JP7278261B2 - マルチコピー遺伝子タンパク質発現系 - Google Patents
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Description
-異なるプロモーター、これにより異なるセットの転写因子が順に使用されるため、特定の転写因子の十分量の不足によるボトルネックの可能性を回避することができる
-異なるシグナル配列、これにより、異なるPOI分泌機序が並行して使用されるため、分泌経路のボトルネックの可能性を回避することができる
-POIの異なるコード配列、これにより、POI合成に異なる比率のtRNAが順に使用されるため、特定のtRNAの供給における潜在的なボトルネックの可能性を回避することができる
-異なるターミネーター配列、これにより、異なる終結機序/終結因子が並行して使用されるため、終結経路のボトルネックの可能性を回避することができる。
-主な意図が、望ましくない組換えが少なく遺伝的に安定な宿主細胞を得ることではなく、また、その構想は、同じPOIをコードする核酸のコピーをより多く宿主細胞に導入することによってより高い発現率を得ることでもない
-先行技術に記載されている、1つの宿主細胞で2以上の異なるPOIを同時に発現させる唯一の理由が、理想的には、宿主細胞によって、T細胞受容体又は抗体などの最終タンパク質複合体に組み立てられる、異なるPOIから構築されたタンパク質複合体を得ることである。
-先行技術の主な意図は、最大のPOI発現を得ることではなく、タンパク質複合体の正しい組立てを促進するために正しい化学量論的量的比率で異なるPOIを発現することである。この理由のため、先行技術では、同じベクター内に2つの発現カセットを含むベクターが使用され、各発現カセットは、多量体タンパク質複合体(非常に多くの場合、2つのポリペプチド鎖で構成される抗体断片)の2つのポリペプチド鎖のうちの1つの発現を生じる。両方の発現カセットを同じベクター内に組み合わせることにより、両方のポリペプチド鎖を等モル量で発現させるという問題は、達成がはるかに簡単である。
-2つを超えるシストロンの使用は開示されておらず、これら2つのシストロンを含む1つのベクターの使用のみが開示されている。2つを超えるシストロンの使用も、あるいは、各ベクターが1つのシストロンを含むいくつかのベクターの並行した使用も、開示されていない。
-2つのシストロンを使用する理由は、抗体などの1つのタンパク質複合体に必要な2つの別個のポリペプチド鎖を同時に発現させ、組換えタンパク質の量を増加させることである。
-細菌細胞内の封入体としてのタンパク質発現のみが開示されている。
本発明は、以下の態様、主題及び好ましい実施形態を提供し、それぞれ単独又は組み合わせて、本発明の目的の解決に寄与する。
前記発現カセットが、
(a)異なるプロモーター配列、
並びに任意選択的に
(b)縮重遺伝コードの使用によりPOIの同一の成熟アミノ酸配列をコードする異なるヌクレオチド配列及び/又は
(c)異なるターミネーター配列、及び/又は
(d)存在する場合、異なるシグナル配列、
を含むという点で、前記発現カセットは異なり、
好ましくは
3つ以上の異なるタイプの発現カセットを含む宿主細胞であって、各発現カセットが、同一の成熟アミノ酸配列を有する同じ目的タンパク質(POI)をコードし、各タイプの発現カセットは少なくともプロモーター配列、POIのコード配列のポリヌクレオチド配列及びターミネーター配列を含み、前記発現カセットが、
(A)
(Aa)異なるプロモーター配列、
(Ab)縮重遺伝コードの使用によりPOIの同一の成熟アミノ酸配列をコードする異なるヌクレオチド配列、
並びに任意選択的に
(Ac)異なるターミネーター配列及び/又は
(Ad)存在する場合、異なるシグナル配列、
を含むという点で、前記発現カセットは異なるか、
又は、前記発現カセットが、
(B)
(Ba)同じプロモーター配列、
(Bb)縮重遺伝コードの使用によりPOIの同一の成熟アミノ酸配列をコードする異なるヌクレオチド配列、
並びに任意選択的に
(Bc)異なるターミネーター配列及び/又は
(Bd)存在する場合、異なるシグナル配列、
を含むという点で前記発現カセットは異なる、宿主細胞。
(i)真核細胞、好ましくは以下から選択されるもの
(a)糸状菌細胞、好ましくはアスペルギルス属(Aspergillus)、トリコデルマ属(Trichoderma)若しくはペニシリウム属(Penicillium)、
(b)酵母細胞、好ましくはピキア・パストリス(Pichia pastoris)、サッカロミセス・セレビシエ(Saccharomyces cerevisiae)若しくはヤロウイア・リポリティカ(Y.lipolytica)、より好ましくはピキア・パストリス(Pichia pastoris)、
(c)哺乳動物細胞、好ましくはCHO(チャイニーズハムスター卵巣)細胞;
(d)ヒト細胞、好ましくはHEK293細胞(HEK=ヒト胎児性肝臓細胞)、
(e)昆虫細胞、好ましくはsf5、sf21若しくはハイファイブ細胞(sf=スポドプテラ・フルギペルダ(spondoptera frugiperda))、又は
(ii)原核細胞、好ましくは細菌細胞、より好ましくは大腸菌(Escherichia coli)、
である、細目(1)~(21)のいずれかに記載の宿主細胞。
a)単鎖タンパク質として自然に存在するタンパク質;
b)少なくとも2つのポリペプチド鎖を含むタンパク質として自然に存在するが、自然には例えばインスリンなどの単鎖前駆体タンパク質から生じるタンパク質(インスリンの前駆体は単鎖であり、最終的にプロセシングされたインスリンは、ジスルフィド架橋で接続された2つの鎖で構成される);
c)異なるタンパク質で作製された融合タンパク質;
d)同じタンパク質の一部で作製された融合タンパク質;
e)異なるタンパク質の一部で作製された融合タンパク質;又は
f)少なくとも2つのポリペプチド鎖を含むタンパク質として自然に存在するが、例えば単鎖抗体などの単鎖タンパク質をもたらす方法で分子生物学的技術の使用により製造されるタンパク質;
である、細目(48)に記載の方法。
本出願の段落の前に与えられた表題は、本出願の本文を案内することを意図しているが、本発明の範囲を限定することを決して意図しておらず、そのように理解すべきではない。
-自然界に存在するタンパク質の配列;
-タンパク質の配列の自然には見られない断片又はドメイン;
-タンパク質の配列の自然には見られない変異体;
-例えば融合タンパク質の検出又は精製に使用されるペプチドの付加により得られる融合タンパク質;
-例えば、2つ以上の異なるタンパク質のタンパク質ドメインから構築される融合タンパク質;
-例えば、自然な配置と比較して、再配列されているタンパク質ドメインによって構築される融合タンパク質;
-人によって完全にゼロから設計されたタンパク質;
-など。
-正に帯電したアミノ酸:アルギニン、ヒスチジン、リジン又は
-負に帯電したアミノ酸:アスパラギン酸、グルタミン酸又は
-極性の非荷電アミノ酸:セリン、トレオニン、アスパラギン、グルタミン又は
-芳香族アミノ酸:フェニルアラニン、チロシン、トリプトファン又は
-脂肪族アミノ酸:グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン又は
-硫黄含有アミノ酸:システイン、メチオニン又は
-複素環式第二級アルファアミノ酸:プロリン。
したがって、Serのコドンは位置1、2及び3で変化させることができる=xxx
ロイシン(Leu)は、CTT、CTA、CTC、CTG、TTA、TTGによってコードされる
したがって、Leuのコドンは位置1と3で変化させることができる=xTx
アルギニン(Arg)は、CGT、CGA、CGC、CGG、AGA、AGGによってコードされる
したがって、Argのコドンは位置1及び3で変化させることができる=xTx
メチオニン及びトリプトファンはそれぞれコドンが1つしかないため、コードされているアミノ酸を変更せずにヌクレオチドを交換することはできない。他のすべてのアミノ酸には2つ、3つ又は4つの異なるコドンを有するが、すべてのコドンには最初と2番目のヌクレオチドが固定されており、3番目のヌクレオチドのみを変化させることができる。
**LLP-プロモーターが機能するためには、ssn6-遺伝子を不活性化又は欠失する必要がある(詳細はWO2016139279A1を参照されたい)
本発明による異なる発現カセットをトランスフェクトされた宿主細胞が、同一の発現カセット配列を有する同数の発現カセットを含む宿主細胞と比較してより高い量の前記POIを発現するかどうかを決定するために、多数の標準検査系、例えば、ELISA(酵素結合免疫吸着アッセイ)、ELIspotアッセイ(酵素結合免疫スポットアッセイ)、表面プラズモン共鳴アッセイ(Biacore Life Science、現在GE Healthcare)、タンパク質チップアッセイ、定量的逆転写酵素PCR(qRT-PCR)、ウェスタンブロット、クーマシーブルー又は銀染色SDS-PAGEゲルの濃度測定(desitometric measurement)、定量的質量分析、POIサンプルのクロマトグラムの対応するPOIピーク下のピーク面積の計算など)が公知である。前記方法を実施するための適切なプロトコルは、当業者に公知であり、、例えば、M.R.Green,J.Sambrook,2013,Molecular cloning:a laboratory manual,Cold Spring Harbor,N.Y.、又はCurrent Protocols in Protein Science,John Wiley&Sons Inc.ISSN 1934-3655に見出すことができる。
例えば、遺伝的安定性は、宿主細胞のカセットにおける当技術分野で公知の同一発現のコピー数と比較して、本発明の宿主細胞における本発明による異なる発現カセットのコピー数を決定することにより測定できる。例えば、発現カセットのコピー数は、定量的PCR(qPCR)によって決定することができる。qPCRのプライマーは、発現カセットの全部又は一部を増幅するように設計することができる。発現カセットのコピー数が多くの細胞世代の後に変化する場合、これはゲノムの不安定性を証明する。さらに、qPCR産物の配列長は、例えばアガロースゲル電気泳動により決定することができる。発現産物の一部の欠失又は重複が発生した場合、qPCR産物の配列長はそれに応じて変化し、これもゲノムの不安定性を示す。発現カセットのコピー数を決定する他の方法は、例えばサザンブロット又は蛍光インサイチュハイブリダイゼーション(FISH)である。前記方法を実施するための適切なプロトコルは、当業者に公知であり、例えば、M.R.Green,J.Sambrook,2013,Molecular cloning:a laboratory manual,Cold Spring Harbor,N.Y.、又はCurrent Protocols in Molecular Biology,John Wiley&Sons Inc.ISSN 1934-3639に見出すことができる。
ピキア・パストリス(Pichia pastoris)細胞のための方法
酵母ベクターの生成:ベクターのセットには、1つの発現カセットを有する1つのベクター、2つの異なる発現カセットを有する1つのベクター、3つの異なる発現カセットを有する1つのベクター及び4つの異なる発現カセットを有する1つのベクターが含まれる。ベクターセットでは、4つの異なる発現カセットのそれぞれが異なるヌクレオチド配列のGOIを有するが、得られたPOIは同一の成熟アミノ酸配列を有し、4つの異なる発現カセットのそれぞれが異なるプロモーターヌクレオチド配列、異なるシグナル配列及び異なるターミネーターヌクレオチド配列を含む。図1A~1Dはこれらのベクターのベクターマップを示し、図2A~2D及び配列番号1、2、3及び4は、これらのベクターの完全なヌクレオチド配列を示す。
4つの異なる発現ベクターを、図1A~1Dのベクターマップに示されるように設計し、これらは図2A~2D並びに配列番号1、2、3及び4に示されるベクター配列を有する。すべてのベクターは、(米国カリフォルニア州ニューアークのATUM)のDNA2.0(現在のATUM)合成サービスを使用して化学的に合成される。
4つの異なるベクターを個別にピキア・パストリス(Pichia pastoris)酵母細胞SSS1にトランスフェクトする。この酵母細胞は、特許出願WO2016139279A1に記載されており、WO 2016/139270 A1に記載の発現カセットの挿入により、ピキア・パストリス(P.pastoris)CBS 7435ゲノムの第1染色体の位置807,480においてssn6様遺伝子が破壊されていることを除いて、ピキアパストリスCBS 7435及びNRRL Y-11430と同一である。CBS 7435の完全な配列は、Journal of Biotechnology,published in 2011,Vol.154,page 312-320 year 2011に開示されている。ヌクレオチド配列は、以下のアクセッション番号:第1染色体:FR839628.1;第2染色体:FR839629.1;第3染色体:FR839630.1;第4染色体:FR839631.1;ミトコンドリア:FR839632.1でGenBankに公開されている。
トランスフェクションをストリークアウト(streak out)し、個々の形質転換クローンを合成培地で培養する。70時間後、細胞培養上清を培養液から移し、酵母細胞と細胞デブリを遠心分離によって上清から除去し、10μlの上清をロードして、SDS-PAGE(Novex NuPage 4-12%、Invitrogen)ゲルで電気泳動分離する。SDS-PAGEゲルをクーマシーブルーで染色した後、又は銀染色した後、約26 kDaの分子量を有するscFv(ESBA1845)のタンパク質バンドを、ゲル内のタンパク質バンドのスキャニング及び濃度測定により半定量的に決定する。シグナル強度により、scFvタンパク質の発現率の推定値を得る。
個々のピキア・パストリス(P.pastoris)クローンを、シェーカーフラスコで4週間培養する。細胞の増殖を確実にするために、必要に応じて細胞培養液を培地で希釈する。この4週間培養の前後に、発現カセットのコピー数を、例えば定量的PCR(qPCR)によって決定する。任意選択的に、又は加えて、発現カセットの配列を配列決定により決定して、PCR増幅された核酸の正確なサイズを、当技術分野で公知の方法に従って、アガロースゲル電気泳動により決定する。これらの実験は、クローンの遺伝的安定性を決定するために行う。
ベクターの生成
それぞれが同じPOIをコードする4つの異なるCHO発現ベクターを設計する。同じアミノ酸配列のPOIをコードする2つの異なるヌクレオチド配列を使用した(エタネルセプトvar1及びエタネルセプトvar2)。4つの異なるベクターはそれぞれ、同じPOIをコードする発現カセットを1つだけ、ネオマイシン(抗生物質選択マーカー)の1つの発現カセット、別の抗生物質耐性の発現カセット、及びDHFR(CHO細胞株の増殖に必要な代謝選択マーカーの1つの発現カセットを含む。4つの異なる各ベクター内で、GOIのための異なるプロモーター及びターミネーター、ネオマイシン選択マーカー並びにDHFRが使用され、つまり、ベクター内では異なるプロモーター及びターミネーターが使用される。ネオマイシン選択マーカー及びDHFRのヌクレオチド配列は、4つのベクターすべてで同一である。すべてのベクターは、GeneArt合成サービス(Geneart AG、Regensburg、Germany、現在Life Technologiesに所属)を使用して化学的に合成される。さまざまなベクターのベクター要素の詳細は表6に見ることができ、ベクターマップは図3A~3Dに、配列は図4A~4D及び配列番号5、6、7及び8に示されている。
*ori pBR322は、pNT-MB003及びpNT-MB004と比較して、pNT-MB001のベクター内で異なる向きを有する。
**抗生物質耐性AmpRは、pNT-MBと比較して、pNT-MB001のベクター内で異なる向きを有する。
CHO(DHFR)細胞に、4つのベクターの個々のベクターのいずれか、又は4つすべてのベクターの混合物をトランスフェクトする。安定したトランスフェクションを、製造元の取扱説明書に従って、Amaxa Nucleofectionキット(Lonza AG、Switzerland)を使用して実行する。簡単に言えば、5×106 CHO細胞に、トランスフェクションあたり3μgの線形化ベクターDNAをトランスフェクトする。すべてのベクターを、個別にトランスフェクトするか、又は4つのベクターすべてを混合してトランスフェクトする。トランスフェクション後、増殖培地を添加し、10%CO2雰囲気において24~48時間、37℃において110rpmで振盪しながら細胞を増殖させる。細胞の回収後、2回の選択ラウンドを実行する。まず、G418を含む培地を使用して細胞を選択し、90%の細胞生存率に達した後、メトトレキサート(MTX)を使用して選択する。細胞の生存率が90%を超えるまで(通常、トランスフェクション後3~4週間)、細胞をMTX選択下で維持する。選択期間を通して、週に2回新鮮な培地を使用して細胞を培養する。単一細胞のクローニングを、標準的な限界希釈クローニングアプローチを使用して実行する。個別のクローンを、ベクターコピー数(すなわち、クローンごとに少なくとも2つのコピー)に基づいて選択した。
組み込まれたベクターコピー数を、定量的PCR(qPCR)を使用して評価する。相対的な定量化を使用して、クローンごとの組み込まれた発現構築物の数を推定する。個々の細胞株内のPOIのコピー数が経時的に安定しているかどうかを判断するために、3ヶ月後にコピー数評価を繰り返して使用する。アガロースゲル電気泳動によるPCR産物の分離により、PCR増幅ポリヌクレオチドのサイズが経時的に安定しているかどうかを判断することができ、このことは、細胞株の個別のクローンの遺伝的安定性のもう1つの指標である。PCR産物の高解像度融解分析を使用して、PCR産物の同一性を確認することができる。
生産性評価には、14日間の一般的な流加工程が適用される。すべての流加工程は、100mLの無血清培地において行う。培地に4×105個の生細胞/mLを接種し、細胞培養液を10%CO2雰囲気、37℃において110rpm(振盪直径50mm)で振盪し、7日目に温度を33℃にシフトしてインキュベートする細胞濃度と生存率は、Vi-Cell XRアナライザーを使用して測定する。力価を、Cedexシステム(Roche Diagnostics Deutschland GmbH、Mannheim、Germany)を使用して、培養7、10及び14日目に測定する。測定は、ヒトFc領域に対する抗体を使用した比濁法に基づいている。回収物を、流加工程の最後に収集し、プロテインAクロマトグラフィーを使用して精製する。
個別の細胞クローンを、選択圧の非存在下で、75cm3フラスコにおいて3×105細胞/mlの密度で懸濁培養液中に播種する。生産性試験は6週間ごとに3ヶ月間行う。POIの発現は、当業者に公知の標準的な方法、例えば、ELISAアッセイ、ELISPOT、定量的ウェスタンブロット法、定量的質量分析、表面プラズモン共鳴(例えば、Biacore、Sweden)を使用して測定する。
正しいリーダーペプチド切断の分析は、質量分析又はエドマン分解を使用したペプチド配列決定によって行う。シグナルペプチドの誤切断は、無傷の質量の測定を使用して評価することができる。タンパク質を最初にN-グリコシダーゼ(PNGase)Fで脱グリコシル化させ、続いて高分解能質量分析計でLC-MSを使用してタンパク質の無傷の質量を分析する。質量を、タンパク質及びシグナルペプチド付加物の計算された理論上の質量に従って特定し、誤切断されたシグナルペプチドの割合をピーク強度から計算する。
Claims (19)
- 3つ又は4つの異なるタイプの発現カセットを1つの細胞に含む宿主細胞であって、各発現カセットが、同一の成熟アミノ酸配列を有する同じ目的タンパク質(POI)をコードし、各タイプの発現カセットが、少なくともプロモーター配列、前記POIのコード配列のポリヌクレオチド配列及びターミネーター配列を含み、前記発現カセットが、
(A)
(Aa)異なるプロモーター配列、及び
(Ab)縮重遺伝コードの使用により前記POIの前記同一の成熟アミノ酸配列をコードする異なるヌクレオチド配列、
を含むという点で、前記発現カセットは異なるか、
又は、前記発現カセットが、
(B)
(Ba)同じプロモーター配列、及び
(Bb)縮重遺伝コードの使用により前記POIの前記同一の成熟アミノ酸配列をコードする異なるヌクレオチド配列、
を含むという点で、前記発現カセットは異なり、
前記宿主細胞は、酵母細胞又は哺乳動物細胞である、宿主細胞。 - 前記発現カセットが、
(Ac)異なるターミネーター配列、及び/又は
(Ad)前記発現カセットにシグナル配列が存在する場合、異なるシグナル配列、
を含むという点で、前記発現カセットは異なるか、
又は、前記発現カセットが、
(Bc)異なるターミネーター配列、及び/又は
(Bd)前記発現カセットにシグナル配列が存在する場合、異なるシグナル配列、
を含むという点で、前記発現カセットはさらに異なる、請求項1に記載の宿主細胞。 - 少なくとも1つの発現カセットが、同一の成熟アミノ酸配列を有する2つ以上のPOIをコードし、前記2つ以上のPOIのコード配列の間にIRES配列がそれぞれ配置される、請求項1又は2に記載の宿主細胞。
- 請求項1の選択肢(A)の項目(Ab)において、POIのコード配列の前記異なるヌクレオチド配列が、縮重遺伝コードによってコードされ、特定のPOIの同一の成熟アミノ酸配列を得るために、該縮重遺伝コードが、前記特定のPOIコードヌクレオチド配列として可能な、少なくとも50%の最大の理論的なヌクレオチド配列の違いをもたらすか、
又は、選択肢(B)の項目(Bb)において、POIのコード配列の前記異なるヌクレオチド配列が、縮重遺伝コードによってコードされ、特定のPOIの同一の成熟アミノ酸配列を得るために、該縮重遺伝コードが、前記特定のPOIコードヌクレオチド配列として可能な、少なくとも50%の最大の理論的なヌクレオチド配列の違いをもたらす、請求項1~3のいずれか一項に記載の宿主細胞。 - 選択肢(A)において、前記プロモーター、前記ターミネーター及び/又は存在する場合にはシグナル配列、並びに
選択肢(B)において、前記ターミネーター及び/又は存在する場合にはシグナル配列、
が、使用される異なる発現カセット間で、ヌクレオチド配列に関して、少なくとも20%異なる、請求項1~4のいずれか一項に記載の宿主細胞。 - 選択肢(A)において、前記プロモーター、前記ターミネーター及び/又は存在する場合にはシグナル配列、並びに
選択肢(B)において、前記ターミネーター及び/又は存在する場合にはシグナル配列、
が、使用される異なる発現カセット間で、ヌクレオチド配列に関して、少なくとも30%異なる、請求項1~4のいずれか一項に記載の宿主細胞。 - 選択肢(A)において、前記プロモーター、前記ターミネーター及び/又は存在する場合にはシグナル配列、並びに
選択肢(B)において、前記ターミネーター及び/又は存在する場合にはシグナル配列、
が、使用される異なる発現カセット間で、ヌクレオチド配列に関して、少なくとも40%異なる、請求項1~4のいずれか一項に記載の宿主細胞。 - 選択肢(A)において、前記プロモーター、前記ターミネーター及び/又は存在する場合にはシグナル配列、並びに
選択肢(B)において、前記ターミネーター及び/又は存在する場合にはシグナル配列、
が、使用される異なる発現カセット間で、ヌクレオチド配列に関して、少なくとも50%異なる、請求項1~4のいずれか一項に記載の宿主細胞。 - 前記POIが、前記宿主細胞に対して異種である、請求項1~8のいずれか一項に記載の宿主細胞。
- POIのコード配列の前記異なるヌクレオチド配列が、少なくとも30ヌクレオチド長を有する、請求項1~9のいずれか一項に記載の宿主細胞。
- POIのコード配列の前記異なるヌクレオチド配列が、少なくとも60ヌクレオチド長を有する、請求項1~9のいずれか一項に記載の宿主細胞。
- POIのコード配列の前記異なるヌクレオチド配列が、少なくとも90ヌクレオチド長を有する、請求項1~9のいずれか一項に記載の宿主細胞。
- 哺乳動物細胞がCHO(チャイニーズハムスター卵巣)細胞である、請求項1~12のいずれか一項に記載の宿主細胞。
- 酵母細胞がピキア・パストリス(Pichia pastoris)である、請求項1~12のいずれか一項に記載の宿主細胞。
- 3つ又は4つの異なる核酸により宿主細胞をトランスフェクトするステップを含む、請求項1~14のいずれか一項で定義される宿主細胞を生成する方法であって、各核酸は、前記POIの同じ成熟アミノ酸配列をコードする1つの異なる発現カセットを含む、方法。
- 少なくとも1つの核酸により宿主細胞をトランスフェクトするステップを含む、請求項1~14のいずれか一項で定義される宿主細胞を生成する方法であって、前記核酸は、3つ又は4つの異なる発現カセットを含み、前記発現カセットの各々は、前記POIの同じ成熟アミノ酸配列をコードする、方法。
- 請求項1~14のいずれか一項に定義される宿主細胞を使用するステップを含む、POIの製造方法。
- 前記POIが単鎖タンパク質であるか、又は単鎖ポリペプチドの前駆体から生じる、請求項17に記載の方法。
- 前記POIがインスリン前駆体から生じる、請求項18に記載の方法。
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