JPH06121689A - 非a非b型肝炎ウイルス遺伝子、ポリヌクレオチド、ポリペ プタイド、抗原、抗体検出系 - Google Patents

非a非b型肝炎ウイルス遺伝子、ポリヌクレオチド、ポリペ プタイド、抗原、抗体検出系

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JPH06121689A
JPH06121689A JP28740291A JP28740291A JPH06121689A JP H06121689 A JPH06121689 A JP H06121689A JP 28740291 A JP28740291 A JP 28740291A JP 28740291 A JP28740291 A JP 28740291A JP H06121689 A JPH06121689 A JP H06121689A
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宏明 岡本
Tetsuo Nakamura
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Abstract

(57)【要約】 【目的】本発明は、非A非B型(NANB)肝炎ウイル
スHC−J6株の全遺伝子配列を解明し、これにもとづ
いてNANB肝炎ウイルスを高感度に検出する方法を提
供することを目的とする。 【構成】本発明は、NANB肝炎ウイルス遺伝子の発明
であり、これに関連するポリヌクレオチド、cDNAク
ローン、ポリペプタイド、ポリクローナル抗体、モノク
ローナル抗体の発明であり、また、これらに用いたNA
NB肝炎ウイルス検出系の発明である。 【効果】本発明のポリペプタイド、抗体は、NANB肝
炎を高感度に検出することができ、また関連するポリヌ
クレオチド、cDNAクローンは、これらの検出系を製
造することができる。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【産業上の利用分野】本発明は、非A非B型肝炎ウイル
ス(以下「NANB肝炎ウイルス」と略記する)遺伝
子、これに関連するポリヌクレオチド、ポリペプタイ
ド、ならびに関連抗原、抗体検出系に関する。
【0002】
【従来の技術】ウイルスに由来する肝炎には、既に病原
体が解明されその診断法や予防法が確立したものとして
A型肝炎、B型肝炎がある。これ以外は一括して、非A
非B型肝炎(以下「NANB肝炎」という)と呼ばれて
きた。日本における輸血後肝炎は、B型肝炎の検出法が
輸血血液のスクリーニングに導入された後は格段に減少
したが、なお、年間推定28万例が、NANB肝炎ウイ
ルスにより発症していると考えられてきた。
【0003】近年、NANB肝炎ウイルス肝炎は、タイ
プ別にC型、D型、E型と命名され、その病原体につい
ての研究が進展し、撲滅に向けての努力が世界的に進め
られるようになった。輸血後肝炎に関して、1988年
アメリカのカイロン社がC型肝炎ウイルス(以下「HC
V」と略記する)のRNAウイルスゲノムのクローン化
に成功したと発表し、これを基にHCV抗体の測定系を
開発した。現在、HCV抗体測定系は、輸血血液のスク
リーニングや肝疾患患者の診断に、日本を始めとして各
国で用いられている。このHCV抗体の測定系はNAN
B肝炎との関連性が確かに一部では認められる。しか
し、キャリアや慢性肝炎の捕捉率は約70%にすぎず、
また急性期の抗体検出ができない等重大な問題点が残さ
れている。したがって、カイロン社の前記開発によって
もNANB肝炎への対処は依然として解決されていな
い。NANB肝炎の経過は不良であり、水平感染によっ
ても持続感染化(キャリア化)し、慢性肝炎に進展する
ことが確認されている。また、肝硬変、肝がんへ進展す
るケースも多いと予想され、一日も早いウイルス本体の
全貌解明が望まれていた。
【0004】
【発明が解決しようとする課題】上記カイロン社のHC
V抗体検出キットでは診断できないNANB肝炎が多数
存在することから、日本におけるNANB肝炎ウイルス
ゲノムがカイロン社の解明したHCVゲノムとは必ずし
も一致せず、サブタイプの違いがあると推定された。し
たがって、特異性、感度においてさらに優れたNANB
肝炎診断薬、および有効なワクチンを開発するために
は、サブタイプ別にNANB肝炎ウイルスの遺伝子レベ
ル、アミノ酸レベルでの解析を完成することが待望され
ていた。本発明の目的は、NANB肝炎ウイルスゲノム
の塩基配列を、全体にわたって完全に解明し、これに基
づいてアミノ酸レベルでの解析を行うこと、ならびにこ
れを用いてNANB肝炎ウイルス関連抗原、抗体の検出
系の確立を図ることである。
【0005】
【課題を解決するための手段】本発明者らは、NANB
肝炎ウイルスの治療、予防、検査に不可欠なポリヌクレ
オチドを見出すために鋭意研究をつづけ、その結果、ヒ
トおよびチンパンジーキャリアの血清よりNANB肝炎
ウイルスのRNAを単離し、非コード領域を含む遺伝子
領域全体をカバーするcDNAをクローン化してその全
部の塩基配列を決定し、さらにアミノ酸配列を決定し
た。その結果本発明者らは、NANB肝炎ウイルスであ
るHC−J6ゲノムの遺伝子全体の塩基配列を完全に解
明することに成功した。かかる遺伝子及びアミノ酸レベ
ルでの研究によって本発明は完成された。本発明のNA
NB肝炎ウイルス(HC−J6ゲノム)は、カイロン社
のHCVゲノムとは別異のものである。
【0006】本発明は、配列番号1記載の塩基配列を有
する非A非B型肝炎ウイルス遺伝子の発明であり、RN
A5′末端より340箇のヌクレオチドからなる非コー
ド領域、これに続く構造蛋白質および非構造蛋白質をコ
ードする領域を含む9099箇のヌクレオチド、ならび
に3′末端108箇のUストッチを含む150箇のヌク
レオチドからなる、配列番号1記載のウイルス遺伝子の
発明であり、これらと、部分的置換を有する非A非B型
肝炎ウイルス変異株遺伝子の発明である。また、配列番
号2記載の塩基配列を有するポリヌクレオチドN−95
89、配列番号3記載の塩基配列を有するcDNAクロ
ーンJ6−φ81、配列番号4記載の塩基配列を有する
cDNAクローンJ6−φ8、これら各ヌクレオチドと
部分的置換を有する非A非B型肝炎ウイルス変異株ヌク
レオチドの発明である。さらに前記遺伝子またはポリヌ
クレオチドにコードされるポリペプタイド、配列番号5
記載のアミノ酸配列を有するポリペプタイドP−303
3、前記遺伝子、ポリヌクレオチド、cDNAクローン
の全部または一部を宿主細胞に組み込み発現させて得た
ポリペプタイド、前記各ポリペプタイドに対するポリク
ローナル抗体またはモノクローナル抗体の発明である。
さらに、前記各ポリペプタイドを用いた非A非B型肝炎
検出系、前記各抗体を用いた非A非B型肝炎検出系の発
明である。
【0007】本発明のNANB肝炎ウイルス遺伝子は次
のようにして得て、その塩基配列を決定した。ヒトおよ
びチンパンジー血漿より得た検体、HC−J1、HC−
J4、HC−J6を用いて本研究を進めた。HC−J
1、HC−J6は日本人供血者由来で、いずれもHCV
抗体陽性と判定された検体より得た。HC−J4はNA
NB肝炎の感染性を確認したチンパンジーから得た検体
に由来するが、しかしこれはカイロン社の前記のHCV
抗体では(−)であった。この3種の血漿検体よりRN
Aを調整し、これらによってRNAの塩基配列を調べ
た。このうちRNAの5′末端側の約2500、および
3′末側の約1100の塩基配列については既に本年4
月26日付特許出願(特願平3−191376号)なら
びに6月20日付特許出願においてその一部を開示し
た。本発明者らは、さらに研究を進め、今回HC−J6
について、新たに非構造蛋白質をコードする領域のcD
NAクローンの構造も解明し、これによって、HC−J
6ゲノムの完全長RNA9589塩基の配列の研究を完
成させ、本発明を完成させるに至った。
【0008】HC−J6ゲノムは、実施例に示すよう
に、5′末端より340個のヌクレオドよりなる5′非
コード領域を有し、それに続いて構造蛋白質をコードす
る領域が続き、さらに非構造蛋白質をコードする領域を
有する。他方、3′末端側は、非構造蛋白質をコードす
る領域に続いて108塩基のU−ストレッチを含む15
0塩基の非コード領域を有する。5′末端側から341
番目のアデニンより始まるコード領域は9099塩基の
一本の長いオープンリーディングフレームよりなり、こ
れが3033アミノ酸をコードしていることが明らかと
なった。HCV、すなわちC型肝炎ウイルスはその遺伝
子構造からフラビウイルスに近縁であると考えられてい
るが、本発明のNANB肝炎ウイルス遺伝子のコード領
域も図1に示す如く、C(コア)、E(エンベロー
プ)、NS−1(非構造蛋白−1)、NS−2(同−
2)、NS−3(同−3)、NS−4(同−4)、NS
−5(同−5)からなると考えられる。
【0009】本発明のHC−J6ゲノムは、ヨーロッパ
特許公開第388,232号(カイロン社)に示された
HCVゲノムと比較すると、ヌクレオチド配列について
全領域では67.9%の相同性を、またアミノ酸配列に
ついては全領域で72.3%の相同性を示すにすぎな
い。領域ごとに個別に相同性を調べると、5′末側非コ
ード領域において塩基配列で94.4%、コア領域にお
いてアミノ酸配列で90.1%であり、これらの領域で
は比較的高い相同性を示している。他方、エンベロープ
部分より下流の領域ではE、NS−1、NS−2、NS
−3、NS−4、NS−5のそれぞれのアミノ酸配列で
60.4%。71.1%、57.8%、81.1%、7
3.1%、69.9%、3′末側非コード領域の塩基配
列で29.6%といずれも低い相同性を示すにすぎず、
結局、HC−J6株がカイロン社の発見したHCV株と
大きく異なることが明らかとなった。
【0010】本発明者ら既に公表した(Japan.
J.EXp.Med.,Vol.60,3,167−1
77)HC−J1(アメリカ型)、HC−J4(日本
型)株とのアミノ酸配列の比較では、コア領域では90
%以上の相同性を示すのに対して、エンベロープ領域で
はそれぞれ60.9%、53.1%と低い相同性を示す
にすぎなかった。本発明により、HC−J6株は、HC
−J1株、HC−J4株のいずれとも異なる別箇のタイ
プのウイルスであることが明らかとなった。
【0011】
【作用】本発明の遺伝子、ポリヌクレオチド、cDNA
クローンは、その全部または一部を大腸菌、枯草菌等の
宿主細胞に組み込んでポリペプタイドを発現させること
ができる。本発明のポリペプタイドは、NANB型肝炎
の検出系として用いることができ、さらに、これに対す
るポリクローナル抗体またはモノクローナル抗体を製造
することができる。本発明のポリクローナル抗体または
モノクローナル抗体は、非A非B型肝炎検出系として用
いることができる。
【0012】
【実施例】以下、本発明の実施例について述べるが、も
とより本発明がこれらの実施例に限定されるものではな
い。
【0013】実施例1 (1)RNA抽出 日本人供血者の血漿から得た、HCV抗体陽性(オーソ
・ダイアグノスティック・システムズ社製、オーソHC
VAbELISAキット)と判定された検体HC−J
1、HC−J6およびNANB肝炎の感染を確認したチ
ンパンジーから得たHCV抗体(−)の検体HC−J4
より、次のようにしてRNAを抽出した。血漿にトリス
塩酸緩衝液(10mM、pH8.0)を加え、68×1
rpmで1時間遠心した。得られたペレットに20
0mM NaCl、10mM EDTA、2%(w/
v)ドデシル硫酸ナトリウム(SDS)、および1mg
/mlのプロテナーゼKを含むトリス塩酸緩衝液(50
mM、pH8.0)を加え、60℃で1時間加温し、エ
タノール沈澱を行い、RNAを得た。
【0014】(2)HC−J1cDNA合成 HC−J1血漿より抽出したRNAを70℃で1分間加
温し、これを鋳型として10ユニットの逆転写酵素(c
DNA Synthesis SystemPlus、
アマシャム社)およびオリゴヌクレオチドプライマー
(20−mer)20pmolを加えて、42℃、15
時間反応させてcDNAを得た。プライマーとしては、
ヨーロッパ特許出願公開318,216号に示されたH
CV塩基配列を参照して合成した#8(5′−GATG
CTTGCGGAACGCAATCA−3′)を用い
た。
【0015】(3)ポリメラーゼチェインリアクション
(PCR)によるcDNAの増幅 Gene Amp DNA増幅試薬キット(パーキンエ
ルマー・シータス社)を用いたSaikiらの方法(S
cience 239,487−491,1988)に
より、DNAサーマイクラー(パーキンエルマー・シー
タス社)にて35サイクルのcDNA増幅を行った。
【0016】(4)cDNAライブラリーの構築による
HC−J1、HC−J4の5′末端側塩基配列の決定 cDNAライブラリーを用いたHC−J1ゲノムの5′
末端側の塩基配列解析は図2(HC−J1)図3(HC
−J4)に示すように、cDNAをバクテリオファージ
λgt10に挿入して得たクローンの解析及びcDNA
をPCRにて増幅して得られたクローンの解析結果の両
者を併せて決定した。図2および図3はNANB肝炎ウ
イルスゲノムの5′末端を制限酵素切断部位とともに示
し、使用するプライマーの位置も示す。図中、実線はバ
クテリオファージλgt10のライブラリーによるクロ
ーンで塩基配列を決定した範囲を、点線はPCRによる
クローンで塩基配列を決定した範囲を示す。HC−J1
のnt454〜2109の1656塩基はプライマー#
8から得たcDNAをλgt10ファージベクター(ア
マシャム社)に挿入して得られたクローンφ41により
決定した。つぎにこのシークエンスをもとに合成した、
nt824〜843の新しいプライマー#25(5′−
TCCCTGTTGCATAGTTCACG−3′)を
用いて、HC−J4のcDNAライブラリーから順次4
つのcDNAクローンφ60、φ61、φ66、φ75
を得て、これらのコンセンサス シークエンスから上流
のnt18〜843の塩基配列を決めた。
【0017】(5)HC−J6、5′末端側塩基配列の
決定 HC−J6ゲノムの5′末端側の塩基配列は図4に示す
ように、cDNAをPCRにて増幅して得られたクロー
ンの解析結果により決定した。HC−J6検体につい
て、抽出したRNAから前記(2)の方法に従って、c
DNAを抽出し、そのシークエンスを決定した。nt2
4〜2551はHC−J4の塩基配列を基にしたプライ
マーの組み合わせによるPCRにて得られた各クローン
のコンセンサス シークエンスから決められた。 nt24〜826 #32(5′−ACTCCACCATAGATCACTCC−3′) #122(5′−AGGTTCCCTGTTGCATAATT−3′) クローン;C9397、C9388、C9764 nt732〜1907 #50(5′−GCCGACCTCATGGGGTACAT−3′) #128(5′−TCGGTCGTGCCCACTACCAC−3′) クローン;C9316、C9752、C9753 nt1867〜2591 #149(5′−TCTGTGTGTGGCCCAGTGTA−3′) #146(5′−AGTAGCATCATCCACAAGCA−3′) クローン;C11621、C11624、C11655 さらに上流の5′末端側を特定するため、nt246〜
265のアンチセンスプライマー#36(5′−AAC
ACTACTCGGCTAGCAGT−3′)を用いて
cDNAを合成したのち、ターミナルデオキシヌクレオ
チジルトランスフェラーゼによりcDNAの5′末端に
dA付加を行い、2段階のone−sidedPCR増
幅を行った。すなわち、1回目はオリゴdTプライマー
(20−mer)とnt188〜207のアンチセンス
プライマー#48(5′−GTTGATCCAAGAA
AGGACCC−3′)を用いて35サイクルのPCR
増幅を行い、2回目はそのPCR産物を鋳型にしてオリ
ゴdTプライマー(20−mer)とnt140〜16
0のアンチセンスプライマー#109(21−mer;
5′−ACCGGATCCGCAGACCACTAT−
3′)を用いて30サイクルのPCRを行った。得られ
たPCR産物をM13ファージベクターにサブクローニ
ングした。完全長の5′末端配列を有すると考えられる
13個の独立したクローン、C9577、C9579、
C9581、C9584、C9587、C9590、C
9591、C9595、C9606、C9609、C9
615、C9616、C9619を得、それらのコンセ
ンサス シークエンスからnt1〜23の塩基配列を決
めた。 (6)HC−J6、中央領域塩基配列の決定 HC−J6血漿100mlを原料に、(2)の方法に準
じてλgt10バクテリオファージにcDNAライブラ
リーを構築した。プライマーとして、ヨーロッパ特許出
公開318,216号に示されたHCV塩基配列を参照
して合成したポリヌクレオチド#162および#81を
用い、クローンの選択はプラークハイブリダイゼーショ
ンにより行った。図1に示すように、得られた4個のc
DNAクローンφ2(nt6996〜8700)、φ6
(nt6485〜8700)、φ8(nt6008〜8
700)、φ81(nt2199〜6168)を解析
し、得られたコンセンサス シークエンスからnt25
52〜8700の塩基配列を決定した。このうち、クロ
ーンφ81、φ8はそれぞれ配列番号3、4の塩基配列
を有する。
【0018】(7)HC−J6ゲノムの3′末端側の塩
基配列は図5に示すように、PCRにて増幅して得られ
たクローンの解析結果より決定した。HC−J6のnt
8701〜9241の配列については検体をプライマー
#80(5′−GACACCCGCTGTTTTGAC
TC−3′)および#60(5′−GTTCTTACT
GCCCAGTTGAA−3′)を用いたPCRにか
け、得られた938塩基のクローンC9760、C92
34、C9761の塩基配列より得られるコンセンサス
シークエンスから決定した。nt9242より下流の
3′末端側塩基配列は以下の方法の従って決定した。す
なわち、各検体より(1)記載の方法に従ってRNAを
抽出し、ポリ(A)ポリメラーゼを用いてRNAの3′
末端にポリ(A)を付加し、オリゴ(dT)20をプラ
イマーとしてcDNA合成を行い、得られたcDNAを
テンプレートとしてPCRに供した。PCRは第1段階
としてセンスプライマーとして#97(5 −AGTC
AGGGCGTCCCTCATCT−3′)を、アンチ
センスプライマーとしてオリゴ(dT)20を用いて行
った。次に、得られたcDNAを第2段階PCRとして
第1段階より下流に相当するセンスプライマー#90
(5′−GCCGTTTGCGGCCGATATCT−
3′)を、アンチセンスプライマーとしてオリゴ(d
T)20を用いて行った。2段階のPCRで得られた増
幅産物にT4DNAポリラーゼを作用させ両端を平滑に
した後、T4ポリヌクレオチドキナーゼにて5′末端を
リン酸化し、M13mp19ファージベクターのHin
cII部位にサブクローニングして塩基配列を決定し
た。こうして得られた19個のクローン、C1031
1、C10313、C10314、C10320、C1
0322、C10323、C10326、C1032
8、C10330、C10333、C10334、C1
0336、C10337、C10345、C1034
6、C10347、C10349、C10350、C1
0357から得られるコンセンサス シークエンスより
3′末端側の塩基配列を決定した。以上の解析結果より
HC−J6ゲノムに相当するcDNA塩基配列を配列番
号2記載のように決定し、またゲノムの完全長RNA塩
基配列を配列番号1記載のように決定した。
【0019】(8)HC−J6、アミノ酸配列の決定 HC−J6ゲノムのRNA塩基配列をもとに、開始コド
ンATGより始まるコード領域のアミノ酸配列を配列番
号5のように決定した。その結果、HC−J6は303
3アミノ酸残基からなるポリペプタイド前駆体をコード
する1本の長いオープンリーディングフレームよりなる
ことが明らかになった。
【0020】
【発明の効果】本発明は、非A非B型肝炎ウイルスHC
−J6を単離し、そのウイルス遺伝子の全塩基配列を解
明したことにもとづく発明であって、非A非B型肝炎ウ
イルスを高感度に検出することができ、また、これに必
要なポリペプタイド、ポリクローナル抗体、モノクロー
ナル抗体を提供することができる。
【図面の簡単な説明】
【図1】は、本発明のNANB肝炎ウイルス遺伝子のコ
ード領域の構造。
【図2】〜
【図4】は、NANB肝炎ウイルスの5′末端側塩基配
列決定の方法を示す図。
【図2】は、HC−J1株。
【図3】は、HC−J4株。
【図4】は、HC−J6株。
【図6】は、HC−J6株ゲノムの3′末端側塩基配列
の決定方法。
【符号の説明】
【図1】において、Cはコア、Eはエンベロープ、NS
−1は非構造蛋白質−1、NS−2は同−2、NS−3
は同−3、NS−4は同−4、NS−5は同−5。
【配列表】
─────────────────────────────────────────────────────
【手続補正書】
【提出日】平成5年8月11日
【手続補正1】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】発明の詳細な説明
【補正方法】変更
【補正内容】
【発明の詳細な説明】
【0001】
【産業上の利用分野】本発明は、非A非B型肝炎ウイル
ス(以下「NANB肝炎ウイルス」と略記する)遺伝
子、これに関連するポリヌクレオチド、ポリペプタイ
ド、ならびに関連抗原、抗体検出系に関する。
【0002】
【従来の技術】ウイルスに由来する肝炎には、既に病原
体が解明されその診断法や予防法が確立したものとして
A型肝炎、B型肝炎がある。これ以外は一括して、非A
非B型肝炎(以下「NANB肝炎」という)と呼ばれて
きた。日本における輸血後肝炎は、B型肝炎の検出法が
輸血血液のスクリーニングに導入された後は格段に減少
したが、なお、年間推定28万例が、NANB肝炎ウイ
ルスにより発症していると考えられてきた。
【0003】近年、NANB肝炎ウイルス肝炎は、タイ
プ別にC型、D型、E型と命名され、その病原体につい
ての研究が進展し、撲滅に向けての努力が世界的に進め
られるようになった。輸血後肝炎に関して、1988年
アメリカのカイロン社がC型肝炎ウイルス(以下「HC
V」と略記する)のRNAウイルスゲノムのクローン化
に成功したと発表し、これを基にHCV抗体の測定系を
開発した。現在、HCV抗体測定系は、輸血血液のスク
リーニングや肝疾患患者の診断に、日本を始めとして各
国で用いられている。このHCV抗体の測定系はNAN
B肝炎との関連性が確かに一部では認められる。しか
し、キャリアや慢性肝炎の捕捉率は約70%にすぎず、
また急性期の抗体検出ができない等重大な問題点が残さ
れている。したがって、カイロン社の前記開発によって
もNANB肝炎への対処は依然として解決されていな
い。NANB肝炎の経過は不良であり、水平感染によっ
ても持続感染化(キャリア化)し、慢性肝炎に進展する
ことが確認されている。また、肝硬変、肝がんへ進展す
るケースも多いと予想され、一日も早いウイルス本体の
全貌解明が望まれていた。
【0004】
【発明が解決しようとする課題】上記カイロン社のHC
V抗体検出キットでは診断できないNANB肝炎が多数
存在することから、日本におけるNANB肝炎ウイルス
ゲノムがカイロン社の解明したHCVゲノムとは必ずし
も一致せず、サブタイプの違いがあると推定された。し
たがって、特異性、感度においてさらに優れたNANB
肝炎診断薬、および有効なワクチンを開発するために
は、サブタイプ別にNANB肝炎ウイルスの遺伝子レベ
ル、アミノ酸レベルでの解析を完成することが待望され
ていた。本発明の目的は、NANB肝炎ウイルスゲノム
の塩基配列を、全体にわたって完全に解明し、これに基
づいてアミノ酸レベルでの解析を行うこと、ならびにこ
れを用いてNANB肝炎ウイルス関連抗原、抗体の検出
系の確立を図ることである。
【0005】
【課題を解決するための手段】本発明者らは、NANB
肝炎ウイルスの治療、予防、検査に不可欠なポリヌクレ
オチドを見出すために鋭意研究をつづけ、その結果、ヒ
トおよびチンパンジーキャリアの血清よりNANB肝炎
ウイルスのRNAを単離し、非コード領域を含む遺伝子
領域全体をカバーするcDNAをクローン化してその全
部の塩基配列を決定し、さらにアミノ酸配列を決定し
た。その結果本発明者らは、NANB肝炎ウイルスであ
るHC−J6ゲノムの遺伝子全体の塩基配列を完全に解
明することに成功した。かかる遺伝子及びアミノ酸レベ
ルでの研究によって本発明は完成された。本発明のNA
NB肝炎ウイルス(HC−J6ゲノム)は、カイロン社
のHCVゲノムとは別異のものである。
【0006】本発明は、配列番号1記載の塩基配列を有
する非A非B型肝炎ウイルス遺伝子の発明であり、RN
A5′末端より340箇のヌクレオチドからなる非コー
ド領域、これに続く構造蛋白質および非構造蛋白質をコ
ードする領域を含む9099箇のヌクレオチド、ならび
に3′末端108箇のUストッチを含む150箇のヌク
レオチドからなる、配列番号1記載のウイルス遺伝子の
発明であり、これらと、部分的置換を有する非A非B型
肝炎ウイルス変異株遺伝子の発明である。また、配列番
号2記載の塩基配列を有するポリヌクレオチドN−95
89、配列番号3記載の塩基配列を有するcDNAクロ
ーンJ6−φ81、配列番号4記載の塩基配列を有する
cDNAクローンJ6−φ8、これら各ヌクレオチドと
部分的置換を有する非A非B型肝炎ウイルス変異株ヌク
レオチドの発明である。さらに前記遺伝子またはポリヌ
クレオチドにコードされるポリペプタイド、配列番号5
記載のアミノ酸配列を有するポリペプタイドP−303
3、前記遺伝子、ポリヌクレオチド、cDNAクローン
の全部または一部を宿主細胞に組み込み発現させて得た
ポリペプタイド、前記各ポリペプタイドに対するポリク
ローナル抗体またはモノクローナル抗体の発明である。
さらに、前記各ポリペプタイドを用いた非A非B型肝炎
検出系、前記各抗体を用いた非A非B型肝炎検出系の発
明である。
【0007】本発明のNANB肝炎ウイルス遺伝子は次
のようにして得て、その塩基配列を決定した。ヒトおよ
びチンパンジー血漿より得た検体、HC−J1、HC−
J4、HC−J6を用いて本研究を進めた。HC−J
1、HC−J6は日本人供血者由来で、いずれもHCV
抗体陽性と判定された検体より得た。HC−J4はNA
NB肝炎の感染性を確認したチンパンジーから得た検体
に由来するが、しかしこれはカイロン社の前記のHCV
抗体では(−)であった。この3種の血漿検体よりRN
Aを調整し、これらによってRNAの塩基配列を調べ
た。このうちRNAの5′末端側の約2500、および
3′末側の約1100の塩基配列については既に本年4
月26日付特許出願(特願平3−191376号)なら
びに6月20日付特許出願においてその一部を開示し
た。本発明者らは、さらに研究を進め、今回HC−J6
について、新たに非構造蛋白質をコードする領域のcD
NAクローンの構造も解明し、これによって、HC−J
6ゲノムの完全長RNA9589塩基の配列の研究を完
成させ、本発明を完成させるに至った。
【0008】HC−J6ゲノムは、実施例に示すよう
に、5′末端より340個のヌクレオドよりなる5′非
コード領域を有し、それに続いて構造蛋白質をコードす
る領域が続き、さらに非構造蛋白質をコードする領域を
有する。他方、3′末端側は、非構造蛋白質をコードす
る領域に続いて108塩基のU−ストレッチを含む15
0塩基の非コード領域を有する。5′末端側から341
番目のアデニンより始まるコード領域は9099塩基の
一本の長いオープンリーディングフレームよりなり、こ
れが3033アミノ酸をコードしていることが明らかと
なった。HCV、すなわちC型肝炎ウイルスはその遺伝
子構造からフラビウイルスに近縁であると考えられてい
るが、本発明のNANB肝炎ウイルス遺伝子のコード領
域も図1に示す如く、C(コア)、E(エンベロー
プ)、NS−1(非構造蛋白−1)、NS−2(同−
2)、NS−3(同−3)、NS−4(同−4)、NS
−5(同−5)からなると考えられる。
【0009】本発明のHC−J6ゲノムは、ヨーロッパ
特許公開第388,232号(カイロン社)に示された
HCVゲノムと比較すると、ヌクレオチド配列について
全領域では67.9%の相同性を、またアミノ酸配列に
ついては全領域で72.3%の相同性を示すにすぎな
い。領域ごとに個別に相同性を調べると、5′末側非コ
ード領域において塩基配列で94.4%、コア領域にお
いてアミノ酸配列で90.1%であり、これらの領域で
は比較的高い相同性を示している。他方、エンベロープ
部分より下流の領域ではE、NS−1、NS−2、NS
−3、NS−4、NS−5のそれぞれのアミノ酸配列で
60.4%。71.1%、57.8%、81.1%、7
3.1%、69.9%、3′末側非コード領域の塩基配
列で29.6%といずれも低い相同性を示すにすぎず、
結局、HC−J6株がカイロン社の発見したHCV株と
大きく異なることが明らかとなった。
【0010】本発明者ら既に公表した(Japan.
J.Exp.Med.,Vol.60,3,167−1
7)HC−J1(アメリカ型)、HC−J4(日本型)
株とのアミノ酸配列の比較では、コア領域では90%以
上の相同性を示すのに対して、エンベロープ領域ではそ
れぞれ60.9%、53.1%と低い相同性を示すにす
ぎなかった。本発明により、HC−J6株は、HC−J
1株、HC−J4株のいずれとも異なる別箇のタイプの
ウイルスであることが明らかとなった。
【0011】
【作用】本発明の遺伝子、ポリヌクレオチド、cDNA
クローンは、その全部または一部を大腸菌、枯草菌等の
宿主細胞に組み込んでポリペプタイドを発現させること
ができる。本発明のポリペプタイドは、NANB型肝炎
の検出系として用いることができ、さらに、これに対す
るポリクローナル抗体またはモノクローナル抗体を製造
することができる。本発明のポリクローナル抗体または
モノクローナル抗体は、非A非B型肝炎検出系として用
いることができる。
【0012】
【実施例】以下、本発明の実施例について述べるが、も
とより本発明がこれらの実施例に限定されるものではな
い。
【0013】実施例1 (1)RNA抽出 日本人供血者の血漿から得た、HCV抗体陽性(オーソ
・ダイアグノスティック・システムズ社製、オーソHC
VAbELISAキット)と判定された検体HC−J
1、HC−J6およびNANB肝炎の感染を確認したチ
ンパンジーから得たHCV抗体(−)の検体HC−J4
より、次のようにしてRNAを抽出した。血漿にトリス
塩酸緩衝液(10mM、pH8.0)を加え、68×1
rpmで1時間遠心した。得られたペレットに20
0mM NaCl、10mM EDTA、2%(w/
v)ドデシル硫酸ナトリウム(SDS)、および1mg
/mlのプロテナーゼKを含むトリス塩酸緩衝液(50
mM、pH8.0)を加え、60℃で1時間加温し、エ
タノール沈澱を行い、RNAを得た。
【0014】(2)HC−J1cDNA合成 HC−J1血漿より抽出したRNAを70℃で1分間加
温し、これを鋳型として10ユニットの逆転写酵素(c
DNA Synthesis SystemPlus、
アマシャム社)およびオリゴヌクレオチドプライマー
(20−mer)20pmolを加えて、42℃、15
時間反応させてcDNAを得た。プライマーとしては、
ヨーロッパ特許出願公開318,216号に示されたH
CV塩基配列を参照して合成した#8(5′−GATG
CTTGCGGAACGCAATCA−3′)を用い
た。
【0015】(3)ポリメラーゼチェインリアクション
(PCR)によるcDNAの増幅 Gene Amp DNA増幅試薬キット(パーキンエ
ルマー・シータス社)を用いたSaikiらの方法(S
cience 239,487−491,1988)に
より、DNAサーマイクラー(パーキンエルマー・シー
タス社)にて35サイクルのcDNA増幅を行った。
【0016】(4)cDNAライブラリーの構築による
HC−J1、HC−J4の5′末端側塩基配列の決定 cDNAライブラリーを用いたHC−J1ゲノムの5′
末端側の塩基配列解析は図2(HC−J1)図3(HC
−J4)に示すように、cDNAをバクテリオファージ
λgt10に挿入して得たクローンの解析及びcDNA
をPCRにて増幅して得られたクローンの解析結果の両
者を併せて決定した。図2および図3はNANB肝炎ウ
イルスゲノムの5′末端を制限酵素切断部位とともに示
し、使用するプライマーの位置も示す。図中、実線はバ
クテリオファージλgt10のライブラリーによるクロ
ーンで塩基配列を決定した範囲を、点線はPCRによる
クローンで塩基配列を決定した範囲を示す。HC−J1
のnt454〜2109の1656塩基はプライマー#
8から得たcDNAをλgt10ファージベクター(ア
マシャム社)に挿入して得られたクローンφ41により
決定した。つぎにこのシークエンスをもとに合成した、
nt824〜843の新しいプライマー#25(5′−
TCCCTGTTGCATAGTTCACG−3′)を
用いて、HC−J4のcDNAライブラリーから順次4
つのcDNAクローンφ60、φ61、φ66、φ75
を得て、これらのコンセンサス シークエンスから上流
のnt18〜843の塩基配列を決めた。
【0017】(5)HC−J6、5′末端側塩基配列の
決定 HC−J6ゲノムの5′末端側の塩基配列は図4に示す
ように、cDNAをPCRにて増幅して得られたクロー
ンの解析結果により決定した。HC−J6検体につい
て、抽出したRNAから前記(2)の方法に従って、c
DNAを抽出し、そのシークエンスを決定した。nt2
4〜2551はHC−J4の塩基配列を基にしたプライ
マーの組み合わせによるPCRにて得られた各クローン
のコンセンサス シークエンスから決められた。 nt24〜826 #32(5′−ACTCCACCATAGATCACTCC−3′) #122(5′−AGGTTCCCTGTTGCATAATT−3′) クローン;C9397、C9388、C9764 nt732〜1907 #50(5′−GCCGACCTCATGGGGTACAT−3′) #128(5′−TCGGTCGTGCCCACTACCAC−3′) クローン;C9316、C9752、C9753 nt1867〜2591 #149(5′−TCTGTGTGTGGCCCAGTGTA−3′) #146(5′−AGTAGCATCATCCACAAGCA−3′) クローン;C11621、C11624、C11655 さらに上流の5′末端側を特定するため、nt246〜
265のアンチセンスプライマー#36(5′−AAC
ACTACTCGGCTAGCAGT−3′)を用いて
cDNAを合成したのち、ターミナルデオキシヌクレオ
チジルトランスフェラーゼによりcDNAの5′末端に
dA付加を行い、2段階のone−sidedPCR増
幅を行った。すなわち、1回目はオリゴdTプライマー
(20−mer)とnt188〜207のアンチセンス
プライマー#48(5′−GTTGATCCAAGAA
AGGACCC−3′)を用いて35サイクルのPCR
増幅を行い、2回目はそのPCR産物を鋳型にしてオリ
ゴdTプライマー(20−mer)とnt140〜16
0のアンチセンスプライマー#109(21−mer;
5′−ACCGGATCCGCAGACCACTAT−
3′)を用いて30サイクルのPCRを行った。得られ
たPCR産物をM13ファージベクターにサブクローニ
ングした。完全長の5′末端配列を有すると考えられる
13個の独立したクローン、C9577、C9579、
C9581、C9584、C9587、C9590、C
9591、C9595、C9606、C9609、C9
615、C9616、C9619を得、それらのコンセ
ンサス シークエンスからnt1〜23の塩基配列を決
めた。 (6)HC−J6、中央領域塩基配列の決定 HC−J6血漿100mlを原料に、(2)の方法に準
じてλgt10バクテリオファージにcDNAライブラ
リーを構築した。プライマーとして、ヨーロッパ特許出
公開318,216号に示されたHCV塩基配列を参照
して合成したポリヌクレオチド#162および#81を
用い、クローンの選択はプラークハイブリダイゼーショ
ンにより行った。図1に示すように、得られた4個のc
DNAクローンφ2(nt6996〜8700)、φ6
(nt6485〜8700)、φ8(nt6008〜8
700)、φ81(nt2199〜6168)を解析
し、得られたコンセンサス シークエンスからnt25
52〜8700の塩基配列を決定した。このうち、クロ
ーンφ81、φ8はそれぞれ配列番号3、4の塩基配列
を有する。
【0018】(7)HC−J6ゲノムの3′末端側の塩
基配列は図5に示すように、PCRにて増幅して得られ
たクローンの解析結果より決定した。HC−J6のnt
8701〜9241の配列については検体をプライマー
#80(5′−GACACCCGCTGTTTTGAC
TC−3′)および#60(5′−GTTCTTACT
GCCCAGTTGAA−3′)を用いたPCRにか
け、得られた938塩基のクローンC9760、C92
34、C9761の塩基配列より得られるコンセンサス
シークエンスから決定した。nt9242より下流の
3′末端側塩基配列は以下の方法の従って決定した。す
なわち、各検体より(1)記載の方法に従ってRNAを
抽出し、ポリ(A)ポリメラーゼを用いてRNAの3′
末端にポリ(A)を付加し、オリゴ(dT)20をプラ
イマーとしてcDNA合成を行い、得られたcDNAを
テンプレートとしてPCRに供した。PCRは第1段階
としてセンスプライマーとして#97(5 −AGTC
AGGGCGTCCCTCATCT−3′)を、アンチ
センスプライマーとしてオリゴ(dT)20を用いて行
った。次に、得られたcDNAを第2段階PCRとして
第1段階より下流に相当するセンスプライマー#90
(5′−GCCGTTTGCGGCCGATATCT−
3′)を、アンチセンスプライマーとしてオリゴ(d
T)20を用いて行った。2段階のPCRで得られた増
幅産物にT4DNAポリラーゼを作用させ両端を平滑に
した後、T4ポリヌクレオチドキナーゼにて5′末端を
リン酸化し、M13mp19ファージベクターのHin
cII部位にサブクローニングして塩基配列を決定し
た。こうして得られた19個のクローン、C1031
1、C10313、C10314、C10320、C1
0322、C10323、C10326、C1032
8、C10330、C10333、C10334、C1
0336、C10337、C10345、C1034
6、C10347、C10349、C10350、C1
0357から得られるコンセンサス シークエンスより
3′末端側の塩基配列を決定した。以上の解析結果より
HC−J6ゲノムに相当するcDNA塩基配列を配列番
号2記載のように決定し、またゲノムの完全長RNA塩
基配列を配列番号1記載のように決定した。
【0019】(8)HC−J6、アミノ酸配列の決定 HC−J6ゲノムのRNA塩基配列をもとに、開始コド
ンATGより始まるコード領域のアミノ酸配列を配列番
号5のように決定した。その結果、HC−J6は303
3アミノ酸残基からなるポリペプタイド前駆体をコード
する1本の長いオープンリーディングフレームよりなる
ことが明らかになった。
【0020】
【発明の効果】本発明は、非A非B型肝炎ウイルスHC
−J6を単離し、そのウイルス遺伝子の全塩基配列を解
明したことにもとづく発明であって、非A非B型肝炎ウ
イルスを高感度に検出することができ、また、これに必
要なポリペプタイド、ポリクローナル抗体、モノクロー
ナル抗体を提供することができる。
【0021】
【配列表】 配列番号:1 配列の長さ:9589 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:genomic RNA 特徴を決定した方法:E 配列
【0022】配列番号:2 配列の長さ:9589 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:cDNA to genomic RNA 特徴を決定した方法:E 配列
【0023】配列番号:3 配列の長さ:3970 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:cDNA to genomic RNA 特徴を決定した方法:E 配列
【0024】配列番号:4 配列の長さ:2693 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:cDNA to genomic RNA 特徴を決定した方法:E 配列
【0025】配列番号:5 配列の長さ:3033 配列の型:アミノ酸 トポロジー:直鎖状 配列の種類:蛋白質 配列
【手続補正2】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】図面の簡単な説明
【補正方法】変更
【補正内容】
【図面の簡単な説明】
【図1】は、本発明のNANB肝炎ウイルス遺伝子のコ
ード領域の構造。
【図2】は、NANB肝炎ウイルスの5′末端側塩基配
列決定の方法を示す図。HC−J1株。
【図3】は、NANB肝炎ウイルスの5′末端側塩基配
列決定の方法を示す図。HC−J4株。
【図4】は、NANB肝炎ウイルスの5′末端側塩基配
列決定の方法を示す図。HC−J6株。
【図5】HC−J6株ゲノムの3′末端側塩基配列の決
定方法。
【符号の説明】 図1において、Cはコア、Eはエンベロープ、NS−1
は非構造蛋白質−1、NS−2は同−2、NS−3は同
−3、NS−4は同−4、NS−5は同−5。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.5 識別記号 庁内整理番号 FI 技術表示箇所 C07K 13/00 8517−4H C12P 21/02 C 8214−4B 21/08 8214−4B G01N 33/53 D 8310−2J 33/576 Z 9015−2J 33/577 B 9015−2J // A61B 10/00 M

Claims (13)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】配列番号1記載の塩基配列を有する非A非
    B型肝炎ウイルス遺伝子。
  2. 【請求項2】RNA5′末端より340箇のヌクレオチ
    ドからなる非コード領域、これに続く構造蛋白質および
    非構造蛋白質をコードする領域を含む9099箇のヌク
    レオチド、ならびに3′末端108箇のUストレッチを
    含む150箇のヌクレオチドからなる、請求項第1項記
    載のウイルス遺伝子。
  3. 【請求項3】請求項第1項または第2項記載の遺伝子と
    部分的置換を有する非A非B型肝炎ウイルス変異株遺伝
    子。
  4. 【請求項4】配列番号2記載の塩基配列を有するポリヌ
    クレオチドN−9589。
  5. 【請求項5】配列番号3記載の塩基配列を有するcDN
    AクローンJ6−φ81。
  6. 【請求項6】配列番号4記載の塩基配列を有するcDN
    AクローンJ6−φ8。
  7. 【請求項7】請求項第4項または第6項記載のヌクレオ
    チドと部分的置換を有する非A非B型肝炎ウイルス変異
    株ヌクレオチド。
  8. 【請求項8】請求項第1項ないし第7項記載の遺伝子ま
    たはポリヌクレオチドにコードされるポリペプタイド。
  9. 【請求項9】配列番号5記載のアミノ酸配列を有するポ
    リペプタイドP−3033。
  10. 【請求項10】請求項第1項ないし第7項記載の遺伝
    子、ポリヌクレオチド、cDNAクローンの全部または
    一部を宿主細胞に組込み発現させて得たポリペプタイ
    ド。
  11. 【請求項11】請求項第8項ないし第10項記載のポリ
    ペプタイドに対するポリクローナル抗体またはモノクロ
    ーナル抗体。
  12. 【請求項12】請求項第8項ないし第10項記載のポリ
    ペプタイドを用いた非A非B型肝炎検出系。
  13. 【請求項13】請求項第11項記載の抗体を用いた非A
    非B型肝炎検出系。
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