JP7431812B2 - 自己免疫疾患における新規な遺伝子分類とその使用 - Google Patents

自己免疫疾患における新規な遺伝子分類とその使用 Download PDF

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相互参照
本出願は、２０１８年５月９日に出願された米国仮特許出願第６２／６６９，２９７号の利益を主張し、その出願全体は引用によって本明細書に組み込まれる。
皮膚病は人間の病気の中でも最も一般的なものの一つであり、医療における世界的に重要な負担となっている。３つの皮膚病が、世界で最も多く罹患している疾患のトップ１０に入っており、トップ５０には８つがランクインしている。まとめて考えると、皮膚疾患は、障害を抱えて生活していた年数の第２位から第１１位までの原因に及ぶ。
特定の実施形態において、分子の危険因子に基づいて自己免疫疾患の存在を検出する方法が本明細書で開示される。いくつかの例では、分子の危険因子に基づいて、乾癬、ループス、またはアトピー性皮膚炎の存在を検出する方法が本明細書に記載されている。いくつかの例では、分子の危険因子に基づいて、自己免疫疾患（例えば、乾癬、ループス、アトピー性皮膚炎）の進行をモニタリングする方法も本明細書に記載される。
特定の実施形態において、乾癬を抱えている疑いのある被験体のＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａの少なくとも２つの遺伝子発現レベルを検出する方法が本明細書で開示され、上記方法は：（ａ）被験体から得られた皮膚サンプルから核酸を単離する工程であって、皮膚サンプルが角質層からの細胞を含む、工程と；（ｂ）プローブのセットに単離された核酸を接触させることによって、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａの少なくとも２つの発現レベルを検出する工程であって、プローブのセットがＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａの少なくとも２つを認識し、ならびに、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａと、プローブのセットとの間の結合を検出する、工程、を含む。
特定の実施形態において、乾癬を抱えている疑いのある被験体において第１の遺伝子分類と第２の遺伝子分類から遺伝子発現レベルを検出する方法が本明細書で開示され、上記方法は：（ａ）被験体から得られた皮膚サンプルから核酸を単離する工程であって、皮膚サンプルが角質層からの細胞を含む、工程と；（ｂ）プローブのセットに、単離された核酸を接触させることによって、第１の遺伝子分類：ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａから１つ以上の遺伝子の発現レベルを検出する工程であって、プローブのセットが、第１の遺伝子分類からの１以上の遺伝子を認識し、および、第１の遺伝子分類からの１以上の遺伝子とプローブのセットからの結合を検出する、工程と；（ｃ）プローブの追加のセットに、単離された核酸を接触させることによって、第２の遺伝子分類：ＩＬ－１７Ｃ、Ｓ１００Ａ７、ＩＬ－１７ＲＡ、ＩＬ－１７ＲＣ、ＩＬ－２３Ａ、ＩＬ－２２、ＩＬ－２６、ＩＬ－２４、ＩＬ－６、ＣＸＣＬ１、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－３１、ＩＬ－３３、ＴＮＦα、ＬＣＮ２、ＣＣＬ２０、およびＴＮＦＲＳＦ１Ａからの１つの遺伝子の発現レベルを検出する工程であって、プローブの追加のセットが第２の遺伝子分類から１つ以上の遺伝子を検出し、ならびに、第２の遺伝子分類からの１つ以上の遺伝子とプローブの追加のセットとの間の結合を検出する、工程を含む。
特定の実施形態において、ＴＮＦα、ＩＬ－１７Ａ、またはＩＬ－２３の阻害剤で被験体を処置する方法が本明細書で開示され、ここで、被験体は乾癬を抱えており、上記方法は：角質層からの細胞を含む皮膚サンプルから核酸を単離することによって、および、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａの少なくとも２つを認識し、ならびに、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａと、プローブのセットとの間の結合を検出するプローブのセットに、単離された核酸を接触させることによって、皮膚サンプルの発現分析を行うか、行ったことによって、被験体が改変された遺伝子発現レベルを有するかどうかを判定する工程を含み；ならびに、被験体がＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａの少なくとも２つの改変された遺伝子発現レベルを有する場合、ＴＮＦα、ＩＬ－１７Ａ、またはＩＬ－２３の阻害剤を被験体に投与し、あるいは阻害剤を用いる処置のレベルを増大させ、および、被験体がＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａの少なくとも２つの改変された遺伝子発現レベルを有していない場合、阻害剤を投与しないか、阻害剤を用いる処置を中止する。
特定の実施形態において、アトピー性皮膚炎を抱えている疑いのある被験体のＩＬ－１３、ＩＬ－３１、およびＴＳＬＰの少なくとも２つの遺伝子発現レベルを検出する方法が本明細書に開示され、上記方法は：（ａ）被験体から得られた皮膚サンプルから核酸を単離する工程であって、皮膚サンプルが角質層からの細胞を含む、工程と；（ｂ）プローブのセットに、単離された核酸を接触させることによって、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、およびＴＳＬＰの少なくとも２つの発現レベルを検出する工程であって、プローブのセットがＩＬ－１３、ＩＬ－３１、およびＴＳＬＰの少なくとも２つを認識し、ならびに、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、およびＴＳＬＰの少なくとも２つとプローブのセットとの間の結合を検出する、工程、を含む。
特定の実施形態において、アトピー性皮膚炎を抱えている疑いのある被験体において第１の遺伝子分類と第２の遺伝子分類から遺伝子発現レベルを検出する方法が本明細書で開示され、上記方法は：（ａ）被験体から得られた皮膚サンプルから核酸を単離する工程であって、皮膚サンプルが角質層からの細胞を含む、工程と；（ｂ）プローブのセットに、単離された核酸を接触させることによって、第１の遺伝子分類：ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、およびＴＳＬＰから１つ以上の遺伝子の発現レベルを検出する工程であって、プローブのセットが第１の遺伝子分類からの１以上の遺伝子を認識し、および、第１の遺伝子分類からの１以上の遺伝子とプローブのセットとの間の結合を検出する、工程と：（ｃ）プローブの追加のセットに、単離された核酸を接触させることによって、第２の遺伝子分類：ＩＬ－１３Ｒ、ＩＬ－４Ｒ、ＩＬ－１７、ＩＬ－２２、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、Ｓ１００Ａ７、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、ＣＣＬ１７、ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２６、ＣＣＬ２７、およびＮＯＳ２からの１つ以上の遺伝子の発現レベルを検出する工程であって、プローブの追加のセットが第２の遺伝子分類からの１つ以上の遺伝子を認識し、および、第２の遺伝子分類からの１つ以上の遺伝子とプローブの追加のセットとの間の結合を検出する工程、を含む。
特定の実施形態において、インターロイキン１３（ＩＬ－１３）またはインターロイキン１３受容体（ＩＬ－１３Ｒ）に特異的に結合する抗体で被験体を処置する方法が本明細書に開示され、ここで、被験体はアトピー性皮膚炎を抱えており、上記方法は：角質層からの細胞を含む皮膚サンプルからの単離核酸を得るか、得たことによって、ならびに、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、およびＴＳＬＰの少なくとも２つを認識し、および、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、およびＴＳＬＰとプローブのセットとの間の結合を検出するプローブのセットに、単離された核酸を接触させることにより、皮膚サンプルの発現分析を行うか、行ったことによって、被験体が改変された遺伝子発現レベルを有するかどうかを判定する工程を含み、ならびに、被験体がＩＬ－１３、ＩＬ－３１、およびＴＳＬＰの少なくとも２つの改変された遺伝子発現レベルを有する場合、ＩＬ－１３またはＩＬ－１３Ｒに特異的に結合する抗体を被験体に投与し、および、被験体がＩＬ１３、ＩＬ－３１、およびＴＳＬＰの少なくとも２つの改変された遺伝子発現レベルを有していない場合、ＩＬ－１３またはＩＬ－１３Ｒに特異的に結合する抗体を被験体に投与しない。
本開示の様々な態様が、添付の請求項において具体的に明記されている。本開示の特徴と利点についてのよりよい理解は、本開示の原則が用いられている例証的な実施形態と添付の図面を説明する以下の詳細な記載を参照することによって得られる：
Ｔｈ１７サイトカイン経路を示す。 乾癬とアトピー性皮膚炎などの疾患を引き起こす、ＩＬ－２３／１７経路からの皮膚における活性化サイクルを示す。 Ｔｈ１、Ｔｈ２、Ｔｈ１７、およびＴｈ２２を含む、慢性のアトピー性皮膚炎において上昇した複数の炎症性の経路を示す。 細胞が皮層から角質層へと進行するのにかかる経過時間がおよそ２８日である、表皮の構造を示す。 乾癬の病変および非病変の皮膚における角質層遺伝子発現の様々なマーカーの検出を示す。 ＩＬ－１７／ＴＨ－１７経路を標的とする多くの薬物と、それらがどこで炎症サイクルを達成するかを示す。 アトピー性皮膚炎アッセイの標的と、活性化サイクルでのそれらの場所を示す。 ３００ｍｇのデュピルマブまたはプラセボによる１６週間の処置後に、湿疹領域と重症度指数（ＥＡＳＩ－７５）においてベースラインからの７５％の減少、あるいは、消失（０）または最小限（１）のＩＧＡスコア（ＩＧＡ ０－１）を達成した被験体の割合を示す。 レブリキズマブまたはプラセボによる１２週間の処置中に１２５ｍｇ／週の後にＥＡＳＩ－７５またはＩＧＡ１／０を達成した被験体の割合を示す。 トラロキヌマブまたはプラセボによる１２週間の処置後にＤＰＰ－４レベルが上昇した場合に選択された被験体と非選択集団においてＥＡＳＩ－７５またはＩＧＡ ０／１を達成した被験体の割合を示す。 角質層の粘着パッチサンプリングを用いたＩＬ－１３経路成分または受容体の発現が検出された被験者の割合を示す。 健康な正常皮膚と比較した病変皮膚と非病変皮膚におけるＣＣＬ１７の発現を示す。 健康な正常皮膚と比較した病変皮膚と非病変皮膚におけるＣＣＬ１７の正規化された遺伝子発現変化を示す。 健常な正常皮膚と比較した病変皮膚と非病変皮膚におけるＩＬ－１３の発現を示す。 健康な正常皮膚と比較した病変皮膚と非病変皮膚におけるＩＬ－１３の正規化された遺伝子発現変化を示す。 健常な正常皮膚と比較した病変皮膚と非病変皮膚におけるＩＬ－２２の発現を示す。 健康な正常皮膚と比較した病変皮膚と非病変皮膚におけるＩＬ－２２の正規化された遺伝子発現変化を示す。 健常な正常皮膚と比較した病変皮膚と非病変皮膚におけるＩＬ－２３Ａ（ｐ１９）の発現を示す。 健康な正常皮膚と比較した病変皮膚と非病変皮膚におけるＩＬ－２３Ａ（ｐ１９）の正規化された遺伝子発現変化を示す。 健常な正常皮膚と比較した病変皮膚と非病変皮膚におけるＩＬ－３１の発現を示す。 健康な正常皮膚と比較した病変皮膚と非病変皮膚におけるＩＬ－３１の正規化された遺伝子発現変化を。 健常な正常皮膚と比較した病変皮膚と非病変皮膚におけるＩＬ－３１ＲＡ（１）の発現を示す。 健康な正常皮膚と比較した病変皮膚と非病変皮膚におけるＩＬ－３１ＲＡ（１）の正規化された遺伝子発現変化を示す。 健常な正常皮膚と比較した病変皮膚と非病変皮膚におけるＩＬ－３１ＲＡ（２）の発現を示す。 健康な正常皮膚と比較した病変皮膚と非病変皮膚におけるＩＬ－３１ＲＡ（２）の正規化された遺伝子発現変化を示す。 ＩＬ－１３とＩＬ－４のシグナル伝達経路を示す。 健常な正常皮膚と比較した病変皮膚と非病変皮膚におけるＩＬ－１３の発現を示す。 健康な正常皮膚と比較した病変皮膚と非病変皮膚におけるＩＬ－１３の正規化された遺伝子発現変化を示す。 健常な正常皮膚と比較した病変皮膚と非病変皮膚におけるＩＬ－１３ＲＡ１の発現を示す。 健康な正常皮膚と比較した病変皮膚と非病変皮膚におけるＩＬ－１３ＲＡ１の正規化された遺伝子発現変化を示す。 健常な正常皮膚と比較した病変皮膚と非病変皮膚におけるＩＬ－４Ｒの発現を示す。 健康な正常皮膚と比較した病変皮膚と非病変皮膚におけるＩＬ－４Ｒの正規化された遺伝子発現変化を示す。 ＮＯＳ２のこの発現ケースにおける、正常と比較したＡＤサンプルの例示的な遺伝子発現変化を示す。 ループスの病因を示す。 未関与非病変皮膚と乾癬病変の両方で検出された遺伝子発現の増加を呈するサイトカインを示す。 未関与非病変皮膚では遺伝子発現は減少したが、乾癬病変では遺伝子発現が増加したサイトカインを示す。 正常な皮膚におけるＩＬ－３１ＲＡの発現と比較した、ＡＤ病変皮膚と非病変皮膚でのＩＬ－３１ＲＡの発現を示す。 正常な皮膚におけるＩＬ－３１ＲＡの発現と比較した、ＡＤ病変皮膚と非病変皮膚でのＩＬ－３１ＲＡ（２）の発現を示す。 正常な皮膚におけるＣＣＬ１７の発現と比較した、ＡＤ病変皮膚と非病変皮膚でのＣＣＬ１７の発現を示す。 正常な皮膚におけるＩＬ－２３Ａの発現と比較した、ＡＤ病変皮膚と非病変皮膚でのＩＬ－２３Ａの発現を示す。 正常な皮膚におけるＩＬ－４Ｒの発現と比較した、ＡＤ病変皮膚と非病変皮膚でのＩＬ－４Ｒの発現を示す。 正常な皮膚におけるＩＬ－２２の発現と比較した、ＡＤ病変皮膚と非病変皮膚でのＩＬ－２２の発現を示す。 正常な皮膚におけるＩＬ－１３の発現と比較した、ＡＤ病変皮膚と非病変皮膚でのＩＬ－１３の発現を示す。 正常な皮膚におけるＩＬ－１３ＲＡ１の発現と比較した、ＡＤ病変皮膚と非病変皮膚でのＩＬ－１３ＲＡ１の発現を示す。 ＡＤ非病変皮膚サンプルにおけるＩＬ１３ＲＡ１とＩＬ－１３の追加の発現データを示す。 乾癬患者における病変部（ＰＳＯＲ）と非病変部（ＮＬ）皮膚からの全ＲＮＡ収量（ｐｇ）を示す。 非病変群と乾癬群の性別構成を示す。 非病変群と乾癬群の年齢分布を示す。 異なるＲＮＡ入力レベルでの病変皮膚（ＰＳＯＲ）と正常皮膚（ＮＳ）におけるＡＣＴＢとＤＥＦＢ４Ａ発現の測定を示す。 異なるＲＮＡ入力レベルでの病変皮膚（ＰＳＯＲ）と正常皮膚（ＮＳ）におけるＡＣＴＢとＳ１００Ａ９発現の測定を示す。 異なるＲＮＡ入力レベルでの病変皮膚（ＰＳＯＲ）と正常皮膚（ＮＳ）におけるＡＣＴＢとＩＬ－１７Ａ発現の測定を示す。 異なるＲＮＡ入力レベルでの病変皮膚（ＰＳＯＲ）と正常皮膚（ＮＳ）におけるＡＣＴＢとＩＬ－１７Ｆ発現の測定を示す。 異なるＲＮＡ入力レベルでの病変皮膚（ＰＳＯＲ）と正常皮膚（ＮＳ）におけるＡＣＴＢとＩＬ－１７Ｃ発現の測定を示す。 異なるＲＮＡ入力レベルでの病変皮膚（ＰＳＯＲ）と正常皮膚（ＮＳ）におけるＡＣＴＢとＩＬ－２３Ａ発現の測定を示す。 接着パッチベースのデバイスを用いて収集した正常（ＮＭＬ）、乾癬病変（ＰＳＯＲ）、および非病変（ＮＬ）の皮膚サンプルからの１３個の主要遺伝子のＣｔ値のヒートマップを示す。 病変組織で遺伝子発現の２つの異なるサブグループ（ＰＳＯＲ－１および－２）を有する未処置の乾癬患者から収集された対の病変（ＰＳＯＲ）と非病変（ＮＬ）皮膚からの１３の遺伝子のＣｔ値のヒートマップを示す。
自己免疫性皮膚疾患は、個体自身の免疫システムが誤って健康な細胞を攻撃したときに起こる。例示的な皮膚疾患としては、限定されないが、乾癬、ループス、およびアトピー性皮膚炎が挙げられる。乾癬は、皮膚細胞の寿命を変化させかねない持続性および慢性の皮膚疾患である。乾癬は、皮膚の表面に細胞を急速に蓄積させることがある。余分な皮膚細胞は、分厚い銀色の鱗屑や、かゆみを伴う乾燥した赤い斑点を形成し、しばしば痛みを伴うことがある。
アトピー性皮膚炎は、皮膚を侵す慢性疾患である。アトピー性皮膚炎では、皮膚が非常にかゆくなる。ひっかくことで、赤み、腫れ、ひび割れ、透明液の滲出が引き起こされ、最終的にはかさぶたができてはがれる。ほとんどの場合、増悪の期間に続いて寛解の期間がある。どれほどの人がアトピー性皮膚炎に冒されているかを正確に特定するのは難しいが、乳児と幼児の推定２０％はこの疾患の症状を経験する。これらの幼児のおよそ６０％は、成年期にアトピー性皮膚炎の１つ以上の症状を有し続ける。したがって、アメリカでは１５００万人以上がこの疾患の症状を有している。「病変領域」はアトピー性皮膚炎に冒された皮膚の領域である。一般的に、病変は皮膚の乾燥（乾皮症）、赤み、水疱、痂皮、または任意の組み合わせを特徴とする。非病変領域は、アトピー性皮膚炎または他のいかなる皮膚病状にも冒されていない。
エリテマトーデスとしても知られるループスは、体内の複数の臓器やシステムに影響を及ぼす自己免疫疾患である。個人の免疫システムが様々な細胞を攻撃し、様々な徴候や症状を引き起こす。皮膚に関しては、ループスに特異的な皮膚病変と非特異的な皮膚病変がある。いくつかの例では、ループスは、皮膚エリテマトーデス（ＣＬＥ）と全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）（他の臓器およびシステムに影響を及ぼす）からなる適応症のスペクトルを構成している。場合によっては、皮膚エリテマトーデスは大きく３つ：慢性皮膚ループス（ＣＣＬＥ）、亜急性皮膚ループス（ＳＣＬＥ）、および急性皮膚ループス（ＡＣＬＥ）に分類される。
全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）は、身体の免疫系が身体の多くの部分の健康な組織を誤って攻撃してしまう自己免疫疾患である。症状は人によって異なり、軽度のものから重度のものまである。一般的な症状としては、関節の痛みや腫れ、発熱、胸の痛み、抜け毛、口内炎、リンパ節の腫れ、疲労感、および顔に多く見られる赤い発疹などがある。多くの場合、発赤と呼ばれる病気の期間と、症状がほとんどない寛解期がある。
いくつかの実施形態では、本明細書で開示される方法は、自己免疫性皮膚疾患（例えば、乾癬、アトピー性皮膚炎、またはあるいはループス）の存在を判定するために、遺伝子分類における遺伝子の発現レベルを利用する方法である。いくつかの例では、遺伝子分類での遺伝子の発現レベルに基づいて、自己免疫性皮膚疾患（例えば、乾癬、アトピー性皮膚炎、またはループス）を有すると判定された被験体を処置する方法も本明細書に記載される。
乾癬遺伝子分類およびその使用方法
いくつかの実施形態では、乾癬に関連付けられる遺伝子分類からの遺伝子の発現レベルを検出する方法が本明細書で開示される。いくつかの例では、上記方法は、インターロイキン１７Ａ（ＩＬ－１７Ａ）、インターロイキン１７Ｆ（ＩＬ－１７Ｆ）、インターロイキン８（ＩＬ－８）、Ｃ－Ｘ－Ｃモチーフケモカインリガンド５（ＣＸＣＬ５）、Ｓ１００カルシウム結合タンパク質Ａ９（Ｓ１００Ａ９）、デフェンシンβ４Ａ（ＤＥＦＢ４Ａ）、またはこれらの組み合わせの発現レベルを検出する工程を含む。いくつかの例では、上記方法は、（ａ）被験体から得られた皮膚サンプルから核酸を単離する工程であって、皮膚サンプルが（例えば、角質層からの細胞を含む）、工程と；（ｂ）プローブのセットに、単離された核酸を接触させることによって、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、ＤＥＦＢ４Ａ、またはこれらの組み合わせの発現レベルを検出する工程であって、プローブのセットがＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、ＤＥＦＢ４Ａ、またはこれらの組み合わせを認識し、および、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、ＤＥＦＢ４Ａ、またはこれらの組み合わせとプローブのセット間の結合を検出する、工程を含む。
いくつかの実施形態では、方法は、遺伝子分類：ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａからの２以上、３以上、４以上、または５以上の遺伝子の発現レベルを検出する工程を含む。場合によっては、方法は、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａの発現レベルを検出する工程を含む。場合によっては、方法は、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、およびＳ１００Ａ９の発現レベルを検出する工程を含む。場合によっては、方法は、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、およびＣＸＣＬ５の発現レベルを検出する工程を含む。場合によっては、方法は、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、およびＩＬ－８の発現レベルを検出する工程を含む。場合によっては、方法は、ＩＬ－１７ＡとＩＬ－１７Ｆの発現レベルを検出する工程を含む。
いくつかの例では、発現レベルはアップレギュレートされた遺伝子発現レベルである。いくつかの例では、発現レベルは、対照サンプルの同等の遺伝子の遺伝子発現レベルと比較して、アップレギュレートされた遺伝子発現レベルである。場合によっては、対照サンプルは正常な皮膚サンプルである。場合によっては、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、ＤＥＦＢ４Ａ、またはこれらの組み合わせの遺伝子発現レベルはアップレギュレートされる。いくつかの例では、アップレギュレートされた遺伝子発現レベルは、乾癬プラークを含む皮膚の領域で生じる。
いくつかの例では、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、またはＤＥＦＢ４Ａの遺伝子発現レベルは、少なくとも１倍、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍、１００倍、１１０倍、１２０倍、１３０倍、１５０倍、２００倍、３００倍、５００倍、またはそれ以上増加する。場合によっては、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、またはＤＥＦＢ４Ａの遺伝子発現レベルは少なくとも１０倍増加する。場合によっては、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、またはＤＥＦＢ４Ａの遺伝子発現レベルは少なくとも２０倍増加する。場合によっては、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、またはＤＥＦＢ４Ａの遺伝子発現レベルは少なくとも３０倍増加する。場合によっては、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、またはＤＥＦＢ４Ａの遺伝子発現レベルは少なくとも４０倍増加する。場合によっては、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、またはＤＥＦＢ４Ａの遺伝子発現レベルは少なくとも５０倍増加する。場合によっては、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、またはＤＥＦＢ４Ａの遺伝子発現レベルは少なくとも８０倍増加する。場合によっては、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、またはＤＥＦＢ４Ａの遺伝子発現レベルは少なくとも１００倍増加する。場合によっては、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、またはＤＥＦＢ４Ａの遺伝子発現レベルは少なくとも１３０倍増加する。場合によっては、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、またはＤＥＦＢ４Ａの遺伝子発現レベルは少なくとも１５０倍増加する。場合によっては、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、またはＤＥＦＢ４Ａの遺伝子発現レベルは少なくとも２００倍増加する。場合によっては、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、またはＤＥＦＢ４Ａの遺伝子発現レベルは少なくとも３００倍増加する。場合によっては、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、またはＤＥＦＢ４Ａの遺伝子発現レベルは少なくとも５００倍増加する。場合によっては、増加した遺伝子発現レベルは、対照サンプルからの同等の遺伝子の遺伝子発現レベルと比較される。場合によっては、対照サンプルは正常な皮膚サンプルである。いくつかの例では、アップレギュレートされた遺伝子発現レベルは、乾癬プラークを含む皮膚の領域で生じる。
場合によっては、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、またはＤＥＦＢの遺伝子発現レベルは、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、またはそれ以上増加する。場合によっては、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、またはＤＥＦＢの遺伝子発現レベルは少なくとも１０％増加する。場合によっては、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、またはＤＥＦＢの遺伝子発現レベルは少なくとも２０％増加する。場合によっては、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、またはＤＥＦＢの遺伝子発現レベルは少なくとも３０％増加する。場合によっては、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、またはＤＥＦＢの遺伝子発現レベルは少なくとも４０％増加する。場合によっては、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、またはＤＥＦＢの遺伝子発現レベルは少なくとも５０％増加する。場合によっては、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、またはＤＥＦＢの遺伝子発現レベルは少なくとも８０％増加する。場合によっては、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、またはＤＥＦＢの遺伝子発現レベルは少なくとも９０％増加する。場合によっては、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、またはＤＥＦＢの遺伝子発現レベルは少なくとも１００％増加する。場合によっては、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、またはＤＥＦＢの遺伝子発現レベルは少なくとも１５０％増加する。場合によっては、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、またはＤＥＦＢの遺伝子発現レベルは少なくとも２００％増加する。場合によっては、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、またはＤＥＦＢの遺伝子発現レベルは少なくとも３００％増加する。場合によっては、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、またはＤＥＦＢの遺伝子発現レベルは少なくとも５００％増加する。場合によっては、増加した遺伝子発現レベルは、対照サンプルからの同等の遺伝子の遺伝子発現レベルと比較される。場合によっては、対照サンプルは正常な皮膚サンプルである。いくつかの例では、ダウンレギュレートされた遺伝子発現レベルは、乾癬プラークを含む皮膚の領域で生じる。
いくつかの実施形態では、プローブのセットは、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢから選択された１つ以上６つ以下の遺伝子を認識する。場合によっては、プローブのセットはＩＬ－１７ＡとＩＬ－１７Ｆを認識する。場合によっては、プローブのセットは、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａを認識する。場合によっては、プローブのセットは、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－８、およびＤＥＦＢ４Ａを認識する。場合によっては、プローブのセットは、ＩＬ－１７Ｆ、ＣＸＣＬ５、およびＳ１００Ａ９を認識する。場合によっては、プローブのセットは、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢを認識する。
いくつかの実施形態では、方法は、インターロイキン１７Ｃ（ＩＬ－１７Ｃ）、Ｓ１００カルシウム結合タンパク質Ａ７（Ｓ１００Ａ７）、インターロイキン１７受容体Ａ（ＩＬ－１７ＲＡ）、インターロイキン１７受容体Ｃ（ＩＬ－１７ＲＣ）、インターロイキン２３サブユニットα（ＩＬ－２３Ａ）、インターロイキン２２（ＩＬ－２２）、インターロイキン２６（ＩＬ－２６）、インターロイキン２４（ＩＬ－２４）、インターロイキン６（ＩＬ－６）、Ｃ－Ｘ－Ｃモチーフケモカインリガンド１（ＣＸＣＬ１）、インターフェロンγ（ＩＦＮ－ガンマ）、インターロイキン３１（ＩＬ－３１）、インターロイキン３３（ＩＬ－３３）、腫瘍壊死因子（ＴＮＦα）、リポカリン２（ＬＣＮ２）、Ｃ－Ｃモチーフケモカインリガンド２０（ＣＣＬ２０）、ＴＮＦ受容体スーパーファミリーメンバー１Ａ（ＴＮＦＲＳＦ１Ａ）、またはこれらの組み合わせの発現レベルを検出する工程をさらに含む。場合によっては、検出する工程は、プローブの追加のセットに、単離された核酸を接触させることであって、プローブの追加のセットが、ＩＬ－１７Ｃ、Ｓ１００Ａ７、ＩＬ－１７ＲＡ、ＩＬ－１７ＲＣ、ＩＬ－２３Ａ、ＩＬ－２２、ＩＬ－２６、ＩＬ－２４、ＩＬ－６、ＣＸＣＬ１、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－３１、ＩＬ－３３、ＴＮＦα、ＬＣＮ２、ＣＣＬ２０、ＴＮＦＲＳＦ１Ａ、またはこれらの組み合わせを認識し、および、ＩＬ－１７Ｃ、Ｓ１００Ａ７、ＩＬ－１７ＲＡ、ＩＬ－１７ＲＣ、ＩＬ－２３Ａ、ＩＬ－２２、ＩＬ－２６、ＩＬ－２４、ＩＬ－６、ＣＸＣＬ１、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－３１、ＩＬ－３３、ＴＮＦα、ＬＣＮ２、ＣＣＬ２０、ＴＮＦＲＳＦ１Ａ、またはこれらの組み合わせと、プローブの追加のセットとの間の結合を検出する、ことを含む。
場合によっては、プローブの追加のセットは１以上１０以下の遺伝子を認識する。場合によっては、プローブの追加のセットは、ＩＬ－１７Ｃ、Ｓ１００Ａ７、ＩＬ－１７ＲＡ、ＩＬ－１７ＲＣ、ＩＬ－２３Ａ、ＩＬ－２２、ＩＬ－２６、ＩＬ－２４、ＩＬ－６、ＣＸＣＬ１、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－３１、ＩＬ－３３、ＴＮＦα、ＬＣＮ２、ＣＣＬ２０、およびＴＮＦＲＳＦ１Ａから選択された２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、または１７の遺伝子を認識する。
場合によっては、ＩＬ－１７Ｃ、Ｓ１００Ａ７、ＩＬ－１７ＲＡ、ＩＬ－１７ＲＣ、ＩＬ－２３Ａ、ＩＬ－２２、ＩＬ－２６、ＩＬ－２４、ＩＬ－６、ＣＸＣＬ１、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－３１、ＩＬ－３３、ＴＮＦα、ＬＣＮ２、ＣＣＬ２０、およびＴＮＦＲＳＦ１Ａから選択された１つ以上遺伝子の発現レベルが、上昇した遺伝子発現レベルである。そのような場合、遺伝子発現レベルは、少なくとも１倍、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍、１００倍、１１０倍、１２０倍、１３０倍、１５０倍、２００倍、３００倍、５００倍、またはそれ以上、上昇する。いくつかの例では、遺伝子発現レベルは、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、またはそれ以上、上昇する。いくつかの例では、発現レベルは、対照サンプルからの同等の遺伝子の遺伝子発現レベルと比較される。いくつかの例では、対照サンプルは正常な皮膚サンプルである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載された方法は、乾癬に罹患した皮膚領域を検出する工程を含む。場合によっては、乾癬に罹患した皮膚領域を約１週間、２週間、３週間、１ヶ月含む、２ヶ月、６ヶ月、またはそれ以上モニタリングする方法も本明細書に記載される。
いくつかの例では、方法は、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、ＤＥＦＢ、またはこれらの組み合わせの遺伝子発現レベルを検出する際、少なくともまたは約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％を超える改善された特異性を有する。いくつかの実施形態では、特異性は、ＩＬ－１７Ｃ、Ｓ１００Ａ７、ＩＬ－１７ＲＡ、ＩＬ－１７ＲＣ、ＩＬ－２３Ａ、ＩＬ－２２、ＩＬ－２６、ＩＬ－２４、ＩＬ－６、ＣＸＣＬ１、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－３１、ＩＬ－３３、ＴＮＦα、ＬＣＮ２、ＣＣＬ２０、ＴＮＦＲＳＦ１Ａ、またはこれらの組み合わせの遺伝子発現レベルを検出する際、少なくともまたは約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％を超える。
場合によっては、方法はさらに改善された感度を有する。いくつかの実施形態において、感度は、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、ＤＥＦＢ、またはこれらの組み合わせの遺伝子発現レベルを検出する際、少なくともまたは約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％を超える。場合によっては、感度は、ＩＬ－１７Ｃ、Ｓ１００Ａ７、ＩＬ－１７ＲＡ、ＩＬ－１７ＲＣ、ＩＬ－２３Ａ、ＩＬ－２２、ＩＬ－２６、ＩＬ－２４、ＩＬ－６、ＣＸＣＬ１、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－３１、ＩＬ－３３、ＴＮＦα、ＬＣＮ２、ＣＣＬ２０、ＴＮＦＲＳＦ１Ａ、またはこれらの組み合わせの遺伝子発現レベルを検出する際、少なくともまたは約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％を超える。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載された方法は、被験体において、第１の遺伝子分類と第２の遺伝子分類から遺伝子発現レベルを検出する工程を含み、（ａ）被験体から得られた皮膚サンプルから核酸を単離することであって、皮膚サンプルが（例えば、角質層からの細胞を含む）、ことと；（ｂ）プローブのセットに、単離された核酸を接触させることによって、第１の遺伝子分類：ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢから１つ以上の遺伝子の発現レベルを検出することであって、プローブのセットが、第１の遺伝子分類からの１以上の遺伝子を認識し、および、第１の遺伝子分類からの１以上の遺伝子とプローブのセットとの間の結合を検出する、ことと：（ｃ）プローブの追加のセットに、単離された核酸を接触させることによって、第２の遺伝子分類：ＩＬ－１７Ｃ、Ｓ１００Ａ７、ＩＬ－１７ＲＡ、ＩＬ－１７ＲＣ、ＩＬ－２３Ａ、ＩＬ－２２、ＩＬ－６、ＩＬ－２４、ＩＬ－６、ＣＸＣＬ１、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－３１、ＩＬ－３３、ＴＮＦα、ＬＣＮ２、ＣＣＬ２０、およびＴＮＦＲＳＦ１Ａからの１つ以上の遺伝子の発現レベルを検出することであって、プローブの追加のセットが、第２の遺伝子分類からの１つ以上の遺伝子を認識し、および、第２の遺伝子分類からの１つ以上の遺伝子とプローブの追加のセットとの間の結合を検出する、ことを含む。
いくつかの実施形態では、１つ以上の阻害剤を投与する工程を含む、乾癬を処置する方法も本明細書で提供される。本明細書に記載される乾癬の処置のための方法に含まれる阻害剤は、限定されないが、ＴＮＦα、ＩＬ－１７Ａ、およびＩＬ－２３の阻害剤を含む。ＴＮＦαの例示的な阻害剤としては、限定されないが、アダリムマブ、セルトリズマブ、エタネルセプト、ゴリムマブ、およびインフリキシマブが挙げられる。ＩＬ－１７Ａの例示的な阻害剤としては、限定されないが、イキセキズマブ（ＬＹ２４３９８２１）、ブロダルマブ（ＡＭＧ ８２７）、およびセクキヌマブが挙げられる。ＩＬ－２３の例示的な阻害剤としては、限定されないが、グセルクマブ、チルドラキズマブ、およびリサンキズマブが挙げられる。
場合によっては、乾癬の処置のための本明細書に記載される方法に含まれる阻害剤は、ＴＮＦαの阻害剤である。場合によっては、被験体は、アダリムマブ、セルトリズマブ、エタネルセプト、ゴリムマブ、または、インフリキシマブなどのＴＮＦαの阻害剤で処置される。
場合によっては、乾癬の処置のための本明細書に記載される方法に含まれる阻害剤は、ＩＬ－１７Ａの阻害剤である。場合によっては、被験体は、イキセキズマブ（ＬＹ２４３９８２１）、ブロダルマブ（ＡＭＧ ８２７）、またはセクキヌマブなどのＩＬ－１７Ａの阻害剤で処置される。
場合によっては、乾癬の処置のための本明細書に記載される方法に含まれる阻害剤は、ＩＬ－２３の阻害剤である。場合によっては、被験体は、グセルクマブ、チルドラキズマブ、またはリサンキズマブなどのＩＬ－２３の阻害剤で処置される。
アトピー性皮膚炎遺伝子分類およびその使用方法
いくつかの実施形態では、アトピー性皮膚炎に関連付けられる遺伝子分類からの遺伝子の発現レベルを検出する方法が本明細書で開示される。いくつかの例では、方法は、インターロイキン１３（ＩＬ－１３）、インターロイキン３１（ＩＬ－３１）、胸腺間質性リンパ球新生因子（ＴＳＬＰ）、またはその組み合わせの発現レベルを検出する工程を含む。いくつかの例では、上記方法は、（ａ）被験体から得られた皮膚サンプルから核酸を単離する工程であって、皮膚サンプルが（例えば、角質層からの細胞を含む）、工程と；（ｂ）プローブのセットに、単離された核酸を接触させることによって、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、ＴＳＬＰ、またはこれらの組み合わせの発現レベルを検出する工程であって、プローブのセットが、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、ＴＳＬＰ、またはこれらの組み合わせを認識し、および、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、ＴＳＬＰ、またはこれらの組み合わせとプローブのセットとの間の結合を検出する、工程を含む。
いくつかの実施形態では、方法は、遺伝子分類：ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、およびＴＳＬＰからの２以上または３つ以上の遺伝子の発現レベルを検出する工程を含む。場合によっては、方法は、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、およびＴＳＬＰの発現レベルを検出する工程を含む。場合によっては、方法は、ＩＬ－３１とＴＳＬＰの発現レベルを検出する工程を含む。場合によっては、方法は、ＩＬ－１３とＩＬ－３１の発現レベルを検出する工程を含む。場合によっては、方法は、ＩＬ－１３とＴＳＬＰの発現レベルを検出する工程を含む。
いくつかの例では、発現レベルはアップレギュレートされた遺伝子発現レベルである。いくつかの例では、発現レベルは、対照サンプルからの同等の遺伝子の遺伝子発現レベルと比較して、アップレギュレートされた遺伝子発現レベルである。場合によっては、対照サンプルは正常な皮膚サンプルである。場合によっては、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、ＴＳＬＰ、またはその組み合わせの遺伝子発現レベルがアップレギュレートされる。いくつかの例では、アップレギュレートされた遺伝子発現レベルは、アトピー性皮膚炎を含む皮膚の領域で生じる。
いくつかの例では、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、またはＴＳＬＰの遺伝子発現レベルは、少なくとも１倍、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍、１００倍、１１０倍、１２０倍、１３０倍、１５０倍、２００倍、３００倍、５００倍、またはそれ以上増加する。場合によっては、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、またはＴＳＬＰの遺伝子発現レベルは少なくとも１０倍増加する。場合によっては、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、またはＴＳＬＰの遺伝子発現レベルは少なくとも２０倍増加する。場合によっては、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、またはＴＳＬＰの遺伝子発現レベルは少なくとも３０倍増加する。場合によっては、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、またはＴＳＬＰの遺伝子発現レベルは少なくとも４０倍増加する。場合によっては、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、またはＴＳＬＰの遺伝子発現レベルは少なくとも５０倍増加する。場合によっては、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、またはＴＳＬＰの遺伝子発現レベルは少なくとも８０倍増加する。場合によっては、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、またはＴＳＬＰの遺伝子発現レベルは少なくとも１００倍増加する。場合によっては、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、またはＴＳＬＰの遺伝子発現レベルは少なくとも１３０倍増加する。場合によっては、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、またはＴＳＬＰの遺伝子発現レベルは少なくとも１５０倍増加する。場合によっては、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、またはＴＳＬＰの遺伝子発現レベルは少なくとも２００倍増加する。場合によっては、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、またはＴＳＬＰの遺伝子発現レベルは少なくとも３００倍増加する。場合によっては、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、またはＴＳＬＰの遺伝子発現レベルは少なくとも５００倍増加する。場合によっては、減少した遺伝子発現レベルは、対照サンプルからの同等の遺伝子の遺伝子発現レベルと比較される。場合によっては、対照サンプルは正常な皮膚サンプルである。いくつかの例では、ダウンレギュレートされた遺伝子発現レベルは、アトピー性皮膚炎を含む皮膚の領域で生じる。
場合によっては、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、またはＴＳＬＰの遺伝子発現レベルは、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、またはそれ以上増加する。場合によっては、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、またはＴＳＬＰの遺伝子発現レベルは少なくとも１０％増加する。場合によっては、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、またはＴＳＬＰの遺伝子発現レベルは少なくとも２０％増加する。場合によっては、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、またはＴＳＬＰの遺伝子発現レベルは少なくとも３０％増加する。場合によっては、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、またはＴＳＬＰの遺伝子発現レベルは少なくとも４０％増加する。場合によっては、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、またはＴＳＬＰの遺伝子発現レベルは少なくとも５０％増加する。場合によっては、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、またはＴＳＬＰの遺伝子発現レベルは少なくとも８０％増加する。場合によっては、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、またはＴＳＬＰの遺伝子発現レベルは少なくとも９０％増加する。場合によっては、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、またはＴＳＬＰの遺伝子発現レベルは少なくとも１００％増加する。場合によっては、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、またはＴＳＬＰの遺伝子発現レベルは少なくとも１５０％増加する。場合によっては、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、またはＴＳＬＰの遺伝子発現レベルは少なくとも２００％増加する。場合によっては、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、またはＴＳＬＰの遺伝子発現レベルは少なくとも３００％増加する。場合によっては、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、またはＴＳＬＰの遺伝子発現レベルは少なくとも５００％増加する。場合によっては、減少した遺伝子発現レベルは、対照サンプルからの同等の遺伝子の遺伝子発現レベルと比較される。場合によっては、対照サンプルは正常な皮膚サンプルである。いくつかの例では、ダウンレギュレートされた遺伝子発現レベルは、アトピー性皮膚炎を含む皮膚の領域で生じる。
いくつかの実施形態では、プローブのセットは、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、またはＴＳＬＰから選択された１つ以上３つ以下の遺伝子を認識する。場合によっては、プローブのセットはＩＬ－１３とＩＬ－３１を認識する。場合によっては、プローブのセットはＩＬ－３１とＴＳＬＰを認識する。場合によっては、プローブのセットはＩＬ－１３とＴＳＬＰを認識する。場合によっては、プローブのセットは、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、およびＴＳＬＰを認識する。
いくつかの実施形態では、方法は、インターロイキン１３受容体（ＩＬ－１３Ｒ）、インターロイキン４受容体（ＩＬ－４Ｒ）、インターロイキン１７（ＩＬ－１７）、インターロイキン２２（ＩＬ－２２）、Ｃ－Ｘ－Ｃモチーフケモカインリガンド９（ＣＸＣＬ９）、Ｃ－Ｘ－Ｃモチーフケモカインリガンド１０（ＣＸＣＬ１０）、Ｃ－Ｘ－Ｃモチーフケモカインリガンド１０（ＣＸＣＬ１１）、Ｓ１００カルシウム結合タンパク質Ａ７（Ｓ１００Ａ７）、Ｓ１００カルシウム結合タンパク質Ａ８（Ｓ１００Ａ８）、Ｓ１００カルシウム結合タンパク質Ａ９（Ｓ１００Ａ９）、Ｃ－Ｃモチーフケモカインリガンド１７（ＣＣＬ１７）、Ｃ－Ｃモチーフケモカインリガンド１８（ＣＣＬ１８）、Ｃ－Ｃモチーフケモカインリガンド１９（ＣＣＬ１９）、Ｃ－Ｃモチーフケモカインリガンド２６（ＣＣＬ２６）、Ｃ－Ｃモチーフケモカインリガンド２７（ＣＣＬ２７）、一酸化窒素合成酵素２（ＮＯＳ２）、またはこれらの組み合わせの発現レベルを検出する工程を含む。場合によっては、検出する工程は、プローブの追加のセットに、単離された核酸を接触させることであって、プローブの追加のセットが、ＩＬ－１３Ｒ、ＩＬ－４Ｒ、ＩＬ－１７、ＩＬ－２２、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、Ｓ１００Ａ７、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、ＣＣＬ１７、ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２６、ＣＣＬ２７、ＮＯＳ２、またはこれらの組み合わせを認識し、および、ＩＬ－１３Ｒ、ＩＬ－４Ｒ、ＩＬ－１７、ＩＬ－２２、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、Ｓ１００Ａ７、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、ＣＣＬ１７、ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２６、ＣＣＬ２７、ＮＯＳ２、またはこれらの組み合わせと、プローブの追加のセットとの間の結合を検出する、ことを含む。
場合によっては、プローブの追加のセットは１以上１０以下の遺伝子を認識する。場合によっては、プローブの追加のセットは、ＩＬ－１３Ｒ、ＩＬ－４Ｒ、ＩＬ－１７、ＩＬ－２２、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、Ｓ１００Ａ７、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、ＣＣＬ１７、ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２６、ＣＣＬ２７、およびＮＯＳ２から選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、または１６の遺伝子を認識する。
場合によっては、ＩＬ－１３Ｒ、ＩＬ－４Ｒ、ＩＬ－１７、ＩＬ－２２、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、Ｓ１００Ａ７、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、ＣＣＬ１７、ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２６、ＣＣＬ２７、およびＮＯＳ２から選択される１つ以上の遺伝子の発現レベルは、上昇した遺伝子発現レベルである。そのような場合、遺伝子発現レベルは、少なくとも１倍、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍、１００倍、１１０倍、１２０倍、１３０倍、１５０倍、２００倍、３００倍、５００倍、またはそれ以上、上昇する。いくつかの例では、遺伝子発現レベルは、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、またはそれ以上、上昇する。いくつかの例では、発現レベルは、対照サンプルからの同等の遺伝子の遺伝子発現レベルと比較される。いくつかの例では、対照サンプルは正常な皮膚サンプルである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載された方法は、アトピー性皮膚炎に罹患した皮膚領域を検出する工程を含む。場合によっては、アトピー性皮膚炎に罹患した皮膚領域を約１週間、２週間、３週間、１ヶ月含む、２ヶ月、６ヶ月、またはそれ以上モニタリングする方法も本明細書に記載される。
いくつかの例では、方法は、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、ＴＳＬＰ、またはその組み合わせの遺伝子発現レベルを検出する際、少なくともまたは約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％を超える改善された特異性を有する。いくつかの実施形態では、特異性は、ＩＬ－１３Ｒ、ＩＬ－４Ｒ、ＩＬ－１７、ＩＬ－２２、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、Ｓ１００Ａ７、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、ＣＣＬ１７、ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２６、ＣＣＬ２７、ＮＯＳ２、またはこれらの組み合わせの遺伝子発現レベルを検出する際、少なくともまたは約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％を超える。
場合によっては、方法はさらに改善された感度を有する。いくつかの実施形態において、感度は、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、ＴＳＬＰ、またはこれらの組み合わせの遺伝子発現レベルを検出する際、少なくともまたは約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％を超える。場合によっては、感度は、ＩＬ－１３Ｒ、ＩＬ－４Ｒ、ＩＬ－１７、ＩＬ－２２、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、Ｓ１００Ａ７、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、ＣＣＬ１７、ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２６、ＣＣＬ２７、ＮＯＳ２、またはこれらの組み合わせの遺伝子発現レベルを検出する際、少なくともまたは約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％を超える。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載された方法は、被験体において、第１の遺伝子分類と第２の遺伝子分類から遺伝子発現レベルを検出する工程を含み、（ａ）被験体から得られた皮膚サンプルから核酸を単離することであって、皮膚サンプルが（例えば、角質層からの細胞を含む）、ことと；（ｂ）プローブのセットに、単離された核酸を接触させることによって、第１の遺伝子分類：ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、およびＴＳＬＰから１つ以上の遺伝子の発現レベルを検出することであって、プローブのセットが、第１の遺伝子分類からの１以上の遺伝子を認識し、および、第１の遺伝子分類からの１以上の遺伝子とプローブのセットとの間の結合を検出する、ことと：（ｃ）プローブの追加のセットに、単離された核酸を接触させることによって、第２の遺伝子分類：ＩＬ－１３Ｒ、ＩＬ－４Ｒ、ＩＬ－１７、ＩＬ－２２、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、Ｓ１００Ａ７、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、ＣＣＬ１７、ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２６、ＣＣＬ２７、およびＮＯＳ２からの１つ以上の遺伝子の発現レベルを検出することであって、プローブの追加のセットが、第２の遺伝子分類からの１つ以上の遺伝子を認識し、および、第２の遺伝子分類からの１つ以上の遺伝子とプローブの追加のセットとの間の結合を検出する、ことを含む。
本明細書に記載される１つ以上の阻害剤を投与する工程を含む、アトピー性皮膚炎の処置のための方法が本明細書で提供される。本明細書に記載されるアトピー性皮膚炎の処置のための方法に含まれる阻害剤は、限定されないが、ＩＬ－１３、ＰＤＥ４、またはＩＬ－３１の阻害剤を含む。場合によっては、アトピー性皮膚炎の処置のための本明細書に記載される方法に含まれる阻害剤は、ＩＬ－１３の阻害剤である。場合によっては、アトピー性皮膚炎の処置のための本明細書に記載される方法に含まれる阻害剤は、ＰＤＥ４の阻害剤である。場合によっては、アトピー性皮膚炎の処置のための本明細書に記載される方法に含まれる阻害剤は、ＩＬ－３１の阻害剤である。
場合によっては、ＩＬ－１３の阻害剤としては、限定されないが、レブリキズマブとトラロキヌマブが挙げられる。場合によっては、ＩＬ－１３の阻害剤はレブリキズマブである。場合によっては、ＩＬ－１３の阻害剤はトラロキヌマブである。場合によっては、被験体は、レブリキズマブまたはトラロキヌマブなどのＩＬ－１３の阻害剤で処置される。
いくつかの例では、ＰＤＥ４阻害剤は、限定されないが、クリサボロールを含む。いくつかの例では、被験体は、クリサボロールなどのＰＤＥ４阻害剤で処置される。
いくつかの例では、ＩＬ－３１阻害剤は、限定されないが、ネモリズマブを含む。いくつかの例では、被験体は、ネモリズマブなどのＩＬ－３１阻害剤で処置される。
ループス遺伝子分類およびその使用方法
いくつかの実施形態では、エリテマトーデスに関連付けられる遺伝子分類からの遺伝子の発現レベルを検出する方法が本明細書で開示される。いくつかの例では、方法は、インターフェロンアルファ１（ＩＦＮＡ１）、インターフェロンアルファ２（ＩＦＮＡ２）、インターフェロンアルファ４（ＩＦＮＡ４）、インターフェロンアルファおよびベータ受容体サブユニット１（ＩＦＮＲ１）、インターフェロンアルファおよびベータ受容体サブユニット２（ＩＦＮＲ２）、Ｃ－Ｃモチーフケモカインリガンド５（ＣＣＬ５）、またはこれらの組み合わせの発現レベルを検出する工程を含む。いくつかの例では、方法は：（ａ）被験体から得られた皮膚サンプルから核酸を単離する工程であって、皮膚サンプルが（例えば、角質層からの細胞を含む）、工程と；（ｂ）プローブのセットに、単離された核酸を接触させることによって、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、ＣＣＬ５、またはこれらの組み合わせの発現レベルを検出する工程であって、プローブのセットが、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、ＣＣＬ５、またはこれらの組み合わせを認識し、および、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、ＣＣＬ５、またはこれらの組み合わせとプローブのセットとの間の結合を検出する、工程を含む。
いくつかの実施形態では、方法は、遺伝子分類：ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、およびＣＣＬ５からの２以上、３以上、４以上、または５以上の遺伝子の発現レベルを検出する工程を含む。場合によっては、方法は、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、およびＣＣＬ５の発現レベルを検出する工程を含む。場合によっては、方法は、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、およびＩＦＮＲ２の発現レベルを検出する工程を含む。場合によっては、方法は、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、およびＩＦＮＲ１の発現レベルを検出する工程を含む。場合によっては、方法は、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、およびＩＦＮＡ４の発現レベルを検出する工程を含む。場合によっては、方法は、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ４、およびＣＣＬ５の発現レベルを検出する工程を含む。
いくつかの例では、発現レベルはアップレギュレートされた遺伝子発現レベルである。いくつかの例では、発現レベルは、対照サンプルからの同等の遺伝子の遺伝子発現レベルと比較して、アップレギュレートされた遺伝子発現レベルである。場合によっては、対照サンプルは正常な皮膚サンプルである。場合によっては、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、ＣＣＬ５、またはこれらの組み合わせの遺伝子発現レベルがアップレギュレートされる。いくつかの例では、アップレギュレートされた遺伝子発現レベルは、ループス病変を含む皮膚の領域で生じる。
いくつかの例では、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、またはＣＣＬ５の遺伝子発現レベルは、少なくとも１倍、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍、１００倍、１１０倍、１２０倍、１３０倍、１５０倍、２００倍、３００倍、５００倍、またはそれ以上増加する。場合によっては、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、またはＣＣＬ５の遺伝子発現レベルは、少なくとも１０倍増加する。場合によっては、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、またはＣＣＬ５の遺伝子発現レベルは、少なくとも２０倍増加する。場合によっては、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、またはＣＣＬ５の遺伝子発現レベルは、少なくとも３０倍増加する。場合によっては、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、またはＣＣＬ５の遺伝子発現レベルは、少なくとも４０倍増加する。場合によっては、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、またはＣＣＬ５の遺伝子発現レベルは、少なくとも５０倍増加する。場合によっては、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、またはＣＣＬ５の遺伝子発現レベルは、少なくとも８０倍増加する。場合によっては、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、またはＣＣＬ５の遺伝子発現レベルは、少なくとも１００倍増加する。場合によっては、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、またはＣＣＬ５の遺伝子発現レベルは、少なくとも１３０倍増加する。場合によっては、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、またはＣＣＬ５の遺伝子発現レベルは、少なくとも１５０倍増加する。場合によっては、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、またはＣＣＬ５の遺伝子発現レベルは、少なくとも２００倍増加する。場合によっては、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、またはＣＣＬ５の遺伝子発現レベルは、少なくとも３００倍増加する。場合によっては、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、またはＣＣＬ５の遺伝子発現レベルは、少なくとも５００倍増加する。場合によっては、増加した遺伝子発現レベルは、対照サンプルからの同等の遺伝子の遺伝子発現レベルと比較される。場合によっては、対照サンプルは正常な皮膚サンプルである。いくつかの例では、アップレギュレートされた遺伝子発現レベルは、ループス病変を含む皮膚の領域で生じる。
場合によっては、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、またはＣＣＬ５の遺伝子発現レベルは、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、またはそれ以上増加する。場合によっては、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、またはＣＣＬ５の遺伝子発現レベルは、少なくとも１０％増加する。場合によっては、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、またはＣＣＬ５の遺伝子発現レベルは、少なくとも２０％増加する。場合によっては、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、またはＣＣＬ５の遺伝子発現レベルは、少なくとも３０％増加する。場合によっては、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、またはＣＣＬ５の遺伝子発現レベルは、少なくとも４０％増加する。場合によっては、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、またはＣＣＬ５の遺伝子発現レベルは、少なくとも５０％増加する。場合によっては、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、またはＣＣＬ５の遺伝子発現レベルは、少なくとも８０％増加する。場合によっては、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、またはＣＣＬ５の遺伝子発現レベルは、少なくとも９０％増加する。場合によっては、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、またはＣＣＬ５の遺伝子発現レベルは、少なくとも１００％増加する。場合によっては、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、またはＣＣＬ５の遺伝子発現レベルは、少なくとも１５０％増加する。場合によっては、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、またはＣＣＬ５の遺伝子発現レベルは、少なくとも２００％増加する。場合によっては、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、またはＣＣＬ５の遺伝子発現レベルは、少なくとも３００％増加する。場合によっては、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、またはＣＣＬ５の遺伝子発現レベルは、少なくとも５００％増加する。場合によっては、減少した遺伝子発現レベルは、対照サンプルからの同等の遺伝子の遺伝子発現レベルと比較される。場合によっては、対照サンプルは正常な皮膚サンプルである。いくつかの例では、アップレギュレートされた遺伝子発現レベルは、アトピー性皮膚炎を含む皮膚の領域で生じる。
いくつかの実施形態では、プローブのセットは、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、またはＣＣＬ５から選択された１つ以上６つ以下の遺伝子を認識する。場合によっては、プローブのセットは、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、およびＩＦＮＡ４を認識する。場合によっては、プローブのセットは、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、およびＣＣＬ５を認識する。場合によっては、プローブのセットは、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ４、およびＩＦＮＲ２を認識する。場合によっては、プローブのセットは、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＲ１、およびＣＣＬ５を認識する。
いくつかの実施形態では、方法は、インターフェロンベータ１（ＩＦＮＢ１）、インターフェロンイプシロン（ＩＦＮＥ）、インターフェロンオメガ１（ＩＦＮＷ１）、アデノシンデアミナーゼ、ＲＮＡ特異的（ＡＤＡＲ）、テトラトリコペプチドリピートを有するインターフェロン誘導タンパク質（ＩＦＩＴ）、タンパク質のインターフェロン誘導性ｐ２００ファミリー（ＩＦＩ）、インターフェロン調節因子（ＩＲＦ）、２’－５’－オリゴアダデニル酸合成酵素１（ＯＡＳ１）、インターロイキン１受容体関連キナーゼ１（ＩＲＡＫ１）、ＴＮＦα誘導タンパク質３（ＴＮＦＡＩＰ３）、オートファジー関連５（ＡＴＧ５）、チロシンキナーゼ２（ＴＹＫ２）、シグナル伝達性転写因子４（ＳＴＡＴ４）、オステオポンチン（ＯＰＮ）、ケラチン（ＫＲＴ）、またはこれらの組み合わせの発現レベルを検出する工程を含む。場合によっては、検出する工程は、プローブの追加セットに、単離された核酸を接触させることであって、プローブの追加セットが、ＩＦＮＢ１、ＩＦＮＥ、ＩＦＮＷ１、ＡＤＡＲ、ＩＦＩＴ、ＩＦＩ、ＩＲＦ、ＯＡＳ１、ＩＲＡＫ１、ＴＮＦＡＩＰ３、ＡＴＧ５、ＴＹＫ２、ＳＴＡＴ４、ＯＰＮ、ＫＲＴ、またはこれらの組み合わせを認識することを含む。
場合によっては、プローブの追加のセットは１以上１０以下の遺伝子を認識する。場合によっては、プローブの追加のセットは、ＩＦＮＢ１、ＩＦＮＥ、ＩＦＮＷ１、ＡＤＡＲ、ＩＦＩＴ、ＩＦＩ、ＩＲＦ、ＯＡＳ１、ＩＲＡＫ１、ＴＮＦＡＩＰ３、ＡＴＧ５、ＴＹＫ２、ＳＴＡＴ４、ＯＰＮ、およびＫＲＴから選択される、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５の遺伝子を認識する。
場合によっては、ＩＦＮＢ１、ＩＦＮＥ、ＩＦＮＷ１、ＡＤＡＲ、ＩＦＩＴ、ＩＦＩ、ＩＲＦ、ＯＡＳ１、ＩＲＡＫ１、ＴＮＦＡＩＰ３、ＡＴＧ５、ＴＹＫ２、ＳＴＡＴ４、ＯＰＮ、およびＫＲＴから選択された１つ以上の遺伝子の発現レベルは、上昇された遺伝子発現レベルである。そのような場合、遺伝子発現レベルは、少なくとも１倍、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍、１００倍、１１０倍、１２０倍、１３０倍、１５０倍、２００倍、３００倍、５００倍、またはそれ以上、上昇する。いくつかの例では、遺伝子発現レベルは、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、またはそれ以上、上昇する。いくつかの例では、発現レベルは、対照サンプルからの同等の遺伝子の遺伝子発現レベルと比較される。いくつかの例では、対照サンプルは正常な皮膚サンプルである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載された方法は、エリテマトーデスに罹患した皮膚領域を検出する工程を含む。場合によっては、エリテマトーデスに罹患した皮膚領域を約１週間、２週間、３週間、１ヶ月含む、２ヶ月、６ヶ月、またはそれ以上モニタリングする方法も本明細書に記載される。
いくつかの例では、方法は、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、ＣＣＬ５、またはこれらの組み合わせの遺伝子発現レベルを検出する際、少なくともまたは約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％を超える改善された特異性を有する。いくつかの実施形態では、特異性は、ＩＦＮＢ１、ＩＦＮＥ、ＩＦＮＷ１、ＡＤＡＲ、ＩＦＩＴ、ＩＦＩ、ＩＲＦ、ＯＡＳ１、ＩＲＡＫ１、ＴＮＦＡＩＰ３、ＡＴＧ５、ＴＹＫ２、ＳＴＡＴ４、ＯＰＮ、ＫＲＴ、またはこれらの組み合わせの遺伝子発現レベルを検出する際、少なくともまたは約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％を超える。
場合によっては、方法はさらに改善された感度を有する。いくつかの実施形態において、感度は、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、ＣＣＬ５、またはこれらの組み合わせの遺伝子発現レベルを検出する際、少なくともまたは約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％を超える。場合によっては、感度は、ＩＦＮＢ１、ＩＦＮＥ、ＩＦＮＷ１、ＡＤＡＲ、ＩＦＩＴ、ＩＦＩ、ＩＲＦ、ＯＡＳ１、ＩＲＡＫ１、ＴＮＦＡＩＰ３、ＡＴＧ５、ＴＹＫ２、ＳＴＡＴ４、ＯＰＮ、ＫＲＴ、またはこれらの組み合わせの遺伝子発現レベルを検出する際、少なくともまたは約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％を超える。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載された方法は、被験体において、第１の遺伝子分類と第２の遺伝子分類から遺伝子発現レベルを検出する工程を含み、（ａ）被験体から得られた皮膚サンプルから核酸を単離することであって、皮膚サンプルが（例えば、角質層からの細胞を含む）、ことと；（ｂ）プローブのセットに、単離された核酸を接触させることによって、第１の遺伝子分類：ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、およびＣＣＬ５から１つ以上の遺伝子の発現レベルを検出することであって、プローブのセットが、第１の遺伝子分類からの１以上の遺伝子を認識し、および、第１の遺伝子分類からの１以上の遺伝子とプローブのセットとの間の結合を検出する、ことと：（ｃ）プローブの追加のセットに、単離された核酸を接触させることによって、第２の遺伝子分類：ＩＦＮＢ１、ＩＦＮＥ、ＩＦＮＷ１、ＡＤＡＲ、ＩＦＩＴ、ＩＦＩ、ＩＲＦ、ＯＡＳ１、ＩＲＡＫ１、ＴＮＦＡＩＰ３、ＡＴＧ５、ＴＹＫ２、ＳＴＡＴ４、ＯＰＮ、およびＫＲＴから１つ以上の遺伝子の発現レベルを検出することであって、プローブの追加のセットが、第２の遺伝子分類からの１つ以上の遺伝子を認識し、および、第２の遺伝子分類からの１つ以上の遺伝子とプローブの追加のセットとの間の結合を検出する、ことを含む。
現在のループスの処置形態は、寛解を達成するための導入療法と、再発を防ぐための長期維持療法に焦点が当てられている。皮膚型の疾患の管理には、抗マラリア薬、ダプソン、レチノイド、コルチコステロイド、免疫抑制薬、またはサリドマイドによる処置が含まれる。いくつかの実施例では、動物性ヒドロキシクロロキンは、発火を減少させ、病気の長期的な管理を助けることが示されてきた。最近の研究では、ヤヌスキナーゼ阻害剤（Ｊａｋｉｎｉｂｓ）がマウスの疾患症状の改善に有効であることが示されている（Ｍｏｋ， ＣＣ， Ｅｘｐｅｒｔ Ｏｐｉｎ Ｉｎｖｅｓｔｉｇ Ｄｒｕｇｓ． ２０１９ Ｊａｎ；２８（１）：８５－９２）。
本明細書に記載される非侵襲的な方法により、ループスを有すると判定された被験体を処置するための方法が本明細書で提供される。本明細書に記載されるループスを処置するための方法に含まれる組成物としては、限定されないが、抗マラリア薬、ダプソン、レチノイド、コルチコステロイド、免疫抑制薬、サリドマイド、ヤヌスキナーゼ阻害剤、バリシチニブ、またはこれらの任意の組み合わせが挙げられる。場合によっては、ループスの処置のための本明細書に記載される方法に含まれる組成物は、抗マラリア薬を含む。場合によっては、ループスの処置のための本明細書に記載される方法に含まれる組成物は、ダプソンを含む。場合によっては、ループスの処置のための本明細書に記載される方法に含まれる組成物は、レチノイドを含む。場合によっては、ループスの処置のための本明細書に記載される方法に含まれる組成物は、コルチコステロイドを含む。場合によっては、ループスの処置のための本明細書に記載される方法に含まれる組成物は、免疫抑制薬を含む。場合によっては、ループスの処置のための本明細書に記載される方法に含まれる組成物は、サリドマイドを含む。場合によっては、ループスの処置のための本明細書に記載される方法に含まれる組成物は、ヤヌスキナーゼ阻害剤を含む。場合によっては、ループスの処置のための本明細書に記載される方法に含まれる組成物は、バリシチニブを含む。
場合によっては、抗マラリア薬はヒドロキシクロロキンである。場合によっては、抗マラリア薬はキナクリンである。場合によっては、抗マラリア薬はクロロキンである。
場合によっては、免疫抑制薬はメトトレキセートである。場合によっては、免疫抑制薬はアザチオプリンである。
診断ツールと診断方法
いくつかの実施形態では、１つ以上の遺伝子は一組のプローブにより検出される。いくつかの実施形態では、前記一組のプローブは、少なくともまたは約１、２、３、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、または３０より多くのプローブを含む。いくつかの実施形態では、前記一組のプローブは約６のプローブを含む。いくつかの実施形態では、前記一組のプローブは約７のプローブを含む。いくつかの実施形態では、前記一組のプローブは約８のプローブを含む。いくつかの実施形態では、前記一組のプローブは約９のプローブを含む。いくつかの実施形態では、前記一組のプローブは約１０のプローブを含む。いくつかの実施形態では、前記一組のプローブは約１３のプローブを含む。いくつかの実施形態では、前記一組のプローブは約１５のプローブを含む。いくつかの実施形態では、前記一組のプローブは約２０のプローブを含む。
いくつかの実施形態では、前記一組のプローブは１つ以上のプライマー対を含む。いくつかの実施形態では、プライマー対の数は、少なくともまたは約１、２、３、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、または３０より多くのプライマー対である。いくつかの実施形態では、前記プライマー対の数は約８のプライマーである。いくつかの実施形態では、前記プライマー対の数は約９のプライマーである。いくつかの実施形態では、前記プライマー対の数は約１０のプライマーである。
いくつかの実施形態では、前記一組のプローブ中のプローブは標識される。いくつかの実施形態では、１つ以上のプローブは、放射標識、蛍光標識、酵素、化学発光タグ、比色定量タグ、アフィニティータグ、またはその他当技術分野で既知の標識またはタグにより標識される。
典型的なアフィニティータグとして、ビオチン、脱硫ビオチン、ヒスチジン、ポリヒスチジン、ｍｙｃ、赤血球凝集素（ＨＡ）、ＦＬＡＧ、グルタチオンＳトランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、またはそれらの誘導体が挙げられるがこれらに限定されるものではない。いくつかの実施形態では、前記アフィニティータグはアビジン、ストレプトアビジン、ニッケル、またはグルタチオンにより認識される。
いくつかの実施形態では、前記蛍光標識は、フルオロフォア、蛍光タンパク質、蛍光ペプチド、量子ドット、蛍光色素、蛍光体、またはそれらの変形や組み合わせである。
典型的なフルオロフォアとして、Ａｌｅｘａ－Ｆｌｕｏｒ色素（例えばＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）３５０、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）４０５、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）４３０、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）４８８、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５００、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５１４、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５３２、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５４６、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５５５、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５６８、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５９４、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）６１０、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）６３３、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）６４７、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）６６０、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）６８０、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）７００、およびＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）７５０）、ＡＰＣ、Ｃａｓｃａｄｅ Ｂｌｕｅ、Ｃａｓｃａｄｅ Ｙｅｌｌｏｗ ａｎｄ Ｒ－ｐｈｙｃｏｅｒｙｔｈｒｉｎ（ＰＥ）、ＤｙＬｉｇｈｔ ４０５、ＤｙＬｉｇｈｔ ４８８、ＤｙＬｉｇｈｔ ５５０、ＤｙＬｉｇｈｔ ６５０、ＤｙＬｉｇｈｔ ６８０、ＤｙＬｉｇｈｔ ７５５、ＤｙＬｉｇｈｔ ８００、ＦＩＴＣ、Ｐａｃｉｆｉｃ Ｂｌｕｅ、ＰｅｒＣＰ、ローダミン、ならびにＴｅｘａｓ Ｒｅｄ、Ｃｙ５、Ｃｙ５．５、Ｃｙ７が挙げられるが、これらに限定されるものではない。
蛍光ペプチドの例として、ＧＦＰ（緑色蛍光タンパク質）またはＧＦＰの誘導体（例えばＥＢＦＰ、ＥＢＦＰ２、Ａｚｕｒｉｔｅ、ｍＫａｌａｍａ１、ＥＣＦＰ、Ｃｅｒｕｌｅａｎ、ＣｙＰｅｔ、ＹＦＰ、Ｃｉｔｒｉｎｅ、Ｖｅｎｕｓ、およびＹｐｅｔ）が挙げられる。
蛍光色素の例として、キサンテン（例えばローダミン、ロドール、およびフルオレセイン、ならびにそれらの誘導体）；ビマン；クマリンおよびその誘導体（例えばウンベリフェロンおよびアミノメチルクマリン）；芳香族アミン（例えばダンシル；スクアリン酸染料）；ベンゾフラン；蛍光シアニン；インドカルボシアニン；カルバゾール；ジシアノメチレン・ピラン；ポリメチン；オキサベンゾアントラン（ｏｘａｂｅｎｚａｎｔｈｒａｎｅ）；キサンテン；ピリリウム；カルボスチル（ｃａｒｂｏｓｔｙｌ）；ペリレン；アクリドン；キナクリドン；ルブレン；アントラセン；コロネン；フェナントレセン（ｐｈｅｎａｎｔｈｒｅｃｅｎｅ）；ピレン；ブタジエン；スチルベン；ポルフィリン；フタロシアニン；ランタニド金属キレート錯体；希土類金属キレート錯体；ならびにそのような色素の誘導体が挙げられる。いくつかの実施形態では、フルオレセイン色素は、５－カルボキシフルオレセイン、フルオレセイン－５－イソチオシアネート、フルオレセイン－６－イソチオシアネート、および６－カルボキシフルオレセインであるがこれらに限定されるものではない。いくつかの実施形態では、ローダミン色素は、テトラメチルローダミン－６－イソチオシアネート、５－カルボキシテトラメチルローダミン、５－カルボキシロドール誘導体、テトラメチルおよびテトラエチルローダミン、ジフェニルジメチルおよびジフェニルジエチルローダミン、ジナフチルローダミン、ならびにローダミン１０１スルホニルクロリド（ＴＥＸＡＳ ＲＥＤ（登録商標）の商品名で販売）であるがこれらに限定されるものではない。いくつかの実施形態では、シアニン色素は、Ｃｙ３、Ｃｙ３Ｂ、Ｃｙ３．５、Ｃｙ５、Ｃｙ５．５、Ｃｙ７、ＩＲＤＹＥ６８０、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ ７５０、ＩＲＤｙｅ８００ＣＷ、またはＩＣＧである。
いくつかの実施形態では、ＩＬ－１３、ＴＳＬＰ、ＩＬ－３１、またはそれらの組み合わせの遺伝子発現レベルはＰＣＲを使用して測定される。ＰＣＲ技術の例として、量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）、シングルセルＰＣＲ、ＰＣＲ－ＲＦＬＰ、デジタルＰＣＲ（ｄＰＣＲ）、ドロップレットデジタルＰＣＲ（ｄｄＰＣＲ）、シングルマーカーｑＰＣＲ、ホットスタートＰＣＲ、およびネステッドＰＣＲが挙げられるが、これらに限定されるものではない。
いくつかの実施形態では、ＩＬ－１３Ｒ、ＩＬ－４Ｒ、ＩＬ－１７、ＩＬ－２２、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、Ｓ１００Ａ７、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、ＣＣＬ１７、ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２６、ＣＣＬ２７、ＮＯＳ２、またはそれらの組み合わせの遺伝子発現レベルは、ＰＣＲを使用して測定される。ＰＣＲ技術の例として、量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）、シングルセルＰＣＲ、ＰＣＲ－ＲＦＬＰ、デジタルＰＣＲ（ｄＰＣＲ）、ドロップレットデジタルＰＣＲ（ｄｄＰＣＲ）、シングルマーカーｑＰＣＲ、ホットスタートＰＣＲ、およびネステッドＰＣＲが挙げられるが、これらに限定されるものではない。
いくつかの実施形態では、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、ＤＥＦＢ４Ａ、またはそれらの組み合わせの遺伝子発現レベルはＰＣＲを使用して測定される。ＰＣＲ技術の例として、量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）、シングルセルＰＣＲ、ＰＣＲ－ＲＦＬＰ、デジタルＰＣＲ（ｄＰＣＲ）、ドロップレットデジタルＰＣＲ（ｄｄＰＣＲ）、シングルマーカーｑＰＣＲ、ホットスタートＰＣＲ、およびネステッドＰＣＲが挙げられるが、これらに限定されるものではない。
いくつかの実施形態では、ＩＬ－１７Ｃ、Ｓ１００Ａ７、ＩＬ－１７ＲＡ、ＩＬ－１７ＲＣ、ＩＬ－２３Ａ、ＩＬ－２２、ＩＬ－６、ＩＬ－２４、ＩＬ－６、ＣＸＣＬ１、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－３１、ＩＬ－３３、ＴＮＦα、ＬＣＮ２、ＣＣＬ２０、およびＴＮＦＲＳＦ１Ａ、またはそれらの組み合わせの遺伝子発現レベルは、ＰＣＲを使用して測定される。ＰＣＲ技術の例として、量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）、シングルセルＰＣＲ、ＰＣＲ－ＲＦＬＰ、デジタルＰＣＲ（ｄＰＣＲ）、ドロップレットデジタルＰＣＲ（ｄｄＰＣＲ）、シングルマーカーｑＰＣＲ、ホットスタートＰＣＲ、およびネステッドＰＣＲが挙げられるが、これらに限定されるものではない。
いくつかの実施形態では、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＲ１、ＩＦＮＲ２、ＣＣＬ５、またはそれらの組み合わせの遺伝子発現レベルはＰＣＲを使用して測定される。ＰＣＲ技術の例として、量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）、シングルセルＰＣＲ、ＰＣＲ－ＲＦＬＰ、デジタルＰＣＲ（ｄＰＣＲ）、ドロップレットデジタルＰＣＲ（ｄｄＰＣＲ）、シングルマーカーｑＰＣＲ、ホットスタートＰＣＲ、およびネステッドＰＣＲが挙げられるが、これらに限定されるものではない。
いくつかの実施形態では、ＩＦＮＢ１、ＩＦＮＥ、ＩＦＮＷ１、ＡＤＡＲ、ＩＦＩＴ、ＩＦＩ、ＩＲＦ、ＯＡＳ１、ＩＲＡＫ１、ＴＮＦＡＩＰ３、ＡＴＧ５、ＴＹＫ２、ＳＴＡＴ４、ＯＰＮ、ＫＲＴ、またはそれらの組み合わせの遺伝子発現レベルは、ＰＣＲを使用して測定される。ＰＣＲ技術の例として、量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）、シングルセルＰＣＲ、ＰＣＲ－ＲＦＬＰ、デジタルＰＣＲ（ｄＰＣＲ）、ドロップレットデジタルＰＣＲ（ｄｄＰＣＲ）、シングルマーカーｑＰＣＲ、ホットスタートＰＣＲ、およびネステッドＰＣＲが挙げられるが、これらに限定されるものではない。
いくつかの実施形態では、発現レベルはｑＰＣＲを使用して測定される。いくつかの実施形態では、ｑＰＣＲは蛍光色素または蛍光プローブの使用を含む。いくつかの実施形態では、蛍光色素は挿入色素（ｉｎｔｅｒｃａｌａｔｉｎｇ ｄｙｅ）である。挿入色素の例として、ＳＹＢＲグリーンＩ、ＳＹＢＲグリーンＩＩ、ＳＹＢＲゴールド、臭化エチジウム、メチレンブルー、ピロニンＹ、ＤＡＰＩ、アクリジンオレンジ、Ｂｌｕｅ Ｖｉｅｗ、またはフィコエリトリンが挙げられるがこれらに限定されるものではない。いくつかの実施形態では、ｑＰＣＲは、１より多くの蛍光プローブの使用を含む。いくつかの実施形態では、この１より多くの蛍光プローブの使用により多重化が可能になる。例えば、様々な非古典的変異体は、様々な蛍光プローブへハイブリダイズされ、シングルｑＰＣＲ反応で検出することができる。
皮膚採取キットの構成要素
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるサンプル採取キットの粘着パッチは、粘着マトリクスを含む第１の採取領域と、該第１の採取領域の周囲から延在する第２の領域とを備えている。粘着マトリクスは第１の採取領域の皮膚対向面に位置する。第２の領域はタブとして機能し、粘着パッチの適用と取り外しに適している。このタブの大きさは、皮膚表面に粘着パッチを適用する間に、適用者が第１の採取領域のマトリクス材料に接触しないほど十分なものである。いくつかの実施形態では、粘着パッチは第２の領域タブを備えていない。いくつかの例では、粘着パッチは、使用前に接着マトリックスの汚染を減らすために手袋で取り扱われる。
いくつかの実施形態では、第１の採取領域はポリウレタン・キャリア・フィルムである。いくつかの実施形態では、粘着マトリクスは合成ゴム化合物で構成される。いくつかの実施形態では、接着マトリックスは、スチレン－イソプレン－スチレン（ＳＩＳ）線形ブロックコポリマー化合物である。いくつかの例では、粘着パッチはラテックス、シリコーン、またはその両方を含んでいない。いくつかの例では、粘着パッチは、第１の採取領域に液体溶剤混合物として接着剤を塗布し、続いて溶剤を除去することにより製造される。
マトリクス材料は皮膚サンプルに付着するほどの粘着性を持つ。マトリクス材料は、傷跡を残し、出血し、または除去が困難なほどの粘着性を持たない。いくつかの実施形態では、マトリクス材料は透過性材料で構成される。いくつかの例では、マトリクス材料は生体適合性である。いくつかの例では、マトリクス材料は除去後に皮膚表面上に残余部分を残さない。ある例では、マトリクス材料は皮膚刺激薬ではない。
いくつかの実施形態では、粘着パッチは可撓性材料を含んでおり、これによりパッチを適用後に皮膚表面の形状に合わせることができる。いくつかの例では、少なくとも第１の採取領域が可撓性である。いくつかの例では、タブはプラスチックである。例示的な例では、粘着パッチはラテックス、シリコーン、またはその両方を含んでいない。いくつかの実施形態では、粘着パッチは透過性材料で製造されており、そうすることで、皮膚表面に粘着パッチを適用した後に被験体の皮膚サンプリング領域を視認できる。この透過性により、サンプリングされる皮膚領域を含む所望の皮膚領域に粘着パッチを確実に適用することができる。いくつかの実施形態では、粘着パッチの長さは約５～約１００ｍｍである。いくつかの実施形態では、第１の採取領域の長さは約５～約４０ｍｍである。いくつかの実施形態では、第１の採取領域の長さは約１０～約２０ｍｍである。いくつかの実施形態では、第１の採取領域の長さは、サンプリングされる皮膚表面の領域を収容するように構成されており、その長さは約１９ｍｍ、約２０ｍｍ、約２１ｍｍ、約２２ｍｍ、約２３ｍｍ、約２４ｍｍ、約２５ｍｍ、約３０ｍｍ、約３５ｍｍ、約４０ｍｍ、約４５ｍｍ、約５０ｍｍ、約５５ｍｍ、約６０ｍｍ、約６５ｍｍ、約７０ｍｍ、約７５ｍｍ、約８０ｍｍ、約８５ｍｍ、約９０ｍｍ、および約１００ｍｍであるがこれらに限定されるものではない。いくつかの実施形態では、第１の採取領域は楕円形である。
さらなる実施形態では、本発明の粘着パッチは、接着皮膚サンプル採取キット中の剥離可能なシートに設けられる。いくつかの実施形態では、剥離可能なシートに設けられるパッチは、少なくとも６か月、少なくとも１年、少なくとも２年、少なくとも３年、および少なくとも４年間にわたり－８０℃～３０℃の温度で安定するように構成される。いくつかの例では、剥離可能なシートは、三つ折り式（ｔｒｉ－ｆｏｌｄ）皮膚サンプル採取装置のパネルである。
いくつかの例では、核酸は、一定期間または特定温度で保管したときに粘着パッチの上で安定している。いくつかの例では、この一定期間は少なくともまたは約１日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、２週間、３週間、４週間、または４週間を超える。いくつかの例では、前記一定期間は約７日である。いくつかの例では、前記一定期間は約１０日である。いくつかの例では、前記温度は少なくともまたは約－８０℃、－７０℃、－６０℃、－５０℃、－４０℃、－２０℃、－１０℃、－４℃、０℃、５℃、１５℃、１８℃、２０℃、２５℃、３０℃、３５℃、４０℃、４５℃、５０℃、または５０℃より高い。粘着パッチ上の核酸は、いくつかの実施形態では、本明細書に記載される任意の一定期間にわたり、本明細書に記載される任意の特定温度で保管される。例えば、粘着パッチ上の核酸は、約２５℃で少なくともあるいは約７日間、約３０℃で７日間、約４０℃で７日間、約５０℃で７日間、約６０℃で７日間、または約７０℃で７日間保管される。いくつかの例では、粘着パッチ上の核酸は、約－８０℃で少なくともまたは約１０日間保管される。
剥離可能なシートは、ある実施形態では複数の粘着パッチを保持するように構成されており、粘着パッチの数は１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、１、約２～約８，約２～約７、約２～約６、約２～約４、約３～約６、約３～約８、約４～約１０、約４～約８、約４～約６、約４～約５、約６～約１０、約６～約８、または約４～約８であるが、これらに限定されるものではない。いくつかの例では、剥離可能なシートは約１２の粘着パッチを保持するように構成される。いくつかの例では、剥離可能なシートは約１１の粘着パッチを保持するように構成される。いくつかの例では、剥離可能なシートは約１０の粘着パッチを保持するように構成される。いくつかの例では、剥離可能なシートは約９の粘着パッチを保持するように構成される。いくつかの例では、剥離可能なシートは約８の粘着パッチを保持するように構成される。いくつかの例では、剥離可能なシートは約７の粘着パッチを保持するように構成される。いくつかの例では、剥離可能なシートは約６の粘着パッチを保持するように構成される。いくつかの例では、剥離可能なシートは約５の粘着パッチを保持するように構成される。いくつかの例では、剥離可能なシートは約４の粘着パッチを保持するように構成される。いくつかの例では、剥離可能なシートは約３の粘着パッチを保持するように構成される。いくつかの例では、剥離可能なシートは約２の粘着パッチを保持するように構成される。いくつかの例では、剥離可能なシートは約１の粘着パッチを保持するように構成される。
本明細書のある実施形態では、粘着パッチを用いてサンプルを得るための方法と組成物が提供され、前記粘着パッチは皮膚に適用され、かつ皮膚から取り外される。使用した粘着パッチを皮膚表面から取り外した後、いくつかの例では、パッチを剥がす方法はさらに、使用したパッチを配置領域シート上に保管する工程を含み、前記パッチは、皮膚サンプルが単離またはその他の方法で利用されるまで残っている。いくつかの例では、使用されたパッチは、－８０℃～３０℃の温度で少なくとも１週間、配置領域シート上に保管されるように構成される。いくつかの実施形態では、使用されたパッチは、－８０℃～３０℃の温度で少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも１か月、少なくとも２か月、少なくとも３か月、少なくとも４か月、少なくとも５か月、および少なくとも６か月間、配置領域シート上に保管されるように構成される。
いくつかの例では、配置領域シートは取り外し可能な内張りを備えているが、この場合、配置領域シート上に使用済みパッチを保管する前に取り外し可能な内張りが取り外される。いくつかの例では、この配置領域シートは、複数の粘着パッチを保持するように構成されており、粘着パッチの数は１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、１、約２～約８，約２～約７、約２～約６、約２～約４、約３～約６、約３～約８、約４～約１０、約４～約８、約４～約６、約４～約５、約６～約１０、約６～約８、または約４～約８であるが、これらに限定されるものではない。いくつかの例では、配置領域シートは約１２の粘着パッチを保持するように構成される。いくつかの例では、配置領域シートは約１１の粘着パッチを保持するように構成される。いくつかの例では、配置領域シートは約１０の粘着パッチを保持するように構成される。いくつかの例では、配置領域シートは約９の粘着パッチを保持するように構成される。いくつかの例では、配置領域シートは約８の粘着パッチを保持するように構成される。いくつかの例では、配置領域シートは約７の粘着パッチを保持するように構成される。いくつかの例では、配置領域シートは約６の粘着パッチを保持するように構成される。いくつかの例では、配置領域シートは約５の粘着パッチを保持するように構成される。いくつかの例では、配置領域シートは約４の粘着パッチを保持するように構成される。いくつかの例では、配置領域シートは約３の粘着パッチを保持するように構成される。いくつかの例では、配置領域シートは約２の粘着パッチを保持するように構成される。いくつかの例では、配置領域シートは約１の粘着パッチを保持するように構成される。
使用済みパッチは、いくつかの例では、使用済みパッチのマトリクス接触・皮膚対向面が配置領域シートに接触するように保管される。いくつかの例では、配置領域シートは、三つ折り式皮膚サンプル採取装置のパネルである。いくつかの例では、三つ折り式皮膚サンプル採取装置はさらに透明パネルを備えている。いくつかの例では、三つ折り式皮膚サンプル採取装置は、被験体に割り当てられる固有のバーコードで標識される。いくつかの例では、三つ折り式皮膚サンプル採取装置は、被験体情報の標識のための領域を含む。
例示的な実施形態では、接着皮膚サンプル採取キットは、剥離可能なパネル上に保管される粘着パッチを備えた三つ折り式皮膚サンプル採取装置を備えている。いくつかの例では、三つ折り式皮膚サンプル採取装置はさらに、取り外し可能な内張りを備えた配置領域パネルを備えている。いくつかの例では、パッチを剥がす方法は、三つ折り式皮膚サンプル採取装置の剥離可能なパネルから粘着パッチを取り外する工程と、粘着パッチを皮膚サンプルに適用する工程と、皮膚サンプルを含む使用済み粘着パッチを取り外する工程と、配置領域シート上に使用済みパッチを配する工程とを含む。いくつかの例では、配置領域パネルは単一の配置領域パネルシートである。いくつかの例では、採取した皮膚サンプルの同一性は、三つ折り式皮膚サンプル採取装置または配置領域パネルシート上のバーコードまたは印刷患者情報を使用して、前記採取装置または配置領域にインデクシングされる。いくつかの例では、インデクシングされた三つ折り式皮膚サンプル採取装置または配置シートは、診断研究所に送られて処理される。いくつかの例では、使用済みパッチは、－８０℃～２５℃の温度で少なくとも１週間、配置パネル上に保管されるように構成される。いくつかの実施形態では、使用済みパッチは、－８０℃～２５℃の温度で少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも１か月、少なくとも２か月、少なくとも３か月、少なくとも４か月、少なくとも５か月、および少なくとも６か月間、配置領域パネル上に保管されるように構成される。いくつかの実施形態では、インデクシングされた皮膚サンプル採取装置または配置シートは、ＵＰＳまたはＦｅｄＥｘを使用して診断研究所に送られる。
典型的な実施形態では、パッチを剥がす方法はさらに、粘着パッチの適用前に皮膚サンプルを調製する工程を含む。皮膚サンプルの調製として、皮膚表面上の毛髪の除去、皮膚表面の清浄、および／または皮膚表面の乾燥が挙げられるが、これらに限定されるものではない。いくつかの例では、皮膚表面は、アルコール、第四級アンモニウム化合物、過酸化物、クロルヘキシジン、ハロゲン化フェノール誘導体、およびキノロン誘導体が挙げられるがこれらに限定されない防腐剤により清浄される。いくつかの例では、アルコールは、約０～約２０％、約２０～約４０％、約４０～約６０％、約６０～約８０％、または約８０～約１００％のイソプロピルアルコールである。いくつかの例では、防腐剤は７０％のイソプロピルアルコールである。
いくつかの実施形態では、パッチを剥がす方法は、顔、頭部、頚部、腕、胸、腹部、背中、脚、手、または足を含むがこれらに限定されない表面から皮膚サンプルを採取するために使用される。いくつかの例では、皮膚表面は粘膜上に存在しない。いくつかの例では、皮膚表面は潰瘍化されず、出血していない。ある例では、皮膚表面は以前に生検を実施されていない。ある例では、皮膚表面は、足底または手のひらに存在しない。
本明細書に記載されるパッチを剥がす方法、デバイス、およびシステムは、皮膚病変から皮膚サンプルを採取するのに有用である。皮膚病変は、周囲の皮膚と異なる外観または成長が見られる皮膚の一部である。いくつかの例では、皮膚病変は染色される。染色病変として、黒あざ、暗く着色された皮膚のスポット、およびメラニン含有皮膚領域が挙げられる。いくつかの実施形態では、皮膚病変の直径は約５ｍｍ～約１６ｍｍである。いくつかの例では、皮膚病変の直径は、約５ｍｍ～約１５ｍｍ、約５ｍｍ～約１４ｍｍ、約５ｍｍ～約１３ｍｍ、約５ｍｍ～約１２ｍｍ、約５ｍｍ～約１１ｍｍ、約５ｍｍ～約１０ｍｍ、約５ｍｍ～約９ｍｍ、約５ｍｍ～約８ｍｍ、約５ｍｍ～約７ｍｍ、約５ｍｍ～約６ｍｍ、約６ｍｍ～約１５ｍｍ、約７ｍｍ～約１５ｍｍ、約８ｍｍ～約１５ｍｍ、約９ｍｍ～約１５ｍｍ、約１０ｍｍ～約１５ｍｍ、約１１ｍｍ～約１５ｍｍ、約１２ｍｍ～約１５ｍｍ、約１３ｍｍ～約１５ｍｍ、約１４ｍｍ～約１５ｍｍ、約６～約１４ｍｍ、約７～約１３ｍｍ、約８～約１２ｍｍ、および約９～約１１ｍｍである。いくつかの実施形態では、皮膚病変の直径は、約１０ｍｍ～約２０ｍｍ、約２０ｍｍ～約３０ｍｍ、約３０ｍｍ～約４０ｍｍ、約４０ｍｍ～約５０ｍｍ、約５０ｍｍ～約６０ｍｍ、約６０ｍｍ～約７０ｍｍ、約７０ｍｍ～約８０ｍｍ、約８０ｍｍ～約９０ｍｍ、および約９０ｍｍ～約１００ｍｍである。いくつかの例では、前記直径は皮膚病変の最長直径である。いくつかの例では、前記直径は皮膚病変の最短直径である。
接着皮膚サンプル採取キットは、いくつかの実施形態では、少なくとも１つの粘着パッチ、サンプル採取装置、およびシートを使用するための指示書を備えている。典型的な実施形態において、サンプル採取装置は、少なくとも１つの粘着パッチを備えた剥離可能なパネルと、取り外し可能な内張りを備えた配置領域パネルと、透明パネルとを備えている三つ折り式皮膚サンプル採取装置である。三つ折り式皮膚サンプル採取装置はさらに、いくつかの例では、患者情報を転写するためのバーコードおよび／または領域を備えている。いくつかの例では、接着皮膚サンプル採取キットは、複数の粘着パッチを含むように構成されており、粘着パッチの数は１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、１、約２～約８，約２～約７、約２～約６、約２～約４、約３～約６、約３～約８、約４～約１０、約４～約８、約４～約６、約４～約５、約６～約１０、約６～約８、または約４～約８であるが、これらに限定されるものではない。シートを使用するための指示書は、パッチを剥がす方法を実行するのに必要な情報すべてをキットの操作者に提供する。シートを使用するための指示書は、パッチを剥がす方法を説明するイラストを含むのが好ましい。
いくつかの例では、接着皮膚サンプル採取キットは、パッチを剥がす方法を実行するのに必要な要素をすべて提供する。いくつかの実施形態では、接着皮膚サンプル採取キットは、患者を保護するための研究所要求文書（ｌａｂ ｒｅｑｕｉｓｉｔｉｏｎ ｆｏｒｍ）を備えている。いくつかの例では、キットは付属要素をさらに備えている。付属要素として、マーカー、再密封可能なビニール袋、グローブ、およびクレンジング試薬が挙げられるが、これらに限定されるものではない。クレンジング試薬としてイソプロピルアルコールなどの消毒薬が挙げられるが、これに限定されるものではない。いくつかの例では、皮膚サンプル採取キットの構成要素はダンボール箱に入れて提供される。
細胞材料とサンプル処理
本明細書に提供される方法とデバイスは、ある実施形態では、有効または十分な量の皮膚サンプルなどの組織が粘着パッチの粘着マトリクスに付着するような方法で、皮膚に粘着パッチまたはその他同様のパッチを適用する工程を含む。例えば、皮膚サンプルの有効または十分な量は、マトリクスまたは粘着パッチなどの材料に移動可能に付着する量である。付着された皮膚サンプルは、ある実施形態では核酸を含む細胞物質を含んでいる。いくつかの例では、核酸はＲＮＡまたはＤＮＡである。有効な量の皮膚サンプルは、診断アッセイの実行に十分な量の細胞材料を含んでいる。いくつかの例では、診断アッセイは、使用済み粘着パッチに付着された皮膚サンプルから単離される細胞材料を使用して実行される。いくつかの例では、診断アッセイは、使用済み粘着パッチに付着された細胞材料に実行される。いくつかの実施形態では、有効量の皮膚サンプルは、遺伝子発現解析の実行に十分な量のＲＮＡを含む。十分な量のＲＮＡは、ピコグラム、ナノグラム、マイクログラムの各量を含むが、これらに限定されるものではない。
いくつかの例では、核酸は、ＲＮＡ分子または断片化ＲＮＡ分子（ＲＮＡフラグメント）である。いくつかの例では、ＲＮＡは、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、ｐｒｅ－ｍｉＲＮＡ、ｐｒｉ－ｍｉＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｐｒｅ－ｍＲＮＡ、ウイルスＲＮＡ、ウイロイドＲＮＡ、ウイルソイドＲＮＡ、環状ＲＮＡ（ｃｉｒｃＲＮＡ）、リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）、転移ＲＮＡ（ｔＲＮＡ）、ｐｒｅ－ｔＲＮＡ、長鎖ノンコーディングＲＮＡ（ｌｎｃＲＮＡ）、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）、循環ＲＮＡ、無細胞ＲＮＡ、エキソソームＲＮＡ、ベクター発現ＲＮＡ、ＲＮＡ転写物、合成ＲＮＡ、またはそれらの組み合わせである。いくつかの例では、ＲＮＡはｍＲＮＡである。いくつかの例では、ＲＮＡは無細胞循環ＲＮＡである。
いくつかの例では、核酸はＤＮＡである。ＤＮＡとして、ゲノムＤＮＡ、ウイルスＤＮＡ、ミトコンドリアＤＮＡ、プラスミドＤＮＡ、増幅ＤＮＡ、環状ＤＮＡ、循環ＤＮＡ、無細胞ＤＮＡ、またはエキソソームＤＮＡが挙げられるが、これらに限定されるものではない。いくつかの例では、前記ＤＮＡは、一本鎖ＤＮＡ（ｓｓＤＮＡ）、二本鎖ＤＮＡ、変性二本鎖ＤＮＡ、合成ＤＮＡ、およびそれらの組み合わせである。いくつかの例では、ＤＮＡはゲノムＤＮＡである。いくつかの例では、ＤＮＡは無細胞循環ＤＮＡである。
さらなる実施形態では、付着された皮膚サンプルは、少なくとも約１ピコグラムの量でＲＮＡまたはＤＮＡなどの核酸を含む細胞材料を含んでいる。いくつかの実施形態では、細胞材料の量は約１ナノグラム以下である。さらなるまたは付加的な実施形態では、細胞材料の量は約１マイクログラム以下である。またさらなるまたは付加的な実施形態では、細胞材料の量は約１グラム以下である。
さらなるまたは付加的な実施形態では、細胞材料の量は約１ピコグラム～約１グラムである。さらなるまたは付加的な実施形態では、細胞材料は、約５０マイクログラム～約１グラム、約１００ピコグラム～約５００マイクログラム、約５００ピコグラム～約１００マイクログラム、約７５０ピコグラム～約１マイクログラム、約１ナノグラム～約７５０ナノグラム、または約１ナノグラム～約５００ナノグラムの量を含む。付加的な実施形態では、細胞材料は、約５０ピコグラム～約１マイクログラム、約１００ピコグラム～約５００ピコグラム、約２００ピコグラム～約５００ピコグラム、約５００ピコグラム～約１ナノグラム、約５００ピコグラム～約５００ナノグラム、または約１ナノグラム～約５００ナノグラムの量を含む。
さらなるまたは付加的な実施形態では、ＲＮＡまたはＤＮＡなどの核酸を含む細胞材料の量は、約５０マイクログラム～約５００マイクログラム、約１００マイクログラム～約４５０マイクログラム、約１００マイクログラム～約３５０マイクログラム、約１００マイクログラム～約３００マイクログラム、約１２０マイクログラム～約２５０マイクログラム、約１５０マイクログラム～約２００マイクログラムに、約５００ナノグラム～約５ナノグラム、約４００ナノグラム～約１０ナノグラム、約２００ナノグラム～約１５ナノグラム、約１００ナノグラム～約２０ナノグラム、約５０ナノグラム～約１０ナノグラム、または約５０ナノグラム～約２５ナノグラムの量を含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡまたはＤＮＡなどの核酸を含む細胞材料の量は、約１マイクログラム、約１００ピコグラム～約５００ピコグラム、約２００ピコグラム～約５００ピコグラム、約５００ピコグラム～約１ナノグラム、約５００ピコグラム～約５００ナノグラム、または約１ナノグラム～約５００ナノグラムの量を含む。
さらなるまたは付加的な実施形態では、ＲＮＡまたはＤＮＡなどの核酸を含む細胞材料の量は、約１グラム未満、約５００マイクログラム未満、約４９０マイクログラム未満、約４８０マイクログラム未満、約４７０マイクログラム未満、約４６０マイクログラム未満、約４５０マイクログラム未満、約４４０マイクログラム未満、約４３０マイクログラム未満、約４２０マイクログラム未満、約４１０マイクログラム未満、約４００マイクログラム未満、約３９０マイクログラム未満、約３８０マイクログラム未満、約３７０マイクログラム未満、約３６０マイクログラム未満、約３５０マイクログラム未満、約３４０マイクログラム未満、約３３０マイクログラム未満、約３２０マイクログラム未満、約３１０マイクログラム未満、約３００マイクログラム未満、約２９０マイクログラム未満、約２８０マイクログラム未満、約２７０マイクログラム未満、約２６０マイクログラム未満、約２５０マイクログラム未満、約２４０マイクログラム未満、約２３０マイクログラム未満、約２２０マイクログラム未満、約２１０マイクログラム未満、約２００マイクログラム未満、約１９０マイクログラム未満、約１８０マイクログラム未満、約１７０マイクログラム未満、約１６０マイクログラム未満、約１５０マイクログラム未満、約１４０マイクログラム未満、約１３０マイクログラム未満、約１２０マイクログラム未満、約１１０マイクログラム未満、約１００マイクログラム未満、約９０マイクログラム未満、約８０マイクログラム未満、約７０マイクログラム未満、約６０マイクログラム未満、約５０マイクログラム未満、約２０マイクログラム未満、約１０マイクログラム未満、約５マイクログラム未満、約１マイクログラム未満、約７５０ナノグラム未満、約５００ナノグラム未満、約２５０ナノグラム未満、約１５０ナノグラム未満、約１００ナノグラム未満、約５０ナノグラム未満、約２５ナノグラム未満、約１５ナノグラム未満、約１ナノグラム未満、約７５０ピコグラム未満、約５００ピコグラム未満、約２５０ピコグラム未満、約１００ピコグラム未満、約５０ピコグラム未満、約２５ピコグラム未満、約１５ピコグラム未満、または約１ピコグラム未満である。
いくつかの実施形態では、採取された皮膚サンプルから単離されたＲＮＡは、例えば標的遺伝子を富化するためのＰＣＲによる増幅のために、ｃＤＮＡへと逆転写される。これら標的遺伝子の発現レベルは、遺伝子発現検査で量的ＰＣＲにより定量される。いくつかの例では、量的ＰＣＲと組み合わせてコンピュータ上で実行されるソフトウェアプログラムを利用し、採取した皮膚サンプルから単離したＲＮＡを定量する。いくつかの例では、このソフトウェアプログラムまたはモジュールは、皮膚サンプルから遺伝子発現シグネチャまでＲＮＡの量を関連づけるために利用され、前記遺伝子発現シグネチャは皮膚癌などの疾患に関連する。いくつかの実施形態では、前記ソフトウェアプログラムまたはモジュールは、遺伝子発現レベルに基づいてサンプルをスコアリングする。いくつかの実施形態では、統計的有意差が遺伝子発現シグネチャと疾患との間にあるかどうか断定するために、サンプル・スコアは参考見本スコアと比較される。
いくつかの例では、皮膚の層は表皮、真皮、または下皮を含む。表皮の外部層は角質層であり、その後に淡明層、果粒層、有棘層、および基底層が続く。いくつかの例では、皮膚サンプルは表皮層から得られる。場合によっては、皮膚サンプルは角質層から得られる。いくつかの例では、皮膚サンプルは真皮から得られる。
いくつかの例では、角質層由来の細胞が得られ、該細胞は角化細胞を含む。場合によっては、黒色素細胞は皮膚サンプルから得られない。
生体サンプルから核酸を抽出した後、いくつかの例では核酸がさらに精製される。いくつかの例では、前記核酸はＲＮＡである。いくつかの例では、前記核酸はＤＮＡである。いくつかの例では、前記ＲＮＡはヒトＲＮＡである。いくつかの例では、前記ＤＮＡはヒトＤＮＡである。いくつかの例では、前記ＲＮＡは微生物ＲＮＡである。いくつかの例では、前記ＤＮＡは微生物ＤＮＡである。いくつかの例では、ヒト核酸および微生物核酸は、同じ生体サンプルから精製される。いくつかの例では、核酸は、核酸精製スキームに基づいてカラムまたはレジンを用いて精製される。いくつかの例では、この技術は、核酸を制限するための表面積を含む支持部（ｓｕｐｐｏｒｔ）を利用する。いくつかの例では、前記支持部はガラス、シリカ、ラテックス、または高分子材料で作られている。いくつかの例では、前記支持部は球状ビーズを含む。
核酸を単離する方法は、ある実施形態では、球状ビーズを使用する工程を含む。いくつかの例では、前記ビーズは、核酸を単離するための材料を含む。ビーズを使用して核酸を単離するための典型的な材料として、ガラス、シリカ、ラテックス、および高分子材料が挙げられるが、これらに限定されるものではない。いくつかの例では、前記ビーズは磁性である。いくつかの例では、前記ビーズはシリカコーティングされる。いくつかの例では、前記ビーズはシリカコーティングされた磁気ビーズである。いくつかの例では、球状ビーズの直径は、少なくともまたは約０．５ｕｍ、１ｕｍ、１．５ｕｍ、２ｕｍ、２．５ｕｍ、３ｕｍ、３．５ｕｍ、４ｕｍ、４．５ｕｍ、５ｕｍ、５．５ｕｍ、６ｕｍ、６．５ｕｍ、７ｕｍ、７．５ｕｍ、８ｕｍ ８．５ｕｍ、９ｕｍ ９．５ｕｍ、１０ｕｍ、または１０ｕｍより大きい。
場合によっては、本明細書に記載される方法を使用して得られる核酸産物の収量は、約５００ピコグラム以上、約６００ピコグラム以上、約１０００ピコグラム以上、約２０００ピコグラム以上、約３０００ピコグラム以上、約４０００ピコグラム以上、約５０００ピコグラム以上、約６０００ピコグラム以上、約７０００ピコグラム以上、約８０００ピコグラム以上、約９０００ピコグラム以上、約１００００ピコグラム以上、約２００００ピコグラム以上、約３００００ピコグラム以上、約４００００ピコグラム以上、約５００００ピコグラム以上、約６００００ピコグラム以上、約７００００ピコグラム以上、約８００００ピコグラム以上、約９００００ピコグラム以上、または約１０００００ピコグラム以上である。
場合によっては、本明細書に記載される方法を使用して得られる核酸産物の収量は、約１００ピコグラム、５００ピコグラム、６００ピコグラム、７００ピコグラム、８００ピコグラム、９００ピコグラム、１ナノグラム、５ナノグラム、１０ナノグラム、１５ナノグラム、２０ナノグラム、２１ナノグラム、２２ナノグラム、２３ナノグラム、２４ナノグラム、２５ナノグラム、２６ナノグラム、２７ナノグラム、２８ナノグラム、２９ナノグラム、３０ナノグラム、３５ナノグラム、４０ナノグラム、５０ナノグラム、６０ナノグラム、７０ナノグラム、８０ナノグラム、９０ナノグラム、１００ナノグラム、５００ナノグラム、またはそれ以上である。
場合によっては、本明細書に記載される方法は、１０％未満、８％未満、５％未満、２％未満、１％未満、または０．５％未満のサンプル間の産物収量変動をもたらす。
場合によっては、本明細書に記載される方法は、核酸産物の実質的に均質な集団を提供する。
場合によっては、本明細書に記載される方法は、３０％未満、２５％未満、２０％未満、１５％未満、１０％未満、８％未満、５％、２％未満、１％未満、または０．５％未満の不純物をもたらす。
いくつかの例では、抽出後に核酸は保管される。いくつかの例では、核酸は水、トリス緩衝液、またはトリスＥＤＴＡ緩衝液に保管されてから、分析される。いくつかの例では、この保管は８℃未満で行われる。いくつかの例では、この保管は４℃未満で行われる。ある実施形態では、この保管は０℃未満で行われる。いくつかの例では、この保管は－２０℃未満で行われる。ある実施形態では、この保管は－７０℃未満で行われる。いくつかの例では、核酸は、約１、２、３、４、５、６、または７日間保管される。いくつかの例では、核酸は、約１、２、３、または４週間保管される。いくつかの例では、核酸は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２か月間保管される。
いくつかの例では、本明細書に記載される方法を使用して単離された核酸は、単離および精製後に増幅反応にかけられる。いくつかの例では、増幅される核酸は、ヒトＲＮＡおよびヒト微生物ＲＮＡを含むがこれらに限定されないＲＮＡである。いくつかの例では、増幅される核酸は、ヒトＤＮＡおよびヒト微生物ＤＮＡを含むがこれらに限定されないＤＮＡである。非限定的な増幅反応として、量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）、自家持続配列複製、転写増幅システム、Ｑβレプリカーゼ、ローリングサークル複製、または当該技術分野で既知の他のあらゆる核酸増幅が挙げられるが、これらに限定されるものではない。いくつかの例では、この増幅反応はＰＣＲである。いくつかの例では、この増幅反応はｑＰＣＲなど量的なものである。
本明細書には、生体サンプルから単離された核酸から対象の１つ以上の遺伝子の発現レベルを検出する方法が提供される。いくつかの例では、発現レベルは増幅反応後に検出される。いくつかの例では、前記核酸はＲＮＡである。いくつかの例では、前記ＲＮＡはヒトＲＮＡである。いくつかの例では、前記ＲＮＡは微生物ＲＮＡである。いくつかの例では、前記核酸はＤＮＡである。いくつかの例では、前記ＤＮＡはヒトＤＮＡである。いくつかの例では、前記ＤＮＡは微生物ＤＮＡである。いくつかの例では、前記発現レベルはＰＣＲを使用して求められる。いくつかの例では、前記発現レベルレベルはｑＰＣＲを使用して求められる。いくつかの例では、前記発現レベルはマイクロアレイを使用して求められる。いくつかの例では、前記発現レベルはシーケンシングにより求められる。
特定の用語
別段の定めのない限り、本明細書で使用される技術用語と科学用語はすべて、主張される発明特定事項が属する当該技術分野の当業者により一般に理解されるのと同じ意味を持つ。詳細な記載は例示的かつ説明的なものに過ぎず、主張される発明特定事項を制限するものではないことを理解されたい。本出願では、単数形の使用は、特に別記しない限り複数を含む。本明細書で使用されるように、単数形「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」は、文脈が明確に定めていない限り、複数の指示対象を含む。本出願では、「または」の使用は、特に明記しない限り「および／または」を意味する。さらに、用語「含むこと（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」の使用は、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」、および「含まれる（ｉｎｃｌｕｄｅｄ）」といった他の形態と同じく、制限はない。
本発明の様々な特徴は単一の実施形態の文脈に記載されてもよいが、それらの特徴は個別に、または任意の適切な組み合わせで提供されてもよい。反対に、本発明は明確性のために別個の実施形態の観点から本明細書に記載されてもよいが、本発明は単一の実施形態でも実施されてもよい。
本明細書における「いくつかの実施形態」、「実施形態」、「一実施形態」、または「他の実施形態」への言及は、その実施形態と関連して記載される特定の特徴、構造、または特性が、本発明の少なくともいくつかの実施形態に含まれるが、必ずしもすべての実施形態には含まれていないことを意味する。
本明細書で使用されるように、範囲および量は、「およその（ａｂｏｕｔ）」特定の値または範囲として表すことができる。「約」は正確な量も含んでいる。したがって、「約５μＬ」は、「約５μＬ」と「５μＬ」も意味する。全体として用語「約」は、実験誤差内にあると予想される量を含んでいる。
本明細書に使用されるセクションの見出しは、単に構成上の目的のためであり、記載される主題を制限すると解釈されるものではない。
本明細書で使用されるように、用語「個体」、「被験体」、および「患者」は任意の哺乳動物を意味する。いくつかの実施形態では、前記哺乳動物はヒトである。いくつかの実施形態では、哺乳動物はヒトではない。いかなる用語も、保健従事者（例えば、医師、正看護師、臨床看護師、医師助手、看護助手、またはホスピスの職員）の監督（例えば、常時または断続的）を特徴とする状況には制限されない。
マーカー
Ｃ－Ｃモチーフケモカインリガンド２０（ＣＣＬ２０）は小型誘導性（ｓｍａｌｌ Ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ）サイトカインサブファミリーＡ（Ｃｙｓ－Ｃｙｓ）、メンバー２０、ＭＩＰ３Ａ、またはＳＴ３８としても知られるとともに、小型サイトカインＣＣ遺伝子のファミリーのメンバーであり、それらの産物は２つの隣接するシステインを特徴とする。ＣＣＬ２０は、骨髄性前駆細胞（ｐｒｏｇｅｎｉｔｏｒ）の増殖を抑制できる、リンパ球に対する走化性活性を持つタンパク質をコードする。いくつかの例では、ＣＣＬ２０は遺伝子ＩＤ：６３６４を有する。
Ｃ－Ｘ－Ｃモチーフケモカインリガンド１（ＣＸＣＬ１）はケモカイン（Ｃ－Ｘ－Ｃモチーフ）リガンド１、線維芽細胞分泌タンパク質、またはＧＲＯ１として知られるとともに、ケモカインのＣＸＣサブファミリー中のタンパク質をコードする。ＣＸＣＬ１は、Ｇタンパク質結合受容体、ＣＸＣ受容体２を介してシグナル伝達を行う、分泌された成長因子をコードする。いくつかの例では、ＣＸＣＬ１は遺伝子ＩＤ：２９１９を有する。
Ｃ－Ｘ－Ｃモチーフケモカインリガンド５（ＣＸＣＬ５）は小型誘導性サイトカインサブファミリーＢ（Ｃｙｓ－Ｘ－Ｃｙｓ）、メンバー５、ＥＮＡ－７８、またはＳＣＹＢ５としても知られるとともに、ケモカインのＣＸＣサブファミリー中のタンパク質をコードする。コードされたタンパク質は、Ｇタンパク質結合受容体ケモカイン（Ｃ－Ｘ－Ｃモチーフ）受容体２に結合すると好中球を動員し、血管新生を促進し、結合組織を作り変えると提唱されている。いくつかの例では、ＣＸＣＬ５は遺伝子ＩＤ：６３７４を有する。
デフェンシンβ４Ａ（ＤＥＦＢ４Ａ）はデフェンシンβ４、ＨＢＤ－２、またはＳＡＰ１としても知られるとともに、好中球により作られた殺菌性および細胞毒性ペプチドのファミリーの一部である。コードされたタンパク質、デフェンシン、β４は、炎症により局所的に調節される抗菌性ペプチドである。いくつかの例では、ＤＥＦＢ４Ａは遺伝子ＩＤ：１６７３を有する。
インターフェロンγ（ＩＦＮ－γ）はＩＦＮ－γすなわち免疫インターフェロンとしても知られるとともに、ＩＩ型インターフェロンクラスの一部である。コードされたタンパク質は、インターフェロンγ受容体に結合するとウイルス感染症および微生物感染症への細胞応答を誘発するホモ二量体である。いくつかの例では、ＩＦＮＧは遺伝子ＩＤ：３４５８を有する。
インターロイキン１７Ａ（ＩＬ－１７Ａ）はＩＬ－１７、ＣＴＬＡ－８、または細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質８としても知られるとともに、活性化Ｔ細胞により産生される炎症促進性サイトカインである。このサイトカインは、ＮＦ－κＢおよび分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼの活性を調節し、ＩＬ６およびシクロオキシゲナーゼ－２（ＰＴＧＳ２／ＣＯＸ－２）の発現を刺激するほか、一酸化窒素（ＮＯ）の産生を向上させることができる。いくつかの例では、ＩＬ－１７Ａは遺伝子ＩＤ：３６０５を有する。
インターロイキン１７Ｃ（ＩＬ－１７Ｃ）はサイトカインＣＸ２としても知られるとともに、ＩＬ１７との配列類似性を共有するＴ細胞由来のサイトカインである。このサイトカインは、単球細胞株から腫瘍壊死因子αおよびインターロイキン１βを放つ。このサイトカインの発現は活性化Ｔ細胞に制限される。いくつかの例では、ＩＬ－１７Ｃは遺伝子ＩＤ：２７１８９を有する。
インターロイキン１７Ｆ（ＩＬ－１７Ｆ）はサイトカインＭＬ－１またはＣＡＮＤＦ６としても知られるとともに、ＩＬ１７との配列類似性を共有するサイトカインである。このサイトカインは活性化Ｔ細胞により発現され、ＩＬ６、ＩＬ８、およびＣＳＦ２／ＧＭ＿ＣＳＦを含む他の様々なサイトカインの産生を刺激する。このサイトカインはまた、内皮細胞の血管新生を阻害し、内皮細胞を誘導してＩＬ２、ＴＧＦＢ１／ＴＧＦＢ、および単球走化性タンパク質－１を産生する。いくつかの例では、ＩＬ－１７Ｆは遺伝子ＩＤ：１１２７４４を有する。
インターロイキン１７受容体Ａ（ＩＬ－１７ＲＡ）はＣＤｗ２１７またはＩＬ１７Ｒとしても知られるとともに、活性化されたＴリンパ球により分泌される炎症性サイトカインである。これは、ＣＤ３４陽性造血前駆体の好中球への成熟に対する強力な誘導物質である。この遺伝子（インターロイキン１７Ａ受容体；ＩＬ１７ＲＡ）によりコードされた膜貫通タンパク質は、インターロイキン１７Ａへの低親和性で結合する遍在性のＩ型膜糖タンパク質である。インターロイキン１７Ａおよびその受容体は、関節リウマチなどの多くの炎症性疾患および自己免疫疾患において病原的な役割を果たす。いくつかの例では、ＩＬ－１７ＲＡは遺伝子ＩＤ：２３７６５を有する。
インターロイキン１７受容体Ｃ（ＩＬ－１７ＲＣ）はＺｃｙｔｏＲ１４、ＩＬ１７Ｒｈｏｍ、インターロイキン－１７受容体様タンパク質、またはＣＡＮＤＦ９としても知られるとともに、インターロイキン－１７受容体（ＩＬ－１７ＲＡ）との類似性を共有する単回（ｓｉｎｇｌｅ－ｐａｓｓ）Ｉ型膜タンパク質をコードする。このタンパク質は非造血組織に発現され、同様の親和性でＩＬ－１７ＡおよびＩＬ－１７Ｆの両方に結合する。異なるアイソフォームをコードする代替的にスプライシングされた複数の転写変異体はこの遺伝子に検出されており、膜貫通ドメインおよび細胞内を欠いた可溶性の分泌タンパク質は、サイトカインシグナル伝達の細胞外アンタゴニストとして機能することもある。いくつかの例では、ＩＬ－１７ＲＣは遺伝子ＩＤ：８４８１８を有する。
インターロイキン２２（ＩＬ－２２）はサイトカインＺｃｙｔｏ１８、ＩＬ－ＴＩＦ、ＩＬ－Ｄ１１０、またはＴＩＦａとしても知られるとともに、細胞炎症反応を誘発するサイトカインのＩＬ１０ファミリーのメンバーである。コードされたタンパク質は、粘膜表面での抗菌的な防御、および組織修復において機能する。このタンパク質はまた、炎症促進性特性を有しており、様々な腸疾患の病因において役割を果たす。いくつかの例では、ＩＬ－２２は遺伝子ＩＤ：５０６１６を有する。
インターロイキン２３サブユニットα（ＩＬ－２３Ａ）はＩＬ－２３、ＳＧＲＦ、またはＰ１９としても知られるとともに、ヘテロ二量体サイトカインインターロイキン２３（ＩＬ２３）のサブユニットをコードする。ＩＬ２３は、このタンパク質と、インターロイキン１２（ＩＬ１２Ｂ）のｐ４０サブユニットとで構成される。ＩＬ２３の受容体は、ＩＬ１２（ＩＬ１２ＲＢ１）のβ１サブユニット、およびＩＬ２３の特異的なサブユニットＩＬ２３Ｒにより形成される。ＩＬ２３およびＩＬ１２の両方は、転写活性化因子ＳＴＡＴ４を活性化し、インターフェロンγ（ＩＦＮＧ）の産生を刺激することができる。主としてナイーブなＣＤ４（＋）Ｔ細胞に作用するＩＬ１２とは対照的に、ＩＬ２３は、優先的に記憶ＣＤ４（＋）Ｔ細胞に作用する。いくつかの例では、ＩＬ－２３Ａは遺伝子ＩＤ：５１５６１を有する。
インターロイキン２４（ＩＬ－２４）はＳＴ１６、ＭＤＡ７、ＩＬ１０Ｂ、またはＣ４９Ａとしても知られるとともに、サイトカインのＩＬ１０ファミリーのメンバーをコードする。これは、黒色腫細胞における末端分化中に誘導される遺伝子として同定される。この遺伝子によりコードされるタンパク質は、様々な癌細胞にアポトーシスを選択的に誘導することができる。この遺伝子の過剰発現により様々なＧＡＤＤファミリー遺伝子の発現が上昇する。このことはアポトーシスの誘導と関連する。分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ１４（ＭＡＰＫ７／Ｐ３８）、および熱ショック２７ｋＤａタンパク質１（ＨＳＰＢ２／ＨＳＰ２７）のリン酸化は、正常な不死黒色素細胞ではなく、黒色腫細胞中のこの遺伝子によって誘導されることが分かっている。いくつかの例では、ＩＬ－２４は遺伝子ＩＤ：１１００９を有する。
インターロイキン２６（ＩＬ－２６）はＡＫ１５５としても知られるとともに、ヘルペスウイルス・サイミリで形質転換されたＴ細胞における特異的な過剰発現により同定された。コードされたタンパク質は、サイトカインのＩＬ１０ファミリーのメンバーである。これは分泌タンパク質であり、ホモ二量体として機能する場合がある。このタンパク質は、ヘルペスウイルス・サイミリによる感染後にＴ細胞の形質転換表現型に起因すると考えられる。いくつかの例では、ＩＬ－２６は遺伝子ＩＤ：５５８０１を有する。
インターロイキン３１（ＩＬ－３１）はＩＬ－３１としても知られ、主に活性化Ｔｈ２型Ｔ細胞により作られるとともに、上皮細胞および角化細胞上で構成的に発現されるＩＬ３１ＲＡ（ＭＩＭ ６０９５１０）およびＯＳＭＲ（ＭＩＭ ６０１７４３）から成るヘテロ二量体受容体と相互に作用する。ＩＬ３１は、アレルギー性皮膚病の促進、および喘息などのその他アレルギー性疾患の調節に関係する場合がある。いくつかの例では、ＩＬ－３１は遺伝子ＩＤ：３８６６５３を有する。
インターロイキン３３（ＩＬ－３３）はＤＶＳ２７関連タンパク質、Ｃ９ｏｒｆ２６、ＩＬ１Ｆ１１、またはＮＦＥＨＥＶとしても知られるとともに、ＩＬ１ＲＬ１／ＳＴ２受容体に結合するサイトカインであるタンパク質をコードする。コードされたタンパク質は、Ｔｈ２細胞の成熟、ならびに肥満細胞、好塩基性細胞、好酸球、およびナチュラルキラー細胞の活性化に関係する。異なるアイソフォームをコードする様々な転写変異体が、この遺伝子に見出されている。いくつかの例では、ＩＬ－３３は遺伝子ＩＤ：９０８６５を有する。
インターロイキン５（ＩＬ－５）は好酸球分化因子、Ｔ細胞置換因子、Ｂ細胞分化因子Ｉ、ＴＲＦ、またはＥＤＦとしても知られるとともに、Ｂ細胞と好酸球両方に対する成長因子および分化因子として作用するサイトカインをコードする。コードされたサイトカインは、好酸球形成、成熟、動員、および生存の調節において重要な役割を果たす。このサイトカインの産生増加は、好酸球依存性炎症性疾患の病因に関連する場合がある。このサイトカインは、ヘテロ二量体である受容体に結合することで機能する。前記ヘテロ二量体のβサブユニットは、インターロイキン３（ＩＬ３）およびコロニー刺激因子２（ＣＳＦ２／ＧＭ－ＣＳＦ）の受容体と共有される。いくつかの例では、ＩＬ－５は遺伝子ＩＤ：３５６７を有する。
インターロイキン６（ＩＬ－６）はＢ細胞刺激因子２、ＣＴＬ分化因子、ハイブリドーマ成長因子、またはＩＦＮβ－２としても知られるとともに、炎症およびＢ細胞の成熟に機能するサイトカインをコードする。加えて、コードされたタンパク質は、自己免疫疾患または感染症を患う被験体に熱を引き起こし得る内因発熱因子である。このタンパク質はまず急性慢性炎症の部位にて産生され、そこでは、タンパク質は血清へと分泌され、インターロイキン６受容体αを介して転写炎症反応を誘導する。この遺伝子の機能は、真性糖尿病および全身性若年性関節リウマチに対する感度を含む、種々様々な炎症関連疾患状態に関与する。いくつかの例では、ＩＬ－６は遺伝子ＩＤ：３５６９を有する。
インターロイキン８（ＩＬ－８）はＣＸＣモチーフケモカインリガンド８、ＧＣＰ－１、またはＮＡＰ－１としても知られるとともに、ＣＸＣケモカインファミリーのメンバーおよび炎症反応の主要媒介物質であるタンパク質をコードする。コードされたタンパク質はまず好中球により分泌され、そこでは、タンパク質は感染症部位に好中球を誘導することにより白血球遊走因子として機能する。このケモカインは強力な血管新生因子でもある。この遺伝子は、毛細気管支炎、すなわちウイルス感染により引き起こされる一般的な呼吸器疾患の病因において役割を果たすと考えられる。いくつかの例では、ＩＬ－８は遺伝子ＩＤ：３５７６を有する。
リポカリン２（ＬＣＮ２）はＮＧＡＬ、Ｐ２５、または２４ｐ３としても知られるとともに、リポカリンファミリーに属するタンパク質をコードする。このファミリーのメンバーは、脂質、ステロイドホルモン、およびレチノイドなどの疎水性小分子を運ぶ。この遺伝子によりコードされるタンパク質は好中球ゼラチナーゼ関連リポカリンであり、鉄含有ヘモジデリン貧食細胞の捕捉の結果として細菌増殖を制限することにより自然免疫において役割を果たす。いくつかの例では、ＬＣＮ２は遺伝子ＩＤ：３９３４を有する。
Ｓ１００カルシウム結合タンパク質Ａ７（Ｓ１００Ａ７）はＰＳＯＲ１またはＰｓｏｒｉａｓｉｎとしても知られるとともに、２つのＥＦハンドカルシウム結合モチーフを含むタンパク質のＳ１００ファミリーのメンバーであるタンパク質をコードする。Ｓ１００タンパク質は、広範囲の細胞の細胞質および／または核に局在化され、かつ細胞周期の進行や分化などの多数の細胞プロセスの調節に関与する。このタンパク質は、過剰増殖性皮膚病で過剰発現され、細菌に対する抗菌活性を示し、免疫修飾物質活性を誘導する。いくつかの例では、Ｓ１００Ａ７は遺伝子ＩＤ：６２７８を有する。
Ｓ１００カルシウム結合タンパク質Ａ９（Ｓ１００Ａ９）はＭＲＰ－１４、ＣＡＧＢ、またはＬ１ＡＧとしても知られるとともに、２つのＥＦハンドカルシウム結合モチーフを含むタンパク質のＳ１００ファミリーのメンバーであるタンパク質をコードする。Ｓ１００タンパク質は、広範囲の細胞の細胞質および／または核に局在化され、かつ細胞周期の進行や分化などの多数の細胞プロセスの調節に関与する。Ｓ１００遺伝子は、クラスターとして染色体１ｑ２１に位置する少なくとも１３のメンバーを含む。この抗菌性タンパク質は抗真菌活性と抗菌活性を呈する。いくつかの例では、Ｓ１００Ａ９は遺伝子ＩＤ：６２８０を有する。
腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）はＴＮＦα、カケクチン、またはＤＩＦとしても知られるとともに、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）スーパーファミリーに属する多機能性炎症促進性サイトカインをコードする。このサイトカインは主としてマクロファージにより分泌される。前記サイトカインは、その受容体ＴＮＦＲＳＦ１Ａ／ＴＮＦＲ１およびＴＮＦＲＳＦ１Ｂ／ＴＮＦＢＲに結合し、かつ前記受容体を介して機能する。このサイトカインは、細胞増殖、分化、アポトーシス、脂質代謝、および凝結を含む生物学的プロセスの広域スペクトルの調節に関係する。このサイトカインは、自己免疫疾患、インスリン抵抗性、および癌を含む様々な疾患に関与している。いくつかの例では、ＴＮＦは遺伝子ＩＤ：７１２４を有する。
ＴＮＦ受容体スーパーファミリーメンバー１Ａ（ＴＮＦ ＲＳＦ１Ａ）はＴＮＦ－Ｒ１、Ｐ５５、Ｐ６０、またはＣＤ１２０ａの各抗原としても知られるとともに、タンパク質のＴＮＦ受容体スーパーファミリーのメンバーをコードする。コードされた受容体は、そのリガンドである腫瘍壊死因子αの膜結合型形態および可溶性形態それぞれと相互作用する、膜結合型形態および可溶性形態に見出される。膜結合型受容体への膜結合型腫瘍壊死因子αの結合は、受容体の三量体化および活性化を誘導する。これらは細胞生存、アポトーシス、および炎症において役割を果たす。コードされた受容体のタンパク質分解処理の結果、受容体の可溶性形態が放出される。これは遊離腫瘍壊死因子αと相互作用して炎症を阻害することができる。この遺伝子の突然変異はさらに、ヒト患者の多発性硬化症に関連する場合がある。いくつかの例では、ＴＮＦＲＳＦ１Ａは遺伝子ＩＤ：７１３２を有する。
胸腺間質性リンホポエチン（ＴＳＬＰ）は胸腺間質性リンホポエチン受容体およびＩＬ－７Ｒα鎖で構成されるヘテロ二量体受容体複合体を介してシグナルに提供される造血サイトカインをコードする。ＴＳＬＰは主として骨髄性細胞に影響を及ぼし、単球からＴ細胞誘引（ａｔｔｒａｃｔｉｎｇ）ケモカインの放出を誘導して、ＣＤ１１ｃ（＋）樹状細胞の成熟を増強する。タンパク質は、喘息、アレルギー性炎症、および慢性閉塞性肺疾患を含む様々な炎症性疾患における免疫性に関連するＴヘルパー２型（ＴＨ２）細胞応答を促進する。いくつかの例では、ＴＳＬＰは遺伝子ＩＤ：８５４８０を有する。
Ｃ－Ｃモチーフケモカインリガンド１７（ＣＣＬ１７）は小型誘導性サイトカインＡ１７、ＴＡＲＣ、またはＡＢＣＤ－２としても知られるとともに、染色体１６のｑアームに対してクラスターとなった様々なＣｙｓ－Ｃｙｓ（ＣＣ）サイトカイン遺伝子の１つである。ＣＣサイトカインは、２つの隣接するシステインを特徴とするタンパク質である。この遺伝子によりコードされるサイトカインは、単球または顆粒球ではなく、Ｔリンパ球に対して走化性活性を示す。この遺伝子産物はケモカイン受容体ＣＣＲ４およびＣＣＲ８に結合する。このケモカインは、胸腺でのＴ細胞発達のほか、成熟Ｔ細胞の輸送と活性化においても重要な役割を果たす。いくつかの例では、ＴＳＬＰは遺伝子ＩＤ：８５４８０を有する。
Ｃ－Ｃモチーフケモカインリガンド１８（ＣＣＬ１８）はＳＣＹＡ１８、ＣＤ－ＣＫ１、またはＡＭＡＣ１としても知られるとともに、染色体１７のｑアームに対してクラスターとなった様々なＣｙｓ－Ｃｙｓ（ＣＣ）サイトカイン遺伝子の１つである。ＣＣサイトカインは、２つの隣接するシステインを特徴とするタンパク質である。この遺伝子によりコードされるサイトカインは、単球または顆粒球ではなく、ナイーブなＴ細胞、ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞、ならびに非活性化リンパ球に対して走化性活性を示す。このケモカインは、リンパ節中の樹状細胞および活性化マクロファージの方へとナイーブなＴリンパ球を引きつける。いくつかの例では、ＣＣＬ１８は遺伝子ＩＤ：６３６２を有する。
Ｃ－Ｃモチーフケモカインリガンド１９（ＣＣＬ１９）はＣＫβ－１１、Ｅｘｏｄｕｓ－３、またはＭＩＰ３Ｂとしても知られるとともに、染色体９のｐアームに対してクラスターとなった様々なＣＣサイトカイン遺伝子の１つである。ＣＣサイトカインは、２つの隣接するシステインを特徴とするタンパク質である。この遺伝子によりコードされるサイトカインは、正常なリンパ球の再循環およびホーミングにおいて役割を果たす場合がある。このサイトカインはまた、胸腺中のＴ細胞の輸送、ならびに、二次リンパ器官へのＴ細胞およびＢ細胞の移動において重要な役割を果たす。これは特異的にケモカイン受容体ＣＣＲ７に結合する。いくつかの例では、ＣＣＬ１９は遺伝子ＩＤ：６３６３を有する。
Ｃ－Ｃモチーフケモカインリガンド（ＣＣＬ２６）はマクロファージ炎症性タンパク質４α、Ｅｏｔａｘｉｎ－３、またはＳＣＹＡ２６としても知られるとともに、染色体７のｑアームに対してクラスターとなった様々なＣｙｓ－Ｃｙｓ（ＣＣ）サイトカイン遺伝子の１つである。ＣＣサイトカインは、２つの隣接するシステインを特徴とするタンパク質である。この遺伝子によりコードされるサイトカインは、正常な末梢血好酸球および好塩基球に対して走化性活性を示す。この遺伝子産物は、ケモカイン受容体ＣＣＲ３を特異的に活性化する３つの関連するケモカインの１つである。このケモカインは、アトピー性疾患における好酸球蓄積の一因となる場合がある。いくつかの例では、ＣＣＬ２６は遺伝子ＩＤ：１０３４４を有する。
Ｃ－Ｃモチーフケモカインリガンド（ＣＣＬ２７）はＳｋｉｎｋｉｎｅ、ＩＬ－１１、Ｒａｌｐｈａ－Ｌｏｃｕｓケモカイン、またはＣＴＡＣＫとしても知られるとともに、染色体９のｐアームに対してクラスターとなった様々なＣＣサイトカイン遺伝子の１つである。ＣＣサイトカインは、２つの隣接するシステインを特徴とするタンパク質である。この遺伝子によりコードされるタンパク質は、皮膚関連の記憶Ｔリンパ球に対して走化性である。このサイトカインはまた、皮膚部へ位のリンパ球のホーミングの媒介において役割を果たす場合がある。前記サイトカインはケモカイン受容体１０（ＣＣＲ１０）に特異的に結合する。同様のマウスタンパク質に対する試験では、これらタンパク質受容体相互作用はＴ細胞媒介性皮膚炎において極めて重要な役割を持つことが示されている。いくつかの例では、ＣＣＬ２７は遺伝子ＩＤ：１０８５０を有する。
Ｃ－Ｘ－Ｃモチーフケモカインリガンド１０（ＣＸＣＬ１０）はγＩＰ１０、ＳＣＹＢ１０、またはＣｒｇ－２としても知られるとともに、受容体ＣＸＣＲ３に対してＣＸＣサブファミリーおよびリガンドのケモカインをコードする。ＣＸＣＲ３へのこのタンパク質の結合の結果、単球、ナチュラルキラー細胞、およびＴ細胞移動の刺激、ならびに接着分子発現の調節を含む、多面的効果がもたらされる。いくつかの例では、ＣＸＣＬ１０は遺伝子ＩＤ：３６２７を有する。
Ｃ－Ｘ－Ｃモチーフケモカインリガンド１１（ＣＸＣＬ１１）はβ－Ｒ１、ＳＣＹＢ１１、またはＩＴＡＣとしても知られるとともに、ケモカインスーパーファミリーのＣＸＣメンバーである。そのコードされたタンパク質は、活性化Ｔ細胞中の走化性反応を誘導し、ＣＸＣ受容体－３に対する有力なリガンドである。ＩＦＮ－γはこの遺伝子転写の強力な誘導物質である。いくつかの例では、ＣＸＣＬ１１は遺伝子ＩＤ：６３７３を有する。
Ｃ－Ｘ－Ｃモチーフケモカインリガンド９（ＣＸＣＬ９）は小型誘導性サイトカインＢ９、ＳＣＹＢ９、Ｃｒｇ－１０、またはＨｕＭＩＧとしても知られるとともに、Ｔ細胞輸送に関係すると考えられるタンパク質をコードする。コードされたタンパク質は、Ｃ－Ｘ－Ｃモチーフケモカイン３に結合して、好中球ではなくリンパ球に対する化学遊走物質である。いくつかの例では、ＣＸＣＬ９は遺伝子ＩＤ：４２８３を有する。
インターロイキン１３（ＩＬ－１３）は主に活性化Ｔｈ２細胞により産生される免疫調節サイトカインをコードする。このサイトカインは、Ｂ細胞の成熟と分化の様々な段階に関係する。前記サイトカインは、ＣＤ２３およびＭＨＣクラスＩＩ発現をアップレギュレートし、Ｂ細胞のＩｇＥアイソタイプスイッチングを促進する。このサイトカインはマクロファージ活性をダウンレギュレートし、それにより炎症促進性サイトカインおよびケモカインの産生を阻害する。このサイトカインは、アレルゲン誘導性喘息の病因には重要なものであることが分かっているが、ＩｇＥおよび好酸球に依存しない機構を介して動作する。この遺伝子、ＩＬ３、ＩＬ５、ＩＬ４、およびＣＳＦ２は染色体５ｑに対してサイトカイン遺伝子クラスターを形成し、この遺伝子は特にＩＬ４に近い。いくつかの例では、ＩＬ－１３は遺伝子ＩＤ：３５９６を有する。
インターロイキン１３受容体（ＩＬ－１３Ｒ）はインターロイキン－１３に結合するＩ型サイトカイン受容体である。これは、ＩＬ１３ＲＡ１およびＩＬ４Ｒそれぞれによりコードされる２つのサブユニットから成る。これら２つの遺伝子は、タンパク質ＩＬ－１３Ｒα１およびＩＬ－４Ｒαをコードする。これらは、ＩＬ－１３Ｒα１鎖に結合するＩＬ－１３を含む二量体を形成し、ＩＬ－４Ｒαはこの相互作用を安定させる。
インターロイキン４（ＩＬ－４）はリンパ球刺激因子１、ＢＣＧＦ－１、またはＢＳＦ１としても知られるとともに、活性化Ｔ細胞により産生される多面発現性サイトカインであるタンパク質をコードする。このサイトカインはインターロイキン４受容体のリガンドである。インターロイキン４受容体はＩＬ１３にも結合し、ＩＬ１３は、このサイトカインおよびＩＬ１３の多くの重複機能に寄与する場合がある。ＳＴＡＴ６、すなわち転写のシグナル変換物質および活性化因子は、このサイトカインの免疫調節シグナルの媒介において中心的な役割を果たすと示されている。この遺伝子、ＩＬ３、ＩＬ５、ＩＬ１３、およびＣＳＦ２は染色体５ｑに対してサイトカイン遺伝子クラスターを形成し、この遺伝子は特にＩＬ１３に近い。この遺伝子、ＩＬ１３およびＩＬ５は、染色体上の１２０キロベースを超える範囲内で様々な長距離調節要素により同等に調節されることが分かっている。いくつかの例では、ＩＬ－４は遺伝子ＩＤ：３５６５を有する。
一酸化窒素合成酵素２（ＮＯＳ２）は誘導性ＮＯＳ２または肝細胞ＮＯＳとしても知られるとともに、肝臓に発現され、かつリポ多糖とあるサイトカインとの組み合わせにより誘導可能な一酸化窒素合成酵素をコードする。いくつかの例では、ＮＯＳ２は遺伝子ＩＤ：４８４３を有する。
Ｓ１００カルシウム結合タンパク質Ａ８（Ｓ１００Ａ８）は白血球Ｌ１複合体軽鎖、膵嚢胞性線維症抗原、またはカルグラニュリンＡとしても知られるとともに、２つのＥＦハンドカルシウム結合モチーフを含むタンパク質のＳ１００ファミリーのメンバーであるタンパク質をコードする。このタンパク質は、カゼインキナーゼの阻害において、およびサイトカインとして機能する場合がある。このタンパク質の改質発現は、嚢胞性繊維症に関連する。いくつかの例では、Ｓ１００Ａ８は遺伝子ＩＤ：６２７９を有する。
アデノシンデアミナーゼ、ＲＮＡ特異的（ＡＤＡＲ）はインターフェロン誘導性タンパク質４、Ｋ８８ＤＳＲＢＰ、またはＰ１３６としても知られるとともに、アデノシンの部位特異的脱アミノ化によるＲＮＡ編集の原因である酵素をコードする。この酵素は、イノシンへのアデノシンの変換を介して二本鎖ＲＮＡを不安定化する。この遺伝子中の突然変異は遺伝性対側性色素異常症に関連している。いくつかの例では、ＡＤＡＲは遺伝子ＩＤ：１０３を有する。
オートファジー関連５（ＡＴＧ５）はアポトーシス特異的タンパク質、ＡＰＧ５ｌ、またはＨＡＰＧ５としても知られるとともに、オートファジータンパク質１２と組み合わせて、ユビキチン様抱合系においてＥ１様活性化酵素として機能するタンパク質をコードする。コードされたタンパク質は、自己貪食性小胞形成、酸化的損傷後のミトコンドリアの品質制御、先天性抗ウイルス性免疫応答の負調節、リンパ球の発達と成長、ＭＨＣＩＩ抗原提示、脂肪細胞分化、およびアポトーシスを含む、様々な細胞のプロセスに関係する。いくつかの例では、ＡＴＧ５は遺伝子ＩＤ：９４７４を有する。
Ｃ－Ｃモチーフケモカインリガンド５（ＣＣＬ５）はＳＩＳ－δ、好酸球走化性サイトカイン、またはＴＣＰ２２８としても知られるとともに、染色体１７のｑアームに対してクラスターとなった様々なケモカイン遺伝子の１つである。このケモカイン、ＣＣサブファミリーのメンバーは、血中単球、記憶Ｔヘルパー細胞、および好酸球のための化学遊走物質として機能する。前記ケモカインは、好塩基球からのヒスタミンの放出を引き起こし、好酸球を活性化する。このサイトカインは、ＣＤ８＋細胞により産生される主要なＨＩＶ抑制因子の１つである。これは、ケモカイン受容体ケモカイン（Ｃ－Ｃモチーフ）受容体５（ＣＣＲ５）のための天然リガンドの１つとして機能するとともに、共受容体としてＣＣＲ５を使用するＨＩＶ－１のＲ５株のインビトロ複製を抑制する。いくつかの例では、ＣＣＬ５は遺伝子ＩＤ：６３５２を有する。
タンパク質のインターフェロン誘導性ｐ２００ファミリー（ＩＦＩ’ｓ）は、インターフェロン（ＩＦＮ）により誘導される遺伝子産物である。このファミリー中のタンパク質は、ＩＦＩ－１６、骨髄性細胞核分化抗原（ＭＮＤＡ）を含むヒト同族体と著しい相同性を共有するが、および黒色腫（ＡＩＭ）２には存在しない。ｐ２００タンパク質は、Ｒｂおよびｐ５３などの多数の転写因子の活性と相互作用し、かつ前記活性を調節する能力に基づいて、細胞周期の調節および分化に関与している。
テトラトリコペプチドリピートを備えたインターフェロン誘導性タンパク質（ＩＦＩＴ’ｓ）は、ウイルス感染症に対する免疫性を付与する。これらタンパク質は全体として、ウイルス感染、インターフェロン（ＩＦＮ）処置、および感染中の免疫系による病原体認識（病原体関連分子パターンの認識）の間に産生される。
インターフェロンα１（ＩＦＮＡ１）はインターフェロンα－Ｄ、ＩＦＮＡ１３、またはＬｅｌＦＤとしても知られるとともに、マクロファージにより産生され、かつ抗ウイルス活性を持つタンパク質をコードする。いくつかの例では、ＩＦＮＡ１は遺伝子ＩＤ：３４３９を有する。
インターフェロンα２（ＩＦＮＡ２）はα－２ａインターフェロン、ＩＦＮ２Ｂ、またはＩＦＮＡ２Ｃとしても知られるとともに、染色体９上のαインターフェロン遺伝子クラスターのメンバーである。コードされたタンパク質は、ウイルス感染に反応して産生されるサイトカインである。このタンパク質の組み換え形態の使用は、風邪の症状および持続期間を減らすのに効果的であると示されている。いくつかの例では、ＩＦＮＡ２は遺伝子ＩＤ：３４４０を有する。
インターフェロンα４（ＩＦＮＡ４）はインターフェロンα－４Ｂ、インターフェロンα－Ｍ１、またはインターフェロンα－７６としても知られるとともに、タンパク質コード遺伝子である。ＩＦＮＡ４に関連する疾患として狂犬病が挙げられる。その関連経路の中では、免疫系におけるＩＦＮ－α／β経路およびサイトカインシグナル伝達のＲＩＧ－Ｉ／ＭＤＡ５媒介性誘導が存在する。いくつかの例では、ＩＦＮＡ４は遺伝子ＩＤ：３４４１を有する。
インターフェロンαおよびβ受容体サブユニット１（ＩＦＮＡＲ１）はサイトカイン受容体クラスＩＩのメンバー１、ＩＦＮ－Ｒ－１、またはＡＶＰとしても知られるとともに、インターフェロンαおよびβに対する受容体の２つの鎖のうち１つを形成するＩ型膜タンパク質であるタンパク質をコードする。受容体の結合および活性化は、ヤーヌスプロテインキナーゼを刺激する。前記ヤーヌスプロテインキナーゼは、ＳＴＡＴ１およびＳＴＡＴ２を含む様々なタンパク質を順にリン酸化する。コードされたタンパク質はさらに抗ウイルス因子として機能する。いくつかの例では、ＩＦＮＡＲ１は遺伝子ＩＤ：３４５４を有する。
インターフェロンαおよびβ受容体サブユニット（ＩＦＮＡＲ２）はＩＦＮＡＢＲ、インターフェロンα結合タンパク質、またはＩＭＤ４５としても知られるとともに、インターフェロンαおよびβに対する受容体の２つの鎖のうち１つを形成するＩ型膜タンパク質であるタンパク質をコードする。受容体の結合および活性化は、ヤーヌスプロテインキナーゼを刺激する。前記ヤーヌスプロテインキナーゼは、ＳＴＡＴ１およびＳＴＡＴ２を含む様々なタンパク質を順にリン酸化する。いくつかの例では、ＩＦＮＡＲ２は遺伝子ＩＤ：３４５５を有する。
インターフェロンβ１（ＩＦＮＢ１）は繊維芽細胞インターフェロン、ＩＦＮ－β、またはＩＦＦとしても知られるとともに、シグナル伝達タンパク質のインターフェロンファミリーに属するサイトカインをコードする。このサイトカインは、病原体への先天性免疫応答の一部として放出されられる。この遺伝子によりコードされるタンパク質は、細胞分化および抗腫瘍防御に関係する。病原体に反応した分泌の後、Ｉ型インターフェロンは、相同性受容体複合体に結合して、炎症性サイトカイン類およびケモカインをコードするものなどの遺伝子の転写を誘導する。Ｉ型インターフェロン分泌の過剰活性化は、自己免疫疾患に関連付けられる。いくつかの例では、ＩＦＮＢ１は遺伝子ＩＤ：３４５６を有する。
インターフェロンε（ＩＦＮＥ）はインターフェロンＴａｕ－１またはＰＲＯ６５５としても知られるとともに、タンパク質コード遺伝子である。その関連する経路の中で、ＰＥＤＦ誘導性シグナル伝達およびＪＡＫ－ＳＴＡＴシグナル伝達経路（ＫＥＧＧ）が存在する。いくつかの例では、ＩＦＮＥは遺伝子ＩＤ：３３８３７６を有する。
インターフェロンω１（ＩＦＮＷ１）はインターフェロンαＩＩ－１としても知られるとともに、インターフェロンでありかつ抗ウイルス活性を持つタンパク質をコードする。コードされたタンパク質は、インターフェロンγ受容体ではなくインターフェロンα／β受容体に結合する。いくつかの例では、ＩＦＮＷ１は遺伝子ＩＤ：３４６７を有する。
インターロイキン１受容体関連キナーゼ１（ＩＲＡＫ１）はＥＣ２．７．１１．１またはＰｅｌｌｅとしても知られるとともに、インターロイキン１受容体関連キナーゼ１、すなわち、刺激に際してインターロイキン１受容体（ＩＬ１Ｒ）に関連する２つの推定上のセリン／トレオニンキナーゼのうち１つをコードする。この遺伝子は、転写因子ＮＦκＢのＩＬ１誘導性アップレギュレーションの原因の一部である。いくつかの例では、ＩＲＡＫ１は遺伝子ＩＤ：３６５４を有する。
インターフェロン調節因子（ＩＲＦ’ｓ）はインターフェロンの転写を調節するタンパク質である。これらはＪＡＫ－ＳＴＡＴシグナル伝達経路に使用される。ＩＲＦ遺伝子の発現は、プロモーターＤＮＡメチル化による後成的調節下で生じる。
ケラチン（ＫＲＴ’ｓ）は、頭髪、爪、角、鉤爪、蹄、およびヒト皮膚の外部層を構成する繊維構造タンパク質のファミリーである。ケラチンはまた、上皮細胞を傷害またはストレスから保護するタンパク質である。
２’－５’－オリゴアデニレートシンテターゼ１（ＯＡＳ１）はＥ１８／Ｅ１６、ＯＩＡＳ、またはＰ４６／Ｐ４２ ＯＡＳとしても知られるとともに、インターフェロンにより誘導され、かつ、２’，５’－オリゴアデニレート（２－５Ａｓ）を合成するタンパク質をコードする。このタンパク質は潜在しているリボヌクレアーゼＬを活性化する。その結果、ウイルスＲＮＡ分解およびウイルス複製の阻害が生じる。
オステオポンチン（ＯＰＮ）は骨サイアロプロテインＩ（ＢＳＰ－１またはＢＮＳＰ）、早期Ｔリンパ球活性化（ＥＴＡ－１）、分泌リンタンパク質１（ＳＰＰ１）、２ａｒ、およびリケッチア抵抗性（Ｒｉｃ）としても知られるとともに、ヒトにおいてＳＰＰ１遺伝子（分泌リンタンパク質１）によりコードされるタンパク質である。いくつかの例では、ＳＰＰ１は遺伝子ＩＤ：６６９６を有する。
転写のシグナルトランスデューサーおよびアクチベーター４（ＳＴＡＴ４）はＳＬＥＢ１１としても知られるとともに、転写因子のＳＴＡＴファミリーのメンバーであるタンパク質をコードする。サイトカインおよび成長因子に反応して、ＳＴＡＴファミリーメンバーは受容体関連キナーゼによりリン酸化され、その後、転写アクチベーターとして作用する細胞核に転座するホモ二量体またはヘテロ二量体を形成する。このタンパク質は、リンパ球中のＩＬ１２に対する反応の媒介、およびＴヘルパー細胞の分化の調節に必須である。この遺伝子の突然変異は、全身性エリテマトーデスおよび関節リウマチに関連する場合がある。いくつかの例では、ＳＴＡＴ４は遺伝子ＩＤ：６７７５を有する。
ＴＮＦα誘導タンパク質３（ＴＮＦＡＩＰ３）は推定上のＤＮＡ結合タンパク質Ａ２０、ジンクフィンガータンパク質Ａ２０、またはＯＴＵＤ７Ｃとしても知られるとともに、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）により発現が急速に誘導される遺伝子である。この遺伝子によりコードされるタンパク質はジンクフィンガータンパク質およびユビキチン編集酵素であり、ＮＦκＢ活性化に加えてＴＮＦ媒介性アポトーシスも阻害すると示されている。コードされたタンパク質はユビキチンリガーゼおよび脱ユビキチン化活性の両方を有しており、サイトカイン媒介性の免疫反応と炎症反応に関係する。いくつかの例では、ＴＮＦＡＩＰ３は遺伝子ＩＤ：７１２８を有する。
チロシンキナーゼ２（ＴＹＫ２）は非受容体チロシンプロテインキナーゼＴＹＫ２、ＥＣ ２．７．１０．２、またはＩＭＤ３５としても知られるとともに、チロシンキナーゼ、より具体的にはヤヌスキナーゼ（ＪＡＫ）タンパク質ファミリーのメンバーをコードする。このタンパク質は、Ｉ型およびＩＩ型サイトカイン受容体の細胞質のドメインに関連し、受容体サブユニットのリン酸化によりサイトカインシグナルを出す。前記タンパク質はまた、Ｉ型およびＩＩＩ型インターフェロンシグナル伝達経路両方の成分である。そのため、前記タンパク質は抗ウイルス免疫性において役割を果たすことができる。いくつかの例では、ＴＹＫ２は遺伝子ＩＤ：７２９７を有する。
これら実施例は例示目的のためだけに提供され、本明細書に提供される請求の範囲を制限するものではない。
実施例１ － 乾癬に関する非侵襲的遺伝子発現解析
ＴＮＦα、ＩＬ－１７Ａ、およびＩＬ－２３の遮断により中等度から重度の乾癬を処置することに進歩が見られている。罹患した経路を図６に表す。さらに、疾患のモニタリング、再発の予測、および処置の選択が依然として困難とされている。以下、乾癬における遺伝子発現を評価し、処置反応を予測する非侵襲的方法について記述する。
本明細書に記載される粘着パッチを用いた皮膚生検プラットフォームを使用してサンプルを分析した。ｑＲＴ－ＰＣＲアッセイのモジュール構造により、乾癬、アトピー性皮膚炎、または狼瘡を含む多数の炎症性皮膚疾病にそれを使用することが可能になった。乾癬では、このアッセイを、拡大したＴＨ１７経路に関与した２０の標的に焦点を当てた。
中等度から重度の乾癬患者からの５００を超える病変および非病変粘着パッチ生検サンプルを用いて、ｑＲＴ－ＰＣＲによる２０の選択標的の検出、ならびに病変、非病変、および非乾癬の対照皮膚（ｐ＜０．００１、ｎ＝２４）の遺伝子発現シグネチャの差異を実証した。非病変サンプルからの解析は、個々の乾癬病変の疾患活性を調節し、かつ臨床的に有用な情報を提供する必要性を回避した。非病変乾癬サンプルでは、正常な皮膚と比較して、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｃ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－１７受容体、ＩＬ－２３Ａ、ＩＬ－２２、ＩＬ－２４、ＩＬ－６、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ１、ＣＸＣＬ５、ＤＥＦＢ４Ａ、ＬＣＮ２、Ｓ１００Ａ７のほか、ＴＮＦ－αおよびその受容体の遺伝子発現レベルは２～２００倍改質された。２週間後にベースラインと比較して、イキセキズマブ（ｐ＜０．００１）などの標的治療薬による治療介入により、標的遺伝子発現（ＩＬ－１７Ａおよび１７Ｆ、ＴＮＦ－α、ＣＸＣＬ１、ならびにＣＸＣＬ５を含む）は低下した。
結果は、病変および非病変の表皮サンプルの非侵襲的遺伝子発現解析が、乾癬における再発および処置の失敗を予測する可能性を持つ疾患活性をモニタリングする方法であることを示す。
実施例２ － 異なる検査集団を利用した乾癬に関する非侵襲的遺伝子発現解析
本明細書に記載されるような粘着パッチベースのデバイスを使用して、非侵襲的処置により被験体（対照として健康な人、および乾癬が未処置の患者）から表皮細胞を採取した（乾癬患者から、病変と非病変両方の皮膚も採取した）。全ＲＮＡをこれらサンプルから抽出し、ＴａｑＭａｎ ＲＴ－ｑＰＣＲでのサイトカイン遺伝子発現解析に使用した。主にＴｈ１７経路において乾癬に関与する１３のサイトカインのパネルを調べて、ｑＰＣＲから閾値サイクル数（Ｃｔ）を通じてそれらの発現レベルを算出した。
粘着パッチベースのデバイスにより、表皮組織をすべての被験体から採取し、全ＲＮＡを単離した（図２８Ａ～２８Ｃ）。乾癬病変には組織の乾燥薄片層を伴う厚みのある皮膚が存在することが多いため、粘着パッチサンプリングは、正常または非病変の皮膚に由来するものよりも多くの皮膚組織、したがって乾癬病変の皮膚から多くのＲＮＡ収量をもたらすことが多い。
ｑＰＣＲによる単離ＲＮＡの検査により、遺伝子発現変化の検出が可能となった。図２９Ａ～２９Ｆは、様々な鍵遺伝子（ＩＬ－１７、ＩＬ－２３、ＤＥＦＢ４、およびＳ１００Ａ９）に対する検査を示すものであり、ＰＳＯＲおよびＮＳ（正常な皮膚）両方におけるそれらの発現レベルをｑＰＣＲのＲＮＡ入力の稀釈物（ｄｉｌｕｔｉｏｎｓ）と比較する。大半の標的ではＰＳＯＲ皮膚に遺伝子発現の上昇（Ｃｔ値の下方移動として示される）が見られ、一方、ｑＰＣＲの変化するＲＮＡ入力を伴う標的遺伝子およびハウスキーピング遺伝子ＡＣＴＢにおけるＣｔの線形並列変化は、遺伝子発現に関する単離ＲＮＡの質と、サイトカイン遺伝子発現解析に対する現行の解析に適用されるｑＰＣＲ解析の精度とを確認した。
乾癬は多くのサイトカインおよびそれらの相互作用による影響を受ける。図３０は、５３のＲＮＡサンプル（１４のＮＭＬ皮膚、１５のＮＬ皮膚、および２４のＰＳＯＲ皮膚）由来の１３のサイトカイン遺伝子のＣｔ値から構成されたヒートマップを示す。ヒートマップ上の赤色が濃い箇所は、細胞における低いＣｔまたは遺伝子発現の増加を示し、一方で灰色が濃い箇所は高いＣｔまたは遺伝子発現の低下を示している。乾癬病変の皮膚は、他の２種類の皮膚（標準および非病変）とは異なるヒートマップを実証した。ＰＳＲＯ群内の遺伝子発現パターンは、液体生検または外科的生検などの従来の生検方法と比較して高度の均一性も示している。
加えて、非侵襲的遺伝子発現解析アッセイはさらに、Ｔｈ１７経路（図３１）において鍵遺伝子（ＩＬ－１７、２２、および２６）の発現レベルにおいて変動したＰＳＯＲ病変のサブグループを検出しており、これは薬物処置に反応しない患者に関連する場合がある。
実施例３ － 乾癬病変および非病変の皮膚における角質層遺伝子発現測定
本明細書に記載される粘着パッチを用いたデバイスを使用してサンプルを採取した。それらの受容体を含むサイトカイン標的に対して選択的な抗体を、２４の乾癬病変の皮膚サンプルと１５の非病変の皮膚サンプルにおける発現レベルについて評価した。ＩＬ－１７ＲＣ、ＩＬ－２６、ＩＬ－２２、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－１７Ｃ、ＴＮＦα、ＩＬ－６、ＩＬ－２３Ａ、ＤＥＦＢ４Ａ、Ｓ１００Ａ９、ＣＸＣＬ５、およびＩＬ－８への結合についてサンプルを検査した。図５はスクリーニングの結果を示すヒートマップである。乾癬サンプルでは、ＤＥＦＢ４Ａ、Ｓ１００Ａ９、ＣＸＣＬ５、およびＩＬ－８に対する低レベルの抗体結合を検出した。非乾癬サンプルでは、ＩＬ－１７ＲＣ、ＩＬ－２６、ＩＬ－２２、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－１７Ｃ、ＴＮＦα、ＩＬ－６、およびＩＬ－２３Ａに対する結合の増加を検出した。
実施例４ － 粘着パッチサンプルからのサイトカイン転写レベル
本明細書に記載される粘着パッチ収集方法を使用して乾癬皮膚から２つのＲＮＡサンプルを採取した。表１は、ＩＬ－２３／ＴＨ１７軸からの乾癬サイトカインの発現レベル上昇を示す。
実施例５ － 乾癬における遺伝子発現変化
サンプルを採取し、本明細書に記載される方法に従ってアッセイした。正常な皮膚と比較した乾癬病変皮膚の遺伝子発現レベル、および正常な皮膚と比較された非病変皮膚の遺伝子発現レベルの倍率変化を算出した。図２５は、遺伝子発現の増加が病変皮膚および非病変領域の両方に検出されたサイトカインを示す。図２６は、未関与非病変皮膚では遺伝子発現は減少したが、乾癬病変皮膚では遺伝子発現が増加したサイトカインを示す。
実施例６ － アトピー性皮膚炎に対する拡大ＴＨ２アッセイ
本明細書に記載される粘着パッチを用いた皮膚生検プラットフォームを使用してサンプルを採取し、アッセイした。ｑＲＴ－ＰＣＲアッセイのモジュール構造により、乾癬、アトピー性皮膚炎、または狼瘡を含む多数の炎症性皮膚疾病にそれを使用することが可能になる。アトピー性皮膚炎では、このアッセイを、拡大されたＴＨ２経路に関与した１８の標的に焦点を当てた（図７を参照）。標的にはＩＬ－４、ＩＬ－１３、ＩＬ－１７、ＩＬ－２２、ＩＬ－３１、ＴＳＬＰ、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、Ｓ１００Ａ７、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、ＣＣＬ１７、ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２６、ＣＣＬ２７、およびＮＯＳ２が含まれていた。
アトピー性皮膚炎を抱える３９の被験体からサンプルをスクリーニングした。図１１に示すように、ＩＬ－１３発現は被験体の半分未満（約４１％）に検出された。サンプルはＩＬ－４発現を示さなかった。サンプルの１００％はＩＬ－１３／４受容体発現を呈し、約９５％がＣＣＬ１７発現を呈した。
結果は、ＩＬ－１３発現を伴う患者の選択により、受容体遮断薬による処置に応答する者の比率が高くなることを示唆する。
実施例７ － ＡＤサンプルにおける発現レベル
ＡＤ被験体由来のサンプルを採取し、本明細書に記載される方法に従ってアッセイした。病変領域由来の４０のサンプル、非病変領域由来の１７のサンプル、および正常な皮膚由来の２０のサンプルを、ＩＬ－３１ＲＡ、ＣＣＬ１７、ＩＬ－２３Ａ、ＩＬ－４Ｒ、ＩＬ２２、ＩＬ－１３、およびＩＬ－１３ＲＡ１の発現レベルについてアッセイした。図２７Ａ～２７Ｉを参照。
実施例８ － デュピルマブによるＩＬ－１３／４受容体の遮断
１６週間にわたり隔週でデュピルマブ３００ｍｇを皮下投与することでＡＤ被験体を処置した。実施例５に記載されるようにサンプルを採取した。
被験体の約５０％は、ＥＡＳＩ－７５を達成するプラセボ被験体の約１５％と比較して７５％の症状（ＥＡＳＩ－７５）減少を達成した（図８）。加えて、被験体の約３８％は、プラセボ被験体の約１０％と比較して、消失（０）または最小（１）のＩＧＡスコア（ＩＧＡ ０－１）を達成した。
実施例９ － レブリキズマブによるＩＬ－１３の遮断
１２週間にわたり毎週１２５ｍｇのレブリキズマブ、ＩＬ－１３遮断モノクローナル抗体、およびコルチコステロイドを投与することでＡＤ被験体を処置した。実施例５に記載されるようにサンプルを採取した。
被験体の約５５％が、プラセボ被験体の約３５％と比較してＥＡＳＩ－７５を達成した（ｎ－５０／群、ｐ＝０．０５）（図９を参照）。
実施例１０ － トラロキヌマブによるＩＬ－１３の遮断
血液中のＤＰＰ－４レベルについてＡＤ被験体を検査した。ＤＰＰ－４レベル上昇について処置群とプラセボ群をさらに選択した。処置群には１２周間にわたりトラロキヌマブ、ＩＬ－１３遮断モノクローナル抗体、および局所ステロイドを投与した。実施例５に記載されるようにサンプルを採取した。
図１０に示すように、ＤＰＰ－４レベル上昇について選択されていない群である、処置被験体の約２６％は、プラセボ被験体の約１２％と比較してＩＧＡ ０－１を達成した。ＤＰＰ－４レベル上昇について選択された群では、被験体の約３５％は、プラセボ被験体の約８％のＩＧＡ ０－１と比較して、ＩＧＡ ０－１を達成した。ＤＰＰ－４レベル上昇について選択された群では、処置被験体の約５２％は、プラセボ被験体の約１３％と比較してＥＡＳＩ－７５を達成した。
結果は、トラロキヌマブが被験体のＡＤ症状を回復させ、かつ血中のＤＰＰ－４レベル上昇を呈する被験体におけるより高度に症状を回復させることを示す。
実施例１１ － ＡＤ病変領域および非病変領域におけるＣＣＬ１７の発現
本明細書に記載される粘着パッチを用いた皮膚生検プラットフォームを使用してＡＤサンプルを採取し、アッセイした。病変領域および非病変領域のほか、正常な皮膚もＣＣＬ１７発現について検査した（図１２Ａおよび図１２Ｂ）。ΔＣｔ解析は、病変皮膚サンプルの変化がより重度であったが、この変化のパターンはＡＤ患者の病変サンプルと非病変サンプル両方において同様であることを示しており、このことから非病変サンプルは疾患診断の方法として使用されてもよいことが示唆される。ΔＣｔ＝正常化された遺伝子発現変化（＝ＣＴｔａｒｇｅｔ ｇｅｎｅ－ＣｔＡＣＴＢ）。より大きなΔＣｔ値は、標的遺伝子の発現が少ないことを意味する。より小さなΔＣｔ値は、標的遺伝子の発現が多いことを意味する。
実施例１２ － ＡＤサンプル中のＩＬ－１３、ＩＬ－２２、およびＩＬ－２３Ａの発現レベル
本明細書に記載される粘着パッチを用いた皮膚生検プラットフォームを使用してＡＤサンプルを採取し、アッセイした。病変領域および非病変領域のほか、正常な皮膚もＩＬ－１３、ＩＬ－２２、およびＩＬ－２３Ａの各発現レベルについて検査した（図１３Ａ、１３Ｂ、１４Ａ、１４Ｂ、１５Ａ、および１５Ｂ）。ΔＣｔ解析は、３つすべてのサイトカインが健康な皮膚サンプルにおいて非常に低い遺伝子発現レベルを呈したが（三角形）、異なるＡＤサンプルでは異なる遺伝子発現パターンを示す（菱形）ことを示す。発現レベルは、低いＣｔにより示されるように著しく増加したか、または高いＣｔにより示されるように不変のままであった。差次的遺伝子発現は疾患の「応答者」または「非応答者」に関連する場合があり、そのため、ＩＬ－１３、ＩＬ－２２、ＩＬ－２３Ａの各発現は非応答者から応答者をスクリーニングする可能性があることが考慮される。
実施例１３ － ＡＤサンプル中のＩＬ－３１およびＩＬ－３１Ｒの発現レベル
本明細書に記載される粘着パッチを用いた皮膚生検プラットフォームを使用してＡＤサンプルを採取し、アッセイした。病変領域および非病変領域のほか、正常な皮膚もＩＬ－３１およびＩＬ－３１Ｒの各発現レベルについて検査した（図１６Ａ、１６Ｂ、１７Ａ、１７Ｂ、１８Ａ、および１８Ｂ）。サイトカインＩＬ－４と同様に、ＩＬ－３１はＡＤ疾患の調節に重要な別のサイトカインである。ＩＬ－３１におけるある程度の増加が病変サンプル中に検出される。ＩＬ－３１受容体（ＩＬ－３１Ｒ）は病変サンプル中の遺伝子発現の減少を呈する。
実施例１４ － ＡＤサンプル中のＩＬ－１３およびＩＬ３１ＲＡ１の発現レベル
ＩＬ－１３およびＩＬ－４は、図１９に表される経路に従いＡＤにおいて機能すると提唱されている。本明細書に記載される粘着パッチを用いた皮膚生検プラットフォームを使用してＡＤサンプルを採取し、アッセイした。病変領域および非病変領域のほか、正常な皮膚もＩＬ－１３、ＩＬ－１３ＲＡ１、ＩＬ４Ｒの各発現レベルについて検査した。結果を図２０Ａ、２０Ｂ、２１Ａ、２１Ｂ、２２Ａ、および２２Ｂに示す。ＩＬ－１３発現の増加を、その受容体ＩＬ－１３ＲＡ１の遺伝子発現の減少と共に検出した。サンプル中でＩＬ－４遺伝子発現は検出されなかったが、ＩＬ－４Ｒは、正常な皮膚と比較してＡＤサンプル中で不変のままであった発現レベルを呈した。
これらの結果は、ＩＬ－１３がＡＤ疾患調節においてＩＬ－４より重要な役割を果たすことを示唆する。
実施例１５ － ＡＤサンプルにおけるＮＯＳ２の発現レベル
本明細書に記載される粘着パッチを用いた皮膚生検プラットフォームを使用してＡＤサンプルを採取し、ＮＯＳ２発現レベルについてアッセイした。図２３の結果は正常な皮膚サンプルと比較して低い平均Ｃｔを持つＡＤサンプルを示しており、このことからＡＤサンプル中の発現レベルの増加が示される。
実施例１６ － 狼瘡に関する拡大インターフェロン反応遺伝子アッセイ
本明細書に記載される粘着パッチを用いた皮膚生検プラットフォームを使用してサンプルを採取し、アッセイした。ｑＲＴ－ＰＣＲアッセイのモジュール構造により、乾癬、アトピー性皮膚炎、または狼瘡を含む多数の炎症性皮膚疾病にそれを使用することが可能になる。狼瘡では、アッセイを、好中球媒介性の発赤に関与した２１の標的に焦点を当てた（図２４を参照）。標的にはＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＡＲ１、ＩＦＮＡＲ２、ＩＦＮＢ１、ＩＦＮＥ、ＩＦＮＷ１、ＡＤＡＲ、ＣＣＬ５、ＩＦＩＴ’ｓ、ＩＦＩ’ｓ、ＩＲＦ’ｓ、ＯＡＳ１、ＩＲＡＫ１、ＴＮＦＡＩＰ３、ＡＴＧ５、ＴＹＫ２、ＳＴＡＴ４、ＯＰＮ、およびＫＲＴが含まれる。
実施形態１：乾癬を有する疑いのある被験体において、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａのうち少なくとも２つの遺伝子発現レベルを検出する方法であって、上記方法は：（ａ）上記被験体から得られた皮膚サンプルから、核酸を単離する工程であって、上記皮膚サンプルは角質層からの細胞を含む、工程と；（ｂ）単離された核酸をプローブのセットと接触させることによって、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａのうち少なくとも２つの発現レベルを検出する工程であって、上記プローブは、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、ならびにＤＥＦＢ４Ａのうち少なくとも２つを認識し、および、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、ならびにＤＥＦＢ４Ａのうち少なくとも２つと前記プローブのセットとの間の結合を検出する、工程と、を含む、方法。
実施形態２：上記方法は、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａのうち少なくとも３つ、少なくとも４つ、または少なくとも５つの発現レベルを検出する工程を含む、実施形態１に記載の方法。
実施形態３：上記方法は、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａの発現レベルを検出する工程を含む、実施形態１に記載の方法。
実施形態４：上記方法は、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、およびＳ１００Ａ９の発現レベルを検出する工程を含む、実施形態１に記載の方法。
実施形態５：上記方法は、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、およびＣＸＣＬ５の発現レベルを検出する工程を含む、実施形態１に記載の方法。
実施形態６：上記方法は、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、およびＩＬ－８の発現レベルを検出する工程を含む、実施形態１に記載の方法。
実施形態７：上記方法は、ＩＬ－１７ＡおよびＩＬ－１７Ｆの発現レベルを検出する工程を含む、実施形態１に記載の方法。
実施形態８：上記発現レベルは、対照サンプルからの同等の遺伝子の遺伝子発現レベルと比較して、アップレギュレートされた遺伝子発現レベルである、実施形態１－７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態９：ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａの上記遺伝子発現レベルはアップレギュレートされる、実施形態８に記載の方法。
実施形態１０：上記プローブのセットは、少なくとも２以上６以下の遺伝子を認識する、実施形態１－９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１１：上記検出する工程は、上記単離された核酸を、ＩＬ－１７Ｃ、Ｓ１００Ａ７、ＩＬ－１７ＲＡ、ＩＬ－１７ＲＣ、ＩＬ－２３Ａ、ＩＬ－２２、ＩＬ－２６、ＩＬ－２４、ＩＬ－６、ＣＸＣＬ１、ＴＮＦα、ＬＣＮ２、ＣＣＬ２０、ＴＮＦＲＳＦ１Ａ、あるいはそれらの組み合わせを認識するプローブの追加のセットと接触させることを含む、実施形態１に記載の方法。
実施形態１２：上記プローブの追加のセットは、１以上１４以下の遺伝子を認識する、実施形態１１に記載の方法。
実施形態１３：乾癬を有する疑いがある被験体において、第１の遺伝子分類および第２の遺伝子分類から遺伝子発現レベルを検出する方法であって、上記方法は：（ａ）上記被験体から得られた皮膚サンプルから、核酸を単離する工程であって、上記皮膚サンプルは角質層からの細胞を含む、工程と；（ｂ）プローブのセットに、単離された核酸を接触させることによって、上記第１の遺伝子分類：ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａから１つ以上の遺伝子の発現レベルを検出する工程であって、上記プローブは、上記第１の遺伝子分類からの１以上の遺伝子を認識し、および、上記第１の遺伝子分類からの１以上の遺伝子と上記プローブのセットとの間の結合を検出する、工程と；（ｃ）上記単離された核酸をプローブの追加のセットと接触させることによって、上記第２の遺伝子分類：ＩＬ－１７Ｃ、Ｓ１００Ａ７、ＩＬ－１７ＲＡ、ＩＬ－１７ＲＣ、ＩＬ－２３Ａ、ＩＬ－２２、ＩＬ－２６、ＩＬ－２４、ＩＬ－６、ＣＸＣＬ１、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－３１、ＩＬ－３３、ＴＮＦα、ＬＣＮ２、ＣＣＬ２０、およびＴＮＦＲＳＦ１Ａからの１以上の遺伝子の発現レベルを検出する工程であって、上記プローブは、上記第２の遺伝子分類からの１以上の遺伝子を認識し、および、上記第２の遺伝子分類からの１以上の遺伝子と上記プローブの追加のセットとの間の結合を検出する、工程と、を含む、方法。
実施形態１４：上記方法は、上記第１の遺伝子分類からのＩＬ－１７ＡおよびＩＬ－１７Ｆの発現レベルを検出する工程を含む、実施形態１３に記載の方法。
実施形態１５：上記方法は、上記第１の遺伝子分類からのＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａの発現レベルを検出する工程を含む、実施形態１３に記載の方法。
実施形態１６：上記方法は、上記第１の遺伝子分類からのＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－８、およびＤＥＦＢ４Ａの発現レベルを検出する工程を含む、実施形態１３に記載の方法。
実施形態１７：上記方法は、上記第１の遺伝子分類からのＩＬ－１７Ｆ、ＣＸＣＬ５、およびＳ１００Ａ９の発現レベルを検出する工程を含む、実施形態１３に記載の方法。
実施形態１８：上記方法は、上記第１の遺伝子分類からのＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａの発現レベルを検出する工程を含む、実施形態１３に記載の方法。
実施形態１９：上記発現レベルは、対照サンプルからの同等の遺伝子の遺伝子発現レベルと比較して、アップレギュレートされた遺伝子発現レベルである、実施形態１３－１８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２０：ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、またはＤＥＦＢ４Ａの遺伝子発現レベルはアップレギュレートされる、実施形態１９に記載の方法。
実施形態２１：上記プローブのセットは、少なくとも１以上６以下の遺伝子を認識する、実施形態１３－２０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２２：上記プローブの追加セットは、少なくとも１以上１７以下の遺伝子を認識する、実施形態１３－２０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２３：上記方法は、上記第２の遺伝子分類からの１以上の遺伝子の発現レベルがアップレギュレートされることを決定する工程をさらに含む、実施形態１３－２２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２４：上記被験体に、ＴＮＦα、ＩＬ－１７Ａ、またはＩＬ－２３の阻害剤を投与する工程をさらに含む、実施形態１－２３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２５：上記被験体が、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａのうち少なくとも２つの改変された遺伝子発現レベルを有する場合、ＴＮＦαの阻害剤を上記被験体に投与するか、または処置のレベルを増大させる、実施形態２４に記載の方法。
実施形態２６：上記被験体が、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａのうち少なくとも２つの改変された遺伝子発現レベルを有する場合、ＩＬ－１７Ａの阻害剤を上記被験体に投与するか、または処置のレベルを増大させる、実施形態２４に記載の方法。
実施形態２７：上記被験体が、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａのうち少なくとも２つの改変された遺伝子発現レベルを有する場合、ＩＬ－２３の阻害剤を上記被験体に投与するか、または処置のレベルを増大させる、実施形態２４に記載の方法。
実施形態２８：ＴＮＦα、ＩＬ－１７Ａ、またはＩＬ－２３の阻害剤により、乾癬を有する被験体を処置する方法であって、上記方法は：
角質層からの細胞を含む皮膚サンプルから核酸を単離することによって、および、
ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、ならびにＤＥＦＢ４Ａのうち少なくとも２つを認識し、および、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、ならびにＤＥＦＢ４Ａのうち少なくとも２つとプローブのセットとの間の結合を検出する上記プローブのセットに、単離された核酸を接触させることにより、上記皮膚サンプル上で発現分析を行うか、行ったことによって、
上記被験体が改変された遺伝子発現レベルを有しているか否かを決定する工程を含み；
上記被験体が、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、ならびにＤＥＦＢ４Ａのうち少なくとも２つの改変された遺伝子発現レベルを有する場合、ＴＮＦα、ＩＬ－１７Ａ、あるいはＩＬ－２３の阻害剤を被験体に投与し、または上記阻害剤を用いた処置のレベルを増大させ、ならびに、
上記被験体が、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、ならびにＤＥＦＢ４Ａのうち少なくとも２つの改変された遺伝子発現レベルを有していない場合、上記阻害剤を投与しないか、または上記阻害剤を用いた処置を中止する、方法。
実施形態２９：上記被験体が、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａのうち少なくとも２つの改変された遺伝子発現レベルを有する場合、ＴＮＦαの阻害剤を上記被験体に投与するか、または処置のレベルを増大させる、実施形態２８に記載の方法。
実施形態３０：上記改変された遺伝子発現は発現の増大である、実施形態２９に記載の方法。
実施形態３１：上記被験体が、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａのうち少なくとも２つの改変された遺伝子発現レベルを有する場合、ＩＬ－１７Ａの阻害剤を上記被験体に投与するか、または処置のレベルを増大させる、実施形態２８に記載の方法。
実施形態３２：上記改変された遺伝子発現は発現の増大である、実施形態３１に記載の方法。
実施形態３３：上記被験体が、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａのうち少なくとも２つの改変された遺伝子発現レベルを有する場合、ＩＬ－２３の阻害剤を上記被験体に投与するか、または処置のレベルを増大させる、実施形態２８に記載の方法。
実施形態３４：上記改変された遺伝子発現は発現の増大である、実施形態３３に記載の方法。
実施形態３５：上記プローブのセットは、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、およびＩＬ－８のうち少なくとも２つを認識する、実施形態２８に記載の方法。
実施形態３６：上記プローブのセットは、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａを認識する、実施形態２８に記載の方法。
実施形態３７：アトピー性皮膚炎を患う疑いがある被験体において、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、およびＴＳＬＰのうち少なくとも２つの遺伝子発現レベルを検出する方法であって、上記方法は：（ａ）上記被験体から得られた皮膚サンプルから、核酸を単離する工程であって、上記皮膚サンプルは角質層からの細胞を含む、工程と；（ｂ）プローブのセットに、単離された核酸を接触させることによって、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、およびＴＳＬＰのうち少なくとも２つの発現レベルを検出する工程であって、上記プローブがＩＬ－１３、ＩＬ－３１、およびＴＳＬＰのうち少なくとも２つを認識し、ならびに、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、およびＴＳＬＰのうち少なくとも２つと上記プローブのセットとの間の結合を検出する、工程、を含む、方法。
実施形態３８：上記方法は、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、およびＴＳＬＰのうち少なくとも２つ、または少なくとも３つの発現レベルを検出する工程を含む、実施形態３７に記載の方法。
実施形態３９：上記方法は、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、およびＴＳＬＰの発現レベルを検出する工程を含む、実施形態３７に記載の方法。
実施形態４０：上記方法は、ＩＬ－１３およびＩＬ－３１の発現レベルを検出する工程を含む、実施形態３７に記載の方法。
実施形態４１：上記方法は、ＩＬ－１３およびＴＳＬＰの発現レベルを検出する工程を含む、実施形態３７に記載の方法。
実施形態４２：上記発現レベルは、対照サンプルからの同等の遺伝子の遺伝子発現レベルと比較して、アップレギュレートされた遺伝子発現レベルである、実施形態３７に記載の方法。
実施形態４３：ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、およびＴＳＬＰの上記遺伝子発現レベルはアップレギュレートされる、実施形態４２に記載の方法。
実施形態４４：上記プローブのセットは、少なくとも２以上３以下の遺伝子を認識する、実施形態３７に記載の方法。
実施形態４５：上記検出する工程は、ＩＬ－１３Ｒ、ＩＬ－４Ｒ、ＩＬ－１７、ＩＬ－２２、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、Ｓ１００Ａ７、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、ＣＣＬ１７、ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２６、ＣＣＬ２７、ＮＯＳ２、またはそれらの組み合わせを認識するプローブの追加のセットに、上記単離された核酸を接触させることを含む、実施形態３７に記載の方法。
実施形態４６：上記プローブの追加のセットは、１以上１６以下の遺伝子を認識する、実施形態４５に記載の方法。
実施形態４７：アトピー性皮膚炎を有する疑いがある被験体において、第１の遺伝子分類および第２の遺伝子分類から遺伝子発現レベルを検出する方法であって、上記方法は：（ａ）上記被験体から得られた皮膚サンプルから、核酸を単離する工程であって、上記皮膚サンプルは角質層からの細胞を含む、工程と；（ｂ）プローブのセットに、単離された核酸を接触させることによって、第１の遺伝子分類：ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、およびＴＳＬＰから１以上の遺伝子の発現レベルを検出する工程であって、上記プローブのセットが上記第１の遺伝子分類からの１以上の遺伝子を認識し、および、上記第１の遺伝子分類からの１以上の遺伝子と上記プローブのセットとの間の結合を検出する、工程と：（ｃ）プローブの追加のセットに、上記単離された核酸を接触させることによって、第２の遺伝子分類：ＩＬ－１３Ｒ、ＩＬ－４Ｒ、ＩＬ－１７、ＩＬ－２２、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、Ｓ１００Ａ７、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、ＣＣＬ１７、ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２６、ＣＣＬ２７、およびＮＯＳ２からの１以上の遺伝子の発現レベルを検出する工程であって、上記プローブは、上記第２の遺伝子分類からの１以上の遺伝子を認識し、および、上記第２の遺伝子分類からの１以上の遺伝子とプローブの追加のセットとの間の結合を検出する工程と、を含む、方法。
実施形態４８：上記方法は、上記第１の遺伝子分類からのＩＬ－１３およびＩＬ－３１の発現レベルを検出する工程を含む、実施形態４７に記載の方法。
実施形態４９：上記方法は、上記第１の遺伝子分類からのＩＬ－３１およびＴＳＬＰの発現レベルを検出する工程を含む、実施形態４７に記載の方法。
実施形態５０：上記方法は、上記第１の遺伝子分類からのＩＬ－１３およびＴＳＬＰの発現レベルを検出する工程を含む、実施形態４７に記載の方法。
実施形態５１：上記発現レベルは、対照サンプルからの同等の遺伝子の遺伝子発現レベルと比較して、アップレギュレートされた遺伝子発現レベルである、実施形態４７－５０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態５２：ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、またはＴＳＬＰの上記遺伝子発現レベルはアップレギュレートされる、実施形態５１に記載の方法。
実施形態５３：上記プローブのセットは、少なくとも１以上３以下の遺伝子を認識する、実施形態４７－５２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態５４：上記プローブの追加セットは、少なくとも１以上１６以下の遺伝子を認識する、実施形態４７－５２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態５５：上記方法は、上記第２の遺伝子分類からの１以上の遺伝子の発現レベルがアップレギュレートされることを決定する工程をさらに含む、実施形態４７－５４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態５６：上記被験体に、ＩＬ－１３、ＰＤＥ４、またはＩＬ－３１の阻害剤を投与する工程をさらに含む、実施形態３７－５５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態５７：上記被験体が、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、またはＴＳＬＰのうち少なくとも２つの改変された遺伝子発現レベルを有する場合、ＩＬ－１３の阻害剤を上記被験体に投与するか、または処置のレベルを増大させる、実施形態５６に記載の方法。
実施形態５８：ＩＬ－１３の阻害剤はレブリキズマブまたはトラロキヌマブである、実施形態５７に記載の方法。
実施形態５９：上記被験体が、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、またはＴＳＬＰのうち少なくとも２つの改変された遺伝子発現レベルを有する場合、ＰＤＥ４の阻害剤を上記被験体に投与するか、または処置のレベルを増大させる、実施形態５６に記載の方法。
実施形態６０：上記被験体が、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、またはＴＳＬＰのうち少なくとも２つの改変された遺伝子発現レベルを有する場合、ＩＬ－３１の阻害剤を上記被験体に投与するか、または処置のレベルを増大させる、実施形態５６に記載の方法。
実施形態６１：インターロイキン１３（ＩＬ－１３）またはインターロイキン－１３受容体（ＩＬ－１３Ｒ）に特異的に結合する抗体を有する、アトピー性皮膚炎を患う被験体を処置する方法であって、上記方法は：
角質層からの細胞を含む皮膚サンプルからの単離核酸を得るか、得たことによって、ならびに、
ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、および、ＴＳＬＰのうち少なくとも２つを認識し、および、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、およびＴＳＬＰのうち少なくとも２つとプローブのセットとの間の結合を検出する上記プローブのセットを、上記単離された核酸と接触させることにより、上記皮膚サンプル上で発現分析を行うか、行ったことによって、
上記被験体が改変された遺伝子発現レベルを有しているか否かを決定する工程を含み；
上記被験体が、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、またはＴＳＬＰのうち少なくとも２つの改変された遺伝子発現レベルを有する場合、ＩＬ－１３あるいはＩＬ－１３Ｒの阻害剤を上記被験体に投与し、および、
上記被験体が、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、またはＴＳＬＰのうち少なくとも２つの改変された遺伝子発現レベルを有しない場合、ＩＬ－１３あるいはＩＬ－１３Ｒの阻害剤を上記被験体に投与しない、方法。
実施形態６２：上記被験体が、ＩＬ－１３、ＩＬ－３１、およびＴＳＬＰのうち少なくとも２つの改変された遺伝子発現レベルを有する場合、ＩＬ－１３あるいはＩＬ－１３Ｒの阻害剤を上記被験体に投与するか、または処置のレベルを増大させる、実施形態６１に記載の方法。
実施形態６３：上記改変された遺伝子発現は発現の増大である、実施形態６２に記載の方法。
実施形態６４：ＩＬ－１３に特異的に結合する抗体は、レブリキズマブまたはトラロキヌマブである、実施形態６１に記載の方法。
実施形態６５：ＩＬ－１３Ｒに特異的に結合する抗体はデュピルマブである、実施形態６１に記載の方法。
実施形態６６：上記核酸は、ＲＮＡ、ＤＮＡ、またはそれらの組み合わせを含む、実施形態６５に記載の方法。
実施形態６７：ＲＮＡはｍＲＮＡである、実施形態６６に記載の方法。
実施形態６８：ＲＮＡは無細胞循環ＤＮＡである、実施形態６６に記載の方法。
実施形態６９：上記角質層からの細胞は、Ｔ細胞またはＴ細胞の成分を含む、実施形態１－６８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態７０：上記角質層からの細胞は角化細胞を含む、実施形態１－６８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態７１：粘着パッチに細胞を付着するのに十分な方法で上記被験体の皮膚領域に上記粘着パッチを適用し、上記粘着パッチに付着した細胞を保持するのに十分なやり方で上記皮膚領域から粘着パッチを取り除くことによって、皮膚サンプルが得られる、実施形態１－７０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態７２：上記粘着パッチの各々に細胞を付着するのに十分な方法で上記被験体の皮膚領域に複数の上記粘着パッチを適用し、上記粘着パッチの各々に付着した細胞を保持するのに十分な方法で上記皮膚領域から粘着パッチの各々を取り除くことによって、上記皮膚サンプルが得られる、実施形態１－７０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態７３：上記複数の粘着パッチは少なくとも４つの粘着パッチを含む、実施形態７２に記載の方法。
実施形態７４：上記皮膚サンプルから単離された核酸の量は、約１００ピコグラム～約１００マイクログラム、約２００ピコグラム～約１０マイクログラム、または約５００ピコグラム～約１マイクログラムである、実施形態１－７３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態７５：上記遺伝子の発現レベルは、１週間、２週間、３週間、１ヶ月間、２ヶ月間、６ヶ月間、またはそれ以上にわたってモニタリングされる、実施形態１－７４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態７６：上記被験体はヒトである、実施形態１－７５のいずれか１つに記載の方法。
本発明の好ましい実施形態が本明細書で示され、記載されてきたが、こうした実施形態がほんの一例として提供されているに過ぎないということは当業者にとって明白である。多くの変更、変化、および置換が、本発明から逸脱することなく、当業者には思い浮かぶであろう。本明細書に記載される本発明の実施形態の様々な代替案が、本発明の実施に際して利用され得ることを理解されたい。以下の特許請求の範囲は本発明の範囲を定義するものであり、この特許請求の範囲およびその同等物の範囲内の方法ならびに構造は、それにより包含されることが意図されている。

Claims (13)

  1. 乾癬を抱えている疑いのある被験体のＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａの少なくとも２つの遺伝子発現レベルを検出する方法であって、前記方法は、
    ａ）前記被験体から得られた皮膚サンプルから核酸を単離する工程であって、皮膚サンプルが角質層からの細胞を含む、工程と、
    ｂ）プローブのセットに、単離された核酸を接触させることによって、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａの少なくとも２つの発現レベルを検出する工程であって、前記プローブのセットがＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａの少なくとも２つを認識し、ならびに、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａと、前記プローブのセットとの間の結合を検出する、工程と、
    ｃ）前記細胞を接着パッチへ充分接着させるように前記被験体の皮膚領域に前記接着パッチを適用することと、接着された細胞を前記接着パッチに充分保持するように前記皮膚領域から前記接着パッチを取り除く、工程と、
    ｄ）前記発現レベルは、対照サンプルからの同等の遺伝子の遺伝子発現レベルと比較して、アップレギュレートされた遺伝子発現レベルである、工程、
    を含む、方法。
  2. 前記方法は、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａの少なくとも３つ、少なくとも４つ、または少なくとも５つの発現レベルを検出する工程を含む、請求項１に記載の方法。
  3. 前記方法が、
    ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａの発現レベルを検出する工程、
    ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、およびＳ１００Ａ９の発現レベルを検出する工程、
    ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、およびＣＸＣＬ５の発現レベルを検出する工程、
    ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、およびＩＬ－８の発現レベルを検出する工程、または、
    ＩＬ－１７ＡとＩＬ－１７Ｆの発現レベルを検出する工程、
    を含む、請求項１に記載の方法。
  4. ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａの遺伝子発現レベルがアップレギュレートされる、請求項１に記載の方法。
  5. 前記プローブのセットは２つ以上６つ以下の遺伝子を認識する、請求項１に記載の方法。
  6. 検出する工程は、プローブの追加のセットに、単離された核酸を接触させることを含み、前記プローブの追加のセットが、ＩＬ－１７Ｃ、Ｓ１００Ａ７、ＩＬ－１７ＲＡ、ＩＬ－１７ＲＣ、ＩＬ－２３Ａ、ＩＬ－２２、ＩＬ－２６、ＩＬ－２４、ＩＬ－６、ＣＸＣＬ１、ＴＮＦα、ＬＣＮ２、ＣＣＬ２０、ＴＮＦＲＳＦ１Ａ、またはこれらの組み合わせを認識する、請求項１に記載の方法。
  7. 前記プローブの追加のセットは１以上１４以下の遺伝子を認識する、請求項６に記載の方法。
  8. 乾癬を抱えている疑いのある被験体の第１の遺伝子分類と第２の遺伝子分類から遺伝子発現レベルを検出する方法であって、前記方法は、
    ａ）前記被験体から得られた皮膚サンプルから核酸を単離する工程であって、皮膚サンプルが角質層からの細胞を含む、工程と、
    ｂ）プローブのセットに、単離された核酸を接触させることによって、第１の遺伝子分類、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａから１つ以上の遺伝子の発現レベルを検出する工程であって、前記プローブのセットが、第１の遺伝子分類からの１以上の遺伝子を認識し、および、第１の遺伝子分類からの１以上の遺伝子と前記プローブのセットとの間の結合を検出する、工程と、
    ｃ）プローブの追加のセットに、単離された核酸を接触させることによって、第２の遺伝子分類、ＩＬ－１７Ｃ、Ｓ１００Ａ７、ＩＬ－１７ＲＡ、ＩＬ－１７ＲＣ、ＩＬ－２３Ａ、ＩＬ－２２、ＩＬ－２６、ＩＬ－２４、ＩＬ－６、ＣＸＣＬ１、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－３１、ＩＬ－３３、ＴＮＦα、ＬＣＮ２、ＣＣＬ２０、およびＴＮＦＲＳＦ１Ａから１つ以上の遺伝子の発現レベルを検出する工程であって、前記プローブの追加のセットが第２の遺伝子分類から１つ以上の遺伝子を検出し、ならびに、第２の遺伝子分類からの１つ以上の遺伝子と前記プローブの追加のセットとの間の結合を検出する、工程と、
    ｄ）細胞を接着パッチへ充分接着させるように前記被験体の皮膚領域に前記接着パッチを適用することと、接着された細胞を前記接着パッチに充分保持するように前記皮膚領域から前記接着パッチを取り除く、工程と、
    ｅ）前記発現レベルは、対照サンプルからの同等の遺伝子の遺伝子発現レベルと比較して、アップレギュレートされた遺伝子発現レベルである、工程を、
    含む、方法。
  9. 前記方法は、
    第１の遺伝子分類からＩＬ－１７ＡとＩＬ－１７Ｆの発現レベルを検出する工程、
    前記第１の遺伝子分類からＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａの発現レベルを検出する工程、
    前記第１の遺伝子分類からＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－８、およびＤＥＦＢ４Ａの発現レベルを検出する工程、
    前記第１の遺伝子分類からＩＬ－１７Ｆ、ＣＸＣＬ５、およびＳ１００Ａ９の発現レベルを検出する工程、または、
    前記第１の遺伝子分類からＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、およびＤＥＦＢ４Ａの発現レベルを検出する工程、
    を含む、請求項８に記載の方法。
  10. ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－８、ＣＸＣＬ５、Ｓ１００Ａ９、またはＤＥＦＢ４Ａの遺伝子発現レベルはアップレギュレートされる、請求項８に記載の方法。
  11. 前記方法は、第２の分類からの１つ以上の遺伝子の発現レベルがアップレギュレートされていることを判定する工程をさらに含む、請求項８に記載の方法。
  12. 角質層からの細胞が角化細胞を含む、請求項１－１１のいずれか１つに記載の方法。
  13. 皮膚サンプルから単離された核酸の量は、約１００ピコグラムから約１００マイクログラム、約２００ピコグラムから約１０マイクログラム、または約５００ピコグラムから約１マイクログラムである、請求項１－１２のいずれか１つに記載の方法。
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