JPH02109999A - 核酸マルチマーおよびそれを用いた増幅核酸ハイブリダイゼーション分析法 - Google Patents

核酸マルチマーおよびそれを用いた増幅核酸ハイブリダイゼーション分析法

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JPH02109999A
JPH02109999A JP63260347A JP26034788A JPH02109999A JP H02109999 A JPH02109999 A JP H02109999A JP 63260347 A JP63260347 A JP 63260347A JP 26034788 A JP26034788 A JP 26034788A JP H02109999 A JPH02109999 A JP H02109999A
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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるた
め要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 (産業上の利用分野) 本発明は、核酸化学および生化学分析の分野に関する。
さらに詳細には、新規な核酸マルチマーおよび核酸ハイ
ブリダイゼーション分析に関する。
(従来の技術) 核酸ハイブリダイゼーシヨンは、現在一般に遺伝子的研
究と生物医学的研究と臨床診断用薬で用いられている。
基本的な核酸ハイブリダイグー99フ分析においては1
分析物である一本鎖核酸(ON^またはRN^)を標識
された核酸プローブにハイブリダイズし、その結果生ず
る標識された二本鎖を検出する。放射性の標識物と非放
射性の標識物の両方が用いられている。
二本鎖を容易に分離させて外来性物質から検出するため
、および、/または検出されルシグナルを増殖させるた
め、この基本的な方法の改変が行われている。
本出願人が出St、ている係属中のヨーロッパ特許出願
公開第0225807号は0分析物の核酸を標識プロー
ブのセットおよび捕捉プローブのセットにハイブリダイ
ズする。液体相核酸ハイブリダイゼーション分析を開示
する。プローブ−分析物複合体は、捕捉プローブのセッ
トに相補的な、固相に支持された捕捉プローブと、ハイ
ブリダイゼーシヨンにより結合する。これにより8分析
物の核酸は固相複合体として溶液から除去されうる0分
析物を固相複合体の形態にすることによって1分析の次
の分離段階が容易になる。標識プローブのセットは、固
相/分析物複合体にハイプリダイゼーシ9ンによって結
合する標識プローブに相補的である。
PCT出願84103520およびヨーロッパ特許出願
124221は、以下のようなりNAハイブリダイゼー
シ岬ン分析を開示する: (1)分析物は酵素標識オリゴヌクレオチドに相補性の
あるディルを有する。−重鎖nN^プローブにアニール
される。
(2)その結果生ずるディルをもつ二本鎖を酵素標識オ
リゴヌクレオチドにハイブリダイズする。Rr+z。
旧o r、h e−の1′旧o−Rridge”標識化
システムは、前記′2つの特許出願に記載されたシステ
ムと近似であるように思われる。′旧o−Rr%dge
”システムは。
DNAプローブに改変されていない3゛−ポリTテイル
を付加するため、ターミナルデオキシヌクレオチドトラ
ンスフェラーゼを使用している。ポリTテイルを有する
プローブを、標的とするIINA配列にハイブリダイズ
し1次いでビオチン修飾ポリAにハイブリダイズする。
ヨーロッパ特許出願204510は以下のようなりNA
ハイブリダイゼーション分析を開示する。すなわち、n
N^をポリTティルのような、ディルを有するプローブ
と接触させるが、そのディルとはプローブのディルにハ
イブリダイズし、複数の標識鎖と結合できる1例えばポ
リA配列のような配列を有する増幅鎖である。これら従
来のハイブリダイイー91フ分析の主要な問題は、それ
らの分析物に、十分な特異性および/または極めて低い
レベルの分析物の検出に有効なシグナルがないことであ
る。本発明の主要な目的は、シグナルの高再現性ゲイン
と、高再現性S/N比と、低い非特異的な、それ自体再
現性のある結合を提供し、かつ低濃度で普遍的なシグナ
ル部分および分析物と結合し、安定な複合体を形成しう
る核酸ハイブリダイゼーシヨンに用いられる増幅物を提
供することにある。
他の面は、肝炎B型ウィルス(HRV) 、μ工2−r
rhoeae 、 N、  onorrhoeaeのペ
ニシリンおよびテトラサイクリン耐性ならびにChla
m dia trac、hos+aLisのハイブリダ
イゼーション分析を向上させることにある。
(発明の要旨) 本発明の一面は。
(a)対象となる第1の一本鎖ヌクレオチド配列に特異
的に結合しうる少なくとも1つの第1の一本鎖オリゴヌ
クレオチド単位;および (ハ)対象となる第2の一本鎖ヌクレオチド配列に特異
的に結合しうる多数の第2の一本鎖オリゴヌクレオチド
単位; を包含する核酸マルチマーにある。
本発明の他の一面は、(1)上記マルチマーを第1のオ
リゴヌクレオチドの単位で分析物である一本鎖核酸分析
物または分析物に結合したオリゴヌクレオ千ドにハイブ
リダイズシフ、かつ、(2)次いで種々の一本鎖標識オ
リゴヌクレオチドを、第2の種゛々のオリゴヌクレオチ
ド単位によってマルチマーにハイブリダイズする核酸ハ
イプリダイゼーシッン分析にある。
本発明のさらに他の一面は、 (a)HRV染色体の1
部分に相補的なヌクレオチド配列を有する第1の部分お
よび(b)核酸マルチマーのオリゴヌクレオチド単位に
相補的なヌクレオチド配列を有する第2の部分を含む肝
炎B型ウィルス(HRV)の液体相サンドイツ粁ハイブ
リダイゼーシ岬ン分析において増幅プローブとして有用
な合成オリゴヌクレオチドにある。
本発明のさらに他の一面は、 (a) )IRV染色体
の1部分に相補的なヌクレオチド配列を有する第1の部
分および(b)固相に結合するオリゴヌクレオチドに相
補的なヌクレオチド配列を有する第2の部分を含むHR
Vの液相サンドイツチハイブリダイゼーション分析にお
いて捕捉プローブとl、て有用な合成オリゴヌクレオチ
ドにある。
本発明のさらに他の一面は、 (a)N  ■並■ho
eaeピリンI)NAの1部分に相補的なヌクレオチド
配列を有する第1の部分および(b)核酸マルチマーの
オリゴヌクレオチド単位に相補的なヌクレオチド配列を
有する第2の部分を含むN、  onorrhoeae
−の液相サンドイツチハイプリダイゼーシ責ン分析にお
いて増幅プローブとして有用な合成オリゴヌクレオチド
にある。
本発明のさらに他の一面は、 (a)N、  釘mカニ
初旦凹−ピリンONへの1部分に相補的なヌクレオチド
配列を有する第1の部分および、(b)固相に結合する
オリゴヌクレオチドに相補的なヌクレオチド配列を有す
る第2の部分を含有するL 1狙り工初旦鮎−の液相サ
ンドイツチハイブリダイゼーシ四ン分析において捕捉プ
ローブとして有用な合成オリゴヌクレオチドにある。
本発明のさらに他の一面は、(a)第13図に示したN
、  onorrhoeae染色体クローンの1部分に
相補的なヌクレオチド配列を有する第1の部分および(
b)m酸マルチマーのオリゴヌクレオチド単位に相補的
なヌクレオチド配列を有する第2の部分を含む】−1す
orrh旦シ猥−の液相サンドイツチハイブリダイゼー
シラン分析において増幅プローブとして有用な合成オリ
ゴヌクレオチドにある。
本発明のさらに他の一面は、(a)第13図に示したN
Lonorrhoeae染色体クローンの1部分に相補
的なヌクレオチド配列を有する第1の部分およびΦ)固
相に結合するオリゴヌクレオチドに相補的なヌクレオチ
ド配列を有する第2の部分を含むLonorrhoe/
Ieの液相サンドイツチハイプリダイゼーシ)ン分析に
おいて捕捉プローブとして有用な合成オリゴヌクレオチ
ドにある。
本発明のさらに他の一面ハ、 N、  釘猥y工回旦凹
−ロNAを検出するための口N^プローブであり、該プ
ローブは第13図で示したNL ]晩但工馳旦ザー染色
体クローンのどちらかの鎖の全部あるいは一部に相補的
なヌクレオチド配列を有する。
本発明のさらに他の一面はベーターラクタマーゼ↑l’
!M−1遺伝子を有する7、3kbのN、ξ匹二軽弘り
科のプラスミドのサンドイッチハイブリダイゼーシヲン
分析において増幅プローブとして有用な合成オリゴヌク
レオチドにあり、該遺伝子は(a) 該プラスミドすた
は該遺伝子の1部分に相補的なヌクレオチド配列を有す
る第1の部分および(b)核酸マルチマーのオリゴヌク
レオチド単位に相補的なヌクレオチド配列を有する第2
の部分を含む。
本発明のさらに他の一面は、ベーターラクタマーゼTE
M−1遺伝子を有する?、 3kbのNL 幻狙五工初
μ猥−科のプラスミドのサンドイッチハイプリダイゼー
シ日ン分析において捕捉プローブとして有用な合成オリ
ゴヌクレオチドにあって、該遺伝子は(a) 11Fプ
ラスミドまたは該遺伝子の1部分に相補的なヌクレオチ
ド配列を有する第1の部分および(b)固相に結合する
オリゴヌクレオチドに相補的なヌクレオチド配列を有す
る第2の部分を含む。
本発明のさらに他の一面は、 (a)tetM遺伝子の
断片に相補的なヌクレオチド配列を有する第1の部分お
よび(b)固相に結合したオリゴヌクレオチドに相補的
なヌクレオチド配列を有する第2の部分を含む、テトラ
サイクリン耐性生物中のte LM遺伝子のサンドイッ
チハイブリダイゼーション分析において捕捉プローブと
して有用な合成オリゴヌクレオチドにある。
本発明のさらに他の一面は、 (a)tetM遺伝子の
断片に相補的なヌクレオチド配列を有する第1の部分お
よび、■)核酸マルチマーのオリゴヌクレオチド単位に
相補的なヌクレオチド配列を有する第2の部分を含むテ
トラサイクリン耐性生物中のte tM遺伝子のサンド
イッチハイブリダイゼーション分析において増幅プロー
ブとし、て有用な合成オリゴヌクレオチドである。
本発明のさらに他の一面は、 (a)Chlam+yd
ia pC旧、2プラスミドの1部分に相補的なヌクレ
オチド配列を有する第1の部分および(b)核酸マルチ
マーのオリゴヌクレオチド単位に相補的なヌクレオチド
配列を有する第2の部分を含むChlam dia t
rar、ho*atisの液相サンドイッチハイブリダ
イゼーション分析において増幅プローブとして有用な合
成オリゴヌクレオチドにある。
本発明のさらに他の一面は、 (a)Chlas+yd
ia pC旧、2プラスミドの1部分に相補的なヌクレ
オチド配列を有する第1の部分および(b)固相に結合
したオリゴヌクレオチドに相補的なヌクレオチド配列を
有する第2の部分を含有するChlas+ dia t
rachomatiSの液相サンドイッチハイブリダイ
ゼーション分析において捕捉プローブとして有用な合成
オリゴヌクレオチドにある。
本発明のさらに他の一面は、ハイブリダイゼーション条
件下で2分析物と(a) (i ) IIRV染色体の
1部分に相補的なヌクレオチド配列を有する第1の部分
および核酸マルチマーのオリゴヌクレオチド単位に相補
的なヌクレオチド配列を有する第2の部分を含む過剰量
の増幅プローブオリゴヌクレオチドならびに(ii )
 HRV染色体の1部分に相補的なヌクレオチド配列を
有する第1の部分および固相に結合したオリゴヌクレオ
チドに相補的なヌクレオチド配列を有する第2の部分を
含む過剰量の捕捉プローブオリゴヌクレオチドとを接触
させ;伽】ハイブリダイゼーション条件下で工程(a)
の生成物と固相に結合したオリゴヌクレオチドとを接触
させ、(c)次いで固相に結合していない物質を分離し
、、 (d)ハイブリダイゼーシぢン条件下で工程(c
)の液体相複合体生成物と(1)増幅プローブオリゴヌ
クレオチドの第2の部分に相補的な、少なくとも1つの
オリゴヌクレオチド単位および(ii)標識オリゴヌク
レオチドに相補的な第2の種々のオリゴヌクレオチド単
位を含む核酸マルチマーを接触させ、(e)結合してい
ないマルチマーを除去し;(f)ハイブリダイゼーショ
ン条件下で、(e)工程の固相複合体生成物とを接触さ
せ;(b)結合していない標識オリゴヌクレオチドを除
去し、カ)工程(縛の面相複合体生成物における標識物
の存在を検出することを包含する5分析物中のHRV 
I)NAを検出するための液相のサンドイッチINN^
ハイブリダイゼーションにある。
本発明のさらに他の一面は、ハイブリダイゼーション条
件下で分析物と(a) (i )第13図で示したN、
  nnorrhoeae))”ツムクローンの1部分
に相補的なヌクレオチド配列を有する第1の部分および
核酸マルチマーのオリゴヌクレオチド単位に相補的なヌ
クレオチド配列を有する第2の部分を含む過剰量の増幅
プローブオリゴヌクレオチドならびに(ii)第13図
で示したNエ onorrhoeaeゲノムクローンの
1部分に相補的なヌクレオチド配列を有する第1の部分
および固相に結合したオリゴヌクレオチドに相補的なヌ
クレオチド配列を有する第2の部分を含有する過剰量の
捕捉プローブオリゴヌクレオチドとを接触さ廿;(b)
ハイブリダイゼーション条件下で工程(a)の生成物と
固相に結合し7たオリゴヌクレオチドとを接触させ;(
c)次いで固相に結合していない物質を分離し、 ; 
(d)ハイブリダイゼーション条件下で工程(c)の固
相複合体生成物と。
(1)増幅プローブオリゴヌクレオチドの第2の部分に
相補的な少なくとも1つのオリゴヌクレオチド単位およ
び(ii )標識オリゴヌクレオチドに相補的な第2の
種々のオリゴヌクレオチド単位を含む核酸マルチマーと
を接触させ、(e)結合していないマルチマーを除去し
;(f)ハイブリダイゼーション条件下で工程(e)の
固相複合体生成物上標識オリゴヌクレオチドとを接触さ
せ;(b)結合していない標識オリゴヌクレオチドを除
去し; (h)工程(b)の固相複合体生成物における
標識物の存在を検出することを包含する分析物中のN、
  onorrhoeae I)NAを検出するための
液相サンドイツチロNAハイブリダイゼーションにある
本発明のさらに他の一面は、ハイブリダイゼーション条
件下で分析物と、第13図に示されるμ工onorrh
oeaeゲノムクローンのいずれかの一本鎖の全部又は
部分に相補的なDNAプローブとを接触させ、 rlN
AlN−ブを含む二本鎖の存在を検出することを包含す
る9分析物中のN、翻りμ伽■ae rlNAを検出す
るためのON^ハイブリダイゼーシ岬ン分析にある。
本発明のさらに他の一面は、ハイブリダイゼーション条
件下で分析物と(a) (i ) Chlassydi
a pC肛2プラスミドの1部分に相補的なヌクレオチ
ド配列を存する第1の部分および核酸マルチマーのオリ
ゴヌクレオチド単位に相補的なヌクレオチド配列を有す
る第2の部分を含む過剰量の増幅プローブオリゴヌクレ
オチドならびに(ii ) Chlamyd+a pC
旧、2プラスミドの1部分に相補的なヌクレオチド配列
を有する第1の部分および固相に結合したオリゴヌクレ
オチドに相補的なヌクレオチド配列を有する第2の部分
を含む過剰量の捕捉プローブオリ゛ゴヌクレオチドとを
接触させ、(b)ハイブリダイゼーション条件下で工程
(a)の生成物と固相に結合したオリゴヌクレオチドと
を接触さ一1!、(c)次いで固相に結合していない物
質を分離し、(d)ハイブリダイゼーション条件下で、
工程(c)の固相複合体生成物と(i)増幅プローブオ
リゴヌクレオチドの第2の部分に相補的な少なくとも1
つのオリゴヌクレオチド単位および(ii )標識オリ
ゴヌクレオチドに相補的な第2の種々のオリゴヌクレオ
チド単位を含む核酸マルチマーとを接触させ;(e)結
合していないマルチマーを除去し;(f)ハイブリダイ
ゼーション条件下で工程(e)の固相複合体生成物と標
識オリゴヌクレオチドとを接触させ;(b)結合り、て
いない標識オリゴヌクレオチドを除去り、 : (h)
工程(局の固相複合体生成物における標識物の存在を検
出することを包含する1分析物中のChlaa+ di
a trとchomatis DNAを検出する液相サ
ンドイッチDNAハイブリダイゼーシクンにある。
本発明のさらに他の一面は、(a)ハイブリダイゼーシ
ョン条件下で分析物と、(i)第1の核酸配列または第
2の核酸配列のうち一つに相補的な第1の部分および核
酸マルチマーのオリゴヌクレオチド単位に相補的な第2
の部分を含む過剰量の増幅プローブオリゴヌクレオチド
ならびに(ii )第1の核酸配列または第2の核酸配
列のうちの他の一方に相補的な第1の部分および固相に
結合したオリゴヌクレオチドに相補的な第2の部分を含
む過剰量の捕捉プローブオリゴヌクレオチドと接触させ
;(b)ハイブリダイゼーション条件下で工程(a)の
生成物と固相に結合したオリゴヌクレオチドとを接触さ
せ;(c)次いで、固相の結合していない物質を(d)
ハイブリダイゼーション条件下で工程(c)の固相複合
体生成物と、(i)増幅プローブオリゴヌクレオチドの
第2の部分に相補的な少なくとも1つのオリゴヌクレオ
チドおよび(ii )標識オリゴヌクレオチドに相補的
な第2の種々のオリゴヌクレオチド単位を含む核酸マル
チマーとを接触させ;(e)結合していないマルチマー
を除去し;(f)ハイブリダイゼーション条件下で工程
(e)の固相複合体生成物と、標識オリゴヌクレオチド
とを接触させ;(b)結合していない標識オリゴヌクレ
オチドを除去し、動)工程(b)の固相複合体生成物に
おける標識物の存在を検出することを包含する。核酸の
1部分および第1の核酸配列を含むが、第2の核酸配列
を含まない核酸の他の1部分を含む試料中に。
第2の核酸配列を含む核酸の前者の1部分の1部である
第1の核酸配列を検出するための液相サンドイッチl)
N^ハイブリダイゼーシゴンにある。
本発明のさらに他の一面は、(a)ハイブリダイゼーシ
ョン条件下で分析物と、  (i ) 7.3 k−の
N−onorrhoeaeプラスミドまたはベーターラ
クタマーゼ↑I!M−1’遺伝子の1部分に相補的なヌ
クレオチド配列を有する第1の部分および核酸マルチマ
ーのオリゴヌクレオチド単位に相補的なヌクレオチド配
列を持つ第2の部分を含む過剰量の増幅プローブオリゴ
ヌクレオチドならびに(ii)上記プラスミドオたは上
記遺伝子の1部分に相補的なヌクレオチド配列を有する
第1の部分および固相に結合するオリゴヌクレオチドに
相補的なヌクレオチド配列を有する第2の部分を含む過
剰量の捕捉プローブオリゴヌクレオチドとを接触させ;
(b)ハイブリダイゼーション条件下で工程(a)の生
成物と固相に結合したオリゴヌクレオチドとを接触させ
;(c)次いで固相に結合していない物質を分離し:(
d)ハイブリダイゼーション条件下で工程(c)の固相
複合体生成物と(i)増幅プローブオリゴヌクレオチド
の第2の部分に相補的な少なくとも1つのオリゴヌクレ
オチド単位および(ii)標識オリゴヌクレオチドに相
補的な第2の種々のオリゴヌクレオチド単位を含む核酸
マルチマーとを接触させ;(e)結合していないマルチ
マーを除去し;(f)ハイブリドーマ条件下で工程(e
)の固相複合体生成物と、標識オリゴヌクレオチドとを
接触させ;(2)結合していない標識オリゴヌクレオチ
ドを除去し;カ)工程(g)の固相複合体生成物におけ
る標識物の存在を検出することを包含する。
本発明のさらに他の1面は(a)ハイブリダイゼーショ
ン条件下で分析物とtetM遺伝子部分に相補的なヌク
レオチド配列を有する第1の部分および核酸マルチマー
のオリゴヌクレオチド単位に相補的なヌクレオチド配列
を有する第2の部分を含む過剰量の増幅プローブオリゴ
ヌクレオチドならびに(ii)上記te LM遺伝子の
他の部分に相補的なヌクレオチド配列を有する第1の部
分および固相に結合するオリゴヌクレオチドに相補的な
ヌクレオチド配列を有する第2の部分を含む過剰量の捕
捉プローブオリゴヌクレオチドとを接触させ;(b)ハ
イブリダイゼーション条件下で工程(a)の生成物と。
固相に結合するオリゴヌクレオチドとを接触させ;(c
)次いで固相に結合していない物質を分離り、 i (
d)ハイブリダイゼーション条件下で工程(c)の固相
複合体生成物と、(i)増幅プローブオリゴヌクレオ千
ドの第2の部分に相補的な少なくとも1つのオリゴヌク
レオチド単位および(ii)標識オリゴヌクレオチドに
相補的な第2の種々のオリゴヌクレオチド単位を含む核
酸マルチマーとを接触させ;(e)結合していないマル
チマーを除去し;(f)ハイブリダイゼーション条件下
で工程(e)の固相複合体生成物と、標識オリゴヌクレ
オチドとを接触させ;(8)結合していない標識オリゴ
ヌクレオチドを除去し;(h)工程(樽の固相複合体生
成物における標識物の存在を検出するような分析物中の
テトラサイクリン耐性生物のON八を含有し、ていると
推測されるLe LM遺伝子を検出するための液相サン
ドイッチDNAハイプリダイゼーシゴンである。
(以下余白) 本発明の核酸マルチマーは、(a)目的の第1の一本鎖
核酸配列と特異的に結合し得る少なくとも1つの第1の
一重鎖オリゴヌクレオチド単位と、串)目的の第2の一
本鎖核酸配列と特異的に結合し得る多数の第2の一重鎖
オリゴヌクレオチド単位と。
を含有する。
本発明の核酸ハイブリダイゼーション分析法は以下の工
程を包含する:(a)特許請求の範囲第9項に記載のマ
ルチマーを、固相に結合した一本鎖核酸分析物と、ある
いは該分析物に結合した一重鎖オリゴヌクレオチドと、
第1のオリゴヌクレオチド単位を介してハイブリダイズ
させる工程;(b)結合していないマルチマーを除去す
る工程;(c)標識された一重鎖オリゴヌクレオチドを
、第2のオリゴヌクレオチド単位を介して、該マルチマ
ーとハイブリダイズさせる工程;(d)結合していない
標識されたオリゴヌクレオチドを除去する工程;および
(e)該マルチマーに結合した標識の存在を検出する工
程。
第2の核酸配列を含む核酸セグメントと、第1の核酸配
列を含むが、該第2の核酸配列は含まない別の核酸セグ
メントとを含有する試料中の、該第2の核酸配列を含む
該核酸セグメントの一部である該第1の核酸配列を検出
するための本発明の溶液サンドイッチ核酸ハイブリダイ
ゼーション分析法は以下の工程を包含する:(a)分析
物を、ハイブリダイゼーション条件下で、(i)該第1
の核酸配列または該第2の核酸配列の一方に相補的な第
1のセグメントと、核酸マルチマーのオリゴヌクレオチ
ド単位に相補的な第2のセグメントとを含有する増幅プ
ローブオリゴヌクレオチド、および(ii )該第1の
核酸配列または該第2の核酸配列の他方に相補的な第1
のセグメントと、固相に結合したオリゴヌクレオチドに
相補的な第2のセグメントとを含有する捕捉プローブオ
リゴヌクレオチドの過剰量と接触させる工程:(b)ハ
イブリダイゼーション条件下で、工程(a)の産物を、
該固相に結合した該オリゴヌクレオチドと接触させる工
程;(c)その後、該固相に結合していない物質を分離
する工程;(d)ハイブリダイゼーション条件下で。
工程(c)の固相複合体産物を、(i)該増幅プローブ
オリゴヌクレオチドの該第2のセグメントに相補的な少
なくとも1つのオリゴヌクレオチド単位および(ii 
)標識されたオリゴヌクレオチドに相補的な多数の第2
のオリゴヌクレオチド単位を有する該核酸マルチマーと
接触させる工程;(e)結合していないマルチマーを除
去する工程;(f)ハイブリダイゼーション条件下で、
工程(e)の固相複合体産物を、該標識されたオリゴヌ
クレオチドと接触させる工程;(6)結合していない標
識されたオリゴヌクレオチドを除去する工程;および(
h)工程の固相複合体産物中における標識の存在を検出
する工程。
免疫化学的な分析物に対する本発明の免疫分析法は以下
の工程を包含する:(a)該分析物にリガンドを、特異
的に、かつ直接的にまたは間接的に結合させる工程であ
って、該リガンドが特許請求の範囲第1項に記載のマル
チマーの第1のオリゴヌクレオチド単位に相補的な一本
鎖オリゴヌクレオチドを有する。工程;Φ)結合してい
ないリガンドを除去する工程;(c)特許請求の範囲第
1項記載のマルチマーを8亥リガンドにハイブリダイズ
させる工程;(d)標識されたオリゴヌクレオチドを、
結合したマルチマーの第2のオリゴヌクレオチド単位に
ハイブリダイズさせる工程;(e)結合していない標識
されたオリゴヌクレオチドを除去する工程;および(f
)該結合したマルチマーに結合した標識の存在を検出す
る工程。
B型肝炎ウィルス(HBV) DNAのサンドイッチハ
イブリダイゼーション分析法における増幅プローブとし
て有用な本発明の合成オリゴヌクレオチドは。
(a)該HBVゲノムの保存領域のセグメントに相補的
なヌクレオチド配列を有する第1のセグメントと。
(b)核酸マルチマーのオリゴヌクレオチド単位に相補
的なヌクレオチド配列を有する第2のセグメントと、を
含有する合成ヌクレオチド。
B型肝炎ウィルス(HBV) DNAのサンドイッチハ
イブリダイゼーション分析法における捕捉プローブとし
て有用な本発明の合成オリゴヌクレオチドは。
(a)該HBVゲノムの保存領域のセグメントに相補的
なヌクレオチド配列を有する第1のセグメントと。
(b)固相に結合したオリゴヌクレオチドに相補的なヌ
クレオチド配列を有する第2のセグメントと。
を含有する。
L 翻μtrrhoeμしのサンドイッチハイブリダイ
ゼーション分析法における増幅プローブとして有用な本
発明の合成オリゴヌクレオチドは(a)N、  1no
rrhoeaeのビリン口NAのセグメントに相補的な
ヌクレオチド配列を有する第1のセグメントと。
(b)核酸マルチマーのオリゴヌクレオチド単位に相補
的なヌクレオチド配列を有する第2のセグメントと、を
含有する。
N、  onorrhoeaeのサンドイッチハイブリ
ダイゼーション分析法における捕捉プローブとして有用
な本発明の合成オリゴヌクレオチドは、 (a)N。
onorrhoeaeのピリンDNAのセグメントに相
補的なヌクレオチド配列を有する第1のセグメントと。
Cb)固相に結合したオリゴヌクレオチドに相補的なヌ
クレオチド配列を有する第2のセグメントと。
を含有する。
N、  onorrhoeaeの溶液相サンドイッチハ
イブリダイゼーション分析法における増幅プローブとし
て有用な本発明の合成オリゴヌクレオチドは。
(a)第13図に示されるL ]胆五工勧旦胡−のゲノ
ムクローンのセグメントに相補的なヌクレオチド配列を
有する第1のセグメントと、(b)核酸マルチマーのオ
リゴヌクレオチド単位に相補的なヌクレオチド配列を有
する第2のセグメントと、を含有する。
L 釘頃五工初旦凹−の溶液相サンドイッチハイブリダ
イゼーション分析法における捕捉プローブとして有用な
本発明の合成オリゴヌクレオチドは。
(a) 第13図に示されるL 釘徂幻工I旦胡−のゲ
ノムクローンのセグメントに相補的なヌクレオチド配列
を有する第1のセグメントと、(b)固相に結合したオ
リゴヌクレオチドに相補的なヌクレオチド配列を有する
第2のセグメントと、を含有する。
β−ラクタマーゼTf!M−1遺伝子を有するN、紐赳
rrhoeaeの7.3 kbプラスミドまたは該遺伝
子のサンドイッチハイブリダイゼーション分析法におけ
る増幅プローブとして有用な本発明の合成オリゴヌクレ
オチドであっは、(a)該プラスミドまたは該遺伝子の
セグメントに相補的なヌクレオチド配列を有する第1の
セグメントと、@核酸マルチマーのオリゴヌクレオチド
単位に相補的なヌクレオチド配列を有する第2のセグメ
ントと、を含有する。
β−ラクタマーゼTEM−1遺伝子を有するL uno
rrhoeae科の7.3 kbプラスミドまたは該遺
伝子のサンドイッチハイブリダイゼーション分析法にお
ける捕捉プローブとして有用な本発明の合成オリゴヌク
レオチドは、(a)該プラスミドまたは該遺伝子のセグ
メントに相補的なヌクレオチド配列を有する第1のセグ
メントと、Φ)固相に結合したオリゴヌクレオチドに相
補的なヌクレオチド配列を有する第2のセグメントと、
を含有する。
テトラサイクリン耐性生物におけるte tM遺伝子の
サンドイッチハイブリダイゼーション分析法における捕
捉プローブとして有用な本発明の合成オリゴヌクレオチ
ドは、(a)該te tM遺伝子のセグメントに相補的
なヌクレオチド配列を有する第1のセグメントと、(b
)固相に結合したオリゴヌクレオチド単位に相補的なヌ
クレオチド配列を有する第2のセグメントと、を含有す
る。
テトラサイクリン耐性生物におけるtetM遺伝子のサ
ンドイッチハイブリダイゼーション分析法における増幅
プローブとして有用な本発明の合成オリゴヌクレオチド
は、(a)該te LM遺伝子のセグメントに相補的な
ヌクレオチド配列を有する第1のセグメントと、(b)
核酸マルチマーのオリゴヌクレオチド単位に相補的なヌ
クレオチド配列を有する第2のセグメントと、を含有す
る。
助力り対ロエ trachomatisのサンドイッチ
ハイブリダイゼーション分析法における増幅プローブと
して有用な本発明の合成オリゴヌクレオチドでは、(a
)該舅1μす垂b−trachomatisのpC肛2
プラスミドのセグメントに相補的なヌクレオチド配列を
有する第1のセグメントと、(b)核酸マルチマーのオ
リゴヌクレオチド単位に相補的なヌクレオチド配列を有
する第2のセグメントと、を含有する。
助1埼がjエ trachomatisのサンドイッチ
ハイブリダイゼーション分析法における捕捉プローブと
して有用な本発明の合成オリゴヌクレオチドは。
(a)該勇1μす貞ワ−trachomatisのpC
)lL2プラスミドのセグメントに相補的なヌクレオチ
ド配列を有する第1のセグメントと、(b)固相に結合
したオリゴヌクレオチドに相補的なヌクレオチド配列を
有する第2のセグメントと、を含有する合成ヌクレオチ
ド。
N、  54通匹工肋旦胡−のDNAを検出するための
本発明のDNAプローブは、第13図に示される該N、
  B3norrhoeaeのゲノムクローンのいずれ
かの鎖の全体または一部に相補的なヌクレオチド配列を
有する。 DNAプローブ。
分析物中におけるN、  数朋μ伽狙aeのピリンDN
Aを検出するための本発明の溶液サンドインチDNAハ
イブリダイゼーション分析法は、以下の工程を包含する
:(a)該分析物を、ハイブリダイゼーション条件下で
、  (i ) N、  onorrhoeaeのビリ
ンDNAのセグメントに相補的なヌクレオチド配列を有
する第1のセグメントと、核酸マルチマーのオリゴヌク
レオチド単位に相補的なヌクレオチド配列を有する第2
のセグメントとを含有する増幅プローブオリゴヌクレオ
チド、および(ii)N、  ■餞rrhoeaeのピ
リン口N^のセグメントに相補的なヌクレオチド配列を
有する第1のセグメントと、固相に結合したオリゴヌク
レオチドに相補的なヌクレオチド配列を有する第2のセ
グメントとを含有する捕捉プローブオリゴヌクレオチド
の過剰量と接触させる工程;(b)ハイブリダイゼーシ
ョン条件下で、工程(a)の産物を、該固相に結合した
該オリゴヌクレオチドと接触させる工程;(c)その後
、該固相に結合しない物質を分離する工程;(d)ハイ
ブリダイゼーション条件下で、工程(c)の固相複合体
産物を、(i)該増幅プローブオリゴヌクレオチドの該
第2のセグメントに相補的な少なくとも1つのオリゴヌ
クレオチド単位、および(ii)標識されたオリゴヌク
レオチドに相補的な多数の第2のオリゴヌクレオチド単
位を含有する該核酸マルチマーと接触させる工程;(e
)結合していないマルチマーを除去する工程;(f)ハ
イブリダイゼーション条件下で、工程(e)の固相複合
体産物を、該標識されたオリゴヌクレオチドと接触させ
る工程;(6)結合していない標識されたオリゴヌクレ
オチドを除去する工程;および(ハ)工程(6)の固相
複合体産物中における標識の存在を検出する工程。
分析物中におけるN、  Bμzrrhoe封のピリン
DNAを検出するための本発明の溶液サンドイッチDN
Aハイブリダイゼーション分析法は、以下の工程を包含
する:(a)該分析物を、ハイブリダイゼーション条件
下で、(i)第13図に示されるN、  討匹■hoe
aeのゲノムクローンのセグメントに相補的なヌクレオ
チド配列を有する第1のセグメントと。
核酸マルチマーのオリゴヌクレオチド単位に相補的なヌ
クレオチド配列を有する第2のセグメントとを含有する
増幅プローブオリゴヌクレオチド。
および(ii )第13図に示されるN、  onor
rhoeaeのゲノムクローンのセグメントに相補的な
ヌクレオチド配列を有する第1のセグメントと、固相に
結合したオリゴヌクレオチドに相補的なヌクレオチド配
列を有する第2のセグメントとを含有する捕捉プローブ
オリゴヌクレオチドの過剰量と接触させる工程;(b)
ハイブリダイゼーション条件下で。
工程(a)の産物を、該固相に結合した該オリゴヌクレ
オチドと接触させる工程;(c)その後、該固相に結合
しない物質を分離する工程;(d)ハイブリダイゼーシ
ョン条件下で、工程(c)の固相複合体産物を。
(i)該増幅プローブオリゴヌクレオチドの該第2のセ
グメントに相補的な少なくとも1つのオリゴヌクレオチ
ド単位、および(ii )標識されたオリゴヌクレオチ
ドに相補的な多数の第2のオリゴヌクレオチド単位を含
有する該核酸マルチマーと接触させる工程;(e)結合
していないマルチマーを除去する工程;(f)ハイブリ
ダイゼーション条件下で、工程(e)の固相複合体産物
を、該標識されたオリゴヌクレオチドと接触させる工程
;(b)結合していない標識されたオリゴヌクレオチド
を除去する工程;および(ハ)工程(9)の固相複合体
産物中における標識の存在を検出する工程。
分析物中におけるβ−ラクタマーゼTll!M−1遺伝
子を有するL ]狙狸工崩旦リす科の7.3kbプラス
ミドまたは該遺伝子を検出するための本発明の溶液サン
ドイッチDNAハイブリダイゼーション分析法は、以下
の工程を包含する=(a)該分析物を、ハイブリダイゼ
ーション条件下で、(i)該プラスミドまたは該遺伝子
のセグメントに相補的なヌクレオチド配列を有する第1
のセグメントと、核酸マルチマーのオリゴヌクレオチド
単位に相補的なヌクレオチド配列を有する第2のセグメ
ントとを含有する増幅プローブオリゴヌクレオチド、お
よび(ii)該プラスミドまたは該遺伝子の別のセグメ
ントに相補的なヌクレオチド配列を有する第1のセグメ
ントと、固相に結合したオリゴヌクレオチドに相補的な
ヌクレオチド配列を有する第2のセグメントとを含有す
る捕捉プローブオリゴヌクレオチドの過剰量と接触させ
る工程;(b)ハイブリダイゼーション条件下で、工程
(a)の産物を、該固相に結合した該オリゴヌクレオチ
ドと接触させる工程;(c)その後、該固相に結合しな
い物質を分離する工程;(d)ハイブリダイゼーション
条件下で、工程(c)の固相複合体産物を、(i)該増
幅プローブオリゴヌクレオチドの該第2のセグメントに
相補的な少なくとも1つのオリゴヌクレオチド単位。
および(ii)標識されたオリゴヌクレオチドに相補的
な多数の第2のオリゴヌクレオチド単位を含有する該核
酸マルチマーと接触させる工程;(e)結合していない
マルチマーを除去する工程;(f)ハイブリダイゼーシ
ョン条件下で、工程(e)の固相複合体産物を、該□標
識されたオリゴヌクレオチドと接触させる工程;(2)
結合していない標識されたオリゴヌクレオチドを除去す
る工程;および(b)工程(2)の固相複合体産物中に
おける標識の存在を検出する工程。
分析物中におけるB型肝炎ウィルス(IIBV)のDN
Aを検出するための本発明溶液サンドインチDNAハイ
ブリダイイーシッフ分析法は、以下の工程を包含する:
(a)該分析物を、ハイブリダイゼーション条件下で、
(1)該HBVゲノムの保存領域のセグメントに相補的
なヌクレオチド配列を有する第1のセグメントと、核酸
マルチマーのオリゴヌクレオチド単位に相補的なヌクレ
オチド配列を有する第2のセグメントとを含有する増幅
プローブオリゴヌクレオチド、および(ii ) JI
IBVゲノムの保存領域の別のセグメントに相補的なヌ
クレオチド配列を有する第1のセグメントと、固相に結
合したオリゴヌクレオチドに相補的なヌクレオチド配列
を有する第2のセグメントとを含有する捕捉プローブオ
リゴヌクレオチドの過剰量と接触させる工程;(b)ハ
イブリダイゼーション条件下で、工程(a)の産物を、
該固相に結合した該オリゴヌクレオチドと接触させる工
程;(c)その後、該固相に結合しない物質を分離する
工程;(d)ハイブリダイゼーション条件下で、工程(
c)の固相複合体産物を、(該増幅プローブオリゴヌク
レオチドの該第2のセグメントに相補的な少なくとも1
つのオリゴヌクレオチド単位、および(ii)標識され
たオリゴヌクレオチドに相補的な多数の第2のオリゴヌ
クレオチド単位を含有する該核酸マルチマーと接触させ
る工程;(e)結合していないマルチマーを除去する工
程;(f)ハイブリダイゼーション条件下で、工程(e
)の固相複合体産物を、該標識されたオリゴヌクレオチ
ドと接触させる工程;(2)結合していないi) 標識されたオリゴヌクレオチドを除去する工程;および
(ハ)工程(2)の固相複合体産物中における標識の存
在を検出する工程。
分析物中におけるハ圏肛虹虹 trachomatis
のDNAを検出するための本発明溶液サンドインチDN
Aハイブリダイイーシッフ分析法は、以下の工程を包含
する: (a)該分析物を、ハイブリダイゼーション条
件下で、  (i ) 以ulす亘袖−trachom
atisのpCHL2プラスミドのセグメントに相補的
なヌクレオチド配列を有する第1のセグメントと、核酸
マルチマーのオリゴヌクレオチド単位に相補的なヌクレ
オチド配列を有する第2のセグメントとを含有する増幅
プローブオリゴヌクレオチド、および(ii ) Ch
la−a+ d+atrachomatisのpcll
L2プラスミドの別のセグメントに相補的なヌクレオチ
ド配列を有する第1のセグメントと、固相に結合したオ
リゴヌクレオチドに相補的なヌクレオチド配列を含有す
る第2のセグメントとを有する捕捉プローブオリゴヌク
レオチドの過剰量と接触させる工程;(b)ハイブリダ
イゼーション条件下で、工程(a)の産物を、該固相に
結合した該オリゴヌクレオチドと接触させる工程;(c
)その後、該固相に結合しない物質を分離する工程;(
4ハイブリダイゼ一シヨン条件下で、工程(c)の固相
複合体産物を、(i)該増幅プローブオリゴヌクレオチ
ドの該第2のセグメントに相補的な少なくとも1つのオ
リゴヌクレオチド単位、および(ii)標識されたオリ
ゴヌクレオチドに相補的な多数の第2のオリゴヌクレオ
チド単位を含有する該核酸マルチマーと接触させる工程
;(e)結合していないマルチマーを除去する工程;(
f)ハイブリダイゼーション条件下で、工程(e)の固
相複合体産物を、該標識されたオリゴヌクレオチドと接
触させる工程;(g)結合していない標識されたオリゴ
ヌクレオチドを除去する工程;および(b)工程(g)
の固相複合体産物中における標識の存在を検出する工程
テトラサイクリン耐性生物のDNAを含むと思われるt
e tM遺伝子DNAを検出するための本発明の溶液サ
ンドイッチ[)N^ハイブリダイゼーション分析法は、
以下の工程を包含する=(a)該分析物を、ハイブリダ
イゼーション条件下で、(i)該te tM遺伝子のセ
グメントに相補的なヌクレオチド配列を有する第1のセ
グメントと、核酸マルチマーのオリゴヌクレオチド単位
に相補的なヌクレオチド配列を有する第2のセグメント
とを含有する増幅プローブオリゴヌクレオチド、および
(ii)該te tM遺伝子の別のセグメントに相補的
なヌクレオチド配列を有する第1のセグメントと、固相
に結合したオリゴヌクレオチドに相補的なヌクレオチド
配列を有する第2のセグメントとを含有する捕捉プロー
ブオリゴヌクレオチドの過剰量と接触させる工程;(b
)ハイブリダイゼーション条件下で、工程(a)の産物
を、該固相に結合した該オリゴヌクレオチドと接触させ
る工程;(c)その後、該固相に結合しない物質を分離
する工程;(d)ハイブリダイゼーション条件下で、工
程(c)の固相複合体産物を、(i ) 該増幅プロー
ブオリゴヌクレオチドの該第2のセグメントに相補的な
少なくとも1つのオリゴヌクレオチド単位、および(i
i )標識されたオリゴヌクレオチドに相補的な多数の
第2のオリゴヌクレオチド単位を含有する該核酸マルチ
マーと接触させる工程;(e)結合していないマルチマ
ーを除去する工程;(f)ハイブリダイゼーション条件
下で。
工程(e)の固相複合体産物を、該標識されたオリゴヌ
クレオチドと接触させる工程;(2)結合していない標
識されたオリゴヌクレオチドを除去する工程;およびQ
l)工程(6)の固相複合体産物中における標識の存在
を検出する工程。
分析物中におけるN、  (vμ工ho且リすのDNA
を検出するための本発明のDNAハイブリダイゼーショ
ン分析法は、該分析物を、ハイブリダイゼーション条件
下で、第13図に示されるN、  1狙μ工ho旦凹−
のゲノムクローンのいずれかの鎖の全体または一部に相
補的なりNAプローブと接触させる工程と。
該DNAプローブを含む二本鎖の存在を検出する工程と
、を包含する。
CPA1″東白) ■    る、−めの 本発明の核酸マルチマーは同一の一重鎖オリゴヌクレオ
チド単位または異なる一重鎖オリゴヌクレオチド単位の
繰り返しからなる直鎖状のまたは分状のポリマーである
。少なくとも該単位のうちの1つは、対象となる第1の
一重鎖ヌクレオチド配列、典型的には分析物または分析
物に結合U7たオリゴヌクレオチドに特異的に結合しう
るような配列、長さ、および組成を有する。そのような
特異性と安定性を得るために、この単位は9通常。
長さ15〜30ヌクレオチドであり、 GC含量は40
〜60χである。このような単位の他に、このマルチマ
ーは対象となる第2の一重鎖ヌクレオチド、典型的には
標識されたオリゴヌクレオチドまたは他のマルチマーと
特異的かつ安定にハイブリダイゼーションしうる1種々
の単位を含む、これらの単位も通常長さ15〜30ヌク
レオチドであり、 GCC含量40〜60χである。あ
るマルチマーを他のマルチマーとハイブリダイゼーショ
ンさせることを意図する時、第1および第2のオリゴヌ
クレオチド単位は、異種のものである。(異なるもので
ある)。
マルチマー中のオリゴヌクレオチド単位の合計数は、一
般的に3〜50であり、さらに一般的に10〜20であ
る。
対象となるヌクレオチド配列にハイブリダイゼーション
する単位が標識したオリゴヌクレオチドにハイブリダイ
ゼーションする単位とは異なるマルチマー中で、後者の
単位の前者の単位に対する比は一般的に2:1ないし3
0:1.さらに一般的には5:1ないし20:1であっ
て、好ましくは10:1ないし15:1である。
マルチマーのオリゴヌクレオチド単位は、 RNA。
rlNA修飾された核酸またはそれらの組合せより構築
されうるちのである。
マルチマーのオリゴヌクレオチド単位は、ホスホジエス
テル結合を通してまたは、核酸、アミノ酸、炭化水素ま
たはポリオール架橋等の挿入剤を通して、または核酸あ
るいは修飾した核酸鎖を架橋することのできる他の架橋
剤を通して、相互に直接共有的に結合しうる。結合の部
位は単位の末端(通常の3°−5′方向でまたはランダ
ムな方向で)および/または1つ以上の鎖中の内部ヌク
レオチドである。直鎖状のマルチマー中で8個々の単位
は、末端どうしで連結し、直鎖状のポリマーを形成して
いる。分肢マルチマーの一形態では3つ以上のオリゴヌ
クレオチド単位が起点から広がり2分肢構造を形成して
いる。起点は、少なくとも3つの単位が共有的に結合し
うる。他のオリゴヌクレオチド単位または多機能分子で
ありうる。
他の形態では、1個以上のペンダントオリゴヌクレオチ
ド単位を有するオリゴヌクレオチド単位の骨格がある。
これらの後者の形態のマルチマーは構造的に「フォーク
状」または「<シ状」またはフす−クとくしの両方を組
み合わせたような形状である。ペンダント単位は通常、
オリゴヌクレオチドが複合化するかまたは結合しうる適
当な官能基をもつ修飾された核酸または他の有機部分に
通常由来する。マルチマーは、全体的に直鎖状か。
全体的に分肢しているかまたは直鎖状部分と分肢した部
分の組み合わせでありうる。好ましくは。
マルチマーの中には少なくとも2つの分肢点があり、さ
らに好ましくは、少なくとも3つ、好ましくは5〜10
個ある。マルチマーは、1つ以上の二本鎖配列の断片を
含みうる。
ヱ及±ヱニ立会底 マルチマーは、 (もし直鎖状ならば)クローニングま
たは酵素的構築、または化学的な架橋法。
または直接的な化学合成または、それらの組み合わせに
よって、調製しうる。クローニングによって調製した直
鎖状のマルチマーの場合、完全なマルチマーまたは、そ
の断片をコードU7ている核酸配列は、従来のクローニ
ングの手法により、−末鎖または二本鎖の形状につ(ら
れうる。二本鎖の形状につくられた時は、マルチマー/
断片は結局変性され・て、−末鎖マルチマー/断片を提
供する。
マルチマーは1M13のような従来の一本鎖ファージベ
クター有用いて一本鎖の形状でクローン化されうる。断
片は、酵素的にまたは化学的に連結されてマルチマーを
形成しうる。酵素的に構築された時1個々の単位は場合
によって、 T4 DNAtたはRNA リガーゼのよ
うな連結酵素で連結される。化学的な架橋により、調製
されたとき個々の単位は。
連結部位を提供する官能基を持つように誘導されるか、
またはオリゴヌクレオチドを合成した後に連結部位を提
供するように誘導された。1個以上の核酸有用いて合成
しうる。科学的架橋の好ましい手法は、ここでは文献に
よって援用される1986年12月230に出願された
9本出願人により係属出願中の米国特許出願第945.
876号に記載されているようにN4のところを修飾し
7たシトシン塩基をヌクレオチドに組み込むことである
直接的な化学合成で調製された時は、誘導された核酸、
または官能基が封鎖されている同等の多機能分子を含む
オリゴヌクレオチドは、従来のオリゴヌクレオチド合成
法により1作られる。官能基の封鎖を外1.て、オリゴ
ヌクレオチド単位を。
保護をはずした部位より合成する。
マルチマーの分肢点を作り出すのに用いられる分子の遺
伝子構造は以下のとおりである。
ここでPは有機部分、好ましくは核酸であり R1は固
相より合成核酸を除去せず、かつ環外窒素またはリン酸
保護基をとり除かない状況下で除去されうる水酸基の保
護基であり、Xは、保護されたホスホラミダイトまたは
ホスホネイトまたはリン酸基のような、核酸合成を容易
にする含リン基であり、Vはアミノ、水酸、スルヒドリ
ルまたは保護されたリン酸のような求核基由来の基であ
り。
RtはR1または「に影響を与えることなく除去され。
水素と置換されうる封鎖基または保護基である。
2つに分岐し7たまたは“フォーク状′°の分肢を作り
出すために用いられる分子中では R”とR2は同じも
のであるが、他方“くし状”の分肢を作りだすのに用い
られる分子中ではH2は R1の除保護化試薬の存在下
で安定な封鎖基である。第3図では。
“くし状”の分肢または“フォーク状°°の分肢または
それらの組み合わせを有するマルチマーを合成するのに
用いられる手法を図式的に説明するものである。
第3図の部分Aは、自動ホスホアミダイト法(Warn
erら」旦(1984)3 :4(h)のような直鎖状
オヌクレオチドを調製するための、従来のオリゴヌクレ
オチド合成法を図示するものである。黒のブロックは面
支持体を表し7ており、Nは適当な保護基を有する従来
のヌクレオチド誘導体である。ヌクレオチドおよびP−
N−oRl (R’は下記P、と同等である)を表して
いる。
部分Rは、<シ状のマルチマーを作るための手法を示し
ている。下記化合物 P−N−OR。
R。
所望の大きさと配列のオリゴマー単位は1合成され支持
体上に残される。
1つ以上のN4を修飾したシトシン塩基は、その際上記
の自動化手法によって鎖中へ組み込まれる。
好まり、 <は修飾された塩基は以下の構造式を存する
は、以下の式(2)の修飾された塩基を表している。
ここで、Zは−0−1と−NH−,と−S−、と、po
、=と。
−QC−0−,のような求核試薬であり R1は一般に
塩基安定性かつ酸感受性のジメトキシトリチル(nMT
)またはピキシルのような封鎖基または保護基であり 
ptは5水素またはメチルで R3はのようなR1に影
響を与えることなく除去され水素と置換されうる封鎖基
または保護基であり R5は。
化学合成(例えば、ホスホジエステル、ホスホトリエス
テル等)の間オリゴヌクレオチド鎖の5′の位置に核酸
を付加しうるホスホラミダイトまたは他のリン誘導体で
あり R6はメチルか水素、■。
RrgたはFであり、Xは、1〜8の整数である。
1個以上の修飾された塩基が組みこまれると、好まり、
 <は鎖中で中間塩基が間に置かれ、最も好ましくは、
 −TT−ダイマーが間に置かれる。添加しまたオリゴ
ヌクレオチド単位は骨格に組み込すれ。
その後添加した修飾された塩基等も骨格に組み込まれる
N4−求核基は、その後脱保護化され(R3が除去され
る)添加したオリゴヌクレオチド単位は。
そこから自動化手法によりつくられる。鎖の末端の残っ
たR1基を除去し9分肢した「<シ状」のマルチマーは
支持体より開裂される。
第3図のC部分は、“フォーク状゛′のマルチマーを作
るための一喰的な手法を図示するものであCH30−C
)t2−CH2−0−CH2−。
る。所望の大きさと配列のオリゴマー単位を、再度従来
技術により合成して、支持体上に残す。封鎖したホスホ
アミダイトのような、封鎖した二作用を有する含リン官
能基(c部分ではxpと表す)次いで自動化手法で鎖中
組みこむ、好ましい二作用を有する含リン官能基は次の
封鎖したホスホアミダイトである。
ここでRは上記水酸保護基、 iPrはイソプロピル。
R1はメチルまたはベーターシアノエチルである。
最も好市しいPはl)M↑で「はベーターシアノエチル
である。
また、 R1=R2(例えばrlMT ) テあるN4
が修飾されたシトシン塩基有用いうる。
次いで2つの保護基を除去し7.添加したオリゴヌクレ
オチド単位がその部分より、自動化手法により作り出さ
れる。残ったR1基を除去し7.2またに分かれたマル
チマーを支持体より開裂する。
n部分と6部分は2つ以上に分肢したマルチマーまたは
「クシ状」のマルチマーはそれらの組み合わせが、酵素
的または化学的にスプライシングL7て作られる手法を
図示している。一般に2また状および/または「<シ状
」のマルチマーは上記のように調製され支持体から除去
される。次いで。
上記の酵素的すたは化学的な、結合手法有用いて。
溶液中で結合する。
F部分は、複合「<シ状」マルチマーを合成するための
手法を示している。この手法は、8部分で示した手法の
改変であり、独立した側鎖中への修飾された塩基の組み
込みとそこから2次オリゴヌクレオチド側鎖をつくり出
すことを包含している。
マルチマーの構造を分析するために、また所定の断片(
標識されたオリゴヌクレオチドに結合し7ているマルチ
マーの部分のような)を放出するための手段として、適
当な開裂しうるリンカ−分子を所定の部位でマルチマー
に組み込むことができる。マルチマーの合成および精製
に続いて、マルチマーのヌクレオチド構造の付加的な分
解がない状態でこれらのリンカ−を特異的に開裂するこ
とができる。リンカ−分子の好まし、い形態は、標準ホ
スホアミダイト化学的プロトコルによってリンカ−がい
かなるDNA断片にも組み込まれるよう。
1.2−ジオール基(過ヨウ素酸で選択的に切断されう
る)および保護された水酸基または、ホスホアミダイト
誘導体の水酸基(過ヨウ素酸で選択的に切断しうる)1
.2−ジオール基を含むようにされた。このようなリン
カ−の好ましい実施態様は以下に示す化合物である。
ここにおいてnMTおよびiPrは先に定義した通りで
ある。DNA断片への取こみ、および完全な脱保護化後
は、リンカ−を含む断片は以下に示すような構造をもつ
(以下余白) ここにおいてrlNA IおよびDNAtは、同一かま
たは異なっているDNAの副断片を表している。この断
片と過ヨウ素酸ナトリウムとの反応により断片は開裂さ
れ、以下に示す断片となる。
(以下余白) あるいは、1.2−ジオール基は、ヒドロキシルアミン
感受性結合または塩基感受性スルホン結合、またはチオ
ール感受性のジスフィト結合を含むリンカ−基と置換さ
れうる。このようなリンカ−基は、他の物にタンパク質
を結合させるのに用いられる。従来の交差連結試薬由来
のものでありうる。同様にf)M↑基以外保護基も使用
しうる。
(以下余白) ハイ 暑 イゼーシ ン 核酸パイプリダイゼーション分析において1本発明のマ
ルチマーは1分析物である核酸または。
該分析物に結合する一本鎖オリゴヌクレオチドに結合す
る。このマルチマーは、標識したオリゴヌクレオチドと
結合させるために利用し得る比較的多量のオリゴヌクレ
オチド単位を含有するので。
従来の方法に比較するとより多くの標識を有するより多
くの基が、その分析物に結合し得る。標識した基の多く
は1分析物を検出し得る闇値が減少し、ある場合におい
ては、サブアトモル(10−”モル)のレベルにまで減
少する。
マルチマーは、既知の核酸ハイブリダイゼーションの型
のどのようなものにでも実質的に使用され得る。例えば
1分析物が固相に直接的に結合する方法、または、サン
ドイッチハイブリダイゼーション法(分析物がオリゴヌ
クレオチドに結合し。
次に、それが固相に結合する)が用いられ得る。
特に、 1985年12月11日に出願された係属中の
特許出願筒807.624号に開示された溶液相のザン
ドイッチハイブリダイゼーシせン分析法が有用である。
溶液相サンドイッチハイブリダイゼーション法析におけ
る捕捉工程では、増感方法が次のように用いられる0分
析物である一本鎖核酸を、過剰の1本鎖核酸プローブ2
種(またはプローブのセット)有用いたハイブリダイゼ
ーション条件下でインキ1ベートする。そのプローブは
、(1)分析物に相補的な第1の結合配列、および固相
に結合する1本鎖オリゴヌクレオチドに相補的である第
2の結合配列を持つ捕捉プローブ、および(2)分析物
に相補的である第1の結合配列、および増幅マルチマー
のオリゴヌクレオチド単位に相補的である第2の結合配
列を有する増幅プローブ、である。
増幅プローブを使うことにより、マルチマーは。
“普遍的な”試薬となるように設計され得、そして、異
なるマルチマーを各々の分析物に対して。
作成する必要がない、得られた生産物は、2つのプロー
ブの3成分の核酸複合体であり、その第1結合配列によ
り分析物にハイブリダイズする。
プローブの第2の結合配列は、それらが分析物に相補的
でないため、1本鎖テールのままである。
各種の、複数のプローブが用いられ得る。
次に、この複合体を1本鎖オリゴヌクレオチドが結合し
た固相ヘハイブリダイゼーション条件下で加える。この
1本鎖オリゴヌクレオチドは、捕捉プローブの第2の結
合配列に相補的である。得られた生成物は、固相に結合
したオリゴヌクレオチドと捕獲プローブの第2の結合配
列とによって形成される。2本鎖を介して固相に結合し
た複合体を含有する。次に、複合体が結合した固相を、
結合していない物質から分離する。
マルチマーを、その複合体の増幅プローブの利用し得る
第2の結合配列にマルチマーがハイブリダイズできるよ
うなハイブリダイゼーション条件下で、固相−分析物−
プローブ複合体に加える。
次に、得られた固相混合物を、未結合のマルチマーから
洗浄によって分離する。次に、標識されたオリゴヌクレ
オチドを、そのマルチマーの相補的なオリゴヌクレオチ
ド単位にそれがハイブリダイズできるような条件下で加
える。次に、得られた固相標識核酸複合体を、洗浄して
未結合の標識したオリゴヌクレオチドを除去し、それに
よって過剰の標識オリゴヌクレオチドから分離し7.測
定する。
分析において、1種を越えるマルチマーを使用すること
により、増幅度を高くすることができる。
そのような場合には、第1のマルチマーを増幅プローブ
および第2のマルチマーに結合するよう設計し、そL7
て第2のマルチマーを第1のマルチマーおよび標識オリ
ゴヌクレオチドに結合するように設計する。どのような
数のマルチマーも、このような方法によって直列に結合
し、さらに大きな増幅が達成され得る。
分析物である核酸は1種々の起源由来であり得る0例え
ば生物由来の流体または固体8食物、環境物質などであ
り得、そして種々の手段(例えば。
プロティナーゼに/5r)S、カオトロピック塩など)
によってハイブリダイゼーション分析のために下準備さ
れる。さらに1分析物である核酸の平均的なサイズを、
酵素的、物理的または化学的手段(例えば、制限酵素、
音波破砕、化学分解(例えば金属イオンを使用する)な
ど)によって減少させることは有利であり得る。断片は
、 0.lkh程度に小さくあり得1通常、少なくとも
約0.5kh、そして。
lkhまたはそれ以上であり得る。分析物は8分析に供
するため一本鎖の形で供給される。配列が天然に一本鎖
の形で存在する場合には、変性を必要としない、しかし
、配列が、2本鎖の形で存在する場合には、その配列を
変性する。変性は、アルカリ、一般的に約0.05から
0.2Mの水酸化物、ホルムアミド、塩、熱またはそれ
らの組合せのような種々の手法により行われ得る。
分析物の配列に相補的な捕捉プローブおよび増幅プロー
ブの第1の結合配列は、それぞれ、少なくとも15ヌク
レオチド(nt)、通常、少なくとも25ILLであり
、そして約5kbを越えず1通常、約1khを越えず、
好ましくは約100utを越えない。それらは、典型的
には約30utである。それらは9通常。
分析物の異なった配列に結合するように選択される。第
1の結合配列は1種々の状況を考慮して選択され得る。
その分析物の性質に依存して、共通配列、多型性、特別
な表現型または遺伝型、特別な株などに関係する配列に
興味がもたれ得る。
増幅物と捕捉プローブの第一結合配列の適当な選抜によ
って、それらは、特定の遺伝子または異なった核酸分子
の部分として存在する他の配列を包含する特定の核酸分
子を同定し得る。ある配列を含む他の分子から目的とす
る核酸分子を識別するために、プローブの1つを与えら
れた配列と相補的に作成する一方、他のプローブを、そ
の分子の別の配列に相補的であるように作成する。ここ
で、他の配列はその分子に独特である (つまり。
その与えられた配列を含む他の分子中には存在し7ない
)。このような手法は、後述の実施例中に記載されてい
るTMT−INH分析により例示されている。
捕捉プローブと増幅プローブの第2結合配列とを、固相
に結合したオリゴヌクレオチドとマルチマーのオリゴヌ
クレオチド単位とをそれぞれに相補的であるように選択
L/、そして試料/分析物中の内因性の配列と対抗しな
いように選択する。第2結合配列は、第1の結合配列に
隣接することがあり、あるいは中間の非相補的配列によ
りそこから間隔を置くこともあり得る。プローブは、必
要に応じて他の非相補的な配列を含有し得る。これらの
非相補的配列により結合配列の結合を妨げたり、あるい
は、非特異的結合を起こしてはならない。
捕捉プローブおよび増幅プローブはオリゴヌクレオチド
合成法才たはクローニングにより、好ましくは前者によ
って調製され得る。
結合配列は、ホモ−重鎖を供給する完全な相補性を有す
る必要がないことが理解される。多くの場合において、
ヘテロ−重鎖は、約lOχより少ない塩基が適合しない
ような場合に、5またはそれ以上のヌクレオチドの環状
構造を無視すれば、十分である。従って、ここにおいて
使用される“相補的な”という用語は、安定な二重鎖構
造を供給するのに充分な相補性の程度を意味する。
分析に使用される固相は、微粒子状またはあらゆる種々
の容器の固体壁表面であり得る。例えば。
遠心分離管、カラム、マイクロタイタープレトのウェル
、濾紙、チ1−ブなとであり得る0粒子が使用される場
合には、それらは、好ましくは、約0.4から200ミ
クロン、通常、約0.8から4.0ミクロンの範囲のサ
イズである。その粒子はラテックスまたはガラスのよう
な都合のよい材料のいずれであってもよい。マイクロタ
イタープレートは好適な固体表面である。捕捉プローブ
の第2結合配列に相補性のあるオリゴヌクレオチドは、
既存の手法により官能基を介して固相表面に安定に結合
され得る。
捕捉プローブの第2の結合配列および固相に結合したオ
リゴヌクレオチドは、適当なりガンドリセブターの対に
置き換えられ得ることが理解される。上記リガンドリセ
プターの対は、捕捉プローブの第1の結合配列に結合し
て、固相と安定な結合を形成する。そのような対の例と
しては、ビオチン/アビジン、チロキシン/チロキシン
結合グロブリン、抗原/抗体、炭水化物/レクチンなど
がある。
その標識されたオリゴヌクレオチドは、マルチマーの第
2のオリゴヌクレオチド単位に相補的な配列を有する。
その標識されたオリゴヌクレオチドは、lまたはそれ以
上の分子(標識)を含み。
その標識は、直接的にもしくは間接的に検出し得るシグ
ナルを与える。その標識は相補配列の個々の構成単位に
結合され得、あるいは複数の標識を存する終結構成単位
として、または終結尾部として存在し得る。その配列に
結合する標識を与えるための様々な方法が文献で報告さ
れている。例えば1次の文献を参照されたい: 1.B
aryらProc NatlAcod Sci 11S
A(1983)80:4045; RenzおよびKu
rz+Nucl Ar、1dsRes (1984) 
12:3435;旧charrlsonおよびGunp
ort、  Nucl Ar、ids Res (19
83) 11:6167;Sm1th ら、 Nucl
 ^c、jds Re5(1985)13:2399;
 MeinkothおよびWahl、 Anal旧oc
hem(1984) 138:267゜その標識は、共
有結合的に、あるいは非共有結合的にその相補配列に結
合され得る。使用され得る標識は、放射性核種、蛍光剤
、化学発光剤、染色剤。
酵素、酵素基質、酵素補因子、酵素阻害剤、酵素サブユ
ニット金属イオンなどを包含する。特殊な標識の例とし
ては、フルオレセイン、ローダミン、テキサス レッド
、フィコエリスリン、ウンベリフェロン、ルミノール、
 NAnPH、α−β−ガラクトシダーゼ、西洋ワサビ
のペルオキシダーゼなどが包含される。
標識されたオリゴヌクレオチドは2本出願人による係属
中の特許出願第945.876号に記載されているよう
な、化学合成によって都合よく調製され得る。都合のよ
い官能基を有する終結基を与えることによって、様々な
標識がその官能基を介して結合され得る。従って、その
配列との二重鎖形成に有害な影響を与えないように、様
々な標識が結合され得、カルボキシ、チオール、アミン
、ヒドラゾン、もしくは他の官能基を与えることができ
る。すでに指摘されたように、その標識配列に相補的な
配列に結合した複数の標識を有する分子を使用すること
ができる。あるいは、その標識配列に結合したりガント
を使用し、そして、標識された分析物複合体を与えるべ
く、リガンドに結合するために標識された受容体を使用
し得る。
分析物の予期されたモル数に対する捕捉プローブおよび
増幅プローブの比率は、各々、少なくとも化学量論的な
量であり、そして好ましくは過剰!である。この比は、
好ましくは、少なくとも約1.5: 1であり、より好
ましくは、少なくとも2:1である。通常、2:1から
10,000: 1の範囲である。それぞれのプローブ
の濃度は、一般的に。
約10−9から10−”Hの範囲であり、核酸試料濃度
は。
10−”から10− ’ ”Mで様々である。その分析
のハイブリダイゼーシヨンの工程は一般に、約10分間
から2時間の間に起こり、しばしば約1時間で完了する
。ハイブリダイゼーシヨンは、ゆるやかな上昇した温度
で行われ、一般には、約20°Cから80℃の範囲内で
あり、さらに通常は、約35°Cから70″Cであり、
特に65°Cで行われ得る。
ハイブリダイゼーション反応は1通常、水性溶液中で、
特に緩衝作用のある水性溶液中で行われ。
その水性溶液は様々な添加剤を含有し得る。使用され得
る添加剤としては、低濃度の洗浄剤(0,1から1%ま
で)、塩(例えば、クエン酸ナトリウム;0.017か
ら0.170Mまで)、フィコール、ポリビニルピロリ
ジン、キャリヤ核酸、キャリヤタンパクなどがある。非
水溶性溶媒が、上記水性溶液に加えられ得、それには、
ジメチルホルムアミド、ジメチルスルホキシド、アルコ
ールおよびホルムアミドがある。これらの他の溶媒は、
2から50%の範囲の量で存在する。
ハイブリダイゼーション溶液の厳しさ(ストリンジエン
シー)は、温度、塩濃度、溶媒系などによって制御され
得る。従って、目的とする配列の長さおよび性質に依存
して、その厳しさは変化する。
その分析の分離の工程で用いられる方法は、固相の性質
・に依存して変化する0粒子である場合には、遠心分離
または濾過によりその粒子が分離され、上澄液を捨てる
かまたは上澄液が単離される。
その粒子が分析される場合には、その粒子は完全に洗浄
される0通常は、1回から5回、適当な緩衝媒質(例え
ば、 snsのような洗浄剤を含むPR3)が用いられ
る。その分離手段が壁もしくは支持体であるときには、
その上澄液は単離されるか捨てられ、そして、その壁は
粒子の場合に指示された同様の方法で、洗浄される。
その標識の性質に依存して、その標識の存在の検出には
様々な手法が用いられ得る。蛍光剤については、多数の
様々なフルオロメーターが利用され得る。化学発光剤に
ついては、ルミノメータ−あるいはフィルムが利用され
得る。酵素有用いることにより、蛍光性の9発光性の、
あるいは着色した生産物が得られ得、それらは、蛍光定
量的に。
発光定量的に1分光光度的にあるいは、視覚的に測定さ
れ得る。免疫分析に用いられてきた様々な標識と免疫分
析に適用できる技術が9本分析法で使用され得る。
「ドツト・プロット」分析のように、核酸分析物が直接
固相に結合されるハイブリダイゼーション分析では、そ
のマルチマーは結合分析物に直接ハイブリダイズされる
。これらの例では、そのマルチマーの第1のオリゴヌク
レオチド単位が分析物の配列に相補性があり、第2のオ
リゴヌクレオチド単位は標識さたオリゴヌクレオチドに
相補性がある。結合していないマルチマーは固相から除
去され、そして1次に、標識されたオリゴヌクレオチド
は結合した分析物−マルチマー複合体にハイブリダイズ
される。過剰に標識されたオリゴヌクレオチドは除去さ
れ、標識された結合複合体が測定される。
そのマルチマーは、直接1間接およびサンドイッチ免疫
分析法のような他の分析法でも使用され得る。これらの
場合には、標識された抗体の役割を果たす試薬、または
直接的あるいは間接的に分析物に結合した他のリガンド
は、マルチマーの第1のオリゴヌクレオチドに相補性が
あり標識よりもむしろそれに結合するオリゴヌクレオチ
ドを有する。例えば、抗原分析物についてサンドインチ
免疫分析法を行なう場合には、その分析物試料は。
抗原に対する第1の抗体が結合される固相とともにイン
キュベートされる。結合していない試料は固相から除去
されその抗原に対する第2の抗体くそのマルチマーの単
位に相補性のあるオリゴヌクレオチドが結合する)は、
結合複合体と反応し。
3つの成分によって構成される複合体が形成される。過
剰の第2の抗体を除去した後、そのマルチマーは、第2
の抗体に結合したオリゴヌクレオチドを介して、その複
合体にハイブリダイズされる。
過剰なマルチマーは除去され、標識されたオリゴヌクレ
オチドがそのマルチマーの他のオリゴヌクレオチド単位
にハイブリダイズされる。過剰の標識されたオリゴヌク
レオチドが除去された後、その複合体が測定される。
本発明の増幅された核酸のハイブリダイゼーション分析
法を行なうためのキットは2次の試薬を包装された組合
せの中に含む:マルチマー複合体に標識されたオリゴヌ
クレオチド;分析物に結合し得る固相;必要に応じて捕
捉プローブ(その分析方式が5分析物が中間体オリゴヌ
クレオチドまたは他のりガントを介して固相に結合され
る場合);および増幅プローブ(その分析方式が、マル
チマーが直接2分析物にハイブリダイズしない場合)。
これらの試薬は、典型的には、キット中で別々の容器の
中に入っている。そのキットはまた。その分析物を変性
させるための変性試薬、ハイブリダイゼーシ岬ン緩衝液
、洗浄溶液、酵素基質、陰性および陽性のコントロール
、およびその分析を行なうための指示書を包含し得る。
本発明の次の実施例は2本発明を例示するためのもので
あり1本発明を限定するものではない。
(以下余白) (実施例) ■、    マルチマーの 増幅プローブ(後述の3.F参照)に相補的な18景体
の直鎖状マルチマーを、第1図に示すスキームに従って
調製した。
2種の18量体である1、1.A−1およびLLA−2
を、 Warnerら、 rlNA(1984) 3 
:4otに記載された自動ホスホルアミダイト法有用い
て合成した。精製は、 5anchezPescado
rおよびl1rdea、  rlNA(1984)  
3 :339に従って行った。1.1.A−2の5”末
端のリン酸化は9本出願による係属中のヨーロッパ特許
出願第88307358.7の実施例1に記載された化
学的リン酸化法で行った。その文献はここに参考文献と
して編入されている。1,1.A−1および1,1.^
−2の塩基配列は次のとおりである。
5’ −CGTGTCAGGCATAGGACC1,1
,A−ITCCGTATCCTGGGCACAG−p−
5’   1.1.A−2直鎖状1,1.^−2マルチ
マーは、 T4 DN^リガーゼ有用いて調製した。そ
のような連結産物は二本鎖である。−本マルチマーは変
性条件下でゲルから精製して得た。
10(L 000pseo+の各断片を1.5a+Qの
チューブに入れ、減圧下で乾固した。乾燥したrlNA
 (配列)に次の溶液を加えた。
100/71. KRTS 5衝液” 1001z l  10 +mM rlTT100# 
 1. 10  s+M  ATP50μ1.  H,
0 50tt 1.LM NaCl 300μm、30%PI’!G。
* IOX(50mM Tr+s HCI、 pH7,
6+’ 10a+M MgC1g。
1mg/−スペルミジン) このチ1−ブをポルテックスにかけ9次に、55℃にて
30分間加熱した。チi−ブを室温にまで冷却し1次の
溶液を加えた。
6.711 e T4 nN^リガーゼ(New Rn
gland Nuclear15 II/ ti 1.
 ) 18.8/z 1.5Xリガーゼ希釈緩衝液(Nl’!
N)?4.5/71. H,0 再びチューブをポルテックスにかけ9次に室温で一晩イ
ンキユベートした。反応混合液をn−ブタノールで抽出
し7て100μrの容量とし、3×ストツプミツクス(
25%グリセロール、 0.05%ブロモフェノールブ
ルー、0.5%ドデシル硫酸ナトリウム、 25mM 
EIITA)を100IIi加え、 ioo ’cにて
5分間加熱し、サンプルを変性させた。この溶液201
1eを7%変性ポリアクリルアミドゲル(10cwX1
0(M X l 、5 mm)のウェルにのせる。この
ゲルにおいて、ブロモフェノールブルーが底から0.5
 cyaのところにくるまでIOV/cmの電圧をかけ
て流す。生産物はOV螢光液を含みサランラップにカバ
ーされた薄層クロマトグラフィープレート上にゲルを置
き。
長波長のInランプで照射することにより視覚化される
。生産物はUV照射を吸収シフ、可視形を落とす。
長さのふえたバンドが観察され、そして、オリゴマー単
位が20を越える生産物は切除された。これらの生産物
はマキサム−ギルバート緩衝液(0,IM Tri−H
Cl、、 p)18 * 0.5M NaCl、 5m
M P、口↑A)にゲルを浸漬することによりゲルから
溶出する。
2、          のマル マーのA、   お
よび   のマルチマーの増幅したプローブ(後述の3
.F参照)に相補的な18!!体の直鎖および分枝状の
マルチマーを。
第2図AおよびBに示されたスキームに従って調製する
そこに示されるように、そのスキームでは、フヱニルジ
イソチオシアネート(旧TC)とクロスリンクする修飾
塩基を有するオリゴヌクレオチド有用いる。
直鎖状マルチマーを調製するのに用いられるオリゴヌク
レオチドは次の配列を有する。
3’ −XGCACAGTCCGTAT(”、CTGG
X−5’ここでXは、シチジンのN−’−(6−アミノ
カプロイル−2−アミノエチル)誘導体を示す。
分枝したマルチマーを調製するのに用いるオリゴヌクレ
オチドの配列は次の配列を有する:5’ −XTCGT
CCTATGCCTGACACGTXTGGTCCTA
↑GCCTGACACGTX↑−3′ここでXは上記と
同意義を有する。
シチジンN’−(6−アミノカプロイル−2−アミノエ
チル)は1本出願人による係属中の特許出第945.8
76号に記載されているように調製した。
オリゴマーは、実施例1に記載のように合成し。
精製した。
各々の断片の0.2(011,。)単位のサンプルを、
 0.IMホウ酸ナトリウム(pH9,3) 0.5 
II 1.に溶かした。
これにジメチルホルムアミド中の旧TC(2mg / 
mQ )9.57IQを加えた。この溶液をポルテック
スにかけ、暗所にて室温で一晩放置した。3001tl
のn−プタノールを加えて混合した後、 300 II
 Qの水を加えた。混合液をポルテックスにかけ、遠心
分離して層を分離させた。サンプルを、水相が約50I
I 1.に減じられるまで数回抽出した。そして減圧下
で乾固した。次に、ポリマーを1Mグリシン(pH9,
5)107z/で2時間にわたって処理し、残存してい
るイソチオシアネート基を修飾し7た。この混合液をセ
ファデックスG−25カラム(IozIIl)にかけ。
水で溶出し、フラクシッンを集め、減圧乾固した。
そして、これを1%SnS中にとり、7%ポリアクリル
アミドゲルにロードかけた(垂直の2%アガロースゲル
は調整泳動に使われる)、このゲル有用いて60−Aで
泳動し、エチジ5ウムプロミド有用いて染色した。10
〜25単位のオリゴマーを含むと考えられるバンドを切
り出し、電気溶出し沈澱させた。
B、  し のおよび   のマルチマーのこの節では
、下記の用語はそれぞれ次のような意味を有する:DM
T=ジメトニジトリチル、↑=ニブオキシチミジン r
lMP =ジメチルホルムアミド。
RIIMS= t−ブチルジメチルシリル、C=ニブオ
キシシチジン TI、C−4層クロマトグラフィー、 
r1MAP=N、N−ジメチルアミノピリジン、 TH
F =テトラヒドロフラン、 DIPR^=ジイソプロ
ピルエチルアミン、 IJEV =レブリン酸エステル
、 OCA =ジクロロ酢酸、・口CC=Cニジシフヘ
キシルカルボジイミドcnu =ジクロロヘキシル尿素
、 tEA = )リエチルアミン、 TMS≠トリメ
チルシリル、fiMOc=9−フルオレニルメトキシカ
ルボニル。
5−15−1l〒−OR(27,3g、 50augo
le)およびイミダゾール(10g 、 150mmo
le)を200 gffiDMFで共エバボレートした
。残渣を250 dのrlMFに溶かし、そして80M
Sクロリド(75aesole)を加えた。反応混合物
を20℃にて18時間にわたり撹拌した。メタノール(
50+++ff1)を加え、30分後に溶媒を減圧下で
除去した。油性残留物を50−の酢酸エチルに溶かし、
有機相を5%NaH,COt水溶液(2X500ajl
)および80%飽和NaC1水溶液(500ml)で抽
出した。そして。
最終的に固形状のNa2SO2上で乾燥させた。溶媒を
減圧下で除去し、 35g (50o+mole (7
)5°−1)MT−3’ RrlMST(収率100%
)を得た。この物質はさらに精製することなく用いられ
た。
トリアゾール(25,6g )をC11CN 4001
1Qに0℃で溶解させた。そしてPOCIs  (8*
ff1)を加え、高速で撹拌した0次に、トリエチルア
ミン(601d)を15分にわたり滴下し、て加えてス
ラリーとし、これをo ”cにて30分撹拌した。5’
−DMT−3°Rr1MS T(25msoleH調製
物)を100 adのCI、CNに熔かしたものを上記
で得られたものに、0°Cにて滴下しながら撹拌した。
水浴をはずし、20℃にて1時間撹拌を続けた0反応混
合物を800 jdlの酢酸エチルで希釈し、有機相を
5%NaHCOs(2X500 rnQ)および80%
飽和NaC1水溶液(500d)で抽出した。有機相を
固形のNatSO,上で乾燥させた後、溶媒を減圧下で
留去した。得られた残渣をトルエン(400ml)およ
びCI、CN  (400d)と共エバボレートし、5
°−nMT−3’−RflMS−5−、+eチJtz−
4−  )リアジイルβ−ロー2−ブオキシリボフラノ
シル−2(III)−ピリミジノンを白色泡状で定量的
に得た。この物質は、さらに精製することなく用いられ
た。
400 xrRのCI、CNに溶かした6−アミノヘキ
サノール(ii,7g 、100mmol−e)溶液を
5’−rlMT−3°−RrlMS−5−メチル−4−
トリアゾイルβ−n−2−デオキシリボフラノシル−2
(l)l)−ピリミジノン(8,7g 、 12mmo
le)を1001dlのCI、CNに溶解させたものに
滴下し、この反応混合物を20°Cにて撹拌した。反応
の進行はTI、C有用いて30分ごとにモニターした。
そして出発物質が完全になくなった(通常1〜2時間)
ときに1反応混合物を500−酢酸エチルで希釈し。
上記のように、5%NaHCO,I水溶液および80%
飽和NaCl水溶液で抽出した。有機相をNa2SO4
上で乾燥させた後、溶媒を減圧下で除去し、5”−ロM
T−3’ −RrlMS−5−メチル−N4−6−ヒド
ロキシへキシルデオキシシチジン7、Og (9,2m
mole) ;収率77%)を得た。この物質はさらに
精製することなく用いた。
100 a+ff1THP ニ溶解させた5’ −1)
MT−3’−RIIMS−5−メチル−N4−6−ヒド
ロヘキジルデオキシシチジン(7g。
9.2 ms+ole)溶液を、 100 telのT
Hflに溶解させた(cI、C0CHz(:HzCO)
zO(50ma+ole)に加え、そして、さらに2.
6−ルチジン/THF中ニ6.5%r)MAPを含む溶
液10InQを加えた。反応混合物を30分にわたり撹
拌し7た。分析により、出発物質が完全に消費されたこ
とが示された0反応部合物を、上に述べたように、酢酸
エチル700 mで希釈し、5%NaHCOt水溶液(
3X500 d)および80%飽和NaCl水溶液(5
00mQ)で抽出した。固形のNa2SO4で乾燥後、
溶媒を除去し7.残渣をトルエン(200mff1)お
よびCHffCN(200Wffi)と共エバボレー)
L、 12.3gの粗生成物を得た。
この粗製の生成物を、 100 dのTIPに溶かし。
THP中テトラブチルアンモニウムフルオライドの1.
1M溶液の10mを加えた0反応の進行はTI、C有用
いてモニターした。それはたいてい30分で終結するが
、それ以上の場合もあり得る。出発物質が完全に消費さ
れたときに9反応部合物を700 rxlのエチルアセ
テートで希釈し、上と同様に、 NaHCOlおよびN
aC・1溶媒で抽出した。溶媒を除去すると、8.5g
の粗生成物5’ JIMT−5−メチJL/−N’ (
0−1z 7’ リ、−ルー6−オキシヘキシル)−2
′デオキシシチジンが得られた。この物質をシリカゲル
クロマトグラフィーにかけた。精製された生成物をCB
、C1t中4%メタノールで溶出し、 5.0 gのや
やかっ色がかった泡状物((i、7gole;収率73
%)として単離した。
シリカで精製された5’−JIMT−5−メチル=N4
(0−シブリニル−6−オキシヘキシル)−2゛−デオ
キシシチジン(7,7m5ole)をCIl、CNとと
もに2回共エバボレートした。得られた乾燥した粉末を
、アルゴン下でスフラスコに4.9 adtDIPRA
を含む(41tC1t70 mllに溶解させた。0℃
に冷却後、シリンジで1.65sffi(8,5m5o
le)のN、N−ジイソプロピルアミノメトキシ クロ
ロホスフィンを加え、混合物をO′Cにて30分撹拌し
た。400 mQのエチルアセテートで希釈後、有機相
を80%飽和NaC1水溶液400 mQで4回洗浄シ
7.固形のNazSO,上で乾燥させ、濾過した。溶媒
を減圧下で留去シフ、残渣をトルエンで2回共エバボレ
ートし、オイル状物を得た。このオイルを30++Qの
トリエンに溶かし、 400 tnlの冷ヘキサン(−
20°C)に滴下し7た。沈澱を速やかに濾過して集め
、減圧下で18時間乾燥し、ホスホルアミダイト5.4
5 g (6,0mmole;収率78%)を得た。
上に述べたようにして調製し7た。 200 mQのC
llCl。
ニ5’ −JIMT−3−RrlMS−5−メチル−N
 ’ −6−ヒドロキシへキシルデオキシシチジン(3
4g 、 50mmole)を溶かした溶液に、 1.
5 gのN、l1l−ジメチルアミノピリジンと25m
Qのトリエチルアミンとを加えた。この溶液に、o’c
にてr1M↑−CI(75++uwole、 25.5
g )をCI、CI。
(100at)に溶かした溶液を滴下した。この反応混
合物を1時間撹拌した。分析により、出発物質が完全に
消費されたことが示された。次にト、メタノール501
alを加えた。30分後に1反応液を800−のエチル
アセテートで希釈し、上記のように5%NaHCO2(
2X50Q affi)および80%飽和Mail水溶
液(500d)で抽出した。固形状のNa25O,上で
乾燥した後溶媒を減圧下で留去し、残渣をトルエン(2
00−)およびCHffCll(200d)で共エバボ
レートシ、た。
この粗生成物を・200 dTHFに溶かし、 1.1
M  テトラブチルアンモニウムフルオライドのTI(
F溶液200−を加えた。反応の進行は、 T1.C有
用いてモニターL、た。これは通常30分間で終結する
が、それ以上かかる場合もある。出発物質が完全に消費
されたときに1反応液を700 tafエチルアセテー
トで希釈し、上記のように、 NaHCO,およびNa
Cl溶液で抽出した。溶媒を除去すると粗生成物、 5
’−r)MT−5−メチル−N’(0−nM↑−6−オ
キシヘキシル)デオキシシチジンが36g得られた。こ
の物質を、シリカゲルクロマトグラフィーにかけた。精
製した生産物を2〜4%メタノール(cutctz中)
で溶出し。
32.7gの精製物(34asaoleH5°−nMT
−T−0)1を基準として、収率69%)を得た。
シリカで精製した5’−[IMT−5−メチル−N’(
0−[IMT−6−オキシヘキシル)−29−デオキシ
シチジン(34snole)をCI、CNとともに2回
共エバボレートした。得られた乾燥粉末をアルゴン下フ
ラスコ内で7.5*j!のrllPl’!Aを含有すル
CHxC1t 100dL溶かした。0℃に冷却後、 
1.31m1 C38tsvao1e>のN、N−ジイ
ソプロピルアミノメトキシクロロホスフィンをシリンジ
で加え、混合物を0°Cにて30分撹拌した。 800
 allエチルアセテートで希釈後、有機相を800 
lIlの80%飽和NaC1水溶液で4回洗浄し、固形
のNa2SO4上で乾燥し、濾過した。溶媒を減圧下で
留去し、残渣をトルエンとともに2回共エバボレートし
、オイル状物を得た。このオイルを801d、のトルエ
ンに溶かし、 700 mlの冷ヘキサン(約−20℃
)に滴下した。沈澱を速やかに濾過して集め、減圧下で
18時間にわたり乾燥してホスホアミダイト31.8g
 (2B、7■−ale;  収率84%)を得た。
5’−11MT−T−OR(16,4ad、 30sn
ole)を乾燥CHtCN 200−に溶かし、 l−
(TMS)イミダゾール(14,6ajt、 100s
aole)を加えた。60分後湾媒を減圧下で留去した
油性の残渣を700 mの酢酸エチルに溶かし、有機相
を5%NaHCOs (2xsoo gffi)および
80%飽和NaCl水溶液(500mffi)で抽出し
、最後に、固形のNa1SO4上で乾燥した。溶媒を減
圧下で留去し+ 30mmaoleの5′−DMT−3
”−TMS−T  (収率100%)を得た。この物質
はさらに精製することなく用いた。
トリアゾール(37,8g )を、 450 adのC
I、CNに0℃で溶かし、急速に撹拌し、なからPOC
l2(12111ffi)を加えた0次に、トリエチル
アミン(90mffi)を15分にわたってスラリーに
滴下し、0°Cにて30分撹拌した。 5’−rlMT
−3’−TMS−T(粗製物30n+mole)をCI
(、CN100 dに溶解させた溶液を、上記スラリー
にo′cにて滴下した。水浴を取り除き、20℃で1時
間撹拌を続けた0反応混合物を800 ymQエチルア
セテートで希釈し、有機相を5%NaHC0,3(2x
500 ml)および80%飽和NaCl水溶液(50
0−)で抽出した。
固形のNA、SO4上で有機相を乾燥した後、溶媒を減
圧下で留去した。得られた残渣をトルエン(400mf
f、)およびCHzCN  (400ml>で共エバボ
レートし。
白色泡状の5’−11MT−3’−TMS−5−メチル
−4−)I77’/’イル−β−ロー2−デオキシリボ
フラノシル−2(IH)−ピリミジノンを定量的に得た
。この物質はさらに精製することなく用いた。
6−アミノへキサノール(23g 、 200s+o 
le)溶液(400dCH,CN中) ニ5’−1)M
T−3’−TMS−5−メチル−4−トリアシイルーβ
−ト2−デオキシリボフラノシル2(IH)−ピリミジ
ノン(20g 、 30aeseole)のCH3CN
溶液100aeffiを滴下し1反応液を20°Cにて
撹拌した。
反応の進行は、 T冒、C有用いて30分毎にモニター
した。そして、出発物質が完全に消費されたとき(通常
1〜2時間)に9反応混合物を800 rxQのエチル
アセテートで希釈し、さらに上記に述べたように、5%
NaHCOs水溶液および80%飽和NaCl水溶液で
抽出した。Na1SO,上で有機相を乾燥させた後。
溶媒を減圧下で留去し、5°−ロMT−3’−↑MS−
5−メチル4a−6−ヒドロキシへキシルデオキシシチ
ジンを20.3g (30snole)得た。この物質
はさらに精製することなく用いた。
250mff1メタ/ −ルニ5’ −rlMT−3’
 −TMS−5−メチル−N’(6−ヒドロキシヘキシ
ル)デオキシシチジンを溶かした溶液に、25−濃厚な
N)1,011水溶液を加えた。
反応液を閉じた丸底フラスコで1時間撹拌した。
溶媒を減圧下で留去し、lX200−エタノール。
1×100m1トルエンおよびI X100 alcl
I、CN トドもに共エバボレートし、 5’−r)M
T−5−) チル−N’(6−ヒドロキシヘキシル)デ
オキシシチジンを定量的に得た。この物質はさらに精製
するこよなく用いた。この物質を200 mlのCIl
、CI、に溶かし、ピリジン4Id、を加え、さらにC
l1jC1!(50aft)に溶かし7たFMOC−C
I  (7,8g 、 30m5ole)を滴下した。
反応混合物を30分撹拌した。分析により、出発物質が
完全に消費されたことが示された。反応混合物を。
上記したように、 500 dの酢酸エチルで希釈し。
5%NaHCOz水溶液(3×50ozIQ)オヨび8
0%飽和NaC1水溶液(500d)で抽出した。固形
のNa1SO4で乾燥した後、溶媒を留去し、残渣をト
ルエン(200m> #よびC8,CN(200ml>
で共エバボレートし、粗生成物23.7 gを得た。こ
の粗生成物をシリカゲルクロマトグラフィーにかけた。
精製産物を4%メタノール(cO,CI中)で溶出し、
純粋な5゛−rlMT−5−メチJl、−N’ (0−
FMOC−6−オキシヘキシル)デオキシシチジン13
.3 g (15,3mmole)を得た。
シリカテ精製した5’−r)MT−5−メチル−N’ 
(0−PMOC−6−オキシヘキシル)−2”−デオキ
シシチジン(15,3m 5tole)をCI(、CN
で2回共エバボレートした。得られた乾燥粉末を、アル
ゴン下で+4−1dの旧PE^含有CHtC1t60m
ffiに溶解させた。0°Cに冷却した後。
3.19mj! (16,5mmole)のN、N−ジ
イソプロピルアミノメトキシ りロロホスフィンをシリ
ンジで加え。
混合物をO″Cにて30分撹拌し7た。400−の酢酸
エチルで希釈した後、有機相を80%飽和NaC1水溶
液400 mlで4回洗浄し7.固形のNa1SO,で
乾燥し、濾過し7た。溶媒を減圧下で留去し、得られた
残渣を油状となるまでトルエンとともに2回共エバボレ
ートした。この油を59mQのトルエンに溶かし、40
9 mQの冷ヘキサン(約−20°C)の中に滴下する
沈澱を速やかに濾過して集め、18時間減圧下で乾燥し
、 12.15 gのホスホアミダイト(ii,8ms
+ole。
収率77%)を得た。固相合成の間の0−pMOcの除
去:t−ブチルアミン/ピリジン(1: lov/v)
で20°Cにて1時間、0−レブリニル基の除去:ピリ
ジン/氷酢酸(4: I V/V)内の0.5Mヒドラ
ジンハイドレーロ20℃にて15分間。
グリセロール(10mmole)をピリジンで共エバボ
レートし、乾燥した。得られたオイルを50−のピリジ
ンニ溶かし、 OMT−CI (6,8g 、 20v
v+ole)を加え1反応混合物を20℃にて18時間
撹拌した。メタノール(10a+jりを加えた後、溶媒
をロータリーエバポレーターで除去する。得られたオイ
ルを250−酢酸エチルに溶かし、有機相を5%NaH
CO,水溶液(2X250 d) 80%飽和NaCl
水溶液(IX250IIl)で洗浄し、固形のNatS
Os上で乾燥させた。溶媒を減圧下で留去し、残渣を1
00 all トルエンおよび100 IIQco、c
Nとともに共エバポレートした。生成物をシリカゲルク
ロマトグラフィーで単離し。
2.5 g (3,6mmole)の0,0−ビス口に
↑グリセロール(収率35%)を得た。生成物を、0〜
1%のMeOHで溶出させた。
bis−ロに↑グリセロール(2,3mmole)をア
ルゴン下で0.8#ffiの旧PR^含有10InQC
HzCIzに溶かし、シリンジでN、N−ジイソプロピ
ルアミノ−2−シアノエトキシ−クロロホスフィン(l
Id、)を加えた。30分後に1反応混合物を200 
tel酢酸エチルで希釈し。
有機相を80%飽和NaC1水溶液200 mlで洗浄
した。
固形のNatSOs上で乾燥後、溶媒を減圧下で留去し
残渣を100 mlのトルエン、 100 mlの乾燥
CI、CNで共エバボレートし、ビスーr1MTグリセ
ロールホスホアミダイト2.15g  (2,3mmo
le、収率100%)を得た。この生成物を乾燥CI、
CNと共に小さなバイアルに分注し、溶媒を除去後、ア
ルゴン下、−20℃で保存した。
0.0−ジベンゾイル酒石酸モノハイドレート(18,
8g + 50a+mole)を250 lll1のC
I、CNに溶かし、溶媒を減圧下で留去した。この操作
を繰り返した。得られたオイルを250緘のTHFに溶
かし、 50mfl THFに溶かした口CC(10,
6g、 50 ms+ole)を加えた。数分後に沈澱
が生じはじめる。20℃にて18時間撹拌した後1反応
混合物を濾過し、沈澱をTHPで洗浄し。
た、沈澱を高真空下で乾燥し、 10.8 g (50
ms+ole)のncHUを得た0合併した濾液に2−
(N−メチル)アミノエタノール(4,Od、 50n
+s+ole)を加え1反応液を20°Cにて1時間撹
拌した。次に5口CC(10,6g 。
50mmoleH↑HP50#ffi中)を加えた。少
量の沈澱を生じた。約1時間後、  2−(N−メチル
)アミノエタノール(4,0all、 50ausol
e)を加え9反応混合物を20℃にて18時間撹拌した
形成された沈澱を濾過して取り除きTHFで洗浄した。
乾燥した沈澱物(口CI1)の重量は、 10.8gで
あった。合併した濾液をエバボレートして油状とした。
シリカのクロマトグラフィーにより8g(17n+5o
le)の0.0−ジベンゾイル酒石酸ジ(N−メチル−
2−ヒドロキシエチル)アミド(この産物は6%メタノ
ール/C1(、C1,で溶出された)を得た。
nMAP (0,11g)およびTR^(2,4a+1
)を含む、アミド産物(8,6eamole>  (c
HtC1t50mQ中)に、 50rnQのCI、CI
、に溶かし7たrlMT−CI (8,6a+aeol
e)を滴下して加えた。f)MT−CIを加えた後1反
応混合物を20℃にて1時間撹拌した。次に、溶媒をエ
バボレートして留去した。残渣を600 #ffiの酢
酸エチルに溶かし。
を機相を5%NaHCOz 400sffiおよび80
%飽和NaCl水溶液400dで洗浄した。有機相を固
形のNa2SO4上で乾燥した。30分後、 Na1S
O,を濾過し、上澄液を油状となるまで濃縮し、そして
5 トルエンおよびCB、CNで共エバボレートした。
粗製の生成物をシリカゲルクロマトグラフィーにかけ、
n−ブタノール/C112CI!有用いて溶出させた。
純粋なモノー11MT生成物を、2〜3%のn−ブタノ
ール/CHtC1,で溶出t、、o、o−ジベイゾイル
酒石酸2−(0−ジメトキシトリチル)ヒドロキシエチ
ル−N、N−ジメチル、N−メチル−2−ヒドロキシエ
チルジアミドを1.53 g (2mmole) 得た
この物質を、 111PI’!A(3mmole)を含
有する20緘CHzCIgに溶かした。10℃に冷却し
た後、アルゴン下で2.2m5oleのメトキシ−N、
N−ジイソプロピルアミノクロロホスフィンを加えた。
15分後、酢酸エチルを加え、有機相を80%飽和Na
CI水溶液で洗浄し。
固形のNa2SO2上で乾燥した。そして、エバボレー
ト、乾固した。トルエンおよび乾燥CI、CNで共エバ
ボレートした後、ホスホアミダイト残基を乾燥CI、C
N 10ralに溶かした。この溶液を乾燥したーea
tvia119個に分注し、減圧下で溶媒を留去した。
スクリ、−L−キャップドバイアルを閉じ、−20℃で
保存し7た。
このホスホアミダイトを、標準DNA合成技術および装
置有用いて、オリゴヌクレオチドに結合させた。脱保護
の後、生じたリンカ−含有DNAは。
上記のように、1.2−ジオール部位で切断される。
(以下余白) B、4. 4   で  した −のム枝分かれした断
片の合成のため、2000Aコントロールボアグラス(
cPG)支持体(30mg(7,3,ua+ole)ヌ
クレオチド/g)を使用した。CPG支持体を、本出願
人による係属中のヨーロッパ特許出願第8830735
8.7に記載のように、合成した。自動メチルホスホア
ミダイト結合工程を、上記のように、DNA合成に使用
した。但し、分枝したオリゴヌクレオチド断片付加時に
、トルエン中の(c1,CL、の代わりに)2.5%(
v/v)OCA有用いて脱トリチル化した。
LLA−2(GACACGGGTCCTATGCCT、
上記参照)断片をCPG上で合成し、自動合成機から除
去し、焼結ガラスろうとの中に置いた。ホスホアミダイ
トの結合は(Urdea、 M、S、、 Method
s in t!nz mol (1987)14虹22
−41)に記載のように手操作で行われた。100μm
oleのロMT2−グリセロールホスホアミダイト(2
−シアノエチル形)および250 p moleテトラ
シルを5°を脱保護化断片に加え、15分エニンュベー
トした。この過程をくりかえした。2種のTメチルホス
ホアミダイトを手操作で加え、さらにグリセロールホス
フェートを加えた。次にCPGを自動合成機に戻し、各
ブランチから断片GATGTGGTTGTCGTACT
TTTを取ってきて合成を行った。標準脱保護化および
精製は上記のように行った。
上記の方法により、断片TTOTTOTTOTTGAC
ACGGGTCCTATGCCT(0□5’−DMT−
N’−(LevO(cHt)a)−5−メチルシチジン
 メチルホスホアミダイトを合成した。
断片を機械から除去し、室温で1時間、8:2(v/v
)ピリジン/濃酢酸中の0.5Mヒドラジンモノヒトレ
ートで処理した。CPGをピリジンで洗い、次にl:1
:2(v/v/v)の水/ルチジン/ T HFで洗っ
た。次に、支持体を自動合成機にもどし、上式各0を取
って断片の合成を行った。標準脱保護と精製とを上のよ
うにして行った。標識化プローブ(LLA−2)が結合
した断片の1コピーは、マルチマー5′末端であり、そ
して断片の3コピーは0残基にあることに注意されたい
マルチマー 第3図分析の工程を図式的に示す。
A、    HBV DNA プラスミドpHE63は、EcoRIで直鎖化したプラ
スミFpBR325(7) EcoRI部位の中ニHB
Vゲ) ム3.2kbを挿入したものである。これを標
準ヒト血清中に希釈し、標準分析物として使用した。分
析物は第3図において11で示されている。
B、   オ ゴヌクレオチ  人   3C21塩基
オリゴマー、5’ −XCACCACTTTCTCCA
AAGAAG−3゛(ここでXは上記と同様である)を
実施例1にあるように合成した。0.1Mリン酸ナトリ
ウム(pH’r、s )中のN−ヒドロキシスクシイミ
ジルビオチン有用いてビチオン化した。このビチオン化
された断片(800pmoles)の5μlを1.5 
dエッペンドルフチューブ(IXPBS中に0.25%
(w/v)のアビジンポリスチレンビーズ(2,8μ)
500μlを含む)に加えた。37℃にて1時間インキ
ュベートした後、ビーズを0.1%SOSの500μ4
2,4XSSC有用い、遠心分離により3回洗浄した。
次に、使用時まで、同じ溶液中に保存した。
C0第1ゴマ−3E I8塩基オリゴマー、5′−にGGTCCTAGCCT
GACAGE−3°、(ここで、Xは上記と同様である
)を合成し、95:5 (v/v)ジメチルホルムアミ
ド: 0.1Mホウ酸ナトリウム(pH9,3)中でD
ITCを修飾した。n−ブタノールで抽出し、西洋ワサ
ビペルオキシダーゼ(HRP)と結合させた。
D、プローブの    3゛A −本鎖オリゴマーの12セツトが実施例1の方法により
合成された。これらは、それぞれ、(Lス丁余幻ン HBVゲノムの特異的な配列に相補的な30塩基部分を
変化させてもっており、固相に結合しているオリゴヌク
レオチドに相補的な3゛部分の変化しない20塩基を有
する。
E、4 −プローブ  m −本鎖オリゴマーの36のセットが実施例Iの方法によ
り合成された。これらのおのおのは、 HBVのゲノム
の特異的な配列に相補的な30塩基の長さの部分を変化
させたものと、多量体(第3図D)に相補的な変化しな
い20塩基の長さの3゛部分とからなる。
捕捉プローブおよび増幅プローブの両者は、 HBVウ
ェルの変化しない二本鎖領域について設計された。
F、旦二X分扼汰 分析物の10μlのサンプルを、  1.5111エツ
ベンドルフチユーブに入れ、 12.5μlのプロティ
ナーゼに/SDS  (Gaene (1987)61
:254)で37℃にて30分処理した。各サンプルに
、48のHBVオリゴヌクレオチドプローブ(12の捕
捉プローブおよび36の増幅プローブ)のそれぞれを5
0fmoleの割合で含有するI M NaOH5μ2
を加え、チューブを100℃にて10分間加熱した。サ
ンプルを水中に5分間置き、 10秒遠心する。そして
0.38M酢酸、 12.3XSSC(最終濃度4XS
SC)で中和した。プローブと分析物をアニールするた
め、1時間にわたり55℃で処理した。続いて、捕捉ビ
ーズを25μl加え。
溶液を55℃にて15分間放置した。洗浄用緩衝液(0
,1%SO3,4X5DS ) 500μ!加えて、ポ
ルテックスし、1分間遠心分離し、上澄をすてるという
方法で2回洗浄を行なった。それぞれのチューブに0M
緩衝液(0,1,%SDS、  4 X5SC、l m
g/ ml超音波処理したサケの精子のDNA、1■/
dポリ−A、10■/dBsA)に5OfIIlole
のマルチマー(第3図F)を含有する液を20μl加え
た。ポルテックスにかけた後、チューブを55℃にて1
5分間放置し、上記と同様2回洗浄した。標識は、タイ
プEのプローブを250fmoleの割合で11M中に
含有する溶液20μlを37℃にて1時間処理した。上
記と同様に3回洗浄した後、ビーズはキムワイプで完全
に水気を切り、適当な基質を処理し9次のように測定し
た。プロティナーゼK /SDS溶液の添加から情報の
読み出しまでの分析の全時間は化学蛍光法で3時間50
分であった。
HRP検知のための化学発光増強法はMatthews
らがAnal Biochem (1985) 151
:205−209に報告した方法有用いた。ビーズを化
学発光基質溶液(バラヒドロキシケイヒ酸およびルミノ
ールH5μlに入れ3次に、  tmM 1lzozが
5ul含有する8X50Mmエバーグリーンポリプロピ
レンチューブに移した。
30分後、チューブをターナ−TD−20eルミノメー
タ−(遅滞lO秒、積分20秒、平滑さ20秒)で測定
する。出力は9反応の間に生産された光の完全な積分値
として与えられる。
それぞれのチューブに、新たなオルトフェニレンジアミ
ン溶液(OPD  H5igma Chemicals
  ;50mMクエン酸ナトリウムの5dに50■を溶
かし、30%11□0□を3μ!含有する(pH5,1
) )の100μiを加えた。37℃にて20分後、 
 4 N 11!S0450μ2を加えて9反応を停止
させた。次に、ビーズを遠心分離によってペレット状と
した。上澄はマイクロタイターデイツシュのウェルに移
した。次に、デイツシュはBiotek BL310プ
レート リーダーを490nmにセットして測定した。
より長いインキュベーションを行なってもS/N比は改
善されなかった。
G、マイクロ イ − −′  シュ マイクロタイターデイツシュ分析を行った。
マイクロタイターデイツシュは次のようにして準備した
0次のような2種のマイクロタイターデイツシュを準備
した:(1)サンプル及び陰性のコントロールの分析を
行なうためのNウェル、および(2)サンプルおよび陽
性コントロールからのプローブ−分析物複合体を捕捉す
るためのSウェル。
Nウェルは次のようにして調製した:HM緩衝液300
#f!をイムロンIIRemov−a−hells (
Dynatec Inc、)に加えた。ウェルの一列を
カバーし、室温で1時間放置した。吸引により、 8M
緩衝液を除去し、ウェルを400ulのIXPBSで3
回洗った。該−列区画をプラスチックのラップでおおい
、使用するまで4℃で保存した。あるいは、ウェルを以
下のように、ポリフェニルアラニルリジンで、そして次
にlI?l緩衝液でコートした。
Sウェルは9次のように、イムロン■の区画で調製した
。それぞれのウェルに、ポリフェニルアラニルリジン(
Sigma Chemical Inc、)の水溶液(
200μg/d)を200μ!入れた。おおわれた区画
を30分から2時間室温で放置し2次に、上記と同様に
して洗浄した。上記3Bのオリゴヌクレオチドの100
Dzi。(601!0IXPBs中)のサンプルを、 
10■のエチレングリコールビス(スクシイミジルスク
シネート)  (Pierce Chemical I
nc、)を含有する140 u l DMFで処理した
。混合物をポルテックスにかけ、室温にて暗所でインキ
ュベーションした。15分後、溶液を、あらかじめIX
PBs30aeで平衡化したセファデックスG−25カ
ラム(PD−10、ファルマシア)に通した。カラムの
ボイドボリュームをIXPBsで最終量か351R1,
となるように希釈した。それぞれのウェルに、捕捉プロ
ーブ溶液50μlを加えた。プラスチックのラップでお
おった後、ウェルを室温にて暗所で30分から一晩放置
した。ウェルをIXPBSで洗いH緩衝液でおおい、上
記のように保存した。
(以下余白) 標識オリゴヌクレオチドは1次のように、アルカリホス
ファターゼ(AP)で誘導体とした。ウシ小腸AP (
緩衝液中3■、イムノアッセイグレード。
Rhoer+nger−Mannheim)を、 Ce
ntr+con30マイクロコンセントレータ−内にセ
ットした。0.1Mホウ酸ナトリウム(pH9,5)を
約2 m加え、装置は最終容量が4071ffiとなる
まで3500rp−で回転した。次に、アルキルアミノ
オリゴヌクレオチド(第3c節中)を旧TCで活性化し
、ブタノールで抽出し、 HRPプローブについて記載
されたように、タンパクト結合すセタ。PAGR,溶出
(0,1M ) リフ、、 pl+7−5+0゜IM 
NaCl、 10a+M MgCl、 0.1mM Z
uClz)、およびIIRP複合体について記載された
濃度を採用した。最終産物を4°Cで保存し7た。
2回分析を行うため、それぞれのサンプル201tl。
を2つのNウェルに入れ、プロティナーゼに/SDS溶
液2FHt1.で処理した。ウェルをI、1nblo−
Ti tertekマイクロタイタープレートシーラー
でおおった。
これをゆるやかに振とうし、水浴中で65°Cにて30
分インキヱベートした。捕捉および増幅プローブをIM
のN/IOHにセットし、それぞれのウェルに101t
l。
ずつ加えた。シール後、サンプルを上記のように65℃
〜72℃で10〜30分インキ1ベートした。溶液を、
 0.38M酢酸(または0.76M 3− (Nモル
フオリノコプロパンスルホン酸(MOPS) 、遊離の
M)26/7ffi、 12.3XSSCテ中和し9次
に、65°Cにてさらににて1〜2時間セットした。各
ウェルを0,1%5t)S、 0.lX5SCで吸引に
より2回洗浄した。増幅マルチマーの1M緩衝液溶液を
加え、サンプルをシールし7水浴で55°Cにて15分
から1時間保った。上記増幅マルチマーにおいて、lI
旦凹工rhoμ猥工、ペニシIJ:/耐性Lwμ工ho
eae工、テトラサイクリン耐性N、 onorrho
eaeおよびChlasydiaテストには。
5部位クシ構造(第2.8節5)を採用した。上のよう
に洗浄し、 1M緩衝液中の酵素ラベルしたプローブ2
0Blを加えた。 HRPプローブのインキュベートは
42°Cにて15分行い、アルカリホスファターゼプロ
ーブを55°Cにて15分おいて使用した。上記と同様
に洗浄した後、適当な検知試薬を加えた。
HRPについては、増幅ルミノール試薬(3F参照)を
上記と同様に用いた。
静の検出については、酵素トリガーされたジオキセタン
(Schaapら(1987) Tet、I、ett、
28:1159−1162およびHP^公開第0254
051号)  (1,umigen Inc。
より入手)有用いた。検知手順は次のとおりである。標
識工程においては、 APプローブを含む20tt1.
MH緩衝液を各ウェルに加え、ウェルを55°Cにて1
5分間インキ1ベートした。上澄を捨て、ウェルを0.
lX5SC−0,1%5r)S 380 /71.で2
回洗浄した。ウェルを0.I X5SC380/71.
で2回洗浄し、残ったSO5を除去した。CTAR緩衝
液中の3.3 Xl0−’Mジオキセタン20111.
を各ウェルに加えた。試薬が底に沈み、ゆるやかに渦ま
いて底に平坦に分布するように、ウェルを軽くたたいた
。ウェルをマイクロタイタープレートシーラーでおおい
、37℃で1時間インキ1ベートした。次に、ウェルを
ルミノメータ−で測定した。
Mす礼 A、′    の−ス 上記の分析を、実施例1−2へのマルチマー有用い、既
知量の標準HRV IIN^分析物を含有するサンプル
について行った。比較を目的として、3ピー標識化DN
A )を行った。比較分析のゲインを1として表1に示
す。ゲインとは、増幅分析で得られたシグナルと増幅し
ない3ピ一ス分析で得たシグナルとの比である。
これらの分析の結果を下表に示す。S/N−シグナル対
バックグラウンド比。
(以下余白) R1HRV  DNA    +(7)晋真正HRV 
DNA試料を次のようにしてr111tJ21.た。
7:yzikらRur J Chese旧crohio
l (1986) 、、i:330−335のタンパク
−DNA複合体抽出法有用いて、49個のHRV表面抗
原陽性試料中におけるHRV DNAの存在に関するド
ツトプロットスクリーニングを行った。m4図は st
pニックトランスレーシヲンしたp旺63をプローブと
して用いた。49個の試料からなる組に存在する6個の
rlNA陽性血清の分析を表す、各試料をプロットし、
プールされた正常ヒト血清中で、直接に(10°)、1
0倍希釈で(10’) 。
および100倍希釈で(10”) 、プローブにより2
度ずつ調べた。p旺63の試料を、プールされた正常ヒ
ト血清中または緩衝液(10X 5SC)中で2度ずつ
プロットした。希釈液および真正プラスミドを含有する
これらの血清有用いて、5回の独立したプロッティング
実験を行い、計算範囲を決定した。
これらの試料は2本発明のサンドイッチハイブリダイゼ
ーシヲン分析の評価に用いた。
第6図は、上記のHRV DNA陽性試料有用いて。
ビーズ捕捉分析法における化学発光読み取り方式により
得られた結果を表す、4f1gのpHR63試料の分析
結果も示す。各試料に対して、2つの陰影をつけた値が
与えられる。陰影をつけたバーは、各試料より得られた
絶対シグナル(S)を表1.. 3個の試料からなる2
組(合計6個の試料)の平均として表されている。白抜
きのバーは、C型捕捉プローブを含有し7ないビーズ有
用いて、同一血清中で行われた同数の対照試料を表す。
この対照試料はプロッティング分析方式ではあり得ない
が、非特異的結合才たは偽陽性シグナルを与えうる各試
料画分のノイズ(N)を決定するために用いた。
各試料の特異的シグナルは、上で定義したSおよびNの
比として表すことができる。S/N比が1の場合、特異
的結合が全く存在しないことを示す。
陽性試料を示す最小のS/N比は、以下に考察する。
0.2pgとspgとの間のHIIV DNAを含有す
る血清のS/N比は、3.9から49スでに及んでいる
。プールされた正常ヒト血清中における血清4825お
よび血清3657の2倍希釈液および4倍希釈液につい
て行った分析では、各試料の絶対シグナルがほとんど一
次関数的に減少する結果となり、これは。
この方法の推定される特異的特徴を実証している。
異なるロフトのビーズおよび試薬有用い、すべての試料
について、極めて高い再現性がみられた。
試料は化学発光基質溶液を添加してわずか30秒後に測
定したが、45分までは同じ結果が得られた。
また、シグナルを長い間積分しても、S/N比は向上し
なかった。使用した血清は濁ったものから外観は清澄な
ものまであった。これらの血清は冷凍保存し、何度も凍
結および解凍を行った。ハイブリダイゼーシヲン分析を
行う前に、試料を清澄化することはしなかった。溶液ハ
イブリダイゼーションまたはビーズ捕捉の時間を増加さ
せても(18時間まで)、S/N比の有意な向上は見ら
れなかった。
第7図は、サブピコグラムのHRV rlNA試料の分
析を、既知の陰性血清およびプールされた血清中におけ
る多量の異種核酸の場合と比較したものである。用いた
陽性血清(上部のパネル;血清3657の1から10倍
希釈液)の最低S値は、陰性血清(0092)または非
HRV DNA (IIIV)の最高S値よりもわずか
に高いが、 pgレベル以下で真陽性と偽陽性とを区別
する明確な境界は、絶対S値だけに基づいて得ることは
不可能である。L、かじ、これらの同一試料(下部パネ
ル)について、S/N比を比較すれば、 S/N−2,
5という境界値により明確な区別を行い得る。1.7よ
りも高い値を有する陰性試料は存在り、なかったが+ 
 0.2pgの陽性試料の最小値はS/N=4.3であ
った。これは明らかに、各試料に非特異的な結合対照物
有用いた場合の値を示している。
第8図では、ルミノール−p−ヒドロキシ桂皮酸(相対
発光物質、R1,として与えられる)、および0−フェ
ニレンジアミン(opn)による検出有用い、 IIR
V DNA陽性血清および陰性血清について行った分析
の比較を表すものである。この方法は感度で比較したが
、化学発光法は若干の理由で奸才しい。第1に、ビーズ
方式有用いた場合、最良の比色分析結果は、エッベルド
ルフ千1−ブ中でOe口反応を行い、ビーズから散乱す
るとバックグラウンドノイズの顕著な源となりうるので
5溶液をマイクロタイター皿に移し、 ■、ISA測定
器で測定することにより得られた。これに対し、ビーズ
はルミノメータによる化学発光量の読み取りを妨げなか
った。第2に、化学発光法は、かなり迅速に実施できた
。opnを添加した後、検出するまで30分間待機して
いたのに対し、化学発光反応は9基質を添加して30秒
後に直ちに測定することができた。
最後に、R1,およびopn有用いた場合、S/N比は
1.5から2倍上昇し7た。
N.gonorrhoeae ピリン配列RergSt
rom、S、  ら。
PNAS ll5A (1986) 83: 3890
−3894 ニ基づイア、 12個の増幅flNAlN
−ブおよび3個の捕捉プローブ@ 、 Warnerら
(前出)により記述されている自動ホスホアミダイト法
により合成した。精製は。
5anr、hez−PescadorおよびUrdea
 (前出)に従って行った。これらプローブの5“部分
は、ピリン配列の部分に相補的であり、以下の通りであ
った:GCP−1.1.^2C−1 +’、CP−1.LA2cm2 6CP−1,1,A2C−3 GCP−1,1,^2C−5 GCP−1,1,^2C−6 GCP−1、LA2C−7 GCP−1,1,42C−9 GCP−1,1,A21’ニー10 0CP−Ll、A2C−11 GCP−1,1,A20m13 GCP−1,1,A2C−14 GCP−1,1,A2C−15 ATACTTATGGGAAGTTTTTC(:G^^
^TGGG^GCTCGACTA(’、TAACACT
AGCGATAGCAG(:CAAACCGCAATC
AGCGGGAAGGGCGGATGG↑GGAA^八
CCGGCTTCCAGTTTTTAGTCGGCAG
CTCATAATGへACTTAAGGCCGTTTA
CCGGTTTGTTGTGAAGACGG(’:l’
:GCACCGTAGGGGACTTCAATTTTT
GCCI’;CAGCAATGGCGGTGCGAAA
GTTCGCCGCATTTGT↑八CTAATGTT
GTTTTTTGAGAGGGACACCCGGTCC
へCACTATGCGCGTGI’;CTG(:TG(
:TGTGGC^八CGGCTへTTTCTGCCGT
TTCTTTAGCTl’、TGGTTCGTCG G
 CA (’、↑↑GGACGGCGCTATTC[:
GTAGACT各増幅プローブの3゛部分は、上記2.
への直線状マルチマーに相補的になるように構築した。
各捕捉プローブの3゛部分は、上記3.Rの固相オリゴ
ヌクレオチド複合体のオリゴヌクレオチド配列に相補的
になるように構築した。
N、 onorrhoeae株、 N、n+enin 
1Hditis株、およびNe1sser+aの数種の
非病原性の共生株から単離された分析物DNAを、上記
3.Gに記述されている分析方式に従って、し[赳匹匝
eae増幅プローブおよび捕捉プローブ有用いて試験し
た。これらの結果は以下の表に示す。
(以下余白) 捕1じシ辷二1 GCP−XTI−4 GCP−XTI−8 GCP−XTI−12 GATGTGGCGGGCGCGCGTTC^^AGG
CTTCGGAGGCTGTAGTTTCCGTTTA
TACAATTTCTG(:CAAGC(:ATTTT
ACCAAGACGCCTGTCGGNelsseri
a種の分析シグナル応答試料            
 S/N ”表に示した結果から明らかなように、 ム
紐並−rrhoeaeおよびLμ匹国1月叫工膓株から
のON^だけが、これらの試験で陽性の(バックグラウ
ンドを越える)シグナルを示した。この分析は迅速であ
り(96個の試料に対し約4時間)、そして32Pに基
づくドツトプロット法と同様の感度を有する。
N=w赳■植匣(の100個を越える臨床用単離物から
のDNAを試験し、すべて検出された。
分子分析によると、焦」旦すエrhoμじ工に見られる
ペニシリン耐性は、主として、3〜7Mdalの非接合
プラスミドにおけるTEM−1β−ラクタマーゼ遺伝子
の存在によるものである。(このプラスミドは、 H,
ducrevi、  arainfluenzae、お
よび場合によっては、 II、 1nfluenzae
に見られるプラスミドに対する相同性を有する。)従っ
て、ペニシリン耐性を決定することを目的として、プロ
ーブを調製し/I N、 onorrhoeae  (
または、相同性を有するプラスミドを持つ他の上記細菌
)におけるTEM−1DNAを検出した。TI!M−1
遺伝子を有する?、3kbの届−norrhneaeプ
ラスミドは、 Maniatis、 Mo1ecula
rC1onin  :  A  1.ahorator
  Manual  、Co1d  SpringHa
rhor 1.ahoratory (19B2)に記
載されているように得た。このプラスミドをR,col
i HRIOIに形質転換し、精製した。このプラスミ
ドをRamHTで処理り、、 2390hp 現υ■断
片を精製し、そして部分的に配列決定した。1811h
pのすべてを配列決定したところ、これはTEM−1の
構造遺伝子の80%およびpHP^300DNAニ関連
スるし肚匡国肚堕関連子スミドからの118thpの隣
接配列に対応していた。配列決定された部分は第9図に
示す。
増幅プローブおよび捕捉プローブを上述の方法により合
成し、そして精製した。増幅プローブの5°部分はコー
ド領域の配列に相補的であるのに対し、捕捉プローブの
5”部分はpHPA300の配列に相補的である。これ
らプローブの配列は第10図に示す。
(以下余白) 増幅プローブおよび捕捉プローブは、 HBVプローブ
およびN、  onorrhoeaeに対して用いた方
法と同様の方法有用いて調製した。両プローブの組はT
BM−1遺伝子に対するものである。これらプローブの
配列は第9図に示す。
上記3.Gの分析方式有用いて2種々の細菌からの粗細
胞溶解物を分析した。これら試験結果は以下に示す。r
Tll’M−I Jという名称は、 Tf!M−1遺伝
子だけに対するプローブ有用いた試験を表しており、 
 rTEM−INJという名称は、それぞれTEM−1
遺伝子およびpHP^300配列に対するプローブ有用
いた試験を表している。
上述の試験および追加試験に基づいて、 T[!M−1
分析およびTEM−INHN8分析細を以下に定義する
:(以下余白) 表2 ペニシリン耐性細菌のスクリーニング 動〃」虫佳U +nfluenzae’ 違力空徂旦り山上■ Shi ella sonnei Branhamella catarrhalis TEM−1分析で陽性のペニシリン耐性生物:ベニシリ
ナーゼを生産する。 Ne1saeria  onor
rhoeae(PPNG)、 H,1nfluenza
e、 4nfluenzae主、」ヱ1リ−,S、5o
nnei、 E、 co目。
TEM−INHN8分析性のペニシリン耐性生物:PP
NH,H,1nfluenzae、 H,arainf
luenzaeム」匹皿旦− TEM−IN1分析で陰性のペニシリン耐性生物:H,
1nfluenzae、 4. S、 5onnei、
 E、 coli。
B、 catarrhalis非TEM−1β−ラクタ
マーゼ。
TEM−INII分析で陰性のペニシリン感受性生物:
このように、このTEM−1分析は、医師がペニシリン
耐性の感染菌を同定すること、および治療用の適当な抗
生物質を選択して治療の失敗を防止することを可能にす
る有力な臨床手段である。
増幅プローブおよび捕捉プローブの組は、 IIBVプ
ローブおよびTEM−1プローブを調製するために用い
た方法と同じ方法有用いて調製し、そしてChla−a
+ydiaのpCHL2プラスミドにパイプリダイズす
るように設計した(PalmerおよびPalkow(
1986)Plasmid16:52−62)。この組
の各プローブは50merである。
最初の30個のヌクレオチド(5゛から3”方向)は。
ρCIIL2配列に相補的であり、最後の20個のヌク
レオチドは、 TEM−1分析およびTEM−INHN
8分析いた増幅配列および捕捉配列である。これらプロ
ーブに対するpclIL2配列は以下に示す。
プ旦二1坐各務 噌jし]七ニズ pCHL2.CLLA2C−2 pC)lL2.c LLA2C−3 pctlL2.c LLA2C−4 pCHL2.CLLA2C−6 pC箸IL2.c LLA2C〜7 pC肛2.CLLA2C−8 pclIL2.c LLA2C−10 pCHL2.CLLA2C−11 酊凰(3゛から5゛方向) CTACTAAACTCGCACACATCGCGAC
TTCTTAACTeATTAAAGT^^AAGGC
GAGCAAATT八ATGTTACTTTTAGGT
AACGCATCTAGAGGCTCACGATATC
GTTTCTGAAAAAGATAAへCGCGATC
TCCGGCCAGATAAATACTATATAAG
GTCAGTCTTTAACCTCACGACCGAG
CATAT^GAAAGAAACTACGGAAGGG
TTGTCCTATGCTATAACTACTATTT
CCTCAATAGAATCGApcHL2.c LL
A2C−12 pclIL2.c LLA2C−14 ρCHL2.CLLA2C−15 pCHL2.CLl、A2G−16 pCHL2.CLLA2C−18 pcIIL2.c LLA2C−19 捕ルシ辷−ズ pcHL2.cXTl−1 pcHL2.cXTl−5 pcIIL2.cXTl−9 pcIIL2.CXTl−13 pcllL2.cXTl−17 CCATTAAAGCACTAATATCGTCGAT
CCGGTTATTTAGAACGCCAATGAGT
TGTCGCATCTCCAAAGGATAGAGAT
CTTTACTCGCGTCCATAACAACTCG
CCTAATAACGATTAAATTGTAGATT
TCTTCTTAATAAGGCTCATCTTCTT
CCTCTTTGTCAATCTCTTAGTGTAA
AAATATTCGAATCTAGGCAAAGAGT
ATGCCAAAAGGATAACGAACTCGCA
TATTTCCCTTCCGAATTTTCTGCTC
GTTGCAAGAGACTCTTAGTTTATCC
CTTTTGACGAAATCGATATCTGTAC
TATAGACCACTTTTTAATGTTTCTC
CCCTAB、量 量 Sおよび 分析は、血液型亜型L8の単離された血小板(HB)に
ついて行なった。標準試料におけるEBの濃度は。
スライド上に1xpasによる希釈液を塗布し、そして
5yva Microtrak免疫蛍光キット有用いて
染色することにより測定した。顕微鏡で調べることによ
り、6つの任意の領域を計測し、  1IIt1!あた
りの全EBを算出した。
他セジA堕に対する試料調製方法は、 HBVまたはN
e1sseriaに対する方法とは異なったもの有用い
た。
2つの方法のうち一方有用いた? 12.5μlの(1
)リゾチーム(50mMグルコース、25mM)リス、
 pH8,o。
10+wM EDTA中ニ4[/at)、または(2)
 l X PH3中の10mM DTTを、 10μ2
の試料を含む各ウェルに加えた。65℃にて30分間イ
ンキエベートした後、1.2μlの10%SO3を加え
た。次いで、上述のように分析を行なった。捕捉段階の
前に、10μ2のウマ血清を、NウェルおよびSウェル
に加えた。また。
増幅段階および標識段階では、水の代りにウマ血清をH
MII街液中で用いた。アルカリボスフ1ターゼ/リン
酸ジオキセクン系を上述のように分析に用いた。結果は
以下の通りであった: (以下余白) 皿       2ノーLと 3 X 10’      22.67+/−1,63
6XIO’       5.39+/−0,123X
IO’       2.07+/−0,111,5x
 10’      1.63+/−0,0300,5
7÷/−0,06 本発明の分析は1種々の分析物を同時に多重分析するの
に適用し得る。ある方式では、新しい分析物に対して、
標識および標識プローブ配列、増幅マルチマー、そして
標識されたプローブの配列を変更することにより、同一
固相上の同一試料における2つの異なる分析物を検出す
ることが可能である。あるいは1分析物に特異的な捕捉
プローブを合成し、そしてメンブレン片上の異なる位置
に特異的な相補性のある捕捉プローブを付着させること
により、いくつかの異なる分析を同一標識有用いて同時
に行うことが可能である。
(以下余白) N、  onorrhoeaeのtetM’    に
    ン16z1g/alを越える旧C(最少阻害濃
度)値を示す高レベルのテトラサイクリンに耐性の1o
norrhoeae株は24.5Mdの接合型プラスミ
ド中にLe LM決定要因を取得したことがわかってい
る。
(^nnual Rev+ev of Microh%
ology (1984)38:111−133および
and Anti+m1crohe AgentSCh
emother。
(1986) Vol 30:664−670)、従っ
て、ある分析が開発されも1凹y工恒徂肚−におけるt
etM決定要因を検出し7て臨床用試料におけるte 
LMが仲介しているテトラサイクリン耐性を直接診断す
ることが可能となった。その検定は膨大な数の試料から
のtetMの検出を可能にし7.その日のうちに結果を
与え、そして15X10’もの少数の細胞を検出するこ
とが可能である。
GC肉汁または脱脂乳中に懸濁した1o/7rのテトラ
サイクリン耐性NL v胆卑工沖旦すエ(TRNG)細
胞を、澄んだイムロン■ウェル(グイナテック)中”?
! 12.5 /71. (1)溶解溶液(10s+M
  ) ’J ス−HCl、 150sHNaC1,1
1)++M RDTA、1χSO3,pH8,0中の2
mg7dlのプロティナーゼK)と混合し、65°Cで
20分間培養した。 増幅および捕捉プローブのセット
をHRVおよびTI’1M−1プローブを調製するため
に用いたものと同じ方策有用いて調製し、そしてtet
M構造遺伝子にハイブリダイズするように設計した。プ
ローブの配列はNneleic Ac%ds Re5e
arch (1986)14ニア047−7058.に
記述されているストレプトコツカル接合型シャトルトラ
ンスボゾンTn1545からのtetM  遺伝子配列
に基づいて行われた。 tetM遺伝子の配列を捕捉プ
ローブ(^)および増幅プローブ(R)の配列と共に第
12図に示している。各々のプローブは、 (第12図
に示したように) tetM遺伝子に相補的である最初
の30ヌクレオチド(5”から3′へ)および捕捉プロ
ーブに対してCTTCTTTGG^GAAAGTGGT
Gおよび増幅プローブに対してTTAGGCATAGG
AC(’:CGTGTCである後の20ヌクレオチド(
3°末端に伸びている)をもつ50s+erである。
テスト手順は上述の3.Gのマイクロタイターディジ1
検定に僚でいる。各々0.2pIeの捕捉および標識プ
ローブを含んだ5 /71.のl M NaOHを加え
そして、その混合物を65℃で20分間培養した。13
1tQ(D中和溶液(2M MOPS、12.3 X5
SC(I X5SC=0.15 )I NaC1,15
+wMクエン酸ナトリウム))を加え、その混合物を6
5°Cで15分間培養した。各々のウェルに10/11
.の加熱不活性ウマ血清を加え。
その溶液を混合し、あらかじめ捕捉プローブに相補的な
合成オリゴヌクレオチドで覆われたイムロンlホワイト
ウェルに移した。そのウェルを65℃で2時間培養した
後、その混合物をウェルから除き、捨てた。ウェルを0
.1χsos、 o、l X SSCで2回洗浄した。
401t1.の増幅マルチマー溶液(上述3、Gを参照
)を加え、ウェルを55°Cで15分間培養した。ウェ
ルを上述のように2回洗浄し、401tl。
のアルカリホスファターゼ標識したオリゴヌクレオチド
プローブ(上述3.Gを参照)を加えた。ウールを更に
55℃で15分間培養し、上述のように2回洗浄り、、
 0.I X5SCで2回洗浄した。検出をジオキセタ
ン化学発光基質(上述の3.Gを参照)有用いて行った
0発光をマイクロタ記録−デイフシ1記録発光計(グイ
ナテック)有用いることによりまたは37°Cで10分
間暗いチャンバー内でポラロイド5フインスタンド黒白
フイルムでウェルをさらすことにより記録し7た。ノイ
ズ比率(S/N)に対するシグナルは、緩衝液だけを含
んだウェルにより放射される光のカウントにより分けら
れたー試料を含んだウェルにより放射される光と定義す
る。
S/N  比率が−≧、3であったとき、試料を陽性と
みなした。
比較のためにテトラサイクリン感受性(↑C“)株およ
びtetMをもっこ七がわかっているコメンサル株もま
たテストした。下の表がそのテストの結果を表している
gonorrhoeae(Tc ) ucosa mucosa/perflava perflava/5icca denitrlficans コ                      0表
に示したように、全ての132 TRNG株をtetM
ハイプリダイゼーシッン検定有用いてテストした。これ
らの株の全ては発光針またはインスタントフィルズで記
録したときは陽性を示した。N、nu+r、osa r
のようなte LMをもつことが知られているコメンサ
ル株もまたこの検定で陽性であった。他方では。
テストした45のTc”株の内で陽性値を示したものは
なかった。
この検定をあらゆるtetM仲介のテトラサイクリン耐
性生物を検出することに用いることができる。
tetM遺伝子および24,5Mdのプラスミドの両方
と結合する捕捉および増幅プローブを適当な取り合わせ
で設計することにより(上述のTEM−INH検定での
ように)2反応性をTRNGに限定することができる。
上述のTEM−1テストと共にtetMテストを利用す
ることはTEM−1またはte LM仲介の耐性が予期
される抗生物質耐性微生物をスクリーニングするために
要する時間を相当に減少させる。これらの手法は適当な
抗生物質の存在下での初期培養を2次培養する必要を除
去するものである。これらの検定は最小限の試料調製を
必要とし、 f!1.usA法に似た非常に単純な操作
を包含する。N、  v郵y工初旦ae=検定と組合せ
て、N、紐二匹眩eaeおよび抗生物質耐性特性の検出
を数時間で行うことができる。
マイクロタイターウェルを含有する検定の全ての構成要
素は捕捉および増幅プローブを除いて一般的である(分
析物には依存しない。)結果として。
感染物質、および抗生物質耐性物に対する試料の同時分
析を同じく時間わく内で、そして同じ操作で、平行し7
て行うことができる。
により同定した。 5SJKIのこのDNA配列を第1
3図に示す。
この配列を入手可能なりNAライブラリーに対して調べ
た。この配列は以前に報告されていなかった。この5S
JKI配列に、基づいて、捕獲および増幅プローブを上
述の区分4のように合成した。配列の5゛部分を第14
図に示す。
a配列の3゛部分は上述の↑EM−1検定で記述したそ
れらと同じであった(第11図参照)。51部分および
3゛部分の両方を第14図に示す。上述の3゜Gの検定
型を粗細胞溶解物および異なる細菌からのゲノムON^
を検定するために用いた。rlNA試料有用いたテスト
の結果を下に表にする。
C以下金白) N、  U副と工初旦鮎−に対する高度な特異性をもつ
5SJKI と名づけた新しいゲノム配列をN、  [
肚■−hoeae  [lN^およびN、メニンギチデ
ィスDNAに対するゲノムクローンをスクリーニングし
、そして後者とではなく前者と反応した配列を選択する
ことBranhamella caearrhalli
sNeLsserLa  5Lcca Neisseria  5ubflavaNeisse
ria rnuco!IaNeisseria  la
ctamicaNeisseria  flavesc
ensNeisseria  cinerea  (#
3コロ83)1.12 1.0日 1.02 1.94 1.09 2.21 2) Yり夢し・ト鵠と七−1,1ヒ斗1ba、S/N
<3の試料を陰性と定義した。全ての陰性試料を10t
zgのゲノムON^有用いてテストした。
h、S/N>3の試料を陽性と定義1−、た。全ての陽
性試料を1100ttのゲノムnN^有用いてテストし
た。
N、11g3二hoeaeに対する5SJKI配列の特
異性のために、完全な配列またはそれの断片に基づいた
プローブを他のロN^ハイブリダイゼーシラン検定に用
いることができることが理解される。それゆえに、一般
に5SJKI配列に基づいたDNAプローブは本発明の
範囲内であるということを意味する。
そのようなプローブは用いる特定のハイブリダイゼーシ
ョン検定型により、直接にまたは間接に標識することが
できる。
異種の核酸および試料構成要素の存在から観測された低
レベルの干渉のため、ここで提示した本発明方法は最小
限の試料調製で粗物質中の種々の生物の検出に有用であ
る。修飾されていない合成オリゴヌクレオチドである液
相ハイブリダイゼーションプローブを除けば、全ての検
定構成は一般的である(分析物配列は独立);従って新
しい検定は新しいオリゴヌクレオチドのセットを必要と
する。原則として、提示した分析系の化学発光型は十分
に鋭敏であり、4時間以内に5ttgの哺乳動物INN
^における単一の遺伝子検出を可能にする。
本発明を実施するための核酸化学、生化学検定。
および、それに関する分野の当業者には自明な上述の様
式の修飾は特許請求の範囲内にあることはいうまでもな
い。
(以下余白) (発明の要約) 本発明は、生化学的分析法における増幅物として有用な
直鎖状または分枝状のオリゴヌクレオチドマルチマーを
提供する。該増幅物は、(1)目的の一重鎖オリゴヌク
レオチド配列に相補的な少なくとも1つの第1の一重鎖
オリゴヌクレオチド単位と、(2)標識された一重鎖オ
リゴヌクレオチドに相補的な多数の第2の一重鎖オリゴ
ヌクレオチド単位とを有する。マルチマーを使用した増
幅サンドインチ核酸ハイブリダイゼーション法および免
疫分析法が例示されている。
4、゛ の  なi゛口 第1図は、実施例1に記載されている直鎖状の核酸マル
チマーの酵素的調製の過程を図式的に表したものである
第2図Aおよび第2図Bは、実施例2に記載されている
線形および分枝した核酸マルチマーの化学的調製の過程
を図式的に表したものである。
第3図(A−F部分)では「<シ状」および/または分
肢構造を有するマルチマーを作る際に用いる手法を説明
している。
第4図は実施例3に記載されているサンドイッチハイブ
リダイゼーション分析を図式的に表したものである。
第5図は、実施例に記載されているドツトプロットスク
リーニング試験の結果を示すオートラジオグラムである
第6〜8図は、実施例に記載されている真正のHBV 
DNA標本の検査の結果を描写している棒グラフである
第9図は、ベータ〜ラクタマーゼTEM−1遺伝子を有
する7、3 kbのN、  onorrhoeaeプラ
スミドの1部分のコード鎖のDNA配列を示している。
第10図は、実施例の第5節に記載されているTl!M
INH分析に用いられる。捕捉および増幅プローブの部
分的なヌクレオチド配列を示す。
第11図は、実施例の第5節に記載されているTBM−
1分析に用いられる捕捉および増幅プローブの部分的ヌ
クレオチド配列を示す。
第12図は、実施例の第7節に記載されているte t
M分析に用いられる捕捉および増幅プローブの部分的ヌ
クレオチド配列(5゛末端)を示す。
第13図は、実施例の第8節で述べている。Lonor
rhoeaeのゲノム配列5SJKIのDNA配列であ
る。
第14図は、実施例の第8節に記載されているLono
rrhoeaeの分析に用いられる捕捉および増幅プロ
ーブの部分的ヌクレオチドを示す。
以上

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1、(a)目的の第1の一本鎖核酸配列と特異的に結合
    し得る少なくとも1つの第1の一本鎖オリゴヌクレオチ
    ド単位と、 (b)目的の第2の一本鎖核酸配列と特異的に結合し得
    る多数の第2の一本鎖オリゴヌクレオチド単位と、 を含有する核酸マルチマー。 2、前記第1のオリゴヌクレオチド単位が前記第2のオ
    リゴヌクレオチド単位とは異なる配列を有し、前記第2
    のオリゴヌクレオチド単位の数が前記第1のオリゴヌク
    レオチドヌクレオチド単位の数の少なくとも約2倍であ
    る、特許請求の範囲第1項に記載の核酸マルチマー。 3、前記第1のオリゴヌクレオチド単位のヌクレオチド
    配列が前記第2のヌクレオチド単位のヌクレオチド配列
    と同一であり、両単位の合計数が少なくとも約3である
    、特許請求の範囲第1項に記載の核酸マルチマー。 4、前記マルチマーが分枝状構造を有する、特許請求の
    範囲第1項、第2項または第3項に記載の核酸マルチマ
    ー。 5、前記マルチマーのオリゴヌクレオチド単位の少なく
    とも一部が、次の式(1)で表される化合物から誘導さ
    れた多官能部分を介して結合している、特許請求の範囲
    第1項、第2項、第3項または第4項に記載の核酸マル
    チマー: ▲数式、化学式、表等があります▼(1) ここで、Rは有機部分、好ましくは核酸であり;R^1
    は合成核酸が固相から遊離せず、かつ環外窒素が脱離し
    ないような条件下で脱離し得るヒドロキシル保護基、ま
    たはリン酸保護基であり;Xは核酸合成を促進するリン
    含有基であり;Yは求核基から誘導される基であり;そ
    して、R^2はR^1、またはR^1に影響を及ぼすこ
    となく、脱離して水素と置換し得る阻害基または保護基
    である。 6、前記マルチマーのオリゴヌクレオチド単位の少なく
    とも一部が、次の式(2)で表される化合物から誘導さ
    れた多官能部分を介して結合している、特許請求の範囲
    第1項、第2項、第3項または第4項に記載の核酸マル
    チマー: ▲数式、化学式、表等があります▼(2) ここで、Zは求核基であり;R^1は一般に塩基に対し
    て安定であり、かつ酸に対して感受性を有する保護基で
    あり;R^2は水素またはメチルであり;R^3はR^
    1に影響を及ぼすことなく、脱離して水素と置換し得る
    保護基であり;R^5は化学合成の間にオリゴヌクレオ
    チドの5′部分にヌクレオチドを追加し得るリン誘導体
    であり;R^6はメチル、 水素、I、Br、またはFであり;そして、Xは1〜8
    の範囲の整数である。 7、目的の前記第1の一本鎖ヌクレオチド配列が核酸分
    析物である、特許請求の範囲第1項、第2項、第3項、
    第4項、第5項または第6項に記載の核酸マルチマー。 8、目的の前記第1の一本鎖ヌクレオチド配列が核酸分
    析物に結合しているオリゴヌクレオチドである、特許請
    求の範囲第1項、第2項、第3項、第4項、第5項また
    は第6項に記載の核酸マルチマー。 9、目的の前記第2の一本鎖ヌクレオチド配列が標識さ
    れた一本鎖オリゴヌクレオチド配列である、特許請求の
    範囲第1項、第2項、第3項、第4項、第5項、第6項
    、第7項または第8項に記載の核酸マルチマー。 10、前記第2の一本鎖オリゴヌクレオチド単位の各々
    に、化学的に開裂可能なリンカーが存在する、特許請求
    の範囲第1項、第2項、第3項、第4項、第5項、第6
    項、第7項または第8項に記載の核酸マルチマー。 11、以下の工程を包含する核酸ハイブリダイゼーショ
    ン分析法: (a)特許請求の範囲第9項に記載のマルチマーを、固
    相に結合した一本鎖核酸分析物と、あるいは該分析物に
    結合した一本鎖オリゴヌクレオチドと、第1のオリゴヌ
    クレオチド単位を介してハイブリダイズさせる工程; (b)結合していないマルチマーを除去する工程; (c)標識された一本鎖オリゴヌクレオチドを、第2の
    オリゴヌクレオチド単位を介して、該マルチマーとハイ
    ブリダイズさせる工程; (d)結合していない標識されたオリゴヌクレオチドを
    除去する工程;および (e)該マルチマーに結合した標識の存在を検出する工
    程。 12、第2の核酸配列を含む核酸セグメントと、第1の
    核酸配列を含むが、該第2の核酸配列は含まない別の核
    酸セグメントとを含有する試料中の、該第2の核酸配列
    を含む該核酸セグメントの一部である該第1の核酸配列
    を検出するための溶液サンドイッチ核酸ハイブリダイゼ
    ーション分析法であって、該分析法は以下の工程を包含
    する: (a)分析物を、ハイブリダイゼーション条件下で、(
    i)該第1の核酸配列または該第2の核酸配列の一方に
    相補的な第1のセグメントと、核酸マルチマーのオリゴ
    ヌクレオチド単位に相補的な第2のセグメントとを含有
    する増幅プローブオリゴヌクレオチド、および(ii)
    該第1の核酸配列または該第2の核酸配列の他方に相補
    的な第1のセグメントと、固相に結合したオリゴヌクレ
    オチドに相補的な第2のセグメントとを含有する捕捉プ
    ローブオリゴヌクレオチドの過剰量と接触させる工程; (b)ハイブリダイゼーション条件下で、工程(a)の
    産物を、該固相に結合した該オリゴヌクレオチドと接触
    させる工程; (c)その後、該固相に結合していない物質を分離する
    工程; (d)ハイブリダイゼーション条件下で、工程(c)の
    固相複合体産物を、(i)該増幅プローブオリゴヌクレ
    オチドの該第2のセグメントに相補的な少なくとも1つ
    のオリゴヌクレオチド単位および(ii)標識されたオ
    リゴヌクレオチドに相補的な多数の第2のオリゴヌクレ
    オチド単位を有する該核酸マルチマーと接触させる工程
    ; (e)結合していないマルチマーを除去する工程; (f)ハイブリダイゼーション条件下で、工程(e)の
    固相複合体産物を、該標識されたオリゴヌクレオチドと
    接触させる工程; (g)結合していない標識されたオリゴヌクレオチドを
    除去する工程;および (h)工程の固相複合体産物中における標識の存在を検
    出する工程。 13、免疫化学的な分析物に対する免疫分析法であって
    、該免疫分析法は以下の工程を包含する: (a)該分析物にリガンドを、特異的に、かつ直接的に
    または間接的に結合させる工程であって、該リガンドが
    特許請求の範囲第1項に記載のマルチマーの第1のオリ
    ゴヌクレオチド単位に相補的な一本領オリゴヌクレオチ
    ドを有する、工程; (b)結合していないリガンドを除去する工程; (c)特許請求の範囲第1項記載のマルチマーを該リガ
    ンドにハイブリダイズさせる工程; (d)標識されたオリゴヌクレオチドを、結合したマル
    チマーの第2のオリゴヌクレオチド単位にハイブリダイ
    ズさせる工程; (e)結合していない標識されたオリゴヌクレオチドを
    除去する工程;および (f)該結合したマルチマーに結合した標識の存在を検
    出する工程。 14、B型肝炎ウィルス(HRV)DNAのサンドイッ
    チハイブリダイゼーション分析法における増幅プローブ
    として有用な合成オリゴヌクレオチドであって、 (a)該HRVゲノムの保存領域のセグメントに相補的
    なヌクレオチド配列を有する第1のセグメントと、 (b)核酸マルチマーのオリゴヌクレオチド単位に相補
    的なヌクレオチド配列を有する第2のセグメントと、 を含有する合成ヌクレオチド。 15、B型肝炎ウィルス(HRV)DNAのサンドイッ
    チハイブリダイゼーション分析法における捕捉プローブ
    として有用な合成オリゴヌクレオチドであって、 (a)該HRVゲノムの保存領域のセグメントに相補的
    なヌクレオチド配列を有する第1のセグメントと、 (b)固相に結合したオリゴヌクレオチドに相補的なヌ
    クレオチド配列を有する第2のセグメントと、 を含有する合成ヌクレオチド。 16、¥N.¥¥gonorrhoeae¥のサンドイ
    ッチハイブリダイゼーション分析法における増幅プロー
    ブとして有用な合成オリゴヌクレオチドであって、 (a)¥N.¥¥gonorrhoeae¥のピリンD
    NAのセグメントに相補的なヌクレオチド配列を有する
    第1のセグメントと、 (b)核酸マルチマーのオリゴヌクレオチド単位に相補
    的なヌクレオチド配列を有する第2のセグメントと、 を含有する合成ヌクレオチド。 17、¥N.¥¥gonorrhoeae¥のサンドイ
    ッチハイブリダイゼーション分析法における捕捉プロー
    ブとして有用な合成オリゴヌクレオチドであって、 (a)¥N.¥¥gonorrhoeae¥のピリンD
    NAのセグメントに相補的なヌクレオチド配列を有する
    第1のセグメントと、 (b)固相に結合したオリゴヌクレオチドに相補的なヌ
    クレオチド配列を有する第2のセグメントと、 を含有する合成ヌクレオチド。 18、¥N.¥¥gonorrhoeae¥の溶液相サ
    ンドイッチハイブリダイゼーション分析法における増幅
    プローブとして有用な合成オリゴヌクレオチドであって
    、 (a)第13図に示される¥N.¥¥gonorrho
    eae¥のゲノムクローンのセグメントに相補的なヌク
    レオチド配列を有する第1のセグメントと、 (b)核酸マルチマーのオリゴヌクレオチド単位に相補
    的なヌクレオチド配列を有する第2のセグメントと、 を含有する合成ヌクレオチド。 19、¥N.¥¥gonorrhoeae¥の溶液相サ
    ンドイッチハイブリダイゼーション分析法における捕捉
    プローブとして有用な合成オリゴヌクレオチドであって
    、 (a)第13図に示される¥N.¥¥gonorrho
    eae¥のゲノムクローンのセグメントに相補的なヌク
    レオチド配列を有する第1のセグメントと、 (b)固相に結合したオリゴヌクレオチドに相補的なヌ
    クレオチド配列を有する第2のセグメントと、 を含有する合成ヌクレオチド。 20、β−ラクタマーゼTEM−1遺伝子を有する¥N
    .¥¥gonorrhoeae¥の7.3kbプラスミ
    ドまたは該遺伝子のサンドイッチハイブリダイゼーショ
    ン分析法における増幅プローブとして有用な合成オリゴ
    ヌクレオチドであって、 (a)該プラスミドまたは該遺伝子のセグメントに相補
    的なヌクレオチド配列を有する第1のセグメントと、 (b)核酸マルチマーのオリゴヌクレオチド単位に相補
    的なヌクレオチド配列を有する第2のセグメントと、 を含有する合成ヌクレオチド。 21、β−ラクタマーゼTEM−1遺伝子を有する¥N
    .¥¥gonorrhoeae¥科の7.3kbプラス
    ミドまたは該遺伝子のサンドイッチハイブリダイゼーシ
    ョン分析法における捕捉プローブとして有用な合成オリ
    ゴヌクレオチドであって、 (a)該プラスミドまたは該遺伝子のセグメントに相補
    的なヌクレオチド配列を有する第1のセグメントと、 (b)固相に結合したオリゴヌクレオチドに相補的なヌ
    クレオチド配列を有する第2のセグメントと、 を含有する合成ヌクレオチド。 22、テトラサイクリン耐性生物におけるtetM遺伝
    子のサンドイッチハイブリダイゼーション分析法におけ
    る捕捉プローブとして有用な合成オリゴヌクレオチドで
    あって、 (a)該tetM遺伝子のセグメントに相補的なヌクレ
    オチド配列を有する第1のセグメントと、 (b)固相に結合したオリゴヌクレオチド単位に相補的
    なヌクレオチド配列を有する第2のセグメントと、 を含有する合成ヌクレオチド。 23、テトラサイクリン耐性生物におけるtetM遺伝
    子のサンドイッチハイブリダイゼーション分析法におけ
    る増幅プローブとして有用な合成オリゴヌクレオチドで
    あって、 (a)該tetM遺伝子のセグメントに相補的なヌクレ
    オチド配列を有する第1のセグメントと、 (b)核酸マルチマーのオリゴヌクレオチド単位に相補
    的なヌクレオチド配列を有する第2のセグメントと、 を含有する合成ヌクレオチド。 24、¥Chlamydia¥¥trachomati
    s¥のサンドイッチハイブリダイゼーション分析法にお
    ける増幅プローブとして有用な合成オリゴヌクレオチド
    であって、 (a)該¥Chlamydia¥¥trachomat
    is¥のpCHL2プラスミドのセグメントに相補的な
    ヌクレオチド配列を有する第1のセグメントと、 (b)核酸マルチマーのオリゴヌクレオチド単位に相補
    的なヌクレオチド配列を有する第2のセグメントと、 を含有する合成ヌクレオチド。 25、¥Chlamydia¥¥trachomati
    s¥のサンドイッチハイブリダイゼーション分析法にお
    ける捕捉プローブとして有用な合成オリゴヌクレオチド
    であって、 (a)該¥Chlamydia¥¥trachomat
    is¥のpCHL2プラスミドのセグメントに相補的な
    ヌクレオチド配列を有する第1のセグメントと、 (b)固相に結合したオリゴヌクレオチドに相補的なヌ
    クレオチド配列を有する第2のセグメントと、 を含有する合成ヌクレオチド。 26、¥N.¥¥gonorrhoeae¥のDNAを
    検出するためのDNAプローブであって、 第13図に示される該¥N.¥¥gonorrhoea
    e¥のゲノムクローンのいずれかの鎖の全体または一部
    に相補的なヌクレオチド配列を有する、DNAプローブ
    。 27、分析物中における¥N.¥¥gonorrhoe
    ae¥のピリンDNAを検出するための溶液サンドイッ
    チDNAハイブリダイゼーション分析法であって、該分
    析法は以下の工程を包含する: (a)該分析物を、ハイブリダイゼーション条件下で、
    (i)¥N.¥¥gonorrhoeae¥のピリンD
    NAのセグメントに相補的なヌクレオチド配列を有する
    第1のセグメントと、核酸マルチマーのオリゴヌクレオ
    チド単位に相補的なヌクレオチド配列を有する第2のセ
    グメントとを含有する増幅プローブオリゴヌクレオチド
    、および(ii)¥N.¥¥gonorrhoeae¥
    のピリンDNAのセグメントに相補的なヌクレオチド配
    列を有する第1のセグメントと、固相に結合したオリゴ
    ヌクレオチドに相補的なヌクレオチド配列を有する第2
    のセグメントとを含有する捕捉プローブオリゴヌクレオ
    チドの過剰量と接触させる工程; (b)ハイブリダイゼーション条件下で、工程(a)の
    産物を、該固相に結合した該オリゴヌクレオチドと接触
    させる工程; (c)その後、該固相に結合しない物質を分離する工程
    ; (d)ハイブリダイゼーション条件下で、工程(c)の
    固相複合体産物を、(i)該増幅プローブオリゴヌクレ
    オチドの該第2のセグメントに相補的な少なくとも1つ
    のオリゴヌクレオチド単位、および(ii)標識された
    オリゴヌクレオチドに相補的な多数の第2のオリゴヌク
    レオチド単位を含有する該核酸マルチマーと接触させる
    工程; (e)結合していないマルチマーを除去する工程;(f
    )ハイブリダイゼーション条件下で、工程(e)の固相
    複合体産物を、該標識されたオリゴヌクレオチドと接触
    させる工程; (g)結合していない標識されたオリゴヌクレオチドを
    除去する工程;および (h)工程(g)の固相複合体産物中における標識の存
    在を検出する工程。 28、分析物中における¥N.¥¥gonorrhoe
    ae¥のピリンDNAを検出するための溶液サンドイッ
    チDNAハイブリダイゼーション分析法であって、該分
    析法は以下の工程を包含する: (a)該分析物を、ハイブリダイゼーション条件下で、
    (i)第13図に示される¥N.¥¥gonorrho
    eae¥のゲノムクローンのセグメントに相補的なヌク
    レオチド配列を有する第1のセグメントと、核酸マルチ
    マーのオリゴヌクレオチド単位に相補的なヌクレオチド
    配列を有する第2のセグメントとを含有する増幅プロー
    ブオリゴヌクレオチド、および(ii)第13図に示さ
    れる¥N.¥¥gonorrhoeae¥のゲノムクロ
    ーンのセグメントに相補的なヌクレオチド配列を有する
    第1のセグメントと、固相に結合したオリゴヌクレオチ
    ドに相補的なヌクレオチド配列を有する第2のセグメン
    トとを含有する捕捉プローブオリゴヌクレオチドの過剰
    量と接触させる工程; (b)ハイブリダイゼーション条件下で、工程(a)の
    産物を、該固相に結合した該オリゴヌクレオチドと接触
    させる工程; (c)その後、該固相に結合しない物質を分離する工程
    ; (d)ハイブリダイゼーション条件下で、工程(c)の
    固相複合体産物を、(i)該増幅プローブオリゴヌクレ
    オチドの該第2のセグメントに相補的な少なくとも1つ
    のオリゴヌクレオチド単位、および(ii)標識された
    オリゴヌクレオチドに相補的な多数の第2のオリゴヌク
    レオチド単位を含有する該核酸マルチマーと接触させる
    工程; (e)結合していないマルチマーを除去する工程; (f)ハイブリダイゼーション条件下で、工程(e)の
    固相複合体産物を、該標識されたオリゴヌクレオチドと
    接触させる工程; (g)結合していない標識されたオリゴヌクレオチドを
    除去する工程;および (h)工程(g)の固相複合体産物中における標識の存
    在を検出する工程。 29、分析物中におけるβ−ラクタマーゼTEM−1遺
    伝子を有する¥N.¥¥gonorrhoeae¥科の
    7.3kbプラスミドまたは該遺伝子を検出するための
    溶液サンドイッチDNAハイブリダイゼーション分析法
    であって、該分析法は以下の工程を包含する: (a)該分析物を、ハイブリダイゼーション条件下で、
    (i)該プラスミドまたは該遺伝子のセグメントに相補
    的なヌクレオチド配列を有する第1のセグメントと、核
    酸マルチマーのオリゴヌクレオチド単位に相補的なヌク
    レオチド配列を有する第2のセグメントとを含有する増
    幅プローブオリゴヌクレオチド、および(ii)該プラ
    スミドまたは該遺伝子の別のセグメントに相補的なヌク
    レオチド配列を有する第1のセグメントと、固相に結合
    したオリゴヌクレオチドに相補的なヌクレオチド配列を
    有する第2のセグメントとを含有する捕捉プローブオリ
    ゴヌクレオチドの過剰量と接触させる工程; (b)ハイブリダイゼーション条件下で、工程(a)の
    産物を、該固相に結合した該オリゴヌクレオチドと接触
    させる工程; (c)その後、該固相に結合しない物質を分離する工程
    ; (d)ハイブリダイゼーション条件下で、工程(c)の
    固相複合体産物を、(i)該増幅プローブオリゴヌクレ
    オチドの該第2のセグメントに相補的な少なくとも1つ
    のオリゴヌクレオチド単位、および(ii)標識された
    オリゴヌクレオチドに相補的な多数の第2のオリゴヌク
    レオチド単位を含有する該核酸マルチマーと接触させる
    工程; (e)結合していないマルチマーを除去する工程; (f)ハイブリダイゼーション条件下で、工程(e)の
    固相複合体産物を、該標識されたオリゴヌクレオチドと
    接触させる工程; (g)結合していない標識されたオリゴヌクレオチドを
    除去する工程;および (h)工程(g)の固相複合体産物中における標識の存
    在を検出する工程。 30、分析物中におけるB型肝炎ウィルス(HRV)の
    DNAを検出するための溶液サンドイッチDNAハイブ
    リダイゼーション分析法であって、該分析法は以下の工
    程を包含する: (a)該分析物を、ハイブリダイゼーション条件下で、
    (i)該HRVゲノムの保存領域のセグメントに相補的
    なヌクレオチド配列を有する第1のセグメントと、核酸
    マルチマーのオリゴヌクレオチド単位に相補的なヌクレ
    オチド配列を有する第2のセグメントとを含有する増幅
    プローブオリゴヌクレオチド、および(ii)該HRV
    ゲノムの保存領域の別のセグメントに相補的なヌクレオ
    チド配列を有する第1のセグメントと、固相に結合した
    オリゴヌクレオチドに相補的なヌクレオチド配列を有す
    る第2のセグメントとを含有する捕捉プローブオリゴヌ
    クレオチドの過剰量と接触させる工程; (b)ハイブリダイゼーション条件下で、工程(a)の
    産物を、該固相に結合した該オリゴヌクレオチドと接触
    させる工程; (c)その後、該固相に結合しない物質を分離する工程
    ; (d)ハイブリダイゼーション条件下で、工程(c)の
    固相複合体産物を、(i)該増幅プローブオリゴヌクレ
    オチドの該第2のセグメントに相補的な少なくとも1つ
    のオリゴヌクレオチド単位、および(ii)標識された
    オリゴヌクレオチドに相補的な多数の第2のオリゴヌク
    レオチド単位を含有する該核酸マルチマーと接触させる
    工程; (e)結合していないマルチマーを除去する工程; (f)ハイブリダイゼーション条件下で、工程(e)の
    固相複合体産物を、該標識されたオリゴヌクレオチドと
    接触させる工程; (g)結合していない標識されたオリゴヌクレオチドを
    除去する工程;および (h)工程(g)の固相複合体産物中における標識の存
    在を検出する工程。 31、分析物中における¥Chlamydia¥¥tr
    achomatis¥のDNAを検出するための溶液サ
    ンドイッチDNAハイブリダイゼーション分析法であっ
    て、該分析法は以下の工程を包含する: (a)該分析物を、ハイブリダイゼーション条件下で、
    (i)¥Chlamydia¥¥trachomati
    s¥のpCHL2プラスミドのセグメントに相補的なヌ
    クレオチド配列を有する第1のセグメントと、核酸マル
    チマーのオリゴヌクレオチド単位に相補的なヌクレオチ
    ド配列を有する第2のセグメントとを含有する増幅プロ
    ーブオリゴヌクレオチド、および(ii)¥Chla−
    ¥¥mydiatrachomatis¥のpCHL2
    プラスミドの別のセグメントに相補的なヌクレオチド配
    列を有する第1のセグメントと、固相に結合したオリゴ
    ヌクレオチドに相補的なヌクレオチド配列を含有する第
    2のセグメントとを有する捕捉プローブオリゴヌクレオ
    チド過剰量と接触させる工程; (b)ハイブリダイゼーション条件下で、工程(a)の
    産物を、該固相に結合した該オリゴヌクレオチドと接触
    させる工程; (c)その後、該固相に結合しない物質を分離する工程
    ; (d)ハイブリダイゼーション条件下で、工程(c)の
    固相複合体産物を、(i)該増幅プローブオリゴヌクレ
    オチドの該第2のセグメントに相補的な少なくとも1つ
    のオリゴヌクレオチド単位、および(ii)標識された
    オリゴヌクレオチドに相補的な多数の第2のオリゴヌク
    レオチド単位を含有する該核酸マルチマーと接触させる
    工程; (e)結合していないマルチマーを除去する工程; (f)ハイブリダイゼーション条件下で、工程(e)の
    固相複合体産物を、該標識されたオリゴヌクレオチドと
    接触させる工程; (g)結合していない標識されたオリゴヌクレオチドを
    除去する工程;および (h)工程(g)の固相複合体産物中における標識の存
    在を検出する工程。 32、テトラサイクリン耐性生物のDNAを含むと思わ
    れるtetM遺伝子DNAを検出するための溶液サンド
    イッチDNAハイブリダイゼーション分析法であって、
    該分析法は以下の工程を包含する: (a)該分析物を、ハイブリダイゼーション条件下で、
    (i)該tetM遺伝子のセグメントに相補的なヌクレ
    オチド配列を有する第1のセグメントと、核酸マルチマ
    ーのオリゴヌクレオチド単位に相補的なヌクレオチド配
    列を有する第2のセグメントとを含有する増幅プローブ
    オリゴヌクレオチド、および(ii)該tetM遺伝子
    の別のセグメントに相補的なヌクレオチド配列を有する
    第1のセグメントと、固相に結合したオリゴヌクレオチ
    ドに相補的なヌクレオチド配列を有する第2のセグメン
    トとを含有する捕捉プローブオリゴヌクレオチドの過剰
    量と接触させる工程; (b)ハイブリダイゼーション条件下で、工程(a)の
    産物を、該固相に結合した該オリゴヌクレオチドと接触
    させる工程; (c)その後、該固相に結合しない物質を分離する工程
    ; (d)ハイブリダイゼーション条件下で、工程(c)の
    固相複合体産物を、(i)該増幅プローブオリゴヌクレ
    オチドの該第2のセグメントに相補的な少なくとも1つ
    のオリゴヌクレオチド単位、および(ii)標識された
    オリゴヌクレオチドに相補的な多数の第2のオリゴヌク
    レオチド単位を含有する該核酸マルチマーと接触させる
    工程; (e)結合していないマルチマーを除去する工程; (f)ハイブリダイゼーション条件下で、工程(e)の
    固相複合体産物を、該標識されたオリゴヌクレオチドと
    接触させる工程; (g)結合していない標識されたオリゴヌクレオチドを
    除去する工程;および (h)工程(g)の固相複合体産物中における標識の存
    在を検出する工程。 33、分析物中における¥N.¥¥gonorrhoe
    ae¥のDNAを検出するためのDNAハイブリダイゼ
    ーション分析法であって、 該分析物を、ハイブリダイゼーション条件下で、第13
    図に示される¥N.¥¥gonorrhoeae¥のゲ
    ノムクローンのいずれかの鎖の全体または一部に相補的
    なDNAプローブと接触させる工程と、 該DNAプローブを含む二本鎖の存在を検出する工程と
    、 を包含する分析法。
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