JPH06303997A - cDNAの分析方法 - Google Patents

cDNAの分析方法

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JPH06303997A
JPH06303997A JP11251593A JP11251593A JPH06303997A JP H06303997 A JPH06303997 A JP H06303997A JP 11251593 A JP11251593 A JP 11251593A JP 11251593 A JP11251593 A JP 11251593A JP H06303997 A JPH06303997 A JP H06303997A
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JP
Japan
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cdna
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cdnas
mrna
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Application number
JP11251593A
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English (en)
Inventor
Shigeru Takagi
茂 高木
Sukeyuki Kamioka
祐之 上岡
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Nippon Telegraph and Telephone Corp
Original Assignee
Nippon Telegraph and Telephone Corp
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Abstract

(57)【要約】 【目的】 塩基配列を求める前に、cDNAをその種類
毎に分類し2次元的に分離するcDNAの分析方法を提
供する。 【構成】 mRNAの集合と標識をした、複数種類の逆
転写プライマーを用い、各逆転写プライマー毎に、mR
NAの集合を鋳型として二本鎖cDNAの集合を作成す
る第1の工程と、得られた二本鎖cDNAの集合毎に制
限酵素で消化する第2の工程と、消化されたcDNAの
集合を単位に個別のレーンで電気泳動をする第3の工程
の各工程を少なくとも含むcDNAの分析方法。該cD
NAの分析方法を適用し、電気泳動による2種類以上の
分析パターンを得た後、1つの分析パターンのみに存在
するcDNAを選択回収するcDNAの分析方法。 【効果】 遺伝子発現の解析を容易、迅速かつ完全化す
る方法を提供する。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【産業上の利用分野】本発明は多種類あるcDNAを分
類し、2次元的に分離する方法に関する。
【0002】
【従来の技術】DNAに書かれた遺伝情報がmRNAに
転写され、リボソームがこのmRNA上の遺伝暗号を解
読しながら、アミノ酸をつなぎ蛋白質を合成する。生体
の各細胞に数千〜数万種類のmRNAが含まれている。
これらmRNA全体についての情報を得ることは、医
学、薬学、水産学、農学分野での基本的課題の一つであ
る。しかし、通常はmRNAの配列を直接決定すること
は行わず、mRNAを鋳型にして合成したcDNAを基
に分析を行う。このため、従来は(1)オリゴdTのプ
ライマーをmRNAのポリA末端部にアニーリングし、
(2)このプライマーから、mRNAを鋳型として、そ
れに相補するDNAを逆転写酵素により合成し、(3)
更にもう片方のDNAをDNAポリメラーゼにより合成
して二本鎖cDNAを作成し、(4)この二本鎖cDN
Aをベクターに接続し、(5)このベクターを直接ある
いはファージ粒子にパッケージングした後バクテリアに
導入して、バクテリアのコロニーあるいはプラークとし
て分離、増幅後、回収し、(6)回収したcDNAの塩
基配列を次々求める、という工程をとっていた。cDN
Aの分離は工程(5)で行われていた。
【0003】
【発明が解決しようとする課題】上述のようなcDNA
の分離工程(5)では、分離して得た2つの物が同一種
類の物か、あるいは、異なる種類の物か不明である。更
にこの分離工程(5)では、全体の物が何種類に分類で
きているか不明である。すなわち分離工程(5)では分
離はなされていなかった。このため塩基配列を求める工
程(6)では、同一種類のmRNAに由来するcDNA
の塩基配列を何回も求めてしまい無駄な労力を費やして
しまうという問題がある。また、塩基配列を求める工程
(6)では、すべての種類のmRNAのうち、既にどれ
だけの物の塩基配列が求まり、どれだけの物が塩基配列
を決定されずに残されているか不明であるため、どこで
工程(6)を終了すればよいかの判断がつけられないと
いう問題がある。更に、mRNAの量は種類によって、
数百〜数千倍も異なっているため、従来法では、量の多
いものから先に取り出され、量の少ないものは取りこぼ
しやすいという問題がある。また、2つのcDNAの集
合があり、含まれているcDNAの種類の差を求めた
い、例えば、遺伝病にかかった細胞と正常な細胞の遺伝
的差異、あるいは、2つの品種の遺伝的差異を分析した
い場合、従来法では困難であった。本発明の目的は、塩
基配列を求める前に、cDNAを選択的に分離するcD
NAの分析方法を提供することにある。
【0004】
【課題を解決するための手段】本発明を概説すれば、本
発明の第1の発明はcDNAの分析方法に関する発明で
あって、mRNAの集合と標識をした、複数種類の逆転
写プライマーを用い、各逆転写プライマー毎に、mRN
Aの集合を鋳型として二本鎖cDNAの集合を作成する
第1の工程と、得られた二本鎖cDNAの集合毎に制限
酵素で消化する第2の工程と、消化されたcDNAの集
合を単位に個別のレーンで電気泳動をする第3の工程の
各工程を少なくとも含むことを特徴とする。そして、本
発明の第2の発明は他のcDNAの分析方法に関する発
明であって、2種類以上のmRNAの集合の分析に第1
の発明のcDNA分析方法を適用し、電気泳動による2
種類以上の分析パターンを得た後、1つの分析パターン
のみに存在するcDNAを選択回収することを特徴とす
る。
【0005】本発明は、前記の問題点を解決するため、
塩基配列を求める前に、cDNAをその種類毎に分類し
2次元的に分離するcDNAの分析方法を提供するもの
である。
【0006】m種類の逆転写プライマーを用い、mRN
Aの集合を鋳型として二本鎖cDNAの集合を作成する
第1の工程により、まずcDNAがm種類の集合に分類
される。次に各種類のcDNAの集合毎に制限酵素で消
化する第2の工程により、cDNAが長さに関して平均
n通りに分類され、従って、合計mn通りに分類され
る。消化されたcDNAの集合を単位に個別のレーンに
のせることにより、まずm通りに分離され、電気泳動に
より、各レーン毎にcDNAが長さ方向にn通りに分離
される。すなわち、工程1と工程2により、mn通りに
分類されたものが工程3によりmn通りに分離される。
同一逆転写プライマー、同一制限酵素、同一電気泳動条
件を用いれば、同一種類のcDNAは電気泳動のゲル上
の同一位置に、異なった種類のcDNAは電気泳動のゲ
ル上の異なった位置に再現性よく配置される。mRNA
の2つの集合A、Bに対し、同一逆転写プライマー、同
一制限酵素、同一電気泳動条件を用いて、前記第1工
程、第2工程、及び第3工程を施し、得られた電気泳動
のゲル上の分離分類されたcDNAの2つのパターンP
a、Pbを比較する。Pa、Pbの同一種類に対応する
位置にそれぞれcDNAのバンドx、yが存在すれば、
x、yはA、Bに共通に含まれるmRNA由来のcDN
Aであることを意味し、Paのある位置にはcDNAの
バンドzが存在するが、Pbの対応する位置にはcDN
Aのバンドが存在しないときは、zはAのみ含まれるm
RNA由来のcDNAであることを意味する。したがっ
て、zのみを電気泳動のゲルから回収することにより2
つのmRNAの集合A、B間の引き算の集合A−B由来
のcDNAを得る。
【0007】本発明においては、逆転写プライマーの標
識として、ラジオアイソトープ、蛍光色素、ビオチンの
少なくともいずれか1つ以上を用いることができる。
【0008】また逆転写プライマーとしてオリゴdTの
3′末端にアデニン、グアニン、シトシンのいずれかで
始まる、2〜4塩基長のデオキシヌクレオチドを結合し
た逆転写プライマーを使用する。
【0009】本発明で使用する逆転写プライマーの例に
は、図1に示す逆転写プライマー2、3、4があり、こ
れは配列表の配列番号1で表されるものである。逆転写
プライマー2、3、4はオリゴdTの3′末端にそれぞ
れ、グアニンG、アデニンA、シトシンCを付加したも
のである。配列表の配列番号2は、別の逆転写プライマ
ーの例を示す。配列表の配列番号2に示す逆転写プライ
マーは、オリゴdTの3′末端にグアニンG、あるいは
アデニンA、あるいはシトシンCで始まる2塩基長のオ
リゴヌクレオチドを付加したものである。この12種類
の逆転写プライマーを用いれば、約1200〜2400
のcDNAが分離分類できる。配列表の配列番号3は、
別の逆転写プライマーの例を示す。配列表の配列番号3
に示す逆転写プライマーは、オリゴdTの3′末端にグ
アニンG、あるいはアデニンA、あるいはシトシンCで
始まる3塩基長のオリゴヌクレオチドを付加したもので
ある。この48種類の逆転写プライマーを用いれば、約
5000〜10000のcDNAが分離分類できる。配
列表の配列番号4は、別の逆転写プライマーの例を示
す。配列表の配列番号4に示す逆転写プライマーは、オ
リゴdTの3′末端にグアニンG、あるいはアデニン
A、あるいはシトシンCで始まる4塩基長のオリゴヌク
レオチドを付加したものである。この192種類の逆転
写プライマーを用いれば、約20000〜40000の
cDNAが分離分類できる。配列表の配列番号1〜4に
示した逆転写プライマーのオリゴdTの長さは、それぞ
れ7塩基、17塩基、17塩基、17塩基となっている
が、これに限定されるものではない。7塩基〜30塩基
のいずれの長さであっても同様に作用する。
【0010】
【実施例】以下、本発明を実施例により更に具体的に説
明するが、本発明はこれら実施例に限定されない。
【0011】実施例1 図1に本発明の一実施例を示す。図1において、1はm
RNAの集合、2、3、4は逆転写プライマー、5は逆
転写及び二本鎖cDNA作成工程、6、7、8は二本鎖
cDNAの集合、9は制限酵素消化工程、10、11、
12は制限酵素消化された二本鎖cDNAの集合、13
は電気泳動のゲル、14、15、16は電気泳動のレー
ン、17は電気泳動工程、18は分離分類されたcDN
Aを意味する。mRNAの集合1は3′末端にポリA配
列を有する一本鎖cDNAの集合であり、多種類含む。
配列のそれぞれ異なる逆転写プライマー2、3、4を準
備する。mRNAの集合1に逆転写プライマー2、3、
4を各々独立にアニールし、逆転写酵素を用いた相補鎖
DNAへの逆転写及びDNAポリメラーゼを用いた二本
鎖cDNA作成工程5により、二本鎖cDNAの集合
6、7、8を作成する。二本鎖cDNAの集合6は逆転
写プライマー2を用いて作成したものでありポリAの1
塩基前がシトシンCであるmRNAのサブ集合に対応す
る二本鎖cDNAの集合となっている。二本鎖cDNA
の集合7は逆転写プライマー3を用いて作成したもので
あり、ポリAの1塩基前がチミンTであるmRNAのサ
ブ集合に対応する二本鎖cDNAの集合となっている。
二本鎖cDNAの集合8は逆転写プライマー4を用いて
作成したものであり、ポリAの1塩基前がグアニンGで
あるmRNAのサブ集合に対応する二本鎖cDNAの集
合となっている。互いに異なる配列を有する逆転写プラ
イマー2、3、4に基づいて作成された二本鎖cDNA
の集合6、7、8は当然互いに異なる。しかし、各々の
二本鎖cDNAの集合6、7、8には複数種類のものが
含まれている。すなわち、元の多種類存在するmRNA
の集合1を、互いに同じものを含まない、3つの二本鎖
cDNAの集合6、7、8のグループに分類したことに
なる。二本鎖cDNAの集合6、7、8に各々独立に、
制限酵素消化工程9を施し消化された二本鎖cDNAの
集合10、11、12を得る。制限酵素消化により1つ
の二本鎖cDNAは複数の二本鎖cDNAに分けられる
が、以下、そのうち逆転写プライマーを含む配列、すな
わち、最も3′末端側二本鎖cDNAのみ着目する。二
本鎖cDNAの種類によって、制限酵素の認識部位は異
なるため、消化された二本鎖cDNAの集合10、1
1、12には長さによった分類分けが付加されたことに
なる。消化された二本鎖cDNAの集合10、11、1
2を電気泳動のゲル13の異なるレーン14、15、1
6にのせることにより、まず、逆転写プライマーの種類
によった分離を行う。次に、電気泳動工程17を施す。
DNAの鎖長の短いDNA程、電気泳動で速く流れる性
質によりDNAの鎖長によった分離を行う。電気泳動の
ゲル13上で、逆転写プライマーを含むcDNAのみを
検出することにより、分離分類されたcDNA18を得
る。
【0012】なお、二本鎖cDNAのまま電気泳動する
方法と、一本鎖cDNAに解離後電気泳動する方法の両
方法とも本発明による分析法に適用可能である。第1工
程5、第2工程9、及び第3工程17の標準的反応条件
は、既知の条件、例えば、1989年、コールド スプ
リング ハーバー ラボラトリー プレス(Cold Sprin
g Harbor Laboratory Press)発行、J.サムブルック、
E.F.フリッチ及びT.マニアティス(J.Sambroo
k、E.F.Fritsch 、T.Maniatis) 共著、モレキュ
ラー クローニング:ア ラボラトリー マニュアル
セカンド エジション(Molecular Cloning :A Labor
atory Maual Second Edition) を用いる。
【0013】上記逆転写プライマーとして、標識した逆
転写プライマーを用いることにより、電気泳動のゲル1
3上で、逆転写プライマーを含むcDNAのみを容易に
検出できるようになる。標識の方法として、ラジオアイ
ソトープ、蛍光色素、ビオチンが有効である。電気泳動
のゲル13として、約50cmの長さのポリアクリルアミ
ドゲルを用いると、1レーン当り100〜200のcD
NAが分離できるため、図1の3種類の逆転写プライマ
ー2、3、4を用いて、約300〜600のcDNAが
分離分類できる。
【0014】実施例2 図2はcDNAの集合間の引き算をする方法を示す。図
2において符号19はmRNAの集合A、20はmRN
Aの集合Bである。21は逆転写のプライマーの集合の
一要素の例である。また22、23は分離分類されたc
DNAのパターン、24、25は一方の分離分類された
cDNAパターンには存在するが、他方の分離分類され
たcDNAのパターンには存在しないcDNA、26は
cDNAの回収工程、27、28は引き算結果であるc
DNAの集合である。逆転写のプライマーの他の要素に
ついても図2と同じ処理を行う。mRNAの集合19、
20の各々に対して、同じ逆転写のプライマー21を用
い、逆転写及び二本鎖cDNA作成工程5を施した後、
制限酵素消化工程9により消化する。消化された二本鎖
cDNAを電気泳動のゲル13の異なるレーン14、1
5にのせ、電気泳動工程17を施し、分離分類されたc
DNAのパターン22、23を得る。22はmRNAの
集合Aより得られたパターンであり、Paと呼ぶことと
する。23はmRNAの集合Bより得られたパターンで
あり、Pbと呼ぶこととする。Pa、Pb上の泳動距離
が同一の2つのバンドには、同一種類のmRNA由来の
cDNAが存在し、泳動距離が異なる2つのバンドに
は、異なった種類のmRNA由来のcDNAが存在す
る。したがって、24はPaに存在するが、Pbには存
在しないcDNAであり、25はPbには存在するがP
aには存在しないcDNAである。Paには存在する
が、Pbには存在しないcDNAのみを独立に回収工程
26により回収することにより、Paには存在するが、
Pbには存在しないcDNAの集合27を得る。また、
逆に、Pbには存在するが、Paには存在しないcDN
Aのみを独立に、回収工程26により回収することによ
り、Pbには存在するが、Paには存在しないcDNA
の集合28を得ることができる。回収工程26として、
電気泳動のゲル13より、cDNA24、25を切り出
す方法が挙げられる。また、回収工程26として、電気
泳動のゲル13より、cDNA24、25を電気泳動に
より、流出させて回収する方法が挙げられる。
【0015】
【発明の効果】以上詳述したように、本発明によるcD
NAの2次元分離分類法は、塩基配列の決定に先立っ
て、cDNAの種類を分類し、2次元上の異なる位置に
分離して配置することができるため次のような利点が生
ずる。 (イ)従来法で存在していた、同一種類のmRNAに由
来するcDNAの塩基配列を何回も求めてしまい、無駄
な労力を費やしてしまうという問題が解決される。 (ロ)従来法で存在していた、すべての種類のmRNA
のうち、既にどれだけの物の塩基配列が求まり、どれだ
けの物が塩基配列を決定されずに残されているか不明で
あるため、どこで塩基配列決定作業を終了すればよいか
の判断がつけられないという問題が解決される。 (ハ)mRNAの量は種類によって、数百〜数千倍も異
なっているため、従来法で存在していた、量の多いもの
から先に取り出され、量の少ないものは取りこぼしやす
いという問題が解決される。 (ニ)2つのcDNAの集合に含まれているcDNAの
種類の差を容易に求めることができる。 本発明は、遺伝子発現の解析を容易、迅速かつ完全化す
る方法を提供するものであり、医学、生物学の分野に大
きな貢献をする。
【0016】
【配列表】
【0017】配列番号:1 配列の長さ:各8 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:逆転写プライマー 配列 5′TTTTTTTG 3′ 5′TTTTTTTA 3′ 5′TTTTTTTC 3′
【0018】配列番号:2 配列の長さ:各19 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:逆転写プライマー 配列 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTAG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTAA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTAT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTAC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCC 3′
【0019】配列番号:3 配列の長さ:各20 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:逆転写プライマー 配列 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGGG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGGA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGGT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGGC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGAG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGAA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGAT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGAC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGTG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGTA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGTT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGTC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGCG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGCA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGCT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGCC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTAGG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTAGA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTAGT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTAGC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTAAG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTAAA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTAAT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTAAC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTATG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTATA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTATT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTATC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTACG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTACA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTACT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTACC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCGG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCGA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCGT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCGC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCAG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCAA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCAT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCAC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCTG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCTA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCTT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCTC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCCG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCCA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCCT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCCC 3′
【0020】配列番号:4 配列の長さ:各21 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:逆転写プライマー 配列 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGGGG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGGGA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGGGT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGGGC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGGAG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGGAA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGGAT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGGAC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGGTG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGGTA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGGTT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGGTC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGGCG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGGCA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGGCT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGGCC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGAGG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGAGA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGAGT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGAGC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGAAG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGAAA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGAAT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGAAC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGATG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGATA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGATT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGATC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGACG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGACA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGACT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGACC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGTGG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGTGA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGTGT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGTGC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGTAG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGTAA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGTAT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGTAC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGTTG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGTTA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGTTT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGTTC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGTCG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGTCA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGTCT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGTCC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGCGG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGCGA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGCGT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGCGC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGCAG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGCAA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGCAT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGCAC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGCTG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGCTA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGCTT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGCTC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGCCG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGCCA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGCCT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTGCCC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTATGG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTATGA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTATGT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTATGC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTATAG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTATAA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTATAT 3′ 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5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCAGA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCAGT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCAGC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCAAG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCAAA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCAAT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCAAC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCATG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCATA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCATT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCATC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCACG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCACA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCACT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCACC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCTGG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCTGA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCTGT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCTGC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCTAG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCTAA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCTAT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCTAC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCTTG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCTTA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCTTT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCTTC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCTCG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCTCA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCTCT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCTCC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCCGG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCCGA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCCGT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCCGC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCCAG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCCAA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCCAT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCCAC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCCTG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCCTA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCCTT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCCTC 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCCCG 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCCCA 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCCCT 3′ 5′TTTTTTTTTTTTTTTTTCCCC 3′
【図面の簡単な説明】
【図1】本発明の1実施例を示す図である。
【図2】cDNAの集合間の差をとる方法の1実施例を
示す図である。
【符号の説明】
1:mRNAの集合、2、3、4:逆転写プライマー、
5:逆転写及び二本鎖cDNA作成工程、6、7、8:
二本鎖cDNAの集合、9:制限酵素消化工程、10、
11、12:制限酵素消化された二本鎖cDNAの集
合、13:電気泳動のゲル、14、15、16は電気泳
動のレーン、17:電気泳動工程、18:分離分類され
たcDNA、19:mRNAの集合A、20:mRNA
の集合B、21:逆転写のプライマーの集合の一要素の
例、22、23:分離分類されたcDNAのパターン、
24、25:一方の分離分類されたcDNAパターンに
は存在するが、他方の分離分類されたcDNAのパター
ンには存在しないcDNA、26:cDNAの回収工
程、27、28:引き算結果であるcDNAの集合

Claims (4)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 mRNAの集合と標識をした、複数種類
    の逆転写プライマーを用い、各逆転写プライマー毎に、
    mRNAの集合を鋳型として二本鎖cDNAの集合を作
    成する第1の工程と、得られた二本鎖cDNAの集合毎
    に制限酵素で消化する第2の工程と、消化されたcDN
    Aの集合を単位に個別のレーンで電気泳動をする第3の
    工程の各工程を少なくとも含むことを特徴とするcDN
    Aの分析方法。
  2. 【請求項2】 逆転写プライマーの標識として、ラジオ
    アイソトープ、蛍光色素、ビオチンの少なくともいずれ
    か1つ以上を用いることを特徴とする請求項1に記載の
    cDNAの分析方法。
  3. 【請求項3】 逆転写プライマーとしてオリゴdTの
    3′末端にアデニン、グアニン、シトシンのいずれかで
    始まる、2〜4塩基長のデオキシヌクレオチドを結合し
    た逆転写プライマーを使用することを特徴とする請求項
    1又は2に記載のcDNAの分析方法。
  4. 【請求項4】 2種類以上のmRNAの集合の分析に請
    求項1〜3に記載のcDNA分析方法を適用し、電気泳
    動による2種類以上の分析パターンを得た後、1つの分
    析パターンのみに存在するcDNAを選択回収すること
    を特徴とするcDNAの分析方法。
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