JPH11148935A - 核酸の定量的検出法及び核酸の定量的検出キット - Google Patents

核酸の定量的検出法及び核酸の定量的検出キット

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JPH11148935A
JPH11148935A JP10241445A JP24144598A JPH11148935A JP H11148935 A JPH11148935 A JP H11148935A JP 10241445 A JP10241445 A JP 10241445A JP 24144598 A JP24144598 A JP 24144598A JP H11148935 A JPH11148935 A JP H11148935A
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JP
Japan
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nucleic acid
nucleotide sequence
stranded nucleic
immobilized
stranded
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JP10241445A
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Fukumi Ito
福美 伊藤
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Sankyo Co Ltd
Original Assignee
Sankyo Co Ltd
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Publication date
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Abstract

(57)【要約】 【課題】操作が簡単で自動化が可能な、特定配列を有す
るポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドから成る核
酸のの定量的検出法、及び、該検出法に基づいたキット
を提供する。 【解決手段】以下の工程から成る、特定ヌクレオチド配
列を有する核酸の定量法。 測定対象の特定ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオ
チド配列を有する核酸プローブを不溶性支持体に固相化
する、 被検画分中の核酸を一本鎖化する、 一本鎖化された核酸を固相化核酸プローブとハイブリ
ダイズさせる、 標的核酸とハイブリダイズしなかった固相化核酸プロ
ーブと、ヌクレオチド配列非特異的に一本鎖の核酸と結
合する標識抗一本鎖核酸抗体を結合反応させる、 固相化核酸プローブと結合した標識抗一本鎖核酸抗体
を定量する。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【発明の属する技術分野】本発明は、特定のヌクレオチ
ド配列を有する核酸を定量的に測定する方法及び該核酸
を定量的に測定するためのキットに関する。
【0002】
【従来の技術】従来、配列特異的ヌクレオチド標識プロ
ーブを使用して、特定のヌクレオチド配列を有する核酸
の検出を行う方法が知られている。このような方法とし
て、例えばin situハイブリダイゼーション法、
ノーザンブロットハイブリダイゼーション法等が挙げら
れる。これらはいずれもハイブリダイゼーションの原理
に基づき、標的核酸の特異的ヌクレオチド配列を介して
標識プローブが標的核酸にハイブリダイズする性質を利
用している(Larrick,J.W., Trend
s Biotechnol., 10,146−15
2,1992)。これらの方法は、実験手技が複雑であ
り、定量性が劣る。
【0003】また、別の方法は、標的核酸のヌクレオチ
ド配列中の相違する二つの領域のそれぞれに対して相補
的なヌクレオチド配列を有する2種類のプローブを用
い、一方のプローブは固定に、他方のプロープは標識に
使用するものである(Virtanen,M., et
al., Lancet, 1,381−383,1
983)。この方法はしばしば再現性に乏しい。この方
法の一種または変法として定量的RT−PCR(rev
erse transcription polyme
rase chain reaction)法などが知
られている(Wang,A.M., et al. P
roc.Natl.Acad.Sci.USA, 8
6,9717−9721,1989)。
【0004】また、mRNAの検出法として、ビオチン
標識化cDNAプローブと標的mRNAとのハイプリダ
イゼーションを液相において行わせ、形成されたハイブ
リッドを固定化した後、DNA/RNAハイブリッドを
認識する抗体を用いて検出する方法が知られている(C
outlee,F., et al., J.Bio
l.Chem., 265,11601−11604,
1990)。この方法は測定感度が低い。
【0005】さらに、最近mRNAの検出法として、化
学基により標識したプローブと標的mRNAとをハイブ
リダイズさせると同時に、標的mRNAの異なる領域の
ヌクレオチド配列に相補的なリンカー・ヌクレオチドを
ハイブリダイズさせた後、精製した核酸ハイブリッドを
リンカー・ヌクレオチドを介して固相化し、該化学基を
検出する方法が考案されている(特開平9−98799
号)。しかしながら本方法は検出対象がmRNAに制限
され、また操作も複雑である。
【0006】
【発明が解決しようとする課題】本発明者は、ヌクレオ
チド配列非特異的に一本鎖の核酸と結合する抗体を用い
ることにより、操作が容易で自動化が可能な、特定のヌ
クレオチド配列を有するポリヌクレオチド又はオリゴヌ
クレオチドの定量的検出法を確立し、さらに、該定量的
検出法に基づくキットを構築し、本発明を完成した。
【0007】
【課題を解決するための手段】本発明は、以下に関す
る。 (1)以下の工程から成る、特定ヌクレオチド配列を有
する核酸の定量法: 測定対象の特定ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオ
チド配列を有する核酸プローブを不溶性支持体に固相化
する、 被検画分中の核酸を一本鎖化する、 一本鎖化された核酸を固相化核酸プローブとハイブリ
ダイズさせる、 標的核酸とハイブリダイズしなかった固相化核酸プロ
ーブと、ヌクレオチド配列非特異的に一本鎖の核酸と結
合する標識抗一本鎖核酸抗体を結合反応させる、 固相化核酸プローブと結合した標識抗一本鎖核酸抗体
を定量する。 (2)以下の工程から成る、特定ヌクレオチド配列を有
する核酸の定量法: 測定対象の特定ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオ
チド配列を有する核酸ブローブを不溶性支持体に固相化
する、 被検画分中の核酸を一本鎖化する、 一本鎖化された核酸を固相化核酸ブローブとハイブリ
ダイズさせる、 標的核酸とハイブリダイズしなかった固相化核酸ブロ
ーブと、ヌクレオチド配列非特異的に一本鎖の核酸と結
合する非標識抗一本鎖核酸抗体を結合反応させる、 固相化核酸プローブと結合した非標識抗一本鎖核酸抗
体を、これに対する標識二次抗体を用いて定量する。 (3)以下の工程から成る、特定ヌクレオチド配列を有
する核酸の定量法: 測定対象の特定ヌクレオチド配列を有する核酸とハイ
ブリダイズし得る核酸プローブに、結合用試薬Aを結合
させる、 核酸プローブと結合した結合用試薬Aに結合し得る結
合用試薬Bを、不溶性支持体に固相化する、 核酸プローブと結合した結合用試薬Aを、固相化した
結合用試薬Bと結合させる、 被検画分中の核酸を一本鎖化する、 一本鎖化された核酸を、固相化した核酸プローブとハ
イブリダイズさせる、 標的核酸とハイブリダイズしなかった固相化核酸プロ
ーブを、ヌクレオチド配列非特異的に一本鎖の核酸と結
合する標識抗一本鎖核酸抗体と結合反応させる、 固相化核酸プローブと結合した標識抗一本鎖核酸抗体
を定量する。 (4)以下の工程から成る、特定ヌクレオチド配列を有
する核酸の定量法: 測定対象の特定ヌクレオチド配列を有する核酸にハイ
ブリダイズし得る核酸プローブに、結合用試薬Aを結合
させる、 核酸プローブと結合した結合用試薬Aに結合し得る結
合用試薬Bを、不溶性支持体に固相化する、 核酸プローブと結合した結合用試薬Aを、固相化した
結合用試薬Bと結合させる、 被検画分中の核酸を一本鎖化する、 一本鎖化された核酸を、固相化核酸プローブとハイブ
リダイズさせる、 標的核酸とハイブリダイズしなかった固定化核酸プロ
ーブを、ヌクレオチド配列非特異的に一本鎖の核酸と結
合する非標識抗一本鎖核酸抗体と結合反応させる、 固相化した核酸プローブと結合した非標識抗一本鎖核
酸抗体を、これに対する標識二次抗体を用いて定量す
る。 (5)以下の成分から成る、特定のヌクレオチド配列を
有する核酸の定量用キット: 特定のヌクレオチド配列を有する被検核酸にハイブリ
ダイズし得る核酸プローブを固相化した不溶性支持体、 ヌクレオチド配列非特異的に一本鎖の核酸と結合する
標識抗一本鎖核酸抗体、 標識抗一本鎖核酸抗体検出溶液、 ハイブリダイゼーション溶液。 (6)以下の成分から成る、特定のヌクレオチド配列を
有する核酸の定量用キット: 特定のヌクレオチド配列を有する被検核酸にハイブリ
ダイズし得る核酸プローブを固相化した不溶性支持体、 ヌクレオチド配列非特異的に一本鎖の核酸と結合する
非標識抗一本鎖核酸抗体、 ヌクレオチド配列非特異的に一本鎖の核酸と結合する
非標識抗一本鎖核酸抗体に対する標識二次抗体、 標識二次抗体検出溶液、 ハイブリダイゼーション溶液。 (7)以下の成分から成る、特定のヌクレオチド配列を
有する核酸の定量用キット: 特定のヌクレオチド配列を有する被検核酸にハイブリ
ダイズし得る核酸プローブと結合する結合用試薬A、 核酸プローブと結合した結合用試薬Aに結合し得る結
合用試薬Bを固相化した不溶性支持体、 ヌクレオチド配列非特異的に一本鎖の核酸と結合する
標識抗一本鎖核酸抗体、 標識抗一本鎖核酸抗体検出溶液、 ハイブリダイゼーション溶液。 (8)以下の成分から成る、特定のヌクレオチド配列を
有する核酸の定量用キット: 特定のヌクレオチド配列を有する被検核酸にハイブリ
ダイズし得る核酸プローブと結合する結合用試薬A、 核酸プローブと結合した結合用試薬Aに結合し得る結
合用試薬Bを固相化した不溶性支持体、 ヌクレオチド配列非特異的に一本鎖の核酸と結合する
非標識抗一本鎖核酸抗体、 ヌクレオチド配列非特異的に一本鎖の核酸と結合する
非標識抗一本鎖核酸抗体に対する標識二次抗体、 標識二次抗体検出溶液、 ハイブリダイゼーション溶液。
【0008】
【発明の実施の形態】以下に、本発明をさらに具体的に
説明する。
【0009】本発明では、特定のヌクレオチド配列を有
する被検核酸(以下、「標的核酸」と記す。)の定量
を、標的核酸のヌクレオチド配列の全部又は一部に相補
的なヌクレオチド配列を有する固相化した核酸プローブ
と標的核酸を含む被検検体とをハイブリダイゼーション
法で反応させ、標的核酸とハイブリダイズしなかった核
酸プローブを定量し、標的核酸とハイブリダイズした核
酸プローブ量を算出することにより達成している。
【0010】本発明において、該標的核酸とはポリヌク
レオチド又はオリゴヌクレオチドから成るDNA又はR
NAであり、そのヌクレオチド配列に特別な限定はな
い。慣用の条件でのハイブリダイゼーションに適するポ
リヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドから成るDNA
又はRNAであれば、標的核酸たり得る。このような標
的核酸として、例えば、インターロイキン−4遺伝子、
血液凝固系第8因子、ヒトC型肝炎ウイルス遺伝子など
が挙げられる。
【0011】本発明において、該核酸プローブとは、該
標的核酸のヌクレオチド配列の全部又は一部に相補的な
ヌクレオチド配列を含むことから成る一本鎖ヌクレオチ
ドである。また、核酸プローブは、好ましくはポリヌク
レオチド又はオリゴヌクレオチドから成るDNAである
が、RNAでもよい。
【0012】該核酸プローブは、好ましくは、ホスホロ
アミダイト法(Sinha,N.D., et al.
Nucleic Acids Res., 12,4
539−4557,1984)等により人工的に合成さ
れたヌクレオチドであるが、これに限定されない。
【0013】該核酸プローブの有するヌクレオチド配列
は、該標的核酸配列に特有のヌクレオチド配列に対して
相補的であることが好ましい。
【0014】該核酸プローブの固相化に使用する不溶性
支持体としては、マイクロプレート、チューブ等の内壁
又は粒子等の表面が使用可能である。不溶性支持体の材
質としては、ポリビニル、ポリスチレン等が好ましい
が、これに限定されない。このような不溶性支持体のう
ち、マイクロプレートとして、例えば、ヌンク‐イムノ
・モジュール・マキシソープ・F8・フレイムド(NU
CN−Immuno Module Maxisorp
F8 Framed:ヌンク 社製)が挙げられる。
【0015】該不溶性支持体へ該核酸プローブを固相化
する方法としては、特に限定されるものではないが、化
学的結合法又は物理的吸着法に分類される諸法が望まし
い。化学的結合法としては、特に限定されるものではな
いが、例えば、結合用試薬Aを不溶性支持体と結合さ
せ、他の結合用試薬Bを核酸プローブと結合させた後、
結合用試薬Aと結合用試薬Bとを結合させることから成
る方法が可能である。この場合には、結合用試薬Aと結
合用試薬Bとが容易に結合し得る事が必要である。2種
の結合用試薬を用いる場合、例えば、ストレプトアビジ
ン、アビジンまたはリコンビナントアビジン等と、ビオ
チン、フォトプローブビオチンまたはスぺーサーを有す
るビオチン等の組み合わせが好適に用いられる。アビジ
ンとビオチンを利用した核酸プローブの固相化は、先ず
不溶性支持体にアビジンを固相化しておき、次に5'−
端または3'−端をビオチンで標識した核酸プローブを
結合させることにより行う。また、結合用試薬A及び結
合用試薬Bを用いる方法以外の化学的結合法として、不
溶性支持体表面にカルボキシル基をスぺーサーとして結
合させておき、ここに5'−端または3'−端をアミド化
した核酸プローブを結合させることから成る方法も好適
に用いられる。物理的吸着法としては、本技術分野で慣
用されるもののなかから適宜選択でき、例えば、被覆用
緩衝液(組成:炭酸ナトリウム1.59g、炭酸水素ナ
トリウム2.93g、アジ化ナトリウム0.2g、蒸留
水1L:pH9.6)に核酸プローブを溶解させマイク
ロプレートのウェルに分注して4℃で一晩放置し、液相
を除去してからツイーン20を含むフォスフェート・バ
ッファード・セイライン(phosphate buf
fered saline:以下、「PBS」と記す。
組成:リン酸水素2ナトリウム12水和物2.9%、塩
化ナトリウム8%、塩化カリウム0.2%、リン酸2水
素カリウム0.2%:pH7.4)でウェルを洗浄する
ことから成る方法(石川ら編「酵素免疫測定法 第3
版」医学書院、395−397頁、1987年)などが
好適に用いられる。
【0016】本発明では、該標的核酸のヌクレオチド配
列に相補的なヌクレオチド配列を有する該核酸プローブ
を固相化した該不溶性支持体を用いることにより、種々
の核酸が混在する試料中から標的核酸のみを特異的かつ
容易に検出する事が可能になる。また、核酸プローブの
ヌクレオチド配列は、標的核酸配列に特有のヌクレオチ
ド配列の全部又は一部に対して相補的であることが好ま
しい。さらに、核酸プローブをマイクロプレートなどに
固相化することにより、多数の試料中の標的核酸を同時
に定量することが可能となる。例えば、マイクロプレー
トに固相化すれば、液体試料分注装置、マイクロプレー
ト洗浄装置、各種のマイクロプレートリーダーなどを用
いることにより、標的核酸の定量を自動化することも可
能となる。さらに、本発明によれば、測定の対象となる
核酸はDNAに限定されない。
【0017】本発明において、被検検体中の該標的核酸
量の算出は、固相化した該核酸プローブと標的核酸を
含む被検検体溶液のハイブリダイゼーション反応を行
い、液相を分離して固相を洗浄したのち、標的核酸
とハイブリダイズしなかった核酸プローブと抗一本鎖核
酸抗体とを結合反応させ、核酸プローブと結合した抗
一本鎖核酸抗体を定量し、全核酸プローブ量から標的
核酸とハイブリダイズしなかった核酸プローブの量を差
し引くことにより達成される。
【0018】固相化した該核酸プローブと被検検体溶液
のハイブリダイゼーション反応に使用するハイブリダイ
ゼーション溶液等及びハイブリダイゼーション反応の条
件は、特に限定されるものではなく、本技術分野で慣用
されるものから適宜選択できる(高浪ら編「新生化学実
験講座2;核酸II」、東京化学同人、197−209
頁、1991年)。より簡略化したハイブリダイゼーシ
ョン反応として、例えば、以下のような方法も実施可能
である:PBSに該標的核酸を含む被検検体を溶解し、
核酸プローブを固相化したマイクロプレートのウェルに
50μl添加し、室温で1時間振盪しながら保温する。
保温後ウェル内の反応液を棄て、0.1%ツイーン20
を含むPBS(以下、「洗浄液」と記す。)200μl
をウェルに添加し、室温5で分間振盪しながら保温する
ことによりウェルを洗浄する。保温後ウェル内の洗浄液
を棄てる。
【0019】該標的核酸が被検検体中で二本鎖核酸とし
て存在している可能性がある場合、ハイブリダイゼーシ
ョン反応に先立ち、該二本鎖核酸を一本鎖化することが
必要である。二本鎖核酸の一本鎖化は、熱変性により行
なうことが好ましい。熱変性の条件として、例えば、以
下のような条件が可能である:標的核酸を含む被検検体
溶液を100℃で10分間加熱した後、ただちに0℃で
5分間保温する。
【0020】本発明において、抗一本鎖核酸抗体とは、
一本鎖核酸と特異的に結合する抗体をいう。該抗一本鎖
核酸抗体は、二本鎖核酸に全く結合しないか、または二
本鎖核酸に対する親和性が一本鎖核酸に対する親和性に
比較して著しく劣っている事が必要である。抗一本鎖核
酸抗体はヌクレオチド配列に非特異的で、多種類の一本
鎖核酸に対して親和性を有する。該核酸プローブのヌク
レオチド配列に特異的な抗一本鎖核酸抗体ではなく、こ
のような該抗一本鎖核酸抗体を使用できることが本発明
の利点である。抗一本鎖核酸抗体は、好ましくは、抗一
本鎖DNA抗体であり、標識されたもの、未標識のもの
のいずれのものも使用できる。
【0021】該抗一本鎖核酸抗体と該核酸プローブの結
合反応条件には特に限定はなく、本技術分野で慣用され
るものから適宜選択できる(石川ら編「酵素免疫測定法
第3版」医学書院、397−398頁、1987
年)。例えば、以下のような方法が可能である:PBS
に抗一本鎖核酸抗体を溶解し、固相化した核酸プローブ
に該標的核酸をハイブリダイズさせ洗浄した後のマイク
ロプレートのウェルに添加し、室温で2時間保温する。
【0022】該抗一本鎖核酸抗体の標識には、本技術分
野で通常用いられる酵素、化学基等が用いられる。標識
に用いる酵素としては、特に限定されるものではない
が、西洋ワサビペルオキシダーゼ、グルコースオキシダ
ーゼ、アルカリフォスファターゼ、β−D−ガラクトシ
ダーゼ等の、基質を発光させる活性を有するものが好ま
しい。標識にこれらの酵素を用い、各酵素に特有の発色
基質、化学発光基質あるいは蛍光基質を使用する事によ
り、発色法、化学発光法、蛍光法(石川ら編「酵素免疫
測定法 第三版」、医学書院、56〜64頁、1987
年)などを用いた検出が実施可能である。特に化学発光
法、蛍光法は高感度を得るための利点となる。
【0023】また、該抗一本鎖核酸抗体を蛍光色素等の
化学基で直接標識して用いる事も可能である。この場合
には蛍光色素に固有の励起波長で励起させ、固有の検出
波長を測定することになるが、前述した酵素標識法に較
べて測定の手順が1工程減少し、測定に要する時間が短
時間化されるという利点が生じる。抗一本鎖核酸抗体の
標識に用いる化学基としては、特に限定されるものでは
ないが、フルオレセインイソシアネート(FITC)、
ローダミン等の蛍光色素が好ましい。
【0024】該標的核酸とハイブリダイズしなかった該
核酸プローブと非標識の該抗一本鎖核酸抗体とを結合反
応させ、抗一本鎖核酸抗体に対する標識二次抗体を用い
て被検検体中の標的核酸を算出することも実施可能であ
る。該二次抗体は、抗一本鎖核酸抗体の作製に用いた動
物種Xの免疫グロブリン(Immunoglobuli
n:以下、「Ig」と記す。)等を抗原として他の動物
種Yを免疫し、血清を採取し精製することによって得ら
れる。動物種X及び動物種Yとしては、特に限定される
ものではないが、マウス、ラット、ウサギ、モルモッ
ト、ヤギ、ニワトリ等が用いられる。二次抗体の標識に
は、抗一本鎖核酸抗体の標識の項に記した酵素、化学基
が用いられる。
【0025】
【実施例】以下実施例により本発明をさらに詳細に説明
するが、本発明はこれらに限定されない。なお、本発明
においては、特に記載しない限り、合成オリゴデオキシ
リボヌクレオチドはグライナージャパン社においてホス
ホロアミダイト法(Sinha,N.D., et a
l. Nucleic Acids Res.,12,
4539−4557,1984)で合成し、吸光度の測
定はマイクロプレートリーダーMPRA4(東ソー 社
製)を用いておこなった。 実施例1.インターロイキン−4 DNAフラグメント
の定量。
【0026】ストレプトアビジンを10μg/m1の濃
度に0.05M炭酸/重炭酸緩衝液(pH9.6)で調
製し、この200μ1をヌンク‐イムノ・モデジュール
・マキシソープ・F8・フレイムド(ヌンク 社製)の
ウェルに分注した後、4℃で一晩保温した。保温後、洗
浄液で洗浄し、その後27mg/mlのブロッキング・
リーエイジェント・フォー・イライザ(Blockin
g Reagentfor ELISA:べーリンガー
マンハイム 社製)を用い、室温で15分間静置するこ
とによりブロッキングを行った。インターロイキン−4
(Interleukin−4:以下、「IL−4」と
記す。)のDNA(Ferguson,J.A., e
t al., Nature Biotechnolo
gy,14,1681−1684,1996)に対する
5'−端ビオチン化DNAプローブ(5'−biotin
−T12(連続する12個のチミジン)−CCA ACT
GTT TCC CCC TCT GT−3':配列
番号1、T12は含まない)をPBSで0.01μg/m
l、0.1μg/ml、1μg/ml、3μg/m1の
各濃度に希釈し、該ウェルに50μ1を分注した。分注
後、振盪しながら室温で1時間保温した。洗浄液で洗浄
後、50μlのIL−4 DNAフラグメント(5'−
ACA GAG GGG GAA GCA GTT G
G−3'(Ferguson,J.A., et a
l., Nature Biotechnology,
14,1681−1684,1996):配列番号
2)を添加し、振盪しながら室温で1時間保温した。こ
れを洗浄後、PBSに溶解した抗一本鎖DNAマウス抗
体(0.5μg/ml:QEDバイオサイエンス 社
製)50μlを添加し、振盪しながら室温で1時間保温
した。洗浄液で洗浄後、洗浄液に溶解したホースラディ
ッシュぺルオキシダーゼ(horseradishpe
roxidase:以下、「HRP」と記す。)標識抗
マウスIgGヤギポリクローナルF(ab')2 抗体
(4.2μg/ml:べ−リンガーマンハイム 社製)
200μlを添加し、振盪しながら室温で1時間保温し
た。洗浄後にHRP発色基質(SUMILONペルオキ
シダーゼ発色用キットに含まれる:住友ベークライト
社製)100μlを添加し、遮光下室温で10分間保温
した後にさらに反応停止液(SUMILONペルオキシ
ダーゼ発色用キットに含まれる:住友ベークライト 社
製)100μlを添加し、492nmにおける吸光度を
測定した。本実施例では、固相化用の5'−端ビオチン
化DNAプローブの濃度を0.01μg/m1から3μ
g/m1まで変化させると同時に、IL−4 DNAフ
ラグメントの濃度も0.001μg/mlから1μg/
mlまで変化させて測定した。結果を図1に示す(較正
曲線)。DNAプローブの濃度が1μg/m1よりも大
きくなると較正曲線に差がみられなくなった。標的核酸
IL−4DNAフラグメントの測定範囲は10ng/m
1から1μg/m1でった。該標的核酸の測定可能な最
低濃度10ng/mlは、1ウェルあたりの絶対量とし
て約80 femtomolesに相当する。 実施例2.血液凝固系第8因子DNAフラグメントの定
量。
【0027】ストレプトアビジンを1μg/m1の濃度
に0.05M炭酸/重炭酸緩衝液(pH9.6)で調製
し、この200μ1をヌンク‐イムノ・モデジュール・
マキシソープ・F8・フレイムド(ヌンク 社製)のウ
ェルに分注した後、4℃で一晩保温した。保温後、該ウ
ェルを洗浄液で洗浄し、その後27mg/mlのブロッ
キング・リーエイジェント・フォー・イライザ(ベーリ
ンガーマンハイム 社製)を用い、室温で15分間静置
することによりブロッキングを行った。該ウェルに、P
BSに溶解させた血液凝固系第8因子(blood c
oagulation factor VIII:以
下、FVIIIと記す)のDNA(Gitschie
r,J., et al., Nature, 31
2,326−330,1984)に対する5'−端ビオ
チン化DNAプローブ(5'−biotin−T12(連
続する12個のチミジン)−TAA AAG CTT
TAA ATG GTC TAG GC−3':配列番
号3、T12は含まない:ジーンメッド・バイオテクノロ
ジー 社製)50μlを添加後、振盪しながら室温で1
時間保温した。洗浄液で洗浄後、ここにPBSに溶解さ
せた、50μlのFVIIIDNAフラグメント(5'
−GCC TAG ACC ATT TAA AGC
TTT TA−3'(Gitschier,J., e
t al., Nature, 312,326−33
0,1984):配列番号4)を添加し、振盪しながら
室温で1時間保温した。これを洗浄液で洗浄後、PBS
に溶解させた抗一本鎖DNAマウス抗体(0.5μg/
ml:QEDバイオサイエンス 社製)50μ1を添加
し、振盪しながら室温で1時間保温した。洗浄液で洗浄
後、洗浄液に溶解したF(ab')2 化したHRP標識
抗マウスIgGヤギポリクローナル抗体(5μg/m
l:ベーリンガーマンハイム 社製)200μ1を添加
し、振盪しながら室温で1時間保温した。洗浄液で洗浄
後にHRP発色基質100μ1(SUMlLONペルオ
キシダーゼ発色用キットに含まれる:住友ベークライト
社製)を添加し、遮光下室温で10分間保温した後に
さらに反応停止液(SUMILONペルオキシダーゼ発
色用キットに含まれる:住友ベークライト社製)100
μlを添加し、492nmにおける吸光度を測定した。
本実施例では、固相化用の5'−端ビオチン化DNAプ
ローブの濃度を0.01μg/m1から3μg/mlま
で変化させると同時に、FVIII DNAフラグメン
トの濃度も0.001μg/mlから1μg/mlまで
変化させて測定した。結果を図2に示す(較正曲線)。
DNAプローブの濃度が1μg/mlよりも大きくなる
と較正曲線に差がみられなくなった。標的核酸FVII
I DNAフラグメントの測定範囲は10ng/mlか
ら1μg/m1であった。該標的核酸の測定可能な最低
濃度10ng/mlは、1ウェルあたりの絶対量として
約70 femtomolesに相当する。 実施例3.C型肝炎ウイルス RNAフラグメントの定
量。
【0028】ストレプトアビジンを10μg/mlの濃
度に0.05M炭酸/重炭酸緩衝液(pH9.6)で調
製し、この200μlをヌンク‐イムノ・モデジュール
・マキシソープ・F8・フレイムド(ヌンク 社製)の
ウェルに分注した後、4℃で一晩保温した。保温後、該
ウェルを洗浄液で洗浄し、その後27mg/mlのブロ
ッキング・リーエイジェント・フォー・イライザ(ベー
リンガー・マンハイム社製)を用い、室温で15分間静
置することによりブロッキングを行なった。ストレプト
アビジンを固相化した該ウェルに、PBSに溶解させた
C型肝炎ウイルス(hepatitis C viru
s:以下、HCVと記す)のRNA(Kato,N.,
et al., Proc.Natl.Acad.S
ci.USA., 87,9524−9528,199
0)に対する5'−端ビオチン化DNAプローブ(5'−
biotin−T12(連続する12個のチミジン)−C
AC GAC TCT CGT GAG AAG GT
A GAG TAGCTT−3':配列番号5、T12
含まない)50μlを添加後、振盪しながら室温で1時
間保温した。これを洗浄液で洗浄後、ここにPBSに溶
解させた50μlのHCV RNAフラグメント(5'
−AAG CUA CUC UACCUU CUC A
CG AGA GUC GUG−3':HCVのRNA
配列(Kato,N., et al., Proc.
Natl.Acad.Sci.USA., 87,95
24−9528,1990)に基づいて作製した。:配
列番号6)を添加し、振盪しながら室温で1時間保温し
た。これを洗浄液で洗浄後、PBSに溶解させた抗一本
鎖DNAマウス抗体(0.5μg/ml:QEDバイオ
サイエンス 社製)50μlを添加し、振盪しながら室
温で1時間保温した。洗浄液で洗浄後、洗浄液に溶解し
たF(ab')2化したHRP標識抗マウスIgGヤギポ
リクローナル抗体(1.8μg/ml:ベーリンガーマ
ンハイム社製)200μlを添加し、振盪しながら室温
で1時間保温した。洗浄液で洗浄後にHRP発色基質1
00μl(SUMILONペルオキシダーゼ発色用キッ
トに含まれる:住友ベークライト 社製)を添加し、遮
光下室温で10分間保温した後にさらに反応停止液(S
UMILONペルオキシダーゼ発色用キットに含まれ
る:住友ベークライト 社製)100μlを添加し、4
92nmにおける吸光度を測定した。本実施例では、固
相化用の5'‐端ビオチン化DNAプローブの濃度を1
μg/mlと3μg/mlに変化させるとともに、HC
V RNAフラグメントの濃度も0.0001μg/m
lから10μg/mlまで変化させて測定した。結果を
図3に示す(校正曲線)。DNAプローブの濃度が10
μg/mlよりも大きくなると較正曲線に差がみられな
くなった。標的核酸HCV RNAの測定範囲は10n
g/mlから1μg/mlであった。該標的核酸の測定
可能な最低濃度10ng/mlは、1ウェルあたりの絶
対量として約50 femtomolesに相当する。 実施例4.IL−4 DNAフラグメント測定系に対す
るFVIII DNAフラグメントおよびHCV関連D
NAの交差反応性。
【0029】ストレプトアビジンを10μg/mlの濃
度に0.05M炭酸/重炭酸緩衝液(pH9.6)で調
製し、この200μlをヌンク‐イムノ・モデジュール
・マキシソープ・F8・フレイムド(ヌンク 社製)の
ウェルに分注した後、4℃で一晩保温した。保温後、該
ウェルを洗浄液で洗浄し、その後27mg/mlのブロ
ッキング・リーエイジェント・フォー・イライザ(ベー
リンガー・マンハイム社製)を用い、室温で15分間静
置することによりブロッキングを行なった。ストレプト
アビジンを固相化した該ウェルに、PBSに溶解させた
IL−4のDNA(Ferguson,J.A., e
t al., Nature Biotechnolo
gy 14,1681−1684,1996)に対する
5'−端ビオチン化DNAプローブ(5'−biotin
−T12(連続する12個のチミジン)−CCA ACT
GTT TCC CCC TCT GT−3':配列
番号1)をPBSで1μl/mlの濃度に希釈し、該ウ
ェルに50μlを分注した。分注後、振盪しながら室温
で1時間保温した。これを洗浄液で洗浄後、ここにPB
Sに溶解させた50μlのIL−4 DNAフラグメン
ト(5'−ACA GAG GGG GAA GCA
GTT GG−3'(Ferguson,J.A.,
et al., Nature Biotechnol
ogy,14,1681−1684,1996);配列
番号2)、FVIII DNAフラグメント(5'−G
CC TAG ACC ATT TAA AGC TT
T TA−3'(Gitschier,J., et
al., Nature, 312,326−330,
1984):配列番号4)、HCV related
DNAフラグメント(5'−TGT ACG GTA
AGT GCTGAG AGC ACT CTT CC
A TCT CAT CGA A−3':HCV RN
A(Kato,N., et al., Proc.N
atl.Acad.Sci.USA., 87,952
4−9528,1990)に基づいて作製した。:配列
番号7)を添加し、振盪しながら室温で1時間保温し
た。これを洗浄液で洗浄後、PBSに溶解させた抗一本
鎖DNAマウス抗体(0.5μg/ml:QEDバイオ
サイエンス 社製)50μlを添加し、振盪しながら室
温で1時間保温した。洗浄液で洗浄後、洗浄液に溶解し
たF(ab')2化したHRP標識抗マウスIgGヤギポ
リクローナル抗体(1.8μg/ml:ベーリンガーマ
ンハイム 社製)200μlを添加し、振盪しながら室
温で1時間保温した。洗浄液で洗浄後に、HRP発色基
質100μl(SUMILONペルオキシダーゼ発色用
キットに含まれる:住友ベークライト 社製)を添加
し、遮光下室温で10分間保温した後にさらに反応停止
液(SUMILONペルオキシダーゼ発色用キットに含
まれる:住友ベークライト 社製)100μlを添加
し、492nmにおける吸光度を測定した。本実施例で
は各DNAフラグメントの濃度を、IL−4 DNAフ
ラグメントでは0.01μg/mlから1μg/mlま
で、FVIII DNAフラグメントでは0.1μg/
から30μg/mlまで、HCV related D
NAフラグメントでは0.1μg/mlから30μg/
mlまでそれぞれ変化させて測定した。結果を図4に示
す(校正曲線)。IL−4 DNAフラグメントに対す
る較正曲線は図4に示通りであったが、FVIII D
NAフラグメントとHCV related DNAフ
ラグメントは、IL−4フラグメントのアッセイ系にお
いては30μg/mlの濃度まで交差反応性を示さず、
本方法で作製したアッセイ系の特異性が非常に高いこと
が示される。 実施例5.蛍光色素で標識したFVIII DNAフラ
グメントのアッセイ系:抗一本鎖DNA抗体を用いたア
ッセイ系との比較。
【0030】蛍光測定用マイクロプレート、オパク・ス
トリプウェル(OPAQUE STRIPWELL:コ
ーニング・コースター 社製)へ、ストレプトアビジン
を3μg/mlの濃度で固相化し、さらにここへFVI
II核酸プローブ(5'−biotin−T12(連続す
る12個のチミジン)−TAA AAG CTT TA
A ATG GTC TAG GC−3'(Gitsc
hier,J., et al., Nature,
312,326−330,1984):配列番号3、T
12は含まない:ジーンメッド・バイオテクノロジー社
製)の固相化を実施例2.に示したものと同じ方法で行
なった。このプレートを洗浄液で洗浄後、ここにPBS
に溶解させた3'−端を蛍光色素FITCで標識した5
0μlのFVIII DNAフラグメント(5'−GC
C TAG ACC ATT TAA AGC TTT
TA−FITC−3'(Gitschier,J.,
et al., Nature, 312,326−
330,1984):配列番号4)を添加し、振盪しな
がら室温で1時間保温した。これを洗浄液で洗浄後、核
酸プローブと結合したFVIII DNAフラグメント
を標識しているFITCの蛍光を、蛍光プレートリーダ
ー:バイオルミン 960(Biolumin960:
モレキュラー・ダイナミクス 社製)を使用し、励起波
長495nm、蛍光波長519nmで測定した。本実施
例ではFITC標識FVIII DNAフラグメントの
濃度を0.003μg/mlから3μg/mlまで変化
させて検討した。図5にその結果を示す。3μg/ml
における蛍光強度は、0.003μg/mlにおいて得
られた蛍光強度の約4.5倍しかなく、FVIII D
NAフラグメント濃度の増加に伴う充分な蛍光強度の増
加は得られず、この測定系におけるFVIII DNA
フラグメントの正確な測定は不可能であった。
【0031】
【発明の効果】本発明により、操作が容易で自動化が可
能なポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドの定量的
検出法と該定量的検出法に基づくキットが提供される。
【図面の簡単な説明】
【図1】IL−4 DNA fragmentに対する
較正曲線図。
【図2】FVIII DNA fragmentに対す
る較正曲線図。
【図3】HCV DNA fragmentに対する較
正曲線図。
【図4】IL−4 DNA fragment測定系に
おけるIL−4 DNAfragment、FVIII
DNA fragment及びHCV relate
d DNA fragmentに対する較正曲線図。
【図5】蛍光色素(FITC)標識したFVIII D
NA fragmentに対する較正曲線図。
【配列表フリーテキスト】
【配列番号1】ヒトIL−4 DNA検出用核酸プロー
ブ。
【配列番号2】ヒトIL−4 DNA検出用核酸プロー
ブとハイブリダイズするように設計されたDNA。
【配列番号3】ヒトFVIII DNA検出用核酸プロ
ーブ。
【配列番号4】ヒトFVIII DNA検出用核酸プロ
ーブとハイブリダイズするように設計されたDNA。
【配列番号5】HCV RNA検出用核酸プローブ。
【配列番号6】HCV RNA検出用核酸プローブとハ
イブリダイズするように設計されたRNA。
【配列番号7】HCV RNA検出用核酸プローブとハ
イブリダイズするように設計されたDNA。
【配列表】 SEQUENCE LISTING <110> Sankyo Company, Limited <120> Methods of the quantitative determination of nucleic acids and kits therefor. <130> 98101SW <140> <141> <150> JP HEI 9-244208 <151> 1997-09-09 <160> 7 <170> PatentIn Ver. 2.0 <210> 1 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:A probe which hybridizes to a DNA encoding human interleukin-4. <400> 1 ccaactgttt ccccctctgt 20 <210> 2 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: A designed DNA which hybridizes to a probe which hybridizes to a DNA encoding human interleukin-4. <400> 2 acagaggggg aagcagttgg 20 <210> 3 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:A probe which hybridizes to a DNA encoding human blood coagulation factor VIII. <400> 3 taaaagcttt aaatggtcta ggc 23 <210> 4 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:A designed DNA which hybridizes to a probe which hybridizes a DNA encoding human blood coagulation factor VIII. <400> 4 gcctagacca tttaaagctt tta 23 <210> 5 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:A probe which hybridizes to an RNA encoding hepatitis C virus. <400> 5 cacgactctc gtgagaaggt agagtagctt 30 <210> 6 <211> 30 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:A designed RNA which hybridizes to a probe which hybridizes to an RNA encoding hepatitis C virus. <400> 6 aagcuacucu accuucucac gagagucgug 30 <210> 7 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:A designed DNA which hybridizes to a probe which hybridizes to an RNA encoding hepatitis C virus. <400> 7 tgtacggtaa gtgctgagag cactcttcca tctcatcgaa 40
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.6 識別記号 FI G01N 33/53 G01N 33/543 501A 33/543 501 C12N 15/00 ZNAA

Claims (8)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】以下の工程から成る、特定ヌクレオチド配
    列を有する核酸の定量法: 測定対象の特定ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオ
    チド配列を有する核酸プローブを不溶性支持体に固相化
    する、 被検画分中の核酸を一本鎖化する、 一本鎖化された核酸を固相化核酸プローブとハイブリ
    ダイズさせる、 標的核酸とハイブリダイズしなかった固相化核酸プロ
    ーブと、ヌクレオチド配列非特異的に一本鎖の核酸と結
    合する標識抗一本鎖核酸抗体を結合反応させる、 固相化核酸プローブと結合した標識抗一本鎖核酸抗体
    を定量する。
  2. 【請求項2】以下の工程から成る、特定ヌクレオチド配
    列を有する核酸の定量法: 測定対象の特定ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオ
    チド配列を有する核酸ブローブを不溶性支持体に固相化
    する、 被検画分中の核酸を一本鎖化する、 一本鎖化された核酸を固相化核酸ブローブとハイブリ
    ダイズさせる、 標的核酸とハイブリダイズしなかった固相化核酸ブロ
    ーブと、ヌクレオチド配列非特異的に一本鎖の核酸と結
    合する非標識抗一本鎖核酸抗体を結合反応させる、 固相化核酸プローブと結合した非標識抗一本鎖核酸抗
    体を、これに対する標識二次抗体を用いて定量する。
  3. 【請求項3】以下の工程から成る、特定ヌクレオチド配
    列を有する核酸の定量法: 測定対象の特定ヌクレオチド配列を有する核酸とハイ
    ブリダイズし得る核酸プローブに、結合用試薬Aを結合
    させる、 核酸プローブと結合した結合用試薬Aに結合し得る結
    合用試薬Bを、不溶性支持体に固相化する、 核酸プローブと結合した結合用試薬Aを、固相化した
    結合用試薬Bと結合させる、 被検画分中の核酸を一本鎖化する、 一本鎖化された核酸を、固相化した核酸プローブとハ
    イブリダイズさせる、 標的核酸とハイブリダイズしなかった固相化核酸プロ
    ーブを、ヌクレオチド配列非特異的に一本鎖の核酸と結
    合する標識抗一本鎖核酸抗体と結合反応させる、 固相化核酸プローブと結合した標識抗一本鎖核酸抗体
    を定量する。
  4. 【請求項4】以下の工程から成る、特定ヌクレオチド配
    列を有する核酸の定量法: 測定対象の特定ヌクレオチド配列を有する核酸にハイ
    ブリダイズし得る核酸プローブに、結合用試薬Aを結合
    させる、 核酸プローブと結合した結合用試薬Aに結合し得る結
    合用試薬Bを、不溶性支持体に固相化する、 核酸プローブと結合した結合用試薬Aを、固相化した
    結合用試薬Bと結合させる、 被検画分中の核酸を一本鎖化する、 一本鎖化された核酸を、固相化核酸プローブとハイブ
    リダイズさせる、 標的核酸とハイブリダイズしなかった固定化核酸プロ
    ーブを、ヌクレオチド配列非特異的に一本鎖の核酸と結
    合する非標識抗一本鎖核酸抗体と結合反応させる、 固相化した核酸プローブと結合した非標識抗一本鎖核
    酸抗体を、これに対する標識二次抗体を用いて定量す
    る。
  5. 【請求項5】以下の成分から成る、特定のヌクレオチド
    配列を有する核酸の定量用キット: 特定のヌクレオチド配列を有する被検核酸にハイブリ
    ダイズし得る核酸プローブを固相化した不溶性支持体、 ヌクレオチド配列非特異的に一本鎖の核酸と結合する
    標識抗一本鎖核酸抗体、 標識抗一本鎖核酸抗体検出溶液、 ハイブリダイゼーション溶液。
  6. 【請求項6】以下の成分から成る、特定のヌクレオチド
    配列を有する核酸の定量用キット: 特定のヌクレオチド配列を有する被検核酸にハイブリ
    ダイズし得る核酸プローブを固相化した不溶性支持体、 ヌクレオチド配列非特異的に一本鎖の核酸と結合する
    非標識抗一本鎖核酸抗体、 ヌクレオチド配列非特異的に一本鎖の核酸と結合する
    非標識抗一本鎖核酸抗体に対する標識二次抗体、 標識二次抗体検出溶液、 ハイブリダイゼーション溶液。
  7. 【請求項7】以下の成分から成る、特定のヌクレオチド
    配列を有する核酸の定量用キット: 特定のヌクレオチド配列を有する被検核酸にハイブリ
    ダイズし得る核酸プローブと結合する結合用試薬A、 核酸プローブと結合した結合用試薬Aに結合し得る結
    合用試薬Bを固相化した不溶性支持体、 ヌクレオチド配列非特異的に一本鎖の核酸と結合する
    標識抗一本鎖核酸抗体、 標識抗一本鎖核酸抗体検出溶液、 ハイブリダイゼーション溶液。
  8. 【請求項8】以下の成分から成る、特定のヌクレオチド
    配列を有する核酸の定量用キット: 特定のヌクレオチド配列を有する被検核酸にハイブリ
    ダイズし得る核酸プローブと結合する結合用試薬A、 核酸プローブと結合した結合用試薬Aに結合し得る結
    合用試薬Bを固相化した不溶性支持体、 ヌクレオチド配列非特異的に一本鎖の核酸と結合する
    非標識抗一本鎖核酸抗体、 ヌクレオチド配列非特異的に一本鎖の核酸と結合する
    非標識抗一本鎖核酸抗体に対する標識二次抗体、 標識二次抗体検出溶液、 ハイブリダイゼーション溶液。
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Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US8674163B2 (en) 2003-05-29 2014-03-18 Canon Kabushiki Kaisha DNA hybrids and environment cleaning system employing DNA hybrids

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