JP7258003B2 - バイオフィルムの除去のためのペプチドおよび抗体 - Google Patents

バイオフィルムの除去のためのペプチドおよび抗体 Download PDF

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Description

関連出願への相互参照
この出願は、米国特許法§１１９（ｅ）の下、２０１５年７月３１日に出願された米国仮特許出願番号６２／１９９，９５７、２０１５年１２月２３日に出願された同６２／３８７，５６２、および２０１６年７月１２日に出願された同６２／３６１，４００に対する優先権を主張し、上記の米国仮出願の各内容は、その全容が参考として本開示に援用される。
発明の分野
本発明は、一般には、細菌バイオフィルムを減らし、かつ／または治癒し、そしてバイオフィルムに関連する障害または疾患を処置するための方法および組成物に関する。
政府支援についての陳述
本発明は、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ ＨｅａｌｔｈのＮａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｄｅａｆｎｅｓｓ ａｎｄ Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎ Ｄｉｓｏｒｄｅｒｓ（ＮＩＤＣＤ）によって与えられた契約番号Ｒ０１ＤＣ０１１８１８のもとで政府支援によってなされた。政府は本発明において一定の権利を有する。
配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子的に提出され、参照によりその全体において本明細書に組み込まれる配列表を含有する。２０１６年７月２８日に作成された前記ＡＳＣＩＩコピーは、１０６８８７－０３６０＿ＳＬ．ｔｘｔと名付けられ、７３，１０５バイトのサイズである。
公知の真正細菌全てにおいてタンパク質のＤＮＡＢＩＩファミリーからの少なくとも１つのタンパク質が見いだされ、細菌細胞の外側に天然に見いだされる。これらにより、強力な自然免疫応答が引き出されるが、宿主対象は感染の結果として、ファミリーメンバーに対する特異的な保護的抗体を天然に生じることができない。ＤＮＡＢＩＩタンパク質および細胞外ＤＮＡ（ｅＤＮＡ）は、「バイオフィルム」の格子構造に寄与する。細菌バイオフィルムに伴う主要な問題は、宿主免疫系および／または抗生物質および他の抗菌薬が、バイオフィルム内に保護された細菌に近づくことができないことである。
バイオフィルムは、工業の場にも存在する。例えば、バイオフィルムは、生産現場からガソリンスタンドの貯蔵タンクまでの広範囲の石油の加工問題に関係づけられる。現場では、硫酸還元性バイオフィルム細菌が硫化水素を産生する（サワー・オイル（ｓｏｕｒｅｄ ｏｉｌ））。加工パイプラインでは、バイオフィルム活性によりスライムが発生し、それがフィルターおよび開口部の邪魔になる。バイオフィルムおよびバイオフィルム生物は、パイプラインおよび石油加工装置の腐食も引き起こす。これらの問題は、油またはガスの生産設備全体を通して、汚損および腐食性のバイオフィルム生物が貯蔵タンクの最終製品の表面に見いだされるまで顕在化し得る。
家庭では、バイオフィルムは、微生物の成長を支持する任意の表面の中またはその上、例えば、排水管の中、調理台の上、トイレの中、およびスイミングプールおよびスパの中に見いだされる。バイオフィルムは、家庭用と工業用の両方の広範囲の水の加工に関係づけられる。バイオフィルムは、加工装置の表面上で成長し、熱伝達の効率低下、またはフィルターおよび膜を塞ぐなど、装置の性能を害する可能性がある。冷却塔充填材上で成長しているバイオフィルムにより、充填材の崩壊を引き起こすのに十分な重量が加わる可能性がある。バイオフィルムは、高度に特殊化されたステンレス鋼でさえも腐食させる。水の加工におけるバイオフィルムにより、例えば、紙加工におけるバイオフィルムの汚染、またはシリコンチップ上への単一の細胞の付着でさえ、最終製品の価値を下げる可能性がある。飲料水の配水系統において成長しているバイオフィルムは、水の美的品質を劣化させる潜在的な病原生物、腐食性の生物体または細菌を有し得る。
部分配列表
配列番号１：全長野生型（ｗｔ）８６－０２８ＮＰ Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＩｈｆＡ；Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号：ＡＡＸ８８４２５．１（２０１１年３月２１日が最近のアクセスである）：
Figure 0007258003000001
配列番号２：全長野生型（ｗｔ）８６－０２８ＮＰ Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＩｈｆＢ；Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号：ＡＡＸ８８６９９．１（２０１５年５月１３日が最近のアクセスである）：
Figure 0007258003000002
配列番号３：全長ｗｔ８６－０２８ＮＰ Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＨＵ；Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号：ＹＰ＿２４８１４２．１（２０１１年３月２１日が最近のアクセスである）：
Figure 0007258003000003
配列番号４：全長ｗｔＲ２８４６ Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＩｈｆＡ；Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号：ＡＤＯ９６３７５（２０１１年３月２１日が最近のアクセスである）：
Figure 0007258003000004
配列番号５：全長ｗｔＲｄ Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＩｈｆＡ；Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号：ＡＡＣ２２９５９．１（２０１１年３月２１日が最近のアクセスである）：
Figure 0007258003000005
配列番号６：全長ｗｔＥ． ｃｏｌｉ Ｋ１２ ＩｈｆＡ；Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号：ＡＡＣ７４７８２．１（２０１１年３月２１日が最近のアクセスである）：
Figure 0007258003000006
配列番号７：全長ｗｔＥ． ｃｏｌｉ Ｋ１２ ＩｈｆＢ；Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号：ＢＡＡ３５６５６（２０１５年５月１９日が最近のアクセスである）：
Figure 0007258003000007
配列番号８： Ｅ． ｃｏｌｉ ｈｕｐＡ；Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号：ＡＰ＿００３８１８（２０１１年３月２１日が最近のアクセスである）：
Figure 0007258003000008
配列番号９：Ｅ． ｃｏｌｉ ｈｕｐＢ；Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号：ＡＰ＿００１０９０．１（２０１１年３月２１日が最近のアクセスである）：
Figure 0007258003000009
配列番号１０：全長ｗｔＰ． ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ ＰＡ ０１ ＩｈｆＡ；Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号：ＡＡＧ０６１２６．１（２０１１年３月２１日が最近のアクセスである）：
Figure 0007258003000010
配列番号１１：全長ｗｔＰ． ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ ＰＡ ０１ ＩｈｆＢ；Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号：ＡＡＦ７２９５０．１（２０１５年５月１９日が最近のアクセスである）：
Figure 0007258003000011
配列番号１２：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＩｈｆＡ， Ａ－３断片：
Figure 0007258003000012
配列番号１３：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＩｈｆＡ， Ａ５断片：
Figure 0007258003000013
配列番号１４：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＨＵ， Ａ５断片：
Figure 0007258003000014
配列番号１５：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＩｈｆＢ， Ｂ２断片：
Figure 0007258003000015
配列番号１６：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＩｈｆＢ， Ｂ４断片：
Figure 0007258003000016
配列番号１７：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＩｈｆＢ， ｍｏｄｉｆｉｅｄ Ｂ４ （ｍＢ４）断片：
Figure 0007258003000017
配列番号１８：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＩｈｆＡ， Ａ－１断片：
Figure 0007258003000018
配列番号１９：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＩｈｆＡ， Ａ２断片：
Figure 0007258003000019
配列番号２０：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＩｈｆＡ， Ａ４断片
Figure 0007258003000020
配列番号２１：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＩｈｆＡ， Ａ６断片：
Figure 0007258003000021
配列番号２２：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＩｈｆＢ， Ｂ１断片：
Figure 0007258003000022
配列番号２３：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＩｈｆＢ， Ｂ３断片：
Figure 0007258003000023
配列番号２４：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＩｈｆＢ， Ｂ５断片：
Figure 0007258003000024
配列番号２５：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＩｈｆＢ， Ｂ６断片：
Figure 0007258003000025
配列番号２６：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＩｈｆＡ， Ａ先端部断片：
Figure 0007258003000026
配列番号２７：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＩｈｆＢ， Ｂ先端部断片：
Figure 0007258003000027
配列番号２８：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＨＵ断片：
Figure 0007258003000028
配列番号２９：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＨＵ断片：
Figure 0007258003000029
配列番号３０：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＨＵ断片：
Figure 0007258003000030
配列番号３１：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＨＵ断片：
Figure 0007258003000031
配列番号３２：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＨＵ断片：
Figure 0007258003000032
配列番号３３：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＨＵ， Ａ３断片：
Figure 0007258003000033
配列番号３４：ヒトＩｇＤ定常領域、Ｕｎｉｐｒｏｔ：Ｐ０１８８０：
Figure 0007258003000034
配列番号３５：ヒトＩｇＧ１定常領域、Ｕｎｉｐｒｏｔ：Ｐ０１８５７：
Figure 0007258003000035
配列番号３６：ヒトＩｇＧ２定常領域、Ｕｎｉｐｒｏｔ：Ｐ０１８５９：
Figure 0007258003000036
配列番号３７：ヒトＩｇＧ３定常領域、Ｕｎｉｐｒｏｔ：Ｐ０１８６０：
Figure 0007258003000037
配列番号３８：ヒトＩｇＭ定常領域、Ｕｎｉｐｒｏｔ：Ｐ０１８７１：
Figure 0007258003000038
配列番号３９：ヒトＩｇＧ４定常領域、Ｕｎｉｐｒｏｔ：Ｐ０１８６１：
Figure 0007258003000039
配列番号４０：ヒトＩｇＡ１定常領域、Ｕｎｉｐｒｏｔ：Ｐ０１８７６：
Figure 0007258003000040
配列番号４１：ヒトＩｇＡ２定常領域、Ｕｎｉｐｒｏｔ：Ｐ０１８７７：
Figure 0007258003000041
配列番号４２：ヒトＩｇカッパ定常領域、Ｕｎｉｐｒｏｔ：Ｐ０１８３４：
Figure 0007258003000042
配列番号４３：非限定的な例示的リンカー：ＧＰＳＬＫＬ．
配列番号４４：非限定的な例示的リンカー：ＧＧＧ．
配列番号４５：非限定的な例示的リンカー：ＧＰＳＬ．
配列番号４６：非限定的な例示的リンカー：ＧＰＳ．
配列番号４７：非限定的な例示的リンカー：ＰＳＬＫ．
配列番号４８：非限定的な例示的リンカー：ＧＰＳＬＫ．
配列番号４９：非限定的な例示的リンカー：ＳＬＫＬ．
配列番号５０：非限定的な例示的重鎖可変領域ヌクレオチド配列、ＩｈｆＡ５断片：
Figure 0007258003000043
Figure 0007258003000044
配列番号５１：非限定的な例示的重鎖可変領域アミノ酸配列、ＩｈｆＡ５断片：
Figure 0007258003000045
配列番号５２：非限定的な例示的重鎖可変領域ヌクレオチド配列、ＩｈｆｍＢ４断片：
Figure 0007258003000046
配列番号５３：非限定的な例示的重鎖可変領域アミノ酸配列、ＩｈｆｍＢ４断片：
Figure 0007258003000047
配列番号５４：非限定的な例示的軽鎖可変領域ヌクレオチド配列、ＩｈｆＡ５断片：
Figure 0007258003000048
配列番号５５：非限定的な例示的軽鎖可変領域アミノ酸配列、ＩｈｆＡ５断片：
Figure 0007258003000049
配列番号５６：非限定的な例示的軽鎖可変領域ヌクレオチド配列、ＩｈｆｍＢ４断片：
Figure 0007258003000050
配列番号５７：非限定的な例示的軽鎖可変領域アミノ酸配列、ＩｈｆｍＢ４断片：
Figure 0007258003000051
配列番号５８：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ１配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＦＳＬＴＳＹＳ
配列番号５９：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ１配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＦＳＬＴＳＹＳＶ．
配列番号６０：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ１配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＦＳＬＴＳＹＳＶＨ．
配列番号６１：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ１配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＧＦＳＬＴＳＹＳ．
配列番号６２：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＩＷＡＧＧＳＴ．
配列番号６３：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＶＩＷＡＧＧＳＴ．
配列番号６４：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＧＶＩＷＡＧＧＳＴ．
配列番号６５：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＬＧＶＩＷＡＧＧＳＴ．
配列番号６６：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＷＬＧＶＩＷＡＧＧＳＴ．
配列番号６７：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＩＷＡＧＧＳＴＮ．
配列番号６８：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＶＩＷＡＧＧＳＴＮ．
配列番号６９：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＧＶＩＷＡＧＧＳＴＮ．
配列番号７０：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＬＧＶＩＷＡＧＧＳＴＮ．
配列番号７１：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＷＬＧＶＩＷＡＧＧＳＴＮ．
配列番号７２：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＩＷＡＧＧＳＴＮＹ．
配列番号７３：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＶＩＷＡＧＧＳＴＮＹ．
配列番号７４：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＧＶＩＷＡＧＧＳＴＮＹ．
配列番号７５：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＬＧＶＩＷＡＧＧＳＴＮＹ．
配列番号７６：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＷＬＧＶＩＷＡＧＧＳＴＮＹ．
配列番号７７：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ３配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＲＥＤＳ．
配列番号７８：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ３配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＡＲＥＤＳ．
配列番号７９：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ１配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＱＮＶＧＴＮ．
配列番号８０：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ１配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＱＮＶＧＴＮＶ．
配列番号８１：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ１配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＱＮＶＧＴＮＶＡ．
配列番号８２：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＳＡＳ．
配列番号８３：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＹＳＡＳ．
配列番号８４：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＩＹＳＡＳ
配列番号８５：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＬＩＹＳＡＳ．
配列番号８６：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＡＬＩＹＳＡＳ．
配列番号８７：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＳＡＳＹ．
配列番号８８：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＹＳＡＳＹ．
配列番号８９：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＩＹＳＡＳＹ．
配列番号９０：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＬＩＹＳＡＳＹ．
配列番号９１：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＡＬＩＹＳＡＳＹ．
配列番号９２：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＳＡＳＹＲ．
配列番号９３：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＹＳＡＳＹＲ．
配列番号９４：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＩＹＳＡＳＹＲ．
配列番号９５：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＬＩＹＳＡＳＹＲ．
配列番号９６：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＡＬＩＹＳＡＳＹＲ．
配列番号９７：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＳＡＳＹＲＹ．
配列番号９８：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＹＳＡＳＹＲＹ．
配列番号９９：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＩＹＳＡＳＹＲＹ．
配列番号１００：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＬＩＹＳＡＳＹＲＹ．
配列番号１０１：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＡＬＩＹＳＡＳＹＲＹ．
配列番号１０２：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＳＡＳＹＲＹＳ．
配列番号１０３：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＹＳＡＳＹＲＹＳ．
配列番号１０４：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＩＹＳＡＳＹＲＹＳ．
配列番号１０５：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＬＩＹＳＡＳＹＲＹＳ．
配列番号１０６：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆＡ５断片：
ＡＬＩＹＳＡＳＹＲＹＳ．
配列番号１０７：非限定的な例示的リンカー：ＧＧＳＧＧＳ．
配列番号１０８：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ３配列；ＩｈｆＡ５断片：ＱＱＹＮＳＹＰ．
配列番号１０９：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ３配列；ＩｈｆＡ５断片：ＱＱＹＮＳＹＰＴ．
配列番号１１０：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ１配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＦＮＩＫＤＹＹ．
配列番号１１１：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ１配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＦＮＩＫＤＹＹＭ．
配列番号１１２：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ１配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＦＮＩＫＤＹＹＭＨ．
配列番号１１３：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ１配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＧＦＮＩＫＤＹＹ．
配列番号１１４：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片： ＩＤＰＥＮＤＤＴ．
配列番号１１５：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片： ＷＩＤＰＥＮＤＤＴ．
配列番号１１６：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＧＷＩＤＰＥＮＤＤＴ．
配列番号１１７：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＩＧＷＩＤＰＥＮＤＤＴ．
配列番号１１８：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＷＩＧＷＩＤＰＥＮＤＤＴ．
配列番号１１９：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＩＤＰＥＮＤＤＴＥ．
配列番号１２０：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片： ＷＩＤＰＥＮＤＤＴＥ．
配列番号１２１：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＧＷＩＤＰＥＮＤＤＴＥ．
配列番号１２２：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片：
ＩＧＷＩＤＰＥＮＤＤＴＥ．
配列番号１２３：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＷＩＧＷＩＤＰＥＮＤＤＴＥ．
配列番号１２４：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＩＤＰＥＮＤＤＴＥＹ．
配列番号１２５：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＷＩＤＰＥＮＤＤＴＥＹ．
配列番号１２６：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片： ＧＷＩＤＰＥＮＤＤＴＥＹ．
配列番号１２７：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＩＧＷＩＤＰＥＮＤＤＴＥＹ．
配列番号１２８：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＷＩＧＷＩＤＰＥＮＤＤＴＥＹ．
配列番号１２９：非限定的な例示的部分ＣＤＲＨ３配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＴＥＬＧＡＹ．
配列番号１３０：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ１配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＱＳＬＬＤＳＮＧＫＴＹ．
配列番号１３１：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ１配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＱＳＬＬＤＳＮＧＫＴＹＬ．
配列番号１３２：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ１配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＱＳＬＬＤＳＮＧＫＴＹＬＮ．
配列番号１３３：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＬＶＳ．
配列番号１３４：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＹＬＶＳ．
配列番号１３５：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＩＹＬＶＳ．
配列番号１３６：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片：
ＬＩＹＬＶＳ．
配列番号１３７：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＲＬＩＹＬＶＳ．
配列番号１３８：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＬＶＳＫ．
配列番号１３９：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＹＬＶＳＫ．
配列番号１４０：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＩＹＬＶＳＫ．
配列番号１４１：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＬＩＹＬＶＳＫ．
配列番号１４２：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＲＬＩＹＬＶＳＫ．
配列番号１４３：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＬＶＳＫＬ．
配列番号１４４：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＹＬＶＳＫＬ．
配列番号１４５：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＩＹＬＶＳＫＬ．
配列番号１４６：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＬＩＹＬＶＳＫＬ．
配列番号１４７：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＲＬＩＹＬＶＳＫＬ．
配列番号１４８：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＬＶＳＫＬＤ．
配列番号１４９：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＹＬＶＳＫＬＤ．
配列番号１５０：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＩＹＬＶＳＫＬＤ．
配列番号１５１：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＬＩＹＬＶＳＫＬＤ．
配列番号１５２：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＲＬＩＹＬＶＳＫＬＤ．
配列番号１５３：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＬＶＳＫＬＤＳ
配列番号１５４：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＹＬＶＳＫＬＤＳ．
配列番号１５５：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＩＹＬＶＳＫＬＤＳ．
配列番号１５６：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＬＩＹＬＶＳＫＬＤＳ．
配列番号１５７：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ２配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＲＬＩＹＬＶＳＫＬＤＳ．
配列番号１５８：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ３配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＷＱＳＴＨＦＰＨ．
配列番号１５９：非限定的な例示的部分ＣＤＲＬ３配列；ＩｈｆｍＢ４断片：ＷＱＳＴＨＦＰＨＴ．
表の説明
表１は、非限定的な例示的抗体を産生するハイブリドーマについての列挙である。
表２は、実施例３で使用される抗体およびそれらの組合せについての、非限定的な列挙である。
表３は、実施例４で使用される抗体についての、非限定的な列挙である。
表４は、実施例４の中耳炎モデルで使用されるスコアリング法についての概要である。
表５は、実施例７において研究されるコホートについての記載である。
表６は、例示的抗体およびそれらの対応するＣＤＲについての非限定的なリストである。
表７は、例示的抗体ならびにそれらの対応する重鎖可変領域および軽鎖可変領域についての非限定的なリストである。
細菌細胞内では、ＤＮＡＢＩＩタンパク質は、結合時に、ＤＮＡ基質を必然的に屈曲させるＤＮＡ結合性タンパク質である。同様に、既に屈曲したコンフォメーションにあるＤＮＡは、屈曲させるために必要なエネルギーが不必要となるので、例示的な基質である。
ＤＮＡＢＩＩファミリーは、細胞内の細菌性核封入体を部分的に形作る細菌性タンパク質である、核封入体関連タンパク質（ＮＡＰ）と称するタンパク質のクラスのメンバーである（Ｂｒｏｗｎｉｎｇら（２０１０年）、Ｃｕｒｒ． Ｏｐｉｎ． Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．、１３巻：７７３～７８０頁）。加えて、このファミリーは、遍在性であり、事実上全ての真正細菌が発現させる。現時点で特徴づけられている全てのファミリーメンバーは、サブユニットのホモ二量体またはヘテロ二量体として機能する。ファミリーは、ＨＵ（ヒストン様タンパク質）およびＩＨＦ（組込み宿主因子）の２つの種類に分けられている。これらのファミリーメンバーの間の主要な区別は、ＨＵが、ＤＮＡに配列非依存的に結合するのに対し、ＩＨＦは、属にわたり保存されている、コンセンサス配列（ＷＡＴＣＡＡＮＮＮＮＴＴＲ［配列中、Ｗは、ＡまたはＴであり、Ｒは、プリンである］（配列番号１６０））に結合するということである（Ｓｗｉｎｇｅｒら（２００４年）、Ｃｕｒｒ．
Ｏｐｉｎ． Ｓｔｒｕｃｔ． Ｂｉｏｌ．、１４巻：２８～３５頁）。全てのＤＮＡＢＩＩタンパク質は、ＤＮＡに結合し、これを大きく屈曲させる、例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ ＩＨＦは、ＤＮＡを、事実上のＵ字型ターンに屈曲させる（Ｒｉｃｅら（１９９６年）、Ｃｅｌｌ、８７巻：１２９５～１３０６頁）。加えて、全てのファミリーメンバーは、あらかじめ屈曲または湾曲したＤＮＡ構造、例えば、ＤＮＡの組換えに中心的な、ホリデイ接合部、十字型様構造を取る可能性が高い。実際、ＤＮＡＢＩＩタンパク質は、遺伝子の発現、組換え、修復、および複製を含む、細胞内の全てのＤＮＡ機能を容易とするアクセサリー因子として機能する（Ｓｗｉｎｇｅｒら（２００４年）、Ｃｕｒｒ． Ｏｐｉｎ．
Ｓｔｒｕｃｔ． Ｂｉｏｌ．、１４巻：２８～３５頁）。
タンパク質のＤＮＡＢＩＩファミリーは、細菌細胞の外側に、バイオフィルムの状態で見出される。出願人らは、これらのタンパク質が、実際に、細胞外のＤＮＡに、重要な分岐接合部において結合することを示した。一態様では、出願人らは、宿主に、ＤＮＡＢＩＩに特異的な抗体を送達することにより、宿主が、あらかじめ形成されたバイオフィルムを著明に低減または根絶することが可能になることを示した。
本開示の態様は、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドに特異的な、１つまたは複数の抗体または抗原結合性断片に関する。ある特定の態様では、このポリペプチドは、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅのＩＨＦまたはＨＵ配列に由来する。一部の態様では、抗体または抗原結合性断片は、ループを含むプロリンを含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれを含むポリペプチドなどであるがこれらに限定されない、ＩＨＦのアルファサブユニットまたはベータサブユニットの特異的領域に対する親和性を有することが可能であり、一部の態様では、抗体または抗原結合性断片は、その３Ｄ構造の可撓性アームなどであるがこれらに限定されない、ＨＵの特異的領域に対する親和性を有しうる。
ある特定の態様では、本開示は、配列番号１２から１７まで、配列番号３１、配列番号３３、アミノ酸配列ＮＰＸＴを含むポリペプチド、またはそれらのそれぞれの等価物から選択されるアミノ酸配列から本質的になる、単離されたまたは組換え型のポリペプチドを特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する抗体または抗原結合性断片に関する。さらなる態様では、単離されたまたは組換え型のポリペプチドは、合計で、少なくとも１５、または代替的に、少なくとも１８、または代替的に、少なくとも２０アミノ酸を含む。さらなる態様では、ＮＰＸＴ配列は、ポリペプチドの末端アミノ酸ではない。一部の実施形態では、抗体または抗原結合性断片は、ポリクローナル抗体ではない。
代替的態様では、本開示は、単独で、または互いと組み合わせて、薬学的に許容されるキャリアと共に投与しうる、抗体または抗原結合性断片を提供する。本開示の一部の態様はまた、これらの組合せを含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなる組成物にも関する。さらなる態様は、例えば、本明細書で開示される、診断アッセイ、治療アッセイ、工業アッセイ、獣医学的アッセイ、および機能アッセイにおける抗体または抗原結合性断片の使用であって、バイオフィルムの処置、および／または視覚化、および／または検出における抗体または抗原結合性断片の使用を含むがこれらに限定されない使用に関する。それらはまた、バイオフィルムにより引き起こされる微生物感染症を処置するのにも有用である。
本開示はまた、配列番号１２から１７まで、配列番号３１、配列番号３３、アミノ酸配列ＮＰＸＴを含むポリペプチド、またはそれらのそれぞれの等価物から選択されるアミノ酸配列を含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなる、単離されたまたは組換え型のポリペプチドも提供する。本明細書では、単離されたまたは組換え型のポリペプチドの、免疫原としての使用が開示される。一部の方法態様では、このような単離されたまたは組換え型のポリペプチドを使用して、これらのアミノ酸配列を特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する抗体を生成させる。加えて、単離されたまたは組換え型のポリペプチドは、ワクチン処方物および免疫化法においても使用することができる。それらはまた、バイオフィルムにより引き起こされる微生物感染症を処置するのにも有用である。
本開示はまた、上記で同定された単離されたまたは組換え型のポリペプチドもしくは抗体、またはそれらのそれぞれの断片のうちの１つまたは複数をコードする、単離されたまたは組換え型のポリヌクレオチドも提供する。単離されたポリヌクレオチドを含むベクターであって、一態様では、その複製および／または発現のために、ポリヌクレオチドに作動的に連結された調節配列もさらに含有するベクターもさらに提供される。本明細書で開示され、１つを超える単離されたポリペプチドに関与する態様では、単離されたポリヌクレオチドは、ポリシストロニックのベクター内に含有されうる。
本明細書で記載される、単離されたもしくは組換え型のポリペプチド、または単離されたもしくは組換え型のポリヌクレオチドまたはベクターのうちの１つまたは複数を含む、単離された宿主細胞もさらに提供される。
ポリヌクレオチド、ポリペプチド、抗体、抗原結合性断片、もしくはベクター、または宿主細胞はさらに、検出可能な標識および／または精製標識も含みうる。一態様では、検出可能な標識は、蛍光ポリヌクレオチドまたはアミノ酸など、天然に存在する検出可能な化合物ではない。さらなる態様では、検出可能な標識は、ポリペプチド上またはポリヌクレオチド上の天然に存在しない位置に配置された、天然に存在する分子である。
キャリアと、本明細書で開示される、単離されたまたは組換え型のポリペプチド、本明細書で開示される、単離されたまたは組換え型のポリヌクレオチド、本明細書で開示されるベクター、本明細書で開示される、単離された宿主細胞、または本明細書で開示される抗体もしくはその断片のうちの１つまたは複数とを含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなる組成物もまた提供される。キャリアは、固体支持体、ステントまたは歯科インプラントなどの医療用デバイス、または薬学的に許容されるキャリアなどの液体のうちの１つまたは複数でありうる。組成物は、アジュバント、抗菌薬、もしくは抗原性ペプチド、または開示される抗体もしくはその断片以外の抗菌薬もさらに含みうる。
組成物は、さらなる生物学的に活性な作用剤もさらに含みうる。
このような組成物の非限定的な例は、抗菌剤、ワクチン抗原に対する１つもしくは複数の抗体、または抗菌ペプチドを含む。一部の実施形態では、これらの例示的な生物学的に活性な作用剤を、本明細書で開示される、１つまたは複数の抗体と組み合わせて使用する。さらなる実施形態では、このような組合せを、本明細書で開示される方法のうちのいずれかにおいて、治療用組成物として使用することができる。
さらなる非限定的な例は、表面抗原、例えば、ＯＭＰ Ｐ５、ｒｓＰｉｌＡ、ＯＭＰ ２６、ＯＭＰ Ｐ２、またはＩＶ型Ｐｉｌｉｎタンパク質など、ワクチンの構成成分（すなわち、抗原性ペプチド）（ＪｕｒｃｉｓｅｋおよびＢａｋａｌｅｔｚ（２００７年）、Ｊ． ｏｆ Ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｙ、１８９巻（１０号）：３８６８～３８７５頁、Ｍｕｒｐｈｙら（２００９年）、Ｔｈｅ Ｐｅｄｉａｔｒｉｃ Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ Ｄｉｓｅａｓｅ Ｊｏｕｒｎａｌ、２８巻：Ｓ１２１～Ｓ１２６頁、およびＮｏｖｏｔｎｙら（２０１５年）、Ｍｏｌ． Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．９６巻（２号）：２７６～９２頁を参照されたい）および抗菌剤を含む。一部の実施形態では、これらの例示的な生物学的に活性な作用剤を、本明細書で開示される、１つまたは複数の、単離されたまたは組換え型のポリペプチドと組み合わせて使用する。さらなる実施形態では、このような組合せを、本明細書で開示される方法のうちのいずれかにおいて、ワクチン組成物として使用することができる。
さらなる非限定的な作用剤は、本明細書で開示される、または米国特許公開第２０１１／０２３６３０６号およびＰＣＴ国際特許公開第ＷＯ２０１４／２０１３０５号において開示されている、さらなる抗体、断片、誘導体またはポリペプチドを含む。当業者に明らかな通り、作用剤の選択および量は、処置の目的、全般的健康状態、性別（ｓｅｘ、ｇｅｎｄｅｒ）、および種（例えば、ヒトまたは動物）と共に変動するであろう。
本開示はまた、ポリヌクレオチドの発現に好適な条件下で、上記で記載した抗原性ペプチドをコードする、単離されたポリヌクレオチドを含む宿主細胞を成長させる、またはそれらを培養することにより、抗原性ペプチドを産生するための方法も提供する。また、抗原性ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含むベクターであって、一態様では、その複製および／または発現のために、ポリヌクレオチドに作動的に連結された調節配列もさらに含有するベクターも提供される。この方法により産生されたポリペプチドは、ｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｉｎ ｖｉｖｏにおける使用のために、さらに単離することができる。代替的に、ポリペプチドは、当業者に公知の化学合成法を使用して産生することもできる。
診断的使用または治療的使用のためのキットであって、本明細書で記載される組成物と、使用のための指示とを含むキットもまた提供される。本明細書で提供される、新たな薬物および／または組合せ療法についてのスクリーニングを実施するためのキットもまた提供される。
図１は、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅにより形成されたバイオフィルムの、ポリクローナルウサギ抗ＩＨＦまたはポリクローナルウサギ抗ＨＵを伴うインキュベーション時における、ナイーブウサギ血清を伴うインキュベーションと比較した低減を描示する。
図２Ａは、培養結果と、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅのＩＨＦおよびＨＵに対して生成されたモノクローナル抗体の精製とを示す。図２Ｂは、その対応するエピトープに対するそれぞれの各抗体の特異性を確認するＥＬＩＳＡの結果を示す。図２Ｃは、ＩＨＦＮＴＨＩモノクローナル抗体の、それが方向づけられたＩＨＦ断片（例えば、Ａ３、Ａ５、Ｂ２、Ｂ４）、およびそれらが由来するＩＨＦＮＴＨＩタンパク質サブユニット（すなわち、ＩＨＦアルファサブユニットまたはＩＨＦベータサブユニット）に対する特異性について描示する。代表的なＥＬＩＳＡプレートについての走査画像内の暗色のウェルは、モノクローナル抗体の、それらのそれぞれのペプチドおよびタンパク質サブユニットに対する反応性を表示した。 同上 同上
図３Ａは、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅにより形成されたバイオフィルムの、モノクローナル抗ＩＨＦおよびその組合せを伴うインキュベーション時における破壊を描示する。具体的には、抗ＩＨＦ Ａ５および抗ＩＨＦ Ｂ４または抗ＩＨＦ ｍＢ４は、単独または互いとの組合せのいずれにおいても、バイオフィルムの頑健な破壊を裏付けた。図３Ｂは、それぞれの抗体またはそれらの組合せの投与後における、バイオフィルム層の厚さについてのＣＯＭＳＴＡＴプロットを描示する。ここでもまた、抗ＩＨＦ Ａ５および抗ＩＨＦ Ｂ４または抗ＩＨＦ ｍＢ４は、単独または互いとの組合せのいずれにおいても、バイオフィルム層の厚さの頑健な低減を裏付けた。図３Ｃは、ＣＯＭＳＴＡＴ２分析により決定される、処置後において残存した、平均値バイオフィルムバイオマスを描示する。＊＊＊ｐ≦０．００１、＊＊＊＊ｐ≦０．０００１である。 同上 同上 同上 同上
図４Ａは、処置群ごとの、チンチラの中耳から抽出された体液１ｍｌ当たりの、分類不能型Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ（ＮＴＨＩ）のコロニー形成単位の濃度を示す。図４Ｂは、処置群ごとの、中耳粘膜に接着したバイオフィルム１ｍｇ当たりの、分類不能型Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ（ＮＴＨＩ）のコロニー形成単位の濃度を示す。図４Ｃは、処置群ごとの、粘膜バイオフィルムスコアを描示する。図４Ｄは、チンチラから回収され、解剖された中耳骨胞（ｂｕｌｌａｅ）内の、中耳バイオフィルム（またはその欠如）についての画像であって、処置群ごとに染色された画像を提示する。 同上 同上 同上
図５Ａは、ＩｈｆＡ３を使用する、ｉｎ ｓｉｔｕにおけるバイオフィルムの、抗体による標識化が、２週齢のＮＴＨＩ内のＤＮＡＢＩＩタンパク質の検出を裏付けることを描示する。図５Ｂは、ＩｈｆＡ３を使用する、ｉｎ ｖｉｔｒｏにおける、バイオフィルムの、抗体による標識化を描示する。
図６Ａは、処置群ごとの、マウス肺１つ当たりの、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａのコロニー形成単位の濃度を示す。図６Ｂは、処置群（トブラマイシンを伴う処置群およびトブラマイシンを伴わない処置群）ごとの、マウス肺１つ当たりの、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａのコロニー形成単位の濃度を示す。 同上
図７Ａは、Ｂ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａ Ｋ５６により形成されたバイオフィルムの、モノクローナル抗ＩＨＦおよびその組合せ、ならびにポリクローナル抗ＩＨＦを伴うインキュベーション時における低減を描示する。具体的には、抗ＩＨＦ Ａ－５および抗ＩＨＦ ｍＢ－４は、単独または互いとの組合せのいずれにおいても、バイオフィルムの頑健な破壊を裏付けた。図７Ｂは、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ ２８７５３により形成されたバイオフィルムについての同様の結果を描示する。図７Ｃは、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ ２９２１３により形成されたバイオフィルムについての同様の結果を描示する。図７Ｄは、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ ７１６９により形成されたバイオフィルムについての同様の結果を描示する。 同上 同上 同上
図８Ａ～８Ｂは、ＤＮＡＢＩＩタンパク質の三次元（３Ｄ）構造についてのコンピュータモデルであって、抗体の生成に使用されるペプチド内の、予測されるアミノ酸位置を強調するコンピュータモデルを描示する。図８Ａは、特異的ＩＨＦＢエピトープの俯瞰図（ｔｏｐ ｄｏｗｎ ｖｉｅｗ）および正面図を描示し、図８Ｂは、ＩＨＦＡエピトープ、ＨＵエピトープ、およびＩＨＦＢエピトープの３Ｄ構造を描示し、エピトープを強調する（矢印は、強調された領域を指示する）。図は、配列番号１２～１７のそれぞれについて、出現の順に開示する。 同上
図９Ａは、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＮＴＨＩ株番号１８８５により形成されたバイオフィルムの、モノクローナル抗ＩＨＦおよびその組合せを伴うインキュベーション時における破壊を描示する。図９Ｂは、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＮＴＨＩ株番号１７１４により形成されたバイオフィルムの、モノクローナル抗ＩＨＦおよびその組合せを伴うインキュベーション時における破壊を描示する。図９Ｃは、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＮＴＨＩ株番号２１４により形成されたバイオフィルムの、モノクローナル抗ＩＨＦおよびその組合せを伴うインキュベーション時における破壊を描示する。 同上
図１０Ａは、ＣＯＭＳＴＡＴ２分析により決定される、処置後において残存した、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＮＴＨＩ １８８５の平均値バイオフィルムバイオマスを描示する。図１０Ｂは、ＣＯＭＳＴＡＴ２分析により決定される、処置後において残存した、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＮＴＨＩ １７１４の平均値バイオフィルムバイオマスを描示する。図１０Ｃは、ＣＯＭＳＴＡＴ２分析により決定される、処置後において残存した、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＮＴＨＩ ２１４の平均値バイオフィルムバイオマスを描示する。
図１１Ａは、ＣＯＭＳＴＡＴ２分析により決定される、処置後において残存した、Ｂ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａ Ｋ５６の平均値バイオフィルムバイオマスを描示する。図１１Ｂは、ＣＯＭＳＴＡＴ２分析により決定される、処置後において残存した、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ ２８７５３の平均値バイオフィルムバイオマスを描示する。図１１Ｃは、ＣＯＭＳＴＡＴ２分析により決定される、処置後において残存した、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ ２９２１３の平均値バイオフィルムバイオマスを描示する。図１１Ｄは、ＣＯＭＳＴＡＴ２分析により決定される、処置後において残存した、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ ７１６９の平均値バイオフィルムバイオマスを描示する。 同上
図１２Ａ～１２Ｃは、肺感染症についての実験マウスモデルにおいて、ＩＨＦＮＴＨＩ先端部に方向づけられたｍＡｂで処置された肺内の、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ凝集物の数およびサイズの両方の低減を描示する。処置前（図１２Ａ）、非特異的マウスＩｇＧ１＋ＩｇＧ２ａ（図１２Ｂ）、または尾部に方向づけられたｍＡｂ ＩｈｆＡ３ＮＴＨＩ＋ｍＡｂ ＩｈｆＢ２ＮＴＨＩのカクテル（図１２Ｃ）を施された後における肺内では、複数の細菌の凝集物が、マウスの肺全体にわたり観察された（黄色、凝集物を丸で囲む）。これに対し、先端部に方向づけられたｍＡｂ ＩｈｆＡ５ＮＴＨＩ＋ｍＡｂ ＩｈｆｍＢ４ＮＴＨＩの送達後には、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａは、ほとんど検出されなかったことから、この治療戦略の有効性が裏付けられる（図１２Ｄ）。ＤＡＰＩによる対比染色（青）；スケールバー：５０μｍである。図１２Ｅ～１２Ｈは、代表的な凝集物についての高倍率画像を示し、各コホートについて、凝集物の相対サイズまたは単一の細菌の存在を示す［図１２Ｅ：処置前；図１２Ｆ：非特異的マウスＩｇＧ１＋ＩｇＧ２ａによる処置；図１２Ｇ：尾部に方向づけられたｍＡｂ ＩｈｆＡ３ＮＴＨＩ＋ｍＡｂ ＩｈｆＢ２ＮＴＨＩによる処置；および図１２Ｈ：先端部に方向づけられたｍＡｂ ＩｈｆＡ５ＮＴＨＩ＋ｍＡｂ ＩｈｆｍＢ４ＮＴＨＩによる処置（Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ凝集物は、蛍光的にタグ付けされた、全Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対するウサギ抗体であって、細菌自体ならびにバイオフィルムマトリックス内に含有される細菌タンパク質の両方を標識化する抗体で標識化したので、個別の細菌細胞をたやすく分解することができない）］。図１２Ａ、１２Ｂ、および１２Ｃにおける凝集物と、１２Ｅ、１２Ｆ、および１２Ｇにおける凝集物とは、サイズが同様であるが、先端部に方向づけられたｍＡｂのカクテルで処置された肺内でイメージングされた凝集物は、単一の細菌細胞として現れる（図１２Ｄおよび１２Ｈ）ことに留意されたい。スケールバー：５μｍである。図１２Ａ、１２Ｂ、および１２Ｃまたは１２Ｅ、１２Ｆ、および１２Ｇにおいて示されるＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ凝集物についての、代表的なＴＥＭ画像を、図１２Ｉに提示する。視覚化の一助となるように、細菌細胞は、擬似カラーの緑色とし、マウス肺組織は、擬似カラーの青色とする。マウスＩｇＧ、または尾部に方向づけられたｍＡｂを施されたマウスに由来する肺内の細菌凝集物は、５０～１００個の細菌を含有することが典型的であった。先端部に方向づけられたｍＡｂで処置されたマウスに由来する肺内に棲息するたった単一の細菌の比較的限定的な数の極めて小型のクラスターまたは存在は、ＴＥＭによる視覚化を不可能とした。スケールバー：２μｍである。凡例：ＦＯＶ：視野である。 同上 同上
図１３Ａ～１３Ｂは、ｉｎ ｖｉｔｒｏにおける、Ｂ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａバイオフィルムの、ＩＨＦのＤＮＡ結合性「先端部」領域（Ａ５およびｍＢ４）に対するモノクローナル抗体による破壊と、抗生物質との相乗作用とを示す図である。 同上 同上
そうでないことが規定されない限りにおいて、本明細書で使用される全ての科学技術用語は、本開示が属する技術分野の当業者により一般に理解される意味と同じ意味を有する。本明細書で提供される全てのヌクレオチド配列は、５’から３’への方向で提示される。本開示の実施または試行では、本明細書で記載される方法および材料と類似または同等の、任意の方法および材料を使用しうるが、ここでは、特定の、非限定的で、例示的な方法、デバイス、および材料について記載する。本明細書で引用される全ての技術的刊行物および特許公開は、参照によりそれらの全体において本明細書に組み込まれる。本明細書のいかなる内容も、本開示が、先行発明として、このような開示に先行する権利がないことの容認とはみなされないものとする。
本開示の実施では、そうでないことが指し示されない限りにおいて、当技術分野の技術の範囲内にある、組織培養、免疫学、分子生物学、微生物学、細胞生物学、および組換えＤＮＡについての従来の技法を利用する。例えば、ＧｒｅｅｎおよびＳａｍｂｒｏｏｋ編（２０１２年）、「Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ
Ｍａｎｕａｌ」、４版；Ａｕｓｕｂｅｌら編（２０１５年）、「Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ」；「Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ」シリーズ（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｉｎｃ．、Ｎ．Ｙ．）；ＭａｃＰｈｅｒｓｏｎら（２０１５年）、「ＰＣＲ １： Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ」（Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ内、ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ）；ＭａｃＰｈｅｒｓｏｎら（１９９５年）、「ＰＣＲ ２： Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ」；ＭｃＰｈｅｒｓｏｎら（２００６年）、「ＰＣＲ： Ｔｈｅ Ｂａｓｉｃｓ」、（Ｇａｒｌａｎｄ Ｓｃｉｅｎｃｅ）；ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ編（１９９９年）、「Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ， Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ
Ｍａｎｕａｌ」；Ｇｒｅｅｎｆｉｅｌｄ編（２０１４年）「Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ， Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ」；Ｆｒｅｓｈｎｅｙ（２０１０年）、「Ｃｕｌｔｕｒｅ ｏｆ Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌｓ： Ａ Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｂａｓｉｃ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ」、６版；Ｇａｉｔ編（１９８４年）、「Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ」；米国特許第４，６８３，１９５号；ＨａｍｅｓおよびＨｉｇｇｉｎｓ編（１９８４年）、「Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ」；Ａｎｄｅｒｓｏｎ（１９９９年）、「Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ」；Ｈｅｒｄｅｗｉｊｎ編（２００５年）、「Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ： Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ」；ＨａｍｅｓおよびＨｉｇｇｉｎｓ編（１９８４年）、「Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ａｎｄ Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ」；ＢｕｚｄｉｎおよびＬｕｋｙａｎｏｖ編（２００７年）、「Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ： Ｍｏｄｅｒｎ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ」；「Ｉｍｍｏｂｉｌｉｚｅｄ Ｃｅｌｌｓ ａｎｄ Ｅｎｚｙｍｅｓ」（ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ（１９８６年））；Ｇｒａｎｄｉ編（２００７年）、「Ｉｎ Ｖｉｔｒｏ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ａｎｄ Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ
Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ」、２版；Ｇｕｉｓａｎ編（２００６年）、「Ｉｍｍｏｂｉｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ Ｅｎｚｙｍｅｓ ａｎｄ Ｃｅｌｌｓ」；Ｐｅｒｂａｌ（１９８８年）、「Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ」、２版；ＭｉｌｌｅｒおよびＣａｌｏｓ編（１９８７年）、「Ｇｅｎｅ Ｔｒａｎｓｆｅｒ Ｖｅｃｔｏｒｓ ｆｏｒ Ｍａｍｍａｌｉａｎ Ｃｅｌｌｓ」（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ）；Ｍａｋｒｉｄｅｓ編（２００３年）、「Ｇｅｎｅ Ｔｒａｎｓｆｅｒ ａｎｄ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｉｎ Ｍａｍｍａｌｉａｎ Ｃｅｌｌｓ」；ＭａｙｅｒおよびＷａｌｋｅｒ編（１９８７年）、「Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｃｅｌｌ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ」（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、Ｌｏｎｄｏｎ）；ＬｕｎｄｂｌａｄおよびＭａｃｄｏｎａｌｄ編（２０１０年）、「Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ」、４版；ならびにＨｅｒｚｅｎｂｅｒｇら編（１９９６年）、「Ｗｅｉｒ’ｓ Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ」、５版を参照されたい。
範囲を含めた全ての数字表示、例えば、ｐＨ、温度、時間、濃度、および分子量は近似であり、１．０または０．１単位で、必要に応じて、またはその代わりに、＋／－１５％、あるいは１０％あるいは５％あるいは２％の変動で（＋）または（－）に変動する。必ずしも明記されているとは限らないが、全ての数字表示に「約」という用語が先行することが理解されるべきである。本明細書に記載の試薬はただ単に例示的なものであり、その等価物が当技術分野で公知であることも、必ずしも明記されているとは限らないが、理解されるべきである。
本明細書および特許請求の範囲において使用される場合、単数形「ａ（１つの）」、「ａｎ（１つの）」および「ｔｈｅ（その）」は、文脈によりそうでないことが明確に規定されない限り、複数の参照対象を含む。例えば、「ポリペプチド」という用語は、複数のポリペプチドを、それらの混合物を含めて包含する。
本明細書で使用される場合、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という用語は、組成物および方法が、列挙された要素を含むが、他のものを排除しないことを意味するものとする。「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」は、組成物および方法を定義するために使用される場合、意図された使用のための組合せのための任意の本質的に重要な他の要素を排除することを意味するべきである。したがって、本明細書で定義されている要素から本質的になる組成物は、単離および精製方法由来の微量汚染物質および薬学的に許容されるキャリア、例えば、リン酸生理食塩水、保存料などを排除しない。「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｏｆ）」は、他の成分の微量要素および本明細書に開示される組成物を投与するための実質的な方法のステップ以上のものを排除することを意味するべきである。これらの移行用語のそれぞれによって定義される実施形態は、本開示の範囲内である。
「バイオフィルム」とは、微生物が分泌および／または放出するＤＮＡなどのポリマーと一緒になった、有機または無機であり得る構造物の表面に時折接着する微生物の組織化された群集を意図する。バイオフィルムは、微生物（ｍｉｃｒｏｂｉｏｔｉｃｓ）および抗菌剤に対して非常に耐性である。バイオフィルムは、歯肉組織、歯および修復物に生息し、歯周プラーク疾患としても公知の齲歯および歯周病を引き起こす。バイオフィルムは、中耳感染症も引き起こす。バイオフィルムは、歯科インプラント、ステント、カテーテル線およびコンタクトレンズの表面上にも形成され得る。バイオフィルムは、ペースメーカー、心臓弁置換物、人工関節および他の外科用インプラントの上で成長する。Ｃｅｎｔｅｒｓ ｆｏｒ Ｄｉｓｅａｓｅ Ｃｏｎｔｒｏｌ）は、院内の感染（ｎｏｓｏｃｏｍｉａｌ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ）（院内感染（ｈｏｓｐｉｔａｌ－ａｃｑｕｉｒｅｄ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ））の６５％超はバイオフィルムによって引き起こされると推定している。バイオフィルムは、膣感染症を引き起こし、免疫系が妨げられている人において生命にかかわる全身感染症を導く。バイオフィルムはまた、Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ、Ｂｏｒｒｅｌｉａ ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ（例えば、Ｂ３１）、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ（例えば、Ｔｏｈａｍａ Ｉ）、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ（例えば、６６８）、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａ（例えば、ＨＩ２４２４）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ（例えば、Ｋ１２ ＭＧ１６５５）、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ（例えば、Ｖ５８３）、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ（例えば、Ｒｄ ＫＷ２０）、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｐｙｌｏｒｉ（例えば、２６６９５）、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ（例えば、ＲＨ４）、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｍｅｇｍａｔｉｓ（例えば、ＭＣ２）、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ（例えば、ＣＤＣ１５５１）、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ（例えば、ＦＡ１０９０）、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（例えば、ＭＣ５８）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ ｇｉｎｇｉｖａｌｉｓ（例えば、Ｗ８３）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａ（例えば、１７）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍｅｌａｎｉｎｏｇｅｎｉｃａ（例えば、ＡＴＣＣ（登録商標）２５８４５）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ（例えば、ＭＷ２）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ（例えば、ＲＰ６２Ａ）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ（例えば、２６０３Ｖ／Ｒ）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｂｏｖｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｇａｌｌｏｌｙｔｉｃｕｓ（例えば、ＵＣＮ３４）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｇｏｒｄｏｎｉｉ（例えば、ＮＣＴＣ ７８６８ （Ｃｈａｌｌｉｓ））、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍｕｔａｎｓ（例えば、ＵＡ１５９）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ（例えば、Ｒ６）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ（例えば、ＭＧＡＳ１０２７０）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｓｏｂｒｉｎｕｓ（例えば、６７１５）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｅｎｔｅｒｉｃａ（例えば、ｔｙｐｈｉ、ＣＴ１８）、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ ｄｅｎｔｉｃｏｌａ（例えば、ＡＴＣＣ（登録商標）３５４０５）、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ ｐａｌｌａｄｕｍ（例えば、Ｎｉｃｈｏｌｓ）、Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａ（例えば、Ｅｌ Ｔｏｒ、Ｎ１６９６１）により引き起こされる疾患を含むがこれらに限定されない、多数の疾患にも関与する。バイオフィルムと関連する、かつ／またはこれを形成することが公知の、さらなる生物は、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ種、Ｃａｎｄｉｄａ種、Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ、およびＬｉｓｔｅｒｉａ ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓを含むがこれらに限定されない。例えば、嚢胞性線維症患者は、抗生物質耐性バイオフィルムを結果としてもたらすことが多い、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ感染症を有する。バイオフィルムと関連する他の疾患は、嚢胞性線維症患者の肺感染症、中耳炎、鼓膜切開後耳漏（ｐｏｓｔ－ｔｙｍｐａｎｏｓｔｏｍｙ ｔｕｂｅ ｏｔｔｏｒｈｅａ）、慢性化膿性中耳炎、自然弁感染性心内膜炎（ｎａｔｉｖｅ
ｖａｌｖｅ ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ ｅｎｄｏｃａｒｄｉｔｉｓ）、骨髄炎、鼻副鼻腔炎（ｒｈｉｎｏｓｉｎｏｓｉｔｉｓ）、前立腺炎、尿路感染症、創傷、齲歯、および歯周炎を含むがこれらに限定されない。上記で列挙した生物（例えば、Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ
ｅｎｔｅｒｉｃａ）のうちの一部などであるがこれらに限定されない食品媒介性病原体もまた、それらが汚染する食品上で、バイオフィルムを形成しうる。動物において疾患を引き起こすバイオフィルム（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ種、およびＳｈｉｇｅｌｌａ種）はまた、下流のヒト宿主における食品汚染および／または疾患も引き起こしうる。さらに、バイオフィルムは、１つの均質な微生物集団である必要はなく、他の病原体を組み込む場合があり、宿主細胞であってもなお組み込む場合がある。疾患（院内およびその他の両方における）および食品汚染と関連することに加えて、バイオフィルムはとりわけ、プロセス水およびそれとの接触表面と関連する工業汚染の原因であることが多い。工業汚染物質としての、バイオフィルムを形成する生物に関与する問題は、バイオフィルム形成の結果としての、生物腐食、生物付着（ｂｉｏｆｏｕｌｉｎｇ）、および装置破損を含むがこれらに限定されない。工業の場における非限定的な例示的、バイオフィルムと関連する生物は、Ｆｅｒｒｅｒａら（２０１５年）、Ｂｉｏｆｏｕｌｉｎｇ、３１巻（２号）：１７３～１８０頁において開示されている生物と、Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ種とを含む。バイオフィルムに関するさらなる詳細は、例えば、Ｄｏｎｌａｎ（２００２年）、Ｅｍｅｒｇｉｎｇ Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ Ｄｉｓｅａｓｅｓ、８巻（９号）：８８１～８９０頁において見出すことができる。
「～を阻害すること、それと競合すること、またはそれを漸減すること」という用語は、微生物バイオフィルムの構成成分であるＤＮＡ／タンパク質マトリックスの形成または構造の、防止、低減、または破壊を意図する。
本明細書で使用される「核封入体関連タンパク質」または「ＮＡＰ」という用語は、原核細胞の核封入体内の核酸の動的な空間組織化を実行するタンパク質のクラスを指す。これらのタンパク質は、ＤＮＡの屈曲、結合、および凝集の実行を介して、ゲノムを組織化する。ある特定のＮＡＰは、ＤＮＡ結合性タンパク質であり、ＤＮＡＢＩＩタンパク質、ＤＰＳ（Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号：ＣＡＡ４９１６９）、Ｈ－ＮＳ（Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号：ＣＡＡ４７７４０）、Ｈｆｑ（Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号：ＡＣＥ６３２５６）、ＣｂｐＡ（Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号：ＢＡＡ０３９５０）、およびＣｂｐＢ（Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号：ＮＰ＿４１８８１３）を含むバイオフィルムと関連しうる。ＮＡＰは一般に、ＤＮＡＢＩＩタンパク質のアルファヘリックス二量体化ドメインとの強力な配列同一性を有し、ＮＰＸＴを含む先端部であって、ＤＮＡの副溝に結合し、その中に挿入され、ＤＮＡをねじれさせる先端部を有することが多い、アンチパラレルのベータリボンを含みうる。機能的なプロモーターは、同一または相同なサブユニットの二量体である。
「ＤＮＡＢＩＩポリペプチドまたはＤＮＡＢＩＩタンパク質」とは、ＤＮＡ結合性ドメインで構成され、したがって、微生物ＤＮＡに対して特異的または一般的な親和性を有するＤＮＡ結合性のタンパク質またはポリペプチドを意味する。一態様では、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドまたはＤＮＡＢＩＩタンパク質は、ＤＮＡに、副溝において結合する。ＤＮＡＢＩＩタンパク質の非限定的な例は、組込み宿主因子（ＩＨＦ）タンパク質およびヒストン様タンパク質（ＨＵ）である。
「組込み宿主因子」または「ＩＨＦ」タンパク質は、バクテリオファージがそのＤＮＡを宿主細菌に組み入れるために使用する細菌のタンパク質である。これらは、細胞外の微生物ＤＮＡにも結合する。Ｅ．ｃｏｌｉにおいてＩＨＦタンパク質サブユニットをコードする遺伝子は、ｈｉｍＡ遺伝子（Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号：ＰＯＡ６Ｘ７．１）およびｈｉｍＤ遺伝子（ＰＯＡ６Ｙ１．１）である。これらの遺伝子に対するホモログは他の生物体において見いだされ、他の生物体由来のこれらの遺伝子に対応するペプチドは、参照により本明細書に組み込まれる米国特許第８，９９９，２９１号の表１０において見いだすことができる。
「ＨＭＧＢ１」は、ＤＮＡの副溝に結合すること、およびそれを歪めることが報告されている高移動度群ボックス（ＨＭＧＢ）１タンパク質であり、干渉作用剤の例である。組換え型の、または単離されたタンパク質およびポリペプチドは、Ａｔｇｅｎｇｌｏｂａｌ、ＰｒｏＳｐｅｃＢｉｏ、Ｐｒｏｔｅｉｎ１およびＡｂｎｏｖａから市販されている。
「ＨＵ」または「ヒストン様タンパク質」とは、一般にはＥ．ｃｏｌｉに付随するヘテロ二量体タンパク質のクラスを指す。ＨＵタンパク質は、ＤＮＡ接合部に結合することが公知である。他の微生物から関連するタンパク質が単離されている。Ｅ．ｃｏｌｉ ＨＵの完全なアミノ酸配列は、Ｌａｉｎｅら（１９８０年）Ｅｕｒ． Ｊ． Ｂｉｏｃｈｅｍ． １０３巻（３号）：４４７～４８１頁によって報告された。Ｅ．ｃｏｌｉにおけるＨＵタンパク質サブユニットをコードする遺伝子は、それぞれ配列番号８および９に対応するｈｕｐＡおよびｈｕｐＢである。分類不能型Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ（ＮＴＨＩ）に由来するＨａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅのホモログは、配列番号３に対応する。これらの遺伝子のホモログは、他の生物においても見出され、他の生物に由来するこれらの遺伝子に対応するペプチドは、参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第８，９９９，２９１号の表１０において見出すことができる。
「表面抗原」または「表面タンパク質」という用語は、細菌細胞などの細胞表面上のタンパク質またはペプチドを指す。表面抗原の例は、外膜タンパク質、例えば、ＯＭＰ Ｐ５（Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号：ＹＰ＿００４１３９０７９．１）、ＯＭＰ Ｐ２（Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号：ＺＺＸ８７１９９．１）、ＯＭＰ Ｐ２６（Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号：ＹＰ＿６６５０９１．１）、ｒｓＰｉｌＡ または組換え型の可溶性ＰｉｌＡ（Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号：ＥＦＵ９６７３４．１）およびＩＶ型 Ｐｉｌｉｎ（Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号：Ｙｐ＿００３８６４３５１．１）などである。
「Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ」という用語は、多くの異なる感染症、例えば、耳感染症、眼感染症、および副鼻腔炎などを引き起こす可能性がある病原性細菌を指す。Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅの多くの異なる株が単離されており、それはＩｈｆＡ遺伝子またはタンパク質を有する。Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅの異なる株のいくつかの非限定的な例としては、Ｒｄ ＫＷ２０、８６－０２８ＮＰ、Ｒ２８６６、ＰｉｔｔＧＧ、ＰｉｔｔＥＥ、Ｒ２８４６、および２０１９が挙げられる。
「微生物ＤＮＡ」は、バイオフィルムを生じる微生物由来の一本鎖ＤＮＡまたは二本鎖ＤＮＡを意味する。
バイオフィルムを「阻害、予防または破壊すること」とは、バイオフィルムの構造を予防的または治療的に低減させることを意味する。バイオフィルムの破壊または低減の例を、図１に示す。当技術分野では、バイオフィルムが、阻害、防止、または破壊されたのかどうかを決定する方法が公知であり、ｉｎ ｖｉｖｏアッセイおよびｅｘ ｖｉｖｏアッセイ、ならびにバイオフィルムと関連する感染症または疾患の臨床症状の軽減を含む。
「感染症を処置すること」とは、微生物、例えば、バイオフィルムの形成と関連する細菌の数の低減を意図する。当技術分野では、微生物の数が低減されたのかどうかを決定する方法が公知であり、ｉｎ ｖｉｖｏアッセイおよびｅｘ ｖｉｖｏアッセイ、ならびに感染症の臨床症状の軽減を含む。細菌は、バイオフィルムにより保護されるため、細菌は、抗菌薬の使用に対して耐性となる。バイオフィルムを破壊することにより、抗菌薬および他の作用剤に対する細菌の耐性を、低減または阻害することができる。
「干渉作用剤」とは、微生物ＤＮＡに対するＩＨＦまたはＨＵなどのＤＮＡＢＩＩポリペプチドに対して、競合、阻害、防止、漸減のうちの任意の１つもしくは複数を果たす作用剤、または微生物バイオフィルムの破壊を果たす（例えば、ｅＤＮＡベースの細胞外マトリックスの構造的完全性を破壊することにより）作用剤を意味する。干渉作用剤は、化学分子または生物分子のうちの任意の１つまたは複数でありうる。例えば、ＩＨＦは、例えば、４方向の接合部、シス－白金付加物、ＤＮＡループまたは塩基のバルジを含有するＤＮＡなどのＤＮＡ構造に特異的に結合する、それを屈曲させるまたは歪めることができる。そのような作用剤の例としては、これらに限定することなく、（１）ＩＨＦのＤＮＡ結合活性を阻害する小分子、（２）ＤＮＡへの結合においてＩＨＦまたはＨＵと競合する、ポリアミンおよびスペルミンなどの小分子、（３）ＤＮＡへの結合においてＩＨＦまたはＨＵと競合する、ＩＨＦまたはＨＵのペプチド断片などのポリペプチド、（４）ＩＨＦまたはＨＵに指向される抗体またはその断片、または（５）４方向のポリヌクレオチドまたは屈曲したポリヌクレオチド、またはＩＨＦまたはＨＵ－結合性について競合する屈曲したＤＮＡ構造または歪んだＤＮＡ構造を含有する他の種類のポリヌクレオチドが挙げられる。「ＩＨＦまたはＨＵの核酸への結合を阻害する小分子」とは、上記の（１）または（２）を指し、ＤＮＡに、副溝において結合する小分子、すなわち、副溝結合性分子を包含する。「４方向のポリヌクレオチド」とは、ＤＮＡの４つの鎖間にホリデイ接合部としても公知の４方向の接合部を含有するポリヌクレオチドを意味する。
「屈曲したポリヌクレオチド」とは、他の鎖と対にならない１本の鎖上に小さなループを含有する二本鎖ポリヌクレオチドを意味する。いくつかの実施形態では、ループは、１塩基から約２０塩基までの長さ、あるいは２塩基から約１５塩基までの長さ、あるいは約３塩基から約１２塩基までの長さ、あるいは約４塩基から約１０塩基までの長さである、あるいは、約４塩基、５塩基、または６塩基、または７塩基、または８塩基、または９塩基、または１０塩基を有する。
「ＤＮＡへの結合においてＤＮＡＢＩＩタンパク質と競合するポリペプチド」とは、屈曲したＤＮＡ構造または歪んだＤＮＡ構造への結合においてＩＨＦまたはＨＵと競合するが、ＤＮＡとバイオフィルムを形成しないタンパク質またはペプチドを意味する。例としては、これらに限定することなく、ＩＨＦの１つまたは複数のＤＮＡ結合ドメインを含むＩＨＦの断片、またはその生物学的等価物が挙げられる。
本明細書で使用された、「～を特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する」という用語は、作用剤、例えば、モノクローナル抗体の、意図されるその標的または結合パートナーへの結合が、非結合より可能性が高いことを意図する。
診断または処置の「対象」は、細胞または動物、例えば、哺乳動物またはヒトなどである。診断または処置に供される非ヒト動物、感染または動物モデルに供される非ヒト動物は、例えば、サル、ネズミ科の動物、例えば、ラット、マウス、チンチラなど、イヌ科の動物、例えば、イヌ、ウサギ科の動物、例えば、ウサギなど、家畜、競技動物、および愛玩動物である。
「タンパク質」、「ペプチド」および「ポリペプチド」という用語は、互換的に使用され、それらの最も広範な意味では、２つ以上のサブユニットのアミノ酸、アミノ酸の類似体またはペプチド模倣薬の化合物を指す。サブユニットは、ペプチド結合によって連結されていてよい。別の実施形態では、サブユニットは、他の結合、例えば、エステル結合、エーテル結合などによって連結されていてよい。タンパク質またはペプチドは、少なくとも２つのアミノ酸を含有しなければならず、アミノ酸の最大数に対する制限はなく、タンパク質の配列またはペプチドの配列を含んでよい。本明細書で使用される場合、「アミノ酸」という用語は、天然アミノ酸および／または非天然アミノ酸または合成アミノ酸のいずれかを指し、グリシンおよびＤ光学異性体とＬ光学異性体の両方、アミノ酸の類似体およびペプチド模倣薬を含める。
「Ｃ末端のポリペプチド」とは、少なくとも１０個、あるいは少なくとも１５個、あるいは少なくとも２０個、または少なくとも２５個のＣ末端アミノ酸、あるいはポリペプチドの半分を意味する。別の態様では、９０アミノ酸を含有するポリペプチドについて、Ｃ末端のポリペプチドは、アミノ酸４６～９０を含む。一態様では、この用語は、カルボキシ末端から２０個のＣ末端のアミノ酸を意味する。
「ポリヌクレオチド」および「オリゴヌクレオチド」という用語は互換的に使用され、任意の長さのポリマーの形態のヌクレオチド、デオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチドのいずれか、またはその類似体を指す。ポリヌクレオチドは、任意の三次元構造を有してよく、公知または未知の任意の機能を果たし得る。以下はポリヌクレオチドの非限定的な例である：遺伝子または遺伝子断片（例えば、プローブ、プライマー、ＥＳＴタグまたはＳＡＧＥタグ）、エクソン、イントロン、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、転移ＲＮＡ、リボソームＲＮＡ、ＲＮＡｉ、リボザイム、ｃＤＮＡ、組換えポリヌクレオチド、分岐ポリヌクレオチド、プラスミド、ベクター、任意の配列の単離されたＤＮＡ、任意の配列の単離されたＲＮＡ、核酸プローブおよびプライマー。ポリヌクレオチドは、修飾されたヌクレオチド、例えば、メチル化されたヌクレオチドおよびヌクレオチド類似体などを含んでよい。存在する場合、ヌクレオチド構造の修飾は、ポリヌクレオチドの組立ての前に、またはその後に付与することができる。ヌクレオチドの配列を非ヌクレオチド構成成分で遮ることができる。ポリヌクレオチドは、重合後に、例えば、標識化構成成分とコンジュゲートすることによってさらに修飾することができる。この用語はまた、二本鎖分子と一本鎖分子の両方を指す。別段の指定または要求がない限り、ポリヌクレオチドである本明細書に開示される任意の実施形態は、二本鎖の形態と、二本鎖の形態を成すことが公知であるまたは予測される２つの相補的な一本鎖の形態のそれぞれの両方を包含する。
ポリヌクレオチドは、特異的な配列の４つのヌクレオチド塩基：アデニン（Ａ）；シトシン（Ｃ）；グアニン（Ｇ）；チミン（Ｔ）；およびポリヌクレオチドがＲＮＡである場合はチミンの代わりにウラシル（Ｕ）で構成される。したがって、「ポリヌクレオチド配列」という用語は、ポリヌクレオチド分子のアルファベット表示である。このアルファベット表示は、中央処理装置を有するコンピュータ内のデータベースに入力し、バイオインフォマティクスの適用、例えば、機能ゲノム科学および相同性検索などのために使用することができる。
「単離された」または「組換え型の」という用語は、本明細書において核酸、例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡなどに関して使用される場合、それぞれ、巨大分子ならびにポリペプチドの天然の供給源に存在する他のＤＮＡまたはＲＮＡから分離された分子を指す。「単離されたかまたは組換え型の核酸」という用語は、断片として天然に存在せず、自然の状態で見いだされない核酸断片を含むものとする。「単離された」という用語は、本明細書では、他の細胞タンパク質から単離されたポリヌクレオチド、ポリペプチドおよびタンパク質を指すためにも使用され、精製されたポリペプチドと組換え型のポリペプチドの両方を包含するものとする。他の実施形態では、「単離されたかまたは組換え型の」という用語は、細胞、組織、ポリヌクレオチド、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、抗体またはその断片（複数可）が天然で通常付随する構成成分、細胞および他の物から分離されていることを意味する。例えば、単離された細胞は、異なる表現型または遺伝子型の組織または細胞から分離された細胞である。単離されたポリヌクレオチドは、そのネイティブな環境または天然の環境、例えば、染色体上では通常付随する３’および５’の連続したヌクレオチドから分離されている。当業者には明らかであるように、天然に存在しないポリヌクレオチド、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、抗体またはその断片（複数可）は、その天然に存在する対応物と区別するために「単離」を必要としない。
明示的な列挙がなくとも、また別段の意図がなければ、本開示がポリペプチド、タンパク質、ポリヌクレオチドまたは抗体に関する場合、本開示の範囲内でその等価物または生物学的等価物が意図されることが推定されるべきである。本明細書で使用される場合、「生物学的なその等価物」は、参照のタンパク質、抗体、断片、ポリペプチドまたは核酸について言及される場合、「その等価物」という用語と同義であるものとし、所望の構造または機能性を依然として維持しながら最小の相同性を有するものを意味する。本明細書において具体的に列挙されていなければ、本明細書で言及されているポリヌクレオチド、ポリペプチドまたはタンパク質はいずれも、その等価物も包含すると考えられる。一態様では、等価なポリヌクレオチドは、ストリンジェントな条件下で本明細書記載の、記載されている方法において使用するためのポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドである。別の態様では、等価な抗体または抗原結合性ポリペプチドとは、参照抗体または参照抗原結合性断片と、少なくとも７０％、あるいは少なくとも７５％、あるいは少なくとも８０％、あるいは少なくとも８５％、あるいは少なくとも９０％、あるいは少なくとも９５％の親和性またはそれを超える親和性で結合する抗体または抗原結合性ポリペプチドを意味する。別の態様では、その等価物は、競合ＥＬＩＳＡアッセイにおいて（ｔｉｎｄｅｒ ａ ｃｏｍｐｅｔｉｔｉｖｅ ＥＬＩＳＡ
ａｓｓａｙ）、抗体または抗原結合性断片の、その抗原への結合と競合する。別の態様では、等価物とは、少なくとも約８０％の相同性または同一性、あるいは、少なくとも約８５％、あるいは少なくとも約９０％、あるいは少なくとも約９５％、あるいは９８％の相同性または同一性の百分率を意味し、参照タンパク質、参照ポリペプチドまたは参照核酸と実質的に等しい生物活性を示す。生物学的に等価なポリペプチドの例は参照により本明細書に組み込まれる米国特許第８，９９９，２９１号の表９において提供され、そこでは開示されたアミノ酸配列への保存的アミノ酸置換が同定されている。
別の配列に対して特定の百分率（例えば、８０％、８５％、９０％、または９５％）の「配列同一性」を有するポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチド領域（または、ポリペプチドまたはポリペプチド領域）は、アラインメントすると、その百分率の塩基（またはアミノ酸）が、比較している２つの配列において同じであることを意味する。アラインメントおよび相同性または配列同一性の百分率は、当技術分野で公知のソフトウェアプログラム、例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ａｕｓｕｂｅｌら編、１９８７年）付録３０、セクション７．７．１８、表７．７．１に記載のものを使用して決定することができる。ある特定の実施形態では、アラインメントのために初期状態のパラメータが使用される。非限定的な例示的アラインメントプログラムは、初期状態のパラメータを使用したＢＬＡＳＴである。具体的には、例示的プログラムは、以下の初期状態のパラメータを使用したＢＬＡＳＴＮおよびＢＬＡＳＴＰを含む：遺伝暗号（Ｇｅｎｅｔｉｃ ｃｏｄｅ）＝標準；フィルター（ｆｉｌｔｅｒ）＝なし；鎖（ｓｔｒａｎｄ）＝両方；カットオフ（ｃｕｔｏｆｆ）＝６０；期待値（ｅｘｐｅｃｔ）＝１０；行列（Ｍａｔｒｉｘ）＝ＢＬＯＳＵＭ６２；記載（Ｄｅｓｃｒｉｐｔｉｏｎｓ）＝５０配列；ソート（ｓｏｒｔ ｂｙ）＝ＨＩＧＨ ＳＣＯＲＥ；データベース（Ｄａｔａｂａｓｅｓ）＝非冗長性、ＧｅｎＢａｎｋ＋ＥＭＢＬ＋ＤＤＢＪ＋ＰＤＢ＋ＧｅｎＢａｎｋ ＣＤＳ ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎｓ＋ＳｗｉｓｓＰｒｏｔｅｉｎ＋ＳＰｕｐｄａｔｅ＋ＰＩＲ。これらのプログラムの詳細は、以下のインターネットアドレスにおいて見いだすことができる：ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｃｇｉ－ｂｉｎ／ＢＬＡＳＴ。配列同一性および同一性の百分率は、それらをｃｌｕｓｔａｌＷに取り込むことによって決定した（ウェブアドレス：ａｌｉｇｎ．ｇｅｎｏｍｅ．ｊｐにおいて利用可能、２０１１年３月７日に最終アクセス。
「相同性」または「同一性」または「類似性」とは、２つのペプチド間または２つの核酸分子間の配列類似性を指す。相同性は、比較するためにアラインメントすることができる各配列内の位置を比較することによって決定することができる。比較される配列内の位置が同じ塩基またはアミノ酸によって占有されている場合、それらの分子は、その位置において相同である。配列間の相同性の程度は、それらの配列が共有する、一致するまたは相同である位置の数の関数である。「無関係の」または「非相同な」配列は、本開示の配列の１つと４０％未満の同一性、あるいは２５％未満の同一性を共有する。
「相同性」または「同一性」または「類似性」は、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする２つの核酸分子を指す場合もある。
「ハイブリダイゼーション」とは、１つまたは複数のポリヌクレオチドが反応して、ヌクレオチド残基の塩基間の水素結合によって安定化された複合体を形成する反応を指す。水素結合は、ワトソン・クリック塩基対合、フーグスティーン結合によって、または任意の他の配列特異的な様式で起こり得る。複合体は、二重鎖構造を形成している２つの鎖、複数鎖複合体を形成している３つ以上の鎖、単一の自己ハイブリダイズ性（ｓｅｌｆ－ｈｙｂｒｉｄｉｚｉｎｇ）鎖、またはこれらの任意の組合せを含んでよい。ハイブリダイゼーション反応は、より大規模なプロセスのステップ、例えば、ＰＣＲ反応の開始、またはリボザイムによるポリヌクレオチドの酵素的切断などを構成し得る。
ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の例としては、約２５℃～約３７℃のインキュベーション温度；約６×ＳＳＣ～約１０×ＳＳＣのハイブリダイゼーション緩衝液の濃度；約０％～約２５％のホルムアミド濃度；および約４×ＳＳＣ～約８×ＳＳＣの洗浄溶液が挙げられる。中程度のハイブリダイゼーション条件の例としては、約４０℃～約５０℃のインキュベーション温度；約９×ＳＳＣ～約２×ＳＳＣの緩衝液の濃度；約３０％～約５０％のホルムアミド濃度；および約５×ＳＳＣ～約２×ＳＳＣの洗浄溶液が挙げられる。高ストリンジェンシー条件の例としては、約５５℃～約６８℃のインキュベーション温度；約１×ＳＳＣ～約０．１×ＳＳＣの緩衝液の濃度；約５５％～約７５％のホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣの洗浄溶液、または脱イオン水が挙げられる。一般に、ハイブリダイゼーションのインキュベーション時間は、５分から２４時間の間であり、１つ、２つ、またはそれ以上の洗浄ステップを伴い、洗浄インキュベーション時間は約１分、２分、または１５分である。ＳＳＣは０．１５ＭのＮａＣｌおよび１５ｍＭのクエン酸緩衝液である。他の緩衝系を用いた同等のＳＳＣを使用することができることが理解される。
本明細書で使用される場合、「発現」とは、ポリヌクレオチドがｍＲＮＡに転写されるプロセスおよび／または転写されたｍＲＮＡがその後、ペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質に翻訳されるプロセスを指す。ポリヌクレオチドがゲノムＤＮＡに由来する場合、発現は、真核細胞におけるｍＲＮＡのスプライシングを含んでよい。
「コードする」という用語は、ポリヌクレオチドに適用される場合、そのネイティブな状態にある場合、または当業者に周知の方法によって操作される場合、転写および／または翻訳してポリペプチドおよび／またはその断片に対するｍＲＮＡを作製することができるポリペプチドを「コードする」と考えられているポリヌクレオチドを指す。アンチセンス鎖は、そのような核酸の相補物であり、それからコード配列を推定することができる。
本明細書で使用される場合、「処置すること（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」、「処置（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」などの用語は、本明細書では、所望の薬理的効果および／または生理的効果を得ることを意味するために使用される。効果は、障害またはその徴候または症状を完全にまたは部分的に予防するという点で予防的であってよい、および／または、障害および／または障害に起因する有害作用に対する部分的または完全な治癒という点で治療的であってよい。当技術分野では、処置が行われたのかどうかを決定する方法が公知であり、本明細書でも略述される。
予防するとは、障害または影響の素因がある系または対象において障害または影響をｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｉｎ ｖｉｖｏで予防することを意味する。その例は、バイオフィルムを生じることが公知の微生物に感染した系においてバイオフィルムの形成を予防することである。
「組成物」は、活性作用剤、および不活性な別の化合物または組成物（例えば、検出可能な作用剤または標識）または活性な別の化合物または組成物、例えば、アジュバントなどの組合せを意味するものとする。
「医薬組成物」は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｉｎ ｖｉｖｏまたはｅｘ ｖｉｖｏでの診断または治療における使用に適した組成物を成す活性作用剤と不活性または活性なキャリアの組合せを含むものとする。
「薬学的に許容されるキャリア」とは、本明細書で開示される組成物中で使用しうる任意の希釈剤、賦形剤、またはキャリアを指す。薬学的に許容されるキャリアは、イオン交換体、アルミナ、ステアリン酸アルミニウム、レシチン、ヒト血清アルブミンなどの血清タンパク質、リン酸塩などの緩衝物質、グリシン、ソルビン酸、ソルビン酸カリウム、飽和植物脂肪酸の部分的なグリセリド混合物、水、硫酸プロタミン、リン酸水素二ナトリウム、リン酸水素カリウム、塩化ナトリウム、亜鉛塩などの塩または電解質、コロイド状シリカ、三ケイ酸マグネシウム、ポリビニルピロリドン、セルロースベースの物質、ポリエチレングリコール、カルボキシメチルセルロースナトリウム、ポリアクリレート、ワックス、ポリエチレン－ポリオキシプロピレン－ブロックポリマー、ポリエチレングリコール、マイクロスフェア、マイクロ粒子、またはナノ粒子（例えば、Ｐｏｌｙ（乳酸－ｃｏ－グリコール酸）など生体分解性ポリマーを含む）、および羊毛脂を含む。適切な医薬キャリアは、この分野における標準の参照テキストであるＲｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙに記載されている。適切な医薬キャリアは、意図された投与形態、すなわち、経口錠剤、カプセル、エリキシル剤、シロップ剤などに関して選択すること、および従来の医薬の実施と一致し得る。
本明細書に開示される「生物学的に活性な作用剤」または活性作用剤とは、単離されたかまたは組換え型のポリペプチド、単離されたかまたは組換え型のポリヌクレオチド、ベクター、単離された宿主細胞、または抗体、ならびにそれらのうちの１つまたは複数を含有する組成物のうちの１つまたは複数を意味する。
「投与」は、処置の過程全体を通して、１回用量で、連続的に、または断続的に実施することができる。最も有効な手段および投与量を決定する方法は、当業者に公知であり、療法に使用される組成物、療法の目的、処置されている標的細胞、および処置されている対象によって変動する。単回投与または多数回の投与は、処置にあたっている医師によって選択された用量のレベルおよびパターンを用いて行うことができる。適切な投薬の処方および作用剤を投与する方法は当技術分野で公知である。投与経路を決定することができ、最も有効な投与経路を決定する方法は当業者に公知であり、処置に使用される組成物、処置の目的、処置されている対象の健康状態または疾患の病期、および標的細胞または組織によって変動する。投与経路の非限定的な例は、経口投与、経鼻投与、吸入、注射、および局所塗布を含む。投与は、工業適用ならびに治療適用における使用のための投与でありうる。
本開示の作用剤（抗体もしくはその断片、ポリペプチドもしくはポリヌクレオチド、または細胞）は、治療のために、任意の適切な投与経路により投与することができる。また、最適の経路は、レシピエントの状態および年齢、ならびに処置される疾患により変動することも認識されよう。作用剤は、工業の場において使用することができ、動物の処置のために使用することができる。工業の場において使用する場合、バイオフィルムを、作用剤、例えば、抗体と接触させる。
「有効量」という用語は、所望の効果を達成するために十分な数量を指す。治療的または予防的な適用に関して、有効量は、問題の状態の種類および重症度ならびに個々の対象の特性、例えば、全体的な健康、年齢、性別、体重、種および医薬組成物に対する寛容性などに左右される。免疫原性組成物の文脈における一部の実施形態では、有効量とは、バイオフィルムの破壊を結果としてもたらすのに十分な量である。他の態様では、量は、対象における、バイオフィルムと関連する細菌感染症を処置するのに有効である。他の実施形態では、作用剤または免疫原性組成物の有効量は、抗原に対する抗体生成をもたらすために十分な量である。いくつかの実施形態では、有効量は、それを必要とする対象に受動免疫を付与するために必要な量である。免疫原性組成物に関して、いくつかの実施形態では、有効量は、上記の因子に加えて、意図された使用、特定の抗原性化合物の免疫原性の程度、および健康／対象の免疫系の応答性に左右される。当業者は、これらおよび他の因子に応じて適量を決定することができる。
ｉｎ ｖｉｔｒｏでの適用の場合では、いくつかの実施形態では、有効量は、問題の適用のサイズおよび性質に左右される。有効量は、ｉｎ ｖｉｔｒｏにおける標的および使用されている方法の性質および感受性にも左右される。当業者は、これらおよび他の考察に基づいて有効量を決定することができる。有効量は、実施形態に応じて、組成物を１回または複数回投与することを含んでよい。
「コンジュゲートした部分」という用語は、単離されたキメラポリペプチドに、キメラポリペプチドの残基と共有結合を形成することによって付加することができる部分を指す。部分は、キメラポリペプチドの残基と直接結合させることができる、または、リンカーとの共有結合を形成し、次にリンカーとキメラポリペプチドの残基の共有結合を形成することができる。
「ペプチドコンジュゲート」とは、１つまたは複数のポリペプチドと別の化学的または生物学的な化合物との共有結合または非共有結合による結びつきを指す。非限定的な例では、ポリペプチドと化学化合物の「コンジュゲーション」により、意図された目的に対するポリペプチドの安定性または効力が改善される。一実施形態では、ペプチドをキャリアとコンジュゲートし、ここでキャリアは、リポソーム、ミセル、または薬学的に許容されるポリマーである。
「リポソーム」は、同心脂質二重層からなる顕微鏡レベルの小胞である。構造的に、リポソームは、数百オングストロームから数分の１ミリメートルまでの寸法を有する長い管から球体まで、サイズおよび形状に幅がある。小胞形成性脂質は、外層の脂質組成物をもたらす最終的な複合体の特定の程度の流動性または剛性が達成されるように選択する。これらは、中性（コレステロール）または双極性であり、リン脂質、例えば、ホスファチジルコリン（ＰＣ）、ホスファチジルエタノールアミン（ＰＥ）、ホスファチジルイノシトール（ＰＩ）、およびスフィンゴミエリン（ＳＭ）など、およびこれらに限定されないが、ジオレオイルホスファチジルエタノールアミン（ＤＯＰＥ）を含めた他の種類の双極性の脂質を含み、炭化水素の鎖長は１４～２２の範囲内であり、飽和型であるまたは１つまたは複数のＣ＝Ｃ２重結合を有する。単独で、または他の脂質構成成分と組み合わせて安定なリポソームを作製することができる脂質の例は、リン脂質、例えば、水素化大豆ホスファチジルコリン（ＨＳＰＣ）、レシチン、ホスファチジルエタノールアミン、リゾレシチン、リゾホスファチジルエタノールアミン、ホスファチジルセリン、ホスファチジルイノシトール、スフィンゴミエリン、セファリン、カルジオリピン、ホスファチジン酸、セレブロシド、ジステアロイルホスファチジルエタン（ｄｉｓｔｅａｒｏｙｌｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｙｌｅｔｈａｎ）－オラミン（ＤＳＰＥ）、ジオレオイルホスファチジルコリン（ＤＯＰＣ）、ジパルミトイルホスファチジルコリン（ＤＰＰＣ）、パルミトイルオテオイルホスファチジルコリン（ｐａｌｍｉｔｏｙｌｏｔｅｏｙｌｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｙｌｃｈｏｌｉｎｅ）（ＰＯＰＣ）、パルミトイルオレオイルホスファチジルエタノールアミン（ｐａｌｍｉｔｏｙｌｏｌｅｏｙｌｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｙｌｅｔｈａｎｏｌａｍｉｎｅ）（ＰＯＰＥ）およびジオレオイルホスファチジルエタノールアミン４－（Ｎ－マレイミド－トリエチル）シクロヘキサン－１－カルボキシレート（ＤＯＰＥ－ｍａｌ）などである。さらなるリポソームに組み入れることができる、リンを含有しない脂質としては、ステアリルアミン、ドデシルアミン、ヘキサデシルアミン、ミリスチン酸イソプロピル、ラウリル硫酸トリエタノールアミン、アルキル－アリールスルフェート、アセチルパルミテート（ａｃｅｔｙｌ ｐａｌｍｉｔａｔｅ）、グリセロールリシノレエート（ｇｌｙｃｅｒｏｌ ｒｉｃｉｎｏｌｅａｔｅ）、ヘキサデシルステアレート（ｈｅｘａｄｅｃｙｌ
ｓｔｅｒｅａｔｅ）、両性のアクリルポリマー、ポリエチルオキシレート化（ｐｏｌｙｅｔｈｙｌｏｘｙｌａｔｅｄ）脂肪酸アミド、および上記のカチオン性脂質（ＤＤＡＢ、ＤＯＤＡＣ、ＤＭＲＩＥ、ＤＭＴＡＰ、ＤＯＧＳ、ＤＯＴＡＰ（ＤＯＴＭＡ）、ＤＯＳＰＡ、ＤＰＴＡＰ、ＤＳＴＡＰ、ＤＣ－Ｃｈｏｌ）が挙げられる。負に荷電した脂質としては、小胞を形成することができるホスファチジン酸（ＰＡ）、ジパルミトイルホスファチジルグリセロール（ＤＰＰＧ）、ジオテオイルホスファチジルグリセロール（ｄｉｏｔｅｏｙｌｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｙｌｇｌｙｃｅｒｏｌ）（ＤＯＰＧ）、およびジセチルホスフェート（ｄｉｃｅｔｙｌｐｈｏｓｐｈａｔｅ）が挙げられる。一般には、リポソームは、それらの全体的なサイズおよびラメラ構造の性質に基づいて３つのカテゴリーに分けることができる。Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ Ａｃａｄｅｍｙ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｍｅｅｔｉｎｇ、「Ｌｉｐｏｓｏｍｅｓ ａｎｄ Ｔｈｅｉｒ Ｕｓｅ ｉｎ Ｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ
Ｍｅｄｉｃｉｎｅ」、１９７７年１２月によって開発された３つの分類は、多層状の小胞（ＭＬＶ）、小さな単層の小胞（ＳＵＶ）および大きな単層の小胞（ＬＵＶ）である。生物活性のある作用剤を、本明細書に記載の方法に従って投与するためにそのようなものに封入することができる。
「ミセル」は、液体コロイド中に分散した界面活性物質分子の凝集体である。典型的な水溶液中ミセルは、周囲の溶媒と接触した親水性の「頭部」領域を有し、ミセルの中心に疎水性の尾部領域が隔離された凝集体を形成する。この種類のミセルは、順相ミセル（水中油ミセル）として公知である。逆ミセルは、頭部基を中心に有し、尾部が突き出している（油中水ミセル）。ミセルは、本明細書に記載のポリヌクレオチド、ポリペプチド、抗体または組成物を付着させて、標的の細胞または組織への効率的な送達を容易にするために使用することができる。
「薬学的に許容されるポリマー」という句は、本明細書に記載の１つまたは複数のポリペプチドまたは抗体とコンジュゲートすることができる化合物の群を指す。ポリマーをポリペプチドまたは抗体とコンジュゲートすることにより、ｉｎ ｖｉｖｏおよびｉｎ ｖｉｔｒｏでのポリペプチドの半減期を延長することができると考えられる。非限定的な例としては、ポリエチレングリコール、ポリビニルピロリドン、ポリビニルアルコール、セルロース誘導体、ポリアクリレート、ポリメタクリレート、糖、ポリオールならびにそれらの混合物が挙げられる。生物活性のある作用剤は、本明細書に記載の方法に従って投与するために、薬学的に許容されるポリマーとコンジュゲートすることができる。
「遺伝子送達ビヒクル」は、挿入されたポリヌクレオチドを宿主細胞内に運ぶことができる任意の分子と定義される。遺伝子送達ビヒクルの例は、リポソーム、ミセル、天然ポリマーおよび合成ポリマーを含めた生体適合性ポリマー；リポタンパク質；ポリペプチド；多糖；リポ多糖；人工ウイルスエンベロープ；金属粒子；および細菌、またはウイルス、例えば、バキュロウイルス、アデノウイルスおよびレトロウイルスなど、バクテリオファージ、コスミド、プラスミド、真菌のベクター、ならびに、種々の真核生物宿主および原核生物宿主における発現について記載されており、遺伝子療法のために、ならびに単純なタンパク質の発現のために使用することができる、当技術分野で一般に使用される他の組換え型ビヒクルである。
本明細書に開示されるポリヌクレオチドは、遺伝子送達ビヒクルを使用して細胞または組織に送達することができる。「遺伝子送達」、「遺伝子移入」、「形質導入」などは、本明細書で使用される場合、導入するために使用する方法に関係なく、外因性のポリヌクレオチド（時には「導入遺伝子」と称される）を宿主細胞に導入することに関する用語である。そのような方法としては、種々の周知の技法、例えば、ベクターに媒介される遺伝子移入（例えば、ウイルス感染／トランスフェクション、または種々の他のタンパク質ベースまたは脂質ベースの遺伝子送達複合体による）、ならびに、「裸の」ポリヌクレオチドの送達を容易にする技法などが挙げられる（例えば、電気穿孔、「遺伝子銃」送達およびポリヌクレオチドを導入するために使用する種々の他の技法など）。導入したポリヌクレオチドは、宿主細胞内で安定にまたは一過性に維持することができる。安定に維持するためには、一般には、導入したポリヌクレオチドが宿主細胞と適合する複製開始点を含有すること、または、宿主細胞のレプリコン、例えば、染色体外のレプリコン（例えば、プラスミド）または核内染色体またはミトコンドリア染色体などに組み込まれることが必要である。当技術分野で公知であり、また本明細書に記載されている通り、いくつものベクターが、遺伝子の哺乳動物の細胞への移入を媒介することができることが公知である。
本明細書で使用される場合「ｅＤＮＡ」という用語は、病原性のバイオフィルムに対する構成成分として見いだされる細胞外のＤＮＡを指す。
「プラスミド」は、染色体ＤＮＡと独立して複製することができる、染色体ＤＮＡから分離される染色体外のＤＮＡ分子である。多くの場合、プラスミドは環状の二本鎖である。プラスミドにより、微生物の集団内に水平に遺伝子移入するための機構がもたらされ、また、一般には、所与の環境状態下で選択的な利点がもたらされる。プラスミドは、競合的な環境的ニッチにおいて天然に存在する抗生物質に対する耐性をもたらす遺伝子を保有してよい、あるいは、産生されるタンパク質は同様の状況の下で毒素としての機能を果たし得る。
遺伝子工学において使用される「プラスミド」は、「プラスミドベクター」と称される。そのような使用のための多くのプラスミドが市販されている。複製しようとする遺伝子を、細胞を特定の抗生物質に対して耐性にする遺伝子およびＤＮＡ断片をこの場所に容易に挿入することを可能にするいくつかの一般に使用される制限部位を含有する短い領域である多重クローニング部位（ＭＣＳ、またはポリリンカー）を含有するプラスミドのコピーに挿入する。プラスミドの別の主要な使用は、大量のタンパク質を生産することである。この場合、研究者は、目的の遺伝子を有するプラスミドを含有する細菌を成長させる。細菌はタンパク質を産生してその抗生物質耐性を付与するのと同じように、挿入された遺伝子から大量のタンパク質を産生するように誘導することもできる。これは、遺伝子、または次にそれがコードするタンパク質を大量生産する安価かつ容易なやり方である。
「酵母人工染色体」または「ＹＡＣ」とは、大きなＤＮＡ断片（１００ｋｂよりも大きく、最大３０００ｋｂ）をクローニングするために使用されるベクターを指す。これは、人工的に構築された染色体であり、酵母細胞において複製および保存されるために必要なテロメア配列、セントロメア配列、および複製開始点配列を含有する。最初の環状のプラスミドを使用して築き、制限酵素を使用することによって直線化し、次いでＤＮＡリガーゼにより、突出末端を使用することによって目的の配列または遺伝子を線形の分子内に付加することができる。酵母発現ベクター、例えば、ＹＡＣ、ＹＩｐ（酵母組込みプラスミド）、およびＹＥｐ（酵母エピソームプラスミド）などは、酵母はそれ自体が真核細胞であるので、翻訳後修飾された真核生物のタンパク質産物を得ることができるので非常に有用であるが、ＹＡＣはＢＡＣよりも不安定であり、キメラ的な影響を生じることが見いだされている。
「ウイルスベクター」は、宿主細胞に送達しようとするポリヌクレオチドを含む、ｉｎ
ｖｉｖｏ、ｅｘ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｔｒｏのいずれかで組換えによって作製されるウイルスまたはウイルス粒子と定義される。ウイルスベクターの例としては、レトロウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、アルファウイルスベクターなどが挙げられる。感染性のタバコモザイクウイルス（ＴＭＶ）ベースのベクターは、タンパク質の製造に使用することができ、タバコの葉においてＧｒｉｆｆｉｔｈｓｉｎを発現することが報告されている（Ｏ’Ｋｅｅｆｅら（２００９年）Ｐｒｏｃ． Ｎａｔ． Ａｃａｄ．Ｓｃｉ． ＵＳＡ １０６巻（１５号）：６０９９～６１０４頁）。アルファウイルスベクター、例えば、セムルキ森林ウイルスベースのベクターおよびシンドビスウイルスベースのベクターなどが、遺伝子療法および免疫療法において使用するために開発されている。Ｓｃｈｌｅｓｉｎｇｅｒ ＆ Ｄｕｂｅｎｓｋｙ（１９９９年）Ｃｕｒｒ． Ｏｐｉｎ． Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ． ５巻：４３４～４３９頁およびＹｉｎｇら（１９９９年）Ｎａｔ． Ｍｅｄ． ５巻（７号）：８２３～８２７頁を参照されたい。遺伝子移入がレトロウイルスベクターによって媒介される態様では、ベクター構築物とは、レトロウイルスのゲノムまたはその一部、および治療的な遺伝子を含むポリヌクレオチドを指す。遺伝子移入における使用のための最新のベクター法についてのさらなる詳細は、例えばＫｏｔｔｅｒｍａｎら（２０１５年）、「Ｖｉｒａｌ Ｖｅｃｔｏｒｓ ｆｏｒ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ： Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｏｕｔｌｏｏｋ Ａｎｎｕａｌ Ｒｅｖｉｅｗ ｏｆ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ」、１７頁において見出すことができる。
本明細書で使用される場合、「レトロウイルス媒介性遺伝子移入」または「レトロウイルスの形質導入」は同じ意味を有し、ウイルスが細胞に侵入し、そのゲノムを宿主細胞ゲノム内に組み込むことによって遺伝子または核酸配列が宿主細胞に安定に移入されるプロセスを指す。ウイルスは、その通常の感染機構によって宿主細胞に侵入することができる、または、細胞に侵入するために異なる宿主細胞の表面受容体またはリガンドに結合するように修飾することができる。本明細書で使用される場合、レトロウイルスベクターとは、ウイルスまたはウイルス様の侵入機構によって外因性の核酸を細胞に導入することができるウイルス粒子を指す。
レトロウイルスは、それらの遺伝情報をＲＮＡの形態で保有する；しかし、ウイルスが細胞に感染すると、ＲＮＡはＤＮＡの形態に逆転写され、感染した細胞のゲノムＤＮＡに組み込まれる。組み込まれたＤＮＡ形態はプロウイルスと称されている。
遺伝子移入がＤＮＡウイルスベクター、例えば、アデノウイルス（Ａｄ）またはアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）などによって媒介される態様では、ベクター構築物とは、ウイルスのゲノムまたはその一部、および導入遺伝子を含むポリヌクレオチドを指す。アデノウイルス（Ａｄ）は、比較的よく特徴付けられたウイルスの均一な群であり、５０を超える血清型を含む。例えば、ＰＣＴ国際特許出願公開第ＷＯ９５／２７０７１号を参照されたい。Ａｄは、宿主細胞ゲノムへの組込みを必要としない。組換え型のＡｄ由来ベクター、特に野生型ウイルスの組換えおよび生成の潜在性を低下させるものも構築されている。ＰＣＴ国際出願公開第ＷＯ９５／００６５５号および同第ＷＯ９５／１１９８４号を参照されたい。野生型ＡＡＶは宿主細胞のゲノムへの組込みに高い感染性および特異性を有する。Ｈｅｒｍｏｎａｔ＆Ｍｕｚｙｃｚｋａ（１９８４年）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８１巻：６４６６～６４７０頁およびＬｅｂｋｏｗｓｋｉら（１９８８年）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．８巻：３９８８～３９９６頁を参照されたい。
プロモーターと、ポリヌクレオチドを作動可能に連結することができるクローニング部位の両方を含有するベクターは当技術分野で周知である。そのようなベクターはＲＮＡをｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｉｎ ｖｉｖｏで転写することができ、Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ（Ｌａ Ｊｏｌｌａ、Ｃａｌｉｆ）およびＰｒｏｍｅｇａ Ｂｉｏｔｅｃｈ（Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓ）などの供給源から市販されている。発現および／またはｉｎ ｖｉｔｒｏ転写を最適化するために、クローンの５’非翻訳部分および／または３’非翻訳部分を除去、付加または変更して、転写レベルまたは翻訳レベルのいずれかで発現に干渉するまたは発現を低下させる可能性がある余分の潜在的な不適切な代替翻訳開始コドンまたは他の配列を排除することが必要であり得る。あるいは、発現を増強するために、コンセンサスリボソーム結合部位を開始コドンのすぐ５’側に挿入することができる。
遺伝子送達ビヒクルは、ＤＮＡ／リポソーム複合体、ミセルおよびターゲティングされたウイルスタンパク質－ＤＮＡ複合体も包含する。本明細書に開示される方法では、ターゲティング抗体またはその断片も含むリポソームを用いることができる。タンパク質トランスフェクションの非限定的な技法により、ポリヌクレオチドを細胞または細胞集団に送達することに加えて、本明細書に記載のタンパク質を細胞または細胞集団に直接導入することができる、あるいは発現を増強し、かつ／または本明細書に開示されるタンパク質の活性を促進する培養条件が他の非限定的な技法である。
本明細書で使用される場合、「抗体」、「抗体」および「免疫グロブリン」という用語は、全抗体および任意の抗原結合性断片またはその単鎖を含む。したがって、「抗体」という用語は、免疫グロブリン分子の少なくとも一部分を含む分子を含有する任意のタンパク質またはペプチドを包含する。「抗体」、「抗体」および「免疫グロブリン」という用語は、任意のアイソタイプの免疫グロブリン、これらに限定されないが、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ）２、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、ｄｓＦｖ、Ｆｄ断片、ｄＡｂ、ＶＨ、ＶＬ、ＶｈＨ、およびＶ－ＮＡＲドメインを含めた、抗原への特異的な結合を保持する抗体の断片；ミニ抗体（ｍｉｎｉｂｏｄｙ）、ダイアボディ（ｄｉａｂｏｄｙ）、トリアボディ（ｔｒｉａｂｏｄｙ）、テトラボディ（ｔｅｔｒａｂｏｄｙ）およびカッパ抗体（ｋａｐｐａ ｂｏｄｙ）；抗体断片から形成された多特異性の抗体断片および１つまたは複数の単離されたものも包含する。そのようなものの例としては、これらに限定されないが、重鎖または軽鎖の相補性決定領域（ＣＤＲ）またはそのリガンド結合性部分、重鎖または軽鎖の可変領域、重鎖または軽鎖の定常領域、フレームワーク（ＦＲ）領域、または任意のその部分、結合性タンパク質の少なくとも１つの部分、キメラ抗体、ヒト化抗体、種化抗体（ｓｐｅｃｉｅｓ－ｉｚｅｄ ａｎｔｉｂｏｄｙ）、単鎖抗体、および抗体の抗原結合性部分を含む融合タンパク質および非抗体タンパク質が挙げられる。免疫グロブリン分子の重鎖および軽鎖の可変領域は、抗原と相互作用する結合ドメインを含有する。抗体（Ａｂ）の定常領域は、免疫グロブリンの宿主組織への結合を媒介することができる。「抗」という用語は、タンパク質の名称の前に使用される場合、例えば、抗ＩＨＦ、抗ＨＵ、抗ＯＭＰ Ｐ５は、特定のタンパク質に結合し、かつ／またはそれに対する親和性を有するモノクローナル抗体またはポリクローナル抗体を指す。例えば、「抗ＩＨＦ」とは、ＩＨＦタンパク質に結合する抗体を指す。特異的な抗体は、それが生じた対象のタンパク質以外のタンパク質に対する親和性を有し得る、またはそれに結合し得る。例えば、抗ＩＨＦは、ＩＨＦタンパク質に対して特異的に生じたが、配列相同性または構造相同性によって関連する他のタンパク質にも結合し得る。
抗体は、それらが所望の生物活性を示す限りは、ポリクローナル、モノクローナル、多特異性（例えば、二重特異性抗体）、ダイアボディ、および抗体断片であってよい。抗体は、任意の適切な生物学的な供給源、例えば、ヒト、マウス、ラット、ヒツジおよびイヌから単離することができる。
本明細書で使用される場合、「モノクローナル抗体」とは、実質的に均質な抗体集団から得られた抗体を指す。モノクローナル抗体は、そのそれぞれが抗原上の単一の決定因子に指向されるので、高度に特異的である。抗体は、例えば、放射性同位元素、検出可能な産物を生成する酵素、蛍光タンパク質などを用いて検出可能に標識化することができる。抗体は、さらに他の部分、例えば、特異的結合対のメンバー、例えば、ビオチン（ビオチン－アビジン特異的結合対のメンバー）などとコンジュゲートすることができる。抗体は、これらに限定されないが、ポリスチレンのプレートまたはビーズなどを含めた固体支持体に結合させることもできる。
モノクローナル抗体は、当技術分野で公知のハイブリドーマ法または組換えＤＮＡ法を用いて生成することができる。ハイブリドーマは、研究室において、抗体産生リンパ球と非抗体産生癌細胞、通常、骨髄腫またはリンパ腫を融合させることで作製される細胞である。ハイブリドーマは、増殖し、特異的なモノクローナル抗体の連続的なサンプルを産生する。抗体を生成または選択するための代替の技法としては、ｉｎ ｖｉｔｒｏでリンパ球を目的の抗原に曝露させること、および細胞、ファージ、または同様の系において抗体ディスプレイライブラリーをスクリーニングすることが挙げられる。
「ヒト抗体」という用語は、本明細書で使用される場合、ヒト生殖系列免疫グロブリン配列に由来する可変領域および定常領域を有する抗体を含むものとする。本明細書に開示されるヒト抗体としては、ヒト生殖系列免疫グロブリン配列にコードされないアミノ酸残基（例えば、ｉｎ ｖｉｔｒｏでのランダム変異誘発または部位特異的変異誘発によって、またはｉｎ ｖｉｖｏでの体細胞変異によって導入された変異）を挙げることができる。しかし、「ヒト抗体」という用語は、本明細書で使用される場合、マウスなどの別の哺乳動物種の生殖系列に由来するＣＤＲ配列がヒトフレームワーク配列に移植された抗体を含まないものとする。したがって、本明細書で使用される場合、「ヒト抗体」という用語は、タンパク質の実質的に全ての部分（例えば、ＣＤＲ、フレームワーク、ＣＬドメイン、ＣＨドメイン（例えば、ＣＨ１、ＣＨ２、ＣＨ３）、ヒンジ、（ＶＬ、ＶＨ））が、ヒトにおいて実質的に非免疫原性であり、軽微な配列の変化または変異のみを伴う抗体を指す。同様に、霊長類（サル、ヒヒ、チンパンジーなど）、げっ歯類（マウス、ラット、ウサギ、モルモット、ハムスター、など）および他の哺乳動物に指定された抗体は、そのような種、亜属、属、サブファミリー、ファミリーに特異的な抗体を示す。さらに、キメラ抗体は、上記の任意の組合せを含む。そのような変化または変異は、場合によって、ヒトまたは他の種において、修飾されていない抗体と比較して、免疫原性を保持する、または免疫原性が低い。したがって、ヒト抗体は、キメラ抗体またはヒト化抗体とは異なる。ヒト抗体は、機能的に再編成されたヒト免疫グロブリン（例えば、重鎖および／または軽鎖）遺伝子を発現することができる非ヒト動物または原核細胞または真核細胞によって作製することができることが指摘されている。さらに、ヒト抗体が単鎖抗体である場合、ヒト抗体は、ネイティブなヒト抗体においては見いだされないリンカーペプチドを含んでよい。例えば、Ｆｖは、重鎖の可変領域と軽鎖の可変領域をつなぐリンカーペプチド、例えば、２個～約８個のグリシンまたは他のアミノ酸残基などを含んでよい。そのようなリンカーペプチドは、ヒト起源のものであるとみなされる。
本明細書で使用される場合、ヒト抗体は、抗体が、例えば、ヒト免疫グロブリン遺伝子を保有するトランスジェニックマウスを免疫化することによって、またはヒト免疫グロブリン遺伝子ライブラリーをスクリーニングすることによってヒト免疫グロブリン配列を用いて系から得られる場合、特定の生殖系列配列「に由来する」。ヒト生殖系列免疫グロブリン配列「に由来する」ヒト抗体は、ヒト抗体のアミノ酸配列とヒト生殖系列免疫グロブリンのアミノ酸配列を比較することによって、そのようなものとして同定することができる。選択されたヒト抗体は、一般には、ヒト生殖系列免疫グロブリン遺伝子にコードされるアミノ酸配列と、アミノ酸配列が少なくとも９０％同一であり、他の種（例えば、マウス生殖系列配列）の生殖系列免疫グロブリンアミノ酸配列と比較してヒト抗体をヒトであると同定するアミノ酸残基を含有する。ある場合では、ヒト抗体は、生殖系列免疫グロブリン遺伝子にコードされるアミノ酸配列と、少なくとも９５％、または、少なくとも９６％、９７％、９８％、または９９％までも、アミノ酸配列が同一である。一般には、特定のヒト生殖系列配列に由来するヒト抗体は、ヒト生殖系列免疫グロブリン遺伝子にコードされるアミノ酸配列と１０アミノ酸以下の差異を示す。ある場合では、ヒト抗体は、５以下、または、さらには４以下、３以下、２以下、１以下までの、生殖系列免疫グロブリン遺伝子にコードされるアミノ酸配列とのアミノ酸の差異を示し得る。
「ヒトモノクローナル抗体」とは、ヒト生殖系列免疫グロブリン配列に由来する可変領域および定常領域を有する単一の結合特異性を示す抗体を指す。この用語は、組換えヒト抗体も意味する。これらの抗体を作出するための方法は、本明細書に記載されている。
「組換えヒト抗体」という用語は、本明細書で使用される場合、組換え手段によって調製した、発現させた、創出した、または単離したヒト抗体、例えば、ヒト免疫グロブリン遺伝子についてトランスジェニックまたは染色体導入体（ｔｒａｎｓｃｈｒｏｍｏｓｏｍａｌ）である動物（例えば、マウス）またはそれから調製されるハイブリドーマから単離された抗体、抗体を発現するように形質転換された宿主細胞から、例えば、トランスフェクトーマ（ｔｒａｎｓｆｅｃｔｏｍａ）から単離された抗体、組換え型の、コンビナトリアルなヒト抗体ライブラリーから単離された抗体、およびヒト免疫グロブリン遺伝子配列をスプライシングして他のＤＮＡ配列にすることを伴う任意の他の手段によって調製した、発現させた、創出した、または単離した抗体などの全てを包含する。そのような組換えヒト抗体は、ヒト生殖系列免疫グロブリン配列に由来する可変領域および定常領域を有する。しかし、ある特定の実施形態では、そのような組換えヒト抗体は、ｉｎ ｖｉｔｒｏでの変異誘発（または、ヒトＩｇ配列に対してトランスジェニックな動物を使用する場合は、ｉｎ ｖｉｖｏでの体細胞の変異誘発）に供することができ、したがって、組換え型の抗体のＶＨ領域およびＶＬ領域のアミノ酸配列は、ヒト生殖系列のＶＨ配列およびＶＬ配列に由来し、それと関連するが、ｉｎ ｖｉｖｏでのヒト抗体生殖系列レパートリーに天然に存在しない可能性がある配列である。これらの抗体を作出するための方法は、本明細書に記載されている。
本明細書で使用される場合、キメラ抗体は、その軽鎖遺伝子および重鎖遺伝子が、一般には、遺伝子工学によって、異なる種に属する抗体可変性領域遺伝子および抗体定常領域遺伝子から構築された抗体である。
本明細書で使用される場合、「ヒト化抗体」または「ヒト化免疫グロブリン」という用語は、非ヒト免疫グロブリンに由来する最小配列を含有するヒト／非ヒトキメラ抗体を指す。ほとんどの部分に関して、ヒト化抗体は、レシピエントの可変領域由来の残基が、所望の特異性、親和性および能力を有する非ヒト種（ドナー抗体）、例えば、マウス、ラット、ウサギなど、または非ヒト霊長類の可変領域由来の残基と交換されているヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）である。ヒト化抗体は、レシピエント抗体またはドナー抗体においては見いだされない残基を含んでよい。ヒト化抗体は、場合によって、一般にはヒト免疫グロブリンの、免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）の少なくとも一部分も含んでよい。非ヒト抗体は、フレームワーク領域、定常領域またはＣＤＲに、ヒト抗体由来の同様に位置づけされたアミノ酸と置換されている１つまたは複数のアミノ酸を含有する。一般に、ヒト化抗体は、同じ抗体の非ヒト化型と比較して、ヒト宿主において生じる免疫応答を低減することが予測される。ヒト化抗体は、抗原結合性または他の抗体機能に対する影響を実質的に有さない保存されたアミノ酸置換を有し得る。保存された置換のグループ分けとしては、グリシン－アラニン、バリン－ロイシン－イソロイシン、フェニルアラニン－チロシン、リジン－アルギニン、アラニン－バリン、セリン－トレオニンおよびアスパラギン－グルタミンが挙げられる。「種化された」という用語は、非ヒト種に向けても、同じまたは同様の形で修飾された抗体を指す。
「ポリクローナル抗体」または「ポリクローナル抗体組成物」という用語は、本明細書で使用される場合、異なるＢ細胞系に由来する抗体の調製物を指す。これらは、それぞれが異なるエピトープを認識する、特異的な抗原に対して分泌される免疫グロブリン分子の混合物である。一部の実施形態では、抗体または抗原結合性断片は、ポリクローナル抗体ではない。
本明細書で使用される場合、「抗体誘導体」という用語は、例えば、第２の分子に対する抗体を連結するために、アミノ酸の１つまたは複数がアルキル化、ペグ化、アシル化、エステル形成またはアミド形成などによって化学修飾されている全長の抗体または抗体の断片を含む。抗体誘導体としては、これらに限定されないが、ペグ化された抗体、システイン－ペグ化された抗体、およびその改変体が挙げられる。
本明細書で使用される場合、「標識」という用語は、「標識化された」組成物を生成するために、検出しようとする組成物に直接または間接的にコンジュゲートした、直接または間接的に検出可能な化合物または組成物、例えば、Ｎ末端ヒスチジンタグ（Ｎ－Ｈｉｓ）、磁気的に活性な同位元素、例えば、１１５Ｓｎ、１１７Ｓｎおよび１１９Ｓｎ、非放射性同位元素、例えば、１３Ｃおよび１５Ｎなど、ポリヌクレオチドまたはタンパク質、例えば抗体などを意味する。この用語は、ポリヌクレオチドとコンジュゲートした、挿入配列が発現されるとシグナルをもたらす配列、例えば、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）なども包含する。「標識」という用語は一般に、検出される組成物に共有結合により付着させた組成物を意図するが、一態様では、「標識」という用語は具体的に、その天然環境において、ポリヌクレオチド内またはタンパク質内に配置された場合、特定の条件（例えば、温度、ｐＨなど）下で蛍光発光することが公知である、天然に存在するヌクレオシドおよびアミノ酸を除外し、一般に、検出される組成物内に存在しうる、任意の天然蛍光も除外する。標識は、それ自体で検出可能な場合（例えば、放射性同位元素標識または蛍光標識）もあり、酵素標識の場合、検出可能な基質化合物または組成物の化学的変更を触媒する場合もある。標識は、小規模な検出に適していてよい、またはハイスループットなスクリーニングのためにより適していてよい。そのように、適切な標識としては、これらに限定されないが、磁気的に活性な同位元素、非放射性同位元素、放射性同位元素、蛍光色素、化学発光化合物、色素、および酵素を含めたタンパク質が挙げられる。標識は、単に検出することができる、または、数量化することができる。単に検出する反応は、一般には、ただ単にその存在が確認される反応を含み、一方、数量化する反応は、一般には、数量化できる（例えば、数値で報告することができる）値、例えば、強度、偏光、および／または他の性質などを有する反応を含む。発光アッセイまたは蛍光アッセイでは、検出可能な反応を、実際に結合に関与するアッセイの構成成分と結びつけた発光団またはフルオロフォアを使用して直接生成する、または別の構成成分（例えば、レポーターまたは指示薬）と結びつけた発光団またはフルオロフォアを使用して間接的に生成することができる。シグナルを生じる発光標識の例としては、これらに限定されないが、生物発光および化学発光が挙げられる。検出可能な発光反応は、一般には、発光シグナルの変化または出現を含む。発光標識化アッセイの構成成分のための適切な方法および発光団は、当技術分野で公知であり、例えば、Ｈａｕｇｌａｎｄ， Ｒｉｃｈａｒｄ Ｐ．（１９９６年）Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ Ｐｒｏｂｅｓ ａｎｄ Ｒｅｓｅａｒｃｈ
Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ（第６版）に記載されている。発光プローブの例としては、これらに限定されないが、エクオリンおよびルシフェラーゼが挙げられる。
本明細書で使用される場合、「免疫コンジュゲート」という用語は、第２の作用剤、例えば、細胞傷害性作用剤、検出可能な作用剤、放射性作用剤、ターゲティング作用剤、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、合成抗体、半合成抗体、または多特異性抗体などに結びついたまたは連結した抗体または抗体誘導体を含む。
適切な蛍光標識の例としては、これらに限定されないが、フルオレセイン、ローダミン、テトラメチルローダミン、エオシン、エリスロシン、クマリン、メチルクマリン、ピレン、マラカイトグリーン（Ｍａｌａｃｉｔｅ ｇｒｅｅｎ）、スチルベン、ルシファーイエロー、Ｃａｓｃａｄｅ Ｂｌｕｅ（商標）、およびＴｅｘａｓ Ｒｅｄが挙げられる。他の適切な光学色素は、Ｈａｕｇｌａｎｄ， Ｒｉｃｈａｒｄ Ｐ．（１９９６年）Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ Ｐｒｏｂｅｓ ａｎｄ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ（第６版）に記載されている。
別の態様では、蛍光標識に官能性をもたせて、細胞または組織の内部または表面上に存在する細胞の構成成分、例えば、細胞表面マーカーなどへの共有結合性の付着を容易にする。これらに限定されないが、イソチオシアネート基、アミノ基、ハロアセチル基、マレイミド、スクシンイミジルエステル、およびハロゲン化スルホニルを含めた適切な官能基は全て、蛍光標識を第２の分子に付着させるために使用することができる。蛍光標識の官能基の選択は、リンカー、作用剤、マーカー、または第２の標識化作用剤のいずれかに付着させる部位に左右される。
「真核細胞」は、モネラ界を除いた生物界の全てを含む。真核生物は、膜に結合した核によって容易に区別することができる。動物、植物、真菌、および原生生物は、その細胞が内部の膜および細胞骨格によって複雑な構造に組織化された真核生物または生物体である。最も特徴的な膜に結合した構造は核である。特に列挙がなければ、「宿主」という用語は、例えば、酵母、高等植物、昆虫および哺乳動物の細胞を含めた真核生物の宿主を包含する。真核細胞または宿主の非限定的な例としては、サル、ウシ、ブタ、マウス、ラット、鳥類、爬虫類およびヒトが挙げられる。
「原核細胞」は、通常、核または任意の他の膜に結合した細胞小器官を欠き、２つのドメイン、細菌および古細菌に分けられる。染色体ＤＮＡに加えて、これらの細胞は、エピソームと称される（ｃａｌｌｅｄ ｏｎ ｅｐｉｔｏｐｅ）環状のループ内に遺伝情報も含有し得る。細菌細胞は、非常に小さく、およそ動物ミトコンドリアのサイズである（直径約１～２μｍ、長さ１０μｍ）。原核細胞は、３つの主要な形状：ロッド形状、球状、およびスパイラルを特徴とする。真核生物のような精巧な複製プロセスを行う代わりに、細菌細胞は二分裂によって分裂する。例としては、これらに限定されないが、Ｂａｃｉｌｌｕｓ細菌、Ｅ．ｃｏｌｉ細菌、およびＳａｌｍｏｎｅｌｌａ細菌が挙げられる。
「ネイティブな」または「天然の」抗原は、エピトープを含有する、天然の生物学的な供給源から単離された、かつ対象において抗原受容体、具体的には、Ｔ細胞抗原受容体（ＴＣＲ）に特異的に結合することができるポリペプチド、タンパク質または断片である。
「抗原」および「抗原性」という用語は、抗体によって認識されるか、さもなければ抗体－リガンド対のメンバーとして働く能力を有する分子を指す。「特異的な結合」とは、抗原と免疫グロブリンの重鎖および軽鎖の可変領域の相互作用を指す。抗体－抗原結合は、ｉｎ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｔｒｏで起こり得る。当業者は、タンパク質、核酸、脂肪酸、脂質、リポ多糖および多糖を含めた巨大分子は、抗原としての機能を果たす潜在性を有することを理解されよう。当業者は、さらに、抗体リガンドとしての機能を果たす潜在性を有するタンパク質をコードする核酸は、必ず抗原をコードすることを理解されよう。当業者は、さらに、抗原は、全長の分子に限定されず、部分的な分子も含んでよいことを理解されよう。「抗原性」という用語は、抗原の性質を有する分子に対する形容詞的参照である。この用語は、免疫原性である物質、すなわち免疫原、ならびに免疫学的不応答性、またはアネルギーを誘導する物質、すなわちアネルゲン（ａｎｅｒｇｅｎ）を包含する。
「変化した抗原」は、対応する野生型抗原の一次配列とは異なる一次配列を有する抗原である。変化した抗原は、合成方法または組換え方法によって作出することができ、それらとしては、これらに限定されないが、翻訳の間に、または翻訳後に、例えば、リン酸化、グリコシル化、架橋、アシル化、タンパク質分解性の切断、抗体分子、膜分子または他のリガンドへの連結によって示差的に修飾された抗原性ペプチドが挙げられる（Ｆｅｒｇｕｓｏｎら（１９８８年）Ａｎｎ． Ｒｅｖ． Ｂｉｏｃｈｅｍ． ５７巻：２８５～３２０頁）。本明細書に開示される合成抗原または変化した抗原は、天然のエピトープと同じＴＣＲに結合するものとする。
本明細書ではネイティブな抗原または野生型抗原とも称される「自己抗原」は、対象において、抗原に対する自己寛容に起因して、免疫応答をわずかに誘導する、または全く誘導しない抗原性ペプチドである。自己抗原の例は、黒色腫特異的抗原ｇｐ１００である。
「免疫応答」とは、広範には、外来物質に対するリンパ球の抗原特異的な応答を指す。「免疫原」および「免疫原性」という用語は、免疫応答を引き出す能力を持つ分子を指す。免疫原は全て抗原であるが、全ての抗原が免疫原性なのではない。本明細書に開示される免疫応答は体液性（抗体活性による）または細胞媒介性（Ｔ細胞の活性化による）であってよい。応答は、ｉｎ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｔｒｏで起こり得る。当業者は、タンパク質、核酸、脂肪酸、脂質、リポ多糖および多糖を含めた種々の巨大分子が免疫原性である潜在性を有することを理解されよう。当業者は、さらに、免疫応答を引き出すことができる分子をコードする核酸は必ず免疫原をコードすることを理解されよう。当業者は、さらに、免疫原は、全長の分子に限定されず、部分的な分子を含んでよいことを理解されよう。
「受動免疫」という用語は、ある対象から別の対象への、抗体の伝達を通じた免疫の伝達を指す。受動免疫は、母親の抗体が胎児に伝達される場合など、天然に起こり得る。受動免疫は、抗体組成物を非免疫の対象に投与する場合など、人工的にも起こり得る。抗体のドナーおよびレシピエントはヒト対象または非ヒト対象であってよい。抗体はポリクローナルまたはモノクローナルであってよく、ｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｉｎ ｖｉｖｏで生成することができ、また、実施形態に応じて、精製されていてよい、部分的に精製されていてよい、または精製されていなくてよい。本明細書に記載のいくつかの実施形態では、受動免疫は、それを必要とする対象に、特定の抗原を特異的に認識する、またはそれに結合する抗体または抗原結合性断片を投与することによって付与される。いくつかの実施形態では、受動免疫は、特定の抗原を特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する抗体または抗原結合性断片をコードする、単離されたかまたは組換え型のポリヌクレオチドを投与することによって付与される。
本明細書で使用される場合、「対象において免疫応答を誘導すること」という用語は、当技術分野ではよく理解されている用語であり、対象に抗原（またはエピトープ）を導入した後、対象に抗原（またはエピトープ）を導入する前の免疫応答（もしあれば）と比較して、少なくとも約２倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約１００倍、少なくとも約５００倍、または少なくとも約１０００倍またはそれを超える抗原（またはエピトープ）に対する免疫応答の増加を検出または測定することができることを意味する。抗原（またはエピトープ）に対する免疫応答としては、これらに限定されないが、抗原特異的な（またはエピトープ特異的な）抗体の産生、およびその表面上に抗原（またはエピトープ）に特異的に結合する分子を発現している免疫細胞の産生が挙げられる。所与の抗原（またはエピトープ）に対する免疫応答が誘導されたかどうかを決定する方法は当技術分野で周知である。例えば、抗原特異的な抗体は、これに限定されないが、ＥＬＩＳＡを含めた、当技術分野で公知の種々の免疫測定法のうちの任意のものを用いて検出することができ、例えば、試料中の抗体の、固定した抗原（またはエピトープ）への結合を、検出可能に標識化した第２の抗体（例えば、酵素標識したマウス抗ヒトＩｇ抗体）を用いて検出する。
本明細書で使用される場合、「固相支持体」または「固体支持体」は互換的に使用され、特定の種類の支持体に限定されない。それどころか、多数の支持体が利用可能であり、当業者に公知である。固相支持体としては、シリカゲル、樹脂、誘導体化プラスチックフィルム、ガラスビーズ、綿、プラスチックビーズ、アルミナゲルが挙げられる。本明細書で使用される場合、「固体支持体」は、合成の抗原提示マトリックス、細胞、およびリポソームも包含する。適切な固相支持体は、所望の最終用途および種々のプロトコールに対する適合性に基づいて選択することができる。例えば、ペプチド合成に関しては、固相支持体とは、樹脂、例えば、ポリスチレン（例えば、Ｂａｃｈｅｍ Ｉｎｃ．，Ｐｅｎｉｎｓｕｌａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓなどから得られるＰＡＭ－樹脂）、ＰＯＬＹＨＩＰＥ（登録商標）樹脂（Ａｍｉｎｏｔｅｃｈ、Ｃａｎａｄａから得られる）、ポリアミド樹脂（Ｐｅｎｉｎｓｕｌａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓから得られる）、ポリエチレングリコールをグラフトしたポリスチレン樹脂（ＴｅｎｔａＧｅｌ（登録商標）、Ｒａｐｐ Ｐｏｌｙｍｅｒｅ、Ｔｕｂｉｎｇｅｎ、Ｇｅｒｍａｎｙ）またはポリジメチルアクリルアミド樹脂（Ｍｉｌｌｉｇｅｎ／Ｂｉｏｓｅａｒｃｈ、Ｃａｌｉｆ．から得られる）などを指し得る。
固相支持体の例としては、ガラス、ポリスチレン、ポリプロピレン、ポリエチレン、デキストラン、ナイロン、アミラーゼ、天然セルロース、修飾されたセルロース、ポリアクリルアミド、斑糲岩、および磁鉄鉱が挙げられる。キャリアの性質は、いくらかの程度まで可溶性であってよい、または不溶性であってよい。支持材料は、カップリングされた分子が、ポリヌクレオチド、ポリペプチドまたは抗体に結合することができる限りは、実質的にいかなる可能性のある構造上の構成を有してもよい。したがって、支持体の構成は、ビーズのように球状であってよい、または、試験管の内側表面、またはロッド外面のように円柱状であってよい。あるいは、表面は、例えばシート、試験紙など平らであってよい、あるいはポリスチレンビーズであってよい。当業者は、抗体または抗原に結合する多くの他の適切なキャリアを知っている、または常套的な実験を使用することによってそれらを確認することができるであろう。
抗体、それらの断片、および誘導体
本開示は、本明細書で開示される方法における使用のための、単離されたポリペプチドに結合する、かつ／またはそれを特異的に認識する、かつそれに結合する抗体を提供する。抗体は、本明細書で説明される各種の抗体のうちのいずれかであることが可能であり、このような抗体の非限定的な例には、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト抗体、ベニア化抗体、ダイアボディ、ヒト化抗体、抗体誘導体、組換えヒト化抗体、またはそれらのそれぞれの誘導体もしくは断片が含まれる。一態様では、断片が、抗体のＣＤＲを含む、あるいはそれから本質的になる、またはさらにそれからなり、そのようなものの例は本明細書に提供される。一態様では、抗体が、検出可能に標識化されている、またはそれにコンジュゲートした検出可能なおよび／または精製標識をさらに含む。また、本明細書に開示されるモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマ細胞株も提供される。本明細書では、上記の実施形態のうちの１つもしくは複数を含む、あるいはそれから本質的になる、またはさらにそれからなる組成物もさらに提供される。抗体および断片のアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドのほか、抗体のポリペプチドおよびそれらの断片を組換えにより産生するまたは化学合成する方法もさらに提供される。抗体ポリペプチドは、真核細胞内または原核細胞内で産生することもでき、当技術分野で公知であり、本明細書でも略述される、他の方法により産生することもできる。本明細書で開示される抗体は、それらが、バイオフィルムに対する、高レベルのエピトープ結合特異性および高結合親和性を有するように選択することができる。一般に、抗体の結合親和性が大きいほど、イムノアッセイにおいて、よりストリンジェントな洗浄条件を実施して、標的を除去せずに、非特異的に結合した材料を除去することができる。したがって、開示される方法において有用な、本技術の抗体は通例、少なくとも１０－６、１０－７、１０－８、１０－９、１０－１０、１０－１１、または１０－１２Ｍの結合親和性を有する。ある特定の態様では、抗体は、標準的な条件下、少なくとも１２時間、少なくとも５時間、少なくとも１時間、または少なくとも３０分間で、平衡に達するのに十分な動態オン速度を有する。別の態様では、抗体または抗原結合性断片の親和性は、１０００ピコモル（ｐＭ）未満または約１０００ピコモル（ｐＭ）、約９００ｐＭ未満、約８００ｐＭ未満、約７００ｐＭ未満、約６００ｐＭ未満、約５００ｐＭ未満、約４００ｐＭ未満、約３００ｐＭ未満、約２００ｐＭ未満、約１００ｐＭ未満、約５０ｐＭ未満、約４０ｐＭ未満、約３０ｐＭ未満、約２０ｐＭ未満、もしくは約１０ｐＭ、もしくは約９ｐＭ、もしくは約８ｐＭ、もしくは代替的に、約４ｐＭ未満、もしくは代替的に、約２ｐＭ未満の親和性である。
等価な抗体などの抗体はまた、当技術分野において公知であり、文献中で十分に記載されている従来の技法を使用して生成させることができる。ポリクローナル抗体を産生するための、いくつかの方法が存在する。例えば、ポリクローナル抗体は、ニワトリ、ヤギ、モルモット、ハムスター、ウマ、マウス、ラット、およびウサギなどであるがこれらに限定されない適切な哺乳動物を免疫化することにより産生することが典型的である。抗原を哺乳動物に注射すると、これが、Ｂリンパ球を誘導して、この抗原に特異的な免疫グロブリンを産生させる。免疫グロブリンは、哺乳動物の血清から精製することができる。ＩＨＦαサブユニットおよび／またはＩＨＦβサブユニットに特異的な抗体は、ＩＨＦαおよびＩＨＦβの異なるエピトープに対応するポリペプチドを注射することにより生成させることができる。例えば、ＩＨＦαには、配列番号１２および１３（それぞれ、ＩＨＦの断片Ａ３およびＡ５）、ＨＵには、配列番号１４（ＨＵの断片Ａ５）、ＩＨＦβには、配列番号１５から１７まで（ＩＨＦの断片Ｂ２、Ｂ４、およびｍＢ４）など、２０アミノ酸の各サブユニットを使用して、抗体を生成させることができる。
加えて、抗体は、ＤＮＡＢＩＩタンパク質の「先端部」領域であって、一態様では、アンチパラレルのベータリボンのターンおよび／または配列ＮＰＸＴ［配列中、「Ｘ」は、任意のアミノ酸を指す］を含有する、またはそれを含有するように変更された「先端部」領域に対して生成させることもできる。一部の実施形態では、Ｘを、アミノ酸Ｑ、Ｒ、Ｋ、Ｓ、またはＴから選択する。このような抗体は、任意選択で、前記配列の片側または両側における、約０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、または１６アミノ酸の間のアミノ酸が隣接した、ＮＰＸＴ配列を含むＤＮＡＢＩＩタンパク質の断片を使用して生成させることができる。本明細書では、このような抗体の非限定的な例を、コンセンサスアミノ酸配列
Figure 0007258003000052
 に下線を付して太字にして開示する。別の態様では、抗体は、ＤＮＡＢＩＩタンパク質の先端部領域であって、コンセンサス配列ＮＰＸＴ［配列中、「Ｘ」は、任意のアミノ酸である、または代替的に、Ｘは、アミノ酸Ｑ、Ｒ、Ｋ、Ｓ、またはＴから選択される］をもたらす先端部領域に対して生成させることもできる。当業者は、これらの配列のうちの任意の１つでは、Ｘ位における残基（下記の例では、二重下線でマークする）を、任意のアミノ酸（例えば、Ｑ、Ｒ、Ｋ、Ｓ、またはＴ）で置換しうることを認識するであろう。例は、
配列番号１３：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＩｈｆＡ；Ａ５断片：
Figure 0007258003000053
配列番号１４：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＨＵ；Ａ５断片：
Figure 0007258003000054
配列番号１７：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＩｈｆＢ；修飾Ｂ４（ｍＢ４）断片：
Figure 0007258003000055
配列番号２６：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＩｈｆＡ；Ａ先端部断片：
Figure 0007258003000056
配列番号２７：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＩｈｆＢ；Ｂ先端部断片：
Figure 0007258003000057
配列番号３１：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＨＵ；断片：
Figure 0007258003000058
 を含む。
一部の実施形態では、ＮＰＸＴを含むポリペプチドは、少なくとも約２０アミノ酸の長さであり、ＮＰＸＴは、配列内の中心にある。このような配列の非限定的な例は、配列番号１３、１４、および３１を含む。代替的に、１つまたは複数のアミノ酸の置換または欠失によりＮＰＸＴモチーフを除去するように、ＮＰＸＴモチーフ（例えば、上記で言及した）を有するポリペプチドを修飾し、これらのポリペプチドに対して、モノクローナル抗体を惹起することもできる。出願人らは、ＮＰＸＴモチーフを欠くＤＮＡＢＩＩポリペプチドに対して惹起される抗体が、バイオフィルムの形成および／または破壊をイメージングおよびモニタリングする診断法において有用であることを決定した。一態様では、ＮＰＸＴモチーフを有するＤＮＡＢＩＩに対して惹起された抗体またはこれに結合する抗体と、ＮＰＸＴモチーフを欠くＤＮＡＢＩＩ（例えば、修飾ポリペプチドまたは天然に存在するポリペプチド）に対して惹起された抗体またはこれに結合する抗体とを含むキットも提供される。例えば、キットは、ポリペプチドＡ５、Ｂ４、またはｍＢ４を認識し、それに結合する抗体を含む（治療的）場合もあり、ポリペプチドＡ３またはＢ２を認識し、それに結合する抗体を含む（診断的）場合もある。キットは、バイオフィルム処置の診断、処置、およびモニタリングに有用である。
この方法の変化形には、産生を最適化し、動物を人道的に取り扱うための、アジュバント、投与経路および投与部位、部位１カ所当たりの注射容量および動物１匹当たりの部位数の改変が含まれる。例えば、抗原に対する免疫応答を改善または増強するために、アジュバントを用いることが典型的である。大半のアジュバントは、注射部位における抗原貯留をもたらし、それにより、抗原の排出リンパ節内への緩徐な（ｓｔｏｗ）放出が可能となる。他のアジュバントには、タンパク質抗原分子の濃縮を広大な表面積にわたり促進する界面活性剤、および免疫賦活性分子が含まれる。ポリクローナル抗体を生成させるためのアジュバントの非限定的な例は、フロイントアジュバント、Ｒｉｂｉアジュバント系、ＭＰＬに由来するアジュバント、Ｅ．ｃｏｌｉの易熱性エンテロトキシン（例えば、ｄｍＬＴ＝二重変異体易熱性毒素）に由来するアジュバント、およびＴｉｔｅｒｍａｘを含む。ポリクローナル抗体は、当技術分野において公知の方法を用いて産生することができ、それらのうちの一部は、米国特許第７，２７９，５５９号；同第７，１１９，１７９号；同第７，０６０，８００号；同第６，７０９，６５９号；同第６，６５６，７４６号；同第６，３２２，７８８号；同第５，６８６，０７３号；および同第５，６７０，１５３号において説明されている。
モノクローナル抗体は、当技術分野において公知であり、文献中で十分に説明されている従来のハイブリドーマ法を用いて産生することができる。例えば、ハイブリドーマは、適切な不死細胞株（例えば、Ｓｐ２／０細胞、Ｓｐ２／０－ＡＧ１４細胞、ＮＳＯ細胞、ＮＳ１細胞、ＮＳ２細胞、ＡＥ－１細胞、Ｌ．５細胞、Ｐ３Ｘ６３Ａｇ８．６５３細胞、Ｓｐ２ ＳＡ３細胞、Ｓｐ２ ＭＡＩ細胞、Ｓｐ２ ＳＳ１細胞、Ｓｐ２ ＳＡ５細胞、Ｕ３９７細胞、ＭＩＡ １４４細胞、ＡＣＴ ＩＶ細胞、ＭＯＬＴ４細胞、ＤＡ－１細胞、ＪＵＲＫＡＴ細胞、ＷＥＨＩ細胞、Ｋ－５６２細胞、ＣＯＳ細胞、ＲＡＪＩ細胞、ＮＩＨ ３１３細胞、ＨＬ－６０細胞、ＭＬＡ １４４細胞、ＮＡＭＡＩＷＡ細胞、ＮＥＵＲＯ ２Ａ細胞、ＣＨＯ細胞、ＰｅｒＣ．６細胞、ＹＢ２／Ｏ細胞などであるがそれらに限定されない骨髄腫細胞株）など、あるいはヘテロ骨髄腫、これらの融合産生物、またはそれらに由来する任意の細胞もしくは融合細胞、あるいは当技術分野において公知の他の任意の適切な細胞株（以下のウェブアドレス、例えば、２００７年１１月２６日に最終アクセスされたａｔｃｃ．ｏｒｇ、ｌｉｆｅｔｅｃｈ．ｃｏｍ．における細胞株を参照されたい）を、単離されたかまたはクローニングされた脾臓、末梢血、リンパ、扁桃腺、または他の免疫細胞もしくはＢ細胞を含有する細胞、あるいは組換えまたは内因性のウイルス、細菌、藻類、原核生物、両生類、昆虫、爬虫類、魚類、哺乳動物、げっ歯類、ウマ、ヒツジ（ｏｖｉｎｅ）、ヤギ、ヒツジ（ｓｈｅｅｐ）、霊長類、真核生物のゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ｒＤＮＡ、ミトコンドリアＤＮＡもしくはミトコンドリアＲＮＡ、クロロプラストＤＮＡもしくはクロロプラストＲＮＡ、ｈｎＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｔＲＮＡ、一本鎖核酸、二本鎖核酸、または三本鎖核酸、ハイブリダイズした核酸など、あるいはそれらの任意の組合せの核酸としての内因性核酸または異種核酸としての、重鎖定常配列もしくは重鎖可変配列もしくは重鎖フレームワーク配列もしくは重鎖ＣＤＲ配列または軽鎖定常配列もしくは軽鎖可変配列もしくは軽鎖フレームワーク配列もしくは軽鎖ＣＤＲ配列を発現する他の任意の細胞などであるがそれらに限定されない抗体産生細胞と融合させることにより産生する。抗体産生細胞はまた、目的の抗原で免疫化したヒトまたは他の適切な動物の末梢血、または特定の実施形態では、脾臓もしくはリンパ節から得ることもできる。また、他の任意の適切な宿主細胞も、本開示の抗体、指定された断片、またはそれらの改変体をコードする異種核酸または内因性核酸を発現させるのに用いることができる。融合細胞（ハイブリドーマ）または組換え細胞は、選択培養条件または他の適切な公知の方法を用いて単離することができ、限界希釈法、もしくは細胞分取法、または他の公知の方法を介してクローニングすることができる。本明細書で開示される一部の実施形態は、ＩＨＦ断片に対するモノクローナル抗体を産生する特異的ハイブリドーマに関し、非限定的な例は、ＩｈｆＡ５ ＮＴＨＩ １４Ｇ８．Ｆ５．Ｇ６（ＡＴＣＣ番号：ＰＴＡ－１２２３３４）、ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２（ＡＴＣＣ番号：ＰＴＡ－１２２３３６）、ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５（ＡＴＣＣ番号：ＰＴＡ－１２２３３５）を含む。
ペプチドライブラリーまたはタンパク質ライブラリー（例えば、バクテリオファージディスプレイライブラリー、リボソームディスプレイライブラリー、オリゴヌクレオチドディスプレイライブラリー、ｃＤＮＡディスプレイライブラリーなどであるがそれらに限定されないライブラリー；例えば、当技術分野において公知の方法を用いる、ＭｏｒｐｈｏＳｙｓ（Ｍａｒｔｉｎｓｒｅｉｄ／Ｐｌａｎｅｇｇ、Ｄｅｌ．）、ＢｉｏＩｎｖｅｎｔ（Ｌｕｎｄ、Ｓｗｅｄｅｎ）、Ａｆｆｉｔｅｃｈ（Ｏｓｌｏ、Ｎｏｒｗａｙ）など、各販売元から市販されているライブラリー）から組換え抗体を選択する方法が含まれるがそれらに限定されない、必須の特異性を有する抗体を産生または単離する他の適切な方法を用いることができる。当技術分野で公知の方法は、特許文献において説明されており、それらのうちの一部には、米国特許第４，７０４，６９２号；同第５，７２３，３２３号；同第５，７６３，１９２号；同第５，８１４，４７６号；同第５，８１７，４８３号；同第５，８２４，５１４号；同第５，９７６，８６２号が含まれる。代替的な方法は、トランスジェニック動物（例えば、ＳＣＩＤマウス； Ｎｇｕｙｅｎら（１９７７年）、Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ． Ｉｍｍｕｎｏｌ．、４１巻：９０１～９０７頁（１９９７年）；Ｓａｎｄｈｕら（１９９６年）、Ｃｒｉｔ． Ｒｅｖ． Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．、１６巻：９５～１１８頁；Ｅｒｅｎら（１９９８年）、Ｍｕｍｍａ、９３巻：１５４～１６１頁）の免疫化に依存し、それにより、当技術分野において公知であり、かつ／または本明細書でも説明されるヒト抗体のレパートリーを産生することが可能である。このような技法には、リボソームディスプレイ（例えばＷａｎｅｓら（１９９７年）、Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ．
Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ、９４巻：４９３７～４９４２頁；Ｈａｎｅｓら（１９９８年）、Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ、９５巻：１４１３０～１４１３５頁）、単一細胞による抗体産生法（例えば、選択リンパ球抗体法（「ＳＬＡＭ」）（米国特許第５，６２７，０５２号、Ｗｅｎら（１９８７年）、Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ．、１７巻：８８７～８９２頁；Ｂａｂｃｏｏｋら（１９９６年）、Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ、９３巻：７８４３～７８４８頁）、ゲルマイクロ液滴およびフローサイトメトリー（Ｐｏｗｅｌｌら（１９９０年）、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．、８巻：３３３～３３７頁；Ｏｎｅ Ｃｅｌｌ Ｓｙｓｔｅｍｓ（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、Ｍａｓｓ）；Ｇｒａｙら（１９９５年）、Ｊ． Ｉｍｍ． Ｍｅｔｈ．、１８２巻：１５５～１６３頁；ならびにＫｅｎｎｙら（１９９５年）、Ｂｉｏ． Ｔｅｃｈｎｏｌ．、１３巻：７８７～７９０頁）、Ｂ細胞選択（Ｓｔｅｅｎｂａｋｋｅｒｓら（１９９４年）、Ｍｏｌｅｃ． Ｂｉｏｌ． Ｒｅｐｏｒｔｓ、１９巻：１２５～１３４頁）が含まれるがそれらに限定されない。
抗体はまた、ｉｎ ｖｉｖｏにおけるリンパ球集団の産生を誘導することにより産生することもでき、組換え免疫グロブリンライブラリーまたは高度に特異的な結合性試薬のパネルをスクリーニングすることにより産生することもできる（Ｏｒｌａｎｄｉら（１９８９年）、ＰＮＡＳ、８６巻：３８３３～３８３７頁；Ｗｉｎｔｅｒら（１９９１年）、Ｎａｔｕｒｅ、３４９巻：２９３～２９９頁）。
代替的に、単鎖抗体を産生するための技法も使用することができる。単鎖抗体（ｓｃＦｖ）は、リンカーペプチド（約５から２５アミノ酸までの長さであることが典型的である）により接続された、重鎖可変領域と、軽鎖可変領域とを含む。ｓｃＦｖ内では、重鎖および軽鎖の可変領域は、同じ抗体に由来する場合もあり、異なる抗体に由来する場合もある。ｓｃＦｖは、組換え技術を使用して、例えば、Ｅ．ｃｏｌｉなどの宿主生物において、ｓｃＦｖをコードするベクターの発現により合成することができる。ｓｃＦｖをコードするＤＮＡは、鋳型としての、上記で言及された抗体の重鎖または重鎖の可変領域をコードするＤＮＡと、その軽鎖または軽鎖の可変領域をコードするＤＮＡとから選択されるＤＮＡのうち、アミノ酸配列の全体または所望のアミノ酸配列をコードする部分ＤＮＡを使用して、その両方の末端を規定するプライマー対を使用するＰＣＲを介する増幅を実施し、リンカーの両方の末端を、重鎖および軽鎖のそれぞれにライゲーションするように、ポリペプチドリンカー部分をコードするＤＮＡと、その両方の末端を規定するプライマー対とを組み合わせる増幅をさらに実施することにより得ることができる。ｓｃＦｖをコードするＤＮＡを含有する発現ベクターと、発現ベクターで形質転換された宿主は、当技術分野で公知の従来の方法に従い得ることができる。
また、抗原結合性断片、例えば、抗体分子のペプシン消化により作製しうるＦ（ａｂ’）２断片、およＦ（ａｂ’）２断片のジスルフィド架橋を還元することにより生成させうるびＦａｂ断片も、生成させることができる。代替的に、所望の特異性を伴うモノクローナルＦａｂ断片の、迅速かつ容易な同定を可能とするＦａｂ発現ライブラリーも構築することができる（Ｈｕｓｅら（１９８９年）、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２５６巻：１２７５～１２８１頁）。
本開示の抗体誘導体はまた、本明細書に開示される抗体またはその断片をコードするポリヌクレオチドを、ヤギ、ウシ、ウマ、ヒツジなど、それらのミルク中にこのような抗体を産生するトランスジェニック動物またはトランスジェニック哺乳動物を提供するように、適切な宿主に送達することにより調製することもできる。当技術分野ではこれらの方法が公知であり、例えば、米国特許第５，８２７，６９０号；同第５，８４９，９９２号；同第４，８７３，３１６号；同第５，８４９，９９２号；同第５，９９４，６１６号；同第５，５６５，３６２号；および同第５，３０４，４８９号において説明されている。
「抗体誘導体」という用語は、抗体または断片の直鎖状ポリペプチド配列に対する翻訳後修飾を包含する。例えば、米国特許第６，６０２，６８４Ｂ１号は、免疫グロブリンのＦｃ領域と等価の領域を包含し、Ｆｅを介する細胞傷害作用が増強されている全抗体分子、抗体断片、または融合タンパク質を含めた抗体の修飾グリコール形態を産生する方法、およびこのようにして産生された糖タンパク質について説明している。
本明細書に開示される抗体はまた、抗体が抗イディオタイプ応答を引き起こすことを共有結合が予防しないように、任意の種類の分子を抗体に共有結合させることにより修飾した誘導体も包含する。抗体誘導体には、グリコシル化、アセチル化、ペグ化、リン酸化、アミド化、公知の保護基／遮断基（ｐｒｏｔｅｃｔｉｎｇ／ｂｌｏｃｋｉｎｇ ｇｒｏｕｐ）を介する誘導体化、タンパク質分解性切断、細胞内リガンドまたは他のタンパク質への結合などにより修飾されている抗体が含まれるがそれらに限定されない。本明細書で想定される修飾抗体の非限定的な例は、免疫グロブリンのＦｃ領域と等価な領域を含む、グリコシル化されていない、全抗体分子、抗体断片、または融合タンパク質である。このような非グリコシル化形態は、例えば、タンパク質を、Ｎ結合型グリカンで修飾する能力を欠く宿主細胞内で生成させることもでき、目的の抗体上の、Ｎ結合型コンセンサス部位を変異させることにより生成させることもできる。加えて、誘導体は、１つまたは複数の非古典的アミノ酸を含有し得る。
抗体誘導体はまた、本明細書に開示されるポリヌクレオチドを送達して、このような抗体、指定された部分、または改変体を、植物部分またはそれらに由来して培養された細胞において産生する、トランスジェニック植物および培養植物細胞（例えば、タバコ、トウモロコシ、およびウキクサであるがこれらに限定されない）を作製することにより調製することもできる。例えば、Ｃｒａｍｅｒら（１９９９年）、Ｃｕｒｒ． Ｔｏｐ． Ｍｉｃｒｏｂｏｌ． Ｉｍｍｕｎｏｌ．、２４０巻：９５～１１８頁、およびこの文献において引用された参考文献は、例えば、誘導性プロモーターを用いる、大量の組換えタンパク質を発現するトランスジェニックのタバコ葉の産生について説明している。トランスジェニックトウモロコシは、他の組換え系で産生されたまたは天然の供給源から精製された哺乳動物タンパク質と等価の生物学的活性を伴う哺乳動物タンパク質を、商業的生産レベルで発現させるのに用いられている。例えば、Ｈｏｏｄら（１９９９年）、Ａｄｖ． Ｅｘｐ． Ｍｅｄ． Ｂｉｏｌ．、４６４巻：１２７～１４７頁、およびこの文献において引用された参考文献を参照されたい。抗体誘導体はまた、タバコの種子および馬鈴薯の塊茎を含め、単鎖抗体（ｓｃＦｖ）などの抗体断片を包含するトランスジェニック植物の種子からも大量に産生されている。例えば、Ｃｏｎｒａｄら（１９９８年）、Ｐｌａｎｔ Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ．、３８巻：１０１～１０９頁、およびこの文献において引用された参考文献を参照されたい。したがって、抗体はまた、公知の方法に従いトランスジェニック植物を用いても産生することができる。
抗体誘導体はまた、例えば、外因性配列を付加して、免疫原性を修飾する、または結合、親和性、オン速度、オフ速度、アビディティ、特異性、半減期、もしくは他の任意の適切な特徴を低減、増強、もしくは修飾することにより産生することもできる。一般に、可変領域および定常領域の非ヒト配列をヒトアミノ酸または他のアミノ酸で置換しながら、非ヒトＣＤＲ配列またはヒトＣＤＲ配列のうちの一部または全部を維持する。
一般に、ＣＤＲ残基は、抗原の結合への影響に直接的に、かつ、最も実質的に関与している。抗体のヒト化または操作は、米国特許第５，７２３，３２３号；同第５，９７６，８６２号；同第５，８２４，５１４号；同第５，８１７，４８３号；同第５，８１４，４７６号；同第５，７６３，１９２号；同第５，７２３，３２３号；同第５，７６６，８８６号；同第５，７１４，３５２号；同第６，２０４，０２３号；同第６，１８０，３７０号；同第５，６９３，７６２号；同第５，５３０，１０１号；同第５，５８５，０８９号；同第５，２２５，５３９号；および同第４，８１６，５６７号において説明されている方法などであるがそれらに限定されない任意の公知の方法を用いて実施することができる。
当技術分野では、抗体の一般的構造が、公知であり、本明細書では、これについて簡単にまとめるにとどめよう。免疫グロブリンの単量体は、ジスルフィド結合により接続された、２つの重鎖と、２つの軽鎖とを含む。各重鎖を、ジスルフィド結合を介してそれを直接結合させる軽鎖のうちの１つと対合させる。各重鎖は、定常領域（抗体のアイソタイプに応じて変動する）と、可変領域とを含む。可変領域は、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３と表記され、フレームワーク領域内で支持される、３つの超可変領域（または相補性決定領域）を含む。各軽鎖は、定常領域と、可変領域とを含み、可変領域は、重鎖の可変領域と同様に、フレームワーク領域により支持される、３つの超可変領域（ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３と表記される）を含む。
重鎖と軽鎖との各対の超可変領域は、相互に協同して、標的抗原に結合することが可能な抗原結合性部位をもたらす。重鎖と軽鎖との対の結合特異性は、重鎖および軽鎖の、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３の配列により規定される。したがって、特定の結合特異性をもたらす、ＣＤＲ配列のセット（すなわち、重鎖および軽鎖の、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３の配列）を決定したら、同じ抗原結合特異性を伴う異なる抗体をもたらすために、原則として、ＣＤＲ配列のセットを、任意の抗体の定常領域と連結された、他の任意の抗体フレームワーク領域内の、適切な位置に挿入することができる。
ある特定の態様では、本開示は、配列番号１２から１７まで、配列番号３１、配列番号３３、アミノ酸配列ＮＰＸＴを含むポリペプチド、またはそれらのそれぞれの等価物から選択されるアミノ酸配列を含む、またはそれから本質的になる、単離されたまたは組換え型のポリペプチドを特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する、抗体または抗原結合性断片に関する。一部の実施形態では、抗体または抗原結合性断片は、ポリクローナル抗体ではない。開示されるハイブリドーマにより産生される、非限定的な例示的抗体は、表１に開示されている。Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅのＩｈｆＡ断片であるＡ５（配列番号１３）、ＩｈｆＢ断片であるＢ４（配列番号１６）、およびＩｈｆＢ断片であるｍＢ４（配列番号１７）を特異的に認識し、それに特異的に結合するモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマ細胞株は、表１に列挙される受託番号下、２０１５年７月３０日に、ブダペスト条約の条項に準拠して、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ）に寄託され、それぞれのハイブリドーマ細胞株を、表１に列挙する。さらなる非限定的な例示的抗体は、ハイブリドーマ細胞株であるＩｈｆＡ３ ＮＴＨＩ ９Ｂ１０．Ｆ２．Ｈ３、ＩｈｆＢ２ ＮＴＨＩ ７Ａ４．Ｅ４．Ｇ４、およびＩｈｆＢ２ ＮＴＨＩ ７Ａ４．Ｅ４．Ｇ１１（これらのハイブリドーマは、表１に列挙される受託番号下、２０１６年８月１日に、ブダペスト条約の条項に準拠して、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ）に寄託された）により産生されたＨａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅのＩｈｆＡ断片であるＡ３（配列番号１２）またはＩｈｆＢ断片であるＢ２（配列番号１５）を特異的に認識し、それに特異的に結合する抗体と；配列番号３１、配列番号３３、アミノ酸配列ＮＰＸＴを含むポリペプチド、またはそれらのそれぞれの等価物を含むポリペプチドを特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する抗体とを含む。
Figure 0007258003000059
一態様では、本開示は、（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＡ５ ＮＴＨＩ １４Ｇ８．Ｆ５．Ｇ６により産生された抗体、（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、および（ｉｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体からなる群より選択される抗体と少なくとも８５％同一な、単離された抗体を提供する。
一態様では、本開示は、（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＡ５ ＮＴＨＩ １４Ｇ８．Ｆ５．Ｇ６により産生された抗体、（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、または（ｉｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体のＣＤＲを含む、単離された抗体を提供する。一態様では、本開示は、（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＡ５ ＮＴＨＩ １４Ｇ８．Ｆ５．Ｇ６により産生された抗体、（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、または（ｉｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体と少なくとも８５％同一なＣＤＲを有する、単離された抗体を提供する。
本明細書で提供される抗体についての一部の態様では、ＨＣ可変ドメイン配列は、（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＡ５ ＮＴＨＩ １４Ｇ８．Ｆ５．Ｇ６により産生された抗体、（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、もしくは（ｉｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ＭＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体のＨＣ可変ドメイン配列を含み；かつ／またはＬＣ可変ドメイン配列は、（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＡ５ ＮＴＨＩ
１４Ｇ８．Ｆ５．Ｇ６により産生された抗体、（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、もしくは（ｉｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体のＬＣ可変ドメイン配列を含む。
本明細書で提供される抗体についての一部の態様では、ＨＣ可変ドメイン配列は、（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＡ５ ＮＴＨＩ １４Ｇ８．Ｆ５．Ｇ６により産生された抗体、（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、および（ｉｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体のＨＣ可変ドメイン配列と、少なくとも８５％同一なＨＣ可変ドメイン配列を含み；かつ／またはＬＣ可変ドメイン配列は、（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＡ５ ＮＴＨＩ １４Ｇ８．Ｆ５．Ｇ６により産生された抗体、（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、および（ｉｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体のＬＣ可変ドメイン配列と、少なくとも８５％同一なＬＣ可変ドメイン配列を含む。
一態様では、本開示は、重鎖（ＨＣ）可変ドメイン配列および軽鎖（ＬＣ）可変ドメイン配列を含み、重鎖免疫グロブリン可変ドメイン配列および軽鎖免疫グロブリン可変ドメイン配列が、ＤＮＡＢＩＩタンパク質のエピトープに結合する抗原結合性部位を形成する、単離された抗体を提供する。
一部の実施形態では、重鎖可変領域は、以下の抗体：（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＡ５ ＮＴＨＩ １４Ｇ８．Ｆ５．Ｇ６により産生された抗体、（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、および（ｉｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体のうちの任意の１つのＣＤＲＨ１を含むアミノ酸配列を含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなるＣＤＲＨ１配列を含む。
一部の実施形態では、重鎖可変領域は、以下の抗体：（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＡ５ ＮＴＨＩ １４Ｇ８．Ｆ５．Ｇ６により産生された抗体、（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、および（ｉｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体のうちの任意の１つのＣＤＲＨ２を含むアミノ酸配列を含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなるＣＤＲＨ２配列を含む。
一部の実施形態では、重鎖可変領域は、以下の抗体：（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＡ５ ＮＴＨＩ １４Ｇ８．Ｆ５．Ｇ６により産生された抗体、（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、および（ｉｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体のうちの任意の１つのＣＤＲＨ３を含むアミノ酸配列を含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなるＣＤＲＨ３配列を含む。
一部の実施形態では、重鎖可変領域は、以下の抗体：（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＡ５ ＮＴＨＩ １４Ｇ８．Ｆ５．Ｇ６により産生された抗体、（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、および（ｉｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体のうちの任意の１つの重鎖可変領域配列を含むアミノ酸配列を含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなる。
一部の実施形態では、軽鎖可変領域は、以下の抗体：（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＡ５ ＮＴＨＩ １４Ｇ８．Ｆ５．Ｇ６により産生された抗体、（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、および（ｉｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体のうちの任意の１つのＣＤＲＬ１を含むアミノ酸配列を含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなるＣＤＲＬ１配列を含む。
一部の実施形態では、軽鎖可変領域は、以下の抗体：（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＡ５ ＮＴＨＩ １４Ｇ８．Ｆ５．Ｇ６により産生された抗体、（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、および（ｉｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体のうちの任意の１つのＣＤＲＬ２を含むアミノ酸配列を含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなるＣＤＲＬ２配列を含む。
一部の実施形態では、軽鎖可変領域は、以下の抗体：（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＡ５ ＮＴＨＩ １４Ｇ８．Ｆ５．Ｇ６により産生された抗体、（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、および（ｉｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体のうちの任意の１つのＣＤＲＬ３を含むアミノ酸配列を含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなるＣＤＲＬ３配列を含む。
一部の実施形態では、軽鎖可変領域は、以下の抗体：（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＡ５ ＮＴＨＩ １４Ｇ８．Ｆ５．Ｇ６により産生された抗体、（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、および（ｉｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体のうちの任意の１つの軽鎖可変領域配列を含むポリヌクレオチド配列によりコードされるポリペプチドを含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなる。
一部の実施形態では、抗体またはその断片の重鎖可変領域は、ＦＳＬＴＳＹＳ（配列番号５８）を含むアミノ酸配列であって、ＦＳＬＴＳＹＳＶ（配列番号５９）、ＦＳＬＴＳＹＳＶＨ（配列番号６０）、ＧＦＳＬＴＳＹＳ（配列番号６１）、またはそれらのそれぞれの生物学的等価物で始まる、それで終わる、またはそれから本質的になるアミノ酸配列などであるがこれらに限定されないアミノ酸配列を含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなるＣＤＲＨ１配列を含む。
一部の実施形態では、抗体またはその断片の重鎖可変領域は、ＦＮＩＫＤＹＹ（配列番号１１０）を含むアミノ酸配列であって、ＦＮＩＫＤＹＹＭ（配列番号１１１）、ＦＮＩＫＤＹＹＭＨ（配列番号１１２）、ＧＦＮＩＫＤＹＹ（配列番号１１３）、またはそれらのそれぞれの生物学的等価物で始まる、それで終わる、またはそれから本質的になるアミノ酸配列などであるがこれらに限定されないアミノ酸配列を含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなるＣＤＲＨ１配列を含む。
一部の実施形態では、抗体またはその断片の重鎖可変領域は、ＩＷＡＧＧＳＴ（配列番号６２）を含むアミノ酸配列であって、ＶＩＷＡＧＧＳＴ（配列番号６３）、ＧＶＩＷＡＧＧＳＴ（配列番号６４）、ＬＧＶＩＷＡＧＧＳＴ（配列番号６５）、ＷＬＧＶＩＷＡＧＧＳＴ（配列番号６６）、ＩＷＡＧＧＳＴＮ（配列番号６７）、ＶＩＷＡＧＧＳＴＮ（配列番号６８）、ＧＶＩＷＡＧＧＳＴＮ（配列番号６９）、ＬＧＶＩＷＡＧＧＳＴＮ（配列番号７０）、ＷＬＧＶＩＷＡＧＧＳＴＮ（配列番号７１）、ＩＷＡＧＧＳＴＮＹ（配列番号７２）、ＶＩＷＡＧＧＳＴＮＹ（配列番号７３）、ＧＶＩＷＡＧＧＳＴＮＹ（配列番号７４）、ＬＧＶＩＷＡＧＧＳＴＮＹ（配列番号７５）、ＷＬＧＶＩＷＡＧＧＳＴＮＹ（配列番号７６）、またはそれらのそれぞれの生物学的等価物で始まる、それで終わる、またはそれから本質的になるアミノ酸配列などであるがこれらに限定されないアミノ酸配列を含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなるＣＤＲＨ２配列を含む。
一部の実施形態では、抗体またはその断片の重鎖可変領域は、ＩＤＰＥＮＤＤＴ（配列番号１１４）を含むアミノ酸配列であって、ＷＩＤＰＥＮＤＤＴ（配列番号１１５）、ＧＷＩＤＰＥＮＤＤＴ（配列番号１１６）、ＩＧＷＩＤＰＥＮＤＤＴ（配列番号１１７）、ＷＩＧＷＩＤＰＥＮＤＤＴ（配列番号１１８）、ＩＤＰＥＮＤＤＴＥ（配列番号１１９）、ＷＩＤＰＥＮＤＤＴＥ（配列番号１２０）、ＧＷＩＤＰＥＮＤＤＴＥ（配列番号１２１）、ＩＧＷＩＤＰＥＮＤＤＴＥ（配列番号１２２）、ＷＩＧＷＩＤＰＥＮＤＤＴＥ（配列番号１２３）、ＩＤＰＥＮＤＤＴＥＹ（配列番号１２４）、ＷＩＤＰＥＮＤＤＴＥＹ（配列番号１２５）ＧＷＩＤＰＥＮＤＤＴＥＹ（配列番号１２６）、ＩＧＷＩＤＰＥＮＤＤＴＥＹ（配列番号１２７）、ＷＩＧＷＩＤＰＥＮＤＤＴＥＹ（配列番号１２８）、またはそれらのそれぞれの生物学的等価物で始まる、それで終わる、またはそれから本質的になるアミノ酸配列などであるがこれらに限定されないアミノ酸配列を含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなるＣＤＲＨ２配列を含む。
一部の実施形態では、抗体またはその断片の重鎖可変領域は、ＲＥＤＳ（配列番号７７）を含むアミノ酸配列であって、ＡＲＥＤＳ（配列番号７８）またはその生物学的等価物で始まる、それで終わる、またはそれから本質的になるアミノ酸配列などであるがこれらに限定されないアミノ酸配列を含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなるＣＤＲＨ３配列を含む。
一部の実施形態では、抗体またはその断片の重鎖可変領域は、ＴＥＬＧＡＹ（配列番号１２９）またはその生物学的等価物を含むアミノ酸配列を含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなるＣＤＲＨ３配列を含む。
一部の実施形態では、抗体またはその断片の重鎖可変領域は、下記で言及されるポリヌクレオチド配列：
Figure 0007258003000060
 またはその生物学的等価物によりコードされるポリペプチドを含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなる。
一部の実施形態では、抗体またはその断片の重鎖可変領域は、アミノ酸配列：
Figure 0007258003000061
 またはその生物学的等価物を含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなる。
一部の実施形態では、抗体またはその断片の重鎖可変領域は、下記で言及されるポリヌクレオチド配列：
Figure 0007258003000062
Figure 0007258003000063
 またはその生物学的等価物によりコードされるポリペプチドを含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなる。
一部の実施形態では、抗体またはその断片の重鎖可変領域は、アミノ酸配列：
Figure 0007258003000064
 またはその生物学的等価物を含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなる。
一部の実施形態では、抗体またはその断片の軽鎖可変領域は、ＱＮＶＧＴＮ（配列番号７９）を含むアミノ酸配列であって、ＱＮＶＧＴＮＶ（配列番号８０）、ＱＮＶＧＴＮＶＡ（配列番号８１）、またはそれらのそれぞれの生物学的等価物で始まる、それで終わる、またはそれから本質的になるアミノ酸配列などであるがこれらに限定されないアミノ酸配列を含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなるＣＤＲＬ１配列を含む。
一部の実施形態では、抗体またはその断片の軽鎖可変領域は、ＱＳＬＬＤＳＮＧＫＴＹ（配列番号１３０）を含むアミノ酸配列であって、ＱＳＬＬＤＳＮＧＫＴＹＬ（配列番号１３１）、ＱＳＬＬＤＳＮＧＫＴＹＬＮ（配列番号１３２）、またはそれらのそれぞれの生物学的等価物で始まる、それで終わる、またはそれから本質的になるアミノ酸配列などであるがこれらに限定されないアミノ酸配列を含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなるＣＤＲＬ１配列を含む。
一部の実施形態では、抗体またはその断片の軽鎖可変領域は、ＳＡＳ（配列番号８２）を含むアミノ酸配列であって、ＹＳＡＳ（配列番号８３）、ＩＹＳＡＳ（配列番号８４）、ＬＩＹＳＡＳ（配列番号８５）、ＡＬＩＹＳＡＳ（配列番号８６）、ＳＡＳＹ（配列番号８７）、ＹＳＡＳＹ（配列番号８８）、ＩＹＳＡＳＹ（配列番号８９）、ＬＩＹＳＡＳＹ（配列番号９０）、ＡＬＩＹＳＡＳＹ（配列番号９１）、ＳＡＳＹＲ（配列番号９２）、ＹＳＡＳＹＲ（配列番号９３）、ＩＹＳＡＳＹＲ（配列番号９４）、ＬＩＹＳＡＳＹＲ（配列番号９５）、ＡＬＩＹＳＡＳＹＲ（配列番号９６）、ＳＡＳＹＲＹ（配列番号９７）、ＹＳＡＳＹＲＹ（配列番号９８）、ＩＹＳＡＳＹＲＹ（配列番号９９）、ＬＩＹＳＡＳＹＲＹ（配列番号１００）、ＡＬＩＹＳＡＳＹＲＹ（配列番号１０１）、ＳＡＳＹＲＹＳ（配列番号１０２）、ＹＳＡＳＹＲＹＳ（配列番号１０３）、ＩＹＳＡＳＹＲＹＳ（配列番号１０４）、ＬＩＹＳＡＳＹＲＹＳ（配列番号１０５）、ＡＬＩＹＳＡＳＹＲＹＳ（配列番号１０６）、またはそれらのそれぞれの生物学的等価物で始まる、それで終わる、またはそれから本質的になるアミノ酸配列などであるがこれらに限定されないアミノ酸配列を含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなるＣＤＲＬ２配列を含む。
一部の実施形態では、抗体またはその断片の軽鎖可変領域は、ＬＶＳ（配列番号１３３）を含むアミノ酸配列であって、ＹＬＶＳ（配列番号１３４）、ＩＹＬＶＳ（配列番号１３５）、ＬＩＹＬＶＳ（配列番号１３６）、ＲＬＩＹＬＶＳ（配列番号１３７）、ＬＶＳＫ（配列番号１３８）、ＹＬＶＳＫ（配列番号１３９）、ＩＹＬＶＳＫ（配列番号１４０）、ＬＩＹＬＶＳＫ（配列番号１４１）、ＲＬＩＹＬＶＳＫ（配列番号１４２）、ＬＶＳＫＬ（配列番号１４３）、ＹＬＶＳＫＬ（配列番号１４４）、ＩＹＬＶＳＫＬ（配列番号１４５）、ＬＩＹＬＶＳＫＬ（配列番号１４６）、ＲＬＩＹＬＶＳＫＬ（配列番号１４７）、ＬＶＳＫＬＤ（配列番号１４８）、ＹＬＶＳＫＬＤ（配列番号１４９）、ＩＹＬＶＳＫＬＤ（配列番号１５０）、ＬＩＹＬＶＳＫＬＤ（配列番号１５１）、ＲＬＩＹＬＶＳＫＬＤ（配列番号１５２）、ＬＶＳＫＬＤＳ（配列番号１５３）、ＹＬＶＳＫＬＤＳ（配列番号１５４）、ＩＹＬＶＳＫＬＤＳ（配列番号１５５）、ＬＩＹＬＶＳＫＬＤＳ（配列番号１５６）、ＲＬＩＹＬＶＳＫＬＤＳ（配列番号１５７）、またはそれらのそれぞれの生物学的等価物で始まる、それで終わる、またはそれから本質的になるアミノ酸配列などであるがこれらに限定されないアミノ酸配列を含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなるＣＤＲＬ２配列を含む。
一部の実施形態では、抗体またはその断片の軽鎖可変領域は、ＱＱＹＮＳＹＰ（配列番号１０８）を含むアミノ酸配列であって、ＱＱＹＮＳＹＰＴ（配列番号１０９）、またはその生物学的等価物で始まる、それで終わる、またはそれから本質的になるアミノ酸配列などであるがこれらに限定されないアミノ酸配列を含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなるＣＤＲＬ３配列を含む。
一部の実施形態では、抗体またはその断片の軽鎖可変領域は、ＷＱＳＴＨＦＰＨ（配列番号１５８）を含むアミノ酸配列であって、ＷＱＳＴＨＦＰＨＴ（配列番号１５９）またはその生物学的等価物で始まる、それで終わる、またはそれから本質的になるアミノ酸配列などであるがこれらに限定されないアミノ酸配列を含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなるＣＤＲＬ３配列を含む。
一部の実施形態では、抗体またはその断片の軽鎖可変領域は、ポリヌクレオチド配列：
Figure 0007258003000065
Figure 0007258003000066
 またはその生物学的等価物によりコードされるポリペプチドを含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなる。
一部の実施形態では、抗体またはその断片の軽鎖可変領域は、アミノ酸配列：
Figure 0007258003000067
 またはその生物学的等価物を含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなる。
一部の実施形態では、軽鎖可変領域は、ポリヌクレオチド配列：
Figure 0007258003000068
 またはその生物学的等価物によりコードされるポリペプチドを含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなる。
一部の実施形態では、軽鎖可変領域は、アミノ酸配列：
Figure 0007258003000069
 またはその生物学的等価物を含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなる。
開示されるＣＤＲ配列ならびに重鎖可変配列および軽鎖可変配列を含む例示的抗体は、それぞれ、表６および表７に開示される。代替的なＣＤＲ予測は、重鎖配列および／または軽鎖配列に基づき、行うことができる（例えば、ＣＤＲ特異性についてのＫａｂａｔ、Ｃｏｔｈｉａ、ＡｂＭ、またはｃｏｎｔａｃｔの定義に基づく；当技術分野では、これらのＣＤＲ予測法についての詳細が公知であり（例えば、ｂｉｏｉｎｆ．ｏｒｇ．ｕｋ／ａｂｓ／＃ｃｄｒｉｄを参照されたい）、かつ／または市販されてもいる）。表６に開示される結果は、Ｏｆｒａｎ Ｌａｂにより提供されているＣＤＲ予測アルゴリズム（ｏｆｒａｎｓｅｒｖｉｃｅｓ．ｂｉｕ．ａｃ．ｉｌ／ｓｉｔｅ／ｓｅｒｖｉｃｅｓ／ｐａｒａｔｏｍｅ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌにおいて入手可能なＰａｒａｔｏｍｅ）およびＧｒｅｅｎ
Ｍｏｕｎｔａｉｎ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ’ ＣＤＲ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎプログラムを活用する結果である。
Figure 0007258003000070
Figure 0007258003000071
一態様では、本開示は、Ｉｈｆ Ａ５、Ｉｈｆ ｍＢ４、またはそれらのそれぞれの生物学的等価物からなる群より選択される抗体と、少なくとも８５％、または代替的に、少なくとも９０％、または代替的に、少なくとも９５％同一な、単離された抗体を提供する。
一態様では、本開示は、Ｉｈｆ Ａ５のＣＤＲを含む、単離された抗体を提供する。一態様では、本開示は、Ｉｈｆ Ａ５またはその生物学的等価物と、少なくとも８５％、または代替的に、少なくとも９０％、または代替的に、少なくとも９５％同一な、単離された抗体を提供する。
一態様では、本開示は、Ｉｈｆ ｍＢ４のＣＤＲを含む、単離された抗体を提供する。一態様では、本開示は、Ｉｈｆ ｍＢ４またはその生物学的等価物と、少なくとも８５％、または代替的に、少なくとも９０％、または代替的に、少なくとも９５％同一な、単離された抗体を提供する。
本明細書で提供される抗体についての一部の態様では、ＨＣ可変ドメイン配列は、Ｉｈｆ Ａ５の可変ドメイン配列を含み、ＬＣ可変ドメイン配列は、Ｉｈｆ Ａ５の可変ドメイン配列を含む。
本明細書で提供される抗体についての一部の態様では、ＨＣ可変ドメイン配列は、Ｉｈｆ ｍＢ４の可変ドメイン配列を含み、ＬＣ可変ドメイン配列は、Ｉｈｆ ｍＢ４の可変ドメイン配列を含む。
本明細書ではさらに、上記で言及したポリペプチドをコードする、単離されたポリヌクレオチド、これを含有するベクターおよび宿主細胞、ならびに、当技術分野で公知であり、本明細書でも記載される組換え細胞株を使用して、ポリペプチドを組換えにより産生するための方法も提供される。
本技術の別の態様では、単離された抗体は、以下の特徴：
（ａ）軽鎖免疫グロブリン可変ドメイン配列が、開示される軽鎖配列のうちのいずれかの軽鎖可変ドメインのＣＤＲと、少なくとも８５％、または代替的に、少なくとも９０％、または代替的に、少なくとも９５％同一な、１つまたは複数のＣＤＲを含むこと；
（ｂ）重鎖免疫グロブリン可変ドメイン配列が、開示される重鎖配列のうちのいずれかの重鎖可変ドメインのＣＤＲと、少なくとも８５％、または代替的に、少なくとも９０％、または代替的に、少なくとも９５％同一な、１つまたは複数のＣＤＲを含むこと；
（ｃ）軽鎖免疫グロブリン可変ドメイン配列が、開示される軽鎖配列のうちのいずれかの軽鎖可変ドメインと、少なくとも８５％、または代替的に、少なくとも９０％、または代替的に、少なくとも９５％同一であること；
（ｄ）ＨＣ免疫グロブリン可変ドメイン配列が、開示される軽鎖配列のうちのいずれかの重鎖可変ドメインと、少なくとも８５％、または代替的に、少なくとも９０％、または代替的に、少なくとも９５％同一であること；および
（ｅ）抗体が、開示される配列のいずれかが結合するエピトープと重複するエピトープに結合すること
のうちの１つまたは複数を含む。
本明細書で提供される抗体についての態様のうちの一部では、抗体は、ＤＮＡＢＩＩタンパク質に、１０－４Ｍ、１０－５Ｍ、１０－６Ｍ、１０－７Ｍ、１０－８Ｍ、１０－９Ｍ、１０－１０Ｍ、１０－１１Ｍ、または１０－１２Ｍ未満の解離定数（ＫＤ）で結合する。本明細書で提供される抗体についての態様のうちの一部では、抗原結合性部位は、ＤＮＡＢＩＩタンパク質に特異的に結合する。別の態様では、抗体または抗原結合性断片の親和性は、１０００ピコモル（ｐＭ）、９００ｐＭ、８００ｐＭ、７００ｐＭ、６００ｐＭ、５００ｐＭ、４００ｐＭ、３００ｐＭ、２００ｐＭ、約１００ｐＭ、５０ｐＭ、４０ｐＭ、３０ｐＭ、２０ｐＭ、１０ｐＭ、９ｐＭ、および８ｐＭ未満またはほぼこれらの親和性である。
本明細書で提供される抗体についての態様のうちの一部では、抗体は、可溶性Ｆａｂである。
本明細書で提供される抗体についての態様のうちの一部では、ＨＣ可変ドメイン配列およびＬＣ可変ドメイン配列は、同じポリペプチド鎖の構成要素である。本明細書で提供される抗体についての態様のうちの一部では、ＨＣ可変ドメイン配列およびＬＣ可変ドメイン配列は、異なるポリペプチド鎖の構成要素である。
本明細書で提供される抗体についての態様のうちの一部では、抗体は、全長抗体である。
本明細書で提供される抗体についての態様のうちの一部では、抗体は、モノクローナル抗体である。
本明細書で提供される抗体についての態様のうちの一部では、抗体は、キメラ抗体またはヒト化抗体である。
他の態様では、本明細書で提供される抗体は、ダイアボディである。
本明細書で提供される抗体についての態様のうちの一部では、抗体は、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ）’２、Ｆａｂ’、ｓｃＦｖ、およびＦｖからなる群より選択される。
本明細書で提供される抗体についての態様のうちの一部では、抗体は、Ｆｃドメインを含む。本明細書で提供される抗体についての態様のうちの一部では、抗体は、ウサギ抗体である。本明細書で提供される抗体についての態様のうちの一部では、抗体は、ヒト抗体もしくはヒト化抗体である、またはヒトにおいて非免疫原性である。
本明細書で提供される抗体についての態様のうちの一部では、抗体は、ヒト抗体のフレームワーク領域を含む（例えば、ヒト化抗体）。本明細書で提供される抗体についての一部の態様では、抗体は、サル、ウマ、ネコ、イヌ、ウシ、ブタ、ヤギ、またはヒツジなど、非ヒト種に由来する抗体フレームワーク領域を含む。本明細書で提供される抗体についての一部の態様では、抗体は、キメラ抗体である。これらの態様のうちの任意の１つまたは複数では、抗体は、本明細書で開示されるＣＤＲ領域ならびに／または重鎖および／もしくは軽鎖のうちの１つまたは複数をさらに含みうる。
他の態様では、本明細書で提供される抗体のＣＤＲ内の、１つまたは複数の残基を、別のアミノ酸と置換する。置換は、同じアミノ酸ファミリー内の置換であるという意味で、「保存的」でありうる。天然に存在するアミノ酸は、以下の４つのファミリー：
１）塩基性側鎖を伴うアミノ酸：リシン、アルギニン、ヒスチジン；
２）酸性側鎖を伴うアミノ酸：アスパラギン酸、グルタミン酸；
３）非荷電極性側鎖を伴うアミノ酸：アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン；
４）非極性側鎖を伴うアミノ酸：グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン、システイン
に分けることができ、保存的置換は、これらのファミリー内で生じるであろう。
別の態様では、１つまたは複数の残基を、抗体の１つまたは複数のＣＤＲに付加する、またはこれから欠失させる。このような付加または欠失は、ＣＤＲのＮ末端もしくはＣ末端またはＣＤＲ内の位置において生じる。
抗体のＣＤＲのアミノ酸配列を、アミノ酸の付加、欠失、または置換により変動させることにより、標的抗原に対する結合親和性の増大など、多様な効果を得ることができる。
ＣＤＲ配列のこのような変動を含む本開示の抗体もなお、ＤＮＡＢＩＩタンパク質に、開示される抗体と同様の特異性および感受性プロファイルで結合することを認識されたい。これは、結合アッセイにより調べることができる。
また、抗体の定常領域も変動させることができる。例えば、任意のアイソタイプ：ＩｇＡ（ＩｇＡ１、ＩｇＡ２）、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ（ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４）、またはＩｇＭのＦｃ領域を伴う抗体を提供することができる。さらに、抗体の定常領域は、例えば、Ｉｒａｎｉら（２０１５年）、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ．、６７巻：１７１～１８２頁の教示に従い、具体的な治療適応に適合させることもできる。
Ｉｒａｎｉ（２０１５年）において言及されている通り、Ｆｃ操作は、強力で特異的な活性を伴い、したがって、投与量および潜在的な副作用の両方を低減する治療的抗体を開発するのに重要である。Ｆｃ操作では、ＩｇＧサブクラスにわたる差違についての理解が使用されており、研究は、１つのサブクラスに由来する特異的残基を、別のサブクラスに由来する特異的残基に導入することにより、他のエフェクター機能を保持しながら、ある特定のエフェクター機能を変換しうることを示している（Ａｒｍｏｕｒら（１９９９年）、Ｅｕｒ． Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ．、２９巻：２６１３～２６２４頁；Ａｒｍｏｕｒら（２００３年）、Ｍｏｌ． Ｉｍｍｕｎｏｌ．、４０巻：５８５～５９３頁；Ｈｅｓｓｅｌｌら（２００７年）、Ｎａｔｕｒｅ、４４９巻：１０１～１０４頁；Ｒｅｄｐａｔｈら（１９９８年）、Ｈｕｍ． Ｉｍｍｕｎｏｌ．、５９巻：７２０～７２７頁；Ｖａｆａら（２０１４年）、Ｍｅｔｈｏｄｓ（Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）、６５巻：１１４～１２６頁）。これらのＦｃ操作法は、感染性疾患の文脈において、特異的抗体のエフェクター機能は、病原体の効率的な除去において極めて重要なことが多いので、関与性である。
ＩｇＧサブクラスの構造的特性および機能的な特性は、異なる感染性疾患に対するそれらの応答プロファイルと同様に変動し、これらの差違を、有効な治療用抗体の開発において活用することができる（Ｃａｒｔｅｒ（２００６年）、Ｎａｔ． Ｒｅｖ． Ｉｍｍｕｎｏｌ．、６巻：３４３～３５７頁；Ｊｅｆｆｅｒｉｓ（２０１２年）、Ａｒｃｈ． Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｂｉｏｐｈｙｓ．、５２６巻：１５９～１６６頁）。重鎖は、ＩｇＧサブクラスにわたり、９０％を超える配列同一性を共有するが（ＲｉｓｐｅｎｓおよびＶｉｄａｒｓｓｏｎ（２０１４年）、Ｎｉｍｍｅｒｊａｈｎ、Ｍ．Ｅ．Ａ．（編）、９章、「Ｈｕｍａｎ ＩｇＧ Ｓｕｂｃｌａｓｓｅｓ」、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ． Ｂｏｓｔｏｎ、１５９～１７７頁）、定常（ＣＨ１、ＣＨ２、およびＣＨ３）ドメイン上の、表面に露出された残基には差違が見られるほか、ヒンジ領域内でも、実質的な変動が見られる。安定性、可撓性、および２つのＦａｂおよび随伴するＦｃがわたる距離など、各ＩｇＧサブクラスに固有の特性の多くを付与するのは、ヒンジ構造である（ＬｉｕおよびＭａｙ（２０１２年）、ｍＡｂｓ、４巻：１７～２３頁；Ｒｏｕｘら（１９９７年）、Ｊ．
Ｉｍｍｕｎｏｌ．（Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ、ＭＤ：１９５０）、１５９巻：３３７２～３３８２頁；Ｔｉａｎら（２０１４年）、Ｐｈａｒｍ． Ｓｃｉ．、１０３巻：１７０１～１７１０頁）。ＩｇＧサブクラスの間で異なる、Ｆｃおよびヒンジの一部の領域が、活性化性Ｆｃγ受容体および阻害性Ｆｃγ受容体の両方（ＦｃγＲ）、新生児型ＩｇＧ受容体（ＦｃＲｎ）、および補体成分Ｃ１ｑへの結合に関与することが公知の残基と明らかに重複することは重要なことである。これらのエフェクター分子の結合性部位内の、鍵となるアミノ酸の差違の発生は、ＩｇＧサブクラスのエフェクター特性において観察される差違を説明する一助となる。この構造的情報および分子的情報は、治療用抗体のサブクラス骨格を選び出す場合、または具体的目的で、抗体を調整するように、鍵となるアミノ酸の変化を導入する場合に重要である。
認可された抗体のうち、おそらく、その強力なエフェクター機能に起因して、大半は、ＩｇＧ１である。特異的細胞活性の欠如が所望される場合は、ＩｇＧ２またはＩｇＧ４が使用されている。ＩｇＧ３治療用抗体が承認されていないことは、これが、（ｉ）広範なヒンジ領域に起因する、タンパク質分解の可能性の増大（Ｃａｒｔｅｒ（２００６年））、（ｉｉ）集団間でＩｇＧ３アロタイプが多いこと、（ｉｉｉ）ＩｇＧ３は、プロテインＡで精製しえないこと、または（ｉｖ）その抗体依存性細胞傷害作用（ＡＤＣＣ）の大きさにも拘らず、ＩｇＧ３の血清半減期は、他のサブクラスと比較して短いことのためであることを示唆する。ＩｇＧ１は、欧州または米国で承認された、または審査されている治療用抗体、ならびに、特に、グラム陽性菌およびグラム陰性菌により引き起こされる感染性疾患に対して生成させた治療用抗体の中で、主要なクラスの抗体である。
定常領域配列の非限定的な例は、以下を含む。
ヒトＩｇＤ定常領域；Ｕｎｉｐｒｏｔ：Ｐ０１８８０（配列番号３４）：
Figure 0007258003000072
ヒトＩｇＧ１定常領域；Ｕｎｉｐｒｏｔ：Ｐ０１８５７（配列番号３５）：
Figure 0007258003000073
ヒトＩｇＧ２定常領域；Ｕｎｉｐｒｏｔ：Ｐ０１８５９（配列番号３６）：
Figure 0007258003000074
ヒトＩｇＧ３定常領域；Ｕｎｉｐｒｏｔ：Ｐ０１８６０（配列番号３７）：
Figure 0007258003000075
ヒトＩｇＭ定常領域；Ｕｎｉｐｒｏｔ：Ｐ０１８７１（配列番号３８）：
Figure 0007258003000076
Figure 0007258003000077
ヒトＩｇＧ４定常領域；Ｕｎｉｐｒｏｔ：Ｐ０１８６１（配列番号３９）：
Figure 0007258003000078
ヒトＩｇＡ１定常領域；Ｕｎｉｐｒｏｔ：Ｐ０１８７６（配列番号４０）：
Figure 0007258003000079
ヒトＩｇＡ２定常領域；Ｕｎｉｐｒｏｔ：Ｐ０１８７７（配列番号４１）：
Figure 0007258003000080
ヒトＩｇカッパ定常領域；Ｕｎｉｐｒｏｔ：Ｐ０１８３４（配列番号４２）：
Figure 0007258003000081
一部の実施形態では、抗体は、ＩｈｆＡ断片であるＡ５（配列番号１３）に特異的であり、ＩｇＧ２などであるがこれらに限定されない（ある特定の態様では、ＩｇＧ２ａである）ＩｇＭまたはＩｇＧに由来する定常領域を含む。抗体が、モノクローナル抗体である場合、例示的なアイソタイプは、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、およびＩｇＧ４などのＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ１およびＩｇＡ２などのＩｇＡ、ＩｇＤ、ならびにＩｇＥを含むがこれらに限定されず、ＩｇＧおよびＩｇＭを含むことが好ましい可能性がある。モノクローナル抗体のアイソタイプおよびサブクラスは、例えば、オクタロニー試験、ＥＬＩＳＡ、またはラジオイムノアッセイ（本明細書の以下では、「ＲＩＡ」と称する）により決定することができる。同定のための市販のキット（例えば、マウス Ｔｙｐｅｒ Ｋｉｔ；Ｂｉｏ－Ｒａｄ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｉｎｃ．、およびＲＡＴ ＭＯＮＯＣＬＯＮＡＬ ＡＮＴＩＢＯＤＹ ＩＳＯＴＹＰＩＮＧ ＴＥＳＴ ＫＩＴ：ＡｂＤ Ｓｅｒｏｔｅｃ）を使用することができる。
一部の実施形態では、抗体は、ＩｈｆＢ断片であるｍＢ４（配列番号１７）に特異的であり、ＩｇＧ１などであるがこれらに限定されないＩｇＧに由来する定常領域を含む。
一部の態様では、抗体は、以下の抗体：（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＡ５ ＮＴＨＩ １４Ｇ８．Ｆ５．Ｇ６により産生された抗体、（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、および（ｉｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体のうちの任意の１つの重鎖定常領域配列と、少なくとも８０％同一な重鎖定常領域を含む。
一部の態様では、抗体は、以下の抗体：（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＡ５ ＮＴＨＩ １４Ｇ８．Ｆ５．Ｇ６により産生された抗体、（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、および（ｉｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体のうちの任意の１つの軽鎖定常領域配列と、少なくとも８０％同一な軽鎖定常領域を含む。
本明細書で提供される抗体についての一部の態様では、抗体は、ＤＮＡＢＩＩ抗体が結合するエピトープに結合する。
本明細書で提供される抗体についての一部の態様では、抗体は、迅速な結合ならびに細胞への取込みおよび／または細胞からの緩徐放出を容易とする構造的修飾を含有する。一部の態様では、ＤＮＡＢＩＩ抗体は、抗体の重鎖ＣＨ２定常領域内に、迅速な結合ならびに細胞への取込みおよび／または細胞からの緩徐放出を容易とする欠失を含有する。一部の態様では、Ｆａｂ断片を使用して、迅速な結合ならびに細胞への取込みおよび／または細胞からの緩徐放出を容易とする。一部の態様では、Ｆ（ａｂ）’２断片を使用して、迅速な結合ならびに細胞への取込みおよび／または細胞からの緩徐放出を容易とする。
抗体、その断片、およびその等価物を、キャリア、例えば、薬学的に許容されるキャリアまたは他の作用剤と組み合わせて、使用および／または保管のための処方物をもたらすことができる。
本開示のキメラ抗体、ヒト化抗体、または霊長類化抗体は、標準的な分子生物学の技法を用いて調製される基準のモノクローナル抗体の配列に基づき調製することができる。重鎖免疫グロブリンおよび軽鎖免疫グロブリンをコードするＤＮＡは、目的のハイブリドーマから得、標準的な分子生物学の技法を用いて、基準以外の（例えば、ヒトの）免疫グロブリン配列を含有するように操作することができる。例えば、キメラ抗体を創出するには、当技術分野において公知の方法（米国特許第４，８１６，５６７号）を用いて、マウス可変領域を、ヒト定常領域に連結することができる。ヒト化抗体を創出するには、当技術分野において公知の方法（米国特許第５，２２５，５３９号、ならびに米国特許第５，５３０，１０１号；同第５，５８５，０８９号；同第５，６９３，７６２号；および同第６，１８０，３７０号）を用いて、マウスＣＤＲ領域を、ヒトフレームワーク内に挿入することができる。同様に、霊長類化抗体を創出するには、当技術分野において公知の方法（ＰＣＴ国際特許出願公開第ＷＯ９３／０２１０８号およびＷＯ９９／５５３６９号）を用いて、マウスＣＤＲ領域を、霊長類フレームワーク内に挿入することができる。
当技術分野では、部分ヒト抗体～完全ヒト抗体を作製する技法が公知であり、任意のこのような技法を用いることができる。一実施形態によれば、トランスジェニックマウスにおいて完全ヒト抗体配列を作製し、ヒト重鎖抗体遺伝子およびヒト軽鎖抗体遺伝子を発現させるように操作する。異なるクラスの抗体を産生させ得る、複数のこのようなトランスジェニックマウス系統が作製されている。所望の抗体を産生しているトランスジェニックマウスに由来するＢ細胞を融合させて、所望の抗体を持続的に産生するためのハイブリドーマ細胞株を作製することができる（例えば、Ｒｕｓｓｅｌら（２０００年）、Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ ａｎｄ Ｉｍｍｕｎｉｔｙ、２０００年４月：１８２０～１８２６頁；Ｇａｌｌｏら（２０００年）、Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｊ． ｏｆ Ｉｍｍｕｎ．、３０巻：５３４～５４０頁；Ｇｒｅｅｎ（１９９９年）、Ｊ． ｏｆ Ｉｍｍｕｎ． Ｍｅｔｈｏｄｓ、２３１巻：１１～２３頁；Ｙａｎｇら（１９９９年Ａ）、Ｊ． ｏｆ Ｌｅｕｋｏｃｙｔｅ Ｂｉｏｌｏｇｙ、６６巻：４０１～４１０頁；Ｙａｎｇ（１９９９年Ｂ）、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、５９巻（６号）：１２３６～１２４３頁；Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ（１９９８年）、Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｄｒｕｇ Ｒｅｖｉｅｗｓ、３１巻：３３～４２頁；ＧｒｅｅｎおよびＪａｋｏｂｏｖｉｔｓ（１９９８年）、Ｊ． Ｅｘｐ． Ｍｅｄ．、１８８巻（３号）：４８３～４９５頁；Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ（１９９８年）、Ｅｘｐ． Ｏｐｉｎ． Ｉｎｖｅｓｔ． Ｄｒｕｇｓ、７巻（４号）：６０７～６１４頁；Ｔｓｕｄａら（１９９７年）、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、４２巻：４１３～４２１頁；Ｓｈｅｒｍａｎ－Ｇｏｌｄ（１９９７年）、Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ Ｎｅｗｓ、１７巻（１４号）；Ｍｅｎｄｅｚら（１９９７年）、Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、１５巻：１４６～１５６頁；Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ（１９９６年）、「Ｗｅｉｒ’ｓ Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｔｈｅ Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ Ｉｍｍｕｎｅ Ｓｙｓｔｅｍ」、ＩＶ巻、１９４．１～１９４．７頁；Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ（１９９５年）、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、６巻：５６１～５６６頁；Ｍｅｎｄｅｚら（１９９５年）、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、２６巻：２９４～３０７頁；Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ（１９９４年）、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｂｉｏｌｏｇｙ、４巻（８号）：７６１～７６３頁；Ａｒｂｏｎｅｓら（１９９４年）、Ｉｍｍｕｎｉｔｙ、１巻（４号）：２４７～２６０頁；Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ（１９９３年）、Ｎａｔｕｒｅ、３６２巻（６４１７号）：２５５～２５８頁；Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓら（１９９３年）、Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ．
ＵＳＡ、９０巻（６号）：２５５１～２５５５頁；および米国特許第６，０７５，１８１号を参照されたい）。
本明細書に開示される抗体はまた、キメラ抗体を創出するように修飾することもできる。キメラ抗体とは、抗体の重鎖および軽鎖の多様なドメインが、複数の種に由来するＤＮＡによりコードされる抗体である。例えば、米国特許第４，８１６，５６７号を参照されたい。
代替的に、本明細書に開示される抗体はまた、ベニア化抗体を創出するように修飾することもできる。ベニア抗体とは、第１の種の抗体が、第２の種において免疫原性とならず、それにより、この抗体の免疫原性を低減するように、１つの種の抗体の外部のアミノ酸残基を、第２の種の外部のアミノ酸残基で慎重に置換または「ベニア化」された抗体である。タンパク質の免疫原性は、主に、その表面の性質に依存するので、別の哺乳動物種の抗体中に通常見いだされる残基とは異なる露出残基を置換することによれば、抗体の免疫原性を低減し得るであろう。このように外部残基を慎重に置換すれば、内部ドメインまたはドメイン間の接触にはほとんどまたは全く影響が及ばないはずである。したがって、可変領域のフレームワーク残基に限定される変更の結果として、リガンドの結合特性に影響が及ぶことはないはずである。変更するのは抗体の外面またはスキン（ｓｋｉｎ）だけであり、支持残基は攪乱されずに維持されるので、この工程を、「ベニア化」と称する。
「ベニア化」の手順は、Ｋａｂａｔら（１９８７年）、「Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ ｉｎｔｅｒｅｓｔ」、４版、Ｂｅｔｈｅｓｄａ、Ｍｄ．、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈによりコンパイルされたヒト抗体可変ドメインについての利用可能な配列データ、このデータベースに対する更新、ならびに米国および海外の他のアクセス可能なデータベース（核酸およびタンパク質両方のデータベース）を活用する。ベニア化抗体を産生するのに用いられる方法の非限定的な例には、ＥＰ５１９５９６、米国特許第６，７９７，４９２号が含まれ、Ｐａｄｌａｎら（１９９１年）、Ｍｏｌ． Ｉｍｍｕｎｏｌ．、２８巻（４～５号）：４８９～４９８頁においても説明されている。
「抗体誘導体」という用語はまた、２つの抗原結合部位を伴う小型の抗体断片であって、断片が、同じポリペプチド鎖内の軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）に連結された重鎖可変ドメイン（ＶＨ）を含む「ダイアボディ」も包含する（例えば、ＥＰ４０４，０９７；ＷＯ９３／１１１６１；およびＨｏｌｌｉｎｇｅｒら（１９９３年）、Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ．
Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ、９０巻：６４４４～６４４８頁を参照されたい）。同じ鎖の２つのドメイン間における対合を可能とするには短すぎるリンカーを用いることにより、これらのドメインは、別の鎖の相補的ドメインと対合し、２つの抗原結合部位を創出することを余儀なくされる（また、１種または複数種のアミノ酸が親抗体の超可変領域内に挿入され、標的抗原に対する結合親和性が、この抗原に対する親抗体の結合親和性の少なくとも約２倍強い抗体改変体について開示する、Ｃｈｅｎらによる米国特許第６，６３２，９２６号も参照されたい）。ダイアボディを生成させるための、非限定的な例示的方法は、ダイアボディをコードし、これを細菌宿主にトランスフェクトする発現ベクターを利用する。固定化金属イオン親和性クロマトグラフィー、培養、およびＥＬＩＳＡ、ならびに他の公知の精製法などの方法を使用して、結果として得られる細菌ペリプラズムから、ダイアボディを単離することができる。次いで、これらの単離物であるダイアボディを、例えば、免疫ブロット法またはゲル濾過により特徴づけることができる。当技術分野では、ダイアボディを産生するためのさらなる方法が公知であり、Ｔａｋｅｍｕｒａら（２０００年）、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ．、１３巻（８号）：５８３～５８８頁；およびＭｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、（２０１２年）、９０７巻：７１３～７２７頁において開示される方法を含むがこれらに限定されない。
一部の実施形態では、抗体の誘導体は、ダイアボディであり、この場合、重鎖可変ドメイン（ＶＨ）および軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）は、本明細書の上記で開示された抗体のうちの任意の１つと同じである。一部の実施形態では、ダイアボディは、ＩｈｆＡ断片Ａ５（配列番号１３）に対して特異的である。一部の実施形態では、ダイアボディは、ＩｈｆＢ断片ｍＢ４（配列番号１７）に対して特異的である。
「抗体誘導体」という用語は、操作抗体分子、断片、および単一ドメイン、例えば、ｓｃＦｖ、ｄＡｂ、ナノボディ、ミニボディ（ｍｉｎｉｂｏｄｙ）、ユニボディ（ｕｎｉｂｏｄｙ）、およびアフィボディ（ａｆｆｉｂｏｄｙ）もさらに包含する＆Ｈｕｄｓｏｎ（２００５年）、Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ、２３巻（９号）：１１２６～３６頁；米国特許出願公開第２００６／０２１１０８８号；ＰＣＴ国際特許出願公開第ＷＯ２００７／０５９７８２号；米国特許第５，８３１，０１２号）。
「抗体誘導体」という用語は、「直鎖状抗体」もさらに包含する。当技術分野では、直鎖状抗体を作製するための手順が公知であり、Ｚａｐａｔａら（１９９５年）、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ．、８巻（１０号）：１０５７～１０６２頁においても説明されている。略述すると、これらの抗体は、抗原結合領域の対を形成する、タンデムのＥｄセグメント対（ＶＨ－ＣＨ１－ＶＨ－ＣＨ１）を含む。直鎖状抗体は、二重特異性の場合もあり、単一特異性の場合もある。
本明細書に開示される抗体は、プロテインＡ精製、硫酸アンモニウム沈殿またはエタノール沈殿、酸抽出、アニオン交換クロマトグラフィーまたはカチオン交換クロマトグラフィー、ホスホセルロースクロマトグラフィー、疎水性相互作用クロマトグラフィー、親和性クロマトグラフィー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィー、およびレクチンクロマトグラフィーが含まれるがそれらに限定されない公知の方法により、組換え細胞培養物から回収および精製することができる。精製にはまた、高速液体クロマトグラフィー（「ＨＰＬＣ」）も用いることができる。
本開示の抗体には、天然の精製産生物、化学合成手順の産生物、ならびに、例えば、酵母、高等植物、昆虫、および哺乳動物細胞を含めた真核生物宿主に由来する組換え法、または、代替的に、上記で説明した原核生物宿主に由来する組換え法を介して産生される産生物が含まれる。ＢｉｒｃｈおよびＲａｄｎｅｒ（２００６年）、Ａｄｖ． Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ Ｒｅｖ．、５８巻：６７１～６８５頁では、多くの抗体産生系が説明されている。
被験抗体が、タンパク質またはポリペプチドと結合すれば、被験抗体と本開示により提供される抗体とは等価である。また、本開示の抗体が、本明細書に開示される抗体が通常反応性であるタンパク質またはポリペプチドに結合することを、被験抗体が予防するかどうかを決定することにより、ある抗体が、本明細書に開示される抗体と同じ特異性を有するかどうかを、過度の実験なしに決定することも可能である。本明細書に開示されるモノクローナル抗体による結合の低下により示される通り、被験抗体が、本明細書に開示される抗体と競合する場合は、２つの抗体が、同じエピトープまたは近縁のエピトープに結合する可能性が高い。代替的に、本明細書に開示される抗体を、それが通常反応性であるタンパク質と共にプレインキュベートして、被験抗体が、抗原に結合するその能力を阻害されるかどうかを決定することができる。被験抗体が阻害されれば、この抗体は、本明細書に開示される抗体と同じエピトープ特異性または近縁のエピトープ特異性を有する可能性が極めて高い。
「抗体」という用語はまた、全ての免疫グロブリンアイソタイプおよび免疫グロブリンサブクラスの抗体を包含することも意図する。モノクローナル抗体の特定のアイソタイプは、最初の融合体から選択することにより直接調製することもでき、Ｓｔｅｐｌｅｗｓｋｉら（１９８５年）、Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ、８２巻：８６５３頁、またはＳｐｉｒａら（１９８４年）、Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． Ｍｅｔｈｏｄｓ、７４巻：３０７頁において説明されている手順を用いてクラススイッチ改変体を単離するためのｓｉｂ選択法を用いることにより、異なるアイソタイプのモノクローナル抗体を分泌する親ハイブリドーマから二次的に調製することもできる。代替的に、組換えＤＮＡ法も用いることができる。
また、本明細書で説明されるモノクローナル抗体の特異性を伴う他のモノクローナル抗体の単離も、抗イディオタイプ抗体を産生することを介して、当業者により達成され得る（Ｈｅｒｌｙｎら（１９８６年）、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２３２巻：１００頁）。抗イディオタイプ抗体とは、目的のモノクローナル抗体において存在する固有の決定基を認識する抗体である。
本明細書に開示される一部の態様では、抗体を検出可能に、または治療的に標識化することが有用であろう。適切な標識については、前出で説明されている。当技術分野では、抗体を、これらの作用剤とコンジュゲートする方法が公知である。例示だけを目的として述べると、放射性原子、発色団、フルオロフォアなどの検出可能な部分で抗体を標識化することができる。このような標識化抗体は、ｉｎ ｖｉｖｏまたは単離された被験試料における診断法に用いることができる。
抗体を、低分子量のハプテンにカップリングすることにより、アッセイにおける抗体の感度を増大させることができる。次いで、第２の反応により、ハプテンを特異的に検出することができる。例えば、アビジンと反応するビオチン、または特定の抗ハプテン抗体と反応し得るジニトロフェノール、ピリドキサール、およびフルオレセインなどのハプテンを用いることが一般的である。ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ（１９８８年）、前出を参照されたい。
ＶＨ ＣＤＲ １領域および／もしくはＶＬ ＣＤＲ １領域、ＶＨ ＣＤＲ ２領域および／もしくはＶＬ ＣＤＲ ２領域、ならびに／またはＶＨ ＣＤＲ ３領域および／もしくはＶＬ ＣＤＲ ３領域内のアミノ酸残基を変異させて、抗体の１つまたは複数の結合特性（例えば、親和性）を改善することにより、本開示の抗体の可変領域を修飾することができる。変異は、部位指向性変異誘発またはＰＣＲ媒介変異誘発を介して導入することができ、抗体の結合または目的の他の機能的特性に対する効果は、適切なｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイまたはｉｎ ｖｉｖｏアッセイにおいて評価することができる。ある特定の実施形態では、保存的修飾を導入し、典型的にＣＤＲ領域内の１、２、３、４、または５つ以下の残基を変化させる。変異は、アミノ酸の置換、付加、または欠失であり得る。
例えば、１つまたは複数のフレームワーク残基を、対応する生殖細胞系列の配列へと「復帰変異」させることにより、抗体にフレームワーク修飾を施し、免疫原性を低下させることができる。
加えて、本明細書に開示される抗体を操作して、Ｆｃ領域内に、血清半減期（ｓｅｒｕｍ ｈａｌｆ－ｆｉｆｅ）、補体の結合、Ｆｃ受容体の結合、および／または抗原依存性細胞傷害作用など、抗体の１つまたは複数の機能的特性を変化させる修飾を包含させることもできる。このような修飾には、軽鎖および重鎖のアセンブリーを容易にする、または抗体の安定性を増大させる、もしくは減少させる、ヒンジ領域におけるシステイン残基数の変化（米国特許第５，６７７，４２５号）、ならびに抗体の生物学的半減期を短縮する、Ｆｃヒンジ領域におけるアミノ酸の変異（米国特許第６，１６５，７４５号）が含まれるがそれらに限定されない。
加えて、本明細書に開示される抗体は、化学修飾することもできる。例えば、抗体配列内の１つまたは複数のグリコシル化部位を修飾して、抗原に対する抗体の親和性を増大させることにより、抗体のグリコシル化を変化させることができる（米国特許第５，７１４，３５０号；および同第６，３５０，８６１号）。代替的に、抗体依存性細胞介在性細胞傷害作用を増大させるには、グリコシル化機構を変化させた宿主細胞内で抗体を発現させることにより、フコシル残基の量を低減した低フコシル化抗体、またはバイセクティングＧｌｃＮａｃ構造を増大させた抗体を得ることもできる（Ｓｈｉｅｌｄｓら、（２００２年）、Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ．、２７７巻：２６７３３～２６７４０頁；Ｕｍａｎａら、１９９９年、Ｎａｔ． Ｂｉｏｔｅｃｈ．、１７巻：１７６～１８０頁）。
本明細書に開示される抗体またはその断片を、１つまたは複数のポリエチレングリコール（ＰＥＧ）基がこの抗体または抗体断片に結合する条件下で、ＰＥＧまたはＰＥＧの反応性エステルもしくはＰＥＧのアルデヒド誘導体と反応させることにより、これらの抗体をペグ化して、生物学的半減期を延長することができる。抗体のペグ化は、反応性のＰＥＧ分子（または類似する反応性の水溶性ポリマー）とのアシル化反応またはアルキル化反応を介して実施することができる。本明細書で用いられる「ポリエチレングリコール」という用語は、モノ（Ｃ１～Ｃ１０）アルコキシポリエチレングリコールもしくはアリールオキシポリエチレングリコールまたはポリエチレングリコールマレイミドなど、他のタンパク質を誘導体化するのに用いられているＰＥＧの形態のいずれかを包含することを意図する。ペグ化される抗体は、非グリコシル化抗体であり得る。当技術分野では、タンパク質をペグ化する方法が公知であり、本明細書に開示される抗体に適用することができる（ＥＰ０１５４３１６およびＥＰ０４０１３８４）。
加えて、抗体の抗原結合領域を、ヒト血清アルブミンなどの血清タンパク質とコンジュゲートする、または融合させることにより、抗体を化学修飾して、結果として得られる分子の半減期を延長することもできる。このような手法は、例えば、ＥＰ０３２２０９４およびＥＰ０４８６５２５において説明されている。
本開示の抗体またはそれらの断片を、診断薬とコンジュゲートして診断に用い、例えば、疾患の発症または増悪をモニタリングし、所与の処置レジメンの有効性を決定することができる。診断薬の例には、酵素、補欠分子族、蛍光材料、発光材料、生物発光材料、放射性材料、各種の陽電子放射トモグラフィーを用いる陽電子放出性金属、および非放射性常磁性金属イオンが含まれる。検出可能な物質は、抗体またはその断片に直接的にカップリングまたはコンジュゲートすることもでき、当技術分野で公知の技法を用いるリンカーを介して、抗体またはその断片に間接的に連結またはコンジュゲートすることもできる。適切な酵素の例には、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、ベータ－ガラクトシダーゼ、またはアセチルコリンエステラーゼが含まれる。適切な補欠分子族複合体の例には、ストレプトアビジン／ビオチンおよびアビジン／ビオチンが含まれる。適切な蛍光材料の例には、ウンベリフェロン、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミンフルオレセイン、ダンシルクロリド、またはフィコエリトリンが含まれる。発光材料の例には、ルミノールが含まれる。生物発光材料の例には、ルシフェラーゼ、ルシフェリン、およびエクオリンが含まれる。適切な放射性材料の例には、１２５Ｉ、１３１Ｉ、インジウム１１１、ルテチウム１７１、ビスマス２１２、ビスマス２１３、アスタチン２１１、銅６２、銅６４、銅６７、イットリウム９０、ヨウ素１２５、ヨウ素１３１、リン３２、リン３３、スカンジウム４７、銀１１１、ガリウム６７、プラセオジム１４２、サマリウム１５３、テルビウム１６１、ジスプロシウム１６６、ホルミウム１６６、レニウム１８６、レニウム１８８、レニウム１８９、鉛２１２、ラジウム２２３、アクチニウム２２５、鉄５９、セレン７５、ヒ素７７、ストロンチウム８９、モリブデン９９、ロジウム１０５、パラジウム１０９、プラセオジム１４３、プロメチウム１４９、エルビウム１６９、イリジウム１９４、金１９８、金１９９、および鉛２１１が含まれる。モノクローナル抗体は、これらの抗体に共有結合する二官能性のキレート化剤を用いることにより、放射性金属イオンと間接的にコンジュゲートすることができる。キレート化剤は、アミン（ａｍｉｔｉｅｓ）（Ｍｅａｒｅｓら、（１９８４年）Ａｎａｌ． Ｂｉｏｃｈｅｍ．、１４２巻：６８～７８頁）、アミノ酸残基のスルフヒドラール基（Ｋｏｙａｍａ、１９９４年、Ｃｈｅｍ． Ａｂｓｔｒ．、１２０巻：２１７２６２ｔ頁）、および炭水化物基（Ｒｏｄｗｅｌｌら、（１９８６年）、ＰＮＡＳ ＵＳＡ、８３巻：２６３２～２６３６頁；Ｑｕａｄｒｉら、（１９９３年）、Ｎｕｃｌ． Ｍｅｄ． Ｂｉｏｌ．、２０巻：５５９～５７０頁）を介して結合させることができる。
さらに、本開示の抗体またはそれらの断片は、治療薬とコンジュゲートすることもできる。適切な治療薬には、タキソール、シトカラシンＢ、グラミシジンＤ、臭化エチジウム、エメチン、マイトマイシン、エトポシド、テノポシド、ビンクリスチン、ビンブラスチン、コルヒチン、ドキソルビシン、ダウノルビシン、ジヒドロキシアントラシンジオン、ミトキサントロン、ミトラマイシン、アクチノマイシンＤ、１－デヒドロテストステロン、グルココルチコイド、プロカイン、テトラカイン、リドカイン、プロプラノロール、およびピューロマイシン、抗代謝剤（メトトレキサート、６－メルカプトプリン、６－チオグアニン、シタラビン、フルダラビン、５－フルオロウラシル、デカルバジン、ヒドロキシウレア、アスパラギナーゼ、ゲムシタビン、クラドリビンなど）、アルキル化剤（メクロレタミン、チオエパ、クロラムブシル（ｃｈｌｏｒａｍｈｕｃｉｌ）、メルファラン、カルムスチン（ＢＳＮＵ）、ロムスチン（ＣＣＮＵ）、シクロホスファミド、ブスルファン、ジブロモマンニトール、ストレプトゾトシン、ダカルバジン（ＤＴＩＣ）、プロカルバジン、マイトマイシンＣ、シスプラチン、および、カルボプラチンなど他の白金誘導体）、抗生物質（ダクチノマイシン（旧称：アクチノマイシン）、ブレオマイシン、ダウノルビシン（旧称：ダウノマイシン）、ドキソルビシン、イダルビシン、ミトラマイシン、マイトマイシン、ミトキサントロン、プリカマイシン、アントラマイシン（ＡＭＣ））、ジフテリア毒素および類縁分子（ジフテリア毒素Ａ鎖、およびその活性断片、ならびにハイブリッド分子など）、リシン毒素（リシン毒素Ａまたは脱グリコシル化リシン毒素Ａ鎖など）、コレラ毒素、志賀様毒素（ＳＬＴ－Ｉ、ＳＬＴ－ＩＩ、ＳＬＴ－ＩＩＶ）、ＬＴ毒素、Ｃ３毒素、志賀毒素、百日咳毒素、破傷風毒素、ダイズボーマン－バークプロテアーゼ阻害剤、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ外毒素、アロリン、サポリン、モデクシン、ゲラニン、アブリンＡ鎖、モデクシンＡ鎖、アルファ－サルシン、Ａｌｅｕｒｉｔｅｓ ｆｏｒｄｉｉタンパク質、ジアンチンタンパク質、Ｐｈｙｔｏｌａｃｃａ ａｍｅｒｉｃａｎａタンパク質（ＰＡＰＩ、ＰＡＰＩＩ、およびＰＡＰ－Ｓ）、Ｍｏｍｏｒｄｉｃａ ｃｈａｒａｎｔｉａ阻害剤、クルシン、クロチン、Ｓａｐａｏｎａｒｉａ ｏｆｆｉｃｉｎａｌｉｓ阻害剤、ゲロニン、マイトゲリン、レストリクトシン（ｒｅｓｔｒｉｅｔｏｃｉｎ）、フェノマイシン、エノマイシン毒素、混合毒素ならびに抗菌薬または宿主防御ペプチド（例えば、特異的にターゲティングされた抗菌ペプチド（ＳＴＡＭＰ））が含まれる。
追加的な適切なコンジュゲートされた分子には、リボヌクレアーゼ（ＲＮアーゼ）、ＤＮアーゼＩ、アンチセンス核酸、ｓｉＲＮＡ分子などの阻害性ＲＮＡ分子、免疫賦活性核酸、アプタマー、リボザイム、三重鎖形成分子、および外部ガイド配列が含まれる。アプタマーとは、ステムループまたはＧカルテットなど、規定の二次構造および三次構造へとフォールディングされる、１５～５０塩基の範囲の長さの小型核酸であり、ＡＴＰ（米国特許第５，６３１，１４６号）およびテオフィリン（米国特許第５，５８０，７３７号）などの小分子のほか、逆転写酵素（米国特許第５，７８６，４６２号）およびトロンビン（米国特許第５，５４３，２９３号）などの大型分子にも結合し得る。リボザイムとは、化学反応を分子内的にまたは分子間的に触媒することが可能な核酸分子である。リボザイムは、その後に切断される標的基質を認識し、それに結合することにより、核酸基質を切断することが典型的である。三重鎖形成機能を有する核酸分子は、三重鎖を形成することにより二本鎖核酸と相互作用する場合もあり、一本鎖核酸と相互作用する場合もあり、この場合、ＤＮＡの三本鎖は、ワトソン－クリックによる塩基対合およびフーグスティーンによる塩基対合の両方に依存して複合体を形成する。三重鎖分子は、高度な親和性および特異性により、標的領域と結合し得る。適切なコンジュゲート分子は、バイオフィルムアーキテクチャーを創出も安定化もさせず、このようなタンパク質の少なくともサブセットが、本明細書で開示される干渉作用剤についての結合の動態を促進するという条件で、ＤＮＡに結合する、任意のタンパク質をさらに含みうる。
機能性核酸分子は、標的分子により保有される特異的活性のエフェクター、阻害剤、調節剤、および刺激剤として作用する場合もあり、他の分子には依存しない新規の活性を保有する場合もある。
利用可能な多数の方法のうちのいずれかを用いて、治療薬を、直接的にまたは間接的に、抗体に連結することができる。例えば、作用剤を、還元した抗体成分のヒンジ領域に、Ｎ－スクシニル－３－（２－ピリジルジチオ）プロピオネート（ＳＰＤＰ）などの架橋形成剤を用いるジスルフィド結合形成を介して結合させることもでき、抗体のＦｃ領域における炭水化物部分を介して結合させることもできる（Ｙｕら（１９９４年）Ｉｎｔ． Ｊ．
Ｃａｎｃｅｒ、５６巻：２４４頁；Ｕｐｅｓｌａｃｉｓら、「Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ： ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ」内の「Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｂｙ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ」、Ｂｉｒｃｈら（編）、１８７～２３０頁（Ｗｉｌｅｙ－Ｌｉｓｓ， Ｉｎｃ．、１９９５年）；Ｐｒｉｃｅ、「Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ： Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ， Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ
Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ」内の「Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ａｎｄ Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ Ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ Ｐｅｐｔｉｄｅ－Ｄｅｒｉｖｅｄ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ」、Ｒｉｔｔｅｒら（編）、６０～８４頁（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ、１９９５年））。
治療薬を抗体とコンジュゲートする技法は、周知である（Ａｍｏｎら、「Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ａｎｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ」内の「Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ｆｏｒ Ｉｍｍｕｎｏｔａｒｇｅｔｉｎｇ Ｏｆ Ｄｒｕｇｓ Ｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ」、Ｒｅｉｓｆｅｌｄら（編）、２４３～５６頁（Ａｌａｎ Ｒ． Ｌｉｓｓ， Ｉｎｃ．、１９８５年）；Ｈｅｌｌｓｔｒｏｍら、「Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ」（２版）内の「Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ｆｏｒ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ」、Ｒｏｂｉｎｓｏｎら（編）、６２３～５３頁（Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ， Ｉｎｃ．、１９８７年）；Ｔｈｏｒｐｅ、「Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ’８４： Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ」内の「Ａｎｔｉｂｏｄｙ
Ｃａｒｒｉｅｒｓ Ｏｆ Ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ Ａｇｅｎｔｓ Ｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ： Ａ Ｒｅｖｉｅｗ」、Ｐｉｎｃｈｅｒａら（編）、４７５～５０６頁（１９８５年）；「Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ｆｏｒ Ｃａｎｃｅｒ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ａｎｄ Ｔｈｅｒａｐｙ」内の「Ａｎａｌｙｓｉｓ， Ｒｅｓｕｌｔｓ， Ａｎｄ Ｆｕｔｕｒｅ Ｐｒｏｓｐｅｃｔｉｖｅ Ｏｆ Ｔｈｅ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ Ｕｓｅ Ｏｆ Ｒａｄｉｏｌａｂｅｌｅｄ Ａｎｔｉｂｏｄｙ ｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ」、Ｂａｌｄｗｉｎら（編）、３０３～１６頁（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、１９８５年）；およびＴｈｏｒｐｅら（１９８２年）Ｉｍｍｕｎｏｌ． Ｒｅｖ．、６２巻：１１９～５８頁）。
本明細書に開示される抗体またはそれらの抗原結合領域は、別の抗体または受容体のリガンドなど、別の機能性分子に連結して、少なくとも２種以上の異なる結合部位または標的分子に結合する、二重特異性分子または多特異性分子を産生することができる。抗体を、別の抗体、抗体断片、ペプチド、または結合模倣体など、１種または複数種の他の結合分子に連結することは、例えば、化学的カップリング、遺伝子融合、または非共有結合的会合を介して行うことができる。多特異性分子は、第１および第２の標的エピトープに加えて、第３の結合特異性をさらに包含し得る。
当技術分野で公知の方法を用いて、二重特異性分子および多特異性分子を調製することができる。例えば、二重特異性分子（ｈｉ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ）の各結合単位を個別に産生し、次いで、これらを互いとコンジュゲートすることができる。結合分子がタンパク質またはペプチドである場合は、各種のカップリング剤または架橋形成剤を、共有結合的コンジュゲーションに用いることができる。架橋形成剤の例には、プロテインＡ、カルボジイミド、Ｎ－スクシンイミジル－Ｓ－アセチル－チオアセテート（ＳＡＴＡ）、５，５’－ジチオビス（２－ニトロ安息香酸（２－ｎｉｔｒｏｂｅｒｉｚｏｉｃ ａｃｉｄ））（ＤＴＮＢ）、ｏ－フェニレンジマレイミド（ｏＰＤＭ）、Ｎ－スクシンイミジル－３－（２－ピリジルジチオ）プロピオネート（ＳＰＤＰ）、およびスルホスクシンイミジル４－（Ｎ－マレイミドメチル）シクロヘキサン－Ｉ－カルボキシレート（スルホ－ＳＭＣＣ）（Ｋａｒｐｏｖｓｋｙら（１９８４年）Ｊ． Ｅｘｐ． Ｍｅｄ．、１６０巻：１６８６頁；Ｌｉｕら（１９８５年）Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ、８２巻：８６４８頁）が含まれる。結合分子が抗体である場合は、２つの重鎖のＣ末端のヒンジ領域をスルフヒドリル結合させることにより、それらをコンジュゲートすることができる。
本明細書に開示される抗体はまた、固体支持体に結合させることもでき、これはイムノアッセイまたは標的抗原の精製に特に有用である。このような固体支持体には、ガラス、セルロース、ポリアクリルアミド、ナイロン、ポリスチレン、ポリ塩化ビニル、またはポリプロピレンが含まれるがそれらに限定されない。
抗体はまた、多くの異なるキャリアにも結合させることができる。したがって、本開示はまた、抗体および活性または不活性な別の物質を含有する組成物も提供する。周知のキャリアの例には、ガラス、ポリスチレン、ポリプロピレン、ポリエチレン、デキストラン、ナイロン、アミラーゼ、天然セルロースおよび修飾セルロース、ポリアクリルアミド、アガロース、および磁鉄鉱が含まれる。キャリアの性質は、本明細書に開示される目的に応じて、可溶性の場合もあり、不溶性の場合もある。当業者は、モノクローナル抗体を結合させるのに適する他のキャリアについても承知している、または日常的な実験を用いて、このようなキャリアを確認し得るであろう。
本明細書では、干渉作用剤としての、上記で開示した抗体に関与する、組成物および使用法が提供される。また、本明細書で記載される方法における使用のための、他の干渉作用剤および組成物も開示される。一部の実施形態では、本明細書で開示される干渉作用剤は、
（ａ）単離されたまたは組換え型の組込み宿主因子（ＩＨＦ）ポリペプチド、またはそれらのそれぞれの断片もしくは等価物；
（ｂ）単離されたまたは組換え型のヒストン様タンパク質（ＨＵ）ポリペプチドまたはそれらのそれぞれの断片もしくは等価物；
（ｃ）配列番号１２から１７まで、配列番号３１、配列番号３３、アミノ酸配列ＮＰＸＴを含むポリペプチド、またはそれらのそれぞれの断片もしくは等価物を含む、またはそれから本質的になる、単離されたまたは組換え型のポリペプチド；
（ｄ）微生物ＤＮＡへの結合について組込み宿主因子と競合するポリペプチド；
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちの任意の１つをコードする、単離されたまたは組換え型のポリヌクレオチド、あるいはストリンジェントな条件下で、上記ポリヌクレオチド、その等価物もしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチド；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちの任意の１つを特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する、抗体もしくは抗原結合性断片、または各抗体もしくはその抗原結合性断片の等価物もしくは断片；
（ｇ）（ｆ）の抗体もしくは抗原結合性断片をコードする、単離されたまたは組換え型のポリヌクレオチドまたはその相補物；
（ｈ）ＤＮＡＢＩＩタンパク質またはＤＮＡＢＩＩポリペプチドの微生物ＤＮＡへの結合と競合する小分子；
（ｉ）（ｉ）ハイブリドーマ細胞株 ＩｈｆＡ５ ｎＴＨＩ １４Ｇ８．Ｆ５．Ｇ６により産生された抗体、（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、または（ｉｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の群からの抗体；
（ｊ）配列番号５８～１０６、１０８、および１０９に開示されるＣＤＲ配列、配列番号５１に開示される重鎖配列、および／もしくは配列番号５５に開示される軽鎖配列、またはそれらのそれぞれの等価物のうちの１つまたは複数を含む、抗体または抗原結合性断片；あるいは
（ｋ）配列番号１１０～１５９に開示されるＣＤＲ配列、配列番号５３に開示される重鎖配列、および／もしくは配列番号５７に開示される軽鎖配列、またはそれらのそれぞれの等価物のうちの１つまたは複数を含む、抗体または抗原結合性断片の群の干渉作用剤である。
一部の実施形態では、（ｆ）、（ｉ）、（ｊ）、および／または（ｋ）の抗体または抗原結合性断片は、ポリクローナル抗体ではない。
ポリペプチド
本開示の態様は、タンパク質の、少なくともターン部分または「先端部」部分であって、一態様では、アンチパラレルのベータリボンのターンおよび／またはコンセンサス配列ＮＰＸＴ［配列中、「Ｘ」は、任意のアミノ酸である、または代替的に、Ｘは、アミノ酸Ｑ、Ｒ、Ｋ、Ｓ、またはＴから選択される］を含む、ターン部分または「先端部」部分を含む、単離されたまたは組換え型のＤＮＡＢＩＩポリペプチドまたはその断片に関する。本明細書では、このような抗体の非限定的な例を、コンセンサスアミノ酸配列
Figure 0007258003000082
 に下線を付して太字にして開示する。別の態様では、ＤＮＡＢＩＩファミリーメンバーの先端部領域であって、コンセンサス配列ＮＰＸＴ［配列中、「Ｘ」は、任意のアミノ酸である、または代替的に、Ｘは、アミノ酸Ｑ、Ｒ、Ｋ、Ｓ、またはＴから選択される］を含有する先端部領域を変異させる、またはそれを選択することにより、免疫原を得るための方法が提供される。当業者は、これらの配列のうちの任意の１つでは、Ｘ位における残基（下記の例では、二重下線でマークする）を、任意のアミノ酸（例えば、Ｑ、Ｒ、Ｋ、Ｓ、またはＴ）で置換しうることを認識するであろう。例は、
配列番号１３：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＩｈｆＡ；Ａ５断片：
Figure 0007258003000083
配列番号１４：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＨＵ；Ａ５断片：
Figure 0007258003000084
配列番号１７：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＩｈｆＢ；修飾Ｂ４（ｍＢ４）断片：
Figure 0007258003000085
配列番号２６：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＩｈｆＡ；Ａ先端部断片：
Figure 0007258003000086
配列番号２７：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＩｈｆＢ；Ｂ先端部断片：
Figure 0007258003000087
配列番号３１：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＨＵ；断片：
Figure 0007258003000088
 を含む。
一部の実施形態では、ＮＰＸＴを含むポリペプチドは、少なくとも約２０アミノ酸の長さであり、ＮＰＸＴは、配列内の中心にある。このような配列の非限定的な例は、配列番号１３、１４、および３１を含む。
本開示の態様は、干渉作用剤としての、単離されたまたは組換え型の組込み宿主因子（ＩＨＦ）ポリペプチド、またはそれらのそれぞれの断片もしくは等価物と、単離されたまたは組換え型のヒストン様タンパク質（ＨＵ）ポリペプチドまたはそれらのそれぞれの断片もしくは等価物とに関する。一部の態様では、干渉作用剤は、配列番号１２から１７まで、もしくは配列番号３３から選択されるアミノ酸配列、アミノ酸配列ＮＰＸＴを含むポリペプチド、またはそれらのそれぞれの等価物を含む、またはそれから本質的になる、単離されたまたは組換え型のポリペプチドである。
本開示はまた、１４全ての、単離されたポリペプチドまたはそれらのそれぞれの断片もしくは等価物のうちの、２またはそれよりも多く、または３つまたはそれよりも多く、４つまたはそれよりも多く、５つまたはそれよりも多く、６つまたはそれよりも多く、７つまたはそれよりも多く、８つまたはそれよりも多く、９つまたはそれよりも多く、１０またはそれよりも多く、１１またはそれよりも多く、１２またはそれよりも多く、１３またはそれよりも多くを含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなる、単離されたまたは組換え型のポリペプチドも提供する。このようなポリペプチドの例は、配列番号１、２、３、１２から１７まで、および３３、アミノ酸配列ＮＰＸＴを含むポリペプチド、およびそれらのそれぞれの等価物を含む、単離されたまたは組換え型のポリペプチドを含む。これらのポリペプチドの生物学的等価物も、配列が、単離された完全野生型配列を含まないという条件で、本開示にさらに含まれる。
一実施形態では、野生型ポリペプチド、またはＰｅｄｕｌｌａら（１９９６年）、ＰＮＡＳ、９３巻：１５４１１～１５４１６頁において開示されているポリペプチドに対して配列同一性を有する、任意のポリペプチドまたはタンパク質を、本開示から除外する。
上記の実施形態のいずれにおいても、ポリペプチドのＮ末端またはＣ末端にペプチドリンカーを付加することができる。「リンカー」または「ペプチドリンカー」とは、ポリペプチド配列のＮ末端またはＣ末端のいずれかに連結したペプチド配列を指す。一態様では、リンカーは、約１アミノ酸残基から約２０アミノ酸残基までの長さ、あるいは２アミノ酸残基から約１０アミノ酸残基まで、約３アミノ酸残基から約５アミノ酸残基までの長さである。ペプチドリンカーの例は、Ｇｌｙ－Ｐｒｏ－Ｓｅｒ－Ｌｅｕ－Ｌｙｓ－Ｌｅｕ（配列番号４３）である。他の例は、Ｇｌｙ－Ｇｌｙ－Ｇｌｙ（配列番号４４）；Ｇｌｙ－Ｐｒｏ－Ｓｅｒ－Ｌｅｕ（配列番号４５）；Ｇｌｙ－Ｐｒｏ－Ｓｅｒ（配列番号４６）；Ｐｒｏ－Ｓｅｒ－Ｌｅｕ－Ｌｙｓ（配列番号４７）；Ｇｌｙ－Ｐｒｏ－Ｓｅｒ－Ｌｅｕ－Ｌｙｓ（配列番号４８）、およびＳｅｒ－Ｌｅｕ－Ｌｙｓ－Ｌｅｕ（配列番号４９）を含む。
本明細書で開示される、単離されたポリペプチドは、原核宿主細胞および真核宿主細胞から単離された、野生型のおよび組換えによって産生されたポリペプチドおよびタンパク質、ならびにそのムテイン、類似体および断片を含むものとし、このような細胞の例については、上記で記載している。一部の実施形態では、この用語はまた、本明細書で記載される抗体および抗イディオタイプ抗体も含む。このようなポリペプチドが、当技術分野で公知であり本明細書で略述される方法を使用して、単離または産生することができる。
野生型ポリペプチドまたはタンパク質の機能的等価物または改変体、例えば、アミノ酸の保存的アミノ酸置換を有する機能的等価物または変異体もまた、本開示の範囲内にあることが理解される。他の類似体は、抗原提示マトリックスに接続されたポリペプチドを含みうる、本明細書で開示されるタンパク質またはポリペプチドを含む融合タンパク質を含む。
さらなる態様では、ポリペプチドは、検出可能な標識にコンジュゲートまたは連結されている。当技術分野では、適切な標識が公知であり、本明細書でも記載されている。
なおさらなる態様では、検出可能な標識を伴うポリペプチドまたは伴わないポリペプチドは、原核宿主細胞または真核宿主細胞、例えば、樹状細胞などの表面上に含有される場合もあり、そこで発現する場合もある。
タンパク質およびポリペプチドは、当業者に公知の、多数のプロセスによって得られ、これらのプロセスは、精製、化学合成、および組換え法を含む。ポリペプチドは、宿主細胞株などの調製物から、抗体を伴う免疫沈降などの方法、ならびにゲル濾過、イオン交換、逆相、および親和性クロマトグラフィーなどの標準的な技法により単離することができる。このような方法については、例えば、Ｄｅｕｔｓｃｈｅｒら（１９９９年）、「Ｇｕｉｄｅ Ｔｏ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ：Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ」（１８２巻、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ）を参照されたい。したがって、本開示はまた、これらのポリペプチドを得るためのプロセス、ならびにこれらのプロセスにより得ることができる生成物および得られる生成物も提供する。
ポリペプチドはまた、Ｐｅｒｋｉｎ／Ｅｌｍｅｒ／Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．、モデル４３０Ａまたは４３１Ａ、Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ、Ｃａｌｉｆ．、ＵＳＡにより製造された自動ペプチド合成機など、市販の自動ペプチド合成機を使用する化学合成によっても得ることができる。合成されたポリペプチドは、沈殿させ、さらに、例えば、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）により精製することができる。したがって、本開示はまた、アミノ酸および酵素など、タンパク質の配列および試薬を提供し、アミノ酸を、適切な方向および直鎖状配列に、併せて連結することにより、本明細書で開示されるタンパク質を化学的に合成するためのプロセスも提供する。
代替的に、タンパク質およびポリペプチドは、本明細書で記載される宿主細胞およびベクター系を使用して、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（１９８９年）、前出において記載されている周知の組換え法により、得ることができる。
本出願ではまた、本明細書で記載されるポリペプチドであって、診断法における使用のための、検出可能な作用剤とコンジュゲートしたポリペプチドも提供される。例えば、検出可能に標識化したポリペプチドは、カラムに結合させ、抗体を検出し、精製するために使用することができる。検出可能に標識化したポリペプチドはまた、下記で記載される通り、抗体を産生させるための免疫原としても有用である。本明細書で開示されるポリペプチドは、細胞プロセスを調節する作用剤または薬物をスクリーニングするための、ｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイ系において有用である。
当業者には、本明細書で開示されるペプチドを修飾して、それらの特性を変更しうることが周知である。本明細書で使用される場合、「アミノ酸」という用語は、天然アミノ酸および／もしくは非天然アミノ酸または合成アミノ酸のいずれかを指し、グリシンおよびＤ光学異性体またはＬ光学異性体のいずれか、ならびにアミノ酸の類似体およびペプチド模倣薬を含む。３つまたはそれよりも多いアミノ酸のペプチドは一般に、ペプチド鎖が短ければオリゴペプチドと呼ばれる。ペプチド鎖が長ければ、ペプチドは一般に、ポリペプチドまたはタンパク質と呼ばれる。
本明細書で開示されるペプチドは、非天然アミノ酸を含むように修飾することができる。したがって、ペプチドは、ペプチドに特殊な特性をもたらすように、Ｄ－アミノ酸、Ｄ－アミノ酸とＬ－アミノ酸との組合せ、および種々の「デザイナー」アミノ酸（例えば、ベータ－メチルアミノ酸、Ｃ－アルファ－メチルアミノ酸、およびＮ－アルファ－メチルアミノ酸など）を含みうる。加えて、特異的カップリングステップにおいて特異的アミノ酸を割り当てることにより、アルファへリックス、ベータターン、ベータシート、ガンマターンを伴うペプチド、および環式のペプチドも生成させることができる。一般に、アルファ－ヘリックスの二次構造またはランダムな二次構造が、特に有用でありうると考えられている。
本明細書で開示されるポリペプチドは、インプラント、ステント、ペースト、ゲル、歯科インプラント、もしくは医療用インプラントなど、種々の固相キャリアと組み合わせることもでき、ビーズ、滅菌溶液または水溶液、薬学的に許容されるキャリア、薬学的に許容されるポリマー、リポソーム、ミセル、懸濁物、およびエマルションなど、液相キャリアと組み合わせることもできる。非水性溶媒の例は、プロピルエチレングリコール、ポリエチレングリコール、および植物油を含む。ｉｎ ｖｉｖｏで抗体を調製する、または免疫応答を誘導するために使用する場合、キャリアはまた、特異的な免疫応答を非特異的に増進させるために有用なアジュバントも含みうる。当業者は、アジュバントが必要であるのかどうかを容易に決定し、それを選択することができる。しかし、例示だけを目的として、適切なアジュバントは、フロイント完全アジュバントおよびフロイント不完全アジュバント、無機塩類、およびポリヌクレオチドを含むがこれらに限定されない。他の適切なアジュバントは、モノホスホリルリピドＡ（ＭＰＬ）、Ｅ．ｃｏｌｉの易熱性エンテロトキシンの変異体誘導体、コレラ毒素の変異体誘導体、ＣＰＧオリゴヌクレオチド、およびスクアレンに由来するアジュバントを含む。
本開示はまた、単独の、または互いと、もしくは他の作用剤と組み合わせた、本明細書で開示されるポリペプチド、類似体、ムテイン、または断片のうちのいずれか、このような抗生物質、および許容可能なキャリアまたは固体支持体を含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなる医薬組成物も提供する。
これらの組成物は、本明細書で記載される、多様な診断法および治療法に有用である。具体的な実施形態では、本明細書で開示されるポリペプチドを、抗体の生成またはより一般化された免疫応答において使用しうることが想定される。例えば、前記ポリペプチドの、免疫原としての使用は、上記で開示された方法に従う抗体の生成、ならびに下記で開示される診断法および治療法において有用でありうる。本開示に従い想定される実施形態は、単離されたもしくは組換え型のポリヌクレオチドの使用であって、本明細書で開示される抗体を特徴づける、それを同定する、それを精製する、もしくは他の形でそれについてアッセイする使用；単離されたもしくは組換え型のポリヌクレオチドの使用であって、本明細書で開示される抗体を生成させる使用；または単離されたもしくは組換え型のポリヌクレオチドの使用であって、想定されるワクチン中もしくは治療用処方物中の、単独の、もしくは本明細書で開示される抗体と組み合わせた使用を含むがこれらに限定されない。
本開示の態様は、免疫原として使用される、本明細書で開示されるポリペプチドのうちの２つまたはそれよりも多いポリペプチドに関する。例えば、
（ａ）配列番号１２
Figure 0007258003000089
 （ｂ）配列番号１３
Figure 0007258003000090
 （ｃ）配列番号１４
Figure 0007258003000091
 （ｄ）配列番号１５
Figure 0007258003000092
 （ｅ）配列番号１６
Figure 0007258003000093
 （ｆ）配列番号１７
Figure 0007258003000094
 （ｇ）配列番号３３
Figure 0007258003000095
 （ｈ）配列番号３１
Figure 0007258003000096
 （ｉ）アミノ酸配列ＮＰＸＴを含むポリペプチド；あるいは
（ｊ）（ａ）～（ｉ）の等価物であって、等価物が、それらと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、または高ストリンジェンシー条件下で、アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、等価物
を含むがこれらに限定されないポリペプチドに関する。
一部の実施形態では、本明細書で開示されるポリペプチドを使用して、抗体の結合親和性を決定することもでき、かつ／またはペプチドに対して生成させた抗体について予測される親和性に基づき、等価な抗体についてスクリーニングすることもできる。
ポリヌクレオチド
本開示は、上記で同定された、単離されたまたは組換え型のポリペプチドのうちの１つまたは複数をコードする、単離されたまたは組換え型のポリヌクレオチドおよびそれらのそれぞれの相補鎖も提供する。本開示はさらに、上記で同定された抗体のうちの１つまたは複数をコードする、単離されたまたは組換え型のポリヌクレオチドも提供する。単離されたまたは組換え型のポリヌクレオチドまたは抗体を含むベクターであって、その例が、当技術分野で公知であり、本明細書でも略述されるベクターも、さらに提供される。１つを超える、単離されたまたは組換え型のポリヌクレオチドを単一の単位として発現させようとする一態様では、単離されたまたは組換え型のポリヌクレオチドは、ポリシストロニックベクター内に含有されうる。ポリヌクレオチドは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ｍＲＮＡ、またはｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、もしくはｄｓＲＮＡなどの干渉ＲＮＡでありうる。
別の態様では、本開示は、ＤＮＡの、微生物バイオフィルム内のポリペプチドまたはタンパク質への結合に干渉するポリヌクレオチド、または、ホリデイ接合部に似た４方向型接合部ポリヌクレオチド、複製フォークに似た３方向型接合部ポリヌクレオチド、固有の可撓性を有するポリヌクレオチド、もしくは屈曲ポリヌクレオチドである干渉作用剤であって、ＤＮＡＢＩＩポリヌクレオチドを処置しうる、またはＤＮＡＢＩＩポリヌクレオチドが微生物ＤＮＡに結合することを阻害しうる、ならびにバイオフィルムの形成および関連する感染症および障害を処置、予防、または阻害しうる干渉作用剤を提供する。当業者は、本明細書において提供される情報および当業者の知見を使用して、このようなポリヌクレオチドを産生することができる。ＧｏｏｄｍａｎおよびＫａｙ（１９９９年）、Ｊ．
Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍ．、２７４巻（５２号）：３７００４～３７０１１頁およびＫａｍａｓｈｅｖおよびＲｏｕｖｉｅｒｅ－Ｙａｎｉｖ（２０００年）、ＥＭＢＯ
Ｊ．、１９巻（２３号）：６５２７～６５３５頁を参照されたい。
本開示はさらに、ＲＮＡ転写のプロモーター、ならびにＤＮＡまたはＲＮＡの複製および／または一過性発現もしくは安定的発現のための他の調節配列に作動可能に連結した、単離されたまたは組換え型のポリヌクレオチドも提供する。本明細書で使用される場合、「作動可能に連結した」という用語は、プロモーターが、ＤＮＡ分子からＲＮＡの転写を導くように位置づけられていることを意味する。このようなプロモーターの例は、ＳＰ６、Ｔ４、およびＴ７である。ある特定の実施形態では、挿入されたポリヌクレオチドを細胞特異的に発現させるために、細胞特異的なプロモーターを使用する。当技術分野では、プロモーターまたはプロモーター／エンハンサーを、終結コドンおよび選択マーカー配列、ならびに、挿入されるＤＮＡの小片をそのプロモーターに作動可能に連結しうるクローニング部位と共に含有するベクターが公知であり、市販されている。一般的な方法およびクローニング戦略については、「Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ」（Ｇｏｅｄｄｅｌ編、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｉｎｃ．（１９９１年））およびそこで引用されている参照文献、ならびに種々の適切なベクターについてのマップ、機能的特性、販売元、およびＧｅｎＥＭＢＬ受託番号の参照を含有する、「Ｖｅｃｔｏｒｓ： Ｅｓｓｅｎｔｉａｌ Ｄａｔａ Ｓｅｒｉｅｓ」（ＧａｃｅｓａおよびＲａｍｊｉ編、Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ、Ｎ．Ｙ．（１９９４年））を参照されたい。
一実施形態では、本明細書で開示されるポリヌクレオチドに由来するポリヌクレオチドは、本明細書で記載される、診断的有用性および治療的有用性を有するポリペプチドまたはタンパク質、ならびに、存在する場合もあり、存在しない場合もある、タンパク質の転写物を同定するためのプローブをコードする。これらの核酸断片は、例えば、より大型のポリヌクレオチドを制限酵素消化することにより調製することができ、次いで、検出可能なマーカーで標識化することができる。代替的に、分子のニックトランスレーションを使用してランダムな断片を生成させることもできる。そのような断片を調製および標識化するための方法については、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（１９８９年）、前出を参照されたい。
これらの核酸を含有する発現ベクターは、タンパク質およびポリペプチドを産生するための宿主ベクター系を得るために有用である。これらの発現ベクターは宿主生物体において、エピソームとして、または染色体ＤＮＡの不可欠な一部として複製可能でなければならないことが示されている。適切な発現ベクターの非限定的な例は、プラスミド、酵母ベクター、ウイルスベクターおよびリポソームを含む。アデノウイルスベクターは、ｉｎ ｖｉｔｒｏおよびｉｎ ｖｉｖｏのいずれにおいても発現が高レベルであり、細胞を効率的に形質転換するため、ｉｎ ｖｉｖｏにおいて、遺伝子を組織に導入するために特に有用である。核酸を、適切な宿主細胞、例えば、原核細胞または真核細胞および宿主細胞複製物に挿入する場合、タンパク質は、組換えによって産生することができる。適切な宿主細胞はベクターに依存し、公知の方法を使用して構築した哺乳動物細胞、動物細胞、ヒト細胞、サル細胞、昆虫細胞、酵母細胞、および細菌細胞を含みうる。Ｓａｍｂｒｏｏｋら（１９８９年）、前出を参照されたい。外因性の核酸を細胞に挿入するためのウイルスベクターの使用に加えて、核酸は、細菌細胞のための形質転換；哺乳動物細胞のための、リン酸カルシウム沈降を使用したトランスフェクション；またはＤＥＡＥ－デキストラン；電気穿孔；またはマイクロインジェクションなど、当技術分野で公知の方法により、宿主細胞に挿入することができる。方法についてはＳａｍｂｒｏｏｋら（１９８９年）、前出を参照されたい。したがって、本開示は、タンパク質またはポリペプチドまたは抗体をコードするポリヌクレオチドを含有する宿主細胞、例えば、哺乳動物細胞、動物細胞（ラットまたはマウス）、ヒト細胞、または細菌細胞などの原核細胞も提供する。
ポリヌクレオチドは、メチル化されたヌクレオチドおよびヌクレオチド類似体など、修飾されたヌクレオチドを含みうる。存在する場合、ヌクレオチド構造の修飾は、ポリヌクレオチドの組立ての前に付与することもでき、組立ての後で付与することもできる。ヌクレオチドの配列を非ヌクレオチド構成成分で中断することができる。ポリヌクレオチドは、重合後に、標識化構成成分とコンジュゲートすることなどにより、さらに修飾することもできる。この用語はまた、二本鎖分子および一本鎖分子の両方を指す。そうでないことが指定または要請されない限り、ポリヌクレオチドである本明細書で開示される任意の実施形態は、二本鎖形態と、二本鎖形態を成すことが公知である、または予測される２つの相補的な一本鎖形態のそれぞれとの両方を包含する。
ベクターを、ｉｎ ｖｉｖｏまたはｅｘ ｖｉｖｏにおける遺伝子療法のために使用する場合、複製能力のないレトロウイルスまたはアデノウイルスベクターなど、薬学的に許容されるベクターが例示的であり（しかし、非限定的であり）、特に有用である。本明細書で開示される核酸を含有する、薬学的に許容されるベクターは、挿入されたポリヌクレオチドを一過性に、または安定的に発現させるためにさらに修飾することができる。本明細書で使用される場合、「薬学的に許容されるベクター」という用語は、核酸を、分裂細胞に選択的にターゲティングし、導入する能力を有するベクターまたは送達ビヒクルを含むがこれらに限定されない。そのようなベクターの例は、ウイルスタンパク質を産生することができず、感染した宿主細胞内のベクターの拡散を不可能とすることにより規定される、「複製能力のない」ベクターである。複製能力のないレトロウイルスベクターの例は、ＬＮＬ６（Ｍｉｌｌｅｒら（１９８９年）、ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ、７巻：９８０～９９０頁）である。遺伝子マーカーの、レトロウイルスを媒介する遺伝子移入のために、複製能力のないレトロウイルスを使用する方法が確立されている（Ｂｏｒｄｉｇｎｏｎ（１９８９年）、ＰＮＡＳ ＵＳＡ、８６巻：８９１２～８９５２頁；Ｃｕｌｖｅｒ（１９９１年）、ＰＮＡＳ ＵＳＡ、８８巻：３１５５頁；およびＲｉｌｌ（１９９１年）、Ｂｌｏｏｄ、７９巻（１０号）：２６９４～２７００頁）。
本開示はまた、本明細書で開示されるポリヌクレオチドを含有し、かつ／または発現させる、遺伝子改変された細胞も提供する。遺伝子改変された細胞は、プロモーターまたは遺伝子活性化因子など、上流の調節配列を挿入することにより産生することができる（米国特許第５，７３３，７６１号を参照されたい）。
ポリヌクレオチドは、検出可能なマーカーおよび／または精製マーカー、例えば、細胞における核酸および／または遺伝子の発現を検出するための酵素標識または放射性同位元素とコンジュゲートすることができる。当技術分野では、検出可能なシグナルを生じることができる蛍光リガンド、放射性リガンド、酵素リガンド、またはアビジン／ビオチンなど、他のリガンドを含む、多種多様な適切な検出可能なマーカーが公知である。一態様では、放射性試薬または他の環境的に望ましくない試薬の代わりに、蛍光標識、またはウレアーゼ、アルカリホスファターゼ、もしくはペルオキシダーゼなどの酵素タグを使用することが所望される可能性が高い。酵素タグの場合、熱量測定的指示基質を利用して、相補的な核酸含有試料との特異的なハイブリダイゼーションを同定するための、目視可能な手段または分光光度的に検出可能な手段をもたらすことができる。したがって、本開示はさらに、標的の一本鎖ポリヌクレオチドを、本明細書で開示されるポリヌクレオチドの一部である、標識化された一本鎖のポリヌクレオチド（プローブ）と、相補的な一本鎖ポリヌクレオチドのハイブリダイゼーションが可能になる条件下で（任意選択で、中程度にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件）、または任意選択で、高度にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で接触させることにより、一本鎖ポリヌクレオチドまたはその相補物を検出するための方法も提供する。ハイブリダイズしたポリヌクレオチド対は、ハイブリダイズしなかった一本鎖ポリヌクレオチドから分離する。ハイブリダイズしたポリヌクレオチド対は、当業者に公知の方法、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（１９８９年）、前出に明示されている方法を使用して検出する。
本開示において具体化されるポリヌクレオチドは、化学合成、組換えクローニング法、ＰＣＲ、またはこれらの任意の組合せを用いて得ることができる。当技術分野では、化学的なポリヌクレオチド合成法が公知であり、本明細書で詳細に記載する必要はない。当業者は、ＤＮＡ合成機を利用することにより、または市販のサービスを依頼することにより、所望のポリヌクレオチドを得るのに、本明細書で提供される配列データを使用することができる。
本明細書で開示されるポリヌクレオチドは、ＰＣＲを使用して単離または複製することができる。ＰＣＲ技術は、米国特許第４，６８３，１９５号；同第４，８００，１５９号；同第４，７５４，０６５号；および同第４，６８３，２０２号の主題であり、「ＰＣＲ：Ｔｈｅ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ」（Ｍｕｌｌｉｓら編、Ｂｉｒｋｈａｕｓｅｒ Ｐｒｅｓｓ、Ｂｏｓｔｏｎ（１９９４年））またはＭａｃＰｈｅｒｓｏｎら（１９９１年）および（１９９５年）、前出、ならびにそこに引用されている参考文献において記載されている。代替的に、当業者は、本明細書で提供される配列および市販のＤＮＡ合成機を使用して、ＤＮＡを複製することもできる。したがって、本開示はまた、ポリヌクレオチドの直鎖状配列、ヌクレオチド、適切なプライマー分子、酵素などの化学物質、およびそれらを複製するための指示をもたらし、ポリヌクレオチドを得るように、ヌクレオチドを、適切な方向に化学的に複製または連結することにより、本明細書で開示されるポリヌクレオチドを得るためのプロセスも提供する。別の実施形態では、これらのポリヌクレオチドをさらに単離する。なおさらに、当業者は、複製し、増幅するために、ポリヌクレオチドを適切な複製ベクターに挿入し、そのベクターを適切な宿主細胞（原核細胞または真核細胞）に挿入することができる。こうして増幅されたＤＮＡは、当業者に公知の方法により、細胞から単離することができる。本明細書では、この方法によりポリヌクレオチドを得るためのプロセス、ならびにこうして得られたポリヌクレオチドもさらに提供される。
ＲＮＡは、まず、ＤＮＡポリヌクレオチドを、適切な宿主細胞に挿入することにより得ることができる。ＤＮＡは、任意の適切な方法により、例えば、適切な遺伝子送達ビヒクル（例えば、リポソーム、プラスミド、またはベクター）を使用することにより送達することもでき、電気穿孔により送達することもできる。細胞が複製され、ＤＮＡがＲＮＡに転写されたら、次いで、当業者に公知の方法、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（１９８９年）、前出において明示されている方法を使用して、ＲＮＡを単離することができる。例えば、ｍＲＮＡは、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（１９８９年）、前出において明示されている手順に従い、種々の溶菌酵素または化学溶液を使用して単離することもでき、製造者によって提供される添付の説明書に従い、核酸結合性樹脂により抽出することもできる。
本明細書で開示されるポリヌクレオチドに対する配列相補性または配列相同性を示すポリヌクレオチドは、ハイブリダイゼーションプローブとして、または本明細書で同定される特異的なポリヌクレオチドの等価物として有用である。転写物の完全なコード配列は公知であるので、この配列または相同な配列の任意の部分を、本明細書で開示される方法において用いることができる。
当技術分野では、特異的なハイブリダイゼーションのために、「完全に一致する」プローブは必要とされないことが公知である。少数の塩基の置換、欠失、または挿入により達成される、プローブ配列の軽微な変化は、ハイブリダイゼーションの特異性に影響を及ぼさない。一般に、２０％程度の塩基対のミスマッチ（最適にアラインメントした場合）が容認されうる。一部の実施形態では、前述のｍＲＮＡを検出するために有用なプローブは、相同領域と少なくとも約８０％同一である。一部の実施形態では、プローブは、相同な領域とアラインメントした後で、対応する遺伝子配列と８５％同一であり、一部の実施形態では、プローブは９０％の同一性を示す。
これらのプローブをラジオアッセイ（例えば、サザンブロット分析およびノーザンブロット分析）において使用して、これらの細胞を含有する種々の細胞または組織を検出、予後診断、診断、またはモニタリングすることができる。プローブはまた、本明細書で開示されるポリヌクレオチドに対応する遺伝子の発現を検出するためのハイスループットスクリーニングアッセイにおいて使用するために、チップなどの固体支持体またはアレイに付着させることもできる。したがって、本開示は、ハイスループットスクリーニングにおいて使用するために固体支持体に付着させた、本明細書で開示されるポリヌクレオチド、またはその等価物、またはその相補物、またはその断片を含む、またはそれに対応するプローブも提供する。
断片の全体のサイズ、ならびに相補的なストレッチのサイズは、特定の核酸セグメントの、意図される使用または適用に依存する。より小型の断片は、一般に、ハイブリダイゼーションの実施形態において使用され、相補領域の長さは、少なくとも５～１０ヌクレオチドから約１００ヌクレオチドの間など、変動する場合もあり、なおまたは、検出することが望まれる相補配列に従い、全長の場合もある。
ハイブリッドの安定性および選択性を増大させ、これにより、得られる特定のハイブリッド分子の特異性を改善するために、５ヌクレオチド超から１０ヌクレオチドの長さのストレッチにわたる相補配列を有するヌクレオチドプローブが一般に好適である。ある特定の実施形態では、１０ヌクレオチドもしくはこれを超える長さ、または５０ヌクレオチドを超える長さの遺伝子相補的ストレッチ、あるいは、所望の場合、さらに長い遺伝子相補的ストレッチを有するポリヌクレオチドを設計することができる。このような断片は、例えば、化学的手段を介して、断片を直接合成することによりたやすく調製することもでき、米国特許第４，６０３，１０２号において記載されている、２つのプライミングオリゴヌクレオチドを伴うＰＣＲ技術などの核酸複製（ｒｅｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ）技術を適用することによりたやすく調製することもでき、組換えによる産生のために、選択された配列を、組換えベクターに導入することによりたやすく調製することもできる。一態様では、プローブは、約５０～７５ヌクレオチドもしくはこれを超える長さ、または代替的に、５０～１００ヌクレオチドの長さである。
本開示のポリヌクレオチドは、本明細書に記載される細胞において発現させる遺伝子または遺伝子転写物を検出するためのプライマーとして用いられうる。この文脈では、増幅とは、標的配列を妥当な忠実度で複製すること（ｒｅｐｌｉｃａｔｉｎｇ）ができるプライマー依存性のポリメラーゼを利用する、任意の方法を意味する。増幅は、Ｔ７ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｅ．ｃｏｌｉ ＤＮＡポリメラーゼのクレノウ断片、および逆転写酵素などの、天然ＤＮＡポリメラーゼまたは組換えＤＮＡポリメラーゼにより行うことができる。例示だけを目的として、プライマーは、プローブについて同定された長さと同じ長さである。
ポリヌクレオチドを増幅するための１つの方法はＰＣＲであり、ＰＣＲ増幅のためのキットは市販されている。増幅後、結果として得られるＤＮＡ断片は、当技術分野で公知の任意の適切な方法、例えば、アガロースゲル電気泳動、その後の臭化エチジウム染色および紫外線照射を伴う視覚化により検出することができる。
有効量の遺伝子送達ベクターまたはビヒクルを細胞に投与するための方法が開発されており、当業者に公知であり、本明細書でも記載される。当技術分野では、細胞における遺伝子発現を検出するための方法が公知であり、ＤＮＡマイクロアレイへのハイブリダイゼーション、ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、ＰＣＲ、ＲＮアーゼ保護アッセイおよびノーザンブロット分析などの技法を含む。このような方法は、細胞における遺伝子の発現を検出し、定量化するために有用である。代替的に、コードされるポリペプチドの発現は、種々の方法によって検出することもできる。特に、標的ポリペプチドと特異的に反応性である、ポリクローナル抗体またはモノクローナル抗体を調製することが有用である。このような抗体は、例えば、免疫組織学法、ＥＬＩＳＡ、およびウェスタンブロット法などの技法を使用して、ポリペプチドを発現させる細胞を視覚化するために有用である。これらの技法を使用して、発現させたポリヌクレオチドの発現レベルを決定することができる。
組成物
組成物がさらに提供される。組成物は、キャリアと、本明細書に開示される単離されたポリペプチド、本明細書に開示される単離されたポリヌクレオチド、本明細書に開示されるベクター、本明細書に開示される単離された宿主細胞、小分子、または本明細書に開示される抗体のうちの１つまたは複数とを含む。キャリアは、固体支持体または薬学的に許容されるキャリアのうちの１つまたは複数であり得る。組成物は、ワクチンとしての投与に適するアジュバントまたは他の成分をさらに含み得る。一態様では、組成物を、１種または複数種の薬学的に許容される賦形剤、希釈剤、キャリア、および／またはアジュバントと共に処方する。加えて、本開示の組成物についての実施形態は、１種または複数種の薬学的に許容される物質と共に処方された、本明細書に開示される単離されたポリペプチド、本明細書に開示される単離されたポリヌクレオチド、本明細書に開示されるベクター、小分子、本明細書に開示される単離された宿主細胞、または本開示の抗体のうちの１つまたは複数も包含する。
経口調製物の場合、本明細書で説明される単離されたもしくは組換え型のポリペプチド、本明細書で説明される単離されたもしくは組換え型のポリヌクレオチド、本明細書で説明されるベクター、本明細書で説明される単離された宿主細胞、小分子、または本明細書で説明される抗体のうちの任意の１つまたは複数を、単独で用いることもでき、錠剤、粉末、顆粒、またはカプセルを作製するのに適切な添加剤と組み合わせた化合物、例えば、ラクトース、マンニトール、トウモロコシデンプン、またはバレイショデンプンなど、従来の添加剤；微晶質セルロース（ｃｒｙｓｔａｌｌｉｎｅ ｃｅｌｌｕｌｏｓｅ）、セルロース誘導体、アカシアガム、トウモロコシデンプン、またはゼラチンなどの結合剤；トウモロコシデンプン、バレイショデンプン、またはカルボキシメチルセルロースナトリウムなどの崩壊剤；滑石またはステアリン酸マグネシウムなどの潤滑剤；ならびに、所望の場合は、希釈剤、緩衝剤、保湿剤、防腐剤、および矯味矯臭剤と組み合わせた化合物を含む、またはこの化合物から本質的になる本明細書に開示される医薬処方物中で用いることもできる。薬学的に適合性の結合剤および／またはアジュバント材料は、組成物の一部として組み入れることができる。錠剤、丸薬、カプセル、トローチなどは、以下の成分または類似の性質の化合物：微晶質セルロース、トラガカントガム、もしくはゼラチンなどの結合剤；デンプンもしくはラクトースなどの賦形剤；アルギン酸、Ｐｒｉｍｏｇｅｌ、もしくはトウモロコシデンプンなどの崩壊剤；ステアリン酸マグネシウムもしくはＳｔｅｒｏｔｅｓなどの潤滑剤；コロイド性二酸化ケイ素などの流動促進剤；スクロースもしくはサッカリンなどの甘味剤；またはペパーミント、サリチル酸メチル、もしくはオレンジ香料などの矯味矯臭剤のうちのいずれかを含有し得る。
経口投与に適する医薬処方物および単位用量形態は、慢性状態、感染症の処置、および患者が薬物を自己投与する療法において特に有用である。一態様では、処方物が、小児科投与に特異的である。
本開示は、本明細書に開示される単離されたポリペプチド、本明細書に開示される単離されたポリヌクレオチド、本明細書に開示されるベクター、本明細書に開示される単離された宿主細胞、または本明細書に開示される抗体のうちの１つまたは複数を、水性溶媒、あるいは植物油もしくは他の類似の油、合成脂肪族系酸グリセリド、高級脂肪族系酸のエステル、またはプロピレングリコールなどの非水性溶媒中で、かつ、所望の場合は、可溶化剤、等張剤、懸濁剤、乳化剤、安定化剤および防腐剤、または他の抗菌薬など、従来の添加剤と共に、溶解させる、懸濁させる、または乳化させることにより、本開示に従い注射するための調製物へと処方することができる。このような添加剤の非限定的な例は、表面抗原、例えば、ＯＭＰ Ｐ５、ＯＭＰ ２６、ＯＭＰ Ｐ２、またはワクチン成分、例えば、ＩＶ型ピリンタンパク質（ＪｕｒｃｉｓｅｋおよびＢａｋａｌｅｔｚ（２００７年）、Ｊ． ｏｆ Ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｙ、１８９巻（１０号）：３８６８～３８７５頁；ならびにＭｕｒｐｈｙ、Ｔ．Ｆら（２００９年）、Ｔｈｅ Ｐｅｄｉａｔｒｉｃ Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ Ｄｉｓｅａｓｅ Ｊｏｕｒｎａｌ、２８巻：Ｓ１２１～Ｓ１２６頁を参照されたい）および抗菌薬など、他のワクチン成分に対する抗体である別の治療剤である。静脈内投与の場合、適切なキャリアには、生理学的、静菌水、Ｃｒｅｍｏｐｈｏｒ
ＥＬ（商標）（ＢＡＳＦ、Ｐａｒｓｉｐｐａｎｙ、Ｎ．Ｊ．）、またはリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）が含まれる。いずれの場合にも、非経口投与のための組成物は、無菌でなければならず、シリンジ注射が容易に可能となる程度の流体であるべきである。
本開示により提供されるエアゾール処方物は、吸入を介して投与することができ、噴霧体に基づく場合もあり、非噴霧体に基づく場合もある。例えば、本明細書に開示される医薬処方物の実施形態は、ジクロロジフルオロメタン、プロパン、窒素など、加圧された許容可能な噴霧体へと処方される本明細書に開示される化合物を含む。吸入投与の場合、化合物は、適切な噴霧体、例えば、二酸化炭素などのガスを含有する加圧された容器もしくは分注器、または噴霧器からのエアゾールスプレーの形態で送達することができる。非噴霧体の非限定的な例は、機械的な力により（すなわち、指でピストンを押し下げる、または容器の壁面に適用される圧縮力、または壁面自体により加えられる弾性力（例えば、弾性の袋（ｂｌａｄｄｅｒ）を介する）などを介する容器の圧縮により）閉鎖容器から駆出されるポンプスプレーである。
本明細書に開示される坐剤は、本明細書に開示される化合物を、乳化基剤または水溶性基剤など、各種の基剤のうちのいずれかと混合することにより調製することができる。本明細書に開示される化合物によるこの医薬処方物についての実施形態は、坐剤を介して直腸に投与することができる。坐剤は、体温では溶融するが、室温では固化するココアバター、カーボワックス、およびポリエチレングリコールなどのビヒクルを包含し得る。
シロップ、エリキシル、および懸濁物など、経口投与または直腸投与のための単位剤形を提供することが可能であり、各用量単位、例えば、茶さじ１杯分、料理用スプーン１杯分、錠剤、または坐剤は、本明細書に開示される１つまたは複数の化合物を含有する所定量の組成物を含有する。同様に、注射または静脈内投与のための単位剤形は、滅菌水、通常の生理食塩水、または薬学的に許容される別のキャリア中の溶液としての組成物中に本明細書に開示される化合物を含み得る。
本明細書に開示される医薬処方物についての実施形態は、本明細書に開示される単離されたポリペプチド、本明細書に開示される単離されたポリヌクレオチド、本明細書に開示されるベクター、本開示で用いられる小分子、本明細書に開示される単離された宿主細胞、または本明細書に開示される抗体のうちの１つまたは複数が、注射用組成物へと処方される医薬処方物を包含する。本明細書に開示される注射用医薬処方物は、溶液または懸濁物として調製される、または注射前に液体のビヒクル中で溶解または懸濁させるのに適する固体形態として調製される。調製物はまた、本明細書に開示される医薬処方物についての他の実施形態に従い、乳化させることもでき、有効成分をリポソームビヒクル中に封入することもできる。
ある実施形態では、本明細書に開示される単離されたポリペプチド、本明細書に開示される単離されたポリヌクレオチド、本明細書に開示されるベクター、本明細書に開示される単離された宿主細胞、または本明細書に開示される抗体のうちの１つまたは複数を、持続送達系を介する送達のために処方する。本明細書では、「持続送達系」という用語を、「制御送達系」と互換的に用い、それらのうちの多種多様なデバイスが当技術分野において公知である、カテーテル、注射デバイスなどと組み合わせた持続（例えば、制御）送達デバイス（例えば、ポンプ）を包含する。
機械的注入ポンプまたは電気機械的注入ポンプもまた、本開示と共に用いるのに適する場合がある。このようなデバイスの例には、例えば、米国特許第４，６９２，１４７号；同第４，３６０，０１９号；同第４，４８７，６０３号；同第４，３６０，０１９号；同第４，７２５，８５２号；同第５，８２０，５８９号；同第５，６４３，２０７号；同第６，１９８，９６６号などで説明されているデバイスが含まれる。一般に、本明細書に開示される化合物の送達は、各種の再充填可能なポンプシステムのうちのいずれかを用いて達成することができる。ポンプは、ある時間にわたり、一定の制御放出をもたらす。一部の実施形態では、本明細書に開示される化合物が、薬物不透過性レザバ内の液体処方物であり、個体に持続的に送達される。
一実施形態では、薬物送達系が、少なくとも部分的に植え込み式のデバイスである。植え込み式デバイスは、当技術分野で周知の方法およびデバイスを用いて、任意の適切な植え込み部位において植え込むことができる。植え込み部位は、薬物送達デバイスが導入および配置される、対象の体内の部位である。植え込み部位には、皮下（ｓｕｂｄｅｒｍａｌ、ｓｕｂｃｕｔａｎｅｏｕｓ）部位、筋肉内部位または対象の体内の他の適切な部位が含まれるが必ずしもそれらに限定されない。一部の実施形態では、薬物送達デバイスの植え込みおよび除去が簡便であるため、皮下（ｓｕｂｃｕｔａｎｅｏｕｓ）の植え込み部位を用いる。
本開示で用いるのに適する薬物放出デバイスは、各種の作動方式のうちのいずれかに基づき得る。例えば、薬物放出デバイスは、拡散システムに基づく場合もあり、対流システムに基づく場合もあり、浸食システム（例えば浸食ベースのシステム）に基づく場合もある。例えば、薬物放出デバイスは、電気化学式ポンプ、浸透圧ポンプ、電気浸透圧ポンプ、蒸気圧ポンプ、または浸透圧バーストマトリックス（ｏｓｍｏｔｉｃ ｂｕｒｓｔｉｎｇ ｍａｔｒｉｘ）であることが可能であり、例えば、薬物をポリマー中に組み込み、このポリマーが、薬物含浸性ポリマー材料（例えば、生体分解性の薬物含浸性ポリマー材料）の分解と共時的に薬物処方物を放出するポンプであり得る。他の実施形態では、薬物放出デバイスが、電気拡散システム、電気溶解式ポンプ、気泡ポンプ、圧電ポンプ、加水分解システムなどに基づく。
機械的注入ポンプまたは電気機械的注入ポンプに基づく薬物放出デバイスもまた、本開示と共に用いるのに適する場合がある。このようなデバイスの例には、例えば、米国特許第４，６９２，１４７号；同第４，３６０，０１９号；同第４，４８７，６０３号；同第４，３６０，０１９号；同第４，７２５，８５２号などで説明されているデバイスが含まれる。一般に、対象の処置法は、各種の再充填可能な非交換型ポンプシステムのうちのいずれかを用いて達成することができる。ポンプおよび他の対流システムは、それらの、ある時間にわたる一般に一定である程度の高い制御放出のために、利用され得る。一部の実施形態では、浸透圧ポンプが、一定である程度の高い制御放出と比較的小型のサイズとを組み合わせた利点のために用いられる（例えば、ＰＣＴ国際特許出願公開第ＷＯ ９７／２７８４０号；ならびに米国特許第５，９８５，３０５号および同第５，７２８，３９６号を参照されたい）。本開示で用いるのに適する例示的な浸透圧駆動式デバイスには、米国特許第３，７６０，９８４号；同第３，８４５，７７０号；同第３，９１６，８９９号；同第３，９２３，４２６号；同第３，９８７，７９０号；同第３，９９５，６３１号；同第３，９１６，８９９号；同第４，０１６，８８０号；同第４，０３６，２２８号；同第４，１１１，２０２号；同第４，１１１，２０３号；同第４，２０３，４４０号；同第４，２０３，４４２号；同第４，２１０，１３９号；同第４，３２７，７２５号；同第４，６２７，８５０号；同第４，８６５，８４５号；同第５，０５７，３１８号；同第５，０５９，４２３号；同第５，１１２，６１４号；同第５，１３７，７２７号；同第５，２３４，６９２号；同第５，２３４，６９３号；同第５，７２８，３９６号などにおいて説明されているデバイスが含まれるが必ずしもそれらに限定されない。本開示に適合させ得るさらなる例示的なデバイスは、Ｓｙｎｃｈｒｏｍｅｄ注入ポンプ（Ｍｅｄｔｒｏｎｉｃ）である。
一部の実施形態では、薬物送達デバイスが、植え込み式デバイスである。薬物送達デバイスは、当技術分野で周知の方法およびデバイスを用いて、任意の適切な植え込み部位において植え込むことができる。本明細書で言及される通り、植え込み部位は、薬物送達デバイスが導入および配置される、対象の体内の部位である。植え込み部位には、皮下（ｓｕｂｄｅｒｍａｌ、ｓｕｂｃｕｔａｎｅｏｕｏｓ）部位、筋肉内部位または対象の体内の他の適切な部位が含まれるが必ずしもそれらに限定されない。
本明細書に開示される化合物に適する賦形剤ビヒクルは、例えば、水、生理食塩水、デキストロース、グリセロール、エタノールなど、およびこれらの組合せである。加えて、所望の場合、ビヒクルは、湿潤剤、または乳化剤、またはｐＨ緩衝剤など、微量の補助物質も含有し得る。本開示について考慮するとき、当業者には、このような剤形を調製する方法が公知である、または明らかであろう。例えば、「Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ」、Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙ、Ｅａｓｔｏｎ、Ｐａ、１７版、１９８５年を参照されたい。いずれにせよ、投与される組成物または処方物は、処置される対象において所望の状態を達成するのに十分な量の化合物を含有する。
本開示の組成物には、持続放出マトリックスまたは制御放出マトリックスを含む組成物が含まれる。加えて、本開示の実施形態は、持続放出処方物を用いる他の処置と共に用いることもできる。本明細書で用いられる持続放出マトリックスとは、通常はポリマーである、酵素的加水分解もしくは酸ベースの加水分解、または溶解を介して分解可能な材料から作製されるマトリックスである。体内に挿入されると、マトリックスは、酵素および体液により作用を受ける。持続放出マトリックスは、リポソーム、ポリラクチド（ポリ乳酸）、ポリグリコリド（グリコール酸のポリマー）、ポリラクチド－ｃｏ－グリコリド（乳酸とグリコール酸とのコポリマー）、ポリ無水物、ポリ（オルト）エステル、ポリペプチド、ヒアルロン酸、コラーゲン、硫酸コンドロイチン、カルボン酸、脂肪酸、リン脂質、多糖、核酸、ポリアミノ酸、フェニルアラニン（ｐｈｅｎｙｌａｔａｎｉｎｅ）、チロシン、イソロイシンなどのアミノ酸、ポリヌクレオチド、ポリビニルプロピレン、ポリビニルピロリドン、およびシリコーンなどの生体適合性材料から選択することが望ましい。例示的な生体分解性マトリックスには、ポリラクチドマトリックス、ポリグリコリドマトリックス、およびポリラクチド－ｃｏ－グリコリド（乳酸とグリコール酸とのコポリマー）マトリックスが含まれる。
別の実施形態では、制御放出系により干渉作用剤または抗体（ならびに組合せ組成物）を送達する。例えば、本明細書に開示される化合物は、静脈内注入、植え込み式浸透圧ポンプ、経皮的パッチ、リポソーム、または他の投与方式を用いて投与することができる。一実施形態では、ポンプを用いることができる（Ｓｅｆｔｏｎ（１９８７年）、ＣＲＣ Ｃｒｉｔ． Ｒｅｆ． Ｂｉｏｍｅｄ． Ｅｎｇ．、１４巻：２０１頁；Ｂｕｃｈｗａｌｄら（１９８０年）、Ｓｕｒｇｅｒｙ、８８巻：５０７頁；Ｓａｕｄｅｋら（１９８９年）、Ｎ． Ｅｎｇｌ． Ｊ． Ｍｅｄ．、３２１巻：５７４頁）。別の実施形態では、ポリマー材料を用いる。さらに別の実施形態では、制御放出系を、治療標的、すなわち、肝臓の近傍に配置し、それにより、全身用量の一部しか必要としない。さらに別の実施形態では、制御放出系を、治療標的の近傍に配置し、それにより、全身用量の一部しか必要としない。他の制御放出系については、Ｌａｎｇｅｒ（１９９０年）、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２４９巻：１５２７～１５３３頁により総説されている。
別の実施形態では、本開示の組成物（ならびに個別または一体の組合せ組成物）に、本明細書で説明される阻害剤を縫合糸、包帯、およびガーゼなどの吸収性材料中に含浸させることにより形成される組成物、または組成物を送達するための手術用ステープル、ジッパー、およびカテーテルなどの固相材料の表面上にコーティングされる組成物が含まれる。本開示を念頭に置く当業者には、この種の他の送達系も容易に明らかであろう。
本開示は、微生物感染症を処置するために、宿主（例えば、ヒト）に１種または複数種の干渉作用剤を投与するための方法および組成物を提供する。多様な実施形態では、本明細書に開示されるこれらの方法が、ｉｎ ｖｉｖｏ法およびｅｘ ｖｉｖｏ法のほか、全身投与経路および局所投与経路を含め、薬物を送達するのに適する、利用可能なほとんど任意の方法および経路にわたる。
処方物および併合処方物（ｃｏ－ｆｏｒｍｕｌａｔｉｏｎ）
より具体的には、本明細書で提供される本開示は、本明細書の開示された賦形剤など、薬学的に許容される賦形剤と共に、開示される干渉作用剤の具体的な処方物および併合処方物を想定する。
上記で言及した処方物および併合処方物の目的では、干渉作用剤は、
（ａ）単離されたまたは組換え型の組込み宿主因子（ＩＨＦ）ポリペプチド、またはそれらのそれぞれの断片もしくは等価物；
（ｂ）単離されたまたは組換え型のヒストン様タンパク質（ＨＵ）ポリペプチドまたはそれらのそれぞれの断片もしくは等価物；
（ｃ）配列番号１２から１７まで、配列番号３３、アミノ酸配列ＮＰＸＴを含むポリペプチド、またはそれらのそれぞれの断片もしくは等価物の単離されたもしくは組換え型のポリペプチド；
（ｄ）微生物ＤＮＡへの結合について組込み宿主因子と競合するポリペプチド；
（ｅ）（ａ）～（ｆ）のうちの任意の１つをコードする、単離されたまたは組換え型のポリヌクレオチド、あるいはストリンジェントな条件下で、上記ポリヌクレオチド、その等価物もしくは相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチド；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちの任意の１つを特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する、抗体もしくは抗原結合性断片、または各抗体もしくはその抗原結合性断片の等価物もしくは断片；
（ｇ）（ｈ）の抗体もしくは抗原結合性断片をコードする、単離されたまたは組換え型のポリヌクレオチドまたはその相補物；
（ｉ）ＤＮＡＢＩＩタンパク質またはＤＮＡＢＩＩポリペプチドの微生物ＤＮＡへの結合と競合する小分子；
（ｊ）（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＡ５ ｎＴＨＩ １４Ｇ８．Ｆ５．Ｇ６により産生された抗体、（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、または（ｉｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４
ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の群からの抗体；
（ｋ）本明細書で開示されるＣＤＲ配列であって、配列番号５８～１０６、１０８、および１０９に開示されるＣＤＲ配列を含むＣＤＲ配列、配列番号５１に開示される重鎖配列、および／もしくは配列番号５５に開示される軽鎖配列、またはそれらのそれぞれの等価物のうちの１つまたは複数を含む、抗体または抗原結合性断片；あるいは
（ｌ）本明細書で開示されるＣＤＲ配列であって、配列番号１１０～１５９に開示されるＣＤＲ配列を含むＣＤＲ配列、配列番号５３に開示される重鎖配列、および／もしくは配列番号５７に開示される軽鎖配列、またはそれらのそれぞれの等価物のうちの１つまたは複数を含む、抗体または抗原結合性断片
の群の干渉作用剤である。
一部の実施形態では、（ｆ）、（ｊ）、（ｋ）、および／または（ｌ）の抗体または抗原結合性断片は、ポリクローナル抗体ではない。
具体的な態様では、本開示は、配列番号１２から１７まで、配列番号３３、またはそれらのそれぞれの等価物から選択されるアミノ酸配列から本質的になる、単離されたまたは組換え型のポリペプチドを特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する抗体を含む処方物または併合処方物を提供する。本明細書で開示される抗体は、それらが、バイオフィルムに対する、高レベルのエピトープ結合特異性および高結合親和性を有するように選択することができる。一般に、抗体の結合親和性が大きいほど、イムノアッセイにおいて、よりストリンジェントな洗浄条件を実施して、標的を除去せずに、非特異的に結合した材料を除去することができる。したがって、開示される方法において有用な、本技術の抗体は通例、少なくとも１０－６、１０－７、１０－８、１０－９、１０－１０、１０－１１、または１０－１２Ｍの結合親和性を有する。ある特定の態様では、抗体は、標準的な条件下、少なくとも１２時間、少なくとも５時間、少なくとも１時間、または少なくとも３０分間で、平衡に達するのに十分な動態オン速度を有する。別の態様では、抗体または抗原結合性断片の親和性は、１０００ピコモル（ｐＭ）、９００ｐＭ、８００ｐＭ、７００ｐＭ、６００ｐＭ、５００ｐＭ、４００ｐＭ、３００ｐＭ、２００ｐＭ、約１００ｐＭ、５０ｐＭ、４０ｐＭ、３０ｐＭ、２０ｐＭ、１０ｐＭ、９ｐＭ、８ｐＭ、７ｐＭ、６ｐＭ、５ｐＭ、または４ｐＭ未満またはほぼこれらの親和性である。
一部の実施形態では、抗体は、約０．１ｍｇ／ｍＬから約２００ｍｇ／ｍＬまで、または代替的に、約１から約１５０ｍｇ／ｍＬまで、または代替的に、約２ｍｇ／ｍＬから約１００ｍｇ／ｍＬまで、または代替的に、約３ｍｇ／ｍＬから約８０ｍｇ／ｍＬまで、または代替的に、約４ｍｇ／ｍＬから約５０ｍｇ／ｍＬまで、または代替的に、約５ｍｇ／ｍＬから約２０ｍｇ／ｍＬまでの濃度で、処方物中に存在する。一部の実施形態では、抗体は、少なくとも約１ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約２ｍｇ／ｍＬ、少なくとも約３ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約４ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約５ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約６ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約７ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約８ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約９ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約１０ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約１５ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約２０ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約３０ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約４０ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約５０ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約６０ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約７０ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約８０ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約９０ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約１００ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約１２０ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約１５０ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約２００ｍｇ／ｍＬの濃度で存在する。一部の実施形態では、複数の抗体のうちの少なくとも１つは、少なくとも約１ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約２ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約３ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約４ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約５ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約６ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約７ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約８ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約９ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約１０ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約１５ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約２０ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約３０ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約４０ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約５０ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約６０ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約７０ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約８０ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約９０ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約１００ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約１２０ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約１５０ｍｇ／ｍＬ、または代替的に、少なくとも約２００ｍｇ／ｍＬの濃度で存在する。
複数の異なる抗体が、抗体併合処方物中に含まれる、一部の実施形態では、異なる抗体は、実質的に等濃度で存在しうる。このような実施形態についての別の態様では、異なる抗体のうちの１つまたは複数は、他の抗体より実質的に高濃度で、例えば、約１．５：１、または代替的に、約１．５：１：１、または代替的に、約１．５：１：１：１、または代替的に、約２：１、または代替的に、約２：１：１、または代替的に、約２：１：１：１、または代替的に、少なくとも約２．５：１、または代替的に、少なくとも約２．５：１：１、または代替的に、少なくとも約２．５：１：１：１の比で存在しうる。
一部の実施形態では、併合処方物は、（ｉ）配列番号１３および／もしくは配列番号１４、またはそれらのそれぞれの等価物から本質的になる、単離されたまたは組換え型のポリペプチドを特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する抗体と、（ｉｉ）配列番号１６および／もしくは配列番号１７および／もしくは配列番号３１および／もしくは配列番号３３、またはそれらのそれぞれの等価物から本質的になる、単離されたまたは組換え型のポリペプチドを特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する抗体とを含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれを含む。一部の実施形態では、処方物中の１つまたは複数の抗体は、ポリクローナル抗体ではない。一部の実施形態では、この処方物を、治療薬として使用する。
一部の実施形態では、併合処方物は、（ｉ）配列番号１２および／もしくは配列番号３１および／もしくは配列番号３３、またはそれらの等価物から本質的になる、単離されたまたは組換え型のポリペプチドを特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する抗体と、（ｉｉ）配列番号１５および／もしくは配列番号３１および／もしくは配列番号３３、またはそれらの等価物から本質的になる、単離されたまたは組換え型のポリペプチドを特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する抗体とを含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれを含む。一部の実施形態では、処方物中の１つまたは複数の抗体は、ポリクローナル抗体ではない。一部の実施形態では、この処方物を、診断剤として使用する。
抗体処方物および併合処方物を安定的に処方する方法は、当技術分野で開示される技法（例えば、米国特許出願第１２／８７５，０８３号（ＵＳ２０１１／００５９０７９として公開されている）を参照されたい）に従い案出することができる。
診断法および治療法
また、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドもしくはＤＮＡＢＩＩタンパク質または微生物ＤＮＡを、干渉作用剤と接触させ、これにより、ＤＮＡＢＩＩタンパク質またはＤＮＡＢＩＩポリペプチドの、微生物ＤＮＡへの結合を阻害する、それと競合する、またはそれを漸減することにより、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドまたはＤＮＡＢＩＩタンパク質の、微生物ＤＮＡへの結合を阻害する、それと競合する、またはそれを漸減するための方法も提供される。別の態様では、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドおよび微生物ＤＮＡを、例えば、互いに緊密に接触させるとシグナルを発生させる発光分子で検出可能に標識化する。接触は、ｉｎ ｖｉｔｒｏにおいて実施することもでき、ｉｎ ｖｉｖｏにおいて実施することもできる。
別の態様では、バイオフィルムを、干渉作用剤と接触させ、これにより、微生物バイオフィルムを阻害、防止、または破壊することにより、微生物バイオフィルムを阻害、防止、または破壊するための方法が提供される。さらなる態様では、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドおよび微生物ＤＮＡを、例えば、互いに緊密に接触させるとシグナルを発生させる発光分子で検出可能に標識化する。接触は、ｉｎ ｖｉｔｒｏにおいて実施することもでき、ｉｎ ｖｉｖｏにおいて実施することもできる。
ｉｎ ｖｉｔｒｏにおいて実施する場合、方法は、本明細書で開示されるポリペプチド、ポリヌクレオチド、抗体、宿主細胞、小分子、および組成物と同じ能力、同様の能力、または反対の能力を有する干渉作用剤を、スクリーニングまたは確認するために有用である。代替的に、方法を使用して、微生物感染症を処置するためにはどの干渉作用剤が最適であるかを同定することができる。例えば、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドおよび微生物ＤＮＡおよび被験作用剤を含有する２つの試料を有することにより、例えば、新たな作用剤または組合せ療法をスクリーニングすることができる。第２の試料は、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドおよび微生物ＤＮＡおよび活性であることが公知の作用剤、例えば、抗ＩＨＦ抗体または陽性対照として用いられる小分子を含有する。さらなる態様では、いくつかの試料を提供し、希釈率を増大させながら、干渉作用剤を、系に添加して、臨床の場で対象を処置するのに有効である可能性が高い、最適な用量を決定する。当業者に明らかである通り、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドおよび微生物ＤＮＡを含有する陰性対照を提供することができる。さらなる態様では、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドおよび微生物ＤＮＡを、互いに緊密に接触させるとシグナルを発生させる発光分子で検出可能に標識化する。試料を、作用剤がＤＮＡＢＩＩポリペプチドと微生物ＤＮＡとの相互作用を阻害する、それと競合する、またはそれを漸減するために有効な時間にわたり、同様の条件下に保ち、次いで、試料を、発光分子からのシグナルの発生についてアッセイする。試料がシグナルを発生させれば、その作用剤は結合を阻害するのに有効ではない。
別の態様では、ヒト／動物から、感染症を引き起こす微生物の（例えば細菌などの）単離株を単離し、次いで、培養して、ｉｎ ｖｉｔｒｏにおいてバイオフィルムとして成長させることができる、小型化チャンバースライドシステムにおいて、ｉｎ ｖｉｔｒｏ法を実施するが、例えば、下記の実験１を参照されたい。干渉作用剤（抗ＩＨＦ抗体など）または潜在的な干渉作用剤を、抗ＩＨＦなど（または他の抗体、小分子、作用剤など）、潜在的な干渉作用剤または干渉作用剤の希釈率を増大させながら、または増大させずに、単独で、または別の作用剤と組み合わせて、培養物に添加して、感染症が存在する対象に送達した場合に、その患者を処置するのに有効である可能性が高い、最適用量を見出す。当業者に明らかである通り、陽性対照および陰性対照を同時に実施することができる。
さらなる態様では、干渉作用剤（例えば、抗ＩＨＦ抗体など）および／または潜在的な干渉作用剤（単独で、または別の作用剤と組み合わせて）をフローセル内に伴う、ハイスループットプラットフォームにおいて、方法を実施する。干渉作用剤（抗ＩＨＦ抗体など）または潜在的な干渉作用剤を、抗ＩＨＦなど（または他の抗体、小分子、作用剤など）、潜在的な干渉作用剤または干渉作用剤の希釈率を増大させながら、または増大させずに、単独で、または別の作用剤と組み合わせて、培養物に添加して、感染症が存在する対象に送達した場合に、その患者を処置するのに有効である可能性が高い、最適用量を見出す。バイオフィルム単離体を超音波処理して、微生物ＤＮＡに結合したＩＨＦなどのＤＮＡＢＩＩポリペプチドからバイオフィルム細菌を分離する。ＤＮＡＢＩＩポリペプチド－ＤＮＡ複合体を、プラットフォーム上の抗ＩＨＦ抗体によって単離する。次いで、微生物ＤＮＡを、例えば、塩洗浄により放出させ、添加したバイオフィルム細菌を同定するのに使用する。次いで、遊離したＤＮＡを、例えば、ＰＣＲシーケンシングにより同定する。ＤＮＡが遊離しなければ、干渉作用剤は、首尾よく機能した、または微生物ＤＮＡに結合した。ＤＮＡが試料中に見出されれば、作用剤は、ＤＮＡＢＩＩポリペプチド－微生物ＤＮＡ間の結合に干渉しなかった。当業者に明らかである通り、陽性対照および／または陰性対照を同時に実施することができる。
別の態様では、本明細書で開示される干渉作用剤または抗体のうちの１つまたは複数を、ｉｎ ｖｉｖｏでバイオフィルムを検出する方法において使用する。さらなる実施形態では、干渉作用剤または抗体を、例えば、発光分子または蛍光分子で、検出可能に標識化する。本明細書で開示される方法のさらなる適用は、このような干渉作用剤または抗体の使用法であって、例えば、バイオフィルムに結合すると、検出可能なシグナルをもたらす、検出可能に標識化された一次干渉作用剤もしくは抗体、または一次干渉作用剤または一次抗体がバイオフィルムに結合するときに、それに結合している、検出可能に標識化された二次抗体を使用して、バイオフィルムをイメージングする使用法を含む。
上記の方法はまた、所与の細菌種が、ある作用剤によって、別の作用剤によりもそのバイオフィルムの逆転によく応答する可能性があるので、診断検査としても使用することができ、この迅速なハイスループットアッセイシステムであれば、当業者が可能性のある抗ＩＨＦ様作用剤のパネルをアッセイして、最も効果的な群を同定することを可能とするであろう。
これらの方法の利点は、病院内の大半の臨床微生物学検査室には既に、液体培養物中で（または浮遊状態で）成長する細菌を使用してこれらの種類のアッセイ（すなわち、ＭＩＣ値、ＭＢＣ値の決定）を実施する設備が整っていることである。当業者には明らかである通り、細菌は一般に、疾患を引き起こすときには浮遊状態では成長しない。その代わりに、細菌は、安定なバイオフィルムとして成長し、これらのバイオフィルムは、抗生物質、抗体、または他の治療薬による処置に対する耐性が著明に大きい。この耐性が、大半のＭＩＣ／ＭＢＣ値により、ｉｎ ｖｉｖｏにおける有効性を正確に予測することができない理由である。したがって、作用剤のどの「用量」がｉｎ ｖｉｔｒｏにおいて、細菌バイオフィルムを逆転しうるのかを決定することにより（上記で記載した通り）、出願人らの前臨床的なアッセイは、個別化医療の適用としてもなお、臨床的有効性についての、信頼性の大きな予測因子となるであろう。
臨床の場に加えて、この方法は、感染症を引き起こす微生物を同定し、かつ／または工業の場において有効な干渉作用剤を確認するのにも使用することができる。
上記の方法のさらなる態様では、感染症を阻害しうるのかどうかを決定するために、根底的な感染症の進行を阻害することが公知である抗生物質または抗菌薬を、逐次的または同時に添加する。バイオフィルムの阻害をアッセイするためには、複合体を添加する前に、干渉作用剤を、微生物ＤＮＡまたはＤＮＡＢＩＩポリペプチドに添加することも可能である。
チンチラなどの非ヒト動物において、ｉｎ ｖｉｖｏで実施する場合、方法は、バイオフィルムを分解するのに、単独で、または他の作用剤と組み合わせて使用しうる、干渉作用剤を同定するための、前臨床なスクリーニングを提供する。この方法の例を、下記の実施例４～９に示す。
別の態様では、本明細書では、対象に、有効量の干渉作用剤を投与し、これにより、微生物バイオフィルムを阻害、防止、または破壊することにより、対象におけるバイオフィルムを阻害、防止、または破壊する方法が提供される。この方法の例を、下記の実施例４～７に示す。
代替的にまたは加えて、バイオフィルムを阻害、防止、または破壊する方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏにおいて実施することもでき、かつ／またはｅｘ ｖｉｖｏにおいて実施することもでき、バイオフィルム試料（対象から採取された、またはｉｎ ｖｉｔｒｏにおいて発生させた）を提供するステップと、有効量の干渉作用剤を投与し、これにより、微生物バイオフィルムを阻害、防止、または破壊するステップとを伴う。同様に、本明細書で開示される組成物は、院内器具、工業装置、および生体組織に含まれない他の材料などであるがこれらに限定されない、バイオフィルムによりコロニー形成される、表面上の微生物バイオフィルムを阻害、防止、または破壊するための方法実施形態においても使用することができる。
上記で言及されたｉｎ ｖｉｔｒｏ法およびｉｎ ｖｉｖｏ法の目的では、干渉作用剤は、
（ａ）単離されたまたは組換え型の組込み宿主因子（ＩＨＦ）ポリペプチド、またはそれらのそれぞれの断片もしくは等価物；
（ｂ）単離されたまたは組換え型のヒストン様タンパク質（ＨＵ）ポリペプチドまたはそれらのそれぞれの断片もしくは等価物；
（ｃ）配列番号１２から１７まで、配列番号３１、配列番号３３、アミノ酸配列ＮＰＸＴを含むポリペプチド、またはそれらのそれぞれの断片もしくは等価物の単離されたもしくは組換え型のポリペプチド；
（ｄ）微生物ＤＮＡへの結合について組込み宿主因子と競合するポリペプチド；
（ｅ）（ａ）～（ｆ）のうちの任意の１つをコードする、単離されたまたは組換え型のポリヌクレオチド、あるいはストリンジェントな条件下で、上記ポリヌクレオチド、その等価物もしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチド；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちの任意の１つを特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する、抗体もしくは抗原結合性断片、または各抗体もしくはその抗原結合性断片の等価物もしくは断片；
（ｇ）（ｈ）の抗体もしくは抗原結合性断片をコードする、単離されたまたは組換え型のポリヌクレオチドまたはその相補物；
（ｉ）ＤＮＡＢＩＩタンパク質またはＤＮＡＢＩＩポリペプチドの微生物ＤＮＡへの結合と競合する小分子；
（ｊ）（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＡ５ ｎＴＨＩ １４Ｇ８．Ｆ５．Ｇ６により産生された抗体、（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、または（ｉｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４
ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の群からの抗体；
（ｋ）本明細書で開示されるＣＤＲ配列であって、配列番号５８～１０６、１０８、および１０９に開示されるＣＤＲ配列を含むＣＤＲ配列、配列番号５１に開示される重鎖配列、および／もしくは配列番号５５に開示される軽鎖配列、またはそれらのそれぞれの等価物のうちの１つまたは複数を含む、抗体または抗原結合性断片；あるいは
（ｌ）本明細書で開示されるＣＤＲ配列であって、配列番号１１０～１５９に開示されるＣＤＲ配列を含むＣＤＲ配列、配列番号５３に開示される重鎖配列、および／もしくは配列番号５７に開示される軽鎖配列、またはそれらのそれぞれの等価物のうちの１つまたは複数を含む、抗体または抗原結合性断片
の群の干渉作用剤である。
一部の実施形態では、（ｆ）、（ｊ）、（ｋ）、および／または（ｌ）の抗体または抗原結合性断片は、ポリクローナル抗体ではない。
一部の実施形態では、本明細書で開示される方法は、１つまたは複数の抗体を、単独で、または組み合わせて投与するステップを含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれを含む。一部の実施形態では、このような方法は、（ｉ）配列番号１３および／もしくは配列番号１４、またはそれらのそれぞれの等価物から本質的になる、単離されたまたは組換え型のポリペプチドを特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する抗体と、（ｉｉ）配列番号１６および／もしくは配列番号１７、またはそれらのそれぞれの等価物から本質的になる、単離されたまたは組換え型のポリペプチドを特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する抗体とを投与するステップを含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれを含む。一部の実施形態では、このような方法は、（ｉ）配列番号１２またはその等価物から本質的になる、単離されたまたは組換え型のポリペプチドを特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する抗体と、（ｉｉ）配列番号１５またはその等価物から本質的になる、単離されたまたは組換え型のポリペプチドを特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する抗体とを投与するステップを含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれを含む。開示される方法についての、さらなる実施形態では、抗体は、同時に投与することもできる。代替的な実施形態では、抗体は、逐次的に投与される。
本明細書ではまた、それを必要とする対象において免疫応答を誘導する、またはそれを必要とする対象に受動免疫を付与するための方法であって、対象に、有効量の、
（ａ）単離されたまたは組換え型の組込み宿主因子（ＩＨＦ）ポリペプチド、またはそれらのそれぞれの断片もしくは等価物；
（ｂ）単離されたまたは組換え型のヒストン様タンパク質（ＨＵ）ポリペプチドまたはそれらのそれぞれの断片もしくは等価物；
（ｃ）配列番号１２から１７まで、配列番号３１、配列番号３３、アミノ酸配列ＮＰＸＴを含むポリペプチド、またはそれらのそれぞれの断片もしくは等価物の単離されたもしくは組換え型のポリペプチド；
（ｄ）微生物ＤＮＡへの結合について組込み宿主因子と競合するポリペプチド；
（ｅ）（ａ）～（ｆ）のうちの任意の１つをコードする、単離されたまたは組換え型のポリヌクレオチド、あるいはストリンジェントな条件下で、上記ポリヌクレオチド、その等価物もしくは相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチド；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちの任意の１つを特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する、抗体もしくは抗原結合性断片、または各抗体もしくはその抗原結合性断片の等価物もしくは断片；
（ｇ）本明細書で開示されるＣＤＲ配列であって、配列番号５８～１０６、１０８、および１０９に開示されるＣＤＲ配列を含むＣＤＲ配列、配列番号５１に開示される重鎖配列を含む本明細書で開示される重鎖配列、および／もしくは配列番号５５に開示される軽鎖配列、またはそれらのそれぞれの等価物のうちの１つまたは複数を含む、抗体または抗原結合性断片；
（ｈ）本明細書で開示されるＣＤＲ配列であって、配列番号１１０～１５９に開示されるＣＤＲ配列を含むＣＤＲ配列、配列番号５３に開示される重鎖配列を含む本明細書で開示される重鎖配列、および／もしくは配列番号５７に開示される軽鎖配列を含む本明細書で開示される軽鎖配列、またはそれらのそれぞれの等価物のうちの１つまたは複数を含む、抗体または抗原結合性断片；あるいは
（ｉ）（ｆ）から（ｈ）までの抗体もしくは抗原結合性断片をコードする、単離されたまたは組換え型のポリヌクレオチドまたはそれらの相補物もしくはそれらの等価物
の群のうちの１つまたは複数を投与するステップを含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなる方法も提供される。
一部の実施形態では、（ｆ）、（ｇ）、および／または（ｈ）の抗体または抗原結合性断片は、ポリクローナル抗体ではない。
さらなる態様では、方法は、対象に、有効量の、抗菌薬、抗原性ペプチド、またはアジュバントのうちの１つまたは複数を投与するステップを含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなる。
抗菌剤の非限定的な例は、表面抗原、例えば、ＯＭＰ Ｐ５、ｒｓＰｉｌＡ、ＯＭＰ ２６、ＯＭＰ Ｐ２、またはＩＶ型Ｐｉｌｉｎタンパク質などのワクチン構成成分に対して方向づけられた抗体である（ＪｕｒｃｉｓｅｋおよびＢａｋａｌｅｔｚ（２００７年）、Ｊ． Ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｙ、１８９巻（１０号）：３８６８～３８７５頁；Ｍｕｒｐｈｙら（２００９年）、Ｔｈｅ Ｐｅｄｉａｔｒｉｃ Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ Ｄｉｓｅａｓｅ Ｊｏｕｒｎａｌ、２８巻：Ｓ１２１～Ｓ１２６頁；Ｎｏｖｏｔｎｙら（２０１５年）、Ｍｏｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．、９６巻（２号）：２７６～９２頁を参照されたい）。
本明細書で開示される作用剤および組成物は、他の抗菌剤および／または表面抗原と、同時にまたは逐次的に投与することができる。特定の一態様では、投与は、例えば、直接的な注射または吸入による、感染部位への局所投与である。投与の他の非限定的な例は、経皮的に、尿道に、舌下に、直腸に、膣に、眼に、皮下に、筋肉内に、腹腔内に、鼻腔内に、吸入により、または経口的に投与することを含む、１つまたは複数の方法による投与を含む。
本明細書で開示される方法により処置されうる微生物感染症および疾患は、実施例４～９において開示されている生物を含むがこれらに限定されない、バイオフィルムの形成と関連する多様な生物による感染症を含むがこれらに限定されない。関与性の生物（およびそれらの括弧中の例示的な株）の非限定的な例は、Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ、Ｂｏｒｒｅｌｉａ ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ（例えば、Ｂ３１）、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ（例えば、Ｔｏｈａｍａ Ｉ）、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ（例えば、６６８）、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａ（例えば、ＨＩ２４２４）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ（例えば、Ｋ１２ ＭＧ１６５５）、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ（例えば、Ｖ５８３）、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ（例えば、Ｒｄ ＫＷ２０）、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｐｙｌｏｒｉ（例えば、２６６９５）、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ（例えば、ＲＨ４）、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｍｅｇｍａｔｉｓ（例えば、ＭＣ２）、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ（例えば、ＣＤＣ１５５１）、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ（例えば、ＦＡ１０９０）、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（例えば、ＭＣ５８）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ ｇｉｎｇｉｖａｌｉｓ（例えば、Ｗ８３）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａ（例えば、１７）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍｅｌａｎｉｎｏｇｅｎｉｃａ（例えば、ＡＴＣＣ（登録商標）２５８４５）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ（例えば、ＭＷ２）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ（例えば、ＲＰ６２Ａ）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ（例えば、２６０３Ｖ／Ｒ）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｂｏｖｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｇａｌｌｏｌｙｔｉｃｕｓ（例えば、ＵＣＮ３４）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｇｏｒｄｏｎｉｉ（例えば、ＮＣＴＣ ７８６８ （Ｃｈａｌｌｉｓ））、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍｕｔａｎｓ（例えば、ＵＡ１５９）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ（例えば、Ｒ６）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ（例えば、ＭＧＡＳ１０２７０）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｓｏｂｒｉｎｕｓ（例えば、６７１５）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｅｎｔｅｒｉｃａ（例えば、ｔｙｐｈｉ、ＣＴ１８）、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ ｄｅｎｔｉｃｏｌａ（例えば、ＡＴＣＣ（登録商標）３５４０５）、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ ｐａｌｌａｄｕｍ（例えば、Ｎｉｃｈｏｌｓ）、Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａ（例えば、Ｅｌ Ｔｏｒ、Ｎ１６９６１）を含む。バイオフィルムと関連する、かつ／またはこれを形成することが公知の、さらなる生物は、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ種、Ｃａｎｄｉｄａ種、Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ、およびＬｉｓｔｅｒｉａ ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓを含むがこれらに限定されない。例えば、嚢胞性線維症患者は、抗生物質耐性バイオフィルムを結果としてもたらすことが多い、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ感染症を有する。バイオフィルムと関連する例示的な疾患は、嚢胞性線維症患者の肺感染症、中耳炎、自然弁感染性心内膜炎、骨髄炎、鼻副鼻腔炎、前立腺炎、再発性尿路感染症、創傷、齲歯、および歯周炎を含むがこれらに限定されない。感染した人工デバイス、関節、カテーテル、ステントまたは他の外科用インプラントなどの状態もまた、バイオフィルムの形成と関連する。
これらの微生物感染症は、上気道、中気道および下気道に存在しうる（耳炎、副鼻腔炎、気管支炎であるが、また、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の増悪、慢性咳、嚢胞性線維症（ＣＦ）の合併症および／または主因、ならびに市中感染性肺炎（ＣＡＰ）でもある）。したがって、本明細書で開示されるｉｎ ｖｉｖｏ法を実施することにより、これらの感染症由来の、これらの疾患および合併症も、予防または処置することができる。
感染症は、口腔においても生じる可能性があり（齲歯、歯周炎）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍｕｔａｎｓ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ ｇｉｎｇｉｖａｌｉｓ、Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓにより引き起こされる。感染症はまた、皮膚に局在する可能性もあり（膿瘍、「ブドウ球菌」感染症、膿痂疹、熱傷の二次感染症、ライム病）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａおよびＢｏｒｒｅｌｉａ ｂｕｒｄｏｒｆｅｒｉにより引き起こされる。尿路（ＵＴＩ）の感染症は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉにより引き起こされることが典型的であり、これもまた処置することができる。消化管（ＧＩ）の感染症（下痢、コレラ、胆石、胃潰瘍）は、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｅｎｔｅｒｉｃａ ｓｅｒｏｖａｒ、Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ、およびＨｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｐｙｌｏｒｉによって引き起こされることが典型的である。生殖管の感染症は、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅを含み、これによって引き起こされることが典型的である。感染症は、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓによって引き起こされる、膀胱の感染症または留置デバイスの感染症でありうる。人工股関節または人工膝関節など、植え込まれた人工デバイス、または歯科インプラント、またはポンプ、カテーテル、ステント、もしくはモニタリングシステムなどの医療デバイスと関連する感染症は、種々の細菌により引き起こされることが典型的であり、本明細書で開示される方法により処置することができる。これらのデバイスは、本明細書で記載される作用剤でコーティングすることもでき、これとコンジュゲートすることもできる。したがって、本明細書で開示されるｉｎ ｖｉｖｏ法を実施することによって、これらの感染症由来の、これらの疾患および合併症も予防または処置することができる。
また、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅにより引き起こされる感染症も、本明細書で開示される方法により処置することができるが、これは、新生児における細菌性敗血症の主要な原因である。また髄膜炎を引き起こす恐れがある、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにより引き起こされる感染症も、処置することができる。
したがって、本明細書で開示される方法に適用可能な投与経路は、鼻腔内、筋肉内、尿道、気管内、皮下、皮内、局所塗布、静脈内、直腸、経鼻、経口的、吸入、および他の経腸および非経口的な投与経路を含む。投与経路は、所望であれば組み合わせることもでき、作用剤および／または所望の効果に応じて調整することもできる。活性作用剤は、単回用量または複数回用量で投与することができる。送達に適する、これらの方法および経路の実施形態は、全身経路または局所経路を含む。一般に、本明細書で開示される方法に適する投与経路は、これらに限定されないが、直接注射経路、経腸経路、非経口的経路、または吸入による経路を含むがこれらに限定されない。
吸入による投与以外の非経口的投与経路は、局所経路、経皮経路、皮下経路、筋肉内経路、眼窩内経路、嚢内経路、脊髄内経路、胸骨内経路、および静脈内経路、すなわち、消化管を通る経路以外の任意の投与経路を含むがこれらに限定されない。非経口投与は、阻害剤の全身送達または局所送達をもたらすように行うことができる。全身送達が望まれる場合、投与は、医薬調製物の侵襲的または全身的に吸収される局所投与または粘膜投与を伴うことが典型的である。
本明細書で開示される干渉作用剤はまた、経腸投与により対象に送達することもできる。経腸投与経路は、経口的送達および直腸送達（例えば、坐薬を使用する）を含むがこれらに限定されない。
皮膚または粘膜を通じた活性物質の投与方法は、適切な医薬調製物の局所塗布、経皮的浸透（ｔｒａｎｓｃｕｔａｎｅｏｕｓ ｔｒａｎｓｍｉｓｓｉｏｎ）、経皮的浸透（ｔｒａｎｓｄｅｒｍａｌ ｔｒａｎｓｍｉｓｓｉｏｎ）、注射および表皮投与を含むがこれらに限定されない。経皮的浸透については、吸収促進剤またはイオン泳動が適切な方法である。イオン泳動的な浸透は、それらの生成物を、数日またはそれよりも長い期間にわたり、損なわれていない皮膚を通じて、電気的パルスにより連続的に送達する、市販の「パッチ」を使用して達成することができる。
本明細書で開示される方法の種々の実施形態では、干渉作用剤を、吸入、注射により、または経口的に、連続的に、毎日、１日少なくとも１回（ＱＤ）投与し、種々の実施形態では、１日２回（ＢＩＤ）、１日３回（ＴＩＤ）、なおまたは１日４回投与する。毎日の治療有効用量は、少なくとも約１ｍｇ、または少なくとも約１０ｍｇ、または少なくとも約１００ｍｇ、または約２００ｍｇ～約５００ｍｇであり、場合によっては、化合物に応じて、約１ｇから約２．５ｇまでと同程度であることが典型的であろう。
本開示は、ＤＮＡＢＩＩタンパク質を移出する細菌による宿主または宿主細胞の感染症を阻害または予防する方法および組成物であって、細菌に曝露された、またはそれに感染した組織に、有効量の、細菌関与性の抗体であり、ＤＮＡＢＩＩタンパク質を特異的に認識し、それに特異的に結合する抗体を投与し、これにより、細菌による宿主または宿主細胞の感染症を阻害または予防するステップを含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなる方法および組成物を提供する。抗体は、ポリクローナル抗体の場合もあり、モノクローナル抗体の場合もあり、細菌関与性のＤＮＡＢＩＩタンパク質を認識し、それに結合する抗体の誘導体の場合もある。複数の抗体は、本明細書で言及される支持療法と共に、共時的に投与することもでき、逐次的に投与することもできる。非限定的な例示的抗体は、本明細書で開示される抗体、例えば、
（ａ）配列番号１２
Figure 0007258003000097
 （ｂ）配列番号１３
Figure 0007258003000098
 （ｃ）配列番号１４
Figure 0007258003000099
 （ｄ）配列番号１５
Figure 0007258003000100
 （ｅ）配列番号１６
Figure 0007258003000101
 （ｆ）配列番号１７
Figure 0007258003000102
 （ｇ）配列番号３３
Figure 0007258003000103
 （ｈ）配列番号３１
Figure 0007258003000104
 （ｉ）アミノ酸配列ＮＰＸＴを含むポリペプチド；あるいは
（ｊ）（ａ）～（ｉ）の等価物であって、等価物が、それらと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、または高ストリンジェンシー条件下で、アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、等価物
を含むがこれらに限定されない、開示されるポリペプチド断片に対して生成される抗体を含む。
一部の実施形態では、抗体は、ポリクローナル抗体ではない。
全ての状態、例えば、個々の凝集したバイオフィルム細菌または棲息するバイオフィルム細菌を含む、細胞の生活環を通して、細菌の表面と関連する、これらのＤＮＡＢＩＩタンパク質の遍在性のために、ＤＮＡＢＩＩタンパク質に方向づけられた抗血清は、付着およびその後の浸潤を含む、宿主細胞表面との相互作用に干渉しうる。宿主細胞に浸潤し、その中で繁殖しうる細菌は、宿主の免疫系および抗菌薬治療から保護される。細菌に結合および浸潤を不可能とすることは、それらを、免疫系および投与された抗菌薬による除去に対して感受性とする。ＤＮＡＢＩＩタンパク質に対する抗体の供給源は、ＤＮＡＢＩＩタンパク質またはその断片による宿主への能動的ワクチン接種により誘発することもでき、ＤＮＡＢＩＩタンパク質に対する抗血清または抗体の受動的移入により誘発することもできる。適切なポリペプチド断片の非限定的な例は、
（ａ）配列番号１２
Figure 0007258003000105
 （ｂ）配列番号１３
Figure 0007258003000106
 （ｃ）配列番号１４
Figure 0007258003000107
 （ｄ）配列番号１５
Figure 0007258003000108
 （ｅ）配列番号１６
Figure 0007258003000109
 （ｆ）配列番号１７
Figure 0007258003000110
 （ｇ）配列番号３３
Figure 0007258003000111
 （ｈ）配列番号３１
Figure 0007258003000112
 （ｉ）アミノ酸配列ＮＰＸＴを含むポリペプチド；あるいは
（ｊ）（ａ）～（ｉ）の等価物であって、等価物が、それらと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、または高ストリンジェンシー条件下で、アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、等価物
を含むがこれらに限定されない。
本開示は、ＤＮＡＢＩＩタンパク質を移出する細菌による細胞の感染症を阻害または予防する方法を提供する。方法は、細菌に感染した組織に、ＤＮＡＢＩＩタンパク質を特異的に認識し、それに特異的に結合する、有効量の抗体を投与し、これにより、細菌による感染症を阻害または予防するステップを含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなる。ＤＮＡＢＩＩタンパク質に対する抗体の供給源は、ＤＮＡＢＩＩタンパク質による宿主への能動的ワクチン接種により誘発することもでき、ＤＮＡＢＩＩタンパク質に対する抗血清または抗体の受動的移入により誘発することもできる。抗体は、ポリクローナル抗体の場合もあり、モノクローナル抗体の場合もあり、細菌関与性のＤＮＡＢＩＩタンパク質を認識し、それに結合する抗体の誘導体の場合もある。複数の抗体は、本明細書で言及される支持療法と共に、共時的に投与することもでき、逐次的に投与することもできる。非限定的な例示的抗体は、本明細書で開示される抗体、例えば、
（ａ）配列番号１２
Figure 0007258003000113
 （ｂ）配列番号１３
Figure 0007258003000114
 （ｃ）配列番号１４
Figure 0007258003000115
 （ｄ）配列番号１５
Figure 0007258003000116
 （ｅ）配列番号１６
Figure 0007258003000117
 （ｆ）配列番号１７
Figure 0007258003000118
 （ｇ）配列番号３３
Figure 0007258003000119
 （ｈ）配列番号３１
Figure 0007258003000120
 （ｉ）アミノ酸配列ＮＰＸＴを含むポリペプチド；あるいは
（ｊ）（ａ）～（ｉ）の等価物であって、等価物が、それらと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、または高ストリンジェンシー条件下で、アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、等価物
を含むがこれらに限定されない、開示されるポリペプチド断片に対して生成される抗体を含む。
一部の実施形態では、抗体は、ポリクローナル抗体ではない。
投与は、ｉｎ ｖｉｔｒｏにおける、培養物中の投与の場合もあり、ｉｎ ｖｉｖｏにおける、細菌に感染した患者への投与による場合もある。ｉｎ ｖｉｖｏにおいて実施する場合、方法を使用して、感染した対象に、有効量の抗体を投与することにより、細菌に感染した対象を処置することができる。加えて、対象が非ヒト動物である場合、方法を使用して、ヒトへの投与の前に、可能な治療または組合せ療法について調べることができる。ｉｎ ｖｉｔｒｏにおいて実施する場合、方法は、組織内の細菌による感染症を阻害または予防する小分子薬など、他の治療薬および組合せ療法についてスクリーニングするのに有用である。
また、それを必要とする対象であり、ＤＮＡＢＩＩタンパク質を含む細菌に感染した対象における細菌の感染症を処置する方法であって、対象に、ＤＮＡＢＩＩタンパク質を特異的に認識し、それに特異的に結合する、有効量の抗体を投与し、これにより、細菌による感染症を阻害または予防するステップを含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなる方法も提供される。抗体は、ポリクローナル抗体の場合もあり、モノクローナル抗体の場合もあり、細菌関与性のＤＮＡＢＩＩタンパク質を認識し、それに結合する抗体の誘導体の場合もある。ＤＮＡＢＩＩタンパク質に対する抗体の供給源は、ＤＮＡＢＩＩタンパク質による宿主への能動的ワクチン接種により誘発することもでき、ＤＮＡＢＩＩタンパク質に対する抗血清または抗体の受動的移入により誘発することもできる。複数の抗体は、本明細書で言及される支持療法と共に、共時的に投与することもでき、逐次的に投与することもできる。非限定的な例示的抗体は、本明細書で開示される抗体、例えば、
（ａ）配列番号１２
Figure 0007258003000121
 （ｂ）配列番号１３
Figure 0007258003000122
 （ｃ）配列番号１４
Figure 0007258003000123
 （ｄ）配列番号１５
Figure 0007258003000124
 （ｅ）配列番号１６
Figure 0007258003000125
 （ｆ）配列番号１７
Figure 0007258003000126
 （ｇ）配列番号３３
Figure 0007258003000127
 （ｈ）配列番号３１
Figure 0007258003000128
 （ｉ）アミノ酸配列ＮＰＸＴを含むポリペプチド；あるいは
（ｊ）（ａ）～（ｉ）の等価物であって、等価物が、それらと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、または高ストリンジェンシー条件下で、アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、等価物
を含むがこれらに限定されない、開示されるポリペプチド断片に対して生成される抗体を含む。
一部の実施形態では、抗体は、ポリクローナル抗体ではない。
なおさらに、それを必要とする対象における状態であり、細菌がＤＮＡＢＩＩタンパク質を発現させる細菌の感染症と関連する状態を処置する方法であって、対象に、ＤＮＡＢＩＩタンパク質を特異的に認識し、それに特異的に結合する、有効量の抗体を投与し、これにより、細菌による感染症を阻害または予防することを含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなる方法も提供される。ＤＮＡＢＩＩタンパク質に対する抗体の供給源は、ＤＮＡＢＩＩタンパク質による宿主への能動的ワクチン接種により誘発することもでき、ＤＮＡＢＩＩタンパク質に対する抗血清または抗体の受動的移入により誘発することもできる。抗体は、ポリクローナル抗体の場合もあり、モノクローナル抗体の場合もあり、細菌関与性のＤＮＡＢＩＩタンパク質を認識し、それに結合する抗体の誘導体の場合もある。複数の抗体は、本明細書で言及される支持療法と共に、共時的に投与することもでき、逐次的に投与することもできる。非限定的な例示的抗体は、本明細書で開示される抗体、例えば、
（ａ）配列番号１２
Figure 0007258003000129
 （ｂ）配列番号１３
Figure 0007258003000130
 （ｃ）配列番号１４
Figure 0007258003000131
 （ｄ）配列番号１５
Figure 0007258003000132
 （ｅ）配列番号１６
Figure 0007258003000133
 （ｆ）配列番号１７
Figure 0007258003000134
 （ｇ）配列番号３３
Figure 0007258003000135
 （ｈ）配列番号３１
Figure 0007258003000136
 （ｉ）アミノ酸配列ＮＰＸＴを含むポリペプチド；あるいは
（ｊ）（ａ）～（ｉ）の等価物であって、等価物が、それらと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、または高ストリンジェンシー条件下で、アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、等価物
を含むがこれらに限定されない、開示されるポリペプチド断片に対して生成される抗体を含む。
一部の実施形態では、抗体は、ポリクローナル抗体ではない。
上記の方法のうちのいずれかは、対象、またはｉｎ ｖｉｔｒｏにおける組織培養物もしくは細胞培養物に、有効量の、抗菌薬、抗原性ペプチド、またはアジュバントのうちの１つまたは複数を投与するステップをさらに含む場合もあり、代替的にそれから本質的になる場合もあり、なおさらにそれからなる場合もある。一部の態様では、対象は、非ヒト動物またはヒト患者である。
抗体、ポリペプチド、または組成物は、任意の適切な方法により、局所（ｌｏｃａｌｌｙ）投与または全身投与される、例えば、感染症またはバイオフィルムの部位に、局所的に（ｔｏｐｉｃａｌｌｙ）、直腸に、膣に、眼に、皮下に、筋肉内に、腹腔内に、尿道に、鼻腔内に、吸入により、または経口的に投与される。
一部の態様では、対象は、小児患者であり、抗体は、小児患者用の処方物により投与される。
また、ＤＮＡＢＩＩタンパク質を移出する細菌による細胞の感染症を阻害もしくは予防し、かつ／またはバイオフィルムの形成を破壊もしくは防止する、潜在的な治療薬を同定するスクリーニングも開示される。スクリーニング法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏにおいて、細菌に感染した組織に、作用剤を接触させるステップ、またはｉｎ ｖｉｖｏにおいて、細菌に感染した組織に、作用剤を投与するステップと、作用剤が、ＤＮＡＢＩＩタンパク質に結合するのかどうかを決定するステップとを含む、または代替的にそれから本質的になる、なおまたはさらにそれからなる。当技術分野では、結合を決定する方法が公知であり、いくつかの非限定的な例については、本明細書でも記載する。一態様では、作用剤がタンパク質に結合すれば、作用剤は、潜在的な治療薬であり、作用剤がタンパク質に結合しなければ、作用剤は、潜在的な治療薬ではない。別の態様では、感染症またはバイオフィルムが、ｉｎ ｖｉｖｏにおいて、阻害、破壊、または防止されれば、作用剤は、潜在的な治療薬であり、感染症が、阻害または防止されなければ、作用剤は、潜在的な治療薬ではない。当技術分野では、感染症が阻害または防止されるのかどうかを決定する方法が公知であり、いくつかの非限定的な例については、本明細書でも記載するが；当技術分野では、バイオフィルムが破壊または防止されるのかどうかを決定する方法も公知であり、本明細書でもさらに開示する。潜在的な治療薬の非限定的な例は、抗体、抗体誘導体、ポリペプチド、または小分子の群より選択される。複数の抗体は、本明細書で言及される支持療法と共に、共時的に投与することもでき、逐次的に投与することもできる。非限定的な例示的抗体は、本明細書で開示される抗体、例えば、
（ａ）配列番号１２
Figure 0007258003000137
 （ｂ）配列番号１３
Figure 0007258003000138
 （ｃ）配列番号１４
Figure 0007258003000139
 （ｄ）配列番号１５
Figure 0007258003000140
 （ｅ）配列番号１６
Figure 0007258003000141
 （ｆ）配列番号１７
Figure 0007258003000142
 （ｇ）配列番号３３
Figure 0007258003000143
 （ｈ）配列番号３１
Figure 0007258003000144
 （ｉ）アミノ酸配列ＮＰＸＴを含むポリペプチド；あるいは
（ｊ）（ａ）～（ｉ）の等価物であって、等価物が、それらと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、または高ストリンジェンシー条件下で、アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、等価物
を含むがこれらに限定されない、開示されるポリペプチド断片に対して生成される抗体を含む。
一部の実施形態では、抗体は、ポリクローナル抗体ではない。
さらなる態様では、作用剤は、タンパク質に結合し、結合を、抗ＤＮＡＢＩＩ抗血清、例えば、ＤＮＡＢＩＩタンパク質に対して方向づけられた抗血清の、タンパク質への結合と比較する。
ＤＮＡＢＩＩタンパク質の、微生物ＤＮＡへの結合を阻害する、それを漸減する、またはそれと競合するための干渉作用剤に関して想定される一般的特性のうちのいずれも同様に、細菌の感染症に関する、上記で開示した方法に適用されることを認識されたい。
投薬は、本明細書で開示される方法に従って、カプセル、錠剤、経口懸濁物、筋肉内注射用懸濁物、静脈内注入用懸濁物、局所塗布用ゲルもしくはクリーム、または関節内注射用懸濁物を使用して達成することができる。
本明細書で記載される組成物の投与量、毒性、および治療有効性は、細胞培養物または実験動物における標準の薬学的手順であって、例えば、ＬＤ５０（集団の５０％に対して致死的な用量）およびＥＤ５０（集団の５０％において治療的に有効な用量）を決定する手順により決定することができる。毒性作用と治療効果との用量比は、治療指数であり、ＬＤ５０／ＥＤ５０比として表すことができる。ある特定の実施形態では、組成物は、高い治療指標を示す。毒性の副作用を示す化合物を使用しうるが、感染していない細胞に対する潜在的な損傷を最小限にし、これにより、副作用を軽減するために、このような化合物を患部組織部位にターゲティングする送達系を設計するように注意を払うべきである。
ヒトにおける使用のための投与量の範囲を処方するために、細胞培養アッセイおよび動物研究から得られたデータを使用することができる。このような化合物の投与量は、毒性をほとんどまたは全く伴わずに、ＥＤ５０を含む循環濃度の範囲内にある（ある特定の実施形態では）。投与量は、利用される剤形および活用される投与経路に応じて、この範囲内で変動しうる。方法において使用される任意の化合物について、まず細胞培養アッセイから、治療有効用量を推定することができる。用量は、細胞培養物中で決定される、ＩＣ５０（すなわち、最大半量の症状の阻害が達成される被験化合物の濃度）を含む循環血漿濃度の範囲を達成するように、動物モデルにおいて処方することができる。このような情報を使用して、ヒトにおいて有用な用量を、より正確に決定することができる。血漿中のレベルは、例えば、高速液体クロマトグラフィーにより測定することができる。
一部の実施形態では、治療効果または予防効果を達成するために十分な有効量の組成物は、投与１回当たり体重１キログラム当たり約０．０００００１ｍｇから投与１回当たり体重１キログラム当たり約１０，０００ｍｇまでの範囲である。投与量は、投与１回当たり体重１キログラム当たり約０．０００１ｍｇから投与１回当たり体重１キログラム当たり約１００ｍｇまでの範囲であることが適切である。投与は、初回用量、その後の１回または複数回の「追加」用量として施すことができる。追加用量は、初回用量の１日後、２日後、３日後、１週間後、２週間後、３週間後、１カ月後、２カ月後、３カ月後、６カ月後または１２カ月後に施すことができる。一部の実施形態では、追加用量は、前の投与に対する対象の応答を評価した後に投与される。
当業者は、疾患または障害の重症度、以前の処置、対象の全般的健康状態および／または年齢、ならびに存在する他の疾患を含むがこれらに限定されない、ある特定の因子が、対象を効果的に処置するのに必要とされる投与量およびタイミングに影響を及ぼしうることを認識するであろう。さらに、対象の、治療有効量の、本明細書で記載される治療的組成物による処置は、単回の処置を含む場合もあり、処置のシリーズを含む場合もある。
抗体を用いた機能分析
本明細書で開示される抗体を使用して、本明細書で開示されるポリペプチドを精製し、生物学的に等価なポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドを同定することができる。また、本明細書で開示される抗体を使用して、本明細書で開示されるポリペプチドの機能を修飾する作用剤、例えば、アプタマー、ポリヌクレオチド、および小分子を同定することもできる。これらの抗体は、ポリクローナル抗血清、モノクローナル抗体、当業者が精通しており、上記でも記載されるこれらの調製物に由来する多様な試薬を含む。
同定された遺伝子によりコードされるタンパク質の活性を中和する抗体はまた、このような中和抗体を、ｉｎ ｖｉｖｏおよびｉｎ ｖｉｔｒｏの試験系に追加することにより、ｉｎ ｖｉｖｏおよびｉｎ ｖｉｔｒｏにおける機能を裏付けるのにも使用することができる。このような中和抗体もまた、本明細書で開示されるポリペプチドの活性を調節する医薬剤としても有用である。
また、多様な抗体調製物も、ｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｉｎ ｖｉｖｏにおける、同定された遺伝子によりコードされるタンパク質の、被験細胞による発現を裏付ける、ＥＬＩＳＡアッセイまたはウェスタンブロットなどの分析法において使用することができる。また、代謝時のプロテアーゼ分解により発生するこのようなタンパク質の断片も、適切なポリクローナル抗血清を、実験試料に由来する試料と共に使用することにより、同定することができる。
さらに、一部の実施形態では、本明細書で開示される抗体を使用して、バイオフィルムを視覚化および／または検出することができる。このような実施形態では、抗体は、例えば、放射性同位元素、検出可能な生成物を生成させる酵素、蛍光タンパク質などで、検出可能に標識化することもでき、特異的結合対のメンバー、例えば、ビオチン（ビオチン－アビジン特異的結合対のメンバー）など、他の部分にコンジュゲートすることもできる。次いで、検出可能に標識化された抗体を、バイオフィルムがコロニー形成していることが疑われる試料に導入し、関与性の標識を検出することが公知の顕微鏡法または他の方法、例えば、分光法、サイトメトリー、または他の一般的な技法で、視覚化および／または検出することができる。それぞれ、コンジュゲート部分または抗体をターゲティングする、コンジュゲート抗体または非標識化抗体も同様に、公知の分析法により同定することができる。例えば、一部の実施形態では、本明細書で開示される抗体のアイソタイプに特異的な、検出可能に標識化された二次抗体も、バイオフィルムの視覚化および／または検出において使用することができ、このような実施形態は、ＤＮＡＢＩＩタンパク質の「尾部」に特異的な抗体の、バイオフィルムがコロニー形成していることが疑われる表面への投与に続く、検出可能に標識化された二次抗体の投与およびその後における関与性の標識の検出を伴いうる。
一部の実施形態では、ＤＮＡＢＩＩタンパク質の「尾部」（例えば、配列番号１２、１５、および３３）、コンセンサスアミノ酸配列
Figure 0007258003000145
 を含まない、もしくはそれを除外するように操作されたＤＮＡＢＩＩタンパク質のアミノ酸配列、またはそれらのそれぞれの等価物に特異的な抗体の使用であって、本明細書の上記で記載した方法に従い、表面上のバイオフィルムの存在を視覚化または検出する使用が想定される。一部の実施形態では、抗体は、ポリクローナル抗体ではない。さらなる実施形態では、本明細書の上記で開示された、１つまたは複数の抗体を、本明細書の上記で記載した方法に従い検出されたバイオフィルムの処置のために使用することができる。このステップで使用されうる抗体の非限定的な例は、ＤＮＡＢＩＩタンパク質の「先端部」（例えば、配列番号１３、１４、１６、および１７）、アンチパラレルのベータリボンの一部としての鋭角ターン（ｓｈａｒｐ ｔｕｒｎ）と一致するアミノ酸配列、アミノ酸配列
Figure 0007258003000146
 を含むポリペプチド、配列番号３１またはそれらのそれぞれの等価物に特異的な抗体を含むがこれらに限定されない。一部の実施形態では、抗体は、ポリクローナル抗体ではない。
本明細書で開示される抗体は、単独で、ペプチドもしくはタンパク質ベースのワクチンまたは樹状細胞ベースのワクチンと組み合わせて、ワクチン接種のために使用することもでき、ワクチン接種をブーストするために使用することもできる。
スクリーニングアッセイ
本開示は、本明細書で記載される例示的な抗体と等価なモノクローナル抗体およびその断片などの等価作用剤、ならびに本明細書で開示される活性作用剤および医薬組成物の活性、または本明細書で開示されるポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチド産物もしくはペプチド産物の機能を調節する各種の作用剤をスクリーニングする方法を提供する。本開示の目的では、「作用剤」に、単純なもしくは複雑な有機分子もしくは無機分子、ペプチド、タンパク質（例えば、抗体）、ポリヌクレオチド（例えば、アンチセンスポリヌクレオチド）、またはリボザイムを含むがこれらに限定されないことを意図する。例えば、ポリペプチドおよびポリヌクレオチドなどのポリマー、および多様なコア構造に基づく合成有機化合物など、多種多様な化合物を合成することができるが、これらもまた、「作用剤」という用語に含まれる。加えて、植物抽出物または動物抽出物など、各種の天然供給源も、スクリーニングのための化合物をもたらしうる。常に明示的に言及されるわけではないが、作用剤は、単独で、または本発明のスクリーニングにより同定される作用剤と同じもしくは異なる生物学的活性を有する、別の作用剤と組み合わせて使用されることを理解されたい。
ｉｎ ｖｉｔｒｏにおけるスクリーニング法を実施するために、処置される微生物に感染した適する細胞培養物または組織をまず提供する。細胞は、密度に依存する制約なしに、指数関数的な成長を達成するための条件下（温度、増殖培地または培養培地、およびガス（ＣＯ２））で、適切な長さの時間にわたり培養する。また、対照として、感染していないさらなる別個の細胞培養物を維持することも所望される。
当業者に明らかである通り、適切な細胞は、マイクロタイタープレート内で培養することができ、遺伝子型の変化、表現型の変化、または微生物力価の低減に注目することにより、複数の作用剤を同時にアッセイすることができる。
作用剤が、上記で説明した小分子など、ＤＮＡまたはＲＮＡ以外の組成物である場合は、この作用剤を、細胞培養物に直接添加することもでき、追加用の培養培地に添加することもできる。当業者に明らかである通り、実験により決定され得る「有効」量を添加しなければならない。
作用剤が、抗体または抗原結合断片である場合は、この作用剤を、競合的ＥＬＩＳＡを実施するための条件下で、本明細書で説明される標的抗原およびポリクローナル抗体と接触させることもでき、これらと共にインキュベートすることもできる。当業者には、このような方法が公知である。
アッセイはまた、対象において実施することもできる。対象が、ラット、チンチラ、マウス、またはサルなどの動物である場合、方法は、ヒト患者における作用剤の臨床試験の前に使用しうる、簡便な動物モデル系を提供する。この系では、疾患または微生物感染症の症状のそれぞれが、同じ感染症を有する処置されていない動物と比較して軽減される、または消失すれば、候補作用剤が潜在的な薬物である。また、比較のためのベースを提供する、健康で処置を受けていない細胞または動物の、別個の陰性対照群を有することも有用であり得る。
本明細書で想定される抗体に特異的な、さらなるスクリーニングアッセイは、本明細書で開示されるポリペプチドのうちの１つまたは複数に特異的に結合する抗体または作用剤を同定するのに適する方法を含む。この方法は、本発明の抗体が結合する、抗原上の部位に結合する抗体を同定するステップを伴う。
抗体が結合する部位は、当業者に公知の方法により決定することができる。例えば、抗体が、抗原の部分的コンフォメーションに結合する、またはそれを認識する場合、抗体が結合する部位は、Ｘ線構造分析を使用して、抗体に隣接する抗原上のアミノ酸残基を同定することにより決定することができる。例えば、抗体またはその断片と、抗原またはその断片とを、互いに結合させ、結晶させた後、構造分析を行い、抗体との相互作用距離内にある抗原上の各アミノ酸残基を同定する。相互作用距離は、８オングストロームまたはこれより短い、好ましくは６オングストロームまたはこれより短い、より好ましくは４オングストロームまたはこれより短い。抗体との相互作用距離内にある、１つまたは複数のこのようなアミノ酸残基は、抗体が結合する、抗原上の部位（エピトープ）を構成しうる。２つまたはそれよりも多いこのようなアミノ酸残基は、一次配列上では、互いと隣接しえない。このような構造分析は、タンパク質の三次元構造を提示することが可能であり、したがって、同定されたエピトープの配列およびコンフォメーションの両方をもたらしうる。
被験抗体または被験作用剤を、本明細書で開示されるポリペプチドのうちの１つまたは複数と接触させることができる。その後、物質と、本明細書で開示される抗体のうちの任意の１つが結合するエピトープを構成するアミノ酸残基との距離を測定する。被験抗体または被験作用剤は、それが、残基のそれぞれと、適切な相互作用距離にあれば、特異的に結合すると決定することができる。一部の実施形態では、被験抗体は、ポリクローナル抗体ではない。
一部の実施形態では、抗体－抗原間相互作用の構造分析により同定される、そのコンフォメーションエピトープとの相互作用に基づき、被験抗体または被験作用剤を分析する。このようなコンフォメーションエピトープの非限定的な例は、本明細書で開示されるポリペプチドのうちの１つまたは複数の中に含まれうるβヘアピンである。さらなる非限定的な例示的エピトープは、コンセンサスのアミノ酸配列ＮＰＸＴ［配列中、「Ｘ」は、任意のアミノ酸を指す］など、アンチパラレルのベータリボンの一部としての鋭角ターンと一致するアミノ酸配列である。一部の実施形態では、Ｘを、アミノ酸Ｑ、Ｒ、Ｋ、Ｓ、またはＴから選択する。本明細書では、このような抗体の非限定的な例を、コンセンサスアミノ酸配列ＮＰＸＴに下線を付して太字にして開示する。当業者は、これらの配列のうちの任意の１つでは、Ｘ位における残基（下記の例では、二重下線でマークする）を、任意のアミノ酸（例えば、Ｑ、Ｒ、Ｋ、Ｓ、またはＴ）で置換しうることを認識するであろう。例は、
配列番号１３：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＩｈｆＡ；Ａ５断片：
Figure 0007258003000147
配列番号１４：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＨＵ；Ａ５断片：
Figure 0007258003000148
配列番号１７：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＩｈｆＢ；修飾Ｂ４（ｍＢ４）断片：
Figure 0007258003000149
配列番号２６：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＩｈｆＡ；Ａ先端部断片：
Figure 0007258003000150
配列番号２７：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＩｈｆＢ；Ｂ先端部断片：
Figure 0007258003000151
配列番号３１：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ＨＵ；断片：
Figure 0007258003000152
 を含む。
一部の実施形態では、ＮＰＸＴを含むポリペプチドは、少なくとも約２０アミノ酸の長さであり、ＮＰＸＴは、配列内のほぼ中心に位置する。このような配列の非限定的な例は、配列番号１３、１４、および３１を含む。
作用剤および組成物は、医薬の製造において用いることができ、医薬組成物の有効成分など、従来の手順に従う投与を介して、ヒトおよび他の動物を処置するのに用いることができる。
組合せ療法
本開示の組成物および関連する方法は、他の療法の投与と組み合わせて用いることができる。これらには、ＤＮアーゼ酵素、抗生物質、抗菌薬、または他の抗体の投与が含まれるがそれらに限定されない。
一部の実施形態では、方法および組成物が、抗ＤＮＡＢＩＩ抗体と共に相乗的に作用するデオキシリボヌクレアーゼ（ＤＮアーゼ）酵素を包含する。ＤＮアーゼとは、ＤＮＡ骨格におけるホスホジエステル結合の切断を触媒する任意の酵素である。十字構造だけでなく、ＤＮＡの多様な二次構造もまたターゲティングすることが公知であるＤＮアーゼ酵素についての、３つの非限定的な例は、ＤＮアーゼＩ、Ｔ４ Ｅｎｄｏ ＶＩＩ、およびＴ７ Ｅｎｄｏ Ｉを含む。ある特定の実施形態では、ＤＮアーゼと組み合わせると、バイオフィルムを不安定化させるのに必要とされる抗ＤＮＡＢＩＩ抗体の有効量が低減される。ｉｎ ｖｉｔｒｏで投与する場合、ＤＮアーゼは、アッセイに直接添加することもでき、この酵素を安定化させることが公知である適切な緩衝液中に添加することもできる。ＤＮアーゼの有効単位用量およびアッセイ条件は変動する場合があり、当技術分野で公知の手順に従い最適化することができる。
他の実施形態では、方法および組成物を、抗生物質および／または抗菌薬と組み合わせることもできる。抗菌薬とは、細菌、真菌、または原虫などの微生物を死滅させる、またはそれらの成長を阻害する物質である。バイオフィルムは一般に、抗生物質の作用に対して耐性であるが、本明細書で説明される組成物および方法を使用して、バイオフィルムを伴う感染症を、感染症を処置するための従来の療法に対して感作させることができる。他の実施形態では、抗生物質または抗菌薬を、本明細書で記載される方法および組成物と組み合わせて使用することにより、抗菌薬および／またはバイオフィルム低減剤の有効量を低減することが可能となる。本開示の方法との組合せに有用な抗菌薬および抗生物質についての一部の非限定的な例には、アモキシシリン、アモキシシリン－クラブラン酸、セフジニル、アジスロマイシン、およびスルファメトキサゾール－トリメトプリムが含まれる。バイオフィルム低減剤と組み合わされる抗菌薬および／または抗生物質の治療有効量は、従来の方法により容易に決定することができる。一部の実施形態では、バイオフィルム低減剤と組み合わされる抗菌薬の用量が、他の細菌感染症、例えば、感染症の病因がバイオフィルムを包含しない細菌感染症において有効であることが示されている平均有効用量である。他の実施形態では、用量が、平均有効用量の０．１、０．１５、０．２、０．２５、０．３０、０．３５、０．４０、０．４５、０．５０、０．５５、０．６０、０．６５、０．７０、０．７５、０．８、０．８５、０．９、０．９５、１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、２．０、２．５、３．０、または５倍である。抗生物質または抗菌薬は、抗ＤＮＡＢＩＩ抗体を添加する前に付加することもでき、それと共時的に付加することもでき、その後で付加することもできる。
他の実施形態では、方法および組成物を、細菌感染症を処置する抗体と組み合わせることもできる。本明細書で説明される方法および組成物と組み合わせるのに有用な抗体の一例は、非類縁外膜タンパク質（すなわち、ＯＭＰ Ｐ５）を指向する抗体である。この抗体単独による処置は、ｉｎ ｖｉｔｒｏにおいてバイオフィルムを減量することがない。この抗体と、バイオフィルム低減剤とによる組合せ療法は、同じ濃度のいずれかの試薬を単独で用いることにより達成され得る効果より大きな効果を結果としてもたらす。バイオフィルム低減剤またはバイオフィルムを低減させる方法と組み合わせて用いると相乗効果をもたらし得る他の抗体には、抗ｒｓＰｉｌＡ調製物、抗ＯＭＰ２６調製物、抗ＯＭＰ Ｐ２調製物、および抗全ＯＭＰ調製物が含まれる。
本明細書で説明される組成物および方法を用いて、バイオフィルムを伴わない細菌感染症を処置するのには有効であるが、それ以外の、バイオフィルムを伴う細菌感染症を処置するには有効でない、一般的な治療モダリティーに対して、バイオフィルムを伴う細菌感染症を感作させることができる。他の実施形態では、本明細書で説明される組成物および方法を、バイオフィルムを伴う細菌感染症を処置するのに有効な治療モダリティーと組み合わせて用い得るが、このような追加的な療法とバイオフィルム低減剤またはバイオフィルム低減法との組合せは、バイオフィルム低減剤または追加的な治療薬の有効量を低減し得るような相乗効果をもたらす。他の場合には、このような追加的な療法とバイオフィルム低減剤またはバイオフィルム低減法との組合せが、処置を増強するような相乗効果をもたらす。処置の増強は、感染症を処置するのに必要とされる時間の長さの短縮により証拠立てることができる。
追加的な治療的処置は、バイオフィルムを低減させるのに用いられる方法または組成物の前に付加することもでき、それと共時的に付加することもでき、その後で付加することもでき、同じ処方物中に含有させることもでき、別個の処方物として含有させることもできる。
キット
本明細書で説明されるｉｎ ｖｉｔｒｏ法およびｉｎ ｖｉｖｏ法を実施するのに必要な作用剤および指示を含有するキットもまた、特許請求される。したがって、本開示は、本明細書に開示される干渉するステップを包含し得る方法を実施するためのキットのほか、組織を回収するステップ、および／またはスクリーニングを実施するステップ、および／または結果を解析するステップ、および／または本明細書で規定される有効量の干渉作用剤を投与するステップなど、本明細書に開示される方法を実施するための指示も提供する。これらは、単独で用いることもでき、他の適切な抗菌薬と組み合わせて用いることもできる。
例えば、キットは、単離されたまたは組換え型の組込み宿主因子（ＩＨＦ）ポリペプチド、またはそれらのそれぞれの断片もしくは等価物；配列番号１２から１７まで、配列番号３３、またはそれらのそれぞれの断片もしくは等価物の単離されたまたは組換え型のポリペプチド、あるいはこれらをコードするポリヌクレオチド；微生物ＤＮＡへの結合について組込み宿主因子と競合するポリペプチド；上記で言及したポリペプチドのうちの任意の１つをコードする、単離されたまたは組換え型のポリヌクレオチド；上記で言及したポリペプチドのうちの任意の１つ、またはその等価物もしくは断片を特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する抗体；あるいはＤＮＡＢＩＩタンパク質またはＤＮＡＢＩＩポリペプチドの微生物ＤＮＡへの結合と競合する小分子の群の、任意の１つまたは複数の作用剤と、使用のための指示とを含む場合もあり、代替的にそれから本質的になる場合もあり、なおさらにそれからなる場合もある。キットは、アジュバント、抗原性ペプチド、または抗菌薬のうちの１つまたは複数をさらに含み得る。キャリアの例には、液体のキャリア、薬学的に許容されるキャリア、固相のキャリア、薬学的に許容されるキャリア、薬学的に許容されるポリマー、リポソーム、ミセル、インプラント、ステント、ペースト、ゲル、歯科インプラント、または医療用インプラントが含まれる。
以下の例は、本明細書で開示される実施形態を例示することを意図するものであり、これらを限定することを意図するものではない。
（実施例１：抗体の生成）
ＩＨＦ抗体およびＨＵ抗体、タンパク質およびポリペプチドは、全体としてのＩＨＦおよびＨＵならびに特異的断片に対して生成させた。
例えば、ＧｒａｎｓｔｏｎおよびＮａｓｈ（１９９３年）、Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ．、２３４巻：４５～５９頁；Ｎａｓｈら（１９８７年）、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｙ、１６９巻（９号）：４１２４～４１２７頁；ならびにＲｉｃｅら（１９９６年）、Ｃｅｌｌ、８７巻：１２９５～１３０６頁において説明されている通り、当業者には、これらを産生する方法が周知である。略述すると、ＩＨＦ－α（配列番号６）を過剰産生するために、ｈｉｍＡ遺伝子を、細菌プラスミドであるｐＡＤ２８４におけるＰＬプロモーターの下流に挿入した。所望のプラスミドを施されたＣ６００ｈｉｍＡ４２株のラムダ溶原菌であるＫ５６０７株の形質転換細胞は、バクテリオファージミューを増殖させる能力について、アンピシリン耐性形質転換細胞をスクリーニングすることにより同定した。標準的なＤＮＡ単離法に従い、ｈｉｍＡ＋形質転換細胞からＤＮＡを調製し、ｈｉｍＡ遺伝子の配向性は、制限酵素切断により決定した。ＰＬプロモーターによる発現に適正な配向性でｈｉｍＡ遺伝子を有するプラスミドであるｐＰＬｈｉｍＡ－１を、ｃＩ８５７熱誘導性リプレッサーを発現するラムダ潜在プロファージを含有するＮ５２７１株へと形質転換し、Ｋ５７７０株を得た。
ＩＨＦ－βサブユニット（配列番号７）を過剰産生するために、バクテリオファージラムダのＰＬプロモーターとのＩＨＦ－をコードする配列の融合体を含有するプラスミドであるｐＫＴ２３－ｈｉｐ３２３を用いた。ｐＫＴ２３－ｈｉｐ３２３を、Ｎ５２７１株に導入して、Ｅ４４３株を得た。別のプラスミドの存在下におけるｐＫＴ２３－ｈｉｐ３２３の選択を容易にするために、その選択マーカーを、アンピシリン耐性（ｂｌａ＋）マーカーから、クロラムフェニコール耐性（ｃａｔ－）マーカーへと変更した。ＦｌａｍｍおよびＷｅｉｓｂｅｒｇにより説明されている通りに、ｃａｔ含有断片を、プラスミドｐＢＲ３２５から単離し、ｂｌａにおける固有のＳｃａＩ部位に挿入した。ライゲーションされたＤＮＡを、ｈｉｐ変異を保有し、温度感受性のＸリプレッサーを合成するＥ４０３株内に導入し、低温でクロラムフェニコール耐性形質転換細胞を選択した。このような形質転換細胞の１つ（Ｅ７３５株）は、ｈｉｐ＋であり、かつ、アンピシリン感受性であり、したがって、ｐＫＴ２３－ｈｉｐ３２３のｂｌａ ｃａｔ＋誘導体（ｐＥ７３５）を保有すると考えられる。
ＩＨＦのいずれのサブユニットも過剰産生する細胞株を産生するために、Ｅ７３５を、プラスミドｐＰＬｈｉｍＡ－１で形質転換し、アンピシリン耐性となり、クロラムフェニコール耐性も保持している形質転換細胞（Ｅ７３８）を選択した。いずれのサブユニットも過剰産生する第２の細胞株の産生は、ｐｈｅＴ遺伝子およびｈｉｍＡ遺伝子を含有する、平滑末端のＳｓｔＩＩ制限酵素部位を、ｐＫＴ２３－ｈｉｐ３２３プラスミド内にライゲーションすることにより作製されたプラスミドであるｐＰＬｈｉｐ ｈｉｍＡ－５の構築に依存した。これについては、Ｎａｓｈら（１９８７年）、Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｙ、１６９巻（９号）：４１２４～４１２７頁においてさらに詳細に説明されている。Ｋ５６０７株のｈｉｍＡ＋形質転換細胞は、ＨｉｍＡ＋についてスクリーニングすることにより同定し、制限消化によりプラスミドＤＮＡを解析した。プラスミド構造が明らかである全ての場合において、２コピーのｈｉｍＡ遺伝子が、タンデム直接反復配列としてベクター内にライゲーションされていた。このプラスミドにおける２コピーのｈｉｍＡ遺伝子の存在が、選択により要請されているのかどうかは未知であるが、ｈｉｍＡ変異体を補完するには、プラスミドｐＰＬｈｉｍＡ－１における単一コピーのｈｉｍＡ遺伝子で十分であることを想起するべきである。プラスミドｐＰＬｈｉｐｈｉｍＡ－５を用いて、Ｎ５２７１株を形質転換し、Ｋ５７４６株を得た。
同じ手順を繰り返して、ＨＵ（配列番号３）を過剰産生した。
細胞は、３１℃で振とう水浴において、ＴＢＹ培地（１リットル当たり１０ｇのトリプトン、５ｇの酵母抽出物、および５ｇの塩化ナトリウム）中で増殖させた。対数増殖中期（６５０ｎｍにおける光学濃度を約０．６とする）において、細胞を４２℃の水浴へとシフトし、引き続き振とうした。３００ｍｌの培養物を遠心分離し、２０ｍＭのＮａＣｌを含有する０．６～０．９ｍｌのＴＥＧ（２０ｍＭの塩酸トリス（ｐＨ７．４）、１ｍＭのＥＤＴＡナトリウム、１０％のグリセロール）中に懸濁させることが典型的であった。細胞は、各バースト間に４０秒間ずつを置く、６回の２０秒間バーストの超音波処理により破壊した。超音波抽出物の一部は、Ｓｏｍａｌｉ ＳＳ３４ローター内、１５，０００ｒｐｍで２０分間にわたり遠心分離した。超音波抽出物試料は、標準的な分子生物学法に従う硫酸ドデシルナトリウム（ＳＤＳ）ゲル電気泳動により解析した。
精製は、以下の通りに行った：３．６リットルの細胞バッチを、３時間にわたり誘導した。その後の全てのステップは、０～４℃で実施した。３．３リットルに由来する細胞ペレットを、２０ｍＭのＮａＣｌを含有する１０ｍｌのＴＥＧ中に懸濁させて、２９ｍｌの総容量をもたらし、この懸濁物を、それぞれが、９０秒間の間隔を置き、３分間の超音波処理の６回のバーストを施される２つのバッチにおいて破壊した。超音波抽出物を１５，０００ｒｐｍで２０分間にわたり遠心分離し、１６．９ｍｌの清澄化した抽出物を得た。ポリミンＰ（ＢＤＨ Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ Ｌｔｄ）の１０％（容量／容量）溶液（１．１ｍｌ）を、この清澄化した抽出物へとゆっくり添加し、２０分間（ｍｍ）にわたり撹拌した後、混合物を、１０，０００ｒｐｍで３０分間（ｍｍ）にわたり遠心分離した。結果として得られるペレットを、５００ｍＭのＮａＣｌを含有する１０ｍｌのＴＥＧ中に懸濁させ、１５分間にわたり撹拌した後、混合物を、１２，０００ｒｐｍで２０分間にわたり遠心分離した。上清（１０．３ｍｌ）を、３．２ｇの硫酸アンモニウムを添加することにより、５０％飽和へと調整し、２０分間にわたり撹拌し、１５，０００ｒｐｍで１５分間にわたり遠心分離した。結果として得られる上清を、１．６４ｇの硫酸アンモニウムを添加することにより、７０％飽和へと調整し、２０分間にわたり撹拌し、１５，０００ｒｐｍで１５分間にわたり遠心分離した。結果として得られるペレットを、１ｍｌのＴＧ（１０％のグリセロールを含有する５０ｍＭの塩酸トリス（ｐＨ７．４））中に懸濁させ、２回にわたり交換されるＴＧに対して透析した。透析された物質（２．０ｍｌ）を、ＴＧで平衡化された、１ｍｌのホスホセルロース製カラム（Ｐ１１、Ｗｈａｔｍａｎ，Ｉｎｃ．）（０．５×５．８ｃｍ）にロードした。カラムを３ｍｌのＴＧで洗浄し、ＴＧ中の２０ｍｌのＫＣｌ直線勾配（０～１．２Ｍ）で展開した。０．５ｍｌの画分を回収し、－２０℃で保存し、ＩＨＦ活性についてアッセイした。
ポリクローナル抗ＩＨＦは、以下の通りに調製した。ウサギに、フロイント完全アジュバントを伴う２５０μｇの精製されたＩＨＦを注射した。フロイント不完全アジュバントを伴う２５０μｇのＩＨＦの追加抗原投与による免疫化を、１、７、および１２週間後に施した。ＩＨＦについての免疫ブロット法により決定される通り、初回注射の１３週間後に回収した血清は、高力価のＩＨＦ反応性物質を有した。動物は、数年間にわたり維持し、それらの血清中の抗ＩＨＦ抗体の高力価を維持するために必要な場合は、さらなる追加抗原投与による免疫化を施した。抗体をさらに精製することはなかった。粗血清は、－７０℃で保存した。ポリクローナル抗ＨＵも、同じ方式に従い調製した。
ＩＨＦまたはＨＵの各サブユニットに特異的なマウスモノクローナル抗体であって、配列番号１２～１７に対応する合成ポリペプチドを使用することにより生成される抗体を産生するハイブリドーマは、Ｒｏｃｋｌａｎｄ Ｉｍｍｏｎｃｈｅｍｉｃａｌｓ、Ｌｉｍｅｒｉｃｋ、ＰＡから取り寄せた。ハイブリドーマのうちの３つは、ＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣにより、生存率について検証された。本明細書の下記に再掲される表１は、寄託されたハイブリドーマと、それらの対応するＡＴＣＣ受託番号とを列挙する。
Figure 0007258003000153
（実施例２：ポリクローナル抗体を使用する、バイオフィルムの低減についての分析）
この実験は、８ウェルのチャンバースライドにおいて確立されたバイオフィルムの崩壊のｉｎ ｖｉｔｒｏモデルについて説明する。この実験で用いられる材料は、チョコレート寒天培地；ｓＢＨＩ（１ｍＬ当たり２ｍｇのヘムおよび１ｍＬ当たり２ｍｇのｂ－ＮＡＤを伴うＢＨＩ）；８ウェルのチャンバースライド（Ｎｕｎｃ＊ Ｌａｂ－Ｔｅｋ＊ Ｆｉｓｈｅｒ、型番１２－５６５－１８）；０．９％の滅菌生理食塩水；ＬＩＶＥ／ＤＥＡＤ ＢａｃＬｉｇｈｔ Ｂａｃｔｅｒｉａｌ Ｖｉａｂｉｌｉｔｙ Ｋｉｔ（Ｆｉｓｈｅｒ、型番ＮＣ９４３９０２３）、およびホルマリンであった。
１日目に、ＮＴＨＩを、単離のために、チョコレート寒天上でこすり取った。次いで、ＮＴＨＩを、３７℃および５％ＣＯ２で、２０時間にわたりインキュベートした。翌日、細菌を、ｓＢＨＩ中５ｍＬに懸濁させ、平衡化させ（３７℃、５％のＣＯ２）、光学濃度を、ＯＤ４９０≒０．６５に調整した。細菌を、平衡化させたｓＢＨＩ（１ｍＬの細菌の懸濁物＋５ｍＬのｓＢＨＩ）中、１：６に希釈した。次いで、細菌を、３７℃、５％ＣＯ２中で３時間にわたり、静置してインキュベートした（ＯＤ４９０を、約０．６５とする）。次に、細菌を、平衡化されたｓＢＨＩ中で、再度１：２５００に希釈し、２００ｍＬの細菌懸濁物を、チャンバースライドの各ウェルに添加した。希釈のため、１０μＬの細菌を、エッペンドルフ管内に９９０μＬのｓＢＨＩへと添加し、８μＬの希釈物を、各チャンバー内に１９２μＬずつのｓＢＨＩへと添加し、３７℃、５％ＣＯ２中で静置してインキュベートした。
３日目、１６時間のインキュベーション後、バイオフィルムを攪乱しないようにウェルの角から培地を吸引することにより、チャンバーから培地を吸引した。次いで、２００ｍＬの平衡化されたｓＢＨＩを各チャンバーに添加し、３７℃、５％ＣＯ２中で８時間にわたり静置してインキュベートした。８時間後、培地を吸引し、２００ｍＬの平衡化されたｓＢＨＩを処置されていない各チャンバーに添加し、ｓＢＨＩ中で１：５０に希釈したウサギ抗ｒｓＰｉｌＡなどの干渉作用剤２００ｍＬ、およびｓＢＨＩ中で１：５０に希釈した２００ｍＬのナイーブウサギ血清（または他の適切な血清対照）を添加した。次いで、これらを、３７℃、５％ＣＯ２中で静置してインキュベートした。
４日目、約１６時間のインキュベーション後、ｓＢＨＩを吸引し、２００ｍＬの滅菌生理食塩水で２回にわたりバイオフィルムを洗浄した。生理食塩水を吸引し、２００ｍＬのＬｉｖｅ／Ｄｅａｄ染料を添加した。次に、１ｍＬの滅菌１０ｍＭリン酸緩衝生理食塩水中に３ｍＬの成分Ａおよび３ｍＬの成分Ｂを添加した。次いで、これを、室温で１５分間にわたり光から保護して静置してインキュベートした。染料を吸引し、２００ｍＬの滅菌生理食塩水で２回にわたりバイオフィルムを洗浄した。生理食塩水を吸引し、２００ｍＬのホルマリンを添加して、バイオフィルムを固定した。次いで、これを、室温で１５分間にわたり光から保護して静置してインキュベートした。ホルマリンを吸引し、２００ｍＬの滅菌生理食塩水で２回にわたりバイオフィルムを洗浄した。ガスケットを取り外し、スライドガラスにカバースリップを取り付け、カバースリップを、マニキュア液で封印し、乾燥させてから、共焦点顕微鏡で観察した。
ウサギにおいて、精製された組込み宿主因子（ＩＨＦ）を使用する標準的な技法に従い、Ｅ．ｃｏｌｉ ＩＨＦおよびＨａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅのＩＨＦおよびＨＵに対して方向づけられたポリクローナル抗体を調製した。実施例１は、ポリクローナル抗体の生成について記載している。Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅのＤＮＡＢＩＩポリペプチドから生成されたポリクローナル抗体は、抗Ｅ．ｃｏｌｉ
ＩＨＦ、天然ウサギ抗血清、および培地対照と比べて、バイオフィルムの頑健な破壊を及ぼすことが裏付けられた（図１）。ポリクローナル抗血清は、１：５０の希釈率で使用した。
（実施例３：モノクローナル抗体およびそれらの組合せを使用する、バイオフィルムの低減についての分析）
実施例２のこの方法と、表２に列挙された抗体またはそれらの組合せであって、実施例１で記載した方法に従い生成された抗体またはそれらの組合せとを使用して、出願人らは、副鼻腔炎、気管支炎、中耳炎、および慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の増悪において蔓延する、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅが生じるバイオフィルムを低減させた。ポリクローナル抗血清は、１：２５の希釈率で使用した。モノクローナル抗体は、ウェル１つ当たり４．４μｇで使用した（ウェル１つ当たりの各モノクローナル抗体４．４μｇずつとし、この場合、１つを超えるモノクローナルを使用した）。
Figure 0007258003000154
バイオフィルム塊は、視覚的にまたＣＯＭＳＴＡＴを介して検討した。Ａ５、Ｂ４、ｍＢ４、Ａ５＋Ｂ４、およびＡ５＋ｍＢ４で処置されたバイオフィルムでは、バイオフィルムのバイオマスの著明な破壊が、ＩｇＧ１、またはＩｇＧ２で処置されたバイオフィルムと比べて、目視可能であり（図３Ａ）；ＣＯＭＳＴＡＴ２分析により、これらの結果が確認されたことから、Ａ５、Ｂ４、ｍＢ４、Ａ５＋Ｂ４、およびＡ５＋ｍＢ４の投与の結果としての、バイオフィルム塊の著明な破壊が裏付けられる（図３Ｂおよび図３Ｃ）。これを、複数種のＮＴＨＩ株について反復した（図９および図１０）。
実施例２のこの方法と、表３に列挙された抗体またはそれらの組合せとを使用して、出願人らは、齲歯の開始および進行において蔓延する、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍｕｔａｎｓにより生じるバイオフィルムを破壊する。
実施例２のこの方法と、表３に列挙された抗体またはそれらの組合せとを使用して、出願人らは、限局性皮膚感染症およびびまん性皮膚感染症、慢性鼻副鼻腔炎、ならびに院内感染症において蔓延する、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓにより生じるバイオフィルムを破壊した（図７Ｃおよび図１１Ｃ）。ポリクローナル抗血清は、１：５０の希釈率で使用した。モノクローナル抗体は、ウェル１つ当たり５μｇで使用した（ウェル１つ当たりの各モノクローナル抗体５μｇずつとし、この場合、１つを超えるモノクローナルを使用した）。
実施例２のこの方法と、表３に列挙された抗体またはそれらの組合せとを使用して、出願人らは、ＣＯＰＤの増悪および中耳炎において蔓延する、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓにより生じるバイオフィルムを破壊する（図７Ｄおよび図１１Ｄ）。ポリクローナル抗血清は、１：５０の希釈率で使用した。モノクローナル抗体は、ウェル１つ当たり５μｇで使用した（ウェル１つ当たりの各モノクローナル抗体５μｇずつとし、この場合、１つを超えるモノクローナルを使用した）。
実施例２のこの方法と、表３に列挙された抗体またはそれらの組合せとを使用して、出願人らは、副鼻腔炎、肺炎、および中耳炎において蔓延する、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅにより生じるバイオフィルムを破壊する。
実施例２のこの方法と、表３に列挙された抗体またはそれらの組合せとを使用して、出願人らは、嚢胞性線維症、肺炎、皮膚感染症および軟組織感染症、ならびに医療用デバイス上において蔓延する、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａにより生じるバイオフィルムを破壊する（図７Ｂおよび図１１Ｂ）。ポリクローナル抗血清は、１：５０の希釈率で使用した。モノクローナル抗体は、ウェル１つ当たり５μｇで使用した（ウェル１つ当たりの各モノクローナル抗体５μｇずつとし、この場合、１つを超えるモノクローナルを使用した）。
実施例２のこの方法と、表３に列挙された抗体またはそれらの組合せとを使用して、出願人らは、淋病において存在する、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅにより生じるバイオフィルムを破壊する。
実施例２のこの方法と、表３に列挙された抗体またはそれらの組合せとを使用して、出願人らは、尿路感染症において蔓延する、尿路病原性Ｅ．ｃｏｌｉにより生じるバイオフィルムを破壊する。
実施例２のこの方法と、表３に列挙された抗体またはそれらの組合せとを使用して、出願人らは、皮膚の感染症において蔓延する、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓにより生じるバイオフィルムを破壊する。
実施例２のこの方法と、表３に列挙された抗体またはそれらの組合せとを使用して、出願人らは、嚢胞性線維症および慢性肉芽腫症において蔓延する、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａにより生じるバイオフィルムを破壊する（図７Ａおよび図１１Ａ）。ポリクローナル抗血清は、１：５０の希釈率で使用した。モノクローナル抗体は、ウェル１つ当たり５μｇで使用した（ウェル１つ当たりの各モノクローナル抗体５μｇずつとし、この場合、１つを超えるモノクローナルを使用した）。
実施例２のこの方法を使用して、出願人らは、ナイーブ血清対照（ＩｇＧ１＋ＩｇＧ２ａ）も、「尾部」カクテル（Ａ３およびＢ２）も、既存のＢ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａバイオフィルムを破壊しないが、「先端部」カクテル（Ａ５およびｍＢ４）は、これを破壊することを裏付けた。同様に、抗生物質セフタジジム（１６ｕｇ／ｍｌの）と混合したところ、ナイーブ対照も、尾部カクテルも、バイオフィルムを破壊することも、有意な細菌の細胞死（色画像中の黄色として目視可能）を引き起こすこともなかったが、先端部カクテルの、セフタジジムとの混合は、バイオフィルムを破壊し、かつ、顕著な細菌の細胞死も誘導した。
これらの実験を、配列番号１４に特異的となるように生成されたＨＵ Ａ５に方向づけられた抗体についても繰り返す。
（実施例４：中耳炎）
中耳の感染症（または中耳炎、ＯＭ）は、世界的に高度に蔓延した疾患であり、最も重度の形態（慢性化膿性ＯＭまたはＣＳＯＭと呼ばれる）に、世界で毎年５０００万～３億３０００万人の小児が罹患している。ＯＭの社会経済的負荷もまた大きく、費用は、米国だけで、毎年５０～６０億ドルの間である。ＯＭの優勢な細菌性病原体の３つ全てが、ｉｎ ｖｉｔｒｏおよびｉｎ ｖｉｖｏのいずれにおいても、バイオフィルムを形成することが公知であり、近年、臨床医らは、ＯＭの慢性性および再発が、少なくとも部分的には、中耳腔内の細菌バイオフィルムの形成に起因することを認識するようになっている。
実際、中耳腔換気用チューブおよび遷延性耳漏を伴う小児患者に由来する耳漏固体を、微生物培養物と組み合わせたｅＤＮＡおよびＩＨＦについて標識化した結果は、バイオフィルムが、慢性耳漏において役割を果たすことを指し示す。具体的に、分析された小児耳漏試料１５例のうち、９例（６０％）が、ｅＤＮＡ（ＡｌｅｘａＦｌｏｕｒ ５９４にコンジュゲートしたヤギ抗ウサギＩｇＧにより検出されるウサギ抗ＩＨＦを使用して標識化された）の格子と関連するＩＨＦの標識化について陽性の固体を含有し、７５％が、陽性の細菌培養物をもたらした。細菌の培養結果は、Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、ＭＲＳＡ、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａ、Ｍ．ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ、およびＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａの存在を裏付けた。これらのデータは、ＤＮＡＢＩＩタンパク質が、他の耳疾患の中でも、中耳腔換気用チューブ後の耳漏における治療標的として用いられうることを示唆する。
ＯＭについてのチンチラモデルの１つでは、若年のチンチラに、まずウイルス性の「風邪」を施した１週間後、これらに、生菌による接種物で鼻腔内的にチャレンジした。「私の子供は風邪をひき、１週間後に耳の感染症になりました」というヒトにおける状態と同様に、チンチラもまた、チャレンジの約１週間後に、ウイルス性の上気道感染症を患う一方で、細菌性ＯＭを発症した。細菌の増加が中耳に到達すると（耳管の上行を介して、または中耳腔への直接的なチャレンジ後において）、細菌は、頑健なバイオフィルムを形成する。したがって、本出願人らは、本明細書で報告する通り、チンチラモデルを意図し、これをすでに実際に用いて、既存のバイオフィルムを速やかに消失させる結果をもたらすＩＨＦによる免疫化の防御効果を裏付けた。このモデルはまた、抗ＤＮＡＢＩＩ抗体の受動送達を介する、またはＩＨＦもしくは他のＤＮＡＢＩＩファミリーメンバーに結合することが公知である小分子または他の作用剤の送達を介する療法にも有用である。
チンチラモデルを、ヒトワクチンの開発および前臨床試験に用いるため、ヒト宿主、特に、小児との有意義な免疫学的相応物を確立することが重要である。本出願人らは、ＮＴＨＩに起因するＡＯＭを伴う小児から回収された滲出物と、実験によるＮＴＨＩ誘導性ＯＭを伴うチンチラに由来する中耳液とが、ＯＭＰ Ｐ５の免疫優性領域を類似した階層的な方式で認識することを示した（例えば、Ｎｏｖｏｔｎｙら（２０００年）、Ｉｎｆｅｃｔ、６８巻（４号）：２１１９～２１２８頁；Ｎｏｖｏｔｎｙら（２００７年）、９ｔｈ
Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ ｏｎ Ｒｅｃｅｎｔ Ａｄｖａｎｃｅｓ ｉｎ Ｏｔｉｔｉｓ Ｍｅｄｉａ、Ｓｔ． Ｐｅｔｅ Ｂｅａｃｈ、ＦＬａ；Ｎｏｖｏｔｎｙら（２００２年）、Ｖａｃｃｉｎｅ、２０巻（２９～３０号）：３５９０～３５９７頁を参照されたい）。本出願人らはまた、実験によるＯＭを伴うチンチラ、自然ＯＭを伴う小児、およびＣＯＰＤが増悪した成人のいずれもが、ＰｉｌＡを示すペプチドを非常に類似した方式で認識することも示した（例えば、Ａｄａｍｓら（２００７年）、１０７ｔｈ Ｇｅｎｅｒａｌ Ｍｅｅｔｉｎｇ、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｆｏｒ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ、２００７年、Ｔｏｒｏｎｔｏ、ＯＮ；Ａｄａｍｓら（２００７年）、９ｔｈ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ ｏｎ Ｒｅｃｅｎｔ Ａｄｖａｎｃｅｓ ｉｎ Ｏｔｉｔｉｓ Ｍｅｄｉａ、Ｓｔ． Ｐｅｔｅ Ｂｅａｃｈ、ＦＬａ．を参照されたい）。したがって、実験によるＯＭを伴うチンチラと、自然疾患を有する小児とは、少なくとも２つの非類縁ＮＴＨＩタンパク質であるアドヘシンに対して免疫学的に類似して応答する。近年、この類似が最終的な試験にかけられたが、そこでは、新規の１１価のプロテインＤ－肺炎菌多糖類コンジュゲートワクチンの前臨床有効性試験を実施するのに、チンチラのＡＶ－ＮＴＨＩ重感染モデルが用いられた。チンチラにおいて得られたデータが３４％の有効性を予測する一方、小児で調べたところでは、Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ誘導性ＯＭに対して得られた有効性が３５．６％であり（例えば、Ｎｏｖｏｔｎｙら（２００６年）、Ｖａｃｃｉｎｅ、２４巻（２２号）：４８０４～１１頁；およびＰｒｙｍｕｌａら（２００６年）、Ｌａｎｃｅｔ．、３６７巻（９５１２号）：７４０～８頁を参照されたい）、それにより、ＯＭワクチン候補物質の開発および試験に対するこのモデルの関与性が強く裏付けられた。
生成された抗体の有効性を決定するために、ＮＴＨＩ細菌を、チンチラの中耳腔に注射して、バイオフィルムを形成させた。４日後、それぞれの処置を開始した。このモデルを使用して、出願人らは、実施例２および３で記載され、下記の表３で列挙される、ポリクローナル抗体および／またはモノクローナル抗体の受容後のチンチラの中耳内で、あらかじめ形成されたバイオフィルムの低減または根絶を裏付けた（図４）。
Figure 0007258003000155
「相乗作用」と標識化された組合せでは、処置の総抗体濃度が、１種類だけの抗体（モノクローナル抗体またはポリクローナル抗体；全抗体を５μｇとする）を含む処置と同じとなるように、各動物に、表中に指し示された２つのモノクローナル抗体２．５μｇずつを施した。
「パワー」と標識化された組合せでは、処置の総抗体濃度が、１種類だけの抗体（モノクローナル抗体またはポリクローナル抗体）を含む処置の２倍となるように、各動物に、表中に指し示された２つのモノクローナル抗体５．０μｇずつを施した。したがって、パワーと標識化された組合せは、１０μｇの全抗体を含む。
３６匹の成体を、Ｒａｕｓｃｈｅｒ’ｓ Ｃｈｉｎｃｈｉｌｌａ Ｒａｎｃｈ（Ｌａ Ｒｕｅ、Ｏｈｉｏ）から取り寄せ、研究開始前の７～１０日間にわたり、飼育場に馴化させた。ＴＢチャレンジの前に、ベースラインの耳鏡検査およびティンパノメトリーのほか、限定容量の前採血も実施して、血清を回収した。チンチラに麻酔をかけ、経中耳骨胞チャレンジ（ｔｒａｎｓｂｕｌｌａｒ ｃｈａｌｌｅｎｇｅ）を介して、１０００ｃｆｕのＮＴＨＩ（株番号：８６－０２８ＮＰ）を、中耳腔に導入する。研究にわたり、毎日、規定の耳鏡検査およびティンパノメトリーを実施した。
チャレンジの４日後（＋４日目）、チンチラに、チンチラの中耳腔周囲の骨または中耳骨胞を通して挿入された皮下注射針を介して、連続３日間にわたり、１００μｌの抗体を注入した。チャレンジの７日後（＋７日目）、チンチラを屠殺した。
中耳骨胞を摘出し、存在する任意の体液を、無菌的に回収し、上清１ｍＬ当たりのＮＴＨＩ ｃｆｕを決定するように播種した（図４Ａ）。次いで、中耳骨胞の内部と、存在する任意のバイオフィルムとを視覚化するのに、中耳骨胞を切開した。画像を収集し、中耳骨胞を、１ｍｌの滅菌生理食塩水で洗浄し、再度イメージングした。右側中耳骨胞から、存在する任意のバイオフィルムと共に、粘膜も回収し、あらかじめ秤量した試験管に入れた。これらの組織をホモジナイズし、系列希釈し、組織の湿潤重量１ｍｇ当たりのＮＴＨＩ ｃｆｕを決定するように播種した（図４Ｂ）。左側中耳骨胞には、ＯＣＴ化合物を充填し、組織学分析のために瞬時凍結させた。バイオフィルムが存在する左側中耳腔および右側中耳腔についての画像をスクランブルし、動物１匹当たり２枚ずつの画像を、単一のファイルにコンパイルし、盲検化された評価者にランク付けさせた。各動物の中耳内に残存するバイオマスの相対量を、以下の表４に示すスケールを用いて、盲検化された評価者に、０～４＋のスケールでランク付けさせた（図４Ｃ）。
Figure 0007258003000156
組織１ｍｇ当たりの平均ＣＦＵおよびＮＴＨＩの上清１ｍｌ当たりの平均ＣＦＵにおける有意差は、対応のあるｔ検定により決定した。ｐ値≦０．０５を有意であると考えた。コホート間の相対バイオマスにおける有意性は、対応のないｔ検定により評価する。ｐ値≦０．０５を有意であると考えた。
結果は、とりわけ、単独の、または組み合わせた、モノクローナル抗体であるＡ５およびｍＢ４、ならびにＥ．ｃｏｌｉ ＩＨＦおよびＨａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅのＩＨＦおよびＨＵに対するポリクローナル抗体の投与の結果としての、バイオフィルムの重症度の有意な低減を裏付ける。
モノクローナル抗体であるＡ３で処置されたチンチラから除去されなかったバイオフィルムを抽出し、ヤギ抗マウスＩｇＧ－Ａｌｅｘａ５９４と共にインキュベートし（１：２００、３０分間）、１０×の倍率でイメージングした（図５Ａ）。Ａ３抗体は、バイオフィルムに局在化され、したがって、本開示の抗体は、バイオフィルムの標識化および／またはイメージングなどであるがこれらに限定されない診断法において有用である。
これらの実験を、配列番号１４に特異的となるように生成されたＨＵ Ａ５に方向づけられた抗体についても繰り返す。
（実施例５：口腔のバイオフィルム）
歯槽骨および歯肉を破壊する歯周炎およびインプラント周囲炎などの炎症性疾患の病因には、多数の口内細菌（例えば、Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ ｇｉｎｇｉｖａｌｉｓ）が関与している。これらの細菌の病因についての探索は、有効な動物モデルの欠如により妨げられている。特定の細菌の病原性を探索することの難題の１つは、外因性細菌が、動物の口腔内に導入された場合のバイオフィルムを確立することの困難である。歯周炎の動物モデルは開発されているが、接種された動物の口腔から培養可能な細菌が回収されることはまれである。特定の細菌の病原性を評価し得る有効な動物モデルを開発することは、それらの病原性機構を解明することに大きな一助となるであろう。
機械加工したチタン製の歯科インプラント（１．２×４．５ｍｍ）の表面を、ＡｌＯ３によるグリットブラスト（１００μｍ）、およびＨＣｌによるエッチング（ｐＨ７．８、８０℃で２０分間にわたる）を介して修飾した。機械加工およびナノテクスチャー処理したインプラントを、Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ（Ａａ）のＤ７Ｓ臨床株を接種したＴＳＢ培地中、３７℃で１～３日間にわたりインキュベートする。インプラント上の細菌バイオフィルムは、ＳＥＭにより解析するほか、共焦点レーザー走査顕微鏡により解析した後、ＬＩＶＥ／ＤＥＡＤ（登録商標）ＢａｃＬｉｇｈｔ（商標）で染色する。Ａａバイオフィルムが確立されたインプラントおよびＡａバイオフィルムが確立されていないインプラントを、雌ラット歯槽骨の上顎の小臼歯領域と切歯領域との間に経粘膜的に設置する。ｉｎ ｖｉｖｏで設置されたインプラントにおけるＡａバイオフィルムの存在を検出するため、２日後に唾液およびインプラントの口腔表面から細菌試料を回収する。Ａａは、培養を介してのほか、ＰＣＲ解析を介しても検出した。植え込みの６週間後に、インプラント周囲の骨組織および粘膜組織についてのマイクロＣＴ解析および組織学解析を実施する。
（実施例６：ライム病）
この実験は、ライム病を処置する干渉作用剤についての前臨床試験のためのマウスモデルを提供する。Ｄｒｅｓｓｅｒら、Ｐａｔｈｏｇｅｎｓ、５巻（１２号）、ｅ１０００６８０号、Ｅｐｕｂ、２００９年１２月４日を参照されたい。ライム病とは、米国において最も一般的なダニ媒介疾患である。報告された症例は、１９９２～２００６年で２倍を超えており、２００８年には、約２９，０００例の新症例が確認されている。流行地域におけるライム病の実際の症例数は、報告される症例数の６～１２倍を超え得ると推定されている。人口が都市部から郊外地域および農村地域へと移動し続け、オジロジカ（ダニ種であるＩｘｏｄｅｓ種を保有する）がこれらの地域を徘徊することが増大しつつあるので、定義上、これらの流行地域は拡大しつつある。ライム病は、スピロヘータである微生物Ｂｏｒｒｅｌｉａ ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉにより引き起こされる。Ｂ．ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉは、Ｉｘｏｄｅｓ種のダニの咬刺を介して伝染し、その後、血流を介して他の組織および器官へと拡散する。
この動物モデルでは、Ｃ３Ｈ／ＨｅＮマウスに、背側皮下注射および腹腔内注射を介して、または静脈内注射を介してスピロヘータを注射する。感染の約７日後に、組織および器官における微生物負荷を評価し、病態を評価するために、血液検体および生検検体を回収する。本明細書に開示される方法および組成物は、チャレンジの後に形成され、疾患の病因および慢性性の両方に寄与すると考えられる、結果として生じるＢ．ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉのバイオフィルムを低減させ、かつ／または消失させるための治療的戦略ならびに予防的戦略の両方を開発することを意図する。
（実施例７：嚢胞性線維症）
この実験は、嚢胞性線維症を処置する干渉作用剤についての前臨床試験のためのブタモデルを提供する。Ｓｔｏｌｔｚら（２０１０年）、Ｓｃｉｅｎｃｅ、Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ、２巻（２９号）：２９～３１頁を参照されたい。嚢胞性線維症とは、ＣＦ膜貫通コンダクタンス制御因子（ＣＦＴＲと呼ばれる）のアニオンチャネルをコードする遺伝子の変異に起因する常染色体劣性疾患である。このモデルでは、「ＣＦＴＲ」と呼ばれる遺伝子内に欠損を保有するように特異的に交配され、ＣＦブタと呼ばれているブタが、複数の細菌種による下気道感染症を包含する、ＣＦ肺疾患の顕著な特徴を自発的に発生させる。ブタを干渉作用剤で免疫化して、疾患および関連する病態の徴候の改善を評価するために、１）これらのＣＦブタを、ポリペプチドまたは他の免疫原性作用剤で免疫化し、これにより、肺における細菌性バイオフィルムを根絶する抗体の形成を誘導し得る（実施例４において示した通り、能動的な免疫化の後で、抗体により、チンチラの中耳内に存在するバイオフィルムを根絶した方式と同様に）、２）これらの動物の肺に、噴霧化を介して抗血清または抗体を送達し得る。
研究は、ＤＮＡＢＩＩファミリータンパク質である、ＩＨＦＮＴＨＩの特異的エピトープに対して方向づけられたモノクローナル抗体によりもたらされる治療有効性であって、肺疾患についてのマウスモデルにおいて、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａによる感染症を消散させる治療有効性について調べるように設計した。
３５匹の雄Ｃ５７ＢＬ／６マウスは、Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ，Ｉｎｃ．から得た。ＢｉｏＬｉｔｅ Ｉｎｔｕｂａｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ（Ｂｒａｉｎｔｒｅｅ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｉｎｃ．）を使用する気管内（ＩＴ）点滴により、全てのマウスに、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａの２７８５３（ＡＴＣＣ）株を接種した。標的チャレンジ用量：０．０３ｍｌ当たり１×１０７ ＣＦＵである。実際の投与用量：０．０３ｍｌ当たり９×１０６ ＣＦＵである。
ＩＴチャレンジの１日後、５匹のマウスを屠殺して、モノクローナル抗体による処置の前に、肺１つ当たりの相対細菌負荷を決定した。次いで、肺を無菌的に回収し、０．９％の滅菌塩化ナトリウム１．０ｍｌを伴うＧｅｎｔｌｅＭＡＣｓ Ｃ－ｔｕｂｅｓ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ）を使用してホモジナイズした。肺ホモジネートを、生理食塩水中で系列希釈し、トリプチック（Ｔｒｙｐｉｃ）ダイズ寒天（ＢＢＬ）に播種した。ホモジネートアリコート中に肺組織が存在するため、寒天プレートを、４８時間にわたりインキュベートして、肺１つ当たりのコロニー形成単位を数え上げる前に、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａを十分に成長させた。
また、この時点（Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａによるチャレンジの１日後）において、残りの３０匹のマウスを、動物１０匹ずつの３つのコホートに分け、下記の表５で詳述される、以下のＩＴ点滴による処置を投与した。
Figure 0007258003000157
ＩＨＦＮＴＨＩにターゲティングされるモノクローナル抗体による処置であって、肺内の細菌負荷を低減する処置の有効性について評価するため、処置の１および６日後（Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａによるチャレンジの２および７日後）に、各コホートのマウス５匹ずつを屠殺した。以前と同様に、肺を回収し、加工し、播種した。
結果は、とりわけ、相乗作用を裏付けたモノクローナル抗体である、Ａ５およびｍＢ４の投与の結果としての、バイオフィルムの重症度の有意な低減を裏付ける（図６Ａおよび図６Ｂ）。
トブラマイシン（Ｔｏｂｉ）との組合せ療法としての、モノクローナルの有効性について評価した（図６Ｃ）。処置の１日後、トブラマイシンを伴う、もしくは伴わない、ナイーブマウスＩｇＧ１／２ａ、トブラマイシンを伴う、もしくは伴わない、尾部ペプチドに方向づけられたモノクローナル抗血清のカクテル、またはトブラマイシン単独を施された動物において、ホモジネート肺１つ当たりのＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ ＣＦＵの低減は見られなかった。トブラマイシンを伴う、または伴わない、先端部に方向づけられたモノクローナル抗体のカクテルを施されたマウスのコホートは、ナイーブ血清で処置されたマウス（ｐ≦０．０１）、尾部ペプチドに方向づけられたモノクローナル抗体のカクテルで処置されたマウス（ｐ≦０．０５）、またはトブラマイシン単独で処置されたマウス（ｐ≦０．０５）と比較して、細菌負荷の有意な低減を示した。これらの差違の有意性のレベルは、処置の６日後に増大した。トブラマイシンの、先端部ペプチドに方向づけられたモノクローナル抗体のカクテルへの追加は、有益性の追加を付与すると考えられたが、この抗体カクテルを施された全てのコホートは、肺ホモジネート中で極めて小さなＣＦＵカウントをもたらし、このため、これは、評価が困難であり、統計学的に有意ではなかった。
処置後におけるマウスの肺についての組織学的評価は、非処置マウス（図１２Ａ）、ナイーブマウスＩｇＧで処置されたマウス（図１２Ｂ）、または尾部ペプチドであるＩＨＦＡ３＋ＩＨＦＢ２に方向づけられたモノクローナル抗体のカクテルで処置されたマウス（図１２Ｃ）のいずれから回収された肺の切片内でも、陽性標識化されたＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓによる、複数の小型の凝集物を明らかにした。小型の凝集物が、肺全体に分散していることが観察され、任意の単一の１０×の視野内で、それぞれ３～１０個の細菌細胞の７個～１５個の凝集物が観察された。先端部ペプチドであるＩＨＦＡ５＋ＩＨＦｍＢ４に方向づけられたモノクローナル抗体のカクテルで処置されたマウスから回収された肺において観察される凝集物の数ならびに相対サイズのいずれにおいても、他のコホート内で観察されるものと比較して、注目すべき低減が見られた（図１２Ｄ）。この後者のマウスコホート内で細菌凝集物が観察されたのは、まれなことに限られ、観察された場合も、凝集物は、少数（１０×の視野１つ当たり＜１個）であり、１～２個の細菌細胞だけを含んだ。
（実施例８：結核）
本出願人らはまた、結核（ＴＢ）の前臨床モデルも提供する。Ｏｒｄｗａｙら（２０１０年）、Ａｎｔｉ． Ａｇｅｎｔｓ ａｎｄ Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙ、５４巻：１８２０頁を参照されたい。微生物であるＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓは、広がりつつある世界的な流行の原因である。最新の数字は、毎年約８００万例の新たなＴＢ症例が認められ、毎年約２７０万例がＴＢにより死亡していることを示唆する。ＨＩＶを伴う個体の共感染症としてのこの微生物の役割（ＨＩＶに感染する約４５００万例のうち、約１／３が、Ｍ．ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓにも共感染していると推定されている）に加えて、単離菌が、複数の薬物に対して高度に耐性となっており、四半世紀超にわたり新規のＴＢ薬が導入されていないことも、特に、問題である。この動物モデルでは、ＳＰＦモルモットを、障壁コロニー内に維持し、約２０ｃｆｕのＭ．ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ株であるＥｒｄｍａｎ Ｋ０１桿菌を、それらの肺内に送達するエアゾール化スプレーを介して感染させる。チャレンジの２５、５０、７５、１００、１２５、および１５０日後において、細菌負荷を決定し、組織病理学的評価のために組織を回収すると共に動物を屠殺する。ＴＢの古典的な徴候を発症しないマウスと異なり、このようにしてチャレンジされたモルモットは、ヒト疾患の特徴である、中央部に壊死を伴う、十分に組織された肉芽腫を発症する。さらに、ヒトと同様に、モルモットは、原発病変複合体の一部として、排出リンパ節の化膿性肉芽腫性で壊死性の重度のリンパ節炎を発症する。このモデルの使用は、チャレンジの後にこれらの動物の肺内で形成され、疾患の病因および慢性性の両方に寄与すると考えられる、結果として生じるＭ．ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓのバイオフィルムを低減させ、かつ／または消失させるための治療的戦略ならびに予防的戦略を確認および同定するための前臨床スクリーニングを提供する。
（実施例９：院内感染症）
カテーテル／留置デバイスによるバイオフィルム感染症については、複数の動物モデルが公知である。Ｏｔｔｏ（２００９年）、Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ、７巻：５５５頁を参照されたい。通常の皮膚微生物叢であると考えられることが典型的であるが、微生物であるＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓは、多くの研究者が重要な日和見病原体であるとみなす微生物となっており、院内感染の原因作用物質の第１にランクされている。第１に、この細菌は、デバイス挿入時にこの一般的な皮膚コロニー形成菌により汚染される、留置医療デバイス上で発生する感染症の大半の原因である。致死性ではないことが典型的であるが、これらのバイオフィルム感染症の処置と関連する困難により、これらのバイオフィルム感染症は、それらの頻度と組み合わさって、重篤な公衆衛生負荷となっている。米国において、血管カテーテルと関連する血流感染症の処置と関連する費用は、今日、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓに起因するものだけで、毎年２０億ドルに上る。Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓに加えて、Ｅ．ｆａｅｃａｌｉｓおよびＳ．ａｕｒｅｕｓもまた、留置医療デバイスにおいて見いだされる汚染である。カテーテルに関連するＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ感染症については、ウサギ、マウス、モルモット、およびラットを含めて複数の動物モデルが存在し、これらの全てが、病因の分子的機構を研究するのに用いられ、予防および／または治療薬の研究に役立っている。ラットの頸静脈カテーテルは、Ｅ．ｆａｅｃａｌｉｓ、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ、およびＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓによるバイオフィルムの形成に干渉する療法を評価するのに用いられている。バイオフィルムの低減は、３つの方法：（ｉ）カテーテルを超音波処理し、ＣＦＵを計算する方法、（ｉｉ）カテーテルをスライスする、または単純にプレート上に置き、スコア付けする方法、（ｉｉｉ）バイオフィルムをクリスタルバイオレットまたは別の色素で染色し、溶出させ、ＣＦＵの代用物としてのＯＤを測定する方法で測定されることが多い。
（実施例１０：免疫応答の生成）
本明細書で説明される方法を用いて、ヒトおよび動物において免疫応答を誘発することができる。アルミニウム塩およびリポソームなどであるがそれらに限定されないアジュバントの存在下で、免疫原性組成物を、ヒト対象および動物対象に投与することができる。当業者はまた、任意の数の薬学的に許容されるアジュバントも用い得ることを理解するであろう。免疫原性組成物は、筋肉内に、皮下的に、鼻腔内に、または他の任意の適切な経路を介して、ヒト対象または動物対象に投与することができる。免疫原性組成物は、選択された投与方式と符合する形で調製することができる。免疫原性組成物は、ポリペプチド、核酸、またはそれらの組合せの形態をとることが可能であり、全長抗原を含む場合もあり、部分的な抗原を含む場合もある。それに加えて、またはその代わりに、免疫原性組成物は、特定の抗原でパルスしたＡＰＣの形態をとる場合もあり、特定の抗原をコードする１種または複数腫のポリヌクレオチドでトランスフェクトしたＡＰＣの形態をとる場合もある。投与は、免疫原性組成物の単回用量を含む場合もあり、初回投与の後、１回または複数回の追加抗原投与量が続く場合もある。追加抗原投与量は、初回用量の１日後、２日後、３日後、１週間後、２週間後、３週間後、１カ月後、２カ月後、３カ月後、６カ月後、もしくは１２カ月後、または他の任意の時点において施すことができる。追加抗原投与量は、対象の抗体力価を評価した後で投与することもできる。
（実施例１１：受動免疫）
本明細書で説明される方法を用いて、非免疫対象に受動免疫を付与することができる。所与の抗原に対する受動免疫は、特定の抗原を特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する抗体または抗原結合性断片の移入を介して付与される。抗体のドナーおよびレシピエントは、ヒト対象の場合もあり、非ヒト対象の場合もある。それに加えて、またはその代わりに、抗体組成物は、特定の抗原を特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する抗体または抗原結合性断片をコードする、単離されたかまたは組換え型のポリヌクレオチドを含み得る。
受動免疫は、免疫原性組成物の投与がレシピエント対象に対して危険性をもたらす場合、レシピエント対象が免疫無防備状態である場合、またはレシピエント対象が即時的な免疫を必要とする場合に付与することができる。免疫原性組成物は、選択された投与方式と符合する形で調製することができる。組成物は、全抗体、抗原結合性断片、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、ｉｎ ｖｉｖｏにおいて産生される抗体、ｉｎ ｖｉｔｒｏにおいて産生される抗体、精製された抗体もしくは部分的に精製された抗体、または全血清を含み得る。投与は、抗体組成物の単回用量を含む場合もあり、初回投与の後、１回または複数回の追加抗原投与量が続く場合もある。追加抗原投与量は、初回用量の１日後、２日後、３日後、１週間後、２週間後、３週間後、１カ月後、２カ月後、３カ月後、６カ月後、もしくは１２カ月後、または他の任意の時点において施すことができる。追加抗原投与量は、対象の抗体力価を評価した後で投与することもできる。
本開示について、上記の実施形態と共に記載してきたが、前出の記載および例は、例示することを意図するものであり、本開示の範囲を限定することを意図するものではないことを理解されたい。当業者には、本開示の範囲内にある、他の態様、利点、および修飾であって、本開示が関連する態様、利点、および修飾が明らかであろう。
別段に定義しない限り、本明細書で用いられる技術用語および科学用語は、本開示が属する技術分野における当業者により一般的に理解される意味と同じ意味を有する。本明細書で提示される全てのヌクレオチド配列は、５’から３’への方向で示される。
本明細書において例示的に説明された実施形態は、本明細書で具体的に開示されていない、１つまたは複数の任意の要素、１つまたは複数の任意の限定が存在しない場合にも、適切に実施することができる。したがって、例えば、「～を含む」、「～を包含する」、「～を含有する」などの用語は、外延的に、かつ限定なしに読まれるものとする。加えて、本明細書で用いられる用語および表現は、説明を目的として用いられるものであり、限定を目的として用いられるものではなく、示され、かつ、説明される特徴またはその部分の任意の等価物を除外する、このような用語および表現の使用を意図するものではなく、本開示の範囲内にある多様な改変が可能であると認識される。
したがって、本開示は、具体的な実施形態により具体的に開示されているが、本明細書で開示される実施形態の任意選択の特徴、改変、改善、および変更も当業者により回復される場合があり、このような改変、改善、および変更は、本開示の範囲内にあるものと考えられることを理解されたい。本明細書で提示される材料、方法、および例は、特定の実施形態を示すものであり、例示的なものであり、本開示の範囲に対する限定として意図されるものではない。
本明細書では、本開示の範囲について、広範かつ一般的に説明してきた。一般的な開示の範囲内に収まる、より狭い範囲内にある種類、および亜属の群分けのそれぞれもまた、本開示の一部を形成する。これは、除外される材料が、本明細書で具体的に列挙されているかどうかにかかわらず、属から任意の対象物を除外する条件または否定的限定を伴う本発明の一般的な説明を包含する。
加えて、本開示の特徴または態様が、マーカッシュ群との関係で説明される場合、当業者は、本開示の実施形態がまた、それにより、マーカッシュ群の任意の個別のメンバーまたはマーカッシュ群のメンバーの亜群との関係でも説明され得ることを認識するであろう。
本明細書で言及される全ての刊行物、特許出願、特許、および他の参考文献は、それぞれが参照により個別に組み込まれるのと同程度に、参照によりそれらの全体において明示的に組み込まれる。齟齬が生じた場合は、定義を含め、本明細書に従う。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目１)
（ａ）配列番号１４
Figure 0007258003000158
（ｂ）配列番号１５
Figure 0007258003000159
（ｃ）配列番号１６
Figure 0007258003000160
（ｄ）配列番号１７
Figure 0007258003000161
（ｅ）配列番号３３
Figure 0007258003000162
 （ｆ）配列番号３１
Figure 0007258003000163
；あるいは
（ｇ）（ａ）～（ｆ）の等価物であって、等価物が、それらと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、または高ストリンジェンシー条件下で、前記アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、等価物
から選択されるアミノ酸配列を含む、またはそれから本質的になる、単離されたまたは組換え型のポリペプチドを特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する、抗体または抗原結合性断片。
(項目２)
重鎖（ＨＣ）可変ドメイン配列および軽鎖（ＬＣ）可変ドメイン配列を含む、単離された抗体または抗原結合性断片であって、
（ａ）配列番号１４
Figure 0007258003000164
（ｂ）配列番号１５
Figure 0007258003000165
（ｃ）配列番号１６
Figure 0007258003000166
（ｄ）配列番号１７
Figure 0007258003000167
（ｅ）配列番号３３
Figure 0007258003000168
（ｆ）配列番号３１
Figure 0007258003000169
（ｇ）アミノ酸配列ＮＰＸＴを含むポリペプチド；あるいは
（ｈ）（ａ）～（ｇ）の等価物であって、等価物が、それらと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、または高ストリンジェンシー条件下で、前記アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、等価物
から選択されるアミノ酸配列を含む、またはそれから本質的になる、単離されたまたは組換え型のポリペプチドを特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する、抗体または抗原結合性断片。
(項目３)
（ａ）前記ＨＣが、（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、もしくは（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４
ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の群より選択される抗体のうちの任意の１つのＣＤＲＨ３配列を含み；かつ／または
（ｂ）前記ＬＣが、（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、もしくは（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の群より選択される抗体のうちの任意の１つのＣＤＲＬ３配列を含む、項目２に記載の抗体または抗原結合性断片。
(項目４)
（ａ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の前記ＣＤＲＨ３配列が、アミノ酸配列ＴＥＬＧＡＹ（配列番号１２９）を含み；かつ／または
（ｂ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の前記ＣＤＲＬ３配列が、アミノ酸配列ＷＱＳＴＨＦＰＨ（配列番号１５８）を含む、
項目３に記載の抗体または抗原結合性断片。
(項目５)
前記ＨＣが、（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、または（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の群より選択される抗体のうちの任意の１つのＣＤＲＨ２配列をさらに含む、項目２に記載の抗体または抗原結合性断片。
(項目６)
ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の前記ＣＤＲＨ２配列が、アミノ酸配列ＩＤＰＥＮＤＤＴ（配列番号１１４）を含む、項目５に記載の抗体または抗原結合性断片。
(項目７)
前記ＨＣが、（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、または（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の群より選択される抗体のうちの任意の１つのＣＤＲＨ１配列をさらに含む、項目２に記載の抗体または抗原結合性断片。
(項目８)
ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の前記ＣＤＲＨ１配列が、アミノ酸配列ＦＮＩＫＤＹＹ（配列番号１１０）を含む、項目７に記載の抗体または抗原結合性断片。
(項目９)
前記ＬＣが、（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、または（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の群より選択される抗体のうちの任意の１つのＣＤＲＬ２配列をさらに含む、項目２に記載の抗体または抗原結合性断片。
(項目１０)
ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の前記ＣＤＲＬ２配列が、アミノ酸配列ＬＶＳ（配列番号１３３）を含む、項目９に記載の抗体または抗原結合性断片。
(項目１１)
前記ＬＣが、（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、または（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の群より選択される抗体のうちの任意の１つのＣＤＲＬ１配列をさらに含む、項目２に記載の抗体または抗原結合性断片。
(項目１２)
ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の前記ＣＤＲＬ１配列が、アミノ酸配列ＱＳＬＬＤＳＮＧＫＴＹ（配列番号１３０）を含む、項目１１に記載の抗体または抗原結合性断片。
(項目１３)
前記ＨＣが、
（ａ）（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、もしくは（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の群より選択される抗体のうちの任意の１つのＣＤＲＨ１のアミノ酸配列を含むＨＣ ＣＤＲＨ１；および／もしくは
（ｂ）（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、もしくは（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の群より選択される抗体のうちの任意の１つのＣＤＲＨ２のアミノ酸配列を含むＨＣ ＣＤＲＨ２；および／もしくは
（ｃ）（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、もしくは（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の群より選択される抗体のうちの任意の１つのＣＤＲＨ３のアミノ酸配列を含むＨＣ ＣＤＲＨ３
を含み；ならびに／または前記ＬＣが、
（ｄ）（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、もしくは（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の群より選択される抗体のうちの任意の１つのＣＤＲＬ１のアミノ酸配列を含むＬＣ ＣＤＲＬ１；および／もしくは
（ｅ）（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、もしくは（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の群より選択される抗体のうちの任意の１つのＣＤＲＬ２のアミノ酸配列を含むＬＣ ＣＤＲＬ２；および／もしくは
（ｆ）（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、もしくは（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の群より選択される抗体のうちの任意の１つのＣＤＲＬ３のアミノ酸配列を含むＬＣ ＣＤＲＬ３
を含む、項目２に記載の抗体または抗原結合性断片。
(項目１４)
（ａ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の前記ＣＤＲＨ１配列が、アミノ酸配列ＦＮＩＫＤＹＹ（配列番号１１０）を含み；かつ／もしくは
（ｂ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の前記ＣＤＲＨ２配列が、アミノ酸配列ＩＤＰＥＮＤＤＴ（配列番号１１４）を含み；かつ／もしくは
（ｃ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の前記ＣＤＲＨ３配列が、アミノ酸配列ＴＥＬＧＡＹ（配列番号１２９）を含み；
ならびに／または
（ｄ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の前記ＣＤＲＬ１配列が、アミノ酸配列ＱＳＬＬＤＳＮＧＫＴＹ（配列番号１３０）を含み；かつ／もしくは
（ｅ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の前記ＣＤＲＬ２配列が、アミノ酸配列ＬＶＳ（配列番号１３３）を含み；かつ／もしくは
（ｆ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の前記ＣＤＲＬ３配列が、アミノ酸配列ＷＱＳＴＨＦＰＨ（配列番号１５８）を含む、
項目１３に記載の抗体または抗原結合性断片。
(項目１５)
前記ＨＣが、
（ａ）（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、または（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の群より選択される抗体のうちの任意の１つのＣＤＲＨ１のアミノ酸配列を含むＨＣ ＣＤＲＨ１と；
（ｂ）（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、または（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の群より選択される抗体のうちの任意の１つのＣＤＲＨ２のアミノ酸配列を含むＨＣ ＣＤＲＨ２と；
（ｃ）（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、または（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の群より選択される抗体のうちの任意の１つのＣＤＲＨ３のアミノ酸配列を含むＨＣ ＣＤＲＨ３と
を含み、前記ＬＣが、
（ｄ）（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、または（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の群より選択される抗体のうちの任意の１つのＣＤＲＬ１のアミノ酸配列を含むＬＣ ＣＤＲＬ１と；
（ｅ）（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、または（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の群より選択される抗体のうちの任意の１つのＣＤＲＬ２のアミノ酸配列を含むＬＣ ＣＤＲＬ２と；
（ｆ）（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、または（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の群より選択される抗体のうちの任意の１つのＣＤＲＬ３のアミノ酸配列を含むＬＣ ＣＤＲＬ３と
を含む、項目２に記載の抗体または抗原結合性断片。
(項目１６)
（ａ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の前記ＣＤＲＨ１配列が、アミノ酸配列ＦＮＩＫＤＹＹ（配列番号１１０）を含み；
（ｂ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の前記ＣＤＲＨ２配列が、アミノ酸配列ＩＤＰＥＮＤＤＴ（配列番号１１４）を含み；
（ｃ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の前記ＣＤＲＨ３配列が、アミノ酸配列ＴＥＬＧＡＹ（配列番号１２９）を含み；
（ｄ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の前記ＣＤＲＬ１配列が、アミノ酸配列ＱＳＬＬＤＳＮＧＫＴＹ（配列番号１３０）を含み；
（ｅ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の前記ＣＤＲＬ２配列が、アミノ酸配列ＬＶＳ（配列番号１３３）を含み；
（ｆ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の前記ＣＤＲＬ３配列が、アミノ酸配列ＷＱＳＴＨＦＰＨ（配列番号１５８）を含む、
項目１５に記載の抗体または抗原結合性断片。
(項目１７)
前記ＨＣが、（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、または（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の群より選択される抗体のうちの任意の１つの重鎖可変ドメインのアミノ酸配列を含む、項目２に記載の抗体または抗原結合性断片。
(項目１８)
ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の前記重鎖可変ドメインが、配列番号５３のアミノ酸配列を含む、項目１７に記載の抗体または抗原結合性断片。
(項目１９)
前記ＬＣが、（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、または（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の群より選択される抗体のうちの任意の１つの軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列を含む、項目２に記載の抗体または抗原結合性断片。
(項目２０)
ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の前記軽鎖可変ドメインが、配列番号５７のアミノ酸配列を含む、項目１９に記載の抗体または抗原結合性断片。
(項目２１)
前記ＨＣが、（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、または（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の群より選択される抗体のうちの任意の１つの重鎖可変ドメインのアミノ酸配列を含み、前記ＬＣが、（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、または（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の群より選択される抗体のうちの任意の１つの軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列を含む、項目２に記載の抗体または抗原結合性断片。
(項目２２)
ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の前記重鎖可変ドメインが、配列番号５３のアミノ酸配列を含み、ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の前記軽鎖可変ドメインが、配列番号５７のアミノ酸配列を含む、項目２１に記載の抗体または抗原結合性断片。
(項目２３)
ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、ヒト化抗体、抗体誘導体、ベニア化抗体、ダイアボディ、抗体誘導体、組換えヒト抗体、キメラ抗体、または抗体断片の群のうちの１つまたは複数の中に含まれる、項目２に記載の抗体または抗原結合性断片。
(項目２４)
ヒト化抗体である、項目２３に記載の抗体または抗原結合性断片。
(項目２５)
前記ヒト化抗体が、
（ａ）（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、もしくは（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の群より選択される抗体のうちの任意の１つのＣＤＲＨ１のアミノ酸配列を含むＨＣ ＣＤＲＨ１；および／もしくは
（ｂ）（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、もしくは（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の群より選択される抗体のうちの任意の１つのＣＤＲＨ２のアミノ酸配列を含むＨＣ ＣＤＲＨ２；および／もしくは
（ｃ）（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、もしくは（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の群より選択される抗体のうちの任意の１つのＣＤＲＨ３のアミノ酸配列を含むＨＣ ＣＤＲＨ３
を含み；
ならびに／または前記ＬＣが、
（ｄ）（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、もしくは（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の群より選択される抗体のうちの任意の１つのＣＤＲＬ１のアミノ酸配列を含むＬＣ ＣＤＲＬ１；および／もしくは
（ｅ）（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、もしくは（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の群より選択される抗体のうちの任意の１つのＣＤＲＬ２のアミノ酸配列を含むＬＣ ＣＤＲＬ２；および／もしくは
（ｆ）（ｉ）ハイブリドーマ細胞株ＩｈｆＢ４ ＮＴＨＩ ４Ｅ１１．Ｅ５．Ｇ２により産生された抗体、もしくは（ｉｉ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の群より選択される抗体のうちの任意の１つのＣＤＲＬ３のアミノ酸配列を含むＬＣ ＣＤＲＬ３
を含む、項目２４に記載の抗体または抗原結合性断片。
(項目２６)
（ａ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の前記ＣＤＲＨ１配列が、アミノ酸配列ＦＮＩＫＤＹＹ（配列番号１１０）を含み；かつ／もしくは
（ｂ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の前記ＣＤＲＨ２配列が、アミノ酸配列ＩＤＰＥＮＤＤＴ（配列番号１１４）を含み；かつ／もしくは
（ｃ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の前記ＣＤＲＨ３配列が、アミノ酸配列ＴＥＬＧＡＹ（配列番号１２９）を含み；
ならびに／または
（ｄ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の前記ＣＤＲＬ１配列が、アミノ酸配列ＱＳＬＬＤＳＮＧＫＴＹ（配列番号１３０）を含み；かつ／もしくは
（ｅ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の前記ＣＤＲＬ２配列が、アミノ酸配列ＬＶＳ（配列番号１３３）を含み；かつ／もしくは
（ｆ）ハイブリドーマ細胞株ｍＩｈｆｍＢ４ ＮＴＨＩ １２Ｅ６．Ｆ８．Ｄ１２．Ｄ５により産生された抗体の前記ＣＤＲＬ３配列が、アミノ酸配列ＷＱＳＴＨＦＰＨ（配列番号１５８）を含む、
項目２５に記載の抗体または抗原結合性断片。
(項目２７)
ヒトフレームワーク配列をさらに含む、項目２４に記載の抗体または抗原結合性断片。(項目２８)
ヒトＩｇＧに由来する定常領域をさらに含む、項目２７に記載の抗体または抗原結合性断片。
(項目２９)
モノクローナル抗体である、項目２３に記載の抗体または抗原結合性断片。
(項目３０)
前記モノクローナル抗体が、ＩｇＧである、項目２９に記載の抗体または抗原結合性断片。
(項目３１)
項目２９に記載のモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマ。
(項目３２)
項目１から３０のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合性断片をコードする、単離されたポリペプチド。
(項目３３)
項目３２に記載のポリペプチドをコードする、単離されたポリヌクレオチド。
(項目３４)
項目３３に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
(項目３５)
異種プロモーター配列をさらに含む、項目３４に記載のベクター。
(項目３６)
項目３２に記載のポリペプチドのうちの１つまたは複数を含む、単離された宿主細胞。(項目３７)
項目３３に記載のポリヌクレオチドを含む、単離された宿主細胞。
(項目３８)
項目３４に記載のベクターを含む、単離された宿主細胞。
(項目３９)
任意の１つまたは複数の項目１に記載の抗体または抗原結合性断片を含む組成物。
(項目４０)
前記組成物が、以下：
配列番号１２
Figure 0007258003000170
配列番号１３
Figure 0007258003000171
またはそれらのそれぞれの等価物を含む、またはそれから本質的になる、単離されたまたは組換え型のポリペプチドを特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する、抗体または抗原結合性断片をさらに含み、等価物ポリペプチドが、参照ポリペプチドと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、または高ストリンジェンシー条件下で、前記アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、項目３９に記載の組成物。
(項目４１)
前記組成物が、以下：
（ａ）配列番号１３
Figure 0007258003000172
配列番号１４
Figure 0007258003000173
またはそれらの等価物を含む、もしくはそれから本質的になる、単離されたもしくは組換え型のポリペプチドを特異的に認識する、もしくはそれに特異的に結合する、抗体もしくは抗原結合性断片；ならびに
（ｂ）配列番号１６
Figure 0007258003000174
配列番号１７
Figure 0007258003000175
またはそれらの等価物を含む、もしくはそれから本質的になる、単離されたもしくは組換え型のポリペプチドを特異的に認識する、もしくはそれに特異的に結合する、抗体もしくは抗原結合性断片
の群より選択される、２つまたはそれよりも多い抗体または抗原結合性断片を含む、またはそれから本質的になり、
（ｃ）等価物が、参照ポリペプチドと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するポリペプチド、または高ストリンジェンシー条件下で、前記アミノ酸配列をコードするポリペプチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、項目４０に記載の組成物。
(項目４２)
前記組成物が、以下：
（ａ）配列番号１２
Figure 0007258003000176
またはそれらの等価物を含む、もしくはそれから本質的になる、単離されたもしくは組換え型のポリペプチドを特異的に認識する、もしくはそれに特異的に結合する、抗体もしくは抗原結合性断片；ならびに
（ｂ）配列番号１５
Figure 0007258003000177
またはそれらの等価物を含む、もしくはそれから本質的になる、単離されたもしくは組換え型のポリペプチドを特異的に認識する、もしくはそれに特異的に結合する、抗体もしくは抗原結合性断片
の群より選択される、２つまたはそれよりも多い抗体または抗原結合性断片を含む、またはそれから本質的になり、
（ｃ）等価物が、参照ポリペプチドと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するポリペプチド、または高ストリンジェンシー条件下で、前記アミノ酸配列をコードするポリペプチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、項目４０に記載の組成物。
(項目４３)
前記１つまたは複数の抗体または抗原結合性断片のうちの１つまたは複数が、ポリクローナル抗体またはモノクローナル抗体である、項目３９または４０に記載の組成物。
(項目４４)
アジュバント、抗原性ペプチド、ＤＮアーゼ、異なる抗体、または抗菌薬のうちの１つまたは複数をさらに含む、項目３９または４０に記載の組成物。
(項目４５)
バイオフィルムを破壊する、またはそれに干渉する方法であって、前記バイオフィルムを、有効量の、
（ａ）配列番号１４
Figure 0007258003000178
またはその等価物を含む、またはそれから本質的になる、単離されたまたは組換え型のポリペプチドを特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する、抗体または抗原結合性断片；
（ｂ）配列番号１６
Figure 0007258003000179
またはその等価物を含む、またはそれから本質的になる、単離されたまたは組換え型のポリペプチドを特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する、抗体または抗原結合性断片；
（ｃ）配列番号１７
Figure 0007258003000180
またはその等価物を含む、またはそれから本質的になる、単離されたまたは組換え型のポリペプチドを特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する、抗体または抗原結合性断片；
（ｄ）配列番号３３
Figure 0007258003000181
またはその等価物を含む、またはそれから本質的になる、単離されたまたは組換え型のポリペプチドを特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する、抗体または抗原結合性断片；
（ｅ）配列番号３１
Figure 0007258003000182
またはその等価物を含む、またはそれから本質的になる、単離されたまたは組換え型のポリペプチドを特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する、抗体または抗原結合性断片；あるいは
（ｆ）アミノ酸配列ＮＰＸＴを含むポリペプチド
のうちの１つまたは複数と接触させるステップを含み、
（ｇ）等価物は、参照ポリペプチドと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するポリペプチド、または高ストリンジェンシー条件下で、前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、方法。
(項目４６)
前記バイオフィルムを、配列番号１３
Figure 0007258003000183
またはその等価物を含む、またはそれから本質的になる、単離されたまたは組換え型のポリペプチドを特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する、有効量の抗体または抗原結合性断片と接触させるステップをさらに含み、等価物が、参照ポリペプチドと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するポリペプチド、または高ストリンジェンシー条件下で、前記アミノ酸配列をコードするポリペプチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、項目４５に記載の方法。
(項目４７)
（ａ）配列番号１３
Figure 0007258003000184
またはその等価物を含む、またはそれから本質的になる、単離されたまたは組換え型のポリペプチドを特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する、有効量の抗体または抗原結合性断片；
（ｂ）配列番号１６
Figure 0007258003000185
を含む、またはそれから本質的になる、単離されたまたは組換え型のポリペプチドを特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する、有効量の抗体または抗原結合性断片；
（ｃ）配列番号１７
Figure 0007258003000186
またはその等価物を含む、またはそれから本質的になる、単離されたまたは組換え型のポリペプチドを特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する、有効量の抗体または抗原結合性断片；
（ｄ）配列番号３３
Figure 0007258003000187
またはその等価物を含む、またはそれから本質的になる、単離されたまたは組換え型のポリペプチドを特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する、抗体または抗原結合性断片；
（ｅ）配列番号３１
Figure 0007258003000188
またはその等価物を含む、またはそれから本質的になる、単離されたまたは組換え型のポリペプチドを特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する、抗体または抗原結合性断片；
（ｆ）アミノ酸配列ＮＰＸＴを含むポリペプチド、
のうちの２つまたはそれよりも多くを投与するステップを含み、
等価物が、参照ポリペプチドと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するポリペプチド、または高ストリンジェンシー条件下で、前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、項目４５または４６に記載の方法。
(項目４８)
バイオフィルムの存在を検出する方法であって、
（ａ）任意の１つまたは複数の項目１に記載の抗体または抗原結合性断片を、バイオフィルムを有することが疑われる表面に投与するステップと；
（ｂ）前記１つまたは複数の抗体または抗原結合性断片の存在または非存在を検出するステップであって、前記１つまたは複数の抗体または抗原結合性断片の存在がバイオフィルムの存在に対応する、ステップと
を含む、方法。
(項目４９)
配列番号１２
Figure 0007258003000189
 配列番号１３
Figure 0007258003000190
 またはそれらのそれぞれの等価物を含む、またはそれから本質的になる、単離されたまたは組換え型のポリペプチドを特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する、抗体または抗原結合性断片の群より選択される、１つまたは複数の抗体または抗原結合性断片を投与するステップをさらに含み、等価物ポリペプチドが、参照ポリペプチドと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、または高ストリンジェンシー条件下で、前記アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、項目４８に記載の方法。
(項目５０)
（ａ）配列番号１２
Figure 0007258003000191
またはその等価物を含む、またはそれから本質的になる、単離されたまたは組換え型のポリペプチドを特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する、抗体または抗原結合性断片；ならびに
（ｂ）配列番号１５
Figure 0007258003000192
またはその等価物を含む、またはそれから本質的になる、単離されたまたは組換え型のポリペプチドを特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する、抗体または抗原結合性断片
の群より選択される、２つまたはそれよりも多い抗体または抗原結合性断片を投与するステップを含み、
（ｃ）等価物が、参照ポリペプチドと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するポリペプチド、または高ストリンジェンシー条件下で、前記アミノ酸配列をコードするポリペプチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、項目４８または４９に記載の方法。
(項目５１)
前記１つまたは複数の抗体または抗原結合性断片を、検出可能な標識に共有結合により付着させる、または検出可能に標識化する、項目４８に記載の方法。
(項目５２)
処置を必要とする対象を処置する方法であって、有効量の項目１に記載の抗体または抗原結合性断片を前記対象に投与するステップを含む、方法。
(項目５３)
処置を必要とする対象を処置する方法であって、有効量の項目３９に記載の組成物を前記対象に投与するステップを含む、方法。
(項目５４)
１つまたは複数の単離されたまたは組換え型のポリペプチドであって、
（ｉ）配列番号１２
Figure 0007258003000193
（ｉｉ）配列番号１３
Figure 0007258003000194
（ｉｉｉ）配列番号１４
Figure 0007258003000195
（ｉｖ）配列番号１５
Figure 0007258003000196
（ｖ）配列番号１６
Figure 0007258003000197
（ｖｉ）配列番号１７
Figure 0007258003000198
（ｖｉｉ）配列番号３３
Figure 0007258003000199
（ｖｉｉｉ）配列番号３１
Figure 0007258003000200
（ｉｘ）アミノ酸配列ＮＰＸＴを含むポリペプチド；あるいは
（ｘ）（ｉ）～（ｉｘ）の等価物であって、等価物が、参照ポリペプチドと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、または高ストリンジェンシー条件下で、前記アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、等価物
から選択されるアミノ酸配列を含む、またはそれから本質的になるポリペプチドを投与するステップをさらに含む、項目５２または５３に記載の方法。
(項目５５)
有効量の抗菌薬を投与するステップをさらに含む、項目５２または５３に記載の方法。(項目５６)
前記対象が、Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ、Ｂｏｒｒｅｌｉａ ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ（例えば、Ｂ３１）、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ（例えば、Ｔｏｈａｍａ Ｉ）、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ（例えば、６６８）、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａ（例えば、ＨＩ２４２４）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ（例えば、Ｋ１２ ＭＧ１６５５）、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ（例えば、Ｖ５８３）、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ（例えば、Ｒｄ ＫＷ２０）、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｐｙｌｏｒｉ（例えば、２６６９５）、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ（例えば、ＲＨ４）、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｍｅｇｍａｔｉｓ（例えば、ＭＣ２）、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ（例えば、ＣＤＣ１５５１）、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ（例えば、ＦＡ１０９０）、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（例えば、ＭＣ５８）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ ｇｉｎｇｉｖａｌｉｓ（例えば、Ｗ８３）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａ（例えば、１７）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍｅｌａｎｉｎｏｇｅｎｉｃａ（例えば、ＡＴＣＣ（登録商標）２５８４５）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ（例えば、ＭＷ２）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ（例えば、ＲＰ６２Ａ）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ（例えば、２６０３Ｖ／Ｒ）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ
ｂｏｖｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｇａｌｌｏｌｙｔｉｃｕｓ（例えば、ＵＣＮ３４）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｇｏｒｄｏｎｉｉ（例えば、ＮＣＴＣ ７８６８ （Ｃｈａｌｌｉｓ））、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍｕｔａｎｓ（例えば、ＵＡ１５９）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ（例えば、Ｒ６）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ（例えば、ＭＧＡＳ１０２７０）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｓｏｂｒｉｎｕｓ（例えば、６７１５）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｅｎｔｅｒｉｃａ（例えば、ｔｙｐｈｉ、ＣＴ１８）、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ ｄｅｎｔｉｃｏｌａ（例えば、ＡＴＣＣ（登録商標）３５４０５）、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ ｐａｌｌａｄｕｍ（例えば、Ｎｉｃｈｏｌｓ）、Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａ（例えば、Ｅｌ Ｔｏｒ、Ｎ１６９６１）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ種、Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ、およびＬｉｓｔｅｒｉａ ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓの群より選択される、バイオフィルム形成性微生物に感染している、項目５２または５３に記載の方法。
(項目５７)
処置を必要とする前記対象が、感染した人工デバイス、関節、カテーテル、ステントまたは他の外科用インプラント、肺感染症、肺炎、嚢胞性線維症、中耳炎、中耳腔換気用チューブ後の耳漏、慢性化膿性中耳炎、自然弁感染性心内膜炎、骨髄炎、鼻副鼻腔炎、前立腺炎、尿路感染症、皮膚創傷、ライム病、齲歯、および歯周炎の群より選択される状態または疾患を患っている、項目５２または５３に記載の方法。
(項目５８)
前記対象が、小児患者である、項目５２または５３に記載の方法。
(項目５９)
前記投与が、局所投与または全身性投与である、項目５２または５３に記載の方法。
(項目６０)
前記有効量が、１回または複数回の用量を含む、項目５２または５３に記載の方法。
(項目６１)
バイオフィルムに関連する疾患または状態を有することが疑われる対象を処置するためのワクチン組成物であって、
（ｉ）配列番号１４
Figure 0007258003000201
（ｉｉ）配列番号１５
Figure 0007258003000202
（ｉｉｉ）配列番号１６
Figure 0007258003000203
（ｉｖ）配列番号１７
Figure 0007258003000204
（ｖ）配列番号３３
Figure 0007258003000205
（ｖｉ）配列番号３１
Figure 0007258003000206
（ｖｉｉ）アミノ酸配列ＮＰＸＴを含むポリペプチド；あるいは
（ｖｉｉｉ）（ｉ）～（ｖｉｉ）の等価物であって、等価物ポリペプチドが、参照ポリペプチドと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、または高ストリンジェンシー条件下で、前記アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、等価物
から選択されるアミノ酸配列を含む、またはそれから本質的になる、１つまたは複数の、単離されたまたは組換え型のポリペプチドを含む、ワクチン組成物。
(項目６２)
前記ワクチン組成物が、以下：
配列番号１２
Figure 0007258003000207
配列番号１３
Figure 0007258003000208
 またはそれらのそれぞれの等価物から選択されるアミノ酸配列を含む、またはそれから本質的になる、１つまたは複数の、単離されたまたは組換え型のポリペプチドをさらに含み、等価物ポリペプチドが、参照ポリペプチドと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、または高ストリンジェンシー条件下で、前記アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、項目６１に記載のワクチン組成物。(項目６３)
有効量のアジュバントをさらに含む、項目６１または６２に記載のワクチン組成物。
(項目６４)
バイオフィルム関連疾患を有することが疑われる対象を処置する方法であって、
（ａ）患者から単離された試料中に、１つまたは複数のＤＮＡＢＩＩタンパク質の存在または非存在を検出するステップであって、前記１つまたは複数のＤＮＡＢＩＩタンパク質の存在がバイオフィルムの存在に対応する、ステップと；
（ｂ）１つまたは複数のＤＮＡＢＩＩタンパク質が存在する場合、有効量の項目１から３０までのいずれか一項に記載の抗体または抗原結合性断片を前記対象に投与するステップと
を含む、方法。
(項目６５)
バイオフィルム関連疾患を有することが疑われる対象を処置する方法であって、
（ａ）患者から単離された試料中に、１つまたは複数のＤＮＡＢＩＩタンパク質の存在または非存在を検出するステップであって、前記１つまたは複数のＤＮＡＢＩＩタンパク質の存在がバイオフィルムの存在に対応する、ステップと；
（ｂ）１つまたは複数のＤＮＡＢＩＩタンパク質が存在する場合、有効量の項目３９から４２までのいずれか一項に記載の組成物を前記対象に投与するステップと
を含む、方法。
(項目６６)
生物学的試料中の１つまたは複数のＤＮＡＢＩＩの結合の存在を、前記生物学的試料中の、配列番号１２から１７までおよび配列番号３３から選択されるポリペプチドを含む、１つまたは複数のポリペプチドの存在に基づき決定する、項目６４に記載の方法。
(項目６７)
生物学的試料中の１つまたは複数のＤＮＡＢＩＩの結合の存在を、前記生物学的試料中の、配列番号１２から１７までおよび配列番号３３から選択されるポリペプチドを含む、１つまたは複数のポリペプチドの存在に基づき決定する、項目６５に記載の方法。
(項目６８)
項目１に記載の抗体または抗原結合性断片と、使用のための指示とを含むキット。
(項目６９)
項目３９に記載の組成物と、使用のための指示とを含むキット。
(項目７０)
アジュバント、抗原性ペプチド、ＤＮアーゼ、抗体、または抗菌薬のうちの１つまたは複数をさらに含む、項目６８または６９に記載のキット。
(項目７１)
液体キャリア、薬学的に許容されるキャリア、固相キャリア、薬学的に許容されるポリマー、リポソーム、ミセル、インプラント、ステント、ペースト、ゲル、歯科インプラント、または医療用インプラントの群より選択されるキャリアをさらに含む、項目６８または６９に記載のキット。
(項目７２)
配列番号１４から１７まで、配列番号３１、もしくは配列番号３３、またはそれらのそれぞれの等価物の群より選択される１つまたは複数のポリペプチド配列を含むキットであって、等価物が、参照ポリヌクレオチドと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するポリペプチド、または高ストリンジェンシー条件下で、前記アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドを含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、キット。
(項目７３)
配列番号１２、配列番号１３、またはそれらのそれぞれの等価物の群より選択される１つまたは複数のポリペプチド配列をさらに含み、等価物が、参照ポリヌクレオチドと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するポリペプチド、または高ストリンジェンシー条件下で、前記アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドを含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、項目７２に記載のキット。
(項目７４)
項目３２に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含むキット。
(項目７５)
選択された前記ポリペプチド配列に特異的な抗体の産生のための指示、または前記ポリペプチド、前記ポリヌクレオチド、もしくは前記抗体のうちの任意の１つまたは複数の検出のための指示をさらに含む、項目７２または７３に記載のキット。
(項目７６)
選択された前記ポリペプチド配列に特異的な抗体の産生のための指示、または前記ポリペプチド、前記ポリヌクレオチド、もしくは前記抗体のうちの任意の１つまたは複数の検出のための指示をさらに含む、項目７４に記載のキット。
(項目７７)
重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列および軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含む、単離された抗体であって、前記抗体が、配列番号１７のアミノ酸またはその等価物を含むＩｈｆＢのエピトープに結合し、等価物が、それらと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、または高ストリンジェンシー条件下で、前記アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含み、前記抗体がヒト化抗体またはモノクローナル抗体の群より選択される、抗体。
(項目７８)
（ａ）前記ＨＣが、ＴＥＬＧＡＹ（配列番号１２９）のＣＤＲＨ３配列もしくはその等価物を含み；かつ／または
（ｂ）前記ＬＣが、ＷＱＳＴＨＦＰＨ（配列番号１５８）のＣＤＲＬ３配列もしくはその等価物を含み、
等価物が、それらと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、または高ストリンジェンシー条件下で、前記アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、
項目７７に記載の抗体。
(項目７９)
前記ＨＣが、前記アミノ酸配列ＩＤＰＥＮＤＤＴ（配列番号１１４）またはその等価物を含むＣＤＲＨ２配列をさらに含み、等価物が、それらと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、または高ストリンジェンシー条件下で、前記アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、項目７７に記載の抗体。(項目８０)
前記ＨＣが、アミノ酸配列ＦＮＩＫＤＹＹ（配列番号１１０）またはその等価物を含むＣＤＲＨ１配列をさらに含み、等価物が、それらと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、または高ストリンジェンシー条件下で、前記アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、項目７７に記載の抗体。
(項目８１)
前記ＬＣが、アミノ酸配列ＬＶＳ（配列番号１３３）またはその等価物を含むＣＤＲＬ２配列をさらに含み、等価物が、それらと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、または高ストリンジェンシー条件下で、前記アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、項目７７に記載の抗体。
(項目８２)
前記ＬＣが、アミノ酸配列ＱＳＬＬＤＳＮＧＫＴＹ（配列番号１３０）またはその等価物を含むＣＤＲＬ１配列をさらに含み、等価物が、それらと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、または高ストリンジェンシー条件下で、前記アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、項目７７に記載の抗体。
(項目８３)
前記ＨＣが、
（ａ）アミノ酸配列ＦＮＩＫＤＹＹ（配列番号１１０）もしくはその等価物を含むＨＣ
ＣＤＲＨ１；および／または
（ｂ）アミノ酸配列ＩＤＰＥＮＤＤＴ（配列番号１１４）もしくはその等価物を含むＨＣ ＣＤＲＨ２；および／または
（ｃ）アミノ酸ＴＥＬＧＡＹ（配列番号１２９）もしくはその等価物を含むＨＣ ＣＤＲＨ３
を含み；
かつ／あるいは前記ＬＣが、
（ｄ）アミノ酸配列ＱＳＬＬＤＳＮＧＫＴＹ（配列番号１３０）もしくはその等価物を含むＬＣ ＣＤＲＬ１；および／または
（ｅ）アミノ酸配列ＬＶＳ（配列番号１３３）もしくはその等価物を含むＬＣ ＣＤＲＬ２；および／または
（ｆ）アミノ酸配列ＷＱＳＴＨＦＰＨ（配列番号１５８）もしくはその等価物を含むＬＣ ＣＤＲＬ３
を含み、
等価物が、それらと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、または高ストリンジェンシー条件下で、前記アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、項目７７に記載の抗体。
(項目８４)
前記ＨＣが、
（ａ）アミノ酸配列ＦＮＩＫＤＹＹ（配列番号１１０）もしくはその等価物を含むＨＣ
ＣＤＲＨ１；および
（ｂ）アミノ酸配列ＩＤＰＥＮＤＤＴ（配列番号１１４）もしくはその等価物を含むＨＣ ＣＤＲＨ２；および
（ｃ）アミノ酸ＴＥＬＧＡＹ（配列番号１２９）もしくはその等価物を含むＨＣ ＣＤＲＨ３
を含み；
前記ＬＣが、
（ｄ）アミノ酸配列ＱＳＬＬＤＳＮＧＫＴＹ（配列番号１３０）もしくはその等価物を含むＬＣ ＣＤＲＬ１；および
（ｅ）アミノ酸配列ＬＶＳ（配列番号１３３）もしくはその等価物を含むＬＣ ＣＤＲＬ２；および
（ｆ）アミノ酸配列ＷＱＳＴＨＦＰＨ（配列番号１５８）もしくはその等価物を含むＬＣ ＣＤＲＬ３
を含み、
等価物が、それらと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、または高ストリンジェンシー条件下で、前記アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、項目７７に記載の抗体。
(項目８５)
前記ＨＣ免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号５３のアミノ酸配列またはその等価物を含み、等価物が、それらと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、または高ストリンジェンシー条件下で、前記アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、項目７７に記載の抗体。
(項目８６)
前記ＬＣ免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号５７のアミノ酸配列またはその等価物を含み、等価物が、それらと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、または高ストリンジェンシー条件下で、前記アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、項目７７に記載の抗体。
(項目８７)
前記ＨＣ免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号５３のアミノ酸配列またはその等価物を含み、前記ＬＣ免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号５７のアミノ酸配列またはその等価物を含み、等価物が、それらと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、または高ストリンジェンシー条件下で、前記アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、項目７７に記載の抗体。
(項目８８)
重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列および軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含む、単離された抗体であって、前記抗体が、配列番号１３のアミノ酸またはその等価物を含むＩｈｆＡのエピトープに結合し、等価物が、それらと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、または高ストリンジェンシー条件下で、前記アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含み、前記抗体がヒト化抗体またはモノクローナル抗体の群より選択される、抗体。
(項目８９)
（ａ）前記ＨＣが、アミノ酸配列ＲＥＤＳ（配列番号７７）もしくはその等価物を含むＣＤＲＨ３配列を含み；かつ／または
（ｂ）前記ＬＣが、アミノ酸配列ＱＱＹＮＳＹＰ（配列番号１０８）もしくはその等価物を含むＣＤＲＬ３配列を含み、
等価物が、それらと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、または高ストリンジェンシー条件下で、前記アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、または脱イオン水による洗浄溶液を含む、項目８８に記載の抗体。
(項目９０)
前記ＨＣが、アミノ酸配列ＩＷＡＧＧＳＴ（配列番号６２）またはその等価物を含むＣＤＲＨ２配列をさらに含み、等価物が、それらと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、または高ストリンジェンシー条件下で、前記アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、項目８８に記載の抗体。
(項目９１)
前記ＨＣが、アミノ酸配列ＦＳＬＴＳＹＳ（配列番号５８）またはその等価物を含むＣＤＲＨ１配列をさらに含み、等価物が、それらと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、または高ストリンジェンシー条件下で、前記アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、項目８８に記載の抗体。
(項目９２)
前記ＬＣが、アミノ酸配列ＳＡＳ（配列番号８２）またはその等価物を含むＣＤＲＬ２配列をさらに含み、等価物が、それらと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、または高ストリンジェンシー条件下で、前記アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、項目８８に記載の抗体。
(項目９３)
前記ＬＣが、アミノ酸配列ＱＮＶＧＴＮ（配列番号７９）またはその等価物を含むＣＤＲＬ１配列をさらに含み、等価物が、それらと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、または高ストリンジェンシー条件下で、前記アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、項目８８に記載の抗体。
(項目９４)
前記ＨＣが、
（ａ）アミノ酸配列ＦＳＬＴＳＹＳ（配列番号５８）もしくはその等価物を含むＨＣ ＣＤＲＨ１；および／または
（ｂ）アミノ酸配列ＩＷＡＧＧＳＴ（配列番号６２）もしくはその等価物を含むＨＣ ＣＤＲＨ２；および／または
（ｃ）アミノ酸配列ＲＥＤＳ（配列番号７７）もしくはその等価物を含むＨＣ ＣＤＲＨ３
を含み；
かつ／あるいは前記ＬＣが、
（ｄ）アミノ酸配列ＱＮＶＧＴＮ（配列番号７９）もしくはその等価物を含むＬＣ ＣＤＲＬ１；および／または
（ｅ）アミノ酸配列ＳＡＳ（配列番号８２）もしくはその等価物を含むＬＣ ＣＤＲＬ２；および／または
（ｆ）アミノ酸配列ＱＱＹＮＳＹＰ（配列番号１０８）もしくはその等価物を含むＬＣ
ＣＤＲＬ３
を含み、
等価物が、それらと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、または高ストリンジェンシー条件下で、前記アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、項目８８に記載の抗体。
(項目９５)
前記ＨＣが、
（ａ）アミノ酸配列ＦＳＬＴＳＹＳ（配列番号５８）もしくはその等価物を含むＨＣ ＣＤＲＨ１；および
（ｂ）アミノ酸配列ＩＷＡＧＧＳＴ（配列番号６２）もしくはその等価物を含むＨＣ ＣＤＲＨ２；および
（ｃ）アミノ酸配列ＲＥＤＳ（配列番号７７）もしくはその等価物を含むＨＣ ＣＤＲＨ３
を含み；
前記ＬＣが、
（ｄ）アミノ酸配列ＱＮＶＧＴＮ（配列番号７９）もしくはその等価物を含むＬＣ ＣＤＲＬ１；および
（ｅ）アミノ酸配列ＳＡＳ（配列番号８２）もしくはその等価物を含むＬＣ ＣＤＲＬ２；および
（ｆ）アミノ酸配列ＱＱＹＮＳＹＰ（配列番号１０８）もしくはその等価物を含むＬＣ
ＣＤＲＬ３
を含み、
等価物が、それらと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、または高ストリンジェンシー条件下で、前記アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、項目８８に記載の抗体。
(項目９６)
前記ＨＣ免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号５１のアミノ酸配列またはその等価物を含み、等価物が、それらと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、または高ストリンジェンシー条件下で、前記アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、項目８８に記載の抗体。
(項目９７)
前記ＬＣ免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号５５のアミノ酸配列またはその等価物を含み、等価物が、それらと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、または高ストリンジェンシー条件下で、前記アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、項目８８に記載の抗体。
(項目９８)
前記ＨＣ免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号５３のアミノ酸配列またはその等価物を含み、前記ＬＣ免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号５７のアミノ酸配列またはその等価物を含み、等価物が、それらと少なくとも約８０％の相同性もしくはアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、または高ストリンジェンシー条件下で、前記アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドもしくはその相補物とハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸を含み、高ストリンジェンシー条件が、約５５℃から約６８℃までのインキュベーション温度；約１×ＳＳＣから約０．１×ＳＳＣまでの緩衝液濃度；約５５％から約７５％までのホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、もしくは脱イオン水による洗浄溶液を含む、項目８８に記載の抗体。
(項目９９)
ＤＮＡＢＩＩタンパク質の、微生物ＤＮＡへの結合を阻害する、それと競合する、またはそれを漸減することが可能な抗体または抗原を同定する方法であって、
（ａ）ＤＮＡＢＩＩタンパク質、その断片、またはその等価物内の、アンチパラレルのベータリボンの一部としての、鋭角ターンと一致するアミノ酸配列を同定するステップと；
（ｂ）１つまたは複数の抗体または抗原結合性断片を、前記ＤＮＡＢＩＩタンパク質、その断片、またはその等価物を特異的に認識する、またはそれに特異的に結合するそれらの能力についてスクリーニングするステップと
を含む方法。
(項目１００)
前記アミノ酸配列が、コンセンサス配列ＮＰＸＴを含む、項目９９に記載の方法。
(項目１０１)
前記Ｘが、Ｑ、Ｒ、Ｋ、Ｓ、およびＴの群より選択されるアミノ酸を表す、項目１００に記載の方法。
(項目１０２)
前記ＤＮＡＢＩＩタンパク質、その断片、またはその等価物を特異的に認識する、またはそれに特異的に結合することが可能な前記１つまたは複数の抗体または抗原結合性断片を単離するステップをさらに含む、項目９９から１０１までのいずれか一項に記載の方法。
(項目１０３)
前記ＤＮＡＢＩＩタンパク質、その断片、またはその等価物を特異的に認識する、またはそれに特異的に結合することが可能な前記１つまたは複数の抗体または抗原結合性断片のうちの１つを産生する細胞を単離するステップをさらに含む、項目１００または１０１に記載の方法。
(項目１０４)
細胞が、Ｂ細胞である、項目１０３に記載の方法。
(項目１０５)
項目１０４に記載の方法に従って得られる前記Ｂ細胞から生成されるハイブリドーマ。(項目１０６)
項目１０２に記載の方法に従って得られる、ＤＮＡＢＩＩタンパク質、その断片、またはその等価物内の、アンチパラレルのベータリボンの一部としての、鋭角ターンと一致するアミノ酸配列を特異的に認識する、またはそれに特異的に結合する抗体。
(項目１０７)
バイオフィルム、または宿主においてバイオフィルムを生じる、宿主における感染症もしくは宿主の感染症を予防、破壊、または処置する免疫防御的抗体を同定するための方法であって、抗体を、アミノ酸モチーフであるＮＰＸＴと、ＤＮＡＢＩＩタンパク質内またはその断片内の、アンチパラレルのベータリボンの一部としての、鋭角ターンとを含む、前記ＤＮＡＢＩＩタンパク質またはその断片と、前記抗体の、前記タンパク質またはその断片への結合を優先する条件下で接触させるステップと、前記タンパク質またはその断片に結合した任意の抗体を検出するステップとを含む方法。
(項目１０８)
前記抗体を、バイオフィルムを生じる微生物感染症を患うことが疑われる対象から単離されたＢ細胞により産生する、項目１０７に記載の方法。
(項目１０９)
前記ＤＮＡＢＩＩタンパク質または断片が、Ａ５（配列番号１３（ＲＰＧＲＮＰＫＴＧＤＶＶＰＶＳＡＲＲＶＶ））またはｍＢ４（配列番号１７（ＦＳＬＨＨＲＱＰＲＬＧＲＮＰＫＴＧＤＳＶ））を含む、項目１０７または１０８に記載の方法。
(項目１１０)
前記タンパク質またはその断片に結合した前記抗体を単離するステップをさらに含む、項目１０７または１０８に記載の方法。

Claims (38)

  1. 配列番号１３に記載のアミノ酸配列（ＲＰＧＲＮＰＫＴＧＤＶＶＰＶＶＳＡＲＲＶＶ）またはその等価物からなる単離ポリペプチドまたは組換えポリペプチドを特異的に認識または結合する抗体または抗原結合性断片であって、等価物が、配列番号１３と少なくとも９０％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記単離ポリペプチドまたは組換えポリペプチドが抗原性であり、前記抗体または抗原結合性断片は、
    （ａ）アミノ酸配列ＦＳＬＴＳＹＳ（配列番号５８）を含むＨＣ ＣＤＲＨ１；および
    （ｂ）アミノ酸配列ＩＷＡＧＧＳＴ（配列番号６２）を含むＨＣ ＣＤＲＨ２；および
    （ｃ）アミノ酸配列ＲＥＤＳ（配列番号７７）を含むＨＣ ＣＤＲＨ３；および
    （ｄ）アミノ酸配列ＱＮＶＧＴＮ（配列番号７９）を含むＬＣ ＣＤＲＬ１；および
    （ｅ）アミノ酸配列ＳＡＳ（配列番号８２）を含むＬＣ ＣＤＲＬ２；および
    （ｆ）アミノ酸配列ＱＱＹＮＳＹＰ（配列番号１０８）を含むＬＣ ＣＤＲＬ３
    を含む重鎖可変領域（ＨＣ）および軽鎖可変領域（ＬＣ）を含み、
    ＨＣが配列番号５１のアミノ酸配列またはその等価物を含み、等価物が、配列番号５１と少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、かつＬＣが配列番号５５のアミノ酸配列またはその等価物を含み、等価物が、配列番号５５と少なくとも９０％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記抗体または抗原結合性断片が、前記単離ポリペプチドまたは組換えポリペプチドに結合する、抗体または抗原結合性断片。
  2. ＨＣが配列番号５１のアミノ酸配列を含み、かつＬＣが配列番号５５のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の抗体または抗原結合性断片。
  3. 前記抗体または抗原結合性断片がモノクローナル抗体またはヒト化抗体である、請求項１～２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合性断片。
  4. 前記モノクローナル抗体がＩｇＧである、請求項３に記載の抗体または抗原結合性断片。
  5. 受託番号１４Ｇ８．Ｆ５．Ｇ６で寄託されている、請求項３または４に記載のモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマ細胞株。
  6. 請求項１～４のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合性断片を含む単離ポリペプチド。
  7. 請求項６に記載のポリペプチドをコードする単離ポリヌクレオチド。
  8. 請求項７に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
  9. 異種プロモーター配列を含む請求項８に記載のベクター。
  10. 請求項６に記載のポリペプチド、請求項７に記載の単離ポリヌクレオチド、または請求項８または９に記載のベクターのうちの１つ以上を含む単離宿主細胞。
  11. 請求項１～４のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合性断片のいずれか１つ以上を含む組成物。
  12. 配列番号１７（ＦＳＬＨＨＲＱＰＲＬＧＲＮＰＫＴＧＤＳＶ）からなる単離ポリペプチドまたは組換えポリペプチド、またはその等価物を特異的に認識または結合するｍＩｈＦＢ４抗体またはその抗原結合性断片をさらに含み、等価なポリペプチドが、配列番号１７と少なくとも９０％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を含み、単離ポリペプチドまたは組換えポリペプチドが抗原性である、請求項１１に記載の組成物。
  13. 前記ｍＩｈＦＢ４抗体またはその抗原結合性断片が、
    （ａ）アミノ酸配列ＦＮＩＫＤＹＹ（配列番号１１０）を含むＣＤＲＨ１配列；および
    （ｂ）アミノ酸配列ＩＤＰＥＮＤＤＴ（配列番号１１４）を含むＣＤＲＨ２配列；および
    （ｃ）アミノ酸配列ＴＥＬＧＡＹ（配列番号１２９）を含むＣＤＲＨ３配列；および
    （ｄ）アミノ酸配列ＱＳＬＬＤＳＮＧＫＴＹ（配列番号１３０）を含むＣＤＲＬ１配列；および
    （ｅ）アミノ酸配列ＬＶＳ（配列番号１３３）を含むＣＤＲＬ２配列；および
    （ｆ）アミノ酸配列ＷＱＳＴＨＦＰＨ（配列番号１５８）を含むＣＤＲＬ３配列
    を含む重鎖可変領域（ＨＣ）および軽鎖可変領域（ＬＣ）を含む、請求項１２に記載の組成物。
  14. 前記ｍＩｈＦＢ４抗体または抗原結合性断片のＨＣが、配列番号５３のアミノ酸配列またはその等価物を含み、等価なポリペプチドが、配列番号５３と少なくとも９０％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項１３に記載の組成物。
  15. ｍＩｈＦＢ４抗体または抗原結合性断片のＬＣが、配列番号５７のアミノ酸配列またはその等価物を含み、等価なポリペプチドが、配列番号５７と少なくとも９０％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項１３に記載の組成物。
  16. 前記ｍＩｈＦＢ４抗体または抗原結合性断片のＨＣが、配列番号５３のアミノ酸配列またはその等価物を含み、ＬＣが配列番号５７のアミノ酸配列またはその等価物を含み、等価なポリペプチドが、それらと少なくとも９０％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項１３に記載の組成物。
  17. 前記ｍＩｈＦＢ４抗体または抗原結合性断片がモノクローナル抗体またはヒト化抗体である、請求項１２～１６のいずれか一項に記載の組成物。
  18. 前記ｍＩｈＦＢ４抗体がＩｇＧモノクローナル抗体である、請求項１７に記載の組成物。
  19. アジュバント、抗原性ペプチド、ＤＮａｓｅ、異なる抗体、または抗菌剤のうちの１つ以上をさらに含む、請求項１１～１８のいずれか１つに記載の組成物。
  20. バイオフィルムを破壊する、またはそれに干渉するための組成物であって、請求項１～４のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片、または請求項１１～１９のいずれか一項に記載の組成物の有効量を含む、組成物。
  21. バイオフィルムの存在を検出するための組成物であって、請求項１～４のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片、または請求項１１～１９のいずれか一項に記載の組成物の有効量を含む、組成物。
  22. 処置を必要とする対象を処置するための組成物であって、請求項１～４のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片、または請求項１１～１９のいずれか一項に記載の組成物の有効量を含む、組成物。
  23. 請求項１～４のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片、または請求項１１～１９のいずれか一項に記載の組成物、および使用のための説明書を含む、キット。
  24. ２またはそれ以上の抗体または抗原結合性断片を含む組成物であって、前記２またはそれ以上の抗体または抗原結合性断片が、
    （１）配列番号１３に記載のアミノ酸配列（ＲＰＧＲＮＰＫＴＧＤＶＶＰＶＶＳＡＲＲＶＶ）またはその等価物からなる単離ポリペプチドまたは組換えポリペプチドを特異的に認識または結合する抗体または抗原結合性断片であって、等価物が、配列番号１３と少なくとも９０％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記単離ポリペプチドまたは組換えポリペプチドが抗原性であり、前記抗体または抗原結合性断片は、
    （ａ）アミノ酸配列ＦＳＬＴＳＹＳ（配列番号５８）を含むＨＣ ＣＤＲＨ１；および
    （ｂ）アミノ酸配列ＩＷＡＧＧＳＴ（配列番号６２）を含むＨＣ ＣＤＲＨ２；および
    （ｃ）アミノ酸配列ＲＥＤＳ（配列番号７７）を含むＨＣ ＣＤＲＨ３；および
    （ｄ）アミノ酸配列ＱＮＶＧＴＮ（配列番号７９）を含むＬＣ ＣＤＲＬ１；および
    （ｅ）アミノ酸配列ＳＡＳ（配列番号８２）を含むＬＣ ＣＤＲＬ２；および
    （ｆ）アミノ酸配列ＱＱＹＮＳＹＰ（配列番号１０８）を含むＬＣ ＣＤＲＬ３
    を含む重鎖可変領域（ＨＣ）および軽鎖可変領域（ＬＣ）を含む、抗体または抗原結合性断片と、
    （２）配列番号１７（ＦＳＬＨＨＲＱＰＲＬＧＲＮＰＫＴＧＤＳＶ）からなる単離ポリペプチドまたは組換えポリペプチド、またはその等価物を特異的に認識または結合するｍＩｈＦＢ４抗体またはその抗原結合性断片であって、等価なポリペプチドが、配列番号１７と少なくとも９０％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記単離ポリペプチドまたは組換えポリペプチドが抗原性である、ｍＩｈＦＢ４抗体またはその抗原結合性断片と
    を含む、組成物。
  25. 前記抗体または抗原結合性断片のＨＣが配列番号５１のアミノ酸配列またはその等価物を含み、等価物が、配列番号５１と少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、かつ前記抗体または抗原結合性断片のＬＣが配列番号５５のアミノ酸配列またはその等価物を含み、等価物が、配列番号５５と少なくとも９０％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項２４に記載の組成物。
  26. 前記抗体または抗原結合性断片がモノクローナル抗体またはヒト化抗体である、請求項２４または２５に記載の組成物。
  27. 前記モノクローナル抗体がＩｇＧである、請求項２６に記載の組成物。
  28. 前記ｍＩｈＦＢ４抗体またはその抗原結合性断片が、
    （ａ）アミノ酸配列ＦＮＩＫＤＹＹ（配列番号１１０）を含むＣＤＲＨ１配列；および
    （ｂ）アミノ酸配列ＩＤＰＥＮＤＤＴ（配列番号１１４）を含むＣＤＲＨ２配列；および
    （ｃ）アミノ酸配列ＴＥＬＧＡＹ（配列番号１２９）を含むＣＤＲＨ３配列；および
    （ｄ）アミノ酸配列ＱＳＬＬＤＳＮＧＫＴＹ（配列番号１３０）を含むＣＤＲＬ１配列；および
    （ｅ）アミノ酸配列ＬＶＳ（配列番号１３３）を含むＣＤＲＬ２配列；および
    （ｆ）アミノ酸配列ＷＱＳＴＨＦＰＨ（配列番号１５８）を含むＣＤＲＬ３配列
    を含む重鎖可変領域（ＨＣ）および軽鎖可変領域（ＬＣ）を含む、請求項２４に記載の組成物。
  29. 前記ｍＩｈＦＢ４抗体または抗原結合性断片のＨＣが、配列番号５３のアミノ酸配列またはその等価物を含み、等価なポリペプチドが、配列番号５３と少なくとも９０％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項２８に記載の組成物。
  30. 前記ｍＩｈＦＢ４抗体または抗原結合性断片のＬＣが、配列番号５７のアミノ酸配列またはその等価物を含み、等価なポリペプチドが、配列番号５７と少なくとも９０％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項２８に記載の組成物。
  31. 前記ｍＩｈＦＢ４抗体または抗原結合性断片のＨＣが、配列番号５３のアミノ酸配列またはその等価物を含み、ＬＣが配列番号５７のアミノ酸配列またはその等価物を含み、等価なポリペプチドが、それらと少なくとも９０％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項２８に記載の組成物。
  32. 前記ｍＩｈＦＢ４抗体または抗原結合性断片がモノクローナル抗体またはヒト化抗体である、請求項２４～３１のいずれか一項に記載の組成物。
  33. 前記ｍＩｈＦＢ４抗体がＩｇＧモノクローナル抗体である、請求項３２に記載の組成物。
  34. アジュバント、抗原性ペプチド、ＤＮａｓｅ、異なる抗体、または抗菌剤のうちの１つ以上をさらに含む、請求項２４～３３のいずれか一項に記載の組成物。
  35. 請求項２４～３４のいずれか一項に記載の組成物を含む、バイオフィルムを破壊する、またはそれに干渉するための組成物。
  36. 請求項２４～３４のいずれか一項に記載の組成物を含む、バイオフィルムの存在を検出するための組成物。
  37. 請求項２４～３４のいずれか一項に記載の組成物を含む、処置を必要とする対象を処置するための組成物。
  38. 請求項２４～３４のいずれか一項に記載の組成物、および使用のための説明書を含む、キット。
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