JP7346302B2 - ヒトpd-1ペプチドワクチン及びその使用法 - Google Patents

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Description

今、癌は、先進国における、また世界全体における主要な死亡原因となっている。この疾患の財務的負担、より重要なことには、それが引き起こす苦しみはあまりにも大きいものがある。新たな、より有効な抗癌療法の開発及び適用を速める明白かつ緊急な必要性がある。腫瘍学の分野は膨大であり、いくつかの希少/希用薬を含むいくつかの指示薬を含む。腫瘍学は、薬物開発の観点から最も活性な領域のうちの1つであり続けているが、未だ満たされていない必要性が依然として存在する。
癌免疫学における最近の進歩は、ヒト癌に対するT細胞媒介抗腫瘍免疫の重要性を実証しており、T細胞によって発現される阻害受容体は、癌免疫療法の重要な標的となっている。免疫チェックポイントプログラム細胞死タンパク質-1(PD-1)を介してシグナル伝達することにより、抗腫瘍免疫応答を緩衝することによる腫瘍の進行を可能にする。PD-1とそのリガンド、すなわちプログラムされた細胞死リガンド-1(PD-L1)との間のシグナル伝達軸を、モノクローナル抗体を用いて治療的に遮断することは、癌の治療において顕著な臨床的成功を示し、疾患が進行した段階及び転移した段階であっても、癌サブタイプの広範なセットにわたって、印象的な活躍を示している。この経路を標的とする治療法は、現在臨床治験中である。ペンブロリズマブ及びニボルマブは、イピリムマブ不応性黒色腫の治療のための米国食品医薬品局(FDA)からの迅速承認を得るための、チェックポイント阻害剤のこの抗PD-1経路ファミリーの第1のものである。
免疫学的チェックポイントを標的とするモノクローナル抗体、特にPD-1/PD-L1軸は、近年、癌治療に目覚ましい成果をもたらしている。それらの証明された有用性にもかかわらず、抗体は、PD-1:PD-L1シグナル伝達経路を標的化する際に特に関連し得る、不十分な組織/腫瘍浸透性を含めて、治療薬として特有の欠点を有する。例えば、PD-1発現エフェクターT細胞は、PD-L1発現腫瘍の固形組織内に浸潤したことが見出される。これは、それらの大きなサイズのために腫瘍内に入ることが妨げられる抗体にとっては問題である。したがって、抗体は、腫瘍内の意図された治療部位における、PD-1:PD-L1シグナル伝達に完全には拮抗することができず、その効き目は最適とは言えないものとなる。
チェックポイントブロックは、癌に対する免疫療法における新たなパラダイムシフトを開始させるものである。しかしながら、多くの癌患者は、PD-1/PD-L1チェックポイント遮断に応答しなかった。癌、ウイルス感染症、自己免疫疾患、及びアルツハイマー病の治療のための新たなPD-1/PD-L1チェックポイント阻害剤が必要とされている。
合成PD-1ペプチドに関連する方法及び組成物が開示される。
一態様では、本明細書では、PD-1タンパク質に対する免疫応答を刺激するためのPD-1キメラペプチドが開示され、そのPD-1キメラペプチドは、1つ以上のPD-1のB細胞エピトープと、Tヘルパー(Th)エピトープ(例えば、配列番号6などの麻疹ウイルス融合タンパク質ペプチド)と、PD-1のB細胞エピトープをThエピトープに接合するリンカー(例えば、配列番号7など)とを含み、1つ以上のPD-1のB細胞エピトープが、配列番号2、配列番号3、配列番号4、及び配列番号5からなる群から選択される配列からなるものである。
また、本明細書では、ペプチドが、配列番号8、配列番号9、配列番号10、又は配列番号11に記載されるアミノ酸配列を含む、前述の態様のいずれかのキメラペプチドも開示される。
一態様では、本明細書に開示されるのは、配列番号12、配列番号13、配列番号14、又は配列番号15に記載される配列のうちの1つ以上を含む、PD-1タンパク質に対する免疫応答を刺激するための合成PD-1ペプチドである。一態様では、合成ペプチドは、アセチル化されているものであり得る。
また、本明細書では、Thエピトープ(例えば、配列番号6などの麻疹ウイルス融合タンパク質ペプチド)と、合成PD-1ペプチドをThエピトープに接合するリンカー(例えば、配列番号7など)とを更に含む、前述の態様のいずれかに記載の合成ペプチドを含むキメラペプチドも開示される。
また、本明細書では、ペプチドが、配列番号16、配列番号17、配列番号18、又は配列番号19に記載のアミノ酸配列を含む、前述の態様のいずれかに記載のキメラペプチドも開示される。
一態様では、前述の態様のいずれかの、1つ以上のキメラペプチド又は合成ペプチドと、薬学的に許容されるビヒクルとを含む医薬組成物が本明細書に開示される。
また、1つ以上のHER-2のB細胞エピトープ(例えば、配列番号27、配列番号28、配列番号29、又は配列番号30)及び/又は1つ以上の抗HER-2抗体を更に含む、前述の態様のいずれかの医薬組成物も開示される。
一態様では、本明細書に開示されるのは、被検体の癌、アルツハイマー病、又は自己免疫疾患を治療する方法であって、前述の態様のいずれかのペプチド又は組成物のいずれかを被検体に投与することを含む。
本明細書に組み込まれ、また本明細書の一部を構成する添付の図面は、いくつかの実施形態を例証し、説明と共に、開示される組成物及び方法を例証する。
hPD-1/hPD-L1インタフェースの拡大図を示し、hPD-1及びhPD-L1をそれぞれ青色及び緑色リボンによって表している図である。相互作用に重要な全ての残基は、スティックとして強調されている。疎水性コアを形成する残基は、黄色に着色されている。水分子は、赤色球体として示されている。水素結合は、黒色の破線で示されている。正面図(出典:Zak et al.,2015,Structure 23,2341-2348)。 hPD-1/hPD-L1インタフェースの拡大図を示し、hPD-1及びhPD-L1をそれぞれ青色及び緑色リボンによって表している図である。相互作用に重要な全ての残基は、スティックとして強調されている。疎水性コアを形成する残基は、黄色に着色されている。水分子は、赤色球体として示されている。水素結合は、黒色の破線で示されている。PD-1ペプチドをモデル化したもの。
立体構造エピトープとしてのPD-1ペプチドをモデリングしたものを示す図である。PD-1(32-50)(配列番号2)を示す図である。 立体構造エピトープとしてのPD-1ペプチドをモデリングしたものを示す図である。PD-1(73-90)(配列番号4)を示す図である。 立体構造エピトープとしてのPD-1ペプチドをモデリングしたものを示す図である。PD-1(92-110)(配列番号5)を示す図である。
ヒトhPD-L1の細胞外ドメインに対する結合実験のための表面プラズモン共鳴分光法による図を示す。rhPD-L1に対して得られた固定化レベルは、2345RUである。 ヒトhPD-L1の細胞外ドメインに対する結合実験のための表面プラズモン共鳴分光法による図を示す。ニボルマブに対して得られた固定化レベルは、12264RUである。 ヒトhPD-L1の細胞外ドメインに対する結合実験のための表面プラズモン共鳴分光法による図を示す。ヒトIgGに対して得られた固定化レベルは、11651RUである。 ヒトhPD-L1の細胞外ドメインに対する結合実験のための表面プラズモン共鳴分光法による図を示す。センサチップの妥当性検証は、fhPD-1及びニボルマブ結合の特異性を測定することによって示された。1μM(17.3μg/ml)のrhPD-1を10μL/分で3分間、チップ上に導入した。1μMのBSAが、陰性対照として用いられた。 ヒトhPD-L1の細胞外ドメインに対する結合実験のための表面プラズモン共鳴分光法による図を示す。センサチップの妥当性検証は、fhPD-1及びニボルマブ結合の特異性を測定することによって示された。1μM(17.3μg/ml)のrhPD-1を10μL/分で3分間、チップ上に導入した(図3D)。1μMのBSAが、陰性対照として用いられた。チップを、10mMのグリシン-HCl、pH2.5によって再生した。
MVFペプチド及びアセチル化ペプチドが、rhPD-L1及びニボルマブに結合するのを示している図である。MVF-PD-1(45-64)、MVF-PD-1(73-90)、及びMVF-PD-1(92-110)は固定化されたrhPD-L1に結合する。 MVFペプチド及びアセチル化ペプチドが、rhPD-L1及びニボルマブに結合するのを示している図である。MVF-PD-1(45-64)、MVF-PD-1(73-90)、及びMVF-PD-1(92-110)は固定化されたニボルマブに結合する。 MVFペプチド及びアセチル化ペプチドが、rhPD-L1及びニボルマブに結合するのを示している図である。Ac-PD-1(45-64)、Ac-PD-1(73-90)、及びAc-PD-1(92-110)は、固定化rhPD-L1に結合する。 MVFペプチド及びアセチル化ペプチドが、rhPD-L1及びニボルマブに結合するのを示している図である。Ac-PD-1(45-64)、Ac-PD-1(73-90)、及びAc-PD-1(92-110)は、固定化rhPD-L1に結合する。 MVFペプチド及びアセチル化ペプチドが、rhPD-L1及びニボルマブに結合するのを示している図である。Ac-PD-1(45-64)、Ac-PD-1(73-90)、及びAc-PD-1(92-110)は、固定化ニボルマブに結合する。 MVFペプチド及びアセチル化ペプチドが、rhPD-L1及びニボルマブに結合するのを示している図である。Ac-PD-1(45-64)、Ac-PD-1(73-90)、及びAc-PD-1(92-110)は、固定化ニボルマブに結合する。
MVFペプチドの200ng/ウェル上で、1番目(1Y+3)、3番目(2Y+3)、及び6番目(3Y+3)の試験出血を、ELISAで試験した結果を示す図である。血清を最初に1:2000に希釈し、次いでプレートを最大1:250,000まで連続的に希釈した。アッセイにおいて、ABTSを基質として使用した。力価は、415λで読み取ったときに0.200を超える吸光度を有した最後の希釈物として定義した。
様々なペプチド構築体(MVFペプチド、アセチル化ペプチド、遊離ペプチド、及び組換えヒトPD-1タンパク質)の200ng/ウェルに対して、終末血清をELISAにより試験した結果を示す図である。血清を最初に1:2000に希釈し、次いでプレートを最大1:250,000まで連続的に希釈した。アッセイにおいて、ABTSを基質として使用した。力価は、415λで読み取ったときに0.200を超える吸光度を有した最後の希釈物として定義した。
200ng/ウェルのペプチドに対して、末端血清から精製された抗体を、ELISAによって試験した結果を示す図である。抗体を最初に20μg/mlに希釈し、次いでプレートを最大625ng/mlまで連続的に希釈した。アッセイにおいて、ABTSを基質として使用した。力価は、415λで読み取ったときに0.200を超える吸光度を有した最後の希釈物として定義した。
ナイーブTCR遺伝子導入マウスからの脾細胞を、MBP Ac1-11で3日間、活性化した結果を示す図である。PD-1発現は、フローサイトメトリーによって決定した。細胞を、標識されたα-mPD-1又はα-hPD-1抗体で染色した。細胞をCD4+T細胞上でゲーティングした。
精製されたα-hPD-1ポリクローナル抗体が、ミエリン特異的CD4T細胞の、抗原特異的増殖を変化させるのを示す図である。(A)ナイーブTCR遺伝子導入マウスからの脾細胞をCFSEで標識し、50mg/mlのαhPD-1抗体又は対照例としてのウサギIgGの存在下で、MBP Ac1-11を用いて4日間活性化した。細胞をCD4+細胞上でゲーティングした。(B)特異性αhPD-1抗体(青色)で処理した細胞のCFSEヒストグラムを、(A)の対照ウサギIgG(赤色)で処理したものと重ね合わせた。
マウスのワクチン接種及び腫瘍移植のスキームを示す図である。マウスは、3週間間隔で、合計3回のワクチン接種を受けた。3回目のワクチン接種の10日後に、マウスに、1×10マウス結腸癌CT26腫瘍細胞を、右脇腹皮下に抗原として投与した。対照例のマウスにCT26細胞株を接種し、マウスpD-1モノクローナル抗体で3日毎に処理した。
PD-1ワクチンの免疫原性を示す図である。血清プールを、200ng/ウェルのMVFペプチド上で、ELISAにより試験した。1:100~1:250,000の血清濃度を試験した。アッセイにおいて、ABTSを基質として使用した。力価は、415λで読み取ったときに0.200を超える吸光度を有した最後の希釈物として定義した。
脾細胞(A)及び腫瘍浸潤細胞(B)を、処置されたマウスの全ての5つのグループから単離したことを示す図である。CD4及びCD8細胞を、フローサイトメトリー(CD45+CD3+細胞でゲーティング)により決定した。Foxp3+CD25+CD4の制御性T細胞(Treg)は、細胞内染色によって決定された。全てのCD4及びCD8のT細胞を、CD45+CD3+細胞上でゲーティングした。Tregを、CD45+CD3+CD4+の細胞でゲーティングした。グループA=対照ペプチド、グループB=32-50;グループC=45-64;グループD=73-90;グループE=92-110;グループF=α-マウスPD-1(陽性対照)。
4つのPD-1構築体(A:PD-1(32-50)、B:PD-1(45-64)、C:PD-1(73-90)、及びD:PD-1(92-110)、対照ペプチド(E:無関係ペプチド)のそれぞれで免疫化したBalb/cマウス(5/グループ)、及び抗マウスPD-1モノクローナル抗体で処理した陽性対照グループ(F)における腫瘍増殖を、個々にプロットしたものを示す図である。G及びHは、同一遺伝子のBalb/cマウスにおいて、PD-1ワクチン構築体で免疫化し、3回目のワクチン接種の10日後に、CT26癌腫細胞(1×10)を投与した結果を、個々にプロットしたものを示す図である。腫瘍マウスをモニタリングし、触知可能な腫瘍のスコア化を週2回行い、19日目に屠殺した。 4つのPD-1構築体(A:PD-1(32-50)、B:PD-1(45-64)、C:PD-1(73-90)、及びD:PD-1(92-110)、対照ペプチド(E:無関係ペプチド)のそれぞれで免疫化したBalb/cマウス(5/グループ)、及び抗マウスPD-1モノクローナル抗体で処理した陽性対照グループ(F)における腫瘍増殖を、個々にプロットしたものを示す図である。G及びHは、同一遺伝子のBalb/cマウスにおいて、PD-1ワクチン構築体で免疫化し、3回目のワクチン接種の10日後に、CT26癌腫細胞(1×10)を投与した結果を、個々にプロットしたものを示す図である。腫瘍マウスをモニタリングし、触知可能な腫瘍のスコア化を週2回行い、19日目に屠殺した。 4つのPD-1構築体(A:PD-1(32-50)、B:PD-1(45-64)、C:PD-1(73-90)、及びD:PD-1(92-110)、対照ペプチド(E:無関係ペプチド)のそれぞれで免疫化したBalb/cマウス(5/グループ)、及び抗マウスPD-1モノクローナル抗体で処理した陽性対照グループ(F)における腫瘍増殖を、個々にプロットしたものを示す図である。G及びHは、同一遺伝子のBalb/cマウスにおいて、PD-1ワクチン構築体で免疫化し、3回目のワクチン接種の10日後に、CT26癌腫細胞(1×10)を投与した結果を、個々にプロットしたものを示す図である。腫瘍マウスをモニタリングし、触知可能な腫瘍のスコア化を週2回行い、19日目に屠殺した。 4つのPD-1構築体(A:PD-1(32-50)、B:PD-1(45-64)、C:PD-1(73-90)、及びD:PD-1(92-110)、対照ペプチド(E:無関係ペプチド)のそれぞれで免疫化したBalb/cマウス(5/グループ)、及び抗マウスPD-1モノクローナル抗体で処理した陽性対照グループ(F)における腫瘍増殖を、個々にプロットしたものを示す図である。G及びHは、同一遺伝子のBalb/cマウスにおいて、PD-1ワクチン構築体で免疫化し、3回目のワクチン接種の10日後に、CT26癌腫細胞(1×10)を投与した結果を、個々にプロットしたものを示す図である。腫瘍マウスをモニタリングし、触知可能な腫瘍のスコア化を週2回行い、19日目に屠殺した。 4つのPD-1構築体(A:PD-1(32-50)、B:PD-1(45-64)、C:PD-1(73-90)、及びD:PD-1(92-110)、対照ペプチド(E:無関係ペプチド)のそれぞれで免疫化したBalb/cマウス(5/グループ)、及び抗マウスPD-1モノクローナル抗体で処理した陽性対照グループ(F)における腫瘍増殖を、個々にプロットしたものを示す図である。G及びHは、同一遺伝子のBalb/cマウスにおいて、PD-1ワクチン構築体で免疫化し、3回目のワクチン接種の10日後に、CT26癌腫細胞(1×10)を投与した結果を、個々にプロットしたものを示す図である。腫瘍マウスをモニタリングし、触知可能な腫瘍のスコア化を週2回行い、19日目に屠殺した。 4つのPD-1構築体(A:PD-1(32-50)、B:PD-1(45-64)、C:PD-1(73-90)、及びD:PD-1(92-110)、対照ペプチド(E:無関係ペプチド)のそれぞれで免疫化したBalb/cマウス(5/グループ)、及び抗マウスPD-1モノクローナル抗体で処理した陽性対照グループ(F)における腫瘍増殖を、個々にプロットしたものを示す図である。G及びHは、同一遺伝子のBalb/cマウスにおいて、PD-1ワクチン構築体で免疫化し、3回目のワクチン接種の10日後に、CT26癌腫細胞(1×10)を投与した結果を、個々にプロットしたものを示す図である。腫瘍マウスをモニタリングし、触知可能な腫瘍のスコア化を週2回行い、19日目に屠殺した。 4つのPD-1構築体(A:PD-1(32-50)、B:PD-1(45-64)、C:PD-1(73-90)、及びD:PD-1(92-110)、対照ペプチド(E:無関係ペプチド)のそれぞれで免疫化したBalb/cマウス(5/グループ)、及び抗マウスPD-1モノクローナル抗体で処理した陽性対照グループ(F)における腫瘍増殖を、個々にプロットしたものを示す図である。G及びHは、同一遺伝子のBalb/cマウスにおいて、PD-1ワクチン構築体で免疫化し、3回目のワクチン接種の10日後に、CT26癌腫細胞(1×10)を投与した結果を、個々にプロットしたものを示す図である。腫瘍マウスをモニタリングし、触知可能な腫瘍のスコア化を週2回行い、19日目に屠殺した。 4つのPD-1構築体(A:PD-1(32-50)、B:PD-1(45-64)、C:PD-1(73-90)、及びD:PD-1(92-110)、対照ペプチド(E:無関係ペプチド)のそれぞれで免疫化したBalb/cマウス(5/グループ)、及び抗マウスPD-1モノクローナル抗体で処理した陽性対照グループ(F)における腫瘍増殖を、個々にプロットしたものを示す図である。G及びHは、同一遺伝子のBalb/cマウスにおいて、PD-1ワクチン構築体で免疫化し、3回目のワクチン接種の10日後に、CT26癌腫細胞(1×10)を投与した結果を、個々にプロットしたものを示す図である。腫瘍マウスをモニタリングし、触知可能な腫瘍のスコア化を週2回行い、19日目に屠殺した。
MVF-PD-1(32-50)、MVF-PD-1(45-64)、MVF-PD-1(73-90)、及びMVF-PD-1(92-110)について、LWW及びLWHの分布を14日目に測定した結果を示す図である。MVF-PD-1(92-110)のLWWが示されている。 MVF-PD-1(32-50)、MVF-PD-1(45-64)、MVF-PD-1(73-90)、及びMVF-PD-1(92-110)について、LWW及びLWHの分布を14日目に測定した結果を示す図である。MVF-PD-1(92-110)のLWHが示されている。 MVF-PD-1(32-50)、MVF-PD-1(45-64)、MVF-PD-1(73-90)、及びMVF-PD-1(92-110)について、LWW及びLWHの分布を14日目に測定した結果を示す図である。MVF-PD-1(32-50)、MVF-PD-1(45-64)、MVF-PD-1(73-90)、及びMVF-PD-1(92-110)のそれぞれによるLWW14の分布を示す図である。 MVF-PD-1(32-50)、MVF-PD-1(45-64)、MVF-PD-1(73-90)、及びMVF-PD-1(92-110)について、LWW及びLWHの分布を14日目に測定した結果を示す図である。MVF-PD-1(32-50)、MVF-PD-1(45-64)、MVF-PD-1(73-90)、及びMVF-PD-1(92-110)のそれぞれによるLWH14の分布を示す図である。
αhPD1-45及びαhPD1-73が、ミエリン特異的増殖を抑制するのを示す図である。MBP Ac1-11に特異的な、ナイーブVα2.3/Vβ8.2のTCR遺伝子導入マウスからのCFSE標識脾細胞を、50μg/mlのαhPD-1抗体又は対照ウサギIgGの存在下でMBP Ac1-11で活性化した。CFSEをフローサイトメトリーにより分析した。 αhPD1-45及びαhPD1-73が、ミエリン特異的増殖を抑制するのを示す図である。MBP Ac1-11に特異的な、ナイーブVα2.3/Vβ8.2のTCR遺伝子導入マウスからのCFSE標識脾細胞を、50μg/mlのαhPD-1抗体又は対照ウサギIgGの存在下でMBP Ac1-11で活性化した。細胞をCD4+細胞上でゲーティングした。増殖の生成あたりの細胞の量をまとめた。
PD-1ワクチンの免疫原性を示す。プールした血清を、200ng/ウェルのMVFペプチド上で、ELISAにより試験した。1:100~1:250,000の血清濃度を試験した。力価は、
Figure 0007346302000001
で読み取った値が、0.200を超える吸光度を有した最後の希釈物として定義した。
4つのPD-1 MVFワクチン構築体、A:PD-1(32-50)、B:PD-1(45-64)、C:PD-1(73-90)、及びD:PD-1(92-110)と、E:-ve対照例(無関係のペプチド)、及びF:+ve対照例抗マウスPD-1モノクローナル抗体(29F.1A12)で免疫化した、同一遺伝子のBalb/cマウス(5/gps)の腫瘍成長の平均をプロットしたものを示す図である。3回目のワクチン接種の15日後に、CT26癌細胞(1×10)をマウスに抗原として投与した。マウスをモニタリングし、触知可能な腫瘍の形成についてスコア化し、週に2回、腫瘍を、キャリパーを使用して測定した。19日目に動物を屠殺した。
BALB/cにおけるワクチン接種と、その後のCT26/HER-2癌細胞の抗原投与との組み合わせのスケジュールを示す図である。Balb/cにおけるCT-26-HER-2腫瘍モデルを使用して、抗HER2免疫療法と組み合わせた抗PD1免疫療法の相乗効果を試験した。ペプチドワクチンは、注記されているように、単独で、又は組み合わせて与えられた。ワクチンは、水に溶解させ、MONTANIDE(商標)ISA 720(1:1)及び50μgのノル-MDP(N-アセチルグルコサミン-3イル-アセチル-l-アラニル-d-イソグルタミン)で乳化させた。マウスは、3週間間隔で、合計3回のワクチン接種を受けた。5~6週齢の雌Balb/cマウス(Charles River Laboratoriesより入手)を、各ペプチドワクチンを100μgの各ペプチドワクチンで3週間間隔で3回免疫化し、3回目の免疫化の2週間後に、マウスに対して、CT-26-HER-2のneu腫瘍細胞(マウス1個体あたり、1×10個の細胞)を皮下(s.c)で、抗原として投与した。抗マウスPD-1 MAb 29F.1A12(Bio X Cell,West Lebanon,NHより入手)を1回あたり200μg用いて、週2回処置したBalb/cマウスを陽性対照として使用し、また、リン酸緩衝塩類溶液(pbs)を使用して処置したBalb/cマウスを陰性対照として使用した。マウスをモニタリングし、週に2回、21日目まで、触知可能な腫瘍の形成についてスコア化した。腫瘍が壊死したか、又は所定の大きさ2,000mmを超えた場合には、マウスを屠殺した。腫瘍体積をキャリパーで立方ミリメートル単位で測定し、式A×B2×0.5(式中、Aは最大直径であり、Bは最小直径である)で計算した。 V=[(長さ×幅2)/2]。 免疫化中、血液を隔週で採取し、ELISAで使用して、Ab力価をモニタリングした。処置終了時にマウスを安楽死させ、腫瘍を摘出し、腫瘍の試料を計量の上で、更なる試験及び組織学的検査のために保存した。また、更なる検査のために脾臓も回収した。全ての実験は、米国公衆衛生局の実験動物の人道的な取り扱いに関する政策(U.S.Public Health Service Policy on Humane Care and Use of Laboratory Animals)に準拠して行われ、かつオハイオ州立大学の施設内における動物の取り扱いに関する委員会(Ohio State University Institutional Animals Care and Use Committee)により承認され、その詳細は、受理されたプロトコルに記載されている。
3種ワクチン投与処置されたマウスにおける、個々の抗原の免疫原性を示す図である。3種類のペプチド(HER-2(266-296)、HER-2(597-626)、及びPD-1(92-110))で免疫したマウスからの血清プールを、200ng/ウェルのMVFペプチド上で、ELISAにより試験した。1:100~1:512,000の血清濃度を試験した。アッセイにおいて、ABTSを基質として使用し、0.1%のSDS溶液を用いて、10分後に酵素反応を停止させた。力価は、415nmで読み取ったときに0.200を超える吸光度を有した最後の希釈物として定義した。血清サンプル1Y+3、2Y+1、2Y+3、及び3Y+2を、CT-26 HER-2のneu腫瘍の抗原投与前に採取した。試料3Y+3及び3Y+5を、それぞれ抗原投与の1週間後及び3週間後にそれぞれ採取した。
HER-2(266)+HER-2(597)+PD-1(92)の3種ワクチン接種が、陽性対照α-マウスPD-1mAb(29F.1A12)、MVF-PD-1(92-110)、及び陰性対照PBS又は無関係のペプチドと比較して、結腸癌細胞株CT26/HER-2を抗原として投与したBALB/cにおいて、腫瘍成長を有意に(p<0.001)阻害していることを示す図である。
HER-2及びPD-1ワクチンの組み合わせが、免疫原性の強化及び腫瘍成長の阻害性強化を示すことを示す図である。3週間間隔で3回、同一遺伝子のBalb/cマウス(10/gps)を、PD-1(92-110)のみで免疫化したもの、2種類のHER-2ペプチド免疫原と組み合わせて免疫化したもの、又はHER-2免疫原のみで免疫化したものを用意し、それらの同一遺伝子のBalb/cマウス(10/gps)における腫瘍成長をプロットしている。3回目のワクチン接種の15~18日後に、CT-26 HER-2癌細胞(1×10)を、マウスに抗原として投与した。PBS(陰性対照)に、腫瘍を抗原として投与し、週に2回PBSの腹腔内投与で処置した。マウスをモニタリングし、触知可能な腫瘍の形成についてスコア化した後、キャリパーを使用して定期的に測定した。エラーバーは、マウスのグループの標準誤差を表現したものであり、p値は、陰性対照であるPBS処置マウスに対して、様々なグループを比較するものである。 HER-2及びPD-1ワクチンの組み合わせが、免疫原性の強化及び腫瘍成長の阻害性強化を示すことを示す図である。3週間間隔で3回、同一遺伝子のBalb/cマウス(10/gps)を、PD-1(92-110)のみで免疫化したもの、2種類のHER-2ペプチド免疫原と組み合わせて免疫化したもの、又はHER-2免疫原のみで免疫化したものを用意し、それらの同一遺伝子のBalb/cマウス(10/gps)における腫瘍成長をプロットしている。3回目のワクチン接種の15~18日後に、CT-26 HER-2癌細胞(1×10)を、マウスに抗原として投与した。PBS(陰性対照)に、腫瘍を抗原として投与し、週に2回PBSの腹腔内投与で処置した。マウスをモニタリングし、触知可能な腫瘍の形成についてスコア化した後、キャリパーを使用して定期的に測定した。エラーバーは、マウスのグループの標準誤差を表現したものであり、p値は、陰性対照であるPBS処置マウスに対して、様々なグループを比較するものである。
A、B、C、及びDは、4つのグループにおいて、腫瘍浸潤リンパ球(TILs)が各マウスから単離されたことを示す図である。CD4(A)及びCD8(B)のT細胞を、フローサイトメトリー(CD45+細胞でゲーティング)によって決定した。Foxp3+CD25+CD4のTreg(0C)を、細胞内染色(CD45+CD4+細胞でゲーティング)により決定した。Dは、Tregグループ平均値に対するCD8T細胞の割合を計算し、分散分析で比較したものを示す図である。
ペプチドワクチン接種マウスから採取した腫瘍浸潤リンパ球の分析を示す図である。第1の生体内実験並びにグループ5及び6からのデータと、第2の生体内実験からのデータとを組み合わせたデータを示す図である。第1の生体内実験において処置されたマウスの5つのグループ(グループA~F)から組み合わせた腫瘍組織から、腫瘍浸潤細胞を単離した。第2の生体内実験からのグループ5及びグループ6の各マウスから、腫瘍浸潤細胞を単離した。CD4及びCD8細胞は、フローサイトメトリー(CD45+浸潤細胞でゲーティング)によって決定された。CD25+及びCD4+T細胞上のFoxP3発現は、組織内染色(CD45+CD4+細胞でゲーティング)により決定した。 ペプチドワクチン接種マウスから採取した腫瘍浸潤リンパ球の分析を示す図である。第2の生体内実験からのグループ1~4の各マウスから、腫瘍浸潤細胞を単離したことを示す図である。CD4及びCD8細胞は、フローサイトメトリー(CD45+浸潤細胞でゲーティング)によって決定された。CD25+及びCD4+T細胞上のFoxP3発現は、組織内染色(CD45+CD4+細胞でゲーティング)により決定した。グループ平均を計算し、分散分析で比較した。エラーバーは、平均値の標準誤差を示す。
本発明の化合物、組成物、物品、デバイス及び/又は方法を開示及び説明する前に、特に指定されない限り、これらが特定の合成法又は特定の組換えバイオテクノロジー方法に限定されないこと、又は、特に指定されない限り、特定の試薬に限定されず、当然ながらそれ自体が変化してもよいことを理解されたい。本明細書で使用される専門用語は、特定の実施形態を説明するための目的のものにすぎず、限定することを意図しないことも理解するべきである。
A.定義
本明細書及び添付の特許請求の範囲において使用されるとき、単数形「a」、「an」及び「the」は、その内容について別段の明確な指示がない限り、複数の指示対象を包含する。したがって、例えば、「医薬担体」への言及は、2つ以上のこのような担体の混合物などを含む。
範囲は、「約」1つの特定の値から、かつ/又は「約」別の特定の値までとして表され得る。このような範囲が表されるとき、別の実施形態は、1つの特定の値から、かつ/又は他の特定の値までを含む。同様に、値が、先行詞「約」の使用によって近似として表されるとき、特定の値は、別の実施形態を形成することが理解されるであろう。範囲のそれぞれの端点は、他の端点に関しても、他の端点とは独立しても、この両方において、有意であると更に理解されるであろう。本明細書で多くの値が開示され、それぞれの値がその値自体に加えて「約」その特定の値として本明細書でもまた開示されることもまた理解される。例えば、値「10」が開示されている場合、「約10」もまた開示されている。当業者によって適切に理解されるように、ある値が開示される場合、その値「以下」、「その値以上」及び値間の可能な範囲もまた開示されていることもまた理解される。例えば、値「10」が開示されている場合、「10以下」と同様に「10以上」もまた開示されている。本願全体にわたってデータが多数の異なるフォーマットで提供され、このデータが、端点及び開始点並びにデータ点の任意の組み合わせに対する範囲を表すこともまた理解される。例えば、特定のデータポイント「10」及び特定のデータポイント15が開示されている場合、10と15との間と同様に、10及び15よりも大きい、10及び15以上、10及び15未満、10及び15以下、並びに10及び15に等しいデータポイントが開示されていると見なされることが理解される。特定の2つの単位間のそれぞれの単位もまた開示されていることもまた理解される。例えば、10及び15が開示されている場合、11、12、13、及び14もまた開示されている。
本明細書及び以下の「特許請求の範囲」において、多数の用語に言及し、それらは以下の意味を有すると定義されるものとする。
「任意選択的な」又は「任意選択的に」は、引き続いて記載された事象又は状況が起こってもよいかあるいは起こらなくてもよいこと、及び説明が、当該事象又は状況が起こる場合の例及びそれが起こらない場合の例を含むことを意味する。
用語「投与」は、経口、局所、静脈内、皮下、経皮(transcutaneous)、経皮(transdermal)、筋肉内、関節内、非経口、細動脈内、皮内、心室内、頭蓋内、腹腔内、病巣内、経鼻、直腸、経膣、吸入による、又は埋め込みリザーバによる投与を指す。用語「非経口」は、皮下、静脈内、筋肉内、関節内、滑液内、胸骨内、くも膜下腔内、肝内、病巣内、及び頭蓋内注射又は注入を含む。
本明細書において使用されるとき、用語「含む」は、組成物及び方法が示される要素を含むが、他のものを除外しないことを意味することを意図する。組成物及び方法の定義に使用されるとき、「から本質的になる」は、組み合わせにとって何らかの本質的に意義のある別の要素を除外することを意味するものとする。したがって、本明細書に定義される要素から本質的になる組成物は、単離及び精製法からの微量の混入物質、並びに、リン酸緩衝生理食塩液などの医薬的に許容される担体、防腐剤、及びその他同種のものを除外しない。これらの各移行用語(transition term)によって定義される実施形態は、本発明の範囲内にある。
「有効量」は、有益な又は所望の結果をもたらすのに十分な量である。有効量は、1回以上の投与、塗布、又は服用で投与することができる。
本明細書で使用するとき、用語「治療する(treat)」、「治療すること(treating)」、「治療(treatment)」、及びそれらの文法的な変化形は、疾患若しくは身体の異常の1つ以上の付随する症状の強度を部分的に若しくは完全に遅延させる、緩和する、軽減する、若しくは低減すること、及び/又は障害若しくは状態の1つ以上の原因を緩和、軽減、若しくは妨害することを含む。本発明による治療は、防止的に、予防的に、対症的に、又は矯正的に適用されてもよい。いくつかの例では、用語「治療する(treat)」、「治療すること(treating)」、「治療(treatment)」、及びその文法的な変化形は、対象の治療前と比較して、あるいは一般集団又は研究対象集団におけるかかる症状の発生率と比較して、腫瘍の重症度/転移性を低減することを含む。
「阻害する」という用語は、活性、応答、状態、疾病、又は他の生物学的指標における減少を指す。これには、活性、応答、状態又は疾病の完全除去を含むことができるが、これらに限定されない。これには、例えば、天然又は対照レベルと比較して、活性、応答、状態、又は疾病における10%の低減も含むことができる。したがって、低減は、天然レベル又は対照レベルと比較して、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100%又は中間の任意の量の低減であり得る。
本明細書で使用するとき、「被検体」とは、個体を意味する。したがって、「被検体」には、愛玩動物(例えば、ネコ、イヌなど)、家畜(例えば、ウシ、ウマ、ブタ、ヒツジ、ヤギなど)、実験動物(例えば、マウス、ウサギ、ラット、モルモットなど)、及び鳥を含むことができる。「被検体」にはまた、霊長類又はヒトなどの哺乳類も含むことができる。
「低減させる」、又は「低減させること」若しくは「低減」など単語の他の形態は、事象又は特性(例えば、腫瘍成長)の低下を意味する。これは、通常、いくつかの標準値又は期待値と関連している、換言すれば、相対的であること、しかし標準値又は相対値が必ずしも参照される必要はないことが理解される。例えば、「腫瘍成長を低減させる」は、標準又は対照と比較して腫瘍の成長の速度を低減させることを意味する。
「防止する」、又は「防止すること」若しくは「防止」など単語の他の形態は、特定の事象若しくは特性を停止すること、特定の事象若しくは特性の、発症若しくは進行を安定化させる又は遅延させること、又は特定の事象若しくは特性が発生する機会を最小にすることを意味する。防止する、は、例えば、低減させる、よりも通常絶対的であるため対照との比較を必要としない。本明細書で使用するとき、何かが低減するが防止されない場合があるが、低減する何かは、また防止されることもある。同様に、何かが防止されるが低減しない場合があるが、防止される何かは、また低減することもある。低減させる又は防止する、が使用される場合、特に明確に指示されない限り、他の単語の使用もまた明示的に開示されることが理解される。
本明細書及び特許請求の範囲における組成物中の特定の要素又は成分の重量部への言及は、その要素又は成分と、組成物又は物品中の任意の他の要素又は成分の間との重量関係を意味する。したがって、2重量部の成分X及び5重量部の成分Yを含有する化合物において、X及びYは2:5の重量比で存在し、かつその化合物において他の成分が含有されているかどうかに関係なくそのような割合で存在する。本明細書で使用するとき、成分の「重量%」又は「重量パーセント」又は「重量によるパーセント」といった表現は、特にそうではないと明記されない限り、ある成分が含まれる組成物の総重量に対する、その成分の重量の比率を指す。
本明細書全体において、様々な出版物が参照される。これらの出版物の開示全体が、開示内容が関連する技術分野の状態をより十分に説明するためにここに参照により本出願に組み込まれる。開示される参照文献も、その参照文献が依拠される文において考察されるそれらに含まれる資料について、参照により本明細書に個々に、かつ具体的に組み込まれる。
B.組成物
開示される組成物を調製するために使用される成分と、本明細書で開示される方法の範囲内で使用される組成物それ自体が開示される。これら及び他の物質が本明細書で開示されており、これらの物質の組み合わせ、サブセット、相互作用、群などが開示されている場合、これらの化合物のそれぞれの様々な個々及び集合的な組み合わせ及び順列の具体的な言及は、明示的に開示されていない場合があるが、それぞれが具体的に企図され、本明細書に記載されることが理解される。例えば、ある特定の合成又はキメラPD-1ペプチドが開示されかつ論じられ、また、その合成又はキメラPD-1ペプチドを含む多くの分子に対して行うことができる多くの修飾が論じられている場合、そうではないということが具体的に示されていない限り、その合成又はキメラPD-1ペプチド及び可能な修飾のあらゆる組み合わせ及び置換が、具体的に可能であると考えられる。したがって、分子A、B及びCの種類が開示されており、同様に分子D、E及びFの種類及び分子A~Dの組み合わせの例が開示されている場合、それぞれが個々に列挙されていない場合であっても、それぞれが個々にかつ集合的に企図され、組み合わせA-E、A-F、B-D、B-E、B-F、C-D、C-E及びC-Fが開示されると見なされる。同様に、これらの任意のサブセット又は組み合わせもまた開示される。したがって、例えば、A-E、B-F及びC-Eのサブグループが開示されていると見なされるであろう。この概念は、本出願の全ての態様に適用され、開示される組成物の作製及び使用方法における工程を含むが、これに限定されない。このように、実施することができる多様な更なる工程が存在する場合、これらの更なる工程のそれぞれは、任意の特定の実施形態又は開示される方法の実施形態の組み合わせにより実施することができることが理解される。
免疫グロブリンスーパーファミリーに属するPD-1遺伝子は、55kDaのI型膜貫通タンパク質をエンコードする。マウスPD-1及びヒトPD-1は両方とも288個のアミノ酸からなり、N末端(20アミノ酸)と、膜貫通領域である胴部の疎水性領域とにシグナルペプチドを有する。ヒト及びマウスPD-1タンパク質は、4つの潜在的なN-グリコシル化部位の保存を含めて約60~80%のアミノ酸同一性を共有し、かつIg-Vドメインを定義する残基をも共有する。PD-1は、T細胞、B細胞、及びマクロファージ上に発現される。PD-1のリガンドは、B7ファミリーメンバーのPD-L1(B7-H1)及びPD-L2(B7-DC)である。免疫チェックポイントプログラム細胞死タンパク質-1(PD-1)を介してシグナル伝達することにより、抗腫瘍免疫応答を緩衝することによる腫瘍の進行を可能にする。PD-1とそのリガンド、すなわちプログラムされた細胞死リガンド-1(PD-L1)との間の、シグナル伝達軸を、モノクローナル抗体を用いて治療的に遮断することは、癌の治療において顕著な臨床的成功を示し、癌サブタイプの広範なセットにわたって、印象的な活躍を示している。本明細書に開示されるのは、PD-1及びPD-L1の相互作用を直接遮断する、又はPD-1/PD-L1相互作用を遮断する、PD-1に対する抗体を生成するために、宿主免疫応答を刺激することができる非抗体ペプチド治療薬及びペプチドワクチンを使用する、従来のPD-1/PD-L1遮断法を改善することである。
PD-1のB細胞エピトープのコンピュータ支援分析を使用して、PD-1(配列番号1)の残基32-50、45-64、73-90、及び92-110に対応する配列を誘導した。したがって、一態様では、PD-1の残基32-50、45-64、73-90、及び/又は92-100を含むPD-1タンパク質に対する免疫応答を刺激するための合成PD-1ペプチドが、本明細書に開示される。例えば、本明細書では、VLNWYRMSPSNQTDKLAAF(配列番号2)、KLAAFPEDRSQPGQDCRFR(配列番号3)、DFHMSVVRARRNDSGTYL(配列番号4)、及び/又はGAISLAPKAQIKESLRAEL(配列番号5)を含む、PD-1タンパク質に対する免疫応答を刺激するための合成PD-1ペプチドが開示される。一態様では、ペプチドは、アシル化及び/又はアミド化され得る。したがって、(配列番号2)、(配列番号3)、(配列番号4)、及び/又は(配列番号5)を含む、PD-1タンパク質に対する免疫応答を刺激するための合成PD-1ペプチドであって、アシル化及び/又はアミド化されている合成ペプチドが、本明細書には開示される。
場合によっては、L-アミノ配列の類似体の使用は、分解耐性、安定性、合成の容易さ、又はより高い有効性など、ベース配列に勝る利点を有し得る。一態様では、本開示の合成配列は、アミノ末端からカルボキシ末端まで逆順にL-アミノ配列を含み得るということが理解され、本明細書において企図される。例えば、配列番号2、配列番号3、配列番号4、及び配列番号5のレトロ配列は、それぞれ、FAALKDTQNSPSMRYWNLV(配列番号12)、RFRCDQGPQSRDEPFAALK(配列番号13)、LYTGSDNRRARVVSMHFD(配列番号14)、及びLEARLSEKIQAKPALSIAG(配列番号15)である。これらのレトロ配列はまた、ベース配列の鏡立体構造を有することもできる。したがって、配列番号12、配列番号13、配列番号14、及び/又は配列番号15に記載の配列のうちの1つ以上を含む合成PD-1ペプチドが、本明細書に開示される。配列番号2、配列番号3、配列番号4、及び配列番号5に対してと同様、配列番号12、配列番号13、配列番号14、及び/又は配列番号15を含む合成ペプチドは、アセチル化及び/又はアミド化され得る。
配列番号2、配列番号3、配列番号4、及び配列番号5に記載されるL-アミノ酸配列の、レトロ類似体は、配列番号12、配列番号13、配列番号14、及び配列番号15に記載されているが、そのようなレトロ類似体に加えて、前方L-アミノ(配列番号2、配列番号3、配列番号4、及び配列番号5)のD体の鏡像異性体類似体、及びレトロアミノ配列(配列番号12、配列番号13、配列番号14、及び配列番号15)のD体の鏡像異性体類似体が存在し、これらは、より良好な経口投与、より長期の有効性、及び合成の容易さを可能にする、劣化及びタンパク質分解に対する耐性を増加させることができる。したがって、一態様では、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号12、配列番号13、配列番号14、及び配列番号15のうちの1つ以上を含み、その配列を含むアミノ酸がDアミノ酸である、合成PD-1ペプチドが、本明細書において開示されている。
一態様では、本開示の合成PD-1ペプチドは、合成PD-1ペプチドを、MHC制限(すなわち、無差別Th細胞エピトープ)を迂回させてキメラPD-1ペプチドを形成するのを支援するサイトカインの放出を促進するヘルパーT(Th)細胞エピトープに連結することによって、B細胞刺激を増加させることができるということが理解され、本明細書で企図される。例えば、一態様では、Tヘルパー(Th)エピトープ(例えば、配列番号6のような、麻疹ウイルス融合タンパク質ペプチド)を更に含む1種類以上のPD-1 B細胞エピトープを含むPD-1タンパク質に対する免疫応答を刺激するためのPD-1キメラペプチドであって、その1種類以上のPD-1 B細胞エピトープが、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号12、配列番号13、配列番号14、及び/又は配列番号15からなる群から選択される配列からなるPD-1キメラペプチドが、本明細書に開示されている。本明細書では、B細胞エピトープ(すなわち、PD-1合成ペプチド)は、Dアミノ酸を含み得るということが、理解され、本明細書において企図される。
Thエピトープは、長さが約14~約22個、より好ましくは約15~21個、最も好ましくは16個のアミノ酸であり得る。好ましくは、Th細胞エピトープは、表1に提供される以下のアミノ酸配列のうちの1つを有する。
Figure 0007346302000002
合成PD-1ペプチド及びTh細胞エピトープを接合するために、アミノ酸リンカーを使用することができる。好ましくは、リンカーは、その長さが約2~約15個のアミノ酸、より好ましくは約2~約10個のアミノ酸、最も好ましくは約2~約6個のアミノ酸のペプチドである。最も好ましいリンカーは、アミノ酸配列Gly-Pro-Ser-Leu(配列番号7)を含む。したがって、一態様では、Thエピトープ(例えば、配列番号6などの麻疹ウイルス融合タンパク質ペプチド)と、合成PD-1ペプチドをThエピトープに接合するリンカー(例えば、配列番号7など)とを更に含む、前述の態様のいずれかに記載の合成ペプチドを含むキメラペプチドも、本明細書で開示される。例えば、一態様では、1種類以上のPD-1 B細胞エピトープと、Tヘルパー(Th)エピトープ(例えば、配列番号6などの麻疹ウイルス融合タンパク質ペプチド)と、PD-1を発言したB細胞エピトープをThエピトープに接合するリンカー(例えば、配列番号7など)とを含む、PD-1タンパク質に対する免疫応答を刺激するためのキメラPD-1ペプチドであって、
KLLSLIKGVIVHRLEGVEGPSLVLNWYRMSPSNQTDKLAAF(配列番号8)、
KLLSLIKGVIVHRLEGVEGPSLKLAAFPEDRSQPGQDCRFR(配列番号9)、
KLLSLIKGVIVHRLEGVEGPSLDFHMSVVRARRNDSGTYL(配列番号10)、
KLLSLIKGVIVHRLEGVEGPSLGAISLAPKAQIKESLRAEL(配列番号11)、
KLLSLIKGVIVHRLEGVEGPSLFAALKDTQNSPSMRYWNLV(配列番号16)、
KLLSLIKGVIVHRLEGVEGPSLRFRCDQGPQSRDEPFAALK(配列番号17)、
KLLSLIKGVIVHRLEGVEGPSLLYTGSDNRRARVVSMHFD(配列番号18)、及び/又は
KLLSLIKGVIVHRLEGVEGPSLLEARLSEKIQAKPALSIAG(配列番号19)に記載されるアミノ酸配列を含むキメラPD-1ペプチドが、本明細書で開示される。
合成ペプチドと同様に、本明細書では、キメラPD-1ペプチド内に含まれる合成PD-1ペプチドのアミノ酸は、配列中のL-アミノ酸のDアミノ酸類似体であり得ることが理解され、本明細書において企図される。したがって、一態様では、本明細書に開示される合成PD-1ペプチドのいずれかを含むキメラペプチドであって、Thエピトープ(例えば、配列番号6などの麻疹ウイルス融合タンパク質ペプチド)と、合成PD-1ペプチドをThエピトープに接合するリンカー(例えば、配列番号7など)を更に含む、キメラペプチドが、本明細書に開示される。例えば、本明細書に開示されるのは、一態様では、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号16、配列番号17、配列番号18、及び/又は配列番号19に記載のアミノ酸配列を含むキメラPD-1ペプチドであり、合成PD-1ペプチド配列(すなわち、B細胞エピトープ)は、Dアミノ酸を含む。
1.配列類似性
本明細書で論じられる場合、相同性及び同一性という語句の使用は、類似性と同じことを意味すると理解される。したがって、例えば、相同性という語の使用が2つの非天然配列間で使用される場合、これが必ずしもこれらの2つ配列間の進化的関係を示さないが、むしろそれらの核酸配列間の類似度又は関連性に注目していると理解される。進化的に関連する2つの分子間の相同性を決定するための方法の多くは、任意の2つ以上の核酸又はタンパク質に、それらが進化的に関連するか否かに関わらず、配列類似性を測定する目的で規定どおりに適用される。
一般的に、本明細書で開示される遺伝子及びタンパク質のうちの任意の既知の変異体及び誘導体又は起こり得るものを決定するための1つの方法は、特定の既知の配列に対する相同性に関して変異体及び誘導体を定義することによるものであることが理解される。本明細書で開示される特定の配列の同一性もまた、本明細書の他の個所で論じられる。一般的には、本明細書で開示される遺伝子及びタンパク質の変異体は、典型的には、記載された配列又は天然配列に対して、少なくとも約70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98又は99パーセントの相同性を有する。当業者は、2つのタンパク質又は遺伝子などの2つの核酸の相同性を決定する方法を容易に理解する。例えば、相同性は、相同性が最も高いレベルになるように2つの配列をアライメントした後に算出することができる。
相同性を算出する他の方法は、公開されたアルゴリズムによって行うことができる。比較のための配列の最適なアライメントは、Smith and Waterman Adv.Appl.Math.2:482(1981)の局所相同性アルゴリズムによって、Needleman and Wunsch,J.MoL Biol.48:443(1970)の相同性アライメントアルゴリズムによって、Pearson and Lipman,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.85:2444(1988)の類似性に関する検索法によって、これらのアルゴリズム(Wisconsin Genetics Software Package,Genetics Computer Group,575 Science Dr.,Madison,WIのGAP、BESTFIT、FASTA及びTFASTA)のコンピュータ化された実施によって、又はインスペクションによって行われてもよい。
方法のうちの任意を一般的に使用することができること、特定の場合には、これらの様々な方法の結果が異なってもよいことが理解されるが、当業者は、同一性がこれらの方法のうちの少なくとも1つにより見出される場合、配列が記載された同一性を有すると言えるであろうこと、及び本明細書で開示されているであろうことが理解される。
例えば、本明細書で使用するとき、他の配列と特定のパーセントの相同性を有していると記載された配列は、上述の計算法のうちの任意の1つ以上によって計算されたとして記載された相同性を有する配列を指す。例えば、第1の配列がZuker計算法を用いて第2の配列と80パーセントの相同性を有するように計算される場合、第1の配列が他の計算法のいずれかによって計算されたように第2の配列と80パーセントの相同性を有さない場合であっても、第1の配列は、本明細書で定義されたように、第2の配列と80パーセントの相同性を有する。別の例として、第1の配列がZuker計算法及びPearson-Lipman計算法の両方を用いて第2の配列と80パーセントの相同性を有するように計算される場合、第1の配列がSmith-Waterman計算法、Needleman-Wunsch計算法、Jaeger計算法又は他の計算法のうちのいずれかによって計算されたように第2の配列と80パーセントの相同性を有さない場合であっても、第1の配列は、本明細書で定義されたように、第2の配列と80パーセントの相同性を有する。更に別の例として、第1の配列が計算法のそれぞれを用いて第2の配列と80パーセントの相同性を有するように計算される場合、第1の配列は、本明細書で定義されたように、第2の配列と80パーセントの相同性を有する(ただし、実際には、異なる計算法は、多くの場合、異なる計算相同性百分率をもたらすこととなる)。
2.ペプチド
a)タンパク質及びペプチド変異体
本明細書で論じるように、合成PD-1ペプチド及びキメラPD-1ペプチドには、既に知られており、本明細書で企図される多数の変異体が存在する。加えて、既知の機能性PD-1株変異体には、開示される方法及び組成物においても機能する合成PD-1ペプチド及びキメラPD-1ペプチドの誘導体が存在する。タンパク質変異体及び誘導体は、当業者により十分に理解され、アミノ酸配列修飾を含むことができる。例えば、アミノ酸配列修飾は、一般的に、3種類の分類、置換変異体、挿入変異体又は欠失変異体のうちの1つ以上に該当する。挿入は、アミノ末端及び/又はカルボキシル末端融合並びに単一又は複数のアミノ酸残基の配列内挿入を含む。挿入は、通常、アミノ末端又はカルボキシル末端融合よりも少ない挿入、例えば、1~4残基程度となる。実施例に記載されたものなどの免疫原性融合タンパク質誘導体は、インビトロでの架橋によって標的配列に免疫原性を付与するほど十分に大きいポリペプチドを融合することによって、又は融合をコードするDNAによって形質転換された組換え細胞培養によって作製される。欠失は、1つ以上のアミノ酸残基をタンパク質配列から除去することを特徴とする。一般的に、わずか約2~6個の残基のみが、タンパク質分子内の任意の1つの部位で欠失される。これらの変異体は、通常、タンパク質をコードするDNAにおけるヌクレオチドの部位特異的変異誘発によって調製され、それにより、変異体をコードするDNAを作製し、その後、組換え細胞培養においてDNAを発現させる。既知の配列を有するDNAの所定の部位で置換変異を行う技術は周知であり、例えば、M13プライマー変異誘発及びPCR変異誘発がある。アミノ酸置換は、一般的には単一の残基についてであるが、一度に多数の異なる位置で起こることができ、挿入は、通常、約1~10個のアミノ酸残基程度となり、欠失は、約1~30個の残基の範囲となる。欠失又は挿入は、好ましくは、隣接する対において行われ、すなわち、2個の残基の欠失又は2個の残基の挿入である。置換、欠失、挿入又はこれらの任意の組合せは、最終構築物に到達するように組み合わせてもよい。突然変異は、配列を読み枠の外に配置する必要がなく、好ましくは、二次mRNA構造を産生することができると考えられる相補領域を生成しないこととなる。置換変異体は、少なくとも1つの残基が除去され、異なる残基がその場所に挿入された変異体である。そのような置換は、一般的に、以下の表2及び表3に従って行われ、保存的置換と称される。
Figure 0007346302000003
Figure 0007346302000004
機能又は免疫的同一性における実質的な変化は、表3の置換よりも保守的ではない置換を選択すること、すなわち、(a)例えば、シート又はヘリカル立体配座としての、置換の領域におけるポリペプチド骨格の構造、(b)標的部位での分子の電荷若しくは疎水性、又は(c)側鎖のかさ高さを維持するその効果において顕著に異なる残基を選択することによって行われる。タンパク質特性において最大変化を生じることが概ね期待される置換は、(a)親水性残基、例えば、セリル若しくはトレオニルが、疎水性残基、例えば、ロイシル、イソロイシル、フェニルアラニル、バリル若しくはアラニルに(又はこれらによって)置換されるか、(b)システイン若しくはプロリンが、任意の他の残基に(又はこれらによって)置換されるか、(c)正電荷側鎖を有する残基、例えば、リシル、アルギニル若しくはヒスチジルが、負電荷残基、例えば、グルタミル若しくはアスパルチルに(又はこれらによって)置換されるか、又は、(d)かさ高い側鎖を有する残基、例えば、フェニルアラニンが、側鎖を有さないアミノ酸、例えば、グリシンに(又はこれによって)置換され、この場合は、(e)硫酸化及び/又はグリコシル化のための部位の数を増加させることによる置換となる。
例えば、1つのアミノ酸残基を生物学的及び/又は化学的に類似する別のアミノ酸残基と置換することは、保存的置換として当業者に既知である。例えば、保守的置換は、1つの疎水性残基を別の疎水性残基に、又は1つの極性残基を別の極性残基に置換することであると考えられる。置換には、例えば、Gly,Ala;Val,Ile,Leu;Asp,Glu;Asn,Gln;Ser,Thr;Lys,Arg及びPhe,Tyrなどの組み合わせが挙げられる。それぞれ明示的に開示された配列のそのような保守的に置換された変異体は、本明細書で提供されるモザイクポリペプチドの範囲内に含まれる。
置換又は欠失の変異誘発は、N-グリコシル化(Asn-X-Thr/Ser)又はO-グリコシル化(Ser又はThr)のための挿入部位に対して使用することができる。システイン又は他の不安定な残基の欠失もまた、望ましい場合がある。潜在的なタンパク質分解部位、例えば、Argの欠失又は置換は、例えば、塩基性残基の1つを欠失させるか、又はグルタミニル残基若しくはヒスチジン残基により塩基性残基を置換することによって達成される。
特定の翻訳後誘導体化は、発現されたポリペプチドへの組換え宿主細胞の作用の結果である。グルタミニル残基及びアスパラギニル残基は、対応するグルタミル残基及びアスパリル残基に頻繁に翻訳後脱アミド化される。あるいは、これらの残基は、温和な酸性条件下で脱アミド化される。他の翻訳後修飾には、プロリン及びリシンのヒドロキシル化、セリル残基又はトレオニル残基のヒドロキシル基のリン酸化、リシン、アルギニン及びヒスチジンの側鎖のo-アミノ基のメチル化(T.E.Creighton,Proteins:Structure and Molecular Properties,W.H.Freeman & Co.,San Francisco pp 79-86[1983])、N-末端アミンのアセチル化並びに、いくつかの例では、C末端カルボキシルのアミド化が挙げられる。
本明細書で開示されるタンパク質の変異体及び誘導体を定義する1つの方法は、特定の既知配列と相同性/同一性の点で変異体及び誘導体を定義することによることを理解されたい。本明細書で開示されるこれらのタンパク質及び他のタンパク質が、記載された配列に対して少なくとも70%又は75%又は80%又は85%又は90%又は95%の同一性を有することが、具体的に開示されている。当業者は、2つのタンパク質の相同性を判定する方法を容易に理解する。例えば、相同性は、相同性が最も高いレベルになるように2つの配列をアライメントした後に算出することができる。
相同性を算出する他の方法は、公開されたアルゴリズムによって行うことができる。比較のための配列の最適なアライメントは、Smith and Waterman Adv.Appl.Math.2:482(1981)の局所相同性アルゴリズムによって、Needleman and Wunsch,J.MoL Biol.48:443(1970)の相同性アライメントアルゴリズムによって、Pearson and Lipman,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.85:2444(1988)の類似性に関する検索法によって、これらのアルゴリズム(Wisconsin Genetics Software Package,Genetics Computer Group,575 Science Dr.,Madison,WIのGAP、BESTFIT、FASTA及びTFASTA)のコンピュータ化された実施によって、又はインスペクションによって行われてもよい。
同じ種類の相同性は、例えば、Zuker,M.Science 244:48-52,1989,Jaeger et al.Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86:7706-7710,1989,Jaeger et al.Methods Enzymol.183:281-306,1989に開示されたアルゴリズムにより核酸について得ることができる。
保守的変異及び相同性の記述が、特定の配列と少なくとも70%の相同性を有し、変異体が保守的変異体である実施形態などの、任意の組み合わせで一緒に組み合わせることができることを理解されたい。
本明細書が様々なタンパク質及びタンパク質配列を論じるとき、それらのタンパク質配列をコードすることができる核酸もまた開示されることを理解されたい。この核酸は、特定のタンパク質配列に関連する全変性配列、すなわち、1つの特定のタンパク質配列をコードする配列を有する全ての核酸、並びに、開示されたタンパク質配列の変異体及び誘導体をコードする変性核酸を含む全ての核酸を含むと考えられる。したがって、それぞれの特定の核酸配列が本明細書に完全に記載されなくてもよい一方で、あらゆる配列が、開示されたタンパク質配列を介して実際に開示され、本明細書に記載されていることを理解されたい。いかなるアミノ酸配列も、どのような特定のDNA配列が生物内の、そのタンパク質をエンコードするものであるかを示すものではないが、開示されるタンパク質の特定の変異体が本明細書に開示されている場合には、そのペプチド又はタンパク質をエンコードする既知の核酸配列もまた既知であり、本明細書に開示及び記載されているということも理解される。
開示される組成物に組み込むことができるアミノ酸及びペプチド類似体が多数あることを理解されたい。例えば、異なる機能的置換基、ひいては、表2及び表3に示されるアミノ酸を有するDアミノ酸又はアミノ酸が多数ある。天然型ペプチドの反対の立体異性体及びペプチド類似体の立体異性体もまた開示される。これらのアミノ酸は、例えば、最適なアミノ酸を伴うtRNA分子を投入することによって、またアンバーコドンを利用して類似体アミノ酸を部位特異的な方法でペプチド鎖に挿入する遺伝子構築物を操作することによって、ポリペプチド鎖に容易に組み込むことができる。
ペプチドに類似しているが、天然型ペプチド結合を介して接続されていない分子を作製することができる。例えば、アミノ酸又はアミノ酸類似体の結合には、CHNH-、-CHS-、-CH-CH-、-CH=CH-(cis及びtrans)、-COCH-、-CH(OH)CH-及び-CHHSO-を挙げることができる(これらの結合及び他の結合は、Spatola,A.F.in Chemistry and Biochemistry of Amino Acids,Peptides,and Proteins,B.Weinstein,eds.,Marcel Dekker,New York,p.267(1983);Spatola,A.F.,Vega Data(March 1983),Vol.1,Issue 3,Peptide Backbone Modifications(一般的レビュー);Morley,Trends Pharm Sci(1980)pp.463-468;Hudson,D.et al.,Int J Pept Prot Res 14:177-185(1979)(-CHNH-,-CHCH-);Spatola et al.,Life Sci 38:1243-1249(1986)(-CH H-S);Hann J.Chem.Soc Perkin Trans.I 307-314(1982)(-CH-CH-,cis及びtrans);Almquist et al.,J.Med.Chem.23:1392-1398(1980)(-COCH-);Jennings-White et al.,Tetrahedron Lett 23:2533(1982)(-COCH-);Szelke et al.,European Appln,EP 45665 CA(1982):97:39405(1982)(-CH(OH)CH-);Holladay et al.,Tetrahedron Lett.24:4401-4404(1983)(-C(OH)CH-);及びHruby Life Sci 31:189-199(1982)(-CH-S-)に見出すことができ、これらのそれぞれは、参照により本明細書に組み込まれる。特に好ましい非ペプチド結合は、-CHNH-である。ペプチド類似体は、β-アラニン、γ-アミノ酪酸などの、結合原子間に2個以上の原子を有することできることを理解されたい。
アミノ酸類似体及び類似体及びペプチド類似体は、より経済的な生産、より高い化学的安定性、向上した薬理学的性質(半減期、吸収、力価、有効性など)、変化した特異性(例えば、生物活性の広域スペクトル)、低減した抗原性などの、増強された又は所望の特性を多くの場合有する。
D-アミノ酸は、ペプチダーゼなどにより認識されないため、D-アミノ酸は、より安定なペプチドを生成するために使用することができる。コンセンサス配列の1つ以上のアミノ酸の同じ種類のD-アミノ酸(例えば、L-リシンの代わりにD-リシン)による系統的置換は、より安定なペプチドを生成するために使用することができる。換言すれば、本明細書では、任意の開示される配列の逆(すなわち、D-アミノ酸置換)が企図される。システイン残基は、環化するため又は2つ以上のペプチドを一緒に接続するために使用することができる。これは、ペプチドを特定の立体配座に拘束するために有益であり得る。一態様では、配列番号2、配列番号3、配列番号4、又は配列番号5に記載される配列のうちの1つ以上を含む合成PD-1ペプチドであって、そのペプチドのアミノ酸が、D体の鏡像異性体である合成PD-1ペプチドが、本明細書に開示される。
一態様では、開示される合成ペプチドは、ペプチドのアミノ末端とカルボキシ末端とが逆になるように、逆順(すなわち、レトロ配列)であり得る。一態様では、配列番号2、配列番号3、配列番号4、及び配列番号5のレトロ配列が本明細書に開示され、それらは、配列番号12、配列番号13、配列番号14、及び配列番号15をそれぞれ含むものである。これらのレトロ配列はまた、ベース配列の鏡立体構造を有することができる。一態様では、レトロ配列はまた、Dアミノ酸置換(すなわち、レトロ-インベルソ)配列を含み得る。したがって、配列番号12、配列番号13、配列番号14、及び配列番号15に記載の配列のうちの1つ以上を含む合成PD-1ペプチドであって、そのペプチドのアミノ酸が、D体の鏡像異性体である合成PD-1ペプチドが、本明細書に開示される。
本明細書に開示されるDアミノ酸置換合成ペプチドのいずれも、開示されるPD-1キメラペプチドにおけるPD-1エピトープとして使用することができることが理解される。例えば、1つ以上のPD-1 B細胞エピトープ、Tヘルパー(Th)エピトープ、及びPD-1 B細胞エピトープをThエピトープに接合するリンカーとを含むキメラPD-1ペプチドであって、その1つ以上のPD-1 B細胞エピトープが、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号12、配列番号13、配列番号14、及び配列番号15からなる群から選択される配列からなり、そのペプチドのアミノ酸がD体の鏡像異性体であるキメラPD-1ペプチドが、本明細書で開示される。一態様では、キメラPD-1ペプチドであり、そのペプチドが、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号16、配列番号17、配列番号18、又は配列番号19に記載されるアミノ酸配列を含み、合成PD-1ペプチドのアミノ酸がD体の鏡像異性体であるキメラPD-1ペプチドが、本明細書に開示される。
3.医薬担体/医薬品の送達
上記のように、本明細書に開示される合成PD-1ペプチド及びキメラPD-1ペプチドは、薬学的に許容される担体中でインビボで投与することもできる。したがって、一態様では、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、及び/又は配列番号19に記載のPD-1ペプチドのうちの、任意の1つ以上を含む医薬組成物が、本明細書に開示される。
「薬学的に許容される」とは、生物学的に又はその他の点で望ましい物質を意味し、すなわち、その物質は、望ましくない生物学的効果をいずれも引き起こすことなく、又は物質が含まれる医薬組成物の他の成分のいずれかと有害な様式で相互作用することなく、核酸又はベクターと共に被検体に投与されてもよい。担体は、当業者に公知であるように、活性成分の分解を最小限にするように、かつ被検体における任意の有害な副作用を最小限にするように、当然選択されるであろう。
開示されるPD-1ペプチドを含む医薬組成物は、PD-1媒介性免疫抑制が生じる疾患又は身体の異常の治療に特に有用であることが理解され、本明細書において企図される。したがって、一態様では、本明細書に開示されるPD-1ペプチドのうちの1つ以上を含む開示される医薬組成物は、疾患特異的治療法又はワクチンと組み合わせて、PD-1ペプチドの有効性を更に増加させることができる。例えば、1つ以上のPD-1ペプチドを含む医薬組成物は、乳癌の治療、阻害、及び/又は予防に使用するため、抗HER2抗体又はHER-2のB細胞エピトープと組み合わせることができる。したがって、一態様では、本明細書に開示される、PD-1ペプチド、合成ペプチド、又はキメラペプチド(例えば、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号:11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、及び/又は配列番号19)のうちの1つ以上を含む医薬組成物であって、1つ以上のHER-2のB細胞エピトープ(例えば、配列番号27若しくは29、又はキメラエピトープ配列番号28又は30)、及び/又は抗HER-2抗体を更に含む、医薬組成物が、本明細書に開示される。一態様では、配列番号11に記載のMVF-PD1(92-110)、MVF-HER-2(266-296)ペプチド(例えば、配列番号28に記載されるもの)、及びMVF-HER-2(597-626)ペプチド(例えば、配列番号30に記載されるもの)を含む医薬組成物が、本明細書で具体的に開示される。
組成物は、局所鼻腔内投与又は吸入による投与を含んで、経口的に、非経口的に(例えば、静脈内に)、筋肉内注射によって、腹腔内注射によって、経皮的に、体外に、局所的になどで投与されてもよい。本明細書で使用するとき、「局所鼻腔内投与」は、鼻孔の一方又は両方を通る鼻及び鼻腔への組成物の送達を意味し、噴霧機構若しくは液滴機構による送達又は核酸若しくはベクターのエアロゾル化を介した送達を含むことができる。吸入による組成物の投与は、噴霧機構又は液滴機構による送達を介して鼻又は口を通して行うことができる。送達はまた、挿管を介して呼吸器系(例えば、肺)の任意の領域に対して直接行うことができる。必要とされる組成物の正確な量は、被検体の人種、年齢、体重及び全身状態、治療されるアレルギー性疾患の重症度、使用される特定の核酸又はベクター、組成物の投与様式などに依存して、被検体によって異なるであろう。したがって、全ての組成物の正確な量を指定することは不可能である。しかし、適量は、本明細書の教示に鑑みて、通常の実験のみを使用して、当業者によって決定され得る。
組成物の非経口投与は、使用される場合、一般に注射を特徴とする。注射剤は、溶液若しくは懸濁液、注射前における液体での溶解又は懸濁に好適な固形、又は乳剤のいずれかとして、従来の形態で調製されてよい。非経口投与についてごく最近改良された方法は、一定用量が維持されるように徐放系又は持続放出系の使用を伴う。例えば、参照により本明細書に組み込まれる米国特許第3,610,795号を参照されたい。
材料は、溶液、(例えば、微小粒子、リポソーム又は細胞に組み込まれた)懸濁液であってもよい。これらは、抗体、受容体又は受容体リガンドを介して特定の細胞型を標的としてもよい。以下の参照文献は、特定のタンパク質を腫瘍組織へ標的化するためにこの技術を使用する例である(Senter,et al.,Bioconjugate Chem.,2:447-451,(1991);Bagshawe,K.D.,Br.J.Cancer,60:275-281,(1989);Bagshawe,et al.,Br.J.Cancer,58:700-703,(1988);Senter,et al.,Bioconjugate Chem.,4:3-9,(1993);Battelli,et al.,Cancer Immunol.Immunother.,35:421-425,(1992);Pietersz and McKenzie,Immunolog.Reviews,129:57-80,(1992);及びRoffler,et al.,Biochem.Pharmacol,42:2062-2065,(1991))。「ステルス」などのビヒクル及び(結腸癌を標的とする脂質介在性薬物を含む)他の抗体共役リポソーム、細胞特異的リガンドを介するDNAの受容体介在性標的化、リンパ球指向性腫瘍標的化、並びにインビボでのマウス神経膠腫細胞の高特異的治療的レトロウイルス標的化。以下の参照文献は、特定のタンパク質を腫瘍組織へ標的化するためにこの技術を使用する例である(Hughes et al.,Cancer Research,49:6214-6220,(1989);及びLitzinger and Huang,Biochimica et Biophysica Acta,1104:179-187,(1992))。全般的に、受容体は、構成的誘発性又はリガンド誘発性のいずれかで、エンドサイトーシスの経路に関与する。クラスリン被覆ピット中のこれらの受容体クラスターは、クラスリン被覆小胞を介して細胞に入り、受容体が分別される酸性化エンドソームを通過し、次いで、細胞表面へ再循環するか、細胞内に保存されるか又はリポソーム内で分解されるかのいずれかである。内在化経路は、栄養取り込み、活性化タンパク質の除去、巨大分子のクリアランス、ウイルス及び毒素の日和見侵入、リガンドの解離及び分解、並びに受容体レベル調節などの多様な機能を果たす。多数の受容体は、細胞型、受容体濃度、リガンドの種類、リガンドの価数及びリガンド濃度に応じて、2つ以上の細胞内経路に従う。受容体介在性エンドサイトーシスの分子機構及び細胞機構がレビューされている(Brown and Greene,DNA and Cell Biology 10:6,399-409(1991))。
a)薬学的に許容される担体
抗体を含む組成物は、薬学的に許容される担体と組み合わせて治療する上で使用することができる。
好適な担体及びこれらの製剤は、Remington:The Science and Practice of Pharmacy(19th ed.)ed.A.R.Gennaro,Mack Publishing Company,Easton,PA 1995に記載されている。一般的には、適量の薬学的に許容される塩を製剤に使用して、製剤等張性(formulation isotonic)を与える。薬学的に許容される担体の例には、生理食塩水、リンゲル溶液及びデキストロース溶液が挙げられるが、これらに限定されない。溶液のpHは、好ましくは、約5~約8、より好ましくは、約7~約7.5である。更に、担体は、抗体を含む固体疎水性ポリマーの半透性マトリックスなどの徐放性製剤を含み、マトリックスは、成形品の形態、例えば、フィルム、リポソーム又は微粒子である。例えば、投与経路及び投与される組成物の濃度に応じて、特定の担体が更に好ましい場合があることは、当業者には明白であろう。
医薬担体は、当業者に既知である。これらは、最も一般的には、滅菌水、生理食塩水及び生理的pHの緩衝液などの溶液を含む、ヒトへの薬剤投与のための標準的な担体であると考えられる。組成物は、筋肉内又は皮下に投与することができる。他の化合物は、当業者によって使用される標準的な手順に従って投与されることとなる。
医薬組成物は、選択した分子に加えて、担体、増粘剤、希釈剤、緩衝剤、防腐剤、界面活性剤などを含んでもよい。医薬組成物はまた、抗菌剤、抗炎症剤、麻酔薬などの、1種以上の有効成分を含んでもよい。
医薬組成物は、局所治療又は全身治療が望まれているかどうか、及び治療すべき領域に応じて、多数の方法で投与されてもよい。投与は、(眼科的、経腟的、経直腸的、鼻腔内を含んで)局所的に、経口的に、吸入により又は、例えば、静脈内点滴、皮下注射、腹腔内注射若しくは筋肉内注射による非経口的にでもよい。開示される抗体は、静脈内、腹腔内、筋肉内、皮下、腔内又は経皮的に投与することができる。
非経口的投与の製剤には、滅菌した水溶液又は非水溶液、懸濁液及びエマルションが挙げられる。非水溶液の例は、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール、オリーブオイルなどの植物油及びオレイン酸エチルなどの注射用有機エステルである。水性担体には、生理食塩水及び緩衝媒体を含む、水、アルコール性/水性溶液、エマルション又は懸濁液が挙げられる。非経口ビヒクルには、塩化ナトリウム溶液、リンゲルデキストロース、デキストロース及び塩化ナトリウム、乳酸加リンゲル又は不揮発性油が挙げられる。静脈内ビヒクルには、流体及び栄養補充剤、電解質補充剤(リンゲルデキストロースに基づく電解質補充剤など)などが挙げられる。防腐剤及び他の添加剤はまた、例えば、抗菌剤、抗酸化剤、キレート剤及び不活性ガスなどとして存在してもよい。
局所投与のための製剤は、軟膏、ローション、クリーム、ゲル、液滴、坐剤、スプレー、液体及び粉末を含んでもよい。従来の医薬担体、水性基剤、粉末基剤又は油性基剤、増粘剤などが、必要となるか又は望ましい場合がある。
経口投与のための組成物には、粉末若しくは顆粒、水中又は非水性媒体中の懸濁液若しくは溶液、カプセル、小袋又はタブレットが挙げられる。増粘剤、香味料、希釈剤、乳化剤、分散助剤又は結合剤が望ましい場合がある。
組成物のうちのいくつかは、塩酸、臭化水素酸、過塩素酸、硝酸、チオシアン酸、硫酸及びリン酸などの無機酸並びにギ酸、酢酸、プロピオン酸、グリコール酸、乳酸、ピルビン酸、シュウ酸、マロン酸、コハク酸、マレイン酸及びフマル酸などの有機酸との反応によって、又は、水酸化ナトリウム、水酸化アンモニウム、水酸化カリウムなどの無機塩基並びにモノ、ジ、トリアルキルアミン及びアリールアミン及び置換エタノールアミンなどの有機塩基類との反応によって形成される、薬学的に許容される酸付加塩又は塩基付加塩として、投与される可能性がある場合がある。
b)治療的使用
組成物を投与するための有効量及びスケジュールは、経験的に決定されてもよく、そのような決定を行うことは、当業者の技能の範囲内である。組成物の投与の用量範囲は、疾患の症状に影響する所望の効果を生じるほど大きい用量である。用量は、望ましくない交差反応、アナフィラキシー反応などの有害な副作用を引き起こすほど大きくあるべきではない。一般に、用量は、年齢、状態、性別及び患者の疾患の程度、投与経路又は他の薬物がレジメンに含まれているかどうかにより変動することとなり、当業者によって決定することができる。用量は、いずれかの禁忌がある場合には、個々の医師によって調整することができる。用量は、変更することができ、毎日、1日又は数日間、1つ以上の用量の投与において投与することができる。指針は、所与のクラスの医薬製品に対する適切な用量に関する文献において見出すことができる。例えば、抗体について適切な用量を選択する際の指針は、抗体の治療用途に関する文献、例えば、Handbook of Monoclonal Antibodies,Ferrone et al.,eds.,Noges Publications,Park Ridge,N.J.,(1985)ch.22 and pp.303-357;Smith et al.,Antibodies in Human Diagnosis and Therapy,Haber et al.,eds.,Raven Press,New York(1977)pp.365-389に見出すことができる。単独使用の抗体の一般的な1日用量は、上記の因子に基づいて、1日につき体重1kg当たり約1μg~最大100mg又はそれ以上の範囲である場合がある。
PD-1及びPD-L1の相互作用を阻害する、本明細書に開示される合成PD-1ペプチド、キメラ、及び抗体は、癌、自己免疫疾患、又はアルツハイマー病を発症するリスクがある患者又は被検体に予防的に投与することができ、あるいは癌、自己免疫疾患、又はアルツハイマー病の治療のために、治療的に(すなわち、疾患の診断後又は症状の発症後に)投与することができる。
PD-1又はPD-L1と相互作用して、PD-1/PD-L1相互作用を阻害する他の分子又は抗体(例えば、ペンブロリズマブ及びニボルマブ)を、開示される合成PD-1ペプチド、キメラPD-1ペプチド、又は抗PD-1抗体と組み合わせて使用して、被検体における癌、自己免疫疾患、又はアルツハイマー病を治療することができる。
4.抗体1
(1)一般的な抗体
用語「抗体」は、広義で本明細書で使用され、ポリクローナル抗体及びモノクローナル抗体の両方を含む。無傷免疫グロブリン分子に加えて、用語「抗体」にはまた、これらの免疫グロブリン分子のフラグメント又はポリマー、及びヒト型若しくはヒト化型の免疫グロブリン分子又はこれらのフラグメントが含まれるが、ただしそれは、PD-1がPD-L1と相互作用しないように阻害されるように、これらがPD-1と相互作用する能力によって選択される場合に限る。PD-1とPD-L1の間の相互作用に関与する、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、及び/又は配列番号19に結合する抗体も開示される。抗体は、本明細書に記載される生体外でのアッセイを使用して、又は類似の方法によって、それらの所望の活性について試験することができるが、その後、それらの生体内での治療的及び/又は予防的活性を、既知の臨床試験方法に従って試験する。ヒト免疫グロブリンには5つの主要なクラスIgA、IgD、IgE、IgG及びIgMがあり、これらのいくつかは、サブクラス(アイソタイプ)、例えば、IgG-1、IgG-2、IgG-3、及びIgG-4、並びにIgA-1及びIgA-2に更に分類してもよい。当業者は、マウスに対して同等なクラスを理解すると考えられる。免疫グロブリンの異なるクラスに対応する重鎖定常ドメインは、それぞれアルファ、デルタ、イプシロン、ガンマ及びミューと呼ばれる。
用語「モノクローナル抗体」は、本明細書で使用するとき、実質的に均一な抗体の集団、すなわち、集団に含まれる個々の抗体は、抗体分子の小さいサブセットとして存在する場合がある天然に生じ得る突然変異を除いて同一であるという集団から得られる抗体を指す。本明細書におけるモノクローナル抗体は、具体的には、「キメラ」抗体を含み、そのキメラ抗体では、抗体が所望の拮抗活性を発揮する限り、重鎖及び/又は軽鎖の一部分は、特定の種に由来する又は特定の抗体クラス若しくはサブクラスに属する抗体の、対応する配列と同一若しくは相同である一方、鎖の残部は、他の種に由来するか又は別の抗体クラス若しくはサブクラスに属する抗体、及びそのような抗体のフラグメントの対応する配列と同一若しくは相同である。
開示されるモノクローナル抗体は、モノクローナル抗体を産生する任意の手順を用いて作製することができる。例えば、開示されたモノクローナル抗体は、Kohler and Milstein,Nature,256:495(1975)に記載されているものなどのハイブリドーマ法を使用して調製することができる。ハイブリドーマ法では、マウス又は他の適切な宿主動物は、免疫剤に特異的に結合することとなる抗体を産生するか又は産生する能力があるリンパ球を誘発する免疫剤により、一般的には免疫化される。あるいは、リンパ球は、インビトロで免疫化されてもよい。
モノクローナル抗体はまた、組換えDNA法によって作製されてもよい。開示されるモノクローナル抗体をコードするDNAは、従来の手法を用いて(例えば、マウス抗体の重鎖及び軽鎖をコードする遺伝子に対して特異的に結合することが可能なオリゴヌクレオチドプローブを用いることによって)容易に単離され、配列決定することができる。抗体又は活性抗体フラグメントのライブラリは、例えば、バートン(Burton)らへ付与された米国特許第5,804,440号及びBarbasらに付与された米国特許第6,096,441号に記載されているように、ファージディスプレイ技術を用いて生成及びスクリーニングすることもできる。
インビトロ法はまた、一価抗体を調製するために好適である。抗体を消化してそのフラグメント、特に、Fabフラグメントを作製することは、当該技術分野で既知の所定の技術を使用して達成することができる。例えば、消化は、パパインを用いて行うことができる。パパイン消化の例は、1994年12月22日に公開された国際特許公開第94/29348号、及び米国特許第4,342,566号に記載されている。抗体のパパイン消化は、それぞれ単一の抗原結合部位を有する、Fabフラグメントと呼ばれる同一の2つの抗原結合フラグメント及び残存Fcフラグメントを一般的に産生する。ペプシン処理は、2つの抗原結合部位を有し、依然として抗原とクロスリンクすることができる、フラグメントをもたらす。
本明細書で使用するとき、用語「抗体又はそのフラグメント」は、二重又は多数の抗原又はエピトープ特異性を有するキメラ抗体及びハイブリッド抗体、並びにハイブリッドフラグメントを含む、F(ab’)2、Fab’、Fab、Fv、sFvなどのフラグメントを包含する。したがって、抗体の特定の抗原に結合する能力を保持する抗体のフラグメントが提供される。例えば、PD-1結合活性を維持するか、又は配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、及び/又は配列番号19に結合する抗体のフラグメントは、用語「抗体又はそのフラグメント」の意味に含まれる。このような抗体及びフラグメントは、当該技術分野で既知の技術によって製造することができ、「実施例」に記載した方法に従って、かつ、全般的には、抗体を生成し、特異性及び活性について抗体をスクリーニングする方法に従って、その特異性及び活性についてスクリーニングすることができる(Harlow and Lane,Antibodies,A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Publications,New York,(1988)を参照されたい)。
抗体フラグメントと抗原結合タンパク質(単鎖抗体)との結合体もまた「抗体又は抗体のフラグメント」の意味の中に含まれる。
フラグメントはまた、他の配列に付随しているかどうかにかかわらず、抗体又は抗体フラグメントの活性が非修飾の抗体又は抗体フラグメントと比較して、顕著に変化していないか又は弱められていない限り、特定の領域又は特定のアミノ酸残基の挿入、欠失、置換又は他の選択された修飾もまた含むことができる。これらの修飾は、ジスルフィド結合が可能なアミノ酸を除去/付加するため、その生体寿命(bio-longevity)を増大させるため、その分泌特性を変化させるためなどの、いくつかの付加的性質をもたらすことができる。いかなる場合でも、抗体又は抗体フラグメントは、その同種抗原に対する特異的結合などの生物活性特性を保有する必要がある。抗体又は抗体フラグメントの機能性領域又は活性領域は、タンパク質の特定の領域の変異誘発、それに続く発現及び発現されたポリペプチドの試験により特定することができる。このような方法は、当業者に対して容易に明らかであり、抗体又は抗体フラグメントをコードする核酸の部位特異的変異誘発を含むことができる。(Zoller M.J.Curr.Opin.Biotechnol.3:348-354,1992)。
本明細書で使用するとき、用語「抗体(単数)」又は「抗体(複数)」はまた、ヒト抗体及び/又はヒト化抗体を指すことができる。多くの非ヒト抗体(例えば、マウス、ラット、又はウサギ由来のもの)は、ヒトにおいては自然に抗原性であり、したがって、ヒトに投与されたときに、望ましくない免疫応答を生じさせる可能性がある。したがって、本方法におけるヒト抗体又はヒト化抗体の使用は、ヒトに投与される抗体が望ましくない免疫応答を引き起こす可能性を低減する役割を果たす。
(2)ヒト抗体
開示されるヒト抗体は、任意の技術を用いて調製することができる。開示されたヒト抗体はまた、遺伝子導入動物から得ることもできる。例えば、免疫化に応答してヒト抗体の完全なレパートリーを産生できる遺伝子導入マウスが記載されている(例えば、Jakobovits et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,90:2551-255(1993);Jakobovits et al.,Nature,362:255-258(1993);Bruggermann et al.,Year in Immuno.,7:33(1993)を参照されたい)。具体的には、これらのキメラ及び生殖系列突然変異マウスにおける抗体重鎖結合領域(J(H))遺伝子のホモ接合型欠失は、内因性抗体産生の完全な阻害をもたらし、ヒト生殖系列抗体遺伝子配列をこのような生殖系列突然変異マウスに移転させることにより、抗原投与に対するヒト抗体の産生がもたらされる。所望の活性を有する抗体は、本明細書に記載されるようなEnv-CD4-共受容体複合体を使用して選択される。
(3)ヒト化抗体
抗体ヒト化技術は、一般に、抗体分子の1つ以上のポリペプチド鎖をエンコードするDNA配列を操作するための、組換えDNA技術の使用を含む。したがって、非ヒト抗体(又はそのフラグメント)のヒト化形態は、ヒト(レシピエント)抗体のフレームワークに組み込まれた非ヒト(ドナー)抗体から抗原結合部位の一部を含有する、キメラ抗体又は抗体鎖(又はそのフラグメント、例えば、sFv、Fv、Fab、Fab’、F(ab’)2、又は抗体の他の抗原結合部分)である。
ヒト化抗体を生成するために、レシピエント(ヒト)抗体分子の1つ以上の相補性決定領域(CDR)の残基は、所望の抗原結合特性(例えば、標的抗原に対する、特定のレベルの特異性及び親和性)を有することが知られているドナー(非ヒト)抗体分子の1つ以上のCDRからの残基で置換される。いくつかの例では、ヒト抗体のFvフレームワーク(FR)残基は、対応する非ヒト残基によって置換されている。ヒト化抗体はまた、レシピエント抗体にも、インポートされたCDR又はフレームワーク配列にも見出されない残基を含有してもよい。一般に、ヒト化抗体は、非ヒト源からヒト化抗体に導入された1つ以上のアミノ酸残基を有する。実際には、ヒト化抗体は、一般的には、いくつかのCDR残基及び場合によりいくつかのFR残基が、げっ歯類抗体における類似部位由来の残基によって置換されたヒト抗体である。ヒト化抗体は、一般に、抗体定常領域(Fc)、典型的にはヒト抗体のそれを少なくとも含有する。
(4)抗体の投与
抗体の投与は、本明細書に開示されるように行うことができる。抗体送達のための核酸アプローチも存在する。広域中和抗PD1抗体及び抗体フラグメント(配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、及び/又は配列番号19に結合する任意の抗体を含む)はまた、抗体又は抗体フラグメントをエンコードする核酸調製物(例えば、DNA又はRNA)として患者又は被検体に投与されてもよく、それにより、患者又は被検体のそれ自体の細胞が核酸を取り込み、エンコードされた抗体又は抗体フラグメントを産生及び分泌する。核酸の送達は、例えば、本明細書に開示される任意の手段によってもよい。
C.疾患を治療する方法
本開示の組成物、合成PD-1ペプチド、及びキメラPD-1ペプチドは、例えばアルツハイマー病、自己免疫疾患などの、免疫の抑制及びプログラムされた細胞死の防止がその疾病にとって有利となるあらゆる疾病を治療するため、又は癌などの、制御されていない細胞増殖が生じるあらゆる疾病を治療するために使用され得ることが理解され、本明細書において企図される。
本明細書に開示されるキメラ若しくは合成ペプチド又は医薬組成物を使用して治療することができる異なる種類の自己免疫疾患の非限定的リストとしては、乾癬、円形脱毛症、原発性胆汁性肝硬変、多腺性自己免疫症候群、劇症1型糖尿病、自己免疫甲状腺炎、全身性エリテマトーデス、多発性硬化症、ギラン・バレー症候群、グレーブス病、シェーグレン症候群、潰瘍性大腸炎、自己免疫溶血性貧血、悪性貧血症、乾癬性関節炎、リウマチ性関節炎、再発性ポリコンドチン炎、筋腱炎、急性有害性脳脊髄炎、及び多発性血管炎を伴う肉芽腫症が挙げられるが、それらには限られない。
開示するキメラペプチド若しくは合成ペプチド、又は医薬組成物を用いて治療できることのできる種々の型の癌の非限定的なリストは以下のようなものである:リンパ腫(ホジキン及び非ホジキン)、白血病、癌、固形組織の癌、扁平上皮癌、腺癌、肉腫、神経膠腫、高悪性度神経膠腫、芽細胞腫、神経芽細胞腫、形質細胞腫、組織球腫、黒色腫、腺腫、酸素欠乏腫瘍、骨髄腫、エイズ関連リンパ腫若しくは肉腫、転移性癌、又は一般的な癌。
開示する組成物、キメラペプチド、及び合成ペプチドを治療に使用することができる癌の代表的な、しかし非限定的リストには、以下のものがある。リンパ腫、B細胞リンパ腫、T細胞リンパ腫、菌状息肉腫、ホジキン病、骨髄性白血病、膀胱癌、脳腫瘍、神経系癌、頭頚部癌、頭頚部扁平上皮癌、腎臓癌、小細胞肺癌及び非小細胞肺癌などの肺癌、神経芽細胞腫/膠芽腫、卵巣癌、膵臓癌、前立腺癌、皮膚癌、肝臓癌、黒色癌、口腔、咽喉、喉頭及び肺の扁平上皮癌、結腸癌、子宮頸癌、子宮頸癌種、乳癌、並びに上皮癌、腎癌、泌尿生殖器癌、肺癌、食道癌、頭頚部癌腫、大腸癌、造血性癌、精巣癌、結腸癌及び直腸癌、前立腺癌、イピリムマブ不応性黒色腫、又は膵臓癌。
したがって、一態様では、本明細書に開示されるのは、被検体における癌、アルツハイマー病、又は自己免疫疾患を治療する方法であって、被検体に、PD-1合成ペプチドを投与することを含み、そのPD-1合成ペプチドが、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号12、配列番号13、配列番号14、又は配列番号15に記載の配列のうちの1つ以上を含むという方法である。合成ペプチドは、アセチル化された、アミド化された、かつ/又はD体の鏡像異性体を含み得ることが理解され、本明細書において企図される。したがって、一態様では、本明細書に開示されるのは、被検体における癌、アルツハイマー病、又は自己免疫疾患を治療する方法であって、被検体に、PD-1合成ペプチドを投与することを含み、そのPD-1合成ペプチドが、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号18、配列番号9、配列番号10、又は配列番号11のD体鏡像異性体及び/又はレトロインベルソD体鏡像異性体である、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、及び配列番号19にそれぞれ記載されるものを含むという方法である。
一態様では、開示される組成物は、所与の疾患又は身体の異常に対する他の治療法と組み合わせることができることが理解される。例えば、一態様では、本明細書に開示されるのは、被検体にPD-1ペプチド、PD-1合成ペプチド、又はPD-1キメラペプチドを投与することを含む、癌を治療する方法であって、その疾患又は身体の異常が乳癌であり、その方法が、被検体に、1種以上のHER-2のB細胞エピトープ(例えば、配列番号27又は29に記載されるような1種以上のHER-2ペプチド、又は配列番号28若しくは30に記載のキメラMVF-HER-2ペプチド)及び/又は1種以上の抗HER-2抗体を投与することを更に含むという方法である。被検体にHER-2のB細胞エピトープ又は抗HER-2抗体が投与される場合、その投与は、両者を別々にしかし同時に投与するものであっても、先にHER-2のB細胞エピトープ又は抗HER-2抗体を投与するものであっても、後でHER-2のB細胞エピトープ又は抗HER-2抗体を投与するものであっても、あるいは、HER-2のB細胞エピトープ又は抗HER-2抗体が、PD-1ペプチド、PD-1合成ペプチド、又はPD-1キメラペプチドと同じ医薬製剤中の成分であるものであってもよいと理解される。例えば、乳癌を治療する方法は、被検体に、配列番号2、配列番号3、配列番号4、及び配列番号5に記載されるPD-1ペプチド、配列番号8、配列番号9、配列番号10、及び配列番号11に記載のキメラPD-1ペプチド、及び/又は配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、及び配列番号19に記載のレトロインベルソPD-1ペプチドのうちの1種以上を含む医薬組成物を投与することを含み得るが、その方法は、被検体に、1種以上のHER-2のB細胞エピトープ(例えば、配列番号27に記載のHER-2(266-296)、及び/又は配列番号29に記載のHER-2(597-626))、並びに/又はキメラエピトープMVF-HER-2(266-296)ペプチド(例えば、配列番号28に記載のもの)及びMVF-HER-2(597-626)ペプチド(例えば、配列番号30に記載のもの)を投与することを更に含む。したがって、一態様では、本明細書に開示されるのは、乳癌の治療方法であって、乳癌に罹患した被検体に、配列番号11に記載のMVF-PD1(92-110)、MVF-HER-2(266-296)ペプチド(例えば、配列番号28に記載のもの)、及びMVF-HER-2(597-626)ペプチド(例えば、配列番号30に記載のもの)を含む医薬組成物を投与することを含む方法である。
癌、自己免疫疾患、又はアルツハイマー病の治療に使用するための合成ペプチドは、キメラペプチドの成分であり得ることが更に理解され、本明細書において企図される。したがって、一態様では、本明細書に開示されるのは、被検体にPD-1キメラペプチドを投与することを含む、被検体における癌、アルツハイマー病、又は自己免疫疾患を治療する方法であって、そのキメラペプチドが、1種以上のPD-1のB細胞エピトープと、Tヘルパー(Th)エピトープと、そのPD-1のB細胞エピトープをそのThエピトープに接合させるリンカーとを含み、その1種以上のPD-1のB細胞エピトープが、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号12、配列番号13、配列番号14、及び配列番号15からなる群から選択される配列からなるという方法である。キメラペプチドに使用される合成PD-1ペプチド(すなわち、PD-1のB細胞エピトープ)は、アセチル化された、アミド化された、及び/又はD体の鏡像異性体を含み得ることが理解され、本明細書において企図される。一態様では、例えば、本明細書に開示されるのは、被検体に、PD-1キメラペプチドを投与することを含む、被検体における癌、アルツハイマー病、又は自己免疫疾患を治療する方法であって、キメラペプチドが、配列番号8、配列番号9、配列番号10,の配列番号11、配列番号16、配列番号17、配列番号18、又は配列番号19の配列を含むという方法である。
以下の実施例は、本明細書において特許請求の範囲に記載された化合物、組成物、物品、デバイス及び/又は方法をどのように製造及び評価するかの完全な開示及び記載を当業者に提供するために示され、純粋に例示的であることが意図され、開示を制限することを意図しない。数字(例えば、量、温度など)に関して精度を保証する努力がなされたが、ある程度の誤差及び偏差を考慮するものとする。特に記載のない限り、部分は、重量部であり、温度は、℃単位又は周囲温度であり、圧力は、大気圧又はほぼ大気圧である。
1.実施例1:PD-1に対するペプチドエピトープの選択、設計、及びモデリング
PD-1の表面に発現した候補となるB細胞エピトープの選択は、社内(Peptide Companion(商標),5x.com)での、抗原性についての6つの相関物をコンピュータを使用して分析すること(Kaumayaらがその分析をレビューした)によって実現された:(a)個々の配列の鎖の可撓性及び移動度のプロファイルを、Karplus及びSchultzに従って計算した;(b)7つの残基スパン設定にわたって、疎水性親水性のプロファイルを生成し、次いで、Kyte及びDoolittleのスケールを使用して、3残基スパンで平滑化した;(c)Hopp及びWoodsのプログラムを使用して、6残基ウィンドウにわたる親水性プロファイルを生成した;(d)アミノ酸残基の水への曝露の分析(1.4Aプローブ)を、Roseらの溶媒曝露アルゴリズムによって行った;(e)伸出係数を、アクセス可能なタンパク質の部分であり、溶媒中に突出する部分を予測する、Thorntonらの方法によって計算した;(f)5残基配列が抗原性である確率が、Wellingらの方法によって決定された;配列は、それぞれの指数値に基づいて1~6のスコアが与えられ、ランク付けされた:最も高いランクを付けられた配列は、検討された分析に対して最も高い個々のスコアを有し(6/6)、それ以上の候補となる配列は、順次、次に高いスコア(5/6)を与えられた。最も良いスコアのエピトープが、それらの二次構造属性との相関によって更にランク付けされた;例えば、両親媒性のα-螺旋配列又はβターンループ領域が、ランダムコイルフラグメントよりも好ましい。Chou及びFasman、並びにNovotnyらによるコンピュータプログラムを使用して、二次構造(α-螺旋、β-ストランド/シート、β-ターン/ループ、ランダムコイル)及びα-螺旋状両親媒性モーメントを予測した。最後に、個々のアミノ酸配列を考慮した。静電イオン対、及び螺旋セグメントにおけるヘリックス双極子の相互作用も考慮された(例えば、疎水性/親水性のバランス)。最も高いスコアを与えられた配列を表4に示す。この方法を使用して、ヒトPD-1の、最も高いスコアを得た12個のB細胞エピトープ配列のうちの4つを優先度の高いものとした。アミノ酸32-50、45-64、73-90、及び92-110を、PD-1:PDL1(20)の結晶構造からの情報と組み合わせて評価するために選択した。ヒトPD-1(PDB 3RRQ)及びヒトPD-L1(PDB 3BIS、3FN3、4Z18、5C3T)の構造が既に決定されているが、それらは、複合体形成時のヒトPD-1内での有意な可塑性を説明できなかった。なお、それは、完全ヒトPD-1/PD-L1複合体(20)の構造によって、ごく最近になってようやく実証された。上記の構造は相互作用の完全な説明を提供したものの、タンパク質-タンパク質界面の平坦な表面は、合理的な薬物開発を更に導くために、PD-1又はPD-L1のいずれかと複合した小分子阻害剤に関する構造情報が存在しないという下では、薬剤設計の努力をなおも複雑にしている。結晶構造は、受容体-リガンド相互作用が、PD-1及びPD-L1の両方の中のC0CFGストランドの残基によって大部分媒介されることを示している(図1)。タンパク質-タンパク質の接触部は、疎水性相互作用及び極性相互作用の両方を伴い、1,970Å2の総表面積を覆っている。相互作用が、両方のパートナーによって寄与され、PD-1の前側シートの非極性残基(Val64、Ile126、Leu128、Ala132、Ile134)と、PD-L1の前側シートの非極性残基(LIle54、LTyr56、LMet115、LAla121、LTyr123)によって構成される、中央の疎水性コアの周りに構築されるが、それにはIle134及びLTyr123aの側鎖の、特徴的アルキル-P相互作用を含む。この疎水性領域は、抗原結合部位となる予定の部位上の溶媒に対して開放しており、分子の反対側にある、極性/非極性相互作用の埋込み領域によって隣接されている。これらの領域は両方とも、受容体とリガンドとの間に更なる水素結合介在性相互作用を提供する、極性残基の周辺ネットワーク(CDRループ側で安全)によって囲まれている。その構造は、成熟ポリペプチドの残基16-127を含むhPD-1が、IgSFドメインのトポロジーがジスルフィド結合(Cys34-Cys103)によって安定化された2層サンドイッチ(すなわち、2つのβシート(GFCC及びABED)からなることを示す。図2A、2B、及び2Cは、立体構造エピトープとしてのPD-1ペプチドのモデリングを示す。
Figure 0007346302000005
2.実施例2:PD-1ペプチド及びMVF-PD-1ペプチドの合成、精製、及び特性決定
Fmoc/Bocの化学的性質を用いる、9600 Milligen/Biosearch固相ペプチド合成装置(Millipore,Bedford,MA)を使用して、ペプチド合成を実施した。全てのペプチドの合成には、透明アミド樹脂(0.50ミリモル/グラム)(Peptide International社(Louisville,KY)製)及びFmoc保護アミノ酸(P3BioSystems(Louisville,KY)社製)を使用した。キメラペプチドの場合、B細胞エピトープは、位置選択的側鎖保護及びGPSLリンカーを使用して、無差別なThのMVF(残基288-302)エピトープと共直線的に合成された。一部のB細胞エピトープは、DMF中でアセチルイミダゾール(Sigma-Aldrich(St.Louis,MO)社製)を使用してアセチル化した。ペプチドを一晩反応させ、次いで、切断前にDMFで洗浄した。試薬R(トリフルオロ酢酸(TFA):チアソール:EDT:アニソール、90:5:3:2)(Sigma-Aldrich,St.Louis,MO)を使用して、ペプチドを切断した。粗ペプチドを、Watersシステム上の水/アセトニトリル(0.1%トリフルオロ酢酸)中の、C-4 vydacカラムを使用して、勾配系で逆相HPLCによって精製した。精製終了時に、純粋画分を分析HPLCで分析し、目的の画分を一緒にプールし、10%酢酸溶液中で凍結乾燥した。次に、表5に列挙した最終精製ペプチドを、質量分析法(Campus Chemical Instrumentation Center,The Ohio State University,Columbus,OH)を使用して同定した。
Figure 0007346302000006
3.実施例3:BIACOREによるPD-1ペプチドの結合特異性
a)Biacore固定化
全ての選択されたペプチドの活性を試験するために、表面プラズモン共鳴(SPR)分光法(Biacore T200、258Cにて)を使用して、ヒトPD-L1(hPD-L1)の細胞外ドメインに対する結合親和性を測定した。組換えhPD-L1外部ドメインを、直接のアミンカップリングによって、CM5センサチップの金表面上に固定化した。固定化したhPD-L1外部ドメインが官能性であることを確認するために、その組換えヒトPD-1(hPD-1)外部ドメインに対する親和性を確認した。
ペプチド結合に対する理論上の最大応答を得るために必要な、rhPD-L1、ニボルマブ、及びヒトIgGの計算された固定化量は、それぞれ9790RU、14286RU、及び14286RUである。10mMのNaAc中の20μg/mlのrhPD-L1(pH5.5)と、10mMのHEPES中のニボルマブ(pH7.5)と、10mMのHEPES中のヒトIgG(pH7.0)とを、EDC/NHSで活性化した後のチップ上に7分間、10μl/分で注入した。得られたrhPD-L1(図3A)、ニボルマブ(図3B)、ヒトIgG(図3C)は、それぞれ2345RU、12264RU、及び11651RUである。
b)rhPD-1及びニボルマブ結合の特異性試験
調製したセンサチップを検証するために、1μM(17.3μg/ml)のrhPD-1を、3分間、10μl/分でチップ上に注入した(図3D)。1μMのBSAを陰性対照として使用した。チップを、10mMのグリシン-HCl(pH2.5)によって再生した(図3E)。rhPD-1インジェクションニボルマブが、応答(3740RU)を伴う強いシグナルを生成し、rhPD-L1は弱いシグナル(461RU)を引き起こしたが、一方、ヒトIgGは何の結合シグナルも示さなかった。BSAは、何の結合にもつながらず、ニボルマブ及びrhPD-L1へのPD-1の結合が特異的であるということを示した。
c)Biacoreによる、PD-1ペプチドのrPD-L1及びニボルマブへの結合の特異性
1μMの様々なPD-1ペプチドを、10μl/分で1分間、チップ上に注入し、続いて1分間解離させ、次いで、各実施のために、10mMのグリシン-HCl(pH2.5)で1分間の再生を行った。図4Aは、MVF-PD-1(45-64)、MVF-PD-1(73-90)、MVF-PD-1(92-110)が固定化rhPD-L1に結合して、約110RUをもたらすことを示す。対照的に、MVF-PD-1(32-50)は、陰性対照、MVF-HER-2(266-296)(20RU)と同様である、非常に弱い結合(11RU)を示す。同じ3つの陽性MVFペプチドはそれぞれ、1030RU、1000RU、及び970RUと、ニボルマブに対するより強い結合を示した(図4B)。ここでも、MVF-PD-1(32-50)は、無視できるほどのごく小さい結合能力(20RU)しか示さず、そのことは、この配列が生存可能なエピトープを表していないことを示している。MVF-PD-1(45-64、73-90及び92-110)は、rhPD-L1及びニボルマブの両方を認識することができるが、MVF-PD-1(31-49)はそれができないと結論付けられた。加えて、アセチル化ペプチドはまた、キメラMVFペプチドよりも弱くではあるものの、rhPD-L1及びニボルマブにも結合する(図4C~4D)。遊離ペプチドはまた、PD-L1及びニボルマブの両方に結合し、PD-1(73-90)は、PD-1(45-64)及びPD-1(92-110)よりもrhPD-L1及びニボルマブに対する結合力がはるかに強いことを示す(図4E及び4F)。PD-1(45-64)は、2番目に強力な結合剤である。したがって、遊離ペプチドの結合効率は、以下のようにランク付けすることができる:73-90>46-64>92-110。これらの結合に関する研究から、PD-1ペプチド46-64、73-90、及び92-110は、rPD-L1を認識することができ、PD-1:PD-L1相互作用の低分子ペプチド阻害剤として作用し得ると結論付けることができる。
4.実施例4:ウサギにおけるPD-1ペプチドの免疫原性試験
a)高力価の抗ペプチド抗体を誘発するMVF-PD-1ペプチド。
4つのPD-1配列を、麻疹ウイルス融合タンパク質(MVF、アミノ酸288-302)から誘導された、無差別なTヘルパーエピトープを有するキメラ構築物として合成した。ペプチドのワクチン構築物1mgを、Montanide ISA 720(Seppic(Paris,France)社製)及びノル-MDP免疫増強剤(N-アセチル-グルコサミン-3イル-アセチルL-アラニル-D-イソグルタミン)内で乳化させ、ニュージーランド白色ウサギに免疫をもたせるために用いた。なお、これらのニュージーランド白色ウサギは、Charles River Laboratories(Wilmington,Massachusetts)から購入し、オハイオ州立大学の大学研究所動物リソース(ULAR)の施設に収容されていたものである。ウサギには、3週間間隔で合計3回、ワクチン接種した。動物から週1回採血し、9週目に屠殺し、最後の試験出血時に心穿刺により終末血を採取した。全ての実験は、米国公衆衛生局の実験動物の人道的な取り扱いに関する政策(U.S.Public Health Service Policy on Humane Care and Use of Laboratory Animals)に準拠して行われ、かつオハイオ州立大学の施設内における動物の取り扱いに関する委員会(Ohio State University Institutional Animals Care and Use Committee)により承認され、その詳細は、受理されたプロトコルに記載されている。ペプチドワクチン抗体を、タンパク質A/Gカラムを使用してアフィニティークロマトグラフィーにより精製し、その濃度をクーマシータンパク質アッセイにより測定した。
全ての4つのエピトープは、図5Aの免疫ワクチンに対する高力価(>250,000)抗体を誘導した。終末血の抗体はまた、組換えヒトPD-1タンパク質、並びに免疫化ペプチドMVF-PD-1、アセチル化ペプチド、及び遊離ペプチドを認識した(図5B)。
b)(ii)選択されたエピトープの、ヒトPD-1配列及びマウスPD-1配列間のホモロジー。
ヒトPD-1配列及びマウスPD-1配列間には、65%の全体相同性が存在する。選択されたエピトープは、ヒト配列とマウス配列との間で、67%~74%の相同性を示す。したがって、選択されたヒトエピトープがマウスPD-1に結合してマウスの研究を検証できるかどうかを見ることが重要であった。
c)(iii)マウスPD-1に結合するα-hPD-1ウサギポリクローナル抗体
α-hPD-1ウサギポリクローナル抗体がマウスPD-1を認識しているかどうかを判定するために、ナイーブミエリン塩基性タンパク質(MBP)特異的TCR遺伝子導入マウスからの脾細胞を、MBP Ac1-11で72時間活性化した。PD-1発現をフローサイトメトリーによって分析した。図6に示すように、4つのポリクローナルα-hPD-1抗体は全て、マウスPD-1に結合し、腫瘍マウス研究におけるヒトPD-1の使用の妥当性を確認した。
D)(iv)α-ヒトPD-1抗体によるT細胞増殖の調節
抗原特異的T細胞増殖は、Tエフェクター細胞の重要なエフェクター機能を反映している。4つのα-ヒトPD-1抗体が、PD-1シグナル伝達経路を活性化又は阻害することによって、Tエフェクター機能を変化させるかどうかを判定するために、CFSE系増殖アッセイを実施した(図7)。簡潔に述べると、ナイーブMBP-特異的TCR遺伝子導入マウスからの脾細胞をCFSEで標識し、50mg/mlのα-ヒトPD-1抗体又は対照例としてのウサギIgGの存在下で、MBP Ac1-11を用いて、4日間活性化した。CFSE発現をフローサイトメトリーにより分析した。データは、IgGで処理された対照グループにおいては70%しか高度に増殖していないのに比べ、α-ヒトPD-1-92-110で処理されたCD4のT細胞の81%が高度に増殖していることを示しており、このことは、α-ヒトPD-1-92-110が、PD-1/PD-L1相互作用をブロックし、ミエリン特異的CD4のT細胞の抗原特異的増殖の増加によって表される、亢進したTエフェクター機能をもたらすことを示す。対照的に、α-ヒトPD-1(45-64)又はα-ヒトPD-1(73-90)で処理したT細胞は、その増殖が減少し、そのことは、それらがPD-1シグナル伝達を活性化し、ミエリン特異的CD4のT細胞のエフェクター機能を阻害していることを示す。更に、α-ヒトPD-1(32-50)で処理された細胞は、対照例の、IgGで処理した細胞と同じレベルで増殖しているため、α-ヒトPD-1(32-50)は、Tエフェクター機能に影響を及ぼしていない。まとめると、これらのデータは共に、α-ヒトPD-1(92-110)がTエフェクター機能を強化し、生体内での腫瘍成長を阻害する治療能力を有することを示す。PD-1シグナル伝達を活性化する特性により、エピトープ45-64及びエピトープ73-90は、自己免疫疾患の場合の標的として機能することができる。
5.実施例5:免疫応答性マウスと腫瘍負荷とによる実験における、PD-1ペプチドの免疫原性試験
a)マウスワクチン接種及び抗原としての腫瘍投与のプロトコル。
6-8週齢の免疫応答性Balb/cマウスを、Charles River Laboratories(Wilmington,Massachusetts)から購入し、オハイオ州大学大学研究所動物リソース(ULAR)の施設に収容した。動物に細胞を注射し及び死に至らしめる前に、イソフルランを使用して麻酔した。免疫前の血清サンプルをマウスから採取した後、Montanide ISA 720(Seppic(Paris,France)社製)及びノル-MDP免疫増強剤(N-アセチル-グルコサミン-3イル-アセチルL-アラニル-D-イソグルタミン)内で乳化させた100μgのペプチドで免疫を与えた。マウスは、最初の免疫付与から3週間後及び6週間後に、追加免疫化を受けた。マウスからいくつかの試験血清サンプルを採取した(図8)。
b)抗原としての腫瘍の投与:
2回目のブーストから10日後、マウスに、1×10個のマウス結腸癌CT26腫瘍細胞を、右脇腹の皮下に接種した。腫瘍の成長を週3回モニタリングし、血清サンプルを毎週、更には動物を屠殺した際に採取した。0日目の対照マウスに、1×10個のCT26腫瘍細胞を皮下移植した。動物は、PD-1に対する抗マウス抗体の150μgの注射を受けた。マウスをモニタリングし、週2回、触知可能な腫瘍の形成についてスコア化した。腫瘍が壊死したか、又は2,000mmの所定のサイズを超えた際にマウスを屠殺した。腫瘍直径を週2回測定した。腫瘍サイズは、式:V=[(長さ×幅2)/2]に従って計算した。腫瘍体積をキャリパーで立方ミリメートル単位で測定し、式A×B2×0.5(式中、Aは最大直径であり、Bは最小直径である)で計算した。全ての実験は、米国公衆衛生局の実験動物の人道的な取り扱いに関する政策(U.S.Public Health Service Policy on Humane Care and Use of Laboratory Animals)に準拠して行われ、かつオハイオ州立大学の施設内における動物の取り扱いに関する委員会(Ohio State University Institutional Animals Care and Use Committee)により承認され、その詳細は、受理されたプロトコルに記載されている。
c)マウスにおけるPD-1ワクチン構築物の免疫原性。
全ての個々のマウスは、全ての4つのワクチンに対して、強い抗体応答開始した。プールした血清に対する免疫応答(図9及び表6)を、ワクチン構築物に対して、様々な間隔(2Y+1、2Y+3、3Y+1、3Y+2、3Y+3)でモニタリングした。
Figure 0007346302000007
d)マウス組織における免疫細胞の検出
腫瘍及び腫瘍排出リンパ節を、マウスにおける免疫応答を研究するために、後でFACS分析する目的で収集した。細胞懸濁液を、組織を機械的に解離させることによって、又は酵素により消化させることによって調製した。染色された細胞を、波長405、488、及び633nmの3種類の励起レーザーを備えたLSRIIフローサイトメーター(BD Biosciences社製)で分析した。腫瘍白血球からのCD8+T細胞及びCD4+CD25+T細胞を、MACSカラム又はFACSAriaのいずれかで精製した。
e)処置マウスにおけるT細胞応答の免疫プロファイリング
フローサイトメトリー分析を行って、脾細胞及び腫瘍浸潤T細胞における表面マーカー(CD45、CD3、CD4、CD8、及びCD25)及び転写因子FoxP3の発現を評価した。簡潔に述べると、脾臓をマウスから取り出し、細胞ストレーナーを通してプレスし、続いて赤血球溶解緩衝液と短時間インキュベートして赤血球を溶解させた。次いで、細胞を回収し、洗浄し、染色緩衝液(PBS中1% BSA)中に再懸濁させた。同様に、腫瘍をマウスから取り出し、細胞ストレーナーを介してプレスし、続いて37%のパーコールで1回洗浄した。次いで、腫瘍細胞をPBSで洗浄し、染色緩衝液中に再懸濁させた。脾細胞及び腫瘍細胞を、細胞表面マーカーに対するモノクローナル抗体とともに、4℃で30分間インキュベートした。染色緩衝液で2回洗浄した後、Cytofix/Cytoperm溶液を用いて、4℃で60分間、細胞固定及び透過処理した。細胞を、4℃で30分間、FoxP3用に染色した。80,000~100,000の生細胞イベントをFACSCanto(BD社製)上で取得し、FlowJoソフトウェア(Tree Star,Inc.製)を使用して分析した。腫瘍細胞から浸潤細胞を区別するために、腫瘍細胞を最初にCD45+細胞でゲーティングした。次いで、CD3+CD4+及びCD3+CD8+細胞を分析した。Tregは、CD4+CD25+FoxP3+細胞によって表された。図10Aに示すように、CD4及びCD8のサブセットは、脾臓において同様のレベルであり、一方、C群、E群、及びF群は、A群(陰性対照)と比較して、脾臓におけるTreg集団の増加を示した。腫瘍において、C群は、他の4つの群と比較して、最も高いTregを有する(図10B)。これが示すのは、ペプチドPD1-45-64ワクチン接種は、腫瘍微小環境におけるTregの成長の増加をもたらしたということである。E群は、最も低いTregレベルを有した。
ff)PD-1構築物で免疫され、1x10個のマウス結腸癌CT26腫瘍細胞を抗原として投与された同一遺伝子のBalb/cマウスにおける有効性研究
図11は、4つのPD-1構築物(A:(PD-1(32-50)、B:PD-1(45-64)、C:PD-1(73-90)、及びD:PD-1(92-110))、対照ペプチド(E:無関係なペプチド)、及び抗マウスPD-1モノクローナル抗体で処理した陽性対照群(F)のそれぞれについて、マウス(5個体/群)における腫瘍成長の個々のプロットを示す。
g)マウス腫瘍増殖データの予備的な統計分析
腫瘍増殖に対する4つの異なるワクチン処置の性能を評価するために、腫瘍サイズをマウスで定期的に測定し、結果を陽性対照及び陰性対照のものと比較した。各治療群には5匹のマウスが存在し、それぞれ割り当てられたMVFペプチドを受容し、次いで、治療の最後のブーストの10日後に、1e5 CT26(結腸)腫瘍細胞を接種した。14日目は、最も重要な注目時点であると考えられた。それは、治験者は、19日目まで待っても、腫瘍が成長するのには時間が長すぎて、19日目でも14日目でも得られるサイズが同様であると考えていたためである。腫瘍サイズは、以下の3つの方法で測定した:全ての時点で、LWW(1/2長さ幅);全ての時点で、LWH(1/2長さ高さ);及び試験の終了時の腫瘍量の最終重量。MVF-PD-a(45)で処置したマウス、C群は、1匹のマウスが死亡したため19日目に屠殺された。そのため、比較は、14日目の腫瘍サイズ間でのみ行うことができる。腫瘍サイズは、LWW及びLWHについてはmm単位で、最終腫瘍重量については、g単位である。
各群のサンプルサイズが小さく、正規性を想定できないため、正確なウィルコクソン順位和検定を使用して、腫瘍サイズの分布間の系統的差を14日目及び19日目時点についてチェックした(図12A~D及び表7~10)。所与のp値は、そのカラムの対照をそれぞれの処置と比較する試験のためのものであり、腫瘍サイズが治療と対照との間で体系的に大きいか又はより小さい可能性を考慮するために、両側に取る。これは予備データであるため、複数の比較のためにp値を調整することはしない。全体として、対照の分布と治療したものの分布との間に有意な差がある事例はほとんど存在しなかった。
Figure 0007346302000008
MVF-PD-a(32)については、治療したものと、陽性対照又は陰性対照のいずれかとの間の腫瘍サイズの分布には、有意差はなかった。
Figure 0007346302000009
MVF-PD-1(45-64)については、上記のように、比較を14日目のデータに対してのみ行うことができる。ここで、腫瘍サイズ分布について、この治療したものと対照のいずれかとの間には、有意差は見出せなかった。
Figure 0007346302000010
MVF-PD-1(73-90)については、14日目時点で、腫瘍サイズ分布について、この治療例と対照例のいずれかとの間に有意差はなかった。治療例を陽性対照例と比較したとき、19日目時点では、LWHについて、顕著に小さいp値(<0.1)が存在し、腫瘍サイズ分布に、差がある可能性を示していた。
Figure 0007346302000011
MVF-PD-1(92-110)の場合も、LWW測定値及びLWH測定値の両方を使用して、この治療例を陽性対照例と比較すると、顕著に小さいp値が存在した。治療は、陽性対照よりも、体系的により小さい腫瘍サイズの分布を有するように見えた。
6.実施例6:PD-1ペプチド抗体の阻害性又は賦活性
抗原特異的T細胞の増殖は、Tエフェクター細胞の重要なエフェクター機能を反映する。PD-1シグナル伝達経路を活性化又は阻害することによって、4つのα-ヒトPD-1抗体がTエフェクター機能を変化させるかどうかを判定するために、CFSE系増殖アッセイを実施した。増殖アッセイにおいて、ナイーブMBP-特異的TCR遺伝子導入マウスからの脾細胞をCFSEで標識し、50mg/mlのα-ヒトPD-1抗体又は対照例としてのウサギIgGの存在下で、MBP Ac1-11を用いて、4日間活性化した。CFSE発現を、フローサイトメトリーにより分析した(図13)。データは、IgGで処理された対照グループにおいては70%しか高度に増殖していないのに比べ、α-ヒトPD-1-92-110で処理されたCD4のT細胞の81%が高度に増殖していることを示しており、このことは、α-ヒトPD-1-92-110が、PD-1/PD-L1相互作用をブロックし、ミエリン特異的CD4のT細胞の抗原特異的増殖の増加によって表される、亢進したTエフェクター機能をもたらすことを示す。対照的に、α-ヒトPD-1(45-64)又はα-ヒトPD-1(73-90)で処理したT細胞は、その増殖が減少し、そのことは、それらがPD-1シグナル伝達を活性化し、ミエリン特異的CD4のT細胞のエフェクター機能を阻害していることを示す。まとめると、これらのデータは共に、α-ヒトPD-1(92-110)がTエフェクター機能を強化し、生体内での腫瘍成長を阻害する潜在的治療能力を有し得ることを示す。PD-1シグナル伝達を活性化する特性により、エピトープ45-64及びエピトープ73-90は、自己免疫疾患の場合の標的として機能することができる。
7.実施例7:異なるPD-1構築物で免疫化され、1×10個のマウス結腸癌CT26腫瘍細胞を抗原として投与された同一遺伝子のBalb/cマウスにおける予備的スクリーニング有効性試験
6-8週齢の免疫応答性Balb/cマウス(5マウス/群)を、Montanide ISA 720(Seppic,Paris,France)及びノルMDP免疫増強剤(N-アセチル-グルコサミン-3イル-アセチルLアラニル-イソグルタミン)に乳化させた100μgのペプチドで免疫化した。マウスは、3週目及び6週目に追加の免疫化を受け、2回目の追加免疫化から10日後に、腫瘍を抗原として投与された。具体的には、1×10個のマウス結腸癌CT26腫瘍細胞を、マウスに皮下接種して、腫瘍増殖を週3回モニタリングした。対照例のマウスには、0日目に、1×10 CT26腫瘍細胞を皮下に移植し、PD-1に対して向けられた抗マウス抗体を150μg、注射した。プールした血清に対する免疫応答(図14)を、ワクチン構築体及び組換えPD-1タンパク質に対して、様々な間隔(2Y+1、2Y+3、3Y+1、3Y+2、3Y+3)でモニタリングした(表11)。全ての個々のマウスは、全ての4つのワクチンに対して、強い抗体応答開始した。
マウス及びウサギの終末血清を、組換えヒトPD1タンパク質600ng/ウェルに対する反応性について試験した。血清を1:100及び1:200希釈で試験した。アッセイにおいて、ABTSを基質として使用した。サンプルを
Figure 0007346302000013
で読み取り、スコア化した。
8.実施例8:ワクチン候補としてのPD-1(92-110)エピトープの検証
全てのワクチン接種マウスは、それぞれの免疫原に高い抗体価を発現する高い免疫原性を示した。MVF-PD-1(92-110)をワクチン接種したマウスのみが、14日目において腫瘍成長を有意に阻害していたことを示しており(図15)、このエピトープが有用な阻害性ワクチンであることを示している。この結論は、エピトープ45-64及び73-90が阻害性ではなく、したがって腫瘍成長を強化していることを示した研究によって更に確認されている。一方、陽性対照であるマウスPD1 mAb(29F.1A12)は、腫瘍成長を阻害したはずである。PD-1(92-110)エピトープのみが、ニボルマブへの結合特性に基づいてエピトープが設計されているため、ワクチンの最有力な候補であると結論付けられた。
9.実施例9:1×10個のマウス結腸癌CT26/HER-2腫瘍細胞を抗原として投与された、同一遺伝子のBalb/cマウスにおける併用PD-1及びHER-2ワクチン構築物の有効性(スキーム図16)。
この研究の理論的解釈は、PD-1(92-110)ワクチンと組み合わせた十分に確立されたHER-2ワクチンが、免疫原性を増強/増加させることができ、抗腫瘍応答を強化し、同一遺伝子の癌モデルにおける腫瘍成長の阻害に相乗的な利益を提供することができるかどうかである。MVF-PD-1(92-110)、MVF-HER-2(266-296)、及びMVF-HER-2(597-626)ペプチドワクチン構築物の組み合わせを、ノルMDPとISA720とで乳化させた上で、それを用いて、Balb/cマウス(10マウス/群)に免疫をもたせた。動物には、3週間間隔で2回、追加の免疫化を行った。200ng/ウェルのMVFペプチド上で、抗体力価を、ELISAによって決定した。
最後の追加免疫化から2週間後、CT26/HER-2腫瘍株からの1×10個の腫瘍細胞を、皮下に移植した。対照マウスは、1×10個の腫瘍細胞を抗原として投与され、実験期間の間、抗PD-1抗体(29F.1A12)で週2回、処置をされた。腫瘍量は、腫瘍が触知可能な大きさに到達した時点で、キャリパーを使用して腫瘍を測定することによって決定した。CT-26/HER-2腫瘍を有する担癌マウスは、移植から21日後に屠殺された。屠殺時にこれらのマウスから、血液及び組織サンプルを採取し、切除した腫瘍塊の最終重量を測定した。1:100-1:512,000の血清濃度を試験した。アッセイにおいては、ABTSを基質として使用し、0.1%のSDS溶液を用いて、10分後に酵素反応を停止させた。力価は、415nmで読み取ったときにまだ、0.200超の吸光度を有した最後の希釈物として定義した。血清サンプル1Y+3、2Y+1、2Y+3、及び3Y+2を、CT-26HER-2のneu腫瘍を抗原として投与する前に採取した。試料3Y+3及び3Y+5をそれぞれ、抗原投与の1週間後及び3週間後に採取した。強いHER-2及びPD-1抗体応答が、全てのワクチン接種マウスにおいて誘発された(図17)。
3週間間隔で3回、同一遺伝子のBalb/cマウス(10/群)を、PD-1(92-110)のみで免疫化したもの、又は2種類のHER-2ペプチド免疫原と組み合わせて免疫化したものを用意して、それらのBalb/cマウスにおける腫瘍成長をプロットしている。なお、無関係なペプチドで免疫化された免疫対照群も、テストした。3回目のワクチン接種の15日後に、CT-26のHer2のneu癌腫細胞(1×10個)をマウスに抗原として投与した。対照マウスにも、CT-26のHer2のneu癌腫細胞を投与した。対照マウスを、抗マウスPD-1 MAb(ポジティブコントロール)又はPBS(ネガティブコントロール)で週2回、処置した。マウスをモニタリングし、触知可能な腫瘍の形成についてスコア化した後、キャリパーを使用して、腫瘍寸法を定期的に測定した。腫瘍細胞の移植後21日目に、動物を屠殺した。エラーバーは、マウス群の標準誤差の表現であり、p値は、様々な群を3種ワクチン接種したマウスと比較するものである。結果は、3種のワクチン接種が、PD-1ワクチン接種群、又はより重要なことに、ゴールドスタンダードとされる陽性対照、抗マウスPD-1モノクローナル抗体(29F.1A12)接種群のいずれと比較しても、結腸癌のBalb/c同系モデルにおける腫瘍成長を減少させるのに有効であることを示している(図18)。
データは、3種のワクチン接種群(MVF-PD-1(92-110)+MVF-HER-2(266+296)+MVF-HER-2(597-626))は、陽性対照である抗マウスPD-1 Mab(29F.1A12)接種群、又はMVF-PD-1単独によるワクチン接種群のいずれと比べても、腫瘍成長の防止においてより効果的であったことを示している(図19A及び図19B)。したがって、HER-2とPD-1のコンボペプチドによる3種ワクチンの接種という戦略は、免疫原性の強化及び腫瘍成長の阻害強化に到達させる相乗性/付加性を実証している、実行可能な提案である。
10.実施例10:安全で、毒性も自己免疫性も示さないPD-1ワクチン
9週間の期間にわたってワクチン接種された全てのマウスは、体調の乱れ、病害、及び活力喪失の兆候を何も示さなかった。組み合わせペプチド(HER-2及びPD-1)をワクチン接種したBalb/cマウスから、器官類(脾臓、肝臓、心臓、肺、腎臓、及び腫瘍)を回収し、Comparative Pathology & Mouse Phenotyping Core facility of the Comprehensive cancer center department of Veterinary Biosciences(病理学者:Krista M.D.La Perle,DVM,PhD,Dipl.ACVP)での分析のために提出した。組織学的評価のために提出された器官のいずれにも、有意な病変は認められなかった。また、顕在的な生化学的異常は認められなかった。全てのマウスには、糖原病の症状と一致する、肝細胞における空胞形成が見られた。肝臓におけるグリコーゲン蓄積は、正常な所見であると解釈され、動物の生理学的状態に応じて変化するものである。またグリコーゲン蓄積は、毒性の発現又は糖原貯蔵障害の兆候としても観察され得るものである。
11.実施例11:腫瘍浸潤細胞(TILs)におけるCD8/Treg比を有意に増加させる組み合わせペプチドワクチン
CD25FoxP3 CD4の制御性T細胞(Treg)は、免疫抑制性の腫瘍微小環境(TME)の発達に有意に寄与する、腫瘍微小環境における主要抑制集団のうちの1つである。一方、T細胞、特にCD8 T細胞が多数、腫瘍部位に存在することは、癌患者における全生存(OS)のキーとなる共通因子である。高いCD8/Treg比率は、癌においては、好ましい予後と関連するものである。したがって、組み合わせペプチド又は対照ペプチド(上述)を用いてワクチン接種した担腫瘍マウスにおけるTIC中のCD8/Treg比率を決定した。腫瘍を4群のマウス(上述)から取り出し、細胞ストレーナーを介してプレスし、続いて37%のパーコールで2回洗浄した。次いで、その細胞をmAbと共に細胞表面マーカーに対してインキュベートした(CD45、CD4、CD8、CD25その後、細胞を固定化し、Cytofix/Cytoperm溶液(ebBioscience社製)を用いて、4℃で60分間透過処理した後、4℃で30分間FoxP3用に染色した。80,000~100,000の生細胞イベントをFACSCanto II(BD社製)上で取得し、FlowJoソフトウェア(Tree Star,Inc.製)を使用して分析した。腫瘍細胞から腫瘍浸潤細胞(TILs)を区別するために、細胞を最初にCD45細胞でゲーティングした。次に、CD4(図20A)及びCD8(図20B)細胞を分析した。Tregは、CD4CD25FoxP3細胞によって表された(図20C)。GraphPadソフトウェア(GraphPad Prism Software,Inc.(San Diego,CA,USA)製)を、統計分析のために利用した。グループ平均を計算し、分散分析で比較した。CD8+のT細胞は、対照ペプチドワクチン接種群と比較して、組み合わせワクチン群(HER-2/PD1-92ワクチン接種群)において、有意に高かった(図20B)。全ての群どうしの間で、CD4のT細胞又はTreg細胞については、有意な差はない(図20A及び20B)。しかしながら、CD8/Treg比率は、対照ペプチドワクチン接種群と比較して、組み合わせワクチン接種群において、有意に高くなっている(図20B)。したがって、これらのデータは、対照ペプチドワクチン接種群と比較して、HER-2/PD-1ワクチン接種群における高いCD8/Treg比率を示している)4で30分
12.実施例12:ペプチドワクチン接種マウスからの腫瘍浸潤リンパ球の分析
高いCD8/Treg比率は、癌において好ましい予後に関連しているとされてきた。ペプチドワクチンがCD8/Treg比率を高めるかどうかを判定するため、CD8+、CD4+、及びT制御性(FoxP3+ CD25+ CD4+)腫瘍浸潤リンパ球を、ペプチドワクチン接種マウスで分析した。フローサイトメトリー分析を実施して、表面マーカー(CD45、CD4、CD8、及びCD25)の発現を評価し、転写因子FoxP3の発現を細胞内染色によって判定した(図21A)。簡潔に述べると、腫瘍をマウスから取り出し、細胞ストレーナーを介してプレスし、続いて37%のパーコールで2回洗浄した。次いで、細胞を染色緩衝液中に再懸濁し、mAbと共に細胞表面マーカーに対して4℃で30分間インキュベートした。染色緩衝液で2回洗浄した後、Cytofix/Cytoperm溶液(eBioscience社製)を用いて、4℃で60分間、細胞固定及び透過処理した。次いで、細胞を、4℃で30分間FoxP3用に染色した。80,000~100,000の生細胞イベントをFACSCanto II(BD社製)上で取得し、FlowJoソフトウェア(Tree Star,Inc.製)を使用して分析した。腫瘍細胞(CD45-)から浸潤細胞(CD45+)を区別するために、全細胞を最初にCD45+細胞でゲーティングした。次いで、CD45+腫瘍浸潤集団におけるCD4+及びCD8+細胞の割合を分析した。Tregは、FoxP3+CD25+CD4+細胞によって表された。GraphPadソフトウェア(GraphPad Prism Software,Inc.(San Diego,CA,USA)製)を、統計分析のために利用した。グループ平均を計算し、分散分析で比較した。図21Bに示すように、CD8+T細胞は、対照ペプチドワクチン接種群(群3)と比較して、PD-1ペプチドワクチン接種群(群1)又はPD-1/Her-2ワクチン接種群(群2)において、有意に高かった。しかしながら、PD-1ペプチドワクチン接種群、PD-1/Her-2ワクチン接種群、及び対照ペプチドワクチン接種群間で、Treg細胞に、有意な差はなかった。これらのデータは、対照ペプチドワクチン接種群と比較して、PD-1ペプチドワクチン接種群又はPD-1/Her-2ワクチン接種群において、CD8/Treg比率が増加していることを示している。
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F.配列
配列番号1:ヒトPD1残基1-128
PPTFSPALLVVTEGDNATFTCSFSNTSESFVLNWYRMSPSNQTDKLAAFPEDRSQPGQDCRFRVTQLPNGRDFHMSVVRARRNDSGTYLCGAISLAPKLQIKESLRAERVTERRAEVPTAHPSPSP
配列番号2:PD1(32-50)
VLNWYRMSPSNQTDKLAAF
配列番号3:PD1(45-64)
KLAAFPEDRSQPGQDCRFR
配列番号4:PD1(73-90)
DFHMSVVRARRNDSGTYL
配列番号5:PD1(92-110)
GAISLAPKAQIKESLRAEL
配列番号6:麻疹ウイルス融合タンパク質(MVF)
KLLSLIKGVIVHRLEGVE
配列番号7:リンカー
GPSL
配列番号8:MVF-PD1(32-50)
KLLSLIKGVIVHRLEGVEGPSLVLNWYRMSPSNQTDKLAAF
配列番号9:MVF-PD1(45-64)
KLLSLIKGVIVHRLEGVEGPSLKLAAFPEDRSQPGQDCRFR
配列番号10:MVF-PD1(73-90)
KLLSLIKGVIVHRLEGVEGPSLDFHMSVVRARRNDSGTYL
配列番号11:MVF-PD1(92-110)
KLLSLIKGVIVHRLEGVEGPSLGAISLAPKAQIKESLRAEL
配列番号12:PD1(32-50)レトロインベルソDペプチド
FAALKDTQNSPSMRYWNLV
配列番号13:PD1(45-64)レトロインベルソDペプチド
RFRCDQGPQSRDEPFAALK
配列番号14:PD1(73-90)レトロインベルソDペプチド
LYTGSDNRRARVVSMHFD
配列番号15:PD1(92-110)レトロインベルソDペプチド
LEARLSEKIQAKPALSIAG
配列番号16:MVF PD1(32-50)レトロインベルソDペプチド
KLLSLIKGVIVHRLEGVEGPSLFAALKDTQNSPSMRYWNLV
配列番号17:MVF PD1(45-64)レトロインベルソDペプチド
KLLSLIKGVIVHRLEGVEGPSLRFRCDQGPQSRDEPFAALK
配列番号18:MVF PD1(73-90)レトロインベルソDペプチド
KLLSLIKGVIVHRLEGVEGPSLLYTGSDNRRARVVSMHFD
配列番号19:MVF PD1(92-110)レトロインベルソDペプチド
KLLSLIKGVIVHRLEGVEGPSLLEARLSEKIQAKPALSIAG
配列番号20:TT
NSVDDALINSTIYSYFPSV
配列番号21:TT1
PGINGKAIHLVNNQSSE
配列番号22:P2
QYIKANSKFIGITEL
配列番号23:P30
FNNFTVSFWLRVPKVSASHLE
配列番号24:MVF(天然)
LSEIKGVIVHRLEGV
配列番号25:HBV
FFLLTRILTIPQSLN
配列番号26:CSP
TCGVGVRVRSRVNAANKKPE
配列番号27:HER-2(266-296)
LHCPALVTYNTDTFESMPNPEGRYTFGASCV
配列番号28:MVF HER-2(266-296)
KLLSLIKGVIVHRLEGVEGPSLLHCPALVTYNTDTFESMPNPEGRYTFGASCV
配列番号29:HER-2(597-626)
VARCPSGVKPDLSYMPIWKFPDEEGACQPL
配列番号30:MVF HER-2(597-626)
KLLSLIKGVIVHRLEGVEGPSLVARCPSGVKPDLSYMPIWKFPDEEGACQPL

Claims (11)

  1. PD-1タンパク質に対する免疫応答を刺激するためのPD-1キメラペプチドであって、前記PD-1キメラペプチドが、
    PD-1 B細胞エピトープと、
    Tヘルパー(Th)エピトープと、
    前記PD-1 B細胞エピトープを前記Thエピトープに接合するリンカーと、を含み、
    前記PD-1 B細胞エピトープが、配列番号5の配列からなり、
    前記Thエピトープは、麻疹ウイルス融合タンパク質ペプチドを含む、
    PD-1キメラペプチド。
  2. 前記Thエピトープが、配列番号6を含む、請求項1に記載のキメラペプチド。
  3. 前記リンカーが、配列番号7を含む、請求項1に記載のキメラペプチド。
  4. 前記ペプチドが、配列番号11に記載のアミノ酸配列を含む、請求項1に記載のキメラペプチド。
  5. 請求項1~4のいずれか一項に記載の、1つ以上のキメラペプチド又は合成ペプチドと、
    薬学的に許容されるビヒクルとを含む、医薬組成物。
  6. 前記ビヒクルが生分解性であり、かつ、
    前記ビヒクルが、
    製薬上許容できる油/水エマルションを含むエマルションと、
    ポリラクチド-ポリグリコール酸ポリマーを含む生分解性ミクロスフェア又はナノスフィアと、からなる群から選択される、請求項5に記載の医薬組成物。
  7. 被検体における癌を治療するためのものである、請求項1~4のいずれか一項に記載のペプチド、又は組成物。
  8. 被検体における癌を治療するためのPD-1キメラペプチドであって、前記PD-1キメラペプチドが、
    1つ以上のPD-1 B細胞エピトープと、
    Tヘルパー(Th)エピトープと、
    前記PD-1 B細胞エピトープを前記Thエピトープに接合するリンカーと、を含み、
    前記1つ以上のPD-1 B細胞エピトープが、配列番号5の配列からなる、PD-1キメラペプチド。
  9. 請求項8に記載の、癌を治療するためのキメラペプチドであって、
    前記キメラペプチドが、配列番号11を含む、PD-1合成ペプチド。
  10. 前記癌が、リンパ腫、B細胞リンパ腫、T細胞リンパ腫、菌状息肉腫、ホジキン病、骨髄性白血病、膀胱癌、脳腫瘍、神経系癌、頭頚部癌、頭頚部扁平上皮癌、肺癌、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、神経芽細胞腫、神経膠芽腫、卵巣癌、膵臓癌、前立腺癌、皮膚癌、肝臓癌、黒色癌、口腔、咽喉、喉頭、及び肺の扁平上皮癌、結腸癌、子宮頸癌、子宮頸癌種、乳癌、上皮癌、腎臓癌、泌尿生殖器癌、肺癌、食道癌、頭頚部癌種、大腸癌、造血性癌、精巣癌、前立腺癌、及び膵臓癌からなる癌群から選択される請求項7~9のいずれか一項に記載の、癌を治療するためのペプチド、又は組成物。
  11. 前記癌が乳癌である、請求項10に記載のペプチド、又は組成物。
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