JPH10229886A - ｓｐｏ／ｒｅｌ - Google Patents
ｓｐｏ／ｒｅｌInfo
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- JPH10229886A JPH10229886A JP9330761A JP33076197A JPH10229886A JP H10229886 A JPH10229886 A JP H10229886A JP 9330761 A JP9330761 A JP 9330761A JP 33076197 A JP33076197 A JP 33076197A JP H10229886 A JPH10229886 A JP H10229886A
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- JP
- Japan
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- polypeptide
- polynucleotide
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- rel
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- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
Abstract
(57)【要約】
【課題】 ｓｐｏ／ｒｅｌポリペプチドおよびそれをコ
ードするポリヌクレオチドを提供する。 【解決手段】 本発明は、ｓｐｏ／ｒｅｌポリペプチド
およびｓｐｏ／ｒｅｌポリペプチドをコードしているＤ
ＮＡ（ＲＮＡ）ならびに組み換え法によるかかるポリペ
プチドの製造方法を提供する。また、抗細菌化合物のス
クリーニングのためのｓｐｏ／ｒｅｌポリペプチドの使
用方法を提供する。
ードするポリヌクレオチドを提供する。 【解決手段】 本発明は、ｓｐｏ／ｒｅｌポリペプチド
およびｓｐｏ／ｒｅｌポリペプチドをコードしているＤ
ＮＡ（ＲＮＡ）ならびに組み換え法によるかかるポリペ
プチドの製造方法を提供する。また、抗細菌化合物のス
クリーニングのためのｓｐｏ／ｒｅｌポリペプチドの使
用方法を提供する。
Description
【０００１】本発明は、新規に同定されたポリヌクレオ
チドおよびポリペプチド、およびその製造および使用、
ならびにそれらの変種、アゴニストおよびアンタゴニス
トおよびそれらの使用に関する。詳細には、これらのお
よびその他の点に関して、本発明は本明細書で「ｓｐｏ
／ｒｅｌ」と称する、ｓｐｏＴ／ｒｅｌＡファミリーの
新規ポリヌクレオチドおよびポリペプチドに関する。
チドおよびポリペプチド、およびその製造および使用、
ならびにそれらの変種、アゴニストおよびアンタゴニス
トおよびそれらの使用に関する。詳細には、これらのお
よびその他の点に関して、本発明は本明細書で「ｓｐｏ
／ｒｅｌ」と称する、ｓｐｏＴ／ｒｅｌＡファミリーの
新規ポリヌクレオチドおよびポリペプチドに関する。
【０００２】
【従来の技術】ストレプトコッカス属は、医学上重要な
微生物の属であり、ヒトにおけるいくつかのタイプの疾
病、例えば、中耳炎、結膜炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、
副鼻腔炎、膿胸および心内膜炎、最も詳細には髄膜炎
（例えば、脳脊髄液の感染）等の原因であることが知ら
れている。その単離は１００年以上も前であるので、ス
トレプトコッカス・ニューモニアエ（Streptcoccus pne
umoniae）は魅力的な研究対象微生物の１つである。例
えば、ＤＮＡが実際に遺伝物質であるという我々の初期
の知識の多くは、この微生物を用いたGriffithおよびAv
ery、MacleodおよびMcCartyの研究に基づいて予想され
たものであった。エス・ニューモニアエ（S.pneumonia
e）に関する膨大な研究にもかかわらず、この微生物の
毒性に関する多くの疑問があった。ストレプトコッカス
の遺伝子および遺伝子産物を抗生物質の開発のための標
的として用いることが特に好ましい。ストレプトコッカ
ス・ニューモニアエ感染の頻度は過去２０年間で飛躍的
に増大した。これは多剤耐性株の出現および免疫系が弱
体化した人々の増加による。標準的な抗生物質のいくつ
かまたはすべてに耐性であるストレプトコッカス・ニュ
ーモニアエを単離することは、もはや異常なことではな
い。このことは、新規抗生物質およびこの生物に関する
新規診断方法の両方に対する必要性を生じさせた。
微生物の属であり、ヒトにおけるいくつかのタイプの疾
病、例えば、中耳炎、結膜炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、
副鼻腔炎、膿胸および心内膜炎、最も詳細には髄膜炎
（例えば、脳脊髄液の感染）等の原因であることが知ら
れている。その単離は１００年以上も前であるので、ス
トレプトコッカス・ニューモニアエ（Streptcoccus pne
umoniae）は魅力的な研究対象微生物の１つである。例
えば、ＤＮＡが実際に遺伝物質であるという我々の初期
の知識の多くは、この微生物を用いたGriffithおよびAv
ery、MacleodおよびMcCartyの研究に基づいて予想され
たものであった。エス・ニューモニアエ（S.pneumonia
e）に関する膨大な研究にもかかわらず、この微生物の
毒性に関する多くの疑問があった。ストレプトコッカス
の遺伝子および遺伝子産物を抗生物質の開発のための標
的として用いることが特に好ましい。ストレプトコッカ
ス・ニューモニアエ感染の頻度は過去２０年間で飛躍的
に増大した。これは多剤耐性株の出現および免疫系が弱
体化した人々の増加による。標準的な抗生物質のいくつ
かまたはすべてに耐性であるストレプトコッカス・ニュ
ーモニアエを単離することは、もはや異常なことではな
い。このことは、新規抗生物質およびこの生物に関する
新規診断方法の両方に対する必要性を生じさせた。
【０００３】イー・コリ（E.coli）のｒｅｌＡおよびｓ
ｐｏＴ蛋白は、栄養制限に対する緊縮応答に関与してお
り、遺伝子発現および他の細胞プロセスの調節に関与す
る（ｐ）ｐｐＧｐｐの蓄積を調節する（F.C.Neidhardt
et al.(eds) Escherichia coli and Salminalla:cellul
ar and molecular biology,2nd edition,ASM Press,Was
hington,D.C.,1996中、Cashel,M.et al.The Stringent
Response.）。ｓｐｏＴ蛋白は（ｐ）ｐｐＧｐｐの合成
および分解の両方を行うことができるが、ｒｅｌＡ蛋白
は（ｐ）ｐｐＧｐｐの合成のみを行うことができる。ｓ
ｐｏＴおよびｒｅｌＡ蛋白は相同的である（類似性５
５．６％、同一性３１．９％）（Metzgeret al.,J.Bio
l.Chem.264:9122-9125,1989）。ストレプトコッカス・
エクイシミリス（Streptococcus equisimilis）のＨ４
６Ａ染色体のストレプトキナーゼ領域の遺伝学的構成が
決定されており、それにはｒｅｌＡ／ｓｐｏＴ相同体
（ｒｅｌと命名された）の全長のＯＲＦが含まれている
（Mechold,U.et al.Mol.Gen.Genet.241:129-140,199
3）。ストレプトコッカス・エクイシミリス由来のｒｅ
ｌ遺伝子の機能分析により、どちらの酵素も（ｐ）ｐｐ
Ｇｐｐの合成および分解の両方を触媒するという点で、
コードされる蛋白がイー・コリのｓｐｏＴに類似である
ことが示された（Mechold,U.et al.J.Bacteriol.178:14
01-1411,1996）。
ｐｏＴ蛋白は、栄養制限に対する緊縮応答に関与してお
り、遺伝子発現および他の細胞プロセスの調節に関与す
る（ｐ）ｐｐＧｐｐの蓄積を調節する（F.C.Neidhardt
et al.(eds) Escherichia coli and Salminalla:cellul
ar and molecular biology,2nd edition,ASM Press,Was
hington,D.C.,1996中、Cashel,M.et al.The Stringent
Response.）。ｓｐｏＴ蛋白は（ｐ）ｐｐＧｐｐの合成
および分解の両方を行うことができるが、ｒｅｌＡ蛋白
は（ｐ）ｐｐＧｐｐの合成のみを行うことができる。ｓ
ｐｏＴおよびｒｅｌＡ蛋白は相同的である（類似性５
５．６％、同一性３１．９％）（Metzgeret al.,J.Bio
l.Chem.264:9122-9125,1989）。ストレプトコッカス・
エクイシミリス（Streptococcus equisimilis）のＨ４
６Ａ染色体のストレプトキナーゼ領域の遺伝学的構成が
決定されており、それにはｒｅｌＡ／ｓｐｏＴ相同体
（ｒｅｌと命名された）の全長のＯＲＦが含まれている
（Mechold,U.et al.Mol.Gen.Genet.241:129-140,199
3）。ストレプトコッカス・エクイシミリス由来のｒｅ
ｌ遺伝子の機能分析により、どちらの酵素も（ｐ）ｐｐ
Ｇｐｐの合成および分解の両方を触媒するという点で、
コードされる蛋白がイー・コリのｓｐｏＴに類似である
ことが示された（Mechold,U.et al.J.Bacteriol.178:14
01-1411,1996）。
【０００４】
【発明が解決しようとする課題】明らかに、化合物の抗
生物質活性をスクリーニングするために用いることがで
きる因子、ならびに感染、機能障害および疾患の病因に
おける役割を決定するためにも用いることができる因子
が必要とされている。また、感染、機能障害または疾患
の予防、改善または抑制に役割を果たすことができるこ
のような因子ならびにアンタゴニストおよびアゴニスト
の同定および特徴づけも必要とされている。本発明のポ
リペプチドは、既知のストレプトコッカス・エクイシミ
リスのｒｅｌ蛋白に相同的なアミノ酸配列を有する。
生物質活性をスクリーニングするために用いることがで
きる因子、ならびに感染、機能障害および疾患の病因に
おける役割を決定するためにも用いることができる因子
が必要とされている。また、感染、機能障害または疾患
の予防、改善または抑制に役割を果たすことができるこ
のような因子ならびにアンタゴニストおよびアゴニスト
の同定および特徴づけも必要とされている。本発明のポ
リペプチドは、既知のストレプトコッカス・エクイシミ
リスのｒｅｌ蛋白に相同的なアミノ酸配列を有する。
【０００５】
【課題を解決するための手段および発明の実施の形態】
本発明の目的は、表１〜１１の［配列番号：２］に示す
アミノ酸配列とストレプトコッカス・エクイシミリスの
ｒｅｌ蛋白のごとき他の蛋白の既知アミノ酸配列との相
同性により、新規ｓｐｏ／ｒｅｌポリペプチドとして同
定されたポリペプチドを提供することである。本発明の
さらなる目的は、ｓｐｏ／ｒｅｌポリペプチドをコード
するポリヌクレオチド、特に本明細書においてｓｐｏ／
ｒｅｌと称するポリペプチドをコードするポリヌクレオ
チドを提供することである。本発明の特に好ましい具体
例において、ポリペプチドは、表１〜１１の［配列番
号：１］に示す配列を含むｓｐｏ／ｒｅｌポリペプチド
をコードしている領域を含み、それは全長の遺伝子また
はその変種を包含する。本発明の別のとりわけ好ましい
態様において、表１〜１１の[配列番号：２]に示すアミ
ノ酸配列を含む、ストレプトコッカス・ニューモニアエ
由来の新規ｓｐｏ／ｒｅｌ蛋白、またはそれらの変種が
ある。本発明のこの態様によれば、寄託株に含まれるス
トレプトコッカス・ニューモニアエ０１００９９３株に
より発現可能な成熟ポリペプチドをコードする単離核酸
分子が提供される。本発明のこの態様によれば、ｓｐｏ
／ｒｅｌ、とりわけストレプトコッカス・ニューモニア
エのｓｐｏ／ｒｅｌをコードする、ｍＲＮＡ、ｃＤＮ
Ａ、ゲノムＤＮＡ等の単離核酸分子が提供される。本発
明のさらなる態様は、生物学的、診断学的、予防的、臨
床的または治療的に有用なそれらの変種、およびこれら
を含有する組成物を包含する。
本発明の目的は、表１〜１１の［配列番号：２］に示す
アミノ酸配列とストレプトコッカス・エクイシミリスの
ｒｅｌ蛋白のごとき他の蛋白の既知アミノ酸配列との相
同性により、新規ｓｐｏ／ｒｅｌポリペプチドとして同
定されたポリペプチドを提供することである。本発明の
さらなる目的は、ｓｐｏ／ｒｅｌポリペプチドをコード
するポリヌクレオチド、特に本明細書においてｓｐｏ／
ｒｅｌと称するポリペプチドをコードするポリヌクレオ
チドを提供することである。本発明の特に好ましい具体
例において、ポリペプチドは、表１〜１１の［配列番
号：１］に示す配列を含むｓｐｏ／ｒｅｌポリペプチド
をコードしている領域を含み、それは全長の遺伝子また
はその変種を包含する。本発明の別のとりわけ好ましい
態様において、表１〜１１の[配列番号：２]に示すアミ
ノ酸配列を含む、ストレプトコッカス・ニューモニアエ
由来の新規ｓｐｏ／ｒｅｌ蛋白、またはそれらの変種が
ある。本発明のこの態様によれば、寄託株に含まれるス
トレプトコッカス・ニューモニアエ０１００９９３株に
より発現可能な成熟ポリペプチドをコードする単離核酸
分子が提供される。本発明のこの態様によれば、ｓｐｏ
／ｒｅｌ、とりわけストレプトコッカス・ニューモニア
エのｓｐｏ／ｒｅｌをコードする、ｍＲＮＡ、ｃＤＮ
Ａ、ゲノムＤＮＡ等の単離核酸分子が提供される。本発
明のさらなる態様は、生物学的、診断学的、予防的、臨
床的または治療的に有用なそれらの変種、およびこれら
を含有する組成物を包含する。
【０００６】本発明の別の態様によれば、治療的、予防
的目的で、とりわけ遺伝学的免疫において本発明のポリ
ヌクレオチドの使用が提供される。本発明のこの態様に
おけるとりわけ好ましい具体例は、ｓｐｏ／ｒｅｌの自
然発生対立遺伝子変種およびそれによりコードされるポ
リペプチドである。本発明のこの態様によれば、本明細
書でｓｐｏ／ｒｅｌと称するストレプトコッカス・ニュ
ーモニアエの新規ポリペプチド、ならびに生物学的、診
断学的、予防的、臨床的または治療的に有用なそれらの
変種、およびこれらを含んでなる組成物が提供される。
本発明のとりわけ好ましい具体例は、ｓｐｏ／ｒｅｌ遺
伝子の自然発生対立遺伝子によりコードされるｓｐｏ／
ｒｅｌポリペプチドの変種である。本発明のこの態様に
おける好ましい具体例において、前述のｓｐｏ／ｒｅｌ
ポリペプチドの製造方法が提供される。本発明の別の態
様によれば、例えば抗体等の抗菌物質として有用な、こ
のようなポリペプチドに対する阻害物質が提供される。
的目的で、とりわけ遺伝学的免疫において本発明のポリ
ヌクレオチドの使用が提供される。本発明のこの態様に
おけるとりわけ好ましい具体例は、ｓｐｏ／ｒｅｌの自
然発生対立遺伝子変種およびそれによりコードされるポ
リペプチドである。本発明のこの態様によれば、本明細
書でｓｐｏ／ｒｅｌと称するストレプトコッカス・ニュ
ーモニアエの新規ポリペプチド、ならびに生物学的、診
断学的、予防的、臨床的または治療的に有用なそれらの
変種、およびこれらを含んでなる組成物が提供される。
本発明のとりわけ好ましい具体例は、ｓｐｏ／ｒｅｌ遺
伝子の自然発生対立遺伝子によりコードされるｓｐｏ／
ｒｅｌポリペプチドの変種である。本発明のこの態様に
おける好ましい具体例において、前述のｓｐｏ／ｒｅｌ
ポリペプチドの製造方法が提供される。本発明の別の態
様によれば、例えば抗体等の抗菌物質として有用な、こ
のようなポリペプチドに対する阻害物質が提供される。
【０００７】本発明のこの態様における１の好ましい態
様によれば、ｓｐｏ／ｒｅｌ発現の評価、および疾病の
処置、例えば中耳炎、結膜炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、
副鼻腔炎、膿胸および心内膜炎、最も詳細には髄膜炎
（例えば、脳脊髄液の感染）の処置、遺伝学的変種のア
ッセイ、ならびに生物にｓｐｏ／ｒｅｌポリペプチドま
たはポリヌクレオチドを投与して細菌（詳細にはストレ
プトコッカス・ニューモニアエ細菌）に対する免疫学的
応答の生起のための製品、組成物および方法が提供され
る。
様によれば、ｓｐｏ／ｒｅｌ発現の評価、および疾病の
処置、例えば中耳炎、結膜炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、
副鼻腔炎、膿胸および心内膜炎、最も詳細には髄膜炎
（例えば、脳脊髄液の感染）の処置、遺伝学的変種のア
ッセイ、ならびに生物にｓｐｏ／ｒｅｌポリペプチドま
たはポリヌクレオチドを投与して細菌（詳細にはストレ
プトコッカス・ニューモニアエ細菌）に対する免疫学的
応答の生起のための製品、組成物および方法が提供され
る。
【０００８】本発明のこの態様および他の態様における
１の好ましい具体例によれば、ｓｐｏ／ｒｅｌポリヌク
レオチド配列に、とりわけ厳密な条件でハイブリダイズ
するポリヌクレオチドが提供される
１の好ましい具体例によれば、ｓｐｏ／ｒｅｌポリヌク
レオチド配列に、とりわけ厳密な条件でハイブリダイズ
するポリヌクレオチドが提供される
【０００９】本発明のこの態様における１の好ましい具
体例において、ｓｐｏ／ｒｅｌポリペプチドに対する抗
体が提供される。本発明の他の具体例において、本発明
ポリペプチドまたはポリヌクレオチドに結合し、あるい
はそれらと相互作用し、さらにはそれらの活性を阻害ま
たが活性化する方法が提供される。該方法は、化合物と
ポリペプチドまたはポリヌクレオチドとの間の結合また
は他の相互作用を可能にする条件下で、本発明ポリペプ
チドまたはポリヌクレオチドをスクリーニングすべき化
合物と接触させて化合物に対する結合または他の相互作
用を評価すること（かかる結合または相互作用は、ポリ
ペプチドまたはポリヌクレオチドと化合物との結合また
は相互作用に応答した検出可能なシグナルを提供しうる
第２の成分に関連したものである）；次いで、化合物と
ポリペプチドまたはポリヌクレオチドとの結合または相
互作用から生じたシグナルの存在または不存在を検出す
ることにより、化合物がポリペプチドまたはポリヌクレ
オチドと結合または相互作用して、その活性を活性化ま
たは阻害するかどうかを決定することを特徴とする。
体例において、ｓｐｏ／ｒｅｌポリペプチドに対する抗
体が提供される。本発明の他の具体例において、本発明
ポリペプチドまたはポリヌクレオチドに結合し、あるい
はそれらと相互作用し、さらにはそれらの活性を阻害ま
たが活性化する方法が提供される。該方法は、化合物と
ポリペプチドまたはポリヌクレオチドとの間の結合また
は他の相互作用を可能にする条件下で、本発明ポリペプ
チドまたはポリヌクレオチドをスクリーニングすべき化
合物と接触させて化合物に対する結合または他の相互作
用を評価すること（かかる結合または相互作用は、ポリ
ペプチドまたはポリヌクレオチドと化合物との結合また
は相互作用に応答した検出可能なシグナルを提供しうる
第２の成分に関連したものである）；次いで、化合物と
ポリペプチドまたはポリヌクレオチドとの結合または相
互作用から生じたシグナルの存在または不存在を検出す
ることにより、化合物がポリペプチドまたはポリヌクレ
オチドと結合または相互作用して、その活性を活性化ま
たは阻害するかどうかを決定することを特徴とする。
【００１０】本発明の別の態様によれば、各々好ましい
静菌性または殺菌性をも有するｓｐｏ／ｒｅｌアゴニス
トおよびアンタゴニストが提供される。
静菌性または殺菌性をも有するｓｐｏ／ｒｅｌアゴニス
トおよびアンタゴニストが提供される。
【００１１】本発明のさらなる態様において、ｓｐｏ／
ｒｅｌポリヌクレオチドまたはｓｐｏ／ｒｅｌポリペプ
チドを含有する、細胞または多細胞生物への投与用の組
成物が提供される。開示した本発明の意図および範囲内
での種々の変更および修飾は、以下の記載および本明細
書のその他の部分の知見により、当業者に容易に明らか
となろう。
ｒｅｌポリヌクレオチドまたはｓｐｏ／ｒｅｌポリペプ
チドを含有する、細胞または多細胞生物への投与用の組
成物が提供される。開示した本発明の意図および範囲内
での種々の変更および修飾は、以下の記載および本明細
書のその他の部分の知見により、当業者に容易に明らか
となろう。
【００１２】用語集 以下の定義は、本明細書、とりわけ実施例において汎用
される特定の用語の理解を容易にするために示すもので
ある。「宿主細胞」は外来ポリヌクレオチド配列により
形質転換もしくはトランスフェクションされた、または
形質転換もしくはトランスフェクションされ得る細胞で
ある。
される特定の用語の理解を容易にするために示すもので
ある。「宿主細胞」は外来ポリヌクレオチド配列により
形質転換もしくはトランスフェクションされた、または
形質転換もしくはトランスフェクションされ得る細胞で
ある。
【００１３】「同一性」とは、当該分野に周知であるよ
うに、二つもしくはそれ以上のポリペプチド配列また二
つもしくはそれ以上のポリヌクレオチド配列間の関係で
あり、配列を比較して決定する。当該分野において、
「同一性」とは、場合によってはこのような配列の鎖の
適合性により決定できる、ポリペプチドまたはポリヌク
レオチド配列の配列関連性の程度をも意味する。「同一
性」および「類似性」は共に既知の方法により容易に算
出できる（Computational Molecular Biology，Lesk,A.
M.編、オックスフォード・ユニバーシティー・プレス、
ニューヨーク、1988年；Biocomputing：Informatics an
d Genome Projects，Smith,D.W.編、アカデミック・プ
レス、ニューヨーク、1993年；Computer Analysis of S
equence Data，パートＩ，Griffin,A.M.およびGriffin,
H.G.編、ヒューマン・プレス、ニュージャージー、1994
年；Sequence Analysis in Molecular Biology，von He
inje,G.、アカデミック・プレス、1987年；およびSeque
nce Analysis Primer，Gribskov,M.およびDevereux,J.
編、Ｍストックトン・プレス、ニューヨーク、1991
年）。二つの配列の同一性および類似性を測定する方法
は多くあるが、両用語共当業者に周知である（Sequence
Analysis in Molecular Biology，von Heinje,G.、ア
カデミック・プレス、1987年；Sequence Analysis Prim
er，Gribskov,M.およびDevereux,J.編、Ｍストックトン
・プレス、ニューヨーク、1991年；ならびにCarillo,H.
およびLipman,D.，SIAM J.Applied Math.，48:1073（19
88））。配列間の同一性または類似性を測定するために
通常用いられる方法はCarillo,H.およびLipman,D.，SIA
M J.Applied Math.，48:1073（1988）等に開示されてい
るが、これらに限定するものではない。同一性を決定す
るための好ましい方法は、試験する配列間で最も良く適
合するように設計される。同一性および類似性を決定す
る方法は、公に入手できるコンピュータープログラムに
集成されている。二つの配列間の同一性および類似性を
測定する好ましいコンピュータープログラム法には、Ｇ
ＣＧプログラムパッケージ（Devereux,J.ら、Nucleic A
cids Research12(1):387（1984）、BLASTP、BLASTN、お
よびFASTA（Atschul,S.F.ら、J.Molec.Biol.215:403-41
0（1990）））等があるが、これらに限定するものでは
ない。BLAST XプログラムはNCBIおよびその他の供給源
より公に入手可能である（BLAST Manual、Altschul,S.
ら、NCBI NLMNIHベゼスダ、メリーランド州20894；Alts
chul,S.ら、J.Molec.Biol.215:403-410（1990））。一
例として、配列番号：１のリファレンスヌクレオチド配
列に対して、例えば少なくとも９５％の同一性を有する
ヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドを挙げる
と、そのポリヌクレオチドが配列番号：１のリファレン
スヌクレオチド配列のヌクレオチド１００個ごとに５個
までの点突然変異を含みうることを除き、そのポリヌク
レオチドのヌクレオチド配列はリファレンス配列と同一
である。言い換えると、リファレンスヌクレオチド配列
に対して少なくとも９５％同一であるヌクレオチドを有
するポリヌクレオチドを得るためには、リファレンス配
列中の５％までのヌクレオチドが欠失または別のヌクレ
オチドと置換していてもよく、あるいはリファレンス配
列中の全ヌクレオチドの５％までの数のヌクレオチドが
リファレンス配列に挿入されたものであってもよい。リ
ファレンス配列のこれらの変異は、リファレンスヌクレ
オチド配列の５’または３’末端位置に存在していても
よく、あるいはそれらの末端位置の間のいずれかの位置
に存在していてもく、リファレンス配列のヌクレオチド
に散在していてもよく、あるいはリファレンス配列内の
１個またはそれ以上の一連の群となっていてもよい。同
様に、配列番号：２のリファレンスアミノ酸配列に対し
て少なくとも例えば９５％の同一性を有するアミノ酸配
列を有するポリペプチドを例に挙げると、そのポリペプ
チド配列が配列番号：２のリファレンスアミノ酸配列の
アミノ酸１００個ごとに５個までのアミノ酸の変化を含
みうることを除き、そのポリペプチドのアミノ酸配列は
リファレンス配列と同一である。言い換えると、リファ
レンスアミノ酸配列に対して少なくとも９５％同一であ
るアミノ酸配列を有するポリペプチドを得るためには、
リファレンス配列中のアミノ酸の５％までが置換または
他のアミノ酸と置換していてもよく、あるいはリファレ
ンス配列中の全アミノ酸のうち５％までの数のアミノ酸
がリファレンス配列中に挿入されたものであってもよ
い。リファレンス配列におけるこれらの変化は、リファ
レンスアミノ酸配列のアミノまたはカルボキシ末端位置
に存在してもよく、あるいはそれらの末端間のいずれか
の位置に存在してもよく、リファレンス配列中に散在し
ていてもよく、あるいはリファレンス配列内で１個また
はそれ以上の一連の群をなしていてもよい。
うに、二つもしくはそれ以上のポリペプチド配列また二
つもしくはそれ以上のポリヌクレオチド配列間の関係で
あり、配列を比較して決定する。当該分野において、
「同一性」とは、場合によってはこのような配列の鎖の
適合性により決定できる、ポリペプチドまたはポリヌク
レオチド配列の配列関連性の程度をも意味する。「同一
性」および「類似性」は共に既知の方法により容易に算
出できる（Computational Molecular Biology，Lesk,A.
M.編、オックスフォード・ユニバーシティー・プレス、
ニューヨーク、1988年；Biocomputing：Informatics an
d Genome Projects，Smith,D.W.編、アカデミック・プ
レス、ニューヨーク、1993年；Computer Analysis of S
equence Data，パートＩ，Griffin,A.M.およびGriffin,
H.G.編、ヒューマン・プレス、ニュージャージー、1994
年；Sequence Analysis in Molecular Biology，von He
inje,G.、アカデミック・プレス、1987年；およびSeque
nce Analysis Primer，Gribskov,M.およびDevereux,J.
編、Ｍストックトン・プレス、ニューヨーク、1991
年）。二つの配列の同一性および類似性を測定する方法
は多くあるが、両用語共当業者に周知である（Sequence
Analysis in Molecular Biology，von Heinje,G.、ア
カデミック・プレス、1987年；Sequence Analysis Prim
er，Gribskov,M.およびDevereux,J.編、Ｍストックトン
・プレス、ニューヨーク、1991年；ならびにCarillo,H.
およびLipman,D.，SIAM J.Applied Math.，48:1073（19
88））。配列間の同一性または類似性を測定するために
通常用いられる方法はCarillo,H.およびLipman,D.，SIA
M J.Applied Math.，48:1073（1988）等に開示されてい
るが、これらに限定するものではない。同一性を決定す
るための好ましい方法は、試験する配列間で最も良く適
合するように設計される。同一性および類似性を決定す
る方法は、公に入手できるコンピュータープログラムに
集成されている。二つの配列間の同一性および類似性を
測定する好ましいコンピュータープログラム法には、Ｇ
ＣＧプログラムパッケージ（Devereux,J.ら、Nucleic A
cids Research12(1):387（1984）、BLASTP、BLASTN、お
よびFASTA（Atschul,S.F.ら、J.Molec.Biol.215:403-41
0（1990）））等があるが、これらに限定するものでは
ない。BLAST XプログラムはNCBIおよびその他の供給源
より公に入手可能である（BLAST Manual、Altschul,S.
ら、NCBI NLMNIHベゼスダ、メリーランド州20894；Alts
chul,S.ら、J.Molec.Biol.215:403-410（1990））。一
例として、配列番号：１のリファレンスヌクレオチド配
列に対して、例えば少なくとも９５％の同一性を有する
ヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドを挙げる
と、そのポリヌクレオチドが配列番号：１のリファレン
スヌクレオチド配列のヌクレオチド１００個ごとに５個
までの点突然変異を含みうることを除き、そのポリヌク
レオチドのヌクレオチド配列はリファレンス配列と同一
である。言い換えると、リファレンスヌクレオチド配列
に対して少なくとも９５％同一であるヌクレオチドを有
するポリヌクレオチドを得るためには、リファレンス配
列中の５％までのヌクレオチドが欠失または別のヌクレ
オチドと置換していてもよく、あるいはリファレンス配
列中の全ヌクレオチドの５％までの数のヌクレオチドが
リファレンス配列に挿入されたものであってもよい。リ
ファレンス配列のこれらの変異は、リファレンスヌクレ
オチド配列の５’または３’末端位置に存在していても
よく、あるいはそれらの末端位置の間のいずれかの位置
に存在していてもく、リファレンス配列のヌクレオチド
に散在していてもよく、あるいはリファレンス配列内の
１個またはそれ以上の一連の群となっていてもよい。同
様に、配列番号：２のリファレンスアミノ酸配列に対し
て少なくとも例えば９５％の同一性を有するアミノ酸配
列を有するポリペプチドを例に挙げると、そのポリペプ
チド配列が配列番号：２のリファレンスアミノ酸配列の
アミノ酸１００個ごとに５個までのアミノ酸の変化を含
みうることを除き、そのポリペプチドのアミノ酸配列は
リファレンス配列と同一である。言い換えると、リファ
レンスアミノ酸配列に対して少なくとも９５％同一であ
るアミノ酸配列を有するポリペプチドを得るためには、
リファレンス配列中のアミノ酸の５％までが置換または
他のアミノ酸と置換していてもよく、あるいはリファレ
ンス配列中の全アミノ酸のうち５％までの数のアミノ酸
がリファレンス配列中に挿入されたものであってもよ
い。リファレンス配列におけるこれらの変化は、リファ
レンスアミノ酸配列のアミノまたはカルボキシ末端位置
に存在してもよく、あるいはそれらの末端間のいずれか
の位置に存在してもよく、リファレンス配列中に散在し
ていてもよく、あるいはリファレンス配列内で１個また
はそれ以上の一連の群をなしていてもよい。
【００１４】「単離」とは、「人間の手により」天然の
状態から変化させられた、すなわち、それが天然に存在
する場合、元来の環境から変化させる、もしくは取り除
く、またはその両方を行ったことを意味する。例えばポ
リヌクレオチドまたはポリペプチドが、天然の状態で生
存動物に存在する場合は、「単離」されていないが、同
一のポリヌクレオチドまたはポリペプチドが、天然に共
存する物質から分離されている場合は、本明細書に用い
る用語である、「単離」がなされている。
状態から変化させられた、すなわち、それが天然に存在
する場合、元来の環境から変化させる、もしくは取り除
く、またはその両方を行ったことを意味する。例えばポ
リヌクレオチドまたはポリペプチドが、天然の状態で生
存動物に存在する場合は、「単離」されていないが、同
一のポリヌクレオチドまたはポリペプチドが、天然に共
存する物質から分離されている場合は、本明細書に用い
る用語である、「単離」がなされている。
【００１５】「ポリヌクレオチド」とは、修飾されてい
ないＲＮＡもしくはＤＮＡ、または修飾されたＲＮＡも
しくはＤＮＡであってよい、任意のポリリボヌクレオチ
ドまたはポリデオキシリボヌクレオチドを意味する。
「ポリヌクレオチド」は、一本鎖および二本鎖ＤＮＡ、
一本鎖および二本鎖領域の混合物または一本鎖、二本鎖
および三本鎖領域の混合物であるＤＮＡ、一本鎖および
二本鎖ＲＮＡ、ならびに一本鎖および二本鎖領域の混合
物であるＲＮＡ、一本鎖もしくはより通常的には二本鎖
もしくは三本鎖、または一本鎖および二本鎖領域の混合
物でよいＤＮＡおよびＲＮＡを含むハイブリッド分子を
意味するが、これに限定するものではない。さらに、本
明細書で用いるポリヌクレオチドは、ＲＮＡもしくはＤ
ＮＡまたはＲＮＡとＤＮＡの両方を含む三本鎖領域を意
味する。そのような領域における鎖は同一の分子または
異なる分子からのものでよい。この領域は一つまたはそ
れ以上の分子の全てを含み得るが、より典型的には幾つ
かの分子の一領域のみを含む。三重らせん領域の分子の
一つは、しばしばオリゴヌクレオチドである。本明細書
で用いる「ポリヌクレオチド」なる用語は、一つまたは
それ以上の修飾した塩基を含有する、上述のＤＮＡまた
はＲＮＡ等を含む。このように、安定性またはその他の
理由で修飾した骨格を有するＤＮＡまたはＲＮＡは、本
明細書で意図する用語である「ポリヌクレオチド」であ
る。さらに、イノシン等の通常的でない塩基、またはト
リチル化塩基等の修飾塩基を含むＤＮＡまたはＲＮＡは
（二つの例だけをを示す）、本明細書で用いる用語であ
る、ポリヌクレオチドである。当業者に既知の多くの有
用な目的を提供するＤＮＡおよびＲＮＡに、非常に多く
の修飾がなされていることは、明らかであろう。本明細
書で用いる「ポリヌクレオチド」なる用語は、ポリヌク
レオチドのこのような化学的、酵素的または代謝的に修
飾された形態、ならびにウイルスおよび、例えば単細胞
および複合細胞等の細胞に特徴的なＤＮＡおよびＲＮＡ
の化学的形態を包含する。「ポリヌクレオチド」は、し
ばしばオリゴヌクレオチドと称する短いポリヌクレオチ
ドを包含する。
ないＲＮＡもしくはＤＮＡ、または修飾されたＲＮＡも
しくはＤＮＡであってよい、任意のポリリボヌクレオチ
ドまたはポリデオキシリボヌクレオチドを意味する。
「ポリヌクレオチド」は、一本鎖および二本鎖ＤＮＡ、
一本鎖および二本鎖領域の混合物または一本鎖、二本鎖
および三本鎖領域の混合物であるＤＮＡ、一本鎖および
二本鎖ＲＮＡ、ならびに一本鎖および二本鎖領域の混合
物であるＲＮＡ、一本鎖もしくはより通常的には二本鎖
もしくは三本鎖、または一本鎖および二本鎖領域の混合
物でよいＤＮＡおよびＲＮＡを含むハイブリッド分子を
意味するが、これに限定するものではない。さらに、本
明細書で用いるポリヌクレオチドは、ＲＮＡもしくはＤ
ＮＡまたはＲＮＡとＤＮＡの両方を含む三本鎖領域を意
味する。そのような領域における鎖は同一の分子または
異なる分子からのものでよい。この領域は一つまたはそ
れ以上の分子の全てを含み得るが、より典型的には幾つ
かの分子の一領域のみを含む。三重らせん領域の分子の
一つは、しばしばオリゴヌクレオチドである。本明細書
で用いる「ポリヌクレオチド」なる用語は、一つまたは
それ以上の修飾した塩基を含有する、上述のＤＮＡまた
はＲＮＡ等を含む。このように、安定性またはその他の
理由で修飾した骨格を有するＤＮＡまたはＲＮＡは、本
明細書で意図する用語である「ポリヌクレオチド」であ
る。さらに、イノシン等の通常的でない塩基、またはト
リチル化塩基等の修飾塩基を含むＤＮＡまたはＲＮＡは
（二つの例だけをを示す）、本明細書で用いる用語であ
る、ポリヌクレオチドである。当業者に既知の多くの有
用な目的を提供するＤＮＡおよびＲＮＡに、非常に多く
の修飾がなされていることは、明らかであろう。本明細
書で用いる「ポリヌクレオチド」なる用語は、ポリヌク
レオチドのこのような化学的、酵素的または代謝的に修
飾された形態、ならびにウイルスおよび、例えば単細胞
および複合細胞等の細胞に特徴的なＤＮＡおよびＲＮＡ
の化学的形態を包含する。「ポリヌクレオチド」は、し
ばしばオリゴヌクレオチドと称する短いポリヌクレオチ
ドを包含する。
【００１６】「ポリペプチド」は、ペプチド結合または
修飾したペプチド結合により互いに結合している２個ま
たはそれ以上のアミノ酸を含む任意のペプチドまたは蛋
白を意味する。「ポリペプチド」は、通常、例えばペプ
チド、オリゴペプチドおよびオリゴマーとも称する短
鎖、および一般的に蛋白と称する長鎖の両方を意味す
る。ポリペプチドは２０種の遺伝子によりコードされた
アミノ酸とは異なるアミノ酸を含有できる。「ポリペプ
チド」には、プロセッシングおよびその他の翻訳後修飾
のような天然の工程により修飾されたものが含まれる
が、当業者に周知の化学修飾技術によっても修飾され
る。このような修飾は基礎的な参考書およびさらに詳細
な論文ならびに多数の研究文献にも詳しく記載されてお
り、これらは当業者に周知である。同一の型の修飾は該
ポリペプチドの幾つかの部位で、同一または異なる程度
で存在し得ることは理解されよう。また、該ポリペプチ
ドは多くの型の修飾をも含み得る。修飾は、ペプチド骨
格、アミノ酸側鎖およびアミノまたはカルボキシル末端
等のポリペプチドの任意の部位で起こりうる。修飾に
は、アセチル化、アシル化、ＡＤＰ−リボシル化、アミ
ド化、フラビンの共有結合、ヘム部分の共有結合、ヌク
レオチドまたはヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質ま
たは脂質誘導体の共有結合、ホスホチジルイノシトール
の共有結合、交差架橋、環化、ジスルフィド結合形成、
脱メチル化、交差架橋共有結合形成、システイン形成、
ピログルタメート形成、ホルミル化、ガンマ−カルボキ
シル化、グリコシル化、ＧＰＩアンカー形成、水酸化、
ヨウ素化、メチル化、ミリストイル化、酸化、蛋白加水
分解プロセッシング、リン酸化、プレニル化、ラセミ
化、グリコシル化、脂質結合、硫酸化、グルタミン酸残
基のガンマ−カルボキシル化、水酸化およびＡＤＰリボ
シル化、セレノイル化、硫酸化、アルギニル化のような
トランスファーＲＮＡ媒介の蛋白へのアミノ酸の添加、
ならびにユビキチネーションなどがある。例えばProtei
ns-Structure and Molecular Properties、第２版、T.
E.Creighton、W.H.Freeman and Company、ニューヨーク
（1993）およびPosttranslational Covalent Modificat
ion of Proteins、B.C.Johnson編、アカデミックプレ
ス、ニューヨーク（1983）のWold,F.,Posttranslationa
l Protein Modifications ：Perspective and Prospect
s、1〜12頁；Seifterら、Meth.Enzymol.182:626-646（1
990）およびRattanら、Protein Synthesis：Posttransl
ational Modifications and Aging，Ann.N.Y.Acad.Sci.
663:48-62（1992）を参照されたい。ポリペプチドは分
岐または環状でよく、分岐していてもいなくてもよい。
環状、分岐および分岐した環状ポリペプチドは、翻訳後
の自然発生プロセッシングの結果であり、同様に全く合
成的な方法で合成できる。
修飾したペプチド結合により互いに結合している２個ま
たはそれ以上のアミノ酸を含む任意のペプチドまたは蛋
白を意味する。「ポリペプチド」は、通常、例えばペプ
チド、オリゴペプチドおよびオリゴマーとも称する短
鎖、および一般的に蛋白と称する長鎖の両方を意味す
る。ポリペプチドは２０種の遺伝子によりコードされた
アミノ酸とは異なるアミノ酸を含有できる。「ポリペプ
チド」には、プロセッシングおよびその他の翻訳後修飾
のような天然の工程により修飾されたものが含まれる
が、当業者に周知の化学修飾技術によっても修飾され
る。このような修飾は基礎的な参考書およびさらに詳細
な論文ならびに多数の研究文献にも詳しく記載されてお
り、これらは当業者に周知である。同一の型の修飾は該
ポリペプチドの幾つかの部位で、同一または異なる程度
で存在し得ることは理解されよう。また、該ポリペプチ
ドは多くの型の修飾をも含み得る。修飾は、ペプチド骨
格、アミノ酸側鎖およびアミノまたはカルボキシル末端
等のポリペプチドの任意の部位で起こりうる。修飾に
は、アセチル化、アシル化、ＡＤＰ−リボシル化、アミ
ド化、フラビンの共有結合、ヘム部分の共有結合、ヌク
レオチドまたはヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質ま
たは脂質誘導体の共有結合、ホスホチジルイノシトール
の共有結合、交差架橋、環化、ジスルフィド結合形成、
脱メチル化、交差架橋共有結合形成、システイン形成、
ピログルタメート形成、ホルミル化、ガンマ−カルボキ
シル化、グリコシル化、ＧＰＩアンカー形成、水酸化、
ヨウ素化、メチル化、ミリストイル化、酸化、蛋白加水
分解プロセッシング、リン酸化、プレニル化、ラセミ
化、グリコシル化、脂質結合、硫酸化、グルタミン酸残
基のガンマ−カルボキシル化、水酸化およびＡＤＰリボ
シル化、セレノイル化、硫酸化、アルギニル化のような
トランスファーＲＮＡ媒介の蛋白へのアミノ酸の添加、
ならびにユビキチネーションなどがある。例えばProtei
ns-Structure and Molecular Properties、第２版、T.
E.Creighton、W.H.Freeman and Company、ニューヨーク
（1993）およびPosttranslational Covalent Modificat
ion of Proteins、B.C.Johnson編、アカデミックプレ
ス、ニューヨーク（1983）のWold,F.,Posttranslationa
l Protein Modifications ：Perspective and Prospect
s、1〜12頁；Seifterら、Meth.Enzymol.182:626-646（1
990）およびRattanら、Protein Synthesis：Posttransl
ational Modifications and Aging，Ann.N.Y.Acad.Sci.
663:48-62（1992）を参照されたい。ポリペプチドは分
岐または環状でよく、分岐していてもいなくてもよい。
環状、分岐および分岐した環状ポリペプチドは、翻訳後
の自然発生プロセッシングの結果であり、同様に全く合
成的な方法で合成できる。
【００１７】本明細書で用いる「変種」なる用語は、対
照ポリヌクレオチドまたはポリペプチドとは各々異なる
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドであるが、本質的
な特性は保持している。典型的なポリヌクレオチドの変
種は、別の対照ポリヌクレオチドとはヌクレオチド配列
が異なる。変種のヌクレオチド配列の差異は、参照ポリ
ヌクレオチドによりコードされるポリペプチドのアミノ
酸配列を変化させるものであってもよく、変化させない
ものであってもよい。ヌクレオチドの変化は結果的に、
以下に論じるように、参照配列によりコードされるポリ
ペプチドにおけるアミノ酸置換、付加、欠損、融合およ
び切断を招く。典型的なポリペプチドの変種は、別の参
照ポリペプチドとはアミノ酸配列が異なる。一般的に差
異は、参照ポリペプチドおよび変種の配列が、全体的に
非常に類似しており、多くの領域で同一であるように限
定される。変種および対照ポリペプチドは、１またはそ
れ以上の置換、付加、欠損が任意の組み合わせで起こる
ことにより、アミノ酸配列が変化し得る。置換または挿
入したアミノ酸残基は、遺伝的コードによりコードされ
たものであってもなくてもよい。ポリヌクレオチドまた
はポリペプチドの変種は例えば対立遺伝子変種のような
天然発生のものでよいか、または天然に発生することが
知られていない変種でよい。ポリヌクレオチドおよびポ
リペプチドの非天然発生変種は、突然変異技術、直接的
合成、および当業者に既知のその他の組換え技術により
製造できる。
照ポリヌクレオチドまたはポリペプチドとは各々異なる
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドであるが、本質的
な特性は保持している。典型的なポリヌクレオチドの変
種は、別の対照ポリヌクレオチドとはヌクレオチド配列
が異なる。変種のヌクレオチド配列の差異は、参照ポリ
ヌクレオチドによりコードされるポリペプチドのアミノ
酸配列を変化させるものであってもよく、変化させない
ものであってもよい。ヌクレオチドの変化は結果的に、
以下に論じるように、参照配列によりコードされるポリ
ペプチドにおけるアミノ酸置換、付加、欠損、融合およ
び切断を招く。典型的なポリペプチドの変種は、別の参
照ポリペプチドとはアミノ酸配列が異なる。一般的に差
異は、参照ポリペプチドおよび変種の配列が、全体的に
非常に類似しており、多くの領域で同一であるように限
定される。変種および対照ポリペプチドは、１またはそ
れ以上の置換、付加、欠損が任意の組み合わせで起こる
ことにより、アミノ酸配列が変化し得る。置換または挿
入したアミノ酸残基は、遺伝的コードによりコードされ
たものであってもなくてもよい。ポリヌクレオチドまた
はポリペプチドの変種は例えば対立遺伝子変種のような
天然発生のものでよいか、または天然に発生することが
知られていない変種でよい。ポリヌクレオチドおよびポ
リペプチドの非天然発生変種は、突然変異技術、直接的
合成、および当業者に既知のその他の組換え技術により
製造できる。
【００１８】発明の詳細な説明 本発明は以下により詳細に記載する、新規ｓｐｏ／ｒｅ
ｌポリペプチドおよびポリヌクレオチドに関する。特
に、本発明は、ストレプトコッカス・エクイシミリスの
ｒｅｌポリペプチドにアミノ酸配列の相同性という点で
関連している、ストレプトコッカス・ニューモニアエの
新規ｓｐｏ／ｒｅｌのポリペプチドおよびポリヌクレオ
チドに関する。本発明は特に表１〜１１の［配列番号：
１］および［配列番号：２］に各々示すヌクレオチドお
よびアミノ酸配列を有するｓｐｏ／ｒｅｌ、ならびに寄
託株中のＤＮＡのｓｐｏ／ｒｅｌヌクレオチド配列およ
びそれによりコードされるアミノ酸配列に関する。
ｌポリペプチドおよびポリヌクレオチドに関する。特
に、本発明は、ストレプトコッカス・エクイシミリスの
ｒｅｌポリペプチドにアミノ酸配列の相同性という点で
関連している、ストレプトコッカス・ニューモニアエの
新規ｓｐｏ／ｒｅｌのポリペプチドおよびポリヌクレオ
チドに関する。本発明は特に表１〜１１の［配列番号：
１］および［配列番号：２］に各々示すヌクレオチドお
よびアミノ酸配列を有するｓｐｏ／ｒｅｌ、ならびに寄
託株中のＤＮＡのｓｐｏ／ｒｅｌヌクレオチド配列およ
びそれによりコードされるアミノ酸配列に関する。
【００１９】ｓｐｏ／ｒｅｌポリヌクレオチドおよびポ
リペプチド配列
リペプチド配列
【表１】
【表２】
【表３】
【表４】
【表５】
【表６】
【表７】
【表８】
【表９】
【表１０】
【表１１】
【００２０】寄託物 ストレプトコッカス・ニューモニアエ０１００９９３株
を含む寄託物は、ナショナル・コレクション・オブ・イ
ンダストリアル・アンド・マリン・バクテリア・リミテ
ッド（ＮＣＩＭＢ）、２３ストリート、マッカードライ
ブ、アベルディーンＡＢ２１ＲＹ、スコットランドに、
１９９６年４月１７日寄託し、ＮＣＩＭＢ受託番号４０
７９４が付与された。イー・コリ（E.coli）中のストレ
プトコッカス・ニューモニアエ０１００９９３ＤＮＡラ
イブラリーも同様にＮＣＩＭＢに寄託され、受託番号４
０８００を付与された。寄託したストレプトコッカス・
ニューモニアエ株は本明細書では「寄託株」または「寄
託株のＤＮＡ」と称する。寄託物質はｓｐｏ／ｒｅｌ遺
伝子の全長を含有する。寄託株中に含まれるポリヌクレ
オチド配列、ならびにそれによりコードされるポリペプ
チドのアミノ酸配列は、本明細書のいずれの記載との矛
盾に際しても支配的である。寄託は、特許手続き上の微
生物寄託の国際承認に関するブダペスト条約の条件下で
なされている。特許が発行されると何らの制限または条
件もなく、最終的に株は分譲される。寄託は当業者の便
宜のためにのみ提供され、３５Ｕ.Ｓ.Ｃ.１１２条のも
とに要求されるような、寄託が実施可能要件であること
を承認するものではない。寄託物を製造、使用または販
売するためにはライセンスが必要であるが、そのような
ライセンスはここでは賦与されていない。
を含む寄託物は、ナショナル・コレクション・オブ・イ
ンダストリアル・アンド・マリン・バクテリア・リミテ
ッド（ＮＣＩＭＢ）、２３ストリート、マッカードライ
ブ、アベルディーンＡＢ２１ＲＹ、スコットランドに、
１９９６年４月１７日寄託し、ＮＣＩＭＢ受託番号４０
７９４が付与された。イー・コリ（E.coli）中のストレ
プトコッカス・ニューモニアエ０１００９９３ＤＮＡラ
イブラリーも同様にＮＣＩＭＢに寄託され、受託番号４
０８００を付与された。寄託したストレプトコッカス・
ニューモニアエ株は本明細書では「寄託株」または「寄
託株のＤＮＡ」と称する。寄託物質はｓｐｏ／ｒｅｌ遺
伝子の全長を含有する。寄託株中に含まれるポリヌクレ
オチド配列、ならびにそれによりコードされるポリペプ
チドのアミノ酸配列は、本明細書のいずれの記載との矛
盾に際しても支配的である。寄託は、特許手続き上の微
生物寄託の国際承認に関するブダペスト条約の条件下で
なされている。特許が発行されると何らの制限または条
件もなく、最終的に株は分譲される。寄託は当業者の便
宜のためにのみ提供され、３５Ｕ.Ｓ.Ｃ.１１２条のも
とに要求されるような、寄託が実施可能要件であること
を承認するものではない。寄託物を製造、使用または販
売するためにはライセンスが必要であるが、そのような
ライセンスはここでは賦与されていない。
【００２１】ポリペプチド 本発明のポリペプチドには、表１〜１１の[配列番号：
２]のポリペプチド（詳細には成熟ポリペプチド）、な
らびに表１〜１１の[配列番号：２]のポリペプチドに少
なくとも７８％の同一性を有するポリペプチド、好まし
くは表１〜１１の[配列番号：２および４]のポリペプチ
ドに少なくとも８０％の同一性を有するポリペプチド、
およびさらに好ましくは表１〜１１の[配列番号：２お
よび４]のポリペプチドに少なくとも９０％の類似性
（さらに好ましくは少なくとも９０％の同一性）を有す
るポリペプチド、なおさらに好ましくは表１〜１１の
[配列番号：２および４]のポリペプチドに少なくとも９
５％の類似性（なおさらに好ましくは少なくとも９５％
の同一性）を有するポリペプチドなどがあり、また通常
少なくとも３０個のアミノ酸、さらに好ましくは少なく
とも５０個のアミノ酸を含むようなポリペプチド部分を
有する、このようなポリペプチドの部分なども含まれ
る。また本発明は、表８の（Ｄ）［配列番号：２］に示
す式で表されるポリペプチドを包含し、式中、アミノ末
端においてＸは水素であり、カルボキシル末端において
Ｙは水素または金属であり、Ｒ1およびＲ2はいずれかの
アミノ酸残基であり、ｎは１ないし１０００の整数であ
る。Ｒ基により示されるアミノ酸残基の鎖はヘテロポリ
マーであってもホモポリマーであってもよく、好ましく
はヘテロポリマーであり、Ｒは１よりも大である。
２]のポリペプチド（詳細には成熟ポリペプチド）、な
らびに表１〜１１の[配列番号：２]のポリペプチドに少
なくとも７８％の同一性を有するポリペプチド、好まし
くは表１〜１１の[配列番号：２および４]のポリペプチ
ドに少なくとも８０％の同一性を有するポリペプチド、
およびさらに好ましくは表１〜１１の[配列番号：２お
よび４]のポリペプチドに少なくとも９０％の類似性
（さらに好ましくは少なくとも９０％の同一性）を有す
るポリペプチド、なおさらに好ましくは表１〜１１の
[配列番号：２および４]のポリペプチドに少なくとも９
５％の類似性（なおさらに好ましくは少なくとも９５％
の同一性）を有するポリペプチドなどがあり、また通常
少なくとも３０個のアミノ酸、さらに好ましくは少なく
とも５０個のアミノ酸を含むようなポリペプチド部分を
有する、このようなポリペプチドの部分なども含まれ
る。また本発明は、表８の（Ｄ）［配列番号：２］に示
す式で表されるポリペプチドを包含し、式中、アミノ末
端においてＸは水素であり、カルボキシル末端において
Ｙは水素または金属であり、Ｒ1およびＲ2はいずれかの
アミノ酸残基であり、ｎは１ないし１０００の整数であ
る。Ｒ基により示されるアミノ酸残基の鎖はヘテロポリ
マーであってもホモポリマーであってもよく、好ましく
はヘテロポリマーであり、Ｒは１よりも大である。
【００２２】フラグメントは、前述のポリペプチドのア
ミノ酸配列のすべてではなく一部に対して全く同一であ
るアミノ酸配列を有する変種ポリペプチドである。ｓｐ
ｏ／ｒｅｌポリペプチドでは、フラグメントは「独立し
て存在（free standing）」しているか、または一部分
もしくは領域を形成するより大きなポリペプチド内に含
まれていてもよく、最も好ましくは単一の連続した領域
として、単一のより大きなポリペプチドに含まれる。好
ましいフラグメントは、アミノ末端を含む残基の一連の
連続（すなわち連続領域、部分または部位）もしくはカ
ルボキシル末端を含む残基の一連の連続の欠損、または
一つはアミノ末端を含み、一つはカルボキシル末端を含
む残基の二つの一連の連続の欠損を除いた、例えば表１
〜１１の[配列番号：２、４、および６]のアミノ酸配列
を有する切断されたポリペプチド、またはそれらの変種
を包含する。宿主、とりわけストレプトコッカス・ニュ
ーモニアエにおける、本発明のポリペプチドの切断形態
もまた好ましい。また、構造的または機能的属性により
特徴づけられたフラグメント、例えばアルファーヘリッ
クスおよびアルファーヘリックス形成領域、ベータシー
トおよびベータシート形成領域、ターンおよびターン形
成領域、コイルおよびコイル形成領域、親水性領域、疎
水性領域、アルファー両親媒性領域、ベータ両親媒性領
域、可変領域、表面形成領域、基質結合領域、および高
抗原性指標領域を含むフラグメントなどがある。
ミノ酸配列のすべてではなく一部に対して全く同一であ
るアミノ酸配列を有する変種ポリペプチドである。ｓｐ
ｏ／ｒｅｌポリペプチドでは、フラグメントは「独立し
て存在（free standing）」しているか、または一部分
もしくは領域を形成するより大きなポリペプチド内に含
まれていてもよく、最も好ましくは単一の連続した領域
として、単一のより大きなポリペプチドに含まれる。好
ましいフラグメントは、アミノ末端を含む残基の一連の
連続（すなわち連続領域、部分または部位）もしくはカ
ルボキシル末端を含む残基の一連の連続の欠損、または
一つはアミノ末端を含み、一つはカルボキシル末端を含
む残基の二つの一連の連続の欠損を除いた、例えば表１
〜１１の[配列番号：２、４、および６]のアミノ酸配列
を有する切断されたポリペプチド、またはそれらの変種
を包含する。宿主、とりわけストレプトコッカス・ニュ
ーモニアエにおける、本発明のポリペプチドの切断形態
もまた好ましい。また、構造的または機能的属性により
特徴づけられたフラグメント、例えばアルファーヘリッ
クスおよびアルファーヘリックス形成領域、ベータシー
トおよびベータシート形成領域、ターンおよびターン形
成領域、コイルおよびコイル形成領域、親水性領域、疎
水性領域、アルファー両親媒性領域、ベータ両親媒性領
域、可変領域、表面形成領域、基質結合領域、および高
抗原性指標領域を含むフラグメントなどがある。
【００２３】ｓｐｏ／ｒｅｌの活性を媒介する、生物学
的に活性な領域もまた好ましく、類似の活性もしくは改
善された活性のある、または望ましくない活性を減じた
フラグメント等がある。動物、とりわけヒトにおいて抗
原的または免疫原的なフラグメントもまた含まれる。特
に好ましいのは、ストレプトコッカス・ニューモニアエ
の生存にとり必須の機能を付与し、あるいは個体、詳細
にはヒトにおいて疾病を開始させまたは維持する能力を
付与する酵素の受容体またはドメインを含むフラグメン
トである。本発明ポリペプチドのフラグメントである変
種を、ペプチド合成による対応全長ポリペプチドの製造
に用いてもよい。それゆえ、これらの変種を、本発明の
全長のポリペプチドの製造のための中間体として用いて
もよい。
的に活性な領域もまた好ましく、類似の活性もしくは改
善された活性のある、または望ましくない活性を減じた
フラグメント等がある。動物、とりわけヒトにおいて抗
原的または免疫原的なフラグメントもまた含まれる。特
に好ましいのは、ストレプトコッカス・ニューモニアエ
の生存にとり必須の機能を付与し、あるいは個体、詳細
にはヒトにおいて疾病を開始させまたは維持する能力を
付与する酵素の受容体またはドメインを含むフラグメン
トである。本発明ポリペプチドのフラグメントである変
種を、ペプチド合成による対応全長ポリペプチドの製造
に用いてもよい。それゆえ、これらの変種を、本発明の
全長のポリペプチドの製造のための中間体として用いて
もよい。
【００２４】ポリヌクレオチド 本発明の別の態様は、表１〜１１の[配列番号：２、４
および６]の推定アミノ酸配列を有するｓｐｏ／ｒｅｌ
ポリペプチドをコードする単離ポリヌクレオチド、なら
びにそれらに、およびそれらの変種に密接に関連したポ
リヌクレオチドを提供する。本明細書に提供する情報を
用いて、例えば表１〜１１の[配列番号：１、３および
５]に示すポリヌクレオチド配列のような、ｓｐｏ／ｒ
ｅｌポリペプチドをコードする本発明のポリヌクレオチ
ドを、例えば出発物質としてストレプトコッカス・ニュ
ーモニアエ０１００９９３細胞からの染色体ＤＮＡフラ
グメントをクローニングおよび配列決定するために用い
るような標準的なクローニングおよびスクリーニングを
用いて得ることができ、次いでクローン全長を得ること
ができる。例えば、表１〜１１の[配列番号：１、３お
よび５]に示す配列のような本発明のポリヌクレオチド
配列を得るために、大腸菌または幾分異なる適切な宿主
におけるストレプトコッカス・ニューモニアエ０１００
９９３細胞の染色体ＤＮＡのクローンの典型的なライブ
ラリーを、部分的配列に由来の、好ましくは１７量体ま
たはそれ以上の長さの放射性標識化オリゴヌクレオチド
にてプローブする。プローブのＤＮＡに同一であるＤＮ
Ａを担うクローンは厳密な条件を用いて区別できる。オ
リジナルの配列から設計した配列決定プライマーでこの
ように同定した個々のクローンを配列決定することによ
り、次に両方向で配列が伸長できるようになり、全遺伝
子配列を決定できる。このような配列決定は便宜的にプ
ラスミドクローンから調製した変性二本鎖ＤＮＡを用い
て実施する。適切な技法については、Maniatis,T.、Fit
sch,F.F.およびSambrookら、Molecular Cloning，A Lab
oratory Manual、第２版；コールド・スプリング・ハー
バー・ラボラトリー・プレス、コールド・スプリング・
ハーバー、ニューヨーク（1989）に記載されている。
（Screening By Hybridization 1.90およびSequencing
Denatured Double-Stranded DNA Templates 13.70参
照）。本発明の説明のために、表１〜１１の[配列番
号：１]に示すポリヌクレオチドは、ストレプトコッカ
ス・ニューモニアエ０１００９９３に由来するＤＮＡラ
イブラリーで発見された。
および６]の推定アミノ酸配列を有するｓｐｏ／ｒｅｌ
ポリペプチドをコードする単離ポリヌクレオチド、なら
びにそれらに、およびそれらの変種に密接に関連したポ
リヌクレオチドを提供する。本明細書に提供する情報を
用いて、例えば表１〜１１の[配列番号：１、３および
５]に示すポリヌクレオチド配列のような、ｓｐｏ／ｒ
ｅｌポリペプチドをコードする本発明のポリヌクレオチ
ドを、例えば出発物質としてストレプトコッカス・ニュ
ーモニアエ０１００９９３細胞からの染色体ＤＮＡフラ
グメントをクローニングおよび配列決定するために用い
るような標準的なクローニングおよびスクリーニングを
用いて得ることができ、次いでクローン全長を得ること
ができる。例えば、表１〜１１の[配列番号：１、３お
よび５]に示す配列のような本発明のポリヌクレオチド
配列を得るために、大腸菌または幾分異なる適切な宿主
におけるストレプトコッカス・ニューモニアエ０１００
９９３細胞の染色体ＤＮＡのクローンの典型的なライブ
ラリーを、部分的配列に由来の、好ましくは１７量体ま
たはそれ以上の長さの放射性標識化オリゴヌクレオチド
にてプローブする。プローブのＤＮＡに同一であるＤＮ
Ａを担うクローンは厳密な条件を用いて区別できる。オ
リジナルの配列から設計した配列決定プライマーでこの
ように同定した個々のクローンを配列決定することによ
り、次に両方向で配列が伸長できるようになり、全遺伝
子配列を決定できる。このような配列決定は便宜的にプ
ラスミドクローンから調製した変性二本鎖ＤＮＡを用い
て実施する。適切な技法については、Maniatis,T.、Fit
sch,F.F.およびSambrookら、Molecular Cloning，A Lab
oratory Manual、第２版；コールド・スプリング・ハー
バー・ラボラトリー・プレス、コールド・スプリング・
ハーバー、ニューヨーク（1989）に記載されている。
（Screening By Hybridization 1.90およびSequencing
Denatured Double-Stranded DNA Templates 13.70参
照）。本発明の説明のために、表１〜１１の[配列番
号：１]に示すポリヌクレオチドは、ストレプトコッカ
ス・ニューモニアエ０１００９９３に由来するＤＮＡラ
イブラリーで発見された。
【００２５】このように得られたＤＮＡ配列を表１〜１
１の[配列番号：１]に示す。これは当該分野で周知のア
ミノ酸残基分子量を用いて算出できる推定分子量を有す
る、表１〜１１の[配列番号：２]に示すものとほぼ同数
のアミノ酸残基を有する蛋白をコードする読み枠を含有
する。表１〜１１のＤＮＡのスタートコドンはヌクレオ
チド番号１であり、アミノ酸をコードしている最後コド
ンは２２２０番であり、ストップコドンは、アミノ酸を
コードしているこの最後のコドンに続く次なるコドンで
ある。本発明のｓｐｏ／ｒｅｌは、寄託株のｓｐｏ／ｒ
ｅｌをコードするＤＮＡの配列決定の結果により示され
るように、ｓｐｏＴ／ｒｅｌＡファミリーのその他の蛋
白に構造的に関連している。該蛋白は、既知蛋白のう
ち、ストレプトコッカス・エクイシミリスのｒｅｌ蛋白
に最大の相同性を示す。表１〜１１の［配列番号：２］
のｓｐｏ／ｒｅｌは、ストレプトコッカス・エクイシミ
リスのｒｅｌポリペプチドに対して、その全長にわたり
約７７％の同一性および約８７％の類似性を有する。
１の[配列番号：１]に示す。これは当該分野で周知のア
ミノ酸残基分子量を用いて算出できる推定分子量を有す
る、表１〜１１の[配列番号：２]に示すものとほぼ同数
のアミノ酸残基を有する蛋白をコードする読み枠を含有
する。表１〜１１のＤＮＡのスタートコドンはヌクレオ
チド番号１であり、アミノ酸をコードしている最後コド
ンは２２２０番であり、ストップコドンは、アミノ酸を
コードしているこの最後のコドンに続く次なるコドンで
ある。本発明のｓｐｏ／ｒｅｌは、寄託株のｓｐｏ／ｒ
ｅｌをコードするＤＮＡの配列決定の結果により示され
るように、ｓｐｏＴ／ｒｅｌＡファミリーのその他の蛋
白に構造的に関連している。該蛋白は、既知蛋白のう
ち、ストレプトコッカス・エクイシミリスのｒｅｌ蛋白
に最大の相同性を示す。表１〜１１の［配列番号：２］
のｓｐｏ／ｒｅｌは、ストレプトコッカス・エクイシミ
リスのｒｅｌポリペプチドに対して、その全長にわたり
約７７％の同一性および約８７％の類似性を有する。
【００２６】本発明の配列はまた、表１〜１１の[配列
番号：１]のコーディング配列に全長にわたり同一であ
ってもよい。本発明はまた、成熟ポリペプチドまたはそ
れらのフラグメントのコーディング配列、ならびに単独
でその他のコーディング配列を有する読み枠の成熟ポリ
ペプチドまたはフラグメントのコーディング配列、例え
ばリーダーまたは分泌配列、プレ、プロ、プレプロ蛋白
配列をコードするコーディング配列をも提供する。ポリ
ヌクレオチドは、例えば、転写された非翻訳配列、終止
シグナル、リボソーム結合部位、ｍＲＮＡを安定化する
配列、イントロン、ポリアデニル化シグナル等の転写非
翻訳配列、および付加アミノ酸をコードする付加コーデ
ィング配列等の非コーディング５'および３'配列等の非
コーディング配列をも含有しうるが、これらに限定する
のではない。例えば、融合ポリペプチドの精製を促すマ
ーカー配列をコードすることもできる。本発明のある好
ましい態様において、マーカー配列は、ｐＱＥベクター
（キアゲン・インコーポレーティッド）に提供されるよ
うなヘキサ−ヒスチジンペプチド（Gentzら、Proc.Nat
l.Acad.Sci.,USA，86:821-824（1989）に記載される）
またはＨＡタグ（Wilsonら、Cell，37:767（1984））で
ある。本発明のポリヌクレオチドはまた、構造遺伝子お
よび遺伝子発現を調節する天然の配列をも含むが、これ
らに限定するものではない。
番号：１]のコーディング配列に全長にわたり同一であ
ってもよい。本発明はまた、成熟ポリペプチドまたはそ
れらのフラグメントのコーディング配列、ならびに単独
でその他のコーディング配列を有する読み枠の成熟ポリ
ペプチドまたはフラグメントのコーディング配列、例え
ばリーダーまたは分泌配列、プレ、プロ、プレプロ蛋白
配列をコードするコーディング配列をも提供する。ポリ
ヌクレオチドは、例えば、転写された非翻訳配列、終止
シグナル、リボソーム結合部位、ｍＲＮＡを安定化する
配列、イントロン、ポリアデニル化シグナル等の転写非
翻訳配列、および付加アミノ酸をコードする付加コーデ
ィング配列等の非コーディング５'および３'配列等の非
コーディング配列をも含有しうるが、これらに限定する
のではない。例えば、融合ポリペプチドの精製を促すマ
ーカー配列をコードすることもできる。本発明のある好
ましい態様において、マーカー配列は、ｐＱＥベクター
（キアゲン・インコーポレーティッド）に提供されるよ
うなヘキサ−ヒスチジンペプチド（Gentzら、Proc.Nat
l.Acad.Sci.,USA，86:821-824（1989）に記載される）
またはＨＡタグ（Wilsonら、Cell，37:767（1984））で
ある。本発明のポリヌクレオチドはまた、構造遺伝子お
よび遺伝子発現を調節する天然の配列をも含むが、これ
らに限定するものではない。
【００２７】本発明の好ましい具体例は表１〜１１の配
列番号：１に示すヌクレオチド１から２２２０までを含
むポリヌクレオチドであり、それはｓｐｏ／ｒｅｌポリ
ペプチドをコードしている。
列番号：１に示すヌクレオチド１から２２２０までを含
むポリヌクレオチドであり、それはｓｐｏ／ｒｅｌポリ
ペプチドをコードしている。
【００２８】また本発明は、表５〜７の（Ｃ）に示す式
で表されるポリペプチドを包含し、式中、分子の５’末
端においてＸは水素であり、３’末端においてＹは水素
または金属であり、Ｒ1およびＲ2はいずれかのアミノ酸
残基であり、ｎは１ないし１０００の整数である。Ｒ基
により示されるアミノ酸残基の鎖はヘテロポリマーであ
ってもホモポリマーであってもよく、好ましくはヘテロ
ポリマーであり、Ｒは１よりも大である。
で表されるポリペプチドを包含し、式中、分子の５’末
端においてＸは水素であり、３’末端においてＹは水素
または金属であり、Ｒ1およびＲ2はいずれかのアミノ酸
残基であり、ｎは１ないし１０００の整数である。Ｒ基
により示されるアミノ酸残基の鎖はヘテロポリマーであ
ってもホモポリマーであってもよく、好ましくはヘテロ
ポリマーであり、Ｒは１よりも大である。
【００２９】本明細書で用いる「ポリペプチドをコード
するポリヌクレオチド」なる用語は、本発明のポリペプ
チド、とりわけ表１〜１１の[配列番号：２]に示すアミ
ノ酸配列を有する細菌性の、さらに詳細にはストレプト
コッカス・ニューモニアエのｓｐｏ／ｒｅｌをコードす
る配列を含有するポリヌクレオチド包含する。この用語
はまた、付加領域と一緒になった、ポリペプチドをコー
ドする単一の連続領域または不連続領域（例えば組み込
まれたファージもしくは挿入配列または削除により分断
される）、さらにはコーディングおよび／または非コー
ディング配列をも含有していてもよいポリヌクレオチド
をも包含する。
するポリヌクレオチド」なる用語は、本発明のポリペプ
チド、とりわけ表１〜１１の[配列番号：２]に示すアミ
ノ酸配列を有する細菌性の、さらに詳細にはストレプト
コッカス・ニューモニアエのｓｐｏ／ｒｅｌをコードす
る配列を含有するポリヌクレオチド包含する。この用語
はまた、付加領域と一緒になった、ポリペプチドをコー
ドする単一の連続領域または不連続領域（例えば組み込
まれたファージもしくは挿入配列または削除により分断
される）、さらにはコーディングおよび／または非コー
ディング配列をも含有していてもよいポリヌクレオチド
をも包含する。
【００３０】本発明はさらに、表１〜１１の[配列番
号：２]の推定アミノ酸配列を有するポリペプチドの変
種をコードする、本明細書上述のポリヌクレオチドの変
種に関する。本発明の特に好ましい態様は、表１〜１１
の[配列番号：２]に示すｓｐｏ／ｒｅｌポリペプチドの
アミノ酸配列に幾つか、少しの、５〜１０、１〜６、１
〜３、２、１または０個のアミノ酸残基を置換、欠損ま
たは付加を任意の組み合わせで施したアミノ酸配列を有
するｓｐｏ／ｒｅｌ変種をコードするポリヌクレオチド
である。中でもとりわけ好ましいものは、ｓｐｏ／ｒｅ
ｌの特性および活性を変化しないサイレント置換、付加
および欠損である。
号：２]の推定アミノ酸配列を有するポリペプチドの変
種をコードする、本明細書上述のポリヌクレオチドの変
種に関する。本発明の特に好ましい態様は、表１〜１１
の[配列番号：２]に示すｓｐｏ／ｒｅｌポリペプチドの
アミノ酸配列に幾つか、少しの、５〜１０、１〜６、１
〜３、２、１または０個のアミノ酸残基を置換、欠損ま
たは付加を任意の組み合わせで施したアミノ酸配列を有
するｓｐｏ／ｒｅｌ変種をコードするポリヌクレオチド
である。中でもとりわけ好ましいものは、ｓｐｏ／ｒｅ
ｌの特性および活性を変化しないサイレント置換、付加
および欠損である。
【００３１】本発明のさらに好ましい態様は、表１〜１
１の[配列番号：２、４および６]に示すアミノ酸配列を
有するｓｐｏ／ｒｅｌポリペプチドをコードするポリヌ
クレオチド、およびこのようなポリヌクレオチドに相補
的なポリヌクレオチドに対し、全長で少なくとも７８％
同一であるポリヌクレオチドである。また別に、最も好
ましいポリヌクレオチドは、寄託株をコードするポリヌ
クレオチド、およびそれらに相補的なポリヌクレオチド
に対し、全長で少なくとも８０％同一である領域を含む
ポリヌクレオチドである。この点に関して、全長で少な
くとも９０％同一であるポリヌクレオチドがとりわけ好
ましく、中でも少なくとも９５％の同一性を有するもの
が特に好ましい。さらに少なくとも９５％の同一性を有
するものの中でも少なくとも９７％であるのがより好ま
しく、中でも少なくとも９８％および少なくとも９９％
であるのが特に好ましく、さらに少なくとも９９％であ
るのがより好ましい。この点に関するとりわけ好ましい
態様は、さらに、表１〜１１の[配列番号：１]のＤＮＡ
にコードされる成熟ポリペプチドと実質的に同一の生物
学的機能または活性を保持するポリペプチドをコードす
るポリヌクレオチドである。
１の[配列番号：２、４および６]に示すアミノ酸配列を
有するｓｐｏ／ｒｅｌポリペプチドをコードするポリヌ
クレオチド、およびこのようなポリヌクレオチドに相補
的なポリヌクレオチドに対し、全長で少なくとも７８％
同一であるポリヌクレオチドである。また別に、最も好
ましいポリヌクレオチドは、寄託株をコードするポリヌ
クレオチド、およびそれらに相補的なポリヌクレオチド
に対し、全長で少なくとも８０％同一である領域を含む
ポリヌクレオチドである。この点に関して、全長で少な
くとも９０％同一であるポリヌクレオチドがとりわけ好
ましく、中でも少なくとも９５％の同一性を有するもの
が特に好ましい。さらに少なくとも９５％の同一性を有
するものの中でも少なくとも９７％であるのがより好ま
しく、中でも少なくとも９８％および少なくとも９９％
であるのが特に好ましく、さらに少なくとも９９％であ
るのがより好ましい。この点に関するとりわけ好ましい
態様は、さらに、表１〜１１の[配列番号：１]のＤＮＡ
にコードされる成熟ポリペプチドと実質的に同一の生物
学的機能または活性を保持するポリペプチドをコードす
るポリヌクレオチドである。
【００３２】本発明はさらに本明細書上述の配列にハイ
ブリダイズするポリヌクレオチドに関する。この点に関
して、本発明は特に厳密な条件で本明細書上述のポリヌ
クレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチドに関
する。本明細書で用いる「厳密な条件」および「厳密な
ハイブリダイゼーション条件」なる用語は、配列間の同
一性が少なくとも９５％、好ましくは少なくとも９７％
である場合のみに起こるハイブリダイゼーションを意味
する。厳密なハイブリダイゼーション条件の例として
は、５０％ホルムアミド。５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭ Ｎ
ａＣｌ、１５ｍＭクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリ
ン酸ナトリウム（ｐＨ7.6）、５ｘデンハーツ溶液、１
０％硫酸デキストラン、および２０μｇ／ｍｌの変成
し、剪断されたサケ精子ＤＮＡを含有する溶液中、４２
℃で一晩インキュベーションし、続いて約６５℃で０.
１ｘＳＳＣ中フィルターを洗浄するものである。ハイブ
リダイゼーションおよび洗浄条件は周知であり、Sambro
okら、Molecular Cloning，A Laboratory Manual、第２
版；コールド・スプリング・ハーバー、ニューヨーク
（1989）、とりわけその第２章に実例が示されており、
その開示は本明細書において参考として全てを引用す
る。
ブリダイズするポリヌクレオチドに関する。この点に関
して、本発明は特に厳密な条件で本明細書上述のポリヌ
クレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチドに関
する。本明細書で用いる「厳密な条件」および「厳密な
ハイブリダイゼーション条件」なる用語は、配列間の同
一性が少なくとも９５％、好ましくは少なくとも９７％
である場合のみに起こるハイブリダイゼーションを意味
する。厳密なハイブリダイゼーション条件の例として
は、５０％ホルムアミド。５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭ Ｎ
ａＣｌ、１５ｍＭクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリ
ン酸ナトリウム（ｐＨ7.6）、５ｘデンハーツ溶液、１
０％硫酸デキストラン、および２０μｇ／ｍｌの変成
し、剪断されたサケ精子ＤＮＡを含有する溶液中、４２
℃で一晩インキュベーションし、続いて約６５℃で０.
１ｘＳＳＣ中フィルターを洗浄するものである。ハイブ
リダイゼーションおよび洗浄条件は周知であり、Sambro
okら、Molecular Cloning，A Laboratory Manual、第２
版；コールド・スプリング・ハーバー、ニューヨーク
（1989）、とりわけその第２章に実例が示されており、
その開示は本明細書において参考として全てを引用す
る。
【００３３】本発明はまた、厳密なハイブリダイゼーシ
ョン条件で配列番号：１または配列番号：３に示すポリ
ヌクレオチド配列の完全遺伝子を含有する適当なライブ
ラリーを、配列番号：１に示す該ポリヌクレオチド配列
の配列を有するプローブでスクリーニングし、該ＤＮＡ
配列を単離することにより得られるポリヌクレオチド配
列を本質的に含むポリヌクレオチドをも提供する。この
ようなポリヌクレオチドを得るために有用なフラグメン
トには、例えば本明細書の別の箇所に記載するプローブ
およびプライマー等がある。
ョン条件で配列番号：１または配列番号：３に示すポリ
ヌクレオチド配列の完全遺伝子を含有する適当なライブ
ラリーを、配列番号：１に示す該ポリヌクレオチド配列
の配列を有するプローブでスクリーニングし、該ＤＮＡ
配列を単離することにより得られるポリヌクレオチド配
列を本質的に含むポリヌクレオチドをも提供する。この
ようなポリヌクレオチドを得るために有用なフラグメン
トには、例えば本明細書の別の箇所に記載するプローブ
およびプライマー等がある。
【００３４】本発明のポリヌクレオチドアッセイに関し
てここでさらに論じるが、例えば上述の本発明のポリヌ
クレオチドは、ｓｐｏ／ｒｅｌをコードするｃＤＮＡ全
長およびゲノムクローンを単離するため、およびｓｐｏ
／ｒｅｌ遺伝子に高度な配列類似性を有するその他の遺
伝子のｃＤＮＡおよびゲノムクローンを単離するため
の、ＲＮＡ、ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡのハイブリダ
イゼーションプローブとして使用することができる。こ
のようなプローブは通常少なくとも１５塩基を含む。好
ましくはこのようなプローブは少なくとも３０塩基を有
し、少なくとも５０塩基を有していてもよい。とりわけ
好ましいプローブは少なくとも３０塩基を有し、５０塩
基以下である。例えばｓｐｏ／ｒｅｌ遺伝子のコーディ
ング領域は、配列番号：１に示す既知ＤＮＡ配列を用い
てオリゴヌクレオチドプローブを合成し、スクリーニン
グすることにより単離できる。次いで、本発明の遺伝子
の配列に相補的な配列を有する標識化オリゴヌクレオチ
ドを、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡまたはｍＲＮＡのライブ
ラリーのスクリーニングに用い、プローブがハイブリダ
イズするライブラリーのメンバーを決定する。
てここでさらに論じるが、例えば上述の本発明のポリヌ
クレオチドは、ｓｐｏ／ｒｅｌをコードするｃＤＮＡ全
長およびゲノムクローンを単離するため、およびｓｐｏ
／ｒｅｌ遺伝子に高度な配列類似性を有するその他の遺
伝子のｃＤＮＡおよびゲノムクローンを単離するため
の、ＲＮＡ、ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡのハイブリダ
イゼーションプローブとして使用することができる。こ
のようなプローブは通常少なくとも１５塩基を含む。好
ましくはこのようなプローブは少なくとも３０塩基を有
し、少なくとも５０塩基を有していてもよい。とりわけ
好ましいプローブは少なくとも３０塩基を有し、５０塩
基以下である。例えばｓｐｏ／ｒｅｌ遺伝子のコーディ
ング領域は、配列番号：１に示す既知ＤＮＡ配列を用い
てオリゴヌクレオチドプローブを合成し、スクリーニン
グすることにより単離できる。次いで、本発明の遺伝子
の配列に相補的な配列を有する標識化オリゴヌクレオチ
ドを、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡまたはｍＲＮＡのライブ
ラリーのスクリーニングに用い、プローブがハイブリダ
イズするライブラリーのメンバーを決定する。
【００３５】本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプ
チドは、疾患とりわけヒトの疾患の処置法および診断法
の発見のために研究物質および材料として使用でき、と
りわけポリヌクレオチドアッセイに関連して本明細書で
さらに論じる。配列番号：１および／または２の配列由
来のオリゴヌクレオチドである本発明ポリヌクレオチド
を本明細書記載の方法に使用してもよいが、好ましくは
ＰＣＲに使用して、本明細書で同定したポリヌクレオチ
ドが全てまたは一部が感染した組織に転写されるかどう
かを決定する。このような配列が、病因が達成した感染
のステージおよび感染の型の診断にも有用であることが
理解される。
チドは、疾患とりわけヒトの疾患の処置法および診断法
の発見のために研究物質および材料として使用でき、と
りわけポリヌクレオチドアッセイに関連して本明細書で
さらに論じる。配列番号：１および／または２の配列由
来のオリゴヌクレオチドである本発明ポリヌクレオチド
を本明細書記載の方法に使用してもよいが、好ましくは
ＰＣＲに使用して、本明細書で同定したポリヌクレオチ
ドが全てまたは一部が感染した組織に転写されるかどう
かを決定する。このような配列が、病因が達成した感染
のステージおよび感染の型の診断にも有用であることが
理解される。
【００３６】また本発明は、付加アミノ酸もしくはカル
ボキシル末端アミノ酸または成熟ポリペプチドに内在す
るアミノ酸を加えた成熟蛋白であるポリペプチドをコー
ドできるポリペプチドも提供する（例えば成熟形態が一
つ以上のポリペプチド鎖を有する場合）。このような配
列は、前駆体から成熟形態への蛋白のプロセッシングに
役割を担い、蛋白の輸送を可能にし、蛋白の半減期を延
長もしくは短縮し、またはとりわけアッセイもしくは製
造のための蛋白の操作を容易にすることができる。一般
的にインビボの場合、付加アミノ酸は、細胞性酵素によ
りプロセッシングされ、成熟蛋白から取り除かれる。１
またはそれ以上のプロ配列と融合したポリペプチドの成
熟形態を有する前駆蛋白は、ポリペプチドの不活性形態
にできる。プロ配列が除去されると、このような不活性
前駆体が通常活性化される。プロ配列のいくつかまたは
全てを活性化の前に除去できる。通常、このような前駆
体はプロ蛋白と称される。要するに、本発明のポリヌク
レオチドは成熟蛋白、リーダー配列を加えた成熟蛋白
（プレ蛋白と称することができる）、プレ蛋白のリーダ
ー配列ではない１またはそれ以上のプロ配列を有する成
熟蛋白の前駆体、またはリーダー配列および１またはそ
れ以上のプロ配列を有するプロ蛋白の前駆体であるプレ
プロ蛋白をコードでき、プロ配列は通常ポリペプチドの
活性および成熟形態を産み出すプロセッシング段階で除
去される。
ボキシル末端アミノ酸または成熟ポリペプチドに内在す
るアミノ酸を加えた成熟蛋白であるポリペプチドをコー
ドできるポリペプチドも提供する（例えば成熟形態が一
つ以上のポリペプチド鎖を有する場合）。このような配
列は、前駆体から成熟形態への蛋白のプロセッシングに
役割を担い、蛋白の輸送を可能にし、蛋白の半減期を延
長もしくは短縮し、またはとりわけアッセイもしくは製
造のための蛋白の操作を容易にすることができる。一般
的にインビボの場合、付加アミノ酸は、細胞性酵素によ
りプロセッシングされ、成熟蛋白から取り除かれる。１
またはそれ以上のプロ配列と融合したポリペプチドの成
熟形態を有する前駆蛋白は、ポリペプチドの不活性形態
にできる。プロ配列が除去されると、このような不活性
前駆体が通常活性化される。プロ配列のいくつかまたは
全てを活性化の前に除去できる。通常、このような前駆
体はプロ蛋白と称される。要するに、本発明のポリヌク
レオチドは成熟蛋白、リーダー配列を加えた成熟蛋白
（プレ蛋白と称することができる）、プレ蛋白のリーダ
ー配列ではない１またはそれ以上のプロ配列を有する成
熟蛋白の前駆体、またはリーダー配列および１またはそ
れ以上のプロ配列を有するプロ蛋白の前駆体であるプレ
プロ蛋白をコードでき、プロ配列は通常ポリペプチドの
活性および成熟形態を産み出すプロセッシング段階で除
去される。
【００３７】ベクター、宿主細胞、発現 本発明はまた、ポリヌクレオチドまたは本発明のポリヌ
クレオチドを含むベクター、本発明のベクターで遺伝子
操作する宿主細胞および組換え技法による本発明のポリ
ペプチドの製造にも関する。無細胞翻訳系もまた、本発
明のＤＮＡ構築物に由来するＲＮＡを用いて、このよう
な蛋白を製造できる。組換え体を製造するために、宿主
細胞は、遺伝子操作して、発現系もしくはそれらの一
部、または本発明のポリヌクレオチドを組み込むことが
できる。ポリヌクレオチドの宿主細胞への導入は、例え
ば、Davisら、Basic Methods in Molecular Biology（1
986）；Sambrookら、Molecular Cloning；A Laboratory
Manual、第２版；コールド・スプリング・ハーバー・
ラボラトリー・プレス、コールド・スプリング・ハーバ
ー、ニューヨーク（1989）のように、多くの標準的な実
験マニュアルに記載される方法により行うことができ、
例えばリン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡ
Ｅ−デキストラン媒介トランスフェクション、トランス
ベクション、マイクロインジェクション、陽イオン脂質
媒介トランスフェクション、エレクトロポレーション、
トランスダクション、スクレープ負荷、バリスティック
導入および感染等がある。
クレオチドを含むベクター、本発明のベクターで遺伝子
操作する宿主細胞および組換え技法による本発明のポリ
ペプチドの製造にも関する。無細胞翻訳系もまた、本発
明のＤＮＡ構築物に由来するＲＮＡを用いて、このよう
な蛋白を製造できる。組換え体を製造するために、宿主
細胞は、遺伝子操作して、発現系もしくはそれらの一
部、または本発明のポリヌクレオチドを組み込むことが
できる。ポリヌクレオチドの宿主細胞への導入は、例え
ば、Davisら、Basic Methods in Molecular Biology（1
986）；Sambrookら、Molecular Cloning；A Laboratory
Manual、第２版；コールド・スプリング・ハーバー・
ラボラトリー・プレス、コールド・スプリング・ハーバ
ー、ニューヨーク（1989）のように、多くの標準的な実
験マニュアルに記載される方法により行うことができ、
例えばリン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡ
Ｅ−デキストラン媒介トランスフェクション、トランス
ベクション、マイクロインジェクション、陽イオン脂質
媒介トランスフェクション、エレクトロポレーション、
トランスダクション、スクレープ負荷、バリスティック
導入および感染等がある。
【００３８】適当な宿主の代表的なものには、細菌細
胞、例えばストレプトコッカス属（streptococci）、ス
タフィロコッカス属（staphylococci）、エンテロコッ
カス属（Enterococcus）大腸菌（E.coli）、ストレプト
ミセス（Streptomyces）および枯草菌（Bacillus subti
is）細胞；真菌細胞例えば酵母細胞およびアスペルギル
ス属（Aspergillus）細胞；昆虫細胞例えばドロソフィ
ラＳ２（Drosophila S2）およびスポドプテラＳｆ９（S
podoptera Sf9）細胞；動物細胞例えばＣＨＯ、ＣＯ
Ｓ、ＨｅＬａ、Ｃ１２７、３Ｔ３、ＢＨＫ、２９３およ
びボウズ（Bows）黒色腫細胞；ならびに植物細胞等があ
る。
胞、例えばストレプトコッカス属（streptococci）、ス
タフィロコッカス属（staphylococci）、エンテロコッ
カス属（Enterococcus）大腸菌（E.coli）、ストレプト
ミセス（Streptomyces）および枯草菌（Bacillus subti
is）細胞；真菌細胞例えば酵母細胞およびアスペルギル
ス属（Aspergillus）細胞；昆虫細胞例えばドロソフィ
ラＳ２（Drosophila S2）およびスポドプテラＳｆ９（S
podoptera Sf9）細胞；動物細胞例えばＣＨＯ、ＣＯ
Ｓ、ＨｅＬａ、Ｃ１２７、３Ｔ３、ＢＨＫ、２９３およ
びボウズ（Bows）黒色腫細胞；ならびに植物細胞等があ
る。
【００３９】本発明のポリペプチドを製造するために非
常に多くの発現系を使用できる。このようなベクターに
は、染色体、エピソームおよびウイルス由来のベクタ
ー、例えば細菌プラスミド由来、バクテリオファージ由
来、トランスポゾン由来、酵母エピソーム由来、挿入物
由来、酵母染色体要素由来、例えばバキュロウイルス、
パポバウイルス、例えばＳＶ４０、ワクシナウイルス、
アデノウイルス、鶏痘ウイルス、仮性狂犬病ウイルスお
よびレトロウイルス等のウイルス由来のベクター、なら
びにそれらを組み合わせた物に由来するベクター、例え
ばプラスミドおよびバクテリオファージ遺伝学的エレメ
ント由来のベクター、例えばコスミドおよびファージミ
ド等がある。発現系の構築物には発現を制御および引き
起こす調節領域を含有できる。通常宿主中にポリヌクレ
オチドを保持、伸長または発現するのに、および／また
はポリペプチドを発現するのに適した任意の系またはベ
クターを、この点に関する発現に使用できる。周知のお
よび通常的な種々の任意の技術により、適当なＤＮＡ配
列を発現系に挿入でき、例えばSambrookら、Molecular
Cloning，A Laboratory Manual（上述）に記載されてい
る。
常に多くの発現系を使用できる。このようなベクターに
は、染色体、エピソームおよびウイルス由来のベクタ
ー、例えば細菌プラスミド由来、バクテリオファージ由
来、トランスポゾン由来、酵母エピソーム由来、挿入物
由来、酵母染色体要素由来、例えばバキュロウイルス、
パポバウイルス、例えばＳＶ４０、ワクシナウイルス、
アデノウイルス、鶏痘ウイルス、仮性狂犬病ウイルスお
よびレトロウイルス等のウイルス由来のベクター、なら
びにそれらを組み合わせた物に由来するベクター、例え
ばプラスミドおよびバクテリオファージ遺伝学的エレメ
ント由来のベクター、例えばコスミドおよびファージミ
ド等がある。発現系の構築物には発現を制御および引き
起こす調節領域を含有できる。通常宿主中にポリヌクレ
オチドを保持、伸長または発現するのに、および／また
はポリペプチドを発現するのに適した任意の系またはベ
クターを、この点に関する発現に使用できる。周知のお
よび通常的な種々の任意の技術により、適当なＤＮＡ配
列を発現系に挿入でき、例えばSambrookら、Molecular
Cloning，A Laboratory Manual（上述）に記載されてい
る。
【００４０】翻訳蛋白を、小胞体内腔、ペリプラスミッ
クスペースまたは細胞外環境へ分泌するために、適当な
分泌シグナルを発現するポリペプチドに組み込むことが
できる。これらのシグナルはポリペプチドに本来的なも
のであってもく、あるいは異種性のシグナルでもよい。
クスペースまたは細胞外環境へ分泌するために、適当な
分泌シグナルを発現するポリペプチドに組み込むことが
できる。これらのシグナルはポリペプチドに本来的なも
のであってもく、あるいは異種性のシグナルでもよい。
【００４１】本発明のポリペプチドは周知の方法によ
り、組換え細胞培養物から回収および精製でき、その方
法には例えば硫酸アンモニウムまたはエタノール沈殿、
酸抽出、陰イオンまたは陽イオン交換クロマトグラフィ
ー、ホスホセルロースクロマトグラフィー、疎水性相互
作用クロマトグラフィー、親和性クロマトグラフィー、
ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィーおよびレク
チンクロマトグラフィー等がある。高速液体クロマトグ
ラフィー（「ＨＰＬＣ」）を精製に用いるのが最も好ま
しい。ポリペプチドが単離および／または精製中に変性
した場合、再び活性な立体配座にするために、蛋白再生
のための周知の技法を用いることができる。
り、組換え細胞培養物から回収および精製でき、その方
法には例えば硫酸アンモニウムまたはエタノール沈殿、
酸抽出、陰イオンまたは陽イオン交換クロマトグラフィ
ー、ホスホセルロースクロマトグラフィー、疎水性相互
作用クロマトグラフィー、親和性クロマトグラフィー、
ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィーおよびレク
チンクロマトグラフィー等がある。高速液体クロマトグ
ラフィー（「ＨＰＬＣ」）を精製に用いるのが最も好ま
しい。ポリペプチドが単離および／または精製中に変性
した場合、再び活性な立体配座にするために、蛋白再生
のための周知の技法を用いることができる。
【００４２】診断アッセイ 本発明はまた診断試薬として使用するための本発明のｓ
ｐｏ／ｒｅｌポリヌクレオチドの使用にも関する。真核
生物とりわけ哺乳動物、特にヒトにおけるｓｐｏ／ｒｅ
ｌの検出は、疾患の診断のための診断法を提供する。真
核生物（本明細書において「個体」とも称する）とりわ
け哺乳動物、特にヒトがｓｐｏ／ｒｅｌ遺伝子を含む生
物に感染すると、種々の方法によりＤＮＡレベルで検出
できる。診断用の核酸は、感染した個体の細胞および組
織、例えば骨、血液、筋肉、軟骨および皮膚より得るこ
とができる。ゲノムＤＮＡは直接的に検出するのに使用
できるか、または分析の前にＰＣＲもしくはその他の増
幅法を用いることにより酵素的に増幅できる。ＲＮＡま
たはｃＤＮＡもまた同じ方法で用いることができる。増
幅法を用いると、真核生物とりわけ哺乳動物、特にヒト
に存在する原核生物株を、原核生物遺伝子の遺伝子型の
分析により特徴づけすることができる。対照配列の遺伝
子型に比較した増幅産物の大きさの変化により、欠損お
よび挿入を検出できる。点突然変異は、増幅ＤＮＡを標
識化ｓｐｏ／ｒｅｌポリヌクレオチド配列にハイブリダ
イズすることにより同定できる。完全に対合した配列は
ＲＮアーゼ消化により、または融解温度の差により、誤
対合二重らせんから区別できる。ＤＮＡ配列の差はま
た、変性物質を伴うまたは伴わないゲル中のＤＮＡフラ
グメントの電気泳動の可動性の変化を検出することによ
り、または直接的なＤＮＡの配列決定により検出でき
る。例えばMeyersら、Science，230:1242（1985）参
照。特異的な位置での配列の変化はまた、ヌクレアーゼ
保護アッセイ例えばＲＮアーゼおよびＳ１保護または化
学的切断法によっても明らかにすることができる。例え
ばCottonら、Proc.Natl.Acad.Sci.,USA，85:4397-4401
（1985）参照。
ｐｏ／ｒｅｌポリヌクレオチドの使用にも関する。真核
生物とりわけ哺乳動物、特にヒトにおけるｓｐｏ／ｒｅ
ｌの検出は、疾患の診断のための診断法を提供する。真
核生物（本明細書において「個体」とも称する）とりわ
け哺乳動物、特にヒトがｓｐｏ／ｒｅｌ遺伝子を含む生
物に感染すると、種々の方法によりＤＮＡレベルで検出
できる。診断用の核酸は、感染した個体の細胞および組
織、例えば骨、血液、筋肉、軟骨および皮膚より得るこ
とができる。ゲノムＤＮＡは直接的に検出するのに使用
できるか、または分析の前にＰＣＲもしくはその他の増
幅法を用いることにより酵素的に増幅できる。ＲＮＡま
たはｃＤＮＡもまた同じ方法で用いることができる。増
幅法を用いると、真核生物とりわけ哺乳動物、特にヒト
に存在する原核生物株を、原核生物遺伝子の遺伝子型の
分析により特徴づけすることができる。対照配列の遺伝
子型に比較した増幅産物の大きさの変化により、欠損お
よび挿入を検出できる。点突然変異は、増幅ＤＮＡを標
識化ｓｐｏ／ｒｅｌポリヌクレオチド配列にハイブリダ
イズすることにより同定できる。完全に対合した配列は
ＲＮアーゼ消化により、または融解温度の差により、誤
対合二重らせんから区別できる。ＤＮＡ配列の差はま
た、変性物質を伴うまたは伴わないゲル中のＤＮＡフラ
グメントの電気泳動の可動性の変化を検出することによ
り、または直接的なＤＮＡの配列決定により検出でき
る。例えばMeyersら、Science，230:1242（1985）参
照。特異的な位置での配列の変化はまた、ヌクレアーゼ
保護アッセイ例えばＲＮアーゼおよびＳ１保護または化
学的切断法によっても明らかにすることができる。例え
ばCottonら、Proc.Natl.Acad.Sci.,USA，85:4397-4401
（1985）参照。
【００４３】本発明の遺伝子の突然変異または多型性を
担う細胞はまた、種々の技術により、ＤＮＡレベルで、
例えばセロタイピングすることにより検出できる。例え
ば、ＲＴＰＣＲは突然変異を検出するために用いること
ができる。ＲＴ−ＰＣＲは自動検出系、例えばGeneScan
等と組み合わせて用いるのがとりわけ好ましい。ＲＮＡ
またはｃＤＮＡもまた同じ目的で、ＰＣＲまたはＲＴ−
ＰＣＲに用いることができる。例を挙げると、ｓｐｏ／
ｒｅｌをコードする核酸に相補的なＰＣＲプライマー
は、突然変異を同定および分析するのに用いることがで
きる。代表的なプライマーの例を下表１２［配列番号：
７および８］に示す。
担う細胞はまた、種々の技術により、ＤＮＡレベルで、
例えばセロタイピングすることにより検出できる。例え
ば、ＲＴＰＣＲは突然変異を検出するために用いること
ができる。ＲＴ−ＰＣＲは自動検出系、例えばGeneScan
等と組み合わせて用いるのがとりわけ好ましい。ＲＮＡ
またはｃＤＮＡもまた同じ目的で、ＰＣＲまたはＲＴ−
ＰＣＲに用いることができる。例を挙げると、ｓｐｏ／
ｒｅｌをコードする核酸に相補的なＰＣＲプライマー
は、突然変異を同定および分析するのに用いることがで
きる。代表的なプライマーの例を下表１２［配列番号：
７および８］に示す。
【００４４】
【表１２】
【００４５】本発明はまた５'および／または３'末端か
ら１、２、３または４ヌクレオチド除去したプライマー
をも提供する。これらのプライマーは個体に由来するサ
ンプルから単離したｓｐｏ／ｒｅｌＤＮＡを増幅するの
に用いることができる。該プライマーは感染した個体か
ら単離した遺伝子を増幅するために用いることができ、
該遺伝子は次いでＤＮＡ配列を調べるための種々の技法
に供することができる。このように、ＤＮＡ配列におけ
る突然変異を検出し、感染の診断および感染性物質のセ
ロタイピングまたは分類に使用することができる。
ら１、２、３または４ヌクレオチド除去したプライマー
をも提供する。これらのプライマーは個体に由来するサ
ンプルから単離したｓｐｏ／ｒｅｌＤＮＡを増幅するの
に用いることができる。該プライマーは感染した個体か
ら単離した遺伝子を増幅するために用いることができ、
該遺伝子は次いでＤＮＡ配列を調べるための種々の技法
に供することができる。このように、ＤＮＡ配列におけ
る突然変異を検出し、感染の診断および感染性物質のセ
ロタイピングまたは分類に使用することができる。
【００４６】本発明はまた、疾患、好ましくは細菌感
染、さらに好ましくはストレプトコッカス・ニューモニ
アエによる感染、および最も好ましくは中耳炎、結膜
炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、副鼻腔炎、膿胸および心内
膜炎、最も詳細には髄膜炎（例えば、脳脊髄液の感染）
等の疾患の診断方法を提供し、表１〜１１の[配列番
号：１]の配列を有するポリヌクレオチドの発現レベル
の上昇を、個体由来のサンプルから決定することを含
む。ｓｐｏ／ｒｅｌポリヌクレオチドの発現の増加また
は低下は、ポリヌクレオチドの定量法として当該分野で
周知の方法の任意の方法、例えば増幅、ＰＣＲ、ＲＴＰ
ＣＲ、ＲＮアーゼ保護、ノーザンブロッティングおよび
その他のハイブリダイゼーション法を用いて測定でき
る。さらに、正常対照組織サンプルと比較した、ｓｐｏ
／ｒｅｌ蛋白の過剰発現を検出するための本発明診断ア
ッセイは、例えば感染の存在を検出するために用いるこ
とができる。宿主由来のサンプル中のｓｐｏ／ｒｅｌ蛋
白のレベルを決定するために用いることができるアッセ
イ技法は、当業者に周知である。このようなアッセイ法
には、ラジオイムノアッセイ、競争結合アッセイ、ウェ
スタンブロット分析およびＥＬＩＳＡアッセイ等があ
る。
染、さらに好ましくはストレプトコッカス・ニューモニ
アエによる感染、および最も好ましくは中耳炎、結膜
炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、副鼻腔炎、膿胸および心内
膜炎、最も詳細には髄膜炎（例えば、脳脊髄液の感染）
等の疾患の診断方法を提供し、表１〜１１の[配列番
号：１]の配列を有するポリヌクレオチドの発現レベル
の上昇を、個体由来のサンプルから決定することを含
む。ｓｐｏ／ｒｅｌポリヌクレオチドの発現の増加また
は低下は、ポリヌクレオチドの定量法として当該分野で
周知の方法の任意の方法、例えば増幅、ＰＣＲ、ＲＴＰ
ＣＲ、ＲＮアーゼ保護、ノーザンブロッティングおよび
その他のハイブリダイゼーション法を用いて測定でき
る。さらに、正常対照組織サンプルと比較した、ｓｐｏ
／ｒｅｌ蛋白の過剰発現を検出するための本発明診断ア
ッセイは、例えば感染の存在を検出するために用いるこ
とができる。宿主由来のサンプル中のｓｐｏ／ｒｅｌ蛋
白のレベルを決定するために用いることができるアッセ
イ技法は、当業者に周知である。このようなアッセイ法
には、ラジオイムノアッセイ、競争結合アッセイ、ウェ
スタンブロット分析およびＥＬＩＳＡアッセイ等があ
る。
【００４７】抗体 本発明のポリペプチドもしくはそれらの変種、またはそ
れらを発現する細胞は、このようなポリペプチドに免疫
特異的な抗体を産生する免疫原として用いることができ
る。本明細書で用いる「抗体」には、モノクローナルお
よびポリクローナル抗体、キメラ、一本鎖、サル化抗体
およびヒト化抗体、ならびにＦａｂ免疫グロブリン発現
ライブラリーの産物等のＦａｂフラグメント等がある。
れらを発現する細胞は、このようなポリペプチドに免疫
特異的な抗体を産生する免疫原として用いることができ
る。本明細書で用いる「抗体」には、モノクローナルお
よびポリクローナル抗体、キメラ、一本鎖、サル化抗体
およびヒト化抗体、ならびにＦａｂ免疫グロブリン発現
ライブラリーの産物等のＦａｂフラグメント等がある。
【００４８】本発明のポリペプチドに対して生じる抗体
は、ポリペプチドまたはエピトープが付いたフラグメン
ト、アナログまたは細胞を、好ましくはヒトはでない動
物に、通常の実験法を用いて投与することにより得るこ
とができる。連続的細胞系培養により産生される抗体を
提供する、当業者周知の技術を用いて、モノクローナル
抗体を調製することができる。実例としては、Kohler，
G.およびMilstein,C.，Nature，256:495-497（1975）；
Kozborら、Immunology Today，4:72（1983）；Coleら、
Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy,Alan R Li
ss,Inc.、77-96頁（1985）に記載されるような種々の技
法がある。一本鎖抗体の産生のために記載された技術
（米国特許第４９４６７７８号）は、本発明のポリペプ
チドに対する一本鎖抗体を産生するのに適用できる。ま
た、トランスジェニックマウスまたはその他の生物例え
ばその他の哺乳動物は、ヒト化抗体等の抗体を発現させ
るのに用いることができる。
は、ポリペプチドまたはエピトープが付いたフラグメン
ト、アナログまたは細胞を、好ましくはヒトはでない動
物に、通常の実験法を用いて投与することにより得るこ
とができる。連続的細胞系培養により産生される抗体を
提供する、当業者周知の技術を用いて、モノクローナル
抗体を調製することができる。実例としては、Kohler，
G.およびMilstein,C.，Nature，256:495-497（1975）；
Kozborら、Immunology Today，4:72（1983）；Coleら、
Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy,Alan R Li
ss,Inc.、77-96頁（1985）に記載されるような種々の技
法がある。一本鎖抗体の産生のために記載された技術
（米国特許第４９４６７７８号）は、本発明のポリペプ
チドに対する一本鎖抗体を産生するのに適用できる。ま
た、トランスジェニックマウスまたはその他の生物例え
ばその他の哺乳動物は、ヒト化抗体等の抗体を発現させ
るのに用いることができる。
【００４９】別法としてファージディスプレイ技法を、
抗Ｆｂｐを有することにつきスクリーニングしたヒトの
リンパ球のＰＣＲ増幅したｖ遺伝子のレパートリーか
ら、または元来のライブラリーからのポリペプチドに対
する結合活性を有する抗体遺伝子を選別するために利用
できる。（McCafferty,J.ら、Nature 348:552-554（199
0）；Marks,J.ら、Biotechnology 10:779-783（199
2））。これらの抗体の親和性はチェインシャフリング
（chain shuffling）により改善することもできる（Cla
ckson,T.ら、Nature 352:624-628（1991））。
抗Ｆｂｐを有することにつきスクリーニングしたヒトの
リンパ球のＰＣＲ増幅したｖ遺伝子のレパートリーか
ら、または元来のライブラリーからのポリペプチドに対
する結合活性を有する抗体遺伝子を選別するために利用
できる。（McCafferty,J.ら、Nature 348:552-554（199
0）；Marks,J.ら、Biotechnology 10:779-783（199
2））。これらの抗体の親和性はチェインシャフリング
（chain shuffling）により改善することもできる（Cla
ckson,T.ら、Nature 352:624-628（1991））。
【００５０】二つの抗原結合ドメインが存在する場合、
各ドメインは「二特異性」抗体と称する異なるエピトー
プに対して指向される。
各ドメインは「二特異性」抗体と称する異なるエピトー
プに対して指向される。
【００５１】上述の抗体はポリペプチドを発現するクロ
ーンを単離または同定するために用いることができ、親
和性クロマトグラフィーにより精製することができる。
従って、とりわけｓｐｏ／ｒｅｌに対する抗体を、感
染、とりわけ細菌感染、特に中耳炎、結膜炎、肺炎、菌
血症、髄膜炎、副鼻腔炎、膿胸および心内膜炎、最も詳
細には髄膜炎（例えば、脳脊髄液の感染）等の疾患の処
置に用いることができる。
ーンを単離または同定するために用いることができ、親
和性クロマトグラフィーにより精製することができる。
従って、とりわけｓｐｏ／ｒｅｌに対する抗体を、感
染、とりわけ細菌感染、特に中耳炎、結膜炎、肺炎、菌
血症、髄膜炎、副鼻腔炎、膿胸および心内膜炎、最も詳
細には髄膜炎（例えば、脳脊髄液の感染）等の疾患の処
置に用いることができる。
【００５２】ポリペプチド変種には抗原的、エピトープ
的または免疫学的に等価な変種等があり、本発明の特定
の態様である。本明細書で用いる「抗原的に等価な誘導
体」なる用語は、本発明により蛋白またはポリペプチド
にまで高められた場合、病原および哺乳動物宿主間での
即時的な物理的相互作用で干渉する特定の抗体により特
異的に認識されるポリペプチドまたはその同等物を包含
する。本明細書で用いる「免疫学的に等価な誘導体」な
る用語は、脊椎動物における抗体を上昇させるのに適し
た処方を用いた場合、抗体が病原および哺乳動物宿主間
での即時的な物理的相互作用を妨害するように作用する
ペプチドまたはその等価物を包含する。
的または免疫学的に等価な変種等があり、本発明の特定
の態様である。本明細書で用いる「抗原的に等価な誘導
体」なる用語は、本発明により蛋白またはポリペプチド
にまで高められた場合、病原および哺乳動物宿主間での
即時的な物理的相互作用で干渉する特定の抗体により特
異的に認識されるポリペプチドまたはその同等物を包含
する。本明細書で用いる「免疫学的に等価な誘導体」な
る用語は、脊椎動物における抗体を上昇させるのに適し
た処方を用いた場合、抗体が病原および哺乳動物宿主間
での即時的な物理的相互作用を妨害するように作用する
ペプチドまたはその等価物を包含する。
【００５３】ポリペプチド、例えば抗原的、免疫学的に
等価な誘導体、またはそれらの融合蛋白は、マウスまた
はその他の動物例えばラットもしくはニワトリを免疫化
するための抗原として使用できる。融合蛋白はポリペプ
チドに安定性を付与できる。抗原は、例えば抱合するこ
とにより、免疫原性キャリヤ蛋白、例えばウシ血清アル
ブミン（ＢＳＡ）またはキーホール・リンペット・ヘモ
シアニン（keyhole limpet haemocyanin：ＫＬＨ）に結
合することができる。あるいはまた、蛋白もしくはポリ
ペプチド、またはそれらに抗原的もしくは免疫学的に等
価なポリペプチドの多重コピーを含む多重抗原ペプチド
は、免疫原性を改良するための十分な抗原性を有してい
るので、キャリヤーを使用しなくてすむ。
等価な誘導体、またはそれらの融合蛋白は、マウスまた
はその他の動物例えばラットもしくはニワトリを免疫化
するための抗原として使用できる。融合蛋白はポリペプ
チドに安定性を付与できる。抗原は、例えば抱合するこ
とにより、免疫原性キャリヤ蛋白、例えばウシ血清アル
ブミン（ＢＳＡ）またはキーホール・リンペット・ヘモ
シアニン（keyhole limpet haemocyanin：ＫＬＨ）に結
合することができる。あるいはまた、蛋白もしくはポリ
ペプチド、またはそれらに抗原的もしくは免疫学的に等
価なポリペプチドの多重コピーを含む多重抗原ペプチド
は、免疫原性を改良するための十分な抗原性を有してい
るので、キャリヤーを使用しなくてすむ。
【００５４】抗体またはそれらの変種を、個体における
免疫原性を減じるために修飾するのが好ましい。例え
ば、個体がヒトである場合、抗体は最も好ましくは「ヒ
ト化」されており；この場合、ハイブリドーマ由来の抗
体の相補性決定領域がヒト・モノクローナル抗体に移植
されており、例えばJones,P.ら、Nature 321:522-525
（1986）またはTempestら、Biotechnology 9:266-273
（1991）に記載されている。本発明のポリヌクレオチド
を遺伝学的免疫化において使用する場合、例えば直接的
なプラスミドＤＮＡの筋肉への注射（Wolffら、Hum.Mo
l.Genet.1:363（1992）；Manthorpeら、Hum.Gene Ther.
4:419（1963））、特異的蛋白キャリヤーとのＤＮＡ複
合体の送達（Wuら、J.Biol.Chem.264:16985（198
9））、リン酸カルシウムとのＤＮＡ共沈（Benvenisty
& Reshef、PNAS 83:9551（1986））、種々の形態のリポ
ソーム中へのＤＮＡ封入（Kanedaら、Science 243:375
（1989））、微粒子爆撃（Tangら、Nature 356:152（19
92）；Eisenbraunら、DNA Cell Biol.12:791（1993））
およびクローン化レトロウイルスベクターを用いたイン
ビボ感染（Seegerら、PNAS 81:5849（1984））等の適切
な送達方法を用いるのが好ましい。
免疫原性を減じるために修飾するのが好ましい。例え
ば、個体がヒトである場合、抗体は最も好ましくは「ヒ
ト化」されており；この場合、ハイブリドーマ由来の抗
体の相補性決定領域がヒト・モノクローナル抗体に移植
されており、例えばJones,P.ら、Nature 321:522-525
（1986）またはTempestら、Biotechnology 9:266-273
（1991）に記載されている。本発明のポリヌクレオチド
を遺伝学的免疫化において使用する場合、例えば直接的
なプラスミドＤＮＡの筋肉への注射（Wolffら、Hum.Mo
l.Genet.1:363（1992）；Manthorpeら、Hum.Gene Ther.
4:419（1963））、特異的蛋白キャリヤーとのＤＮＡ複
合体の送達（Wuら、J.Biol.Chem.264:16985（198
9））、リン酸カルシウムとのＤＮＡ共沈（Benvenisty
& Reshef、PNAS 83:9551（1986））、種々の形態のリポ
ソーム中へのＤＮＡ封入（Kanedaら、Science 243:375
（1989））、微粒子爆撃（Tangら、Nature 356:152（19
92）；Eisenbraunら、DNA Cell Biol.12:791（1993））
およびクローン化レトロウイルスベクターを用いたイン
ビボ感染（Seegerら、PNAS 81:5849（1984））等の適切
な送達方法を用いるのが好ましい。
【００５５】アンタゴニストおよびアゴニスト−アッセ
イおよび分子 本発明のポリペプチドはまた、例えば細胞、無細胞調製
物、化学的ライブラリー、および天然の生成物の混合物
中の、小さな分子の基質およびリガンドの結合を評価す
るために用いることもできる。これらの基質およびリガ
ンドは天然の基質およびリガンドでよく、または構造的
もしくは機能的な擬似物質でもよい。例えばColigan
ら、Current Protocols in Immunology 1(2):第5章（19
91）参照。
イおよび分子 本発明のポリペプチドはまた、例えば細胞、無細胞調製
物、化学的ライブラリー、および天然の生成物の混合物
中の、小さな分子の基質およびリガンドの結合を評価す
るために用いることもできる。これらの基質およびリガ
ンドは天然の基質およびリガンドでよく、または構造的
もしくは機能的な擬似物質でもよい。例えばColigan
ら、Current Protocols in Immunology 1(2):第5章（19
91）参照。
【００５６】本発明はまたｓｐｏ／ｒｅｌポリペプチド
またはポリヌクレオチドの作用を増強（アゴニスト）ま
たは阻害（アンタゴニスト）する化合物を同定するため
の、化合物のスクリーニング方法をも提供する。例え
ば、アゴニストまたはアンタゴニストをスクリーニング
するために、ｓｐｏ／ｒｅｌポリペプチドを含む、合成
反応混合物、細胞コンパートメント、例えば膜、細胞表
面膜もしくは細胞壁、またはそれらのいずれかの調製
物、およびこのようなポリペプチドの標識化基質または
リガンドを、ｓｐｏ／ｒｅｌアゴニストまたはアンタゴ
ニストとなりうる候補分子の存在下または不在下で、イ
ンキュベーションする。候補分子がｓｐｏ／ｒｅｌポリ
ペプチドにアゴナイズまたは拮抗する能力は、標識化リ
ガンドの結合の低下またはこのような基質からの生成物
の産生の低下に反映される。結合しても影響を及ぼさな
い分子、すなわちｓｐｏ／ｒｅｌの効果を誘起しない分
子は、最も良好なアンタゴニストとなるであろう。結合
性が良好で、基質からの生成物の生成速度を高める分子
はアゴニストである。基質からの生成物の生成速度また
はレベルはリポーターシステムを用いることにより増強
できる。この点に関して有用なリポーターシステムに
は、生成物に転換される比色標識化基質、ｓｐｏ／ｒｅ
ｌ活性の変化に反応するリポーター遺伝子、および当該
分野で周知の結合アッセイ等があるが、これらに限定す
るものではない。
またはポリヌクレオチドの作用を増強（アゴニスト）ま
たは阻害（アンタゴニスト）する化合物を同定するため
の、化合物のスクリーニング方法をも提供する。例え
ば、アゴニストまたはアンタゴニストをスクリーニング
するために、ｓｐｏ／ｒｅｌポリペプチドを含む、合成
反応混合物、細胞コンパートメント、例えば膜、細胞表
面膜もしくは細胞壁、またはそれらのいずれかの調製
物、およびこのようなポリペプチドの標識化基質または
リガンドを、ｓｐｏ／ｒｅｌアゴニストまたはアンタゴ
ニストとなりうる候補分子の存在下または不在下で、イ
ンキュベーションする。候補分子がｓｐｏ／ｒｅｌポリ
ペプチドにアゴナイズまたは拮抗する能力は、標識化リ
ガンドの結合の低下またはこのような基質からの生成物
の産生の低下に反映される。結合しても影響を及ぼさな
い分子、すなわちｓｐｏ／ｒｅｌの効果を誘起しない分
子は、最も良好なアンタゴニストとなるであろう。結合
性が良好で、基質からの生成物の生成速度を高める分子
はアゴニストである。基質からの生成物の生成速度また
はレベルはリポーターシステムを用いることにより増強
できる。この点に関して有用なリポーターシステムに
は、生成物に転換される比色標識化基質、ｓｐｏ／ｒｅ
ｌ活性の変化に反応するリポーター遺伝子、および当該
分野で周知の結合アッセイ等があるが、これらに限定す
るものではない。
【００５７】ｓｐｏ／ｒｅｌアンタゴニストのアッセイ
の他の例は競争アッセイであり、競争阻害アッセイに適
した条件下で、ｓｐｏ／ｒｅｌおよび潜在的なアンタゴ
ニストをｓｐｏ／ｒｅｌ結合分子、組換えｓｐｏ／ｒｅ
ｌ結合分子、天然基質もしくはリガンド、または基質も
しくはリガンド擬似物質と混合する。ｓｐｏ／ｒｅｌを
例えば放射活性または比色化合物により標識化し、結合
分子に結合した、または生成物に変換したｓｐｏ／ｒｅ
ｌ分子の数を正確に決定し、潜在的なアンタゴニストの
効果を評価できる。潜在的なアンタゴニストには、本発
明のポリペプチドに結合し、それによりその活性を阻害
し、消滅させる小さい有機分子、ペプチド、ポリペプチ
ドおよび抗体などがある。潜在的アンタゴニストはま
た、結合分子の同一部位に結合する、正確に関連した蛋
白または抗体のような小さな有機分子、ペプチド、ポリ
ペプチド、例えばｓｐｏ／ｒｅｌ誘起活性を誘起しない
結合分子であってよく、それによりｓｐｏ／ｒｅｌを結
合から排除して、ｓｐｏ／ｒｅｌの作用を妨げる。潜在
的なアンタゴニストには、ポリペプチドの結合部位に結
合し、およびそれを占領し、それにより細胞性結合分子
への結合を防御して、正常の生物学的活性を防御する小
さな分子等がある。小さな分子の例としては、小さな有
機分子、ペプチド、ペプチド様分子等があるが、これら
に限定するものではない。その他の潜在的なアンタゴニ
ストにはアンチセンス分子等がある（これらの分子につ
いての記載に関してはOkano,J.，Neurochem.56:560（19
91）；Oligodeoxy-nucleotides as Antisense Inhibito
rs of Gene Expression，ＣＲＣプレス、ボッカラート
ン、フロリダ州（1988）参照）。好ましい潜在的アンタ
ゴニストには、ｓｐｏ／ｒｅｌ関連化合物およびｓｐｏ
／ｒｅｌ変種等がある。本明細書に示す各ＤＮＡ配列
を、抗細菌化合物の発見および開発に使用してもよい。
コードされている蛋白は、発現されると、抗細菌剤のス
クリーニングのための標的として使用されうる。さら
に、コードされている蛋白のアミノ末端領域または各ｍ
ＲＮＡのシャイン−ダルガノ配列または他の翻訳容易化
配列をコードしているＤＮＡ配列を用いてアンチセンス
配列を構築し、目的コーディング配列の発現を制御する
こともできる。
の他の例は競争アッセイであり、競争阻害アッセイに適
した条件下で、ｓｐｏ／ｒｅｌおよび潜在的なアンタゴ
ニストをｓｐｏ／ｒｅｌ結合分子、組換えｓｐｏ／ｒｅ
ｌ結合分子、天然基質もしくはリガンド、または基質も
しくはリガンド擬似物質と混合する。ｓｐｏ／ｒｅｌを
例えば放射活性または比色化合物により標識化し、結合
分子に結合した、または生成物に変換したｓｐｏ／ｒｅ
ｌ分子の数を正確に決定し、潜在的なアンタゴニストの
効果を評価できる。潜在的なアンタゴニストには、本発
明のポリペプチドに結合し、それによりその活性を阻害
し、消滅させる小さい有機分子、ペプチド、ポリペプチ
ドおよび抗体などがある。潜在的アンタゴニストはま
た、結合分子の同一部位に結合する、正確に関連した蛋
白または抗体のような小さな有機分子、ペプチド、ポリ
ペプチド、例えばｓｐｏ／ｒｅｌ誘起活性を誘起しない
結合分子であってよく、それによりｓｐｏ／ｒｅｌを結
合から排除して、ｓｐｏ／ｒｅｌの作用を妨げる。潜在
的なアンタゴニストには、ポリペプチドの結合部位に結
合し、およびそれを占領し、それにより細胞性結合分子
への結合を防御して、正常の生物学的活性を防御する小
さな分子等がある。小さな分子の例としては、小さな有
機分子、ペプチド、ペプチド様分子等があるが、これら
に限定するものではない。その他の潜在的なアンタゴニ
ストにはアンチセンス分子等がある（これらの分子につ
いての記載に関してはOkano,J.，Neurochem.56:560（19
91）；Oligodeoxy-nucleotides as Antisense Inhibito
rs of Gene Expression，ＣＲＣプレス、ボッカラート
ン、フロリダ州（1988）参照）。好ましい潜在的アンタ
ゴニストには、ｓｐｏ／ｒｅｌ関連化合物およびｓｐｏ
／ｒｅｌ変種等がある。本明細書に示す各ＤＮＡ配列
を、抗細菌化合物の発見および開発に使用してもよい。
コードされている蛋白は、発現されると、抗細菌剤のス
クリーニングのための標的として使用されうる。さら
に、コードされている蛋白のアミノ末端領域または各ｍ
ＲＮＡのシャイン−ダルガノ配列または他の翻訳容易化
配列をコードしているＤＮＡ配列を用いてアンチセンス
配列を構築し、目的コーディング配列の発現を制御する
こともできる。
【００５８】また本発明は、感染の続発症に関与する病
因および哺乳動物宿主間の最初の物理的相互作用を妨害
するための本発明ポリペプチド、ポリヌクレオチドまた
は阻害物質の使用を提供する。とりわけ本発明の分子
を、内在デバイス上の哺乳動物細胞外マトリックス蛋
白、または創傷における細胞外マトリックス蛋白への細
菌とりわけグラム陽性細菌の付着のブロック；例えば哺
乳動物チロシンキナーゼのリン酸化の開始により、ｓｐ
ｏ／ｒｅｌ蛋白により媒介される哺乳動物細胞侵入のブ
ロック（Rosenshineら、Infect.Immun.60:2211（199
2））；哺乳動物細胞外マトリックス蛋白と組織損傷を
媒介する細菌性ｓｐｏ／ｒｅｌ蛋白との間の細菌付着の
ブロック；内在デバイスの埋め込みまたはその他の外科
的手技以外により開始された感染における病因の通常の
進行のブロックに使用することができる。
因および哺乳動物宿主間の最初の物理的相互作用を妨害
するための本発明ポリペプチド、ポリヌクレオチドまた
は阻害物質の使用を提供する。とりわけ本発明の分子
を、内在デバイス上の哺乳動物細胞外マトリックス蛋
白、または創傷における細胞外マトリックス蛋白への細
菌とりわけグラム陽性細菌の付着のブロック；例えば哺
乳動物チロシンキナーゼのリン酸化の開始により、ｓｐ
ｏ／ｒｅｌ蛋白により媒介される哺乳動物細胞侵入のブ
ロック（Rosenshineら、Infect.Immun.60:2211（199
2））；哺乳動物細胞外マトリックス蛋白と組織損傷を
媒介する細菌性ｓｐｏ／ｒｅｌ蛋白との間の細菌付着の
ブロック；内在デバイスの埋め込みまたはその他の外科
的手技以外により開始された感染における病因の通常の
進行のブロックに使用することができる。
【００５９】本発明アンタゴニストおよびアゴニスト
を、例えば、中耳炎、結膜炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、
副鼻腔炎、膿胸および心内膜炎、最も詳細には髄膜炎
（例えば、脳脊髄液の感染）等の抑制および処置に用い
てもよい。
を、例えば、中耳炎、結膜炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、
副鼻腔炎、膿胸および心内膜炎、最も詳細には髄膜炎
（例えば、脳脊髄液の感染）等の抑制および処置に用い
てもよい。
【００６０】ワクチン 本発明の別の態様は、個体とりわけ哺乳動物における免
疫学的反応を誘起する方法に関し、その方法には個体に
ｓｐｏ／ｒｅｌ、またはそれらのフラグメントもしくは
変種を個体に接種し、該個体が感染とりわけ細菌感染、
特にストレプトコッカス・ニューモニアエ感染から防御
する抗体および／またはＴ細胞を十分に産生させること
を含む。さらに、免疫学的応答により細菌複製を遅らせ
る方法も提供される。本発明のまた別の態様は、個体中
に疾病がすでに確立されているか否かにかかわらず、ｓ
ｐｏ／ｒｅｌポリペプチドまたはそのフラグメントもし
くは変種を発現させるための核酸ベクターを送達して、
インビボでｓｐｏ／ｒｅｌポリペプチドまたはそれらの
フラグメントもしくは変種を発現させて、該動物を疾患
から保護する抗体および／またはＴ細胞免疫応答を生じ
させる免疫学的反応を誘起すること、例えば、サイトカ
イン産生Ｔ細胞または細胞毒性Ｔ細胞の応答を生じさせ
る免疫学的反応を誘起することを特徴とする、哺乳動物
における免疫学的反応を誘起する方法に関する。遺伝子
投与の１の方法は、微粒子上のコーティングとなった遺
伝子を加速して所望細胞中に導入すること、あるいは他
の方法による。かかる核酸ベクターは、ＤＮＡ、ＲＮ
Ａ、修飾核酸、またはＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッドを含
んでいてもよい。
疫学的反応を誘起する方法に関し、その方法には個体に
ｓｐｏ／ｒｅｌ、またはそれらのフラグメントもしくは
変種を個体に接種し、該個体が感染とりわけ細菌感染、
特にストレプトコッカス・ニューモニアエ感染から防御
する抗体および／またはＴ細胞を十分に産生させること
を含む。さらに、免疫学的応答により細菌複製を遅らせ
る方法も提供される。本発明のまた別の態様は、個体中
に疾病がすでに確立されているか否かにかかわらず、ｓ
ｐｏ／ｒｅｌポリペプチドまたはそのフラグメントもし
くは変種を発現させるための核酸ベクターを送達して、
インビボでｓｐｏ／ｒｅｌポリペプチドまたはそれらの
フラグメントもしくは変種を発現させて、該動物を疾患
から保護する抗体および／またはＴ細胞免疫応答を生じ
させる免疫学的反応を誘起すること、例えば、サイトカ
イン産生Ｔ細胞または細胞毒性Ｔ細胞の応答を生じさせ
る免疫学的反応を誘起することを特徴とする、哺乳動物
における免疫学的反応を誘起する方法に関する。遺伝子
投与の１の方法は、微粒子上のコーティングとなった遺
伝子を加速して所望細胞中に導入すること、あるいは他
の方法による。かかる核酸ベクターは、ＤＮＡ、ＲＮ
Ａ、修飾核酸、またはＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッドを含
んでいてもよい。
【００６１】本発明のさらなる態様は、免疫学的反応を
宿主内に誘起できる、または誘起した宿主に導入した場
合、ｓｐｏ／ｒｅｌまたはコードされている蛋白に対す
る免疫学的反応を該宿主に誘起する免疫学的組成物に関
し、その組成物は組換えｓｐｏ／ｒｅｌまたはコードさ
れている蛋白を含み、該ｓｐｏ／ｒｅｌの抗原をコード
し発現するＤＮＡ、またはそれによりコードされる蛋白
を含む。免疫学的応答を治療的または予防的用いてもよ
く、免疫学的応答は抗体免疫または細胞免疫（例えば、
ＣＴＬまたはＣＤ４＋Ｔ細胞から生じるもの）の形態で
あってもよい。
宿主内に誘起できる、または誘起した宿主に導入した場
合、ｓｐｏ／ｒｅｌまたはコードされている蛋白に対す
る免疫学的反応を該宿主に誘起する免疫学的組成物に関
し、その組成物は組換えｓｐｏ／ｒｅｌまたはコードさ
れている蛋白を含み、該ｓｐｏ／ｒｅｌの抗原をコード
し発現するＤＮＡ、またはそれによりコードされる蛋白
を含む。免疫学的応答を治療的または予防的用いてもよ
く、免疫学的応答は抗体免疫または細胞免疫（例えば、
ＣＴＬまたはＣＤ４＋Ｔ細胞から生じるもの）の形態で
あってもよい。
【００６２】ｓｐｏ／ｒｅｌまたはそれらのフラグメン
トは、それ自身は抗体を産生しないが、第１の蛋白を安
定化し、免疫原的および保護特性を有する融合蛋白を産
生する能力のある共存蛋白（co-protein）と融合でき
る。このように融合した組換え蛋白には、さらに抗原補
蛋白、例えばヘモフィルス・インフルエンザエ（Hemoph
ilus influenzae）由来のリポ蛋白Ｄ、グルタチオン−
Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）またはベーターガラ
クトシダーゼのごとき共存蛋白、蛋白を可溶化して、そ
れらの産生および精製を促進する比較的大きな共存蛋白
等が含まれるのがより好ましい。さらに、共存蛋白は免
疫系において普遍的な刺激を提供するという意味で、ア
ジュバントとして作用することができる。共存蛋白は第
１の蛋白のアミノまたはカルボキシル末端のどちらかに
付着できる。
トは、それ自身は抗体を産生しないが、第１の蛋白を安
定化し、免疫原的および保護特性を有する融合蛋白を産
生する能力のある共存蛋白（co-protein）と融合でき
る。このように融合した組換え蛋白には、さらに抗原補
蛋白、例えばヘモフィルス・インフルエンザエ（Hemoph
ilus influenzae）由来のリポ蛋白Ｄ、グルタチオン−
Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）またはベーターガラ
クトシダーゼのごとき共存蛋白、蛋白を可溶化して、そ
れらの産生および精製を促進する比較的大きな共存蛋白
等が含まれるのがより好ましい。さらに、共存蛋白は免
疫系において普遍的な刺激を提供するという意味で、ア
ジュバントとして作用することができる。共存蛋白は第
１の蛋白のアミノまたはカルボキシル末端のどちらかに
付着できる。
【００６３】本発明は、組成物、とりわけワクチン組成
物、および本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチ
ドおよび免疫刺激ＤＮＡ配列を含む方法を提供し、Sato
Y.ら、Science 273:352(1969)に記載されている。
物、および本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチ
ドおよび免疫刺激ＤＮＡ配列を含む方法を提供し、Sato
Y.ら、Science 273:352(1969)に記載されている。
【００６４】また、本発明は、ストレプトコッカス・ニ
ューモニアエに感染した動物モデルにおける、このよう
な遺伝的免疫化実験で用いるＤＮＡ構築物の、細菌細胞
表面蛋白の非可変領域をコードすることが示されてい
る、記載したポリヌクレオチドまたはとりわけそれらの
フラグメントを用いる方法を提供し、これらはとりわけ
予防的または治療的免疫反応を生じることができる蛋白
エピトープを同定するのに有用である。この研究は、哺
乳動物、とりわけヒトにおける細菌感染とりわけスタフ
ィロコッカス・ニューモニアエ感染の予防薬または治療
的処置の開発のために、感染に抵抗し一掃するのに成功
した動物の必須器官から特に価値あるモノクローナル抗
体を引き続き調製することを可能にすると思われる。
ューモニアエに感染した動物モデルにおける、このよう
な遺伝的免疫化実験で用いるＤＮＡ構築物の、細菌細胞
表面蛋白の非可変領域をコードすることが示されてい
る、記載したポリヌクレオチドまたはとりわけそれらの
フラグメントを用いる方法を提供し、これらはとりわけ
予防的または治療的免疫反応を生じることができる蛋白
エピトープを同定するのに有用である。この研究は、哺
乳動物、とりわけヒトにおける細菌感染とりわけスタフ
ィロコッカス・ニューモニアエ感染の予防薬または治療
的処置の開発のために、感染に抵抗し一掃するのに成功
した動物の必須器官から特に価値あるモノクローナル抗
体を引き続き調製することを可能にすると思われる。
【００６５】ポリペプチドは、例えば細菌の損傷組織へ
の付着を阻害することにより、細菌の侵入に対して保護
する特異的抗体を産生するための宿主のワクチン化のた
めの抗原として使用することができる。組織損傷の例と
しては、例えば機械的、化学的もしくは熱損傷により、
または内在デバイスの埋め込みにより、引き起こされた
皮膚または結合組織の創傷、または粘膜例えば口、乳
腺、尿道または膣の創傷等がある。
の付着を阻害することにより、細菌の侵入に対して保護
する特異的抗体を産生するための宿主のワクチン化のた
めの抗原として使用することができる。組織損傷の例と
しては、例えば機械的、化学的もしくは熱損傷により、
または内在デバイスの埋め込みにより、引き起こされた
皮膚または結合組織の創傷、または粘膜例えば口、乳
腺、尿道または膣の創傷等がある。
【００６６】本発明にはまた免疫原性組換え蛋白を適切
な担体と共に含むワクチン処方を包含する。蛋白は胃で
分解されるので、非経口的例えば皮下、筋肉内、静脈内
または皮膚内等に投与するのが好ましい。非経口投与に
適した処方には、抗酸化剤、緩衝液、静菌剤および処方
を個体の体液、好ましくは血液と等張にする溶質を含有
していてもよい、水性または非水性無菌注射液；および
懸濁化剤または増粘剤を含有していてもよい、水性また
は非水性無菌懸濁液等がある。処方は１回投与または多
回投与用容器、例えばシールしたアンプルおよびバイア
ルに入れてよく、凍結乾燥状態で保存し、使用直前に無
菌液体担体の添加のみを必要とする。ワクチン処方は処
方の免疫原性を高めるアジュバント系をも含有でき、例
えば水中油系または当該分野で周知のその他の系等があ
る。投与量はワクチンの特異的活性に依存し、通常の実
験法により容易に決定できる。本発明は特定のｓｐｏ／
ｒｅｌ蛋白に関して記載したが、これは天然に存在する
蛋白および、実質的に組換え蛋白の免疫原特性に影響し
ない付加、欠失または置換を施した類似の蛋白のフラグ
メントを包含することが理解されよう。
な担体と共に含むワクチン処方を包含する。蛋白は胃で
分解されるので、非経口的例えば皮下、筋肉内、静脈内
または皮膚内等に投与するのが好ましい。非経口投与に
適した処方には、抗酸化剤、緩衝液、静菌剤および処方
を個体の体液、好ましくは血液と等張にする溶質を含有
していてもよい、水性または非水性無菌注射液；および
懸濁化剤または増粘剤を含有していてもよい、水性また
は非水性無菌懸濁液等がある。処方は１回投与または多
回投与用容器、例えばシールしたアンプルおよびバイア
ルに入れてよく、凍結乾燥状態で保存し、使用直前に無
菌液体担体の添加のみを必要とする。ワクチン処方は処
方の免疫原性を高めるアジュバント系をも含有でき、例
えば水中油系または当該分野で周知のその他の系等があ
る。投与量はワクチンの特異的活性に依存し、通常の実
験法により容易に決定できる。本発明は特定のｓｐｏ／
ｒｅｌ蛋白に関して記載したが、これは天然に存在する
蛋白および、実質的に組換え蛋白の免疫原特性に影響し
ない付加、欠失または置換を施した類似の蛋白のフラグ
メントを包含することが理解されよう。
【００６７】組成物、キットおよび投与 本発明はまた上述のポリヌクレオチドもしくはポリペプ
チド、またはアゴニストもしくはアンタゴニストを含ん
でなる組成物にも関する。本発明のポリペプチドは非無
菌もしくは無菌担体と、または細胞、組織もしくは生物
に用いられる担体、例えば対象への投与に適した医薬的
担体と組み合わせて用いることができる。このような組
成物は、例えば溶媒添加物または治療上有効量の本発明
ポリペプチド、および医薬的に許容できる担体または賦
形剤を含む。このような担体には生理食塩水、緩衝化生
理食塩水、デキストロース、水、グリセロール、エタノ
ールおよびそれらの組み合わせ等があるが、これらに限
定するものではない。処方は投与法に適したものにすべ
きである。本発明はさらに、本発明の前述の組成物成分
を１またはそれ以上を充填した１またはそれ以上の容器
を含んでなる診断用および医薬用パックおよびキットに
も関する。
チド、またはアゴニストもしくはアンタゴニストを含ん
でなる組成物にも関する。本発明のポリペプチドは非無
菌もしくは無菌担体と、または細胞、組織もしくは生物
に用いられる担体、例えば対象への投与に適した医薬的
担体と組み合わせて用いることができる。このような組
成物は、例えば溶媒添加物または治療上有効量の本発明
ポリペプチド、および医薬的に許容できる担体または賦
形剤を含む。このような担体には生理食塩水、緩衝化生
理食塩水、デキストロース、水、グリセロール、エタノ
ールおよびそれらの組み合わせ等があるが、これらに限
定するものではない。処方は投与法に適したものにすべ
きである。本発明はさらに、本発明の前述の組成物成分
を１またはそれ以上を充填した１またはそれ以上の容器
を含んでなる診断用および医薬用パックおよびキットに
も関する。
【００６８】本発明のポリペプチドおよびその他の化合
物は、単独でまたは治療用化合物等のその他の化合物と
組み合わせて用いることができる。医薬組成物は任意の
有効な、利便的な方法、例えば、とりわけ局所、経口、
経膣、静脈内、腹腔内、筋肉内、皮下、鼻腔内、または
皮膚内の経路で投与できる。治療において、または予防
として、活性物質を注射用組成物として、例えば、好ま
しくは等張の、無菌水性分散物として個体に投与でき
る。あるいはまた、組成物は局所適用用、例えば軟膏、
クリーム、ローション、眼軟膏、点眼液、点耳液、洗口
剤、染み込ませた包帯および縫合用の糸、ならびにエア
ロゾール等の形態に処方でき、適当な慣用的な添加物、
例えば保存料、薬物の浸透を補助する溶媒、ならびに軟
膏およびクリームには軟化剤を含有してよい。このよう
な局所用処方はまた、適合した慣用的な担体、例えばク
リームまたは軟膏基剤、およびローションにはエタノー
ルまたはオレイルアルコールを含有してよい。このよう
な担体は重量で処方の約１％から約９８％でよく、より
通常には重量で処方の約８０％までにする。哺乳動物と
りわけヒトに投与するために、活性物質の1日あたりの
投与量は、０.０１ｍｇ／ｋｇから１０ｍｇ／ｋｇであ
り、典型的には約１ｍｇ／ｋｇである。医者はあらゆる
場合、個体に最も適した実際の投与量を決定し、年齢、
体重および特に個体の反応性に応じて変化させる。上述
の投与量は、平均的なケースの典型例である。もちろ
ん、高量および低量の範囲が適合する個々の例もあり、
これらは本発明の範囲内である。
物は、単独でまたは治療用化合物等のその他の化合物と
組み合わせて用いることができる。医薬組成物は任意の
有効な、利便的な方法、例えば、とりわけ局所、経口、
経膣、静脈内、腹腔内、筋肉内、皮下、鼻腔内、または
皮膚内の経路で投与できる。治療において、または予防
として、活性物質を注射用組成物として、例えば、好ま
しくは等張の、無菌水性分散物として個体に投与でき
る。あるいはまた、組成物は局所適用用、例えば軟膏、
クリーム、ローション、眼軟膏、点眼液、点耳液、洗口
剤、染み込ませた包帯および縫合用の糸、ならびにエア
ロゾール等の形態に処方でき、適当な慣用的な添加物、
例えば保存料、薬物の浸透を補助する溶媒、ならびに軟
膏およびクリームには軟化剤を含有してよい。このよう
な局所用処方はまた、適合した慣用的な担体、例えばク
リームまたは軟膏基剤、およびローションにはエタノー
ルまたはオレイルアルコールを含有してよい。このよう
な担体は重量で処方の約１％から約９８％でよく、より
通常には重量で処方の約８０％までにする。哺乳動物と
りわけヒトに投与するために、活性物質の1日あたりの
投与量は、０.０１ｍｇ／ｋｇから１０ｍｇ／ｋｇであ
り、典型的には約１ｍｇ／ｋｇである。医者はあらゆる
場合、個体に最も適した実際の投与量を決定し、年齢、
体重および特に個体の反応性に応じて変化させる。上述
の投与量は、平均的なケースの典型例である。もちろ
ん、高量および低量の範囲が適合する個々の例もあり、
これらは本発明の範囲内である。
【００６９】内在デバイスには外科的インプラント、補
てつデバイスおよびカテーテル等があり、即ち個体の体
に導入し、長時間その位置に存在するデバイスである。
このようなデバイスには、例えば人工関節、心臓弁、ペ
ースメーカー、血管移植片、血管カテーテル、脳脊髄液
シャント、尿カテーテル、継続的歩行可能腹膜透析（co
ntinuous ambulatory peritoneal dialysis：ＣＡＰ
Ｄ）カテーテル等がある。本発明の組成物を注射により
投与し、内在デバイスの挿入の直前に、関連する細菌に
対する全身的な効果を得ることができる。手術後、デバ
イスが体内に在る時間中、処置を続けてよい。さらに、
任意の外科的手技の手術中に広げるカバーに用いて、細
菌性創傷感染、とりわけストレプトコッカス・ニューモ
ニアエの創傷感染を防御するために用いることができ
る。
てつデバイスおよびカテーテル等があり、即ち個体の体
に導入し、長時間その位置に存在するデバイスである。
このようなデバイスには、例えば人工関節、心臓弁、ペ
ースメーカー、血管移植片、血管カテーテル、脳脊髄液
シャント、尿カテーテル、継続的歩行可能腹膜透析（co
ntinuous ambulatory peritoneal dialysis：ＣＡＰ
Ｄ）カテーテル等がある。本発明の組成物を注射により
投与し、内在デバイスの挿入の直前に、関連する細菌に
対する全身的な効果を得ることができる。手術後、デバ
イスが体内に在る時間中、処置を続けてよい。さらに、
任意の外科的手技の手術中に広げるカバーに用いて、細
菌性創傷感染、とりわけストレプトコッカス・ニューモ
ニアエの創傷感染を防御するために用いることができ
る。
【００７０】多くの整形外科医は、補てつ関節を有する
ヒトは、菌血症を生み出し得る歯科的処置の前に、抗生
物質予防法を考慮されるべきであると考える。遅延性の
重篤な感染は、時々補てつ関節を失うに至る深刻な合併
症であり、有意性のある羅病率および死亡率を伴う。従
って、この場合、予防的な抗生物質の代わりに、活性物
質の用途を拡張することが可能である。
ヒトは、菌血症を生み出し得る歯科的処置の前に、抗生
物質予防法を考慮されるべきであると考える。遅延性の
重篤な感染は、時々補てつ関節を失うに至る深刻な合併
症であり、有意性のある羅病率および死亡率を伴う。従
って、この場合、予防的な抗生物質の代わりに、活性物
質の用途を拡張することが可能である。
【００７１】上述の治療に加え、本発明の組成物は一般
的に創傷の治療薬として使用でき、創傷組織に曝露した
マトリックス蛋白に細菌が付着するのを防ぎ、歯科治療
において抗生物質の予防法に代わって、またはそれと組
み合わせて、予防的に使用できる。
的に創傷の治療薬として使用でき、創傷組織に曝露した
マトリックス蛋白に細菌が付着するのを防ぎ、歯科治療
において抗生物質の予防法に代わって、またはそれと組
み合わせて、予防的に使用できる。
【００７２】あるいはまた、本発明の組成物は挿入直前
に、内在デバイスを浸すために使用できる。活性物質は
創傷または内在デバイスを浸すために１μｇ／ｍｌから
１０ｍｇ／ｍｌの濃度であるのが好ましい。便利には、
ワクチン組成物を注射可能な形態にする。慣用的なアジ
ュバントを免疫反応を高めるために用いることができ
る。ワクチン化に適した単位投与量は、抗原０.５〜５
μｇ／ｋｇであり、このような投与量は１〜３週間隔で
１〜３回投与するのが好ましい。提示した投与量範囲で
は、本発明の化合物で、適切な個体への投与を妨げるよ
うな、不利な毒性効果は観察されない。本明細書に開示
の各文献を、参照により本明細書に記載されているもの
とみなす。
に、内在デバイスを浸すために使用できる。活性物質は
創傷または内在デバイスを浸すために１μｇ／ｍｌから
１０ｍｇ／ｍｌの濃度であるのが好ましい。便利には、
ワクチン組成物を注射可能な形態にする。慣用的なアジ
ュバントを免疫反応を高めるために用いることができ
る。ワクチン化に適した単位投与量は、抗原０.５〜５
μｇ／ｋｇであり、このような投与量は１〜３週間隔で
１〜３回投与するのが好ましい。提示した投与量範囲で
は、本発明の化合物で、適切な個体への投与を妨げるよ
うな、不利な毒性効果は観察されない。本明細書に開示
の各文献を、参照により本明細書に記載されているもの
とみなす。
【００７３】
【実施例】以下の実施例は、詳細に記載したこと以外
は、当業者に周知で通常的な標準的な技法を用いて実施
する。実施例は説明のためにのみ示すもので、本発明を
限定するものではない。 実施例１：菌株の選択、ライブラリーの製造および配列
決定 配列番号：１に示すＤＮＡ配列を有するポリヌクレオチ
ドはイー・コリにおけるストレプトコッカス・ニューモ
ニアエの染色体ＤＮＡのクローンのライブラリーより入
手した。重複するストレプトコッカス・ニューモニアエ
のＤＮＡを含有する２個またはそれ以上のクローンから
の配列決定データを、配列番号：１の隣接ＤＮＡ配列を
構築するために使用した場合もある。ライブラリーは通
常の方法、例えば以下の方法１および２により製造でき
る。全細胞ＤＮＡは、ストレプトコッカス・ニューモニ
アエ０１００９９３より、標準法に準じて単離し、二つ
の方法のどちらかによりサイズ分画する。
は、当業者に周知で通常的な標準的な技法を用いて実施
する。実施例は説明のためにのみ示すもので、本発明を
限定するものではない。 実施例１：菌株の選択、ライブラリーの製造および配列
決定 配列番号：１に示すＤＮＡ配列を有するポリヌクレオチ
ドはイー・コリにおけるストレプトコッカス・ニューモ
ニアエの染色体ＤＮＡのクローンのライブラリーより入
手した。重複するストレプトコッカス・ニューモニアエ
のＤＮＡを含有する２個またはそれ以上のクローンから
の配列決定データを、配列番号：１の隣接ＤＮＡ配列を
構築するために使用した場合もある。ライブラリーは通
常の方法、例えば以下の方法１および２により製造でき
る。全細胞ＤＮＡは、ストレプトコッカス・ニューモニ
アエ０１００９９３より、標準法に準じて単離し、二つ
の方法のどちらかによりサイズ分画する。
【００７４】方法１ 標準法に準じてサイズ分画化するために、全細胞ＤＮＡ
をニードルに通して機械的に剪断する。１１ｋｂｐまで
の大きさのフラグメントを、エクソヌクレアーゼおよび
ＤＮＡポリメラーゼで処理することにより、平滑末端化
し、ＥｃｏＲＩリンカーを加える。フラグメントを、Ｅ
ｃｏＲＩで切断したベクターラムダＺａｐＩＩに連結
し、標準法によりライブラリーをパッケージングし、次
いでパッケージングしたライブラリーで大腸菌を感染さ
せる。ライブラリーは標準法により増幅する。 方法２ 全細胞性ＤＮＡは、ライブラリーベクターにクローニン
グするための一連のフラグメントを適切に生じる制限酵
素（例えば、ＲｓａＩ、ＰａｌＩ、ＡｌｕＩ、Ｂｓｈｌ
２３５Ｉ）のうち１種またはこれらの組み合わせで部分
的加水分解し、このようなフラグメントを標準法に準じ
てサイズ分画化する。ＥｃｏＲＩリンカーはＤＮＡおよ
びフラグメントに連結し、次いでＥｃｏＲＩで切断した
ベクターラムダＺａｐＩＩに連結し、標準法によりライ
ブラリーをパッケージングし、次いで、パッケージング
したライブラリーで大腸菌を感染させる。ライブラリー
を標準法により増幅する。
をニードルに通して機械的に剪断する。１１ｋｂｐまで
の大きさのフラグメントを、エクソヌクレアーゼおよび
ＤＮＡポリメラーゼで処理することにより、平滑末端化
し、ＥｃｏＲＩリンカーを加える。フラグメントを、Ｅ
ｃｏＲＩで切断したベクターラムダＺａｐＩＩに連結
し、標準法によりライブラリーをパッケージングし、次
いでパッケージングしたライブラリーで大腸菌を感染さ
せる。ライブラリーは標準法により増幅する。 方法２ 全細胞性ＤＮＡは、ライブラリーベクターにクローニン
グするための一連のフラグメントを適切に生じる制限酵
素（例えば、ＲｓａＩ、ＰａｌＩ、ＡｌｕＩ、Ｂｓｈｌ
２３５Ｉ）のうち１種またはこれらの組み合わせで部分
的加水分解し、このようなフラグメントを標準法に準じ
てサイズ分画化する。ＥｃｏＲＩリンカーはＤＮＡおよ
びフラグメントに連結し、次いでＥｃｏＲＩで切断した
ベクターラムダＺａｐＩＩに連結し、標準法によりライ
ブラリーをパッケージングし、次いで、パッケージング
したライブラリーで大腸菌を感染させる。ライブラリー
を標準法により増幅する。
【００７５】実施例２：E.coliのｐｐＧｐｐ欠損株の相
補 ｒｅｌＡならびにｓｐｏＴ遺伝子によりコードされる両
方のｐｐＧｐｐシンセターゼを欠損しているE.coli変異
株は、アミノ酸補足しない培地では増殖できない（Xiao
et al.,1991）。ｐｐＧｐｐシンセターゼをコードして
いる発現遺伝子は、アミノ酸無添加培地で増殖するに十
分なｐｐＧｐｐ生じると考えられる（Gentry,D.R.,and
M.Cashel.1996,Mol.Microbiol.19:1373-1384;Mechold,
U.,M.Cashel,K.Steiner,D.Gentry,and H.Malke.1996,J.
Bacteriol.1781404-1411）。ストレプトコッカス・ニュ
ーモニアエのｓｐｏ−ｒｅｌ遺伝子をpBluescript中に
クローン化し、E.coli DrelA DspoT株（Xiao,H.,M.Kalm
an,K.Ikehara,S.Zemel,G.Glaster,and M.Cashel.1991,
J.Biol.Chem.266:5980-5990）中に形質転換する。得ら
れた形質転換体を、グルコース（０.２％）補足Ｍ６３
培地上での増殖についてスクリーニングする。３７℃で
１６時間増殖後、相補性の評点をつける。
補 ｒｅｌＡならびにｓｐｏＴ遺伝子によりコードされる両
方のｐｐＧｐｐシンセターゼを欠損しているE.coli変異
株は、アミノ酸補足しない培地では増殖できない（Xiao
et al.,1991）。ｐｐＧｐｐシンセターゼをコードして
いる発現遺伝子は、アミノ酸無添加培地で増殖するに十
分なｐｐＧｐｐ生じると考えられる（Gentry,D.R.,and
M.Cashel.1996,Mol.Microbiol.19:1373-1384;Mechold,
U.,M.Cashel,K.Steiner,D.Gentry,and H.Malke.1996,J.
Bacteriol.1781404-1411）。ストレプトコッカス・ニュ
ーモニアエのｓｐｏ−ｒｅｌ遺伝子をpBluescript中に
クローン化し、E.coli DrelA DspoT株（Xiao,H.,M.Kalm
an,K.Ikehara,S.Zemel,G.Glaster,and M.Cashel.1991,
J.Biol.Chem.266:5980-5990）中に形質転換する。得ら
れた形質転換体を、グルコース（０.２％）補足Ｍ６３
培地上での増殖についてスクリーニングする。３７℃で
１６時間増殖後、相補性の評点をつける。
【００７６】
（１）一般的情報： （ｉ）出願人：ジェントリー，ダニエル （ｉｉ）発明の名称：ｓｐｏ／ｒｅｌ （ｉｉｉ）配列の数：８ （ｖｉ）連絡先： （Ａ）宛て名：スミスクライン・ビーチャム・コーポレ
イション （Ｂ）通り名：スウェードランド・ロード７０９番 （Ｃ）都市名：キング・オブ・プルシア （Ｄ）州名：ペンシルベニア （Ｅ）国名：アメリカ合衆国 （Ｆ）ＺＩＰ：１９４０６−０９３９ （ｖ）コンピューター・リーダブル・フォーム： （Ａ）媒体タイプ：ディスケット （Ｂ）コンピューター：ＩＢＭコンパチブル （Ｃ）作動システム：ＤＯＳ （Ｄ）ソフトウェア：FastSEQ Windowsバージョン２.０ （ｖｉ）本願のデータ： （Ａ）出願番号： （Ｂ）出願日：１９９７年４月２５日 （Ｃ）分類： （ｖｉｉ）先の出願データ： （Ａ）出願番号：６０／０２９０４９ （Ｂ）出願日：１９９６年１０月２４日 （ｖｉｉｉ）代理人等の情報： （Ａ）氏名：ジミ，エドワード・アール （Ｂ）登録番号：３８８９１ （Ｃ）代理人等における処理番号：Ｐ５０５７６ （ｘｉ）テレコミュニケーションの情報： （Ａ）電話番号：６１０−２７０−４４７８ （Ｂ）ファックス番号：６１０−２７０−５０９０ （Ｃ）テレックス：
イション （Ｂ）通り名：スウェードランド・ロード７０９番 （Ｃ）都市名：キング・オブ・プルシア （Ｄ）州名：ペンシルベニア （Ｅ）国名：アメリカ合衆国 （Ｆ）ＺＩＰ：１９４０６−０９３９ （ｖ）コンピューター・リーダブル・フォーム： （Ａ）媒体タイプ：ディスケット （Ｂ）コンピューター：ＩＢＭコンパチブル （Ｃ）作動システム：ＤＯＳ （Ｄ）ソフトウェア：FastSEQ Windowsバージョン２.０ （ｖｉ）本願のデータ： （Ａ）出願番号： （Ｂ）出願日：１９９７年４月２５日 （Ｃ）分類： （ｖｉｉ）先の出願データ： （Ａ）出願番号：６０／０２９０４９ （Ｂ）出願日：１９９６年１０月２４日 （ｖｉｉｉ）代理人等の情報： （Ａ）氏名：ジミ，エドワード・アール （Ｂ）登録番号：３８８９１ （Ｃ）代理人等における処理番号：Ｐ５０５７６ （ｘｉ）テレコミュニケーションの情報： （Ａ）電話番号：６１０−２７０−４４７８ （Ｂ）ファックス番号：６１０−２７０−５０９０ （Ｃ）テレックス：
【００７７】（２）配列番号：１に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２２２０塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｉｉ）配列の種類：ゲノムＤＮＡ （ｘｉ）配列の記載：配列番号：１： ATGCCGAAAG AAGTGAATTT AACAGGCGAA GAAGTTGTCG CTTTAACCAA AGAATATTTA 60 ACGGAAGAGG ATGTTTATTT TGTCCATAAG GCCTTGGTCT ATGCTGTTGA ATGCCACAGT 120 GGTCAATATC GCAAATCAGG CGAGCCTTAT ATCATTCACC CTATCCAAGT GGCAGGTATT 180 TTAGCTAAGC TAAAGCTGGA TGCTGTAACA GTAGCTTGTG GATTCTTGCA TGATGTGGTG 240 GAAGATACAG ATGCGACCTT GGACGATTTG GAAAGAGAGT TTGGTCCTGA TGTGCGGATG 300 ATTGTTGACG GAGTTACCAA GCTTGGCAAG GTCGAGTACA AATCGATCGA AGAGCAATTA 360 GCGGAAAATC ATCGCAAGAT GCTCATGGCC ATGTCTGAGG ACATCCGCTT TATTTTGGTC 420 AAACTGTCTG ACCGCTTGCA CAATATGCGG ACCCTGAAAC ATCTTCGAAA AGACAAGCAG 480 GAGCGTATTT CCAAAGAAAC CATGGAAATT TATGCCCCGC TTGCCCATCG TTTGGGGATT 540 TCCAGTGTCA AATGGGAATT AGAAGACTTG TCTTTCCGTT ATCTCAATCC AACGGAGTTT 600 TACAAGATTA CCCATATGAT GAAGGAAAAG CGCAGGGAGC GTGAGGCCTT GGTGGATGAG 660 GTAGTCACAA AATTAGAGGA GTATACGACA GAACGTCACT TGAAAGGGAA GATTTATGGT 720 CGTCCCAAGC ATATTTACTC AATTTTCCGC AAAATGCAGG ACAAGAGAAA ACGGTTTGAG 780 GAAATCTATG ATCTGATTGC TATTCGTTGT TTTTTAGATA CCCAAAGTGA TGTTTATGCC 840 ATGCTTGGTT ACGTGCATGA ATTTTGGAAA CCGATGCCAG GTCGCTTCAA AGACTATATC 900 GCCAACCGCA AGGCCAATGG TTGTCAGTCT ATCCATACGA CTGTTTATGG ACCAAAAGGG 960 CCGATTGAAT TCCAGATTCG AACCAAGGAA ATGCACGAGG TGGCTGAGTA CGGGGTTGCG 1020 GCTCACTGGG CTTATAAGAA AGGTATCAAG GGGCTAGTTA ACAGCAAGGA ATCAGCTATT 1080 GGAATGAACT GGATCAAGGA GATGATAGAG CTCCAAGACC AGGCTGATGA TGCTAAGGAA 1140 TTTGTGGACT CTGTTAAGGA AAACTATCTG GCTGAGGAGA TTTACGTTTT TACCCCAGAT 1200 GGAGCTGTCC GTTCTCTTCC CAAAGATTCA GGACCGATTG ATTTTGCCTA CGAAATCCAT 1260 ACCAAGGTCG GTGAAAAAGC AACTGGTGCC AAGGTCAATG GCCGCATGGT TCCACTGACA 1320 ACCAAGTTAA AGACAGGGGA TCAGGTTGAA ATTATCGCCA ACCCGAACTC CTTTGGACCT 1380 AGCCGTGACT GGCTCAATAT GGTCAAGACT AGCAAGGCGC GCAATAAGAT TCGCCAGTTC 1440 TTTAAAAACC AAGATAAGGA ATTGTCTGTC AACAAGGGTC GTGAGATGCT GATGGCTCAG 1500 TTCCAAGAAA ATGGCTATGT GGCAAATAAA TTTATGGACA AGCGCCACAT GGATCAAGTT 1560 CTGCAAAAGA CCAGTTACAA GACAGAAGAC TCCCTCTTTG CGGCCATTGG TTTTGGGGAA 1620 ATCGGTGCGA TTACCGTCTT TAACCGTCTG ACTGAAAAAG AACGCCGTGA GGAAGAGCGT 1680 GCCAAGGCCA AGGCTGAGGC AGAGGAGCTT GTCAAAGGTG GCGAGGTCAA GGTTGAAAAT 1740 AAGAAACTCT CCAAGGTCAA GCATGAGGGG GGAGTGGTTA TTGAAGGTGC TTCTGGTCTC 1800 CTAGTGCGGA TTGCTAAGTG TTGTAACCCC GTGCCTGGTG ACGATATTGT TGGCTACATT 1860 ACCAAGGGTC GTGGTGTGGC TATTCACCGT GTGGACTGTA TGAACCTGCG TGCCCAAGAA 1920 AACTACGAGC AACGTCTCCT TGATGTGGAA TGGGAAGACC AGTACTCTAG CTCAAATAAG 1980 GAGTATATGG CCCATATCGA TATCTACGGT CTCAACCGTA CAGGACTGTT GAACGATGTA 2040 CTGCAAGTTC TTTCAAATAC AACCAAGAAT ATTTCAACGG TCAATGCCCA ACCAACCAAG 2100 GATATGAAGT TTGCTAATAT CCATGTGTCC TTCGGTATTG CCAACCTCTC TACACTGACC 2160 ACGGTTGTCG ATAAAATTAA GAGTGTGCCA GAAGTTTACT CTGTCAAACG GACCAACGGC 2220
【００７８】（２）配列番号：２に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：７４０アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｉｉ）配列の種類：蛋白 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：２： Met Pro Lys Glu Val Asn Leu Thr Gly Glu Glu Val Val Ala Leu Thr 1 5 10 15 Lys Glu Tyr Leu Thr Glu Glu Asp Val Tyr Phe Val His Lys Ala Leu 20 25 30 Val Tyr Ala Val Glu Cys His Ser Gly Gln Tyr Arg Lys Ser Gly Glu 35 40 45 Pro Tyr Ile Ile His Pro Ile Gln Val Ala Gly Ile Leu Ala Lys Leu 50 55 60 Lys Leu Asp Ala Val Thr Val Ala Cys Gly Phe Leu His Asp Val Val 65 70 75 80 Glu Asp Thr Asp Ala Thr Leu Asp Asp Leu Glu Arg Glu Phe Gly Pro 85 90 95 Asp Val Arg Met Ile Val Asp Gly Val Thr Lys Leu Gly Lys Val Glu 100 105 110 Tyr Lys Ser Ile Glu Glu Gln Leu Ala Glu Asn His Arg Lys Met Leu 115 120 125 Met Ala Met Ser Glu Asp Ile Arg Phe Ile Leu Val Lys Leu Ser Asp 130 135 140 Arg Leu His Asn Met Arg Thr Leu Lys His Leu Arg Lys Asp Lys Gln 145 150 155 160 Glu Arg Ile Ser Lys Glu Thr Met Glu Ile Tyr Ala Pro Leu Ala His 165 170 175 Arg Leu Gly Ile Ser Ser Val Lys Trp Glu Leu Glu Asp Leu Ser Phe 180 185 190 Arg Tyr Leu Asn Pro Thr Glu Phe Tyr Lys Ile Thr His Met Met Lys 195 200 205 Glu Lys Arg Arg Glu Arg Glu Ala Leu Val Asp Glu Val Val Thr Lys 210 215 220 Leu Glu Glu Tyr Thr Thr Glu Arg His Leu Lys Gly Lys Ile Tyr Gly 225 230 235 240 Arg Pro Lys His Ile Tyr Ser Ile Phe Arg Lys Met Gln Asp Lys Arg 245 250 255 Lys Arg Phe Glu Glu Ile Tyr Asp Leu Ile Ala Ile Arg Cys Phe Leu 260 265 270 Asp Thr Gln Ser Asp Val Tyr Ala Met Leu Gly Tyr Val His Glu Phe 275 280 285 Trp Lys Pro Met Pro Gly Arg Phe Lys Asp Tyr Ile Ala Asn Arg Lys 290 295 300 Ala Asn Gly Cys Gln Ser Ile His Thr Thr Val Tyr Gly Pro Lys Gly 305 310 315 320 Pro Ile Glu Phe Gln Ile Arg Thr Lys Glu Met His Glu Val Ala Glu 325 330 335 Tyr Gly Val Ala Ala His Trp Ala Tyr Lys Lys Gly Ile Lys Gly Leu 340 345 350 Val Asn Ser Lys Glu Ser Ala Ile Gly Met Asn Trp Ile Lys Glu Met 355 360 365 Ile Glu Leu Gln Asp Gln Ala Asp Asp Ala Lys Glu Phe Val Asp Ser 370 375 380 Val Lys Glu Asn Tyr Leu Ala Glu Glu Ile Tyr Val Phe Thr Pro Asp 385 390 395 400 Gly Ala Val Arg Ser Leu Pro Lys Asp Ser Gly Pro Ile Asp Phe Ala 405 410 415 Tyr Glu Ile His Thr Lys Val Gly Glu Lys Ala Thr Gly Ala Lys Val 420 425 430 Asn Gly Arg Met Val Pro Leu Thr Thr Lys Leu Lys Thr Gly Asp Gln 435 440 445 Val Glu Ile Ile Ala Asn Pro Asn Ser Phe Gly Pro Ser Arg Asp Trp 450 455 460 Leu Asn Met Val Lys Thr Ser Lys Ala Arg Asn Lys Ile Arg Gln Phe 465 470 475 480 Phe Lys Asn Gln Asp Lys Glu Leu Ser Val Asn Lys Gly Arg Glu Met 485 490 495 Leu Met Ala Gln Phe Gln Glu Asn Gly Tyr Val Ala Asn Lys Phe Met 500 505 510 Asp Lys Arg His Met Asp Gln Val Leu Gln Lys Thr Ser Tyr Lys Thr 515 520 525 Glu Asp Ser Leu Phe Ala Ala Ile Gly Phe Gly Glu Ile Gly Ala Ile 530 535 540 Thr Val Phe Asn Arg Leu Thr Glu Lys Glu Arg Arg Glu Glu Glu Arg 545 550 555 560 Ala Lys Ala Lys Ala Glu Ala Glu Glu Leu Val Lys Gly Gly Glu Val 565 570 575 Lys Val Glu Asn Lys Lys Leu Ser Lys Val Lys His Glu Gly Gly Val 580 585 590 Val Ile Glu Gly Ala Ser Gly Leu Leu Val Arg Ile Ala Lys Cys Cys 595 600 605 Asn Pro Val Pro Gly Asp Asp Ile Val Gly Tyr Ile Thr Lys Gly Arg 610 615 620 Gly Val Ala Ile His Arg Val Asp Cys Met Asn Leu Arg Ala Gln Glu 625 630 635 640 Asn Tyr Glu Gln Arg Leu Leu Asp Val Glu Trp Glu Asp Gln Tyr Ser 645 650 655 Ser Ser Asn Lys Glu Tyr Met Ala His Ile Asp Ile Tyr Gly Leu Asn 660 665 670 Arg Thr Gly Leu Leu Asn Asp Val Leu Gln Val Leu Ser Asn Thr Thr 675 680 685 Lys Asn Ile Ser Thr Val Asn Ala Gln Pro Thr Lys Asp Met Lys Phe 690 695 700 Ala Asn Ile His Val Ser Phe Gly Ile Ala Asn Leu Ser Thr Leu Thr 705 710 715 720 Thr Val Val Asp Lys Ile Lys Ser Val Pro Glu Val Tyr Ser Val Lys 725 730 735 Arg Thr Asn Gly 740
【００７９】（２）配列番号：３に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：８５７塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｉｉ）配列の種類：ゲノムＤＮＡ （ｘｉ）配列の記載：配列番号：３： ATACAGATGC GACCTTGGAC GATTTGGAAA GAGAGTTTGG TCCTGATGTG CGGATGATTG 60 TTGACGGAGT TACCAAGCTT GGCAAGGTCG AGTACAAATC GATCGAAGAG CAATTAGCGG 120 AAAATCATCG CAAGATGCTC ATGGCCATGT CTGAGGACAT CCGCTTTATT TTGGTCAAAC 180 TGTCTGACCG CTTGCACAAT ATGCGGACCC TGAAACATCT TCGAAAAGAC AAGCAGGAGC 240 GTATTTCCAA AGAAACCATG GAAATTTATG CCCCGCTTGC CCATCGTTTG GGGATTTCCA 300 GTGTCAAATG GGAATTAGAA GACTTGTCTT TCCGTTATCT CAATCCAACG GAGTTTTACA 360 AGATTACCCA TATGATGAAG GAAAAGCGCA GGGAGCGTGA GGCCTTGGTG GATGAGGTAG 420 TCACAAAATT AGAGGAGTAT ACGACAGAAC GTCACTTGAA AGGGAAGATT TATGGTCGTC 480 CCAAGCATAT TTACTCAATT TTCCGCAAAA TGCAGGACAA GAGAAAACGG TTTGAGGAAA 540 TCTATGATCT GATTGCTATT CGTTGTTTTT TAGATACCCA AAGTGATGTT TATGCCATGC 600 TTGGTTACGT GCATGAATTT TGGAAACCGA TGCCAGGTCG CTTCAAAGAC TATATCGCCA 660 ACCGCAAGGC CAATGGTTGT CAGTCTATCC ATACGACTGT TTATGGACCA AAAGGGCCGA 720 TTGAATTCCA GATTCGAACC AAGGAAATGC ACGAGGTGGC TGAGTACGGG GTTGCGGCTC 780 ACTGGGCTTA TAAGAAAGGT ATCAAGGGGC TAGTTAACAG CAAGGAATCA GCTATTGGAA 840 TGAACTGGAT CAAGGAG 857
【００８０】（２）配列番号：４に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２８６アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｉｉ）配列の種類：蛋白 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：４： Thr Asp Ala Thr Leu Asp Asp Leu Glu Arg Glu Phe Gly Pro Asp Val 1 5 10 15 Arg Met Ile Val Asp Gly Val Thr Lys Leu Gly Lys Val Glu Tyr Lys 20 25 30 Ser Ile Glu Glu Gln Leu Ala Glu Asn His Arg Lys Met Leu Met Ala 35 40 45 Met Ser Glu Asp Ile Arg Phe Ile Leu Val Lys Leu Ser Asp Arg Leu 50 55 60 His Asn Met Arg Thr Leu Lys His Leu Arg Lys Asp Lys Gln Glu Arg 65 70 75 80 Ile Ser Lys Glu Thr Met Glu Ile Tyr Ala Pro Leu Ala His Arg Leu 85 90 95 Gly Ile Ser Ser Val Lys Trp Glu Leu Glu Asp Leu Ser Phe Arg Tyr 100 105 110 Leu Asn Pro Thr Glu Phe Tyr Lys Ile Thr His Met Met Lys Glu Lys 115 120 125 Arg Arg Glu Arg Glu Ala Leu Val Asp Glu Val Val Thr Lys Leu Glu 130 135 140 Glu Tyr Thr Thr Glu Arg His Leu Lys Gly Lys Ile Tyr Gly Arg Pro 145 150 155 160 Lys His Ile Tyr Ser Ile Phe Arg Lys Met Gln Asp Lys Arg Lys Arg 165 170 175 Phe Glu Glu Ile Tyr Asp Leu Ile Ala Ile Arg Cys Phe Leu Asp Thr 180 185 190 Gln Ser Asp Val Tyr Ala Met Leu Gly Tyr Val His Glu Phe Trp Lys 195 200 205 Pro Met Pro Gly Arg Phe Lys Asp Tyr Ile Ala Asn Arg Lys Ala Asn 210 215 220 Gly Cys Gln Ser Ile His Thr Thr Val Tyr Gly Pro Lys Gly Pro Ile 225 230 235 240 Glu Phe Gln Ile Arg Thr Lys Glu Met His Glu Val Ala Glu Tyr Gly 245 250 255 Val Ala Ala His Trp Ala Tyr Lys Lys Gly Ile Lys Gly Leu Val Asn 260 265 270 Ser Lys Glu Ser Ala Ile Gly Met Asn Trp Ile Lys Glu Met 275 280 285
【００８１】（２）配列番号：５に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：１１１３塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｉｉ）配列の種類：ゲノムＤＮＡ （ｘｉ）配列の記載：配列番号：５： CTCCAAGACC AGGCTGATGA TGCTAAGGAA TTTGTGGACT CTGTTAAGGA AAACTATCTG 60 GCTGAGGAGA TTTACGTTTT TACCCCAGAT GGAGCTGTCC GTTCTCTTCC CAAAGATTCA 120 GGACCGATTG ATTTTGCCTA CGAAATCCAT ACCAAGGTCG GTGAAAAAGC AACTGGTGCC 180 AAGGTCAATG GCCGCATGGT TCCACTGACA ACCAAGTTAA AGACAGGGGA TCAGGTTGAA 240 ATTATCGCCA ACCCGAACTC CTTTGGACCT AGCCGTGACT GGCTCAATAT GGTCAAGACT 300 AGCAAGGCGC GCAATAAGAT TCGCCAGTTC TTTAAAAACC AAGATAAGGA ATTGTCTGTC 360 AACAAGGGTC GTGAGATGCT GATGGCTCAG TTCCAAGAAA ATGGCTATGT GGCAAATAAA 420 TTTATGGACA AGCGCCACAT GGATCAAGTT CTGCAAAAGA CCAGTTACAA GACAGAAGAC 480 TCCCTCTTTG CGGCCATTGG TTTTGGGGAA ATCGGTGCGA TTACCGTCTT TAACCGTCTG 540 ACTGAAAAAG AACGCCGTGA GGAAGAGCGT GCCAAGGCCA AGGCTGAGGC AGAGGAGCTT 600 GTCAAAGGTG GCGAGGTCAA GGTTGAAAAT AAGAAACTCT CCAAGGTCAA GCATGAGGGG 660 GGAGTGGTTA TTGAAGGTGC TTCTGGTCTC CTAGTGCGGA TTGCTAAGTG TTGTAACCCC 720 GTGCCTGGTG ACGATATTGT TGGCTACATT ACCAAGGGTC GTGGTGTGGC TATTCACCGT 780 GTGGACTGTA TGAACCTGCG TGCCCAAGAA AACTACGAGC AACGTCTCCT TGATGTGGAA 840 TGGGAAGACC AGTACTCTAG CTCAAATAAG GAGTATATGG CCCATATCGA TATCTACGGT 900 CTCAACCGTA CAGGACTGTT GAACGATGTA CTGCAAGTTC TTTCAAATAC AACCAAGAAT 960 ATTTCAACGG TCAATGCCCA ACCAACCAAG GATATGAAGT TTGCTAATAT CCATGTGTCC 1020 TTCGGTATTG CCAACCTCTC TACACTGACC ACGGTTGTCG ATAAAATTAA GAGTGTGCCA 1080 GAAGTTTACT CTGTCAAACG GACCAACGGC TAG 1113
【００８２】（２）配列番号：６に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：３６４アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｉｉ）配列の種類：蛋白 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：６： Asp Ala Lys Glu Phe Val Asp Ser Val Lys Glu Asn Tyr Leu Ala Glu 1 5 10 15 Glu Ile Tyr Val Phe Thr Pro Asp Gly Ala Val Arg Ser Leu Pro Lys 20 25 30 Asp Ser Gly Pro Ile Asp Phe Ala Tyr Glu Ile His Thr Lys Val Gly 35 40 45 Glu Lys Ala Thr Gly Ala Lys Val Asn Gly Arg Met Val Pro Leu Thr 50 55 60 Thr Lys Leu Lys Thr Gly Asp Gln Val Glu Ile Ile Ala Asn Pro Asn 65 70 75 80 Ser Phe Gly Pro Ser Arg Asp Trp Leu Asn Met Val Lys Thr Ser Lys 85 90 95 Ala Arg Asn Lys Ile Arg Gln Phe Phe Lys Asn Gln Asp Lys Glu Leu 100 105 110 Ser Val Asn Lys Gly Arg Glu Met Leu Met Ala Gln Phe Gln Glu Asn 115 120 125 Gly Tyr Val Ala Asn Lys Phe Met Asp Lys Arg His Met Asp Gln Val 130 135 140 Leu Gln Lys Thr Ser Tyr Lys Thr Glu Asp Ser Leu Phe Ala Ala Ile 145 150 155 160 Gly Phe Gly Glu Ile Gly Ala Ile Thr Val Phe Asn Arg Leu Thr Glu 165 170 175 Lys Glu Arg Arg Glu Glu Glu Arg Ala Lys Ala Lys Ala Glu Ala Glu 180 185 190 Glu Leu Val Lys Gly Gly Glu Val Lys Val Glu Asn Lys Lys Leu Ser 195 200 205 Lys Val Lys His Glu Gly Gly Val Val Ile Glu Gly Ala Ser Gly Leu 210 215 220 Leu Val Arg Ile Ala Lys Cys Cys Asn Pro Val Pro Gly Asp Asp Ile 225 230 235 240 Val Gly Tyr Ile Thr Lys Gly Arg Gly Val Ala Ile His Arg Val Asp 245 250 255 Cys Met Asn Leu Arg Ala Gln Glu Asn Tyr Glu Gln Arg Leu Leu Asp 260 265 270 Val Glu Trp Glu Asp Gln Tyr Ser Ser Ser Asn Lys Glu Tyr Met Ala 275 280 285 His Ile Asp Ile Tyr Gly Leu Asn Arg Thr Gly Leu Leu Asn Asp Val 290 295 300 Leu Gln Val Leu Ser Asn Thr Thr Lys Asn Ile Ser Thr Val Asn Ala 305 310 315 320 Gln Pro Thr Lys Asp Met Lys Phe Ala Asn Ile His Val Ser Phe Gly 325 330 335 Ile Ala Asn Leu Ser Thr Leu Thr Thr Val Val Asp Lys Ile Lys Ser 340 345 350 Val Pro Glu Val Tyr Ser Val Lys Arg Thr Asn Gly 355 360
【００８３】（２）配列番号：７に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２７塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｉｉ）配列の種類：ゲノムＤＮＡ （ｘｉ）配列の記載：配列番号：７： ATGCCAAAAG AAGTGAATTT AACAGGC 27
【００８４】（２）配列番号：８に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２７塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｉｉ）配列の種類：ゲノムＤＮＡ （ｘｉ）配列の記載：配列番号：８： TCCCTGAATC TGGCCTTCTA TACTCAC 27
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.6 識別記号 ＦＩ // Ｃ０７Ｋ 14/315 Ｃ０７Ｋ 16/12 16/12 Ｃ１２Ｎ 5/00 Ａ
Claims (20)
- 【請求項１】 （ａ）配列番号：２のアミノ酸を含むポ
リペプチドをコードしているポリヌクレオチドに対して
少なくとも７８％の同一性を有するポリヌクレオチド； （ｂ）配列番号：４のアミノ酸を含むポリペプチドをコ
ードしているポリヌクレオチドに対して少なくとも７８
％の同一性を有するポリヌクレオチド； （ｃ）配列番号：６のアミノ酸を含むポリペプチドをコ
ードしているポリヌクレオチドに対して少なくとも７８
％の同一性を有するポリヌクレオチド； （ｄ）（ａ）、（ｂ）または（ｃ）のポリヌクレオチド
に対して相補的であるポリヌクレオチド； （ｅ）寄託株のストレプトコッカス・ニューモニアエ
（Streptococcus pneumoniae）中に含まれるｓｐｏ／ｒ
ｅｌ遺伝子により発現されるのと同じ成熟ポリペプチド
をコードしているポリヌクレオチドに対して少なくとも
７８％の同一性を有するポリヌクレオチド； （ｆ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）または（ｅ）の
ポリヌクレオチドの少なくとも１５個の一連の塩基を含
むポリヌクレオチド からなる群から選択されるポリヌクレオチド配列を含
む、単離ポリヌクレオチド。 - 【請求項２】 ポリヌクレオチドがＤＮＡである、請求
項１記載のポリヌクレオチド。 - 【請求項３】 ポリヌクレオチドがＲＮＡである、請求
項１記載のポリヌクレオチド。 - 【請求項４】 配列番号：１、３、または５に示す核酸
配列を含む、請求項２記載のポリヌクレオチド。 - 【請求項５】 配列番号：１に示すヌクレオチド１から
２２２０を含む、請求項２記載のポリヌクレオチド。 - 【請求項６】 配列番号：２、４、または６のアミノ酸
配列を含むポリペプチドをコードする、請求項２記載の
ポリヌクレオチド。 - 【請求項７】 請求項１記載のポリヌクレオチドを含む
ベクター。 - 【請求項８】 請求項７記載のベクターを含む宿主細
胞。 - 【請求項９】 該ＤＮＡによりコードされるポリペプチ
ドを請求項８記載の宿主細胞から発現させることを特徴
とする、ポリペプチドの製造方法。 - 【請求項１０】 該ポリペプチドまたはフラグメントの
生成に十分な条件下で請求項８記載の宿主を培養するこ
とを特徴とする、ｓｐｏ／ｒｅｌポリペプチドまたはフ
ラグメントの製造方法。 - 【請求項１１】 配列番号：２、４、または６のアミノ
酸配列に対して少なくとも７８％同一であるアミノ酸配
列を含むポリペプチド。 - 【請求項１２】 配列番号：２、４、または６に示すア
ミノ酸を含むポリペプチド。 - 【請求項１３】 請求項１１記載のポリペプチドに対す
る抗体。 - 【請求項１４】 請求項１１記載のポリペプチドの活性
または発現を阻害するアンタゴニスト。 - 【請求項１５】 治療上有効量の請求項１１記載のポリ
ペプチドの個体への投与を特徴とする、ｓｐｏ／ｒｅｌ
ポリペプチドを必要とする個体の処置方法。 - 【請求項１６】 治療上有効量の請求項１４記載のアン
タゴニストの個体への投与を特徴とする、ｓｐｏ／ｒｅ
ｌポリペプチドの阻害を必要とする個体の処置方法。 - 【請求項１７】 個体における請求項１１記載のポリペ
プチドの発現または活性に関連する疾病の診断方法であ
って、 （ａ）該ポリペプチドをコードしている核酸配列を決定
すること；および／または（ｂ）個体由来の試料中の該
ポリペプチドの存在または量を分析すること；を特徴と
する診断方法。 - 【請求項１８】 請求項１１記載のポリペプチドと相互
作用し、活性を阻害または活性化する化合物の同定方法
であって；化合物とポリペプチドとの間の相互作用を可
能にする条件下で、ポリペプチドをスクリーニングすべ
き化合物と接触させて化合物の相互作用を評価すること
（かかる相互作用は、ポリペプチドと化合物との相互作
用に応答した検出可能なシグナルを提供しうる第２の成
分に関連したものである）；次いで、化合物とポリペプ
チドとの相互作用から生じたシグナルの存在または不存
在を検出することにより、化合物がポリペプチドと相互
作用して、その活性を活性化または阻害するかどうかを
決定することを特徴とする方法。 - 【請求項１９】 哺乳動物における免疫学的反応を誘起
する方法であって、該動物を疾患から防御する抗体およ
び／またはＴ細胞免疫応答を生じさせるに十分な請求項
１１記載のｓｐｏ／ｒｅｌポリペプチドまたはそのフラ
グメントもしくは変種を該哺乳動物に接種することを特
徴とする方法。 - 【請求項２０】 哺乳動物における免疫学的反応を誘起
する方法であって、請求項１１記載のｓｐｏ／ｒｅｌポ
リペプチドまたはそのフラグメントもしくは変種を発現
させるための核酸ベクターを送達し、インビボで該ｓｐ
ｏ／ｒｅｌポリペプチドまたはそれらのフラグメントも
しくは変種を発現させて、該動物を疾患から保護する抗
体および／またはＴ細胞免疫応答を生じさせる免疫学的
反応を誘起することを特徴とする方法。
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US2904096P | 1996-10-24 | 1996-10-24 | |
| US60/029040 | 1996-10-24 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JPH10229886A true JPH10229886A (ja) | 1998-09-02 |
Family
ID=21846902
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP9330761A Withdrawn JPH10229886A (ja) | 1996-10-24 | 1997-10-24 | ｓｐｏ／ｒｅｌ |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| JP (1) | JPH10229886A (ja) |
-
1997
- 1997-10-24 JP JP9330761A patent/JPH10229886A/ja not_active Withdrawn
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Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| A300 | Withdrawal of application because of no request for examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A300 Effective date: 20050104 |