JPH10262670A - ビフィズス菌用シャトルベクター及びビフィズス菌プラスミドの複製タンパク質遺伝子 - Google Patents

ビフィズス菌用シャトルベクター及びビフィズス菌プラスミドの複製タンパク質遺伝子

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JPH10262670A
JPH10262670A JP9091387A JP9138797A JPH10262670A JP H10262670 A JPH10262670 A JP H10262670A JP 9091387 A JP9091387 A JP 9091387A JP 9138797 A JP9138797 A JP 9138797A JP H10262670 A JPH10262670 A JP H10262670A
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Abstract

(57)【要約】 【課題】 ビフィズス菌の広範囲の種において発現可能
であり、操作時の取り扱いも容易な新規なビフィズス菌
用シャトルベクターを得る。 【解決手段】 ビフィドバクテリウム・ブレーベ(Bifi
dobacterium breve )ATCC 15698株のプラスミドpNB
b1由来の複製必須領域と、大腸菌(Escherichia col
i)のプラスミド由来の複製必須領域と、大腸菌(Esche
richia coli)のプラスミド由来の抗生物質耐性遺伝子
と、ビフィズス菌で機能する抗生物質耐性遺伝子とを備
えたもの。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【発明の属する技術分野】本発明は、ビフィズス菌と大
腸菌とにおいて複製可能な新規のビフィズス菌用シャト
ルベクター及びビフィズス菌プラスミドの複製タンパク
質遺伝子に関するものである。
【0002】
【従来の技術】一般に、インビトロ(in vitro)の遺伝
子操作においては、所望の外来遺伝子を宿主細胞内に移
入させ、その遺伝子情報を発現させることのできる、宿
主細胞に適合したベクターを使用することが必要とされ
る。
【0003】遺伝的な知見が集積していた大腸菌や枯草
菌、酵母などでは、早くからベクターの開発が進めら
れ、今日では一般的な遺伝子クローニングシステムとし
て確立されている。これら以外にも放線菌、動植物の培
養細胞、乳酸菌等で各種のベクターが実用化されている
が、ビフィズス菌のように開発の遅れているものもあ
る。
【0004】ところで、ベクターとしての必須条件が、
次の(1) 及び(2) の存在であることが知られている。 (1) 自己複製に必要な遺伝子配列、(2) 外来遺伝子を挿
入するための制限酵素の認識切断部位、
【0005】更に実用化のためには、例えば遺伝子操作
を可能にし、且つ容易にするために、次の(3) 〜(8) 等
の種々の条件を全て満たすような厳しい特性が要請され
ている。(3) 形質転換体の検出等に必要なマーカー遺伝
子の存在、(4) 利用可能な制限酵素の種類とその認識切
断部位の多様性、(5) 形質発現の高効率性、(6) 宿主細
胞との適合性と宿主域、(7) 宿主細胞内での安定性、
(8) 仮想される生物封じ込めに対する適応性、
【0006】前記のような特性を有する遺伝子操作にお
けるベクターに関しては、前述のように研究例の多い大
腸菌(E.coli)の宿主−ベクター系にて最もよく開発さ
れているが、大腸菌以外の微生物、例えば工業的に有用
な微生物である枯草菌、抗生物質の生産菌である放線
菌、醸造分野で広く利用されている酵母等に関しても、
宿主−ベクター系の開発研究が活発に行われているとこ
ろである。
【0007】しかしながら、食品,医薬品,飼料等に利
用されているビフィズス菌においての宿主−ベクター系
の研究開発は依然として遅れているのが現状である。こ
れは、ビフィズス菌が嫌気性菌であるために取り扱いが
煩雑なこと、遺伝子組換え操作に使用することができる
ビフィズス菌由来のプラスミドや選択マーカーとして利
用できる遺伝子の研究が少ないためである。
【0008】一方、微生物に外来DNAを導入する方法
については、エンテロコッカス・フェカリス由来で広宿
主域で接合伝達可能な公知のプラスミドpAMβ1がビ
フィドバクテリウム属に属する1菌株に導入され、導入
されたpAMβ1のエリスロマイシン耐性遺伝子が、こ
のビフィドバクテリウム属に属する微生物で発現すると
の報告がある(特開平2−107192号公報)。しか
し、pAMβ1自身のDNAサイズが26.5kbと大
きく、導入頻度が著しく低いため、そのままではプラス
ミドベクターとしての使用が難しいという欠点があっ
た。
【0009】また、近年になって、僅かであるがビフィ
ズス菌のプラスミドの検索が進み、特開昭63−123
384号公報、特開平5−130876号公報、特開平
7−255481号公報等でプラスミドベクターが作成
されている。
【0010】しかしながら、これらはビフィズス菌ベク
ターとしての構造体を形作ってはいるものの、実際にビ
フィズス菌に導入が報告されているプラスミドベクター
としては、ビフィドバクテリウム・ロンガム(Bifidoba
cterium longum)B2577から分離されたpMB1(Joun
al of General Microbiology,128,2121-2131,1982 )を
材料として作成されたpDG7(Letters in Applied M
icrobiology,11,220-223,1990 )と、pRM2(Plasmi
d,32,208-211,1994 )との報告だけである。
【0011】最初にビフィズス菌の形質転換に成功した
のは、pRM2であるが、ビフィドバクテリウム・ロン
ガムに1μgDNAあたり、3.8×102 という低頻
度であった。また、pDG7については、作成された当
初は、これを用いてビフィズス菌を形質転換することは
できなかった。しかし、その後、形質転換に使用するビ
フィズス菌を4℃の特定のバッファー中で長時間インキ
ュベーションした後に、エレクトロポレーションを行う
ことで、pDG7でビフィズス菌が形質転換できること
が報告された(EP−94201746,Microbiolog
y,142,109-114,1996 )。pDG7を用いたこの形質転
換法は、種々のビフィズス菌を形質転換できるが、エレ
クトロポレーションに用いるビフィズス菌細胞の調製に
時間と手間とが必要である等の欠点もある。
【0012】一方、この他にもビフィズス菌からの単離
されているプラスミドとして、文献(Letters in Appli
ed Microbiology,9,165-168,1989)のものや、更には、
FEMSMicrobiology Letters 110,11-20,1993) において
開示されているビフィドバクテリウム・ブレーベ(B.br
eve )由来のプラスミドpNBb1等があるが、これら
を材料として未だ好適な宿主−ベクター系を構築した例
はない。
【0013】
【発明が解決しようとする課題】従って、本発明はビフ
ィズス菌の広範囲の種において発現可能であり、操作時
の取り扱いも容易な新規なビフィズス菌用シャトルベク
ターを得ることを目的とし、更にベクターをビフィズス
菌で複製させるビフィズス菌プラスミドの複製タンパク
質遺伝子を得ることを目的とする。
【0014】
【課題を解決するための手段】本請求項1に記載された
発明に係るビフィズス菌用シャトルベクターでは、ビフ
ィドバクテリウム・ブレーベ(Bifidobacterium breve
)ATCC 15698株のプラスミドpNBb1由来の複製必
須領域と、大腸菌(Escherichia coli)のプラスミド由
来の複製必須領域と、大腸菌(Escherichia coli)のプ
ラスミド由来の抗生物質耐性遺伝子と、ビフィズス菌で
機能する抗生物質耐性遺伝子とを備えたものである。
【0015】本請求項2に記載された発明に係るビフィ
ズス菌用シャトルベクターでは、請求項1に記載された
大腸菌(E.coli)由来のプラスミドが、pACYC11
7又はpUC118である。
【0016】本請求項3に記載された発明に係るビフィ
ズス菌用シャトルベクターでは、請求項1に記載された
ビフィズス菌で機能する抗生物質耐性遺伝子が、サッカ
ロポリスポラ・エリスレア(S.erythraea )JCM 4748(A
TCC 11635)株のエリスロマイシン耐性遺伝子(erm
E)又はエンテロコッカス・フェカーリス(E.faecali
s)のエリスロマイシン耐性遺伝子(ermAM)であ
る。
【0017】本請求項4に記載された発明に係るビフィ
ズス菌用シャトルベクターでは、次の化6〜化10の何
れかの制限酵素地図で表わされたものである。
【化6】
【化7】
【化8】
【化9】
【化10】
【0018】本請求項5に記載されたビフィズス菌プラ
スミドの複製タンパク質遺伝子は、次のアミノ酸配列を
コードする遺伝子である。 Met-Ser-Val-Pro-Thr-Gln-Gly-Thr-Lys-Trp-Asn-Pro-Me
t-Gly-Val-Pro-Ser-Pro-Ser-Gln-His-Gln-Thr-Ala-Glu-
Arg-Leu-His-Ala-Ala-Val-Ala-Ala-Lys-Pro-Gln-Gly-Va
l-Ala-Ala-Glu-Ala-Ala-Ser-Gly-Ala-Arg-Ser-Gly-Pro-
Pro-Trp-Glu-Lys-Thr-Asn-Lys-Ile-Thr-Pro-Ser-Leu-Se
r-Arg-Thr-Asp-Leu-Arg-Arg-Leu-Ala-Tyr-Gly-Arg-Arg-
Ala-Glu-Ser-Arg-Lys-Ile-Leu-Val-Arg-His-Ala-Gly-Gl
y-Glu-Thr-Leu-Gly-Phe-Glu-Pro-Ile-Lys-Leu-Pro-Arg-
Cys-Ala-Arg-Cys-Gly-Gln-Pro-Val-Asp-Thr-Gly-Val-Gl
y-Val-Met-Thr-Asn-Gly-Glu-Lys-Ala-Arg-Phe-Thr-Gly-
Thr-Met-Leu-Cys-Gly-Ser-Ile-Trp-Ala-Cys-Pro-Thr-Cy
s-Ser-Ala-Ile-Ile-Arg-His-Glu-Arg-Ala-His-Glu-Val-
Ala-Leu-Ala-Ile-Gly-Asn-His-Ala-Glu-Lys-Leu-Arg-Ly
s-Ala-Ala-Ala-Asp-Gln-Trp-Gln-Ala-Glu-His-Glu-Gly-
Gln-Arg-Leu-Pro-Pro-Glu-Leu-Met-Val-Ser-Asp-Ser-Ph
e-Gly-Asn-Tyr-Ile-Phe-Gly-Thr-Leu-Thr-Leu-Arg-His-
Asp-Arg-Thr-Met-Pro-Leu-Ala-Met-Thr-Leu-Asp-Ala-Il
e-Leu-Lys-Gly-Trp-Thr-Lys-Met-Ile-Asn-Gly-Ser-Pro-
Trp-Gln-Arg-Ala-Ser-Glu-Arg-Trp-Lys-Ile-Arg-Gly-Ph
e-Val-Arg-Ala-Ile-Glu-Ile-Thr-Tyr-Gly-Val-Asn-Gly-
Trp-His-Pro-His-Ile-His-Phe-Val-Met-Phe-Leu-Asp-Gl
y-Asp-Leu-Asp-Asp-Gly-Gln-Arg-Glu-Ala-Met-Gln-Gln-
Trp-Leu-Leu-Asp-Arg-Trp-Lys-Thr-Met-Val-Lys-Arg-Va
l-Ala-Lys-Ala-Tyr-Lys-Lys-Lys-Asp-Gly-Asn-Pro-Tyr-
Asn-Val-Ala-Pro-Asn-Asp-Glu-His-Gly-Ile-Asp-Leu-Gl
n-Phe-Lys-Ser-Gly-Lys-Asp-Ala-Gly-Thr-Ala-Ala-Ala-
Glu-Tyr-Ile-Thr-Lys-Ile-Gln-Gly-Asp-Lys-Gly-Gly-Va
l-Thr-Leu-Ala-Gln-Glu-Ile-Ala-Arg-Gly-Asp-Ile-Lys-
Asn-Gly-Arg-Met-Gly-Ser-Val-Asn-Pro-Phe-Gln-Leu-Le
u-Asp-Ser-Gly-Cys-Leu-Gly-Leu-Ser-Asp-Phe-Gln-Arg-
Glu-Asp-Leu-Trp-Leu-Glu-Tyr-Trp-Gln-Ala-Thr-Leu-Ar
g-Arg-Arg-Cys-Ile-Thr-Trp-Ser-Arg-Gly-Leu-Lys-Glu-
Asp-Met-Glu-Val-Glu-Glu-Leu-Glu-Asp-Glu-Glu-Leu-Al
a-Glu-Lys-Ala-Asp-Glu-Leu-Pro-Gly-Leu-Val-Gly-Tyr-
Val-Val-Pro-Asn-Arg-Val-Tyr-Lys-Asp-Ile-Arg-Lys-Se
r-Ala-Pro-Glu-Thr-Leu-Ala-Asp-Ala-Leu-Asp-Ala-Ala-
Glu-Arg-Glu-Asp-Trp-Gln-Glu-Val-Ala-Arg-Leu-Leu-Pr
o-Gly-Gly-Val-Ile-Leu-Thr-Asp-Glu-Gln-Gln-Asp-Ala-
Ile-Ala-Asp-Gly-Glu-Ala-Lys-Pro-Gly-Asp-Tyr-Leu-Pr
o-Thr-Met-Ser-Val-Met-Val
【0019】
【発明の実施の形態】本発明においては、ビフィドバク
テリウム・ブレーベ(B.breve )ATCC 15698株のプラス
ミドpNBb1由来の複製必須領域と、大腸菌(E.col
i)のプラスミド由来の複製必須領域と、大腸菌(E.col
i)のプラスミド由来の抗生物質耐性遺伝子と、ビフィ
ズス菌で機能する抗生物質耐性遺伝子とを備えたもので
あるため、大腸菌及びビフィズス菌で発現可能なシャト
ルベクターとして用いることができる。尚、本発明のシ
ャトルベクターは当然ではあるが、外来遺伝子を挿入す
るための制限酵素の認識切断部位を一つ以上有する。
【0020】本発明のシャトルベクターを構成する成分
の中のベクターをビフィズス菌で複製させるための複製
開始点及び複製タンパク質を含む複製必須領域は、公知
のものであるビフィドバクテリウム・ブレーベ(B.brev
e )ATCC 15698株のプラスミドpNBb1に由来する
(FEMS Microbiology Letters,110,11-20(1993) )。
【0021】更に、本発明では、このプラスミドpNB
b1由来の複製必須領域の塩基配列を決定し、複製タン
パク質遺伝子を得た。具体的には後述する配列表の配列
番号1に示された2997bpの遺伝子配列のうち、539bp か
ら2020bpに示されたアミノ酸配列をコードする遺伝子で
ある。
【0022】また、本発明のベクターについて、ビフィ
ズス菌に移入し組換え体を選択する際の選択マーカーと
しては、ビフィズス菌で機能する抗生物質耐性遺伝子が
用いられる。この抗生物質耐性遺伝子としては、ビフィ
ズス菌で機能するものであればよく、グラム陽性菌由来
のもの、放線菌又は乳酸菌又は乳酸球菌に由来のものか
ら選ばれる。具体的には、放線菌サッカロポリスポラ・
エリスレア(S.erythraea )JCM4748(ATCC 11635) 株由
来のエリスロマイシン耐性遺伝子(ermE)を用い
た。このエリスロマイシン耐性遺伝子は塩基配列が公知
となっており、遺伝子のGC含量がビフィズス菌のそれ
に近いことが判明している(Gene,38,103-110(1985)
)。
【0023】従って、本抗生物質耐性遺伝子はビフィズ
ス菌内で発現する可能性が高いと考えられ、実際にビフ
ィズス菌にこのエリスロマイシン耐性遺伝子(erm
E)を用いて作出したプラスミドベクターpBE1をビ
フィズス菌内に移入した際には、組換え体の選択につい
て、好適な結果が得られた。このプラスミドベクターp
BE1は、9.05kbの大きさを有し、前述の化6に示さ
れた制限酵素切断部位を有する。
【0024】しかしながら、ビフィズス菌での組換え体
の選択マーカーは放線菌由来のエリスロマイシン耐性遺
伝子(ermE)に限定したものではなく、エンテロコ
ッカス・フェカリス(E.faecalis)由来のpAMβ1の
エリスロマイシン耐性遺伝子(ermAM)(J.Bacteri
ol.157,445-453,1984)をこのエリスロマイシン耐性遺伝
子(ermE)と入替えたベクターpBE1βでも可能
であった。このプラスミドベクターpBE1βは、9.35
kbの大きさを有し、前述の化7に示された制限酵素切
断部位を有する。
【0025】また、このシャトルベクターを大腸菌(E.
coli)に導入し、ベクターDNAを増幅する際に必要と
なる大腸菌(E.coli)のプラスミド由来の複製必須領域
と、大腸菌(E.coli)のプラスミド由来の抗生物質耐性
遺伝子とは、公知の大腸菌プラスミドから選択すること
ができる。具体的には、大腸菌の複製必須領域及び選択
マーカーとしてのアンピシリン耐性遺伝子(Apr
は、公知の大腸菌プラスミドpACYC 177由来のもの
が利用できる。更に、大腸菌を宿主とした時に高いプラ
スミドDNAの収率が望めるpUC 118由来の複製必須
領域を使用したシャトルベクターも作出できる。尚、p
UC 118を用いたものとしては、具体的にはpBEΔH
Cが作出された。このpBEΔHCは、7.15kbの大き
さを有し、前述の化10に示された制限酵素切断部位を
有する。
【0026】本発明のシャトルベクターの構築に際して
は、先ず、放線菌サッカロポリスポラ・エリスレア(S.
erythraea)JCM 4748株の染色体DNAを BamHIとKpnI
で切断し、エリスロマイシン耐性遺伝子を含む 1.4kb
の切断断片を公知の方法(Gene,38,103-110,1985)に従
い単離した。次に、この遺伝子に化学合成したSD配列
を付加し、選択マーカーとしての機能発現がより確実な
ものとした。
【0027】更に、SD配列の直前にエリスロマイシン
耐性遺伝子をビフィズス菌内で発現させるためのプロモ
ータ配列として、ビフィドバクテリウム・ブレーベ(B.
breve )の染色体に由来するプロモータ配列、もしく
は、ビフィズス菌と同じグラム陽性菌であるところの枯
草菌のファージSPO2に由来するプロモータ配列を連
結した。
【0028】ビフィドバクテリウム・ブレーベ(B.brev
e )に由来するプロモータ配列は例えば特開平5−14
6296号公報に開示されたβ−ガラクトシダーゼ遺伝
子を含むDNA断片上の配列でよく、ここに示されてい
るpTI−BBI−3.8上の挿入DNA断片をHaeIII
で切断し、 318塩基対のDNA断片を分離することで得
られる。
【0029】一方、枯草菌ファージSPO2のプロモー
タ配列は、ファージDNAを EcoRIで切断した時に生じ
る 0.3kbのDNA断片を分離することで得られるが、
このDNA断片を組込んだプラスミドであるpPL60
8の構造並びに、このプロモータを含む 0.3kbのDN
A断片の塩基配列は公知のものであり(Gene,22,45-57,
1983)、また、pPL608はアメリカン・タイプ・カ
ルチャー・コレクション(ATCC)からATCC 37108番の分
譲を受ければよい。
【0030】一方、シャトルベクターの本体となる大腸
菌プラスミドベクターとpNBb1の複合体はpNBb
1上に1カ所のみの切断点を持つ制限酵素サイトを用い
て両者を連結すればよい。即ち、大腸菌プラスミドベク
ター上のScaIサイトとpNBb1上のScaIサイトを用い
て両者をT4DNAリガーゼにより連結した。
【0031】このようにして作成した大腸菌プラスミド
ベクターとpNBb1の複合体にプロモータ配列、SD
配列等を付加したエリスロマイシン耐性遺伝子を更に連
結し、前述のシャトルベクターpBE1を構築した。
【0032】本発明では、シャトルベクターpBE1の
ビフィズス菌(B.breve )への移入には、エレクトロポ
レーション法を用いた。
【0033】また、ベクターを使用する場合には、一般
に同じ構築要素からなるベクターであれば、そのベクタ
ーの大きさが小さいほど、形質転換頻度は高い。pBE
1は9.05kbであり、宿主に移入するには多少大きい。
このため、本発明では、更に形質転換頻度の高いベクタ
ーを構築するため、宿主内での複製に必要なプラスミド
の領域を決定し、数種類のサイズのベクターを作成し
た。こうして作成されたベクター中で、最も形質転換頻
度が高かったのは、pBEΔ4、pBEΔ5であり、プ
ラスミドDNA重量あたりで、pBE1より約5倍頻度
は上昇した。このプラスミドpBEΔ4及びpBEΔ5
は各々 5.7kbの大きさを有し、前述の化8及び化9に
示された制限酵素切断部位を有する。
【0034】pBEΔ5はまた、広範囲のビフィズス菌
において発現可能であり、少なくともビフィドバクテリ
ウム・ブレーベ(B.breve )、ビフィドバクテリウム・
ロンガム(B.longum)、ビフィドバクテリウム・インフ
ァンティス(B.infantis)、ビフィドバクテリウム・シ
ュードロンガム(B.pseudolongum)に対して、1μgD
NAあたり102 〜104 の頻度で導入できることが確
認された。
【0035】また、本発明ではシャトルベクターをビフ
ィズス菌に移入する際に、宿主であるビフィズス菌の菌
株によってプラスミドDNAのメチル化の有無が、導入
頻度に大きく影響することを明らかにした。即ち、ビフ
ィズス菌シャトルベクターを大腸菌中で増幅する際に、
DamメチレースとDcmメチレースの活性を有する大
腸菌を用いるか、DamメチレースとDcmメチレース
の活性を失った大腸菌を使い分けることによって、各種
ビフィズス菌への導入効率をより上昇させることができ
る。尚、このメチレースの欠損大腸菌は、これらの遺伝
子(dam、dcm)に欠損があり、各メチレース活性
がないものであれば、何れの大腸菌を用いてもよく、分
譲機関や商業的に容易に入手できる。
【0036】尚、今回作成した新規シャトルベクターp
BE1は生命工学研究所に菌寄第16075号(平成0
9年02月10日付け寄託)として、pBE1βは同じ
く菌寄第16076号(平成09年02月10日付け寄
託)として、pBEΔ5は同じく菌寄第16077号
(平成09年02月10日付け寄託)として、pBEΔ
HCは同じく菌寄第16078号(平成09年02月1
0日付け寄託)として既に寄託されている。尚、pBE
Δ4とpBEΔ5とは、プラスミドpNBb1由来の複
製必須領域の連結の方向のみが相違するため、pBEΔ
5のみ寄託し、pBEΔ4の寄託は行わなかった。
【0037】
【実施例】以下に、上記シャトルベクターの作成につい
て、実施例を示し、詳述する。 実施例1(プラスミドpNBb1の分離) 下記の表1に示す組成を有するMILS培地(Letters
in Applied Microbiology,9,165-168,1989)を用いてビ
フィドバクテリウム・ブレーベ(B.breve )ATCC 15698
株を培養した。
【0038】
【表1】
【0039】MILS培地 100mlを 120℃で15分間滅菌
し、室温まで冷やした後、ビフィドバクテリウム・ブレ
ーベ(B.breve )ATCC 15698株の培養液を1%(v/
v)接種し、密栓し、37℃で16時間静置培養した。培養
終了後、遠心分離(6,000rpm,15分)によって菌体を集
めた。次いで、プラスミドを以下の方法により単離し
た。回収した菌体を2mlのソリューションI(50mM Tri
s-HCl ,pH 7.5、10mM EDTA 、 100μg/ml RNaseA )
に懸濁した後、 200μg/mlとなるようにリゾチームを加
え、更に50μg/mlとなるように、M−アセチルムラミダ
ーゼSG(生化学工業社製)を加え37℃で20分間保温し
た。
【0040】遠心分離(15,000rpm ,5分間)により、
再び菌体を回収し、これを 0.4mlのソリューションIに
懸濁した。この菌体懸濁液に、 0.4mlのソリューション
II(0.2N NaOH 、1% SDS)を加え、穏やかに混合し、
溶菌させた。更に、 2.55Mの酢酸カリウム溶液を 0.4ml
加え、よく混合した。遠心分離(15,000rpm 、10分間)
にかけ、上清を分取した。
【0041】この上清に等量のフェノール(TEバッフ
ァーで飽和したもの)を加え、タンパク質の抽出を2度
行った後、水層を分取し、1/10量の3M−酢酸ナトリウ
ム溶液と、 2.5倍量のエタノールを加え、 -80℃で10
分間冷却した。これを遠心分離(15,000rpm ,10分間)
し、沈殿を回収し、80%エタノールで洗浄後、真空乾燥
した。沈殿を再びTEバッファー(10mM Tris-HCl pH
8.0、1mM EDTA )2mlに溶解し、 1.9gの塩化セシウ
ムと40μlの臭化エチジウム溶液(10mg/ml)を加え、
塩化セシウム/臭化エチジウムの濃度勾配遠心法により
プラスミドDNAの精製を行った。これにより得られた
pNBb1のプラスミドDNAは約2μgであった。
【0042】図1は得られたプラスミドpNBb1の制
限酵素切断地図である。本プラスミドは既報(FEMS Mic
robiology Letter,110,11-20,1993 )の通り、 5.6kb
で、図1に示す制限酵素断片部位が存在した。また、既
報に示されていた制限酵素切断部位以外に、AccI,Sac
I,SmaIの切断部位が各1カ所、KpnI,XbaI,SalI,Pst
Iの切断部位は存在しないことが新たに確認された。
【0043】実施例2(放線菌エリスロマイシン耐性遺
伝子の単離とSD配列、プロモータ配列の付加) (1) 放線菌染色体DNAの調製 放線菌サッカロポリスポラ・エリスレア(S.erythraea
)JCM 4748株はペプトン・コーン培地(Japan collect
ion of microorganisms,Catalogue of Streins,5th edi
tion,1992)を用いて28℃、4日間、振盪培養した。
【0044】培養液より菌体を遠心分離によって集め、
TEバッファで洗浄後、Aバッファ(2μg/mlリゾチー
ム、10%グルコース、50mM Tris-HCl ,pH 8.0,1mM
EDTA )に懸濁し、37℃で15分間保温した。10% SDS溶
液を1/10量加え、穏やかに混合し、溶菌させた。65℃、
1時間保温した後、プロテネースK(終濃度 200μg/m
l)を加え、37℃で3時間保温した。
【0045】保温後、TEバッファーで飽和したフェノ
ールを当量加え、15分間、ゆっくりと混合して、タンパ
ク質を抽出した。遠心分離により水層を回収し、フェノ
ール抽出を繰返す操作を3回行った。分取した水層に2
倍量のエタノールを重層し、境界面に凝集したDNAを
ガラス棒で巻取った。再びこのDNAを少量のTEバッ
ファーに溶解し、エタノールを重層してDNAを巻取る
操作を3回繰返した。少量のTEに巻取ったDNAを溶
解し、RNaseA(終濃度50μg/ml)を加え、37℃で
30分間保温した。再びエタノールの重層とガラス棒によ
る巻取り操作を3回繰返した。巻取ったDNAは風乾し
た後、少量のTEバッファーに溶解した。
【0046】(2) エリスロマイシン耐性遺伝子(erm
E)の単離 放線菌(S.erythraea )JCM 4748株のエリスロマイシン
耐性遺伝子(ermE)は、染色体DNAの BamHI切断
とKpnI切断により生じる 1.4kbのDNA断片に存在
し、この部分の塩基配列は公知のものとなっている(Ge
ne,38,103-110,1985)。
【0047】そこで、染色体DNAを BamHIとKpnIで消
化し、アガロースゲル電気泳動法により、 1.4kbに相
当するDNA画分を得た。アガロースゲルからのDNA
の抽出はジーン・クリーン(BIO101,USA)を
用いた。抽出したDNAと、BamHIとKpnIで切断してア
ルカリホスファターゼ処理した大腸菌プラスミドベクタ
ーpUC119とを混合し、DNAリガーゼを用い、ラ
イゲーションを行った。ライゲーション後、大腸菌JM
108をハナハン(Hanahan )の方法により形質転換
し、 100μg/mlのアンピシリンと 500μg/mlのエリスロ
マイシンを添加したLB培地(塩化ナトリウム 0.5%,
トリプトン1%,酵母エキス 0.5%)の寒天平板培地に
塗抹し、37℃で16時間培養し、生じたコロニーを選択し
た。
【0048】コロニーをアンピシリンとエリスロマイシ
ンとを添加したLB培地3mlに接種し、37℃16時間振盪
培養し、遠心分離により菌体を集め、アルカリ溶菌法に
よりプラスミドDNAを抽出した。
【0049】プラスミドDNAを BamHI、KpnI等の制限
酵素で切断し、アガロースゲル電気泳動法により解析し
たところ、挿入されたDNA断片はエリスロマイシン耐
性遺伝子(ermE)であることが確認された。得られ
たプラスミドをpUCEmと命名した。図2は得られた
プラスミドpUCEmの構造を示す説明図である。
【0050】(3) エリスロマイシン耐性遺伝子(erm
E)へのSD配列の付加 1.4kbのDNA断片上でermEは BamHIサイトの直
後が開始コドンとなっていることが判っている(Gene,3
8,103-110,1985)。このため、ermEの選択マーカー
遺伝子としての機能発現をより確実とする目的で、化学
合成したSD配列をermEの直前に付加した。
【0051】図3はプラスミドpUCEm上のermE
のSD配列を合成DNAの挿入による変化した過程を示
す説明図である。pUCEmをプラスミドベクター側の
ポリリンカー上の制限酵素サイトであるXbaIとermE
のクローニングサイトであるBamHIで切断した後、5’
末端をリン酸化した5’−CTAGAAAGGAG−
3’と、5’−GATCCTCCTTT−3’という2
本の相補的な配列をもつ合成DNAを2つのサイトの間
に挿入し、T4リガーゼによりライゲーションし、pU
CSDEmを作成した(図3参照)。
【0052】(4) エリスロマイシン耐性遺伝子(erm
E)へのプロモータ配列の付加 前項までに作成したプラスミドであるpUCEmや、p
UCSDEmは大腸菌を宿主とした場合、プラスミドベ
クター上のlacプロモータによりermEは発現して
いる。ビフィズス菌中でグラム陰性である大腸菌のプロ
モータが機能するという知見はないので、ビフィズス菌
自身のプロモータ又はビフィズス菌と同じくグラム陽性
菌である枯草菌のプロモーターをpUCSDEmに挿入
する操作を行った。
【0053】ビフィドバクテリウム・ブレーベ(B.brev
e )より既に単離され、塩基配列の決定されたβ−ガラ
クトシダーゼ遺伝子を含むDNA断片(特開平5−14
6296号公報)からプロモーター類似の塩基配列の認
められる部分を取出し使用した。このDNA断片は特開
平5−146296号の配列表1における塩基番号2267
から2584までで、この公報に開示されたプラスミドpT
I−BBI−3.8をHaeIIIで切断し 318塩基対のDN
A断片を分離することで得た。
【0054】この断片のプラスミドへの挿入は次の手順
で行った。即ち、pUCSDEmをXbaIで切断した後、
切断末端をT4DNAポリメラーゼで処理して平滑末端
とし、末端をアルカリホスファターゼ処理した後、分離
した 318塩基対の大きさを持つDNA断片を加え、T4
DNAリガーゼを加えて連結させた。この反応をハナハ
ン(Hanahan )の方法により、大腸菌JM108に形質
転換し、アンピシリン( 100μg/ml)とエリスロマイシ
ン( 500μg/ml)を加えたLB寒天平板培地に塗抹し、
37℃で一晩培養した。
【0055】平板上に生じたコロニーは大きいものと小
さいものが認められたので、このうち大きなコロニーよ
り、アンピシリンとエリスロマイシンとを含む3mlのL
B培地に菌を接種、培養し、アルカリ法でプラスミドを
精製した。このプラスミドを複数の制限酵素で切断後、
アガロースゲル電気泳動法により解析したところ、目的
の部位に約 300塩基対のDNA断片が挿入されているこ
とを確認した。本プラスミドをpUCP1SDEmと命
名した。図4はプラスミドpUCP1SDEmの構造を
示す説明図である。
【0056】一方、ビフィズス菌と同じグラム陽性菌の
枯草菌では強いプロモーターであることが知られている
枯草菌溶源化ファージSP02のプロモータをpUCS
DEmに挿入したプラスミドpUCP2SDEmは以下
の手順で構築した。
【0057】ファージSP02のプロモーターは EcoRI
の切断により生じる約 0.3kbのDNA断片上にあるこ
とが知られているが、この断片を含む公知の枯草菌プラ
スミドベクターpPL608(Gene,22,45-57,1983)を
EcoRIで切断し、アガロースゲル電気泳動法で分離する
ことにより本断片を得た。pUCSDEmはXbaIで切断
し、T4DNAポリメラーゼで末端を平滑化した後、ア
ルカリホスファターゼ処理を行った。プロモーター断片
はT4DNAポリメラーゼで末端を平滑化した。両DN
Aを混合し、T4DNAリガーゼを加え、プロモーター
の連結を行った。この反応液を大腸菌JM108に形質
転換し、アンピシリン( 100μg/ml)とエリスロマイシ
ン( 500μg/ml)を添加したLB寒天平板培地に塗抹
し、37℃で一晩培養した。
【0058】平板上に生じたコロニーは大きなものと小
さなものとが認められたので、大きなコロニーからプラ
スミドDNAを抽出し、複数の制限酵素で切断し解析し
た。その結果、本実験で得たpUCP1SDEmは、目
的のプロモータを含むDNA断片を連結する過程で行っ
たT4DNAポリメラーゼ処理において、プロモータ断
片とプラスミドとの連結部位の EcoRIとXbaI切断点は消
失していたが、目的のプロモーターDNA断片はプラス
ミド上に挿入されていることが確認された。
【0059】実施例3(シャトルベクターpBE1の構
築) (1) 大腸菌プラスミドpACYC177の小型化とポリ
リンカーの付与 図5はプラスミドpACYC177の小型化とポリリン
カーの付与を説明する説明図であり、a図は各操作を示
す工程図、b図はポリリンカーDNAの塩基配列と制限
酵素切断部位とを示す説明図である。a図に示す通り、
pACYC177(3.94kb)をEco47IIIで切断し、T
4DNAリガーゼを用いセルフライゲーションすること
で、1.43kbのEco47III断片を除去したpACYCΔ1
(2.51kb)を得た。次に SacII切断し、末端をT4D
NAポリメラーゼで処理し、平滑化した後、末端をリン
酸化した8baseの HindIIIリンカー(5’−CAA
GCTTG−3’)をこの部分に挿入し、T4DNAリ
ガーゼで連結することで SacII切断部位を HindIII切断
部位に変えた。
【0060】HindIIIとEco47IIIでこれを切断し、0.25
kbのDNA断片を除去した後、プラスミド部分の末端
をアルカリホスファターゼで処理した。末端をリン酸化
したb図に示すポリリンカーDNAをこれに加え、T4
DNAリガーゼで先のプラスミドに挿入した(pACY
CΔ2PL;2.31kb)。pACYCΔ2PLをEco47I
IIとAatIIとで切断し、末端をT4DNAポリメラー
ゼで平滑化した後、T4DNAリガーゼでセルフライゲ
ーションし、約1.75kbのプラスミドpACYCΔPL
を得た(図5a図)。
【0061】(2) pACYCΔPLへのpNBb1のク
ローニング 図6はpNBb1のpACYCΔPLへのクローニング
操作を示す工程図である。図に示す通り、(1) で得たp
ACYCΔPLをポリリンカー内のSacI切断部位におい
て切断した後、アルカリホスファターゼ処理を行った。
これに対し、pNBb1を同じくSacIで切断したものを
加え、T4DNAリガーゼにより連結し、pACPNB
(7.35kb)を得た(図6中段)。
【0062】(3) pACPNBへのermEのクローニ
ング 実施例2により得たpUCP2SDEmをPstIとKpnIと
で切断し、アガロースゲル電気泳動法により分画し、プ
ロモーター,SD配列,ermEが含まれる約1.65kb
のDNA断片を分離した。一方、pACPNBをPstIと
KpnIで切断し、アルカリホスファターゼ処理した。これ
ら2つのDNAを混合し、T4DNAリガーゼを加え、
両者を連結し、pBE1(9.05kb)を得た(図6後
段)。
【0063】実施例4(シャトルベクターpBE1βの
作製) ビフィズス菌のGC含量が60%前後であるのに対し、
pBE1の作製にはGC含量が約70%のermEをその
選択マーカー遺伝子として使用した。ビフィズス菌中で
遺伝子発現の有無がGC含量に依存するか否か明らかに
する目的でermE部分を低いGC含量のエリスロマイ
シン耐性遺伝子であるermAM(GC含量約33%)(N
ucleic Acid Res.,15,3177,1987)と入れ換えたpBE1
βを以下の手順で作製した。
【0064】エンテロコッカス・フェカリスのプラスミ
ドpAMβ1のエリスロマイシン耐性遺伝子ermAM
が組込まれているプラスミドpVA838(ATCCNo.371
60)をAvaIと HindIIIで切断し、ermAMを含む 1.7
kbのDNA断片を取得した。このDNA断片の末端を
T4DNAポリメラーゼ処理により平滑化し、pUC1
19のSmaI切断部位に一度連結した。これを BamHIとKp
nIで切断し、末端に BamHIとKpnI切断部位を持つerm
AMのDNA断片を分離・精製した。
【0065】一方、pBE1を BamHIとKpnIで切断し、
ermEを含むDNA断片を除去した後、アルカリホス
ファターゼ処理し、先に分離・精製したermAMを含
む 1.7kbのDNA断片とT4DNAリガーゼを加え、
これを連結した。得られたプラスミドをpBE1βとし
た。
【0066】実施例5.(ビフィドバクテリウム・ブレ
ーベ(B.breve )のエレクトロポレーション用細胞の調
製) 1%のグルコース又はラクトースを含むMILS培地に
て一昼夜37℃で、嫌気培養したビフィドバクテリウム・
ブレーベ(B.breve )培養菌液を同じ組成の新しい培地
に1/50接種し、37℃で嫌気培養した。培養液の濁度が 6
60nmの波長で約 0.2になったところで集菌し、もとの
液量と同量の0℃に冷却したグリセリン溶液(10%)で
洗浄した。更に 1/2量のグリセリン溶液(10%)で2度
洗浄した後、菌体を 0.4mlのグリセリン溶液(10%)に
懸濁した。この菌体懸濁液は小分けにし、エタノール/
ドライアイス上で凍結した後、 -80℃で保存した。本凍
結菌体をエレクトロポレーションに使用したが、少なく
とも2週間は使用可能であった。
【0067】実施例6(pBE1及びpBE1βのビフ
ィズス菌へのエレクトロポレーション) エレクトロポレーションには、ジーンパルサーとパルス
コントローラー(Bio-Rad Laboratories,USA)を使用し
た。この際、機械の内部抵抗200Ω、コンデンサー容
量25μFで固定し、電圧に関しては適宜変更した。実
際の操作は以下の通り行った。実施例5により調製した
ビフィドバクテリウム・ブレーベ(B.breve )の凍結菌
液を氷の上で溶解し、40μlずつをマイクロ遠心チュー
ブに分取した。1μl(1μg/μl)のプラスミドDN
Aを加えて混合した後、氷上で冷却した専用キュベット
(電極間 0.1cm幅)に40μlを移し、電気パルスをか
けた。パルス後は直ちに、菌液を小試験管内の窒素置換
したMILS培地(細胞を調製したときと同じ糖を含
む)3mlに懸濁した。37℃で3時間嫌気培養した後、選
択用の薬剤を添加したMILS寒天培地(細胞を調製し
たときと同じ糖を含む)と混合し、混釈法により寒天平
板上にまいた。この寒天平板をアネロパック(住友ガス
化学社製)を用いて37℃で嫌気的に3〜4日間培養し
た。
【0068】先ず、pBE1を用いてビフィドバクテリ
ウム・ブレーベ(B.breve )YIT4065 とビフィドバクテ
リウム・ブレーベ(B.breve )YIT4064 に対するエレク
トロポレーションの至適電圧を調べた。12KV/cmか
ら2KV刻みで24KV/cmまで7点の電圧を取り、形
質転換対数を計測したところ、YIT4064 は20KV/cm
で最高値が得られ、このときの形質転換体数は1μgD
NAあたり 365個であった。一方、pBE1βでは同条
件で92個の形質転換体を得た。
【0069】これらの形質転換体より、実施例1に従っ
てプラスミドDNAを抽出し、アガロースゲル電気泳動
法により大きさを調べたところ、用いたpBE1並びに
pBE1βと一致することが判った。一方、何れの場合
もビフィドバクテリウム・ブレーベ(B.breve )YIT406
5 を宿主として、形質転換体は得られなかった。
【0070】実施例7(pBE1の小型化による形質転
換頻度の上昇) ビフィズス菌シャトルベクターpBE1の小型化を図っ
た。図7はプラスミドpBE1より小型化したプラスミ
ドベクターにおける欠失領域を示す説明図である。pB
E1を材料にして、図7に示したpNBb1に由来する
部分に欠失を持つ4種類のプラスミドを作製した。尚、
図7では欠失部分を細線で残した部分を太線で示した。
【0071】これらプラスミドがビフィドバクテリウム
・ブレーベ(B.breve )YIT4064 を形質転換できるか否
かを調べた。その結果、 1.4kbのClaI−SacI領域を欠
失したpBEΔ1、 2.4kbのClaI−BstXI 領域を欠失
したpBEΔ2、3.35kbのClaI−BglI領域を欠失した
pBEΔ4では、各々形質転換体が得られたが、 2.8k
bの PvuII− BstXI領域を欠失したpBEΔ3では得ら
れなかった。
【0072】形質転換体の得られたもののうち最小のプ
ラスミドは前述の化8及び化9の制限酵素地図に示すp
BEΔ4並びにpBEΔ5であった。また、pBEΔ3
やpBE12(pNBb1を BglIIで切断することによ
って得られる 4.7kbの BglII断片を、pBE1のpN
Bb1部分と入れ換えたもの)では、形質転換体が得ら
れなかった点を考慮すると、ビフィズス菌中での複製に
必要な領域はpNBb1由来の2.25kbのClaI−BglI断
片上に存在し、且つ、断片上の制限酵素サイトである P
vuII並びに BglIIサイト上に少なくともその一部が存在
していると考えられる。
【0073】小型化した各プラスミドベクターの大きさ
並びに形質転換効率を次の表2にまとめた。図8はプラ
スミドpBE1とpBEΔ4及びpBEΔ5との関係を
示す説明図である。得られた最小のプラスミドベクター
pBEΔ4及びpBEΔ5は、 5.7kbの大きさで、当
初のベクターであるpBE1の63%の大きさまで小型化
できた(図8参照)。また、形質転換効率も1μgDN
Aあたりで最高2500まで上昇し、この場合、もとのpB
E1より 5.3倍高い値を得ることができた。
【0074】
【表2】
【0075】実施例8(pBEΔHCの作製とエレクト
ロポレーションによるビフィドバクテリウム・ブレーベ
B.breve )への導入) 先の実施例で述べたpBE1,pBE1β,pBEΔ
4,pBEΔ5等は、大腸菌ベクター部分としてpAC
YC177を使用している。pACYC177は大腸菌
中でのコピー数がpUC118等に比べて低いため、大
腸菌部分にpUC118を用いることで、大腸菌を宿主
とした時に高いプラスミドDNAの収率が望めるpBE
ΔHCを作製した。
【0076】図9はプラスミドpBEΔHCの作製を説
明する説明図である。先ず、pBEΔ5をPstIと EcoRI
で切断し、pACYC177に由来する部分を除き、e
rmE領域とビフィズス菌複製領域とを備えたDNA断
片を得た。これにPstIと EcoRIで切断したpUC118
を加え、T4DNAリガーゼにより連結し、pBEΔH
Cを得た。
【0077】大腸菌(E.coli)JM109中で増幅した
pBEΔHCを用い、ビフィドバクテリウム・ブレーベ
B.breve )YIT4064 に先と同様の条件でエレクトロポ
レーションを行ったところ、コントロールに用いたpB
EΔ5とほぼ同じ頻度で形質転換できた。
【0078】実施例9(種々ビフィズス菌へのプラスミ
ドベクターの導入効率とプラスミドのメチル化の影響) 実施例7でビフィドバクテリウム・ブレーベ(B.breve
)YIT4064 への導入効率が最も高かったpBEΔ5を
使用して、ビフィドバクテリウム・ブレーベ(B.breve
)YIT4064 以外のビフィズス菌についてその形質転換
頻度を調べた。上記の実施例ではプラスミドDNAを増
幅するための大腸菌の宿主はDNAメチレース遺伝子で
あるdamとdcmに欠損のない(dam+ ,dcm
+ )のJM108又はJM109を使用したが、以下の
実験ではこれら2種類のDNAメチレース遺伝子に欠損
のある(dam- ,dcm- )の大腸菌であるところの
JM110を宿主として増幅したプラスミドについても
その形質転換頻度を検討した。
【0079】ビフィドバクテリウム属のうち、ヒト糞便
由来の菌種とヒト以外の動物に由来する菌種について、
材料と方法の項に従って形質転換を検討した。その結果
を次の表3に示す。
【0080】
【表3】
【0081】表3に示す通り、ビフィドバクテリウム・
ブレーベ(B.breve )YIT4065 ,ビフィドバクテリウム
・ブレーベ(B.breve )YIT4064 ,ビフィドバクテリウ
ム・ブレーベ(B.breve )ATCC15700 (基準株),ビフ
ィドバクテリウム・ロンガム(B.lomgum)ATCC15707
(基準株),ビフィドバクテリウム・インファンティス
B.infantis)ATCC15697 (基準株),ビフィドバクテ
リウム・シュードロンガム(B.pseudolongum)ATCC2552
6 (基準株)などの菌株で、形質転換体が得られた。
【0082】エレクトロポレーションにおける各菌株の
至適電圧は、何れも16KV/cm以上の高い電圧の領域
に存在した(表3)。ただし、ビフィドバクテリウム・
ロンガム,ビフィドバクテリウム・インファンティス,
ビフィドバクテリウム・シュードロンガムの各菌株では
検討した電圧の最高値で最高の形質転換頻度を示したの
で、装置の上限電圧(25KV/cm)より高い電圧をか
ければ更によい結果が得られるかもしれない。また、菌
株によっては使用するプラスミドDNAのメチル化の有
無が形質転換頻度に影響し、dam- ,dcm- の大腸
菌で増殖したプラスミドでないと形質転換体が得られな
い菌株(B.breve YIT4065 ,B.lomgum ATCC15707,B.ps
eudolongum ATCC25526)、dam+ ,dcm+ の大腸菌
で増殖したプラスミドの方が高い形質転換頻度を示した
菌株(B.breve YIT4064 ,B.breve ATCC15700 )、どち
らのDNAでも殆ど差のない菌株(B.infantis ATCC156
97)に別けられた(表3参照)。
【0083】また、形質転換の最高値は菌株によって差
があり、pBEΔ5 DNA1μgあたり102 〜10
4 であった(表3参照)。
【0084】以上のように、本研究におけるビフィズス
菌プラスミドベクターは広くビフィズス菌種に利用でき
ることが示された。また、ビフィズス菌への外来DNA
の導入にそのDNA自身のメチル化の有無が影響し、こ
れは菌株毎に異なることが以上から明らかになった。同
様の現象は細菌では一般に制限修飾系として知られてい
るが、ビフィズス菌へのDNAの導入に関して同様の系
が働くことについては、初めて見出されたものである。
将来、プラスミドベクターの導入が困難な宿主に直面し
た際、Damメチレース,Dcmメチレースに限らず、
DNAメチル化酵素の種類や、強弱の異なる中間宿主で
ビフィズス菌用のプラスミドベクターを増幅すること
で、所望するビフィズス菌へこれを導入できる可能性を
示唆している。
【0085】実施例10(pNBb1の複製に必要な領
域の塩基配列の決定) プラスミドベクターの全塩基配列を明らかにすること
は、そのプラスミドベクターの利便性を上げるために重
要である。塩基配列が分かれば、各制限酵素サイトも明
らかとなるため、プラスミドの改良や目的遺伝子のクロ
ーニングが容易になるからである。研究において作製し
たビフィズス菌用プラスミドベクターは、その材料のう
ち大腸菌複製必須領域と薬剤耐性遺伝子は既知のもので
あるため、塩基配列の明らかでない部分はビフィズス菌
複製必須領域のみである。そこで、ビフィズス菌複製必
須領域、即ち、pNBb1由来の 2.3kbのClaI−BglI
断片の塩基配列を解析した。
【0086】プラスミドベクターpBEΔ5より、 2.3
kbのDNA断片をその連結に用いたリンカーのサイト
SacIで切り出し、pUC118のSacIサイトにクローニ
ングした。DNA断片の挿入方向が互いに逆向きのプラ
スミドを選び、各々Kilo−Sequence用De
letionKit(宝酒造社製)を使用して挿入DN
A部分の段階的欠失を作製した。常法に従ってこれらか
ら1本鎖DNAを調製し、蛍光色素プライマーとPCR
を用いたサイクルシークエンス法により塩基配列を決定
した。耐熱製ポリメラーゼはTakara Ex Ta
q(宝酒造)を使用した。PCR反応はアプライドバイ
オシステムズ(ABI)社製のマニュアルに従い、解析
にはABI社製373A型シークエンサーを使用した。
【0087】決定した塩基配列は、後述する配列表の配
列番号1に示した。決定された塩基配列の長さは2297b
pで、この領域内には1482bpのオープンリーディング
フレーム(ORF)が見出された。このORFの直前に
はビフィドバクテリウム・ブレーベ(B.breve )の16
S rRNAの3’末端付近の配列5’AUCACCU
CCUUUCU3’と相補する配列、所謂SD配列が認
められ、更に上流にはプロモータ様配列も認められた。
このことから、見出されたORFは何らかのポリペプチ
ドをコードすると考えられた。また、ORFにコードさ
れるポリペプチドの分子量は 54860と算出された。
【0088】先のORFの塩基配列をアミノ酸配列に翻
訳し、「GENETYX−CDのSWISS−PROT
Protein Sequence Databas
eVer.11.20(ソフトウエア開発株式会社)」
を使用して、アミノ酸配列に相同性のあるタンパク質を
検索した。その結果、最も高い相同性を示したものとし
て、ストレプトコッカス・リビダンス(Streptomyces l
ividans )のプラスミドpIJ101の複製タンパク質
が見出された。
【0089】pIJ101はローリングサークル方式に
よって複製するプラスミドのうち、複製タンパク質の相
同性などから、pC194,pUB110,φX174
等と同じグループとされており、pNBb1の複製タン
パク質のアミノ酸配列中にもこれらのプラスミドの複製
タンパク質のアクティブサイトと高い相同性の認められ
る領域が存在した。また、周辺領域でも相同性が認めら
れた。このことから、ビフィドバクテリウム・ブレーベ
B.breve )のプラスミドpNBb1はローリングサー
クル方式で複製するpIJ101,φX174,pC1
94,pUB110等と同じグループのプラスミドであ
ることが示唆された。
【0090】一方、この領域の塩基配列が明らかになっ
たことにより、pBEΔ4,pBEΔ5では外来DNA
とクローニングできる1カ所切断の制限酵素サイトとし
てAccIII, EcoRI,KpnI,Sse8387I,XhoI等があること
が判った。一方、pBEΔHCでは EcoRI,KpnI,Pst
I,Sse8387I,XhoI等がクローニングサイトとして使用
可能であることが明らかとなった。また、これら制限酵
素を用いて各々のプラスミドDNAを実際に切断し、切
断点が1カ所であることを確認した。
【0091】
【発明の効果】以上説明したとおり、本発明によるシャ
トルベクターは、多種類のビフィズス菌を形質転換でき
るので、これを用いることにより、外来遺伝子を種々の
ビフィズス菌に導入することが可能となる。また、その
結果として、ビフィズス菌を種々の用途に利用する際
に、より有用性の高い菌株を分子育種できるという効果
がある。
【0092】
【配列表】
配列番号:1 配列の長さ:2997 配列の型:核酸 鎖の数:二本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:Genomic DNA 起源 生物名:ビフィドバクテリウム・ブレーベ(Bifidobact
erium breve ) 株名:ATCC15698(pNBb1) 配列の特徴 特徴を表わす記号: -35 signal 存在位置:387..392 特徴を決定した方法:S 特徴を表わす記号: -10 signal 存在位置:410..415 特徴を決定した方法:S 特徴を表わす記号:RBS 存在位置:525..530 特徴を決定した方法:S 特徴を表わす記号:CDS 存在位置:539..2020 特徴を決定した方法:S 配列 CGATGAATGC CAGAGCTTCT TCAACGCCAA AGGCATACTG GGCGGCAAGC CGGCGAAAGA 60 CAAGGCCGAG GAAATCACCG CCGCCGCCAC GGAGATAGTG CAGAAAGGCC GGTCGGGAGG 120 CTTCCTCCTG TTCGCCATCA CCCAGAAACC TACCACCGAT TCGCTGCCAT CGGCACTACG 180 CGAGAACTGC GAGAACCGTA TCTGCTTCCG CGTCAAGACA CCGGAAGCAG CACGAGCCGT 240 ACTGGGCGAC ATGCCGGACG GTTCCCCCTC CCCGACCGAC ATACCACCGG CCCGTCGTGG 300 TGGCGCCATC ATCGGACTGG CCACCGGCGA AGACGTGATG TGCCGATTCG CGTACGTGAG 360 CGAAGAGGAG GCAGAAAGGG CCGTTGTTGC GAATCACAAG GGTGTAATTT AAACTGAGTC 420 ACAGCTGATA AAAGGAAACC CCCCGGGGCT GGAACCCCGG GGGGAATCTT GAAAGTCCGC 480 TAGCGGTCTA GGTCGCCAAA CTTTGCACCG CTGGCTACAA CTTTAGAAAG TCGTCACT 538 ATG AGT GTA CCA ACT CAG GGG ACG AAG TGG AAC CCG ATG GGT GTC CCT 586 Met Ser Val Pro Thr Gln Gly Thr Lys Trp Asn Pro Met Gly Val Pro TCA CCG TCC CAG CAC CAG ACC GCC GAA CGG CTG CAC GCC GCA GTA GCG 634 Ser Pro Ser Gln His Gln Thr Ala Glu Arg Leu His Ala Ala Val Ala GCG AAG CCT CAA GGC GTA GCC GCG GAA GCG GCA AGC GGG GCG CGT AGC 682 Ala Lys Pro Gln Gly Val Ala Ala Glu Ala Ala Ser Gly Ala Arg Ser GGC CCG CCT TGG GAA AAG ACG AAT AAA ATA ACC CCC TCC CTC TCC CGC 730 Gly Pro Pro Trp Glu Lys Thr Asn Lys Ile Thr Pro Ser Leu Ser Arg ACC GAT TTA CGG CGT CTG GCG TAT GGT CGC CGC GCT GAA AGC CGA AAG 778 Thr Asp Leu Arg Arg Leu Ala Tyr Gly Arg Arg Ala Glu Ser Arg Lys ATT CTC GTC CGT CAT GCC GGT GGC GAA ACG CTC GGA TTC GAG CCG ATT 826 Ile Leu Val Arg His Ala Gly Gly Glu Thr Leu Gly Phe Glu Pro Ile AAG CTG CCG CGC TGC GCA CGC TGC GGC CAA CCG GTG GAC ACC GGC GTG 874 Lys Leu Pro Arg Cys Ala Arg Cys Gly Gln Pro Val Asp Thr Gly Val GGT GTC ATG ACC AAC GGC GAG AAA GCC CGG TTT ACA GGC ACC ATG CTG 922 Gly Val Met Thr Asn Gly Glu Lys Ala Arg Phe Thr Gly Thr Met Leu TGC GGC TCG ATC TGG GCA TGC CCC ACC TGC TCG GCA ATC ATT CGC CAC 970 Cys Gly Ser Ile Trp Ala Cys Pro Thr Cys Ser Ala Ile Ile Arg His GAA CGC GCC CAC GAG GTC GCC CTC GCC ATC GGG AAC CAT GCC GAG AAA 1018 Glu Arg Ala His Glu Val Ala Leu Ala Ile Gly Asn His Ala Glu Lys CTG AGG AAA GCC GCC GCC GAC CAA TGG CAG GCA GAA CAT GAG GGG CAG 1066 Leu Arg Lys Ala Ala Ala Asp Gln Trp Gln Ala Glu His Glu Gly Gln CGT CTG CCG CCG GAA CTC ATG GTG TCC GAC AGC TTC GGA AAC TAC ATC 1114 Arg Leu Pro Pro Glu Leu Met Val Ser Asp Ser Phe Gly Asn Tyr Ile TTC GGC ACC CTC ACC CTG CGC CAT GAT CGG ACA ATG CCG CTG GCC ATG 1162 Phe Gly Thr Leu Thr Leu Arg His Asp Arg Thr Met Pro Leu Ala Met ACC CTT GAC GCA ATC CTC AAG GGC TGG ACG AAG ATG ATT AAC GGA AGC 1210 Thr Leu Asp Ala Ile Leu Lys Gly Trp Thr Lys Met Ile Asn Gly Ser CCT TGG CAA CGG GCC TCG GAA CGT TGG AAA ATC AGG GGT TTC GTC CGC 1258 Pro Trp Gln Arg Ala Ser Glu Arg Trp Lys Ile Arg Gly Phe Val Arg GCG ATT GAA ATC ACC TAC GGT GTG AAC GGC TGG CAC CCT CAC ATT CAT 1306 Ala Ile Glu Ile Thr Tyr Gly Val Asn Gly Trp His Pro His Ile His TTC GTC ATG TTT CTC GAT GGC GAT CTG GAC GAT GGG CAG CGT GAG GCA 1354 Phe Val Met Phe Leu Asp Gly Asp Leu Asp Asp Gly Gln Arg Glu Ala ATG CAG CAA TGG CTG CTC GAT CGC TGG AAA ACC ATG GTC AAG CGC GTT 1402 Met Gln Gln Trp Leu Leu Asp Arg Trp Lys Thr Met Val Lys Arg Val GCC AAG GCA TAC AAG AAA AAA GAC GGC AAC CCC TAC AAC GTC GCC CCG 1450 Ala Lys Ala Tyr Lys Lys Lys Asp Gly Asn Pro Tyr Asn Val Ala Pro AAC GAC GAA CAC GGC ATA GAT CTG CAA TTC AAG TCG GGC AAG GAC GCC 1498 Asn Asp Glu His Gly Ile Asp Leu Gln Phe Lys Ser Gly Lys Asp Ala GGA ACC GCT GCG GCC GAA TAC ATC ACC AAG ATT CAA GGC GAC AAA GGC 1546 Gly Thr Ala Ala Ala Glu Tyr Ile Thr Lys Ile Gln Gly Asp Lys Gly GGC GTC ACT CTG GCT CAG GAA ATC GCG CGC GGC GAT ATC AAG AAT GGT 1594 Gly Val Thr Leu Ala Gln Glu Ile Ala Arg Gly Asp Ile Lys Asn Gly CGT ATG GGG TCG GTT AAC CCG TTC CAA TTG CTG GAC TCC GGG TGC CTC 1642 Arg Met Gly Ser Val Asn Pro Phe Gln Leu Leu Asp Ser Gly Cys Leu GGG CTG TCC GAT TTC CAG CGC GAA GAT CTC TGG CTC GAA TAC TGG CAG 1690 Gly Leu Ser Asp Phe Gln Arg Glu Asp Leu Trp Leu Glu Tyr Trp Gln GCC ACT CTG CGC CGC CGC TGC ATA ACA TGG TCG CGT GGC CTC AAG GAA 1738 Ala Thr Leu Arg Arg Arg Cys Ile Thr Trp Ser Arg Gly Leu Lys Glu GAC ATG GAG GTC GAG GAA CTG GAA GAC GAG GAG CTG GCG GAG AAA GCC 1786 Asp Met Glu Val Glu Glu Leu Glu Asp Glu Glu Leu Ala Glu Lys Ala GAC GAA CTG CCC GGT CTG GTC GGC TAT GTC GTG CCG AAT CGG GTT TAC 1834 Asp Glu Leu Pro Gly Leu Val Gly Tyr Val Val Pro Asn Arg Val Tyr AAA GAC ATT CGC AAG AGT GCG CCT GAG ACA CTG GCC GAC GCA TTG GAT 1882 Lys Asp Ile Arg Lys Ser Ala Pro Glu Thr Leu Ala Asp Ala Leu Asp GCC GCC GAA CGC GAA GAC TGG CAG GAA GTC GCA CGG CTC TTG CCC GGT 1930 Ala Ala Glu Arg Glu Asp Trp Gln Glu Val Ala Arg Leu Leu Pro Gly GGC GTC ATA CTC ACT GAC GAA CAG CAG GAC GCC ATA GCT GAT GGC GAA 1978 Gly Val Ile Leu Thr Asp Glu Gln Gln Asp Ala Ile Ala Asp Gly Glu GCC AAA CCG GGG GAC TAT CTG CCA ACT ATG AGT GTC ATG GTG 2020 Ala Lys Pro Gly Asp Tyr Leu Pro Thr Met Ser Val Met Val TAATAGTTGA TAGTGTCATA GTTGATAGTG TCATAGTGTC ATAGTTGATA GTGTCATAGT 2080 CATTTGAGGT AGGCTTCAAG GGCTTCGTTT ACTATGCTTG AAGCCGAGGG GATTGTCCCA 2140 GATTTGGTGC GGTGTGTGAT TCGATAGGTG TCCAGCTTCT CCCAAAGGTC AAGGCGGACA 2200 CTGAAGCTGC GCACTTTCGT TTTGGAATTG TTTCGGCCCT CCTCGTCCGC GTTCTTCGTT 2260 GGCTCTTTCG GTGTCATTGA GATGTCGCCG GGTGCCT 2297
【図面の簡単な説明】
【図1】プラスミドpNBb1の制限酵素切断地図であ
る。
【図2】プラスミドpUCEmの構造を示す説明図であ
る。
【図3】プラスミドpUCEm上のermEのSD配列
を合成DNAの挿入による変化した過程を示す説明図で
ある。
【図4】プラスミドpUCP1SDEmの構造を示す説
明図である。
【図5】プラスミドpACYC177の小型化とポリリ
ンカーの付与を説明する説明図であり、a図は各操作を
示す工程図、b図はポリリンカーDNAの塩基配列と制
限酵素切断部位とを示す説明図である。
【図6】pNBb1のpACYCΔPLへのクローニン
グ操作を示す工程図である。
【図7】プラスミドpBE1より小型化したプラスミド
ベクターにおける欠失領域を示す説明図である。
【図8】プラスミドpBE1とpBEΔ4及びpBEΔ
5との関係を示す説明図である。
【図9】プラスミドpBEΔHCの作製を説明する説明
図である。

Claims (5)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 ビフィドバクテリウム・ブレーベ(Bifi
    dobacterium breve)ATCC 15698株のプラスミドpNB
    b1由来の複製必須領域と、 大腸菌(Escherichia coli)のプラスミド由来の複製必
    須領域と、 大腸菌(Escherichia coli)のプラスミド由来の抗生物
    質耐性遺伝子と、 ビフィズス菌で機能する抗生物質耐性遺伝子とを備えた
    ことを特徴とするビフィズス菌用シャトルベクター。
  2. 【請求項2】 大腸菌(Escherichia coli)由来のプラ
    スミドが、pACYC177又はpUC118であるこ
    とを特徴とする請求項1のビフィズス菌用シャトルベク
    ター。
  3. 【請求項3】 ビフィズス菌で機能する抗生物質耐性遺
    伝子が、サッカロポリスポラ・エリスレア(Saccharopo
    lyspora erythraea )JCM 4748(ATCC 11635)株のエリス
    ロマイシン耐性遺伝子(ermE)又はエンテロコッカ
    ス・フェカーリス(Enterococcus faecalis )のエリス
    ロマイシン耐性遺伝子(ermAM)であることを特徴
    とする請求項1に記載のビフィズス菌用シャトルベクタ
    ー。
  4. 【請求項4】 次の化1〜化5の何れかの制限酵素地図
    で表わされたことを特徴とする請求項1〜3の何れかに
    記載のビフィズス菌用シャトルベクター。 【化1】 【化2】 【化3】 【化4】 【化5】
  5. 【請求項5】 次のアミノ酸配列をコードするビフィズ
    ス菌プラスミドの複製タンパク質遺伝子。 Met-Ser-Val-Pro-Thr-Gln-Gly-Thr-Lys-Trp-Asn-Pro-Me
    t-Gly-Val-Pro-Ser-Pro-Ser-Gln-His-Gln-Thr-Ala-Glu-
    Arg-Leu-His-Ala-Ala-Val-Ala-Ala-Lys-Pro-Gln-Gly-Va
    l-Ala-Ala-Glu-Ala-Ala-Ser-Gly-Ala-Arg-Ser-Gly-Pro-
    Pro-Trp-Glu-Lys-Thr-Asn-Lys-Ile-Thr-Pro-Ser-Leu-Se
    r-Arg-Thr-Asp-Leu-Arg-Arg-Leu-Ala-Tyr-Gly-Arg-Arg-
    Ala-Glu-Ser-Arg-Lys-Ile-Leu-Val-Arg-His-Ala-Gly-Gl
    y-Glu-Thr-Leu-Gly-Phe-Glu-Pro-Ile-Lys-Leu-Pro-Arg-
    Cys-Ala-Arg-Cys-Gly-Gln-Pro-Val-Asp-Thr-Gly-Val-Gl
    y-Val-Met-Thr-Asn-Gly-Glu-Lys-Ala-Arg-Phe-Thr-Gly-
    Thr-Met-Leu-Cys-Gly-Ser-Ile-Trp-Ala-Cys-Pro-Thr-Cy
    s-Ser-Ala-Ile-Ile-Arg-His-Glu-Arg-Ala-His-Glu-Val-
    Ala-Leu-Ala-Ile-Gly-Asn-His-Ala-Glu-Lys-Leu-Arg-Ly
    s-Ala-Ala-Ala-Asp-Gln-Trp-Gln-Ala-Glu-His-Glu-Gly-
    Gln-Arg-Leu-Pro-Pro-Glu-Leu-Met-Val-Ser-Asp-Ser-Ph
    e-Gly-Asn-Tyr-Ile-Phe-Gly-Thr-Leu-Thr-Leu-Arg-His-
    Asp-Arg-Thr-Met-Pro-Leu-Ala-Met-Thr-Leu-Asp-Ala-Il
    e-Leu-Lys-Gly-Trp-Thr-Lys-Met-Ile-Asn-Gly-Ser-Pro-
    Trp-Gln-Arg-Ala-Ser-Glu-Arg-Trp-Lys-Ile-Arg-Gly-Ph
    e-Val-Arg-Ala-Ile-Glu-Ile-Thr-Tyr-Gly-Val-Asn-Gly-
    Trp-His-Pro-His-Ile-His-Phe-Val-Met-Phe-Leu-Asp-Gl
    y-Asp-Leu-Asp-Asp-Gly-Gln-Arg-Glu-Ala-Met-Gln-Gln-
    Trp-Leu-Leu-Asp-Arg-Trp-Lys-Thr-Met-Val-Lys-Arg-Va
    l-Ala-Lys-Ala-Tyr-Lys-Lys-Lys-Asp-Gly-Asn-Pro-Tyr-
    Asn-Val-Ala-Pro-Asn-Asp-Glu-His-Gly-Ile-Asp-Leu-Gl
    n-Phe-Lys-Ser-Gly-Lys-Asp-Ala-Gly-Thr-Ala-Ala-Ala-
    Glu-Tyr-Ile-Thr-Lys-Ile-Gln-Gly-Asp-Lys-Gly-Gly-Va
    l-Thr-Leu-Ala-Gln-Glu-Ile-Ala-Arg-Gly-Asp-Ile-Lys-
    Asn-Gly-Arg-Met-Gly-Ser-Val-Asn-Pro-Phe-Gln-Leu-Le
    u-Asp-Ser-Gly-Cys-Leu-Gly-Leu-Ser-Asp-Phe-Gln-Arg-
    Glu-Asp-Leu-Trp-Leu-Glu-Tyr-Trp-Gln-Ala-Thr-Leu-Ar
    g-Arg-Arg-Cys-Ile-Thr-Trp-Ser-Arg-Gly-Leu-Lys-Glu-
    Asp-Met-Glu-Val-Glu-Glu-Leu-Glu-Asp-Glu-Glu-Leu-Al
    a-Glu-Lys-Ala-Asp-Glu-Leu-Pro-Gly-Leu-Val-Gly-Tyr-
    Val-Val-Pro-Asn-Arg-Val-Tyr-Lys-Asp-Ile-Arg-Lys-Se
    r-Ala-Pro-Glu-Thr-Leu-Ala-Asp-Ala-Leu-Asp-Ala-Ala-
    Glu-Arg-Glu-Asp-Trp-Gln-Glu-Val-Ala-Arg-Leu-Leu-Pr
    o-Gly-Gly-Val-Ile-Leu-Thr-Asp-Glu-Gln-Gln-Asp-Ala-
    Ile-Ala-Asp-Gly-Glu-Ala-Lys-Pro-Gly-Asp-Tyr-Leu-Pr
    o-Thr-Met-Ser-Val-Met-Val
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* Cited by examiner, † Cited by third party
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WO2015083743A1 (ja) 2013-12-04 2015-06-11 株式会社ヤクルト本社 微生物の酸耐性調節方法
CN112870234A (zh) * 2021-01-27 2021-06-01 四川九章生物科技有限公司 包含绿原酸的药物组合物在制备治疗病理性黄疸的药物中的用途

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