JP7750839B2 - ピロールイミダゾールポリアミド、TGFβ遺伝子発現抑制剤、医薬組成物 - Google Patents

ピロールイミダゾールポリアミド、TGFβ遺伝子発現抑制剤、医薬組成物

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Description

本発明は、ピロールイミダゾールポリアミド、TGF-β遺伝子発現抑制剤、医薬組成物、及びピロールイミダゾールポリアミドの製造方法に関する。
本願は、2020年7月20日に、日本に出願された特願2020-123988号に基づき優先権を主張し、その内容をここに援用する。
ピロールイミダゾールポリアミド(以下、「PIポリアミド」ともいう)は、2本鎖DNAのマイナーグルーブに塩基配列特異的に強力に水素結合するマイナーグルーブバインダーである。PIポリアミドを、標的遺伝子のプロモーターの転写制御領域に結合するように設計することにより、PIポリアミドを用いて標的遺伝子の転写を抑制することができる。また、PIポリアミドにアルキル化剤を結合することにより、塩基配列特異的に標的遺伝子発現を抑制することができる。PIポリアミドは、脂質又はウイルスベクター等のドラッグデリバリーシステム(DDS)を用いることなく、生体内に分布して細胞に取り込まれ、核に結合し得る。この点で、PIポリアミドは、通常の核酸医薬などのDNA認識化合物に対して優位性がある。PIポリアミドは、様々な遺伝子をターゲットとして自由に分子設計できる。疾病で活性化した疾患遺伝子の転写活性を特異的に抑制することができるため、副作用が少ない。また、PIポリアミドは、経口投与可能な遺伝子制御薬として使用できる可能性がある。そのため、これまでに、PIポリアミドを用いた多くの創薬研究が行われてきた。
TGF-β1は、進行性腎障害、肝硬変症、肺線維症等の線維性疾患の責任因子である。本発明者らは、TGF-β1遺伝子プロモーターに結合して、TGF-β1遺伝子発現を抑制するPIポリアミドを開発している(特許文献1)。
特許第4682312号公報
従来のPIポリアミドは、特定の1種の遺伝子のプロモーターを標的として設計されていた。したがって、従来のPIポリアミドは、1種の遺伝子の転写を制御することしかできなかった。しかしながら、例えば、2種以上の標的遺伝子の転写を同時に制御したい場合がある。
そこで、本発明は、2種以上の遺伝子の転写を同時に制御可能な、新規ピロールイミダゾールポリアミド、前記ピロールイミダゾールポリアミドを含む医薬組成物、及びピロールイミダゾールポリアミドの製造方法を提供することを目的とする。また、TGF-β関連疾患又は線維性疾患の治療薬として有用な、HGFの発現を増加してTGF-βの発現を抑制する、ピロールイミダゾールポリアミド、並びに前記ピロールイミダゾールポリアミドを用いたTGF-β遺伝子発現抑制剤、及びTGF-β関連疾患又は線維性疾患を治療するための医薬組成物を提供することを目的とする。
本発明は以下の態様を含む。
[1]2種以上の遺伝子のプロモーターに結合し、前記2種以上の遺伝子の転写を制御する、ピロールイミダゾールポリアミド。
[2]前記2種以上の遺伝子が、第1の遺伝子及び第2の遺伝子を含み、前記第1の遺伝子が、前記第2の遺伝子の発現制御因子をコードする遺伝子である、[1]に記載のピロールイミダゾールポリアミド。
[3]前記第1の遺伝子のプロモーターに結合し、前記第1の遺伝子のプロモーターへの転写制御因子の結合を阻害する、[2]に記載のピロールイミダゾールポリアミド。
[4]前記2種以上の遺伝子が、HGF遺伝子と、TGF-β遺伝子とを含む、[1]に記載のピロールイミダゾールポリアミド。
[5]前記HGF遺伝子の転写を促進し、且つ前記TGF-β遺伝子の転写を阻害する、[4]に記載のピロールイミダゾールポリアミド。
[6]前記HGF遺伝子のプロモーターにおける転写抑制領域に結合する、[5]に記載のピロールイミダゾールポリアミド。
[7]前記HGF遺伝子のプロモーターにおける、配列番号1に記載の塩基配列の少なくとも一部を含む領域に結合する、[6]に記載のピロールイミダゾールポリアミド。
[8]前記HGF遺伝子のプロモーターにおける、下記配列1~3のいずれかを含む領域に結合する、[7]に記載のピロールイミダゾールポリアミド。
配列1:AGGTGAC
配列2:ACCTTTT
配列3:CTTTTCT
[9]前記TGF-β遺伝子のプロモーターにおける転写促進領域に結合する、[4]~[8]のいずれか1つに記載のピロールイミダゾールポリアミド。
[10]下記式(P-3)、(P-5)又は(P-7)で表されるピロールイミダゾールポリアミド。
[式中、R及びRは、それぞれ独立に、1価の有機基を表す。R及びRは、相互に連結して2価の有機基を形成してもよい。]
[11]下記式Hu-HGF-3、Hu-HGF-5又はHu-HGF-7で表される、[10]に記載のピロールイミダゾールポリアミド。
[12][4]~[11]のいずれか1つに記載のピロールイミダゾールポリアミドを含む、TGF-β遺伝子発現抑制剤。
[13][1]~[11]のいずれか1つに記載のピロールイミダゾールポリアミドを含む、医薬組成物。
[14][4]~[11]のいずれか1つに記載のピロールイミダゾールポリアミドを含む、TGF-β関連疾患を治療するための医薬組成物。
[15][4]~[11]のいずれか1つに記載のピロールイミダゾールポリアミドを含む、線維性疾患を治療するための医薬組成物。
[16](a)2種以上の遺伝子のプロモーターに結合するピロールイミダゾールポリアミドを設計する工程と、(b)前記ピロールイミダゾールポリアミドを合成する工程と、(c)前記合成されたピロールイミダゾールポリアミドのうち、前記2種以上の遺伝子の転写を制御するピロールイミダゾールポリアミドを選択する工程と、を含む、ピロールイミダゾールポリアミドの製造方法。
本発明によれば、2種以上の遺伝子の転写を同時に制御可能な、新規ピロールイミダゾールポリアミド、前記ピロールイミダゾールポリアミドを含む医薬組成物、及びピロールイミダゾールポリアミドの製造方法が提供される。また、TGF-β関連疾患又は線維性疾患の治療薬として有用なHGFの発現を増加してTGF-βの発現を抑制する、ピロールイミダゾールポリアミド、並びに前記ピロールイミダゾールポリアミドを用いたTGF-β遺伝子発現抑制剤、及びTGF-β関連疾患又は線維性疾患を治療するための医薬組成物が提供される。
HGFとTGF-βとの関係を説明する図である。 ヒトHGFプロモーターの塩基配列を示す。下線部は、COUP-TF1結合サイト(-108~-96)を示す。 COUP-TF1結合サイト周辺を標的とする2種のPIポリアミド(Hu-HGF-1、Hu-HGF-2)の設計を示す。下線部は、COUP-TF1結合サイトを示す。Py:N-メチルピロール単位;Im:N-メチルイミダゾール単位;β:βアラニン単位;Ac:アセチル基;Dp:ジメチルアミノプロピル基。 COUP-TF1結合サイト周辺を標的とする4種のPIポリアミド(Hu-HGF-3、Hu-HGF-4、Hu-HGF-5、Hu-HGF-6)の設計を示す。下線部は、COUP-TF1結合サイトを示す。 COUP-TF1結合サイト周辺を標的とする2種のPIポリアミド(Hu-HGF-7、Hu-HGF-8)の設計を示す。下線部は、COUP-TF1結合サイトを示す。 Hu-HGF-3の構造を示す。 Hu-HGF-5の構造を示す。 Hu-HGF-7の構造を示す。 ヒトTGF-β1プロモーターの塩基配列を示す。「+1」は転写開始点を示す。下線部は転写因子結合サイトを示す。点線部は予想される転写因子結合サイトを示す。実線で囲んだ配列はHu-HGF-3の結合サイトを示す。破線で囲んだ配列はHu-HGF-7結合サイトを示す。 Hu-HGF-3結合サイト及びHu-HGF-7結合サイト周辺のヒトTGF-β1プロモーターを示す。実線で囲んだ配列はHu-HGF-3の結合サイトを示す。破線で囲んだ配列はHu-HGF-7結合サイトを示す。破線部は転写因子結合予測サイトを示す。 PIポリアミドのHGFプロモーターに対するゲルシフトアッセイの結果を示す。PIポリアミドとしてHu-HGF-1及びHu-HGF-2を用いた。 PIポリアミドのHGFプロモーターに対するゲルシフトアッセイの結果を示す。PIポリアミドとしてHu-HGF-3及びHu-HGF-4を用いた。 PIポリアミドのHGFプロモーターに対するゲルシフトアッセイの結果を示す。PIポリアミドとしてHu-HGF-5及びHu-HGF-6を用いた。 HGF発現量解析及びTGF-β1発現量解析の試験プロトコールの概要を示す。「TGF-β1発現解析の場合」と示す操作は、TGF-β1発現解析の場合にのみ行った。 Hu-HGF-3がHGFのmRNA発現量に及ぼす影響を示す。HDF細胞を用いた。 Hu-HGF-5がHGFのmRNA発現量に及ぼす影響を示す。HDF細胞を用いた。 Hu-HGF-7がHGFのmRNA発現量に及ぼす影響を示す。HDF細胞を用いた。 Hu-HGF-3がTGF-β1のmRNA発現量に及ぼす影響を示す。HDF細胞を用いた。 Hu-HGF-5がTGF-β1のmRNA発現量に及ぼす影響を示す。HDF細胞を用いた。 Hu-HGF-7がTGF-β1のmRNA発現量に及ぼす影響を示す。HGF細胞を用いた。 Hu-HGF-5がTGF-β1のmRNA発現量に及ぼす影響を示す。MC細胞を用いた。 Hu-HGF-3がHGFタンパク質発現量に及ぼす影響を示す。HDF細胞を用いた。 Hu-HGF-5がHGFタンパク質発現量に及ぼす影響を示す。HDF細胞を用いた。 Hu-HGF-7がHGFタンパク質発現量に及ぼす影響を示す。HDF細胞を用いた。 Hu-HGF-3がTGF-β1タンパク質発現量に及ぼす影響を示す。HDF細胞を用いた。 Hu-HGF-5がTGF-β1タンパク質発現量に及ぼす影響を示す。HDF細胞を用いた。 Hu-HGF-7がTGF-β1タンパク質発現量に及ぼす影響を示す。HDF細胞を用いた。 HGF siRNAの存在下で、Hu-HGF-3がTGF-β1タンパク質発現量に及ぼす影響を示す。HDF細胞を用いた。#は、「1 DMSO」に対する有意差検定の結果を示す(# p<0.05)。*は、「2 DMSO+PMA+HGF siRNA」に対する有意差検定の結果を示す(*:p<0.05)。 HGF siRNAの存在下で、Hu-HGF-6がTGF-β1タンパク質発現量に及ぼす影響を示す。HDF細胞を用いた。**及び***は、「2 DMSO+PMA+HGF siRNA」に対する有意差検定の結果を示す(**:p<0.01、***:p<0.0001)。 ミスマッチのPIポリアミド(HGF mismatch)を用いたTGF-β1のmRNA発現試験の結果を示す。HDF細胞を用いた。
[ピロールイミダゾールポリアミド(PIポリアミド)]
一態様において、本発明は、2種以上の遺伝子のプロモーター領域に結合し、前記2種以上の遺伝子の転写を制御する、ピロールイミダゾールポリアミドを提供する。
PIポリアミドは、N-メチルピロール単位(Py)及びN-メチルイミダゾール単位(Im)を有するポリアミドであり、PyとImとはアミド結合(-C(=O)-NH-)で連結される。PIポリアミドは、一般的に、リンカー部分(例えば、γ-アミノ酪酸リンカー)を有し、リンカー部分により全体が折りたたまれてU字型のコンフォメーションを取る。U字型のコンフォメーションにおいては、リンカー部分を挟んでPyとImとを含む2本の鎖が並列に並ぶ。この2本鎖における特定の対の組合せがDNAの特定の塩基対に高い親和性で結合する。これにより、PIポリアミドは、DNA二本鎖のマイナーグルーブに入り込み、配列特異的にDNA二本鎖に結合する。
PIポリアミドは、Py/Im対がC-G塩基対に結合し、Im/Py対がG-C塩基対に結合し、Py/Py対がA-T塩基対若しくはT-A塩基対に結合する。PIポリアミドは、3-ヒドロキシピロール単位(Hp)及びβアラニン単位(β)を用いてもよい。Hp/Py対はT-A塩基対を認識し、Py/Hp対はA-T塩基対を認識し、β/β対はT-A塩基対若しくはA-T塩基対を認識し、β/Im対はC-G塩基対を認識し、Im/β対はG-C塩基対を認識し、β/Py対及びPy/β対はT-A塩基対若しくはA-T塩基対を認識する。Py、Im、β、及びHpの組合せにより形成される対の構成、及び順序を適宜変更することにより、DNAの特定の塩基配列に結合するPIポリアミドを設計することができる。
PIポリアミドを構成する、Py、Im、Hp及びβの組合せからなる対の数は、2個以上であれば特に限定されないが、3~12個が好ましく、4~10個がより好ましく、4~8個がさらに好ましい。PIポリアミドが5個以上の対を有する場合、βを含む対を1個以上有することが好ましい。
Py及びImの1位の窒素に結合するメチル基は、水素原子又は炭素原子数2~10の脂肪族炭化水素基に置換されてもよい。前記脂肪族炭化水素基は、直鎖状であってもよく、分岐鎖状であってもよい。前記脂肪族炭化水素基は、飽和であってもよく、不飽和であってもよい。前記脂肪族炭化水素基としては、アルキル基が好ましく、例えば、エチル基、n-プロピル基、イソプロピル基、n-ブチル基、sec-ブチル基、イソブチル基、tert-ブチル基等が挙げられる。
PIポリアミドのリンカー部分がγアミノ酪酸リンカーである場合、α位又はβ位に置換基を有していてもよい。例えば、α位がアミノ基で置換されたN-α-N-γ-ジアミノ酪酸リンカーであってもよく、β位がアミノ基で置換されたN-β-N-γ-ジアミノ酪酸リンカーであってもよい。前記アミノ基は、蛍光基、ビオチン等の分子で修飾されていてもよい。
PIポリアミドの末端部には、種々の分子が導入されてもよい。PIポリアミドの末端部に導入する分子は、特に限定されない。PIポリアミドの末端部には、例えば、アミド結合を介して様々な分子を導入することができる。そのような分子としては、例えば、蛍光色素、ビオチン、アルキル化剤等が挙げられるが、これらに限定されない。例えば、PIポリアミドのN末端部にはアセチル基が導入されてもよく、C末端部にはジメチルアミノプロピルアミノ基が導入されてもよい。
PIポリアミドは、公知の方法で合成することができる。PIポリアミドは、例えば、Fmoc(9-フルオレニルメトキシカルボニル)を用いた固相法(固相Fmoc法)による自動合成法によって製造することができる(国際公開第03/000683号)。固相Fmoc法によれば、PIポリアミドの末端をカルボン酸残基として固体担体から切り出すことができる。そのため、種々の官能基を分子末端に導入してPIポリアミド誘導体を製造することができる。例えば、デュオカルマイシン、ピロロベンゾジアゼピン、ブレオマイシン、エンジイン化合物、ナイトロジェンマスタード、及びこれらの誘導体等のDNAに対してアルキル化能を有する化合物を、PIポリアミドの末端に導入することもできる。固相Fmoc法は市販のタンパク(ペプチド)合成機を用いる自動合成法であるため、天然に存在するタンパク質や非天然タンパク質とピロールイミダゾールポリアミドとの共役体(コンジュゲート)を合成することもできる。また、固相Fmoc法はt-BOC法に比べて反応条件が緩和であるため、タンパク質以外の有機化合物(酸性条件下で不安定な官能基を有する化合物をも含む)の導入も可能である。例えば、ピロールイミダゾールポリアミドとDNA若しくはRNA(又はそれらの誘導体)との共役体を自動的に合成することも可能である。
固相Fmoc法等によれば、末端にカルボキシ基を有するPIポリアミドを合成することができる。具体例としては、例えば、末端にβ-アラニン残基(β-アミノプロピオン酸残基)、又はγ-アミノ酪酸残基を有するPIポリアミド等が挙げられる。末端にβ-アラニン残基又はγ-アミノ酪酸残基を有するPIポリアミドは、例えば、それぞれFmocでアミノ基を保護した、アミノピロールカルボン酸、アミノイミダゾールカルボン酸、β-アラニン又はγ-アミノ酪酸を担持した固相担体を用い、ペプチド合成機を使用して固相Fmoc法により合成することができる。
アミノピロールカルボン酸の具体例としては、例えば、4-アミノ-2-ピロールカルボン酸、4-アミノ-1-メチル-2-ピロールカルボン酸、4-アミノ-1-エチル-2-ピロールカルボン酸、4-アミノ-1-プロピル-2-ピロールカルボン酸、4-アミノ-1-ブチル-2-ピロールカルボン酸等が挙げられる。アミノイミダゾールカルボン酸の具体例としては、例えば、4-アミノ-2-イミダゾールカルボン酸、4-アミノ-1-メチル-2-イミダゾールカルボン酸、4-アミノ-1-エチル-2-イミダゾールカルボン酸、4-アミノ-1-プロピル-2-イミダゾールカルボン酸、4-アミノ-1-ブチル-2-イミダゾールカルボン酸等が挙げられる。
固相Fmoc法によれば、例えば、PIポリアミドとFITC(フルオレセインイソチオシアネート)との共役体を合成することもできる。FITCは従来から抗体の蛍光標識試薬として知られている。PIポリアミドとFITCとの共役体は、当該PIポリアミドが特定のDNA配列を認識することを証明するために用いることができる。
本態様のPIポリアミドは、2種以上の遺伝子のプロモーターに結合し、前記2種以上の遺伝子の転写を制御する。従来、PIポリアミドは、特定の1種の遺伝子の発現を制御することを目的として、前記特定の1種の遺伝子のプロモーターを標的として設計されていた。一方、本態様のPIポリアミドは、同時に2種以上の遺伝子の発現を制御するという全く新しいコンセプトに基づき設計される。本態様のPIポリアミドは、2種以上の遺伝子のプロモーターに結合するように設計される。2種以上の遺伝子のプロモーターに結合することで、1種類のPIポリアミドで、2種以上の遺伝子の転写を制御することが可能となる。本態様のPIポリアミドは、好ましくは、2種類の遺伝子のプロモーターにおいて、転写促進領域又は転写抑制領域に結合するように設計される。
本明細書において、「プロモーター」とは、遺伝子の上流に位置し、遺伝子の転写を調節する領域を意味する。
本明細書において、「転写促進領域」とは、遺伝子の上流に位置し、転写因子又は複合タンパク質等が結合することにより、遺伝子の転写が促進される領域を意味する。転写促進領域は、通常、プロモーターに存在し得る。
本明細書において、「転写抑制領域」とは、遺伝子の上流に位置し、転写因子又は複合タンパク質等が結合することにより、遺伝子の転写が抑制される領域を意味する。転写抑制領域は、通常、プロモーターに存在し得る。
本明細書において、転写促進領域及び転写抑制領域をまとめて「転写制御領域」という場合がある。
本明細書において、「転写制御因子」とは、特定の遺伝子の転写促進領域又は転写抑制領域に結合し、当該遺伝子の転写を促進又は抑制するタンパク質(転写因子、複合タンパク質等を含む)を意味する。
本明細書において、「発現制御因子」とは、特定の遺伝子の発現を促進又は抑制するタンパク質(転写因子、複合タンパク質等を含む)を意味する。発現制御因子は、当該タンパク質の存在により、前記特定の遺伝子の発現が上方制御又は下方制御されるタンパク質であればよく、転写制御因子を包含する。
プロモーターにおける転写促進領域に、転写制御因子が結合すると、遺伝子の転写が開始又は促進される。プロモーターにおける転写抑制領域に転写制御因子が結合すると、遺伝子の転写が抑制される。そのため、プロモーターにおける転写促進領域への転写制御因子の結合を阻害することにより、遺伝子の転写を阻害することができる。また、プロモーターにおける転写抑制領域への転写制御因子の結合を阻害することにより、遺伝子の転写を促進することができる。したがって、PIポリアミドが、プロモーターにおける転写促進領域に結合すると、転写促進領域への転写制御因子の結合が阻害され、遺伝子の発現が阻害される。PIポリアミドが、プロモーターにおける転写抑制領域に結合すると、転写抑制領域への転写制御因子の結合が阻害され、遺伝子の発現が開始又は促進される。
本明細書において、「遺伝子の転写を制御する」とは、遺伝子の転写活性を変化させることをいう。転写の制御は、上方制御であってもよく、下方制御であってもよい。PIポリアミドが、プロモーターにおける転写促進領域に結合すると、転写促進領域への転写制御因子の結合が阻害され、遺伝子の発現が下方制御される。PIポリアミドが、プロモーターにおける転写抑制領域に結合すると、転写抑制領域への転写制御因子の結合が阻害され、遺伝子の発現が上方制御される。
2種以上の遺伝子のプロモーターに結合するPIポリアミドの設計は、例えば、以下のように行うことができる。
まず、PIポリアミドの標的とする2種以上の遺伝子を選択する。2種以上の遺伝子は、目的に応じて、任意に選択することができる。2種以上の遺伝子としては、例えば、特定疾患において発現亢進又は発現低下する2種以上の遺伝子の組合せ;特定疾患において発現亢進する遺伝子と、前記特定疾患において発現低下する遺伝子との組み合わせ等が挙げられる。
例えば、がんでは、がん特異的に発現亢進するがん遺伝子の存在が知られている。がん特異的に発現亢進する遺伝子としては、例えば、CA125、CEA、CD123、CD133、CD138、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD25、CD30、CD33、CD34、CD4、CD40、CD44、CD56、CD70、CD8、CLL-1、c-Met、PSA,PSMA、ROR1、HER2、MAGE、p53等が挙げられる。PIポリアミドががん治療を目的とする場合、これらがん遺伝子の2種以上を標的遺伝子として選択してもよい。あるいは、免疫チェックポイント分子の遺伝子(PD1、PD-L1、CTLA-4等)と、がん遺伝子とを2種以上の標的遺伝子として選択してもよい。
特定疾患において発現亢進する遺伝子と、前記特定疾患において発現低下する遺伝子との組み合わせとしては、例えば、TGF-β遺伝子と、HGF遺伝子との組合せ等が挙げられる。
次いで、2種以上の標的遺伝子のプロモーター配列を解析し、転写促進領域、及び転写抑制領域を特定する。例えば、発現抑制する遺伝子については、転写促進領域を取得する。発現促進する遺伝子については、転写抑制領域を取得する。
次いで、2種以上の標的遺伝子のうちの1つの標的遺伝子について、取得した転写制御領域中の特定配列に結合するPIポリアミドを設計する。次いで、設計したPIポリアミドが、残りの標的遺伝子の転写制御領域に結合可能かを確認する。PIポリアミドが、全ての標的遺伝子の転写制御領域に結合可能である場合には、そのPIポリアミドを選択する。
転写制御領域に結合可能ではない標的遺伝子が存在する場合、転写制御領域中の他の配列を選択し、PIポリアミドを再設計する。再設計したPIポリアミドについて、残りの標的遺伝子の転写制御領域に結合可能かを確認する。以下、全ての標的遺伝子の転写制御領域に結合可能なPIポリアミドが取得できるまで、上記のステップを繰り返す。
上記のようにして、2種以上の遺伝子の転写制御領域に結合するPIポリアミドを取得することができる。
取得したPIポリアミドが、2種以上の遺伝子の転写制御領域に結合し、所望の発現制御機能を発揮することは、取得したPIポリアミドの存在下で、標的遺伝子を有する細胞を培養することにより確認することができる。
PIポリアミドの標的遺伝子の数は、特に限定されないが、例えば、2~5個、2~4個、2~3個、又は2個である。
一実施形態において、PIポリアミドは、第1の遺伝子及び第2の遺伝子の両方の遺伝子の転写を制御することができる。一実施形態において、第1の遺伝子は、第2の遺伝子の転写制御因子をコードする遺伝子である。
第1の遺伝子が、第2の遺伝子の発現を抑制する発現制御因子である場合、PIポリアミドにより第1の遺伝子の転写を促進し、且つ第2の遺伝子の転写を阻害することにより、第2の遺伝子の転写をより強力に抑制することができる。この場合、PIポリアミドは、第1の遺伝子のプロモーターにおける転写抑制領域に結合することが好ましい。また、PIポリアミドは、第2の遺伝子のプロモーターにおける転写促進領域に結合することが好ましい。
また、第1の遺伝子が、第2の遺伝子の発現を抑制する発現制御因子である場合、PIポリアミドにより第1の遺伝子の転写を抑制し、且つ第2の遺伝子の転写を促進することにより、より強力に第2の遺伝子の転写を促進することができる。この場合、PIポリアミドは、第1の遺伝子のプロモーターにおける転写促進領域に結合することが好ましい。また、PIポリアミドは、第2の遺伝子のプロモーターにおける転写抑制領域に結合することが好ましい。
第1の遺伝子が、第2の遺伝子の発現を促進する発現制御因子である場合、PIポリアミドにより第1の遺伝子の転写を促進し、且つ第2の遺伝子の転写を促進することにより、第2の遺伝子の転写をより強力に促進することができる。この場合、PIポリアミドは、第1の遺伝子のプロモーターにおける転写抑制領域に結合することが好ましい。また、PIポリアミドは、第2の遺伝子のプロモーターにおける転写抑制領域に結合することが好ましい。
また、第1の遺伝子が、第2の遺伝子の発現を促進する発現制御因子である場合、PIポリアミドにより第1の遺伝子の転写を抑制し、且つ第2の遺伝子の転写を抑制することにより、より強力に第2の遺伝子の転写を抑制することができる。この場合、PIポリアミドは、第1の遺伝子のプロモーターにおける転写促進領域に結合することが好ましい。また、PIポリアミドは、第2の遺伝子のプロモーターにおける転写促進領域に結合することが好ましい。
第1の遺伝子及び第2の遺伝子は特に限定されず、任意のものを用いることができる。第1の遺伝子及び第2の遺伝子の組合せとしては、例えば、上記2種以上の標的遺伝子の組合せとして挙げたものから目的に応じて任意の組合せを選択してもよい。第1の遺伝子としては、例えば、HGF遺伝子が挙げられる。第2の遺伝子としては、例えば、TGF-β遺伝子が挙げられる。
第1の遺伝子がHGF遺伝子であり、第2の遺伝子がTGF-β遺伝子である場合、PIポリアミドは、HGF遺伝子の転写を促進し、且つTGF-β遺伝子の転写を阻害する機能を有することが好ましい。以下、第1の遺伝子がHGF遺伝子であり、第2の遺伝子がTGF-βであるPIポリアミドを「PIポリアミド(P)」という場合がある。
図1は、HGFとTGF-βとの関係を説明する図である。TGF-βは、線維芽細胞活性化、メサンギウム細胞活性化、及び上皮間葉転換等の作用を有し、組織の線維化を進行させる。HGFは血管新生作用、抗アポトーシス作用、抗線維化作用を示し、TGF-βの発現抑制作用を有する。そのため、HGFの発現量を増加させることにより、TGF-βの発現量が抑制され、線維化の進行が抑制される。
PIポリアミド(P)は、HGF遺伝子の転写を促進するとともに、TGF-β遺伝子の転写を阻害する。HGF遺伝子の転写促進によりHGF発現量が増加すると、HGFによるTGF-βの発現抑制作用が強くなる。さらに、PIポリアミド(P)は、TGF-β遺伝子の転写を直接的に阻害するため、HGFによるTGF-β発現抑制作用との相加効果により、TGF-βタンパク質発現を強く抑制する。そのため、PIポリアミド(P)によれば、TGF-βによる線維化の進行を効率的に抑制することができる。
PIポリアミド(P)は、HGF遺伝子の転写促進によるHGFを介したTGF-βの発現抑制機構(以下、「発現抑制機構1」ともいう)、及びTGF-β遺伝子の転写阻害によるTGF-βの発現抑制機構(以下、「発現抑制機構2」ともいう)の2通りの発現抑制機構により、TGF-βの発現を抑制し得る。そのため、PIポリアミド(P)は、発現抑制機構2のみでTGF-β発現を抑制する従来のPIポリアミドと比較して、より低濃度でTGF-βの発現を抑制することが可能である。
PIポリアミド(P)は、HGF遺伝子のプロモーター(以下、「HGFプロモーター」ともいう)における転写抑制領域に結合することにより、HGFプロモーターにおける転写抑制領域への転写制御因子の結合を阻害することが好ましい。HGFプロモーターにおける転写抑制領域に対する転写制御因子の結合を阻害することにより、転写抑制領域への転写制御因子の結合によるHGF遺伝子の転写抑制が生じない。そのため、HGF遺伝子の転写が促進される。
PIポリアミド(P)は、HGFプロモーターにおける、配列番号1に記載の塩基配列(AGGTGACCTTTTC)の少なくとも一部を含む領域に結合することが好ましい。配列番号1に記載の塩基配列は、ヒトHGFプロモーターの解析により、COUP-TF1の結合サイトとして予測された配列である。COUP-TF1の結合サイトは、多くの場合、転写抑制領域であることが報告されている。COUP-TF1は、多くの場合、前記結合サイトへの結合により転写抑制因子として働くことが報告されている。
HGFプロモーターにおいて、PIポリアミド(P)が結合する配列の具体例としては、例えば、下記配列1~3のいずれかを含む領域が挙げられる。後述の実施例で示すように、下記配列1~3に結合するように設計されたPIポリアミド(Hu-HGF-3、Hu-HGF-5、Hu-HGF-7)は、TGF-β1の発現を効果的に抑制することができる。
配列1:AGGTGAC
配列2:ACCTTTT
配列3:CTTTTCT
PIポリアミド(P)は、TGF-β遺伝子のプロモーター(以下、「TGF-βプロモーター」という)における転写抑制領域に結合することにより、TGF-β遺伝子の転写を阻害することが好ましい。好ましくは、PIポリアミド(P)は、TGF-βプロモーターにおける転写抑制領域への転写制御因子の結合を阻害することにより、TGF-β遺伝子の転写を阻害する。TGF-βは、TGF-β1、TGF-β2、TGF-β3のいずれであってもよいが、TGF-β1であることが好ましい。PIポリアミド(P)は、TGF-βプロモーターの周辺領域に結合することにより、TGF-βプロモーターの立体構造を変化させ、TGF-βプロモーターにおける転写抑制領域への転写制御因子の結合を阻害するものであってもよい。
PIポリアミド(P)の好適な例を以下に挙げる。
[式中、R及びRは、それぞれ独立に、1価の有機基を表す。R及びRは、相互に連結して2価の有機基を形成してもよい。]
前記式(P-3)、(P-5)及び(P-7)中、R及びRは、それぞれ独立に、1価の有機基を表す。R及びRは、特に限定されず、任意の有機基とすることができる。R及びRには、例えば、アミド結合を介して、任意の分子を導入してもよい。導入分子としては、上記PIポリアミド末端への導入分子として挙げたもの等が挙げられる。
は、例えば、-NHCO-R11(R11は1価の有機基)で表される基であってもよい。R11は、特に限定されないが、例えば、脂肪族炭化水素基が挙げられる。前記脂肪族炭化水素基は、直鎖状であってもよく、分岐鎖状であってもよく、環状であってもよい。前記脂肪族炭化水素基は、飽和であってもよく、不飽和であってもよい。前記脂肪族炭化水素基の炭素原子数としては、例えば、炭素原子数1~10、炭素原子数1~5、炭素原子数1~3、炭素原子数1又は2等が挙げられる。前記R11としては、アルキル基が好ましく、例えば、メチル基又はエチル基が挙げられる。
は、例えば、-CONH-R21(R21は1価の有機基)で表される基であってもよい。R21は、特に限定されないが、例えば、置換基を有していてもよい脂肪族炭化水素基が挙げられる。前記脂肪族炭化水素基は、直鎖状であってもよく、分岐鎖状であってもよく、環状であってもよい。前記脂肪族炭化水素基は、飽和であってもよく、不飽和であってもよい。前記脂肪族炭化水素基の炭素原子数としては、例えば、炭素原子数1~15、炭素原子数1~10、又は炭素原子数1~6等が挙げられる。前記脂肪族炭化水素基が有していてもよい置換基としては、例えば、アミノ基、ヒドロキシ基、及びカルボキシ基等が挙げられるが、これらに限定されない。前記脂肪族炭化水素基は、炭素鎖を構成する炭素原子の一部が、-O-、-CO-、-COO-、-CONH-等で置換されたものであってもよい。R21は、-β-R22(βはβアラニン単位;R22は1価の有機基)で表される基であってもよい。R22は、特に限定されないが、例えば、置換基を有していてもよい脂肪族炭化水素基が挙げられる。前記置換基を有していてもよい脂肪族炭化水素基としては、R21で挙げたものと同様のものが挙げられる。R22のとしては、例えば、ジメチルアミノアルキル基、アミノアルキル基等が挙げられる。R22の具体例としては、例えば、ジメチルアミノプロピル基、アミノプロピル基等が挙げられる。
及びRは、相互に連結して2価の有機基を形成してもよい。この場合、式(P-3)、(P-5)又は(P-7)で表されるPIポリアミドは、環状構造を形成する。環状構造のペプチドは、経口投与に適していることが知られている(舛屋 圭一,日薬理誌,148.322~328(2016))。また、PIポリアミドを環状構造としても、PIポリアミドの結合特性は大きく変化しないことが報告されている(David M. Chenoweth, J Am Chem Soc. 2009 May 27; 131(20): 7182-7188.)。そのため、環状構造のPIポリアミドは、経口投与薬として有望である。
上記式(P-3)、(P-5)、又は(P-7)で表されるPIポリアミド(P)の具体例を以下に挙げる。
[TGF-β遺伝子発現抑制剤]
一態様において、本発明は、PIポリアミド(P)を含む、TGF-β遺伝子発現抑制剤を提供する。
PIポリアミド(P)は、上記のように、TGF-β遺伝子発現を効果的に抑制することができる。そのため、PIポリアミド(P)は、TGF-β遺伝子発現抑制剤として用いることができる。
本明細書において、「遺伝子発現」とは、遺伝子の転写及び翻訳により、当該遺伝子がコードするタンパク質が生成されることを意味する。「遺伝子発現抑制剤」は、当該遺伝子がコードするタンパク質の生成を抑制する作用を有する薬剤を意味する。
本態様のTGF-β遺伝子発現抑制剤は、in vitroで用いてもよく、in vivoで用いてもよい。in vitroで用いる場合、好ましくはヒト細胞又はコモンマーモセット細胞に用いられる。in vivoで用いる場合、好ましくは、ヒト又はコモンマーモセットに投与される。in vivoで用いる場合、後述の医薬組成物として製剤化してもよい。
[医薬組成物]
一態様において、本発明は、前記PIポリアミドを含む、医薬組成物を提供する。
前記態様のPIポリアミドは、2種以上の標的遺伝子の転写を制御することができるため、遺伝子発現異常を伴う疾患を治療するための医薬組成物として用いることができる。2種以上の標的遺伝子は、治療目的とする疾患に応じて、適宜選択することができる。
一態様において、本発明は、PIポリアミド(P)を含む、TGF-β関連疾患を治療するための医薬組成物を提供する。
一態様において、本発明は、PIポリアミド(P)を含む、線維性疾患を治療するための医薬組成物を提供する。
本明細書において、「TGF-β関連疾患」とは、TGF-βの増加に起因して生じる疾患を意味する。TGF-β関連疾患としては、例えば、線維性疾患、各種腎疾患、及び男性型前頭部脱毛等が挙げられるが、これらに限定されない。「線維性疾患」とは、組織又は器官の線維化に伴って発生する疾患を意味する。線維性疾患は、特に限定されないが、例えば、肝硬変、肺線維症、腎線維症、膵線維症、心筋線維症、骨髄線維症、後腹膜線維症、腸間膜線維症、乳腺線維症、嚢胞性線維症、消化管線維症、脂肪組織線維症、全身性強皮症、限局性強皮症、ケロイド、肥厚性瘢痕、皮膚創傷後または皮膚潰瘍後の瘢痕、皮膚線維症等が挙げられるが、これらに限定されない。線維性疾患としては、好ましくは、後述の各種肝疾患、各種腎疾患、膵線維症、心筋線維症、各種皮膚繊維化疾患等が挙げられる。
肝臓の繊維化の過程で、肝星細胞は細胞外マトリックス産生において重要な役割を果たしている(Bataller R et al,Gastroenterology 118,1149,2000)。星細胞の活性化はTGF-β1により行われ、更に活性化星細胞により、傷害肝では炎症細胞からのTGF-β1の分泌が引き起こされる。同時に活性化星細胞のTGF-β1受容体発現が亢進し、TGF-β1によるオートクライン機序により細胞外基質蛋白を増加させる(渡辺久剛ら、現代医療、第35巻(第2号)、2003年)。これらの事実から、上記の各種肝疾患は、TGF-β関連疾患として例示できる。
また、IgA腎症、巣状糸球体硬化症、半月体形成性腎炎、巣状硬化型ループス腎炎、びまん性増殖性ループス腎炎、糖尿病性腎症、高血圧性腎硬化症等の腎疾患のモデル動物、又は糸球体腎炎や糖尿病性腎症患者の腎生検組織でTGF-βの発現が細胞外基質と並行して増加している(Yamamoto T et al:Kidney Int 49:461,1996、Border WA et al:Kidney Int 51:1388,1997)。また同時にBorderらは、抗TGF-βをThy-1腎炎ラットに投与すると、腎糸球体の細胞外基質の蓄積を抑制することを報告した(Border WA et al:Kidney Int 51:1388,1997)。これらの事実から、上記の各種腎疾患は、TGF-β関連疾患として例示できる。
また、動物の心筋梗塞モデルにおいては、瘢痕形成期の梗塞巣で、TGF-βの発現が持続的に亢進し、心筋繊維化の促進に関与している(Ono et al:Circulation 98:149,1998)。これらの事実から、心筋梗塞後の心筋繊維化は、TGF-β関連疾患として例示できる。
また、肺繊維症モデル動物に抗TGF-β抗体やTGF-β可溶性レセプターを投与することにより肺繊維症が改善する(Giri SN al:Thorax 1993)。これらの事実から、肺繊維症は、TGF-β関連疾患として例示できる。
また、ヒト慢性膵炎におけるTGF-β1の高発現については多数報告されているが、再発性急性膵炎のモデル動物に組換えTGF-βを投与すると、膵の炎症部分の繊維化やフィブロネクチンmRNAの高発現を引き起こし、逆に膵炎のモデル作製時にTGF-β1の中和抗体を投与すると、細胞外マトリックスの産生及びI・III型コラーゲンやフィブロネクチンのmRNA発現が抑制されることが明らかにされている(槙野 直彦他:現代医療Vol.35,No.2,2003)。これらの事実から、慢性膵炎における線維化は、TGF-β関連疾患として例示できる。
また、強皮症の原因としTGF-βが提唱され、森らは皮膚繊維化モデルマウスにおいて、TGF-βが皮膚繊維化を誘導することを報告した(Mori et al:J Cell Physiol 181:153,1999)。これらの事実から、各種皮膚繊維化疾患は、TGF-β関連疾患として例示できる。
また、骨髄繊維症の患者の巨核球ではTGF-β mRNAの発現が亢進しており(Reilly J et al:Clin Haematol:11751-767,1998)、血小板内TGF-β濃度は高値(Martyre M C et al:Br J Haematol 77:80-86,991)で、患者の血漿中TGF-β濃度は有意に高い(Rameshwar P et al:Am J Haematol 59:133-142,1998)と報告されている。Rameshwarらによると骨髄繊維症の患者の単球は粘着によってNF-kが活性化してIL-1産生を誘導し、IL-1はTGF-β産生を亢進させて骨髄の繊維化を惹起している(Rameshwar et al:J Immunol 165:2271-2277,2000)。これらの事実から、骨髄繊維症は、TGF-β関連疾患として例示できる。
また、男性型前頭部脱毛患者の培養細胞系において、男性ホルモンが皮膚乳頭細胞からのTGF-β1を誘導し、このTGF-β1が表皮細胞増殖を抑制することが報告されている(Shigeki et al:FASEB J 16:1967-1969,2002)。これらの事実から、男性型前頭部脱毛は、TGF-β関連疾患として例示できる。
本態様の医薬組成物の投与対象は、ヒトであることが好ましい。本態様の医薬組成物は、好ましくは、ヒト又はコモンマーモセットに投与される。本態様の医薬組成物をヒトに投与する場合、本態様の医薬組成物の効果は霊長類を用いた動物実験により確認することができる。霊長類としては、コモンマーモセットを好適に用いることができる。
本態様の医薬組成物は、PIポリアミドに加えて、任意成分を含有していてもよい。前記任意成分としては、例えば、薬物的に許容される担体が挙げられる。「薬学的に許容される担体」とは、有効成分の生理活性を阻害せず、且つ、その投与対象に対して実質的な毒性を示さない担体を意味する。「実質的な毒性を示さない」とは、その成分が通常使用される投与量において、投与対象に対して毒性を示さないことを意味する。本態様の医薬組成物においては、薬学的に許容される担体は、PIポリアミドの標的遺伝子のプロモーターへの結合を阻害せず、且つその投与対象に対して実質的な毒性を示さない担体である。PIポリアミドがPIポリアミド(P)である場合、薬学的に許容される担体は、PIポリアミド(P)のHGF遺伝子転写促進能及びTGF-β遺伝子転写阻害能を阻害せず、且つその投与対象に対して実質的な毒性を示さない担体である。薬学的に許容される担体は、典型的には非活性成分とみなされる、公知のあらゆる薬学的に許容され得る成分を包含する。薬学的に許容される担体は、特に限定されないが、例えば、溶媒、希釈剤、ビヒクル、賦形剤、流動促進剤、結合剤、造粒剤、分散化剤、懸濁化剤、湿潤剤、滑沢剤、崩壊剤、可溶化剤、安定剤、乳化剤、充填剤、保存剤(例えば、酸化防止剤)、キレート剤、矯味矯臭剤、甘味剤、増粘剤、緩衝剤、着色剤等が挙げられる。薬学的に許容される担体は、1種を単独で用いてもよく、2種以上を併用してもよい。
本態様の医薬組成物は、薬学的に許容される担体以外の任意成分を含んでいてもよい。前記任意の成分は、特に限定されず、医薬分野において常用されるものを特に制限なく使用することができる。また、本態様の医薬組成物は、PIポリアミド以外の活性成分を含んでいてもよい。活性成分としては、例えば、ビタミン類及びその誘導体類、消炎剤、抗炎症剤、血行促進剤、刺激剤、ホルモン類、刺激緩和剤、鎮痛剤、細胞賦活剤、植物・動物・微生物エキス、鎮痒剤、消炎鎮痛剤、抗真菌剤、抗ヒスタミン剤、催眠鎮静剤、精神安定剤、抗高血圧剤、降圧利尿剤、抗生物質、麻酔剤、抗菌性物質、抗てんかん剤、冠血管拡張剤、生薬、止痒剤、角質軟化剥離剤等が挙げられるが、これらに限定されない。他の成分は、1種を単独で用いてもよく、2種以上を併用してもよい。
本態様の医薬組成物の剤型は、特に制限されず、医薬品製剤として一般的に用いられる剤型とすることができる。本態様の医薬組成物は、経口製剤であってもよく、非経口製剤であってもよい。経口製剤としては、例えば、錠剤、被覆錠剤、丸剤、散剤、顆粒剤、カプセル剤、シロップ剤、細粒剤、液剤、ドロップ愛、乳剤等が例示される。非経口製剤としては、例えば、注射剤、坐剤、軟膏、スプレー剤、外用液剤、点耳剤、点眼剤、点鼻剤、吸入剤等が例示される。これらの剤型の医薬組成物は、定法(例えば、日本薬局方記載の方法)に従って、製剤化することができる。
本態様の医薬組成物の投与経路は、特に限定されず、経口又は非経口経路で投与することができる。非経口経路は、経口以外の全ての投与経路、例えば、静脈内、筋肉内、皮下、鼻腔内、皮内、点眼、脳内、直腸内、腟内及び腹腔内等への投与を包含する。投与は、局所投与であっても全身投与であってもよい。本態様の医薬組成物の好ましい投与経路としては、例えば、静脈注射、又は筋肉注射が挙げられる。経口投与を行う場合には、本態様の医薬組成物が含有するPIポリアミド(P)が環状構造であることが好ましい。
本態様の医薬組成物は、PIポリアミドの治療的有効量を投与することができる。「治療的有効量」とは、対象疾患の治療又は予防のために有効な薬剤の量を意味する。例えば、PIポリアミド(P)の治療的有効量は、TGF-β関連疾患又は線維性疾患の発症及び/又は進行を遅らせることができる量であり得る。治療的有効量は、患者の症状、体重、年齢、及び性別等、並びに医薬組成物の剤型、及び投与方法等によって適宜決定すればよい。例えば、本態様の医薬組成物は、PIポリアミドの1回の投与量として、投与対象の体重1kgあたり、0.001~1000mgとすることができる。前記投与量は、0.01~800mg/kgであってもよく、0.1~500mg/kgであってもよく、1~100mg/kgであってもよく、1~50mg/kgであってもよい。
本態様の医薬組成物は、単位投与形態あたり、治療的有効量のPIポリアミドを含んでいてもよい。例えば、本態様の医薬組成物におけるPIポリアミドの含有量は、0.01~90質量%であってもよく、0.1~80質量%であってもよく、1~50質量%であってもよい。
本態様の医薬組成物の投与間隔は、患者の症状、体重、年齢、及び性別等、並びに医薬組成物の剤型、及び投与方法等によって適宜決定すればよい。投与間隔は、例えば、数時間毎、1日1回、2~3日に1回、1週間に1回等とすることができる。
本態様の医薬組成物は、他の医薬と併用して用いてもよい。例えば、他の線維性疾患治療薬等と併用して用いることができる。
[PIポリアミドの製造方法]
一態様において、本発明は、ピロールイミダゾールポリアミドの製造方法を提供する。本態様の方法は、(a)2種以上の遺伝子のプロモーターに結合するピロールイミダゾールポリアミドを設計する工程と、(b)前記ピロールイミダゾールポリアミドを合成する工程と、(c)前記合成されたピロールイミダゾールポリアミドのうち、前記2種以上の遺伝子の転写を制御するピロールイミダゾールポリアミドを選択する工程と、を含む。
<工程(a)>
工程(a)では、2種以上の遺伝子のプロモーターに結合するPIポリアミドを設計する。
工程(a)は、例えば、以下の(i)~(iv)を含んでもよい。
(i)PIポリアミドの標的とする2種以上の遺伝子を選択する。
(ii)前記2種以上の遺伝子について、転写促進領域又は転写抑制領域を特定する。
(iii)前記2種以上の遺伝子のうち第1の遺伝子について、前記転写促進領域又は転写抑制領域に結合するPIポリアミドを設計する。
(iv)前記設計したPIポリアミドから、前記2種以上の遺伝子のうち第1の遺伝子以外の遺伝子の転写促進領域又は転写抑制領域に結合するPIポリアミドを選択する。
(i)について:
PIポリアミドの標的とする任意の2種以上の遺伝子を選択する。2種以上の遺伝子の組合せとしては、上記[ピロールイミダゾールポリアミド(PIポリアミド)]の項で挙げた組合せ等が挙げられる。
(ii)について:
2種以上の遺伝子のそれぞれについて、プロモーター配列を解析し、転写促進領域又は転写抑制領域を特定する。例えば、発現抑制する遺伝子については、転写促進領域を取得する。発現促進する遺伝子については、転写抑制領域を取得する。
次いで、前記2種以上の標的遺伝子のプロモーター配列を解析し、転写促進領域、及び転写抑制領域を特定する。例えば、発現抑制する遺伝子については、転写促進領域を取得する。発現促進する遺伝子については、転写抑制領域を取得する。例えば、第1の遺伝子と第2の遺伝子のプロモーター配列を解析し、第1の遺伝子の転写促進領域若しくは転写抑制領域、及び、第2の遺伝子の転写促進領域若しくは転写抑制領域を特定する。
(iii)について:
前記2種以上の標的遺伝子のうち第1の遺伝子について、転写促進領域又は転写抑制領域に結合するPIポリアミドを設計する。第1の遺伝子の発現抑制を目的とする場合には、転写促進領域に結合するPIポリアミドを設計する。第1の遺伝子の発現促進を目的とする場合には、転写抑制領域に結合するPIポリアミドを設計する。このとき、複数のPIポリアミドを設計することが好ましい。複数のPIポリアミドを設計する方法としては、複数の転写促進領域又は転写抑制領域に対して、それぞれPIポリアミドを設計する方法;1つの転写促進領域又は転写抑制領域に対して、標的配列をずらして複数のPIポリアミドを設計する方法;及びこれらの組合せが挙げられる。
(iv)について:
(iii)で設計したPIポリアミドから、前記2種以上の標的遺伝子のうち第1の遺伝子以外の標的遺伝子の転写促進領域又は転写抑制領域に結合するPIポリアミドを選択する。例えば、(iii)で設計したPIポリアミドが結合し得る配列(以下、「候補PIポリアミド結合配列」ともいう)を取得する。次いで、候補PIポリアミド結合配列をクエリー配列として、第1の遺伝子以外の標的遺伝子の転写促進領域又は転写抑制領域の配列を検索する。その結果、第1の遺伝子以外の全ての標的遺伝子の転写促進領域又は転写抑制領域において、候補PIポリアミド結合配列が存在する場合には、当該候補PIポリアミド結合配列を標的とするPIポリアミドを選択する。例えば、(iii)で設計したPIポリアミドから、第2の遺伝子の転写促進領域又は転写抑制領域に結合し得るPIポリアミドを選択する。
あるいは、工程(a)は、例えば、前記(iii)及び(iv)に替えて以下の(iii’)及び(iv’)を含んでもよい。
(iii’)前記2種以上の遺伝子の転写促進領域又は転写抑制領域において、同一のPIポリアミドが結合し得る標的配列を探索する。
(iv’)(iii’)により検出された標的配列に結合し得るPIポリアミドを設計する。
(iii’)について:
PIポリアミドでは、Py/Im対がC-G塩基対に結合し、Im/Py対がG-C塩基対に結合し、Py/Py対がA-T塩基対若しくはT-A塩基対に結合する。Hp/Py対がT-A塩基対に結合し、Py/Hp対がA-T塩基対に結合し、β/β対がT-A塩基対若しくはA-T塩基対に結合し、β/Im対がC-G塩基対に結合し、Im/β対がG-C塩基対に結合し、β/Py対及びPy/β対がT-A塩基対若しくはA-T塩基対に結合する。前記結合法則に基づき、全ての標的遺伝子の転写促進領域又は転写抑制領域において、同一のPIポリアミドが結合し得る標的配列を探索する。例えば、第1の遺伝子の転写促進領域若しくは転写抑制領域、及び第2の遺伝子の転写促進領域若しくは転写抑制領域において、同一のPIポリアミドが結合し得る標的配列を探索する。
(iv’)について:
(iii’)により、同一のPIポリアミドが結合し得る標的配列が見つかった場合には、当該標的配列に結合し得るPIポリアミドを設計する。
<工程(b)>
工程(b)では、工程(a)で設計したPIポリアミドを合成する。
PIポリアミドは、固相Fmoc法等の公知の方法により合成することができる。
<工程(c)>
工程(c)では、工程(b)で合成されたPIポリアミドのうち、前記2種以上の遺伝子の転写を制御するPIポリアミドを選択する。
工程(b)で合成したPIポリアミドの存在下で、全ての標的遺伝子を発現する細胞を培養する。PIポリアミドの非存在下で培養した細胞と比較して、標的遺伝子の発現が促進又は抑制されている場合には、PIポリアミドは、標的遺伝子の転写を制御すると判断することができる。例えば、PIポリアミドが、第1の遺伝子の転写促進領域に結合し、第2の遺伝子の転写抑制領域に結合するように設計されているとする。この場合、PIポリアミドの存在下で培養すると、第1の遺伝子の転写は抑制され、第2の遺伝子の転写は促進される。遺伝子の発現は、mRNAで確認してもよく、タンパク質で確認してもよい。mRNAの転写量は、例えば、ノーザンブロッティング、RT-qPCR等により測定することができる。タンパク質の発現量は、例えば、ウェスタンブロッティング、ELISA等により測定することができる。
本態様にかかる方法により、2種以上の遺伝子のプロモーターに結合し、前記2つ以上の遺伝子の転写を制御する、PIポリアミドを製造することができる。本態様にかかる方法により、上記で例示したPIポリアミドを製造することができる。
[他の態様]
一態様において、本発明は、TGF-β関連疾患又は線維性疾患を治療又は予防するための医薬組成物の製造における、PIポリアミド(P)の使用を提供する。
一態様において、本発明は、TGF-β関連疾患又は線維性疾患を治療又は予防に使用するための、PIポリアミド(P)を提供する。
一態様において、本発明は、PIポリアミド(P)を対象(例、TGF-β関連疾患又は線維性疾患に罹患している患者など)に投与することを含む、TGF-β関連疾患又は線維性疾患の治療方法を提供する。
一態様において、本発明は、TGF-β関連疾患又は線維性疾患を治療又は予防するための、PIポリアミド(P)を提供する。
以下、実験例により本発明を説明するが、本発明は以下の実験例に限定されるものではない。
[PIポリアミドの設計]
(ヒトHGF遺伝子プロモーターの解析)
ヒトHGF遺伝子のプロモーターを、遺伝子解析ソフトPROMOを用いて解析し、転写制御因子の結合サイトを予測した。その結果、転写制御因子として機能するCOUP-TF1の結合サイト(-108~-96;AGGTGACCTTTTC:配列番号1)が検出された(図2参照)。このCOUP-FT1結合サイトの周辺領域を標的として、8種類のPIポリアミドを設計した(Hu-HGF-1,Hu-HGF-2:図3;Hu-HGF-3,Hu-HGF-4,Hu-HGF-5,Hu-HGF-6:図4;Hu-HGF-7,Hu-HGF-8:図5)。in vivo試験でコモンマーモセットを用いることを想定し、ヒト及びコモンマーモセットで相同な領域をPIポリアミドの標的領域として選択した。
Hu-HGF-3、Hu-HGF-5、Hu-HGF-7の構造及び組成を図6~8にそれぞれ示す。Hu-HGF-3、Hu-HGF-5、及びHu-HGF-7が結合できる配列を表1に示す。表1中、下線で示す配列は、TGF-β1のプロモーターに存在する配列である。
(ヒトTGF-β1プロモーターの解析)
ヒトTGF-β1プロモーターの配列を図9に示す。図9中、実線で囲んだ配列は、Hu-HGF-3の結合配列を示し、破線で囲んだ配列は、Hu-HGF-7の結合配列を示す。
図10に、PIポリアミドの結合領域周辺における転写制御因子の結合予測サイトを示す。Hu-HGF-3及びHu-HGF-5の結合領域周辺には、複数の転写制御因子結合予測サイトが存在する。
(PIポリアミドの合成)
上記で設計した8種のPIポリアミド(Hu-HGF-1、Hu-HGF-2、Hu-HGF-3、Hu-HGF-4、Hu-HGF-5、Hu-HGF-6、Hu-HGF-7、Hu-HGF-8)を、ペプチド合成機PSSM8(Shimazu)を用いてFmoc固相合成した。合成した各PIポリアミドをC18 HPLCカラムにより精製した。
[ゲルシフトアッセイ]
ヒトHGFプロモーターのオリゴヌクレオチドを合成し、上記で合成した8種のPIポリアミドを用いてゲルシフトアッセイを行った。二本鎖DNAを[γ-32P]-ATPを用いたT4ポリヌクレオチドキナーゼで標識し、37℃で15分間、結合緩衝液(40mM Tris,pH7.9,250mM NaCl,25mM EDTA,25mM DTT,100mM KCl)中でPIポリアミドとともにインキュベートした。得られた複合体を20%ポリアクリルアミドゲルにより電気泳動し、オートラジオグラフィーで可視化した。
ゲルシフトアッセイの結果、いずれのPIポリアミドにおいても、HGFプロモーターの二本鎖DNAとのインキュベートにより、ゲルシフトが確認された。Hu-HGF-1及びHu-HGF-2のゲルシフトアッセイの結果を図11に示す。Hu-HGF-3及びHu-HGF-4のゲルシフトアッセイの結果を図12に示す。Hu-HGF-5及びHu-HGF-6のゲルシフトアッセイの結果を図13に示す。
ゲルシフトアッセイの結果、8種のPIポリアミドはいずれも、ヒトHGFプロモーターに結合することが確認された。
[HGF mRNA発現量の評価]
PIポリアミドを添加して細胞を培養し、HGF mRNA発現量に及ぼすPIポリアミドの影響を評価した。
図14に、試験プロトコールの概要を示した。ヒト皮膚由来線維芽細胞(HDF細胞)を10% FBS-DMEM培地で維持した。0.5% FBS-DMEM培地に培地を交換して、24時間培養した。10-11~10-7MのPIポリアミドを添加した。ネガティブコントロールでは、PIポリアミドに替えてDMSOを添加した。PIポリアミド又はDMSOの添加後15時間培養し、細胞を回収した。
回収した細胞から、ISOGEN(ニッポンジーン)を用いて全RNAを抽出し、PrimeScript(登録商標)Reverse Transcriptase(タカラバイオ)を用いて逆転写反応を行い、cDNAを調製した。上記で調製したcDNAを鋳型DNAとして、RT-qPCRを行い、HGF mRNAを定量した。RT-qPCRには、Power SYBR(登録商標)Green PCR Master Mix(アプライドバイオシステム製)を使用した。HGF mRNAの発現量は、18SrRNAの発現量により平準化した。
RT-qPCRに用いたプライマーを以下に示す。
ヒトHGF
フォワード:TGACCTCTATGAAAACAAAGACTACA(配列番号4)
リバース:GCTGACATTTGATGCCACTCTTAG(配列番号5)
ヒト18SrRNA
フォワード:TCAAGAACGAAAGTCGGACG(配列番号6)
リバース:GGACATCTAAGGGCATCACA(配列番号7)
PIポリアミドとしてHu-HGF-3、Hu-HGF-5、及びHu-HGF-7を用いた結果を図15~17にそれぞれ示した。これら3種のいずれにおいても、ネガティブコントロール(DMSO)と比較して、HGF mRNA発現量の増加が確認された。いずれのPIポリアミドにおいても、低用量(10-11~10-9M)のときにHGF mRNAの発現量がより増加する傾向がみられた。
[TGF-β1 mRNA発現量の評価]
PIポリアミドを添加して細胞を培養し、TGF-β1 mRNA発現量に及ぼすPIポリアミドの影響を評価した。
図14に、試験プロトコールの概要を示した。PIポリアミド又はDMSOの添加から3時間後に、0.1μMのPMA(phorbol 12-myristate 13-acetate)を添加したこと以外は、上記と同様に細胞を培養し、細胞を回収した。
上記と同様に、回収した細胞から全RNAを抽出し、RT-qPCRを行った。TGF-β1 mRNAの発現量は、18SrRNAの発現量により平準化した。
RT-qPCRに用いたプライマーを以下に示す。
ヒトTGF-β1
フォワード:CTCGGCTGGAAGTGGATCCA(配列番号8)
リバース:TGTACAGGGCCAGGACCTTG(配列番号9)
PIポリアミドとして、Hu-HGF-3、Hu-HGF-5、及びHu-HGF-7を用いた結果を図18~20にそれぞれ示した。0.1μMのPMAの添加により、TGF-β1 mRNAの発現が誘導された。いずれのPIポリアミドを用いた場合も、10-12~10-10Mという極低濃度で、PMA刺激によるTGF-β1 mRNAの発現が抑制された。
図21は、HDF細胞に替えて、ヒト腎メサンジウム(MC)細胞を用いた場合の結果を示す。PIポリアミドとしては、Hu-HGF-5を用いた。MC細胞においても、PIポリアミドの添加により、PMA刺激によるTGF-β1 mRNAの発現が抑制されることが確認された。
[HGFタンパク質発現量の評価]
PIポリアミドを添加して細胞を培養し、HGFタンパク質発現量に及ぼすPIポリアミドの影響を評価した。
[HGF mRNA発現量の評価]と同様に細胞を培養し、細胞を回収した。細胞を破砕し、抗HGF抗体(Catalog(MAB294), Monoclonal Mouse, R&D System)を用いてウェスタンブロッティングを行った。HGFタンパク質発現量は、β-アクチンの発現量により平準化した。
PIポリアミドとして、Hu-HGF-3、Hu-HGF-5、及びHu-HGF-7を用いた結果を図22~24にそれぞれ示した。これら3種のいずれにおいても、ネガティブコントロール(DMSO)と比較して、HGFタンパク質発現量の増加が確認された。いずれのPIポリアミドにおいても、低用量(10-11~10-10M)のときにHGFタンパク質発現量がより増加する傾向がみられた。
[TGF-β1タンパク質発現量の評価]
PIポリアミドを添加して細胞を培養し、TGF-β1タンパク質発現量に及ぼすPIポリアミドの影響を評価した。
[TGF-β1 mRNA発現量の評価]と同様に細胞を培養し、細胞を回収した。細胞を破砕し、抗TGF-β抗体(Catalog(Y241), Polyclonal, Rabbit, (株)ペプチド研究所)を用いてウェスタンブロッティングを行った。TGF-βタンパク質発現量は、β-アクチンの発現量により平準化した。
PIポリアミドとして、Hu-HGF-3、Hu-HGF-5、及びHu-HGF-7を用いた結果を図25~27にそれぞれ示した。0.1μMのPMAの添加により、TGF-β1タンパク質の発現が誘導された。いずれのPIポリアミドを用いた場合も、10-11Mという極低濃度で、PMA刺激によるTGF-β1タンパク質発現を有意に抑制することが確認された。
[HGF siRNA存在下でのTGF-β1発現量の評価]
PIポリアミドが、TGF-β1発現量を直接的に低下させるかを確認するために、HGF siRNAを用いた試験を行った。HGF siRNA存在下では、HGFの発現が抑制される。そのため、HGF発現量の増加による影響を排除することができる。したがって、HGF siRNA存在下で、PIポリアミドを細胞に作用させることにより、PIポリアミドがTGF-β1の発現を直接的に抑制するかを確認することができる。
HGF siRNAは、HSS179212(ThermoFisher SCIENTIFIC)を用いた。HGF siRNAは、HGF mRNAの発現を特異的に抑制することが確認された(データは示さず)。
10nMのHGF siRNAを添加したこと以外は、[HGF mRNA発現量の評価]と同様に細胞を培養し、細胞を回収した。細胞を破砕し、抗HGF抗体(Catalog(MAB294), Monoclonal Mouse, R&D System)を用いてウェスタンブロッティングを行った。HGFタンパク質発現量は、β-アクチンの発現量により平準化した。
PIポリアミドとしてHu-HGF-3、及びHu-HGF-5を用いた結果を図28~29にそれぞれ示した。図28~29中、横軸の番号は以下を示す。PMAの濃度は0.1μMとし、HGF siRNAの濃度は10nMとした。
1:DMSO
2:DMSO+PMA+ HGF siRNA
3:DMSO+PMA+ HGF siNRA+10-11M PIポリアミド
4:DMSO+PMA+HGF siNRA+10-10M PIポリアミド
5:DMSO+PMA+HGF siNRA+10-9M PIポリアミド
Hu-HGF-3及びHu-HGF-5のいずれも、HGF siRNAの存在下で、TGF-βタンパク質発現を有意に抑制することが確認された。これらの結果から、Hu-HGF-3及びHu-HGF-5は、TGF-βのプロモーター領域に結合し、TGF-βの発現を直接的に阻害していると示唆された。
[ミスマッチPIポリアミドを用いたTGF-β1 mRNA発現量の評価]
HGF遺伝子の転写抑制領域及びTGF-β1遺伝子の転写促進領域に結合するように設定していないミスマッチPIポリアミド(HGF mismatch)を合成した。前記ミスマッチPIポリアミド用いたこと以外は、[TGF-β1 mRNA発現量の評価]と同様に細胞を培養し、TGF-β1 mRNA発現量を評価した。HGF mismatchの構造を以下に示す。
結果を図30に示す。HGF mismatchは、TGFβのmRNA発現量に影響しなかった。
本発明によれば、2種以上の遺伝子の転写を同時に制御可能な式ピロールイミダゾールポリアミド、及び前記ピロールイミダゾールポリアミドを含む医薬組成物が提供される。また、TGF-β関連疾患又は線維性疾患の治療薬として有用なピロールイミダゾールポリアミド、並びに前記ピロールイミダゾールポリアミドを用いたTGF-β遺伝子発現抑制剤、及びTGF-β関連疾患又は線維性疾患を治療するための医薬組成物が提供される。

Claims (6)

  1. 下記式(P-3)、(P-5)又は(P-7)で表される、ピロールイミダゾールポリアミド。
    [式中、Rは、-NHCO-R11(R11は炭素原子数1~10の脂肪族炭化水素基)で表される基を表し、Rは、-CONH-R21(R21は炭素原子数1~15の置換基を有してもよい脂肪族炭化水素基)で表される基を表す。R及びRは、相互に連結して2価の有機基を形成してもよい。]
  2. 下記式Hu-HGF-3、Hu-HGF-5又はHu-HGF-7で表される、請求項に記載のピロールイミダゾールポリアミド。
  3. 請求項1又は2に記載のピロールイミダゾールポリアミドを含む、TGF-β遺伝子発現抑制剤。
  4. 請求項1又は2に記載のピロールイミダゾールポリアミドを含む、医薬組成物。
  5. 請求項1又は2に記載のピロールイミダゾールポリアミドを含む、TGF-β関連疾患を治療するための医薬組成物。
  6. 請求項1又は2に記載のピロールイミダゾールポリアミドを含む、線維性疾患を治療するための医薬組成物。
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