JP7408814B2 - 抗-lilrb1抗体およびその用途 - Google Patents
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Description
本出願は、2019年12月23日付の韓国特許出願第10-2019-0173414号および2020年5月22日付の韓国特許出願第10-2020-0061907号に基づく優先権の利益を主張し、当該韓国特許出願の文献に開示された全ての内容は本明細書の一部として含まれる。
(1)Kabat numberingによるCDR定義(Kabat,E.A.,Wu,T.T.,Perry,H.,Gottesman,K.and Foeller,C.(1991)Sequences of Proteins of Immunological Interest,Fifth Edition.NIH Publication No.91-3242;http://www.abysis.org/)を基準にして、
配列番号1、7、13、19、25、31、37、43、49、55、61、67、73、79、85、91、97、103、109または115のアミノ酸配列を含むCDR-L1、
配列番号2、8、14、20、26、32、38、44、50、56、62、68、74、80、86、92、98、104、110または116のアミノ酸配列を含むCDR-L2、
配列番号3、9、15、21、27、33、39、45、51、57、63、69、75、81、87、93、99、105、111または117のアミノ酸配列を含むCDR-L3、
配列番号4、10、16、22、28、34、40、46、52、58、64、70、76、82、88、94、100、106、112または118のアミノ酸配列を含むCDR-H1、
配列番号5、11、17、23、29、35、41、47、53、59、65、71、77、83、89、95、101、107、113または119のアミノ酸配列を含むCDR-H2、および
配列番号6、12、18、24、30、36、42、48、54、60、66、72、78、84、90、96、102、108、114または120のアミノ酸配列を含むCDR-H3を含むか、
(2)IMGT numberingによるCDR定義(http://www.imgt.org/)を基準にして、
配列番号121、126、131、136、141、146、151、156、161、166、171、176、181、186、191、196、201、206、211または216のアミノ酸配列を含むCDR-L1、
配列番号122、127、132、137、142、147、152、157、162、167、172、177、182、187、192、197、202、207、212または217のアミノ酸配列を含むCDR-L2、
配列番号3、9、15、21、27、33、39、45、51、57、63、69、75、81、87、93、99、105、111または117のアミノ酸配列を含むCDR-L3、
配列番号123、128、133、138、143、148、153、158、163、168、173、178、183、188、193、198、203、208、213または218のアミノ酸配列を含むCDR-H1、
配列番号124、129、134、139、144、149、154、159、164、169、174、179、184、189、194、199、204、209、214または219のアミノ酸配列を含むCDR-H2、および
配列番号125、130、135、140、145、150、155、160、165、170、175、180、185、190、195、200、205、210、215または220のアミノ酸配列を含むCDR-H3を含むものであり得る。
CDR-L1、CDR-L2、およびCDR-L3を含む軽鎖可変領域、並びに
CDR-H1、CDR-H2、およびCDR-H3を含む重鎖可変領域を含むものであり得る。
配列番号221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259または345のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、および
配列番号222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258または260のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含むものであり得る。
1.1.ファージディスプレイ(phage display)を用いたLILRB1に対するヒト抗体の選別
ヒトLILRB1を特異的に認識する抗体を選別するために、ヒトscFv抗体からなるライブラリーを用いてファージディスプレイ選別法を行った。抗原は、RnD systems社製のhuman LILRB1-His(Cat.No.8989-T2)とhuman LILRB1-Fc(Cat.No.2017-T2)をそれぞれ用いた。また、各抗原は、EZ-Link Sulfo-NHS-Biotin kit(ThermoFisher Scientific)を用いてbiotinをconjugationした。
前記実施例1.1で抗原に対する結合が確認されたscFvをコーディングする遺伝子をPCRで増幅して発現ベクターを作製した。各選別群に対するスクリーニングのために、一定数のtransformantを96 well culture plateに移した。Autoinduction media(Studier,F.W.(2005)Protein Expression and Purification 41,207-34)を用いてscFv形態の抗体を発現した後、DELFIA immune assay(PerkinElmer)を行い、抗原に対する結合を確認した。また、表面に一定量のscFv抗体がコーティングされるようにした後、抗原に対するDELFIAを行い、抗原-抗体結合力に対する順位を決めた。
前記実施例1.2で抗原に対する結合が確認されたクローンの中から総376個を選別し、前記選別されたscFvをコーディングする遺伝子の核酸配列を一般的なDNA配列分析方法で分析して重複するクローンを除去した。また、前記実施例1.2で定められた抗原-抗体結合力に対する順位に基づいて総93個のクローンを選別した。前記選別されたscFvをコーディングする遺伝子からそれぞれの重鎖可変領域(VH)と軽鎖可変領域(VL)に相当する配列をPCRで増幅してIgG4形態のヒト抗体(IgG4 Fc:配列番号341、Kappa不変領域:配列番号342、Lambda不変領域:配列番号343)をコーディングするように作製された発現ベクター(pTRIOZ-hIgG4;InvivoGen、その他にもCMV promoter、またはCMV/CHO beta-actin融合プロモーター(KR10-1038126B1)を有し、human IgG4のheavy chain constant regionとkappaまたはlambda light chainのconstant region配列を含むベクターの中でどちらを用いても構わない)に挿入した。前記発現ベクターは、sequencingによってそのDNA配列を確認した。
前記実施例1.3で構築されたベクターは、Plasmid Plus Maxi kit(Qiagen)を用いて精製した。このように精製されたベクターを、ExpiCHO-STM細胞またはExpi293TM細胞を用いて抗体発現に使用した。
前記実施例1.3で選別された93種の抗体のLILRB1抗原に対する親和力をBiacore T200(GE healthcare)を用いて測定した。Series S Sensor Chip CM5(GE healthcare、Cat.No.BR-1005-30)上にAmine Coupling Kit(GE healthcare、Cat.No.BR-1000-508)を用いてanti-human IgG(Fc)抗体(GE healthcare、Cat.No.BR-1008-39、最終濃度25ug/mL)を5ul/minで360秒間流して約5000~7000RUで固定させた。抗原であるヒトLILRB1タンパク質(LILRB1-His、RnD systems Cat.No.8989-T2)を3.13nMから1600nMまでの濃度範囲内で互いに異なる4~9個の濃度で30ul/minの速度で注入して、下記の表の通りkaとkd値を求め、これからKD値を計算した。
前記実施例1.5で抗原に対する結合力が確認された20種の抗体のKabat numberingに基づいたCDR definitionにより定義されたCDRと軽鎖可変領域、重鎖可変領域、軽鎖、および重鎖のアミノ酸配列と前記軽鎖可変領域および重鎖可変領域のコード遺伝子の核酸配列を一般的なアミノ酸配列分析およびDNA配列分析方法で分析して、下記表4~表23に整理した:
2.1.NK細胞表面結合分析(NK cell surface binding assay)
前記実施例1.4で選別された93種抗体が免疫細胞表面に発現したLILRB1とも結合するかどうかを確認するために、NK細胞表面結合分析(NK cell surface binding assay)を行った。ヒトNK細胞であるKHYG-1細胞(JCRB)を10%(w/v)のFBS(Gibco)と100U/mL interleukin-2(Novartis)を含むRPMI 1640培地(Gibco)で培養した。KHYG-1細胞を5×104cells/wellとなるようにU-bottom 96-well tissue culture plate(BD Falcon)に分注した。各well当たりの最終濃度が50μg/mLの試験抗体を加え、4℃で1時間静置した。
前記実施例1.5で選択した抗体がLILRB1とそのリガンドであるHLA-Gの結合を阻害するかどうかを確認するために、LILRB1/HLA-G結合阻害能分析を行った。
選別された抗体がNK細胞による癌細胞死滅能を増加させるかどうかを確認するために、NK細胞KHYG-1によるHLA-G過剰発現HEK293細胞の死滅率を分析した。KHYG-1細胞(JCRB)を2×104cells/well(4×104cells/mL、総体積50ul)となるように96-well tissue culture plate(BD Falcon)に分注した。試験抗体(表25)を各well当たりの最終濃度が20μg/mLとなるように加え、37℃で1時間静置した。
前記実施例1.5で選別された抗体の中で2種の試験抗体(E3、B3)の抗癌効能の改善要否を生体内で確認した。そのために、Bioware Brite Cell Line HCT116 Red-Fluc大腸癌細胞(PerkinElmer)およびTHP-1由来マクロファージ(THP-1 derived macrophage)と、抗体を投与した異種移植大腸癌マウス動物モデルを対象として生体内(invivo)で前記2種の抗体投与によって腫瘍の大きさが減少するかどうかを確認した。陰性対照群としてhuman IgG1 isotype control抗体(BioXcell、Cat.No.BP0297)を前記と同様に投与した異種移植大腸癌マウス動物モデルを用意した。以下、前記過程をより具体的に記載する:
5週齢の雌性CIEA NOG Mouse[NOG免疫不全マウス](公益財団法人実験動物中央研究所)に3×106個のHCT116 Red-Fluc大腸癌細胞と3×106個のTHP-1由来マクロファージ、および2種の試験抗体(E3またはB3抗体;1匹当たり20μgを投与)それぞれの混合物を皮下注射して使用した。腫瘍移植後、4日目から、抗体を腹腔注射によって5mg/kgの濃度に週2回投与し、移植された腫瘍の大きさ(mm3)を測定して、その結果を図6に示す。図6に示したように、HCT116大腸癌およびTHP-1由来マクロファージを移植したマウス動物モデルで試験したすべての抗体、特に、E3抗体は統計学的に有意水準の明確な腫瘍成長抑制効能を示した。
前記実施例3で特に優れた効果が確認されたE3抗体の重鎖(配列番号302)に相当する全体核酸配列をPCR増幅し、E3抗体の軽鎖可変領域(VL)(配列番号:221)のSer1からLeu110に相当する核酸配列をPCR増幅した後、Lambda不変領域(Lambda CL.1、配列番号344)核酸配列と連結してLambda軽鎖領域コード核酸配列をPCR増幅した。増幅された配列は、IgG4形態のヒト抗体をコーディングするように作製された発現ベクター(pTRIOZ-hIgG4;InvivoGen、それ以外にもCMV promoter、またはCMV/CHO beta-actin融合プロモーター(KR10-1038126B1)を有し、human IgG4のheavy chain constant regionとlambda light chainのconstant regionをコードする配列を含むベクターの中でどれを使用しても構わない)に挿入した。前記発現ベクターは、sequencingによってそのDNA配列を確認した。
ヒトLILR familyタンパク質の全体配列(下記の表27参照)をコードする核酸配列をPCRで増幅し、増幅された配列をコーディングするように作製された発現ベクター(pTRIOZ-hIgG4;InvivoGen、それ以外にもCMV promoter、またはCMV/CHO beta-actin融合プロモーター(KR10-1038126B1)を有し、human IgG4のheavy chain constant regionとlambda light chainのconstant region配列を含むベクターの中でどれを使用しても構わない)に挿入した。前記発現ベクターは、sequencingによってその配列を確認した。構築されたベクターは、CHO細胞にトランスフェクション(Transfection)し、各LILRタンパク質を細胞表面に過剰発現する11種の安定した細胞株を作製した。
前記実施例1および実施例4で用意した抗体のhuman LILRB1過剰発現細胞株結合に対するEC50値を測定するために、細胞表面結合分析(cell surface binding assay)を行った。前記用意された抗体を代表としてE3.1およびH11抗体のEC50値を測定した。実施例5で用意したLILRB1を細胞表面に過剰発現させたCHO細胞を1×105cells/wellとなるようにU-bottom 96-well tissue culture plate(BD Falcon)に分注した。各well当たりの最終濃度が、E3.1は600ug/mLから1/3ずつ、H11は27ug/mLから1/3ずつ連続稀釈した後、細胞に処理して4℃で60分間静置した。FACS bufferでwashingした後、anti-human Fc-biotin抗体(Invitrogen)を細胞に処理して4℃で30分間静置した。FACS bufferでwashingした後、PE蛍光が標識されたstreptavidin(BD Pharmigen)を細胞に処理して4℃で30分間静置した。FACS bufferでwashingした後、細胞を懸濁してiQue screener(Sartorius)で分析した。EC50は、GraphPad Prism softwareのnonlinear regression式を用いて計算し、得られた結果を表28に示す:
選別された抗体がLILRB1以外の他のhuman LILR familyとも結合するかどうかを確認するために細胞表面結合分析(cell surface binding assay)を行った。実施例5で用意した多様なLILR系タンパク質を細胞表面に過剰発現させたCHO細胞をそれぞれ1×105cells/wellとなるようにU-bottom 96-well tissue culture plate(BD Falcon)に分注した。最終濃度20ug/mLの抗体を各wellの細胞に処理して4℃で60分間静置した。FACS bufferでwashingした後、anti-human Fc-biotin抗体(Invitrogen)を細胞に処理して4℃で30分間静置した。FACS bufferでwashingした後、PEまたはFITC蛍光が標識されたstreptavidin(BD Pharmigen)を細胞に処理して4℃で30分間静置した。FACS bufferでwashingした後、懸濁してiQue screener(Sartorius)で分析した。各LILRタンパク質に特異的な抗体(表27参照)を処理した細胞はpositive controlとして、human IgG4 isotype control抗体(Biolegend)を処理した細胞はnegative controlとして用いた。
E3.1とH11抗体がNK細胞の細胞毒性能を増加させるかどうかを確認するために固着化酵素抗体法(ELISPOT)を行った。前記細胞毒性能は、NK細胞での細胞毒性物質であるグランザイム(granzyme B)とパーフォリン(perforin)の発現量で確認した。
本実施例で提供された抗体の既存抗体に対して優れた効能を確認するために、マウス由来anti-human LILRB1抗体であるGHI/75抗体(Biolegend、cat#333721)の可変領域とヒト由来抗体不変領域を有するchimeric GHI/75を作製した。
実施例1および実施例4で作製された抗体がLILRB1によるシグナル伝達を阻害するかを確認するためにluciferase reporter assayを行った。実施例1および実施例4で作製された抗体の中で代表的にE3.1およびH11抗体に対して試験を行い、比較抗体として実施例9で用意したchimeric GHI/75抗体を使用した。LILRB1とinterleukin 2(IL-2)promoter luciferaseを発現するJurkat細胞株(Jurkat細胞株(American Type Culture Collection)にIL-2 promoter luciferase vector(Promega)を挿入した後、LILRB1を発現するように作製されたlentivirusをtransductionして作製)とHLA-Gを過剰発現するK562細胞株を用いた。96-well plateにanti-CD3抗体(Biolegend)を加えた後、4℃で一晩コーティングした。翌日、U-bottom 96-well plateにLILRB1とIL-2 promoter luciferaseを発現するJurkat細胞1×105個/wellに加え、最終濃度が20ug/mLとなるようにE3.1、H11、chimeric GHI/75、およびhuman IgG4 isotype(対照群)抗体をそれぞれ処理した後、37℃で1時間静置した。その後、該plateに1×105個のHLA-Gを過剰発現させたK562細胞を加え、37℃で30分間静置した。その後、該懸濁液をanti-CD3でcoatingされたplateに移し、anti-CD28抗体(Biolegend)を最終濃度が10ug/mLとなるように加えた。該plateを37℃で6時間静置した後、各wellにSteady-Glo(登録商標)(Promega)溶液を加えた後、luminometer(Envision、PerkinElmer)を用いて分析した。
選別された抗体の抗癌効能分析のために、実施例3を参照して5週齢の雌性CIEA NOG Mouse(NOG免疫不全マウス、公益財団法人実験動物中央研究所)に3×106個のHCT116 Red-Fluc大腸癌細胞と3×106個のTHP-1由来マクロファージおよび2種の試験抗体(匹当たり20ugを投与)を皮下注射して、マウス動物モデルを用意した。使用された試験抗体はE3.1、H11であり、比較のためにhuman IgG4 isotype対照抗体を使用した。腫瘍細胞移植後、4日目から前記抗体をそれぞれ5mg/kgの容量で腹腔注射で週2回投与し、腫瘍体積を測定してその結果を図12に示す。図12に示したように、HCT116大腸癌細胞およびTHP-1由来マクロファージを移植したマウス動物モデルでE3.1およびH11抗体はいずれも対照抗体に対して優れた腫瘍成長抑制効能を示した。
Claims (10)
- 以下の相補性決定領域(complementarity determining region;CDRs)を含む、抗-LILRB1抗体またはその抗原結合断片:
配列番号1のアミノ酸配列を含むCDR-L1、
配列番号2のアミノ酸配列を含むCDR-L2、
配列番号3のアミノ酸配列を含むCDR-L3、
配列番号4のアミノ酸配列を含むCDR-H1、
配列番号5のアミノ酸配列を含むCDR-H2、および
配列番号6のアミノ酸配列を含むCDR-H3
(前記CDRはKabat numberingを基準にして定義される。) - 配列番号221または345のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、および
配列番号222のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む、請求項1に記載の抗-LILRB1抗体またはその抗原結合断片。 - 前記抗体は、ヒトIgG1またはIgG4抗体である、請求項1に記載の抗-LILRB1抗体またはその抗原結合断片。
- 前記抗原結合断片は、scFv、(scFv)2、Fab、Fab’、F(ab’)2、scFvが免疫グロブリンのFcと融合した融合ポリペプチド、またはscFvが軽鎖の不変領域と融合した融合ポリペプチドである、請求項1に記載の抗-LILRB1抗体またはその抗原結合断片。
- 請求項1~4のいずれか一項に記載の抗-LILRB1抗体またはその抗原結合断片および薬学的に許容可能な担体を含む、癌の予防または治療用薬学組成物。
- 前記癌は、MHCクラスIが過剰発現された特性を有する、請求項5に記載の薬学組成物。
- 請求項1~4のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片をコードする、核酸分子。
- 請求項7に記載の核酸分子を含む、組換えベクター。
- 請求項7に記載の核酸分子またはこれを含む組換えベクターを含む、組換え細胞。
- 請求項9に記載の組換え細胞を培養する段階を含む、抗-LILRB1抗体またはその抗原結合断片の製造方法。
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