JPH0787979A - スイカの選抜に用いる合成オリゴヌクレオチド - Google Patents

スイカの選抜に用いる合成オリゴヌクレオチド

Info

Publication number
JPH0787979A
JPH0787979A JP5260415A JP26041593A JPH0787979A JP H0787979 A JPH0787979 A JP H0787979A JP 5260415 A JP5260415 A JP 5260415A JP 26041593 A JP26041593 A JP 26041593A JP H0787979 A JPH0787979 A JP H0787979A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
synthetic oligonucleotide
breeding
water melon
selection
dna
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
JP5260415A
Other languages
English (en)
Inventor
Masashi Hirai
正志 平井
Mamiko Taniguchi
真美子 谷口
Takanori Sato
隆徳 佐藤
Takeshi Imai
剛 今井
Toshiji Hashizume
利治 橋詰
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
HAGIWARA NOJO SEISAN KENKYUSHO
HAGIWARA NOJO SEISAN KENKYUSHO KK
NORIN SUISANSYO YASAI CHIYAGIY
NORIN SUISANSYO YASAI CHIYAGIYOU SHIKENJO
Original Assignee
HAGIWARA NOJO SEISAN KENKYUSHO
HAGIWARA NOJO SEISAN KENKYUSHO KK
NORIN SUISANSYO YASAI CHIYAGIY
NORIN SUISANSYO YASAI CHIYAGIYOU SHIKENJO
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by HAGIWARA NOJO SEISAN KENKYUSHO, HAGIWARA NOJO SEISAN KENKYUSHO KK, NORIN SUISANSYO YASAI CHIYAGIY, NORIN SUISANSYO YASAI CHIYAGIYOU SHIKENJO filed Critical HAGIWARA NOJO SEISAN KENKYUSHO
Priority to JP5260415A priority Critical patent/JPH0787979A/ja
Publication of JPH0787979A publication Critical patent/JPH0787979A/ja
Pending legal-status Critical Current

Links

Landscapes

  • Saccharide Compounds (AREA)
  • Breeding Of Plants And Reproduction By Means Of Culturing (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

(57)【要約】 【構成】 配列番号1〜3に記載の塩基配列を有する合
成オリゴヌクレオチド、スイカより抽出したDNAを鋳
型とし、当該合成オリゴヌクレオチドを用いたポリメラ
ーゼ連鎖反応によりDNAの増幅を行い、得られた増幅
産物を電気泳動分析することを特徴とする濃緑果皮を有
するスイカ品種の識別方法並びに当該識別方法により、
育苗段階で濃緑果皮を有するスイカ個体を選抜する方
法。 【効果】 本発明によれば、濃緑果皮系と淡緑果皮系の
品種を組み合わせたスイカの育種において、育苗段階と
いう比較的早期にスイカの果皮色の識別ができ、個体選
抜効率の向上と労力並びに栽培面積の削減が可能であ
る。そのため、効率的な育種ができ、育種の選抜範囲が
拡大する。また、本発明の手法により多くのRAPDマ
ーカーを得、これから連鎖地図を作成することにより、
種々の表現型と連鎖する遺伝子マーカーを獲得すること
ができ、一層効率的な育種が可能となる。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【産業上の利用分野】本発明は、スイカの選抜に用いる
合成オリゴヌクレオチドに関し、詳しくは特定の塩基配
列を有する合成オリゴヌクレオチド並びに該合成オリゴ
ヌクレオチドを用いてDNA分析によってスイカ品種を
識別する方法と該識別方法により育苗段階で特定の品種
のスイカ個体を選抜する方法に関する。
【0002】
【従来の技術および発明が解決しようとする課題】スイ
カの品種には、濃緑果皮を有するものと淡緑果皮を有す
るものが存在し、栽培されているF1 品種の中には両者
を交雑したものが少なくない。スイカの濃緑果皮と淡緑
果皮の遺伝については、濃緑果皮が淡緑果皮に対して優
性に発現し、F2 世代において濃緑果皮を有する個体と
淡緑果皮を有する個体が3:1に分離することが知られ
ている。
【0003】スイカの育種目標の形質の一つが濃緑果皮
である場合、これを選抜する必要がある。しかし、従来
のスイカの育種では、濃緑果皮を有するものと淡緑果皮
を有するものを交雑し、その後代の系統選抜を行うと
き、育種目標の一形質が濃緑果皮である場合、植物を栽
培し着果させるまで果皮の表現型が判らないため、淡緑
果皮のものも同時に栽培せざるを得ない。そのため、不
必要な労力と圃場面積を必要とし、効率が悪いばかりで
なく、結果的に育種における選抜範囲を狭めざるを得な
かった。
【0004】本発明の目的は、遺伝子マーカーを提供す
ると共に、育苗段階で濃緑果皮を有する個体のみを選抜
する方法を確立することである。本発明者は、任意の配
列を持つ合成オリゴヌクレオチドを用いたポリメラーゼ
連鎖反応(PCR)により、植物体DNAを分析する方
法を用い、スイカの表現型の一つである濃緑果皮と連鎖
する遺伝子マーカーの獲得に成功した。この遺伝子マー
カーを用いることにより、濃緑果皮を有する個体のみを
選抜できることを見出し、本発明を完成した。
【0005】
【課題を解決するための手段】本発明は、配列番号1〜
3に記載した塩基配列を有する合成オリゴヌクレオチド
を提供すると共に、スイカより抽出したDNAを鋳型と
し、当該合成オリゴヌクレオチドを用いたポリメラーゼ
連鎖反応によりDNAの増幅を行い、得られた増幅産物
を電気泳動分析することを特徴とする濃緑果皮を有する
スイカ品種の識別方法並びに当該識別方法により、育苗
段階で濃緑果皮を有するスイカ個体を選抜する方法を提
供するものである。
【0006】任意の配列を持つ合成オリゴヌクレオチド
を用いたPCRにより得られるDNA多型はRAPD
(Random amplified polymorphic DNA) とも言われ、用
いる合成オリゴヌクレオチドの種類を変えることによ
り、容易に、かつ数多く得ることができ、このDNA多
型そのものが遺伝子マーカーとなり得る。この手法は、
抽出されたDNAを鋳型とし、PCRによる増幅と、増
幅されたDNAの分析によって、簡単に種々の生物にお
けるDNA多型が得られる方法であり、これまで遺伝解
析や品種,個体の識別、さらにはF1 種子の純度検定等
に用いられてきた。
【0007】本発明者は、この手法をスイカの表現型と
連鎖する遺伝子マーカーの獲得に利用するため、遺伝子
型および表現型の可なり異なった品種を交雑し、その後
代の表現型の調査を行い、さらにスイカの表現型と連鎖
する遺伝子マーカーを得るためにオリゴヌクレオチドの
検索を行った。本発明の合成オリゴヌクレオチドは、乱
数表により任意に配列を求め、市販のDNA/RNA合
成機を使用して合成することができる。
【0008】濃緑果皮を有するスイカ個体を選抜するた
め、後述するように、スイカ組織から全DNAを常法、
例えばセチルトリメチルアンモニウムブロミド(CTA
B)法〔「クローニングとシーケンス」p.252,1989, 農
村文化社〕により抽出し、このDNAを鋳型として合成
オリゴヌクレオチドを用い、PCRによりDNAの増幅
を行う。増幅産物を電気泳動で分析し、親系統を識別
し、濃緑果皮を有する固定系統に特異的な増幅産物(バ
ンド)を得るため、合成プライマーを検索し、目的とす
るバンド得た。さらに、このバンドの連鎖関係を調べて
配列表の配列番号1〜3に示した塩基配列を有するオリ
ゴヌクレオチドプライマーRA10−22(配列表
1),RA10−42(配列表2)およびRA12−1
7(配列表3)による増幅産物が目的とする表現型と連
鎖していることを究明した。これらオリゴヌクレオチド
プライマーを用いることによって、非常に高い確率で濃
緑果皮か淡緑果皮かの識別ができ、選抜遺伝子マーカー
となり得ることが判明した。
【0009】次に、本発明を実施例により詳しく説明す
る。 実施例1 スイカ栽培品種のうち濃緑果皮を有する固定系統H−7
(Citrullus lanatus)と野生種で淡緑果皮を有するS−
1(C.colocynthis) およびそのF1(H−7×S−1) の
それぞれ4個体、さらにこれにS−1を戻し交雑した(
H−7×S−1) ×S−1の70個体の定植後20日目
の本葉から、全DNAをCTAB法により抽出した。ま
た、H−7とS−1、H−7×S−1および( H−7×
S−1)×S−1の70個体についてその表現型,果皮
色を調査した。合成したオリゴヌクレオチドは減圧下で
アンモニアを除いた後、水に溶解し、ブタノールで洗浄
し、次いでエタノールを加えて沈澱させ、再び水に溶解
してプライマーとして用いた。
【0010】得られたDNA10ngを鋳型として、2
00μM dNTPs,0.4μM オリゴヌクレオチドプライマー
(1種類)に0.5unitのTth DNA ポリメラーゼ(東洋紡
製)を加え、10μlの反応液とした。PCRは、熱変
性94℃,25秒、アニーリング40℃,2分、伸長反
応72℃,3分、45サイクルの条件で実施した。増幅
産物は1μg/mlエチジウムブロミドを含む1.5%ア
ガロースゲルで電気泳動により分析した。
【0011】親系統H−7とS−1を識別し、H−7に
特異的な増幅産物(バンド)を得るために、合成プライ
マー55種類(10または12mer)について検索を
行った。その結果、H−7に特異的なバンドが97本得
られた。また、栽培した( H−7×S−1) ×S−1の
70個体のうち62個体が着果し、果皮色については3
1個体が濃緑果皮を示し、残り31個体が淡緑果皮を示
して濃緑果皮と淡緑果皮の比は1:1となり、濃緑果皮
は淡緑果皮に対して優性であることが明らかとなった
(第1表参照)。
【0012】
【表1】
【0013】なお、表中のNo. は個体番号、Rind C. は
果皮色でH は濃緑色、A は淡緑色を示す。遺伝子マーカ
ー欄のH は有り、A は無しを示し、−は未着果のため分
析していないか、バンドが不明瞭で判定できなかったも
のを示す。また、No.33 〜47は図1に対応する個体であ
る。
【0014】次に、果皮色とPCRにより得られた97
本のバンドとの連鎖関係について検討したところ、プラ
イマーRA10−22,RA10−42およびRA12
−17による3種類の増幅産物R1022(100bp),R1042(2kb
p)およびR1217(1kbp) がこの表現型と連鎖していた(配
列表の配列番号1〜3および第1図参照)。すなわち、
( H−7×S−1) ×S−1の着果した個体のうち61
個体についてPCRを行った結果、マーカーR1217 につ
いては61個体中58個体(95%)でバンド(図中の
矢印で示したもの)の見られた個体が濃緑果皮を有し、
バンドが見られない個体は淡緑果皮を示し、残る3個体
はこれに対応していなかった(第1表,図1参照)。ま
た、マーカーR1022 とR1042 については、バンドが不明
瞭で、識別困難な個体を除くと、それぞれ98%と95
%の確率で同時に濃緑色か淡緑色かの果皮色の識別がで
き、選抜遺伝子マーカーとなり得ることが判明した(図
中の矢印で示したもの)。図中の数字33〜47は( H−7
×S−1) ×S−1の個体番号であり、H はマーカーの
有り、A はマーカーの無しを示す。
【0015】
【発明の効果】本発明によれば、濃緑果皮系と淡緑果皮
系の品種を組み合わせたスイカの育種において、育苗段
階という比較的早期にスイカの果皮色の識別ができ、個
体選抜効率の向上と労力並びに栽培面積の削減が可能で
ある。そのため、効率的な育種ができ、育種の選抜範囲
が拡大する。また、本発明の手法により多くのRAPD
マーカーを得、これから連鎖地図を作成することによ
り、種々の表現型と連鎖する遺伝子マーカーを獲得する
ことができ、一層効率的な育種が可能となる。
【0016】
【配列表】
【0017】 配列番号:1 配列の長さ:10 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸 合成DNA 配列の特徴 特徴を表す記号:unsure 但し、果皮色に関する遺伝子
に連鎖する特定の領域を増幅する塩基配列 存在位置:全長 特徴を決定した方法:E
【0018】 配列番号:2 配列の長さ:10 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸 合成DNA 配列の特徴 特徴を表す記号:unsure 但し、果皮色に関する遺伝子
に連鎖する特定の領域を増幅する塩基配列 存在位置:全長 特徴を決定した方法:E
【0019】 配列番号:3 配列の長さ:12 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸 合成DNA 配列の特徴 特徴を表す記号:unsure 但し、果皮色に関する遺伝子
に連鎖する特定の領域を増幅する塩基配列 存在位置:全長 特徴を決定した方法:E
【図面の簡単な説明】
【図1】 合成オリゴヌクレオチドプライマーを用いて
得たスイカ( H−7×S−1) ×S−1個体のDNA多
型を示し、(A)はプライマーRA10−22,(B)
はプライマーRA10−42,(C)はプライマーRA
12−17によるDNA多型をそれぞれ示す。
─────────────────────────────────────────────────────
【手続補正書】
【提出日】平成6年5月12日
【手続補正1】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】図1
【補正方法】変更
【補正内容】
【図1】 合成オリゴヌクレオチドプライマーを用いて
得たスイカ(H−7×S−1)×S−1個体のDNA多
の電気泳動写真であり、(A)はプライマーRA10
−22,(B)はプライマーRA10−42,(C)は
プライマーRA12−17によるDNA多型をそれぞれ
示す。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (72)発明者 佐藤 隆徳 三重県安芸郡安濃町大字大塚241番地 (72)発明者 今井 剛 三重県安芸郡安濃町大字大塚241番地 (72)発明者 橋詰 利治 奈良県北葛城郡広陵町みささぎ台24−22 ロイヤルハイツB−201

Claims (5)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 配列番号1に記載の塩基配列を有する合
    成オリゴヌクレオチド。
  2. 【請求項2】 配列番号2に記載の塩基配列を有する合
    成オリゴヌクレオチド。
  3. 【請求項3】 配列番号3に記載の塩基配列を有する合
    成オリゴヌクレオチド。
  4. 【請求項4】 スイカより抽出したDNAを鋳型とし、
    請求項1〜3のいずれかに記載の合成オリゴヌクレオチ
    ドを用いたポリメラーゼ連鎖反応によりDNAの増幅を
    行い、得られた増幅産物を電気泳動分析することを特徴
    とする濃緑果皮を有するスイカ品種の識別方法。
  5. 【請求項5】 請求項4記載の識別方法により、育苗段
    階で濃緑果皮を有するスイカ個体を選抜する方法。
JP5260415A 1993-09-27 1993-09-27 スイカの選抜に用いる合成オリゴヌクレオチド Pending JPH0787979A (ja)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP5260415A JPH0787979A (ja) 1993-09-27 1993-09-27 スイカの選抜に用いる合成オリゴヌクレオチド

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP5260415A JPH0787979A (ja) 1993-09-27 1993-09-27 スイカの選抜に用いる合成オリゴヌクレオチド

Publications (1)

Publication Number Publication Date
JPH0787979A true JPH0787979A (ja) 1995-04-04

Family

ID=17347621

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP5260415A Pending JPH0787979A (ja) 1993-09-27 1993-09-27 スイカの選抜に用いる合成オリゴヌクレオチド

Country Status (1)

Country Link
JP (1) JPH0787979A (ja)

Cited By (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6500616B1 (en) 1998-04-16 2002-12-31 Case Western Reserve University Methods of monitoring genomic integrity and detecting genomic destabilization of plant cells in tissue culture
KR20160095213A (ko) * 2015-01-31 2016-08-11 부산대학교 산학협력단 수박의 과형 구별용 dna 마커
CN112011640A (zh) * 2020-09-09 2020-12-01 中国农业科学院郑州果树研究所 用于鉴定西瓜果实pH的KASP分子标记、引物及应用
KR102286871B1 (ko) * 2021-06-11 2021-08-09 충북대학교 산학협력단 무측지 수박 품종을 구별하기 위한 분자마커 및 이의 용도
KR102286875B1 (ko) * 2021-06-11 2021-08-09 충북대학교 산학협력단 무측지 수박 품종을 구별하기 위한 분자마커 및 이의 용도

Cited By (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6500616B1 (en) 1998-04-16 2002-12-31 Case Western Reserve University Methods of monitoring genomic integrity and detecting genomic destabilization of plant cells in tissue culture
US6773889B2 (en) 1998-04-16 2004-08-10 Case Western Reserve University Method for detecting genomic destabilization arising during tissue culture of plant cells
KR20160095213A (ko) * 2015-01-31 2016-08-11 부산대학교 산학협력단 수박의 과형 구별용 dna 마커
CN112011640A (zh) * 2020-09-09 2020-12-01 中国农业科学院郑州果树研究所 用于鉴定西瓜果实pH的KASP分子标记、引物及应用
KR102286871B1 (ko) * 2021-06-11 2021-08-09 충북대학교 산학협력단 무측지 수박 품종을 구별하기 위한 분자마커 및 이의 용도
KR102286875B1 (ko) * 2021-06-11 2021-08-09 충북대학교 산학협력단 무측지 수박 품종을 구별하기 위한 분자마커 및 이의 용도

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN110144418B (zh) 一种普通油茶ssr分子标记引物及标记方法和应用
CN108411028A (zh) 水稻耐盐基因skc1基因内特异snp共显性分子标记引物及应用
US8445752B2 (en) Brassica oleracea plants with a resistance to Albugo candida
EP2393349A1 (en) Xanthomonas campestris pv. campestris resistant brassica plant and preparation thereof
KR20120069446A (ko) 배 품종 식별용 scar 마커 및 그 용도
CN109609687B (zh) 用于检测西瓜枯萎病抗性的kasp标记引物组合及其应用
KR101151239B1 (ko) 배추의 유전자적 다중대립인자 웅성불임 유전자 Ms의 마커 및 이의 용도
CN111057784B (zh) 一种与核桃黑斑病相关的ssr分子标记引物及其应用
KR101271367B1 (ko) 나리 속 식물에서 분리한 ssr프라이머 및 이의 용도
JPH0787979A (ja) スイカの選抜に用いる合成オリゴヌクレオチド
CN108239675B (zh) 一种用于鉴定甜瓜单性花的分子标记物TJcM02及其应用
CN108531636B (zh) 一种用于鉴定甜瓜单性花的分子标记物TJcM01及其应用
US20110041214A1 (en) Genetic Markers For Orobanche Resistance in Sunflower
El-Khishin et al. AFLP fingerprinting of some Egyptian date palm (Phoenix dactylifera L.) cultivars
Weng et al. SCAR markers in a longleaf pine x slash pine F1 family
JP2005176619A (ja) 根こぶ病抵抗性ナタネ類の選抜マーカー
Das et al. Assessment of genetic diversity among finger millet genotypes using RAPD markers
Li et al. Production of partial new-typed Brassica napus by introgression of genomic components from B. rapa and B. carinata
CN111004857A (zh) 大豆分枝数主效qtl位点的分子标记引物及其应用
CN114634991B (zh) 一组用于鉴别高种椰子的InDel标记及其应用
CN114369674B (zh) 一种与印度南瓜短蔓基因CmDw-1连锁的SNP标记及其引物、试剂盒与应用
KR102686449B1 (ko) 다래나무의 성 판별용 InDel 분자마커 및 이의 용도
CN114438239B (zh) 一种鉴定果桑品种粤椹大10的分子标记、鉴定引物组、试剂盒和应用
CN114438254B (zh) 用于鉴别香水椰子的InDel标记及其应用
CN114438253B (zh) 用于鉴别马哇椰子的InDel标记及其应用