JPWO2018143454A1 - 新規t細胞受容体 - Google Patents
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Abstract
Description
原発性肝癌は、主として肝細胞癌(HCC)であり、わが国で5番目に多くみられる癌であるが、予後が非常に悪く、死亡率が非常に高い。この予後不良の主な要因の1つとして、進行性HCCに対する治療の選択肢が限定されていることが挙げられる。進行性HCCの患者は、局所切除や多種キナーゼ阻害剤のソラフェニブの投与などの対症療法のみが可能であり、特に高齢者に対しては、ソラフェニブの奏効率は低く、副作用の発生率が高い。従って、副作用のリスクを最小限にし、進行性HCC患者の生存率を向上させる新たな治療法の開発が求められている。
[1]
α鎖の相補性決定領域として、
配列番号1で示されるアミノ酸配列、
配列番号2で示されるアミノ酸配列、及び
配列番号3で示されるアミノ酸配列、
又は
配列番号4で示されるアミノ酸配列、
配列番号5で示されるアミノ酸配列、及び
配列番号6で示されるアミノ酸配列、
を含み、
β鎖の相補性決定領域として、
配列番号7で示されるアミノ酸配列、
配列番号8で示されるアミノ酸配列、及び
配列番号9で示されるアミノ酸配列
又は
配列番号10で示されるアミノ酸配列、
配列番号11で示されるアミノ酸配列、及び
配列番号12で示されるアミノ酸配列
を含むT細胞受容体(TCR)であって、前記TCRは配列番号27で示されるアミノ酸配列を有するペプチド又は該ペプチドとHLA−A24との複合体と結合しうる、TCR。
[2]
α鎖の相補性決定領域として、
配列番号13で示されるアミノ酸配列、
配列番号14で示されるアミノ酸配列、及び
配列番号15で示されるアミノ酸配列
を含み、
β鎖の相補性決定領域として、
配列番号16で示されるアミノ酸配列、
配列番号17で示されるアミノ酸配列、及び
配列番号18で示されるアミノ酸配列
を含むT細胞受容体(TCR)であって、前記TCRは配列番号28で示されるアミノ酸配列を有するペプチド又は該ペプチドとHLA−A02との複合体と結合しうる、TCR。
[3]
α鎖の可変領域として、
配列番号19で示されるアミノ酸配列、
配列番号19で示されるアミノ酸配列において1若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列、若しくは
配列番号19で示されるアミノ酸配列と90%以上の同一性を有するアミノ酸配列
又は
配列番号20で示されるアミノ酸配列、
配列番号20で示されるアミノ酸配列において1若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列、若しくは
配列番号20で示されるアミノ酸配列と90%以上の同一性を有するアミノ酸配列
を含み、
β鎖の可変領域として、
配列番号21で示されるアミノ酸配列、
配列番号21で示されるアミノ酸配列において1若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列、若しくは
配列番号21で示されるアミノ酸配列と90%以上の同一性を有するアミノ酸配列
又は
配列番号22で示されるアミノ酸配列、
配列番号22で示されるアミノ酸配列において1若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列、若しくは
配列番号22で示されるアミノ酸配列と90%以上の同一性を有するアミノ酸配列
を含むT細胞受容体(TCR)であって、前記TCRは配列番号27で示されるアミノ酸配列を有するペプチド又は該ペプチドとHLA−A24との複合体と結合しうる、TCR。
[4]
α鎖の可変領域として、
配列番号23で示されるアミノ酸配列、
配列番号23で示されるアミノ酸配列において1若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列、又は
配列番号23で示されるアミノ酸配列と90%以上の同一性を有するアミノ酸配列
を含み、
β鎖の可変領域として、
配列番号24で示されるアミノ酸配列、
配列番号24で示されるアミノ酸配列において1若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列、又は
配列番号24で示されるアミノ酸配列と90%以上の同一性を有するアミノ酸配列
を含むT細胞受容体(TCR)であって、前記TCRは配列番号28で示されるアミノ酸配列を有するペプチド又は該ペプチドとHLA−A02との複合体と結合しうる、TCR。
[5]
α鎖の定常領域として、
配列番号25で示されるアミノ酸配列、
配列番号25で示されるアミノ酸配列において1若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列、又は
配列番号25で示されるアミノ酸配列と90%以上の同一性を有するアミノ酸配列
をさらに含み、
β鎖の定常領域として、
配列番号26で示されるアミノ酸配列、
配列番号26で示されるアミノ酸配列において1若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列、又は
配列番号26で示されるアミノ酸配列と90%以上の同一性を有するアミノ酸配列
をさらに含む、[1]〜[4]のいずれかに記載のT細胞受容体。
[6] [1]〜[5]のいずれかに記載のT細胞受容体をコードする、核酸。
[7] [6]に記載の核酸を含む発現ベクター。
[8] [6]に記載の核酸又は[7]に記載のベクターを含む細胞。
[9] 前記細胞がリンパ球又は多能性幹細胞である、[8]に記載の細胞。
[10] 前記細胞が細胞傷害性T細胞である、[8]に記載の細胞。
[10−1] [1]〜[5]のいずれかに記載のT細胞受容体をコードする外因性の核酸を含む細胞。
[10−2] [1]〜[5]のいずれかに記載のT細胞受容体をコードする外因性の核酸を含む多能性幹細胞。
[10−3] [1]〜[5]のいずれかに記載のT細胞受容体をコードする外因性の核酸を含む造血前駆細胞。
[10−4] [1]〜[5]のいずれかに記載のT細胞受容体をコードする外因性の核酸を含むT細胞。
[11] [6]に記載の核酸又は[7]に記載のベクターを細胞に導入する工程を含む、[8]に記載の細胞を製造する方法。
[12] [6]に記載の核酸又は[7]に記載のベクターを含む多能性幹細胞から誘導されたT細胞。
[13]
以下の工程を含む、T細胞の製造方法。
(1)[6]に記載の核酸又は[7]に記載のベクターを含む多能性幹細胞を造血前駆細胞に分化させる工程、及び
(2)該造血前駆細胞をT細胞に分化させる工程、及び任意選択で
(3)該T細胞を増殖させる工程
[14] 前記T細胞が細胞傷害性T細胞、特にCD8陽性細胞傷害性T細胞である、[13]に記載の方法。
[15] [8]〜[10]及び[12]のいずれかに記載の細胞を含有してなる医薬。
[16] 癌の予防又は治療に使用するための、[15]に記載の医薬。
[17] [8]〜[10]及び[12]のいずれかに記載の細胞を含有してなる、グリピカン3を発現する細胞の殺傷剤。
[18] 哺乳動物に対し、[8]〜[10]及び[12]のいずれかに記載の細胞の有効量を投与することを特徴とする、該哺乳動物における癌の予防又は治療方法。
[19] 癌の予防又は治療に使用するための、[8]〜[10]及び[12]のいずれかに記載の細胞。
[20] 癌の予防剤又は治療剤を製造するための、[8]〜[10]及び[12]のいずれかに記載の細胞の使用。
1.T細胞受容体
本発明は、GPC3298−306ペプチド又は該ペプチドとHLA-A24との複合体に結合しうるT細胞受容体(T細胞レセプター又はTCRとも呼ばれる)(以下「本発明のTCR1」と略記する。)を提供する。また、本発明は、GPC3144−152ペプチド又は該ペプチドとHLA-A02との複合体に結合しうるT細胞受容体(以下「本発明のTCR2」と略記する)を提供する。以下では、「本発明のTCR1」と「本発明のTCR2」をまとめて、「本発明のTCR」と略記する場合がある。本発明のTCRは、単離されたものでもよい。
本明細書で用いる「結合しうる(capable of binding)」という用語は、「結合する能力を有すること(having an ability to bind)」を意味し、1つ又はそれ以上の他の分子と非共有結合複合体を形成する能力を指す。本発明の複合体の例として、GPC3ペプチドとHLA分子(例:HLA-A24又はHLA-A02)との複合体、又はGPC3ペプチドとTCRとの複合体が挙げられる。本発明の複合体の別の例として、TCRとそれ自体HLAと複合体を形成するGPC3ペプチドとの複合体が挙げられる。結合能を決定するための様々な方法及びアッセイは、当技術分野で公知である。結合は、通常、高親和性を有する結合であり、KD値で測定される親和性は、好ましくは1 μM未満、より好ましくは100 nM未満、さらにより好ましくは10 nM未満、さらにより好ましくは1 nM未満、さらにより好ましくは100 pM未満、さらにより好ましくは10 pM未満、さらにより好ましくは1 pM未満である。「KD」または「KD値」という用語は、当技術分野で公知の平衡解離定数に関連する。本発明の文脈において、これらの用語は、目的の特定の抗原(例:本明細書中で定義されるGPC3のペプチド、又はペプチドとHLAとの各複合体)に対するTCRの平衡解離定数に関連し得る。平衡解離定数は、複合体(例:TCR-ペプチド-HLA複合体)が、その成分(例:TCR及びペプチド-HLA複合体)に可逆的に解離する傾向の尺度である。KD値を決定する方法は、当技術分野において公知であり、例えば、表面プラズモン共鳴が例示される。
本発明において、「1又は数個のアミノ酸」とは、例えば、1,2,3,4又は5個のアミノ酸(例:1〜4個のアミノ酸、1〜3個のアミノ酸又は1〜2個のアミノ酸)を意味する。例えば、TCR CDR領域の文脈では、1又は数個は、好ましくは1、2又は3個のアミノ酸を意味する。TCR可変領域又はTCRの文脈では、1又は数個は、好ましくは1〜5、1〜4又は1〜3個、特に1、2又は3個のアミノ酸を意味する。
本発明において、「% 同一性」とは、例えば、 90%以上の(例:91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%若しくは99%又はそれより高い)同一性を意味する。アミノ酸配列の同一性は、以下の条件下(expectancy =10; gap allowed; matrix=BLOSUM62; filtering=OFF)で、相同性計算アルゴリズムのNCBI BLAST(National Center for Biotechnology Information Basic Local Alignment Search Tool)(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)を用いて計算することができる。% 同一性を決定するため、全長にわたる本発明の配列を別の配列と比較することが理解される。言い換えれば、本発明における%同一性は、本発明の配列の短い断片(例えば1〜3アミノ酸)を別の配列と比較すること、またはその逆を除外する。
本発明の別の実施態様において、本発明のTCR1は、配列番号6で示されるCDR3を含むTCRα鎖、及び配列番号12で示されるCDR3を含むTCRβ鎖を含み、該TCRのα鎖とβ鎖がヘテロダイマーを形成する。好ましくは、このヘテロダイマーは、GPC3298-306ペプチド又は該ペプチドとHLA-A24との複合体への結合能を有する。
本発明のさらにまた別の実施態様において、本発明のTCR2は、配列番号15で示されるCDR3を含むTCRα鎖、及び配列番号18で示されるCDR3を含むTCRβ鎖を含み、該TCRのα鎖とβ鎖がヘテロダイマーを形成する。好ましくは、前記ヘテロダイマーは、GPC3144-152ペプチド又は該ペプチドとHLA-A02との複合体への結合能を有する。
本発明は、上述した本発明のTCRをコードする、核酸(以下「本発明の核酸」と略記する。)を提供する。本発明の核酸は、単離されたものでもよい。
本発明はまた、本明細書に記載のいずれか若しくは複数のCDR、可変領域及び/又は定常領域をコードする核酸に関する。
本発明はまた、ストリンジェントな条件下で、本明細書で定義されるいずれかの核酸の相補体にハイブリダイズしうる核酸を包含する。好ましい実施態様において、ハイブリダイズしうる核酸は、本明細書に記載の機能を有する、CDR、可変領域又は定常領域のアミノ酸配列をコードする。具体的には、ハイブリダイズしうる核酸は、前記アミノ酸配列を含むTCRが、a)GPC3298-306ペプチドまたは該ペプチドとHLA-A24との複合体に結合する能力、又はb)GPC3144-152ペプチドまたは該ペプチドとHLA-A02との複合体に結合する能力有するようなアミノ酸配列をコードする。
本発明の核酸は、発現ベクターに組み込むことができる。従って、本発明は、上述した本発明の核酸のいずれかを含む発現ベクター(以下「本発明のベクター」と略記する。)を提供する。
本発明のベクターは、標的細胞のゲノムに組み込まれないベクターであってもよい。一実施態様において、ゲノムに組み込まれないベクターは、標的細胞のゲノムの外側で複製しうる。ベクターは、標的細胞のゲノムの外側に複数のコピーで存在してもよい。本発明のさらなる実施態様において、ベクターは標的細胞のゲノムに組み込まれる。好ましい実施態様において、ベクターは、標的細胞のゲノムのあらかじめ決められた位置に組み込まれる。
本発明の核酸又はベクターを細胞に導入し、TCR1が細胞表面に存在するときには、該細胞は標的細胞に対するHLA−A24拘束性のGPC3298−306特異的な細胞傷害活性を有し得る。同様に、本発明の核酸又はベクターを細胞に導入し、本発明のTCR2が細胞表面に存在するときには、該細胞は標的細胞に対するHLA−A02拘束性のGPC3144−152特異的な細胞傷害活性を有し得る。従って、本発明は、本発明の核酸又はベクターを含む細胞(言い換えれば、本発明の核酸又はベクターを有する細胞)(以下「本発明の細胞」と略記する。)を提供する。ここで、本発明の核酸は、本発明のベクターの形態で所望の細胞に導入されていていることが好ましい。本発明はまた、ゲノム編集(例えば、CRISPRシステム、TALENシステムなど)により本発明の核酸を宿主ゲノムに導入することを包含する。本発明の細胞の好適な態様としては、TCRα鎖をコードする核酸と、TCRβ鎖をコードする核酸の両方が導入されている細胞が挙げられるが、この態様に限定されない。本発明の細胞が細胞傷害活性を有することの確認は公知の方法によればよく、好適な方法として、例えばクロム放出アッセイなどのHLA−A24又はHLA−A02陽性標的細胞に対する細胞傷害活性の測定が挙げられる。好ましい実施態様において、本発明の細胞はヒト細胞である。
また本発明は、本発明の核酸又はベクターを細胞に導入する工程を含む、本発明の細胞の製造方法(以下「本発明の製法」と略記する。)を提供する。本発明の核酸又はベクターが導入される細胞、導入方法等は、4.に記載の通りである。
多能性幹細胞から造血前駆細胞への分化方法としては、造血前駆細胞へ分化できる限り特に制限されないが、例えば、国際公開第2013/075222号、国際公開第2016/076415号及びLiu S. et al., Cytotherapy, 17 (2015);344-358などに記載されているように、造血前駆細胞への誘導培地中で多能性幹細胞を培養する方法が挙げられる。
造血前駆細胞からT細胞への分化方法としては、造血前駆細胞をT細胞へ分化できる限り特に制限されないが、例えば、国際公開第2016/076415号などに記載されているような、(2-1)造血前駆細胞からCD4CD8両陽性T細胞を誘導する工程、及び(2-2)CD4CD8両陽性T細胞からCD8陽性T細胞を誘導する工程を含む方法が挙げられる。造血前駆体は、工程(1)により得られた細胞集団から、造血前駆細胞のマーカーを用いてあらかじめ単離することが好ましい。該マーカーとしては、CD43、CD34、CD31及びCD144からなる群から選択される少なくとも1つが挙げられる。
本発明において、CD4CD8両陽性T細胞への分化方法としては、例えば、CD4CD8両陽性T細胞への誘導培地中で造血前駆細胞を培養する方法が挙げられる。
工程(2-1)により得られたCD4/CD8DP細胞を、CD8 single positive (SP)細胞に分化誘導する工程に付すことにより、CD8 single positive (SP)細胞へ分化誘導することができる。
本発明は、本発明の核酸、ベクター又は細胞を有効成分として含有する医薬(以下「本発明の医薬」と略記する。)を提供する。本発明の核酸を含む細胞は、HLA-A24分子とGPC3298-306ペプチド、あるいはHLA-A02分子とGPC3144−152ペプチドを提示する細胞に対して細胞傷害活性を示し得る。従って、本発明の核酸、ベクター又は細胞を含有してなる医薬は、GPC3を発現する疾患の予防又は治療のために用いることができ、たとえば哺乳動物(例:マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、ネコ、イヌ、ウシ、ヒツジ、サル、ヒト)、好ましくはヒト、に投与することができる。GPC3を発現する疾患としては、特に限定されないが、例えばGPC3を発現する癌や腫瘍などが挙げられる。従って、本発明の好ましい実施態様において、GPC3を発現する癌や腫瘍の予防又は治療のための抗癌剤が提供される。
(配列番号:1)TCR1−1α鎖のCDR1のアミノ酸配列
(配列番号:2)TCR1−1α鎖のCDR2のアミノ酸配列
(配列番号:3)TCR1−1α鎖のCDR3のアミノ酸配列
(配列番号:4)TCR1−2α鎖のCDR1のアミノ酸配列
(配列番号:5)TCR1−2α鎖のCDR2のアミノ酸配列
(配列番号:6)TCR1−2α鎖のCDR3のアミノ酸配列
(配列番号:7)TCR1−1β鎖のCDR1のアミノ酸配列
(配列番号:8)TCR1−1β鎖のCDR2のアミノ酸配列
(配列番号:9)TCR1−1β鎖のCDR3のアミノ酸配列
(配列番号:10)TCR1−2β鎖のCDR1のアミノ酸配列
(配列番号:11)TCR1−2β鎖のCDR2のアミノ酸配列
(配列番号:12)TCR1−2β鎖のCDR3のアミノ酸配列
(配列番号:13)TCR2−1α鎖のCDR1のアミノ酸配列
(配列番号:14)TCR2−1α鎖のCDR2のアミノ酸配列
(配列番号:15)TCR2−1α鎖のCDR3のアミノ酸配列
(配列番号:16)TCR2−1β鎖のCDR1のアミノ酸配列
(配列番号:17)TCR2−1β鎖のCDR2のアミノ酸配列
(配列番号:18)TCR2−1β鎖のCDR3のアミノ酸配列
(配列番号:19)TCR1−1α鎖の可変領域のアミノ酸配列
(配列番号:20)TCR1−2α鎖の可変領域のアミノ酸配列
(配列番号:21)TCR1−1β鎖の可変領域のアミノ酸配列
(配列番号:22)TCR1−2β鎖の可変領域のアミノ酸配列
(配列番号:23)TCR2−1α鎖の可変領域のアミノ酸配列
(配列番号:24)TCR2−1β鎖の可変領域のアミノ酸配列
(配列番号:25)TCRα鎖の定常領域のアミノ酸配列
(配列番号:26)TCRβ鎖の定常領域のアミノ酸配列
(配列番号:27)GPC3298−306ペプチドのアミノ酸配列
(配列番号:28)GPC3144−152ペプチドのアミノ酸配列
(配列番号:29)TCR1−1α鎖全長のアミノ酸配列
(配列番号:30)TCR1−2α鎖全長のアミノ酸配列
(配列番号:31)TCR1−1β鎖全長のアミノ酸配列
(配列番号:32)TCR1−2β鎖全長のアミノ酸配列
(配列番号:33)TCR2−1α鎖全長のアミノ酸配列
(配列番号:34)TCR2−1β鎖全長のアミノ酸配列
(配列番号:35)TCR1−2α鎖PCR増幅用フォワードプライマー
(配列番号:36)TCR1−2α鎖PCR増幅用リバースプライマー
(配列番号:37)TCR1−2β鎖PCR増幅用フォワードプライマー
(配列番号:38)TCR1−2β鎖PCR増幅用リバースプライマー
(配列番号:39)TCR1−2α鎖シークエンス用フォワードプライマー
(配列番号:40)TCR1−2α鎖シークエンス用リバースプライマー
(配列番号:41)TCR1−2α鎖シークエンス用リバースプライマー
(配列番号:42)TCR1−2α鎖シークエンス用リバースプライマー
(配列番号:43)TCR1−2β鎖シークエンス用フォワードプライマー
(配列番号:44)TCR1−2β鎖シークエンス用フォワードプライマー
(配列番号:45)TCR1−2β鎖シークエンス用リバースプライマー
(配列番号:46)TCR1−2β鎖シークエンス用リバースプライマー
(配列番号:47)TCR1−1’α鎖全長のアミノ酸配列
(配列番号:48)TCR1−2’α鎖全長のアミノ酸配列
(配列番号:49)TCR1−1’β鎖全長のアミノ酸配列
(配列番号:50)TCR1−2’β鎖全長のアミノ酸配列
(配列番号:51)TCR2−1’α鎖全長のアミノ酸配列
(配列番号:52)TCR2−1’β鎖全長のアミノ酸配列
(配列番号:53)TCRα鎖の定常領域の改変アミノ酸配列
(配列番号:54)TCRβ鎖の定常領域の改変アミノ酸配列
HLA: ヒト白血球抗原(Human Leukocyte Antigen)
HIV: ヒト免疫不全ウイルス(human immunodeficiency virus)
ELISPOT: 酵素免疫スポットアッセイ(Enzyme-Linked ImmunoSpot)
TAP: 抗原プロセシング関連トランスポーター(Transporter associated with Antigen Processing)
進行性の肝細胞癌患者に対し、適正製造基準(Good Manufacturing Practice)のガイドラインに従って合成された抗原(HLA−A*24:02-拘束性GPC3298−306ペプチド(以下では「GPC3298−306ペプチド」と略記する。)(配列番号27:EYILSLEEL ; アメリカンペプチド社)又はHLA−A*02:01-拘束性GPC3144−152ペプチド(以下では「GPC3144−152ペプチド」と略記する。)(配列番号28:FVGEFFTDV ; アメリカンペプチド社))及びフロイントの不完全アジュバント(incomplete Freund’s adjuvant (IFA) ; Montanide ISA-51VG ; セピック社)を混合して乳剤化したワクチンを皮内投与し、投与後に得られた末梢血単核細胞(PBMC)又は肝腫瘍生検組織検体からCTLクローンを樹立した。
以下にCTLクローン樹立に関する具体的な方法を記す。
(1)抗原投与
進行性の肝細胞癌(HCC)患者における、グリピカン3(GPC3)ペプチドの用量漸増を伴う非ランダム、非盲検のフェーズ1治験 (試験名:進行肝細胞がん患者を対象としたHLA−A24及びA2結合性グリピカン3(GPC3)由来ペプチドワクチンの臨床第I相試験、UMIN試験ID: UMIN000001395) において、HLA−A2ポジティブな患者にGPC3144−152ペプチド及びフロイントの不完全アジュバントを混合して乳剤化したワクチンを、1、15、29日目に皮内注射により投与(30mgペプチド/body)した。3回目のワクチン投与から2週間後の末梢血を採取し、後述のPBMCの単離に供した。
また、別の臨床試験 (試験名:進行肝細胞がん患者を対象としたHLA−A24及びA2結合性グリピカン3(GPC3)由来ペプチドワクチン療法の免疫学的有効性を評価する臨床試験、UMIN試験ID: UMIN000005093)において、HLA−A24ポジティブな患者にGPC3298−306ペプチド及びフロイントの不完全アジュバントを混合して乳剤化したワクチンを2週毎に皮内注射により投与(3mgペプチド/body)した。6回目のワクチン投与後に肝腫瘍生検を行い、得られた組織を後述のCTLクローン(具体的には、CTL1−1)の樹立に供した。また、3回目のワクチン投与から2週間後の末梢血を採取し、後述のようにPBMCを単離したあと、CTLクローン(具体的には、CTL1−2)の樹立に供した。
前記末梢血(30 mL)をフィコールパック勾配(Ficoll-Paque gradient)を用いて遠心分離することでPBMCを単離した。
単離したPBMC (2 x 106 個) を10 μg/mLのGPC3ペプチド(GPC3298−306ペプチド又はGPC3144−152ペプチド)、10%ヒトAB血清、50 IU/mlの組み換えヒトインターロイキン-2、10 ng/mlの組み換えヒトインターロイキン-15を添加したAIM−V培地中で14日間培養し、CTLバルクを樹立した。
上記(2)で得られたPBMC及びGPC3ペプチド反応性CD8+CTLバルクからCD8陽性かつGPC3デキストラマー陽性細胞、又はCD8陽性かつCD107a陽性細胞をFACSAria セルソーターを用いて単離した。また、上記(1)の生検腫瘍組織からCD8陽性かつGPC3デキストラマー陽性細胞をFACSAria セルソーターを用いて単離した。なお、単離時に使用したCD8特異的抗体はProImmune社から、CD107a特異的抗体はBD Bioscience社から、GPC3298−306/HLA−A*24:02-デキストラマーとGPC3144−152/HLA−A*02:01デキストラマーはImmudex社からそれぞれ購入した。
上記単離により得られた各細胞を96ウェルプレートに播種(1 cell/well)し、10%ヒトAB血清、IL-2 (200 U/mL)及びフィトヘマグルチニン−P(PHA)(5 μg/mL)を添加したAIM−V培養液中で、放射線照射(100 Gy)した非自己由来のPBMC(1ウェル当たり8 x 104 個)をフィーダー細胞として用いて、14−21日間刺激することで、CTLクローンを樹立した。本明細書中、HLA−A2ポジティブな患者から樹立したCTLクローンをCTL2−1、HLA−A24ポジティブな患者から樹立したCTLクローンをCTL1−1(生検腫瘍組織由来)、CTL1−2(PBMC由来)と称することがある。
抗原特異的CTL反応を測定するため、ELISPOTアッセイを行った。
CTL2−1 (1ウェル当たり1 x 104 個)、CTL1−1 (1ウェル当たり1 x 105 個)及びCTL1−2 (1ウェル当たり1 x 105 個)を37℃、5%CO2存在下で、GPC3を強制発現させた癌細胞株(SK−Hep−1/hGPC3)もしくはそのMockコントロール癌細胞株(SK−Hep−1/vec)と共に20時間培養した。その結果を図1(A)及び(B)に示す。
この結果、本試験に適用した各CTLは、GPC3を発現する癌細胞に応答したインターフェロン-γ産生能を有することが判明した。
実施例1で樹立した各CTLクローン(CTL2−1、CTL1−1及びCTL1−2)と、それぞれ対応するT2標的細胞を10:1 (effector/target (E/T) = 10)になるように混合し、4時間共培養した。CTL2−1に対応するT2標的細胞としては、カルセインAMで標識をしたT2細胞(HLA−A*02:01陽性, TAP陰性)にGPC3144−152ペプチドをパルスしたものを使用し、CTL1−1及びCTL1−2に対応するT2標的細胞としては、カルセインAMで標識をしたHLA−A*24:02強制発現T2細胞(HLA−A*02:01/A*24:02陽性, TAP陰性)にGPC3298−306ペプチドをパルスしたものを使用した。ネガティブコントロールをおく場合には、各細胞にHIVペプチドをパルスしたものを用いた。
この結果、CTL2−1はGPC3144−152-HLA−A*02:01複合体を有する細胞に対し細胞傷害性を有すること、CTL1−1 及びCTL1−2はGPC3298-306-HLA−A* 24:02複合体を有する細胞に対し細胞傷害性を有することが示された。
1.配列解読
CTL1−1のTCR(すなわちTCR1−1)及びCTL2−1のTCR(すなわちTCR2−1)の各配列は以下の方法で分析した。
すなわち、T細胞のトータルRNAはRNeasy Mini Kit(QIAGEN)を用いて抽出した。Omniscript RT Kit (QIAGEN)及びオリゴdTプライマー(oligo dT primer: Invitrogen)を用いて、ファーストストランド(First-Strand) cDNAを合成し、cDNAをPCRにより増幅した。PCRのプライマーとしては、Uemura Y. et al., J Immunol, 2003, 170:947-960又はMisko et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1999, 96: 2279-2284に記載されている、再構成したT細胞受容体(TCR)α鎖用のTCRAVファミリー特異的なオリゴヌクレオチドからなるフォワードプライマー及びTCRAC(Cα) 定常領域のリバースプライマー、及び再編成したTCRβ鎖用のTCRBVファミリー特異的なオリゴヌクレオチドからなるフォワードプライマー及びTCRBC(Cβ) 定常領域のリバースプライマーを用いた。α鎖及びβ鎖の増幅したPCR産物を、pGEM−Tプラスミドベクター(プロメガ)にクローニングし、配列を解読した。得られた配列をIMGT(ImMunoGeneTics)データベースを用いて分析した。
CTL1−2のTCR(すなわちTCR1−2)配列分析は以下の方法で実施した。
すなわち、T細胞のトータルRNAはRNeasy Mini Kit(QIAGEN)を用いて抽出した。SuperScriptIII逆転写酵素(ThermoFisher Scientific)及びオリゴdTプライマー(oligo dT primer: Invitrogen)を用いて、ファーストストランド(First-Strand) cDNAを合成し、cDNAをPCRにより増幅した。これをネクストジェネレーションシーケンサー(MiSeq、Illumina)を用いて、レパトア解析を行い、予備的な配列解析を行った。この後、レパトア解析結果の部分配列データよりV領域(5’非翻訳領域)、C領域(3’非翻訳領域のポリA付加シグナル直前)にプライマーを設計し(TCR1−2α鎖用フォワードプライマー: AAGCACTCTTCTAGCCCAGAGAA(配列番号:35)、TCR1−2α鎖用リバースプライマー: TAGCAGGGCCTCGATAATGA(配列番号:36)、TCR1−2β鎖用フォワードプライマー: AGAATGCTTACTACAGAGACACCA(配列番号:37)、TCR1−2β鎖用リバースプライマー: GTTTAGCCTATTTCGTACTTGG(配列番号:38))、PCRにより増幅した。PCR増幅断片はカラム精製後、以下のシークエンシングプライマーを用いBigDye Terminator V3.1 Cycle Sequencing Kit(ThermoFisher Scientific)にて反応した。使用したシークエンシングプライマーは以下のとおりである;
TCR1−2α鎖用フォワードプライマー:
ACGCCTTCAACAACAGCATTA(配列番号:39)、
TCR1−2α鎖用リバースプライマー:
CAGACTTGTCACTGGATTTAGAG(配列番号:40)、GGAGCACAGGCTGTCTTACAA(配列番号:41)、ATAGCAGGGCCTCGATAATGA(配列番号:42)、
TCR1−2β鎖用フォワードプライマー:
AGAATGCTTACTACAGAGACACCA(配列番号:43)、GCTGTGTTTGAGCCATCAGAA(配列番号:44)、
TCR1−2β鎖用リバースプライマー:
AGGCAGTATCTGGAGTCATTGAG(配列番号:45)、GTTTAGCCTATTTCGTACTTGG(配列番号:46)。
カラム精製後、ABIキャピラリーシークエンサーにて配列決定を行った。
1.TCR発現レトロウィルスベクターの構築
上記の方法で同定したTCRβ鎖の遺伝子配列とTCRα鎖の遺伝子配列をもとに、システイン置換(具体的には、TCRα鎖の定常領域の48番目のスレオニンをシステインに、CTLクローンのTCRβ鎖の定常領域の57番目のセリンをシステインに置換)を組み込んだアミノ酸配列(具体的には、配列番号47:TCR1−1α鎖から設計したTCR1−1’α鎖、配列番号48:TCR1−1β鎖から設計したTCR1−1’ β鎖、配列番号49:TCR1−2α鎖から設計したTCR1−2’α鎖、配列番号50:TCR1−2β鎖から設計したTCR1−2’ β鎖、配列番号51:TCR2−1α鎖から設計したTCR2−1’α鎖、配列番号52:TCR2−1β鎖から設計したTCR2−1’ β鎖)を設計した。TCR1−1’ならびにTCR2−1’の各α鎖及びβ鎖のアミノ酸をコードする塩基配列を設計し、設計した塩基配列をバイシストロニック発現用配列T2Aで繋いだオリゴDNAを人工合成(GenScript)して、レトロウイルスベクタープラスミドpDON−AI−2(タカラバイオ社)のマルチクローニングサイト(Bgl II−Hpa Iサイト)に挿入した。
上記1.で得られたウイルスベクタープラスミドを、G3T−hi 細胞 (タカラバイオ社)に導入して一過性のレトロウイルスベクターを得た。これをPG13細胞に導入してレトロウイルスベクター産生細胞を得た。
HLA−A*24:02又はHLA−A*02:01が陽性の健康ドナーから実施例1(2)と同様の方法により単離したPBMCを、5%ヒト血漿X−VIVO20で抗CD3抗体(クローンHIT3a)を用いて刺激、インキュベートした。3日後、レトロネクチン(タカラバイオ社)でコートした24ウェルプレートを用いて、上記レトロウイルスベクター産生細胞から得られたレトロウイルスベクターにより、GPC3(GPC3298−306ペプチド又はGPC3144−152ペプチド)特異的なTCR(具体的には、TCR1−1’又はTCR2−1')を形質導入し、翌日再度形質導入した。
2.で作製した形質転換PBMCを、HLA−A*02:01 デキストラマー−RPE (GPC3144−152 (FVGEFFTDV), HIV19−27(TLNAWVKVV); イムデックス社)又はHLA−A*24:02 デキストラマー−RPE (GPC3298−306 (EYILSLEEL), HIV583−591 (RYLKDQQLL); イムデックス社)で室温、30分間染色し、次いで抗CD8−FITC(プロイミューン社)と共に4℃で20分間染色した。フローサイトメトリーは、既報(Ueda N and Zhang R, et al., Cellular & Molecular Immunol. 13: 1-12, 2016)に記載の通り、FACSAccuri フローサイトメーター(BDバイオサイエンス社)を用いて行った。TCR1−1’に関する検討結果を図3Aに、TCR2−1'に関する検討結果を図3Bに示す。
本結果においてCD8ポジティブの細胞集団のなかにデキストラマー陽性の細胞集団が認められたことから、それぞれのTCRを導入したPBMCにおいて機能型TCRが効率的に細胞表面に発現したことが判明した。
本発明のTCRをコードする遺伝子を組み込んだ発現ベクターの作成、上記TCRを発現するiPS細胞由来T細胞の作成
1.本発明のTCRをコードする遺伝子を組み込んだ発現ベクターの作成
1)TCR1−1’を組み込んだレンチウィルスベクターの作製
理化学研究所、三好浩之博士より提供されたCS−UbC−RfA−IRES2−hKO1ベクターを用い、TCR1−1’を組み込んだGateway Entry ベクターとLR クロナーゼ(Life technologies)反応を行う事でTCR1−2’を導入したCS−UbC−RfA−IRES2−hKO1/TCR1−1’プラスミドを作製した。
2)TCR1−1’を組み込んだレンチウィルス上清の作製
CS−UbC−RfA−IRES2−hKO1/TCR1−1’をパッケージング細胞LentiX−293Tに導入し、レンチウィルスを含む培養上清を回収。超遠心を行い、ウィルスの濃縮を行った。
3)TCR1−1’ transduced−iPS細胞の樹立
iMatrix(ニッピ)上で培養したiPS細胞(Ff-l01s04株)に、CS−UbC−RfA−IRES2−hKO1/TCR1−1’ウィルス液を感染させた。
4)TCR1−2’/iPS細胞のT細胞分化
感染4日後に、感染iPS細胞をDishより剥がし、染色せずにhKO1発現細胞をFACS Aria IIIを使用し、sorting行った(本明細書中、sorting後の細胞をTCR1−1’遺伝子導入Ff-l01s04細胞と称することがある)。hKO1陽性にてsortした細胞について、国際公開第2017/221975号に記載の方法に準じてT細胞方向への分化を行い、分化後の細胞における各種マーカーの発現をFACS Aria IIIを用いて検討した。
上記検討の結果を図4に示す。図4下段に示すように、TCR1−1’遺伝子導入Ff-l01s04細胞を上記分化操作に供することにより、TCR1−1’α鎖とTCR1−1’ β鎖の複合体が細胞膜表面に発現したT細胞を誘導可能であることが明らかとなった。
本発明のTCRを発現するiPS細胞由来T細胞の細胞傷害性試験
TCR1−1’を発現するiPS細胞由来T細胞の細胞傷害性をクロムリリースアッセイにより測定した。具体的には、GPC3抗原ペプチドを添加した、もしくは添加していない、HLA-*24:02陽性またはHLA-A*24:02陰性のリンパ芽球細胞系(LCL)にNa2 51CrO4水溶液(3.7MBq)を添加、37℃で1時間標識し、これを標的細胞とした。標的細胞に、エフェクター細胞を図5に示す比率で添加し、37℃で4時間反応させた。反応後の上清に遊離された51Cr量から、以下の式に基づいて、細胞傷害活性(%lysis)を算出した。
本試験の結果を図5に示す。図5より、TCR1−1’を発現するiPS細胞由来T細胞はGPC3ペプチドを添加したHLA-A24陽性LCLに対してのみ細胞傷害活性を有することが示された。
本発明のTCRを発現するiPS細胞由来T細胞の細胞傷害性試験(2)
TCR1−1’を発現するiPS細胞由来T細胞の細胞傷害性をCyteCell Imaging Systemにより測定した。具体的には、標的細胞(JHH7株、HepG2株、またはSK-Hep-1株(いずれも、ヒト肝臓癌細胞株))にCalcein−AM(Dojindo)溶液を添加、37℃で30分間標識した。その後、Hoechst33342(ThermoFisher)溶液を添加、37℃で20分間標識した。標的細胞に、エフェクター細胞を図5に示す比率で添加し、37℃で4時間反応させた。緑色蛍光陽性および青色蛍光陽性の細胞を生存細胞(viable target cell count (VTCC))として計測し、上記T細胞の細胞傷害活性(%lysis)を以下の式にしたがって算出した。
本試験の結果を図6に示す。図6より、TCR1−1’を発現するiPS細胞由来T細胞は、HLA-A24陽性かつGPC3陽性の肝臓癌細胞(JHH7株およびHepG2株)に対して細胞傷害性を有することが示された。
Claims (20)
- α鎖の相補性決定領域として、
配列番号1で示されるアミノ酸配列、
配列番号2で示されるアミノ酸配列、及び
配列番号3で示されるアミノ酸配列、
又は
配列番号4で示されるアミノ酸配列、
配列番号5で示されるアミノ酸配列、及び
配列番号6で示されるアミノ酸配列、
を含み、
β鎖の相補性決定領域として、
配列番号7で示されるアミノ酸配列、
配列番号8で示されるアミノ酸配列、及び
配列番号9で示されるアミノ酸配列
又は
配列番号10で示されるアミノ酸配列、
配列番号11で示されるアミノ酸配列、及び
配列番号12で示されるアミノ酸配列
を含むT細胞受容体(TCR)であって、前記TCRは配列番号27で示されるアミノ酸配列を有するペプチド又は該ペプチドとHLA−A24との複合体と結合しうる、TCR。 - α鎖の相補性決定領域として、
配列番号13で示されるアミノ酸配列、
配列番号14で示されるアミノ酸配列、及び
配列番号15で示されるアミノ酸配列
を含み、
β鎖の相補性決定領域として、
配列番号16で示されるアミノ酸配列、
配列番号17で示されるアミノ酸配列、及び
配列番号18で示されるアミノ酸配列
を含むT細胞受容体(TCR)であって、前記TCRは配列番号28で示されるアミノ酸配列を有するペプチド又は該ペプチドとHLA−A02との複合体と結合しうる、TCR。 - α鎖の可変領域として、
配列番号19で示されるアミノ酸配列、
配列番号19で示されるアミノ酸配列において1若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列、若しくは
配列番号19で示されるアミノ酸配列と90%以上の同一性を有するアミノ酸配列
又は
配列番号20で示されるアミノ酸配列、
配列番号20で示されるアミノ酸配列において1若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列、若しくは
配列番号20で示されるアミノ酸配列と90%以上の同一性を有するアミノ酸配列
を含み、
β鎖の可変領域として、
配列番号21で示されるアミノ酸配列、
配列番号21で示されるアミノ酸配列において1若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列、若しくは
配列番号21で示されるアミノ酸配列と90%以上の同一性を有するアミノ酸配列
又は
配列番号22で示されるアミノ酸配列、
配列番号22で示されるアミノ酸配列において1若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列、若しくは
配列番号22で示されるアミノ酸配列と90%以上の同一性を有するアミノ酸配列
を含むT細胞受容体(TCR)であって、前記TCRは配列番号27で示されるアミノ酸配列を有するペプチド又は該ペプチドとHLA−A24との複合体と結合しうる、TCR。 - α鎖の可変領域として、
配列番号23で示されるアミノ酸配列、
配列番号23で示されるアミノ酸配列において1若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列、又は
配列番号23で示されるアミノ酸配列と90%以上の同一性を有するアミノ酸配列
を含み、
β鎖の可変領域として、
配列番号24で示されるアミノ酸配列、
配列番号24で示されるアミノ酸配列において1若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列、又は
配列番号24で示されるアミノ酸配列と90%以上の同一性を有するアミノ酸配列
を含むT細胞受容体(TCR)であって、前記TCRは配列番号28で示されるアミノ酸配列を有するペプチド又は該ペプチドとHLA−A02との複合体と結合しうる、TCR。 - α鎖の定常領域として、
配列番号25で示されるアミノ酸配列、
配列番号25で示されるアミノ酸配列において1若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列、又は
配列番号25で示されるアミノ酸配列と90%以上の同一性を有するアミノ酸配列
をさらに含み、
β鎖の定常領域として、
配列番号26で示されるアミノ酸配列、
配列番号26で示されるアミノ酸配列において1若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列、又は
配列番号26で示されるアミノ酸配列と90%以上の同一性を有するアミノ酸配列
をさらに含む、請求項1〜4のいずれか1項に記載のT細胞受容体。 - 請求項1〜5のいずれか1項に記載のT細胞受容体をコードする、核酸。
- 請求項6に記載の核酸を含む発現ベクター。
- 請求項6に記載の核酸又は請求項7に記載のベクターを含む細胞。
- 前記細胞がリンパ球又は多能性幹細胞である、請求項8に記載の細胞。
- 前記細胞が細胞傷害性T細胞である、請求項8に記載の細胞。
- 請求項6に記載の核酸又は請求項7に記載のベクターを細胞に導入する工程を含む、請求項8に記載の細胞を製造する方法。
- 請求項6に記載の核酸又は請求項7に記載のベクターを含む多能性幹細胞から誘導されたT細胞。
- 以下の工程を含む、T細胞の製造方法。
(1)請求項6に記載の核酸又は請求項7に記載のベクターを含む多能性幹細胞を造血前駆細胞に分化させる工程、及び
(2)該造血前駆細胞をT細胞に分化させる工程、及び任意選択で
(3)該T細胞を増殖させる工程 - 前記T細胞が細胞傷害性T細胞、特にCD8陽性細胞傷害性T細胞である、請求項13に記載の方法。
- 請求項8〜10及び12のいずれか1項に記載の細胞を含有してなる医薬。
- 癌の予防又は治療に使用するための、請求項15に記載の医薬。
- 請求項8〜10及び12のいずれか1項に記載の細胞を含有してなる、グリピカン3を発現する細胞の殺傷剤。
- 哺乳動物に対し、請求項8〜10及び12のいずれか1項に記載の細胞の有効量を投与することを特徴とする、該哺乳動物における癌の予防又は治療方法。
- 癌の予防又は治療に使用するための、請求項8〜10及び12のいずれか1項に記載の細胞。
- 癌の予防剤又は治療剤を製造するための、請求項8〜10及び12のいずれか1項に記載の細胞の使用。
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