺乳動物対象において標的細胞内で核酸配列を改変する方法であって、
以下：
細胞外細胞膜結合分子に特異的に結合する抗原結合性ポリペプチド、及び
前記標的細胞の前記核酸配列が改変されるような、前記標的細胞内で前記核酸配列を認識する部位特異的改変性ポリペプチド
を含む標的指向活性遺伝子編集（ＴＡＧＥ）剤
を前記対象に局所投与することを含む、前記方法。
[本発明1077]
筋肉内注射、骨内注射、眼内注射、腫瘍内注射、または皮内注射によって前記ＴＡＧＥ剤を前記対象に局所投与すること
を含む、本発明1075または本発明1076の方法。
[本発明1078]
前記ＴＡＧＥ剤の投与の後に、前記対象において遺伝子改変された標的細胞の数を増大させるのに有効である、本発明1075～1077のいずれかの方法。
[本発明1079]
前記哺乳動物対象がヒト対象である、本発明1075～1077のいずれかの方法。
[本発明1080]
前記対象が、眼疾患、幹細胞障害、及びがんから選択される疾患を有し、前記方法が、前記疾患を治療するのに有効である、本発明1075～1079のいずれかの方法。
[本発明1081]
標的哺乳動物細胞内で核酸配列を改変する方法であって、
前記核酸配列が改変されるように、標的指向活性遺伝子編集（ＴＡＧＥ）剤が前記標的細胞内に内部移行する条件の下で、前記標的哺乳動物細胞と前記ＴＡＧＥ剤とを接触させること
を含み、
前記ＴＡＧＥ剤が、
細胞外細胞膜結合分子に特異的に結合する抗原結合性ポリペプチド、及び
前記標的細胞内で前記核酸配列を認識する部位特異的改変性ポリペプチド
を含むものであり、
前記ＴＡＧＥ剤の前記内部移行が電気穿孔に依存しない、
前記方法。
[本発明1082]
前記標的哺乳動物細胞が、造血細胞（ＨＳＣ）、好中球、Ｔ細胞、Ｂ細胞、樹状細胞、マクロファージ、または線維芽細胞である、本発明1081の方法。
[本発明1083]
前記標的哺乳動物細胞が、造血幹細胞（ＨＳＣ）、またはＨＳＣでない骨髄細胞である、本発明1081の方法。
[本発明1084]
前記抗原結合性ポリペプチドが、ヒトＨＳＣ上の細胞外細胞膜結合分子に特異的に結合する、本発明1083の方法。
[本発明1085]
前記ＨＳＣ上の前記細胞外細胞膜結合分子が、ＣＤ34、ＥＭＣＮ、ＣＤ59、ＣＤ90、ｃｋｉｔ、ＣＤ45、またはＣＤ49Ｆである、本発明1084の方法。
[本発明1086]
前記標的哺乳動物細胞と前記ＴＡＧＥ剤とが、生体外での共インキュベーションによって接触する、本発明1081～1085のいずれかの方法。
[本発明1087]
それを必要としている対象に投与される遺伝子改変された標的細胞をもたらす、本発明1081～1086のいずれかの方法。
[本発明1088]
前記標的哺乳動物細胞と前記ＴＡＧＥ剤とが、対象の組織への注射によってインサイチュで接触する、本発明1081～1085のいずれかの方法。
[本発明1089]
筋肉内注射、骨内注射、眼内注射、腫瘍内注射、または皮内注射によって前記ＴＡＧＥ剤が前記対象に投与される、本発明1088の方法。
[本発明1090]
前記核酸が前記標的細胞のゲノム内の遺伝子であり、前記遺伝子の発現が前記改変の後に変化する、本発明1075～1089のいずれかの方法。
[本発明1091]
前記標的哺乳動物細胞が、マウス細胞、非ヒト霊長類細胞、またはヒト細胞である、本発明1075～1090のいずれかの方法。
[本発明1092]
前記抗原結合性ポリペプチドが、抗体、抗体の抗原結合性部分、または抗体模倣体である、本発明1075～1091のいずれかの方法。
[本発明1093]
前記抗体模倣体が、アドネクチン（すなわち、フィブロネクチン系結合性分子）、アフィリン、アフィマー、アフィチン、アルファボディ、アプタマー．アフィボディ、ＤＡＲＰｉｎ、アンチカリン、アビマー、フィノマー、Ｋｕｎｉｔｚドメインペプチド、モノボディ、ｎａｎｏＣＬＡＭＰ、ユニボディ、バーサボディ、アプタマー、またはペプチド性分子である、本発明1092の方法。
[本発明1094]
前記抗体の前記抗原結合性部分が、ナノボディ、ドメイン抗体、ｓｃＦｖ、Ｆａｂ、ダイアボディ、ＢｉＴＥ、ダイアボディ、ＤＡＲＴ、ミニボディ（ｍｎｉｂｏｄｙ）、Ｆ（ａｂ’） ₂ 、またはイントラボディである、本発明1092の方法。
[本発明1095]
前記抗体が完全抗体または二重特異性抗体である、本発明1092の方法。
[本発明1096]
前記抗原結合性ポリペプチドに結合される前記細胞外細胞膜結合分子が、ＨＬＡ－ＤＲ、ＣＤ44、ＣＤ11ａ、ＣＤ22、ＣＤ3、ＣＤ20、ＣＤ33、ＣＤ32、ＣＤ44、ＣＤ47、ＣＤ59、ＣＤ54、ＣＤ25、ＡｃｈＲ、ＣＤ70、ＣＤ74、ＣＴＬＡ4、ＥＧＦＲ、ＨＥＲ2、ＥｐＣａｍ、ＯＸ40、ＰＤ－1、ＰＤ－Ｌ1、ＧＩＴＲ、ＣＤ52、ＣＤ34、ＣＤ27、ＣＤ30、ＩＣＯＳ、またはＲＳＶである、本発明1075～1095のいずれかの方法。
[本発明1097]
前記細胞外細胞膜結合分子またはタンパク質がＣＤ11ａである、本発明1075～1095のいずれかの方法。
[本発明1098]
前記抗原結合性ポリペプチドが抗ＣＤ11ａ抗体またはその抗原結合性断片である、本発明1097の方法。
[本発明1099]
前記抗ＣＤ11ａ抗体がエファリズマブである、本発明1098の方法。
[本発明1100]
前記細胞外細胞膜結合分子またはタンパク質がＣＤ25である、本発明1075～1095のいずれかの方法。
[本発明1101]
前記抗原結合性ポリペプチドが抗ＣＤ25抗体またはその抗原結合性断片である、本発明1100の方法。
[本発明1102]
前記抗ＣＤ25抗体がダクリズマブである、本発明1101の方法。
[本発明1103]
前記ＴＡＧＥ剤が、少なくとも1つの核局在化シグナル（ＮＬＳ）をさらに含む、本発明1075～1102のいずれかの方法。
[本発明1104]
前記ＴＡＧＥ剤が、少なくとも2つの核局在化シグナル（ＮＬＳ）を含む、本発明1075～1103のいずれかの方法。
[本発明1105]
前記ＴＡＧＥ剤が4つの核局在化シグナル（ＮＬＳ）を含む、本発明1104の方法。
[本発明1106]
前記ＴＡＧＥ剤が6つの核局在化シグナル（ＮＬＳ）を含む、本発明1104の方法。
[本発明1107]
前記ＴＡＧＥ剤が7つの核局在化シグナル（ＮＬＳ）を含む、本発明1104の方法。
[本発明1108]
前記ＴＡＧＥ剤が8つの核局在化シグナル（ＮＬＳ）を含む、本発明1104の方法。
[本発明1109]
前記ＮＬＳがＳＶ40 ＮＬＳを含む、本発明1103～1108のいずれかの方法。
[本発明1110]
前記ＳＶ40 ＮＬＳがアミノ酸配列ＰＫＫＫＲＫＶ（配列番号8）を含む、本発明1109の方法。
[本発明1111]
前記標的哺乳動物細胞が、標的哺乳動物細胞の集団である、本発明1075～1110のいずれかの方法。
[本発明1112]
遺伝子改変された標的哺乳動物細胞の数を増大させるのに有効である、本発明1111の方法。
[本発明1113]
前記ＴＡＧＥ剤の前記部位特異的改変性ポリペプチドが、前記標的哺乳動物細胞において増強された細胞内部移行を有する、本発明1075～1112のいずれかの方法。
[本発明1114]
前記ＴＡＧＥ剤の前記部位特異的改変性ポリペプチドが、前記標的哺乳動物細胞において増強された核内部移行を有する、本発明1075～1113のいずれかの方法。
[本発明1115]
前記部位特異的改変性ポリペプチドがヌクレアーゼまたはニッカーゼを含む、本発明1075～1114のいずれかの方法。
[本発明1116]
前記部位特異的改変性ポリペプチドが核酸依存性ヌクレアーゼであり、前記ＴＡＧＥ剤が、前記標的哺乳動物細胞の前記核酸配列の標的領域に特異的にハイブリダイズするガイド核酸をさらに含み、前記ガイド核酸と前記核酸依存性ヌクレアーゼとが核タンパク質を形成している、本発明1075～1115のいずれかの方法。
[本発明1117]
前記部位特異的改変性ポリペプチドがＲＮＡ依存性ヌクレアーゼであり、前記ＴＡＧＥ剤が、前記標的哺乳動物細胞の前記核酸配列の標的領域に特異的にハイブリダイズするガイドＲＮＡをさらに含み、前記ガイドＲＮＡと前記ＲＮＡ依存性ヌクレアーゼとがリボ核タンパク質を形成している、本発明1116の方法。
[本発明1118]
前記ガイドＲＮＡが、一本鎖ガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）またはｃｒ：ｔｒＲＮＡである、本発明1117の方法。
[本発明1119]
前記ＲＮＡ依存性ヌクレアーゼがクラス2Ｃａｓポリペプチドである、本発明1117の方法。
[本発明1120]
前記クラス2ＣａｓポリペプチドがＩＩ型Ｃａｓポリペプチドである、本発明1119の方法。
[本発明1121]
前記ＩＩ型ＣａｓポリペプチドがＣａｓ9である、本発明1120の方法。
[本発明1122]
前記クラス2ＣａｓポリペプチドがＶ型Ｃａｓポリペプチドである、本発明1119の方法。
[本発明1123]
前記Ｖ型ＣａｓポリペプチドがＣａｓ12である、本発明1122の方法。
[本発明1124]
前記部位特異的改変性ポリペプチドが、
前記抗原結合性ポリペプチドまたはそれに結合した相補的結合性部分に結合する、結合体化部分
をさらに含む、本発明1075～1123のいずれかの方法。
[本発明1125]
前記結合体化部分がタンパク質である、本発明1124の方法。
[本発明1126]
前記タンパク質が、ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒまたはＨａｌｏ－Ｔａｇである、本発明1125の方法。
[本発明1127]
前記部位特異的改変性ポリペプチドと前記抗原結合性ポリペプチドとがリンカーを介して結合体化している、本発明1075～1126のいずれかの方法。
[本発明1128]
前記リンカーが切断可能リンカーである、本発明1127の方法。
[本発明1129]
前記ＴＡＧＥ剤が、エンドソーム脱出剤をさらに含む、本発明1075～1128のいずれかの方法。
[本発明1130]
前記エンドソーム脱出剤がＴＤＰまたはＴＤＰ－ＫＤＥＬ（配列番号123）である、本発明1129の方法。

Claims

標的指向活性遺伝子編集（ＴＡＧＥ）剤であって、
細胞外細胞膜結合分子に特異的に結合する抗原結合性ポリペプチド、及び
核酸配列を認識する部位特異的改変性ポリペプチド
を含み、
前記細胞外細胞膜結合分子を提示している細胞の中に前記部位特異的改変性ポリペプチドが内部移行できるように、前記抗原結合性ポリペプチドと前記部位特異的改変性ポリペプチドとが安定して結び付いている、
前記ＴＡＧＥ剤。
前記抗原結合性ポリペプチドが、抗体、抗体の抗原結合性部分、または抗体模倣体である、請求項１に記載のＴＡＧＥ剤。
前記部位特異的改変性ポリペプチドがヌクレアーゼまたはニッカーゼを含む、請求項１または請求項２に記載のＴＡＧＥ剤。
前記ヌクレアーゼがＤＮＡエンドヌクレアーゼである、請求項３に記載のＴＡＧＥ剤。
前記部位特異的改変性ポリペプチドが、ＣＲＩＳＰＲ配列を認識するＲＮＡ依存性ＤＮＡエンドヌクレアーゼを含む、請求項１に記載のＴＡＧＥ剤。
前記ＤＮＡエンドヌクレアーゼがＣａｓ９またはＣａｓ１２である、請求項４に記載のＴＡＧＥ剤。
前記ＴＡＧＥ剤が、前記細胞のゲノムの標的領域に特異的にハイブリダイズするガイドＲＮＡをさらに含み、前記ガイドＲＮＡと前記部位特異的改変性ポリペプチドとがリボ核タンパク質を形成している；及び／または、
前記部位特異的改変性ポリペプチドが、前記抗原結合性ポリペプチドに結合する結合体化部分をさらに含むか、もしくは、前記部位特異的改変性ポリペプチドと前記抗原結合性ポリペプチドとがリンカーを介して結合体化している；及び／または、
前記部位特異的改変性ポリペプチドが、少なくとも１つの核局在化シグナル（ＮＬＳ）をさらに含む、
請求項１～６のいずれか１項に記載のＴＡＧＥ剤。
前記結合体化部分がタンパク質であるか、または
前記リンカーが切断可能である、
請求項７に記載のＴＡＧＥ剤。
前記抗体模倣体が、アドネクチン（すなわち、フィブロネクチン系結合性分子）、アフィリン、アフィマー、アフィチン、アルファボディ、アフィボディ、ＤＡＲＰｉｎ、アンチカリン、アビマー、フィノマー、Ｋｕｎｉｔｚドメインペプチド、モノボディ、ｎａｎｏＣＬＡＭＰ、ユニボディ、バーサボディ、アプタマー、もしくはペプチド性分子である；
前記抗体の前記抗原結合性部分が、ナノボディ、ドメイン抗体、ｓｃＦｖ、Ｆａｂ、ダイアボディ、ＢｉＴＥ、ダイアボディ、ＤＡＲＴ、ミニボディ、Ｆ（ａｂ’） _２、もしくはイントラボディである；または
前記抗体が完全抗体もしくは二重特異性抗体である、
請求項２～８のいずれか１項に記載のＴＡＧＥ剤。
前記少なくとも１つのＮＬＳがＳＶ４０ＮＬＳを含む、請求項７に記載のＴＡＧＥ剤。
前記ＳＶ４０ＮＬＳがアミノ酸配列ＰＫＫＫＲＫＶ（配列番号８）を含む、請求項１０に記載のＴＡＧＥ剤。
前記細胞外細胞膜結合分子またはタンパク質が、ＨＬＡ－ＤＲ、ＣＤ４４、ＣＤ１１ａ、ＣＤ２２、ＣＤ３、ＣＤ２０、ＣＤ３３、ＣＤ３２、ＣＤ４４、ＣＤ４７、ＣＤ５９、ＣＤ５４、ＣＤ２５、ＡｃｈＲ、ＣＤ７０、ＣＤ７３、ＣＤ７４、ＣＴＬＡ４、ＥＧＦＲ、ＨＥＲ２、ＥｐＣａｍ、ＯＸ４０、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＧＩＴＲ、ＣＤ５２、ＣＤ３４、ＣＤ２７、ＣＤ３０、ＩＣＯＳ、またはＲＳＶである、請求項１～１１のいずれか１項に記載のＴＡＧＥ剤。
前記細胞外細胞膜結合分子もしくはタンパク質がＣＤ１１ａであり、前記抗原結合性ポリペプチドが抗ＣＤ１１ａ抗体もしくはその抗原結合性断片である；または、
前記細胞外細胞膜結合分子もしくはタンパク質がＣＤ２５であり、前記抗原結合性ポリペプチドが抗ＣＤ２５抗体もしくはその抗原結合性断片である、
請求項１～１１のいずれか１項に記載のＴＡＧＥ剤。
前記抗ＣＤ１１ａ抗体がエファリズマブである；または
前記抗ＣＤ２５抗体がダクリズマブである、
請求項１３に記載のＴＡＧＥ剤。
ＣＲＩＳＰＲ配列を認識するＲＮＡ依存性ＤＮＡエンドヌクレアーゼ、及び
細胞外細胞膜結合分子に特異的に結合する抗体、抗体の抗原結合性部分、または抗体模倣体に結合する、結合体化部分
を含む、部位特異的改変性ポリペプチド。
前記部位特異的改変性ポリペプチドが、細胞のゲノムの標的領域に特異的にハイブリダイズするガイドＲＮＡをさらに含む；及び／または、
前記ＲＮＡ依存性ＤＮＡエンドヌクレアーゼがＣａｓ９ヌクレアーゼもしくはＣａｓ１２ヌクレアーゼである；及び／または、
前記部位特異的改変性ポリペプチドが、少なくとも１つの核局在化シグナル（ＮＬＳ）をさらに含む；及び／または、
前記部位特異的改変性ポリペプチドが、前記抗体、その抗原結合性部分、もしくは抗体模倣体に結合できる結合体化部分をさらに含む；及び／または、
前記細胞外細胞膜結合分子が、ＨＬＡ－ＤＲ、ＣＤ４４、ＣＤ１１ａ、ＣＤ２２、ＣＤ３、ＣＤ２０、ＣＤ３３、ＣＤ３２、ＣＤ４４、ＣＤ４７、ＣＤ５９、ＣＤ５４、ＣＤ２５、ＡｃｈＲ、ＣＤ７０、ＣＤ７３、ＣＤ７４、ＣＴＬＡ４、ＥＧＦＲ、ＨＥＲ２、ＥｐＣａｍ、ＯＸ４０、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＧＩＴＲ、ＣＤ５２、ＣＤ３４、ＣＤ２７、ＣＤ３０、ＩＣＯＳ、もしくはＲＳＶからなる群から選択されるタンパク質である、
請求項１５に記載の部位特異的改変性ポリペプチド。
前記少なくとも１つのＮＬＳがＳＶ４０ＮＬＳを含む、請求項１６に記載の部位特異的改変性ポリペプチド。
前記ＳＶ４０ＮＬＳがＰＫＫＫＲＫＶ（配列番号８）を含む、請求項１７に記載の部位特異的改変性ポリペプチド。
前記結合体化部分がタンパク質である、請求項１６に記載の部位特異的改変性ポリペプチド。
前記細胞外細胞膜結合分子もしくはタンパク質がＣＤ１１ａであり、前記結合体化部分が抗ＣＤ１１ａ抗体もしくはその抗原結合性断片に結合する；または
前記細胞外細胞膜結合分子もしくはタンパク質がＣＤ２５であり、前記結合体化部分が抗ＣＤ２５抗体もしくはその抗原結合性断片に結合する、
請求項１５～１９のいずれか１項に記載の部位特異的改変性ポリペプチド。
前記抗ＣＤ１１ａ抗体がエファリズマブである；または
前記抗ＣＤ２５抗体がダクリズマブである、
請求項２０に記載の部位特異的改変性ポリペプチド。
請求項１５～２１のいずれか１項に記載の部位特異的改変性ポリペプチド及びガイドＲＮＡを含む核タンパク質であって、前記ガイドＲＮＡが、前記細胞外細胞膜結合タンパク質を提示している細胞のゲノムの標的領域に特異的にハイブリダイズするものである、前記核タンパク質。
請求項１５～２１のいずれか１項に記載の部位特異的改変性ポリペプチドをコードする、単離された核酸。
請求項２３に記載の核酸を含む、ベクター。
請求項１５～２１のいずれか１項に記載の部位特異的改変性ポリペプチドを含む、細胞。
標的細胞のゲノムを改変する方法であって、
前記標的細胞を、請求項１～１４のいずれか１項に記載の標的指向活性遺伝子編集（ＴＡＧＥ）剤と接触させること
を含む、前記方法。
前記標的細胞が真核細胞である；及び／または
前記部位特異的改変性ポリペプチドが前記ゲノムの標的領域に切断部位を生成し、それによって前記ゲノムを改変する；及び／または、
前記ゲノムの前記標的領域が標的遺伝子である、
請求項２６に記載の方法。
前記真核細胞が哺乳動物細胞である、請求項２７に記載の方法。
前記哺乳動物細胞が、マウス細胞、非ヒト霊長類細胞、またはヒト細胞である、請求項２８に記載の方法。
前記標的遺伝子の発現を改変するのに有効である、請求項２７に記載の方法。
哺乳動物対象において標的細胞内で核酸配列を改変するための医薬組成物であって、前記医薬組成物が
細胞外細胞膜結合分子に特異的に結合する抗原結合性ポリペプチド、及び
前記標的細胞内で前記核酸配列を認識する部位特異的改変性ポリペプチド
を含む標的指向活性遺伝子編集（ＴＡＧＥ）剤
を含み、
前記標的細胞の前記核酸配列が改変されるように、前記対象における前記標的細胞を前記医薬組成物と接触させるか、または、
前記標的細胞の前記核酸配列が改変されるように、前記医薬組成物が前記対象に局所投与される、
前記医薬組成物。
前記ＴＡＧＥ剤が、筋肉内注射、骨内注射、眼内注射、腫瘍内注射、もしくは皮内注射によって前記対象に局所投与される；並びに／または、
前記医薬組成物が、前記ＴＡＧＥ剤の投与の後に、前記対象において遺伝子改変された標的細胞の数を増大させるのに有効である；並びに／または、
前記哺乳動物対象がヒト対象である；並びに／または、
前記対象が、眼疾患、幹細胞障害、及びがんから選択される疾患を有し、前記医薬組成物が、前記疾患を治療するのに有効である、
請求項３１に記載の医薬組成物。
標的指向活性遺伝子編集（ＴＡＧＥ）剤を含む、標的哺乳動物細胞内で核酸配列を改変するための医薬組成物であって、
前記核酸配列が改変されるように、前記ＴＡＧＥ剤が前記標的細胞内に内部移行する条件の下で、前記標的哺乳動物細胞を前記医薬組成物と接触させ、
前記ＴＡＧＥ剤が、
細胞外細胞膜結合分子に特異的に結合する抗原結合性ポリペプチド、及び
前記標的細胞内で前記核酸配列を認識する部位特異的改変性ポリペプチド
を含むものであり、
前記ＴＡＧＥ剤の前記内部移行が電気穿孔に依存しない、
前記医薬組成物。
前記標的哺乳動物細胞が、（ｉ）造血細胞（ＨＳＣ）、好中球、Ｔ細胞、Ｂ細胞、樹状細胞、マクロファージ、もしくは線維芽細胞である、または（ｉｉ）造血幹細胞（ＨＳＣ）もしくはＨＳＣではない骨髄細胞である；及び／あるいは、
前記標的哺乳動物細胞と前記ＴＡＧＥ剤とが、生体外での共インキュベーションによって接触するか、または、前記標的哺乳動物細胞と前記ＴＡＧＥ剤とが、対象の組織への注射によってインサイチュで接触する；及び／あるいは、
前記核酸が前記標的細胞のゲノム内の遺伝子であり、前記遺伝子の発現が前記改変の後に変化する；及び／あるいは、
前記標的哺乳動物細胞が、マウス細胞、非ヒト霊長類細胞、またはヒト細胞である；及び／あるいは、
前記ＴＡＧＥ剤が、筋肉内注射、骨内注射、眼内注射、腫瘍内注射、または皮内注射によって前記対象に投与される；及び／あるいは、
前記ＴＡＧＥ剤が、少なくとも１つの核局在化シグナル（ＮＬＳ）をさらに含む、
請求項３１～３３のいずれか１項に記載の医薬組成物。
前記抗原結合性ポリペプチドが、ヒトＨＳＣ上の細胞外細胞膜結合分子に特異的に結合する、請求項３４に記載の医薬組成物。
前記ＨＳＣ上の前記細胞外細胞膜結合分子が、ＣＤ３４、ＥＭＣＮ、ＣＤ５９、ＣＤ９０、ｃｋｉｔ、ＣＤ４５、またはＣＤ４９Ｆである、請求項３５に記載の医薬組成物。
それを必要としている対象に投与される遺伝子改変された標的細胞をもたらす、請求項３３～３６のいずれか１項に記載の医薬組成物。
前記抗原結合性ポリペプチドが、抗体、抗体の抗原結合性部分、または抗体模倣体である、請求項３１～３７のいずれか１項に記載の医薬組成物。
前記抗体模倣体が、アドネクチン（すなわち、フィブロネクチン系結合性分子）、アフィリン、アフィマー、アフィチン、アルファボディ、アプタマー．アフィボディ、ＤＡＲＰｉｎ、アンチカリン、アビマー、フィノマー、Ｋｕｎｉｔｚドメインペプチド、モノボディ、ｎａｎｏＣＬＡＭＰ、ユニボディ、バーサボディ、アプタマー、もしくはペプチド性分子である；または、
前記抗体の前記抗原結合性部分が、ナノボディ、ドメイン抗体、ｓｃＦｖ、Ｆａｂ、ダイアボディ、ＢｉＴＥ、ダイアボディ、ＤＡＲＴ、ミニボディ、Ｆ（ａｂ’） _２、もしくはイントラボディである；
前記抗体が完全抗体もしくは二重特異性抗体である、
請求項３８に記載の医薬組成物。
前記抗原結合性ポリペプチドに結合される前記細胞外細胞膜結合分子が、ＨＬＡ－ＤＲ、ＣＤ４４、ＣＤ１１ａ、ＣＤ２２、ＣＤ３、ＣＤ２０、ＣＤ３３、ＣＤ３２、ＣＤ４４、ＣＤ４７、ＣＤ５９、ＣＤ５４、ＣＤ２５、ＡｃｈＲ、ＣＤ７０、ＣＤ７３、ＣＤ７４、ＣＴＬＡ４、ＥＧＦＲ、ＨＥＲ２、ＥｐＣａｍ、ＯＸ４０、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＧＩＴＲ、ＣＤ５２、ＣＤ３４、ＣＤ２７、ＣＤ３０、ＩＣＯＳ、またはＲＳＶである、請求項３１～３９のいずれか１項に記載の医薬組成物。
前記細胞外細胞膜結合分子もしくはタンパク質がＣＤ１１ａであり、前記抗原結合性ポリペプチドが抗ＣＤ１１ａ抗体もしくはその抗原結合性断片である；または、
前記細胞外細胞膜結合分子もしくはタンパク質がＣＤ２５であり、前記抗原結合性ポリペプチドが抗ＣＤ２５抗体もしくはその抗原結合性断片である、
請求項３１～３９のいずれか１項に記載の医薬組成物。
前記抗ＣＤ１１ａ抗体がエファリズマブであるか、または前記抗ＣＤ２５抗体がダクリズマブである、請求項４１に記載の医薬組成物。
前記ＴＡＧＥ剤が、少なくとも１つの核局在化シグナル（ＮＬＳ）をさらに含む、請求項３１～４２のいずれか１項に記載の医薬組成物。
前記ＴＡＧＥ剤が、少なくとも２つ、少なくとも４つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、または少なくとも８つの核局在化シグナル（ＮＬＳ）を含む、請求項３１～４３のいずれか１項に記載の医薬組成物。
前記ＮＬＳがＳＶ４０ＮＬＳを含む、請求項４３または４４に記載の医薬組成物。
前記ＳＶ４０ＮＬＳがアミノ酸配列ＰＫＫＫＲＫＶ（配列番号８）を含む、請求項４５に記載の医薬組成物。
前記標的哺乳動物細胞が、標的哺乳動物細胞の集団である；及び／または、
前記ＴＡＧＥ剤の前記部位特異的改変性ポリペプチドが、前記標的哺乳動物細胞において増強された細胞内部移行を有する；及び／または、
前記ＴＡＧＥ剤の前記部位特異的改変性ポリペプチドが、前記標的哺乳動物細胞において増強された核内部移行を有する；及び／または、
前記部位特異的改変性ポリペプチドがヌクレアーゼもしくはニッカーゼを含む；及び／または、
前記部位特異的改変性ポリペプチドが核酸依存性ヌクレアーゼであり、前記ＴＡＧＥ剤が、前記標的哺乳動物細胞の前記核酸配列の標的領域に特異的にハイブリダイズするガイド核酸をさらに含み、前記ガイド核酸と前記核酸依存性ヌクレアーゼとが核タンパク質を形成している；及び／または、
前記部位特異的改変性ポリペプチドが、前記抗原結合性ポリペプチドもしくはそれに結合した相補的結合性部分に結合する結合体化部分をさらに含む；及び／または、
前記部位特異的改変性ポリペプチドと前記抗原結合性ポリペプチドとがリンカーを介して結合体化している；及び／または、
前記ＴＡＧＥ剤が、エンドソーム脱出剤をさらに含む、
請求項３１～４６のいずれか１項に記載の医薬組成物。
遺伝子改変された標的哺乳動物細胞の数を増大させるのに有効である、請求項４７に記載の医薬組成物。
前記部位特異的改変性ポリペプチドがＲＮＡ依存性ヌクレアーゼであり、前記ＴＡＧＥ剤が、前記標的哺乳動物細胞の前記核酸配列の標的領域に特異的にハイブリダイズするガイドＲＮＡをさらに含み、前記ガイドＲＮＡと前記ＲＮＡ依存性ヌクレアーゼとがリボ核タンパク質を形成している、請求項４７に記載の医薬組成物。
前記ガイドＲＮＡが、一本鎖ガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）またはｃｒ：ｔｒＲＮＡである、請求項４９に記載の医薬組成物。
前記ＲＮＡ依存性ヌクレアーゼがクラス２Ｃａｓポリペプチドである、請求項４９に記載の医薬組成物。
前記クラス２ＣａｓポリペプチドがＩＩ型ＣａｓポリペプチドまたはＶ型Ｃａｓポリペプチドである、請求項５１に記載の医薬組成物。
前記ＩＩ型ＣａｓポリペプチドがＣａｓ９であるか、または前記Ｖ型ＣａｓポリペプチドがＣａｓ１２である、請求項５２に記載の医薬組成物。
前記結合体化部分がタンパク質である；
前記リンカーが切断可能リンカーである；または
前記エンドソーム脱出剤がＴＤＰもしくはＴＤＰ－ＫＤＥＬ（配列番号１２３）である、
請求項４７に記載の医薬組成物。