JPWO2012014988A1 - 標的塩基検出用rna含有プローブの製造方法 - Google Patents
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Abstract
Description
第二の態様において、本発明は、標的核酸の検出に有用なRNA含有プローブの設計方法、当該設計のための塩基配列処理方法、当該塩基配列処理方法をコンピュータに実行させるプログラム及び記録媒体に関する。また、当該塩基配列処理方法のため装置に関する。
第二の態様において、本発明の目的は、簡便かつ有用な標的核酸検出用RNA含有プローブの設計方法、塩基配列処理方法、塩基配列処理装置、並びに塩基配列処理システムを提供することにある。
[1]塩基配列の情報処理装置により実行される塩基配列の情報処理方法であって、
標的塩基と、上記標的塩基の5’側に隣接する塩基と、上記標的塩基の3’側に隣接する塩基とを含む入力される塩基配列に、上記標的塩基の位置情報を入力して、当該入力された標的塩基の位置情報を含む塩基配列を出力するステップと、
上記出力される標的塩基の位置情報を含む塩基配列に対する、標的塩基の位置情報を含む相補的な塩基配列を生成するステップと、
上記標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基の位置情報を含む塩基配列及びその相補的な塩基配列において、上記塩基配列の標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基をRNAに変換してなる塩基配列を生成するステップと、
上記RNAに変換してなる塩基配列とその相補的な塩基配列とから、
(d)部分塩基配列の塩基数が7〜14であり、
(e)部分塩基配列のTm値が25〜40℃であり、
(f)塩基配列の標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基が、3’末端から3〜5塩基目、または5’末端から3〜5塩基目に位置する、
上記標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基の位置情報を含む部分塩基配列を生成するステップとを含むことを特徴とする塩基配列の情報処理方法、
[2]塩基配列の情報処理装置により実行される塩基配列の情報処理方法であって、
標的塩基と、上記標的塩基の5’側に隣接する塩基と、上記標的塩基の3’側に隣接する塩基とを含む入力される塩基配列に、上記標的塩基の位置情報を入力して、当該入力された標的塩基の位置情報を含む塩基配列を出力するステップと、
上記出力される標的塩基の位置情報を含む塩基配列に対する、標的塩基の位置情報を含む相補的な塩基配列を生成するステップと、
上記出力された塩基配列と、上記生成された相補的な塩基配列とから、
(d)部分塩基配列の塩基数が7〜14であり、
(e)部分塩基配列のTm値が25〜40℃であり、
(f)塩基配列の標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基が、3’末端から3〜5塩基目、または5’末端から3〜5塩基目に位置する、
上記標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基の位置情報を含む部分塩基配列を生成するステップと、
上記標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基の位置情報を含む部分塩基配列において、上記塩基配列の標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基をRNAに変換してなる部分塩基配列を生成するステップとを含むことを特徴とする塩基配列の情報処理方法、
[3]塩基配列の情報処理装置により実行される塩基配列の情報処理方法であって、
標的塩基と、上記標的塩基の5’側に隣接する塩基と、上記標的塩基の3’側に隣接する塩基とを含む入力される塩基配列に、上記標的塩基の位置情報を入力して、当該入力された標的塩基の位置情報を含む塩基配列を出力するステップと、
上記出力される標的塩基の位置情報を含む塩基配列に対する、標的塩基の位置情報を含む相補的な塩基配列を生成するステップと、
上記出力された塩基配列と、上記生成された相補的な塩基配列とに対して、
(a)標的塩基がプリン塩基であるか否かの判断と、
(b)標的塩基の3’隣接塩基がプリン塩基であるか否かの判断と、
(c)標的塩基の5’隣接塩基がプリン塩基であるか否かとの判断と
のうちの少なくとも1つの判断を行うことにより、上記出力された塩基配列と、上記生成された相補的な塩基配列とから、プリン塩基である1塩基をRNA位置として決定して、RNA位置情報を含む塩基配列を出力するステップと、
上記出力されるRNA位置情報を含む塩基配列から、
(d)部分塩基配列の塩基数が7〜14であり、
(e)部分塩基配列のTm値が25〜40℃であり、
(f)上記RNA位置で示された1塩基が、3’末端から3〜5塩基目、または5’末端から3〜5塩基目に位置する、
RNA位置情報を含む部分塩基配列を生成するステップと、
上記RNA位置情報を含む塩基配列、又は上記RNA位置情報を含む部分塩基配列において、RNA位置として決定した塩基をRNAに変換してなる部分塩基配列を生成するステップとを含むことを特徴とする塩基配列の情報処理方法、
[4]上記RNA位置情報を含む塩基配列を出力するステップは、上記標的塩基と上記決定されたRNA位置との位置関係に基づいて、上記生成されたRNAに変換してなる部分塩基配列から標的塩基検出用RNA含有プローブとして優れた部分塩基配列を選択するための優先順位を決定して、上記決定された優先順位を含む塩基配列又は部分塩基配列を出力することを含む[3]記載の塩基配列の情報処理方法、
[5][1]〜[4]のうちのいずれか1つに記載の塩基配列の情報処理方法の各ステップを含み、コンピュータにより実行されるプログラム、
[6][5]記載のプログラムを格納したことを特徴とする、コンピュータにより読取可能な記録媒体、
[7]標的塩基と、上記標的塩基の5’側に隣接する塩基と、上記標的塩基の3’側に隣接する塩基とを含む入力される塩基配列に、上記標的塩基の位置情報を入力して、当該入力された標的塩基の位置情報を含む塩基配列を出力する手段と、
上記出力される標的塩基の位置情報を含む塩基配列に対する、標的塩基の位置情報を含む相補的な塩基配列を生成する手段と、
上記標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基の位置情報を含む塩基配列及びその相補的な塩基配列において、上記塩基配列の標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基をRNAに変換してなる塩基配列を生成する手段と
上記RNAに変換してなる塩基配列とその相補的な塩基配列とから、
(d)部分塩基配列の塩基数が7〜14であり、
(e)部分塩基配列のTm値が25〜40℃であり、
(f)塩基配列の標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基が、3’末端から3〜5塩基目、または5’末端から3〜5塩基目に位置する、
上記標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基の位置情報を含む部分塩基配列を生成する手段とを備えたことを特徴とする塩基配列の情報処理装置、
[8]標的塩基と、上記標的塩基の5’側に隣接する塩基と、上記標的塩基の3’側に隣接する塩基とを含む入力される塩基配列に、上記標的塩基の位置情報を入力して、当該入力された標的塩基の位置情報を含む塩基配列を出力する手段と、
上記出力される標的塩基の位置情報を含む塩基配列に対する、標的塩基の位置情報を含む相補的な塩基配列を生成する手段と、
上記出力された塩基配列と、上記生成された相補的な塩基配列とから、
(d)部分塩基配列の塩基数が7〜14であり、
(e)部分塩基配列のTm値が25〜40℃であり、
(f)塩基配列の標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基が、3’末端から3〜5塩基目、または5’末端から3〜5塩基目に位置する、
上記標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基の位置情報を含む部分塩基配列を生成する手段と、
上記標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基の位置情報を含む部分塩基配列において、上記塩基配列の標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基をRNAに変換してなる部分塩基配列を生成する手段とを備えたことを特徴とする塩基配列の情報処理装置、
[9]標的塩基と、上記標的塩基の5’側に隣接する塩基と、上記標的塩基の3’側に隣接する塩基とを含む入力される塩基配列に、上記標的塩基の位置情報を入力して、当該入力された標的塩基の位置情報を含む塩基配列を出力する手段と、
上記出力される標的塩基の位置情報を含む塩基配列に対する、標的塩基の位置情報を含む相補的な塩基配列を生成する手段と、
上記出力された塩基配列と、上記生成された相補的な塩基配列とに対して、
(a)標的塩基がプリン塩基であるか否かの判断と、
(b)標的塩基の3’隣接塩基がプリン塩基であるか否かの判断と、
(c)標的塩基の5’隣接塩基がプリン塩基であるか否かとの判断と
のうちの少なくとも1つの判断を行うことにより、上記出力された塩基配列と、上記生成された相補的な塩基配列とから、プリン塩基である1塩基をRNA位置として決定して、RNA位置情報を含む塩基配列を出力する手段と、
上記出力されるRNA位置情報を含む塩基配列から、
(d)部分塩基配列の塩基数が7〜14であり、
(e)部分塩基配列のTm値が25〜40℃であり、
(f)上記RNA位置で示された1塩基が、3’末端から3〜5塩基目、または5’末端から3〜5塩基目に位置する、
RNA位置情報を含む部分塩基配列を生成する手段と、
上記RNA位置情報を含む塩基配列、又は上記RNA位置情報を含む部分塩基配列において、RNA位置として決定した塩基をRNAに変換してなる部分塩基配列を生成する手段とを備えたことを特徴とする塩基配列の情報処理装置、
[10]上記RNA位置情報を含む塩基配列を出力する手段は、上記標的塩基と上記決定されたRNA位置との位置関係に基づいて、上記生成されたRNAに変換してなる部分塩基配列から標的塩基検出用RNA含有プローブとして優れた部分塩基配列を選択するための優先順位を決定して、上記決定された優先順位を含む塩基配列又は部分塩基配列を出力することを特徴とする[9]記載の塩基配列の情報処理装置、
[11][7]〜[10]のうちのいずれか1つに記載の塩基配列の情報処理装置と、クライアント装置とがネットワークを介して接続してなる塩基配列の情報処理システムであって、
上記クライアント装置は、上記入力される塩基配列を含む情報を上記ネットワークを介して上記塩基配列の情報処理装置に送信する送信手段を備え、
上記塩基配列の情報処理装置は、上記送信された塩基配列を含む情報に基づいて、上記生成されたRNAに変換してなる部分塩基配列を生成して出力する手段とを備えたことを特徴とする塩基配列の情報処理システム、
[12][1]〜[4]の塩基配列の情報処理方法により生成されたRNAに変換してなる部分塩基配列と同一の配列からなるRNAおよびDNA含有核酸断片を作成する工程を含む、標的塩基検出用RNA含有プローブの製造方法、及び
[13][12]に記載の方法により製造された標的塩基検出用RNA含有プローブを、試料中の核酸にハイブリダイズさせる工程、上記ハイブリダイズ工程の後の上記標的塩基検出用RNA含有プローブにリボヌクレアーゼHを作用させる工程、及び上記リボヌクレアーゼHによる上記標的塩基検出用RNA含有プローブの切断の有無を検出する工程を含む、標的塩基の検出方法
に関する。
また、第二の態様において、本発明は、
[1]下記(a)〜(d)の条件を満たす塩基配列を創成する工程を包含する、標的核酸検出用RNA含有プローブの設計方法、
(a)1つのプリン塩基がRNAであり、他はDNAである。
(b)検出しようとする標的核酸又はその相補鎖に由来する塩基配列が7〜14の塩基数を有する。
(c)(a)のRNAが3’末端より3〜5塩基目、あるいは、5’末端より3〜5塩基目に位置する。
(d)Tm値が25〜40℃の範囲にある。
[2]工程(a)のRNAが、標的核酸中の一塩基置換が起こり得る塩基、その3’側に隣接する塩基、標的核酸中の一塩基置換が起こり得る塩基の相補鎖の塩基、及び当該相補鎖の塩基の3’側に隣接する塩基から選択される1つの塩基に対応する塩基である、[1]の設計方法、
[3][1]又は[2]に記載の設計方法により標的核酸検出用RNA含有プローブを設計する工程、当該プローブを合成する工程、合成されたRNA含有プローブを試料中の核酸にハイブリダイズさせる工程、及びリボヌクレアーゼHを作用させ、プローブの切断の有無を調べる工程、を含む標的核酸の検出方法、
[4]標的核酸検出用RNA含有プローブを設計するための標的核酸の塩基配列の処理方法であって、
検出しようとする標的核酸の塩基配列情報を取得する塩基配列情報取得工程、
上記標的核酸の塩基配列中の1塩基、その3’側に隣接する塩基、上記1塩基に対応する標的核酸の相補鎖の塩基配列中の塩基、及び当該相補鎖の塩基配列中の塩基の3’側に隣接する塩基から選択される塩基の1つがプリン塩基であるか否かを判定する塩基判定工程、
上記プリン塩基の1つをRNAとし、他はDNAとする塩基情報作成工程、
検出しようとする標的核酸又はその相補鎖に由来する塩基配列の塩基数を7〜14とし、部分塩基配列情報を作成する部分塩基配列作成工程、
上記部分塩基配列情報から、前記RNAが3’末端から3〜5塩基目、あるいは5’末端より3〜5塩基目の位置である塩基配列を選択する塩基配列選択工程、
上記塩基配列選択工程で得られた塩基配列のTm値が25〜40℃の範囲である特定の塩基含有配列を選択する特定塩基含有配列選択工程、
を包含する塩基配列処理方法、
[5]更に、設計されたRNA含有プローブに対応する領域を含む標的核酸の断片を増幅するためのプライマー対を標的核酸の塩基配列情報より設計する標的核酸増幅用プライマー設計工程を含む[4]記載の塩基配列処理方法、
[6]上記塩基配列情報中の1塩基が、一塩基置換が起こり得る塩基である、[4]記載の塩基配列処理方法、
[7][4]又は[5]に記載の塩基配列処理方法をコンピュータに実行させることを特徴とするプログラム、
[8][7]記載のプログラムを記録したコンピュータ読み取り可能記録媒体、
[9]標的核酸検出用RNA含有プローブを設計するための標的核酸の処理装置であって、
検出しようとする標的核酸の塩基配列情報を取得する塩基配列情報取得手段、
上記標的核酸の塩基配列中の1塩基、その3’側に隣接する塩基、上記1塩基に対応する標的核酸の相補鎖の塩基配列中の塩基、及び当該相補鎖の塩基配列中の塩基の3’側に隣接する塩基から選択される塩基の1つがプリン塩基であるか否かを判定する塩基判定手段、
上記プリン塩基の1つをRNAとし、他はDNAとする塩基情報作成手段、
検出しようとする標的核酸又はその相補鎖に由来する塩基配列の塩基数を7〜14とし、部分塩基配列情報を作成する部分塩基配列作成手段、
上記部分塩基配列情報から、前記RNAが3’末端から3〜5塩基目、あるいは5’末端より3〜5塩基目の位置である塩基配列を選択する塩基配列選択手段、
上記塩基配列選択工程で得られた塩基配列のTm値が25〜40℃の範囲である特定の塩基含有配列を選択する特定塩基含有配列選択手段、
を備えたことを特徴とする塩基配列処理装置、
[10]更に、設計されたRNA含有プローブに対応する領域を含む標的核酸の断片を増幅するためのプライマー対を標的核酸の塩基配列情報より設計する標的核酸増幅用プライマー設計手段を備えた[9]記載の塩基配列処理装置、
[11]上記塩基配列情報中の1塩基が、一塩基置換が起こり得る塩基である、[9]記載の塩基配列処理装置、
[12][9]又は[10]記載の塩基配列処理装置とネットワークを介して通信可能な状態で接続されたクライアント装置からなる塩基配列処理システムであって、
当該クライアント装置は、標的核酸の塩基配列情報を上記塩基配列処理装置に送信する手段と、上記塩基配列処理装置より送信された標的核酸中の標的核酸検出用RNA含有プローブ情報又は当該プローブ情報及び標的核酸増幅用プライマー情報を取得する手段を備えたことを特徴とする塩基配列処理システム、
に関する。
(a)1つのプリン塩基がRNAであり、他はDNAである。
(b)検出しようとする標的核酸又はその相補鎖に由来する塩基配列の塩基数が7〜14である。
(c)(a)のRNAが3’末端より3〜5塩基目に位置する。あるいは、5’末端より3〜5塩基目に位置する。
(d)Tm値が25〜40℃の範囲にある。
塩基の位置が複数個ある場合、個々の塩基の位置に対してそれぞれ集合を作成する。
(e)(a)において、RNAとしたプリン塩基から5’側に2塩基までの配列(計3塩基)に相補する配列、又はRNAとしたプリン塩基の5’側の1塩基から3’側の1塩基までの配列(計3塩基)に相補する配列が同一プローブ内に存在する場合は、上記配列の集合から除く。
(f)相補部分が4塩基以上の逆方向反復塩基配列(パリンドローム配列)が含まれる配列は、上記配列の集合から除く。
1.標的核酸中の1塩基がプリン塩基であって、その3’側及び5’側に隣接する塩基がともにプリン塩基である場合;
優先順位1: (a)当該1塩基がRNAであり、他はDNAである。
(c)(a)のRNAが3’末端より3〜5塩基目に位置する。
優先順位2: (a)当該1塩基の3’側に隣接する塩基がRNAであり、他はDNAである。
(c)(a)のRNAが3’末端より3〜5塩基目に位置する。
優先順位3: (a)当該1塩基がRNAであり、他はDNAである。
(c)(a)のRNAが5’末端より3〜5塩基目に位置する。
優先順位4: (a)当該1塩基の3’側に隣接する塩基がRNAであり、他はDNAである。
(c)(a)のRNAが5’末端より3〜5塩基目に位置する。
優先順位1: (a)当該1塩基がRNAであり、他はDNAである。
(c)(a)のRNAが3’末端より3〜5塩基目に位置する。
優先順位2: (a)当該1塩基の3’側に隣接する塩基がRNAであり、他はDNAである。
: (c)(a)のRNAが3’末端より3〜5塩基目に位置する。
優先順位3: (a)当該1塩基の相補鎖(アンチセンス鎖)の塩基の3’側に隣接する塩基がRNAであり、他はDNAである。
(c)(a)のRNAが3’末端より3〜5塩基目に位置する。
優先順位4: (a)当該1塩基がRNAであり、他はDNAである。
(c)(a)のRNAが5’末端より3〜5塩基目に位置する。
優先順位5: (a)当該1塩基の3’側に隣接する塩基がRNAであり、他はDNAである。
(c)(a)のRNAが5’末端より3〜5塩基目に位置する。
優先順位6: (a)当該1塩基のアンチセンス鎖の塩基の3’側に隣接する塩基がRNAであり、他はDNAである。
(c)(a)のRNAが5’末端から3〜5塩基目に位置する。
優先順位1: (a)当該1塩基がRNAであり、他はDNAである。
(c)(a)のRNAが3’末端から3〜5塩基目に位置する。
優先順位2: (a)当該1塩基がRNAであり、他はDNAである。
(c)(a)のRNAが5’末端から3〜5塩基目に位置する。
優先順位1: (a)当該1塩基がRNAであり、他はDNAである。
(c)(a)のRNAが3’末端から3〜5塩基目に位置する。
優先順位2: (a)当該1塩基のアンチセンス鎖の塩基の3’側に隣接する塩基がRNAであり、他はDNAである。
(c)(a)のRNAが3’末端から3〜5塩基目に位置する。
優先順位3: (a)当該1塩基がRNAであり、他はDNAである。
(c)(a)のRNAが5’末端から3〜5塩基目に位置する。
優先順位4: (a)当該1塩基のアンチセンス鎖の塩基の3’側に隣接する塩基がRNAであり、他はDNAである。
(c)(a)のRNAが5’末端から3〜5塩基目に位置する。
優先順位1: (a)当該1塩基のアンチセンス鎖の塩基がRNAであり、他はDNAである。
(c)(a)のRNAが3’末端から3〜5塩基目に位置する。
優先順位2: (a)当該1塩基の3’側に隣接する塩基がRNAであり、他はDNAである。
(c)(a)のRNAが3’末端から3〜5塩基目に位置する。
優先順位3: (a)当該1塩基のアンチセンス鎖の塩基がRNAであり、他はDNAである。
(c)(a)のRNAが5’末端から3〜5塩基目に位置する。
優先順位4: (a)当該1塩基の3’側に隣接する塩基がRNAであり、他はDNAである。
(c)(a)のRNAが5’末端から3〜5塩基目に位置する。
優先順位1: (a)当該1塩基のアンチセンス鎖の塩基がRNAであり、他はDNAである。
(c)(a)のRNAが3’末端から3〜5塩基目に位置する。
優先順位2: (a)当該1塩基の3’側に隣接する塩基がRNAであり、他はDNAである。
(c)(a)のRNAが3’末端から3〜5塩基目に位置する。
優先順位3: (a)当該1塩基のアンチセンス鎖の塩基の3’側に隣接する塩基がRNAであり、他はDNAである。
(c)(a)のRNAが3’末端から3〜5塩基目に位置する。
優先順位4: (a)当該1塩基のアンチセンス鎖がRNAであり、他はDNAである。
(c)(a)のRNAが5’末端から3〜5塩基目に位置する。
優先順位5: (a)当該1塩基の3’側に隣接する塩基がRNAであり、他はDNAである。
(c)(a)のRNAが5’末端から3〜5塩基目に位置する。
優先順位6: (a)当該1塩基のアンチセンス鎖の塩基の3’側に隣接する塩基がRNAであり、他はDNAである。
(c)(a)のRNAが5’末端から3〜5塩基目に位置する。
優先順位1: (a)当該1塩基のアンチセンス鎖の塩基がRNAであり、他はDNAである。
(c)(a)のRNAが3’末端から3〜5塩基目に位置する。
優先順位2: (a)当該1塩基のアンチセンス鎖の塩基がRNAであり、他はDNAである。
(c)(a)のRNAが5’末端から3〜5塩基目に位置する。
優先順位1: (a)当該1塩基のアンチセンス鎖の塩基がRNAであり、他はDNAである。
(c)(a)のRNAが3’末端から3〜5塩基目に位置する。
優先順位2: (a)当該1塩基のアンチセンス鎖の塩基の3’側に隣接する塩基がRNAであり、他はDNAである。
(c)(a)のRNAが3’末端から3〜5塩基目に位置する。
優先順位3: (a)当該1塩基のアンチセンス鎖の塩基がRNAであり、他はDNAである。
(c)(a)のRNAが5’末端から3〜5塩基目に位置する。
優先順位4: (a)当該1塩基のアンチセンス鎖の塩基の3’側に隣接する塩基がRNAであり、他はDNAである。
(c)(a)のRNAが5’末端から3〜5塩基目に位置する。
RNA含有プローブを設計する工程を、更に詳細に説明すると、上記塩基配列情報より、塩基配列情報中の1塩基、その3’側に隣接する塩基、上記塩基配列情報中の1塩基の相補鎖の塩基、及び当該相補鎖の塩基の3’側に隣接する塩基から選択される塩基の1つがプリン塩基であるか否かを判定する塩基判定工程、
上記プリン塩基の1つをRNAとし、他はDNAとする塩基情報作成工程、
検出しようとする標的核酸又はその相補鎖に由来する塩基配列の塩基数を7〜14とし、部分塩基配列情報を作成する部分塩基配列作成工程、
上記部分塩基配列情報から、前記RNAが3’末端から3〜5塩基目、あるいは5’末端より3〜5塩基目の位置である塩基配列を選択する塩基配列選択工程、
上記塩基配列選択工程で得られた塩基配列のTm値が25〜40℃の範囲である特定の塩基含有配列を選択する特定塩基含有配列選択工程、からなる。
RNA含有プローブを設計する手段を、更に詳細に説明すると、上記塩基配列情報より、標的核酸の塩基配列中の1塩基、その3’側に隣接する塩基、上記1塩基に対応する標的核酸の相補鎖の塩基配列中の塩基、及び当該相補鎖の塩基配列中の塩基の3’側に隣接する塩基の少なくとも1つがプリン塩基であるか否かを判定する塩基判定手段、
上記プリン塩基の1つをRNAとし、他はDNAとする塩基情報作成手段、
検出しようとする標的核酸又はその相補鎖に由来する塩基配列の塩基数を7〜14とし、部分塩基配列情報を作成する部分塩基配列作成手段、
上記部分塩基配列情報から、前記RNAが3’末端から3〜5塩基目、あるいは5’末端より3〜5塩基目の位置である塩基配列を選択する塩基配列選択手段、
上記塩基配列選択手段で得られた塩基配列のTm値が25〜40℃の範囲である特定の塩基含有配列を選択する特定塩基含有配列選択手段、からなる。
本発明によれば、標的核酸の検出や標的核酸上のSNPの検出に有用なRNA含有プローブを作製することができ、さらに、当該プローブと組み合わせることができる標的核酸断片増幅用のプライマー対も提供される。これらのRNA含有プローブ、プライマーは標的核酸やSNPを感度よく検出するための試薬、キットのコンポーネントとすることができる。すなわち、本発明により高感度な標的核酸、一塩基置換の検出系も提供される。
(a)当該塩基配列処理装置10の動作及び処理を演算及び制御するコンピュータのCPU(中央演算処理装置)20と、
(b)オペレーションプログラムなどの基本プログラム及びそれを実行するために必要なデータを格納するROM(読み出し専用メモリ)21と、
(c)CPU20のワーキングメモリとして動作し、画像処理で必要なパラメータやデータを一時的に格納するRAM(ランダムアクセスメモリ)22と、
(d)例えばハードディスクメモリで構成され、図20に示すように各種のデータを格納するデータメモリ23と、
(e)例えばハードディスクメモリで構成され、CD−ROMドライブ装置45を用いて読みこんだ図21〜図25の処理のプログラムを格納するプログラムメモリ24と、
(f)通信端末装置46と接続され、インターネット50を介して遺伝子データベースサーバ装置60と、遺伝子データベースのデータを送受信する通信インターフェース36と、
(g)所定のデータや指示コマンドを入力するためのキーボード41に接続され、キーボード41から入力されたデータや指示コマンドを受信して所定の信号変換などのインターフェース処理を行ってCPU20に伝送するキーボードインターフェース31と、
(h)CRTディスプレイ43上で指示コマンドを入力するためのマウス42に接続され、マウス42から入力されたデータや指示コマンドを受信して所定の信号変換などのインターフェース処理を行ってCPU20に伝送するマウスインターフェース32と、
(i)CPU20によって処理された出力データや設定指示画面などを表示するCRTディスプレイ43に接続され、表示すべき画像データをCRTディスプレイ43用の画像信号に変換してCRTディスプレイ43に出力して表示するディスプレイインターフェース33と、
(j)CPU20によって処理された出力データなどを印字するプリンタ44に接続され、印字すべき印字データの所定の信号変換などを行ってプリンタ44に出力して印字するプリンタインターフェース34と、
(k)上記処理のプログラムが記憶されたCD−ROM45aから当該プログラムのプログラムデータを読み出すCD−ROMドライブ装置45に接続され、読み出された画像処理プログラムのプログラムデータを所定の信号変換などを行ってプログラムメモリ24に転送するドライブ装置インターフェース35とを備え、
これらの回路20〜24、31〜36はバス30を介して接続される。
(1)相補的塩基配列作成処理における参照テーブル71。
(2)RNA位置決定における参照テーブル72。
(3)プリン塩基の判断における参照テーブル73。
(4)優先順位決定における参照テーブル74〜76。
(5)25℃≦Tm値≦40℃か否かの判定処理における参照テーブル77。
(6)部分塩基配列およびプライマー配列の出力情報テーブル78。
テーブル71〜78を、図27〜32に示す。
ST42、ST43、ST45、ST46、ST47、およびST48において、プローブ5’末端位置、プローブサイズ、およびRNA位置は、自然数である。RNA位置は、文字列N中の数yである。プローブ5’末端位置を数aとし、プローブサイズを数bとする。
MIN_SIZE = 4
n = seq.size
0.upto((n-1) - MIN_SIZE*2-1) do |i|
MIN_SIZE.upto(((n-i)/2).floor) do |len|
bases = seq[i, len].reverse_complement
result_pos = seq.index(bases, i+len)
if result_pos == (i+len)
# パリンドローム
End
end
end
以上の判定によりパリンドロームであると判定された場合には、そのような文字列Oを含む文字列Rがデータメモリ23から削除される。
ST9のプライマー設計処理も省略されてよい。この場合、プローブ配列のみが出力される。
ST5〜ST7の処理は、この順番で行われなくてもよい。これらの処理は、適宜交換されてよい。ST5〜ST7の処理の1または複数が、ST4処理と同時に行われてもよい。ST5〜ST7の処理においてデータメモリ23に格納された文字列Rを削除する代わりに、無効フラグを立てる方法がとられてもよい。この場合、ST8の抽出方法もこれに合わせた方法に代えられる。
ST9の処理は、ST8の処理ののちにおこなわれてもよいが、ST3〜ST7のいずれかの処理ののちに行われることもある。
標的核酸の塩基配列中の標的塩基、
標的核酸の塩基配列において標的塩基の3’側に隣接する塩基、
標的核酸の塩基配列に相補鎖な塩基配列において標的塩基に相補的な塩基、および
標的核酸の塩基配列に相補鎖な塩基配列において標的塩基に相補的な塩基の3’側に隣接する塩基
から選択される塩基の位置を、RNA位置として決定する処理を含む。さらにより好ましい実施態様において、本発明の塩基配列処理方法は、RNA位置として決定する処理は、上のプリン塩基であるか否かの判定結果に基づいて行われる。
標的核酸の塩基配列中の標的塩基、
標的核酸の塩基配列において標的塩基の3’側に隣接する塩基、
標的核酸の塩基配列に相補鎖な塩基配列において標的塩基に相補的な塩基の3’側に隣接する塩基
の順に高い。また、より好ましい実施態様において、RNA位置にもとづく優先順位は、
標的核酸の塩基配列に相補鎖な塩基配列において標的塩基に相補的な塩基、
標的核酸の塩基配列において標的塩基の3’側に隣接する塩基、
標的核酸の塩基配列に相補鎖な塩基配列において標的塩基に相補的な塩基の3’側に隣接する塩基
の順に高い。
標的核酸を検出するためのプローブ内において、検出したい標的核酸中の1塩基の位置とRNAの位置の違いによる反応の特異性の違いの確認を行った。まず、標的核酸として、配列表の配列番号1に記載の配列をtemplate 1として設定した。次に、template 1にハイブリダイズするプローブとして、すなわち、templete 1を検出するプローブとして、
5’末端から7塩基目(すなわち、3’末端から6塩基目)がRNAであるプローブ(以下、probe centralと称することもある。配列番号2)、
5’末端から4塩基目(すなわち、3’末端から9塩基目)がRNAであるプローブ(以下、probe 5’−4merと称することもある。配列番号3)、
5’末端から3塩基目(すなわち、3’末端から10塩基目)がRNAであるプローブ(以下、probe 5’−3merと称することもある。配列番号4)、
3’末端から4塩基目(すなわち、5’末端から9塩基目)がRNAであるプローブ(以下、probe 3’−4merと称することもある。配列番号5)、
3’末端から3塩基目(すなわち、5’末端から10塩基目)がRNAであるプローブ(以下、probe 3’−3merと称することもある。配列番号6)
を設定し、以下の実験に用いた。
template 1内の検出したい1塩基を、5’末端から10塩基目に設定した。この塩基に対応するプローブ中の塩基をRNAとし、プローブ内のRNAの位置の違いによる特異性の違いの確認を行うため、表1に示すような各プローブの塩基配列中のmrm塩基とtemplate 1の塩基配列中のnnn塩基を設定し、template 1とRNA含有プローブを全て合成した。合成した各プローブには、5’末端をEclipse標識、3’末端をFAM標識した。表中の配列について、カッコは、カッコ内の塩基がRNAであることを示す。
標的核酸中の検出したい1塩基に対応するプローブ中の塩基の位置以外をRNAとした場合の特異性を確認するため、次の実験を行った。まず、template 1内の検出したい1塩基を、5’末端から11塩基目に設定した。この塩基に対応するプローブ中の塩基の3’側に隣接する塩基をRNAとなるように、表3に示すような各プローブの塩基配列中のmrm塩基とtemplate 1の塩基配列中のnnn塩基を設定し、template 1とRNA含有プローブを全て合成した。また、合成した各プローブは、5’末端をEclipse標識、3’末端をFAM標識した。表中の配列について、カッコは、カッコ内の塩基がRNAであることを示す。
標的核酸を検出するためのRNA含有プローブのTm値の違いによる反応の特異性の確認を行った。まず、NCBIに登録されているSNP(http://www.ncbi.nlm.gov/)である、rs5443、rs1654416及びrs1799821について、それぞれのSNPを含み、かつTm値が25〜32℃と35〜40℃となるようなプローブをそれぞれ設計した。なお、rs5443については、ゲノム配列に対して正鎖(センス鎖)で設計し、かつゲノム配列に対するSNP位置に隣接する3’側をRNAとし、当該RNAがプローブの5’末端から3塩基目及び4塩基目であるプローブ、並びにゲノム配列に対してアンチセンス鎖で設計し、かつゲノム配列に対するSNP位置の相補鎖の塩基をRNAとし、当該RNAがプローブの3’末端から3塩基目であるプローブ(配列番号7及び8)を設計した。rs1654416については、ゲノム配列に対してアンチセンス鎖で設計し、かつゲノム配列に対するSNP位置の相補鎖の塩基をRNAとし、当該RNAがプローブの3’末端から3塩基目であるプローブ(配列番号9〜12)を設計した。更に、rs1799821については、ゲノム配列に対してセンス鎖で設計し、かつゲノム配列に対するSNP位置をRNAとし、当該RNAがプローブの5’末端から3塩基目とするプローブ(配列番号13)、3’末端から3塩基目とするプローブ(配列番号14及び15)を設計した。設計した各プローブの配列、Tm値及び各合成時のRNA含有プローブの蛍光標識の種類を表7に示す。表中の配列について、カッコは、カッコ内の塩基がRNAであることを示す。
標的核酸を検出するためのRNA含有プローブのTm値による反応の特異性の更なる確認、および反応液中のRNase Hの添加量による特異性の確認を行った。まず、実施例2に記載のSNP(rs5443、rs1654416、rs1799821)を含み、かつTm値が40℃以上となるようなプローブを設計した。なお、rs5443は、ゲノム配列に対してアンチセンス鎖で設計し、かつゲノム配列に対するSNP位置の相補鎖の塩基をRNAとし、当該RNAがプローブの3’末端から4塩基目と3塩基目であるプローブ(配列番号24及び25)を設計した。rs1654416は、ゲノム配列に対してアンチセンス鎖で設計し、かつゲノム配列に対するSNP位置の相補鎖の塩基をRNAとし、当該RNAがプローブの3’末端から4塩基目であるプローブ(配列番号26)と5’末端から4塩基目であるプローブ(配列番号27)を設計した。rs1799821は、ゲノム配列に対してアンチセンス鎖で設計し、かつゲノム配列に対するSNP位置の相補鎖の塩基に隣接する3’側をRNAとし、当該RNAがプローブの5’末端から3塩基目であるプローブ(配列番号28)と3’末端から4塩基目であるプローブ(配列番号29)を設計した。設計した各プローブ配列、Tm値及び各合成時のRNA含有プローブの蛍光標識の種類を表9に示す。表中の配列について、カッコ内の塩基はRNAを示す。
ST2…標的核酸の相補的な塩基配列を作成する処理、
ST3…RNA位置、および優先順位を決定する処理、
ST4…部分塩基配列を表す情報を作成する処理、
ST5…Tm値に基づく判定処理、
ST6…文字列Rをデータメモリ23から削除する処理、
ST7…文字列Rをデータメモリ23から削除する処理、
ST8…部分塩基配列を抽出する処理、
ST9…プライマー配列設計処理、
ST10…出力処理、
ST11〜ST17…判断処理、
ST18〜ST25…情報作成処理、
ST31…部分塩基配列をあらわす情報を作成する処理、
ST32…部分塩基配列をあらわす情報を作成する処理、
ST33…部分塩基配列の優先順位の情報を作成する処理、
ST41…文字列K、文字列M、および文字列Nを読み出す処理、
ST44…文字列P(文字列O,数y,記号z,記号ST31)を作成する処理、
10…塩基配列処理装置、
20…CPU、
21…ROM、
22…RAM、
23…データメモリ、
24…プログラムメモリ、
41…キーボード、
42…マウス、
43…CRTディスプレイ、
45…CD−ROMドライブ装置、
45a…CD−ROM、
50…インターネット、
60…遺伝子データベースサーバ装置、
70…ST1〜ST4において入力または作成されるデータの形式をまとめたテーブル、
71…相補的塩基配列作成処理における参照テーブル、
72…RNA位置決定における参照テーブル、
73…プリン塩基の判断における参照テーブル、
74…優先順位決定における参照テーブル、
75…優先順位決定における参照テーブル、
76…優先順位決定における参照テーブル、
77…25℃≦Tm値≦40℃か否かの判定処理における参照テーブル、
78…部分塩基配列およびプライマー配列の出力情報テーブル。
SEQ ID NO:2 ; Chimeric oligonucleotide probe central to detect the template 1. The 7th base from 5' end is RNA.
SEQ ID NO:3 ; Chimeric oligonucleotide probe 5'-4mer to detect the template 1. The 4th base from 5' end is RNA.
SEQ ID NO:4 ; Chimeric oligonucleotide probe 5'-3mer to detect the template 1. The 3rd base from 5' end is RNA.
SEQ ID NO:5 ; Chimeric oligonucleotide probe 3'-4mer to detect the template 1. The 4th base from 3' end is RNA.
SEQ ID NO:6 ; Chimeric oligonucleotide probe 3'-3mer to detect the template 1. The 3rd base from 3' end is RNA.
SEQ ID NO:7 ; Chimeric oligonucleotide rs5443 C probe2 to detect the SNP of rs5443. The third base from the 3' end is RNA.
SEQ ID NO:8 ; Chimeric oligonucleotide rs5443 T probe to detect the SNP of rs5443. The third base from the 3' end is RNA.
SEQ ID NO:9 ; Chimeric oligonucleotide rs1654416 C probe to detect the SNP of rs1654416. The third base from the 3' end is RNA.
SEQ ID NO:10 ; Chimeric oligonucleotide rs1654416 T probe to detect the SNP of rs1654416. The third base from the 3' end is RNA.
SEQ ID NO:11 ; Chimeric oligonucleotide rs1654416 C probe2 to detect the SNP of rs1654416. The third base from the 3' end is RNA.
SEQ ID NO:12 ; Chimeric oligonucleotide rs1654416 T probe2 to detect the SNP of rs1654416. The third base from the 3' end is RNA.
SEQ ID NO:13 ; Chimeric oligonucleotide rs1799821 A probe to detect the SNP of rs1799821. The third base from the 5' end is RNA.
SEQ ID NO:14 ; Chimeric oligonucleotide rs1799821 A probe2 to detect the SNP of rs1799821. The third base from the 3' end is RNA.
SEQ ID NO:15 ; Chimeric oligonucleotide rs1799821 G probe2 to detect the SNP of rs1799821. The third base from the 3' end is RNA.
SEQ ID NO:16 ; rs5443 F primer to amplify the DNA region including rs5443 C probe or rs5443 T probe.
SEQ ID NO:17 ; rs5443 R primer to amplify the DNA region including rs5443 C probe or rs5443 T probe.
SEQ ID NO:18 ; rs5443 F2 primer to amplify the DNA region including rs5443 C probe2 or rs5443 T probe2.
SEQ ID NO:19 ; rs5443 R2 primer to amplify the DNA region including rs5443 C probe2 or rs5443 T probe2.
SEQ ID NO:20 ; rs1654416 F primer to amplify the DNA region including rs1654416 C probe, rs1654416 T probe, rs1654416 C probe2 or rs1654416 T probe2.
SEQ ID NO:21 ; rs1654416 R primer to amplify the DNA region including rs1654416 C probe, rs1654416 T probe, rs1654416 C probe2 or rs1654416 T probe2.
SEQ ID NO:22 ; rs1799821 F primer to amplify the DNA region including rs1799821 A probe, rs1799821 G probe, rs1799821 A probe2 or rs1799821 G probe2.
SEQ ID NO:23 ; rs1799821 R primer to amplify the DNA region including rs1799821 A probe, rs1799821 G probe, rs1799821 A probe2 or rs1799821 G probe2.
SEQ ID NO:24 ; Chimeric oligonucleotide rs5443 C probe3 to detect the SNP of rs5443. The 4th base from the 3' end is RNA.
SEQ ID NO:25 ; Chimeric oligonucleotide rs5443 T probe3 to detect the SNP of rs5443. The 3rd base from the 3' end is RNA.
SEQ ID NO:26 ; Chimeric oligonucleotide rs1654416 C probe3 to detect the SNP of rs1654416. The 4th base from the 3' end is RNA.
SEQ ID NO:27 ; Chimeric oligonucleotide rs1654416 T probe3 to detect the SNP of rs1654416. The 4th base from the 5' end is RNA.
SEQ ID NO:28 ; Chimeric oligonucleotide rs1799821 A probe3 to detect the SNP of rs1799821. The 3rd base from the 5' end is RNA.
SEQ ID NO:29 ; Chimeric oligonucleotide rs1799821 G probe3 to detect the SNP of rs1799821. The 4th base from the 3' end is RNA.
SEQ ID NO:30 ; rs5443 F3 primer to amplify the DNA region including rs5443 C probe3 or rs5443 T probe3.
SEQ ID NO:31 ; rs5443 R3 primer to amplify the DNA region including rs5443 C probe3 or rs5443 T probe3.
SEQ ID NO:32 ; rs1654416 F3 primer to amplify the DNA region including rs1654416 C probe3 or rs1654416 T probe3.
SEQ ID NO:33 ; rs1654416 R3 primer to amplify the DNA region including rs1654416 C probe3 or rs1654416 T probe3.
SEQ ID NO:34 ; rs1799821 F3 primer to amplify the DNA region including rs1799821 A probe3 or rs1799821 G probe3.
SEQ ID NO:35 ; rs1799821 R3 primer to amplify the DNA region including rs1799821 A probe3 or rs1799821 G probe3.
Claims (13)
- 塩基配列の情報処理装置により実行される塩基配列の情報処理方法であって、
標的塩基と、上記標的塩基の5’側に隣接する塩基と、上記標的塩基の3’側に隣接する塩基とを含む入力される塩基配列に、上記標的塩基の位置情報を入力して、当該入力された標的塩基の位置情報を含む塩基配列を出力するステップと、
上記出力される標的塩基の位置情報を含む塩基配列に対する、標的塩基の位置情報を含む相補的な塩基配列を生成するステップと、
上記標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基の位置情報を含む塩基配列及びその相補的な塩基配列において、上記塩基配列の標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基をRNAに変換してなる塩基配列を生成するステップと、
上記RNAに変換してなる塩基配列とその相補的な塩基配列とから、
(d)部分塩基配列の塩基数が7〜14であり、
(e)部分塩基配列のTm値が25〜40℃であり、
(f)塩基配列の標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基が、3’末端から3〜5塩基目、または5’末端から3〜5塩基目に位置する、
上記標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基の位置情報を含む部分塩基配列を生成するステップとを含むことを特徴とする塩基配列の情報処理方法。 - 塩基配列の情報処理装置により実行される塩基配列の情報処理方法であって、
標的塩基と、上記標的塩基の5’側に隣接する塩基と、上記標的塩基の3’側に隣接する塩基とを含む入力される塩基配列に、上記標的塩基の位置情報を入力して、当該入力された標的塩基の位置情報を含む塩基配列を出力するステップと、
上記出力される標的塩基の位置情報を含む塩基配列に対する、標的塩基の位置情報を含む相補的な塩基配列を生成するステップと、
上記出力された塩基配列と、上記生成された相補的な塩基配列とから、
(d)部分塩基配列の塩基数が7〜14であり、
(e)部分塩基配列のTm値が25〜40℃であり、
(f)塩基配列の標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基が、3’末端から3〜5塩基目、または5’末端から3〜5塩基目に位置する、
上記標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基の位置情報を含む部分塩基配列を生成するステップと、
上記標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基の位置情報を含む部分塩基配列において、上記塩基配列の標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基をRNAに変換してなる部分塩基配列を生成するステップとを含むことを特徴とする塩基配列の情報処理方法。 - 塩基配列の情報処理装置により実行される塩基配列の情報処理方法であって、
標的塩基と、上記標的塩基の5’側に隣接する塩基と、上記標的塩基の3’側に隣接する塩基とを含む入力される塩基配列に、上記標的塩基の位置情報を入力して、当該入力された標的塩基の位置情報を含む塩基配列を出力するステップと、
上記出力される標的塩基の位置情報を含む塩基配列に対する、標的塩基の位置情報を含む相補的な塩基配列を生成するステップと、
上記出力された塩基配列と、上記生成された相補的な塩基配列とに対して、
(a)標的塩基がプリン塩基であるか否かの判断と、
(b)標的塩基の3’隣接塩基がプリン塩基であるか否かの判断と、
(c)標的塩基の5’隣接塩基がプリン塩基であるか否かとの判断と
のうちの少なくとも1つの判断を行うことにより、上記出力された塩基配列と、上記生成された相補的な塩基配列とから、プリン塩基である1塩基をRNA位置として決定して、RNA位置情報を含む塩基配列を出力するステップと、
上記出力されるRNA位置情報を含む塩基配列から、
(d)部分塩基配列の塩基数が7〜14であり、
(e)部分塩基配列のTm値が25〜40℃であり、
(f)上記RNA位置で示された1塩基が、3’末端から3〜5塩基目、または5’末端から3〜5塩基目に位置する、
RNA位置情報を含む部分塩基配列を生成するステップと、
上記RNA位置情報を含む塩基配列、又は上記RNA位置情報を含む部分塩基配列において、RNA位置として決定した塩基をRNAに変換してなる部分塩基配列を生成するステップとを含むことを特徴とする塩基配列の情報処理方法。 - 上記RNA位置情報を含む塩基配列を出力するステップは、上記標的塩基と上記決定されたRNA位置との位置関係に基づいて、上記生成されたRNAに変換してなる部分塩基配列から標的塩基検出用RNA含有プローブとして優れた部分塩基配列を選択するための優先順位を決定して、上記決定された優先順位を含む塩基配列又は部分塩基配列を出力することを含む請求項3記載の塩基配列の情報処理方法。
- 請求項1〜4のうちのいずれか1つに記載の塩基配列の情報処理方法の各ステップを含み、コンピュータにより実行されるプログラム。
- 請求項5記載のプログラムを格納したことを特徴とする、コンピュータにより読取可能な記録媒体。
- 標的塩基と、上記標的塩基の5’側に隣接する塩基と、上記標的塩基の3’側に隣接する塩基とを含む入力される塩基配列に、上記標的塩基の位置情報を入力して、当該入力された標的塩基の位置情報を含む塩基配列を出力する手段と、
上記出力される標的塩基の位置情報を含む塩基配列に対する、標的塩基の位置情報を含む相補的な塩基配列を生成する手段と、
上記標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基の位置情報を含む塩基配列及びその相補的な塩基配列において、上記塩基配列の標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基をRNAに変換してなる塩基配列を生成する手段と
上記RNAに変換してなる塩基配列とその相補的な塩基配列とから、
(d)部分塩基配列の塩基数が7〜14であり、
(e)部分塩基配列のTm値が25〜40℃であり、
(f)塩基配列の標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基が、3’末端から3〜5塩基目、または5’末端から3〜5塩基目に位置する、
上記標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基の位置情報を含む部分塩基配列を生成する手段とを備えたことを特徴とする塩基配列の情報処理装置。 - 標的塩基と、上記標的塩基の5’側に隣接する塩基と、上記標的塩基の3’側に隣接する塩基とを含む入力される塩基配列に、上記標的塩基の位置情報を入力して、当該入力された標的塩基の位置情報を含む塩基配列を出力する手段と、
上記出力される標的塩基の位置情報を含む塩基配列に対する、標的塩基の位置情報を含む相補的な塩基配列を生成する手段と、
上記出力された塩基配列と、上記生成された相補的な塩基配列とから、
(d)部分塩基配列の塩基数が7〜14であり、
(e)部分塩基配列のTm値が25〜40℃であり、
(f)塩基配列の標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基が、3’末端から3〜5塩基目、または5’末端から3〜5塩基目に位置する、
上記標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基の位置情報を含む部分塩基配列を生成する手段と、
上記標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基の位置情報を含む部分塩基配列において、上記塩基配列の標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基をRNAに変換してなる部分塩基配列を生成する手段とを備えたことを特徴とする塩基配列の情報処理装置。 - 標的塩基と、上記標的塩基の5’側に隣接する塩基と、上記標的塩基の3’側に隣接する塩基とを含む入力される塩基配列に、上記標的塩基の位置情報を入力して、当該入力された標的塩基の位置情報を含む塩基配列を出力する手段と、
上記出力される標的塩基の位置情報を含む塩基配列に対する、標的塩基の位置情報を含む相補的な塩基配列を生成する手段と、
上記出力された塩基配列と、上記生成された相補的な塩基配列とに対して、
(a)標的塩基がプリン塩基であるか否かの判断と、
(b)標的塩基の3’隣接塩基がプリン塩基であるか否かの判断と、
(c)標的塩基の5’隣接塩基がプリン塩基であるか否かとの判断と
のうちの少なくとも1つの判断を行うことにより、上記出力された塩基配列と、上記生成された相補的な塩基配列とから、プリン塩基である1塩基をRNA位置として決定して、RNA位置情報を含む塩基配列を出力する手段と、
上記出力されるRNA位置情報を含む塩基配列から、
(d)部分塩基配列の塩基数が7〜14であり、
(e)部分塩基配列のTm値が25〜40℃であり、
(f)上記RNA位置で示された1塩基が、3’末端から3〜5塩基目、または5’末端から3〜5塩基目に位置する、
RNA位置情報を含む部分塩基配列を生成する手段と、
上記RNA位置情報を含む塩基配列、又は上記RNA位置情報を含む部分塩基配列において、RNA位置として決定した塩基をRNAに変換してなる部分塩基配列を生成する手段とを備えたことを特徴とする塩基配列の情報処理装置。 - 上記RNA位置情報を含む塩基配列を出力する手段は、上記標的塩基と上記決定されたRNA位置との位置関係に基づいて、上記生成されたRNAに変換してなる部分塩基配列から標的塩基検出用RNA含有プローブとして優れた部分塩基配列を選択するための優先順位を決定して、上記決定された優先順位を含む塩基配列又は部分塩基配列を出力することを特徴とする請求項9記載の塩基配列の情報処理装置。
- 請求項7〜10のうちのいずれか1つに記載の塩基配列の情報処理装置と、クライアント装置とがネットワークを介して接続してなる塩基配列の情報処理システムであって、
上記クライアント装置は、上記入力される塩基配列を含む情報を上記ネットワークを介して上記塩基配列の情報処理装置に送信する送信手段を備え、
上記塩基配列の情報処理装置は、上記送信された塩基配列を含む情報に基づいて、上記生成されたRNAに変換してなる部分塩基配列を生成して出力する手段とを備えたことを特徴とする塩基配列の情報処理システム。 - 請求項1〜4の塩基配列の情報処理方法により生成されたRNAに変換してなる部分塩基配列と同一の配列からなるRNAおよびDNA含有核酸断片を作成する工程を含む、標的塩基検出用RNA含有プローブの製造方法。
- 請求項12に記載の方法により製造された標的塩基検出用RNA含有プローブを、試料中の核酸にハイブリダイズさせる工程、上記ハイブリダイズ工程の後の上記標的塩基検出用RNA含有プローブにリボヌクレアーゼHを作用させる工程、及び上記リボヌクレアーゼHによる上記標的塩基検出用RNA含有プローブの切断の有無を検出する工程を含む、標的塩基の検出方法。
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