JPWO2020037260A5

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Publication number: JPWO2020037260A5
Application number: JP2021507772A
Authority: JP
Publication date: 2022-08-23

Claims

核酸を含むサンプルから核酸を単離する方法であって、
(a)核酸を含むサンプルを、1つ以上のウロン酸単位を含む多糖を含む水性組成物と接触させる工程であって、前記多糖が修飾ペクチンである、工程、及び
(b)前記核酸を固体支持体上に濃縮し、それによって前記核酸を単離する工程、
を含む、方法。
前記多糖が、式II

異性体、塩、互変異性体、又はそれらの組み合わせで表される1つ以上の単位をさらに含み、
ここで、前記R²及びR³は、独立して、H、任意に置換されたC₁-C₈アルキル、任意に置換されたC₃-C₈シクロアルキル、任意に置換されたC₃-C₈ヘテロシクロアルキル、又は任意に置換されたC₂-C₂₀ヘテロアルキルである、請求項1の方法。
前記多糖が、式(III)

異性体、塩、互変異性体、又はそれらの組み合わせの1つ以上の単位をさらに含み、
ここで、R³はH、CH₃、CH₂CH₂NH₂、CH₂CH₂N(CH₃)₂、CH₂CH₂OH、(CH₂)₂O(CH₂)₂NH₂、又はCH₂CH₂NHCH₂CH₂NH₂である、請求項1の方法。
前記多糖が、式VI

異性体、塩、互変異性体、又はそれらの組み合わせの構造を有する1つ以上のモノマー単位を含み、
ここで、nは、0、1、2又は3であり、
R⁴は、H又はC₁-C₃アルキルであり、
Xは、各出現において、独立して、C₂-C₄アルキレン又はC₄-C₆ヘテロアルキレンであり、
Yは、C₂-C₃アルキレン又はC₄-C₆ヘテロアルキレンであり、及び
R⁵及びR⁶は、独立して、H又はC₁-C₃アルキルである、請求項1の方法。
前記多糖が、式V

異性体、塩、互変異性体、又はそれらの組み合わせの構造を有する1つ以上のモノマー単位を含み、
ここで、nは、0、1、2又は3であり、
mは、各出現において、独立して、2、3又は4であり、
pは2、3又は4であり、
R⁴は、H又はC₁-C₃アルキルであり、及び
R⁵及びR⁶は、独立して、H又はC₁-C₃アルキルである、請求項1の方法。
前記多糖が、式VI、式VII、又は式VIII

それらの異性体、塩、互変異性体、又はそれらの組み合わせで表される1つ以上の単位を含む、請求項1の方法。
前記多糖が水溶性多糖である、請求項1の方法。
前記修飾ペクチンが、部分的に脱エステル化されたペクチン、部分的に脱エステル化された解重合ペクチン、アミド化ペクチン、アミド化解重合ペクチン、又はそれらの混合物から選択される、請求項1の方法。
前記修飾ペクチンが修飾シトラスペクチン又は修飾リンゴペクチンである、請求項1の方法。
前記多糖が、約0.1μg/mL～約1000μg/mL、約0.1μg/mL～約500μg/mL、約0.1μg/mL～約200μg/mL、約1μg/mL～約100μg/mL、約1μg/mL～約50μg/mL、又は約1μg～約20μgの濃度で水性組成物中に存在する、請求項1の方法。
前記多糖が、約120kDaと約500kDaの間、約150kDaと約300kDaの間、又は約120kDaと約175kDaの間の相対分子量を有する、請求項1の方法。
前記修飾ペクチンが、非修飾ペクチンのアミド化によって得られる、請求項1の方法。
非修飾ペクチンが、約5kDaと約1,100kDaの間、約10kDaと約500kDaの間、約10kDaと約300kDaの間、約20kDaと約200kDaの間、又は約20kDaと約100kDaの間の相対分子量を有する、請求項12の方法。
前記核酸が、遠心分離、沈殿、又はそれらの組み合わせによって濃縮される、請求項1の方法。
前記核酸が、固体支持体上に沈殿によって濃縮される、請求項1の方法。
前記固体支持体が、シリカ、ガラス、エチレン性骨格ポリマー、雲母、ポリカーボネート、ゼオライト、二酸化チタン、又はそれらの組み合わせから選択される材料を含む、請求項16の方法。
前記固体支持体が、磁性ビーズ、ガラスビーズ、セルロースフィルター、ポリカーボネートフィルター、ポリテトラフルオロエチレンフィルター、ポリビニルピロリドンフィルター、ポリエーテルスルホンフィルター、又はガラスフィルターである、請求項16の方法。
前記方法が、前記固体支持体上に沈殿した前記核酸を洗浄する工程をさらに含む、請求項15の方法。
前記方法が、前記核酸を溶出する工程をさらに含む、請求項15の方法。
前記溶出が、濃縮された前記核酸を溶出剤と接触させる工程を含む、請求項19の方法。
前記溶出剤が、アンモニア又はアルカリ金属水酸化物である、請求項20の方法。
前記溶出剤が、約9を超えるpH、約10を超えるpH、又は約11を超えるpHを有する、請求項20の方法。
前記溶出剤が、約9と約12の間、約9.5と約12の間、約10と約12の間、又は約9と約11の間のpHを有する、請求項20の方法。
前記溶出剤が、ポリアニオンを含む、請求項20の方法。
前記ポリアニオンが、カラギーナンである、請求項24の方法。
前記ポリアニオンが、キャリア核酸である、請求項24の方法。
前記溶出剤が、i-カラギーナン及びKOHを含む、請求項20の方法。
前記水性組成物が、溶解剤をさらに含む、請求項1に記載の方法。
前記水性組成物が、カオトロピック剤をさらに含む、請求項1に記載の方法。
前記カオトロピック剤が、グアニジニウムチオシアネート、グアニジニウムヒドロクロリド、過塩素酸アルカリ、ヨウ化アルカリ、尿素、ホルムアミド、又はそれらの組み合わせから選択される、請求項29の方法。
前記水溶液が、塩をさらに含む、請求項1の方法。
前記塩が、塩化ナトリウム又は塩化カルシウムである、請求項31の方法。
前記水性組成物が、緩衝剤をさらに含む、請求項1の方法。
前記緩衝剤が、Tris又はHEPESである、請求項33の方法。
前記水性組成物が、サーファクタントをさらに含む、請求項1の方法。
前記サーファクタントが、ポリソルベートである、請求項35の方法。
前記水性組成物が、消泡剤をさらに含む、請求項1の方法。
核酸を含む前記サンプルが、血液、血漿、血清、精液、髄液、組織生検、涙、尿、便、唾液、塗抹標本、細菌培養物、哺乳類細胞培養物、ウイルス培養物、ヒト細胞、細菌、細胞外液、PCR反応混合物、又はインビトロ核酸修飾反応混合物である、請求項1の方法。
前記組織生検が、パラフィン包埋組織である、請求項38の方法。
前記核酸が、ゲノムDNAを含む、請求項1の方法。
前記核酸が、総RNAを含む、請求項1の方法。
前記サンプルが、微生物核酸又はウイルス核酸を含む、請求項1の方法。
前記ウイルス核酸が、HBV DNAである、請求項42の方法。
前記核酸が、循環核酸を含む、請求項1の方法。
前記方法が、カートリッジ内で行われる、前記請求項1～44のいずれか1項に記載の方法。
核酸を含む前記サンプルが、細胞ライセートである、請求項1の方法。
前記サンプルが、水性組成物と接触する前に溶解バッファーと接触する、請求項1の方法。
前記溶解バッファーが、1種以上のプロテアーゼを含む、請求項47の方法。
サンプル中の核酸を検出する方法であって、
(a)前記サンプルを、1つ以上のウロン酸単位を含む多糖を含む水性組成物と接触させる工程であって、前記多糖が修飾ペクチンである、工程、
(b)前記核酸を濃縮する工程、及び
(c)前記核酸を検出する工程、
を含む、方法。
前記多糖が、式II

異性体、塩、互変異性体、又はそれらの組み合わせで表される1つ以上の単位を含み、
ここで、R²及びR³は、独立して、H、任意に置換されたC₁-C₈アルキル、任意に置換されたC₃-C₈シクロアルキル、任意に置換されたC₃-C₈ヘテロシクロアルキル、及び任意に置換されたC₂-C₂₀ヘテロアルキルから選択される、請求項49の方法。
前記多糖が、式IIII

異性体、塩、互変異性体、又はそれらの組み合わせで表される1つ以上の単位をさらに含み、
ここで、R³は、H、CH₃、CH₂CH₂NH₂、CH₂CH₂N(CH₃)₂、CH₂CH₂OH、(CH₂)₂O(CH₂)₂NH₂、又はNHCH₂CH₂NHCH₂CH₂NH₂である、請求項49の方法。
前記多糖が、式VI

異性体、塩、互変異性体、又はそれらの組み合わせで表される1つ以上のモノマー単位を含み、
ここで、nは、0、1、2又は3であり、
R⁴は、H又はC₁-C₃アルキルであり、
Xは、各出現において、独立して、C₂-C₄アルキレン又はC₄-C₆ヘテロアルキレンであり、
Yは、C₂-C₃アルキレン又はC₄-C₆ヘテロアルキレンであり、及び
R⁵及びR⁶は、独立して、H又はC₁-C₃アルキルである、請求項49の方法。
前記多糖が、式V

異性体、塩、互変異性体、又はそれらの組み合わせで表される1つ以上のモノマー単位を含み、
ここで、nは、0、1、2又は3であり、
mは、各出現において、独立して、2、3又は4であり、
pは2、3又は4であり、
R⁴は、H又はC₁-C₃アルキルであり、及び
R⁵及びR⁶は、独立して、H又はC₁-C₃アルキルである、請求項49の方法。
前記多糖が、式VI、式VII、又は式VIII

それらの異性体、塩、互変異性体、又はそれらの組み合わせで表される1つ以上の単位を含む、請求項49の方法。
前記修飾ペクチンが、修飾シトラスペクチン又は修飾リンゴペクチンである、請求項49の方法。
前記多糖が、約0.1μg/mL～約1000μg/mL、約1μg/mL～約1000μg/mL、約5μg/mL～約500μg/mL、約1μg/mL～約200μg/mL、約5μg/mL～約200μg/mL、約1μg/mL～約100μg/mL、約1μg/mL～約50μg/mL、又は約1μg/mL～約20μg/mLの濃度で水性組成物中に存在する、請求項49の方法。
核酸を検出する工程が、ポリメラーゼ連鎖反応によって核酸を増幅する工程を含む、請求項48～56のいずれか1項に記載の方法。
前記ポリメラーゼ連鎖反応が、ネステッドPCR、アイソサーマルPCR、qPCR、又はRT-PCRである、請求項57の方法。