JPH10512300A - カテプシンkの阻害法 - Google Patents
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Abstract
(57)【要約】
新規なカテプシンK結晶構造が同定されている。さらにこのプロテアーゼの阻害剤を同定する方法およびある種の構造的、物理的および空間的特徴を有する阻害剤を用いてカテプシンKを阻害する方法が開示されている。
Description
【発明の詳細な説明】
カテプシンKの阻害法
発明の分野
本発明は、化合物が酵素の活性部位の特異的残基と相互作用することを可能と
する、ある種の構造的、物理的および空間的特性を有する化合物を投与すること
によりカテプシンKを阻害する方法に関する。本発明の化合物と酵素の活性部位
の間での相互作用はカテプシンKの活性を阻害し、これらの化合物は、骨粗鬆症
および歯周病などの、かかる阻害が必要とされる疾患を治療するのに有用である
。本発明はまた、カテプシンKの新規な結晶構造、この酵素に対する新規な触媒
活性部位の同定および該活性部位の阻害剤の設計および選択を可能とする方法に
関する。
発明の背景
カテプシンKは、システインプロテアーゼのパパインスーパーファミリーであ
る酵素群の構成員である。カテプシンB、H、L、NおよびSは文献に記載され
ている。最近、カテプシンKポリペプチドおよびかかるポリペプチドをコードす
るcDNAが米国特許第5501969号に開示された(その中ではカテプシン
Oと言われている)。カテプシンKは、最近になって、明示され、精製され、か
つ特徴付けられた。Bossard,M.J.ら、(1996)J.Biol.Chem.271、
12517−12524;Drake,F.H.ら、(1996)J.Biol.Chem.27
1、12511−12516;Bromme,D.ら、(1996)J.Biol.Chem.2
71、2126−2132。
カテプシンKは、文献中、カテプシンO、カテプシンXまたはカテプシンO2
と種々命名されている。カテプシンKなる名称がより適切な命名であると考えら
れる(Nomenclature Committee of the International Union of Biochemi
stry and Molecular Biologyにより付与された名称)。
システインプロテアーゼのパパインスーパーファミリーのカテプシンは、ヒト
を含む動物において、蛋白質分解の正常な生理学的プロセス、例えば、結合組織
の分解において機能する。しかしながら、体内でこれらの酵素が高レベルである
ことは、疾患に至る病理学的状況をもたらし得る。かくして、カテプシンは、限
定されるものではないが、ニューモシスチス・カリニ、トリパノソーマ・クルー
ジ、トリパノソーマ・ブルーセイおよびクリチジア・フシクラタによる感染症、
ならびにマラリア住血吸虫症、腫瘍転移、異染性白質萎縮症、筋ジストロフィー
、筋萎縮症などの種々の病態と関連付けられる。国際公開番号WO94/041
72(1994年3月3日公開)およびその中に記載されている参考文献を参照
のこと。また、欧州特許出願EP0603873A1およびその中に記載されて
いる参考文献を参照のこと。ギンギパインと称されるピー・ギンギバルリス由来
の2種の細菌性システインプロテアーゼが、歯肉炎の病原と関係付けられている
。Potempa,J.ら、(1994)Perspectives in Drug Discovery and Desig
n,2,445−458。
カテプシンKは過度の骨または軟骨喪失の疾患の原因となると考えられる。骨
はヒドロキシアパタイトの紡錘または平面形結晶が組み込まれている蛋白質マト
リックスで構成されている。I型コラーゲンは、約90%の構造蛋白質を含有し
てなる骨の主たる構造蛋白質である。マトリックスの残りの10%が、オステオ
カルチン、プロテオグリカンス、オステオポンチン、オステオネクチン、トロン
ボスポンジン、フィブロネクチンおよび骨シアロ蛋白質を包含する、多くの非コ
ラーゲン蛋白質からできている。骨格は生涯を通して個々の病巣で改造作用を受
けている。これらの病巣または改造単位は、骨吸収期、つづいて骨置換期からな
るサイクルを受ける。
骨吸収は、造血系統の多核細胞である破骨細胞により行われる。破骨細胞は骨
表面に吸着し、密閉ゾーンを形成し、つづいてその先端(すなわち、再吸収)表
面に襞をとる広範囲の膜を形成する。これは波うち膜におけるプロトンポンプに
より酸性化されている骨表面上に密閉された細胞外区画を造り、その中に破骨細
胞は蛋白質分解酵素を分泌する。その区画の低pHは骨表面でヒドロキシアパタ
イト結晶を溶かし、一方で蛋白質分解酵素が蛋白質マトリックスを消化する。こ
のようにして、吸収窩または窪みが形成される。該サイクルのこの期の終わりに
、破骨細胞は、新たな蛋白質マトリックスを構築し、それはその後に鉱物状とさ
れる。骨粗鬆症およびパジェット病などの数種の病態において、骨吸収と形成の
正常な均衡が壊れ、各サイクルで骨喪失が生じる。最終的に、これにより骨が弱
くなり、小さな衝撃で骨折する危険性が増加する結果となる。
破骨細胞におけるカテプシンKに富む選択的発現は、この酵素が骨吸収に不可
欠であることを強く示唆する。かくして、カテプシンKの選択的阻害は、骨粗鬆
症、歯肉炎および歯周病などの歯肉疾患、パジェット病、悪性疾患の高カルシウ
ム血症、および代謝性骨疾患を包含するが、これに限定されない、過度の骨喪失
の疾患に対して効果的な治療手段を付与する。カテプシンKの高濃度はまた、変
形性関節炎の滑膜の軟骨吸収細胞においても測定される。すなわち、カテプシン
Kの選択的阻害はまた、変形性関節炎およびリウマチ様関節炎を包含するが、こ
れに限定されない、過度の軟骨またはマトリックス分解の疾患の治療に有用であ
る。転移性腫瘍細胞はまた、典型的には、周辺のマトリックスを分解する蛋白質
分解酵素を高濃度で発現する。かくして、カテプシンKの選択的阻害はまた、あ
る種の腫瘍疾患の治療にも有用である。
意外にも、広範囲の、構造的に異なる種類の化合物が、その化合物がカテプシ
ンKの活性部位の特異的残基と相互作用することを可能とする共通の構造的、物
理的および空間的特性を有し、骨吸収の阻害が必要とされる疾患、例えば骨粗鬆
症および歯周病の治療に有用であることが見いだされた。したがって、本発明は
以下の特性を有する化合物を用いるカテプシンKの阻害方法に関する。
発明の要約
一の態様において、本発明は、化合物がカテプシンKの活性部位の特異的残基
と相互作用することを可能とする、ある種の構造的、物理的かつ空間的特性を有
する化合物を投与することによりカテプシンKを阻害する方法を提供する。この
相互作用はカテプシンKの活性を阻害し、かくして骨吸収が要因である疾患を治
療する。
別の態様において、本発明は結晶形の新規なシステインプロテアーゼを提供す
る。
もう一つ別のの態様において、本発明は、表XXIXに列挙されたアミノ酸残基
の原子により形成される三次元触媒部位により特徴付けられる新規なプロテアー
ゼ構造物を提供する。
さらにもう一つ別の態様において、本発明は前記した構造物の阻害剤の識別方
法であって、本発明のプロテアーゼ構造をコンピューターで処理されたモデルシ
ステムに整合させ;その構造に結合するであろう化合物を識別し;そしてカテプ
シンK阻害生物活性について識別された化合物またはその化合物由来のアナログ
をスクリーニングする工程からなる方法を提供する。
本発明の他の態様および利点を、以下のその好ましい具体例の詳細な記載にお
いてさらに記載する。
図面の簡単な記載
図1は他のシステインプロテアーゼのアミノ酸配列と一緒に並べられたカテプ
シンKのアミノ酸配列を示す。
図2はカテプシンKの帯状図である。アミノおよびカルボキシル末端はNおよ
びCで示される。図面はプログラムMOLSCRIPT[Kraulis,P.,J.App
l.Crystallogr.,24,946−950(1991)]を用いて作成した。
図3はシステインプロテアーゼの公知阻害剤であるE−64と一緒にしたカテ
プシンKの帯状図である。この図面はプログラムMOLSCRIPTを用いて作
成した。
図4aはカテプシンKの活性部位の説明図である。図4bはカテプシンKの活
性部位の立体図である。簡単にするため、水素原子または水分子は図示していな
い。
図5a−13aはカテプシンKの新規阻害剤と一緒にしたカテプシンKの活性
部位の説明図である。図5b−13bはカテプシンKの新規阻害剤と一緒にした
カテプシンKの活性部位の立体図である。これらの図面は、各阻害剤と、阻害剤
の5Åの範囲内にあるカテプシンKの活性部位の残基のあらゆる原子との相互作
用を描写する。簡単にするため、水素原子または水分子は図示していない。
表Iは本発明のカテプシンK結晶構造の三次元蛋白質座標を提供する。
表II−Xは本発明の特異的阻害剤と一緒にしたカテプシンKのついての三次元
座標を提供する。
表XI−XIXは、蛋白質の5Åの範囲内にあるすべての阻害剤原子について、阻
害剤と蛋白質の原子の間の3つの原子の角度の一覧表を提供する。
表XX−XXVIIIは、蛋白質の5Åの範囲内にあるすべての阻害剤原子につい
て、阻害剤と蛋白質の原子の間の距離の一覧表を提供する。
表XXIXは触媒部位のアミノ酸残基の原子を提供する。
発明の詳細な記載
本発明は新規なシステインプロテアーゼ結晶構造、新規なシステインプロテア
ーゼ活性部位、およびプロテアーゼ阻害剤化合物を識別するためにその結晶形お
よび活性部位を用いる方法を提供する。
特に、本発明は、化合物が特異的残基と相互作用することを可能とするある種
の構造的、物理的および空間的特性を有する化合物を投与することによるカテプ
シンKの阻害方法を提供する。
詳細には、本発明において用いるカテプシンKの阻害剤は、以下の2またはそ
れ以上の領域と相互作用する:
1.チロシン67側鎖;
2.メチオニン68、ロイシン209、アラニン163、アラニン134およ
びチロシン67の一部に由来の原子を並べた疎水性ポケット;
3.グリシン66のアミドにより得られる窒素に結合する水素;
4.システイン25の活性部位の求核原子;
5.グルタミン21、システイン22およびグリシン23残基と相互作用する
主鎖;
6.トリプトファン184の側鎖;および
7.グルタミン143およびアスパラギン161の側鎖原子およびアラニン1
37およびセリン138の主鎖と接触する疎水基。
好ましくは、本発明にて用いるカテプシンKの阻害剤は、活性部位の3または
それ以上の前記した領域と相互作用する。
本発明の方法にて用いる化合物は、親電子的炭素と、その中心が該炭素から5
.44−6.94Åの距離にある疎水基またはその中心が該炭素から9.24−1
1.24Åの距離にある芳香族基のいずれか、または疎水基と芳香族基であって
、この場合、これら2つの基の中心が15.67−16.67Å離れている両方の
基を有する。これらの特徴はカテプシンK活性部位と適宜相互作用しうるもので
なければならない。親電子的炭素原子はアミノ酸システイン25上の側鎖硫黄原
子(SG)から1.7−4.0Åの距離になければならない。疎水基は、側鎖原子
の中心と疎水基の中心が適当な距離幅(括弧内)にある以下のアミノ酸の近くに
なけらばならない:チロシン67(4.91−5.91Å)、メチオニン68(5
.74−6.74Å)、アラニン134(4.15−5.15Å)、ロイシン160
(6.18−7.18Å)およびロイシン209(5.71−6.71Å)。芳香族
基はトリプトファン184(4.10−7.10Å)またはトリプトファン188
(4.10−7.10Å)のいずれかまたはその両方の近くになけらばならない。
本発明の阻害剤の鍵となる構造的特徴は、親電子的炭素、好ましくはカルボニ
ル基の炭素、疎水基、好ましくはイソブチル基、および芳香族基、好ましくはフ
ェニル基を有することである。阻害剤の疎水性炭素は、2個のイソブチル基のよ
うな2個の疎水基と、または2個のフェニル基のような2個の芳香族基と、また
は1個の疎水基および1個の芳香族基と一緒に同じ化合物中にあってもよい。
適当には、本発明のカテプシンKを阻害する方法は、カテプシンKの阻害を必
要とする哺乳動物、好ましくはヒトに、空間的にカテプシンKの活性部位に適合
する、以下の2またはそれ以上の基を含有してなる、化合物を投与することから
なる:
(i)システイン25の側鎖硫黄原子に結合する親電子炭素原子(ここに、該
親電子炭素原子は該硫黄原子から1.7−4.0Åの距離にある);
(ii)トリプトファン184と相互作用する疎水基(ここに、該疎水基の中心
とトリプトファン184の側鎖原子の中心の間の距離は4.10−7.10Åであ
る);
(iii)チロシン67、メチオニン68、アラニン134、ロイシン160お
よびロイシン209と相互作用し、疎水性ポケットを形成し、該疎水基の中心と
該疎水性ポケットのアミノ酸残基の側鎖原子の中心の間で一定の距離幅を有し、
それがチロシン67:4.91−5.91Å、メチオニン68:5.74−6.74
Å、アラニン134:4.15−5.15Å、ロイシン160:6.18−7.18
Åおよびロイシン209:5.71−6.71Åである疎水基;
(iv)チロシン67と相互作用する疎水基(ここに、該疎水基の中心とチロシ
ン67の側鎖原子の中心の間の距離は4.10−7.10Åである);
(v)グリシン66のアミドの窒素により得られる水素原子と相互作用する、
7未満のpKaを有するアミノ基または酸素原子(ここに、これら2個の原子の
間の距離は2.7−3.5Åである);
(vi)グルタミン21、システイン22およびグリシン23の主鎖原子と相互
作用する疎水基(ここに、該疎水基の中心とグルタミン21、システイン22お
よびグリシン23の中心の間の距離は、各々、3.7−5.4、4.9−5.7およ
び5.4−6.7Åである);または
(vii)グルタミン143およびアスパラギン161の側鎖原子およびアラニ
ン137およびセリン138の主鎖と相互作用する疎水基(ここに、疎水基の中
心とグルタミン143、アスパラギン161、アラニン137およびセリン13
8の中心の間の距離は、各々、7.9−9.6Å、4.7−5.4Å、4.2−5.5
Åおよび4.6−6.4Åである)。
好ましくは、本発明で用いるカテプシンKの阻害剤は、前記のもの3またはそ
れ以上を有してなる。
適当には、本発明のカテプシンKの阻害法は、それを必要とする哺乳動物、好
ましくはヒトに、カテプシンKの活性部位に空間的に適合する、以下の基を有し
てなる、化合物を投与することからなる:
(i)システイン25の側鎖硫黄原子に結合する親電子炭素原子(ここに、該
親電子炭素原子は該硫黄原子から1.7−4.0Åの距離にある);および
(ii)トリプトファン184と相互作用する疎水基(ここに、該疎水基の中心
とトリプトファン184の側鎖原子の中心の距離は4.10−7.10Åである)
。好ましくは、トリプトファン184と相互作用する該疎水基は芳香族基であり
、この芳香族基の中心はシステイン25の側鎖硫黄原子に結合する親電子炭素の
中心から9.24−11.24Åの距離にある。
好ましくは、システイン25の側鎖硫黄原子に結合する親電子炭素はカルボニ
ル炭素である。
適当には、本発明の方法は、
中心が親電子炭素から5.44−6.94Åの距離にあり;
チロシン67、メチオニン68、アラニン134、ロイシン160およびロイ
シン209と相互作用し、疎水性ポケットを形成し;および
疎水基の中心と該疎水性ポケットのアミノ酸残基の側鎖原子の中心の間で、チ
ロシン67:4.91−5.91Å、メチオニン68:5.74−6.74Å、アラ
ニン134:4.15−5.15Å、ロイシン160:6.18−7.18Åおよび
ロイシン209:5.71−6.71Åの距離幅を有する
疎水基を含む化合物からなる。好ましくは、この疎水基はイソブチル基である。
また、本発明の方法は、さらに、疎水基の中心とチロシン67の側鎖原子の中
心の距離が4.10−7.10Åである、チロシン67と相互作用する疎水基を有
する化合物からなる。好ましくは、この疎水基は芳香族基である。
別法として、本発明の方法は、さらに、7未満のpKaを有するアミノ基また
は酸素原子を有する化合物からなり、その各々がグリシン66のアミド窒素によ
り付与される水素原子と相互作用する(これら2個の原子の距離は2.7−3.5
Åである)。好ましくは、該化合物は、カルボニル基の酸素原子またはヒドロキ
シル基の酸素原子などの酸素原子を含有してなる。
あるいは、本発明の方法は、さらに、グルタミン21、システイン22および
クリシン23の主鎖原子と相互作用する疎水基を有する化合物であって、その疎
水基の中心とグルタミン21、システイン22およびグリシン23の中心の間の
距離は、各々、3.7−5.4、4.9−5.7および5.4−6.7Åである化合物
からなる。好ましくは、この疎水基はイソブチル基である。
また、本発明の方法は、さらに、グルタミン143およびアスパラギン161
の側鎖原子と、アラニン137およびセリン138の主鎖と相互作用する疎水基
を有する化合物であって、その疎水基の中心とグルタミン143、アスパラギン
161、アラニン137およびセリン138の中心の間の距離が、各々、7.9
−9.6Å、4.7−5.4Å、4.2−5.5Åおよび4.6−6.4Åである化合
物からなる。
本発明の方法にて用いる化合物は、限定するものではないが、以下のもの:
3(S)−3[(N−ベンジルオキシカルボニル)−L−ロイシル]アミノ−
5−メチル−1−(1−プロポキシ)−2−ヘキサノン;
4−[N−[(4−ピリジルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−1−
[N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−3−ピロリジノ
ン;
4−[N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−1−N−
[N−(メチル)−L−ロイシル]−3−ピロリジノン;
4−[N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−1−[N
−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−3−ピロリジノン;
ビス−(Cbz−ロイシニル)−1,3−ジアミノプロパン−2−オン;
2−[N−(3−ベンジルオキシベンゾイル)]−2'−[N'−(N−ベンジ
ルオキシカルボニル−L−ロイシニル)]カルボヒドラジド;
(1S)−N−[2−[(1−ベンジルオキシカルボニルアミノ)−3−メチ
ルベンジル]チアゾール−4−イルカルボニル]−N'−(N−ベンジルオキシ
カルボニル−L−ロイシニル)ヒドラジド;
1−N−(N−イミダゾール アセチル−ロイシニル)−アミノ−3−N−(
4−フェノキシ−フェニル−スルホニル)−アミノ−プロパン−2−オン;およ
び
2,2'−N,N'−ビス−ベンジルオキシカルボニル−L−ロイシニルカルボヒ
ドラジド;
またはその医薬上許容される塩を包含する。
本明細書に記載するように、システイン25の側鎖硫黄原子での阻害剤の相互
作用は、阻害剤が「親電子炭素」原子を含有することが要求される。この語は電
子不足炭素を意味する。この語は、限定するものではないが、カルボニル炭素原
子を包含する。この語はまた、エポキシド、チオカルボニル、イミンおよびニト
リルを包含する。適当には、この語は、式:−C=N−X(式中、Xは所望によ
り環のCに結合していてもよく、またはXはCH2、H、O、SまたはNRa(こ
こに、RaはC1-4アルキルのHである)で表すことができる。
トリプトファン184またはチロシン67と相互作用する疎水基は、限定され
るものではないが、芳香族基を包含する。これらの疎水基は、後記する、フェニ
ル、C1-6アルキルおよびヘテロアリールを包含する。チロシン67、メチオニ
ン68、アラニン134、ロイシン160およびロイシン209に由来の原子で
ラインを形成する疎水性ポケットと相互作用する疎水基は、イソブチルだけでな
く、C1-6アルキル、C3-6シクロアルキルおよびアダマンチルを包含する。グル
タミン21、システイン22およびグリシン23の主鎖原子またはグルタミン1
43およびアスパラギン161の側鎖原子およびアラニン137およびセリン1
38の主鎖と相互作用する疎水基は、C1-10アルキル、CbF2b+1(ここに、b
は1〜3である)、アリールまたはヘテロアリール(その各々は後記と同意義で
ある)を包含する。
本明細書にて用いる場合、「中心」なる語は、中心のX座標を得るためにその
原子のX座標を平均し、中心のy座標を得るために原子のy座標を平均し、およ
び中心のz座標を得るために原子のz座標を平均することで算定した所定の原子
の位置を意味する。
本発明の方法にて用いる化合物は、限定するものではないが、式(I):
[式中、
Dは、
であり;
Qは、
であり;
ここに、
Aは、不在、
であり;
Bは、
であり;
LはC2-6アルキル、Ar-C0-6アルキル、Het-C0-6アルキル、CH(R66)N
R60R68、CH(R66)Ar、CH(R66)OAr'、NR66R67であり;
MはC(O)、SO2であり;
Gは、
であり;
JはC(O)、SO2であり;
TはAr、Hetであり;
VはC3-7シクロアルキルであり;
WはH、-CN、-CF3、-NO2、-COR7、-CO2R6、-CONHR6、-S
O2NHR6、-NHSO2R6、-NHCOR7、-OCOR6、-SR6、NR'R6、
NR'(C=NH)NHR5、Cl、Br、I、Fであり;
X、YまたはZはN、O、SまたはCR4である;
ただし、X、YおよびZのうち少なくとも2つはヘテロ原子であって、X、Y
およびZのうち少なくとも1つはNであるか、またはX、YおよびZのうち少な
くとも1つはC=N、C=CまたはN=Nであって、他の2つはCR4またはN
である;ただし、X、YおよびZは合わせて少なくとも2個のNからなる;
・・・・は、5員複素環における単結合または二重結合を意味し;
mは0、1または2であり;
nは1ないし6であり;
fは0、1または2であり;
Arは1またはそれ以上のPh-C0-6アルキル、Het-C0-6アルキル、C1-6ア
ルコキシ、Ph-C0-6アルコキシ、Het-C0-6アルコキシ、OH、(CH2)1-6N
R58R59またはO(CH2)1-6NR58R59で置換されていてもよいフェニルまたは
ナフチルであり;
Ar'は1またはそれ以上のPh-C0-6アルキル、Het-C0-6アルキル、C1-6ア
ルコキシ、Ph-C0-6アルコキシ、Het-C0-6アルコキシ、OH、(CH2)1-6N
R58R59、O(CH2)1-6NR58R59またはハロゲンで置換されていてもよいフェ
ニルまたはナフチルであり;
R'はH、C1-6アルキル、Ar-C0-6アルキル、Het-C0-6アルキルであり;
R1はH、C1-6アルキルであり;
R2はC4-6アルキル、C4-6アルケニル、ベンジルであり;
R3はC1-6アルキル、Ar-C0-6アルキル、Het-C0-6アルキル、R5CO-、
R5SO2-、R5OC(O)-、R5NHCO-であり;
R4はH、C1-6アルキル、Ar-C0-6アルキル、Het-C0-6アルキルであり;
R5はAr-C0-6アルキル、Het-C0-6アルキルであり;
R6はH、C1-6アルキル、CH2CF3、Ar-C0-6アルキル、Het-C0-6アル
キルであり;
R7はC1-6アルキル、Ar-C0-6アルキル、Het-C0-6アルキルであり;
R8はH、C2-6アルケニル、C2-6アルキニル、Het、ArまたはC1-6アルキ
ルであり、所望により、OR'、SR'、NR'2、CO2R'、CO2NR'2、N(C
=NH)NH2、HetまたはArで置換されていてもよく;
R9はH、C1-6アルキル、Ar-C0-6アルキル、Het-C0-6アルキルであり;
R10はC1-6アルキル、Ar-C0-6アルキル、Het-C0-6アルキルであり;
R11はH、C1-6アルキル、Ar-C1-6アルキル、Het-C0-6アルキルまたは
R12はH、C1-6アルキル、Ar-C0-6アルキル、Het-C0-6アルキルであり;
R13はH、C1-6アルキル、Ar-C0-6アルキル、Het-C0-6アルキルであり;
R15はH、C1-6アルキル、C2-6アルケニル、C2-6アルキニル、Ar、Hetま
たはOR9、NR9 2、CONR9 2、N(C=NH)NH-、HetまたはArで置換さ
れていてもよいC1-6アルキルであり;
R16はC2-6アルキル、C2-6アルケニル、C2-6アルキニル、Ar、Hetまたは
OR9、SR9、NR2 9、CO2R9、CONR9 2、N(C=NH)NH-、Hetまた
はArで置換されていてもよいC2-6アルキルであり;
R19はH、C1-6アルキル、C2-6アルケニル、C2-6アルキニル、Ar、Hetま
たはOR9、SR9、NR9 2、CO2R9、CONR9 2、N(C=NH)NH-、Het
またはArで置換されていてもよいC1-6アルキルであり;
R17またはR72はH、C1-6アルキル、R10、R10C(O)-、R10C(S)-、R1 0
OC(O)-であり;
R21またはR26はC5-6アルキル、C2-6アルケニル、C3-11シクロアルキル、
T-C3-6アルキル、V-C1-6アルキル、T-C2-6アルケニル、T-(CH2)nCH(
T)(CH2)nであり、所望により1または2個のハロゲン、SR20、OR20、N
R20R27またはC1-4アルキルで置換されていてもよく;
R27はR28CO、R28OCOであり;
R28はC1-6アルキル、C3-11シクロアルキル、Ar、Het、T-C1-6アルキル
、T-(CH2)nCH(T)(CH2)nであり、所望により1または2個のハロゲン、
SR20、OR20、NR20R73またはC1-6アルキルで置換されていてもよく;
R20、R22、R23、R24、R25またはR73はH、C1-4アルキル、Ar-C0-6ア
ルキル、Het-C0-6アルキルであり;
R29は
Cbz-ロイシニル-、2-、3-または4-ピリジルメチルオキシカルボニルロイシ
ニル-;4-イミダゾールアセチル-ロイシニル-、フェニルアセチル-ロイシニル-
、N,N-ジメチル-グリシニルロイシニル、4-ピリジルアセチル-ロイシニル-、
2-ピリジルスルホニル-ロイシニル-、4-ピリジルカルボニル-ロイシニル、ア
セチル-ロイシニル、ベンゾイル-ロイシニル、4-フェノキシ-ベンゾイル-、2-
または3-ベンジルオキシベンゾイル-、ビフェニルアセチル、アルファ-イソブ
チル-ビフェニルアセチル、Cbz-フェニルアラニニル、Cbz-ノルロイシニル-、
Cbz-ノルバリニル-、Cbz-グルタミル-、Cbz-イプシロン-(t-ブチルエステル
)-グルタミル、アセチル-ロイシニル-、6-または8-キノリンカルボニル、ビフ
ェニルアセチル、アルファ-イソブチル-ビフェニルアセチル、アセチル、ベンゾ
イル、2-または3-ベンジルオキシベンゾイル、4-フェノキシベンゾイル-、C
bz
-アミノ酸、2-、3-または4-ピリジルメチルオキシカルボニル-アミノ酸-、ア
リールC0-C6アルキルオキシカルボニル-アミノ酸-、ヘテロアリールC0−C6
アルキルオキシカルボニル-アミノ酸-、アリールC0−C6アルキルオキシカルボ
ニル-アミノ酸-、ヘテロアリールC0−C6アルキルオキシカルボニル-アミノ酸-
、C1-6アルキルオキシカルボニル-アミノ酸-、C1−C6アルキルカルボニル、
アリールC0−C6アルキルカルボニル、ヘテロアリールC0−C6アルキルカルボ
ニル、アリールC0−C6アルキルカルボニル、ヘテロアリールC0−C6アルキル
カルボニル、C1−C6アルキルスルホニル、アリールC0−C6アルキルスルホニ
ル、ヘテロアリールC0−C6アルキルスルホニル、アリールC0−C6アルキルス
ルホニル、ヘテロアリールC0−C6アルキルスルホニルであり;
R30はH、C1-6アルキルであり;
R31は
Cbz-ロイシニル-、2-、3-または4-ピリジルメチルオキシカルボニル-ロイシ
ニル-;4-イミダゾールアセチル-ロイシニル-、フェニルアセチル-ロイシニル-
、N,N-ジメチル-グリシニルロイシニル、4-ピリジルアセチル-ロイシニル-、
2-ピリジルスルホニル-ロイシニル-、4-ピリジルカルボニル-ロイシニル、ア
セチル-ロイシニル、ベンゾイル-ロイシニル、4-フェノキシ-ベンゾイル-、2-
または3-ベンジルオキシベンゾイル-、ビフェニルアセチル、アルファ-イソブ
チル-ビフェニルアセチル、Cbz-フェニルアラニニル、Cbz-ノルロイシニル-、
Cbz-ノルバリニル-、Cbz-グルタミル-、Cbz-イプシロン-(t-ブチルエステル
)-グルタミル、アセチル-ロイシニル-、6-または8-キノリンカルボニル、ビフ
ェニルアセチル、アルファ-イソブチル-ビフェニルアセチル、アセチル、ベンゾ
イル、2-または3-ベンジルオキシベンゾイル、4-フェノキシベンゾイル-、C
bz-アミノ酸、2-、3-または4-ピリジルメチルオキシカルボニル-アミノ酸-、
アリールC0-C6アルキルオキシカルボニル-アミノ酸-、ヘテロアリールC0−C6
アルキルオキシカルボニル-アミノ酸-、アリールC0−C6アルキルオキシカル
ボニル-アミノ酸-、ヘテロアリールC0−C6アルキルオキシカルボニル-アミノ
酸-、C1-6アルキルオキシカルボニル-アミノ酸-、C1−C6アルキルカルボニル
、アリールC0−C6アルキルカルボニル、ヘテロアリールC0−C6アルキルカル
ボニル、アリールC0−C6アルキルカルボニル、ヘテロアリールC0−C6アルキ
ルカルボニル、C1−C6アルキルスルホニル、アリールC0−C6アルキルスルホ
ニル、ヘテロアリールC0−C6アルキルスルホニル、アリールC0−C6アルキル
スルホニル、ヘテロアリールC0−C6アルキルスルホニルであり;
R32はOCH2Ar、OCH2C1-6アルキル、アリール置換C0-6アルキル、ヘ
テロアリール置換C0-6アルキル、4-イミダゾールメチレン、2-、3-または4
-ピリジルメチレンオキシ、4-ピリジルメチレン、2-ピリジルスルホニル、4-
ピリジル、アリール置換C0-6アルキルオキシ、ヘテロアリール置換C0-6アルキ
ルオキシであり;
R33はC1-6アルキル、-CH2Ph、-CH2CH2CO2R34であり;
R34はH、C1-6アルキルであり;
R35はAr、HetArであり;
R36はアリール、ヘテロアリール、ピリジル、イソキノリニル;
R37はC1-6アルキル、-CH2Ph、-CH2CH2CO2R34であり;
R38はCbz、C1-6アルキルまたはアリール置換Cbz、C1-6アルキル-CO、
ベンゾイル、C1-6アルキルまたはアリール置換ベンゾイルであり;
R39は
Cbz-ロイシニル-、2-、3-または4-ピリジルメチルオキシカルボニル-ロイシ
ニル-;4-イミダゾールアセチル-ロイシニル-、フェニルアセチル-ロイシニル-
、N,N-ジメチル-グリシニルロイシニル、4-ピリジルアセチル-ロイシニル-、
2-ピリジルスルホニル-ロイシニル-、4-ピリジルカルボニル-ロイシニル、ア
セチル-ロイシニル、ベンゾイル-ロイシニル、4-フェノキシ-ベンゾイル-、2-
または3-ベンジルオキシベンゾイル-、ビフェニルアセチル、アルファ-イソブ
チ
ル-ビフェニルアセチル、Cbz-フェニルアラニニル、Cbz-ノルロイシニル-、C
bz-ノルバリニル-、Cbz-グルタミル-、Cbz-イプシロン-(t-ブチルエステル)-
グルタミル、アセチル-ロイシニル-、6-または8-キノリンカルボニル、ビフェ
ニルアセチル、アルファ-イソブチル-ビフェニルアセチル、アセチル、ベンゾイ
ル、2-または3-ベンジルオキシベンゾイル、4-フェノキシベンゾイル-、Cbz
-アミノ酸、2-、3-または4-ピリジルメチルオキシカルボニル-アミノ酸-、ア
リールC0-C6アルキルオキシカルボニル-アミノ酸-、ヘテロアリールC0−C6
アルキルオキシカルボニル-アミノ酸-、アリールC0−C6アルキルオキシカルボ
ニル-アミノ酸-、ヘテロアリールC0−C6アルキルオキシカルボニル-アミノ酸-
、C1-6アルキルオキシカルボニル-アミノ酸-、C1−C6アルキルカルボニル、
アリールC0−C6アルキルカルボニル、ヘテロアリールC0−C6アルキルカルボ
ニル、アリールC0−C6アルキルカルボニル、ヘテロアリールC0−C6アルキル
カルボニル、C1−C6アルキルスルホニル、アリールC0−C6アルキルスルホニ
ル、ヘテロアリールC0−C6アルキルスルホニル、アリールC0−C6アルキルス
ルホニル、ヘテロアリールC0−C6アルキルスルホニルであり;
R40はHまたはC1-6アルキルであり;
R41はHまたはC1-6アルキルであり;
R42はC1-6アルキル、アリール置換C1-6アルキルまたはヘテロアリール置換
C1-6アルキルであり、R43がC1-6アルキル、アリール置換C1-6アルキルまた
はヘテロアリール置換C1-6アルキルである場合、Hであり;
R43はC1-6アルキル、アリール置換C1-6アルキルまたはヘテロアリール置換
C1-6アルキルであり、R42がC1-6アルキル、アリール置換C1-6アルキルまた
はヘテロアリール置換C1-6アルキルである場合、Hであり;
R44はCH(R53)NR45R54、CH(R55)Ar、C5-6アルキルであり;
R45、R46、R47、R48、R49、R50またはR51はH、C1-6アルキル、Ar-
C0-6アルキル、Het-C0-6アルキルであり;
R52はAr、Het、CH(R56)Ar、CH(R56)OAr、N(R56)Ar、C1-6ア
ルキル、CH(R56)NR46R57であり;
R53はC2-6アルキル、Ar-C0-6アルキル、Het-C0-6アルキルであるか、ま
たはR53とR45が結合してピロリジンまたはピペリジン環を形成してもよく;
R54またはR57はR47、R47C(O)、R47C(S)、R47OC(O)であり;
R55、R56、R58またはR59はH、C1-6アルキル、Ar-C0-6アルキル、Het
-C0-6アルキルであり;
R60、R61、R62、R63またはR64はH、C1-6アルキル、Ar-C0-6アルキル
またはHet-C0-6アルキルであり;
R65はC1-6アルキル、Ar、Het、CH(R69)Ar、CH(R69)OAr、N(R6 9
)Ar、CH(R69)NR61R70であり;
R66、R69またはR71はH、C1-6アルキル、(CH2)0-6-C3-6シクロアルキ
ル、Ar-C0-6アルキル、Het-C0-6アルキルであり;
R67はC1-6アルキル、(CH2)0-6-C3-6シクロアルキル、Ar-C0-6アルキル
、Het-C0-6アルキルであるか、またはR66およびR67が結合して3〜7員の単
環式または7〜10員の二環式炭素環または複素環式環を形成し、それらは所望
により1ないし4個のC1-6アルキル、Ph-C0-6アルキル、Het-C0-6アルキル
、C1-6アルコキシ、Ph-C0-6アルコキシ、Het-C0-6アルコキシ、OH、(C
H2)1-6NR58R59、O(CH2)1-6NR58R59で置換されていてもよく;
R68またはR70はR62、R62C(O)、R62C(S)、R62OC(O)、R62OC(
O)NR59CH(R71)(CO)を意味する]
で示される化合物またはその医薬上許容される塩を包含する。
式Iの化合物は、プロテアーゼ基質、特にカテプシンK基質に要求される共通
の鍵となる構造的特徴を有するヒドラジジル、ビスヒドラジジルおよびビスアミ
ノメチルカルボニル化合物である。これらの構造的特徴は本発明の化合物に酵素
活性部位に適合し、かかる活性部位に結合するために必要な適当な分子形状を付
与し、それによって該部位を遮断し、酵素生物学的活性を阻害することとなる。
式Iに関して、かかる構造的特徴は、中心性親電子カルボニルを、その中心性カ
ルボニルのいずれかの側にペプチジルまたはペプチド模倣分子骨格を、そのカル
ボニルの片または両側の骨格に末端カルボベンジルオキシ基(例えば、Cbz-ロ
イシニル)またはその類似基を、所望によりそのカルボニルの片側または両側に
その骨格から伸びるイソブチル側鎖を有してもよいことである。
ペプチドおよび化学の分野にて一般に用いられる略語および符号を本明細書に
おいて用い、本発明の化合物を記載する。一般に、アミノ酸略語は、Eur.J.B
iochem.,158,9(1984)に記載されている生化学命名法のIUPAC−
IUB Joint Commissionに従う。本明細書にて用いる「アミノ酸」なる語は
、アラニン、アルギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、システイン、グルタ
ミン、グルタミン酸、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシン、リシン
、メチオニン、フェニルアラニン、プロリン、セリン、トレオニン、トリプトフ
ァン、チロシンおよびバリンのD−またはL−異性体をいう。
本明細書にて用いる「C1-6アルキル」は、置換または置換されていないメチ
ル、エチル、n−プロピル、イソプロピル、n−ブチル、イソブチルおよびt−
ブチル、ペンチル、n−ペンチル、イソペンチル、ネオペンチルおよびヘキシル
およびその単純な脂肪族異性体を包含する。いずれのC1-6アルキル基も、独立
して、1または2個のハロゲン、SR'、OR'、N(R')2、C(O)N(R')2、カ
ルバミルまたはC1-4アルキル(R'はC1-6アルキル)で置換されていてもよい
。C0アルキルはその部分にアルキル基が存在しないことを意味する。かくして
、Ar-C0アルキルはArに相当する。
本明細書にて用いる「C3-11シクロアルキル」は、置換または非置換シクロプ
ロパン、シクロブタン、シクロペンタン、シクロヘキサン、シクロヘプタン、シ
クロオクタン、シクロノナン、シクロデカン、シクロウンデカンを包含する。
本明細書にて用いる「C2-6アルケニル」は、一の炭素−炭素単結合が一の炭
素−炭素二重結合で置換されている炭素数2〜6のアルキル基を意味する。C2- 6
アルケニルはエチレン、1−プロペン、2−プロペン、1−ブテン、イソブテ
ンならびに数種のペンテンおよびヘキセン異性体を包含する。シスおよびトラン
ス異性体の両方を含む。
「C2-6アルキニル」は、一の炭素−炭素単結合が一の炭素−炭素三重結合で
置換されている炭素数2〜6のアルキル基を意味する。C2-6アルキニルはアセ
チレン、1−プロピン、2−プロピン、1−ブチン、2−ブチン、3−ブチンな
らびにペンチンおよびヘキシンの簡単な異性体を包含する。
「ハロゲン」はF、Cl、BrまたはIを意味する。
「Ar」または「アリール」は、1またはそれ以上のPh-C0-6アルキル、Het
-C0-6アルキル、C1-6アルコキシ、Ph-C0-6アルコキシ、Het-C0-6アルコキ
シ、OH、(CH2)1-6NR58R59、O(CH2)1-6NR58R59(ここに、R58、R59
はH、C1-6アルキル、Ar-C0-6アルキル、Het-C0-6アルキル、C1-4アル
キルから、OR'、N(R')2、SR'、CF3、NO2、CN、CO2R'、CON(
R')、CON(R')、F、Cl、BrまたはIで置換されていてもよいフェニルま
たはナフチルを意味する。
本明細書にて用いる場合、「Het」または「複素環」は、安定した5ないし7
員の単環または安定した7ないし10員の二環式複素環式環をいい、それは飽和
または不飽和のいずれかであり、炭素原子とN、OおよびSからなる群より選択
される1ないし3個のヘテロ原子とからなり、窒素および硫黄ヘテロ原子は酸化
されていてもよく、窒素原子は第四級化されていてもよく、前記した複素環式環
がベンゼン環に縮合したいずれの二環式環も包含する。複素環式環はいずれかの
ヘテロ原子または炭素原子に結合し、安定した構造を形成し、C1-4アルキル、
OR'、N(R')2、SR'、CF3、NO2、CN、CO2R'、CON(R')、F、
Cl、BrおよびIから選択される1または2個の基で置換されていてもよい(こ
こに、R'はC1-6アルキルである)。このような複素環の例は、ピペリジニル、
ピペラジニル、2−オキソピペラジニル、2−オキソピペリジニル、2−オキソ
ピロロジニル、2−オキソアゼピニル、アゼピニル、ピロリル、4−ピペリドニ
ル、ピロリジニル、ピラゾリル、ピラゾリジニル、イミダゾリル、ピリジル、ピ
ラジニル、オキサゾリジニル、オキサゾリニル、オキサゾリル、イソキサゾリル
、モルホリニル、チアゾリジニル、チアゾリニル、チアゾリル、キヌクリジニル
、インドリル、キノリニル、イソキノリニル、ベンズイミダゾリル、ベンゾピラ
ニル、ベンゾオキサゾリル、フリル、ピラニル、テトラヒドロフリル、テトラヒ
ドロピラニル、チエニル、ベンゾオキサゾリル、チアモルホリニルスルホキシド
、
チアモルホリニルスルホンおよびオキサジアゾリルを包含する。
「HetAr」または「ヘテロアリール」は、芳香族の性質を有するHetの前記
した定義により含まれるいずれの複素環基、例えばピリジンを意味する。
しているチアゾール、オキサゾール、トリアゾール、チアジアゾール、オキサジ
アゾール、イソキサゾール、イソチアゾール、イミダゾール、ピラジン、ピリダ
ジン、ピリミジン、トリアジンおよびテトラジンを包含する。かかる複素環にお
ける単結合および二重結合(すなわち、・・・・)は、該複素環が芳香族性(例えば
、ヘテロアリール基である)ように存在するヘテロ原子を基礎として配置される
。本明細書に用いられるヘテロ原子なる語は酸素、窒素および硫黄をいう。ヘテ
ロアリール基が5員環を構成する場合、Wは、好ましくは、電子求引基、例えば
ハロゲン、-CN、-CF3、-NO2、-COR7、-CO2R6、-CONHR6、-S
O2NHR6、-NHSO2R6、-NHCOR7、-O-COR6、-SR6または-NR'
R6あるいは当該分野において公知の類似する電子求引置換基である。
本明細書において、ある基を略記する。t-Buはターシャルブチル基をいい、
Bocはt-ブチルオキシカルボニル基をいい、Fmocはフルオレニルメトキシカル
ボニル基をいい、Phはフェニル基をいい、Cbzはベンジルオキシカルボニル基
をいう。
本明細書においては、ある試薬を略記する。DCCはジシクロヘキシルカルボ
ジイミドをいい、DMAPは2,6−ジメチルアミノピリジンであり、EDCは
N−エチル−N'−(ジメチルアミノプロピル)カルボジイミドをいう。HOB
Tは1−ヒドロキシベンゾトリアゾールをいい、DMFはジメチルホルムアミド
をいい、BOPはベンゾトリアゾール−1−イルオキシ−トリス(ジメチルアミ
ノ)ホスホニウムヘキサフルオロホスフェートをいい、DMAPはジメチルアミ
ノピリジンであり、ローソン(Lawesson)試薬は2,4−ビス(4−メトキシフ
ェニル)−1,3−ジチア−2,4−ジホスフェタン−2,4−ジスルフィドであ
り、NMMはN−メチルモルホリンであり、TFAはトリフルオロ酢酸をいい、
TF
AAはトリフルオロ酢酸無水物をいい、THFはテトラヒドロフランをいう。ジ
ョーンズ試薬は、当業者に周知の三酸化クロム、水および硫酸の溶液である。
式(I)の化合物は、スキーム1−25に詳説した方法にしたがって製造され
る。
もう1つの態様において、本発明は、本明細書の表I中の位置により定義され
る結晶形態の新規プロテアーゼを提供する。
さらにもう1つの態様において、本発明は、本明細書の表XXIXに掲載され
たアミノ酸残基の原子により形成される3次元触媒部位によって特徴づけられる
新規プロテアーゼ構成物を提供する。
本発明プロテアーゼの3次元(3D)構造により、ヒト・カテプシンKが他の
既知システインプロテイナーゼのパパインファミリーに対して非常に相同的であ
ることが明らかとなる。カテプシン−Kは、活性部位の裂け目により分割された
2個のサブドメインに折り畳まれており、それはシステインプロテアーゼのパパ
インファミリーの特徴である。カテプシンKの全体の折り畳みはパパインおよび
アクチニジンのものと非常に類似している。パパインと比較すると、カテプシン
Kの残基アラニン79における1個のさらなる残基の挿入が存在する。この挿入
は、カテプシンKの残基メチオニン68−リジン77により形成されるヘリック
スのカルボキシ末端におけるターンに容易に適応する。パパインと比較すると、
カテプシンK表面の残基アスパラギン99からリジン103までの骨格原子に関
するコンホーメーションの相違が存在する。カテプシンKとパパインとの間の他
の骨格コンホーメーションの相違は:ループ残基126〜127における2個の
残基の挿入、残基アスパラギン酸における2この残基の挿入、グルタミン172
における4個の残基の挿入および残基リジン200周辺のループのコンホーメー
ションにおける相違である。ヒト・カテプシンKとヒト・カテプシンBとの間に
はより多くの相違が存在するが、これら2つの酵素間の2次構造はよく保存され
ている。
システインプロテアーゼのパパインスーパーファミリーであるカテプシンK、
カテプシンS、カテプシンL、パパイン、アクチニジン、カテプシンHおよびカ
テプシンBを、それらの間の相同性を示すために並置したものを図1に掲載する
。
本発明によれば、阻害剤不存在下において9個の別個の阻害剤との複合体形態
のヒト・カテプシンKの結晶構造が3.0Åから2.2Åの分解能で決定された。
構造は分子置換法を用いて決定され、阻害剤不存在下におけるリファインされな
かった酵素を除き、0.190〜0.267の範囲の値のRcにリファインされた
。
原子座標のさらなるリファインメントは表I中の数を変化させるであろう。他
の結晶構造からの結晶構造のリファインメントは新たなセットの座標を生じるで
あろうし、別のシステインプロテアーゼの結晶構造の決定もまた表I中の座標に
関する異なるセットの数を生じるであろう(実験誤差は約0.4Å)。さらに例
えば、突然変異の誘発により、あるいは異なる起源の蛋白を用いることにより、
システインプロテアーゼのアミノ酸配列を変化させることができる。
ヒト・カテプシンKは215個のアミノ酸を含み、本明細書記載の酵素のモデ
ルは全215個の残基により示される。
カテプシンK結晶構造により、以前は不明であった活性部位が原子の独特な3
次元配列を含んでなることが明らかとなる。
表IはカテプシンKの蛋白座標を開示する。これらのデータを本明細書記載の
結晶構造に関して報告する。標準的フォーマットの直交座標系に関してオングス
トロームでデータを示し、結晶構造から得られた原子、すなわち窒素、酸素、炭
素、イオウ(アミノ酸残基中のα、β、γ、δまたはε位置);アミノ酸番号を
付けられた原子が存在するアミノ酸残基、および座標X、YおよびZがオングス
トロームで示される。活性部位および全体構造における各原子は結晶中でユニー
クな位置を有することに注意。またデータはBまたは温度係数値も示し、それら
は原子の熱運動の程度を示すものであり、測定値の相乗平均(A2)である。図
2は、本発明カテプシンK構造を活性部位を含めて示すものである。
E−64に結合したカテプシンKの活性部位を図3に示す。カテプシンKに結
合したE−64のコンホーメーションは、公表されているパパイン−E−64複
合体の構造(Varughese,K.I.,Biochemistry 31,5172-5176(1992))において見ら
れるものと類似している。システイン25のイオウと阻害剤の炭素C2との間の
共有結合が電子密度において非常に明確である。システインプロテアーゼのパパ
インファミリーの種々のメンバーの酵素上の活性部位ポケットに沿って並んでい
る側鎖原子の相違は、これらの構造におけるE−64の原子と蛋白の原子との間
の異なる相互作用を引き起こす。カテプシンK中においては、ロイシンのイソブ
チル原子は、カテプシンKの残基ロイシン160、アラニン134およびメチオ
ニン68の側鎖原子により形成された疎水性ポケット中に十分に埋まって存在し
、ポケットはE−64のこれらの原子を溶媒から遮蔽している。パパイン中にお
い
ては、E−64のロイシル側鎖原子はこの疎水性ポケット中に深く突き刺さって
いない。カテプシンKの別のポケットはE−64のグアニジニウム原子により占
領されている。水素結合はE−64のN4とグルタミン59の骨格カルボニル酸
素およびアスパラギン酸61のOD2酸素との間に形成される。アスパラギン酸
61のカルボキシレート酸素はE−64のN3原子とも水素結合を形成する。ア
スパラギン酸61の側鎖はカテプシンKのこのポケットの入口にある。これらの
相互作用はパパインにおいては不可能である。なぜなら、パパインにおける対応
残基はアクセスを遮断するチロシン61だからである。E−64のカルボキシレ
ート酸素はヒスチジン162のND1原子およびグルタミン19のNE2原子と
水素結合を形成する。パパインおよびアクチニジンにおいてもこれらの相互作用
が見られる。E−64の原子は酵素活性部位の完全領域を貫通しない。パパイン
におけるがごとく、カテプシンKの残基グリシン66の骨格窒素原子はE−64
のカルボニル酸素O4と水素結合を形成する。また、カテプシンKのグリシン6
6のカルボニル酸素はE−64のN2と水素結合を形成する。活性部位領域の一
部は、カテプシンK、パパインおよびアクチニジンのコンホーメーションと非常
に類似している。カテプシンKおよびカテプシンBの活性部位の比較により、パ
パインまたはアクチニジンをカテプシンKと比較した場合に観察される相違より
も多くの相違が明らかとなる。カテプシンBの活性部位の一部は、カテプシンK
の活性部位の対応部分とは有意に異なる。ヒト・カテプシンBにおけるループで
あるグルタミン107〜プロリン116の存在は、この酵素のジペプチジルカル
ボキシペプチダーゼ活性に原因と推測され、カテプシンK、パパインまたはアク
チニジンにおいては等価物がない。このループは、カテプシンBの活性部位のこ
の領域を、カテプシンKを包含するシステインプロテアーゼのこのパパインファ
ミリーの他のメンバーにおけるものよりも小型にしている。ヒト・カテプシンB
とカテプシンKの活性部位間の相違にもかからず、カデプシンBおよびカテプシ
ンKにおいて構造的に相同性のあるアルファ炭素を並置することにより、活性部
位のシステイン残基はほとんど正確に重ね合わされる。カテプシンKのロイシン
160近傍の疎水性ポケットの相違も、カテプシンBにおいて明らかである。こ
のポケットを形成している残基は、カテプシンKにおいてメチオニン68に代わ
るプロリン78により置換されており、カテプシンBにおけるグルタミン243
はカテプシンKにおけるロイシン160と構造的に等価である。興味深いことに
、側鎖原子がE−64阻害剤に対する水素結合を形成しているカテプシンKの残
基、すなわちヒスチジン162、グルタミン19およびアスパラギン酸61は、
カテプシンBの残基、すなわち、それぞれヒスチジン197、グルタミン23お
よびアスパラギン酸67と構造的相同性を有している。
カテプシンKの活性部位における本発明の特定の阻害剤の特別な相互作用を以
下に詳述する。
3(S)−3−[(N−ベンジルオキシカルボニル)−L−ロイシル]アミノ
−5−メチル−1−(1−プロポキシ)−2−ヘキサノンは、酵素の残基である
トリプトファン184のインドール環およびグルタミン19の側鎖原子CGと疎
水的接触を行う。酸素026は、システイン25のアミド窒素およびグルタミン
19のNE2原子とに2つに分かれた水素結合を形成する。活性部位のシステイ
ン25の求核性イオウは阻害剤の炭素C25に共有結合し、四面体コンホーメー
ションをとる。
ビス−(Cbz−ロイシル)−1,3−ジアミノ−プロパン−2−オンは、3
(S)−3−[(N−ベンジルオキシカルボニル)−L−ロイシル]アミノ−5
−メチル−1−(1−プロポキシ)−2−ヘキサノンと同じ相互作用を示し;こ
の阻害剤の炭素C21はシステイン25のSGに共有結合する。阻害剤のイソプ
ロピル原子CC34、C35、C36およびC37は、酵素表面上の残基の側鎖
原子と疎水的相互作用を形成する。このポケットは、メチオニン68、ロイシン
209、アラニン163およびアラニン134およびチロシン67の一部からの
原子により形成される。
2,2'−N,N'−ビス−ベンジルオキシカルボニル−L−ロイシニルカルボヒ
ドラジドは、ビス−(Cbz−ロイシル)−1,3−ジアミノ−プロパン−2−
オンと類似の相互作用を有しており、さらに、阻害剤のCBZ基の原子C23〜
29は、チロシン67のフェノール環とエッジ面積み重ね相互作用をする。阻害
剤の原子C21は酵素に共有結合する。
(1S)−N−[2−[(1−ベンジルオキシカルボニルアミノ)−3−メチ
ルブチル]チアゾール−4−イルカルボニル]−N'−(N−ベンジルオキシカ
ルボニル−L−ロイシル)ヒドラジドのイオウ原子は、ヒスチジン163のND
1原子およびトリプトファン184のインドール環に接触する。炭素C22はシ
ステイン25のSGに共有結合する。
2−[N−(3−ベンジルオキシベンゾイル)]−2'−[N'−(N−ベンジ
ルオキシカルボニル−L−ロイシル)]カルボヒドラジドのCBZの原子C20
〜26はロイシン160の側鎖原子と相互作用する。炭素C19はシステイン2
5のSGに共有結合する。
カテプシンKは、4−[N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイ
シル]−1−[N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−3
−ピロリジノンの1の立体異性体に選択的に結合する。炭素C22はシステイン
25のSGに共有結合する。阻害剤4−[N−[(フェニルメトキシ)カルボニ
ル]−L−ロイシル]−1−[N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−
ロイシル]−3−ピロリジノンの原子C14およびC15は、グルタミン143
およびアスパラギン161の側鎖原子ならびにアラニン137およびセリン13
8の主鎖に接触する。
4−[N−[(4−ピリジルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−1−
[N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−3−ピロリジノ
ンは4−[N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−1−[
N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−3−ピロリジノン
と同様の様式で相互作用する。さらに1の立体異性体が結合する。炭素C17は
システイン25のSGに共有結合する。4−[N−[(フェニルメトキシ)カル
ボニル]−L−ロイシル]−1−N[N−(メチル)−L−ロイシル)]−3−
ピロリジノンは4−[N−[(4−ピリジルメトキシ)カルボニル]−L−ロイ
シル]−1−[N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−3
−ピロリジノンと同じであるが、炭素C22がシステイン25のSGに共有
結合することが異なる。
1−N−(N−イミダゾールアセチル−ロイシル)−アミノ−3−N−(4−
フェノキシフェニル−スルホニル)−アミノ−プロパン−2−オンの原子O24
は、グリシン66のアミドNHと水素結合相互作用を形成する。炭素C19はシ
ステイン25のSGに共有結合する。
まとめると、すべての阻害剤はトリプトファン184のインドールの原子と芳
香族的相互作用を示す。2,2'−N,N'−ビス−ベンジルオキシカルボニル−L
−ロイシニルカルボヒドラジドおよび(1S)−N−[2−[(1−ベンジルオ
キシカルボニルアミノ)−3−メチルブチル]チアゾール−4−イルカルボニル
]−N'−(N−ベンジルオキシカルボニル−L−ロイシル)ヒドラジドのイソ
プロピル原子C12〜15は、残基グルタミン21、システイン22およびグリ
シン23の主鎖原子と疎水的接触を行う。グルタミン19のNE2原子は、2,
2'−N,N'−ビス−ベンジルオキシカルボニル−L−ロイシニルカルボヒドラ
ジドの酸素原子O22、1−N−(N−イミダゾールアセチルロイシニル)−ア
ミノ−3−N−(4−フェノキシ−フェニル−スルホニル)−アミノ−プロパン
−2−オンのO20、2−[N−(3−ベンジルオキシベンゾイル)]−2'−
[N'−(N−ベンジルオキシカルボニル−L−ロイシニル)]カルボヒドラジ
ドのO20、4−[N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]
−1−[N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−3−ピロ
リジノンのO23、ビス−(Cbz−ロイシル)−1,3−ジアミノ−プロパン
−2−オンのO22、3(S)−3−[(N−ベンジルオキシカルボニル)−L
−ロイシニル]アミノ−5−メチル−1−(1−プロポキシ)−2−ヘキサノン
のO26、4−[N−[(4−ピリジルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル
]−1−[N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−3−ピ
ロリジノンのO42、(IS,2'R)−N−2−[[(1−ベンジルオキシカル
ボニル)アミノ]−3−メチルブチル]チアゾール−4−イルカルボニル−N'
−2'−(ベンジルオキシカルボニル)アミノ−4'−メチルペナノイルヒドラジ
ドのO23、4−[N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイ
シル]−1−N[N−(メチル)−L−ロイシル)]−3−ピロリジノンのO2
3に水素結合することができる。グリシン66の骨格アミド窒素は、2,2'−N
,N'−ビス−ベンジルオキシカルボニル−L−ロイシニルカルボヒドラジドの酸
素原子O39、1−N−(N−イミダゾールアセチルロイシニル)−アミノ−3
−N−(4−フェノキシ−フェニル−スルホニル)−アミノ−プロパン−2−オ
ンのO24、2−[N−(3−ベンジルオキシベンゾイル)]−2'−[N'−(
N−ベンジルオキシカルボニル−L−ロイシニル)]カルボヒドラジドのO37
、4−[N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−1−[N
−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−3−ピロリジノンの
O40、ビス−(Cbz−ロイシル)−1,3−ジアミノ−プロパン−2−オン
のO22、3(S)−3−[(N−ベンジルオキシカルボニル)−L−ロイシニ
ル]アミノ−5−メチル−1−(1−プロポキシ)−2−ヘキサノンのO39、
(1S,2'R)−N−2−[[(1−ベンジルオキシカルボニル)アミノ]−3
−メチルブチル]チアゾール−4−イルカルボニル−N'−2'−(ベンジルオキ
シカルボニル)アミノ−4'−メチルペナノイルヒドラジドのO40、4−[N
−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−1−N[N−(メチ
ル)−L−ロイシル)]−3−ピロリジノンのO31に水素結合することができ
る。残基メチオニン68、ロイシン209、アラニン163およびアラニン13
4およびチロシン67の一部からの原子に沿って配置される疎水性ポケットは、
ビス−(Cbz−ロイシニル)−1,3−ジアミノ−プロパン−2−オンのイソ
プロピル原子C34〜37、2,2'−N,N'−ビス−ベンジルオキシカルボニル
−L−ロイシニルカルボヒドラジドのイソプロピル原子C34〜37、(1S)
−N−[2−[(1−ベンジルオキシカルボニルアミノ)−3−メチルブチル]
チアゾール−4−イルカルボニル]−N'−(N−ベンジルオキシカルボニル−
L−ロイシニル)ヒドラジドのイソプロピル原子C35〜38、2−[N−(3
−ベンジルオキシベンゾイル)]−2'−[N'−(N−ベンジルオキシカルボニ
ル−L−ロイシニル)]カルボヒドラジドのイソプロピル原子C32〜35、4
−[N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイ
シル]−1−[N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−3
−ピロリジノンのイソプロピル原子C35〜38、4−[N−[(4−ピリジル
メトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−1−[N−[(フェニルメトキシ)
カルボニル]−L−ロイシル]−3−ピロリジノンのイソプロピル原子C19〜
22、1−N−(N−イミダゾールアセチル−ロイシル)−アミノ−3−N−(
4−フェノキシ−フェニル−スルホニル)アミノ−プロパン−2−オンのイソプ
ロピル原子C26〜29と相互作用する。3(S)−3−[(N−ベンジルオキ
シカルボニル)−L−ロイシニル]アミノ−5−メチル−1−(1−プロポキシ
)−2−ヘキサノンおよび4−[N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L
−ロイシル]−1−N[N−(メチル)−L−ロイシル)]−3−ピロリジノン
以外のすべての阻害剤は、蛋白のチロシン67と相互作用する芳香族基を有して
いる。すべての阻害剤はその炭素原子を介して、システイン25のSG原子と共
有結合する。
本発明プロテアーゼの結晶構造により、表XXIXに掲載したアミノ酸残基の
原子により形成される新規活性部位の3次元構造が明らかとなる。
この構造はプロテアーゼ阻害剤の構造に基づく設計において明らかに有用であ
り、プロテアーゼ阻害剤を骨吸収の阻害が示される疾病に対する治療剤として用
いることができる。新規カテプシンKの触媒部位の発見は、強力で非常に選択的
なプロテアーゼ阻害剤の設計を可能にする。
本発明のもう1つの態様は、本明細書記載の結晶構造および新規活性部位によ
り特徴づけられるカテプシンKの阻害剤の同定方法、ならびに阻害剤自体を包含
する。本発明新規プロテアーゼ結晶構造はプロテアーゼ活性の阻害剤の同定を可
能にする。かかる阻害剤はカテプシンKの活性部位のすべてまたは一部に結合し
てもよく;あるいは競争的または非競争的阻害剤であってもよい。生物学的活性
について同定しスクリーニングしたならば、これらの阻害剤を治療的または予防
的に用いてプロテアーゼ活性をブロックすることができる。
1の設計のアプローチは、種々の化学的部分から構成される分子を用いて本発
明カテプシンKをプローブしてカテプシンK阻害剤候補と酵素との間の相互作用
に関する最適部位を決定することである。例えば、溶媒で飽和された結晶から集
めた高分解能X線回折データにより、各タイプの溶媒分子が付着する部位を決定
することができる。
次いで、それらの部位に固く結合する小型分子を設計し、合成し、カテプシン
K阻害剤活性について試験することができる。
また本発明は、基質の化学反応において異性化して短命な反応中間体になるこ
とのできる化合物、あるいはカテプシンKに結合する他の化合物の開発を可能に
する。よって、他の分子との反応中のカテプシンKの構造変化の経時的分析が可
能になる。カテプシンKの反応中間体を、カテプシンKとの共複合体となった反
応生成物から推定することもできる。既知システインプロテアーゼ阻害剤の改良
されたアナログの設計、あるいはカテプシンK酵素およびカテプシンK阻害剤の
共複合体からなる反応中間体に基づく新規クラスの阻害剤の設計に、かかる情報
は有用である。このことにより、高特異性および高安定性の両方を備えたカテプ
シンK阻害剤の新規設計ルートが提供される。
本発明により、もう1つのアプローチが可能となり、それは、カテプシンK酵
素に対して全体的または部分的に結合しうる化学的部分または化合物に関する小
型分子のデータベースをコンピューターによりスクリーニングすることである。
このスクリーニングにおいて、結合部位に対するかかる部分または化合物の適合
の質を、形態相補性(shape complementarity)[R.L.DesJarlais et al.,J.Med
.Chem.31:722-729(1988)]または推定相互作用エネルギー[E.C.Meng et al,J.C
omp.Chem.,13:505-524(1992)]のいずれかにより判定することができる。
カテプシンKは1種よりも多い結晶形態として結晶化しうるので、本発明によ
り提供されるカテプシンKまたはその一部の構造座標はカテプシンKの他の結晶
形態の構造を解明するのに特に有用である。それらを用いてカテプシンK変種、
カテプシンK共複合体の結晶形態あるいはカテプシンKの機能的ドメインに相同
的なアミノ酸配列を有する他の蛋白の結晶形態の構造を解明することもできる。
この目的に使用できる1の方法は分子置換である。この方法において、未知結
晶構造(カテプシンK、カテプシンK変種、カテプシンK共複合体の別の血漿形
態、あるいはカテプシンKの機能的ドメインに相同的なアミノ酸配列を有する他
の蛋白の結晶であっても)を、表Iに示す本発明カテプシンK構造座標を用いて
決定することができる。この方法は、最初からかかる情報を決定しようとするよ
りも、迅速かつ効率的に未知結晶の正確な構造形態を提供するであろう。
よって、本明細書のカテプシンK構造は、既知分子のスクリーニングおよび/
またはプロテアーゼ構造、詳細には活性部位に結合する新たな分子のコンピュー
ターシステムを用いる設計を可能にする。例えば、プロテアーゼ配列ならびにプ
ロテアーゼ構造(すなわち、カテプシンKの原子座標および/または活性部位腔
、結合角、二面角、活性部位領域における原子間距離等の原子座標)をインプッ
トすることのできるコンピューターモデリングシステムが使用可能である。よっ
て、このプロセスにおいて機械が読み取ることのできる媒体を、表Iの座標を示
すデータを用いてコードすることができる。次いで、コンピューターにより、試
験化合物が結合する部位の構造の詳細が得られ、それにより該試験化合物の相補
的な構造の詳細の決定が可能になる。
より詳細には、本発明のカテプシンKに結合またはこれを阻害する化合物の設
計は2つのファクターの考慮を必要とする。第1に、化合物は物理的および構造
的にカテプシンKに結合できるものでなくてはならない。カテプシンKとその基
質との結合において重要な非共有的分子相互作用は、水素結合、ファン・デル・
ワールス力および疎水的相互作用を包含する。
第2に、化合物は、カテプシンKに結合できるコンホーメーションをとること
のできるものでなければならない。化合物の特定の部分がカテプシンKとの結合
に直接関与しないとしても、やはりそれらの部分は分子の全体的コンホーメーシ
ョンに影響しうる。このことは効能に対して重大な衝撃を与える。かかるコンホ
ーメーションの必要事項は、全体の3次元構造および結合部位の全体または一部
、例えばカテプシンKの活性部位または補助的結合部位に対する化学的部分また
は化合物の方向、あるいはカテプシンKと直接相互作用するいくつかの化学的部
分を含んでなる化合物の官能基間の距離を包含する。
コンピューターモデリング法により、化合物とカテプシンKとの潜在的阻害ま
たは結合効果を、それを実際に合成し試験する前に評価することができる。ある
化合物の理論上の構造がカテプシンKとの間の不十分な相互作用および結合を示
唆するものでる場合、化合物の合成および試験を行わなくてすむ。しかしながら
、コンピューターモデリングが強い相互作用を示すものである場合には、その分
子を合成し、適当なアッセイにおいてカテプシンKに対する結合能につき試験す
ることができる。カテプシンKの個々の結合ポケットまたは他の領域への結合能
について化学的部分またはフラグメントをスクリーニングし選択する一連の工程
からなる手段により、カテプシンKに対する阻害化合物または他の結合化合物を
コンピューターにより評価し設計することができる。
当業者は、カテプシンKへの結合能、より詳細にはカテプシンKの個々の結合
ポケットまたは補助的結合部位への結合能に関して、化学的部分またはフラグメ
ントをスクリーニングするためのいくつかの方法のうちの1つを用いることがで
きる。このプロセスを視覚的検査、例えば、表IのカテプシンK座標に基づくコ
ンピューター画面上の活性部位から始める。QuantaおよびSybylのごときソフト
ウェアを用い、次いで、CHARMMおよびAMBERのごとき標準的分子力学の力の場を
用いるエネルギー最小化および分子ダイナミックスによってドッキングを行うこ
とができる。
専門化されたコンピュータープログラムは、フラグメントまたは化学的部分の
選択プロセスにおいて助けとなる。これらのプログラムは以下のものがある:
・GRID[P.J.Goodford,"A Computational Procedure for Determining Energeti
cally Favorable Binding Sites on Biologically Important Macromolecules",
J.Med.Chem.,28:849-857(1985)]。GRIDはOxford University,Oxford,UKから市
販されている。
・MCSS[A.Miranker and M.Karplus,"Functionality Maps of Binding Sites:A
Multiple Copy Simultaneous Search Method",Proteins:Structure,Function an
d Genetics,11:29-34(1991)]。MCSSはMolecular Simulations,Burlington,MAか
ら市販されている。
・AUTODOCK[D.S.Goodsell and A.J.Olsen,"Automated Docking of Substrates
to Proteins by Simulated Annealing",Proteins:Structure,Function and Gene
tics,8:195-202(1990)]。AUTODOCKはScripps Research Institute,La Jolla,CA
から市販されている。
・DOCK[I.D.Kuntz et al,"A Geometric Approach to Macromolecule-Ligand In
teractions",J.Mol.Biol.,161:269-288(1982)]。DOCKはUniversity of Califor
nia,San Francisco,CAから市販されている。
小型分子用のさらなる市販コンピューターデータベースはCambridge Structur
al DatabaseおよびFine Chemical Databaseを包含し、レビューのためにはRusin
ko,A.,Chem.Des.Auto.News 8,44-47(1993)参照。
適当な化学的部分またはフラグメントを選択したならば、それらを単一化合物
または阻害剤中に集合させることができる。カテプシンKの構造座標に関連した
コンピューター画面に示された3次元映像上のフラグメントの相互関係を視覚的
に検査することにより、集合を行うことができる。これを行った後、Quantaまた
はSybylのごとき手動モデル構築を行う。
個々の化学的部分またはフラグメントを結合することにおける、当業者にとり
有用なプログラムは以下のものを包含する:
・CAVEAT[P.A.Bartlett et al,"CAVEAT:A Program to Facilitate the Structu
re-Derived Design of Biologically Active Molecules",Molecular Recognitio
n in Chemical and Biological Problems",Special Pub.,Royal Chem.Soc.78,pp
.182-196(1989)]。CAVEATはUniversity of California,Berkeley,CAから市販さ
れている。
・MACCS-3D(MDL Information Systems,San Leandro,CA)のごとき3Dデータベ
ースシステム。この部分はY.C.Martin,"3D Database Searching in Drug Design
"J.Med.Chem.,35:2145-2154(1992)にレビューされている。
・HOOK(Molecular Simulations,Burlington,MAから市販)。
カテプシンK阻害剤の構築を段階的に進行させるかわりに、空の活性部位を用
いるかまたは所望により既知阻害剤のいくつかの部分を用いて、上記のごとく1
のフラグメントまたは化学的部分を一度に、阻害分子または他のタイプの結合分
子を全体としてあるいは「de novo」設計してもよい。これらの方法は下記のも
のを包含する:
・LUDI[H.-J.Bohm,"The Cpmputer Program LUDI:A New Method for the De Novo
Design of Enzyme Inhibitors",J.Comp.Aid.Molec.Design,6:61-78(1992)]。LU
DIはBiosym Technologies,San Diego,CAから市販されている。
・LEGEND[Y.Nishibata and A.Itai,Tatrahedron,47:8985(1991)]。LEGENDはMo
lecular Simulations,Burlington,MAから市販されている。
・LeapFrog(Tripos Associates,St.Louis,MOから市販)。
他の分子モデリング法を本発明に従って用いてもよい。例えば、N.C.Cohen et
al,"Moleculr Modeling Software and Methods for Medicinal Chemistry",J.M
ed.Chem.,33:883-894(1990)参照。さらにM.A.Navia and M.A.Murcko,"The Use o
f Structural Infiomation in Drug Design",Current Opinions in Structural
Biology,2:202-210(1992)参照。例えば、試験化合物の構造が知られている場合
には、試験化合物のモデルを本発明の構造のモデルに重ね合わせてもよい。この
工程を行うための多くの方法および手法が当該分野において知られており、いず
れの方法を用いてもよい。例えば、P.S.Farmer,Drug Design,Ariens,E.J.,ed.,V
ol.10,pp 119-143(Academic Press,New York,1980);米国特許第5,331,573号;
米国特許第5,500,807号;C.Verlinde,Structure,2:577-587(1994);およびI.D.K
untz,Science,257:1078-1082(1992)参照。本明細書記載のモデル構築法およびコ
ンピューター評価システムは本発明を限定しない。
よって、これらのコンピューター評価システムを用いて、多くの化合物のメン
バーを迅速かつ簡単に試験することができ、経費と時間のかかる生物学的試験を
回避することができる。そのうえ、多くの化合物の実際の合成のための必要事項
が効率的に減少する。
モデリング法により同定したならば、標準的方法を用いてプロテアーゼ阻害剤
を生物学的活性について試験することができる。例えば、阻害剤のスクリーニン
グのための慣用的フォーマットを用いて本発明構造を結合アッセイに用いること
ができる。本発明で用いる適当なアッセイは、酵素結合免疫吸着アッセイ
(ELISA)または蛍光クエンチアッセイを包含するが、これらに限らない。例え
ば、下記実施例2のカテプシンK活性のアッセイ参照。他のアッセイフォーマッ
トを用いてもよく;これらのアッセイフォーマットは本発明を限定しない。
もう1つの態様において、本発明プロテアーゼ構造は、本発明プロテアーゼ活
性部位のコンホーメーションに相補的な形態を有する合成化合物および/または
他の分子の設計および同定を可能にする。既知コンピューターシステムを用いて
、機械が読み取ることのできる形態として本発明プロテアーゼ構造の座標を提供
することができ、試験化合物を設計および/またはスクリーニングし、それらの
コンホーメーションを本発明プロアーゼの構造と重ね合わせることができる。次
いで、上記のごとく同定された適当な候補を、所望プロテアーゼ阻害生物学的活
性、安定性等についてスクリーニングすることができる。
生物学的活性について同定しスクリーニングしたならば、これらの阻害剤を治
療的または予防的に用いてカテプシンK活性をブロックすることができる。
以下の実施例は本発明の種々の態様を説明する。これらの実施例は、添付した
請求の範囲により画定される本発明の範囲を限定するものでない。実施例1:カテプシンK構造の分析
A.発現、精製および結晶化
Bossard,M.J.,et al.,J.Biol.Chem.271,12517-12524(1996)に記載のごとくカ
テプシンK(図1参照)を発現させ、精製した。
0.2M Li2SO4含有30% PEG 8000,0.1M リン酸Na+/K+
溶液(pH4.5)から、懸滴中の蒸気拡散によりカテプシンKの結晶を成長さ
せた。複合体の結晶は四面体であり、空間群P43212、セル定数a=57.7
オングストローム、c=131.1オングストロームである。結晶は非対称ユニ
ット中に1個の分子を含み、さらに36%の溶媒を含み、2.3Å3/ダルトンの
Vm値である。X-PLOR[Brunger,A.T.,et al.,Science,235,458-460(1987)]を用
いる分子置換により構造を決定した。出発モデルは本明細書記載のカテプシンK
E−64複合体構造由来の蛋白の原子からなっていた。
B.モデル構築およびリファインメント
上で得られた3次元電子密度マップを用いて、カテプシンKのポリペプチド鎖
をあいまいさを伴わずにトレースすることができる。3−Dコンピューターグラ
フィックスプログラムFRODO[Jones,T.A.,J.Appl.Crystallogr.,11,268-272(197
8)]を用いて、側鎖を伴う全部で215個の残基を構築した。215個の各アミ
ノ酸残基をその電子密度に手動で当てはめ、カテプシンKにおける各原子につい
てのユニークな位置(各位置は表Iに示す原子座標(X,Y,Z)のユニークなセ
ットにより決定される)を考慮した。これらの原子座標から始めて、回折パター
ンを計算し、実験データと比較した。計算により決定された回折パターンと実験
的に決定された回折パターンとの相違を、Rc値によりモニターした。構造モデ
ルのリファインメント(X-PLORを使用)にはR因子を最小にするための原子位置
の調節が必要であり、高品質の蛋白構造を得るためにはR因子は20%未満の値
が典型的であり、通常は25%よりも高い値はさらなるリファインメントの必要
性を示す。
実施例2:アッセイ
カテプシンKタンパク溶解性触媒活性の決定
カテプシンKについての全てのアッセイは、ヒト組換え酵素を用いて行った。
速度定数の決定のための標準的なアッセイ条件は、フルオロジェニックペプチド
基質、典型的には、Cbz−Phe−Arg−AMCを用い、20mMシステインおよ
び5mM EDTAを含有するpH5.5の100mM酢酸ナトリウム中で決定した
。アッセイにおける最終基質濃度20uMを有するDMSO中10または20mM
の濃度でストック基質溶液を調製した。全てのアッセイは、10%DMSOを含
有した。独立実験により、このレベルのDMSOは、酵素活性または速度定数に
対して効果を有しないことが判明した。全てのアッセイは、室温で行った。パー
セプティブ・バイオシステムズ・サイトフルアー・II・フルオレセント・プレー
ト・リーダー(Perceptive Biosystems Cytofluor II fluorescent plate reade
r)を用いて生成物の蛍光(360nMでの励起;460nMでの発光)をモニタ
ーし
た。生成物の経過曲線は、AMC生成物の形成後、20〜30分間にわたって得
られた。
阻害研究
経過曲線法を用いて有効な阻害薬を評価した。アッセイは、種々の濃度の試験
化合物の存在下で行った。阻害薬および基質の緩衝化溶液に酵素を添加すること
により、反応を開始した。阻害薬の存在下、経過曲線の外観に依存して2つの方
法のうちの一方に従って、データ分析を行った。経過曲線が線形であるこれらの
化合物について、式1(Brandt et al.,Biochemistry,1989,28,140):
v=VmA/[Ka(1+I/Ki app)+A] (1)
[式中、vは、最大速度Vmについての反応速度であり、Aは、ミカエリス定数
Kaを有する基質の濃度であり、Iは、阻害薬の濃度である]
に従って見かけの阻害定数(Ki app)を算出した。
経過曲線が時間依存性阻害の下方曲率特徴を示したこれらの化合物について、
個々のセットからのデータを分析し、式2:
[AMC]=vsst+(v0−vss)[1−exp(−kobst)]/kobs (2)
[式中、[AMC]は、時間tにわたって形成された生成物の濃度であり、v0は
、初期反応速度であり、vssは、最終定常状態速度である]
に従ってkobsを得た。次いで、阻害薬濃度の一次関数としてkobsの値を分析し
て、時間依存性阻害を示す見かけの二次速度定数(kobs/阻害薬濃度またはko bs
/[I])が得られる。この速度処理の完全な検討は、充分に開示されている(
Morrison et al.,Adv.Enzymol.Relat.Areas Mol.Biol.,1988,61,201)
。
このアッセイは、カテプシンKの阻害薬のアフィニティーを測定する。当業者
は、さらなる研究のために有効なリード化合物であるように50マイクロモル未
満のKi値を示す化合物を考えるであろう。好ましくは、本発明の方法で用いら
れる化合物は、1マイクロモル未満のKi値を有する。最も好ましくは、該化合
物は、100ナノモル未満のKi値を有する。
ヒト破骨細胞吸収アッセイ
液体窒素ストレージから破骨細胞腫誘導細胞懸濁液のアリコットを取り出し、
迅速に37℃で加温し、遠心分離(1000rpm、4℃で5分間)によりRPM
I−1640培地中で1回洗浄した。該培地を吸引し、ネズミ抗−HLA−DR
抗体と交換し、RPMI−1640培地中で1:3に希釈し、氷上で30分間イ
ンキュベートした。該細胞懸濁液をよく混合した。
該細胞を、遠心分離(1000rpm、4℃で5分間)により冷RPMI−16
40で2回洗浄し、次いで、無菌の15mL遠心管に移した。改良したニューバ
ウエル計数チャンバー(Neubauer counting chamber)において単核細胞の数を
数えた。
ヤギ抗マウスIgGで被覆した充分な大きさのビーズ(5/単核細胞)をそれ
らのストック瓶から取り出し、新しい培地5mL中に置いた(これは、毒性アジ
ド防腐剤を洗浄する)。磁石の上にビースを固定化することによって培地を除去
し、新しい培地と交換する。
該ビーズを細胞と混合し、該懸濁液を氷上で30分間インキュベートした。該
懸濁液をよく混合した。ビーズ被覆細胞を磁石の上に固定化し、残りの細胞(破
骨細胞が豊富なフラクション)を無菌の50mL遠心管中にデカントした。該ビ
ーズ被覆細胞に新しい培地を添加して、捕獲した破骨細胞を移動させた。この洗
浄工程を10回繰り返した。ビーズ被覆細胞を廃棄した。
大きな口径の使い捨てプラスチック製パスツールピペットを用いて計数チャン
バーに試料を充填し、計数チャンバー中で破骨細胞を数えた。遠心分離により細
胞をペレット化し、破骨細胞の密度をEMEM培地中1.5×104/mLに調整
し、10%ウシ胎児血清および1.7g/リットルの重炭酸ナトリウムで補足した
。細胞懸濁液のアリコット3mL(処理当たり)を15mLの遠心管にデカントし
た。これらの細胞を遠心分離によりペレット化した。各管に適切な処理液3mL
を添加した(EMEM培地中50uMに希釈した)。適切なビヒクル対照物、正
の対照物(100ug/mLに希釈した87MEM1)およびイソタイプ対照物(
100ug/mLに希釈したIgG2a)も含まれた。これらの管を37℃で30分
間インキュベートした。
48ウエルプレート中の無菌象牙質薄片上に細胞のアリコット0.5mLをまき
、37℃で2時間インキュベートした。各処理液を4重にスクリーニングした。
該薄片を熱PBS(6ウエルプレートにおいて10mL/ウエル)中で6回交換
して洗浄し、次いで、新しい処理液または対照物中に置き、37℃で48時間イ
ンキュベートした。次いで、該薄片をリン酸塩緩衝化生理食塩水中で洗浄し、2
%グルタルアルデヒド(0.2Mカコジル酸ナトリウム中)中で固定し、次いで
、水で洗浄し、37℃で5分間、バッファー中でインキュベートした。次いで、
該薄片を冷水中で洗浄し、4℃で5分間、冷酢酸塩バッファー/ファーストレッ
ドガーネット中でインキュベートした。過剰のバッファーを吸引し、薄片を水中
で洗浄した後、風乾した。
明視野顕微鏡観察によりTRAP陽性の破骨細胞を数え、次いで、超音波処理
により象牙質の表面から取り出した。Nikon/Lasertec ILM21W共焦顕微
鏡を用いてピットの体積を測定した。
実施例3:阻害薬の検出方法
有効な阻害薬を選択するための鋳型として、三次元原子構造を容易に用いるこ
とができる。このために種々のコンピュータープログラムおよびデータベースが
利用可能である。良好な阻害薬は、少なくとも、標的に対する優れた立体的かつ
静電的相補性、覆われたわずかな量の疎水性表面および結合によりエントロピー
損失を最小にするのに充分な配座的剛性を有する。アプローチは、通常、いくつ
かの工程からなる:
1)標的とする領域を定義する。カテプシンKの活性部位キャビティーを選択
することができるが、プロテアーゼ活性に必須である場所が有効な標的となる。
結晶構造が決定されているので、標的領域の空間的および化学的性質は、知られ
ている。
2)標的上に小分子を合体させる。多くの方法を用いて、これを行うことがで
きる。非常に多くの小分子化合物をスクリーニングするために三次元構造のコン
ピューターデータベースが利用可能である。これらの化合物のネガティブイメー
ジを算出し、これを用いて、標的キャビティーの形状に適合させることができる
。
また、これらの化合物の水素結合供与体−受容体のプロフィルおよび親油性ポイ
ントを用いて、標的のものを補足することもできる。当業者は、ヒットとして多
くの小分子またはフラグメントを同定することができる。
3)認識フラグメントを連結し、伸長させる。前記の方法により同定したヒッ
トを用いて、種々の官能基または小分子を単一の大分子中に取り込むことができ
る。得られた分子は、より有効であり、高い特異性を有すると思われる。標的タ
ンパクと相互に作用するであろう多くの原子またはフラグメントを付加するこに
よって「シード」阻害薬を改良しようとすることもできるであろう。最初に定義
された標的領域は、容易に拡大して、さらに必要な拡大を得ることができる。
当該プロセスを介して、限定された数の有望な化合物を選択することができる
。次いで、それらを合成し、それらの阻害特性についてアッセイすることがでる
。成功率は、しばしば、20%という高いものになり、コンピューターを使用す
る方法における迅速な進行によりさらに高くなる。
実施例4:阻害薬による酵素の結晶化
A.阻害薬の調製
化合物1.4−[N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−1 −[N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−3−ピロリジノンの 製造
a)3−ヒドロキシ−4−[N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイ
シル]−1−ピロリジンカルボン酸1,1ジメチルエチルエステル
3−ヒドロキシ−4−アミノ−1−ピロリジンカルボン酸1,1−ジメチルエ
チルエステル(202mg、1.14ミリモル)のCH2Cl2(5mL)中溶液にC
BZ−ロイシン(302.9mg、1.14ミリモル)、HOBT(154mg、1.
14ミリモル)およびEDC(262.2mg、1.37ミリモル)を添加した。
該反応をTLC分析による完了まで撹拌し、次いで、EtOAcで希釈し、連続し
て、pH4バッファー、飽和K2CO3、水および食塩水で洗浄した。有機層を乾
燥させ(MgSO4)、濾過し、濃縮した。残留物をカラムクロマトグラフィー(
3:1のEtOAc:ヘキサン)に付して、標記化合物325mgを得た:MS(E
S+)
450.3(MH+)、472.2(M+Na)。
b)3−ヒドロキシ−4−[N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイ
シル]−1−ピロリジン・塩酸塩
カルバメート(310mg、0.69ミリモル)の乾燥EtOAc(5.0mL)中
溶液にHClガスを約5分間通気させた。TLC分析が出発物質の完全な消費を
示すまで、該反応を撹拌した。次いで、該反応を真空濃縮して、標記化合物24
9mgを得た:MS(ES+)350.3(MH+)。
c)4−[N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−1−[N−[
(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−3−ピロリジノール
前工程からのアミン塩酸塩(249mg、0.64ミリモル)のCH2Cl2(1
0mL)中溶液にCBZ−ロイシン(170.4mg、0.64ミリモル)、HOB
T(86.5mg、0.64ミリモル)、NMM(300uL)およびEDC(14
7.2mg、0.77ミリモル)を添加した。該反応を室温で2時間撹拌し、次いで
、酢酸エチルで希釈し、前記に従って後処理した。残留物をカラムクロマトグラ
フィー(3:1のEtOAc:ヘキサン)に付して、標記化合物104mgを得た:
MS(ES+)597.1(MH+)、619.1(M+Na)。
d)4−[N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−1−[N−[
(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−3−ピロリジノン
アルコール(100mg、0.17ミリモル)のアセトン(5.0mL)中0℃溶
液にジョーンズ試薬を、褐色が維持するまで滴下した。該反応を室温に加温し、
約48時間撹拌し、次いで、イソプロパノールで急冷し、EtOAcで希釈し、連
続して、飽和K2CO3、水および食塩水で洗浄した。有機層を乾燥させ(MgS
O4)、濾過し、濃縮した。残留物をカラムクロマトグラフィー(3:1のEtO
Ac:ヘキサン)に付して、標記化合物31mgを得た:MS(ES+)595.1(
MH+)、617.0(M+Na)。
化合物2.4−[N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−1− N[N−(メチル)−L−ロイシル)]−3−ピロリジノンの製造
a)4−[N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−1−[N−
[(tert−ブトキシ)カルボニル]−N−(メチル)−L−ロイシル]−3−ピロリジ
ノール
3−ヒドロキシ−4−[N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]
−1−ピロリジン(350mg)の溶液にN−BOC−N−メチル−ロイシン(2
22mg、0.91ミリモル)、HOBT(122.5mg、0.91ミリモル)、E
DC(208.6mg、1.08ミリモル)およびN−メチルモルホリン(0.3mL
、2.72ミリモル)を添加した。該反応をTLC分析による完了まで室温で撹
拌した。後処理およびカラムクロマトグラフィー(1:1のヘキサン:EtOAc
)により、標記化合物480mgを得、これを以下の反応に用いた:MS(ES+)
477.4、577.4(MH+)、599.4(M+Na)。
b)4−[N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−1−[N−[
(tert−ブトキシ)カルボニル]−N−(メチル)−L−ロイシル]−3−ピロリジノ
ン
塩化オキサリル(0.11mL、1.23ミリモル)のCH2Cl2中−78℃溶液
にDMSO(0.17mL、2.46ミリモル)を滴下した。該反応を−78℃で
20分間撹拌し、次いで、アルコール(474mg、0.82ミリモル)のCH2C
l2中溶液を滴下した。該反応を−78℃で30分間撹拌し、次いで、トリエチル
アミン(0.57mL)を一度に添加し、室温に加温した。後処理およびカラムク
ロマトグラフィー(2:1のヘキサン:酢酸エチル)により、標記化合物247
mgを得た:MS(ES+)475、575(M+H)、597(M+Na)。
c)4−[N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−1−N[N
−(メチル)−L−ロイシル)]−3−ピロリジノン塩酸塩
EtOAc/HClの室温溶液にカルバメートを添加した。該反応をTLC分析
による完了まで撹拌した。濃縮により、標記化合物を得た:MS(ES+)475
(M+H、100%)。
化合物3.4−[N−[(4−ピリジルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]− 1−[N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−3−ピロリジノン の製造
a)3−ヒドロキシ−4−[N−[(4−ピリジルメトキシ)カルボニル]−L−
ロイシル]−1−ピロリジンカルボン酸1,1ジメチルエチルエステル
前記と同様の方法で、3−ヒドロキシ−4−アミノ−1−ピロリジンカルボン
酸1,1−ジメチルエチルエステルをイソ−ニコチノイルオキシカルボニルロイ
シンとカップリングさせて、標記化合物8.5gを得た:MS(ES+)451(M
H+、100%)。
b)3−ヒドロキシ−4−[N−[(4−ピリジルメトキシ)カルボニル]−L−
ロイシル]−1−ピロリジン塩酸塩
前工程からのカルバメートをEtOAc/HClで脱保護し、濃縮した後、標記
化合物8.4gを得た:MS(ES+)351(MH+、100%)。
c)4−[N−[(4−ピリジルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−1−[
N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−3−ピロリジノール
CBZロイシナール(155mg)のCH2Cl2中溶液にトリエチルアミン(0.
09mL)および前工程からのアミン塩酸塩(200mg、0.52ミリモル)を添
加した。該反応を室温で2時間撹拌し、次いで、溶媒の大部分を真空除去した。
該混合物をCH2Cl2に再溶解させ、トリアセトキシホウ水素化ナトリウムを添
加した。該反応を室温で4時間撹拌した。後処理およびカラムクロマトグラフィ
ー(5%メタノール/クロロホルム)により、標記化合物200.5mgを得た:
MS(ES+)583(MH+、100%)。
d)4−[N−[(4−ピリジルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−1−[
N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−3−ピロリジノン
前工程からのアルコール(50mg、0.09ミリモル)のDMSO(2mL)溶
液にトリエチルアミン(0.07mL、0.52ミリモル)およびピリジン/三酸
化硫黄複合体(41mg、0.26ミリモル)を添加した。該反応をTLC分析に
よる完了まで室温に維持した。後処理およびクロマトグラフィー(5%メタノー
ル/クロロホルム)により、標記化合物37mgを得た:MS(ES+)582(M
H+、100%)。
化合物4.(3S)−3−[(N−ベンジルオキシカルボニル)−L−ロイシニル]
アミノ−1−(1−プロポキシ)−5−メチル−2−ヘキサノの製造
(3S)−3−[(N−ベンジルオキシカルボニル)−L−ロイシニル]アミノ−1
−ジアゾ−5−メチル−2−ヘキサノン(150mg、0.37ミリモル)を1−
プロパノール(2.5ml)に溶解させ、次いで、酢酸ロジウム(2mg)を添加し
、該反応を室温で2時間撹拌した。該反応混合物をクロマトグラフィー(シリカ
ゲル、20%EtOAc/ヘキサン)に付して、白色固体として標記化合物を得た
(59mg、37%):MS(ES)M+H+=435、M+NH4 +=452、2M
+H+=869.6。
化合物5.ビス−(Cbz−ロイシニル)−1,3−ジアミノ−プロパン−2−オ ンの製造
Cbz−ロイシン(500mg、1.88ミリモル)、EDCI(558mg、1.8
8ミリモル)を、1,3−ジアミノ−プロパン−2−オール(85mg、0.94ミ
リモル)およびフニッヒ塩基(0.3ml、1.88ミリモル)と一緒にDMF(4
.0ml)に溶解させ、室温で一晩撹拌した。該反応をEtOAc(20ml)で希釈
し、水(2×20ml)で抽出した。合わせた有機物を硫酸マグネシウムで乾燥さ
せ、濾過し、真空濃縮した。次いで、該中間体をアセトン(4.0ml)に溶解さ
せ、ジョーンズ試薬(2.0ml、1.5M)を滴下し、該反応を室温で一晩撹拌し
た。次いで、過剰のジョーンズ試薬をイソプロパノール(1.0ml)により急冷
し、次いで、該反応をEtOAc(20ml)で希釈し、水(2×20ml)で抽出し
て、無機塩を除去した。合わせた有機物を硫酸マグネシウムで乾燥させ、濾過し
、濃縮し、クロマトグラフィー(シリカゲル、2−5%MeOH/塩化メチレン
)に付して、白色固体として標記化合物(410mg、75%)を得た。MS(E
S)M+H+=583、M+Na+=605。
化合物6.2−[N−(3−ベンジルオキシベンゾイル)]−2'−[N'−(N−ベ ンジルオキシカルボニル−L−ロイシニル)]カルボヒドラジドの製造
a)3−ベンジルオキシ安息香酸メチル
NaH(0.395g、9.87ミリモル、鉱油中60%)のDMF(20mL)
中懸濁液に3−ヒドロキシ安息香酸メチル(1.0g、6.58ミリモル)を添加
した。室温で15分間撹拌した後、臭化ベンジル(1.1g、6.58ミリモル)
を添加した。室温て3時間撹拌した後、該溶液を酢酸エチルおよび水に分配させ
た。有機層を水(2×75mL)、重炭酸ナトリウム飽和水溶液および食塩水で
洗浄し、次いで、乾燥させ(MgSO4)、濾過し、濃縮して、オフホワイト色の
固体(1.013g、4.2ミリモル)を得た。1H NMR(400MHz,CDC
l3)d 7.67(m,2H)、7.48−7.34(m,6H)、7.19(m,1H)、5
.12(s,2H)、3.95(s,3H)。
b)3−ベンジルオキシ安息香酸
実施例6(a)の化合物(0.400g、1.65ミリモル)のTHF(2mL)お
よび水(2mL)中溶液に水酸化リチウム一水和物(0.076g、1.82ミリモ
ル)を添加した。還流させながら5時間撹拌した後、該溶液を酢酸エチルおよび
3N HClに分配させた。有機層を食塩水で洗浄し、乾燥させ(MgSO4)、濾
過し、濃縮して、白色固体(0.355g、1.56ミリモル)を得た。1H NM
R(400MHz,CD3OD)d 7.58(m,2H)、7.36-7.24(m,6H)
、7.10(m,1H)、5.04(s,2H)。
c)2−[N−(3−ベンジルオキシベンゾイル)]−2'−[N'−(N−ベンジル
オキシカルボニル−L−ロイシニル)]カルボヒドラジド
N−アセチル−L−ロイシンの代わりに3−ベンジルオキシ安息香酸を、2−
[N−(N−ベンジルオキシカルボニル−L−アラニル)]カルボヒドラジドの代わ
りに2−[N−(N−ベンジルオキシカルボニル−L−ロイシニル)]カルボヒドラ
ジドを用いる以外は、下記実施例Aの方法に従って、標記化合物を白色固体とし
て製造した(0.062g、25%)。MS(ESI):548.1(M+H)+。
実施例A
2−[N−(N−アセチル−L−ロイシニル)]−2'−[N'−(N−ベンジルオキ シカルボニル−L−アラニル)]カルボヒドラジドの製造
2−[N−(N−ベンジルオキシカルボニル−L−アラニル)]カルボヒドラジド
(0.150g、0.508ミリモル)のDMF(2mL)中撹拌溶液にN−アセチ
ル−L−ロイシン(0.092g、0.534ミリモル)、1−ヒドロキシベンゾ
トリアゾール(0.014g、0.102ミリモル)および1−(3−ジメチルアミ
ノプロピル)−3−エチルカルボジイミド塩酸塩(0.102g、0.534ミリモ
ル)を添加した。室温で16時間撹拌した後、該溶液を酢酸エチルで希釈し、連
続して、水、重炭酸ナトリウム飽和水溶液、および食塩水で洗浄した。有機層を
乾燥させ(MgSO4)、濾過し、濃縮した。残留物をカラムクロマトグラフィー
(シリカゲル、メタノール/ジクロロメタン)に付すことによって精製して、白
色固体として標記化合物(0.028g、12%)を得た。MS(ESI):451
.1(M+H)+。
化合物7.(1S)−N−[2−[(1−ベンジルオキシカルボニルアミノ)−3− メチルブチル]チアゾール−4−イルカルボニル]−N'−(N−ベンジルオキシカ ルボニル−L−ロイシニル)ヒドラジドの製造
a)N−tert−ブトキシカルボニル−(L)−ロイシンアミド
−40℃で、N−tert−ブトキシカルボニル−(L)−ロイシン(7.0g、28
.1ミリモル)の乾燥THF(100mL)中溶液にクロロギ酸イソブチル(3.
8g、28.1ミリモル)およびN−メチルモルホリン(6.0、59ミリモル)
を添加した。15分間撹拌した後、該混合物にアンモニアをさらに15分間通気
させ、次いで、室温に加温し、2時間撹拌した。混合物を濾過し、濾液を真空濃
縮して、白色固体として標記化合物(6.5、28.0ミリモル〕を得た。1H N
MR(400MHz,CDCl3)d 6.38(br s,1H)、5.89(br s,1H
)、5.04(br d,1H)、4.13(m,1H)、1.71−1.49(m,3H)、
1.39(s,9H)、0.92(dd,6H)。
b)N−tert−ブトキシカルボニル−(L)−ロイシンチオアミド
実施例7(a)の化合物(6.5、28.0ミリモル)の乾燥TGF中撹拌溶液に
ローソン試薬(6.8g、16.9ミリモル)を添加し、アルゴン下、室温で一晩
、該混合物を撹拌した。溶媒を蒸発させ、残留物をクロマトグラフィー(シリカ
ゲル、12%酢酸エチル/ヘキサン)に付して、白色固体として標記化合物を得
た(5.4g、77%)。1H NMR(400MHz,CDCl3)d 8.54(br
s,1H)、7.97(br s,1H)、5.28(br d,1H)、4.52(m,1H)
、
1.72−1.58(m,3H)、1.40(s,9H)、0.92(m,6H)。
c)(1S)−1−(tert−ブトキシカルボニル)アミノ−1−(4−カルボエト
キシチアゾール−2−イル)−3−メチルブタン
アルゴン下、−10℃で、実施例7(b)の化合物(5.4g、21.7ミリモル
)を乾燥アセトン(100mL)中で撹拌した。ブロモピルビン酸エチル(4.7g
、23.9ミリモル)を添加し、−10℃で1時間撹拌した。該溶液をクロロホ
ルムおよび水のよく撹拌した混合物中に注ぎ、次いで、重炭酸ナトリウム飽和水
溶液中に注いだ。有機相を分離し、水性層をクロロホルムで抽出した。合わせた
有機抽出物をMgSO4で乾燥させ、濾過し、油状物に濃縮した。−20℃で1時
間、油状残留物をジクロロメタン中のTFAA(5.0g、23.9ミリモル)お
よびピリジン(3.8g、47.8ミリモル)で処理した。過剰の溶媒を真空除去
し、残留物をジクロロメタンに溶解させた。該溶液を、重炭酸ナトリウム飽和水
溶液および1.0N KHSO4でpHが7になるまで洗浄した。該溶液を硫酸マグ
ネシウムで乾燥させ、濾過し、油状物に濃縮し、これをクロマトグラフィー(シ
リカゲル、7.5%酢酸エチル/ヘキサン)に付して、黄褐色固体として標記化
合物を得た(4.5g、61%)。1H NMR(400MHz,CDCl3)d 7.9
8(s,1H)、5.04(br d,1H)、4.95(m,1H)、4.31(q,2H)、
1.88(m,1H)、1.63(m,2H)、1.40(s,9H)、1.32(t,3H)、
0.85(dd,6H)。
d)(1S)−1−(ベンジルオキシカルボニル)アミノ−1−(4−カルボエト
キシチアゾール−2−イル)−3−メチルブタン
実施例7(c)の化合物(0.250g、0.731ミリモル)をTFA(2mL)
に溶解させ、室温で15分間撹拌した後、メタノールで希釈し、次いで、真空濃
縮した。残留物を塩化メチレンに溶解させ、トリエチルアミン(0.739g、7
.31ミリモル)で処理し、次いで、クロロギ酸ベンジル(1.2g、7.31ミリ
モル)で処理した。該溶液を室温で2時間撹拌した後、酢酸エチル/水に分配さ
せた。有機層を食塩水で洗浄し、回収し、乾燥させ(MgSO4)、濃縮して残留
物を得、これをクロマトグラフィー(シリカゲル、15%酢酸エチル/ヘキサン
)
に付して、油状物として標記化合物を得た(0.198g、72%)。1H NMR
(400MHz,CDCl3)d 8.01(s,1H)、7.32(m,5H)、5.51(
br d,1H)、5.14(m,1H)、5.10(s,2H)、4.37(q,2H)、1.
93(m,1H)、1.81−1.67(m,2H)、1.39(t,3H)、0.95(m,
6H)。
e)(1S)−N−[2−[(1−ベンジルオキシカルボニルアミノ)−3−メチル
ブチル]チアゾール−4−イルカルボニル]−N'−(N−ベンジルオキシカルボニ
ル−L−ロイシニル)ヒドラジド
工程(c)において(1S)−1−ベンジルオキシカルボニルアミノ−1−(2
−カルボエトキシチアゾール−4−イル)−3−メチルブタンの代わりに(1S)
−1−(ベンジルオキシカルボニル)アミノ−1−(4−カルボエトキシチアゾー
ル−2−イル)−3−メチルブタンを用いる以外は、実施例B(a)−(d)の方法
に従って、標記化合物を製造した。MS(MH+):610.0。
実施例B
( 1S,2'R)−N−4−[[(1−ベンジルオキシカルボニル)アミノ]−3−メ チルブチル]チアゾール−2−イルカルボニル−N'−2'−(ベンジルオキシカル ボニル)アミノ−4'−メチルペンタノイルヒドラジドの製造
a)N−ベンジルオキシカルボニル−L−ロイシニルブロモメチルケトン
エーテル(225mL)中の1−メチル−3−ニトロ−1−ニトロソグアニジ
ン(6.65g、45.2ミリモル)を0℃に冷却した。40%水酸化ナトリウム
をゆっくりと添加し、0℃で30分間、エーテル溶液中にジアゾメタンを回収し
た。次いで、該エーテル溶液をデカントし、0℃で放置した。
N−Cbz−L−ロイシン(2.10g、7.6ミリモル)をTHF(10mL)に
溶解させ、−40℃に冷却し、4−メチルモルホリン(0.77g、7.6ミリモ
ル、0.83mL)を添加し、次いで、クロロギ酸イソブチル(1.04g、7.6
ミリモル、0.98mL)を滴下した。15分後、該溶液を、予め製造したエーテ
ル性ジアゾメタンの0℃溶液中に濾過した。得られた溶液を0℃で23時間放置
した。HBr(酢酸中30%)(45.2ミリモル、9mL)を添加し、得られた
溶液を0℃で5分間撹拌し、次いで、連続して、0.1N HCl、NaHCO3飽
和水溶液および飽和食塩水で洗浄し、次いで、乾燥させ(MgSO4)、濾過し、
濃縮して、無色の油状物として標記化合物を得た(2.43g、94%)。
b)(1S)−1−ベンジルオキシカルボニルアミノ−1−(2−カルボエトキ
シチアゾール−4−イル)−3−メチルブタン
実施例B(a)の化合物(1.57g、4.58ミリモル)およびチオオキサミン
酸エチル(0.61g、4.58ミリモル)のエタノール(10mL)中溶液を還流
させながら4時間加熱した。次いで、該溶液を冷却し、濃縮し、該残留物を1:
4の酢酸エチル/ヘキサンで溶離する230−400メッシュのシリカゲル上で
のフラッシュクロマトグラフィーに付すことによって精製して、黄色油状物とし
て標記化合物を得た(1.0g、58%)。1H NMR(400MHz,CDCl3)
d 7.41(s,1H)、7.34−7.31(m,5H)、5.40(d,1H)、5.1
0(d,1H)、5.05(d,1H)、4.98(q,1H)、4.48(q,2H)、1.8
0−1.76(m,2H)、1.57−1.53(m,1H)、1.44(t,3H)、0.9
5(d,3H)、0.93(d,3H)。
c)(1S)−1−ベンジルオキシカルボニルアミノ−1−(2−ヒドラジノカ
ルボニルチアゾール−4−イル)−3−メチルブタン
実施例B(b)の化合物(0.30g、0.8ミリモル)およびヒドラジン水和物
(0.40g、8.0ミリモル、0.39mL)のエタノール(8mL)中溶液を室温
で2時間撹拌した。次いで、該溶液を濃縮して、白色泡状物として標記化合物を
得た(0.28g、98%)。1H NMR(400MHz,CDCl3)d 8.29(
s,1H)、7.37−7.35(m,5H)、5.18(d,1H)、5.09(dd,2H
)、4.95(q,1H)、4.07(d,2)、1.71(t,2H)、1.55(m,1H)
、0.96(d,3H)、0.94(d,3H)。
d)(1S,2'R)−N−4−[[(1−ベンジルオキシカルボニル)アミノ]−3
−メチルブチル]チアゾール−2−イルカルボニル−N'−2'−(ベンジルオキシ
カルボニル)アミノ−4'−メチルペンタノイルヒドラジド
実施例B(c)の化合物(100mg、0.28ミリモル)、N−Cbz−L−ロイ
シン(80.5mg、0.30ミリモル)、1−(3−ジメチルアミノプロピル)−3
−エチルカルボジイミド塩酸塩(58.2mg、0.30ミリモル)および1−ヒド
ロキシベンゾトリアゾール(7.5mg、0.06ミリモル)のDMF(0.6ミリ
モル)中溶液を室温で18時間撹拌した。該溶液を酢酸エチルで希釈し、連続し
て、水、0.1N HCl、NaHCO3飽和水溶液および飽和食塩水で洗浄し、次
いで、乾燥させ(MgSO4)、濾過し、濃縮した。残留物を、1:1の酢酸エチ
ル/ヘキサンで溶離する230−400メッシュのシリカゲル上でフラッシュク
ロマトグラフィーに付すことによって精製して、白色固体として標記化合物を得
た(111.4mg、66%)。融点110−112℃。
化合物8.2,2'−N,N'−ビス−ベンジルオキシカルボニル−L−ロイシニ ルカルボヒドラジドの製造
N−Cbz−L−ロイシン(ケミカル・ダイナミクス・コーポレーション(Che
mical Dynamics Corp.))(2.94g、11.1ミリモル)のDMF 22mL
中撹拌溶液にカルボヒドラジド(0.5g、5.6ミリモル)、1−(3−ジメチ
ルアミノプロピル)−3−エチルカルボジイミド塩酸塩(2.13g、11.1ミリ
モル)および1−ヒドロキシベンゾトリアゾール(0.3g、2.2ミリモル)を
添加した。室温で22時間撹拌した後、該溶液を水500mL中に注いだ。真空
濾過によって沈殿物を回収し、水(4×150mL)およびジクロロメタン(4
×150mL)で洗浄し、次いで、真空乾燥させて、白色固体として標記化合物
を得た(1.49g、46%)。MS(ESI):607.1(M+Na)+。
化合物9.1−N−(N−イミダゾールアセチル−ロイシニル)−アミノ−3− N−(4−フェノキシ−フェニル−スルホニル)−アミノ−プロパン−2−オン
a)1−N−(N−イミダゾールアセチル−ロイシニル)−アミノ−3−N−(
4−フェノキシフェニルスルホニル)−アミノ−プロパン−2−オン
「4−ピリジル酢酸」の代わりに「イミダゾール酢酸」を用いて、以下の実施
例C(a)−(d)の方法に従って、標記化合物を製造した:MS(ES)M+H+=
542。
実施例C
1−N−(N−Cbz−ロイシニル)−アミノ−3−N−(2−ピリジル−スルホ ニル)−アミノ−プロパン−2−オンの製造
a)1−N−(N−Cbz−ロイシニル)−アミノ−3−N−(4−フェノキシ−
フェニル−スルホニル)−アミノ−プロパン−2−オール
DMF(100ml)およびCbz-ロイシン(20g、75.5ミリモル)に1,3
−ジアミノプロパン−2−オール(6.75g、75ミリモル)を溶解させ、HO
BT水和物(11g、81.5ミリモル)、およびEDCI(15.5g、81.2
ミリモル)を添加した。該反応を室温で一晩撹拌した。該反応混合物の一部(3
0ml)を真空濃縮し、次いで、エーテル(50ml)およびMeOH(30ml)を添
加した。塩酸のエーテル中1N溶液(1M、30ml)を添加し、白色のガム状物
を形成し、エーテルで数回洗浄した。MeOH−アセトンを添加し、ガム状物が
白色固体になるまで加熱した。白色固体をDMF(25ml)およびDIEA(5
ml)に溶解させ、次いで、塩化4−フェノキシフェニルスルホニルを添加した。
該反応を2時間撹拌し、真空濃縮し、次いで、クロマトグラフィー(シリカゲル
、1:1のEtOAc:ヘキサン)に付して、白色固体として所望の生成物を得た
。
b)ロイシニル−アミノ−3−N−(4−フェノキシフェニルスルホニル)−ア
ミノ−プロパン−2−オール
1−N−(Cbz−ロイシニル)−アミノ−3−N−(4−フェノキシ−フェニル
−スルホニル)−アミノ−プロパン−2−オール(1.0g、1.8ミリモル)をE
tOH(30ml)に溶解させ、次いで、10%Pd/C(0.22g)を添加し、次
いで、6N塩酸(2.5ml)を添加し、室温で4時間、水素ガスのバルーン下で
、該反応を撹拌した。該反応混合物を濾過し、濃縮し、トルエンと一緒に共沸さ
せて、白色のガラスを得、これをさらには精製せずに次反応で用いた。
c)1−N−(N−4−ピリジルアセチル−ロイシニル)−アミノ−3−N−(
4−フェノキシ−フェニル−スルホニル)−アミノ−プロパン−2−オール
ロイシニル−アミノ−3−N−(4−フェノキシフェルスルホニル)−アミノ−
プロパン−2−オール(0.36g、0.76ミリモル)をDMF(5ml)に溶解
させ、次いで、NMM(0.45ml、4ミリモル)を添加し、次いで、4−ピリ
ジル酢酸(0.13g、0.75ミリモル)およびHBTU(0.29g、0.76ミ
リモル)を添加し、該反応を室温で一晩撹拌した。該反応混合物を真空濃縮し、
クロマトグラフィー(シリカゲル、5%MeOH:塩化メチレン)に付して、白
色固体として所望の生成物を得た(90mg)。MS(ES):M+H+=555。
d)1−N−(N−4−ピリジルアセチル−ロイシニル)−アミノ−3−N−(
4−フェノキシ−フェニル−スルホニル)−アミノ−プロパン−2−オン
1−N−(N−4−ピリジル−アセチル−ロイシニル)−アミノ−3−N−(4
−フェノキシ−フェニル−スルホニル)−アミノ−プロパン−2−オール(45m
g、0.08ミリモル)をアセトン(5ml)に溶解させ、次いで、1N塩酸(2ml
)を添加した。該反応を真空濃縮し、次いで、アセトンに再溶解させた。ジョー
ンズ試薬(1.5M、数滴)を添加し、反応混合物を室温で6時間撹拌した。イ
ソプロパノール(0.5ml)を添加し、反応混合物を真空濃縮した。該反応をpH
7バッファーで希釈し、次いで、EtOAcで抽出し、硫酸マグネシウムで乾燥さ
せ、濾過し、真空濃縮し、次いで、クロマトグラフィー(シリカゲル、5%Me
OH−塩化メチレン)に付して、白色固体として所望の生成物を得た(27mg、
50%):MS(ES):M+H+=553。
B.タンパクおよびタンパク−阻害薬複合体の結晶化
以下に記載する9種類の阻害薬のうち最初の8種類について、ヒトカテプシン
Kをバキュロウイルス(baculovirus)細胞中で発現させた。発現したプロ−カ
テプシンKを含有するならし培地を、25mMリン酸塩バッファー(pH8)で予
め平衡化させたS−セファロース(Sepharose)カラムに直接負荷した。含有カ
ラムをNaCl勾配液で溶離した。プロ−カテプシンKを含有するフラクションを
プールし、2.5mg/mlに濃縮し、20mM L−システインおよび1%成熟カテ
プシンKをシードとして含有する50mM酢酸ナトリウムバッファー(pH4.0
)中で成熟カテプシンKに活性化された。フルオロジェニック基質としてCBZ
−Phe−Arg−AMCを用いてSDS−PAGEによって該活性化をモニターし
た。増大する比活性がプラトー(約15マイクロモル/分/mg)に達した後、阻
害薬
の添加によって該反応を停止した。阻害された成熟カテプシンKを濃縮し、20
mM MES、50mM NaCl、2mM L-システイン(pH6)に対して透析した
。
4−[N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−1−N−[N−( メチル)−L−ロイシル)]−3−ピロリジノン(のみ)を用いるカテプシンK複 合体のためのタンパク調製
ヒトカテプシンKをイ−・コリ(E.coli)中で発現させた。細菌培養物1L
からの細胞ペレット2.35gのを50mMトリス/HCl、5mM EDTA、15
0mM NaCl(pH8.0)の50mLで洗浄した。13,000xgで15分間遠
心分離した後、洗浄したペレットを、4℃で調製した同バッファー25mLに再
懸濁させ、10,000psiで細胞粉砕器(アベスティン(Avestin))に2回か
けて、溶解させた。前記に従って、溶解物を遠心分離し、上清をデカントし、8
M尿素または6MグアニジンHClを含有する50mMトリス/HCl、10mM
DTT、5mM EDTA、150mM NaCl(pH8.0)25mLにペレットを
懸濁させた。4℃で30分間撹拌した後、23,000xgで30分間遠心分離
することによって、不溶性細胞デブリを除去し、上清を濾過(0.45um、ミリ
ポア(Millipore))により浄化した。
種々の量のカテプシンKの酵素前駆体を素早く希釈することによって、撹拌し
ているN2(g)散布した50mMトリス/HCl、5mM EDTA、10mM還元
グルタチオンおよび1mM酸化グルタチオン、0.7M L−アルギニン(pH8.
0)中に再び切るように混ぜ、4℃で一晩撹拌した。YM−10膜(アミコン(
Amicon))に適合した撹拌細胞を用いて約1mg/mLに濃縮した後、試料を遠心
分離および濾過により浄化し、次いで、25mM Na2PO4、1.0M NaCl(
pH7.0)に対して透析した。25mM Na2PO4、1.0M NaCl(pH7.0
)中で予備平衡化させたセファデックス(Sephadex)75(ファルマシア(Ph
armacia))の2.6×90cmカラムにLFR=23cm/時で透析物を負荷した。
還元SDS−PAGEゲル上で観察した場合の純度に基づいて、カテプシンK酵
素前駆体をプールした。
阻害薬と複合体形成した成熟した活性化カテプシンKの結晶は、20℃で約6
日間のうちに約0.2mm3の大きさに成長した。結晶化において用いた阻害された
カテプシンKの濃度は、約8mg/mlであった。ハンギングドロップ法における蒸
気拡散の方法を用いて、カテプシンK−阻害薬複合体の溶液により結晶を成長さ
せた。決定しようとする初期の結晶構造は、システインプロテアーゼ阻害薬E6
4との複合体におけるカテプシンKのものであった。E−64と複合体形成した
成熟した活性化カテプシンKの結晶は、20℃で6日間のうちに約0.2mm3の大
きさに成長した。結晶化において用いたE−64阻害されたカテプシンKの濃度
は、8mg/mlであった。0.2M NaClを含有する10%PEG80000、0
.1M Na+/K+リン酸塩(pH6.2)の溶液によるハンギングドロップ法にお
ける蒸気拡散法を用いた。該複合体の結晶は、a=38.4、b=50.7および
c=104.9Åのセル定数を有する斜方晶系空間群P212121である。この結
晶形は、フォームIIで示されるであろう。該結晶は、非対称単位中に1個の分子
を含有し、Vm値が2.1A3/ダルトンである約40%溶媒を含有する。5KW
で操作するシ−メンス・ローテーティング・アノード・ジェネレート(Siemens
rotating anode generate)上でシーメンス(Siemens)二次元座標感受性検出
器を用いて、単結晶からX線回折データを測定した。該構造は、X−PLORを
用いて分子置換法により決定した。パパインの主鎖の全原子およびこれらの側鎖
原子からなる初期モデルは、配列整列により決定されるように2つのタンパク間
で相同であると予想された。10〜4ÅのX線回折データおよび32Åの積分半
径を用いて交差回転関数を算出した。最高ピークは、6.0σであった。並進サ
ーチは、最高ピーク12.5σを生じる8〜3.5Åのデータを用いて行った。得
られたモデルは、0.488のRc因子を与えた。このモデルは、剛体精密化によ
り精密化され、得られた位相を用いて、係数|Fo−Fc|および|2Fo−Fc|を有
するフーリエマップを算出し、分子グラフィックスプログラムFRODOを用い
て、カテプシンKの原子モデルを作成した。慣用的な座標精密化を用いて、モデ
ル作成の間に構造を精密化した。該構造は、X−PLORを用いて精密化した。
E64についての電子密度は、マップにおいて明確であった。阻害薬は、密度に
組み込まれ、最終Rc0.191までさらに数回のマップ適合化および精密化の
サイクルを行った。
カテプシンKの3(S)−3−[(N−ベンジルオキシカルボニル)−L−ロイシ ニル]アミノ−5−メチル−1−(1−プロポキシ)−2−ヘキサノンとの複合体 の結晶化
阻害薬と複合体形成した成熟した活性化カテプシンKの結晶を10%イソプロ
パノール、0.1M NaPO4/クエン酸塩(pH4.2)の溶液により成長させた
。該複合体の結晶は、a=57.6Åおよびc=131.2Åのセル定数を有する
正方晶系空間群P43212である。この結晶形は、フォームIIIで示されるであ
ろう。前記に従って、回折データを収集した。該結晶は、非対称単位中に1個の
分子を含有し、Vm値が2.3Å3/ダルトンである36%溶媒を含有する。該構
造は、2.5Åの分解能でX−PLORを用いて分子置換法により決定した。初
期モデルは、カテプシンK−E64構造の斜方晶系の全てのタンパク原子からな
っていた。分子置換法は、カテプシンK−E64構造決定について前記したと同
様に行った。このモデルは、X−PLORを用いて剛体精密化により精密化され
、得られた位相を用いて、係数|Fo−Fc|および|2Fo−Fc|を有するフーリエ
マップを算出し、分子グラフィックスプログラムFRODOを用いて、阻害薬の
原子モデルを作成した。慣用的な座標精密化を用いて、モデル作成の間に構造を
精密化した。該構造は、X−PLORを用いて精密化した。最終Rc0.245ま
で数回のマップ適合化および精密化のサイクルを行った。
カテプシンKの2−[N−(3−ベンジルオキシベンゾイル)]−2'−[N'−(N −ベンジルオキシカルボニル−L−ロイシニル)]カルボヒドラジドとの複合体の 結晶化
阻害薬と複合体形成した成熟した活性化カテプシンKの結晶を、0.15M L
i2SO4を含有する22.5%PEG 8000、0.075M酢酸ナトリウム(p
H4.5)の溶液により成長させた。該複合体の結晶は、フォームIIIとして成長
した。前記に従って、回折データを算出した。該構造は、2.4Åの分解能で前
記フォームIIIタンパクモデルを用いて、X−PLORによる剛体精密化により
決定した。係数|Fo−Fc|および|2Fo−Fc|を有するフーリエマップを用い、
分子グラフィックスプログラムFRODOを用いて、阻害薬の原子モデルを適合
させた。慣用的な座標精密化(X−PLOR)を用いて、モデル作成の間に構造
を精密化した。最終Rc0.237まで数回のマップ適合化および精密化のサイク
ルを行った。
カテプシンKのビス−(Cbz−ロイシニル)−1,3−ジアミノプロパン−2− オンとの複合体の結晶化
阻害薬と複合体形成した成熟した活性化カテプシンKの結晶を10%イソプロ
パノール、0.1M NaPO4/クエン酸塩(pH4.2)の溶液により成長させた
。該複合体の結晶は、フォームIIIとして成長した。前記に従って、回折データ
を収集した。該構造は、2.6Åの分解能で前記フォームIIIタンパクモデルの剛
体精密化により決定した。係数|Fo−Fc|および|2Fo−Fc|を有するフーリエ
マップを用い、分子グラフィックスプログラムFRODOを用いて、阻害薬の原
子モデルを適合させた。慣用的な座標精密化を用いて、モデル作成の間に構造を
精密化した。最終Rc0.210まで数回のマップ適合化および精密化のサイクル
をX−PLORを用いて行った。
カテプシンKの4−[N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]− 1−N[N−(メチル)−L−ロイシル)]−3−ピロリジノンとの複合体の結晶化
阻害薬と複合体形成した成熟した活性化カテプシンKの結晶を、0.12M L
i2SO4を含有する18%PEG 8000、0.6M酢酸ナトリウム(pH4.5
)の溶液により成長させた。該複合体の結晶は、フォームIIIにおいて成長した
。前記に従って、回折データを収集した。該構造は、2.4Åの分解能でX−P
LORによる前記フォームIIIタンパクモデルの剛体精密化により決定した。係
数|Fo−Fc|および|2Fo−Fc|を有するフーリエマップを用い、分子グラフイ
ックスプログラムFRODOを用いて、阻害薬の原子モデルを適合させた。慣用
的な座標精密化を用い、X−PLORを用いてモデル作成の間に構造を精密化し
た。最終Rc0.218まで数回のマップ適合化および精密化のサイクルを行った
。
カテプシンKの(1S)−N−[2−[(1−ベンジルオキシカルボニルアミノ)− 3−メチルブチル]チアゾール−4−イルカルボニル]−N'−(N−ベンジルオキ シカルボニル−L−ロイシニル)ヒドラジドとの複合体の結晶化
阻害薬と複合体形成した成熟した活性化カテプシンKの結晶を30%MPD、
0.1M MES(pH7.0)および0.1Mトリスバッファー(pH7.0)の溶
液により成長させた。該複合体の結晶は、フォームIIである。前記に従って、回
折データを収集した。該構造は、2.3Åの分解能でX−PLORによる前記フ
ォームIIタンパクモデルの剛体精密化により決定した。係数|Fo−Fc|および|
2Fo−Fc|を有するフーリエマップを用い、分子グラフィックスプログラムF
RODOを用いて、阻害薬の原子モデルを適合させた。慣用的な座標精密化を用
い、X−PLORを用いてモデル作成の間に構造を精密化した。最終Rc0.21
1まで数回のマップ適合化および精密化のサイクルを行った。
カテプシンKの2,2'−N,N'−ビス−ベンジルオキシカルボニル−L−ロイ シニルカルボヒドラジドとの複合体の結晶化
阻害薬と複合体形成した成熟した活性化カテプシンKの結晶を33%MPD、
0.1M MES(pH7)の溶液により成長させた。該複合体の結晶は、フォー
ムIIとして成長した。前記に従って、回折データを収集した。該構造は、2.2
Åの分解能でX−PLORによる前記フォームIIタンパクモデルの剛体精密化に
より決定した。係数|Fo−Fc|および|2Fo−Fc|を有するフーリエマップを用
い、分子グラフィックスプログラムFRODOを用いて、阻害薬の原子モデルを
適合させた。慣用的な座標精密化を用い、X−PLORを用いてモデル作成の間
に構造を精密化した。最終Rc0.208まで数回のマップ適合化および精密化の
サイクルを行った。
カテプシンKの4−[N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]− 1−[N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−3−ピロリジノン との複合体の結晶化
阻害薬と複合体形成した成熟した活性化カテプシンKの結晶を28%MPD、
0.1M MES(pH7.0)および0.1トリスバッファー(pH7.0)の溶液
により成長させた。該複合体の結晶は、フォームIIである。前記に従って、回折
データを収集した。該構造は、2.3Åの分解能でX−PLORによる前記フォ
ームIIタンパクモデルの剛体精密化により決定した。係数|Fo−Fc|および|2
Fo−Fc|を有するフーリエマップを用い、分子グラフィックスプログラムFR
ODOを用いて、阻害薬の原子モデルを適合させた。慣用的な座標精密化を用い
、X−PLORを用いてモデル作成の間に構造を精密化した。最終Rc0.193
まで数回のマップ適合化および精密化のサイクルを行った。
カテプシンKの4−[N−[(4−ピリジルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシ ル]−1−[N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−3−ピロリ ジノンとの複合体の結晶化
阻害薬と複合体形成した成熟した活性化カテプシンKの結晶を30%MPD、
0.1M MES(pH7.0)および0.1トリスバッファー(pH7.0)の溶液
により成長させた。該複合体の結晶は、フォームIIである。前記に従って、回折
データを収集した。該構造は、2.2Åの分解能でX−PLORによる前記フォ
ームIIタンパクモデルの剛体精密化により決定した。係数|Fo−Fc|および|2
Fo−Fc|を有するフーリエマップを用い、分子グラフィックスプログラムFR
ODOを用いて、阻害薬の原子モデルを適合させた。慣用的な座標精密化を用い
、X−PLORを用いてモデル作成の間に構造を精密化した。最終Rc0.267
まで数回のマップ適合化および精密化のサイクルを行った。
カテプシンKの1−N−(N−イミダゾールアセチル−ロイシニル)−アミノ− 3−N−(4−フェノキシ−フェニル−スルホニル)−アミノ−プロパン−2−オ ンとの複合体の結晶化
阻害薬と複合体形成した成熟した活性化カテプシンKの結晶を、0.12M L
i2SO4を含有する18%PEG 8000、0.6M酢酸ナトリウム(pH4.5
)の溶液により成長させた。該複合体の結晶は、フォームIIIである。前記に従
って、回折データを収集した。該構造は、2.5Åの分解能でX−PLORによ
る前記フォームIIタンパクモデルの剛体精密化により決定した。係数|Fo−Fc|
および|2Fo−Fc|を有するフーリエマップを用い、分子グラフィックスプログ
ラムFRODOを用いて、阻害薬の原子モデルを適合させた。慣用的な座標精密
化を用い、モデル作成の間に構造を精密化した。最終Rc0.246まで数回のマ
ッ
プ適合化および精密化のサイクルをX−PLORを用いて行った。
略語
E−64、[1−[N−[(L−3−トランス−カルボキシオキシラン−2−カル
ボニル)−L−ロイシル]アミノ]−4−グアニジノブタン]
CBZ、ベンジルオキシカルボニル
AMC、アミノメチルクマリン
MPD、2−メチル−2,4−ペンタンジオール
PIPES、ピペラゾン−N,N−ビス(2−エタンスルホン酸)
MES、2−(N−モルホリノ)−エタンスルホン酸
トリス、トリス(ヒドロキシメチル)−アミノメタン
PEG、ポリエチレングリコール
M、モル
Rc=Σ|(Fo−Fc)|/Fo
Fo=構造アンプリチュードの測定値
Fc=構造アンプリチュードの理論値
EDTA、エチレンジアミン四酢酸
DTT、1,4−ジチオトレイトール
SDS−PAGE、ドデシル硫酸ナトリウム−ポリアクリルアミドゲル電気泳
動法
本発明は、本明細書に記載した特定の具体例によって範囲を限定されるもので
はない。実際、当業者には、前記のことから本明細書に記載した具体例に加えて
本発明の種々の変形例が明らかになるであろう。かかる変形例は、添付した請求
の範囲の範囲内となるものである。
本明細書で引用した特許、特許出願および刊行物の記載は、出典明示により本
明細書の一部とする。
─────────────────────────────────────────────────────
フロントページの続き
(51)Int.Cl.6 識別記号 FI
C12N 9/99 C12Q 1/37
C12Q 1/37 A61K 37/64 AED
(31)優先権主張番号 60/008,992
(32)優先日 1995年12月21日
(33)優先権主張国 米国(US)
(31)優先権主張番号 60/013,747
(32)優先日 1996年3月20日
(33)優先権主張国 米国(US)
(31)優先権主張番号 60/013,748
(32)優先日 1996年3月20日
(33)優先権主張国 米国(US)
(31)優先権主張番号 60/013,764
(32)優先日 1996年3月20日
(33)優先権主張国 米国(US)
(31)優先権主張番号 60/017,455
(32)優先日 1996年5月17日
(33)優先権主張国 米国(US)
(31)優先権主張番号 60/017,892
(32)優先日 1996年5月17日
(33)優先権主張国 米国(US)
(31)優先権主張番号 60/020,478
(32)優先日 1996年6月13日
(33)優先権主張国 米国(US)
(31)優先権主張番号 60/022,047
(32)優先日 1996年7月22日
(33)優先権主張国 米国(US)
(31)優先権主張番号 60/023,494
(32)優先日 1996年8月7日
(33)優先権主張国 米国(US)
(31)優先権主張番号 60/023,742
(32)優先日 1996年8月8日
(33)優先権主張国 米国(US)
(81)指定国 EP(AT,BE,CH,DE,
DK,ES,FI,FR,GB,GR,IE,IT,L
U,MC,NL,PT,SE),OA(BF,BJ,CF
,CG,CI,CM,GA,GN,ML,MR,NE,
SN,TD,TG),AP(KE,LS,MW,SD,S
Z,UG),UA(AM,AZ,BY,KG,KZ,MD
,RU,TJ,TM),AL,AM,AU,BB,BG
,BR,CA,CN,CZ,EE,GE,HU,IL,
IS,JP,KG,KP,KR,LK,LR,LT,L
V,MD,MG,MK,MN,MX,NO,NZ,PL
,RO,SG,SI,SK,TR,TT,UA,US,
UZ,VN
(72)発明者 カー,トーマス・ジョゼフ
アメリカ合衆国19460ペンシルベニア州
フェニックスビル、ジョナサン・ドライブ
27番
(72)発明者 デスジャーレイス,レネー・ルイス
アメリカ合衆国19087ペンシルベニア州
セント・デイビズ、コーンウォール・サー
クル11番
(72)発明者 ギャラガー,ティモシー・フランシス
アメリカ合衆国19438ペンシルベニア州
ハーレーズビル、マナー・ロード255番
(72)発明者 ハルバート,ステイシー・マリー
アメリカ合衆国19438ペンシルベニア州
ハーレーズ・ビル、モンゴメリー・ドライ
ブ149番
(72)発明者 ジャンソン,シェリル・アン
アメリカ合衆国19010ペンシルベニア州
ブリン・モーア、ラドブローク・ロード
200番
(72)発明者 マーキス,ロバート・ウェルズ・ジュニア
アメリカ合衆国19087ペンシルベニア州
セント・デイビズ、キャンブリア・コート
115番
(72)発明者 オー,ハイ−ジャ
アメリカ合衆国19341ペンシルベニア州
エクストン、ロング・リッジ・レイン326
番
(72)発明者 ル,ユ
アメリカ合衆国19083ペンシルベニア州
ヘイバータウン、ギルモア・ロード109番
(72)発明者 スミス,ワード・ホイットロック・ジュニ
ア
アメリカ合衆国19010ペンシルベニア州
ブリン・モーア、ラドブローク・ロード
200番
(72)発明者 トンプソン,スコット・ケビン
アメリカ合衆国19460ペンシルベニア州
フェニックスビル、ギルフォード・サーク
ル75番
(72)発明者 ベバー,ダニエル・フランク
アメリカ合衆国19002ペンシルベニア州
アンブラー、ベイトルソン・ロード290番
(72)発明者 ヤマシタ,デニス・シンジ
アメリカ合衆国19406ペンシルベニア州
キング・オブ・プルシア、エッジウッド・
ロード 703番
(72)発明者 イェン,ジャック・フェクウォ
アメリカ合衆国19355ペンシルベニア州
マルバーン、フェニックスビル・パイク
273番
(72)発明者 ツァオ,バオグァン
アメリカ合衆国19406ペンシルベニア州
キング・オブ・プルシア、エイ312、サウ
ス・ヘンダーソン・ロード649番
Claims (1)
- 【特許請求の範囲】 1.カテプシンKの阻害を必要とする哺乳動物に、カテプシンKの活性部位に 空間的に適合する化合物を投与することからなるカテプシンKの阻害方法であっ て、その化合物が、以下のいずれか2つの基を含有してなることを特徴とする方 法: (i)システイン25の側鎖硫黄原子に結合する親電子炭素原子(ここに、該 親電子炭素原子は該硫黄原子から1.7−4.0Åの距離にある); (ii)トリプトファン184と相互作用する疎水基(ここに、該疎水基の中心 とトリプトファン184の側鎖原子の中心の間の距離は4.10−7.10Åであ る); (iii)チロシン67、メチオニン68、アラニン134、ロイシン160お よびロイシン209と相互作用し、疎水性ポケットを形成する疎水基であって、 該疎水基の中心と該疎水性ポケットのアミノ酸残基の側鎖原子の中心の間が一定 の距離離れており、その距離がチロシン67:4.91−5.91Å、メチオニン 68:5.74−6.74Å、アラニン134:4.15−5.15Å、ロイシン1 60:6.18−7.18Åおよびロイシン209:5.71−6.71Åである疎 水基; (iv)チロシン67と相互作用する疎水基(ここに、該疎水基の中心とチロシ ン67の側鎖原子の中心の間の距離は4.10−7.10Åである); (v)グリシン66のアミド窒素により供与される水素原子と相互作用する、 pKaが7未満のアミノ基または酸素原子(ここに、これら2個の原子の間の距 離は2.7−3.5Åである); (vi)グルタミン21、システイン22およびグリシン23の主鎖原子と相互 作用する疎水基(ここに、該疎水基の中心とグルタミン21、システイン22お よびグリシン23の中心の間の距離は、各々、3.7−5.4、4.9−5.7およ び5.4−6.7Åである);または (vii)グルタミン143およびアスパラギン161の側鎖原子およびアラニ ン 137およびセリン138の主鎖と相互作用する疎水基(ここに、疎水基の中心 とグルタミン143、アスパラギン161、アラニン137およびセリン138 の中心の間の距離は、各々、7.9−9.6Å、4.7−5.4Å、4.2−5.5Å および4.6−6.4Åである)。 2.カテプシンKの阻害を必要とする哺乳動物に、カテプシンKの活性部位に 空間的に適合する化合物を投与することからなるカテプシンKの阻害方法であっ て、その化合物が、以下のいずれか3またはそれ以上の基を含有してなることを 特徴とする方法: (i)システイン25の側鎖硫黄原子に結合する親電子炭素原子(ここに、該 親電子炭素原子は該硫黄原子から1.7−4.0Åの距離にある); (ii)トリプトファン184と相互作用する疎水基(ここに、該疎水基の中心 とトリプトファン184の側鎖原子の中心の間の距離は4.10−7.10Åであ る); (iii)チロシン67、メチオニン68、アラニン134、ロイシン160お よびロイシン209と相互作用し、疎水性ポケットを形成する疎水基であって、 該疎水基の中心と該疎水性ポケットのアミノ酸残基の側鎖原子の中心の間が一定 の距離離れており、その距離がチロシン67:4.91−5.91Å、メチオニン 68:5.74−6.74Å、アラニン134:4.15−5.15Å、ロイシン1 60:6.18−7.18Åおよびロイシン209:5.71−6.71Åである疎 水基; (iv)チロシン67と相互作用する疎水基(ここに、該疎水基の中心とチロシ ン67の側鎖原子の中心の間の距離は4.10−7.10Åである); (v)グリシン66のアミド窒素により供与される水素原子と相互作用する、 pKaが7未満のアミノ基または酸素原子(ここに、これら2個の原子の間の距 離は2.7−3.5Åである); (vi)グルタミン21、システイン22およびグリシン23の主鎖原子と相互 作用する疎水基(ここに、該疎水基の中心とグルタミン21、システイン22お よびグリシン23の中心の間の距離は、各々、3.7−5.4、4.9−5.7およ び5.4−6.7Åである);または (vii)グルタミン143およびアスパラギン161の側鎖原子およびアラニ ン137およびセリン138の主鎖と相互作用する疎水基(ここに、疎水基の中 心とグルタミン143、アスパラギン161、アラニン137およびセリン13 8の中心の間の距離は、各々、7.9−9.6Å、4.7−5.4Å、4.2−5.5 Åおよび4.6−6.4Åである)。 3.カテプシンKの阻害を必要とする哺乳動物ヒトに、カテプシンKの活性部 位に空間的に適合する化合物を投与することからなるカテプシンKの阻害方法で あって、その化合物が、以下の基を有してなることを特徴とする方法: (i)システイン25の側鎖硫黄原子に結合する親電子炭素原子(ここに、該 親電子炭素原子は該硫黄原子から1.7−4.0Åの距離にある);および (ii)トリプトファン184と相互作用する疎水基(ここに、該疎水基の中心 とトリプトファン184の側鎖原子の中心の間の距離は4.10−7.10Åであ る)。 4.トリプトファン184と相互作用する疎水基が芳香族基である請求項3記 載の方法。 5.トリプトファン184と相互作用する芳香族基の中心が、システイン25 の側鎖硫黄原子に結合する親電子炭素の中心から9.24−11.24Åの距離に ある請求項4記載の方法。 6.システイン25の側鎖硫黄原子に結合する親電子炭素がカルボニル炭素で ある請求項3記載の方法。 7.化合物が、さらに、 中心が親電子炭素から5.44−6.94Åの距離にあり; チロシン67、メチオニン68、アラニン134、ロイシン160およびロイ シン209と相互作用し、疎水性ポケットを形成し;および 疎水基の中心と該疎水性ポケットのアミノ酸残基の側鎖原子の中心の間で、チ ロシン67:4.91−5.91Å、メチオニン68:5.74−6.74Å、アラ ニン134:4.15−5.15Å、ロイシン160:6.18−7.18Åおよび ロイシン209:5.71−6.71Åの距離幅を有する 疎水基を有してなる請求項3記載の方法。 8.疎水性ポケットと相互作用する疎水基がイソブチル基である請求項7記載 の方法。 9.化合物が、さらに、チロシン67と相互作用する疎水基を含有してなる( ここに、疎水基の中心とチロシン67の側鎖原子の中心の間の距離は4.10− 7.10Åである)請求項3記載の方法。 10.チロシン67と相互作用する疎水基が芳香族基である請求項9記載の方 法。 11.化合物が、さらに、pKaが7未満であるアミノ基または酸素原子を有 する化合物からなり、その各々がグリシン66のアミド窒素により供与される水 素原子と相互作用する(これら2個の原子の距離は2.7−3.5Åである)請求 項3記載の方法。 12.化合物が、さらに、グルタミン21、システイン22およびグリシン2 3の主鎖原子と相互作用する疎水基を有し、その疎水基の中心とグルタミン21 、システイン22およびグリシン23の中心の間の距離が、各々、3.7−5.4 、4.9−5.7および5.4−6.7Åである請求項3記載の方法。 13.グルタミン21、システイン22およびグリシン23と相互作用する疎 水基がイソブチル基である請求項12記載の方法。 14.化合物が、さらに、グルタミン143およびアスパラギン161の側鎖 原子と、アラニン137およびセリン138の主鎖と相互作用する疎水基を有し 、その疎水基の中心とグルタミン143、アスパラギン161、アラニン137 およびセリン138の中心の間の距離が、各々、7.9−9.6Å、4.7−5.4 Å、4.2−5.5Åおよび4.6−6.4Åである請求項3記載の方法。 15.化合物が: 3(S)−3−[(N−ベンジルオキシカルボニル)−L−ロイシニル]アミ ノ−5−メチル−1−(1−プロポキシ)−2−ヘキサノン; 4−[N−[(4−ピリジルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−1− [N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−3−ピロリジノ ン; 4−[N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−1−N− [N−(メチル)−L−ロイシル]−3−ピロリジノン; 4−[N−[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−1−[N −[(フェニルメトキシ)カルボニル]−L−ロイシル]−3−ピロリジノン; ビスー(Cbz−ロイシニル)−1,3−ジアミノ−プロパン−2−オン; 2−[N−(3−ベンジルオキシベンゾイル)]−2'−[N'−(N−ベンジ ルオキシカルボニル−L−ロイシニル)]カルボヒドラジド; (IS)−N−[2−[(1−ベンジルオキシカルボニルアミノ)−3−メチ ルブチル]チアゾール−4−イルカルボニル]−N'−(N−ベンジルオキシカ ルボニル−L−ロイシニル)ヒドラジド; 1−N−(N−イミダゾール アセチル−ロイシニル)−アミノ−3−N−( 4−フェノキシ−フェニル−スルホニル)−アミノ−プロパン−2−オン;また は 2,2'−N,N'−ビス−ベンジルオキシカルボニル−L−ロイシニルカルボ ヒドラジド; またはその医薬上許容される塩である請求項1記載の方法。 16.結晶形のカテプシンKを含有してなる組成物。 17.カテプシンKが表XXIXにおけるアミノ酸で形成される活性部位腔を有 する請求項16記載の組成物。 18.活性部位が表I−Xの座標からなる群より選択される座標により特徴付 けられる請求項17記載の組成物。 19.カテプシンK結晶の化合物。 20.表XXIXに列挙した残基により形成され、表Iの蛋白質座標により特定 される触媒上活性な部位を含有してなる構成を有する単離され、適当に折りたた まれたカテプシンK分子またはそのフラグメント。 21.請求項17のカテプシンKの活性部位腔と結合するペプチド、ペプチド 模倣体または合成分子。 22.カテプシンKに結合し、その蛋白質分解活性の阻害能を有する阻害剤化 合物を同定する方法であって、 表XXIXに列挙された残基により形成され、表Iの蛋白質座標により特定され る触媒上活性な部位を有してなるカテプシンK分子の活性部位の構成を特定する 適当なコンピュータープログラム情報(ここに該プログラムはその三次元構造を 示す)に導入し; 該コンピュータープログラムにてその活性部位腔の三次元描写を創造し; 該試験化合物のモデルを該活性部位のモデル上に表示かつ重ね; 該試験化合物モデルが空間的にその活性部位に適合するかどうかを評価し; その活性部位に空間的に適合する試験化合物を調製し; その試験化合物を該活性部位により特徴付けられるプロテアーゼについての生 物学的アッセイにて用い; 該試験化合物が該アッセイにてカテプシンK活性を阻害するかどうかを決定す る ことからなる阻害剤の同定方法。 23.請求項22の方法により同定されるペプチド、ペプチド模倣体または合 成分子。 24.カテプシンK結晶の構造座標を用い、カテプシンKの活性部位と会合す ることについての化合物をコンピューターで評価することからなる薬物設計の方 法。 25.化合物がカテプシンKの競合的または非競合的阻害剤である請求項24 記載の方法。 26.表XXIXに列挙された残基により形成される触媒上活性な部位により特 徴付けられるカテプシンK分子の活性部位またはそのフラグメントに競合的に結 合する阻害剤を同定する方法であって、 プロテアーゼの活性部位の座標をコンピューター化モデルシステムに提供し; その構造物と結合するであろう化合物を同定し;および プロテアーゼ阻害生物活性について同定した化合物をスクリーンする ことからなる方法。
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