JP7245520B2 - 阻害剤およびそれらの使用 - Google Patents

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Description

本発明は、サイクリン依存性キナーゼ12(CDK12)の阻害剤、特にRNA反復伸長転写物の生成によって引き起こされる障害の治療に使用するためのCDK12の阻害剤に関する。RNA反復伸長転写物は、筋強直性ジストロフィーにみられるようなCTG DNA反復伸長由来のものであってよい。
筋強直性ジストロフィーは、本明細書ではDMとも呼ばれ、成人の筋ジストロフィーの最もよくみられる形態である。DM1型(DM1)は、8,000人中1人に発症し、DMPK(ジストロフィア・ミオトニカ・プロテインキナーゼ)遺伝子の3’非翻訳領域のCTG反復配列によって引き起こされる。このCTG反復配列は患者では大幅に伸長しており、野生型染色体上の5~37の反復数と比較して、当該染色体上に50~数千の反復を有することがある。伸長したDNA反復配列は転写され、RNA反復伸長転写物は、正確にスプライシングされているにもかかわらず、核内に隔離されたままであり、独特なフォーカス(foci)を形成する。これらのフォーカスは、主要なスプライシング調節因子であるMBNL1(マッスルブラインド様(muscleblind-like)スプライシング調節因子1)などの細胞タンパク質と相互作用し、これが次に下流のスプライシング異常をもたらす。タンパク質の隔離に加えて、変異型RNAはスプライシングに関わるCELF1(CUGBP、Elav様ファミリーメンバー1)の活性化を引き起こす。新たな分子経路は、翻訳の阻害を含め、毒性RNAの影響を受けると考えられている。
DMは遺伝性かつ進行性の常染色体優性多系統障害であり、症状はきわめて多様であり得る。典型的な特徴には、筋緊張、筋力低下、心不整脈、認知機能障害、糖尿病および白内障が挙げられる。現在、DMの治療法はなく、臨床管理は、筋緊張を治療するメキシレチンおよび昼間の眠気に対処するモダフィニルなど、障害の特異的な症状を治療するために既に市販されている薬物を利用する断片的な手法に依存している。しかし、障害の複雑かつ多様な性質のために、個々の症状の治療は、病態を管理する効率的な方法ではない。
DM分子経路の重要な要素は特定されているが、これらの因子がどのように相互作用するかは依然として分かっていない。近年、分子経路の様々な点を標的として様々なレベルの成功を収めたことを含め、この病態に対する治療的処置に対してかなりの努力が払われている。最も明白な手法は、反復伸長転写物を直接標的として、有害な反復を無力化するか、転写物の分解およびその後の細胞からのクリアランスを促進することである。今日まで、これは、リボザイムまたはアンチセンスオリゴヌクレオチドのいずれかを用いて試みられてきた(Langlois,M.A.ら(2003)、分子療法:米国遺伝子治療学会誌、7:670~680;Wheeler,T.M.ら、Nature、488:111~115;およびMulders,S.A.ら(2009)、米国科学アカデミー紀要、106:13915~13920)。反復配列を直接標的とする他の方法は、RNAの溝に位置し、タンパク質の会合および結合を妨げることによってMBNLタンパク質の結合を物理的に妨げるモルホリノオリゴヌクレオチドまたは小分子などのブロッキング分子(blocking molecule)の導入を含む(Wheeler,T.M.ら(2009)、Science、325:336~339)。ペンタミジン、ビスアミジニウム阻害剤、一連のペプチドリガンドならびに2つの天然産物、ロモフンギンおよびジロモフンギンを含む一連の化合物が、CUG反復:MBNLタンパク質相互作用を首尾よく破壊することが示されている。これらの化合物を用いたDM1-モデル-CUG-反復細胞の治療は、この複合体からのMBNLタンパク質の放出と一致して、核内フォーカスの消失およびDM関連スプライシング事象の逆転をもたらした。これらの化合物は、RNA:タンパク質相互作用の破壊が治療開発の選択肢となり得ることを示す。しかし、これらの化合物は、毒性が高く、経口アベイラビリティが不良であり、ペプチドリガンドの場合には血清中で不安定であるために、薬物開発のための好適な出発点ではない。今日まで、DMの好適な治療は存在しない。
本発明の目的は、前述の欠点のうち少なくとも1つに対処することを狙いとして、DM-1にみられるようなCTG反復伸長転写物などの反復伸長転写物の生成によって引き起こされる障害を治療するのに有用な、別の、好ましくは改善された治療法および化合物を提供することである。
本発明の第1の態様によれば、反復伸長転写物の生成によって引き起こされる対象の障害の治療または予防に使用するための阻害剤が提供され、ここで阻害剤は、CDK12(サイクリン依存性キナーゼ12)の阻害剤である。
反復伸長転写物は、転写物の核内保持をもたらすことがある。一実施形態では、「核内に保持される(retained in the nucleus)」という用語は、核を離れる検出可能な反復伸長転写物を指し得ない。別の実施形態では、この用語は、核を離れる転写物の遅延(すなわち、核内の一時的な保持)を指し得る。
障害は、RNA反復伸長転写物、例えば、CTG DNA反復伸長由来の転写物に関連する任意の障害を含み得、ここで変異転写物は核から輸送されない。障害は、筋強直性ジストロフィー1型(CTG)、筋強直性ジストロフィー2型(CCTG)、脆弱X随伴振戦/失調症候群(CGG)ならびに筋萎縮性側索硬化症(ALS)および前頭側頭型認知症(C9ORF72)(GGGGCC)を含む群から選択された任意の障害であってよく、これらの各々は、反復DNA伸長由来の転写物の核内保持を示すか、示し得る。障害は、核内保持を示し得る脊髄小脳失調症8型(CTG)、脊髄小脳失調症10型(ATTCT)および脊髄小脳失調症31型(TGGAA)を含む群から選択された任意の障害であってよい。障害は、ハンチントン病類縁疾患2型(CTG)およびハンチントン病、脊髄小脳失調症1型、2型、3型、6型、7型、17型、歯状核赤核淡蒼球ルイ体萎縮症ならびに球脊髄性筋萎縮症((CAG)反復伸長に関連するが、疾患範囲の最長末端で反復伸長を伴う転写物の核内保持を示し得る)を含む群から選択された任意の障害であってよい。障害は、表1に提供される任意の1つ以上の障害を含んでもよい。
Figure 0007245520000001
一実施形態では、反復伸長転写物は、CTG反復由来のRNAを含み得る(すなわち、RNAは、CUG反復配列を含み得る)。別の実施形態では、反復伸長転写物は、CCTG反復由来のRNAを含み得る(すなわち、RNAは、CCUG反復配列を含み得る)。別の実施形態では、反復伸長転写物は、CGG反復由来のRNAを含み得る。別の実施形態では、反復伸長転写物は、GGGGCC反復由来のRNAを含み得る。別の実施形態では、反復伸長転写物は、ATTCT反復由来のRNAを含み得る(すなわち、RNAは、AUUCU反復配列を含み得る)。別の実施形態では、反復伸長転写物は、CAG反復由来のRNAを含み得る。別の実施形態では、反復伸長転写物は、TGGAA反復由来のRNAを含み得る(すなわち、RNAは、UGGAA反復配列を含み得る)。
CDK12は、転写伸長に関連するC末端反復ドメインキナーゼであり、転写の開始に関与するのではなく、伸長する転写物に関連することが示されている。本発明は、CDK12の阻害が、DM細胞からの核内フォーカスの除去をもたらすことを見出した。さらに有利には、CDK12は転写開始時に必要とされず、その阻害は全体的な転写停止をもたらさないことから、DM、およびCTG反復伸長由来の転写物などの反復伸長転写物の生成によって引き起こされる他の障害の長期間の治療の標的として適している。
本明細書中のCDK12と関連して使用される用語「阻害する(inhibit)」または「阻害(inhibition)」は、CDK12の活性の低下または完全な排除を意味すると理解される。CDK12の活性の低下は100%であり得る。あるいは、CDK12の活性の低下は、少なくとも90%であり得る。CDK12の活性の低下は、少なくとも80%であり得る。CDK12の活性の低下は、少なくとも70%であり得る。CDK12の活性の低下は、少なくとも60%であり得る。いくつかの実施形態では、CDK12の阻害は、スクリーニングされる分子の存在下での基質ペプチドのリン酸化中にATPのCDK12消費の阻害を測定するアッセイによって測定されてもよい。
CDK12の阻害は、CDK12活性部位を直接的または間接的に遮断すること、CDK12の立体構造を変化させること、CDK12の相互作用を遮断すること、サイクリンKの結合を妨げること、RNAポリメラーゼIIのC末端ドメイン上でSer2のリン酸化を妨げること、CDK12の存在を減少させること、または例えば凝集によってCDK12を隔離することを含み得る。
CDK12の活性の阻害は、CDK12の存在の減少によるものであり得る(すなわち、CDK12自体の活性は阻害され得ないが、細胞および組織で利用可能な活性なCDK12の量が減少され得る)。したがって、いくつかの実施形態では、CDK12の発現を減少させることによって、CDK12の阻害がもたらされてもよい。あるいは、CDK12が不活性型に変異されてもよい。あるいは、細胞または組織で利用可能な活性なCDK12の量を減少させるために、CDK12が分解または隔離の標的とされてもよい。CDK12の量の減少は100%であり得る。あるいは、CDK12の量の減少は、少なくとも90%であり得る。CDK12の量の減少は、少なくとも80%であり得る。CDK12の量の減少は、少なくとも70%であり得る。CDK12の量の減少は、少なくとも60%であり得る。サンプル中のCDK12転写物のRT-PCR、またはウェスタンブロットによって、CDK12の存在の減少によるCDK12の活性の阻害が測定されてもよい。当業者は、サンプル中の任意の特定のタンパク質またはその転写物の存在および量を決定するために使用され得るいくつかの方法があることを理解するであろう。
本明細書で使用される用語「阻害剤」は、CDK12の活性の阻害を引き起こすことができる分子などの薬剤を含むと理解される。追加的にまたは代替案として、本明細書で使用される用語「阻害剤」は、CDK12の利用能の阻害を引き起こすことができる分子などの薬剤を含むと理解される。
阻害剤は、CDK12に特異的であり得る。例えば、阻害剤は、他のサイクリン依存性キナーゼを阻害しないか、実質的に阻害しなくてもよい。あるいは、1つ以上の他のサイクリン依存性キナーゼの活性は、阻害剤によって阻害され得るが、CDK12の活性と同等であるか、それよりも低くてよい。あるいは、1つ以上の他のサイクリン依存性キナーゼの活性は、阻害剤によって阻害され得るが、CDK12の活性よりも顕著に低くてよい。一実施形態では、阻害剤は、CDK9の活性または利用能の阻害剤ではない。阻害され得ないか、顕著に阻害され得ない他のCDKは、CDK1、CDK2、CDK3、CDK4、CDK5、CDK6、CDK7、CDK8、CDK9、CDK10、CDK11およびCDK13またはそれらの組合せからなる群から選択されてもよい。阻害され得ないか、顕著に阻害され得ない他のCDKは、CDK1、CDK2、CDK5およびCDK9またはそれらの組合せを含む群から選択されてもよい。好ましくは、CDK9は、本発明の阻害剤によって阻害されないか、顕著に阻害されない。
阻害剤は、CDK12の発現の阻害剤を含んでもよい。阻害剤は、CDK12の発現を阻害することができるsiRNAなどのオリゴヌクレオチドを含んでもよい。オリゴヌクレオチドは、CDK12遺伝子の核酸、またはその調節エレメント、またはそのmRNA転写物に結合することができる配列を含んでもよい。オリゴヌクレオチドは、CDK12遺伝子またはその調節エレメントに実質的に相補的な配列を含んでもよい。オリゴヌクレオチドは、CDK12 mRNA転写物に実質的に相補的な配列を含んでもよい。配列は、少なくとも5ヌクレオチドの領域にわたって実質的に相補的であり得る。配列は、少なくとも8ヌクレオチドの領域にわたって実質的に相補的であり得る。配列は、少なくとも10、13、15または18ヌクレオチドの領域にわたって実質的に相補的であり得る。オリゴヌクレオチドは、配列番号1に結合し、siRNA遺伝子サイレンシングなど、その翻訳を減少させることができる配列を含んでもよい。
阻害剤は、CDK12に結合することができる分子を含んでもよい。阻害剤分子は、その標的分子に対するCDK12の結合を遮断することができてもよい。阻害剤は、サイクリンKに対するCDK12の結合を妨げることができる分子を含んでもよい。阻害剤は、CDK12がRNAポリメラーゼIIのc末端ドメイン上でSer2をリン酸化するのを妨げることができる分子を含んでもよい。CDK12に対する阻害剤の結合は、活性部位が遮断されるように、CDK12活性部位にあるか、CDK12活性部位に隣接していてもよい。CDK12に対する阻害剤の結合は、アミノ酸位置727~1020(以下の配列では下線を付してある)にあってよい。CDK12に対する阻害剤の結合は、NおよびC末端ローブの周りに伸び、結合したATPと接触するC末端ドメイン伸長部(C terminal domain extension)にあってよい(C末端ドメイン伸長部はCDK12の残基1011~1039を含む)。そのようなドメインはCDK12に独特であり、CDK9には存在しない。CDK12に対する阻害剤の結合は、Thr737、Lys756、Glu814、Met816およびAsp819(以下の配列では太字)から選択されるATP接触残基のうち任意の1つ以上にあってよい。
CDK12はサイクリンKに結合し、RNAポリメラーゼIIのC末端ドメイン上でSer2をリン酸化する。有利には、阻害剤治療は、野生型と変異DMPK転写物との相対的比率の変化をもたらす(CDK12の阻害は、伸長された反復転写物の優先的消失をもたらす)。
阻害剤は、治療的に活性な薬剤を含んでもよい。阻害剤は小分子を含んでもよい。用語「小分子」は、1kDa未満の分子量を有する任意の化合物を意味する。阻害剤は、1KDa未満の分子量を有する有機化合物であってよい。分子量とは、分子中のあらゆる原子の原子量の合計であると理解される。
阻害剤は、オリゴヌクレオチドなどの核酸を含んでもよい。オリゴヌクレオチドは、DNA、RNAまたは合成核類似体、例えばPMO、LNAもしくはPNAを含んでもよい。オリゴヌクレオチドは、siRNAまたはマイクロRNAを含んでもよい。オリゴヌクレオチドは、CDK12のsiRNAサイレンシングのために、CGAAAUAAUGAUGUUGGCACCAGUUの配列またはその変異体を含んでもよい。
阻害剤は、CDK12に結合することができるペプチドまたはタンパク質を含んでもよい。阻害剤は、抗体または抗体フラグメントもしくは抗体模倣物(antibody mimetic)を含んでもよい。
阻害剤は、細胞膜透過性であってよい。
阻害剤は、ピラゾロ[1,5b]ピリダジンコア構造を含み、CDK12の活性を阻害することができてもよい。
一実施形態では、阻害剤は、式(I)の化合物またはその薬学的に許容される塩もしくは溶媒和物を含み、
Figure 0007245520000002

式中、
は、H、-OH、-O-、C1-6アルキル、C2-6アルケニル、C2-6アルキニル、C1-6ハロアルキル、ハロゲン、-CN、-OC1-6アルキルであり、
は、H、-OH、-O-、C1-6アルキル、C2-6アルケニル、C2-6アルキニル、C1-6ハロアルキル、ハロゲン、-CNまたは-OC1-6アルキルであるか5員または6員のシクロアリール、シクロアルキルまたは複素環――O、SおよびNから選択される1個、2個または3個のヘテロ原子を有する――、例えばベンゼン、モルホリニル、ピペリジン、ピペラジンであり、
は、C3-6シクロアルキル、例えばシクロプロピルであり、
Figure 0007245520000003

または
Figure 0007245520000004

式中、
は、H、-OH、-O-、C1-6アルキル、C2-6アルケニル、C2-6アルキニル、C1-6ハロアルキル、ハロゲン、-CN、-OC1-6アルキルであり、
は、H;-OH;-O-;C1-6アルキル;C2-6アルケニル;C2-6アルキニル;C1-6ハロアルキル;ハロゲン;-CN;-OC1-6アルキル;C1-6アルキル-N-(X)(Y)5員もしくは6員のシクロアリール、シクロアルキルもしくは複素環――O、SおよびNから選択される1個、2個もしくは3個のヘテロ原子を有する――であって、前記シクロアリール、シクロアルキルもしくは複素環が、C1-3アルキル任意に置換されている5員もしくは6員のシクロアリール、シクロアルキルもしくは複素環――例えばN-メチルピペラジニル――;または-OC1-6アルキル-N(X)(Y)であり、
式中、Xは、HまたはC1-6アルキルであり、Yは、HまたはC1-6アルキルであり、
式中、アルキル基は1個以上の-OH基に任意に置換され、
は、H、-OH、-O-、C1-6アルキル、C2-6アルケニル、C2-6アルキニル、C1-6ハロアルキル、ハロゲン、-CN、-OC1-6アルキルである。
好ましくは、
はHであり、
はHであり、
はC3-6シクロアルキル、例えばシクロプロピルであり、
Figure 0007245520000005

または
Figure 0007245520000006

式中、
は、H、-CN、-OC1-6アルキル、C1-6ハロアルキルであり、
は、H;C1-6アルキル-N-(X)(Y)5員または6員のシクロアリール、シクロアルキルまたは複素環――O、SおよびNから選択される1個、2個または3個のヘテロ原子を有する――であって、前記シクロアリール、シクロアルキルまたは複素環が、C1-3アルキル任意に置換されている5員または6員のシクロアリール、シクロアルキルまたは複素環――例えばN-メチルピペラジニル――、-OC1-6アルキル-N(X)(Y)であり、
式中、Xは、HまたはC1-6アルキルであり、Yは、HまたはC1-6アルキルであり、
式中、アルキル基は1個以上の-OH基に任意に置換され、
は、Hまたは-OC1-6アルキルである。
好ましくは、
はHであり、
はHであり、
はシクロプロピルであり、
Figure 0007245520000007

または
Figure 0007245520000008

式中、
は、H、-CN、-OCH、CFであり、
は、H、-CHN(CH、N-メチルピペラジニル、-OCHCH(OH)CHN(CHであり、
は、Hまたは-OCHである。
一実施形態では、RはHであり、RはHであり、Rはシクロプロピルであり、
Figure 0007245520000009

または
Figure 0007245520000010

式中、
R4はHであり、R5は-CHNEtまたは-OCHCH(OH)CHN(CHであり、R6はHであるか、
R4は-CN、-OCHであり、R5はHであり、R6はHであるか、
R4は-CFであり、R5はN-メチルピペラジニルであり、R6はHであるか、
R4は-OCHであり、R5はHであり、R6は-OCHである。
一実施形態では、式(I)の阻害剤は、以下の式を備えている。
Figure 0007245520000011
別の実施形態では、式(I)の阻害剤は、以下の式を備えている。
Figure 0007245520000012
別の実施形態では、式(I)の阻害剤は、以下の式を備えている。
Figure 0007245520000013
別の実施形態では、式(I)の阻害剤は、以下の式を備えている。
Figure 0007245520000014
一実施形態では、式(I)の阻害剤は、以下の式を備えている。
Figure 0007245520000015
一実施形態では、式(I)の阻害剤は、以下の式を備えている。
Figure 0007245520000016
一実施形態では、式(I)の阻害剤は、以下の式を備えている。
Figure 0007245520000017
一実施形態では、式(I)の阻害剤は、以下の式を備えている。
Figure 0007245520000018
阻害剤は、ジナシクリブまたはその誘導体を含んでもよい。例えば、一実施形態では、阻害剤は、式(X)の化合物またはその薬学的に許容される塩もしくは溶媒和物を含む。
Figure 0007245520000019
一実施形態では、阻害剤は、式(XI)の化合物またはその薬学的に許容される塩もしくは溶媒和物を含む。
Figure 0007245520000020
一実施形態では、阻害剤は、式(XII)の化合物またはその薬学的に許容される塩もしくは溶媒和物を含む。
Figure 0007245520000021
一実施形態では、阻害剤は、式(XIII)の化合物またはその薬学的に許容される塩もしくは溶媒和物を含む。
Figure 0007245520000022
一実施形態では、阻害剤は、式(XIV)の化合物またはその薬学的に許容される塩もしくは溶媒和物を含む。
Figure 0007245520000023
本明細書で使用される場合、用語「C1-C3アルキル」は、1~3個の炭素原子を含む直鎖または分枝鎖のアルキル基を指す。アルキル基の例には、メチル、エチル、プロピルまたはイソプロピルが挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される場合、用語「6員ヘテロシクリル」は、6員環を有し、少なくとも1個のヘテロ原子を環員として含む飽和単環式複素環式基を指し、前記少なくとも1個のヘテロ原子の各々は、窒素、酸素および硫黄からなる群から独立に選択されてもよい。ヘテロシクリルの1つの基は、環員として1個のヘテロ原子を有する。ヘテロシクリルの別の基は、環員として2個のヘテロ原子を有する。ヘテロシクリル基の例には、ピペラジニル、モルホリニル、ピペリジニル、オキサニル、チアニルまたはジオキサニルが挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される場合、用語「ハロアルキル」は、1つ以上の水素がハロゲンに置換されている先に定義した意味を有するアルキル基を指す。ハロC1-3アルキル基とは、アルキル部分が1~3個のC原子を有するハロアルキル基を指す。具体的には、モノハロアルキル基、ジハロアルキル基またはポリハロアルキル基が包含される。モノハロアルキル基は、一例として、その基内にヨード原子、ブロモ原子、クロロ原子またはフルオロ原子を有してもよい。ジハロまたはポリハロアルキル基は、同一のハロ原子または異なるハロ基の組合せのうち2個以上を有してもよい。ハロアルキル基の例には、フルオロメチル、ジフルオロメチル、トリフルオロメチル、クロロメチル、ジクロロメチル、トリクロロメチル、ペンタフルオロエチル、ヘプタフルオロプロピル、ジフルオロクロロメチル、ジクロロフルオロメチル、ジフルオロエチル、ジフルオロプロピル、ジクロロエチルまたはジクロロプロピルが挙げられるが、これらに限定されない。
さらに、式I~XVIの化合物は、不斉炭素原子(キラル原子)を含むことができ、したがって、ラセミおよび光学活性形態で存在することができる。したがって、光学異性体または鏡像異性体、ラセミ化合物、互変異性体およびジアステレオマーも、式I~XVIの化合物に包含される。
一実施形態では、阻害剤は、少なくとも1つの他の治療剤と組み合わせて投与されるか、投与されるように構成される。1つの他の治療剤は、オリゴヌクレオチド、例えば、siRNAもしくはmiRNAまたはその等価物を含んでもよい。オリゴヌクレオチドは、例えばRNA干渉経路を介して、分解のために、伸長された反復転写物を標的とすることができ得る。オリゴヌクレオチドは、(CAG)7の配列を含んでもよい。別の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、AGC AGC AGC AGC AGの配列を含んでもよい。別の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、CAG CAG CAG CAG CAG Cの配列を含んでもよい。別の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、CGGAGCGGTTGTGAACTGGCの配列を含んでもよい。
オリゴヌクレオチドは、CUGn、CCUGn、CGGn、GGGGCCn、CAGnまたはAUUCUnなどの反復配列を標的としてもよい。あるいは、siRNAオリゴヌクレオチドは、CUGn、CCUGn、CGGn、GGGGCCn、CAGn、AUUCUnなどの伸長された反復転写物を含む標的RNAのどこにでも結合してもよい。当業者であれば、U(ウリジン)残基が、DNAと比較してRNA中のT(チミン)残基を置換することを理解するであろう。siRNAオリゴヌクレオチドは、GenBank受託番号:NM_001081563、AY329622、AF389886、AF389887、AH010982、L19493、JN681271、AF126749、NM_013236、NM_001271604、NM_002111、NM_000332、NM_002973、NM_004993、NM_000068、NM_000333、CR456776、D31840またはM34233からの転写物のいずれかからの転写物などの伸長された反復転写物を含む標的RNAのどこにでも結合してもよい。
オリゴヌクレオチドは、少なくとも10、11、12、13、14または15ヌクレオチド長であってよい。一実施形態では、オリゴヌクレオチドは少なくとも15ヌクレオチド長である。
有利には、DM-1など、反復伸長転写物の生成によって引き起こされる障害に対して有益な効果をもたらすために、阻害剤に対する連続的な曝露は不要であり得る。パルス療法で十分であり得る。阻害剤は、短時間の曝露後に罹患した細胞から核内フォーカスを除去し得、この短時間の曝露は長時間の効果をもたらし、阻害剤治療は、野生型と変異DMPK転写物との相対的比率の変化をもたらす(CDK12の阻害は、伸長された反復転写物の優先的消失をもたらす)。これは、反復伸長転写物からCDK12を除去し、続いて核内フォーカスを解離させ、変異転写物を分解することによって生じ得る。核内フォーカスは、分解から反復伸長転写物を保護し、核内フォーカスが放出されると、反復伸長転写物は細胞内分解または標的分解に対して脆弱になり得る。したがって、CDK12阻害剤による短期間の治療を用いてフォーカスを分散させ、内因性プロセスによる分解または例えばアンチセンスオリゴヌクレオチドによる分解に反復伸長転写物を曝露する「2ヒット」療法レジメンが提供されてもよい。
少なくとも1つの他の治療剤は、小分子、薬物、プロドラッグ、ペプチド、タンパク質、抗体、ヌクレオチドまたはワクチンを含んでもよい。少なくとも1つの他の治療剤は、メキシレチン、フェニトインまたはプロカインアミドなどのナトリウムチャネル遮断薬を含んでもよい。少なくとも1つの他の治療剤は、例えば過度の昼間の眠気を治療するためのモダフィニルなどのCNS刺激薬を含んでもよい。少なくとも1つの他の治療剤は、例えば、筋肉低下を改善するために提供されてもよいデヒドロエピアンドロステロン(DHEA)、クレアチン補充またはメカセルミンリンファベート(mecasermin rinfabate)(IPLEX、組換えインスリン様成長因子1およびその結合タンパク質、BP-3の組合せ)を含んでもよい。少なくとも1つの他の治療剤は、ペンタミジン、ビスアミジニウム阻害剤、ロモフンギンまたはジロモフンギンのうちいずれか1つ以上を含んでもよい。
一実施形態では、CDK阻害剤は、DMPK遺伝子を標的とするオリゴヌクレオチドと組み合わせて使用されてもよい。DMPK遺伝子は、3’非翻訳領域の伸長反復中に存在し得るか、遺伝子内のどこの部位でも標的化され得る。
少なくとも1つの他の治療剤と組み合わせた使用は、併用用量製剤または個別用量製剤を含んでもよい。使用は、同時または順次であってよい。
阻害剤は、断続的に投与されるか、投与されるように構成されてもよい。例えば、阻害剤は、3日間の治療サイクル中に1回投与されるか、投与されるように構成されてもよい。あるいは、阻害剤は、2日間の治療サイクル中に1回投与されるか、投与されるように構成されてもよい。あるいは、阻害剤は、4日間の治療サイクル中に1回投与されるか、投与されるように構成されてもよい。あるいは、阻害剤は、少なくとも3日間の治療サイクル中に1回投与されるか、投与されるように構成されてもよい。あるいは、阻害剤は、少なくとも5日間の治療サイクル中に1回投与されるか、投与されるように構成されてもよい。阻害剤は、3日間の治療サイクルの1日目に投与されるか、投与されるように構成されてもよく、用量は投与直後の2時間以内に放出される。
阻害剤は、治療上有効な用量で提供および/または投与されてもよい。用量は、DM-1など、反復伸長転写物の生成によって引き起こされる障害の1つ以上の症状の緩和または予防を引き起こすのに十分であり得る。用量は、DM-1など、反復伸長転写物の生成によって引き起こされる障害のあらゆる症状の緩和または予防を引き起こすのに十分であり得る。用量は、CDK12の活性または存在を少なくとも50%低下させるのに十分であり得る。用量は、反復伸長転写物の核内保持を少なくとも50%減少させるのに十分であり得る。用量は、6分間歩行試験およびハンドグリップ試験によって判定される筋緊張および筋力を改善するのに十分であり得る。
一実施形態では、用量は、約2~約100mg/kgを有してもよい。一実施形態では、用量は、約5~約80mg/kgを有してもよい。一実施形態では、用量は、約2~約60mg/kgを有してもよい。一実施形態では、用量は、約5~約60mg/kgを有してもよい。一実施形態では、用量は、約5~約30mg/kgを有してもよい。一実施形態では、用量は、約5~約20mg/kgを有してもよい。一実施形態では、用量は、約5~約10mg/kgを有してもよい。用量は、24時間以内に60mg/kg以下を有してもよい。用量は、24時間以内に30mg/kg以下を有してもよい。用量は、24時間以内に10mg/kg以下を有してもよい。用量は、24時間以内に5mg/kg以下を有してもよい。用量は、3日間の期間内に100mg/kg以下を有してもよい。用量は、3日間の期間内に60mg/kg以下を有してもよい。用量は、3日間の期間内に30mg/kg以下を有してもよい。用量は、3日間の期間内に10mg/kg以下を有してもよい。用量は、3日間の期間内に5mg/kg以下を有してもよい。用量は、1週間の期間内に100mg/kg以下を有してもよい。用量は、1週間の期間内に60mg/kg以下を有してもよい。用量は、1週間の期間内に30mg/kg以下を有してもよい。用量は、1週間の期間内に20mg/kg以下を有してもよい。用量は、1週間の期間内に10mg/kg以下を有してもよい。用量は、2週間または4週間の期間内に100mg/kg以下を有してもよい。用量は、2週間または4週間の期間内に60mg/kg以下を有してもよい。用量は、2週間または4週間の期間内に30mg/kg以下を有してもよい。用量は、2週間または4週間の期間内に10mg/kg以下を有してもよい。24時間以内に4回以下の用量が投与されるか、投与されるように構成されてもよい。24時間以内に3回以下の用量が投与されるか、投与されるように構成されてもよい。24時間以内に2回以下の用量が投与されるか、投与されるように構成されてもよい。24時間以内に1回以下の用量が投与されるか、投与されるように構成されてもよい。3日間の期間内に、4回以下の用量が投与されるか、投与されるように構成されてもよい。3日間の期間内に、3回以下の用量が投与されるか、投与されるように構成されてもよい。3日間の期間内に、2回以下の用量が投与されるか、投与されるように構成されてもよい。3日間の期間内に、1回以下の用量が投与されるか、投与されるように構成されてもよい。1週間の期間内に、4回以下の用量が投与されるか、投与されるように構成されてもよい。1週間の期間内に、3回以下の用量が投与されるか、投与されるように構成されてもよい。1週間の期間内に、2回以下の用量が投与されるか、投与されるように構成されてもよい。1週間の期間内に、1回以下の用量が投与されるか、投与されるように構成されてもよい。2週間または4週間の期間内に、20回以下の用量が投与されるか、投与されるように構成されてもよい。2週間または4週間の期間内に、15回以下の用量が投与されるか、投与されるように構成されてもよい。2週間または4週間の期間内に、10回以下の用量が投与されるか、投与されるように構成されてもよい。2週間または4週間の期間内に、8回以下の用量が投与されるか、投与されるように構成されてもよい。2週間または4週間の期間内に、5回以下の用量が投与されるか、投与されるように構成されてもよい。2週間または4週間の期間内に、4回以下の用量が投与されるか、投与されるように構成されてもよい。2週間または4週間の期間内に、3回以下の用量が投与されるか、投与されるように構成されてもよい。2週間または4週間の期間内に、2回以下の用量が投与されるか、投与されるように構成されてもよい。2週間または4週間の期間内に、1回以下の用量が投与されるか、投与されるように構成されてもよい。
有利には、治療される対象に有益な効果をもたらすために阻害剤への連続的な曝露は不要であり得、パルス療法で十分であり得る。この投与方法は、阻害剤適用の比較的短い持続時間/比較的低い頻度を可能にすることから、副作用を低減するという利点を有し得る。
阻害剤は、例えば、静脈内、筋肉内または皮下注射によって、経口的または非経口的に投与されてもよい。一実施形態では、阻害剤は経口投与に適している。
対象は哺乳動物であってよい。一実施形態では、対象はヒトである。
本発明の別の態様によれば、対象の反復伸長転写物、例えば、CTG反復伸長由来のRNA転写物の生成によって引き起こされる障害を治療または予防するための医薬品の調製に、CDK12阻害剤の使用が提供される。
本発明の別の態様によれば、対象の反復伸長転写物の生成によって引き起こされる障害を治療または予防するための方法であって、CDK12の阻害剤を対象に投与することを含む方法が提供される。RNA反復伸長転写物は、CTG反復伸長由来であり得る。
該方法は、少なくとも1つの他の治療剤のその後の投与をさらに含んでもよい。少なくとも1つの他の治療剤は、オリゴヌクレオチドを含んでもよい。少なくとも1つの他の治療剤は、DMPKの核酸反復転写物の分解を増強するのに適切であってよい。
本発明の別の態様によれば、DMでのRNA反復伸長転写物など、反復伸長転写物の生成によって引き起こされる障害のための治療剤のスクリーニング方法であって、
・スクリーニングのための分子を提供することと、
・分子がCDK12の活性を阻害するかどうかを検出することとを含み、
CDK12の阻害の検出により、潜在的候補治療剤として分子を選択する方法が提供される。
分子がCDK12の活性を阻害するかどうかを検出することは、スクリーニングされる分子の存在下での基質ペプチドのリン酸化中にATPのCDK12消費の阻害を測定するアッセイの使用を含んでもよい。
CDK12の阻害は選択的阻害であってよい。スクリーニング方法は、分子がCDK9などの他のサイクリン依存性キナーゼを顕著に阻害しないかどうかを検出する工程をさらに含んでもよい。
本発明の別の態様によれば、CDK12阻害剤および薬学的に許容される担体を含む組成物が提供される。
組成物は、少なくとも1つの他の治療剤をさらに含んでもよい。少なくとも1つの他の治療剤は、細胞内分解または標的分解を介して反復伸長転写物の分解を増強することができ得る。少なくとも1つの他の治療剤は、本明細書に記載の任意の1つ以上の治療剤を含んでもよい。
本発明の別の態様によれば、本明細書に記載のCDK12阻害剤が提供される。
当業者は、本発明の一実施形態または態様の任意の特徴が、適切な場合には、本発明の他の実施形態または態様に適用可能であり得ることを理解するであろう。
ここで、以下の図面を参照して、単なる例示として本発明の詳細な説明を行う。
PKIS化合物コレクションのスクリーニングは、核内フォーカスを減少させる6つの阻害剤を同定した。(A~F)6つの阻害剤は、11点希釈にわたって核内フォーカスを減少させる。グラフは、DMSO処理細胞と比較した核内フォーカスの比率を示す。6つの化合物はいずれも、共通のピラゾロ[1,5b]ピリダジンコア構造を有する。 共通のキナーゼ標的を同定するためのPKIS阻害プロファイルの分析。(A)2つの化合物の部分最小二乗モデルのローディングプロット。核内フォーカスアッセイと相関するキナーゼ活性を標識し、サイクリン依存性キナーゼを*で強調表示する。(B~G)プロットは、6つの活性化合物を含め、核内フォーカスアッセイでの活性に従ってグループ化された0.1μM濃度の化合物におけるキナーゼ標的の阻害率を示す。キナーゼに対する阻害活性活性が25%未満の化合物は、グラフに含めていない。 CDKファミリー阻害剤の集中スクリーニング。(A)SNS-032、(B)AT7519、(C)PD0332991、(D)R-ロスコビチン、(E)ジナシクリブ、(F)CDK9阻害剤IIについて、DMSO処理細胞と比較した核内フォーカスの比率をプロットする12点希釈グラフ。 ケモプロテオミクス標的デコンボリューション。異なる濃度の遊離競合化合物またはビヒクル(DMSO)の存在下で、SNS-032で誘導体化したビーズを用いて、K562細胞抽出物またはA204細胞抽出物からキナーゼを親和性捕捉することによってIC50値を生成した。各化合物に関するフォーカス阻害アッセイのpIC50に対して、pIC50値をプロットする。CDK5、CDK7、CDK9およびCDK12について、キナーゼ結合親和性とフォーカスに対する阻害活性との良好な相関が観察される。r:ピアソンの相関係数、p:p値(計算された確率)。 DMにおけるCDK9およびCDK12タンパク質発現。(A)CDK9および(B)CDK12に関する非DMおよびDM1患者の外側広筋生検サンプルのウェスタンブロット。両ブロットをα-チューブリンに対して正規化する。(C)α-チューブリンに対して正規化されたCDK9タンパク質の量を定量するためのヒストグラム。(D)α-チューブリンに対して正規化されたCDK12タンパク質の量を定量するためのヒストグラム。(E)非DMおよびDM1線維芽細胞のCDK12の免疫組織化学的検査。(F)CDK12核顆粒の数の定量。(G)免疫組織化学的検査およびin situハイブリダイゼーションは、CDK12核顆粒との反復伸長フォーカスの共局在を示す(緑色/輝点のCDK12、反復伸長RNA(矢印))。(H)shRNAによるCDK12タンパク質のノックダウンは、CDK12タンパク質顆粒(緑色)を減少させ、続いてCUG反復伸長RNAフォーカス(赤色/矢印)を減少させる。 DMの治療法としての阻害剤治療。(A)DMPKのフラグメントの増幅およびBpmI消化後の核(N)および細胞質(C)RNA画分からのRT-PCR産物を示す臭化エチジウム染色ゲル。ローディングコントロールとしてGAPDHを使用する。(B)野生型DMPK転写物と比較した核変異DMPK転写物の相対的比率を示すヒストグラム。ジナシクリブ(1μM)で24時間処理した後に、DM1線維芽細胞にみられる変異と野生型DMPK転写物との相対的比率を評価した。(C~F)ヒストグラムは、核1個当たり0、<2、<5および5+のフォーカスを有する集団中の細胞の比率を示す。(C)未処理のDM1細胞。(D)SNS-032で2時間処理したDM1細胞。(E)SNS-032で2時間処理し、増殖培地中で48時間回復させたDM1細胞。(F)SNS-032で2時間処理し、増殖培地中で72時間回復させたDM1細胞。 DM1マウスモデルに対する阻害剤処置。(A)ビヒクルおよびジナシクリブ化合物処置後のHSALRマウスの四頭筋、腓腹筋および傍脊柱筋の総合筋緊張度スコア(1処置群当たりn=6)。(B)ジナシクリブおよびビヒクル処置HSALRマウスの筋肉の種類ごとの筋緊張度。(C)ビヒクルおよびジナシクリブ処置マウスから得られた四頭筋および腓腹筋サンプル中のATP2A1スプライスアイソフォームを評価するための臭化エチジウム染色ゲル。(D)ビヒクルおよびジナシクリブ処置HSALRマウスのエキソン22排除と包含との相対的比率を示すヒストグラム。(E~F)ラミニン染色は、ビヒクル対照動物と比較して、ジナシクリブ処置マウスの筋線維内の集中した核の減少を示す。 PKISコレクションのスクリーニングは、CMGCキナーゼファミリーを同定する。候補細胞標的として部分最小二乗モデルから同定されたキナーゼのPKIS阻害プロファイルを分析し、活性化合物と不活性化合物とを比較するためのプロット。阻害が25%未満の化合物はグラフに含めていない。 11種の化合物のキノビーズ(Kinobead)プロファイリング。核内フォーカスアッセイで一連の活性を表す11種の化合物のセットのキノビーズプロファイリング。2μMの濃度でK562細胞抽出物に各化合物を添加し、続いてキノビーズとともにインキュベートし、ビーズ結合タンパク質を定量することによって、標的プロファイルを作成した。A:値は、DMSO対照と比較した標的結合を示し、ここで1の値は100%の結合を表すため標的阻害はなく、0の値は標的キナーゼの0%の結合および100%の阻害を示す。B:試験した各化合物の構造を示す。 固定化された阻害剤SNS-032およびAT7519のタンパク質結合プロファイルの比較。 異なる化合物/標的の組合せに対する用量応答競合結合曲線の例。セファロースビーズにSNS-032を固定化することによって親和性マトリックスを生成し、ビヒクル(DMSO)または示されるような異なる濃度の阻害剤の存在下で、K562細胞抽出物またはA204細胞抽出物からの親和性捕捉を行った。用量応答競合曲線のIC50濃度および変曲点は、点線で示されている。 siRNAおよびshRNAによるCDK12タンパク質のノックダウン。(A)スクランブルshRNAおよびCDK12 shRNAによるノックダウン後のCDK12免疫組織化学的検査。(B)CDK12 shRNA細胞内の核内のCDK12タンパク質顆粒の定量は、スクランブルshRNAと比較してCDK12顆粒数の56%の減少を示す。(C)スクランブルshRNAおよびCDK12 shRNAによるノックダウン後のin situハイブリダイゼーション解析。(D)CDK12 shRNA細胞内の核内のCUG反復RNAフォーカスの定量は、スクランブルshRNAと比較して69%の減少を示す。(E)ヒストグラムは、スクランブルshRNAおよびCDK12 shRNA処理細胞内に核1個当たり0、1~2、3~4および5+のフォーカスを有する集団中の細胞の比率を示す。(F)スクランブルsiRNAおよびCDK12 siRNAによるノックダウン後のCDK12免疫組織化学的検査。(G)CDK12 siRNA細胞内の核内のCDK12顆粒の定量は、スクランブルsiRNAと比較してCDK12顆粒数の47%の減少を示す。(H)CDK12およびα-チューブリンのウェスタンブロット分析によるsiRNAの検証。(I)ウェスタンブロット分析の強度スキャンのヒストグラムは、スクランブルコントロールと比較してCDK12タンパク質の34%の減少を示した。α-チューブリンに対して正規化されたデータ。(J)スクランブルsiRNAおよびCDK12 siRNAによるノックダウン後のin situハイブリダイゼーション解析。(K)CDK12 siRNA細胞内の核内のCUG反復RNAフォーカスの定量は、スクランブルsiRNAと比較して46%の減少を示す。(L)ヒストグラムは、スクランブルsiRNAおよびCDK12 siRNA処理細胞内に核1個当たり0、1~2、3~4および5+のフォーカスを有する集団中の細胞の比率を示す。 以前に報告されたCDK阻害剤のIC50値。 細胞抽出物に添加された異なるCDK阻害剤に関して、K562細胞抽出物に対するSNS-032親和性マトリックスによる親和性捕捉によって生成されたpIC50値。
緒言
筋強直性ジストロフィーは、DMPK遺伝子の3’非翻訳領域内のCTG反復伸長によって引き起こされ、独特な核内フォーカスの形成をもたらす。キナーゼの関与は、病状の病態生理に結びつけられているが、今日まで、薬物開発ための決定的なキナーゼ標的は同定されていない。本明細書では、CDK12がDM細胞株およびDM患者筋生検で上昇することが観察されている。反復伸長転写物は核スペックルの周辺に蓄積し、CDK12はこれらの核スペックルと共局在する。CDK12の阻害は、DM関連核内フォーカスの分散および反復伸長転写物の分解をもたらすことが見出されている。
結果および考察
PKISコレクションのスクリーニング
以前に報告されたアッセイを用いて、核内フォーカスを減少させる化合物についてPKISコレクションをスクリーニングし、次いで、該化合物の既知の選択性プロファイルについて化合物を分析して、共通のキナーゼ標的を同定した(Ketley,A.ら(2014)、Hum Mol Genet、23:1551~1562)。2011M~19nMの11点希釈系列を用いて24時間かけてDM1線維芽細胞を化合物で処理した。処理後、核内フォーカスを視覚化するためにcy3標識CAG10プローブを用いて蛍光in situハイブリダイゼーションを行い、カスタマイズされたMetaExpressソフトウェアを用いて、Molecular Devicesプレートリーダーで細胞を分析した(Ketley,Aら(2014)、Hum Mol Genet、23:1551~1562)。DMSO処理細胞と比較して濃度依存的に核内フォーカスを減少させた化合物を同定し、その後の試験のために優先順位をつけた。共通のピラゾロ[1,5b]ピリダジンコアを有する6つの化合物が、DM細胞の24時間処理後に核内フォーカスの数を減少させることが分かった(図1)。
標的デコンボリューション
6つの活性化合物の既知の選択性プロファイルを検討して、共通のキナーゼ標的を同定した。フォーカスアッセイから生成されたpIC50値と、224のキナーゼ標的に対する化合物阻害プロファイルとを比較した(Drewry,D.H.ら(2014)、Current topics in medicinal chemistry、14:340~342)。部分最小二乗(PLS)モデルを用いて、共通の標的がCMGC(サイクリン依存性キナーゼ(CDK)、マイトジェン活性化プロテインキナーゼ(MAPキナーゼ)、グリコーゲンシンターゼキナーゼ(GSK)およびCDK様キナーゼ)ファミリーのメンバーである可能性が高いことを示唆したデータをクラスター化した(図2A)。事実、これらの化合物は当初、CDKファミリーメンバーを標的とするように設計され(Stevens,K.L.ら(2008)、Bioorganic&medicinal chemistry letters、18:5758~5762)、核内フォーカスアッセイで活性な阻害剤はいずれも、CDKファミリーの多くのメンバーにわたって顕著な活性を示した。核内フォーカスアッセイでは、6つのヒット化合物のキナーゼ阻害プロファイルとそれらの活性とを比較し、CDK1、CDK2、CDK3、CDK5およびCDK6がフォーカス形成に関与しない可能性が示唆された(図2B~図2G)。PKISコレクションが対象とする標的のうち、CDK4は何らかの役割を果たしている可能性が高いように思われたが(図2E)、他のCDKファミリーメンバーはPKISアノテーションから漏れているため、考慮する必要があった。
既知のCDKファミリー阻害剤分子の集中スクリーニング
次に、核内フォーカスアッセイでは、十分にアノテーションされた選択性プロファイルを有する追加の小分子CDK阻害剤を試験した(図13)。この阻害剤のサブセットは、核内フォーカスアッセイでは、特異的な活性、およびCDKファミリーメンバーにわたる様々な範囲の効力を示した(図3)。CDKファミリーの関与を確認するために、無差別なキナーゼ阻害剤の組合せを用いて誘導体化したセファロースビーズに基づくキノビーズ法を用いて(Bantscheff,Mら(2007)、Nat Biotechnol、25:1035~1044;Werner,T.ら(2012)、Analytical chemistry、84:7188~7194;およびKruse,Uら(2011)、Leukemia、25:89~100)、核内フォーカスアッセイで一連の活性を表す10種の化合物をプロファイリングした。2μMの濃度でK562赤白血病細胞抽出物に各化合物を添加し、続いて2種類のキノビーズとともにインキュベートし、ビーズ結合タンパク質を定量することによって、標的プロファイルを生成した。第1のタイプのビーズが、真核生物プロテインキナーゼファミリーのチロシンおよびセリン/スレオニンキナーゼのプロファイリングのために開発されたのに対して(Bantscheff,M.ら(2007)、Nat Biotechnol、25:1035~1044)、第2のタイプのビーズは、PI3K/脂質キナーゼファミリーから追加のキナーゼを捕捉する(Bergamini,G.ら(2012)、Nature chemical biology、8:576~582)。プロファイリング結果は、PKISデータと一致して、このサブセット中の最も活性な化合物がCDKファミリーのみにわたって共有活性を示したことを明確に示した(図9A)。
候補標的キナーゼを絞り込むために、核内フォーカス活性阻害剤および核内フォーカス不活性阻害剤についてIC50値を比較した。小分子SNS-032(BMS387032としても知られている)およびAT-7519は、核内フォーカスアッセイで高い活性を示し、CDK2およびCDK9に対して最も高い効力を示す(図3aおよび図3bならびに図13)。しかし、CDK2は、この標的に対する活性化合物および不活性化合物のIC50値の顕著な重複のために、核内フォーカス減少の原因とはなり得ない。同様に、CDK1、CDK4、CDK5、CDK6およびCDK7はいずれも、類似の理由から考慮に入れることはできない(図13)。
既知のCDK阻害剤化合物のこのサブセットの分析によって、PKISスクリーニングの結果が確認されるが、核内フォーカス減少の原因である標的が、あまりよく把握されていないCDKファミリーメンバーである可能性が高まる。この可能性を検討するために、様々な効力を有する4つの追加のCDK阻害剤を試験して、候補標的としてのCDK9の潜在的関与を特定した(図3E~図3Fおよび図13)。興味深いことに、ジナシクリブおよびSNS-032は、CDK9に対して同じIC50値を有するが、ジナシクリブは、核内フォーカスアッセイでは顕著に増加した活性を示す。さらに、特異的ではあるが効力の低いCDK9阻害剤であり、350nMのIC50値を有するCDK9阻害剤II(図3F)は、最高濃度で核内フォーカスを減少させたが、同等のCDK9 IC50値(それぞれ400nMおよび500nM)を有する2つの他の化合物、PD0332991およびR-ロスコビチンは、核内フォーカスアッセイでは試験した濃度で不活性である(図3Cおよび図3D)。これらのデータは、核内フォーカス減少の標的としての新たなCDKファミリーメンバーを示唆している。
ケモプロテオミクス標的分解能
核内フォーカス減少の原因となる特異的なCDKを特定するために、好適な第2級アミンを含む2つの活性化合物、SNS-032およびAT7519の固定化によって、CDKファミリー内の標的範囲を拡大することが求められた(図10)。いずれかの化合物によって誘導体化されたビーズは、市販のキナーゼパネルには存在しないファミリーメンバーを含め、CDKファミリーの良好な範囲を示した。CDKファミリーにわたる阻害剤選択性をプロファイリングする詳細なケモプロテオミクス試験のために、K562細胞またはA204横紋筋肉腫細胞に対する活性化合物全種、および不活性化合物のうち1つ(PD0332991)について、用量応答競合結合プロファイルを作成した。K562、A204およびDM1細胞株が同じキナーゼを発現することを確認するために、全プロテオーム解析を行った。プロファイリングによって同定されたCDK/PCTKタンパク質はいずれも、以下のような表現型フォーカスアッセイに使用された細胞でも同定された:
DM線維芽細胞の全プロテオーム解析によって同定されたCDKファミリーメンバータンパク質(CDKファミリータンパク質のタンパク質受託番号)。
CDK1:P06493
CDK2:CAA43807.1
CDK4:CAG47043
CDK5:CAG33322
CDK6:Q00534
CDK7:P50613
CDK9:AAF72183
CDK10:AAH25301
CDK12:Q9NYV4.2
CDK13:Q14004.2
PCTK1:Q00536
PCTK2:Q00537.2
得られたデータセットは、12のCDKファミリーキナーゼに対するIC50曲線を含む(図11、図14)。フォーカスに対する阻害活性とのキナーゼIC50値の化合物セットにわたる最良の相関が、CDK12、続いてCDK9に観察された(図4)。CDK9およびCDK12に対するIC50値は、フォーカスアッセイでのそれらの観察された活性と密接に一致するが、CDK2およびCDK7に対するIC50値は、それらを標的として含めるには低すぎると思われる。図3Eに提示された以前の分析と一致して、ジナシクリブは、CDKファミリー、特にCDK12に対する最も活性な阻害剤であり、CDK12が最も有力なキナーゼ標的であり得ることが示唆された。
DM発症におけるCDK12
これまでのところ、実験は、反復伸長フォーカスとの関連性を有する可能性が最も高いキナーゼとして、CDK12を提示している。DM発症の潜在的関与を検討するために、ウェスタンブロットを使用して、DM1患者4例および健常被験者4例から得られた外側広筋生検サンプルに対して、CDK9に加えてCDK12の内在量を評価した。対照と比較してCDK9タンパク質の量に有意差は検出され得なかった(図5Aおよび図5C)。しかし、健常被験者から得られたものと比較して、DM生検ではCDK12の量が明らかに増加し、DMサンプルでは48%多いCDK12タンパク質が検出された(p=0.0025)(図5Bおよび図5D)。
DM病態生理での核内フォーカスとCDK12との関係を理解するために、DMおよび非DM線維芽細胞に対する免疫組織化学的検査によって、タンパク質の細胞内位置を確立した。以前に公開された非DM細胞のデータと一致して、CDK12は、DMおよび非DM細胞の両方で、顆粒構造で核内に局在した(Ko,T.K.ら(2001)、Journal of cell science、114:2591~2603)(図5E)。400個の細胞に対するこれらの構造の定量は、非DM細胞内の12.07(±2.27)と比較して、DM細胞では顆粒の数が上昇し、平均数18.74(±3.88)であったことを示した(p<0.0001)(図5f)。CDK12顆粒の大きさは、非DMおよびDM細胞で有意差を示さなかった。この数の増加は、ウェスタンブロットによって検出されたCDK12タンパク質の全体的な量の増加と一致する。次に、CDK12の免疫組織化学的検査を行い、次いでin situハイブリダイゼーションを行って、反復伸長RNAフォーカスを検出した。CDK12タンパク質との反復伸長フォーカスの共局在が見出された。カスタマイズされたMetaXpressソフトウェアを用いた定量では、100%の反復伸長フォーカスがCDK12タンパク質と共局在することが明らかにされた(図5g)。DMにおけるCDK12タンパク質の増加の影響およびCDK12タンパク質顆粒と反復伸長フォーカスとの関係を理解するために、shRNAおよびsiRNAを用いて、DM細胞内のCDK12顆粒の数を減少させた。次いで、反復伸長フォーカスに対する影響を評価した。CDK12に対して3つのshRNAを発現するレンチウイルス感染後、対照細胞と比較して、CDK12顆粒の数の56%の減少および反復伸長フォーカスの69%の減少が観察された(図5Hおよび図12A~図12E)。これは、CDK12のsiRNAノックダウンおよびウェスタンブロット分析による定量によって確認され、ここでタンパク質の量の34%の減少を確認した。これにより、CDK12タンパク質顆粒が46%減少し、反復伸長RNAフォーカスが47%減少し、CDK12の特異的阻害および核顆粒からのCDK12タンパク質の溶解が、反復伸長フォーカスの分散をもたらすことが示された(図12F~図12L)。
DMの治療法としての阻害剤治療
CDK12と核内フォーカスとの間の関連が確立され、核内フォーカスが反復伸長転写物を含むことから、反復伸長転写物の量に対する阻害剤治療の効果を確立することが求められた。このために、Bpml多型を利用して野生型と変異DMPK転写物とを区別するためにするRT-PCRアッセイを用いた(図6A)(Hamshere,M.G.ら(1997)、Pro Natl Acad Sci USA、94:7394~7399)。ジナシクリブで処理した後、核および細胞質細胞抽出物の分析は、反復伸長転写物が核画分内に依然として保持されていることを示した。しかし、Genescan分析を用いた定量は、核内の野生型転写物と比較して反復伸長転写物の相対的比率が59%減少していることを示した(図6B)。これらのデータは、ジナシクリブへの曝露が転写物を含む反復の優先的消失をもたらすことを示し、ひいては、CDK12を標的とすることが、DM治療開発のための実行可能な選択肢を提供することを示唆している。
反復転写物の消失は、阻害剤処理後の伸長された転写物の不完全な転写に起因し得るか、反復伸長転写物からのCDK12の除去、それに続く核内フォーカスの解離および変異転写物の分解によるものであり得る。後者が正しい場合、核内フォーカスが反復伸長転写物を分解から保護し、核内フォーカスが放出されると、反復伸長転写物が細胞内分解または標的分解に対して脆弱になり得ることを示唆している可能性がある。したがって、CDK12阻害剤による短時間の治療を用いてフォーカスを分散させ、内因性プロセスまたはアンチセンスオリゴヌクレオチドによる分解に反復伸長転写物を曝露する2ヒット療法レジメンの可能性が提案されている(Mulders,S.A.ら(2009)、米国科学アカデミー紀要、106:13915~13920)。
CDK12は、DM細胞内の核内フォーカスに関連する転写調節キナーゼであるため、この標的の阻害が、核内フォーカスの形成および分散の動態に及ぼす効果を確立することが求められた。これを行うために、2時間から48時間までの様々な長さの時間にわたり、2つの最も効力の強いフォーカス減少化合物、ジナシクリブおよびSNS-032にDM1線維芽細胞を曝露した。両化合物はフォーカスを顕著に減少させたが、これはSNS-032の場合が最も迅速であり、処理のわずか2時間後に効果を発揮した。転写調節阻害剤に対する継続的曝露は、DMに対する有望な治療選択肢ではあり得ず、したがって、核内フォーカスに対する短期治療の効果を検討した。SNS-032にDM1線維芽細胞を2時間曝露し、その後、細胞を完全に洗浄し、完全増殖培地で回復させた。核内フォーカスの定量は、未処理のDM1細胞68%が5つを超えるフォーカスを有し、5%のみが検出可能なフォーカスを有しないことを示した(図6C)。2時間かけてSNS-032を用いて細胞を処理し、回復時間を伴わない場合、細胞28%が5つを超えるフォーカスを有し、細胞10%がフォーカスを有しないという分布に変化する(図6D)。しかし、SNS-032への曝露後48時間および72時間の回復後、核内フォーカスのない細胞の比率は、それぞれ14%および36%にさらに増加する(図6Eおよび図6F)。まとめると、このデータは、阻害剤を用いた短期(2時間)の処理、続く長期(72時間)の回復が、核内フォーカスの数の顕著な減少および変異転写物の優先的減少をもたらし、したがって、パルス療法が、DM療法に対する効果的な手法になる可能性があることを示唆している。
この阻害剤HSALRのin vivo効果を確立するために、合計12回の注射を含む28日間の治療期間にわたり、腹腔内注射によってマウスを処置した。阻害剤処置後、筋電図解析によりマウスを分析して、筋緊張に対する機能的効果を評価し、試験した4種類の筋肉、四頭筋、腓腹筋、前脛骨筋および腰部傍脊柱筋にわたる筋緊張度スコアの有意な改善を実証した(p=0.0021、n=6)(図7A~図7B)。分子分析では、ATP2A1のスプライスアイソフォームに対するエキソン22の包含の改善(図7C~図7D)と、阻害剤処置後の筋線維内の集中した核の存在の減少とが実証された(図7E~図7F)。
材料および方法
細胞培養
ペニシリンおよびストレプトマイシンならびに10%ウシ胎児血清(Sigma)を含むダルベッコ改変イーグル培地(DMEM)中で線維芽細胞を増殖させた。
in situハイブリダイゼーションプロトコル
細胞を化合物に24時間曝露した後、in situハイブリダイゼーションを行って、Cy3標識(CAG)10プローブを用いてフォーカスを同定した。Molecular Devices Micro High Content Imagingシステムを用いてプレートを分析し、化合物処理1回当たり、ウェル当たり9個の領域を画像化して、ウェル当たり約100個の細胞を得た。Hoechst染色によって核領域を同定し、背景を超えて80グレースケール以上の隣接するピクセルをスコアすることによって、フォーカスの数、大きさおよび輝度を決定した。
細胞抽出物の調製
K562およびA204細胞をATCCから入手し、10%FCSを含むRPMI培地で培養した。細胞を1,5×106細胞/mlまで増殖させた。15%FCSを含むMcCoy 5A培地でA204細胞を培養した。細胞を100%コンフルエントまで増殖させた。細胞を採取し、氷冷PBSで3回洗浄した。アリコートを液体窒素中で急速冷凍し、-80℃で保存した。記載されているように細胞抽出物を調製した(Bantscheff,M.ら(2011)、Nat Biotechnol、29:255~265)。
ケモプロテオミクス
以前に記載されたように親和性プロファイリングを行った(Bantscheff,M.ら(2007)、Nat Biotechnol、25:1035~1044およびBantscheff,M.ら(2011)、Nat Biotechnol、29:255~265)。1mMの濃度でSNS-032を用いてセファロースビーズを誘導体化してビーズマトリックスを生成したか、キノビーズTMをプロファイリングのためのマトリックスとして使用した。ビーズ(キノビーズTMの場合には35μlまたはSNS-032の場合には5μl)を洗浄し、化合物または緩衝液で予めインキュベートした1ml(5mg)のK562細胞抽出物を用いて4℃で1時間かけて溶解緩衝液中で平衡化した。ビーズを使い捨てカラム(MoBiTec)に移し、溶解緩衝液で十分に洗浄し、SDSサンプル緩衝液を用いて溶出した。タンパク質をアルキル化し、4~12%NuPAGE(Invitrogen)を用いて分離し、コロイド状クマシーで染色し、アイソバリック質量タギング(isobaric mass tagging)およびLC-MS/MSにより定量した。
ペプチドおよびタンパク質の同定および定量
TMTアイソバリック質量タグによるサンプル調製および標識は、基本的に記載されているように行った(Bantscheff,M.ら(2011)、Nat Biotechnol、29:255~265)。質量分光分析のために、サンプルを真空中で乾燥させ、0.1%ギ酸水溶液に再懸濁し、質量分析計に連結したナノLCシステムにサンプルのアリコートを注入した:Eksigent 1D+をLTQ-OrbitrapXL質量分析計に連結、Waters nanoAcquityをOrbitrap Elite質量分析計に連結、またはUltimate 3000 RSLC nanoをQ Exactive質量分析計(Thermo Fisher Scientific)に連結。カスタマイズされた50cm×75μM(内径)の逆相カラム(Reprosil)上で40℃でペプチドを分離させた。0.1%ギ酸中の3%アセトニトリル~40%アセトニトリルを用いて120~270分間かけて勾配溶離を行った。LTQ-Orbitrap XLはXcalibur 2.0を用いて操作し、Orbitrap EliteおよびQ Exactiveの機器はXcalibur 2.2ソフトウェアを用いて操作した。LTQ-OrbitrapXL/Orbitrap Eliteでは30.000の分解能(m/z=400で測定)、Q Exactiveでは70.000の分解能(m/z=200)で完全なペプチドを検出した。m/z 445.120025で(Si(CH3)20)6H+からのイオンシグナルを使用して、LTQ-OrbitrapXLによって内部較正を行った。15.000/17.500の分解能で、CID/HCD(LTQ-Orbitrap XL)法の組合せまたはHCDのみ(Orbitrap Elite/Q Exactive)を用いて、10個までのペプチド前駆体(LTQ-OrbitrapXL/Orbitrap Eliteは6個の前駆体、Q Exactiveは10個)について、データ依存性タンデム質量スペクトルを生成した。CIDでは、最大5,000個のイオン(LTQ-Orbitrap XL)がイオントラップ(最大イオン蓄積時間=150msec)に蓄積され、HCDでは、最大50.000個のイオン(LTQ-OrbitrapXL、最大イオン蓄積時間=350msec)、最大30.000個のイオン(Orbitrap Elite、最大イオン蓄積時間=150msec)および1e6イオン(Q Exactive、最大イオン蓄積時間=60msec)がHCDセルに蓄積された。ペプチド前駆体では10p.p.m.の質量許容差(mass tolerance)およびフラグメントイオンでは0.6Da(CID)または20mDa(HCD)の許容差を使用するタンパク質同定に、Mascot 2.3および2.4(Matrix Science)を用いた。システイン残基のカルバミドメチル化およびリジン残基のTMT修飾を固定修飾として設定し、メチオニン酸化と、タンパク質のN末端アセチル化と、ペプチドN末端のTMT修飾とを可変修飾として設定した。検索データベースは、International Protein Indexデータベースのカスタムバージョンに、Matrix Scienceが提供するスクリプトを使用して作成されたこのデータベースのデコイバージョンとを組み合わせて構成した。タンパク質定量の基準:独特なペプチドに一致する最小2つの配列割り当てが必要であった(定量されたタンパク質のためのFDR<<0.1%)。Mascotイオンスコア>10、前駆体イオンのシグナル対バックグラウンド比>4、シグナル対干渉>0.5(Savitski,M.M.ら(2010)、Journal of the American Society for Mass Spectrometry、21:1668~1679)。レポーターイオン強度とイオン蓄積時間とを乗算し、質量分析計に存在するレポーターイオンの数に比例する面積値を得た。ペプチドの折りたたみ変化(fold change)は、記載されるように同位体純度について補正し、シグナル対干渉測定により推定されるように、ほぼアイソバリックピークを共溶出させることによって引き起こされる干渉について調整した(Savitski.M.M.ら(2013)、Journal of proteome research、12:3586~3598)。合計ベースのブートストラップアルゴリズム(Savitski,M.M.(2011)、Analytical chemistry、83:8959~8967)を用いてタンパク質の定量を達成した。
反復伸長転写物のアッセイ
化合物処理細胞および未処理細胞由来の1μgの全RNAを用いて逆転写を行った。プライマーN11、5’-CACTGTCGGACATTCGGGAAGGTGCおよび133、5’GCTTGCACGTGTGGCTCAAGCAGCTGを用いて合成したcDNAの1/20を用いてPCRを行った。Genescan分析では、プライマーN11をFAMで標識した。Tm58℃で増幅を行った。続いてPCR産物を2分間かけて95℃に加熱してから、4℃に冷却した。DMPK PCR産物のBpml制限消化分析のために、37℃で20μlの総反応容量で、制限酵素Bpml(NEB)によって8μlのPCR混合物を一晩消化させた。3%アガロースゲルを用いて90Vで電気泳動により最終産物を分析し、ImageJソフトウェアを用いて、またはAB1377シーケンサーでのフラグメント分析、続いてGenescan定量によって、バンドの密度を定量した。
ウェスタンブロットおよび検出
製造者の指示に従って市販のNuPageシステム(Invitrogen、UK)を使用して、ウェスタンブロットを行った。この試験で使用された一次抗体は、ヒトCDK9(Abcam、1:1000希釈)、ヒトCDK12(Abcam、1:400希釈)、ヒトα-チューブリンおよびヒトラミンB(ともにSanta Cruzから入手し、1:500の希釈で使用)であった。抗マウスIgG-西洋ワサビペルオキシダーゼ(HRP)を二次抗体として使用した。ウェスタンブロットでのバンドの定量にImageJソフトウェアを使用した。
共局在試験
カバーガラス上で24時間細胞を増殖させた後、50:50の氷冷したアセトン:メタノールで固定し、透過処理した。5%のヒツジ血清を含む5%BSA中で細胞をブロックした。抗CDK12抗体(Abcam)を1:1000希釈で4℃で一晩使用し、続いてAlexafluor-488抗マウス二次抗体(1:500)で染色した。細胞を4%PFA中で5分間インキュベートし、続いてプレハイブリダイゼーション溶液(40%ホルムアミド、10%20×SSC、50%DEPC水)中で15分間インキュベートし、Cy3標識CAGioプローブとともに37℃で一晩インキュベートした。DAPIを用いたVectorshield Mounting Mediaを用いて、カバーガラスをスライド上に載せた。Zeiss 710共焦点顕微鏡を用いて画像を取得し、LSM画像ブラウザを用いて分析した。
siRNA合成
ABI 394 DNA/RNA合成機を用いてsiRNAオリゴヌクレオチドを合成した。カラム(SynBase商標CPG1000Å、RNA:0.2μmol)、標準2’-OTBDMS RNA-ホスホラミダイトおよび合成機用試薬はLink Technologies Ltd.から購入し、MeNH溶液(エタノール中33重量%)はFlukaから入手し、NEt3・3HF、N-メチルピロリジノン(NMP)はAldrichから購入し、illustra Nap商標-10カラムはGE Healthcare Europe GmbHから入手した。合成機で使用する前に、CaHからジクロロメタンおよびアセトニトリルを新たに蒸留した。
標準的な0.2μMスケールプロトコルを用いてsiRNAオリゴヌクレオチドを合成したが、各ヌクレオチド付加工程について10分間のカップリング時間を用いた。ポリマーに結合したオリゴリボヌクレオチドを合成カラムから1.5mL微量遠心管に移し、MeNH溶液(1mL)に懸濁した。混合物を10分間かけて65℃に加熱し、室温(水/氷浴)に冷却し、1分間遠心分離した(10000g)。CPGビーズから上清を分離し、RNaseフリー水(2×0.25mL)でビーズを洗浄し、上清をすべて合わせ、乾燥させた(窒素気流下で2時間、次いで凍結乾燥させた)。オリゴリボヌクレオチドを無水NEt・3HF/NEt/NMP溶液(1.5mLのNMP、750μlのNEt3および1.0mLのNEt・3HFの溶液250μl)に再懸濁し、1.5時間かけて65℃に加熱し、室温に冷却し、3M NaOAc溶液(25μL)で急冷した。この混合物にn-BuOH(1mL)を加え、十分に混合し、1~2時間かけて-70℃に冷却して(ドライアイス)、さらに沈殿させ、30分間遠心分離した(4℃、13000g)。上清を除去し、ペレットを70%EtOH(2×500μL)で洗浄し、次いで真空中で乾燥させた(30分間)。RNaseフリー水(1mL)に乾燥沈殿物を溶解し、標準的なプロトコルに従って、Nap商標-10カラムを用いて脱塩した。得られた溶液を一晩凍結乾燥させ、オリゴリボヌクレオチドを白色の泡沫/粉末として残した。
CDK12 siRNAノックダウン
スクランブル:5’ACGUGACACGUUCGGAGAAUUおよびCDK12:5’CGAAAUAAUGAUGUUGGCACCAGUU siRNA配列。1日目および4日目にAmaxa Nucleofectorシステムを使用して、800nMのスクランブルsiRNAまたはCDK12 siRNAを細胞にエレクトロポレーションした。免疫組織化学的検査、in situハイブリダイゼーションおよびウェスタンブロット分析のために、7日目に細胞を回収した。
CDK12 shRNAノックダウン
96ウェルフォーマットでの感染前日に、40%コンフルエントで細胞を播種した。DMEM培地に希釈した5μg/mlポリブレン中に、10のMOIでレンチウイルス力価(SantaCruz sc-44343-V)を添加した。2500rpmで30分間の遠心分離により細胞をスピン接種(spin inoculated)した。24時間のインキュベーション後、ウイルスを除去し、新鮮なDMEM培地と交換した。4日目に感染を繰り返し、免疫組織化学的検査およびin situハイブリダイゼーション解析のために7日目に細胞を回収した。
なお、本発明に包含され得る諸態様は、以下のように要約される。
[態様1]
反復伸長転写物の生成によって引き起こされる対象の障害の治療または予防に使用するための阻害剤であって、前記阻害剤がCDK12(サイクリン依存性キナーゼ12)の阻害剤である、阻害剤。
[態様2]
前記反復伸長転写物が核内に保持される前記転写物をもたらす、上記態様1に記載の使用のための阻害剤。
[態様3]
前記障害が、筋強直性ジストロフィー1型、筋強直性ジストロフィー2型、脆弱X随伴振戦/失調症候群、筋萎縮性側索硬化症(ALS)および前頭側頭型認知症(C9ORF72)、ハンチントン病類縁疾患2型、ハンチントン病、脊髄小脳失調症1型、2型、3型、6型、7型、8型、10型、31型、17型、歯状核赤核淡蒼球ルイ体萎縮症ならびに球脊髄性筋萎縮症を含む群から選択された任意の障害を含む、上記態様1または2に記載の使用のための阻害剤。
[態様4]
前記反復伸長転写物が、CTG DNA反復、CCTG DNA反復、CGG DNA反復、GGGGCC DNA反復、ATTCT DNA反復、TGGAA DNA反復またはCAG DNA反復由来のRNAを含む、上記態様1~3のいずれか一項に記載の使用のための阻害剤。
[態様5]
前記阻害剤がCDK12に特異的である、上記態様1~4のいずれか一項に記載の使用のための阻害剤。
[態様6]
前記阻害剤がCDK9の活性または利用能の阻害剤ではない、上記態様1~5のいずれか一項に記載の使用のための阻害剤。
[態様7]
前記阻害剤がCDK12発現の阻害剤を含む、上記態様1~4のいずれか一項に記載の使用のための阻害剤。
[態様8]
前記阻害剤が、CDK12発現を阻害することができるオリゴヌクレオチドを含む、上記態様7に記載の使用のための阻害剤。
[態様9]
前記オリゴヌクレオチドがCDK12 mRNA転写物に実質的に相補的な配列を含む、上記態様8に記載の使用のための阻害剤。
[態様10]
前記阻害剤が、CDK12に結合することができ、および/またはその標的分子に対するCDK12の結合を遮断することができる分子を含む、上記態様1~6のいずれか一項に記載の使用のための阻害剤。
[態様11]
前記阻害剤が、サイクリンKに対するCDK12の結合を妨げることができる分子を含む、上記態様1~6または10のいずれか一項に記載の使用のための阻害剤。
[態様12]
前記阻害剤が、CDK12がRNAポリメラーゼIIのc末端ドメイン上でSer2をリン酸化するのを妨げることができる分子を含む、上記態様1~6、10または11のいずれか一項に記載の使用のための阻害剤。
[態様13]
CDK12に対する前記阻害剤の前記結合が、CDK12活性部位が遮断されるように、前記活性部位にあるか、前記CDK12活性部位に隣接している、上記態様10~12のいずれか一項に記載の使用のための阻害剤。
[態様14]
CDK12に対する前記阻害剤の前記結合がアミノ酸位置727~1020にある、上記態様10~13のいずれか一項に記載の使用のための阻害剤。
[態様15]
CDK12に対する前記阻害剤の前記結合がNおよびC末端ローブの周りに伸び、結合したATPと接触するC末端ドメイン伸長部にある、上記態様10~14のいずれか一項に記載の使用のための阻害剤。
[態様16]
CDK12に対する前記阻害剤の前記結合が、Thr737、Lys756、Glu814、Met816およびAsp819から選択されるATP接触残基のうち任意の1つ以上にある、上記態様10~15のいずれか一項に記載の使用のための阻害剤。
[態様17]
前記阻害剤が、CDK12に結合することができる小分子、オリゴヌクレオチド、ペプチドまたはタンパク質を含む、上記態様1~6または10~16のいずれか一項に記載の使用のための阻害剤。
[態様18]
前記阻害剤がピラゾロ[1,5b]ピリダジンコア構造を含み、CDK12活性を阻害することができる、上記態様1~6または10~17のいずれか一項に記載の使用のための阻害剤。
[態様19]
前記阻害剤が式(I)の化合物またはその薬学的に許容される塩もしくは溶媒和物を含み、
[化1]
Figure 0007245520000024

式中、
は、H、-OH、-O-、C 1-6 アルキル、C 2-6 アルケニル、C 2-6 アルキニル、C 1-6 ハロアルキル、ハロゲン、-CN、-OC 1-6 アルキルであり、
は、H、-OH、-O-、C 1-6 アルキル、C 2-6 アルケニル、C 2-6 アルキニル、C 1-6 ハロアルキル、ハロゲン、-CNまたは-OC 1-6 アルキルであるか、O、SおよびNから選択される1個、2個または3個のヘテロ原子を有する5員または6員のシクロアリール、シクロアルキルまたは複素環、例えばベンゼン、モルホリニル、ピペリジン、ピペラジンであり、
は、C 3-6 シクロアルキル、例えばシクロプロピルであり、
[化2]
Figure 0007245520000025

または
[化3]
Figure 0007245520000026

式中、
は、H、-OH、-O-、C 1-6 アルキル、C 2-6 アルケニル、C 2-6 アルキニル、C 1-6 ハロアルキル、ハロゲン、-CN、-OC 1-6 アルキルであり、
は、H;-OH;-O-;C 1-6 アルキル;C 2-6 アルケニル;C 2-6 アルキニル;C 1-6 ハロアルキル;ハロゲン;-CN;-OC 1-6 アルキル;C 1-6 アルキル-N-(X)(Y);O、SおよびNから選択される1個、2個または3個のヘテロ原子を有する5員もしくは6員のシクロアリール、シクロアルキルもしくは複素環であって、前記シクロアリール、シクロアルキルもしくは複素環が、C 1-3 アルキル、例えばN-メチルピペラジニルに任意に置換されている5員もしくは6員のシクロアリール、シクロアルキルもしくは複素環;または-OC 1-6 アルキル-N(X)(Y)であり、
式中、Xは、HまたはC 1-6 アルキルであり、Yは、HまたはC 1-6 アルキルであり、
式中、アルキル基は1個以上の-OH基に任意に置換され、
は、H、-OH、-O-、C 1-6 アルキル、C 2-6 アルケニル、C 2-6 アルキニル、C 1-6 ハロアルキル、ハロゲン、-CN、-OC 1-6 アルキルである、上記態様1~6または10~18のいずれか一項に記載の使用のための阻害剤。
[態様20]
上記態様19に記載の使用のための阻害剤であって、
はHであり、
はHであり、
はC 3-6 シクロアルキル、例えばシクロプロピルであり、
[化4]
Figure 0007245520000027

または
[化5]
Figure 0007245520000028

式中、
は、H、-CN、-OC 1-6 アルキル、C 1-6 ハロアルキルであり、
は、H;C 1-6 アルキル-N-(X)(Y);O、SおよびNから選択される1個、2個または3個のヘテロ原子を有する5員または6員のシクロアリール、シクロアルキルまたは複素環であって、前記シクロアリール、シクロアルキルまたは複素環が、C 1-3 アルキル、例えばN-メチルピペラジニルに任意に置換されている5員または6員のシクロアリール、シクロアルキルまたは複素環、-OC 1-6 アルキル-N(X)(Y)であり、
式中、Xは、HまたはC 1-6 アルキルであり、Yは、HまたはC 1-6 アルキルであり、
式中、アルキル基は1個以上の-OH基に任意に置換され、
は、Hまたは-OC 1-6 アルキルである、阻害剤。
[態様21]
上記態様19に記載の使用のための阻害剤であって、
はHであり、
はHであり、
はシクロプロピルであり、
[化6]
Figure 0007245520000029

または
[化7]
Figure 0007245520000030

式中、
は、H、-CN、-OCH 、CF であり、
は、H、-CH N(CH 、N-メチルピペラジニル、-OCH CH(OH)CH N(CH であり、
は、Hまたは-OCH である、阻害剤。
[態様22]
上記態様19に記載の使用のための阻害剤であって、
はHであり、
はHであり、
はシクロプロピルであり、
[化8]
Figure 0007245520000031

または
[化9]
Figure 0007245520000032

式中、
R4はHであり、R5は-CH NEt または-OCH CH(OH)CH N(CH であり、R6はHであるか、
R4は-CN、-OCH であり、R5はHであり、R6はHであるか、
R4は-CF であり、R5はN-メチルピペラジニルであり、R6はHであるか、
R4は-OCH であり、R5はHであり、R6は-OCH である、阻害剤。
[態様23]
式(I)の前記阻害剤が以下の式を備えている、上記態様19に記載の使用のための阻害剤。
[化10]
Figure 0007245520000033

または
[化11]
Figure 0007245520000034

または
[化12]
Figure 0007245520000035

または
[化13]
Figure 0007245520000036

または
[化14]
Figure 0007245520000037

または
[化15]
Figure 0007245520000038

または
[化16]
Figure 0007245520000039

または
[化17]
Figure 0007245520000040

[態様24]
前記阻害剤が式(X)の化合物またはその薬学的に許容される塩もしくは溶媒和物を含む、上記態様1~6または10~16に記載の使用のための阻害剤。
[化18]
Figure 0007245520000041

[態様25]
前記阻害剤が式(XI)の化合物またはその薬学的に許容される塩もしくは溶媒和物を含む、上記態様1~6または10~16に記載の使用のための阻害剤。
[化19]
Figure 0007245520000042

[態様26]
前記阻害剤が式(XII)の化合物またはその薬学的に許容される塩もしくは溶媒和物を含む、上記態様1~6または10~16に記載の使用のための阻害剤。
[化20]
Figure 0007245520000043

[態様27]
前記阻害剤が式(XIII)の化合物またはその薬学的に許容される塩もしくは溶媒和物を含む、上記態様1~6または10~16に記載の使用のための阻害剤。
[化21]
Figure 0007245520000044

[態様28]
前記阻害剤が式(XIV)の化合物またはその薬学的に許容される塩もしくは溶媒和物を含む、上記態様1~6または10~16に記載の使用のための阻害剤。
[化22]
Figure 0007245520000045

[態様29]
前記阻害剤が少なくとも1つの他の治療剤と組み合わせて投与されるか、投与されるように構成される、上記態様1~28のいずれか一項に記載の使用のための阻害剤。
[態様30]
前記1つの他の治療剤が、オリゴヌクレオチド、例えば、siRNAもしくはmiRNAまたはその等価物を含むか、
前記少なくとも1つの他の治療剤が、小分子、薬物、プロドラッグ、ペプチド、タンパク質、抗体、ヌクレオチドまたはワクチンを含んでもよい、上記態様29に記載の使用のための阻害剤。
[態様31]
前記少なくとも1つの他の治療剤が、ナトリウムチャネル遮断薬、CNS刺激薬、デヒドロエピアンドロステロン(DHEA)、クレアチン補充、メカセルミンリンファベート(IPLEX、組換えインスリン様成長因子1およびその結合タンパク質、BP-3の組合せ)、ペンタミジン、ビスアミジニウム阻害剤、ロモフンギンもしくはジロモフンギンまたはそれらの組合せを含む、上記態様29に記載の使用のための阻害剤。
[態様32]
前記使用が、前記DMPK遺伝子を標的とするオリゴヌクレオチドと組み合わされたものである、上記態様1~31のいずれか一項に記載の使用のための阻害剤。
[態様33]
前記阻害剤が断続的に投与されるか、投与されるように構成される、上記態様1~32のいずれか一項に記載の使用のための阻害剤。
[態様34]
対象の反復伸長転写物の生成によって引き起こされる障害の治療または予防のための医薬品の調製でのCDK12阻害剤の使用。
[態様35]
対象の反復伸長転写物の生成によって引き起こされる障害を治療または予防する方法であって、CDK12の阻害剤を対象に投与することを含む方法。
[態様36]
前記方法が少なくとも1つの他の治療剤のその後の投与をさらに含む、上記態様35に記載の方法。
[態様37]
反復伸長転写物の生成によって引き起こされる障害のための治療剤のスクリーニング方法であって、
・スクリーニングのための分子を提供することと、
・前記分子がCDK12の活性を阻害するかどうかを検出することとを含み、
CDK12の阻害の検出により、潜在的候補治療剤として分子を選択する方法。
[態様38]
CDK12阻害剤および薬学的に許容される担体を含む組成物。
[態様39]
少なくとも1つの他の治療剤をさらに含む、上記態様38に記載の組成物。
[態様40]
場合により添付の図面を参照して、本明細書に実質的に記載された阻害剤、方法、使用または組成物。
CDK12配列
10 20 30 40 50
MPNSERHGGK KDGSGGASGT LQPSSGGGSS NSRERHRLVS KHKRHKSKHS
60 70 80 90 100
KDMGLVTPEA ASLGTVIKPL VEYDDISSDS DTFSDDMAFK LDRRENDERR
110 120 130 140 150
GSDRSDRLHK HRHHQHRRSR DLLKAKQTEK EKSQEVSSKS GSMKDRISGS
160 170 180 190 200
SKRSNEETDD YGKAQVAKSS SKESRSSKLH KEKTRKEREL KSGHKDRSKS
210 220 230 240 250
HRKRETPKSY KTVDSPKRRS RSPHRKWSDS SKQDDSPSGA SYGQDYDLSP
260 270 280 290 300
SRSHTSSNYD SYKKSPGSTS RRQSVSPPYK EPSAYQSSTR SPSPYSRRQR
310 320 330 340 350
SVSPYSRRRS SSYERSGSYS GRSPSPYGRR RSSSPFLSKR SLSRSPLPSR
360 370 380 390 400
KSMKSRSRSP AYSRHSSSHS KKKRSSSRSR HSSISPVRLP LNSSLGAELS
410 420 430 440 450
RKKKERAAAA AAAKMDGKES KGSPVFLPRK ENSSVEAKDS GLESKKLPRS
460 470 480 490 500
VKLEKSAPDT ELVNVTHLNT EVKNSSDTGK VKLDENSEKH LVKDLKAQGT
510 520 530 540 550
RDSKPIALKE EIVTPKETET SEKETPPPLP TIASPPPPLP TTTPPPQTPP
560 570 580 590 600
LPPLPPIPAL PQQPPLPPSQ PAFSQVPASS TSTLPPSTHS KTSAVSSQAN
610 620 630 640 650
SQPPVQVSVK TQVSVTAAIP HLKTSTLPPL PLPPLLPGDD DMDSPKETLP
660 670 680 690 700
SKPVKKEKEQ RTRHLLTDLP LPPELPGGDL SPPDSPEPKA ITPPQQPYKK
710 720 730 740 750
RPKICCPRYG ERRQTESDWG KRCVDKFDII GIIGEGTYGQ VYKAKDKDTG
760 770 780 790 800
ELVALKKVRL DNEKEGFPIT AIREIKILRQ LIHRSVVNMK EIVTDKQDAL
810 820 830 840 850
DFKKDKGAFY LVFEYMDHDL MGLLESGLVH FSEDHIKSFM KQLMEGLEYC
860 870 880 890 900
HKKNFLHRDI KCSNILLNNS GQIKLADFGL ARLYNSEESR PYTNKVITLW
910 920 930 940 950
YRPPELLLGE ERYTPAIDVW SCGCILGELF TKKPIFQANL ELAQLELISR
960 970 980 990 1000
LCGSPCPAVW PDVIKLPYFN TMKPKKQYRR RLREEFSFIP SAALDLLDHM
1010 1020 1030 1040 1050
LTLDPSKRCT AEQTLQSDFL KDVELSKMAP PDLPHWQDCH ELWSKKRRRQ
1060 1070 1080 1090 1100
RQSGVVVEEP PPSKTSRKET TSGTSTEPVK NSSPAPPQPA PGKVESGAGD
1110 1120 1130 1140 1150
AIGLADITQQ LNQSELAVLL NLLQSQTDLS IPQMAQLLNI HSNPEMQQQL
1160 1170 1180 1190 1200
EALNQSISAL TEATSQQQDS ETMAPEESLK EAPSAPVILP SAEQTTLEAS
1210 1220 1230 1240 1250
STPADMQNIL AVLLSQLMKT QEPAGSLEEN NSDKNSGPQG PRRTPTMPQE
1260 1270 1280 1290 1300
EAAACPPHIL PPEKRPPEPP GPPPPPPPPP LVEGDLSSAP QELNPAVTAA
1310 1320 1330 1340 1350
LLQLLSQPEA EPPGHLPHEH QALRPMEYST RPRPNRTYGN TDGPETGFSA
1360 1370 1380 1390 1400
IDTDERNSGP ALTESLVQTL VKNRTFSGSL SHLGESSSYQ GTGSVQFPGD
1410 1420 1430 1440 1450
QDLRFARVPL ALHPVVGQPF LKAEGSSNSV VHAETKLQNY GELGPGTTGA
1460 1470 1480 1490
SSSGAGLHWG GPTQSSAYGK LYRGPTRVPP RGGRGRGVPY
CDK12のキナーゼドメインは、アミノ酸位置727~1020(下線部)に由来する。CDK12は、NおよびC末端ローブの周りに伸び、結合したATP(下線および斜体)と接触する追加のC末端ドメイン伸長部を有する。これはCDK12に独特であり、CDK9には存在しない。
ATPとの接触残基は、Thr737、Lys756、Glu814、Met816およびAsp819である(太字で強調されている)。
CDK12転写物配列(配列番号1)
1 gtgtgactgg gtctgtgtga gggagagagt gtgtgtggtg tggaggtgaa acggaggcaa
61 gaaagggggc tacctcagga gcgagggaca aagggggcgt gaggcaccta ggccgcggca
121 ccccggcgac aggaagccgt cctgaaccgg gctaccgggt aggggaaggg cccgcgtagt
181 cctcgcaggg ccccagagct ggagtcggct ccacagcccc gggccgtcgg cttctcactt
241 cctggacctc cccggcgccc gggcctgagg actggctcgg cggagggaga agaggaaaca
301 gacttgagca gctccccgtt gtctcgcaac tccactgccg aggaactctc atttcttccc
361 tcgctccttc accccccacc tcatgtagaa gggtgctgag gcgtcgggag ggaggaggag
421 cctgggctac cgtccctgcc ctccccaccc ccttcccggg gcgctttggt gggcgtggag
481 ttggggttgg gggggtgggt gggggttgct ttttggagtg ctggggaact tttttccctt
541 cttcaggtca ggggaaaggg aatgcccaat tcagagagac atgggggcaa gaaggacggg
601 agtggaggag cttctggaac tttgcagccg tcatcgggag gcggcagctc taacagcaga
661 gagcgtcacc gcttggtatc gaagcacaag cggcataagt ccaaacactc caaagacatg
721 gggttggtga cccccgaagc agcatccctg ggcacagtta tcaaaccttt ggtggagtat
781 gatgatatca gctctgattc cgacaccttc tccgatgaca tggccttcaa actagaccga
841 agggagaacg acgaacgtcg tggatcagat cggagcgacc gcctgcacaa acatcgtcac
901 caccagcaca ggcgttcccg ggacttacta aaagctaaac agaccgaaaa agaaaaaagc
961 caagaagtct ccagcaagtc gggatcgatg aaggaccgga tatcgggaag ttcaaagcgt
1021 tcgaatgagg agactgatga ctatgggaag gcgcaggtag ccaaaagcag cagcaaggaa
1081 tccaggtcat ccaagctcca caaggagaag accaggaaag aacgggagct gaagtctggg
1141 cacaaagacc ggagtaaaag tcatcgaaaa agggaaacac ccaaaagtta caaaacagtg
1201 gacagcccaa aacggagatc caggagcccc cacaggaagt ggtctgacag ctccaaacaa
1261 gatgatagcc cctcgggagc ttcttatggc caagattatg accttagtcc ctcacgatct
1321 catacctcga gcaattatga ctcctacaag aaaagtcctg gaagtacctc gagaaggcag
1381 tcggtcagtc ccccttacaa ggagccttcg gcctaccagt ccagcacccg gtcaccgagc
1441 ccctacagta ggcgacagag atctgtcagt ccctatagca ggagacggtc gtccagctac
1501 gaaagaagtg gctcttacag cgggcgatcg cccagtccct atggtcgaag gcggtccagc
1561 agccctttcc tgagcaagcg gtctctgagt cggagtccac tccccagtag gaaatccatg
1621 aagtccagaa gtagaagtcc tgcatattca agacattcat cttctcatag taaaaagaag
1681 agatccagtt cacgcagtcg tcattccagt atctcacctg tcaggcttcc acttaattcc
1741 agtctgggag ctgaactcag taggaaaaag aaggaaagag cagctgctgc tgctgcagca
1801 aagatggatg gaaaggagtc caagggttca cctgtatttt tgcctagaaa agagaacagt
1861 tcagtagagg ctaaggattc aggtttggag tctaaaaagt tacccagaag tgtaaaattg
1921 gaaaaatctg ccccagatac tgaactggtg aatgtaacac atctaaacac agaggtaaaa
1981 aattcttcag atacagggaa agtaaagttg gatgagaact ccgagaagca tcttgttaaa
2041 gatttgaaag cacagggaac aagagactct aaacccatag cactgaaaga ggagattgtt
2101 actccaaagg agacagaaac atcagaaaag gagacccctc cacctcttcc cacaattgct
2161 tctcccccac cccctctacc aactactacc cctccacctc agacaccccc tttgccacct
2221 ttgcctccaa taccagctct tccacagcaa ccacctctgc ctccttctca gccagcattt
2281 agtcaggttc ctgcttccag tacttcaact ttgccccctt ctactcactc aaagacatct
2341 gctgtgtcct ctcaggcaaa ttctcagccc cctgtacagg tttctgtgaa gactcaagta
2401 tctgtaacag ctgctattcc acacctgaaa acttcaacgt tgcctccttt gcccctccca
2461 cccttattac ctggagatga tgacatggat agtccaaaag aaactcttcc ttcaaaacct
2521 gtgaagaaag agaaggaaca gaggacacgt cacttactca cagaccttcc tctccctcca
2581 gagctccctg gtggagatct gtctccccca gactctccag aaccaaaggc aatcacacca
2641 cctcagcaac catataaaaa gagaccaaaa atttgttgtc ctcgttatgg agaaagaaga
2701 caaacagaaa gcgactgggg gaaacgctgt gtggacaagt ttgacattat tgggattatt
2761 ggagaaggaa cctatggcca agtatataaa gccaaggaca aagacacagg agaactagtg
2821 gctctgaaga aggtgagact agacaatgag aaagagggct tcccaatcac agccattcgt
2881 gaaatcaaaa tccttcgtca gttaatccac cgaagtgttg ttaacatgaa ggaaattgtc
2941 acagataaac aagatgcact ggatttcaag aaggacaaag gtgcctttta ccttgtattt
3001 gagtatatgg accatgactt aatgggactg ctagaatctg gtttggtgca cttttctgag
3061 gaccatatca agtcgttcat gaaacagcta atggaaggat tggaatactg tcacaaaaag
3121 aatttcctgc atcgggatat taagtgttct aacattttgc tgaataacag tgggcaaatc
3181 aaactagcag attttggact tgctcggctc tataactctg aagagagtcg cccttacaca
3241 aacaaagtca ttactttgtg gtaccgacct ccagaactac tgctaggaga ggaacgttac
3301 acaccagcca tagatgtttg gagctgtgga tgtattcttg gggaactatt cacaaagaag
3361 cctatttttc aagccaatct ggaactggct cagctagaac tgatcagccg actttgtggt
3421 agcccttgtc cagctgtgtg gcctgatgtt atcaaactgc cctacttcaa caccatgaaa
3481 ccgaagaagc aatatcgaag gcgtctacga gaagaattct ctttcattcc ttctgcagca
3541 cttgatttat tggaccacat gctgacacta gatcctagta agcggtgcac agctgaacag
3601 accctacaga gcgacttcct taaagatgtc gaactcagca aaatggctcc tccagacctc
3661 ccccactggc aggattgcca tgagttgtgg agtaagaaac ggcgacgtca gcgacaaagt
3721 ggtgttgtag tcgaagagcc acctccatcc aaaacttctc gaaaagaaac tacctcaggg
3781 acaagtactg agcctgtgaa gaacagcagc ccagcaccac ctcagcctgc tcctggcaag
3841 gtggagtctg gggctgggga tgcaataggc cttgctgaca tcacacaaca gctgaatcaa
3901 agtgaattgg cagtgttatt aaacctgctg cagagccaaa ccgacctgag catccctcaa
3961 atggcacagc tgcttaacat ccactccaac ccagagatgc agcagcagct ggaagccctg
4021 aaccaatcca tcagtgccct gacggaagct acttcccagc agcaggactc agagaccatg
4081 gccccagagg agtctttgaa ggaagcaccc tctgccccag tgatcctgcc ttcagcagaa
4141 cagacgaccc ttgaagcttc aagcacacca gctgacatgc agaatatatt ggcagttctc
4201 ttgagtcagc tgatgaaaac ccaagagcca gcaggcagtc tggaggaaaa caacagtgac
4261 aagaacagtg ggccacaggg gccccgaaga actcccacaa tgccacagga ggaggcagca
4321 gcatgtcctc ctcacattct tccaccagag aagaggcccc ctgagccccc cggacctcca
4381 ccgccgccac ctccaccccc tctggttgaa ggcgatcttt ccagcgcccc ccaggagttg
4441 aacccagccg tgacagccgc cttgctgcaa cttttatccc agcctgaagc agagcctcct
4501 ggccacctgc cacatgagca ccaggccttg agaccaatgg agtactccac ccgaccccgt
4561 ccaaacagga cttatggaaa cactgatggg cctgaaacag ggttcagtgc cattgacact
4621 gatgaacgaa actctggtcc agccttgaca gaatccttgg tccagaccct ggtgaagaac
4681 aggaccttct caggctctct gagccacctt ggggagtcca gcagttacca gggcacaggg
4741 tcagtgcagt ttccagggga ccaggacctc cgttttgcca gggtcccctt agcgttacac
4801 ccggtggtcg ggcaaccatt cctgaaggct gagggaagca gcaattctgt ggtacatgca
4861 gagaccaaat tgcaaaacta tggggagctg gggccaggaa ccactggggc cagcagctca
4921 ggagcaggcc ttcactgggg gggcccaact cagtcttctg cttatggaaa actctatcgg
4981 gggcctacaa gagtcccacc aagaggggga agagggagag gagttcctta ctaacccaga
5041 gacttcagtg tcctgaaaga ttcctttcct atccatcctt ccatccagtt ctctgaatct
5101 ttaatgaaat catttgccag agcgaggtaa tcatctgcat ttggctactg caaagctgtc
5161 cgttgtattc cttgctcact tgctactagc aggcgactta cgaaataatg atgttggcac
5221 cagttccccc tggatgggct atagccagaa catttacttc aactctacct tagtagatac
5281 aagtagagaa tatggagagg atcattacat tgaaaagtaa atgttttatt agttcattgc
5341 ctgcacttac tgatcggaag agagaaagaa cagtttcagt attgagatgg ctcaggagag
5401 gctctttgat ttttaaagtt ttggggtggg ggattgtgtg tggtttcttt cttttgaatt
5461 ttaatttagg tgttttgggt ttttttcctt taaagagaat agtgttcaca aaatttgagc
5521 tgctctttgg cttttgctat aagggaaaca gagtggcctg gctgatttga ataaatgttt
5581 ctttcctctc caccatctca cattttgctt ttaagtgaac actttttccc cattgagcat
5641 cttgaacata ctttttttcc aaataaatta ctcatcctta aagtttactc cactttgaca
5701 aaagatacgc ccttctccct gcacataaag caggttgtag aacgtggcat tcttgggcaa
5761 gtaggtagac tttacccagt ctctttcctt ttttgctgat gtgtgctctc tctctctctt
5821 tctctctctc tctctctctc tctctctctc tctctctctc tgtctcgctt gctcgctctc
5881 gctgtttctc tctctttgag gcatttgttt ggaaaaaatc gttgagatgc ccaagaacct
5941 gggataattc tttacttttt ttgaaataaa ggaaaggaaa ttcagactct tacattgttc
6001 tctgtaactc ttcaattcta aaatgttttg ttttttaaac catgttctga tggggaagtt
6061 gatttgtaag tgtggacagc ttggacattg ctgctgagct gtggttagag atgatgcctc
6121 cattcctaga gggctaataa cagcatttag catattgttt acacatatat ttttatgtca
6181 aaaaaaaaac aaaaaccttt caaacagagc attgtgatat tgtcaaagag aaaaacaaat
6241 cctgaagata catggaaatg taacctagtt tagggtgggt atttttctga agatacatca
6301 atacctgacc ttttttaaaa aaataatttt aaaacagcat actgtgagga agaacagtat
6361 tgacataccc acatcccagc atgtgtaccc tgccagttct tttagggatt tttcctccaa
6421 agagatttgg atttggtttt ggtaaaaggg gttaaattgt gcttccaggc aagaactttg
6481 ccttatcata aacaggaaat gaaaaaggga agggctgtca ggatgggata atttgggagg
6541 cttctcattc tggcttctat ttctatgtga gtaccagcat atagagtgtt ttaaaaacag
6601 atacatgtca tataatttat ctgcacagac ttagaccttc aggaaacata ggttaagccc
6661 ccttttacaa agaaaaagta aacatacttc agcatcttgg agggtagttt tcaaaactca
6721 agtttcatgt ttcaatgcca agttcttatt ttaaaaaata aaatctactt ataagagaaa
6781 ggtgcattac ttaaaaaaaa aaaactttaa agaaatgaaa gaagaaccct cttcagatac
6841 ttacttgaag actgttttcc cctgttaatg agatatagct agatatcggt gtgtgtattt
6901 ctttattatt ctctggtttt tgatctggcc ttgcctccag ggccaaacac tgatttagaa
6961 agagagcctt ctagctattt tggcattgat ggctttttat accagtgtgt ccagttagat
7021 ttactaggct tactgacatg ctattggtaa atcgcattaa agttcatctg aaccttctgt
7081 ctgttgactt cttagtcctc agacatgggc ctttgtgttt tagaatattt gaatttgagt
7141 tattgggccc cactccctgt tttttattaa agaacgtgag cctgggatac tttcagaagt
7201 atctgttcaa tgaaaaaaag ttggtttccc atcaaatatg aataaaattc tctatatatt
7261 tcattgtatt ttggttatca gcagtcatca ataatgtttt tccctcccct ctcccacctc
7321 ttatttttaa ttatgccaaa tatcctaaat aatatactta agcctccatt ccctcatccc
7381 tactagggaa gggggtgagt gtatgtgtga gtgtatgtgt atgtatgatc ccatctcacc
7441 cccaccccca ttttgggagt cttttaaaat gaaaacaaag tttggtagtt ttgactattt
7501 ctaaaagcag aggagaaaaa aaaacttatt taaatatcct ggaatctgta tggaggaaga
7561 aaaggtattt gttaattttt cagttacgtt atctataaac atgatggaag taaaggtttg
7621 gcagaatttc accttgacta tttgaaaatt acagacccaa ttaattccat tcaaaagtgg
7681 ttttcgtttt gttttaatta ttgtacaatg agagatattg tctattaaat acattatttt
7741 gaacagatga gaaatctgat tctgttcatg agtgggaggc aaaactggtt tgaccgtgat
7801 catttttgtg gttttgaaaa caaatatact tgacccagtt tccttagttt tttcttcaac
7861 tgtccatagg aacgataagt atttgaaagc aacatcaaat ctatacgttt aaagcagggc
7921 agttagcaca aatttgcaag tagaacttct attagcttat gccatagaca tcacccaacc
7981 acttgtatgt gtgtgtgtat atataatatg catatatagt taccgtgcta aaatggttac
8041 cagcaggttt tgagagagaa tgctgcatca gaaaagtgtc agttgccacc tcattctccc
8101 tgatttaggt tcctgacact gattcctttc tctctcgttt ttgaccccca ttgggtgtat
8161 cttgtctatg tacagatatt ttgtaatata ttaaattttt ttctttcagt ttataaaaat
8221 ggaaagtgga gattggaaaa ttaaatattt cctgttacta taccactttt gctccattgc
8281 att

Claims (24)

  1. 筋強直性ジストロフィー1型、筋強直性ジストロフィー2型、または前頭側頭型認知症(C9ORF72)の治療または予防に使用するための阻害剤であって、
    前記阻害剤がCDK12(サイクリン依存性キナーゼ12)の阻害剤であり、
    前記阻害剤が、
    (a)式(I)の化合物またはその薬学的に許容される塩もしくは溶媒和物:
    Figure 0007245520000046

    式中、
    は、H、-OH、C1-6アルキル、C2-6アルケニル、C2-6アルキニル、C1-6ハロアルキル、ハロゲン、-CN、-OC1-6アルキルであり、
    は、H、-OH、C1-6アルキル、C2-6アルケニル、C2-6アルキニル、C1-6ハロアルキル、ハロゲン、-CNまたは-OC1-6アルキルであるか、5員または6員のシクロアリール、シクロアルキルまたは複素環――O、SおよびNから選択される1個、2個または3個のヘテロ原子を有する――であり、
    は、C3-6シクロアルキルであり、
    Figure 0007245520000047

    または
    Figure 0007245520000048

    式中、
    は、H、-OH、C1-6アルキル、C2-6アルケニル、C2-6アルキニル、C1-6ハロアルキル、ハロゲン、-CN、-OC1-6アルキルであり、
    は、H;-OH;C1-6アルキル;C2-6アルケニル;C2-6アルキニル;C1-6ハロアルキル;ハロゲン;-CN;-OC1-6アルキル;C1-6アルキル-N-(X)(Y);5員もしくは6員のシクロアリール、シクロアルキルもしくは複素環――O、SおよびNから選択される1個、2個または3個のヘテロ原子を有する――であって、前記シクロアリール、シクロアルキルもしくは複素環が、C1-3アルキルに任意に置換されている5員もしくは6員のシクロアリール、シクロアルキルもしくは複素環;または-OC1-6アルキル-N(X)(Y)であり、
    式中、Xは、HまたはC1-6アルキルであり、Yは、HまたはC1-6アルキルであり、
    式中、アルキル基は1個以上の-OH基に任意に置換され、
    は、H、-OH、C1-6アルキル、C2-6アルケニル、C2-6アルキニル、C1-6ハロアルキル、ハロゲン、-CN、-OC1-6アルキルである;
    (b)式(X)の化合物またはその薬学的に許容される塩もしくは溶媒和物:
    Figure 0007245520000049

    (c)式(XI)の化合物またはその薬学的に許容される塩もしくは溶媒和物:
    Figure 0007245520000050

    (d)式(XII)の化合物またはその薬学的に許容される塩もしくは溶媒和物:
    Figure 0007245520000051

    (e)式(XIII)の化合物またはその薬学的に許容される塩もしくは溶媒和物:
    Figure 0007245520000052
    ;または
    (f)式(XIV)の化合物またはその薬学的に許容される塩もしくは溶媒和物:
    Figure 0007245520000053

    を含む、阻害剤。
  2. が、ベンゼン、モルホリニル、ピペリジン、又はピペラジンである、請求項1に記載の使用のための阻害剤。
  3. 請求項1に記載の使用のための阻害剤であって、
    前記阻害剤が、前記(a)式(I)の化合物またはその薬学的に許容される塩もしくは溶媒和物を含み、
    はHであり、
    はHであり、
    はC3-6シクロアルキルであり、
    Figure 0007245520000054

    または
    Figure 0007245520000055

    式中、
    は、H、-CN、-OC1-6アルキル、C1-6ハロアルキルであり、
    は、H;C1-6アルキル-N-(X)(Y);5員または6員のシクロアリール、シクロアルキルまたは複素環――O、SおよびNから選択される1個、2個または3個のヘテロ原子を有する――であって、前記シクロアリール、シクロアルキルまたは複素環が、C1-3アルキルに任意に置換されている5員または6員のシクロアリール、シクロアルキルまたは複素環、-OC1-6アルキル-N(X)(Y)であり、
    式中、Xは、HまたはC1-6アルキルであり、Yは、HまたはC1-6アルキルであり、
    式中、アルキル基は1個以上の-OH基に任意に置換され、
    は、Hまたは-OC1-6アルキルである、阻害剤。
  4. がシクロプロピルである、請求項1~3のいずれかに記載の使用のための阻害剤。
  5. 請求項1に記載の使用のための阻害剤であって、
    前記阻害剤が、前記(a)式(I)の化合物またはその薬学的に許容される塩もしくは溶媒和物を含み、
    はHであり、
    はHであり、
    はシクロプロピルであり、
    Figure 0007245520000056

    または
    Figure 0007245520000057

    式中、
    は、H、-CN、-OCH、CFであり、
    は、H、-CHN(CH、N-メチルピペラジニル、-OCHCH(OH)CHN(CHであり、
    は、Hまたは-OCHである、阻害剤。
  6. がN-メチルピペラジニルである、請求項1~5のいずれかに記載の使用のための阻害剤。
  7. 請求項1に記載の使用のための阻害剤であって、
    前記阻害剤が、前記(a)式(I)の化合物またはその薬学的に許容される塩もしくは溶媒和物を含み、
    はHであり、
    はHであり、
    はシクロプロピルであり、
    Figure 0007245520000058

    または
    Figure 0007245520000059

    式中、
    はHであり、Rは-CHNEtまたは-OCHCH(OH)CHN(CHであり、RはHであるか、
    は-CN、-OCHであり、RはHであり、RはHであるか、
    は-CFであり、RはN-メチルピペラジニルであり、RはHであるか、
    は-OCHであり、RはHであり、Rは-OCHである、阻害剤。
  8. 前記阻害剤が、前記(a)式(I)の化合物またはその薬学的に許容される塩もしくは溶媒和物を含み、式(I)の前記阻害剤が以下の式を備えている、請求項1に記載の使用のための阻害剤。
    Figure 0007245520000060

    または
    Figure 0007245520000061

    または
    Figure 0007245520000062

    または
    Figure 0007245520000063

    または
    Figure 0007245520000064

    または
    Figure 0007245520000065

    または
    Figure 0007245520000066

    または
    Figure 0007245520000067
  9. 前記阻害剤が少なくとも1つの他の治療剤と組み合わせて投与されるか、投与されるように構成される、請求項1~8のいずれか一項に記載の使用のための阻害剤。
  10. 前記1つの他の治療剤が、オリゴヌクレオチドを含むか、
    前記少なくとも1つの他の治療剤が、小分子、薬物、プロドラッグ、ペプチド、タンパク質、抗体、ヌクレオチドまたはワクチンを含んでもよい、請求項9に記載の使用のための阻害剤。
  11. 前記1つの他の治療剤が、siRNAもしくはmiRNAまたはその等価物を含む、請求項9に記載の使用のための阻害剤。
  12. 前記少なくとも1つの他の治療剤が、ナトリウムチャネル遮断薬、CNS刺激薬、デヒドロエピアンドロステロン(DHEA)、クレアチン補充、メカセルミンリンファベート(IPLEX、組換えインスリン様成長因子1およびその結合タンパク質、BP-3の組合せ)、ペンタミジン、ビスアミジニウム阻害剤、ロモフンギンもしくはジロモフンギンまたはそれらの組合せを含む、請求項9に記載の使用のための阻害剤。
  13. 前記使用が、前記DMPK遺伝子を標的とするオリゴヌクレオチドと組み合わされたものである、請求項1~12のいずれか一項に記載の使用のための阻害剤。
  14. 前記阻害剤が断続的に投与されるか、投与されるように構成される、請求項1~13のいずれか一項に記載の使用のための阻害剤。
  15. 対象の筋強直性ジストロフィー1型、筋強直性ジストロフィー2型、または前頭側頭型認知症(C9ORF72)の治療または予防のための医薬品の調製でのCDK12阻害剤の使用であって、
    前記阻害剤が、式(I)の化合物を含む使用:
    Figure 0007245520000068

    式中、
    は、H、-OH、C1-6アルキル、C2-6アルケニル、C2-6アルキニル、C1-6ハロアルキル、ハロゲン、-CN、-OC1-6アルキルであり、
    は、H、-OH、C1-6アルキル、C2-6アルケニル、C2-6アルキニル、C1-6ハロアルキル、ハロゲン、-CNまたは-OC1-6アルキルであるか、5員または6員のシクロアリール、シクロアルキルまたは複素環――O、SおよびNから選択される1個、2個または3個のヘテロ原子を有する――であり、
    は、C3-6シクロアルキルであり、
    Figure 0007245520000069

    または
    Figure 0007245520000070

    式中、
    は、H、-OH、C1-6アルキル、C2-6アルケニル、C2-6アルキニル、C1-6ハロアルキル、ハロゲン、-CN、-OC1-6アルキルであり、
    は、H;-OH;C1-6アルキル;C2-6アルケニル;C2-6アルキニル;C1-6ハロアルキル;ハロゲン;-CN;-OC1-6アルキル;C1-6アルキル-N-(X)(Y);5員もしくは6員のシクロアリール、シクロアルキルもしくは複素環――O、SおよびNから選択される1個、2個もしくは3個のヘテロ原子を有する――であって、前記シクロアリール、シクロアルキルもしくは複素環が、C1-3アルキルに任意に置換されている5員もしくは6員のシクロアリール、シクロアルキルもしくは複素環;または-OC1-6アルキル-N(X)(Y)であり、
    式中、Xは、HまたはC1-6アルキルであり、Yは、HまたはC1-6アルキルであり、
    式中、アルキル基は1個以上の-OH基に任意に置換され、
    は、H、-OH、C1-6アルキル、C2-6アルケニル、C2-6アルキニル、C1-6ハロアルキル、ハロゲン、-CN、-OC1-6アルキルである。
  16. が、ベンゼン、モルホリニル、ピペリジン、又はピペラジンである、請求項15に記載の使用。
  17. がシクロプロピルである、請求項15又は16に記載の使用。
  18. がN-メチルピペラジニルである、請求項15~17のいずれかに記載の使用。
  19. 筋強直性ジストロフィー1型、筋強直性ジストロフィー2型、または前頭側頭型認知症(C9ORF72)のための治療剤のスクリーニング方法であって、
    ・スクリーニングのための分子を提供することと、
    ・前記分子がCDK12の活性を阻害するかどうかを検出することとを含み、
    CDK12の阻害の検出により、潜在的候補治療剤として分子を選択する方法。
  20. 筋強直性ジストロフィー1型、筋強直性ジストロフィー2型、または前頭側頭型認知症(C9ORF72)の治療または予防に使用するためのCDK12阻害剤および薬学的に許容される担体を含む組成物であって、
    前記阻害剤が、式(I)の化合物を含む組成物:
    Figure 0007245520000071

    式中、
    は、H、-OH、C1-6アルキル、C2-6アルケニル、C2-6アルキニル、C1-6ハロアルキル、ハロゲン、-CN、-OC1-6アルキルであり、
    は、H、-OH、C1-6アルキル、C2-6アルケニル、C2-6アルキニル、C1-6ハロアルキル、ハロゲン、-CNまたは-OC1-6アルキルであるか、5員または6員のシクロアリール、シクロアルキルまたは複素環――O、SおよびNから選択される1個、2個または3個のヘテロ原子を有する――であり、
    は、C3-6シクロアルキルであり、
    Figure 0007245520000072

    または
    Figure 0007245520000073

    式中、
    は、H、-OH、C1-6アルキル、C2-6アルケニル、C2-6アルキニル、C1-6ハロアルキル、ハロゲン、-CN、-OC1-6アルキルであり、
    は、H;-OH;C1-6アルキル;C2-6アルケニル;C2-6アルキニル;C1-6ハロアルキル;ハロゲン;-CN;-OC1-6アルキル;C1-6アルキル-N-(X)(Y);5員もしくは6員のシクロアリール、シクロアルキルもしくは複素環――O、SおよびNから選択される1個、2個もしくは3個のヘテロ原子を有する――であって、前記シクロアリール、シクロアルキルもしくは複素環が、C1-3アルキルに任意に置換されている5員もしくは6員のシクロアリール、シクロアルキルもしくは複素環;または-OC1-6アルキル-N(X)(Y)であり、
    式中、Xは、HまたはC1-6アルキルであり、Yは、HまたはC1-6アルキルであり、
    式中、アルキル基は1個以上の-OH基に任意に置換され、
    は、H、-OH、C1-6アルキル、C2-6アルケニル、C2-6アルキニル、C1-6ハロアルキル、ハロゲン、-CN、-OC1-6アルキルである。
  21. が、ベンゼン、モルホリニル、ピペリジン、又はピペラジンである、請求項20に記載の組成物。
  22. がシクロプロピルである、請求項20又は21に記載の組成物。
  23. がN-メチルピペラジニルである、請求項20~22のいずれかに記載の組成物。
  24. 少なくとも1つの他の治療剤をさらに含む、請求項20~23のいずれかに記載の組成物。
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