JPWO2019178081A5

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Publication number: JPWO2019178081A5
Application number: JP2020548676A
Authority: JP
Publication date: 2022-03-23

Description

[本発明1001]
表1もしくは2または図6Bに記載の抗原に結合する、キメラ抗原受容体(CAR)タンパク質。
[本発明1002]

に結合する、本発明1001のCARタンパク質。
[本発明1003]
FLDETLRSLA (SEQ ID NO: 2)に結合する、本発明1001のCARタンパク質。
[本発明1004]
QYNPIRTTF (SEQ ID NO: 3)に結合する、本発明1001のCARタンパク質。
[本発明1005]
SYQKVIELF (SEQ ID NO: 4)に結合する、本発明1001のCARタンパク質。
[本発明1006]
IYPDITYSL (SEQ ID NO: 5)に結合する、本発明1001のCARタンパク質。
[本発明1007]
FLIENLLAA (SEQ ID NO: 6)に結合する、本発明1001のCARタンパク質。
[本発明1008]
ALLSGVRQV (SEQ ID NO: 7)に結合する、本発明1001のCARタンパク質。
[本発明1009]
VLFENTDSVHL (SEQ ID NO: 8)に結合する、本発明1001のCARタンパク質。
[本発明1010]
SAAMVFSAL (SEQ ID NO: 9)に結合する、本発明1001のCARタンパク質。
[本発明1011]
本発明1001～1010のいずれかのCARタンパク質をコードする、ポリヌクレオチド分子。
[本発明1012]
真核細胞において活性なプロモーターをさらに含む、本発明1011のポリヌクレオチド分子。
[本発明1013]
発現ベクターとしてさらに定義される、本発明1011のポリヌクレオチド分子。
[本発明1014]
表1もしくは2または図6Bに記載の抗原に結合する、T細胞受容体タンパク質。
[本発明1015]

に結合する、本発明1014のT細胞受容体タンパク質。
[本発明1016]
FLDETLRSLA (SEQ ID NO: 2)に結合する、本発明1014のT細胞受容体タンパク質。
[本発明1017]
QYNPIRTTF (SEQ ID NO: 3)に結合する、本発明1014のT細胞受容体タンパク質。
[本発明1018]
SYQKVIELF (SEQ ID NO: 4)に結合する、本発明1014のT細胞受容体タンパク質。
[本発明1019]
IYPDITYSL (SEQ ID NO: 5)に結合する、本発明1014のT細胞受容体タンパク質。
[本発明1020]
FLIENLLAA (SEQ ID NO: 6)に結合する、本発明1014のT細胞受容体タンパク質。
[本発明1021]
ALLSGVRQV (SEQ ID NO: 7)に結合する、本発明1014のT細胞受容体タンパク質。
[本発明1022]
VLFENTDSVHL (SEQ ID NO: 8)に結合する、本発明1014のT細胞受容体タンパク質。
[本発明1023]
SAAMVFSAL (SEQ ID NO: 9)に結合する、本発明1014のT細胞受容体タンパク質。
[本発明1024]
本発明1014～1023のいずれかのT細胞受容体タンパク質をコードする、ポリヌクレオチド分子。
[本発明1025]
真核細胞において活性なプロモーターをさらに含む、本発明1024のポリヌクレオチド分子。
[本発明1026]
発現ベクターとしてさらに定義される、本発明1024のポリヌクレオチド分子。
[本発明1027]
表1もしくは2または図6Bの抗原に結合するT細胞受容体をコードするポリヌクレオチド分子を含む、操作されたT細胞。
[本発明1028]
ポリヌクレオチド分子が本発明1015～1023のいずれかのT細胞受容体タンパク質をコードする、本発明1027の細胞。
[本発明1029]
T細胞である、本発明1027の細胞。
[本発明1030]
NK細胞である、本発明1027の細胞。
[本発明1031]
トランスポザーゼをさらに含む、本発明1027の細胞。
[本発明1032]
本発明1014～1018または1027～1031のいずれかの1つまたは複数の細胞を含む細胞療法の有効量を対象に投与する段階を含む、その必要があるヒト対象においてがんを処置する方法。
[本発明1033]
第2のがん療法をヒト対象に投与する段階をさらに含む、本発明1032の方法。
[本発明1034]
第2のがん療法が、化学療法、免疫療法、放射線療法、ホルモン療法、または手術である、本発明1033の方法。
[本発明1035]
第2のがん療法が細胞療法と同時に投与される、本発明1033の方法。
[本発明1036]
第2のがん療法が細胞療法の前または後に投与される、本発明1033の方法。
[本発明1037]
本発明1014～1018または1027～1031のいずれかの1つまたは複数の細胞の有効量の第2の投与をヒト対象に施す段階をさらに含む、本発明1032の方法。
[本発明1038]
がんが、転移性、再発性、または薬剤耐性のがんである、本発明1032の方法。
[本発明1039]
細胞療法が、がん部位の局所、がん部位の領域、または全身に投与される、本発明1032の方法。
[本発明1040]
がんが神経芽細胞腫である、本発明1032の方法。
[本発明1041]
がんが、肺がん(小細胞肺がん、非小細胞肺がん、肺腺がん、および肺扁平上皮がんを含む)、腹膜がん、胃(gastric)または胃(stomach)がん(胃腸がんおよび消化管間質がんを含む)、膵臓がん、子宮頸がん、卵巣がん、肝臓がん、膀胱がん、乳がん、結腸がん、結腸直腸がん、子宮内膜または子宮がん、唾液腺がん、腎臓(kidney)または腎臓(renal)がん、前立腺がん、外陰がん、甲状腺がん、さまざまなタイプの頭頸部がん、ならびに黒色腫である、本発明1032の方法。
[本発明1042]
(a) 腫瘍サンプルから腫瘍RNAおよび/またはDNAを得る段階;
(b) 該RNAおよび/またはDNAを配列決定する段階;
(c) 腫瘍遺伝子発現データをTARGET/TCGA vs. GTExの腫瘍特異的差異分析と比較し、それによって腫瘍に特異的でありかつ正常組織には存在しないことが知られている高度に発現された遺伝子を同定する段階;
(d) 該腫瘍サンプルからMHC分子を得る段階;
(e) 溶出およびLC/MS/MSプロテオミクスによってMHC結合リガンドを特徴付ける段階;
(f) 腫瘍における差次的発現に基づいて同定されたMHCリガンドをフィルタリングする段階;
(g) 段階(f)からの残りのリガンドを、正常リガンドームのデータベースにそれらが存在しないことに基づいてフィルタリングする段階; ならびに
(h) 経験的に特徴付けられたリガンドを、標準タンパク質にマッピングされないRNA配列決定読み取りと照合することにより、非標準腫瘍抗原を同定する段階
を含む、非標準腫瘍抗原を同定する方法。
[本発明1043]
ニューラルネットワーク機械学習を適用して、ペプチド/MHC結合親和性に基づく腫瘍抗原、LC/MS/MSによって判定されるMHC表面上の腫瘍リガンドの量的な存在度、腫瘍タイプとの生物学的関連性、他の腫瘍に及ぶ再発、提示HLA対立遺伝子の集団頻度、および/または複数の腫瘍に及ぶ抗原の再発に優先順位を付ける段階をさらに含む、本発明1042の方法。
[本発明1044]
(i) 腫瘍抗原/MHCデキストラマーを調製し、健常なHLA適合ドナーから抗原特異的CD8細胞を選別すること;
(j) 選別された抗原特異的T細胞に対し単一細胞配列決定を実施して、ペアのα/βTCR配列を得ること
により、同定された抗原を検証する段階をさらに含む、本発明1042の方法。
[本発明1045]
α/β TCR配列をマウス定常領域とペアリングし、それに続いてコドン最適化を行う段階、および哺乳動物細胞においてコドン最適化されたコンストラクトを発現させる段階をさらに含む、本発明1042の方法。
[本発明1046]
哺乳動物細胞を腫瘍細胞と共培養する段階をさらに含む、本発明1045の方法。
[本発明1047]
(i) 表1における抗原に選択的に結合する第1の一本鎖抗体; および
(ii) TまたはB細胞に結合する第2の一本鎖抗体
を含む融合タンパク質。
[本発明1048]
第2の一本鎖抗体がCD3に結合する、本発明1047の融合タンパク質。
[本発明1049]
第2の一本鎖抗体がT細胞に結合する、本発明1047の融合タンパク質。
[本発明1050]
第2の一本鎖抗体がB細胞に結合する、本発明1047の融合タンパク質。
[本発明1051]
融合タンパク質が標識または治療部分をさらに含む、本発明1047の融合タンパク質。
[本発明1052]
表1または図6Bに記載される1つまたは複数の抗原を含む、ワクチン組成物。
[本発明1053]
アジュバントをさらに含む、本発明1052のワクチン組成物。
[本発明1054]
生物学的応答修飾因子をさらに含む、本発明1052のワクチン組成物。
[本発明1055]
ケモカインをさらに含む、本発明1052のワクチン組成物。
[本発明1056]
1つまたは複数の抗原が無傷の樹状細胞で送達される、本発明1042のワクチン組成物。
[本発明1057]
本発明1052のワクチン組成物を対象に投与する段階を含む、対象において抗がん免疫応答を生じさせる方法。
本開示の他の目的、特徴および利点は、以下の詳細な説明から明らかになるであろう。しかしながら、詳細な説明および特定の実施例は、開示のある特定の態様を示しているが、これらは単に例示を目的としたものに過ぎず、本開示の趣旨および範囲の範囲内でさまざまな変更および改変が、この詳細な説明から当業者に明らかになるであろう。

Claims

SEQ ID NO:1、23、24、2～9、29～162、25～28からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する抗原に結合する、キメラ抗原受容体(CAR)タンパク質。
SEQ ID NO:1、23、24、2～9、29～162、25～28からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する抗原に結合する、T細胞受容体タンパク質。
請求項1記載のCARタンパク質または請求項2記載のT細胞受容体タンパク質をコードする、ポリヌクレオチド分子であって、任意で、真核細胞において活性なプロモーターをさらに含む、または任意で、発現ベクターとしてさらに定義される、ポリヌクレオチド分子。
SEQ ID NO:1、23、24、2～9、29～162、25～28からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する抗原に結合するT細胞受容体をコードするポリヌクレオチド分子を含む、操作されたT細胞であって、例えば該細胞がT細胞またはNK細胞であり、任意で、トランスポザーゼをさらに含む、細胞。
請求項4記載の1つまたは複数の細胞を含む細胞療法の有効量を対象に投与する段階を含む、その必要があるヒト対象においてがんを処置する方法において使用するための、請求項4記載の細胞を含む医薬。
方法が、例えば化学療法、免疫療法、放射線療法、ホルモン療法、または手術といった第2のがん療法をヒト対象に施す段階をさらに含む、請求項5記載の医薬。
第2のがん療法が細胞療法と同時に施されるか、もしくは細胞療法の前または後に施される、請求項6記載の医薬。
方法が、請求項5記載の1つまたは複数の細胞の有効量の第2の投与をヒト対象に施す段階をさらに含む、請求項6記載の医薬。
細胞療法が、がん部位の局所、がん部位の領域、または全身に投与される、請求項5記載の医薬。
がんが、転移性、再発性または薬剤耐性のがん、神経芽細胞腫、肺がん(小細胞肺がん、非小細胞肺がん、肺腺がん、および肺扁平上皮がんを含む)、腹膜がん、胃(gastric)または胃(stomach)がん(胃腸がんおよび消化管間質がんを含む)、膵臓がん、子宮頸がん、卵巣がん、肝臓がん、膀胱がん、乳がん、結腸がん、結腸直腸がん、子宮内膜または子宮がん、唾液腺がん、腎臓(kidney)または腎臓(renal)がん、前立腺がん、外陰がん、甲状腺がん、さまざまなタイプの頭頸部がん、または黒色腫である、請求項5記載の医薬。
(i) SEQ ID NO:1、23、24、2～9からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する抗原に選択的に結合する第1の一本鎖抗体; および
(ii) TまたはB細胞に結合する第2の一本鎖抗体
を含む融合タンパク質であって、任意で、標識または治療部分をさらに含む、融合タンパク質。
第2の一本鎖抗体が、CD3、T細胞、またはB細胞に結合する、請求項11記載の融合タンパク質。
SEQ ID NO:1、23、24、2～9、25～28からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する1つまたは複数の抗原を含み、任意で、1つまたは複数の抗原が無傷の樹状細胞で送達される、ワクチン組成物。
アジュバントをさらに含む、生物学的応答修飾因子をさらに含む、またはケモカインをさらに含む、請求項13記載のワクチン組成物。
対象において抗がん免疫応答を生じさせる方法において使用するための、請求項14記載のワクチン組成物であって、該方法が、請求項14記載のワクチン組成物を対象に投与する段階を含む、ワクチン組成物。