JP7750839B2 - ピロールイミダゾールポリアミド、TGFβ遺伝子発現抑制剤、医薬組成物 - Google Patents
ピロールイミダゾールポリアミド、TGFβ遺伝子発現抑制剤、医薬組成物Info
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Description
本願は、2020年7月20日に、日本に出願された特願2020-123988号に基づき優先権を主張し、その内容をここに援用する。
[1]2種以上の遺伝子のプロモーターに結合し、前記2種以上の遺伝子の転写を制御する、ピロールイミダゾールポリアミド。
[2]前記2種以上の遺伝子が、第1の遺伝子及び第2の遺伝子を含み、前記第1の遺伝子が、前記第2の遺伝子の発現制御因子をコードする遺伝子である、[1]に記載のピロールイミダゾールポリアミド。
[3]前記第1の遺伝子のプロモーターに結合し、前記第1の遺伝子のプロモーターへの転写制御因子の結合を阻害する、[2]に記載のピロールイミダゾールポリアミド。
[4]前記2種以上の遺伝子が、HGF遺伝子と、TGF-β遺伝子とを含む、[1]に記載のピロールイミダゾールポリアミド。
[5]前記HGF遺伝子の転写を促進し、且つ前記TGF-β遺伝子の転写を阻害する、[4]に記載のピロールイミダゾールポリアミド。
[6]前記HGF遺伝子のプロモーターにおける転写抑制領域に結合する、[5]に記載のピロールイミダゾールポリアミド。
[7]前記HGF遺伝子のプロモーターにおける、配列番号1に記載の塩基配列の少なくとも一部を含む領域に結合する、[6]に記載のピロールイミダゾールポリアミド。
[8]前記HGF遺伝子のプロモーターにおける、下記配列1~3のいずれかを含む領域に結合する、[7]に記載のピロールイミダゾールポリアミド。
配列1:AGGTGAC
配列2:ACCTTTT
配列3:CTTTTCT
[9]前記TGF-β遺伝子のプロモーターにおける転写促進領域に結合する、[4]~[8]のいずれか1つに記載のピロールイミダゾールポリアミド。
[10]下記式(P-3)、(P-5)又は(P-7)で表されるピロールイミダゾールポリアミド。
[11]下記式Hu-HGF-3、Hu-HGF-5又はHu-HGF-7で表される、[10]に記載のピロールイミダゾールポリアミド。
[13][1]~[11]のいずれか1つに記載のピロールイミダゾールポリアミドを含む、医薬組成物。
[14][4]~[11]のいずれか1つに記載のピロールイミダゾールポリアミドを含む、TGF-β関連疾患を治療するための医薬組成物。
[15][4]~[11]のいずれか1つに記載のピロールイミダゾールポリアミドを含む、線維性疾患を治療するための医薬組成物。
[16](a)2種以上の遺伝子のプロモーターに結合するピロールイミダゾールポリアミドを設計する工程と、(b)前記ピロールイミダゾールポリアミドを合成する工程と、(c)前記合成されたピロールイミダゾールポリアミドのうち、前記2種以上の遺伝子の転写を制御するピロールイミダゾールポリアミドを選択する工程と、を含む、ピロールイミダゾールポリアミドの製造方法。
一態様において、本発明は、2種以上の遺伝子のプロモーター領域に結合し、前記2種以上の遺伝子の転写を制御する、ピロールイミダゾールポリアミドを提供する。
本明細書において、「転写促進領域」とは、遺伝子の上流に位置し、転写因子又は複合タンパク質等が結合することにより、遺伝子の転写が促進される領域を意味する。転写促進領域は、通常、プロモーターに存在し得る。
本明細書において、「転写抑制領域」とは、遺伝子の上流に位置し、転写因子又は複合タンパク質等が結合することにより、遺伝子の転写が抑制される領域を意味する。転写抑制領域は、通常、プロモーターに存在し得る。
本明細書において、転写促進領域及び転写抑制領域をまとめて「転写制御領域」という場合がある。
本明細書において、「転写制御因子」とは、特定の遺伝子の転写促進領域又は転写抑制領域に結合し、当該遺伝子の転写を促進又は抑制するタンパク質(転写因子、複合タンパク質等を含む)を意味する。
本明細書において、「発現制御因子」とは、特定の遺伝子の発現を促進又は抑制するタンパク質(転写因子、複合タンパク質等を含む)を意味する。発現制御因子は、当該タンパク質の存在により、前記特定の遺伝子の発現が上方制御又は下方制御されるタンパク質であればよく、転写制御因子を包含する。
転写制御領域に結合可能ではない標的遺伝子が存在する場合、転写制御領域中の他の配列を選択し、PIポリアミドを再設計する。再設計したPIポリアミドについて、残りの標的遺伝子の転写制御領域に結合可能かを確認する。以下、全ての標的遺伝子の転写制御領域に結合可能なPIポリアミドが取得できるまで、上記のステップを繰り返す。
また、第1の遺伝子が、第2の遺伝子の発現を抑制する発現制御因子である場合、PIポリアミドにより第1の遺伝子の転写を抑制し、且つ第2の遺伝子の転写を促進することにより、より強力に第2の遺伝子の転写を促進することができる。この場合、PIポリアミドは、第1の遺伝子のプロモーターにおける転写促進領域に結合することが好ましい。また、PIポリアミドは、第2の遺伝子のプロモーターにおける転写抑制領域に結合することが好ましい。
また、第1の遺伝子が、第2の遺伝子の発現を促進する発現制御因子である場合、PIポリアミドにより第1の遺伝子の転写を抑制し、且つ第2の遺伝子の転写を抑制することにより、より強力に第2の遺伝子の転写を抑制することができる。この場合、PIポリアミドは、第1の遺伝子のプロモーターにおける転写促進領域に結合することが好ましい。また、PIポリアミドは、第2の遺伝子のプロモーターにおける転写促進領域に結合することが好ましい。
配列1:AGGTGAC
配列2:ACCTTTT
配列3:CTTTTCT
一態様において、本発明は、PIポリアミド(P)を含む、TGF-β遺伝子発現抑制剤を提供する。
一態様において、本発明は、前記PIポリアミドを含む、医薬組成物を提供する。
一態様において、本発明は、PIポリアミド(P)を含む、線維性疾患を治療するための医薬組成物を提供する。
一態様において、本発明は、ピロールイミダゾールポリアミドの製造方法を提供する。本態様の方法は、(a)2種以上の遺伝子のプロモーターに結合するピロールイミダゾールポリアミドを設計する工程と、(b)前記ピロールイミダゾールポリアミドを合成する工程と、(c)前記合成されたピロールイミダゾールポリアミドのうち、前記2種以上の遺伝子の転写を制御するピロールイミダゾールポリアミドを選択する工程と、を含む。
工程(a)では、2種以上の遺伝子のプロモーターに結合するPIポリアミドを設計する。
(i)PIポリアミドの標的とする2種以上の遺伝子を選択する。
(ii)前記2種以上の遺伝子について、転写促進領域又は転写抑制領域を特定する。
(iii)前記2種以上の遺伝子のうち第1の遺伝子について、前記転写促進領域又は転写抑制領域に結合するPIポリアミドを設計する。
(iv)前記設計したPIポリアミドから、前記2種以上の遺伝子のうち第1の遺伝子以外の遺伝子の転写促進領域又は転写抑制領域に結合するPIポリアミドを選択する。
PIポリアミドの標的とする任意の2種以上の遺伝子を選択する。2種以上の遺伝子の組合せとしては、上記[ピロールイミダゾールポリアミド(PIポリアミド)]の項で挙げた組合せ等が挙げられる。
2種以上の遺伝子のそれぞれについて、プロモーター配列を解析し、転写促進領域又は転写抑制領域を特定する。例えば、発現抑制する遺伝子については、転写促進領域を取得する。発現促進する遺伝子については、転写抑制領域を取得する。
前記2種以上の標的遺伝子のうち第1の遺伝子について、転写促進領域又は転写抑制領域に結合するPIポリアミドを設計する。第1の遺伝子の発現抑制を目的とする場合には、転写促進領域に結合するPIポリアミドを設計する。第1の遺伝子の発現促進を目的とする場合には、転写抑制領域に結合するPIポリアミドを設計する。このとき、複数のPIポリアミドを設計することが好ましい。複数のPIポリアミドを設計する方法としては、複数の転写促進領域又は転写抑制領域に対して、それぞれPIポリアミドを設計する方法;1つの転写促進領域又は転写抑制領域に対して、標的配列をずらして複数のPIポリアミドを設計する方法;及びこれらの組合せが挙げられる。
(iii)で設計したPIポリアミドから、前記2種以上の標的遺伝子のうち第1の遺伝子以外の標的遺伝子の転写促進領域又は転写抑制領域に結合するPIポリアミドを選択する。例えば、(iii)で設計したPIポリアミドが結合し得る配列(以下、「候補PIポリアミド結合配列」ともいう)を取得する。次いで、候補PIポリアミド結合配列をクエリー配列として、第1の遺伝子以外の標的遺伝子の転写促進領域又は転写抑制領域の配列を検索する。その結果、第1の遺伝子以外の全ての標的遺伝子の転写促進領域又は転写抑制領域において、候補PIポリアミド結合配列が存在する場合には、当該候補PIポリアミド結合配列を標的とするPIポリアミドを選択する。例えば、(iii)で設計したPIポリアミドから、第2の遺伝子の転写促進領域又は転写抑制領域に結合し得るPIポリアミドを選択する。
(iii’)前記2種以上の遺伝子の転写促進領域又は転写抑制領域において、同一のPIポリアミドが結合し得る標的配列を探索する。
(iv’)(iii’)により検出された標的配列に結合し得るPIポリアミドを設計する。
PIポリアミドでは、Py/Im対がC-G塩基対に結合し、Im/Py対がG-C塩基対に結合し、Py/Py対がA-T塩基対若しくはT-A塩基対に結合する。Hp/Py対がT-A塩基対に結合し、Py/Hp対がA-T塩基対に結合し、β/β対がT-A塩基対若しくはA-T塩基対に結合し、β/Im対がC-G塩基対に結合し、Im/β対がG-C塩基対に結合し、β/Py対及びPy/β対がT-A塩基対若しくはA-T塩基対に結合する。前記結合法則に基づき、全ての標的遺伝子の転写促進領域又は転写抑制領域において、同一のPIポリアミドが結合し得る標的配列を探索する。例えば、第1の遺伝子の転写促進領域若しくは転写抑制領域、及び第2の遺伝子の転写促進領域若しくは転写抑制領域において、同一のPIポリアミドが結合し得る標的配列を探索する。
(iii’)により、同一のPIポリアミドが結合し得る標的配列が見つかった場合には、当該標的配列に結合し得るPIポリアミドを設計する。
工程(b)では、工程(a)で設計したPIポリアミドを合成する。
PIポリアミドは、固相Fmoc法等の公知の方法により合成することができる。
工程(c)では、工程(b)で合成されたPIポリアミドのうち、前記2種以上の遺伝子の転写を制御するPIポリアミドを選択する。
一態様において、本発明は、TGF-β関連疾患又は線維性疾患を治療又は予防するための医薬組成物の製造における、PIポリアミド(P)の使用を提供する。
一態様において、本発明は、TGF-β関連疾患又は線維性疾患を治療又は予防に使用するための、PIポリアミド(P)を提供する。
一態様において、本発明は、PIポリアミド(P)を対象(例、TGF-β関連疾患又は線維性疾患に罹患している患者など)に投与することを含む、TGF-β関連疾患又は線維性疾患の治療方法を提供する。
一態様において、本発明は、TGF-β関連疾患又は線維性疾患を治療又は予防するための、PIポリアミド(P)を提供する。
(ヒトHGF遺伝子プロモーターの解析)
ヒトHGF遺伝子のプロモーターを、遺伝子解析ソフトPROMOを用いて解析し、転写制御因子の結合サイトを予測した。その結果、転写制御因子として機能するCOUP-TF1の結合サイト(-108~-96;AGGTGACCTTTTC:配列番号1)が検出された(図2参照)。このCOUP-FT1結合サイトの周辺領域を標的として、8種類のPIポリアミドを設計した(Hu-HGF-1,Hu-HGF-2:図3;Hu-HGF-3,Hu-HGF-4,Hu-HGF-5,Hu-HGF-6:図4;Hu-HGF-7,Hu-HGF-8:図5)。in vivo試験でコモンマーモセットを用いることを想定し、ヒト及びコモンマーモセットで相同な領域をPIポリアミドの標的領域として選択した。
ヒトTGF-β1プロモーターの配列を図9に示す。図9中、実線で囲んだ配列は、Hu-HGF-3の結合配列を示し、破線で囲んだ配列は、Hu-HGF-7の結合配列を示す。
上記で設計した8種のPIポリアミド(Hu-HGF-1、Hu-HGF-2、Hu-HGF-3、Hu-HGF-4、Hu-HGF-5、Hu-HGF-6、Hu-HGF-7、Hu-HGF-8)を、ペプチド合成機PSSM8(Shimazu)を用いてFmoc固相合成した。合成した各PIポリアミドをC18 HPLCカラムにより精製した。
ヒトHGFプロモーターのオリゴヌクレオチドを合成し、上記で合成した8種のPIポリアミドを用いてゲルシフトアッセイを行った。二本鎖DNAを[γ-32P]-ATPを用いたT4ポリヌクレオチドキナーゼで標識し、37℃で15分間、結合緩衝液(40mM Tris,pH7.9,250mM NaCl,25mM EDTA,25mM DTT,100mM KCl)中でPIポリアミドとともにインキュベートした。得られた複合体を20%ポリアクリルアミドゲルにより電気泳動し、オートラジオグラフィーで可視化した。
ゲルシフトアッセイの結果、8種のPIポリアミドはいずれも、ヒトHGFプロモーターに結合することが確認された。
PIポリアミドを添加して細胞を培養し、HGF mRNA発現量に及ぼすPIポリアミドの影響を評価した。
図14に、試験プロトコールの概要を示した。ヒト皮膚由来線維芽細胞(HDF細胞)を10% FBS-DMEM培地で維持した。0.5% FBS-DMEM培地に培地を交換して、24時間培養した。10-11~10-7MのPIポリアミドを添加した。ネガティブコントロールでは、PIポリアミドに替えてDMSOを添加した。PIポリアミド又はDMSOの添加後15時間培養し、細胞を回収した。
ヒトHGF
フォワード:TGACCTCTATGAAAACAAAGACTACA(配列番号4)
リバース:GCTGACATTTGATGCCACTCTTAG(配列番号5)
ヒト18SrRNA
フォワード:TCAAGAACGAAAGTCGGACG(配列番号6)
リバース:GGACATCTAAGGGCATCACA(配列番号7)
PIポリアミドを添加して細胞を培養し、TGF-β1 mRNA発現量に及ぼすPIポリアミドの影響を評価した。
図14に、試験プロトコールの概要を示した。PIポリアミド又はDMSOの添加から3時間後に、0.1μMのPMA(phorbol 12-myristate 13-acetate)を添加したこと以外は、上記と同様に細胞を培養し、細胞を回収した。
上記と同様に、回収した細胞から全RNAを抽出し、RT-qPCRを行った。TGF-β1 mRNAの発現量は、18SrRNAの発現量により平準化した。
ヒトTGF-β1
フォワード:CTCGGCTGGAAGTGGATCCA(配列番号8)
リバース:TGTACAGGGCCAGGACCTTG(配列番号9)
PIポリアミドを添加して細胞を培養し、HGFタンパク質発現量に及ぼすPIポリアミドの影響を評価した。
[HGF mRNA発現量の評価]と同様に細胞を培養し、細胞を回収した。細胞を破砕し、抗HGF抗体(Catalog(MAB294), Monoclonal Mouse, R&D System)を用いてウェスタンブロッティングを行った。HGFタンパク質発現量は、β-アクチンの発現量により平準化した。
PIポリアミドを添加して細胞を培養し、TGF-β1タンパク質発現量に及ぼすPIポリアミドの影響を評価した。
[TGF-β1 mRNA発現量の評価]と同様に細胞を培養し、細胞を回収した。細胞を破砕し、抗TGF-β抗体(Catalog(Y241), Polyclonal, Rabbit, (株)ペプチド研究所)を用いてウェスタンブロッティングを行った。TGF-βタンパク質発現量は、β-アクチンの発現量により平準化した。
PIポリアミドが、TGF-β1発現量を直接的に低下させるかを確認するために、HGF siRNAを用いた試験を行った。HGF siRNA存在下では、HGFの発現が抑制される。そのため、HGF発現量の増加による影響を排除することができる。したがって、HGF siRNA存在下で、PIポリアミドを細胞に作用させることにより、PIポリアミドがTGF-β1の発現を直接的に抑制するかを確認することができる。
1:DMSO
2:DMSO+PMA+ HGF siRNA
3:DMSO+PMA+ HGF siNRA+10-11M PIポリアミド
4:DMSO+PMA+HGF siNRA+10-10M PIポリアミド
5:DMSO+PMA+HGF siNRA+10-9M PIポリアミド
HGF遺伝子の転写抑制領域及びTGF-β1遺伝子の転写促進領域に結合するように設定していないミスマッチPIポリアミド(HGF mismatch)を合成した。前記ミスマッチPIポリアミド用いたこと以外は、[TGF-β1 mRNA発現量の評価]と同様に細胞を培養し、TGF-β1 mRNA発現量を評価した。HGF mismatchの構造を以下に示す。
Claims (6)
- 下記式(P-3)、(P-5)又は(P-7)で表される、ピロールイミダゾールポリアミド。
[式中、R1は、-NHCO-R11(R11は炭素原子数1~10の脂肪族炭化水素基)で表される基を表し、R2は、-CONH-R21(R21は炭素原子数1~15の置換基を有してもよい脂肪族炭化水素基)で表される基を表す。R1及びR2は、相互に連結して2価の有機基を形成してもよい。] - 下記式Hu-HGF-3、Hu-HGF-5又はHu-HGF-7で表される、請求項1に記載のピロールイミダゾールポリアミド。
- 請求項1又は2に記載のピロールイミダゾールポリアミドを含む、TGF-β遺伝子発現抑制剤。
- 請求項1又は2に記載のピロールイミダゾールポリアミドを含む、医薬組成物。
- 請求項1又は2に記載のピロールイミダゾールポリアミドを含む、TGF-β関連疾患を治療するための医薬組成物。
- 請求項1又は2に記載のピロールイミダゾールポリアミドを含む、線維性疾患を治療するための医薬組成物。
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