JPH05504055A - ピリミジンデオキシリボヌクレオシドの製造用発酵方法 - Google Patents

ピリミジンデオキシリボヌクレオシドの製造用発酵方法

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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 ビリミジンデオキシリボヌクレオシドの製造用発酵方法発明の背景 本発明は、回収可能な量のとりミジンデオキシリボヌクレオシド(PdN)を製 造するために遺伝的に改変した細菌又は酵母細胞<Vt生物)を使用する微生物 発酵法に係る。
チミジン(TdR)及びデオキシウリジン(UdR)のようなとりミシンデオキ シリボヌクレオシドは、アジドチミジン(AZT)又はアジドデオキシウリジン (AZdU)のようなピリミジンの合成顕似体を含む抗ウィルス化合物を製造す るために商業的に有用な出発化合物である.例えば、チミジン及びデオキシウリ ジン(UdR)は現状では、非常に高価な多段階法を使用する有機合成により製 造されている.従って、チミジンのコストが高いため、抗ウイルス治療薬のコス トは高くなり、例えば、製造される薬剤AZTの費用は高くなる。しかしながら 、チミジン、又はAZTのような抗ウイルス治療薬の製造で使用するのに適した 他のPdNを得るための代替方法は知見されていない。
従って、商業的に有用な量のPdNを製造するための廉価な方法を実現すること は長年且つ緊急の課題であった。
PdNの例は、1一窒素が夫々糖2ーデオキシリボースの1゜一炭素に共有結合 した塩基チミン及びウラシルから構成されるチミジン及びデオキシウリジンであ る.これらのヌクレオシドは一般に、七ノー、ジー又はトリヌクレオチドとして 細胞中に存在する.チミジンは主にDNAcr)構成成分として機能する。微生 物及び真核生物の大部分の細胞において、PdNは新生(de novo)ビリ ミジン生合成経路の産物である。
PdN A の 、より廉価な代替PdN製造方法を提供するためには、PdN 新生合成の代謝経路を分析することにより、微生物発酵器又は細胞培養バイオリ アクターの使用を介してPdNを産生し得る細胞突然変異体に関する有用な情報 が提供されよう.ピリミジン、ピリミジンヌクレオシド及びビリミジンヌクレオ チドは、国1に示す多段階経路により(グルタミン及びCo2から誘導される) アスパラギン酸及びカルバモイルリン酸から合成される.参考資料としてその内 容を本明細書の一部とするO′Donovan & Neuhard, Bac teriol.Rev. 34:278−343 (1970)を参照されたい 。大腸菌遺伝子記号によりZlに指示した経路の酵素を以下に列挙する。
mA又はc a rAB 一 カルバモイルリン酸シンターゼ(EC6.3、5 .5) LLLB■ − アスパラギン酸トランスカlレバモイラーゼ(EC 2.1. 3.2> LLLC − ジヒドロオロターゼ(EC 3.5.2。
3》 LLLD − ジヒドロオロトオキシダーゼ(EC 1。
3、3.1) XLLLE − オロト酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ(EC 2.4. 2.10) LLLF − オロチジン5゜−リン酸デカルボキシラーゼ(EC 4. 1.  1. 23> LLLG − シチジン三リン酸(CTP)シンターゼ(EC 6.3.4.2 ) LLLH − ヌクレオシドリン酸キナーゼ(EC 2。
7、4.4) ndk − ヌクレオシドニリン酸キナーゼ(EC 2。
7、4.6> nrd − リボヌクレオシドニリン酸レダクターゼ(EC 1.17.4.1 > dcd −デオキシシチジン三リンi!!2(dCTP)デアミナーゼ(EC3 ,5,4,13) dut −デオキシウリジン三リン酸ヌクレオチドヒドロラーゼ(dUTPアー ゼ)(EC3,6,1,23)(坦IA −チミジル酸シンターゼ(EC1,2 ,2゜経路の最終産物は、いずれもRNA又はDNA及び他の細胞成分の組立ブ ロックとして機能するウリジン三リン酸(UTP)、シチジン三リン酸(CTP )、デオキシシチジン三リン酸(dCTP)及びチミジン三リン1ili(TT P)として一般に定義することができる。この経路では最終産物、エネルギー要 件及び酵素段階が多数であるため、ピリミジンのde novo生合成は多くの 調節段階を有する。
例えば、Neuhard、In THE MOLECULARBIOLOGY  OF BACTERIAL GROWTH,Jones & Bartlett 、BosLon (1985)、 173−184頁を参照さ産物又は他の代謝 ¥@(単独又は組み合わせ)の集中による主要酵素のフィードバック阻害、及び (B)酵素合成の抑制及び/又は減衰によりin vivoで調節される。Be ckwith et al、J、Mo1.Biol。
5:618−634 (1962); Potvinet al、 J、Bac teriol、 123:604 615 (1975); Roland e t al。
J、Bacteriol、163:991−999(1985)、細菌における この経路は詳細に研究されている。Neuhard & Nygaard、 I n ESCHERICHIA C0LI AND SALMONELLA TY PHIMURIUM、CELLULARAND MOLECULARBIOLO GY、American 5ociety for Microbiology 、Washington、D、C,(1987>、445−473頁。
Neuharadの上記文献によると、ピリミジン生合成の主要調節酵素は、カ ルバモイルリン酸シンターゼ(PLLLA又はcarAB)、アスパラギン酸ト ランス力ルバモイラーゼ(LlゴーBI)、CTPシンターゼ(LLLG)及び デオキシシチジン三リン酸デアミナーゼ(dcd)である。カルバモイルリン酸 シンターゼ活性はウリジンヌクレオチドにより阻害され、その合成はアルギニン 及びウラシルにより集積的に抑制される。カルバモイルリン酸はアルギニン及び ピリミジンの生合成における中間体であるので、アルギニンによる調節が必要で ある。大腸菌では特定のリプレッサータンパク質LLLCが同定されている。枯 草菌では2種のカルバモイルリン酸シンターゼイソ酵素が同定されている(Pa ulus & 5w1tzer。
J、Bacteriol、137:82−91 [1978])。一方はアルギ ニンにより、他方はピリミジン(主にウラシル誘導体)により特異的に調節され る。
アスパラギン酸トランス力ルバモイラーゼ(AT)は、ピリミジン生合成におけ る第1段階を触媒し、従って、ピリミジンによる代謝調節を受ける。酵素ATは 、触媒サブユニット(LLLB)と調節サブユニット(LLL■)との2種の型 のサブユニットから構成される。ATの活性は、経路の最終産物の1種であるC TPによるアロステリック阻害と、細胞のエネルギー状態に依存する濃度のアデ ノシン三リン酸(ATP>による活性化とを受ける。細胞中に存在するATのレ ベルはCTP及びUTPにより調節されると思われる。コーディング遺伝子及び 関連する調節領域は、クローニングされ、そのDNA配列は決定されている。
Landtck & Yanofsky、 In ESCHERICHIA C 0Lr AND SALMONELLA TYPHIMURIUM、CELLU LARAND MOLECULARBIOLOGY、1276−1301; R oland & Powell、前出; 及びTurnbough et al 、Proc、Nat’l Acad、Sci USA 80:368−72 ( 1983)。
ATレベルを通常抑制レベルの約30倍にした構成大腸菌突然変異体が報告され ている。一方、ピリミジンの大腸菌ピリミジン栄養要求株の飢餓の結果、AT酵 素のレベルが約1000倍になったという実験も報告されている(Shephe rdson & Pardee、J、Bi。
1、chem、235:3233−37 [1960])、このように、酵素レ ベルの範囲は非常に広く、細胞中の最終産物のレベルに依存し、通常の抑制条件 下では、酵素は完全に調節解除した条件下で可能なレベルよりも著しく低いレベ ルで存在する。
枯草菌におけるATの調節は、酵素活性のin vitro活性化又は阻害が立 証されていないという点において、大腸菌及びネズミチフス菌におけるその調節 と異なる(Bethell & Jones、Arch、Biochem、Bi o h s、134:352−65 [1969] )、一方、酵素合成はウラ シルにより調節され、これは、他の生物に提案されているメカニズムに想似する 減衰メカニズムにより行われると予想される。Lerner& 5w1tzer 、J、Biol、Chem、 261・11156−65 (1986)。
第3の主要な酵素は、UTPのアミン化を触媒してCTPを形成するCTPシン ターゼ(LLLG)である。大腸菌からの酵素は複合アロステリック調節を受け る。1nvitro研究により、GTP、ATP及びUTPによる刺激が立証さ れている。しかしながら、その遺伝的調節メカニズムは解明されていない。第4 の主要な酵素は、dCTPからdUTPへの脱アミン化を触媒するdCTPデア ミナーゼである。基質dCTPはDNAに取り込まれるか又はTTP合成用前駆 物質として使用されるので、分岐点化合物である。酵素dCTPデアミナーゼは TTPによるフィードバック阻害を受ける。枯草菌においてdCTP又はdCD PはdCMPに転化され、dCMPはその後、dCMPデアミナーゼの基質とし て使用され、産物としてdUMPを生成する。しかしながら、dUMPは酵素チ ミジル酸シンターゼによりTMPに直接転化されるので、細胞中に蓄積されない 、Munch−Petersen編、METABOLrSM OF NUCLE OTIDES。
NUCLEOSIDES AND NUCLEOBASES IN MICRO ORGANISMS、Academic Press、 149−201 (1 983)。
酵素dCMPデアミナーゼは、dCTPによるアロステリ・ツク活性化及びTT Pによる阻害を受ける。
別の酵素であるリボヌクレオシドニリン酸レダクターゼ(nrd)は、とリミジ ンデオキシリボヌクレオチドの生合成で主要な役割を果たし、複合調節を受ける 。Thelander & Re1chard、Ann、Rev。
Biochem 48:133−58 (1979)、この酵素は、リボヌクレ オシドニリン酸からデオキシリボヌクレオシドニリン酸への還元を触媒し、プリ ン及びピリミジンヌクレオチドの両方に作用する。しかしながら、はとんどの阻 害研究は精製酵素で行われており、酵素が通常は膜に結合していることを考慮す ると、これらの研究は1nvivo状況を正確に反映しないと思われる。酵素活 性のレベルは一般に、細胞中の総ヌクレオチド濃度及びDNA合成率の関数であ ると考えられる。
大腸面及びネズミチフス菌においてピリミジン生合成遺伝子は染色体中に散乱し ており、カルバモイルリン酸シンターゼのサブユニット(carA及びcarB )及びアスパラギン酸トランス力ルバモイラーゼのサブユニット(LLLB及び P!lj−I 、 )以外のオペロンを構成しない(Beckwith、前出;  Neuhard、 In THE MOLECULARBIOLOGY OF  BACTERrAL GROWTH,前出(1985) 173−84頁)、 上記のように、これらの酵素の発現は減衰メカニズムによりCTP及びUTPの 細胞内濃度に依存する転写率に調節されると思われる。CTP又はUTPのレベ ルが低いと、これらの酵素の発現は増加する。
これまでにピリミジン生合成遺伝子に作用する特定のリプレッサータンパク質は 発見されておらず、また、遺伝子の相関発現も解明されていない、枯草菌におい て、遺伝子LLLA 、 LLLEI I 、 J2J乙ニーc、P:仁rD、 2」仁rE及びP!JLLFは染色体上で相互に近接する位置に配!されており (参考資料としてその内容を本明細書の一部とするLerner et al、 J、Bacteriol。
169:2202−26 (1987)を参照されたい)、生物がウラシルの存 在下で成長するときに非常に低レベルで発現される(Potvin et al 、J、Bacteriol、 123:6 04−15 [1975コ )が、 これまでに減衰メカニズムによる調節も指摘されている(lerner=前出、 1986)、Lかしながら、オペロン型の遺伝子機構もリプレッサータンパク質 の存在も明確には解明されていない。
ビ1ミジン−シ1ボ し シトの の10代表的なPdN (チミジン)に関す る酵素反応を図2に示す。
非飢餓条件下で増殖する野生型細胞中では、前駆物質デオキシウリジン−リン#  (dUMP)は直接チミジン−リン酸(TMP)に転化され、その後、チミジ ンニリン酸(TDP)及びチミジン三リンIf(TTP)に転化されるので、こ のような細胞中にチミジンは存在しないか、又は存在するとしても非常に低レベ ルである。チミジンはDNAの組立ブロックであるTTPとして主に存在するの で、調節下の生合成により、通常合成されるや否や使用され、蓄積しない、同一 の理由で、デオキシウリジンも通常は細胞中に見いだされない。したがって、既 存のピリミジン代謝経路は通常、過剰のデオキシウリジン(UdR)−dTMP 又はチミジン(TdR)を蓄積することができない。
別の代謝メカニズムでチミジンを合成することもできるが、チミジンはチミジン ヌクレオチドの合成のために細胞により分解又は使用されるので、チミジンを蓄 積することはできない0例えば、チミジンを製造するために非特異的ホスファタ ーゼをTMPに作用させると、生成されるチミジンはdeoA遺伝子の産物であ るチミジンホスホリラーゼの作用によりチミン及びデオキシリボース−1−リン 酸に迅速に分解される(Munch−Peterson、前出、203−58> か、又はチミジンキナーゼによりリン酸化されてT M Pを生成するので、チ ミジンを蓄積することはできない、枯草菌では、ヌクレオシド基質としてチミジ ン又はウリジンを使用することが可能な唯一のピリミジンヌクレオシドホスホリ ラーゼが存在すると思われる。この酵素は逆にも機能し、外来チミンをチミジン に取り込むことができる。多くの生物は同様にチミジンを取り込み、チミジンキ ナーゼの作用によりTMPに転化させることができる。したがって、チミジンは 生物中に存在する代謝経路により蓄積しない、非特異的ホスファターゼによりd UMPから生成されるデオキシウリジンはチミジンキナーゼの基質として機能し 、dUMPをもたらすか、又はチミジンホスホリラーゼの基質として機能し、ウ ラシル及びデオキシリボース−1−リン酸をもたらす。
ヌクレオシド、ピリミジン様化合物及び関連産物の発酵による製造例は数例ある が、これらの場合、既存の経路の突然変異により所望のピリミジン又はピリミジ ンリボヌクレオシドを蓄積できるとしても、ピリミジンデオキシリボヌクレオシ ドの蓄積については何ら提案していないので、同様に発酵によりPdN製造が得 られることを示した提案は皆無といえる0例えば、Konishi、Chem。
Abs、70:18917j (1969); Nakayama、Chem、 Abs、84:119951k (1976);及びNakayama、Che m。
88:19442c (1978)を参照されたい。
実際に、このような突然変異又は上述の他の代謝は、上記のようにTMP (又 はdUMP)をチミン(又はウラシル)及びデオキシリボース−1−リン酸に合 成又は分解することによりチミジン(又はデオキシウリジン)登除去するので、 商業的に有用な量のチミジン又はデオキシウリジンを蓄積することはできなかっ た。ピリミジン生合成のための調節メカニズムは主に各遺伝子が個々に調節され る減衰メカニズムであると思われるので、経路全体で高度に抑制解除された突然 変異体を作成し、回収可能な量の特異的PdNを蓄積できるとは予想し難い、ま た、TMP又はdUMPはin vivoで形成されるので、生物の既存の代謝 経路を利用してTMPからチミジン又はdUMPからデオキシウリジンへの迅速 且つ特異的な不可逆的加水分解により実際的なPdN製造を達成することは従来 不可能であった。これは、チミジンキナーゼ反応の平衡がTdR又はUdR製造 に好ましくないという事実に起因するものであった。
従って、比較的低コストで商業的に有用な量のPdNを製造する問題の解決方法 を提供又は提案するアプローチは皆無であった。更に、既存の代謝経路の既知の 修正手段では、該当合成段階における長時間の調節及び望ましくな111反応平 衡により、微生物発酵中に回収可能な量のPdN (例えばTdR)を蓄積する ことはできなかった。そこで、回収可能な量のPdNを商業的に製造するという 問題の解決が必要とされている。
発明の要約 従って、本発明の1つの目的は、炭素源から商業的に有用な量のPdNを産生す る遺伝的に改変された微生物細胞を提供することである。この点で、「遺伝的に 改変された細胞」なる用語は、タンパク質をコードする異種DNAによる形質転 換又は化学的もしくは物理的突然変異誘発物質による処理により実施される改変 を含む細胞又は細胞子孫を意味する。
本発明の別の目的は、炭素源からPdNを発酵的に製造する方法を提供すること である。
以上の目的を達成するために、本発明の一態様によると、PdN−リン酸をピリ ミジンデオキシリボヌクレオシドに転化するピリミジンデオキシリボヌクレオチ ドホスホヒドロラーゼ(PdNPアーゼ)をコードするDNA配列を含み且つこ の配列を発現する複製可能な微生物が提供される。
所定の好適態様によると、PdNPアーゼコーディングDNA配列は、チミジル 酸ホスホヒドロラーゼをコードし、微生物は回収可能な量のチミジン又はデオキ シウリジンを発現する。
本発明の別の態様によると、上記のようにPdNPアーゼをコードするDNA配 列を発現する微生物から主に構成される微生物培養物が提供され、培!I物は炭 素源の代謝後、回収可能な量のPdNを蓄積する。この関連で「〜がら主に構成 される」なる用語は、本発明の微生物培養物が、場細胞を含むとしても、その2 著な特性である回収可能な量のPdNの製造に悪影響を与えるほど多数のこのよ うな細胞を含まないことを意味する。
本発明の別の!g様によると、炭素源がらPdNを発酵的に製造するための方法 も提供され、該方法は、(A)炭素源を含む培地を収容する発酵反応器を準備す る段階と、(B)回収可能な量のPdNを産生ずる微生物培養物を反応器に加え る段階と、次いで(C)炭素源が微生物培養物により発酵され、培地中にPdN を蓄積するような条件を反応器の内側に設定し、これを維持する段階と、(D) 反応器からPdNを回収する段階とを含む1段tilt(D>から得られるPd Nは、少なくとも1g/l、好ましくは少なくとも約30g/l、特に約70g /j!以上のPdN濃度で培地から回収することができる。
本発明の他の目的、特徴及び利点は、以下の詳細な説明に明示される。以下の詳 細な説明及び実施例は本発明の好適実施態様を示すものであるが、単なる例示に 過ぎず、当業者は以下の詳細な説明から本発明の範囲内で種々の変形に想到でき よう。
図面の簡単な説明 添付図面は本発明を説明するものである。
図1は、ピリミジン生合成経路を示す。
図2は、チミジンの生化学反応を示す。
図3は、チミジル酸ホスホヒドロラーゼのN末端アミノ酸配列及び対応する核酸 コーディング配列を示す。
図4は、dTMPアーゼコーディング核酸配列を単離するために使用した2種の オリゴヌクレオチド混合物からなる代替プローブ配列を示す。
図5は、ニトロセルロースフィルター上で大引り枯草菌及びPBS 1−DNA フラグメント(夫々レーン1.2及び3)にハイブリダイズしたオリゴヌクレオ チドプローブのハイブリダイゼーションを示すオートラジオグラムの写真である 。
図6は、dTMPアーゼコーディングDNAの推定クローンのコロニーハイブリ ダイゼーションを示すオートラジオグラムの写真である。
図7は、PBS 1バクテリオフアージから得られるフランキングDNA配列を 含む代表的なdTMPアーゼコーディングDNA配列を示す。
図8は、dTMPアーゼ遺伝子の部分的及び完全クローンの例を示す、制限エン ドヌクレアーゼ切断部位をR(EcoRI)、B(BAMHI)−H(Hind III)及び5(ScaI)で示す。
図9は、プラスミドpcG100の部位特異的突然変異誘発に使用した代表的オ リゴヌクレオチドである。
図10は、pcGlooのdTMPアーゼフラグメントの部位特異的突然変異誘 発の例を示すフローチャートである。
図11は、ベクターpKc30にクローニングしたクローンpCG100及びp cG103からの代表的dTMPアーゼ遺伝子の再構築を示す。
図12は、dTMPアーゼ活性及び細胞生存率の誘導温度依存性を示すグラフで ある。
図13は、dTMPアーゼをプラスミドpEYDG1のトランスポゾンTn5に 挿入したpcG132の構築を示す。
図14は、所定の代表的な遺伝的に改変した大腸菌株の系列を示すフローチャー トである。
の; fユ 商業的量のPdNを得るための源として組換微生物細胞を発酵法で使用できるこ とが知見された。特に、組換技術により微生物細胞のピリミジンデオキシリボヌ クレオシドde novo生合成経路に付加的酵素段階を加えて所望のPdNを 蓄積することができ、こうして得られた組換細胞を更に修飾して商業的に有用な Jlcr)PdNを製造することができる。この関連で「商業的に有用な」量の PdNとは、従来技術の抽出又は他の産物回収技術により供給可能なPdN製造 レベルに結び付けられる。
本発明に従って実施される形質転換は、ピリミジンデオキシリボヌクレオシド− リン酸をPdNに転化させる酵素(即ちPdNPアーゼ)をコードするクローン 化(異種)DNAを使用する。このような酵素を発現するように加工した細胞に 代謝突然変異を導入するか、又はPdN産生な増進させる代謝酵素もしくは酵素 モジュレータ−をコードする異種DNAを導入するにより、該細胞を更に修飾す る。
意外なことに、PdNPアーゼをコードするDNA配列で形質転換した細胞をこ のように操作すると、有用な量のPdNを回収する前に形質転換細胞を死滅させ ることなくPdNを発酵的に製造することができる。
本発明に従って微生物細胞を形質転換させるために適切な外来DNAは、ウラシ ル含有ウィルスからも得られるし、DNA合成でチミンの代わりにウラシル又は ヒドロキシメチルウラシルを使用する他の複製可能な生物及びウィルスからも得 られる。この群の生物又はウィルスはPdNPアーゼ酵素、例えばEC3,1, 3,35と命名され、TMPをチミジン、又はdUMPをデオキシウリジンに転 化させるチミジル酸ホスホヒドロラーゼ(dTMPアーゼ)を産生する。
この群の例は、例えばオハイオ州立大学(Co I umbus、0hio)の Bacillus GeneticStock Centerから容易に入手可 能な既知のバクテリオファージPBSI及びPBS2である。これらのファージ は両者とも枯草菌に感染し、酵素dTMPアーゼを発現する。Hemphill  & Whiteley。
Bacteriol、Rev、39:257−315(1975>、PBSI及 びその透明プラーク変異体PBS2は、そのDNA中にチミンでなくウラシルを 含む。
Takahashi & Marmur、Nature197:794−95  (1963)。dTMPアーゼを発現するバクテリオファージの他の例としては 、特にAmerican Type Cu1ture Co11ection( Rockvill、Maryland)から市販されているBaci I lu sファージSP8及びSP 5Ct−挙げることができる。N15hara e t al、Biochemistr 6:1877 (1967); Apos hian、Biochem、Bi。
h s、Res、Comm、18:230 (196も参照されたい。(特に指 定しない限り、木用及びこの詳細な説明の他の項に引用した文献は参考資料とし て本明細嘗の一部とする。) 回収可能な量のPdNを産生できるように本発明の微生物細胞を改変するために は、クローン化酵素がPdN−リン酸から回収可能な量のPdNへの転化を触媒 するために十分な量で発現されるように、PdNPアーゼをコードする遺伝子を 適切な宿主細胞にクローニング及び導入する。
PdN合成経路を更に修飾するための従来の突然変異又は組換技術を使用して、 商業的に有用な量のPdNが産生及び回収されるように、こうして形質転換した 宿主細胞を更に改変させる。このような細胞の例は、回収可能な量のPdN(チ ミジン)を産生する大腸菌株CMG 1128(下記実施例11参照)である。
従って本発明によると、PdN (例えばチミジン)がTMPを形成するために チミジンキナーゼにより使用されず且つチミン及びデオキシリボース−1−リン 酸を形成するためにチミジンホスホリラーゼにより使用されず、その結果として 回収可能な量のチミジンを蓄積できるように、突然変異又は付加的代謝遺伝子コ ーディングDNAと共にPdNPアーゼを組換技術により微生物細胞に導入する 。
あるいは、PdNPアーゼコーディングDNAで形質転換する以外に、dUMP からのTMPの形成を阻止してdUMPの蓄積を増加するチミジル酸シンターゼ 突然変異を導入することにより、デオキシウリジンは本発明の微生物培養物の培 地中に蓄積することができる。dUMPの蓄積は、PdN、デオキシウリジンを 生成するために適切なPdNPアーゼの基質を提供する。このような生物は成長 のために別のチミジン源を必要とする。あるいは、温度域受性酵素の使用、又は 例えば従来手順を使用してファージφE、5P82G又はSP8のようなしドロ キシメチルウラシル含有Bacillusバクテリオファージから得られるチミ ジル酸シンターゼインヒビターをコードする遺伝子の調節発現により、チミジル 酸シンターゼを阻害することもできる。Haslam et al、 Bioc hem。
影二U拡LL工Ac見a 134:312 (1967); Hayward、 Virolo 38:538(1969); Roscoe & Tucker 。
LLL二匠em工り二u匠nu−引esエニomm。
16:106 (1984);及びRoscoe & Tucker、 Vir olo 29:157 (1966)参照0組換体の成長中にチミジル酸シンタ ーゼ活性は有効である。デオキシウリジンの産生が所望される場合、チミジル酸 シンターゼ活性は無効にされ、dUMPはこのとき、PdNPアーゼ(例えばd TMPアーゼ)によりデオキシウリジンに転化され得る。従って、本発明の組換 細胞は回収可能な量のPdNを培地中に蓄積する。
本発明に従ってPdNの産生量を増加させるために使用可能なPdN合成代謝経 路で酵素に作用する突然変異は特に、(1)基質類似体耐性及び薬剤耐性突然変 異、(2)代謝最終産物耐性突然変異、(3)プリン−、ピリミジン−及びヌク レオシド−輸送突然変異及び(4)代謝酵素活性に影響する突然変異を含む。本 発明のPdN産生細胞は更に、ピリミジン代謝経路酵素又は酵素阻害酵素をコー ドするクローン化DNAと再結合され得、経路中の律速酵素の濃度を増加するこ とにより又はPdN産生を減少させる律速酵素を阻害することによりPdN産生 量の増加を助長する。
本発明の組換細胞に適切な突然変異を導入するためには従来の技術と利用するこ とができる1例えば、Ro w l ands、 Enz me Microb 、Technol。
6:3−10 (1984)、及びMiller、 rn EXPERIMEN TS IN MOLECULARGENETICS、 Co1d Spring  Harbor Laboratory、 New York (1972)参 照、このような突然変異のプラスミド及び細胞源は、例えばエール大学(New  Haven、Connecticut USA)のE、coli Genet ic 5tock Center及びオハイオ州立大学(Columbus、0 hio USA)のBacillu5 Q6H6ji(5tock Cente rから市販産生細胞に従来の化学的又は物理的突然変異誘発処置を施した後、選 択物質(即ち耐性がめられる化合物)濃度を漸増しながら突然変異誘発細胞を培 地に&露することにより、基質類似体耐性又は薬剤耐性突然変異を導入すること ができる。こうして、耐性突然変異により生存し続ける細胞を選択することがで きる。あるいは、所望の耐性を与える1種以上の遺伝子を含むプラスミドを使用 してPdN産生細胞を形質転換させ、PdN産生量を増加させることもできる。
このような突然変異のプラスミド及び細胞源は、上記のようにE、coli G enetic 5tockCenter及びBacillus Genetic Stock Centerから市販されている。
適切な薬剤耐性突然変異の例は、リボヌクレオチドレダクターゼの活性又は量を 増進させてPdN産生量を増加させるヒドロキシ尿素耐性突然変異である。別の 適切な薬剤耐性突然変異は、チミジル酸シンターゼによるdUMPがらTMPへ の転化速度及び程度に影響して高レベルのジヒドロ葉酸レダクターゼによりトリ メトプリム耐性を与え、その結果としてチミジン産生率を増加させるような突然 変異である。
基質類似体耐性突然変異は、PdNの蓄積を増加させるために本発明に従って同 様にPdN産生細胞に組み込まれ得るピリミジン票似体耐性突然変異を含む。耐 性突然変異を与えることができるピリミジン類似体としては、チオウラシル、6 −アザウラシル、5−フルオロウラシル、5−フルオロオロト酸、5−フルオロ シチジン、5−フルオロデオキシウリジン、5−フルオロデオキシシチジン、5 −フルオロウリジン、3°−アジドチミジン及びピリミジン−2’ 、3’−ジ デオキシヌクレオシド及び他のピリミジン類似体(例えば表1に示すようなアジ ドピリミジン、シアノピリミジン)を挙げることができる。これらの類似体は、 例えばSigma Chemica1社、St、Louisから容易に入手可能 である。
1:ピリミジン N゛−アセチルシチジン 3゛−〇−アセチルチミジン アデノシンN°−オキシド アロプリノールリボシド 4−アミノ−5−アミノメチル−2−メチル−ピリミジン1−アミノバルビッー ル酸 2−アミノ−5−プロモー6−メチルビルミシノール4−アミノ−5−カルベト キシ−2−エチル−メルカプトピリミジン 5−アミノ−6−カルボキシ−2,4−ジヒドロキシ−ピリミジン 2−アミノ−4−クロロ−6−メチル−ピリミジン3°−アミノ−3′−デオキ シチミシン5′−アミノ−5゛−デオキシチミジン5°−アミノ−2′−デオキ シウリジン5°−アミノ−2°、5′−ジデオキシ−5−ヨードシチジン 5°−アミノ−2°、5′−ジデオキシ−5−ヨードウリジン 4−アミノ−2゛、6−シヒドロキシー5−ニトロソピリミジン 2−アミノ−4,6−シヒドロキシビリミジン4−アミノ−2,6−シヒドロキ シビリミジン5−アミノ−2,4−ジヒドロキシピリミジン2−アミノ−4,6 −シメチルビリミジン4−アミノ−2−ヒドロキシ−5−ヒドロキシ−メチルピ リミジン 4−アミノ−6−ヒドロキシ−2−メルカプト−5−二トロンピリミジン 4−アミノ−6−ヒドロキシ−2−メルカプト−ピリミジン 2−アミノ−4−ヒドロキシ−6−メチルピリミジン4−アミノ−2−ヒドロキ シ−5−メチルピリミジン2−アミノ−4−ヒドロキシピリミジン4−アミノ− 2−ヒドロキシピリミジン4−アミノ−6−ヒドロキシ−2−チオピリミジン2 −アミノ−4−メチルピリミジン 4−アミノオロト酸 4−アミノ−2−チオピリミジン 6−アミノ−2−チオウラシル 5−アミノ−2,4,6−ドリヒドロキシビリミジン4−アミノウラシル 5−アミノウラシル 6−アミノウラシル 5−アミノウリシンアモバルビタール 2.3′−アンヒドロチミジン 5−アザ−2°−デオキシシチジン 6−アザ−2°−デオキシウリジン 6−アザ−2−チオチミン 6−アザチミン 5−アザウラシル 6−アザウラジルリボシド 6−アザウリジン 2′−アジド−2′−デオキシシチジン3′−アジド−3”−デオキシチミジン 2°−アジド−2°−デオキシウリジンバルビッール酸 5−ブロモ−2゛−デオキシシチジン 5−ブロモ−2,3°−ジデオキシウリジン5−ブロモ−2,4−ジヒドロキシ ピリミジン5−ブロモ−2°、3°−イソプロピリデン−ウリジン5−ブロモ− 1−メチルウラシル 5−ブロモオロト酸 5−ブロモウラシル 5−ブロモウリジン (E)−5−(2−ブロモビニル)ウリジン3−ブチルウラシル 5−力ルベトキシシトシン 5−力ルベトキシ−2,4−ジヒドロキシピリミジン5−力ルベトキシ−2−エ チルメルカプト−4−ヒドロキシピリミジン 3−カルベトキシ−2−チオウラシル 5−カルベトキシラシル 5−カルボキシシトシン 5−カルボキシ−2,4−ジヒドロキシピリミジン6−カルボキシ−2,4−ジ ヒドロキシピリミジン5−カルボキシ−2−エチルメルカプト−4−ヒドロキシ ピリミジン 5−カルボキシ−4−ヒドロキシ−2−チオピリミジンカルボキシメチルウラシ ル 6−カルボキシ−5−二トロー2.4−ジオキシピリミジン 5−カルボキシ−2−チオウラシル 5−カルボキシウラシル 5−クロロシトシンアラビノシド 5′−り四ロー5゛−デオキシシチジン2′−クロロ−2°−デオキシ−4−チ オウリジン2′−クロロ−2′−デオキシウリジン5°−クロロデオキシウリジ ン 2−クロロ−4,5−ジアミノピリミジン6−クロロ−2,4−ジメトキシピリ ミジン2−クロロピリミジン 5−クロロウラシル 4.5−ジアミノ−2−クロロピリミジン4.5−ジアミノ−2,6−ジヒドロ キシピリミジン2.5−ジアミノ−4,6−ジヒドロキシピリミジン4.6−ジ アミツー2−エチルメルカプトピリミジン4.6−ジアミツー5−(ホルミルア ミノ)−ピリミジン4.5−ジアミノ−6−ヒドロキシ−2−メルカプトピリミ ジン 4.6−ジアミツー2−ヒドロキシ−5−二トロンピリミジン 4.5−ジアミノ−6−ヒドロキシピリミジン2.4−ジアミノ−6−ヒドロキ シピリミジン4.6−ジアミツー2−ヒドロキシピリミジン4.6−ジアミツー 2−メチルメルカプトピリミジン2.4−ジアミノ−6−メチル−5−二トロピ リミジン4.5−ジアミノ−6−メチル−2−チオピリミジン2.4−ジアミノ −5−二トロビリミジン4.5−ジアミノピリミジン 4.5−ジアミノ−2−チオピリミジン4.5−ジアミノ−6−チオピリミジン 4.6−ジアミツー2−チオピリミジン5.6−ジアゾウラシル 5−ジアゾ−2゛−デオキシウリジン 5−ジアゾウラシル 4.6−ジクロロ−5−アミノピリミジン2.4−ジクロロ−6−メチルピリミ ジン2.4−ジクロロピリミジン 4.6−ジクロロピリミジン 2°、3°−ジデオキシシチジン 2°、3゛−ジデオキシウリジン 2.4−ジェトキシピリミジン 5.6−シヒドロデオキシウリジン 5.6−シヒドロー2,4−ジヒドロキシ−6−メチルピリミジン 5.6−シヒドロー2.4−ジヒドロキシピリミジンジヒドロ−6−メチルウラ シル ジヒドロウラシル ジヒドロウリジン 2.6−シヒドロキシー4−アミノ−5−ニトロンピリミジン 2.6−シヒドロキシー4−アミノピリミジン2.4−ジヒドロキシ−6−メチ ル−5−ニトロピリミジン 2.4−ジヒドロキシ−6−メチルピリミジン2.4−ジヒドロキシ−5−ニト ロピリミジン4.6−シヒドロキシー5−二トロン−2−チオピリミジン 4.6−ジヒドロキシピリミジン 2.4−ジヒドロキシピリミジン−6−メチルスルホン2.4−ジヒドロキシ− 2−チオピリミジン1.5−ジメチルシトシン N、N−ジメチル−2°−デオキシシチジン1.3−ジメチルウラシル 5.6−シオキシウラシル 2.4−ジチオピリミジン 3、N′−エテノシチジン 5−エチル−2゛−デオキシウリジン 2−エチルメルカプト−4,6−ジアミツピリミジン5−フルオロ−2°−デオ キシウリジンヘキソバルビタール 5−ヒドロキシメチルシトシン 5−ヒドロキシメチル−2′−デオキシウリジン4−ヒドロキシ−6−メチル− 2−チオピリミジン5−ヒドロキシメチルウリジン 4−ヒドロキシピラゾロ−(3,4−d)ピリミジン2−ヒドロキシピリミジン 4−ヒドロキシピリミジン 4−ヒドロキシ−2−チオピリミジン 5−ヒドロキシウラシル 5−ヒドロキシウリジン 6−ヒドロキシウリジン 5−ヨード−2′−デオキシシチジン 5−ヨードオロト酸 5−ヨードウラシル 5−ヨードウリジン 2゛、3°−0−イソプロピリデンシチジン2“、3°−イソプロピリデンウリ ジン5″−トリリン酸5−メルカプトウラシル 5−メチルシトシン 5−メチル−2°−デオキシシチジン 5−メチル−2−チオシトシン 4−メチル−2−チオウラシル 2−0−メチルチミジン 3−メチルチミジン 4−〇−メチルチミジン 3〜メチルウラシル 6−メチルウラシル 2°、O−メチルウリジン 3〜メチルウリジン 3゛−0−メチルウリジン 5〜メチルウリジン 5−二トロバルビツール酸 5−二トロー6−メチルウラシル 5−ニトロオロト酸 5−ニトロソチオバルビツール酸 5−ニトロソ−2−4−6−)リアミノピリミジン5−二トロウラシル 3′−オキサウラシル 5−プロピル−2−チオウラシル 6−n−プロピル−2−チオウラシル リバビリン 5−スルファミノウラシル 2−スルファニルアミドピリミジン テトラヒドロウリジン 2−チオ−6−アザウリジン 2−チオ−5−カルボキシウラシル 4−千オー2′−デオキシウリジン チオメチルウラシル 2−チオピリミジン 2〜チオウラシル 5〜チオウラシル 2−チオウラシル−5−カルボン酸 4−チオウリジン 2.4.5−トリアミノ−6−ヒドロキシピリミジン4.5.6−)リアミノ− 2−ヒドロキシピリミジン2.4.6−トリアミノ−5−ニトロソピリミジン2 .4.6−トリアミノピリミジン 4.5.61−リアミノピリミジン 2.4.6−1リクロロピリミジン トリフルオロチミジン 2.4.5−トリヒドロキシピリミジンウラミル。
更に、ホスホリボシルビロリン酸シンテターゼのレベルを高めることにより、ヒ スチジン類似体及びトリプトファン類似体のようなアミノ酸票似体に対する耐性 を高め、これによってPdN蓄積を増加するような本発明の基質類似体耐性突然 変異を導入することができる。あるいは、アルギニン類似体耐性を使用してカル バモイルリン酸シンテターゼの量又は活性と増加させ、同様にPdN産生量を増 加させることができる。CTPシンテターゼ(LLLG)を阻害するグルタミン 類似体6−ジアシー5−オキソノルロイシンに対する耐性の結果、PdN産生量 を増加させることもできる。
−7然亦 1本発明によると、PdN産生量を増加するために、代謝最終産物耐 性突然変異をPdN産生細胞に導入することができる。生存細胞が最終産物耐性 を与える突然変異を有するように、最終産物濃度を漸増させながら突然変異誘発 又は非突然変異誘発細胞を培地に暴露することにより、最終産物耐性突然変異を PdN産生微生物細胞に導入することができる。上述のように、最終産物耐性を 与える1種以上の遺伝子を含むプラスミドを使用してPdN産生細胞を形質転換 させ、こうしてPdN産生Iを増加させることができる。このような突然変異に 使用されるプラスミド及び細胞源も同様に、例えばE、coli Geneti c 5tock Center及びBacillus Genetic 5to ck Centerから市販されている。
適切な最終産物耐性突然変異は、例えばチオウラシル、アザウラシル、フルオロ ウラシル、フルオロオロト酸、フルオロシチジン、フルオロデオキシウリジン、 フルオロデオキシシチジン、フルオロウリジン、アンドチミジン、ピリミジンジ デオキシヌクレオチド、及び他のピリミジン票似体(例えばアジドピリミジン、 シアノピリミジン及び表1に示すような顕似体)に対する耐性を与えるような突 然変異である。これらの突然変異体は本発明によると、毒性票似体に対する耐性 がしばしばPdNの過剰産生により達せられるという事実により、PdN合成及 び蓄積を増加することができる。
更に、組換微生物によるPdNの産生を増加させるために、リボヌクレオチドレ ダクターゼ活性、又は別のピリミジン生合成酵素の活性の調節に影響するような プリン最終産物頭似体耐性突然変異を導入することもできる。プリン想似体の例 を表2に列挙する。こうして本発明によると、PdN最終産物耐性突然変異を使 用して、類似のPdN感受性株よりも多量のPdNを産生ずることができる。
2ニブリン 3′−〇−アセチルー2′−デオキシアデノシン3°−0−アセチル−2′−デ オキシシチジンN゛−アセチル−2′−デオキシシチジンN゛−アセチルグアニ ン 2−アミノ−6−ペンジルメルカブトプリン2−アミノ−6−ベンジルチオプリ ン 2−アミノ−8−ブロモ−6−ヒドロキシプリン2−アミノ−6(α−カルボキ シエチル)−メルカプトプリン 2−アミノ−6−カルボキシメチル−メルカプトプリン2−アミノ−6−クロロ プリン 2−アミノ−6−クロロプリンリボシド6−アミノ−2,8−ジヒドロキシプリ ン8−アミノグアノシン 2−アミノー6−メルカプトプリン N゛−ジメチルグアノシン 1.7−シメチルキサンチン 3.7−シメチルキサンチン 2.8−ジチオ−6−オキシプリン 5’−(N−エチル)−カルボキサミドアデノシン9−エチルグアニン 6−ニチルメルカブトプリン 6−n−へブチルメルカプトプリン N’−(2−ヒドロキシエチル)アデノシン6−(β−ヒドロキシエチルアミノ )プリン1−ヒドロキシ−イソ−グアニン 2−ヒドロキシ−6−メルカプトプリン6−ヒドロキシ−2−メルカプトプリン 2−ヒドロキシ−6−メチルブリン 6−ヒドロキシー1−メチルプリン 2−ヒドロキシプリン 6−ヒドロキシプリン 2−ヒドロキシ−6−チオプリン 6−ヒトロキシー2−チオプリン 5゛−ヨード−5°−デオキシアデノシン6−ヨードプリン N’−(Δ゛−イソペンテニルアデノシン6−イソプロポキシプリン 2°、3’ −0−イソプロピリデンアデノシン2゛、3°−〇−イソプロピリ デングアノシン2°、3°−○−インプロピリデンイノシン2′、3°−0−イ ソプロピリデン−6−チオイノシン2−メルカプトイノシン 2−メルカプトプリン 6−メルカプトプリン 6−メルカプトプリンアラビノシド 6−メルカブトブリン2′−デオキシリボシド6−メルカプトプリンリボシド 2−メルカブトピリミジン プリン−、ピリミジン−及びヌクしオシド−輸送突然変1.ヌクレオシド輸送タ ンパク質3コードする突然変異遺伝〒分担持する同定株から形質導入することに より、プリン−、ピリミジン−又はヌクレオシド−輸送突然変異を本発明のPd N産生細朧に導入することができる。輸送突然変異が細胞培地中のPdN濃度な 増加させるように、直接突然変異により適切な輸送突然変異を行うこともてきる 。
いずれの場合も、PdN蓄積の増加はヌクレオシド輸送タンパクの活性又は濃度 の減少の結果として得られる1例えば、LLLG及びLLLC(ヌクレオシド取 り込み突然変異)及びtsx (ファージT6耐性及びヌクレオシド輸送突然変 異)のようなヌクレオシド取り込みレセプター突然変異が存在する。このような 突然変異のために使用されるプラスミド及び細胞源は、例えば上記大字から市販 されている。このような輸送突然変異を有する細胞の例としては、大腸習株CM G 1118及びCMG 1158(下記実施例9参照)を挙げることができる 。
にり ″′然1 。PdN産生と増加させるためには、酵素活性を増減させるプ ラスミドで本発明のP +J N産生細泡念形質転換させる二とにより、代謝突 然変異を導入することしてきる0例是ば、突然′X異がチミジンの分解金触媒す る酵素チミジンホスホリラーゼ(de。
A)のき成又は活性な阻害するように、deリオベロン突然変異をPc1N産生 細胞に導入することができる(例えば実施例9の株(MG 10041照)、更 に、ウリジ〉・ホスホリラーゼの1及び活性を低下させるウリジンホスホリラー ゼ(上止L)突然変異を導入し、ウソジンホスホリラーゼの基質であるチミジン 又はデオキシウリジンの分解を減少させることができる(例えば、実施例9の株 CM G1096及びCMG 11059照)、更に、炭水化物代謝をヘキソー ス−リン酸経路にシフトさせ、細胞中のリボースレベルを増加させることにより 、PdN産生を更に増加させるホスホグルコースイソメラーゼ(LLL)突然変 異体を導入することらできる0本発明の別の態様によると、チミジンからT M  Pへのリン酸化を阻止するチミジンキナーゼ阻害突然変異を導入することによ り、チミジンの産生き増加させることができる。
あるいは、d U M PからTMPの形成を阻止することによりd U M  P及びデオキシウリジンの蓄Tle増加させるチミジル酸シンターゼ突黙変異と 導入することができる。このような突、′ム変異′3:存する生物は、成長のた めにチミシ′ンを使用できるように活性千ミジ〉キナーゼ酵素を必要とする。チ ミジル酸シンターゼの阻害は、温度恣受性#素の使用により、又は例えば従来の 手順3朗用してファージφE、5P82G又はSP8のようなしドロキシメチル ウラレル含有Bacillusバクテリオファージから得られるチミジル酸シン ターゼインヒビターをコードする遺伝子の調節発現により得られる。Hasla m et al、 Biochem、Bio hvs、Acta 134:31 2 (1967); Hayward Vi+−ol、)・v38:538 ( 1969); Roscoe & Toe & Tucker、 Virolo  29:1う7 (1966)フ照、この場き、d U M PはPdNPアー ゼ(例えばd T hI Pアーゼ)によりデオキシウリジンに転fヒされ得る 。従って、デオキシウリジ〉は本発明のPdN産生紀胞により産生される凹成可 能な量を培地中に特異的に蓄積することができる。
本発明によると、PdNの産生3増加させるために、池の代j(酵素をコードす る他のD N Aを導入ノーることらてきる。この点て適切なりNAは、カルバ モイルリン酸シンター (’ (c a r A B ) 、ア、スパラギン酸 トランス力ルバモイラーゼ(J=LL二BI)、ジヒドロオロターゼ(LLLc )、ジヒドロオロトオキシダーゼ(LLLD)、オロト酸ホスホリボシルトラン スフェラーゼ(LユニE ) 、オロチジン5°−リ〉酸デカルボキシラーゼ( 1にF)、CTPシンターゼ(LLLG)、ヌクレオシドリン酸キナーゼ(L: LLH)、ホスホリボシルトビロリン酸シンテターゼ(J?LLS)−ヌクレオ シドニリン酸キナーゼ(Ωdk)、リボヌクレオシドニリン酸レダクターゼ(n rd)−dCTPデアミナーゼ(dcd) 、dUTPアーゼ(dat)、チミ ジル酸シンターゼくニーカーΣ−A)、セリ〉ヒドロキシメチルトランスフェラ ーゼ(LLLA)、ジヒドロ葉酸レダクターゼ(folA)、チオレドキシン° (t rxA)、チオレドキシンレダクターゼ(t rxB)、グルタチオンレ ダクターゼ、グルタチオンシンターゼ、ゲルタレトキシン、dTTPアーゼ、d CTPアーゼ及びdCMPデアミナーゼをコードするDNA3含む、これらの! !云子は、上記大学の所蔵及びATCC(RockviLle Marylan  d ) ’i: aiむ商業的・ノースから容易に入手可能である。報告され ているDNA配列又は遺伝子マ・lピング情報に基づき、これらの遺伝子を従来 の手順(例えばAu5ubelet al!Ji、CURRENT PROTO COLSIN MOLECULARBIOLOGY、Wiley Inters cience、New York。
[1987,1989]参照)によりクローニングすることしてきる。
本発明に従って回収可能な量のPdNを発現させるために逍切な培養jBnは、 回収可能なlのPdNを蓄積し得るPdNPアーゼ酵素をコードする組換DNA 配列を発現する培養原核及び真核細胞を含む、好適耶様によると、回収可能な量 のPdNを製造するために、従来の技術(例えば−最にAu5ubel et  al、前出の文献参照)を使用して、枯草旦(例えばHardy、二n DNA CLONING、 IRL Press、0xford2:1−17 [198 5]参照)、大腸菌又はコリネバクテリウム(例えばDunican & 5h ivnan、Biotechnolo=・ 7:1067−70こ1つSつコ讐 照)のような培養細菌細胞、及びS a cCh a +〜OIll・(−C5 のよ〕な真手亥上a養細朧に、クローン1PdNPアーゼコーデイングDNAを 組み込むことができる。乙つとも、PdN産生のための一最代a(経路はほとん どの型のa胞で類似しているので、本発明のPdNを産生させるために池の細胞 型も適切である。
大腸菌及び枯草面は、ピリミジン生合成の遺伝現象が詳しく解明されており、従 来の遺伝子及び組換DNA技術の両方による株構築のための技術が発達されてお り、株がエンドトキシンのような毒性副産物を産生しないので、本発明では大腸 菌及び枯草面を使用すると好適である。好適態様では、親株として野生型枯草菌 株、又はより好ましくは上記突然変異の1種以上を既に有する株を使用する。
以下、実施例により本発明と更に説明する。
LLLL二代表的なピリミジンデオキシリボヌクレオチドホスホヒドロラーゼ( PdNPase)の精製PdNPa5e、即ちdTMPaseを産生及び精製す るために、W。
5ubtilis CMG356(^TCC33234)を37℃でOD、、、 1.0まで増殖させ、バクテリオファージPBSIを怒染の多重度約2.5〜5 で添加した。振蕩しながら30分インキュベーション後、培養物を氷上で冷却し 、遠心分離により細胞を集めた。細胞を、[衝液A [1mMエチレンジアミン 四酢酸(EDT^)を含む10−MTris−FIIJ、 pH7,5]中で再 懸濁させ、フレンチプレッシャーセルに一度通して破壊した。細胞破片を遠心分 離により除去し、最終濃度1.15$(w/v)まで硫酸ストレプトマイシンを 添加して抽出物から核酸を沈澱させた。沈澱した核酸を遠心分離により除去し、 ストレプトマイシン上清溶液を酵素の精製に使用した。
硫酸アンモニウムを硫酸ストレプトマイシン上清に添加して、最終濃度501( w/v)とした、沈澱した蛋白質を遠心分離して除去し、上清溶液と、緩衝液A 中501硫酸アンモニウムで平衡させたPhenyl−Sepharose’″ (商標)カラム(2,6xZOcz)(Pharmaeia LKB製)に加え た。カラムを約100z1の緩衝液A +0.1N NaC1で洗浄し、酵素を 200x1のM街液A+0、IN NaC1及び200zlの&!衝液Aから作 成した直線勾配M衝液、次いで蒸留水200口でカラムから溶離した0次いで画 分をdTMPase活性について分析した。
dTMPaseの分析を以下の如〈実施した。分析混合物を、10uf LM  MES(pH6,2>: 5ut’ 100mM MgCl2 ; 5μl 1 0mM EDT^;15p120mM dTMP ;及び酵素を含んで最終容積 が12511になるまでの量のIf20として作成した。分析混合物をミクロフ ユージ(microfuge)管に入れ、酵素を含む画分を添加し、37℃で1 5分インキュベートした1次に、酸モリブデート試薬(Sigma製)200I If、次いでFiske−3ubbarow還元剤(8,6mg/水wf、新し く製造した)925μlを添加した。この混合物を室温に20分放置し、次いで 750nnに於ける吸光度(Atso)を測定した。標準曲線に基づいて無機P iを計算した。
dTMPase活性を含む画分をプールし、#IL衝液Aで平衡させたDEAE −イオン交換カラム[好適なカラムは5ephace!(商標)カラム; Ph armacia−LKB製である] (1,6x ZOcl)に直接ロードした 。カラムを5011の**液A + 0.1M NaC1で洗浄し、酵素を20 0mMのIll液A + 0.1N Maclと200m1の緩衝液A+0.3 M Ha(Jから作成した直線勾配液で溶離した。酵素は約0.2〜0.251 4のthcl濃度で溶離した。
DEAE−5ephace I (商標)カラムがちの活性画分をプールし、緩 衝液Aの溶液1:1で希釈し、酵素をDEAE−Sephace l (商W) の小さなカラム(2tl)に結合させ、次いでこれを0.58 NaC1を含む 緩衝液Aの最小容積で溶離することにより濃縮した。
濃縮した酵素調製物を11!衝液Aで平衡させた5ephadex(商標)G− 100(1,6x LOOcm)にロードし、同緩衝液で溶離した。
活性画分を上述の如く小さなりEAEカラムで濃縮し、緩衝液Aで透析した。4 [胞20g(湿重量)がら酵素的2119を単離した。精製した酵素をSDSポ リアクリルアミドゲル電気泳動で分析し、純度が少なくとも9ozで、分子量約 29,000ダルトンであると決定した。酵素調製物的ioo、、を蛋白質のア ミノ末端(N−末端)配列の決定に使用した611λ11精製したPdNPas e(dTMPase)の蛋白質シーフェンシング 実施例1で得られた精製dTMPase蛋白質調製物を、慣用法[Needle nan、PROTEIN 5EQUENCE DETERMINATION、S pringer−Verlag、N、Y、(1970)を参照コによるアミノ末 端シーフェンシングに使用した。 clTNPaseのアミノ末端での最初の2 0個のアミノ酸の配列及び酵素をコードするための考えられ得るヌクレオチド配 列を図3に示す。
アミノ酸配列から推理し得る種々のヌクレオチド配列に基づいて、市販品から混 合オリゴヌクレオチドプローブの2セツトが得られた。10一プ混合物の配列及 び対応するアミノ酸配列を図4に示す、最初の7つのアミノ酸をツー塩基オリゴ ヌクレオチドプローブ中に含まれていた。
オリゴヌクレオチドプローブの両方の混合物を32pで末端標識し、バクテリオ ファージPBS DNA並びにB、5ubtil is及びE、coliゲノム DN^のEcoRI制限エンドヌクレアーゼ消化物のササンプロットにハイブリ ダイズするために使用した。
末端標識、ハイブリダイゼーション、ササンプロット及び同様の実験は、一般に Maniatisら、140LEcULARCLONING :^LABORA TORY NANUAL、Co1d Spring Harbor Labor atory、NewYork 、 (1982)によった、低いストリンジェン ト(stringency)条件下で、PBSI由来の5−kb EcoR[フ ラグメントはプローブに強くハイブリダイズしく図5)、幾つがの軽いバンドが B、5ubt i I isゲノムDN^レーンで観察できた。しかしながら、 町、竺匡ゲノムDN^へのハイブリダイゼーションは検出できなかった。 PB SI ctTMPase DNAの強いシグナルを得るために必要な低いストリ ンジェントハイブリダイゼーション条件(27℃)及び洗浄条件(38℃)は、 オリゴヌクレオチドで計算した融点(Tm)に基づいた予想より低かった。
11λ1:代表的なPdNPa5e(dTHPAsE)DNAの単離バクテリオ ファージPBSI DNAを、DNAライブラリーを調製するためにファージ粒 子から単離した。 PBSIファージ溶解物(1000x&、約5 X 10” pfu/11)をデオキシリボヌクレアーゼI (1zN/L)及びリボヌクレ アーゼA (1xi’/L)で処理し、宿主核酸を除去した。ヌクレアーゼ消化 後、溶解物を0.45ミクロン膜を通過させて、PBSIの感染によっても溶解 しなかった総ての細胞及び細胞の破片を除去した。 NaC4を0.5Mまで、 及びポリエチレングリコール5oooを濃度6 !(w/V)まで添加すること によりファージ粒子を沈澱させ、遠心分離により集めた。混じっている宿主核酸 及び細胞破片を、ファージを0.1N [酸ナトリウム、pH7、o、O,LM  NaC1(it酸塩緩衝液)で作成した5〜401グリセロールブロツク勾配 でペレット化することによりさらに除去した。ファージ粒子を硫酸塩Mtlt液 に再懸濁させ、DNAを2$SDSで処理し、次いでフェノール、n−ブタノー ルで数回抽出し、次いで0.OIN Tris−HCI、0.001M EDT ^、 pH8,0で透析することにより単離した。
溶解物1リツトルから、約8.61の高分子量DNAが得られた。
東」1舅」−: PdNPase(dTMPAsE)をコードするDNAを含む DNAライブラリーの産生 PBSIゲノム(例えば、Maniatis、上記参照)のランダム代表を有す るDNAライブラリーを製造するために、Pe5t DNAを部分的にDNas elで消化して、DNAをランダムに切断して1〜5キロ塩基対(kb)範囲の フラグメントとした0次いでDNAを74 DNAポリメラーゼで処理し、末端 を平滑とし、フラグメントをゲル電気泳動でサイズ分画して1〜5kbの範囲の フラグメントを得た。 5LIIarで線状としたアラスミドpUC19とフラ グメントのプラント端連結反応及びE、eoli KT8052株の形質転換[ Kunkelら、 Methods in Enz sol、 154:367 〜82(1987)]により、頻度約7zで組換形質転換体を産出した。平均挿 入サイズ(BamHI及びEcoRr 2回消化フラグメントの合計より推定) は、少なくとも2kbであることが知見された。この平均挿入サイズは、フラン キング調節配列(flanking regulatory 5equence )と共にdTMPase遺伝子(約900bpの推定コード配列)を含むのに十 分な大きさであった。
大」1脛j−: PdNPa5e(dTNPAsE)をコードするDNAにツい てのDNAクローンライブラリーのスクリーニングDUC19内のDNasel で生成したP[lSI DNAフラグメントの遺転子ライブラリーを、ポリヌク レオチドキナーゼを用いて32pで放射性標識したオリゴヌクレオチドプローブ でコロニーハイブリダイゼーションすることによる慣用法(例えば、Mania tis、上記参照)を用いてスクリーニングし、幾つかの強い陽性のクローンを 比較的高いバックグラウンドで同定した。推定上の陽性クローンを取り出し、l acインデューサーIPTに及びx−galインディケータ−を含むLB+アン ピシリンプレート上に低いコロニー密度でプレートした。
各プレート由来の幾つかの白いコロニー(組換体クローン)をLB+アンピシリ ンプレート上に拾い出し、クロラムフェニコールに露出して増殖且つプラスミド 増幅後、ニトロセルロース膜に移した。コロニーをオリゴヌクレオチドプX 。
−ンし、再スクリーン物の陽性コロニーの幾つかを図6に示す1強くハイブリダ イズしたコロニーをさらに、EcoRIで消化したプラスミドDN^のササンプ ロット分析によりスクリーンした。 dTMPage遺伝子の5゛末端を含んで いた2つのコロニー(pcGloo及びpC[:101)を同定し、dTMPa geをコードすることをDNA配列分析により確認した1両方のクローンは、各 クローンのコード領域の長さにより表されるように、その各々の3′末端で配列 を失っていた。
さらに22の推定上の陽性クローンが、32PでプローブしたdTMPase− 特異性オリゴヌクレオチドプローブで、DNaseIで生成したPBSI DN Aライブラリーをスクリーニングすることにより得られた。この場合のプローブ は、図7に示されている(全コード配列を単離後、慣用法により配列決定したよ うに)dTMPage遺伝子の212〜196塩基と相補の17塩基のオリゴヌ クレオチドであった。再スクリーニング後、dTMPase遺伝子配列を含む1 0個の陽性クローンを同定した。
制限分析によるこれらの10個の陽性クローンの特徴付けにより、全dTMPa ge遺伝子を含むに十分な長さく4.5kb)のPBSIDN^を有する1個の クローン(GICに103)を得た。残りの9個のクローンは、クローン19( pcGloo)及び20(pcGlol)と同様であった。これらは、dTNP ase遺伝子の5°末端由来の配列を含み、遺伝子の3′末端であると予想され たよりも前で終端していた。プラスミドpCに103に存在するdTMPase 遺伝子配列の正確な上流の境界を、DNA配列分析により決定し、これがdTN Pase遺伝子のヌクレオチド88に位!していることが知見された。 pct l:103は全dTMPase遺伝子を含んでいなかったが、pcGloo及び pcGlol(図8)由来の重複フラグメント上に存在する8日オリゴヌクレオ チドだけを損失していた。
これらの重複フラグメントを結合させて、1本のフラグメント上に全dTMPa ge遺伝子を再生する。
え11[:代表的なPdNPase(dTMP^SE)遺伝子の」、願ハへのク ローニング 遺伝子を再構築してdTMPageに所望の酵素活性を発現させるために、部分 クローンの2つの重複フラグメントを、dTMPaseをコードする完全な遺伝 子を作成するように組み替えた。使用した2つのクローンは、pCに100及び pcG103であった(図8)、プラスミドpct;100に配置したdTMP aseの部分配列をバクテリオファージ813にサブクローンし、オリゴヌクレ オチド^YOO6を使用して特定部位の突然変異誘発により修飾しく図9)、図 示の如く遺伝子の予想プロモーターとリポソーム結合サイトとの間にEcoRI サイトを配置したく図10)。
図10に示されているように、突然変異した813 RF DNAから、clT NPageリポソーム結合サイトとコード配列の1〜176塩基を有する196 bp EcoRI−Scarフラグメントが得られた。
図11に示されているようにpcG103からは、dTMPageコード領域の 残りと遺伝子の3′末端の約750塩基対を含む1300bp 5caI−Hi ndlllフラグメントが得られた。2つのフラグメントを5carサイトで連 結して、dTMPaseの全コード配列からなるDNAフラグメントを製造した 。 EcoRI及びHindllI末端をDNAポリメラーゼ(フレノウ)で充 填した後、フラグメントをラムダPLプロモーターより下流のプラスミドρKC 30のHpaIサイトにプラント端連結した(図11)、このプラスミドで、染 色体上に温度−感受性のラムダc 1857リプレツサーを有するj、coli  K−12Δill (ATCC33767)を形質転換した。30℃ではリプ レッサーは活性であり、p5を不活(turnoff)のままにする、42℃で c1857リプレツサーは失活し、pL、から高レベルで発現した。 E、eo liΔIIIに於ける形質転換体の1つは、予想された制限地図を有するプラス ミド(+)Cに129)を有しており、これをさらに分析した。 pcG129 を有するE、co1iΔH1は、CMG1085と命名した。
′!JLLL:【、到」に於けるdTMP^SEの発現CMG1085株を、ア ンピシリン0.1g/Lを含むLBブイヨンで00、。。約0.1に増殖させ、 培養物を42℃に15分シフトさせ。
37℃に45分戻した。培養物IR1を遠心分離管1.5zl内で回転させて沈 澱させ、上清を除去した0次いで細胞を生理食塩水または水で洗浄して、再び回 転させた。細胞ベレットを凍結−解凍させ、丁E(10mN Tris−■C1 ,pH7,5,b+M EDT^)100111に再懸濁させた。リゾチーム( 5履g/TEi+01μlを添加し、室温で20分インキュベートした。DNa ser混合物(TE+10aM HgCTo中の2 pg7ml DNase  I )1001Iffiを添加し、室温で10分インキュベートした1次いで溶 液を20,0OOrp−で10分回転させた。上清を、実施例1と同様にdTN Page活性について分析した。
分析結果を表3に示す。
宍旦、粗抽出物のdTMPase活性 抹 比活恒(μ−017分/my) バクテリオファー:/pBSIで感染させたB、5ubtilis CM(:3 56 0.114酵素含有抽出物も、ウェスタンプロット分析で分析し、30℃ では交差反応物質が存在しないことが知見されたが、抑制解除したm胞に間して は多量の酵素が生成し、酵素は、バクテリオファージPBSIから精製されたd TMPaseと弁移動(co−migrate) した、これらの結果は、バク テリオファージPBSIのdTMPase遺伝子がクローンされ且つ発現したこ とを示している。上述のコード領域はdTMPaseをコードし、5OS−PA GEにより決定したその分子量は約29,000であり、これはPBSIで感染 させたB、5ubtilisから単離した精製dTMPaseから得られた値と 一致している。温度誘導後、培養物を細胞生死判別試験にかけ、酵素活性が存在 すると直ちに生存率が低下したことが知見された。
酵素活性及び生存率に於ける温度誘導の効果をさらに検討するために、培養物を 30℃でOD、。。約1.0まで増殖させ、次いで幾つかの高温にシフトさせた 。高温で90分後、細胞を回収し、抽出して分析した。同時に、この培養物を細 胞生死判別試験にかけた。結果を図12に示す、この図は、生存率及び酵素活性 が密接に関連していること並びに活性が少しでもあると生存率が大きく減少する ことを示している。
!uLLL:染色体へのdTI4P^SE遺伝子の組込みdTMPage活性が 低く且つプラスミド上に遺伝子を持たない株を得るために、dTMPage遺伝 子を」、阻■染色体に組込んだ、dTMPase/ラムダPLレギユロンを染色 体に組込むために、遺伝子及びプロモーターと有するプラスミドpcG129由 来のフラグメントを、図13に示す如くプラスミドpEYDG1(^TCC37 316)上に担持されたトランスポゾンTn5 (Tn5 )[Yakobso n及びGuiney、 J、Bacteriol、160 : 451〜453 (1989)参照]にクローンすると、プラスミドpCに132が得られた。
このプラスミドを次いでCM、:1096株に導入した。検出可能なプラスミド を有さない形質転換体は極めて少ながった。
プラスミドを有し従ってdTMPase遺伝子の多量の複製物をより組込まれた 株だけが得られた。
P1形質導入により異なる株に容易に移動し得るように、遺伝子をTn5のカナ マイシン耐性遺伝子に組込んだ。プラスミド含有株と比較して染色体組込みdT MPase株のdTMPage遺伝子活性は、約5倍活性が低いことが知見され た。
111L: E、CoLI株の構築 染色体dTMPase遺伝子を含む総てのj−、coli株は、染色体内に欠陥 ラムダ溶原菌(Iysogen)の温度感受性のラムダc l857リブレツサ ーを有すると、ラムダI)Lプロモーター由来のdTMPaseが制御できる[ Beroardら、 Gene 5:5!l−76(1979)]。種々の株を 、PdN使用を削除して、細胞内のPdNi積を減少させて、ピリジミン経路の 調節を解除した突然変異か、またはPdN感応性を減少させた突然変異を導入す ることにより構築した。殆どの場合、突然変異はTnlO挿入変異体を使用する ことにより導入されるか、またはテトラサイクリン耐性を選択することにより密 接に結合したTnlO挿入物を共形質導入することにより導入される。他のマー カーも同様に導入し得るように、これらの株より、自発性TnlO欠失を有する テトラサイクリン惑受性誘導体を選択する。構築された幾つかの代表的な株を表 4に列記した。これらの構築経路は図14に示されている。
PdN耐性変異体は、PdNの阻害レベルの存在下に増殖させることにより得ら れ、例えば、培地中チミジン20g/Lに対し耐性であった。ラムダPLの制御 下、dTMPage遺伝子を含む総ての株は、42℃でLBプレート上で温度感 受性であった。
表土、 E、coli株 CMG1031 CMG1004堕 CMG1096 CM(:1094曲 CM(:1118 CMG1105 tsx::TnlO本発明のチミジン産生 細胞に導入され得るように、代表的な生合成酵素を発現プラスミドにクローンし た。クローニングは、公知配列(例えば、チミジレートシンターゼ及びリボヌク レオチドレダクターゼ)を元にし、これらの遺伝子を有するプラスミドを表5に 列記した。
飢、プラスミドのリスト プラスミド 説−朋 pcG129 ラムダPLにより制御したクローンしたdTMPageを有する pKc30pcG138 1aeプロモーターにより制御されたチミジレートシ ンターゼを有するpUC18 1)Cに144 1acプロモーターにより制御されたりボヌクレオチドレダク ターゼを有するpUc18 pcc148 同調して発現される、チミジレートシンターゼより下流にリボヌ クレオチドレダクターゼ遺伝子を有するpcG138111役、操作された株を 使用するPdN5の産生図14に示され且つ表4に列記されたように新しい株を 作成し、他の入手可能な株とPc1N (チミジンとして)産生力を比較するた めに、振蕩フラスコ実験で試験した。振蕩フラスコ実験を以下の如〈実施した。
m胞を表6に示した培地組成25zt’ (250z1バツクルフラスコ)でイ ンキュベートした。
LL、振蕩フラスコ培地(最終濃度: y/L)K、HPo、 7 NaHzPO−4J 3 NH,CI 1 (NH4)2S0. 5 Mg5O,・7H203 炭素源 2 ニコチンWiO・2 チアミンHCI 0.2 葉M O,025 p−アミノベンゾエート 0.025 カナマイシン 0.01 テトラサイクリン 0.0125 細胞を30℃及び250r、p−11,で対数増殖相で増殖させた。
培養物がOD、。。0.5〜1.0に達したら、ウリジンまたはウラシルを添加 し、温度を36〜37℃にシフトさせて、dTNPaseの発現を誘発させた。
!1つかの時点毎にサンプルを採取し、チミジン及び他のヌクレオシドをMil lerら、 J、Chromato 。
228:165〜76(1982)に記載の如< HPLCにより測定しな、細 胞密度が低い場合、力価はO〜0.1g/Lチミジンであった。
これらの実験に於いて、グリセロールは、チミジン産生に関してはグルコースよ りも良好な炭素源であり、 dTMPase誘発時にウリジンまたはウラシルを 供給するとへ生産性は殆ど等しく並びに、CMG1128及びCM(:1158 を含む、チミジンに対し耐性である株は、−貫して最高の力価を与えることが知 見された。試験した総ての株は、その染色体上にdTMPageの遺伝子を有し ていた。
え111:高い細胞密度に於ける振蕩フラスコでのPdNの産生 CMG1128(pcc138を含む)、CMに 1128 (pcc 144 を含む)、0MG1158(pcG144を含む)及び0MG1158(pcG 148を含む)の培養物を100μg/aLアンピシリンを有するLB寒天プレ ート上に画線培養し、30℃で増殖させた。シングルコロニーを、250g1バ ツクルフラスコ中の100uy/z1アンピシリンを有するLBブイヨン25− Lに取り出し、30℃で8時間インキュベートした。
この培養物(0,5mL)を使用して、表7に記載の組成を有するチミジン産生 培地を有するフラスコに接種した。
fE7.チミジン−産生培地 KHPO43,5y/L KH2PO41,5g/L (Ntl−)zSQ−2,0gル Mg5040.4 y/L クエン酸ナトリウム 0.5 g/L 炭酸カルシウム 10 g/L PP90BT(Deltown) 8 g/Lグリセロール 50 g/L ビオチン Q、Z zy/L チアミン 1.0 mlF/L ニコチン酸 1.Ozg/L p−アミノベンゾニー)−1,0my/Lアンピシリン 0.1 g/L ZnSO,・7H200,232u/LMnSO,0,178151/L H3BO30,056zy/L CuSO4・51(200,100zy/LNa2MoO,0,039mg/L CoC1z4L0 0.042 my/LKl O,066mg/L FeSO<4flz0 0.040 mg/LNiCI・6H200,0004 zy/Lフェノールレッド 0 、1 g/L 250x1バッフルフラスコは産生培地2511を含んでおり、NBS G25 振蕩機内で30℃、400PPMでインキュベートした。
培養物が600rn+に於ける光学密度10[希硫酸、100zf当たり21L 濃n、sO,(培地中にCaC0*を溶解させるために)で1=11に希釈後に 読取]に達したとき、フラスコを同−RPMの30℃の振蕩機から37℃の振蕩 機に移した。同時に、培地に1.14g/L D、L−メチオニン、2.86g /L グリシン、14.3y/L自己溶解した酵!(^rdamine YEP −S、Champlain Industries製)、ウラシル2.8g/L 及び0.25mM IP丁(:を補った。フラスコ内のpHを、フェノールレッ ド指示染料の色により判別して、4NNH,011を添加することにより約7. 0に保持した。
チミジン及びデオキシウリジン濃度を実施例10に記載の如(IIPLcで測定 した。接種30〜35時間後の産生物濃度は表8に示した。
CN01128(ρC0138) 64.9 385 20.3CMf;112 8(pcG144) 406 220 17.3CMに1158(pC(:14 4) 416 269 21.5CMC1158(pcG148) 42.0  460 16.9因u、14リットル発酵器内のPdNの10リツトル産生Pd N (例えば、チミジンなど)の10リツトル産生を例示するために、CN01 128−pcG138株を上述の通りであるが14リットル発酵器内で増殖させ た。培地組成を表9に示した。
LL、培地組成(最終濃度+ y/L)K2HP0. 7 NILH2PO4’LO3 Nl(、CI 10 (NH,)、S04S O45N 、・7H203 グリセロール 125 ニコチン酸 0.2 チアミンuclo、z 葉酸 0.025 p−アミノベンゾエート 0.025 酵母抽出!PJ10 00600が10に到達したとき、培養物に以下の成分を供給し、表示最終濃度 (g/L)とした、ウラシル、3;グリシン。
1;メチオニン、0.2.セリン、1.温度を36℃に上げ、種々の時点でサン プルを採取し、実施例11の記載通りに分析した。最大チミジン力価は、18時 間後で1.h/Lであり、デオキシウリジンは少量であった。
別に、CMG1158/pcG148株を実施例12の通りであるが、表10の 培地組成中で増殖させた。
L股、培地組成(最終濃度: y/L)K2HP04Z K2HP042 (NH4)2HPO43 (NFl、>2S0. 2 NgSOa・71120 0.4 ソルビトール 100 酵母抽出物 30 ニコチンr!i0.1 チアミンlIC40,1 葉酸 0.025 p−アミノベンゾエート 0.025 00i。。が10に到達したら、培養物に以下の成分を供給し、表示最終濃度( y/L)とした、ウラシル、2;グリシン、1:メチオニン、0.2及びセリン 、1.温度を39℃に上げ、そのまま15分放置し、次いで温度を36℃に下げ て保持し、実施例11の記載通りに時点で分析した。最大チミジン力価は、18 時間後で1.1y/Lであった。
他のまたは追加の変異及びクローン遺伝子を、dTMPase遺伝子を発現する も、仙及びB、5ubtilisの株に導入し、上述の如くチミジンの産生につ いて試験した0選択した株はPdN(例えば、チミジンなと)を少なくとも10 g/L、1リットル当たり少なくとも30グラムまたは1リットル当たり少なく とも70グラムの培地濃度で産生し、そのいずれもが医薬的に許容可能な、抗− ウィルス性化合物の工業的生産に好適であった。
!J!!u:高い細胞密度での振蕩フラスコ内のPdN(デオキシウリジン)の 産生 CMG1115(上記表4参照)株を修飾して、本発明に従ってデオキシウリジ ンを産生ずるためにtdk責チミジンキナーゼ)及び」^−(チミジンシンター ゼネガティブ)をさらに含む遺伝子型とした。このように(pcc:144を含 む)CMC1115株から誘導した修飾様を、100νg/−Lアンピシリン及 び50Hea1チミジンを含むLB寒天プレートに画線培養し、30℃で増殖さ せた。シングルコロニーを、250xlバツクルフラスコ内の1100u/+1 アンピシリンを含むLBブイヨン25JILに取り出し、30℃で8時間インキ ュベートした。この培養物産生培地2511を含む250z1バツフルフラスコ を、NBS G25L■、デオキシウリジン産生培地 に2HPO43,51F/L Kl(2PO−1,59/L (NH4)2S0. 2.0 y/L MgSO,0,4g/L クエン酸ナトリウム 0.5 ’i/L炭酸カルシウム 10 9/L PP90BT(Deltown) 8 i?/Lグリセロール 50 y/L チミジン 0.2 g/L ビオチン 0.2 1117L チアミン 1.0 Kg/L ニコチン酸 1.Oxtt/L p−アミノベンゾエート 1.0 1g/Lアンピシリン 0.1 iF/L ZIISO,−78200,23211F/LMnSO,0,178z#/L HJOy O,056zg/L CuSO,−5Hz0 0.100 mg/LNa2Mo04 0.039 1 1F/LCoCIx ・7HzOO,042my/LKl 0.066 1g/ L FeSO−4Hx0 0.040 zg/LNiCI・6H200,0004m y/Lフェノールレッド 0.1 g/L 、iii+2・憤佛]1昌駄遺麿 aノ11ウリジンの産生について試験した0 選択した株は、少なくとも10g/L、1リットル当たり少なくとも30グラム または、1リツトル当たり少なくとも70グラムの培地の濃度でPc1N(例え ば、デオキシウリジン)を産生じ、そのいずれもが医薬的に許容可能な、抗−ウ ィルス性化合物の工業的生産に好適であった。
r l /−“ツ 暑 −\ノ 、 −ノ −・ ・ ・拳・ 、声 Φ FIG、 6 FIG、7a AAA TACTAG AAA CjllAσAAACαAσc AAT ’ロ ℃αAαA司AπゴTAA (Jr TCT AAAAGCATT TAT A TT ATr +19 ffA TAA TGG TAT TAT TCT A AT ATT CCT TCG sGCATZI TTA −乙 −K) l to 20 30 MetPheSirIleLysGluProρheSerIIsValThr AACTGCGAT % GTA TTA jlVゴGQCIT AGTαココ πia了tJr Affi ATTα6−Asn Cys Asp Glu V al Leu Thr Asp Its Ser Pro Leu TrpVa lis Lys Il■@GInGln Asn Aha Asp Tyy Phe Gly Lys Tyr PIvA sp Leu Ser Lys Leu Glu Gly ksuGIu Pr y GGT KAm GAA (Ar Tff CAA ACA GTAσmπAα ia CCA GQA m caゴーN「N鴇Gly Tlv Ph1IGlu  Hs Tyr Gln Thr Val Leu SerΔrq Pro G lu Phe His Lm Asn Lys 浄書(内容に変更なし) TTA AAT TUTti A^へC;’TAGW;rIT m7 Tτ了G TTGGG 444AハTG^^AAG AAA TCA faT Leu Asn Ssr Asn Lys Va夏Glu Ile lle P hi Vol Gly Lys Asn Glu Lys kys Ser A gQ TAT ATT AIIIG〜訂口AffiAI狂−N澁Aπ1可丁ユα鎮ばG 顛TTAπAAI狂に了Tyr IIs Lys Asn Leu LysAs n Val Lys Met Its Val GluΔso Glu uu  Se秩@Asn ll5 AAT (3AT r G’@ CAA Mr m Mr GIX GGTTT T GAA GAAσramm了−T mCCAAsn Aso Ile Va t Glu Asn CysAsn AsoGly Ph1Glu Glu V at A卸lie Ty Ihs Pr。
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5’−CCT CTCCCT GGA ATT CTA ATA TGCACG  −3゜5° AT ATT CC丁TCG TGCATA TTA TAA  TTA CAG GGA GAG GAT TTA ATG TTT3’−GC ACGTAT AAT CTT AAG GTCCCT CTCC−5’ 煎旦 匹FIG、12 栃傅爆A (’(1 FIG、13 2」Σ 本発明は、ピリミジンデオキシリボヌクレオシドを蓄積させる少なくとも1種の 酵素をコードするDNAと、代謝突蕉変異又は同様にピリミジ〉デオキシリボヌ クレオシド産生を増加させる代謝酵素3コードする異種DNAとを併用すること により、回収可能な量のピリミジンデオキシリボヌクレオシド(PdN)を発現 するための培簑細i=工学的に作成し、PdNの商業的に有用な発酵源を提供す るものである。
補正書の写しく翻訳文)提出書(特許法第184条の8)

Claims (26)

    【特許請求の範囲】
  1. 1.ピリミジンデオキシリボヌクレオシドーリン酸をピリミジンデオキシリボヌ クレオシドに転化するピリミジンデオキシリボヌクレオチドホスホヒドロラーゼ をコードするDNA配列を含む複製可能な微生物であって、該DNA配列が該微 生物により発現されることを特徴とする複製可能な微生物。
  2. 2.(A)該ピリミジンデオキシリボヌクレオシドがチミジンであり、(B)該 ピリミジンデオキシリボヌクレオチドホスホヒドロラーゼがチミジル酸ホスホヒ ドロラーゼであり、(C)該ピリミジンデオキシリボヌクレオシドーリン酸がチ ミジン−リン酸であることを特徴とする請求項1に記載の複製可能な微生物。
  3. 3.該微生物が更に、TMPの蓄積を増加させる少なくとも1種の遺伝的改変を 含むことを特徴とする請求項2に記載の複製可能な微生物。
  4. 4.(A)該ピリミジンデオキシリボヌクレオシドがデオキシウリジンであり、 (B)該ピリミジンデオキシリボヌクレオチドホスホヒドロラーゼがチミジル酸 ホスホヒドロラーゼであり、(C)該ピリミジンデオキシリボヌクレオシドーリ ン酸がデオキシウリジン−リン酸であることを特徴とする請求項1に記載の複製 可能な微生物。
  5. 5.該微生物が更に、デオキシウリジンの蓄積を増加させる少なくとも1種の遺 伝的改変を含むことを特徴とする請求項2に記載の複製可能な微生物。
  6. 6.請求項1に記載の微生物から主に構成される微生物培養物であって、該培養 物が、炭素源の代謝後に回収可能な量の該ピリミジンデオキシリボヌクレオシド を蓄積することを特徴とする微生物培養物。
  7. 7.炭素源からピリミジンデオキシリボヌクレオシドを発酵的に製造するための 方法であって、(A)該炭素源を含む培地を収容する発酵反応器を準備する段階 と、(B)請求項6に記載の微生物培養物を該反応器に加える段階と、次いで( C)該炭素源が該微生物培養物により発酵され、該培地中に該ピリミジンデオキ シリボヌクレオシドを蓄積するような条件を該反応器の内側に設定し、これを維 持する段階と、(D)該ピリミジンデオキシリボヌクレオシドを該反応器から回 収する段階とを含むことを特徴とする方法。
  8. 8.該微生物が更に、その発現により該培地中の該ピリミジンデオキシリボヌク レオシドの蓄積を更に増加させるように少なくとも1種の代謝酵素又はポリペプ チドをコードするDNAセグメントを含むことを特徴とする請求項1に記載の微 生物。
  9. 9.該微生物が更に、該培地中の該ピリミジンデオキシリボヌクレオシドの該蓄 積を更に増加させる少なくとも1種の突然変異を代謝経路中に含むことを特徴と する請求項1に記載の微生物。
  10. 10.該代謝酵素が、カルバモイルリン酸シンターゼ、アスパラギン酸トランス カルバモイラーゼ、ジヒドロオロターゼ、ジヒドロオロトオキシダーゼ、オロト 酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ、オロチジン5′−リン酸デカルボキシラ ーゼ、CTPシンターゼ、ヌクレオシドリン酸キナーゼ、ホスホリボシルピロリ ン酸シンテターゼ、ヌクレオシドニリン酸キナーゼ、リボヌクレオシドニリン酸 レダクターゼ、dCTPデアミナーゼ、dUTPアーゼ、チミジル酸シンターゼ 、セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ、ジヒドロ葉酸レダクターゼ、チ オレドキシン、チオレドキシンレダクターゼ、dTTPアーゼ、dCTPピロホ スファターゼ、dCMPデアミナーゼ、ウラシルホスホリボシルトランスフェラ ーゼ、チオレドキシンレダクターゼ(trxB)、グルタチオンレダクターゼ、 グルタチオンシンターゼ、グルタレドキシン及びチミジル酸シンターゼインヒビ ターポリペプチドから構成される群から選択されることを特徴とする請求項1に 記載の微生物。
  11. 11.該突然変異が、基質類似体又は薬剤耐性突然変異、代謝最終産物耐性突然 変異、プリン−、ピリミジン−又はヌクレオシドー輸送突然変異、及び代謝酵素 活性突然変異から構成される群から選択される選択突然変異により該微生物に導 入されることを特徴とする請求項6に記載の微生物培養物。
  12. 12.該基質類似体又は薬剤耐性突然変異が、ヒドロキシ尿素、トリメトプリム 、チオウラシル、アザウラソル、フルオロウラシル、フルオロオロト酸、フルオ ロシチジン、フルオロデオキシウリジン、フルオロデオキシシチジン、フルオロ ウリジン、アジドチミジン、ピリミジンジデオキシヌクレオチド、アジドピリミ ジン、シアノピリミジン、アジドヌクレオシド、シアノヌクレオシド、ハロノン 化ヌクレオシド、及びハロゲン化ヌクレオ塩基から構成される群から選択される 化合物に対する耐性を含むことを特徴とする請求項11に記載の微生物培養物。
  13. 13.該代謝最終産物耐性突然変異が、表1に列挙した化合物から構成される群 から選択されるピリミジン類似体に対する耐性を含むことを特徴とする請求項1 1に記載の微生物培養物。
  14. 14.該代謝最終産物耐性突然変異が、チオウラシル、アザウラシル、フルオロ ウラシル、フルオロオロト酸、フルオロシチジン、フルオロデオキシウリジン、 フルオロデオキシシチジン、フルオロウリジン、アジドチミジン及びピリミジン ジデオキシリボヌクレオシドから構成される群がら選択されるピリミジン類似体 に対する耐性を与えることを特徴とする請求項13に記載の微生物培養物。
  15. 15.該代謝最終産物耐性突然変異が、表2に列挙した化合物から構成される群 から選択されるプリン類似体に対する耐性を含むことを特徴とする請求項13に 記載の微生物培養物。
  16. 16.該代謝最終産物耐性突然変異が、チミジンに対する耐性を含むことを特徴 とする請求項13に記載の微生物培養物。
  17. 17.該基質類似体耐性突然変異が、アミノ酸類似体に対する耐性を合むことを 特徴とする請求項11に記載の微生物培養物。
  18. 18.該基質類似体耐性突然変異が、ヒスチジン類似体、トリプトファン類似体 、アルギニン類似体及びグルタミン類似体から構成される群かち選択されるアミ ノ酸類似体に対する耐性を含むことを特徴とする請求項17に記載の微生物培養 物。
  19. 19.該ヌクレオシド又はヌクレオチドが、ピリミジンを含むことを特徴とする 請求項11に記載の微生物培養物。
  20. 20.該ヌクレオシド又はヌクレオチドが、チミジンを含むことを特徴とする請 求項19に記載の微生物培養物。
  21. 21.該代謝酵素活性突然変異が、該酵素の活性又は量の阻害を含むことを特徴 とする請求項11に記載の微生物培養物。
  22. 22.該酵素が、チミジンホスホリラーゼ、ウリジンホスホリラーゼ、チミジン キナーゼ及びチミジル酸シンターゼから構成される群から選択される酵素を含む ことを特徴とする請求項21に記載の微生物培養物。
  23. 23.該基質類似体又は薬剤耐性突然変異が、表1に列挙した化合物から構成さ れる群から選択される化合物に対する耐性を含むことを特徴とする請求項11に 記載の微生物培養物。
  24. 24.段階(D)で回収される該ピリミジンデオキシリボヌクレオシドが、少な くと6約1g/lのピリミジンデオキシリボヌクレオシド濃度で培地から得られ ることを特徴とする請求項7に記載の方法。
  25. 25.該ピリミジンデオキシリボヌクレオシド濃度が少なくとも約30g/lで あることを特徴とする請求項7に記載の方法。
  26. 26.該ピリミジンデオキシリボヌクレオシド濃度が少なくとも約70g/lで あることを特徴とする請求項7に記載の方法。
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