JPH06501692A - オリゴヌクレオチドの合成 - Google Patents
オリゴヌクレオチドの合成Info
- Publication number
- JPH06501692A JPH06501692A JP3517413A JP51741391A JPH06501692A JP H06501692 A JPH06501692 A JP H06501692A JP 3517413 A JP3517413 A JP 3517413A JP 51741391 A JP51741391 A JP 51741391A JP H06501692 A JPH06501692 A JP H06501692A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- formula
- group
- oligonucleotide
- oligonucleotides
- tables
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 238000002515 oligonucleotide synthesis Methods 0.000 title description 8
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims description 167
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 82
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 claims description 75
- 125000005647 linker group Chemical group 0.000 claims description 61
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 57
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims description 45
- 125000003118 aryl group Chemical group 0.000 claims description 38
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 claims description 38
- 239000007787 solid Substances 0.000 claims description 35
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 claims description 32
- 150000003833 nucleoside derivatives Chemical class 0.000 claims description 29
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 claims description 25
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 claims description 23
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 claims description 23
- 230000007017 scission Effects 0.000 claims description 23
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 claims description 21
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 claims description 20
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 19
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 18
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 claims description 18
- 125000006850 spacer group Chemical group 0.000 claims description 17
- 239000000126 substance Substances 0.000 claims description 15
- 239000002243 precursor Substances 0.000 claims description 14
- 125000004432 carbon atom Chemical group C* 0.000 claims description 10
- QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N atomic oxygen Chemical compound [O] QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 9
- 229910052760 oxygen Inorganic materials 0.000 claims description 9
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 claims description 8
- 239000001301 oxygen Substances 0.000 claims description 8
- 125000002467 phosphate group Chemical group [H]OP(=O)(O[H])O[*] 0.000 claims description 8
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 claims description 7
- 125000003835 nucleoside group Chemical group 0.000 claims description 6
- 125000004430 oxygen atom Chemical group O* 0.000 claims description 6
- 125000004178 (C1-C4) alkyl group Chemical group 0.000 claims description 5
- 125000000217 alkyl group Chemical group 0.000 claims description 5
- 125000000623 heterocyclic group Chemical group 0.000 claims description 5
- SXADIBFZNXBEGI-UHFFFAOYSA-N phosphoramidous acid Chemical group NP(O)O SXADIBFZNXBEGI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 5
- 125000002723 alicyclic group Chemical group 0.000 claims description 4
- 125000006575 electron-withdrawing group Chemical group 0.000 claims description 4
- 125000002915 carbonyl group Chemical group [*:2]C([*:1])=O 0.000 claims description 3
- 125000000547 substituted alkyl group Chemical group 0.000 claims description 3
- 125000000843 phenylene group Chemical group C1(=C(C=CC=C1)*)* 0.000 claims description 2
- 150000004713 phosphodiesters Chemical group 0.000 claims description 2
- 238000010189 synthetic method Methods 0.000 claims description 2
- 230000008030 elimination Effects 0.000 claims 1
- 238000003379 elimination reaction Methods 0.000 claims 1
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims 1
- YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N Dichloromethane Chemical compound ClCCl YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 120
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 73
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 45
- YXFVVABEGXRONW-UHFFFAOYSA-N Toluene Chemical compound CC1=CC=CC=C1 YXFVVABEGXRONW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 36
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 35
- JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-N Pyridine Chemical compound C1=CC=NC=C1 JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 32
- -1 isobutyryl group Chemical group 0.000 description 32
- 239000000047 product Substances 0.000 description 24
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 24
- 239000002585 base Substances 0.000 description 23
- 235000021317 phosphate Nutrition 0.000 description 22
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 22
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 19
- WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N Acetonitrile Chemical compound CC#N WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 18
- XEKOWRVHYACXOJ-UHFFFAOYSA-N Ethyl acetate Chemical compound CCOC(C)=O XEKOWRVHYACXOJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 18
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 18
- XKRFYHLGVUSROY-UHFFFAOYSA-N Argon Chemical compound [Ar] XKRFYHLGVUSROY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 16
- 238000010828 elution Methods 0.000 description 16
- UMJSCPRVCHMLSP-UHFFFAOYSA-N pyridine Natural products COC1=CC=CN=C1 UMJSCPRVCHMLSP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 16
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 16
- ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N Triethylamine Chemical compound CCN(CC)CC ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 15
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 14
- 239000000377 silicon dioxide Substances 0.000 description 14
- 239000013615 primer Substances 0.000 description 13
- PMZURENOXWZQFD-UHFFFAOYSA-L Sodium Sulfate Chemical compound [Na+].[Na+].[O-]S([O-])(=O)=O PMZURENOXWZQFD-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 12
- 229920001971 elastomer Polymers 0.000 description 12
- 150000008300 phosphoramidites Chemical class 0.000 description 12
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 11
- 229910052938 sodium sulfate Inorganic materials 0.000 description 11
- 235000011152 sodium sulphate Nutrition 0.000 description 11
- NQRYJNQNLNOLGT-UHFFFAOYSA-N Piperidine Chemical compound C1CCNCC1 NQRYJNQNLNOLGT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 9
- QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N Ammonia Chemical compound N QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N Formamide Chemical compound NC=O ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 235000011114 ammonium hydroxide Nutrition 0.000 description 8
- 229910052786 argon Inorganic materials 0.000 description 8
- 229940124276 oligodeoxyribonucleotide Drugs 0.000 description 8
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 8
- VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N Ammonium hydroxide Chemical compound [NH4+].[OH-] VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N N,N-Diisopropylethylamine (DIPEA) Chemical compound CCN(C(C)C)C(C)C JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 description 7
- 239000012044 organic layer Substances 0.000 description 7
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K phosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 7
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 6
- WYURNTSHIVDZCO-UHFFFAOYSA-N Tetrahydrofuran Chemical compound C1CCOC1 WYURNTSHIVDZCO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 6
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 6
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- OLXZPDWKRNYJJZ-UHFFFAOYSA-N 5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-ol Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1CC(O)C(CO)O1 OLXZPDWKRNYJJZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- DKMROQRQHGEIOW-UHFFFAOYSA-N Diethyl succinate Chemical compound CCOC(=O)CCC(=O)OCC DKMROQRQHGEIOW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M Sodium bicarbonate Chemical class [Na+].OC([O-])=O UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 5
- 239000000908 ammonium hydroxide Substances 0.000 description 5
- 150000001732 carboxylic acid derivatives Chemical class 0.000 description 5
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 5
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 5
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 5
- 239000003921 oil Substances 0.000 description 5
- 125000001997 phenyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(*)C([H])=C1[H] 0.000 description 5
- 150000003013 phosphoric acid derivatives Chemical class 0.000 description 5
- 229910052698 phosphorus Inorganic materials 0.000 description 5
- VHYFNPMBLIVWCW-UHFFFAOYSA-N 4-Dimethylaminopyridine Chemical compound CN(C)C1=CC=NC=C1 VHYFNPMBLIVWCW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 4
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- QOSSAOTZNIDXMA-UHFFFAOYSA-N Dicylcohexylcarbodiimide Chemical compound C1CCCCC1N=C=NC1CCCCC1 QOSSAOTZNIDXMA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 4
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 4
- OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N adenosine Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 4
- 229910021529 ammonia Inorganic materials 0.000 description 4
- 239000000010 aprotic solvent Substances 0.000 description 4
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 description 4
- 125000000113 cyclohexyl group Chemical group [H]C1([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(*)C([H])([H])C1([H])[H] 0.000 description 4
- 125000006125 ethylsulfonyl group Chemical group 0.000 description 4
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 4
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 4
- 125000001570 methylene group Chemical group [H]C([H])([*:1])[*:2] 0.000 description 4
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 4
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 4
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 4
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 4
- 230000003647 oxidation Effects 0.000 description 4
- 238000007254 oxidation reaction Methods 0.000 description 4
- OJMIONKXNSYLSR-UHFFFAOYSA-N phosphorous acid Chemical compound OP(O)O OJMIONKXNSYLSR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 239000000741 silica gel Substances 0.000 description 4
- 229910002027 silica gel Inorganic materials 0.000 description 4
- BGXNGARHYXNGPK-UHFFFAOYSA-N 2-[1-[(4-methoxyphenyl)methylsulfanyl]cyclohexyl]acetic acid Chemical compound C1=CC(OC)=CC=C1CSC1(CC(O)=O)CCCCC1 BGXNGARHYXNGPK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N Acetic anhydride Chemical compound CC(=O)OC(C)=O WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N N,N-Dimethylformamide Chemical compound CN(C)C=O ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000012300 argon atmosphere Substances 0.000 description 3
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 3
- 125000003236 benzoyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C(*)=O 0.000 description 3
- FFBHFFJDDLITSX-UHFFFAOYSA-N benzyl N-[2-hydroxy-4-(3-oxomorpholin-4-yl)phenyl]carbamate Chemical compound OC1=C(NC(=O)OCC2=CC=CC=C2)C=CC(=C1)N1CCOCC1=O FFBHFFJDDLITSX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-N citric acid Chemical compound OC(=O)CC(O)(C(O)=O)CC(O)=O KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 230000008878 coupling Effects 0.000 description 3
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 description 3
- 238000010511 deprotection reaction Methods 0.000 description 3
- 238000004090 dissolution Methods 0.000 description 3
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 3
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 3
- 125000004185 ester group Chemical group 0.000 description 3
- 239000006260 foam Substances 0.000 description 3
- 239000010410 layer Substances 0.000 description 3
- 230000014759 maintenance of location Effects 0.000 description 3
- 125000000956 methoxy group Chemical group [H]C([H])([H])O* 0.000 description 3
- VLKZOEOYAKHREP-UHFFFAOYSA-N n-Hexane Chemical compound CCCCCC VLKZOEOYAKHREP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 230000008569 process Effects 0.000 description 3
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 3
- 238000011160 research Methods 0.000 description 3
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 3
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 3
- WSLDOOZREJYCGB-UHFFFAOYSA-N 1,2-Dichloroethane Chemical compound ClCCCl WSLDOOZREJYCGB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- UBTJZUKVKGZHAD-UHFFFAOYSA-N 1-[5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-hydroxyoxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione Chemical compound C1=CC(OC)=CC=C1C(C=1C=CC(OC)=CC=1)(C=1C=CC=CC=1)OCC1C(O)CC(N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)O1 UBTJZUKVKGZHAD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- JBWYRBLDOOOJEU-UHFFFAOYSA-N 1-[chloro-(4-methoxyphenyl)-phenylmethyl]-4-methoxybenzene Chemical compound C1=CC(OC)=CC=C1C(Cl)(C=1C=CC(OC)=CC=1)C1=CC=CC=C1 JBWYRBLDOOOJEU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- FALRKNHUBBKYCC-UHFFFAOYSA-N 2-(chloromethyl)pyridine-3-carbonitrile Chemical compound ClCC1=NC=CC=C1C#N FALRKNHUBBKYCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000004182 2-chlorophenyl group Chemical group [H]C1=C([H])C(Cl)=C(*)C([H])=C1[H] 0.000 description 2
- 125000001731 2-cyanoethyl group Chemical group [H]C([H])(*)C([H])([H])C#N 0.000 description 2
- VKIGAWAEXPTIOL-UHFFFAOYSA-N 2-hydroxyhexanenitrile Chemical compound CCCCC(O)C#N VKIGAWAEXPTIOL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- GGCYXYVBTLLTMH-UHFFFAOYSA-N 4-[2-(2-hydroxyethylsulfonyl)ethoxy]-4-oxobutanoic acid Chemical compound OCCS(=O)(=O)CCOC(=O)CCC(O)=O GGCYXYVBTLLTMH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- ZCYVEMRRCGMTRW-UHFFFAOYSA-N 7553-56-2 Chemical compound [I] ZCYVEMRRCGMTRW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- NLXLAEXVIDQMFP-UHFFFAOYSA-N Ammonium chloride Substances [NH4+].[Cl-] NLXLAEXVIDQMFP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N Atomic nitrogen Chemical compound N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101150041968 CDC13 gene Proteins 0.000 description 2
- QUSNBJAOOMFDIB-UHFFFAOYSA-N Ethylamine Chemical compound CCN QUSNBJAOOMFDIB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N Ethylene glycol Chemical compound OCCO LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- MHAJPDPJQMAIIY-UHFFFAOYSA-N Hydrogen peroxide Chemical compound OO MHAJPDPJQMAIIY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M Ilexoside XXIX Chemical compound C[C@@H]1CC[C@@]2(CC[C@@]3(C(=CC[C@H]4[C@]3(CC[C@@H]5[C@@]4(CC[C@@H](C5(C)C)OS(=O)(=O)[O-])C)C)[C@@H]2[C@]1(C)O)C)C(=O)O[C@H]6[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O6)CO)O)O)O.[Na+] DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M 0.000 description 2
- BAVYZALUXZFZLV-UHFFFAOYSA-N Methylamine Chemical compound NC BAVYZALUXZFZLV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- CTQNGGLPUBDAKN-UHFFFAOYSA-N O-Xylene Chemical compound CC1=CC=CC=C1C CTQNGGLPUBDAKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N Phosphorus Chemical compound [P] OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-N Sulfuric acid Chemical compound OS(O)(=O)=O QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N Thymidine Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N 0.000 description 2
- HEDRZPFGACZZDS-MICDWDOJSA-N Trichloro(2H)methane Chemical compound [2H]C(Cl)(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-MICDWDOJSA-N 0.000 description 2
- XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N Urea Chemical compound NC(N)=O XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 150000001412 amines Chemical class 0.000 description 2
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 2
- 150000008064 anhydrides Chemical class 0.000 description 2
- 125000004429 atom Chemical group 0.000 description 2
- 238000007068 beta-elimination reaction Methods 0.000 description 2
- UDSAIICHUKSCKT-UHFFFAOYSA-N bromophenol blue Chemical compound C1=C(Br)C(O)=C(Br)C=C1C1(C=2C=C(Br)C(O)=C(Br)C=2)C2=CC=CC=C2S(=O)(=O)O1 UDSAIICHUKSCKT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 2
- 238000009833 condensation Methods 0.000 description 2
- 230000005494 condensation Effects 0.000 description 2
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 2
- 239000007822 coupling agent Substances 0.000 description 2
- 239000012043 crude product Substances 0.000 description 2
- 125000000753 cycloalkyl group Chemical group 0.000 description 2
- 125000001511 cyclopentyl group Chemical group [H]C1([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(*)C1([H])[H] 0.000 description 2
- JXTHNDFMNIQAHM-UHFFFAOYSA-N dichloroacetic acid Chemical compound OC(=O)C(Cl)Cl JXTHNDFMNIQAHM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 2
- 239000003480 eluent Substances 0.000 description 2
- 150000002148 esters Chemical class 0.000 description 2
- 239000000706 filtrate Substances 0.000 description 2
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 2
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 description 2
- 230000007062 hydrolysis Effects 0.000 description 2
- 238000006460 hydrolysis reaction Methods 0.000 description 2
- 229910052740 iodine Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000011630 iodine Substances 0.000 description 2
- 125000001449 isopropyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])(*)C([H])([H])[H] 0.000 description 2
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 2
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 2
- VNWKTOKETHGBQD-UHFFFAOYSA-N methane Chemical compound C VNWKTOKETHGBQD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000007935 neutral effect Effects 0.000 description 2
- 125000004433 nitrogen atom Chemical group N* 0.000 description 2
- 239000011574 phosphorus Substances 0.000 description 2
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 2
- 239000005373 porous glass Substances 0.000 description 2
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 2
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 2
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 2
- 239000011535 reaction buffer Substances 0.000 description 2
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 2
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 2
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 2
- 229910052708 sodium Inorganic materials 0.000 description 2
- KDYFGRWQOYBRFD-UHFFFAOYSA-L succinate(2-) Chemical compound [O-]C(=O)CCC([O-])=O KDYFGRWQOYBRFD-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- 229940014800 succinic anhydride Drugs 0.000 description 2
- FPGGTKZVZWFYPV-UHFFFAOYSA-M tetrabutylammonium fluoride Chemical compound [F-].CCCC[N+](CCCC)(CCCC)CCCC FPGGTKZVZWFYPV-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- YLQBMQCUIZJEEH-UHFFFAOYSA-N tetrahydrofuran Natural products C=1C=COC=1 YLQBMQCUIZJEEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000001412 tetrahydropyranyl group Chemical group 0.000 description 2
- RWRDLPDLKQPQOW-UHFFFAOYSA-N tetrahydropyrrole Natural products C1CCNC1 RWRDLPDLKQPQOW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 2
- 239000008096 xylene Substances 0.000 description 2
- ADFXKUOMJKEIND-UHFFFAOYSA-N 1,3-dicyclohexylurea Chemical compound C1CCCCC1NC(=O)NC1CCCCC1 ADFXKUOMJKEIND-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000001140 1,4-phenylene group Chemical group [H]C1=C([H])C([*:2])=C([H])C([H])=C1[*:1] 0.000 description 1
- UHDGCWIWMRVCDJ-UHFFFAOYSA-N 1-beta-D-Xylofuranosyl-NH-Cytosine Natural products O=C1N=C(N)C=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- YKBGVTZYEHREMT-KVQBGUIXSA-N 2'-deoxyguanosine Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](CO)O1 YKBGVTZYEHREMT-KVQBGUIXSA-N 0.000 description 1
- MXHRCPNRJAMMIM-SHYZEUOFSA-N 2'-deoxyuridine Chemical compound C1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 MXHRCPNRJAMMIM-SHYZEUOFSA-N 0.000 description 1
- CTTUQCIBNSCQRH-UHFFFAOYSA-N 2,3,4-trimethylpentan-3-amine Chemical compound CC(C)C(C)(N)C(C)C CTTUQCIBNSCQRH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SNTWKPAKVQFCCF-UHFFFAOYSA-N 2,3-dihydro-1h-triazole Chemical compound N1NC=CN1 SNTWKPAKVQFCCF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000004201 2,4-dichlorophenyl group Chemical group [H]C1=C([H])C(*)=C(Cl)C([H])=C1Cl 0.000 description 1
- KLIDCXVFHGNTTM-UHFFFAOYSA-N 2,6-dimethoxyphenol Chemical compound COC1=CC=CC(OC)=C1O KLIDCXVFHGNTTM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- NGNBDVOYPDDBFK-UHFFFAOYSA-N 2-[2,4-di(pentan-2-yl)phenoxy]acetyl chloride Chemical compound CCCC(C)C1=CC=C(OCC(Cl)=O)C(C(C)CCC)=C1 NGNBDVOYPDDBFK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- YPYABRHZKNRZKY-UHFFFAOYSA-N 2-cyanoethoxy-N,N-bis(propan-2-ylamino)phosphonamidous acid Chemical compound CC(C)NN(NC(C)C)P(O)OCCC#N YPYABRHZKNRZKY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CFIBTBBTJWHPQV-UHFFFAOYSA-N 2-methyl-n-(6-oxo-3,7-dihydropurin-2-yl)propanamide Chemical compound N1C(NC(=O)C(C)C)=NC(=O)C2=C1N=CN2 CFIBTBBTJWHPQV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MNZDCOHDXOTQON-UHFFFAOYSA-N 3-[chloro-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]propanenitrile Chemical compound CC(C)N(C(C)C)P(Cl)CCC#N MNZDCOHDXOTQON-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CSDQQAQKBAQLLE-UHFFFAOYSA-N 4-(4-chlorophenyl)-4,5,6,7-tetrahydrothieno[3,2-c]pyridine Chemical compound C1=CC(Cl)=CC=C1C1C(C=CS2)=C2CCN1 CSDQQAQKBAQLLE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CKTSBUTUHBMZGZ-ULQXZJNLSA-N 4-amino-1-[(2r,4s,5r)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-5-tritiopyrimidin-2-one Chemical compound O=C1N=C(N)C([3H])=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 CKTSBUTUHBMZGZ-ULQXZJNLSA-N 0.000 description 1
- NSPMIYGKQJPBQR-UHFFFAOYSA-N 4H-1,2,4-triazole Chemical compound C=1N=CNN=1 NSPMIYGKQJPBQR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091027075 5S-rRNA precursor Proteins 0.000 description 1
- XVMSFILGAMDHEY-UHFFFAOYSA-N 6-(4-aminophenyl)sulfonylpyridin-3-amine Chemical compound C1=CC(N)=CC=C1S(=O)(=O)C1=CC=C(N)C=N1 XVMSFILGAMDHEY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZKHQWZAMYRWXGA-KQYNXXCUSA-J ATP(4-) Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](COP([O-])(=O)OP([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O)[C@@H](O)[C@H]1O ZKHQWZAMYRWXGA-KQYNXXCUSA-J 0.000 description 1
- 102100031260 Acyl-coenzyme A thioesterase THEM4 Human genes 0.000 description 1
- ZKHQWZAMYRWXGA-UHFFFAOYSA-N Adenosine triphosphate Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1OC(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)C(O)C1O ZKHQWZAMYRWXGA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N Beta-D-1-Arabinofuranosylthymine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CPELXLSAUQHCOX-UHFFFAOYSA-M Bromide Chemical compound [Br-] CPELXLSAUQHCOX-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- FERIUCNNQQJTOY-UHFFFAOYSA-M Butyrate Chemical compound CCCC([O-])=O FERIUCNNQQJTOY-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 239000002126 C01EB10 - Adenosine Substances 0.000 description 1
- 125000006538 C11 alkyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- QCMYYKRYFNMIEC-UHFFFAOYSA-N COP(O)=O Chemical class COP(O)=O QCMYYKRYFNMIEC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WSNMPAVSZJSIMT-UHFFFAOYSA-N COc1c(C)c2COC(=O)c2c(O)c1CC(O)C1(C)CCC(=O)O1 Chemical compound COc1c(C)c2COC(=O)c2c(O)c1CC(O)C1(C)CCC(=O)O1 WSNMPAVSZJSIMT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004215 Carbon black (E152) Substances 0.000 description 1
- 241000606153 Chlamydia trachomatis Species 0.000 description 1
- ZAMOUSCENKQFHK-UHFFFAOYSA-N Chlorine atom Chemical compound [Cl] ZAMOUSCENKQFHK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- XFXPMWWXUTWYJX-UHFFFAOYSA-N Cyanide Chemical compound N#[C-] XFXPMWWXUTWYJX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UHDGCWIWMRVCDJ-PSQAKQOGSA-N Cytidine Natural products O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-PSQAKQOGSA-N 0.000 description 1
- UNXHWFMMPAWVPI-QWWZWVQMSA-N D-threitol Chemical compound OC[C@@H](O)[C@H](O)CO UNXHWFMMPAWVPI-QWWZWVQMSA-N 0.000 description 1
- 108010008286 DNA nucleotidylexotransferase Proteins 0.000 description 1
- 102100033215 DNA nucleotidylexotransferase Human genes 0.000 description 1
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 description 1
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UNXHWFMMPAWVPI-UHFFFAOYSA-N Erythritol Natural products OCC(O)C(O)CO UNXHWFMMPAWVPI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101000638510 Homo sapiens Acyl-coenzyme A thioesterase THEM4 Proteins 0.000 description 1
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N Hydrochloric acid Chemical compound Cl VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UFHFLCQGNIYNRP-UHFFFAOYSA-N Hydrogen Chemical compound [H][H] UFHFLCQGNIYNRP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OFOBLEOULBTSOW-UHFFFAOYSA-N Malonic acid Chemical compound OC(=O)CC(O)=O OFOBLEOULBTSOW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- XYFCBTPGUUZFHI-UHFFFAOYSA-N Phosphine Chemical compound P XYFCBTPGUUZFHI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010034962 Photopsia Diseases 0.000 description 1
- 108010021757 Polynucleotide 5'-Hydroxyl-Kinase Proteins 0.000 description 1
- 102000008422 Polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase Human genes 0.000 description 1
- 239000004793 Polystyrene Substances 0.000 description 1
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 235000002492 Rungia klossii Nutrition 0.000 description 1
- 244000117054 Rungia klossii Species 0.000 description 1
- 101150015535 SAX1 gene Proteins 0.000 description 1
- KDYFGRWQOYBRFD-UHFFFAOYSA-N Succinic acid Natural products OC(=O)CCC(O)=O KDYFGRWQOYBRFD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- NINIDFKCEFEMDL-UHFFFAOYSA-N Sulfur Chemical compound [S] NINIDFKCEFEMDL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108700005078 Synthetic Genes Proteins 0.000 description 1
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N Thiophosphoric acid Chemical class OP(O)(S)=O RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 1
- KWFNOUNKEYAIAQ-UHFFFAOYSA-N [2,2-di(propan-2-yl)hydrazinyl]phosphonous acid Chemical compound CC(C)N(C(C)C)NP(O)O KWFNOUNKEYAIAQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GZSJHMVHTPWUEU-UHFFFAOYSA-N [NH4+].[NH4+].[NH4+].[NH4+].[OH-].[O-]P([O-])([O-])=O Chemical compound [NH4+].[NH4+].[NH4+].[NH4+].[OH-].[O-]P([O-])([O-])=O GZSJHMVHTPWUEU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WETWJCDKMRHUPV-UHFFFAOYSA-N acetyl chloride Chemical compound CC(Cl)=O WETWJCDKMRHUPV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000012346 acetyl chloride Substances 0.000 description 1
- 150000008065 acid anhydrides Chemical class 0.000 description 1
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 1
- 239000011149 active material Substances 0.000 description 1
- 125000002252 acyl group Chemical group 0.000 description 1
- 229960005305 adenosine Drugs 0.000 description 1
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 1
- 239000003513 alkali Substances 0.000 description 1
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 description 1
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 description 1
- 125000003710 aryl alkyl group Chemical group 0.000 description 1
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 1
- 239000012298 atmosphere Substances 0.000 description 1
- 238000000376 autoradiography Methods 0.000 description 1
- 238000010533 azeotropic distillation Methods 0.000 description 1
- 230000003796 beauty Effects 0.000 description 1
- WPYMKLBDIGXBTP-UHFFFAOYSA-N benzoic acid Chemical compound OC(=O)C1=CC=CC=C1 WPYMKLBDIGXBTP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- PASDCCFISLVPSO-UHFFFAOYSA-N benzoyl chloride Chemical compound ClC(=O)C1=CC=CC=C1 PASDCCFISLVPSO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N beta-L-thymidine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1OC(CO)C(O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 1
- KDYFGRWQOYBRFD-NUQCWPJISA-N butanedioic acid Chemical compound O[14C](=O)CC[14C](O)=O KDYFGRWQOYBRFD-NUQCWPJISA-N 0.000 description 1
- 125000004744 butyloxycarbonyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000004063 butyryl group Chemical group O=C([*])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 239000004202 carbamide Substances 0.000 description 1
- BVKZGUZCCUSVTD-UHFFFAOYSA-N carbonic acid Chemical class OC(O)=O BVKZGUZCCUSVTD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000006297 carbonyl amino group Chemical group [H]N([*:2])C([*:1])=O 0.000 description 1
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 description 1
- 150000001733 carboxylic acid esters Chemical group 0.000 description 1
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 1
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 1
- 229940038705 chlamydia trachomatis Drugs 0.000 description 1
- 239000000460 chlorine Substances 0.000 description 1
- 229910052801 chlorine Inorganic materials 0.000 description 1
- 150000001805 chlorine compounds Chemical class 0.000 description 1
- HRYZWHHZPQKTII-UHFFFAOYSA-N chloroethane Chemical compound CCCl HRYZWHHZPQKTII-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WBLIXGSTEMXDSM-UHFFFAOYSA-N chloromethane Chemical compound Cl[CH2] WBLIXGSTEMXDSM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000012230 colorless oil Substances 0.000 description 1
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 1
- 239000012141 concentrate Substances 0.000 description 1
- 238000012937 correction Methods 0.000 description 1
- 125000004093 cyano group Chemical group *C#N 0.000 description 1
- WHHUWYZKGIHNPI-UHFFFAOYSA-N cyclohexa-2,4-diene-1,1,4-tricarboxylic acid Chemical compound OC(=O)C1=CCC(C(O)=O)(C(O)=O)C=C1 WHHUWYZKGIHNPI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UHDGCWIWMRVCDJ-ZAKLUEHWSA-N cytidine Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-ZAKLUEHWSA-N 0.000 description 1
- SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N dATP Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 1
- SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N dATP Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1CC(O)C(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N dGTP Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N 0.000 description 1
- 230000006378 damage Effects 0.000 description 1
- 230000018044 dehydration Effects 0.000 description 1
- 238000006297 dehydration reaction Methods 0.000 description 1
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 238000006642 detritylation reaction Methods 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 1
- 229960005215 dichloroacetic acid Drugs 0.000 description 1
- WGLUMOCWFMKWIL-UHFFFAOYSA-N dichloromethane;methanol Chemical compound OC.ClCCl WGLUMOCWFMKWIL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000005690 diesters Chemical group 0.000 description 1
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 1
- 238000001035 drying Methods 0.000 description 1
- CCGKOQOJPYTBIH-UHFFFAOYSA-N ethenone Chemical compound C=C=O CCGKOQOJPYTBIH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N ethidium bromide Chemical compound [Br-].C12=CC(N)=CC=C2C2=CC=C(N)C=C2[N+](CC)=C1C1=CC=CC=C1 ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960005542 ethidium bromide Drugs 0.000 description 1
- QUPDWYMUPZLYJZ-UHFFFAOYSA-N ethyl Chemical compound C[CH2] QUPDWYMUPZLYJZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CEIPQQODRKXDSB-UHFFFAOYSA-N ethyl 3-(6-hydroxynaphthalen-2-yl)-1H-indazole-5-carboximidate dihydrochloride Chemical group Cl.Cl.C1=C(O)C=CC2=CC(C3=NNC4=CC=C(C=C43)C(=N)OCC)=CC=C21 CEIPQQODRKXDSB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960003750 ethyl chloride Drugs 0.000 description 1
- 238000004880 explosion Methods 0.000 description 1
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 1
- 125000002541 furyl group Chemical group 0.000 description 1
- 230000005021 gait Effects 0.000 description 1
- 235000011187 glycerol Nutrition 0.000 description 1
- 230000005484 gravity Effects 0.000 description 1
- 229910052736 halogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 150000002367 halogens Chemical class 0.000 description 1
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 1
- 125000005842 heteroatom Chemical group 0.000 description 1
- 229930195733 hydrocarbon Natural products 0.000 description 1
- 150000002430 hydrocarbons Chemical group 0.000 description 1
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 1
- 125000004435 hydrogen atom Chemical group [H]* 0.000 description 1
- 150000002440 hydroxy compounds Chemical class 0.000 description 1
- 125000004356 hydroxy functional group Chemical group O* 0.000 description 1
- 125000004029 hydroxymethyl group Chemical group [H]OC([H])([H])* 0.000 description 1
- 238000011065 in-situ storage Methods 0.000 description 1
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 1
- 229920000592 inorganic polymer Polymers 0.000 description 1
- 210000003127 knee Anatomy 0.000 description 1
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 1
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 1
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 1
- UWTNRIHEKDEGRW-UHFFFAOYSA-N methane methanol Chemical compound [H]C[H].[H]C[H].[H]CO[H] UWTNRIHEKDEGRW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000003607 modifier Substances 0.000 description 1
- FEKRFYZGYUTGRY-UHFFFAOYSA-N n'-ethylmethanediimine Chemical compound CCN=C=N FEKRFYZGYUTGRY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- RMQXDNUKLIDXOS-UHFFFAOYSA-N n-[9-[5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-hydroxyoxolan-2-yl]-6-oxo-3h-purin-2-yl]-2-methylpropanamide Chemical compound C1=CC(OC)=CC=C1C(C=1C=CC(OC)=CC=1)(C=1C=CC=CC=1)OCC1C(O)CC(N2C3=C(C(N=C(NC(=O)C(C)C)N3)=O)N=C2)O1 RMQXDNUKLIDXOS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- RIVIDPPYRINTTH-UHFFFAOYSA-N n-ethylpropan-2-amine Chemical compound CCNC(C)C RIVIDPPYRINTTH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229920002113 octoxynol Polymers 0.000 description 1
- 229940046166 oligodeoxynucleotide Drugs 0.000 description 1
- 239000012285 osmium tetroxide Substances 0.000 description 1
- 229910000489 osmium tetroxide Inorganic materials 0.000 description 1
- 125000000636 p-nitrophenyl group Chemical group [H]C1=C([H])C(=C([H])C([H])=C1*)[N+]([O-])=O 0.000 description 1
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 1
- 239000008188 pellet Substances 0.000 description 1
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 1
- 125000006245 phosphate protecting group Chemical group 0.000 description 1
- 229910000065 phosphene Inorganic materials 0.000 description 1
- 150000008301 phosphite esters Chemical class 0.000 description 1
- 150000003017 phosphorus Chemical class 0.000 description 1
- FAIAAWCVCHQXDN-UHFFFAOYSA-N phosphorus trichloride Chemical compound ClP(Cl)Cl FAIAAWCVCHQXDN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000026731 phosphorylation Effects 0.000 description 1
- 238000006366 phosphorylation reaction Methods 0.000 description 1
- 125000003386 piperidinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 229920002939 poly(N,N-dimethylacrylamides) Polymers 0.000 description 1
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 1
- 229920002223 polystyrene Polymers 0.000 description 1
- GNSKLFRGEWLPPA-UHFFFAOYSA-M potassium dihydrogen phosphate Chemical compound [K+].OP(O)([O-])=O GNSKLFRGEWLPPA-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 238000001556 precipitation Methods 0.000 description 1
- 239000002987 primer (paints) Substances 0.000 description 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 1
- 125000001325 propanoyl group Chemical group O=C([*])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 1
- 125000004309 pyranyl group Chemical group O1C(C=CC=C1)* 0.000 description 1
- JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-O pyridinium Chemical compound C1=CC=[NH+]C=C1 JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-O 0.000 description 1
- 150000003235 pyrrolidines Chemical class 0.000 description 1
- 230000005855 radiation Effects 0.000 description 1
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 1
- 230000008672 reprogramming Effects 0.000 description 1
- 238000004007 reversed phase HPLC Methods 0.000 description 1
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 230000001568 sexual effect Effects 0.000 description 1
- 125000003808 silyl group Chemical group [H][Si]([H])([H])[*] 0.000 description 1
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 1
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 1
- 239000008223 sterile water Substances 0.000 description 1
- 210000002784 stomach Anatomy 0.000 description 1
- 125000001424 substituent group Chemical group 0.000 description 1
- 125000000472 sulfonyl group Chemical group *S(*)(=O)=O 0.000 description 1
- 229910052717 sulfur Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011593 sulfur Substances 0.000 description 1
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 1
- LXEJRKJRKIFVNY-UHFFFAOYSA-N terephthaloyl chloride Chemical compound ClC(=O)C1=CC=C(C(Cl)=O)C=C1 LXEJRKJRKIFVNY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BCNZYOJHNLTNEZ-UHFFFAOYSA-N tert-butyldimethylsilyl chloride Chemical compound CC(C)(C)[Si](C)(C)Cl BCNZYOJHNLTNEZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000001981 tert-butyldimethylsilyl group Chemical group [H]C([H])([H])[Si]([H])(C([H])([H])[H])[*]C(C([H])([H])[H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- DZLFLBLQUQXARW-UHFFFAOYSA-N tetrabutylammonium Chemical compound CCCC[N+](CCCC)(CCCC)CCCC DZLFLBLQUQXARW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000003536 tetrazoles Chemical class 0.000 description 1
- 229940104230 thymidine Drugs 0.000 description 1
- 125000003944 tolyl group Chemical group 0.000 description 1
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 1
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 1
- YNJBWRMUSHSURL-UHFFFAOYSA-N trichloroacetic acid Chemical compound OC(=O)C(Cl)(Cl)Cl YNJBWRMUSHSURL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000011178 triphosphate Nutrition 0.000 description 1
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 description 1
- UNXRWKVEANCORM-UHFFFAOYSA-N triphosphoric acid Chemical compound OP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O UNXRWKVEANCORM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000002221 trityl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C([H])C([H])=C1C([*])(C1=C(C(=C(C(=C1[H])[H])[H])[H])[H])C1=C([H])C([H])=C([H])C([H])=C1[H] 0.000 description 1
- 239000006200 vaporizer Substances 0.000 description 1
- 239000003643 water by type Substances 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07F—ACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
- C07F9/00—Compounds containing elements of Groups 5 or 15 of the Periodic Table
- C07F9/02—Phosphorus compounds
- C07F9/06—Phosphorus compounds without P—C bonds
- C07F9/22—Amides of acids of phosphorus
- C07F9/24—Esteramides
- C07F9/2404—Esteramides the ester moiety containing a substituent or a structure which is considered as characteristic
- C07F9/2408—Esteramides the ester moiety containing a substituent or a structure which is considered as characteristic of hydroxyalkyl compounds
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Saccharide Compounds (AREA)
Abstract
(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。
Description
【発明の詳細な説明】
オリゴヌクレオチドの合成
本発明はオリゴヌクレオチドの合成方法、該合成方法の実施中に使用できる新規
化合物および自動オリゴヌクレオチドシンセサイザーでの使用に適する固体支持
体に関するものである。
比較的低コストの合成オリゴヌクレオチドが利用できることは現代の分子生物学
の発展にかなり重要である。ポリメラーゼ鎖反応(PCR)技術(ヨーロッパ特
許201184−Aに記載)は、合成オリゴヌクレオチドプライマーの易利用性
に依存する最近開発された重要な技術の例である。この技術の基本はクレッペ(
Kleppe)等(J、1lof、 Bjol、(1971)、観、341〜3
61)によって最初に記載されたが、オリゴヌクレオチドの好都合な供給源が利
用できるようになるまで、この技術は重要とは考えられなかった。オリゴヌクレ
オチド配列を迅速且つ効率的に製造し精製する方法が引き続いてめられている。
オリゴヌクレオチド配列またはその誘導体はリンカ−、アダプター、合成遺伝子
用の構築ブロック、合成調節配列、プローブ、プライマーおよび他の目的として
使用するために定型的に合成され、そして多(の方法がこのような配列を製造す
るために開発されてきた。
これらの方法は一般に、先ず適当に保護されたヌクレオシドの開裂可能な結合に
よる固体支持体への最初の結合、次に多数の化学反応に係わるプリカーサ−がそ
れぞれ付加されている伸長オリゴヌクレオチドストランドに対する個々のヌクレ
オチドプリカーサ−の逐次反応に依拠している。孤立オリゴヌクレオチドの製造
に現在量も一般的に使用される方法はホスホラミダイト化学に基づく方法である
。これは、カルザース等のテトラヘドロン レターズ(Tetrahedrnn
Letters)、198122、(20) 1859〜1862頁およびヨ
ーaツバ特許第61746号、および更にはコスタ−(Koster)等の米国
特許4725677(E−oツバ特許152459) 並びにM、 J−ゲイト
(Gait) (rオリゴヌクレオチド合成、実際の試み」、IRLプレスオク
スフォード、35〜81頁)によって十分に記載されている。
ホスホラミダイト化学を使用して合理的な時間で良好な品質のオリゴヌクレオチ
ドを製造できる幾つかのタイプの自動DNAシンセサイザーが現在市販で入手可
能である −例えば、30個のヌクレオチドを有するオリゴヌクレオチド(30
量体)は市販で入手できる自動シンセサイザーを使用して約3乃至5時間で定型
的に製造することができる。
オリゴヌクレオチドの急速な需要増加に応えるために、このような市販のシンセ
サイザーの処理量を高める改良、すなわち1日当たりに合成されるオリゴヌクレ
オチド数を高める改良が望まれている。
孤立オリゴヌクレオチドが支持体上の個々のヌクレオチドプリカーサ−の逐次反
応によってどのようにして製造され得るかについての実例的な説明はアプライド
バイオシステムズDNAシンセサイザーモデル(Applied Biosys
te+os DNA 5ynthesiser Model) 380Bのプロ
トコール、特にその第2節に提供されており、これは本明細書に参照として組み
入れるつ
本発明者は今、伸長オリゴヌクレオチド鎖に必要であるとして導入された開裂可
能なリンカ一部分を使用して、例えば市販の自動シンセサイザーで、同一の支持
体上で1つより多いオリゴヌクレオチドを合成できるオリゴヌクレオチドの製造
方法を開発した。
本願発明の第1の特徴に従って、本発明者は支持体上の個々のヌクレオチドプリ
カーサ−の逐次反応によって形成される複数のオリゴヌクレオチドの合成方法を
提供する。その際該方法は、(a)第1のオリゴヌクレオチドを形成させ、(b
)上記第1のオリゴヌクレオチドに開裂可能なリンカ一部分を結合させ、(C)
この開裂可能なリンカ一部分に第2のオリゴヌクレオチドを形成させ、そして(
d)このリンカ一部分を開裂させて所望のオリゴヌクレオチドを生じさせる工程
からなる。
認められるように、第1のオリゴヌクレオチドは好ましくは支持体上で形成され
、支持体は好ましくは自動オリゴヌクレオチドシンセサイザーで使用されるよう
な固体支持体である。支持体の同一性は臨界的でなくそしてオリゴヌクレオチド
の自動合成に使用される任意の支持体、例えば米国特許明細書4.458.06
6に開示されているような修飾無機ポリマー、シリカゲル、ポラシル(Pora
s i l )C1キーゼルグール(Kieselguhr) PDMA、ポリ
スチレン、ポリアクリルアミド、シリカCPG (LCAA)または例えばアプ
ライドバイオシステムズDNAシンセサイザーモデル380Bで使用されている
調節多孔ガラスであることができる。支持体は、開裂できるように結合された第
1のヌクレオチドプリカーサ−を有することができ、例えば、固体支持体は例え
ばM、 J、ゲイトの本に記載されているような慣用の開裂可能なリンクによっ
て任意に保護されたヌクレオシドに結合される。
第1のオリゴヌクレオチドはオリゴヌクレオチド合成に使用される慣用のテクノ
ロジーによって、例えば上記した自動オリゴヌクレオチドシンセサイザーでホス
ホラミダイト化学を使用して形成させることかできる。第1のオリゴヌクレオチ
ドは好ましくは当該技術分野で既知の加水分解可能な基(例えば塩基不安定基)
によって支持体に結合される。
開裂可能なリンカ一部分は試薬、例えば修飾ヌクレオシドによってか、またはヌ
クレオシド要素を含有していない試薬によって第1のオリゴヌクレオチドに結合
することかでき、この試薬は第1のオリゴヌクレオチドに結合でき且つそこに第
2のオリゴヌクレオチドを形成でき、そしてオリゴヌクレオチドに有意に影響を
与えない条件下で破壊して第1および第2のオリゴヌクレオチドを分離すること
ができる。
「オリゴヌクレオチドに有意に影響を与えない条件」とはオリゴヌクレオチドを
分解しない条件を意味する。このような条件の例は当該技術分野の熟練者に明白
であり、例えば中性またはアルカリ性pH1例えば2以上のpHを使用しそして
強い電子試薬を有さない条件である。強い核試薬、並びに四酸化オスミウムおよ
び他の既知のオリゴヌクレオチド修飾剤を使用する条件は避けることが好ましい
。
本発明の第1の特徴は、M、 J、ゲイトが記載した上記方法に従って固体支持
体上でリポースの3°ヒドロキシから3′から5°の方向に逐次構築された開裂
可能なリンカ一部分L゛で分離される2′−デオキシアデノシン(dA )、2
゛−デオキシグアノシン(dG )、2゛−デオキシシチジン(dC)および2
′−デオキシチミジン(dT )のホスホラミダイトの種々の組合せを使用する
2オリゴヌクレオチドの形成によって説明することができる。合成後、固体支持
体に結合された配列は次のとおりである・
5° 3゜
d(^CTTL’^GCTA) (1)リンカ一部分L゛および第1のオリゴヌ
クレオチドが固体支持体に結合している結合を開裂した後、2つのオリゴヌクレ
オチドが生じる。
5° 3゛5° 3゛
d(ACTT)・ d(AGCTA)
かくして、2つのオリゴヌクレオチドが1つの固体支持体上で合成された。
従って、本願発明の好ましい第1の特徴は(a)固体支持体に結合した第1の開
裂可能なリンク上に第1のオリゴヌクレオチドを形成させ、
(b)第1のオリゴヌクレオチドに開裂可能なリンカ一部分を結合させ、
(C)この開裂可能なリンカ一部分上に第2のオリゴヌクレオチドを形成させ、
(d)第1の開裂可能なリンクと開裂可能なリンカ一部分を開裂させて複数のオ
リゴヌクレオチドを生じさせる、工程からなる複数のオリゴヌクレオチドの合成
方法を提供する。
開裂可能なリンカ一部分が各第1および第2のオリゴヌクレオチド上の3′およ
び5′酸素によって、更に好ましくはホスフェート、ホスフィツト、ホスフェー
トエステル、ホスフィツトエステルまたはH−ホスホネートエステルを介して第
1および第2のオリゴヌクレオチドを結合させることが好ましい。
第1の開裂可能なリンクの同一性は臨界的であるとは考えられず、好ましくは塩
基不安定基であり、そして例えば塩基不安定エステル基を有するリンクのような
自動オリゴヌクレオチドシンセサイザーで使用される開裂可能な任意のリンクで
あることができる。
明らかなように、開裂されたリンカ一部分の有機残基、例えば炭化水素鎖は開裂
工程(d)後ヌクレオチドに結合させたままにしていることができる。しかし乍
ら、開裂工程(d)後開裂リンカ一部分の有機残基は、このような残基が有する
可能性があるオリゴヌクレオチドの特性に対する悪影響を避けるためオリゴヌク
レオチドに結合させたままにしないことが好ましい。
本発明の方法には、第1または第2のオリゴヌクレオチドに相補的であるオリゴ
ヌクレオチドを含有する溶液と接触させることによる第1または第2のオリゴヌ
クレオチドと別のオリゴヌクレオチドとのハイブリッド形成を試みる工程は必要
でないので含まれない。
本発明の第1の特徴には、それぞれが開裂可能なリンカ一部分によって連結され
ている更に多くのオリゴヌクレオチドを製造するために、工程(b)および(C
)を任意の所望の回数、例えば1から100回、好ましくは1から5回繰り返す
ことが含まれる。認められるように、工程<b)および(C)を繰り返すとき、
更に多くのオリゴヌクレオチドかそれまでに形成されたオリゴヌクレオチドに結
合した開裂可能なリンカ一部分上に形成され、そしてそれらはそれまでに形成さ
れたオリゴヌクレオチドと同一または異なっていることができる。
開裂可能なリンカ一部分は、例えば塩基加水分解によって開裂させて個々のオリ
ゴヌクレオチドの混合物を生じさせることができ、これらは所望の場合精製しそ
して分離することができる。
本明細書では用語「オリゴヌクレオチド」には好ましくはオリゴデオキシリボヌ
クレオチド、オリゴリボヌクレオチドおよびそれらの類似体(例えば、保護基を
有するもの)か含まれ、メチルホスホネートおよびホスホロチオエートまたはホ
スボロジチオエートジエステルバックポーンを有するもの並びにオリゴデオキシ
リボヌクレオチドを有するオリゴヌクレオチド、特に本発明の方法で一層普通に
合成される2°−オリゴデオキシリボヌクレオチドが含まれる。
好ましいオリゴヌクレオチドは本質的に一本鎖であるオリゴデオキシリボヌクレ
オチドであり、そして好ましくは少なくとも2個から、更に好ましくは少なくと
も5個から、特に好ましくは10個から200個の塩基の長さである。
DNAシンセサイザーの使用者に対して、本発明の方法は該装置を一層有効に使
用するという利点を与え、それによってオリゴヌクレオチドの製造および精製の
費用が少なくなる。
DNAシンセサイザーはそのいずれか1つりカラム上に2つまたはそれ以上のオ
リゴヌクレオチド(これらは同一または異なっていることができる)を、各オリ
ゴヌクレオチド間で再プログラミングしないで製造することができる。かくして
、1つのオリゴヌクレオチドの合成が作業日外の時間に完了すると、シンセサイ
ザーは操作を介在させなくてももう1つのオリゴヌクレオチドを製造し続けるこ
とができる。これによってこの種の装置の生産性が顕著に高められる。
本発明の方法はポリメラーゼ鎖反応(PCR)技術用のプライマーの合成に特に
有用である。現在、合成されるオリゴヌクレオチドの大部分はこの目的用である
。このようなプライマーは典型的には対で要求され、本発明の方法は対のすりゴ
ヌクレオチドの製造を可能にするので好都合である。単1カラムのシンセサイザ
ーを使用するとき、および/または作業時間外に施設を十分に使用するために、
上記のことは特に有利である。
個々のヌクレオチドのプリカーサ−は、5゛酸素原子で保護されているヌクレオ
シドホスホラミダイトであり、そして任意に保護された塩基であることが好まし
い。ヌクレオシド塩基を保護する方法は当該技術分野で既知であり、例えば温和
な酸またはアルカリ処理によって除去可能な保護基によるものである。アデニン
およびシトシンは任意に置換したN−ベンゾイル基でそしてグアニンはN−イソ
ブチリル基で保護することができる。チミンおよびウラシルは一般的に保護を必
要としない。アデノシンおよびグアニンはまたジメチルホルムアミドまたは7ヱ
ノキシアセチル基で、モしてシトシンはイソブチリル基で保護することもできる
。保護基は望ましくは、保護されたオリゴヌクレオチドを支持体から分離した後
除去する。
リンカ一部分の開裂は、使用する化学に依存して保護基の除去前・除去中または
除去後に行うことができる。保護基は水性の塩基、特に濃アンモニア溶液による
処理で除去できることが好ましい。本発明の実施態様では、リンカ−は、保護基
の除去およびリンカ一部分の開裂か1段階で行えるように塩基性またはアルカリ
性条件下で開裂させる。使用される典型的な塩基性条件は保護されたオリゴヌク
レオチドを例えば約55℃で24時間まで、特に約5乃至24時間濃アンモニア
と混合することである。リンカ一部分は開裂かこれらの条件下で完了するように
選択することが好ましい1゜開裂を行うために他の塩基、好ましくは揮発性の塩
基を使用することができる。これらは好都合には、好ましくは20〜70%の濃
度の有機アミン水溶液、例えばピペリジンまたはメチルアミンであることができ
る。
本方法で使用するのに適する個々のヌクレオチドのプリカーサ−の例としては
5°−ジメトキシトリチル−N−4−ヘンシイルー2゛−デオキシシチジン、
5゛−ジメトキシトリチル−N−2−イソブチリル−2゛−デオキシアデンン、
5゛−ンメトキシトリチルーN−5−ヘンシイルー2′−デオキシアデノノン、
および
5゛−ジメトキシトリチルチミジンの
2−シアノエチル−N、N−ジイソプロピルアミノホスホラミダイトを挙げるこ
とができる。
オリゴリボヌクレオチドの合成用プリカーサ−は、T、 S−ラオ(Rao)等
のテトラヘドロン レターズ、蔓、4897 (1987)で記載されているよ
うに、リポースの2゛位に保護されたヒドロキシル基、例えば第三級ブチルジメ
チルシリロキシ基またはCTMPと略される1−[(2−クロロ−4−メチル)
フェニル]−4−メトキシピペリジン−4−イルオキシ基があることを除いてオ
リゴデオキシリボヌクレオチド用のプリカーサ−と同一である。
オリゴヌクレオチドの既知の適用では、即ちPCR用のプライマーとしては、オ
リゴヌクレオチドの5゛末端がホスフェート基またはヒドロキシ基を有するかど
うかは重要でない。しがし乍ら、5′ホスフエート基を有するオリゴヌクレオチ
ドの使用には関心が高まっている(例えば、Higuchi & Ockman
(1989)、Nucl、 Ac1d Res、 17(14)、5865頁参
照)。それ故、5′ホスフエート基を有するオリゴヌクレオチドを生じさせる合
成方法は価値がある。5゛ポスフエート基を有するオリゴヌクレオチドの更に有
利な使用は5°リン酸化したオリゴヌクレオチドが所望される遺伝子の化学合成
においてである。
従って、本発明の方法で使用される開裂可能なリンカ一部分は好ましくは、(1
)開裂によって所望のオリゴヌクレオチドの5′と3′の両末端にOH基を生じ
させる部分かまたは(II)開裂によって1つのオリゴヌクレオチドに遊離3’
OH基をそしてもう1つのオリゴヌクレオチドに5′ホスフエート基を生じさ
せる部分がのいずれかからなる。
かくして、本願発明方法の好ましい特徴では、工程(d)は好ましくは、それぞ
れが3°および5゛位にヒドロキシ基およびポスフェート基から選択される基を
有する所望のオリゴヌクレオチドを生じさせる。
オリゴヌクレオチドを合成するために現在使用される試薬には保護されたヌクレ
オシドホスホラミダイトが含まれる。それ故、本願力法で使用される開裂可能な
リンカ一部分が修飾ヌクレオシドによって結合されると好都合であろう。
従って本発明はまた、上記第1のオリゴヌクレオチドに結合できそしてそこで第
2のオリゴヌクレオチドを形成できる一般式(0)の修飾ヌクレオシド試薬も提
供する:
Z−Nuc−L’−0−PA (II)式中、
Nuc は塩基が任意に保護されているヌクレオシドであり、Z はNucの5
°酸素に結合した保護基であり、−〇−PΔはホスホラミダイト基、ホスフェー
トエステル基、H−ホスホネート基、またはホスホジエステル基に変換できる他
の基であり、そして
L′ は開裂可能なリンカ一部分であり、これは好ましくはNucの3′酸素に
結合した加水分解可能な基である。
用語「加水分解可能な」は、塩基、例えば水性アルカリ、水酸化アンモニウムま
たはピペリジンで処理することによってL′が2つまたはそれ以上の部分に開裂
または分離され得ることを意味する。
式Z−Nuc−L’−0−PAの修飾ヌクレオシドは好ましくは式(III)で
ある:
式中、Z、 L’および一〇−PAは上記したとおりであり、Bは任意に保護さ
れた塩基、例えば任意に保護されたウラシル、チミン、シトシン、アデニン若し
くはグアニン、またはそれらの類似体であり、モしてDはHまたは保護されたヒ
ドロキシル基である。
ホスフェートエステル基およびH−ホスホネート基の例としては、それぞれ式:
(式中、Z、は保護基、好ましくは塩基不安定保護基、例えば2−クロロフェニ
ルまたは2,4−ジクロロフェニルである)の遊離酸形sの基を挙げることがで
きる。
好ましくは、−0−PAは次の一般構造のホスホラミダイトである:
特にC14−アルキル、任意に置換されたアラルキル、特に任意に1換されたベ
ンジル:10個までの炭素原子を有するシクロアルキルおよびシクロアルキルア
ルキル、例えばシクロペンチル若しくはシクロヘキシルであるかまたはR4とR
5はそれらが結合している窒素原子と一緒になって任意に置換されたピロリジン
若しくはピペリジン環を形成するかまたはR4とR3はそれらが結合している窒
素と一緒になって飽和窒素異項環(これは任意に、窒素、酸素および硫黄からな
る群からの1つまたはそれ以上の異項原子を更に含む)を形成する。R4および
R5は好ましくはイソプロピルである。
R,は水素原子または保護基、例えばホスフェート保護基を表わす。ホスフェー
ト保護基の例としては、任意に置換されたアルキル基、例えばメチル、2−シア
ノエチル、2−クロロフェニル、2.2.2−トリハロー1,1−ジメチルエチ
ル、5−クロロキン−8−イル、2−メチルチオエチルおよび2−フェニルチオ
エチル基(その際、)工二ル環は例えば、ハロゲン、例えば塩素またはNO2か
ら選択される基によって任意に置換されている)を挙げることができる。好まし
くはR6はメチルであり、更に好ましくは2−シアノエチルである。
上記式IIのNucは慣用のヌクレオシドおよびチオキンヌクレオシド、(デオ
キシ)シチジン、(デオキシ)7デノシン、(デオキシ)グアノシン、(リボ)
チミジンまたは(デオキシ)ウリジン並びにその類似体を表わす。ヌクレオシド
の塩基部分は任意に保護基によって保護される。かくして、例えば、アデニン、
シトシンおよびグアニン中のアミン置換基は当該技術分野で使用される任意の保
護基(例えば、E 0htsuka等のNucleic Ac1ds Re5e
arch、(1982)、廷、6553〜6570に記載されているような)で
保護することができる。
更に、2i!il;71な塩基保護基はヌクレオチド化学者に明白であり、そし
て特にイソブチリルおよび任意に置換されたベンゾイルを含み、イソブチリル基
はグアニンの保護基として特に適切でありそして任意に置換されたベンゾイル基
はシトシンおよびアデニンの保護基として特に適切である。塩基か保護されてい
るヌクレオシドには例えば、N4−ヘンジイルシトシン、N6−ベンゾイルアデ
ニンおよびN2−イソブチリルグアニンが含まれる。塩基は必ずしも保護される
必要はないと考えられ、その例はチミンおよびウラシルである。
上記式の2はヌクレオシドの5゛−ヒドロキシル基の保護基、特に酸不安定保護
基を表わす。適当な保護基は当該技術分野の熟練者に明白であり、そしてT、
L グリーン(Greene)によって記載された「有機合成における保護基」
、ワイリーインターサイエンス(Viley Interscience)で考
察されているものを含む。このような保護基の例には、テトラヒドロピラニル、
例えばテトラヒドロビラン−2−イル、4−メトキンテトラヒドロピラニル、例
えば4−メトキシテトラヒドロピラン−2−イル、メトキシトリチル(好ましく
はオリゴリボヌクレオチド合成用のみ)、ジメトキシトリチル、ビキシル、イソ
ブチルオキシカルボニル、L−ブチルジメチルシリル等の保護基が含まれる。好
ましくは、Zはジメトキシトリチルである。
理解されるとおり、−0−PAがH−ホスホネートまたはホスホラミダイトであ
る°とき、それらはそれぞれ、例えば水性ヨウ素または過酸化水素を使用して本
方法の実施中にホスフェートジエステルまたはホスフェートトリエステル基に酸
化される。H−ホスホネートの場合には、酸化は好ましくは工程(C)の後で且
つ工程(d)の前に実施され、一方ホスホラミダイトの場合には、酸化は好まし
くは工程(a)および工程(C)の間に行われる。
式(ru)の修飾ヌクレオシド試薬では、L′は好ましくは以下で考察する構造
を有する3つの部分(i)、(ii)および(iii)を含んでなるかまたはこ
れら3つの部分だけからなる。
部分(1)は好適には、開裂によって、例えば加水分解によって、それまで結合
していたオリゴヌクレオチドの3゛末端に3゛ヒドロキシル基を生成させる基か
らなる。このような基の例としては、カルボニル、C0NHおよびイミデート基
を挙げることができる。好ましくは部分(i)はカルボニル、C0NHまたは一
〇(=NH,’)基であり、これはオリゴヌクレオチドの3′ヒドロキシル基の
酸素原子と結合して加水分解可能な部分、特にカルボン酸エステル部分を生じさ
せる。それ故、好ましくは部分(1)は1− 基である。
部分(ii)は任意のスペーサー基、好ましくは自動オリゴヌクレオチド合成に
適合できるスペーサー基、例えば二価の有機スペーサー基または炭化水素スペー
サー基であることができる。好都合には、部分(!1)は、例えば長さが2から
15個の原子、好ましくは長さが2から6個の原子の二価の有機スペーサー基で
ある。好ましい二価の有機スペーサー基は、1,2−11.3−または1,4−
フェニレン、シクロへクス1.4−1’l/:/、−5−1−〇−1−SO2−
1−NHCのような他の基によって任意に中断され、1つまたはそれ以上置換さ
れまたは置換されていないメチレン基を含んでなるかまたはそれらだけからなる
。
試薬の合成を促進するためおよび/またはスペーサー基がそれ自体折り重なる可
能性を減らす要素を提供するために、任意の中断物が導入される。オリゴヌクレ
オチドの3′ヒドロキシルから伸長させる特に好都合な方法は無水コハク酸との
反応によるものであり、従って部分(1)が−〇〇、−でありそして部分(2)
か基−(cH2)2CO,O−であるかまたはそれを含む分離基が特に好適であ
る。
部分(1ii)はホス7エートエステル基のベータ脱離をもたらし得る基からな
ることができる。この基は2つのタイプ、即ちタイプAまたはタイプBであるこ
とができる。
タイプAは次の構造のものである
Q 2 CHR+ CR、R3一
式中、Q2は一5o2−のような電子吸引基であり、そしてR1、R2およびR
3はそれぞれ独立してH若しくはアルキル、特にC14−アルキルのような電子
非吸引基、またはベータ脱離反応でそれ自体離脱基でないか或いは一〇−PAに
よって導入されたホスフェートエステル基が脱離するとき干渉しない置換基であ
る。或いはまた、R1は電子吸引基であることができる。
タイプBは次の一般式のものである。
式中、Qlは電子吸引基、例えば−F、−R4、−No2、−フェニル、アリー
ル(例えばフェニル、置換フェニル、または好ましくはp−ニトロフェニル)、
シアノ、−3o1R(R=アルキル)でありモしてR2およびR3は上記で定義
したとおりである。
R1、R2およびR3はそれぞれ独立してHまたはCl−4−アルキル、更に好
ましくはH若しくはメチル、特にHであることが好ましい。
或いは、部分(iii)は次の式の基である:Rs CRy(O20) CRy
Ra−または−CO,〜0−CR?R1□−CR,R,。一式中、各R丁は独立
してHまたはCl−4−アルキルであり、R8とR8のうち1つは単結合であり
そして他はHまたはcl−4−アルキルであり、
R10とR1+はそれぞれ独立してHまたはCl4−アルキルであるかまたはR
7゜はR1,およびそれらが結合している炭素原子と一緒になって任意に置換し
た4、5.6または7員の脂環式環または異項環を形成し、そしてZ2は保護基
、好ましくは塩基不安定保護基である。
基(りは基(iii)の要素Q2として利用できるように十分に電気陰性である
ことができると考えられる。このような場合には、Nucの3゛酸素は基(1i
i)に直接結合されそして基(ii)は必要でない。
これら部分は好ましくは、(1)、(lり、(iii)の順番に一緒に結合され
、(1)と(iii)は構造(III)に示されるようにそれぞれヌクレオシド
(Nuc)と−〇−PAに結合される。
好ましくは開裂可能なリンカ一部分L°は次の式のものである・式中、Wは部分
(!l)で定義された二価の有機スペーサー基、特に−CH= CH2CO、O
CH2CH2−である。
L′は式(IV)
であることが好ましい。
本発明の第1の特徴に従う方法を実施して式(IT)の1つまたは複数の基によ
って結合された複数のオリゴヌクレオチドを生じさせるとき、塩基で処理すると
(IV)の矢印で示された点で開裂して複数のオリゴヌクレオチドを生成し、そ
の1つは5゛リン酸化されている。
修飾ヌクレオチドは好ましくは式(V)(式中、Z、BおよびPAは上記で定義
したとおりである)のものである。
式(II)または(III)の−〇−FAがホスホラミダイト基である化合物は
、塩基としてジイソプロピルエチルアミンを使用して式Z−Nuc−L’−OH
の化合物と弐X’−PAの化合物をCH,C12中で反応させて製造することが
でき、その際PAは、−〇−が存在しないことを除いて一〇−PAに関して上記
で定義したホスホラミダイトであり、モしてXIは離脱基、例えばCIまたはB
rである。
式(II)または(III)の−〇−PAがホスフェートエステル基であるとき
、式(II)または(III)の化合物はM、 J、ゲイトが上記の本に記載し
た方法に類似した方法を使用して式Z−Nuc−L’−〇Hの化合物と対応する
遊離ホスフェートエステルのトリアシライドとの反応によって製造することがで
きる。
式(II)または(III)の−0−PAがH−ホスホネート基であるとき、式
(II)または(III)の化合物はB、 C,フレーヘル(Fr。
eher)等、ヌクレイックアシッズリサーチ(Nucleic Ac1ds
Re5earch)、(1986)、曇、5399〜5407、が記載した方法
に類似した方法を使用して1.2.4−トリアゾールの存在下で式Z−Nuc−
L’−OHの化合物とPCl3との反応によって製造することができる。
式Z−Nuc−L’−OHの化合物は式Z−Nuc−OHの化合物と適当な二官
能性カルボン酸、例えばコハク酸の無水物との反応、続いてこうして製造された
酸誘導体と適当なジヒドロキシ化合物、例えば2,2′−スルホニルジェタノー
ルとのカップリングによって2工程で製造することができる。カルボン酸誘導体
とジヒドロキシ化合物を上記のようにカップリングさせるためには、カルボン酸
は当該技術分野で既知の方法、例えば、1,3−ジシクロへキシルカルボジイミ
ドのようなカップリング剤の介在によって2分子のカルボン酸誘導体の縮合によ
って対称形の無水物をその場で形成させることによってヒドロキシル基と反応す
るように活性化することができる。
ヒドロキシ化合物と活性化カルボン酸誘導体との反応は1モル等量の塩基の存在
下非プロトン性溶媒中で行うことができる。このようにして製造された式Z−N
uc−L’−OHの化合物は好ましくは、幾つかの適当な手段、例えばクロマト
グラフィーによって反応混合物から精製する。
式Z−Nuc−OHの化合物は、好ましくは1モル等量の塩基の存在下非プロト
ン性溶媒中で式HO−Nuc−OHの化合物と式z−X1(式中、XIおよびZ
は上記で定義したとおりである)の化合物との反応によって製造することができ
る。好ましくは、z−x’は2つ(またはHO−Nuc−OHがリポヌクレオシ
ドである場合には3つ)のうちただ1つの利用可能なヒドロキシル基に優先的に
反応する化合物である。好ましくは、z−x’はHO−Nuc−OHの5′−位
の第一級ヒドロキシルと選択的に反応する。
好都合な修飾ヌクレオシドは式(Vl) :(式中、Bは上記で定義したとおり
である)のちのである。
構造■の例において、開裂可能なリンカ一部分L′は、第2のオリゴヌクレオチ
ドの3′ヌクレオチドになるヌクレオシドからなる試薬(例えば、構造IIの)
によってかまたはヌクレオシド要素を有していない試薬によってかのいずれかで
導入することができる。一般式(II)の修飾ヌクレオシドは本発明の方法で記
載した開裂可能なリンカ一部分を導入するために非常に重要である。しかし乍ら
、所望の第2のヌクレオチドの3′ヌクレオシドがA、G、T、CまたはUのど
れであるかに依存して5つの上記ヌクレオシドが要求される。
経済性と便宜性のためには、ヌクレオシド要素を有さず、第1および第2のオリ
ゴヌクレオチドの両方に結合でき、そしてオリゴヌクレオチド合成、例えばDN
Aシンセサイザーで使用されるホスホラミダイト化学または他の化学に適合でき
且つオリゴヌクレオチドから、例えば水酸化アンモニウム処理によって完全に除
去できる単一の試薬を有することが望ましいう
従って、本願発明は式(VII)の化合物を提供する。
Zl−0−A’−E−A2−0−FA (VII)式中、AIおよびAzはそれ
ぞれ独立して式(Vlla)、(VIIb)、(Vllc)または(YI Id
)であり、その際星印で示された炭素原子は式(Vll)に示された酸素原子に
結合している:Zl は保護基であり。
R1、R2、R3、Ql、C2および一〇−PAは上記で定義したとおりであり
:
各R7は独立してHまたはC1−4−アルキルであり:R8およびR1のうち1
つは、式(VIIa)の基がEに結合している単結合であり、他の1つはHまた
はC14−アルキルであり。
Z2 は保護基、好ましくは塩基不安定保護基であり:RIGおよびR11はそ
れぞれ独立してHまたはC11−アルキルであるかまたはR1゜とR1,および
それらが結合している炭素原子は一緒になって任意に置換された4、5.6また
は7員の脂環式環または異項環を形成し。
E は共有単結合またはスペーサー基であり、但しAIとAIが共に式(VII
d)であるとき、Eはスペーサー基である。
Zlで表わされる保護基は好ましくは数本安定保護基であり、更に好ましくはZ
に関して上記で示した数本安定保護基、特にジメトキシトリチルである。
Z′が塩基不安定保護基であるとき、これは好ましくはT−IIl、グリーン(
Green )の上記水に開示された塩基不安定保護基、特にシリル基、例えば
L−ブチルジメチルシリル、更に好ましくはCl−4−アルカノイル基、または
特に、驚いたことに式(VII)の特に安定な化合物を生じさせることが見い出
されている任意に置換したベンゾイル基のようなアシル基から選択される。
Rl、 R2、Rコ、R7、R8、R9、R1゜およびR1、のいずれかがHま
たはC7−1−アルキルであるとき、それは好ましくはメチル、更に好ましくは
Hである。C2は好ましくは−502−である。
Eがスペーサー基であるとき、それは好ましくは上記の部分(11)で定義した
スペーサー基、更に好ましくは任意に置換されたアルキル、脂環式またはアリー
ル基、特にフェニレン若しくは6個までの炭素原子を有するアルキル基である。
好ましい脂環式環は5または6員環、例えばシクロヘキシルまたはシクロペンチ
ル環である。好ましい異項環は5または6員環、例えばフラニルまたはピラニル
環である。
A1とA2が共に式(VIIn)であるとき、Eは共有単結合、−(CHz)−
一、−CO,NH(CH2)、NH−CO,−1−0−CO,−G−CO,−O
−または−CO,−0−G−0−CO,−であることが好ましく、その際Gは−
(CH2)−−、アリール、特にフェニル、またはシクロヘキシル、シクロへキ
シルメチレン若しくはシクロペンチルのような脂環式基でありそして各lは独立
して1から6、好ましくは2から6、特に2の値を有する。
A1とA2が共に式(VIIb)または(VIIc)から選択されるとき、Eは
式−(CH,)、−または−(CH2)、−0−CO,−G−CO,−0−(C
H2)、−であることが好ましく、その際■およびGは上記で定義したとおりで
ある。
AIとA2が共に式(VIra)であるとき、Eは上記で定義した弐G1特に−
(CH2)2−またはフェニルである゛ことが好ましい。
A1が式(vIIa)テアリモシテA2カ式(Vllb) i!たlet (V
IIc) t’アルドき、E ハ式(CB2)−−1−G−Co、O(CH2)
−*たは−G−0−CO,−(CH2)−−であることが好ましく、その際−お
よびGは上記で定義したとおりである。
A’、I><式(vIIa)テアリソシテA2カ式(VIId)テアルトキ、E
は式−(cHz)−−1−0,CO,−G−または−〇−CO,−0−G−であ
ることが好ましく、その際■およびGは上記で定義したとおりである。
AIが式(VIIb)またハ(VIIC) TありそしてA2が式(VIIa)
テあるとき、Eは式−(CH2)、−1−(CH2)=−0−CO,−G−ま
たは−(CH2)、−CO,−0−G−であることが好ましく、その際■および
Gは上記で定義したとおりである。
AIが式(vIIb)マタハ(vIIC)テアリモシテA2カ式(VIId)
テあるとき、Eは式−(CH2)、−または−(CH2)、OCO,G−である
ことが好ましく、その際園およびGは上記で定義したとおりである。
A1が式(’/1id)でありモしてA2が式(Vlla)であるとき、Eは式
−(CH,)、−1−G−0−CO,−G−または−G−CO,−0−G−であ
ることが好ましく、その際mおよびGは上記で定義したとおりである。
A1が式(vIId)テアリモシテA2カ式(VIIb)またハ(VIIc)
テあるとき、Eは式−(CH2)、−または−(CH2)、−0CO,−G−ま
たは−(CH2)、−CO,−0−(CH2)、−であることが好ましく、その
際論およびGは上記で定義したとおりである。
A1およびA2は共に独立シテ式(VI Ia)、(VIIb)および(Vll
d)から選択されることか好ましく、その際星印で示された炭素原子は式(Vl
l)に示された酸素原子に結合されている。
式(VI Ia)で表わされる基の例としては−”CI!2−cJl(OZ21
−ダ(22<(O22)−01,、= ヨヒ−F−OK(0221−CI[、。
を挙げることができる。
式<yob)で表わされる基の例としては一*C五2CI!2−502−CI!
2− オヨCF −”CBCH3−CB2−502−CH2−0を挙げることが
できる。
式(VIIc)で表わされる基の例としてはを挙げることかできる。
式(VIId)で表わされる基の例としては一會C!!2cH2−OCO,−オ
ヨヒ−”C!!(C!!310!2−OCO,−。
を挙げることができる。
式(VII)の化合物は本発明の方法で記載した第1と第2のオリゴヌクレオチ
ド間に式−A’−E−A”−の開裂可能なリンカ一部分を結合するのに適当な試
薬である。適当な条件下、例えば水酸化アンモニウムにより処理すると、化合物
は開裂して式(VII)の化合物の任意の有機残基を有していない所望のオリゴ
ヌクレオチドが生じる。これは、オリゴヌクレオチドが遊離またはリン酸化3″
または5′末端を有することが望まれる場合に特に価値がある。
式(Vll)の化合物の有用性は上記した式(I)の配列の製造を参照して説明
することができる。例えば、式(1)のLlが式(VII)の化合物から誘導さ
れるとき、A2が式(VIIa)または(VIId)である場合には5’ −O
Hを有する式d(AGCTA)のオリゴヌクレオチドが生じ、そしてAIが式(
VI Ib)または(VIIc)であるときには5゛ホスフエート基を有するd
(AGCTA)が生じる。従って、式(VII) ノ化合物(7)A2ヲ(Vl
la)、(VIIb)、(VIIc)および(Vlld)から適切に選択するこ
とによって、本発明の方法は、本発明の方法に従って製造される第1、第2およ
びその後のオリゴヌクレオチドが3゛位にヒドロキシ基を有するのかどうかまた
は5′位lこヒドロキシ基若しくはホスフェート基を有するのかどうかを選択で
きるという大きな利点を提供する。
−0−PAがホスホラミダイトである式(VII)の化合物は、塩基としてジ(
N−イソプロピル)エチルアミンを使用してCH2Cl□中で式Z’−0−A’
−E−A2−OHの化合物を式X’−PA(7)化合物と反応させて製造するこ
とができる。、PAは好ましくは、−G−が無いことを除いて一〇−PAに関し
て上記で定義したホスホラミダイトであり、そしてZl、A1、EおよびA2は
上記で定義したとおりであり、モしてXlは離脱基、例えばCIまたはBrであ
る。
式(VII)の−0−PAが上記で定義したホスフェートエステル基であるとき
、式(vII)の化合物は、M、 J、ゲイトの上記率に記載されている方法に
類似する方法を使用して式Z’−0−A’−E−A2−OHの化合物を対応する
遊離のホスフェートエステルと反応させて製造することができる。
式(VII)の−〇−PAH−が上記で定義したH−ホスホネート基であるとき
、式(VII)の化合物は、B、 C,フレーラ−(Froehler)等、ヌ
クレイツクアシッドリサーチ、(1986)、14.5399〜5407、が記
載した方法と類似した方法を使用して1,2.4−トリアゾールの存在下で式Z
’−0−A’−E−A2−OH(7)化合物とPCl、との反応で製造すること
ができる。
式Z’−0−A’−E−A2−OHの化合物はZl−0−A’−E−A2−0−
TBDMSの化合物の脱保護によって製造することができ、その際T B D
M Sはt−ブチルジメチルシリル基(これはTHF中テトラブチルアンモニウ
ム70リドを使用して除去できる)または中性条件下で除去できる他の保護基で
ある。
AlまたはA2が式(Jlla)であるとき、式Z’−0−A’−E−A2−0
−TBDMS(7)化合物は式Z’−0−A’−E−A4−0−TBDMS (
式中、AJはz2が存在するときにはHであることを除いてAIに関して定義し
たとおりであり、モしてA4はZ2が存在するときにはHであることを除いて八
2に関して定義したとおりである)の化合物を式Z2XI(式中、XIは離脱基
、例えばCIまたはBrである)の化合物(例えば、塩化アセチル若しくは臭化
プロパノイルのようなC1−4−アルカノイルハライドまたは任意に置換された
ベンゾイルハライド)との反応によって製造することができる。式Zl−0−A
コーE−A’−0−TBDMSの化合物はZl−0−A3−E−A’−OHとT
BDMS−CIの反応によって製造することができる。Z’−0−A’−E−A
4−OHは、好ましくは非プロトン性溶媒中1等Iのピリジンのような塩基を用
いてHO−A’−E−A4−OHとZ’−CIを反応させて製造することができ
、そしてクロマトグラフィーのような標準的な精製技術でZ’−0−A’−E−
A4−0−Z’を除去する。
AIおよびA2がツレツレ式(VIIb)、(VIIc)またハ(Wild)
t?アルとき、式zI−o−A1−E−A2−oHの化合物は、好マシくは非プ
ロトン性溶媒中上記のDCCIまたは1−(3−ジメチルアミノプロピル)−3
−エチルカルボジイミドのような適当な縮合剤を使J’lfN、r式Zl−0−
AI−E−Co2Hの化合物と式HO−A2−OHの化合物との反応によって製
造することができる。
式Z’−〇−A’−E−CO2Hの化合物は、好ましくは非プロトン性溶媒中等
モル量の塩基の存在下で式Z’−0−A’−OHの化合物と式HO2C−E−C
o2Hの化合物の活性体との反応によって製造することができる。ジカルボン酸
は酸無水物、酸クロライド若しくは何らかの他の適当な誘導体として存在するこ
とによってヒドロキシル基による攻撃に対して活性化させることができ、または
この反応に上記したカップリング剤を存在させて介在させることができる。
式Zl−0−AI−OHの化合物は、無水の非プロトン性溶媒中等モル量の塩基
の存在下で式HO−A’−OHの化合物とZl−CIの反応によって製造するこ
とができる。
式(Vll)の化合物およびそのプリカーサ−を製造する上記方法において、Z
l、A’、E、A2.0、PAおよびZ2は、別に記載されている場合およびD
CCIが1,3−ジシクロ口へキシルカルボジイミドであることを除いて、上記
で定義したとおりである。
本発明の更にもう1つの特徴に従って、好ましくは3′および5′酸素原子によ
って、式−AI−E−A2−または−L゛−(式中、A1、EおよびL゛および
A2は上記で定義したとおりである)の開裂可能なリンカ一部分を有する1つま
たは複数の基によって結合された2つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドから
なる化合物が提供される。開裂可能なリンカ一部分および式−AI−E−A2−
または−L′−はH−ホスホネート、ホスフェート、ホスフィツト、ホスフェー
トエステルまたはホスフィツトエステル結合によってそれぞれのオリゴヌクレオ
チドに結合していることが好ましい。オリゴヌクレオチドの1つは支持体に結合
していることが好ましい。
H−ホスホネート結合は式−HP(=O)−であり、好ましいホスフェートエス
テル結合は式−P(=O)−OR,、−であり、そして好ましいホスフィツト結
合は式−P(−OR,)−であり、その際R6は上記で定義したとおりである。
支持体上の孤立オリゴヌクレオチドの合成に現在使用される殆どの方法の1つの
特徴は、既に結合された第1の(3′)ヌクレオシドを有する市販で入手可能な
支持体を用いて開始されることである。
これは主として、孤立オリゴヌクレオチドと固体支持体間に開裂可能なリンクを
提供することが必要なためである。これまで、オリゴヌクレオチドにヌクレオチ
ド要素を導入する唯一の手段として保護されたヌクレオシドプリカーサ−を使用
することは上記によって妨げられていた。既に結合された第1のヌクレオシドを
有する支持体を使用しないで支持体上にオリゴヌクレオチドを合成できる方法の
需要がある。
式(II)または(VII)の化合物はまた、結合された第1の開裂可能なリン
クを有していない支持体を結合された第1の開裂可能なリンクを有している支持
体に変換するために使用できることも本発明者は見い出した。
従って、本願発明の更にもう1つの特徴は上記で定義した式(II)または(V
II)の化合物と開裂可能なリンクを有していない固体支持体の縮合によって開
裂可能なリンクを有する固体支持体を製造する方法からなっている。
この更なる特徴においては、固体支持体は好ましくは、ヒドロキシルまたはアミ
ノ基、好ましくはヒドロキシル基、例えば自動オリゴヌクレオチド合成で使用さ
れる上記固体支持体の1つを有する慣用の支持体の1つである。式(II)また
は(Vll)の試薬との反応は既知の方法と類似する方法で行うことができる。
試薬(II)または(VII)の−〇−PAの性質に依存して、開裂可能なリン
クはヌクレオチドプリカーサ−の場合と同様にして自動核酸シンセサイザーによ
って導入することができる。本発明のこの特徴においては、ベーター脱離部分を
有していない式(II)または(Vll)の試薬(例えば、A2が式(VIIa
)または(VIId)である場合)の使用は、これらが開裂後に固体支持体の望
ましくないリン酸化を生じさせないので、好ましい。ベーター脱離基を有してい
ない試薬の好都合な特徴はヒドロキシル含有支持体のヒドロキシル基が再生され
、更なるオリゴヌクレオチドを合成するために支持体を再使用できるようになる
ことである。
本発明のこの更なる特徴の一般的な利点は、結合された第1のヌクレオシドを有
する支持体の購入または合成を回避することである。
これは、第1の結合されたヌクレオシドを有する支持体が容易に入手できない慣
用でない構造のオリゴヌクレオチドの合成に特に有利である。
本願発明の更にもう1つの特徴は、式(VIII)または(IX) :5UP−
P’−L’−Nuc−Z (VIII)SUP−PI−A2−E−A’−0−Z
’ (IX)(式中、
L′、Nuc、Z、Al、E、A’およびZlは上記で定義したとおりであり:
SUP は固体支持体、好ましくは自動オリゴヌクレオチドシンセサイザーに使
用するのに適するヒドロキシまたはアミノ基を有する固体支持体であり、そして
Plは式。
(式中、R6およびZ3は上記で定義したとおりである)である)
の自動オリゴヌクレオチドシンセサイザーに使用するのに適する固体支持体を提
供する。
SUPは好ましくは自動オリゴヌクレオチド合成に使用される上記固体支持体の
1つである。
本発明を次の非限定的な実施例によって説明する:実施例1
試薬M1.5°−0−(4,4’−ジメトキシトリチル)−2゛−デt±シチミ
ジンー3゛−イル2−(2−[2−シアノエトキシ)N、 N−(ジイソプロピ
ルアミノ)ホスファニロキシ]エチルースルホニル)エチルサクシネートの製造
。
これは以下に記載する1から3と番号を付した工程を使用して合試薬M1は式(
VI)のBがチミジニルのものである。
工程1:
ピリジニウム5“−0(4,4’−ジメトキシトリチル)−2’−デオキシチミ
ジン−3′−イル2−ピリジニウムサクシネート。
この化合物はヌクレイックアシッズリサーチ(1980)、8 (5)、109
0にゲイト等が記載した方法で製造した。
至桿l゛
5°−0−(4,4’−ジメトキシトリチル)−2′−デオキシチミジン−3′
−イル2−(2−ヒドロキシエチル−スルホニル)エチルサクシネート。
5−0 (4,4’−ジメトキシトリチル)−2°−デオキシチミジン−3′−
イル2−ピリジニウムサクシネート(3,0g、4.2ミリモル)はアルゴン雰
囲気下でジシクロへキシル−カルボジイミド(0,43g、 2.1ミリモル)
のジクロロメタン(40■l)溶液に添加した。反応混合物は室温で40分間撹
拌し、そしてろ過後、真空下で乾固した。残渣は乾燥した蒸留ピリジン(30■
l)に溶解させ、そして45℃未満でトルエンと共に共沸蒸留して乾燥した(爆
発の危険性に注意)スルホニルジェタノール(0,38g 、 3.14 ミリ
モル)をアルゴン雰囲気下で上記溶液に加えた。反応混合物は室温で一夜撹拌し
、次いで溶媒を減圧下で留去した。粗生成物(2,7g)は、残渣を乾燥トルエ
ン(2×3抛l)と−緒に共沸させた後、淡黄白色の泡状物として得た。生成物
(0,38g、 0.5ミリモル、12.5%)は溶出液としてメタノール:ジ
クロロエタン(347,2000m1)を用いるシリカゲル(Merck Ar
t No。
9385.250 g )クロマトグラフィーにかけた後白色固形物として得た
。
IHNMR(δ) (CDCl2.400MHz): 8.56 (IH,s、
NH)、7−25 (9L■、芳香族プロトン)、6.83(4H1d、芳香
族プロトン)、6.38(1111、dd、H−1’ )、5.46 CLH,
曹、ト3゛)、4.58 (2H,t、2H−9)、4.15(In2園、H−
4’ )、4.86 (2H,t、 2H−12)、3.80(611、s、
2 X 0CH3)、3.47(4H,s、2ト10および28−5’ )、3
.27 (2111,t、 2H−11)、2−90 (IH,t。
OH)、2.68 (4fl、 s、 211−7および2ト8)、2.47(
211、■、2H−2’ )、1.38(3H,s、 CH3)。
工程1
5’−0−(4,4’−ジメトキシトリチル)−・2′−デオキシチミジン−3
゛−イル2−(2−[2−シアノエトキシ)−N、N−(ジイソプロピルアミノ
)ホスファニロキシ]エチルスルホニル)エチルサクシネート(即ち、試薬M
l )。
5’−0−(4,4’−ジメトキシトリチル)−2′−デオキシチミジン−3゛
−イル2−(2−ヒドロキシエチルスルホニル)エチルサクシネート(2001
g、0.26ミリモル)はN、N−(ジイソプロピルエチルアミン(1゜0ミリ
モル、0.13g、 0.17腸l)の乾燥ジクロロメタン(5■り溶液に添加
した。撹拌溶液はアルゴン雰囲気下室温で維持し、そしてクロロ−N、N−ジイ
ソプロピルアミノ−〇−シアノエチルホスフィン(0,26ミリモル、61.5
層g141マイクロリットル)のジクロロメタン(1ml)溶液を10分間で加
えた。60分後、更にクロロ−N、N−ジイソプロピルアミノ−O−シアノエチ
ルホスフィン(0−13ミリモル、30、7511g、20.5マイクロリツト
ル)を添加した。減圧下溶媒を留去して粗生成物を得、そして生成物は溶出液と
してトリエチルアミン:酢酸エチル:ジクロロメタン(4: 3 : 3.10
0m1)を用いるシリカゲル(Merck Art No、9385.13g)
クロマトグラフィーにより無色の油(45,3■g%18%)として単離した。
IHNMR(δ) (CDCl2.400MHz); 7.61 (LHls、
NH)、7.25 (19H1讃、芳香族プロトン)、6.83 (4H,d
、芳香族プロトン)、6.4(LHlddl ■−1゛)、5.48(111,
鳳、■−3′)、4.58(2M% tl ■ 9)、4.17 (IHS 園
、H−4°)、4.08 (2H,m、2H−12)、3.82(211,コン
プレックスva、 0(Jj20)、3.30 (2H,コンプレックス−12
H−11)、2.68 (6Fl、■、2ドア、2H−8、C[12CN)、2
.45 (21’l、■、2H−2’ )、1.36 (31T、 s、 CH
3)、1.18(1上記製造3の生成物を下記のようにして使用して、固体支持
体に結合した1つのヌクレオシドから2つのオリゴヌクレオチドを合成するため
に開裂可能なリンカ一部分L°を導入した。
配列TCTAACAGCTGATCTL″CAGCTGATCCの十分に保護さ
れたオリゴデオキシリボヌクレオチドは、調節多孔ガラスに3°−OHおよびサ
クシニルグリシルグリシルアミノ−プロピルスペーサー(Applied Bi
。
5yste■s Inc)を介して結合した5゛−ジメトキシトリチル−N−4
−ベンゾイル−2′−デオキシシチジンと、5゛−ジメトキシトリチル−N−4
−ベンゾイル−2゛−デオキシシチジン、
5°−ジメトキシトリチル−N−2−イソブチリル−2゛−デオキシアデンン、
5°−ジフトキントリチル−N−6−ペンゾイルー2゛−デオキシアデノシン、
5゛−ジメトキシトリチルチミジン(Cruache■Ltd)および2−(2
−[(2−シアノエトキシ)N、N−(ジイソプロピルアミノ)ホスファニロキ
シ]エチルスルホニル)エチルサクシネート(試薬M+)の2シアノエチル−N
、Nジイソプロピルアミノホスホラミダイトからアプライドバイオシステムズ3
80B DNAシンセサイザーで製造した。この実施例では、Loは次の構造で
表わされる:理解されるように、1つのオリゴヌクレオチド末端の3′酸素はり
。
(示されている)の左側に直接結合しそして他のオリゴヌクレオチド末端の5°
酸素はLoの右側にホスフィツト結合−0−P(=O)(−0CH2CH,CN
)−を介して結合している。
上記配列にTL’を導入する試薬M1を導入するために、5位の通常のホスホラ
ミダイトの代わりに1.2−ジクロロエタン:無水のアセトニトリル(LO:9
.0.95m1.0.1M)中の5’−〇−(4,4−ジメトキシトリチル)−
2′−デオキシチミジン−3゛−イル2−(2−[(2−シアノエトキシ)N、
N−(ジインプロピルアミノ)ホスファニロキシ]エチルスルホニル)エチル
サクシネート(90mg)をアプライドバイオシテムズ380B DNAシンセ
サイザーで使用した。本方法は簡単に言えば、(1)ジクロロメタン中3%のト
リクロロ酢酸によるジメトキシトリチル基の除去: (2)テトラゾールで1分
間活性化した5′−0−(4,4−ジメトキシトリチル)−2′−デオキシチミ
ジン−3°−イル2−(2−[(2−シアノエトキシ)N、N−(ジイソプロピ
ルアミノ)ホスプアニロキシコエチルスルホニル)エチルサクシネート(1,2
−ジクロロエタン:無水のアセトニトリル、lO:9中0.1M溶液)のカップ
リング: (3)中間ホスフィツト結合のホスフェート結合へのヨウ素酸化:
(4)無水酢酸によるキャップ形成工程からなっている。
脱トリチル化したオリゴデオキシリボヌクレオチド配列は固体支持体から開裂さ
せそして更に開裂可能な結合部分(L′)でも開裂させ、そして水酸化アンモニ
ウム溶液(比重0.88)を用いて55℃で16時間処理して完全に脱保護化さ
せる。水酸化アンモニウム溶液を留去し、モして残渣を滅菌水(1■l)に溶解
させた。この生成物は、溶出液A(60%ホルムアミド)および溶出液B(60
%ホルムアミド中0.3Mのオルトリン酸二水素カリウム)を用いて、溶出液B
カ30分間で0〜85%になるように傾斜させてバーチシル(Partisil
) SAX 1(1ミクロンカラム(Jones Chromatograph
y)を使用するl’1PLcで分析した。このクロマトグラフィーによって、1
O95,13,9および14.8分後にカラムから溶出された概ね等容量の3つ
のオリゴヌクレオチド配列の存在が明らかになった。これらの生成物はそれらの
溶較して同定し、そして配列・dCAGCTGATCC(溶出時間、10.5分
)−一5”−リン酸化dCAGCTGATCC(溶出時間、14.9分)および
dTCTAACAGCTGATCT (溶出時間、14.8分)のオリゴヌクレ
オチドであることが示された。10.5分後に溶出した配列は試薬Mlとオリゴ
ヌクレオチド配列CAGCTGATCCの部分的カップリング反応およびキャッ
プ形成法による更なる鎖伸長の終結の結果であった。
害屋廻1
本発明方法は、固体相に結合した1つのデオキシヌクレオシドから2つのオリゴ
デオキシリボヌクレオチドP、 C,R,プライマーを合成する際に使用した。
配列
の十分に保護されたオリゴデオキシリボヌクレオチドは、調節多孔ガラス支持体
に3’ −OHおよびサクシニルグリシルグリシルアミノプロビルスペーサーを
介して結合した5’ −(4,4’−ジメトキシトリチル)−N−6−ペンゾイ
ルー2′−デオキシアデノシンからアプライドバイオシステムズ380A DN
Aシンセサイザーで製造した。2つのP、 C,R,プライマーは、試薬Mがテ
トラゾールによる2、5分間の活性化で2回処理して導入されたことを除いて、
実施例2に記載したのと同一の試薬、合成方法、開裂および脱保護化方法により
得られた。
合成完了後、固体支持体からの開裂、開裂可能なリンカ一部分の開裂および塩基
保護基の除去は全て、通常のオリゴ合成プロトコールに従って、アンモニア溶液
中でのインキュベーションで達成された。次いで、オリゴマー対を有するアンモ
ニア溶液を凍結乾燥し、残渣は1■lの水に再溶解し、そしてDNA濃縮物を分
光光度計で測定した。このようにして製造されたオリゴデオキシリボヌクレオチ
ド混合物は以下「プライマー ミックス1」と称する。
他の2つのPCRプライマーは標準的な手段によって個々に製造し、プライマー
ミックス1を使用して行われるPCHの有効性の比較として使用した。プライ
マーの配列は次のとおりである:−オ’J コ1: 5°−CTATTCAAA
ATCGGAGCTCTAAGAT 3’オリコ2:5°−TAGGGATTT
GATTTTACGAGAGAGA 3’ポリメラ一ゼ鎖反応アッセイは次のよ
うにして開始した:総容j1100ml中、各管ハ50 d KCL 10 m
W トIJ スCI (pH9,0)、1.5d MgCl2.0.01%ゼア
f−/(v/v%)、0.1% トリトンX 100 (7)最終濃度を有して
いた。容管はまたdATP、 dGTP、 dCTPSdTTPのそれぞれ50
マイクロモルの最終濃度も有していた。容管は30ngのトラコーマクラミジア
(Serovar L2)ゲノムDNAおよび2.5単位のTag DNAポリ
メラーゼを有していた。容管のPCRプライマーの量は次の通りであった・管1
.100ピコモルのオリゴ1.100ピコモルのオリゴ2:管2.75ピコモル
のオリゴL100ピコモルのオリゴ2:管3.50ピコモルのオリゴ1.100
ピコモルのオリゴ2;管4.25ピコモルのオリゴL100ピコモルのオリゴ2
;管5、loピコモルのオリゴ1.100ピコモルのオリゴ2:管6.100ピ
コモルのプライマーミックス 1:管7.200ピコモルのプライマー ミック
ス 10100マイクロリツトルのヌジョール油を各溶液の頂部に置き、そして
容管は60℃で1分間、72℃で2分間、94℃で1分間の加熱プロトコールの
熱サイクラ−中でインキュベートし、そしてこのサイクルを40回繰り返した。
容管から得た20マイクロリツトルは、0.1%のブロモフェノールブルー、0
.1%のキシレンシアツールを含有スる50%のグリセリン2マイクロリツトル
と混合し、そしてこの混合物は臭化エチジウム(0,5マイクログラム/■I)
を含有する1%アガロースゲル上に載せた。ゲルにはQx174のサイズマーカ
ーも入れた。予期された177 bpのPCR生成物の存在がレーン1〜5のみ
ならずレーン6および7にはっきりと見られたので、PCRは本発明方法に従っ
て製造されたプライマ一対を使用して作動することが証明される。
阻
上記したPCR生成物の電気泳動分析。レーン1〜7はそれぞれ上記の’11〜
7からの試料を含有している。レーンMは0X174のサイズマーカーである。
実施例4
試薬M2: 1O(4,4°−シメトキ’、r トリチル)−2,3−シー0
ヘンシイルー4−0−(2シアノエチル−N、N−ジイソプロピル)ホスホラミ
ジトスーし追ヒニ土Δ聚虞よ
これは以下に記載した1から5と番号を付した製造を使用して合試薬M2の構造
は次のとおりである
式中、DMTは:
である。
工程1)10−(4,4−ジメトキシトリチルヌレイトールの覧潰スレイトール
(Aldrich、 6.1g、 50ミリモル)の乾燥ピリジン(Aldri
ch、 200■I)溶液に室温で4,4′ジメトキシトリチル塩化物(C。
urtaulds、17g、50ミリモル)を撹拌し乍ら添加した。溶解が完了
したとき、4−(N、N−ジメチルアミノ)ピリジン(Aldrich、 10
0mg)を添加した。この溶液を室温で一夜撹拌した。溶媒はロータリー二バポ
レーションで留去し、そして残っているピリジンはトルエン(BDH)との共沸
を繰返して除去した。残渣はジクロロメタン(BDH)に再溶解し、そして等容
量の飽和重炭酸す) IJウム溶液(Atdrich)で3回洗浄した。有機溶
液は無水の硫酸ナトリウム(Interche態、英国)を添加して乾燥させ、
そしてろ過した。ろ液を蒸発させてゴムとし、最少量のジクロロメタン:メタノ
ール(19:1)に再溶解し、そしてシリカゲルカラム(1[erck 773
4)に適用した。同じ溶媒で溶出して表題の化合物を無色のゴムとして得た(7
g、33%)。
IHNMR: δ(CDC13)+ 3.4〜3.2.2H12個のダブルダブ
レット、CH、O,DMT; 3.7〜3.6.2Lコンプレツクスマルチプレ
ツトCH,OR,3,85〜3.75.8Lコンプレツクスマルチプレツト、2
x−OCH3および2x C−H; 6.84〜6.81.4H,コンプレ、ク
スマルチプレット、芳香族、7.42〜7625.91’l、コンプレックスマ
ルチプレット、芳香族。
工程2)1−0−(4,4−ジメトキシトリチル)−4−O−(L、)−ブチル
ジメチルシリルスレイトールの製造。
工程1)の生成物(7g、16.5ミリモル)の乾燥ピリジン(10h+1)溶
液に第三級ブチルジメチルシリルクロライド(Aldrich、 2.7g。
18、15 ミリモル)を撹拌し乍ら添加した。溶解が完了したとき、4−(N
、N−ジメチルアミノ)ピリジン(100■g)を加え、そしてこの溶液を室温
で一夜撹拌したときジクロロメタン:メタノール(19:1)でのTLCは出発
物質が存在しないことを示した。溶媒は減圧下で留去し、そして残っているピリ
ジンはトルエンとの共沸を繰返して除去した。残渣をジクロロメタン(300■
l)に再溶解し、そしてこの溶液は等容量の飽和重炭酸ナトリウムで3回洗浄し
、乾燥しく硫酸ナトリウム)、ろ過しそして減圧下で留去してゴムを得、これを
最少量のジクロロメタン:メタノール(19:1)に溶解させそしてシリカカラ
ムに適用した。同じ溶媒で溶出して表題の化合物を無色のゴムとして得た(6.
5g、73%)。
”HNMR: δ(CDC13)ニー0.042.6H12個のシングレット、
2x CH3・Si;0.8.9■、シングレット、(CH*)3−C−3i
:3.3〜3.1.2H12個のダブルダブレット、Cシ0−D11τ:3.7
〜3.55.2■、2個のダブルダブレット、CH,−0−3i; 3.8.8
B、コンプレックスマルチプレット、2x OCR,および2xC−H,6,8
,4H、コンプレックスマルチプレット、芳香族ニア、3〜7.1.9H,コン
プレ。
クスマルチプレット、芳香族。
工程3)1−0−(4,4−ジメトキシトリチル)−2,3−ジーO−ベンゾイ
ル1−0(L、)ブチルジメチルシリルスレイトールの製造。
工程2)の生成物(2,2g、4.125ミリモル)の乾燥ピリジン(10hl
)溶液に塩化ベンゾイル(Aldrich、 1.05m19.075ミリモル
)を撹拌し乍ら滴加した。この溶液を室温で3時間撹拌したとき、ジクロロメタ
ンでのTLCは出発物質が存在しないことを示した。溶媒は減圧下で留去し、そ
して残っているピリジンはトルエンとの共沸を繰返して除去したつ残渣をジクロ
ロメタンに再溶解し、そしてこの溶液は等容量の飽和重炭酸すl−IJウムで3
回洗浄し、乾燥しく硫酸ナトリウム)、ろ過しそして減圧下で留去してゴムを得
、これを最少量のジクロロメタンに溶解させそしてシリカカラムに適用した。同
じ溶媒で溶出して表題の化合物を白色の泡状物として得た(2.7g、87.6
%)。
’HNMR: δ(CDCI+l): 0.0〜(−)0.1.6■、複数のシ
ングレット、2xC口、−3i: 0.8〜0,9.911.複数のシングレッ
ト、(CH7)3−C−3t: 3.65.3Lシングレツト、ocHJ: 3
.75.3■、シングレット、OCH3: 4.1〜3.85.4H,コンプレ
ックスマルチプレット、CI(2−0−DMTおよびCH2−0−St: 5.
75〜5.45.2H,コンプレックスマルチプレット、2x CH: 6.6
5〜6.55.2Hs コンプレックスマルチプレット、芳香族+6.85〜6
.75.2H1コンプレツクスマルチプレツト、芳香族ニア、3〜7.05.9
H,コンプレックス マルチプレット、芳香族ニア、6〜7.35.6FI、コ
ンプレックスマルチプレット、芳香族:8.1〜7.8.411、コンプレック
スマルチプレット、芳香族。
工程4) 1 0−(4,4−ジメトキシトリチル)−2,3−ジO−ベンゾイ
ルスレイトールの製造。
工程3)の生成物(2,7g、3.6ミリモル)はテトラヒドロフラン(Ald
rich)、ピリジンおよび水の混合物(100■l、それぞれ8:1:1)に
溶解し、そしてフッ化テトラブチルアンモニウムのテトラヒドロフラン(^1d
rich、 1M% 15麿り溶液を加えた。溶液は室温で3日間維持し、次い
で減圧下で留去して油とし、これはジクロロメタン100■lに再溶解した。こ
の溶液は等容量の水で4回および等容量の飽和塩化ナトリウム溶液で1回洗浄し
、乾燥しく硫酸ナトリウム)、ろ過し、そして減圧下で留去してゴムとした。こ
れを最少量のジクロロメタン:メタノール(19:1)に再溶解しそしてシリカ
カラムに適用した。同じ溶媒で溶出して表題の化合物を白色泡状物として得た(
1.2g、 52.7%)u’HNMR・δ(CDCl2): 3.6〜3.3
5.2H,コンプレックスマルチプレット、CH2−OH: 3.8〜3.7.
6H1複数のシングレット、2x OCL: 4.55〜4.35.2Lコンプ
レツクスマルチプレツト、CHCH2−0−D;4.72〜4.6、LLコンプ
レックスマルチプレット、C−H: 5.6〜5,35、IH,コンプレックス
マルチプレット、CH: 6.85〜6.7.4■、コンプレックスマルチプレ
ット、芳香族:7.6〜7.L 15H,コンプレックスマルチプレット、芳香
族:8.1〜7.85.4H、コンプレックス マルチプレット、芳香族。
工程5)試薬M2の製造
工程4)の生成物(1,2g、1.9ミリモル)の乾燥ジクロロメタン(5(1
*I )溶液に乾燥(カルシウムヒドリドから蒸留)ジイソプロピルエチルアミ
ン(1,4■1125ミリモル)を乾燥アルゴン(^ir Products)
流下でシリンジ移送によって添加した。この撹拌溶液に2−シアノエチル−N、
N−ジイソプロピルアミノ りロロホスフイン(Aldrich、0.51m1
.2.3ミリモル)を撹拌し乍ら滴加した(これもシリンジによって)。 この
溶液を乾燥アルゴン流下室温で30分間撹拌したとき、ジクロロメタン・トリエ
チルアミン(19:1)でのTLCは出発物質が存在しないことを示した。乾燥
メタノール(51)を加え、そしてこの溶液を酢酸エチル(BDH)200ml
で希釈した。この溶液を等容量の飽和塩化ナトリウム溶液で3回そして水で1回
洗浄した。有機層を分離し、乾燥しく硫酸ナトリウム)、ろ過しそして留去して
ゴムとし、これを最少量のジクロロメタン、ヘキサン。
トリエチルアミン(42: 55 : 3)に溶解し、そしてシリカカラムに適
用した。同じ溶媒で溶出し、次いでジクロロメタン・エチェチルアミン(19:
1)で溶出して表題の化合物を無色のゴムとして得た(0.6g、38%)。
IHNMR・δ(CDCl2): 1.3〜1.0.14H1コンプレツクスマ
ルチプレブト、2x (CHa)*C11−+ 2.5.2H,プソイドトリブ
レット、(Jl、CN; 3.8〜3.4.10H1コンプレックスマルチプレ
ット、2xOCH3、CH2−0−DllTおよびC112−0−P: 4.7
〜4.45.3H。
コンプレックスマルチプレット、CH2−0−PおよびC−H; 5.8〜5.
55、IH、コンプレックスマルチプレット、C−H: 6.8〜6.6.41
1゜コンプレックスマルチプレット、芳香族ニア、6〜7.1.15H,コンプ
レックスマルチプレット、芳香族:8.1〜7.8.4H,コンプレックス マ
ルチプレット、芳香族。
オリゴヌクレオチドは、
5゛−ジメトキシトリチル−N4−ベンゾイル−2°デオキシシチジン、5゛−
ジメトキシトリチル−N2−イソブチリル−2′デオキシグアノシン、
5゛−ジメトキシトリチル−N6−ペンゾイルー2′−デオキシアデノシンおよ
び
5゛−ジメトキシトリチルチミジン(Cruache層)の3’−(2−シアノ
エチル−N、N−ジイソプロピルアミノホスホラミダイトを個々のヌクレオチド
のプリカーサ−として使用して、アプライドバイオシステムズ380B DNA
シンセサイザーで提供されたプロトコールを使用して第1の(慣用の)開裂可能
なリンクを介して固体支持体上に形成させた。開裂可能なリンカ一部分を試薬M
2によって第1のオリゴヌクレオチドに結合させた。試薬M2は無水のアセトニ
トリルに溶解させて(LIMの濃度とし、そしてこの溶液を含有するボトルをD
NAシンセサイザーの予備の試薬口の1つに取り付けた。(慣用の)開裂可能な
リンカ−サクシニルグリシルグリシルアミノプロビル(Cruache■)によ
って結合した5゛−保護ヌクレオシド(この場合にはデオキシアデノシン)を有
する調節多孔ガラスを有するカラムをシンセサイザーに取り付けた。次いで、シ
ンセサイザーは、アプライドバイオシステムズ380B DNAシンセサイザー
で使用される標準の合成サイクルを使用して次の配列を合成するようにプログラ
ミングした:
(5’) CTA?TCAAAATCGGAGC?CTAAGAT−L’−TA
GGGATTTGATTTTACGA (3′)式中、開裂可能なリンカ一部分
L°は試薬M2によって導入される。
反応工程の時間並びにカップリング、酸化、キャップ形成および脱トリチル化に
使用する試薬の量は試薬M2を含めて各カップリングについて同一であった。シ
ンセサイザーはカラムを慣用の濃アンモニアで洗浄してオリゴヌクレオチドを採
集バイアルに放出させるようにプログラミングした。
このようにし〔、シンセサイザーは、a)11節多孔ガラスに3′−OH基と(
慣用の)第1の開裂可能なリンクを介して連結されたヌクレオシドプリカーサ−
の連続反応によって配列(5°−3’ ) TAGGGATTTGATTTTA
CGAの第1のオリゴヌクレオチドを形成させ、b)IJI(’)オリゴヌクレ
オチドに開裂可能なリンカ一部分を試薬M2によって結合させ、モしてC)配列
(5’−3′) CTATTCAAAATCGGAGCTAAGATを有する第
2のオリゴヌクレオチドを開裂可能なリンカ一部分1:形成させる工程を遂行し
て、式・
(式中、−L’−はそれぞれ式−P(OXOCI’f、C112CN)−0−の
基によって第1および第2のオリゴヌクレオチドの5°および3゛酸素に結合し
た式−C12−CHCO−ベンゾイル)−C)I(Q−ベンゾイル)−CH2−
の開裂可能なリンカ−であり、モしてXはサクシニルグリシルグリシル−アミノ
プロピルスペーサーに含まれる第1の開裂可能なリンクである)によって示され
るように、開裂可能なリンカ一部分によって分離されそして開裂可能なリンクに
よって固体支持体に結合した2つのオリゴヌクレオチドを得た。シンセサイザー
はまた本発明方法の工程d)と同じくアンモニア処理によって第1の開裂可能な
リンクXの開裂を行う。
アンモニア溶液中に溶出されたオリゴヌクレオチドは55℃で16時間インキュ
ベートし、そして減圧下で蒸発乾固した。残渣は水11o11こ再溶解し、そし
てこの溶液100μlをピペリジン100μlと混合し、そして55℃で16時
間から72時間インキュベートした。
このようにして、開裂可能なリンクL°は本発明方法の工程d)で記載したよう
に開裂させる。
他の3つのオリゴヌクレオチドも上記した慣用の方法で合成したが、ピペリジン
処理はしなかった。これらは上記ピペリジン処理で生じた生成物の分析に使用さ
れる対照分子を示すように設計された。
これらのオリゴヌクレオチドは次の配列を有していた:かくして、オリゴヌクレ
オチド2)および3)は開裂可能なリンクを有するオリゴヌクレオチドの開裂で
予期される生成物と長さおよび配列が同一である。
このようにして製造されたオリゴヌクレオチドの3°および5°末端のヒドロキ
シル基の存在は下記のようにしてこれらの位置に放射性リンを導入して測定した
。
オリゴヌクレオチドの5゛ に ホスフェート濃水酸化アンモニウムかまたは5
0%ピペリジンかのいずれかでオリゴヌクレオチドを処理した後、溶液を凍結乾
燥し、そしてオリゴヌクレオチドを約1腸g/■lの濃度になるよう水に再溶解
した。次いで、この溶液1マイクロリツトルを水(6μm)、10x反応緩衝液
(rone Phor AIIJ、l’harmacia、 1 u 1)、[
ガンマ1!p]アデノシントリホスフエート(Amersha厘、1μm)およ
びT4ポリヌクレオチドキナーゼ(Phar謙acia、 1μL)を含有する
エツペンドルフ管に加えた。次いで、この混合物を37℃で1時間インキュベー
トした。
エタノール(30μl)を加え、内容物は管を繰返し逆にして混合し、そしてこ
の試料を一70℃で15分間インキュベートした。管はエツペンドルフ遠心器(
ilodel 5415)中1400Orpmで15分間回転させ、そして上清
液を捨てた。ベレットを真空下で短時間乾燥させ、そして80%のホルムアミド
、0.1%のブロモフェノールブルー、0.1%のキシレンシアツールおよび1
0μmのEDTAを含有する溶液10μlに再溶解した。この溶液は、放射性標
識した適当なサイズマーカーに近接した変性ポリアクリルアミドゲル(8%アク
リルアミド、50%ウレア)のウェルの1つに入れ、ゲルは40Wで約2時間移
動させた。標識したDNAフラグメントの位置および大きさはオートラジオグラ
フィーで測定した。
25残基(25ホスフエート)および19残基(19ホスフエート)のオリゴヌ
クレオチドによるバンドと一緒に移動する強いバンドの存在は開裂可能なリンク
の切断が生じ、その結果所望の生成物が生成したことを示していた。
オリゴヌクレオチドの3′−端に ホスフェート 人上記したオリゴヌクレオチ
ド溶液1マイクロリツトルは、水(5μl)、5x反応緩衝液(rTdT Ta
iljng BufferJ、BRL、2μI)、[アルファj!p]2−−デ
オキシアデノシン トリホスフェート(λ11erS11al 1μl)および
末端デオキシヌクレオチジル トランスフェラーゼ(BRL、1μm)を含有す
るエッペンドルフ管に加えた。次いで、この混合物を37℃で1時間インキュベ
ートした。放射性標識したDNAをエタノールから沈殿させて回収し、次いで、
5′−末端−標識フラグメントに関して上記したのと全く同じようにして変性ゲ
ル電気泳動で分析した。
26残基(25ホスフエート)および20残基(19ホスフエート)のオリゴヌ
クレオチドによるバンドと一緒に移動する強いバンドの存在は開裂可能なリンク
の切断が生じ、その結果所望の生成物が生成したことを示していた。
上記した工程(d)で製造されたオリゴヌクレオチド混合物は緩衝液人中θ〜3
0%の緩衝液B(その際、緩衝液Aは0,1Mの酢酸トリエチルアンモニウム(
pH7,5)であり緩衝液Bは0.1Mの酢酸トリエチルアンモニウム中80%
のアセトニトリル(pH7,5)である)による45分間の直線傾斜を使用して
ウォーターズμポンダパック(Waters μBondapak) CI8カ
ラムで逆相HPLCによって分析した。これらの条件下で19残基(18ホスフ
エート)の対照オリゴヌクレオチドは保持時間が28分であり、25残基(24
ホスフエート)は保持時間が31分であり、モして44残基(43ホスフエート
)は保持時間が34分であった。
上記工程(d)で製造されたオリゴヌクレオチド混合物のHPLCプロフィール
は19および25残基(それぞれ18および24ホスフエート)のオリゴヌクレ
オチドの存在に相当する(実験誤差の範囲内)ピークを示したので、開裂可能な
リンクの切断が生じて所望の生成物が生成したことが確認された。
実施例へ
タン−2−イル−1−(1,4−ジカルボキシ)ブタノニー14−(1,2−ジ
ヒドロキシ−2−(2−シアノエチル−N、N−ジイソプロピルホスホラミダイ
ト)エタン−1−イルエステルの製造。
これは下記で1から4と番号を付した製造を使用して製造した。
試薬M3の構造は次のとおりである、
DMT−0−CH2CH,−0H
1,2−ジヒドロキシエタン(入1drich、 6.2g、100ミリモル)
の乾燥ピリジン(200■1)溶液に4.4′−ジメトキシトリチルクロライド
(33,8g、 100ミリモル)を撹拌し乍ら加えた。溶解が完了したとき、
4−(N、N−ジメチルアミノ)ピリジン(200+ag)を加えた。この溶液
を室温で一夜撹拌した。次いで、溶媒を減圧下で除去し、そして残っているピリ
ジンはトルエンとの共沸を繰返して除去した。残渣をジクロロメタン(300m
l)に再溶解し、そして等容量の飽和重炭酸ナトリウム溶液で3回洗浄した。有
機層を分離し、乾燥しく硫酸ナトリウム)、ろ過しそして減圧下で留去してゴム
とし、これをジクロロメタン・メタノール(19:1)に再溶解しそしてシリカ
カラムに適用した。同じ溶媒による溶出によって表題化合物を無色のゴムとして
得た(9g、25%)。
’HNMFI: δ(CDCI、)・3.3.2Lプソイド トリプレット、C
1’!2−ODiIT、3.8.8H,?ルチプレット、2x 0CHjおよび
CH20H: 6.85〜6.75.4■、マルチプレット、芳香族ニア、4〜
7.1,9H、コンプレックスマルチプレット、芳香族。
工程2)1−0−(4,4−ジメトキシトリチル)−1,2ジヒドロキシエタン
−2−イル−1−(1,4−ジカルボキシ)ブタノニー1・の製造工程1)の生
成物(9g、24.7ミリモル)を乾燥ピリジン(100m1) ニ溶解させ、
そして無水コハク酸(Aldrich、 2.72g 、 27.2ミリモル)
を加えた。溶解が完了したとき、4−(N、N−ジメチルアミノ)ピリジン(5
0mg)を加え、そしてこの溶液を室温で一夜撹拌した。
溶媒を減圧下で留去し、そして残っているピリジンはトルエンとの共沸を繰返し
て除去した。残渣をジクロロメタン(300■l)に再溶解し、そしてこの溶液
は等容量の水冷した10%クエン酸で3回そして水で1回洗浄した。有機層を分
離し、乾燥しく硫酸ナトリウム)、ろ過しそして減圧下で留去してゴムとし、こ
れを最少量のジクロロメタン:メタノール(19:1)に再溶解しそしてシリカ
カラムに適用した。同じ溶媒による溶出によって表題化合物を無色のゴムとして
得た(9g、78.5%)。
IHNMR: δ(CDCI、): 2.7.4H,シングレット、2x CH
2Co; 3.25.2F[、トリプレブト、CHCH2−0−D: 3.8.
6Lシングレツト、2x −0CR3: 4.25.2■、コンプレックスマル
チプレット、CH20CO; a−as〜6.75.4H,コンプレックスマル
チプレット、芳香族;7.45〜7.1.9FI、コンプレックスマルチプレッ
ト、芳香族。
工程3 ) 1−0−(4,4−ジメトキシトリチル)−1,2−ジヒドロキシ
エタン−2−イル−1−(1,4−ジカルボキシ)ブタノエート−4−(1,2
−ジヒドロキ工程2)の生成物(8g、 17.uミリモル)は1.2−ジヒド
ロキシエタン(6,2g、 100ミリモル)を含有する乾燥ピリジン(200
ml)に溶解させた。この溶液に1−(3−ジメチルアミノプロピル)−3−エ
チルカルボジイミド塩酸塩(Aldrich、 3.75g、 19.5ミリモ
ル)を加えた。この溶液を室温で一夜撹拌したとき、ジクロロメタン:メタノー
ル(19:1)でのTLCは出発物質が存在しないことを示した。溶媒を減圧下
で留去し、そして残っているピリジンはトルエンとの共沸を繰返して除去した。
残渣を酢酸エチルに再溶解しそして等容量の飽和塩化ナトリウム溶液で3回そし
て水で1回洗浄した。
有機層を分離し、乾燥しく硫酸ナトリウム)、ろ過し、そして減圧下で留去して
ゴムとし、これを最少量のジクロロメタン:メタノール(19:1)に再溶解し
そしてシリカカラムに適用した。同じ溶媒による溶出によって表題化合物を無色
のゴムとして得た(2g、22゜6%)。
一’HNMR,δ(CDCI、): 2.7.4H,シングレット、2x CH
2Co; 3.25.2■、プソイド トリプレット、CHCH2−0−D+
3゜85〜3.7.8■、コンプレックスマルチプレット、2x −0CR3お
よびCI’120H,4,3〜4.2.4H。
コンプレックスマルチプレット、2X CH20CO,6,85〜6.75.4
■、コンプレックスマルチプレット、芳香族ニア、4〜7.1.9H,コンプレ
ックスマルチプレット、芳香族。
工程4)試薬M3のta
工程3)の生成物(2g、3.9ミリモル)を乾燥ジクロロメタン(50■l)
に溶解させ、そしてこの溶液を乾燥アルゴン流下で撹拌した。この溶液に乾燥ジ
イソプロピルエチルアミン(2,7sl、 16ミリモル)および2−シアノエ
チル−N、N−ジイソプロピルアミノクロロホスフィン(1,05m1.4.7
2 ミリモル)を加えた。この溶液を乾燥アルゴン流下室温で30分間撹拌した
とき、ジクロロメタン:メタノール(19:1)でのTLCは出発物質が存在し
ないことを示した。反応は乾燥メタノール(5sl)を添加して抑制し、そして
この溶液を酢酸エチル(200■l)で希釈した。この溶液を等容量の飽和塩化
ナトリウム溶液で3回そして水で1回洗浄した。有機層を分離し、乾燥しく硫酸
ナトリウム)、ろ過し、そして減圧下で留去してゴムとし、これを最少量のジク
ロロメタン:トリエチルアミン(19:1)に再溶解しそしてシリカカラムに適
用した。同じ溶媒による溶出によって表題化合物を無色のゴムとして得た(1.
8g、65%)。
IHNMR: δ(CDCI3): 1.25〜1.1.14H1コンプレツク
スマルチプレツト、(CH3)2C11x2: 2.6.2H、トリプレット、
CH2CN: 2.65.4H,シングレット、2XCFI2CO; 3.25
.2H1トリプレツト、CHCH2−0−D:3.7〜3.5.4Lコンプレツ
クスマルチプレツト、2x CH2−0P: 3.8.6Lシングレツト、2x
−ocL; 4.25.4H,プソイド トリプレット、2x CHzOCO
; 6.85〜6.75.41’l、コンプレックスマルチプレット、芳香族ニ
ア。
4〜7.15.911、コンプレックスマルチプレット、芳香族。
寒應ガニ
試薬M2の代わりに、無水のアセトニトリルで0.15Mの濃度に溶解した試薬
M3を使用した以外は実施例5)の方法を繰り返して、固体支持体に結合した2
つのオリゴデオキシリボヌクレオチドを合成した。
開裂可能なリンクで固体支持体に結合した2つのオリゴヌクレオチドは、実施例
5、工程C(その際L゛は式:%式%
の開裂可能なリンカ一部分である)に表わされる式で示される。
工程(d)の後に見られる2つのオリゴヌクレオチドは実施例5に記載したよう
にして分析し、そして電気泳動およびHPLCによって実施例5に記載したもの
と同一であることが見い出され、開裂可能なリンクの切断を証明していた。
実施例8
試薬M4: 10−(4,4’ ジメトキシトリチル)1.2−ジヒドロキシエ
タンイpL(2−[f2シアノエトキ”i l−N、 N−1シイツブ’ae4
7主))ホスファ二町七シ]エチルスルホニル)エチルサクシネートの製これは
下記で1から2と番号を付した製造を使用して製造した。
試薬M4の構造は次のとおりである:
工程1) 10−(4,4’−ジメトキシトリチル)−4,2ジヒドロキシエタ
ン−2イル−2(2−ヒドロキシスルホニル)エチルサクシネートの製上記実施
例6.2に記載したようにして製造した1 −0−(4,4”−ジメトキシトリ
チル)−1,2ジヒドロキシエタン−2−イル−1−(1%4−ジカルボキシ)
ブタノエート(1,74g)のジクロロメタン(20■l)溶液に1.3− N
、 N−ジシクロへキシルカルボジイミド(383mg、 0.5ミリ等量)を
加え、そしてこの混合物を室温で45分間撹拌した。ジシクロへキシルウレアを
ろ去し、そしてジクロロメタン(4sl)で洗浄した。ろ液および洗浄液を合わ
せ、そして減圧下で留去して黄色の油を得、これを乾燥ピリジン(15■l)に
再溶解した。これに、乾燥ピリジン(5sl)中スルホニルジェタノール(1,
54g、 2.7ミリ等量。
Aldrichから供給される65%の水性材料のトルエン共沸脱水化によって
製造した)を加えた。この溶液を室温で23時間撹拌しそして減圧下で留去した
。残っているピリジンはトルエンとの共沸を繰返して除去した。残っている油を
ジクロロメタン:メタノール(191)に再溶解し、そしてシリカカラムに適用
した。同じ溶媒による溶出によって表題化合物を黄色のガラスとして得た(54
3−g、48.4%IHNMR・δ(CDCI:+): 2.7.4H,コンプ
レックスマルチプレット、2x CH2COO: 3.22.3Lプソイド ト
リプレット、CH2−0−DIETおよび一〇〇+3.3.2H1トリプレツト
、CB20H; 3.43.2H,トリプレット、CH2SO2:3.76.6
H,シングレット、2x OCH:+: 4.03.2■、トリプレット、CH
,SO2; 4.27.2■、トリプレット、CI、OCO; 4.53.2■
、トリプレット、C1l、OCO; 6.8.4■、マルチプレット・、芳香族
ニア、3.911.コンプレックスマルチプレット、芳香族。
工程2)試薬M4の製造
工程1)の生成物を乾燥ジクロロメタン(50鵬l)に溶解させ、そしてこの溶
液を乾燥アルゴン流下で撹拌した。この溶液に乾燥ジイソプロピルエチルアミン
(0,61mL 3.6ミリモル)および2−シアノエチル−N、N−ジイソプ
ロピルアミノクロロホスフィン(0,24請1.1゜08ミリモル)を加えた。
この溶液を乾燥アルゴン流下室温で30分間撹拌したとき、ジクロロメタン・メ
タノール(10:1)でのTLCは出発物質が存在しないことを示した。反応は
乾燥メタノール(5騙りを添加して抑制しそしてこの溶液を酢酸エチル(200
ml)で希釈した。この溶液は飽和塩化ナトリウム溶液で3回そして水で1回洗
浄した。有機層を分離し、乾燥(硫酸ナトリウム)し、ろ過しそして減圧下で留
去してゴムとし、これを最少量のジクロロメタン トリエチルアミン(19:l
)に再溶解しそしてシリカカラムに適用した。同じ溶媒で溶出して表題の化合物
を無色のゴムとして得た(0゜48g、66.6%)。
、CHx2: 2.74〜2.58.6■、コンプレックスマルチプレット、2
x −CH2COOオヨヒCH2CN; 3.33〜3.25.211. C1
1,−ODMT; 3.45.2H% ?/l/チプレット、CEI、SO2;
3.65〜3.51.4■、コンプレックスマルチプレット、2x −CHz
OP: 3.81.6■、シングレット、2x OCH3; 4.15〜4゜0
5.2H,マルチプレット、CH2SO2: 4.25.2■、プソイド トリ
プレット、CHzOCO: 6.84〜6.80.4H,マルチプレット、芳香
族、7.45〜7.14.9H,コンプレックスマルチプレット、芳香族。
実施例9
試薬M4を無水のアセトニトリルに0.15Mの濃度に溶解して試薬M2の代わ
りに使用した以外は実施例5の方法を繰り返して、固体支持体に結合した2つの
オリゴヌクレオチドを合成した。
開裂可能なリンクで固体支持体に結合した2つのオリゴヌクレオチドは、実施例
5、工程C(その際L′は式:%式%
の開裂可能なリンカ一部分である)に表わされる式で示される。
工程(d)の後に見られる2つのオリゴヌクレオチドは実施例5に記載したよう
にして分析し、そして実施例5に記載したものと同一であることが見い出され、
開裂可能なリンクの切断を証明していた。
タン−2−イル−1−(1,4−ジカルボキシ)ベンゾエート4−(1,2−ジ
ヒドロキシ2−(2−シアノエチル−N、N−ジイソプロビルホスホラミメ止モ
タン1−イルエステルの讐虞よ
これは下記に1から3と番号を付した製造を使用して合成した。
試薬M5の構造は次のとおりである・
IWI)1.4−ビス(1−044,4’〜ジメトキントリチル]−1,2−ジ
ヒド虻シエタン=2−イル)−ベンゼン−1,4−ジカルボキシレートの製造1
−0−(4,4°−ジメトキシトリチル)−1,2−ジヒドロキシエタン(上記
実施例6、工程1に記載したようにして製造した)(約10g、27ミリモル)
の乾燥ピリジン(70■l)撹拌溶液に固体のテレフタール酸クロライド(1,
83g、9ミリモル)および4−N、N−ジメチルアミノピリジン(50+sg
)を加えた。固形物の大部分が溶解したように見えた後、上記懸濁液を室温で一
夜撹拌した。次いで、溶媒を減圧下で除去した。残渣をジクロロメタン(20h
l)に溶解し、そして等容量の飽和重炭酸ナトリウム溶液で3回洗浄した。有機
層を分離し、乾燥しく硫酸ナトリウム)、ろ過しそして減圧下で留去した。残っ
ているピリジンはトルエンとの共沸によって除去してゴムを得、これをジクロロ
メタン・メタノール(19:1)に再溶解しそしてシリカカラムに適用した。同
じ溶媒で溶出して表層の化合物を無色のゴムとして得た(2.74 g、35%
)。
’HNMR: δ(CDCI*): 3.43.4H、トリプレット、2x −
CH20DMT; 3゜79〜3.77.1211.2個のシングレット、4X
OCH:l: 4.52.4■、トリプレット、2x CLoco: 6.8
3〜6.76.8F+、コンプレックスマルチプレット、芳香族、7.49〜7
.13.181’l、コンプレックスマルチプレット、芳香族:8.19.4H
、シングレット、芳香族。
工程2) 1−0−(4,4’−ジメトキシトリチル)−1,2−ジヒドロキシ
ニー■−−1−―−−■■―■−−−−1−−−―■■−―■−−−、、エタン
2−イル+(1,4−ジカルボキシ)ベンゾエート+(1,3−ジヒドロ□−―
−−―−−−−−−―、
キシ)エタン−1−イルエステルの製造工程1の生成物(、2,7g、3.5ミ
リモル)を乾燥ジクロロメタン(50111)に溶解し、そしてトリクロロ酢酸
のジクロロメタン(Cruach相、3%T CA 、 76+al)溶液を加
えた。この溶液を室温で撹拌したとき、TLCは生成物の混合物が存在している
ことを示した。溶液を飽和重炭酸ナトリウム溶液(4X20抛l)で洗浄し、乾
燥しく硫酸ナトリウム)、ろ過しそして留去して油とし、これをジクロロメタン
、メタノール(19:1)に再溶解させそしてシリカカラムに適用した。同じ溶
媒で溶出して、TLCで出発物質より遅く動く化合物30hgを得た。(この物
質の試料をTCAで更に処理すると付随して深橙色を形成する更に極性の物質に
変換されたので、ジメトキシトリチル基の存在を示していた。)この生成物はそ
れ以上特徴を分析しないで次の工程で使用した。
工程3)試薬M5の製造
工程2の生成物(0,3g、 0.54ミリモル)を乾燥ジクロロメタン(50
ml)に溶解させ、そしてこの溶液を乾燥アルゴン流下で撹拌した。この溶液に
乾燥ジイソプロピルエチルアミン(0,037■1,2.16ミリモル)および
2−シアノエチルーN、N−ジイソプロピルアミノクロロホスフィン(0,15
m1.0.65 ミリモル)を加えた。この溶液を乾燥アルゴン流下室温で30
分間撹拌したとき、ジクロロメタン メタノール(19:1)でのTLCは出発
物質が存在しないことを示した。
乾燥メタノール(5腸l)を添加して反応を抑え、そして溶液を酢酸エチル(2
00*I )で希釈した。この溶液を等容量の飽和塩化ナトリウム溶液で3回そ
して水で1回洗浄した。有機層を分離し、乾燥しく硫酸ナトリウム)、ろ過しそ
して減圧下で留去してゴムを得、これをジクロロメタン:トリエチルアミン(1
9:1)に再溶解しそしてシリカカラムに適用した。同じ溶媒で溶出して表題の
化合物を無色のゴムとして得た(0.37g、90%)。
’HNMR: δ(CDCI、): 1.26〜1.15.14H1コンプレツ
クスマルチプレツト、(CL)zcHx2; 2.6.2H1トリプレツト、C
H2CN; 3.45.2Fl、l−リプレット、CI’1212−0D; 3
.72〜3.52.4H,コンプレックスマルチプレット、2X CH2−0P
: 3.79.6H,シングレット、2x −ocL;452.4H、トリプレ
ット、2x −C112−OCO: 8.8.4F1. vルチプレット、芳香
族ニア、49〜7.19.9Lコンプレツクスマルチプレツト、芳香族:8.1
6.4H、シングレット、芳香族。
寒奥男1ユ
試薬M2の代わりに試薬M5の無水の0.13Mアセトニトリル溶液を使用した
以外は実施例5の方法を繰り返して、固体支持体に結合した2つのオリゴデオキ
シリボヌクレオチドを合成した。
開裂可能なリンクで固体支持体に結合した2つのオリゴヌクレオチドは実施例5
、工程C(その際、L′は式:%式%
の開裂可能なリンカ一部分である)に示した式によって示される。
工程(d)の後に見い出された2つのオリゴヌクレオチドは実施例5に記載した
ようにして分析し、そして実施例5に記載したものと同一であることが見い出さ
れ、開裂可能なリンクの切断を証明していた。
補正婁のU訳文謀出喜
(待粁法¥1164条の6)
平成 5年 4月 5日−
Claims (18)
- 1.オリゴヌクレオチドを支持体上の個々のヌクレオチドプリカーサーの逐次反 応によって形成する複数のオリゴヌクレオチドの合成方法であって、該方法は( a)第1のオリゴヌクレオチドを形成させ;(b)上記第1のオリゴヌクレオチ ドに開裂可能なリンカー部分を結合させ;(c)この開裂可能なリンカー部分に 第2のオリゴヌクレオチドを形成させ;そして(d)このリンカー部分を開裂さ せて所望のオリゴヌクレオチドを生成させる工程からなる合成方法。
- 2.開裂可能なリンカー部分が第1のオリゴヌクレオチドに結合し得る試薬によ って上記第1のオリゴヌクレオチドに結合しており、この開裂可能なリンカー部 分に第2のオリゴヌクレオチドが形成されそしてこのリンカー部分をオリゴヌク レオチドに有意な影響を与えない条件下で破壊して第1および第2のオリゴヌク レオチドを分離し得ることからなる請求の範囲第1項に記載の方法。
- 3.(a)固体支持体に結合した第1の開裂可能なリンク上に第1のオリゴヌク レオチドを形成させ; (b)上記第1のオリゴヌクレオチドに開裂可能なリンカー部分を結合させ; (c)この開裂可能なリンカー部分に第2のオリゴヌクレオチドを形成させ:そ して (d)上記第1の開裂可能なリンクと開裂可能なリンカー部分を開裂させて複数 のオリゴヌクレオチドを生成させる工程からなる複数のオリゴヌクレオチドの合 成方法。
- 4.工程(d)が行われた後に開裂されたリンカー部分の有機残基がオリゴヌク レオチドに結合したまま残っていないことからなる請求の範囲第1項または第3 項に記載の方法。
- 5.第1または第2のオリゴヌクレオチドと更にもう1つのオリゴヌクレオチド とのハイブリダイゼーシヨンを試みる工程を含んでいないことからなる請求の範 囲第1または3項に記載の方法。
- 6.開裂可能なリンカー部分の開裂がオリゴヌクレオチドの3′および5′位に ヒドロキシ基およびホスフェート基から選択される基を各々が有する複数のオリ ゴヌクレオチドをもたらすことからなる請求の範囲第1または3項に記載の方法 。
- 7.開裂可能なリンカー部分が修飾ヌクレオシドによって結合されることを特徴 とする請求の範囲第1または3項に記載の方法。
- 8.工程(b)および(c)を1から100回繰り返すことを特徴とする請求の 範囲第1または3項に記載の方法。
- 9.式II: Z−Nuc−L′−O−PA(II) (式中、Nucは塩基が任意に保護されているヌクレオシドであり; ZはNucの5′酸素に結合した保護基であり;−O−PAはホスホラミダイト 基、ホスフェートエステル基、H−ホスホネート基またはホスホジエステル基に 変換できる他の基であり:そして L′は開裂可能なリンカー部分である)の修飾ヌクレオシド。
- 10.式(III): ▲数式、化学式、表等があります▼(III)(式中、Z、L′および−O−P Aは請求の範囲第9項で定義したとおりであり; Bは任意に保護された塩基であり;そしてDはHまたは保護されたヒドロキシル 基である)の修飾ヌクレオシド。
- 11.L′が式: −(i)−(ii)−(iii)− である請求の範囲第9または10項に記載の修飾ヌクレオシドであって、その際 、 (i)はカルボニル、−CONH−または−C(=NH2+)−であり;(ii )はスペーサー基であり:そして(iii)はホスフェートエステル基のベータ 脱離を生じさせ得る基、または式 R9−CR7(OZ2)−CR7R8−または−CO.−O−CR7R11−C R7R10−(式中、各R7は独立してHまたはC14−アルキルであり; R■とR9のうち1つは単結合でありそしてもう1つはHまたはC1−4−アル キルであり;R1uとR11は各々独立してH若しくはC1−4−アルキルであ るかまたはR10はR11およびそれらが結合している炭素原子 と一緒になって任意に置換された4、 5、6または7員の脂環式環または 異項環を形成し;そして Z2は保護基である) である。
- 12.L′が式: ▲数式、化学式、表等があります▼ (式中、Wは2価の有機スペーサー基である)である請求の範囲第9または10 項に記載の修飾ヌクレオシド。
- 13.式(VII): Z1−O−A1−E−A2−O−PA(VII)の化合物であって、その際、 A1およびA2はそれぞれ独立して式(VIIa)、(VIIb)、(VIIc )または(VIId): (VIIa)▲数式、化学式、表等があります▼(VIIb)▲数式、化学式、 表等があります▼(VIIc)▲数式、化学式、表等があります▼(VIId) ▲数式、化学式、表等があります▼(式中、Z1は保護基であり: R1、R2およびR3はそれぞれ独立してHまたはアルキルであり; Q1は電子吸引基であり; Q2は−SO2−であり; −O−PAはホスホラミダイト基、ホスフェートエステル基またはH−ホスホネ ート基であり; 各R7は独立してHまたはC1−4−アルキルであり;R■とR9のうち1つは 式(VIIa)の基がEに結合している単結合でありそしてもう1つはHまたは C1−4−アルキルであり; Zは保護基であり; R10とR11は各々独立してH若しくはC1−4−アルキルであるかまたはR 10はR11およびそれらが結合している炭素原子と一緒 になって任意に置換された4、5、6 または7員の脂環式環または異項環を 形成し; Eは共有単結合またはスペーサー基であり;但しA1とA2が共に式(VIId )であるとき、Eはスペーサー基である) であり、その際星印で示された炭素原子は式(VII)に示された酸素原子に結 合している。
- 14.Eが任意に置換されたアルキル、脂環式またはアリールスペーサー基であ る請求の範囲第13項に記載の化合物。
- 15.Eがフェニレンまたは6個までの炭素原子を有するアルキル基である請求 の範囲第13項に記載の化合物。
- 16.A1およびA2がそれぞれ独立して式(VIIa)、(VIIb)および (VIId)から選択される(その際、星印を有する炭素原子は式(VII)に 示される酸素に結合している)請求の範囲第13項に記載の化合物。
- 17.式−A1−E−A2−または−L′−(その際、A1、EおよびA2は請 求の範囲第13項で定義したとおりでありそしてL′は請求の範囲第9項で定義 したとおりである)の開裂可能なリンカー部分を有する1つまたは複数の基によ って結合された2つまたはそれ以上のオリゴヌレオチドからなる化合物。
- 18.自動オリゴヌクレオチドシンセサイザーでの使用に適する式(VIII) または(IX): ▲数式、化学式、表等があります▼(VIII)▲数式、化学式、表等がありま す▼(IX)の固体支持体であって、 その際、SUPは固体支持体であり; L′、NucおよびZは請求の範囲第9項で定義したとおりであり; A2、E、A1およびZ1は請求の範囲第13項で定義したとおりであり;そし て p1は式: ▲数式、化学式、表等があります▼▲数式、化学式、表等があります▼▲数式、 化学式、表等があります▼または▲数式、化学式、表等があります▼(式中、R 6はHまたは保護基であり;そしてZ3は保護基である) である。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
GB9021625.0 | 1990-10-04 | ||
GB909021625A GB9021625D0 (en) | 1990-10-04 | 1990-10-04 | Synthesis of oligonucleotides |
PCT/GB1991/001687 WO1992006103A1 (en) | 1990-10-04 | 1991-10-01 | Synthesis of oligonucleotides |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JPH06501692A true JPH06501692A (ja) | 1994-02-24 |
Family
ID=10683259
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP3517413A Pending JPH06501692A (ja) | 1990-10-04 | 1991-10-01 | オリゴヌクレオチドの合成 |
Country Status (6)
Country | Link |
---|---|
EP (1) | EP0552185A1 (ja) |
JP (1) | JPH06501692A (ja) |
AU (1) | AU665174B2 (ja) |
CA (1) | CA2093356A1 (ja) |
GB (1) | GB9021625D0 (ja) |
WO (1) | WO1992006103A1 (ja) |
Cited By (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2014177449A (ja) * | 2013-02-18 | 2014-09-25 | Sumitomo Chemical Co Ltd | 塩、レジスト組成物及びレジストパターンの製造方法 |
WO2021025043A1 (ja) * | 2019-08-07 | 2021-02-11 | 学校法人東京歯科大学 | 判別方法、蛍光測定装置および検査薬 |
JP2021516673A (ja) * | 2018-03-14 | 2021-07-08 | エフ.ホフマン−ラ ロシュ アーゲーF. Hoffmann−La Roche Aktiengesellschaft | Lna−ジカルボン酸誘導体およびその調製のための方法 |
JP2022119505A (ja) * | 2021-02-04 | 2022-08-17 | 学校法人東京歯科大学 | 歯周病の原因菌を判別する試薬、菌種判別方法、口臭リスク判定方法および蛍光測定装置 |
JP2022119510A (ja) * | 2021-02-04 | 2022-08-17 | 学校法人東京歯科大学 | 判別方法および蛍光測定装置 |
Families Citing this family (16)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5646261A (en) * | 1992-01-22 | 1997-07-08 | Hoechst Aktiengesellschaft | 3'-derivatized oligonucleotide analogs with non-nucleotidic groupings, their preparation and use |
KR930016437A (ko) * | 1992-01-22 | 1993-08-26 | 귀틀라인, 슈미트 | 올리고뉴클레오티드 유사체, 이의 제조방법 및 용도 |
US6033909A (en) * | 1992-01-22 | 2000-03-07 | Hoechst Aktiengesellschaft | Oligonucleotide analogs, their preparation and use |
GB9207380D0 (en) * | 1992-04-03 | 1992-05-13 | Ici Plc | Compounds |
GB9207381D0 (en) | 1992-04-03 | 1992-05-13 | Ici Plc | Synthesis of oligonucleotides |
DE69630400T2 (de) * | 1995-12-22 | 2005-04-14 | University Technologies International Inc., Calgary | Kupplungsarm für festträger oligonukleotid-synthese und verfahren zur herstellung davon |
US5959090A (en) * | 1996-07-02 | 1999-09-28 | Glen Research Corporation | Chemical phosphorylation of oligonucleotides and reactants used therefor |
US7427678B2 (en) | 1998-01-08 | 2008-09-23 | Sigma-Aldrich Co. | Method for immobilizing oligonucleotides employing the cycloaddition bioconjugation method |
JP2002519433A (ja) * | 1998-07-02 | 2002-07-02 | ユニバーシティー・テクノロジーズ・インターナショナル・インコーポレイテッド | オリゴヌクレオチド合成用の再使用可能な固相支持体 |
DE19856796A1 (de) * | 1998-12-09 | 2000-06-15 | Biochip Technologies Gmbh | Spaltung von chemisch synthetisierten Oligo-/Polynucleotiden an einer vorbestimmten Stelle |
EP1319013A2 (en) * | 2000-09-08 | 2003-06-18 | University Technologies International Inc. | Linker phosphoramidites for oligonucleotide synthesis |
US6806051B2 (en) | 2000-09-25 | 2004-10-19 | Picoliter Inc. | Arrays of partially nonhybridizing oligonucleotides and preparation thereof using focused acoustic energy |
WO2003062452A2 (en) | 2002-01-23 | 2003-07-31 | Proligo, Llc | Methods for the integrated synthesis and purification of oligonucleotides |
WO2004058794A1 (en) | 2002-12-31 | 2004-07-15 | Proligo Llc | Methods and compositions for the tandem synthesis of two or more oligonuleotides on the same solid support |
US8846012B2 (en) * | 2008-12-22 | 2014-09-30 | Pola Chemical Industries Inc. | Melanin production inhibitor |
WO2018215049A1 (en) | 2017-05-23 | 2018-11-29 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Process for galnac oligonucleotide conjugates |
Family Cites Families (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP0067597A1 (en) * | 1981-05-29 | 1982-12-22 | ens BIO LOGICALS INC. | Polynucleotide synthesis procedure |
DE3239887A1 (de) * | 1982-10-28 | 1984-05-03 | Hubert Prof. Dr. 2000 Hamburg Köster | Verfahren zur herstellung von oligonucleotiden |
DE3650371T2 (de) * | 1985-03-28 | 1996-03-07 | Chiron Corp | 0,0'-Dicyanoethyl-phosphoramidite, Verfahren zu deren Herstellung und ihre Verwendung in Phosphorylierungsreaktionen. |
US5252760A (en) * | 1985-03-28 | 1993-10-12 | Chiron Corporation | Method of using colored phosphorylating reagents |
PT88550A (pt) * | 1987-09-21 | 1989-07-31 | Ml Tecnology Ventures Lp | Processo para a preparacao de reagentes de ligacao nao nucleotidicos para sondas nucleotidicas |
US4914210A (en) * | 1987-10-02 | 1990-04-03 | Cetus Corporation | Oligonucleotide functionalizing reagents |
US5093239A (en) * | 1988-05-02 | 1992-03-03 | Eastman Kodak Company | Reagents for detecting oxidase positive microorganisms |
WO1989010978A1 (en) * | 1988-05-09 | 1989-11-16 | The Salk Institute For Biological Studies | Method of making nucleic acid dimers |
-
1990
- 1990-10-04 GB GB909021625A patent/GB9021625D0/en active Pending
-
1991
- 1991-10-01 WO PCT/GB1991/001687 patent/WO1992006103A1/en not_active Application Discontinuation
- 1991-10-01 AU AU86509/91A patent/AU665174B2/en not_active Ceased
- 1991-10-01 CA CA 2093356 patent/CA2093356A1/en not_active Abandoned
- 1991-10-01 EP EP19910917056 patent/EP0552185A1/en not_active Withdrawn
- 1991-10-01 JP JP3517413A patent/JPH06501692A/ja active Pending
Cited By (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2014177449A (ja) * | 2013-02-18 | 2014-09-25 | Sumitomo Chemical Co Ltd | 塩、レジスト組成物及びレジストパターンの製造方法 |
JP2021516673A (ja) * | 2018-03-14 | 2021-07-08 | エフ.ホフマン−ラ ロシュ アーゲーF. Hoffmann−La Roche Aktiengesellschaft | Lna−ジカルボン酸誘導体およびその調製のための方法 |
WO2021025043A1 (ja) * | 2019-08-07 | 2021-02-11 | 学校法人東京歯科大学 | 判別方法、蛍光測定装置および検査薬 |
JPWO2021025043A1 (ja) * | 2019-08-07 | 2021-12-09 | 学校法人東京歯科大学 | 判別方法、蛍光測定装置および検査薬 |
JP2022119505A (ja) * | 2021-02-04 | 2022-08-17 | 学校法人東京歯科大学 | 歯周病の原因菌を判別する試薬、菌種判別方法、口臭リスク判定方法および蛍光測定装置 |
JP2022119510A (ja) * | 2021-02-04 | 2022-08-17 | 学校法人東京歯科大学 | 判別方法および蛍光測定装置 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CA2093356A1 (en) | 1992-04-05 |
GB9021625D0 (en) | 1990-11-21 |
EP0552185A1 (en) | 1993-07-28 |
WO1992006103A1 (en) | 1992-04-16 |
AU8650991A (en) | 1992-04-28 |
AU665174B2 (en) | 1995-12-21 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JPH06501692A (ja) | オリゴヌクレオチドの合成 | |
EP1379698B1 (en) | Mobility-modified nucleobase polymers and methods of using same | |
Scaringe | RNA oligonucleotide synthesis via 5′-silyl-2′-orthoester chemistry | |
AU777049B2 (en) | Xylo-LNA analogues | |
AU776362B2 (en) | L-ribo-LNA analogues | |
US7084125B2 (en) | Xylo-LNA analogues | |
JP4236812B2 (ja) | オリゴヌクレオチド類似体 | |
US5512668A (en) | Solid phase oligonucleotide synthesis using phospholane intermediates | |
US5393877A (en) | Linkers for the synthesis of multiple oligonucleotides in seriatim from a single support attachment | |
CA2627208C (en) | Polynucleotide containing a phosphate mimetic | |
US5252723A (en) | Method and reagent for sulfurization of organophosphorous compounds | |
US20030144231A1 (en) | Oligonucleotide analogues | |
CA2186250A1 (en) | Modified oligonucleotides and intermediates useful in nucleic acid therapeutics | |
MXPA96004355A (en) | Oligonucleotides and used modified intermediaries in nucleic acids therapeuti | |
JP3676388B2 (ja) | 非ヌクレオチド基を有する3′−誘導されたオリゴヌクレオチド類似体、その製法および使用 | |
US5756704A (en) | Nucleosides and nucleoside derivatives containing enzymatically cleavable protecting groups | |
US20030129593A1 (en) | Process for producing multiple oligonucleotides on a solid support | |
AU2002325599B2 (en) | Oligonucleotide analogues | |
AU2002303356A1 (en) | Mobility-modified nucleobase polymers and methods of using same | |
Kumar | Nucleic Acids |