JPH08501201A - 選択方法 - Google Patents
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Abstract
Description
Claims (1)
- 【特許請求の範囲】 1.新しい機能の新規分子と宿主によって発現される選択分子との所望の相互作 用により引き起こされる細胞またはレプリケーターの増殖に基づいて、新しい機 能の新規分子をコードする宿主または該宿主中のレプリケーターを選択すること からなる、対象の基質と所望の相互作用ができる新しい機能の新規分子を得るた めの合理的方法。 2.選択分子が細胞増殖因子および認識配列を含む請求の範囲1項に記載の方法 。 3.新規分子と宿主中に含まれる人工選択分子との所望の相互作用により引き起 こされる細胞またはレプリケーターの増殖に基づいて、該新規分子をコードする 宿主または該宿主中のレプリケーターを選択することからなる、対象の基質と所 望の相互作用ができる新規分子を得るための合理的方法。 4.新規分子が機能的に増強された新規分子である請求の範囲3項に記載の方法 。 5.推定上の新規分子1個の多数コピーまたは多数の異なる推定上の新規分子、 細胞増殖因子、および該増殖因子と機能的に関連する対象の基質またはその類似 体を宿主細胞集団中で発現させ、そして 宿主細胞集団に選択条件を賦課して、対象の基質またはその類似体と相互作用 して該増殖因子の活性を変更する新規分子を発現する宿主またはその突然変異を 選択する、 ことからなる対象の基質と所望の相互作用ができる新規分子をコードする遺伝子 を創製し、単離しまたは方向づけて進化させる合 理的方法。 6.新規分子をコードする、現存の遺伝子プールの1個のメンバーを単離するた めの請求の範囲5項に記載の方法。 7.突然変異させた遺伝子の異種集団から新規分子をコードする遺伝子を創製す るための請求の範囲5項に記載の方法。 8.多数の分子を1つの遺伝子の突然変異によって発現させる、遺伝子を創製す るための請求の範囲5項に記載の方法。 9.多数の推定上の新規分子が、選択過程中に突然変異を受ける遺伝子の異種集 団によって発現される、遺伝子の方向づけられた進化による創製のための請求の 範囲5項に記載の方法。 10.多数の推定上の新規分子が、突然変異誘発条件によって創製される突然変 異により発現される、請求の範囲5項に記載の遺伝子の創製方法。 11.遺伝子が宿主細胞集団から単離/精製される請求の範囲5項に記載の方法 。 12.単離、創製または方向づけられた進化によって創製される遺伝子が、該新 規分子をさらに大量に発現させるために用いられる請求の範囲5項に記載の方法 。 13.細胞増殖因子および対象の基質またはその類似体が1つの分子中で組合わ される請求の範囲5項に記載の方法。 14.新規分子が対象の基質またはその類似体と相互作用し、そして該相互作用 が増殖因子の活性を直接変更する請求の範囲5項に記載の方法。 15.新規分子が対象の基質またはその類似体と相互作用し、そして該相互作用 が増殖因子の活性を変更する現象のカスケードを引 き起こす請求の範囲5項に記載の方法。 16.宿主細胞が、多数の推定上の新規分子を発現する複数のレプリケーターを 含む請求の範囲5項に記載の方法。 17.宿主細胞が、多数の推定上の新規分子を発現する複数のウイルスを含む請 求の範囲5項に記載の方法。 18.推定上の新規分子を発現する同種または異種遺伝子集団を、対象の基質を 表しかつ増殖因子と機能的に関連する認識配列と組合わされている変調された細 胞増殖因子を発現するようにそのゲノムが人工的に修飾された宿主細胞集団中に 導入し、そして 該宿主細胞集団に選択条件を賦課して、該認識配列と相互作用して該増殖因子 の活性を変更する新規分子を発現できる遺伝子またはその突然変異を含む宿主を 選択する、 ことからなる、対象の基質と所望の相互作用ができる新規分子をコードする遺伝 子を創製し、単離しまたは方向づけて進化させる合理的方法。 19.遺伝子導入および/または宿主細胞ゲノムの修飾の前に、細胞に選択条件 を賦課する請求の範囲18項に記載の方法。 20.認識配列がアミノ酸配列であり、新規分子がプロテアーゼである請求の範 囲18項に記載の方法。 21.単離、創製または方向づけられた進化によって創製される遺伝子が単離/ 精製される請求の範囲18項に記載の方法。 22.細胞増殖因子、該増殖因子の機能を変調する選択部分、および対象の基質 を表しかつ該変調された増殖因子と機能的に関連する認識配列を宿主細胞集団中 で発現させ、ここで該細胞増殖因子、選択部分および認識配列は別個の分子とし て、および/または そのうちのいずれか2つまたは3つすべてを含む分子として存在し、そして 該増殖因子の活性に影響を及ぼすように、認識配列を認識しこれと相互作用す ることのできる推定上の新規分子を発現する遺伝子、または異なる推定上の新規 分子を発現する複数の遺伝子を、該宿主細胞集団中に導入し、そして 該宿主細胞集団に選択条件を賦課して、該認識配列と相互作用する新規分子を 発現できる宿主またはその突然変異を選択する、ことからなる、対象の基質と相 互作用ができる新規分子をコードする新規遺伝子を創製し、単離しまたは方向づ けて進化させる合理的方法。 23.増殖因子、認識配列および選択部分が別個の分子である請求の範囲22項 に記載の方法。 24.増殖因子、認識配列および選択部分のうちの2つが1つの分子中に組合わ された請求の範囲22項に記載の方法。 25.増殖因子、認識配列および選択部分が1つの選択分子中に組合わされた請 求の範囲22項に記載の方法。 26.該1つの選択分子が融合または欠失タンパク質である請求の範囲25項に 記載の方法。 27.該1つの選択分子がアロステリックプラットフォームである請求の範囲2 5項に記載の方法。 28.細胞増殖因子、該増殖因子の機能を変調する選択部分、および対象の基質 を表しかつ該変調された増殖因子と機能的に関連する認識配列を宿主細胞集団中 で発現させ、 該増殖因子の活性に影響を及ぼすように、認識配列を認識しこ れと相互作用することのできる複数の推定上の新規分子を発現する同種または異 種のレプリケーター集団を該宿主細胞集団中に導入し、そして 該宿主細胞集団に選択条件を賦課して、該認識配列と相互作用してその活性を 変更する新規分子を発現するレプリケーターまたはその突然変異を含む宿主を選 択する、 ことからなる、対象の基質と相互作用ができる新規分子をコードする遺伝子を創 製し、単離しまたは方向づけて進化させる合理的方法。 29.推定上の新規分子を発現する遺伝子以外の宿主中にあるすベての遺伝子の 突然変異率を制限するように選択条件が選ばれる請求の範囲28項に記載の方法 。 30.宿主細胞が、非特異的相互作用の重要性を最小にするための複数の重複し た選択分子を含む請求の範囲28項記載の方法。 31.選択分子の突然変異率を制限し、かつレプリケーターの突然変異率を制御 するように選択条件が選ばれる請求の範囲28項に記載の遺伝子の方向づけられ た進化のための方法。 32.選択分子をコードする遺伝子および新規分子をコードする遺伝子がそれぞ れ分離されており、後者が制御された率で突然変異を起こす請求の範囲31項に 記載の方法。 33.異なる進化出発点をもつ複数の異種レプリケーター集団を用いる請求の範 囲31項に記載の方法。 34.選択分子および新規分子が細胞中に保持されている請求の範囲28項に記 載の方法。 35.細胞増殖に不可欠な酵素をコードする遺伝子配列と機能的に 関連するプロテアーゼ認識配列を含む融合または欠失タンパク質を発現する遺伝 子をそのゲノム中にあらかじめ導入しておいた宿主細胞集団中に、推定上の新規 分子の突然変異誘発異種集団をコードする増殖または複製できない突然変異体を 導入し、そして 認識配列を開裂して酵素機能と細胞増殖を回復することのできる新規プロテア ーゼでコードされる欠失突然変異体またはその突然変異体のみが選択されるよう な選択条件下で宿主細胞をインキュベートする、 ことからなる、プロテアーゼ認識配列と所望のタンパク質分解相互作用ができる 新規プロテアーゼを創製し、単離しまたは方向づけて進化させる合理的方法。 36.推定上の新規触媒1個の多数コピーまたは多数の推定上の新規触媒を、生 成化合物に特異的でかつ細胞増殖因子と機能的に関連する結合分子を含む宿主細 胞集団中で発現させ、そして 該生成化合物と結合したときにそのコンホメーションの結合分子と特異的に反 応できる分子の存在下で該宿主細胞集団に選択条件を賦課して、結合分子による 付随結合と増殖因子の機能的変調によって新規触媒がその中で出発化合物を生成 化合物へと変換している宿主またはその突然変異を選択する、 ことからなる、出発化合物を生成化合物へと変換することのできる所望の反応の ための触媒を単離し、創製しまたは方向づけて進化させる合理的方法。 37.結合分子が抗体(またはその断片)、T細胞レセプター、MHC分子また はレクチンであり、その結合コンホメーションと特異的に反応できる分子がキナ ーゼ、ホスファターゼまたはメチラ ーゼであるか、あるいはウリデニル化、アデニル化、ヒドロキシル化またはグリ コシル化することのできる分子である請求の範囲36項に記載の方法。 38.推定上の新規ヒドロキシラーゼ1個の多数コピーまたは多数の推定上の新 規ヒドロキシラーゼと、細胞増殖因子と結合した化合物ROHに特異的な抗体を 含む選択分子を宿主細胞集団中で発現させ、そして ROHと結合したときにそのコンホメーションの抗体に特異的なプロテアーゼ の存在下に、かつ付随抗体結合と結合抗体からの増殖因子のタンパク質分解的開 裂によって新規ヒドロキシラーゼがその中でRHをROHへと変換している宿主 またはその突然変異を選択するような条件下に、宿主細胞集団をインキュベート する、 ことからなる、分子RHをROHへと変換することのできる部位特異的ヒドロキ シラーゼを単離し、創製しまたは方向づけて進化させる合理的方法。 39.複数の異なるヒドロキシラーゼが1つの欠失突然変異ウイルス中でコード され、増殖因子が抗体の定常部に結合したアスパラギン酸トランスカルバミラー ゼであり、プロテアーゼが該定常部に特異的であり、そして選択がピリミジンヌ クレオチド制限条件下で行われる請求の範囲38項に記載の方法。 40.対象の基質と所望の相互作用ができる新しい機能の新規分子の合理的単離 、創製または方向づけられた進化に有用な宿主細胞集団であって、該宿主細胞は 推定上の新規分子1個の多数コピーまたは多数の異なる推定上の新規分子の多数 のコピー、細胞増殖 因子、および該増殖因子と機能的に関連する対象の基質またはその類似体を発現 し、該対象の基質またはその類似体は天然または合成の増殖因子の固有部分では ない認識配列を含む上記宿主細胞集団。 41.細胞増殖因子および認識配列が別個の分子であるか、あるいは1または2 以上の分子中に組合わされている請求の範囲40項に記載の宿主細胞集団。 42.対象の基質と所望の相互作用ができる新規分子の合理的単離、創製または 方向づけられた進化に有用な宿主細胞集団であって、該宿主細胞は推定上の新規 分子1個の多数コピーまたは多数の異なる推定上の新規分子、細胞増殖因子、該 増殖因子の機能を変調する選択部分、および該対象の基質を表しかつ該調節され た増殖因子と機能的に関連する認識配列を発現し、該細胞増殖因子、選択部分お よび認識配列は別個の分子であるか、または1または2以上の分子中に組合わさ れており、そして該対象の基質またはその類似体は天然または合成の増殖因子の 固有部分ではない認識配列を含む上記宿主細胞集団。 43.対象の基質と所望の相互作用ができる分子の合理的単離、創製または方向 づけられた進化に有用な宿主細胞集団であって、該宿主細胞は細胞増殖因子およ び該増殖因子と機能的に関連する対象の基質またはその類似体を発現し、さらに 推定上の新規分子1個の多数コピーまたは多数の推定上の新規分子を発現できる 同種または異種のレプリケーター集団を含み、該対象の基質またはその類似体は 天然または合成の増殖因子の固有部分ではない認識配列を含む上記宿主細胞集団 。 44.対象の基質と所望の相互作用ができる分子の合理的単離、創製または方向 づけられた進化に有用な宿主細胞集団であって、該宿主細胞は細胞増殖因子、該 増殖因子の機能を変調する選択部分、および該対象の基質を表しかつ該変調され た増殖因子と機能的に関連する認識配列を発現し、該宿主細胞はさらに推定上の 新規分子1個の多数コピーまたは多数の推定上の新規分子を発現できる同種また は異種の遺伝子集団を含む上記宿主細胞集団。 45.対象の基質と所望の相互作用ができる分子の合理的単離、創製または方向 づけられた進化に有用な宿主細胞集団であって、該宿主細胞集団は推定上の新規 分子1個の多数コピーまたは多数の異なる推定上の新規分子を発現することので きる同種または異種のレプリケーター集団、細胞増殖因子、および該細胞増殖因 子と機能的に関連する対象の基質またはその類似体を含み、該対象の基質または その類似体は天然または合成の増殖因子の固有部分ではない認識配列を含む上記 宿主細胞集団。 46.対象の基質と所望の相互作用ができる分子の合理的単離、創製または方向 づけられた進化に有用な宿主細胞集団であって、該宿主細胞集団は推定上の新規 分子1個の多数コピーまたは多数の異なる推定上の新規分子を発現することので きる同種または異種のレプリケーター集団、細胞増殖因子、該増殖因子の機能を 変調する選択部分、および該対象の基質を表し、天然または合成の増殖因子の固 有部分ではなくかつ該調節された増殖因子と機能的に関連する認識配列を含み、 該細胞増殖因子、選択部分および認識配列が別個の分子として、および/または そのうちのいずれか2つまたは3つすべてを含む分子として存在する上記宿主細 胞集団。 47.増殖因子、認識配列および選択部分が別個の分子である請求の範囲46項 に記載の宿主細胞集団。 48.増殖因子、認識配列および選択部分のうちの2つが1つの分子中に組合わ された請求の範囲46項に記載の宿主細胞集団。 49.増殖因子、認識配列および選択部分が1つの選択分子中に組合わされた請 求の範囲46項に記載の宿主細胞集団。 50.該選択分子が融合または欠失タンパク質である請求の範囲49項に記載の 宿主細胞集団。 51.該選択分子がアロステリックプラットフォームである請求の範囲49項に 記載の宿主細胞集団。 52.宿主細胞集団中でレプリケーターによってコードされる推定上の新規分子 1個の多数コピーまたは多数の異なる推定上の新規分子を発現させ、ここで該宿 主細胞は該レプリケーターのための増殖因子、および該増殖因子と機能的に関連 する対象の基質またはその類似体を含んでおり、そして 該宿主細胞集団に選択条件を賦課して、該対象の基質またはその類似体と相互 作用して増殖因子の活性を変更する新規分子を発現するレプリケーターまたはそ の突然変異を選択する、 ことからなる、対象の基質と所望の相互作用ができる新規分子をコードする遺伝 子を単離し、創製しまたは方向づけて進化させる合理的方法。 53.宿主細胞が、増殖因子および/または対象の基質類似体をコードする遺伝 子を含む請求の範囲52項に記載の方法。 54.増殖因子および/または類似体が宿主細胞に外因的に添加される請求の範 囲52項に記載の方法。 55.多数の突然変異遺伝子を宿主細胞に導入して多数の異なる推定上の新規分 子を発現させる請求の範囲52項に記載の方法。 56.宿主細胞中のレプリケーターによってコードされる推定上の新規分子1個 の多数コピーまたは多数の推定上の新規分子、レプリケーター増殖因子、および 該増殖因子と機能的に関連する対象の基質またはその類似体を宿主細胞集団中で 発現させ、そして 該宿主細胞集団に選択条件を賦課して、該対象の基質または類似体と相互作用 して増殖因子の活性を変更する新規分子を発現するレプリケーターまたはその突 然変異を選択する、 ことからなる、対象の基質と所望の相互作用ができる新規分子をコードする遺伝 子を単離し、創製しまたは方向づけて進化させる合理的方法。 57.新規分子をコードする、現存の遺伝子プールの1個のメンバーを単離する ための請求の範囲56項に記載の方法。 58.突然変異させた遺伝子の異種集団から新規分子をコードする遺伝子を創製 するための請求の範囲56項に記載の方法。 59.多数の推定上の新規分子が、対象の1つの遺伝子の突然変異によって発現 される、遺伝子の創製のための請求の範囲56項に記載の方法。 60.多数の推定上の新規分子が、選択過程中に突然変異を受ける遺伝子によっ て発現される、遺伝子の指向性進化による創製のための請求の範囲56項に記載 の方法。 61.多数の推定上の新規分子が、突然変異誘発条件によって創製される突然変 異によって発現される、請求の範囲56項に記載の遺伝子の創製方法。 62.対象の遺伝子がレプリケーター集団から単離/精製される、請求の範囲5 6項に記載の方法。 63.単離、創製または方向づけられた進化によって創製される遺伝子が、該新 規分子をさらに大量に発現させるために用いられる請求の範囲56項に記載の方 法。 64.細胞増殖因子および対象の基質または類似体が1つの分子中で組合わされ る請求の範囲56項に記載の方法。 65.新規分子が対象の基質または類似体と相互作用し、そして該相互作用が増 殖因子の活性を直接変更する請求の範囲56項に記載の方法。 66.新規分子が対象の基質または類似体と相互作用し、そして該相互作用が増 殖因子の活性を変更する現象のカスケードを引き起こす請求の範囲56項に記載 の方法。 67.宿主細胞が、多数の異なる推定上の新規分子を発現する多数のレプリケー ターを含む請求の範囲56項に記載の方法。 68.宿主細胞が、多数の異なる推定上の新規分子を発現する多数のウイルスを 含む請求の範囲67項に記載の方法。 69.多数の異なる推定上の新規分子を発現する遺伝子を含むレプリケーターの 異種集団を、対象の基質を表しかつ増殖因子と機能的に関連する認識配列と組合 わされている、変調されたレプリケーター増殖因子を発現するようにそのゲノム が人工的に修飾された宿主細胞集団中に導入し、そして 該宿主細胞集団に選択条件を賦課して、該認識配列と相互作用して該増殖因子 の活性を変更する推定上の新規分子を発現するレプリケーターまたはその突然変 異を選択する、 ことからなる、対象の基質と所望の相互作用ができる新規分子をコードする遺伝 子を単離し、創製しまたは方向づけて進化させる合理的方法。 70.レプリケーター導入および/または宿主細胞ゲノムの修飾の前に、選択条 件を賦課する請求の範囲69項に記載の方法。 71.認識配列がアミノ酸配列であり、新規分子がプロテアーゼである請求の範 囲69項に記載の方法。 72.単離、創製または方向づけられた進化によって創製される遺伝子が単離/ 精製される請求の範囲69項に記載の方法。 73.レプリケーター増殖因子、該増殖因子の機能を変調する選択部分、および 対象の基質を表しかつ該変調された増殖因子と機能的に関連する認識配列を発現 するようにそのゲノムがあらかじめ人工的に修飾されており、該レプリケーター 増殖因子、選択部分および認識配列は別個の分子として、および/またはそのう ちのいずれか2つまたは3つすべてを含む分子として存在するような宿主細胞集 団に選択条件を賦課し、 推定上の新規分子1個の多数コピーまたは多数の異なる推定上の新規分子を発 現する多数の遺伝子を含む多数のレプリケーターを該宿主細胞集団中に導入し、 そして 該宿主細胞集団に選択条件を賦課して、該認識配列と相互作用して該増殖因子 の活性を変更する推定上の新規分子を発現する遺伝子またはその突然変異を含む レプリケーターを選択する、 ことからなる、対象の基質と相互作用ができる新規分子をコードする遺伝子を単 離し、創製しまたは方向づけて進化させる合理的方法。 74.増殖因子、認識配列および選択部分が別個の分子である請求の範囲73項 に記載の方法。 75.増殖因子、認識配列および選択部分のうちの2つが1つの分子中に組合わ された請求の範囲73項に記載の方法。 76.増殖因子、認識配列および選択部分が1つの選択分子中に組合わされた請 求の範囲73項に記載の方法。 77.該1つの選択分子が融合または欠失タンパク質である請求の範囲73項に 記載の方法。 78.該1つの選択分子がアロステリックプラットフォームである請求の範囲7 3項に記載の方法。 79.レプリケーター増殖因子、該増殖因子の機能を変調する選択部分、および 対象の基質を表しかつ該変調された増殖因子と機能的に関連する認識配列を含む 選択分子を宿主細胞集団中で発現させ、 該増殖因子の活性に影響を及ぼすように、認識配列を認識しこれと相互作用す ることのできる多数の異なる推定上の新規分子を発現する異種のレプリケーター 集団を宿主細胞集団中に導入し、そして 該宿主細胞集団に選択条件を賦課して、該認識配列と相互作用してその活性を 変更する新規分子を発現するレプリケーターまたはその突然変異を選択する、 ことからなる、対象の基質と相互作用ができる新規分子をコードする遺伝子を単 離し、創製しまたは方向づけて進化させる合理的方法。 80.推定上の新規分子を発現する遺伝子以外の宿主中にあるすべ ての遺伝子の突然変異率を制限するように選択条件が選ばれる請求の範囲79項 に記載の方法。 81.宿主細胞が、非特異的相互作用の重要性を最小にするための複数の重複し た選択分子を含む請求の範囲79項に記載の方法。 82.選択分子の突然変異率を制限し、かつレプリケーターの突然変異率を制御 するように選択条件が選ばれる請求の範囲79項に記載の遺伝子の方向づけられ た進化のための方法。 83.選択分子をコードする遺伝子および新規分子をコードする遺伝子がそれぞ れ分離されており、後者が制御された率で突然変異をする請求の範囲82項に記 載の方法。 84.異なる進化出発点をもつ複数の異種レプリケーター集団を用いる請求の範 囲82項に記載の方法。 85.選択分子および新規分子が細胞中に保持されている請求の範囲79項に記 載の方法。 86.宿主細胞が複製しない請求の範囲79項に記載の方法。 87.宿主細胞がゆっくりと複製する請求の範囲79項に記載の方法。 88.推定上の新規分子1個の多数コピーまたは多数の異なる推定上の新規分子 、推定上の新規分子を発現するレプリケーター集団のための増殖因子、および該 増殖因子と機能的に関連する対象の基質またはその類似体を宿主細胞株中のレプ リケーター集団または複数のレプリケーター集団中で発現させ、そして 該宿主細胞集団に選択条件を賦課して、該類似体と相互作用して該増殖因子の 活性を変更する新規分子を発現するレプリケーターまたはその突然変異を選択す る、 ことからなる、対象の基質と所望の相互作用ができる新規分子をコードする遺伝 子を単離し、創製しまたは方向づけて進化させる合理的方法。 89.推定上の新規分子1個の多数コピーまたは多数の異なる推定上の新規分子 と、推定上の新規分子を発現するレプリケーター集団のための増殖因子、対象の 基質を表しかつ該増殖因子と機能的に関連する認識配列、および場合により該増 殖因子の機能を変調する選択部分を含む選択分子とを宿主細胞株中のレプリケー ター集団または複数のレプリケーター集団中で発現させ、そして 該宿主細胞集団に選択条件を賦課して、該対象の基質と相互作用して該増殖因 子の活性を変更する新規分子を発現するレプリケーターまたはその突然変異を選 択する、 ことからなる、対象の基質と所望の相互作用ができる新規分子をコードする遺伝 子を単離し、創製しまたは方向づけて進化させる合理的方法。 90.選択分子が融合または欠失タンパク質である請求の範囲89項に記載の方 法。 91.対象の基質と所望の相互作用ができる新規分子の合理的単離、創製または 方向づけられた進化に有用な宿主細胞集団であって、該宿主細胞は推定上の新規 分子1個の多数コピーまたは多数の異なる推定上の新規分子、レプリケーター増 殖因子、および該増殖因子と機能的に関連する対象の基質またはその類似体を発 現し、該対象の基質またはその類似体は天然または合成の増殖因子の固有部分で はない認識配列を含む上記宿主細胞集団。 92.レプリケーター増殖因子および認識配列が別個の分子である か、あるいは1または2以上の分子中に組合わされている請求の範囲91項に記 載の宿主レプリケーター集団。 93.対象の基質と所望の相互作用ができる新規分子の合理的単離、創製または 方向づけられた進化に有用な宿主細胞集団であって、該宿主細胞は推定上の新規 分子1個の多数コピーまたは多数の異なる推定上の新規分子、レプリケーター増 殖因子、該増殖因子の機能を変調する選択部分、および該対象の基質を表しかつ 該変調された増殖因子と機能的に関連する認識配列を発現することができ、該対 象の基質またはその類似体は天然または合成の増殖因の固有部分ではない認識配 列を含む上記宿主細胞集団。 94.対象の基質と所望の相互作用ができる新規分子の合理的単離、創製または 方向づけられた進化に有用な宿主細胞集団であって、推定上の新規分子1個の多 数コピーまたは多数の異なる推定上の新規分子を発現できる同種または異種のレ プリケーター集団を含み、該宿主細胞はレプリケーター増殖因子および該増殖因 子と機能的に関連する対象の基質またはその類似体を発現することができ、該対 象の基質またはその類似体は天然または合成の増殖因子の固有部分ではない認識 配列を含む上記宿主細胞集団。 95.対象の基質と所望の相互作用ができる新規分子の合理的単離、創製または 方向づけられた進化に有用な宿主細胞集団であって、該細胞は推定上の新規分子 1個の多数コピーまたは多数の異なる推定上の新規分子を発現できる同種または 異種の遺伝子集団を含み、該宿主細胞はレプリケーター増殖因子、該増殖因子の 機能を変調する選択部分、および該対象の基質を表しかつ該変調された増殖因子 と機能的に関連する認識配列を発現することができ、 該対象の基質またはその類似体は天然または合成の増殖因子の固有部分ではない 認識配列を含む上記宿主細胞集団。 96.対象の基質と所望の相互作用ができる新規分子の合理的単離、創製または 方向づけられた進化に有用な宿主細胞集団であって、推定上の新規分子1個の多 数コピーまたは多数の異なる推定上の新規分子を発現できる同種または異種のレ プリケーター集団、レプリケーター増殖因子、および該増殖因子と機能的に関連 する対象の基質またはその類似体を含み、該対象の基質またはその類似体は天然 または合成の増殖因子の固有部分ではない認識配列を含む上記宿主細胞集団。 97.対象の基質と所望の相互作用ができる新規分子の合理的単離、創製または 方向づけられた進化に有用な宿主細胞集団であって、該細胞は推定上の新規分子 1個の多数コピーまたは多数の異なる推定上の新規分子を発現できる同種または 異種の遺伝子集団、レプリケーター増殖因子、該増殖因子の機能を変調する選択 部分、および該対象の基質を表しかつ該変調された増殖因子と機能的に関連する 認識配列を含み、該対象の基質またはその類似体が天然または合成の増殖因子の 固有部分ではない認識配列を含む、該レプリケーター増殖因子、選択部分および 認識配列が別個の分子として、および/またはそのうちのいずれか2つまたは3 つすベてを含む分子として存在する上記宿主細胞集団。 98.増殖因子、認識配列および選択部分が別個の分子である請求の範囲97項 に記載の宿主細胞集団。 99.増殖因子、認識配列および選択部分のうちの2つが1つの分子中に組合わ された請求の範囲97項に記載の宿主細胞集団。 100.増殖因子、認識配列および選択部分が1つの選択分子中に組合わされた 請求の範囲97項に記載の宿主細胞集団。 101.該選択分子が融合または欠失タンパク質である請求の範囲100項に記 載の宿主細胞集団。 102.該選択分子がアロステリックプラットフォームである請求の範囲100 項に記載の宿主細胞集団。 103.1個の推定上の新規分子または多数の異なる推定上の新規分子をコード する複数のレプリケーター集団、1または2以上のレプリケーター集団のための 増殖因子、対象の基質を表しかつ該変調された増殖因子と機能的に関連する認識 配列、および場合により該増殖因子の機能を変調する選択部分を含む、該対象の 基質と所望の相互作用ができる新規分子の合理的単離、創製または方向づけられ た進化に有用な宿主細胞集団。 104.異なるレプリケーター集団が、増殖因子、選択部分および選択配列をそ れぞれコードする請求の範囲103項に記載の宿主細胞集団。 105.さらなるレプリケーター集団が、増殖因子、認識配列および選択部分の 2つ以上をコードする請求の範囲103項に記載の宿主細胞集団。 106.宿主細胞が、推定上の新規分子をコードするものと、増殖因子、認識配 列および選択部分からなる選択分子をコードするものとの2つの別個のレプリケ ーター集団を含む請求の範囲103項に記載の宿主細胞集団。 107.認識配列が天然または合成の増殖因子の固有部分ではない請求の範囲1 03項に記載の宿主細胞集団。 108.対象の基質と所望の相互作用ができる新規分子をコードする遺伝子の合 理的単離、創製または方向づけられた進化に有用なレプリケーター集団であって 、該集団はレプリケーター増殖因子および該増殖因子と機能的に関連する対象の 基質またはその類似体によりコードされる上記レプリケーター集団。 109.対象の基質と所望の相互作用ができる新規分子をコードする遺伝子の合 理的単離、創製または方向づけられた進化に有用なレプリケーター集団であって 、該集団はレプリケーター増殖因子、および/または該増殖因子の機能を変調す る選択部分、および/または該対象の基質を表しかつ該増殖因子と機能的に関連 する認識配列によりコードされており、該対象の基質またはその類似体は天然ま たは合成の増殖因子の固有部分ではない認識配列を含む上記レプリケーター集団 。 110.対象の基質と所望の相互作用ができる分子をコードする遺伝子の合理的 単離、創製または方向づけられた進化に有用な突然変異レプリケーター集団であ って、該集団は複製および/または増殖のための不可欠な成分を発現する能力を 欠いており、かつレプリケーター増殖因子、該増殖因子の機能を変調する選択部 分、および該対象の基質を表しかつ該レプリケーター増殖因子と機能的に関連す る認識配列によりコードされる上記突然変異レプリケーター集団。 111.新しい機能の推定上の新規分子1個の多数コピーまたは多 数の異なる 新しい機能の推定上の新規分子を宿主細胞集団中で発現させ、該宿主細胞は細胞 増殖因子および該増殖因子と機能的に関連する対象の基質またはその類似体を含 んでおり、そして 該宿主集団に選択条件を賦課して、該対象の基質または類似体と相互作用して 該増殖因子の活性を変更する新しい機能の新規分子を発現する宿主またはその突 然変異を選択する、 ことからなる、対象の基質と所望の相互作用ができる新しい機能の新規分子をコ ードする遺伝子を単離し、創製しまたは方向づけて進化させる合理的方法。 112.対象の基質またはその類似体が、天然または合成の増殖因子の固有部分 ではない認識配列を含む請求の範囲111項に記載の方法。 113.多数の新しい機能の推定上の新規分子が現存の遺伝子プールである、新 しい機能の新規分子の単離のための請求の範囲111項に記載の方法。 114.多数の新しい機能の推定上の新規分子が突然変異誘発条件によって創製 される、請求の範囲111項に記載の新しい機能の新規分子の創製のための方法 。 115.複数の新しい機能の推定上の新規分子が選択工程中に突然変異を受ける 異種遺伝子集団によって発現される、請求の範囲111項に記載の新しい機能の 新規分子の方向づけられた進化による創製のための方法。 116.宿主細胞集団中でレプリケーターによってコードされる推定上の新規分 子1個の多数コピーまたは多数の異なる推定上の新規分子を発現させ、該宿主細 胞はレプリケーターのための増殖因子、および該増殖因子と機能的に関連する対 象の基質またはその類似体を含んでおり、そして 該宿主集団に選択条件を賦課して、該対象の基質または類似体 と相互作用して該増殖因子の活性を変更する新規分子を発現するレプリケーター またはその突然変異を選択する、 ことからなる、対象の基質と所望の相互作用ができる新規分子をコードする遺伝 子を単離し、創製しまたは方向づけて進化させる合理的方法。 117.多数の推定上の新規分子が現存の遺伝子プールである、新規分子の単離 のための請求の範囲116項に記載の方法。 118.新しい機能の多数の推定上の新規分子が突然変異誘発条件によって創製 される、新規分子の創製のための請求の範囲116項に記載の方法。 119.多数の推定上の新規分子が選択工程中に突然変異を受ける異種遺伝子集 団によって発現される、新規分子の方向づけられた進化による創製のための請求 の範囲116項に記載の方法。 120.所望の新規分子となるための進化ポテンシャルをもつ推定上の新規分子 1個の多数コピーまたは多数の異なる推定上の新規分子を宿主細胞集団中で発現 させ、該宿主細胞は細胞増殖因子、および該増殖因子と機能的に関連する対象の 基質またはその類似体を含んでおり、そして 該宿主細胞集団に選択条件を賦課して、該対象の基質と相互作用して該増殖因 子の活性を変更する新規分子を発現する宿主突然変異を選択する、 ことからなる、対象の基質と所望の相互作用ができる新規分子をコードする遺伝 子を方向づけて進化させる合理的方法。 121.宿主細胞集団中で、レプリケーターによってコードされる所望の新規分 子となるための進化ポテンシャルをもつ推定上の新 規分子1個の多数コピーまたは多数の異なる推定上の新規分子を発現させ、該宿 主細胞は該レプリケーターのための細胞増殖因子、および該増殖因子と機能的に 関連する対象の基質またはその類似体を含んでおり、そして 該宿主細胞集団に選択条件を賦課して、該対象の基質またはその類似体と相互 作用して該増殖因子の活性を変更する新規分子を発現するレプリケーターまたは その突然変異を選択する、ことからなる、対象の基質と所望の相互作用ができる 新規分子をコードする遺伝子を方向づけて進化させる合理的方法。 122.機能的に増強された推定上の新規分子1個の多数コピーまたは多数の異 なる機能的に増強された推定上の新規分子を宿主細胞集団中で発現させ、該宿主 細胞は細胞増殖因子、および該増殖因子と機能的に関連する対象の基質またはそ の類似体を含んでおり、該対象の基質または類似体は該増殖因子の天然に存在す る部分ではない認識配列を含み、そして 該宿主細胞集団に選択条件を賦課して、該対象の基質または類似体と相互作用 して該増殖因子の活性を変更する機能的に増強された新規分子を発現する宿主ま たはその突然変異を選択する、ことからなる、対象の基質と所望の相互作用がで きる機能的に増強された新規分子をコードする遺伝子を単離し、創製しまたは方 向づけて進化させる合理的方法。 123.多数の推定上の新規分子が現存の遺伝子プールである、機能的に増強さ れた新規分子の単離のための請求の範囲122項に記載の方法。 124.多数の機能的に増強された推定上の新規分子が突然変異誘 発条件によって創製される、機能的に増強された新規分子の創製のための請求の 範囲122項に記載の方法。 125.多数の機能的に増強された推定上の新規分子が選択工程中に突然変異を 受ける異種遺伝子集団によって発現される、機能的に増強された新規分子の方向 づけられた進化による創製のための請求の範囲122項に記載の方法。 126.推定上の新規分子1個の多数コピーまたは多数の異なる推定上の新規分 子、細胞増殖因子、および該増殖因子と機能的に関連する対象の基質またはその 類似体を宿主細胞集団中で発現させ、そして 該宿主集団に推定上の新規分子の発現レベルを制御するように選択条件を賦課 し、これによって該対象の基質または類似体と相互作用して該増殖因子の活性を 変更する所望の活性レベルの新規分子を発現する宿主またはその突然変異を選択 する、 ことからなる、対象の基質と所望の相互作用ができる新規分子を コードする遺伝子を単離し、創製しまたは方向づけて進化させる合理的方法。 127.推定上の新規分子の発現レベルが低い値に維持されている、高い代謝回 転速度をもつ触媒の方向づけられた進化のための請求の範囲126項に記載の方 法。 128.推定上の新規分子の発現レベルが高い値に維持されている、低い代謝回 転速度をもつ触媒の方向づけられた進化のための請求の範囲126項に記載の方 法。 129.宿主細胞集団中でレプリケーターによってコードされる推定上の新規分 子1個の多数コピーまたは多数の異なる推定上の新 規分子を発現させ、該宿主細胞は該レプリケーターのための増殖因子、および該 増殖因子と機能的に関連する対象の基質またはその類似体を含んでおり、そして 該宿主細胞集団に推定上の新規分子の発現レベルを制御するように選択条件を 賦課し、これによって該対象の基質または類似体と相互作用して該増殖因子の活 性を変更する所望の活性レベルの新規分子を発現するレプリケーターまたはその 突然変異を選択する、 ことからなる、対象の基質と所望の相互作用ができる新規分子をコードする遺伝 子を単離し、創製しまたは方向づけて進化させる合理的方法。 130.推定上の新規分子の発現レベルが低い値に維持されている、高い代謝回 転速度をもつ触媒の方向づけられた進化のための請求の範囲129項に記載の方 法。 131.推定上の新規分子の発現レベルが高い値に維持されている、低い代謝回 転速度をもつ触媒の方向づけられた進化のための請求の範囲129項に記載の方 法。 132.推定上の治療用新規分子1個の多数コピーまたは多数の異なる推定上の 治療用新規分子、細胞増殖因子、および該増殖因子と機能的に関連する対象の基 質またはその類似体を疾患宿主細胞集団中で発現させ、そして 該宿主細胞集団を選択条件下でインキュベートして、該対象の基質または類似 体と相互作用して該増殖因子の活性を変更しかつ該細胞の疾患状態を変更する新 規分子を発現する宿主またはその突然変異を選択する、 ことからなる、疾患細胞の病因に関係する対象の基質と所望の相互作用ができる 新規治療用分子を創製し、単離しまたは方向づけて進化させる合理的方法。 133.(a)対象の基質を表す認識配列およびDNアーゼ阻害剤を含み、該認 識配列と機能的に関連する選択分子をコードするDNAを発現させる; (b)推定上の新規分子1個の多数コピーまたは多数の異なる推定上の新規分 子をコードするDNAを発現させる; (c)該選択分子および該推定上の新規分子集団を組み合わせてインキュベー トする: (d)工程(c)で得られた混合物をDNアーゼとともにインキュベートして 、もしも該DNAが新規分子を発現するならばこれを阻害する; (e)工程(d)で得られた混合物を推定上の新規分子をコードするDNAと ともにインキュベートして、新規分子をコードするDNAを得る、 ことからなる、対象の基質と所望の相互作用をする新規分子の合理的選択のため の無細胞方法。 134.(a)対象の基質を表す認識配列およびDNアーゼ阻害剤を含む選択分 子をコードするDNAを発現させる; (b)推定上の新規分子1個の多数コピーまたは多数の異なる推定上の新規分 子をコードするDNAを発現させる; (c)該選択分子および該推定上の新規分子集団を組み合わせてインキュベー トする; (d)工程(c)で得られた混合物をDNアーゼとともにイン キュベートして、もしも該DNAが新規分子を発現するならばこれを阻害する; (e)工程(d)で得られた混合物を推定上の新規分子をコードするDNAと ともにインキュベートして、新規分子をコードするDNAを得る; (f)工程(e)で得られたDNAを複製してこれを大量に得る;そして (g)(a)から(f)の工程を1回以上繰り返して対象のDNAを大量に得 る、 ことからなる、対象の基質と所望の相互作用をする新規分子の合理的選択のため の無細胞方法。 135.DNアーゼ阻害剤がアクチンである請求の範囲134項に記載の方法。 136.細胞増殖因子、および該増殖因子と機能的に関連する対象の基質または その類似体を含む宿主細胞集団;該宿主細胞中で推定上の新規分子1個の多数の コピーを発現できる同種遺伝子集団、あるいは該宿主細胞中で多数の異なる推定 上の新規分子を発現できる異種遺伝子集団;および該宿主細胞に選択条件を賦課 することのできる選択手段からなる、新規分子をコードする遺伝子の合理的単離 、創製または方向づけられた進化のためのシステム。 137.宿主細胞が、細胞増殖因子および/または対象の基質またはその類似体 によってコードされる、請求の範囲136項に記載のシステム。 138.推定上の新規分子を発現する遺伝子がレプリケーター中でコードされる 、請求の範囲136項に記載のシステム。 139.インキュベーション手段がケモスタットであり、システムが同種または 異種遺伝子集団を突然変異させる手段をさらに含む、請求の範囲136項に記載 のシステム。 140.レプリケーター増殖因子、および該増殖因子と機能的に関連する対象の 基質またはその類似体を含む宿主細胞集団;該宿主細胞中で推定上の新規分子1 個の多数コピーまたは多数の異なる推定上の新規分子を発現できるレプリケータ ー集団;および該宿主集団に選択条件を賦課することのできる選択手段からなる 、対象の基質と所望の相互作用ができる新規分子をコードする遺伝子の合理的単 離、創製または方向づけられた進化のためのシステム。 141.細胞増殖因子、および該増殖因子と機能的に関連する対象の基質または その類似体を含む宿主細胞集団;および該宿主細胞中で推定上の新規分子1個の 多数のコピーを発現できる同種遺伝子集団、あるいは該宿主細胞中で多数の異な る推定上の新規分子を発現できる異種遺伝子集団からなる、新規分子をコードす る遺伝子の合理的単離、創製または方向づけられた進化のためのシステム。 142.レプリケーター増殖因子、および該増殖因子と機能的に関連する対象の 基質またはその類似体を含む宿主細胞集団;該宿主細胞中で推定上の新規分子1 個の多数コピーまたは多数の異なる推定上の新規分子を発現できるレプリケータ ー集団からなる、対象の基質と所望の相互作用ができる新規分子をコードする遺 伝子の合理的単離、創製または方向づけられた進化のためのシステム。 143.対象の基質と所望の相互作用ができる新規分子をコードする選択された レプリケーター集団であって、該レプリケーター集団は、宿主細胞中でレプリケ ーターによってコードされる推定上の新規分子1個の多数コピーまたは多数の異 なる推定上の新規分子を発現させ、ここで該宿主細胞が該レプリケーターのため の増殖因子、および該増殖因子と機能的に関連する対象の基質またはその類似体 を含んでおり、そして該宿主細胞集団に選択条件を賦課して対象の基質または類 似体と相互作用して該増殖因子の活性を変更する新規分子を発現するレプリケー ターまたはその突然変異を選択する方法により作製されたものである上記レプリ ケーター集団。 144.請求の範囲143項の選択されたレプリケーターによってコードされる 新規分子。 145.所望の新規分子となるための進化ポテンシャルをもつ推定上の新規分子 1個の多数コピーまたは多数の異なる推定上の新規分子を宿主細胞中で発現させ 、ここで該宿主細胞が細胞増殖因子、および該増殖因子と機能的に関連する対象 の基質またはその類似体を含んでおり、そして該宿主細胞集団に選択条件を賦課 して対象の基質または類似体と相互作用して該増殖因子の活性を変更する新規分 子を発現する宿主またはその突然変異を選択する方法により作製される、対象の 基質と所望の相互作用ができる新規分子をコードする宿主細胞の選択された集団 。 146.請求の範囲145項の選択された宿主細胞によってコードされる新規分 子。 147.以下の配列: 部位Aアミノ酸140−146 Lys-Arg-Gly-Pro-Gly-Ser-Gly または Lys-Arg-Gly-Pro-Asp-Ser-Gly または Lys-Arg-Gly-Pro-Asp-Asn-Gly、または 部位Bアミノ酸187−196 Thr-Asp-Gln-Glu-Gln-Thr-Ser-Leu-Tyr-Val または Thr-Asn-Gln-Glu-Gln-Thr-Ser-Leu-Tyr-Val または Thr-Asn-Lys-Glu-Gln-Thr-Asn-Leu-Tyr-Val、または 部位Cアミノ酸273−279 Pro-Ile-Asp-Thr-Cys-Ile-Ser または Pro-Ile-Gly-Thr-Cys-Ile-Ser または Pro-Ile-Asp-Thr-Cys-Ser-Ser、または アミノ酸52−54 Cys-Asn-Asn または Cys-Asp-Asn または Cys-Asn-Lys のうちの1つをもつインフルエンザのHAの部位を認識かつ開裂することのでき る新規プロテアーゼをコードする選択されたレプリケーター集団であって、 該レプリケーター集団は、宿主細胞中でレプリケーターによってコードされる 推定上の新規プロテアーゼ1個の多数のコピーまたは多数の異なる推定上の新規 プロテアーゼを発現させ、ここで該宿主細胞が該レプリケーターのための増殖因 子および該増殖因 子と機能的に関連する対象の上記配列を含んでおり、そして該宿主細胞集団に選 択条件を賦課して対象の配列を認識かつ開裂して該増殖因子の活性を変更する新 規プロテアーゼを発現するレプリケーターまたはその突然変異を選択することに より作製されたものである上記レプリケーター集団。 148.請求の範囲147項の選択されたレプリケーターによってコードされる 新規プロテアーゼ。 149.以下の配列: 部位Aアミノ酸140−146 Lys-Arg-Gly-Pro-Gly-Ser-Gly または Lys-Arg-Gly-Pro-Asp-Ser-Gly または Lys-Arg-Gly-Pro-Asp-Asn-Gly、または 部位Bアミノ酸187−196 Thr-Asp-Gln-Glu-Gln-Thr-Ser-Leu-Tyr-Val または Thr-Asn-Gln-Glu-Gln-Thr-Ser-Leu-Tyr-Val または Thr-Asn-Lys-Glu-Gln-Thr-Asn-Leu-Tyr-Val、または 部位Cアミノ酸273−279 Pro-Ile-Asp-Thr-Cys-Ile-Ser または Pro-Ile-Gly-Thr-Cys-Ile-Ser または Pro-Ile-Asp-Thr-Cys-Ser-Ser、または アミノ酸52−54 Cys-Asn-Asn または Cys-Asp-Asn または Cys-Asn-Lys のうちの1つをもつインフルエンザのHAの部位を認識かつ開裂することのでき る新規プロテアーゼをコードする選択された宿主細胞集団であって、 該選択された宿主集団は、推定上の新規プロテアーゼ1個の多数のコピーまた は多数の異なる推定上の新規プロテアーゼを該宿主細胞集団により発現させ、こ こで該宿主細胞が該宿主細胞のための増殖因子および該増殖因子と機能的に関連 する対象の上記配列を含んでおり、そして該宿主細胞集団に選択条件を賦課して 対象の配列を認識かつ開裂して該増殖因子の活性を変更する新規プロテアーゼを 発現する宿主細胞またはその突然変異を選択する方法により作製されたものであ る上記宿主細胞集団。 150.請求の範囲150項の選択された宿主によってコードされる新規プロテ アーゼ。 151.以下の配列: (a)可変領域3、アミノ酸271−295 N−N−T−R−K−S−I− R−I−Q−R−G−P−G−R−A−F−V−T−I−G−K−I−G−N (b)保存ドメイン4、アミノ酸392−402 Q−F−I−N−M−W− Q−E−V−G−K (c)保存ドメイン5、アミノ酸452−474 E−L−Y−K−Y−K −V−V−K−I−E−P−L−G−V−A−P−T−K−A−K−R−R のうちの1つをもつHIV gp120の部位を認識かつ開裂することのできる 新規プロテアーゼをコードする選択されたレプリケーター集団であって、 該レプリケーター集団は、宿主細胞中でレプリケーターによってコードされる 推定上の新規プロテアーゼ1個の多数コピーまたは多数の異なる推定上の新規プ ロテアーゼを発現させ、ここで該宿主細胞が該レプリケーターのための増殖因子 および該増殖因子と機能的に関連する対象の上記配列を含んでおり、そして該宿 主細胞集団に選択条件を賦課して対象の配列を認識かつ開裂して該増殖因子の活 性を変更する新規プロテアーゼを発現するレプリケーターまたはその突然変異を 選択することにより作製されたものである上記レプリケーター集団。 152.請求の範囲150項の選択されたレプリケーターによってコードされる 新規プロテアーゼ。 153.以下の配列: (a)可変領域3、アミノ酸271−295 N−N−T−R−K−S−I− R−I−Q−R−G−P−G−R−A−F−V−T−I−G−K−I−G−N (b)保存ドメイン4、アミノ酸392−402 Q−F−I−N−M−W− Q−E−V−G−K (c)保存ドメイン5、アミノ酸452−474 E−L−Y−K−Y−K− V−V−K−I−E−P−L−G−V−A−P−T−K−A−K−R−R のうちの1つをもつHIV gp120の部位を認識かつ開裂することのできる 新規プロテアーゼをコードする選択された宿主細胞集団であって、 該選択された宿主集団は、推定上の新規プロテアーゼ1個の多数コピーまたは 多数の異なる推定上の新規プロテアーゼを該宿主 細胞集団により発現させ、ここで該宿主細胞が該宿主細胞のための増殖因子およ び該増殖因子と機能的に関連する対象の上記配列を含んでおり、そして該宿主細 胞集団に選択条件を賦課して対象の配列を認識かつ開裂して該増殖因子の活性を 変更する新規プロテアーゼを発現する宿主細胞またはその突然変異を選択する方 法により作製されたものである上記宿主細胞集団。 154.請求の範囲152項の選択された宿主によってコードされる新規プロテ アーゼ。 155.(a)人工選択分子でコードされる宿主細胞集団;および (b)推定上の新規分子1個の多数コピーまたは多数の異なる推定上の新規分 子を該宿主細胞中で発現することのできるレプリケーター集団 を含む、対象の基質と所望の相互作用をもつ新規分子を単離し、製しまたは方向 づけて進化させるための合理的方法の実施に用いるキット。 156.(a)細胞またはレプリケーター増殖因子、該増殖因子と機能的に関連 する対象の基質またはその類似体、および場合により該増殖因子の機能を変調す る選択部分からなる選択分子;および (b)宿主細胞集団 からなる、対象の基質と所望の相互作用をもつ新規分子を単離し、創製しまたは 方向づけて進化させるための合理的方法の実施に用いるキット。 157.(a)細胞またはレプリケーター増殖因子、該増殖因子と 機能的に関連する対象の基質またはその類似体、および場合により該増殖因子の 機能を変調する選択部分からなる選択分子;および (b)推定上の新規分子1個の多数コピーまたは多数の異なる推定上の新規分 子を該宿主細胞中で発現することのできるレプリケーター集団 を含む、対象の基質と所望の相互作用をもつ新規分子を単離し、創製しまたは方 向づけて進化させるための合理的方法の実施に用いるキット。 158.それぞれが、 (a)認識配列、 (b)該認識配列と機能的に関連する細胞またはレプリケーター増殖因子、お よび場合により、 (c)調節部分 を含む複数の異なる合理的に設計された選択分子であって、 該複数の選択分子は該認識配列と相互作用ができる新規分子をコードする遺伝 子を単離し、創製しまたは方向づけて進化させるための合理的方法に有用である 上記選択分子。 159.異なる選択分子が共通の認識配列および異なる増殖因子および/または 選択部分をもつ、請求の範囲158項に記載の複数の合理的に設計された選択分 子。 160.異なる選択分子が密接に関連する認識配列を組み込んでいる、請求の範 囲158項に記載の複数の合理的に設計された選択分子。 161.対象の基質と所望の相互作用ができる新規分子の合理的単 離、創製または方向づけられた進化に有用な宿主細胞集団であって、該宿主細胞 はそれぞれが、 認識配列、 該認識配列と機能的に関連する細胞またはレプリケーター増殖因子、および 場合により、 調節部分 を含む複数の異なる合理的に設計された選択分子を含んでおり、 該複数の選択分子は該認識配列と相互作用ができる新規分子をコードする遺伝 子を単離し、創製しまたは方向づけて進化させるための合理的方法に有用である 上記宿主細胞集団。 162.宿主細胞集団によってコードされる推定上の新規分子1個の多数のコピ ーまたは多数の異なる推定上の新規分子を発現させ、ここで該宿主細胞はレプリ ケ一ターのための増殖因子、および該増殖因子と機能的に関連する対象の基質ま たはその類似体を含んでおり、そして 該宿主細胞集団に選択条件を賦課して、対象の基質または類似体と相互作用し て該増殖因子の活性を変更する新規分子を発現するレプリケーターまたはその突 然変異を選択する、 ことからなる、対象の基質と所望の相互作用ができる新規分子をコードする遺伝 子を単離し、創製しまたは方向づけて進化させる合理的方法。 163.対象の基質と所望の相互作用ができる新規分子の合理的単離、創製また は方向づけられた進化に有用な宿主細胞集団であって、該宿主細胞は推定上の新 規分子l個の多数のコピーまたは多数の異なる推定上の新規分子を発現し、そし てレプリケーター増 殖因子、該対象の基質を表しかつ該増殖因子と機能的に関連する認識配列、およ び場合により該増殖因子の機能を変調する選択部分を含んでいる上記宿主細胞集 団。 164.推定上の新規分子1個の多数コピーまたは多数の異なる推定上の新規分 子を宿主細胞集団中で発現させ、ここで該宿主細胞は細胞またはレプリケーター 増殖因子、および該増殖因子と機能的に関連する対象の基質またはその類似体、 および場合により変調部分を含んでおり、そして 該宿主細胞集団に選択条件を賦課して、対象の基質または類似体と相互作用し て該増殖因子の活性を変更する新規分子を発現する宿主またはその突然変異また はレプリケーターを選択し、ここで該選択条件は推定上の新規分子を発現する遺 伝子以外の遺伝子の突然変異率を制限し、かつ新規分子を発現する遺伝子の突然 変異を許容して、方向づけられた進化を促進するように選ばれる、 ことからなる、対象の基質と所望の相互作用ができる新規分子をコードする遺伝 子を方向づけて進化させる合理的方法。
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