JP7488246B2 - ビーズ破砕用チューブならびに微生物からデオキシリボ核酸および/またはリボ核酸を抽出する方法 - Google Patents
ビーズ破砕用チューブならびに微生物からデオキシリボ核酸および/またはリボ核酸を抽出する方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP7488246B2 JP7488246B2 JP2021197260A JP2021197260A JP7488246B2 JP 7488246 B2 JP7488246 B2 JP 7488246B2 JP 2021197260 A JP2021197260 A JP 2021197260A JP 2021197260 A JP2021197260 A JP 2021197260A JP 7488246 B2 JP7488246 B2 JP 7488246B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- bead
- sample
- beads
- dna
- tube
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
- 239000011324 bead Substances 0.000 title claims description 280
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims description 120
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 title description 138
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 title description 138
- 229920002477 rna polymer Polymers 0.000 title description 65
- 244000005700 microbiome Species 0.000 title description 58
- 239000002981 blocking agent Substances 0.000 claims description 144
- XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N Urea Chemical compound NC(N)=O XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 60
- 239000002245 particle Substances 0.000 claims description 56
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 53
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 53
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 53
- 244000052769 pathogen Species 0.000 claims description 48
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims description 40
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims description 40
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N silicon dioxide Inorganic materials O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 35
- 239000004202 carbamide Substances 0.000 claims description 30
- 241000222122 Candida albicans Species 0.000 claims description 27
- 241000191967 Staphylococcus aureus Species 0.000 claims description 22
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 claims description 20
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 claims description 19
- MCMNRKCIXSYSNV-UHFFFAOYSA-N Zirconium dioxide Chemical compound O=[Zr]=O MCMNRKCIXSYSNV-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 17
- 239000000872 buffer Substances 0.000 claims description 17
- 235000012239 silicon dioxide Nutrition 0.000 claims description 16
- 239000011521 glass Substances 0.000 claims description 13
- 229910052500 inorganic mineral Inorganic materials 0.000 claims description 13
- 239000011707 mineral Substances 0.000 claims description 13
- 239000000377 silicon dioxide Substances 0.000 claims description 13
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 claims description 12
- 241000187482 Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis Species 0.000 claims description 11
- QCWXUUIWCKQGHC-UHFFFAOYSA-N Zirconium Chemical compound [Zr] QCWXUUIWCKQGHC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 10
- 229910052726 zirconium Inorganic materials 0.000 claims description 10
- 239000000919 ceramic Substances 0.000 claims description 9
- 239000006166 lysate Substances 0.000 claims description 9
- 241000193985 Streptococcus agalactiae Species 0.000 claims description 8
- 239000000654 additive Substances 0.000 claims description 8
- 244000052616 bacterial pathogen Species 0.000 claims description 8
- 230000006037 cell lysis Effects 0.000 claims description 8
- 239000010453 quartz Substances 0.000 claims description 8
- 229940030998 streptococcus agalactiae Drugs 0.000 claims description 8
- 241000606768 Haemophilus influenzae Species 0.000 claims description 7
- 241000589248 Legionella Species 0.000 claims description 7
- 241000187479 Mycobacterium tuberculosis Species 0.000 claims description 7
- 238000013019 agitation Methods 0.000 claims description 7
- 229940095731 candida albicans Drugs 0.000 claims description 7
- 239000003599 detergent Substances 0.000 claims description 7
- 229910010271 silicon carbide Inorganic materials 0.000 claims description 7
- GFQYVLUOOAAOGM-UHFFFAOYSA-N zirconium(iv) silicate Chemical compound [Zr+4].[O-][Si]([O-])([O-])[O-] GFQYVLUOOAAOGM-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 7
- 241000588626 Acinetobacter baumannii Species 0.000 claims description 6
- 241000158508 Corynebacterium amycolatum Species 0.000 claims description 6
- 241000701022 Cytomegalovirus Species 0.000 claims description 6
- 241000194032 Enterococcus faecalis Species 0.000 claims description 6
- 241000194031 Enterococcus faecium Species 0.000 claims description 6
- 241000709661 Enterovirus Species 0.000 claims description 6
- 241000606766 Haemophilus parainfluenzae Species 0.000 claims description 6
- 241000712431 Influenza A virus Species 0.000 claims description 6
- 241000588915 Klebsiella aerogenes Species 0.000 claims description 6
- 241000588747 Klebsiella pneumoniae Species 0.000 claims description 6
- 208000007764 Legionnaires' Disease Diseases 0.000 claims description 6
- 241000588655 Moraxella catarrhalis Species 0.000 claims description 6
- 241000202934 Mycoplasma pneumoniae Species 0.000 claims description 6
- 241000142787 Pneumocystis jirovecii Species 0.000 claims description 6
- 241000589517 Pseudomonas aeruginosa Species 0.000 claims description 6
- 241000607715 Serratia marcescens Species 0.000 claims description 6
- 241000194048 Streptococcus equi Species 0.000 claims description 6
- 241000193998 Streptococcus pneumoniae Species 0.000 claims description 6
- 241000193996 Streptococcus pyogenes Species 0.000 claims description 6
- 244000053095 fungal pathogen Species 0.000 claims description 6
- 229940047650 haemophilus influenzae Drugs 0.000 claims description 6
- TWNQGVIAIRXVLR-UHFFFAOYSA-N oxo(oxoalumanyloxy)alumane Chemical compound O=[Al]O[Al]=O TWNQGVIAIRXVLR-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 6
- HBMJWWWQQXIZIP-UHFFFAOYSA-N silicon carbide Chemical compound [Si+]#[C-] HBMJWWWQQXIZIP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 6
- 241000894007 species Species 0.000 claims description 6
- 238000003756 stirring Methods 0.000 claims description 6
- 229940031000 streptococcus pneumoniae Drugs 0.000 claims description 6
- 229910052845 zircon Inorganic materials 0.000 claims description 6
- 241000589291 Acinetobacter Species 0.000 claims description 5
- 241000186046 Actinomyces Species 0.000 claims description 5
- 241000193738 Bacillus anthracis Species 0.000 claims description 5
- 241001647372 Chlamydia pneumoniae Species 0.000 claims description 5
- 241000233866 Fungi Species 0.000 claims description 5
- RJQXTJLFIWVMTO-TYNCELHUSA-N Methicillin Chemical compound COC1=CC=CC(OC)=C1C(=O)N[C@@H]1C(=O)N2[C@@H](C(O)=O)C(C)(C)S[C@@H]21 RJQXTJLFIWVMTO-TYNCELHUSA-N 0.000 claims description 5
- 241000588650 Neisseria meningitidis Species 0.000 claims description 5
- 241000187654 Nocardia Species 0.000 claims description 5
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 claims description 5
- 229940065181 bacillus anthracis Drugs 0.000 claims description 5
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 claims description 5
- 239000002184 metal Substances 0.000 claims description 5
- 229960003085 meticillin Drugs 0.000 claims description 5
- 229910000669 Chrome steel Inorganic materials 0.000 claims description 4
- 229940092559 enterobacter aerogenes Drugs 0.000 claims description 4
- 229940032049 enterococcus faecalis Drugs 0.000 claims description 4
- 230000002538 fungal effect Effects 0.000 claims description 4
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims description 4
- 229910001220 stainless steel Inorganic materials 0.000 claims description 4
- 239000010935 stainless steel Substances 0.000 claims description 4
- 244000052613 viral pathogen Species 0.000 claims description 3
- 230000033001 locomotion Effects 0.000 claims description 2
- 238000002493 microarray Methods 0.000 claims description 2
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims description 2
- 241000588807 Bordetella Species 0.000 claims 5
- 201000005702 Pertussis Diseases 0.000 claims 1
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 312
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 123
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 67
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 58
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 46
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 41
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 description 36
- -1 polypropylene Polymers 0.000 description 36
- 238000010009 beating Methods 0.000 description 35
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 33
- 239000004094 surface-active agent Substances 0.000 description 30
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 27
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 25
- DDRJAANPRJIHGJ-UHFFFAOYSA-N creatinine Chemical compound CN1CC(=O)NC1=N DDRJAANPRJIHGJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 24
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 24
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 23
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 22
- 206010036790 Productive cough Diseases 0.000 description 22
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 22
- 210000003802 sputum Anatomy 0.000 description 22
- 208000024794 sputum Diseases 0.000 description 22
- 230000003196 chaotropic effect Effects 0.000 description 21
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 20
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 20
- 238000011084 recovery Methods 0.000 description 20
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 19
- 239000003330 peritoneal dialysis fluid Substances 0.000 description 19
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 19
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 19
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 18
- 230000027455 binding Effects 0.000 description 17
- 210000002421 cell wall Anatomy 0.000 description 17
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 16
- GYOZYWVXFNDGLU-XLPZGREQSA-N dTMP Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 GYOZYWVXFNDGLU-XLPZGREQSA-N 0.000 description 15
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 14
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 14
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 14
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 13
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 13
- 150000002357 guanidines Chemical class 0.000 description 13
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 13
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 13
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 13
- 229940109239 creatinine Drugs 0.000 description 12
- 206010052428 Wound Diseases 0.000 description 11
- 208000027418 Wounds and injury Diseases 0.000 description 11
- UDMBCSSLTHHNCD-UHFFFAOYSA-N Coenzym Q(11) Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1OC(COP(O)(O)=O)C(O)C1O UDMBCSSLTHHNCD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- LNQVTSROQXJCDD-UHFFFAOYSA-N adenosine monophosphate Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1OC(CO)C(OP(O)(O)=O)C1O LNQVTSROQXJCDD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Natural products NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 10
- 235000013928 guanylic acid Nutrition 0.000 description 10
- 239000012139 lysis buffer Substances 0.000 description 10
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 10
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 10
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M Sodium laurylsulphate Chemical compound [Na+].CCCCCCCCCCCCOS([O-])(=O)=O DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 9
- 239000011248 coating agent Substances 0.000 description 9
- 238000000576 coating method Methods 0.000 description 9
- 230000009089 cytolysis Effects 0.000 description 9
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 9
- 239000000463 material Substances 0.000 description 9
- 235000013336 milk Nutrition 0.000 description 9
- 210000004080 milk Anatomy 0.000 description 9
- 239000008267 milk Substances 0.000 description 9
- 239000000047 product Substances 0.000 description 9
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 9
- 206010040047 Sepsis Diseases 0.000 description 8
- UDMBCSSLTHHNCD-KQYNXXCUSA-N adenosine 5'-monophosphate Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(O)=O)[C@@H](O)[C@H]1O UDMBCSSLTHHNCD-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 8
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 8
- RQFCJASXJCIDSX-UUOKFMHZSA-N guanosine 5'-monophosphate Chemical compound C1=2NC(N)=NC(=O)C=2N=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(O)=O)[C@@H](O)[C@H]1O RQFCJASXJCIDSX-UUOKFMHZSA-N 0.000 description 8
- 230000002934 lysing effect Effects 0.000 description 8
- 230000008569 process Effects 0.000 description 8
- 210000000582 semen Anatomy 0.000 description 8
- 229920001213 Polysorbate 20 Polymers 0.000 description 7
- 230000002550 fecal effect Effects 0.000 description 7
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 7
- 235000010486 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Nutrition 0.000 description 7
- 159000000000 sodium salts Chemical class 0.000 description 7
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 7
- 238000007400 DNA extraction Methods 0.000 description 6
- KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N Isopropanol Chemical compound CC(C)O KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 6
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 6
- 235000013305 food Nutrition 0.000 description 6
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 6
- 230000002209 hydrophobic effect Effects 0.000 description 6
- 238000001556 precipitation Methods 0.000 description 6
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 6
- 239000002689 soil Substances 0.000 description 6
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 6
- KHWCHTKSEGGWEX-RRKCRQDMSA-N 2'-deoxyadenosine 5'-monophosphate Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(O)=O)O1 KHWCHTKSEGGWEX-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 5
- LTFMZDNNPPEQNG-KVQBGUIXSA-N 2'-deoxyguanosine 5'-monophosphate Chemical compound C1=2NC(N)=NC(=O)C=2N=CN1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(O)=O)O1 LTFMZDNNPPEQNG-KVQBGUIXSA-N 0.000 description 5
- 108020000946 Bacterial DNA Proteins 0.000 description 5
- 241000588832 Bordetella pertussis Species 0.000 description 5
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 5
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 5
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 5
- 238000000502 dialysis Methods 0.000 description 5
- 229910003002 lithium salt Inorganic materials 0.000 description 5
- 159000000002 lithium salts Chemical class 0.000 description 5
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 5
- 210000004379 membrane Anatomy 0.000 description 5
- 230000000813 microbial effect Effects 0.000 description 5
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 5
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 5
- 239000000843 powder Substances 0.000 description 5
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 5
- 229940071089 sarcosinate Drugs 0.000 description 5
- ZUFONQSOSYEWCN-UHFFFAOYSA-M sodium;2-(methylamino)acetate Chemical compound [Na+].CNCC([O-])=O ZUFONQSOSYEWCN-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 5
- AEEZIRBYGITPDN-UHFFFAOYSA-M sodium;dodecanoyl sulfate Chemical compound [Na+].CCCCCCCCCCCC(=O)OS([O-])(=O)=O AEEZIRBYGITPDN-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 5
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 4
- 208000035473 Communicable disease Diseases 0.000 description 4
- 238000007399 DNA isolation Methods 0.000 description 4
- XEEYBQQBJWHFJM-UHFFFAOYSA-N Iron Chemical compound [Fe] XEEYBQQBJWHFJM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L Magnesium chloride Chemical compound [Mg+2].[Cl-].[Cl-] TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 4
- 102000006382 Ribonucleases Human genes 0.000 description 4
- 108010083644 Ribonucleases Proteins 0.000 description 4
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 4
- 210000003608 fece Anatomy 0.000 description 4
- 238000011049 filling Methods 0.000 description 4
- 238000011835 investigation Methods 0.000 description 4
- 230000002906 microbiologic effect Effects 0.000 description 4
- 239000004033 plastic Substances 0.000 description 4
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 4
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 4
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 4
- UMGDCJDMYOKAJW-UHFFFAOYSA-N thiourea Chemical compound NC(N)=S UMGDCJDMYOKAJW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 239000002351 wastewater Substances 0.000 description 4
- VLEIUWBSEKKKFX-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;2-[2-[bis(carboxymethyl)amino]ethyl-(carboxymethyl)amino]acetic acid Chemical compound OCC(N)(CO)CO.OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O VLEIUWBSEKKKFX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- KBDIEUYACKKLIJ-UHFFFAOYSA-N 2-isocyanatoguanidine Chemical compound NC(=N)NN=C=O KBDIEUYACKKLIJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- USFZMSVCRYTOJT-UHFFFAOYSA-N Ammonium acetate Chemical compound N.CC(O)=O USFZMSVCRYTOJT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000005695 Ammonium acetate Substances 0.000 description 3
- 102000016911 Deoxyribonucleases Human genes 0.000 description 3
- 108010053770 Deoxyribonucleases Proteins 0.000 description 3
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 3
- FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N Magnesium Chemical compound [Mg] FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 3
- 210000001015 abdomen Anatomy 0.000 description 3
- 238000010521 absorption reaction Methods 0.000 description 3
- 229940043376 ammonium acetate Drugs 0.000 description 3
- 235000019257 ammonium acetate Nutrition 0.000 description 3
- ZRALSGWEFCBTJO-UHFFFAOYSA-N anhydrous guanidine Natural products NC(N)=N ZRALSGWEFCBTJO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 210000001175 cerebrospinal fluid Anatomy 0.000 description 3
- 230000001079 digestive effect Effects 0.000 description 3
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 3
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 3
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 3
- 239000011536 extraction buffer Substances 0.000 description 3
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 3
- PJJJBBJSCAKJQF-UHFFFAOYSA-N guanidinium chloride Chemical compound [Cl-].NC(N)=[NH2+] PJJJBBJSCAKJQF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 230000036541 health Effects 0.000 description 3
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 3
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 description 3
- 230000002779 inactivation Effects 0.000 description 3
- 239000011777 magnesium Substances 0.000 description 3
- 229910052749 magnesium Inorganic materials 0.000 description 3
- 159000000003 magnesium salts Chemical class 0.000 description 3
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 3
- 239000008188 pellet Substances 0.000 description 3
- 239000011148 porous material Substances 0.000 description 3
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 3
- 238000002203 pretreatment Methods 0.000 description 3
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 3
- 108700004121 sarkosyl Proteins 0.000 description 3
- KSAVQLQVUXSOCR-UHFFFAOYSA-M sodium lauroyl sarcosinate Chemical compound [Na+].CCCCCCCCCCCC(=O)N(C)CC([O-])=O KSAVQLQVUXSOCR-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- 229940045885 sodium lauroyl sarcosinate Drugs 0.000 description 3
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 3
- HPZMWTNATZPBIH-UHFFFAOYSA-N 1-methyladenine Chemical compound CN1C=NC2=NC=NC2=C1N HPZMWTNATZPBIH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- RFLVMTUMFYRZCB-UHFFFAOYSA-N 1-methylguanine Chemical compound O=C1N(C)C(N)=NC2=C1N=CN2 RFLVMTUMFYRZCB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- YSAJFXWTVFGPAX-UHFFFAOYSA-N 2-[(2,4-dioxo-1h-pyrimidin-5-yl)oxy]acetic acid Chemical compound OC(=O)COC1=CNC(=O)NC1=O YSAJFXWTVFGPAX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- FZWGECJQACGGTI-UHFFFAOYSA-N 2-amino-7-methyl-1,7-dihydro-6H-purin-6-one Chemical compound NC1=NC(O)=C2N(C)C=NC2=N1 FZWGECJQACGGTI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- OVONXEQGWXGFJD-UHFFFAOYSA-N 4-sulfanylidene-1h-pyrimidin-2-one Chemical compound SC=1C=CNC(=O)N=1 OVONXEQGWXGFJD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- OIVLITBTBDPEFK-UHFFFAOYSA-N 5,6-dihydrouracil Chemical compound O=C1CCNC(=O)N1 OIVLITBTBDPEFK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- DCPSTSVLRXOYGS-UHFFFAOYSA-N 6-amino-1h-pyrimidine-2-thione Chemical compound NC1=CC=NC(S)=N1 DCPSTSVLRXOYGS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N Calcium Chemical compound [Ca] OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 206010050337 Cerumen impaction Diseases 0.000 description 2
- 206010059866 Drug resistance Diseases 0.000 description 2
- 108010067770 Endopeptidase K Proteins 0.000 description 2
- 241000588921 Enterobacteriaceae Species 0.000 description 2
- 241000192125 Firmicutes Species 0.000 description 2
- 108020000949 Fungal DNA Proteins 0.000 description 2
- PWKSKIMOESPYIA-BYPYZUCNSA-N L-N-acetyl-Cysteine Chemical compound CC(=O)N[C@@H](CS)C(O)=O PWKSKIMOESPYIA-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 2
- HYVABZIGRDEKCD-UHFFFAOYSA-N N(6)-dimethylallyladenine Chemical compound CC(C)=CCNC1=NC=NC2=C1N=CN2 HYVABZIGRDEKCD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- CHJJGSNFBQVOTG-UHFFFAOYSA-N N-methyl-guanidine Natural products CNC(N)=N CHJJGSNFBQVOTG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000588653 Neisseria Species 0.000 description 2
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 2
- 239000004743 Polypropylene Substances 0.000 description 2
- 238000011529 RT qPCR Methods 0.000 description 2
- 241000194054 Streptococcus uberis Species 0.000 description 2
- 239000007983 Tris buffer Substances 0.000 description 2
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- LEHOTFFKMJEONL-UHFFFAOYSA-N Uric Acid Chemical compound N1C(=O)NC(=O)C2=C1NC(=O)N2 LEHOTFFKMJEONL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- TVWHNULVHGKJHS-UHFFFAOYSA-N Uric acid Natural products N1C(=O)NC(=O)C2NC(=O)NC21 TVWHNULVHGKJHS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 210000004381 amniotic fluid Anatomy 0.000 description 2
- 210000004102 animal cell Anatomy 0.000 description 2
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 2
- 235000013361 beverage Nutrition 0.000 description 2
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 2
- 239000011575 calcium Substances 0.000 description 2
- 229910052791 calcium Inorganic materials 0.000 description 2
- TWFZGCMQGLPBSX-UHFFFAOYSA-N carbendazim Chemical compound C1=CC=C2NC(NC(=O)OC)=NC2=C1 TWFZGCMQGLPBSX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 210000000170 cell membrane Anatomy 0.000 description 2
- 210000002939 cerumen Anatomy 0.000 description 2
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 2
- 230000001332 colony forming effect Effects 0.000 description 2
- 235000013365 dairy product Nutrition 0.000 description 2
- 230000006378 damage Effects 0.000 description 2
- 229940119679 deoxyribonucleases Drugs 0.000 description 2
- 239000006047 digesta Substances 0.000 description 2
- SWSQBOPZIKWTGO-UHFFFAOYSA-N dimethylaminoamidine Natural products CN(C)C(N)=N SWSQBOPZIKWTGO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 2
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 2
- 239000003172 expectorant agent Substances 0.000 description 2
- 210000003722 extracellular fluid Anatomy 0.000 description 2
- 210000004700 fetal blood Anatomy 0.000 description 2
- 239000000706 filtrate Substances 0.000 description 2
- 210000005095 gastrointestinal system Anatomy 0.000 description 2
- 230000000762 glandular Effects 0.000 description 2
- 230000005484 gravity Effects 0.000 description 2
- 238000000227 grinding Methods 0.000 description 2
- 239000003673 groundwater Substances 0.000 description 2
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 2
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 2
- 238000000265 homogenisation Methods 0.000 description 2
- 239000012535 impurity Substances 0.000 description 2
- 229910052742 iron Inorganic materials 0.000 description 2
- XIXADJRWDQXREU-UHFFFAOYSA-M lithium acetate Chemical compound [Li+].CC([O-])=O XIXADJRWDQXREU-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- MHCFAGZWMAWTNR-UHFFFAOYSA-M lithium perchlorate Chemical compound [Li+].[O-]Cl(=O)(=O)=O MHCFAGZWMAWTNR-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 229910001486 lithium perchlorate Inorganic materials 0.000 description 2
- 244000144972 livestock Species 0.000 description 2
- 230000007774 longterm Effects 0.000 description 2
- 230000001926 lymphatic effect Effects 0.000 description 2
- 229910001629 magnesium chloride Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 2
- 208000004396 mastitis Diseases 0.000 description 2
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 2
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 2
- 230000011987 methylation Effects 0.000 description 2
- 238000007069 methylation reaction Methods 0.000 description 2
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 2
- 150000004712 monophosphates Chemical class 0.000 description 2
- 229940066491 mucolytics Drugs 0.000 description 2
- 210000003097 mucus Anatomy 0.000 description 2
- 239000003921 oil Substances 0.000 description 2
- RVTZCBVAJQQJTK-UHFFFAOYSA-N oxygen(2-);zirconium(4+) Chemical compound [O-2].[O-2].[Zr+4] RVTZCBVAJQQJTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000013618 particulate matter Substances 0.000 description 2
- 230000003169 placental effect Effects 0.000 description 2
- 238000007858 polymerase cycling assembly Methods 0.000 description 2
- 239000000256 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Substances 0.000 description 2
- 229920001155 polypropylene Polymers 0.000 description 2
- 229940068977 polysorbate 20 Drugs 0.000 description 2
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 2
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 2
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 description 2
- 239000012898 sample dilution Substances 0.000 description 2
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 2
- 210000004927 skin cell Anatomy 0.000 description 2
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 2
- 239000001488 sodium phosphate Substances 0.000 description 2
- 235000021055 solid food Nutrition 0.000 description 2
- 239000011550 stock solution Substances 0.000 description 2
- 229940115922 streptococcus uberis Drugs 0.000 description 2
- 235000000346 sugar Nutrition 0.000 description 2
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 2
- 239000002352 surface water Substances 0.000 description 2
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 2
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 2
- 210000004243 sweat Anatomy 0.000 description 2
- 210000001138 tear Anatomy 0.000 description 2
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N tris Chemical compound OCC(N)(CO)CO LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229940116269 uric acid Drugs 0.000 description 2
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 2
- 238000004065 wastewater treatment Methods 0.000 description 2
- SATCOUWSAZBIJO-UHFFFAOYSA-N 1-methyladenine Natural products N=C1N(C)C=NC2=C1NC=N2 SATCOUWSAZBIJO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WJNGQIYEQLPJMN-IOSLPCCCSA-N 1-methylinosine Chemical compound C1=NC=2C(=O)N(C)C=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O WJNGQIYEQLPJMN-IOSLPCCCSA-N 0.000 description 1
- HLYBTPMYFWWNJN-UHFFFAOYSA-N 2-(2,4-dioxo-1h-pyrimidin-5-yl)-2-hydroxyacetic acid Chemical compound OC(=O)C(O)C1=CNC(=O)NC1=O HLYBTPMYFWWNJN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SGAKLDIYNFXTCK-UHFFFAOYSA-N 2-[(2,4-dioxo-1h-pyrimidin-5-yl)methylamino]acetic acid Chemical compound OC(=O)CNCC1=CNC(=O)NC1=O SGAKLDIYNFXTCK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SVBOROZXXYRWJL-UHFFFAOYSA-N 2-[(4-oxo-2-sulfanylidene-1h-pyrimidin-5-yl)methylamino]acetic acid Chemical compound OC(=O)CNCC1=CNC(=S)NC1=O SVBOROZXXYRWJL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- JRYMOPZHXMVHTA-DAGMQNCNSA-N 2-amino-7-[(2r,3r,4s,5r)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-1h-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-one Chemical compound C1=CC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O JRYMOPZHXMVHTA-DAGMQNCNSA-N 0.000 description 1
- ASJSAQIRZKANQN-CRCLSJGQSA-N 2-deoxy-D-ribose Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)CC=O ASJSAQIRZKANQN-CRCLSJGQSA-N 0.000 description 1
- XMSMHKMPBNTBOD-UHFFFAOYSA-N 2-dimethylamino-6-hydroxypurine Chemical compound N1C(N(C)C)=NC(=O)C2=C1N=CN2 XMSMHKMPBNTBOD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SMADWRYCYBUIKH-UHFFFAOYSA-N 2-methyl-7h-purin-6-amine Chemical compound CC1=NC(N)=C2NC=NC2=N1 SMADWRYCYBUIKH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- KOLPWZCZXAMXKS-UHFFFAOYSA-N 3-methylcytosine Chemical compound CN1C(N)=CC=NC1=O KOLPWZCZXAMXKS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GJAKJCICANKRFD-UHFFFAOYSA-N 4-acetyl-4-amino-1,3-dihydropyrimidin-2-one Chemical compound CC(=O)C1(N)NC(=O)NC=C1 GJAKJCICANKRFD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MQJSSLBGAQJNER-UHFFFAOYSA-N 5-(methylaminomethyl)-1h-pyrimidine-2,4-dione Chemical compound CNCC1=CNC(=O)NC1=O MQJSSLBGAQJNER-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WPYRHVXCOQLYLY-UHFFFAOYSA-N 5-[(methoxyamino)methyl]-2-sulfanylidene-1h-pyrimidin-4-one Chemical compound CONCC1=CNC(=S)NC1=O WPYRHVXCOQLYLY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- LQLQRFGHAALLLE-UHFFFAOYSA-N 5-bromouracil Chemical compound BrC1=CNC(=O)NC1=O LQLQRFGHAALLLE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- KELXHQACBIUYSE-UHFFFAOYSA-N 5-methoxy-1h-pyrimidine-2,4-dione Chemical compound COC1=CNC(=O)NC1=O KELXHQACBIUYSE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZLAQATDNGLKIEV-UHFFFAOYSA-N 5-methyl-2-sulfanylidene-1h-pyrimidin-4-one Chemical compound CC1=CNC(=S)NC1=O ZLAQATDNGLKIEV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- LRSASMSXMSNRBT-UHFFFAOYSA-N 5-methylcytosine Chemical compound CC1=CNC(=O)N=C1N LRSASMSXMSNRBT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- HSPHKCOAUOJLIO-UHFFFAOYSA-N 6-(aziridin-1-ylamino)-1h-pyrimidin-2-one Chemical compound N1C(=O)N=CC=C1NN1CC1 HSPHKCOAUOJLIO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CKOMXBHMKXXTNW-UHFFFAOYSA-N 6-methyladenine Chemical compound CNC1=NC=NC2=C1N=CN2 CKOMXBHMKXXTNW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SWJYOKZMYFJUOY-KQYNXXCUSA-N 9-[(2r,3r,4s,5r)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-6-(methylamino)-7h-purin-8-one Chemical compound OC1=NC=2C(NC)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O SWJYOKZMYFJUOY-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 1
- MSSXOMSJDRHRMC-UHFFFAOYSA-N 9H-purine-2,6-diamine Chemical compound NC1=NC(N)=C2NC=NC2=N1 MSSXOMSJDRHRMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000004998 Abdominal Pain Diseases 0.000 description 1
- 241000588625 Acinetobacter sp. Species 0.000 description 1
- 241001147825 Actinomyces sp. Species 0.000 description 1
- 241000251468 Actinopterygii Species 0.000 description 1
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 1
- 108091093088 Amplicon Proteins 0.000 description 1
- 241000972773 Aulopiformes Species 0.000 description 1
- 244000063299 Bacillus subtilis Species 0.000 description 1
- 235000014469 Bacillus subtilis Nutrition 0.000 description 1
- 241000222120 Candida <Saccharomycetales> Species 0.000 description 1
- KXDHJXZQYSOELW-UHFFFAOYSA-M Carbamate Chemical compound NC([O-])=O KXDHJXZQYSOELW-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 201000005019 Chlamydia pneumonia Diseases 0.000 description 1
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 description 1
- 238000001712 DNA sequencing Methods 0.000 description 1
- 241000588878 Eikenella corrodens Species 0.000 description 1
- 241000194033 Enterococcus Species 0.000 description 1
- 241000282326 Felis catus Species 0.000 description 1
- GHASVSINZRGABV-UHFFFAOYSA-N Fluorouracil Chemical compound FC1=CNC(=O)NC1=O GHASVSINZRGABV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000005577 Gastroenteritis Diseases 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 1
- 206010021143 Hypoxia Diseases 0.000 description 1
- 229930010555 Inosine Natural products 0.000 description 1
- UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N Inosine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C2=NC=NC(O)=C2N=C1 UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 1
- 239000000232 Lipid Bilayer Substances 0.000 description 1
- WHXSMMKQMYFTQS-UHFFFAOYSA-N Lithium Chemical class [Li] WHXSMMKQMYFTQS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- 108060004795 Methyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 241000736262 Microbiota Species 0.000 description 1
- 241000186360 Mycobacteriaceae Species 0.000 description 1
- SGSSKEDGVONRGC-UHFFFAOYSA-N N(2)-methylguanine Chemical compound O=C1NC(NC)=NC2=C1N=CN2 SGSSKEDGVONRGC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000187681 Nocardia sp. Species 0.000 description 1
- 208000026681 Paratuberculosis Diseases 0.000 description 1
- 241001494479 Pecora Species 0.000 description 1
- 206010034668 Peritoneal infections Diseases 0.000 description 1
- 238000003559 RNA-seq method Methods 0.000 description 1
- PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N Ribose Natural products OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N 0.000 description 1
- 241000282849 Ruminantia Species 0.000 description 1
- 241000607142 Salmonella Species 0.000 description 1
- 241000235346 Schizosaccharomyces Species 0.000 description 1
- 229910004298 SiO 2 Inorganic materials 0.000 description 1
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 1
- 241000194017 Streptococcus Species 0.000 description 1
- 241000779682 Streptococcus anthracis Species 0.000 description 1
- 241000282887 Suidae Species 0.000 description 1
- 239000007984 Tris EDTA buffer Substances 0.000 description 1
- 239000005862 Whey Substances 0.000 description 1
- 102000007544 Whey Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010046377 Whey Proteins Proteins 0.000 description 1
- 206010048038 Wound infection Diseases 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N alpha-D-Furanose-Ribose Natural products OCC1OC(O)C(O)C1O HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000011203 antimicrobial therapy Methods 0.000 description 1
- 210000003567 ascitic fluid Anatomy 0.000 description 1
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 1
- 229960001716 benzalkonium Drugs 0.000 description 1
- CYDRXTMLKJDRQH-UHFFFAOYSA-N benzododecinium Chemical compound CCCCCCCCCCCC[N+](C)(C)CC1=CC=CC=C1 CYDRXTMLKJDRQH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000002619 bicyclic group Chemical group 0.000 description 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 1
- 210000003103 bodily secretion Anatomy 0.000 description 1
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 1
- 244000309466 calf Species 0.000 description 1
- 238000005251 capillar electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 239000006143 cell culture medium Substances 0.000 description 1
- 230000001684 chronic effect Effects 0.000 description 1
- 208000020832 chronic kidney disease Diseases 0.000 description 1
- 229910052681 coesite Inorganic materials 0.000 description 1
- 210000003022 colostrum Anatomy 0.000 description 1
- 235000021277 colostrum Nutrition 0.000 description 1
- 230000001010 compromised effect Effects 0.000 description 1
- 239000000356 contaminant Substances 0.000 description 1
- 238000011109 contamination Methods 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 229910052906 cristobalite Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000034994 death Effects 0.000 description 1
- 238000001804 debridement Methods 0.000 description 1
- 238000010908 decantation Methods 0.000 description 1
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 1
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 1
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 1
- 238000007847 digital PCR Methods 0.000 description 1
- 238000007865 diluting Methods 0.000 description 1
- LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I dipotassium trisodium dihydrogen phosphate hydrogen phosphate dichloride Chemical compound P(=O)(O)(O)[O-].[K+].P(=O)(O)([O-])[O-].[Na+].[Na+].[Cl-].[K+].[Cl-].[Na+] LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I 0.000 description 1
- 231100000676 disease causative agent Toxicity 0.000 description 1
- 238000004090 dissolution Methods 0.000 description 1
- 238000004821 distillation Methods 0.000 description 1
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 1
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 1
- 230000006862 enzymatic digestion Effects 0.000 description 1
- 210000003527 eukaryotic cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000001704 evaporation Methods 0.000 description 1
- 230000029142 excretion Effects 0.000 description 1
- 210000000416 exudates and transudate Anatomy 0.000 description 1
- 235000019688 fish Nutrition 0.000 description 1
- 238000001917 fluorescence detection Methods 0.000 description 1
- 229960002949 fluorouracil Drugs 0.000 description 1
- 238000005187 foaming Methods 0.000 description 1
- 239000004459 forage Substances 0.000 description 1
- 230000002496 gastric effect Effects 0.000 description 1
- 210000004051 gastric juice Anatomy 0.000 description 1
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 239000008103 glucose Substances 0.000 description 1
- 244000144980 herd Species 0.000 description 1
- 229940094991 herring sperm dna Drugs 0.000 description 1
- 230000007954 hypoxia Effects 0.000 description 1
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 1
- 230000000415 inactivating effect Effects 0.000 description 1
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 1
- 229960003786 inosine Drugs 0.000 description 1
- 230000002452 interceptive effect Effects 0.000 description 1
- 238000007912 intraperitoneal administration Methods 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- 238000011901 isothermal amplification Methods 0.000 description 1
- 150000002632 lipids Chemical class 0.000 description 1
- 235000021056 liquid food Nutrition 0.000 description 1
- 229910052744 lithium Inorganic materials 0.000 description 1
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 description 1
- 238000007403 mPCR Methods 0.000 description 1
- 229920002521 macromolecule Polymers 0.000 description 1
- 210000004962 mammalian cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 1
- 235000013372 meat Nutrition 0.000 description 1
- 210000001006 meconium Anatomy 0.000 description 1
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 1
- 230000002503 metabolic effect Effects 0.000 description 1
- 150000002739 metals Chemical class 0.000 description 1
- IZAGSTRIDUNNOY-UHFFFAOYSA-N methyl 2-[(2,4-dioxo-1h-pyrimidin-5-yl)oxy]acetate Chemical compound COC(=O)COC1=CNC(=O)NC1=O IZAGSTRIDUNNOY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000004702 methyl esters Chemical class 0.000 description 1
- YACKEPLHDIMKIO-UHFFFAOYSA-N methylphosphonic acid Chemical compound CP(O)(O)=O YACKEPLHDIMKIO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 238000009448 modified atmosphere packaging Methods 0.000 description 1
- 235000019837 monoammonium phosphate Nutrition 0.000 description 1
- XJVXMWNLQRTRGH-UHFFFAOYSA-N n-(3-methylbut-3-enyl)-2-methylsulfanyl-7h-purin-6-amine Chemical compound CSC1=NC(NCCC(C)=C)=C2NC=NC2=N1 XJVXMWNLQRTRGH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000009871 nonspecific binding Effects 0.000 description 1
- 238000001821 nucleic acid purification Methods 0.000 description 1
- 235000015097 nutrients Nutrition 0.000 description 1
- 230000008520 organization Effects 0.000 description 1
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 1
- 210000004303 peritoneum Anatomy 0.000 description 1
- 206010034674 peritonitis Diseases 0.000 description 1
- 230000002688 persistence Effects 0.000 description 1
- 239000002953 phosphate buffered saline Substances 0.000 description 1
- PTMHPRAIXMAOOB-UHFFFAOYSA-L phosphoramidate Chemical compound NP([O-])([O-])=O PTMHPRAIXMAOOB-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 208000030773 pneumonia caused by chlamydia Diseases 0.000 description 1
- 229920000515 polycarbonate Polymers 0.000 description 1
- 239000004417 polycarbonate Substances 0.000 description 1
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 1
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 1
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 1
- 229920005606 polypropylene copolymer Polymers 0.000 description 1
- 230000001376 precipitating effect Effects 0.000 description 1
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 1
- 230000003362 replicative effect Effects 0.000 description 1
- 230000000241 respiratory effect Effects 0.000 description 1
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 1
- 235000019515 salmon Nutrition 0.000 description 1
- 239000013049 sediment Substances 0.000 description 1
- 238000004062 sedimentation Methods 0.000 description 1
- 210000003491 skin Anatomy 0.000 description 1
- 229910000162 sodium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 1
- 239000012798 spherical particle Substances 0.000 description 1
- 230000028070 sporulation Effects 0.000 description 1
- 230000006641 stabilisation Effects 0.000 description 1
- 238000011105 stabilization Methods 0.000 description 1
- 229910052682 stishovite Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 1
- 230000001502 supplementing effect Effects 0.000 description 1
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 1
- 239000004753 textile Substances 0.000 description 1
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 1
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K thiophosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=S RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 210000001541 thymus gland Anatomy 0.000 description 1
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 1
- 230000001052 transient effect Effects 0.000 description 1
- 230000007704 transition Effects 0.000 description 1
- 230000032258 transport Effects 0.000 description 1
- 229910052905 tridymite Inorganic materials 0.000 description 1
- RYFMWSXOAZQYPI-UHFFFAOYSA-K trisodium phosphate Chemical compound [Na+].[Na+].[Na+].[O-]P([O-])([O-])=O RYFMWSXOAZQYPI-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 229910000406 trisodium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 201000008827 tuberculosis Diseases 0.000 description 1
- 238000000870 ultraviolet spectroscopy Methods 0.000 description 1
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 1
- 210000004291 uterus Anatomy 0.000 description 1
- 238000003260 vortexing Methods 0.000 description 1
- 239000002699 waste material Substances 0.000 description 1
- 229910052727 yttrium Inorganic materials 0.000 description 1
- VWQVUPCCIRVNHF-UHFFFAOYSA-N yttrium atom Chemical compound [Y] VWQVUPCCIRVNHF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910001928 zirconium oxide Inorganic materials 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/1003—Extracting or separating nucleic acids from biological samples, e.g. pure separation or isolation methods; Conditions, buffers or apparatuses therefor
- C12N15/1006—Extracting or separating nucleic acids from biological samples, e.g. pure separation or isolation methods; Conditions, buffers or apparatuses therefor by means of a solid support carrier, e.g. particles, polymers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12M—APPARATUS FOR ENZYMOLOGY OR MICROBIOLOGY; APPARATUS FOR CULTURING MICROORGANISMS FOR PRODUCING BIOMASS, FOR GROWING CELLS OR FOR OBTAINING FERMENTATION OR METABOLIC PRODUCTS, i.e. BIOREACTORS OR FERMENTERS
- C12M1/00—Apparatus for enzymology or microbiology
- C12M1/02—Apparatus for enzymology or microbiology with agitation means; with heat exchange means
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L3/00—Containers or dishes for laboratory use, e.g. laboratory glassware; Droppers
- B01L3/50—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes
- B01L3/508—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes rigid containers not provided for above
- B01L3/5082—Test tubes per se
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12M—APPARATUS FOR ENZYMOLOGY OR MICROBIOLOGY; APPARATUS FOR CULTURING MICROORGANISMS FOR PRODUCING BIOMASS, FOR GROWING CELLS OR FOR OBTAINING FERMENTATION OR METABOLIC PRODUCTS, i.e. BIOREACTORS OR FERMENTERS
- C12M23/00—Constructional details, e.g. recesses, hinges
- C12M23/02—Form or structure of the vessel
- C12M23/08—Flask, bottle or test tube
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12M—APPARATUS FOR ENZYMOLOGY OR MICROBIOLOGY; APPARATUS FOR CULTURING MICROORGANISMS FOR PRODUCING BIOMASS, FOR GROWING CELLS OR FOR OBTAINING FERMENTATION OR METABOLIC PRODUCTS, i.e. BIOREACTORS OR FERMENTERS
- C12M47/00—Means for after-treatment of the produced biomass or of the fermentation or metabolic products, e.g. storage of biomass
- C12M47/06—Hydrolysis; Cell lysis; Extraction of intracellular or cell wall material
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N1/00—Microorganisms, e.g. protozoa; Compositions thereof; Processes of propagating, maintaining or preserving microorganisms or compositions thereof; Processes of preparing or isolating a composition containing a microorganism; Culture media therefor
- C12N1/06—Lysis of microorganisms
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N1/00—Microorganisms, e.g. protozoa; Compositions thereof; Processes of propagating, maintaining or preserving microorganisms or compositions thereof; Processes of preparing or isolating a composition containing a microorganism; Culture media therefor
- C12N1/06—Lysis of microorganisms
- C12N1/066—Lysis of microorganisms by physical methods
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L2300/00—Additional constructional details
- B01L2300/04—Closures and closing means
- B01L2300/041—Connecting closures to device or container
- B01L2300/042—Caps; Plugs
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2523/00—Reactions characterised by treatment of reaction samples
- C12Q2523/30—Characterised by physical treatment
- C12Q2523/303—Applying a physical force on a nucleic acid
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2527/00—Reactions demanding special reaction conditions
- C12Q2527/125—Specific component of sample, medium or buffer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2527/00—Reactions demanding special reaction conditions
- C12Q2527/137—Concentration of a component of medium
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Clinical Laboratory Science (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Sustainable Development (AREA)
- Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Mycology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Virology (AREA)
- Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
- Hematology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Prostheses (AREA)
- Information Retrieval, Db Structures And Fs Structures Therefor (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
Description
感染性疾患の遺伝子検査および診断は、臨床微生物学の分野において重要な役割を担っている。培養ベースの方法論に固有の偏りおよび制限を克服するために、試料に含まれる微生物を検出するために遺伝子検査がますます使用されるようになっている。そのような遺伝子検査を実施し得るためには、微生物からDNAおよび/またはRNAをできる限り高い濃度で抽出することを可能にするために細胞を溶解する必要がある。
本開示は、改善されたビーズ破砕用チューブ、ならびにビーズ破砕用システムおよびビーズ破砕方法に関する。理論により縛られるものではないが、本発明者等は、ビーズ破砕が、核酸を溶液へと溶解することを可能にするものと考えている。本開示は、部分的に、核酸抽出法におけるビーズ破砕の使用が、ビーズへの吸収のため核酸の損失をもたらすとともに、そのような損失が、該ビーズ上の結合部位をブロッキングする適切な量のブロッキング剤により妨げられ得るという知見に基づくものである。また本開示は、ビーズ破砕において今までに使用されてきた幾つかの溶解バッファーがブロッキング剤として作用する試薬を含有し得るものの、そのような試薬は一般的に使用されるよりも大幅に少ない量で使用され得るという認識に基づいている。さらに、また本開示は、幾つかの生物学的試料、例えば血液が固有にブロッキング剤を含有するため、そのような溶解バッファー等の添加剤の不存在下でビーズ破砕が行われ得るという認識に基づいている。
ビーズ破砕は、細胞を溶解して、その核酸(DNAおよびRNA)を含む内容物を放出させるために使用される均質化過程である。試料は、適切な粉砕用ビーズと一緒にチューブに入れられ、高エネルギー混合に供される。次いでその試料は、一般的に遠心分離され、溶解物は該ビーズの上部に回収される。一般的に、ビーズ破砕に供された試料は、細胞からのDNAの放出を容易にするために溶解バッファーで処理される。
本開示は、細胞溶解、ならびに液体試料中に含まれる細胞(例えば微生物)からのデオキシリボ核酸(DNA)およびリボ核酸(RNA)の抽出のために有用なビーズ破砕用システムを提供する。本開示のビーズ破砕用システムは、試料チューブ、ならびに該試料チューブ内に位置するビーズおよび乾燥したブロッキング剤を含む。本開示のビーズ破砕用システムにおいて使用することができるブロッキング剤には、尿素、グアニジン塩、界面活性剤、ヌクレオチド類、およびオリゴヌクレオチド類が含まれる。ブロッキング剤は、セクション4.1.2に詳細に記載されている。本開示のビーズ破砕用システムにおいて使用することができるビーズには、鉱物および/または金属を含むビーズが含まれる。本開示のビーズ破砕用システムで使用するのに適したビーズは、セクション4.1.3に記載されている。
本開示のビーズ破砕用システムは、開口部により到達可能な内部空洞を有するとともに、ビーズ、ブロッキング剤、および液体試料を収容することができる試料チューブを含む。該試料チューブは、任意の生物学的に不活性な材料(例えば、プラスチックまたはホウケイ酸塩)で作られていてよく、好ましくはプラスチック(例えば、ポリプロピレン、ポリプロピレンコポリマー、またはポリカーボネート)で作られている。本明細書で使用される場合に、用語「チューブ」は、バイアル(例えば粉砕バイアル)およびチューブ(例えばコニカルチューブ)を含む。
本開示のビーズ破砕用システムは、乾燥したブロッキング剤を含む。本明細書で使用される場合に、「乾燥した」または「乾燥された」ブロッキング剤は、20%未満の水分を含むブロッキング剤である。幾つかの実施形態においては、該乾燥したブロッキング剤は、15%未満の、10%未満の、5%未満の、4%未満の、3%未満の、2%未満の、または1%未満の水分を含有する。
カオトロピック剤は、タンパク質および核酸等の巨大分子の構造を破壊し、該巨大分子を変性する。カオトロピック溶質は、タンパク質に近接した水分子の無秩序化のため、疎水性領域の正味の疎水性効果を低下させる。これは、溶液における疎水性領域を可溶化し、それによりタンパク質が変性される。これはまた脂質二重層における疎水性領域にもまさに当てはまる。カオトロピック溶質の臨界濃度に達すると(該二重層の疎水性領域において)膜完全性が損なわれることとなり、細胞は溶解することとなる。
前記ブロッキング剤がクレアチニンを含む場合には、試料チューブの内部空洞におけるクレアチニンの存在は、ビーズ破砕用システムを使用して処理される試料に含まれるDNAおよび/またはRNAの分解を妨げ得る。さらに、クレアチニンは、DNAおよび/またはRNAが、ビーズおよび/または試料チューブの内壁に非特異的に結合することを防ぐ。これは、ビーズ破砕用チューブシステムを使用して処理された細胞(例えば微生物)からDNAおよび/またはRNAを抽出する場合に、より高い収率を可能にする。
本開示のビーズ破砕用システムにおいてブロッキング剤として使用することができる界面活性剤には、ドデシル硫酸ナトリウム、ラウロイル硫酸サルコシン酸ナトリウム(sodium lauroylsulfate sarcosinate)、ポリオキシエチレン(20)ソルビタンモノラウレート、およびそれらの組み合わせが含まれる。ポリオキシエチレン(20)ソルビタンモノラウレートは、ポリソルベート20としても知られている。
本開示のビーズ破砕用システムにおいて使用することができるヌクレオチド類には、リボヌクレオチド類、デオキシリボヌクレオチド類、およびそれらの組み合わせが含まれる。
ブロッキング剤として有用なオリゴヌクレオチド類は、合成することができるか、または天然に存在する起源から生成され得る。
本開示のビーズ破砕用システムは、試料流体中に配置されたときに互いに相対的に移動可能なビーズを含む。本明細書で使用される場合に、用語「ビーズ」は、球状粒子および非球状粒子の両方を含む。前記ビーズは、鉱物ビーズ、例えば結晶性粒子(例えばジルコニウム、ジルコン(ケイ酸ジルコニウム)およびジルコニア(二酸化ジルコニウム))、石英、酸化アルミニウム、炭化ケイ素(カーボランダムとしても知られる)、セラミック粒子、ガラス(例えば二酸化ケイ素ガラスまたはシリカ)、または上述の1種以上を含む組み合わせ(例えばジルコニア/シリカビーズまたはジルコニア/イットリウムビーズ)で作られるビーズであってよい。該ビーズは、金属ビーズ、例えばステンレス鋼ビーズまたはクロム鋼ビーズであってもよい。
本開示のビーズ破砕方法を使用して核酸が抽出され得る試料の例には、様々な流体試料が含まれる。幾つかの事例においては、試料は、被験体からの体液試料であってよい。試料には、被験体から採取された組織が含まれ得る。試料には、被験体の体液、分泌物、および/または組織が含まれ得る。試料は生物学的試料であってよい。該生物学的試料は、体液試料、分泌物試料、および/または組織試料であってよい。生物学的試料の例には、限定されるものではないが、血液、血清、唾液、尿、胃液および消化液、涙液、糞便、精液、膣液、腫瘍組織由来の間質液、眼液、汗、粘液、耳垢、油、腺分泌物、息、髄液、毛髪、爪、皮膚細胞、血漿、鼻腔スワブまたは鼻咽喉洗浄液、髄液、脳脊髄液、組織、咽喉スワブ、創傷スワブ、生検、胎盤液、羊水、臍帯血、リンパ液、体腔液、喀痰、膿またはその他の創傷滲出液、創面切除または切除により試料採取された感染組織、脳脊髄液、洗浄液、白血球生成標本、腹膜透析液、乳汁および/またはその他の排泄物が含まれ得る。
幾つかの事例においては、本開示のビーズ破砕用システムにおける処理の前に試料を前処理することが有利である場合がある。ビーズ破砕用チューブ中に試料を入れる前に使用され得る前処理の例には、本明細書で述べられるような、またはその他に当該技術分野で公知のような濾過、蒸留、抽出、濃縮、遠心分離、妨害成分の不活性化、試薬の添加等が含まれる。
核酸調製の初期工程として、試料は、ビーズ破砕のためにビーズ破砕用チューブ中に入れられる。該ビーズ破砕工程は、本開示のビーズ破砕用システムまたは標準的なビーズ破砕用システムを利用することができる。幾つかの事例においては、標準的なビーズ破砕用システムを使用する場合には1種以上の外因性のブロッキング剤が添加され得るが、内因性のブロッキング剤を含む生物学的試料の場合には、外因性のブロッキング剤の添加は必要とされない。1種以上のブロッキング剤が添加される場合に、試料の添加前に、試料の添加後にビーズ破砕用チューブに添加され得るか、または試料および1種以上のブロッキング剤の両方は、同時に添加され得る(例えば、試料および1種以上のブロッキング剤が混合された後に、ビーズ破砕用チューブに移送され得る)。
細胞溶解後に、流体試料はビーズから、例えば液体試料を試料チューブから試料チューブの底に沈殿しているビーズを残してピペット等で除去することにより分離される。
対象の核酸(例えば細菌性または真菌性DNA)の存在に関する試料の分析は、任意の核酸分析法、例えば、増幅技術に限定されるものではないが、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、等温増幅、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応(RT-PCR)、定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応(Q-PCR)、ディジタルPCR、ゲル電気泳動、キャピラリー電気泳動、質量分析法、蛍光検出、紫外分光測定、ハイブリダイゼーションアッセイ、DNAまたはRNAシーケンシング、制限分析、逆転写、NASBA、アレル特異的ポリメラーゼ連鎖反応、ポリメラーゼサイクリングアセンブリ(PCA)、非対称ポリメラーゼ連鎖反応、指数後線形的ポリメラーゼ連鎖反応(LATE-PCR)、ヘリカーゼ依存性増幅(HDA)、ホットスタート型ポリメラーゼ連鎖反応、配列間特異的ポリメラーゼ連鎖反応(ISSR)、逆ポリメラーゼ連鎖反応、ライゲーション媒介ポリメラーゼ連鎖反応、メチル化特異的ポリメラーゼ連鎖反応(MSP)、多重ポリメラーゼ連鎖反応、ネステッドポリメラーゼ連鎖反応、固相ポリメラーゼ連鎖反応またはそれらの任意の組み合わせを使用して実施することができる。そのような技術は、当業者によく知られている。標的核酸の配列を知ることで、科学者は、標的の増幅および/または検出を可能にするプライマーおよび/またはプローブを構築することが可能となる。PCRアンプリコンは、その同一性の確認のためにシーケンシングされ得る。
本開示はさらに、本開示のビーズ破砕用システムを含む(または該システムを得るために適した)キットを提供する。該キットは、試料チューブ、例えばセクション4.1.1に記載される試料チューブ、1種以上のブロッキング剤、例えばセクション4.1.2に記載されるブロッキング剤、および/または1種以上のビーズ、例えばセクション4.1.3に記載されるビーズを含み得る。上記1種以上のブロッキング剤のそれぞれは、凍結乾燥され、該チューブ内にまたは該チューブとは別に含まれていてよい。同様に、前記ビーズは、該チューブ内にまたは該チューブとは別に含まれていてよい。
例示的なビーズ破砕用システムは、図面に示されている。図1~3における参照符号(1)で示されるビーズ破砕用システムは、内部空洞(3)および閉鎖可能な開口部(4)を有する試料チューブ(2)を含む。試料チューブは、好ましくはプラスチックで作られているが、それ以外の生物学的に不活性な材料で作られてもよい。
6.1 喀痰から病原体DNAを回収するためのビーズ破砕の使用
マイコバクテリウム・ツベルクロシス(「MTB」)は、マイコバクテリウム科における偏性病原性細菌種であり、結核のほとんどの事例の原因因子である。主として哺乳動物の呼吸器系の病原体であり、それは肺に感染する。マイコバクテリアが栄養欠乏または低酸素のようなストレスのさなかに非複製または休眠(胞子形成)の状態に移行し得ることを示す証拠がある。胞子の形成は、細菌細胞を溶解して、細菌性DNAを抽出することを困難にする。
マイコバクテリウム・アビウム亜種パラツベルクロシス(MAP)は、パラ結核またはヨーネ病(JD)、家畜および野生の反芻動物における慢性肉芽腫性胃腸炎の原因となる獣医学的病原体である。MAPは、群れにおいて精液、乳汁、初乳経由および子宮内で直接的に伝播するとともに、汚染した餌、飼料、牧草、水等を通じた経口経路(糞口経路)により間接的に伝播する。JDは、家畜の生産性に甚大な影響を及ぼし(早期淘汰および乳生産の低下)、家畜産業は多大な経済的損失を受ける。JD防除の努力は、土壌および水内のMAPの残存ならびに不顕性および臨床的なウシによる落ち毛により妨害されている。
創傷感染の検出のために、創傷スワブは、生理食塩溶液、細胞培養培地、または市販のキットからの試料調製溶液中でインキュベートされ得る。該スワブは、一般的に約5分間~1時間の期間にわたり、より好ましくは0.25時間~1時間(例えば、0.25時間、0.5時間または0.75時間)にわたりインキュベートされる。溶液の適切な容量は、200μL~10mLであり、特定の実施形態においては、500μL、1mL、2mL、5mL、8mLであり、または上記実施形態のいずれか2つを境界とする範囲、例えば1mL~5mL、500μl~10mL、200μl~8mL等々から選択される。該溶液を、定期的に振り混ぜまたは撹拌することで、スワブからの病原体細胞の放出を促進することができる。インキュベート期間が終わったら、該スワブを絞り、破棄してよい。
腹膜透析は、重症の慢性腎臓病を伴う患者のための治療である。この種の透析は、患者の腹部の腹膜を、流体および溶解された物質を血液から交換させるための膜として使用する。流体は、腹部に常設されたチューブを通して導入され、その後に流し出すことで、過剰の塩、尿酸およびその他の老廃物が浄化される。腹膜を介した浸透により、溶質は血液および透析液の間で交換される。適切な時間後に、透析液は腹膜から除去され、破棄される。このようにして血液は平衡状態になり、終端代謝産物、例えば尿酸は、血液中での無期限の蓄積が妨げられる。
生物学的廃水処理法における問題となる泡だって嵩が増す細菌種の検出に関する米国特許第9,290,796号明細書の実施例1は、廃水処理プラントから回収された廃水からビーズ破砕プロトコールを使用してDNAを抽出することを記載している。該ビーズ破砕プロトコールは、本開示のビーズ破砕用システムを導入するように適合され得る。
液状食品試料は、ビーズ破砕の前にセクション4.3で先に記載されたように濾過および/または遠心分離により前処理され得る。例えば、飲料は、好ましくは濾過により前処理することで、存在し得る微生物を回収することができる。濾過により回収された微生物は、ビーズ破砕の前に任意に洗浄され、そして遠心分離に供され得る。固形食品、例えば肉または魚から病原体を検出するためには、食品の試料をスワブで拭うことで、その食品の表面から微生物を回収することができる。その後に該微生物をスワブから洗い出し、その後にビーズ破砕に供することができる。
ヒト感染症のための迅速分子診断試験の開発は、世界人口の健康改善のために世界保健機構の最も高い優先順位にあることである(Daar et al.,2002,Nat.Genet.32:229-232)。重症の血液感染症は、世界的に入院患者における罹患率および死亡の重大な原因であり、集中治療における最も重要な課題の1つである。例えば、敗血症発生率の最近の概算は、米国内で100000事例につき240事例である。敗血症の人的負担および経済的負担は相当のものである(Grossi et al.,2006,Surg.Infect.(Larchmt)7:S87-S91)。感染性疾患および集中治療管理における進歩ならびに新たな治療を開発するための多くの試みにもかかわらず、敗血症の罹患率は、20%から50%までの範囲という許容できない高さに留まっている。重症の血液感染症および/または重症の敗血症の徴候の確認ならびに早期かつ正確な診断を行うことは、治療の改善と生存率の増加に重要である。実際に、迅速診断により、血液試料の採取と抗微生物療法の適用との間の時間間隔を減らすことにより患者の生存は高められ得た。
7.1 実施例1: ビーズ破砕用システムは、DNA損失をもたらす。
この研究で使用される材料は以下の通りである:
ビーズ破砕用チューブ:品番:ARY0007 OPS Diagnostics、2.0グラムの100μmSiO2ビーズを有する4.5mLのクライオバイアル
PD流体:グルコースと残部のNa+、Ca2+、Mg2+とを含有する腹膜透析液
BEバッファー:Taigen Bioscience社、1μl当たりに1μgのRNAを含有する
尿素:ACSグレード。
2mLのPD流体にEDTAを10mMの濃度でスパイクし、C.アルビカンスを5000CFU/mLでスパイクしたものが標準マトリックスであった。尿素およびBEバッファーの12種の異なる組み合わせを、以下の第1表に示されるように試料に添加した:
ブロッキング剤を含まない試料1においては、C.アルビカンスのDNAの回収は、たった5.5ng/mLであった。ブロッキング剤として尿素を含むと、回収が3~4倍増加し、ブロッキング剤としてRNAを含むと、回収が約10~20倍増加し、収率は、理論上の最大に達した。この回収の増加は、C.アルビカンスのPCR遺伝子増幅に改善をもたらす。
7.2.1 本開示のビーズ破砕用システムの製造
250mg/mLの尿素、25mg/mLのエチレンジアミン四酢酸(EDTA)の四ナトリウム塩、125mg/mLのアデノシン一リン酸、125mg/mLのグアノシン一リン酸、125mg/mLのシトシン一リン酸、125mg/mLのチミジン一リン酸、および75mg/mLのラウロイルサルコシン酸ナトリウムを含むブロッキング剤のストック溶液は、TE(トリス/EDTA)バッファー中で調製した。
6mLの尿および6mLの腹膜透析液を0.4マイクロメートルの滅菌フィルターを通して濾過し、次いで培養室において増殖された1ミリリットル当たり10000コロニー形成単位のスタフィロコッカス・アウレウスを、その尿および腹膜透析液の濾液に添加した。
7.3.1 概略
この研究は、血液試料のために最適なビーズ破砕条件を特定するために行った。培養陰性の血液試料に、病原性S.アウレウス、E.コリおよびC.アルビカンスをスパイクした。陽性PCRコントロールを実行した。このコントロールの濃度(ゲノムコピー)を、導入された病原体の理論上100%の回収として定めた。この研究は、バッファー、界面活性剤等の添加剤の不存在下でビーズ破砕を使用して血中病原体からDNAを抽出することが可能であることを裏付けた。
該研究で具体的に使用される材料は以下の通りである:
ビーズ破砕用チューブ:品番:ARY0007 OPS Diagnostics、2.0グラムの100μmSiO2ビーズを有する4.5mLのクライオバイアル
血液:健康なドナーからの培養陰性の血液
S.アウレウス、E.コリ、およびC.アルビカンスの培養:すべてATCC起源。
3.0mLの血液および培養された病原体を含む15μLの生理食塩水培養物からなる一連の38種のスパイクされた血液試料を調製した。それぞれの血液試料には、培養された病原体を含む生理食塩水培養物以外は何も添加しなかった。破砕用チューブを、FastPrep(登録商標)24ホモジナイザー(MP Biomedicals社)を使用して6.5m/sの速度で処理した。次いで、DNAを、試料からLabTurbo(登録商標)48核酸抽出システム(Taigen Bioscience Corporation社)を使用して製造業者の試薬およびプロトコールを使用して単離した。DNAを55サイクルのPCRで増幅させ、アレイにハイブリダイズさせた後に、洗浄し、イメージングした。病原体の量およびビーズ破砕回数を以下の第3表に示す:
結果は図8~10に図示されており、それらは、PCR増幅およびハイブリダイゼーション後のアレイからのシグナルのイメージングにより得られたシグナルの強度により表されるDNAの収率を示している。図8は、C.アルビカンスの時系列と一緒に前記の100%目標を表している。図9は、S.アウレウスの時系列と一緒に前記の100%目標を表している。図10は、E.コリの時系列と一緒に前記の100%目標を表している。
3種の異なる病原体に関して、病原体DNAがビーズに結合することによるシグナル損失の証拠はなかった。すべての事例において、理論値の少なくとも100%が裏付けられた。2つの事例においては、恐らくスパイク中に死んだ細菌からのDNAが存在したため、100%より多くの回収がなされた。
本開示を、以下で具体的な実施形態により例示する。
本出願で引用されるすべての刊行物、特許、特許出願、およびその他の文献は、それぞれの個々の刊行物、特許、特許出願、またはその他の文献が、すべての目的のために参照により援用されると個々に示されているのと同じ程度で、参照によりその全体がすべての目的のために援用される。援用された参考文献の1つ以上の教示と本開示との間に不一致がある場合においては、本明細書の教示が意図される。
本発明は、内部空洞を有する容器メンバと、該内部空洞中に微生物を含む試料流体を充填するための開口部と、該開口部を閉じるためのクロージャとを備える試料チューブを含むビーズ破砕用チューブであって、該内部空洞中に複数の巨視的な鉱物粒子が配置されており、該粒子は、試料流体が前記内部空洞中に充填されて、ビーズ破砕用チューブが機械的振動にかけられたときに該試料流体中に含まれる微生物の細胞壁を機械的に破壊するように適合されている、ビーズ破砕用チューブに関する。本発明はさらに、微生物からデオキシリボ核酸(DNA)および/またはリボ核酸(RNA)を抽出するための方法であって、前記微生物を含むと推定される試料流体を準備し、互いに相対的に移動可能な複数の鉱物粒子を該試料流体中に導入し、そして該粒子を含んだ試料流体を、該粒子が試料流体中に含まれる微生物の細胞壁を機械的に破壊することが可能であるように振動させる、方法に関する。
- 10グラム/リットルから100グラム/リットルの間の、特に
- 20グラム/リットルから50グラム/リットルの間の、好ましくは
- 25グラム/リットルから35グラム/リットルの間の
範囲であるように、前記試料流体の量と合わされる。
5ミリグラムのエチレンジアミン四酢酸の四ナトリウム塩(Na4-EDTA)、25ミリグラムのアデノシン一リン酸、25ミリグラムのグアノシン一リン酸、25ミリグラムのシトシン一リン酸、25ミリグラムのチミジン一リン酸、および15mgのラウロイルサルコシン酸ナトリウムが準備される。これらの試薬を安定にするために、それらは、TEバッファー中で5倍濃度で溶解される。可溶性の理由のため、エチレンジアミン四酢酸の四ナトリウム塩は、これが水中によく溶けるため使用される。その際、1ミリリットルは、250ミリグラムの尿素、25ミリグラムのエチレンジアミン四酢酸の四ナトリウム塩、125ミリグラムのアデノシン一リン酸、125ミリグラムのグアノシン一リン酸、125ミリグラムのシトシン一リン酸、125ミリグラムのチミジン一リン酸、および75mgのラウロイルサルコシン酸ナトリウムからなる。
6ミリリットルの尿および腹膜透析液が0.4マイクロメートルの滅菌フィルターを通して濾過され、次いで培養室において増殖された1ミリリットル当たり10000コロニー形成単位のスタフィロコッカス・アウレウスが添加される。
2.9ミリリットルのスパイクされた尿およびスパイクされた腹膜透析液を、前記のチューブ1中に移す。該チューブをスクリューキャップ6により密閉し、MPBio bead beater中に取り付け、全出力で30秒間にわたり作動させる。クロージャ6を取り外し、市販のDNA単離装置の試料ラックに設置する。2ミリリットルのそれぞれの試料を取り出し、次いでDNA抽出剤を添加し(labturbo)、そしてDNA抽出を実施する。100マイクロリットルのDNA抽出物が生成された。
2.9ミリリットルのスパイクされた尿およびスパイクされた腹膜透析液を、2.0グラムの100マイクロメートルのシリカ(SiO2)ビーズを有するビーズ破砕用のチューブ中に移す。そのチューブは、ブロッキング試薬8を含まず、さらなる試薬は添加されない。該チューブをクロージャにより密閉し、MPBio bead beater中に取り付け、全出力で30秒間にわたり作動させる。クロージャを取り外し、市販のDNA単離装置の試料ラックに設置する。2ミリリットルのそれぞれの試料を取り出し、次いでDNA抽出剤を添加し(labturbo)、そしてDNA抽出を実施する。100マイクロリットルのDNA抽出物が生成された。
抽出されたスタフィロコッカス・アウレウスのDNAの量を、リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応によりGillespie,G.E.et al.:“Simultaneous Detection of Mastitis Pathogens,Staphylococcus aureus,Streptococcus uberis,and Streptococcus agalactiae by Multiplex Real-Time Polymerase Chain Reaction”,J.Dairy Sci.88:3510-3518(2005)に従って測定する。1マイクロリットルの抽出されたDNAを、20マイクロリットルの反応において増幅させた。標準的な方法は、尿に関して32のサイクル閾値を生じ、腹膜透析液に関して38のサイクル閾値を生じ、悪いDNA回収が示された。
- 尿素および/または
- 少なくとも1種のグアニジン塩および/または
- 少なくとも1種の界面活性剤
を含むブロッキング試薬(8)は、前記試料チューブの内部空洞(3)中に乾燥された形で配置されていることを特徴とするビーズ破砕用チューブ(1)。
- デオキシアデノシン一リン酸、
- デオキシグアノシン一リン酸、
- デオキシシトシン一リン酸、
- デオキシチミジン一リン酸、
またはこれらの一リン酸エステルの少なくとも2種の混合物を含む、実施形態1’に記載のビーズ破砕用チューブ(1)。
- アデノシン一リン酸、
- グアノシン一リン酸、
- シトシン一リン酸、
- チミジン一リン酸、
またはこれらの一リン酸エステルの少なくとも2種の混合物を含む、実施形態1’または2’に記載のビーズ破砕用チューブ(1)。
- 尿素および/または
- 少なくとも1種のグアニジン塩および/または
- 少なくとも1種の界面活性剤
を含むブロッキング試薬(8)は、前記試料流体(5)中に、前記粒子(7)が振動される前に、および/またはその間に導入されることを特徴とする、方法。
- 10グラム/リットルから100グラム/リットルの間の、特に
- 20グラム/リットルから50グラム/リットルの間の、好ましくは
- 25グラム/リットルから35グラム/リットルの間の
範囲であるように、前記試料流体(5)の量と合わされることを特徴とする、実施形態11’に記載の方法。
- デオキシアデノシン一リン酸、
- デオキシグアノシン一リン酸、
- デオキシシトシン一リン酸、
- デオキシチミジン一リン酸
の少なくとも1種が前記試料流体(5)中に導入されることを特徴とする、実施形態11’または12’に記載の方法。
- アデノシン一リン酸、
- グアノシン一リン酸、
- シトシン一リン酸、
- チミジン一リン酸
の少なくとも1種が前記試料流体(5)中に導入されることを特徴とする、実施形態11’から13’までのいずれか1つに記載の方法。
Claims (24)
- 真菌性の病原体および/または細菌性の病原体が存在する疑いのある血液試料中に含まれる病原体の細胞の溶解物を生成する方法であって、該血液試料をビーズ破砕用システム内で、バッファーの不存在下で、界面活性剤の不存在下で、かつ、尿素を含む1種以上の内在性のブロッキング剤の存在下で撹拌することを含み、撹拌は(i)真菌性病原体および細菌性病原体の双方の細胞を溶解し、かつ、(ii)細胞からDNAのPCR増幅に適した溶解物を提供するのに十分な条件であり、前記ビーズ破砕用システムは、ビーズ破砕用チューブおよびビーズを含む、方法。
- 前記撹拌は、任意の添加剤の不存在下に行われる、請求項1に記載の方法。
- 前記ビーズは、
a)酵母または糸状菌を溶解するように適合されており、
b)以下のi、ii
i. 鉱物ビーズ、セラミックビーズ、ガラスビーズ、金属ビーズ、もしくはそれらの組み合わせ、
ii. ジルコニウムビーズ、ジルコンビーズ、ジルコニアビーズ、石英ビーズ、酸化アルミニウムビーズ、炭化ケイ素ビーズ、セラミックビーズ、二酸化ケイ素ガラスビーズ、ステンレス鋼ビーズ、クロム鋼ビーズ、もしくはそれらの組み合わせ
を含み、
c)50μm~3mmの範囲の直径を有し、または
d)前記のa)~c)の任意の組み合わせを有する、請求項1または2に記載の方法。 - 前記血液試料を撹拌する前に、該血液試料をビーズ破砕用チューブ内に入れる工程をさらに含む、請求項1から3までのいずれか1項に記載の方法。
- 前記撹拌は、(i)カンジダ・アルビカンス(Candida albicans)を溶解し、かつ、(ii)カンジダ・アルビカンスからのDNAのPCR増幅に適した溶解物を提供するのに十分な条件である、前記血液試料を撹拌することを含む、請求項1から4までのいずれか1項に記載の方法。
- 前記撹拌は、(i)スタフィロコッカス・アウレウス(Staphylococcus aureus)を溶解し、かつ、(ii)スタフィロコッカス・アウレウスからのDNAのPCR増幅に適した溶解物を提供するのに十分な条件である、前記血液試料を撹拌することを含む、請求項1から5までのいずれか1項に記載の方法。
- 前記撹拌は、(i)エシェリキア・コリ(Escherichia coli)を溶解し、かつ、(ii)エシェリキア・コリからのDNAのPCR増幅に適した溶解物を提供するのに十分な条件である、前記血液試料を撹拌することを含む、請求項1から6までのいずれか1項に記載の方法。
- 前記撹拌は、前記ビーズ破砕用システムを振動動作に供することを含む、請求項1から7までのいずれか1項に記載の方法。
- 前記撹拌は、前記ビーズ破砕用システムを1分間当たりに2000回転またはそれより多くの回転に供することを含む、請求項8に記載の方法。
- 前記撹拌を、ボルテックス装置またはホモジナイザーにより実施する、請求項1から9までのいずれか1項に記載の方法。
- 前記撹拌を、ホモジナイザーにより実施する、請求項10に記載の方法。
- 前記撹拌を、25秒間~60秒間実施する、請求項11に記載の方法。
- 前記撹拌を、1~2分間実施する、請求項11に記載の方法。
- 前記血液試料は、1種以上の病原体を含む、請求項1から13までのいずれか1項に記載の方法。
- 前記1種以上の病原体は、
a)1種以上の細菌性病原体、ウイルス性病原体、真菌性病原体、もしくはそれらの組み合わせ、または
b)マイコバクテリウム・ツベルクロシス、マイコバクテリウム・アビウム亜種パラツベルクロシス、スタフィロコッカス・アウレウス、メチシリン耐性スタフィロコッカス・アウレウス(MRSA)、ストレプトコッカス・ピオゲネス、ストレプトコッカス・ニューモニエ、ストレプトコッカス・アガラクチア、ヘモフィルス・インフルエンザ、ヘモフィルス・パラインフルエンゼ、モラキセラ・カタラーリス、クレブシエラ・ニューモニエ、エシェリキア・コリ、シュードモナス・アエルギノーサ、アシネトバクター属種、ボルデテラ・ペルツシス、ネイセリア・メニンジチディス、バシラス・アントラシス、ノカルディア属種、アクチノマイセス属種、マイコプラズマ・ニューモニエ、クラミジア・ニューモニア、レジオネラ属種、ニューモシスティス・イロベチイ、インフルエンザA型ウイルス、サイトメガロウイルス、リノウイルス、エンテロコッカス・ファエシウム、アシネトバクター・バウマンニイ、コリネバクテリウム・アミコラツム、エンテロバクター・アエロゲネス、エンテロコッカス・ファエカリスCI4413、セラチア・マルセッセンス、ストレプトコッカス・エクイおよびカンジダ・アルビカンスの1種以上
を含む、請求項14に記載の方法。 - 前記1種以上の病原体は、カンジダ・アルビカンスを含む、請求項15に記載の方法。
- 前記1種以上の病原体は、スタフィロコッカス・アウレウスを含む、請求項15に記載の方法。
- 前記1種以上の病原体は、エシェリキア・コリを含む、請求項15に記載の方法。
- 前記血液試料は、多数の種からの細胞を含む、請求項1から18までのいずれか1項に記載の方法。
- 細胞溶解の後にビーズ破砕用試料チューブから溶解物を回収することをさらに含む、請求項1から19までのいずれか1項に記載の方法。
- 前記溶解物から核酸を精製することをさらに含む、請求項20に記載の方法。
- 前記溶解物から1種以上の核酸を分析することをさらに含む、請求項1から21までのいずれか1項に記載の方法。
- 真菌性病原体および/または細菌性病原体が存在する場合には、真菌性病原体および/または細菌性病原体からのDNAを増幅するためのPCRを含む、請求項22に記載の方法。
- PCRの後に、マイクロアレイを使用して1種以上の核酸を分析することであるか、あるいはシーケンシングにより1種以上の核酸を分析することをさらに含む、請求項23に記載の方法。
Applications Claiming Priority (4)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
EP16153540.6A EP3199629A1 (en) | 2016-01-30 | 2016-01-30 | Bead beating tube and method for extracting deoxyribonucleic acid and/or ribonucleic acid from microorganisms |
EP16153540.6 | 2016-01-30 | ||
PCT/EP2017/051902 WO2017129814A1 (en) | 2016-01-30 | 2017-01-30 | Bead beating tube and method for extracting deoxyribonucleic acid and/or ribonucleic acid from microorganisms |
JP2018539395A JP2019503193A (ja) | 2016-01-30 | 2017-01-30 | ビーズ破砕用チューブならびに微生物からデオキシリボ核酸および/またはリボ核酸を抽出する方法 |
Related Parent Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2018539395A Division JP2019503193A (ja) | 2016-01-30 | 2017-01-30 | ビーズ破砕用チューブならびに微生物からデオキシリボ核酸および/またはリボ核酸を抽出する方法 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2022033906A JP2022033906A (ja) | 2022-03-02 |
JP7488246B2 true JP7488246B2 (ja) | 2024-05-21 |
Family
ID=55310672
Family Applications (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2018539395A Pending JP2019503193A (ja) | 2016-01-30 | 2017-01-30 | ビーズ破砕用チューブならびに微生物からデオキシリボ核酸および/またはリボ核酸を抽出する方法 |
JP2021197260A Active JP7488246B2 (ja) | 2016-01-30 | 2021-12-03 | ビーズ破砕用チューブならびに微生物からデオキシリボ核酸および/またはリボ核酸を抽出する方法 |
Family Applications Before (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2018539395A Pending JP2019503193A (ja) | 2016-01-30 | 2017-01-30 | ビーズ破砕用チューブならびに微生物からデオキシリボ核酸および/またはリボ核酸を抽出する方法 |
Country Status (16)
Country | Link |
---|---|
EP (1) | EP3199629A1 (ja) |
JP (2) | JP2019503193A (ja) |
KR (2) | KR20200121912A (ja) |
CN (2) | CN108699550B (ja) |
AU (1) | AU2017211983B2 (ja) |
BR (1) | BR112018014865A2 (ja) |
CA (1) | CA3011642A1 (ja) |
IL (2) | IL260800B (ja) |
MX (1) | MX2018009251A (ja) |
NZ (1) | NZ744436A (ja) |
PH (1) | PH12018501507A1 (ja) |
RU (1) | RU2743140C2 (ja) |
SG (1) | SG11201806094SA (ja) |
TW (1) | TWI747876B (ja) |
WO (1) | WO2017129814A1 (ja) |
ZA (1) | ZA201804830B (ja) |
Families Citing this family (11)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US10036054B2 (en) | 2016-01-30 | 2018-07-31 | Safeguard Biosystems Holdings Ltd. | Bead beating tube and method for extracting deoxyribonucleic acid and/or ribonucleic acid from microorganisms |
WO2018138363A1 (en) | 2017-01-30 | 2018-08-02 | Safeguard Biosystems Holdings Ltd. | Bead beating tube and method for extracting deoxyribonucleic acid and/or ribonucleic acid from microorganisms |
CN107365766B (zh) * | 2017-08-04 | 2020-10-02 | 中国农业大学 | 机械破碎法提取霉菌孢子rna的方法 |
CN107475242B (zh) * | 2017-08-04 | 2020-07-28 | 中国农业大学 | 机械破碎法提取霉菌孢子dna的方法 |
CN109870574A (zh) * | 2017-12-05 | 2019-06-11 | 中国科学院上海生命科学研究院 | 提取食品中抗生素残留的试剂盒以及检测方法 |
KR102117833B1 (ko) * | 2019-01-04 | 2020-06-02 | 남장희 | 생물시료로부터 유전물질을 신속하게 분리하는 핵산 흡착 물질을 포함하는 조성물 및 그를 이용하여 생물시료로부터 유전물질을 신속하게 분리하는 방법 |
CN116042603A (zh) * | 2021-03-31 | 2023-05-02 | 北京源微生物科技有限公司 | 一种血液中病原微生物分离、富集和核酸提取方法及试剂 |
CN112921031A (zh) * | 2021-04-20 | 2021-06-08 | 深圳职业技术学院 | 一种土壤微生物总dna高效提取方法 |
CN114292841B (zh) * | 2021-12-30 | 2023-06-09 | 苏州白垩纪生物科技有限公司 | 核酸提取试剂和核酸提取方法 |
GB202207989D0 (en) * | 2022-05-30 | 2022-07-13 | Guys And St Thomas Nhs Found Trust | Metagenomics |
CN116286798B (zh) * | 2023-03-29 | 2024-04-02 | 杭州创新生物检控技术有限公司 | 一种适用于细菌dna提取纯化的试剂盒及方法 |
Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2008298615A (ja) | 2007-05-31 | 2008-12-11 | Canon Inc | 細胞構成成分取出し機能付血液採取用の容器及び核酸検出方法 |
Family Cites Families (19)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP0755401B1 (en) * | 1994-04-14 | 2002-09-18 | The Rockefeller University | Apparatus for isolating cellular components |
SE9904539D0 (sv) * | 1999-12-10 | 1999-12-10 | Alphahelix Ab | Method and device for the handling of samples and reagents |
DE60210621T2 (de) * | 2001-07-19 | 2007-03-08 | Infectio Diagnostic (I.D.I.) Inc., Sainte-Foy | Universelle methode und zusammensetzung zur schnellen lysierung von zellen zur freisetzung von nukleinsäuren und ihre detektion |
US20060281142A1 (en) * | 2005-04-19 | 2006-12-14 | E.I. Du Pont De Nemours And Company | Combined sample enrichment and disruption |
JP2008154521A (ja) * | 2006-12-25 | 2008-07-10 | Kurita Water Ind Ltd | 塩素化エチレン分解菌の塩化ビニル分解能の判定方法、及び該方法に用いられる塩素化エチレン分解菌の塩化ビニル分解能判定用キット |
WO2009135158A2 (en) * | 2008-05-02 | 2009-11-05 | Immunetics, Inc. | Detection of microbial nucleic acids |
EP2202300B1 (en) * | 2008-09-09 | 2014-05-14 | Suntory Holdings Limited | Glucose-induced inactivation/degradation resistant transporter gene and use thereof |
WO2010065420A2 (en) * | 2008-12-03 | 2010-06-10 | Integrated Nano-Technologies, Inc. | Universal biological sample processing |
EP2210936A1 (en) * | 2009-01-27 | 2010-07-28 | Curetis AG | Processing and analysis of viscous liquid biological samples |
WO2010146026A1 (en) * | 2009-06-15 | 2010-12-23 | De Nationale Geologiske Undersøgelser For Danmark Og Grønland | Improvement of low-biomass soil dna/rna extraction yield and quality |
WO2012027302A2 (en) * | 2010-08-21 | 2012-03-01 | The Regents Of The University Of California | Systems and methods for detecting antibiotic resistance |
US10041061B2 (en) * | 2010-09-29 | 2018-08-07 | Ibis Biosciences, Inc. | Fungal nucleic acid extraction |
WO2012054638A2 (en) * | 2010-10-22 | 2012-04-26 | T2 Biosystems, Inc. | Nmr systems and methods for the detection of analytes |
EP3170831A1 (en) * | 2011-09-06 | 2017-05-24 | Ibis Biosciences, Inc. | Sample preparation methods |
EP2794929B1 (en) * | 2011-12-21 | 2019-07-10 | Geneohm Sciences Canada Inc. | Enrichment and isolation of microbial cells and microbial nucleic acids from a biological sample |
US9334491B2 (en) * | 2011-12-22 | 2016-05-10 | Ibis Biosciences, Inc. | Systems and methods for isolating nucleic acids from cellular samples |
CA2868805C (en) * | 2012-03-28 | 2018-09-04 | Longhorn Vaccines And Diagnostics, Llc | Compositions and methods for the collection and isolation of nucleic acids from biological specimens |
EP3017042A4 (en) * | 2013-07-02 | 2017-02-22 | Ibis Biosciences, Inc. | Method for the purification of targeted nucleic acids from background nucleic acids |
CA2947704A1 (en) * | 2014-04-10 | 2015-10-15 | Dna Genotek Inc. | Method and system for microbial lysis using periodates |
-
2016
- 2016-01-30 EP EP16153540.6A patent/EP3199629A1/en not_active Withdrawn
-
2017
- 2017-01-30 KR KR1020207029622A patent/KR20200121912A/ko not_active Application Discontinuation
- 2017-01-30 KR KR1020187025119A patent/KR20180114909A/ko not_active Application Discontinuation
- 2017-01-30 CA CA3011642A patent/CA3011642A1/en active Pending
- 2017-01-30 WO PCT/EP2017/051902 patent/WO2017129814A1/en active Application Filing
- 2017-01-30 JP JP2018539395A patent/JP2019503193A/ja active Pending
- 2017-01-30 BR BR112018014865A patent/BR112018014865A2/pt active Search and Examination
- 2017-01-30 RU RU2018130749A patent/RU2743140C2/ru active
- 2017-01-30 SG SG11201806094SA patent/SG11201806094SA/en unknown
- 2017-01-30 MX MX2018009251A patent/MX2018009251A/es unknown
- 2017-01-30 CN CN201780008892.1A patent/CN108699550B/zh active Active
- 2017-01-30 NZ NZ744436A patent/NZ744436A/en unknown
- 2017-01-30 AU AU2017211983A patent/AU2017211983B2/en active Active
- 2017-01-30 CN CN202310430516.9A patent/CN116694620A/zh active Pending
- 2017-02-02 TW TW106103463A patent/TWI747876B/zh active
-
2018
- 2018-07-12 PH PH12018501507A patent/PH12018501507A1/en unknown
- 2018-07-18 ZA ZA2018/04830A patent/ZA201804830B/en unknown
- 2018-07-26 IL IL260800A patent/IL260800B/en unknown
-
2021
- 2021-12-03 JP JP2021197260A patent/JP7488246B2/ja active Active
-
2022
- 2022-03-09 IL IL291231A patent/IL291231A/en unknown
Patent Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2008298615A (ja) | 2007-05-31 | 2008-12-11 | Canon Inc | 細胞構成成分取出し機能付血液採取用の容器及び核酸検出方法 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
IL260800B (en) | 2022-04-01 |
JP2022033906A (ja) | 2022-03-02 |
ZA201804830B (en) | 2021-03-31 |
RU2018130749A (ru) | 2020-03-02 |
TW202210623A (zh) | 2022-03-16 |
TW201726924A (zh) | 2017-08-01 |
CN116694620A (zh) | 2023-09-05 |
JP2019503193A (ja) | 2019-02-07 |
KR20180114909A (ko) | 2018-10-19 |
CN108699550A (zh) | 2018-10-23 |
AU2017211983B2 (en) | 2023-01-05 |
WO2017129814A1 (en) | 2017-08-03 |
SG11201806094SA (en) | 2018-08-30 |
BR112018014865A2 (pt) | 2018-12-18 |
RU2743140C2 (ru) | 2021-02-15 |
CA3011642A1 (en) | 2017-08-03 |
MX2018009251A (es) | 2018-11-29 |
IL291231A (en) | 2022-05-01 |
CN108699550B (zh) | 2023-05-12 |
KR20200121912A (ko) | 2020-10-26 |
NZ744436A (en) | 2020-10-30 |
RU2018130749A3 (ja) | 2020-04-09 |
EP3199629A1 (en) | 2017-08-02 |
PH12018501507A1 (en) | 2019-04-08 |
TWI747876B (zh) | 2021-12-01 |
AU2017211983A1 (en) | 2018-08-09 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP7488246B2 (ja) | ビーズ破砕用チューブならびに微生物からデオキシリボ核酸および/またはリボ核酸を抽出する方法 | |
US11952614B2 (en) | Bead beating tube and method for extracting deoxyribonucleic acid and/or ribonucleic acid from microorganisms | |
US20230383242A1 (en) | Bead beating tube and method for extracting deoxyribonucleic acid and/or ribonucleic acid from microorganisms | |
JP6853283B2 (ja) | 微生物細胞を抽出するための装置及び方法 | |
US20230416722A1 (en) | Apparatus and method for pretreatment of microbial samples | |
JP5714291B2 (ja) | 抗酸菌dnaの抽出精製法 | |
EP3408388B1 (en) | Method for producing a lysate from cells contained in a liquid sample | |
EP3971290A1 (en) | Method for producing a lysate from cells contained in a liquid sample | |
JP7216652B2 (ja) | ビーズ破砕用チューブ並びに微生物からデオキシリボ核酸及び/又はリボ核酸を抽出する方法 | |
TWI838658B (zh) | 用於從微生物中萃取去氧核糖核酸及/或核糖核酸的珠粒撞擊管及方法 | |
Jatav et al. | Ante-Mortem Prevalence of Sub-Clinical Paratuberculosis in Goats | |
UA132026U (uk) | Спосіб екстракції днк з культур бактерій експрес-методом |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20220104 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20220114 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20221018 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20230117 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20230417 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20230801 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20231020 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20240129 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20240409 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20240509 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 7488246 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |